CZ20001110A3 - Nucleic acids encoding polypeptides capable of interaction with presenilins , process for preparing such polypeptides as well as pharmaceutical preparations in which these polypeptides are comprised - Google Patents
Nucleic acids encoding polypeptides capable of interaction with presenilins , process for preparing such polypeptides as well as pharmaceutical preparations in which these polypeptides are comprised Download PDFInfo
- Publication number
- CZ20001110A3 CZ20001110A3 CZ20001110A CZ20001110A CZ20001110A3 CZ 20001110 A3 CZ20001110 A3 CZ 20001110A3 CZ 20001110 A CZ20001110 A CZ 20001110A CZ 20001110 A CZ20001110 A CZ 20001110A CZ 20001110 A3 CZ20001110 A3 CZ 20001110A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- polypeptides
- presenilins
- sequence
- ser
- leu
- Prior art date
Links
Landscapes
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Nové nukleotidové a peptidové sekvence kódující proteiny schopné interakce s preseniliny, a jejich farmaceutické využití.New nucleotide and peptide sequences encoding proteins capable of interacting with presenilins, and their pharmaceutical uses.
Description
Nukleové kyseliny kódující polypeptidy schopné interakce s preseniliny, způsob přípravy těchto polypeptidú a farmaceutické přípravky obsahující tyto polypeptidyNucleic acids encoding polypeptides capable of interacting with presenilins, a process for preparing said polypeptides, and pharmaceutical compositions comprising said polypeptides
Oblast technikyTechnical field
Předkládaný vynález se týká nových nukleotidových a peptidových sekvencí a jejich farmaceutického využiti. Předkládaný vynález se konkrétně týká nukleových kyselin kódujících proteiny schopné interakce s preseniliny, způsobů přípravy těchto proteinů a farmaceutických přípravků, které tyto proteiny obsahují.The present invention relates to novel nucleotide and peptide sequences and their pharmaceutical use. More particularly, the present invention relates to nucleic acids encoding proteins capable of interacting with presenilins, methods of preparing such proteins, and pharmaceutical compositions comprising the proteins.
Dosavadní stav technikyBACKGROUND OF THE INVENTION
Alzheimerova nemoc je nej rozšířenější formou demence. Frekvence výskytu roste se zvyšujícím se věkem, činí 5 až 10 % ve věku nad 65 let a více než 20 % ve věku nad 80 let.Alzheimer's disease is the most widespread form of dementia. The frequency increases with increasing age, ranging from 5 to 10% over the age of 65 and over 20% over the age of 80.
Doposud neexistuje žádné specifické léčení této nemoci a pacientům lze poskytnout pouze paliativní péči. Přítomnost této nemoci je možné potvrdit pouze histologickou analýzou mozku během pitvy, neboť neexistuje přesná a včasná diagnostika.To date, there is no specific treatment for this disease and only palliative care can be provided to patients. The presence of this disease can only be confirmed by histological analysis of the brain during autopsy, as there is no accurate and timely diagnosis.
Alzheimerova nemoc je spojena s organickými mozkovými lézemi, které tvoří histologické znaky: senilní plaky, neurofibrilární degenerace neuronů, atrofie a ztráta neuronů na úrovni kortexu.Alzheimer's disease is associated with organic brain lesions that form histological features: senile plaques, neurofibrillary degeneration of the neurons, atrophy and neuronal loss at the cortex level.
Etiologie nemoci je složitá, podílejí se na ní mnohé geny a nejsou dosud plně poznány různé fyziopatologické mechanismy, kterých se tyto geny účastní.The etiology of the disease is complex, many genes are involved, and the various physiopathological mechanisms in which these genes are not yet fully understood.
00 900 9
I · · <I · · <
» · · 44
9 0 09 0 0
- 2 Byla popsána anatomická poškození mozku pozorovaná u pacientů mladších než 65 let, spojená s presenilními demencemi. V současné době termín „demence Alzheimerova typu pokrývá jak presenilní demence (před 65 lety) tak senilní demence (po 65 letech), které projevují stejné charakteristické rysy.Anatomical brain lesions observed in patients under 65 years of age associated with presenile dementia have been reported. Currently, the term “Alzheimer's type dementia covers both presenile dementia (65 years ago) and senile dementia (after 65 years) that exhibit the same characteristics.
Existují dvě formy nemoci: sporadické formy, které nejsou spojeny s dědičností, a familiární formy.There are two forms of disease: sporadic forms that are not associated with heredity, and familial forms.
Sporadické formy nemoci jsou nej častější, postihují 60 až 90 % pacientů a objevují se nejčastěji po 65 letech věku. Ve většině případů zůstává počátek patologického stavu neznámý. Ale bylo zjištěno, že úrazy hlavy, záněty, emocionální šoky nebo vysoce stresové situace . zvyšují pravděpodobnost výskytu nemoci (Seubert et al., 1992).Sporadic forms of the disease are the most common, affecting 60 to 90% of patients and occur most frequently after 65 years of age. In most cases, the onset of the pathological condition remains unknown. But it has been found that head injuries, inflammations, emotional shocks or high stress situations. increase the likelihood of disease (Seubert et al., 1992).
Familiární formy nemoci představují 10 až 40 % případů. Jsou rozděleny do dvou skupin,, pozdní formy (po 65 letech) a časné formy (před 65 lety). U časných případů má- přenos nemoci autozomálně dominantní charakter.Familial forms of the disease account for 10 to 40% of cases. They are divided into two groups, late form (after 65 years) and early form (65 years ago). In early cases, the transmission of the disease has an autosomal dominant character.
V roce 1992 byla prokázána existence lokusu AD3 na chromozomu 14 a v r. 1995 byl izolován gen presenilinu 1 (PS—1) (gen byl zpočátku nazýván S182) (Sherrington et al., 1995). Mutace genu presenilinu 1 mají za následek 70 % velmi časných forem nemoci (před 55 lety). Velmi řídké případy časných forem jsou spojeny s mutacemi genu presenilinu 2 situovaného na chromozomu 1 (Levy-Lehad et al., 1995). Tento gen projevuje 67% totožnost s genem presenilinu 1.In 1992, the existence of the AD3 locus on chromosome 14 was demonstrated, and in 1995 the presenilin 1 gene (PS-1) was isolated (the gene was initially called S182) (Sherrington et al., 1995). Presenilin 1 gene mutations result in 70% of very early forms of the disease (55 years ago). Very rare cases of early forms are associated with mutations in the presenilin 2 gene located on chromosome 1 (Levy-Lehad et al., 1995). This gene shows 67% identity to the presenilin 1 gene.
Gen se skládá z 12 exonů, exony 3 až 12 kódují protein. Je všudypřítomně exprimován a dává vznik hlavnímu transkriptu o velikosti 2,7 kb a vedlejšímu transkriptu o velikostiThe gene consists of 12 exons, exons 3 to 12 encode a protein. It is ubiquitously expressed, giving rise to a 2.7 kb major transcript and a minor sized transcript
7,5 kb (Kovacs, 1996). Protein obsahuje 467 aminokyselin a projevuje strukturu membránového proteinu. Vystavuje alespoň 8 možných transmembránových domén. Aminokyseliny7.5 kb (Kovacs, 1996). The protein contains 467 amino acids and exhibits a membrane protein structure. It exhibits at least 8 possible transmembrane domains. Amino acids
- 3 odpovídající kodonům postiženým zaznamenanými mutacemi jsou rozmístěny po celém proteinu, jsou situovány jak v hydrofobních oblastech (TM), tak v hydrofilních smyčkách (BL), se dvěma preferovanými oblastmi, TM2 a BL6.The 3 corresponding codons affected by the recorded mutations are distributed throughout the protein, located in both hydrophobic regions (TM) and hydrophilic loops (BL), with two preferred regions, TM2 and BL6.
V současné době bylo publikováno více než 35 bodových mutací a mutace doposud neidentifikované jsou většinou všechny typu mutace měnící smysl kodonu (tzv. „missense, které vedou k bodové změně v aminokyselině proteinové sekvence). Ale nedávno byl publikován, další typ mutace postihující sestřih (Perez-Tur et .al., 1995), v tomto případě je gen změněn ztrátou exonu 9.Currently, more than 35 point mutations have been published and mutations not yet identified are mostly all types of codon sense mutations (the so-called "missense" that lead to a point change in the amino acid of the protein sequence). But recently, another type of splicing mutation has been published (Perez-Tur et. Al., 1995), in which case the gene is altered by the loss of exon 9.
Úloha presenilinů v normální buňce je doposud nedostatečně známa. Byly navrženy Četné hypotézy. Jedna z těchto hypotéz uvádí, že by presenilin 1 (PS-1) mohl mít úlohu v buněčném transportu. Tato hypotéza je potvrzena imunocytochemickým výsledkem, který umožnil lokalizovat PS-1 na úrovni endoplazmatického retikula a ' Golgiho aparátu v lidských neurogliových buňkách (Kovacs et al., 1996). Kromě toho PS-1 by mohl hrát roli v buněčné komunikaci a mechanismu endocytózy a proteolýzy APP (Dewji a Singer, 1996). Třetí hypotéza zahrnuje PS-1 do interakcí s cytoskeletem a zejména s mikrotubuly sdruženými s proteinem Tau (Lew a Wang, 1996). Konečně, když se vezme do úvahy jeho struktura, PS-1 by mohl mít úlohu receptoru spojeného s G proteiny účastnícími se signální transdukce nebo alternativně úlohu transportéru či iontového kanálu (Van Broeckhoven, 1995).The role of presenilins in normal cells is still poorly understood. Numerous hypotheses have been proposed. One of these hypotheses states that presenilin 1 (PS-1) could play a role in cellular transport. This hypothesis is confirmed by an immunocytochemical outcome that made it possible to localize PS-1 at the level of the endoplasmic reticulum and the 'Golgi apparatus' in human neuroglial cells (Kovacs et al., 1996). In addition, PS-1 could play a role in cellular communication and the mechanism of endocytosis and proteolysis of APP (Dewji and Singer, 1996). The third hypothesis involves PS-1 in interactions with the cytoskeleton, and in particular with Tau-associated microtubules (Lew and Wang, 1996). Finally, considering its structure, PS-1 could play the role of a receptor associated with G proteins involved in signal transduction, or alternatively, a transporter or ion channel (Van Broeckhoven, 1995).
Hledání partnerů, kteří interagují s preseniliny, umožňuje porozumět pravé úloze presenilinů.Finding partners that interact with presenilins allows you to understand the true role of presenilins.
·· · ··· · ·
- 4 ♦ ··· ···♦ ·- 4 ♦ ··· ··· ♦ ·
Podstata vynálezuSUMMARY OF THE INVENTION
Předkládaný vynález je založen na tom, že původce identifikoval nukleové kyseliny kódující proteiny schopné interakce s preseniliny. Identifikace těchto nukleových kyselin umožňuje uvažovat o přípravku založeném na nových polypeptidech které mohu být použity farmaceuticky.The present invention is based on the inventor having identified nucleic acids encoding proteins capable of interacting with presenilins. The identification of these nucleic acids makes it possible to consider a preparation based on novel polypeptides which can be used pharmaceutically.
První předmět vynálezu se proto týká nukleotidových sekvencí kódujících proteiny schopné interagovat s preseniliny.Accordingly, a first aspect of the invention relates to nucleotide sequences encoding proteins capable of interacting with presenilins.
Podle specifického provedení nukleotidové sekvence podle vynálezu kódují proteiny nebo polypeptidy schopné interagovat s celou velkou smyčkou presenilinu PS-1 nebo s její částí.According to a specific embodiment, the nucleotide sequences of the invention encode proteins or polypeptides capable of interacting with all or part of the large loop of presenilin PS-1.
Výhodněji nukleotidové sekvence podle vynálezu zahrnují celou nebo částečnou sekvenci id. č. 1 či její deriváty nebo celou nebo částečnou sekvenci id. č. 2 či její deriváty. .More preferably, the nucleotide sequences of the invention comprise all or part of sequence id. No. 1 or derivatives thereof, or all or part of SEQ ID NO: 1; No. 2 or derivatives thereof. .
Pro účely předkládaného vynálezu označuje termín odvozená nukleotidové sekvence každou sekvenci, která se liší od uvažované sekvence degenerací genetického kódu, získané jednou nebo více modifikacemi genetické a/nebo chemické povahy, a také každou sekvenci hybridizující s těmito sekvencemi nebo jejich' fragmenty a kódující polypeptid podle vynálezu. Rozumí se, že modifikace genetické a/nebo chemické povahy znamenají jakoukoliv mutaci, substituci, deleci, adici a/nebo modifikaci jednoho nebo více zbytků. Termín derivát také zahrnuje sekvence homologní k uvažované sekvenci, které pocházejí z jiných buněčných zdrojů a zejména z buněk lidského původu nebo z jiných organismů. Takové homologní sekvence mohou být získány hybridizačními pokusy. Hybridizace se provádějí s použitím knihovny nukleových kyselin, při· použití nativní sekvence nebo jejího fragmentu jako sondy za měnících se hybridizačních podmínek (Maniatis et al., 1989).For the purposes of the present invention, the term derived nucleotide sequence refers to any sequence that differs from the sequence of interest by degeneracy of the genetic code obtained by one or more modifications of genetic and / or chemical nature, as well as each sequence hybridizing to these sequences or fragments thereof and encoding the polypeptide of invention. It is understood that modifications of a genetic and / or chemical nature mean any mutation, substitution, deletion, addition and / or modification of one or more residues. The term derivative also includes sequences homologous to the sequence of interest that originate from other cellular sources and in particular from cells of human origin or other organisms. Such homologous sequences can be obtained by hybridization experiments. Hybridizations are performed using a nucleic acid library using a native sequence or fragment thereof as a probe under varying hybridization conditions (Maniatis et al., 1989).
·· • · · · • ··· · · · · ·
- 5 • toto • to · e · · · to ·· · to- 5 • this • to · to · to · it
Nukleotidové sekvence podle vynálezu mohou být arteficiálního či jiného původu. Mohou to být sekvence genomové, sekvence cDNA nebo RNA, hybridní sekvence nebo syntetické či semisyntetické sekvence. Tyto sekvence mohou být získány například pomocí screeningu DNA knihoven (cDNA knihovna, knihovna genomové DNA) prostřednictvím sond vytvořených na základě sekvencí uvedených ve vynálezu. Tyto knihovny jsou připraveny z buněk 1 různého původu obvyklými technikami molekulární biologie, které jsou odborníkům známé. Nukleotidové sekvence podle vynálezu mohou být také připraveny chemickou syntézou nebo alternativně smíšenými metodami včetně chemické nebo enzymové modifikace sekvencí získaných screeningem knihoven. Obecně mohou být nukleové kyseliny podle vynálezu připraveny podle každé techniky, která je odborníkům známá.The nucleotide sequences of the invention may be of artificial or other origin. These may be genomic, cDNA or RNA sequences, hybrid sequences, or synthetic or semi-synthetic sequences. These sequences can be obtained, for example, by screening DNA libraries (cDNA library, genomic DNA library) with probes generated based on the sequences of the invention. These libraries are prepared from cells of different origin one conventional molecular biological techniques, which are known in the art. Nucleotide sequences of the invention may also be prepared by chemical synthesis or alternatively by mixed methods including chemical or enzymatic modification of sequences obtained by screening libraries. In general, the nucleic acids of the invention may be prepared according to any technique known to those skilled in the art.
Předmětem předkládaného vynálezu jsou také proteiny nebo polypeptidy schopné interakce s preseniliny. Výhodně polypeptidy podle vynálezu jsou schopné interakce s velkou smyčkou presenilinu PS-1 a/nebo s velkou smyčkou presenilinu PS-2. Výhodněji jsou to polypeptidy schopné interakce se sekvencí aminokyselin 310 až 463 velké smyčky presenilinuThe present invention also relates to proteins or polypeptides capable of interacting with presenilins. Preferably, the polypeptides of the invention are capable of interacting with a large loop of presenilin PS-1 and / or a large loop of presenilin PS-2. More preferably, they are polypeptides capable of interacting with the amino acid sequence 310-463 of the large loop of presenilin
PS-1.PS-1.
Pro účely předkládaného vynálezu název presenilin pokrývá preseniliny PS-1 a PS-2 per se, a také jejich homologní formy odpovídající zejména mutovaným formám těchto proteinů.For the purposes of the present invention, the name presenilin covers the PS-1 and PS-2 presenilins per se, as well as their homologous forms particularly corresponding to the mutated forms of these proteins.
Předkládaný vynález se také týká polypeptidů obsahujících celou nebo část peptidové sekvence vybrané ze sekvencí id. č. 1 nebo id. č. 2 nebo jejich derivátu.The present invention also relates to polypeptides comprising all or part of a peptide sequence selected from SEQ ID NOs. 1 or id. 2 or a derivative thereof.
Pro účely předkládaného vynálezu označuje termín odvozená polypeptidová sekvence každou polypeptidovou sekvenci lišící se od sekvencí uvedených v sekvenci id.. č. 1 » · · 4 «fe fefe • · · fe · · • · fefe · · • fe fefe · fefe fe fefe · • fe ·· nebo sekvenci id. č. 2, které jsou získány jednou nebo více modifikacemi genetické a/nebo chemické povahy a které mají kapacitu interagovat s preseniliny. Rozumí se, že modifikace génetické a/nebo chemické povahy znamenají jakoukoliv mutaci, substituci, deleci, adici a/nebo modifikaci jednoho nebo více zbytků.For purposes of the present invention, the term "derived polypeptide sequence" refers to any polypeptide sequence differing from the sequences set forth in SEQ ID NO: 1 feefef feefefef feefefefefef feefefefef · • fe ·· or sequence id. No. 2, which are obtained by one or more modifications of a genetic and / or chemical nature and which have the capacity to interact with presenilins. It is understood that modifications of a genetic and / or chemical nature mean any mutation, substitution, deletion, addition and / or modification of one or more residues.
Tyto deriváty mohou vznikat se záměrem, jako je konkrétně cíl zvýšit jejich terapeutickou účinnost nebo snížit jejich vedlejší účinky, nebo se záměrem propůjčit jim nové farmaceutické a/nebo biologické vlastnosti.These derivatives may arise with the intent, in particular, of increasing their therapeutic efficacy or reducing their side effects, or of conferring on them new pharmaceutical and / or biological properties.
Termín derivát také zahrnuje sekvence homologní k uvažovaným sekvencím, které pocházejí z jiných buněčných zdrojů a zejména z buněk lidského původu nebo z jiných organismů, a které mají aktivitu stejného typu.The term derivative also includes sequences homologous to the sequences of interest that originate from other cellular sources, and in particular from cells of human origin or other organisms, and which have activity of the same type.
To mohou také představovat fragmenty peptidových sekvencí uvedených výše. Tyto fragmenty mohou vznikat různými způsoby. Konkrétně mohou být syntetizovány chemickou cestou, na základě sekvencí daných v předkládané přihlášce, s použitím syntetizátorů peptidů, ..které jsou odborníkovi známé. Mohou být také syntetizovány genetickou cestou, expresí ,nukleotidové sekvence kódující požadovaný peptid v buněčném hostiteli. 'V tomto případě může být nukleotidové sekvence připravena . chemicky s použitím syntetizátorů oligonukleotidů na základě peptidóvé sekvence uvedené v předkládaném vynálezu a na základě genetického kódu. Nukleotidové sekvence může být také připravena ze sekvencí uvedených v předkládané přihlášce enzymovým štěpením, ligací, klonováním apod. pomocí technik, které jsou odborníkům známé, nebo screeningem .knihoven se sondami připravenými podle těchto sekvencí.This may also be fragments of the peptide sequences listed above. These fragments can be formed in various ways. In particular, they can be synthesized chemically, based on the sequences given in the present application, using peptide synthesizers known to those skilled in the art. They may also be synthesized by genetic route, expression, nucleotide sequences encoding the desired peptide in a cell host. In this case, the nucleotide sequence may be prepared. chemically using oligonucleotide synthesizers based on the peptide sequence of the present invention and based on the genetic code. Nucleotide sequences can also be prepared from the sequences disclosed in the present application by enzymatic cleavage, ligation, cloning, and the like, using techniques known to those skilled in the art, or by screening libraries with probes prepared according to these sequences.
·«·· • «· «·· •
Předmětem předkládaného vynálezu je také použití polypeptidů podle vynálezu ke zpomalení, inhibici, stimulaci nebo modulaci aktivity presenilinů.It is also an object of the present invention to use the polypeptides of the invention to slow, inhibit, stimulate or modulate the activity of presenilins.
Je opravdu možné počítat s regulací funkce. presenilinů prostřednictvím proteinů podle vynálezu a zejména s inhibici nebo zpomalením aktivity mutovaných presenilinů.It is really possible to count on the regulation of the function. presenilins by the proteins of the invention and in particular by inhibiting or slowing the activity of the mutated presenilins.
Další předmět předkládaného vynálezu se týká způsobu přípravy polypeptidů podle vynálezu, podle kterého je buňka obsahující nukleotidovou sekvenci podle vynálezu pěstována za podmínek vhodných pro expresi uvedené sekvence a je získáván vytvářený polypeptid. V tomto případě obecně je část kódující uvedený polypeptid umístěna pod kontrolu signálů umožňujících její expresi v buněčném hostiteli. Výběr těchto signálů (promotory, terminátory, sekreční vedoucí sekvence, apod.) se může lišit podle použitého buněčného hostitele. Kromě toho nukleotidové sekvence podle vynálezu mohou být částí vektoru, který může být vektor replikující nebo integrující se autonomně. Konkrétněji autonomně se replikující vektory mohou být připraveny s použitím autonomně se replikujících sekvencí ve vybraném hostiteli. Co se týče integrujících vektorů, ty mohou být například připraveny s použitím sekvencí homologních k určitým' oblastem hostitelského genomu, ,což umožňuje integraci vektoru pomocí homologní rekombinace.A further object of the present invention relates to a method for preparing the polypeptides of the invention, wherein the cell comprising the nucleotide sequence of the invention is grown under conditions suitable for expression of said sequence and the polypeptide being produced is recovered. In this case, in general, the portion encoding said polypeptide is placed under the control of signals allowing its expression in a cellular host. The choice of these signals (promoters, terminators, secretory leader sequences, etc.) may vary according to the cellular host used. In addition, the nucleotide sequences of the invention may be part of a vector, which may be a replicating or integrating vector autonomously. More specifically, autonomously replicating vectors can be prepared using autonomously replicating sequences in a selected host. For integrating vectors, for example, they can be prepared using sequences homologous to certain regions of the host genome, allowing the vector to be integrated by homologous recombination.
Předmětem předkládaného vynálezu je také hostitelská buňka transformovaná nukleo.vou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci podle vynálezu. Buněční hostitelé, kteří mohou být použiti pro produkci peptidů podle'vynálezu pomocí rekombinantního způsobu, jsou jak eukaryotičtí, tak prokaryotičtí hostitelé. Z vhodných eukaryotických hostitelů se mohou uvést buňky zvířecího původu, kvasinky nebo houby. Konkrétně v případě kvasinek lze uvést kvasinky rodu Saccharomyces, Kluyveromyces, Pichia, Schwanniom.yces nebo fefefefe « • fe fefefefe • fefe · • fe fefe • fefefefe » fefefefe fefe · · · · • · fefefe » fefe fefeThe present invention also provides a host cell transformed with a nucleic acid comprising the nucleotide sequence of the invention. Cell hosts that can be used to produce the peptides of the invention by recombinant means are both eukaryotic and prokaryotic hosts. Suitable eukaryotic hosts include cells of animal origin, yeast or fungi. In particular, in the case of yeast, the yeasts of the genera Saccharomyces, Kluyveromyces, Pichia, Schwanniom.yces or fefefefe • fefefe • fefefe • fefefefe fefefefe fefe fefe fefe
Hansenula. V případě buněk zvířecího původu se mohou zmínit buňky COS, CHO, C127 nebo buňky lidského neuroblastomu, apod. Z hub se mohou konkrétněji uvést Aspergillus ssp. nebo Trichoderma ssp. Z prokaryotických hostitelů se dává přednost použití následujících bakterií - E. coli, Bacillus nebo Streptomyces.Hansenula. In the case of cells of animal origin, COS, CHO, C127 or human neuroblastoma cells, etc. may be mentioned, and fungi may more specifically include Aspergillus ssp. Or Trichoderma ssp. Streptomyces.
Podle výhodného provedení jsou hostitelské buňky výhodně představovány rekombinantními kmeny kvasinek pro expresi nukleových kyselin podle vynálezu, . jakož i pro produkci proteinů z nich pocházejících.According to a preferred embodiment, the host cells are preferably represented by recombinant yeast strains for expression of the nucleic acids of the invention. as well as for the production of proteins derived therefrom.
Výhodně hostitelská buňka obsahuje alespoň jednu sekvenci nebo jeden fragment sekvence vybrané ze sekvence id. č. 1 nebo sekvence id. č. 2 pro produkci proteinů podle vynálezu.Preferably, the host cell comprises at least one sequence or one fragment of a sequence selected from sequence id. 1 or SEQ ID NO. No. 2 for the production of proteins according to the invention.
Dalším použitím sekvencí -nukleové kyseliny podle vynálezu je produkce antisense oligonukléotidů nebo antisense genů, které mohou být použity jako farmaceutické přípravky. Antisense sekvence jsou oligonukleotidy malé velikosti, které jsou komplementární ke kódujícímu řetězci daného genu, a jako takové jsou schopné specifické hybridizace s transkribovanou mRNA, a tak inhibují její translaci na protein.· Předmět, vynálezu jsou také antisense sekvence schopné inhibovat, alespoň částečně, expresi proteinů schopných interagovat s preseniliny. Takové sekvence mohou sestávat z celých nebo z části nukleotidových sekvencí definovaných výše a mohou být získány fragmentací apod., nebo chemickou syntézou.Another use of the nucleic acid sequences of the invention is the production of antisense oligonucleotides or antisense genes, which can be used as pharmaceutical preparations. Antisense sequences are small-sized oligonucleotides that are complementary to the coding strand of a given gene, and as such are capable of specific hybridization with the transcribed mRNA and thus inhibit its translation into a protein. proteins capable of interacting with presenilins. Such sequences may consist of all or part of the nucleotide sequences defined above and may be obtained by fragmentation and the like, or by chemical synthesis.
Nárokované sekvence mohou být použity v souvislosti s genovou léčbou pro přenos a produkci in vivo antisense Sekvencí nebo expresi proteinů nebo polypeptidu schopných modulovat aktivitu presenilinů. Z tohoto zřetele mohou být sekvence inkorporovány do virových nebo nevirových vektorů,The claimed sequences can be used in the context of gene therapy for the transfer and production of in vivo antisense sequences or expression of proteins or polypeptides capable of modulating the activity of presenilins. In this regard, the sequences may be incorporated into viral or non-viral vectors,
- 9 00 ···«- 9 00
0 0 0 0» »· '·· » · · · * ♦0 0 0 0 »· ·»
I · · ♦ · ♦ 4 » 0 0 0 0 · · « • 00 0 0 00 4I · ♦ · »4 0 0 0 0 0 · 00 0 0 00 4
0 0 0 0 · » · což umožňuje jejich podáváni in vivo. Vektor může být plazmid, jehož tvorba je odborníkovi známa. Jako příklady virových vektorů v souladu s vynálezem mohou být konkrétně uvedeny vektory typu adenoviru, retroviru, adeno-asociovaného viru nebo viru herpes. Předmětem předkládané přihlášky je také defektní rekombinantní virus obsahující nukleovou sekvenci kódující polypeptid podle vynálezu.0 0 0 0 · »· allowing them to be administered in vivo. The vector may be a plasmid known in the art. Examples of viral vectors according to the invention include, in particular, vectors of the type adenovirus, retrovirus, adeno-associated virus or herpes virus. The present invention also provides a defective recombinant virus comprising a nucleotide sequence encoding a polypeptide of the invention.
Vynález také umožňuje produkci syntetických nebo nesyntetických nukleotidových s nukleotidovými sekvencemi sond schopných hybridizace definovanými výše - nebo s odpovídající mRNA, které mohou být použity v kontextu genové terapie. Tyto sondy mohou být použity in vitro jako presenilinů nebo abnormalit (špatný apod.). Tyto sondy izolaci homologních diagnostické pomůcky, pro detekci alternativně pro detekci genetických sestřih, polymorfismus, bodové mutace mohou být také použity pro detekci a' sekvencí nukleových kyselin kódujících peptidy, jak jsou definované výše, z jiných buněčných zdrojů a výhodně z buněk lidského původu. Sondy podle vynál.ezu obecně obsahují alespoň 10 baží, a mohou například obsahovat až celou jednu z výše uvedených sekvencí nebo· jejich komplementární řetězec. Výhodně jsou tyto sondy před použitím značeny. K tomu mohou být použity různé techniky odborníkovi známé (radioaktivní nebo enzymové značení apod.).The invention also allows for the production of synthetic or non-synthetic nucleotide probes capable of hybridizing as defined above - or with the corresponding mRNA, which can be used in the context of gene therapy. These probes can be used in vitro as presenilins or abnormalities (bad, etc.). These probes isolating homologous diagnostic aids for detection alternatively for the detection of genetic splicing, polymorphism, point mutations can also be used to detect α nucleic acid sequences encoding peptides as defined above from other cell sources and preferably from cells of human origin. The probes of the invention generally contain at least 10 bases, and may, for example, contain up to one or more of the above sequences or their complementary strand. Preferably, these probes are labeled prior to use. Various techniques known to the person skilled in the art (radioactive or enzyme labeling, etc.) can be used for this.
Další předmět vynálezu spočívá v polyklonálních nebo monoklonálních protilátkách nebo protilátkových fragmentech namířených proti polypeptidú, jak je definován výše. Tyto protilátky mohou vznikat způsoby, které jsou odborníkovi být tyto protilátky připraveny polypeptidu, jehož sekvence, je č. 1 nebo sekvence id. č. 2 nebo známé. Konkrétně mohou imunizací zvířete proti vybrána ze sekvence id.Another object of the invention is to provide polyclonal or monoclonal antibodies or antibody fragments directed against polypeptides as defined above. These antibodies may be generated by methods which are within the skill of the art to prepare these antibodies for a polypeptide having the sequence of SEQ ID NO: 1 or SEQ ID NO. No. 2 or known. In particular, immunizing the animal against can be selected from sequence id.
kteréhokoliv jejich fragmentu či derivátu, a pak odběrem krve · ♦ · · ·of any fragment or derivative thereof, and then collecting blood · ♦ · · ·
- 10 a .izolací protilátek. Tyto protilátky mohou být . také vytvořeny přípravou hybridomů podle technik, které jsou odborníkovi známé.. Protilátky nebo protilátkové fragmenty podle vynálezu ; mohou být konkrétně použity pro inhibici a/nebo odhalení interakce mezi preseniliny a polypeptidy, jak jsou definovány výše.- 10 isolation of antibodies. These antibodies may be. also produced by the preparation of hybridomas according to techniques known to those skilled in the art. The antibodies or antibody fragments of the invention; in particular, they may be used to inhibit and / or detect the interaction between presenilins and polypeptides as defined above.
Další předmět předkládaného vynálezu se týká způsobu identifikace sloučenin schopných modulovat nebo úplně či částečně’ inhibovat interakci mezi preseniliny a polypeptidy podle vynálezu.Another object of the present invention relates to a method for identifying compounds capable of modulating or completely or partially inhibiting the interaction between presenilins and polypeptides of the invention.
Identifikace a/nebo izolace modulátorů nebo ligandu polypeptidů podle vynálezu se provádí podle následujících kroků:The identification and / or isolation of modulators or ligands of polypeptides of the invention is carried out according to the following steps:
molekula nebo směs obsahující různé molekuly, volitelně neidentifikované, je přivedena do kontaktu s rekombinantní buňkou, jak' je popsána, výše, exprimující polypeptid podle vynálezu, za podmínek umožňujících interakci mezi. .uvedeným polypeptidem a uvedenou molekulou, která by měla mít afinitu pro uvedený polypeptid, a, molekuly navázané k uvedenému polypeptidů podle vynálezu, jsou detekovány a/nebo izolovány.a molecule or mixture comprising various molecules, optionally unidentified, is contacted with a recombinant cell as described above, expressing the polypeptide of the invention, under conditions allowing interaction between. said polypeptide and said molecule, which should have an affinity for said polypeptide, and, molecules bound to said polypeptides of the invention are detected and / or isolated.
Ve specifickém provedení je tento způsob podle vynálezu upraven pro identifikaci a/nebo izolaci agonistů a antagonistů interakce mezi preseniliny a polypeptidy podle vynálezu.In a specific embodiment, the method of the invention is adapted to identify and / or isolate agonists and antagonists of the interaction between presenilins and polypeptides of the invention.
Další předmět vynálezu se týká použití ligandu nebo modulátoru, identifikovaného a/nebo získaného podle způsobu popsaného výše, jako léčiva. Tyto ligandy nebo modulátory mohou vskutku umožnit léčbu určitých neurologických stavů.Another object of the invention relates to the use of a ligand or modulator identified and / or obtained according to the method described above as a medicament. Indeed, these ligands or modulators may allow the treatment of certain neurological conditions.
Předmětem vynálezu je také jakýkoliv farmaceutický přípravek obsahující jako aktivní složku alespoň jeden polypeptid, jak je definován výše.The present invention also provides any pharmaceutical composition comprising as an active ingredient at least one polypeptide as defined above.
• · · ·• · · ·
- 11 • « to to «•«to- 11 • «to« «to«
Předmětem vynálezu je také jakýkoliv farmaceutický přípravek obsahující jako aktivní složku alespoň jednu protilátku a/nebo protilátkový fragment, jak jsou definovány výše, a/nebo jeden antisense oligonukleotid, a také jakýkoliv farmaceutický přípravek obsahující jako aktivní složku alespoň jednu nukleotidovou sekvenci, jak je definována výše.The present invention also provides any pharmaceutical composition comprising as active ingredient at least one antibody and / or antibody fragment as defined above and / or one antisense oligonucleotide, as well as any pharmaceutical composition comprising as active ingredient at least one nucleotide sequence as defined above .
Kromě toho předmětem vynálezu jsou také farmaceutické přípravky, ve kterých peptidy, protilátky a nukleotidové sekvence definované výše nebo jejich fragmenty jsou kombinovány se sebou navzájem nebo s dalšími aktivními složkami.In addition, the invention also relates to pharmaceutical compositions in which the peptides, antibodies and nucleotide sequences defined above or fragments thereof are combined with each other or with other active ingredients.
Předmětem vynálezu jsou také přípravky, ve kterých jsou nukleotidové sekvence podle vynálezu inkorporovány do virových nebo nevirových rekombinantních vektorů.The invention also provides compositions wherein the nucleotide sequences of the invention are incorporated into viral or non-viral recombinant vectors.
Farmaceutické přípravky podle vynálezu mohou být použity pro modulaci aktivity presenilinú. Výhodněji jsou tyto přípravky zamýšlené pro zpomalení nebo inhibici, alespoň částečnou, aktivity presenilinú a zejména jejich mutovaných forem. Výhodněji jsou to farmaceutické přípravky zamýšlené pro léčení neurodegenerativních nemocí, jako je například Alzheimerova nemoc a trizomie 21.The pharmaceutical compositions of the invention may be used to modulate presenilin activity. More preferably, these formulations are intended to slow or inhibit, at least partially, the activity of presenilin, and in particular, mutated forms thereof. More preferably, they are pharmaceutical compositions intended for the treatment of neurodegenerative diseases such as Alzheimer's disease and trisomy 21.
Popis obrázkůDescription of the picture
Obrázek 1. Schematické znázornění presenilinu 1 a části použité pro dvojitý hybridní test.Figure 1. Schematic representation of presenilin 1 and the part used for the double hybrid assay.
Obrázek 2. Izolace kmenů yBM-C a yBM-D nesoucích různé plazmidy obsahující zejména klon C (odpovídající sekvenci id. č. 1) a klon D (odpovídající sekvenci id. č. 2) testem na auxotrofii kvasinek.Figure 2. Isolation of yBM-C and yBM-D strains carrying various plasmids containing mainly clone C (corresponding to SEQ ID NO: 1) and clone D (corresponding to SEQ ID NO: 2) by a yeast auxotrophy assay.
• 0 • 0
00 • 0 0 ·00 • 0 0 ·
0 0 0 • 0 0 0 • 0 0 00 0 0 • 0 0 0 • 0 0 0
00 ·· ····00 ·· ····
- 12 peptidům- 12 peptides
Obrázek 3. Exprese mRNA odpovídající v lidských tkáních.Figure 3. Expression of mRNA corresponding in human tissues.
Obrázek. 4. Schematické znázornění použitého savčího expresního vektoru.Picture. 4. Schematic representation of the mammalian expression vector used.
Obrázek 5. Exprese fúzních ' proteinů C a D v savčích buňkách.Figure 5. Expression of C and D fusion proteins in mammalian cells.
Obrázek 6 a, b, c). Mapy hlavních použitých vektorů.Figure 6 a, b, c). Maps of major vectors used.
-Materiály a metody použité ve vynálezu-Materials and methods used in the invention
1) Byly použity následující kmeny kvasinek:1) The following yeast strains were used:
URA3 : : LexA-lacZ, LYS2 :: LexA-HIS3).URA3:: LexA-lacZ, LYS2 :: LexA-HIS3).
2) Byly použity následující bakteriální kmeny:2) The following bacterial strains were used:
E. coli TG1 (F' [traD 36, lacF, lacZ D M15, proA+ B+] , supE, thi-1, D (lac-pro AB) , D (hsdM-mcrB) 5, (rK_mK_McrB~) .E. coli TG1 (F '[traD 36, lacF, lacZ D M15, for A + B + ], supE, thi-1, D (lac-for AB), D (hsdM-mcrB) 5, (r K- m K) _McrB ~).
E. coli BL21 (DE3) (F-, ompT, hsdSB (rBmB~), gal, dcm, (DE3) .E. coli BL21 (DE3) (F-, ompT, HsdS B (r B m B ~) gal dcm (DE3).
«· ··«· ··
- 13 to· ··«· ♦ to * • to • to to to · ···· · to· · to· ·- 13 to · to · to · to · to · to · to · to ·
to to· · ·· t ·· to ·· ·to to · · · t to ·· ·
3) Použitá kultivační média pro různé kmeny:3) Culture media used for different strains:
Úplné médium YPD pro kvasinky:YPD Complete Yeast Medium:
- kvasinkový extrakt Bacto (10 g/1) (Difco)- yeast extract Bacto (10 g / l) (Difco)
- Bacto-peptone (20 g/1) (Difco) .Bacto-peptone (20 g / l) (Difco).
- glukóza (20 g/1) (Merck)- glucose (20 g / l) (Merck)
Toto médium může být převedeno na pevné přidáním agaru (20 g/1) a sterilizováno v autoklávu při 110 °C po dobu 20 minut.This medium can be made solid by adding agar (20 g / l) and autoclaved at 110 ° C for 20 minutes.
Minimální médium YNB pro'kvasinky:YNB minimal medium for yeast:
kvasinkový dusíkatý základ . Bacto. bez aminokyselin (6,7 g/1) (Difco)yeast nitrogen base. Bacto. without amino acids (6.7 g / l) (Difco)
- glukóza (20 g/1) (Merck)- glucose (20 g / l) (Merck)
Toto médium může být převedeno na pevné přidáním agaru (20 g/1) a sterilizováno v autoklávu. Aminokyseliny nebo· dusíkaté báze nezbytné pro růst auxotrofních kvasinek se pak přidají v množství 50 mg/1. Pro zabránění- bakteriálních kontaminací se pak přidá ampicilin v množství 100 pg/ml.This medium can be made solid by adding agar (20 g / L) and autoclaved. The amino acids or nitrogen bases necessary for the growth of the auxotrophic yeast are then added in an amount of 50 mg / l. Ampicillin is then added at 100 pg / ml to prevent bacterial contamination.
Úplné médium LB pro bakterie:Complete LB medium for bacteria:
- kvasinkový extrákt Bacto (5 g/1) (Difco)- yeast extract Bacto (5 g / l) (Difco)
- Bacto-tryptone (10 g/1) (Difco) .- Bacto-tryptone (10 g / l) (Difco).
- NaCI (5 g/1) (Difco)- NaCl (5 g / l) (Difco)
Toto médium může být převedeno na pevné přidáním agaru (12 g/1) a sterilizováno v autoklávu. Pro výběr bakterií, které byly transformovány plazmidy nesoucími odpovídající markér pro rezistenci, se přidává ampicilin nebo kanamycin v množství 100 pg/ml fefe ···· fefe · « · • fe fe * • fefefe ·This medium can be made solid by the addition of agar (12 g / L) and autoclaved. To select bacteria that have been transformed with plasmids carrying the corresponding resistance marker, ampicillin or kanamycin is added in an amount of 100 pg / ml fefe.
- 14 fefe ···· fe fe fe • fefe fefe · • fefe fe fefe fefe fefe fefe fe fefe · • fefe · fefefe · • fefe « • fe fefe- 14 fefe ···· fe fe fe · fefe fefe · • fefe fe fefe fefe fefe fefe fefe · • fefe · fefe · • fefe «• fe fefe
4) Byly použity následující plazmidy:.4) The following plasmids were used:.
Vektor pGBT9 (obr. 6 (a)) je kyvadlový plazmid o velikosti 5,5 kb, který se může množit a vybírat v bakteriích E. coli, a také v kvasinkách. Má replikační počátek ColEl a gen pro rezistenci na ampicilin (rozmnožování a selekce v E. coli), jakož i replikační. počátek 2mm. a gen TRPÍ (selekce ve kvasinkách trpí - defektních v syntéze tryptofanu). Tento plazmid je použit pro expresi proteinů pocházejících z fúze. mezi doménou vázající DNA (DBD) GAL4 a požadovaných peptidů v kvasinkách. Má mnohočetné klonovací místo po směru od oblasti DBD GAL4, celek je situován mezi promotor a terminátor genu ADH1 kódujícího alkoholdehydrogenázu 1. DBD GAL4 obsahuje sekvenci jaderného lokalizačního signálu.The vector pGBT9 (Fig. 6 (a)) is a 5.5 kb shuttle plasmid that can be multiplied and selected in E. coli as well as yeast. It has a ColE1 origin of replication and an ampicillin resistance gene (reproduction and selection in E. coli) as well as a replication. origin 2mm. and the TRP1 gene (selection in yeast suffer - defective in tryptophan synthesis). This plasmid is used to express fusion proteins. between the GAL4 DNA-binding domain (DBD) and the desired peptides in yeast. It has a multiple cloning site downstream of the DBD GAL4 region, the whole is situated between the promoter and terminator of the ADH1 gene encoding alcohol dehydrogenase 1. The DBD GAL4 comprises a nuclear localization signal sequence.
Sekvence odpovídající různým částem PS-1 byly vloženy do klonovacích míst EcoRI/SálI.Sequences corresponding to different portions of PS-1 were inserted into EcoRI / SalI cloning sites.
Vektor pGADlO (obr. 6 (a)) je kyvadlový plazmid o velikosti 6,6 kb. Má replikační počátek ColEl a gen pro rezistenci na ampicilin, což umožňuje jeho rozmnožování a selekci v E. coji. Obsahuje také kvasinkový replikační počátek (2mm) a gen selekce LEU2 pro izolaci transformovaných kvasinek. Má mnohočetné klonovací místo po směru od sekvence kódující aktivační doménu (AD) GAL4 mezi promotorem a terminátorem genu ADH1. AD GAL4 obsahuje sekvenci jaderného lokalizačního signálu.The vector pGAD10 (FIG. 6 (a)) is a 6.6 kb shuttle plasmid. It has a ColE1 origin of replication and an ampicillin resistance gene, which allows its reproduction and selection in E. coji. It also contains a yeast replication origin (2mm) and a LEU2 selection gene for the isolation of transformed yeast. It has a multiple cloning site downstream of the sequence encoding the GAL4 activating domain (AD) between the promoter and the terminator of the ADH1 gene. AD GAL4 contains a nuclear localization signal sequence.
Tento plazmid byl použit pro produkci komerční cDNA knihovny lidského mozku (Clontech). Sekvence cDNA byly vloženy do klonovacího místa EcoRI.This plasmid was used to produce a commercial human brain cDNA library (Clontech). The cDNA sequences were inserted into the EcoRI cloning site.
Vektor pLex9 (obr. 6 (b)) je kyvadlový plazmid o velikosti 5 kb. Jako pGBT9 má počátek ColEl a gen AmpR, jakož i replikační počátek 2mm a gen TRPÍ. Ale sekvence ·· ·««· • · to · • tototo ·The vector pLex9 (FIG. 6 (b)) is a 5 kb shuttle plasmid. As pGBT9, it has a ColE1 origin and an Amp R gene, as well as a 2mm replication origin and a TRP1 gene. But the sequence ·· · to · tototo ·
• ·· • ♦ · · • to· • toto · · • ··· • to kódující doménu vázající DNA je sekvence bakteriálního represoru Lex A. Promotor a terminátor použité pro expresi fúzního proteinu jsou také z genu ADH1. DBD Lex A obsahuje sekvenci jaderného lokalizačního signálu SV40.This coding DNA binding domain is the sequence of the bacterial repressor Lex A. The promoter and terminator used to express the fusion protein are also from the ADH1 gene. The Lex A DBD contains the SV40 nuclear localization signal sequence.
Sekvence odpovídající velké smyčce PS-1 byly vloženy do klonovacích míst EcoRI/SalI.Sequences corresponding to the large PS-1 loop were inserted into EcoRI / SalI cloning sites.
Vektor pGEX-4Tl (obr. 6 (b) ) je : bakteriální plazmid o velikosti 4,9 kb. Má replikační počátek pBR322, gen pro rezistenci na . ampicilin,. gen laclq pro represi betagalaktosidázového systému. Tento plazmid je použit k expresi proteinů fúze mezi .glutathion S-transferázou (GST) a požadovanými peptidy v bakteriích. Má mnohočetné klonovací místo po směru od genu GST pro inzerci sekvencí kódujících peptidy. Celek je řízen promotorem tac, který má vysokou úroveň exprese indukovatelnou IPTG. Po produkci proteinu mohou být požadované peptidy - odděleny , od GST štěpením trombinem, protože sekvence rozpoznávaná a štěpená tímto enzymem byla vložena mezi tyto dvě'oblasti.The vector pGEX-4T1 (FIG. 6 (b)) is a 4.9 kb bacterial plasmid. It has a replication origin of pBR322, a gene for resistance to. ampicillin ,. laclq gene for repression of the beta-galactosidase system. This plasmid is used to express fusion proteins between glutathione S-transferase (GST) and the desired peptides in bacteria. It has a multiple cloning site downstream of the GST gene for insertion of sequences encoding peptides. The whole is under the control of the tac promoter, which has a high level of expression inducible by IPTG. After protein production, the desired peptides can be separated from GST by thrombin cleavage because the sequence recognized and cleaved by this enzyme has been inserted between the two regions.
Vektor' pET-29a (obr. 6 (c) ) , je bakteriální plazmid o velikosti 5,4 kb. Má replikační počátek pBR322, replikační počátek fága fl, gen pro rezistenci na kanamycin, gen laclq. Tento plazmid je použit pro expresi v bakteriích požadovaných peptidů fúzovaných k sekvenci S-Tag (katalytická část proteinu S ribonukleázy) a sekvenci His-Tag (peptid z 10 histidinů) , která umožňuje detekci a purifikaci fúzního proteinu. Transkripční promotor T7 umožňuje vysokou expresi po indukci s IPTG. Sekvence rozpoznávaná a štěpená trombinem byla vložena mezi' sekvence S-Tag a His-Tag.The vector 'pET-29a (Fig. 6 (c)) is a 5.4 kb bacterial plasmid. It has a pBR322 origin of replication, a phage fl origin of replication, a kanamycin resistance gene, a laclq gene. This plasmid is used for expression in bacteria of the desired peptides fused to the S-Tag sequence (catalytic portion of the S ribonuclease protein) and His-Tag sequence (peptide of 10 histidines), which allows the fusion protein to be detected and purified. The T7 transcriptional promoter allows high expression upon induction with IPTG. The sequence recognized and cleaved by thrombin was inserted between the S-Tag and His-Tag sequences.
- 16 • fc · · · · • fc * fc fc • · fc · • fcfcfc · fcfc fcfcfcfc • · · fcfcfc ♦ fcfc ♦ · • · · · • fc fcfc ' • fc fcfc • fcfc ·- 16 • fc · fcfcfc fcfcfc fcfcfcfc fcfcfcfc fcfc fc fcfc fcfc fcfc
•. fcfc fc • · · · • fcfc · • fc fcfc•. fcfc fc fcfc
5) Syntéza použitých oligonukleotidů:5) Synthesis of used oligonucleotides:
Ze sekvence’PS-1 (Sherrington et al., 1995) byly určeny různé páry oligonukleotidů tak, aby se získaly fragmenty DNA odpovídající hydrofilním oblastem PS-1. Tyto oligonukleotidy umožnily zavést místo EcoRI na 5' konec a místo Sáli na 3' konec sekvence po amplifikaci metodou PCR .(polymerázová řetězová reakce).Different oligonucleotide pairs were determined from the sequence 'PS-1 (Sherrington et al., 1995) to obtain DNA fragments corresponding to the hydrophilic regions of PS-1. These oligonucleotides made it possible to introduce the EcoRI site at the 5 'end and the SalI site at the 3' end of the sequence after PCR amplification (polymerase chain reaction).
OligoA CAA GAA TTC TGT CCG AAA GGT CCA CTT (sekvence id. č. 3)Oligo A CAA GAA TTC TGT CCG AAA GGT CCA CTT (SEQ ID NO: 3)
OligoB CAA GTC GAC TCA GGT TGT GTT CCAGTC TCC (sekvence id. č. 4)OligoB CAA GTC GAC TCA GGT TGT GTT CCAGTC TCC (SEQ ID NO: 4)
Oligonukleotidy A a B byly použity k získání fragmentů BL6 a BM odvozených z velké smyčky.Oligonucleotides A and B were used to obtain large-loop derived BL6 and BM fragments.
OligoC CAA GAA TTC TCA . ACA ATG GTG TGG TTG (sekvence id. č. 5)Oligo CAA GAA TTC TCA. ACA ATG GTG TGG TTG (SEQ ID NO: 5)
OligoD CAA GTC GAC TCA TTC CTC TGG GTC TTC ACC (sekvence id. č. 6)OligoD CAA GTC GAC TCA TTC TTC CTC TGG GTC TTC ACC (SEQ ID NO: 6)
Oligonukleotidy C a D byly použity k získání BR odvozeného z kratší oblasti velké smyčky.Oligonucleotides C and D were used to obtain BR derived from the shorter region of the large loop.
fragmentufragment
OligoE CAA GAA TTC ACA TTA TTA CTC CTT GCC (sekvence id. č.7)OligoE CAA GAA TTC ACA TTA CTA CTTC GCC (SEQ ID NO: 7)
OligoF CAA GTC GAC TCA GAT ATA AAA TTG ATG CAA (sekvence id. č. 8)OligoF CAA GTC GAC TCA GAT ATA AAA TTG ATG CAA (SEQ ID NO: 8)
Oligonukleotidy E a F byly použity k získání fragmentu Ct odvozeného z C-koncové části PS-1.Oligonucleotides E and F were used to obtain a Ct fragment derived from the C-terminal portion of PS-1.
·Λ·Χί(Μ.·.·Λ.· Λ · Χί (Μ. ·. · Λ.
φφφ» φ φ φ φ φφφ »φ φ φ φ
- 17 φφ φφφφ φφφφ φ φ φ φφφ φ φ φ φ φ φ φ φφ φφ- 17 φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ φ
OligoG CAA GAA TTC ATG ACA GAG TTA CCT GCA (sekvence id. č. 9)OligoG CAA GAA TTC ATG ACA GAG TTA CCT GCA (SEQ ID NO: 9)
OligoH AA GTC GAC TCA ATG CTT GGC GCC ΑΤΑ TTT (sekvence id. č. 10)OligoH AA GTC GAC TCA ATG CTT GGC GCC ΑΤΑ TTT (SEQ ID NO: 10)
Oligonukleotidy G a H byly použity k získání fragmentu Nt odvozeného z N-koncové části PS-1.Oligonucleotides G and H were used to obtain an Nt fragment derived from the N-terminal portion of PS-1.
Oligonukleotidy 1, J a K byly použity k amplifikaci a k sekvencování inzertů plazmidu pGBT9 a pGADlO. Jsou komplementární k sekvencím DBD GAL4, AD GAL4 a terminátoru ADH1.Oligonucleotides 1, J and K were used for amplification and sequencing of the plasmid inserts pGBT9 and pGAD10. They are complementary to the DBD GAL4, AD GAL4, and ADH1 terminator sequences.
6) biologie použité ve vynálezu.6) the biology used in the invention.
Metody molekulárníMolecular methods
Příprava plazmidové DNAPreparation of plasmid DNA
Izolace malého i velkého množství plazmidové DNA se prováděly podle protokolů popsaných v práci Maniatise et al. (1989).Both small and large amounts of plasmid DNA were isolated according to the protocols described by Maniatis et al. (1989).
Polymerázová řetězová amplifikace pomocí termostabilní Taq polymerázy (PCR)Polymerase Chain Amplification by Thermostable Taq Polymerase (PCR)
PCR umožňuje amplifikovat sekvenci DNA mezi dvěma známými oblastmi, kde se mohou vázat oligonukleotidy (přibližně o 20 bp), které jsou použity jako primery. Reakce se provádí v konečném objemu 100 μΐ v přítomnosti DNA templátu (50 ng) , dNTP (0,2 mM) , pufru PCR (lOmM TrisHCl pH 8,5, lmM MgCl2, 5mM KCI, 0,01% želatina), dvouPCR allows the amplification of the DNA sequence between two known regions where oligonucleotides (about 20 bp) that can be used as primers can bind. The reaction is performed in a final volume of 100 μΐ in the presence of DNA template (50 ng), dNTP (0.2 mM), PCR buffer (10 mM TrisHCl pH 8.5, 1 mM MgCl 2 , 5 mM KCl, 0.01% gelatin), two
- 18 • 0 ···· oligonukleotidů (každého 500 ng) a 2,5 IU DNA polymerázy AmpliTaq. Směs se překryje dvěma kapkami parafinového oleje, aby se omezilo odpařování vzorku.- 18 • 0 ···· oligonucleotides (each 500 ng) and 2.5 IU AmpliTaq DNA polymerase. Cover the mixture with two drops of paraffin oil to limit evaporation of the sample.
Použitý program obsahuje 32 cyklů, 1 cyklus pro denaturaci templátu (5 minut v 95 °cj, 30 cyklů (1 minuta denaturace v 95 °C, 1 minuta hybridizace oligonukleotidů naThe program used contains 32 cycles, 1 cycle for template denaturation (5 minutes at 95 ° C, 30 cycles (1 minute denaturation at 95 ° C), 1 minute oligonucleotide hybridization to
DNA templát v 50 °C, 1 minuta prodlužování Taq polymerázou v 72 °C), konečný 1 prodlužovací cyklus (5 minut v 72 °C).DNA template at 50 ° C, 1 minute extension by Taq polymerase at 72 ° C), final 1 extension cycle (5 minutes at 72 ° C).
PCR se může provádět přímo na kulturách bakterií nebo. kvasinek v exponenciální růstové fázi.PCR can be performed directly on bacterial cultures or. yeast in exponential growth phase.
Fluorescenční sekvencováníFluorescent sequencing
Použitá sekvenční technika vychází z metody Sangera et al. (1977) a je upravena pro fluorescenční sekvencování vyvinuté firmou Applied Biosystems. Použitý protokol je tentýž, který byl popsán projektanty systému (Perkin Elmer, 1995).The sequencing technique used is based on the method of Sanger et al. (1977) and is adapted for fluorescent sequencing developed by Applied Biosystems. The protocol used is the one described by system designers (Perkin Elmer, 1995).
Inzerce fragmentu DNA do plazmidů, pomocí ligaceInsertion of DNA fragment into plasmids by ligation
Inzert získaný z plazmidové DNA nebo z rekce PCR a plazmidový vektor jsou štěpeny 1 hodinu restrikčními enzymy v množství 1 U na 1 ’ flg DNA ve svých příslušných pufrech (Biolabs). Enzymy jsou vybrány podle klonovacích míst, aby se vložil inzert v souhlase s dalšími doménami vektoru.The insert obtained from the plasmid DNA or from the PCR reaction and the plasmid vector are digested with 1 U of restriction enzymes per 1 < 1 > Enzymes are selected by cloning sites to insert the insert in accordance with other vector domains.
Fragmenty pocházející ze štěpení jsou rozděleny podle své velikosti elektroforézou na 0,8% „preparativním agarózovém gelu připraveném z TBE (90mM Tris, 90mM borát, 2mM EDTA, pH 8) s 0,5 μg/ml BET. Ke vzorkům.se přidává nanášecí modř (1/10 objemu) předtím, než jsou naneseny na gel spolu se standardem molekulové hmotnosti (žebříček 1 kb, Gibco BRL) . Migrace se provádí v konstantním napětí 90 V/cm v TBE.The fragments resulting from the cleavage are separated according to their size by electrophoresis on a 0.8% preparative agarose gel prepared from TBE (90 mM Tris, 90 mM borate, 2 mM EDTA, pH 8) with 0.5 µg / ml BET. Addition blue (1/10 volume) is added to the samples before being applied to the gel along with a molecular weight standard (1 kb ladder, Gibco BRL). Migration is performed at a constant voltage of 90 V / cm in TBE.
·· • · • · ···· * ·<·* • fc ······· · ····
DNA se objevila pod UV díky fluorescenci BET, který je interkalován mezi báze. Kousky gelu obsahující fragmenty DNA požadovaně velikosti (vektor a inzert) jsou vyřezány skalpelem, vloženy do dialyzačních trubiček s TBE a podrobeny elektroforéze 15 minut ve 10Ό V. DNA extrahovaná z gelu je pak odebrána, ošetřena jedním objemem fenol/chloroform/isoamylalkoholu (25/24/1), precipitována se 3 objemy absolutního etanolu v přítomnosti 0,25M NaCl, jednou omyta 70% etanolem, usušena a nakonec rozpuštěna ve 20 μΐ H;0.DNA appeared under UV due to BET fluorescence, which is intercalated between bases. The gel pieces containing DNA fragments of the desired size (vector and insert) are cut with a scalpel, inserted into dialysis tubing with TBE and electrophoresed for 15 minutes at 10Ό V. The DNA extracted from the gel is then removed, treated with one volume of phenol / chloroform / isoamyl alcohol. 24/1), precipitated with 3 volumes of absolute ethanol in the presence of 0.25M NaCl, washed once with 70% ethanol, dried and finally dissolved in 20 μΐ H;
Poté, co se na gelu určila příslušná množství vektoru a inzertu, smíchají se v poměru 1/1 v přítomnosti . 40 IU T4 DNA ligázy, 1 x konečného ligačního pufru (50mM 'TrisHCl, pH 7,5, lOmM MgCl2, lOmM DTT, lmM ATP)· v celkovém objemu 20 μΐ,. ligace se provádí ve 20 °C alespoň jednu hodinu.After the appropriate amounts of vector and insert have been determined on the gel, they are mixed at a ratio of 1/1 in the presence. 40 IU T4 DNA ligase, 1 x final ligation buffer (50 mM TrisHCl, pH 7.5, 10 mM MgCl 2 , 10 mM DTT, 1 mM ATP) · in a total volume of 20 µ objemu. the ligation is performed at 20 ° C for at least one hour.
Transformace bakterií plazmidemPlasmid transformation of bacteria
1) Takzvaná; metoda „TSB (podle Chunga a Millera, N.A.R., 16, 1988) spočívá v tom, že se bakteriální stěna stane po ošetření s DMSO fragilní, takže se umožní vstup DNA do buněk. 'Její účinnost je 106 transformant na 1 pg DNA. Bakterie jsou pěstovány v tekutém médiu LB podobu přibližně 3 hodiny s mícháním (až do A60o=0/6) · Kultura je centrifugována· 10 minut ve 3000 rpm, pelet je resuspendován v 1/10 původního objemu TSB (médium LB, 10% PEG4obo<, 5% DMSO, lOmM MgCl2, lOmM MgSO4), a inkubován 15 minut ve 4 °C.1) So-called; the TSB method (according to Chung and Miller, NAR, 16, 1988) consists in making the bacterial wall fragile after treatment with DMSO, thereby allowing DNA to enter cells. Its efficiency is 10 6 transformants per 1 pg of DNA. Bacteria are grown in LB liquid medium for approximately 3 hours with agitation (up to A 60 o = 0/6). • The culture is centrifuged for 10 minutes at 3000 rpm, the pellet is resuspended in 1/10 of the original volume of TSB (LB medium. % PEG 4 (1.5% DMSO, 10mM MgCl 2 , 10mM MgSO 4 ), and incubated for 15 minutes at 4 ° C.
Přibližně 50, ng DNA (10 μΐ ligačního produktu) . se přidá ke 100 μΐ kompetentních bakterií a pak se směs inkubuje 30 minut ve 4 °C. Po přidání TSBglu (TSB, 20mM glukóza) a inkubaci ve 37 °C po 45 minut, jsou bakterie vysety na médium LB s antibiotikem odpovídajícím genu rezistence, který nese plazmid.Approximately 50 ng of DNA (10 μΐ of ligation product). is added to 100 μΐ of competent bacteria and then incubated for 30 minutes at 4 ° C. After addition of TSBglu (TSB, 20 mM glucose) and incubation at 37 ° C for 45 minutes, the bacteria are plated on LB medium with an antibiotic corresponding to the resistance gene carrying the plasmid.
- 20 2) Elektroporace je technika, která je 1000 x účinnější, než metoda TSB, je použita, když jsou dostupné velmi malá množství DNA (jako po extrakci plazmidů obsažených ve kvasinkách). Spočívá v tom, že se bakteriální stěna stane fragilní pomocí elektrického šoku, takže do buněk může vstoupit DNA.- 20 2) Electroporation is a technique 1000 times more efficient than the TSB method, when very small amounts of DNA are available (as after the extraction of plasmids contained in yeast). It is that the bacterial wall becomes fragile by electric shock, so that DNA can enter the cells.
Bakterie se pěstují v tekutém médiu LB s mícháním až do A.;;=0,6). Kultura, předem inkubovaná 15 minut ve 4 °C, je centrifugována 10 minut ve 3000 rpm a pelet je postupně omýván 1 objemem ledově chladné H2O, 1/2 objemu ledově chladné H2O a 1/5 objemu 10% ledově chladného.glycerolu. Mezi každým omytím jsou bakterie stočeny 10 minut ve 3000 rpm a pak nakonec resuspendovány v 1/1000 objemu 10% ledově chladného glycerolu. 40 μΐ této bakteriální suspenze je smícháno s 1 μΐ DNA v elektroporační kyvetě. Kyvety jsou vloženy do přístroje BioRad Gene Pulser a bakterie jsou podrobeny elektrickému šoku (25 mF, 2,5 kV, 200 W) . Po inkubaci ve 37 °C po dobu 45 minut, jsou bakterie vysety na LB médium obsahující antibiotikum použité pro selekci.The bacteria are grown in LB liquid medium with agitation up to A = 0.6). The culture, pre-incubated for 15 minutes at 4 ° C, is centrifuged for 10 minutes at 3000 rpm and the pellet is washed successively with 1 volume of ice cold H 2 O, 1/2 volume of ice cold H 2 O and 1/5 volume of 10% ice cold. glycerol. Between each wash, the bacteria are centrifuged for 10 minutes at 3000 rpm and then finally resuspended in 1/1000 volume of 10% ice-cold glycerol. 40 μΐ of this bacterial suspension is mixed with 1 μΐ of DNA in an electroporation cuvette. The cuvettes are placed in the BioRad Gene Pulser and the bacteria are subjected to electric shock (25 mF, 2.5 kV, 200 W). After incubation at 37 ° C for 45 minutes, the bacteria are plated on LB medium containing the antibiotic used for selection.
Hybridizace mRNA po přenosu ' na membránu (neboli tzv. northernové blotování)'Hybridization of mRNA after transfer to 'membrane (or Northern blot)'
Použité membrány jsou komerční ·nitrocelulózové membrány firmy Clontech, na které již byla přenesena a fixována mRNA pocházející z různých lidských tkání.The membranes used are Clontech's commercially available nitrocellulose membranes to which mRNA originating from various human tissues has been transferred and fixed.
Radioaktivní DNA sonda je připravena podle protokolu firmy Amersham „Rediprime DNA Labelling System. Tento protokol umožňuje získat (32P]dCTP (50 mCi) s rychlostí inkorporace do fragmentu DNÁ vyšší než 55 % po inkubaci minut ve 37 °C a detekovat pás RNA odpovídající 0,5 pg po 2 hodinové hybridizaci a expozici filmu přes noc.The radioactive DNA probe is prepared according to the Amersham Rediprime DNA Labeling System protocol. This protocol makes it possible to obtain (32 P) dCTP (50 mCi) with a rate of incorporation into the DNA fragment greater than 55% after incubation for minutes at 37 ° C and to detect an RNA band corresponding to 0.5 µg after 2 hours hybridization and film exposure overnight.
- 21 • 000 • 0- 21 • 000 • 0
0· 0 000 · ·0 · 0,000 · ·
Membrány jsou prehybridizovány s 8 ml hybridizačního roztoku (1M NaCl, lOmM NaH-PCh, pH 7,4, 10 mg/ml Ficoll, mg/ml polyvinylpyrolidon, 10 mg/ml BSA, 100 mg/ml DNA ze spermatu lososa, 2% SDS) po dobu přibližně 2 hodiny ve 42 °C za třepání, a pak jsou hybridizovány se sondou v množství 2 x 10® cpm/ml smíchanou s 8 ml hybridizačního roztoku po dobu 24 hodin ve 42 °C za třepání, pak jsou několikrát opláchnuty promývacím roztokem 1 (0,3M NaCl, 30mM citrát sodný, pH 7, 0,05% SDS), promyty 40 minut v tomtéž roztoku, inkubovány 4.0 minut v 50 °C v promývacím roztoku 2 (15M NaCl/ l,5mM citrát sodný, pH 7, 0,1% SDS) a nakonec se exponují filmu.The membranes are prehybridized with 8 ml hybridization solution (1M NaCl, 10 mM NaH-PCh, pH 7.4, 10 mg / ml Ficoll, mg / ml polyvinylpyrrolidone, 10 mg / ml BSA, 100 mg / ml salmon sperm DNA, 2% SDS) for approximately 2 hours at 42 ° C with shaking, and then hybridized with the probe at 2 x 10 ® cpm / ml mixed with 8 ml of hybridization solution for 24 hours at 42 ° C with shaking, then rinsed several times wash solution 1 (0.3M NaCl, 30mM sodium citrate, pH 7, 0.05% SDS), washed for 40 minutes in the same solution, incubated for 4.0 minutes at 50 ° C in wash solution 2 (15M NaCl / 1.5mM sodium citrate pH 7, 0.1% SDS) and finally exposed to film.
7) Metody pro dvojitý hybridní systém7) Methods for double hybrid system
Princip systémuSystem principle
Dvojitý hybridní systém vyvinutý Songem a Fieldsem v r. 1989 je technika klonování pomocí interakce in vivo v kvasinkách Saccharomyces cerevisiae. Je založen na faktu, že některé eukaryotické transaktivátory vyžadují pouze dvě domény, aby mohly fungovat: doménu vázající DNA (DBD), která se váže na specifickou sekvenci, a aktivační doménu (AD) , která spouští transkripční mechanismus (RNA polil). Když jsou tyto dvě domény odděleny, AD nemůže být ve správné pozici a transkripce není indukována.The double hybrid system developed by Song and Fields in 1989 is a technique of cloning by in vivo interaction in yeast Saccharomyces cerevisiae. It is based on the fact that some eukaryotic transactivators require only two domains to function: a DNA binding domain (DBD) that binds to a specific sequence, and an activation domain (AD) that triggers a transcriptional mechanism (RNA polil). When these two domains are separated, AD cannot be in the correct position and transcription is not induced.
V tomto systému je DBD fúzována k proteinu X a AD k proteinu Y. Jestliže proteiny X á Y interagují, tvoří se funkční transaktivační komplex a indukuje expresi reportérového genu umístěného po směru od sekvence rozpoznávané DBD. Exprese genu umožňuje nepřímo odhalit interakci mezi těmito dvěma proteiny.In this system, DBD is fused to protein X and AD to protein Y. When X and Y proteins interact, a functional transactivation complex forms and induces expression of a reporter gene located downstream of the sequence recognized by the DBD. Gene expression makes it possible to indirectly detect the interaction between the two proteins.
- 22 Transformace kvasinek s jedním nebo dvěma různými plazmidy- 22 Yeast transformation with one or two different plasmids
Kvasinky jsou učiněny kompetentními ošetřením s LiAc/PEG podle metody popsané Gietzem (Gietz et al., 1995).Yeast is made by competent treatment with LiAc / PEG according to the method described by Gietz (Gietz et al., 1995).
Kvasinky jsou pěstovány na pevném médiu YPD ve 28 °C přes noc. Pak jsou resuspendovány v 1 ml sterilního roztoku I (O,1M LiAc, lOmM TrisHCl, lmM EDTA, pH 7,5)., centrifugovány 1 minutu ve 3000 rpm a' opět resuspendovány v 1 ml roztoku I. 50 μΐ suspenze se pak smíchá s 5 pg DNA ze spermatu lososa (nosič DNA) , 1 až 5 pg plazmidové DNA a 300 μΐ sterilního roztoku II (0,lM LiAc, lOmM TrisHCl, lmM EDTA, pH 7,5, 50%The yeast is grown on YPD solid medium at 28 ° C overnight. They are then resuspended in 1 ml of sterile solution I (0.1 M LiAc, 10 mM TrisHCl, 1 mM EDTA, pH 7.5), centrifuged for 1 minute at 3000 rpm and resuspended in 1 ml of solution I. The 50 μ 50 suspension is then mixed with 5 µg salmon sperm DNA (DNA carrier), 1 to 5 µg plasmid DNA and 300 µΐ sterile solution II (0.1M LiAc, 10mM TrisHCl, 1mM EDTA, pH 7.5, 50%
PEG^ooo) . Směs je inkubována 30 minut ve 28 °C a pak je podrobena tepelnému · šoku 20 minut ve 42 °C. Po centrifugací 1 minutu ve 3000 rpm jsou buňky jednou promyty sterilní vodou a resuspendovány ve 100 μΐ sterilní vody, pák jsou kvasinky vysety na agarové médium YNB doplněné aminokyselinami a dusíkatými bázemi nezbytnými pro jejich růst. Aby se umožnila selekce transformovaných kvasinkových kmenů, nepřidávají se aminokyseliny a dusíkaté báze odpovídající výběrovým markérům, které nesou plazmidy. Misky jsou umístěny v inkubátoru ve 28 °C po 3 dny. ,PEG 400). The mixture is incubated for 30 minutes at 28 ° C and then subjected to heat shock for 20 minutes at 42 ° C. After centrifugation for 1 minute at 3000 rpm, the cells are washed once with sterile water and resuspended in 100 μΐ sterile water, the yeast is sown on YNB agar medium supplemented with the amino acids and nitrogen bases necessary for their growth. In order to allow selection of transformed yeast strains, amino acids and nitrogen bases corresponding to the selectable markers carrying the plasmids are not added. Plates are placed in an incubator at 28 ° C for 3 days. ,
Transformace kvasinek cDNA knihovnouTransformation of yeast cDNA library
Použitá cDNA knihovna je komerční knihovna (Clontech) obsahující mRNA z normálního lidského mozku (37 starý muž, který zemřel po úrazu hlavy). cDNA byly klonovány do plazmidu pGADlO po směru od oblasti AD GAL4 v místě EcoRI. Průměrná velikost inzertů je .1,4 kb se standardní odchylkou 1 kb. Knihovna byla jednou amplifikována v E. coli DH5a, aby se získalo 1,2 x 10® nezávislých klonů, ze kterých 80 % obsahuje inzert.The cDNA library used is a commercial library (Clontech) containing mRNA from a normal human brain (a 37-year-old man who died after a head injury). The cDNAs were cloned into plasmid pGAD10 downstream of the AD GAL4 region at the EcoRI site. The average insert size is 1.4 kb with a standard deviation of 1 kb. The library was amplified once in E. coli DH5α to obtain 1.2 x 10® independent clones, 80% of which contain an insert.
Aby se zachovala dobrá reprezentativnost knihovny, je nezbytné mít počet transformant, který je dvakrát ažIn order to maintain good representativity of the library, it is necessary to have a number of transformants that is twice to
- 23 desetkrát větší než počet nezávislých klonů získaných během konstrukce knihovny. Je proto použit protokol, který umožňuje dosáhnout dobré účinnosti transformace (přibližně 10' transformant na 100 pg DNA) .- 23 times greater than the number of independent clones obtained during library construction. Therefore, a protocol that allows good transformation efficiency (approximately 10 'transformants per 100 µg DNA) is used.
Kvasinky YCM79, předem transformované plazmidem pGBT9 obsahujícím sekvenci odpovídající oblasti PS-1, jsou pěstovány přes noc v 50 ml média YNB +His +Lys +Ade +Met +Leu +Ura ve 28 ,’C za třepání. Měří se optická denzita této předběžné kultury, aby se vyhodnotil počet buněk na 1 ml a aby bylo možné vypočítat objem, který je nutné naočkovat do 250 ml média YPD tak, aby se získala kultura 107 buněk /ml (přibližně A6Oo=O,8) po jedné noci za třepání.YCM79 yeast, pre-transformed with plasmid pGBT9 containing the sequence corresponding to the PS-1 region, are grown overnight in 50 ml of YNB + His + Lys + Ade + Met + Leu + Ura at 28 ° C with shaking. The optical density of this pre-culture is measured to evaluate the number of cells per ml and to calculate the volume to be seeded into 250 ml of YPD medium to obtain a culture of 10 7 cells / ml (approximately A 60 o = 0). 8) After one night for shaking.
Buňky jsou pak sklízeny centrifugaci ve 3000 rpm po dobu 10 minut, dvakrát promyty 100 ml sterilní H2O, a resuspendovány v 10 ml transformačního roztoku I. Suspenze je centrifugována (10 minut ve 3000 rpm) a buňky jsou resuspendovány ve 2,5 ml téhož roztoku. Část suspenze je odstraněna (200 μΐ) : polovina bude sloužit jako netransformované negativní kontrola a' další polovina bude transformována s kontrolním plazmidem, jehož . transformační účinnost je známa. Zbylá suspenze je smíchána se 100 μΐ cDNA plazmidové knihovny v množství 1 mg/ml a s 20 ml roztoku II. Směs je inkubován.a 1 hodinu ve 28 °C za třepání a pak 20 minut ve 42 °C před tím, než je centrifugována 15 minut ve 3000 rpm. Buněčný pelet je jednou omyt vodou a dvakrát PBS, aby se .důkladně odstranil PEG, který má na kvasinky toxický vliv, a pak je resuspendován ve 2,5 ml sterilního PBS (50mM Na2HPO4, lOmM· KCl, lmM MgSO4, pH 7).The cells are then harvested by centrifugation at 3000 rpm for 10 minutes, washed twice with 100 ml sterile H 2 O, and resuspended in 10 ml transformation solution I. The suspension is centrifuged (10 minutes at 3000 rpm) and the cells are resuspended in 2.5 ml of the same solution. Part of the suspension is removed (200 μΐ): one half will serve as a untransformed negative control and the other half will be transformed with the control plasmid of which. transformation efficiency is known. The remaining suspension is mixed with 100 μΐ plasmid library cDNA at 1 mg / ml and 20 ml of solution II. The mixture is incubated for 1 hour at 28 ° C with shaking and then for 20 minutes at 42 ° C before being centrifuged for 15 minutes at 3000 rpm. The cell pellet is washed once with water and twice with PBS to thoroughly remove PEG, which has a yeast toxic effect, and then resuspended in 2.5 ml of sterile PBS (50 mM Na 2 HPO 4 , 10 mM · KCl, 1 mM MgSO 4) . pH 7).
250 ml média YNB +His +Lys +Ade +Met +Leu +Ura je naočkováno touto suspenzí a inkubuje se . 4 hodiny ve 28 °C za třepání, aby se umožnila exprese hybridních proteinů, jejich možné interakce a exprese reportérového genu URA 3. Ale • ·250 ml of YNB + His + Lys + Ade + Met + Leu + Ura medium are inoculated with this suspension and incubated. 4 hours at 28 ° C with shaking to allow expression of hybrid proteins, their possible interactions and expression of the URA 3 reporter gene.
- 24 fc fc • fc výsledkem tohoto kroku je také rozmnožení počtu pozitivních klonů. Aby se vyhodnotila rychlost amplifikace počtu kolonií, odebere se 1 ml kultury před touto inkubací a po ní a na misky s médiem YNB +His +Lys +Ade +Met +Leu +Ura jsou vyseta různá ředění. Po kultivaci, se určuje počet klonů Leu+ Trp+, aby se vyhodnotila frekvence transformace před a po období inkubace a z ni se odvodí rychlost.amplifikace. '- 24 fc fc • fc the result of this step is also an increase in the number of positive clones. In order to evaluate the rate of colony amplification, 1 ml of culture is taken before and after this incubation and different dilutions are seeded on YNB + His + Lys + Ade + Met + Leu + Ura plates. After cultivation, the number of Leu + Trp + clones is determined in order to evaluate the transformation frequency before and after the incubation period and to derive the amplification rate therefrom. '
Buňky jsou pak stočeny 10 minut ve 3000· rpm, dvakrát promyty'sterilní vodou, resuspendovány v 10 ml YNB a vysety na 10 miskách, každá o rozloze 435 cm2, obsahujících 200 ml selektivního média YNB +His +Lys +Ade +Met. . Misky jsou umístěny v inkubátoru ve 28 °C'3 dny.The cells are then centrifuged for 10 minutes at 3000 rpm, washed twice with sterile water, resuspended in 10 ml YNB and plated in 10 435 cm 2 dishes each containing 200 ml of selective YNB + His + Lys + Ade + Met medium. . Plates are placed in an incubator at 28 ° C for 3 days.
Extrakce plazmidové DNA z kvasinekExtraction of plasmid DNA from yeast
Tato technika extrahuje jak plazmidovou, tak genomovou DNA obsaženou ve kvasinkách. Tiby se izolovaly plazmidy, je postačující transformovat bakterie, ve kterých se může replikovat pouze plazmidová DNA a analyzovat každý klon po minipreparaci. Kvasinky obsahující plazmidy jsou pěstovány na selektivním pevném médiu YNB ve 28 °C přes noc. Pak jsou resuspendovány ve 200 ml rozrušujícího roztoku (2% Triton X100, 1% SDS, lOOmM NaCl, lOmM Tris, pH 8, lmM EDTA) za přítomnosti skleněných perel (450 μη v průměru) a 200 ml fenol/chloroformu. Směs se třepá 15 minut na vortexu, a pak je centrifugována 2 minuty ve 14 000 rpm. Vodná fáze se dialyzuje 1 hodinu na membráně. Tento roztok může být použit pro transformaci bakterií pomocí elektroporace.This technique extracts both plasmid and genomic DNA contained in yeast. Tibas have been isolated with plasmids, it is sufficient to transform bacteria in which only plasmid DNA can replicate and analyze each clone after miniprep. Yeast containing plasmids are grown on selective solid YNB at 28 ° C overnight. They are then resuspended in 200 ml of disruption solution (2% Triton X100, 1% SDS, 100mM NaCl, 10mM Tris, pH 8, 1mM EDTA) in the presence of glass beads (450 μη on average) and 200ml phenol / chloroform. The mixture was shaken for 15 minutes on a vortex, and then centrifuged for 2 minutes at 14,000 rpm. The aqueous phase was dialyzed for 1 hour on the membrane. This solution can be used to transform bacteria by electroporation.
Detekce beta-galaktosidázové aktivityDetection of beta-galactosidase activity
Tento test umožňuje verifikovat expresi reportérového genu LacZ kódujícího β-galaktosidázu v transformovaných kvasinkách.This assay makes it possible to verify the expression of the LacZ reporter gene encoding β-galactosidase in transformed yeast.
- 25 . j 'Nitrocelulózová membrána je položena na' individualizované kvasinkové klony. Otisk je 3 x ponořen na 30 sekund do tekutého dusíku, aby se rozrušily kvasinky a umožnil se přístup beta-galaktosidázovému substrátu. Membrána je pak . -umístěna s koloniemi navrch na Whatmanův papír napuštěný čerstvě připraveným roztokem PBS/Xgal (100 μΐ roztoku substrátu Xgal v koncentraci 40 mg/ml v dime tyl formamidu v 5 ml PBS) a pak je vložena do 37 °C, optimální teploty pro testovanou enzymovou aktivitu.- 25. The nitrocellulose membrane is placed on individualized yeast clones. The impression is immersed 3 times in liquid nitrogen for 30 seconds to disrupt the yeast and allow access to the beta-galactosidase substrate. The membrane is then. -plated with colonies on top of Whatman paper soaked with freshly prepared PBS / Xgal solution (100 μΐ of substrate Xgal at 40 mg / ml in dime tyl formamide in 5 ml PBS) and then placed at 37 ° C, optimal temperature for the enzyme assayed activity.
Doba, kdy se objeví modrá barva, která detekuje aktivitu β-gal, je vysoce variabilní, od několika minut do několika hodin. Test se provádí v přítomnosti pozitivní kontroly pro interakci, která se rychle mění na modrou a v přítomnosti negativní kontroly,, která zůstává bílá.The time when the blue color that detects β-gal activity appears is highly variable, from a few minutes to several hours. The assay is performed in the presence of a positive control for an interaction that changes rapidly to blue and in the presence of a negative control that remains white.
Kapací testDrip test
Tento test umožňuje analyzovat fenotyp kvasinkového kmene. Kapka (přibližně 5 ml) lehce zakalené kvasinkové suspenze je nanesena na různá selektivní a neselektivní agarová média a pozoruje se růst kvasinek po 2 dnech inkubace ve 28 °C.This test makes it possible to analyze the phenotype of a yeast strain. A drop (approximately 5 ml) of a slightly cloudy yeast suspension is deposited on various selective and non-selective agar media and yeast growth is observed after 2 days incubation at 28 ° C.
Segregace plazmidůSegregation of plasmids
Toto zahrnuje testování, zda je fenotyp transformovaných kvasinek opravdu spojován s výskytem plazmidů, s použitím plazmidové segregace.This involves testing whether the transformed yeast phenotype is indeed associated with the appearance of plasmids, using plasmid segregation.
Kvasinky jsou pěstovány přes noc na kompletním médiu YPD ve 28 °C. Toto neselektivní médium umožňuje růst kvasinek, které si ponechávají plazmidy po buněčném dělení i těch, které si plazmidy neponechávají. Různá ředění této kultury jsou vyseta na misky tak, aby se na misce s médiem YPD získalo 50 až 100 klonů po inkubaci přes noc ve 28 °C. Pak seThe yeast is grown overnight on complete YPD medium at 28 ° C. This non-selective medium allows the growth of yeasts that retain plasmids after cell division and those that do not retain the plasmids. Various dilutions of this culture are plated in plates so that 50-100 clones are obtained on a YPD medium dish after incubation overnight at 28 ° C. Then
- 26 • · · • · ♦ · • · • · · · · testuje fenotyp klonů otiskem misek na povrch (replica- 26 tests the phenotype of clones by imprinting the plates on the surface (replica)
používající biochemickou techniku afinitní chromatografie. Buněčný extrakt obsahující jeden z předpokládaných partnerů proteinu je přidán na nosič, na který byl již dříve přichycen testovaný (návnadový) protein. Jestliže nastává interakce mezi proteinem a jeho možným partnerem, bude druhý přidaný protein také zadržen na nosiči.using the biochemical affinity chromatography technique. The cell extract containing one of the putative protein partners is added to a carrier to which the test (bait) protein has previously been attached. If there is an interaction between the protein and its possible partner, the second added protein will also be retained on the carrier.
Exprese fúzních proteinů v E. coliExpression of fusion proteins in E. coli
Fúzní proteiny jsou tvořeny v E. coli BL21 (DE3) prostřednictvím expresních vektorů pET a pGEX, které jsou indukovatelné IPTG (Studier, 1991).Fusion proteins are produced in E. coli BL21 (DE3) by pET and pGEX expression vectors that are inducible by IPTG (Studier, 1991).
Bakterie BL21 (DE3) předem transformované rekombinantními plazmidy, jsou pěstovány přes noc, za třepání, v médiu LB s antibiotikem použitým pro tuto selekci (ampicilin pro pGEX nebo kanamycin pro pET v koncentraci 100 pg/ml). 5 ml této předběžné kultury je naočkováno do 45 ml média LB+antibiotika, aby se získala kultura o AeOo=O, 6 po třepání po dobu 1 hodiny ve 37 °C. Produkce proteinů je pak indukována přidáním 0,lmM IPTG a bakterie jsou opět vloženy do 37 °C za třepání po dobu 1 hodiny až 4 hodin. Buňky exprimující proteiny jsou sklízeny centrifugací v 6000 rpm po 5 minut. Pelety se mohou uložit v -20 °C.BL21 (DE3) bacteria pre-transformed with recombinant plasmids are grown overnight, with shaking, in LB medium with the antibiotic used for this selection (ampicillin for pGEX or kanamycin for pET at a concentration of 100 pg / ml). 5 ml of this pre-culture is inoculated into 45 ml of LB + antibiotic medium to obtain a culture of eO 0 = 0.6 after shaking for 1 hour at 37 ° C. Protein production is then induced by the addition of 0.1 mM IPTG and the bacteria are reintroduced to 37 ° C with shaking for 1 hour to 4 hours. Protein expressing cells are harvested by centrifugation at 6000 rpm for 5 minutes. The pellets can be stored at -20 ° C.
•9 9999• 9,999
- 27 99 9999- 27 99 9999
99 9 999 9 9
9 9 9 9 9 99 9 9 9 9
9 9 9 9 9 » • · · ··· ·· · • 9 9 9 9 9 9 ·9 9 9 9 9 9 9 9 9 9
9 9 9 9 9 9 99 9 9 9 9 9
Extrakce a analýza proteinů tvořených v bakteriíchExtraction and analysis of proteins produced in bacteria
Bakteriální pelety obsahující fúzní proteiny jsou resuspendovány v 5 ml TE (50mM TrisHCl, pH 8, 2mM EDTA) . Buňky jsou pak lyžovány lysozymem v konečné koncentraci 0,1 mg/ml a 1% Tritonem X-100. Buňky jsou inkubovány 15 minut ve 30 °C před tím než jsou položeny na led, aby vystaveny ultrazvuku, dokud se bakteriální suspenze nestane tekutou. Bakteriální lyzát je centrifugován 15 minut v 10 000 rpm ve 4 °C. Supernatant obsahující solubilizovaný fúzní protein může. být uložen v -20 °C.The bacterial pellets containing the fusion proteins are resuspended in 5 ml TE (50 mM TrisHCl, pH 8.2, 2 mM EDTA). The cells are then lysed with lysozyme at a final concentration of 0.1 mg / ml and 1% Triton X-100. Cells are incubated for 15 minutes at 30 ° C before being placed on ice to be sonicated until the bacterial suspension becomes liquid. The bacterial lysate is centrifuged for 15 minutes at 10,000 rpm at 4 ° C. The supernatant containing the solubilized fusion protein may. stored at -20 ° C.
V tomto stádiu jsou různé získané frakce analyzovány elektroforézou v denaturuj1cím gelu (SDS-PAGE). Je odebráno 60 μΐ bakteriální suspenze před centrifugací (úplná frakce), 60 μΐ supernatantu (rozpustná frakce) a také 60 μΐ peletu resuspendovaného v 5 ml TE (nerozpustná frakce). Proteiny obsažené v různých frakcích jsou denaturovány 10 minut v 3.5 °C za přítomnosti 1/4 objemu nanášecí modři 4HL (0,2M TrisHCl, pH 6,8, 5% SDS, 5% glycerol, 0,5% 2-merkaptoetanol, bromfenolová modř) a jsou naneseny na 12% SDS polyakrylamidový gel, na kterém jsou elektroforézou rozděleny podle své molekulové hmotnosti. Po migraci ve 125 V/cm jsou proteiny detekovány obarvením gelu Coomassie modří.At this stage, the various fractions obtained are analyzed by denaturing gel electrophoresis (SDS-PAGE). 60 μΐ of the bacterial suspension prior to centrifugation (complete fraction), 60 μΐ of the supernatant (soluble fraction) and 60 μΐ of the pellet resuspended in 5 ml TE (insoluble fraction) are collected. Proteins contained in different fractions are denatured for 10 minutes at 3.5 ° C in the presence of 1/4 volume of 4HL loading blue (0.2M TrisHCl, pH 6.8, 5% SDS, 5% glycerol, 0.5% 2-mercaptoethanol, bromophenol) blue) and are loaded onto a 12% SDS polyacrylamide gel on which they are separated by electrophoresis according to their molecular weight. After migration at 125 V / cm, proteins are detected by staining with Coomassie Blue.
Solubilizace proteinůSolubilization of proteins
Exprese exogenního genu v E. coli může být doprovázena výskytem agregátů exogenního proteinu, které tvoří inkluzní tělíska. Rekombinantní protein je pak snadné purifikovat centrifugací, ačkoliv často je obtížné ho solubilizovat.Exogenous gene expression in E. coli may be accompanied by the appearance of exogenous protein aggregates that form inclusion bodies. The recombinant protein is then easy to purify by centrifugation, although it is often difficult to solubilize.
Proteiny přítomné v nerozpustných frakcích jsou denaturovány 6M močovinou a lOmM DTT po dobu 10 minut ve 37 °C a pak jsou renaturovány dialýzou ve třech postupných pufrech, v každém alespoň po dobu 6 hodin (5mM TrisHCl, pH 8 ·· ····Proteins present in the insoluble fractions are denatured with 6M urea and 10mM DTT for 10 minutes at 37 ° C and then renatured by dialysis in three sequential buffers, each for at least 6 hours (5mM TrisHCl, pH 8 ·· ····
- 28 /2M močovina, 5mM TrisHCl, pH 8 /1M močovina, 5mM TrisHCl, pH 8). Po 15 minutách centrifugace v 10 000 rpm, je přibližně 5 až 10 % proteinu přítomno v supernatantu, který může být uložen v -20 °C.28 / 2M urea, 5 mM TrisHCl, pH 8 / 1M urea, 5 mM TrisHCl, pH 8). After 15 minutes of centrifugation at 10,000 rpm, approximately 5-10% of the protein is present in the supernatant, which can be stored at -20 ° C.
Afinitní chromatografieAffinity chromatography
Aby retence proteinů nastávala za dobrých podmínek, měla by být koncentrace· proteinů ve vzorcích větší než 40 mg/ml. Tato koncentrace může být určena kolorimetrickou metodou (například Bradfordova reagen.cie) .For protein retention to occur under good conditions, the protein concentration in the samples should be greater than 40 mg / ml. This concentration can be determined by a colorimetric method (e.g., Bradford reagent).
200 μΐ rozpustné frakce, obsahující nefúzovaný GST nebo GST-ML (mutovaná smyčka presenilinu 1) je inkubováno 2 minuty ve 20 °C v přítomnosti 300 μΐ glutathionové pryskyřice. Frakce, která není zadržena perličkami, je odebrána. Pryskyřice je 4 x promyta promývacím pufrem (20mM TrisHCl, pH 8, 150mM NaCI, 0,1% Triton X100). tak, aby se odstranily proteiny navázané nespecifickou adsorpcí. 150 μΐ pryskyřice, která navázala GST nebo GST-ML, je inkubováno 1 hodinu ve 4 °C za třepání, se 600 μΐ rozpustné frakce obsahující STag nebo STag-Pepl26. Agarózové perličky jsou pak centrifugovány 1 minutu ve 3000 rpm a 4 x promyty promývacím pufrem póté, co byla odebrána nezadržená frakce.200 μΐ of the soluble fraction containing unfused GST or GST-ML (mutated presenilin 1 loop) is incubated for 2 minutes at 20 ° C in the presence of 300 μΐ of glutathione resin. The fraction that is not retained by the beads is collected. The resin is washed 4 times with wash buffer (20 mM TrisHCl, pH 8, 150 mM NaCl, 0.1% Triton X100). so as to remove proteins bound by non-specific adsorption. 150 μΐ of GST or GST-ML bound resin is incubated for 1 hour at 4 ° C with shaking, with 600 μΐ of the soluble fraction containing STag or STag-Pep126. The agarose beads are then centrifuged for 1 minute at 3000 rpm and washed 4 times with Wash Buffer buffer after collection of the non-retained fraction.
Alikvot každé frakce (rozpustné, nezadržené a zadržené perličkami) je nanesen na SDS PAGE gel po denaturaci v 95. °C v přítomnosti nanášecí modři a alikvoty jsou rozděleny elektroforézou. Proteiny jsou pak přeneseny na nitrocelulózovou membránu a membrána je obarvena Ponceau červení (20 μg/ml), aby se ověřilo, že' proteiny byly opravdu přeneseny.An aliquot of each fraction (soluble, non-retained and retained by the beads) is loaded onto SDS PAGE gel after denaturation at 95 ° C in the presence of loading blue and aliquots are separated by electrophoresis. The proteins are then transferred to a nitrocellulose membrane and the membrane is stained with Ponceau red (20 µg / ml) to verify that the proteins have indeed been transferred.
Aby bylo možné specificky detekovat proteiny fúzované s S-Tag, je nitrocelulózová membrána saturována 1% želatinou v TBST (lOmM TrisHCl, pH 8, 150mM NaCI, 0,1% Tween 20) po • * toto to ·In order to specifically detect S-Tag fusion proteins, the nitrocellulose membrane is saturated with 1% gelatin in TBST (10 mM TrisHCl, pH 8, 150 mM NaCl, 0.1% Tween 20) after this.
- 29 • to · · · · toto · to to to ··· · • ·· · • to ·· ·· ·· to ·· to • ·· to • · to · • ·· · • to ·· dobu 15 minut a inkubována 15 minut s proteinem S navázaným na alkalickou fosfatázu. Po ' 4 promytích s TBST je odhalena aktivita alkalické fosfatázy přidáním 1 x pufru AP obsahujícího NBT a BCIP podle metody firmy Novagen.- 29 this to it to it to it to it to it 15 minutes and incubated for 15 minutes with protein S bound to alkaline phosphatase. After 4 washes with TBST, alkaline phosphatase activity is revealed by adding 1X AP buffer containing NBT and BCIP according to the Novagen method.
9) Metody exprese rekombinantních proteinů v savčích buňkách9) Methods of expression of recombinant proteins in mammalian cells
Konstrukce vektoru pro expresi v savčích buňkáchConstruction of a vector for expression in mammalian cells
Pro expresi v savčích buňkách byly sekvence id. č. 1 a sekvence id. č. 2 subklonovány obvyklými metodami do vektoru pod kontrolu silného virového promotoru (CMV).For expression in mammalian cells, the sequences were SEQ ID NOs. 1 and SEQ ID NO. No. 2 subcloned by conventional methods into a vector under the control of the strong viral promoter (CMV).
Transfekce buněkTransfection of cells
Metoda zavedená pro buňky COSI nebo CHO spočívá v použití lipofektantu v poměru od 1 do 8 (hmotnost,/hmotnost) relativně kDNA a syntetického peptidu (Hl) ve stejném poměru, aby se optimalizovala kondenzace DNA a transfekční účinnost. Tato metoda je založena zejména na neutralizaci nábojů fosforečnanů DNA pozitivními náboji lipofektantu.The method introduced for COSI or CHO cells is to use a lipofectant in a ratio of 1 to 8 (w / w) relative to DNA and synthetic peptide (H1) in the same ratio to optimize DNA condensation and transfection efficiency. This method is based in particular on neutralizing charges of DNA phosphates by positive charges of the lipofectant.
Buňky COSI jsou pěstovány v inkubátoru ve 37 °C, 95% vlhkosti a 5% C02 v médiu DMEM (Dulbecco's Modified Eagle's Medium) obsahujícím 4,5 g/1 glukózy (Gibco BRL), doplněném 3% L-glutaminem, 1% penicilin-streptomycinem a 10% fetálním telecím sérem.COSI cells are grown in an incubator at 37 ° C, 95% humidity and 5% CO 2 in DMEM (Dulbecco's Modified Eagle's Medium) containing 4.5 g / L glucose (Gibco BRL) supplemented with 3% L-glutamine, 1% penicillin-streptomycin and 10% fetal calf serum.
Den před transfekpí jsou buňky naočkovány v hustotěThe day before transfection, cells are seeded at density
2,5 χ 106 buněk na 100-mm misky. V den transfekce jsou buňky dvakrát omyty s PBS (fyziologický roztok pufrovaný fosforečnany) a jednou s OptiMEM (patentovaný přípravek, Gibco BRL) pro adaptaci alespoň 15 minut v inkubátoru.2.5 χ 10 6 cells per 100-mm dish. On the day of transfection, cells are washed twice with PBS (phosphate buffered saline) and once with OptiMEM (patented formulation, Gibco BRL) to adapt for at least 15 minutes in the incubator.
pg plazmidové DNA celkem je přidáno ke 300 μΐ OptiMEM a 64 pg syntetického peptidu (Hl), množství odpovídající • 0 ·· · 0pg of plasmid DNA in total is added to 300 μΐ OptiMEM and 64 pg of synthetic peptide (H1), corresponding to • 0 ·· · 0
000· ··000 · ··
0 0 0 00 0 0 0
0 0 0 · 0 0 0 0 * ·0 0 0 · 0 0 0 0
0 0 0 · · lOOmm misce. Po důkladném protřepání 10 sekund na vortexu je po pětiminutovém čekání k předcházející směsi přidán lipofektamin (32 μΐ, což je 64 pg) neředěný ve 300 μΐ OptiMEM. Celek je opět důkladně protřepán na vortexu a pak se ponechá stát 30 minut. Do každé zkumavky je přidáno 5 ml OptiMEM a protřepaná směs je přelita přes buňky (ze kterých bylo - dříve odsáto médium). Buňky jsou pak umístěny do inkubátoru na 4 hodiny a po této době je směs nahrazena kompletním médiem.0 0 0 · · 100mm bowl. After vigorous shaking for 10 seconds on the vortex, lipofectamine (32 μΐ, 64 pg) undiluted in 300 μΐ OptiMEM is added to the previous mixture after waiting for 5 minutes. The whole is again vortexed and allowed to stand for 30 minutes. 5 ml of OptiMEM is added to each tube and the shaken mixture is poured over the cells (from which the media was previously aspirated). The cells are then placed in an incubator for 4 hours, after which time the mixture is replaced with complete medium.
Lýze buněk a test proteinůCell lysis and protein assay
Buňky jsou nejčastěji lyžovány 48. hodin po transfekci (v obvyklém maximu exprese) . Lyza.ční pufr obsahuje lOmM Tris, pH 7,5, lmM EDTA, 1% Triton X100, 1% NP40 a „koktejl inhibitorů proteáz (Complete8, Boehringer Mannheim). Po opláchnutí PBS je na každou misku přidáno. 800 μΐ studeného pufru.. Lyzáty jsou pak podrobeny sonikaci, po které následuje míchání magnetickou tyčinkou ve 4 °C přes noc. Cehtrifugace· 30 minut v 15 000 x g oddělí pelet od supernatantu.Cells are most often lysed 48 hours after transfection (at the usual maximum expression). The lysis buffer contains 10 mM Tris, pH 7.5, 1 mM EDTA, 1% Triton X100, 1% NP40 and a protease inhibitor cocktail (Complete8, Boehringer Mannheim). After rinsing with PBS, it is added to each dish. 800 μΐ cold buffer. Lysates are then sonicated followed by magnetic rod stirring at 4 ° C overnight. Cehtrifugation for 30 minutes at 15,000 x g separates the pellet from the supernatant.
Rozpustné proteiny jsou pak testovány na základě soupravy BCA (Pierce) tak, aby bylo možné normalizovat příští pokusy. 'Soluble proteins are then tested on a BCA kit (Pierce) to normalize future experiments. '
ImunopřenosImmunotransmission
Vzorky (buněčné lyzáty) jsou denaturovány ve stejném objemu nanášecího pufru (125mM. Tris, pH 6,8, 4% (hmotnost/objem) SDS, 20% glycerol, 0,02% bromfenolová modř, 50mM dithiothreitol) v 95 °Č po 5 minut. Pro analýzu exprese presenilinů jsou vzorky denaturovány v přítomnosti 8M močoviny a ve 37 °C, aby se zabránilo agregaci v 95 °C, která je specifická pro preseniliny.Samples (cell lysates) are denatured in an equal volume of loading buffer (125 mM Tris, pH 6.8, 4% (w / v) SDS, 20% glycerol, 0.02% bromophenol blue, 50 mM dithiothreitol) at 95 ° C. 5 minutes. For analysis of presenilin expression, samples are denatured in the presence of 8M urea and at 37 ° C to prevent aggregation at 95 ° C that is specific to presenilins.
• · · · « ·• · · ·
- 31 • fe fefefefe- 31 • fe fefefefe
Vzorky jsou naneseny na Tris-glycinové gely (Novex), s různým procentem akrylamidu v závislosti na molekulové hmotnosti, která má být rozlišována. Je také nanesen standard molekulové hmotnosti (Broad Range, Biorad). Migrace nastane přibližně po 2 hodinách při konstantním napětí 100 V v lx konečném SDS pufru (Novex) . Gel se pak přenáší na nitrocelulózovou membránu nebo membránu PVDF (lx konečný transferový pufr (Novex) s 10% metanolem) 2 hodiny při konstantním proudu 150 mA.The samples are run on Tris-glycine gels (Novex), with different percentages of acrylamide depending on the molecular weight to be differentiated. A molecular weight standard (Broad Range, Biorad) is also applied. Migration occurs after approximately 2 hours at a constant voltage of 100 V in 1x final SDS buffer (Novex). The gel is then transferred to a nitrocellulose membrane or a PVDF membrane (1x final transfer buffer (Novex) with 10% methanol) for 2 hours at a constant current of 150 mA.
Po transferu je membrána blokována 2 hodiny při teplotě místnosti v 50 ml PBS-T (PBS s 0,5% Tween) obsahujícím 2% odstředěné mléko (Merck). Primární protilátka (naředěná na optimální; koncentraci řádově 1/1000 až 1/5000 PBS-T s 2%. odstředěným mlékem nebo bez něj), je ponechána přes noc ve 4 °C. Po' krátkém opláchnutí PBS-T je membrána inkubována 4 5-minut v přítomnosti sekundární protilátky (proti-myší nebo proti-králičí IgG v závislosti na případě, konjugovaná s křenovou peroxidázou) ředěné 1/5000 takzvaným „ECL pufrem (20mM Tris, 150mM NaCl, 0,1% Tween).After transfer, the membrane is blocked for 2 hours at room temperature in 50 ml PBS-T (PBS with 0.5% Tween) containing 2% skim milk (Merck). The primary antibody (diluted to optimal; concentrations of the order of 1/1000 to 1/5000 PBS-T with or without 2% skim milk) is left overnight at 4 ° C. After briefly rinsing with PBS-T, the membrane is incubated for 45 minutes in the presence of a secondary antibody (anti-mouse or anti-rabbit IgG depending on the case, conjugated with horseradish peroxidase) diluted 1/5000 with so-called ECL buffer (20mM Tris, 150mM NaCl, 0.1% Tween).
Membrána je pak 4 x opláchnuta 15 minut v „ECL pufru. Může se ukázat, že reagencii ECL je nutné připravovat čerstvou, a to smícháním stejného objemu dvou pufrů, ze kterých se skládá. Provedou se různé expozice fotografického filmu (Hyperfilm ECL, Amersham), po kterých následuje vyvolání.The membrane is then rinsed 4 times for 15 minutes in ECL buffer. It may be necessary to prepare the ECL reagent fresh by mixing an equal volume of the two buffers it consists of. Various exposures of the photographic film (Hyperfilm ECL, Amersham) are performed followed by developing.
- 32 • to totototo • tototo • to toto to * · · • ·· to • ·· >- 32 • to totototo • to tototo • to this to * · · • ·· to • ··>
• ·· · ·· ··• ·· · ·· ··
Příklady provedení vynálezuDETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION
Příklad 1'Example 1 '
Izolace partnerů specifických k PS-1 pomocí screeningu fúzní cDNA knihovny z mozkuIsolation of PS-1 specific partners by screening the fusion cDNA library from the brain
S cílem izolovat partnery specifické k proteinu PS-1 byl proveden screening cDNA knihovny z lidského mozku pomocí techniky dvojitého hybridu. Byla použita cDNA knihovna fúzovaná s AD GAL4 a fúzí hydrofilních oblastí PS-1 s DBD GAL4 byly konstruovány různé návnadové proteiny.In order to isolate PS-1 specific partners, a cDNA library was screened from the human brain using a double hybrid technique. A cDNA library fused to AD GAL4 was used and various bait proteins were constructed by fusing the hydrophilic regions of PS-1 with DBD GAL4.
1.1 Konstrukce vektorů umožňujících expresi proteinů z fúze mezi DBD GAL4 a hydrofilními oblastmi PS-11.1 Construction of vectors allowing expression of proteins from fusion between DBD GAL4 and hydrophilic regions of PS-1
Bylo tvořeno pět fúzních proteinů s použitím vektoru pGBT9, do kterého byly vneseny, sekvence odpovídající různým hydrofilním oblastem PS-1 do téhož čtecího rámce, jako sekvence DBD GAL4. K identifikaci byly vybrány proteiny interagující s N-koncovou oblastí (Nt, kodony 1 až 81), velkou smyčkou (BL, kodony 263 až 407), velkou smyčkou s mutací L286V (BM), ' a kratší oblastí velké smyčky (BR, kodony 290 až 376) a konečně C-koncovou částí proteinu (Ct, kodony 421 až 467).Five fusion proteins were generated using the pGBT9 vector into which they were introduced, sequences corresponding to different hydrophilic regions of PS-1 in the same reading frame as the DBD GAL4 sequence. Proteins interacting with the N-terminal region (Nt, codons 1-81), the large loop (BL, codons 263- 407), the large loop with the L286V mutation (BM), and the shorter large loop region (BR, codons) were selected for identification. 290-376) and finally the C-terminal portion of the protein (Ct, codons 421-467).
Fragmenty DNA odpovídající těmto různým oblastem byly získány pomocí PCR z celé sekvence cDNA z PS-1. Různé použité oligonukleotidy umožnily vnesení míst EcoRI a-SalI na konce každé amplifikované sekvence. Tak bylo možné, že fragmenty PCR byly vloženy mezi místa EcoRI a Sáli mnohočetného klonovacího místa pGBT9 po směru čtení a ,v souladu se sekvencí DBD GAL4. Získané různé konstrukty, pGBT-Nt, pGBTBL6, pGBT-BM, pGBT-BR a pGBT-Ct, byly ověřeny sekvencováním >· fcfc fc fcfc · • fcfc · • fcfcfc • fc fcfcfcfc fc · • fc fc · • · • fcfcfc ·DNA fragments corresponding to these different regions were obtained by PCR from the entire cDNA sequence of PS-1. The various oligonucleotides used allowed the introduction of EcoRI α-SalI sites at the ends of each amplified sequence. Thus, it was possible that the PCR fragments were inserted between the EcoRI and SalI sites of the multiple cloning site of pGBT9 downstream and in accordance with the DBD GAL4 sequence. The various constructs obtained, pGBT-Nt, pGBTBL6, pGBT-BM, pGBT-BR and pGBT-Ct, were verified by sequencing> fcfc fc fcfc fcfcfc fcfcfcfcfc fcfcfc
fcfcfc • ·fcfcfc • ·
DNA. Toto ověřování ukázalo, že fragmenty neprojevovaly žádnou mutaci vzniklou při PCR a že. byly opravdu v tomtéž otevřeném čtecím rámci jako sekvence DBD GAL4.DNA. This verification showed that the fragments did not show any mutation resulting from PCR and that. they were indeed in the same open reading frame as the DBD GAL4 sequence.
1.2 Produkce kvasinkových kmenů exprimujících proteiny z fúze mezi DBD GAL4 a hydrofilními oblastmi PS-11.2 Production of yeast strains expressing proteins from fusion between DBD GAL4 and hydrophilic regions of PS-1
Protože kotransformace (současná transformace) kvasinek dvěma odlišnými plazmidy je událost méně častá, než transformace jedním plazmidem, byl použit kvasinkový kmen předem transformovaný vektorem kódujícím návnadový protein, aby se dosáhlo nejlepší možné účinnosti během screeningu knihovny cDNA.Since yeast co-transformation (co-transformation) with two different plasmids is less frequent than transformation with a single plasmid, a yeast strain pre-transformed with a vector encoding the bait protein was used to achieve the best possible efficiency during screening of the cDNA library.
Za tímto účelem byl kvasinkový kmen YCM 79 transformován každým z plazmidů pGBT-Nt, pGBT-BL6, pGBT-BM, pGBT-BR a pGBTCt. Kvasinky obsahující tyto plazmidy byly vybírány podle svého Trp+ fenotypu na médiu, kt.eré neobsahovalo, tryptofan a nazvány příslušně yNt, yBL6, yBM, yBR a yCt. Přítomnost těchto různých plazmidů v každém kmeni byla ověřena prováděním PCR přímo na kvasinkách, s pomocí oligonukleotidů komplementárních k sekvencím DBD a tADHl situovaných na 5' a 3' koncích inzertu. Velikost získaných PCR fragmentů umožňuje odlišit různé kmeny kromě kmenů yBL6 a yBM.To this end, the yeast strain YCM 79 was transformed with each of the plasmids pGBT-Nt, pGBT-BL6, pGBT-BM, pGBT-BR and pGBTCt. The yeast containing these plasmids was selected according to their Trp + phenotype on a medium that did not contain tryptophan and named respectively yNt, yBL6, yBM, yBR and yCt. The presence of these different plasmids in each strain was verified by performing PCR directly on yeast, using oligonucleotides complementary to the DBD and tADH1 sequences located at the 5 'and 3' ends of the insert. The size of the PCR fragments obtained makes it possible to distinguish different strains except for the yBL6 and yBM strains.
1.3 Testy fúzních proteinů obsahujících hydrofilní oblasti PS-1 na transaktivační aktivitu a na interakci s AD GAL41.3. Tests of fusion proteins containing hydrophilic regions of PS-1 for transactivation activity and for interaction with AD GAL4
Jestliže jeden z fúzních proteinů má transaktivační aktivitu nebo jestliže interaguje s AD GAL4, nemůže být použit jako návnada v systému dvojitého hybridu, protože systematicky dává v nepřítomnosti každé interakce proteinprotein pozitivníreakci.If one of the fusion proteins has transactivating activity or interacts with AD GAL4, it cannot be used as bait in the double hybrid system, since it systematically gives a protein reaction in the absence of each interaction.
První test proto spočívá v kontrole, že hydrofilní oblasti PS-1 nemají transaktivační aktivitu, když jsou fe· ·· • fefe·· • · · « • fe ····The first test, therefore, consists in checking that the hydrophilic regions of PS-1 do not have transactivating activity when they are fefe · fe ····
fefe ···· • · · « • fefe · · · fe fefefe · fúzovány k DBD GAL4, tj. jsou schopné samy od sebe indukovat transkripci reportérových genů.,Tento typ aktivity může být například spojován s přítomností kyselé ·' domény ve fúzním proteinu.fefe are fused to DBD GAL4, i.e. they are capable of inducing the transcription of reporter genes by themselves. This type of activity may be associated, for example, with the presence of an acidic domain in the fusion. protein.
Pro tento test byla v kmenech yNt, yBL6, yBM, yBR a yCt přímo řízena exprese reportérových genů LacZ a URA3.For this assay, expression of the LacZ and URA3 reporter genes was directly directed in the yNt, yBL6, yBM, yBR and yCt strains.
Pro druhý test, který spočívá v kontrole chybějící interakce mezi fúzními proteiny a AD GAL4, byly kmeny yNt, yBL6, yBM, yBR a yCt fenotypu Trp+ Leu- transformovány plazmidem pGAD424 (totožný s pGADlO), který kóduje AD GAL4. Kvasinky se vybíraly na médiu bez tryptofanu či leucinu a exprese reportérových genů LacZ a URA3 umožňující kontrolu interakce byla testována na získaných klonech.For the second assay, which is to control the lack of interaction between fusion proteins and AD GAL4, strains of yNt, yBL6, yBM, yBR and yCt of the Trp + Leu phenotype were transformed with plasmid pGAD424 (identical to pGAD10), which encodes AD GAL4. The yeast was picked on medium without tryptophan or leucine and expression of the LacZ and URA3 reporter genes allowing interaction control was tested on the obtained clones.
Ve všech případech byly výsledky testů na β-galaktosidázovou aktivitu, jakož i kapacích testů na selektivním médiu bez uracilu, negativní.In all cases, the results of the tests for β-galactosidase activity as well as the drip tests on selective media without uracil were negative.
Fúzní proteiny obsahující hydrofilní části PS-1 tudíž nemají podstatnou transaktivační vlastnost a neinteragují s aktivační doménou GAL4. Mohou být proto použity jako návnadové proteiny.pro screening knihovny.Thus, fusion proteins comprising the hydrophilic portions of PS-1 do not have a substantial transactivating property and do not interact with the GAL4 activation domain. They can therefore be used as bait proteins for screening libraries.
1.4 Transformace různých kvasinkových kmenů cDNA fúzní knihovnou1.4 Transformation of various yeast cDNA strains by fusion library
Screening fúzní knihovny umožňuje identifikovat klony exprimující peptidy fúzované k AD GAL4, .které interagují s návnadovým proteinem. Jestliže tato interakce existuje, měla by umožnit rekonstituci funkčního transaktivátoru schopného indukovat expresi reportérových genů LacZ a URA3 v kmenu obsahujícím návnadový protein.Screening of the fusion library makes it possible to identify clones expressing peptides fused to AD GAL4 that interact with the bait protein. If this interaction exists, it should allow for the reconstitution of a functional transactivator capable of inducing the expression of the LacZ and URA3 reporter genes in the bait protein-containing strain.
Aby byl screening reprezentativní, je nutné, aby byl každý nezávislý plazmid tvořící knihovnu po transformaci přítomný v alespoň jednom kvasinkovém klonu. Pro tento účel • · 999 9 ·For screening to be representative, each independent plasmid forming the library after transformation must be present in at least one yeast clone. For this purpose • · 999 9 ·
99
- 35 9 9 9 9 • · · « · · · • · 9 · • · · · • · · · byl použit protokol, který teoreticky umožňuje získat počet .transformant větší než počet nezávislých plazmidů v knihovně (srovnej Materiál a metody).A protocol was used that theoretically allowed to obtain a number of .transformants greater than the number of independent plasmids in the library (cf. Materials and Methods).
kmenů yNt, yBL6, yBM, yBR a yCt fenotypu His-, Lys-, Ade-, Met-, Ura-, Leu- bylo postupně transformováno 100 pg plazmidové DNA z fúzní knihovny a transformované buňky byly vybírány na médiu YNB +His +Lys +Ade +Met.strains of yNt, yBL6, yBM, yBR and yCt of the His-, Lys-, Ade-, Met-, Ura-, Leu- phenotype were sequentially transformed with 100 µg plasmid DNA from the fusion library and the transformed cells were selected on YNB + His + Lys medium + Ade + Met.
Na konci první selekce bylo získáno 32 klonů, které měly Ura+ fenotyp u kmene yNt, 450 Ura+ klonů u yBL6, 128 u yBM, 250 u yBR a 67 u yCt. Aby se ověřila exprese druhého reportérového genu LacZ, byl na těchto prováděn test na β-galaktosidázovou aktivitu.At the end of the first selection, 32 clones were obtained which had a Ura + phenotype in the yNt strain, 450 Ura + clones in yBL6, 128 in yBM, 250 in yBR and 67 in yCt. To verify the expression of the second LacZ reporter gene, a β-galactosidase activity assay was performed on these.
transformantáchtransformants
Celkem 6 klonů mělo Ura+, P~gal+ dvojitý fenotyp: 1 klon pro kmen yNt, 1 klon pro yBL6, 2 klony pro každý z kmenů yBM a yBR a žádný klon pro yCt. Klony byly příslušně nazvány yNt.A, yBL6.B, yBM.C, yBM.D.A total of 6 clones had a Ura +, P-gal + double phenotype: 1 clone for the yNt strain, 1 clone for the yBL6, 2 clones for each of the yBM and yBR strains, and no clone for yCt. The clones were respectively named yNt.A, yBL6.B, yBM.C, yBM.D.
Příklad 2Example 2
Izolace plazmidů z knihovnyIsolation of plasmids from library
Tiby se identifikovaly proteiny schopné interakce s mutovanou smyčkou nebo redukovanou smyčkou PS-1, byly extrahovány plazmidy obsažené ve kvasinkách yBM.C a yBM.D. Plazmidy přítomné v preparátech DNA byly použity pro transformaci bakterií pomocí elektroporace..Tibs were identified for proteins capable of interacting with the mutated loop or reduced loop PS-1, and the plasmids contained in yBM.C and yBM.D. were extracted. The plasmids present in the DNA preparations were used to transform bacteria by electroporation.
Plazmidy extrahované ze získaných. bakteriálních klonů byly štěpeny různými enzymy. Tato analýza identifikovala 5 různých restrikčních profilů.Plasmids extracted from. bacterial clones were digested with various enzymes. This analysis identified 5 different restriction profiles.
Štěpení plazmidů extrahovaných z kvasinek yBM.C a yBM.D ukázalo obecný profil odpovídající plazmidů pGBT-BM a dvaCleavage of plasmids extracted from yBM.C and yBM.D showed a general profile corresponding to plasmids pGBT-BM and two
- ·36 odlišné profily odpovídající plazmidu pGADlO, který obsahoval inzert o velikosti 2900 bp odpovídající sekvenci id. č. 1 (pGAD-C pocházející z kmene yBM.C) a inzert o velikosti 1400 bp odpovídající sekvenci id. č. 2 (pGAD-D pocházející z kmene yBM. D) .36 different profiles corresponding to plasmid pGAD10 which contained an insert of 2900 bp corresponding to SEQ ID NO. No. 1 (pGAD-C derived from the yBM.C strain) and a 1400 bp insert corresponding to SEQ ID NO: 1. No. 2 (pGAD-D derived from yBM. D strain).
2.1 kontrola plazmidů izolovaných transformací různých kvasinkových kmenů2.1. Control of plasmids isolated by transformation of various yeast strains
Během transformace kvasinek plazmidy z knihovny mozku je možné, že je vneseno několik různých plazmidů do téže buňky. Aby se ověřilo, že výsledky interakce jsou' vskutku díky přítomnosti samostatných a ne nadpočetných plazmidů, opět se testovaly fúzní proteiny pocházející ze, screénihgu knihovny proti různým hydrofilním oblastem PS-1 ve kvasince YCM 79, ale také v kmenech HF7 C a PCY 2.During transformation of yeast with plasmids from the brain library, it is possible that several different plasmids are introduced into the same cell. In order to verify that the results of the interaction are indeed due to the presence of separate and non-surplus plasmids, fusion proteins derived from the screening library were again tested against various hydrophilic regions of PS-1 in YCM 79, but also in HF7 C and PCY 2 strains.
HF7 C má dva reportérové geny HIS3 a LacZ. Gen LacZ má prostředí promotoru odlišné; od toho, které existuje v kmenu YCM 79, což umožňuje ověřit, že produkce klonů β-galH- není spojena se specifickým prostředím promotoru, ale s interakcí mezi testovanými proteiny. PCY 2 má výhodu, že má pouze jeden reportérový gen LacZ, který je silněji exprimován než v dalších dvou kmenech, kde je funkční transaktivátor GAL4.HF7 C has two reporter genes, HIS3 and LacZ. The LacZ gene has a different promoter environment; from that which exists in the YCM 79 strain, which makes it possible to verify that the production of β-galH- clones is not associated with a specific promoter environment, but with an interaction between the proteins tested. PCY 2 has the advantage of having only one LacZ reporter gene that is more strongly expressed than in the other two strains where the GAL4 transactivator is functional.
Tři kvasinkové kmeny YCM 79, HF7 C a PCY 2 byly transformovány různými páry plazmidů pGBT-X/pGAD-Y (X odpovídající Nt, BL6, BM, BR nebo Ct, Y odpovídající C a D) , pGBT9/pGAD424 (negativní kontrola interakce) a pGBTCtAPP/pGAD-Fe65 (pozitivní kontrola interakce) (Russo et al., 1995) . Byla testována auxotrofie a aktivita β-gal na 3 až 5 klonech pocházejících z každé transformace. Výsledky v miskách jsou uvedeny na obrázku 2.The three yeast strains YCM 79, HF7 C and PCY 2 were transformed with different pairs of plasmids pGBT-X / pGAD-Y (X corresponding to Nt, BL6, BM, BR or Ct, Y corresponding to C and D), pGBT9 / pGAD424 (negative interaction control) ) and pGBTCtAPP / pGAD-Fe65 (positive interaction control) (Russo et al., 1995). The auxotrophy and β-gal activity were tested on 3-5 clones resulting from each transformation. The results in the dishes are shown in Figure 2.
Když se vezme do úvahy odlišnost v citlivosti testů, je interakce potvrzena, když se transformované kvasinky YCM 79 a • · · · · · · • · · · · · · • · · · · · · · · ·· · · .«· · ·· ·» * · · ·Taking into account the variation in the sensitivity of the tests, the interaction is confirmed when the transformed yeast YCM 79 and the YCM 79 are transformed. · · ·· · »
- 37 HF7 C vyvíjejí na selektivních médiích bez uracilu nebo bez histidinu, tj. že s jistotou exprimují alespoň jeden ze svých reportérových genů.37 HF7 C develop on selective media without uracil or without histidine, i.e. that they confidently express at least one of their reporter genes.
Předpokládá se, že intenzita 'reakce (kolonie, které jsou modré do většího nebo menšího stupně, nebo které se vyvinuly do většího nebo menšího stupně) je v proporci se stupněm exprese reportérových genů. Variace v tomto stupni mohou být vysvětleny různými způsoby. Nízký stupeň může vyplývat ze slabé interakce mezi proteiny, které rekonstituují transaktivátor GAL4. Může být také důsledkem intervence třetího proteinu, který by mohl destabilizovat tvorbu komplexu, nebo alternativně důsledkem nestability řúznich proteinů ve kvasince, nebo eventuelně stavem kvasinek. Kvasinky mohou být ve stavu nízké transkripční aktivity spojené například s problémem toxicity exogenních proteinů..It is believed that the intensity of the reaction (colonies that are blue to a greater or lesser degree, or that evolved to a greater or lesser degree) is in proportion to the degree of expression of the reporter genes. Variations in this step can be explained in various ways. The low degree may result from poor interaction between proteins that reconstitute the GAL4 transactivator. It may also be due to the intervention of a third protein that could destabilize complex formation, or alternatively, to the instability of the fusion proteins in yeast, or possibly to the state of the yeast. Yeast may be in a state of low transcriptional activity associated, for example, with the problem of toxicity of exogenous proteins.
Fúzní proteiny z knihovny mozku, které byly izolovány, neinteragují s N-koncovou částí a s C-koncem PS-1. Na druhé straně se ukazuje, že všechny interagují s hydrofilní oblastí BL6, mutovanou hydrofilní oblastí BL6 (BM), a také s redukovanou formou této oblasti (BR).Fusion proteins from the brain library that have been isolated do not interact with the N-terminus and the C-terminus of PS-1. On the other hand, they all appear to interact with the hydrophilic region of BL6, the mutated hydrophilic region of BL6 (BM), as well as the reduced form of this region (BR).
2.2 Testy interakce fúzních proteinů z.knihovny s proteiny, které neobsahují smyčku PS-12.2 Assays for Interaction of Library Fusion Proteins with Non-PS-1 Loop Proteins
Tento test umožňuje určit, zda fúzní proteiny odvozené z knihovny interagují nespecificky prostřednictvím své struktury, svého náboje, své hydrofobičnosti s návnadovými proteiny (falešná pozitivita typu III) nebo s DBD GAL4 (falešná pozitivita typu II).This assay makes it possible to determine whether library-derived fusion proteins interact non-specifically through their structure, their charge, their hydrophobicity with bait proteins (false positivity type III) or DBD GAL4 (false positivity type II).
Kmeny YCM 79, HF7 C a PCY 2 byly transformovány páry plazmidu: pGBT9/pGAD-Y (Y odpovídající C nebo D) , pGBTLAM/pGAD-Y, pGBT9/pGAD424 (negativní kontrola) a pGBTCtAPP/pGAD-Fe65 (pozitivní kontrola). pGBT9 kóduje pouze DBD ····Strains YCM 79, HF7 C and PCY 2 were transformed with plasmid pairs: pGBT9 / pGAD-Y (Y corresponding to C or D), pGBTLAM / pGAD-Y, pGBT9 / pGAD424 (negative control) and pGBTCtAPP / pGAD-Fe65 (positive control) . pGBT9 only encodes DBD ····
000· ·· *·000 · ··· ·
0 0 0 · · ·0 0 0 · · ·
0 0 0 0 0 t 0 0 000 ·0 · • 00 0 0 · · · 00 00 ' <0 · ··0 0 0 0 0 t 0 0 000 · 0 · 00 00 0 0 · 00 00 '<0 · ··
- 38 GAL4, zatímco pGBT-LAM poskytnutý firmou Clontech kóduje protein z fúze mezi DBD GAL4 a lamin, který interaguje nespecificky s hydrofobními oblastmi jiných proteinů.- 38 GAL4, while pGBT-LAM provided by Clontech encodes a protein from a fusion between DBD GAL4 and a lamin that interacts non-specifically with the hydrophobic regions of other proteins.
Výsledkem je to, že žádná- z- kvasinek ' takto transformovaných nebyla schopná exprese svých reportérových genů. Tudíž kvasinky YCM 79 projevovaly fenotyp Ura-, β-gal-,. kvasinky HF7 C byly všechny His-, β-gal- a kvasinky PCY2 β-gal-.As a result, none of the yeasts thus transformed were capable of expressing their reporter genes. Thus, yeast YCM 79 exhibited the phenotype of Ura-, β-gal-,. yeast HF7 C were all His-, β-gal- and yeast PCY2 β-gal-.
Tyto výsledky svědčí pro to, že fúzní proteiny z knihovny, které jsou takto izolovány interaguji specificky s hydrofilní oblastí BL6 z PS-1 a nevážou lamin nebo DBD GAL4 .These results suggest that library fusion proteins that are thus isolated interact specifically with the hydrophilic region of BL6 of PS-1 and do not bind lamin or DBD GAL4.
2.3 Test interakce kvasinek transformovaných- vektorem pLex 9 obsahujícím oblast kódující smyčku PS-1.2.3. Interaction assay of yeast transformed with pLex 9 vector containing the PS-1 loop coding region.
Tento test umožňuje ujistit se, že interakce proteinů není důsledkem struktury převzaté různými fragmenty z BL6 pouze tehdy, když jsou fúzovány k DBD GAL4.This assay makes sure that protein interactions are not due to the structure taken up by different fragments from BL6 only when fused to DBD GAL4.
Aby se toto ověřilo, jsou fragmenty BL6 a BM fúzovány k další DBD, která je z bakteriálního represoru LexA. Byly vytvořeny dva další plazmidové konstrukty (pLex-BS a pLexBM) , kde sekvence hydrofilní smyčky BL6 a mutované formy byly fúzovány ke genu LexA na úrovni míst EcoRI/SalI plazmidů pLex9.To verify this, the BL6 and BM fragments are fused to another DBD that is from the LexA bacterial repressor. Two additional plasmid constructs (pLex-BS and pLexBM) were generated where the BL6 hydrophilic loop sequence and the mutated forms were fused to the LexA gene at the EcoRI / SalI site of plasmids pLex9.
Dále byl transformován kvasinkový kmen L40, ve kterém je exprese reportérových genů HIS3 a LacZ indukována připojením komplexu DBD-LaxA/AD-GAL4 do místa operátoru z LexA. Byla testována interakce s páry plazmidů: pLex-BL6/pGAD-Y (Y pro C nebo D), pLex-BM/pGAD-Y, pLex-RAS/pGAD-RAF (pozitivní kontrola interakce) (Vojtek et al., 1993) a pLex-RAS/pGAD424, pLex-BL6 /pGAD424, pLex-BL6/pGAD-RAF, pLex-BM/pGAD424, pLexBM/pGAD-RAF (negativní kontrola interakce).Further, a yeast strain L40 was transformed in which expression of the HIS3 and LacZ reporter genes is induced by the attachment of the DBD-LaxA / AD-GAL4 complex to the LexA operator site. The interaction with plasmid pairs was tested: pLex-BL6 / pGAD-Y (Y for C or D), pLex-BM / pGAD-Y, pLex-RAS / pGAD-RAF (positive interaction control) (Vojtek et al., 1993) and pLex-RAS / pGAD424, pLex-BL6 / pGAD424, pLex-BL6 / pGAD-RAF, pLex-BM / pGAD424, pLexBM / pGAD-RAF (negative interaction control).
• Φ φφ • · * · • φ φ φ · φ · φ φ φ » • · · φ φ •Φ φ» ·· • · · ·• Φ φ · · · • • • • • • • • • • •
- 39 φ φ- 39 φ φ
φ •φ •
φ φ φ φφ φ φ φ
Výsledky kapacích testů na selektivní média bez histidinu a testů na β-gal aktivitu byly pozitivní u kmenů obsahujících plazmid pLex-BL6 bez ohledu na testovaný plazmid pGAD-Y. To samé se týká kmenů obsahujících pLex-BM bez ohledu na testovaný plazmid pGAD-Y. Tento test ukázal, že získaná interakce není spojena s konkrétní strukturou, kterou oblast BL6 z PS-1 zaujme, když je fúzována s doménou vázající DNA z GAL4.The results of the drip assays for selective media without histidine and for β-gal activity were positive for strains containing plasmid pLex-BL6 regardless of the plasmid pGAD-Y tested. The same applies to strains containing pLex-BM regardless of the plasmid pGAD-Y tested. This assay showed that the interaction obtained is not associated with the particular structure that the BL6 region of PS-1 assumes when fused to the GAL4 DNA-binding domain.
Příklad 3Example 3
Identifikace inzertů plazmidů pocházejicích ze screeninguIdentification of plasmid inserts derived from screening
3.1. Sekvencování inzertů plazmidů pGAD-C a pGAD-D.3.1. Sequencing of plasmids pGAD-C and pGAD-D.
Inzerty plazmidů pGA.D-C a .pGAD-D byly úplně sekvencovány. Sekvencování bylo zahájeno pomocí oligonukleotidu komplementárních k AD sekvence GAL4 a k tADHl, aby se poznala sekvence na začátku a na konci každého inzertu. Pak byly na konci každé sekvence připraveny syntetické oligonukleotidy, které dovolily pokračovat v sekvencování na obou řetězcích. Tímto způsobem bylo dokončeno sekvencování inzertu D velikosti 1400 bp, který odpovídá sekvenci id. č. 2. Na druhé straně pro inzert C velikosti 2900 bp (sekvence id. č. 1) bylo potřeba nejdříve provést restrikční mapování a pak provést subklonování různých fragmentů, aby se získala celá sekvence.The inserts of plasmids pGA.D-C and .pGAD-D were completely sequenced. Sequencing was initiated using oligonucleotides complementary to the AD sequence of GAL4 and tADH1 to identify the sequence at the beginning and at the end of each insert. Synthetic oligonucleotides were then prepared at the end of each sequence to allow sequencing on both strands. In this way, the sequencing of the 1400 bp insert D corresponding to SEQ ID NO: 2 was completed. On the other hand, for the 2900 bp C insert (SEQ ID NO: 1), it was necessary to first perform restriction mapping and then to subclone the various fragments to obtain the entire sequence.
Celá sekvence inzertu D představovala otevřený čtecí rámec (sekvence id. č. 2) . Naproti tomu inzert C obsahuje stop-kodon na konci sekvence (sekvence id. č. 1).The entire insert D sequence was an open reading frame (SEQ ID NO: 2). In contrast, insert C contains a stop codon at the end of the sequence (SEQ ID NO: 1).
to· ····to · ····
• to · · · · • to • · to ·· • ··· • ·• to · to · to · to ··· · ·
Jejich peptidové sekvence vykazují poněkud hydrofilní profil, což je v souladu s vybranou screeningovou metodou, která se spíše hodí na hydrofilní proteiny.Their peptide sequences exhibit a somewhat hydrophilic profile, which is in accordance with the selected screening method that is more suitable for hydrophilic proteins.
3.2. Porovnání sekvencí3.2. Sequence comparison
Porovnání sekvencí umožní poznat, zda inzerty kódují peptidové domény, jejichž funkce je známá.Sequence comparison will make it possible to determine whether the inserts encode peptide domains whose function is known.
Nukleové a peptidové sekvence inzertů byly porovnány se sekvencemi z databází Gen Bank a EMBL (Evropská Laboratoř Molekulární Biologie). Nebyla zjištěna žádná podobnost mezi inzerty a geny (nebo proteiny) zaznamenanými v těchto databázích.Nucleic and peptide sequences of the inserts were compared to sequences from the Gen Bank and EMBL (European Laboratory of Molecular Biology) databases. No similarity was found between the inserts and the genes (or proteins) recorded in these databases.
Sekvence inzertů byly porovnány také navzájem. Nevykazují žádnou podobnost.The sequences of the inserts were also compared to each other. They show no resemblance.
Dále byl vyhodnocen výskyt'peptidových motivů schopných poskytnout nějakou informaci o· funkci peptidů kódovaných inzerty. Bylo nalezeno několik potenciálních míst pro glykosylaci, fosforylaci a myristilaci, ale ani' to nestačilo k formulování hypotézy o možné funkci polypeptidů.Furthermore, the occurrence of peptide motifs capable of providing some information about the function of the peptides encoded by the inserts was evaluated. Several potential sites for glycosylation, phosphorylation and myristilation have been identified, but this was not enough to formulate a hypothesis about the possible function of polypeptides.
3.3., Exprese mRNA odpovídající, peptidům vybraným z různých lidských tkání3.3., MRNA expression corresponding to peptides selected from various human tissues
Aby bylo možné potvrdit představu, že interakce mezi těmito dvěma peptidy a PS-1 existuje skutečně in vivo, bylo ověřováno, zda exprese mRNA peptidů izolovaných z knihovny je lokalizována do stejných tkání jako exprese mRNA PS-1To confirm that the interaction between the two peptides and PS-1 actually exists in vivo, it was verified that the expression of mRNA peptides isolated from the library was localized to the same tissues as the expression of PS-1 mRNA
Exprese genů obsahujících izolované sekvence ve specifických tkáních byla vyhodnocena a hladina exprese mRNA odpovídajících inzertů C a D v různých lidských tkáních byla analyzována northernovým přenosem.The expression of genes containing isolated sequences in specific tissues was evaluated and the level of mRNA expression of the corresponding inserts C and D in various human tissues was analyzed by northern blotting.
Radioaktivní sonda připravená z inzertu C (sekvence id. č. 1) umožnila hybridizovat mRNA velikosti 9,5 kb exprimovanou specificky v mozku a nejvíce v cerebrálním • 0 ♦The radioactive probe prepared from insert C (SEQ ID NO: 1) allowed hybridization of 9.5 kb mRNA expressed specifically in the brain and most often in the cerebral • 0 ♦
0 0 0 ·0 0 0 ·
- 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 * 0 0 0 0 0 0 0 00 0 000 0· · 0 00 0 « 0· 0 00 0» *· ** kortexu, frontálním laloku a temporálním laloku (srovnej obr. 3). Z velikosti těchto mRNA lze usuzovat, že translatované proteiny mají značnou velikost.- 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 * 0 0 0 0 0 0 0 00 0 000 0 · · 0 00 0 «0 · 0 00 0» * · ** cortex, frontal lobe and temporal lobe (cf. 3). The size of these mRNAs suggests that the translated proteins are of considerable size.
Příklad 4Example 4
Test interakce in vivoIn vivo interaction test
Tento test umožnil zjistit, zda interakce nejsou závislé na kvasinkovém kontextu. Rekonstituce funkčního transaktivátoru GAL4 není vždy jen díky přímé interakci mezi dvěma proteiny, ale může být také důsledkem vytvoření proteinového komplexu mezi fúzními proteiny a jedním nebo několika endogenními proteiny kvasinek. Takže interakce pak mohou existovat pouze v přítomnosti zprostředkujících proteinů získaných z kvasinek a mimo tento kontext pak k takovým interakcím nedochází.This test made it possible to determine whether the interactions were dependent on the yeast context. Reconstitution of a functional GAL4 transactivator is not only due to the direct interaction between two proteins, but may also result from the formation of a protein complex between the fusion proteins and one or more endogenous yeast proteins. Thus, interactions can only exist in the presence of yeast-mediated intermediate proteins, and outside this context there are no such interactions.
Proto byl vybrán k potvrzení interakcí mezí hydrofilním úsekem BL6 z PSI a izolovanými peptidy nazvanými PepC a PepD bezbuněčný systém.Therefore, a cell-free system was selected to confirm interactions between the hydrophilic stretch of BL6 from PSI and isolated peptides called PepC and PepD.
Proteiny byly produkovány v E. coli BL21 (DE3) , aby se jich získalo velké množství. Oba izolované peptidy byly fúzovány se značkovacími peptidy, což umožnilo jejich detekci a jejich navázání na nosič. Pro tento účel byl k izolovaným peptidům fúzován protein GST, který se váže na glutathion, na různé formy úseku BL6 a na peptid S-Tag, specificky rozpoznávaný proteinem S (viz část Materiály a metody, kde je popsán princip této metody).Proteins were produced in E. coli BL21 (DE3) to obtain large quantities. Both isolated peptides were fused to the marker peptides to allow their detection and binding to the carrier. For this purpose, GST protein, which binds to glutathione, to various forms of the BL6 region and to the S-Tag peptide specifically recognized by protein S, was fused to the isolated peptides (see Materials and Methods for the principle of this method).
- 42 4.1. Produkce fúzního proteinu mezi S-Tag a peptidy izolovanými při screeningu knihovny- 42 4.1. Production of fusion protein between S-Tag and peptides isolated in library screening
Aby bylo možné zkonstruovat fúzní proteiny mezi S-Tag a peptidy PepC a PepD, byly různé fragmenty EcoRI/EcoRI získané z plazmidu pGAD-C a pGAD-D byly vloženy do vektoru pET-29a do stejného čtecího rámce jako je sekvence S-Tag.In order to construct fusion proteins between S-Tag and peptides PepC and PepD, various EcoRI / EcoRI fragments obtained from plasmid pGAD-C and pGAD-D were inserted into the pET-29a vector in the same reading frame as the S-Tag sequence.
V tomto stadiu byl získán plazmid (pET-D), který obsahoval inzert odpovídající' PepD. Částečné sekvencování tohoto plazmidu ukázalo, že inzerce fragmentu byla provedena ve shodě s požadovaným čtecím rámcem.At this stage, a plasmid (pET-D) containing an insert corresponding to PepD was obtained. Partial sequencing of this plasmid showed that fragment insertion was performed in accordance with the desired reading frame.
Tento plazmid umožnil produkci proteinu velikosti 52 kDa odpovídajícího fúznímu proteinu STag-PepD. Protein STag-PepD je. produkován v bakterii BL21 (DE3) po indukci IPTG.This plasmid allowed the production of a 52 kDa protein corresponding to the STag-PepD fusion protein. The STag-PepD protein is. produced in BL21 (DE3) after induction of IPTG.
4.2 Produkce fúzního proteinu mezi GST a hydrofilní smyčkou PS-14.2 Production of the fusion protein between GST and the hydrophilic loop PS-1
Pro fúzi GST s jednou ze třech forem hydrofilní oblasti BL6 z PS-1 byl použit vektor pGEX-4Tl, do kterého byly vneseny fragmenty EcoRI/SalI získané z plazmidů pGBT-BL6, pGBT-BM a pGBT-BR.For fusion of GST with one of the three forms of the BL6 hydrophilic region of PS-1, the vector pGEX-4T1 was used, into which EcoRI / SalI fragments obtained from plasmids pGBT-BL6, pGBT-BM and pGBT-BR were introduced.
Byl získán plazmid pGEX-BM odpovídající mutované smyčce PS-1. Sekvencování ukázalo, že inzerce byla opravdu provedena ve čtecím rámci sekvence GST.·The plasmid pGEX-BM corresponding to the mutated PS-1 loop was obtained. Sequencing showed that the insertion was indeed performed in the reading frame of the GST sequence.
Tento plazmid umožnil produkci fúzního proteinu GST-ML o velikosti 42 kD v bakteriích BL21 (DE3) po indukci IPTG.This plasmid allowed the production of a 42 kD GST-ML fusion protein in BL21 (DE3) after induction of IPTG.
4.3 Solubilizace fúzního proteinu GST-ML4.3 Solubilization of the GST-ML fusion protein
Po lýzi bakterií zůstal protein GST-ML výhradně v nerozpustné frakci, zatímco peptid STag, a také protein STag-PepD a GST, byly částečně nalezeny ve frakci rozpustné.After lysis of the bacteria, the GST-ML protein remained exclusively in the insoluble fraction, while the STag peptide, as well as the STag-PepD protein and GST, were partially found soluble in the fraction.
Solubilizace fúzních proteinů je absolutně nezbytná, aby se provedla afinitní chromatografie. Nejprve byl proteinSolubilization of fusion proteins is absolutely necessary in order to perform affinity chromatography. First, it was protein
4 , · · · ·4 · · · · ·
- 43 > · 4 4- 43> · 4 4
4 44 4
GST-ML specificky připojen ke glutathionové . pryskyřici kovalentně navázané k agaró.zovým perlám, aby bylo možné postupně testovat interakci GST-ML s peptidovými partnery PS-1 fúzovanými k STag (srovnej Materiál a metody). Jestliže proteiny nejsou solubilizovány, sedimentují s perlami, na které se specificky nevážou.GST-ML specifically linked to glutathione. resin covalently bound to agarose beads to sequentially test the interaction of GST-ML with PS-1 peptide partners fused to STag (cf. Material and Methods). If proteins are not solubilized, they sediment with pearls to which they do not specifically bind.
Po solubilizaci fúzního proteinu GST-BM se test prováděl na základě podmínek popsaných v paragrafu 8 oddílu Materiály a metody.Following solubilization of the GST-BM fusion protein, the assay was performed under the conditions described in Section 8, Materials and Methods.
Příklad 5Example 5
Exprese partneru specifických pro PS-1 v savčích buňkáchExpression of PS-1 specific partners in mammalian cells
Tento test umožňuje ověřit, .že proteinové interakce odkryté ve kvasinkách jsou také -detekovatelné v souvislosti se savčími buňkami a s kompletním proteinem PS-1 vloženým do prostředí jejich membrány. Sekvence id. č. 1 a sekvence id. č. 2 z partnerů byly subklonovány do expresního vektoru pro savčí buňky pCDNA3 nesoucího na 5' konci další sekvenci odpovídající epitopu myc a restrikční místo EcoRI (obrázek 4) umožňující subklonování v souladu se sekvencemi partnerů.This assay makes it possible to verify that protein interactions revealed in yeast are also detectable in connection with mammalian cells and with the complete PS-1 protein inserted into their membrane environment. SEQ ID NO. 1 and SEQ ID NO. No. 2 of the partners were subcloned into the mammalian cell expression vector pCDNA3 carrying at the 5 'end another sequence corresponding to the myc epitope and an EcoRI restriction site (Figure 4) allowing subcloning according to the sequences of the partners.
Byl izolován restrikční fragment . EcoRI o velikosti 1400 bp a byl subklonován v souladu s místem EcoRI expresního vektoru. Konstrukty nesoucí CDNA ve správné orientaci byly vybrány enzymovou restrikční analýzou.A restriction fragment was isolated. EcoRI of 1400 bp and was subcloned in accordance with the EcoRI site of the expression vector. Constructs carrying CDNAs in the correct orientation were selected by enzyme restriction analysis.
Co se týče klonu C, byl nejdříve izolován fragment EcoRI(1)-HindlII(391j z pGAD-C. Částečným štěpením pak byl izolován druhý fragment HindlII(392)-MscI(2892) (druhé místo s tupým koncem je přítomno ve vektoru pGADlO po ,směru od kódující oblasti klonu C) . Fragmenty EcoRI(1)-HindlII (391) fe · fefefe ·For clone C, the EcoRI (1) -HindIII (391j) fragment from pGAD-C was first isolated, and a second HindIII (392) -MscI (2892) fragment was isolated by partial digestion (the second blunt-ended site is present in the pGAD10 vector). downstream of the coding region of clone C. EcoRI (1) -HindIII (391) fragments feefefe ·
- 44 « · ' · · • · • · fefefefe fe- 44 «fefefefe fe
fefe fefe ·· fefe • fefe fe • · · fe • · fefe · • fefe · fefe fefe a HindlII(392)-MscI(2892) byly ligovány dohromady expresním vektorem štěpeným EcoRI -a EcoRV, druhé místo je s tupým koncem. Správní konstrukty nesoucí celou kódující sekvenci C byly identifikovány restrikční analýzou.fefe fefe-fefe-fefe-fefe-fefe-fefe-fefe-fefe and HindIII (392) -MscI (2892) were ligated together with an EcoRI-and EcoRV digested expression vector, the second site being blunt-ended. The correct constructs carrying the entire coding sequence C were identified by restriction analysis.
Tyto konstrukty umožňují vznik fúzních proteinů nesoucích epitop myc a peptidů odpovídájících v příslušném pořadí sekvencím id. č. 1 a id. č. 2. .These constructs allow the generation of myc epitope-bearing fusion proteins and peptides corresponding respectively to SEQ ID NOs. 1 and id. No. 2.
5.2 Exprese v savčích·buňkách5.2 Expression in mammalian cells
Tyto konstrukty byly transfekovány pomocí standardních metod do buněk GOS1. Po buněčné lýzi byly vzorky analyzovány imunopřenosem a testováním s'protilátkou . anti-myc. Exprese partnerů byla detekována imunotransferem s použitím protilátky anti-Myc 9E10 (obrázek 5) . Bylo možné detekovat velice silný pás o velikosti 120 kD, jak bylo očekáváno u PepC, dokazující vysokou expresi (dráha C) . U D nebyla vždy konstantní intenzita detekovaného pásu. Na druhé straně bylo možné detekovat expresi v buňkách CHO. U tohoto buněčného typu je D možná lehce stabilnější a ukazuje se jako protein migrující přibližně ve velikosti 80 kD (dráha D).These constructs were transfected into GOS1 cells using standard methods. After cell lysis, samples were analyzed by immunotransmission and antibody testing. anti-myc. Partner expression was detected by immunotransfer using anti-Myc 9E10 antibody (Figure 5). It was possible to detect a very strong band of 120 kD, as expected with PepC, demonstrating high expression (lane C). In D, the intensity of the band detected was not always constant. On the other hand, it was possible to detect expression in CHO cells. In this cell type, D may be slightly more stable and appears to migrate at approximately 80 kD (lane D).
Bylo tudíž možné exprimovat a. detekovat tyto dva proteiny v savčích buňkách.It was therefore possible to express and detect these two proteins in mammalian cells.
« · ··» ·«· ··» ·
- 45 SEZNAM SEKVENCÍ (2) INFORMACE PRO SEKVENCI S IDENTIFIKAČNÍM ČÍSLEM 1:' (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:- 45 LIST OF SEQUENCES (2) INFORMATION FOR THE SEQUENCE WITH IDENTIFICATION NUMBER 1: '(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS:
(A) DÉLKA: 2892 párů baží (B) TYP: nukleotid (C) TYP VLÁKNA: jednoduché (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: cDNA (iii) HYPOTETICKÁ: ne (iv) OPAČNÁ ORIENTACE: ne (ix) ZNAKY:(A) LENGTH: 2892 bp (B) TYPE: nucleotide (C) FIBER TYPE: simple (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULA TYPE: cDNA (iii) HYPOTHETICAL: no (iv) REVERSE ORIENTATION: no (ix) FEATURES:
(A) JMÉNO/OZNAČENÍ: ODS (B) POZICE: 1..2736 (xi) POPIS SEKVENCE: SEKVENCE S IDENTIFIKAČNÍM ČÍSLEM 1:(A) NAME / MARKING: ODS (B) POSITION: 1..2736 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQUENCE WITH IDENTIFICATION NUMBER 1:
100 105 110100 105 110
0··0 ··
0000 « 00000 «0
530 535 540530 535 540
·· ·«·· ·« toto···· · «·· ·« this ··
• · to 9 to ·« to « • · to • .• to 9 to • to •.
« toto to to • · »* ·· ·♦ • · · · « · « · • ·· ♦ • ·· to ·» *·Toto to to to • toto toto toto toto toto toto toto toto toto toto toto toto toto toto
765765
toto toto»·this this »·
- 49 • •«to ·· ♦ ··· • to · ·«« · ·· ·· • t • to • · • · • · • to- 49 • to to to to to to to 49 49 49 49 49 49 to
TGAGGGGCAA CGAGGCGGCT GGGATGCCGC CCTCAGTAAG CAGCTTGCCA ATCACTCCAG 2796TGAGGGGCAA CGAGGCGGCT GGGATGCCGC CCTCAGTAAG CAGCTTGCCA ATCACTCCAG 2796
GTCTGAAAAG CAAGTCCCCC AGCCCCACCC CAGGGAGCCA GAGAGGCTTG CACTCAGGAG 2856GTCTGAAAAG CAAGTCCCCC AGCCCCACCC CAGGGAGCCA GAGAGGCTTG CACTCAGGAG 2856
AGAACCACCCAGAACCACCC
CCAAGTCTCC GTTCTACTGC CGCCCGCCAAGTCTCC GTTCTACTGC CGCCCG
2892 fe· ···· ·· fefefefe fefe fefe • fe fefefe · fefefefe • · fe·· fe fe · · • · fefefe fefefe fefe · • · fe··· fefe·· • fefefe · fefe fefe ·· *·2892 fe · ···· · fefefefe fefe fefe • fe fefefe · fefefefe • · fe ·· fe fe · · · · fefefe fefe fefe · • · fe ··· fefe ·· · fefefe · fefe fefe · ·
- 50 (2) INFORMACE PRO SEKVENCI S IDENTIFIKAČNÍM ČÍSLEM 2:- 50 (2) INFORMATION FOR THE SEQUENCE WITH IDENTIFICATION NUMBER 2:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS:
(A) DÉLKA: 1363 párů baží (B) TYP: nukleotid (C) TYP VLÁKNA: jednoduché (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: cDNA (iii) HYPOTETICKÁ: ne (iv) OPAČNÁ ORIENTACE: ne (ix) ZNAKY:(A) LENGTH: 1363 bp (B) TYPE: nucleotide (C) FIBER TYPE: simple (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULA TYPE: cDNA (iii) HYPOTHETICAL: no (iv) REVERSE ORIENTATION: no (ix) FEATURES:
(A) JMÉNO/OZNAČENÍ: CDS (B) POZICE: 1..1363 (xi) POPIS SEKVENCE: SEKVENCE S IDENTIFIKAČNÍM ČÍSLEM 2:(A) NAME / MARKING: CDS (B) POSITION: 1..1363 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQUENCE WITH IDENTIFICATION NUMBER 2:
• · φ · φ ·• · φ · φ ·
-51φ φφφφ φ-51φ φφφφ φ
φφ
Φ 9Φ 9
ΦΦ
ΦΦ Φ Φ Φ Φ Φ Φ ΦΦ Φ Φ Φ Φ Φ Φ Φ
ΦΦΦ Φ Φ Φ ΦΦ Φ Φ Φ Φ
ΦΦΦ ΦΦΦΦ Φ
ΦΦ ΦΦΦΦ ΦΦ
Φ Φ « Φ Φ Φ Φ ΦΦ Φ «Φ Φ Φ Φ Φ
Φ ΦΦ Φ
- 52 • · • 0 0 ·- 53 • · • 0 0 ·
99
9999 99999 9
00
00
0 ' 0 000 '0
00000000
0 0 00 0 0
0 0 00 0 0
0 0 ·0 0 ·
0 0 90 0 9
9 9 99 9 9
9999
13651365
00000000
0000 00000 0
00 0 · 0 0 0 ·*00 0 · 0 0 0 ·
0 0 0 0 · · • 0 0 00 00 00 0 0 0 · · 0 0 00 00 0
00 0 0 00 00 0 0 0 0
00 00 0000 00 00
PATENTOVÉPATENTOVÉ
J>l/ - WoJ> l / - Wo
Claims (14)
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CZ20001110A CZ20001110A3 (en) | 1998-09-30 | 1998-09-30 | Nucleic acids encoding polypeptides capable of interaction with presenilins , process for preparing such polypeptides as well as pharmaceutical preparations in which these polypeptides are comprised |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CZ20001110A CZ20001110A3 (en) | 1998-09-30 | 1998-09-30 | Nucleic acids encoding polypeptides capable of interaction with presenilins , process for preparing such polypeptides as well as pharmaceutical preparations in which these polypeptides are comprised |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CZ20001110A3 true CZ20001110A3 (en) | 2000-07-12 |
Family
ID=5470099
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CZ20001110A CZ20001110A3 (en) | 1998-09-30 | 1998-09-30 | Nucleic acids encoding polypeptides capable of interaction with presenilins , process for preparing such polypeptides as well as pharmaceutical preparations in which these polypeptides are comprised |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CZ (1) | CZ20001110A3 (en) |
-
1998
- 1998-09-30 CZ CZ20001110A patent/CZ20001110A3/en unknown
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Kalchman et al. | HIP1, a human homologue of S. cerevisiae Sla2p, interacts with membrane-associated huntingtin in the brain | |
JPH11514224A (en) | Novel hemopoietin receptor and gene sequence encoding it | |
US5917019A (en) | Altered telomere repeat binding factor 2 | |
US6372490B1 (en) | Nucleic acid encoding the MDM interacting protein | |
JP2001503612A (en) | Novel hemopoietin receptor and gene sequence encoding it | |
WO1998036066A9 (en) | An altered telomere repeat binding factor and therapeutic use thereof | |
US6476193B1 (en) | NLK1 protein and NLK1 protein complexes | |
JP2002510490A (en) | LYST protein complex and LYST interacting protein | |
JP4314386B2 (en) | Bcl-2 regulator (BMF) sequences and their use in the regulation of apoptosis | |
US5959079A (en) | CREBA isoform | |
JP2001523455A (en) | CDK2 protein and CDK2 protein complex | |
WO1997018825A1 (en) | PROTEIN WHICH INTERACTS WITH THE HUNTINGTON'S DISEASE GENE PRODUCT, cDNA CODING THEREFOR, AND ANTIBODIES THERETO | |
US6071715A (en) | Nucleic acids encoding novel proteins which bind to retinoblastoma protein | |
US20060287230A1 (en) | Compositions which can be used for regulating the activity of parkin | |
AU9354998A (en) | Nucleic acids coding for proteins capable of interacting with presenilins | |
CZ20001110A3 (en) | Nucleic acids encoding polypeptides capable of interaction with presenilins , process for preparing such polypeptides as well as pharmaceutical preparations in which these polypeptides are comprised | |
US5955579A (en) | Islet-specific homeoprotein and transcriptional regulator of insulin gene expression, HOXB13 | |
US6153729A (en) | Isolated nuclear matrix targeting peptide | |
JP2002513272A (en) | BRCA1 compositions and methods for diagnosis and treatment of breast cancer | |
MXPA00002619A (en) | Nucleic acids coding for proteins capable of interacting with presenilins | |
JP2002503466A (en) | Retinoblastoma protein complex and retinoblastoma interacting protein | |
US5945305A (en) | Nucleic acid encoding congenital heart disease protein and products related thereto | |
JP2003516152A (en) | Apoptin-associated protein | |
EP1033402A1 (en) | p16-BINDING PROTEINS, GENE THEREOF, AND ANTIBODY THEREAGAINST | |
JP4745583B2 (en) | Partner, manufacture and use of PTB1 domain of FEB65 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PD00 | Pending as of 2000-06-30 in czech republic |