DD237329A1 - DEVICE FOR SOLID PHASE SEQUENCING OF NUCLEIC ACID FRAGMENTS - Google Patents

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DD237329A1 DD27632885A DD27632885A DD237329A1 DD 237329 A1 DD237329 A1 DD 237329A1 DD 27632885 A DD27632885 A DD 27632885A DD 27632885 A DD27632885 A DD 27632885A DD 237329 A1 DD237329 A1 DD 237329A1
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Andre Rosenthal
Hans-Dieter Hunger
Horst Kagelmaker
Monika Graetschus
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Abstract

Die Erfindung betrifft eine Einrichtung zur Festphasensequenzierung von Nucleinsaeurefragmenten. Ziel der Erfindung ist es, eine Festphasensequenzierung mit einer grossen Stueckzahl von Nucleinsaeurefragmenten schnell, wirtschaftlich und verwechselungsfrei durchzufuehren. Aufgabe ist es, die gleichzeitige Be- und Verarbeitung einer grossen Zahl von Nucleinsaeurefragmenten als Festphasenimmobilisate zu ermoeglichen. Die Loesung der Aufgabe erfolgt mit einer Einrichtung, die aus fuenf Sequenzierungsbloecken, vier Flaechentraegerhaltern, vier Deckeln, einem Probendosierer und einem Stanzer besteht. Das zentrale Teil der Einrichtung ist der Sequenzierungsblock - ein quaderfoermiger Koerper mit eingelassenen Reaktionsgefaessen - mit dem alle anderen Teile verwechslungsfrei kombinierbar sind. Alle wesentlichen Operationen werden mit und im Sequenzierungsblock vorgenommen. Das ist ein bemerkenswerter Vorteil der Erfindung. Die Erfindung wird in der Molekularbiologie und in der Gentechnik angewendet.The invention relates to a device for solid-phase sequencing of nucleic acid fragments. The aim of the invention is to carry out a solid-phase sequencing with a large number of Nucleinsaeurefragmenten quickly, economically and without confusion. The task is to enable the simultaneous processing and processing of a large number of nucleic acid fragments as solid-phase immobilizates. The task is solved with a device consisting of five sequencing blocks, four plate holders, four lids, a sample dispenser and a punch. The central part of the device is the sequencing block - a parallelepipedic body with embedded reaction vessels - with which all other parts can be combined without confusion. All essential operations are performed with and in the sequencing block. That is a remarkable advantage of the invention. The invention is used in molecular biology and genetic engineering.

Description

Anwendungsgebiet der ErfindungField of application of the invention

Anwendungsgebiet der Erfindung ist die Sequenzanalyse von Nucleinsäurefragmenten (DNA und RNA) in der Molekularbiologie und Gentechnik bzw. die Sequenzanalyse von Oligodesoxy- und Oligoribonucleotiden nach chemischer Synthese dieser Abschnitte.The field of application of the invention is the sequence analysis of nucleic acid fragments (DNA and RNA) in molecular biology and genetic engineering or the sequence analysis of oligodeoxy and oligoribonucleotides after chemical synthesis of these sections.

Charakteristik der bekannten technischen LösungenCharacteristic of the known technical solutions

Vorrichtungen zur Durchführung von Festphasensequenzierungen sind bisher nicht bekannt geworden. , Allerdings sind Verfahren zur Festphasensequenzierung bekannt. So wurde ein Verfahren beschrieben, das sich zur Festphasensequenzierung von Nucleinsäurefragmenten besonders eignet, weil es die gleichzeitige Sequenzierung großer Stückzahlen von kurzen und langen Nucleinsäurefragmenten erlaubt und auch prinzipiell automatisierbar ist. Als feste Phase wurde die Verwendung von cyanurchloridhaltigem Papier vorgeschlagen, das durch Umsetzung mit Hydrohalogeniden von Aminoalkylhalogeniden mittertiären Aminen Anionenaustauschereigenschaften erhalten hat. Zur gleichzeitigen Sequenzierung großer Stückzahlen wurde die Verwendung von speziellen Reaktionsgefäßen, wie Eppendorf-Hütchen, Reaktorkammern für größere Flächenträger, Glasreaktoren mit dosierbarem Zu- und Ablauf und chemisch inerte Glas- oder Kunststoffplatten angegeben. Diese Elemente sollen der Aufnahme und Behandlung des papierähnlichen Flächenträgers gemäß dem Sequenzierungsverfahren dienen. Nähere Ausführungsformen werden nicht beschrieben, so daß man annehmen muß, daß es sich um kommerziell erhältliche Laborgeräte handelt. Die gleichzeitige Sequenzierung einer großen Zahl von Nucleinsäurefragmenten ist zwar möglich, jedoch ist der Ablauf des Verfahrens unökonomisch, und die Gefahr des Verwechselns von immobilisierten Nucleinsäurefragmenten ist groß.Devices for performing solid-phase sequencing have not been previously known. However, methods for solid phase sequencing are known. Thus, a method has been described which is particularly suitable for the solid-phase sequencing of nucleic acid fragments, because it allows the simultaneous sequencing of large numbers of short and long nucleic acid fragments and is also in principle automatable. As a solid phase, the use of paper containing cyanuric chloride has been proposed, which has obtained anion exchange properties by reaction with hydrohalides of aminoalkyl halides of tertiary amines. For the simultaneous sequencing of large numbers, the use of special reaction vessels, such as Eppendorf cones, reactor chambers for larger surface carriers, glass reactors with metered inlet and outlet and chemically inert glass or plastic plates was specified. These elements are intended to accommodate and treat the paper-like sheet carrier according to the sequencing method. Further embodiments are not described, so it must be assumed that they are commercially available laboratory equipment. Although simultaneous sequencing of a large number of nucleic acid fragments is possible, the procedure is uneconomical and the risk of confounding immobilized nucleic acid fragments is great.

Ziel der ErfindungObject of the invention

Ziel der Erfindung ist es, eine Festphasensequenzierung mit einer großen Stückzahl von Nucleinsäurefragmenten schnell, wirtschaftlich und verwechselungsfrei durchzuführen.The aim of the invention is to perform a solid-phase sequencing with a large number of nucleic acid fragments quickly, economically and without confusion.

Darlegung des Wesens der ErfindungExplanation of the essence of the invention

Der Erfindung liegt die Aufgabe zugrunde, eine Einrichtung zu entwickeln, mit deren Hilfe eine gleichzeitige Immobilisierung einer großen Anzahl von Nucleinsäurefragmenten auf einen Flächenträger, eine gleichzeitige chemische Weiterbehandlung gleichzeitiges Ausstanzen der Festphasenimmobilisate, eine weitere gleichzeitige chemische Behandlung sowie gleichzeitige Nachbehandlungen wie Waschen, Hoch- und Tieftemperaturbehandlung und Zentrifugation möglich ist.The invention has for its object to develop a device with the help of a simultaneous immobilization of a large number of nucleic acid fragments on a surface support, simultaneous chemical treatment simultaneous punching the solid phase immobilizates, a further simultaneous chemical treatment and simultaneous post-treatments such as washing, high and Cryogenic treatment and centrifugation is possible.

Die Lösung der Aufgabe erfolgt mit einer Einrichtung, die erfindungsgemäß Sequenzierungsblöcke mit dazugehörigen Deckeln , Flächenträgerhaltern, Probendosierer und Stanzer aufweist. Sowohl Deckel und Flächenträgerhalter als auch Probendosierer und Stanzer sind durch Anbringung von Markierungen und Führungen nur in einer Stellung mit dem Sequenzierungsblock kombinierbar, so daß Vertauschungen der Proben ausgeschlossen sind. Der Sequenzierungsblock besteht aus einem quader- oder würfelförmigen Grundblock, wobei auch andere Formen möglich sind, in den Reakt'ionsgefäße eingelassen oder eingearbeitet sind. Die Anzahl der Reaktionsgefäße richtet sich nach dem Umfang der zu analysierenden Einzelproben.The object is achieved by means of a device which according to the invention has sequencing blocks with associated covers, surface carrier holders, sample dispensers and punches. Both lid and surface carrier as well as sample dispenser and puncher can be combined by attaching markers and guides only in one position with the sequencing block, so that permutations of the samples are excluded. The sequencing block consists of a cuboid or cube-shaped basic block, wherein other shapes are possible, are embedded in the Reakt'ionsgefäße or incorporated. The number of reaction vessels depends on the size of the individual samples to be analyzed.

Eine Markierung gibt die Konstellation der Zuordnung der weiteren Teile der Einrichtung an, die aufgrund des Verfahrensablaufes erfindungsgemäß benötigt werden.A marking indicates the constellation of the assignment of the other parts of the device, which are required according to the invention due to the process flow.

Der Deckel ist so gearbeitet, daß er genau auf den Sequenzierungsblock paßt und dabei jedes eingelassene Reaktionsgefäß dicht verschließt. Er besteht aus einer nicht deförmierbaren starren Abdeckung, an der eine elastische Dichtung befestigt ist, die auf die Reaktionsgefäße drückt, und Befestigungselemente zur Fixierung am Sequenzierungsblock.The lid is designed to fit snugly on the sequencing block, sealing off any recessed reaction vessel. It consists of a non-deformable rigid cover to which is attached an elastic seal which presses on the reaction vessels and fasteners for fixation on the sequencing block.

Weiterhin gehört zur erfindungsgemäßen Einrichtung ein Probendosierer für das gleichzeitige Auftragen der flüssigen Proben .Furthermore, the device according to the invention includes a sample dispenser for the simultaneous application of the liquid samples.

auf den Flächenträger. Der Dosierer besitzt entsprechend der Anzahl der im Sequenzierungsblock vorhandenen Reaktionsgefäße gleichlange Kapillaren, die in einem Kapillarhalter stecken und das gleiche Verteilungsmuster wie die Reaktionsgefäße aufweisen, d. h. jede Kapillare für ein anderes Reaktionsgefäß. Auch hier wird durch Markierungen und Führungen erreicht, daß die Kapillaren immer nur demselben Probengefäß zugeordnet sind.on the surface carrier. According to the number of reaction vessels present in the sequencing block, the dosing device has capillaries of equal length which are inserted in a capillary holder and have the same distribution pattern as the reaction vessels, ie. H. each capillary for another reaction vessel. Again, it is achieved by markings and guides that the capillaries are always associated with only the same sample vessel.

Der erfindungsgemäß eingesetzte Stanzer, mit deren Hilfe die auf dem Flächträger befindlichen Probenimmobilisate ausgestanzt und gleichzeitig in die Reäktidnsgefäße des Sequenzierungsblockes überführt werden, besteht aus einer Platte mit eingesetzten Stanzstiften, die das gleiche Verteiiungsmuster aufweisen wie die Reaktionsgefäße im Sequenzierungsblock. Die Probendosierung und das Stanzen erfolgt nach dem Einlegen des Flächenträgers in einen Flächenträgerhalter, der auf dem Sequenzierungsblock in vorgeschriebener eindeutiger Stellung einrastet. Die Probendosierung kann allerdings auch außerhalb des Sequenzierungsblockes erfolgen.The punch used according to the invention, with the aid of which the sample immobilizates located on the surface support are punched out and simultaneously transferred into the rectification vessels of the sequencing block, consists of a plate with inserted punching pins which have the same distribution pattern as the reaction vessels in the sequencing block. The sample dosing and punching takes place after inserting the surface carrier in a surface carrier holder, which engages on the sequencing block in the prescribed unique position. However, the sample dosage can also take place outside the sequencing block.

Zu einer Grundausstattung der Einrichtung gehören zweckmäßigerweise fünf Sequenzierungsblöcke, vier Deckel, vier Flächenträgerhalter, ein Probendosierer und ein Stanzer.A basic set of equipment conveniently includes five sequencing blocks, four lids, four surface support holders, a sample dispenser and a punch.

Bei der Durchführung des Sequenzierungsverfahrens erfolgen alle wesentlichen Operationen mit oder im Sequenzierungsblock.When performing the sequencing method, all essential operations are performed with or in the sequencing block.

Das ist ein bemerkenswerter Vorteil, der ein ökonomisches Arbeiten ermöglicht und Verwechselungen ausschließt. Die Erfindung wird an einem Ausführungsbeispiel und an Hand von Zeichnungen noch näher erläutert.This is a remarkable advantage that allows for economic work and eliminates confusion. The invention will be explained in more detail using an exemplary embodiment and with reference to drawings.

Fig. 1 SequenzierungsblockFig. 1 sequencing block

a. halbgeschnittene Draufsicht mit Deckela. half-cut top view with lid

b. Schnittdarsteilung mit Deckelb. Sectional diagram with lid

c. mit tiefgezogenen Reaktionsgefäßen Fig. 2 a. Probenahmec. with thermoformed reaction vessels Fig. 2 a. sampling

b. Probendosierung . ·b. Sample dosing. ·

Fig.3 Sequenzierungsblock mit Stanzvorrichtung Fig.4 AblaufschemaFig.3 sequencing block with punching device Fig.4 flow chart

Ausführungsbeispielembodiment

Die Grundausstattung der Einrichtung besteht aus fünf Sequenzierungsblöcken (1), vier Deckeln (2), einem Probendosierer (3), einem Stanzer (5) und vier Flächenträgerhaltern (4). Der Sequenzierungsblock 1 weist einen quaderförmigen Grundblock 1.1 auf, in dem die Reaktionsgefäße 1.2 eingelassen sind. Der Deckel 2 paßt genau auf den Sequenzierungsblock. Er hat eine auf der starren Abdeckung 2. 2 befestigte elastische Abdeckung 2.1, die stopfenartige Erhöhungen 2. 4 entsprechend der Zahl der Reaktionsgefäße 1. 2 besitzt. Die Befestigungselemente 2.3 sind an den Ecken angeordnet. Das sind in der Regel zwei Schranken, diein dafürvorgesehene Gewindebohrungen im Block gedreht werden. Zum Flächenträgerhalter 4 gehören eine Grundplatte4. 1 mit der Vertiefung 4. 2, eine Führungsplatte 4.3 und die Arretierung 4. 5. Entsprechend der Zahl und dem Verteilungsmuster der Reaktionsgefäße 1. 2 weisen Führungsplatte und Grundplatte Bohrungen 4. 4 auf, die das Einführen der Stanzstifte 5. 2 und der Kapillaren 3. 2 gestatten. Der Durchmesser der Bohrungen 4. 4 ist kleiner als der lichte Durchmesser der Reaktionsgefäße 1. 2. Der Probendosierer besteht aus dem Kapillarhalter 3.1 und den Kapillaren 3. 2. Der Kapillarhalter 3.1 —eine rechteckige Platte entsprechend der Fläche des Sequenzierungsblockes 1 — hat ebenso viele Bohrungen und in der gleichen Anordnung wie die Reäktionsgefäße im Sequehzierungsblock vorhanden bzw. angeordnet sind. In den Bohrungen sind die Kapillaren 3. 2 verschiebbar eingeführt, wobei die Mündungen 3.3 der Kapillaren auf einer Ebene liegen und der Abstand der Mündungen zum Kapillarhalter mindestens so groß ist, wie die Reaktionsgefäße 1. 2 tief sind. Der Durchmesser der Kapillaren 3. 2 ist etwas geringer als der Durchmesser der Bohrungen 4.4 des Flächenträgerhalters 4. Der Stanzer 5 hat die gleiche rechteckige Form wie der Sequenzierungsblock. Er besteht aus der Stempelpiatte 5.1 und den dort eingelassenen Stanzstiften 5. 2, die in ihrer Anzahl und in ihrer Verteilung der Anzahl und der Verteilung der Bohrungen 4.4 im Flächenträgerhalter entsprechen. Der Durchmesser der Stanzstifte ist so gewählt/daß sie genau in die Bohrungen 4. 4. passen. Die Länge der Stanzstifte 5. 2 ist mindestens so groß wie die Grundplatte 4.1 und Führungsplatte 4.3 dick sind.The basic equipment consists of five sequencing blocks (1), four lids (2), one sample dispenser (3), one punch (5) and four surface carrier holders (4). The sequencing block 1 has a cuboidal basic block 1.1, in which the reaction vessels 1.2 are embedded. The lid 2 fits exactly on the sequencing block. He has a fixed on the rigid cover 2. 2 elastic cover 2.1, the plug-like elevations 2. 4 corresponding to the number of reaction vessels has 1.2. The fastening elements 2.3 are arranged at the corners. These are usually two barriers that are turned into designated holes in the block. The surface support holder 4 includes a base plate 4. 1 with the recess 4. 2, a guide plate 4.3 and the lock 4. 5. According to the number and the distribution pattern of the reaction vessels 1. 2, guide plate and base plate holes 4. 4, the insertion of the puncture pins 5. 2 and the capillaries 3. 2 allow. The diameter of the holes 4. 4 is smaller than the clear diameter of the reaction vessels 1. 2. The sample dispenser consists of the capillary 3.1 and the capillaries 3. 2. The capillary 3.1 - a rectangular plate corresponding to the surface of sequencing block 1 - has just as many Holes and in the same arrangement as the Reäktionsgefäße in Sequehzierungsblock present or arranged. In the holes, the capillaries are introduced slidably 3. 2, wherein the mouths 3.3 of the capillaries lie on a plane and the distance between the mouths to Kapillarhalter is at least as large as the reaction vessels are 1.2 deep. The diameter of the capillaries 3. 2 is slightly smaller than the diameter of the holes 4.4 of the surface support holder 4. The punch 5 has the same rectangular shape as the sequencing block. It consists of the Stempelpiatte 5.1 and there embedded punching pins 5. 2, which correspond in number and in the distribution of the number and distribution of the holes 4.4 in the surface support holder. The diameter of the punching pins is chosen / fit exactly in the holes 4. 4. The length of the punching pins 5. 2 is at least as large as the base plate 4.1 and guide plate 4.3 are thick.

Zur Durchführung der Festphasensequenzierung werden die zu untersuchenden Proben in die Reaktionsgefäße 1. 2 eines .Sequenzierungsblockes 1 gefüllt. Mit Hilfe des Probendosierers 3 wird durch Eintauchen der Kapillaren in die wäßrige Lösung aufgrund der wirkenden Kapillarkräfte eine etwa gleichmäßige Füllung der Kapillaren erreicht (Fig.2a). Anschließend wird der Probendosierer auf den saugfähigen Flächenträger 4. 6 gedrückt, der unverrückbar in der Vertiefung 4. 2 der Grundplatte 4.1 liegt, und'dadurch Pröbehflussigkeit auf deTi TragSr übertragen wird. Der Flächenträger erhält ein Pröbenmuster, das demTo carry out the solid-phase sequencing, the samples to be examined are filled into the reaction vessels 1. 2 of a sequencing block 1. By means of the sample dispenser 3, an approximately uniform filling of the capillaries is achieved by immersing the capillaries in the aqueous solution due to the acting capillary forces (FIG. Subsequently, the sample dispenser is pressed onto the absorbent surface support 4. 6, which lies immovably in the depression 4. 2 of the base plate 4. 1, and as a result of this, the test suspension is transferred to the support. The surface carrier receives a Pröbenmuster that the

Anordnungsmuster der Reaktionsgefäße entspricht. Der Abstand zwischen den aufgetragenen Proben bzw. zwischen den Reaktionsgefäßen ist so gewählt, daß ein Ineinanderlaufen unmöglich ist (Fig. 1 a). Die gleiche Prozedur erfolgt mit drei weiteren Flächenträgern, wobei die Anzahl der „Beimpfungen" pro Flächenträger gemäß den bekannten Verfahren unterschiedlich ist, so daß nach Abschluß dieses Verfahrensschrittes vier „beimpfte" Flächenträger vorliegen, die nun den bekannten Modifikationsreaktionen unterworfen werden. Danach erfolgt wiederum die Einlage des Flächenträgers in den Flächenträgerhalter 4, und zwar in die dafür vorgesehene Vertiefung 4. 2. Der Stanzer 5 wird mit seinen Stanzstiften 5. 2 in die Bohrungen 4. 4 eingeführt, und durch Herunterdrücken werden die probenenthaltenden Bezirke des Trägers in die Reaktionsgefäße gestanzt (Fig, 3). Das gleiche erfolgt mit den weiteren drei beimpften Trägern, so daß vier Sequenzblöcke mit den immobilisierten Proben in den Reaktionsgefäßen 1.2 vorliegen. Nun erfolgt die vom bekannten Verfahren vorgeschriebene Zugabe einer Piperidinlösung in die Reaktionsgefäße aller Sequenzierungsblöcke, die Deckel 2 werden aufgesetzt und alle Blöcke gleichzeitig einer Temperaturbehandlung von 90cC unterzogen. Dabei kommt es zum DNA-Strangbruch, und gleichzeitig erfolgt die Elution vom Träger. Die weiteren Verfahrensschritte wie Schütteln, Abtrennen der Trägerfragmente, Zentrifugieren, Abkühlen, Lyophilisieren erfolgen in bzw. mit den Sequenzierungsblöcken (vgl. Fig.4:13-19). Die Weiterverarbeitung der Proben zum Zwecke des Trennens und der Sichtbarmachung erfolgt durch Gelelektrophorese. Eine Verwechselung von Proben ist ausgeschlossen, da durch Anbringen von Markierungen nur eine Zuordnung der Elemente der Einrichtung wie Deckel 2, Probendosierer 3, Flächenträgerhalter 4 und Stanzer 5 zum Sequenzierungsblock möglich ist. Ein weiterer großer Vorteil ist die gleichzeitige Behandlung der Flächträgerfragmente 20 bzw. der eluierten Proben bis zum Zeitpunkt des Auftragens ohne Entfernung aus dem Sequenzierungsblock auf die Gelelektrophorese. Dadurch wird eine beträchtliche Verringerung der Analysenzeit und durch Wahl der Anzahl der Reaktionsgefäße im Sequenzierungsblock ein hoher Probendurchsatz erreicht.Arrangement pattern of the reaction vessels corresponds. The distance between the applied samples or between the reaction vessels is chosen so that a running into each other is impossible (Fig. 1 a). The same procedure is carried out with three other surface carriers, wherein the number of "inoculations" per surface carrier according to the known methods is different, so that after completion of this process step four "inoculated" surface carriers are present, which are now subjected to the known modification reactions. Thereafter, in turn, the deposit of the surface carrier in the surface carrier holder 4, in the designated recess 4. 2. The punch 5 is introduced with its punching pins 5. 2 in the holes 4. 4, and by pressing down the sample-containing districts of the carrier punched into the reaction vessels (Fig, 3). The same is done with the other three inoculated carriers, so that there are four sequence blocks with the immobilized samples in the reaction vessels 1.2. Now, the prescribed by the known method addition of a piperidine solution in the reaction vessels of all sequencing blocks, the lid 2 are placed and all blocks simultaneously subjected to a temperature treatment of 90 c C. This leads to DNA strand breakage, and at the same time the elution is carried out by the carrier. The further process steps, such as shaking, separation of the carrier fragments, centrifuging, cooling, lyophilization are carried out in or with the sequencing blocks (compare Fig. 4: 13-19). Further processing of the samples for separation and visualization is by gel electrophoresis. A confusion of samples is excluded, since by attaching markers only an assignment of the elements of the device such as lid 2, sample feeder 3, surface carrier holder 4 and puncher 5 is possible for sequencing. Another great advantage is the simultaneous treatment of the surface carrier fragments 20 or the eluted samples until the time of application without removal from the sequencing block on the gel electrophoresis. As a result, a considerable reduction in the analysis time and the choice of the number of reaction vessels in the sequencing block a high sample throughput is achieved.

Aufsteilung der verwendeten BezugszeichenDivision of the reference numbers used

1 Sequenzierungsblock1 sequencing block

1.1 Grundblock1.1 basic block

1.2 Reaktionsgefäße1.2 Reaction vessels

1.3 Arretierung1.3 locking

1.4 miteinanderfestverbundene Reaktionsgefäße1.4 fixedly connected reaction vessels

2 Deckel2 lids

2.1 Elastische Dichtung2.1 Elastic seal

2.2 Abdeckung2.2 cover

2.3 Befestigungselement2.3 fastener

2.4 Erhöhung2.4 increase

3 Probendosierer3 sample dispensers

3.1 Kapillarhalter3.1 capillary holder

3.2 Kapillare3.2 capillary

3.3 Kapillarmündung3.3 capillary muzzle

4 Flächenträgerhalter (4)4 surface carrier holders (4)

4.1 Grundplatte4.1 Base plate

4.2 Vertiefung4.2 recess

4.3 Führungsplatte4.3 Guide plate

4.4 Bohrung4.4 Drilling

4.5 Arretierung4.5 locking

4.6 Flächenträger4.6 surface carriers

5 Stanzer5 punches

5.1 Stempelplatte5.1 stamp plate

5.2 Stanzstifte5.2 Punch Pins

6 Vorbereitender Analyse mit 1,3 und 4.66 Preparatory analysis with 1.3 and 4.6

7 Waschen und Trocknen7 washing and drying

8 Chemische Modifikation8 Chemical modification

9 Herausstanzen derFlächenträgersegmente20ausden FT 4.6 mit Hilfe von 59 punch out the slab segments20 from the FT 4.6 using 5

10 Zugabevon wäßrigerPiperidinlösung10 Addition of aqueous piperidine solution

11 Verschließen mit211 closing with2

12 Erwärmen auf Reaktionstemperatur12 heating to reaction temperature

13 Zentrifugieren13 centrifuging

14 Entfernen von 20 und Wiederholung 1314 Removing 20 and repeating 13

15 Tieftemperaturbehandlung15 cryogenic treatment

16 Lyophilisieren16 Lyophilize

17 Zugabevon H2O und Schüttein17 addition of H 2 O and Schüttein

18 Wiederholung von 13,15,16und 1718 repetition of 13,15,16and 17

19 Zugabevon Elektrophoresepuffer19 Addition of electrophoresis buffer

20 Flächenträgersegment20 surface carrier segment

Claims (7)

-1-Erfindungsanspruch:-1-invention claim: 1. Einrichtung zur Festphasensequenzierung von Nucleinsäurefragmenten unter Verwendung von Flächenträgern, gekennzeichnet dadurch, daß vier Deckel (2), vier Flächenträgerhalter (4), ein Probendosierer (3) und ein Stanzer (5) durch Markierungen, Führungen und Arretierungen in einer Orientierung eindeutig und verwechselungsfrei mit fünf Sequenzierungsblöcken (1) kombinierbar sind, wobei ein Sequenzierungsblock (1) aus einem Grundblock (1.1) dort eingelassene Reaktionsgefäße (1. 2) und einer Arretierung (1.3), ein Deckel (2) aus einer elastischen Dichtung (2.1) mit stopfenartigen Erhöhungen (2.4) gemäß der Anzahl und dem Verteilungsmuster der Reaktionsgefäße (1. 2), die mit einer starren Abdeckung (2.2) verbunden ist, und Befestigungselementen (2.3), der Probendosierer (3) aus einem Kapillarhalter (3. 1) mit den dort eingeführten Kapillaren (3.2) gemäß der Anzahl und dem Verteilungsmuster der Reaktionsgefäße (1.2), wobei die Kapillarmündungen (3.3) auf einer planen Ebene liegen und der Abstand der Ebene vom Kapiliarhalter mindestens der Tiefe der Reaktionsgefäße (1.2) entspricht, ein Flächenträgerhalter (4) aus der Grundplatte (4.1) mit der Vertiefung (4. 2), deren Abmaße in Höhe, Breite und Tiefe den Maßen des Flächenträgers (4.6) entspricht, aus der Führungsplatte (4.3), wobei Grundplatte (4.1) und Führungsplatte (4.3) genau übereinanderliegende Bohrungen (4. 4) aufweisen, deren Anzahl und Verteilungsmuster denen der Reaktionsgefäße (1. 2) entsprechen und deren Durchmesser nur wenig größer als die Durchmesser der Kapillaren (3. 2) sind, und die Arretierung (4. 5), der Stanzer (5) aus einer Stempelpla,tte (5.1) und den Stanzstiften (5. 2), deren Anzahl und Verteilungsmusier ebenfalls denen der Reaktionsgefäße (1.2) entsprechen und die genau in die Bohrungen (4. 4) passen, bestehen.A device for the solid phase sequencing of nucleic acid fragments using surface carriers, characterized in that four lids (2), four surface carrier holder (4), a sample feeder (3) and a punch (5) by markings, guides and detents in an orientation clearly and can be combined without confusion with five sequencing blocks (1), wherein a sequencing block (1) from a basic block (1.1) there inserted reaction vessels (1. 2) and a detent (1.3), a lid (2) made of an elastic seal (2.1) plug-like elevations (2.4) according to the number and the distribution pattern of the reaction vessels (1. 2), which is connected to a rigid cover (2.2), and fasteners (2.3), the sample dispenser (3) from a capillary holder (3. 1) with the capillaries (3.2) introduced there according to the number and the distribution pattern of the reaction vessels (1.2), wherein the Kapillarmündungen (3.3) on a plane E lie bene and the distance of the plane from Kapiliarhalter at least the depth of the reaction vessels (1.2), a surface carrier holder (4) from the base plate (4.1) with the recess (4. 2) whose dimensions in height, width and depth to the dimensions of the surface support (4.6), from the guide plate (4.3), wherein the base plate (4.1) and guide plate (4.3) exactly superimposed holes (4. 4), the number and Distribution pattern corresponding to the reaction vessels (1. 2) and whose diameter is only slightly larger than the diameter of the capillaries (3. 2), and the lock (4. 5), the puncher (5) from a Stempelpla, te (5.1) and the punching pins (5. 2), whose number and distribution pattern also correspond to those of the reaction vessels (1.2) and which fit exactly into the holes (4. 4) exist. 2. Einrichtung nach Punkt 1, gekennzeichnet dadurch, daß die Reaktionsgefäße (1. 2) eine zylindrische Form und/oder eine kegelige Form aufweisen.2. Device according to item 1, characterized in that the reaction vessels (1. 2) have a cylindrical shape and / or a conical shape. 3. Einrichtung nach Punkt 1 und 2, gekennzeichnet dadurch, daß als Reaktionsgefäße (1.2) Eppendorf-Hütchen verwendet werden.3. Device according to item 1 and 2, characterized in that are used as reaction vessels (1.2) Eppendorf hat. 4. Einrichtung nach Punkt 1 und 2, gekennzeichnet dadurch, daß die Reaktionsgefäße (1.2) auf mikrotiterplattenähnliche Weise fest verbunden sind (1. 4).4. Device according to item 1 and 2, characterized in that the reaction vessels (1.2) are firmly connected in a microtiter plate-like manner (1. 4). 5. Einrichtung nach Punkt 1—4, gekennzeichnet dadurch, daß die fünf Sequenzierungsblöcke verwechselungsfrei gekennzeichnet sind.5. Device according to item 1-4, characterized in that the five sequencing blocks are identified without confusion. 6. Einrichtung nach Punkt 1—5, gekennzeichnet dadurch, daß vier Sequenzierungsblöcke zu einer Anordnung mit nur einer möglichen Orientierung zueinander zusammengefaßt sind.6. Device according to item 1-5, characterized in that four sequencing blocks are combined to form an arrangement with only one possible orientation to each other. 7. Einrichtung nach Punkt 1 und 2, gekennzeichnet dadurch, daß die Reaktionsgefäße aus einer Folie tiefgezogen sind (1. 4).7. Device according to item 1 and 2, characterized in that the reaction vessels are thermoformed from a film (1. 4). Hierzu 4 Seiten ZeichnungenFor this 4 pages drawings
DD27632885A 1984-08-06 1985-05-14 DEVICE FOR SOLID PHASE SEQUENCING OF NUCLEIC ACID FRAGMENTS DD237329A1 (en)

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