DE102018001796B4 - GENES IN SANDERIA MALAYENSIS RESPONDING TO RISING SEAWATER TEMPERATURES, AND METHOD FOR PREDICTING PHYSICAL OR METABOLIC CHANGES OF SANDERIA MALAYENSIS - Google Patents
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Abstract
Microarray- Chip für den Nachweis einer starken Belastung mit Temperaturstress von Sanderia malayensis, auf welchem Oligonukleotide, die jede Nukleinsäuresequenz von jenen Genen bilden, die durch die SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 oder ihre Moleküle des komplementären Strangs dargestellt sind, aufgebracht sind. A microarray chip for the detection of a strong stress stress strain of Sanderia malayensis on which oligonucleotides which form any nucleic acid sequence of those genes represented by SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 or their molecules of the complementary strand are shown.
Description
[Technisches Gebiet][Technical area]
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Sanderia malayensis-Gen, das auf steigende Temperatur von Meerwasser reagiert, und ein Verfahren zur Vorhersage von physiologischen oder metabolischen Veränderungen von Sanderia malayensis unter Verwendung desselben.The present invention relates to a Sanderia malayensis gene which responds to rising seawater temperature and to a method of predicting physiological or metabolic changes of Sanderia malayensis using the same.
[Hintergrund der Erfindung]Background of the Invention
Klimawandel ist die allgemeine Bezeichnung für globale Veränderungen des Wetters in verschiedenen Zonen und zu unterschiedlichen Zeitpunkten. Es bedeutet, dass das gegenwärtige Klimasystem allmählich durch natürliche und künstliche Faktoren verändert wird. Zu den natürlichen Faktoren gehören externe Faktoren, wie, zum Beispiel, der Anstieg der stratosphärischen Aerosole (Schwebeteilchen) aufgrund von Vulkanausbrüchen, Änderungen der Sonnenaktivität oder die relative astronomische Position der Sonne und der Erde zueinander, zusätzlich zu den internen Faktoren der Biosphäre, wie, zum Beispiel, die Atmosphäre, der Ozean, das Land oder Schnee und Eis. Beispiele für künstliche Faktoren sind Änderungen in der Zusammensetzung der Atmosphäre, wie, zum Beispiel, die Zunahme von CO2 aufgrund der übermäßigen Nutzung fossiler Brennstoffe, Änderungen bei der Versiegelung des Bodens und Entwaldung. Insbesondere die globale Erwärmung ist ein großes Problem, das durch den Anstieg der Konzentration von Treibhausgasen in der Atmosphäre, die durch menschliche Aktivitäten verursacht werden, beschleunigt wird. Der daraus resultierende globale Klimawandel führt zu einem Anstieg der Temperatur von Meerwasser und zu einer Versauerung von Meerwasser. Solche Veränderungen im Meerwasser induzieren metabolische und physiologische Veränderungen bei Lebewesen und stören mindestens das marine Ökosystem. Um mit dem Stress solcher Veränderungen der Umwelt fertig zu werden, kommen Organismen aktiv mit den Veränderungen der Umwelt zurecht, indem sie physiologische oder metabolische Funktionen durch die Steuerung des Expressionsniveaus eines spezifischen Gens verändern.Climate change is the general term for global changes in the weather in different zones and at different times. It means that the current climate system is gradually being changed by natural and artificial factors. Natural factors include external factors such as, for example, the rise of stratospheric aerosols due to volcanic eruptions, changes in solar activity, or the relative astronomical position of the Sun and Earth relative to the internal factors of the biosphere, such as for example, the atmosphere, the ocean, the land or snow and ice. Examples of artificial factors include changes in the composition of the atmosphere, such as, for example, the increase in CO 2 due to the overuse of fossil fuels, changes in soil sealing, and deforestation. In particular, global warming is a major problem that is accelerated by the increase in concentration of greenhouse gases in the atmosphere caused by human activities. The resulting global climate change leads to an increase in the temperature of seawater and acidification of seawater. Such changes in seawater induce metabolic and physiological changes in living organisms and disturb at least the marine ecosystem. To cope with the stress of such environmental changes, organisms actively cope with changes in the environment by altering physiological or metabolic functions by controlling the level of expression of a specific gene.
Daher kann nicht nur Information über die Veränderung der Umwelt oder den Grad der Änderung der Umwelt in der spezifischen Region gewonnen werden, wenn die Gene, deren Expressionslevel durch die Veränderungen der äußeren Umgebung verändert werden, identifiziert und als Biomarker verwendet werden, sondern auch Information über die Auswirkungen von diesen Veränderungen der Umwelt auf die Lebenserscheinung und für die Diagnostik der Gesundheit des Organismus erhalten werden. Diese Technik ermöglicht die Erkennung von winzigen Veränderungen der Umwelt, die frühzeitige Diagnose und kann durch die Berücksichtigung von Genfunktionen vorausschauende Wirkungen haben. In der gegenwärtigen Situation, in der sich das Risiko von Störungen des Ökosystems aufgrund des Klimawandels erhöht, ist es erforderlich, eine neue Technik zu entwickeln, um den Einfluss von Veränderungen der Umwelt und die Ausstrahlungswirkung auf das Ökosystem mit Hilfe der Analyse von Genen und Nukleinsäure- Substanzen genau zu diagnostizieren.Therefore, not only information about the environmental change or the degree of environmental change in the specific region can be obtained when the genes whose expression levels are changed by the changes in the external environment are identified and used as biomarkers, but also information about the effects of these changes in the environment on the appearance of life and for the diagnosis of the health of the organism can be obtained. This technique allows the detection of minute changes in the environment, the early diagnosis and can have predictive effects by taking into account gene functions. In the current situation, where the risk of ecosystem disruption due to climate change is increasing, it is necessary to develop a new technique to study the impact of environmental changes and the ecosystem's ecosystem effect through the analysis of genes and nucleic acid - to accurately diagnose substances.
Auf der anderen Seite haben die Populationen von Quallen in den letzten Jahren weltweit zugenommen. Die massenhafte Vermehrung von Quallen verursacht große wirtschaftliche Verluste in der Fischerei, bei der Freizeitindustrie am Meer und bei der Energieerzeugungsindustrie. Da Quallen im Wesentlichen Zooplankton und kleine Fische fressen, kann die Abnahme des Zooplanktons aufgrund der Zunahme von Quallen die Vermehrung von Phytoplankton verursachen. Es wird angenommen, dass die massenhafte Vermehrung von Quallen auf den globalen Klimawandel zurückzuführen ist. Darüber hinaus scheint der Anstieg der Temperatur des Meerwassers oder die Versauerung der Ozeane eine Schlüsselrolle bei der massenhaften Vermehrung von Quallen zu spielen (Attrill et al. 2007).On the other hand, the populations of jellyfish have increased worldwide in recent years. Massive multiplication of jellyfish causes major economic losses in fisheries, in the recreational marine industry and in the energy production industry. Because jellyfish essentially eat zooplankton and small fish, the decrease in zooplankton due to the increase in jellyfish can cause the proliferation of phytoplankton. It is believed that the massive multiplication of jellyfish is due to global climate change. In addition, the increase in seawater temperature or acidification of the oceans appears to play a key role in the mass multiplication of jellyfish (Attrill et al., 2007).
Quallen sind Tiere, die zu der Klasse Scyphozoa und Phylum Cnidaria gehören. Sie haben einen sehr einzigartigen Lebenszyklus, der sich aus den Stadien Embryo, Planula-Larven, Polyp, Strobila und Ephyra zusammensetzt (
Daher untersuchten die Erfinder der vorliegenden Erfindung das Polyp-Stadium von Sanderia malayensis, um Biomarker zu entwickeln, die mit der Veränderung der Temperatur des Meerwassers fertig werden. Im Verlauf der Untersuchung identifizierten die Erfinder verschiedene Kandidaten für genspezifische Biomarker, die die physiologischen oder metabolischen Veränderungen bei Quallen vorhersagen konnten, was zur Vervollständigung der vorliegenden Erfindung führte.Therefore, the inventors of the present invention studied the polyp stage of Sanderia malayensis to develop biomarkers coping with the change in the temperature of seawater. In the course of the study, the inventors identified various candidates for gene-specific biomarkers that could predict the physiological or metabolic changes in jellyfish, resulting in the completion of the present invention.
[STAND DER TECHNIK DOKUMENT] [STATE OF THE ART DOCUMENT]
[NICHT-PATENT DOKUMENT][NON-PATENT DOCUMENT]
(Nicht-Patent Dokument 1)
[Offenbarung][Epiphany]
[Technisches Problem][Technical problem]
Es ist eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung, ein Sanderia malayensis- Gen, dessen Expressionsniveau sich in Reaktion auf eine steigende Temperatur des Meerwassers geändert hat, und ein Verfahren zur Vorhersage von physiologischen oder metabolischen Veränderungen von Quallen unter Verwendung desselben bereitzustellen.It is an object of the present invention to provide a Sanderia malayensis gene whose level of expression has changed in response to a rising temperature of seawater and a method of predicting physiological or metabolic changes of jellyfish using the same.
[Technische Lösung][Technical solution]
Um die vorstehende Aufgabe zu lösen, stellt die vorliegende Erfindung einen Microarray-Chip zum Nachweis einer starken Belastung mit Temperaturstress von Sanderia malayensis bereit, auf welchem Oligonukleotide, die jede Nukleinsäuresequenz von jenen Genen bilden, die durch die SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 oder ihre Moleküle des komplementären Strangs dargestellt sind, aufgebracht sind.In order to achieve the above object, the present invention provides a microarray chip for high stress stress detection of Sanderia malayensis on which oligonucleotides constituting each nucleic acid sequence of those genes represented by SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 or their molecules of the complementary strand are shown.
Die vorliegende Erfindung stellt auch einen Kit für den Nachweis einer starken Belastung mit Temperaturstress von Sanderia malayensis bereit, der den oben erwähnten Microarray-Chip enthält.The present invention also provides a Sanderia malayensis heavy stress stress test kit containing the above-mentioned microarray chip.
Die vorliegende Erfindung stellt weiterhin einen Kit für den Nachweis einer starken Belastung mit Temperaturstress von Sanderia malayensis bereit, der alle Primer-Sets enthält, die zu jedem der Gene, die durch die SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 dargestellt sind, komplementär sind und in der Lage sind, jedes von diesen Genen zu amplifizieren.The present invention further provides a Sanderia malayensis high stress stress kit comprising all primer sets associated with each of the genes represented by SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112, are complementary and capable of amplifying each of these genes.
Die vorliegende Erfindung stellt auch ein Verfahren bereit, um die Beanspruchung von Sanderia malayensis mit einer hohen Temperaturbelastung nachzuweisen, das die folgenden Schritte umfasst: (1) das Isolieren von RNA aus Sanderia malayensis sowohl aus der Versuchsgruppe, die einem hohen Temperaturstress ausgesetzt wurde, als auch der normalen Kontrollgruppe; (2) das Markieren der Versuchsgruppe und der Kontrollgruppe mit verschiedenen fluoreszierenden Materialien während der Synthese von cDNA aus der RNA, die in Schritt (1) aus der Versuchsgruppe und der Kontrollgruppe abgetrennt wurde; (3) das Hybridisieren der in Schritt (2) mit verschiedenen fluoreszierenden Materialien markierten cDNA mit dem vorstehend genannten Microarray-Chip; (4) das Analysieren des hybridisierten vorstehend genannten Microarray-Chips; und (5) das Vergleichen der Expression der auf dem Microarray-Chip aufgebrachten Gene, die aus den vorhergehend analysierten Daten festgestellt wurde mit denen der Kontrolle.The present invention also provides a method to detect the stress of Sanderia malayensis at a high temperature load comprising the steps of: (1) isolating RNA from Sanderia malayensis from both the experimental group exposed to high temperature stress also the normal control group; (2) labeling the experimental group and the control group with various fluorescent materials during the synthesis of cDNA from the RNA separated from the experimental group and the control group in step (1); (3) hybridizing the cDNA labeled with various fluorescent materials in step (2) to the aforementioned microarray chip; (4) analyzing the hybridized aforementioned microarray chip; and (5) comparing the expression of the genes applied on the microarray chip, which was determined from the previously analyzed data with those of the control.
Darüber hinaus stellt die vorliegende Erfindung ein Verfahren bereit, um die Beanspruchung von Sanderia malayensis mit einer hohen Temperaturbelastung nachzuweisen, das die folgenden Schritte umfasst: (1) das Isolieren von RNA aus Sanderia malayensis sowohl aus der Versuchsgruppe, die einem hohen Temperaturstress ausgesetzt wurde, als auch der normalen Kontrollgruppe;
(2) das Durchführen einer quantitativen Reverse Transkriptase-Polymerase- Kettenreaktion in Echtzeit (qRT-PCR (quantitative real-time reverse transcript polymerase chain reaction)) mit der in Schritt (1) isolierten RNA unter Verwendung eines Primer- Paars, das zu jedem der Gene, die durch die SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 dargestellt sind, komplementär ist und in der Lage ist, diese zu amplifizieren; und (3) das Vergleichen der Expression der Genprodukte aus Schritt (2) mit denen der Kontrolle.In addition, the present invention provides a method to detect the stress of Sanderia malayensis at a high temperature load comprising the steps of: (1) isolating RNA from Sanderia malayensis from both the experimental group exposed to high temperature stress; as well as the normal control group;
(2) performing real-time quantitative reverse-transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) with the RNA isolated in step (1) using a primer pair attached to each the genes represented by the SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112, is complementary and capable of amplifying them; and (3) comparing the expression of the gene products of step (2) with those of the control.
[Vorteilhafte Wirkung][Advantageous effect]
In dieser Erfindung wurde mit Hilfe eines Microarray-Assays mit Genen von Sanderia malayensis bestätigt, dass in der Versuchsgruppe, die einer Meerwassertemperatur von 25 °C ausgesetzt war, 50 Gene eine Veränderung ihrer Expression zeigten; in der Versuchsgruppe, die einer Meerwassertemperatur von 26 °C ausgesetzt war, zeigten 30 Gene eine Veränderung ihrer Expression; in der Versuchsgruppe, die einer Meerwassertemperatur von 27 °C ausgesetzt war, zeigten 26 Gene eine Veränderung ihrer Expression; und in der Versuchsgruppe, die einer Meerwassertemperatur von 28 °C ausgesetzt war, zeigten 59 Gene eine Veränderung ihrer Expression. Bei allen von diesen, mit Ausnahme jener Gene, die mehrfach auftraten, wurde für insgesamt 112 Gene bestätigt, dass ihr Expressionsniveau durch den Stress der Erhöhung der Temperatur des Meerwassers verändert wird. Daher können diese Gene wirksam als Biomarker verwendet werden, um die mit einer Erhöhung der Temperatur des Meerwassers verbundene Belastung zu untersuchen, und sie können auch zur Vorhersage von physiologischen oder metabolischen Veränderungen von Quallen, in anderen Worten zur Vorhersage der massenhaften Vermehrung von Quallen, verwendet werden.In this invention, it was confirmed by a microarray assay with genes of Sanderia malayensis that in the experimental group exposed to a sea-water temperature of 25 ° C, 50 genes showed a change in their expression; in the experimental group, which was exposed to a seawater temperature of 26 ° C, 30 genes showed a change in their expression; in the experimental group, which was exposed to a seawater temperature of 27 ° C, 26 genes showed a change in their expression; and in the experimental group exposed to a seawater temperature of 28 ° C, 59 genes showed one Change in their expression. In all of them, with the exception of those genes that occurred multiple times, it was confirmed for a total of 112 genes that their level of expression is altered by the stress of increasing the temperature of the seawater. Therefore, these genes can be effectively used as biomarkers to study the stress associated with increasing the temperature of seawater, and they can also be used to predict physiological or metabolic changes of jellyfish, in other words, to predict the mass multiplication of jellyfish become.
Figurenlistelist of figures
Die Anwendung der bevorzugten Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung wird am besten unter Bezugnahme auf die beigefügten Zeichnungen verstanden, wobei:
[Beste Ausführungsform][Best Embodiment]
Im Folgenden wird die vorliegende Erfindung im Detail beschrieben.In the following, the present invention will be described in detail.
Die Erfinder der vorliegenden Erfindung identifizierten jene Gene, die aus Sanderia malayensis stammen, bei denen sich die Expression in Abhängigkeit der Belastung, die durch eine Erhöhung der Temperatur des Meerwassers verursacht wird, verändert. Der Microarray-Chip der Erfindung, auf dem derartige Gene von Sanderia malayensis aufgebracht sind, die ihre Expression aufgrund der Änderung der Temperatur von Meerwasser verändern, kann verwendet werden, um die mit einer Erhöhung der Temperatur des Meerwassers verbundene Belastung festzustellen und die physiologischen oder metabolischen Veränderungen von Quallen vorherzusagen.The inventors of the present invention identified those genes derived from Sanderia malayensis in which expression changes depending on the stress caused by an increase in the temperature of the seawater. The microarray chip of the invention on which such genes of Sanderia malayensis are applied, which change their expression due to the change in the temperature of seawater, can be used to detect the stress associated with an increase in seawater temperature and the physiological or metabolic Predict changes in jellyfish.
Die vorliegende Erfindung stellt einen Microarray- Chip für den Nachweis einer starken Belastung mit Temperaturstress von Sanderia malayensis bereit, auf welchem Oligonukleotide, die jede Nukleinsäuresequenz von jenen Genen bilden, die durch die SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 oder ihre Moleküle des komplementären Strangs dargestellt sind, aufgebracht sind.The present invention provides a microarray chip for high stress stress detection of Sanderia malayensis, on which oligonucleotides which form any nucleic acid sequence of those genes represented by SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 or their molecules of the complementary strand are shown.
Die oben genannten Gene stammen aus Sanderia malayensis.The above genes are from Sanderia malayensis.
Der oben genannte Sanderia malayensis- Mikroarray- Chip kann nach dem herkömmlichen Verfahren, das den Fachleuten auf dem Gebiet allgemein bekannt ist, konstruiert werden. Insbesondere kann das gescreente Gen auf einem Substrat eines Mikroarray-Chips unter Verwendung einer Sonde immobilisiert werden. Zu diesem Zeitpunkt kann ein Mikropipettierverfahren verwendet werden, das eine piezoelektrische Technik einsetzt, oder ein Verfahren, bei dem Proben mit einer Stift-artigen Vorrichtung aufgebracht werden. Das vorstehend genannte Substrat des Microarray- Chips kann mit einer aktiven Gruppe oder mehreren aktiven Gruppen, die aus der Gruppe, die aus Aminosilan, Poly-L-Lysin und Aldehyd besteht, ausgewählt ist / sind, beschichtet sein. Das Substrat kann mit einem von jenen Materialien hergestellt werden, das aus der Gruppe, welche aus einem Objektträgerglas, Kunststoff, Metall, Silicium, einer Nylonmembran und einer Nitrocellulosemembran besteht, ausgewählt ist.The above-mentioned Sanderia malayensis microarray chip can be constructed by the conventional method well known to those skilled in the art. In particular, the screened gene can be immobilized on a substrate of a microarray chip using a probe. At this time, a micropipetting method employing a piezoelectric technique or a method of applying samples with a stick-type device may be used. The aforementioned substrate of the microarray chip may be coated with one or more active groups selected from the group consisting of aminosilane, poly-L-lysine and aldehyde. The substrate can be made with any of those materials selected from the group consisting of a slide glass, plastic, metal, silicon, a nylon membrane, and a nitrocellulose membrane.
Die vorliegende Erfindung stellt auch ein Verfahren bereit, um die Beanspruchung von Sanderia malayensis mit einer hohen Temperaturbelastung nachzuweisen, das die folgenden Schritte umfasst: (1) das Isolieren von RNA aus Sanderia malayensis sowohl aus der Versuchsgruppe, die einem hohen Temperaturstress ausgesetzt wurde, als auch der normalen Kontrollgruppe; (2) das Markieren der Versuchsgruppe und der Kontrollgruppe mit verschiedenen fluoreszierenden Materialien während der Synthese von cDNA aus der RNA, die in Schritt (1) aus der Versuchsgruppe und der Kontrollgruppe abgetrennt wurde; (3) das Hybridisieren der in Schritt (2) mit verschiedenen fluoreszierenden Materialien markierten cDNA mit dem vorstehend genannten Microarray-Chip; (4) das Analysieren des hybridisierten vorstehend genannten Microarray-Chips; und (5) das Vergleichen der Expression der auf dem Microarray-Chip aufgebrachten Gene, die aus den vorhergehend analysierten Daten festgestellt wurde mit denen der Kontrolle.The present invention also provides a method to detect the stress of Sanderia malayensis at a high temperature load comprising the steps of: (1) isolating RNA from Sanderia malayensis from both the experimental group exposed to high temperature stress also the normal control group; (2) labeling the experimental group and the control group with various fluorescent materials during the synthesis of cDNA from the RNA separated from the experimental group and the control group in step (1); (3) hybridizing the cDNA labeled with various fluorescent materials in step (2) with the aforementioned microarray chip; (4) analyzing the hybridized aforementioned microarray chip; and (5) comparing the expression of the genes applied on the microarray chip, which was determined from the previously analyzed data with those of the control.
Das fluoreszierende Material von Schritt (2) kann aus der Gruppe, die aus Cy3, Cy5, FITC (Poly-L-Lysin-Fluoresceinisothiocyanat), RITC (Rhodamin B- Isothiocyanat) und Rhodamin besteht, ausgewählt sein.The fluorescent material of step (2) may be selected from the group consisting of Cy3, Cy5, FITC (poly-L-lysine fluorescein isothiocyanate), RITC (rhodamine B isothiocyanate) and rhodamine.
Die vorliegende Erfindung stellt ferner ein Verfahren bereit, um die Beanspruchung von Sanderia malayensis mit einer hohen Temperaturbelastung nachzuweisen, das die folgenden Schritte umfasst: (1) das Isolieren von RNA aus Sanderia malayensis sowohl aus der Versuchsgruppe, die einem hohen Temperaturstress ausgesetzt wurde, als auch der normalen Kontrollgruppe;
(2) das Durchführen einer quantitativen Reverse Transkriptase-Polymerase- Kettenreaktion in Echtzeit (qRT-PCR (quantitative real-time reverse transcript polymerase chain reaction)) mit der in Schritt (1) isolierten RNA unter Verwendung eines Primer- Paars, das zu jedem der Gene, die durch die SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 dargestellt sind, komplementär ist und in der Lage ist, diese zu amplifizieren; und (3) das Vergleichen der Expression der Genprodukte aus Schritt (2) mit denen der Kontrolle.The present invention further provides a method for detecting the high temperature stress strain of Sanderia malayensis comprising the steps of: (1) isolating Sanderia malayensis RNA from both the experimental group exposed to high temperature stress and also the normal control group;
(2) performing real-time quantitative reverse-transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) with the RNA isolated in step (1) using a primer pair attached to each the genes represented by the SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112, is complementary and capable of amplifying them; and (3) comparing the expression of the gene products of step (2) with those of the control.
Die vorliegende Erfindung stellt auch einen Kit für den Nachweis einer starken Belastung mit Temperaturstress von Sanderia malayensis bereit, der den oben erwähnten Microarray-Chip umfasst.The present invention also provides a Sanderia malayensis heavy stress stress test kit comprising the above-mentioned microarray chip.
Der oben genannte Kit kann zusätzlich ein fluoreszierendes Material oder mehrere fluoreszierende Materialien enthalten, das / die aus der Gruppe, welche aus einem Streptavidinartigen Phosphatase- Konjugat, einem Chemifluoreszenz und einem Chemilumineszenz besteht, ausgewählt ist / sind.The above-mentioned kit may additionally contain one or more fluorescent materials selected from the group consisting of a streptavidin-like phosphatase conjugate, a chemiluminescence and a chemiluminescence.
Der oben genannte Kit kann darüber hinaus ein oder mehrere Reaktionsreagenzien beinhalten, das / die aus der Gruppe, welche aus einem Puffer für die Hybridisierung, einer reversen Transkriptase für die cDNA (komplementäre DNA)- Synthese, dNTPs (Desoxynucleotidtriphosphaten), rNTPs (Ribonucleotidtriphosphaten, Premix-Typ oder Split-Typ), einem Reagenz zum Markieren, und einem Waschpuffer besteht, ausgewählt ist / sind.The above-mentioned kit may further comprise one or more reaction reagents selected from the group consisting of a buffer for hybridization, a reverse transcriptase for cDNA (complementary DNA) synthesis, dNTPs (deoxynucleotide triphosphates), rNTPs (ribonucleotide triphosphates, Premix type or split type), a reagent for labeling, and a wash buffer, is / are selected.
Darüber hinaus stellt die vorliegende Erfindung einen Kit für den Nachweis einer starken Belastung mit Temperaturstress von Sanderia malayensis bereit, der alle Primer-Sets umfasst, die zu jedem der Gene, die durch die SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112 dargestellt sind, komplementär sind und in der Lage sind, jedes von diesen Genen zu amplifizieren.In addition, the present invention provides a kit for the detection of a severe stress stress strain of Sanderia malayensis comprising all primer sets associated with each of the genes represented by SEQ. ID. NO: 1 ~ NO: 112, are complementary and capable of amplifying each of these genes.
Bei einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kultivierten die Erfinder Sanderia malayensis-Polypen in Meerwasser bei erhöhter Wassertemperatur (25, 26, 27 oder 28 °C) 30 Tage lang, um aus Sanderia malayensis stammende Gene zu identifizieren, deren Expression verändert werden kann, wenn sie Meerwasser ausgesetzt werden, dessen Temperatur erhöht wird (siehe
Daher können diese Gene wirksam als Biomarker verwendet werden, um die mit einer Erhöhung der Temperatur des Meerwassers verbundene Belastung zu untersuchen, und sie können auch zur Vorhersage von physiologischen oder metabolischen Veränderungen von Quallen, in anderen Worten zur Vorhersage der massenhaften Vermehrung von Quallen, verwendet werden.Therefore, these genes can be effectively used as biomarkers to study the stress associated with increasing the temperature of seawater, and they can also be used to predict physiological or metabolic changes of jellyfish, in other words, to predict the mass multiplication of jellyfish become.
[Ausführung der Erfindung] [Embodiment of the Invention]
Praktische und gegenwärtig bevorzugte Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung sind in den nachfolgend gezeigten Beispielen veranschaulichend gezeigt.Practical and presently preferred embodiments of the present invention are illustratively shown in the examples shown below.
Es versteht sich jedoch, dass Fachleute des Gebiets unter Berücksichtigung dieser Offenbarung Modifikationen und Verbesserungen innerhalb des Rahmens und des Umfangs der vorliegenden Erfindung vornehmen können.It should be understood, however, that those skilled in the art having regard to this disclosure may make modifications and improvements within the spirit and scope of the present invention.
Beispiel 1: Kultivierung von Sanderia malayensis und Kontakt mit Meerwasser mit einer hohen TemperaturExample 1: Cultivation of Sanderia malayensis and contact with high temperature seawater
Kultivierung von Sanderia malayensisCultivation of Sanderia malayensis
Sanderia malayensis- Polypen wurden von Jeju Aquaplanet erworben, die dann in natürlichem Meerwasser kultiviert wurden, das mit drei Arten von Filtern (100, 10 und 1 µm, Kartuschen mit Sieb aus gesponnenem Polypropylen (Spun Polypropylene filter cartilage), Heathy) filtriert wurde. Die Wassertemperatur wurde auf 24 °C eingestellt, welches die Raumtemperatur des Kulturraums war. Artemia- Larven wurden einmal täglich als Futtermittel zur Verfügung gestellt.Sanderia malayensis polyps were purchased from Jeju Aquaplanet, who were then cultured in natural seawater filtered with three types of filters (100, 10 and 1 μm, Spun Polypropylene filter cartilage cartridges, Heathy). The water temperature was set at 24 ° C, which was the room temperature of the culture room. Artemia larvae were provided once daily as feed.
Kontakt mit Meerwasser mit einer hohen Temperatur und Beobachtung der asexuellen ReproduktionContact with seawater at a high temperature and observation of asexual reproduction
Die Kontrollgruppe wurde unter einer allgemeinen Kulturbedingung (24 °C) kultiviert und die primären Sanderia malayensis- Polypen wurden bei verschiedenen Meerwasser-Temperaturen von 25, 26, 27 oder 28 °C kultiviert, jeweils 10 Polypen pro Gruppe, 30 Tage lang (
Beispiel 2: Herstellung des Sanderia malayensis- MicroarraysExample 2: Preparation of the Sanderia malayensis microarray
Die Gensequenzinformation, die durch die Analyse der Transkripte aus Sanderia malayensis- Polypen, Sanderia malayensis- Ephyren und adulten Sanderia malayensis erhalten wurde, wurde für die Konstruktion des Sanderia malayensis-Microarrays verwendet. Insgesamt wurden 16652 Arten von 60-mer Oligosonden aus 18732 Arten von Genen entworfen, gefolgt von einer Synthese. Ein Objektträgerglas wurde mit den synthetisierten Sonden beladen, was im Ergebnis zur Herstellung eines Genchips mit SMA- Gensonden führte (
Beispiel 3: Messung der Veränderungen der Genexpression in Abhängigkeit des Kontakts mit Meerwasser mit einer hohen TemperaturExample 3: Measurement of changes in gene expression as a function of contact with high temperature seawater
Isolierung von RNAIsolation of RNA
RNA wurde sowohl aus den Sanderia malayensis- Polypen aus den Versuchsgruppen aus Beispiel <1-2>, die in Meerwasser mit hoher Temperatur (25, 26, 27 oder 28 °C) kultiviert wurden, als auch aus den Sanderia malayensis- Polypen der Kontrollgruppe, die bei 24 °C kultiviert wurde, extrahiert. Die Extraktion wurde gemäß dem Verfahren, das von Nephtheidae für die Extraktion von RNA entwickelt wurde, durchgeführt. Genauer gesagt, wurden Sanderia malayensis- Polypen in einem Mörser unter Verwendung von flüssigem Stickstoff pulverisiert, dazu wurden 700 µl Lysepuffer [35 mM EDTA, 0,7 M LiCl, 7% SDS, 200 mM Tris-Cl (pH 9,0)] zugegeben, um ein Homogenat zu erhalten. Zu dem Homogenat wurde eine gleiche Menge Phenollösung zugegeben. Das Gemisch wurde gut durchmischt, gefolgt von einer 10 Minuten langen Zentrifugation. Der erhaltene Überstand wurde in ein neues Röhrchen überführt, und es wurde 8 M Lithiumchlorid (LiCl), in einer Menge entsprechend der Menge von 1/3 des Gesamtvolumens, zugegeben. Nachdem das Gemisch gut durchmischt wurde, wurde die Mischung bei 4 °C für 2 Stunden stehen gelassen. Die Mischung wurde etwa 30 Minuten lang zentrifugiert, um den Überstand zu entfernen. Der erhaltene Niederschlag wurde in 300 µl geklärtem doppelt destillierten (precipitated) Wasser gelöst. 3 M Natriumacetat (pH 5,2) mit einem Volumen von 1/10 der obigen Suspension und eine äquivalenten Menge Isopropanol wurden zugegeben, gefolgt von einer Zentrifugation für etwa 30 Minuten, um den Überstand zu entfernen. 50 µl Ethanollösung (70%) wurde zu dem erhaltenen Niederschlag zugegeben, gefolgt von einer Zentrifugation für 5 Minuten. Die Ethanollösung wurde entfernt und die ausgefällte RNA wurde getrocknet. Nach dem Trocknen wurde die RNA in sterilisiertem Wasser gelöst, das mit einer geeigneten Menge Diethylpyrocarbonat (DEPC) behandelt war.RNA was obtained from both the Sanderia malayensis polyps from the <1-2> experimental groups cultured in high temperature seawater (25, 26, 27 or 28 ° C) and the control Sanderia malayensis polyps which was cultured at 24 ° C extracted. The extraction was carried out according to the method developed by Nephtheidae for the extraction of RNA. More specifically, Sanderia malayensis polyps were pulverized in a mortar using liquid nitrogen, to which was added 700 μl lysis buffer [35 mM EDTA, 0.7 M LiCl, 7% SDS, 200 mM Tris-Cl (pH 9.0)]. added to obtain a homogenate. To the homogenate was added an equal amount of phenol solution. The mixture was mixed well, followed by centrifugation for 10 minutes. The resulting supernatant was transferred to a new tube and 8 M lithium chloride (LiCl) was added in an amount equal to 1/3 of the total volume. After the mixture was thoroughly mixed, the mixture was allowed to stand at 4 ° C for 2 hours. The mixture was centrifuged for about 30 minutes to remove the supernatant. The resulting precipitate was dissolved in 300 μl of clarified, double distilled (precipitated) water. 3M sodium acetate (pH 5.2) of 1/10 volume of the above suspension and an equivalent amount of isopropanol were added followed by centrifugation for about 30 minutes to remove the supernatant. 50 μl of ethanol solution (70%) was added to the obtained precipitate, followed by centrifugation for 5 minutes. The ethanol solution was removed and the precipitated RNA was dried. After drying, the RNA was dissolved in sterilized water treated with an appropriate amount of diethylpyrocarbonate (DEPC).
Markierung mit Cy3[2] und Cy5Labeling with Cy3 [2] and Cy5
Die sowohl von den Versuchsgruppen als auch von der Kontrollgruppe erhaltene gereinigte RNA, wurde mit Cy3 und Cy5 markiert, indem Agilent's Low Linear Input Amplification Kit Plus (Agilent Technologies, USA) gemäß dem Protokoll des Herstellers wie folgt verwendet wurde.The purified RNA obtained from both the experimental and control groups was labeled with Cy3 and Cy5 using Agilent's Low Linear Input Amplification Kit Plus (Agilent Technologies, USA) according to the manufacturer's protocol as follows.
Genauer gesagt, wurde 1 µg der RNA mit dT-Promotor-Primer und MMLV-reverser Transkriptase vermischt, gefolgt von einer reversen Transkription bei 40 °C für 2 Stunden. Dann wurde T7-Polymerase zu der Mischung zugegeben, gefolgt von einer linearen Amplifikation bei 40 °C für 2 Stunden. Durch diesen Amplifikationsvorgang wurden die Proben der jeweiligen Versuchsgruppe und der Kontrollgruppe mit Cy3-CTP bzw. Cy5-CTP markiert.Specifically, 1 μg of the RNA was mixed with dT promoter primer and MMLV reverse transcriptase, followed by reverse transcription at 40 ° C for 2 hours. Then, T7 polymerase was added to the mixture, followed by linear amplification at 40 ° C for 2 hours. Through this amplification process, the samples of the respective experimental group and the control group were labeled with Cy3-CTP and Cy5-CTP, respectively.
Hybridisierung und ScannenHybridization and scanning
Die mit fluoreszierendem Material markierte cRNA- Probe wurde unter Verwendung eines Qiagen PCR-Reinigungskits gereinigt, gefolgt von einer Elution mit destilliertem Wasser. Die gereinigte mit fluoreszierendem Material markierte cRNA- Probe wurde zu einem Hybridisierungspuffer (3 × SSC, 0,3% SDS, 50% Formamid, 20 µg Cot-1 DNA, 20 µg Hefe-tRNA) zugegeben, gefolgt von einer Konzentration mit Microcon YM-30. Auf diese Weise wurde eine Hybridisierungsmischung hergestellt. Die hergestellte Hybridisierungsmischung wurde durch 3 Minuten langes Erhitzen bei 95 °C denaturiert. Während das Gemisch für 30 Sekunden bei 12000 × g zentrifugiert wurde, wurde die Temperatur gesenkt. Der in Beispiel 2 hergestellte Sanderia malayensis- Oligo-Microarray wurde mit einem Deckglas abgedeckt, gefolgt von einem Auftragen des denaturierten Hybridisierungsgemisches mit einer Pipette. Für die Hybridisierung wurde der Mikroarray in eine GT- Kammer platziert, gefolgt von einer Hybridisierung bei 65 °C für 16 Stunden. Nach Beendigung der Hybridisierung wurde der Microarray entnommen und gewaschen. Der gewaschene Microarray wurde unter Drehen getrocknet und dann bis zum Scannen in einem dunklen Raum gelagert. Der Sanderia malayensis-Microarray wurde unter Verwendung eines Axon GenePix 4000B Scanners (Axon Instrument, USA) gescannt. Die Rasterung von jedem Punkt wurde vom gescannten Bild unter Verwendung des Programms GenePix Pro 6.0 durchgeführt, gefolgt von der Quantifizierung. Als Ergebnis wurde eine GPR-Datei erhalten, die für jeden Punkt die Stärke und das Verhältnis von Cy5 / Cy3 als Untersuchungsergebnis enthielt.The fluorescently-labeled cRNA sample was purified using a Qiagen PCR purification kit, followed by elution with distilled water. The purified fluorescent material-labeled cRNA sample was added to a hybridization buffer (3X SSC, 0.3% SDS, 50% formamide, 20 μg Cot-1 DNA, 20 μg yeast tRNA), followed by concentration with Microcon YM -30. In this way, a hybridization mixture was prepared. The prepared hybridization mixture was denatured by heating at 95 ° C for 3 minutes. While the mixture was centrifuged at 12,000 × g for 30 seconds, the temperature was lowered. The Sanderia malayensis oligo microarray prepared in Example 2 was covered with a coverslip, followed by applying the denatured hybridization mixture with a pipette. For hybridization, the microarray was placed in a GT chamber followed by hybridization at 65 ° C for 16 hours. After completion of the hybridization, the microarray was removed and washed. The washed microarray was dried while rotating and then stored in a dark room until scanned. The Sanderia malayensis microarray was scanned using an Axon GenePix 4000B scanner (Axon Instrument, USA). Scanning of each dot was performed on the scanned image using the GenePix Pro 6.0 program, followed by quantification. As a result, a GPR file was obtained which for each item contained the strength and the ratio of Cy5 / Cy3 as the result of the examination.
Microarray- DatenanalyseMicroarray data analysis
Die GRP-Datei, die mit Hilfe des Programms GenePix Pro erstellt wurde, wurde dann im weiteren Verlauf unter Verwendung des Programms GeneSpring 7.3.1 (Agilent Technologies, USA) analysiert. Die Normalisierung wurde mittels LOWESS (lokal gewichtete Regressions-Streuglättung) durchgeführt. Die als aussagekräftig eingestuften (reliable) Gene wurden erhalten, indem solche Punkten, die unbedeutende Standardabweichungen von Pixeln zeigten oder für die angezeigt wurde, dass die Summe der Mittelpunkte niedriger als der Hintergrund war, aussortiert wurden. Die signifikanten Gene wurden durch Untersuchung des normalisierten Verhältnisses ausgewählt. Das heißt, die Punkte, bei denen der Unterschied des normalisierten Verhältnisses mehr als das 1,5-Fache betrug, wurden als die signifikanten Gene ausgewählt.The GRP file, created using the GenePix Pro program, was then further analyzed using the GeneSpring 7.3.1 program (Agilent Technologies, USA). Normalization was performed by LOWESS (locally weighted regression scattering smoothing). The reliable genes were obtained by sorting out those spots that showed insignificant standard deviations of pixels or that indicated that the sum of the centers was lower than the background. The significant genes were selected by examining the normalized ratio. That is, the points where the difference of the normalized ratio was more than 1.5 times were selected as the significant genes.
Auf diese Weise wurden die Gene der Versuchsgruppen, die in Meerwasser bei erhöhter Wassertemperatur (25, 26, 27 oder 28 °C) kultiviert wurden, deren Expression sich mindestens um das Zweifache von der der Kontrolle unterschied, ausgewählt und in einer Gruppe zusammengefasst (
Daher können die oben genannten Gene als Biomarker für die Vorhersage von physiologischen und metabolischen Veränderungen von Sanderia malayensis in Abhängigkeit von der Erhöhung der Temperatur des Meerwassers nützlich sein, und es wird auch erwartet, dass sie für das Verständnis der massenhaften Vermehrung von Quallen in Abhängigkeit der Veränderungen der Umweltbedingungen im Meer nützlich sind.
[Tabelle 1]
Fachleute in dem Gebiet werden erkennen, dass die in der vorstehenden Beschreibung offenbarten Konzepte und spezifischen Ausführungsformen ohne weiteres als eine Grundlage für Modifikationen verwendet werden kann, oder für die Entwicklung anderer Ausführungsformen für die gleichen Zwecke, die beim Ausführen der vorliegenden Erfindung erreicht werden. Die Fachleute in dem Gebiet werden auch erkennen, dass derartige äquivalenten Ausführungsformen nicht vom Rahmen und Umfang der Erfindung abweichen, wie sie in den beigefügten Ansprüchen dargelegt ist.Those skilled in the art will recognize that the concepts and specific embodiments disclosed in the foregoing description may be readily utilized as a basis for modification or for the development of other embodiments for the same purposes as accomplished in practicing the present invention. Those skilled in the art will also recognize that such equivalent embodiments do not depart from the scope and spirit of the invention as set forth in the appended claims.
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