DE202020105116U1 - Reagents and uses in diagnosing SARS-CoV-2 infection - Google Patents
Reagents and uses in diagnosing SARS-CoV-2 infection Download PDFInfo
- Publication number
- DE202020105116U1 DE202020105116U1 DE202020105116.4U DE202020105116U DE202020105116U1 DE 202020105116 U1 DE202020105116 U1 DE 202020105116U1 DE 202020105116 U DE202020105116 U DE 202020105116U DE 202020105116 U1 DE202020105116 U1 DE 202020105116U1
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- seq
- antibody
- sars
- cov
- antibodies
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 208000025721 COVID-19 Diseases 0.000 title claims description 27
- 208000037847 SARS-CoV-2-infection Diseases 0.000 title claims description 23
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 title description 19
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 80
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 78
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 69
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract description 7
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 claims abstract description 4
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 claims description 88
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 claims description 88
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 41
- 201000003176 Severe Acute Respiratory Syndrome Diseases 0.000 claims description 36
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 34
- 208000025370 Middle East respiratory syndrome Diseases 0.000 claims description 29
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 29
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 claims description 27
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 20
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 20
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 19
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 16
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 12
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 8
- 208000001528 Coronaviridae Infections Diseases 0.000 claims description 7
- 238000003748 differential diagnosis Methods 0.000 claims description 7
- 239000011521 glass Substances 0.000 claims description 6
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 6
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 6
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 claims description 5
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 claims description 5
- 241001678559 COVID-19 virus Species 0.000 claims description 4
- 238000011109 contamination Methods 0.000 claims description 4
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 claims description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 3
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 claims description 2
- 238000000034 method Methods 0.000 description 42
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 32
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 31
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 30
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 30
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 30
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 25
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 25
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 23
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 21
- 241000315672 SARS coronavirus Species 0.000 description 21
- 101710141454 Nucleoprotein Proteins 0.000 description 20
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 17
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 16
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 16
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 15
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 15
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 14
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 13
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 12
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 12
- 238000009739 binding Methods 0.000 description 11
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 11
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 9
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 9
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 9
- 101001028244 Onchocerca volvulus Fatty-acid and retinol-binding protein 1 Proteins 0.000 description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 8
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 8
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 7
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 7
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 7
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 6
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 6
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 6
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 6
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 6
- 239000012723 sample buffer Substances 0.000 description 6
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 6
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 6
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- 241001295925 Gegenes Species 0.000 description 5
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 5
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 5
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 5
- 108091006197 SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein Proteins 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 5
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 5
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 description 5
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 5
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 5
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 4
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 4
- 101710172711 Structural protein Proteins 0.000 description 4
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N Sulfuric acid Chemical compound OS(O)(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 4
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 4
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 4
- RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N glutathione Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O RWSXRVCMGQZWBV-WDSKDSINSA-N 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 4
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 4
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 4
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101100151946 Caenorhabditis elegans sars-1 gene Proteins 0.000 description 3
- 101710139375 Corneodesmosin Proteins 0.000 description 3
- 102100031673 Corneodesmosin Human genes 0.000 description 3
- 241000710831 Flavivirus Species 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 3
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 3
- 102000044437 S1 domains Human genes 0.000 description 3
- 108700036684 S1 domains Proteins 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 3
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 3
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 3
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 3
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 3
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 3
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 3
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 3
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 3
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 3
- 230000004044 response Effects 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- 239000012089 stop solution Substances 0.000 description 3
- 229940125575 vaccine candidate Drugs 0.000 description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 3,3',5,5'-tetramethylbenzidine Chemical compound CC1=C(N)C(C)=CC(C=2C=C(C)C(N)=C(C)C=2)=C1 UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 102100035765 Angiotensin-converting enzyme 2 Human genes 0.000 description 2
- 108090000975 Angiotensin-converting enzyme 2 Proteins 0.000 description 2
- 206010002653 Anosmia Diseases 0.000 description 2
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 2
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 2
- 206010011224 Cough Diseases 0.000 description 2
- 206010013975 Dyspnoeas Diseases 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010024636 Glutathione Proteins 0.000 description 2
- 101000617823 Homo sapiens Solute carrier organic anion transporter family member 6A1 Proteins 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UQSXHKLRYXJYBZ-UHFFFAOYSA-N Iron oxide Chemical compound [Fe]=O UQSXHKLRYXJYBZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical compound [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090001074 Nucleocapsid Proteins Proteins 0.000 description 2
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 2
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 2
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 2
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 2
- 108091005609 SARS-CoV-2 Spike Subunit S1 Proteins 0.000 description 2
- 101000667982 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Envelope small membrane protein Proteins 0.000 description 2
- 101000953880 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Membrane protein Proteins 0.000 description 2
- 101000629318 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Spike glycoprotein Proteins 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical class C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 2
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 2
- 230000004520 agglutination Effects 0.000 description 2
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 2
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 2
- 238000000149 argon plasma sintering Methods 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 210000001736 capillary Anatomy 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 238000004737 colorimetric analysis Methods 0.000 description 2
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 2
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 2
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000003797 essential amino acid Substances 0.000 description 2
- 235000020776 essential amino acid Nutrition 0.000 description 2
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 2
- 229960003180 glutathione Drugs 0.000 description 2
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 2
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 2
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 2
- 230000000951 immunodiffusion Effects 0.000 description 2
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N luminol Chemical compound O=C1NNC(=O)C2=C1C(N)=CC=C2 HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 2
- RXNXLAHQOVLMIE-UHFFFAOYSA-N phenyl 10-methylacridin-10-ium-9-carboxylate Chemical compound C12=CC=CC=C2[N+](C)=C2C=CC=CC2=C1C(=O)OC1=CC=CC=C1 RXNXLAHQOVLMIE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N phenylmethanesulfonyl fluoride Chemical compound FS(=O)(=O)CC1=CC=CC=C1 YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 2
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 238000009589 serological test Methods 0.000 description 2
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 2
- UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N streptomycin Chemical compound CN[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@](C=O)(O)[C@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@@H](NC(N)=N)[C@H](O)[C@H]1O UCSJYZPVAKXKNQ-HZYVHMACSA-N 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 2
- BUHVIAUBTBOHAG-FOYDDCNASA-N (2r,3r,4s,5r)-2-[6-[[2-(3,5-dimethoxyphenyl)-2-(2-methylphenyl)ethyl]amino]purin-9-yl]-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol Chemical compound COC1=CC(OC)=CC(C(CNC=2C=3N=CN(C=3N=CN=2)[C@H]2[C@@H]([C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)C=2C(=CC=CC=2)C)=C1 BUHVIAUBTBOHAG-FOYDDCNASA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- VHJLVAABSRFDPM-UHFFFAOYSA-N 1,4-dithiothreitol Chemical compound SCC(O)C(O)CS VHJLVAABSRFDPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HUDPLKWXRLNSPC-UHFFFAOYSA-N 4-aminophthalhydrazide Chemical compound O=C1NNC(=O)C=2C1=CC(N)=CC=2 HUDPLKWXRLNSPC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000030090 Acute Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010001052 Acute respiratory distress syndrome Diseases 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- 208000010470 Ageusia Diseases 0.000 description 1
- NTTIDCCSYIDANP-UHFFFAOYSA-N BCCP Chemical compound BCCP NTTIDCCSYIDANP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 101710201279 Biotin carboxyl carrier protein Proteins 0.000 description 1
- 101710180532 Biotin carboxyl carrier protein of acetyl-CoA carboxylase Proteins 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 102000000584 Calmodulin Human genes 0.000 description 1
- 108010041952 Calmodulin Proteins 0.000 description 1
- 206010008479 Chest Pain Diseases 0.000 description 1
- 206010008469 Chest discomfort Diseases 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 208000003322 Coinfection Diseases 0.000 description 1
- 238000011537 Coomassie blue staining Methods 0.000 description 1
- 241000494545 Cordyline virus 2 Species 0.000 description 1
- 208000001490 Dengue Diseases 0.000 description 1
- 206010012310 Dengue fever Diseases 0.000 description 1
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 1
- 208000000059 Dyspnea Diseases 0.000 description 1
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 1
- 238000008157 ELISA kit Methods 0.000 description 1
- 108010013369 Enteropeptidase Proteins 0.000 description 1
- 102100029727 Enteropeptidase Human genes 0.000 description 1
- 241000709661 Enterovirus Species 0.000 description 1
- 241000283074 Equus asinus Species 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 108010074860 Factor Xa Proteins 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- 102000005720 Glutathione transferase Human genes 0.000 description 1
- 108010070675 Glutathione transferase Proteins 0.000 description 1
- 206010019233 Headaches Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- 101710175625 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein Proteins 0.000 description 1
- 241000127282 Middle East respiratory syndrome-related coronavirus Species 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 206010028735 Nasal congestion Diseases 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108010020346 Polyglutamic Acid Proteins 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 229940096437 Protein S Drugs 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 208000035415 Reinfection Diseases 0.000 description 1
- 208000001647 Renal Insufficiency Diseases 0.000 description 1
- 208000013616 Respiratory Distress Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 208000036071 Rhinorrhea Diseases 0.000 description 1
- 206010039101 Rhinorrhoea Diseases 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 description 1
- 206010040070 Septic Shock Diseases 0.000 description 1
- 208000009714 Severe Dengue Diseases 0.000 description 1
- 101000629313 Severe acute respiratory syndrome coronavirus Spike glycoprotein Proteins 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 1
- 102100036407 Thioredoxin Human genes 0.000 description 1
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 description 1
- 101710120037 Toxin CcdB Proteins 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 108010028230 Trp-Ser- His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys Proteins 0.000 description 1
- 229940124922 Twinrix Drugs 0.000 description 1
- 108010003533 Viral Envelope Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108010031318 Vitronectin Proteins 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 201000000028 adult respiratory distress syndrome Diseases 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 235000019666 ageusia Nutrition 0.000 description 1
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N ammonium sulfate Chemical compound N.N.OS(O)(=O)=O BFNBIHQBYMNNAN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052921 ammonium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011130 ammonium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 238000011091 antibody purification Methods 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 1
- 150000001540 azides Chemical class 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 1
- 208000027499 body ache Diseases 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 238000011088 calibration curve Methods 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 238000002038 chemiluminescence detection Methods 0.000 description 1
- 102000021178 chitin binding proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091011157 chitin binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000003593 chromogenic compound Substances 0.000 description 1
- 230000006329 citrullination Effects 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 1
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 1
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 238000006114 decarboxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 208000025729 dengue disease Diseases 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 239000012973 diazabicyclooctane Substances 0.000 description 1
- 239000013024 dilution buffer Substances 0.000 description 1
- 230000008034 disappearance Effects 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 229940000406 drug candidate Drugs 0.000 description 1
- 208000017574 dry cough Diseases 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 125000004185 ester group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 206010016256 fatigue Diseases 0.000 description 1
- 239000012894 fetal calf serum Substances 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical class O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000799 fluorescence microscopy Methods 0.000 description 1
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 1
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 1
- 229920000370 gamma-poly(glutamate) polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000012215 gene cloning Methods 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- 231100000869 headache Toxicity 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000033444 hydroxylation Effects 0.000 description 1
- 238000005805 hydroxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 238000010185 immunofluorescence analysis Methods 0.000 description 1
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 1
- 229910052500 inorganic mineral Inorganic materials 0.000 description 1
- 201000006370 kidney failure Diseases 0.000 description 1
- 238000000504 luminescence detection Methods 0.000 description 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 1
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 210000004779 membrane envelope Anatomy 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 239000011707 mineral Substances 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 1
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 1
- 230000002688 persistence Effects 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 108010064470 polyaspartate Proteins 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000002335 preservative effect Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000002250 progressing effect Effects 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003314 quadriceps muscle Anatomy 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 108010008595 sarcoma-associated antigen S1 Proteins 0.000 description 1
- 238000012764 semi-quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000036303 septic shock Effects 0.000 description 1
- 208000013220 shortness of breath Diseases 0.000 description 1
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 229960005322 streptomycin Drugs 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 description 1
- 108060008226 thioredoxin Proteins 0.000 description 1
- 229940094937 thioredoxin Drugs 0.000 description 1
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 description 1
- 125000002088 tosyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1C([H])([H])[H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- IMNIMPAHZVJRPE-UHFFFAOYSA-N triethylenediamine Chemical compound C1CN2CCN1CC2 IMNIMPAHZVJRPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001960 triggered effect Effects 0.000 description 1
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/08—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses
- C07K16/10—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses from RNA viruses
- C07K16/1002—Coronaviridae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/08—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses
- C07K16/10—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from viruses from RNA viruses
- C07K16/1002—Coronaviridae
- C07K16/1003—Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 [SARS‐CoV‐2 or Covid-19]
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56983—Viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
- C12N2770/00011—Details
- C12N2770/20011—Coronaviridae
- C12N2770/20022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/005—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from viruses
- G01N2333/08—RNA viruses
- G01N2333/165—Coronaviridae, e.g. avian infectious bronchitis virus
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
- G01N33/54313—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals the carrier being characterised by its particulate form
- G01N33/54326—Magnetic particles
Abstract
Verwendung eines Polypeptides umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon, die an einen Antikörper gegen SED ID NO1 aus einer Probe von einem Patienten binden kann, zur Herstellung eines diagnostischen Kits. Use of a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof which can bind to an antibody against SED ID NO1 from a sample from a patient for the production of a diagnostic kit.
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft die Verwendung eines Polypeptides umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon, die an einen Antikörper gegen SED ID NO1 aus einer Probe von einem Patienten binden kann, zur Herstellung eines diagnostischen Kits oder Verwendung eines Antikörpers gegen SEQ ID N01 zum Diagnostizieren einer SARS-CoV-2-Infektion oder zur Differenzialdiagnose einer Coronavirus-Infektion oder zum Screenen von Spenderblut, bevorzugt auf Kontamination mit einem Coronavirus SARS-CoV-2 oder Verwendung eines Antikörpers, optional eines rekombinanten Antikörpers, der an SEQ ID NO1 bindet, der bevorzugt von einem sekundären Antikörper erkannt wird, welcher an Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA, IgG oder IgM, bevorzugt IgA bindet, als Kalibrator zur Frühdiagnose einer SARS-CoV-2-Infektion.The present invention relates to the use of a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof, which can bind to an antibody against SED ID NO1 from a sample from a patient, for the production of a diagnostic kit or use of an antibody against SEQ ID N01 for diagnosing a SARS-CoV-2 infection or for differential diagnosis of a coronavirus infection or for screening donor blood, preferably for contamination with a coronavirus SARS-CoV-2 or use of an antibody, optionally a recombinant antibody that binds to SEQ ID NO1, which is preferred is recognized by a secondary antibody which binds to antibodies of the immunoglobulin class IgA, IgG or IgM, preferably IgA, as a calibrator for the early diagnosis of a SARS-CoV-2 infection.
Gegen Ende des Jahres 2019 zeigte sich eine zunehmende Anzahl von Patienten mit Lungenentzündung verursacht durch ein unbekanntes Pathogen in Wuhan, der Hauptstadt der Provinz Hubei in China, und erstreckte sich beinahe über das gesamte Land China. Ein neues Coronavirus wurde isoliert, und auf Basis seiner Phylogenie, Taxonomie und etablierten Vorgehensweisen erkannte die Corona Study Group (CSG) es als Verwandten des Severe Acute Respiratory Syndrome Corona-Virus (SARS-CoV-1) und bezeichnete es als Severe Acute Respiratoy Syndrome Corona-Virus 2 (SARS-CoV-2).Towards the end of 2019, an increasing number of patients with pneumonia caused by an unknown pathogen emerged in Wuhan, the capital of Hubei Province in China, and spanned almost the entire country of China. A new coronavirus has been isolated, and based on its phylogeny, taxonomy, and established practices, the Corona Study Group (CSG) identified it as a relative of the Severe Acute Respiratory Syndrome Corona Virus (SARS-CoV-1) and named it Severe Acute Respiratoy Syndrome Corona virus 2 (SARS-CoV-2).
Obwohl SARS-CoV-2 im Allgemeinen weniger pathogen als SARS-CoV-1 und Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) ist, zeigt es eine vergleichsweise hohe Übertragbarkeit. Da die Symptome mild sein können und mit einer Erkältung verwechselt werden können, besteht die Gefahr, dass Patienten sich ihrer Infizierung nicht bewusst sind und zur weiteren Verbreitung des Virus beitragen.Although SARS-CoV-2 is generally less pathogenic than SARS-CoV-1 and Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV), it shows a comparatively high transferability. Since the symptoms can be mild and can be mistaken for a cold, there is a risk that patients will be unaware of their infection and will contribute to the spread of the virus.
SARS-CoV-2 ist ein Coronavirus mit vier Strukturproteinen, genauer den Spike (S)-, E (Envelope)-, M (Membran)- und N (Nukleokapsid)-Proteinen. Das N-Protein trägt das RNA-Genom, wohingegen die anderen drei Strukturproteine Bestandteile der viralen Hülle darstellen. Das S-Protein ist dafür verantwortlich, dass das Virus in die Lage versetzt wird, sich an die Membran einer Wirtszelle anzuheften und mit ihr zu fusionieren. Es umfasst eine S1-Domäne, die das Anheften katalysiert und eine S2-Domäne, die die Fusion mit der Wirtszelle katalysiert. Die S1-Domäne umfasst die Rezeptorbindungsdomäne (RBD), die Bindestelle für den Rezeptor Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) auf menschlichen Wirtszellen. Daher ist die RBD die Bindestelle von neutralisierenden Antikörpern, die die Interaktion zwischen dem Virus und seinen Wirtszellen blockieren und damit Immunität verleihen.SARS-CoV-2 is a coronavirus with four structural proteins, more precisely the spike (S), E (envelope), M (membrane) and N (nucleocapsid) proteins. The N protein carries the RNA genome, whereas the other three structural proteins are components of the viral envelope. The S-protein is responsible for enabling the virus to attach to the membrane of a host cell and fuse with it. It comprises an S1 domain that catalyzes attachment and an S2 domain that catalyzes fusion with the host cell. The S1 domain comprises the receptor binding domain (RBD), the binding site for the angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) receptor on human host cells. Therefore, the RBD is the binding site of neutralizing antibodies that block the interaction between the virus and its host cells and thus confer immunity.
Im Gegensatz zu der Gruppe von Coronaviren, die SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2 umfasst und die mit einer hohen Mortalität und schwerer Krankheit assoziiert sind, gibt es eine weitere Gruppe von Coronaviren, die normalerweise mit einer milden und schnell vorübergehenden Krankheit assoziiert sind, und sie umfasst die Coronaviren 229E, NL63, OC43 und HKU1.In contrast to the group of coronaviruses, which includes SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 and which are associated with high mortality and serious illness, there is another group of coronaviruses that are usually associated with mild and rapidly passing illness and it includes coronaviruses 229E, NL63, OC43 and HKU1.
Aufgrund der hohen Übertragbarkeit sind zuverlässige Verfahren zur Diagnose einer SARS-CoV-2-Infektion und der Immunität gegen SARS-CoV-2 von höchster Bedeutung. In der Vergangenheit wurde eine Kombination von serologischen Verfahren und RT-PCR (Real Time Polymerase Chain Reaction) verwendet, um Infektionen mit Coronaviren nachzuweisen und zu bestätigen.Due to the high transferability, reliable methods for diagnosing SARS-CoV-2 infection and immunity to SARS-CoV-2 are of paramount importance. In the past, a combination of serological methods and RT-PCR (Real Time Polymerase Chain Reaction) was used to detect and confirm infections with coronaviruses.
RT-PCR-Verfahren basieren auf dem Nachweis von den Nukleinsäuren des interessierenden Coronavirus, genauer der RNA. Sie sind schnell und mit Hilfe von Proben aus Rachen- oder Nasen-/Rachen-Abstrichen können sie während der ersten Woche der Krankheit für den Nachweis von SARS-CoV-1 verwendet werden. Ihre Nützlichkeit hängt jedoch sehr davon ab, wie lange die Nukleinsäure in Proben nachweisbar ist, was sich von Virus zu Virus unterscheidet. Insbesondere mangelt es einem negativen Ergebnis von einem diagnostischen Test, der mit einer Probe durchgeführt wurde, die nach der Frühphase der Krankheit erhalten wurde, an Aussagekraft. Daher sollten mehrere Proben überprüft werden, eine aus der ersten Woche der Infektion und eine Folgeprobe, die drei bis vier Wochen später erhalten wurde. Darüber hinaus wird eine Probe aus dem oberen Teil der Atemwege des Patienten benötigt. Eine nicht fachmännische Gewinnung einer solchen Probe kann ebenfalls zu falsch-negativen Ergebnissen führen.RT-PCR methods are based on the detection of the nucleic acids of the coronavirus of interest, more precisely the RNA. They are quick and with the help of throat or nasal / throat swab samples, they can be used for the detection of SARS-CoV-1 during the first week of illness. However, their usefulness depends very much on how long the nucleic acid can be detected in samples, which differs from virus to virus. In particular, a negative result from a diagnostic test carried out on a sample obtained after the early stage of the disease lacks meaningfulness. Therefore, several samples should be checked, one from the first week of infection and a follow-up sample obtained three to four weeks later. A sample from the upper part of the patient's airway is also required. Incorrect extraction of such a sample can also lead to false negative results.
Corman et al. veröffentlichten einen RT-PCR-basierten Test für den Nachweis von SARS-CoV-2 (
Daher werden auch serologische Tests häufig verwendet. Das besondere Kennzeichen dieser Tests besteht in dem Nachweis von Antikörpern, die spezifisch mit einem bestimmten Virus wie SARS-CoV-2 assoziiert sind. Wenn die Anwesenheit eines solchen Antikörpers in Patientenserum nachgewiesen wird, zeigt dies an, dass der Patient infiziert sein oder infiziert gewesen sein. Im Gegensatz dazu legt die Abwesenheit des Antikörpers nahe, dass der Patient zuvor nicht infiziert war. Jedoch kann ein negatives Ergebnis auch in einer sehr frühen Phase der Krankheit erhalten werden, d. h. bevor der Körper des Patienten in der Lage war, spezifische Antikörper herzustellen. Eine weitere serologische Überwachung, unter Berücksichtigung, ob ein nachgewiesener Antikörper zu einer bestimmten Immunglobulin-Klasse gehört, kann dazu beitragen, den Verlauf der Krankheit zu überwachen und eine akute von einer vorherigen Infektion oder Impfung zu unterscheiden. Z. B. legt eine geringe Konzentration von IgG, die über Monate oder Jahre persistiert, nahe, dass eine Infektion in der Vergangenheit vorlag oder dass eine Impfung vorliegt.Therefore, serological tests are also widely used. The special feature of these tests is the detection of antibodies that are specific to a certain virus such as SARS-CoV-2 are associated. If the presence of such an antibody is detected in patient serum, this indicates that the patient may be or have been infected. In contrast, the absence of the antibody suggests that the patient was not previously infected. However, a negative result can also be obtained at a very early stage of the disease, ie before the patient's body was able to produce specific antibodies. Further serological monitoring, taking into account whether a detected antibody belongs to a particular immunoglobulin class, can help to monitor the course of the disease and to differentiate an acute from a previous infection or vaccination. For example, a low level of IgG that persists for months or years suggests that there was a past infection or that vaccination was present.
Wenn ein Test erstmalig entwickelt und validiert wird, kann der Zeitpunkt, zu dem ein Antikörper nach einer Infektion mit einem neuen Virus erstmalig produziert wird und nachweisbar ist, nicht vorhergesagt werden, weil er von einer Vielzahl von Faktoren abhängig ist, darunter dem Virus selbst, dem Ausmaß seiner Immunogenizität, dem Patienten und seinem Immunsystem, das z. B. supprimiert oder überstimuliert sein kann, der Immunglobulin-Klasse des interessierenden Antikörpers und dem Zielantigen, das für die Entwicklung des diagnostischen Tests ausgewählt wurde.When a test is first developed and validated, the time at which an antibody will first be produced and detectable after infection with a new virus cannot be predicted because it depends on a variety of factors, including the virus itself, the extent of his immunogenicity, the patient and his immune system, e.g. B. suppressed or overstimulated, the immunoglobulin class of the antibody of interest and the target antigen selected for the development of the diagnostic test.
Zudem sind die Spezifität und Sensitivität solcher Tests entscheidend. Z. B. kann eine Gruppe von Viren, z. B. Flaviviren, Antigene mit einem Epitop mit konservierter Aminosäuresequenz gemein haben. Der Nachweis eines Antikörpers gegen ein solches Epitop zeigt dann nicht an, welche Art von Virus nachgewiesen wurde. Z. B. wäre es unmöglich, zwischen dem Langat-Flavivirus, das mit keiner bekannten Krankheit bei Menschen assoziiert ist, und dem Dengue-Flavivirus zu unterscheiden, das schwere Dengue, eine lebensbedrohliche Krankheit auslösen kann. Was die Sensitivität angeht, kann die Konzentration eines Antikörpers, der als Indikator der Infektion in Betracht gezogen wird, zu niedrig für einen Nachweis im Routine-Diagnostikbetrieb sein.In addition, the specificity and sensitivity of such tests are crucial. For example, a group of viruses, e.g. B. Flaviviruses, antigens with an epitope with a conserved amino acid sequence have in common. The detection of an antibody against such an epitope then does not indicate which type of virus was detected. For example, it would be impossible to distinguish between langat flavivirus, which is not associated with any known disease in humans, and dengue flavivirus, which can cause severe dengue, a life-threatening disease. In terms of sensitivity, the concentration of an antibody that is considered as an indicator of infection may be too low to be detected in routine diagnostic operations.
Daher besteht ein der vorliegenden Erfindung zu Grunde liegendes Problem darin, einen Test und Reagenzien zum frühen serologischen Nachweis von SARS-CoV-2 bereitzustellen.Therefore, a problem underlying the present invention is to provide a test and reagents for the early serological detection of SARS-CoV-2.
Ein weiteres der vorliegenden Erfindung zu Grunde liegendes Problem besteht darin, einen Test bereitzustellen, der verwendet werden kann, um Infektionen mit bekannten Coronaviren zu unterscheiden.Another problem on which the present invention is based is to provide a test which can be used to distinguish infections with known coronaviruses.
Ein weiteres der vorliegenden Erfindung zu Grunde liegendes Problem besteht darin, einen Test mit hoher optimierter Zuverlässigkeit bereitzustellen, insbesondere mit Hinblick auf Sensitivität und/oder Spezifität, bevorzugt Sensitivität, über einen langen Zeitraum.Another problem on which the present invention is based consists in providing a test with a high level of optimized reliability, in particular with regard to sensitivity and / or specificity, preferably sensitivity, over a long period of time.
Hsueh et al., berichteten, dass Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgG bereits vier Tage nach Ausbruch einer SARS-Infektion nachgewiesen werden konnten, zum gleichen Zeitpunkt oder einen Tag früher als Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgM und IgA (
Die Probleme werden durch den Gegenstand der unabhängigen und abhängigen Ansprüche gelöst.The problems are solved by the subject matter of the independent and dependent claims.
In einem ersten Aspekt wird das Problem durch ein Verfahren zum Diagnostizieren einer SARS-CoV-2-Infektion gelöst, umfassend den Schritt Nachweisen der Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1, bevorzugt eines Antikörpers der Immunglobulin-Klassen IgM, IgG und/oder IgA, bevorzugter ein Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA, in einer Probe von einem Subjekt.In a first aspect, the problem is solved by a method for diagnosing a SARS-CoV-2 infection, comprising the step of detecting the presence or absence of an antibody against SEQ ID NO1, preferably an antibody of the immunoglobulin classes IgM, IgG and / or IgA, more preferably an antibody of the immunoglobulin class IgA, in a sample from a subject.
In einem zweiten Aspekt wird das Problem gelöst durch ein Verfahren zur Differentialdiagnose einer Coronavirusinfektion, bevorzugt zum Unterscheiden einer SARS-CoV; bevorzugt SARS-CoV-2-; MERS-, NL63-, 229E-, OC43- und HKU1-Infektion, umfassend den Schritt Nachweisen der Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1 in einer Probe von einem Subjekt, bevorzugt eines Antikörpers der Immunglobulin-Klassen IgA und/oder IgG, bevorzugter eines Antikörpers der Immunglobulin-Klasse IgA.In a second aspect, the problem is solved by a method for differential diagnosis of a coronavirus infection, preferably for differentiating a SARS-CoV; preferably SARS-CoV-2-; MERS, NL63, 229E, OC43 and HKU1 infection, comprising the step of detecting the presence or absence of an antibody against SEQ ID NO1 in a sample from a subject, preferably an antibody of the immunoglobulin classes IgA and / or IgG, more preferably an antibody of the immunoglobulin class IgA.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Anwesenheit eines Antikörpers der Immunglobulin-Klassen IgG und/oder IgM gegen SEQ ID NO1 zusätzlich zu der eines Antikörpers der Immunglobulin-Klasse A gegen SEQ ID NO1 nachgewiesen.In a preferred embodiment, the presence of an antibody of the immunoglobulin classes IgG and / or IgM against SEQ ID NO1 is detected in addition to that of an antibody of the immunoglobulin class A against SEQ ID NO1.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Probe eine Blutprobe, bevorzugt aus der Gruppe umfassend Vollblut, Serum, Kapillarblut oder Plasma. Das Kapillarblut liegt bevorzugt in Form eines Dried Blot Spot vor, der, von dem Patienten zubereitet und zum Labor geschickt werden kann, gefolgt von der Extraktion des Blutes.In a preferred embodiment, the sample is a blood sample, preferably from the group comprising whole blood, serum, capillary blood or plasma. The capillary blood is preferably in the form of a third blot spot, which can be prepared by the patient and sent to the laboratory, followed by the extraction of the blood.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird der Antikörper unter Verwendung eines markierten sekundären Antikörpers nachgewiesen, der bevorzugt an Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG oder IgM bindet.In a preferred embodiment, the antibody is detected using a labeled secondary antibody which preferably binds to antibodies of the immunoglobulin classes IgA, IgG or IgM.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird der Antikörper, bevorzugt ein Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG oder IgM, unter Verwendung eines Verfahrens nachgewiesen, das aus der Gruppe ausgewählt ist, die Kolorimetrie, Immunfluoreszenz, Nachweis von enzymatischer Aktivität, Chemilumineszenz und Radioaktivität umfasst.In a preferred embodiment, the antibody, preferably an antibody of the immunoglobulin classes IgA, IgG or IgM, is detected using a method selected from the group comprising colorimetry, immunofluorescence, detection of enzymatic activity, chemiluminescence and radioactivity.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Infektion in einer frühen Phase nachgewiesen.In a preferred embodiment, the infection is detected in an early phase.
In einem dritten Aspekt wird das Problem durch die Verwendung eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1, bevorzugt eines Antikörpers der Immunglobulin-Klasse IgA, zum Diagnostizieren einer SARS-CoV-2-Infektion oder zur Differenzialdiagnose einer Coronavirus-Infektion gelöst, bevorzugt zum Unterscheiden einer SARS-CoV-2-, MERS-, NL63-, 229E-, OC43- und HKU1-Infektion.In a third aspect, the problem is solved by using an antibody against SEQ ID NO1, preferably an antibody of the immunoglobulin class IgA, for diagnosing a SARS-CoV-2 infection or for the differential diagnosis of a coronavirus infection, preferably to differentiate a SARS -CoV-2, MERS, NL63, 229E, OC43 and HKU1 infection.
In einer bevorzugten Ausführungsform liegt eine Verwendung zur frühen Diagnose der Infektion einer SARS-CoV-2-Infektion vor.In a preferred embodiment there is a use for the early diagnosis of the infection of a SARS-CoV-2 infection.
In einem vierten Aspekt wird das Problem durch ein Kit gelöst, das ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon, bevorzugt beschichtet auf einem diagnostisch nützlichen Träger, und ein oder mehr als einen Reagenz, bevorzugt alle Reagenzien aus der Gruppe umfasst, die einen Antikörper gegen SEQ ID NO1, einen Waschpuffer, ein Mittel zum Nachweisen der Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1, bevorzugt eines Antikörpers der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG und/oder IgM, bevorzugt einen sekundären Antikörper, der spezifisch gegen Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG und/oder IgM bindet, bevorzugt umfassend eine nachweisbare Markierung, und einen Verdünnungspuffer.In a fourth aspect, the problem is solved by a kit which comprises a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof, preferably coated on a diagnostically useful carrier, and one or more than one reagent, preferably all reagents from the group comprising one Antibodies against SEQ ID NO1, a washing buffer, a means for detecting the presence or absence of an antibody against SEQ ID NO1, preferably an antibody of the immunoglobulin classes IgA, IgG and / or IgM, preferably a secondary antibody that is specific against antibodies of the immunoglobulin -Class IgA, IgG and / or IgM binds, preferably comprising a detectable label, and a dilution buffer.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist der diagnostisch nützliche Träger aus der Gruppe ausgewählt, die einen Bead, bevorzugt einen magnetischen Bead, einen Teststreifen, eine Mikrotiterplatte, eine Membran, bevorzugt aus der Gruppe umfassend Westernblot, Lineblot und Dotblot, eine Lateral-Flow-Vorrichtung, eine Glasoberfläche, einen Mikroskopieträger, einen Mikroarray, eine Chromatographiesäule und einen Biochip umfasst und bevorzugt eine Mikrotiterplatte ist.In a preferred embodiment, the diagnostically useful carrier is selected from the group comprising a bead, preferably a magnetic bead, a test strip, a microtiter plate, a membrane, preferably from the group comprising Western blot, line blot and dot blot, a lateral flow device, a glass surface, a microscope carrier, a microarray, a chromatography column and a biochip and is preferably a microtiter plate.
In einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Kit zwei oder mehr als zwei, bevorzugt drei oder mehr als drei Kalibratoren.In a preferred embodiment, the kit comprises two or more than two, preferably three or more than three calibrators.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist der Kalibrator ein rekombinanter Antikörper, der gegen SEQ ID NO1 bindet, und der bevorzugt von einem sekundären Antikörper erkannt wird, der an Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA, IgG und/oder IgM bindet.In a preferred embodiment, the calibrator is a recombinant antibody which binds against SEQ ID NO1 and which is preferably recognized by a secondary antibody which binds to antibodies of the immunoglobulin class IgA, IgG and / or IgM.
In einem sechsten Aspekt wird das Problem gelöst durch die Verwendung eines Polypeptides umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon oder eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1, bevorzugt eines Antikörpers der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG und/oder IgM, zur Herstellung eines diagnostischen Kits.In a sixth aspect, the problem is solved by using a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof or an antibody against SEQ ID NO1, preferably an antibody of the immunoglobulin classes IgA, IgG and / or IgM, for producing a diagnostic kit.
In einem siebten Aspekt wird das Problem durch eine Verwendung eines rekombinanten Antikörpers gelöst, der gegen SEQ ID NO1 bindet, der bevorzugt von einem sekundären Antikörper erkannt wird, welcher gegen Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG und/oder IgM bindet, als Kalibrator zur Frühdiagnose einer SARS-CoV-2-Infektion.In a seventh aspect, the problem is solved by using a recombinant antibody that binds against SEQ ID NO1, which is preferably recognized by a secondary antibody that binds against antibodies of the immunoglobulin classes IgA, IgG and / or IgM, as a calibrator Early diagnosis of SARS-CoV-2 infection.
Verschiedene Antigene und Antikörper wurden als Grundlage für den immunologischen Nachweis von Coronaviren verwendet, darunter das ganze Virus oder jedes der Strukturproteine oder Fragmente davon, genauso wie Antikörper, die gegen all diese Antigene binden.Various antigens and antibodies have been used as the basis for the immunological detection of coronaviruses, including the whole virus or any of the structural proteins or fragments thereof, as well as antibodies that bind against all of these antigens.
Die vorliegende Erfindung basiert auf der überraschenden Erkenntnis der Erfinder, dass Antikörper gegen SEQ ID NO1, der S1-Domäne des S-Proteins, während einer Frühphase der Infektion nachgewiesen werden können. Sie können nachgewiesen werden, um die Anwesenheit einer Infektion in einer Frühphase der Infektion zu bestimmen, vor oder wenigstens kurz bevor PCR-basierte Tests beginnen, für viele Patienten falsch-negative Ergebnisse ergeben.The present invention is based on the surprising finding of the inventors that antibodies against SEQ ID NO1, the S1 domain of the S protein, can be detected during an early phase of the infection. They can be used to determine the presence of an infection at an early stage of the infection, before or at least just before PCR-based tests begin, giving false negative results for many patients.
Weiterhin basiert die vorliegende Erfindung auf der überraschenden Erkenntnis, dass Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA gegen SARS-CoV-2-Antigene wie S1- und N-Protein in vielen Patienten früher als andere Antikörper wie Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgG nachgewiesen werden können, auch in einer Subpopulation von Patienten, denen es an nachweisbaren Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgM fehlt.Furthermore, the present invention is based on the surprising finding that antibodies of the immunoglobulin class IgA against SARS-CoV-2 antigens such as S1 and N protein can be detected in many patients earlier than other antibodies such as antibodies of the immunoglobulin class IgG, also in a subpopulation of patients who lack detectable antibodies of the immunoglobulin class IgM.
Weiterhin basiert die Erfindung auf der überraschenden Erkenntnis, dass Antikörper gegen SEQ ID NO1 länger persistieren und über einen längeren Zeitraum als Antikörper gegen das SARS-CoV-2-N-Protein nachweisbar sind.Furthermore, the invention is based on the surprising finding that antibodies against SEQ ID NO1 persist longer and can be detected over a longer period of time than antibodies against the SARS-CoV-2-N protein.
Weiterhin besteht eine überraschend geringe Kreuzreaktivität mit einer Reihe von Antikörpern in Proben von Patienten, die mit anderen Coronaviren als SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2 infiziert sind, was die überraschende Spezifität des Nachweises von Antikörpern gegen SEQ ID NO1 erklärt.Furthermore, there is a surprisingly low cross-reactivity with a number of antibodies in samples from patients who are infected with coronaviruses other than SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2, which explains the surprising specificity of the detection of antibodies against SEQ ID NO1.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist der Begriff „Diagnose“, wie hierin verwendet, in seinem breitestmöglichen Sinn zu verwenden und kann jede Art von Vorgehensweise bedeuten, die darauf abzielt, Informationen zu erlangen, die für die Einschätzung, ob ein Patient in der Vergangenheit, zur Zeit der Diagnose oder in der Zukunft, an einer bestimmten Krankheit oder Störung leidet oder leiden wird oder wahrscheinlich oder mit höherer Wahrscheinlichkeit als ein durchschnittliches Subjekt oder Vergleichssubjekt daran leidet oder leiden wird, wobei das Vergleichssubjekt vorzugsweise ähnliche Symptome aufweist, oder hilfreich ist, um herauszufinden, wie die Krankheit fortschreitet oder in der Zukunft wahrscheinlich fortschreiten wird, oder um das Ansprechen eines Patienten oder von Patienten im Allgemeinen mit Hinblick auf eine bestimmte Behandlung, bevorzugt eine Impfung, zu evaluieren, oder um herauszufinden, ob eine Probe von einem solchen Patienten stammt. Solche Informationen können für eine klinische Diagnose verwendet werden, aber können auch von einem Experimental- und/oder Forschungslabor zum Zweck von allgemeiner Forschung erhalten werden, z. B. um den Anteil an Subjekten, die an der Krankheit leiden, in einer Patientenkohorte oder in einer Population als Teil epidemiologischer Studien zu bestimmen. In anderen Worten umfasst der Begriff „Diagnose“ nicht nur das Diagnostizieren, sondern auch das Prognostizieren und/oder das Überwachen des Verlaufs einer Krankheit oder Störung, umfassend das Überwachen der Reaktion von einem oder mehr als einem Patienten auf die Verabreichung eines Wirkstoffes oder eines Wirkstoffkandidaten, z. B. um dessen Wirksamkeit zu bestimmen. Während das Ergebnis einem spezifischen Patienten für klinische diagnostische Anwendungen zugeordnet und einem Arzt oder einer Einrichtung mitgeteilt werden kann, die den Patienten behandelt, ist dies für andere Anwendungen nicht notwendigerweise der Fall, z. B. bei der Diagnostik für Forschungszwecke, wo es ausreichend sein kann, die Ergebnisse einer Probe von einem anonymisierten Patienten zuzuordnen. Bevorzugt ist die Krankheit eine SARS-Infektion umfassend SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2, bevorzugter eine SARS-CoV-2-Infektion.In a preferred embodiment, the term "diagnosis" as used herein is to be used in its broadest sense and can mean any type of procedure aimed at obtaining information useful for assessing whether a patient has a history of At the time of diagnosis or in the future, suffers or will suffer from a particular disease or disorder, or is likely or more likely than an average subject or comparative subject to suffer or will suffer from it, the comparative subject preferably having similar symptoms or being helpful to find out how the disease is progressing or is likely to progress in the future, or to evaluate the response of a patient, or patients in general, to a particular treatment, preferably vaccination, or to find out whether a sample is from such a patient . Such information can be used for clinical diagnosis, but can also be obtained from an experimental and / or research laboratory for the purpose of general research, e.g. B. to determine the proportion of subjects suffering from the disease in a patient cohort or in a population as part of epidemiological studies. In other words, the term “diagnosis” encompasses not only diagnosing, but also prognosticating and / or monitoring the course of a disease or disorder, including monitoring the response of one or more than one patient to the administration of an active substance or an active substance candidate , e.g. B. to determine its effectiveness. While the result may be assigned to a specific patient for clinical diagnostic applications and communicated to a physician or facility treating the patient, it may not necessarily be the case for other applications, e.g. B. in diagnostics for research purposes, where it may be sufficient to assign the results to a sample from an anonymized patient. Preferably the disease is a SARS infection comprising SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2, more preferably a SARS-CoV-2 infection.
In einer bevorzugten Ausführungsform können die Verfahren und Produkte gemäß der vorliegenden Erfindung für Interaktionsstudien verwendet werden, umfassend das Bestimmen, ob ein Wirkstoffkandidat oder eine andere Verbindung, umfassend einen Impfstoffkandidaten oder eine Verbindung aus einem Körper wie ein blockierender Antikörper vorhanden ist und das Binden eines Antikörpers an SARS-CoV-2 stören oder irgendeinen nachfolgenden Prozess beeinflussen kann. In einer bevorzugten Ausführungsform können sie für das Überwachen der Immunantwort verwendet werden, bevorzugter das Erscheinen und/oder die Konzentration von Antikörpern gegen ein Polypeptid umfassend, bevorzugt bestehend aus SEQ ID NO1, nach der Verabreichung einer immunogenen Zusammensetzung umfassend SEQ ID NO1 oder eine immunogene Variante davon, z. B. an ein Säugetier, bei dem es sich um ein anderes Säugetier als einen Menschen handeln kann, wie beispielsweise ein Versuchstier.In a preferred embodiment, the methods and products according to the present invention can be used for interaction studies, comprising determining whether a drug candidate or other compound, including a vaccine candidate or a compound from a body such as a blocking antibody, is present and binding an antibody interfere with SARS-CoV-2 or influence any subsequent process. In a preferred embodiment, they can be used for monitoring the immune response, more preferably the appearance and / or concentration of antibodies to a polypeptide comprising, preferably consisting of SEQ ID NO1, after the administration of an immunogenic composition comprising SEQ ID NO1 or an immunogenic variant of which, e.g. B. to a mammal, which may be a mammal other than a human, such as an experimental animal.
Das Subjekt leidet wahrscheinlich oder wahrscheinlicher an einer SARS-CoV-2-Infektion, wenn ein Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA und/oder IgG und/oder IgM gegen SEQ ID NO1 in einer Probe von dem Subjekt nachgewiesen werden kann. Der Fachmann ist mit der Interpretation von Ergebnissen, die die Anwesenheit von Antikörpern widerspiegeln, vertraut (z. B. Doerr, H. W., and Gerlich, W., Medizinische Virologie: Grundlagen, Diagnostik, Prävention und Therapie, Thieme 2010, z. B.
Die Probe stammt bevorzugt von einem Säugetier, bevorzugter von einem Menschen.The sample is preferably from a mammal, more preferably from a human.
Daher impliziert der Begriff „Diagnose“ bevorzugterweise nicht, dass die diagnostischen Verfahren oder Agenzien gemäß der vorliegenden Erfindung definitiv und ausreichend sind, um die endgültige Diagnose auf Basis eines einzelnen Tests, geschweige denn Parameters, zu stellen, aber bedeutet einen Beitrag zu einer Vorgehensweise, die als „Differenzialdiagnose“ bezeichnet wird, das heißt eine systematische diagnostische Vorgehensweise, bei der die Wahrscheinlichkeit einer Reihe von möglichen Krankheiten auf der Basis einer Reihe von diagnostischen Parametern in Betracht gezogen wird. Erfindungsgemäß kann unterschieden werden, ob ein Patient, bevorzugt einer, der bereits unter Verdacht steht, unter einer Coronavirusinfektion zu leiden, unter einer SARS-, bevorzugt SARS-CoV-1- und/oder SARS-CoV-2-Infektion, oder unter einer anderen Coronavirusinfektion leidet, bevorzugt mit einem Coronavirus aus der Gruppe umfassend MERS, NL63, 229E, OC43 und HKU1. Z. B. könnte ein Patient anfänglich aufgrund einer möglichen Exponierung in einer Risikoumgebung und/oder basierend auf üblichen Symptomen wie beispielsweise Fieber, Husten oder Kurzatmigkeit unter dem Verdacht stehen, an einer Coronavirusinfektion zu leiden. Eine PCR und/oder ein Immuntest kann anschließend durchgeführt werden. Wenn die PCR negativ ist, z. B. weil die Probe später als eine Woche nach der Infektion abgenommen wurde, kann das erfindungsgemäße Verfahren verwendet werden, um die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1 nachzuweisen. Zusätzlich kann die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen ein Antigen von einem anderen Coronavirus nachgewiesen werden, bevorzugt aus der Gruppe umfassend SARS-CoV-1, MERS, NL63, 229E, OC43 und HKU1, bevorzugt MERS, NL63, 229E, OC43 und HKU1. Antikörper, bevorzugt Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA, IgG und/oder IgM gegen Homologe von SEQ ID NO1 von SARS-CoV-2 können nachgewiesen werden. Basierend auf spezifischen klinischen Symptomen wie Kopfschmerzen und Körperschmerzen, die eher charakteristisch für SARS-CoV-1 sind, oder dem Verlust des Geschmacks- oder Geruchsinnes oder angeschwollenem Rachen, die eher charakteristisch für SARS-CoV-2 sind, kann die Diagnose möglicherweise endgültig gestellt werden. Eine Unterscheidung zwischen SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2 ist möglich basierend auf der unterschiedlichen zeitaufgelösten Immunglobulin-Klassen-Signatur, insbesondere dem späteren Erscheinen von Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgA in SARS-CoV-1 (
In einer bevorzugten Ausführungsform bedeutet der Begriff „SARS-CoV-2“, wie hierin verwendet, ein Virus, das durch das Genom charakterisiert ist, wie es in der Datenbank GenBank unter der Zugangsnummer
In einer bevorzugten Ausführungsform bedeutet der Begriff „Diagnose“, dass das Verfahren oder Produkt oder die Verwendung verwendet werden kann, um die Diagnose einer Krankheit oder das Identifizieren eines Subjektes mit einem Risiko an der Krankheit zu leiden, unterstützen kann. Der Begriff „Diagnose“ kann auch ein Verfahren oder ein Agens bedeuten, das verwendet wird, um das vielversprechendste Behandlungsregime für einen Patienten zu wählen. In anderen Worten kann das Verfahren oder das Agens das Auswählen eines Behandlungsregimes für ein Subjekt betreffen.In a preferred embodiment, the term "diagnosis" means that the method or product or use can be used to aid in the diagnosis of a disease or the identification of a subject at risk of suffering from the disease. The term "diagnosis" can also mean a method or agent that is used to select the most promising treatment regimen for a patient. In other words, the method or agent may involve selecting a treatment regimen for a subject.
In einer bevorzugten Ausführungsform umfasst das Verfahren gemäß der vorliegenden Erfindung den Schritt Bereitstellen des diagnostisch nützlichen Trägers und einer Probe von einem Patienten, der unter Verdacht steht, infiziert zu sein, bevorzugt einem Säugetier-Patienten, bevorzugter einem menschlichen Patienten. Der Träger ist mit dem Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder einer Variante davon beschichtet. Der Träger kann anschließend mit der Probe und unter Bedingung kontaktiert werden, die das Binden irgendwelcher Antikörper an das Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon umfassen. Die Probe kann anschließend entfernt werden, und der Träger mit dem Polypeptid kann gewaschen werden, um irgendwelche Reste der Probe zu entfernen. Ein sekundärer Antikörper oder ähnliches Reagenz oder Mittel, das an den Antikörper bindet und eine nachweisbare Markierung trägt, kann anschließend mit dem Träger unter Bedingungen kontaktiert werden, die die Bildung eines Komplexes zwischen irgendeinem gebundenem Antikörper und dem sekundären Antikörper gestatten. Der Träger kann anschließend gewaschen werden, um nicht gebundenen sekundären Antikörper zu entfernen. Schließlich kann die Anwesenheit des Antikörpers nachgewiesen werden, indem überprüft wird, ob der sekundäre Antikörper nachgewiesen werden kann.In a preferred embodiment, the method according to the present invention comprises the step of providing the diagnostically useful carrier and a sample from a patient suspected of being infected, preferably a mammalian patient, more preferably a human patient. The carrier is coated with the polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof. The carrier can then be contacted with the sample and under conditions which include binding of any antibodies to the polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof. The sample can then be removed and the support with the polypeptide washed to remove any residue of the sample. A secondary antibody or like reagent or agent which binds to the antibody and bears a detectable label can then be contacted with the support under conditions which permit the formation of a complex between any bound antibody and the secondary antibody. The support can then be washed to remove unbound secondary antibody. Finally, the presence of the antibody can be detected by checking that the secondary antibody can be detected.
In einer bevorzugten Ausführungsform bedeutet der Begriff „SARS-CoV-2-lnfektion“ oder ähnliche Begriffe, wie hierin verwendet, eine Infektion eines Subjektes, bevorzugt eines Menschen, mit SARS-CoV-2, d.h. die Anwesenheit des Virus, wenigstens zeitweilig, im Körper des Subjektes, bevorzugter mit nachweisbaren Konzentrationen des Virus selbst und/oder von einem oder mehr als einem Biomarker aus der Gruppe umfassend ein SARS-CoV-2-Polypeptid aus der Gruppe umfassend die Strukturproteine, insbesondere S- und N-Protein, bevorzugter S1-Protein, und Antikörper, die an sie binden, oder eine Nukleinsäure, die letztere nachweisbar durch PCR. Das Subjekt kann klinische Symptome aufweisen, bevorzugt ein oder mehr als ein, bevorzugter alle Symptome aus der Gruppe umfassend Fieber, Müdigkeit, trockener Husten, Nasenverstopfung, triefende Nase und angeschwollener Rachen. Schwerere Symptome umfassen Atembeschwerden, Brustschmerzen oder Druck auf der Brust und plötzliche Verwirrung. Die Krankheit kann zu Komplikationen wie Lungenentzündung, akutem respiratorischen Distress-Syndrom, Sepsis, septischem Schock und Nierenversagen führen. Jedoch haben viele infizierte Subjekte milde Symptome und sind sich ihrer Infektion möglicherweise nicht einmal bewusst.In a preferred embodiment, the term "SARS-CoV-2 infection" or similar terms as used herein means infection of a subject, preferably a human, with SARS-CoV-2, i. the presence of the virus, at least temporarily, in the body of the subject, more preferably with detectable concentrations of the virus itself and / or of one or more than one biomarker from the group comprising a SARS-CoV-2 polypeptide from the group comprising the structural proteins, in particular S and N protein, more preferably S1 protein, and antibodies that bind to them, or a nucleic acid, the latter being detectable by PCR. The subject may have clinical symptoms, preferably one or more than one, more preferably all symptoms from the group comprising fever, fatigue, dry cough, nasal congestion, runny nose and swollen throat. More severe symptoms include difficulty breathing, chest pain or pressure, and sudden confusion. The disease can lead to complications such as pneumonia, acute respiratory distress syndrome, sepsis, septic shock, and kidney failure. However, many infected subjects have mild symptoms and may not even be aware of their infection.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird das Verfahren mehr als einmal verwendet, um Proben des gleichen Patienten zu untersuchen, bevorzugt an verschiedenen Tagen. Z. B. kann die Anwesenheit oder Abwesenheit von Antikörpern täglich über eine oder zwei Wochen untersucht werden. In einer bevorzugten Ausführungsform werden wenigstens 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 oder 10 Proben an unterschiedlichen Tagen untersucht. In einer bevorzugten Ausführungsform werden Proben über einen Zeitraum von wenigstens 2, 3, 4, 6, 8, 12, oder 16 Wochen abgenommen.In a preferred embodiment, the method is used more than once to examine samples from the same patient, preferably on different days. For example, the presence or absence of antibodies can be examined daily for a week or two. In a preferred embodiment, at least 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 or 10 samples are examined on different days. In a preferred embodiment, samples are taken over a period of at least 2, 3, 4, 6, 8, 12 or 16 weeks.
Die Verfahren und Reagenzien gemäß der vorliegenden Erfindung können auch verwendet werden, um die Wirksamkeit und Nützlichkeit eines antiviralen Wirkstoffes oder Impfstoffes oder Impfstoffkandidaten zu untersuchen. Ein Impfstoff kann nützlich sein, wenn die Anwesenheit, bevorzugt das Zunehmen der Konzentration eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1 nachgewiesen wird. Ein antiviraler Wirkstoff kann nützlich sein, wenn die Abwesenheit oder ein Abfall der Konzentration von Antikörpern gegen SEQ ID NO1, bevorzugt der Immunglobulin-Klassen IgA, IgM oder IgG anzeigt, dass der Patient nicht länger unter einer akuten Infektion leidet oder dabei ist, sich von einer akuten Infektion zu erholen.The methods and reagents according to the present invention can also be used to study the efficacy and utility of an antiviral agent or vaccine or vaccine candidate. A vaccine can be useful when the presence, preferably the increase in concentration, of an antibody to SEQ ID NO1 is detected. An antiviral agent can be useful when the absence or a decrease in the concentration of antibodies against SEQ ID NO1, preferably of the immunoglobulin classes IgA, IgM or IgG, indicates that the patient is no longer suffering from an acute infection or is in the process of getting away from it recover from an acute infection.
Das Verfahren und die Reagenzien gemäß der vorliegenden Erfindung können auch verwendet werden, um zu screenen, ob gespendetes Blut mit einem Coronavirus kontaminiert ist oder ob ein Blutspender Antikörper gegen SARS-CoV-2 produziert, bevorzugt SEQ ID NO1, die aus seinem gespendeten Blut entnommen werden können, z. B. für therapeutische Verwendungen. Nach dem Nachweis der Anwesenheit oder Abwesenheit von Antikörpern der Immunglobulin-Klassen IgG, IgM und/oder IgA, bevorzugt IgG und IgA, noch bevorzugter IgA, gegen SEQ ID NO1, kann ein Antikörper gegen SARS-CoV-2, bevorzugt SEQ ID NO1, aus dem aufgereinigten Blut des Blutspenders aufgereinigt werden, z. B. durch Affinitätschromatographie, durch Kontaktieren des Trägers gemäß der vorliegenden Erfindung mit dem gespendeten Blut unter Bedingungen, die mit der Bildung eines Komplexes umfassend den Antikörper gegen SEQ ID NO1 und dem Träger kompatibel sind, dem Entfernen von verbliebenem gespendeten Blut und dem Abtrennen des Antikörpers von dem Träger. In einer bevorzugten Ausführungsform ist gespendetes Blut aus der Gruppe umfassend rote Blutzellen, Plasma, Blutplättchen und Vollblut ausgewählt, und kann ein Antigerinnungsreagenz umfassen. Zudem kann eine Verbindung anwesend sein, die aus der Gruppe umfassend Citrat, Phosphat, Dextrose und Adenin ausgewählt ist, bevorzugt alle dieser Verbindungen.The method and the reagents according to the present invention can also be used to screen whether donated blood is contaminated with a coronavirus or whether a blood donor produces antibodies against SARS-CoV-2, preferably SEQ ID NO1, from his donated blood can be taken, e.g. B. for therapeutic uses. After detecting the presence or absence of antibodies of the immunoglobulin classes IgG, IgM and / or IgA, preferably IgG and IgA, even more preferably IgA, against SEQ ID NO1, an antibody against SARS-CoV-2, preferably SEQ ID NO1, be purified from the purified blood of the blood donor, e.g. By affinity chromatography, by contacting the carrier according to the present invention with the donated blood under conditions compatible with the formation of a complex comprising the antibody to SEQ ID NO1 and the carrier, removing remaining donated blood and separating the antibody from the carrier. In a preferred embodiment, donated blood is selected from the group comprising red blood cells, plasma, platelets and whole blood, and can comprise an anticoagulant reagent. In addition, a compound can be present which is selected from the group comprising citrate, phosphate, dextrose and adenine, preferably all of these compounds.
Ein nachzuweisender Antikörper bindet bevorzugt spezifisch an sein Target, noch bevorzugter SEQ ID NO1. Spezifische Bindung bedeutet bevorzugter Weise, dass die Bindungsreaktion stärker als eine Bindungsreaktion ist, die durch eine Dissziationskonstante von 1 × 10-5 M, bevorzugter 1 × 10-7 M, bevorzugter 1 × 10-8 M, bevorzugter 1 × 10-9 M, bevorzugter 1 × 10-10 M, bevorzugter 1 × 10-11 M, bevorzugter 1 × 10-12 M, charakterisiert ist wie durch Surface Plasmon Resonance unter Verwendung von Biacore-Ausrüstung bei 25 °C in PBS-Puffer bei pH 7 bestimmt wird.An antibody to be detected preferably binds specifically to its target, even more preferably SEQ ID NO1. Specific binding preferably means that the binding reaction is stronger than a binding reaction, which is determined by a dissciation constant of 1 × 10 -5 M, more preferably 1 × 10 -7 M, more preferably 1 × 10 -8 M, more preferably 1 × 10 -9 M , more preferably 1 × 10 -10 M, more preferably 1 × 10 -11 M, more preferably 1 × 10 -12 M, is characterized as determined by Surface Plasmon Resonance using Biacore equipment at 25 ° C in PBS buffer at
Die Lehre der vorliegenden Erfindung kann nicht nur unter Verwendung von Polypeptiden ausgeführt werden, die die genauen Sequenzen aufweisen, auf die in dieser Anmeldung Bezug genommen wird, wie beispielsweise SEQ ID NO1, beispielsweise durch Funktion, Name, Sequenz oder Zugangsnummer, oder implizit, sondern auch unter Verwendung von Varianten solcher Polypeptide.The teaching of the present invention can be carried out not only using polypeptides which have the exact sequences referred to in this application, such as, for example, SEQ ID NO1, for example by function, name, sequence or accession number, or implicitly, but also using variants of such polypeptides.
In einer bevorzugten Ausführungsform bedeutet der Begriff „Variante“, wie hierin verwendet, wenigstens ein Fragment der Volllängen-Sequenz, auf die Bezug genommen wird, oder ein Polypeptid umfassend ein solches Fragment, spezifischer eine oder mehr als eine Aminosäure- oder Nukleinsäure-Sequenz, die relativ zur Volllängen-Sequenz an einem oder beiden Enden um eine oder mehr als eine Aminosäure verkürzt ist. Ein solches Fragment umfasst oder kodiert für ein Peptid, das wenigstens 10, 15, 25, 50, 75, 100, 150, 200, 250, 300, 400, 500 oder 600 aufeinanderfolgende Aminosäuren der Original-Sequenz umfasst, oder für eine Variante davon. Z. B. ist SEQ ID NO12 ein beispielhaftes Fragment, das verwendet werden kann.In a preferred embodiment, the term "variant" as used herein means at least one fragment of the full-length sequence referred to or a polypeptide comprising such a fragment, more specifically one or more than one amino acid or nucleic acid sequence, which is shortened by one or more than one amino acid at one or both ends relative to the full-length sequence. Such a fragment comprises or codes for a peptide which comprises at least 10, 15, 25, 50, 75, 100, 150, 200, 250, 300, 400, 500 or 600 consecutive amino acids of the original sequence, or for a variant thereof . For example, SEQ ID NO12 is an exemplary fragment that can be used.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform betrifft der Begriff „Variante“ nicht nur wenigstens ein Fragment, sondern auch ein Polypeptid oder Fragment davon, das Aminosäuresequenzen umfasst, bevorzugt ein Fragment umfassend wenigstens 25, bevorzugter 50, bevorzugter 200 aufeinanderfolgende Aminosäuren, die wenigstens zu 40, 50, 60, 70, 75, 80, 85, 90, 92, 94, 95, 96, 97, 98 oder 99 % identisch zur Aminosäuresequenz sind, auf die Bezug genommen wird, oder zu dem Fragment davon, wobei andere Aminosäuren als die für die biologische Aktivität, z. B. die Fähigkeit, spezifisch an einen interessierenden Antikörper zu binden, oder die Faltung oder Struktur des Polypeptides essenziellen Aminosäure deletiert oder substituiert sind und/oder eine oder mehr als eine solche essenzielle Aminosäure konservativ ersetzt ist und/oder Aminosäuren hinzugefügt oder deletiert sind, so dass die biologische Aktivität des Polypeptides wenigstens teilweise erhalten bleibt. Der Stand der Technik umfasst zahlreiche Verfahren, die verwendet werden können, um ein Alignment von zwei gegebenen Nukleinsäure- oder Aminosäure-Sequenzen zu erstellen und um das Ausmaß der Identität zu berechnen, siehe z. B.
SARS-CoV-2 betreffende Veröffentlichungen zu spezifischen Aminosäuresequenzen, wie beispielsweise Beal et al. können dem Fachmann dabei helfen, geeignete Varianten zu gestalten (
In einer bevorzugten Ausführungsform können Varianten zusätzliche chemische Modifikationen umfassen, z. B. Markierungen wie Isotopen-Markierungen oder nachweisbare Markierungen oder kovalente Markierungen wie Glykosylierung, Phosphorylierung, Acetylierung, Decarboxylierung, Citrullinierung, Hydroxylierung und dergleichen. Der Fachmann auf dem Gebiet ist mit Verfahren zur Modifikation von Polypeptiden vertraut. Darüber hinaus können auch Varianten durch Fusion mit anderen bekannten Polypeptiden oder Varianten davon, z. B. künstlichen Linkern, Affinitäts-Tags, anderen Antigenen und dergleichen erzeugt werden. Z. B. ist SEQ ID NO3 ein Fusionsprotein gemäß der vorliegenden Erfindung.In a preferred embodiment, variants may include additional chemical modifications, e.g. B. labels such as isotope labels or detectable labels or covalent labels such as glycosylation, phosphorylation, acetylation, decarboxylation, citrullination, hydroxylation and the like. Those skilled in the art are familiar with methods of modifying polypeptides. In addition, variants can also be created by fusion with other known polypeptides or variants thereof, e.g. B. artificial linkers, affinity tags, other antigens and the like. For example, SEQ ID NO3 is a fusion protein according to the present invention.
Gemäß der vorliegenden Erfindung kann eine medizinische oder diagnostische Vorrichtung wie der diagnostisch nützliche Träger durch Exprimieren einer rekombinanten Variante von SEQ ID NO1 umfassend ein Affinitäts-Tag, optional mit einem künstlichen Linker, der eine Protease-Spaltstelle umfassen kann, in einer Zelle wie einer eukaryontischen oder prokaryontischen Zelle, durch Kontaktieren der exprimierten Variante mit einem Liganden, der spezifisch an das Affinitäts-Tag bindet, wobei der Ligand an einer Festphase immobilisiert ist, durch Waschen der Festphase derart, dass nicht spezifisch gebundenes Material aus der Zelle entfernt wird, und durch Eluieren der exprimierten Variante von der Festphase, bevorzugt durch Hinzufügen eines Überschusses von nicht immobilisiertem Ligand hergestellt werden. Die Variante kann anschließend auf der Vorrichtung immobilisiert werden. Optional kann der Affinitäts-Tag durch Kontaktieren der Variante mit einer Protease entfernt werden, bevorzugt einer Protease, die die Protease-Spaltstelle erkennt, vor der Immobilisierung. Der Affinitäts-Tag kann aus der Gruppe von Tags ausgewählt werden, die 18A, ACP, Aldehyd, Avi, BCCP, Calmodulin, Chitin-bindendes Protein, E-Tag, ELK16, FLAG, Flash, Polyglutamat, Polyaspartat, GST, GFP, HA, Isope, Maltose-bindendes Protein, myc, nus, NE, ProtA, ProtC, Tho1d4, S-Tag, SnoopTag, SpyTag, SofTag, Streptavidin, Strep-tag II, T7-Epitop-Tag, TAP, TC, Thioredoxin, Ty, V5, VSV und Xpress-Tag umfasst. Nützliche Proteasen umfassen, sind aber nicht beschränkt auf TEV, Thrombin, Faktor Xa oder Enteropeptidase. Geeignete Linker sind Teil von Vektoren, z. B. aus der pET-Vektor-Serie (Novagen).According to the present invention, a medical or diagnostic device such as the diagnostically useful carrier by expressing a recombinant variant of SEQ ID NO1 comprising an affinity tag, optionally with an artificial linker, which may comprise a protease cleavage site, in a cell such as a eukaryotic or prokaryotic cell, by contacting the expressed variant with a ligand that specifically binds to the affinity tag, the ligand being immobilized on a solid phase, by washing the solid phase in such a way that non-specifically bound material is removed from the cell, and by Elute the expressed variant from the solid phase, preferably by adding an excess of non-immobilized ligand. The variant can then be immobilized on the device. Optionally, the affinity tag can be removed by contacting the variant with a protease, preferably a protease that recognizes the protease cleavage site, before the immobilization. The affinity tag can be selected from the group of tags that include 18A, ACP, aldehyde, Avi, BCCP, calmodulin, chitin-binding protein, E-tag, ELK16, FLAG, Flash, polyglutamate, polyaspartate, GST, GFP, HA , Isope, maltose-binding protein, myc, nus, NE, ProtA, ProtC, Tho1d4, S-Tag, SnoopTag, SpyTag, SofTag, Streptavidin, Strep-tag II, T7-Epitope-Tag, TAP, TC, Thioredoxin, Ty , V5, VSV and Xpress-Tag includes. Useful proteases include, but are not limited to, TEV, thrombin, factor Xa, or enteropeptidase. Suitable linkers are part of vectors, e.g. B. from the pET vector series (Novagen).
Die Variante des Polypeptides hat biologische Aktivität. In einer bevorzugten Ausführungsform handelt es sich bei einer derartigen biologischen Aktivität um die Fähigkeit, an den entsprechenden Antikörper zu binden. In einer bevorzugten Ausführungsform umfasst sie ein Epitop, das die Fähigkeit hat, an einen Antikörper gegen SEQ ID NO1 zu binden, oder die Variante hat selbst die Fähigkeit, an einen Antikörper gegen SEQ ID NO1 zu binden, bevorzugt einen Antikörper der Immungobulin-Klassen IgA, IgG oder IgM gegen SEQ ID NO1, bevorzugt aus einer Probe von einem Patienten, der unter SARS-CoV-2 leidet, wobei bevorzugter das Epitop eine Sequenz umfassend wenigstens 5, 6, 7, 8 oder 10 Aminosäurereste umfasst. Bevorzugter bindet es nicht spezifisch an Homologe von SEQ ID NO1 von anderen Coronaviren, bevorzugt aus der Gruppe umfassend MERS (SEQ ID NO6), NL63 (SEQ ID NO10), 229E (SEQ ID NO7), OC43 (SEQ ID NO8) und HKU1 (SEQ ID NO9), bevorzugter aus der Gruppe umfassend SARS-CoV-1 (SEQ ID NO11), MERS, NL63, 229E, OC43 und HKU1, wobei spezifisches Binden bevorzugt definiert und bestimmt wird, wie oben ausgeführt, unter Verwendung von Biacore-Ausrüstung.The variant of the polypeptide has biological activity. In a preferred embodiment, such biological activity is the ability to bind to the corresponding antibody. In a preferred embodiment, it comprises an epitope which has the ability to bind to an antibody against SEQ ID NO1, or the variant itself has the ability to bind to an antibody against SEQ ID NO1, preferably an antibody of the immunogobulin class IgA , IgG or IgM against SEQ ID NO1, preferably from a sample from a patient suffering from SARS-CoV-2, the epitope more preferably comprising a sequence comprising at least 5, 6, 7, 8 or 10 amino acid residues. More preferably it does not bind specifically to homologues of SEQ ID NO1 from other coronaviruses, preferably from the group comprising MERS (SEQ ID NO6), NL63 (SEQ ID NO10), 229E (SEQ ID NO7), OC43 (SEQ ID NO8) and HKU1 ( SEQ ID NO9), more preferably from the group comprising SARS-CoV-1 (SEQ ID NO11), MERS, NL63, 229E, OC43 and HKU1, with specific binding preferably being defined and determined as set out above using Biacore equipment .
Der Fachmann ist mit der Herstellung diagnostisch nützlicher Reagenzien basierend auf geeigneten Aminosäuresequenzen vertraut und in der Lage, sowohl lineare Peptide, z. B. durch chemische Synthese, und Polypeptide bereitzustellen, z. B. durch rekombinante Expression. Insbesondere ist dem Fachmann bewusst, dass sowohl Konformations- als auch sequenzielle Epitope existieren, und dass eine geeignete Strategie zur Expression und Aufreinigung gewählt werden muss, um ein diagnostisch nützliches Polypeptid zu erhalten, das verwendet werden kann, um einen Antikörper wie den Antikörper gegen SEQ ID NO1 nachzuweisen (z. B.
Der Nachweis des Antikörpers oder Komplexes für die Prognose, Diagnose, Verfahren oder das Kit gemäß der vorliegenden Erfindung umfasst die Verwendung eines Verfahrens ausgewählt aus der Gruppe umfassend Immundiffusionstechniken, immunelektrophoretische Techniken, Lichtstreuungs-Immuntests, Agglutinationstechniken, Immuntests mit Markierung wie beispielsweise aus der Gruppe umfassend radiomarkierte Immuntests, Enzym-Immuntests wie beispielsweise kolorimetrische Tests, Chemilumineszenz-Immuntests und Immunfluoreszenz-Techniken. In einer bevorzugten Ausführungsform wird der Komplex nachgewiesen unter Verwendung eines Verfahrens ausgewählt aus der Gruppe umfassend Immundiffusionstechniken, immunelektrophoretische Techniken, Lichtstreuungs-Immuntests, Agglutinationstechniken, markierte Immuntests aus der Gruppe umfassend radiomarkierte Immuntests, Chemilumineszenz-Immuntests und Immunfluoreszenz-Techniken. Der Fachmann auf dem Gebiet ist mit diesem Verfahren vertraut, und sie sind auch im Stand der Technik beschrieben, z. B. in
Bevorzugt ist ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon auf einer Festphase des Trägers immobilisiert. Es kann direkt auf der Festphase immobilisiert sein, wenn es mit der Probe kontaktiert wird, aber ein kompetitiver Test, ein capture bridge-Test, ein immunometrischer Test, ein klassenspezifischer sekundärer Antikörper auf der Festphase, ein class capture-Test, direkt oder indirekt, kann ebenfalls verwendet werden. Das Prinzip von jedem dieser Formate ist in The Immunassay Handbook, 3rd edition, edited by David Wild, Elsevier, 2005, ausführlich beschrieben. Bevorzugter ist die Festphase ein Teststreifen oder ein Well von einer Mikrotiterplatte für ELISA, bevorzugt ein Well einer Mikrotiterplatte für ELISA.A polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof is preferably immobilized on a solid phase of the carrier. It can be immobilized directly on the solid phase when it is contacted with the sample, but a competitive test, a capture bridge test, an immunometric test, a class-specific secondary antibody on the solid phase, a class capture test, directly or indirectly, can also be used. The principle of each of these formats, edition in The
Jedes Polypeptid, z. B. ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder ein sekundärer Antikörper, kann in jeder Form und in jedem Reinheitsgrad bereitgestellt werden, von Geweben, Flüssigkeiten und Zellen umfassend das Polypeptid in einer endogenen Form, bevorzugt Zellen, die das Polypeptid exprimieren, kruden oder angereicherte Lysaten solcher Zellen, bis zu aufgereinigtem und/oder isoliertem Polypeptid, das im Wesentlichen rein sein kann. In einer bevorzugten Ausführungsform ist das Polypeptid ein natives Polypeptid, wobei der Begriff „natives Polypeptid“, wie hierin verwendet, ein gefaltetes Polypeptid bedeutet, bevorzugter ein gefaltetes Polypeptid aufgereinigt aus Zellen, noch bevorzugter aus prokaryontischen oder eukaryontischen, bevorzugt Säugetier-Zellen. Es kann eine glykosylierte Form des Polypeptides verwendet werden. Sekundäre Antikörper sind bevorzugt rein, z. B. nach Reinigung basierend auf Protein A oder Protein G als Affinitätsligand. In einer bevorzugten Ausführungsform wird jegliches Polypeptid, das gemäß der vorliegenden Erfindung verwendet oder bereitgestellt wird, in einem gefalteten Zustand verwendet oder bereitgestellt, in Abwesenheit signifikanter Konzentrationen von denaturierenden Reagenzien, wie Thiol enthaltenen Verbindungen wie beispielsweise DTT.Any polypeptide, e.g. B. a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a secondary antibody, can be provided in any form and in any degree of purity, from tissues, fluids and cells comprising the polypeptide in an endogenous form, preferably cells expressing the polypeptide, crude or enriched lysates such cells, to purified and / or isolated polypeptide, which may be essentially pure. In a preferred embodiment, the polypeptide is a native polypeptide, the term “native polypeptide”, as used herein, meaning a folded polypeptide, more preferably a folded polypeptide purified from cells, even more preferably from prokaryotic or eukaryotic, preferably mammalian cells. A glycosylated form of the polypeptide can be used. Secondary antibodies are preferably pure, e.g. B. after purification based on protein A or protein G as affinity ligand. In a preferred embodiment, any polypeptide used or provided in accordance with the present invention is used or provided in a folded state, in the absence of significant concentrations of denaturing reagents such as thiol containing compounds such as DTT.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers der Immunglobulin-Klassen IgA, IgM und/oder IgG gegen SEQ ID NO1 nachgewiesen. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird lediglich die Anwesenheit oder Abwesenheit von IgA nachgewiesen. In einer weiteren Ausführungsform wird lediglich die Anwesenheit oder Abwesenheit von IgM detektiert. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird lediglich die Anwesenheit oder Abwesenheit von IgG nachgewiesen. In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Anwesenheit oder Abwesenheit von IgA und die Anwesenheit oder Abwesenheit von IgG nachgewiesen. Bevorzugter wird ein sekundärer Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA und ein sekundärer Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgG verwendet oder bereitgestellt, um dies zu tun.In a preferred embodiment, the presence or absence of an antibody of the immunoglobulin classes IgA, IgM and / or IgG against SEQ ID NO1 is detected. In a further preferred embodiment, only the presence or absence of IgA is detected. In a further embodiment, only the presence or absence of IgM is detected. In a further preferred embodiment, only the presence or absence of IgG is detected. In a preferred embodiment, the presence or absence of IgA and the presence or absence of IgG is detected. More preferably, an immunoglobulin class IgA secondary antibody and an immunoglobulin class IgG secondary antibody are used or provided to do so.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers, z. B. der Immunglobulin-Klassen IgA, IgM und IgG, gegen SEQ ID NO1, unter Verwendung eines Polypeptides umfassend SEQ ID NO1 oder einer Variante davon, nachgewiesen, aber das Polypeptid kann zusätzliche Sequenzen umfassen, bevorzugt künstliche Sequenzen oder z.B. Linker und/oder Affinitäts-Tags. Solche zusätzlichen Sequenzen sind jedoch derart ausgewählt, dass die Fähigkeit von SEQ ID NO1 oder einer Variante davon an den nachzuweisenden Antikörper spezifisch zu binden, oder die diagnostische Zuverlässigkeit, insbesondere Sensitivität und/oder Spezifität, nicht signifikant verändert wird. Z. B. sollte eine Domäne, die an SEQ ID NO1 oder ein Fragment davon bindet, nicht fusioniert oder anwesend sein. Gemäß der vorliegenden Erfindung kann ein sekundärer Antikörper, der Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA gegen ein SARS-CoV-2 Antigen nachweist, bevorzugt aus der Gruppe umfassend ein Antigen umfassend SEQ ID NO1, ein Antigen umfassend SEQ ID NO30, ein Antigen umfassend SEQ ID NO31 und ein Antigen umfassend SEQ ID NO33, für die Diagnose, bevorzugt Frühdiagnose einer SARS-CoV-2-Infektion verwendet werden.In a preferred embodiment, the presence or absence of an antibody, e.g. B. the immunoglobulin classes IgA, IgM and IgG, against SEQ ID NO1, using a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof, detected, but the polypeptide can comprise additional sequences, preferably artificial sequences or, for example, linkers and / or affinity -Tags. However, such additional sequences are selected such that the ability of SEQ ID NO1 or a variant thereof to specifically bind to the antibody to be detected, or the diagnostic reliability, in particular sensitivity and / or specificity, is not changed significantly. For example, a domain that binds to SEQ ID NO1 or a fragment thereof should not be fused or present. According to the present invention, a secondary antibody which detects antibodies of the immunoglobulin class IgA against a SARS-CoV-2 antigen, preferably from the group comprising an antigen comprising SEQ ID NO1, an antigen comprising SEQ ID NO30, an antigen comprising SEQ ID NO31 and an antigen comprising SEQ ID NO33 can be used for the diagnosis, preferably early diagnosis, of a SARS-CoV-2 infection.
In einer bevorzugten Ausführungsform sind die Produkte, Verfahren und Verwendungen gemäß der vorliegenden Erfindung derart konfiguriert, dass die Anwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1 von der Anwesenheit eines Antikörpers gegen ein anderes SARS-CoV-2 Antigen oder eines oder eines weiteren Antigens, bevorzugt aus der Gruppe umfassend SARS-CoV-2 N-Protein, bevorzugter aus der Gruppe umfassend SARS-CoV 2-N-Protein, SARS-CoV 2-M-Protein und SARS-CoV-2 E-Protein, am bevorzugtesten aus der Gruppe umfassend SARS-CoV-2 N-Protein, SARS-CoV-2 M-Protein und SARS-CoV-2 E-Protein und SARS-CoV-2 S-Protein-Epitope, soweit nicht in SEQ ID NO1 vorhanden, unterschieden werden kann. In einer bevorzugteren Ausführungsform ist ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon von solchen anderen SARS-CoV-2-Antigenen oder anderen Coronavirus-Antigenen räumlich getrennt, wenn es verwendet wird, um die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1 nachzuweisen. Z. B. kann das Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon rein und/oder isoliert auf einem Träger vorliegen. Z. B. kann es auf einem Blot oder Mikrotiter-Well oder Bead räumlich getrennt von anderen Antigenen vorliegen.In a preferred embodiment, the products, methods and uses according to the present invention are configured in such a way that the presence of an antibody against SEQ ID NO1 is preferably based on the presence of an antibody against another SARS-CoV-2 antigen or one or a further antigen the group comprising SARS-CoV-2 N protein, more preferably from the group comprising SARS-CoV 2-N protein, SARS-CoV 2-M protein and SARS-CoV-2 E protein, most preferably from the group comprising SARS-CoV-2 N-protein, SARS-CoV-2 M-protein and SARS-CoV-2 E-protein and SARS-CoV-2 S-protein epitopes, if not present in SEQ ID NO1, can be distinguished. In a more preferred embodiment, a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof is spatially separated from such other SARS-CoV-2 antigens or other coronavirus antigens if it is used to detect the presence or absence of an antibody against SEQ ID NO1 . For example, the polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof can be present in pure form and / or isolated on a carrier. For example, it can be spatially separated from other antigens on a blot or microtiter well or bead.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Abwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1 nachgewiesen, unter Verwendung eines isolierten, reinen und/oder rekombinanten Polypeptides umfassend SEQ ID NO1 oder einer Variante davon.In a preferred embodiment, the absence of an antibody against SEQ ID NO1 is detected using an isolated, pure and / or recombinant polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen SARS-CoV-2 N-Protein, definiert durch SEQ ID NO30, zusätzlich bestimmt, bevorzugt ein Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG und/oder IgM, bevorzugter IgG oder IgM, am bevorzugtesten IgG. Der erfindungsgemäße Träger kann zu diesem Zweck ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO30 oder eine Variante davon umfassen.In a preferred embodiment, the presence or absence of an antibody against SARS-CoV-2 N protein, defined by SEQ ID NO30, is additionally determined, preferably an antibody of the immunoglobulin classes IgA, IgG and / or IgM, more preferably IgG or IgM, most preferably IgG. For this purpose, the carrier according to the invention can comprise a polypeptide comprising SEQ ID NO30 or a variant thereof.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen die Rezeptorbindungsdomäne, definiert durch SEQ ID NO31, nachgewiesen. Der erfindungsgemäße Träger kann zu diesem Zweck ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO31 oder eine Variante davon umfassen.In a preferred embodiment, the presence or absence of an antibody against the receptor binding domain, defined by SEQ ID NO31, is detected. For this purpose, the carrier according to the invention can comprise a polypeptide comprising SEQ ID NO31 or a variant thereof.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird die Anwesenheit oder Abwesenheit eines Antikörpers gegen die S2-Domäne, definiert durch SEQ ID NO32, von SARS-CoV-2-Spike Protein nachgewiesen. Der erfindungsgemäße Träger kann zu diesem Zweck ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO32 oder eine Variante davon umfassen.In a preferred embodiment, the presence or absence of an antibody against the S2 domain, defined by SEQ ID NO32, of SARS-CoV-2 spike protein is detected. For this purpose, the carrier according to the invention can comprise a polypeptide comprising SEQ ID NO32 or a variant thereof.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist ein sekundärer Antikörper ein Antikörper, der gegen alle Antikörper von einer Antikörper- oder Immunglobulin-Klasse bindet, bevorzugt einer menschlichen Antikörperklasse, bevorzugt einer der Immunglobulin-Klassen IgA und/oder IgG und/oder IgM, bevorzugt IgA-Antikörper. Sekundäre Antikörper erkennen typischerweise die konstante Domäne einer solchen Klasse oder haben polyvalente Bindungsstellen gegen verschiedene Epitope über die Sequenz oder dreidimensionale Struktur, die den Antikörpern der Immunglobulin-Klasse gemein sind. Sekundäre Antikörper stammen typischerweise aus einem Säugetier, bei dem es sich nicht um einen Menschen handelt, oder von einem Vogel, bevorzugt aus Huhn, Kaninchen, Maus, Ratte, Pferd, Schwein, Esel, Ziege, Kuh oder Primat. Eine Vielzahl von ihnen ist im Handel erhältlich.In a preferred embodiment, a secondary antibody is an antibody that binds against all antibodies of an antibody or immunoglobulin class, preferably a human antibody class, preferably one of the immunoglobulin classes IgA and / or IgG and / or IgM, preferably IgA antibodies . Secondary antibodies typically recognize the constant domain of such a class or have polyvalent binding sites against various epitopes over the sequence or three-dimensional structure common to antibodies of the immunoglobulin class. Secondary antibodies are typically derived from a mammal that is not a human or from a bird, preferably from a chicken, rabbit, mouse, rat, horse, pig, donkey, goat, cow, or primate. A variety of them are commercially available.
Gemäß der vorliegenden Erfindung kann die SARS-CoV-2-Infektion in einer frühen Phase mit erhöhter Sensitivität nachgewiesen werden, bevorzugt 5 oder weniger Tage nach dem Beginn der Krankheitssymptome.According to the present invention, the SARS-CoV-2 infection can be detected in an early phase with increased sensitivity, preferably 5 or fewer days after the onset of the disease symptoms.
Erfindungsgemäß wird ein diagnostisch nützlicher Träger bereitgestellt, der bevorzugt aus der Gruppe ausgewählt ist, die einen Glasträger, bevorzugt zur Mikroskopie, ein Biochip, ein Mikroarray, eine Mikrotiterplatte, eine Lateral-Flow-Vorrichtung, ein Teststreifen, eine Membran, bevorzugt einen Lineblot, eine Chromatographie-Säule und einen Bead umfasst, bevorzugt eine Mikrotiterplatte.According to the invention, a diagnostically useful carrier is provided, which is preferably selected from the group comprising a glass carrier, preferably for microscopy, a biochip, a microarray, a microtiter plate, a lateral flow device, a test strip, a membrane, preferably a line blot, comprises a chromatography column and a bead, preferably a microtiter plate.
In einer bevorzugten Ausführungsform handelt es sich bei dem diagnostisch nützlichen Träger um einen Lineblot (
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform handelt es sich bei dem diagnostisch nützlichen Träger um einen Bead. Verschiedene Beads für zahlreiche Anwendungen sind im Handel erhältlich, hauptsächlich basierend auf Kohlenhydrat, z. B. Sepharose oder Agarose, oder Plastik. Sie umfassen aktive oder aktivierbare chemische Gruppen wie eine Carboxyl- oder Tosyl- oder Estergruppe, die für die Immobilisierung eines Mittels zum spezifischen Einfangen eines Antikörpers verwendet werden können. Bevorzugt haben die Beads einen durchschnittlichen Durchmesser von 0.1 µm bis 10 µm, von 0.5 µm bis 8 µm, von 0.75 µm bis 7 µm oder von 1 µm bis 6 µm. Die Beads können mit dem Mittel zum spezifischen Einfangen eines Antikörpers direkt oder über Affinitätsliganden beschichtet werden, z. B. Biotin oder Glutathion und Streptavidin und GST. Z. B. kann der Bead mit Biotin oder Glutathion beschichtet sein und das Antigen kann mit Streptavidin bzw. Glutathion-S-Transferase oder einer Variante davon fusioniert sein. Bevorzugt wird der Bead in Form einer wässrigen Lösung bereitgestellt, die einen Beadgehalt von 10 bis 90 %, bevorzugt von 20 bis 80 %, bevorzugt von 30 bis 70 %, bevorzugter von 40 bis 60 % (w/w) aufweist.In a further preferred embodiment, the diagnostically useful carrier is a bead. Various beads for numerous applications are commercially available, mainly based on carbohydrate, e.g. B. Sepharose or agarose, or plastic. They comprise active or activatable chemical groups such as a carboxyl or tosyl or ester group which can be used for the immobilization of an agent for specifically capturing an antibody. The beads preferably have an average diameter of 0.1 μm to 10 μm, 0.5 μm to 8 μm, 0.75 μm to 7 μm or 1 μm to 6 μm. The beads can be coated with the agent for specifically capturing an antibody directly or via affinity ligands, e.g. B. biotin or glutathione and streptavidin and GST. For example, the bead can be coated with biotin or glutathione and the antigen can be fused with streptavidin or glutathione-S-transferase or a variant thereof. The bead is preferably provided in the form of an aqueous solution which has a bead content of 10 to 90%, preferably 20 to 80%, preferably 30 to 70%, more preferably 40 to 60% (w / w).
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform sind die Beads magnetische Beads, die leicht mit Hilfe eines Magneten an einer Oberfläche konzentriert werden können. Zu diesem Zweck enthalten im Handel erhältliche magnetische Beads gewöhnlich ein magnetisches Mineral, z. B. Eisenoxid. Eine Vielzahl von geeigneten magnetischen Beads ist im Handel erhältlich. Ein Bead kann mit einer nachweisbaren Markierung markiert sein.In a particularly preferred embodiment, the beads are magnetic beads which can easily be concentrated on a surface with the aid of a magnet. For this purpose, commercially available magnetic beads usually contain a magnetic mineral, e.g. B. iron oxide. A variety of suitable magnetic beads are commercially available. A bead can be marked with a detectable mark.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird ein magnetischer Bead in einem Puffer durch Anlegen eines magnetischen Feldes, um die Beads zu konzentrieren und zu immobilisieren, verwendet und gewaschen oder inkubiert, gefolgt vom Entfernen des vorhandenen Puffers und Hinzugabe von neuem Puffer. Das magnetische Feld kann dann abgestellt werden, um das Suspendieren der Beads in dem neuen Puffer effizienter zu gestalten. Ein Puffer kann jegliche gemäß der vorliegenden Erfindung verwendete Lösung sein, umfassend eine verdünnte Patientenprobe, einen Inkubationspuffer oder einen Puffer umfassend einen sekundären Antikörper.In a preferred embodiment, a magnetic bead is used and washed or incubated in a buffer by application of a magnetic field to concentrate and immobilize the beads, followed by removing the existing buffer and adding new buffer. The magnetic field can then be turned off to make the suspension of the beads in the new buffer more efficient. A buffer can be any solution used in accordance with the present invention comprising a diluted patient sample, an incubation buffer, or a buffer comprising a secondary antibody.
In einer bevorzugten Ausführungsform wird der Antikörper unter Verwendung einer chemilumineszenzfähigen Markierung nachgewiesen. In einer bevorzugten Ausführungsform ist dies ein chemilumineszenzfähiges Enzym, bevorzugt ausgewählt aus der Gruppe umfassend Luciferase, Peroxidase, alkalische Phosphatase und β-Galactosidase oder eine Variante davon, das oder die ein chemilumineszenzfähiges Substrat umsetzen kann, ohne dabei selbst verbraucht zu werden (
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist der Träger eine Mikrotiterplatte umfassend wenigstens 8 Wells, die für einen ELISA verwendet werden können. Wenigstens eines der Wells ist mit dem Mittel zum spezifischen Einfangen eines Antikörpers, entweder direkt oder indirekt, bevorzugt einem Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon, beschichtet. Wenigstens 3, bevorzugt 4, noch bevorzugter 5 Kalibratoren, mit definierten Konzentrationen, können verwendet werden, um eine Kalibrationskurve für eine semiquantitative Analyse aufzustellen. Wenn das erfindungsgemäße Verfahren ausgeführt wird, können die Kalibratoren parallel zu den Proben prozessiert und entwickelt werden. Ein sekundärer Antikörper umfassend eine nachweisbare Markierung, wie beispielsweise eine enzymatisch aktive Markierung, kann bereitgestellt werden, z. B. eine Markierung mit Meerettich-Peroxidase-Aktivität oder alkalischer Phosphatase-Aktivität oder einem Enzym, das chemilumineszenzfähig ist.In a further preferred embodiment, the carrier is a microtiter plate comprising at least 8 wells which can be used for an ELISA. At least one of the wells is coated with the agent for specifically capturing an antibody, either directly or indirectly, preferably a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof. At least 3, preferably 4, even more preferably 5 calibrators with defined concentrations can be used to set up a calibration curve for a semi-quantitative analysis. When the method according to the invention is carried out, the calibrators can be processed and developed in parallel with the samples. A secondary antibody comprising a detectable label, such as an enzymatically active label, can be provided, e.g. B. a label with horseradish peroxidase activity or alkaline phosphatase activity or an enzyme that is chemiluminescent.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist der Träger ein Mikroarray. In einer bevorzugten Ausführungsform bedeutet der Begriff „Microarray“, wie hierin verwendet, ein Chip, der mit einer Vielzahl von räumlich getrennten Antigenen beschichtet ist, bevorzugt wenigstens 20, bevorzugt 30, 40, 50, 80 oder 100. Bevorzugt ist jedes Antigen ein Peptid umfassend oder bestehend aus 5 bis 25, bevorzugt 7 bis 15 aufeinanderfolgende Aminosäuren des Antigens, bevorzugt SEQ ID NO1. Bevorzugt wird eine Bibliothek verwendet, mit überlappenden Peptiden, die ein Fragment oder die volle Sequenz von SEQ ID NO1 umfassen, bevorzugter umfassend die RBD. Die Peptide sind typischerweise chemisch synthetisiert und können eine Blocking Group umfassen. Ein sekundärer Antikörper umfassend eine Markierung, bevorzugt eine Fluoreszenzmarkierung, kann zum Nachweis verwendet werden.In a further preferred embodiment, the carrier is a microarray. In a preferred embodiment, the term “microarray” as used herein means a chip that is coated with a plurality of spatially separated antigens, preferably at least 20, preferably 30, 40, 50, 80 or 100. Each antigen is preferably a peptide comprising or consisting of 5 to 25, preferably 7 to 15 consecutive amino acids of the antigen, preferably SEQ ID NO1. Preferably a library is used with overlapping peptides which comprise a fragment or the full sequence of SEQ ID NO1, more preferably comprising the RBD. The peptides are typically chemically synthesized and can include a blocking group. A secondary antibody comprising a label, preferably a fluorescent label, can be used for detection.
In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird ein Glasträger verwendet, der auf einem oder ein Teil eines Trägers für eine mikroskopische Immunfluoreszenzanalyse ist. Eine Zelle, bevorzugt eine eukaryontische Zelle wie eine HEK293-Zelle befindet sich auf dem Träger. Sie kann mit einem Deckmedium bedeckt sein. Verschiedene Zusammensetzungen und Verfahren sind im Stand der Technik beschrieben, z. B. in
Gemäß der vorliegenden Erfindung kann ein bereitgestelltes Polypeptid, bevorzugt das Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon, ein rekombinantes Protein sein, wobei der Begriff „rekombinant“, wie hierin verwendet, ein Polypeptid bedeutet, das bei irgendeiner Stufe des Produktionsprozesses unter Verwendung von gentechnischen Methoden hergestellt wurde, z. B. durch Fusionieren einer Nukleinsäure, die für das Polypeptid kodiert, an einen starken Promoter zur Überexpression in Zellen oder Geweben oder durch Verändern der Sequenz des Polypeptides selbst. Der Fachmann ist mit Verfahren zum gentechnischen Verändern von Nukleinsäuren und Polypeptiden, für die sie kodieren, vertraut (z. B. beschrieben in
Ein sekundärer Antikörper umfassend eine nachweisbare Markierung kann verwendet werden, um Antikörper gegen SEQ ID NO1 der Immunglobulin-Klassen IgA und/oder IgG und/oder IgM, bevorzugt IgA nachzuweisen, bevorzugter gegen SEQ ID NO1 und gegen ein weiteres Coronavirus-Antigen. In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Markierung ausgewählt aus der Gruppe umfassend eine fluoreszenzfähige, eine radioaktive oder eine enzymatisch aktive Markierung, bevorzugt eine, die eine kolorimetrische Reaktion katalysiert. FITC oder eine anderes Fluorescein-Derivat können als fluoreszenzfähige Markierung verwendet werden. Ein Protein mit Peroxidase-Aktivität kann als enzymatisch aktive Markierung verwendet werden. Bevorzugt erkennt der sekundäre Antikörper Säugetier-, bevorzugter menschliche Antikörper. Bevorzugt ist der sekundäre Antikörper ein monoklonaler Antikörper. Wenn mehr als ein Antikörper aus mehr als einer Immunglobulin-Klasse nachgewiesen wird, können zwei sekundäre Antikörper verwendet werden, bevorzugt einer, der einen Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA und einer, der einen Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgG bindet. Die beiden sekundären Antikörper können in einer Mischung oder getrennt vorliegen, bevorzugt getrennt, um den getrennten Nachweis von Antikörpern gegen verschiedene Immunglobulin-Klassen, wie beispielsweise IgA-, IgM- und IgG-Antikörper, bevorzugt IgG- und IgA-, nachzuweisen, um z. B. Informationen zum Verlauf der Krankheit zu erhalten, basierend auf der Tatsache, dass Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA in vielen Patienten früher als Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgG auftreten. Alternativ kann ein sekundärer Antikörper verwendet werden, der an Antikörper aus mehr als einer Immunglobulin-Klasse bindet, z. B. aus der Gruppe umfassend IgG, IgA und IgM, bevorzugt ein sekundärer Antikörper, der gegen Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgG und IgA bindet. Ein sekundärer Antikörper kann ein polyklonaler oder monoklonaler Antikörper sein. In einer bevorzugten Ausführungsform stammt der sekundäre Antikörper aus einem Säugetier, bei dem es sich nicht um einen Menschen handelt, aber bindet an menschliche Antikörper einer bestimmten Immunglobulin-Klasse, bevorzugt IgA, IgG und/oder IgM. Eine Vielzahl von sekundären Antikörpern, optional mit Markierungen wie einer fluoreszenzfähigen Markierung, ist im Handel erhältlich.A secondary antibody comprising a detectable label can be used to detect antibodies against SEQ ID NO1 of the immunoglobulin classes IgA and / or IgG and / or IgM, preferably IgA, more preferably against SEQ ID NO1 and against another coronavirus antigen. In a preferred embodiment, the label is selected from the group comprising a fluorescent, a radioactive or an enzymatically active label, preferably one that has a colorimetric reaction catalyzed. FITC or another fluorescein derivative can be used as a fluorescent label. A protein with peroxidase activity can be used as an enzymatically active label. Preferably the secondary antibody recognizes mammalian, more preferably human, antibodies. Preferably the secondary antibody is a monoclonal antibody. If more than one antibody from more than one immunoglobulin class is detected, two secondary antibodies can be used, preferably one that binds an antibody of the immunoglobulin class IgA and one that binds an antibody of the immunoglobulin class IgG. The two secondary antibodies can be present in a mixture or separately, preferably separately in order to detect the separate detection of antibodies against different immunoglobulin classes, such as IgA, IgM and IgG antibodies, preferably IgG and IgA, in order to detect e.g. . B. Obtain information on the course of the disease based on the fact that antibodies of the immunoglobulin class IgA appear earlier than antibodies of the immunoglobulin class IgG in many patients. Alternatively, a secondary antibody that binds to antibodies from more than one immunoglobulin class, e.g. B. from the group comprising IgG, IgA and IgM, preferably a secondary antibody that binds against antibodies of the immunoglobulin classes IgG and IgA. A secondary antibody can be a polyclonal or monoclonal antibody. In a preferred embodiment, the secondary antibody is derived from a mammal that is not a human, but binds to human antibodies of a specific immunoglobulin class, preferably IgA, IgG and / or IgM. A variety of secondary antibodies, optionally with labels such as a fluorescent label, are commercially available.
Gemäß der vorliegenden Erfindung wird ein Kit bereitgestellt, das ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon umfasst, bevorzugt beschichtet auf einem diagnostisch nützlichen Träger, bevorzugter einer Mikrotiterplatte, und weiter ein oder mehr als ein Reagenz umfasst, bevorzugt alle Reagenzien aus der Gruppe umfassend einen Kalibrator, eine Positiv-Kontrolle, eine Negativ-Kontrolle, einen Waschpuffer, ein Mittel zum Nachweisen der Anwesenheit eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1, bevorzugt eines Antikörpers der Immunglobulin-Klassen IgA, IgM und/oder IgG, bevorzugt ein sekundärer Antikörper, der spezifisch an Antikörper bindet, bevorzugter Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgM und/oder IgG, wobei der sekundäre Antikörper eine nachweisbare Markierung umfassen kann, einen Probenpuffer, eine Nachweislösung, bevorzugt eine Chromogen-/Substrat-Lösung, eine Stop-Lösung und eine Schutzfolie.According to the present invention, a kit is provided which comprises a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof, preferably coated on a diagnostically useful carrier, more preferably a microtiter plate, and further comprises one or more than one reagent, preferably all reagents from the group comprising a calibrator, a positive control, a negative control, a washing buffer, a means for detecting the presence of an antibody against SEQ ID NO1, preferably an antibody of the immunoglobulin classes IgA, IgM and / or IgG, preferably a secondary antibody, which specifically binds to antibodies, preferably antibodies of the immunoglobulin classes IgA, IgM and / or IgG, wherein the secondary antibody can comprise a detectable label, a sample buffer, a detection solution, preferably a chromogen / substrate solution, a stop solution and a protective film.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist ein Kalibrator ein Reagenz, das an ein Polypeptid umfassend SEQ ID NO1 oder eine Variante davon bindet, und bevorzugt von sekundären Antikörpern erkannt wird, die Antikörper der Immungobulin-Klassen IgA, IgM und/oder IgG erkennen. Der Kalibrator kann ein Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA gegen SEQ ID NO1 sein.In a preferred embodiment, a calibrator is a reagent which binds to a polypeptide comprising SEQ ID NO1 or a variant thereof and is preferably recognized by secondary antibodies which recognize antibodies of the immunogobulin classes IgA, IgM and / or IgG. The calibrator can be an antibody of the immunoglobulin class IgA against SEQ ID NO1.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist eine Positiv-Kontrolle eine Lösung, die eine Verbindung wie einen Antikörper gegen SEQ ID NO1 umfasst, bevorzugt aus der Gruppe umfassend Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG und IgM, bevorzugter IgA, aus der Probe eines Patienten, der an SARS-CoV-2 leidet, und zwar eine Menge, die unter Verwendung des Verfahrens gemäß der vorliegenden Erfindung zu einem positiven Ergebnis führt. In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist eine Positiv-Kontrolle ein Reagenz, das alle Antikörper aus der nachzuweisenden Immungobulin-Klasse einfängt, z. B. ein sekundärer Antikörper, bevorzugt ein Antikörper gegen menschliche Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgG oder IgM. In einer bevorzugten Ausführungsform ist eine Negativ-Kontrolle ein Reagenz, in dem eine solche Verbindung abwesend ist, und sie könnte Serum von einer gesunden Person umfassen, oder ein Reagenz, das nicht an die Immunglobulin-Klasse des nachzuweisenden Antikörpers bindet, aber bevorzugter an Antikörper einer anderen Immunglobulin-Klasse bindet, die nicht nachzuweisen ist, wie beispielsweise IgG, IgA oder IgM.In a preferred embodiment, a positive control is a solution which comprises a compound such as an antibody against SEQ ID NO1, preferably from the group comprising antibodies of the immunoglobulin classes IgA, IgG and IgM, more preferably IgA, from the sample of a patient who suffers from SARS-CoV-2 in an amount that gives a positive result using the method according to the present invention. In a further preferred embodiment, a positive control is a reagent that captures all antibodies from the immunogobulin class to be detected, e.g. B. a secondary antibody, preferably an antibody against human antibodies of the immunoglobulin classes IgA, IgG or IgM. In a preferred embodiment, a negative control is a reagent in which such a compound is absent, and it could comprise serum from a healthy person, or a reagent that does not bind to the immunoglobulin class of the antibody to be detected, but more preferably to antibodies binds to another immunoglobulin class that cannot be detected, such as IgG, IgA or IgM.
Ein Waschpuffer kann verwendet werden, um die Mikrotiterplatte nach der Inkubation zu waschen, um unspezifische Antikörper zu entfernen, und könnte PBS sein. Das Mittel zum Nachweisen der Anwesenheit eines Antikörpers könnte ein sekundärer Antikörper sein, der an Antikörper der nachzuweisenden Immunglobulin-Klasse bindet, bevorzugt menschliche Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgA, IgM und/oder IgG, und markiert ist, bevorzugt mit einem Enzym, bevorzugter mit einem Enzym, das Peroxidase-Aktivität aufweist. Der Probenpuffer kann verwendet werden, um Patientenprobe zu verdünnen, und es kann sich dabei um PBS handeln.A wash buffer can be used to wash the microtiter plate after incubation to remove nonspecific antibodies and could be PBS. The means for detecting the presence of an antibody could be a secondary antibody which binds to antibodies of the immunoglobulin class to be detected, preferably human antibodies of the immunoglobulin classes IgA, IgM and / or IgG, and is labeled, preferably with an enzyme, more preferably with an enzyme that has peroxidase activity. The sample buffer can be used to dilute patient samples and it can be PBS.
Die Nachweis-Lösung kann ein Signal in Anwesenheit des markierten sekundären Antikörpers erzeugen und ist bevorzugt eine farbentwickelnde Lösung und bevorzugter 3,3',5,5'-Tetramethylbenzidin/H2O2. Die Stop-Lösung kann einer Reaktion hinzugefügt werden, um die Reaktion der Nachweislösung zum Erliegen zu bringen, und kann eine starke Säure umfassen, z. B. 0,5 M Schwefelsäure. Die Schutzfolie kann auf der Mikrotiterplatte oder auf einer Inkubationswanne platziert werden, um Verdunstung zu verhindern.The detection solution can generate a signal in the presence of the labeled secondary antibody and is preferably a color-developing solution and more preferably 3,3 ', 5,5'-tetramethylbenzidine / H 2 O 2 . The stop solution can be added to a reaction to halt the reaction of the detection solution and can comprise a strong acid, e.g. B. 0.5 M sulfuric acid. The protective film can be placed on the microtiter plate or on an incubation tray to prevent evaporation.
Jegliches gemäß der vorliegenden Erfindung verwendete Reagenz kann ein Konservierungsmittel enthalten, z. B. Azid.Any reagent used in accordance with the present invention may contain a preservative, e.g. B. azide.
Die vorliegende Erfindung umfasst eine Reihe von neuen Nukleinsäure- und Polypeptid-Sequenzen, genauer The present invention encompasses a number of novel nucleic acid and polypeptide sequences, more specifically
Die vorliegende Erfindung wird weiter durch die folgenden Beispiele, Sequenzen und Figuren illustriert, aus denen weitere Merkmale, Ausführungsformen, Aspekte und Vorteile der vorliegenden Erfindung entnommen werden können. Alle Verfahren und Materialien, die den hierin beschriebenen ähnlich oder äquivalent sind, können beim Ausführen oder Erproben der vorliegenden Erfindung verwendet werden, mit geeigneten Verfahren und Materialien, wie sie hierin beschrieben sind. Alle Veröffentlichungen, Patentanmeldungen, Patente und andere Bezugsquellen, die hierin erwähnt werden, werden durch Bezugnahme in ihrer Gesamtheit hierin aufgenommen.
-
1 zeigt einen Zeitverlauf der Konzentrationen von Antikörpern gegen SEQ ID NO1 (IgA, IgG) und gegen N-Protein (IgG, IgM), überwacht in zwei Patienten (1 ), wie inBeispiel 3 beschrieben. -
2 zeigt die Ergebnisse eines ELISA, bei dem die Anwesenheit oder Abwesenheit von Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgA gegen S1 (Quadrate), der Immunglobulin-Klasse IgG gegen SEQ ID NO1 (Dreiecke) und der Immunglobulin-Klasse IgG gegen N-Protein (Kreise) bestimmt wurde, wie inBeispiel 3 beschrieben ist. -
3 zeigt eine IFA unter Verwendung von Aceton-fixierten S1-exprimierenden oder mit Kontrollplasmid transfizierten HEK293-Zellen (A) inkubiert direkt mit anti-His-Tag-Antikörpern (1:200) oder Patientenserum 3 (PS3, 1:100) im ersten Schritt und anti-Maus-lgG-FITC oder anti-Human-lgG-FITC im zweiten Schritt, (B) inkubiert 30 Minuten lang mit PBS vor der zweischrittigen Inkubation mit PS3, wie beschrieben in A, oder (C) inkubiert 30 Minuten lang mit PBS, gefolgt von Inkubation mit PS3 (1:100) im ersten Schritt, anti-Human-lgG-Biotin (1:200) im zweiten Schritt und ExtrAvidin-FITC (1:2000) im dritten Schritt. S1-exprimierende Zellen waren mit einem pTriEx-Vektor unter Verwendung von Standardverfahren transfiziert worden, der SEQ ID NO2 exprimiert.
-
1 shows a time course of the concentrations of antibodies against SEQ ID NO1 (IgA, IgG) and against N-protein (IgG, IgM), monitored in two patients (1 ), as described in Example 3. -
2 shows the results of an ELISA in which the presence or absence of antibodies of the immunoglobulin class IgA against S1 (squares), the immunoglobulin class IgG against SEQ ID NO1 (triangles) and the immunoglobulin class IgG against N-protein (circles) was determined as described in Example 3. -
3 shows an IFA using acetone-fixed S1-expressing or HEK293 cells (A) transfected with control plasmid, incubated directly with anti-His-tag antibodies (1: 200) or patient serum 3 (PS3, 1: 100) in the first step and anti-mouse IgG-FITC or anti-human IgG-FITC in the second step, (B) incubated for 30 minutes with PBS before the two-step incubation with PS3 as described in A, or (C) incubated for 30 minutes with PBS followed by incubation with PS3 (1: 100) in the first step, anti-human IgG-biotin (1: 200) in the second step and ExtrAvidin-FITC (1: 2000) in the third step. S1 expressing cells were transfected with a pTriEx vector expressing SEQ ID NO2 using standard methods.
Beispiel 1: Nachweis von Antikörpern gegen SEQ ID NO1 unter Verwendung eines ELISA-ImmunassaysExample 1: Detection of antibodies against SEQ ID NO1 using an ELISA immunassay
Probenrehearse
Acht Proben von Patienten, die unter Verwendung von PCR wie beschrieben von Corman et al. (
Zusätzlich war eine Reihe von Proben verfügbar, die verschiedene Coronaviren betrafen, umfassend 18 Proben von Patienten infiziert mit MERS, drei Proben von Patienten infiziert mit SARS-CoV-1, vier Patienten mit NL63, drei Patienten mit 229E, sechs Patienten mit OC43 und drei Patienten mit HKU1.In addition, a number of samples relating to various coronaviruses were available, including 18 samples from patients infected with MERS, three samples from patients infected with SARS-CoV-1, four patients with NL63, three patients with 229E, six patients with OC43, and three Patients with HKU1.
Herstellung von Mikrotiterplatten beschichtet mit AntigenProduction of microtiter plates coated with antigen
SEQ ID NO2 wurde in HEK293T-Zellen exprimiert mittels Standard-Klonierung von SEQ ID NO4 in ein pTriEx-1-Plasmid mit einer künstlichen Signalsequenz und einem C-terminalen His-Tag, was zur Expression von SEQ ID NO2 führt, und nach Entfernung des Signalpeptides, zu SEQ ID NO3. Die transfizierten Zellen wurden bei 37 °C und 8,5 % CO2 in Dulbeccos-modifizierten Eagle-Medium mit 10 % fötalem Kälberserum, 100 U/ml Penicillin und 0.1 mg/ml Streptomycin drei bis 5 Tage lang kultiviert. Die Zellen wurden geerntet, in 20 mM Tris-HCL pH 7.4, 10 % (w/v) Saccharose, 5 mM EDTA, 1 mM PMSF resuspendiert und bis zur weiteren Verwendung bei -80 °C gelagert.SEQ ID NO2 was expressed in HEK293T cells by standard cloning of SEQ ID NO4 into a pTriEx-1 plasmid with an artificial signal sequence and a C-terminal His-tag, which leads to the expression of SEQ ID NO2, and after removal of the Signal peptides, for SEQ ID NO3. The transfected cells were cultured at 37 ° C. and 8.5% CO 2 in Dulbeccos-modified Eagle medium with 10% fetal calf serum, 100 U / ml penicillin and 0.1 mg / ml streptomycin for three to 5 days. The cells were harvested, resuspended in 20 mM Tris-HCl pH 7.4, 10% (w / v) sucrose, 5 mM EDTA, 1 mM PMSF and stored at -80 ° C. until further use.
Um SEQ ID NO3 herzustellen, wurde der Überstand der Zellkultur auf 5 mmol/l Tris-Chlorid pH 8.0, 164 mmol/I Natriumchlorid, 50 mmol/I Magnesiumchlorid, 20 mmol/I Imidazol, 0,1 % Triton X-100 eingestellt, durch Zentrifugation 30 Minuten lang bei 17.600xg, 4 °C geklärt und an eine Nickel Rapid Run-Säule (Agarose Bead Technologies, Miami, FL, USA) aufgetragen, die mit 5 mmol/I Tris-Chlorid pH 8,0, 300 mmol/I Natriumchlorid, 20 mmol/I Imidazol eingestellt worden war und durch Erhöhung der Imidazol-Konzentration bis auf 150 mmol/l eluiert. Alle in SEQ ID NO3 enthaltenen Fraktionen wurden zusammen gegeben und mittels Ultrafiltration (VivaSpin, Sartorius, Göttingen, Germany) konzentiert. Die finale Präparation wurde bis zur weiteren Benutzung bei -80 °C gelagert.In order to produce SEQ ID NO3, the supernatant of the cell culture was adjusted to 5 mmol / l tris chloride pH 8.0, 164 mmol / l sodium chloride, 50 mmol / l magnesium chloride, 20 mmol / l imidazole, 0.1% Triton X-100, Clarified by centrifugation for 30 minutes at 17,600xg, 4 ° C. and applied to a Nickel Rapid Run column (Agarose Bead Technologies, Miami, FL, USA) which was treated with 5 mmol / l Tris-chloride pH 8.0, 300 mmol / L sodium chloride, 20 mmol / l imidazole had been adjusted and eluted by increasing the imidazole concentration up to 150 mmol / l. All fractions contained in SEQ ID NO3 were added together and concentrated by means of ultrafiltration (VivaSpin, Sartorius, Göttingen, Germany). The final preparation was stored at -80 ° C until further use.
Die finale Protein-Präparation von SEQ ID NO3 wurde mit oder ohne 16 mmol/l Dithiotreitol behandelt und 10 Minuten lang bei 70 °C oder bei Raumtemperatur inkubiert, gefolgt von SDS-Gelelektrophorese und Coomassie-Färbung. Die Proteinidentität wurde mittels Massenspektrometrie verifiziert.The final protein preparation of SEQ ID NO3 was treated with or without 16 mmol / l dithiotreitol and incubated for 10 minutes at 70 ° C. or at room temperature, followed by SDS gel electrophoresis and Coomassie staining. The protein identity was verified by mass spectrometry.
Zur Verwendung für einen Mikrotiterplatten-ELISA wurde das gereinigte Protein in PBS bis zur Endkonzentration von ungefähr 1.5 µg/ml verdünnt und verwendet, um ELISA-Mikrotiterplatten (Nunc, Roskilde, Denmark) über Nacht zu beschichten.For use in a microtiter plate ELISA, the purified protein was diluted in PBS to a final concentration of approximately 1.5 µg / ml and used to coat ELISA microtiter plates (Nunc, Roskilde, Denmark) overnight.
Experimentelle VorgehensweiseExperimental approach
Die Proben wurden 1:101 in IgG-Probenpuffer verdünnt, auf Mikrotiterplatten aufgebracht und inkubiert, wie es für im Handel erhältliche EUROIMMUN-ELISA Test-Kits beschrieben ist, unter Verwendung von im Handel erhältlichen Reagenzien (z. B. EI 2260-9601 G/A, wobei es sich um einen Puffer handelt, der im Wesentlichen physiologische Bedingungen mit Hinblick auf Salz-Konzentration und pH aufweist). Dabei wurde die Anleitung EI 2260-9601 G/A befolgt. Kurz gesagt: 60 Minuten bei 37 °C; drei Waschschritte unter Verwendung von Waschpuffer; Zugabe von 100 µl Peroxidase-markiertem anti-humanem IgG-Konjugat (Kaninchen) oder anti-humanem IgA-Konjugat (Kaninchen) pro Well; Inkubation 30 Minuten lang bei 37 °C; drei Waschschritte unter Verwendung von EUROIMMUN-Waschpuffer; Zugabe von 100 µl Chromogen-/Substrat-Lösung (TMB/H2O2) pro Well; Inkubation 30 Minuten lang bei Raumtemperatur; Zugabe von 100 µl Stop-Lösung (0,5 M Schwefelsäure); Messung der optischen Dichte bei 450 nm gegen 630 nm als Referenz.The samples were diluted 1: 101 in IgG sample buffer, applied to microtiter plates and incubated as described for commercially available EUROIMMUN ELISA test kits, using commercially available reagents (e.g. EI 2260-9601 G / A, which is a buffer that has essentially physiological conditions with regard to salt concentration and pH). Instructions EI 2260-9601 G / A were followed. In short: 60 minutes at 37 ° C; three washing steps using washing buffer; Addition of 100 µl peroxidase-labeled anti-human IgG conjugate (rabbit) or anti-human IgA conjugate (rabbit) per well; Incubation for 30 minutes at 37 ° C; three washing steps using EUROIMMUN washing buffer; Addition of 100 µl chromogen / substrate solution (TMB / H 2 O 2 ) per well; Incubation for 30 minutes at room temperature; Addition of 100 μl stop solution (0.5 M sulfuric acid); Measurement of the optical density at 450 nm against 630 nm as a reference.
Die Kalibration wurde unter Verwendung von im Handel erhältlichen Kalibratoren ausgeführt (Produkt Nummer EI 2606-9601 A, EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika AG). Ein Verhältnis wurde dadurch berechnet, dass die Extinktion der Kontrolle oder des Patientenserums durch die Extinktion des Kalibrators geteilt wurde. Ergebnisse unter 0,8 wurden als negative Ergebnisse betrachtet, Ergebnisse zwischen 0,8 und 1,1 als grenzwertig und Ergebnisse von mehr als 1,1 als positiv.The calibration was carried out using commercially available calibrators (product number EI 2606-9601 A, EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika AG). A ratio was calculated by dividing the absorbance of the control or patient serum by the absorbance of the calibrator. Results below 0.8 were considered negative results, results between 0.8 and 1.1 were considered borderline, and results greater than 1.1 were considered positive.
ErgebnisseResults
Die Primärdaten von 79 Patienten sind in Tabelle 1 gezeigt:
SchlussfolgerungenConclusions
Die Ergebnisse zeigen, dass Antikörper gegen SEQ ID NO1 verwendet werden können, um eine SARS-CoV-2-Infektion in Proben von menschlichen Patienten zu diagnostizieren. The results show that antibodies against SEQ ID NO1 can be used to diagnose SARS-CoV-2 infection in samples from human patients.
Ein Vergleich der Daten, die mit sekundären Antikörpern erhalten wurden, die Antikörper der Immunglobulin-Klassen IgG bzw. IgA erkennen, zeigt, dass der Nachweis von Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgA sensitiver ist, wenigstens in einer frühen Phase der Krankheit: 4/14 Patientproben, die in einer frühen Phase der Infektion abgenommen wurden, vor Ablauf von sechs Tagen nach Ausbruch der Krankheit, konnten korrekt als positiv identifiziert werden, wenn Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA nachgewiesen wurden, wohingegen der Nachweis von Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgG in den gleichen Proben negative Ergebnisse ergab.A comparison of the data obtained with secondary antibodies that recognize antibodies of the immunoglobulin classes IgG or IgA shows that the detection of antibodies of the immunoglobulin class Class IgA is more sensitive, at least in an early phase of the disease: 4/14 patient samples that were taken in the early phase of the infection, before the end of six days after the onset of the disease, could be correctly identified as positive if antibodies of the immunoglobulin Class IgA were detected, whereas the detection of antibodies of the immunoglobulin class IgG in the same samples gave negative results.
Beide Tests zeigten Kreuzreaktivität mit Proben von SARS-CoV-1-Patienten, aber mit praktisch keiner der Proben von Patienten, die mit MERS, NL63, 229E, OC43 and HKU1 infiziert waren. Eine Unterscheidung zwischen SARS-CoV-1 und SARS-CoV-2 ist basierend auf der unterschiedlichen zeitaufgelösten Immunglobulin-Klassen-Signatur möglich, insbesondere des späteren Erscheinens von Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgA in SARS-CoV-1 (
Mehrere nachveröffentlichte Veröffentlichungen von unabhängigen Forschern bestätigten die Erkenntnisse der Erfinder. Jääskelainen et al. zogen die Schlussfolgerung, dass unter sechs im Handel verfügbaren serologischen Tests der EUROIMMUN-Assay basierend auf der dem Nachweis von Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgA gegen S1 die höchste Sensitivität aufwies (Jääskelainen, A. J., Kuivanen, S., Kekäläinen, E., Ahava, M.J., Loginov, R., Kallio-Kokko, H., Vapalahti, O., Jarva, H., Kurkela, and Lappalainen, M. (2020), J. Clin. Virology 129, 104512).Several post-published publications by independent researchers have confirmed the inventors' findings. Jääskelainen et al. drew the conclusion that of six commercially available serological tests, the EUROIMMUN assay based on the detection of antibodies of the immunoglobulin class IgA against S1 showed the highest sensitivity (Jääskelainen, AJ, Kuivanen, S., Kekäläinen, E., Ahava , MJ, Loginov, R., Kallio-Kokko, H., Vapalahti, O., Jarva, H., Kurkela, and Lappalainen, M. (2020), J. Clin. Virology 129, 104512).
Beavis et al. bestätigten, dass die Sensitivität des IgA-basierten Tests gemäß der vorliegenden Erfindung in einer Frühphase der Krankheit überlegen ist, wohingegen der IgGbasierte Assay zu späteren Phasen überlegen ist, genauer wenigstens vier Tage nach der Diagnose durch PCR (Beavis, K. G., Mathushek, S. M., Abeleda, A. P. F., Bethel, C., Hunt, C., Gillen, S., Moran, A., and Tesic, V. (2020) Evaluation of the EUROIMMUN Anti-SARS-CoV-2 ELISA Assay for detection of IgA and IgG antibodies, J. Clin. Virology 129, 104468).Beavis et al. confirmed that the sensitivity of the IgA-based test according to the present invention is superior in an early phase of the disease, whereas the IgG-based assay is superior in later phases, more precisely at least four days after diagnosis by PCR (Beavis, KG, Mathushek, SM, Abeleda, APF, Bethel, C., Hunt, C., Gillen, S., Moran, A., and Tesic, V. (2020) Evaluation of the EUROIMMUN Anti-SARS-CoV-2 ELISA Assay for detection of IgA and IgG antibodies, J. Clin. Virology 129, 104468).
Insgesamt kann der Test gemäß der vorliegenden Erfindung für den frühen Nachweis diagnostisch relevanter Antikörper gegen SEQ ID NO1 verwendet werden. In einigen Patienten können richtig positive Ergebnisse vor Ablauf von sechs Tagen nach dem Ausbruch der Symptome erzielt werden. Daher trägt der Test dazu bei, die diagnostische Lücke zwischen der Zeit, in der PCR-basierte Tests verwendet werden können und der Zeit, in der Immuntests verwendet werden können, zu schließen oder wenigstens zu verkleinern.Overall, the test according to the present invention can be used for the early detection of diagnostically relevant antibodies against SEQ ID NO1. In some patients, truly positive results can be achieved within six days of the onset of symptoms. Therefore, the test helps to close, or at least narrow, the diagnostic gap between the time that PCR-based tests can be used and the time that immunoassays can be used.
Beispiel 2: Eine erweiterte ELISA-Studie mit dem Ziel, die diagnostische Zuverlässigkeit und Relevanz der Tests zum Nachweis von einem Antikörper gegen SEQ ID NO1 weiter zu charakterisierenExample 2: An extended ELISA study with the aim of further characterizing the diagnostic reliability and relevance of the tests for the detection of an antibody against SEQ ID NO1
Um die Sensitivität zu bestimmen, wurde die Anwesenheit oder Abwesenheit von Antikörpern der Immunglobulin-Klasse IgA in 166 Proben von 152 europäischen Patienten unter Verwendung von EUROIMMUN-Produkt Nr. EI 2606-9601 A nachgewiesen. Das Vorliegen einer SARS-CoV-2-Infektion war zuvor unter Verwendung der RT-PCR gemäß
Kurz gesagt basiert dieser Test auf einem ELISA unter Verwendung einer Mikrotiterplatte, die mit einem Antigen beschichtet ist, das aufgereinigtes SEQ ID NO1 umfasst. Nach einer Inkubation mit Proben und umfangreichen Waschschritten unter Verwendung von physiologischen Puffern wird ein sekundärer Antikörper gegen Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA, der mit einer enzymatisch aktiven Markierung versehen ist, verwendet, um Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA gegen SEQ ID NO1 spezifisch mit einer Markierung zu versehen, gefolgt von einer Inkubation mit einem chromogenen Substrat. Die Details können der Anleitung entnommen werden, die mit dem Produkt geliefert wird.Briefly, this test is based on an ELISA using a microtiter plate coated with an antigen comprising purified SEQ ID NO1. After incubation with samples and extensive washing steps using physiological buffers, a secondary antibody against antibodies of the immunoglobulin class IgA, which is provided with an enzymatically active label, is used to specifically target antibodies of the immunoglobulin class IgA against SEQ ID NO1 with a Labeling followed by incubation with a chromogenic substrate. The details can be found in the instructions that come with the product.
Die serologischen Charakterisierungen wurden mit Proben ausgeführt, die im Verlauf der Infektion abgenommen wurden.The serological characterizations were carried out with samples taken during the course of the infection.
Mit Proben, die bis zum Tag 10 nach Ausbruch der Symptome oder der direkten Detektion abgenommen worden waren, konnte eine Sensitivität von 60,2 % betreffend Antikörper der Immunglobulin-Klasse IgA gegen SEQ ID NO1 bestimmt werden. Die Sensitivität betrug 98,6 %, wenn nach Tag 10 erhaltene Proben verwendet wurden.With samples taken up to
Die Ergebnisse und Immunantworten sind jedoch hochgradig individuell. Z. B. kann eine Minderheit von Patienten keine IgA-, IgG- oder IgM-Antwort oder überhaupt keine der genannten Immunantworten zeigen.The results and immune responses, however, are highly individual. For example, a minority of patients may not show an IgA, IgG or IgM response or none of the aforementioned immune responses at all.
Beispiel 3: Persistieren von diagnostisch relevanten Antikörpern über die Zeit bei SARS-CoV-2-Patienten, gezeigt mittels ELISAExample 3: Persistence of diagnostically relevant antibodies over time in SARS-CoV-2 patients, shown by means of ELISA
Der Zeitverlauf von Konzentrationen von Antikörpern gegen SEQ ID NO1 (IgA, IgG) und N-Protein (IgG, IgM) wurde in zwei Patienten überwacht (
Aus der sehr frühen Phase der Krankheit standen keine Proben zur Verfügung. Der Verlauf der Krankheit wurde jedoch länger als vier Monate überwacht. Zunächst waren IgA und IgG gegen SEQ ID NO1 und IgG, aber kein IgM gegen N-Protein nachweisbar. In beiden Patienten war nach vier Monaten wenigstens IgA oder IgG gegen SEQ ID NO1 nachweisbar, wohingegen IgG gegen N-Protein schon zwei Monate nach der ersten positiven PCR abwesend oder nur noch schwach nachweisbar war.No samples were available from the very early phase of the disease. However, the course of the disease was monitored for more than four months. Initially, IgA and IgG against SEQ ID NO1 and IgG, but no IgM against N-protein, were detectable. In both patients after four months at least IgA or IgG against SEQ ID NO1 was detectable, whereas IgG against N-protein was absent or only weakly detectable two months after the first positive PCR.
Diese Ergebnisse zeigen, dass Antikörper gegen SEQ ID NO1 wenigstens in einigen Patienten länger anzutreffen sind als Antikörper gegen N-Protein. Die Konzentration der IgA-Antikörper verringert sich schneller als die Konzentration der IgG-Antikörper, aber IgA-Antikörper können aufgrund ihres anfänglich höheren Signals auch beim Verschwinden noch dominant sein.These results show that antibodies against SEQ ID NO1 are present for longer than antibodies against N-protein, at least in some patients. The concentration of IgA antibodies decreases faster than the concentration of IgG antibodies, but IgA antibodies can still be dominant after they disappear due to their initially higher signal.
Das Überwachen eines anderen Zeitverlaufs mit einem dritten Patienten ist in
Beispiel 4: ELISA-basiertes Überwachen verschiedener Antikörper über ZeitExample 4: ELISA-based monitoring of various antibodies over time
Der Zeitverlauf der Konzentrationen von IgA- und IgG-Antikörpern gegen SED ID NO1 und IgG- und IgM-Antikörpern gegen N-Protein wurde unter Verwendung von ELISA-Kits EI 2606 A/G und EI 2606-2 G/M (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika AG) bestimmt. Es wurden je vier Proben von zwei Patienten untersucht, die an einer SARS-CoV-2-Infektion litten. Die Ergebnisse sind in Tabelle 2 gezeigt:
Bei beiden überwachten Patienten ist das IgA-Signal am stärksten und kann in einem Zeitfenster von wenigstens 47 Tagen nachgewiesen werden. IgG gegen SEQ ID NO1 kann über die gesamte Zeitspanne der Überwachung nachgewiesen werden. Im Gegensatz dazu sind IgG gegen N-Protein nur zu den ersten zwei (Patient 1) oder drei (Patient 2) Zeitpunkten nachweisbar, nur knapp über dem cut off-Wert. IgM gegen N-Protein ist zu keinem Zeitpunkt nachweisbar.The IgA signal is strongest in both of the monitored patients and can be detected within a time window of at least 47 days. IgG against SEQ ID NO1 can be detected over the entire period of monitoring. In contrast to this, IgG against N-protein are only detectable at the first two (patient 1) or three (patient 2) points in time, only slightly above the cut-off value. IgM against N-protein cannot be detected at any time.
Es kann die Schlussfolgerung gezogen werden, dass Antikörper gegen SEQ ID NO1 deutlich länger persistieren als Antikörper gegen N-Protein, wobei IgG gegen SEQ ID NO1 über die gesamte Zeitspanne von 130 Tagen nachweisbar sind. Dies bestätigt die höhere Sensitivität des Tests gemäß der vorliegenden Erfindung.It can be concluded that antibodies against SEQ ID NO1 persist significantly longer than antibodies against N-protein, with IgG against SEQ ID NO1 being detectable over the entire period of 130 days. This confirms the higher sensitivity of the test according to the present invention.
Beispiel 5: Nachweis von Antikörpern gegen SEQ ID NO1 unter Verwendung eines Chemilumineszenz-Immuntests (ChLIA)Example 5: Detection of antibodies against SEQ ID NO1 using a chemiluminescence immunoassay (ChLIA)
Ein EUROIMMUN Random Access RA 10-Analyzer (YG 0710-0101) wurde gemäß den Anleitungen des Herstellers und mit den Grundeinstellungen verwendet.A EUROIMMUN
Tosylaktivierte magnetische Beads (M-280, Invitrogen) wurden unter Verwendung der Anleitung des Herstellers beschichtet. Kurz gesagt wurden die Beads in Beschichtungspuffer (0,1 M Natriumphosphat pH 7,4) 10 Minuten lang bei 37 °C auf einem IKA-Roller 10 (geliefert von VWR) gewaschen, gefolgt von der magnetischen Konzentrierung der Beads und dem Entfernen von Überstand. Rekombinantes Polypeptid, aufgereinigt gemäß Beispiel 1, wurde im gleichen Puffer hinzugefügt, gefolgt von der Zugabe von 1 M Ammoniumsulfat und Inkubation unter den gleichen Bedingungen 19 Stunden lang, gefolgt von zwei Waschschritten unter Verwendung von Waschpuffer (PBS pH 7,4 0,5% BSA 0,2 % Tween-20), Blockieren im gleichen Puffer 4 Stunden lang bei 37 °C und zwei weiteren Waschschritten. Die Beads wurden im gleichen Puffer wenigstens 16 Stunden lang bei 4 °C gelagert (PBS pH 7,4 0,1 % BSA 0,2 % Tween-20).Tosyla activated magnetic beads (M-280, Invitrogen) were coated using the manufacturer's instructions. Briefly, the beads were washed in coating buffer (0.1 M sodium phosphate pH 7.4) for 10 minutes at 37 ° C on an IKA roller 10 (supplied by VWR), followed by magnetic concentration of the beads and removal of supernatant . Recombinant polypeptide, purified according to Example 1, was added in the same buffer, followed by the addition of 1 M ammonium sulfate and incubation under the same conditions for 19 hours, followed by two washing steps using washing buffer (PBS pH 7.4 0.5% BSA 0.2% Tween-20), blocking in the same buffer for 4 hours at 37 ° C and two further washing steps. The beads were stored in the same buffer for at least 16 hours at 4 ° C (PBS pH 7.4 0.1% BSA 0.2% Tween-20).
Der Test wurde durch Vermischung von magnetischen Beads mit Probenpuffer (BSA/Tween-20 in Tris-HCI EDTA) durchgeführt. 20 µl Bead-Suspension (1 mg/ml) wurde mit 5 µl Probe in einem Gesamtvolumen von 200 µl in Probenpuffer kontaktiert. Nach der zehnminütigen Inkubation wurden die Beads dreimal in Probenpuffer gewaschen, gefolgt von der Zugabe von 160 µl IgG-/IgA-/IgM-Konjugat (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostik AG, LK 0711-10010, im Wesentlichen ein sekundärer Antikörper markiert mit Acridiniumester) und Inkubation 10 Minuten lang bei 37 °C. Nach drei Waschschritten wurde alkalisches Wasserstoffperoxid schnell hinzugegeben und vermischt, um die Emission von Licht auszulösen, gefolgt von sofortigem Lumineszenz-Nachweis 10 Sekunden lang. Die Ergebnisse sind in Tabelle 3 gezeigt:
Die Patienten 1 bis 3 litten unter einer SARS-CoV-2-Infektion, wohingegen die Patienten 4 bis 8 Negativ-Kontrollen waren.
Insgesamt konnten mit ELISA und ChLIA hochgradig konsistente Ergebnisse erzielt werden. Overall, highly consistent results were achieved with ELISA and ChLIA.
Beispiel 6: Indirekter Immunfluoreszenz-Test (IFA) mit HEK-S1-Zellen, die SEQ IQ NO2 exprimiertenExample 6: Indirect immunofluorescence test (IFA) with HEK-S1 cells which expressed SEQ IQ NO2
Ein IFA wurde unter Verwendung von Glasträgern mit einer Biochip-Anordnung mit rekombinanten HEK293-Zellen durchgeführt, die SARS-CoV-2 S1-Protein exprimierten oder mit HEK293-Kontrollzellen, um zu zeigen, dass dieses Verfahren zum Nachweis von Antikörpern gegen SEQ ID NO1 verwendet werden kann.An IFA was performed using glass slides with a biochip array with recombinant HEK293 cells expressing SARS-CoV-2 S1 protein or with HEK293 control cells to show that this method could be used to detect antibodies against SEQ ID NO1 can be used.
Jedes Biochip-Mosaik wurde mit 35 µl 1:100 PBS-verdünnten Serumproben bei Raumtemperatur 30 Minuten lang inkubiert, mit PBS-Tween gewaschen und 5 Minuten lang in PBS-Tween eingetaucht. Im zweiten Schritt wurde Fluorescein-Isothiocyanat (FITC)-markierter Ziegen-Anti-humaner IgG (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika AG, Lübeck) zugefügt und es wurde 30 Minuten lang bei Raumtemperatur inkubiert. Die Träger wurden anschließend mit einer Spülung mit PBS-Tween gewaschen und anschließend 5 Minuten lang in PBS-Tween eingetaucht. Die Glasträger wurden in PBS-gepuffertes, DABCO enthaltendes Glyzerin (ungefähr 10 µl pro Feld) eingebettet und mittels Fluoreszenz-Mikroskopie untersucht. Alternativ wurden die Träger vor Serum-Inkubation 30 Minuten lang mit PBS inkubiert, und gebundene menschliche IgGs wurden durch 30-minütige Inkubation mit anti-humanem IgG-Biotin (1:200, 109-065-098, Dianova), nachgewiesen, gefolgt von einem Waschschritt wie oben beschrieben und 30 Minuten Inkubation mit ExtrAvidin-FITC (1:2000, E2761, Sigma-Aldrich), gefolgt von einem weiteren Waschschritt. Die Proben wurden basierend auf der Fluoreszenz-Intensität der transfizierten Zellen im direkten Vergleich mit zur Kontrolle transfizierten Zelle und Kontrollproben als positiv oder negativ klassifiziert. Die Ergebnisse wurden von zwei unabhängige Beobachtern unter Verwendung eines EUROStar II-Mikroskopes (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika AG, Lübeck, Deutschland) evaluiert. Die Reagenzien wurden von Merck, Darmstadt, Deutschland oder Sigma-Aldrich, Heidelberg, Deutschland erhalten, wenn es nicht anders angegeben wurde.Each biochip mosaic was incubated with 35 µl serum samples diluted 1: 100 PBS at room temperature for 30 minutes, washed with PBS-Tween and immersed in PBS-Tween for 5 minutes. In the second step, fluorescein isothiocyanate (FITC) -labeled goat anti-human IgG (EUROIMMUN Medical Labordiagnostika AG, Lübeck) was added and incubated for 30 minutes at room temperature. The slides were then washed with a PBS-Tween rinse and then immersed in PBS-Tween for 5 minutes. The glass slides were embedded in PBS-buffered glycerol containing DABCO (approximately 10 μl per field) and examined by means of fluorescence microscopy. Alternatively, the slides were incubated with PBS for 30 minutes prior to serum incubation, and bound human IgGs were detected by incubation with anti-human IgG-biotin (1: 200, 109-065-098, Dianova) for 30 minutes, followed by a washing step as described above and incubation for 30 minutes with ExtrAvidin-FITC (1: 2000, E2761, Sigma-Aldrich), followed by a further washing step. The samples were classified as positive or negative based on the fluorescence intensity of the transfected cells in direct comparison with cells transfected to the control and control samples. The results were evaluated by two independent observers using a EUROStar II microscope (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika AG, Lübeck, Germany). The reagents were obtained from Merck, Darmstadt, Germany or Sigma-Aldrich, Heidelberg, Germany, unless otherwise stated.
Ein S1-lgG-ELISA-positives Patientenserum (PS) zeigte eine positive Reaktion mit S1 (SEQ ID NO2), aber nicht mit einer zur Kontrolle transfizierten HEK-Zelle (
Beispiel 7: ImpfstudienExample 7: Vaccination Studies
Ein gesundes Subjekt erhielt an Tag 1 eine Injektion von 12,86 µg rekombinantem S1-Protein in physiologischem PBS (SEQ ID NO3) in den Musculus Quadrizeps. Alum Adjuvans (Twinrix für Erwachsene, EMRA-MED Arzneimittel GmbH) wurde gemäß Anleitung des Herstellers verwendet. An den Tagen 9, 21 und 28 erhielt das Subjekt eine Injektion von weiteren 12,86 µg S1-Protein in physiologischem PBS-Puffer und 10 µl Imject Alaun Adjuvans in 500 µl Natriumchlorid-Lösung.On
Blutproben wurden in den Tagen 10, 23 und 29 entnommen.Blood samples were taken on
Die Anwesenheit von IgG- und IgA-Antikörpern gegen SARS-CoV-2 S1- und gegen N-Protein wurde in Serumproben des gesunden Subjekts unter Verwendung von serologischen Kits (EUROIMMUN Medizinische Labordiagnostika AG, EI 2606-9601 A, EI 2606-9601 G, EI 2606-9601-2 G) gemäß der Anleitung des Herstellers bestimmt.The presence of IgG and IgA antibodies against SARS-CoV-2 S1 and against N protein was determined in serum samples from the healthy subject using serological kits (EUROIMMUN Medical Labordiagnostika AG, EI 2606-9601 A, EI 2606-9601 G , EI 2606-9601-2 G) according to the manufacturer's instructions.
Als Kontrollen wurden Proben von gesunden Blutspendern und von Patienten mit SARS-CoV-2-Infektionen verwendet.
Tabelle 1: Antikörper gegen SARS-CoV-2-Antigene in einem Subjekt, das unter Verwendung von S1-Protein geimpft worden war
Von zwei Patienten, die unter einer SARS-CoV-2-Infektion litten (Positiv-Kontrollen), wurden Proben 17 und 19 Tage nach dem Ausbruch der Symptome (gewöhnlich 5-6 Tage nach der Infektion) erhalten. Die Antikörper-Konzentrationen sind in Tabelle 2 gezeigt.
Tabelle 2: Antikörper gegen SARS-CoV-2-Antigene in zwei Patienten, die an einer SARS-CoV-2-Infektion litten
In vier gesunden Subjekten, die keinen Impfstoff erhielten (Negativ-Kontrollen), wurden Proben erhalten. Die Antikörper-Konzentrationen sind in Tabelle 3 gezeigt.
Tabelle 3: Antikörper gegen SARS-CoV-2-Antigene in gesunden Subjekten
Diese Ergebnisse zeigen, dass geimpfte und infizierte Subjekte oder Subjekte, die mit einem Vakzin behandelt wurden, das SEQ ID NO1 oder eine Variante davon nicht enthält, unter Verwendung eines Tests basierend auf dem Nachweis eines Antikörpers gegen SEQ ID NO1 unterschieden werden können. Antikörper gegen das S1-Antigen im Impfstoff können in beiden nachgewiesen werden, aber Antikörper gegen das N-Protein nur in infizierten Patienten, aber nicht in geimpften Subjekten.These results show that vaccinated and infected subjects or subjects treated with a vaccine that does not contain SEQ ID NO1 or a variant thereof can be distinguished using an assay based on the detection of an antibody to SEQ ID NO1. Antibodies to the S1 antigen in the vaccine can be detected in both, but antibodies to the N protein can only be detected in infected patients and not in vaccinated subjects.
ZITATE ENTHALTEN IN DER BESCHREIBUNGQUOTES INCLUDED IN THE DESCRIPTION
Diese Liste der vom Anmelder aufgeführten Dokumente wurde automatisiert erzeugt und ist ausschließlich zur besseren Information des Lesers aufgenommen. Die Liste ist nicht Bestandteil der deutschen Patent- bzw. Gebrauchsmusteranmeldung. Das DPMA übernimmt keinerlei Haftung für etwaige Fehler oder Auslassungen.This list of the documents listed by the applicant was generated automatically and is included solely for the better information of the reader. The list is not part of the German patent or utility model application. The DPMA assumes no liability for any errors or omissions.
Zitierte PatentliteraturPatent literature cited
- WO 14045254 [0015]WO 14045254 [0015]
- US 2005/0112559 [0016]US 2005/0112559 [0016]
- WO 2005/118813 [0017]WO 2005/118813 [0017]
- US 2006/0188519 [0018]US 2006/0188519 [0018]
- MN 908947 [0046]MN 908947 [0046]
- WO 2013041540 [0075]WO 2013041540 [0075]
Zitierte Nicht-PatentliteraturNon-patent literature cited
- Corman, V. M., Landt, O., Kaiser, M., et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3):2000045. doi: 10.2807/1560-7917. ES.2020.-25.3.2000045 [0008]Corman, V.M., Landt, O., Kaiser, M., et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020; 25 (3): 2000045. doi: 10.2807 / 1560-7917. ES.2020.-25.3.2000045 [0008]
- Hsue, P. R., Huang, L. M., Chen, P. J., Kao, C. L., and Yang P. C. (2004) Chronological evolution of IgM, IgA, IgG and neutralization antibodies after infection with SARS-associated coronavirus, Clinical Microbiology and Infection, 10(12), 1062-1066 [0019, 0045, 0104]Hsue, PR, Huang, LM, Chen, PJ, Kao, CL, and Yang PC (2004) Chronological evolution of IgM, IgA, IgG and neutralization antibodies after infection with SARS-associated coronavirus, Clinical Microbiology and Infection, 10 (12) , 1062-1066 [0019, 0045, 0104]
- Arthur Lesk (2008), Introduction to bioinformatics, Oxford University Press, 2008, 3rd edition [0056]Arthur Lesk (2008), Introduction to bioinformatics, Oxford University Press, 2008, 3rd edition [0056]
- Larkin, M. A., Blackshields, G., Brown, N. P., Chenna, R., McGettigan, P. A., McWilliam, H., Valentin, F., Wallace, I. M., Wilm, A., Lopez, R., Thompson, J. D., Gibson, T. J., Higgins, D. G. (2007): Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics, 23, 2947-2948 [0056]Larkin, MA, Blackshields, G., Brown, NP, Chenna, R., McGettigan, PA, McWilliam, H., Valentin, F., Wallace, IM, Wilm, A., Lopez, R., Thompson, JD, Gibson, TJ, Higgins, DG (2007): Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics, 23, 2947-2948 [0056]
- Beal, J., Mitechell, T., Wyschogrod, W., Manthey, J, and Clore, A. (2020) Highly Distinguished Amino Acid Sequences of 2019-nCoV (Wuhan Coronavirus) doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.31.929497 [0057]Beal, J., Mitechell, T., Wyschogrod, W., Manthey, J, and Clore, A. (2020) Highly Distinguished Amino Acid Sequences of 2019-nCoV (Wuhan Coronavirus) doi: https://doi.org/ 10.1101 / 2020.01.31.929497 [0057]
- Hua, R., Zhou, Y., Wang, Y., Hua, Y and Tong, T. (2004). Identification of two antigenic epitopes on SARS-CoV spike protein, BBR 319, 929-935 [0057]Hua, R., Zhou, Y., Wang, Y., Hua, Y and Tong, T. (2004). Identification of two antigenic epitopes on SARS-CoV spike protein, BBR 319, 929-935 [0057]
- Dahlke, C., Heidepriem, J., Kobbe, R., Santer R., Koch, T., Fathi, A., Ly, M. L, Schmiedel, S., Seeberger, P. H., ID-UKE COVID-19 study group, Addo, M. M., and Loeffler, F. F. (2020) https://doi.org/10.1101/2020.04.14.20059733doi [0057]Dahlke, C., Heidepriem, J., Kobbe, R., Santer R., Koch, T., Fathi, A., Ly, M. L, Schmiedel, S., Seeberger, PH, ID-UKE COVID-19 study group, Addo, MM, and Loeffler, FF (2020) https://doi.org/10.1101/2020.04.14.20059733doi [0057]
-
Reischl, U., Molecular Diagnosis of Infectious diseases, Humana Press, 1998, z. B. Kapitel 12, 15, 16, 18 und 19 [0061]Reischl, U., Molecular Diagnosis of Infectious Diseases, Humana Press, 1998, e.g.
B. Chapters 12, 15, 16, 18 and 19 [0061] - Reischl, U., Molecular Diaignosis of Infectious diseases, Humana Press, 1998, z. B. Kapitel 21-26 [0061]Reischl, U., Molecular Diaignosis of Infectious Diseases, Humana Press, 1998, e.g. B. Chapters 21-26 [0061]
- Zane, H. D. (2001): Immunology - Theoretical & Practical Concepts in Laboratory Medicine, W. B. Saunders Company, insbesondere in Kapitel 14 [0062]Zane, H. D. (2001): Immunology - Theoretical & Practical Concepts in Laboratory Medicine, W.B. Saunders Company, especially in Chapter 14 [0062]
- Raoult, D., and Dasch, G. A. (1989), The line blot: an immunoassay for monoclonal and other antibodies. Its application to the serotyping of gramnegative bacteria. J. Immunol. Methods, 125 (1-2), 57-65 [0075]Raoult, D., and Dasch, G.A. (1989), The line blot: an immunoassay for monoclonal and other antibodies. Its application to the serotyping of gram negative bacteria. J. Immunol. Methods, 125 (1-2), 57-65 [0075]
- Kricka, L. J. (2003). Clinical applications of chemiluminescence. Analytica chimica acta, 500(1): 279-286 [0079]Kricka, L.J. (2003). Clinical applications of chemiluminescence. Analytica chimica acta, 500 (1): 279-286.
- Weeks, I., Beheshti, I., McCapra, F., Campbell, A. K., Woodhead, J. S. (1983) Acridinium esters as high specific activity labels in immunoassay. Clin Chem 29: 1474-1479 [0079]Weeks, I., Beheshti, I., McCapra, F., Campbell, A.K., Woodhead, J.S. (1983) Acridinium esters as high specific activity labels in immunoassay. Clin Chem 29: 1474-1479 [0079]
- „Mountants and Antifades“, published by Wright Cell Imaging Facility, Toronto Western Research Institute University Health Network (https://de. scribd. com/document/47879592/Mountants-Antifades) [0082]"Mountants and Antifades", published by Wright Cell Imaging Facility, Toronto Western Research Institute University Health Network (https: // de. Scribd. Com / document / 47879592 / Mountants-Antifades) [0082]
- Krenek et al. (1989) Comparison of antifading agents used in immunofluorescence, J. Immunol. Meth 117, 91-97 and Nairn et al. (1969) Microphotometry in Immunofluorescence, Clin. Exp. Immunol. 4, 697-705 [0082]Krenek et al. (1989) Comparison of antifading agents used in immunofluorescence, J. Immunol. Meth 117, 91-97 and Nairn et al. (1969) Microphotometry in Immunofluorescence, Clin. Exp. Immunol. 4, 697-705 [0082]
- Sambrook, J. , Fritsch, E. F. and Maniatis, T. (1989), Molecular Cloning, CSH or in Brown T. A. (1986), Gene Cloning - an introduction, Chapman & Hall [0083]Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T. (1989), Molecular Cloning, CSH or in Brown T.A. (1986), Gene Cloning - an introduction, Chapman & Hall [0083]
- Handbücher „Strategies for Protein Purification“, „Antibody Purification“, published by GE Healthcare Life Sciences, and in Burgess, R. R. , Deutscher, M. P. (2009): Guide to Protein Purification [0083]Handbooks "Strategies for Protein Purification", "Antibody Purification", published by GE Healthcare Life Sciences, and in Burgess, R. R., Deutscher, M. P. (2009): Guide to Protein Purification [0083]
- Corman et al. (2020) Diagnostic detection of 2019-nCoV by real-time RT-PCR, https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2 [0093]Corman et al. (2020) Diagnostic detection of 2019-nCoV by real-time RT-PCR, https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2 [0093]
- Corman VM, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill 25(3): pii=2000045 (2020-01-23) [0108]Corman VM, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill 25 (3): pii = 2000045 (2020-01-23) [0108]
Claims (15)
Applications Claiming Priority (6)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP20158626.0 | 2020-02-20 | ||
EP20158626.0A EP3715847A1 (en) | 2020-02-20 | 2020-02-20 | A method and reagents for the diagnosis of sars-cov-2 |
EP20158821 | 2020-02-21 | ||
EP20158821.7 | 2020-02-21 | ||
DE202020104982 | 2020-08-28 | ||
DE202020104982.8 | 2020-08-28 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE202020105116U1 true DE202020105116U1 (en) | 2020-10-06 |
Family
ID=72943506
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE202020105116.4U Active DE202020105116U1 (en) | 2020-02-20 | 2020-09-04 | Reagents and uses in diagnosing SARS-CoV-2 infection |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE202020105116U1 (en) |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112595852A (en) * | 2020-11-25 | 2021-04-02 | 四川沃文特生物技术有限公司 | Reagent kit for detecting SARS-CoV-2 virus antibody and its preparing method |
CN113493508A (en) * | 2021-06-15 | 2021-10-12 | 北京华大蛋白质研发中心有限公司 | Double-antibody sandwich ELISA kit for detecting new coronavirus N protein |
CN114989245A (en) * | 2021-03-01 | 2022-09-02 | 中国医学科学院基础医学研究所 | Polypeptide KVp-C specifically combined with SARS-CoV-2 spike protein and preparation method and application thereof |
WO2022184056A1 (en) * | 2021-03-01 | 2022-09-09 | 中国医学科学院基础医学研究所 | Polypeptide and polypeptide composition specifically binding to sars-cov-2 spike protein, and preparation methods therefor and uses thereof |
US11732030B2 (en) | 2020-04-02 | 2023-08-22 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Anti-SARS-CoV-2-spike glycoprotein antibodies and antigen-binding fragments |
US11740240B2 (en) | 2020-07-20 | 2023-08-29 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Immunoassay for SARS-CoV-2 neutralizing antibodies and materials therefor |
-
2020
- 2020-09-04 DE DE202020105116.4U patent/DE202020105116U1/en active Active
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11732030B2 (en) | 2020-04-02 | 2023-08-22 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Anti-SARS-CoV-2-spike glycoprotein antibodies and antigen-binding fragments |
US11740240B2 (en) | 2020-07-20 | 2023-08-29 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Immunoassay for SARS-CoV-2 neutralizing antibodies and materials therefor |
CN112595852A (en) * | 2020-11-25 | 2021-04-02 | 四川沃文特生物技术有限公司 | Reagent kit for detecting SARS-CoV-2 virus antibody and its preparing method |
CN114989245A (en) * | 2021-03-01 | 2022-09-02 | 中国医学科学院基础医学研究所 | Polypeptide KVp-C specifically combined with SARS-CoV-2 spike protein and preparation method and application thereof |
WO2022184056A1 (en) * | 2021-03-01 | 2022-09-09 | 中国医学科学院基础医学研究所 | Polypeptide and polypeptide composition specifically binding to sars-cov-2 spike protein, and preparation methods therefor and uses thereof |
CN114989245B (en) * | 2021-03-01 | 2023-07-04 | 中国医学科学院基础医学研究所 | Polypeptide KVP-C specifically combined with SARS-CoV-2 spike protein and its preparing method and use |
CN113493508A (en) * | 2021-06-15 | 2021-10-12 | 北京华大蛋白质研发中心有限公司 | Double-antibody sandwich ELISA kit for detecting new coronavirus N protein |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
DE202021100842U1 (en) | Methods and reagents for diagnosing SARS-CoV-2 infection | |
DE202020105116U1 (en) | Reagents and uses in diagnosing SARS-CoV-2 infection | |
DE202020105117U1 (en) | Reagents and uses in diagnosing SARS-CoV-2 infection | |
DE202020005492U1 (en) | Detection of antibodies against Sarsr-Cov | |
EP1297187B2 (en) | Method for the detection of Influenza A/B viruses in saliva | |
DE112017000924T5 (en) | An immunoassay for the diagnosis of viral infections | |
EP3855186A2 (en) | A method for determining the efficacy of a sars-cov-2 vaccine | |
JPS62501450A (en) | Competitive ELISA for detection of antibodies | |
EP3505935B1 (en) | Method for the diagnosis of a borna virus infection | |
US10408836B2 (en) | Methods of detecting influenza virus | |
CN111273017A (en) | Fluorescence immunochromatography kit for rapidly detecting novel coronavirus | |
EP2649448A2 (en) | Method for detecting anti-nmda receptor autoantibodies for use in diagnostic procedures | |
CN101701959A (en) | Fluorescent test strip for rapidly testing and immunizing Newcastle disease virus and application | |
PT2748612T (en) | Improved vaccine diagnostics | |
CA3125206A1 (en) | Specific monoclonal antibodies for the hepatitis pb2 of the influenza humana (flu), nucleic acid sequences; method and kit of inprol produced by flu | |
WO2022069704A2 (en) | Immunodiagnostic agents and methods for the detection and differentiation of coronavirus infections | |
RU2698052C2 (en) | Specific monoclonal antibodies of antigen and human metapneumovirus (hmpv) and method for use thereof in diagnostic technique | |
EP0776906A2 (en) | Sm-D peptide antigens and their use especially in the diagnosis of systemic lupus erythromatodes | |
EP4161948A1 (en) | Variant sars-cov-2 proteins and uses thereof | |
EP3761029B1 (en) | A novel assay for the diagnosis of nematode infections | |
Bannai et al. | Improving a complement-fixation test for equine herpesvirus type-1 by pretreating sera with potassium periodate to reduce non-specific hemolysis | |
Sahu et al. | Comparative profile of circulating antigenic peptides in CSF, serum & urine from patients with neurocysticercosis diagnosed by immunoblotting | |
EP3671212A2 (en) | Method for the diagnosis of autoimmune gastritis | |
DE102014205098B4 (en) | Methods and uses of means for detecting dengue virus infection | |
CN110741099B (en) | Method for assessing severity of dengue virus infection in individual, detection device and detection kit |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
R207 | Utility model specification | ||
R197 | New subsequently filed claims on ip dossier | ||
R150 | Utility model maintained after payment of first maintenance fee after three years |