DE102006007249A1 - Determining bladder cancer of differentiation grade G2 by measuring the ratio, in urine or urinary sediment, of mRNA encoding CC3 and TC3 proteins - Google Patents
Determining bladder cancer of differentiation grade G2 by measuring the ratio, in urine or urinary sediment, of mRNA encoding CC3 and TC3 proteins Download PDFInfo
- Publication number
- DE102006007249A1 DE102006007249A1 DE102006007249A DE102006007249A DE102006007249A1 DE 102006007249 A1 DE102006007249 A1 DE 102006007249A1 DE 102006007249 A DE102006007249 A DE 102006007249A DE 102006007249 A DE102006007249 A DE 102006007249A DE 102006007249 A1 DE102006007249 A1 DE 102006007249A1
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- mrna
- urine
- seq
- differentiation
- tumor
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
- G01N33/57488—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds identifable in body fluids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Bestimmung von Blasenkarzinomen des Differenzierungsgrades G2.The The invention relates to a method for the determination of bladder carcinomas the degree of differentiation G2.
In Deutschland erkranken laut Krebsregister jährlich insgesamt 15.000 Menschen neu an Harnblasenkrebs, wobei Männer etwa doppelt so häufig betroffen sind wie Frauen. Bezogen auf alle Tumorneuerkrankungen liegt das Harnblasenkarzinom bei den Männern an 5. (6,2%) und bei den Frauen an 11. Stelle (2.7%). Bei der Mehrzahl der Tumore (90%) handelt es sich um ein Karzinom, das aus dem Übergangsepithel der ableitenden Harnwege, dem Urothel, hervorgeht. Lediglich in 5-6% liegen Plattenepithelkarzinome und in weniger als 2% Adenomkarzinome vor (Übersichtsartikel Kirkali Z, Chan T, Manoharan M, Algaba F, Busch C, Cheng L, Kiemeney L, Kriegmair M, Montironi R, Murphy WM, Sesterhenn L4, Tachibana M, Weider J. (2005): Bladder cancer: epidemiology, staging and grading, and diagnosis. Urology 66 (6 Suppl 1):4-34.).In According to cancer registries, Germany suffers a total of 15,000 deaths annually new to bladder cancer, taking men affected about twice as often are like women. Related to all neoplastic diseases that lies Bladder cancer in men 5th (6.2%) and 11th (2.7%) among women. In the majority of the tumors (90%) is a carcinoma that originates from the transitional epithelium of the urinary tract, the urothelium. Only in 5-6% are squamous cell carcinomas and less than 2% are adenocarcinomas before (review article Kirkali Z, Chan T, Manoharan M, Algaba F, Bush C, Cheng L, Kiemeney L, Warmair M, Montironi R, Murphy World Cup, Sesterhenn L4, Tachibana M, Weider J. (2005): Bladder cancer: epidemiology, staging and grading, and diagnosis. Urology 66 (6 Suppl 1): 4-34.).
Generell werden Tumore durch ein histo-pathologisches Klassifizierungssystem beschrieben, in das verschiedene Parameter wie die Ausbreitung und Größe, Infiltration in das umliegende Gewebe, Absiedelung von Tochtertumoren (Metastasierung) sowie der Differenzierungsgrad, das sogenannte grading eingehen. Das Grading (G1-G4) beschreibt die histologischen Veränderungen des Tumors in Bezug auf das Ursprungsgewebe. Die Einstufung G1 beschreibt Tumorgewebe, das noch viele Charakteristika des Ursprungsgewebes besitzt. Die Entartung des Gewebes nimmt in Richtung der G4-Tumore stufenweise zu. Die Zellen eines G4-Tumors sind stark "entartet", d.h. der Übergangsepithelcharakter (das Ursprungsgewebe) ist nicht mehr erkennbar. Die sogennanten „mäßig differenzierten Karzinome" G2 sind durch be stimmte histo-pathologische Parameter von den gut differenzierten G1- und den schlecht differenzierten G3-Tumoren abgrenzbar. Trotz festgelegter Kriterien ist diese Abgrenzung nicht immer eindeutig, da sie durch Auszählen von Zellen im Gesichtsfeld im Mikroskop erfolgt. Daraus resultiert, dass zwei unabhängige, fachlich kompetente Personen zu unterschiedlichen Befunden in Bezug auf den Differenzierungsgrad kommen können. Dieser Differenzierungsgrad hat maßgebliche Auswirkungen auf die Prognose der Patienten. Die 5-Jahres-Überlebensrate für die oberflächlichen G1-G2 Tumore beträgt nach Therapie 80-95%. Für die oberflächlichen G3 Tumore, die sogenannten lokal-begrenzten high-risk-Karzinome, beträgt die 5-Jahres-Überlebensrate lediglich 64%. Weiterhin bestimmt der Differenzierungsgrad – neben der Ausbreitung des Tumors – maßgeblich die Therapieform (Ref. 1). Dies ist bei dem Übergang von oberflächlichen G2-Tumoren zu den lokal-begrenzten high-risk-Karzinomen (G3) von entscheidender Bedeutung, da hier teilweise bei den oberflächlichen G3-Karzinomen eine radikale Zystektomie (operative Entfernung der Blase) erfolgt, während bei G2-Tumoren eine oberflächliche Entfernung des Tumorgewebes (unter Erhaltung des Organs) mit anschließender medikamentöser Behandlung vorgenommen wird.As a general rule Tumors become through a histo-pathological classification system described in the various parameters such as the spread and Size, infiltration in the surrounding tissue, removal of daughter tumors (metastasis) and the degree of differentiation, the so-called grading. The grading (G1-G4) the histological changes of the tumor with respect to the tissue of origin. The classification G1 describes Tumor tissue, which still has many characteristics of the original tissue has. The degeneration of the tissue increases towards the G4 tumors gradually. The cells of a G4 tumor are highly "degenerate," i. the transitional epithelial character (the tissue of origin) is no longer recognizable. The so-called "moderately differentiated Carcinomas "G2 are by certain histo-pathological parameters of the well-differentiated G1 and poorly differentiated G3 tumors can be differentiated. In spite of defined criteria, this distinction is not always clear since they are counting of cells in the field of view done in the microscope. As a result, that two independent, competent persons with regard to different findings can come to the degree of differentiation. This degree of differentiation has authoritative Impact on the prognosis of patients. The 5-year survival rate for the superficial G1-G2 tumors is after therapy 80-95%. For the superficial G3 Tumors, the so-called locally-limited high-risk carcinomas, is the 5-year survival rate only 64%. Furthermore, the degree of differentiation - besides the spread of the tumor - relevant the form of therapy (Ref. 1). This is at the transition from superficial G2 tumors are more crucial to the local-limited high-risk carcinomas (G3) Meaning, since here in part of the superficial G3 carcinomas a radical cystectomy (surgical removal of the bladder) occurs while at G2 tumors a superficial Removal of the tumor tissue (with preservation of the organ) with subsequent medical treatment is made.
Neben der klassischen histologischen Untersuchung von Tumorgeweben wird schon seit einiger Zeit zunehmend das Vorhandensein von molekularbiologischen Tumormarkerproteinen in die Tumordiagnostik einbezogen. Mit der Entwicklung hochsensitiver molekularbiologischer Methoden rückt inzwischen der Nachweis und die Quantifizierung der für die entsprechenden Tumormarkerproteine codierenden mRNA-Moleküle in den Vordergrund. Die Analyse der Transkriptmenge aus peripherem Blut oder Urin ermöglicht es, in einigen Fällen auf invasive Maßnahmen wie Operationen oder über endoskopische Methoden gewonnene Biopsien zu diagnostischen Zwecken zu verzichten.Next the classical histological examination of tumor tissues becomes For some time now the presence of molecular biological Tumor marker proteins included in the tumor diagnosis. With the Development of highly sensitive molecular biology methods is now approaching the detection and quantification of the corresponding tumor marker proteins coding mRNA molecules in the foreground. The analysis of the amount of transcript from peripheral Blood or urine allows it, in some cases on invasive measures like operations or over Endoscopic methods obtained biopsies for diagnostic purposes to renounce.
Aus
der
In Menke TB, Boettcher K, Kruger S, Kausch I, Boehle A, Sczakiel G, Warnecke JM. (2004): Ki-67 protein concentrations in urothelial bladder carcinomas are related to Ki-67-specific RNA concentrations in urine. Clin Chem. 50: 1461-1463 wird eine Diagnosemethode beschrieben, die auf der Analyse der Expression des Tumormarkers Ki-67 basiert. Die im Tumorgewebe vorhandene Menge an Ki-67-Protein wird routinemäßig für die immunhistologische Analyse von Blasenkarzinomen und anderen Tumoren herangezogen. Es hat sich herausgestellt, dass die Ki-67-Expression im Tumorgewebe im Wesentlichen mit dem mRNA-Gehalt im Patientenurin übereinstimmt. Allerdings erlaubt die Analyse der mRNA-Menge von Ki-67 im Urin keine Differenzierung zwischen Blasenkarzinomen der Differenzierungsgrade G2 und G3.In Menke TB, Boettcher K, Kruger S, Kausch I, Boehle A, Sczakiel G, Warnecke JM. (2004): Ki-67 protein concentrations in urothelial bladder carcinomas are related to Ki-67-specific RNA concentrations in urine. Clin Chem. 50: 1461-1463 describes a diagnostic method based on analysis of the expression of the tumor marker Ki-67. The amount of Ki-67 protein present in the tumor tissue is routinely used for the immunohistological analysis of bladder carcinomas and other tumors. It has been found that Ki-67 expression in tumor tissue is substantially consistent with the mRNA content in the patient's urine. However, analysis of the mRNA level of Ki-67 in urine does not allow differentiation between bladder carcinomas of the differential degrees of G2 and G3.
Es besteht folglich ein Bedarf an nicht-invasiven diagnostischen Verfahren, die eine sensitive und spezifische Diagnose des nur mäßig differenzierten (G2) Blasenkarzinoms ermöglichen.It there is a need for non-invasive diagnostic procedures, the one sensitive and specific diagnosis of the only moderately differentiated (G2) Enable bladder carcinoma.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es daher, ein nicht-invasives Verfahren zur sensitiven und spezifischen Abgrenzung der mäßig differenzierten G2-Blasenkarzinome von den übrigen Grading-Typen des Blasenkarzinoms zu finden. Die Aufgabe wird gelöst durch ein Verfahren zur Bestimmung von Blasenkarzinomen des Differenzierungsgrades G2, mit den Schritten Bestimmen der mRNA-Menge mRNACC3 des Proteins CC3 aus dem Urin oder dem Urinsediment eines Menschen, Bestimmen der mRNA-Menge mRNATC 3 des Proteins TC3 aus demselben Probenmaterial und Berechnen des Quotienten Q = mRNACC3/mRNATC3, wobei das Vorliegen eines Blasenkarzinoms des Differenzierungsgrades G2 angezeigt wird, wenn der Quotient Q einen vorab bestimmten Schwellenwert x überschreitet.The object of the present invention is therefore to find a non-invasive method for the sensitive and specific differentiation of the moderately differentiated G2 bladder carcinomas from the other grading types of bladder carcinoma. The object is achieved by a method for the determination of bladder carcinomas of the degree of differentiation G2, comprising the steps of determining the mRNA quantity mRNA CC3 of the protein CC3 from the urine or the urine sediment of a human, determining the mRNA amount mRNA TC 3 of the protein TC3 from the same Sample material and calculating the quotient Q = mRNA CC3 / mRNA TC3 , wherein the presence of a bladder carcinoma of the degree of differentiation G2 is displayed when the quotient Q exceeds a predetermined threshold x.
Der einzige Unteranspruch gibt eine vorteilhafte Ausgestaltung der Erfindung wieder.Of the only subclaim gives an advantageous embodiment of the invention again.
Die Erfindung beruht auf der von den Erfindern im Rahmen eines Screeningverfahrens nach Blasenkarzinom-assoziierten Genen gemachten Beobachtung, dass das Verhältnis der Genprodukte zweier Gene, CC3 und TC3, im Blasentumor für G2 Tumore gegenüber allen anderen Differenzierungsgraden verschieden ist und somit eine Möglichkeit zur Subklassifizierung von Blasentumoren darstellt. Dieses Verhältnis kann neben der Bestimmung des Proteingehaltes von CC3 und TC3 im Tumor auch durch den Nachweis spezifischer mRNA-Sequenzen für TC3 (GenAcess-No. AF092095) und CC3 (GenAcessNo. NM_006410) im Tumor, im Urin und im Urinsediment (d. h. im Wesentlichen dem Zellanteil im Urin) eines Patienten erfolgen.The The invention is based on that of the inventors in the context of a screening method Observation made after bladder carcinoma-associated genes that The relationship the gene products of two genes, CC3 and TC3, in the bladder tumor for G2 tumors across from is different from all other degrees of differentiation and thus one Possibility to Subclassification of bladder tumors. This ratio can besides determining the protein content of CC3 and TC3 in the tumor also by the detection of specific mRNA sequences for TC3 (GenAcess No. AF092095) and CC3 (GenAcessNo.NM_006410) in tumor, urine and urine sediment (i.e., essentially the cellular portion in the urine) of a patient.
Die CC3 mRNA kodiert ein Protein (synn. TIP30, Htatip2) welches stabil ist und pro-apoptotisch sowie anti-angiogenetisch wirkt und damit die Funktion eines Tumorsuppressorproteins aufweist (Emma Shtivelman (1997): A link between metastasis and resistance to apoptosis of variant small cell lung carcinoma. Oncogene 14: 2167-2173 und Xiao H, Palhan V, Yang Y, Roeder RG. (2000): TIP30 has an intrinsic kinase activity required for up-regulation of a subset of apoptotic genes. EMBO J. 19:956-63).The CC3 mRNA encodes a protein (synn. TIP30, Htatip2) which is stable is and acts pro-apoptotic and anti-angiogenic and thus has the function of a tumor suppressor protein (Emma Shtivelman (1997): A link between metastasis and resistance to apoptosis of variant small cell lung carcinoma. Oncogene 14: 2167-2173 and Xiao H, Palhan V, Yang Y, Roeder RG. (2000): TIP30 has an intrinsic kinase Activity required for up-regulation of a subset of apoptotic genes. EMBO J. 19: 956-63).
Bei TC3 handelt es sich um eine Splicevariante der CC3 RNA (Stephanie Whitman, Xia Wang, Refaat Shalaby and Emma Shtivelman (2000): Alternatively Spliced Products CC3 and TC3 Have Opposing Effects on Apoptosis. Molecular and Cellular Biology 20: 583-593.). Das Translationsprodukt von TC3 ist sehr instabil, wirkt antiapoptotisch und kann somit als Tumorpromotor angesehen werden (Stepahnie Whitman, Xia Wang, Refaat Shalaby and Emma Shtivelman (2000): Alternatively Spliced Products CC3 and TC3 Have Opposing Effects on Apoptosis. Molecular and Cellular Biology, 20: 583-593.).at TC3 is a splice variant of CC3 RNA (Stephanie Whitman, Xia Wang, Refaat Shalaby, and Emma Shtivelman (2000): Alternatively Spliced Products CC3 and TC3 have Opposing Effects on Apoptosis. Molecular and Cellular Biology 20: 583-593.). The translation product TC3 is very unstable, has anti-apoptotic effects and thus can be considered a tumor promoter (Stepahnie Whitman, Xia Wang, Refaat Shalaby and Emma Shtivelman (2000): Optional Spliced Products CC3 and TC3 Have Opposing Effects on Apoptosis. Molecular and Cellular Biology, 20: 583-593.).
Die Erfindung bedient sich somit nicht eines einzelnen unabhängigen molekularen Markers, sondern des Verhältnisses zwischen zwei funktionell miteinander konkurrierenden mRNA-Splicevarianten ein und desselben Gens, um eine Aussage über das Vorliegen eines Blasentumors mit einem bestimmten Differenzierungsgrad (G2) zu treffen. Der Fachmann würde nun grundsätzlich erwarten, dass mit steigendem Grading und somit zunehmender Agressivität des Tumors, die Expression des Tumorsuppressorproteins CC3 sinkt und sich das Verhältnis von CC3 zu TC3 zugunsten des Tumorpromotors TC3 verschiebt. Es hat sich jedoch überraschenderweise gezeigt, dass beim Übergang vom Grading G1 zu G2 die mRNA-Konzentration von CC3 im Verhältnis zu TC3 steigt, während sie beim Übergang von G2 zu G3 wieder deutlich abfällt.The Thus, the invention does not use a single independent molecular Markers, but of the relationship between two functionally competing mRNA splice variants one and the same gene to make a statement about the presence of a bladder tumor with a certain degree of differentiation (G2). The specialist would now in principle expect that with increasing grading and thus increasing aggressiveness of the tumor, the expression of the tumor suppressor protein CC3 decreases and the relationship from CC3 to TC3 in favor of the tumor promoter TC3. It has However, surprisingly shown during the transition from Grading G1 to G2, the mRNA concentration of CC3 in relation to TC3 rises while she at the transition from G2 to G3 drops again significantly.
Der
Anstieg des Verhältnisses
der mRNA-Konzentrationen von CC3 zu TC3 über einen bestimmten Schwellenwert
x lässt
sich somit als diagnostischer Parameter für das Vorliegen eines Blasenkarzinoms
des Differenzierungsgrades G2 nutzen. Auf der Basis der vorliegenden
Daten (
Weitere Merkmale und Vorteile der Erfindung ergeben sich aus folgender Beschreibung. Dabei werden die Abbildungen näher beschriebenFurther Features and advantages of the invention will become apparent from the following description. The pictures become closer described
Das Maß der Fläche unter der Kurve gibt hierbei die diagnostische Verwertbarkeit an. Für Werte von > 0,75 ist die Möglichkeit einer diagnostischen Nutzung gegeben. Für das dargestellte Testsystem beträgt der Wert 0,87. Der Pfeil bezeichnet den auf dem derzeitigen Stichprobenumfang von n = 35 basierenden Schwellenwert x (ein Verhältnis von CC3 RNA zu TC3 RNA von ≥ 29) bei dem die Unterscheidung von G2 Tumoren zu allen anderen untersuchten Klassen mit einer Sensitivität von 91,7 % und einer Spezifität von 82,6% möglich ist.The Measure of area below the curve indicates the diagnostic usability. For values of> 0.75 is the possibility given a diagnostic use. For the illustrated test system the value is 0.87. The arrow indicates that at the current sample size n = 35 based threshold x (a ratio of CC3 RNA to TC3 RNA from ≥ 29) in which the distinction of G2 tumors to all other studied classes with a sensitivity of 91.7% and a specificity of 82,6% possible is.
Die Erfindung wird im folgenden anhand eines Ausführungsbeispiels näher erläutert:The The invention is explained in more detail below with reference to an exemplary embodiment:
1) Isolierung von RNA aus dem Urin von Tumorpatienten/Verdachtspersonen1) Isolation of RNA from the urine of tumor patients / suspected persons
Zunächst erfolgt die Mischung der Urinprobe oder des Urinsedimentpellets mit einer Guanidinium-Salzlösung zu einer Endkonzentration von 3 M Guanidinium. Diese Lösung wird auf eine kommerziell erhältliche Säule mit aktivierter Silica-Matrix (hier Qiagen Midi Kit) gegeben wobei die Nukleinsäuren an die Matrix gebunden werden. Anschließend erfolgt das Waschen der Silica-gebundenen Nukleinsäuren mit Hochsalzpuffer zur Abtrennung von Proteinen und löslichen Stoffen mit einem Puffer des Herstellers. Zur Vermeidung von DNA Kontaminationen wird im folgenden Schritt ein enzymatischer Abbau eventuell vorhandener DNA auf der Silica-Matrix durchgeführt. In diesem Beispiel fand das Enzym DNase I, gelöst in 140 μL DNase I Puffer, Verwendung. Im Anschluss erfolgt das Waschen der Silica-gebundenen RNA mit Hochsalzpuffer des Herstellers zur Abtrennung von DNA-Fragmenten, Proteinen und löslichen Stoffen. Die Elution der RNA von der Silica-Matrix wird mittels eines möglichst geringen Volumens RNase-freien Wassers erreicht. Hier wurden 2 × 160 μL H2O verwendet. Zu Erhöhung der RNA-Konzentration in der Probe sollte die Einengung des Probenvolumens mittels Vakuumzentrifugation auf 20 μL erfolgen. Alternativ ist hier auch eine Ethanolpräzipitation möglich.First, the urine sample or urinary sediment pellet is mixed with a guanidinium salt solution to a final concentration of 3 M guanidinium. This solution is applied to a commercially available column of activated silica matrix (here Qiagen Midi Kit) wherein the nucleic acids are bound to the matrix. Subsequently, the washing of the silica-bound nucleic acids with high salt buffer for the separation of proteins and soluble substances with a buffer of the manufacturer. To avoid DNA contamination in the following step, an enzymatic degradation of any existing DNA is performed on the silica matrix. In this example, the enzyme DNase I dissolved in 140 μL DNase I buffer was used. This is followed by washing the silica-bound RNA with high-salt buffer of the manufacturer for the separation of DNA fragments, proteins and soluble substances. The elution of the RNA from the silica matrix is achieved by means of the smallest possible volume of RNase-free water. Here 2 × 160 μL H 2 O were used. To increase the RNA concentration in the sample, the sample volume should be concentrated to 20 μL by vacuum centrifugation. Alternatively, ethanol precipitation is also possible here.
2) Enzymatische Synthese der Gegenstrang-DNA aus isolierter RNA2) Enzymatic synthesis the counterstrand DNA from isolated RNA
Zur Synthese der Gegenstang-DNA (cDNA) werden 10 μl des RNA-haltigen Isolates in einem Reaktionsvolumen von 20 μL mittels eines kommerziell erhältlichen reverse Transkriptase-Systems (hier Superscript III/Invitrogen) umgeschrieben. Der Beginn der reversen Transkriptionsreaktion auf der RNA wird durch kommerziell erhältliche random primer von 6 Nukleotiden Länge (Invitrogen) in einer Konzentration von 15 ng pro μL Reaktionsvolumen erreicht. Nach Ende der vorgegebenen Reaktionszeit (hier 50°C für 60 min) wird das Enzym durch einen Hochtemperaturschritt für 15 Minuten bei 70°C inaktiviert.For the synthesis of the counterpart DNA (cDNA), 10 .mu.l of the RNA-containing isolate in a reaction volume of 20 .mu.L by means of a commercially available reverse transcriptase system (here Superscript III / Invitrogen) rewritten. The beginning of the reverse transcription reaction on the RNA is achieved by commercially available random primer of 6 nucleotides in length (Invitrogen) in a concentration of 15 ng per μL reaction volume. After the end of the given reaction time (here 50 ° C for 60 min), the enzyme is inactivated by a high-temperature step for 15 minutes at 70 ° C.
3) Amplifikation und Quantifizierung der Gegenstrang-DNA durch quantitative Polymerasekettenreaktion (qPCR)3) amplification and quantification the counterstrand DNA by quantitative polymerase chain reaction (QPCR)
Die Bestimmung der Mengen von CC3-cDNA und TC3-cDNA in der Probe wird mittels einer quantitativen Polymerase Kettenreaktion durchgeführt. Dazu wird eine Verdünnung der cDNA Lösung mit geeigneten Puffern und einer temperaturstabilen DNA-Polymerase amplifiziert. Hierzu wurde beispielhaft das kommerziell erhältliche „core-kit" der Firma Eurogentec verwendet, um in einem Reaktionsvolumen von 10μl Bedingungen von 1x PCR-Puffer, 0,25U TaqPolymerase, 200 μM dNTPs und 3mM MgCl2 einzustellen. Die Spezifität wird durch ein Oligonukleotid-Paar festgelegt, welches durch spezifische Basenpaarung an die zu amplifizierende Sequenz bindet. Die sequenzspezifische, zyklische Amplifikation der Gegenstrang-DNA wird durch Zugabe von Oligonukleotiden mit den unter der SEQ ID NO:1 und SEQ ID NO:2 angegebenen Nukleinsäuresequenzen (siehe Sequenzprotokoll) für CC 3 sowie in einem zweiten Ansatz der Oligonukleotide mit den unter der SEQ ID NO:3 und SEQ ID NO:4 angegebenen Nukleinsäuresequenzen (siehe Sequenzprotokoll) für TC3 bis zu einer Endkonzentration von 200 nM erreicht. Die Quantifizierung erfolgt durch ein weiteres Oligonukleotid, welches ebenfalls spezifisch an die zu detektierende Sequenz bindet und proportional zur Amplifikation ein Fluoreszenz-Signal emittiert. Die Quantifizierung erfolgt hier beispielhaft durch eine fluoreszenzmarkierte Oligonukleotidsonde des TaqMan Systems mit der unter der SEQ ID NO:5 angegebenen Nukleinsäuresequenz für CC3 und der unter der SEQ ID NO:6 angegebenen Nukleinsäuresequenz für TC3 (siehe Sequenzprotokoll) jeweils in einer Endkonzentration von 125 nM. Die sequenzspezifische Amplifikation erfolgt im Anschluß an einen einmaligen Denaturierungsschritt für 10 min bei 92°C, in 50 Temperatur-Zyklen von 15 sec bei 95°C gefolgt von 1 min bei 60°C. Die absolute Quantifizierung kann durch parallele Ansätze von Verdünnungsreihen der Sequenzen von TC3 und CC3 in bekannten Konzentrationen unter identischen Bedingungen erreicht werden.The determination of the amounts of CC3 cDNA and TC3 cDNA in the sample is carried out by means of a quantitative polymerase chain reaction. For this purpose, a dilution of the cDNA solution is amplified with suitable buffers and a temperature-stable DNA polymerase. For this purpose, the commercially available "core kit" from Eurogentec was used by way of example in order to set conditions of 1 × PCR buffer, 0.25 U Taq polymerase, 200 μM dNTPs and 3 mM MgCl 2 in a reaction volume of 10 μl. The sequence-specific, cyclic amplification of the counterstrand DNA is determined by addition of oligonucleotides having the nucleic acid sequences indicated under SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 (see Sequence Listing) for CC 3 and in a second batch of the oligonucleotides having the nucleic acid sequences indicated under SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 (see Sequence Listing) for TC3 to a final concentration of 200 nM The quantification is carried out by a further oligonucleotide which also specifically binds to the sequence to be detected and a fluorescence S proportional to the amplification emitted signal. The quantification is carried out here by way of example by a fluorescence-labeled oligonucleotide probe of the TaqMan system with the nucleic acid sequence for CC3 given under SEQ ID NO: 5 and the nucleic acid sequence for TC3 given under SEQ ID NO: 6 (see Sequence Listing), in each case in a final concentration of 125 nM. Sequence-specific amplification is followed by a single denaturation step for 10 minutes at 92 ° C, in 50 temperature cycles of 15 seconds at 95 ° C followed by 1 minute at 60 ° C. Absolute quantitation can be achieved by parallel runs of serial dilutions of the sequences of TC3 and CC3 in known concentrations under identical conditions.
4) Bestimmung des Verhältnisses von CC3 RNA zu TC3 RNA in der Urinprobe4) Determination of the ratio from CC3 RNA to TC3 RNA in the urine sample
Die Bestimmung des Quotienten Q aus dem Gehalt der CC3 RNA und dem Gehalt der TC3 RNA in der Urinprobe erfolgt rechnerisch durch Dividieren der absoluten Menge an CC3 cDNA in der PCR-Probe durch die absolute Menge an TC3 cDNA in der PCR-Probe.The Determination of the quotient Q from the content of the CC3 RNA and the content The TC3 RNA in the urine sample is calculated by dividing the absolute amount of CC3 cDNA in the PCR sample by the absolute Amount of TC3 cDNA in the PCR sample.
Es folgt ein Sequenzprotokoll nach WIPO St. 25.It follows a sequence listing according to WIPO St. 25. Dieses kann von der amtlichen Veröffentlichungsplattform des DPMA heruntergeladen werden.This can from the official publication platform downloaded from the DPMA.
Claims (2)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE102006007249A DE102006007249B4 (en) | 2006-02-15 | 2006-02-15 | Method for the determination of bladder carcinomas of differentiation grade G2 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE102006007249A DE102006007249B4 (en) | 2006-02-15 | 2006-02-15 | Method for the determination of bladder carcinomas of differentiation grade G2 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE102006007249A1 true DE102006007249A1 (en) | 2007-08-30 |
DE102006007249B4 DE102006007249B4 (en) | 2008-07-31 |
Family
ID=38319621
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE102006007249A Expired - Fee Related DE102006007249B4 (en) | 2006-02-15 | 2006-02-15 | Method for the determination of bladder carcinomas of differentiation grade G2 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE102006007249B4 (en) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP3488019A4 (en) * | 2016-07-21 | 2020-01-29 | The General Hospital Corporation | Extracellular mrna markers of muscular dystrophies in human urine |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002015770A2 (en) * | 2000-08-18 | 2002-02-28 | Digene Corporation | Methods of cancer prognosis and assessment |
US20040038240A1 (en) * | 2001-07-13 | 2004-02-26 | Akhouri Sinha | Method and materials for assessing cancer aggressiveness |
WO2004033641A2 (en) * | 2002-10-04 | 2004-04-22 | Sloan Kettering Institute For Cancer Research | Gene expression profiling of bladder cancer |
-
2006
- 2006-02-15 DE DE102006007249A patent/DE102006007249B4/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2002015770A2 (en) * | 2000-08-18 | 2002-02-28 | Digene Corporation | Methods of cancer prognosis and assessment |
US20040038240A1 (en) * | 2001-07-13 | 2004-02-26 | Akhouri Sinha | Method and materials for assessing cancer aggressiveness |
WO2004033641A2 (en) * | 2002-10-04 | 2004-04-22 | Sloan Kettering Institute For Cancer Research | Gene expression profiling of bladder cancer |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP3488019A4 (en) * | 2016-07-21 | 2020-01-29 | The General Hospital Corporation | Extracellular mrna markers of muscular dystrophies in human urine |
US11866783B2 (en) | 2016-07-21 | 2024-01-09 | The General Hospital Corporation | Extracellular mRNA markers of muscular dystrophies in human urine |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
DE102006007249B4 (en) | 2008-07-31 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
DE602004008889T2 (en) | SERUM MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR (MIF) AS A MARKER FOR PROSTATE CANCER | |
DE19829473C2 (en) | Procedure for early diagnosis of carcinomas | |
DE60105411T2 (en) | METHOD FOR THE DIAGNOSIS OF CANCER | |
EP1532444B1 (en) | Method for analyzing body fluids for the presence of cancer cells and corresponding analysis kits | |
DE102005052384A1 (en) | Diagnosis, labeling and treatment of lung tumors, using substances with affinity for specific genes whose expression is altered in tumors or for their derived products | |
EP3397773B1 (en) | Method and means for diagnosing tumors | |
EP1786929A2 (en) | Method and kit for diagnosis of a cancerous disease method for determining the reaction of a patient to the treatment for a cancerous disease medicament for the prophylaxis or treatment of a cancerous disease | |
DE69737812T2 (en) | Diagnosis by determination of polymorphisms in the promoter region of the TGF-beta 1 gene | |
DE102015208083B3 (en) | A method for prognosis and / or diagnosis of a disease based on a sample of adipose tissue and kit for this method | |
EP1453531B1 (en) | Use of hmgb proteins and nucleic acids that code therefor | |
DE102006007249B4 (en) | Method for the determination of bladder carcinomas of differentiation grade G2 | |
EP2092087A2 (en) | Prognostic markers for classifying colorectal carcinoma on the basis of expression profiles of biological samples | |
DE102006032394B4 (en) | Method for diagnosis and differentiation of prostate cancer | |
DE102017214449B4 (en) | Method and means for the diagnosis of tumors by detection and quantification of heterogeneously methylated epialleles | |
EP1514115B1 (en) | Diagnostic agent, method for detecting a carcinoma, and means for the treatment thereof | |
CN107447008A (en) | For the enhancer RNA combinations of acatalepsia reason recurrent miscarriage, primer sets and application and kit | |
DE10337368A1 (en) | Diagnosis of pancreatic cancer by detecting expression of the a disintegrin and metalloprotease domain 9 (ADAM9) protein using specific antibodies, also therapeutic use of these antibodies and of ADAM9-specific nucleic acids | |
EP2467496A1 (en) | Method for determining the risk of metastasis as an indicator for diagnostic imaging | |
DE102007048636B4 (en) | Marker for the diagnosis of cancer | |
DE102020102143B3 (en) | Method for determining whether treatment of a cancer disease is to be started or continued, a biomarker which corresponds to at least one marker gene, and a use of the biomarker in the method according to the invention | |
EP2092085A2 (en) | Prognostic marker for classifying the three-year progression-free survival of patients with colorectal carcinoma based on expression profiles of biological samples | |
DE102009015784A1 (en) | In vitro method for the diagnosis of tumor diseases | |
WO2005050218A2 (en) | Diagnostic, prognostic and therapeutic method used for the analysis and treatment of malign tumours | |
EP4031684A1 (en) | Method for determining cell count by means of a reference dna | |
DE10300861A1 (en) | Use of substances that bind to FABP4 for the diagnosis and treatment of bladder cancer |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
OP8 | Request for examination as to paragraph 44 patent law | ||
8364 | No opposition during term of opposition | ||
R082 | Change of representative |
Representative=s name: BOEHMERT & BOEHMERT ANWALTSPARTNERSCHAFT MBB -, DE |
|
R119 | Application deemed withdrawn, or ip right lapsed, due to non-payment of renewal fee | ||
R119 | Application deemed withdrawn, or ip right lapsed, due to non-payment of renewal fee |
Effective date: 20140902 |