DE102020200081A1 - Computer system, method and computer program for the more precise quantitative measurement of lesion changes from radiological image data from two measurements - Google Patents
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Abstract
Die Erfindung betrifft eine technische Lösung, insbesondere ein Computersystem, ein Verfahren und ein Computerptrogramm, jeweils unter Verwendung eines Rechengeräts, das heißt eines Computers, um aus radiologischen Bilddaten, insbesondere aus MRT, zwischen zwei zeitlich aufeinander folgende Untersuchungen desselben Patienten quantitative Informationen des zeitlichen Verlaufs über eine Läsion mittels computerimpementierter Verfahrensschritte zu erhalten, indem zwei unterschiedliche Segmentieralgorithmen auf zeitlich aufeinander folgende Aufnahmen angewendet werden, die die Läsionen segmentieren.The invention relates to a technical solution, in particular a computer system, a method and a computer program, each using a computing device, i.e. a computer, in order to obtain quantitative information of the time course from radiological image data, in particular from MRT, between two consecutive examinations of the same patient about a lesion by means of computer-implemented method steps by applying two different segmentation algorithms to consecutive recordings that segment the lesions.
Description
Einführung: In der Radiologie besteht sehr oft die Fragestellung ob sich eine Läsion, wie z.B. Tumor, Entzündung oder minderdurchblutetes Gewebe, im zeitlichen Verlauf zwischen mehreren Messungen verändern. Dabei kann der Zeitraum der zeitlichen Veränderungen von wenigen Stunden, wie typsich bei der Schlaganfalldiagnostik, bis zu mehreren Jahren, wie z.B. bei Multipler Sklerose (MS), handeln. Die radiologische Fragestellung ist dabei immer, ob sich diese Läsionen verändert haben. Bei sehr kleinen Veränderungen oder sehr vielen solcher Läsionen ist der Aufwand für den Radiologen sehr hoch und fehleranfällig.Introduction: In radiology, the question often arises as to whether a lesion, such as a tumor, inflammation or tissue with poor blood supply, changes over time between several measurements. The period of time changes can range from a few hours, as is typical for stroke diagnostics, to several years, as is the case with multiple sclerosis (MS), for example. The radiological question is always whether these lesions have changed. In the case of very small changes or a large number of such lesions, the effort for the radiologist is very high and error-prone.
Technischer Hintergrund:
- Derzeit wird in den meisten radiologischen Einrichtung keine quantitative Analyse durchgeführt sondern rein qualitativ. In den letzten Jahren wurden jedoch immer mehr Algorithmen entwickelt die diese Aufgabe automatisiert durchführen sollen. Durch die hohe Variabiiltät und hohem Signal-zu-Rauschverhältnis der Bilddaten, wie z.B. bei der Magnetresonsanztomographie (MRT), ist die Genauigkeit bei manchen Fragestellungen, wie z.B. „hat ein MS-Patient einen Progress?“, ungenügend und eine automatisierte Software hat sich hier noch nicht durchsetzen können.
- At present, in most radiological facilities no quantitative analysis is carried out, but purely qualitative. In recent years, however, more and more algorithms have been developed that are supposed to carry out this task automatically. Due to the high variability and high signal-to-noise ratio of the image data, such as in magnetic resonance imaging (MRT), the accuracy of some questions, such as "does an MS patient have a progress?", Is insufficient and automated software has become not yet able to prevail here.
Die hier beschrieben Erfindung beschreibt eine Methode, welche radiologische Bilddaten eines Patienten, z.B. aus MRT, Computertomographie (CT) oder Ultraschall, von zwei Untersuchungen als Input nimmt, eine spezielle Berechnung durchführt und dann als Output ein Screen oder Report zurückgibt, der die Informationen über die Veränderungen der Läsionen enthält, wie z.B. die Anzahl neuer Läsionen und/oder die Volumenveränderung spezifischer Läsionen. Die Erfindung wird insbesondere durch das Computersystem gemäß Anspruch 1, das Verfahren gemäß Anspruch 2 und das Computerprogramm gemäß Anspruch 3 definiert.The invention described here describes a method which takes radiological image data of a patient, for example from MRI, computed tomography (CT) or ultrasound, from two examinations as input, carries out a special calculation and then returns a screen or report as output that contains the information about which includes changes in the lesions, such as the number of new lesions and / or the change in volume of specific lesions. The invention is defined in particular by the computer system according to claim 1, the method according to claim 2 and the computer program according to claim 3.
Die spezielle Berechnung verwendet nun zwei unterschiedliche Segmentieralgorithmen bei dem Bilddaten aus erster und zweiter Messung. Dabei können verschiedenste Segmentieralgorithmen, wie z.B. klassische intensitätsbasierte Verfahren oder Deep-Learning-Verfahren wie CNNs (convolutional neural networks) angewendet werden. The special calculation now uses two different segmentation algorithms for the image data from the first and second measurements. A wide variety of segmentation algorithms, such as classic intensity-based methods or deep learning methods such as CNNs (convolutional neural networks), can be used.
Wichtig für die Erfindung ist dabei jedoch, dass die Sensititivät (richtig-positiv Rate) des ersten Verfahrens höher ist als die des zweiten Verfahrens, was auf die zweite Patientenaufnahme angewendet wird. Die Spezifität (falsch-Positiv Rate) des ersten Verfahrens darf dann vorzugsweise auch niedriger sein als die des zweiten Verfahrens - letzteres ist aber nicht zwingend notwendig. Durch dieses Vorgehen werden neue Läsionen wesentlich häufiger entdeckt was für den Patienten z.B. bei MS enorm wichtig ist und die Medikamentation erhöht oder umgestellt wird. Die Begriffe „richtig-positiv Rate“ und „falsch-positiv Rate“ sind aus der Statistik im Kontext der Ergebnisbewertung von Klassifikatoren bekannt.For the invention, however, it is important that the sensitivity (true positive rate) of the first method is higher than that of the second method, which is applied to the second patient admission. The specificity (false positive rate) of the first method may then preferably also be lower than that of the second method - but the latter is not absolutely necessary. With this approach, new lesions are discovered much more frequently, which is extremely important for the patient, e.g. in MS, and the medication is increased or changed. The terms “correct positive rate” and “false positive rate” are known from statistics in the context of evaluating the results of classifiers.
Weitere Definitionen und optionale Merkmale der Erfindung:
- Die Erfindung beinhaltet:
- Eine technische Lösung bestehend aus einem Rechengerät, das heißt einem Computer, und/oder einer Methode um aus radiologischen Bilddaten zwischen zwei Untersuchungen desselben Patienten quantitative Informationen des zeitlichen Verlaufs über eine Läsion mittels computerimpementierter Verfahrensschritte zu erhalten. Die Zeitspanne zwischen den Untersuchungen kann im Bereich von mindestens: Stunden, Tagen, Wochen, Monaten oder Jahren liegen.
- The invention includes:
- A technical solution consisting of a computing device, that is, a computer, and / or a method to obtain quantitative information on the temporal course of a lesion from radiological image data between two examinations of the same patient by means of computer-implemented method steps. The time span between examinations can be in the range of at least: hours, days, weeks, months or years.
Das Rechengerät erhält radiologische Bilddaten bzw. Bilddatensätze von einem Aufnahmegerät, das insbesondere ein MRT-, CT-, Röntgenradiograph- oder Ultraschall-Gerät ist, oder von dem zentralen Bildarchivierungssystem (PACS) der radiologischen Praxis, von zwei zeitlich voneinander getrennten Untersuchungen desselben Patienten und sendet Ausgabeinformationen in Form eines Reports an das PACS und/oder übermittelt diese Ausgabeinformationen direkt an den Computer eines Nutzers (z.B. Radiologen). Das Rechengerät und/oder das Aufnahmegerät und/oder das PACS und/oder der Computer des Nutzers sind vorzugsweise jeweils getrennt voneinander angeordnet, insbesondere in unterschiedlichen Räumen oder Gebäuden, und sind insbesondere über eine Datenfernverbindung, die insbesondere das Internet verwenden kann, miteinander verbunden.The computing device receives radiological image data or image data sets from a recording device, which is in particular an MRT, CT, X-ray radiograph or ultrasound device, or from the central image archiving system (PACS) of the radiological practice, from two temporally separated examinations of the same patient and sends output information in the form of a report to the PACS and / or transmits this output information directly to the computer of a user (e.g. radiologist). The computing device and / or the recording device and / or the PACS and / or the computer of the user are preferably arranged separately from one another, in particular in different rooms or buildings, and are in particular connected to one another via a remote data connection that can use the Internet in particular.
Die zwei zeitlich voneinander getrennten Bilddatensätze desselben Patienten müssen von der gleichen Aufnahmegerätart sein. Es ist z.B. zulässig, zwei mal ein MRT-Gerät zu verwenden, aber unzulässig, einmal ein MRT- und beim zweitenmal ein Röntgenradiographgerät zu verwenden. Es muss aber nicht zwangsläufig das gleiche oder identische physische Gerät verwendet werden, es ist z.B. zulässig, zwei MRT Scanner von unterschiedlichen Herstellern zur Ermittlung des ersten und zweiten Bilddatensatzes zu verwenden.The two temporally separated image data sets of the same patient must be from the same type of recording device. For example, it is permissible to use an MRI device twice, but not to use an MRI device once and an X-ray radiograph device the second time. However, the same or identical physical device does not necessarily have to be used; it is, for example, permissible to use two MRT scanners from different manufacturers to determine the first and second image data set.
Die am Rechengerät ankommende Bilddatensätze werden automatisch nach ihrer zeitlichen Reihenfolge sortiert, z.B. aus den Informationen des Bilddatensatzes im DICOM-Format, was das medizinische Standardformat für Bilddaten darstellt, oder werden vom Nutzer/Radiologen selbst sortiert.The image data sets arriving at the computing device are automatically sorted according to their chronological order, e.g. from the information in the image data set in DICOM format represents medical standard format for image data, or are sorted by the user / radiologist himself.
Falls die Bilddatensätze mehrere unterschiedliche Kontrastaufnahmen (Sequenzen) enthalten, werden diese wieder entweder automatisch in Kontrastklassen klassifziert und/oder manuell vom Nutzer den Kontrastklassen zugeordnet.Z.B. gibt es bei der MRT T1-gewichtete und T2-gewichtete Sequenzen oder mit verschiedenen Möglichkeiten der Unterdrückung von bestimmten Gewebesignalen wie z.B. Blut oder Fett.If the image data records contain several different contrast recordings (sequences), these are again either automatically classified into contrast classes and / or manually assigned to the contrast classes by the user. MRI has T1-weighted and T2-weighted sequences or with various options for suppressing certain tissue signals such as blood or fat.
Aus den zeitlich sortierten und nach Kontrastklassen aufgeteilten Sequenzen wird nun eine vorab definierte Kontrastklassenserie für die weitere Berechnung verwendet. Hier wird auf die beiden Bilddatensätze zwei unterschiedliche Segmentieralgorithmen -die genaue Art ist nicht Gegenstand dieser Erfindungsmeldung, es kann also eine klassische Intensitätsbasierte Methode oder ein Convolutional Neuronales Netz sein- angewendet, der die Läsionen segmentiert, also die Bildpixel bei 2D- und die Bildvoxel bei 3D-Bilddaten klassifziert, die eine Läsion darstellen.A previously defined series of contrast classes is now used for the further calculation from the sequences sorted by time and subdivided according to contrast classes. Here, two different segmentation algorithms are applied to the two image data sets - the exact type is not the subject of this disclosure, it can therefore be a classic intensity-based method or a convolutional neural network - which segments the lesions, i.e. the image pixels for 2D and the image voxels for Classified 3D image data representing a lesion.
Der Segmentieralgorithmus der auf den zeitlich ersten Bilddatensatz angewendet hat eine höhere Sensitivität -auch bezeichnet als Richtig-Positiv Rate- in der Erkennung der Läsionen, als der Segmentieralgorithmus auf dem zweiten Datensatz. Der zweite dafür eine höhere Spezifität - auch bezeichnet als Richtig-Negativ Rate.The segmentation algorithm applied to the temporally first image data set has a higher sensitivity - also referred to as the correct positive rate - in the detection of the lesions than the segmentation algorithm on the second data set. The second has a higher specificity - also known as the true-negative rate.
Optional: Die zusammengehörigen aneinander liegenden Läsionspixel/-voxel werden zu Läsionen (Cluster) zusammengefügt. Es können bestimmte Randbedingungen an die Cluster gestellt werden, wie z.B. Mindestvolumen, räumliche Koordinate des Clusters. Die zwei sortierten Bilddatensätze werden aufeinander registriert (dies kann z.B. durch affine oder elastische Registrierung geschehen)Optional: The related adjacent lesion pixels / voxels are combined to form lesions (clusters). Certain boundary conditions can be placed on the clusters, such as minimum volume, spatial coordinates of the cluster. The two sorted image data sets are registered on top of each other (this can be done, for example, by affine or elastic registration)
Auf den registrierten Bilddaten werden nun die klassifizierten Läsionscluster innerhalb eines Algorithmuses miteinander verglichen und ausgewertet (z.B. welche Läsion ist neu dazugekommen bzw. hat sich vergrößert)On the registered image data, the classified lesion clusters are compared with one another within an algorithm and evaluated (e.g. which lesion has been added or has enlarged)
Die Informationen werden entsprechend zusammengefasst und dem Nutzer wie oben beschrieben zur Verfügung gestellt, insbesondere in einem Report.The information is summarized accordingly and made available to the user as described above, in particular in a report.
Anmerkungen:
- Die Erfindung kann auch wie folgt beschrieben werden:
- 1. Eine technische Lösung bestehend aus einem Rechengerät und einer Methode um aus radiologische Bilddaten zwischen zwei Untersuchungen desselben Patienten quantitative Informationen des zeitlichen Verlaufs über eine Läsion zu erhalten.
- 1.1 Die Recheneinheit erhält radiologische Bilddaten von einem Aufnahmegerät (MRT, CT, Röntgenradiograph oder Ultraschall) oder dem zentralen Bildarchivierungssystem (PACS) der radiologischen Praxis von zwei zeitlich voneinander getrennten Untersuchungen desselben Patienten und sendet Ausgabeinformationen in Form eines Reports an das PACS und/oder übermittelt diese Ausgabeinformationen direkt an den Computer eines Nutzers (z.B. Radiologen).
- 1.2 Die zwei zeitlich voneinander getrennten Bilddatensätze desselben Patienten müssen von der gleichen Aufnahmegerätart sein (z.B. zwei mal mit einem MRT) aber nicht zwangsläufig das gleiche physische Gerät (z.B. zwei MRT Scanner von unterschiedlichen Herstellern).
- 1.3 Die ankommende Bilddatensätze werden automatisch nach ihrer zeitlichen Reihenfolge sortiert (z.B. aus den Informationen des Bilddatensatzes im DICOM-Format, was das medizinische Standardformat für Bilddaten darstellt) oder werden vom Nutzer/Radiologen selbst sortiert.
- 1.4 Falls die Bilddatensätze mehrere unterschiedliche Kontrastaufnahmen (Sequenzen) enthalten, werden diese wieder entweder automatisch klassifziert und/oder manuell vom Nutzer benannt (z.B. gibt es bei der MRT T1-gewichtete und T2-gewichtete Sequenzen oder mit verschiedenen Möglichkeiten der Unterdrückung von bestimmten Gewebesignalen wie z.B. Blut oder Fett)
- 1.5 Aus den zeitlich sortierten und nach Kontrastklassen aufgeteilten Sequenzen wird nun eine vorab definierte Kontrastklassenserie für die weitere Berechnung verwendet. Hier wird auf die beiden Bilddatensätze zwei unterschiedliche Segmentieralgorithmen (die genaue Art ist nicht Gegenstand dieser Erfindungsmeldung, es kann also eine klassische Intensitätsbasierte Methode oder ein Convolutional Neuronales Netz sein) angewendet, der die Läsionen segmentiert (also die Bildpixel bei 2D und Bildvoxel bei 3D klassifziert die eine Läsion darstellen).
- 1.6 Der Segmentieralgorithmus der auf den zeitlich ersten Bilddatensatz angewendet hat eine höhere Sensitivität (Richtig-Positiv Rate) in der Erkennung der Läsionen, als der Segmentieralgorithmus auf dem zweiten Datensatz. Der zweite dafür eine höhere Spezifität (Richtig-Negativ Rate)
- 1.7 Optional: Die zusammengehörigen aneinander liegenden Läsionspixel/-voxe werden zu Läsionen (Cluster) zusammengefügt. Es können bestimmte Randbedingungen an die Cluster gestellt werden (wie z.B. Mindestvolumen, räumliche Koordinate des Clusters)
- 1.8 Die zwei sortierten Bilddatensätze werden aufeinander registriert (dies kann z.B. durch affine oder elastische Registrierung geschehen)
- 1.9 Auf den registrierten Bilddaten werden nun die klassifizierten Läsionscluster innerhalb eines Algorithmuses miteinander verglichen und ausgewertet (z.B. welche Läsion ist neu dazugekommen bzw. hat sich vergrößert)
- 1.10 Die Informationen werden entsprechend zusammengefasst und dem Nutzer wie oben beschrieben zur Verfügung gestellt.
- The invention can also be described as follows:
- 1. A technical solution consisting of a computing device and a method to obtain quantitative information about the course of a lesion over time from radiological image data between two examinations of the same patient.
- 1.1 The processing unit receives radiological image data from a recording device (MRT, CT, X-ray radiograph or ultrasound) or the central image archiving system (PACS) of the radiological practice of two examinations of the same patient that are separated in time and sends output information in the form of a report to the PACS and / or transmitted this output information is sent directly to the computer of a user (e.g. radiologist).
- 1.2 The two temporally separated image data sets of the same patient must be of the same type of recording device (e.g. two times with an MRT) but not necessarily the same physical device (e.g. two MRT scanners from different manufacturers).
- 1.3 The incoming image data sets are automatically sorted according to their chronological order (e.g. from the information in the image data set in DICOM format, which is the standard medical format for image data) or are sorted by the user / radiologist himself.
- 1.4 If the image data sets contain several different contrast images (sequences), these are again either automatically classified and / or manually named by the user (e.g. there are T1-weighted and T2-weighted sequences with MRI or with various options for suppressing certain tissue signals such as e.g. blood or fat)
- 1.5 From the sequences sorted in time and subdivided according to contrast classes, a previously defined series of contrast classes is now used for the further calculation. Here, two different segmentation algorithms are applied to the two image data sets (the exact type is not the subject of this disclosure, it can therefore be a classic intensity-based method or a convolutional neural network), which segments the lesions (i.e. classifies the image pixels in 2D and image voxels in 3D representing a lesion).
- 1.6 The segmentation algorithm applied to the temporally first image data set has a higher sensitivity (correct-positive rate) in the detection of the lesions than the segmentation algorithm on the second data set. The second has a higher specificity (true-negative rate)
- 1.7 Optional: The related adjacent lesion pixels / voxes are combined to form lesions (clusters). Certain boundary conditions can be placed on the clusters (such as minimum volume, spatial coordinate of the cluster)
- 1.8 The two sorted image data sets are registered on top of one another (this can be done, for example, by affine or elastic registration)
- 1.9 On the registered image data, the classified lesion clusters are compared with one another within an algorithm and evaluated (e.g. which lesion has been added or has increased in size)
- 1.10 The information is summarized accordingly and made available to the user as described above.
Anwendungsbeispiel:
- Ein Patient mit MS sollte alle 6-12 Monate zu einer MRT-Untersuchung. Die meisten kommen aber, wenn es einen symptomatischen Vorfall -einen sogenannten Schubgegeben hat, z.B. eine Verschlechterung der Bewegungsfähigkeit. Der Radiologe muss diagnostizieren, ob gleichzeitig auch im Gehirn neue Läsionen aufgetreten sind, was ein starkes Indiz für ein Progress ist. Dabei wird nun eine neue MRT-Aufnahme mit der letzten MRT-Aufnahme verglichen. Dieser Vergleich wird von der erfindungsgemäßen Software durchgeführt, die zum einen die ganze Vorverarbeitung (das Pre-processing) übernimmt (die Schritte 1.1 bis zu einschließlich 1.4) und dann den Kern der Erfindung die zwei unterschiedlich sensitiven Segmentiertechniken. Anschließend erfolgt noch das Postprocessing um mit der bestmöglichen Genauigkeit („Accuracy“: Sensitivät und Spezifität gemeinsam) die Veränderungen der Läsionen festzustellen.
- A patient with MS should have an MRI scan every 6-12 months. Most come, however, when there has been a symptomatic incident - a so-called relapse, e.g. a deterioration in mobility. The radiologist must diagnose whether new lesions have appeared in the brain at the same time, which is a strong indicator of progression. A new MRT recording is now compared with the last MRT recording. This comparison is carried out by the software according to the invention, which on the one hand takes over the entire preprocessing (steps 1.1 up to and including 1.4) and then the core of the invention is the two differently sensitive segmentation techniques. This is followed by post-processing in order to determine the changes in the lesions with the best possible accuracy (“Accuracy”: sensitivity and specificity together).
FigurenlisteFigure list
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1 zeigt eine beim erfindungsgemäßen Verfahren verwendete, typische Segmentierung13 der Läsionen des Gehirnschnitts12 im Schädel11 eines Patienten, in einer MRT-Aufnahme10 , die eine MRT-Einzelmessung ist.1 shows a typical segmentation used in the method according to the invention13th of the lesions of the brain incision12th in theskull 11 of a patient, in anMRI scan 10 , which is a single MRI measurement. -
2 zeigt eine beim erfindungsgemäßen Verfahren verwendete, Aufnahmesequenz20 zweiter zeitlich aufeinanderfolgender, im Abstand von sechs Jahren aufgenommenen MRT-Einzelmessungen desselben Patienten, die erste Aufnahme21 aus dem Jahr 2011 und die zweite Aufnahme aus dem Jahr 2017.2 shows an acquisition sequence used in the method according to the invention20th Second consecutive MRI measurements of the same patient, recorded six years apart, thefirst recording 21 from 2011 and the second recording from 2017.
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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DE102022134509A1 (en) | 2022-12-22 | 2024-06-27 | Florian Probst | IMAGE SUPPORT METHODS |
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2020
- 2020-01-07 DE DE102020200081.6A patent/DE102020200081A1/en active Pending
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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DE102022134509A1 (en) | 2022-12-22 | 2024-06-27 | Florian Probst | IMAGE SUPPORT METHODS |
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