CZ36892U1 - Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty - Google Patents
Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty Download PDFInfo
- Publication number
- CZ36892U1 CZ36892U1 CZ2022-40575U CZ202240575U CZ36892U1 CZ 36892 U1 CZ36892 U1 CZ 36892U1 CZ 202240575 U CZ202240575 U CZ 202240575U CZ 36892 U1 CZ36892 U1 CZ 36892U1
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- seq
- mir
- primer
- probe
- prostate cancer
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty
Oblast techniky
Předkládané technické řešení se týká prognostické sady pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty. Sada je určena pro stanovení mikroRNA v tkáni karcinomu prostaty za účelem predikce klinického průběhu a agresivity onemocnění.
Dosavadní stav techniky
Karcinom prostaty (KP) je celosvětově druhé nejčastější nádorové onemocnění a pátou nejčastější příčinou úmrtí na maligní onemocnění mezi muži. Současná diagnostika KP, která je schopná zachytit většinu případů, je založená především na stanovení prostatického specifického antigenu (PSA) a digitálním rektálním vyšetření (DRE), na základě jejichž výsledků jsou pacienti dále indikováni k diagnostické biopsii prostaty. Karcinom prostaty se však vyznačuje vysokou variabilitou v klinickém průběhu, která významně ovlivňuje volbu terapeutického plánu. Na jedné straně jsou popsány indolentní, pomalu rostoucí lokalizované karcinomy (ISUP skupina 1), které nepředstavují akutní ohrožení zdraví pacienta, a v jejichž léčbě se uplatňuje především aktivní sledování. Druhou skupinu tvoří agresivní KP (ISUP skupiny 3 až 5), které se vyznačují rychlým růstem, invazivitou a tvorbou metastáz, a které naopak vyžadují intenzivní terapeutický zásah. Stupnice ISUP byla navržena v roce 2014 na mezinárodní uropatologické konferenci (International Society of Urologic Pathologists - ISUP) jako nový systém hodnocení jehlových biopsií prostaty a tkání získaných transuretrální resekcí prostaty. Tento pětistupňový skórovací systém představuje závazná kritéria pro hodnocení stupně diferenciace karcinomu prostaty.
Predikce agresivity onemocnění v době detekce je proto důležitá pro efektivní terapii. Současné stratifikační systémy však nedokážou spolehlivě predikovat agresivitu, i proto, že jsou založeny na klinických, histopatologických nebo biochemických parametrech a nezohledňují molekulární faktory, které jsou přímo zapojeny do molekulární patologie karcinomu prostaty. Zavedení nových dostatečně senzitivních a specifických molekulárních biomarkerů pro predikci agresivity karcinomu prostaty je proto velice žádoucí. Vhodným nástrojem je analýza mikroRNA, krátkých nekódujících RNA, jejichž hladiny jsou asociovány s biologickými procesy v rámci vývoje a progrese karcinomu prostaty.
Podstata technického řešení
V rámci předkládaného technického řešení byly nalezeny mikroRNA biomarkery ve tkáni karcinomu prostaty asociované s ISUP skupinou, jejichž kombinace do prognostického skóre umožňuje odlišit karcinomy prostaty na základě agresivity. Předkládané technické řešení poskytuje prognostickou sadu pro odlišení indolentních (ISUP skupina 1) a agresivních (ISUP skupiny 3 až 5) karcinomů prostaty na základě kvantifikace prognostických biomarkerových miRNA miR-15b-5p, miR-106b-5p a referenčních miRNA miR-26a-5p, miR-26b-5p a miR-30e-5p metodou kvantitativní PCR v reálném čase (RT-qPCR).
Nukleotidové sekvence předmětných mikroRNA jsou následující:
hsa-miR-15b-5p hsa-miR-106b-5p hsa-miR-26a-5p hsa-miR-26b-5p hsa-miR-30e-5p
5'-UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA-3'
5'-UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU-3'
5'-UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGCU-3' 5'-UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGU-3' 5'-UGUAAACAUCCUUGACUGGAAG-3' (SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 2) (SEQ ID NO: 3) (SEQ ID NO: 4) (SEQ ID NO: 5)
- 1 CZ 36892 U1
Prognostická sada podle technického řešení obsahuje pět setů:
- set pro stanovení hladiny exprese miR-15b-5p, obsahující stem-loop primer pro reverzní transkripci a primery a fluorescenčně značenou sondu na bázi systému Univerzální Knihovny Sond (UPL, Universal Probe Library) pro qPCR, které sestávají ze sekvencí:
| Stem-loop RT primer | 5‘-GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGGT (SEQ ID NO: 6) ATTCGCACCAGAGCCAACTGTAAA-3‘ |
| Univerzální reverse primer Forward primer UPL sonda | 5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘ (SEQ ID NO: 7) 5‘-GTGTAGCAGCACATCATGG-3‘ (SEQ ID NO: 8) 5‘-TGGCTCTG-3‘ (SEQ ID NO: 9) |
- set pro stanovení hladiny exprese miR-106b-5p, obsahující stem-loop primer pro reverzní transkripci a primery a fluorescenčně značenou sondu na bázi systému Univerzální Knihovny Sond (UPL, Universal Probe Library) pro qPCR, které sestávají ze sekvencí:
| Stem-loop RT primer | 5‘-GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGGT (SEQ ID NO: 10) ATTCGCACCAGAGCCAACATCTGC-3‘ |
| Univerzální reverse primer Forward primer UPL sonda | 5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘ (SEQ ID NO: 7) 5‘-GGGGTAAAGTGCTGACAGT-3‘ (SEQ ID NO: 11) 5‘-TGGCTCTG-3‘ (SEQ ID NO: 9) |
- set pro stanovení hladiny exprese miR-26a-5p, obsahující stem-loop primer pro reverzní transkripci a primery a fluorescenčně značenou sondu na bázi systému Univerzální Knihovny Sond (UPL, Universal Probe Library) pro qPCR, které sestávají ze sekvencí:
| Stem-loop RT primer | 5‘- (SEQ ID NO: 12) GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGGTATT CGCACCAGAGCCAACAGCCTA-3‘ |
| Univerzální reverse primer Forward primer UPL sonda | 5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘ (SEQ ID NO: 7) 5‘-GTTTGGTTCAAGTAATCCAGGA-3‘ (SEQ ID NO: 13) 5‘-TGGCTCTG-3‘ (SEQ ID NO: 9) |
- set pro stanovení hladiny exprese miR-26b-5p, obsahující stem-loop primer pro reverzní transkripci a primery a fluorescenčně značenou sondu na bázi systému Univerzální Knihovny Sond (UPL, Universal Probe Library) pro qPCR, které sestávají ze sekvencí:
| Stem-loop RT primer | 5‘-GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGG (SEQ ID NO: 14) TATTCGCACCAGAGCCAACACCTAT-3‘ |
| Univerzální reverse primer Forward primer UPL sonda | 5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘ (SEQ ID NO: 7) 5‘-GTTTGGGTTCAAGTAATTCAGG-3‘ (SEQ ID NO: 15) 5‘-TGGCTCTG-3‘ (SEQ ID NO: 9) |
- set pro stanovení hladiny exprese miR-30e-5p, obsahující stem-loop primer pro reverzní transkripci a primery a fluorescenčně značenou sondu na bázi systému Univerzální Knihovny Sond (UPL, Universal Probe Library) pro qPCR, které sestávají ze sekvencí:
Stem-loop RT primer 5‘-GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGG (SEQ ID NO: 16)
TATTCGCACCAGAGCCAACCTTCCA-3‘
- 2 CZ 36892 U1
Univerzální reverse 5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘ primer (SEQ ID NO: 7)
Forward primer UPL sonda
5‘ -GTTTGGTGTAAACATCCTTGAC-3’
5‘-TGGCTCTG-3‘ (SEQ ID NO: 17) (SEQ ID NO: 9)
Sada může také s výhodou obsahovat deionizovanou vodu sloužící jako negativní kontrola a RT-qPCR standardy odpovídající expresi miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b-5p a miR-30e-5p ve vzorku pacienta s indolentním karcinomem prostaty a expresi miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b-5p a miR-30e-5p ve vzorku pacienta s agresivním karcinomem prostaty.
Kvantitativní analýza hladin exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p normalizovaných na geometrický průměr hladin miR-26a-5p, miR-26b-5p a miR-30e-5p, jejichž nukleotidové sekvence jsou specifikovány výše, pomocí RT-qPCR umožňuje s dostatečnou specificitou a senzitivitou odlišit pacienty s indolentním (ISUP skupina 1) a agresivním (ISUP skupiny 3 až 5) karcinomem prostaty. Hladiny miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b-5p a miR-30e-5p se s pomocí předmětné sady stanovují v RNA izolované ze tkáně karcinomu prostaty.
Bylo zjištěno, že prognostické skóre vypočítané pomocí logistické regrese na základě hladin normalizované exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p měřených v tkáni karcinomu prostaty pomocí tohoto setu je významně zvýšeno u pacientů s agresivním karcinomem prostaty oproti pacientům s indolentním karcinomem prostaty. Prahové hodnoty lze získat například statistickou analýzou naměřených hodnot normalizované exprese prognostických miRNA u pacientů, u nichž je známo přiřazení do ISUP skupin. Stanovení hladin exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p tak přináší významnou informaci o agresivitě onemocnění a napomáhá k nastavení nejvhodnějšího terapeutického plánu.
Objasnění výkresů
Obrázek 1 zobrazuje rozdíl v hladině prognostického skóre kombinujícího normalizované exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p mezi pacienty s indolentním (ISUP skupina 1) a agresivním (ISUP skupiny 3 až 5) karcinomem prostaty (P < 0,0001). Významnost rozdílu byla vyhodnocena pomocí Mann-Whitney testu.
Obrázek 2 zobrazuje kombinovanou ROC křivku pro prognostické skóre, která udává, s jakou senzitivitou a specificitou je prognostická sada schopná rozlišit pacienty s indolentním (ISUP skupina 1) a agresivním (ISUP skupiny 3 až 5) karcinomem prostaty (AUC = 0,81; specificita = 77 %; senzitivita = 70 %).
Příklad uskutečnění technického řešení
Pro testování prognostické schopnosti prognostické sady založené na stanovení hladiny normalizované exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p podle předkládaného technického řešení byla připravena prognostická sada pro RT-qPCR o následujícím složení:
- 3 CZ 36892 U1
| Komponenta | Množství | Účel |
| Mix RT - reverzní transkripce | 1 x 4,67 μΐ (1 reakce) | Přepis miRNA do cDNA |
| Mix PCR | 1 x 16,2 μΐ (1 reakce) | Amplifikace miRNA |
| Detekční sada pro miR- 15b-5p (RT primer; reverse a forward qPCR primery; UPL sonda) | 2 μΐ RT primeru (SEQ ID NO: 6) 1 μΐ 10μΜ reverse primeru (SEQ ID NO: 7) 1 μΐ 10μΜ forward primeru (SEQ ID NO: 8) 0,2 μΐ 10μΜ UPL sondy (SEQ ID NO: 9) | Reverzní transkripce a amplifikace miR- 15b-5p |
| Detekční sada pro miR-106b5p (RT primer; reverse a forward qPCR primery; UPL sonda) | 2 μΐ RT primeru (SEQ ID NO: 10) 1 μΐ 10μΜ reverse primeru (SEQ ID NO: 7) 1 μΐ 10μΜ forward primeru (SEQ ID NO: 11) 0,2 μΐ 10μΜ UPL sondy (SEQ ID NO: 9) | Reverzní transkripce a amplifikace miR- 106b-5p |
| Detekční sada pro miR-26a-5p (RT primer; reverse a forward qPCR primery; UPL sonda) | 2 μΐ RT primeru (SEQ ID NO: 12) 1 μΐ 10μΜ reverse primeru (SEQ ID NO: 7) 1 μΐ 10μΜ forward primeru (SEQ ID NO: 13) 0,2 μΐ 10μΜ UPL sondy (SEQ ID NO: 9) | Reverzní transkripce a amplifikace miR-26a-5p |
| Detekční sada pro miR-26b-5p (RT primer; reverse a forward qPCR primery; UPL sonda) | 2 μΐ RT primeru (SEQ ID NO: 14) 1 μΐ 10μΜ reverse primeru (SEQ ID NO: 7) 1 μΐ 10μΜ forward primeru (SEQ ID NO: 15) 0,2 μΐ 10μΜ UPL sondy (SEQ ID NO: 9) | Reverzní transkripce a amplifikace miR-26b-5p |
| Detekční sada pro miR-30e-5p (RT primer; reverse a forward qPCR primery; UPL sonda) | 2 μΐ RT primeru (SEQ ID NO: 16) 1 μΐ 10μΜ reverse primeru (SEQ ID NO: 7) 1 μΐ 10μΜ forward primeru (SEQ ID NO: 17) 0,2 μΐ 10μΜ UPL sondy (SEQ ID NO: 9) | Reverzní transkripce a amplifikace miR-30e-5p |
| Deionizovaná voda - RT, qPCR | 3,33 μΐ (1 RT reakce) 1,6 μΐ (1 qPCR reakce) | Negativní kontroΐa |
| Pozitivní kontrola 1 - RT, qPCR | 3,33 μΐ (1 RT reakce) 1,6 μΐ (1 qPCR reakce) | Pozitivní kontroΐa pro miR-15b-5p, miR-106b5p, miR-26a-5p, miR- 26b-5p, miR-30e-5p |
| Pozitivní kontrola 2 - RT, qPCR | 3,33 μΐ (1 RT reakce) 1,6 μΐ (1 qPCR reakce) | Pozitivní kontroΐa pro miR-15b-5p, miR-106b5p, miR-26a-5p, miR- 26b-5p, miR-30e-5p |
- 4 CZ 36892 U1
Mix RT obsahuje 10X RT pufr, dNTP mix w/dTTp (100M total), inhibitor RNáz (20U/pL), a MultiScribe™ RT enzym (50U/μL). Uvedené objemy komponent platí pro jednu miRNA v rámci RT reakce v objemu 10 μΐ sestávající z 4,67 μΐ RT mixu, 2 μΐ RT primeru a 3,33 μΐ vzorku RNA.
Mix PCR obsahuje AmpliTaq Gold® DNA Polymerázu, dNTPs s dUTí/dTTP směsí, ROX pasivní referenční barvivo a pufr (Thermo Fisher Scientific; kat. číslo: 4440040). Uvedené objemy komponent platí pro jednu miRNA v rámci qPCR reakce v objemu 20 μl sestávající z 16,2 μl PCR mixu, 2 μl PCR primeru, 0,2 μl UPL sondy a 1,6 μl vzorku cDNA.
Pozitivní kontrola 1 obsahuje RT-qPCR standard odpovídající hladině příslušné miRNA (miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b-5p, miR-30e-5p) ve vzorku pacienta s indolentním (ISUP skupina 1) karcinomem prostaty.
Pozitivní kontrola 2 obsahuje RT-qPCR standard odpovídající hladině příslušné miRNA (miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b-5p, miR-30e-5p) ve vzorku pacienta s agresivním (ISUP skupiny 3 až 5) karcinomem prostaty.
K izolaci RNA byla použita nádorová tkáň karcinomu prostaty odebraná v rámci diagnostické biopsie prostaty zalitá v parafínu (FFPE tkáň). Tkáň byla nejprve deparafinizována pomocí směsi xylen/ethanol a natrávena za použití proteinázy K. Celková RNA obohacená o frakci krátkých RNA byla izolována pomocí mirVana miRNA Isolation Kit (Thermo Fisher Scientific).
K detekci hladin miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b-5p a miR-30e-5p byly použity výše uvedené sady obsahující jak specifické stem-loop primery pro reverzní transkripci (RT), pomocí níž je RNA přepsána do komplementární DNA (cDNA), tak primery a fluorescenčně značené sondy pro qPCR. Reverzní transkripce proběhla za standardních podmínek dle teplotního profilu doporučeného výrobcem RT mixu - navázání RT primeru =16 °C/ 30 min, reverzní transkripce = 42 °C/ 30 min, inaktivace transkriptázy = 85 °C/ 5 min, stabilizace cDNA = 4 °C/ w. Finální amplifikace a kvantifikace konkrétních miRNA byla provedena za použití přístroje QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System (Thermo Fisher Scientific) dle následujícího teplotního profilu: aktivace polymerázy = 95 °C/ 10 min, 40 cyklů kvantifikace sestávající z denaturace = 95 °C/ 15 s, a elongace = 60 °C/ 10 s. Kvantita stanovovaných miRNA je vyjádřena tzv. Cq (cycle of quantification), tedy číslem cyklu, při kterém fluorescenční signál dosáhl nastavené prahové hodnoty.
Relativní exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p byly stanoveny metodou 2-ACq, kde hodnota ACq představuje rozdíl mezi Cq jednotlivých biomarkerových miRNA a geometrickým průměrem Cq tří referenčních miRNA.
Všichni pacienti, jejichž RNA byla použita k analýze, byli předem diagnostikovaní pomocí histologického vyšetření odebrané tkáně. Do studie byli zařazeni pouze pacienti, u nichž byl histopatologicky potvrzen karcinom prostaty.
K hodnocení agresivity karcinomu prostaty byly normalizované exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p pomocí logistické regrese kombinovány do tzv. prognostického skóre, které je vypočteno podle vzorce:
ProgScore = -4,3004777 + (9,20289004 * miR-15b-5p) + (14,0738177 * miR-106b-5p)
U pacientů s indolentním karcinomem prostaty byla detekována významně snížená hodnota prognostického skóre vypočteného na základě kombinace normalizované exprese miR-15b-5p a miR-106b-5p ve srovnání s pacienty s agresivním karcinomem prostaty (P<0,0001). Významnost rozdílu byla vyhodnocena pomocí Mann-Whitney testu (obrázek 1).
- 5 CZ 36892 U1
Specificita a senzitivita, s jakou prognostické skóre dokáže odlišit pacienty s indolentním a agresivním karcinomem prostaty, byla stanovena pomocí ROC analýzy (obrázek 2). Na základě této analýzy byla získána hodnotící, tzv. prahová hodnota (cut-off = 0,2515), podle které lze rozlišit pacienty s karcinomem prostaty na základě agresivity onemocnění. U pacientů s hodnotou 5 prognostického skóre vyšší než prahová hodnota, je předpoklad agresivního podtypu karcinomu prostaty (ISUP 3-5), naopak u pacientů s hodnotou prognostického skóre nižší než prahová hodnota je předpoklad indolentního podtypu karcinomu prostaty (ISUP 1).
Claims (3)
1. Prognostická sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty z izolovaného vzorku nádorové tkáně metodou kvantitativní PCR v reálném čase, vyznačující se
5 tím, že obsahuje:
- set pro stanovení hladiny exprese miR-15b-5p, obsahující:
Stem-loop primer
5‘-GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGGT
ATTCGCACCAGAGCCAACTGTAAA-3‘
(SEQ
ID NO
6)
Univerzální reverse primer
5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘
(SEQ
ID NO
7)
Forward primer
5‘-GTGTAGCAGCACATCATGG-3 ‘
(SEQ
ID NO
8) sonda na bázi systému Univerzální Knihovny Sond
5‘-TGGCTCTG-3‘
(SEQ
ID NO
9)
- set pro stanovení hladiny exprese miR-106b-5p, obsahující:
Stem-loop primer
5‘-GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGGT ATTCGCACCAGAGCCAACATCTGC-3‘
(SEQ
ID NO
10)
Univerzální reverse primer
5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘
(SEQ
ID NO
7)
Forward primer
5‘-GGGGTAAAGTGCTGACAGT-3‘
(SEQ
ID NO
11) sonda na bázi systému Univerzální Knihovny Sond
5‘-TGGCTCTG-3‘
(SEQ
ID NO
9)
- set pro stanovení hladiny exprese miR26a5p, obsahující:
Stem-loop primer
5‘-
GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGG TATTCGCACCAGAGCCAACAGCCTA3‘
(SEQ ID NO: 12)
Univerzální reverse primer
5‘-GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘
(SEQ ID
NO: 7)
Forward primer
5‘-GTTTGGTTCAAGTAATCCAGGA-3‘
(SEQ ID NO: 13)
- 7 CZ 36892 U1 sonda na bázi systému
Univerzální Knihovny Sond
5‘-TGGCTCTG-3‘ (SEQ ID
NO: 9)
- set pro stanovení hladiny exprese miR26b5p, obsahující:
Stem-loop primer
5‘ -GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGG
(SEQ
TATTCGCACCAGAGCCAACACCTAT-3‘
ID NO 14)
Univerzální reverse
5‘ -GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘
(SEQ
ID NO primer
7) (SEQ
Forward primer
5‘ -GTTTGGGTTCAAGTAATTCAGG-3‘
ID NO
15) sonda na bázi systému
(SEQ
Univerzální Knihovny
5‘-TGGCTCTG-3‘
ID NO
Sond
9)
- set pro stanovení hladiny exprese miR30e5p, obsahující:
Stem-loop primer
5‘ -GTTGGCTCTGGTGCAGGGTCCGAGG
(SEQ
TATTCGCACCAGAGCCAACCTTCCA-3‘
ID NO 16)
Univerzální reverse
5‘ -GTGCAGGGTCCGAGGT-3‘
(SEQ
ID NO primer
7) (SEQ
Forward primer
5‘ -GTTTGGTGTAAACATCCTTGAC-3‘
ID NO
17) sonda na bázi systému
(SEQ
Univerzální Knihovny
5‘-TGGCTCTG-3‘
ID NO
Sond
9)
2. Prognostická sada podle nároku 1, vyznačující se tím, že dále obsahuje deionizovanou vodu
5 jako negativní kontrolu.
3. Prognostická sada podle nároku 1 nebo 2, vyznačující se tím, že dále obsahuje směsný RTqPCR standard odpovídající hladinám miRNA miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b5p a miR-30e-5p ve vzorku pacienta s indolentním karcinomem prostaty; a dále směsný RT-qPCR standard odpovídající hladinám miRNA miR-15b-5p, miR-106b-5p, miR-26a-5p, miR-26b-5p a
10 miR-30e-5p ve vzorku pacienta s agresivním karcinomem prostaty.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ2022-40575U CZ36892U1 (cs) | 2022-12-13 | 2022-12-13 | Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CZ2022-40575U CZ36892U1 (cs) | 2022-12-13 | 2022-12-13 | Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ36892U1 true CZ36892U1 (cs) | 2023-03-14 |
Family
ID=85571144
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ2022-40575U CZ36892U1 (cs) | 2022-12-13 | 2022-12-13 | Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CZ (1) | CZ36892U1 (cs) |
-
2022
- 2022-12-13 CZ CZ2022-40575U patent/CZ36892U1/cs active IP Right Grant
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN107365852B (zh) | 血清外泌体中肺癌相关microRNA分子标记的应用及其检测试剂盒 | |
| US20110318742A1 (en) | Micro rna markers for colorectal cancer | |
| CN108949992B (zh) | 一种与食管鳞癌及其分级相关的生物标志物 | |
| KR102096498B1 (ko) | 대장암 진단 또는 재발 예측을 위한 마이크로RNA-4732-5p 및 이의 용도 | |
| CN107858434B (zh) | lncRNA在肝癌诊断以及预后预测中的应用 | |
| CN113832232A (zh) | 用于预测肺腺癌对含铂双药化疗反应性的生物标志物其及相关产品 | |
| CN112646885B (zh) | 肾细胞癌miRNA分子标志物及其应用 | |
| CN118516459A (zh) | 胰腺癌相关血清microRNA标志物及胰腺癌诊断方法 | |
| CN112553335A (zh) | 肾细胞癌生物标志物及其应用 | |
| CN106555004B (zh) | 缺血性脑卒中的lncRNA标志物 | |
| KR102492149B1 (ko) | 난소암 진단 또는 감별진단을 위한 마이크로rna-1246 및 이의 용도 | |
| JP2016513961A (ja) | 膀胱癌を検出する方法 | |
| CN117025772B (zh) | 肝癌相关血清microRNA标志物及一种诊断肝癌的新方法 | |
| WO2013144202A1 (en) | Biomarkers for discriminating healthy and/or non-malignant neoplastic colorectal cells from colorectal cancer cells | |
| KR102096499B1 (ko) | 대장암 진단 또는 재발 예측을 위한 마이크로rna-3960 및 이의 용도 | |
| CZ36892U1 (cs) | Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty | |
| CN112029864B (zh) | 一种乳腺癌miRNA检测试剂盒及其应用 | |
| CN113862367A (zh) | 基于miRNA预测肺腺癌患者对含铂双药化疗的敏感性 | |
| KR20220052462A (ko) | 난소암 진단 또는 감별진단을 위한 마이크로rna-1290 및 이의 용도 | |
| CN114015776A (zh) | miRNA在预测肺腺癌对含铂双药化疗敏感性中的应用 | |
| CN114410769A (zh) | 一种基于sod3基因的与高胆固醇血症相关的snp标志物、试剂盒及应用 | |
| KR20210024986A (ko) | 신장이식 후 항체 매개성 거부반응의 진단을 위한 소변 엑소좀 유래 miRNA 유전자 바이오마커 및 이의 용도 | |
| KR102357260B1 (ko) | 마이크로rna를 이용한 당뇨병성 신경병증의 예측 및 진단 방법 및 이를 위한 키트 | |
| KR20190113108A (ko) | 대장암 진단 또는 재발 예측을 위한 마이크로rna-3656 및 이의 용도 | |
| KR20190113100A (ko) | 대장암 진단 또는 재발 예측을 위한 마이크로RNA-320c 및 이의 용도 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FG1K | Utility model registered |
Effective date: 20230314 |