CN1824675A - 奈瑟球菌抗原 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了脑膜炎奈瑟球菌(菌株A和B)以及淋病奈瑟球菌的蛋白，包括氨基酸序列、对应的核苷酸序列、表达数据以及血清学数据。该蛋白是有用的抗原，可用作疫苗、免疫原性组合物和/或诊断试剂。

Description

奈瑟球菌抗原
本申请是申请日为1998年10月9日、申请号为CN98812844.6、发明名称为“奈瑟球菌抗原”的中国专利申请的分案申请。
技术领域
本发明涉及奈瑟球菌属细菌。
背景技术
脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitidis)和淋病奈瑟球菌(Neisseria gonrrhoeae)是不能动的人致病性革兰阴性双球菌。脑膜炎奈瑟球菌群集在咽喉处，并引起脑膜炎(有时没有脑膜炎而是败血病)；淋病奈瑟球菌群集在生殖道并引起淋病。尽管这两种病原体群集在身体不同的区域并引起完全不同的疾病，但它们却是密切相关的，然而脑膜炎球菌与淋球菌明显不同的一个特征是所有病原性脑膜炎双球菌中存在多糖荚膜。
在1983-1990年期间，单单在美国，淋病奈瑟球菌每年就引起约800000起病例(Meitzner和Cohen，″抗淋球菌感染的疫苗″章节，在New Generation Vaccines，第2版，Levine，Woodrow，Kaper和Cobon，Marcel Dekker编辑，New York，1997，817-842页)。该疾病引起的发病率很高，但死亡率有限。非常希望对淋病奈瑟球菌进行疫苗接种，但反复尝试没有成功。该疫苗的主要候选抗原是表面外露蛋白如菌毛、孔蛋白、与不透明相关的蛋白(Opas)以及其它外露蛋白如Lip、Laz、IgA1蛋白酶以及运铁蛋白结合蛋白。也有人提议用脂寡糖(LOS)作为疫苗(Meitzner和Cohen，同上)。
脑膜炎奈瑟球菌会引起地方性和流行性疾病。在美国，其发病率为每年每100000人有0.6-1人，爆发时可以高得多(见Lieberman等人，(1996)″血清型A/C脑膜炎奈瑟球菌寡糖-蛋白偶联物疫苗在幼儿中的安全性和免疫原性″，JAMA 275(19)：1499-1503；Schuchat等人(1997)“1995年美国的细菌性脑膜炎”，N Engl J Med 337(14)：970-976)。在发展中国家，地方性疾病率要高得多，在流行时，发病率可高达每年每100000人有500起。该病的死亡率在美国很高，为10-20％，在发展中国家则要高得多。在引入了抗流感嗜血菌的偶联物疫苗后，脑膜炎奈瑟球菌是引起美国所有年龄人群中细菌性脑膜炎的主要原因(Schuchat等人(1997)同上)。
根据生物的荚膜多糖，已经鉴定出12种脑膜炎奈瑟球菌的血清型。A型是亚撒哈拉-非洲地区流行病中最常见的病原体。B型和C型血清型菌是导致美国以及大多数发达国家内的大多数病例的原因。W135和Y型血清型菌是导致美国和发达国家的其余病例的原因。目前使用的脑膜炎球菌是由血清型A、C、Y和W135组成的四价多糖疫苗。尽管其在青年和成人中有效，但是它诱导了差的免疫应答和短期的保护作用，并且不能用于婴儿[例如，见发病率和死亡率每周报道，46卷，PR-5(1997)]这是因为多糖是T细胞非依赖型抗原，其诱导的弱免疫应答不能通过重复免疫来加强。在流感嗜血菌的疫苗接种成功后，已经开发出了针对血清型A和C的偶联疫苗，现在是临床测试的最终阶段(Zollinger WD″新的和改进的抗脑膜炎球菌疾病疫苗″，在：New Generation Vaccines中，同上，469-488页；Lieberman等人(1996)同上；Costantino等人(1992)“抗脑膜炎球菌A和C的偶联疫苗的开发和I期临床测试”，Vaccine，10：691-698)。
然而，脑膜炎球菌B仍是一个问题。此血清型目前在美国、欧洲和南美州引起的病例约占总脑膜炎的50％。不能采用多糖方法，因为menB荚膜多糖是α(2-8)-相连的N-乙酰基神经氨酸的聚合物，它也存在于哺乳动物组织中。这导致了对抗原的耐受；实际上，如果引发免疫应答，则该免疫应答是抗自身的，因此是不希望的。为了避免引起自身免疫力并诱导保护性免疫应答，已经对该荚膜多糖进行化学修饰，例如用N-丙酰基代替N-乙酰基，而不改变特异性抗原性(Romero和Outschoorn(1994)″B型脑膜炎球菌候选疫苗的目前状况：荚膜或非荚膜？″Clin Microbiol Rev7(4)：595-575)。
menB疫苗的另一种方法采用外膜蛋白(OMP)的复合物混合物，它只含有OMP、或富集在膜孔蛋白中的OMP，或缺失4型OMP(认为它诱导了封闭杀菌活性的抗体)。该方法产生的疫苗的性质还未经完全地分析。它们能保护机体抵抗同源的菌株，但是当存在许多外膜蛋白的抗原性变体株时一般无效。为了克服抗原性差异，已经构建了含有高达9种不同膜孔蛋白的多价疫苗(例如，Poolman JT(1992)“脑膜炎球菌疫苗的发展”Infect.Agents Dis.4：13-28)。用于外膜疫苗的其它蛋白是opa和opc蛋白，但是这些方法均不能克服抗原性差异(例如Ala′Aldeen和Borriello(1996)″脑膜炎球菌运铁蛋白结合蛋白1和2均是外露的，并产生能杀伤同源和异源菌株的杀菌性抗体″Vaccine 14(1)：49-53)。
已可得到脑膜炎球菌和淋球菌的基因和蛋白的一定数量的序列信息(例如EP-A-0467714，WO96/29412)，但这决不完全的。提供进一步的信息，就有机会能鉴定出估计是免疫系统靶标且没有抗原性差异的分泌的或外露的蛋白。例如，一些已鉴定的蛋白可作为抗脑膜炎球菌B的有效疫苗的成分，一些可作为抗有所脑膜炎球菌血清型的疫苗的成分，其它可作为抗所有病原性奈瑟球菌的疫苗的成分。
发明内容
本发明提供了一些蛋白，该蛋白含有公开在实施例中的奈瑟球菌氨基酸序列。这些序列涉及脑膜炎奈瑟球菌或淋病奈瑟球菌。
本发明还提供了含有与实施例所公开的奈瑟球菌氨基酸序列同源(即具有序列相同性)的序列的蛋白。根据具体的序列，相同性的程度宜大于50％(例如65％、80％、90％或更高)。这些同源性蛋白包括实施例中公开的序列的突变体和等位基因变体。通常，认为两种蛋白之间有50％或更高的相同性表明功能等价。蛋白之间的相同性宜用在MRSRCH程序(Oxford Molecular)中执行的Smith-Watemen同源性搜寻算法来确定，采用仿射空隙搜寻，参数“空隙开口罚分(gap open penalty)”为12，“空隙延伸罚分(gapextension penalty)”为1。
本发明还提供了包含实施例所公开的奈瑟球菌氨基酸序列片段的蛋白。该片段应包含该序列中至少n个连续的氨基酸，根据具体的序列，n为7或更高(例如，8、10、12、14、16、18、20或更高)。该片段宜包含该序列的一个表位。
本发明的蛋白当然可用各种方法(例如重组表达、从细胞培养中纯化、化学合成等)制成各种形式(例如天然的、融合物等)。它们宜制成基本上纯的或分离的形式(即基本上不含其它奈瑟球菌或宿主细胞蛋白)。
另一方面，本发明提供了结合这些蛋白的抗体。它们可能是多克隆的或单克隆的，可用任何合适的方法制得。
还有一方面，本发明提供了包含实施例所公开的奈瑟球菌核苷酸序列的核酸。另外，本发明还提供了包含与实施例所公开的奈瑟球菌核苷酸序列同源(即具有序列相同性)的序列的核酸。
另外，本发明还提供了能与实施例中公开的奈瑟球菌核酸杂交(较佳的是在“高度严谨”条件(65℃，在0.1×SSC、0.5％ SDS溶液中)下杂交)的核酸。
本发明还提供了包含这些序列之片段的核酸。这些核酸应包含来自奈瑟球菌序列的至少n个连续的核苷酸，根据具体的序列，n为10或更高(例如，12、14、15、18、20、25、30、35、40或更高)。
还有一方面，本发明提供了编码本发明的蛋白和蛋白片段的核酸。
也应理解，本发明也提供了包含与上述那些序列互补的序列的核酸(例如用于反义或探针目的)。
当然，本发明的核酸可用各种方式(例如化学合成，从基因组或cDNA文库、或从生物体本身制得等)制得，并可采用各种形式(例如单链、双链、载体、探针等)。
另外，术语“核酸”包括DNA和RNA，以及它们的类似物，如含有修饰的骨架的那些，还包括肽核酸(PNA)等。
另一方面，本发明提供了含有本发明的核苷酸序列的载体(如表达载体)以及转化了这些载体的宿主细胞。
另一方面，本发明提供了包含本发明的蛋白、抗体和/核酸的组合物。例如，这些组合物适合用作疫苗，或作为诊断性试剂，或作为免疫原性组合物。
本发明还提供了本发明的核酸、蛋白或抗体用作药剂(例如作为疫苗)或作为诊断性试剂的应用。本发明还提供了本发明的核酸、蛋白或抗体在生产下列物质中的应用：(i)用于治疗或预防奈瑟球菌感染的药剂；(ii)用于检测奈瑟球菌或针对奈瑟球菌产生的抗体是否存在的诊断性试剂；和/或(iii)可产生针对奈瑟球菌的抗体的制剂。所述奈瑟球菌可以是任何种或菌株(例如淋病奈瑟球菌或脑膜炎奈瑟球菌的任何菌株如菌株A、菌株B或菌株C)。
本发明还提供了一种治疗患者的方法，该方法包括给予患者治疗有效量的本发明的核酸、蛋白和/或抗体。
还有一方面，本发明提供了以下各种方法。
本发明提供了一种生产本发明的蛋白的方法，该方法包括在诱导蛋白表达的条件下培育本发明的宿主细胞的步骤。
本发明提供了一种生产本发明的蛋白或核酸的方法，其中用化学手段部分或全部合成所述蛋白或核酸。
本发明提供了一种检测本发明的多核苷酸的方法，该方法包括下列步骤：(a)在杂交条件下使本发明的核酸探针与生物样品接触，形成双链体；和(b)检测所述双链体。
本发明提供了一种检测本发明的蛋白质的方法，该方法包括下列步骤：(a)在适合形成抗体-抗原复合物的条件下使本发明的抗体和生物样品接触；和(b)检测所述复合物。
下面归纳了为了实施本发明而采用的标准技术和方法(例如用公开的序列用于接种或诊断性目的)。这种归纳不是对本发明的限制，而是举例，这些例子可以采用，但是不要求一定用。
综述
除非另有描述，本发明的实施将采用分子生物学、微生物学、重组DNA和免疫学的常规技术，这些均是本领域技术人员所知的。这些技术在下列文献中有完整的描述：例如，Sambrook《分子克隆实验指南》第2版(1989)；《DNA克隆》第I和II卷(D.N.Glover编辑1985)；《寡核苷酸合成》(M.J.Gait编辑，1984)；《核酸杂交》(B.D.Hames和S.J.Higgins编辑.1984)；《转录和翻译》(B.D.Hames和S.J.Higgins编辑，1984)；《动物细胞培养》(R.I.Freshney编辑，1986)；《固定化细胞和酶》(IRL出版社，1986)；B.Perbal，《分子克隆实用指南》(1984)；《酶学方法》系列丛书(Academic Press，Inc.)，尤其是154和155卷；《哺乳动物细胞的基因转移载体》(J.H.Miller和M.P.Calos编辑，1987，Cold Spring Harbor Laboratory)；Mayer和Walker编辑(1987)，《细胞和分子生物学的免疫化学方法》(Academic Press，London)；Scopes，(1987)《蛋白质纯化：原理和实践》第2版(Springer-Verlag，N.Y.)，以及《实验免疫学手册》I-IV卷(D.C.Weir和C.C.Blackwell编辑1986)。
在本说明书中采用了核苷酸和氨基酸的标准缩写。
本文引用的所有出版物、专利和专利申请均纳入本文作参考。尤其是将英国专利申请9723516.2、9724190.5、9724386.9、9725158.1、9726147.3、9800759.4和9819016.8的内容纳入本文作为参考。
定义
当组合物中总X+Y重量的至少85％是X时，则称含有X的组合物“基本上没有Y”。较佳的，X占组合物中X+Y总重量的至少约90％，更佳至少约95％或者甚至99％(重量)。
术语“包含”指“包括”以及“由…组成”，例如组合物“包含”X可以是只由X组成，或可包括X以外的物质，例如X+Y。
术语“异源”指在自然界中发现不在一起的两种生物学组分。此组分可以是宿主细胞、基因、或调控区如启动子。尽管异源组分在自然界中发现不在一起，但是它们能一起起作用，例如当与基因异源的启动子与该基因操作性相连时。另一个例子是奈瑟球菌序列与小鼠宿主细胞异源。还有一个例子是相同或不同蛋白的两个表位装配到一个蛋白中，以自然界中未曾发现的排列方式排列。
“复制起点”是启动和调节多核苷酸(例如表达载体)复制的多核苷酸序列。复制起点可作为细胞内多核苷酸复制的自主性单位，能在其自身的控制下进行复制。复制起点是载体在特定宿主细胞中复制所需的。有了某一复制起点，表达载体就能在细胞中合适蛋白的存在下高拷贝数的复制。复制起点的例子是在酵母中有效的自主复制序列；以及在COS-7细胞中有效的病毒性T-抗原。
“突变体”序列定义成与天然或公开的序列不同但具有序列相同性的DNA、RNA或氨基酸序列。根据具体的序列，天然或公开的序列与突变体序列之间的序列相同性程度宜大于50％(例如60％、70％、80％、90％、95％、99％或更高，用上述Smith-Waterman算法计算出)。如本文所述，本文提供的核酸序列的核酸分子或区域的“等位基因变体”是在另一或第二个分离物的基因组中基本上相同的基因座上的核酸分子或区域，由于诸如突变或重组引起的自然变异，它们具有相似但不相同的核酸序列。编码区等位基因变体通常编码的蛋白具有与其比较基因所编码蛋白相似的活性。等位基因变体还可包含基因5′或3′非翻译区中的变化，例如在调控控制区中的变化(例如见美国专利5,753,235)。
表达系统
奈瑟球菌核苷酸序列可在各种不同的表达系统中表达；例如和哺乳动物细胞、杆状病毒、植物、细菌和酵母一起使用的那些系统。
i.哺乳动物系统
哺乳动物表达系统是本领域中已知的。哺乳动物启动子是能结合哺乳动物RNA聚合酶并启动下游(3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的任何DNA序列。启动子具有一个转录起始区，其通常邻近编码序列的5′端，还具有一个TATA盒，其通常位于转录起始位点上游25-30个碱基对(bp)处。认为TATA盒指导RNA聚合酶II在正确位点开始RNA合成。哺乳动物启动子还含有一个上游启动子元件，其通常位于TATA盒上游100至200bp内。该上游启动子元件决定了转录启动的速度，并可在两个方向之一上起作用[Sambrook等人(1989)“克隆基因在哺乳动物细胞中的表达”《分子克隆实验指南》，第2版]。
哺乳动物病毒基因通常是高表达的，具有宽的宿主范围；因此，编码哺乳动物病毒基因的序列提供了特别有用的启动子序列。例子包括SV40早期启动子、小鼠乳房肿瘤病毒LTR启动子、腺病毒主要晚期启动子(Ad MLP)以及单纯疱疹病毒启动子。另外，从非病毒基因(如鼠金属硫蛋白基因)衍生的序列也提供了有用的启动子序列。表达可以是组成型的或受调控的(诱导的)，这取决于该启动子能否在激素反应性细胞中用促糖皮质激素诱导。
增强元件(增强子)的存在，联合上述启动子元件通常会提高表达水平。增强子是这样一种调控性DNA序列，当其与同源或异源启动子相连，合成在正常的RNA起始位点开始时，它能刺激转录提高1000倍。当增强子位于转录起始位点的上游或下游，处于正常或翻转方向，或距离启动子1000个核苷酸以上的距离时，它均具有活性[Maniatis等人(1987)Science 236：1237；Alberts等人(1989)《细胞分子生物学》，第2版]。从病毒衍生获得的增强子元件可能是特别有用的，因为它们通常具有较宽的宿主范围。例子包括SV40早期基因增强子[Dijkema等人(1985)EMBO J.4：761]以及衍生自Rous肉瘤病毒的长末端重复序列(LTR)的增强子/启动子[Gorman等人(1982b)Proc.Natl.Acad.Sci.79：6777]以及来自人巨细胞病毒的增强子/启动子[Boshart等人(1985)Cell 41：521]。另外，一些增强子仅仅在诱导物(例如激素或金属离子)的存在下是可调节的并具有活性[Sassone-Corsi和Borelli(1986)Trends Genet.2：215；Maniatis等人(1987)Science 236：1237]。
DNA分子可在哺乳动物细胞中胞内表达。启动子序列可以和DNA分子直接相连，在这种情况下，重组蛋白的N端第一个氨基酸始终是甲硫氨酸，其由ATG起始密码子编码。如果需要，可通过和溴化氰体外培育来从蛋白上切下N端。
另外，外来蛋白也可从细胞中分泌到生长培养基中，方法是产生嵌合的DNA分子，该DNA分子编码的融合蛋白包括一前导序列片段，该片段在哺乳动物细胞中提供了外源蛋白的分泌。较佳的，在前导序列片段和外源基因之间可以有能在体内或体外断裂的加工位点。前导序列片段通常编码一种信号肽，该信号肽包含指导蛋白分泌出细胞的疏水性氨基酸。腺病毒三联前导序列是哺乳动物细胞中分泌外来蛋白的一个前导序列例子。
通常，哺乳动物细胞识别的转录终止和聚腺苷酸化序列是位于翻译终止密码子3′的调控区域，因此它和启动子元件一起连接在编码序列的侧面。成熟mRNA的3′端由定点的转录后断裂和聚腺苷酸化形成[Birnstiel等人(1985)Cell 41：349；Proudfoot和Whitelaw(1988)″真核RNA的终止和3′端加工″《转录和剪接》(B.D.Hames和D.M.Glover编辑)；Proudfoot(1989)Trends Biochem.Sci.14：105]。这些序列指导mRNA的转录，mRNA能被翻译成该DNA编码的多肽。转录终止子/聚腺苷酸化信号的例子包括从SV40获得的那些[Sambrook等人(1989)“克隆基因在培养的哺乳动物细胞中的表达”《分子克隆实验指南》]。
通常，上述组件，包括启动子、聚腺苷酸化信号以及转录终止序列被一起放在表达构建物中。如果需要，该表达构建物中还包括增强子、具有功能性剪接供体体和受体位点的内含子以及前导序列。表达构建物通常以复制子形式维持，例如是能在宿主(如哺乳动物细胞或细菌)中稳定维持的染色体外元件(如质粒)。哺乳动物复制系统包括从动物病毒衍生的那些系统，其需要反式作用因子来进行复制。例如，含有乳多空病毒复制系统的质粒，如SV40[Gluzman(1981)Cell 23：175]或多瘤病毒，在合适的病毒T抗原存在下复制出极高的拷贝数。哺乳动物复制子的其它例子包括衍生自牛乳头瘤病毒和EB病毒的复制子。另外，复制子可以有两个复制系统，从而使其能维持在例如哺乳动物细胞中进行表达并能在原核宿主中克隆和扩增。这些哺乳动物细菌穿梭载体的例子包括pMT2[Kaufman等人(1989)Mol.Cell.Biol.9：946]和pHEBO[Shimizu等人(1986)Mol.Cell.Biol.6：1074]。
所用的转化程序取决于待转化的宿主。将异源多核苷酸导入哺乳动物细胞中的方法是本领域所知的，其包括葡聚糖介导的转染、磷酸钙沉淀、Polybrene(1，5-二甲基-1，5-二氮十一亚甲基聚甲溴化物)介导的转染、原生质体融合、电穿孔、将多核苷酸包裹在脂质体中以及将DNA直接显微注射到胞核中。
可作为宿主进行表达的哺乳动物细胞系是本领域中已知的，其包括许多从美国典型培养物保藏中心(ATCC)获得的无限增殖细胞系，包括但不局限于，中国仓鼠卵巢(CHO)细胞、海拉细胞、幼仓鼠肾(BHK)细胞、猴肾细胞(COS)、人肝细胞癌细胞(如Hep G2)和其它许多细胞系。
ii.杆状病毒系统
编码蛋白质的多核苷酸也可插入合适的昆虫表达载体中，并与该载体中的控制元件操作性相连。载体构建采用本领域已知的技术。总地来说，表达系统的组分包括一种转移载体，通常是细菌质粒，其含有杆状病毒基因组片段以及便于插入待表达异源基因的限制性位点；野生型杆状病毒，其序列与转移载体中的杆状病毒特异性片段同源(这使得异源基因能同源重组到杆状病毒基因组中)；以及合适的昆虫宿主细胞和生长培养基。
在将编码蛋白质的DNA序列插入转移载体中后，将载体和野生型病毒基因组转染到昆虫宿主细胞中，使载体和病毒基因组重组。表达包装的重组病毒，鉴定并纯化重组噬斑。杆状病毒/昆虫细胞表达系统材料及其方法，除别的以外，可以试剂盒形式购自Invitrogen，San Diego CA(″MaxBac″试剂盒)。这些技术通常是本领域技术人员所知的，在Summers和Smith的Texas Agricultural Experiment Station Bulletin No.1555(1987)(后称“Summer和Smith的文章”)中有充分描述。
在将编码蛋白质的DNA序列插入杆状病毒基因组之前，通常将上述组件，包括启动子、前导序列(如果需要)、感兴趣的编码序列以及转录终止序列装配在中间置换型构建物(转移载体)中。该构建物可含有单个基因以及操作性相连的调控元件；多个基因，每个基因有其自己的操作性相连调控元件；或是由同一组调控元件调控的多个基因。中间置换型构建物通常保持在一个复制子中，例如能在宿主(如细菌)内稳定保持的染色体外元件(如质粒)。复制子将具有一个复制系统，从而使其能保持在合适的宿主中进行克隆和扩增。
目前，用来将外源基因导入AcNPV的最常用的转移载体是pAc373。还可设计本领域技术人员已知的其它许多载体。这些载体例如包括，pVL985(其将多角体蛋白的起始密码子从ATG变为ATT，在ATT下游32个碱基对处引入一个BamHI克隆位点；见Luckow和Summers，Virology(1989)17：31)。
质粒通常还含有多角体蛋白聚腺苷酸化信号(Miller等人(1988)Ann.Rev.Microbiol.，42：177)以及用来在大肠杆菌中选择和繁殖的原核氨苄青霉素抗性(amp)基因和复制起点。
杆状病毒转移载体通常含有杆状病毒启动子。杆状病毒启动子是能结合杆状病毒RNA聚合酶并启动下游(5′到3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的DNA序列。启动子具有一个转录起始区，该区通常邻近编码序列的5′端。该转录起始区通常包括一个RNA聚合酶结合位点以及一个转录起始位点。杆状病毒转移载体还可能有称为增强子的第二个区，如果该区域存在，它通常在结构基因的远端。表达可以是调控的或组成型的。
在病毒感染周期晚期大量转录的结构基因提供特别有用的启动子序列。例子包括从编码病毒多角体蛋白的基因衍生获得的序列，Friesen等人(1986)“杆状病毒基因表达的调控”《杆状病毒分子生物学》(Walter Doerfler编辑)；EPO公开号127 839和155476；以及编码p10蛋白的基因，Vlak等人(1988)，J.Gen.Virol.69：765。
编码合适的信号序列的DNA可以衍生自分泌的昆虫或杆状病毒蛋白(如杆状病毒多角体蛋白基因)的基因(Carbonell等人，(1988)Gene，73：409)。另外，由于哺乳动物细胞翻译后修饰的信号(如信号肽断裂、蛋白水解断裂和磷酸化)看来可被昆虫细胞识别，且分泌和胞核积累所需的信号看来在非脊椎动物细胞和脊椎动物细胞之间是保守的，因此也可用非昆虫来源的前导序列来提供昆虫中的分泌，这些前导序列例如是从编码人α-干扰素(Maeda等人(1985)，Nature 315：592)、人胃泌素释放的肽(Lebacq-Verheyden等人(1988)，Molec.Cell.Biol.8：3129)、人IL-2(Smith等人(1985)PNAS，82：8404)、小鼠IL-3(Miyajima等人(1987)Gene 58：273)和人葡糖脑苷脂酶(Martin等人(1988)DNA，7：99)的基因衍生获得的。
重组多肽或多蛋白可以在胞内表达，或如果它和合适的调控序列一起表达，它可被分泌。非融合的外源蛋白的良好的胞内表达理想的通常需要具有短前导序列的异源基因在ATG起始信号前有合适的翻译起始信号。如果需要，可通过和溴化氰体外培育来从成熟蛋白上切下N端甲硫氨酸。
另外，可通过产生嵌合的DNA分子将非天然分泌的重组聚蛋白或蛋白从昆虫细胞中分泌出来，该嵌合的DNA分子所编码的融合蛋白包含一前导序列片段，该片段提供了昆虫中分泌外源蛋白的作用。该前导序列片段通常编码一种信号肽，该信号肽包含的疏水性氨基酸指导蛋白质转移到内质网中。
在插入了编码该蛋白表达产物前体的DNA序列和/或基因后，用转移载体的异源DNA和野生型杆状病毒的基因组DNA共同转化(通常是共转染)昆虫细胞宿主。构建物的启动子和转录终止序列通常包含2-5kb的杆状病毒基因组片段。将异源DNA引入杆状病毒中所需位点内的方法是本领域所知的。(见Summers和Smith的文章，同上；Ju等人(1987)；Smith等人，Mol.Cell.Biol.(1983)3：2156；和Luckow和Summers(1989))。例如，插入可以是通过同源双交换重组来插入基因如多角体蛋白基因中；插入还可以是插入工程改造入所需杆状病毒基因内的限制性酶切位点中。Miller等人(1989)，Bioessays 4：91。当DNA序列被克隆在表达载体多角体蛋白基因位置中后，其5′和3′均侧接了多角体蛋白特异性序列，并位于多角体蛋白启动子的下游。
随后将新形成的杆状病毒表达载体包装到感染性重组杆状病毒中。发生同源重组的频率很低(在约1％和5％之间)；因此，共转染后产生的大多数病毒仍是野生型病毒。因此，需要用一种方法来鉴别重组病毒。该表达系统的一个优点是视觉筛选能区分重组病毒。在病毒感染后期，天然病毒产生的多角体蛋白在受其感染细胞的胞核中产生的水平非常高。累积的多角体蛋白形成的包涵体还含有包埋颗粒。这些包涵体的大小为15微米，它们具有高度的折光性，从而使它们呈现了明亮的发光的外观，在光学显微镜下很容易观察。感染了重组病毒的细胞缺少包涵体。为了区分重组病毒和野生型病毒，用本领域已知的技术将转染上清接种到单层昆虫细胞上形成噬斑。即，在光学显微镜下筛选存在(表明是野生型病毒)或不存在(表明是重组病毒)包涵体的噬斑。“当代微生物学方法”第2卷(Ausubel等人编辑)，16.8(增补10，1990)；Summers和Smith，同上；Miller等人(1989)。
已经开发出感染进入几种昆虫细胞的重组杆状病毒表达载体。例如，已经开发出用于感染以下昆虫的细胞的重组杆状病毒：埃及伊蚊、苜蓿丫纹夜蛾、家蚕、黑尾果蝇、草地夜蛾和粉纹夜蛾(WO 89/046699；Carbonell等人(1985)J.Virol.56：153；Wright(1986)Nature 321：718；Smith等人(1983)Mol.Cell.Biol.3：2156；综述见Fraser等人(1989)Vitro Cell.Dev.Biol.25：225)。
可以购得细胞和细胞培养基用于在杆状病毒/表达系统中直接表达和融合表达异源多肽；细胞培养技术是本领域技术人员通常所知的。例如见Summers和Smith，同上。
然后，经修饰的昆虫细胞可以生长在合适的营养培养基中，该培养基能稳定地保持该质粒于修饰的昆虫宿主中。当表达产物基因处于可诱导的控制下时，可以使宿主生长至高密度，并诱导表达。另外，当表达是组成型表达时，产物将被连续表达到培养基中，营养性培养基必需不断循环，同时取出感兴趣的产物并补充消耗的营养物。产物可用以下这些技术来纯化：例如层析，如HPLC、亲和层析、离子交换层析等；电泳；密度梯度离心；溶剂抽提等。产物可按需作进一步纯化，以基本上除去所有也分泌到培养基中或由昆虫细胞裂解而产生的昆虫蛋白，以提供一种至少基本上不含宿主碎片如蛋白质、脂质和多糖的产物。
为了进行蛋白质表达，将从转化子衍生获得的重组宿主细胞培育在允许重组蛋白的编码序列表达的条件下。这些条件将随所选定的宿主细胞而变。然而，本领域技术人员容易根据本领域已知的知识来确定该条件。
iii.植物系统
本领域中已知有许多植物细胞培养系统和全植物遗传表达系统。典型的植物细胞基因表达系统包括在以下专利中描述的那些，例如：US 5,693,506；US 5,659,122；和US5,608,143。Zenk，Phytochemistry 30：3861-3863(1991)中描述了在植物细胞培养物中遗传表达的其它例子。除上述参考文献外，关于植物蛋白信号肽的描述还可在下列文献中找到：Vaulcombe等人，Mol.Gen.Genet.209：33-40(1987)；Chandler等人，PlantMolecular Biology 3：407-418(1984)；Rogers，J.Biol.Chem.260：3731-3738(1985)；Rothstein等人，Gene 55：353-356(1987)；Whittier等人，Nucleic Acids Research15：2515-2535(1987)；Wirsel等人，Molecular Microbiology 3：3-14(1989)；Yu等人，Gene 122：247-253(1992)。关于用植物激素、赤霉素酸和赤霉素酸诱导分泌的酶调节植物基因表达的描述可在R.L.Jones和J.MacMillin，Gibberellins，《植物生理学进展》，Malcolm B.Wilkins编辑，1984 Pitman Publishing Limited，London，21-52页中找到。描述其它调节代谢的基因的参考文献参见：Sheen，Plant Cell，2：1027-1038(1990)；Maas等人，EMBO J.9：3447-3452(1990)；Benkel和Hickey，Proc.Natl.Acad.Sci.84：1337-1339(1987)。
通常，利用本领域已知的技术，将所需的多核苷酸序列插入一表达盒中，该表达盒含有为在植物中操作而设计的基因调控元件。将该表达盒插入所需的表达载体中，表达盒的上游和下游有适合在植物宿主中表达的伴随序列。该伴随序列可来自质粒或病毒，并为载体提供所需的性质，以允许载体将DNA从起初的克隆宿主(如细菌)中移动到所需植物宿主中。基础的细菌/植物载体构建物最好能提供宽的宿主范围原核复制起点；原核可选择标记；以及，对于农杆菌转化而言，宜提供T DNA序列用于农杆菌介导转移至植物染色体。当异源基因不易检测时，该构建物最好还具有一个适用于确定植物细胞是否已经转化的可选择标记基因。关于合适标记(例如对于禾草类家族成员)的综述可在Wilmink和Dons，1993，Plant Mol.Biol.Reptr，11(2)：165-185中找到。
还建议采用合适将异源序列整合到植物基因组中的序列。这些序列可能包括用于同源重组的转座子序列以及允许将异源表达盒随机插入植物基因组中的Ti序列。合适的原核可选择标记包括抗生素(如氨苄青霉素或四环素)抗性标记。编码其它功能的其它DNA序列也可存在于载体中，这是本领域所知的。
本发明的核酸分子可包括在一个表达盒中来表达感兴趣的蛋白质。通常只有一个表达盒，但是两个或多个表达盒也是可行的。除了编码异源蛋白的序列外，重组表达盒还含有下列元件：启动子区域、植物5′非翻译序列、起始密码子(根据结构基因原来是否具有而定)、以及转录和翻译终止序列。表达盒5′和3′端的独特限制性酶位点能使表达盒方便地插入预先存在的载体中。
异源编码序列可以用于任何与本发明有关的蛋白。编码感兴趣的蛋白的序列将编码出一个信号肽，该信号肽能适当地加工和转运蛋白质，并且通常缺少可能会导致本发明的所需蛋白与膜结合的序列。由于对于大部分来说，转录起始区将针对发芽期间表达和转运的基因，采用提供转运的信号肽，也可提供转运感兴趣的蛋白质。通过这种方式，感兴趣的蛋白将从表达该蛋白的细胞中转运出来，并能被有效地收获。通常，种子中的分泌是通过糊粉或小盾体上皮层进入种子的胚乳。尽管不需要使蛋白从产生该蛋白的细胞中分泌出来，但是这种分泌有利于重组蛋白的分离和纯化。
由于所需基因产物的最终表达将在真核细胞中进行，因此需要确定克隆的基因部分是否含有作为内含子被宿主剪接体机制加工的序列。如果是这样，需要对“内含子”区进行定点诱变，以防止一部分遗传信息作为错误的内含子密码而丧失，Reed和Maniatis，Cell 41：95-105，1985。
可用微量移液管以机械方式转移重组DNA，将载体直接显微注射到植物细胞中。Crossway，Mol.Gen.Genet，202：179-185。还可用聚乙二醇将遗传物质转移到植物细胞中，Krens等人，Nature，296，72-74，1982。导入核酸片段的另一种方法是用小颗粒进行高速弹道贯穿，在这些小珠或颗粒的基质中或表面上带有核酸，Klein等人，Nature，327，70-73，1987，Knudsen和Muller，1991，Planta，185：330-336提出用颗粒轰击大麦胚乳以产生转基因大麦。还有一种导入方法是使原生质体和其它实体(微细胞(minicell)、细胞、溶酶体或其它可融合的脂质表面体)融合，Fraley等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，79，1859-1863，1982。
载体也可通过电穿孔导入植物细胞中。(Fromm等人，PNAS 82：5824，1958)。在该技术中，在含有基因构建物的质粒存在下电穿孔植物原生质体。高电场强度的电脉冲使生物膜可逆地被通透，从而允许导入质粒。电穿孔的植物原生质体改造了细胞壁，分裂并形成植物胼胝体。
本发明可转化所有的植物，从中能分离出原生质体并能培育成全再生植物，从而回收得到含有转基因的全植物。已经知道实际上可以从培育的细胞或组织再生所有的全植物，其包括但不局限于，甘蔗、甜菜、棉花、果实和其它树、豆科植物和蔬菜的所有主要种类。一些合适的植物包括，例如，草莓属、莲花属、苜蓿属、驴食豆属、三叶草属、胡卢巴属、豇豆属、柑橘属、亚麻属、老鹳草属、Manihot、Daucus、鼠耳芥属、芸苔属、萝卜属、白芥属、颠茄属、辣椒属、曼陀罗属、天仙子属、番茄属、烟草属、茄属、碧冬茄属、毛地黄属、Majorana、菊苣属、向日葵属、莴苣属、雀麦属、天门冬属、金鱼草属、龙骨角属、Nemesia、天竺葵属、稷属、狼尾草属、毛茛属、千里光属、Salpiglossis、香瓜属、Browaalia、大豆属、黑麦草属、玉蜀黍属、小麦、蜀黍属和曼陀罗属各种类。
各种植物的再生方式是不同的，但是通常是首先提供含有异源基因拷贝的转化的原生质体悬液。形成胼胝体组织，从胼胝体中诱生出枝条，随后是根。另外，从原生质体悬液可以诱生形成胚胎。这些胚胎象天然的胚胎那样发芽形成植物。培养基通常含有各种氨基酸和激素，如植物生长素和细胞分裂素。尤其是对于玉米和苜蓿属来说，在培养基中加入谷氨酸和脯氨酸也是很有利的。枝条和根通常同时发育。有效的再生取决于培养基、基因型以及培养史。如果控制了这三个变量，那么再生能完全再现和重复。
在一些植物细胞培养系统中，本发明所需的蛋白可能被排泄出来，或者蛋白可从全植物中提取出来。当本发明所需的蛋白被分泌到培养基中后，就可进行收集。或者，可以用机械方式破碎胚以及无胚-半种子或其它植物组织，以释放出分泌到细胞和组织之间的蛋白。将该混合物悬于缓冲液中，以提取可溶性蛋白。然后用常规的蛋白分离和纯化方法纯化重组蛋白。用常规方法调节时间、温度、pH、氧和体积等参数，以优化异源蛋白的表达和回收。
iv.细菌系统
细菌表达技术是本领域已知的。细菌启动子是能结合细菌RNA聚合酶并启动下游(3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的DNA序列。启动子具有一个转录起始区，其通常位于编码序列的5′端附近。该转录起始区通常包括RNA聚合酶结合位点以及一个转录起始位点。细菌启动子可能还有第二个功能区域称为操纵子，它可能与毗邻的RNA合成开始的RNA聚合酶结合位点重叠。该操纵子允许(可诱导)对转录的负调节，因为基因阻遏蛋白可能结合操纵子并因而抑制特定基因的转录。在负调节元件(如操纵子)不存在时，可能发生组成型表达。另外，正调节可通过基因激活蛋白结合序列来实现，如果有的话，它通常邻近RNA聚合酶结合序列(5′)。基因激活蛋白的例子是分解代谢物激活剂蛋白(CAP)，它帮助启动大肠杆菌(E.coli)中的lac操纵子的转录[Raibaud等人(1984)Annu.Rev.Genet.18：173]。因此，表达调控可能是正作用或负作用，从而增强或减弱了转录。
编码代谢途径中的酶的序列提供了特别有用的启动子序列。例子包括衍生自糖(如半乳糖、乳糖(lac)[Chang等人(1977)Nature 198：1056]和麦芽糖)代谢酶的启动子序列。其它例子包括衍生自生物合成酶(如色氨酸(trp))[Goeddel等人(1980)Nuc.AcidsRes.8：4057；Yelverton等人(1981)Nucl.Acids Res.9：731；美国专利4,738,921；EP-A-0036776和EP-A-0121775]的启动子序列。g-内酰胺酶(bla)启动子系统[Weissmann(1981)″干扰素的克隆和其它错误″《干扰素3》(I.Gresser编辑)]，λ嗜菌体PL[Shimatake等人(1981)Nature 292：128]和T5[美国专利4,689,406]启动子系统也提供了有用的启动子序列。
另外，非天然存在的合成的启动子也可象细菌启动子一样起作用。例如，一种细菌或嗜菌体启动子的转录激活序列可以和另一种细菌或嗜菌体启动子的操纵子序列连接在一起，形成合成的杂交启动子[美国专利4,551,433]。例如，tac启动子是杂合的trp-lac启动子，它由trp启动子以及受lac阻遏蛋白调节的lac操纵子序列组成[Amann等人(1983)Gene 25：167；de Boer等人，(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.80：21]。另外，细菌启动子可包括非细菌来源但能结合细菌RNA聚合酶并启动转录的天然存在的启动子。天然存在的非细菌来源的启动子还能和相容的RNA聚合酶偶联在一起，从而在原核细胞中高水平地表达某些基因[Studier等人(1986)J.Mol.Biol.189：113；Tabor等人(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.82：1074]。另外，杂合的启动子还可由嗜菌体启动子以及大肠杆菌操纵子区域组成(EPO A-0 267 851)。
除了有功能的启动子序列外，有效的核糖体结合位点对于外来基因在原核细胞中的表达也是有用的。在大肠杆菌中，核糖体结合位点称为Shine-Dalgarno(SD)序列，其包括起始密码子(ATG)以及在起始密码子上游3-11个核苷酸处的长度为3-9个核苷酸的序列[Shine等人(1975)Nature 254：34]。认为SD序列是通过SD序列和大肠杆菌16S rRNA的3′端碱基配对来促进mRNA与核糖体结合的[Steitz等人(1979)″信使RNA中的遗传信号和核苷酸序列″生物学调节和发育：基因表达″(编者R.F.Goldberger)]。为了表达具有弱的核糖体结合位点的原核基因和真核基因[Sambrook等人(1989)″克隆基因在大肠杆菌中的表达″《分子克隆实验指南》]。
DNA分子可以在胞内表达。启动子序列可以直接与DNA分子相连，在这种情况下，N端的第一个氨基酸始终是甲硫氨酸，其由ATG起始密码子编码。如果需要，可通过和溴化氰体外培育或通过和细菌甲硫氨酸N-端肽酶体内或体外培育，将N端的甲硫氨酸从蛋白质上切下(EPO-A-0 219 237)。
融合蛋白为直接表达提供了一种备选方案。通常，将编码内源细菌蛋白或其它稳定的蛋白之N端部分的DNA序列与异源编码序列的5′端融合。在表达时，该构建物将提供这两个氨基酸序列的融合物。例如，λ噬菌体细胞基因可以和外源基因的5′端相连并在细菌中表达。所得融合蛋白宜保留一个酶(因子Xa)加工位点，以便将噬菌体蛋白与外源基因切开[Nagai等人(1984)Nature 309：810]。融合蛋白也可用lacZ[Jia等人(1987)Gene 60：197]，trpE[Allen等人(1987)J.Biotechnol.5：93；Makoff等人(1989)，J.Gen.Microbiol.135：11]以及Chey[EP-A-0-324 647]基因的序列组成。两个氨基酸序列连接处的DNA序列可能编码或不编码可切割的位点。另一个例子是遍在蛋白融合蛋白。这种融合蛋白由遍在蛋白区域组成，该区域宜保留一个酶(例如遍在蛋白特异性加工蛋白酶)加工位点，以便将外源蛋白和遍在蛋白切开。通过这种方法，可以分离获得天然的外源蛋白[Miller等人(1989)Bio/Technology 7：698]。
另外，还可通过产生嵌合的DNA分子来将外源蛋白分泌出细胞，该嵌合的DNA分子编码的融合蛋白含有一个信号肽序列片段，该序列片段能使细菌中的外源蛋白分泌出来[美国专利4,336,336]。信号序列片段通常编码一个信号肽，该信号肽含有疏水性氨基酸，能指引蛋白分泌出细胞。蛋白质被分泌到生长培养基(革兰阳性菌)中或细胞内膜和外膜之间的周质间隙内(革兰阴性菌)。在编码的信号肽片段和外源基因之间宜具有能在体内或体外切割的加工位点。
编码合适信号序列的DNA可以从分泌性细菌蛋白的基因衍生获得，这些基因例如是大肠杆菌外膜蛋白基因(ompA)[Masui等人(1983)，《基因表达的实验操作》；Ghrayeb等人(1984)EMBO J.3：2437]以及大肠杆菌碱性磷酸酶信号序列(phoA)[Oka等人(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.82：7212]。另一个例子是，可采用各种芽孢杆菌菌株的α淀粉酶基因的信号序列将异源蛋白分泌出枯草芽孢杆菌[Palva等人(1982)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 79：5582；EP-A-0 244 042]。
通常，细菌所识别的转录终止序列是位于翻译终止密码子3′的调控区，它和启动子一起侧接在编码序列的两侧。这些序列指导mRNA的转录，而mRNA能被翻译成该DNA所编码的多肽。转录终止序列通常包括约50个核苷酸的DNA序列，该序列能形成帮助终止转录的茎环结构。例子包括衍生自具有强启动子的基因(如大肠杆菌中的trp基因以及其它生物合成的基因)的转录终止序列。
上述组件，包括启动子、信号序列(如果需要的)、感兴趣的编码序列以及转录终止序列通常一起被放在表达构建物中。表达构建物通常以复制子的形式维持，例如能在宿主(如细菌)中稳定维持的染色体外元件(如质粒)。复制子具有一个复制系统，从而允许其维持在原核宿主中或进行表达或进行克隆和扩增。另外，复制子可以是高拷贝数或低拷贝数的质粒。高拷贝数质粒的拷贝数大致在约5至200之间，通常在约10至150之间。含有高拷贝数质粒的宿主宜含有至少约10个质粒，更佳的含有至少约20个质粒。根据载体以及外源蛋白对宿主的影响，可以选择高拷贝数或低拷贝数的载体。
另外，表达构建物可以和一个整合载体一起整合入细菌基因组中。整合载体通常含有至少一个序列与细菌染色体同源，从而允许该载体整合。整合看来是载体和细菌染色体中的同源DNA之间重组引起的。例如，用不同芽孢杆菌菌株的DNA构建的整合载体整合到芽孢杆菌染色体中(EP-A-0 127 328)。整合载体还可包含噬菌体或转座子序列。
通常，染色体外以及整合的表达构建物均含有可选择的标记，以便选择已经转化的菌株。可选择标记可在细菌宿主中表达，其包括赋予细菌对药物(如氨苄青霉素、氯霉素、红霉素、卡那霉素(新霉素)和四环素)抗性的基因[Davies等人(1978)Annu.Rev.Microbiol.32：469]。可选择标记还可包括生物合成性基因，如在组氨酸、色氨酸以及亮氨酸生物合成途径中的那些基因。
另外，上述某些组件可以一起放在转化载体中。转化载体通常包含一个可选择标记，如上所述，该载体以复制子形式维持或发展成一个整合载体。
已经开发出了用于转化到许多细菌中的表达和转化载体(无论是染色体外复制子还是整合载体)。例如，已经开发出了用于下列细菌的表达载体：枯草芽孢杆菌[Palva等人，(1982)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 79：5582；EP-A-0 036 259和EP-A-0 063 953；WO 84/04541]，大肠杆菌[Shimatake等人，(1981)Nature 292：128；Amann等人，(1985)Gene 40：183；Studier等人，(1986)J.Mol.Biol.189：113；EP-A-0 036 776，EP-A-0 136829和EP-A-0 136 907]，酪链球菌[Powell等人，(1988)Appl.Environ.Microbiol.54：655]；浅青紫链球菌[Powell等人，(1988)Appl.Environ.Microbiol.54：655]，浅青紫链霉菌[US patent 4,745,056].
将外源DNA导入细菌宿主的方法是本领域熟知的，通常包括用氯化钙或其它试剂(如二价阳离子和DMSO)处理对细菌进行转化。DNA还可通过电穿孔方法导入细菌细胞。转化程序通常因待转化的细菌种类而不同。例如参见[Masson等人，(1989)FEMS Microbiol.Lett.60：273；Palva等人，(1982)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 79：5582；EP-A-0 036 259和EP-A-0 063 953；WO 84/04541，芽孢杆菌]，[Miller等人，(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.85：856；Wang等人，(1990)J.Bacteriol.172：949，弯曲杆菌]，[Cohen等人，(1973)Proc.Natl.Acad.Sci.69：2110；Dower等人，(1988)Nucleic Acids Res.16：6127；Kushner(1978)″用ColE1-衍生的质粒转化大肠杆菌的改进的方法″GeneticEngineering：Proceedings of the International Symposium on Genetic Engineering(H.W.Boyer和S.Nicosia编辑)；Mandel等人，(1970)J.Mol.Biol.53：159；Taketo(1988)Biochim.Biophys.Acta 949：318；埃希氏菌]，[Chassy等人，(1987)FEMS Microbiol.Lett.44：173乳酸杆菌]；[Fiedler等人，(1988)Anal.Biochem 170：38，假单胞菌]；[Augustin等人，(1990)FEMS Microbiol.Lett.66：203，葡萄球菌]，[Barany等人，(1980)J.Bacteriol.144：698；Harlander(1987)″用电穿孔转化链球菌产乳酸微生物″Streptococcal Genetics(J.Ferretti和R.Curtiss III编辑)；Perry等人，(1981)Infect.Immun.32：1295；Powell等人，(1988)Appl.Environ.Microbiol.54：655；Somkuti等人，(1987)Proc.4th Evr.Cong.Biotechnology 1：412，链球菌]。
v.酵母表达
酵母表达系统也是本领域技术人员所知的。酵母启动子是能结合酵母RNA聚合酶并启动下游(3′)编码序列(如结构基因)转录成mRNA的DNA序列。启动子具有一个转录起始区，它通常位于编码序列的5′端附近。该转录起始区通常包括RNA聚合酶结合位点(″TATA″盒)以及一个转录起始位点。酵母启动子可能还有第二个功能区域称为上游激活序列(UAS)，如果存在的话，它通常在结构基因的远端。UAS能调节表达(可诱导)。在UAS不存在时，发生组成型表达。表达的调控可能是正作用或负作用的，从而增强或减弱了转录。
酵母是一种发酵生物体，具有活泼的代谢途径，因此编码代谢途径中的酶的序列提供了特别有用的启动子序列。例子包括醇脱氢酶(ADH)(EP-A-0 284 044)、烯醇酶、葡萄糖激酶、葡萄糖-6-磷酸异构酶、甘油醛-3-磷酸-脱氢酶(GAP或GAPDH)、己糖激酶、磷酸果糖激酶、3-磷酸甘油酸变位酶、以及丙酮酸激酶(PyK)(EPO-A-0 329 203)。编码酸性磷酸酶的酵母PHO5基因也提供了有用的启动子序列[Myanohara等人(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80：1]。
另外，非天然存在的合成的启动子也可象酵母启动子一样起作用。例如，一种酵母启动子的UAS序列可以和另一种酵母启动子的转录激活区连接在一起，形成合成的杂合启动子。这种杂合启动子的例子包括与GAP转录激活区相连的ADH调控序列(美国专利No.4,876,197和4,880,734)。杂合启动子的其它例子包括由ADH2、GAL4、GAL10或PHO5基因的调控序列组成的启动子与糖酵解酶基因如GAP或PyK的转录激活区组合(EP-A-0 164 556)。另外，酵母启动子可包括非酵母来源但能结合酵母RNA聚合酶并启动转录的天然存在的启动子。这些启动子的例子包括，尤其是，[Cohen等人，(1980)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77：1078；Henikoff等人，(1981)Nature 283：835；Hollenberg等人，(1981)Curr.Topics Microbiol.Immunol.96：119；Hollenberg等人，(1979)″细菌抗生素抗性基因在酿酒酵母中的表达″Plasmids of Medical，Environmentaland Commercial Importance(K.N.Timmis和A.Puhler编辑)；Mercerau-Puigalon等人，(1980)Gene 11：163；Panthier等人，(1980)Curr.Genet.2：109]。
DNA分子可以在酵母菌胞内表达。启动子序列可以直接与DNA分子相连，在这种情况下，重组蛋白N端的第一个氨基酸始终是甲硫氨酸，其由ATG起始密码子编码。如果需要，可通过和溴化氰体外培育将N端的甲硫氨酸从蛋白质上切下。
象在哺乳动物、杆状病毒以及细菌表达系统中一样，融合蛋白为酵母表达系统提供了一种备选方案。通常，将编码内源酵母蛋白或其它稳定的蛋白之N端部分的DNA序列与异源编码序列的5′端融合。在表达时，该构建物将提供这两个氨基酸序列的融合物。例如，酵母或人超氧化物歧化酶(SOD)基因可以和外源基因5′端相连并在酵母中表达。两个氨基酸序列连接处的DNA序列可能编码或不编码可切割的位点。例如参见EP-A-0 196 056。另一个例子是遍在蛋白融合蛋白。这种融合蛋白由遍在蛋白区域组成，该区域宜保留一个酶(例如遍在蛋白特异性加工蛋白酶)加工位点，以便将外源蛋白和遍在蛋白切开。因此，通过这种方法，可以分离获得天然的外源蛋白(例如WO88/024066)。
另外，还可通过产生嵌合的DNA分子来将外源蛋白从细胞分泌到生长培养基中，该嵌合的DNA分子编码的融合蛋白含有一个前导序列片段，该前导序列片段能使酵母中的外源蛋白分泌出来。较佳的，在编码的前导片段和外来基因之间宜具有能在体内或体外切割的加工位点。该前导序列片段通常编码了含有疏水性氨基酸的信号肽，其指导蛋白从细胞分泌出来。
编码合适信号序列的DNA可以从分泌性酵母蛋白的基因衍生获得，这些基因例如有酵母转化酶基因(EP-A-0 012 873；JPO.62,096,086)以及A-因子基因(美国专利4,588,684)。另外，非酵母来源的前导序列(如干扰素前导序列)的存在也能提供分泌出酵母的作用(EP-A-0 060 057)。
较佳的一类分泌前导序列采用了酵母α-因子基因的片段，其含有″pre″信号序列和″pro″区。可采用的α因子片段的类型包括全长pre-pro α因子前导序列(约83个氨基酸残基)以及截短的α-因子前导序列(通常约25至50个氨基酸残基)(美国专利4,546,083和4,870,008；EP-A-0 324 274)。采用α-因子前导片段提供分泌作用的其它前导序列包括杂合的α-因子前导序列，其由第一个酵母的pre序列以及第二个酵母α因子的pro区域组成(例如见WO 89/02463)。
通常，被酵母识别的转录终止序列是位于翻译终止密码子3′的调控区，其和启动子一起侧接在编码序列的两侧。这些序列指导mRNA的转录，而mRNA能被翻译成该DNA所编码的多肽。转录终止序列和其它酵母识别的终止序列的例子例如是编码糖酵解酶的那些转录终止序列。
上述组件，包括启动子、信号序列(如果需要的)、感兴趣的编码序列以及转录终止序列，通常被一起放在表达构建物中。表达构建物通常以复制子的形式保持，例如能在宿主(如酵母或细菌)中稳定保持的染色体外元件(如质粒)。复制子可能具有两个复制系统，从而允许其能维持在例如酵母中进行表达，并能维持在原核宿主进行克隆和扩增。这些酵母-细菌穿梭载体的例子包括YEp24[Botstein等人(1979)Gene8：17-24]，pCL/1[Brake等人，(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81：4642-4646]和YRp17[Stinchcomb等人(1982)J.Mol.Biol.158：157]。另外，复制子可以是高拷贝数或低拷贝数的质粒。高拷贝数质粒的拷贝数大致在约5至200之间，通常在约10至150之间。含有高拷贝数质粒的宿主宜含有至少约10个质粒，更佳的含有至少约20个质粒。根据载体以及外源蛋白对宿主的影响，可以选择高拷贝数或低拷贝数的载体。例如参见Brake等人，同上。
另外，表达构建物可以和一个整合载体一起整合入酵母基因组中。整合载体通常含有至少一个序列与酵母染色体同源，从而允许该载体整合，最好含有两个同源序列侧接该表达构建物。整合看来是载体和酵母染色体中同源DNA之间重组引起的[Orr-Weaver等人(1983)Methods in Enzymol.101：228-245]。通过选择合适的同源序列插入载体中，可以使整合载体针对酵母中某一特定的基因座。见Orr-Weaver等人，同上。可以整合入一个或多个表达构建物，这可能会影响重组蛋白产生的水平[Rine等人(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80：6750]。载体中的染色体序列可以载体中的单个片段形式存在(从而导致整个载体的整合)，或是与染色体中的相邻片段同源的两个片段，这两个片段在载体中侧接在表达构建物两侧，从而导致仅仅表达构建物稳定地整合。
通常，染色体外以及整合的表达构建物均含有可选择的标记，以便选择已经转化的酵母菌株。可选择标记可包括能在酵母宿主中表达的生物合成基因(如ADE2、HIS4、LEU2、TRP1和ALG7以及G418抗性基因)，这些基因分别赋予酵母细胞对衣霉素以及G418的抗性。另外，合适的可选择标记还可能为酵母在毒性化合物(如金属)存在下提供生长能力。例如，CUP1的存在使酵母能在铜离子存在下生长[Butt等人，(1987)Microbiol，Rev.51：351]。
另外，上述某些组件可以一起放在转化载体中。转化载体通常包含一个可选择标记，如上所述，该载体以复制子形式维持或发展成一个整合载体。
已经开发出了用于转化入许多酵母中的表达和转化载体(无论是染色体外复制子还是整合载体)。例如，已经开发出用于下列酵母菌的表达载体：白假丝酵母[Kurtz，等人，(1986)Mol.Cell.Biol.6：142]，麦芽糖念珠菌[Kunze，等人，(1985)J.BasicMicrobiol.25：141]，多形汉逊酵母[Gleeson，等人，(1986)J.Gen.Microbiol.132：3459；Roggenkamp等人，(1986)Mol.Gen.Genet.202：302]，脆壁克鲁维酵母[Das，等人，(1984)J.Bacteriol.158：1165]，乳酸克鲁维酵母[De Louvencourt等人，(1983)J.Bacteriol.154：737；Van den Berg等人，(1990)Bio/Technology 8：135]，季也蒙毕赤酵母[Kunze等人，(1985)J.Basic Microbiol.25：141]，巴斯德毕酵母[Cregg，等人，(1985)Mol.Cell.Biol.5：3376；美国专利No.4,837,148和4,929,555]，酿酒酵母[Hinnen等人，(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 75：1929；Ito等人，(1983)J.Bacteriol.153：163]，栗酒裂植酵母[Beach和Nurse(1981)Nature 300：706]，以及Yarrowia lipolytica[Davidow，等人，(1985)Curr.Genet 10：380471 Gaillardin，等人，(1985)Curr.Genet.10：49]。
将外源DNA导入酵母宿主的方法是本领域熟知的，通常包括用碱阳离子处理转化的原生质球或完整酵母细胞。转化程序通常因待转化的酵母种类而不同。例如参见，[Kurtz等人，(1986)Mol.Cell.Biol.6：142；Kunze等人，(1985)J.Basic Microbiol.25：141；假丝酵母]；[Gleeson等人，(1986)J.Gen.Microbiol.132：3459；Roggenkamp等人，(1986)Mol.Gen.Genet.202：302；汉逊酵母]；[Das等人，(1984)J.Bacteriol.158：1165；De Louvencourt等人，(1983)J.Bacteriol.154：1165；Van den Berg等人，(1990)Bio/Technology 8：135；克鲁维酵母]；[Cregg等人，(1985)Mol.Cell.Biol.5：3376；Kunze等人，(1985)J.Basic Microbiol.25：141；美国专利No.4,837,148和4,929,555；毕赤酵母]；[Hinnen等人，(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 75；1929；Ito等人，(1983)J.Bacteriol.153：163酿酒酵母]；[Beach和Nurse(1981)Nature 300：706；裂殖酵母]；[Davidow等人，(1985)Curr.Genet.10：39；Gaillardin等人，(1985)Curr.Genet.10：49；Yarrowia]。
抗体
本文所用的术语“抗体”指由至少一个抗体结合位点组成的一个或一组多肽。“抗体结合位点”是一个三维结合空间，其内表面形状和电荷分布与抗原表位的特征互补，从而使抗体与抗原结合。“抗体”例如包括，脊椎动物抗体、杂合抗体、嵌合抗体、人化抗体、经修饰的抗体、单价抗体、Fab蛋白以及单结构域抗体。
针对本发明蛋白的抗体可用于亲和层析、免疫试验以及区别/鉴定奈瑟球菌蛋白。
针对本发明蛋白的多克隆和单克隆抗体可用常规方法制得。通常，首先用蛋白来免疫合适的动物，较佳的是小鼠、大鼠、家兔或山羊。由于可获得的血清体积多，能获得标记的抗家兔和抗山羊抗体，因此对于制备多克隆抗血清来说，家兔和山羊是较佳的。免疫通常这样进行：将蛋白混合或乳化到盐水(较佳的是佐剂如Freund完全佐剂)中，然后肠胃外(通常是皮下或肌内)注射该混合物或乳剂。每次注射50-200微克的剂量就足够了。2-6周后用盐水(较佳的是用Freund不完全佐剂)配的蛋白质注射一次或多次以强化免疫。另外可以用本领域已知的方法进行体外免疫来产生抗体，从本发明的目的来看，认为其与体内免疫等效。将免疫后的动物血液抽取到玻璃或塑料容器中，25℃培育该血液1小时，然后4℃培育2-18小时，获得多克隆抗血清。离心(例如1000g 10分钟)回收血清。家兔每次取血可获得约20-50毫升。
用Kohler和Milstein的标准方法[Nature(1975)256：495-96]或其改进方法制得单克隆抗体。通常，如上所述对小鼠或大鼠免疫。然而，并非是对动物取血然后抽提血清，而是取出脾脏(以及任选地取出几个大的淋巴结)，将其分离成单细胞。如果需要，可将细胞悬液(在除去非特异性粘附的细胞后)加入包被了蛋白质抗原的板或孔中，对脾细胞进行筛选。表达抗原特异性的膜结合免疫球蛋白的B细胞结合到板上，不象悬液其它物质那样被洗去。然后使所得B细胞或所有解离的脾细胞与骨髓瘤细胞融合形成杂交瘤，培养在选择性培养基(如次黄嘌呤、氨基蝶呤胸苷培养基，“HAT”)中。通过有限稀释接种所得杂交瘤，并测定特异性结合免疫抗原(且不结合无关抗原)的抗体的产生。然后，体外(例如在组织培养瓶或中空纤维反应器中)或体内(如小鼠腹水中)培养所选的分泌单克隆抗体的杂交瘤。
如果需要，抗体(无论是多克隆还是单克隆抗体)可用常规技术来标记。合适的标记包括荧光团、发色团、放射活性原子(具体是32P和125I)、密电子试剂、酶、以及具有特异性结合配偶的配体。酶通常靠其活性来检测。例如，辣根过氧化物酶通常是检测其将3，3′，5，5′-四甲基联苯胺(TMB)转变成蓝色的能力，可用分光光度计定量测定。“特异性结合配偶”指能以高特异性结合配体分子的蛋白质，例如抗原以及对其有特异性的单克隆抗体。其它特异性结合配偶包括生物素和亲和素或链亲和素，IgG和蛋白A，以及本领域已知的许多受体-配体对。应理解，上述内容并非要将各种标记分成不同的类，因为同一标记可在几种不同的模型中起作用。例如，125I可作为放射活性标记，或作为密电子试剂。HRP可作为酶或单抗的抗原。另外，一种物质可以和各种标记组合以获得所需的效果。例如，在实施本发明中，单抗和亲和素也需要标记，因此，可以用生物素标记单抗，并用标记了125I的亲和素检测其存在，或用标记HRP的抗生物素单抗检测其存在。其它替换和可能性对于本领域普通技术人员来说是显而易见的，所以应认作等价物属于本发明的范围。
药物组合物
药物组合物可包含本发明的多肽、抗体或核酸。该药物组合物将包含治疗有效量的本发明的多肽、抗体或多核苷酸。
本文所用的术语“治疗有效量”指治疗剂治疗、缓解或预防目标疾病或状况的量，或是表现出可检测的治疗或预防效果的量。该效果例如可通过化学标记或抗原水平来检测。治疗效果也包括生理性症状的减少，例如体温降低。对于某一对象的精确有效的量取决于该对象的体型和健康状况、病症的性质和程度、以及选择给予的治疗剂和或治疗剂的组合。因此，预先指定准确的有效量是没用的。然而，对于某给定的状况而言，可以用常规实验来确定该有效量，临床医师是能够判断出来的。
为了本发明的目的，有效的剂量为给予个体约0.01毫克/千克至50毫克/千克或0.05毫克/千克至10毫克/千克的DNA构建物。
药物组合物还可含有药学上可接受的载体。术语“药学上可接受的载体”指用于治疗剂(例如抗体、多肽、基因或其它治疗剂)给药的载体。该术语指这样一些药剂载体：它们本身不诱导产生对接受该组合物的个体有害的抗体，且给药后没有过分的毒性。合适的载体可能是大的、代谢缓慢的大分子，如蛋白质、多糖、聚乳酸(polylacticacid)、聚乙醇酸、氨基酸聚合物、氨基酸共聚物以及无活性的病毒颗粒。这些载体是本领域普通技术人员所熟知的。
本文可用的药学上可接受的盐例如有：无机酸盐，如盐酸盐、氢溴酸盐、磷酸盐、硫酸盐等；以及有机酸的盐，如乙酸盐、丙酸盐、丙二酸盐、苯甲酸盐等。在Remington′sPharmaceutical Sciences(Mack Pub.Co.，N.J.1991)中可找到关于药学上可接受的赋形剂的充分讨论。
治疗性组合物中的药学上可接受的载体可含有液体，如水、盐水、甘油和乙醇。另外，这些载体中还可能存在辅助性的物质，如润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等。通常，可将治疗性组合物制成可注射剂，例如作为液体溶液或悬液；还可制成在注射前适合配入溶液或悬液中、液体载体的固体形式。脂质体也包括在药学上可接受的载体的定义中。
输药方法
一旦配成本发明的组合物，可将其直接给予对象。待治疗的对象可以是动物；尤其可以治疗人对象。
直接输送该组合物通常可通过皮下、腹膜内、静脉内或肌内注射或输送至组织间隙来实现。组合物也可输送至病灶区。其它给药方式包括口服和肺给药、栓剂和透皮或经皮肤应用(例如参见WO98/20734)、用针、基因枪或手持喷雾器(hypospray)。治疗剂量方案可以是单剂方案或多剂方案。
疫苗
本发明的疫苗可以是预后性的(即预防感染)或治疗性的(即在感染后治疗疾病)。
这些疫苗包含免疫性抗原、免疫原、多肽、蛋白或核酸，通常与“药学上可接受的载体”组合，这些载体包括本身不诱导产生对接受该组合物的个体有害的抗体的任何载体。合适的载体通常是大的、代谢缓慢的大分子，如蛋白质、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、氨基酸聚合物、氨基酸共聚物、脂质凝集物(如油滴或脂质体)以及无活性的病毒颗粒。这些载体是本领域普通技术人员所熟知的。另外，这些载体可作为免疫刺激剂(“佐剂”)。另外，抗原或免疫原可以和细菌类毒素(如白喉、破伤风、霍乱、幽门螺杆菌等病原体的类毒素)偶联。
增强组合物效果的较佳的佐剂包括但不局限于：(1)铝盐(alum)，如氢氧化铝、磷酸铝、硫酸铝等；(2)水包油的乳剂配方(有或没有其它特异性的免疫刺激剂，如胞壁酰肽(见下文)或细菌细胞壁成分)，例如，例(a)MF59TM(WO 90/14837；《疫苗设计：亚基和佐剂方法》第10章，编者Powell和Newman，Plenum Press 1995)，其含有5％鲨烯、0.5％吐温80和0.5％Span 85(任选地含有不同量的MTP-PE(见下文)，虽然并不需要)，用微量流化器(如110Y型微量流化器(Microfluidics，Newton，MA))制成亚微米级颗粒；(b)SAF，其含有10％鲨烯、0.4％吐温80、5％普卢兰尼克(pluronic)嵌段聚合物L121以及thr-MDP(见下文)，微量流化成亚微米级乳剂或涡流振荡产生粒径较大的乳剂，和(c)RibiTM佐剂系统(RAS)(Ribi Immunochem，Hamilton，MT)，其含有2％鲨烯、0.2％吐温80以及取自单磷酰脂A(MPL)、二霉菌酸海藻糖酯(TDM)、和细胞壁骨架(CWS)的一种或多种细菌细胞壁组分，较佳的是MPL+CWS(DetoxTM)；(3)皂素佐剂，例如可采用StimulonTM(Cambridge Bioscience，Worcester，MA)或从其产生的颗粒，如ISCOM(免疫刺激性复合物)；(4)Freund完全佐剂(CFA)和Freund不完全佐剂(IFA)；(5)细胞因子，如白介素(如IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12等)、干扰素(如γ干扰素)、巨噬细胞集落刺激因子(M-CFS)、肿瘤坏死因子(TNF)等；以及(6)作为免疫刺激剂来增强组合物效果的其它物质。Alum和MF59TM是较佳的。
如上所述，胞壁酰肽包括但不局限于，N-乙酰-胞壁酰-L-苏氨酰-D-异谷氨酰胺(thr-MDP)、N-乙酰-去胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰胺(nor-MDP)、N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-异谷氨酰氨酰基-L-丙氨酸-2-(1′-2′-二棕榈酰-sn-甘油-3-羟基磷酰氧)-乙胺(MTP-PE)等。
免疫原性组合物(如免疫用抗原/免疫原/多肽/蛋白质/核酸，药学上可接受的载体以及佐剂)通常含有稀释剂，如水，盐水，甘油，乙醇等。另外，辅助性物质，如润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等可存在于该赋形剂中。
通常，可将免疫原性组合物制成可注射剂，例如作为液体溶液或悬液；还可制成在注射前适合配入溶液或悬液、液体赋形剂的固体形式。该制剂还可乳化或包封在脂质体中，在上述药学上可接受的载体下增强佐剂效果。
用作疫苗的免疫原性组合物包含免疫学有效量的抗原性或免疫原性多肽，以及上述其它所需的组分。“免疫学有效量”指以单剂或连续剂一部分给予个体的量对治疗或预防是有效的。该用量根据所治疗个体的健康状况和生理状况、所治疗个体的类别(如非人灵长类等)、个体免疫系统合成抗体的能力、所需的保护程度、疫苗的配制、治疗医师对医疗状况的评估、及其它的相关因素而定。预计该用量将在相对较宽的范围内，可通过常规实验来确定。
传统方法是从肠胃外(皮下、肌内、或透皮/经皮肤(如WO98/20734))途径通过注射给予免疫原性组合物。适合其它给药方式的其它配方包括口服和肺制剂、栓剂和透皮应用。治疗剂量可以是单剂方案或多剂方案。疫苗可以结合其它免疫调节剂一起给予。
作为以蛋白质为基础的疫苗的备选方案是，可以采用DNA疫苗接种[例如，Robinson和Torres(1997)Seminars in Immunology 9：271-283；Donnelly等人(1997)Annu Rev.Immunol 15：617-648；见下文]。
基因输送载体
用于输送构建物的基因治疗载体可以口服或全身性给予，其中所述构建物包括本发明治疗剂的编码序列，将其输送至哺乳动物以便在哺乳动物体内表达。这些构建物可利用体内或活体外方式中的病毒或非病毒载体方法。这些编码序列的表达可用内源哺乳动物启动子或异源启动子诱导。编码序列的体内表达可以是组成型的或受调控的。
本发明包括能表达所涉及的核酸序列的基因输送载体。基因输送载体宜为病毒载体，更佳的是逆转录病毒、腺病毒、腺伴随病毒(AAV)、疱疹病毒或甲病毒载体。病毒载体还可以是星状病毒、冠状病毒、正粘病毒、乳多空病毒、副粘病毒、细小病毒、小核糖核酸病毒、痘病毒或披膜病毒的病毒载体。通常参见Jolly(1994)Cancer GeneTherapy 1：51-64；Kimura(1994)Human Gene Therapy 5：845-852；Connelly(1995)Human Gene Therapy 6：185-193；以及Kaplitt(1994)Nature Genetics 6：148-153。
逆转录病毒载体是本领域中熟知的，我们认为任何逆转录病毒基因治疗载体均可用于本发明，包括B、C和D型逆转录病毒、异嗜性逆转录病毒(例如NZB-X1、NZB-X2和NZB9-1(见O′Neill(1985)J.Virol.53：160)广食性逆转录病毒如MCF和MCF-MLV(见Kelly(1983)J.Virol 45：291)、泡沫病毒和慢病毒。见《RNA肿瘤病毒》第2版，ColdSpring Harbor Laboratory，1985。
逆转录病毒基因治疗载体的诸部分可从不同逆转录病毒衍生获得。例如，逆转录载体LTR可以从鼠肉瘤病毒衍生获得，tRNA结合位点可以从Rous肉瘤病毒衍生获得，包装信号从鼠白血病病毒获得，第二链的合成起点从禽类白血病病毒获得。
可将这些重组逆转录病毒导入合适的包装细胞系，用来产生转导感受态逆转录病毒载体颗粒(见美国专利5,591,624)。通过将嵌合性整合酶掺入逆转录病毒颗粒，构建逆转录病毒载体，以便将其定点整合到宿主细胞DNA中(见WO96/37626)。较佳的是重组病毒载体是复制缺陷型重组病毒。
适合与上述逆转录病毒载体一起使用的包装细胞系是本领域中熟知的，很容易制得(见WO95/30763和WO92/05266)，并能用来产生能生产重组载体颗粒的生产型细胞系(也称为载体细胞系或“VCL”)。包装细胞系宜从人亲代细胞(如HT1080细胞)或貂亲代细胞系制取，以便消除人血清的灭活作用。
用来构建逆转录病毒基因治疗载体的较佳的逆转录病毒包括禽类白血病病毒、牛白血病病毒、鼠白血病病毒、水貂细胞灶诱导病毒、鼠肉瘤病毒、网状内皮组织增殖病毒和Rous肉瘤病毒。特别佳的鼠白血病病毒包括4070A和1504A(Hartley和Rowe(1976)J Virol 19：19-25)，Abelson(ATCC No.VR-999)，Friend(ATCCNo.VR-245)，Graffi，Gross(ATCC Nol VR-590)，Kirsten，Harvey肉瘤病毒和Rauscher(ATCC No.VR-998)以及莫洛尼鼠白血病病毒(ATCC No.VR-190)。这些逆转录病毒可以从保藏机构或保藏中心如Rockville，Maryland的美国典型培养物保藏中心(ATCC)获得，或用常用的技术从已知来源分离获得。
可用于本发明的典型的已知逆转录病毒基因治疗载体包括在以下专利申请中描述的那些载体：GB2200651，EP0415731，EP0345242，EP0334301，WO89/02468；WO89/05349，WO89/09271，WO90/02806，WO90/07936，WO94/03622，WO93/25698，WO93/25234，WO93/11230，WO93/10218，WO91/02805，WO91/02825，WO95/07994，US 5,219,740，US 4,405,712，US 4,861,719，US 4,980,289，US 4,777,127，US 5,591,624.另见Vile(1993)Cancer Res 53：3860-3864；Vile(1993)Cancer Res 53：962-967；Ram(1993)Cancer Res 53(1993)83-88；Takamiya(1992)J Neurosci Res 33：493-503；Baba(1993)J Neurosurg 79：729-735；Mann(1983)Cell 33：153；Cane(1984)Proc Natl AcadSci 81：6349；以及Miller(1990)Human Gene Therapy 1。
人腺病毒基因治疗载体也是本领域中已知的，并可用于本发明。例如参见Berkner(1988)Biotechniques 6：616和Rosenfeld(1991)Science 252：431，以及WO93/07283，WO93/06223和WO93/07282。用于本发明的典型的已知的腺病毒基因治疗载体包括在上述文献以及下述专利中描述的那些例子：WO94/12649，WO93/03769，WO93/19191，WO94/28938，WO95/11984，WO95/00655，WO95/27071，WO95/29993，WO95/34671，WO96/05320，WO94/08026，WO94/11506，WO93/06223，WO94/24299，WO95/14102，WO95/24297，WO95/02697，WO94/28152，WO94/24299，WO95/09241，WO95/25807，WO95/05835，WO94/18922和WO95/09654。另外，可以采用Curiel(1992)Hum.Gene Ther.3：147-154中描述的给予和已杀死腺病毒相连的DNA的方法。本发明的基因输递载体还包括腺病毒伴随病毒(AAV)载体。用于本发明的这种载体的主要且较佳的例子是Srivastava，WO93/09239中公开的AAV-2为基的载体。最佳的AAV载体包含两个AAV反向末端重复序列，其中通过替换核苷酸对天然D-序列进行修饰，使至少5-18个天然的核苷酸(较佳的至少10-18个天然核苷酸，最佳的10个天然核苷酸)被保留下来，而D-序列其余的核苷酸缺失或被非天然核苷酸取代。AAV末端反向重复序列的天然D-序列是每个AAV反向末端重复序列中不参与HP形成的20个串联核苷酸的序列(即每一端有一个序列)。非天然的替换核苷酸可以是天然D-序列该位置中所见核苷酸除外的任何核苷酸。其它可采用典型AAV载体是pWP-19、pWN-1，两者均公开在Nahreini(1993)Gene 124：257-262中。这样的AAV的另一个例子是psub201(见Samulski(1987)J.Virol.61：3096)。另一个典型的AAV载体是Double-D ITR载体。Double-D ITR载体的构建方案公开在美国专利5,478,745中。还有其它的载体是公开在Carter的美国专利4,797,368和Muzyczka的美国专利5,139,941、Chartejee的美国专利5,474,935和Kotin的WO94/288157中的载体。可用于本发明的另一个AAV载体例子是SSV9AFABTKneo，它含有AFP增强子和白蛋白启动子，并且主要指导肝内表达。其结构和构建方案公开在Su(1996)Human Gene Therapy 7：463-470中。其它的AAV基因治疗载体在美国专利5,354,678，5,173,414，5,139,941，5,252,479中有所描述。
本发明的基因治疗载体还包括疱疹载体。主要且较佳的例子是含有编码胸苷激酶多肽的序列的单纯疱疹病毒载体，如公开在US5,288,641和EP0176170(Roizman)中的那些。其它典型的单纯疱疹病毒载体包括WO95/04139中公开的HFEM/ICP6-LacZ(Wistar Institute)、Geller(1988)Science 241：1667-1669以及WO90/09441和WO92/07945中公开的pHSVlac、Fink(1992)Human Gene Therapy3：11-19中描述的HSV Us3::pgC-lacZ、EP 0453242(Breakefield)中描述的HSV 7134、2RH 105和GAL4以及保藏于ATCC、保藏号为ATCC VR-977和ATCC VR-260的那些病毒。
还考虑到甲病毒基因基因治疗载体也可用于本发明。较佳的甲病毒载体是新培斯病毒载体。披膜病毒、Semliki Forest病毒(ATCC VR-67；ATCC VR-1247)、Middleberg病毒(ATCC VR-370)、Ross River病毒(ATCC VR-373；ATCC VR-1246)、委内瑞拉马脑炎病毒(ATCC VR923；ATCC VR-1250；ATCC VR-1249；ATCC VR-532)、以及在美国专利5,091,309，5,217,879以及WO92/10578中描述的那些。更具体地说，可以采用1995年3月15日提交的美国申请08/405,627、WO94/21792、WO92/10578、WO95/07994、US 5,091,309和US 5,217,879中描述的那些甲病毒载体。这些甲病毒可以从保藏机构或保藏中心如Rockville，Maryland的美国典型培养物保藏中心(ATCC)获得，或用常用的技术从已知来源分离获得。较佳的是，采用细胞毒性减少的甲病毒载体(见USSN 08/679640)。
DNA载体系统，如真核分层的(layered)表达系统也可用于表达本发明的核酸。关于真核分层的表达系统详见WO95/07994。较佳的，本发明的真核分层表达系统宜从甲病毒载体衍生获得，更佳的从新培斯病毒载体衍生获得。
适用于本发明的其它病毒载体包括：从脊髓灰质炎病毒衍生的病毒，例如ATCCVR-58以及在Evans，Nature 339(1989)385和Sabin(1973)J.Biol.Standardization 1：115中描述的那些；鼻病毒，例如ATCC VR-1110以及在Arnold(1990)J Cell Biochem L401中描述的那些；痘病毒，如金黄色痘病毒或牛痘病毒，例如ATCC VR-111和ATCCVR-2010，以及在Fisher-Hoch(1989)Proc Natl Acad Sci 86：317；Flexner(1989)Ann NYAcad Sci 569：86，Flexner(1990)Vaccine 8：17；US 4,603,112，US 4,769,330以及WO89/01973中描述的那些；SV40病毒，例如ATCC VR-305以及在Mulligan(1979)Nature 277：108和Madzak(1992)J Gen Virol 73：1533中描述的那些；流感病毒，例如ATCC VR-797以及用例如US 5,166,057和Enami(1990)Proc Natl Acad Sci87：3802-3805；Enami和Palese(1991)J Virol 65：2711-2713；Luytjes(1989)Cell 59：110中所述的反基因技术制得的重组流感病毒(另见McMichael(1983)NEJ Med 309：13，Yap(1978)Nature 273：238以及Nature(1979)277：108)；EP-0386882和Buchschacher(1992)J Virol.66：2731中描述的人免疫缺陷病毒；麻疹病毒，例如ATCC VR-67和VR-1247，以及EP-0440219中描述的那些；奥拉病毒，例如ATCC VR-368；Bebaru病毒，例如ATCC VR-600和ATCC VR-1240；Cabassou病毒，例如ATCC VR-922；屈曲病毒，例如ATCC VR-64和ATCC VR-1241；Fort Morgan病毒，例如ATCC VR-924；Getah病毒，例如ATCC VR-369和ATCC VR-1243；Kyzylagach病毒，例如ATCCVR-927；Mayaro病毒，例如ATCC VR-66；Mucambo病毒，例如ATCC VR-580和ATCC VR-1244；Ndumu病毒，例如ATCC VR-371；Pixuna病毒，例如ATCC VR-372和ATCC VR-1245；Tonate病毒，例如ATCC VR-925；Triniti病毒，例如ATCC VR-469；Una病毒，例如ATCC VR-374；Whataroa病毒，例如ATCC VR-926；Y-62-33病毒，例如ATCC VR-375；O′Nyong病毒，东部脑炎病毒，例如ATCC VR-65和ATCCVR-1242；西部脑炎病毒，例如ATCC VR-70，ATCC VR-1251，ATCC VR-622和ATCCVR-1252；和冠状病毒，例如ATCC VR-740和在Hamre(1966)Proc Soc Exp Biol Med121：190中描述的那些。
将本发明的组合物输送至细胞内并不局限于上述病毒载体。还可采用其它输送方法和介质，例如核酸表达载体、与已被杀死的腺病毒相连或不相连的单独的聚阳离子凝缩的DNA(例如参见1994年12月30日美国申请No.08/366,787和Curiel(1992)HumGene Ther 3：147-154)、配体连接的DNA(例如参见Wu(1989)J.Biol.Chem.264：16985-16987)、真核细胞输送载体细胞(例如参见1994年5月9日提交的美国申请No.08/240,030以及美国申请No.08/404,796)、光聚合水凝胶材料的沉淀、手提式基因转移颗粒枪(如美国专利5,149,655所述)、电离辐射(如US5,206,152和WO92/11033所述)、核电荷中和或与细胞膜融合。其它方法在Philip(1994)Mol CellBiol 14：2411-2418以及Woffendin(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.91：1581-1585中有所描述。
可以采用颗粒介导的基因转移，例如参见美国申请No.60/023,867。简言之，可将序列插入含有控制高水平表达的常规序列的常规载体中，然后和合成性基因转移分子一起培育，这些基因转移分子例如是聚合性DNA-结合阳离子(如聚赖氨酸、鱼精蛋白和白蛋白)，其与细胞寻靶配体(如脱唾液酸血清类粘蛋白(如Wu和Wu(1987)J.Biol.Chem.262：4429-4432所述)、胰岛素(如Hucked(1990)Biochem Pharmacol40：253-263所述)、半乳糖(如Plank(1992)Bioconjugate Chem 3：533-539所述)、乳糖或运铁蛋白)相连。
还可使用裸露的DNA。典型的裸露DNA导入方法在WO 90/11902和US5,580,859中有所描述。用可生物降解的乳胶珠可以改善摄取效果。在对珠粒的胞吞作用开始后，DNA包被的乳胶珠粒被有效地运输到细胞中。通过处理珠粒以提高其疏水性可进一步改进该方法，从而帮助破坏核内体和将DNA释放到细胞质中。
可作为基因输送载体的脂质体在US 5,422,120，WO95/13796，WO94/23697，WO91/14445和EP-524,968中有所描述。如USSN 60/023,867中所描述的，在非病毒输送时，可将编码多肽的核酸序列插入含有控制高水平表达的常规序列的常规载体中，然后和合成性基因转移分子一起培育，这些基因转移分子例如是聚合性DNA-结合阳离子(如聚赖氨酸、鱼精蛋白和白蛋白)，其与细胞寻靶配体(如脱唾液酸血清类粘蛋白、胰岛素、半乳糖、乳糖或运铁蛋白)相连。其它输送系统包括采用脂质体来包裹DNA，该DNA所含基因在各种组织特异性或活性普遍存在的启动子控制下。适用的其它非病毒输送系统包括机械输送系统，如Woffendin等人(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91(24)：11581-11585中描述的方法。另外，该系统的编码序列和表达产物可以通过光聚合的水凝胶材料的沉淀来输送。可用来输送编码序列的其它基因输送常规方法例如包括，用手提式基因转移颗粒枪(如美国专利5,149,655所述)；用电离辐射来激活转移的基因(如US 5,206,152和WO92/11033所述)。
典型的脂质体和聚阳离子基因输送载体在下列文献中有所描述：US 5,422,120和4,762,915；WO 95/13796；WO94/23697；WO91/14445；EP-0524968；Stryer，Biochemistry，236-240页(1975)W.H.Freeman，San Francisco；Szoka(1980)BiochemBiophys Acta 600：1；Bayer(1979)Biochem Biophys Acta 550：464；Rivnay(1987)MethEnzymol 149：119；Wang(1987)Proc Natl Acad Sci 84：7851；Plant(1989)Anal Biochem176：420。
多核苷酸组合物可包含治疗有效量的基因治疗载体，其定义如上所述。出于本发明的目的，有效的剂量是给予个体约0.01毫克/千克至50毫克/千克或0.05毫克/千克至10毫克/千克的DNA构建物。
输送方法
一旦配制成后，本发明的多核苷酸组合物可以以下三种方式给予：(1)直接给予对象；(2)活体外输送至从对象衍生获得的细胞；或(3)体外表达重组蛋白。待处理的对象可以是哺乳动物或鸟类。另外，也可对人进行治疗。
直接输送该组合物通常可通过皮下、腹膜内、静脉内或肌内注射或输送至组织间隙来实现。组合物也可输送至病灶区。其它给药方式包括口服和肺给药、栓剂和透皮或经皮肤应用(例如参见WO98/20734)、用针、基因枪或手持喷雾器(hypospray)。治疗剂量方案可以是单剂方案或多剂方案。
活体外输送以及将转化的细胞重新植入对象体内的方法是本领域所熟知的，在例如WO93/14778中有所描述。用于活体外应用的细胞例子包括例如干细胞、尤其是造血细胞、淋巴细胞、巨噬细胞、树突细胞或肿瘤细胞。
通常，对于活体外和体外应用，核酸的输送可通过以下步骤来实现，例如有葡聚糖介导的转染、磷酸钙沉淀、Polybrene介导的转染、原生质体融合、电穿孔、将多核苷酸包囊在脂质体中以及将DNA直接显微注射到胞核中，所有这些均是本领域所熟知的。
多核苷酸和多肽药物组合物
除了上述的药学上可接受的载体和盐外，多核苷酸和多肽组合物中还可采用下列附加试剂。
A.多肽
一个例子是多肽，其包括但不局限于：脱唾液酸血清类粘蛋白(ASOR)；运铁蛋白；脱唾液酸糖蛋白；抗体；抗体片段；铁蛋白；白介素；干扰素；粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)；粒细胞集落刺激因子(G-CSF)、巨噬细胞集落刺激因子(M-CSF)、干细胞因子和促红细胞生成素。还可使用病毒抗原，如包膜蛋白。另外，可用来自其它侵袭性生物的蛋白，例如疟原虫恶性疟疾的环孢子蛋白的17个氨基酸的肽(称为RII)。
B.激素，维生素等
其它可包括的种类例如是：激素、类固醇、雄激素、雌激素、甲状腺激素或维生素、叶酸。
C.聚亚烷基、多糖等
另外，聚(亚烷基)二醇可以和所需的多核苷酸/多肽组合在一起。在一个较佳的实施方案中，聚(亚烷基)二醇是聚乙二醇。另外，可以加入单糖、二糖或多糖。在此方面的一个较佳实施方案中，多糖是葡聚糖或DEAE-葡聚糖。另外有脱乙酰壳多糖和聚交酯-聚乙醇酸内酯共聚物。
D.脂质和脂质体
所需的多核苷酸/多肽还可在输送给对象或对象衍生的细胞之前包裹在脂质中或包裹在脂质体中。
脂质包裹通常用能稳定结合或捕获并保留核酸的脂质体来实现。浓缩的多核苷酸与脂质制剂之比可以变化，但是通常在约1∶1(毫克DNA∶微摩尔脂质)之间，或脂质更多。关于脂质体作为输送核酸的载体的综述参见Hug和Sleight(1991)Biochim.Biophys.Acta.1097：1-17；Straubinger(1983)Meth.Enzymol.101：512-527。
用于本发明的脂质体制剂包括阳离子(带正电荷)、阴离子(带负电荷)和中性制剂。阳离子脂质体已经显示出能以有功能的形式介导质粒DNA的胞内输送(Felgner(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84：7413-7416)；mRNA(Malone(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：6077-6081)；和纯化的转录因子(Debs(1990)J.Biol.Chem.265：10189-10192)。
阳离子脂质体很容易购得。例如，N[1-2，3-二油烯基氧)丙基]-N，N，N-三乙铵(DOMTA)脂质体可以Lipofectin的商品名从GIBCO BRL，Grand Island，NY购得。(另见Felgner，同上)。其它市售的脂质体包括transfectace(DDAB/DOPE)和DOTAP/DOPE(Boerhinger)。其它阳离子脂质体可用本领域熟知的方法从易购得的材料制得。例如参见，Szoka(1978)PNAS 75：4194-4198；WO90/11092关于DOTAP(1，2-二(油酰基氧)-3-(三甲基铵溶)丙烷)脂质体合成的描述。
同样，阴离子和中性脂质体也是容易获得的，例如购自Avanti PolarLipids(birmingham，AL)，或容易用易购得的材料制得。这种材料包括磷脂酰胆碱、胆固醇、磷脂酰乙醇胺、二油酰基磷脂酰胆碱(DOPC)、二油酰基磷脂酰甘油(DOPG)、二油酰基磷脂酰乙醇胺(DOPE)。这些材料还能以合适比例与DOTMA和DOTAP原料混合。用这些材料制备脂质体的方法是本领域熟知的。
脂质体可包含多层脂质体(MLV)，小的单层脂质体(SUV)、或大的单层脂质体(LUV)。各种脂质体-核酸复合物可用本领域已知的方法制得。例如参见Straubinger(1983)Meth.Immunol.101：512-527；Szoka(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA75：4194-4198；Papahadjopoulos(1975)Biochim.Biophys.Acta 394：483；Wilson(1979)Cell 17：77)；Deamer和Bangham(1976)Biochim.Biophys.Acta 443：629；Ostro(1977)Biochem.Biophys.Res.Commun.76：836；Fraley(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.USA76：3348)；Enoch和Strittmatter(1979)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 76：145；Fraley(1980)J.Biol.Chem.(1980)255：10431；Szoka和Papahadjopoulos(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 75：145；以及Schaefer-Ridder(1982)Science 215：166。
E.脂蛋白
另外，脂蛋白也可加入待输送的多核苷酸/多肽中。采用的脂蛋白的例子包括：乳糜微粒、HDL、IDL、LDL和VLDL。还可采用这些蛋白的突变体、片段或融合物。另外，可采用天然存在的脂蛋白的修饰物，例如乙酰化的LDL。这些脂蛋白能使多核苷酸的输送指向表达脂蛋白受体的细胞。较佳的，如果待输送的多核苷酸中加入了脂蛋白，则组合物中不加入其它寻靶的配体。
天然存在的脂蛋白包含脂质和蛋白部分。蛋白部分称为脱辅基蛋白。目前，已经分离并鉴定出了脱辅基蛋白A、B、C、D和E。其中至少有两个含有几种蛋白，用罗马数字AI、AII、AIV；CI、CII、CIII命名。
脂蛋白可包含多个脱辅基蛋白。例如，天然存在的乳糜微粒包含A、B、C和E，随着时间的推移，这些脂蛋白失去A，得到C和E脱辅基蛋白。VLDL包含A、B、C、和E脱辅基蛋白，LDL包含脱辅基蛋白B；HDL包含脱辅基蛋白A、C和E。
这些脱辅基蛋白的氨基酸是已知的，并且在下列文献中有所描述：Breslow(1985)Annu Rev.Biochem 54：699；Law(1986)Adv.Exp Med.Biol.151：162；Chen(1986)J BiolChem 261：12918；Kane(1980)Proc Natl Acad Sci USA 77：2465；and Utermann(1984)Hum Genet 65：232。
脂蛋白含有各种脂质，包括甘油三酯、胆固醇(游离的和酯型)以及磷脂。天然存在的脂蛋白中脂质的组成是不同的。例如，乳糜微粒主要含甘油三酯。关于天然存在的脂蛋白的脂质含量更详细的描述可在例如Meth.Enzymol.128(1968)中找到。选择脂质的组成，以使脱辅基蛋白的构型与受体结合活性相符。还可选择脂质的组成，以促进与多核苷酸结合分子的疏水性相互作用和结合。
天然存在的脂蛋白可以用诸如超离心的方法从血清中分离出来。这些方法在Meth.Enzymol.(同上)；Pitas(1980)J.BioChem.255：5454-5460以及Mahey(1979)J Clin.Invest 64：743-750中有所描述。脂蛋白还可在体外产生，或通过在所需宿主细胞中表达脱辅基蛋白基因的重组方法产生。例如参见Atkinson(1986)Annu Rev Biophys Chem15：403和Radding(1958)Biochim Biophys Acta 30：443。脂蛋白也可购自商业供应商，如Biomedical Techniologies，Inc.，Stoughton，Massachusetts，USA。关于脂蛋白的进一步描述可在Zuckermann等人的PCT/US97/14465中找到。
F.聚阳离子试剂
聚阳离子试剂可以与或不与脂蛋白一起包括在含所需待输送多核苷酸/多肽的组合物中。
聚阳离子试剂通常在生理性相关的pH下表现出净的正电荷，并能中和核酸的电荷，以有助于输送至所需位置。这些试剂具有体外、活体外和体内的用途。聚阳离子试剂可用来将核酸通过肌内或皮下等输送至活的对象。
下面是用作聚阳离子试剂的多肽例子：聚赖氨酸、聚精氨酸、聚鸟氨酸和鱼精蛋白。其它例子包括组蛋白、鱼精蛋白、人血清白蛋白、DNA结合蛋白、非组蛋白染色体蛋白、DNA病毒的外壳蛋白，如(X174，转录因子还含有结合DNA的结构域，因此可用作核酸浓缩剂。简言之，转录因子如C/CEBP、c-jun、c-fos、AP-1、AP-2、AP-3、CPF、Prot-1、Sp-1、Oct-1、Oct-2、CREP、和TFIID含有结合DNA序列的基础性结构域。
聚阳离子有机试剂包括：精胺、亚精胺和腐胺。
从上面的清单可以推出聚阳离子试剂的尺寸和生理性能，以构建其它多肽聚阳离子试剂或产生合成的聚阳离子试剂。
可采用的合成的聚阳离子试剂例如包括，DEAE-葡聚糖、polybrene。LipofectinTM和lipofectAMINETM是和多核苷酸/多肽组合时形成聚阳离子复合物的单体。
免疫诊断试验
本发明的奈瑟球菌抗原可用于免疫试验来检测抗体水平(或相反，可用抗奈瑟球菌抗体来检测抗原水平)。根据明确的免疫试验，可以开发出重组抗原，以代替侵入性诊断性方法。针对生物学样品(例如包括血液或血清样品)中的奈瑟球菌蛋白的抗体可以被检测出来。免疫试验的设计可作很大变化，其各种方案均是本领域中已知的。免疫试验的方案可采取例如竞争性、或直接反应或夹心型试验。方案例如还可采用固体支持物，或可以采用免疫沉淀法。大多数试验涉及采用有标记的抗体或多肽；该标记例如可以是荧光标记、化学发光标记、放射活性标记或染料分子。扩增探针信号的试验也是已知的；其例子是采用生物素和亲和素的试验，酶标记的和介导的免疫试验，如ELISA试验。
将合适的材料(包括本发明的组合物)以及进行试验所需的其它试剂和材料(例如合适的缓冲液、盐溶液等)和合适的试验说明包装到合适的容器中，构成适用于免疫诊断且含有适当标记的试剂的试剂盒。
核酸杂交
“杂交”指两个核酸序列相互之间通过氢键而结合。通常，一个序列被固定到固体载体中，另一个将游离于溶液内。然后，在有利于形成氢键的条件下使两个序列相互接触。影响这种结合的因素包括：溶剂的类型和体积；反应温度；杂交时间；搅拌程度；封闭液相序列与固体载体非特异性连接的试剂(Denhardt′s试剂或BLOTTO)；序列的浓度；是否用化合物来增加序列结合的速度(硫酸葡聚糖或聚乙二醇)；以及杂交后洗涤条件的严谨程度。见Sambrook等人[同上]第2卷，第9章，9.47至9.57页。
“严谨性”指有利于非常相似的序列与不同序列发生结合的杂交反应条件。例如，应选择温度和盐浓度组合，使温度比所研究的杂交物的Tm计算值低大约120至200℃。温度和盐浓度常可在前期初步实验中通过经验来确定，在初步实验中，固定在滤膜上的基因组DNA样品与感兴趣的序列杂交，然后在不同的严谨度条件下洗涤。见Sambrook等人第9.50页。
在进行例如Southern印迹时，要考虑的参数是(1)待印迹的DNA的复杂性以及(2)探针与受检测序列之间的同源性。对于高度复杂的真核基因组中的单拷贝基因，待研究片段的总量可以在10的一个数量级范围内变化，质粒为0.1至1微克，或将噬菌体消化至10-9至10-8克。对于复杂性较低的多核苷酸，可以采用实际上更短的印迹、杂交以及接触时间，更少量的起始多核苷酸，以及比活更低的探针。例如，从1微克酵母DNA开始，用仅仅1小时的接触时间，印迹2小时，然后和108cpm/μg的探针杂交4-8小时，就可以检测单拷贝酵母基因。对于单拷贝哺乳动物基因而言，一种保守的方法是从10微克DNA开始，印迹过夜，在10％硫酸葡聚糖存在下用108cpm/μg以上的探针杂交过夜，导致接触时间约为24小时。
有几个因素可能会影响探针与感兴趣片段之间的DNA-DNA杂合物的解链温度(Tm)，因而影响杂交和洗涤的合适条件。在许多情况下，探针并非与片段100％同源。其它常常遇到的变量包括杂交序列的长度和G+C总含量，以及杂交缓冲液的离子强度和甲酰胺含量。所有这些因素的作用可近似表示成一个方程式：
Tm＝81+16.6(log10Ci)+0.4[％(G+C)]-0.6(％甲酰胺)-600/n-1.5(％错配)其中Ci是盐浓度(单价离子)，n是杂交物碱基对的长度(对Meinkoth和Wahl(1984)Anal.Biochem.138：267-284中的稍稍作了修改)。
在设计杂交实验时，影响核酸杂交的一些因素可以方便地予以改变。杂交和洗涤时的温度以及洗涤时的盐浓度的调节最为简单。随着杂交温度(即严谨度)的升高，不同源的链之间发生杂交的可能性变得更少，结果背景值降低。如果放射性标记的探针并非与固定的片段完全同源(这在基因家族和种间杂交实验中是常见的)，则必须降低杂交温度，而背景值将会增加。洗涤温度以类似的方式影响杂交带的强度和背景值的程度。洗涤的严谨性也随盐浓度的降低而升高。
通常，在50％甲酰胺存在下的方便的杂交温度是：对于靶片段同源性达95％至100％的探针而言，是42℃；对于同源性为90％至95％的探针，为37℃；对于同源性为85％和90％的探针，为32℃。对于较低的同源性，应用上述方程式应相应地降低甲酰胺含量和调节温度。如果探针和靶片段之间的同源性是未知的，则最简单的方法是从非严谨的杂交和洗涤条件开始。如果在放射自显影后发现了非特异性的条带或高背景值，则可在高严谨性下洗涤滤膜，并重新曝光。如果曝光所需时间使得该方法不切实际，则应平行测试几个杂交和/或洗涤严谨性。
核酸探针试验
采用本发明的核酸探针的方法(如PCR、分支DNA探针试验或印迹技术)能确定cDNA或mRNA的存在。如果探针和本发明的序列能形成稳定地足以被检测到的双链体或双链复合物，则称探针与本发明的序列“杂交”。
核酸探针将与本发明的奈瑟球菌核苷酸序列(包括有义和反义链)杂交。尽管有许多不同的核苷酸序列编码该氨基酸序列，但是天然的奈瑟球菌序列是较佳的，因为它是实际存在于细胞中的序列。mRNA代表一种编码序列，因此探针应与该编码序列互补；单链cDNA与mRNA互补，因此cDNA探针应与非编码序列互补。
探针序列无需和奈瑟球菌序列(或其互补体)相同，序列以及长度的一些差异能增加试验的灵敏度，如果核酸探针能和靶核苷酸形成能被检测的双链体的话。另外，核酸探针可包括其它核苷酸，以使形成的双链体稳定。其它奈瑟球菌序列也是有帮助的，可作为检测形成的双链体的标记。例如，非互补的核苷酸序列可以和探针的5′端相连，探针序列的其余部分与奈瑟球菌序列互补。或者，非互补的碱基或较长的序列能散布到探针中，只要探针序列与奈瑟球菌序列有足够的互补性以便与其杂交从而形成能被检测的双链体。
探针的确切长度和序列将取决于杂交条件，如温度，盐浓度等。例如，对于诊断应用，根据分析物序列的复杂程度，核酸探针通常含有至少10-20个核苷酸，较佳的有15-25个，更佳的有至少30个核苷酸，但是也可短于该长度。短的引物通常需要温度较低，以便和模板形成足够稳定的杂交复合物。
探针可用合成方法产生，例如Matteucci等人[J.Am.Chem.Soc.(1981)103：3185]的方法或Urdea等人[Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1983)80：7461]的方法，或用市售的自动寡核苷酸合成仪合成。
可以根据偏好选择探针的化学特征。对于某些应用，DNA或RNA是合适的。对于其它的应用，可以加入修饰，例如骨架修饰，如硫代磷酸酯或甲基磷酸酯，可用来增加体内半衰期，改变RNA亲和力，增加核酸酶抗性等[例如参见Agrawal和Iyer(1995)Curr Opin Biotechnol 6：12-19；Agrawal(1996)TIBTECH 14：376-387]；还可采用类似物如肽核酸[例如参见Corey(1997)TIBTECH 15：224-229；Buchardt等人(1993)TIBTECH 11：384-386]。
另外，聚合酶链反应(PCR)是另一个熟知的检测少量靶核酸的手段。该试验在Mullis等人[Meth.Enzymol.(1987)155：335-350]；美国专利4,683,195和4,468,202中有所描述。用两个“引物”核苷酸与靶核酸杂交，并用来引导反应。引物可包含不与扩增靶序列(或其互补序列)杂交的序列，以帮助双链体的稳定性，或例如可插入一个简便的限制性位点。这些序列通常侧接所需的奈瑟球菌序列。
利用最初的靶核酸作为模板，热稳定的聚合酶能从引物产生靶核酸的拷贝。在聚合酶产生临界量的靶核酸后，它们可用较传统的方法(如Southern印迹)来检测。当采用Southern印迹方法后，标记的探针将与奈瑟球菌序列(如其互补序列)杂交。
另外，mRNA或cDNA也可用Sambrook等人[同上]中描述的传统印迹技术来检测。用凝胶电泳可纯化并分离利用聚合酶从mRNA产生的mRNA或cDNA。然后，将凝胶上的核酸印迹到固体载体如硝酸纤维素上。使固体载体与标记的探针接触，然后洗涤除去所有未杂交的探针。然后，检测含有标记探针的双链体。该探针通常用放射活性物质作标记。
附图简述
图1-20显示了实施例中，和ORF 37、5、2、15、22、28、32、4、61、76、89、97、106、138、23、25、27、79、85以及132的序列分析所得的生化数据。M1和M2是分子量标记。箭头表示主要重组产物的位置，或在Western印迹中，主要的脑膜炎奈瑟球菌免疫反应性条带的位置。TP表示脑膜炎奈瑟球菌总蛋白抽提物；OMV表示脑膜炎奈瑟球菌外膜泡囊制备物。在杀菌试验的结果中：菱形(◆)表示免疫前的数据；三角(▲)表示GST对照数据；圆圈(●)表示脑膜炎奈瑟球菌重组蛋白的数据。计算机分析显示了亲水性曲线(上方)、抗原性指数曲线(中间)以及AMPHI分析(下方)。用AMPHI程序预测T-细胞表位[Gao等人(1989)J.Immunol.143：3007；Roberts等人(1996)AIDS Res Hum Retrovir 12：593；Quakyi等人(1992)Scand J Immunol增版11：9]，该程序可从DNASTAR，Inc(1228 South Park Street，Madison，Wisconsin 53715 USA)的Protean软件包中获得。
实施例
下列实施例描述已经在脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌中鉴定的核酸序列及其推定的翻译产物。并非所有的核酸序列都是完整的，即它们编码的不是全长野生型蛋白。
实施例总体上采用下列形式：
●脑膜炎奈瑟球菌(B株)中已经鉴定的核苷酸序列
●该序列推定的翻译产物
●根据数据库比较用计算机分析翻译产物
●脑膜炎奈瑟球菌(A株)以及淋病奈瑟球菌中鉴定的对应的基因和蛋白序列
●可能具有适当抗原性的蛋白的特性描述
●生物化学分析(表达、纯化、ELISA、FACS等)的结果
实施例通常包括菌株和菌株之间的序列相同性细节情况。序列相似的蛋白其结构和功能通常是相似的，序列相同性通常表示有共同的进化起源。广泛采用功能已知的蛋白序列之间的比较，作为赋予其新序列推定蛋白功能的指南，在全基因组分析中证明这是特别有用的。
在NCBI(http：//www.ncbi.nlm.nih.gov)用BLAST、BLAST2、BLASTn、BLASTp、tBLASTn、BLASTx、和tBLASTx算法进行序列比较[例如参见Altschul等人(1997)″Gapped BLAST和PSI-BLAST：新一代的蛋白数据库搜索程序″Nucleic AcidsResearch 25：2289-3402]。对下列数据库进行搜索：非冗长的GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列和非冗长的GenBank CDS翻译+PDB+SwissProt+SPupdate+PIR序列。
为了比较脑膜炎球菌和淋球菌序列，用tBLASTx算法，在http：//www.genome.ou.edu/gono_blast.html中执行。还用FASTA算法来比较ORF(购自GCG Wisconsin Package，9.0版)。
核苷酸序列中的点(例如SEQ ID 11中的495位)代表为了维持读码框而任意导入的核苷酸。同样，除去带双划线的核苷酸。小写字母(如SEQ ID 11的496位)代表在独立测序反应的序列对比时出现了多义性(实施例中的一些核苷酸序列是通过合并两个或多个实验的结果而获得的)。
用根据Esposti等人[″膜蛋白亲水性的关键评价″(1990)Eur J Biochem190：207-219]的统计研究的算法，扫描所有6个读码框中的核苷酸序列，以预测疏水性区域的存在。这些结构域代表潜在的跨膜区域或疏水性前导序列。
用ORFFINDER程序(NCBI)从片段化的核苷酸序列预测开放读框。
有下划线的氨基酸序列代表用PSORT算法(http：//www.psort.nibb.ac.jp)估测出的ORF中可能的跨膜区域或前导序列。还用MOTIFS程序(GCG Wisconsin和PROSITE)预测了功能性结构域。
可用各种试验来评价实施例中鉴定的蛋白的体内免疫原性。例如，可以重组表达蛋白，并用于免疫印迹筛选患者血清。蛋白和患者血清之间发生阳性反应表明该患者以前已经建立了对该所述蛋白的免疫应答，即该蛋白是免疫原。该方法还可用来鉴定免疫优势蛋白。
重组蛋白还可方便地用来例如在小鼠中制备抗体。这些抗体可用来直接确认蛋白位于细胞表面。将标记的抗体(例如对于FACS为荧光标记)与完整的细菌培育，细菌表面出现标记确认了该蛋白的位置。
具体地说，采用下列方法(A)至(S)，来表达、纯化和分析本发明蛋白的生物化学特性：
A)染色体DNA制备
使脑膜炎奈瑟球菌2996菌株在100毫升GC培养基中生长至指数期，离心收获，重悬于5毫升缓冲液(20％蔗糖、50毫摩尔Tris-HCl、50毫摩尔EDTA、pH 8)中。冰上培育10分钟后，加入10毫升裂解溶液(50毫摩尔NaCl，1％Na-十二烷基肌氨酸钠，50微克/毫升蛋白酶K)裂解该细菌，37℃培育悬液2小时。用苯酚抽提两次(平衡至pH 8)，用三氯甲烷/异戊醇(24∶1)抽提一次。加入0.3M乙酸钠和2体积乙醇，使DNA沉淀，离心收集。用70％乙醇洗涤沉淀一次，重新溶解在4毫升缓冲液(10毫摩尔Tris-HCl，1毫摩尔EDTA，pH 8)中。读取260纳米下OD值，测定DNA浓度。
B)寡核苷酸设计
用(a)脑膜炎球菌B的序列(当能获得时)，或(b)淋球菌/脑膜炎球菌A序列(按需适应于脑膜炎球菌密码子偏好利用率)，根据各ORF的编码序列，设计合成的寡核苷酸引物。推导紧靠预计的前导序列下游5′端扩增引物序列，忽略任何预计的信号肽。
对于大多数ORF，5′引物包括两个限制性酶识别位点(BamHI-NdeI，BamHI-NheI或EcoRI-NheI，这取决于基因自身的限制性方式)；3′引物包括一个XhoI限制性位点。建立该步骤是为了指导各扩增产物(对应于各ORF)克隆到以下两个不同的表达系统中：pGEX-KG(用BamHI-XhoI或EcoRI-XhoI)，以及pET21b+(用NdeI-XhoI或NheI-XhoI)。
5’-端引物尾序列：CGC GGATCCCATATG        (BamHI-NdeI)
                  CGC GGATCCGCTAGC        (BamHI-NheI)
                  CC GGAATTCTA GCTAGC    (EcoRI-NheI)
3’-端引物尾序列：CCCG CTCGAG             (XhoI)
对于ORF5、15、17、19、20、22、27、28、65和69，进行两个不同的扩增，将各ORF克隆到两个表达系统中。对于各ORF采用两个不同的5′引物；如前采用了同一3′XhoI引物：
5’-端引物尾序列：GGAATTC CATATGGCCATGG   (NdeI)
5’-端引物尾序列：CG GGATCC               (BamHI)
ORF76被克隆到pTRC表达载体中，并表达成氨基端His-tag融合。在该具体情况中，预计的信号肽包括在最终产物中。用下列引物掺入NheI-BamHI限制性位点：
5’-端引物尾序列：GATCA GCTAGCCATATG      (NheI)
3’-端引物尾序列：CG GGATCC               (BamHI)
引物不仅含有限制性酶识别序列，而且还包括与待扩增序列杂交的核苷酸。杂交核苷酸的数目取决于整个引物的解链温度，对于各引物可用下式测定：
Tm＝4(G+C)+2(A+T)                (排除尾部)
Tm＝64.9+0.41(％GC)-600/N        (整个引物)
对于整个寡核苷酸来说，所选寡核苷酸的平均解链温度为65-70℃，对于单单杂交区来说，平均解链温度为50-55℃。
表1(511页)显示了用于各种扩增的正向和反向引物。在某些情况下，应注意引物的序列没有与ORF中的序列完全匹配。在进行最初的扩增时，一些脑膜炎球菌ORF的完整的5′和/或3′序列并不是已知的，但是已经鉴定了其在淋球菌中的对应序列。为了进行扩增，可用淋球菌序列作为引物设计的根据，考虑密码偏好作了改变。具体地说，改变下列密码子：ATA→ATT；TCG→TCT；CAG→CAA；AAG→AAA；GAG→GAA；CGA→CGC；CGG→CGC；GGG→GGC。表1中的斜体核苷酸表明这种变化。应理解，一旦鉴定出了完整的序列，就不再需要该方法了。
用Perkin Elmer 394 DNA/RNA合成仪合成寡核苷酸，用2毫升氢氧化铵从柱上洗脱下，56℃培育5小时去保护。加入0.3M乙酸钠和2体积乙醇，使寡核苷酸沉淀。然后离心样品，将沉淀重悬于100微升或1毫升水中。用Perkin ElmerλBio分光光度计测定OD260，测得浓度，调节至2-10pmol/微升。
C)扩增
标准的PCR程序如下：在20-40微摩尔各寡核苷酸、400-800微摩尔dNTP溶液、1×PCR缓冲液(包括1.5毫摩尔氯化镁)、2.5单位TaqI DNA聚合酶(用Perkin-ElmerAmpliTaQ，GIBCO Platinum，Pwo DNA聚合酶或Tahara Shuzo Taq聚合酶)存在下，用50-200ng基因组DNA作为模板。
在一些例子中，通过加入10微升DMSO或50微升2M甜菜碱来优化PCR。
在加热开始后(在最初的95℃培育整个混合物3分钟期间加入聚合酶)，每个样品经历两个步骤的扩增：开头5轮的进行用排除限制性酶尾部的寡核苷酸的解链温度作为杂交温度，随后的30轮根据全长寡核苷酸的杂交温度来进行。这些轮后是最后在72℃下延伸10分钟。
标准循环如下：
  变性   杂交   延伸
  前5轮   30秒95℃   30秒50-55℃   30-60秒72℃
  后30轮   30秒   30秒   30-60秒
  95℃   65-70℃   72℃
延伸时间随待扩增ORF的长度不同而不同。
扩增用9600或2400 Perkin Elmer GeneAmp PCR系统进行。为了检查结果，将1/10的扩增体积装载到1-1.5％琼脂糖凝胶上，将各扩增片段的大小与DNA分子标记作比较。
将扩增的DNA直接上样到1％琼脂糖凝胶上，或是先用乙醇沉淀，然后重悬于合适的体积中，上样到1％琼脂糖凝胶上。然后用Qiagen凝胶抽提试剂盒按照生产商说明从凝胶中洗脱并纯化获得对应于大小正确条带的DNA片段。该DNA片段的最终体积为30微升或50微升的水，或10毫摩尔Tris，pH 8.5。
D)PCR片段的消化
将对应于扩增片段的纯化的DNA分成2等份，用以下物质进行双重消化：
-NdeI/XhoI或NheI/XhoI，用于克隆到pET-21b+中，该蛋白进一步表达成C-端His-尾融合物
-BamHI/XhoI或EcoRI/XhoI，用于克隆到pGEX-KG中，该蛋白进一步表达成N-端GST融合物
-对于ORF76，NheI/BamHI，用于克隆到pTRC-HisA载体中，该蛋白进一步表达成N-端His-尾融合物
-EcoRI/PstI，EcoRI/SalI，SalI/PstI，用于克隆到pGex-His中，该蛋白进一步表达成N-端His-尾融合物
在合适的缓冲液存在下，使各纯化的DNA片段与20单位的各种限制性酶(NewEngland Biolabs)在30或40微升的最终体积中培育(37℃培育3小时至过夜)。然后用QIAquick PCR纯化试剂盒按照生产商说明书纯化消化产物，洗脱到最终体积为30微升或50微升的水中或10毫摩尔Tris-HCl，pH 8.5中。在滴定的分子量标记存在下，通过1％琼脂糖凝胶电泳测定最终的DNA浓度。
E)克隆载体(pET22B，pGEX-KG，pTRC-His A和pGex-His)的消化
在合适的缓冲液存在下，使200微升反应体积中的限制性酶各50单位与10微克质粒37℃培育过夜，对10微克质粒进行双消化。在将全部消化物上样到1％琼脂糖凝胶上后，用Qiagen QIAquick凝胶抽提试剂盒从凝胶中纯化对应于消化载体的条带，将DNA洗脱到50微升10毫摩尔Tris-HCl，pH 8.5中。测定样品的OD260，评价其DNA浓度，并调节至50微克/微升。每个克隆步骤采用1微升质粒。
pGEX-His载体是经修饰的pGEX-2T载体，其在凝血酶断裂位点上游携带有一个编码6个组氨酸残基的区域，而且还含有载体pTRC99(Pharmacia)的多个克隆位点。
F)克隆
将预先消化和纯化的对应于各ORF的片段连接到pET22b和pGEX-KG中。在20微升的最终体积，在生产商提供的缓冲液存在下，用0.5微升NEB T4 DNA连接酶(400单位/微升)连接摩尔比为3∶1的片段/载体。室温培育反应3小时。在一些实验中，用Boheringer的″快速连接试剂盒″按照生产商说明书进行连接。
为了将重组质粒导入合适的菌株内，使100微升大肠杆菌DH5感受态细胞与连接酶反应溶液于冰上培育40分钟，然后37℃3分钟，然后在加入800微升LB肉汤后，再37℃培育20分钟。然后在Eppendorf微量离心机中以最大速度离心细胞，重悬于约200微升上清液中。然后将悬液接种到LB氨苄青霉素(100毫克/毫升)平板上。
使5个随机选择的菌落在2毫升(pGEX或pTC克隆)或5毫升(pET克隆)LB肉汤+100微克/毫升氨苄青霉素中37℃生长过夜，对重组克隆进行筛选。然后，使细胞沉淀，用Qiagen QIAprep旋转微量制备试剂盒，按照生产商说明书，将DNA抽提到最终体积为30微升。用NdeI/XhoI或BamHI/XhoI消化5微升各个微量制备物(约1微克)，将整个消化物上样到1-1.5％琼脂糖凝胶上(取决于预计的插入物大小)，与分子量标记(1Kb DNA梯序列，GIBCO)平行。根据正确的插入物大小筛选阳性克隆。
对于ORF110、111、113、115、119、122、125和130的克隆，将双消化的PCR产物连接入双消化载体利用的是EcoRI-PstI克隆位点，或者对于115和127，利用的是EcoRI-SalI位点，或者对于ORF122，利用的是SalI-PstI位点。克隆后，将重组质粒导入大肠杆菌宿主W3110中。使单个克隆在含50微升/毫升氨苄青霉素的L-肉汤中37℃生长过夜。
G)表达
将克隆到表达载体中的每个ORF转化入适合表达重组蛋白产物的菌株中。用1微升各构建物转化上述30微升大肠杆菌BL21(pGEX载体)、大肠杆菌TOP10(pTRC载体)或大肠杆菌BL21-DE3(pET载体)。在pGEX-His载体例子中，用相同的大肠杆菌菌株(W3110)进行最初的克隆和表达。将单个重组菌落接种到2毫升LB+Amp(100微克/毫升)中，37℃培育过夜，然后1∶30稀释在100毫升瓶中的20毫升LB+Amp(100微克/毫升)中，确保OD600在0.1至0.15之间。将瓶培育在30℃的回转水浴摇床中，直至OD表明达到适合诱导表达的指数生长(pET和pTRC载体的OD为0.4-0.8；pGEX和pGEX-His载体的OD为0.8-1)。对于pET，pTRC和pGEX-His载体，加入1毫摩尔IPTG，诱导蛋白质表达，而在pGEX系统情况下，IPTG的最终浓度为0.2毫摩尔。30℃培育3小时后，测OD检查样品的最终浓度。为了检查表达，取出各样品1毫升，在微量离心机中离心，将沉淀重悬于PBS中，用12％SDS-PAGE和考马斯蓝染色分析。6000g离心整个样品，将沉淀重悬于PBS中待用。
H)GST-融合蛋白大规模纯化
使单菌落在LB+Amp琼脂板上37℃培育过夜。将细菌接种到水浴摇床中20毫升LB+Amp培养液中，生长过夜。将细菌1∶30稀释到600毫升新鲜培养基中，使其在最适温度(20-37℃)下生长至OD550为0.8-1。用0.2毫摩尔IPTG诱导蛋白质表达，然后培育3小时。4℃、8000rpm离心培养物。弃去上清液，将细菌沉淀重悬于7.5毫升冷的PBS中。用40W的Brason超声波仪B-15在冰上超声破碎细胞30秒种，冻融2次，再次离心。收集上清液，与150微升谷胱苷肽-Sepharose 4B树脂(Pharmacia)(先用PBS洗涤)混合，室温下培育30分钟。4℃、700g离心样品5分钟。用10毫升冷的PBS洗涤树脂2次10分钟，重悬于1毫升冷的PBS中，上样于一次性柱中。用2毫升冷PBS洗柱2次，直至流穿液OD280达到0.02-0.06。加入700微升冷的谷胱苷肽洗脱缓冲液(10毫摩尔还原的谷胱苷肽，50毫摩尔Tris-HCl)，洗脱GST-融合蛋白，收集组分直至OD280为0.1。将各组分21微升上样于12％SDS凝胶上，凝胶采用BioradSDS-PAGE分子量标准宽范围(M1)(200，116.25，97.4，66.2，45，31，21.5，14.4，6.5kDa)或Amersham Rainbow标记(M2)(220，66，46，30，21.5，14.3kDa)作为标准。因为GST的MW为26kDa，因此该值必须加入各GST-融合蛋白的MW中。
I)His-融合物溶解度分析(ORF111-129)
为了分析His-融合物表达产物的溶解度，将3毫升培养物沉淀重悬于缓冲液M1[500微升PBS，pH 7.2]中。加入25微升溶菌酶(10毫克/毫升)，4℃培育细菌15分钟。用Branson超声仪B-15以40W超声破碎沉淀30秒，冻融两次，然后再次离心分离成沉淀和上清液。收集上清液，将沉淀重悬于缓冲液M2[8M尿素，0.5M氯化钠，20毫摩尔咪唑和0.1M磷酸二氢钠]中，4℃培育3-4小时。离心后，收集上清液，将沉淀重悬于缓冲液M3[6M盐酸胍，0.5M氯化钠，20毫摩尔咪唑和0.1M磷酸二氢钠]中，4℃过夜。用SDS-PAGE分析所有步骤的上清液。
发现ORF113、119和120表达的蛋白溶于PBS，而ORF111、122、116以及129表达的蛋白的溶解需要尿素，ORF125和127的需要盐酸胍。
J)His融合物大规模纯化
使单菌落在LB+Amp琼脂板上37℃培育过夜。将细菌接种到20毫升LB+Amp培养液中，在水浴摇床中培育过夜。将细菌1∶30稀释到600毫升新鲜培养基中，使其在最适温度(20-37℃)下生长至OD550为0.6-0.8。加入1毫摩尔IPTG诱导蛋白质表达，进一步培育该培养物3小时。4℃、8000rpm离心培养物，弃去上清液，将细菌沉淀重悬于7.5毫升(i)冷的缓冲液A(300毫摩尔氯化钠，50毫摩尔磷酸缓冲液，10毫摩尔咪唑，pH 8，针对可溶性蛋白)或(ii)缓冲液B(尿素8M，10毫摩尔Tris-HCl，100毫摩尔磷酸缓冲液，pH 8.8，针对不溶性蛋白)。
用Brason超声波仪B-15于40W在冰上超声破碎细胞30秒种，冻融2次，再次离心。
对于不溶性蛋白，-20℃保藏上清液，而将沉淀重悬于2毫升缓冲液C(6M盐酸胍，100毫摩尔磷酸缓冲液，10毫摩尔Tris-HCl，pH 7.5)中，在匀化器中处理10个循环。13000rpm离心产物40分钟。
收集上清液，与150微升Ni2+ -树脂(Pharmacia)(先用合适的缓冲液A或缓冲液B洗涤)，室温下轻微搅动培育30分钟。4℃，700g离心样品5分钟。用10毫升缓冲液A或B洗涤树脂二次10分钟，重悬于1毫升缓冲液A或B中，上样于一次性柱中。用2毫升冷的缓冲液A 4℃洗涤树脂，或在室温下用2毫升缓冲液B洗涤树脂，直至流穿液OD280达到0.02-0.06。
用以下缓冲液洗涤树脂：(i)2毫升冷的20毫摩尔咪唑缓冲液(300毫摩尔氯化钠，50毫摩尔磷酸缓冲液，20毫摩尔咪唑，pH 8)或(ii)缓冲液D(尿素gM，10毫摩尔Tris-HCl，100毫摩尔磷酸缓冲液，pH 6.3)，直至流穿液OD280达到0.02-0.06。加入700微升的(i)冷的洗脱缓冲液A(300毫摩尔氯化钠，50毫摩尔磷酸缓冲液，250毫摩尔咪唑，pH8)或(ii)洗脱缓冲液B(尿素8M，10毫摩尔Tris-HCl，100毫摩尔磷酸缓冲液，pH 4.5)，洗脱His-融合蛋白，收集组分直至OD280为0.1。将各组分21微升上样于12％SDS凝胶中。
K)His-融合蛋白复性
在变性的蛋白中加入10％甘油。然后用透析缓冲液I(10％甘油，0.5M精氨酸，50毫摩尔磷酸缓冲液，5毫摩尔还原的谷胱苷肽，0.5毫摩尔氧化的谷胱苷肽，2M尿素，pH 8.8)将蛋白质稀释至20微克/毫升，用相同的缓冲液4℃透析12-14小时。用透析缓冲液II(10％甘油，0.5M精氨酸，50mM磷酸缓冲液，5毫摩尔还原的谷胱苷肽，0.5毫摩尔氧化的谷胱苷肽，pH 8.8)进一步4℃透析蛋白质12-14小时。用下式评价蛋白浓度：
蛋白质(毫克/毫升)＝(1.55×OD280)-(0.76×OD260)
L)His-融合物大规模纯化(ORF111-129)
用上述步骤诱导500毫升细菌培养物，获得可溶于缓冲液M1、M2或M3的融合蛋白。将细菌粗提物上样于Ni-NTA superflow柱(Quiagen)，根据融合蛋白的溶解缓冲液，用M1、M2或M3预先平衡该柱。用相同缓冲液洗柱，洗脱未结合的物质。用含有500毫摩尔咪唑的相应缓冲液洗脱特异性蛋白，用不含咪唑的相应缓冲液透析。每一轮后，在下次使用前用至少两个柱体积的0.5M氢氧化钠洗涤并重新平衡，对柱进行清洁。
M)小鼠免疫
用各纯化蛋白20微克腹膜内免疫小鼠。在ORF 2、4、15、22、27、28、37、76、89和97情况下，用氢氧化铝作为佐剂，在第1、21和42天免疫Balb-C小鼠，检测第56天所取样品中的免疫应答。对于ORF 44、106和132，用相同方案免疫CD1小鼠。对于ORF 25和40，用Freund佐剂，而不是氢氧化铝，免疫CD1小鼠，采用相同的免疫方案，只是在第42天而非56天测定免疫应答。同样，对于ORF 23、32、38和79，用Freund佐剂免疫CD1小鼠，但是在第49天测定免疫应答。
N)ELISA试验(血清分析)
将无荚膜MenB M7菌株接种到巧克力琼脂板上，37℃培育过夜。用无菌挑菌拭子收集琼脂板的细菌菌落，接种到7毫升含0.25％葡萄糖的Mueller-Hinton肉汤(Difco)中。跟踪OD260每30分钟监测细菌生长。使细菌长至OD达到0.3-0.4。10000rpm离心培养物10分钟。弃去上清液，用PBS洗涤细菌1次，重悬于含0.025％甲醛的PBS中，室温培育2小时，然后4℃搅拌过夜。在96孔Greiner板的每个孔中加入100微升细菌细胞，4℃培育过夜。然后用PBT洗涤缓冲液(0.1％吐温-20，PBS配)洗涤孔三次。每个孔中加入200微升饱和缓冲液(含2.7％聚乙烯吡咯烷酮10的水)，37℃培育平板2小时。用PBT洗涤各孔3次。每个孔中加入200微升稀释的血清(稀释缓冲液：1％BSA，0.1％吐温-20，0.1％叠氮钠，PBS配)，37℃培育平板90分钟。用PBT洗孔三次。在每个孔中加入100微升以稀释缓冲液1∶2000稀释的HRP-偶联的家兔抗小鼠(Dako)血清，37℃培育平板90分钟。用PBT缓冲液洗涤孔三次。在每个孔中加入100微升HRP的底物缓冲液(25毫升柠檬酸缓冲液pH 5，10毫克邻苯二胺和10微升水)，使平板在室温下放置20分钟。在每个孔中加入100微升硫酸，并跟踪OD490。当OD490为各自免疫前血清OD值的2.5倍时，认为ELISA呈阳性。
O)FACScan细菌结合试验程序
将无荚膜MenB M7菌株接种到巧克力琼脂板上，37℃培育过夜。用无菌挑菌拭子收集琼脂板上的细菌菌落，接种到8毫升含0.25％葡萄糖的Mueller-Hinton肉汤(Difco)的4个试管中。跟踪OD260，每30分钟监测细菌生长。使细菌长至OD达到0.35-0.5。4000rpm离心培养物10分钟。弃去上清液，将沉淀重悬于封闭缓冲液(1％BSA，0.4％叠氮钠)中，4000rpm离心5分钟。将细胞重悬于封闭缓冲液中，至OD620为0.07。在Costar 96孔板的每个孔中加入100微升细菌细胞。在每个孔中加入100微升稀释(1∶200)血清(封闭缓冲液配)，4℃培育平板2小时。4000rpm离心细胞5分钟，吸出上清液，每个孔中加入200微升封闭缓冲液，洗涤细胞。在每个孔中加入1∶100稀释的R-Phicoerytrin偶联的F(ab)2山羊抗小鼠抗体，4℃培育平板1小时。4000rpm离心5分钟，使细胞旋转沉淀，在每个孔中加入200微升封闭缓冲液进行洗涤。吸出上清液，将细胞重悬于每孔200微升PBS和0.25％甲醛中。将样品转移到FACScan管中读数。FACScan设置的条件为：FL1，开，FL2和FL3关；FSC-H临界值：92；FSC PMT电压：E 02；SSC PMT：474；Amp.Gains 7.1；FL-2PMT：539；补偿值：0。
P)OMV制备
使细菌在5GC平板上生长过夜，用挑菌环收获，重悬于10毫升20毫摩尔Tris-HCl中。56℃热灭活30分钟，在冰上超声破碎该细菌10分钟(50％负载循环，50％输出)。5000g离心10分钟，除去未破碎的细胞，4℃、50000g离心75分钟，回收全部细胞包膜组分。为了从粗制的外膜中抽提出细胞质膜蛋白，将全部组分重悬于2％十二烷基肌氨酸钠(Sigma)中，室温培育20分钟。10000g离心该悬浮液10分钟，除去凝聚物，对上清液进一步50000g超离心75分钟，使外膜沉淀。将外膜重悬于10毫摩尔Tris-HCl，pH 8，用BioRad蛋白质试验以BSA为标准品测定蛋白浓度。
Q)全抽提物制备
使细菌在GC板上生长过夜，用挑菌环收获，重悬于1毫升20毫摩尔Tris-HCl中。56℃热灭活30分钟。
R)Western印迹
将MenB菌株2996的纯化蛋白(每条泳道500ng)、外膜泡囊(5微克)和全细胞抽提物(25微克)上样于15％SDS-PAGE中并转移到硝酸纤维素膜上。转移在4℃、150mA、转移缓冲液(0.3％Tris碱，1.44％甘氨酸，20％甲醇)中进行2小时。在饱和缓冲液(10％脱脂乳、0.1％Triton X100，PBS配)中4℃培育过夜，使该膜饱和。用洗涤缓冲液(3％脱脂乳，0.1％Triton X100，PBS配)洗涤该膜两次，并与洗涤缓冲液1∶200稀释的小鼠血清37℃培育2小时。洗涤该膜两次，和稀释度为1∶2000的辣根过氧化物酶标记的抗小鼠Ig培育90分钟。用含0.1％Triton X100的PBS洗涤该膜两次，用Opti-4CN底物试剂盒(Bio-Rad)显影。加入水，终止反应。
S)杀菌试验
使MC58菌株在巧克力琼脂板上37℃生长过夜。收集5-7个菌落，用于接种7毫升Mueller-Hinton肉汤。在章动器上37℃培育该悬浮液，使其生长，至OD620为0.5-0.8。将培养液等分到1.5毫升无菌Eppendorf管中，在微量离心机中以最大速度离心20分钟。以Gey′s缓冲液(Gibco)洗涤沉淀一次，重悬于相同缓冲液中，至OD620为0.5，以Gey′s缓冲液稀释1∶20000，25℃保藏。
在96孔组织培养板的每个孔中加入50微升Gey′s缓冲液/1％BSA。在每个孔中加入25微升稀释的小鼠血清(1∶100稀释在Gey′s缓冲液/0.2％BSA中)，4℃培育平板。将25微升前述细菌悬浮液加入每个孔中。每个孔中加入25微升热灭活(56℃水浴30分钟)或正常的幼兔补体。在加入幼兔补体后，立即将每个孔中22微升的样品接种到Mueller-Hinton琼脂板(时间0)。37℃转动培育96孔板1小时，然后将每个孔内22微升的样品接种到Mueller-Hinton琼脂板(时间1)上。过夜培育后，计数对应于时间0和时间1的菌落。
表II(520页)给出了克隆、表达和纯化结果的小结。
实施例1
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 1>：
   1  ATGAAACAGA CAGTCAA.AT GCTTGCCGCC GCCCTGATTG CCTTGGGCTT
  51  GAACCGACCG GTGTGGNCGG ATGACGTATC GGATTTTCGG GAAAACTTGC
 101  A.GCGGCAGC ACAGGGAAAT GCAGCAGCCC AATACAATTT GGGCGCAATG
 151  TAT.TACAAA GGACGCGCGT GCGCCGGGAT GATGCTGAAG CGGTCAGATG
 201  GTATCGGCAG CCGGCGGAAC AGGGGTTAGC CCAAGCCCAA TACAATTTGG
 251  GCTGGATGTA TGCCAACGGG CGCGC.GTGC GCCAAGATGA TACCGAAGCG
 301  GTCAGATGGT ATCGGCAGGC GGCAGCGCAG GGGGTTGTCC AAGCCCAATA
 351  CAATTTGGGC GTGATATATG CCGAAGGACG TGGAGTGCGC CAAGACGATG
 401  TCGAAGCGGT CAGATGGTTT CGGCAGGCGG CAGCGCAGGG GGTAGCCCAA
 451  GCCCAAAACA ATTTGGGCGT GATGTATGCC GAAAGANCGC GCGTGCGCCA
 501  AGACCG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 2；ORF37>：
   1  MKQTVXMLAA ALIALGLNRP VWXDDVSDFR ENLXAAAQGN AAAQYNLGAM
  51  YXQRTRVRRD DAEAVRWYRQ PAEQGLAQAQ YNLGWMYANG RXVRQDDTEA
 101  VRWYRQAAAQ GVVQAQYNLG VIYAEGRGVR QDDVEAVRWF RQAAAQGVAQ
 151  AQNNLGVMYA ERXRVRQD...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 3>：
   1  ATGAAACAGA CAGTCAAATG GCTTGCCGCC GCCCTGATTG CCTTGGGCTT
  51  GAACCGAGCG GTGTGGGCGG ATGACGTATC GGATTTTCGG GAAAACTTGC
 101  AGGCGGCAGC ACAGGGAAAT GCAGCAGCCC AATACAATTT GGGCGCAATG
 151  TATTACAAAG GACGCGGCGT GCGCCGGGAT GATGCTGAAG CGGTCAGATG
 201  GTATCGGCAG GCGGCGGAAC AGGGGTTAGC CCAAGCCCAA TACAATTTGG
 251  GCTGGATGTA TGCCAACGGG CGCGGCGTGC GCCAAGATGA TACCGAAGCG
 301  GTCAGATGGT ATCGGCAGGC GGCAGCGCAG GGGGTTGTCC AAGCCCAATA
 351  CAATTTGGGC GTGATATATG CCGAAGGACG TGGAGTGCGC CAAGACGATG
 401  TCGAAGCGGT CAGATGGTTT CGGCAGGCGG CAGCGCAGGG GGTAGCCCAA
 451  GCCCAAAACA ATTTGGGCGT GATGTATGCC GAAAGACGCG GCGTGCGCCA
 501  AGACCGCGCC CTTGCACAAG AATGGTTTGG CAAGGCTTGT CAAAACGGAG
 551  ACCAAGACGG CTGCGACAAT GACCAACGCC TGAAGGCGGG TTATTGA
其对应于氨基酸序列<SEQ ID 4；ORF37-1>：
   1  MKQTVKWLAA ALIALGLNRA VWADDVSDFR ENLQAAAQGN AAAQYNLGAM
  51  YYKGRGVRRD DAEAVRWYRQ AAEQGLAQAQ YNLGWMYANG RGVRQDDTEA
 101  VRWYRQAAAQ GVVQAQYNLG VIYAEGRGVR QDDVEAVRWF RQAAAQGVAQ
 151  AQNNLGVMYA ERRGVRQDRA LAQEWFGKAC QNGDQDGCDN DQRLKAGY*
进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 5>：
   1  ATGAAACAGA CAGTCAAATG GCTTGCCGCC GCCCTGATTG CCTTGGGCTT
  51  GAACCAAGCG GTGTGGGCGG ATGACGTATC GGATTTTCGG GAAAACTTGC
 101  AGGCGGCAGC ACAGGGAAAT GCAGCAGCCC AAAACAATTT GGGCGTGATG
 151  TATGCCGAAA GACGCGGCGT GCGCCAAGAC CGCGCCCTTG CACAAGAATG
 201  GCTTGGCAAG GCTTGTCAAA ACGGATACCA AGACAGCTGC GACAATGACC
 251  AACGCCTGAA AGCGGGTTAT TGA
它编码的蛋白具有以下的氨基酸序列<SEQ ID 6；ORF37a>：
   1  MKQTVKWLAA ALIALGLNQA VWADDVSDFR ENLQAAAQGN AAAQNNLGVM
  51  YAERRGVRQD RALAQEWLGK ACQNGYQDSC DNDQRLKAGY *
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF37)和ORF37a在75个氨基酸的重叠区内显示出有68.0％的相同性：
                   10        20         30        40        50        60
orf37.pep  MKQTVXMLAAALIALGLNRPVWXDDVSDFRENLXAAAQGNAAAQYNLGAMYXQRTRVRRD
           |||||  |||||||||||: || | ||||||||| |||||||||| |||:|| :|  ||:|
orf37a     MKQTVKWLAAALIALGLNQAVWADDVSDFRENLQAAAQGNAAAQNNLGVMYAERRGVRQD
                   10        20         30        40        50        60
                   70        80         90       100       110       120
orf37.pep  DAEAVRWYRQPAEQGLAQAQ YNLGWMYANGRXVRQDDTEAVRWYRQAAAQGVVQAQYNLG
            | | :|  :  ::|
orf37a     RALAQEWLGKACQNGYQDSC DNDQRLKAGYX
                       70          80        90
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中的对应基因<SEQ ID 7>：
   1  ATGAAACAGA CAGTCAAATG GCTTGCCGCC GCCCTGATTG CCTTGGGCTT
  51  GAACCAAGCG GTGTGGGCGG GTGACGTATC GGATTTTCGG GAAAACTTGC
 101  AGgcggcaGA ACaggGAAAT GCAGCAGCCC AATTCAATTT GGGCGTGATG
 151  TATGAAAATG GACAAGGAGT TCGTCAAGAT TATGTACAGG CAGTGCAGTG
 201  GTATCGCAAG GCTTCAGAAC AAGGGGATGC CCAAGCCCAA TACAATTTGG
 251  GCTTGATGTA TTACGATGGA CGCGGCGTGC GCCAAGACCT TGCGCTCGCT
 301  CAACAATGGC TTGGCAAGGC TTGTCAAAAC GGAGACCAAA ACAGCTGCGA
 351  CAATGACCAA CGCCTGAAGG CGGGTTATTA A
它编码的蛋白质具有以下的氨基酸序列<SEQ ID 8；ORF37ng>：
   1  MKQTVKWLAA ALIALGLNQA VWAGDVSDFR ENLQAAEQGN AAAQFNLGVM
  51  YENGQGVRQD YVQAVQWYRK ASEQGDAQAQ YNLGLMYYDG RGVRQDLALA
 101  QQWLGKACQN GDQNSCDNDQ RLKAGY*
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF37)在与ORF37ng重叠的111个氨基酸内显示出64.9％的相同性：
orf37.pep  MKQTVXMLAAALIALGLNRPVWXDDVSDFRENLXAAAQGNAAAQYNLGAMYXQRTRVRRD  60
           |||||  |||||||||||: ||  ||||||||| || |||||||:|||:|| :   ||:|
orf37ng    MKQTVKWLAAALIALGLNQAVWAGDVSDFRENLQAAEQGNAAAQFNLGVMYENGQGVRQD  60
orf37.pep  DAEAVRWYRQPAEQGLAQAQYNLGWMYANGRXVRQDDTEAVRWYRQAAAQGVVQAQYNLG 120
            ::||:|||: :||| |||||||| || :|| |||| : | :|  :|  :|
orf37ng    YVQAVQWYRKASEQGDAQAQYNLGLMYYDGRGVRQDLALAQQWLGKACQNGDQNSCDNDQ 120
orf37.pep  VIYAEGRGVRQDDVEAVRWFRQAAAQGVAQAQNNLGVMYAERXRVRQD  168
orf37ng    RLKAGY                                            126
完整的菌株B序列(ORF37-1)和ORF37ng在重叠的198个氨基酸中显示出51.5％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf37-1.pep    MKQTVKWLAAALIALGLNRAVWADDVSDFRENLQAAAQGNAAAQYNLGAMYYKGRGVRRD
            ||||||||||||||||||:|||| |||||||||||| |||||||:|||:|| :|:|||:|
orf37ng     MKQTVKWLAAALIALGLNQAVWAGDVSDFRENLQAAEQGNAAAQFNLGVMYENGQGVRQD
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf37-1.pep DAEAVRWYRQAAEQGLAQAQYNLGWMYANGRGVRQDDTEAVRWYRQAAAQGVVQAQYNLG
             ::||:|||:|:||| |||||||| || :|||||||
orf37ng     YVQAVQWYRKASEQGDAQAQYNLGLMYYDGRGVRQD------------------------
                    70        80        90
                   130       140       150       160       170       180
orf37-1.pep VIYAEGRGVRQDDVEAVRWFRQAAAQGVAQAQNNLGVMYAERRGVRQDRALAQEWFGKAC
                                                             ||||:|:||||
orf37ng     ------------------------------------------------LALAQQWLGKAC
                                                             100
                   190      199
orf37-1.pep QNGDQDGCDNDQRLKAGYX
            |||||::||||||||||||
orf37ng     QNGDQNSCDNDQRLKAGYX
           110       120
这些氨基酸序列的计算机分析表明了一个推定的前导序列，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位能用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF37-1(11kDa)克隆到pET和pGex载体中，并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图1A显示了GST-融合蛋白亲和纯化的结果，图1B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用该小鼠的血清进行ELISA(阳性结果)，FACS分析(图1C)和杀菌试验(图1D)。这些实验确证ORF37-1是一种外露蛋白，并且是一种有用的免疫原。
图1E显示了ORF37-1的亲水性、抗原性指数以及AMPHI区域。
实施例2
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 9>：
  TTCGGCGA CATCGGCGGT TTGAAGGTCA ATGCCCCCGT CAAATCCGCA
GGCGTATTGG TCGGGCGCGT CGGCGCTATC GGACTTGACC CGAAATCCTA
TCAGGCGAGG GTGCGCCTCG ATTTGGACGG CAAGTATCAG TTCAGCAGCG
ACGTTTCCGC GCAAATCCTG ACTTCsGGAC TTTTGGGCGA GCAGTACATC
GGGCTGCAGC AGGGCGGCGA CACGGAAAAC CTTGCTGCCG GCGACACCAT
CTCCGTAACC AGTTCTGCAA TGGTTCTGGA AAACCTTATC GGCAAATTCA
TGACGAGTTT TGCCGAGAAA AATGCCGACG GCGGCAATGC GGAAAAAGCC
GCCGAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 10>：
   1  FGDIGGLKVN APVKSAGVLV GRVGAIGLDP KSYQARVRLD LDGKYQFSSD
  51  VSAQILTSGL LGEQYIGLQQ GGDTENLAAG DTISVTSSAM VLENLIGKFM
 101  TSFAEKNADG GNAEKAAE*
这些氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与假设的流感嗜血菌蛋白(ybrd.haein：登录号p45029)的同源性
SEQ ID 9和ybrd.haein在122个重叠的氨基酸内显示出有48.4％的相同性：
         20        30        40        50        60        70
yrbd.h LGIGALVFLGLRVANVQGFAETKSYTVTATFDNIGGLKVRAPLKIGGVVIGRVSAITLDE
                                     |::||||||:||:| :||::|||:||:||
N.m                                  FGDIGGLKVNAPVKSAGVLVGRVGAIGLDP
                                             10        20        30
         80        90       100       110       120       130
yrbd.h KSYLPKVSIAINQEYNEIPENSSLSIKTSGLLGEQYIALTMGFDDGDTAMLKNGSQIQDT
       ||| ::|::::: :| ::::: |  | ||||||||||:|  |   |||: | :|: |  |
N.m    KSYQARVRLDLDGKY-QFSSDVSAQILTSGLLGEQYIGLQQG---GDTENLAAGDTISVT
               40         50        60        70           80
        140       150         160
yrbd.h TSAMVLEDLIGQFL--YGSKKSDGNEKSESTEQ
       :||||||:|||:|:  :::|::||:: ::::|:
N.m    SSAMVLENLIGKFMTSFAEKNADGGNAEKAAEX
         90       100       110       120
与淋病奈瑟球菌的预计的ORF的同源性
SEQ ID 9与淋病奈瑟球菌的预计的ORF在重叠的118个氨基酸内显示出有99.2％的相同性：
          20        30        40        50        60        70
yrbd    GAAAVAFLAFRVAGGAAFGGSDKTYAVYADFGDIGGLKVNAPVKSAGVLVGRVGAIGLDP
                                      ||||||||||||||||||||||||||||||
N.m                                   FGDIGGLKVNAPVKSAGVLVGRVGAIGLDP
                                              10        20        30
          80        90       100       110       120       130
yrbd    KSYQARVRLDLDGKYQFSSDVSAQILTSGLLGEQYIGLQQGGDTENLAAGDTISVTSSAM
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
N.m     KSYQARVRLDLDGKYQFSSDVSAQILTSGLLGEQYIGLQQGGDTENLAAGDTISVTSSAM
                40        50        60        70        80        90
         140       150       160
yrbd    VLENLIGKFMTSFAEKNAEGGNAEKAAEX
        ||||||||||||||||||:||||||||||
N.m     VLENLIGKFMTSFAEKNADGGNAEKAAEX
               100       110       120
完整的yrbd流感嗜血菌序列具有一个前导序列，预计全长的同源脑膜炎奈瑟球菌该蛋白也会有一个前导序列。这提示它可能是膜蛋白、分泌的蛋白或表面蛋白，且该蛋白或其表位之一可能是疫苗或诊断的有用抗原。
实施例3
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 11>：
   1 ..ATTTTGATAT ACCTCATCCG CAAGAATCTA GGTTCGCCCG TCTTCTTCTT
  51   TCAGGAACGC CCCGGAAAGG ACGGAAAACC TTTTAAAATG GTCAAATTCC
 101   GTTCCATGCG CGACGGCTTG TATTCAGACG GCATTCCGCT GCCCGACGGA
 151   GAACGCCTGA CACCGTTCGG CAAAAAACTG CGTGCCGcCA GTwTGGACGA
 201   ACTGCCTGAA TTATGGAATA TCTTAAAAGG CGAGATGAGC CTGGTCGGCC
 251   CCCGCCCGCT GCTGATGCAA TATCTGCCGC TGTACGACAA CTTCCAAAAC
 301   CGCCGCCACG AAATGAAACC CGGCATTACC GGCTGGGCGC AGGTCAACGG
 351   GCGCAACGCg CTTTCGTGGG ACGAAAAATT CGCCTGCGAT GTTTGGTATA
 401   TCGACCACTT CAGCCTGTGC CTCGACATCA AAATCCTACT GCTGACGGTT
 451   AAAAAAGTAT TAATCAAGGA AGGGATTTCC GCACAGGGCG AACA.aCCAT
 501   GCCCCCTTTC ACAGGAAAAC GCAAACTCGC CGTCGTCGGT GCGGGCGGAC
 551   ACGGAAAAGT CGTTGCCGAC CTTGCCGCCG CACTCGGCCG GTACAGGGAA
 601   ATCGTTTTTC TGGACGACCG CGCACAAGGC AGCGTCAACG GCTTTTCCGT
 651   CATCGGCACG ACGCTGCTGC TTGAAAACAG TTTATCGCCC GAACAATACG
 701   ACGTCGCCGT CGCCGTCGGC AACAACCGCA TCCGCCGCCA AATCGCCGAA
 751   AAAGCCGCCG CGCTCGGCTT CGCCCTGCCC GTACTGGTTC ATCCGGACGC
 801   GACCGTCTCG CCTTCTGCAA CAGTCGGACA AGGCAGCGTC GTTATGGCGA
 851   AAGCGGTCG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 12；ORF3>：
   1.. ILIYLIRKNL GSPVFFFQER PGKDGKPFKM VKFRSMRDGL YSDGIPLPDG
  51   ERLTPFGKKL RAASXDELPE LWNILKGEMS LVGPRPLLMQ YLPLYDNFQN
 101   RRHEMKPGIT GWAQVNGRNA LSWDEKFACD VWYIDHFSLC LDIKILLLTV
 151   KKVLIKEGIS AQGEXTMPPF TGKRKLAVVG AGGHGKVVAD LAAALGRYRE
 201   IVFLDDRAQG SVNGFSVIGT TLLLENSLSP EQYDVAVAVG NNRIRRQIAE
 251   KAAALGFALP VLVHPDATVS PSATVGQGSV VMAKAV..
进一步的序列分析揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 13>：
   1  ATGAGTAAAT TCTTCAAACG CCTGTTTGAC ATTGTTGCCT CCGCCTCGGG
  51  ACTGATTTTC CTCTCGCCAG TATTTTTGAT TTTGATATAC CTCATCCGCA
 101  AGAATCTAGG TTCGCCCGTC TTCTTCTTTC AGGAACGCCC CGGAAAGGAC
 151  GGAAAACCTT TTAAAATGGT CAAATTCCGT TCCATGCGCG ACGCGCTTGA
 201  TTCAGACGGC ATTCCGCTGC CCGACGGAGA ACGCCTGACA CCGTTCGGCA
 251  AAAAACTGCG TGCCGCCAGT TTGGACGAAC TGCCTGAATT ATGGAATATC
 301  TTAAAAGGCG AGATGAGCCT GGTCGGCCCC CGCCCGCTGC TGATGCAATA
 351  TCTGCCGCTG TACGACAACT TCCAAAACCG CCGCCACGAA ATGAAACCCG
 401  GCATTACCGG CTGGGCGCAG GTCAACGGGC GCAACGCGCT TTCGTGGGAC
 451  GAAAAATTCG CCTGCGATGT TTGGTATATC GACCACTTCA GCCTGTGCCT
 501  CGACATCAAA ATCCTACTGC TGACGGTTAA AAAAGTATTA ATCAAGGAAG
 551  GGATTTCCGC ACAGGGCGAA GCCACCATGC CCCCTTTCAC AGGAAAACGC
 601  AAACTCGCCG TCGTCGGTGC GGGCGGACAC GGAAAAGTCG TTGCCGACCT
 651  TGCCGCCGCA CTCGGCCGGT ACAGGGAAAT CGTTTTTCTG GACGACCGCG
 701  CACAAGGCAG CGTCAACGGC TTTTCCGTCA TCGGCACGAC GCTGCTGCTT
 751  GAAAACAGTT TATCGCCCGA ACAATACGAC GTCGCCGTCG CCGTCGGCAA
 801  CAACCGCATC CGCCGCCAAA TCGCCGAAAA AGCCGCCGCG CTCGGCTTCG
 851  CCCTGCCCGT TCTGGTTCAT CCGGACGCGA CCGTCTCGCC TTCTGCAACA
 901  GTCGGACAAG GCAGCGTCGT TATGGCGAAA GCCGTCGTAC AGGCAGGCAG
 951  CGTATTGAAA GACGGCGTGA TTGTGAACAC TGCCGCCACC GTCGATCACG
1001  ACTGCCTGCT TAACGCTTTC GTCCACATCA GCCCAGGCGC GCACCTGTCG
1051  GGCAACACGC ATATCGGCGA AGAAAGCTGG ATAGGCACGG GCGCGTGCAG
1101  CCGCCAGCAG ATCCGTATCG GCAGCCGCGC AACCATTGGA GCGGGCGCAG
1151  TCGTCGTACG CGACGTTTCA GACGGCATGA CCGTCGCGGG CAATCCGGCA
1201  AAGCCGCTGC CGCGCAAAAA CCCCGAGACC TCGACAGCAT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 14；ORF3-1>：
   1  MSKFFKRLFD IVASA SGLIF LSPVFLILIY LIRKNLGSPV FFFQERPGKD
  51  GKPFKMVKFR SMRDALDSDG IPLPDGERLT PFGKKLRAAS LDELPELWNI
 101  LKGEMSLVGP RPLLMQYLPL YDNFQNRRHE MKPGITGWAQ VNGRNALSWD
 151  EKFACDVWYI DHF SLCLDIK ILLLTVKKVL IKEGISAQGE ATMPPFTGKR
 201  KLAVVGAGGH GKVVADLAAA LGRYREIVFL DDRAQGSVNG FSVIGTTLLL
 251  ENSLSPEQYD VAVAVGNNRI RRQIAEKAAA LGFALPVLVH PDATVSPSAT
 301  VGQGSVVMAK AVVQAGSVLK DGVIVNTAAT VDHDCLLNAF VHISPGAHLS
 351  GNTHIGEESW IGTGACSRQQ IRIGSRATIG AGAVVVRDVS DGMTVAGNPA
 401  KPLPRKNPET STA*
对该氨基酸序列的计算机分析给出下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF3与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF3a)在重叠的286个氨基酸内显示出有93.0％的相同性：
                                              10        20        30
orf3.pep                             ILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
                                     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf3a     MSKFFKRLFDIVASA SGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
                  10         20        30         40        50        60
              40        50        60        70        80        90
orf3.pep  SMRDGLYSDGIPLPDGERLTPFGKKLRAASXDELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPL
          ||:|:| |||| |||||||||||||||||| ||||||||:|||:||||||||||||||||
orf3a     SMHDALDSDGILLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNVLKGDMSLVGPRPLLMQYLPL
                  70        80        90       100       110       120
             100       110       120       130       140        150
orf3.pep  YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFACDVWYIDHFS LCLDIKILLLTVKKVL
          |||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||| ||||||||||||||||
orf3a     YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDERFACDIWYIDHFS LCLDIKILLLTVKKVL
                 130       140       150       160        170       180
               160       170       180       190       200       210
orf3.pep  IKEGISAQGEXTMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG
          |||||||||| ||||||||||||||||||||||||:|||||| | ||||||||:||||||
orf3a     IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVAELAAALGTYGEIVFLDDRVQGSVNG
                 190       200       210       220       230       240
             220       230       240       250       260       270
orf3.pep  FSVIGTTLLLENSLSPEQYDVAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT
          | ||||||||||||||||:|:|||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||
orf3a     FPVIGTTLLLENSLSPEQFDIAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLIHPDSTVSPSAT
                 250       260       270       280       290       300
             280
orf3.pep  VGQGSVVMAKAV
          ||||:|||||||
orf3a     VGQGGVVMAKAVVQADSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESW
                 310       320       330       340       350       360
全长ORF3a核苷酸序列<SEQ ID 15>是：
   1  ATGAGTAAAT TCTTCAAACG CCTGTTTGAC ATTGTTGCCT CCGCCTCGGG
  51  ACTGATTTTC CTCTCGCCAG TATTTTTGAT TTTGATATAC CTCATCCGCA
 101  AGAATCTGGG TTCGCCCGTC TTCTTCTTTC AGGAACGCCC CGGAAAGGAC
 151  GGAAAACCTT TTAAAATGGT CAAATTCCGT TCCATGCACG ACGCGCTTGA
 201  TTCAGACGGC ATTCTGCTGC CCGACGGAGA ACGCCTGACA CCGTTCGGCA
 251  AAAAACTGCG TGCCGCCAGT TTGGACGAAC TGCCCGAACT GTGGAACGTC
 301  CTCAAAGGCG ACATGAGCCT GGTCGGCCCC CGCCCGCTGC TGATGCAATA
 351  TCTGCCGCTG TACGACAACT TCCAAAACCG CCGCCACGAA ATGAAACCGG
 401  GCATTACCGG CTGGGCGCAG GTCAACGGGC GCAACGCGCT TTCGTGGGAC
 451  GAACGCTTCG CATGCGACAT CTGGTATATC GACCACTTCA GCCTGTGCCT
 501  CGACATCAAA ATCCTACTGC TGACGGTTAA AAAAGTATTA ATCAAAGAAG
 551  GGATTTCCGC ACAGGGCGAA GCCACCATGC CCCCTTTCAC AGGAAAACGC
 601  AAACTTGCCG TCGTCGGTGC GGGCGGACAC GGCAAAGTCG TTGCCGAGCT
 651  TGCCGCCGCA CTCGGCACAT ACGGCGAAAT CGTTTTTCTG GACGACCGCG
 701  TCCAAGGCAG CGTCAACGGC TTCCCCGTCA TCGGCACGAC GCTGCTGCTT
 751  GAAAACAGTT TATCGCCCGA ACAATTCGAC ATCGCCGTCG CCGTCGGCAA
 801  CAACCGCATC CGCCGCCAAA TCGCCGAAAA AGCCGCCGCG CTCGGCTTCG
 851  CCCTGCCCGT CCTGATTCAT CCGGACTCGA CCGTCTCGCC TTCTGCAACA
 901  GTCGGACAAG GCGGCGTCGT TATGGCGAAA GCCGTCGTAC AGGCTGACAG
 951  CGTATTGAAA GACGGCGTAA TTGTGAACAC TGCCGCCACC GTCGATCACG
1001  ATTGCCTGCT TGATGCTTTC GTCCACATCA GCCCGGGCGC GCACCTGTCG
1051  GGCAACACGC GTATCGGCGA AGAAAGCTGG ATAGGCACAG GCGCGTGCAG
1101  CCGCCAGCAG ATCCGTATCG GCAGCCGCGC AACCATTGGA GCGGGCGCAG
1151  TCGTCGTGCG CGACGTTTCA GACGGCATGA CCGTCGCGGG CAACCCGGCA
1201  AAACCATTGG CAGGCAAAAA TACCGAGACC CTGCGGTCGT AA
预计它编码的蛋白具有下列氨基酸序列<SEQ ID 16>：
   1  MSKFFKRLFD IVASA SGLIF LSPVFLILIY LIRKNLGSPV FFFQERPGKD
  51  GKPFKMVKFR SMHDALDSDG ILLPDGERLT PFGKKLRAAS LDELPELWNV
 101  LKGDMSLVGP RPLLMQYLPL YDNFQNRRHE MKPGITGWAQ VNGRNALSWD
 151  ERFACDIWYI DHFS LCLDIK ILLLTVKKVL IKEGISAQGE ATMPPFTGKR
 201  KLAVVGAGGH GKVVAELAAA LGTYGEIVFL DDRVQGSVNG FPVIGTTLLL
 251  ENSLSPEQFD IAVAVGNNRI RRQIAEKAAA LGFALPVLIH PDSTVSPSAT
 301  VGQGGVVMAK AVVQADSVLK DGVIVNTAAT VDHDCLLDAF VHISPGAHLS
 351  GNTRIGEESW IGTGACSRQQ IRIGSRATIG AGAVVVRDVS DGMTVAGNPA
 401  KPLAGKNTET LRS*
两个跨膜结构域用下划线表示。
ORF3-1与ORF3a在重叠的410个氨基酸中显示出有94.6％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf3a.pep  MSKFFKRLFDIVASASGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf3-1     MSKFFKRLFDIVASASGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf3a.pep  SMHDALDSDGILLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNVLKGDMSLVGPRPLLMQYLPL
           ||:|||||||| |||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||
orf3-1     SMRDALDSDGIPLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPL
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf3a.pep  YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDERFACDIWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
           |||||||||||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||||||||
orf3-1     YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFACDVWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf3a.pep  IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVAELAAALGTYGEIVFLDDRVQGSVNG
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||| | ||||||||:||||||
orf3-1     IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf3a.pep  FPVIGTTLLLENSLSPEQFDIAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLIHPDSTVSPSAT
           | ||||||||||||||||:|:|||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||
orf3-1     FSVIGTTLLLENSLSPEQYDVAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340       350       360
orf3a.pep  VGQGGVVMAKAVVQADSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESW
           ||||:|||||||||| |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||||||
orf3-1     VGQGSVVMAKAVVQAGSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLNAFVHISPGAHLSGNTHIGEESW
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380       390       400       410
orf3a.pep  IGTGACSRQQIRIGSRATIGAGAVVVRDVSDGMTVAGNPAKPLAGKNTETLRSX
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||
orf3-1     IGTGACSRQQIRIGSRATIGAGAVVVRDVSDGMTVAGNPAKPLPRKNPETSTAX
                  370       380       390       400       410
与枯草芽孢杆菌的yvfc基因(登录号为Z71928)编码的假设蛋白质的同源性
ORF3和YVFC蛋白质在170个氨基酸重叠区域内表现出有55％的氨基酸相同性(BLASTp)：
ORF3 3   IYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFRSMRDGLYSDGIPLPDGERLTPFGKKLRA 62
         I ++R  +GSPVFF Q RPG  GKPF + KFR+M D   S G  LPD  RLT  G+ +R
yvfc 27  IAVVRLKIGSPVFFKQVRPGLHGKPFTLYKFRTMTDERDSKGNLLPDEVRLTKTGRLIRK 86
ORF3 63  ASXDELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPLYDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALS 122
          S DELP+L N+LKG++SLVGPRPLLM YLPLY   Q RRHE+KPGITGWAQ+NGRNA+S
yvfc 87  LSIDELPQLLNVLKGDLSLVGPRPLLMDYLPLYTEKQARRHEVKPGITGWAQINGRNAIS 146
ORF3 123 WDEKFACDVWYIDHFSLCLDXXXXXXXXXXXXXXEGISAQGEXTMPPFTG 172
         W++KF  DVWY+D++S  LD              EGI      T   FTG
vvfc 147 WEKKFELDVWYVDNWSFFLDLKILCLTVRKVLVSEGIQQTNHVTAERFTG 196
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF3与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF3.ng)在重叠的286个氨基酸内显示出有86.3％的相同性：
orf3                                 ILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR  34
                                     :||||| ||| ||||||::||||||||||||||||
orf3ng    MSKAVKRLFDIIASA SGLIVLSPVFLVLIYLIRKNKGSPVFFIRERPGKDGKPFKMVKFR  60
orf3      SMRDGLYSDGIPLPD GERLTPFGKKLRAASXD ELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPL  94
          ||||:| |||||||| :|||| |||||||:| | |||||||:||||||||||||||||||||
orf3ng    SMRDALDSDGIPLPD SERLTDFGKKLRATSLD ELPELWNVLKGEMSLVGPRPLLMQYLPL  120
orf3      YDNFQNRRHEMKPGI TGWAQVNGRNALSWDEK FACDVWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL  154
          |::|||||||||||| ||||||||||||||||| |:||||| |:||: ||:|||:|||||||
orf3ng    YNKFQNRRHEMKPGI TGWAQVNGRNALSWDEK FSCDVWYTDNFSFWLDMKILFLTVKKVL  180
orf3      IKEGISAQGEXTMPP FTGKRKLAVVGAGGHGK VVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG  214
          |||||||||| |||| |:|:|||||:||||||| |||:|||||| | ||||||||:||||||
orf3ng    IKEGISAQGEATMPP FAGNRKLAVIGAGGHGK VVAELAAALGTYGEIVFLDDRTQGSVNG  240
orf3      FSVIGTTLLLENSLS PEQYDVAVAVGNNRIRR QIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT  274
          | ||||||||||||| |||:|::|||||||||| ||:|:|||||| ||||:||||||||||
orf3ng    FPVIGTTLLLENSLS PEQFDITVAVGNNRIRR QITENAAALGFKLPVLIHPDATVSPSAI  300
orf3      VGQGSVVMAKAV                                                    286
          :|||||||||||
orf3ng    IGQGSVVMAKAVVQA GSVLKDGVIVNTAATVD HDCLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESR  360
全长ORF3ng核苷酸序列<SEQ ID 17>是：
   1  ATGAGTAAAG CCGTCAAACG CCTGTTCGAC ATCATCGCAT CCGCATCGGG
  51  GCTGATTGTC CTGTCGCCCG TGTTTTTGGT TTTAATATAC CTCATCCGCA
 101  AAAACTTAGG TTCGCCCGTC TTCTTCattC GGGAACGCCc cgGAAAGGAc
 151  ggaaaacCTT TTAAAATGGT CAAATTCCGT TCCAtgcgcg acgcgcttGA
 201  TTCAGACGGC ATTCCGCTGC CCGATAGCGA ACGCCTGACC GATTTCGGCA
 251  AAAAATTACG CGCCACCAGT TTGGACGAAC TTCCTGAATT ATGGAATGTC
 301  CTCAAAGGCG AGATGAGCCT GGTCGGCCCC CGCCCGCTTT TGATGCAGTA
 351  TCTGCCGCTT TACAACAAAT TTCAAAACCG CCGCCACGAA ATGAAACCGG
 401  GCATTACCGG CTGGGCGCAG GTCAACGGGC GCAACGCGCT TTCGTGGGAC
 451  GAAAAGTTCT CCTGCGATGT TTGGTACACC GACAATTTCA GCTTTTGGCT
 501  GGATATGAAA ATCCTGTTTC TGACAGTCAA AAAAGTCTTG ATTAAAGAAG
 551  GCATTTCGGC GCAAGGGGAA GCCACCATGC CCCCTTTCGC GGGGAATCGC
 601  AAACTCGCCG TTATCGGCGC GGGCGGACAC GGCAAAGTCG TTGCCGAGCT
 651  TGCCGCCGCA CTCGGCACAT ACGGCGAAAT CGTTTTTCTG GACGACCGCA
 701  CCCAAGGCAG CGTCAACGGC TTCCCCGTCA TCGGCACGAC GCTGCTGCTT
 751  GAAAACAGTT TATCGCCCGA ACAATTCGAC ATCACCGTCG CCGTCGGCAA
 801  CAACCGCATC CGCCGCCAAA TCACCGAAAA CGCCGCCGCG CTCGGCTTCA
 851  AACTGCCCGT TCTGATTCAT CCCGACGCGA CCGTCTCGCC TTCTGCAATA
 901  ATCGGACAAG GCAGCGTCGT AATGGCGAAA GCCGTCGTAC AGGCCGGCAG
 951  CGTATTGAAA GACGGCGTGA TTGTGAACAC TGCCGCCACC GTCGATCACG
1001  ACTGCCTGCT TGACGCTTTC GtccaCATCA GCCCGGGCGC GCACCTGTCG
1051  GGCAACACGC GTATCGGCGA AGAAAGCCGG ATAGGCACGG GCGCGTGCAG
1101  CCGCCAGCAG ACAACCGTCG GCAGCGGGGT TACCgGcgGT GCAGGGgcGG
1151  TTATCGTATG CGACATCCCG GACGGCATGA CCGTCGCGGG CAACCCGGCA
1201  AAGCCCCTTA CGGGCAAAAA CCCCAAGACC GGGACGGCAT AA
它编码的蛋白质具有下列氨基酸序列<SEQ ID 18>：
   1  MSKAVKRLFD IIASA SGLIV LSPVFLVLIY LIRKNLGSPV FFIRERPGKD
  51  GKPFKMVKFR SMRDALDSDG IPLPDSERLT DFGKKLRATS LDELPELWNV
 101  LKGEMSLVGP RPLLMQYLPL YNKFQNRRHE MKPGITGWAQ VNGRNALSWD
 151  EKFSCDVWYT DNFSFWLDMK ILFLTVKKVL IKEGISAQGE ATMPPFAGNR
 201  KLAVIGAGGH GKVVAELAAA LGTYGEIVFL DDRTQGSVNG FPVIGTTLLL
 251  ENSLSPEQFD ITVAVGNNRI RRQITENAAA LGFKLPVLIH PDATVSPSAI
 301  IGQGSVVMAK AVVQAGSVLK DGVIVNTAAT VDHDCLLDAF VHISPGAHLS
 351  GNTRIGEESR IGTGACSRQQ TT VGSGVTAG AGAVIVCDIP DGMTVAGNPA
 401  KPLTGKNPKT GTA*
该蛋白与ORF3-1在重叠的413个氨基酸内有86.9％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf3-1.pep    MSKFFKRLFDIVASASGLIFLSPVFLILIYLIRKNLGSPVFFFQERPGKDGKPFKMVKFR
              |||  ||||||:||||||| ||||||:|||||||||||||||::||||||||||||||||
orf3ng        MSKAVKRLFDIIASASGLIVLSPVFLVLIYLIRKNLGSPVFFIRERPGKDGKPFKMVKFR
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf3-1.pep    SMFDALDSDGIPLPDGERLTPFGKKLRAASLDELPELWNILKGEMSLVGPRPLLMQYLPL
              |||||||||||||||:|||| |||||||:||||||||||:||||||||||||||||||||
orf3ng        SMRDALDSDGIPLPDSERLTDFGKKLRATSLDELPELWNVLKGEMSLVGPRPLLMQYLPL
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf3-1.pep    YDNFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFACDVWYIDHFSLCLDIKILLLTVKKVL
              |::||||||||||||||||||||||||||||||:||||| |:||: ||:|||:|||||||
orf3ng        YNKFQNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFSCDVWYTDNFSFWLDMKILFLTVKKVL
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf3-1.pep    IKEGISAQGEATMPPFTGKRKLAVVGAGGHGKVVADLAAALGRYREIVFLDDRAQGSVNG
              ||||||||||||||||:|:|||||:||||||||||:|||||| | ||||||||:||||||
orf3ng        IKEGISAQGEATMPPFAGNRKLAVIGAGGHGKVVAELAAALGTYGEIVFLDDRTQGSVNG
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf3-1.pep    FSVIGTTLLLENSLSPEQYDVAVAVGNNRIRRQIAEKAAALGFALPVLVHPDATVSPSAT
              | ||||||||||||||||:|::||||||||||||:|:|||||| ||||:||||||||||
orf3ng        FPVIGTTLLLENSLSPEQFDITVAVGNNRIRRQITENAAALGFKLPVLIHPDATVSPSAI
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf3-1.pep    VGQGSVVMAKAVVQAGSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLNAFVHISPGAHLSGNTHIGEESW
              :||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:|||||
orf3ng        IGQGSVVMAKAVVQAGSVLKDGVIVNTAATVDHDCLLDAFVHISPGAHLSGNTRIGEESR
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410
orf3-1.pep    IGTGACSRQQIRIGSRATIGAGAVVVRDVSDGMTVAGNPAKPLPRKNPETSTAX
              ||||||||||  :|| :| |||||:| |: |||||||||||||  |||:|:|||
orf3ng        IGTGACSRQQTTVGSGVTAGAGAVIVCDIPDGMTVAGNPAKPLTGKNPKTGTAX
                     370       380       390       400       410
另外，ORF3ng显示出与枯草芽孢杆菌的假设蛋白明显同源：
gnl|PID|e238668(Z71928)假设蛋白[枯草芽孢杆菌]
>gi|1945702|gnl|PID|e313004(Z94043)假设蛋白[枯草芽孢杆菌]>gi|2635938|gnl|PID|e1186113(Z99121)与
荚膜多糖生物合成相似[枯草芽孢杆菌]长度＝202
评分＝235位(594)，估计值＝3e-61
相同性＝114/195(58％)，阳性＝142/195(72％)
询问：5   VKRLFDIIASASGLIVLSPVFLVLIYLIRKNLGSPVFFIRERPGKDGKPFKMVKFRSMRD 64
           +KRLFD+ A+   L   S + L  I ++R  +GSPVFF + RPG  GKPF + KFR+M D
目标：3   LKRLFDLTAAIFLLCCTSVIILFTIAVVRLKIGSPVFFKQVRPGLHGKPFTLYKFRTMTD 62
询问：65  ALDSDGIPLPDSERLTDFGKKLRATSLDELPELWNVLKGEMSLVGPRPLLMQYLPLYNKF 124
             DS G  LPD  RLT  G+ +R  S+DELP+L NVLKG++SLVGPRPLLM YLPLY +
目标：63  ERDSKGNLLPDEVRLTKTGRLIRKLSIDELPQLLNVLKGDLSLVGPRPLLMDYLPLYTEK 122
询问：125 QNRRHEMKPGITGWAQVNGRNALSWDEKFSCDVWYTDNFSFWLDMKILFLTVKKVLIKEG 184
           Q RRHE+KPGITGWAQ+NGRNA+SW++KF  DVWY DN+SF+LD+KIL LTV+KVL+ EG
目标：123 QARRHEVKPGITGWAQINGRNAISWEKKFELDVWYVDNWSFFLDLKILCLTVRKVLVSEG 182
询问：185 ISAQGEATMPPFAGN 199
           I      T   F G+
目标：183 IQQTNHVTAERFTGS 197
yvfc基因的假设产物显示与苜蓿根瘤菌(R.meliloti)的EXOY(一种外多糖产生蛋白(exopolysaccharide production protein))相似。根据这个情况以及同源的淋病奈瑟球菌序列中两个预计的跨膜区，预计这些蛋白或它们的表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例4
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 19>：
   1 ..AACCATATGG CGATTGTCAT CGACGAATAC GGCGGCACAT CCGGCTTGGT
  51   CACCTTTGAA GACATCATCG AGCAAATCGT CGGCGAAATC GAAGACGAGT
 101   TTGACGAAGA CGATAGCGCC GACAATATCC ATGCCGTTTC TTCAGACACG
 151   TGGCGCATCC ATGCAGCTAC CGAAATCGAA GACATCAACA CCTTCTTCGG
 201   CACGGAATAC AGCATCGAAG AAGCCGACAC CATT.GGCGG CCTGGTCATT
 251   CAAGAGTTGG GACATCTGCC CGTGCGCGGC GAAAAAGTCC TTATCGGCGG
 301   TTTGCAGTTC ACCGTCGCAC GCGCCGACAA CCGCCGCCTG CATACGCTGA
 351   TGGCGACCCG CGTGAAGTAA GC........ .....ACCGC CGTTTCTGCA
 401   CAGTTTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 20：ORF5>：
   1 ..NHMAIVIDEY GGTSGLVTFE DIIEQIVGEI EDEFDEDDSA DNIHAVSSDT
  51   WRIHAATEIE DINTFFGTEY SIEEADTIXR PGHSRVGTSA RARRKSPYRR
 101   FAVHRRTRRQ PPPAYADGDP REVS....XR RFCTV*
进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列是<SEQ ID 21>：
   1  ATGGACGGCG CACAACCGAA AACGAATTTT TTTGAACGCC TGATTGCCCG
  51  ACTCGCCCGC GAACCCGATT CCGCCGAAGA CGTATTAAAC CTGCTTCGGC
 101  AGGCGCACGA GCAGGAAGTT TTTGATGCGG ATACGCTTTT AAGATTGGAA
 151  AAAGTCCTCG ATTTTTCCGA TTTGGAAGTG CGCGACGCGA TGATTACGCG
 201  CAGCCGTATG AACGTTTTAA AAGAAAACGA CAGCATCGAG CGCATCACCG
 251  CCTACGTTAT CGATACCGCC CATTCGCGCT TCCCCGTCAT CGGCGAAGAC
 301  AAAGACGAAG TTTTGGGCAT TTTGCACGCC AAAGACCTGC TCAAATATAT
 351  GTTTAACCCC GAGCAGTTCC ACCTCAAATC CATTCTCCGC CCCGCCGTCT
 401  TCGTCCCCGA AGGCAAATCG CTGACCGCCC TTTTAAAAGA GTTCCGCGAA
 451  CAGCGCAACC ATATGGCGAT TGTCATCGAC GAATACGGCG GCACATCCGG
 501  CTTGGTCACC TTTGAAGACA TCATCGAGCA AATCGTCGGC GAAATCGAAG
 551  ACGAGTTTGA CGAAGACGAT AGCGCCGACA ATATCCATGC CGTTTCTTCC
 601  GAACGCTGGC GCATCCATGC AGCTACCGAA ATCGAAGACA TCAACACCTT
 651  CTTCGGCACG GAATACAGCA GCGAAGAAGC CGACACCATT CGGCCTGGTC
 701  ATTCAAGAGT TGGGACATCT GCCCGTGCGC GGCGAAAAAG TCCTTATCGG
 751  CGGTTTGCAG TTCACCGTCG CACGCGCCGA CAACCGCCGC CTGCATACGC
 801  TGATGGCGAC CCGCGTGAAG TAAGCACCGC CGTTTCTGCA CAGTTTAGGA
 851  TGACGGTACG GGCGTTTTCT GTTTCAATCC GCCCCATCCG CCAAACATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 22；ORF5-1>：
   1  MDGAQPKTNF FERLIARLAR EPDSAEDVLN LLRQAHEQEV FDADTLLRLE
  51  KVLDFSDLEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED
 101  KDEVLGILHA KDLLKYMFNP EQFHLKSILR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE
 151  QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG EIEDEFDEDD SADNIHAVSS
 201  ERWRIHAATE IEDINTFFGT EYSSEEADTI RPGHSRVGTS ARARRKSPYR
 251  RFAVHRRTRR QPPPAYADGD PREVSTAVSA QFRMTVRAFS VSIRPIRQT*
进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 23>：
   1  ATGGACGGCG CACAACCGAA AACAAATTTT TTNNAACGCC TGATTGCCCG
  51  ACTCGCCCGC GAACCCGATT CCGCCGAAGA CGTATTGACC CTGTTGCGCC
 101  AAGCGCACGA ACAGGAAGTA TTTGATGCGG ATACGCTTTT AAGATTGGAA
 151  AAAGTCCTCG ATTTTTCTGA TTTGGAAGTG CGCGACGCGA TGATTACGCG
 201  CAGCCGTATG AACGTTTTAA AAGAAAACGA CAGCATCGAA CGCATCACCG
 251  CCTACGTTAT CGATACCGCC CATTCGCGCT TCCCCGTCAT CGGTGAAGAC
 301  AAAGACGAAG TTTTGGGTAT TTTGCACGCC AAAGACCTGC TCAAATATAT
 351  GTTCAACCCC GAGCAGTTCC ACCTCAAATC GATATTGCGC CCTGCCGTCT
 401  TCGTCCCCGA AGGCAAATCG CTGACCGCCC TTTTAAAAGA GTTCCGCGAA
 451  CAGCGCAACC ATATGGCAAT CGTCATCGAC GAATACGGCG GCACGTCGGG
 501  TTTGGTAACT TTTGAAGACA TCATCGAGCA AATCGTCGGC GACATCGAAG
 551  ATGAGTTTGA CGAAGACGAA AGCGCGGACA ACATCCACGC CGTTTCCGCC
 601  GAACGCTGGC GCATCCACGC GGCTACCGAA ATCGAAGACA TCAACGCCTT
 651  TTTCGGCACG GAATACAGCA GCGAAGAAGC CGACACCATC GGCGGCCNTG
 701  GTCATTCAGG AATTGGNACA CCTGCCCGTG CGCGGCGAAA AAGTCNTTAT
 751  CGGCGNNTTG CANTTCACNG TCGCCNGCGC NGACAACCGC CGCCTGCATA
 801  CGCTGATGGC GACCCGCGTG AAGTAAGCTC CGCCGTTTCT GTACAGTTTA
 851  GGATGACGGT ACGGGCGTTT TCTGTTTCAA TCCGCCCCAT CCGCCANACA
 901  TAA
它编码的蛋白具有以下的氨基酸序列<SEQ ID 24；ORF5a>：
   1  MDGAQPKTNF XXRLIARLAR EPDSAEDVLT LLRQAHEQEV FDADTLLRLE
  51  KVLDFSDLEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED
 101  KDEVLGILHA KDLLKYMFNP EQFHLKSILR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE
 151  QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG DIEDEFDEDE SADNIHAVSA
 201  ERWRIHAATE IEDINAFFGT EYSSEEADTI GGXGHSGIGT PARARRKSXY
 251  RRXAXHXRXR XQPPPAYADG DPREVSSAVS VQFRMTVRAF SVSIRPIRXT
 301  *
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF5)与ORF5a在重叠的124个氨基酸内显示出有54.7％的相同性：
                                                 10        20        30
orf5.pep                                 NHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGEI
                                         ||||||||||||||||||||||||||||:|
orf5a      FHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGDI
                130       140       150       160       170       180
                   40        50        60        70        80        90
orf5.pep   EDEFDEDDSADNIHAVSSDTWRIHAATEIEDINTFFGTEYSIEEADTIXRPGHSRVGTSA
           |||||||:|||||||||:: |||||||||||||:||||||| ||||||   ||| :|| |
orf5a      EDEFDEDESADNIHAVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYSSEEADTIGGXGHSGIGTPA
                190       200       210       220       230       240
                   100       110       120       130
orf5.pep    RARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVSXXXXXRRFCTV
            |||||| ||| | | |:| |||||||||||||||
orf5a       RARRKSXYRRXAXHXRXRXQPPPAYADGDPREVSSAVSVQFRMTVRAFSVSIRPIRXTX
                 250       260       270       280       290       300
完整的菌株B序列(ORF5-1)和ORF5a在重叠的300个氨基酸中显示出有92.7％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf5a.pep    MDGAQPKTNFXXRLIARLAREPDSAEDVLTLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV
             ||||||||||  |||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf5-1       MDGAQPKTNFFERLIARLAREPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf5a.pep    RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf5-1       RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf5a.pep    EQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf5-1       EQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf5a.pep    DIEDEFDEDESADNIHAVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYSSEEADTIGGXGHSGIGT
             :||||||||:|||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||   ||| :||
orf5-1       EIEDEFDEDDSADNIHAVSSERWRIHAATEIEDINTFFGTEYSSEEADTIRP-GHSRVGT
                    190       200       210       220       230
                    250       260       270       280       290       300
orf5a.pep    PARARRKSXYRRXAXHXRXRXQPPPAYADGDPREVSSAVSVQFRMTVRAFSVSIRPIRXT
              ||||||| ||| | | |:| |||||||||||||||:|||:||||||||||||||||| |
orf5-1       SARARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVSTAVSAQFRMTVRAFSVSIRPIRQT
           240       250       260       270       280       290
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中的部分DNA序列<SEQ ID 25>，它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 26；ORF5ng>：
   1  MDGAQPKTNF FERLIARLAR EPDSAEDVLN LLRQAHEQEV FDADTLTRLE
  51  KVLDFAELEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED
 101  KDEVLGILHA KDLLKYMFNP EQFHLKSVLR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE
 151  QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG DIEDEFDEDE SADDIHSVSA
 201  ERWRIHAATE IEDINAFFGT EYGSEEADTI RRLGHSGIGT PARARRKSPY
 251  RRFAVHRRPR RQPPPAHADG DPREVSRACP HRRFCTV*
进一步的分析揭示了完整的淋球菌核苷酸序列<SEQ ID 27>是：
   1  ATGGACGGCG CACAACCGAA AACAAATTTT TTTGAACGCC TGATTGCCCG
  51  ACTCGCCCGC GAACCCGATT CCGCCGAAGA CGTATTAAAC CTGCTTCGGC
 101  AGGCGCACGA ACAGGAAGTT TTTGATGCCG ACACACTGAC CCGGCTGGAA
 151  AAAGTATTGG ACTTTGCCGA GCTGGAAGTG CGCGATGCGA TGATTACGCG
 201  CAGCCGCATG AACGTATTGA AAGAAAACGA CAGCATCGAA CGCATCACCG
 251  CCTACGTCAT CGATACCGCC CATTCGCGCT TCCCCGTCAT CGGCGAAGAC
 301  AAAGACGAAG TTTTGGGCAT TTTGCACGCC AAAGACCTGC TCAAATATAT
 351  GTTCAACCCC GAGCAGTTCC ACCTGAAATC CGTCTTGCGC CCTGCCGTTT
 401  TCGTGCCCGA AGGCAAATCT TTGACCGCCC TTTTAAAAGA GTTCCGCGAA
 451  CAGCGCAACC ATATGGCAAT CGTCATCGAC GAATACGGCG GCACGTCGGG
 501  TTTGGTCACC TTTGAAGACA TCATCGAGCA AATCGTCGGT GACATCGAAG
 551  ACGAGTTTGA CGAAGACGAA AGCGccgacg acatCCACTC cgTTTccgCC
 601  GAACGCTGGC GCATCCacgc ggctaCCGAA ATCGAAGaca TCAACGCCTT
 651  TTTCGGTACG GAatacggca gcgaagaagc cgacaccatc cggcggctTG
 701  GTCATTCAGG AATTGGGACA CCTGCCCGTG CGCGGCGAAA AAGTCCTTAt
 751  cggcgGTTTG Cagttcaccg tCGCCCGCGC CGACAACCGC CGCCTGCACA
 801  CGCTGATGGC GACCCGCGTG AAGTAAGCAG AGCCTGCCcg AccgccgttT
 851  CTGCacAGTT TAGGatgACG gtaCGGTCGT TTTCTGTTTC AATCCGCCCC
 901  ATCCGCCAAA CATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 28；ORF5ng-1>：
   1  MDGAQPKTNF FERLIARLAR EPDSAEDVLN LLRQAHEQEV FDADTLTRLE
  51  KVLDFAELEV RDAMITRSRM NVLKENDSIE RITAYVIDTA HSRFPVIGED
 101  KDEVLGILHA KDLLKYMFNP EQFHLKSVLR PAVFVPEGKS LTALLKEFRE
 151  QRNHMAIVID EYGGTSGLVT FEDIIEQIVG DIEDEFDEDE SADDIHSVSA
 201  ERWRIHAATE IEDINAFFGT EYGSEEADTI RRLGHSGIGT PARARRKSPY
 251  RRFAVHRRPR RQPPPAHADG DPREVSRACP TAVSAQFRMT VRSFSVSIRP
 301  IRQT*
最初鉴定的部分菌株B序列(ORF5)与部分淋球菌序列(ORF5ng)在重叠的135个氨基酸内显示出有83.1％的相同性：
orf5                                    NHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGEI  30
                                        ||||||||||||||||||||||||||||:|
orf5ng    FHLKSVLRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGDI  182
orf5      EDEFDEDDSADNIHAVSSDTWRIHAATEIEDINTFFGTEYSIEEADTIXRPGHSRVGTSA  90
          |||||||:|||:||:||:: |||||||||||||:||||||: |||||| | ||| :|| |
orf5ng    EDEFDEDESADDIHSVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYGSEEADTIRRLGHSGIGTPA  242
orf5      RARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVSX----RRFCTV  131
          |||||||||||||||| |||||||:|||||||||     ||||||
orf5ng    RARRKSPYRRFAVHRRPRRQPPPAHADGDPREVSRACPHRRFCTV  287
完整的菌株B和淋球菌序列(ORF5-1和ORF5ng-1)在重叠的304个氨基酸中显示出有92.4％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf5ng-1.pep  MDGAQPKTNFFERLIARLAREPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLTRLEKVLDFAELEV
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||::|||
orf5-1        MDGAQPKTNFFERLIARLAREPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf5ng-1.pep  RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf5-1        RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYMFNP
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf5ng-1.pep  EQFHLKSVLRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
              |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf5-1        EQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVG
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf5ng-1.pep  DIEDEFDEDESADDIHSVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYGSEEADTIRRLGHSGIGT
              :||||||||:|||:||:||:|||||||||||||||:||||||:||||||||  ||| :||
orf5-1        EIEDEFDEDDSADNIHAVSSERWRIHAATEIEDINTFFGTEYSSEEADTIRP-GHSRVGT
                     190       200       210       220       230
                     250       260       270       280       290       300
orf5ng-1.pep  PARARRKSPYRRFAVHRRPRRQPPPAHADGDPREVSRACPTAVSAQFRMTVRSFSVSIRP
               ||||||||||||||||| |||||||:|||||||||    ||||||||||||:|||||||
orf5-1        SARARRKSPYRRFAVHRRTRRQPPPAYADGDPREVS----TAVSAQFRMTVRAFSVSIRP
            240       250       260       270           280       290
orf5ng-1.pep  IRQTX
              |||||
orf5-1        IRQTX
                300
这些氨基酸序列的计算机分析表明了一个推定的前导序列，并鉴定了下列同源性：
与流感嗜血菌的溶血素同系物TlyC(登录号为U32716)的同源性
ORF5和TlyC蛋白在重叠的77个氨基酸内有58％的相同性(BLASTp)。
ORF5 2    HMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIVGEIEDEFDEDDSADNIHAVSSDTWRIHAATEIED 61
          HMAIV+DE+G  SGLVT EDI+EQIVG+IEDEFDE++ AD I  +S  T+ + A T+I+D
TlyC 166  HMAIVVDEFGAVSGLVTIEDILEQIVGDIEDEFDEEEIAD-IRQLSRHTYAVRALTDIDD 224
ORF5 62   INTFFGTEYSIEEADTI 78
           N  F T++  EE DTI
TlyC 225  FNAQFNTDFDDEEVDTI 241
ORF5ng-1还显示出与TlyC明显同源：
评分Init1：301 Initn：419 Opt：668
Smith-Waterman评分：668；242个重叠的氨基酸内有45.9％的相同性
                              10        20         30        40        50
orf5ng-1.pep          MDGAQPKTNFFERLIARLAR-EPDSAEDVLNLLRQAHEQEVFDADTLTRLEK
                            |  ||: |::|: : |  : |::::::|::::::::| :|   :|
tlyc_haein    MNDEQQNSNQSENTKKPFFQSLFGRFFQGELKNREELVEVIRDSEQNDLIDQNTREMIEG
                      10        20        30        40        50        60
                      60        70        80        90       100       109
orf5ng-1.pep  VLDFAELEVRDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGE--DKDEVLGILH
              |:::|||:||| || ||::  ::::::::     :|::||||||||::  |:|:::||||
tlyc_haein    VMEIAELRVRDIMIPRSQIIFIEDQQDLNTCLNTIIESAHSRFPVIADADDRDNIVGILH
                      70        80        90       100       110       120
           110         120       130       140       150       160
orf5ng-1.pep  AKDLLKYMF-NPEQFHLKSVLRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGL
              ||||||::  : | | |:|:|||:|:|||:| :  :||:|| :| |||||:||:|::|||
tlyc_haein    AKDLLKFLREDAEVFDLSSLLRPVVIVPESKRVDRMLKDFRSERFHMAIVVDEFGAVSGL
                     130       140       150       160       170       180
             170       180       190       200       210       220
orf5ng-1.pep  VTFEDIIEQIVGDIEDEFDEDESADDIHSVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYGSEEAD
              ||:|||:|||||||||||||:| || |:::| : : ::| |:|:|:|| |:|:: :||:|
tlyc_haein    VTIEDILEQIVGDIEDEFDEEEIAD-IRQLSRHTYAVRALTDIDDFNAQFNTDFDDEEVD
                     190       200       210       220       230
             230        240       250       260       270       280
orf5ng-1.pep  TIRRLGHSGIG-TPARARRKSPYRRFAVHRRPRRQPPPAHADGDPREVSRACPTAVSAQF
              ||  |  : :|  | |:
tlyc_haein    TIGGLIMQTFGYLPKRGEEIILKNLQFKVTSADSRRLIQLRVTVPDEHLAEMNNVDEKSE
            240       250       260       270       280       290
与大肠杆菌的假设分泌蛋白的同源性：
ORF5显示出与大肠杆菌的一种假设分泌蛋白有同源性：
sp|P77392|YBEX_ECOLI CUTE-ASNB基因间区域中假设的33.3KD蛋白
>gi|1778577(U82598)与流感嗜血菌相似[大肠杆菌]>gi|1786879(AE000170)f292；该292aa ORF与约440aa
蛋白的272个残基有23％的相同性(9个空隙)YTFL_HAEIN SW：P44717[大肠杆菌]长度＝292
评分＝212位(533)，估计值＝3e-54
相同性＝112/230(48％)，阳性＝149/230(64％)，空隙＝3/230(1％)
询问：2   DGAQPKTNFXXRLIARLAR-EPDSAEDVLTLLRQAHEQEVFDADTLLRLEKVLDFSDLEV 60
           D    K  F   L+++L   EP + +++L L+R + + ++ D DT   LE V+D +D  V
目标：10  DTISNKKGFFSLLLSQLFHGEPKNRDELLALIRDSGQNDLIDEDTRDMLEGVMDIADQRV 69
询问：61  RDAMITRSRMNVLKENDSIERITAYVIDTAHSRFPVIGEDKDEVLGILHAKDLLKYM-FN 119
           RD MI RS+M  LK N +++     +I++AHSRFPVI EDKD + GIL AKDLL +M  +
目标：70  RDIMIPRSQMITLKRNQTLDECLDVIIESAHSRFPVISEDKDHIEGILMAKDLLPFMRSD 129
询问：120 PEQFHLKSILRPAVFVPEGKSLTALLKEFREQRNHMAIVIDEYGGTSGLVTFEDIIEQIV 179
            E F +  +LR AV VPE K +  +LKEFR QR HMAIVIDE+GG SGLVT EDI+E IV
目标：130 AEAFSMDKVLRQAVVVPESKRVDRMLKEFRSQRYHMAIVIDEFGGVSGLVTIEDILELIV 189
询问：180 GDIEDEFDEDESADNIHAVSAERWRIHAATEIEDINAFFGTEYSSEEADT 229
           G+IEDE+DE++  D    +S   W + A   IED N  FGT +S EE DT
目标：190 GEIEDEYDEEDDID-FRQLSRHTWTVRALASIEDFNEAFGTHFSDEEVDT 238
根据该分析，包括与流感嗜血菌的TlyC溶血素同系物的氨基酸同源性(溶血素是分泌的蛋白质)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白是分泌性的，因此可用作疫苗或诊断用的抗原。
如上所述，将ORF5-1(30.7kDa)克隆到pGex中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图2A显示了GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠的血清用于Western印迹分析(图1B)。这些实验确认ORF5-1是外露的蛋白，且是有用的免疫原。
实施例5
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 29>：
   1  ATGCGCGGCG GCAGGCCGGA TTCCGTTACC GTGCAGATTA TCGAAGGTTC
  51  GCGTTTTTCG CATATGAGGA AAGTCATCGA CGCAACGCCC GACATCGGAC
 101  ACGACACCAA AGGCTGGAGC AATGAAAAAC TGATGGCGGA AGTTGCGCCC
 151  GATGCCTTCA GCGGCAATCC TGAAgGGCAG TTTTTCCCCG ACAGCTACGA
 201  AATCGATGCG GGCGGCAGTG ATTTGCAGAT TTACCAAACC GCCTACAA
Figure A20051011339500661
G
 251  GCGATGCAAC GCCGCCTGAA TGA GGCATG GGAAAGCAGG CAGGACGGGC
 301  TGCCTTATAA AAACCCTTAT GAAATGCTGA TTATGGCGAr CCTGGTCGAA
 351  AAGGAAACAG GGCATGAAGC CGAsCsCGAC CATGTcGCTT CCGTCTTCGT
 401  CAACCGCCTG AAAATCGGTA TGCGCCTGCA AACCgAssCG TCCGTGATTT
 451  ACGGCATGGG TGCGGCATAC AAGGGCAAAA TCCGTAAAGC CGACCTGCGC
 501  CGCGACACGC CGTACAACAC CTACACGCGC GGCGGTCTGC CGCCAACCCC
 551  GATTGCGCTG CCC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 30；ORF7>：
   1  MRGGRPDSVT VQIIEGSRFS HMRKVIDATP DIGHDTKGWS NEKLMAEVAP
  51  DAFSGNPEGQ FFPDSYEIDA GGSDLQIYQT AYKAMQRRLN EAWESRQDGL
 101  PYKNPYEMLI MAXLVEKETG HEAXXDHVAS VFVNRLKIGM RLQTXXSVIY
 151  GMGAAYKGKI RKADLRRDTP YNTYTRGGLP PTPIALP.
进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 31>：
   1  ATGTTGAGAA AATTGTTGAA ATGGTCTGCC GTTTTTTTGA CCGTGTCGGC
  51  AGCCGTTTTC GCCGCGCTGC TTTTTGTTCC TAAGGATAAC GGCAGGGCAT
 101  ACCGAATCAA AATTGCCAAA AACCAGGGTA TTTCGTCGGT CGGCAGGAAA
 151  CTTGCCGAAG ACCGCATCGT GTTCAGCAGG CATGTTTTGA CGGCGGCGGC
 201  CTACGTTTTG GGTGTGCACA ACAGGCTGCA TACGGGGACG TACAGATTGC
 251  CTTCGGAAGT GTCTGCTTGG GATATCTTGC AGAAAATGCG CGGCGGCAGG
 301  CCGGATTCCG TTACCGTGCA GATTATCGAA GGTTCGCGTT TTTCGCATAT
 351  GAGGAAAGTC ATCGACGCAA CGCCCGACAT CGGACACGAC ACCAAAGGCT
 401  GGAGCAATGA AAAACTGATG GCGGAAGTTG CGCCCGATGC CTTCAGCGGC
 451  AATCCTGAAG GGCAGTTTTT CCCCGACAGC TACGAAATCG ATGCGGGCGG
 501  CAGTGATTTG CAGATTTACC AAACCGCCTA CAAGGCGATG CAACGCCGCC
 551  TGAATGAGGC ATGGGAAAGC AGGCAGGACG GGCTGCCTTA TAAAAACCCT
 601  TATGAAATGC TGATTATGGC GAGCCTGGTC GAAAAGGAAA CAGGGCATGA
 651  AGCCGACCGC GACCATGTCG CTTCCGTCTT CGTCAACCGC CTGAAAATCG
 701  GTATGCGCCT GCAAACCGAC CCGTCCGTGA TTTACGGCAT GGGTGCGGCA
 751  TACAAGGGCA AAATCCGTAA AGCCGACCTG CGCCGCGACA CGCCGTACAA
 801  CACCTACACG CGCGGCGGTC TGCCGCCAAC CCCGATTGCG CTGCCCGGCA
 851  AGGCGGCACT CGATGCCGCC GCCCATCCGT CCGGCGAAAA ATACCTGTAT
 901  TTCGTGTCCA AAATGGACGG CACGGGCTTG AGCCAGTTCA GCCATGATTT
 951  GACCGAACAC AATGCCGCCG TCCGCAAATA TATTTTGAAA AAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 32；ORF7-1>：
   1  MLRKLLKWSA VFLTVSAAVF AALLFVPKDN GRAYRIKIAK NQGISSVGRK
  51  LAEDRIVFSR HVLTAAAYVL GVHNRLHTGT YRLPSEVSAW DILQKMRGGR
 101  PDSVTVQIIE GSRFSHMRKV IDATPDIGHD TKGWSNEKLM AEVAPDAFSG
 151  NPEGQFFPDS YEIDAGGSDL QIYQTAYKAM QRRLNEAWES RQDGLPYKNP
 201  YEMLIMASLV EKETGHEADR DHVASVFVNR LKIGMRLQTD PSVIYGMGAA
 251  YKGKIRKADL RRDTPYNTYT RGGLPPTPIA LPGKAALDAA AHPSGEKYLY
 301  FVSKMDGTGL SQFSHDLTEH NAAVRKYILK K*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与流感嗜血菌的yceg基因(登录号为P44270)编码的假设蛋白的同源性
ORF7和yceg蛋白在重叠的192个氨基酸内显示出有44％的氨基酸相同性：
ORF7 1    MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGHDTKGWSNEKLMA-----EVAPDAFSG 55
          +  G+     V+ IEG  F   RK ++  P +    K  SNE++ A     ++  +
yceg 102  LNSGKEVQFNVKWIEGKTFKDWRKDLENAPHLVQTLKDKSNEEIFALLDLPDIGQNLELK 161
ORF7 56   NPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMAXLV 115
          N EG  +PD+Y      +DL++ + + + M++ LN+AW  R + LP  NPYEMLI+A +V
yceg 162  NVEGWLYPDTYNYTPKSTDLELLKRSAERMKKALNKAWNERDEDLPLANPYEMLILASIV 221
ORF7 116  EKETGHEAXXDHVASVFVNRLKIGMRLQTXXSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYT 175
          EKETG       VASVF+NRLK  M+LQT  +VIYGMG  Y G IRK DL   TPYNTY
yceg 222  EKETGIANERAKVASVFINRLKAKMKLQTDPTVIYGMGENYNGNIRKKDLETKTPYNTYV 281
ORF7 176  RGGLPPTPIALP 187
            GLPPTPIA+P
yceg 282  IDGLPPTPIAMP 293
全长YCEG蛋白具有以下序列：
   1  MKKFLIAILL LILILAGVAS FSYYKMTEFV KTPVNVQADE LLTIERGTTS
  51  SKLATLFEQE KLIADGKLLP YLLKLKPELN KIKAGTYSLE NVKTVQDLLD
 101  LLNSGKEVQF NVKWIEGKTF KDWRKDLENA PHLVQTLKDK SNEEIFALLD
 151  LPDIGQNLEL KNVEGWLYPD TYNYTPKSTD LELLKRSAER MKKALNKAWN
 201  ERDEDLPLAN PYEMLILASI VEKETGIANE RAKVASVFIN RLKAKMKLQT
 251  DPTVIYGMGE NYNGNIRKKD LETKTPYNTY VIDGLPPTPI AMPSESSLQA
 301  VANPEKTDFY YFVADGSGGH KFTRNLNEHN KAVQEYLRWY RSQKNAK
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF7与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF7a)在重叠的187个氨基酸内显示出有95.2％的相同性：
                                               10        20        30
orf7.pep                               MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATP
                                       ||||||||||||||||||||||||||||||
orf7a    AAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATP
            70        80        90       100       110       120
                 40        50        60        70        80        90
orf7.pep DIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLN
         ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||| ||||||||||
orf7a    DIEHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLRIYQIAYKAMQRRLN
           130       140       150       160       170       180
                100       110       120       130       140       150
orf7.pep EAWESRQDGLPYKNPYEMLIMAXLVEKETGHEAXXDHVASVFVNRLKIGMRLQTXXSVIY
         |||||||||||||||||||||| |:||||||||  |||||||||||||||||||  ||||
orf7a    EAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSVIY
           190       200       210       220       230       240
                160       170       180
orf7.pep GMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALP
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7a    GMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLYFVSKM
           250       260       270       280       290       300
orf7a    DGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
           310       320       330
全长ORF7a核苷酸序列<SEQ ID 33>是：
   1  ATGTTGAGAA AATTGTTGAA ATGGTCTGCC GTTTTTTTGA CCGTATCGGC
  51  AGCCGTTTTC GCCGCGCTGC TTTTCGTCCC TAAAGACAAC GGCAGGGCAT
 101  ACAGGATTAA AATTGCCAAA AACCAGGGTA TTTCGTCGGT CGGCAGGAAA
 151  CTTGCCGAAG ACCGCATCGT GTTCAGCAGG CATGTTTTGA CGGCGGCGGC
 201  CTACGTTTTG GGTGTGCACA ACAGGCTGCA TACGGGGACG TACAGACTGC
 251  CTTCGGAAGT GTCTGCTTGG GATATCTTGC AGAAAATGCG CGGCGGCAGG
 301  CCGGATTCCG TTACCGTGCA GATTATCGAA GGTTCGCGTT TTTCGCATAT
 351  GAGGAAAGTC ATCGACGCAA CGCCCGACAT CGAACACGAC ACCAAAGGCT
 401  GGAGCAATGA AAAACTGATG GCGGAAGTTG CCCCTGATGC CTTCAGCGGC
 451  AATCCTGAAG GGCAGTTTTT CCCCGACAGC TACGAAATCG ATGCGGGCGG
 501  CAGCGATTTA CGGATTTACC AAATCGCCTA CAAGGCGATG CAACGCCGAC
 551  TGAATGAGGC ATGGGAAAGC AGGCAGGACG GGCTGCCTTA TAAAAACCCT
 601  TATGAAATGC TGATTATGGC GAGCCTGATC GAAAAGGAAA CAGGGCATGA
 651  AGCCGACCGC GACCATGTCG CTTCCGTCTT CGTCAACCGC CTGAAAATCG
 701  GTATGCGCCT GCAAACCGAC CCGTCCGTGA TTTACGGCAT GGGTGCGGCA
 751  TACAAGGGCA AAATCCGTAA AGCCGACCTG CGCCGCGACA CGCCGTACAA
 801  CACCTACACG CGCGGCGGTC TGCCGCCAAC CCCGATCGCG CTGCCCGGCA
 851  AGGCGGCACT CGATGCCGCC GCCCATCCGT CCGGTGAAAA ATACCTGTAT
 901  TTCGTGTCCA AAATGGACGG TACGGGCTTG AGCCAGTTCA GCCATGATTT
 951  GACCGAACAC AACGCCGCCG TTCGCAAATA TATTTTGAAA AAATAA
预计它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 34>：
   1  MLRKLLKWSA VFLTVSAAVF AALLFVPKDN GRAYRIKIAK NQGISSVGRK
  51  LAEDRIVFSR HVLTAAAYVL GVHNRLHTGT YRLPSEVSAW DILQKMRGGR
 101  PDSVTVQIIE GSRFSHMRKV IDATPDIEHD TKGWSNEKLM AEVAPDAFSG
 151  NPEGQFFPDS YEIDAGGSDL RIYQIAYKAM QRRLNEAWES RQDGLPYKNP
 201  YEMLIMASLI EKETGHEADR DHVASVFVNR LKIGMRLQTD PSVIYGMGAA
 251  YKGKIRKADL RRDTPYNTYT RGGLPPTPIA LPGKAALDAA AHPSGEKYLY
 301  FVSKMDGTGL SQFSHDLTEH NAAVRKYILK K*
前导肽用下划线表示。
ORF7a和ORF7-1在重叠的133个氨基酸内显示出有98.1％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf7a.pep  MLRKLLKWSAVFLTVSAAVFAALLFVPKDNGRAYRIKIAKNQGISSVGRKLAEDRIVFSR
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     MLRKLLKWSAVFLTVSAAVFAALLFVPKDNGRAYRIKIAKNQGISSVGRKLAEDRIVFSR
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf7a.pep  HVLTAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     HVLTAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKV
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf7a.pep  IDATPDIEHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLRIYQIAYKAM
           ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||| |||||
orf7-1     IDATPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAM
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf7a.pep  QRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTD
           |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     QRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLVEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTD
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf7a.pep  PSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLY
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     PSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLY
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330
orf7a.pep  FVSKMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
           ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7-1     FVSKMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
                  310       320       330
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF7与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF7.ng)在重叠的187个氨基酸内显示出有94.7％的相同性：
orf7    MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQ  60
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7ng  MRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQ  60
orf7    FFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMAXLVEKETG  120
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| :||||||||||||||||| |:|||||
orf7ng  FFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWAGRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETG  120
orf7    HEAXXDHVASVFVNRLKIGMRLQTXXSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLP  180
        |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf7ng  HEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTGGGLP  180
orf7    PTPIALP                                                       187
        || ||||
orf7ng  PTRIALPGKAAMDAAAHPSGEKYLYFVSKMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKK      236
预计ORF7ng核苷酸序列<SEQ ID 35>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID36>：
   1  MRGGRPDSVT VQIIEGSRFS HMRKVIDATP DIGHDTKGWS NEKLMAEVAP
  51  DAFSGNPEGQ FFPDSYEIDA GGSDLQIYQT AYKAMQRRLN EAWAGRQDGL
 101  PYKNPYEMLI MASLIEKETG HEADRDHVAS VFVNRLKIGM RLQTDPSVIY
 151  GMGAAYKGKI RKADLRRDTP YNTYTGGGLP PTRIALPGKA AMDAAAHPSG
 201  EKYLYFVSKM DGTGLSQFSH DLTEHNAAVR KYILKK*
进一步的序列分析揭示了ORF7ng的部分DNA序列<SEQ ID 37>：
   1 ..taccgaatca AGATTGCCAA AAATCAGGGT ATTTCGTCGG TCGGCAGGAA
  51   ACTTGCcgaA GACCGCATCG TGTTCAGCAG GCATGTTTTG ACAGCGGCGG
 101   CCTACGTTTT GGGTGTGCAC AACAGGCTGC ATACGGGGAC gTACAGATTG
 151   CCTTCGGAAG TGTCTGCTTG GGATATCTTG CAGAAAATGC GCGGCGGCAG
 201   GCCGGATTCC GTTACCGTGC AGATTATCGA AGGTTCGCGT TTTTCGCATA
 251   TGAGGAAAGT CATCGACGCA ACGCCCGACA TCGGACACGA CACCAAAGGC
 301   TGGAGCAATG AAAAACTGAT GGCGGAAGTT GCGCCCGATG CCTTCAGCGG
 351   CAATCCTGAA GGGCAGTTTT TTCCCGACAG CTACGAAATC GATGCGGGCG
 401   GCAGCGATTT GCAGATTTAC CAAACCGCCT ACAAGGCGAT GCAACGCCGC
 451   CTGAACGAGG CATGGGCAGG CAGGCAGGAC GGGCTGCCTT ATAAAAACCC
 501   TTATGAAATG CTGATTATGG CGAGCCTGAT CGAAAAGGAA ACGGGGCATG
 551   AGGCCGACCG CGACCATGTC GCTTCCGTCT TCGTCAACCG CCTGAAAATC
 601   GGTATGCGCC TGCAAACCGA CCCGTCCGTG ATTTACGGCA TGGGTGCGGC
 651   ATACAAGGGC AAAATCCGTA AAGCCGACCT GCGCCGCGAC ACGCCGTACA
 701   aCAccTAtac gggcgggggc ttgccgccaa cccggattgc gctgcccggC
 751   Aaggcggcaa tggatgccgc cgcccacccg tccggcgaAa aatacctgTa
 801   tttcgtgtcC AAAATGGACG GCACGGGCTT GAGCCAGTTC AGCCATGATT
 851   TGACCGAACA CAACGCCGCc gTcCGCAAAT ATATTTTGAA AAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 38：ORF7ng-1>：
   1 ..YRIKIAKNQG ISSVGRKLAE DRIVFSRHVL TAAAYVLGVH NRLHTGTYRL
  51   PSEVSAWDIL QKMRGGRPDS VTVQIIEGSR FSHMRKVIDA TPDIGHDTKG
 101   WSNEKLMAEV APDAFSGNPE GQFFPDSYEI DAGGSDLQIY QTAYKAMQRR
 151   LNEAWAGRQD GLPYKNPYEM LIMASLIEKE TGHEADRDHV ASVFVNRLKI
 201   GMRLQTDPSV IYGMGAAYKG KIRKADLRRD TPYNTYTGGG LPPTRIALPG
 251   KAAMDAAAHP SGEKYLYFVS KMDGTGLSQF SHDLTEHNAA VRKYILKK*
ORF7ng-1和ORF7-1在重叠的298个氨基酸内有98.0％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf7-1.pep    KLLKWSAVFLTVSAAVFAALLFVPKDNGRAYRIKIAKNQGISSVGRKLAEDRIVFSRHVL
                                            ||||||||||||||||||||||||||||||
orf7ng-1                                    YRIKIAKNQGISSVGRKLAEDRIVFSRHVL
                                                    10        20        30
                   70        80        90       100       110       120
orf7-1.pep    TAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7ng-1      TAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPDSVTVQIIEGSRFSHMRKVIDA
                      40        50        60        70        80        90
                  130       140       150       160       170       180
orf7-1.pep    TPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7ng-1      TPDIGHDTKGWSNEKLMAEVAPDAFSGNPEGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRR
                     100       110       120       130       140       150
                  190       200       210       220       230       240
orf7-1.pep    LNEAWESRQDGLPYKNPYEMLIMASLVEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSV
              ||||| :|||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf7ng-1      LNEAWAGRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEKETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSV
                     160       170       180       190       200       210
                  250       260       270       280       290       300
orf7-1.pep    IYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTRGGLPPTPIALPGKAALDAAAHPSGEKYLYFVS
              ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||:||||||||||||||||
orf7ng-1    IYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTGGGLPPTRIALPGKAAMDAAAHPSGEKYLYFVS
                   220       230       240       250       260       270
                310       320       330
orf7-1.pep  KMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
            |||||||||||||||||||||||||||||
orf7ng-1    KMDGTGLSQFSHDLTEHNAAVRKYILKKX
                   280       290
另外，ORF7ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白明显同源：
sp|P28306|YCEG_ECOLI PABC-HOLB基因间区域中假设的38.2KD蛋白gi|1787339(AE000210)o340；与YCEG_ECOLI
片段100％相同SW：P28306但有97个附加的C端残基[大肠杆菌]长度＝340
评分＝79(36.2位)，估计值＝5.0e-57，Sum P(2)＝5.0e-57
相同性＝20/87(22％)，阳性＝40/87(45％)
询问： 10 GISSVGRKLAEDRIVFSRHVLTAAAYVLGVHNRLHTGTYRLPSEVSAWDILQKMRGGRPD 69
           G  ++G +L  D+I+    V      +    +    GTYR  +++   ++L+ +  G+
目标： 49 GRLALGEQLYADKIINRPRVFQWLLRIEPDLSHFKAGTYRFTPQMTVREMLKLLESGKEA 108
询问： 70 SVTVQIIEGSRFSHMRKVIDATPDIGH 96
              ++++EG R S   K +   P I H
目标：109 QFPLRLVEGMRLSDYLKQLREAPYIKH 135
评分＝438(200.7位)，估计值＝5.0e-57，Sum P(2)＝5.0e-57
相同性＝84/155(54％)，阳性＝111/155(71％)
询问：120 EGQFFPDSYEIDAGGSDLQIYQTAYKAMQRRLNEAWAGRQDGLPYKNPYEMLIMASLIEK 179
           EG F+PD++   A  +D+ + + A+K M + ++ AW GR DGLPYK+  +++ MAS+IEK
目标：158 EGWFWPDTWMYTANTTDVALLKRAHKKMVKAVDSAWEGRADGLPYKDKNQLVTMASIIEK 217
询问：180 ETGHEADRDHVASVFVNRLKIGMRLQTDPSVIYGMGAAYKGKIRKADLRRDTPYNTYTGG 239
           ET   ++RD VASVF+NRL+IGMRLQTDP+VIYGMG  Y GK+ +ADL   T YNTYT
目标：218 ETAVASERDKVASVFINRLRIGMRLQTDPTVIYGMGERYNGKLSRADLETPTAYNTYTIT 277
询问：240 GLPPTRIALPGKAAMDAAAHPSGEKYLYFVSKMDG 274
           GLPP  IA PG  ++ AAAHP+   YLYFV+   G
目标：278 GLPPGAIATPGADSLKAAAHPAKTPYLYFVADGKG 312
根据该分析，包括流感嗜血菌YCEG蛋白具有一个可能的前导序列这一事实，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例6
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 39>：
   1  CGTTTCAAAA TGTTAACTGT GTTGACGGCA ACCTTGATTG CCGGACAGGT
  51  ATCTGCCGCC GGAGGCGGTG CGGGGGATAT GAAACAGCCG AAGGAAGTCG
 101  GAAAGGTTTT CAGAAAGCAG CAGCGTTACA GCGAGGAAGA AATCAAAAAC
 151  GAACGCGCAC GGCTTGCGGC AGTGGGCGAG CGGGTTAATC AGATATTTAC
 201  GTTGCTGGGA GGGGAAACCG CCTTGCAAAA GGGGCAGGCG GGAACGGCTC
 251  TGGCAACCTA TATGCTGATG TTGGAACGCA CAAAATCCCC CGAAGTCGCC
 301  GAACGCGCCT TGGAAATGGC CGTGTCGCTG AACGCGTTTG AACAGGCGGA
 351  AATGATTTAT CAGAAATGGC GGCAGATTGA GCCTATACCG GGTAAGGCGC
 401  AAAAACGGGC GGGGTGGCTG CGGAACGTGC TGAGGGAAAG AGGAAATCAG
 451  CATCTGGACG GACGGGAAGA AGTGCTGGCT CAGGCGGACG AAGGACAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 40；ORF9>：
   1 .. RFKMLTVLTA TLIAGQVSAA GGGAGDMKQP KEVGKVFRKQ QRYSEEEIKN
  51  ERARLAAVGE RVNQIFTLLG GETALQKGQA GTALATYMLM LERTKSPEVA
 101  ERALEMAVSL NAFEQAEMIY QKWRQIEPIP GKAQKRAGWL RNVLRERGNQ
 151  HLDGREEVLA QADEGQ
进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 41>：
   1  ATGTTACCTA ACCGTTTCAA AATGTTAACT GTGTTGACGG CAACCTTGAT
  51  TGCCGGACAG GTATCTGCCG CCGGAGGCGG TGCGGGGGAT ATGAAACAGC
 101  CGAAGGAAGT CGGAAAGGTT TTCAGAAAGC AGCAGCGTTA CAGCGAGGAA
 151  GAAATCAAAA ACGAACGCGC ACGGCTTGCG GCAGTGGGCG AGCGGGTTAA
 201  TCAGATATTT ACGTTGCTGG GAGGGGAAAC CGCCTTGCAA AAGGGGCAGG
 251  CGGGAACGGC TCTGGCAACC TATATGCTGA TGTTGGAACG CACAAAATCC
 301  CCCGAAGTCG CCGAACGCGC CTTGGAAATG GCCGTGTCGC TGAACGCGTT
 351  TGAACAGGCG GAAATGATTT ATCAGAAATG GCGGCAGATT GAGCCTATAC
 401  CGGGTAAGGC GCAAAAACGG GCGGGGTGGC TGCGGAACGT GCTGAGGGAA
 451  AGAGGAAATC AGCATCTGGA CGGACTGGAA GAAGTGCTGG CTCAGGCGGA
 501  CGAAGGACAG AACCGCAGGG TGTTTTTATT GTTGGCACAA GCCGCCGTGC
 551  AACAGGACGG GTTGGCGCAA AAAGCATCGA AAGCGGTTCG CCGCGCGGCG
 601  TTGAAATATG AACATCTGCC CGAAGCGGCG GTTGCCGATG TGGTGTTCAG
 651  CGTACAGGGA CGCGAAAAGG AAAAGGCAAT CGGAGCTTTG CAGCGTTTGG
 701  CGAAGCTCGA TACGGAAATA TTGCCCCCCA CTTTAATGAC GTTGCGTCTG
 751  ACTGCACGCA AATATCCCGA AATACTCGAC GGCTTTTTCG AGCAGACAGA
 801  CACCCAAAAC CTTTCGGCCG TCTGGCAGGA AATGGAAATT ATGAATCTGG
 851  TTTCCCTGCA CAGGCTGGAT GATGCCTATG CGCGTTTGAA CGTGCTGTTG
 901  GAACGCAATC CGAATGCAGA CCTGTATATT CAGGCAGCGA TATTGGCGGC
 951  AAACCGAAAA GAAGGTGCTT CCGTTATCGA CGGCTACGCC GAAAAGGCAT
1001  ACGGCAGGGG GACGGAGGAA CAGCGGAGCA GGGCGGCGCT AACGGCGGCG
1051  ATGATGTATG CCGACCGCAG GGATTACGCC AAAGTCAGGC AGTGGCTGAA
1101  AAAAGTATCC GCGCCGGAAT ACCTGTTCGA CAAAGGTGTG CTGGCGGCTG
1151  CGGCGGCTGT CGAGTTGGAC GGCGGCAGGG CGGCTTTGCG GCAGATCGGC
1201  AGGGTGCGGA AACTTCCCGA ACAGCAGGGG CGGTATTTTA CGGCAGACAA
1251  TTTGTCCAAA ATACAGATGC TCGCCCTGTC GAAGCTGCCC GATAAACGGG
1301  AGGCTTTGAG GGGGTTGGAC AAGATTATCG AAAAACCGCC TGCCGGCAGT
1351  AATACAGAGT TACAGGCAGA GGCATTGGTA CAGCGGTCAG TTGTTTACGA
1401  TCGGCTTGGC AAGCGGAAAA AAATGATTTC AGATCTTGAA AGGGCGTTCA
1451  GGCTTGCACC CGATAACGCT CAGATTATGA ATAATCTGGG CTACAGCCTG
1501  CTGACCGATT CCAAACGTTT GGACGAAGGT TTCGCCCTGC TTCAGACGGC
1551  ATACCAAATC AACCCGGACG ATACCGCTGT CAACGACAGC ATAGGCTGGG
1601  CGTATTACCT GAAAGGCGAC GCGGAAAGCG CGCTGCCGTA TCTGCGGTAT
1651  TCGTTTGAAA ACGACCCCGA GCCCGAAGTT GCCGCCCATT TGGGCGAAGT
1701  GTTGTGGGCA TTGGGCGAAC GCGATCAGGC GGTTGACGTA TGGACGCAGG
1751  CGGCACACCT TACGGGAGAC AAGAAAATAT GGCGGGAAAC GCTCAAACGT
1801  CACGGCATCG CATTGCCCCA ACCTTCCCGA AAACCTCGGA AATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 42；ORF9-1>：
   1  MLPNRFKMLT VLTATLIAGQ VSAAGGGAGD MKQPKEVGKV FRKQQRYSEE
  51  EIKNERARLA AVGERVNQIF TLLGGETALQ KGQAGTALAT YMLMLERTKS
 101  PEVAERALEM AVSLNAFEQA EMIYQKWRQI EPIPGKAQKR AGWLRNVLRE
 151  RGNQHLDGLE EVLAQADEGQ NRRVFLLLAQ AAVQQDGLAQ KASKAVRRAA
 201  LKYEHLPEAA VADVVFSVQG REKEKAIGAL QRLAKLDTEI LPPTLMTLRL
 251  TARKYPEILD GFFEQTDTQN LSAVWQEMEI MNLVSLHRLD DAYARLNVLL
 301  ERNPNADLYI QAAILAANRK EGASVIDGYA EKAYGRGTEE QRSRAALTAA
 351  MMYADRRDYA KVRQWLKKVS APEYLFDKGV LAAAAAVELD GGRAALRQIG
 401  RVRKLPEQQG RYFTADNLSK IQMLALSKLP DKREALRGLD KIIEKPPAGS
 451  NTELQAEALV QRSVVYDRLG KRKKMISDLE RAFRLAPDNA QIMNNLGYSL
 501  LTDSKRLDEG FALLQTAYQI NPDDTAVNDS IGWAYYLKGD AESALPYLRY
 551  SFENDPEPEV AAHLGEVLWA LGERDQAVDV WTQAAHLTGD KKIWRETLKR
 601  HGIALPQPSR KPRK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF9与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF9a)在重叠的166个氨基酸区域表现出有89.8％的相同性：
                        10        20        30        40        50
orf9.pep        RFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
                || :|:||:|:|:|||: ||  ||:| | |||||||||||||||||||||||||||
orf9a       MLPARFTILSVLAAALLAGQAYAA--GAADAKPPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
                   10         20          30        40        50
              60        70        80        90       100       110
orf9.pep    AVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9a       AVGERVNQIFTLLGXETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
            60        70        80        90       100       110
             120       130       140       150       160
orf9.pep    EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGREEVLAQADEGQ
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |
orf9a       EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEXLAQADEXQNRRVFLLLAQ
           120       130       140       150       160       170
orf9a       AAVQQDGLAQKASKAVRRAALRYEHLPEAAVADVVFSVQXREKEKAIGALQRLAKLDTEI
           180       190       200       210       220       230
全长ORF9a核苷酸序列<SEQ ID 43>是：
   1  ATGTTACCCG CCCGTTTCAC CATTTTATCT GTGCTCGCGG CAGCCCTGCT
  51  TGCCGGGCAG GCGTATGCCG CCGGCGCGGC GGATGCGAAG CCGCCGAAGG
 101  AAGTCGGAAA GGTTTTCAGA AAGCAGCAGC GTTACAGCGA GGAAGAAATC
 151  AAAAACGAAC GCGCACGGCT TGCGGCAGTG GGCGAGCGGG TTAATCAGAT
 201  ATTTACGTTG CTGGGANGGG AAACCGCCTT GCAAAAGGGG CAGGCGGGAA
 251  CGGCTCTGGC AACCTATATG CTGATGTTGG AACGCACAAA ATCCCCCGAA
 301  GTCGCCGAAC GCGCCTTGGA AATGGCCGTG TCNCTGAACG CGTTTGAACA
 351  GGCGGAAATG ATTTATCAGA AATGGCGGCA GATTGAGCCT ATACCGGGTA
 401  AGGCGCAAAA ACGGGCGGGG TGGCTGCGGA ACGTGCTGAG GGAAAGAGGA
 451  AATCAGCATC TAGACGGACT GGAAGAANTG CTGGCTCAGG CGGACGAANG
 501  ACAGAACCGC AGGGTGTTTT TATTGTTGGC ACAAGCCGCC GTGCAACAGG
 551  ACGGGTTGGC GCAAAAAGCA TCGAAAGCGG TTCGCCGCGC GGCGTTGAGA
 601  TATGAACATC TGCCCGAAGC GGCGGTTGCC GATGTGGTGT TCAGCGTACA
 651  GGNACGCGAA AAGGAAAAGG CAATCGGAGC TTTGCAGCGT TTGGCGAAGC
 701  TCGATACGGA AATATTGCCC CCCACTTTAA TGACGTTGCG TCTGACTGCA
 751  CGCAAATATC CCGAAATACT CGACGGCTTT TTCGAGCAGA CAGACACCCA
 801  AAACCTTTCG GCCGTCTGGC AGGAAATGGA AATTATGAAT CTGGTTTCCC
 851  TGCACAGGCT GGATGATGCC TATGCGCGTT TGAACGTGCT GTTGGAACGC
 901  AATCCGAATG CAGACCTGTA TATTCAGGCA GCGATATTGG CGGCAAACCG
 951  AAAAGAANGT GCTTCCGTTA TCGACGGCTA CGCCGAAAAG GCATACGGCA
1001  GGGGGACGGG GGAACAGCGG GGCAGGGCGG CAATGACGGC GGCGATGATA
1051  TATGCCGACC GAAGGGATTA CACCAAAGTC AGGCAGTGGT TGAAAAAAGT
1101  GTCCGCGCCG GAATACCTGT TCGACAAAGG TGTGCTGGCG GCTGCGGCGG
1151  CTGTCGAGTT GGACNGCGGC AGGGCGGCTT TGCGGCAGAT CGGCAGGGTG
1201  CGGAAACTTC CCGAACAGCA GGGGCGGTAT TTTACGGCAG ACAATTTGTC
1251  CAAAATACAG ATGTTCGCCC TGTCGAAGCT GCCCGACAAA CGGGAGGCTT
1301  TGAGGGGGTT GGACAAGATT ATCGAAAAAC CGCCTGCCGG CAGTAATACA
1351  GAGTTACAGG CAGAGGCATT GGTACAGCGG TCAGTTGTTT ACGATCGGCT
1401  TGGCAAGCGG AAAAAAATGA TTTCAGATCT TGAAAGGGCG TTCAGGCTTG
1451  CACCCGATAA CGCTCAGATT ATGAATAATC TGGGCTACAG CCTGCTTTCC
1501  GATTCCAAAC GTTTGGACGA AGGCTTCGCC CTGCTTCAGA CGGCATACCA
1551  AATCAACCCG GACGATACCG CTGTCAACGA CAGCATAGGC TGGGCGTATT
1601  ACCTGAAANG CGACGCGGAA AGCGCGCTGC CGTATCTGCG GTATTCGTTT
1651  GAAAACGACC CCGAGCCCGA AGTTGCCGCC CATTTGGGCG AAGTGTTGTG
1701  GGCATTGGGC GAACGCGATC AGGCGGTTGA CGTATGGACG CAGGCGGCAC
1751  ACCTTACGGG AGACAAGAAA ATATGGCGGG AAACGCTCAA ACGTCACGGC
1801  ATCGCATTGC CCCAACCTTC CCGAAAACCT CGGAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 44>：
   1  MLPARFTILS VLAAALLAGQ AYAAGAADAK PPKEVGKVFR KQQRYSEEEI
  51  KNERARLAAV GERVNQIFTL LGXETALQKG QAGTALATYM LMLERTKSPE
 101  VAERALEMAV SLNAFEQAEM IYQKWRQIEP IPGKAQKRAG WLRNVLRERG
 151  NQHLDGLEEX LAQADEXQNR RVFLLLAQAA VQQDGLAQKA SKAVRRAALR
 201  YEHLPEAAVA DVVFSVQXRE KEKAIGALQR LAKLDTEILP PTLMTLRLTA
 251  RKYPEILDGF FEQTDTQNLS AVWQEMEIMN LVSLHRLDDA YARLNVLLER
 301  NPNADLYIQA AILAANRKEX ASVIDGYAEK AYGRGTGEQR GRAAMTAAMI
 351  YADRRDYTKV RQWLKKVSAP EYLFDKGVLA AAAAVELDXG RAALRQIGRV
 401  RKLPEQQGRY FTADNLSKIQ MFALSKLPDK REALRGLDKI IEKPPAGSNT
 451  ELQAEALVQR SVVYDRLGKR KKMISDLERA FRLAPDNAQI MNNLGYSLLS
 501  DSKRLDEGFA LLQTAYQINP DDTAVNDSIG WAYYLKXDAE SALPYLRYSF
 551  ENDPEPEVAA HLGEVLWALG ERDQAVDVWT QAAHLTGDKK IWRETLKRHG
 601  IALPQPSRKP RK*
ORF9a和ORF9-1在614个氨基酸的重叠区域内显示出有95.3％的相同性：
                     10        20          30        40        50
orf9a.pep    MLPARFTILSVLAAALLAGQAYAAG--AADAKPPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
             ||| || :|:||:|:|:|||: |||  |:| | |||||||||||||||||||||||||||
orf9-1       MLPNRFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
                     10        20        30        40        50        60
             60        70        80        90       100       110
orf9a.pep    AVGERVNQIFTLLGXETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1       AVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
                     70        80        90       100       110       120
            120       130       140       150       160       170
orf9a.pep    EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEXLAQADEXQNRRVFLLLAQ
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
orf9-1       EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEVLAQADEGQNRRVFLLLAQ
                    130       140       150       160       170       180
            180       190       200       210       220       230
orf9a.pep    AAVQQDGLAQKASKAVRRAALRYEHLPEAAVADVVFSVQXREKEKAIGALQRLAKLDTEI
             |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf9-1       AAVQQDGLAQKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADVVFSVQGREKEKAIGALQRLAKLDTEI
                    190       200       210       220       230       240
            240       250       260       270       280       290
orf9a.pep    LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLHRLDDAYARLNVLL
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1       LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLHRLDDAYARLNVLL
                    250       260       270       280       290       300
            300       310       320       330       340       350
orf9a.pep    ERNPNADLYIQAAILAANRKEXASVIDGYAEKAYGRGTGEQRGRAAMTAAMIYADRRDYT
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:|||:||||:|||||||:
orf9-1       ERNPNADLYIQAAILAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTEEQRSRAALTAAMMYADRRDYA
                    310       320       330       340       350       360
            360       370       380       390       400       410
orf9a.pep    KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAVELDXGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
             |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1       KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAVELDGGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
                    370       380       390       400       410       420
            420       430       440       450       460       470
orf9a.pep    IQMFALSKLPDKREALRGLDKIIEKPPAGSNTELQAEALVQRSVVYDRLGKRKKMISDLE
             |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1       IQMLALSKLPDKREALRGLDKIIEKPPAGSNTELQAEALVQRSVVYDRLGKRKKMISDLE
                    430       440       450       460       470       480
            480       490       500       510       520       530
orf9a.pep    RAFRLAPDNAQIMNNLGYSLLSDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKXD
             |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf9-1       RAFRLAPDNAQIMNNLGYSLLTDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGD
                    490       500       510       520       530       540
            540       550       560       570       580       590
orf9a.pep    AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLTGDKKIWRETLKR
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9-1       AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLTGDKKIWRETLKR
                    550       560       570       580       590       600
            600       610
orf9a.pep    HGIALPQPSRKPRKX
             |||||||||||||||
orf9-1       HGIALPQPSRKPRKX
                    610
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF9与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF9.ng)在重叠的163个氨基酸区域内显示出有82.8％的相同性：
Orf9          RFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERAR   54
              || :|:||:|:|:|||: ||  ||:|:: |||||||:||::|||||||||||||
orf9ng  MIMLPARFTILSVLAAALLAGQAYAA--GAADVELPKEVGKVLRKHRRYSEEEIKNERAR   58
orf9    LAAVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFE  114
        |||||||||::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9ng  LAAVGERVNRVFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFE  118
orf9    QAEMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGREEVLAQADEGQ          166
        |||||||||||||||||:||| ||||||||:| || |||  ||| ||:|
orf9ng  QAEMIYQKWRQIEPIPGEAQKPAGWLRNVLKEGGNPHLDRLEEVPAQSDYVHQPMIFLLL  178
预计ORF9ng核苷酸序列<SEQ ID 45>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID46>：
   1  MIMLPARFTI LSVLAAALLA GQAYAAGAAD VELPKEVGKV LRKHRRYSEE
  51  EIKNERARLA AVGERVNRVF TLLGGETALQ KGQAGTALAT YMLMLERTKS
 101  PEVAERALEM AVSLNAFEQA EMIYQKWRQI EPIPGEAQKP AGWLRNVLKE
 151  GGNPHLDRLE EVPAQSDYVH QP MIFLLLVQ AAVQHGGVAQ KPSKAVRPAA
 201  YNYEVLPETA GADAVFCVQG PQYEKAIQSF PPCGRNPQTE NIAPPFNELF
 251  RPTARPISPK LLQRFFRTEP NLAKPFRPPG PEMETYQTGF PRPLTRNNPT
氨基酸1-28是推定的前导序列，173-189预计是跨膜结构域。
进一步的序列分析揭示了全长ORF9ng DNA序列<SEQ ID 47>：
   1  ATGTTACCCG CCCGTTTCAC TATTTTATCT GTCCTCGCAG CAGCCCTGCT
  51  TGCCGGACAG GCGTATGCTG CCGGCGCGGC GGATGTGGAG CTGCCGAAGG
 101  AAGTCGGAAA GGTTTTAAGG AAACATCGGC GTTACAGCGA GGAAGAAATC
 151  AAAAACGAAC GCGCACGGCT TGCGGCAGTG GGCGAACGGG TCAACAGGGT
 201  GTTTACGCTG TTGGGCGGTG AAACGGCTTT GCAGAAAGGG CAGGCGGGAA
 251  CGGCTCTGGC AACCTATATG CTGATGTTGG AACGCACAAA ATCCCCCGAA
 301  GTCGCCGAAC GCGCCTTGGA AATGGCCGTG TCGCTGAACG CGTTTGAACA
 351  GGCGGAAATG ATTTATCAGA AATGgcggca gatcgagcct ataCcgggtg
 401  aggcgcaaaa accgGcgggG tggctgcgga acgtattgaa ggaagggGGa
 451  aaTCAGCATC TGGAcgggtt gaaagaggTG CtggcgcaAT cggacgatGT
 501  GCAAAAAcgc aggaTATTTT TGCTGCTGGT GCAAGCCGCC GTGCagcagg
 551  gTGGGGTGGC TCAAAAAGCA TCGAAAGCGG TTCGCcgtgc GGcgttgaAG
 601  TATGAACATC TGCCcgaagc ggcggTTGCC GATGcggTGT TCGGCGTACA
 651  GGGACGCGAA AAGGAAAagg caaTCGAAGC TTTGCAGCGT TTGGCGAAGC
 701  TCGATACGGA AATATTGCCC CCCACTTTAA TGACGTTGCG TCTGACTGCA
 751  CGCAAATATC CCGAAATACT CGACGGCTTT TTCGAGCAGA CAGACACCCA
 801  AAACCTTTCG GCCGTCTGGC AGGAAATGGA AATTATGAAT CTGGTTTCCC
 851  TGCGTAAGCC GGATGATGCC TATGCGCGTT TGAACGTGCT GTTGGAACAC
 901  AACCCGAATG CAAACCTGTA TATTCAGGCG GCGATATTGG CGGCAAACCG
 951  AAAAGAAGGT GCGTCCGTTA TCGACGGCTA CGCCGAAAAG GCATACGGCA
1001  GGGGGACGGG GGAACAGCGG GGCagggcgg cAATgacggc GGCGATGATA
1051  TATGCCGACC GCAGGGATTA CGCCAAAGTC AGGCAGTGGT TGAAAAAAGT
1101  GTCCGCGCCG GAATACCTGT TCGACAAAGG CGTGCTGGCG GCTGCGGCGG
1151  CTGCCGAATT GGACGGAGGC CGGGCGGCTT TGCGGCAGAT CGGCAGGGTG
1201  CGGAAACTTC CCGAACAGCA GGGGCGGTAT TTTACGGCAG ACAATTTGTC
1251  CAAAATACAG ATGCTCGCCC TGTCGAAGCT GCCCGACAAA CGGGAAGCCC
1301  TGATCGGGCT GAACAACATC ATCGCCAAAC TTTCGGCGGC GGGAAGCACG
1351  GAACCTTTGG CGGAAGCATT GGCACAGCGT TCCATTATTT ACGaacAGTT
1401  cggCAAACGG GGAAAAATGA TTGCCGACCT tgaAACcgcg CTCAAACTTA
1451  CGCCCGATAA TGCACAAATT ATGAATAATC TGGGCTACAG CCTGCTTTCC
1501  GATTCCAAAC GTTTGGACGA GGGTTTCGCC CTGCTTCAGA CGGCATACCA
1551  AATCAACCCG GACGATACCG CCGTTAACGA CAGCATAGGC TGGGCGTATT
1601  ACCTGAAAGG CGACgcggaA AGCGCGCTGC CGTATCTGcg gtattcgttt
1651  gAAAACGACC CCGAGCCCGA AGTTGCCGCC CATTTGGGCG AAGTGTTGTG
1701  GGCATTGGGC GAACGCGATC AGGCGGTTGA CGTATGGACG CAGGCGGCAC
1751  ACCTTAGGGG AGACAAGAAA ATATGGCGGG AGACGCTCAA ACGCTACGGA
1801  ATCGCCTTGC CCGAGCCTTC CCGAAAACCC CGGAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 48>：
   1  MLPARFTILS VLAAALLAGQ AYAAGAADVE LPKEVGKVLR KHRRYSEEEI
  51  KNERARLAAV GERVNRVFTL LGGETALQKG QAGTALATYM LMLERTKSPE
 101  VAERALEMAV SLNAFEQAEM IYQKWRQIEP IPGEAQKPAG WLRNVLKEGG
 151  NQHLDGLKEV LAQSDDVQKR RIFLLLVQAA VQQGGVAQKA SKAVRRAALK
 201  YEHLPEAAVA DAVFGVQGRE KEKAIEALQR LAKLDTEILP PTLMTLRLTA
 251  RKYPEILDGF FEQTDTQNLS AVWQEMEIMN LVSLRKPDDA YARLNVLLEH
 301  NPNANLYIQA AILAANRKEG ASVIDGYAEK AYGRGTGEQR GRAAMTAAMI
 351  YADRRDYAKV RQWLKKVSAP EYLFDKGVLA AAAAAELDGG RAALRQIGRV
 401  RKLPEQQGRY FTADNLSKIQ MLALSKLPDK REALIGLNNI IAKLSAAGST
 451  EPLAEALAQR SIIYEQFGKR GKMIADLETA LKLTPDNAQI MNNLGYSLLS
 501  DSKRLDEGFA LLQTAYQINP DDTAVNDSIG WAYYLKGDAE SALPYLRYSF
 551  ENDPEPEVAA HLGEVLWALG ERDQAVDVWT QAAHLRGDKK IWRETLKRYG
 601  IALPEPSRKP RK*
ORF9ng和ORF9-1在614个氨基酸的重叠区域内显示出有88.1％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf9-1.pep  MLPNRFKMLTVLTATLIAGQVSAAGGGAGDMKQPKEVGKVFRKQQRYSEEEIKNERARLA
            ||| || :|:||:|:|:|||: |||  |:|:: |||||||:||::|||||||||||||||
orf9ng-1    MLPARFTILSVLAAALLAGQAYAAG--AADVELPKEVGKVLRKHRRYSEEEIKNERARLA
                    10        20          30        40        50
                    70        80        90       100       110       120
orf9-1.pep  AVGERVNQIFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
            |||||||::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9ng-1    AVGERVNRVFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQA
            60        70        80        90       100       110
                   130       140       150       160       170       180
orf9-1.pep  EMIYQKWRQIEPIPGKAQKRAGWLRNVLRERGNQHLDGLEEVLAQADEGQNRRVFLLLAQ
            |||||||||||||||:||| ||||||||:| ||||||||:|||||:|: |:||:||||:|
orf9ng-1    EMIYQKWRQIEPIPGEAQKPAGWLRNVLKEGGNQHLDGLKEVLAQSDDVQKRRIFLLLVQ
             120       130       140       150       160       170
                     190       200       210       220       230       240
orf9-1.pep    AAVQQDGLAQKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADVVFSVQGREKEKAIGALQRLAKLDTEI
              ||||| |:|||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||| ||||||||||||
orf9ng-1      AAVQQGGVAQKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADAVFGVQGREKEKAIEALQRLAKLDTEI
             180       190       200       210       220       230
                     250       260       270       280       290       300
orf9-1.pep    LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLHRLDDAYARLNVLL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:: |||||||||||
orf9ng-1      LPPTLMTLRLTARKYPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLRKPDDAYARLNVLL
             240       250       260       270       280       290
                     310       320       330       340       350       360
orf9-1.pep    ERNPNADLYIQAAILAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTEEQRSRAALTAAMMYADRRDYA
              |:||||:||||||||||||||||||||||||||||||| |||:|||:||||:||||||||
orf9ng-1      EHNPNANLYIQAAILAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTGEQRGRAAMTAAMIYADRRDYA
             300       310       320       330       340       350
                     370       380       390       400       410       420
orf9-1.pep    KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAVELDGGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
              ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9ng-1      KVRQWLKKVSAPEYLFDKGVLAAAAAAELDGGRAALRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSK
             360       370       380       390       400       410
                     430       440       450       460       470       480
orf9-1.pep    IQMLALSKLPDKREALRGLDKIIEKPPAGSNTELQAEALVQRSVVYDRLGKRKKMISDLE
              |||||||||||||||| ||::|| |  |:::||  ||||:|||::|:::||| |||:|||
orf9ng-1      IQMLALSKLPDKREALIGLNNIIAKLSAAGSTEPLAEALAQRSIIYEQFGKRGKMIADLE
             420       430       440       450       460       470
                     490       500       510       520       530       540
orf9-1.pep    RAFRLAPDNAQIMNNLGYSLLTDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGD
               |::|:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf9ng-1      TALKLTPDNAQIMNNLGYSLLSDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGD
             480       490       500       510       520       530
                     550       560       570       580       590       600
orf9-1.pep    AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLTGDKKIWRETLKR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
orf9ng-1      AESALPYLRYSFENDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLRGDKKIWRETLKR
             540       550       560       570       580       590
                     610
orf9-1.pep    HGIALPQPSRKPRKX
              :|||||:||||||||
orf9ng-1      YGIALPEPSRKPRKX
             600       610
另外，ORF9ng显示出与绿脓杆菌的一种假设蛋白明显同源：
sp|P42810|YHE3_PSEAE HEMM-HEMA基因间区域中的假设的64.8KD蛋白(ORF3)
>gi|1072999|pir||S49376假设蛋白3-绿脓杆菌>gi|557259(X82071)orf3[绿脓杆菌]长度＝576
评分＝128位(318)，估计值＝1e-28
相同性＝138/587(23％)，阳性＝228/587(38％)，空隙＝125/587(21％)
询问：67  VFTLLGGETALQKGQAGTALATYMLMLERTKSPEVAERALEMAVSLNAFEQAEMIYQKWR 126
           +++LL  E A Q+ +   AL+ Y++  ++T+ P V+ERA  +A  L A ++A      W
目标：53  LYSLLVAELAGQRNRFDIALSNYVVQAQKTRDPGVSERAFRIAEYLGADQEALDTSLLWA 112
询问：127 QIEPIPGEAQKPAG--------------WLRNVLKEGGNQHLDGLKEVLAQSDDVQKRRI 172
           +  P   +AQ+ A               ++  VL   G+ H D L    A++D   +  +
目标：113 RSAPDNLDAQRAAAIQLARAGRYEESMVYMEKVLNGQGDTHFDFLALSAAETDPDTRAGL 172
询问：173 FXXXXXXXXXXXXXXXKASKAVRRAALKYEHLPEAAVADAVFGVQGREKEKAIEALQRLA 232
                              ++      KY +  +     A+   Q    ++A+  L+  +
目标：173 L------------------QSFDHLLKKYPNNGQLLFGKALLLQQDGRPDEALTLLEDNS 214
询问：233 KLDTEILPPTLMTLRLTARK-----YPEILDGFFEQTDTQNLSAVWQEMEIMNLVSLRKP 287
               E+ P  L +  L + K      P +  G  E  D + +   +  +    LV    +
目标：215 ASRHEVAPLLLRSRLLQSMKRSDEALPLLKAGIKEHPDDKRVRLAYARL----LVEQNRL 270
询问：288 DDAYARLNVLLEHNPN---------------------ANLYIQAAI-------------- 312
           DDA A    L++  P+                     A +Y++  +
目标：271 DDAKAEFAGLVQQFPDDDDDLRFSLALVCLEAQAWDEARIYLEELVERDSHVDAAHFNLG 330
询问：313 -LAANRKEGASVIDGYAEKAYGRGTGEQRGRAAMTAAMIYADRRDYAKVRQWLKKVSAPE 371
            LA  +K+ A  +D YA+   G G      +   T  ++ A R D A  R    +   P+
目标：331 RLAEEQKDTARALDEYAQ--VGPGNDFLPAQLRQTDVLLKAGRVDEAAQRLDKARSEQPD 388
询问：372 YLFDKXXXXXXXXXXXXXXXXXXRQIGRVRKLPEQQGRYFTADNLSKIQMLALSKLPDKR 431
           Y                                        A  L  I+  ALS    +
目标：389 Y----------------------------------------AIQLYLIEAEALSNNDQQE 408
询问：432 EALIGLNNIIAKLSAAGSTEPLAEALAQRSIIYEQFGKRGKMIADLETALKLTPDNAQIM 491
           +A   +   + +       E L   L  RS++ E+     +M  DL   +   PDNA  +
目标：409 KAWQAIQEGLKQYP-----EDL-NLLYTRSMLAEKRNDLAQMEKDLRFVIAREPDNAMAL 462
询问：492 NNLGYSLLSDSKRLDEGFALLQTAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGDAESALPYLRYSFE 551
           N LGY+L   + R  E   L+  A+++NPDD A+ DS+GW  Y +G    A  YLR + +
目标：463 NALGYTLADRTTRYGEARELILKAHKLNPDDPAILDSMGWINYRQGKLADAERYLRQALQ 522
询问：552 NDPEPEVAAHLGEVLWALGERDQAVDVWTQAAHLRGDKKIWRETLKR 598
             P+ EVAAHLGEVLWA G +  A  +W +    + D  + R T+KR
目标：523 RYPDHEVAAHLGEVLWAQGRQGDARAIWREYLDKQPDSDVLRRTIKR 569
gi|2983399(AE000710)假设蛋白[Aquifex aeolicus]长度＝545
评分＝81.5位(198)，估计值＝1e-14
相同性＝61/198(30％)，阳性＝98/198(48％)，空隙＝19/198(9％)
询问：408 GRYFTADNL-SKIQMLALSKLPDKREALIGLNNIIAKLSAAGSTEPLAEALAQ------- 459
           G Y  A  L  K ++LA    PDK+E L    +  +K         + + L +
目标：335 GNYEDAKRLIEKAKVLA----PDKKEILFLEADYYSKTKQYDKALEILKKLEKDYPNDSR 390
询问：460 ----RSIIYEQFGKRGKMIADLETALKLTPDNAQIMNNLGYSLLS--DSKRLDEGFALLQ 513
                +I+Y+  G        L  A++L P+N    N LGYSLL     +R++E   L++
目标：391 VYFMEAIVYDNLGDIKNAEKALRKAIELDPENPDYYNYLGYSLLLWYGKERVEEAEELIK 450
询问：514 TAYQINPDDTAVNDSIGWAYYLKGDAESALPYLRYSF-ENDPEPEVAAHLGEVLWALGER 572
            A + +P++ A  DS+GW YYLKGD E A+ YL  +  E   +P V  H+G+VL  +G +
目标：451 KALEKDPENPAYIDSMGWVYYLKGDYERAMQYLLKALREAYDDPVVNEHVGDVLLKMGYK 510
询问：573 DQAVDVWTQAAHLRGDKK 590
           ++A + + +A  L  + K
目标：511 EEARNYYERALKLLEEGK 528
根据该分析，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例7
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 49>：
   1  AACCTCTACG CCGGCCCGCA GACCACATCC GTCATCGCAA ACATCGCCGA
  51  CAACCTGCAA CTGGCCAAAG ACTACGGCAA AGTACACTGG TTCGCCTCCC
 101  CGCTCTTCTG GCTCCTGAAC CAACTGCACA ACATCATCGG CAACTGGGGC
 151  TGGGCGATTA TCGTTTTAAC CATCATCGTC AAAGCCGTAC TGTATCCATT
 201  GACCAACGCC TCTTACCGCT CTATGGCGAA AATGCGTGCC GCCGCACCCA
 251  AACTGCAAGC CATCAAAGAG AAATACGGCG ACGACCGTAT GGCGCAACAA
 301  CAGGCGATGA TGCAGCTTTA CACAGACGAG AAAATCAACC CG CTGGGCG
 351  GCTGCCTGCC TATGCTGTTG CAAATCCCCG TCTTCATCGG ATTGTATTGG
 401  GCATTGTTCG CCTCCGTAGA ATTGCGCCAG GCACCTTGGC TGGGTTGGAT
 451  TACCGACCTC AGCCGCGCCG ACCCCTACTA CATCCTGCCC ATCATTATGG
 501  CGGCAACGAT GTTCGCCCAA ACTTATCTGA ACCCGCCGCC GAcCGACCCG
 551  ATGCagGCGA AAATGATGAA AATCATGCCG TTGGTTTTCT CsGwCrTGTT
 601  CTTCTTCTTC CCTGCCGGks TGGTATTGTA CTGGGTAGTC AACAACCTCC
 651  TGACCATCGC CCAGCAATGG CACATCAACC GCAGCATCGA AAAACAACGC
 701  GCCCAAGGCG AAGTCGTTTC CTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 50：ORF11>：
   1 ..NLYAGPQTTS VIANIADNLQ LAKDYGKVHW FASPLFWLLN QLHNIIGNWG
  51   WAIIVLTIIV KAVLYPLTNA SYRSMAKMRA AAPKLQAIKE KYGDDRMAQQ
 101   QAMMQLYTDE KINPLGGCLP  MLLQIPVFIG LYWALFASVE LRQAPWLGWI
 151   TDLSRADPYY ILPIIMAATM FAQTYLNPPP TDPMQAKMMK IMP LVFSXXF
 201   FFFPAGXVLY WVVNNLLTIA QQWHINRSIE KQRAQGEVVS *
进一步的序列分析揭示了全部的DNA序列<SEQ ID 51>：
   1  ATGGATTTTA AAAGACTCAC GGCGTTTTTC GCCATCGCGC TGGTGATTAT
  51  GATCGGCTGG GAAAAGATGT TCCCCACTCC GAAGCCAGTC CCCGCGCCCC
 101  AACAGGCAGC ACAACAACAG GCCGTAACCG CTTCCGCCGA AGCCGCGCTC
 151  GCGCCCGCAA CGCCGATTAC CGTAACGACC GACACGGTTC AAGCCGTCAT
 201  TGATGAAAAA AGCGGCGACC TGCGCCGGCT GACCCTGCTC AAATACAAAG
 251  CAACCGGCGA CGAAAATAAA CCGTTCATCC TGTTTGGCGA CGGCAAAGAA
 301  TACACCTACG TCGCCCAATC CGAACTTTTG GACGCGCAGG GCAACAACAT
 351  TCTAAAAGGC ATCGGCTTTA GCGCACCGAA AAAACAGTAC AGCTTGGAAG
 401  GCGACAAAGT TGAAGTCCGC CTGAGCGCGC CTGAAACACG CGGTCTGAAA
 451  ATCGACAAAG TTTATACTTT CACCAAAGGC AGCTATCTGG TCAACGTCCG
 501  CTTCGACATC GCCAACGGCA GCGGTCAAAC CGCCAACCTG AGCGCGGACT
 551  ACCGCATCGT CCGCGACCAC AGCGAACCCG AGGGTCAAGG TTACTTTACC
 601  CACTCTTACG TCGGCCCTGT TGTTTATACC CCTGAAGGCA ACTTCCAAAA
 651  AGTCAGCTTT TCCGACTTGG ACGACGATGC CAAATCCGGC AAATCCGAGG
 701  CCGAATACAT CCGCAAAACC CCGACCGGCT GGCTCGGCAT GATTGAACAC
 751  CACTTCATGT CCACCTGGAT TCTCCAACCT AAAGGCAGAC AAAGCGTTTG
 801  CGCCGCAGGC GAGTGCAACA TCGACATCAA ACGCCGCAAC GACAAGCTGT
 851  ACAGCACCAG CGTCAGCGTG CCTTTAGCCG CCATCCAAAA CGGCGCGAAA
 901  GCCGAAGCCT CCATCAACCT CTACGCCGGC CCGCAGACCA CATCCGTCAT
 951  CGCAAACATC GCCGACAACC TGCAACTGGC CAAAGACTAC GGCAAAGTAC
1001  ACTGGTTCGC CTCCCCGCTC TTCTGGCTCC TGAACCAACT GCACAACATC
1051  ATCGGCAACT GGGGCTGGGC GATTATCGTT TTAACCATCA TCGTCAAAGC
1101  CGTACTGTAT CCATTGACCA ACGCCTCTTA CCGCTCTATG GCGAAAATGC
1151  GTGCCGCCGC ACCCAAACTG CAAGCCATCA AAGAGAAATA CGGCGACGAC
1201  CGTATGGCGC AACAACAGGC GATGATGCAG CTTTACACAG ACGAGAAAAT
1251  CAACCCGCTG GGCGGCTGCC TGCCTATGCT GTTGCAAATC CCCGTCTTCA
1301  TCGGATTGTA TTGGGCATTG TTCGCCTCCG TAGAATTGCG CCAGGCACCT
1351  TGGCTGGGTT GGATTACCGA CCTCAGCCGC GCCGACCCCT ACTACATCCT
1401  GCCCATCATT ATGGCGGCAA CGATGTTCGC CCAAACTTAT CTGAACCCGC
1451  CGCCGACCGA CCCGATGCAG GCGAAAATGA TGAAAATCAT GCCGTTGGTT
1501  TTCTCCGTCA TGTTCTTCTT CTTCCCTGCC GGTCTGGTAT TGTACTGGGT
1551  AGTCAACAAC CTCCTGACCA TCGCCCAGCA ATGGCACATC AACCGCAGCA
1601  TCGAAAAACA ACGCGCCCAA GGCGAAGTCG TTTCCTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 52；ORF11-1>：
   1   MDFKRLTAFF AIALVIMIGW EKMFPTPKPV PAPQQAAQQQ AVTASAEAAL
  51  APATPITVTT DTVQAVIDEK SGDLRRLTLL KYKATGDENK PFILFGDGKE
 101  YTYVAQSELL DAQGNNILKG IGFSAPKKQY SLEGDKVEVR LSAPETRGLK
 151  IDKVYTFTKG SYLVNVRFDI ANGSGQTANL SADYRIVRDH SEPEGQGYFT
 201  HSYVGPVVYT PEGNFQKVSF SDLDDDAKSG KSEAEYIRKT PTGWLGMIEH
 251  HFMSTWILQP KGRQSVCAAG ECNIDIKRRN DKLYSTSVSV PLAAIQNGAK
 301  AEASINLYAG PQTTSVIANI ADNLQLAKDY GKVHWFASPL FWLLNQLHNI
 351  IGNWGW AIIV LTIIVKAVLY PLTNASYRSM AKMRAAAPKL QAIKEKYGDD
 401  RMAQQQAMMQ LYTDEKINPL GGCLP MLLQI PVFIGLYWAL FASVELRQAP
 451  WLGWITDLSR ADPYYILPII MAATMFAQTY LNPPPTDPMQ AKMMKIMP LV
 501  FSVMFFFFPA GLVLYWVVNN LLTIAQQWHI NRSIEKQRAQ GEVVS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与恶臭假单胞菌ORF11的60kDa内膜蛋白(登录号为P25754)的同源性
ORF11和60kDa的蛋白在229个氨基酸的重叠区域内显示出有58％的氨基酸相同性(BLASTp)。
ORF11  2   LYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLTIIVK 61
           LYAGP+  S +  ++  L+L  DYG + + A P+FWLL  +H+++GNWGW+IIVLT+++K
60K    324 LYAGPKIQSKLKELSPGLELTVDYGFLWFIAQPIFWLLQHIHSLLGNWGWSIIVLTMLIK 383
ORF11  62  AVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRXXXXXXXXXLYTDEKINPLGGCLPM 121
            + +PL+ ASYRSMA+MRA APKL A+KE++GDDR         LY  EKINPLGGCLP+
60K    384 GLFFPLSAASYRSMARMRAVAPKLAALKERFGDDRQKMSQAMMELYKKEKINPLGGCLPI 443
ORF11  122 LLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPT 181
           L+Q+PVF+ LYW L  SVE+RQAPW+ WITDLS  DP++ILPIIM ATMF Q  LNP P
60K    444 LVQMPVFLALYWVLLESVEMRQAPWILWITDLSIKDPFFILPIIMGATMFIQQRLNPTPP 503
ORF11  182 DPMQAKAMKIMPLVXXXXXXXXPAGXVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIE 230
           DPMQAK+MK+MP++        PAG VLYWVVNN L+I+QQW+I R IE
60K    504 DPMQAKVMKMMPIIFTFFFLWFPAGLVLYWVVNNCLSISQQWYITRRIE 552
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF11与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF11a)在240个氨基酸重叠区域内显示出有97.9％的相同性：
                                                 10        20        30
orf11.pep                                NLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHW
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf11a     IKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQNGAKSXASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLXKDYGKVHW
             280       290       300       310       320       330
                   40        50        60        70        80        90
orf11.pep  FASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKE
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11a     FASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKE
             340       350       360       370       380       390
                  100       110       120       130       140       150
orf11.pep  KYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPLGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11a     KYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPLGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWI
             400       410       420       430       440       450
                  160       170       180       190       200       210
orf11.pep  TDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSXXFFFFPAGXVLY
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||
orf11a     TDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVXSXXFFXFPAGLVLY
             460       470       480       490       500       510
                    220       230       240
orf11.pep    WVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGEVVSX
             ||:||||||||||||||||||||||||||||
orf11a       WVINNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGEVVSX
               520       530       540
全长ORF11核苷酸序列<SEQ ID 53>是：
   1  ANGGATTTTA AAAGACTCAC NGNGTTTTTC GCCATCGCAC TGGTGATTAT
  51  GATCGGATNG NAAANGATGT TCCCCACTCC GAAGCCCGTC CCCGCGCCCC
 101  AACAGACGGC ACAACAACAG GCCGTAANCG CTTCCGCCGA AGCCGCGCTC
 151  GCGCCCGNAN CGCCGATTAC CGTAACGACC GACACGGTTC AAGCCGTCAT
 201  TGATGAAAAA AGCGGCGACC TGCGCCGGCT GACCCTGCTC AAATACAAAG
 251  CAACCGGCGA CNAAAATAAA CCGTTCATCC TGTTTGGCGA CGGCAAANAA
 301  TACACCTACN TCGCCCANTC CGAACTTTTG GACGCGCAGG GCAACAACAT
 351  TCTAAAAGGC ATCGGCTTTA GCGCACCGAA AAAACAGTAC AGCTTGGAAG
 401  GCGACAAAGT TGAAGTCCGC CTGAGCGCAC CTGAAACACG CGGTCTGAAA
 451  ATCGACAAAG TTTATACTTT CACCAAAGGC AGCTATCTGG TCAACGTCCG
 501  CTTCGACATC GCCAACGGCA GCGGTCAAAC CGCCAACCTG AGCGCGGACT
 551  ACCGCATCGT CCGCGACCAC AGCGAACCCG AGGGTCAAGG CTACTTTACC
 601  CACTCTTACG TCGGCCCTGT TGTTTATACC CCTGAAGGCA ACTTCCAAAA
 651  AGTCAGCTTC TCCGACTTGG ACGACGATGC CAANTCCGGN AAATCCGAGG
 701  CCGAATACAT CCGCAAAACC CNGACCGGCT GGCTCGGCAT GATTGAACAC
 751  CACTTCATGT CCACCTGGAT CCTCCAACCC AAAGGCGGAC AAAGCGTTTG
 801  CGCCGCTGGC GACTGCNGTA TNGACATCAA ACGCCGCAAC GACAAGCTGT
 851  ACAGCACCAG CGTCAGCGTG CCTTTAGCCG CTATCCAAAA CGGTGCGAAA
 901  TCCNAAGCCT CCATCAACCT CTACGCCGGC CCACAGACCA CATCNGTTAT
 951  CGCAAACATC GCCGACAACC TGCAACTGGN CAAAGACTAC GGCAAAGTAC
1001  ACTGGTTCGC CTCCCCCCTC TTTTGGCTTT TGAACCAACT GCACAACATC
1051  ATCGGCAACT GGGGCTGGGC GATTATCGTT TTAACCATCA TCGTCAAAGC
1101  CGTACTGTAT CCATTGACCA ACGCCTCTTA CCGTTCGATG GCGAAAATGC
1151  GTGCCGCCGC GCCCAAACTG CAAGCCATCA AAGAGAAATA CGGCGACGAC
1201  CGTATGGCGC AGCAACAAGC CATGATGCAG CTTTACACAG ACGAGAAAAT
1251  CAACCCGCTG GGCGGCTGCC TGCCTATGCT GTTGCAAATC CCCGTCTTCA
1301  TCGGATTGTA TTGGGCATTG TTCGCCTCCG TAGAATTGCG CCAGGCACCT
1351  TGGCTGGGTT GGATTACCGA CCTCAGCCGC GCCGACCCNT ACTACATCCT
1401  GCCCATCATT ATGGCGGCAA CGATGTTCGC CCAAACCTAT CTGAACCCGC
1451  CGCCGACCGA CCCGATGCAG GCGAAAATGA TGAAAATCAT GCCTTTGGTT
1501  NTNTCNNNNA NGTTCTTCNN CTTCCCTGCC GGTCTGGTAT TGTACTGGGT
1551  GATCAACAAC CTCCTGACCA TCGCCCAGCA ATGGCACATC AACCGCAGCA
1601  TCGAAAAACA ACGCGCCCAA GGCGAAGTCG TTTCCTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 54>：
   1  XDFKRLTXFF AIALVIMIGX XXMFPTPKPV PAPQQTAQQQ AVXASAEAAL
  51  APXXPITVTT DTVQAVIDEK SGDLRRLTLL KYKATGDXNK PFILFGDGKX
 101  YTYXAXSELL DAQGNNILKG IGFSAPKKQY SLEGDKVEVR LSAPETRGLK
 151  IDKVYTFTKG SYLVNVRFDI ANGSGQTANL SADYRIVRDH SEPEGQGYFT
 201  HSYVGPVVYT PEGNFQKVSF SDLDDDAXSG KSEAEYIRKT XTGWLGMIEH
 251  HFMSTWILQP KGGQSVCAAG DCXXDIKRRN DKLYSTSVSV PLAAIQNGAK
 301  SXASINLYAG PQTTSVIANI ADNLQLXKDY GKVHWFASPL FWLLNQLHNI
 351  IGNWGW AIIV LTIIVKAVLY PLTNASYRSM AKMRAAAPKL QAIKEKYGDD
 401  RMAQQQAMMQ LYTDEKINPL GGCLP MLLQI PVFIGLYWAL FASVELRQAP
 451  WLGWITDLSR ADPYYILPII MAATMFAQTY LNPPPTDPMQ AKMMKIMP LV
 501  XSXXFFXFPA GLVLYWVINN LLTIAQQWHI NRSIEKQRAQ GEVVS*
ORF11和ORF11-1在544个氨基酸重叠区域内显示出有95.2％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf11a.pep    XDFKRLTXFFAIALVIMIGXXXMFPTPKPVPAPQQTAQQQAVXASAEAALAPXXPITVTT
              ||||||| |||||||||||   |||||||||||||:||||||:||||||||| :||||||
orf11-1       MDFKRLTAFFAIALVIMIGWEKMFPTPKPVPAPQQAAQQQAVTASAEAALAPATPITVTT
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf11a.pep    DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDXNKPFILFGDGKXYTYXAXSELLDAQGNNILKG
              ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||
orf11-1       DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDENKPFILFGDGKEYTYVAQSELLDAQGNNILKG
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf11a.pep    IGFSAPKKQYSLEGDKVEVRLSAPETRGLKIDKVYTFTKGSYLVNVRFDIANGSGQTANL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11-1       IGFSAPKKQYSLEGDKVEVRLSAPETRGLKIDKVYTFTKGSYLVNVRFDIANGSGQTANL
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf11a.pep    SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAXSGKSEAEYIRKT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
orf11-1       SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKT
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf11a.pep    XTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGGQSVCAAGDCXXDIKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQNGAK
              |||||||||||||||||||||| |||||||:|  ||||||||||||||||||||||||||
orf11-1       PTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGRQSVCAAGECNIDIKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQNGAK
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf11a.pep    SXASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLXKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIV
              : |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11-1       AEASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIV
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf11a.pep    LTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11-1       LTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPL
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf11a.pep    GGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTY
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11-1       GGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTY
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520       530       540
orf11a.pep    LNPPPTDPMQAKMMKIMPLVXSXXFFXFPAGLVLYWVINNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQ
              |||||||||||||||||||| |  || ||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf11-1       LNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQ
                     490       500       510       520       530       540
orf11a.pep    GEVVSX
              ||||||
orf11-1       GEVVSX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF11与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF11.ng)在240个氨基酸重叠区域内显示出有93.6％的相同性：
Orf11         NLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIIVLT  57
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
orf11ng    MAVNLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIVVLT  60
orf11    IIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINPLGG  117
         ||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||: ||:||||||
orf11ng  IIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPELQTIKEKYGDDRMAQQQAMMQLFEDEEINPLGG  120
orf11    CLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLN  177
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11ng  CLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLN  180
orf11    PPPTDPMQAKMMKIMPLVFSXXFFFFPAGXVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGE  237
         ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
orf11ng  PPPTDPMQAKMMKIMPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGE  240
orf11    VVS  240
         |||
orf11ng  VVS  243
预计ORF11ng核苷酸序列<SEQ ID 55>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID56>：
   1  MAVNLYAGPQ TTSVIANIAD NLQLAKDYGK VHWFASPLFW LLNQLHNIIG
  51  NWGW AIVVLT IIVKAVLYPL TNASYRSMAK MRAAAPELQT IKEKYGDDRM
 101  AQQQAMMQLF EDEEINPLGG CLP MLLQIPV FIGLYWALFA SVELRQAPWL
 151  GWITDLSRAD PYYILPIIMA ATMFAQTYLN PPPTDPMQAK MMKIMP LVFS
 201  VMFFFFPAGL VLYWVVNNLL TIAQQWHINR SIEKQRAQGE VVS*
进一步的序列分析揭示了全部的淋球菌DNA序列<SEQ ID 57>是：
   1  ATGGATTTTA AAAGACTCAC GGCGTTTTTC GCCATCGCGC TGGTGATTAT
  51  GATCGGCTGG GAAAAAATGT TCCCCACCCC GAAACCCGTC CCCGCGCCCC
 101  AACAGGCGGC ACAAAAACAG GCAGCAACCG CTTCCGCCGA AGCCGCGCTC
 151  GCGCCCGCAA CGCCGATTAC CGTAACGACC GACACGGTTC AAGCCGTTAT
 201  TGATGAAAAA AGTGGCGACC TGCGCCGGCT GACCCTGCTC AAATACAAAG
 251  CAACCGGCGA CGAAAACAAA CCGTTCGTCC TGTTTGGCGA CGGCAAAGAA
 301  TACACCTACG TCGCCCAATC CGAACTTTTG GACGCGCAGG GCAACAACAT
 351  TCTGAAAGGC ATCGGCTTTA GCGCACCGAA AAAACAGTAC ACCCTCAACG
 401  GCGACACAGT CGAAGTCCGC CTGAGCGCGC CCGAAACCAA CGGACTGAAA
 451  ATCGACAAAG TCTATACCTT TACCAAAGAC AGCTATCTGG TCAACGTCCG
 501  CTTCGACATC GCCAACGGCA GCGGTCAAAC CGCCAACCTG AGCGCGGACT
 551  ACCGCATCGT CCGCGACCAC AGCGAACCCG AGGGTCAAGG CTACTTTACC
 601  CACTCTTACG TCGGCCCTGT TGTTTATACC CCTGAAGGCA ACTTCCAAAA
 651  AGTCAGCTTC TCCgacTTgg acgACGATGC gaaaTccggc aaATccgagg
 701  ccgaatacaT CCGCAAAACC ccgaccggtt ggctcggcat gattgaacac
 751  cacttcatgt ccacctggat cctccAAcct aaaggcggcc aaaacgtttg
 801  cgcccaggga gactgccgta tcgacattaa aCgccgcaac gacaagctgt
 851  acagcgcaag cgtcagcgtg cctttaaccg ctatcccaac ccgggggcca
 901  aaaccgaaaa tggcggTCAA CCTGTATGCC GGTCCGCAAA CCACATCCGT
 951  TATCGCAAAC ATCGCcgacA ACCTGCAACT GGCAAAAGAC TACGGTAAAG
1001  TACACTGGTT CGCATCGCCG CTCTTCTGGC TCCTGAACCA ACTGCACAAC
1051  ATTATCGGCA ACTGGGGCTG GGCAATCGTC GTTTTGACCA TCATCGTCAA
1101  AGCCGTACTG TATCCATTGA CCAACGcctc ctACCGTTCG ATGGCGAAAA
1151  TGCGTGccgc cgcacCcaaA CTGCAGACCA TCAAAGAAAA ATAcgGCGAC
1201  GACCGTATGG CGCAACAGCA AGCGATGATG CAGCTTTACA AAgacgAGAA
1251  AATCAACCCG CTGGGCGGCT GTctgcctat gctgttgCAA ATCCCCGTCT
1301  TCATCGGCTT GTACTGGGCA TTGTTCGCCT CCGTAGAATT GCGCCAGGCA
1351  CCTTGGCTGG GCTGGATTAC CGACCTCAGC CGCGCCGACC CCTACTACAT
1401  CCTGCCCATC ATTATGGCGG CAACGATGTT CGCCCAAACC TATCTGAACC
1451  CGCCGCCGAC CGACCCGATG CAGGCGAAAA TGATGAAAAT CATGCCGTTG
1501  GTTTTCTCCG TCATGTTCTT CTTCTTCCCT GCCGGTTTGG TTCTCTACTG
1551  GGTGGTCAAC AACCTCCTGA CCATCGCCCA GCAGTGGCAC ATCAACCGCA
1601  GCATCGAAAA ACAACGCGCC CAAGGCGAAG TCGTTTCCTA A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 58；ORF11ng-1>：
   1   MDFKRLTAFF AIALVIMIGW EKMFPTPKPV PAPQQAAQKQ AATASAEAAL
  51  APATPITVTT DTVQAVIDEK SGDLRRLTLL KYKATGDENK PFVLFGDGKE
 101  YTYVAQSELL DAQGNNILKG IGFSAPKKQY TLNGDTVEVR LSAPETNGLK
 151  IDKVYTFTKD SYLVNVRFDI ANGSGQTANL SADYRIVRDH SEPEGQGYFT
 201  HSYVGPVVYT PEGNFQKVSF SDLDDDAKSG KSEAEYIRKT PTGWLGMIEH
 251  HFMSTWILQP KGGQNVCAQG DCRIDIKRRN DKLYSASVSV PLTAIPTRGP
 301  KPKMAVNLYA GPQTTSVIAN IADNLQLAKD YGKVHWFASP LFWLLNQLHN
 351  IIGNWGW AIV VLTIIVKAVL YPLTNASYRS MAKMRAAAPK LQTIKEKYGD
 401  DRMAQQQAMM QLYKDEKINP LGGCLP MLLQ IPVFIGLYWA LFASVELRQA
 451  PWLGWITDLS RADPYYILPI IMAATMFAQT YLNPPPTDPM QAKMMKIMP L
 501  VFSVMFFFFP AGLVLYWVVN NLLTIAQQWH INRSIEKQRA QGEVVS*
ORF11ng-1和ORF11-1在546个氨基酸的重叠区域内显示出有95.1％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf11ng-1.pep   MDFKRLTAFFAIALVIMIGWEKMFPTPKPVPAPQQAAQKQAATASAEAALAPATPITVTT
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||:||||||||||||||||||
orf11-1         MDFKRLTAFFAIALVIMIGWEKMFPTPKPVPAPQQAAQQQAVTASAEAALAPATPITVTT
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf11ng-1.pep   DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDENKPFVLFGDGKEYTYVAQSELLDAQGNNILKG
                ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf11-1         DTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDENKPFILFGDGKEYTYVAQSELLDAQGNNILKG
                        70        80        90       100       110       120
                       130       140       150       160       170       180
orf11ng-1.pep   IGFSAPKKQYTLNGDTVEVRLSAPETNGLKIDKVYTFTKDSYLVNVRFDIANGSGQTANL
                ||||||||||:|:|| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf11-1         IGFSAPKKQYSLEGDKVEVRLSAPETRGLKIDKVYTFTKGSYLVNVRFDIANGSGQTANL
                       130       140       150       160       170       180
                       190       200       210       220       230       240
orf11ng-1.pep   SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKT
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11-1         SADYRIVRDHSEPEGQGYFTHSYVGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKT
                       190       200       210       220       230       240
                       250       260       270       280       290       300
orf11ng-1.pep   PTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGGQNVCAQGDCRIDIKRRNDKLYSASVSVPLTAIPTRGP
                |||||||||||||||||||||| |:||| |:| ||||||||||||:||||||:|| : |
orf11-1         PTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGRQSVCAAGECNIDIKRRNDKLYSTSVSVPLAAIQN-GA
                       250       260       270       280       290
                       310       320       330       340       350       360
orf11ng-1.pep   KPKMAVNLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIV
                | : ::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf11-1         KAEASINLYAGPQTTSVIANIADNLQLAKDYGKVHWFASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAII
              300       310       320       330       340       350
                       370       380       390       400       410       420
orf11ng-1.pep   VLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQTIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYKDEKINP
                ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| ||||||
orf11-1         VLTIIVKAVLYPLTNASYRSMAKMRAAAPKLQAIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYTDEKINP
              360       370       380       390       400       410
                       430       440       450       460       470       480
orf11ng-1.pep   LGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQT
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11-1         LGGCLPMLLQIPVFIGLYWALFASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQT
              420       430       440       450       460       470
                       490       500       510       520       530       540
orf11ng-1.pep   YLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRA
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf11-1         YLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVFSVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRA
              480       490       500       510       520       530
orf11ng-1.pep   QGEVVSX
                |||||||
orf11-1         QGEVVSX
              540
另外，ORF11ng-1显示出与数据库中的内膜蛋白(登录号为p25754)明显同源：
ID  60IM_PSEPU  STANDARD；  PRT；  560 AA.
AC  P25754；
DT  01-MAY-1992(REL.22，产生)
DT  01-MAY-1992(REL.22，序列的最后更新)
DT  01-NOV-1995(REL.32，注解的最后更新)
DE  60 KD内膜蛋白....
SCORES  Init1：1074 Initn：1293 Opt：1103
Smith-Waterman评分：1406；574个氨基酸重叠区内有41.5％的相同性
                          10        20                         30        40
orf11ng-1.pep  MDFKR---LTAFFAIALVIMIGW-----EKMFPT------------PKPVPAPQQAAQKQ
               ||:||   ::|: ::: |::: |     :  :||            |  ||| :::|: :
p25754         MDIKRTILIAALAVVSYVMVLKWNDDYGQAALPTQNTAASTVAPGLPDGVPAGNNGASAD
                       10        20        30        40        50        60
                       50               60        70        80         90
orf11ng-1.pep  AATASAEAALAPATPIT-------VTTDTVQAVIDEKSGDLRRLTLLKYKATGDE-NKPF
               : :|:||:: |  :|::       | ||::: :||  :||: :|:| ||    |: | ||
p25754         VPSANAESSPAELAPVALSKDLIRVKTDVLELAIDPVGGDIVQLNLPKYPRRQDHPNIPF
                       70        80        90       100       110       120
                    100       110       120       130       140
orf11ng-1.pep  VLFGDGKEYTYVAQSELLDAQGNNILKGIG---FSAPKKQYTL-NGD---TVEVRLSAPE
                || :| | :|:||| |  ::| :  :: |   ::| :|:| | :|:   :|::::|
p25754         QLFDNGGERVYLAQSGLTGTDGPDA-RASGRPLYAAEQKSYQLADGQEQLVVDLKFS---
                      130       140        150       160       170
                 150       160       170       180       190         200
orf11ng-1.pep  TNGLKIDKVYTFTKDSYLVNVRFDIANGSGQTANLSADYRIVRDHS-EPEGQGYF-THSY
                ||::  | ::| :  | :|| : | | |||: | :   :: || | :| ::    | :|
p25754         DNGVNYIKRFSFKRGEYDLNVSYLIDNQSGQAWNGNMFAQLKRDASGDPSSSTATGTATY
                180       190       200       210       220       230
                   210       220       230       240       250       260
orf11ng-1.pep  VGPVVYTPEGNFQKVSFSDLDDDAKSGKSEAEYIRKTPTGWLGMIEHHFMSTWILQPKGG
               :| :::|    ::|||::|:|   |:: :|     ::  ||:: ::|:|:::||   |:
p25754         LGAALWTASEPYKKVSMKDID---KGSLKE-----NVSGGWVAWLQHYFVTAWI-PAKSD
                240       250       260       270       280
                   270       280       290       300       310       320
orf11ng-1.pep  QNVCAQGDCRIDIKRRNDKLYSASVSVPLTAIPTRGPKPKMAVNLYAGPQTTSVIANIAD
               :||       :: :: ::  |  : : |: ::|: | | : :: |||||:  | : :::
p25754         NNV-------VQTRKDSQGNYIIGYTGPVISVPA-GGKVETSALLYAGPKIQSKLKELSP
               290              300       310        320        330
                   330       340       350       360       370       380
orf11ng-1.pep  NLQLAKDYGKVHWF-ASPLFWLLNQLHNIIGNWGWAIVVLTIIVKAVLYPLTNASYRSMA
               :|:|: ||| : || |:|:||||:::|:::|||||:|:|||:::|::::||: |||||||
p25754         GLELTVDYGFL-WFIAQPIFWLLQHIHSLLGNWGWSIIVLTMLIKGLFFPLSAASYRSMA
             340       350       360       370       380       390
                    390       400       410       420       430       440
orf11ng-1.pep  KMRAAAPKLQTIKEKYGDDRMAQQQAMMQLYKDEKINPLGGCLPMLLQIPVFIGLYWALF
               :|||:|||| ::||::||||: ::||||:||| |||||||||||:|:|:|||::|||:|:
p25754         RMRAVAPKLAALKERFGDDRQKMSQAMMELYKKEKINPLGGCLPILVQMPVFLALYWVLL
              400       410       420       430       440       450
                   450       460       470       480       490       500
orf11ng-1.pep ASVELRQAPWLGWITDLSRADPYYILPIIMAATMFAQTYLNPPPTDPMQAKMMKIMPLVF
               |||:|||||: ||||||  ||::||||||:|||| |  ||| | ||||||:||:||::|
p25754        ESVEMRQAPWILWITDLSIKDPFFILPIIMGATMFIQQRLNPTPPDPMQAKVMKMMPIIF
             460       470       480       490       500       510
                   510       520       530       540
orf11ng-1.pep SVMFFFFPAGLVLYWVVNNLLTIAQQWHINRSIEKQRAQGEVVSX
              : :|::||||||||||||| |:|:|||:|:| ||
p25754        TFFFLWFPAGLVLYWVVNNCLSISQQWYITRRIEAATKKAAA
             520       530       540       550       560
根据该分析结果(包括与恶臭假单胞菌的内膜蛋白以及预计的跨膜结构域有同源性(在脑膜炎球菌和淋球菌蛋白均见到))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗体。
实施例8
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 59>：
   1 ..GCCGTCTTAA TCATCGAATT ATTGACGGGA ACGGTTTATC TTTTGGTTGT
  51   NAGCGCGGCT TTGGCGGGTT CGGGCATTGC TTACGGGCTG ACCGGCAGTA
 101   CGCCTGCCGC CGTCTTGACC GNCGCTCTGC TTTCCGCGCT GGGTATTTNG
 151   TTCGTACACG CCAAAACCGC CGTTAGAAAA GTTGAAACGG ATTCATATCA
 201   GGATTTGGAT GCCGGACAAT ATGTCGAAAT CCTCCGNCAC ACAGGCGGCA
 251   ACCGTTACGA AGTT.TTTAT CGCGGTACG. ACTGGCAGGC TCAAAATACG
 301   GGGCAAGAAG AGCTTGAACC AGGAACTCGC GCCCTCATTG TCCGCAAGGA
 351   AGGCAACCTT CTTATTATCA CACACCCTTA A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 60；ORF13>：
   1.. AVLIIELLTG TVYLLVVSAA LAGSGIAYGL TGSTPAAVLT XALLSALGIX
  51   FVHAKTAVRK VETDSYQDLD AGQYVEILRH TGGNRYEVXY RGTXWQAQNT
 101   GQEELEPGTR ALIVRKEGNL LIITHP*
进一步的序列分析稍稍详细地描述了DNA序列<SEQ ID 61>：
   1 ..GCCGTCTTAA TCATCGAATT ATTGACGGGA ACGGTTTATC TTTTGGTTGT
  51   nAGCGCGGCT TTGGCGGGTT CGGGCATTGC TTACGGGCTG ACCGGCAGTA
 101   CGCCTGCCGC CGTCTTGACC GnCGCTCTGC TTTCCGCGCT GGGTATTTnG
 151   TTCGTACACG CCAAAACCGC CGTTAGAAAA GTTGAAACGG ATTCATATCA
 201   GGATTTGGAT GCCGGACAAT ATGTCGAAAT CCTCCGACAC ACAGGCGGCA
 251   ACCGTTACGA AGTTTTtTAT CGCGGTACGc ACTGGCAGGC TCAAAATACG
 301   GGGCAAGAAG AGCTTGAACC AGGAACTCGC GCCCTCATTG TCCGCAAGGA
 351  AGGCAACCTT CTTATTATCA CACACCCTTA A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 62；ORF13-1>：
   1.. AVLIIELLTG TVYLLVVSAA LAGSGIAYGL TGSTPAAVLT XALLSALGIX
  51   FVHAKTAVRK VETDSYQDLD AGQYVEILRH TGGNRYEVFY RGTHWQAQNT
 101   GQEELEPGTR ALIVRKEGNL LIITHP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF13和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF13a)在126氨基酸重叠区显示出有92.9％的相同性：
                           10        20        30        40         50
orf13.pep          AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
orf13a    MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF
                  10        20        30        40        50        60
                 60        70        80        90       100       110
orf13.pep VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVXYRGTXWQAQNTGQEELEPGTRA
          ||||||| |||||||||||||||:|||||:||||||| |||| |||||||||||||||||
orf13a    VHAKTAVGKVETDSYQDLDAGQYAEILRHAGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
                  70        80        90       100       110       120
                120
orf13.pep LIVRKEGNLLIITHPX
          ||||||||||||::||
orf13a    LIVRKEGNLLIIAKPX
                 130
全长ORF13a核苷酸序列<SEQ ID 63>是：
   1  ATGACTGTAT GGTTTGTTGC CGCTGTTGCC GTCTTAATCA TCGAATTATT
  51  GACGGGAACG GTTTATCTTT TGGTTGTCAG CGCGGCTTTG GCGGGTTCGG
 101  GCATTGCTTA CGGGCTGACC GGCAGCACGC CTGCCGCCGT CTTGACCGCC
 151  GCTCTGCTTT CCGCGCTGGG TATTTGGTTC GTACACGCCA AAACCGCCGT
 201  GGGAAAAGTT GAAACGGATT CATATCAGGA TTTGGATGCC GGGCAATATG
 251  CCGAAATCCT CCGGCACGCA GGCGGCAACC GTTACGAAGT TTTTTATCGC
 301  GGTACGCACT GGCAGGCTCA AAATACGGGG CAAGAAGAGC TTGAACCAGG
 351  AACGCGCGCC CTAATCGTCC GCAAGGAAGG CAACCTTCTT ATCATCGCAA
 401  AACCTTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 64>：
   1  MTVWFVAAVA VLIIELLTGT VYLLVVSAAL AGSGIAYGLT GSTPAAVLTA
  51  ALLSALGIWF VHAKTAVGKV ETDSYQDLDA GQYAEILRHA GGNRYEVFYR
 101  GTHWQAQNTG QEELEPGTRA LIVRKEGNLL IIAKP*
ORF13a和ORF13-1在126氨基酸重叠区内表现出94.4％的相同性
                      10        20        30        40        50        60
orf13a.pep    MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
orf13-1                AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF
                               10        20        30        40        50
                      70        80        90       100       110       120
orf13a.pep    VHAKTAVGKVETDSYQDLDAGQYAEILRHAGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
              ||||||| |||||||||||||||:|||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf13-1       VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
                     60        70        80        90       100       110
orf13a.pep    LIVRKEGNLLIIAKPX
              ||||||||||||::||
orf13-1       LIVRKEGNLLIITHPX
                    120
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF13和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF13.ng)在126氨基酸重叠区内显示出有89.7％的相同性：
orf13               AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF   51
                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
orf13ng    MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF   60
orf13      VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVXYRGTXWQAQNTGQEELEPGTRA  111
           ||||||| |||||||||||:|:|:||||:|||||||| |||| ||||||||| :||||||
orf13ng    VHAKTAVGKVETDSYQDLDTGKYAEILRYTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEVFEPGTRA  120
orf13      LIVRKEGNLLIITHP  126
           ||||||||||||::|
orf13ng    LIVRKEGNLLIIANP  135
全长ORF13ng核苷酸序列<SEQ ID 65>是：
   1  ATGACTGTAT GGTTTGTTGC CGCTGTTGCC GTCTTAATCA TCGAATTATT
  51  GACGGGAACG GTTTATCTTT TGGTTGTCAG CGCGGCTTTG GCGGGTTCGG
 101  GCATTGCCTA CGGGCTGACT GGCAGCACGC CTGCCGCCGT CTTGACCGCC
 151  GCACTGCTTT CCGCGCTGGG CATTTGGTTC GTACATGCCA AAACCGCCGT
 201  GGGAAAAGTT GAAACGGATT CATATCAGGA TTTGGATACC GGAAAATATG
 251  CCGAAATCCT CCGATACACA GGCGGCAACC GTTACGAAGT TTTTTATCGC
 301  GGTACGCACT GGCAGGCGCA AAATACGGGG CAGGAAGTGT TTGAACCGGG
 351  AACGCGCGCC CTCATCGTCC GCAAAGAAGG TAACCTTCTT ATCATCGCAA
 401  ACCCTTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 66>：
   1  MTVWFVAAVA VLIIELLTGT VYLLVVSAAL AGSGIAYGLT GSTPAAVLTA
  51  ALLSALGIWF VHAKTAVGKV ETDSYQDLDT GKYAEILRYT GGNRYEVFYR
 101  GTHWQAQNTG QEVFEPGTRA LIVRKEGNLL IIANP*
OFR13ng和ORF13-1在重叠的126个氨基酸内显示出有91.3％的相同性：
                               10        20        30        40        50
orf13-1.pep            AVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTXALLSALGIXF
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
orf13ng       MTVWFVAAVAVLIIELLTGTVYLLVVSAALAGSGIAYGLTGSTPAAVLTAALLSALGIWF
                      10        20        30        40        50        60
                      60        70        80        90       100       110
orf13-1.pep   VHAKTAVRKVETDSYQDLDAGQYVEILRHTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEELEPGTRA
              ||||||| |||||||||||:|:|:||||:||||||||||||||||||||||| :||||||
orf13ng       VHAKTAVGKVETDSYQDLDTGKYAEILRYTGGNRYEVFYRGTHWQAQNTGQEVFEPGTRA
                      70        80        90       100       110       120
                    120
orf13-1.pep   LIVRKEGNLLIITHPX
              ||||||||||||::||
orf13ng       LIVRKEGNLLIIANPX
                     130
根据该分析，包括该蛋白中的延伸前导序列，预计ORF13和ORF13ng可能是外膜蛋白。因此，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可能是疫苗或诊断，或产生抗体的有用抗原。
实施例9
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 67>：
   1  ATGTwTGATT TCGGTTTrGG CGArCTGGTT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT
  51  GATwGtCCTC GGCCCCGAAC GCsTGCCCGA GGCCGCCCGC AyCGCCGGAC
 101  GGcTCATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTCG GcAGCGTCAA ACAGGAATTT
 151  GACACTCAAA TCGAACTGGA AGAACTGAGG AAGGCAAAGC AGGAATTTGA
 201  AGCTGCCGcC GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GGTACGGATA
 251  TGGAAGGCAA TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA
 301  CTGCCCGAAC AGCGGACACC TGCCGATTTC GGTGTCGATG AAAACGGCAA
 351  TCCGCT.TCC CGATGCGGCA AACACCCTAT CAGACGGCAT TTCCGACGTT
 401  ATGCCGTC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 68；ORF2>：
   1  MXDFGLGELV FVGIIALIVL GPERXPEAAR XAGRLIGRLQ RFVGSVKQEF
  51  DTQIELEELR KAKQEFEAAA AQVRDSLKET GTDMEGNLHD ISDGLKPWEK
 101  LPEQRTPADF GVDENGNPXS RCGKHPIRRH FRRYAV.
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 69>：
   1  ATGTTTGATT TCGGTTTGGG CGAGCTGGTT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT
  51  GATTGTCCTC GGCCCCGAAC GCCTGCCCGA GGCCGCCCGC ACCGCCGGAC
 101  GGCTCATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTCG GCAGCGTCAA ACAGGAATTT
 151  GACACTCAAA TCGAACTGGA AGAACTGAGG AAGGCAAAGC AGGAATTTGA
 201  AGCTGCCGCC GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GGTACGGATA
 251  TGGAAGGCAA TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA
 301  CTGCCCGAAC AGCGGACACC TGCCGATTTC GGTGTCGATG AAAACGGCAA
 351  TCCGCTTCCC GATGCGGCAA ACACCCTATC AGACGGCATT TCCGACGTTA
 401  TGCCGTCCGA ACGTTCCTAC GCTTCCGCCG AAACCCTTGG GGACAGCGGG
 451  CAAACCGGCA GTACAGCCGA ACCCGCGGAA ACCGACCAAG ACCGCGCATG
 501  GCGGGAATAC CTGACTGCTT CTGCCGCCGC ACCCGTCGTA CAGACCGTCG
 551  AAGTCAGCTA TATCGATACT GCTGTTGAAA CGCCTGTTCC GCACACCACT
 601  TCCCTGCGCA AACAGGCAAT AAGCCGCAAA CGCGATTTTC GTCCGAAACA
 651  CCGCGCCAAA CCTAAATTGC GCGTCCGTAA ATCATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 70；ORF2-1>：
   1  MFD FGLGELV FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLTGRLQ RFVGSVKQEF
  51  DTQIELEELR KAKQEFEAAA AQVRDSLKET GTDMEGNLHD ISDGLKPWEK
 101  LPEQRTPADF GVDENGNPLP DAANTLSDGI SDVMPSERSY ASAETLGDSG
 151  QTGSTAEPAE TDQDRAWREY LTASAAAPVV QTVEVSYIDT AVETPVPHTT
 201  SLRKQAISRK RDFRPKHRAK PKLRVRKS*
进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 71>：
   1  ATGTTTGATT TCGGTTTGGG CGAGCTGGTT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT
  51  GATTGTCCTC GGCCCCGAAC GCCTGCCCGA GGCCGCCCGC ACCGCCGGAC
 101  GGCTCATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTCG GCAGCGTCAA ACAGGAATTT
 151  GACACGCAAA TCGAACTGGA AGAACTAAGG AAGGCAAAGC AGGAATTTGA
 201  AGCTGCCGCT GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GGTACGGATA
 251  TGGAGGGTAA TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA
 301  CTGCCCGAAC AGCGCACGCC TGCTGATTTC GGTGTCGATG AAAACGGCAA
 351  TCCCTTTCCC GATGCGGCAA ACACCCTATT AGACGGCATT TCCGACGTTA
 401  TGCCGTCCGA ACGTTCCTAC GCTTCCGCCG AAACCCTTGG GGACAGCGGG
 451  CAAACCGGCA GTACAGCCGA ACCCGCGGAA ACCGACCAAG ACCGTGCATG
 501  GCGGGAATAC CTGACTGCTT CTGCCGCCGC ACCCGTCGTA CAGACCGTCG
 551  AAGTCAGCTA TATCGATACC GCTGTTGAAA CCCCTGTTCC GCATACCACT
 601  TCGCTGCGTA AACAGGCAAT AAGCCGCAAA CGCGATTTGC GTCCTAAATC
 651  CCGCGCCAAA CCTAAATTGC GCGTCCGTAA ATCATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 72；ORF2a>：
   1  MFD FGLGELV FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLIGRLQ RFVGSVKQEF
  51  DTQIELEELR KAKQEFEAAA AQVRDSLKET GTDMEGNLHD ISDGLKPWEK
 101  LPEQRTPADF GVDENGNPFP DAANTLLDGI SDVMPSERSY ASAETLGDSG
 151  QTGSTAEPAE TDQDRAWREY LTASAAAPVV QTVEVSYIDT AVETPVPHTT
 201  SLRKQAISRK RDLRPKSRAK PKLRVRKS*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF2)和ORF2a在重叠的118氨基酸内显示出有97.5％的相同性：
                     10        20         30        40        50        60
orf2.pep    MXD FGLGELVFVGIIALIVLGPERXPEAARXAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR
            | | ||||||||||||||||| |||| |||||:|||||||||||||||||||||||||||||
orf2a       MFD FGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR
                     10        20         30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf2.pep    KAK QEFEAAAAQVRDSLKET GTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPXS
            ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2a       KAK QEFEAAAAQVRDSLKET GTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPFP
                     70        80        90       100       110       120
                    130
orf2.pep    RCG KHPIRRHFRRYAV
orf2a       DAA NTLLDGISDVMPSERSY ASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV
                    130       140       150       160       170       180
完整的菌株B序列(ORF2-1)和ORF2a在228个氨基酸重叠区内显示出有98.2％的相同性：
orf2a.pep   MFDFGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2-1      MFDFGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR  60
orf2a.pep   KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPFP 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf2-1      KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPLP 120
orf2a.pep   DAANTLLDGISDVMPSERSYASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV 180
            |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2-1      DAANTLSDGISDVMPSERSYASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV 180
orf2a.pep   QTVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAISRKRDLRPKSRAKPKLRVRKSX 229
            ||||||||||||||||||||||||||||||||:||| ||||||||||||
orf2-1      QTVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAISRKRDFRPKHRAKPKLRVRKSX 229
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中的部分DNA序列<SEQ ID 73>，它编码下列氨基酸序列<SEQ ID 74；ORF2ng>：
   1  MFD FGLGELI FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLIGRLQ RFVGSVKQEL
  51  DTQIELEELR KVKQAFEAAA AQVRDSLKET DTDMQNSLHD ISDGLKPWEK
 101  LPEQRTPADF GVDEKGNSLS RYGKHRIRRH FRRYAV*
进一步的工作鉴定了完整的淋球菌基因序列<SEQ ID 75>：
   1  ATGTTTGATT TCGGTTTGGG CGAGCTGATT TTTGTCGGCA TTATCGCCCT
  51  GATTGTCCTT GGTCCAGAAC GCCTGCCCGA AGCCGCCCGC ACTGCCGGAC
 101  GGCTTATCGG CAGGCTGCAA CGCTTTGTAG GAAGCGTCAA ACAAGAACTT
 151  GACACTCAAA TCGAACTGGA AGAGCTGAGG AAGGTCAAGC AGGCATTCGA
 201  AGCTGCCGCC GCTCAGGTTC GAGACAGCCT CAAAGAAACC GATACGGATA
 251  TGCAGAACAG TCTGCACGAC ATTTCCGACG GTCTGAAGCC TTGGGAAAAA
 301  CTGCCCGAAC AGCGCACGCc tgccgatttc gGTGTCGATg AAAacggcaa
 351  tccccttccc gATACGGCAA ACACCGTATC AGACGGCATT TCCGACGTTA
 401  TGCCGTCTGA ACGTTCCGAT ACTtccgcCG AAACCCTTGG GGACGACAGG
 451  CAAACCGGCA GTACAGCCGA ACCTGCGGAA ACCGACAAAG ACCGCGCATG
 501  GCGGGAATAC CTGactgctt ctgccgccgc acctgtcgta Cagagggccg
 551  tcgaagtcag ctaTATCGAT ACTGCTGTTG AAacgcctgT tccgcaCacc
 601  acttccctgc gcaAACAGGC AATAAACCGC AAACGCGATT TttgtccgaA
 651  ACACCGCGCc aAACCGAAat tgcgcgtcCG TAAATCATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 76；ORF2ng-1>：
   1  MFD FGLGELI FVGIIALIVL GPERLPEAAR TAGRLIGRLQ RFVGSVKQEL
  51  DTQIELEELR KVKQAFEAAA AQVRDSLKET DTDMQNSLHD ISDGLKPWEK
 101  LPEQRTPADF GVDENGNPLP DTANTVSDGI SDVMPSERSD TSAETLGDDR
 151  QTGSTAEPAE TDKDRAWREY LTASAAAPVV QRAVEVSYID TAVETPVPHT
 201  TSLRKQAINR KRDFCPKHRA KPKLRVRKS*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF2)和ORF2ng在重叠的136个氨基酸内显示出有87.5％的相同性：
orf2.pep    MXDFGLGELVFVGIIALIVLGPERXPEAARXAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR   60
            | |||||||:|||||||||||||| |||||:||||||||||||||||||:||||||||||
orf2ng      MFDFGLGELIFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQELDTQIELEELR   60
orf2.pep    KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPXS  120
            |:|| ||||||||||||||| |||:::|||||||||||||||||||||||||||:||
orf2ng      KVKQAFEAAAAQVRDSLKETDTDMQNSLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDEKGNSLP  120
orf2.pep    RCGKHPIRRHFRRYAV  136
            | ||| ||||||||||
orf2ng      RYGKHRIRRHFRRYAV  136
完整的菌株B和淋球菌序列(ORF2-1和ORF2ng-1)在229个氨基酸的重叠区内显示出有91.7％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf2-1.pep    MFDFGLGELVFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQEFDTQIELEELR
              |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf2ng-1      MFDFGLGELIFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQELDTQIELEELR
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf2-1.pep    KAKQEFEAAAAQVRDSLKETGTDMEGNLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPLP
              |:|| ||||||||||||||| |||:::|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf2ng-1      KVKQAFEAAAAQVRDSLKETDTDMQNSLHDISDGLKPWEKLPEQRTPADFGVDENGNPLP
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf2-1.pep    DAANTLSDGISDVMPSERSYASAETLGDSGQTGSTAEPAETDQDRAWREYLTASAAAPVV
              |:|||:||||||||||||| :|||||||: ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf2ng-1      DTANTVSDGISDVMPSERSDTSAETLGDDRQTGSTAEPAETDKDRAWREYLTASAAAPVV
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       229
orf2-1.pep    Q-TVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAISRKRDFRPKHRAKPKLRVRKSX
              | :|||||||||||||||||||||||||:||||| |||||||||||||||
orf2ng-1      QRAVEVSYIDTAVETPVPHTTSLRKQAINRKRDFCPKHRAKPKLRVRKSX
                     190       200       210       220       230
计算机分析这些氨基酸序列，结果提示了一个跨膜区(下划线)，并且还揭示淋球菌序列与大肠杆菌的TatB蛋白之间有同源性(59％的相同性)：
gnl|PID|e1292181(AJ005830)TatB蛋白[大肠杆菌]长度＝171
评分＝56.6位(134)，估计值＝1e-07
相同性＝30/88(34％)，阳性＝52/88(59％)，空隙＝1/88(1％)
询问：1  MFDFGLGELIFVGIIALIVLGPERLPEAARTAGRLIGRLQRFVGSVKQELDTQIELEELR 60
          MFD G  EL+ V II L+VLGP+RLP A +T    I  L+    +V+ EL  +++L+E +
目标：1  MFDIGFSELLLVFIIGLVVLGPQRLPVAVKTVAGWIRALRSLATTVQNELTQELKLQEFQ 60
询问：61 -KVKQAFEAAAAQVRDSLKETDTDMQNS 87
            +K+  +A+   +   LK +  +++ +
目标：61 DSLKKVEKASLTNLTPELKASMDELRQA 88
根据该分析，预计ORF2、ORF2a和ORF2ng可能是膜蛋白，因此，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF2-1(16kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图3A显示了GST融合蛋白亲和纯化的结果，图3B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图3C)、ELISA(阳性结果)和FACS分析(图3D)。这些实验确认ORF37-1是一种外露蛋白，并且它是有用的免疫原。
实施例10
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 77>：
   1  ATGCAAGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC
  51  CGC.TGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGgA GkTAAACgCT
 101  TTgCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA
 151  GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC
 201  CACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGcAGTTT GACAGGGGGG 
Figure A20051011339500921
CGCTACTCC
 251  ATTGATGCAC kGrTwCsTGG CGAATACATA AACAGCCCTG CCGTCCGTAC
 301  CGATTACACC TATCCACGTT ACGAAACCAC CGCTGAAACA ACATCAGGCG
 351  GTTTGACAGG TTTAACCACT TCTTTATCTA CACTTAATGC CCCTGCACTC
 401  TCTCGCACCC AATCAGACGG TAGCGGAAGT AAAAGCAGTC TGGGCTTAAA
 451  TATTGGCGGG ATGGGGGATT ATCGAAATGA AACCTTGACG ACTAACCCGC
 501  GCGACACTGC CTTTCTTTCC CACTTGGTAC AGACCGTATT TTTCCTGCGC
 551  GGCATAGACG TTGTTTCTCC TGCCAATGCC GATACAGATG TGTTTATTAA
 601  CATCGACGTA TTCGGAACGA TACGCAACAG AACCGAAATG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 78；ORF 15>：
   1  MQA RLLIPIL FSVF ILSACG TLTGIPSHGG XKRFAVEQEL VAASARAAVK
  51  DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDAXXXG EYINSPAVRT
 101  DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSKSSLGLN
 151  IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN
 201  IDVFGTIRNR TEM..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 79>：
   1  ATGCAAGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC
  51  CGCCTGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGGA GGTAAACGCT
 101  TTGCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA
 151  GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC
 201  CACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGCAGTTT GACAGGGGGT CGCTACTCCA
 251  TTGATGCACT GATTCGTGGC GAATACATAA ACAGCCCTGC CGTCCGTACC
 301  GATTACACCT ATCCACGTTA CGAAACCACC GCTGAAACAA CATCAGGCGG
 351  TTTGACAGGT TTAACCACTT CTTTATCTAC ACTTAATGCC CCTGCACTCT
 401  CTCGCACCCA ATCAGACGGT AGCGGAAGTA AAAGCAGTCT GGGCTTAAAT
 451  ATTGGCGGGA TGGGGGATTA TCGAAATGAA ACCTTGACGA CTAACCCGCG
 501  CGACACTGCC TTTCTTTCCC ACTTGGTACA GACCGTATTT TTCCTGCGCG
 551  GCATAGACGT TGTTTCTCCT GCCAATGCCG ATACAGATGT GTTTATTAAC
 601  ATCGACGTAT TCGGAACGAT ACGCAACAGA ACCGAAATGC ACCTATACAA
 651  TGCCGAAACA CTGAAAGCCC AAACAAAACT GGAATATTTC GCAGTAGACA
 701  GAACCAATAA AAAATTGCTC ATCAAACCAA AAACCAATGC GTTTGAAGCT
 751  GCCTATAAAG AAAATTACGC ATTGTGGATG GGGCCGTATA AAGTAAGCAA
 801  AGGAATTAAA CCGACGGAAG GATTAATGGT CGATTTCTCC GATATCCGAC
 851  CATACGGCAA TCATACGGGT AACTCCGCCC CATCCGTAGA GGCTGATAAC
 901  AGTCATGAGG GGTATGGATA CAGCGATGAA GTAGTGCGAC AACATAGACA
 951  AGGACAACCT TGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 80；ORF15-1>：
   1  MQARLLIPIL FSVFILSACG TLTGIPSHGG GKRFAVEQEL VAASARAAVK
  51  DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDALIRG EYINSPAVRT
 101  DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSKSSLGLN
 151  IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN
 201  IDVFGTIRNR TEMHLYNAET LKAQTKLEYF AVDRTNKKLL IKPKTNAFEA
 251  AYKENYALWM GPYKVSKGIK PTEGLMVDFS DI RPYGNHTG NSAPSVEADN
 301  SHEGYGYSDE VVRQHRQGQP*
进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 81>：
   1  ATGCAAGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC
  51  CGCCTGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGGA GGTAAACGCT
 101  TTGCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA
 151  GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC
 201  AACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGCAGTTT GACAGGGGGT CGCTACTCCA
 251  TTGATGCACT GATTCGTGGC GAATACATAA ACAGCCCTGC CGTCCGTACC
 301  GATTACACCT ATCCACGTTA CGAAACCACC GCTGAAACAA CATCAGGCGG
 351  TTTGACAGGT TTAACCACTT CTTTATCTAC ACTTAATGCC CCTGCACTCT
 401  CGCGCACCCA ATCAGACGGT AGCGGAAGTA AAAGCAGTCT GGGCTTAAAT
 451  ATTGGCGGGA TGGGGGATTA TCGAAATGAA ACCTTGACGA CTAACCCGCG
 501  CGACACTGCC TTTCTTTCCC ACTTGGTACA GACCGTATTT TTCCTGCGCG
 551  GCATAGACGT TGTTTCTCCT GCCAATGCCG ATACGGATGT GTTTATTAAC
 601  ATCGACGTAT TCGGAACGAT ACGCAACAGA ACCGAAATGC ACCTATACAA
 651  TGCCGAAACA CTGAAAGCCC AAACAAAACT GGAATATTTC GCAGTAGACA
 701  GAACCAATAA AAAATTGCTC ATCAAACCAA AAACCAATGC GTTTGAAGCT
 751  GCCTATAAAG AAAATTACGC ATTGTGGATG GGACCGTATA AAGTAAGCAA
 801  AGGAATTAAA CCGACAGAAG GATTAATGGT CGATTTCTCC GATATCCAAC
 851  CATACGGCAA TCATATGGGT AACTCTGCCC CATCCGTAGA GGCTGATAAC
 901  AGTCATGAGG GGTATGGATA CAGCGATGAA GCAGTGCGAC GACATAGACA
 951  AGGGCAACCT TGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 82；ORF15a>：
   1  MQARLLIPIL FSVFILSACG TLTGIPSHGG GKRFAVEQEL VAASARAAVK
  51  DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDALIRG EYINSPAVRT
 101  DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSKSSLGLN
 151  IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN
 201  IDVFGTIRNR TEMHLYNAET LKAQTKLEYF AVDRTNKKLL IKPKTNAFEA
 251  AYKENYALWM GPYKVSKGIK PTEGLMVDFS DIQPYGNHMG NSAPSVEADN
 301  SHEGYGYSDE AVRRHRQGQP*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF15)和ORF15a在213氨基酸重叠区内显示出有98.1％的相同性：
                     10         20        30        40        50        60
orf15.pep    MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGXKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
             |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf15a       MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
                     10         20        30        40        50        60
                     70         80        90       100       110       120
orf15.pep    KVALYIATMGDQGSGSLT GGRYSIDAXXXGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
          ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
orf15a    KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180
orf15.pep LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15a    LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210
orf15.pep FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEM
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15a    FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
                 190       200       210       220       230       240
完整的菌株B序列(ORF15-1)和ORF15a在320个氨基酸的重叠区内显示出有98.8％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf15a.pep    MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf15a.pep    KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf15a.pep    LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf15a.pep    FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15-1       FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf15a.pep    IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIQPYGNHMGNSAPSVEADN
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||| |||||||||||
orf15-1       IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIRPYGNHTGNSAPSVEADN
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320
orf15a.pep    SHEGYGYSDEAVRRHRQGQPX
              ||||||||||:||:|||||||
orf15-1       SHEGYGYSDEVVRQHRQGQPX
                     310       320
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌中对应的基因<SEQ ID 83>：
   1  ATGCGGGCAC GGCTGCTGAT ACCTATTCTT TTTTCAGTTT TTATTTTATC
  51  CGCCTGCGGG ACACTGACAG GTATTCCATC GCATGGCGGA GGCAAACGCT
 101  TCGCGGTCGA ACAAGAACTT GTGGCCGCTT CTGCCAGAGC TGCCGTTAAA
 151  GACATGGATT TACAGGCATT ACACGGACGA AAAGTTGCAT TGTACATTGC
 201  AACTATGGGC GACCAAGGTT CAGGCAGTTT GACAGGGGGT CGCTACTCCA
 251  TTGATGCACT GATTCGCGGC GAATACATAA ACAGCCCTGC CGTCCGCACC
 301  GATTACACCT ATCCGCGTTA CGAAACCACC GCTGAAACAA CATCAGGCGG
 351  TTTGACGGGT TTAACCACTT CTTTATCTAC ACTTAATGCC CCTGCACTCT
 401  CGCGCACCCA ATCAGACGGT AGCGGAAGTA GGAGCAGTCT GGGCTTAAAT
 451  ATTGGCGGGA TGGGGGATTA TCGAAATGAA ACCTTGACGA CCAACCCGCG
 501  CGACACTGCC TTTCTTTCCC ACTTGGTGCA GACCGTATTT TTCCTGCGCG
 551  GCATAGACGT TGTTTCTCCT GCCAATGCCG ATACAGATGT GTTTATTAAC
 601  ATCGACGTAT TCGGAACGAT ACGCAACAGA ACCGAAATGC ACCTATACAA
 651  TGCCGAAACA CTGAAAGCCC AAACAAAACT GGAATATTTC GCAGTAGACA
 701  GAACCAATAA AAAATTGCTC ATCAAACCCA AAACCAATGC GTTTGAAGCT
 751  GCCTATAAAG AAAATTACGC ATTGTGGATG GGGCCGTATA AAGTAAGCAA
 801  AGGAATCAAA CCGACGGAAG GATTGATGGT CGATTTCTCC GATATCCAAC
 851  CATACGGCAA TCATACGGGT AACTCCGCCC CATCCGTAGA GGCTGATAAC
 901  AGTCATGAGG GGTATGGATA CAGCGATGAA GCAGTGCGAC AACATAGACA
 951  AGGGCAACCT TGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 84；ORF15ng>：
   1  MRARLLIPIL FSVF ILSACG TLTGIPSHGG GKRFAVEQEL VAASARAAVK
  51  DMDLQALHGR KVALYIATMG DQGSGSLTGG RYSIDALIRG EYINSPAVRT
 101  DYTYPRYETT AETTSGGLTG LTTSLSTLNA PALSRTQSDG SGSRSSLGLN
 151  IGGMGDYRNE TLTTNPRDTA FLSHLVQTVF FLRGIDVVSP ANADTDVFIN
 201  IDVFGTIRNR TEMHLYNAET LKAQTKLEYF AVDRTNKKLL IKPKTNAFEA
 251  AYKENYALWM GPYKVSKGIK PTEGLMVDFS DIQPYGNHTG NSAPSVEADN
 301  SHEGYGYSDE AVRQHRQGQP *
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF15)和ORF15ng在重叠的213个氨基酸内显示出有97.2％的相同性：
orf15.pep    MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGXKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR  60
             |:|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng      MRARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR  60
orf15.pep    KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDAXXXGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG  120
             ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng      KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG  120
orf15.pep    LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF  180
             |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf 15ng     LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSRSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF  180
orf15.pep    FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEM                             213
             |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng      FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL  240
完整的菌株B序列(ORF15-1)和ORF15ng在320个氨基酸的重叠区内显示出有98.8％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf15-1.pep  MQARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
             |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng      MRARLLIPILFSVFILSACGTLTGIPSHGGGKRFAVEQELVAASARAAVKDMDLQALHGR
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf15-1.pep  KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng      KVALYIATMGDQGSGSLTGGRYSIDALIRGEYINSPAVRTDYTYPRYETTAETTSGGLTG
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf15-1.pep  LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSKSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
             |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng      LTTSLSTLNAPALSRTQSDGSGSRSSLGLNIGGMGDYRNETLTTNPRDTAFLSHLVQTVF
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf15-1.pep    FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf15ng        FLRGIDVVSPANADTDVFINIDVFGTIRNRTEMHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRTNKKLL
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf15-1.pep    IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIRPYGNHTGNSAPSVEADN
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf15ng        IKPKTNAFEAAYKENYALWMGPYKVSKGIKPTEGLMVDFSDIQPYGNHTGNSAPSVEADN
                      250       260       270       280       290       300
                      310        320
orf15-1.pep    SHEGYGYSDEVVRQHRQGQPX
               ||||||||||:||||||||||
orf15ng        SHEGYGYSDEAVRQHRQGQPX
                      310       320
这些氨基酸序列的计算机分析揭示了一个ILSAC基序(推定的膜脂蛋白脂质连接位点，如MOTIFS程序所预计的那样)，暗示了一个推定的前导序列，并且预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的该蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
将ORF15-1(31.7kDa)如上所述克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图4A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图4B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图4C)和ELISA(阳性结果)。这些结果确认ORFX-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例11
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 85>：
   1 ..GG.CAGCACA AAAAACAGGC GGTT AACGG AAAAACCGTA TTTACGATGA
  51   TGCCGGGTAT GATATTCGGC GTATTCACGG GCGCATTCTC CGCAAAATAT
 101   ATCCCCGCGT TCGGGCTTCA AATTTTCTTC ATCCTGTTTT TAACCGCCGT
 151   CGCATTCAAA ACACTGCATA CCGACCCTCA GACGGCATCC CGCCCGCTGC
 201   CCGGACTGCC CrGACTGACT GCGGTTTCCA CACTGTTCGG CACAATGTCG
 251   AGCTGGGTCG GCATAGGCGG CGGTTCACTT TCCGTCCCCT TCTTAATCCA
 301   CTGCGGCTTC CCCGCCCATA AAGCCATCGG CACATCATCC GGCCTTGCCT
 351   GGCCGATTGC ACTCTCCGGC GCAATATCGT ATCTGCTCAA CGGCCTGAAT
 401   ATTGCAGGAT TGCCCGAAGG GTCACTGGGC TTCCTTTACC TGCCCGCCGT
 451   CGCCGTCCTC AGCGCGGCAA CCATTGCCTT TGCCCCGCTC GGTGTCAAAA
 501   CCGCCCACAA ACTTTCTTCT GCCAAACTCA AAAAATC.TT CGGCATTATG
 551   TTGCTTTTGA TTGCCGGAAA AATGCTGTAC AACCTGCTTT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 86；ORF17>：
   1 ..GQHKKQAVNG KTVFTMMPGM IFGVFTGAFS AKYIPAFGLQ IFFILFLTAV
  51   AFKTLHTDPQ TASRPLPGLP XLTAVSTLFG TMSSWVGIGG GSLSVPFLIH
 101   CGFPAHKAIG TSSGLAWPIA LSGAISYLLN GLNIAGLPEG SLGFLYLPAV
 151   AVLSAATIAF APLGVKTAHK LSSAKLKKSF GIMLLLIAGK MLYNLL*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 87>：
   1   ATGTGGCATT GGGACATTAT CTTAATCCTG CTTGCCGTAG GCAGTGCGGC
  51  AGGTTTTATT GCCGGCCTGT TCGGCGTAGG CGGCGGCACG CTGATTGTCC
 101  CTGTCGTTTT ATGGGTGCTT GATTTGCAGG GTTTGGCACA ACATCCTTAC
 151  GCGCAACACC TCGCCGTCGG CACATCCTTC GCCGTCATGG TCTTCACCGC
 201  CTTTTCCAGT ATGCTGGGGC AGCACAAAAA ACAGGCGGTC GACTGGAAAA
 251  CCGTATTTAC GATGATGCCG GGTATGATAT TCGGCGTATT CACGGGCGCA
 301  CTCTCCGCAA AATATATCCC CGCGTTCGGG CTTCAAATTT TCTTCATCCT
 351  GTTTTTAACC GCCGTCGCAT TCAAAACACT GCATACCGAC CCTCAGACGG
 401  CATCCCGCCC GCTGCCCGGA CTGCCCGGAC TGACTGCGGT TTCCACACTG
 451  TTCGGCACAA TGTCGAGCTG GGTCGGCATA GGCGGCGGTT CACTTTCCGT
 501  CCCCTTCTTA ATCCACTGCG GCTTCCCCGC CCATAAAGCC ATCGGCACAT
 551  CATCCGGCCT TGCCTGGCCG ATTGCACTCT CCGGCGCAAT ATCGTATCTG
 601  CTCAACGGCC TGAATATTGC AGGATTGCCC GAAGGGTCAC TGGGCTTCCT
 651  TTACCTGCCC GCCGTCGCCG TCCTCAGCGC GGCAACCATT GCCTTTGCCC
 701  CGCTCGGTGT CAAAACCGCC CACAAACTTT CTTCTGCCAA ACTCAAAAAA
 751  Tc.TTCGGCA TTATGTTGCT TTTGATTGCC GGAAAAATGC TGTACAACCT
 801  GCTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 88；ORF 17-1>：
   1  MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AG LFGVGGGT LIVPVVLWVL DLQGLAQHPY
  51  AQHLA VGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKT VFTMMP GMIFGVFTGA
 101  LSAKYIP AFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTD PQTASRPLPG LPGLTAVSTL
 151  FGTMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL
 201  LNGLNIAGLP EGSLGFLYLP  AVAVLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKK
 251  X FGIMLLLIA GKMLYNLL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与假设的流感嗜血菌跨膜蛋白HI0902(登录号P44070)的同源性：
ORF17和HI0902蛋白在192个氨基酸的重叠区内显示出有28％的氨基酸相同性：
ORF17  3   HKKQAVNGKTVFTMMPGMIFGVFT-GAFSAKYIPAFGLQIF--FILFLTAVAFKTLHTDP 59
           HK   +  + V  + P ++  VF  G F  +       +IF   +++L      ++  D
HI0902 72  HKLGNIVWQAVRILAPVIMLSVFICGLFIGRLDREISAKIFACLVVYLATKMVLSIKKD- 130
ORF17  60  QTASRPLPGLPXLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPI 119
           Q  ++ L  L  +     L G  SS  GIGGG   VPFL   G    +AIG+S+     +
HI0902 131 QVTTKSLTPLSSVIG-GILIGMASSAAGIGGGGFIVPFLTARGINIKQAIGSSAFCGMLL 189
ORF17  120 ALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVXXXXXXXXXXXXXX 179
            +SG  S++++G     +PE SLG++YLPAV  ++A +   + LG
HI0902 190 GISGMFSFIVSGWGNPLMPEYSLGYIYLPAVLGITATSFFTSKLGASATAKLPVSTLKKG 249
ORF17  180 FGIMLLLIAGKM 191
           F + L+++A  M
HI0902 250 FALFLIVVAINM 261
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF17和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF17a)在重叠的196个氨基酸内显示出有96.9％的相同性：
                                                   10         20         30
orf17.pep                                  GQHKKQAVNGKT VFTMMPGMIFGVFTGAFS
                                           ||||||||: || ||||||||:||||:|| :|
orf17a     QGLAQHPYAQHLA VGTSFAVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKT VFTMMPGMVFGVFAGALS
                 50         60        70         80         90       100
                    40        50         60        70        80        90
orf17.pep  AKYIP AFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPXLTAVSTLFGTMSSWVGIGG
           ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf17a     AKYIP AFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGG
                  110       120       130       140       150        160
                    100       110       120       130       140        150
orf17.pep    GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLP AV
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
orf17a       GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLP AV
                  170       180       190       200       210       220
                    160        170       180        190
orf17.pep    AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKKS FGIMLLLIAGKMLYNLLX
             ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |
orf17a       AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKKS FGIMLLLIAGKMLYNLLX
                  230        240       250        260
全长ORF17a核苷酸序列<SEQ ID 89>是：
   1  ATGTGGCATT GGGACATTAT CTTAATCCTG CTTGCCGTAG GCAGTGCGGC
  51  AGGTTTTATT GCCGGCCTGT TCGGCGTAGG CGGCGGCACG CTGATTGTCC
 101  CTGTCGTTTT ATGGGTGCTT GATTTGCAGG GTTTGGCACA ACATCCTTAC
 151  GCGCAACACC TCGCCGTCGG CACATCCTTC GCCGTCATGG TCTTCACCGC
 201  CTTTTCCAGT ATGCTGGGGC AGCACAAAAA ACAGGCGGTC GACTGGAAAA
 251  CCGTATTTAC GATGATGCCG GGTATGGTAT TCGGCGTATT CGCTGGCGCA
 301  CTCTCCGCAA AATATATCCC AGCGTTCGGG CTTCAAATTT TCTTCATCCT
 351  GTTTTTAACC GCCGTCGCAT TCAAAACACT GCATACCGAC CCTCAGACGG
 401  CATCCCGCCC GCTGCCCGGA CTGCCCGGAC TGACTGCGGT TTCCACACTG
 451  TTCGGCACAA TGTCGAGCTG GGTCGGCATA GGCGGCGGTT CACTTTCCGT
 501  CCCCTTCTTA ATCCACTGCG GCTTCCCCGC CCATAAAGCC ATCGGCACAT
 551  CATCCGGCCT TGCCTGGCCG ATTGCACTCT CCGGCGCAAT ATCGTATCTG
 601  CTCAACGGCC TGAATATTGC AGGATTGCCC GAAGGGTCAC TGGGCTTCCT
 651  TTACCTGCCC GCCGTCGCCG TCCTCAGCGC GGCAACCATT GCCTTTGCCC
 701  CGCTCGGTGT CAAAACCGCC CACAAACTTT CTTCTGCCAA ACTCAAAAAA
 751  TCCTTCGGCA TTATGTTGCT TTTGATTGCC GGAAAAATGC TGTACAACCT
 801  GCTTTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 90>：
   1  MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AG LFGVGGGT LIVPVVLWVL DLQGLAQHPY
  51  AQHLA VGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKT VFTMMP GMVFGVFAGA
 101  LSAKYIP AFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTD PQTASRPLPG LPGLTAVSTL
 151  FGTMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL
 201  LNGLNIAGLP EGSLGFLYLP  AVAVLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKK
 251  S FGIMLLLIA GKMLYNLL*
ORF17a和ORF17-1在268个氨基酸的重叠区内显示出有98.9％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf17a.pep    MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf17-1       MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf17a.pep    AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTVFTMMPGMVFGVFAGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||||||||||||||||
orf17-1       AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTVFTMMPGMIFGVFTGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf17a.pep    AVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf17-1       AVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf17a.pep    IGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf17-1     IGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260      269
orf17a.pep  HKLSSAKLKKSFGIMLLLIAGKMLYNLLX
            |||||||||| ||||||||||||||||||
orf17-1     HKLSSAKLKKXFGIMLLLIAGKMLYNLLX
                   250       260
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF17与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF17.ng)在196氨基酸重叠区内显示出有93.9％的相同性：
orf17.pep                                 GQHKKQAVNGKTVFTMMPGMIFGVFTGAFS   30
                                          ||||||||: ||:|:||||||||||:||:|
orf17ng     QGLAQHPYAQHLAVGTSFAVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTIFAMMPGMIFGVFAGALS  102
orf17.pep   AKYIPAFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPXLTAVSTLFGTMSSWVGIGG   90
            |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||:|||||||||
orf17ng     AKYIPAFGLQIFFILFLTAVAFKTLHTGRQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGAMSSWVGIGG  162
orf17.pep   GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAV  150
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf17ng     GSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLVNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAV  202
orf17.pep   AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKKSFGIMLLLIAGKMLYNLL  196
            |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf17ng     AVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKESFGIMLLLIAGKMLYNLL  268
预计ORF17ng核苷酸序列<SEQ ID 91>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID92>：
   1  MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AGLFGVGGGT LIVPVVLWVL DLQGLAQHPY
  51  AQHLAVGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKTIFAMMP GMIFGVFAGA
 101  LSAKYIPAFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTG RQTASRPLPG LPGLTAVSTL
 151  FGAMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL
 201  VNGLNIAGLP EGSLGFLYLP AVAVLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKE
 251  SFGIMLLLIA GKMLYNLL*
进一步的工作揭示了该完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 93>：
   1  ATGTGGCATT GGGACATTAT CTTAATCCTG CTTGCcgtag gcAGTGCGGC
  51  AGGTTTTATT GCCGGCCTGT Tcggtgtagg cggcgGTACG CTGATTGTCC
 101  CTGTCGTTTT ATGGGTGCTT GATTTGCAGG GTTTGGCACA ACATCCTTAC
 151  GCGCAACACC TCGCCGTCGG CAcaTccttc gcCGTCATGG TCTTCACCGC
 201  CTTTTCCAGT ATGTTGGGGC AGCACAAAAA ACAGGCGGTC GACTGGAAAA
 251  CCATATTTGC GATGATGCCG GGTATGATAT TCGGCGTATT CGCTGGCGCA
 301  CTCTCCGCAA AATATATCCC CGCGTTCGGG CTTCAAATTT TCTTCATCCT
 351  GTTTTTAACC GCCGTCGCAT TCAAAACACT GCATACCGGT CGTCAGACGG
 401  CATCCCGCCC GCTGCCCGGG CTGCCCGGAC TGACTGCGGT TTCCACACTG
 451  TTCGGCGCAA TGTCGAGCTG GGTCGGCATA GGCGGCGGTT CACTTTCCGT
 501  CCCCTTCTTA ATCCACTGCG GCTTCCCCGC CCATAAAGCC ATCGGCACAT
 551  CATCCGGCCT TGCCTGGCCG ATTGCACTCT CCGGCGCAAT ATCGTATCTG
 601  GTCAACGGTC TGAATATTGC AGGATTGCCC GAAGGGTCGC TGGGCTTCCT
 651  TTACCTGCCC GCCGTCGCCG TCCTCAGCGC GGCAACCATT GCCTTTGCCC
 701  CGCTCGGTGT CAAAACCGCC CACAAACTTT CTTCTGCCAA ACTCAAAGAA
 751  TCCTTCGGCA TTATGTTGCT TTTGATTGCC GGAAAAATGC TGTACAACCT
 801  GCTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 94；ORF17ng-1>：
   1  MWHWDIILIL LAVGSAAGFI AG LFGVGGGT LIVPVVLWVL DLQGLAQHPY
  51  AQHLA VGTSF AVMVFTAFSS MLGQHKKQAV DWKT IFAMMP GMIFGVFAGA
 101  LSAKYIP AFG LQIFFILFLT AVAFKTLHTG RQTASRPLPG LPGLTAVSTL
 151  FGAMSSWVGI GGGSLSVPFL IHCGFPAHKA IGTSSGLAWP IALSGAISYL
 201  VNGLNIAGLP EGSLGFLYLP  AVAVLSAATI AFAPLGVKTA HKLSSAKLKE
 251  S FGIMLLLIA GKMLYNLL*
ORF17ng-1和ORF17-1在268个氨基酸的重叠区内显示出有96.6％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf17-1.pep    MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf17ng-1      MWHWDIILILLAVGSAAGFIAGLFGVGGGTLIVPVVLWVLDLQGLAQHPYAQHLAVGTSF
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf17-1.pep    AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTVFTMMPGMIFGVFTGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
               ||||||||||||||||||||||||:|:||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf17ng-1      AVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTIFAMMPGMIFGVFAGALSAKYIPAFGLQIFFILFLT
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf17-1.pep    AVAFKTLHTDPQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGTMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
               |||||||||  |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf17ng-1      AVAFKTLHTGRQTASRPLPGLPGLTAVSTLFGAMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKA
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf17-1.pep    IGTSSGLAWPIALSGAISYLLNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
               ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf17ng-1      IGTSSGLAWPIALSGAISYLVNGLNIAGLPEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTA
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260      269
orf17-1.pep    HKLSSAKLKKXFGIMLLLIAGKMLYNLLX
               |||||||||: ||||||||||||||||||
orf17ng-1      HKLSSAKLKESFGIMLLLIAGKMLYNLLX
                      250       260
另外，ORF17ng-1显示出与假设的流感嗜血菌蛋白同源：
sp|P44070|Y902_HAEIN假设蛋白HI0902pir||G64015假设蛋白HI0902-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)gi|1573922(U32772)流感嗜血菌预计编码区HI0902[流感嗜血菌]长度＝264
评分＝74(34.9位)，估计值＝1.6e-23，Sum P(2)＝1.6e-23
相同性＝15/43(34％)，阳性＝23/43(53％)
询问：55 AVGTSFAVMVFTAFSSMLGQHKKQAVDWKTIFAMMPGMIFGVF 97
          A+GTSFA +V T   S    HK   + W+ +  + P ++  VF
目标：52 ALGTSFATIVITGIGSAQRHHKLGNIVWQAVRILAPVIMLSVF 94
评分＝195(91.9位)，估计值＝1.6e-23，Sum P(2)＝1.6e-23
相同性＝44/114(38％)，阳性＝65/114(57％)
询问：150 LFGAMSSWVGIGGGSLSVPFLIHCGFPAHKAIGTSSGLAWPIALSGAISYLVNGLNIAGL 209
           L G  SS  GIGGG   VPFL   G  +AIG+S+       + +SG  S++V+G     +
目标：148 LIGMASSAAGIGGGGFIVPFLTARGINIKQAIGSSAFCGMLLGISGMFSFIVSGWGNPLM 207
询问：210 PEGSLGFLYLPAVAVLSAATIAFAPLGVKTAHKLSSAKLKESFGIMLLLIAGKM 263
           PE SLG++YLPAV  ++A +   + LG     KL  + LK+ F + L+++A  M
目标：208 PEYSLGYIYLPAVLGITATSFFTSKLGASATAKLPVSTLKKGFALFLIVVAINM 261
这个分析结果，包括与一种假设的流感嗜血菌跨膜蛋白有同源性，提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例12
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 95>：
   1 ..GGAAACGGAT GGCAGGCAGA CCCCGAACAT CCGCTGCTCG GGCTTTTTGC
  51   CGTCAGTAAT GTATCGATGA CGCTTGCTTT TGTCGGAATA TGTGCGTTGG
 101   TGCATTATTG CTTTTCGGGA ACGGTTCAAG TGTTTGTGTT TGCGGCACTG
 151   CTCAAACTTT ATGCGCTGAA GCCGGTTTAT TGGTTCGTGT TGCAGTTTGT
 201   GCTGATGGCG GTTGCCTATG TCCACCGCTG CGGTATAGAC CGGCAGCCGC
 251   CGTCAACGTT CGGCGGCTCG CAGCTGCGAC TCGGCGGGTT GACGGCAGCG
 301   TTGATGCAGG TCTCGGTACT GGTGCTGCTG CTTTCAGAAA TTGGAAGATA
 351   A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 96；ORF 18>：
   1 ..GNGWQADPEH PLLGLFAVSN VSMTLAFVGI CALVHYCFSG TVQVFVFAAL
  51   LKLYALKPVY WFVLQFVLMA VAYVHRCGID RQPPSTFGGS QLRLGGLTAA
 101   LMQVSVLVLL LSEIGR*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 97>：
   1  ATGATTTTGC TGCATTTGGA TTTTTTGTCT GCCTTACTGT ATGCGGCGGT
  51  TTTTCTGTTT CTGATATTCC GCGCAGGAAT GTTGCAATGG TTTTGGGCGA
 101  GTATTATGCT GTGGCTGGGC ATATCGGTTT TGGGGGCAAA GCTGATGCCC
 151  GGCATATGGG GAATGACCCG CGCCGCGCCC TTGTTCATCC CCCATTTTTA
 201  CCTGACTTTG GGCAGCATAT TTTTTTTCAT CGGGCATTGG AACCGGAAAA
 251  CAGATGGAAA CGGATGGCAG GCAGACCCCG AACATCCGCT GCTCGGGCTT
 301  TTTGCCGTCA GTAATGTATC GATGACGCTT GCTTTTGTCG GAATATGTGC
 351  GTTGGTGCAT TATTGCTTTT CGGGAACGGT TCAAGTGTTT GTGTTTGCGG
 401  CACTGCTCAA ACTTTATGCG CTGAAGCCGG TTTATTGGTT CGTGTTGCAG
 451  TTTGTGCTGA TGGCGGTTGC CTATGTCCAC CGCTGCGGTA TAGACCGGCA
 501  GCCGCCGTCA ACGTTCGGCG GCTCGCAGCT GCGACTCGGC GGGTTGACGG
 551  CAGCGTTGAT GCAGGTCTCG GTACTGGTGC TGCTGCTTTC AGAAATTGGA
 601  AGATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 98；ORF 18-1>：
   1  MILLHLDFLS ALLYAAVFLF LIFRAGMLQW FWASIMLWLG ISVLGAKLMP
  51  GIWGMTRAAP  LFIPHFYLTL GSIFFFIGHW NRKTDGNGWQ ADPEHPLLGL
 101  FA VSNVSMTL AFVGICALVH Y CFSGTVQVF VFAALLKLYA LK PVYWFVLQ
 151  FVLMAVAYVH RCGIDRQPPS TFGGSQLRLG  GLTAALMQVS VLVLLLSEIG
 201  R*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF18与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF18a)在重叠的116个氨基酸内显示出有98.3％的相同性：
                                                     10         20        30
orf 18.pep                                   GNGWQADPEHPLLGLFA VSNVSMTLAFVGI
                                             ||||||||||||||||| |||||||||||||
orf18a      TRAAP LFIPHFYLTLGSIFFFIGHWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFA VSNVSMTLAFVGI
                60         70         80        90       100        110
                     40        50          60        70         80        90
orf18.pep  CALVHY CFSGTVQVFVFAALLKL YALK PVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS
           |||| || ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
orf18a     CALVHY CFSXTVQVFVFAALLKLYALK PVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS
             120         130       140         150       160        170
                   100       110
orf18.pep  QLRLG GLTAALMQVSVLVLLLSEIGRX
           ||||| |||||||| |||||||| |||||
orf18a     QLRLG GLTAALMQXSVLVLLLSEIGRX
             180        190        200
全长ORF18a核苷酸序列<SEQ ID 99>是：
   1  ATGATTTTGC TGCATTTGGA TTTTTTGTCT GCCTTACTGT ATGCGGCGGT
  51  TTTTCTGTTT CTGATATTCC GCGCAGGAAT GTTGCAATGG TTTTGGGCGA
 101  GTATTATGCT GTGGCTGGGC ATATCGGTTT TGGGGGCAAA GCTGATGCCC
 151  GGCATATGGG GAATGACCCG CGCCGCGCCC TTGTTCATCC CCCATTTTTA
 201  CCTGACTTTG GGCAGCATAT TTTTTTTCAT CGGGCATTGG AACCGGAAAA
 251  CGGATGGAAA CGGATGGCAG GCAGACCCCG AACATCCTCT GCTCGGGCTG
 301  TTTGCCGTCA GTAATGTATC GATGACGCTT GCTTTTGTCG GAATATGTGC
 351  GTTGGTGCAT TATTGCTTTT CGNGAACGGT TCAAGTGTTT GTGTTTGCGG
 401  CACTGCTCAA ACTTTATGCG CTGAAGCCGG TTTATTGGTT CGTGTTGCAG
 451  TTTGTGCTGA TGGCGGTTGC CTATGTCCAC CGCTGCGGTA TAGACCGGCA
 501  GCCGCCGTCA ACGTTCGGCG GNTCGCAGCT GCGACTCGGC GGGTTGACGG
 551  CAGCGTTGAT GCAGNTCTCG GTACTGGTGC TGCTGCTTTC AGAAATTGGA
 601  AGATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 100>：
   1  MILLHLDFLS ALLYAAVFLF LIFRAGMLQW FWASIMLWLG ISVLGAKLMP
  51  GIWGMTRAAP  LFIPHFYLTL GSIFFFIGHW NRKTDGNGWQ ADPEHPLLGL
 101  FA VSNVSMTL AFVGICALVH Y CFSXTVQVF VFAALLKLYA LK PVYWFVLQ
 151  FVLMAVAYVH RCGIDRQPPS TFGGSQLRLG  GLTAALMQXS VLVLLLSEIG
 201  R*
ORF18a和ORF18-1在201个氨基酸的重叠区内显示出有99.0％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf18a.pep    MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIMLWLGISVLGAKLMPGIWGMTRAAP
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18-1       MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIMLWLGISVLGAKLMPGIWGMTRAAP
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf18a.pep    LFIPHFYLTLGSIFFFIGHWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18-1       LFIPHFYLTLGSIFFFIGHWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf18a.pep    YCFSXTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
              |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18-1       YCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200
orf18a.pep    GLTAALMQXSVLVLLLSEIGRX
              |||||||| |||||||||||||
orf18-1       GLTAALMQVSVLVLLLSEIGRX
                     190       200
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF18显示出在与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF18.ng)在重叠的116个氨基酸中有93.1％的相同性：
orf18.pep                                 GNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGI  30
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng     TRAAPLFIPHFYLTLGSIFFFIGYWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGI  115
orf18.pep   CALVHYCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS   90
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng     CALVHYCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGS  175
orf18.pep   QLRLGGLTAALMQVSVLVLLLSEIGR  116
            ||||| |:| ||||:| ::||:||||
orf18ng     QLRLGVLAAMLMQVAVTAMLLAEIGR  201
全长ORF18ng核苷酸序列是<SEQ ID 101>：
   1  ATGATTTTGC TGCATTTGGA TTTTTTGTCT GCCTTACTGt aTGCGGcggt
  51  tttTctgTTT CTGATATTCC GCGCAGGAAT GTTGCAATGG TTTTGGGCGA
 101  GTATTGCGTT GTGGCTCGGC ATCTCGGTTT TAGGGGTAAA GCTGATGCCG
 151  GGGATGTGGG GAATGACCCG CGCCGCGCCT TTGTTCATCC CCCATTTTTA
 201  CCTGACTTTG GGCAGCATAT TTTTTTTCAT CGGGTATTGG AACCGGAAAA
 251  CAGATGGAAA CGGATGGCAG GCAGACCCCG AACATCCGCT GCTCGGGCTT
 301  TTTGCCGTCA GTAATGTATC GATGACGCTT GCTTTTGTCG GAATATGTGC
 351  GTTGGTGCAT TATTGCTTTT CGGGAACGGT TCAAGTGTTT GTGTTTGCGG
 401  CATTGCTCAA ACTTTATGCG CTGAAGCCGG TTTATTGGTT CGTGTTGCAG
 451  TTTGTATTGA TGGCGGttgC CTATGTCCAC CGCTGCGGTA TAGACCGGCA
 501  GCCGCCGTCA ACGTTCGGCG GTTCGCAGCT GCGACTCGGC GTGTTGGCGG
 551  CGATGTTGAT GCAGGTTGCG GTAACGGCGA TGCTGCTTGC CGAAATCGGC
 601  AGATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 102>：
   1  MILLHLDFLS ALLYAAVFLF LIFRAGMLQW FWASIALWLG ISVLGVKLMP
  51  GMWGMTRAAP  LFIPHFYLTL GSIFFFIGYW NRKTDGNGWQ ADPEHPLLGL
 101  FAV SNVSMTL AFVGICALVH Y CFSGTVQVF VFAALLKLYA LKP VYWFVLQ
 151  FVLMAVAYVH RCGIDRQPPS TFGGSQLRLG  VLAAMLMQVA VTAMLLAEIG
 201  R*
此ORF18ng蛋白质序列显示出与ORF18-1在重叠的201个氨基酸中有94.0％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf18-1.pep    MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIMLWLGISVLGAKLMPGIWGMTRAAP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||:|||||:||||||||
orf18ng        MILLHLDFLSALLYAAVFLFLIFRAGMLQWFWASIALWLGISVLGVKLMPGMWGMTRAAP
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf18-1.pep    LFIPHFYLTLGSIFFFIGHWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
               ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng        LFIPHFYLTLGSIFFFIGYWNRKTDGNGWQADPEHPLLGLFAVSNVSMTLAFVGICALVH
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf18-1.pep    YCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf18ng        YCFSGTVQVFVFAALLKLYALKPVYWFVLQFVLMAVAYVHRCGIDRQPPSTFGGSQLRLG
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200
orf18-1.pep    GLTAALMQVSVLVLLLSEIGRX
                |:| ||||:| ::||:|||||
orf18ng        VLAAMLMQVAVTAMLLAEIGRX
                      190       200
根据本分析，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定跨膜结构域的分析，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例13
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 103>：
   1  ATGAAAACCC CACTCCTCAA GCCTCTGCTN ATTACCTCGC TTCCCGTTTT
  51  CGCCAGTGTT TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTA GGCGAACCCA
 101  AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCCGGCGG CCTTGTCGAT
 151  TTGGACAACC NCNTGACCGG ACGGCTNAAA AACATCATCA CCACCGTCGC
 201  CCTGTTCACC CTCTCCTCGC TCACGGCACA AAGCACCCTC GGCACAGGGC
 251  TGCCCTTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CTT.CG.CTT CACCATTTTA
 301  GGCGCGGNCG ...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 104；ORF19>：
   1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPKLAMPFV LGIIAGGLVD
  51  LDNXXTGRLK NIITTVALFT LSSLTAQSTL GTGLPFILAM TLMTXXFTIL
 101  GAX...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 105>：
   1  ATGAAAACCC CACTCCTCAA GCCTCTGCTC ATTACCTCGC TTCCCGTTTT
  51  CGCCAGTGTT TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTA GGCGAACCCA
 101  AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCCGGCGG CCTTGTCGAT
 151  TTGGACAACC GCCTGACCGG ACGGCTGAAA AACATCATCA CCACCGTCGC
 201  CCTGTTCACC CTCTCCTCGC TCACGGCACA AAGCACCCTC GGCACAGGGC
 251  TGCCCTTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CCTTCGGCTT CACCATTTTA
 301  GGCGCGGTCG GGCTCAAATA CCGCACCTTC GCCTTCGGTG CACTCGCCGT
 351  CGCCACCTAC ACCACACTTA CCTACACCCC CGAAACCTAC TGGCTGACCA
 401  ACCCCTTCAT GATTTTATGC GGCACCGTAC TGTACAGCAC CGCCATCCTC
 451  CTGTTCCAAA TCGTCCTGCC CCACCGCCCC GTCCAAGAAA GCGTCGCCAA
 501  CGCCTACGAC GCACTCGGCG GCTACCTCGA AGCCAAAGCC GACTTCTTCG
 551  ACCCCGATGA GGCAGCCTGG ATAGGCAACC GCCACATCGA CCTCGCCATG
 601  AGCAACACCG GCGTCATCAC CGCCTTCAAC CAATGCCGTT CCGCCCTGTT
 651  TTACCGCCTT CGCGGCAAAC ACCGCCACCC GCGCACCGCC AAAATGCTGC
 701  GTTACTACTT TGCCGCCCAA GACATACACG AACGCATCAG CTCCGCCCAC
 751  GTCGATTATC AGGAAATGTC CGAAAAATTC AAAAACACCG ACATCATCTT
 801  CCGCATCCAC CGCCTGCTCG AAATGCAGGG ACAAGCCTGC CGCAACACCG
 851  CCCAAGCCCT GCGCGCAAGC AAAGACTACG TTTACAGCAA ACGCCTCGGC
 901  CGCGCCATCG AAGGCTGCCG CCAATCGCTG CGCCTCCTTT CAGACAGCAA
 951  CGACAGTCCC GACATCCGCC ACCTGCGCCG CCTTCTCGAC AACCTCGGCA
1001  GCGTCGACCA GCAGTTCCGC CAACTCCAGC ACAACGGCCT GCAGGCAGAA
1051  AACGACCGCA TGGGCGACAC CCGCATCGCC GCCCTCGAAA CCAGCAGCCT
1101  CAAAAACACC TGGCAGGCAA TCCGTCCGCA GCTAAACCTC GAATCAGGCG
1151  TATTCCGCCA TGCCGTCCGC CTGTCCCTCG TCGTTGCCGC CGCCTGCACC
1201  ATCGTCGAAG CCCTCAACCT CAACCTCGGC TACTGGATAC TACTGACCGC
1251  CCTTTTCGTC TGCCAACCCA ACTACACCGC CACCAAAAGC CGCGTCCGCC
1301  AGCGCATCGC CGGCACCGTA CTCGGCGTAA TCGTCGGCTC GCTCGTCCCC
1351  TACTTCACCC CGTCTGTCGA AACCAAACTC TGGATTGTCA TCGCCAGTAC
1401  CACCCTCTTT TTCATGACCC GCACCTACAA ATACAGTTTC TCCACCTTCT
1451  TCATTACCAT TCAAGCCCTG ACCAGCCTCT CCCTCGCAGG TTTGGACGTA
1501  TACGCCGCCA TGCCCGTACG CATCATCGAC ACCATTATCG GCGCATCCCT
1551  TGCCTGGGCG GCAGTCAGCT ACCTGTGGCC AGACTGGAAA TACCTCACGC
1601  TCGAACGCAC CGCCGCCCTT GCCGTATGCA GCAACGGTGC CTATCTCGAA
1651  AAAATCACCG AACGCCTCAA AAGCGGCGAA ACCGGCGACG ACGTCGAATA
1701  CCGCGCCACC CGCCGCCGCG CCCACGAACA CACCGCCGCC CTCAGCAGCA
1751  CCCTTTCCGA CATGAGCAGC GAACCCGCAA AATTCGCCGA CAGCCTGCAA
1801  CCCGGCTTTA CCCTGCTCAA AACCGGCTAC GCCCTGACCG GCTACATCTC
1851  CGCCCTCGGC GCATACCGCA GCGAAATGCA CGAAGAATGC AGCCCCGACT
1901  TTACCGCACA GTTCCACCTC GCCGCCGAAC ACACCGCCCA CATCTTCCAA
1951  CACCTGCCCG AAACCGAACC CGACGACTTT CAGACAGCAC TGGATACACT
2001  GCGCGGCGAA CTCGACACCC TCCGCACCCA CAGCAGCGGA ACACAAAGCC
2051  ACATCCTCCT CCAACAGCTC CAACTCATCG CCCGACAGCT CGAACCCTAC
2101  TACCGCGCCT ACCGCCAAAT TCCGCACAGG CAGCCCCAAA ATGCAGCCTG
2151  A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 106；ORF19-1>：
   1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPK LAMPFV LGIIAGGLVD
  51  LDNRLTGRLK NIITTVALFT LSSLTAQSTL GTGLPF ILAM TLMTFGFTIL
 101  GAVGLKYRTF AFGALAVATY TTLTYTPETY WLTNP FMILC GTVLYSTAIL
 151  LFQIVLPHRP VQESVANAYD ALGGYLEAKA DFFDPDEAAW IGNRHIDLAM
 201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH
 251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIH RLLEMQGQAC RNTAQALRAS KDYVYSKRLG
 301  RAIEGCRQSL RLLSDSNDSP DIRHLRRLLD NLGSVDQQFR QLQHNGLQAE
 351  NDRMGDTRIA ALETSSLKNT WQAIRPQLNL ESGVFRHAVR  LSLVVAAACT
 401  IVEALNLNLG YWILLTALFV CQPNYTATKS RVRQR IAGTV LGVIVGSLVP
 451  YFTPSVETKL WIVIASTTLF FMTRTYKYSF STFFITIQAL TSLSLAGLDV
 501  YAAMPVRIID TIIGASLAWA AVSYLWPDWK YLTLERTAAL AVCSNGAYLE
 551  KITERLKSGE TGDDVEYRAT RRRAHEHTAA LSSTLSDMSS EPAKFADSLQ
 601  PGFTLLKTGY ALTGYISALG AYRSEMHEEC SPDFTAQFHL AAEHTAHIFQ
 651  HLPETEPDDF QTALDTLRGE LDTLRTHSSG TQSHILLQQL QLIARQLEPY
 701  YRAYRQIPHR QPQNAA*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与预计的流感嗜血菌的跨膜蛋白YHFK(登录号为P44289)的同源性
ORF19和YHFK蛋白在97个氨基酸的重叠区内显示出有45％的氨基酸相同性：
orf19  6  LKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNXXTGRLKNIITT  65
          L   +I+++PVF +V  AA  +W       +MP +LGIIAGGLVDLDN  TGRLKN+  T
YHFK   5  LNAKVISTIPVFIAVNIAAVGIWFFDISSQSMPLILGIIAGGLVDLDNRLTGRLKNVFFT  64
orf19  66 VALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTXXFTILGA 102
          +  F++SS   Q  +G  + +I+ MT++T  FT++GA
YHFK   65 LIAFSISSFIVQLHIGKPIQYIVLMTVLTFIFTMIGA 101
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF19显示出在与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF19a)在重叠的102个氨基酸内有92.2％的相同性：
                     10        20         30         40        50         60
orf19.pep    MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPK LAMPFVLGIIAGGLVDLDNXXTGRLK
             |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||
orf19a       MKTPPLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPK LAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
                     10        20         30         40        50         60
                     70        80         90       100
orf19.pep    NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPF ILAMTLMTXXFTILGAX
             |||:||||||||||:||||||||||| ||||||||  |||:||
orf19a       NIIATVALFTLSSLVAQSTLGTGLPF ILAMTLMTFGFTIMGAVGLKYRTFAFGALAVATY
                     70        80         90       100        110       120
orf19a   TTLTYTPETYWLTNP FMILCGTVLYSTAIILFQIILPHRPVQENVANAYEALGSYLEAKA
                130       140       150       160       170       180
全长ORF19a核苷酸序列<SEQ ID 107>是：
   1  ATGAAAACCC CACCCCTCAA GCCTCTGCTC ATTACCTCGC TTCCCGTTTT
  51  CGCCAGTGTC TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTG GGCGAACCCA
 101  AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCTGGCGG CCTGGTCGAT
 151  TTGGACAACC GCCTGACCGG ACGGCTGAAA AACATCATCG CCACCGTCGC
 201  CCTGTTCACC CTCTCCTCAC TTGTCGCGCA AAGCACCCTC GGCACAGGTT
 251  TGCCATTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CTTTCGGCTT TACCATCATG
 301  GGCGCGGTCG GGCTGAAATA CCGCACCTTC GCCTTCGGCG CACTCGCCGT
 351  CGCCACCTAC ACCACACTTA CCTACACCCC CGAAACCTAC TGGCTGACCA
 401  ACCCCTTTAT GATTCTGTGC GGAACCGTAC TGTACAGCAC CGCCATCATC
 451  CTGTTCCAAA TCATCCTGCC CCACCGCCCC GTTCAAGAAA ACGTCGCCAA
 501  CGCCTACGAA GCACTCGGCA GCTACCTCGA AGCCAAAGCC GACTTTTTCG
 551  ATCCCGACGA AGCCGAATGG ATAGGCAACC GCCACATCGA CCTCGCCATG
 601  AGCAACACCG GCGTCATCAC CGCCTTCAAC CAATGCCGTT CCGCCCTGTT
 651  TTACCGCCTT CGCGGCAAAC ACCGCCACCC GCGCACCGCC AAAATGCTGC
 701  GCTACTACTT CGCCGCCCAA GACATACACG AACGCATCAG CTCCGCCCAC
 751  GTCGACTACC AAGAGATGTC CGAAAAATTC AAAAACACCG ACATCATCTT
 801  CCGCATCCAC CGCCTGCTCG AAATGCAGGG ACAAGCCTGC CGCAACACCG
 851  CCCAAGCCCT GCGCGCAAGC AAAGACTACG TTTACAGCAA ACGCCTCGGC
 901  CGCGCCATCG AAGGCTGCCG CCAATCGCTG CGCCTCCTTT CAGACAGCAA
 951  CGACAATCCC GACATCCGCC ACCTGCGCCG CCTTCTCGAC AACCTCGGCA
1001  GCGTCGACCA GCAGTTCCGC CAACTCCAGC ACAACGGCCT GCAGGCAGAA
1051  AACGACCGCA TGGGCGACAC CCGCATCGCC GCCCTCGAAA CCGGCAGCCT
1101  CAAAAACACC TGGCAGGCAA TCCGTCCGCA GCTAAACCTC GAATCAGGCG
1151  TATTCCGCCA TGCCGTCCGC CTGTCCCTTG TCGTTGCCGC CGCCTGCACC
1201  ATCGTCGAAG CCCTCAACCT CAACCTCGGC TACTGGATAC TACTGACCGC
1251  CCTTTTCGTC TGCCAACCCA ACTACACCGC CACCAAAAGC CGCGTCCGCC
1301  AGCGCATCGC CGGCACCGTA CTCGGCGTAA TCGTCGGCTC GCTCGTCCCC
1351  TACTTTACCC CCTCCGTCGA AACCAAACTC TGGATCGTCA TCGCCAGTAC
1401  CACCCTCTTT TTCATGACCC GCACCTACAA ATACAGCTTC TCGACATTTT
1451  TCATCACCAT TCAAGCCCTG ACCAGCCTCT CCCTCGCAGG GTTGGACGTA
1501  TACGCCGCCA TGCCCGTACG CATCATCGAC ACCATTATCG GCGCATCCCT
1551  TGCCTGGGCG GCAGTCAGCT ACCTGTGGCC AGACTGGAAA TACCTCACGC
1601  TCGAACGCAC CGCCGCCCTT GCCGTATGCA GCAACGGCGC CTATCTCGAA
1651  AAAATCACCG AACGCCTCAA AAGCGGCGAA ACCGGCGACG ACGTCGAATA
1701  CCGCGCCACC CGCCGCCGCG CCCACGAACA CACCGCCGCC CTCAGCAGCA
1751  CCCTTTCCGA CATGAGCAGC GAACCCGCAA AATTCGCCGA CAGCCTGCAA
1801  CCCGGCTTTA CCCTGCTCAA AACCGGCTAC GCCCTGACCG GCTACATCTC
1851  CGCCCTCGGC GCATACCGCA GCGAAATGCA CGAAGAATGC AGCCCCGACT
1901  TTACCGCACA GTTCCACCTC GCCGCCGAAC ACACCGCCCA CATCTTCCAA
1951  CACCTGCCCG AAACCGAACC CGACGACTTT CAGACAGCAC TGGATACACT
2001  GCGCGGCGAA CTCGACACCC TCCGCACCCA CAGCAGCGGA ACACAAAGCC
2051  ACATCCTCCT CCAACAGCTC CAACTCATCG CCCGGCAGCT CGAACCCTAC
2101  TACCGCGCCT ACCGACAAAT TCCGCACAGG CAGCCCCAAA ACGCAGCCTG
2151  A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 108>：
   1  MKTPPLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPK LAMPFV LGIIAGGLVD
  51  LDNRLTGRLK NIIATVALFT LSSLVAQSTL GTGLPF ILAM TLMTFGFTIM
 101  GAVGLKYRTF AFGALAVATY TTLTYTPETY WLTNP FMILC GTVLYSTAII
 151  LFQIILPHRP VQENVANAYE ALGSYLEAKA DFFDPDEAEW IGNRHIDLAM
 201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH
 251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIH RLLEMQGQAC RNTAQALRAS KDYVYSKRLG
 301  RAIEGCRQSL RLLSDSNDNP DIRHLRRLLD NLGSVDQQFR QLQHNGLQAE
 351  NDRMGDTRIA ALETGSLKNT WQAIRPQLNL ESGVFRHAVR  LSLVVAAACT
 401  IVEALNLNLG YWILLTALFV CQPNYTATKS RVRQR IAGTV LGVIVGSLVP
 451  YFTPSVETKL WIVIASTTLF FMTRTYKYSF STFFITIQAL TSLSLAGLDV
 501  YAAMPVRIID TIIGASLAWA AVSYLWPDWK YLTLERTAAL AVCSNGAYLE
 551  KITERLKSGE TGDDVEYRAT RRRAHEHTAA LSSTLSDMSS EPAKFADSLQ
 601  PGFTLLKTGY ALTGYISALG AYRSEMHEEC SPDFTAQFHL AAEHTAHIFQ
 651  HLPETEPDDF QTALDTLRGE LDTLRTHSSG TQSHILLQQL QLIARQLEPY
 701  YRAYRQIPHR QPQNAA*
ORF19a和ORF19-1显示在716个氨基酸的重叠区内有98.3％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf19a.pep    MKTPPLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
              |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf19a.pep    NIIATVALFTLSSLVAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTIMGAVGLKYRTFAFGALAVATY
              |||:||||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf19-1       NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf19a.pep    TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAIILFQIILPHRPVQENVANAYEALGSYLEAKA
              |||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||:|||||:|||:||||||
orf19-1       TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAILLFQIVLPHRPVQESVANAYDALGGYLEAKA
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf19a.pep    DFFDPDEAEWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
              |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       DFFDPDEAAWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf19a.pep    DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIHRLLEMQGQACRNTAQALRASKDYVYSKRLG
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIHRLLEMQGQACRNTAQALRASKDYVYSKRLG
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf19a.pep    RAIEGCRQSLRLLSDSNDNPDIRHLRRLLDNLGSVDQQFRQLQHNGLQAENDRMGDTRIA
              ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       RAIEGCRQSLRLLSDSNDSPDIRHLRRLLDNLGSVDQQFRQLQHNGLQAENDRMGDTRIA
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf19a.pep    ALETGSLKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
              ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       ALETSSLKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf19a.pep    CQPNYTATKSRVRQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIASTTLFFMTRTYKYSF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       CQPNYTATKSRVRQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIASTTLFFMTRTYKYSF
                    430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520       530       540
orf19a.pep    STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
                     490       500       510       520       530       540
                     550       560       570       580       590       600
orf19a.pep    AVCSNGAYLEKITERLKSGETGDDVEYRATRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       AVCSNGAYLEKITERLKSGETGDDVEYRATRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
                     550       560       570       580       590       600
                     610       620       630       640       650       660
orf19a.pep    PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPETEPDDF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPETEPDDF
                     610       620       630       640       650       660
                     670       680       690       700       710
orf19a.pep    QTALDTLRGELDTLRTHSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19-1       QTALDTLRGELDTLRTHSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
                     670       680       690       700       710
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF19在与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF19.ng)在重叠的102个氨基酸内显示有95.1％的相同性：
orf19.pep    MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNXXTGRLK   60
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
orf19ng      MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK   60
orf19.pep    NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTXXFTILGAX                   103
             |||:||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
orf19ng      NIIATVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY  120
预计ORF19ng核苷酸序列<SEQ ID 109>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID110>：
   1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPKLAMPFV LGI IAGGLVD
  51  LDNRLTGRLK NIIATVA LFT LSSLTAQSTL GTGLPFILAM TLMTFGFTIL
 101  GAVGLKYRTF AFGALAVAT Y TTLTYTPETY WLTNPFMILC GTVLYSTAII
 151  LFQIILPHRP VQESVANA YE ALGGYLEAKA DFFDPDEAAW IGNRHIDLAM
 201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH
 251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIR RLLEMQGQAC RNTAQAIRSG KDYVYSKRLG
 301  RAIEGCRQSL RLLSDGNDSP DIRHLSRLLD NLGSVDQQFR QLRHSDSPAE
 351  NDRMGDTRIA ALETGSFKNT *
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 111>：
   1  ATGAAAACCC CACTCCTCAA GCCTCTGCTC ATTACCTCGC TTCCCGTTTT
  51  CGCCAGTGTC TTTACCGCCG CCTCCATCGT CTGGCAGCTA GGCGAACCCA
 101  AGCTCGCCAT GCCCTTCGTA CTCGGCATCA TCGCCGGCGG CCTGGTCGAT
 151  TTGGACAACC GCCTGACCGG ACGGCTGAAA AACATCATCG CCACCGTCGC
 201  CCTGTTTACC CTCTCCTCGC TCACGGCGCA AAGCACCCTC GGCACAGGGC
 251  TGCCCTTCAT CCTCGCCATG ACCCTGATGA CCTTCGGCTT TACCATTTTA
 301  GGCGCGGTCG GGCTGAAATA CCGCACCTTC GCCTTCGGCG CACTCGCCGT
 351  CGCCACCTAC ACCACGCTTA CCTACACCCC CGAAACCTAC TGGCTGACCA
 401  ACCCCTTCAT GATTTTATGC GGCACCGTAC TGTACAGCAC CGCCATCATC
 451  CTGTTCCAAA TCATCCTGCC CCACCGCCCC GTCCAAGAAA GCGTCGCCAA
 501  TGCCTACGAA GCACTCGGCG GCTACCTCGA AGCCAAAGCC GACTTCTTCG
 551  ACCCCGATGA GGCAGCCTGG ATAGGCAACC GCCACATCGA CCTCGCCATG
 601  AGCAACACCG GCGTCATCAC CGCCTTCAAC CAATGCCGTT CCGCCCTGTT
 651  TTACCGTTTG CGCGGCAAAC ACCGCCACCC GCGCACCGCC AAAATGCTGC
 701  GCTACTACTT CGCCGCCCAA GACATCCACG AACGCATCAG CTCCGCCCAC
 751  GTCGACTACC AAGAGATGTC CGAAAAATTC AAAAACACCG ACATCATCTT
 801  CCGCATCCGC CGCCTGCTCG AAATGCAGGG GCAGGCGTGC CGCAACACCG
 851  CCCAAGCCAT CCGGTCGGGC AAAGACTAcg tTTACAGCAA ACGCCTCGGA
 901  CGCGCCATcg aaggctgCCG CCAGTCGCtg cgcctCCTTt cagacggcaA
 951  CGACAGTCCC GACATCCGCC ACCTGAGccg CCTTCTCGAC AACCTCGgca
1001  GCGTcgacca gcagtTCcgc caactCCGAC ACAgcgactC CCCCGCcgaa
1051  Aacgaccgca tgggcgacaC CCGCATCGCC GCCCtcgaaa ccggcagctT
1101  caaaaaCAcc tggcaggCAA TCCGTCCGCa gctgaaCCTC GAATCatgCG
1151  TATTCCGCCA TGCCGTCCGC CTGTCCCTCG TCGTTGCCGC CGCCTGCACC
1201  ATCGTCgaag cCCTCAACCT CAACCTCGGC TACTGGATAC TGCTGACCGC
1251  CCTTTTCGTC TGCCAACCCA ACTACACCGC CACCAAAAGC CGCGTGTACC
1301  AACGCATCGC CGGCACCGTA CTCGGCGTAA TCGTCGGCTC GCTCGTCCCC
1351  TACTTCACCC CCTCCGTCGA AACCAAACTC TGGATTGTCA TCGCCGGTAC
1401  CACCCTGTTC TTCATGACCC GCACCTACAA ATACAGTTTC TCCACCTTCT
1451  TCATCACCAT TCAGGCACTG ACCAGCCTCT CCCTCGCAGG TTTGGACGTA
1501  TACGCCGCCA TGCCCGTGCG CATCATcgaC ACCATTATCG GCGCATCCCT
1551  TGCCTGGGCG GCGGTCAGCT ACCTGTGGCC AGACTGGAAA TACCTCACGC
1601  TCGAACGCAC CGCCGCCCTT GCCGTATGCA GCAGCGGCAC ATACCTCCAA
1651  AAAATTGCCG AACGCCTCAA AACCGGCGAA ACCGGCGACG ACATAGAATA
1701  CCGCATCACC CGCCGCCGCG CCCACGAACA CACCGCCGCC CTCAGCAGCA
1751  CCCTTTCCGA CATGAGCAGC GAACCCGCAA AATTCGCCGA CAGCCTGCAA
1801  CCCGGCTTTA CCCTGCTCAA AACCGGCTAC GCCCTGACCG GCTACATCTC
1851  CGCCCTCGGC GCATACCGCA GCGAAATGCA CGAAGAATGC AGCCCCGACT
1901  TTACCGCACA GTTCCACCTT GCCGCCGAAC ACACCGCCCA CATCTTCCAA
1951  CACCTGCCCG ACATGGGACC CGACGACTTT CAGACGGCAT TGGATACACT
2001  GCGCGGCGAA CTCGGCACCC TCCGCACCCG CAGCAGCGGA ACACAAAGCC
2051  ACATCCTCCT CCAACAGCTC CAACTCATCG CccgGCAACT CGAACCCTAC
2101  TACCGCGCCT ACCGACAAAT TCCGCACAGG CAGCCCCAAA ACGCAGCCTG
2151  A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 112；ORF19ng-1>：
   1  MKTPLLKPLL ITSLPVFASV FTAASIVWQL GEPK LAMPFV LGIIAGGLVD
  51  LDNRLTGRLK NIIATVALFT LSSLTAQSTL GTGLPF ILAM TLMTFGFTIL
 101  GAVGLKYRTF AFGALAVATY TTLTYTPETY WLTNP FMILC GTVLYSTAII
 151  LFQIILPHRP VQESVANAYE ALGGYLEAKA DFFDPDEAAW IGNRHIDLAM
 201  SNTGVITAFN QCRSALFYRL RGKHRHPRTA KMLRYYFAAQ DIHERISSAH
 251  VDYQEMSEKF KNTDIIFRIR RLLEMQGQAC RNTAQAIRSG KDYVYSKRLG
 301  RAIEGCRQSL RLLSDGNDSP DIRHLSRLLD NLGSVDQQFR QLRHSDSPAE
 351  NDRMGDTRIA ALETGSFKNT WQAIRPQLNL ESCVFRHAVR  LSLVVAAACT
 401  IVEALNLNLG YWILLTALFV CQPNYTATKS RVYQR IAGTV LGVIVGSLVP
 451  YFTPSVETKL WIVIAGTTLF FMTRTYKYSF STFFITIQAL TSLSLAGLDV
 501  YAAMPVRIID TIIGASLAWA AVSYLWPDWK YLTLERTAAL AVCSSGTYLQ
 551  KIAERLKTGE TGDDIEYRIT RRRAHEHTAA LSSTLSDMSS EPAKFADSLQ
 601  PGFTLLKTGY ALTGYISALG AYRSEMHEEC SPDFTAQFHL AAEHTAHIFQ
 651  HLPDMGPDDF QTALDTLRGE LGTLRTRSSG TQSHILLQQL QLIARQLEPY
 701  YRAYRQIPHR QPQNAA*
ORF19ng-1和ORF19-1在716个氨基酸的重叠区内显示出有95.5％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf19-1.pep    MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1      MKTPLLKPLLITSLPVFASVFTAASIVWQLGEPKLAMPFVLGIIAGGLVDLDNRLTGRLK
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf19-1.pep    NIITTVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY
               |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1      NIIATVALFTLSSLTAQSTLGTGLPFILAMTLMTFGFTILGAVGLKYRTFAFGALAVATY
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf19-1.pep    TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAILLFQIVLPHRPVQESVANAYDALGGYLEAKA
               |||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||||||||:||||||||||
orf19ng-1    TTLTYTPETYWLTNPFMILCGTVLYSTAIILFQIILPHRPVQESVANAYEALGGYLEAKA
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf19-1.pep  DFFDPDEAAWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1    DFFDPDEAAWIGNRHIDLAMSNTGVITAFNQCRSALFYRLRGKHRHPRTAKMLRYYFAAQ
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf19-1.pep  DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIHRLLEMQGQACRNTAQALRASKDYVYSKRLG
             |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:|::||||||||||
orf19ng-1    DIHERISSAHVDYQEMSEKFKNTDIIFRIRRLLEMQGQACRNTAQAIRSGKDYVYSKRLG
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf19-1.pep  RAIEGCRQSLRLLSDSNDSPDIRHLRRLLDNLGSVDQQFRQLQHNGLQAENDRMGDTRIA
             |||||||||||||||:||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||
orf19ng-1    RAIEGCRQSLRLLSDGNDSPDIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIA
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400       410       420
orf19-1.pep  ALETSSLKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
             ||||:|:||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1    ALETGSFKNTWQAIRPQLNLESCVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFV
                    370       380       390       400       410       420
                    430       440       450       460       470       480
orf19-1.pep  CQFNYTATKSRVRQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIASTTLFFMTRTYKYSF
             |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf19ng-1    CQPNYTATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSF
                    430       440       450       460       470       480
                    490       500       510       520       530       540
orf19-1.pep  STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1    STFFITIQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAAL
                    490       500       510       520       530       540
                    550       560       570       580       590       600
orf19-1.pep  AVCSNGAYLEKITERLKSGETGDDVEYRATRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
             ||||:|:||:||:||||:||||||:||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1    AVCSSGTYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQ
                    550       560       570       580       590       600
                    610       620       630       640       650       660
orf19-1.pep  PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPETEPDDF
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:  ||||
orf19ng-1    PGFTLLKTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSPDFTAQFHLAAEHTAHIFQHLPDMGPDDF
                    610       620       630       640       650       660
                    670       680       690       700       710
orf19-1.pep  QTALDTLRGELDTLRTHSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
             ||||||||||| ||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf19ng-1    QTALDTLRGELGTLRTRSSGTQSHILLQQLQLIARQLEPYYRAYRQIPHRQPQNAAX
                    670       680       690       700       710
另外，ORF19ng-1显示出与以前输入数据库的一种假设的淋球菌蛋白有明显同源性：
sp|033369|YOR2_NEIGO假设的45.5KD蛋白(ORF2)gnl|PID|e1154438(AJ002423)假设蛋白[淋病奈瑟球菌]长度＝417
评分＝1512(705.6位)，估计值＝5.3e-203，P＝5.3e-203
相同性＝301/326(92％)，阳性＝306/326(93％)
询问：307 RQSLRLLSDGNDSPDIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIAALETGS  366
           RQSLRLLSDGNDS DIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIAALETGS
目标：1   RQSLRLLSDGNDSXDIRHLSRLLDNLGSVDQQFRQLRHSDSPAENDRMGDTRIAALETGS  60
询问：367 FKNTWQAIRPQLNLESCVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTALFVCQPNYT  426
           FKNTWQAIRPQLNLES VFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLT LFVCQPNYT
目标：61  FKNTWQAIRPQLNLESGVFRHAVRLSLVVAAACTIVEALNLNLGYWILLTRLFVCQPNYT  120
询问：427 ATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSFSTFFIT  486
           ATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSFSTFFIT
目标：121 ATKSRVYQRIAGTVLGVIVGSLVPYFTPSVETKLWIVIAGTTLFFMTRTYKYSFSTFFIT  180
询问：487 IQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAALAVCSSG  546
           IQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAALAVCSSG
目标：181 IQALTSLSLAGLDVYAAMPVRIIDTIIGASLAWAAVSYLWPDWKYLTLERTAALAVCSSG  240
询问：547 TYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADSLQPGFTLL  606
           TYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFAD+  P
目标：241 TYLQKIAERLKTGETGDDIEYRITRRRAHEHTAALSSTLSDMSSEPAKFADTCNPALPCS  300
询问：607 KTGYALTGYISALGAYRSEMHEECSP 632
           K   ALTGYISALG   ++  +  +P
目标：301 KPATALTGYISALGHTAAKCTKNAAP 326
根据该分析，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域(第一个结构域在脑膜炎球菌蛋白中也见到)以及与YHFK蛋白的同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例14
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 113>：
   1  ATGAATATGC TGGGAGCTTT GGCAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC
  51  GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGG GCATTCGGCG
 101  CGGGTATGGC GACGGATGCG TTTTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG
 151  CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCCGAT
 201  TTTGGCGGAA TACAAGGAAA CGCGTTCAAA AGAGGCGG.C GAAGCCTTTA
 251  TCCGCCATGT GGCGGGGATG CTGTCGTTTG TACTGGTTAT CGTTACCGCG
 301  CTGGGCATAC TTGCCGCGCC TTGGGTGATT TATGTTTCCG CACCC AGTT
 351  TTGCCCAAGA TGCCGACAAA TTTCAGCTCT CCATCGATTT GCTGCGGATT
 401  ACGTTTCCTT ATATATTATT GATTTCCCTG TCTTCATTTG TCGGCTCGGT
 451  ACTCAATTCT TATCATAAGT TCGGCATTCC GGCGTTTACG CCAC.GTTTC
 501  TGAACGTGTC GTTTATCGTA TTCGCGCTGT TTTTCGTGCC GTATTTCGAT
 551  CCGCCCGTTA CCGCGCyGGC GTGGGCGGTC TTTGTCGGCG GCATTTTGCA
 601  ACTCGrmTTC CAACTGCCCT GGCTGGCGAA ACTGGGCTTT TTGAAACTGC
 651  CCAAACtGAG TTTCAAAGAT GCGGCGGTCA ACCGCGTGAT GAAACAGATG
 701  GCGCCTGCgA TTTTgGGCGT GAgCGTGGCG CAGGTTTCTT TGGTGATCAA
 751  CACGATTTTc GCGTCTTATC TGCAATCGGG CAGCGTTTCA TGGATGTATT
 801  ACGCCGACCG CATGATGGAG CTGCCCAGCG GCGTGCTGGG GGCGGCACTC
 851  GGTACGATTT TGCTGCCGAC TTTGTCCAAA CACTCGGCAA ACCaAGATAC
 901  GGaACAGTTT TCCGCCCTGC TCGACTGGGG TTTGCGCCTG TGCATGCtgc
 951  TGACGCTGCC GGCGgcGGTC GGACTGGCGG TGTTGTCGTT cCCgCtGGTG
1001  GCGACGCTGT TTATGTACCG CGwATTTACG CTGTTTGACG CGCAGATGAC
1051  GCAACACGCG CTGATTGCCT ATTCTTTCGG TTTAATCGGC TTAATCATGA
1101  TTAAAGTGTT GGCACCCGGC TTCTATGCGC GGCAAAACAT CAAwAmGCCC
1151  GTCAAAATCG CCATCTTCAC GCTCATCTGC mCGCAGTTGA TGAACCTTGs
1201  CTTTAyCGGC CCACTrrAAC rCa
Figure A20051011339501121
TCGGAC TTTCGCTTGC CATCGGTCTG
1251  GGCGCGTGTA TCAATGCCGG ATTGTTGTTT TACCTGTTGC GCAGACACGG
1301  TATTTACCAA CCTGG.CAAG GGTTGGGCAG CGTTCTT.AG CAAAAATGCT
1351  GcTCTCGCTC GCCGTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 114；ORF20>：
   1  MNMLGALAKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL
  51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAX EAFIRHVAGM LSFVLVIVTA
 101  LGILAAPWVI YVSAPSFAQD ADKFQLSIDL LRITFPYILL ISLSSFVGSV
 151  LNSYHKFGIP AFTPXFLNVS FIVFALFFVP YFDPPVTAXA WAVFVGGILQ
 201  LXFQLPWLAK LGFLKLPKLS FKDAAVNRVM KQMAPAILGV SVAQVSLVIN
 251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPSGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT
 301  EQFSALLDWG LRLCMLLTLP AAVGLAVLSF PLVATLFMYR XFTLFDAQMT
 351  QHALIAYSFG LIGLIMIKVL APGFYARQNI XXPVKIAIFT LICXQLMNLX
 401  FXGPLXXIGL SLAIGLGACI NAGLLFYLLR RHGIYQPXQG LGSVLXQKCC
 451  SRSP*
详细描述这些序列，其完整的DNA序列<SEQ ID 115>是：
   1  ATGAATATGC TGGGAGCTTT GGCAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC
  51  GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGG GCATTCGGCG
 101  CGGGTATGGC GACGGATGCG TTTTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG
 151  CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCCGAT
 201  TTTGGCGGAA TACAAGGAAA CGCGTTCAAA AGAGGCGGCG GAGGCTTTTA
 251  TCCGCCATGT GGCGGGGATG CTGTCGTTTG TACTGGTTAT CGTTACCGCG
 301  CTGGGCATAC TTGCCGCGCC TTGGGTGATT TATGTTTCCG CACCCGGTTT
 351  TGCCCAAGAT GCCGACAAAT TTCAGCTCTC CATCGATTTG CTGCGGATTA
 401  CGTTTCCTTA TATATTATTG ATTTCCCTGT CTTCATTTGT CGGCTCGGTA
 451  CTCAATTCTT ATCATAAGTT CGGCATTCCG GCGTTTACGC CCACGTTTCT
 501  GAACGTGTCG TTTATCGTAT TCGCGCTGTT TTTCGTGCCG TATTTCGATC
 551  CGCCCGTTAC CGCGCTGGCG TGGGCGGTCT TTGTCGGCGG CATTTTGCAA
 601  CTCGGCTTCC AACTGCCCTG GCTGGCGAAA CTGGGCTTTT TGAAACTGCC
 651  CAAACTGAGT TTCAAAGATG CGGCGGTCAA CCGCGTGATG AAACAGATGG
 701  CGCCTGCGAT TTTGGGCGTG AGCGTGGCGC AGGTTTCTTT GGTGATCAAC
 751  ACGATTTTCG CGTCTTATCT GCAATCGGGC AGCGTTTCAT GGATGTATTA
 801  CGCCGACCGC ATGATGGAGC TGCCCAGCGG CGTGCTGGGG GCGGCACTCG
 851  GTACGATTTT GCTGCCGACT TTGTCCAAAC ACTCGGCAAA CCAAGATACG
 901  GAACAGTTTT CCGCCCTGCT CGACTGGGGT TTGCGCCTGT GCATGCTGCT
 951  GACGCTGCCG GCGGCGGTCG GACTGGCGGT GTTGTCGTTC CCGCTGGTGG
1001  CGACGCTGTT TATGTACCGC GAATTTACGC TGTTTGACGC GCAGATGACG
1051  CAACACGCGC TGATTGCCTA TTCTTTCGGT TTAATCGGCT TAATCATGAT
1101  TAAAGTGTTG GCACCCGGCT TCTATGCGCG GCAAAACATC AAAACGCCCG
1151  TCAAAATCGC CATCTTCACG CTCATCTGCA CGCAGTTGAT GAACCTTGCC
1201  TTTATCGGCC CACTGAAACA CGTCGGACTT TCGCTTGCCA TCGGTCTGGG
1251  CGCGTGTATC AATGCCGGAT TGTTGTTTTA CCTGTTGCGC AGACACGGTA
1301  TTTACCAACC TGGCAAGGGT TGGGCAGCGT TCTTAGCAAA AATGCTGCTC
1351  TCGCTCGCCG TGATGTGCGG CGGACTGTGG GCAGCGCAGG CTTACCTGCC
1401  GTTTGAATGG GCGCACGCCG GCGGAATGCG GAAAGCGGGG CAGCTCTGCA
1451  TCCTGATTGC CGTCGGCGGC GGACTGTATT TCGCATCACT GGCGGCTTTG
1501  GGCTTCCGTC CGCGCCATTT CAAACGCGTG GAAAACTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 116；ORF20-1>：
   1  MNMLGALAKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL
  51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAA EAFIRHVAG M LSFVLVIVTA
 101  LGILAAPWVI YVSAPGFAQD ADKFQLSIDL LRIT FPYILL ISLSSFVGSV
 151  LNSYHKFGIP AFTPT FLNVS FIVFALFFVP YFDPP VTALA WAVFVGGILQ
 201  LGFQLPWLAK LGFLKLPKLS FKDAAVNRVM KQ MAPAILGV SVAQVSLVIN
 251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPSGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT
 301  EQFSALLDWG LR LCMLLTLP AAVGLAVLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT
 351  QHA LIAYSFG LIGLIMIKVL APGFYARQNI KTPVK IAIFT LICTQLMNLA
 401  FIGPLKHVGL S LAIGLGACI NAGLLFYLLR RHGIYQPGKG WA AFLAKMLL
 451   SLAVMCGGLW AAQAYLPFEW AHAGGMRKAG Q LCILIAVGG GLYFASLAAL
 501  GFRPRHFKRV EN*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与鼠伤寒杆菌的MviN毒力因子(登录号为P37169)的同源性
ORF20和MviN蛋白在440个氨基酸重叠区内显示出有63％的氨基酸相同性：
Orf20  1   MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF  60
           MN+L +LA V S+TM SRVLGF RD ++AR FGAGMATDAFFVAFKLPNLLRR+FAEGAF
MviN   14  MNLLKSLAAVSSMTMFSRVLGFARDAIVARIFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRIFAEGAF  73
Orf20  61  AQAFVPILAEYKETRSKEAXEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPSFAQD  120
           +QAFVPILAEYK  + +EA   F+ +V+G+L+  L +VT  G+LAAPWVI V+AP FA
MviN   74  SQAFVPILAEYKSKQGEEATRIFVAYVSGLLTLALAVVTVAGMLAAPWVIMVTAPGFADT  133
Orf20  121 ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPXFLNVSFIVFALFFVP  180
           ADKF L+  LLRITFPYILLISL+S VG++LN++++F IPAF P FLN+S I FALF  P
MviN   134 ADKFALTTQLLRITFPYILLISLASLVGAILNTWNRFSIPAFAPTFLNISMIGFALFAAP  193
Orf20  181 YFDPPVTAXAWAVFVGGILQLXFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV  240
           YF+PPV A AWAV VGG+LQL +QLP+L K+G L LP+++F+D    RV+KQM PAILGV
MviN   194 YFNPPVLALAWAVTVGGVLQLVYQLPYLKKIGMLVLPRINFRDTGAMRVVKQMGPAILGV  253
Orf20  241 SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT  300
           SV+Q+SL+INTIFAS+L SGSVSWMYYADR+ME PSGVLG ALGTILLP+LSK  A+ +
MviN   254 SVSQISLIINTIFASFLASGSVSWMYYADRLMEFPSGVLGVALGTILLPSLSKSFASGNH  313
Orf20  301 EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYRXFTLFDAQMTQHALIAYSFG  360
           +++  L+DWGLRLC LL LP+AV L+L+  PL  +LF Y  FT FDA MTQ ALIAYS G
MviN   314 DEYCRLMDWGLRLCFLLALPSAVALGILAKPLTVSLFQYGKFTAFDAAMTQRALIAYSVG  373
Orf20  361 LIGLIMIKVLAPGFYARQNIXXPVKIAIFTLICXQLMNLXFXXXXXXXXXXXXXXXXXCI  420
           LIGLI++KVLAPGFY+RQ+I  PVKIAI TLI  QLMNL F                 C+
MviN   374 LIGLIVVKVLAPGFYSRQDIKTPVKIAIVTLIMTQLMNLAFIGPLKHAGLSLSIGLAACL  433
Orf20  421 NAGLLFYLLRRHGIYQPXQG  440
           NA LL++ LR+  I+ P  G
MviN   434 NASLLYWQLRKQNIFTPQPG  453
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF20与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF20a)在重叠的447个氨基酸内显示出有93.5％的相同性：
                     10        20        30         40         50        60
orf20.pep    MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIA RAFGAGMATDAFFVAFK LPNLLRRVFAEGAF
             |||||||:||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf20a       MNMLGALVKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIA RAFGAGMATDAFFVAFK LPNLLRRVFAEGAF
                     10        20        30         40        50        60
                     70        80        90        100        110       120
orf20.pep    AQAFVPILAEYKETRSKEAXEAFIRHVAG MLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPSFAQD
             |||||||||||||||||||:||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||:||:|
orf20a       AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAG MLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAKD
                     70        80        90        100        110       120
                    130        140       150        160        170       180
orf20.pep    ADKFQLSIDLLRIT FPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPX FLNVSFIVFALFFVP
             |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||:||||||: |||||||||||||||
orf20a       ADKFQLSIDLLRIT FPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFSIPAFTPT FLNVSFIVFALFFVP
                     130        140       150        160        170       180
                      190       200        210       220       230        240
orf20.pep    YFDPP VTAXAWAVFVGGILQLXFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQ MAPAILGV
             || ||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf20a       YFDPP VTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQ MAPAILGV
                      190       200        210       220       230        240
                    250        260       270       280       290       300
orf20.pep    SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
             ||||:|||| ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf20a       SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPGGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
                    250        260       270       280       290       300
                    310        320       330        340       350        360
orf20.pep    EQFSALLDWGLR LCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYRXFTLFDAQMTQHA LIAYSFG
             ||||||||||||  |||||||||||:||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||
orf20a       EQFSALLDWGLR XCMLLTLPAAVGMAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHA LIAYSFG
                    310        320       330        340       350        360
                    370        380        390       400        410        420
orf20.pep    LIGLIMIKVLAPGFYARQNIXXPVK IAIFTLICXQLMNLXFXGPLXXIGLS LAIGLGACI
             |||||||||| |||||||||| :||| ||||||||:||||| |  |||  :||| |||||||||
orf20a       LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVK IAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLS LAIGLGACI
                    370        380        390       400        410        420
                    430        440       450
orf20.pep    NAGLLFYLLRRHGIYQPXQGLG SVLXQKCCSRSPX
             |||||||| ||||||||| :| : : | :
orf20a       NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWA AFLAKMLLSLAVMGGGLYAAQIWLPFDWAHAGGMQKAA
                    430        440        450       460        470        480
全长ORF20a核苷酸序列<SEQ ID 117>是：
   1  ATGAATATGC TGGGAGCTTT GGTAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC
  51  GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGC GCATTCGGCG
 101  CAGGCATGGC GACGGATGCG TTCTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG
 151  CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCCGAT
 201  TTTGGCGGAA TATAAGGAAA CGCGTTCTAA AGAGGCGACG GAGGCTTTTA
 251  TCCGCCATGT GGCGGGGATG CTGTCGTTTG TACTGGTCAT CGTTACCGCG
 301  CTGGGCATAC TTGCCGCGCC TTGGGTGATT TATGTTTCCG CACCCGGTTT
 351  TGCCAAAGAT GCCGACAAAT TTCAGCTCTC TATCGATTTG CTGCGGATTA
 401  CGTTTCCTTA TATCTTATTG ATTTCACTTT CCTCTTTTGT CGGCTCGGTA
 451  CTCAATTCCT ATCATAAATT CAGCATTCCT GCGTTTACGC CCACGTTCCT
 501  GAACGTGTCG TTTATCGTAT TCGCGCTGTT TTTCGTGCCG TATTTCGATC
 551  CTCCCGTTAC CGCGCTGGCT TGGGCGGTTT TTGTCGGCGG CATTTTGCAA
 601  CTCGGCTTCC AACTGCCCTG GCTGGCGAAA CTGGGTTTTT TGAAACTGCC
 651  CAAACTGAGT TTCAAAGATG CGGCGGTCAA CCGCGTGATG AAACAGATGG
 701  CGCCTGCGAT TTTGGGCGTG AGCGTGGCGC AGATTTCTTT GGTGATCAAC
 751  ACGATTTTCG CGTCTTATCT GCAATCGGGC AGCGTTTCAT GGATGTATTA
 801  CGCCGACCGC ATGATGGAAC TGCCCGGCGG CGTGCTGGGG GCGGCACTCG
 851  GTACGATTTT GCTGCCGACT TTGTCCAAAC ACTCGGCAAA CCAAGATACG
 901  GAACAGTTTT CCGCCCTGCT CGACTGGGGT TTGCGCNTGT GCATGCTGCT
 951  GACGCTGCCG GCGGCGGTCG GAATGGCGGT GTTGTCGTTC CCGCTGGTGG
1001  CAACCTTGTT TATGTACCGA GAATTCACGC TGTTTGACGC GCAGATGACG
1051  CAACACGCGC TGATTGCCTA TTCTTTCGGT TTAATCGGTT TAATCATGAT
1101  TAAAGTGTTG GCGCCCGGCT TTTATGCGCG GCAAAACATC AAAACGCCCG
1151  TCAAAATCGC CATCTTCACG CTCATTTGCA CGCAGTTGAT GAACCTTGCC
1201  TTTATCGGCC CACTGAAACA CGTCGGACTT TCGCTTGCCA TCGGTCTGGG
1251  CGCGTGTATC AATGCCGGAT TGTTGTTTTA CCTGTTGCGC AGACACGGTA
1301  TTTACCAACC TGGCAAGGGT TGGGCAGCGT TCTTGGCAAA AATGCTGCTC
1351  TCGCTCGCCG TGATGGGAGG CGGCCTGTAT GCCGCCCAAA TCTGGCTGCC
1401  GTTCGACTGG GCACACGCCG GCGGAATGCA AAAGGCCGCC CGGCTCTTCA
1451  TCCTGATTGC CGTCGGCGGC GGACTGTATT TCGCATCACT GGCGGCTTTG
1501  GGCTTCCGTC CGCGCCATTT CAAACGCGTG GAAAGCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 118>：
   1  MNMLGALVKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL
  51  LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAT EAFIRHVAG M LSFVLVIVTA
 101  LGILAAPWVI YVSAPGFAKD ADKFQLSIDL LRIT FPYILL ISLSSFVGSV
 151  LNSYHKFSIP AFTPT FLNVS FIVFALFFVP YFDPP VTALA WAVFVGGILQ
 201  LGFQLPWLAK LGFLKLPKLS FKDAAVNRVM KQ MAPAILGV SVAQISLVIN
 251  TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPGGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT
 301  EQFSALLDWG LR XCMLLTLP AAVGMAVLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT
 351  QHA LIAYSFG LIGLIMIKVL APGFYARQNI KTPVK IAIFT LICTQLMNLA
 401  FIGPLKHVGL S LAIGLGACI NAGLLFYLLR RHGIYQPGKG WA AFLAKMLL
 451  SLAVMGGGLY AAQIWLPFDW AHAGGMQKAA R LFILIAVGG GLYFASLAAL
 501  GFRPRHFKRV ES*
ORF20a和ORF20-1在512个氨基酸的重叠区内显示出有96.5％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf20a.pep    MNMLGALVKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
              |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20-1       MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf20a.pep    AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAKD
              |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf20-1       AQAFVPILAEYKETRSKEAAEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAQD
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf20a.pep    ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFSIPAFTPTFLNVSFIVFALFFVP
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf20-1       ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPTFLNVSFIVFALFFVP
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf20a.pep    YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20-1       YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf20a.pep    SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPGGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
              ||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf20-1       SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf20a.pep    EQFSALLDWGLRXCMLLTLPAAVGMAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
              |||||||||||| |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20-1       EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf20a.pep    LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLSLAIGLGACI
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20-1       LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLSLAIGLGACI
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf20a.pep    NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWAAFLAKMLLSLAVMGGGLYAAQIWLPFDWAHAGGMQKAA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:||| :|||:|||||||:||:
orf20-1       NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWAAFLAKMLLSLAVMCGGLWAAQAYLPFEWAHAGGMRKAG
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500       510
orf20a.pep    RLFILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVESX
              :| ||||||||||||||||||||||||||||:|
orf20-1       QLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVENX
                     490       500       510
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF20与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF20ng)在重叠的454个氨基酸内显示出有92.1％的相同性：
orf20.pep     MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF   60
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20ng       MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF   60
orf20.pep     AQAFVPILAEYKETRSKEAXEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPSFAQD  120
              ||||||||||||||||||||:||||||||||||||::||||||||||||||||||:|::|
orf20ng       AQAFVAILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLIVVTALGILAAPWVIYVSAPGFTKD  120
orf20.pep     ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPXFLNVSFIVFALFFVP  180
              ||||||||:||||||||||||||||||||:||||||||||||||:|||:|||||||||||
orf20ng       ADKFQLSISLLRITFPYILLISLSSFVGSILNSYHKFGIPAFTPTFLNISFIVFALFFVP  180
orf20.pep     YFDPPVTAXAWAVFVGGILQLXFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV  240
              |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf20ng       YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLNFKDAAVNRVMKQMAPAILGV  240
orf20.pep     SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT  300
              ||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf20ng       SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPGGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT  300
orf20.pep     EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYRXFTLFDAQMTQHALIAYSFG  360
              ||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf20ng       EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAAGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG  360
orf20.pep     LIGLIMIKVLAPGFYARQNIXXPVKIAIFTLICXQLMNLXFXGPLXXIGLSLAIGLGACI  420
              ||||||||||| |||||||| :|||||||||||:||||| | |||   ||||||||||||
orf20ng       LIGLIMIKVLASGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHAGLSLAIGLGACI  420
orf20.pep     NAGLLFYLLRRHGIYQPXQGLGSVLXQKCCSRSP  454
              ||||||:|:|:||||:| ||||:   :|||||||
orf20ng       NAGLLFFLFRKHGIYRPGQGLGQPSWRKCCSRSP  454
预计ORF20ng核苷酸序列<SEQ ID 119>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID120>：
  1    MNMLGALAKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL
 51    LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAT EAFIRHVAGM LSFVLIVVTA
101    LGILAAPWVI YVSAPGFTKD ADKFQLSISL LRITFPYILL ISLSSFVGSI
151    LNSYHKFGIP AFTPTFLNIS FIVFALFFVP YFDPPVTALA WAVFVGGILQ
201    LGFQLPWLAK LGFLKLPKLN FKDAAVNRVM KQMAPAILGV SVAQISLVIN
251    TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELPGGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT
 301    EQFSALLDWG LRLCMLLTLP AAAGLAVLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT
 351    QHALIAYSFG LIGLIMIKVL ASGFYARQNI KTPVKIAIFT LICTQLMNLA
 401    FIGPLKHAGL SLAIGLGACI NAGLLFFLFR KHGIYRPGQG LGQPSWRKCC
 451    SRSP*
进一步的DNA分析揭示了下列DNA序列<SEQ ID 121>：
   1    ATGAATATGC TTGGAGCTTT GGCAAAAGTC GGCAGCCTGA CGATGGTGTC
  51    GCGCGTTTTG GGATTTGTGC GCGATACGGT CATTGCGCGG GCATTCGGCG
 101    CGGGTATGGC GACGGATGCG TTTTTTGTCG CGTTCAAACT GCCCAACCTG
 151    CTTCGCCGCG TGTTTGCGGA GGGGGCGTTT GCCCAAGCGT TTGTGCCGAT
 201    TTTGGCGGAA TATAAGGAAA CGCGTTCTAA AGAGGCGAcg gAGGCTTTTA
 251    TCCGCCACGt tgcgggAatg CTGTCGTTTG TGCTGATcgt cGttacCGCG
 301    CTGGGCATAC TTGCCGCgcc tTGGGTGATT TATGTTtccg CgcccGGCTT
 351    TACCAAAGAC GCGGACAAGT TCCAACTTTC CATCAGCCTG CTGCGGATTA
 401    CGTTTCCTTA TATATTATTG ATTTCTTTGT CTTCTTTTGT CGGCTCGATA
 451    CTCAATTCCT ACCATAAGTT CGGCATTCCC GCGTTTACGC CCACGTTTTT
 501    AAACATCTCT TTTATCGTAT TCGCACTGTT TTTCGTGCCG TATTTCGATC
 551    CGCCCGTTAC CGCGCTGGCG TGGGCGGTTT TTGTCGGCGG TATTTTGCAG
 601    CTCGGTTTCC AACTGCCGTG GCTGGCGAAA CTGGGCTTTT TGAAACTGCC
 651    CAAACTGAAT TTCAAAGATG CGGCGGTCAA CCGCGTCATG AAACAGATGG
 701    CGCCTGCGAT TTTGGGCGTG agcgTGGCGC AAATTTCTTT GgttATCAAC
 751    ACGATTTTCG CGTCTTATCT GCAATCGGGC AGCGTTTCAT GGATGTatta
 801    cgCCGACCGC ATGATGGAGc tgcgccGGGG CGTGCTGGGG GCTGCACTCG
 851    GTACAATTTT GCTGCCGACT TTGTCCAAAC ACTCGGCAAA CCAAGATACG
 901    GAACAGTTTT CCGCCCTGCT CGACTGGGGT TTGCGCCTGT GCATGCTGCT
 951    GACGCTGCCG GCGGCGGccg GACTGGCGGT ATTGTCGTTC CCGCTGGTGG
1001    CGACGCTGTT TATGTACCGA GAATTCACGC TGTTTGACGC ACAAATGACG
1051    CAACACGCGC TGATTGCCTA TTCTTTCGGT TTAATCGGTT TAATTATGAT
1101    TAAAGTGTTG GCATCCGGCT TTTATGCGCG GCAAAACATC AAAACGCCCG
1151    TCAAAATCGC CATCTTCACG CTCATCTGCA CGCAGTTGAT GAACCTCGCC
1201    TTTATCGGTC CGTTGAAACA CGCCGGGCTT TCGCTCGCCA TCGGCCTGGG
1251    CGCGTGCATC AACGCCGGAT TGTTGTTCTT CCTGTTGCGC AAACACGGTA
1301    TTTACCGGCC cggcaggggt tgggcggcgt TCTTGGCGAA AATGCTGCTC
1351    GCGCTCGCCG TGATGTGCGG CGGACTGTGG GCGGCGCAGG CTTGCCTGCC
1401    GTTCGAATGG GCGCACGCCG GCGGAATGCG GAAAGCGGGG CAGCTCTGCA
1451    TCCTGATTGC CGTCGGCGGC GGACTGTATT TCGCATCTCT GGCGGCTTTG
1501    GGCTTCCGTC CGCGCCATTT CAAACGCGTG GAAAGCTGA
它编码下列氨基酸序列<SEQ ID 122；ORF20ng-1>：
   1    MNMLGALAKV GSLTMVSRVL GFVRDTVIAR AFGAGMATDA FFVAFKLPNL
  51    LRRVFAEGAF AQAFVPILAE YKETRSKEAT EAFIRHVAG M LSFVLIVVTA
 101    LGILAAPWVI YVSAPGFTKD ADKFQLSISL LRIT FPYILL ISLSSFVGSI
 151    LNSYHKFGIP AFTPT FLNIS FIVFALFFVP YFDPP VTALA WAVFVGGILQ
 201    LGFQLPWLAK LGFLKLPKLN FKDAAVNRVM KQ MAPAILGV SVAQISLVIN
 251    TIFASYLQSG SVSWMYYADR MMELRRGVLG AALGTILLPT LSKHSANQDT
 301    EQFSALLDWG LR LCMLLTLP AAAGLAVLSF PLVATLFMYR EFTLFDAQMT
 351    QHA LIAYSFG LIGLIMIKVL ASGFYARQNI KTPVK IAIFT LICTQLMNLA
 401    FIGPLKHAGL S LAIGLGACI NAGLLFFLLR KHGIYRPGRG WA AFLAKMLL
 451    ALAVMCGGLW AAQACLPFEW AHAGGMRKAG Q LCILIAVGG GLYFASLAAL
 501    GFRPRHFKRV ES*
ORF20ng-1和ORF20-1在512个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf20-1.pep   MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20ng-1     MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf20-1.pep   AQAFVPILAEYKETRSKEAAEAFIRHVAGMLSFVLVIVTALGILAAPWVIYVSAPGFAQD
              ||||||||||||||||||:|||||||||||||||::|||||||||||||||||||||::|
orf20ng-1     AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLIVVTALGILAAPWVIYVSAPGFTKD
                      70        80       90       100       110        120
                     130       140      150       160       170        180
orf20-1.pep    ADKFQLSIDLLRITFPYILLISLSSFVGSVLNSYHKFGIPAFTPTFLNVSFIVFALFFVP
               ||||||||:||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||:|||||||||||
orf20ng-1      ADKFQLSISLLRITFPYILLISLSSFVGSILNSYHKFGIPAFTPTFLNISFIVFALFFVP
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf20-1.pep    YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLSFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf20ng-1      YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLNFKDAAVNRVMKQMAPAILGV
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf20-1.pep    SVAQVSLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELPSGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
               ||||:|||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
orf20ng-1      SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELRRGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf20-1.pep    EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAVGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
               ||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf20ng-1      EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAAGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf20-1.pep    LIGLIMIKVLAPGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHVGLSLAIGLGACI
               ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||
orf20ng-1      LIGLIMIKVLASGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHAGLSLAIGLGACI
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440       450       460       470       480
orf20-1.pep    NAGLLFYLLRRHGIYQPGKGWAAFLAKMLLSLAVMCGGLWAAQAYLPFEWAHAGGMRKAG
               ||||||:|||:||||:||:|||||||||||:||||||||||||| |||||||||||||||
orf20ng-1      NAGLLFFLLRKHGIYRPGRGWAAFLAKMLLALAVMCGGLWAAQACLPFEWAHAGGMRKAG
                      430       440       450       460       470       480
                      490       500       510
orf20-1.pep    QLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVENX
               |||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf20ng-1      QLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKRVESX
                      490       500       510
另外，ORF20ng-1显示出与鼠伤寒杆菌的一种毒力因子明显同源：
sp|P37169|MVIN_SALTY毒力因子MVIN pir||S40271 mviN蛋白-鼠伤寒杆菌gi|438252(Z26133)mviB基因产物[鼠伤寒杆菌]gnl|PID|d1005521(D25292)ORF2[鼠伤寒杆菌]长度＝524
评分＝1573(750.1位)，估计值＝1.1e-220，Sum P(2)＝1.1e-220
相同性＝309/467(66％)，阳性＝368/467(78％)
询问：  1   MNMLGALAKVGSLTMVSRVLGFVRDTVIARAFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRVFAEGAF  60
             MN+L +LA V S+TM SRVLGF RD ++AR FGAGMATDAFFVAFKLPNLLRR+FAEGAF
目标： 14   MNLLKSLAAVSSMTMFSRVLGFARDAIVARIFGAGMATDAFFVAFKLPNLLRRIFAEGAF  73
询问： 61   AQAFVPILAEYKETRSKEATEAFIRHVAGMLSFVLIVVTALGILAAPWVIYVSAPGFTKD  120
             +QAFVPILAEYK  + +EAT  F+ +V+G+L+  L VVT  G+LAAPWVI V+APGF
目标： 74   SQAFVPILAEYKSKQGEEATRIFVAYVSGLLTLALAVVTVAGMLAAPWVIMVTAPGFADT  133
询问：121   ADKFQLSISLLRITFPYILLISLSSFVGSILNSYHKFGIPAFTPTFLNISFIVFALFFVP  180
             ADKF L+  LLRITFPYILLISL+S VG+ILN++++F IPAF PTFLNIS I FALF  P
目标：134   ADKFALTTQLLRITFPYILLISLASLVGAILNTWNRFSIPAFAPTFLNISMIGFALFAAP  193
询问：181    YFDPPVTALAWAVFVGGILQLGFQLPWLAKLGFLKLPKLNFKDAAVNRVMKQMAPAILGV 240
              YF+PPV ALAWAV VGG+LQL +QLP+L K+G L LP++NF+D    RV+KQM PAILGV
目标：194    YFNPPVLALAWAVTVGGVLQLVYQLPYLKKIGMLVLPRINFRDTGAMRVVKQMGPAILGV 253
询问：241    SVAQISLVINTIFASYLQSGSVSWMYYADRMMELRRGVLGAALGTILLPTLSKHSANQDT 300
              SV+QISL+INTIFAS+L SGSVSWMYYADR+ME   GVLG ALGTILLP+LSK  A+ +
目标：254    SVSQISLIINTIFASFLASGSVSWMYYADRLMEFPSGVLGVALGTILLPSLSKSFASGNH 313
询问：301    EQFSALLDWGLRLCMLLTLPAAAGLAVLSFPLVATLFMYREFTLFDAQMTQHALIAYSFG 360
              +++  L+DWGLRLC LL LP+A  L +L+ PL  +LF Y +FT FDA MTQ ALIAYS G
目标：314    DEYCRLMDWGLRLCFLLALPSAVALGILAKPLTVSLFQYGKFTAFDAAMTQRALIAYSVG 373
询问：361    LIGLIMIKVLASGFYARQNIKTPVKIAIFTLICTQLMNLAFIGPLKHAGLSLAIGLGACI 420
              LIGLI++KVLA GFY+RQ+IKTPVKIAI TLI TQLMNLAFIGPLKHAGLSL+IGL AC+
目标：374    LIGLIVVKVLAPGFYSRQDIKTPVKIAIVTLIMTQLMNLAFIGPLKHAGLSLSIGLAACL 433
询问：421    NAGLLFFLLRKHGIYRPGRGWXXXXXXXXXXXXVMCGGLWAAQACLP 467
              NA LL++ LRK  I+ P  GW           VM    L+     +P
目标：434    NASLLYWQLRKQNIFTPQPGWMWFLMRLIISVLVMAAVLFGVLHIMP 480
评分＝70(33.4位)，估计值＝1.1e-220，Sum P(2)＝1.1e-220
相同性＝14/41(34％)，阳性＝23/41(56％)
询问：469    EWAHAGGMRKAGQLCILIAVGGGLYFASLAALGFRPRHFKR 509
              EW+    + +  +L  ++  G   YFA+LA LGF+ + F R
目标：481    EWSQGSMLWRLLRLMAVVIAGIAAYFAALAVLGFKVKEFVR 521
根据该分析结果，包括与鼠伤寒杆菌的一种毒力因子有同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白质可作为疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例15
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 123>：
  1    atGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAACCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA
 51    GCAAGCCGTT tACGACGGCC CGGCCaTTAC CGAAGtCGCG TTGCTTGGCG
101    AAGAATATGC CGGTATGCGC CCCTCGATGA AAGTCAAGGA AGGCGATGCC
151    GTcAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGAATC CGGGCGTGGT
201    GTTTACTGCG CCGGCTTCAG GcAAAATCGC CGCGATTCAC CGTGGCGAAA
251    AGCGCGTACT TCAGTCAGTC GTGATTGCCG TTGAArGCAA CGACGAAATC
301    GAGTTTGAAC GCTACGCACC TGAAGCGCTG GCAAACTTAA GCGGCGAAGA
351    AGTGCGCCGC AACCTGATCC AATCCGGTTT GTGGACTGCG CTGCGCACCC
401    GTCCGTTCAG CAAAATTCCT GCCGTCGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC
451    GTCAATGCGA tGGACACCAA TCCG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 124；ORF22>：
  1    MIKIKKGLNL PIAGRPEQAV YDGPAITEVA LLGEEYAGMR PSMKVKEGDA
 51    VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEXNDEI
101    EFERYAPEAL ANLSGEEVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIF
151    VNAMDTNP..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 125>：
  1    ATGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAACCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA
 51    GCAAGCCGTT TACGACGGCC CGGCCATTAC CGAAGTCGCG TTGCTTGGCG
101    AAGAATATGC CGGTATGCGC CCCTCGATGA AAGTCAAGGA AGGCGATGCC
151    GTCAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGAATC CGGGCGTGGT
201    GTTTACTGCG CCGGCTTCAG GCAAAATCGC CGCGATTCAC CGTGGCGAAA
 251    AGCGCGTACT TCAGTCAGTC GTGATTGCCG TTGAAGGCAA CGACGAAATC
 301    GAGTTTGAAC GCTACGCACC TGAAGCGCTG GCAAACTTAA GCGGCGAAGA
 351    AGTGCGCCGC AACCTGATCC AATCCGGTTT GTGGACTGCG CTGCGCACCC
 401    GTCCGTTCAG CAAAATTCCT GCCGTCGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC
 451    GTCAATGCGA TGGACACCAA TCCGCTGGCT GCCGACCCTA CGGTCATTAT
 501    CAAAGAAGCC GCCGAGGATT TCAAACGCGG CCTGTTGGTA TTGAGCCGTT
 551    TGACCGAACG CAAAATCCAT GTTTGTAAGG CAGCTGGCGC AGACGTGCCG
 601    TCTGAAAATG CTGCCAACAT CGAAACACAT GAATTCGGCG GCCCGCATCC
 651    TGCCGGTTTG AGTGGCACGC ACATTCATTT CATCGAGCCG GTCGGCGCGA
 701    ATAAAACCGT GTGGACCATC AATTATCAAG ATGTAATTAC CATTGGCCGT
 751    TTGTTTGCAA CAGGCCGTCT GAACACCGAG CGCGTGATTG CCCTAGGTGG
 801    TTCTCAAGTC AACAAACCGC GCCTCTTGCG TACCGTTTTG GGTGCGAAAG
 851    TATCGCAAAT TACTGCGGGC GAATTGGTTG ACACAGACAA CCGCGTGATT
 901    TCCGGTTCGG TATTGAACGG CGCGATTACA CAAGGCGCGC ACGATTATTT
 951    GGGACGCTAC CACAATCAGA TTTCCGTTAT CGAAGAAGGC CGCAGCAAAG
1001    AGCTGTTCGG CTGGGTTGCG CCGCAGCCGG ACAAATACTC CATCACGCGT
1051    ACAACCCTCG GCCATTTCCT GAAAAACAAA CTCTTCAAGT TCAACACAGC
1101    CGTCAACGGC GGCGACCGCG CCATGGTGCC GATTGGTACT TACGAGCGCG
1151    TGATGCCCTT GGATATCCTG CCCACCCTGC TTTTGCGCGA TTTAATCGTC
1201    GGCGATACCG ACAGCGCGCA GGCATTGGGT TGCTTGGAAT TGGACGAAGA
1251    AGACCTCGCT TTGTGCAGCT TCGTCTGCCC GGGCAAATAC GAATACGGCC
1301    CGCTGTTGCG CAAAGTGCTG GAAACCATTG AGAAGGAAGG CTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 126；ORF22-1>：
  1    MIKIKKGLNL PIAGRPEQAV YDGPAITEVA LLGEEYAGMR PSMKVKEGDA
 51    VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI
101    EFERYAPEAL ANLSGEEVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIF
151    VNAMDTNPLA ADPTVIIKEA AEDFKRGLLV LSRLTERKIH VCKAAGADVP
201    SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVITIGR
251    LFATGRLNTE RVIALGGSQV NKPRLLRTVL GAKVSQITAG ELVDTDNRVI
301    SGSVLNGAIT QGAHDYLGRY HNQISVIEEG RSKELFGWVA PQPDKYSITR
351    TTLGHFLKNK LFKFNTAVNG GDRAMVPIGT YERVMPLDIL PTLLLRDLIV
401    GDTDSAQALG CLELDEEDLA LCSFVCPGKY EYGPLLRKVL ETIEKEG*
进一步的工作鉴定了脑膜炎奈瑟球菌菌株A中对应的基因<SEQ ID 127>：
   1    ATGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAACCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA
  51    GCAAGTCATT TATGACGGGC CCGTCATTAC CGAAGTCGCG TTGCTTGGCG
 101    AAGAATATGC CGGTATGCGC CCCTNGATGA AAGTCAAGGA AGGCGATGCC
 151    GTCAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGNATC CGGGCGTGGT
 201    GTTTACCGCG CCNGTTTCAG GCAAAATCGC CGCCATCCAT CGCGGCGAAA
 251    AGCGCGTACT TCAGTCGGTC GTGATTGCCG TTGAAGGCAA CGACGAAATC
 301    GAGTTCGAAC GCTACGCGCC CGAAGCGTTG GCAAACTTAA GCGGCGANGA
 351    ANTNNGNNGC AATCTGATCC AATCCGGTTT GTGGACTGCG CTGCGTANCC
 401    GTCCGTTCAG CAAAATCCCT GCCGTCGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC
 451    GTCAATGCGA TGGACACCAA TCCGCTNGCG GCAGACCCTG TGGTTGTGAT
 501    CAAAGAAGCC GNCGANGATT TCAGACGANG TNTGCTGGTA TTGAGCCGTT
 551    TGACCGAGCG TAAAATCCAT GTGTGTAAGG CAGCTGGCGC AGACGTGCCG
 601    TCTGAAAATG CTGCCAACAT CGAAACACAT GAATTCGGCG GCCCGCATCC
 651    GGCCGGTTTG AGTGGCACGC ACATTCATTT CATTGAGCCG GTCGGTGCAA
 701    ACAAAACCGT TTGGACCATC AATTATCAAG ATGTAATTGC CATCGGACGT
 751    TTGTTTGCAA CAGGCCGTCT GAACACCGAG CGCGTGATTG CTTTGGGTGG
 801    TTCTCAAGTC AACAAACCAC GCCTCTTGCG TACCGTTTTG GGTGCGAAAG
 851    TATCGCAAAT TACTGCGGGC GAATTGGTTG ACGCAGACAA CCGCGTGATT
 901    TCCGGTTCGG TATTGAACGG CGCGATTACA CAAGGCGCGC ACGATTATTT
 951    GGGACGCTAC CACAATCAGA TTTCCGTTAT CGAAGAAGGC CGCAGCAAAG
1001    AGCTGTTCGG CTGGGTTGCG CCGCAGCCGG ACAAATACTC CATCACGCGT
1051    ACGACCCTCG GCCATTTCCT GAAAAACAAA CTCTTCAAGT TCACGACAGC
1101    CGTCAACGGT GGCGACCGCG CCATGGTGCC GATTGGTACT TACGAGCGCG
1151    TAATGCCGCT AGACATCCTG CCTACCCTGC TTTTGCGCGA TTTAATCGTC
1201    GGCGATACCG ACAGCGCGCA AGCATTGGGT TGCTTGGAAT TGGACGAAGA
1251    AGACCTCGCT TTGTGCAGCT TCGTCTGCCC GGGCAAATAC GAATANGGCC
1301   CGCTGTTGCG TAAGGTGCTG GAAACCNTTG AGAAGGAAGG CTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 128；ORF22a>：
  1    MIKIKKGLNL PIAGRPEQVI YDGPVITEVA LLGEEYAGMR PXMKVKEGDA
 51    VKKGQVLFED KKXPGVVFTA PVSGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI
101    EFERYAPEAL ANLSGXEXXX NLIQSGLWTA LRXRPFSKIP AVDAEPFAIF
151    VNAMDTNPLA ADPVVVIKEA XXDFRRXXLV LSRLTERKIH VCKAAGADVP
201    SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVIAIGR
251    LFATGRLNTE RVIALGGSQV NKPRLLRTVL GAKVSQITAG ELVDADNRVI
301    SGSVLNGAIT QGAHDYLGRY HNQISVIEEG RSKELFGWVA PQPDKYSITR
351    TTLGHFLKNK LFKFTTAVNG GDRAMVPIGT YERVMPLDIL PTLLLRDLIV
401    GDTDSAQALG CLELDEEDLA LCSFVCPGKY EXGPLLRKVL ETXEKEG*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF22)与ORF22a在重叠的158个氨基酸内显示出有94.2％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf22.pep    MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED
             ||||||||||||||||||::||||:|||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf22a       MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPVITEVALLGEEYAGMRPXMKVKEGDAVKKGQVLFED
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf22.pep    KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEXNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR
             || ||||||||:||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
orf22a       KKXPGVVFTAPVSGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGXEXXX
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150
orf22.pep    NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNP
             ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf22a       NLIQSGLWTALRXRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPVVVIKEAXXDFRRXXLV
                    130       140       150       160       170       180
完整的菌株B序列(ORF22-1)和ORF22a在447个氨基酸的重叠区内显示出有94.9％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf22a.pep    MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPVITEVALLGEEYAGMRPXMKVKEGDAVKKGQVLFED
              ||||||||||||||||||::||||:|||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf22-1       MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf22a.pep    KKXPGVVFTAPVSGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGXEXXX
              || ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf22-1       KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf22a.pep    NLIQSGLWTALRXRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPVVVIKEAXXDFRRXXLV
              ||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||  ||:|  ||
orf22-1       NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf22a.pep    LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22-1       LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf22a.pep     NYQDVIAIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDADNRVI
               ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf22-1        NYQDVITIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDTDNRVI
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf22a.pep     SGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22-1        SGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf22a.pep     LFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
               ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22-1        LFKFNTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440
orf22a.pep     LCSFVCPGKYEXGPLLRKVLETXEKEGX
               ||||||||||| |||||||||| |||||
orf22-1        LCSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEGX
                      430       440
进一步的工作鉴定了淋病奈瑟球菌的部分基因序列<SEQ ID 129>，它编码下列氨基酸序列<SEQ ID 130；ORF22ng>：
  1    MIKIKKGLNL PIAGRPEQVI YDGPAITEVA LLGEEYVGMR PSMKIKEGEA
 51    VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI
101    EFERYVPEAL AKLSSEKVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIF
151    VNAMDTNPLA ADPTVIIKEA AEDFKRGLLV LSRLTERKIH VCKAAGADVP
201    SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVIAIGR
251    LFVTGRLNTE RVVALGGLQV NKPRLLRTVL GAKVSQLTAG ELVDADNRVI
301    SGSVLNGAIA QGAHDYLGRY HN*
进一步的工作鉴定了完整的淋球菌基因<SEQ ID 131>：
   1    ATGATTAAAA TCAAAAAAGG TCTAAATCTG CCCATCGCGG GCAGACCGGA
  51    GCAAGTCATT TATGACGGCC CGGCCATTAC CGAAGTCGCG TTGCTTGGCG
 101    AAGAATATGT CGGCATGCGC CCCTCGATGA AAATCAAGGA AGGTGAAGCC
 151    GTCAAAAAAG GCCAAGTGCT GTTTGAAGAC AAAAAGAATC CGGGCGTAGT
 201    ATTTACTGCG CCGGCTTCAG GCAAAATCGC CGCTATTCAC CGTGGCGAAA
 251    AGCGCGTACT TCAGTCAGTC GTGATTGCCG TTGAAGGCAA CGACGAAATC
 301    GAGTTCGAAC GCTACGTACC TGAAGCGCTG GCAAAATTGA GCAGCGAAAA
 351    AGTGCGCCGC AACCTGATTC AATCAGGCTT ATGGACTGCG CTTCGCACCC
 401    GTCCGTTCAG CAAAATCCCT GCCGTAGATG CCGAGCCGTT CGCCATCTTC
 451    GTCAATGCGA TGGACACCAA TCCGCTGGCT GCCGACCCTA CGGTCATCAT
 501    CAAAGAAGCC GCCGAAGACT TCAAACGCGG CCTGTTGGTA TTGAGCCGCC
 551    TGACCGAACG TAAAATCCAT GTGTGTAAAG CAGCAGGCGC AGACGTGCCG
 601    TCTGAAAATG CTGCCAATAT CGAAACACAT GAATTTGGCG GCCCGCATCC
 651    TGCCGGCTTG AGTGGCACGC ACATTCATTT CATCGAGCCA GTCGGCGCGA
 701    ATAAAACCGT GTGGACCATC AATTATCAAG ACGTGATTGC TATCGGACGT
 751    TTGTTCGTAA CAGGCCGTCT GAATACCGAG CGCGTGGTTG CCTTGGGCGG
 801    CCTGCAAGTC AACAAACCGC GCCTCTTGCG TACCGTTTTG GGTGCGAAGG
 851    TGTCTCAACT TACCGCCGGC GAATTGGTTG ACGCGGACAA CCGCGTGATT
 901    TCCGGTTCGG TATTGAACGG TGCGATTGCA CAAGGCGCGC ATGATTATTT
 951    GGGACGCTAC CACAATCAGA TTTCCGTTAT CGAAGAAGGC CGCAGCAAAG
1001    AGCTGTTCGG CTGGGTTGCG CCGCAGCCGG ACAAATACTC CATCACGCGC
1051    ACCACTCTCG GCCATTTCCT AAAAAACAAA CTCTTCAAGT TCACGACAGC
1101    CGTCAACGGC GGCGACCGCG CCATGGTACC GATCGGCACT TATGAGCGCG
1151    TAATGCCGTT GGACATCCTG CCTACCTTGC TTTTGCGCGA TTTAATCGTC
1201    GGCGATACCG ACAGCGCGCA GGCTTTGGGT TGCTTGGAAT TGGACGAAGA
1251    AGACCTCGCT TTGTGCAGCT TCGTCTGCCC GGGCAAATAC GAATACGGCC
1301    CGCTGTTGCG CAAAGTGCTG GAAACCATTG AGAAGGAAGG CTGA
   它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 132；ORF22ng-1>：
     1    MIKIKKGLNL PIAGRPEQVI YDGPAITEVA LLGEEYVGMR PSMKIKEGEA
    51    VKKGQVLFED KKNPGVVFTA PASGKIAAIH RGEKRVLQSV VIAVEGNDEI
   101    EFERYVPEAL AKLSSEKVRR NLIQSGLWTA LRTRPFSKIP AVDAEPFAIF
   151    VNAMDTNPLA ADPTVIIKEA AEDFKRGLLV LSRLTERKIH VCKAAGADVP
   201    SENAANIETH EFGGPHPAGL SGTHIHFIEP VGANKTVWTI NYQDVIAIGR
   251    LFVTGRLNTE RVVALGGLQV NKPRLLRTVL GAKVSQLTAG ELVDADNRVI
   301    SGSVLNGAIA QGAHDYLGRY HNQISVIEEG RSKELFGWVA PQPDKYSITR
   351    TTLGHFLKNK LFKFTTAVNG GDRAMVPIGT YERVMPLDIL PTLLLRDLIV
   401    GDTDSAQALG CLELDEEDLA LCSFVCPGKY EYGPLLRKVL ETIEKEG*
最初鉴定的菌株B部分序列(ORF22)与ORF22ng在重叠的158个氨基酸内显示出有93.7％的相同性：
orf22.pep    MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED  60
             ||||||||||||||||||::||||||||||||||||:|||||||:|||:|||||||||||
orf22ng      MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPAITEVALLGEEYVGMRPSMKIKEGEAVKKGQVLFED  60
orf22.pep    KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEXNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR  120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||:|||||:||:|:|||
orf22ng      KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYVPEALAKLSSEKVRR  120
orf22.pep    NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNP                        158
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng      NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV  180
菌株B(ORF22-1)和淋球菌(ORF22ng)的完整序列在447个氨基酸的重叠区内显示出有96.2％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf22-1.pep     MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED
                ||||||||||||||||||::||||||||||||||||:|||||||:|||:|||||||||||
orf22ng-1       MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPAITEVALLGEEYVGMRPSMKIKEGEAVKKGQVLFED
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf22-1.pep     KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:||:|:|||
orf22ng-1       KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYVPEALAKLSSEKVRR
                        70        80        90       100       110       120
                       130       140       150       160       170       180
orf22-1.pep     NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng-1       NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV
                       130       140       150       160       170       180
                       190       200       210       220       230       240
orf22-1.pep     LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng-1       LSRLTERKIHVCKAAGADVPSENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTVWTI
                       190       200       210       220       230       240
                       250       260       270       280       290       300
orf22-1.pep     NYQDVITIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDTDNRVI
                ||||||:|||||:|||||||||:|||| ||||||||||||||||||:|||||||:|||||
orf22ng-1       NYQDVIAIGRLFVTGRLNTERVVALGGLQVNKPRLLRTVLGAKVSQLTAGELVDADNRVI
                       250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf22-1.pep    SGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
               |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng-1      SGSVLNGAIAQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFLKNK
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf22-1.pep    LFKFNTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
               ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng-1      LFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMPLDILPTLLLRDLIVGDTDSAQALGCLELDEEDLA
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440
orf22-1.pep    LCSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEGX
               ||||||||||||||||||||||||||||
orf22ng-1      LCSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEGX
                      430       440
这些序列的计算机分析给出了下列结果：
与大叶性肺炎放线杆菌的48kDa外膜蛋白(登录号U24492)的同源性
ORF22和该48kDa蛋白在158个氨基酸的重叠区内有72％的氨基酸相同性：
Orf22  1    MIKIKKGLNLPIAGRPEQAVYDGPAITEVALLGEEYAGMRPSMKVKEGDAVKKGQVLFED 60
            MI IKKGL+LPIAG P Q+++G   + EVA+LGEEY GMRPSMKV+EGD VKKGQVLFED
48kDa  1    MITIKKGLDLPIAGTPAQVIHNGNTVNEVAMLGEEYVGMRPSMKVREGDVVKKGQVLFED 60
orf22  61   KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEXNDEIEFERYAPEALANLSGEEVRR 120
            KKNPGVVFTAPASG +  I+RGEKRVLQSVVI VE +++I F RY    LA+LS E+V++
48kDa  61   KKNPGVVFTAPASGTVVTINRGEKRVLQSVVIKVEGDEQITFTRYEAAQLASLSAEQVKQ 120
orf22  121  NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNP 158
            NLI+SGLWTA RTRPFSK+PA+DA P +IFVNAMDTNP
48kDa  121  NLIESGLWTAFRTRPFSKVPALDAIPSSIFVNAMDTNP 158
ORF22a还显示出与48kDa的大叶性肺炎放线杆菌蛋白有同源性：
gi|1185395(U24492)48kDa外膜蛋白[大叶性肺炎放线杆菌]长度＝449
评分＝530位(1351)，估计值＝e-150
相同性＝274/450(60％)，阳性＝323/450(70％)，空隙＝4/450(0％)
询问：1    MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPVITEVALLGEEYAGMRPXMKVKEGDAVKKGQVLFED 60
            MI IKKGL+LPIAG P QVI++G  + EVA+LGEEY GMRP MKV+EGD VKKGQVLFED
目标：1    MITIKKGLDLPIAGTPAQVIHNGNTVNEVAMLGEEYVGMRPSMKVREGDVVKKGQVLFED 60
询问：61   KKXPGVVFTAPVSGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYAPEALANLSGXEXXX 120
            KK PGVVFTAP SG +  I+RGEKRVLQSVVI VEG+++I F RY    LA+LS  +
目标：61   KKNPGVVFTAPASGTVVTINRGEKRVLQSVVIKVEGDEQITFTRYEAAQLASLSAEQVKQ 120
询问：121  NLIQSGLWTALRXRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPVVVIKEAXXDFRRXXLV 180
            NLI+SGLWTA R RPFSK+PA+DA P +IFVNAMDTNPLAADP VV+KE  DF+     V
目标：121  NLIESGLWTAFRTRPFSKVPALDAIPSSIFVNAMDTNPLAADPEVVLKEYETDFKDGLTV 180
询问：181  LSRL--TERKIHVCKAAGADVP-SENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTV 237
            L+RL   ++ +++CK A +++P S     I    F G HPAGL GTHIHF++PVGA K V
目标：181  LTRLFNGQKPVYLCKDADSNIPLSPAIEGITIKSFSGVHPAGLVGTHIHFVDPVGATKQV 240
询问：238  WTINYQDVIAIGRLFATGRLNTERVIALGGSQVNKPRLLRTVLGAKVSQITAGELVDADN 297
            W +NYQDVIAIG+LF TG L T+R+I+L G QV  PRL+RT LGA+SQ+TA EL    +N
目标：241  WHLNYQDVIAIGKLFTTGELFTDRIISLAGPQVKNPRLVRTRLGANLSQLTANELNAGEN 300
询问：298    RVISGSVLNGAITQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFL 357
              RVISGSVL+GA  G   DYLGRY  Q+SV+ EGR KELFGW+ P  DK+SITRT LGHF
目标：301    RVISGSVLSGATAAGPVDYLGRYALQVSVLAEGREKELFGWIMPGSDKFSITRTVLGHFG 360
询问：358    KNKLFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMXXXXXXXXXXXXXXVGDTDSAQXXXXXXXXXX 417
              K KLF FTTAV+GG+RAMVPIG YERVM               GDTDSAQ
目标：361    K-KLFNFTTAVHGGERAMVPIGAYERVMPLDIIPTLLLRDLAAGDTDSAQNLGCLELDEE 419
询问：418    XXXXXSFVCPGKYEXGPLLRKVLETXEKEG 447
                   ++VCPGK   GP+LR  LE  EKEG
ORF22ng-1还显示出与大叶性肺炎放线杆菌的OMP有同源性：
gi|1185395(U24492)48kDa外膜蛋白[大叶性肺炎放线杆菌]长度＝449
评分＝555位(1414)，估计值＝e-157
相同性＝284/450(63％)，阳性＝337/450(74％)，空隙＝4/450(0％)
询问：27    MIKIKKGLNLPIAGRPEQVIYDGPAITEVALLGEEYVGMRPSMKIKEGEAVKKGQVLFED 86
             MI IKKGL+LPIAG P QVI++G  + EVA+LGEEYVGMRPSMK++EG+ VKKGQVLFED
目标：1     MITIKKGLDLPIAGTPAQVIHNGNTVNEVAMLGEEYVGMRPSMKVREGDVVKKGQVLFED 60
询问：87    KKNPGVVFTAPASGKIAAIHRGEKRVLQSVVIAVEGNDEIEFERYVPEALAKLSSEKVRR 146
             KKNPGVVFTAPASG +  I+RGEKRVLQSVVI VEG+++I F RY    LA LS+E+V++
目标：61    KKNPGVVFTAPASGTVVTINRGEKRVLQSVVIKVEGDEQITFTRYEAAQLASLSAEQVKQ 120
询问：147   NLIQSGLWTALRTRPFSKIPAVDAEPFAIFVNAMDTNPLAADPTVIIKEAAEDFKRGLLV 206
             NLI+SGLWTA RTRPFSK+PA+DA P +IFVNAMDTNPLAADP V++KE   DFK GL V
目标：121   NLIESGLWTAFRTRPFSKVPALDAIPSSIFVNAMDTNPLAADPEVVLKEYETDFKDGLTV 180
询问：207   LSRL--TERKIHVCKAAGADVP-SENAANIETHEFGGPHPAGLSGTHIHFIEPVGANKTV 263
             L+RL   ++ +++CK A +++P S     I    F G HPAGL GTHIHF++PVGA K V
目标：181   LTRLFNGQKPVYLCKDADSNIPLSPAIEGITIKSFSGVHPAGLVGTHIHFVDPVGATKQV 240
询问：264   WTINYQDVIAIGRLFVTGRLNTERVVALGGLQVNKPRLLRTVLGAKVSQLTAGELVDADN 323
             W+NYQDVIAIG+LF TG L  T+R+++L G QV  PRL+RT LGA +SQLTA EL   +N
目标：241   WHLNYQDVIAIGKLFTTGELFTDRIISLAGPQVKNPRLVRTRLGANLSQLTANELNAGEN 300
询问：324   RVISGSVLNGAIAQGAHDYLGRYHNQISVIEEGRSKELFGWVAPQPDKYSITRTTLGHFL 383
             RVISGSVL+GA A G  DYLGRY   Q+SV+EGR KELFGW+P   DK+SITRT LGHF
目标：301   RVISGSVLSGATAAGPVDYLGRYALQVSVLAEGREKELFGWIMPGSDKFSITRTVLGHFG 360
询问：384   KNKLFKFTTAVNGGDRAMVPIGTYERVMXXXXXXXXXXXXXXVGDTDSAQXXXXXXXXXX 443
             K KLF FTTAV+GG+RAMVPIG YERVM               GDTDSAQ
目标：361   K-KLFNFTTAVHGGERAMVPIGAYERVMPLDIIPTLLLRDLAAGDTDSAQNLGCLELDEE 419
询问：444   XXXXXSFVCPGKYEYGPLLRKVLETIEKEG 473
                  ++VCPGK  YGP+LR  LE IEKEG
目标：420   DLALCTYVCPGKNNYGPMLRAALEKIEKEG 449
根据该分析结果，包括与大叶性肺炎放线杆菌外膜蛋白有同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
将ORF22-1(35.4kDa)如上所述克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图5A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图5B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA(阳性结果)和FACS分析(图5C)。这些结果确认ORF22-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例16
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 133>：
  1  ..GCGnCGnAAA TCATCCATCC CC..nACGTC GTAGGCCCTG AAGCCAACTG
 51    GTTTTTTATG GTAGCCAGTA CGTTTGTGAT TGCTTTGATT GGTTATTTTG
101    TTACTGAAAA AATCGTCGAA CCGCAATTGG GCCCTTATCA ATCAGATTTG
151    TCACAAGAAG AAAAAGACAT TCGGCATTCC AATGAAATCA CGCCTTTGGA
201    ATATAAAGGA TTAATTTGGG CTGGCGTGGT GTTTGTTGCC TTATCCGCCC
251    TATTGGCTTG GAGCATCGTC CCTGCCGACG GTATTTTGCG TCATCCTGAA
301    ACAGGATTGG TTTCCGGTTC GCCGTTTTTA AAATCGATTG TTGTTTTTAT
351    TTTCTTGTTG TTTGCACTGC CGGGCATTGT TTATGGCCGG GTAACCCGAA
401    GTTTGCGCGG CGAACAGGAA GTCGTTAATG CGmyGGCCGA ATCGATGAGT
451    ACTCTGGsGC TTTmTTTGsw CAkcATCTTT TTTGCCGCAC AGTTTGTCGC
501    ATTTTTTAAT TGGACGAATA TTGGGCAATA TATTGCCGTT AAAGGGGCGA
551    CGTTCTTAAA AGAAGTCGGC TTGGGCGGCA GCGTGTTGTT TATCGGTTTT
601    ATTTTAATTT GTGCTTTTAT CAATCTGATG ATAGGCTCCG CCTCCGCGCA
651    ATGGGCGGTA ACTGCGCCGA TTTTCGTCCC TATGCTGATG TTGGCCGGCT
701    ACGCGCCCGA AGTCATTCAA GCCGCTTACC GCATCGGTGA TTCCGTTACC
751    AATATTATTA CGCCGATGAT GAGTTATTTC GGGCTGATTA TGGCGACGGT
801    GrkCmmmTAC AAAAAAGATG CGGGCGTGGG TaCGcTGATT wCTATGATGT
851    TGCCGTATTC CGCTTTCTTC TTGATTGCgT GGATTGCCTT ATTCTGCATT
901    TGGGTATTTg TTTTGGGCCT GCCCGTCGGT CCCGGCGCGC CCACATTCTA
951    TCCCGCACCT TAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 134；ORF12>：
  1  ..AXXIIHPXXV VGPEANWFFM VASTFVIALI GYFVTEKIVE PQLGPYQSDL
 51    SQEEKDIRHS NEITPLEYKG LIWAGVVFVA LSALLAWSIV PADGILRHPE
101    TGLVSGSPFL KSIVVFIFLL FALPGIVYGR VTRSLRGEQE VVNAXAESMS
151    TLXLXLXXIF FAAQFVAFFN WTNIGQYIAV KGATFLKEVG LGGSVLFIGF
201    ILICAFINLM IGSASAQWAV TAPIFVPMLM LAGYAPEVIQ AAYRIGDSVT
251    NIITPMMSYF GLIMATVXXY KKDAGVGTLI XMMLPYSAFF LIAWIALFCI
301    WVFVLGLPVG PGAPTFYPAP*
进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 135>是：
   1    ATGAGTCAAA CCGATACGCA ACGGGACGGA CGATTTTTAC GCACAGTCGA
  51    ATGGCTGGGC AATATGTTGC CGCATCCGGT TACGCTTTTT ATTATTTTCA
 101    TTGTGTTATT GCTGATTGCC TCTGCCGTCG GTGCGTATTT CGGACTATCC
 151    GTCCCCGATC CGCGCCCTGT TGGTGCGAAA GGACGTGCCG ATGACGGTTT
 201    GATTTACATT GTCAGCCTGC TCAATGCCGA CGGTTTTATC AAAATCCTGA
 251    CGCATACCGT TAAAAATTTC ACCGGTTTCG CGCCGTTGGG AACGGTGTTG
 301    GTTTCTTTAT TGGGCGTGGG GATTGCGGAA AAATCGGGCT TGATTTCCGC
 351    ATTAATGCGC TTATTGCTCA CAAAATCGCC ACGCAAACTC ACTACTTTTA
 401    TGGTTGTTTT TACAGGGATT TTATCTAATA CCGCTTCTGA ATTGGGCTAT
 451    GTCGTCCTAA TCCCTTTGTC CGCCATCATC TTTCATTCCC TCGGCCGCCA
 501    TCCGCTTGCC GGTCTGGCTG CGGCTTTCGC CGGCGTTTCG GGCGGTTATT
 551    CGGCCAATCT GTTCTTAGGC ACAATCGATC CGCTCTTGGC AGGCATCACC
 601    CAACAGGCGG CGCAAATCAT CCATCCCGAC TACGTCGTAG GCCCTGAAGC
 651    CAACTGGTTT TTTATGGTAG CCAGTACGTT TGTGATTGCT TTGATTGGTT
 701    ATTTTGTTAC TGAAAAAATC GTCGAACCGC AATTGGGCCC TTATCAATCA
 751    GATTTGTCAC AAGAAGAAAA AGACATTCGG CATTCCAATG AAATCACGCC
 801    TTTGGAATAT AAAGGATTAA TTTGGGCTGG CGTGGTGTTT GTTGCCTTAT
 851    CCGCCCTATT GGCTTGGAGC ATCGTCCCTG CCGACGGTAT TTTGCGTCAT
 901    CCTGAAACAG GATTGGTTTC CGGTTCGCCG TTTTTAAAAT CGATTGTTGT
 951    TTTTATTTTC TTGTTGTTTG CACTGCCGGG CATTGTTTAT GGCCGGGTAA
1001    CCCGAAGTTT GCGCGGCGAA CAGGAAGTCG TTAATGCGAT GGCCGAATCG
1051    ATGAGTACTC TGGGGCTTTA TTTGGTCATC ATCTTTTTTG CCGCACAGTT
1101    TGTCGCATTT TTTAATTGGA CGAATATTGG GCAATATATT GCCGTTAAAG
1151    GGGCGACGTT CTTAAAAGAA GTCGGCTTGG GCGGCAGCGT GTTGTTTATC
1201    GGTTTTATTT TAATTTGTGC TTTTATCAAT CTGATGATAG GCTCCGCCTC
1251    CGCGCAATGG GCGGTAACTG CGCCGATTTT CGTCCCTATG CTGATGTTGG
1301    CCGGCTACGC GCCCGAAGTC ATTCAAGCCG CTTACCGCAT CGGTGATTCC
1351    GTTACCAATA TTATTACGCC GATGATGAGT TATTTCGGGC TGATTATGGC
1401    GACGGTGATC AAATACAAAA AAGATGCGGG CGTGGGTACG CTGATTTCTA
1451    TGATGTTGCC GTATTCCGCT TTCTTCTTGA TTGCGTGGAT TGCCTTATTC
1501    TGCATTTGGG TATTTGTTTT GGGCCTGCCC GTCGGTCCCG GCGCGCCCAC
1551    ATTCTATCCC GCACCTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 136；ORF12-1>：
  1    MSQTDTQRDG RFLRTVEWLG NMLPHP VTLF IIFIVLLLIA SAVGAYFGLS
 51    VPDPRPVGAK GRADDG LIYI VSLLNADGFI KILTHTVKNF TG FAPLGTVL
101    VSLLGVGIAE KSGLISALMR LLLTKSPRKL TTFMVVFTGI LSNTASE LGY
151    VVLIPLSAII FHSLGRHPLA GLAAAFAGVS GGYSANLFLG TIDPLLAGIT
201    QQAAQIIHPD YVVGPEANW F FMVASTFVIA LIGYFVTEKI VEPQLGPYQS
251    DLSQEEKDIR HSNEITPLEY KGLIW AGVVF VALSALLAWS IVPADGILRH
301    PETGLVSGSP FLKS IVVFIF LLFALPGIVY GRVTRSLRGE QEVVNAMAES
351    MST LGLYLVI IFFAAQFVAF FNWTNIGQYI AVKGATFLKE VGLGGS VLFI
401    GFILICAFIN LMIGSASAQW  AVTAPIFVPM LMLAGYAPEV IQAAYRIGDS
451    VTN IITPMMS YFGLIMATVI KYKKDAGVGT LISMMLPYSA  FFLIAWIALF
501    CIWVFVLGLP VGPGAPTFYP AP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF12与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF12a)在重叠的320个氨基酸内显示出有96.3％的相同性：
                                                  10        20        30
orf12.pep                                  AXXIIHPXXVVGPEANWFFMVASTFVIALI
                                           |  ||||  |||||||||||||||||||||
orf12a       AAAFAGVSGGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALI
                 180       190       200       210       220       230
                     40        50        60        70        80        90
orf12.pep    GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12a       GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV
                  240       250       260       270       280       290
                    100       110       120       130       140       150
orf12.pep    PADGILRHPETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAXAESMS
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
orf12a       PADGILRHPETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMS
                  300       310       320       330       340       350
                    160       170       180       190       200       210
orf12.pep    TLXLXLXXIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLM
             || | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12a       TLGLYLVIIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLM
                  360       370       380       390       400       410
                    220       230       240       250       260       270
orf12.pep    IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVXXY
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
orf12a       IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKY
                  420       430       440       450       460       470
                    280       290       300       310       320
orf12.pep    KKDAGVGTLIXMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
             |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12a       KKDAGVGTLISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
                  480       490       500       510       520
全长ORF12a核苷酸序列<SEQ ID 137>是：
   1    ATGAGTCAAA CCGATACGCA ACGGGACGGA CGATTTTTAC GCACAGTCGA
  51    ATGGCTGGGC AATATGTTGC CGCACCCGGT TACGCTTTTT ATTATTTTCA
 101    TTGTGTTATT GCTGATTGCC TCTGCCGCCG GTGCGTATTT CGGACTATCC
 151    GTCCCCGATC CGCGCCCTGT TGGTGCGAAA GGACGTGCCG ATGACGGTTT
 201    GATTCACGTT GTCAGCCTGC TCGATGCTGA CGGTTTGATC AAAATCCTGA
 251    CGCATACCGT TAAAAATTTC ACCGGTTTCG CGCCGTTGGG AACGGTGTTG
 301    GTTTCTTTAT TGGGCGTGGG GATTGCGGAA AAATCGGGCT TGATTTCCGC
 351    ATTAATGCGC TTATTGCTCA CAAAATCTCC ACGCAAACTC ACTACTTTTA
 401    TGGTTGTTTT TACAGGGATT TTATCTAATA CCGCTTCTGA ATTGGGCTAT
 451    GTCGTCCTAA TCCCTTTGTC CGCCATCATC TTTCATTCCC TCGGCCGCCA
 501    TCCGCTTGCC GGTCTGGCTG CGGCTTTCGC CGGCGTTTCG GGCGGTTATT
 551    CGGCCAATCT GTTCTTAGGC ACAATCGATC CGCTCTTGGC AGGCATCACC
 601    CAACAGGCGG CGCAAATCAT CCATCCCGAC TACGTCGTAG GCCCTGAAGC
 651    CAACTGGTTT TTTATGGTAG CCAGTACGTT TGTGATTGCT TTGATTGGTT
 701    ATTTTGTTAC TGAAAAAATC GTCGAACCGC AATTGGGCCC TTATCAATCA
 751    GATTTGTCAC AAGAAGAAAA AGACATTCGA CATTCCAATG AAATCACGCC
 801    TTTGGAATAT AAAGGATTAA TTTGGGCTGG CGTGGTGTTT GTTGCCTTAT
 851    CCGCCCTATT GGCTTGGAGC ATCGTCCCTG CCGACGGTAT TTTGCGTCAT
 901    CCTGAAACAG GATTGGTTTC CGGTTCGCCG TTTTTAAAAT CAATTGTTGT
 951    TTTTATTTTC TTGTTGTTTG CACTGCCGGG CATTGTTTAT GGCCGGGTAA
1001    CCCGAAGTTT GCGCGGCGAA CAGGAAGTCG TTAATGCGAT GGCCGAATCG
1051    ATGAGTACTC TGGGGCTTTA TTTGGTCATC ATCTTTTTTG CCGCACAGTT
1101    TGTCGCATTT TTTAATTGGA CGAATATTGG GCAATATATT GCCGTTAAAG
1151    GGGCGACGTT CTTAAAAGAA GTCGGCTTGG GCGGCAGCGT GTTGTTTATC
1201    GGTTTTATTT TAATTTGTGC TTTTATCAAT CTGATGATAG GCTCCGCCTC
1251    CGCGCAATGG GCGGTAACTG CGCCGATTTT CGTCCCTATG CTGATGTTGG
1301    CCGGCTACGC GCCCGAAGTC ATTCAAGCCG CTTACCGCAT CGGTGATTCC
1351    GTTACCAATA TTATTACGCC GATGATGAGT TATTTCGGGC TGATTATGGC
1401    GACGGTGATC AAATACAAAA AAGATGCGGG CGTGGGTACG CTGATTTCTA
1451    TGATGTTGCC GTATTCCGCT TTCTTCTTGA TTGCGTGGAT TGCCTTATTC
1501    TGCATTTGGG TATTTGTTTT GGGCCTGCCC GTCGGTCCCG GCGCGCCCAC
1551    ATTCTATCCC GCACCTTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 138>：
  1    MSQTDTQRDG RFLRTVEWLG NMLPHP VTLF IIFIVLLLIA SAAGAYFGLS
 51    VPDPRPVGAK GRADDG LIHV VSLLDADGLI KILTHTVKNF TG FAPLGTVL
101    VSLLGVGIAE KSGLISALMR LLLTKSPRKL TTFMVVFTGI LSNTASE LGY
151    VVLIPLSAII FHSLGRHPLA GLAAAFAGVS GGYSANLFLG TIDPLLAGIT
201    QQAAQIIHPD YVVGPEANW F FMVASTFVIA LIGYFVTEKI VEPQLGPYQS
251    DLSQEEKDIR HSNEITPLEY KGLIW AGVVF VALSALLAWS IVPADGILRH
301    PETGLVSGSP FLKS IVVFIF LLFALPGIVY GRVTRSLRGE QEVVNAMAES
351    MST LGLYLVI IFFAAQFVAF FNWTNIGQYI AVKGATFLKE VGLGGS VLFI
401    GFILICAFIN LMIGSASAQW  AVTAPIFVPM LMLAGYAPEV IQAAYRTGDS
451    VTN IITPMMS YFGLIMATVI KYKKDAGVGT LISMMLPYSA  FFLIAWIALF
501    CIWVFVLGLP VGPGAPTFYP AP*
ORF12a和ORF12-1在522个氨基酸的重叠区内显示出有99.0％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf12a.pep    MSQTDTQRDGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAAGAYFGLSVPDPRPVGAK
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf12-1       MSQTDTQRDGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAVGAYFGLSVPDPRPVGAK
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf12a.pep    GRADDGLIHVVSLLDADGLIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
                ||||||||::||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1         GRADDGLIYIVSLLNADGFIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
                        70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf12a.pep    LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAIIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1       LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAIIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf12a.pep    GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALIGYFVTEKI
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1       GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALIGYFVTEKI
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf12a.pep    VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1       VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf12a.pep    PETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMSTLGLYLVI
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1       PETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMSTLGLYLVI
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf12a.pep    IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1       IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf12a.pep    AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1       AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520
orf12a.pep    LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12-1       LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
                     490       500       510       520与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF12与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF12.ng)在重叠的320个氨基酸内显示出有92.5％的相同性：
orf12.pep                                  AXXIIHPXXVVGPEANWFFMVASTFVIALI  30
                                           |   |||  |||||||||||:|||||||||
orf12ng      AAAFAGVSGGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMAASTFVIALI 232
orf12.pep    GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV  90
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12ng      GYFVTEKIVEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIV 292
orf12.pep     PADGILRHPETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAXAESMS  150
              ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||| |||||
orf12ng       PADGILRHPETGLVAGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRITRSLRGEREVVNAMAESMS  352
orf12.pep     TLXLXLXXIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLM  210
              || | |  |||||||||||||||||||||||||:|||:  ||||||||||||||||||||
orf12ng       TLGLYLVIIFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGAVFLKKFRLGGSVLFIGFILICAFINLM  412
orf12.pep     IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVXXY  270
              ||||||||||||||||||||||| ||:||||||||||||||||||||||||||||||  |
orf12ng       IGSASAQWAVTAPIFVPMLMLAGNAPQVIQAAYRIGDSVTNI ITPMMSYFGLIMATVIKY 472
orf12.pep     KKDAGVGTLIXMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAP  320
              |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:|
orf12ng       KKDAGVGTLISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGTPTFYPVP  522
全长ORF 2ng核苷酸序列<SEQ ID 139>是：
   1    ATGAGTCAAA CCGACGCGCG TCGTAGCGGA CGATTTTTAC GCACAGTCGA
  51    ATGGCTGGGC AATATGTTGC CGCACCCGGT TACGCTTTTT ATTATTTTCA
 101    TTGTGTTATT GCTGATTGcc tctgCCGTCG GTGCGTATTT CGGACTATCC
 151    GTCCCCGATC CGCGTCCTGT TGGGGCGAAA GGACGTGCCG ATGACGGTTT
 201    GATTCACGTT GTCAGCCTGC TCGATGCCGA CGGTTTGATC AAAATCCTGA
 251    CGCATACCGT TAAAAATTTC ACCGGTTTCG CGCCGTTGGG AACGGTGTTG
 301    GTTTCTTTAT TGGGCGTGGG GATTGCGGAA AAATCGGGCT TGATTTCCGC
 351    ATTAATGCGC TTATTGCTCA CAAAATCCCC ACGCAAACTC ACTACTTTTA
 401    TGGTTGTTTT TACAGGGATT TTATCCAATA CGGCTTCTGA ATTGGGCTAT
 451    GTCGTCCTAA TCCCTTTGTC CGCCGTCATC TTTCATTCGC TCGGCCGCCA
 501    TCCGCTTGCC GGTTTGGCTG CGGCTTTCGC CGGCGTTTCG GGCGGTTATT
 551    CGGCCAATCT GTTCTTAGGC ACAATCGATC CGCTCTTGGC AGGCATCACC
 601    CAACAGGCGG CGCAAATCAT CCATCCCGAC TACGTCGTAG GCCCTGAAGC
 651    CAACTGGTTT TTTATGGCAG CCAGTACGTT TGTGATTGCT TTGATTGGTT
 701    ATTTTGTTAC TGAAAAAATC GTCGAACCGC AATTGGGCCC TTATCAATCA
 751    GATTTGTCAC AAGAAGAAAA AGACATTCGG CATTCCAATG AAATCACGCC
 801    TTTGGAATAT AAAGGATTAA TTTGGGCAGG CGTGGTGTTT GTTGCCTTAT
 851    CCGCCCTATT GGCTTGGAGC ATCGTCCCTG CCGACGGTAT TTTGCGTCAT
 901    CCTGAAACAG GATTGGTTGC CGGTTCGCCG TTTTTAAAAT CGATTGTTGT
 951    TTTTATTTTC TTGTTGTTTG CGCTGCCGGG CATTGTTTAT GGCCGGATAA
1001    CCCGAAGTTT GCGCGGCGAA CGGGAAGTCG TTAATGCGAT GGCCGAATCG
1051    ATGAGTACTT TGGGACTTTA TTTGGTCATC ATCTTTTTTG CCGCACAGTT
1101    TGTCGCATTT TTTAATTGGA CGAATATTGG GCAATATATT GCCGTTAAAG
1151    GGGCGGTGTT CTTAAAAGAA GTCGGCTTGG GCGGCAGTGT GTTGTTTATC
1201    GGTTTTATTT TAATTTGTGC TTTTATCAAT CTGATGATAG GCTCCGCCTC
1251    CGCGCAATGG GCGGTAACTG CGCCGATTTT CGTCCCTATG CTGATGTTGG
1301    CCGGCTACGC GCCCGAAGTC ATTCAAGCCG CTTACCGCAT CGGTGATTCC
1351    GTTACCAATA TTATTACGCC GATGATGAGT TATTTCGGGC TGATTATGGC
1401    GACGGTAATC AAATACAAAA AAGATGCGGG CGTAGGCACG CTGATTTCTA
1451    TGATGTTGCC GTATTCCGCT TTCTTCTTAA TTGCATGGAT CGCCTTATTC
1501    TGCATTTGGG TATTTGTTTT GGGTCTGCCC GTCGGTCCCG GCACACCCAC
1551    ATTCTATCCG GTGCCTTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 140>：
  1    MSQTDARRSG RFLRTVEWLG NMLPHPVTLF IIFIVLLLIA SAVGAYFGLS
 51    VPDPRPVGAK GRADDG LIHV VSLLDADGLI KILTHTVKNF TG FAPLGTVL
101    VSLLGVGIAE KSGLISALMR LLLTKSPRKL TTFMVVFTGI LSNTASE LGY
151    VVLIPLSAVI FHSLGRHPLA GLAAAFAGVS GGYSANLFLG TIDPLLAGIT
201    QQAAQIIHPD YVVGPEANWF  FMAASTFVIA LIGYFVTEKI VEPQLGPYQS
251    DLSQEEKDIR HSNEITPLEY KGLIW AGVVF VALSALLAWS IVPADGILRH
301    PETGLVAGSP FLKS IVVFIF LLFALPGIVY GRITRSLRGE REVVNAMAES
351    MST LGLYLVI IFFAAQFVAF FNWTNIGQYI AVKGAVFLKK FRLGGS VLFI
401    GFILICAFIN LMIGSASAQW AVTAPIFVPM LMLAGNAPQV IQAAYRIGDS
451    VTN IITPMMS YFGLIMATVI KYKKDAGVGT LISMMLPYSA  FFLIAWIALF
501    CIWVFVLGLP VGPGTPTFYP VP*
ORF12ng与ORF12-1在重叠的522个氨基酸内显示出有97.1％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf12-1.pep    MSQTDTQRDGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAVGAYFGLSVPDPRPVGAK
               |||||::|:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12ng        MSQTDARRSGRFLRTVEWLGNMLPHPVTLFIIFIVLLLIASAVGAYFGLSVPDPRPVGAK
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf12-1.pep    GRADDGLIYIVSLLNADGFIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
               ||||||||::||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12ng        GRADDGLIHVVSLLDADGLIKILTHTVKNFTGFAPLGTVLVSLLGVGIAEKSGLISALMR
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf12-1.pep    LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAIIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf12ng        LLLTKSPRKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAVIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVS
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf12-1.pep    GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMVASTFVIALIGYFVTEKI
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf12ng        GGYSANLFLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMAASTFVIALIGYFVTEKI
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf12-1.pep    VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12ng        VEPQLGPYQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRH
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf12-1.pep    PETGLVSGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRVTRSLRGEQEVVNAMAESMSTLGLYLVI
               ||||||:|||||||||||||||||||||||||:|||||||:|||||||||||||||||||
orf12ng        PETGLVAGSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRITRSLRGEREVVNAMAESMSTLGLYLVI
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf12-1.pep    IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGATFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
               |||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12ng        IFFAAQFVAFFNWTNIGQYIAVKGAVFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQW
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440       450       460       470       480
orf12-1.pep    AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf12ng        AVTAPIFVPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGT
                      430       440       450       460       470       480
                      490       500       510       520
orf12-1.pep    LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGAPTFYPAPX
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:||
orf12ng        LISMMLPYSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPGTPTFYPVPX
                      490       500       510       520
另外，ORF12ng显示出与大肠杆菌的一种假设蛋白明显同源：
sp|P46133|YDAH_ECOLI OGT-DBPA基因间区域中假设的55.1KD蛋白
>gi|1787597(AE000231)5’区域中的假设蛋白[大肠杆菌]长度＝510
评分＝329位(835)，估计值＝2e-89
相同性＝178/507(35％)，阳性＝281/507(55％)，空隙＝15/507(2％)
询问：8    RSGRFLRTVEWLGNMLPHPVTXXXXXXXXXXXASAVGAYFGLSVPDPRPVGAKGRADDGL 67
            +SG+    VE +GN +PHP              +A+ + FG +S +P         D
目标：13   QSGKLYGWVERIGNKVPHPFLLFIYLIIVLMVTTAILSAFGVSAKNP--------TDGTP 64
询问：68   IHVVSLLDADGLIKILTHTVKNFTGFAPXXXXXXXXXXXXIAEKSGLISALMRLLLTKSP 127
            + V +LL  +GL   L + +KNF+GFAP           +AE+  GL+ ALM  + +
目标：65   VVVKNLLSVEGLHWFLPNVIKNFSGFAPLGAILALVLGAGLAERVGLLPALMVKMASHVN 124
询问：128  RKLTTFMVVFTGILSNTASELGYVVLIPLSAVIFHSLGRHPLAGLAAAFAGVSGGYSANL 187
             + ++MV+F     S+ +S+   V++ P+ A+IF ++GRHP+AGL AA AGV  G++ANL
目标：125  ARYASYMVLFIAFFSHISSDAALVIMPPMGALIFLAVGRHPVAGLLAAIAGVGCGFTANL 184
询问：188  FLGTIDPLLAGITQQAAQIIHPDYVVGPEANWFFMAASTFVIALIGYFVTEKIVEPQLGP 247
             + T D LL+GI+ +AA   +P   V    NW+FMA+S  V+ ++G  +T+KI+EP+LG
目标：185  LIVTTDVLLSGISTEAAAAFNPQMHVSVIDNWYFMASSVVVLTIVGGLITDKIIEPRLGQ 244
询问：248  YQSDLSQEEKDIRHSNEITPLEYKGLIWAGVVFVALSALLAWSIVPADGILRHPETGLVA 307
            +Q +  ++ + +  S         GL  AGVV +   A +A  ++P +GILR P    V
目标：245  WQGNSDEKLQTLTESQRF------GLRIAGVVSLLFIAAIALMVIPQNGILRDPINHTVM 298
询问：308  GSPFLKSIVVFIFLLFALPGIVYGRITRSLRGEREVVNAMAESMSTLGLYLXXXXXXXXX 367
             SPF+K IV  I L F +  + YG  TR++R + ++ + M E M  +  ++
目标：299  PSPFIKGIVPLIILFFFVVSLAYGIATRTIRRQADLPHLMIEPMKEMAGFIVMVFPLAQF 358
询问：368  XXXXNWTNIGQYIAVKGAVFLKEVGLGGSVLFIGFILICAFINLMIGSASAQWAVTAPIF 427
                NW+N+G++IAV     L+  GL G   F+G  L+ +F+ + I S SA W++ APIF
目标：359  VAMFNWSNMGKFIAVGLTDILESSGLSGIPAFVGLALLSSFLCMFIASGSAIWSILAPIF 418
询问：428  VPMLMLAGYAPEVIQAAYRIGDSVTNIITPMMSYFGLIMATVIKYKKDAGVGTLISMMLP 487
            VPM ML G+P    Q  +RI DS    + P+  +  L +  + +YK DA +GT  S++LP
目标：419  VPMFMLLGFHPAFAQILFRIADSSVLPLAPVSPFVPLFLGFLQRYKPDAKLGTYYSLVLP 478
询问：488  YSAFFLIAWIALFCIWVFVLGLPVGPG 514
            Y   FL+ W+ +   W +++GLP+GPG
目标：479YPLIFLVVWLLMLLAW-YLVGLPIGPG 504
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域和预计的辅肌动蛋白型结合肌动蛋白的结构域特征序列(用粗体表示)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例17
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 141>：
  1  ..ACAGCCGGCG CAGCAGGTTn CnCGGTCTTC GTTTTCGTAA CGGACAGTCA
 51    GGTGGAGGTG TTCGGGAACA TCCAGACCGC AGTGGAAACA GGTTTTTTTC
101    ATGGCATTTC GGTTTCGTCT GTGTTTGGTG CGGCGGCACA AGACTCGGCA
151    ATgGCTTCGC GCAGTGCGTC TATACCGGTA TTTTCAGCAA CGGAAATGCG
201    GACGGcGgCA ATTTTTCCCG CAGCGTCGCG CCATATGCCC GTGTTTTgTT
251    CTTCAGACGG CAGCAGGTCG GTTTTGTTGT ACACCTTgAT GCACGGAaTA
301    TCGCCGGCAT GGATTTCTTG CAGTACGTTT TCCACGTCTT CAATCTGCTG
351    TCCGCTGTTC GGAGCGGCGG CATCGACGAC GTGCAGCAGC ACATCgGcTT
401    gCGCGGTTTC TTCCAGCGTG GCgGAAAAGG CGGAAATCAG TTTgTGCGGC
451    agATyGCTnA CGAATCCGAC GGTATCGGTC AGGATAATGC TGCATTCGGG
501    ACT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 142；ORF 14>：
  1  ..TAGAAGXXVF VFVTDSQVEV FGNIQTAVET GFFHGISVSS VFGAAAQDSA
 51    MASRSASIPV FSATEMRTAA IFPAASRHMP VFCSSDGSRS VLLYTLMHGI
101    SPAWISCSTF STSSICCPLF GAAASTTCSS TSACAVSSSV AEKAEISLCG
151    RXLTNPTVSV RIMLHSG..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF14与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF14a)在重叠的167个氨基酸内显示出有94.0％的相同性：
                                                    10        20        30
orf14.pep                                   TAGAAGXXVFVFVTDSQVEVFGNIQTAVET
                                            |:||||  |||||||:|::||||:| ||||
orf14a         GRQLGFLRVGGALFVITAQARVNNALCDCLTTGAAGFAVFVFVTDGQMQVFGNVQPAVET
              150       160       170       180       190       200
                       40        50        60        70        80        90
orf14.pep      GFFHGISVSSVFGAAAQDSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS
               ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf14a         GFFHGISVSSVFGAAAQYSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS
              210       220       230       240       250       260
                      100       110       120       130       140       150
orf14.pep      VLLYTLMHGISPAWISCSTFSTSSICCPLFGAAASTTCSSTSACAVSSSVAEKAEISLCG
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf14a         VLLYTLMHGISPAWISCSTFSTSSICCPLFGAAASTTCSSTSACAVSSSVAEKAEISLCG
              270       280       290       300       310       320
                        160
orf14.pep      RXLTNPTVSVRIMLHSG
               | |||||||||||||||
orf14a         RSLTNPTVSVRIMLHSGLMYSRRAVVSSVAKSWSFAYMPDLVSRLNRLDLPTLVX
              330       340       350       360       370       380
全长ORF14a核苷酸序列<SEQ ID 143>是：
   1    ATGGAGGATT TGCAGGAAAT CGGGTTCGAT GTCGCCGCCG TAAAGGTAGG
  51    TCGGCAGCGC GAACATCATC GTCTGCATCA TCCCCAGCCC GGCAACGGCG
 101    AGGCGGACGA TGTATTGTTT GCGTTCTTTT TGGTTGGCGG CTTCGATTTT
 151    TTGCGCGTCA TAGGGTGCGG CGGTGTAGCC TATCTGCCTG ATTTTCAACA
 201    GAATGTCGGA AAGGCGGATT TTGCCGTCGT CCCAGACGAC GCGGCAGCGG
 251    TGCGTGCTGT AATTGAGGTC GATGCGGACG ATGCCGTCTG TACGCAAAAG
 301    CTGCTGTTCG ATCAGCCAGA CGCAGGCGGC GCAGGTGATG CCGCCGAGCA
 351    TTAAAACCGC CTCGCGCGTG CCGCCGTGGG TTTCCACAAA GTCGGACTGG
 401    ACTTCGGGCA GGTCGTACAG GCGGATTTGG TCGAGGATTT CTTGGGGCGG
 451    CAGCTCGGTT TTTTGCGCGT CGGCGGTGCG TTGTTTGTAA TAACTGCCCA
 501    AGCCCGCGTC AATAATGCTT TGTGCGACTG CCTGACAACC GGCGCAGCAG
 551    GTTTCGCGGT CTTCGTTTTC GTAACGGACG GTCAGATGCA GGTTTTCGGG
 601    AACGTCCAGC CCGCAGTGGA AACAGGTTTT TTTCATGGCA TTTCGGTTTC
 651    GTCTGTGTTT GGTGCGGCGG CACAATACTC GGCAATGGCT TCGCGCAGTG
 701    CGTCTATACC GGTATTTTCA GCAACGGAAA TGCGGACGGC GGCAATTTTT
 751    CCCGCAGCGT CGCGCCATAT GCCCGTGTTT TGTTCTTCAG ACGGCAGCAG
 801    GTCGGTTTTG TTGTACACCT TGATGCACGG AATATCGCCG GCATGGATTT
 851    CTTGCAGTAC GTTTTCCACG TCTTCAATCT GCTGTCCGCT GTTCGGAGCG
 901    GCGGCATCGA CGACGTGCAG CAGCACATCG GCTTGCGCGG TTTCTTCCAG
 951    CGTGGCGGAA AAGGCGGAAA TCAGTTTGTG CGGCAGATCG CTGACGAATC
1001    CGACGGTATC GGTCAGGATA ATGCTGCATT CGGGACTGAT GTACAGCCGC
1051    CGCGCCGTCG TGTCGAGTGT GGCGAAAAGC TGGTCTTTCG CATATATGCC
1101    CGACTTGGTC AGCCGGTTGA ACAGACTGGA TTTGCCGACA TTGGTATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 144>：
  1    MEDLQEIGFD VAAVKVGRQR EHHRLHHPQP GNGEADDVLF AFFLVGGFDF
 51    LRVIGCGGVA YLPDFQQNVG KADFAVVPDD AAAVRAVIEV DADDAVCTQK
101    LLFDQPDAGG AGDAAEH*NR LARAAVGFHK VGLDFGQVVQ ADLVEDFLGR
151    QLGFLRVGGA LFVITAQARV NNALCDCLTT GAAGFAVFVF VTDGQMQVFG
201    NVQPAVETGF FHGISVSSVF GAAAQYSAMA SRSASIPVFS ATEMRTAAIF
251    PAASRHMPVF CSSDGSRSVL LYTLMHGISP AWISCSTFST SSICCPLFGA
301    AASTTCSSTS ACAVSSSVAE KAEISLCGRS LTNPTVSVRI MLHSGLMYSR
351    RAVVSSVAKS WSFAYMPDLV SRLNRLDLPT LV*
应注意该序列在118位包括一个终止密码子。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF14与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF14.ng)在重叠的167个氨基酸内显示出有89.8％的相同性：
orf14.pep                                  TAGAAGXXVFVFVTDSQVEVFGNIQTAVET  30
                                           || |||  ||:||:|:|::||||:| ||||
orf14ng      GRQFGFFRVGGASFVITAQAGIDDALCDCLTADAAGFAVFAFVADGQMQVFGNVQPAVET 208
orf14.pep    GFFHGISVSSVFGAAAQDSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS  90
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf14ng      GFFHGISVSSVFGAAAQYSAMASRSASIPVFSATEMRTAAIFPAASRHMPVFCSSDGSRS 268
orf14.pep    VLLYTLMHGISPAWISCSTFSTSSICCPLFGAAASTTCSSTSACAVSSSVAEKAEISLCG 150
             ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||
orf14ng      VLLYTLMHGISWAWISCSTFSTSSICCPLFRAAASTTCSSTSACTVSSKVAEKAEISLCG 328
orf14.pep    RXLTNPTVSVRIMLHSG                                       167
             | |||||||||||||:|
orf14ng      RSLTNPTVSVRIMLHAGLMYSRRAVVSRVAKSWSFAYMPDLVSRLNRLDLPTLV  382
预计全长ORF14ng核苷酸序列<SEQ ID 145>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 146>：
  1    MEDLQEIGFD VAAVKVGRQR EHHRLHHTQS GNGKADD VLF AFFLVGGFDF
 51    LRVIGCGGVA CLPDFQQNVG EADFAVVPDD AAAVRAVIEV DADDAVCAQK
101    LLFDQPDAGG AGNAAEHQHC FVRAIMGFHK VGLDFGQVVQ ADLVEDFLGR
151    QFGFFRVGGA SFVITAQAGI DDALCDCLTA DAAGFAVFAF VADGQMQVFG
201    NVQPAVETGF FHGISVSSVF GAAAQYSAMA SRSASIPVFS ATEMRTAAIF
251    PAASRHMPVF CSSDGSRSVL LYTLMHGISW AWISCSTFST SSICCPLFRA
301    AASTTCSSTS ACTVSSKVAE KAEISLCGRS LTNPTVSVRI MLHAGLMYSR
351    RAVVSRVAKS WSFAYMPDLV SRLNRLDLPT LV*
根据该淋球菌蛋白中有一个推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例18
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 147>：
  1  ..GGCCATTACT CCGACCGCAC TTGGAAGCCG CGTTTGGNCG GCCGCCGTCT
 51    GCCGTATCTG CTTTATGGCA CGCTGATTGC GGTTATTGTG ATGATTTTGA
101    TGCCGAACTC GGGCAGCTTC GGTTTCGGCT ATGCGTCGCT GGCGGCTTTG
151    TCGTTCGGCG CGCTGATGAT TGCGCTGTTA GACGTGTCGT CAAATATGGC
201    GATGCAGCCG TTTAAGATGA TGGTCGGCGA CATGGTCAAC GAGGAGCAGA
251    AAA.NTACGC CTACGGGATT CAAAGTTTCT TAGCAAATAC GGGCGCGGTC
301    GTGGCGGCGA TTCTGCCGTT TGTGTTTGCG TATATCGGTT TGGCGAACAC
351    CGCCGANAAA GGCGTTGTGC CGCAGACCGT GGTCGTGGCG TTTTATGTGG
401    GTGCGGCGTT GCTGGTGATT ACCAGCGCGT TCACGATTTT CAAAGTGAAG
451    GAATACGANC CGGAAACCTA CGCCCGTTAC CACGGCATCG ATGTCGCCGC
501    GAATCAGGAA AAAGCCAACT GGATCGCACT CTTAAAA.CC GCGC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 148；ORF16>：
  1  ..GHYSDRTWKP RLXGRRLPYL LYGTLIAVIV MILMPNSGSF GFGYASLAAL
 51    SFGALMIALL DVSSNMAMQP FKMMVGDMVN EEQKXYAYGI QSFLANTGAV
101    VAAILPFVFA YIGLANTAXK GVVPQTVVVA FYVGAALLVI TSAFTIFKVK
151    EYXPETYARY HGIDVAANQE KANWIALLKX A..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 149>：
   1    ATGTCGGAAT ATACGCCTCA AACAGCAAAA CAAGGTTTGC CCGCGCTGGC
  51    AAAAAGCACG ATTTGGATGC TCAGTTTCGG CTTTCTCGGC GTTCAGACGG
 101    CCTTTACCCT GCAAAGCTCG CAAATGAGCC GCATTTTTCA AACGCTAGGC
 151    GCAGACCCGC ACAATTTGGG CTGGTTTTTC ATCCTGCCGC CGCTGGCGGG
 201    GATGCTGGTG CAGCCGATTG TCGGCCATTA CTCCGACCGC ACTTGGAAGC
 251    CGCGTTTGGG CGGCCGCCGT CTGCCGTATC TGCTTTATGG CACGCTGATT
 301    GCGGTTATTG TGATGATTTT GATGCCGAAC TCGGGCAGCT TCGGTTTCGG
 351    CTATGCGTCG CTGGCGGCTT TGTCGTTCGG CGCGCTGATG ATTGCGCTGT
 401    TAGACGTGTC GTCAAATATG GCGATGCAGC CGTTTAAGAT GATGGTCGGC
 451    GACATGGTCA ACGAGGAGCA GAAAGGCTAC GCCTACGGGA TTCAAAGTTT
 501    CTTAGCAAAT ACGGGCGCGG TCGTGGCGGC GATTCTGCCG TTTGTGTTTG
 551    CGTATATCGG TTTGGCGAAC ACCGCCGAGA AAGGCGTTGT GCCGCAGACC
 601    GTGGTCGTGG CGTTTTATGT GGGTGCGGCG TTGCTGGTGA TTACCAGCGC
 651    GTTCACGATT TTCAAAGTGA AGGAATACGA TCCGGAAACC TACGCCCGTT
 701    ACCACGGCAT CGATGTCGCC GCGAATCAGG AAAAAGCCAA CTGGATCGAA
 751    CTCTTGAAAA CCGCGCCTAA GGCGTTTTGG ACGGTTACTT TGGTGCAATT
 801    CTTCTGCTGG TTCGCCTTCC AATATATGTG GACTTACTCG GCAGGCGCGA
 851    TTGCGGAAAA CGTCTGGCAC ACCACCGATG CGTCTTCCGT AGGTTATCAG
 901    GAGGCGGGTA ACTGGTACGG CGTTTTGGCG GCGGTGCAGT CGGTTGCGGC
 951    GGTGATTTGT TCGTTTGTAT TGGCGAAAGT GCCGAATAAA TACCATAAGG
1001    CGGGTTATTT CGGCTGTTTG GCTTTGGGCG CGCTCGGCTT TTTCTCCGTT
1051    TTCTTCATCG GCAACCAATA CGCGCTGGTG TTGTCTTATA CCTTAATCGG
1101    CATCGCTTGG GCGGGCATTA TCACTTATCC GCTGACGATT GTGACCAACG
1151    CCTTGTCGGG CAAGCATATG GGCACTTACT TGGGCTTGTT TAACGGCTCT
1201    ATCTGTATGC CTCAAATCGT CGCTTCGCTG TTGAGTTTCG TGCTTTTCCC
1251    TATGCTGGGC GGCTTGCAGG CCACTATGTT CTTGGTAGGG GGCGTCGTCC
1301    TGCTGCTGGG CGCGTTTTCC GTGTTCCTGA TTAAAGAAAC ACACGGCGGG
1351    GTTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 150；ORF16-1>：
  1    MSEYTPQTAK QGLPALAKST IWMLSFGFLG VQTAFTLQSS QMSRIFQTLG
 51    ADPHNLGW FF ILPPLAGMLV QPIVGHYSDR TWKPRLGGRR  LPYLLYGTLI
101    AVIVMILMPN SGSFGFGYA S LAALSFGALM IALLDVSSNM AMQPFKMMVG
151    DMVNEEQKGY AYGIQSFLAN TG AVVAAILP FVFAYIGLAN TAEKGVVPQT
201    VVVAFYVGAA LLVITSAFTI FKVKEYDPET YARYHGIDVA ANQEKANWIE
251    LLKTAPKAFW TVTLVQFFCW FAFQYMWTYS AGAIAENVWH TTDASSVGYQ
301    EAGNWYG VLA AVQSVAAVIC SFVLAKVPNK YHKAGY FGCL ALGALGFFSV
351    FFIGNQY ALV LSYTLIGIAW AGIITYPLTI VTNALSGKHM GTYLGLFNGS
401    ICMPQ IVASL LSFVLFPMLG GLQATMF LVG GVVLLLGAFS VFLIKETHGG
451    V*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF16与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF16a)在重叠的181个氨基酸内显示出有96.7％的相同性：
                                                  10        20        30
orf16.pep                                 GHYSDRTWKPRLXGRR LPYLLYGTLIAVIV
                                          | ||||||||||| ||| ||||||||||||||
                                           135
orf16a       IFQTLGADPHSLGW FFILPPLAGMLVQPIVGHYSDRTWKPRLGGRR LPYLLYGTLIAVIV
                 50         60        70         80        90        100
                      40         50        60         70        80        90
orf16.pep    MILMPNSGSFGFGYA SLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKXYAYGI
             ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
orf16a       MILMPNSGSFGFGYA SLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGI
                 110       120        130        140       150       160
                    100        110        120        130       140        150
orf16.pep    QSFLANTG AVVAAILPFVFAYIGLANTAXKGVVPQT VVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVK
             |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||
orf16a       QSFLANTG AVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQT VVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVK
                170        180       190        200        210        220
                    160       170       180
orf16.pep    EYXPETYARYHGIDVAANQEKANWIALLKXA
             || |||||||||||||||||||||| |||:|
orf16a       EYNPETYARYHGIDVAANQEKANWIELLKTAPKAFWTVTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAI
                230       240       250       260       270       280
orf16a       AENVWHTTDASSVGYQEAGNWYG VLAAVQSVAAVICSFVLAKVPNKYHKAGYFGCLALGA
                290       300        310       320        330       340
全长ORF16a核苷酸序列<SEQ ID 151>是：
   1    ATGTCGGAAT ATACGCCTCA AACAGCAAAA CAAGGTTTGC CCGCGCTGGC
  51    AAAAAGCACG ATTTGGATGC TCAGTTTCGG CTTTCTCGGC GTTCAGACGG
 101    CCTTTACCCT GCAAAGCTCG CAGATGAGCC GCATCTTCCA GACGCTCGGT
 151    GCCGATCCGC ACAGCCTCGG CTGGTTCTTT ATCCTGCCGC CGCTGGCGGG
 201    GATGCTGGTG CAGCCGATTG TCGGCCATTA CTCCGACCGC ACTTGGAAGC
 251    CGCGTTTGGG CGGCCGCCGT CTGCCGTATC TGCTTTATGG CACGCTGATT
 301    GCGGTTATTG TGATGATTTT GATGCCGAAC TCGGGCAGCT TCGGTTTCGG
 351    CTATGCGTCG CTGGCGGCTT TGTCGTTCGG CGCGCTGATG ATTGCGCTGT
 401    TAGACGTGTC GTCAAATATG GCGATGCAGC CGTTTAAGAT GATGGTCGGC
 451    GACATGGTCA ACGAGGAGCA GAAAGGCTAC GCCTACGGGA TTCAAAGTTT
 501    CTTAGCGAAT ACGGGCGCGG TCGTGGCGGC GATTCTGCCG TTTGTGTTTG
 551    CGTATATCGG TTTGGCGAAC ACCGCCGAGA AAGGCGTTGT GCCGCAGACC
 601    GTGGTCGTGG CGTTTTATGT GGGTGCGGCG TTGCTGGTGA TTACCAGCGC
 651    GTTCACGATT TTCAAAGTGA AGGAATACAA TCCGGAAACC TACGCCCGTT
 701    ACCACGGCAT CGATGTCGCC GCGAATCAGG AAAAAGCCAA CTGGATCGAA
 751    CTCTTGAAAA CCGCGCCTAA GGCGTTTTGG ACGGTTACTT TGGTGCAATT
 801    CTTCTGCTGG TTCGCCTTCC AATATATGTG GACTTACTCG GCAGGCGCGA
 851    TTGCGGAAAA CGTCTGGCAC ACCACCGATG CGTCTTCCGT AGGTTATCAG
 901    GAGGCGGGTA ACTGGTACGG CGTTTTGGCG GCGGTGCAGT CGGTTGCGGC
 951    GGTGATTTGT TCGTTTGTAT TGGCGAAAGT GCCGAATAAA TACCATAAGG
1001    CGGGTTATTT CGGCTGTTTG GCTTTGGGCG CGCTCGGCTT TTTCTCCGTT
1051    TTCTTCATCG GCAACCAATA CGCGCTGGTG TTGTCTTATA CCTTAATCGG
1101    CATCGCTTGG GCGGGCATTA TCACTTATCC GCTGACGATT GTGACCAACG
1151    CCTTGTCGGG CAAGCATATG GGCACTTACT TGGGCCTGTT TAACGGCTCT
1201    ATCTGTATGC CGCAAATCGT CGCTTCGCTG TTGAGTTTCG TGCTTTTCCC
1251    TATGCTGGGC GGCTTGCAGG CCACTATGTT CTTGGTAGGG GGCGTCGTCC
1301    TGCTGCTGGG CGCGTTTTCC GTGTTCCTGA TTAAAGAAAC ACACGGCGGG
1351    GTTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 152>：
  1    MSEYTPQTAK QGLPALAKST IWMLSFGFLG VQTAFTLQSS QMSRIFQTLG
 51    ADPHSLGW FF ILPPLAGMLV QPIVGHYSDR TWKPRLGGRR  LPYLLYGTLI
101    AVIVMILMPN SGSFGFGYA S LAALSFGALM IALLDVSSNM AMQPFKMMVG
151    DMVNEEQKGY AYGIQSFLAN TG AVVAAILP FVFAYIGLAN TAEKGVVPQT
201    VVVAFYVGAA LLVITSAFTI FKVKEYNPET YARYHGIDVA ANQEKANWIE
251    LLKTAPKAFW TVTLVQFFCW FAFQYMWTYS AGAIAENVWH TTDASSVGYQ
301    EAGNWYG VLA AVQSVAAVIC SFVLAKVPNK YHKAGY FGCL ALGALGFFSV
351    FFIGNQY ALV LSYTLIGIAW AGIITYPLTI VTNALSGKHM GTYLGLFNGS
401    ICMPQ IVASL LSFVLFPMLG GLQATMF LVG GVVLLLGAFS VFLIKETHGG
451    V*
ORF16a和ORF16-1在451个氨基酸的重叠区内显示出有99.6％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf16a.pep    MSEYTPQTAKQGLPALAKSTIWMLSFGFLGVQTAFTLQSSQMSRIFQTLGADPHSLGWFF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf16-1       MSEYTPQTAKQGLPALAKSTIWMLSFGFLGVQTAFTLQSSQMSRIFQTLGADPHNLGWFF
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf16a.pep    ILPPLAGMLVQPIVGHYSDRTWKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYAS
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf16-1       ILPPLAGMLVQPIVGHYSDRTWKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYAS
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf16a.pep    LAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGIQSFLANTGAVVAAILP
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf16-1       LAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGIQSFLANTGAVVAAILP
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf16a.pep    FVFAYIGLANTAEKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVKEYNPETYARYHGIDVA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf16-1       FVFAYIGLANTAEKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVKEYDPETYARYHGIDVA
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf16a.pep    ANQEKANWIELLKTAPKAFWTVTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGYQ
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf16- 1      ANQEKANWIELLKTAPKAFWTVTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGYQ
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf16a.pep    EAGNWYGVLAAVQSVAAVICSFVLAKVPNKYHKAGYFGCLALGALGFFSVFFIGNQYALV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf16-1       EAGNWYGVLAAVQSVAAVICSFVLAKVPNKYHKAGYFGCLALGALGFFSVFFIGNQYALV
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf16a.pep    LSYTLIGIAWAGIITYPLTIVTNALSGKHMGTYLGLFNGSICMPQIVASLLSFVLFPMLG
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf16-1       LSYTLIGIAWAGIITYPLTIVTNALSGKHMGTYLGLFNGSICMPQIVASLLSFVLFPMLG
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450
orf16a.pep    GLQATMFLVGGVVLLLGAFSVFLIKETHGGVX
              ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf16-1       GLQATMFLVGGVVLLLGAFSVFLIKETHGGVX
                     430       440       450
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF16与淋病奈瑟球菌预计的ORF(ORF16.ng)在重叠的181个氨基酸内显示出有93.9％的相同性：
orf16.pep                              GHYSDRTWKPRLXGRRLPYLLYGTLIAVIV  30
                                       |:|||||||||| |||||||||||||||||
orf16ng      HFSNARRRPAQFGLVFHPAAAGGDAGSADSGYYSDRTWKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIV  131
orf16.pep    MILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKXYAYGI   90
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
orf16ng      MILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMAMQPFKMMVGDMVNEEQKSYAYGI  191
orf16.pep    QSFLANTGAVVAAILPFVFAYIGLANTAXKGVVPQTVVVAFYVGAALLVITSAFTIFKVK  150
             ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||:||||||| |||
orf16ng      QSFLANTDAVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQTVVVAFYVGAALLIITSAFTISKVK  251
orf16.pep    EYXPETYARYHGIDVAANQEKANWIALLKXA                               181
             || |||||||||||||||||||||: |||:|
orf16ng      EYDPETYARYHGIDVAANQEKANWFELLKTAPKVFWTVTPVQFFCWFAFRYMWTYSAGAI  311
全长ORF16ng核苷酸序列<SEQ ID 153>是：
   1    ATGATAGGGG ATCGCCGCGC CGGCAACCAT TTCGGATTTT CCAAAGCAAA
  51    TACTTTTCAA ATCAAAAAAA AGGATTTACT TTATGTCGGA ATATACGCCT
 101    CAAACAGCAA AACAAGGTTT GCCCGCGCCG GCAAAAAGCA CGATTTGGAT
 151    GTTGAGCTTC GGCTATCTCG GCGTTCAGAC GGCCTTTACC CTGCAAAGCT
 201    CGCAGATGAG CCGCATTTTT CAAACGCTAG GCGCAGACCC GCACAATTTG
 251    GGCTGGTTTT TCATCCTGCC GCCGCTGGCG GGGATGCTGG TTCAGCCGAT
 301    AGTGGCTACT ACTCAGACCG CACTTGGAAG CCGCGCTTGG GCGGCCGCCG
 351    CCTGCCGTAT CTGCTTTACG GCACGCTGAT TGCGGTCATC GTGATGATTT
 401    TGATGCCGAA CTCGGGCAGC TTCGGTTTCG GCTATGCGTC GCTGGCGGCC
 451    TTGTCGTTCG GCGCGCTGAT GATTGCGCTG TTGGACGTGT CGTCGAATAT
 501    GGCGATGCAG CCGTTTAAGA TGATGGTCGG CGATATGGTC AACGAGGAGC
 551    AGAAAAGCTA CGCCTACGGG ATTCAAAGTT TCTTAGCGAA TACGGACGCG
 601    GTTGTGGCAG CGATTCTGCC GTTTGTGTTC GCGTATATCG GTTTGGCGAA
 651    CACTGCCGAG AAAGGCGTTG TGCCACAAAC CGTGGTCGTA GCATTCTATG
 701    TGGGTGCGGC GTTACTGATT ATTACCAGTG CGTTCACAAT CTCCAAAGTC
 751    AAAGAATACG ACCCGGAAAC CTACGCCCGT TACCACGGCA TCGATGTCGC
 801    CGCGAATCAG GAAAAAGCCA ACTGGTTCGA ACTCTTAAAA ACCGCGCCTA
 851    AAGTGTTTTG GACGGTTACT CCGGTACAGT TTTTCTGCTG GTTCGCCTTC
 901    CGGTATATGT GGACTTACTC GGCAGGCGCG ATTGCAGAAA ACGTCTGGCA
 951    CACTACCGAT GCGTCTTCCG TAGGCCATCA GGAGGCGGGC AACCGGTACG
1001    GCGTTTTGGC GGCGGTGTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 154>：
  1    MIGDRRAGNH FGFSKANTFQ IKKKDLLYVG IYASNSKTRF ARAGKKHDLD
 51    VELRLSRRSD GLYPAKLADE PHFSNARRRP AQFGLVFHPA AAGGDAGSAD
101    SGYYSDRTWK PRLGGRR LPY LLYGTLIAVI VMILMPNSGS FGFGYA SLAA
151    LSFGALMIAL LDVSSNMAMQ PFKMMVGDMV NEEQKSYAYG IQSFLANTD A
201    VVAAILPFVF AYIGLANTAE KGVVPQT VVV AFYVGAALLI ITSAFTISKV
251    KEYDPETYAR YHGIDVAANQ EKANWFELLK TAPKVFWTVT PVQFFCWFAF
301    RYMWTYSAGA IAENVWHTTD ASSVGHQEAG NRYGVLAAV*
ORF16ng和ORF16-1在261个氨基酸的重叠区内显示出有89.3％的相同性：
                     30        40        50        60        70         80
orf16-1.pep    MLSFGFLGVQTAFTLQSSQMSRIFQTLGADPHNLGWFFILPPLAGMLVQPI-VGHYSDRT
                                             | ::|  |  |  ||  :     |:|||||
orf16ng        DVELRLSRRSDGLYPAKLADEPHFSNARRRPAQFGLVF-HPAAAGGDAGSADSGYYSDRT
              50        60        70        80        90        100
                      90       100       110       120       130       140
orf16-1.pep    WKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf16ng        WKPRLGGRRLPYLLYGTLIAVIVMILMPNSGSFGFGYASLAALSFGALMIALLDVSSNMA
              110       120       130       140       150       160
                     150       160       170       180       190       200
orf16-1.pep    MQPFKMMVGDMVNEEQKGYAYGIQSFLANTGAVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQTV
               |||||||||||||||||:|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf16ng        MQPFKMMVGDMVNEEQKSYAYGIQSFLANTDAVVAAILPFVFAYIGLANTAEKGVVPQTV
              170       180       190       200       210       220
                     210       220       230       240       250       260
orf16-1.pep    VVAFYVGAALLVITSAFTIFKVKEYDPETYARYHGIDVAANQEKANWIELLKTAPKAFWT
               |||||||||||:||||||| |||||||||||||||||||||||||||:||||||||:|||
orf16ng        VVAFYVGAALLIITSAFTISKVKEYDPETYARYHGIDVAANQEKANWFELLKTAPKVFWT
              230       240       250       260       270       280
                   270       280       290       300       310       320
orf16-1.pep    VTLVQFFCWFAFQYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGYQEAGNWYGVLAAVQSVAAVICS
               || ||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||| |||||||||||||
orf16ng        VTPVQFFCWFAFRYMWTYSAGAIAENVWHTTDASSVGHQEAGNRYGVLAAVX
              290       300       310       320       330       340
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例19
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 155>：
  1    ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGCATA CCTTGATGCT
 51    GAACGGCTGT ACGTTGATGT TGTGGGGAAT GAACAACCCG GTCAGCGAAA
101    CAATCACCCG NAAACACGTT GNCAAAGACC AAATCCGNGN CTTCGGTGTG
151    GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG
201    CGGAAAATAC TGGTTCGTCG TCAATCCCGA AGATTCGGCG AA.NTGACGG
251    GNATTTTGAN GGCAGGGCTG GACAAACCCT TCCAAATAGT TNAGGATACC
301    CCGAGCTATG C.TGCCACCA AGCCCTGCCG GTCAAACTCG GATCGNCTGG
351    CAGCCAGAAT...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 156；ORF28>：
  1    MLFRKTTAAV LAHTLMLNGC TLMLWGMNNP VSETITRKHV XKDQIRXFGV
 51    VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFVVNPEDSA XXTGILXAGL DKPFQIVXDT
101    PSYXCHQALP VKLGSXGSQN...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 157>：
  1    ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGGCAA CCTTGATGCT
 51    GAACGGCTGT ACGTTGATGT TGTGGGGAAT GAACAACCCG GTCAGCGAAA
101    CAATCACCCG CAAACACGTT GACAAAGACC AAATCCGCGC CTTCGGTGTG
151    GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG
201    CGGAAAATAC TGGTTCGTCG TCAATCCCGA AGATTCGGCG AAGCTGACGG
251    GCATTTTGAA GGCAGGGCTG GACAAACCCT TCCAAATAGT TGAGGATACC
301    CCGAGCTATG CTCGCCACCA AGCCCTGCCG GTCAAACTCG AATCGCCTGG
351    CAGCCAGAAT TTCAGTACCG AAGGCCTTTG CCTGCGCTAC GATACCGACA
401    AGCCTGCCGA CATCGCCAAG CTGAAACAGC TCGGGTTTGA AGCGGTCAAA
451    CTCGACAATC GGACCATTTA CACGCGCTGC GTATCCGCCA AAGGCAAATA
501    CTACGCCACA CCGCAAAAAC TGAACGCCGA TTACCATTTT GAGCAAAGTG
551    TGCCTGCCGA TATTTATTAC ACGGTTACTG AAGAACATAC CGACAAATCC
601    AAGCTGTTTG CAAATATCTT ATATACGCCC CCCTTTTTGA TACTGGATGC
651    GGCGGGCGCG GTACTGGCCT TGCCTGCGGC GGCTCTGGGT GCGGTCGTGG
701    ATGCCGCCCG CAAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 158；ORF28-1>：
  1    MLFRKTTAAV LAATLMLNGC TLMLWGMNNP VSETITRKHV DKDQIRAFGV
 51    VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFVVNPEDSA KLTGILKAGL DKPFQIVEDT
101    PSYARHQALP VKLESPGSQN FSTEGLCLRY DTDKPADIAK LKQLGFEAVK
151    LDNRTIYTRC VSAKGKYYAT PQKLNADYHF EQSVPADIYY TVTEEHTDKS
201    KLFANILYTP PF LILDAAGA VLALPAAALG AVVDAARK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF28与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF28a)在重叠的120个氨基酸内显示出有79.2％的相同性：
                     10        20         30        40        50        60
orf28.pep    MLFRKTTAAVLAHTLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVXKDQIRXFGVVAEDNAQLEK
             |||||||||||| |||||| ||:|:||||:| ||| :|||| ||||| |||||||||||||
orf28a       MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTVMMWGMNSPFSETTARKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
                     10        20         30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf28.pep    GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAXXTGILXAGLDKPFQIVXDTPSYXCHQALPVKLGSXGSQN
             ||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||:|  :| :  :||||||| | :|||
orf28a       GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKQFQMVEPNPRFA-YQALPVKLESPASQN
                     70        80        90       100        110
orf28a       FSTEGLCLRYDTDRPADIAKLKQLEFEAVELDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
            120      130      140       150       160        170
全长ORF28a核苷酸序列<SEQ ID 159>是：
  1    ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGGCAA CCTTGATGTT
 51    GAACGGCTGT ACGGTAATGA TGTGGGGTAT GAACAGCCCG TTCAGCGAAA
101    CGACCGCCCG CAAACACGTT GACAAGGACC AAATCCGCGC CTTCGGTGTG
151    GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG
201    CGGGAAATAC TGGTTCGTCG TCAATCCTGA AGATTCGGCG AAGCTGACGG
251    GCATTTTGAA GGCCGGGTTG GACAAGCAGT TTCAAATGGT TGAGCCCAAC
301    CCGCGCTTTG CCTACCAAGC CCTGCCGGTC AAACTCGAAT CGCCCGCCAG
351    CCAGAATTTC AGTACCGAAG GCCTTTGCCT GCGCTACGAT ACCGACAGAC
401    CTGCCGACAT CGCCAAGCTG AAACAGCTTG AGTTTGAAGC GGTCGAACTC
451    GACAATCGGA CCATTTACAC GCGCTGCGTC TCCGCCAAAG GCAAATACTA
501    CGCCACACCG CAAAAACTGA ACGCCGATTA TCATTTTGAG CAAAGTGTGC
551    CTGCCGATAT TTATTACACG GTTACGAAAA AACATACCGA CAAATCCAAG
601    TTGTTTGAAA ATATTGCATA TACGCCCACC ACGTTGATAC TGGATGCGGT
651    GGGCGCGGTG CTGGCCTTGC CTGTCGCGGC GTTGATTGCA GCCACGAATT
701    CCTCAGACAA ATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 160>：
  1    MLFRKTTAAV LAATLMLNGC TVMMWGMNSP FSETTARKHV DKDQIRAFGV
 51    VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFVVNPEDSA KLTGILKAGL DKQFQMVEPN
101    PRFAYQALPV KLESPASQNF STEGLCLRYD TDRPADIAKL KQLEFEAVEL
151    DNRTIYTRCV SAKGKYYATP QKLNADYHFE QSVPADIYYT VTKKHTDKSK
201    LFENIAYTPT TL ILDAVGAV LALPVAALIA ATNSSDK*
ORF28a和ORF28-1在238个氨基酸的重叠区内显示出有86.1％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf28a.pep    MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTVMMWGMNSPFSETTARKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
              |||||||||||||||||||||:|:||||:| ||| :||||||||||||||||||||||||
orf28-1       MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       119
orf28a.pep    GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKQFQMVEPNPRFA-YQALPVKLESPASQN
              |||||||||||||||||||||||||||||||| ||:||:| :| :|||||||||||:|||
orf28-1       GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKLESPGSQN
                      70        80        90       100       110       120
            120       130       140       150       160       170      179
orf28a.pep    FSTEGLCLRYDTDRPADIAKLKQLEFEAVELDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
              |||||||||||||:|||||||||| ||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf28-1       FSTEGLCLRYDTDKPADIAKLKQLGFEAVKLDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
                     130       140       150       160       170       180
            180       190       200       210       220       230
orf28a.pep    EQSVPADIYYTVTKKHTDKSKLFENIAYTPTTLILDAVGAVLALPVAALIAATNSSDKX
              |||||||||||||::|||||||| || |||  |||||:|||||||:||| |::::: ||
orf28-1       EQSVPADIYYTVTEEHTDKSKLFANILYTPPFLILDAAGAVLALPAAALGAVVDAARKX
                     190       200       210       220       230
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF28与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF28.ng)在重叠的120个氨基酸内显示出有84.2％的相同性：
orf28.pep    MLFRKTTAAVLAHTLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVXKDQI RXFGVVAEDNAQLEK  60
             |||||||||||| ||:|||||:|| |||||||:||||||| ||||| ||||||||||||||
orf28ng      MLFRKTTAAVLAATLILNGCTMMLRGMNNPVSQTITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK   60
orf28.pep    GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAXXTGILXAGLDKPFQIVXDTPSYXCHQALPVKLGSXGSQN  120
             ||||||||||||:|||||||| ||:|||||||||||| |||||  |||||||: : ||||
orf28ng      GSLVMMGGKYWFAVNPEDSAKLTGLLKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKFEAPGSQN  120
全长ORF28ng核苷酸序列<SEQ ID 161>是
  1    ATGTTGTTCC GTAAAACGAC CGCCGCCGTT TTGGCGGCAA CCTTGATACT
 51    GAACGGCTGT ACGATGATGT TGCGGGGGAT GAACAACCCG GTCAGCCAAA
101    CAATCACCCG CAAACACGTT GACAAAGACC AAATCCGCGC CTTCGGTGTG
151    GTTGCCGAAG ACAATGCCCA ATTGGAAAAG GGCAGCCTGG TGATGATGGG
201    CGGGAAATAC TGGTTCGCCG TCAATCCCGA AGATTCGGCG AAGCTGACGG
251    GCCTTTTGAA GGCCGGGTTG GACAAGCCCT TCCAAATAGT TGAGGATACC
301    CCGAGCTATG CCCGCCACCA AGCCCTGCCG GTCAAATTCG AAGCGCCCGG
351    CAGCCAGAAT TTCAGTACCG GAGGTCTTTG CCTGCGCTAT GATACCGGCA
401    GACCTGACGA CATCGCCAAG CTGAAACAGC TTGAGTTTAA AGCGGTCAAA
451    CTCGACAATC GGACCATTTA CACGCGCTGC GTATCCGCCA AAGGCAAATA
501    CTACGCCACG CCGCAAAAAC TGAACGCCGA TTATCATTTT GAGCAAAGTG
551    TGCCCGCCGA TATTTATTAT ACGGTTACTG AAAAACATAC CGACAAATCC
601    AAGCTGTTTG GAAATATCTT ATATACGCCC CCCTTGTTGA TATTGGATGC
651    GGCGGCCGCG GTGCTGGTCT TGCCTATGGC TCTGATTGCA GCCGCGAATT
701    CCTCAGACAA ATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 162>：
  1    MLFRKTTAAV LAATLILNGC TMMLRGMNNP VSQTITRKHV DKDQIRAFGV
 51    VAEDNAQLEK GSLVMMGGKY WFAVNPEDSA KLTGLLKAGL DKPFQIVEDT
101    PSYARHQALP VKFEAPGSQN FSTGGLCLRY DTGRPDDIAK LKQLEFKAVK
151    LDNRTIYTRC VSAKGKYYAT PQKLNADYHF EQSVPADIYY TVTEKHTDKS
201    KLFGNILYTP PL LILDAAAA VLVLPMALIA AANSSDK*
ORF28ng和ORF28-1在231个氨基酸的重叠区内显示有90.0％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf28-1.pep    MLFRKTTAAVLAATLMLNGCTLMLWGMNNPVSETITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
               ||||||||||||||:|||||:|| |||||||:||||||||||||||||||||||||||||
orf28ng        MLFRKTTAAVLAATLILNGCTMMLRGMNNPVSQTITRKHVDKDQIRAFGVVAEDNAQLEK
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf28-1.pep    GSLVMMGGKYWFVVNPEDSAKLTGILKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKLESPGSQN
               ||||||||||||:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:|:|||||
orf28ng        GSLVMMGGKYWFAVNPEDSAKLTGLLKAGLDKPFQIVEDTPSYARHQALPVKFEAPGSQN
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf28-1.pep    FSTEGLCLRYDTDKPADIAKLKQLGFEAVKLDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
               ||| |||||||| :| |||||||| |:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf28ng        FSTGGLCLRYDTGRPDDIAKLKQLEFKAVKLDNRTIYTRCVSAKGKYYATPQKLNADYHF
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       239
orf28-1.pep    EQSVPADIYYTVTEEHTDKSKLFANILYTPPFLILDAAGAVLALPAAALGAVVDAARKX
               ||||||||||||||:||||||||:|||||||:||||||:|||||| | ::|:
orf28ng        EQSVPADIYYTVTEKHTDKSKLFGNILYTPPLLILDAAAAVLVLPMALIAAANSSDKX
                      190       200       210       220       230
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF28-1(24kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图6A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图6B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA，得到阳性结果。这些结果确认ORF28-1是一种外露蛋白，且其可能是一种有用的免疫原。
实施例20
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 163>：
  1  ..GTCAGTCCTG TACTGCCTAT TACACACGAA CGGACAGGGT TTGAAGGTGT
 51    TATCGGTTAT GAAACCCATT TTTCAGGGCA CGGACATGAA GTACACAGTC
101    CGTTCGATCA TCATGATTCA AAAAGCACTT CTGATTTCAG CGGCGGTGTA
151    GACGGCGGTT TTACTGTTTA CCAACTTCAT CGAACATGGT CGGAAATCCA
201    TCCGGAGGAT GAATATGACG GGCCGCAAGC AGCG.ATTAT CCGCCCCCCG
251    GAGGAGCAAG GGATATATAC AGCTATTATG TCAAAGGAAC TTCAACAAAA
301    ACAAAGACTA GTATTGTCCC TCAAGCCCCA TTTTCAGACC GTTGGCTAGA
351    AGAAAATGCC GGTGCCGCCT CTGGT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 164；ORF29>：
  1  ..VSPVLPITHE RTGFEGVIGY ETHFSGHGHE VHSPFDHHDS KSTSDFSGGV
 51    DGGFTVYQLH RTWSEIHPED EYDGPQAAXY PPPGGARDIY SYYVKGTSTK
101    TKTSIVPQAP FSDRWLEENA GAASG..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 165>：
  1    ATGAATTTGC CTATTCAAAA ATTCATGATG CTGTTTGCAG CAGCAATATC
 51    GTTGCTGCAA ATCCCCATTA GTCATGCGAA CGGTTTGGAT GCCCGTTTGC
101    GCGATGATAT GCAGGCAAAA CACTACGAAC CGGGTGGTAA ATACCATCTG
151    TTTGGTAATG CTCGCGGCAG TGTTAAAAAG CGGGTTTACG CCGTCCAGAC
201    ATTTGATGCA ACTGCGGTCA GTCCTGTACT GCCTATTACA CACGAACGGA
251    CAGGGTTTGA AGGTGTTATC GGTTATGAAA CCCATTTTTC AGGGCACGGA
301    CATGAAGTAC ACAGTCCGTT CGATCATCAT GATTCAAAAA GCACTTCTGA
351    TTTCAGCGGC GGTGTAGACG GCGGTTTTAC TGTTTACCAA CTTCATCGAA
401    CAGGGTCGGA AATCCATCCG GAGGATGGAT ATGACGGGCC GCAAGGCAGC
451    GATTATCCGC CCCCCGGAGG AGCAAGGGAT ATATACAGCT ATTATGTCAA
501    AGGAACTTCA ACAAAAACAA AGACTAATAT TGTCCCTCAA GCCCCATTTT
551    CAGACCGTTG GCTAAAAGAA AATGCCGGTG CCGCCTCTGG TTTTTTCAGC
 601    CGTGCGGATG AAGCAGGAAA ACTGATATGG GAAAGCGACC CCAATAAAAA
 651    TTGGTGGGCT AACCGTATGG ATGATGTTCG CGGCATCGTC CAAGGTGCGG
 701    TTAATCCTTT TTTAATGGGT TTTCAAGGAG TAGGGATTGG GGCAATTACA
 751    GACAGTGCAG TAAGCCCGGT CACAGATACA GCCGCGCAGC AGACTCTACA
 801    AGGTATTAAT GATTTAGGAA AATTAAGTCC GGAAGCACAA CTTGCTGCCG
 851    CGAGCCTATT ACAGGACAGT GCTTTTGCGG TAAAAGACGG TATCAACTCT
 901    GCCAAACAAT GGGCTGATGC CCATCCAAAT ATAACAGCTA CTGCCCAAAC
 951    TGCCCTTTCC GCAGCAGAGG CCGCAGGTAC GGTTTGGAGA GGTAAAAAAG
1001    TAGAACTTAA CCCGACTAAA TGGGATTGGG TTAAAAATAC CGGTTATAAA
1051    AAACCTGCTG CCCGCCATAT GCAGACTTTA GATGGGGAGA TGGCAGGTGG
1101    GAATAAACCT ATTAAATCTT TACCAAACAG TGCCGCTGAA AAAAGAAAAC
1151    AAAATTTTGA GAAGTTTAAT AGTAACTGGA GTTCAGCAAG TTTTGATTCA
1201    GTGCACAAAA CACTAACTCC CAATGCACCT GGTATTTTAA GTCCTGATAA
1251    AGTTAAAACT CGATACACTA GTTTAGATGG AAAAATTACA ATTATAAAAG
1301    ATAACGAAAA CAACTATTTT AGAATCCATG ATAATTCACG AAAACAGTAT
1351    CTTGATTCAA ATGGTAATGC TGTGAAAACC GGTAATTTAC AAGGTAAGCA
1401    AGCAAAAGAT TATTTACAAC AACAAACTCA TATCAGGAAC TTAGACAAAT
1451    GA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 166；ORF29-1>：
  1    MNLPIQKFMM LFAAAISLLQ IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL
 51    FGNARGSVKK RVYAVQTFDA TAVSPVLPIT HERTGFEGVI GYETHFSGHG
101    HEVHSPFDHH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP EDGYDGPQGS
151    DYPPPGGARD IYSYYVKGTS TKTKTNIVPQ APFSDRWLKE NAGAASGFFS
201    RADEAGKLIW ESDPNKNWWA NRMDDVRGIV QGAVNPFLMG FQGVGIGAIT
251    DSAVSPVTDT AAQQTLQGIN DLGKLSPEAQ LAAASLLQDS AFAVKDGINS
301    AKQWADAHPN ITATAQTALS AAEAAGTVWR GKKVELNPTK WDWVKNTGYK
351    KPAARHMQTL DGEMAGGNKP IKSLPNSAAE KRKQNFEKFN SNWSSASFDS
401    VHKTLTPNAP GILSPDKVKT RYTSLDGKIT IIKDNENNYF RIHDNSRKQY
451    LDSNGNAVKT GNLQGKQAKD YLQQQTHIRN LDK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF29与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF29a)在重叠的125个氨基酸中显示出有88.0％的相同性：
                                                    10        20        30
orf29.pep                                   VSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHE
                                            |:|:||||||||||||:|||||||||||||
orf29a        EPGGKYHLFGNARGSVKNRVYAVQTFDATAVGPILPITHERTGFEGIIGYETHFSGHGHE
                    50        60        70        80        90       100
                      40        50        60        70        80        90
orf29.pep     VHSPFDHHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTWSEIHPEDEYDGPQAAXYPPPGGARDIY
              ||||||:||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||:: |||||||||||
orf29a        VHSPFDNHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIY
                   110       120       130       140       150       160
                     100       110       120
orf29.pep     SYYVKGTSTKTKTSIVPQAPFSDRWLEENAGAASG
                ||||||||||::|||:||||||||:|||||||||
orf29a        XXYVKGTSTKTKSNIVPRAPFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANR
                   170       180       190       200       210       220
orf29a        MDDIRGIVQGAVNPFLMGFQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGXNHLGXLSPEAQLA
                   230       240       250       260       270       280
全长ORF29a核苷酸序列<SEQ ID 167>是：
 1    ATGAATTNGC CTATTCAAAA ATTCATGATG CTGTTTGCAG CAGCAATATC
51    GTNGCTGCAA ATCCCNATTA GTCATGCGAA CGGTTTGGAT GCCCGTTTGC
 101     GCGATGATAT GCAGGCAAAA CACTACGAAC CGGGTGGTAA ATACCATCTG
 151     TTTGGTAATG CTCGCGGCAG TGTTAAAAAT CGGGTTTACG CCGTCCAAAC
 201     ATTTGATGCA ACTGCGGTCG GCCCCATACT GCCTATTACA CACGAACGGA
 251     CAGGATTTGA AGGCATTATC GGTTATGAAA CCCATTTTTC AGGACATGGA
 301     CATGAAGTAC ACAGTCCGTT CGATAATCAT GATTCAAAAA GCACTTCTGA
 351     TTTCAGCGGC GGCGTAGACG GTGGTTTTAC CGTTTACCAA CTTCATCGGA
 401     CAGGGTCGGA AATCCATCCG GAGGATGGAT ATGACGGGCC GCAAGGCAGC
 451     GATTATCCGC CCCCCGGAGG AGCAAGGGAT ATATACANNT ANTATGTCAA
 501     AGGAACTTCA ACAAAAACAA AGAGTAATAT TGTTCCCCGA GCCCCATTTT
 551     CAGACCGCTG GCTAAAAGAA AATGCCGGTG CCGCCTCTGG TTTTTTCAGC
 601     CGTGCTGATG AAGCAGGAAA ACTGATATGG GAAAGCGACC CCAATAAAAA
 651     TTGGTGGGCT AACCGTATGG ATGATATTCG CGGCATCGTC CAAGGTGCGG
 701     TTAATCCTTT TTTAATGGGT TTTCAAGGAG TAGGGATTGG GGCAATTACA
 751     GACAGTGCAG TAAGCCCGGT CACAGATACA GCCGCGCAGC AGACTCTACA
 801     AGGTATNAAT CATTTAGGAA ANTTAAGTCC CGAAGCACAA CTTGCGGCTG
 851     CAACCGCATT ACAAGACAGT GCTTTTGCGG TAAAAGACGG TATCAATTCC
 901     GCCAGACAAT GGGCTGATGC CCATCCGAAT ATAACTGCAA CAGCCCAAAC
 951     TGCCCTTGCC GTAGCAGANG CCGCAACTAC GGTTTGGGGC GGTAAAAAAG
1001     TAGAACTTAA CCCGACCAAA TGGGATTGGG TTAAAAATAC NGGCTATAAN
1051     ACACCTGCTG TTCGCACCAT GCATACTTTG GATGGGGAAA TGGCCGGTGG
1101     GAATAGACCG CCTAAATCTA TAACGTCCAA CAGCAAAGCA GATGCTTCCA
1151     CACAACCGTC TTTACAAGCG CAACTAATTG GAGAACAAAT TANNNNNGGG
1201     CATGCTTATA ACAAGCATGT CATAAGACAA CAAGAATTTA CGGATTTAAA
1251     TATCAATTCA CCAGCAGATT TTGCTCGGCA TATTGAAAAT ATTGTTAGCC
1301     ATCCANCAAA TATGAAAGAG TTACCTCGCG GTAGAACTGC GTATTGGGAT
1351     NATAAAACAG GGACNATAGT TATCCGAGAT AAAAATTCTG ACGATGGAGG
1401     TACAGCATTT AGACCAACAT CAGGTAAAAA ATATTATGAT GATTTATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 168>：
  1     MNXPIQKFMM LFAAAISXLQ IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL
 51     FGNARGSVKN RVYAVQTFDA TAVGPILPIT HERTGFEGII GYETHFSGHG
101     HEVHSPFDNH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP EDGYDGPQGS
151     DYPPPGGARD IYXXYVKGTS TKTKSNIVPR APFSDRWLKE NAGAASGFFS
201     RADEAGKLIW ESDPNKNWWA NRMDDIRGIV QGAVNPFLMG FQGVGIGAIT
251     DSAVSPVTDT AAQQTLQGXN HLGXLSPEAQ LAAATALQDS AFAVKDGINS
301     ARQWADAHPN ITATAQTALA VAXAATTVWG GKKVELNPTK WDWVKNTGYX
351     TPAVRTMHTL DGEMAGGNRP PKSITSNSKA DASTQPSLQA QLIGEQIXXG
401     HAYNKHVIRQ QEFTDLNINS PADFARHIEN IVSHPXNMKE LPRGRTAYWD
451     XKTGTIVIRD KNSDDGGTAF RPTSGKKYYD DL*
ORF29a和ORF29-1在385个氨基酸的重叠区内显示出有90.1％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf29a.pep    MNXPIQKFMMLFAAAISXLQIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKN
              || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf29-1       MNLPIQKFMMLFAAAISLLQIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKK
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf29a.pep    RVYAVQTFDATAVGPILPITHERTGFEGIIGYETHFSGHGHEVHSPFDNHDSKSTSDFSG
              |||||||||||||:|:||||||||||||:|||||||||||||||||||:|||||||||||
orf29-1       RVYAVQTFDATAVSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHEVHSPFDHHDSKSTSDFSG
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf29a.pep    GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIYXXYVKGTSTKTKSNIVPR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||:||||:
orf29-1       GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIYSYYVKGTSTKTKTNIVPQ
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf29a.pep    APFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANRMDDIRGIVQGAVNPFLMG
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf29-1       APFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANRMDDVRGIVQGAVNPFLMG
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf29a.pep    FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGXNHLGXLSPEAQLAAATALQDSAFAVKDGINS
              |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||:||||||||||||||||
orf29-1       FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGINDLGKLSPEAQLAAASLLQDSAFAVKDGINS
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf29a.pep    ARQWADAHPNITATAQTALAVAXAATTVWGGKKVELNPTKWDWVKNTGYXTPAVRTMHTL
              |:|||||||||||||||||::| || ||| |||||||||||||||||||  ||:| |:||
orf29-1       AKQWADAHPNITATAQTALSAAEAAGTVWRGKKVELNPTKWDWVKNTGYKKPAARHMQTL
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf29a.pep    DGEMAGGNRPPKSITSNSKADASTQPSLQAQLIGEQIXXGHAYNKHVIRQQEFTDLNINS
              ||||||||:| ||:  || |:   |
orf29-1       DGEMAGGNKPIKSLP-NSAAEKRKQNFEKFNSNWSSASFDSVHKTLTPNAPGILSPDKVK
                     370       380       390       400       410
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF29与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF29.ng)在重叠的125个氨基酸内显示出有88.8％的相同性：
orf29.pep                                VSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHE   30
                                         |:|:||||||||||||||||||||||||||
orf29ng    EPGGKYHLFGNARGSVKNRVCAVQTFDATAVGPILPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHE  102
orf29.pep  VHSPFDHHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTWSEIHPEDEYDGPQAAXYPPPGGARDIY   90
           ||||||:||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||:: |||||||||||
orf29ng    VHSPFDNHDSKSTSDFSGGVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGGGYPPPGGARDIY  162
orf29.pep  SYYVKGTSTKTKTSIVPQAPFSDRWLEENAGAASG    125
           ||::||||||||:|||||||||||:|||||||
orf29ng    SYHIKGTSTKTKINTVPQAPFSDRWLKENAGAASGFLSRADEAGKLIWENDPDKNWRANR  222
预计全长ORF29ng核苷酸序列<SEQ ID 169>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 170>：
  1    MNLPIQKFMM LFAAAISLLQ IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL
 51    FGNARGSVKN RVCAVQTFDA TAVGPILPIT HERTGFEGVI GYETHFSGHG
101    HEVHSPFDNH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP EDGYDGPQGG
151    GYPPPGGARD IYSYHIKGTS TKTKINTVPQ APFSDRWLKE NAGAASGFLS
201    RADEAGKLIW ENDPDKNWRA NRMDDIRGIV QGAVNPFLTG FQGLGVGAIT
251    DSAVSPVTYA AARKTLQGIH NLGNLSPEAQ LAAATALQDS AFAVKDSINS
301    ARQWADAHPN ITATAQTALA VTEAATTVWG GKKVELNPAK WDWVKNTGYK
351    KPAARHMQTV DGEMAGGNKP LESKNTVTTN NFFENTGYTE KVLRQASNGD
401    YHGFPQSVDA FSENGTVIQI VGGDNIVRHK LYIPGSYKGK DGNFEYIREA
451    DGKINHRLFV PNQQLPEK*
在第二个实验中，鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 171>：
  1    atgAATTTGC CTATTCAAAA ATTCATGATG ctgttggcAg cggcaatatc
 51    gatgctGCat ATCCCCATTA GTCATGCGAA CGGTTTGGAT GCCCGTTTGC
101    GCGATGATAT GCAGGCAAAA CACTACGAAC CGGGTGGCAA ATACCATCTG
151    TTTGGTAATG CTCGCGGCAG TGTTAAAAAT CGGGTTTGCG CCGTCCAAAC
201    ATTTGATGCA ACTGCGGTCG GCCCCATACT GCCTATTACA CACGAACGGA
251    CAGGATTTGA AGGTGTTATC GGCTATGAAA CCCATTTTTC AGGACACGGA
301    CACGAAGTAC ACAGTCCGTT CGATAATCAT GATTCAAAAA GCACTTCTGA
 351    TTTCAGCGGC GGCGTAGACG GCGGTTTTAC CGTTTACCAA CTTCATCGGA
 401    CAGGGTCGGA AATACATCCC GCAGACGGAT ATGACGGGCC TCAAGGCGGC
 451    GGTTATCCGG AACCACAAGG GGCAAGGGAT ATATACAGCT ACCATATCAA
 501    AGGAACTTCA ACCAAAACAA AGATAAACAC TGTTCCGCAA GCCCCTTTTT
 551    CAGACCGCTG GCTAAAAGAA AATGCCGGTG CCGCTTCCGG TTTTCTCAGC
 601    CGTGCGGATG AAGCAGGAAA ACTGATATGG GAAAACGACC CCGATAAAAA
 651    TTGGCGGGCT AACCGTATGG ATGATATTCG CGGCATCGTC CAAGGTGCGG
 701    TTAATCCTTT TTTAACGGGT TTTCAAGGGG TAGGGATTGG GGCAATTACA
 751    GACAGTGCGG TAAGCCCGGT CACAGATACA GCCGCTCAGC AGACTCTACA
 801    AGGTATTAAT GATTTAGGAA ATTTAAGTCC GGAAGCACAA CTTGCCGCCG
 851    CGAGCCTATT ACAGGACAGT GCCTTTGCGG TAAAAGACGG CATCAATTCC
 901    GCCAGACAAT GGGCTGATGC CCATCCGAAT ATAACAGCAA CAGCCCAAAC
 951    TGCCCTTGCC GTAGCAGAGG CCGCAGGTAC GGTTTGGCGC GGTAAAAAAG
1001    TAGAACTTAA CCCGACCAAA TGGGATTGGG TTAAAAATAC CGGCTATAAA
1051    AAACCTGCTG CCCGCCATAT GCAGACTGTA GATGGGGAGA TGGCAGGGGG
1101    GAATAGACCG CCTAAATCTA TAACGTCGGA AGGAAAAGCT AATGCTGCAA
1151    CCTATCCTAA GTTGGTTAAT CAGCTAAATG AGCAAAACTT AAATAACATT
1201    GCGGCTCAAG ATCCAAGATT GAGTCTAGCT ATTCATGAGG GTAAAAAAAA
1251    TTTTCCAATA GGAACTGCAA CTTATGAAGA GGCAGATAGA CTAGGTAAAA
1301    TTTGGGTTGG TGAGGGTGCA AGACAAACTA GTGGAGGCGG ATGGTTAAGT
1351    AGAGATGGCA CTCGACAATA TCGGCCACCA ACAGAAAAAA AATCACAATT
1401    TGCAACTACA GGTATTCAAG CAAATTTTGA AACTTATACT ATTGATTCAA
1451    ATGAAAAAAG AAATAAAATT AAAAATGGAC ATTTAAATAT TAGGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 172；ORF29ng-1>：
  1    MNLPIQKFMM LLAAAISMLH IPISHANGLD ARLRDDMQAK HYEPGGKYHL
 51    FGNARGSVKN RVCAVQTFDA TAVGPILPIT HERTGFEGVI GYETHFSGHG
101    HEVHSPFDNH DSKSTSDFSG GVDGGFTVYQ LHRTGSEIHP ADGYDGPQGG
151    GYPEPQGARD IYSYHIKGTS TKTKINTVPQ APFSDRWLKE NAGAASGFLS
201    RADEAGKLIW ENDPDKNWRA NRMDDIRGIV QGAVNPFLTG FQGVGIGAIT
251    DSAVSPVTDT AAQQTLQGIN DLGNLSPEAQ LAAASLLQDS AFAVKDGINS
301    ARQWADAHPN ITATAQTALA VAEAAGTVWR GKKVELNPTK WDWVKNTGYK
351    KPAARHMQTV DGEMAGGNRP PKSITSEGKA NAATYPKLVN QLNEQNLNNI
401    AAQDPRLSLA IHEGKKNFPI GTATYEEADR LGKIWVGEGA RQTSGGGWLS
451    RDGTRQYRPP TEKKSQFATT GIQANFETYT IDSNEKRNKI KNGHLNIR*
ORF29ng-1和ORF29-1在401个氨基酸的重叠区内显示出有86.0％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf29ng-1.pep   MNLPIQKFMMLLAAAISMLHIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKN
                |||||||||||:|||||:|:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf29-1         MNLPIQKFMMLFAAAISLLQIPISHANGLDARLRDDMQAKHYEPGGKYHLFGNARGSVKK
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf29ng-1.pep   RVCAVQTFDATAVGPILPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHEVHSPFDNHDSKSTSDFSG
                || ||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
orf29-1         RVYAVQTFDATAVSPVLPITHERTGFEGVIGYETHFSGHGHEVHSPFDHHDSKSTSDFSG
                        70        80        90       100       110       120
                       130       140       150       160       170       180
orf29ng-1.pep   GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPADGYDGPQGGGYPEPQGARDIYSYHIKGTSTKTKINTVPQ
                |||||||||||||||||||| ||||||||: || | ||||||||::|||||||| | |||
orf29-1         GVDGGFTVYQLHRTGSEIHPEDGYDGPQGSDYPPPGGARDIYSYYVKGTSTKTKTNIVPQ
                       130       140       150       160       170       180
                       190       200       210       220       230       240
orf29ng-1.pep   APFSDRWLKENAGAASGFLSRADEAGKLIWENDPDKNWRANRMDDIRGIVQGAVNPFLTG
                ||||||||||||||||||:||||||||||||:||:||| ||||||:|||||||||||| |
orf29-1         APFSDRWLKENAGAASGFFSRADEAGKLIWESDPNKNWWANRMDDVRGIVQGAVNPFLMG
                       190       200       210       220       230       240
                        250       260       270       280       290       300
orf29ng-1.pep    FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGINDLGNLSPEAQLAAASLLQDSAFAVKDGINS
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||
orf29-1          FQGVGIGAITDSAVSPVTDTAAQQTLQGINDLGKLSPEAQLAAASLLQDSAFAVKDGINS
                        250       260       270       280       290       300
                        310       320       330       340       350       360
orf29ng-1.pep    ARQWADAHPNITATAQTALAVAEAAGTVWRGKKVELNPTKWDWVKNTGYKKPAARHMQTV
                 |:|||||||||||||||||::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf29-1          AKQWADAHPNITATAQTALSAAEAAGTVWRGKKVELNPTKWDWVKNTGYKKPAARHMQTL
                        310       320       330       340       350       360
                        370       380       390       400       410       419
orf29ng-1.pep    DGEMAGGNRPPKSI-TSEGKANAATYPKLVNQLNEQNLNNIAAQDPRLSLAIHEGKKNFP
                 ||||||||:| ||: :| ::    :: |: :: :  :::::
orf29-1          DGEMAGGNKPIKSLPNSAAEKRKQNFEKFNSNWSSASFDSVHKTLTPNAPGILSPDKVKT
                        370       380       390       400       410       420
               420       430       440       450       460       470      479
orf29ng-1.pep    IGTATYEEADRLGKIWVGEGARQTSGGGWLSRDGTRQYRPPTEKKSQFATTGIQANFETY
orf29-1          RYTSLDGKITIIKDNENNYFRIHDNSRKQYLDSNGNAVKTGNLQGKQAKDYLQQQTHIRN
                        430       440       450       460       470       480
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例21
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 173>：
  1    ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATTGCCCC
 51    CGCAATGGCA AACGGCTTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAATGTTCC
101    ACACGCGGGC AGATGCACCG ATGCAG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 174；ORF30>：
1    MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QMFHTRADAP MQ..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 175>：
  1    ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATTGCCCC
 51    CGCAATGGCA AACGGCTTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAGTGTTCC
101    ACACGCGGGC AGATGCACCG ATGCAGTTGG CGGAGCTTTC TCAAAAGGAG
151    ATGAAGGAGA CAGAGGGGGC GTTTCTTCCA TTGGCTATCT TGGGTGGTGC
201    TGCCATTGGT ATGTGGACAC AGCATGGTTT TAGTTATGCA ACGACAGGCA
251    GACCAGCTTC TGTTAGAGAT GTTGCTATTG CTGGCGGATT AGGCGCAATT
301    CCTGGTGGTG TAGGCGCCGC AGGAAAGGTT GTTTCCTTTG CTAAATATGG
351    ACGTGAGATT AAAATCGGCA ATAATATGCG GATAGCCCCT TTCGGTAATA
401    GAACAGGTCA TCCTATTGGA AAATTTCCCC ATTATCATCG TCGAGTTACG
451    GATAATACGG GCAAGACTTT GCCTGGACAG GGAATTGGTC GTCATCGCCC
501    TTGGGAATCA AAATCTACGG ACAGATCATG GAAAAACCGC TTCTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 176；ORF30-1>：
  1    MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QVFHTRADAP MQLAELSQKE
 51    MKETE GAFLP LAILGGAAIG MWTQHGFSYA TTGRPASVRD VAIAGGLGAI
101    PGGVGAAGKV VSFAKYGREI KIGNNMRIAP FGNRTGHPIG KFPHYHRRVT
151    DNTGKTLPGQ GIGRHRPWES KSTDRSWKNR F*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF30与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF30a)在重叠的42个氨基酸内显示出有97.6％的相同性：
                     10        20         30         40
orf30.pep    MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQMFHTRADAPMQ
             |||||||||||||||||||| |||||||||||:||||||||||
orf30a       MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKXTX GAFLP
                     10        20         30         40        50        60
orf30a       LXILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGXVGAAGKVVSFAKYGREI
                     70         80        90       100       110       120
全长ORF30a核苷酸序列<SEQ ID 177>是：
  1    ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATTGCCCC
 51    CGCAATGGCA AACGGCTTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAGTGTTCC
101    ACACGCGGGC AGATGCACCG ATGCAGTTGG CGGAGCTTTC TCAAAAGGAG
151    ATGAAGGANA CAGNGGGGGC GTTTCTTCCA TTGGNTATCT TGGGTGGTGC
201    TGCCATTGGT ATGTGGACAC AGCATGGTTT TAGTTATGCA ACGACAGGCA
251    GACCAGCTTC TGTTAGAGAT GTTGCTATTG CTGGCGGATT AGGCGCAATT
301    CCTGGTGNTG TAGGCGCCGC AGGAAAGGTT GTTTCCTTTG CTAAATATGG
351    ACGTGAGATT AAAATCGGCA ATAATATGCG GATAGCCCCT TTCGGTAATA
401    GAACAGGTCA TCCTATTGGN AAATTTCCCC ATTATCATCG TCGAGTTACG
451    GATAATACGG GCAAGACTTT GCCTGGACAG GGAATTGGTC GTCATCGCCC
501    TTGGGAATCA AAATCTACGG ACAGATCATG GAAAAACCGC TTCTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 178>：
  1    MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QVFHTRADAP MQLAELSQKE
 51    MKXTX GAFLP LXILGGAAIG MWTQHGFSYA TTGRPASVRD VAIAGGLGAI
101    PGXVGAAGKV VSFAKYGREI KIGNNMRIAP FGNRTGHPIG KFPHYHRRVT
151    DNTGKTLPGQ GIGRHRPWES KSTDRSWKNR F*
ORF30a和ORF30-1在181个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
orf30a.pep    MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKXTXGAFLP  60
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
orf30-1       MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP  60
orf30a.pep    LXILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGXVGAAGKVVSFAKYGREI 120
              | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf30-1       LAILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGGVGAAGKVVSFAKYGREI 120
orf30a.pep    KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR 180
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf30-1       KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR 180
orf30a.pep    FX
              ||
orf30-1       FX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF30与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF30.ng)在重叠的42个氨基酸内显示出有97.6％的相同性：
orf30.pep  MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQMFHTRADAPMQ                    42
           |||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf30ng    MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP  60
全长ORF30ng核苷酸序列<SEQ ID 179>是
  1    ATGAAAAAAC AAATCACCGC AGCCGTAATG ATGCTGTCTA TGATCGCCCC
 51    CGCAATGGCA AACGGATTGG ACAATCAGGC ATTTGAAGAC CAAGTGTTCC
101    ACACGCGGGC AGATGCGCCG ATGCAGTTGG CGGAGCTTTC TCAGAAGGAG
151    ATGAAGGAGA CTGAAGGGGC TTTTCTTCCA TTGGCTATCT TGGGTGGTGC
201    TGCCATTGGT ATGTGGACAC AGCATGGTTT TAGTTATGCA ACGACAGGCA
251    GACCAGCTTC TGTTAGAGAT GTTGCTGGCG GATTAGGCGC AATTCCTGGT
301    GATGTAGGTG CTGCAGGAAA GGTTGTTTCC TTTGCTAAAT ATGGACGTGA
351    GATTAAAATC GGCAATAATA TGCGGATAGC CCCTTTCGGT AATAGAACAG
401    GTCATCCTAT TGGAAAATTT CCCCATTATC ATCGTCGAGT TACGGATAAT
451    ACGGGCAAGA CTTTGCCTGG ACAGGGAATT GGTCGTCATC GCCCTTGGGA
501    ATCAAAATCT ACGGACAGAT CATGGAAAAA CCGCTTCTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 180>：
  1    MKKQITAAVM MLSMIAPAMA NGLDNQAFED QVFHTRADAP MQLAELSQKE
 51    MKETEGAFLP LAILGGAAIG MWTQHGFSYA TTGRPASVRD VAGGLGAIPG
101    DVGAAGKVVS FAKYGREIKI GNNMRIAPFG NRTGHPIGKF PHYHRRVTDN
151    TGKTLPGQGI GRHRPWESKS TDRSWKNRF*
ORF30ng和ORF30-1在181个氨基酸的重叠区内显示出有98.3％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf30ng.pep    MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf30-1        MKKQITAAVMMLSMIAPAMANGLDNQAFEDQVFHTRADAPMQLAELSQKEMKETEGAFLP
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110
orf30ng.pep    LAILGGAAIGMWFQHGFSYATTGRPASVRDVA--GGLGAIPGDVGAAGKVVSFAKYGREI
               ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||
orf30-1        LAILGGAAIGMWTQHGFSYATTGRPASVRDVAIAGGLGAIPGGVGAAGKVVSFAKYGREI
                       70        80        90       100       110       120
                      120       130       140       150       160       170
orf30ng.pep    KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf30-1        KIGNNMRIAPFGNRTGHPIGKFPHYHRRVTDNTGKTLPGQGIGRHRPWESKSTDRSWKNR
                      130       140       150       160       170       180
              180
orf30ng.pep    FX
               ||
orf30-1        FX
根据该分析结果，包括该淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例22
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 181>：
  1    ATGAATAAAA CTCTCTATCG TGTAATTTTC AACCGCAAAC GTGGGGCTGT
 51    GrTAGCCGTT GCTGAAACTA CCAAGCGCGA AGGTAAAAGC TGTGCCGATA
101    GTGATTCAGG CAGCGCTCAT GTGAAATCTG TTCCTTTTGG TACTACTCAT
151    GCACCTGTTT GTg.CGTTaC AAATATCTTT TCTTTTTCTT TATTGGGCTT
201    TTCTTTATGT TTGGCTGTAG GtacGGyCAA TATTGCTTTT GCTGATGGCA
251    TT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 182；ORF31>：
 1    MNKTLYRVIF NRKRGAVXAV AETTKREGKS CADSDSGSAH VKSVPFGTTH
51    APVCXVTNIF SFSLLGFSLC LAVGTXNIAF ADGI..
进一步的工作揭示进一步的部分核苷酸序列<SEQ ID 183>：
  1    ATGAATAAAA CTCTCTATCG TGTAATTTTC AACCGCAAAC GTGGGGCTGT
 51    GGTAGCCGTT GCTGAAACTA CCAAGCGCGA AGGTAAAAGC TGTGCCGATA
101    GTGATTCAGG CAGCGCTCAT GTGAAATCTG TTCCTTTTGG TACTACTCAT
151    GCACCTGTTT GTCGTTCAAA TATCTTTTCT TTTTCTTTAT TGGGCTTTTC
201    TTTATGTTTG GCTGTAGGTA CGGCCAATAT TGCTTTTGCT GATGGCATT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 184；ORF31-1>：
 1    MNKTLYRVIF NRKRGAVVAV AETTKREGKS CADSDSGSAH VKSVPFGTTH
51    APVCRSNIFS FSLLGFSLCL AVGTANIAFA DGI..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF31与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF31.ng)在重叠的84个氨基酸内显示出有76.2％的相同性：
orf31.pep    MNKTLYRVIFNRKRGAVXAVAETTKREGKSCADSDSGSAHVKSVPFGTTHAPVCXVTNIF   60
             ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||::|||| |  ||      :: |
orf31ng      MNKTLYRVIFNRKRGAVVAVAETTKREGKSCADSGSGSVYVKSVSFIPTH------SKAF   54
orf31.pep    SFSLLGFSLCLAVGTXNIAFADGI                                       84
              || ||||||||:|| ||||||||
orf31ng      CFSALGFSLCLALGTVNIAFADGI ITDKAAPKTQQATILQTGNGIPQVNIQTPTSAGVSV  114
全长ORF31ng核苷酸序列<SEQ ID 185>是：
  1    ATGAACAAAA CCCTCTATCG TGTGATTTTC AACCGCAAAC GCGGTGCTGT
 51    GGTAGCTGTT GCCGAAACCA CCAAGCGCGA AGGTAAAAGC TGTGCCGATA
101    GTGGTTCGGG CAGCGTTTAT GTGAAATCCG TTTCTTTCAT TCCTACTCAT
151    TCCAAAGCCT TTTGTTTTTC TGCATTAGGC TTTTCTTTAT GTTTGGCTTT
201    GGGTACGGTC AATATTGCTT TTGCTGACGG CATTATTACT GATAAAGCTG
251    CTCCTAAAAC CCAACAAGCC ACGATTCTGC AAACAGGTaa cGGCATACCG
301    CAAGTCAATA TTCAAACCCC TACTTCGGCA GGGGTTTCTG TTAATCAATA
351    TGCCCAGTTT GATGTGGGTA ATCGCGGGGC GATTTTAAAC AACAGTCGCA
401    GCAACACCCA AACACAGCTA GGCGGTTGGA TTCAAGGCAA TCCTTGGTTG
451    ACAAGGGGCG AAGCACGTGT GGTTGTAAAC CAAATCAACA GCAGCCATCC
501    TTCACAACTG AATGGCTATA TTGAAGTGGG TGGACGACGT GCAGAAGTCG
551    TTATTGCCAA TCCGGCAGGG ATTGCAGTCA ATGGTGGTGG TTTTATCAAT
601    GCTTCCCGTG CCACTTTGAC GACAGGCCAA CCGCAATATC AAGCAGGAGA
651    CTTTAGCGGC TTTAAGATAA GGCAAGGCAA TGCTGTAATC GCCGGACACG
701    GTTTGGATGC CCGTGATACC GATTTCACAC GTATTCTTGT ATGCCAACAA
751    AATCACCTTG ATCAGTACGG CCGAACAAGC AGGCATTCGT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 186>：
  1    MNKTLYRVIF NRKRGAVVAV AETTKREGKS CADSGSGSVY VKSVSFIPTH
 51    SKAFCFSALG FSLCLALGTV NIAFADGIIT DKAAPKTQQA TILQTGNGIP
101    QVNIQTPTSA GVSVNQYAQF DVGNRGAILN NSRSNTQTQL GGWIQGNPWL
151    TRGEARVVVN QINSSHPSQL NGYIEVGGRR AEVVIANPAG IAVNGGGFIN
201    ASRATLTTGQ PQYQAGDFSG FKIRQGNAVI AGHGLDARDT DFTRILVCQQ
251    NHLDQYGRTS RHS*
该淋球菌蛋白与菊欧文氏菌的孔形成溶血素样HecA蛋白(登录号为L39897)在重叠的149个氨基酸内有50％的相同性：
orf31ng  96   GNGIPQVNIQTPTSAGVSVNQYAQFDVGNRGAILNNSRSN-TQTQLGGWIQGNPWLTRGE 154
              GNG+P VNI TP ++G+S N+Y  F+V NRG ILNN +   T +QLGG IQ NP L
HecA    45   GNGVPVVNIATPDASGLSHNRYHDFNVDNRGLILNNGTARLTPSQLGGLIQNNPNLNGRA 104
Orf31ng 155  ARVVVNQINSSHPSQLNGYIEVGGRRAEVVIANPAGIAVNGGGFINASRATLTTGQPQYQ 214
             A  ++N++ S + S+L GY+EV G+A  VV+ANP GI  +G GF+N  R TLTTG PQ+
HecA    105  AAAILNEVVSPNRSRLAGYLEVAGQAANVVVANPYGITCSGCGFLNTPRLTLTTGTPQFD 164
Orf31ng 215  -AGDFSGFKIRQGNAVIAGHGLDARDTDF 242
              AG  SG  +R G+ +I G GLDA  +D+
HecA    165  AAGGLSGLDVRGGDILIDGAGLDASRSDY 193
另外，ORF31ng和ORF31-1在83个氨基酸的重叠区内显示出有79.5％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf31-1.pep MNKTLYRVIFNRKRGAVVAVAETTKREGKSCADSDSGSAHVKSVPFGTTHAPVCRSNIFS
            |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||::|||| |  ||       |:|
orf31ng     MNKTLYRVIFNRKRGAVVAVAETTKREGKSCADSGSGSVYVKSVSFIPTH-----SKAFC
                    10        20        30        40        50
                    70        80
orf31-1.pep FSLLGFSLCLAVGTANIAFADGI
            || ||||||||:||:||||||||
orf31ng     FSALGFSLCLALGTVNIAFADGIITDKAAPKTQQATILQTGNGIPQVNIQTPTSAGVSVN
               60        70        80        90       100       110
根据这一发现，包括与溶血素以及粘附素有同源性，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例23
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 187>：
   1     ATGAATACTC CTCCTTTTGT CTGTTGGATT TTTTGCAAGG TCATCGACAA
  51     TTTCGGCGAC ATCGGCGTTT CGTGGCGGCT CGCCCGTGTT TTGCACCGCG
 101     AACTCGGTTG GCAGGTGCAT TTGTGGACGG ACGATGTGTC CGCCTTGCGT
 151     GCGCTTTGCC CTGATTTGCC CGATGTTCCC TGCGTTCATC AGGATATTCA
 201     TGTCCGCACT TGGCATTCCG ATGCGGCAGA TATTGATACC GCG..
 它对应于氨基酸序列<SEQ ID 188；ORF32>：
 1     MNTPPFVCWI FCKVIDNFGD IGVSWRLARV LHRELGWQVH LWTDDVSALR
51     ALCPDLPDVP CVHQDIHVRT WHSDAADIDT A..
 进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 189>：
  1     ATGAATACTC CTCCTTTTGT CTGTTGGATT TTTTGCAAGG TCATCGACAA
 51     TTTCGGCGAC ATCGGCGTTT CGTGGCGGCT CGCCCGTGTT TTGCACCGCG
101     AACTCGGTTG GCAGGTGCAT TTGTGGACGG ACGATGTGTC CGCCTTGCGT
151     GCGCTTTGCC CTGATTTGCC CGATGTTCCC TGCGTTCATC AGGATATTCA
201     TGTCCGCACT TGGCATTCCG ATGCGGCAGA TATTGATACC GCGCCTGTTC
251     CCGATGTCGT CATCGAAACT TTTGCCTGCG ACCTGCCCGA AAATGTGCTG
301     CACATTATCC GCCGACACAA GCCGCTTTGG CTGAATTGGG AATATTTGAG
351     CGCGGAGGAA AGCAATGAAA GGCTGCATCT GATGCCTTCG CCGCAGGAGG
401     GTGTTCAAAA ATATTTTTGG TTTATGGGTT TCAGCGAAAA AAGCGGCGGG
451     TTGATACGCG AACGTGATTA CTGCGAAGCC GTCCGTTTCG ATACTGAAGC
501     CCTGCGAGAG CGGCTGATGC TGCCCGAAAA AAACGCCTCC GAATGGCTGC
551     TTTTCGGCTA TCGGAGCGAT GTTTGGGCAA AGTGGCTGGA AATGTGGCGA
601     CAGGCAGGCA GCCCGATGAC ACTGTTGCTG GCGGGGACGC AAATCATCGA
651     CAGCCTCAAA CAAAGCGGCG TTATTCCGCA AGATGCCCTG CAAAACGACG
701     GCGATGTTTT TCAGACGGCA TCCGTCCGCC TCGTCAAAAT CCCTTTCGTG
751     CCGCAACAGG ACTTCGACCA ACTGCTGCAC CTTGCCGACT GCGCCGTCAT
801     CCGCGGCGAA GACAGTTTCG TGCGCGCCCA GCTTGCGGGC AAACCCTTCT
851     TTTGGCACAT CTACCCGCAA GACGAGAATG TCCATCTCGA CAAACTCCAC
901     GCCTTTTGGG ATAAGGCACA CGGTTTCTAC ACGCCCGAAA CCGTGTCGGC
 951    ACACCGCCGT CTTTCGGACG ACCTCAACGG CGGAGAGGCT TTATCCGCAA
1001    CACAACGCCT CGAATGTTGG CAAACCCTGC AACAACATCA AAACGGCTGG
1051    CGGCAAGGCG CGGAGGATTG GAGCCGTTAT CTTTTCGGGC AGCCGTCAGC
1101    TCCTGAAAAA CTCGCTGCCT TTGTTTCAAA GCATCAAAAA ATACGCTAG它对应于氨基酸序列<SEQ ID 190；ORF32-1>：
  1     MNTPPFVCWI FCKVIDNFGD IGVSWRLARV LHRELGWQVH LWTDDVSALR
 51     ALCPDLPDVP CVHQDIHVRT WHSDAADIDT APVPDVVIET FACDLPENVL
101     HIIRRHKPLW LNWEYLSAEE SNERLHLMPS PQEGVQKYFW FMGFSEKSGG
151     LIRERDYCEA VRFDTEALRE RLMLPEKNAS EWLLFGYRSD VWAKWLEMWR
201     QAGSPMTLLL AGTQIIDSLK QSGVIPQDAL QNDGDVFQTA SVRLVKIPFV
251     PQQDFDQLLH LADCAVIRGE DSFVRAQLAG KPFFWHIYPQ DENVHLDKLH
301     AFWDKAHGFY TPETVSAHRR LSDDLNGGEA LSATQRLECW QTLQQHQNGW
351     RQGAEDWSRY LFGQPSAPEK LAAFVSKHQK IR*w
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF32与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF32a)在重叠的81个氨基酸内显示出有93.8％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf32.pep    MNTPPFVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVP
             ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32a       MNTPPFSAGXFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVX
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80
orf32.pep    CVHQDIHVRTWHSDAADIDTA
             |||||||||||||||||||||
orf32a       CVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVXDVVIETFACDLPENVLHIIRRHKPLWLXWEYLSAEX
                     70        80        90       100       110       120
全长ORF32a核苷酸序列<SEQ ID 191>是：
   1    ATGAATACTC CTCCTTTTTC TGCTGGANTT TTTTGCAAGG TCATCGACAA
  51    TTTCGGCGAC ATCGGCGTTT CGTGGCGGCT TGCCCGTGTT TTGCACCGCG
 101    AACTCGGTTG GCAGGTGCAT TTGTGGACGG ACGATGTGTC CGCCTTGCGT
 151    GCGCTTTGCC CTGATTTGCC CGATGTTCNC TGCGTTCATC AGGATATTCA
 201    TGTCCGCACT TGGCATTCCG ATGCGGCAGA TATTGATACC GCGCCTGTTC
 251    NCGATGTCGT CATCGAAACT TTTGCCTGCG ACCTGCCCGA AAATGTGCTG
 301    CACATCATCC GCCGACACAA GCCGCTTTGG CTGAANTGGG AATATTTGAG
 351    CGCGGAGGAN AGCAATGAAA GGCTGCACNT GATGCCTTCG CCGCAGGAGA
 401    GTGTTCNAAA ATANTTTTGG TTTATGGGTT TCAGCGAANN NAGCGGCGGA
 451    CTGATACGCG AACGCGATTA CTGCGAAGCC GTCCGTTTCG ATAGCGGAGC
 501    CTTGCGCAAG AGGCTGATGC TTCCCGAAAA AAACGNCCCC GAATGGCTGC
 551    TTTTCGGCTA TCGGAGCGAT GTTTGGGCAA AGTGGCTGGA AATGTGGCGA
 601    CAGGCAGGCA GTCCGTTGAC ACTTTTGCTG GCNGGGGCGC ANATTATCGA
 651    CAGCCTCAAA CAAAACGGCG TTATTCCGCA AGATGCCCTG CAAAACGACG
 701    GCGATGTTTT TCAGACGGCA TCCGTCCGCC TCGTCAAAAT CCCTTTCGTG
 751    CCGCAACAGG ACTTCGACAA ACTGCTGCAC CTTGCCGACT GCGCCGTCAT
 801    CCGCGGCGAA GACAGTTTCG TGCGCGCCCA GCTTGCGGGC AAACCCTTCT
 851    TTTGGCACAT CTACCCGCAA GATGAGAATG TCCATCTCGA CAAACTCCAC
 901    GCCTTTTGGG ATAAGGCACA CGGTTTCTAC ACGCCCGAAA CCGCATCGGC
 951    ACACCGCCGC CTTTCAGACG ACCTCAACGG CGGAGAGGCT TTATCCGCAA
1001    CACAACGCCT CGAATGTTGG CAAATCCTGC AACAACATCA AAACGGCTGG
1051    CGGCAAGGCG CGGAGGATTG GAGCCGTTAT CTTTTTGGGC AGCCTTCCGC
1101    ATCCGAAAAA CTCGCCGCCT TTGTTTCAAA GCATCAAAAA ATACGCTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 192>：
 1      MNTPPFSAGX FCKVIDNFGD IGVSWRLARV LHRELGWQVH LWTDDVSALR
51      ALCPDLPDVX CVHQDIHVRT WHSDAADIDT APVXDVVIET FACDLPENVL
101    HIIRRHKPLW LXWEYLSAEX SNERLHXMPS PQESVXKXFW FMGFSEXSGG
151    LIRERDYCEA VRFDSGALRK RLMLPEKNXP EWLLFGYRSD VWAKWLEMWR
201    QAGSPLTLLL AGAXIIDSLK QNGVIPQDAL QNDGDVFQTA SVRLVKIPFV
251    PQQDFDKLLH LADCAVIRGE DSFVRAQLAG KPFFWHIYPQ DENVHLDKLH
301    AFWDKAHGFY TPETASAHRR LSDDLNGGEA LSATQRLECW QILQQHQNGW
351    RQGAEDWSRY LFGQPSASEK LAAFVSKHQK IR*
ORF32a和ORF32-1在382个氨基酸的重叠区内显示出有93.2％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf32-1.pep  MNTPPFVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVP
             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32a       MNTPPFSAGXFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDVX
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf32-1.pep  CVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDVVIETFACDLPENVLHIIRRHKPLWLNWEYLSAEE
             ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf32a       CVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVXDVVIETFACDLPENVLHI IRRHKPLWLXWEYLSAEX
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf32-1.pep  SNERLHLMPSPQEGVQKYFWFMGFSEKSGGLIRERDYCEAVRFDTEALRERLMLPEKNAS
             |||||| ||||||:| | |||||||| |||||||||||||||||: |||:||||||||||
orf32a       SNERLHXMPSPQESVXKXFWFMGFSEXSGGLIRERDYCEAVRFDSGALRKRLMLPEKNXP
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf32-1.pep  EWLLFGYRSDVWAKWLEMWRQAGSPMTLLLAGTQIIDSLKQSGVIPQDALQNDGDVFQTA
             |||||||||||||||||||||||||:||||||: |||||||:||||||||||||||||||
orf32a       EWLLFGYRSDVWAKWLEMWRQAGSPLTLLLAGAXI IDSLKQNGVIPQDALQNDGDVFQTA
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf32-1.pep  SVRLVKIPFVPQQDFDQLLHLADCAVIRGEDSFVRAQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKLH
             ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32a       SVRLVKIPFVPQQDFDKLLHLADCAVIRGEDSFVRAQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKLH
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf32-1.pep  AFWDKAHGFYTPETVSAHRRLSDDLNGGEALSATQRLECWQTLQQHQNGWRQGAEDWSRY
             ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf32a       AFWDKAHGFYTPETASAHRRLSDDLNGGEALSATQRLECWQILQQHQNGWRQGAEDWSRY
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380
orf32-1.pep  LFGQPSAPEKLAAFVSKHQKIRX
             ||||||| |||||||||||||||
orf32a       LFGQPSASEKLAAFVSKHQKIRX
                    370       380
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF32与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF32.ng)在重叠的82个氨基酸内显示出有95.1％的相同性：
orf32.pep      MNTPPF-VCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLP  57
               ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32ng      MVMNTYAFPVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLP  60
orf32.pep    DVPCVHQDIHVRTWHSDAADIDTA                                      81
             ||| ||||||||||||||||||||
orf32ng    DVPFVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDAVIETFACDLPENVLNIIRRHKPLWLNWEYLS 120
预计ORF32ng核苷酸序列<SEQ ID 193>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID194>：
  1    MVMNTYAFPV CWIFCKVIDN FGDIGVSWRL ARVLHRELGW QVHLWTDDVS
 51    ALRALCPDLP DVPFVHQDIH VRTWHSDAAD IDTAPVPDAV IETFACDLPE
101    NVLNIIRRHK PLWLNWEYLS AEESNERLHL MPSPQEGVQK YFWFMGFSEK
151    SGGLIRERDY REAVRFDTEA LRRRLVLPEK NAPEWLLFGY  RGDVWAKWLD
201    MWQQAGSLMT LLLAGAQIID SLKQSGVIPQ NALQNEGGVF QTASVRLVKI
251    PFVPQQDFDK LLHLADCAVI RGEDSFVRTQ LAGKPFFWHI YPQDENVHLD
301    KLHAFWDKAY GFYTPETASV HRLLSDDLNG GEALSATQRL ECGVL*
进一步的测序揭示了下列DNA序列<SEQ ID 195>：
   1    ATGAATACAT ACGCTTTTCC TGTCTGTTGG ATTTTTTGCA AGGTCATCGA
  51    CAATTTCGGC GACATCGGCG TTTCGTGGCG GCTCGCCCGT GTTTTGCACC
 101    GCGAACTCGG TTGGCAGGTG CATTTGTGGA CGGACGACGT GTCCGCCTTG
 151    CGCGCGCTTT GTCCCGATTT GCCCGATGTT CCCTTCGTTC ATCAGGATAT
 201    TCATGTCCGC ACTTGGCATT CCGATGCGGC AGACATTGAT ACCGCGCCCG
 251    TTCCCGATGC CGTTATCGAA ACTTTTGCCT GCGACCTGCC CGAAAATGTG
 301    CTGAACATCA TCCGCCGACA CAAACCGCTT TGGCTGAATT GGGAATATTT
 351    GAGCGCGGAG GAAAGCAATG AAAGGCTGCA CCTGATGCCT TCGCCGCAGG
 401    AGGGCGTTCA AAAATATTTT TGGTTTATGG GTTTCAGCGA AAAAAGCGGC
 451    GGGTTGATAC GCGAACGCGA TTACCGCGAA GCCGTCCGTT TCGATACCGA
 501    AGCCCTGCGC CGGCGGCTGG TGCTGCCCGA AAAAAACGCC CCCGAATGGC
 551    TGCTTTTCGG CTATCGGGGC GATGTTTGGG CAAAGTGGCT GGACATGTGG
 601    CAACAGGCAG GCAGCCTGAT GACCCTACTG CTGGCGGGGG CGCAAATTAT
 651    CGACAGCCTC AAACAAAGCG GCGTTATTCC GCAAAACGCC CTGCAAAAtg
 701    aaggcgGTGT CTTTCagacG gcatccgTcC gccttGTCAA AAtcCCGTTC
 751    GTGCcGCAAC AGGAcTTCGA CAAATTGCTG CAcctcgcCG ACTGCGCCGT
 801    GATACGCGGC GAAGACAGTT TCGTGCGTAC CCAGCTTGCC GGAAAACCCT
 851    TTTTTTGGCA CATCTACCCG CAAGACGAGA ATGTCCATCT CGACAAACTC
 901    CACGCCTTTT GGGATAAGGC ATACGGCTTC TACACGCCCG AAACCGCATC
 951    GGTGCACCGC CTCCTTTCGG ACGACCTCAA CGGCGGAGAG GCTTTATCCG
1001    CAACACAACG CCTCGAATGT TGGCAAACCC TGCAACAACA TCAAAACGGC
1051    TGGCGGCAAG GCGCGGAGGA TTGGAGCCGT TATCTTTTCG GGCAGCCTTC
1101    CGCATCCGAA AAACTCGCCG CCTTTGTTTC AAAGCATCAA AAAATACGCT
1151    AG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 196；ORF32ng-1>：
  1    MNTYAFPVCW IFCKVIDNFG DIGVSWRLAR VLHRELGWQV HLWTDDVSAL
 51    RALCPDLPDV PFVHQDIHVR TWHSDAADID TAPVPDAVIE TFACDLPENV
101    LNIIRRHKPL WLNWEYLSAE ESNERLHLMP SPQEGVQKYF WFMGFSEKSG
151    GLIRERDYRE AVRFDTEALR RRLVLPEKNA PEWLLFGYRG DVWAKWLDMW
201    QQAGSLMTLL LAGAQIIDSL KQSGVIPQNA LQNEGGVFQT ASVRLVKIPF
251    VPQQDFDKLL HLADCAVIRG EDSFVRTQLA GKPFFWHIYP QDENVHLDKL
301    HAFWDKAYGF YTPETASVHR LLSDDLNGGE ALSATQRLEC WQTLQQHQNG
351    WRQGAEDWSR YLFGQPSASE KLAAFVSKHQ KIR*
ORF32ng-1和ORF32-1在383个氨基酸的重叠区内显示出有93.5％的相同性：
                        10        20        30        40        50       59
orf32-1.pep    MNTPPF-VCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDV
               |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32ng-1      MNTYAFPVCWIFCKVIDNFGDIGVSWRLARVLHRELGWQVHLWTDDVSALRALCPDLPDV
                       10        20        30        40        50        60
              60        70        80        90       100       110       119
orf32-1.pep    PCVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDVVIETFACDLPENVLHIIRRHKPLWLNWEYLSAE
               | ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf32ng-1      PFVHQDIHVRTWHSDAADIDTAPVPDAVIETFACDLPENVLNIIRRHKPLWLNWEYLSAE
                       70        80        90       100       110       120
             120       130       140       150       160       170      179
orf32-1.pep    ESNERLHLMPSPQEGVQKYFWFMGFSEKSGGLIRERDYCEAVRFDTEALRERLMLPEKNA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||:||:|||||
orf32ng-1      ESNERLHLMPSPQEGVQKYFWFMGFSEKSGGLIRERDYREAVRFDTEALRRRLVLPEKNA
                      130       140       150       160       170       180
             180       190       200       210       220       230      239
orf32-1.pep    SEWLLFGYRSDVWAKWLEMWRQAGSPMTLLLAGTQIIDSLKQSGVIPQDALQNDGDVFQT
                ||||||||:|||||||:||:|||| |||||||:||||||||||||||:||||:| ||||
orf32ng-1      PEWLLFGYRGDVWAKWLDMWQQAGSLMTLLLAGAQIIDSLKQSGVIPQNALQNEGGVFQT
                      190       200       210       220       230       240
             240       250       260       270       280       290      299
orf32-1.pep    ASVRLVKIPFVPQQDFDQLLHLADCAVIRGEDSFVRAQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKL
               ||||||||||||||||:||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf32ng-1      ASVRLVKIPFVPQQDFDKLLHLADCAVIRGEDSFVRTQLAGKPFFWHIYPQDENVHLDKL
                      250       260       270       280       290       300
             300       310       320       330       340       350      359
orf32-1.pep    HAFWDKAHGFYTPETVSAHRRLSDDLNGGEALSATQRLECWQTLQQHQNGWRQGAEDWSR
               |||||||:|||||||||:|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf32ng-1      HAFWDKAYGFYTPETASVHRLLSDDLNGGEALSATQRLECWQTLQQHQNGWRQGAEDWSR
                      310       320       330       340       350       360
             360       370       380
orf32-1.pep   YLFGQPSAPEKLAAFVSKHQKIRX
              |||||||| |||||||||||||||
orf32ng-1     YLFGQPSASEKLAAFVSKHQKIRX
                     370       380
根据这一发现，包括该淋球菌蛋白中有粘附素有特有的RGD序列的发现，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF32-1(42kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图7A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图7B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA，得到阳性结果。这些结果确认ORF32-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例24
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 197>：
  1  ..TTGTTCCTGC GTGTNAAAGT GGGGCGTTTT TTCAGCAGTC CGGCGACGTG
 51    GTTTCGGGNC AAAGACCCTG TAAATCAGGC GGTGTTGCGG CTGTATNCGG
101    ACGAGTGGCG GCA.ACTTCG GTACGTTGGA AAATAGNCGC AACGTCGCAC
151    AGCCTGTGGC TCTGCACGCT GCTCGGAATG CTGGTGTCGG TATTGTTGCT
201    GCTTTTGGTG CGGCAATATA CGTTCAACTG GGAAAGCACG CTGTTGAGCA
251    ATGCCGCTTC GGTACGCGCG GTGGAAATGT TGGCATGGCT GCCGTCGAAA
301    CTCGGTTTCC CTGTCCCCGA TGCGCGGTCG GTCATCGAAG GCCGTCTGAA
351    CGGCAATATT GCCGATGCGC GGGCTTGGTC GGGGCTGCTG GTCGNCAGTA
401    TCGCCTGCTA NGGCATCCTG CCGCGCCTG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 198；ORF33>：
  1  ..LFLRVKVGRF FSSPATWFRX KDPVNQAVLR LYXDEWRXTS VRWKIXATSH
 51    SLWLCTLLGM LVSVLLLLLV RQYTFNWEST LLSNAASVRA VEMLAWLPSK
101    LGFPVPDARS VIEGRLNGNI ADARAWSGLL VXSIACXGIL PRL..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 199>：
   1    ATGTTGAATC CATCCCGAAA ACTGGTTGAG CTGGTCCGTA TTTTGGACGA
  51    AGGCGGTTTT ATTTTCAGCG GCGATCCCGT ACAGGCGACG GAGGCTTTGC
 101    GCCGCGTGGA CGGCAGTACG GAGGAAAAAA TCATCCGTCG GGCGGAGATG
 151    ATTGACAGGA ACCGTATGCT GCGGGAGACG TTGGAACGTG TGCGTGCGGG
 201    GTCGTTCTGG TTGTGGGTGG TGGCGGCGAC GTTTGCATTT TTTACCGGTT
 251    TTTCAGTCAC TTATCTTCTA ATGGACAATC AGGGTCTGAA TTTCTTTTTG
 301    GTTTTGGCGG GCGTGTTGGG CATGAATACG CTGATGCTGG CAGTATGGTT
 351    GGCAATGTTG TTCCTGCGTG TGAAAGTGGG GCGTTTTTTC AGCAGTCCGG
 401    CGACGTGGTT TCGGGGCAAA GACCCTGTAA ATCAGGCGGT GTTGCGGCTG
 451    TATGCGGACG AGTGGCGGCA ACCTTCGGTA CGTTGGAAAA TAGGCGCAAC
 501    GTCGCACAGC CTGTGGCTCT GCACGCTGCT CGGAATGCTG GTGTCGGTAT
 551    TGTTGCTGCT TTTGGTGCGG CAATATACGT TCAACTGGGA AAGCACGCTG
 601    TTGAGCAATG CCGCTTCGGT ACGCGCGGTG GAAATGTTGG CATGGCTGCC
 651    GTCGAAACTC GGTTTCCCTG TCCCCGATGC GCGGGCGGTC ATCGAAGGCC
 701    GTCTGAACGG CAATATTGCC GATGCGCGGG CTTGGTCGGG GCTGCTGGTC
 751    GGCAGTATCG CCTGCTACGG CATCCTGCCG CGCCTGCTGG CTTGGGTAGT
 801    GTGTAAAATC CTTTTGAAAA CAAGCGAAAA CGGATTGGAT TTGGAAAAGC
 851    CCTATTATCA GGCGGTCATC CGCCGCTGGC AGAACAAAAT CACCGATGCG
 901    GATACGCGTC GGGAAACCGT GTCCGCCGTT TCACCGAAAA TCATCTTGAA
 951    CGATGCGCCG AAATGGGCGG TCATGCTGGA GACCGAGTGG CAGGACGGCG
1001    AATGGTTCGA GGGCAGGCTG GCGCAGGAAT GGCTGGATAA GGGCGTTGCC
1051    ACCAATCGGG AACAGGTTGC CGCGCTGGAG ACAGAGCTGA AGCAGAAACC
1101    GGCGCAACTG CTTATCGGCG TGCGCGCCCA AACTGTGCCG GACCGCGGCG
1151    TGTTGCGGCA GATTGTCCGA CTCTCGGAAG CGGCGCAGGG CGGCGCGGTG
1201    GTGCAGCTTT TGGCGGAACA GGGGCTTTCA GACGACCTTT CGGAAAAGCT
1251    GGAACATTGG CGTAACGCGC TGGCCGAATG CGGCGCGGCG TGGCTTGAGC
1301    CTGACAGGGC GGCGCAGGAA GGGCGTTTGA AAGACCAATA A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 200；ORF33-1>：
1ML    MLNPSRKLVE LVRILDEGGF IFSGDPVQAT EALRRVDGST EEKIIRRAEM
51I    IDRNRMLRET LERVRAGS FW LWVVAATFAF FTGFSVTYLL MDNQGLNF FL
101    VLAGVLGMNT LMLAVWLAML FLRVKVGRFF SSPATWFRGK DPVNQAVLRL
151    YADEWRQPSV RWKIGATSHS LW LCTLLGML VSVLLLLLVR QYTFNWESTL
201    LSNAASVRAV EMLAWLPSKL GFPVPDARAV IEGRLNGNIA DARAWSG LLV
251    GSIACYGILP RLLAWVVCKI LLKTSENGLD LEKPYYQAVI RRWQNKITDA
301    DTRRETVSAV SPKIILNDAP KWAVMLETEW QDGEWFEGRL AQEWLDKGVA
351    TNREQYAALE TELKQKPAQL LIGVRAQTVP DRGVLRQIVR LSEAAQGGAV
401    VQLLAEQGLS DDLSEKLEHW RNALAECGAA WLEPDRAAQE GRLKDQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF33与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF33a)在重叠的143个氨基酸内显示出有90.9％的相同性：
                                                 10        20        30
orf33.pep                                LFLRVKVGRFFSSPATWFRXKDPVNQAVLR
                                         ||||||||||||||||||| ||||||||||
orf33a     LMDNQGLNF FLVLAGVXGMNTLMLAVWLAMLFLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLR
          90       100        110        120       130       140
                   40        50         60        70         80        90
orf33.pep  LYXDEWRXTSVRWKIXATSHSLW LCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRA
           || ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||::::|||
orf33a     LYADEWRXPSVRWKIGATSHSLW LCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLGDSSSVRL
         150       160       170        180       190        200
                    100       110       120       130       140
orf33.pep    VEMLAWLPSKLGFPVPDARSVIEGRLNGNIADARAWSG LLVXSIACXGILPRL
             ||||||||:||||||||||:||||||||||||||||||||| |||| ||||||
orf33a       VEMLAWLPAKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIADARAWSG LLVGSIACYGILPRLLAWAVCK
           210       220       230       240       250       260
orf33a       ILXXTSENGLDLEKXXXXXXIRRWQNKITDADTRRETVSAVSPKIVLNDAPKWAVMLETE
           270       280       290       300       310       320
全长ORF33a核苷酸序列<SEQ ID 201>是：
   1    ATGTTGAATC CATCCCGAAA ACTGGTTGAG CTGGTCCGTA TTTTGGAAGA
  51    AGGCGGCTTT ATTTTCAGCG GCGATCCCGT GCAGGCGACG GAGGCTTTGC
 101    GCCGCGTGGA CGGCAGTACG GAGGAAAAAA TCATCCGTCG GGCGAAGATG
 151    ATCGACAGGA ACCGTATGCT GCGGGAGACG TTGGAACGTG TGCGTGCGGG
 201    GTCGTTCTGG TTGTGGGTGG CGGCGGCGAC GTTTGCGTTT NTTACCGNTT
 251    TTTCAGTTAC TTATCTTCTA ATGGACAATC AGGGTCTGAA TTTCTTTTTG
 301    GTTTTGGCGG GCGTGNTGGG CATGAATACG CTGATGCTGG CAGTATGGTT
 351    GGCAATGTTG TTCCTGCGCG TGAAAGTGGG GCGTTTTTTC AGCAGTCCGG
 401    CGACGTGGTT TCGGGGCAAA GACCCTGTCA ATCAGGCGGT GTTGCGGCTG
 451    TATGCGGACG AGTGGCGGCN ACCTTCGGTA CGTTGGAAAA TAGGCGCAAC
 501    GTCGCACAGC CTGTGGCTCT GCACGCTGCT CGGAATGCTG GTGTCGGTAT
 551    TGTTGCTGCT TTTGGTGCGG CAATATACGT TCAACTGGGA AAGCACGCTG
 601    TTGGGCGATT CGTCTTCGGT ACGGCTGGTG GAAATGTTGG CATGGCTGCC
 651    TGCGAAACTG GGTTTTCCCG TGCCTGATGC GCGGGCGGTC ATCGAAGGTC
 701    GTCTGAACGG CAATATTGCC GATGCGCGGG CTTGGTCGGG GCTGCTGGTC
 751    GGCAGTATCG CCTGCTACGG CATCCTGCCG CGCCTCTTGG CTTGGGCGGT
 801    ATGCAAAATC CTTNTGNAAA CAAGCGAAAA CGGCTTGGAT TTGGAAAAGC
 851    NCNNNNNTCN NNCGNTCATC CGCCGCTGGC AGAACAAAAT CACCGATGCG
 901    GATACGCGTC GGGAAACCGT GTCCGCCGTT TCGCCGAAAA TCGTCTTGAA
 951    CGATGCGCCG AAATGGGCGG TCATGCTGGA GACCGAATGG CAGGACGGCG
1001    AATGGTTCGA GGGCAGGCTG GCGCAGGAAT GGCTGGATAA GGGCGTTGCC
1051    GCCAATCGGG AACAGGTTGC CGCGCTGGAG ACAGAGCTGA AGCAGAAACC
1101    GGCGCAACTG CTTATCGGCG TGCGCGCCCA AACTGTGCCC GACCGCGGCG
1151    TGTTGCGGCA GATCGTCCGA CTTTCGGAAG CGGCGCAGGG CGGCGCGGTG
1201    GTGCANCTTT TGGCGGAACA GGGGCTTTCA GACGACCTTT CGGAAAAGCT
1251    GGAACATTGG CGTAACGCGC TGACCGAATG CGGCGCGGCG TGGCTGGAAC
1301    CCGACAGAGC GGCGCAGGAA GGCCGTCTGA AAACCAACGA CCGCACTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 202>：
  1     MLNPSRKLVE LVRILEEGGF IFSGDPVQAT EALRRVDGST EEKIIRRAKM
 51     IDRNRMLRET LERVRAGS FW LWVAAATFAF XTXFSVTYLL MDNQGLNF FL
101     VLAGVXGMNT LMLAVWLAML FLRVKVGRFF SSPATWFRGK DPVNQAVLRL
151     YADEWRXPSV RWKIGATSHS LW LCTLLGML VSVLLLLLVR QYTFNWESTL
201     LGDSSSVRLV EMLAWLPAKL GFPVPDARAV IEGRLNGNIA DARAWSG LLV
251     GSIACYGILP RLLAWAVCKI LXXTSENGLD LEKXXXXXXI RRWQNKITDA
301     DTRRETVSAV SPKIVLNDAP KWAVMLETEW QDGEWFEGRL AQEWLDKGVA
351     ANREQVAALE TELKQKPAQL LIGVRAQTVP DRGVLRQIVR LSEAAQGGAV
401     VXLLAEQGLS DDLSEKLEHW RNALTECGAA WLEPDRAAQE GRLKTNDRT*
ORF33a和ORF33-1在444个氨基酸的重叠区内显示出有94.1％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf33a.pep    MLNPSRKLVELVRILEEGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIIRRAKMIDRNRMLRET
              |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
orf33-1       MLNPSRKLVELVRILDEGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIIRRAEMIDRNRMLRET
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf33a.pep    LERVRAGSFWLWVAAATFAFXTXFSVTYLLMDNQGLNFFLVLAGVXGMNTLMLAVWLAML
              ||||||||||||||||:|||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf33-1       LERVRAGSFWLWVVAATFAFFTGFSVTYLLMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLAML
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf33a.pep    FLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLRLYADEWRXPSVRWKIGATSHSLWLCTLLGML
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
orf33-1       FLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLRLYADEWRQPSVRWKIGATSHSLWLCTLLGML
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf33a.pep    VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLGDSSSVRLVEMLAWLPAKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
              |||||||||||||||||||||::::||| ||||||||:||||||||||||||||||||||
orf33-1       VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRAVEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf33a.pep    DARAWSGLLVGSIACYGILPRLLAWAVCKILXXTSENGLDLEKXXXXXXIRRWQNKITDA
              |||||||||||||||||||||||||:|||||  ||||||||||      |||||||||||
orf33-1       DARAWSGLLVGSIACYGILPRLLAWVVCKILLKTSENGLDLEKPYYQAVIRRWQNKITDA
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf33a.pep    DTRRETVSAVSPKIVLNDAPKWAVMLETEWQDGEWFEGRLAQEWLDKGVAANREQVAALE
              ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf33-1       DTRRETVSAVSPKIILNDAPKWAVMLETEWQDGEWFEGRLAQEWLDKGVATNREQVAALE
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf33a.pep    TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVXLLAEQGLSDDLSEKLEHW
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf33-1       TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVQLLAEQGLSDDLSEKLEHW
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450
orf33a.pep    RNALTECGAAWLEPDRAAQEGRLKTNDRTX
              ||||:|||||||||||||||||||
orf33-1       RNALAECGAAWLEPDRAAQEGRLKDQX
                     430       440
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF33与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF33.ng)在重叠的143个氨基酸内显示出有91.6％的相同性：
orf33.pep                                   LFLRVKVGRFFSSPATWFRXKDPVNQAVLR  30
                                            ||||||||||||||||||| | ||||||||
orf33ng       LMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLATLFLRVKVGRFFSSPATWFRGKGPVNQAVLR 100
orf33.pep     LYXDEWRXTSVRWKIXATSHSLWLCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRA  90
              || |:||  |||||| ||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf33ng       LYADQWRQPSVRWKIGATAHSLWLCTLLGMLVSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRA 160
orf33.pep     VEMLAWLPSKLGFPVPDARSVIEGRLNGNIADARAWSGLLVXSIACXGILPRL        143
              |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||| ||:| ||||||
orf33ng       VEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIADARAWSGLLVGSIVCYGILPRLLAWVVCK 220
预计ORF33ng核苷酸序列<SEQ ID 203>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID204>：
  1    MIDRDRMLRD TLERVRAGS F WLWVVVASMM FTAGFSGTYL LMDNQGLNFF
 51    LVLAGVLGMN TLMLAVWLAT LFLRVKVGRF FSSPATWFRG KGPVNQAVLR
101    LYADQWRQPS VRWKIGATAH SLW LCTLLGM LVSVLLLLLV RQYTFNWEST
151    LLSNAASVRA VEMLAWLPSK LGFPVPDARA VIEGRLNGNI ADARAWSG LL
 201     VGSIVCYGIL PRLLAWVVCK ILLKTSENGL DLEKTYYQAV IRRWQNKITD
 251     ADTRRETVSA VSPKIVLNDA PKWALMLETE WQDGQWFEGR LAQEWLDKGV
 301     AANREQVAAL ETELKQKPAQ LLIGVRAQTV PDRGVLRQIV RLSEAAQGGA
 351     VVQLLAEQGL SDDLSEKLEH WRNALTECGA AWLEPDRVAQ EGRLKDQ*
进一步的序列分析揭示了下列DNA序列<SEQ ID 205>：
   1    ATGTTGaatC CATCCCgaAA ACTGgttgag ctGgTCCgtA Ttttgaataa
  51    agggggtTTT attttcagcg gcgatcctgt gcaggcgacg gaggctttgc
 101    gccgcgtgga cggcAGTACG GAggAaaaaa tcttccgtcg GGCGGAGAtg
 151    atcgACAGGg accgtatgtt gcgggACaCg TtggaacGTG TGCGTGCggg
 201    gtcgtTctgG TTATGGGTGG TggtggCAtC gATGATGTtt aCCGCCGGAT
 251    TTTCAGgcac ttatCttCTG ATGGACaatC AGGGGCtGAA TtTCTTTTTA
 301    GTTTTggcgG GAGTGTtggG CATGaatacG ctgATGCTGG CAGTATGGtt
 351    gGCAACGTTG TTCCTGCGCG TGAAAGTGGG ACGGTTTTTC AGCAGTCCGG
 401    CGACGTGGTT TCGGGGCAAA GGCCCTGTAA ATCAGGCGGT GTTGCGGCTG
 451    TATGCGGACC AGTGGCGGCA ACCTTCGGTA CGATGGAAAA TAGGCGCAAC
 501    GGCGCACAGC TTGTGGCTCT GCACGCTGCT CGGAATGCTG GTGTCGGTAT
 551    TGCTGCTGCT TTTGGTGCGG CAATATACGT TCAACTGGGA AAGCACGCTG
 601    TTGAGCAATG CCGCTTCGGT ACGCGCGGTG GAAATGTTGG CATGGCTGCC
 651    GTCGAAACTC GGTTTCCCTG TCCCCGATGC GCGGGCGGTC ATCGAAGGTC
 701    GTCTGAACGG CAATATTGCC GATGCGCGGG CTTGGTCGGG GCTGCTGGTC
 751    GGCAGTATCG TCTGCTACGG CATCCTGCCG CGCCTCTTGG CTTGGGTAGT
 801    GTGTAAAATC CTTTTGAAAA CAAGCGAAAA CGGattgGAT TTGGAAAAAA
 851    CCTATTATCA GGCGGTCATC CGCCGCTGGC AGAACAAAAT CACCGATGCG
 901    GATACGCGTC GGGAAACCGT GTCCGCCGTT TCGCcgaAAA TCGTCTTGAA
 951    CGATGCGCCG AAATGGGCGC TCATGCTGGA GACCGAGTGG CAGGACGGCC
1001    AATGGTTCGA GGGCAGGCTG GCGCAGGAAT GGCTGGATAA GGGCGTTGCC
1051    GCCAATCGGG AACAGGTTGC CGCGCTGGAG ACAGAGCTGA AGCAGAAACC
1101    GGCGCAACTG CTTATCGGCG TACGCGCCCA AACTGTGCCG GACCGGGGCG
1151    TGCTGCGGCA GATTGTGCGG CTTTCGGAAG CGGCGCAGGG CGGCGCGGTG
1201    GTGCAGCTTT TGGCGGAACA GGGGCTTTCA GACGACCTTT CGGAAAAGCT
1251    GGAACATTGG CGTAACGCGC TGACCGAATG CGGCGCGGCG TGGCTTGAGC
1301    CTGACAGGGT GGCGCAGGAA GGCCGTTTGA AAGACCAATA A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 206；ORF33ng-1>：
   1     MLNPSRKLVE LVRILNKGGF IFSGDPVQAT EALRRVDGST EEKIFRRAEM
  51     IDRDRMLRDT LERVRAGS FW LWVVVASMMF TAGFSGTYLL MDNQGLNF FL
 101     VLAGVLGMNT LMLAVWLATL FLRVKVGRFF SSPATWFRGK GPVNQAVLRL
 151     YADQWRQPSV RWKIGATAHS LW LCTLLGML VSVLLLLLVR QYTFNWESTL
 201     LSNAASVRAV EMLAWLPSKL GFPVPDARAV IEGRLNGNIA DARAWSG LLV
 251     GSIVCYGILP RLLAWVVCKI LLKTSENGLD LEKTYYQAVI RRWQNKITDA
 301     DTRRETVSAV SPKIVLNDAP KWALMLETEW QDGQWFEGRL AQEWLDKGVA
 351     ANREQVAALE TELKQKPAQL LIGVRAQTVP DRGVLRQIVR LSEAAQGGAV
 401     VQLLAEQGLS DDLSEKLEHW RNALTECGAA WLEPDRVAQE GRLKDQ*
ORF33ng-1和ORF33-1在446个氨基酸的重叠区内显示出有94.6％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf33-1.pep  MLNPSRKLVELVRILDEGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIIRRAEMIDRNRMLRET
             ||||||||||||||::||||||||||||||||||||||||||||:||||||||:||||:|
orf33ng-1    MLNPSRKLVELVRILNKGGFIFSGDPVQATEALRRVDGSTEEKIFRRAEMIDRDRMLRDT
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf33-1.pep  LERVRAGSFWLWVVAATFAFFTGFSVTYLLMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLAML
             ||||||||||||||:|:: | :||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf33ng-1    LERVRAGSFWLWVVVASMMFTAGFSGTYLLMDNQGLNFFLVLAGVLGMNTLMLAVWLATL
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf33-1.pep  FLRVKVGRFFSSPATWFRGKDPVNQAVLRLYADEWRQPSVRWKIGATSHSLWLCTLLGML
             |||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||||||||:||||||||||||
orf33ng-1    FLRVKVGRFFSSPATWFRGKGPVNQAVLRLYADQWRQPSVRWKIGATAHSLWLCTLLGML
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf33-1.pep    VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRAVEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf33ng-1      VSVLLLLLVRQYTFNWESTLLSNAASVRAVEMLAWLPSKLGFPVPDARAVIEGRLNGNIA
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf33-1.pep    DARAWSGLLVGSIACYGILPRLLAWVVCKILLKTSENGLDLEKPYYQAVIRRWQNKITDA
               |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
orf33ng-1      DARAWSGLLVGSIVCYGILPRLLAWVVCKILLKTSENGLDLEKTYYQAVIRRWQNKITDA
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf33-1.pep    DTRRETVSAVSPKIILNDAPKWAVMLETEWQDGEWFEGRLAQEWLDKGVATNREQVAALE
               ||||||||||||||:||||||||:|||||||||:||||||||||||||||:|||||||||
orf33ng-1      DTRRETVSAVSPKIVLNDAPKWALMLETEWQDGQWFEGRLAQEWLDKGVAANREQVAALE
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf33-1.pep    TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVQLLAEQGLSDDLSEKLEHW
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf33ng-1      TELKQKPAQLLIGVRAQTVPDRGVLRQIVRLSEAAQGGAVVQLLAEQGLSDDLSEKLEHW
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440
orf33-1.pep    RNALAECGAAWLEPDRAAQEGRLKDQX
               ||||:|||||||||||:||||||||||
orf33ng-1      RNALTECGAAWLEPDRVAQEGRLKDQX
                      430       440
根据该淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例25
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 207>：
  1  ..CAGAAGAGTT TGTCGAGAAT TTCTTTATGG GGTTTGGGCG GCGTGTTTTT
 51    CGGGGTGTCC GGTCTGGTAT GGTTTTCTTT GGGCGTTTCT TT.GAGTGCG
101    CCTGTTTTTC GGGTGTTTCT TTTCGGGGTT CGGGACGGGG GACGTTTGTG
151    GGCAGTACGG GGGTTTCTTT GAGTGTGTTT TCAGCTTGTG TTCC.GGCGT
201    CGTCCGGCTG CCTGTCGGTT TGAGCTGTGT CGGCAGGTTG CG..GTTTGA
251    CCCGGTTTTT CTTGGGTGCG GCAGGGGACG TCATTCTCCT GCCGCTTTCG
301    TCTGTGCCGT CCGGCTGTGC GGGTTCGGAT GAGGCGGCGT GGTGGTGTTC
351    GGGTTGGGCG GCATCTTGT CCGACTACGC CGTTTGGCAG CCAGAATTCG
401    GTTTCGCGGG GGCTGTCGGT GTGTTGCGGT TCGGCTTGAA GGGTTTTGTC
451    GTCC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 208；ORF34>：
  1  ..QKSLSRISLW GLGGVFFGVS GLVWFSLGVS XECACFSGVS FRGSGRGTFV
 51    GSTGVSLSVF SACVXGVVRL PVGLSCVGRL XXLTRFFLGA AGDVILLPLS
101    SVPSGCAGSD EAAWWCSGWA ASCPTTPFGS QNSVSRGLSV CCGSA*RVLS
151    S..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 209>：
 1    ATGATGATGC CGTTCATAAT GCTTCCTTGG ATTGCkGGTG TGCCTGCCGT
51    GCCGGGTCAG AATAGGTTGT CCAGAATTTC TTTATGGGGT TTGGGCGGCG
 101    TGTTTTTCGG GGTGTCCGGT TTGGTATGGT TTTCTTTGGG CGTTTCTTTG
 151    GGCTGCGCCT GTTTTTCGGG TGTTTCTTTT CGGGGTTCGG GACGGGGGAC
 201    GTTTGTGGGC AGTACGGGGG TTTCTTTGAG TGTGTTTTCA GCTTGTGTTC
 251    CGGCGTCGTC CGGCTGCCTG TCGGTTTGAG CTGTGTCGGC AGGTTGCGGT
 301    TTGACCCGGT TTTTCTTGGG TGCGGCAGGG GACGGCAGTC CGCTGCCGCT
 351    TTCGTCTGTG CCGTCCGGCT GTGCGGGTTC GGATGAGGCG GCGTGGTGGT
 401    GTTCGGGTTG GGCGGCATCT TGTCCGACTA CGCCGTTTGG CAGCCAGAAT
 451    TCGGTTTCGC GGGGGCTGTC GGTGTGTTGC GGTTCGGCTT GAAGGGTTTT
 501    GTCGCCGTTC GGGTTGAATG TGCTGACGAT GCCTATTGCC AATGCGCCGA
 551    TGGCGGCGAT ACAGATGAGC AATACGGCGC GTATCAGGAG TTTGGGGGTC
 601    AGCCTGAAGG GTTTGTTCGG TTTTTTTGCC ATTTTGATTG TGCTTTTGGG
 651    GTGTCGGGCA ATGCCGTCTG AAGGCGGTTC AGACGGCATT GCCGAGTCAG
 701    CGTTGGACGT AGTTTTGGTA GAGGGTGATG ACTTTTTGTA CGCCGACGGT
 751    GGTGCTGACT TTTTGGGTAA TCTGCGCCTG TTCTTCGGGG GTGAGGATGC
 801    CCATAACGTA GGTTACGTTG CCGTAGGTAA CGATTTTGAC GCGCGCCTGT
 851    GTGGCGGGGC TGATGCCCAA CAGCGTGGCG CGGACTTTGG ATGTGTTCCA
 901    AGTGTCGCCG GCGATGTCGC CGGCAGTGCG CGGCAGGGAG GCGACGGTAA
 951    TATAGTTGTA CACGCCTTCG GCGGCCTGTT CGGAACGTGC AATCTGACCG
1001    ACGAACTGTT TTTCGCCTTC GGTGGCGACT TGTCCGAGCA GCAGCAGGTG
1051    GCGGTTGTAG CCGACGACGG AGATTTGGGG CGTGTAGCCT TTGGTTTGGT
1101    TGTTTTGGCG CAGATAGGAA CGGGCGGTGG TTTCGATACG CAACGCCATA
1151    ACGTTGTCGT CGGTTTGCGC GCCGGTGGTT CGGCGGTCGA CGGCGGATTT
1201    CGCGCCGACG GCGGCGCTTC CGATTACTGC GCTGACGCAG CCGCTAAGGG
1251    CAAGGCTGAA AATGGCGGCA ATCAGGGTGC GGACGGTGTG CGGTTTGGGT
1301    TTCATCGGGT GCTTCCTTTC TTGGGCGTTT CAGACGGCAT TGCTTTGCGC
1351    CATGCCGTCT GA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 210；ORF34-1>：
  1    MMMPFIMLPW IAGVPAVPGQ NRLSR ISLWG LGGVFFGVSG LVWFSLG VSL
 51    GCACFSGVSF RGSGRGTFVG STGVSLSVFS ACVPASSGCL SV*AVSAGCG
101    LTRFFLGAAG DGSPLPLSSV PSGCAGSDEA AWWCSGWAAS CPTTPFGSQN
151    SVSRGLSVCC GSA*RVLSPF GLNVLTMPIA NAPMAAIQMS NTARIRSLG V
201    SLKGLFGFFA ILIVLLGCRA MPSEGGSDGI AESALDVVLV EGDDFLYADG
251    GADFLGNLRL FFGGEDAHNV GYVAVGNDFD ARLCGGADAQ QRGADFGCVP
301    SVAGDVAGSA RQGGDGNIVV HAFGGLFGTC NLTDELFFAF GGDLSEQQQV
351    AVVADDGDLG R VAFGLVVLA QIGTGGGFDT QRHNVVVGLR AGGSAVDGGF
401    RADGGASDYC ADAAAKGKAE NGGNQGADGV RFGFHRVLPF LGVSDGIALR
451    HAV*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF34与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF34a)在重叠的161个氨基酸内显示出有73.3％的相同性：
                                      10        20          30
orf34.pep                    QKSLSR ISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLG VSXE------CAC
                             || ||| |||||| |||||||||| ||||| |||       |||
orf34a       MMXPXIMLPWIAGVPAVPGQKRLSR XSLWGLGGXFFGVSGLVWFSLG VSXSLGVSXGCAC
                     10         20         30        40          50        60
                40          50        60         70        80             90
orf34.pep    FSGVSFRGSGRG TFVGSTGVSLSVFSACVXGVVRLPVGLSCVGRLXX-----LTRFFLGA
             |||| |||||||| ||||||||||||||||:       |:: :|::         ||| | ||
orf34a       FSGVSFRGSGRG TFVGSTGVSLSVFSACA------PASSGCLSVXAVSAGCGLTRXFXGA
                      70         80               90       100       110
                    100       110       120       130       140       150
orf34.pep    AGDVILLPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLS
             ||| ||||||||||||:|| |  |||||||||||||||||||||||||||||: ||||
orf34a       AGDGSPLPLSSVPSGCAGADEEAXXCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLS
                120       130       140       150       160       170
orf34.pep   S
orf34a      PFGXNVLTMPIANAPMAVIQMSNTARIRSL GVSLKGLFXFFAILIVLLGCRAMPSEGGSD
               180       190       200        210       220        230
全长ORF34a核苷酸序列<SEQ ID 211>是：
   1    ATGATGATNC CGTTNATAAT GCTTCCTTGG ATTGCGGGTG TGCCTGCCGT
  51    GCCGGGTCAG AAGAGGTTGT CGAGAANTTC TTTATGGGGT TTAGGCGGCN
 101    TGTTTTTCGG GGTGTCCGGT TTGGTATGGT TTTCTTTGGG CGTTTCTNTT
 151    TCTTTGGGTG TTTCTNTGGG CTGTGCCTGT TTTTCGGGTG TTTCTTTTCG
 201    GGGTTCGGGA CGGGGGACGT TTGTGGGCAG TACNGGGGTT TCTTTGAGTG
 251    TGTTTTCAGC TTGTGCTCCG GCGTCGTCCG GCTGCCTGTC GGTTTNAGCT
 301    GTGTCGGCAG GTTGCGGTTT GACCCGGNTT TTCTTNGGTG CGGCAGGGGA
 351    CGGCAGTCCG CTGCCGCTTT CGTCTGTGCC GTCCGGCTGT GCGGGTGCGG
 401    ATGAGGAGGC GTNGTNGTGT TCGGGTTGGG CGGCATCTTG TCCGACTACG
 451    CCGTTTGGCA GCCAGAATTC GGTTTCGCGG GGGCTGTCGG TGTGTTGCGG
 501    TTCGGTNTGG AGGGTTTTGT CNCCGTTCGG GTNGAATGTG CTGACGATGC
 551    CTATTGCCAA TGCGCCGATG GCGGTGATAC AGATGAGCAA TACGGCGCGT
 601    ATCAGGAGTT TGGGGGTCAG CCTGAAGGGT TTGTTCNGTT TTTTTGCCAT
 651    TTTGATTGTG CTTTTGGGGT GTCGGGCAAT GCCGTCTGAA GGCGGTTCAG
 701    ACGGCATTGC CGAGTCAGCG TTGGACGTAG TTTNGGTAGA GGGTGATGAC
 751    TTTTTGTACG CCGACGGTGG TGCTGACTTT TTGGGTAATC TGCGCCTGTT
 801    CTTCGGGGGT GAGGATGCCC ATAACGTAGG TTACGTTGCC GTAGGTAACG
 851    ATTTTGACGC GCGCCTGTGT GGCGGGGCTG ATGCCCAACA GCGTGGCGCG
 901    GACTTTGGAT GTGTTCCAAG TGTCGCCGGC GATGTCGCCG GCAGTGCGCG
 951    GCAGGGAGGC GACGGTAATG TANTTGTACA CGCCTTCGGC GGCCTGTTCG
1001    GAACGTGCAA TCTGACCGAC GAACTGTTTC TCGCCTTCGG TGGCGACTTG
1051    TCCGAGCAGC AGCAGGTGGC GGTTGTAGCC GACAACGGAG ATTTGGGGCG
1101    TGTANCCTTT GGTTTGGTTG TTTTGGCGCA GATAGGAGCG GGCGGTGGTT
1151    TCGATACGCA GCGCCATTAC GTTGTCGTCG GTTNGCGCGC CGGTGGTTCG
1201    GCGGTCGACG GCGGATTTCG CGCCGACCGC CGCGCCGCCG ACGACTGCGC
1251    TGACGCAGCC GCCGAGGGCA AGGCTGAGGA CGGCGGCAGT CAGGGTGCGG
1301    ACGGTGTGCG GTTTGGGTTT CATCGGGTGC TTCCTTTCTT GGGCGTTTCA
1351    GACGGCATTG CTTTGCGCCA TGCCGTCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 212>：
  1    MMXPXIMLPW IAGVPAVPGQ KRLSR XSLWG LGGXFFGVSG LVWFSLG VSX
 51    SLGVSXGCAC FSGVSFRGSG RG TFVGSTGV SLSVFSACAP ASSGCLSVXA
101    VSAGCGLTRX FXGAAGDGSP LPLSSVPSGC AGADEEAXXC SGWAASCPTT
151    PFGSQNSVSR GLSVCCGSVW RVLSPFGXNV LTMPIANAPM AVIQMSNTAR
201    IRSL GVSLKG LFXFFAILIV LLGCRAMPSE GGSDGIAESA LDVVXVEGDD
251    FLYADGGADF LGNLRLFFGG EDAHNVGYVA VGNDFDARLC GGADAQQRGA
301    DFGCVPSVAG DVAGSARQGG DGNVXVHAFG GLFGTCNLTD ELFLAFGGDL
351    SEQQQVAVVA DNGDLGR VXF GLVVLAQIGA GGGFDTQRHY VVVGXRAGGS
401    AVDGGFRADR RAADDCADAA AEGKAEDGGS QGADGVRFGF HRVLPFLGVS
451    DGIALRHAV*
ORF34a和ORF34-1在459个氨基酸的重叠区内显示出有91.3％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf34a.pep    MMXPXIMLPWIAGVPAVPGQKRLSRXSLWGLGGXFFGVSGLVWFSLGVSXSLGVSXGCAC
              || | |||||||||||||||:|||| ||||||| |||||||||||||||       ||||
orf34-1       MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQNRLSRISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLGVSL------GCAC
                      10        20        30        40        50
                      70        80        90       100       110       120
orf34a.pep    FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACAPASSGCLSVXAVSAGCGLTRXFXGAAGDGSP
              ||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| | ||||||||
orf34-1       FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACVPASSGCLSVXAVSAGCGLTRFFLGAAGDGSP
                  60        70        80        90       100       110
                      130       140       150       160       170       180
orf34a.pep     LPLSSVPSGCAGADEEAXXCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLSPFGXNV
               ||||||||||||:|| | |||||||||||||||||||||||||||||: ||||||| ||
orf34-1        LPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLSPFGLNV
                  120       130       140       150       160       170
                      190       200       210       220       230       240
orf34a.pep     LTMPIANAPMAVIQMSNTARIRSLGVSLKGLFXFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
               |||||||||||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf34-1        LTMPIANAPMAAIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
                  180       190       200       210       220       230
                      250       260       270       280       290       300
orf34a.pep     LDVVXVEGDDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYVAVGNDFDARLCGGADAQQRGA
               |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf34-1        LDVVLVEGDDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYVAVGNDFDARLCGGADAQQRGA
                  240       250       260       270       280       290
                      310       320       330       340       350       360
orf34a.pep     DFGCVPSVAGDVAGSARQGGDGNVXVHAFGGLFGTCNLTDELFLAFGGDLSEQQQVAVVA
               |||||||||||||||||||||||: ||||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf34-1        DFGCVPSVAGDVAGSARQGGDGNIVVHAFGGLFGTCNLTDELFFAFGGDLSEQQQVAVVA
                  300       310       320       330       340       350
                     370       380       390       400       410       420
orf34a.pep     DNGDLGRVXFGLVVLAQIGAGGGFDTQRHYVVVGXRAGGSAVDGGFRADRRAADDCADAA
               |:|||||| ||||||||||:||||||||| |||| ||||||||||||||  |:| |||||
orf34-1        DDGDLGRVAFGLVVLAQIGTGGGFDTQRHNVVVGLRAGGSAVDGGFRADGGASDYCADAA
                  360       370       380       390       400       410
                      430       440       450       460
orf34a.pep     AEGKAEDGGSQGADGVRFGFHRVLPFLGVSDGIALRHAVX
               |:||||:||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf34-1        AKGKAENGGNQGADGVRFGFHRVLPFLGVSDGIALRHAVX
                  420       430       440       450
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF34与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF34.ng)在重叠的161个氨基酸内显示出有77.6％的相同性：
orf34.pep                       QKSLSRISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLGVSXE------CAC   35
                                || |||||||||:|||||||||||||||||        |||
orf34ng      MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQKRLSRISLWGLAGVFFGVSGLVWFSLGVSFSLGVSLGCAC   60
orf34.pep    FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACVXGVVRLPVGLSCV-----GRLXXLTRFFLGA   90
             |||||||||| |:||||||||||||||||     :||: | :     ||   ||||||||
orf34ng      FSGVSFRGSGWGAFVGSTGVSLSVFSACVP----VPVNESAARAASEGR--GLTRFFLGA  114
orf34.pep    AGDVILLPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLS  150
             |||   |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||: ||||
orf34ng      AGDGSPLPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTAPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLS  174
orf34.pep    S                                                             175
orf34ng      PFGLNVLTMPTANAPMAVIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSD  234
全长ORF34ng核苷酸序列<SEQ ID 213>是：
 1    ATGATGATGC CGTTCATAAT GCTTCCTTGG ATTGCGGGTG TGCCTGCCGT
51    GCCGGGTCAA AAGAGGTTGT CGAGAATCTC TTTATGGGGT TTGGCCGGCG
 101    TGTTTTTCGG GGTGTCCGGT TTGGTATGGT TTTCTTTGGG CGTTTCTTTT
 151    TCTTTGGGTG TTTCTTTGGG CTGCGCCTGT TTTTCGGGTG TTTCTTTTCG
 201    GGGTTCGGGA TGGGGGGCGT TTGTGGGCAG TACGGGGGTT TCTTTGAGTG
 251    TGTTTTCAGC TTGTGTTCCG GTGCCGGTTA ACGAATCGGC TGCCCGGGCC
 301    GCATCCGAAG GGCGCGGTTT gACCCGGTTT TTCTTGGGTG CGGCAGGGGA
 351    CGGCAGTCCG CTGCCGCTTT CTTCTGTGCC GTCCGGCTGT GCGGGTTCGG
 401    ATGAGGCGGC GTGGTGGTGT TCGGGTTGGG CGGCATCTTG TCCGACGGCG
 451    CCGTTTGGCA GCCAGAATTC GGTTTCGCGG GGGCTGTCGG TGTGTTGCGG
 501    TTCGGTTTGG AGGGTTTTGT CGCCGTTCGG GTTGAATGTG CTGACGATGC
 551    CTACTGCCAA TGCGCCGATG GCGGTGATAC AGATGAGCAA TACGGCGCGT
 601    ATCAGGAGTT TGGGGGTCAG CCTGAAGGGT TTGTTCGGTT TTTTTGCCAT
 651    TTTGATTGTG CTTTTGGGGT GTCGGGCAAT GCCGTCTGAA GGCGGTTCAG
 701    ACGGCATTGC CGAGTCAGCG TTGGACGTAG TTTTGGTAGA GGGTAATGAC
 751    TTTTTGTACG CCGAcggTGG TGCTGACTTT TTGGGTAATC TGCGCCTGTT
 801    CTTCGGGGGT GAGGATGCCC ATAACGTAGG TTACATTGCC GTAGGTAATG
 851    ATTTTGACGC GCGCCTGTGT AGCGGGGCTG ATGCCCAGCA GcgtgGCGCG
 901    GACTTTGGAC GTGTTCCAAG TGTCGCCGGC GATGTCGCCC GCAGTGCGCG
 951    GCAGGGAGGC GACGGTAATG TAGTTGTATA CGCCTTCGGC GGCCTGTTCG
1001    GAACGTGCAA TCTGACCGAC GAACTGTTTT TCGCCTTCGG TGGCGACTTG
1051    TCCGAGCAGC AGCAGGTGGC GGTTGTAGCC GACGACGGAG ATTTGGGGCG
1101    TGTAGCCTTT GGTTTGGTTG TTTTGGCGCA GGTAGGAACG GGCGGTGGTT
1151    TCGATACGCA ACGCCATAAC GTtgtCATCG GTTtgcgcgc CGGTGGTTcg
1201    gCGGTCGATG ACGGATTTTG CGCCGACGGC GGCCCCGCCG ACGACTGCGC
1251    TGAAGCAGCC GCCGAGGGCA AGGCTGAGGA CGGCGGCAAT CAGGGTGCGG
1301    ACGGTGTGTG GTTTGGGTTT CATCGGGGAC TTCCTTTCTT GGGCGTTTCA
1351    GACGGCATTG CTTTGCGCCA TGCCGTCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 214>：
  1   
Figure A20051011339501641
VPGQ KRLSR ISLWG LAGVFFGVSG LVWFSLG VSF
 51    SLGVSLGCAC FSGVSFRGSG WG AFVGSTGV SLSVFSACVP VPVNESAARA
101    ASEGRGLTRF FLGAAGDGSP LPLSSVPSGC AGSDEAAWWC SGWAASCPTA
151    PFGSQNSVSR GLSVCCGSVW RVLSPFGLNV LTMPTANAPM AVIQMSNTAR
201    IRSLG VSLKG LFGFFAILIV LLGCRAMPSE GGSDGIAESA LDVVLVEGND
251    FLYADGGADF LGNLRLFFGG EDAHNVGYIA VGNDFDARLC SGADAQQRGA
301    DFGRVPSVAG DVARSARQGG DGNVVVYAFG GLFGTCNLTD ELFFAFGGDL
351    SEQQQVAVVA DDGDLGR VAF GLVVLAQVGT GGGFDTQRHN VVIGLRAGGS
401    AVDDGFCADG GPADDCAEAA AEGKAEDGGN QGADGVWFGF HRGLPFLGVS
451    DGIALRHAV*
ORF34ng和ORF34-1在459个氨基酸的重叠区内显示出有90.0％的相同性：
                       10        20        30        40       4      50
orf34-1.pep    MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQNRLSRISLWGLGGVFFGVSGLVWFSLGVS------LGCAC
               ||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||||||||||||||      |||||
orf34ng        MMMPFIMLPWIAGVPAVPGQKRLSRISLWGLAGVFFGVSGLVWFSLGVSFSLGVSLGCAC
                       10        20        30        40        50        60
                   60        70        80        90       100       110
orf34-1.pep    FSGVSFRGSGRGTFVGSTGVSLSVFSACVPASSGCLSVXAVSAGCGLTRFFLGAAGDGSP
               |||||||||| |:|||||||||||||||||:  :  :: |:| | |||||||||||||||
orf34ng        FSGVSFRGSGWGAFVGSTGVSLSVFSACVPVPVNESAARAASEGRGLTRFFLGAAGDGSP
                       70      80      90       100       110       120
                  120       130       140       150       160       170
orf34-1.pep    LPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTTPFGSQNSVSRGLSVCCGSAXRVLSPFGLNV
               |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||: ||||||||||
orf34ng        LPLSSVPSGCAGSDEAAWWCSGWAASCPTAPFGSQNSVSRGLSVCCGSVWRVLSPFGLNV
                      130       140       150       160       170       180
                  180       190       200       210       220       230
orf34-1.pep    LTMPIANAPMAAIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
               |||| ||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf34ng      LTMPTANAPMAVIQMSNTARIRSLGVSLKGLFGFFAILIVLLGCRAMPSEGGSDGIAESA
                    190       200       210       220       230       240
                240       250       260       270       280       290
orf34-1.pep  LDVVLVEGDDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYVAVGNDFDARLCGGADAQQRGA
             ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||:|||||||||
orf34ng      LDVVLVEGNDFLYADGGADFLGNLRLFFGGEDAHNVGYIAVGNDFDARLCSGADAQQRGA
                    250       260       270       280       290       300
                300       310       320       330       340       350
orf34-1.pep  DFGCVPSVAGDVAGSARQGGDGNIVVHAFGGLFGTCNLTDELFFAFGGDLSEQQQVAVVA
             ||| |||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf34ng      DFGRVPSVAGDVARSARQGGDGNVVVYAFGGLFGTCNLTDELFFAFGGDLSEQQQVAVVA
                    310       320       330       340       350       360
                360       370       380       390       400       41O
orf34-1.pep  DDGDLGRVAFGLVVLAQIGTGGGFDTQRHNVVVGLRAGGSAVDGGFRADGGASDYCADAA
             |||||||||||||||||:||||||||||||||:|||||||||| || |||| :| ||:||
orf34ng      DDGDLGRVAFGLVVLAQVGTGGGFDTQRHNVVIGLRAGGSAVDDGFCADGGPADDCAEAA
                    370       380       390       400       410       420
                420       430       440       450
orf34-1.pep  AKGKAENGGNQGADGVRFGFHRVLPFLGVSDGIALRHAVX
             |:||||:||||||||| ||||| |||||||||||||||||
orf34ng      AEGKAEDGGNQGADGVWFGFHRGLPFLGVSDGIALRHAVX
                    430       440       450       460
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和几个推定的跨膜结构域(单划线)的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例26
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 215>：
  1   ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT
 51   CGCCGCCTGC GGATT.CAAA AAGACAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG
101   CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCG AAAAAA GAAATCGTCT TCGGCACGAC
151   CGTCGGCGAC TTCGGCGATA TGGTCAAAGA ACAAATCCAA GCCGAGCTGG
201   AGAAAAAAGG CTACACCGTC AAACTGGTCG AGTTTACCGA CTATGTACGC
251   CCGAATCTGG CATTGGCTGA GGGCGAGTTG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 216；0RF4>：
 1  MKTFFKTLSA AALALILAAC G.QKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT
51  VGDFGDMVKE QIQAELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALAE GEL
进一步的序列分析揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 217>：
  1    ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT
 51    CGCCGCCTGC GGCGGTCAAA AAGACAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG
101    CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCGAAAAAAG AAATCGTCTT CGGCACGACC
151    GTCGGCGACT TCGGCGATAT GGTCAAAGAA CAAATCCAAG CCGAGCTGGA
201    GAAAAAAGGC TACACCGTCA AACTGGTCGA GTTTACCGAC TATGTACGCC
251    CGAATCTGGC ATTGGCTGAG GGCGAGTTGG ACATCAACGT CTTCCAACAC
301    AAACCCTATC TTGACGACTT CAAAAAAGAA CACAATCTGG ACATCACCGA
35l    AGTCTTCCAA GTGCCGACCG CGCCTTTGGG ACTGTACCCG GGCAAGCTGA
401    AATCGCTGGA AGAAGTCAAA GACGGCAGCA CCGTATCCGC GCCCAACGAC
451    CCGTCCAACT TCGCCCGCGT CTTGGTGATG CTCGACGAAC TGGGTTGGAT
501    CAAACTCAAA GACGGCATCA ATCCGTTGAC CGCATCCAAA GCGGACATCG
551    CCGAGAACCT GAAAAACATC AAAATCGTCG AGCTTGAAGC CGCGCAACTG
601    CCGCGTAGCC GCGCCGACGT GGATTTTGCC GTCGTCAACG GCAACTACGC
651    CATAAGCAGC GGCATGAAGC TGACCGAAGC CCTGTTCCAA GAACCGAGCT
701    TTGCCTATGT CAACTGGTCT GCCGTCAAAA CCGCCGACAA AGACAGCCAA
751    TGGCTTAAAG ACGTAACCGA GGCCTATAAC TCCGACGCGT TCAAAGCCTA
801    CGCGCACAAA CGCTTCGAGG GCTACAAATC CCCTGCCGCA TGGAATGAAG
851    GCGCAGCCAA ATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 218；ORF4-1>：
  1    MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT
 51    VGDFGDMVKE QIQAELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALAE GELDINVFQH
101    KPYLDDFKKE HNLDITEVFQ VPTAPLGLYP GKLKSLEEVK DGSTVSAPND
151    PSNFARVLVM LDELGWIKLK DGINPLTASK ADIAENLKNI KIVELEAAQL
201    PRSRADVDFA VVNGNYAISS GMKLTEALFQ EPSFAYVNWS AVKTADKDSQ
251    WLKDVTEAYN SDAFKAYAHK RFEGYKSPAA WNEGAAK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF4与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF4a)在重叠的93个氨基酸内显示出有93.5％的相同性：
                    10        20          30        40        50       59
orf4.pep    MKTFFKTLSAAALALILAACG-QKDSAPAASASAAADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKE
            ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf4a       MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASAAADNGAAXKEIVFGTTVGDFGDMVKE
                    10        20         30        40        50        60
           60        70        80        90
orf4.pep    QIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGEL
             || ||||||||||||| ||||| |||||||||
orf4a       XIQPELEKKGYTVKLVEXTDYVRXNLALAEGELDINVXQHXXYLDDXKKXHNLDITXVXQ
                    70        80        90       100       110       120
orf4a       VPTAPLGLYPGKLKSLXXVKXGSTVSAPNDPXXFXRVLVMLDELGXIKLKDXIXXXXXXX
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF4a核苷酸序列<SEQ ID 219>是：
  1    ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT
 51    CGCCGCCTGC GGCGGTCAAA AAGATAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG
101    CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCGAANAAAG AAATCGTCTT CGGCACGACC
151    GTCGGCGACT TCGGCGATAT GGTCAAAGAA CANATCCAAC CCGAGCTGGA
201    GAAAAAAGGC TACACCGTCA AACTGGTCGA GTNTACCGAC TATGTGCGCN
251    CGAATCTGGC ATTGGCTGAG GGCGAGTTGG ACATCAACGT CTTNCAACAC
301    ANACNCTATC TTGACGACTN CAAAAAANAA CACAATCTGG ACATCACCNN
351    AGTCTTNCAA GTGCCGACCG CGCCTTTGGG ACTGTACCCG GGCAAGCTGA
401    AATCGCTGGA NNAAGTCAAA GANGGCAGCA CCGTATCCGC GCCCAACGAC
451    CCGTNNNACT TCGNCCGCGT CTTGGTGATG CTCGACGAAC TGGGTTNGAT
501    CAAACTCAAA GACNGCATCA NNNNGNNGNN NNNANCNANA NNNGANANNN
551    NNNNANNNNT NNNNNNNNNN NNNNNCNNCG NNNNNNNANN NNNNNNNNNN
601    NCGNNTNNNN NNGCNNNNNT NNANNNTNNN NNCNNCNNNN NNNNNTNNNN
651    NANNANNAGC GGCATGAAGC TGACCGAAGC CCTGTTCCAA GAACCGAGCT
701    TTGCCTATGT CAACTGGTCT GCCGTCAAAA CCGCCGACAA AGACAGCCAA
751    TGGCTTAAAG ACGTAACCGA GGCCTATAAC TCCGACGCGT TCAAAGCCTA
801    CGCGCACAAA CGCTTCGAGG GCTACAAATC CCCTGCCGCA TGGAATGAAG
851    GCGCAGCCAA ATAA
预计编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 220>：
  1    MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AXKEIVFGTT
 51    VGDFGDMVKE XIQPELEKKG YTVKLVEXTD YVRXNLALAE GELDINVXQH
101    XXYLDDXKKX HNLDITXVXQ VPTAPLGLYP GKLKSLXXVK XGSTVSAPND
151    PXXFXRVLVM LDELGXIKLK DXIXXXXXXX XXXXXXXXXX XXXXXXXXXX
201    XXXXAXXXXX XXXXXXXXXS GMKLTEALFQ EPSFAYVNWS AVKTADKDSQ
251    WLKDVTEAYN SDAFKAYAHK RFEGYKSPAA WNEGAAK*
前导肽用下划线表示。
对这些菌株A序列作进一步的分析，揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 221>：
  1    ATGAAAACCT TCTTCAAAAC CCTTTCCGCC GCCGCACTCG CGCTCATCCT
 51    CGCCGCCTGC GGCGGTCAAA AAGATAGCGC GCCCGCCGCA TCCGCTTCTG
101    CCGCCGCCGA CAACGGCGCG GCGAAAAAAG AAATCGTCTT CGGCACGACC
151    GTCGGCGACT TCGGCGATAT GGTCAAAGAA CAAATCCAAC CCGAGCTGGA
201    GAAAAAAGGC TACACCGTCA AACTGGTCGA GTTTACCGAC TATGTGCGCC
251    CGAATCTGGC ATTGGCTGAG GGCGAGTTGG ACATCAACGT CTTCCAACAC
301    AAACCCTATC TTGACGACTT CAAAAAAGAA CACAATCTGG ACATCACCGA
351    AGTCTTCCAA GTGCCGACCG CGCCTTTGGG ACTGTACCCG GGCAAGCTGA
401    AATCGCTGGA AGAAGTCAAA GACGGCAGCA CCGTATCCGC GCCCAACGAC
451    CCGTCCAACT TCGCCCGCGT CTTGGTGATG CTCGACGAAC TGGGTTGGAT
501    CAAACTCAAA GACGGCATCA ATCCGCTGAC CGCATCCAAA GCGGACATTG
551    CCGAAAACCT GAAAAACATC AAAATCGTCG AGCTTGAAGC CGCGCAACTG
601    CCGCGTAGCC GCGCCGACGT GGATTTTGCC GTCGTCAACG GCAACTACGC
651    CATAAGCAGC GGCATGAAGC TGACCGAAGC CCTGTTCCAA GAACCGAGCT
701    TTGCCTATGT CAACTGGTCT GCCGTCAAAA CCGCCGACAA AGACAGCCAA
751    TGGCTTAAAG ACGTAACCGA GGCCTATAAC TCCGACGCGT TCAAAGCCTA
801    CGCGCACAAA CGCTTCGAGG GCTACAAATC CCCTGCCGCA TGGAATGAAG
851    GCGCAGCCAA ATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 222；ORF4a-1>：
  1    MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SASAAADNGA AKKEIVFGTT
 51    VGDFGDMVKE QIQPELEKKG YTVKLVEFTD YVRPNLALAE GELDINVFQH
101    KPYLDDFKKE HNLDITEVFQ VPTAPLGLYP GKLKSLEEVK DGSTVSAPND
151    PSNFARVLVM LDELGWIKLK DGINPLTASK ADIAENLKNI KIVELEAAQL
201    PRSRADVDFA VVNGNYAISS GMKLTEALFQ EPSFAYVNWS AVKTADKDSQ
251    WLKDVTEAYN SDAFKAYAHK RFEGYKSPAA WNEGAAK*
ORF4a-1和ORF4-1在287个氨基酸的重叠区内显示出有99.7％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf4a-1   MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASAAADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKE
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4-1    MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASAAADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKE
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120
orf4a-1   QIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQ
          ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4-1    QIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQ
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180
orf4a-1   VPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASK
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4-1    VPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASK
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240
orf4a-1   ADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWS
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4-1    ADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWS
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280
orf4a-1   AVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAWNEGAAKX
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4-1    AVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAWNEGAAKX
              250       260       270       280
与溶血性巴斯德氏菌的外膜蛋白(登录号为q08869)的同源性
ORF4和此外膜蛋白在91个氨基酸的重叠区内显示出有33％的氨基酸相同性：
                                                10        20
lip2.pasha                              MNFKKLLGVALVSALALTACKDEKAQAP----
                                          || | ::||  || |:||  :|:  |
ORF4        VXTPNPDGRTPCPSFLFETATTSGENMKTFFKTLSAAAL--ALILAACGFKKTARPPHPL
                  110       120       130       140         150
             30        40        50        60        70        80
lip2.pasha  -ATTAKTENKAPLKVGVMTGPEAQMTEVAVKIAKEKYGLDVELVQFTEYTQPNAALHSKD
                : :: |  :  |: :|  ::|::  ::   || |  |:||:||:|::|| ||   :
ORF4        LPPPTTARRKKEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGE
          160       170       180       190       200       210
             90       100       110       120       130       140
lip2.pasha  LDANAFQTVPYLEQEVKDRGYKLAIIGNTLVWPIAAYSKKIKNISELKDGATVAIPNNAS
            |
ORF4        L.....
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF4与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF4.ng)在重叠的94个氨基酸内显示出有93.6％的相同性：
                                                  10        20        30
orf4nm.pep                                MKTFFKTLSAAALALILAACGXQKDSAPAA
                                          |||||||||:|:||||||||| ||||||||
orf4ng      RANAVXTPNPDGRTPCLSFLFETATTSGENMKTFFKTLSTASLALILAACGGQKDSAPAA
                   200       210       220       230       240       250
                     40        50        60        70        80       89
orf4nm.pep  SASA-AADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALA
            ||:| :||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4ng      SAAAPSADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALA
                   260       270       280       290       300       310
           90
orf4nm.pep  EGEL
            ||||
orf4ng      EGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEAFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPN
                   320       330       340       350       360       370
预计全长ORF4ng核苷酸序列<SEQ ID 223>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 224>：
  1    MKTFFKTLST ASLAL ILAAC GGQKDSAPAA SAAAPSADNG AAKKEIVFGT
 51    TVGDFGDMVK EQIQAELEKK GYTVKLVEFT DYVRPNLALA EGELDINVFQ
101    HKPYLDDFKK EHNLDITEAF QVPTAPLGLY PGKLKSLEEV KDGSTVSAPN
151    DPSNFARALV MLNELGWIKL KDGINPLTAS KADIAENLKN IKIVELEAAQ
201    LPRSRADVDF AVVNGNYAIS SGMKLTEALF QEPSFAYVNW SAVKTADKDS
251QWLKDVTEAY NSDAFKAYAH KRFEGYKYPA AWNEGAAK*
进一步的分析揭示了全长ORF4ngDNA序列<SEQ ID 225>是：
  1    atgAAAACCT TCTTCAAAAC cctttccgcc gccgcaCTCG CGCTCATCCT
 51    CGCAGCCTGc ggCggtcaAA AAGACAGCGC GCCCgcagcc tctgcCGCCG
101    CCCCTTCTGC CGATAACGgc gCgGCGAAAA AAGAAAtcgt ctTCGGCACG
151    Accgtgggcg acttcggcgA TAtggTCAAA GAACAAATCC AagcCGAgct
201    gGAGAAAAAA GgctACACcg tcAAattggt cgaatttacc gactatgtGC
251    gCCCGAATCT GGCATTGGCG GAGGGCGAGT TGGACATCAA CGTCTTCCAA
301    CACAAACCCT ATCTTGACGA TTTCAAAAAA GAACACAACC TGGACATCAC
351    CGAAGCCTTC CAAGTGCCGA CCGCGCCTTT GGGACTGTAT CCGGGCAAAC
401    TGAAATCGCT GGAAGAAGTC AAAGACGGCA GCACCGTATC CGCGCCCAac
451    gACccgTCCA ACTTCGCACG CGCCTTGGTG ATGCTGAACG AACTGGGTTG
501    GATCAAACTC AAAGACGGCA TCAATCCGCT GACCGCATCC AAAGCCGACA
551    TCGCGGAAAA CCTGAAAAAC ATCAAAATCG TCGAGCTTGA AGCCGCACAA
601    CTGCCGCGCA GCCGCGCCGA CGTGGATTTT GCCGTCGTCA ACGGCAACTA
651    CGCCATAAGC AGCGGCATGA AGCTGACCGA AGCCCTGTTC CAAGAGCCGA
701    GCTTTGCCTA TGTCAACTGG TCTGCCgtcA AAACCGCCGA CAAAGACAGC
751    CAATGGCTTA AAGACGTAAC CGAGGCCTAT AACTCCGACG CGTTCAAAGC
801    CTACGCGCAC AAACGCTTCG AGGGCTACAA ATACCCTGCC GCATGGAATG
851    AAGGCGCAGC CAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 226；ORF4ng-1>：
  1    MKTFFKTLSA AALALILAAC GGQKDSAPAA SAAAPSADNG AAKKEIVFGT
 51    TVGDFGDMVK EQIQAELEKK GYTVKLVEFT DYVRPNLALA EGELDINVFQ
101    HKPYLDDFKK EHNLDITEAF QVPTAPLGLY PGKLKSLEEV KDGSTVSAPN
151    DPSNFARALV MLNELGWIKL KDGINPLTAS KADIAENLKN IKIVELEAAQ
201    LPRSRADVDF AVVNGNYAIS SGMKLTEALF QEPSFAYVNW SAVKTADKDS
251    QWLKDVTEAY NSDAFKAYAH KRFEGYKYPA AWNEGAAK*
它与ORF4-1在重叠的288个氨基酸内显示出有97.6％的相同性：
                      10        20        30        40        50        59
orf4-1.pep    MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASASA-AADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVK
              ||||||||||||||||||||||||||||||||:| :||||||||||||||||||||||||
orf4ng-1      MKTFFKTLSAAALALILAACGGQKDSAPAASAAAPSADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDMVK
                      10        20        30        40        50        60
             60        70        80        90       100       110      119
orf4-1.pep    EQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf4ng-1      EQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEAF
                      70        80        90       100       110       120
            120       130       140       150       160       170       179
orf4-1.pep    QVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTAS
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||
orf4ng-1      QVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARALVMLNELGWIKLKDGINPLTAS
                     130       140       150       160       170       180
            180       190       200       210       220       230       239
orf4-1.pep    KADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNW
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf4ng-1      KADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNW
                     190       200       210       220       230       240
            240       250       260       270       280
orf4-1.pep    SAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAWNEGAAKX
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf4ng-1    SAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKYPAAWNEGAAKX
                   250       260       270       280
另外，ORF4ng-1显示出与数据库的一种外膜蛋白明显同源：
ID LIP2_PASHA    STANDARD；    PRT；276AA.
AC Q08869；
DT 01-NOV-1995(REL.32，产生的)
DT 01-NOV-1995(REL.32，序列的最后更新)
DT 01-NOV-1995(REL.32，注解的最后更新)
DE 28.2KD外膜蛋白前体....
SCORES Init1：279Initn：416Opt：494
Smith-Waterman评分：494；在275个氨基酸的重叠区内有36.0％的相同性
                        10          20        30        40        50
orf4ng-1.pep    MKTFFKTLSAAAL--ALILAACGGQKDSAPAASAAAPSADNGAAKKEIVFGTTVGDFGDM
                    || | ::||  || |:||  :| :|||::|   :::| |  |    |: :|  ::|
lip2_pasha        MNFKKLLGVALVSALALTACKDEKAQAPATTA---KTENKAPLK---VGVMTGPEAQM
                          10        20        30           40           50
                60        70        80        90       100       110
orf4ng-1.pep    VKEQIQAELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITE
                ::  ::   || |  |:||:||:|::|| ||   :|| |:||  |||::  |:::  ::
lip2_pasha      TEVAVKIAKEKYGLDVELVQFTEYTQPNAALHSKDLDANAFQTVPYLEQEVKDRGYKLAI
                      60        70        80        90       100       110
               120       130       140      150        160       170
orf4ng-1.pep    AFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARALVMLNELGWIKLKDGINPLT
                  :: : |:: |  |:|:: |:|||:||: ||: || ||||::|:  | :||||  | :
lip2_pasha      IGNTLVWPIAAYSKKIKNISELKDGATVAIPNNASNTARALLLLQAHGLLKLKDPKN-VF
                     120       130       140       150       160       170
               180        190        200        210        220        230
orf4ng-1.pep    ASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTE--ALFQEPSFA
                |:: || || ||||||: ::: | |   ||::||:|::|| ::|::  :   : :  :
lip2_pasha      ATENDIIENPKNIKIVQADTSLLTRMLDDVELAVINNTYAGQAGLSPDKDGIIVESKDSP
                      180       190       200       210       220       230
                 240       250       260       270       280      289
orf4ng-1.pep    YVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKYPAAWNEGAAKX
                |||  : :  :||:  |:  :::::::     | | |:|
lip2_pasha      YVNLVVSREDNKDDPRLQTFVKSFQTEEVFQEALKLFNGGVVKGW
                      240       250       260       270
根据该分析结果(包括与溶血性巴斯德氏菌的外膜蛋白同源，以及淋球菌蛋白中存在一个推定的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF4-1(30kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图8A和8B分别显示了His-融合蛋白以及GST-融合蛋白的亲和纯化的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，用其血清进行ELISA(阳性结果)，Western印迹(图8C)，FACS分析(图8D)，和杀菌试验(图8E)。这些结果确认ORF4-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
图8F显示了出ORF4-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。
实施例27
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 227>：
  1    CCTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTTCA AGGGGCGATT TACTCCAAGG
 51    CGGTGGAACG TATGCTCGGC ACGGTCATCG GGCTGGGCGC GGGTTTGGGC
101    GTTTTATGGC TGAACCAGCA TTATTTCCAC GGCAACCTCC TCTTCTACCT
151    CACCGTCGGC ACGGCAAGCG CACTGGCCGG CTGGGCGGCG GTCGGCAAAA
201    ACGGCTACGT CCCTmTGCTG GCAGGGCTGA CGATGTGTAT GCTCATCGGC
251    GACAACGGCA GCGAATGGCT CGACAGCGGA CTCATGCGCG CCATGAACGT
301    CCTCATCGGC GyGGCCATCG CCATCGCCGC CGCCAAACTG CTGCCGCTGA
351    AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG CCGACAACCT GGCCGACTGC
401    AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC AGGCGCATGA CCCGCGAACG
451    CCTCGAGGAG AACATGGCGA AAATGCGCCA AATCAACGCA CGCATGGTCA
501    AAAGCCGCAG CCATCTCGCC GCCACATCGG GCGAAAGCTG CATCAGCCCC
551    GCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC CGTAAAATCG TCAACACCAC
601    CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT GCAATCTCCC AAACTCAACG
651    GCAGCGAAAT CCGGCTGCTT GACCGCCACT TCACACTGCT CCAAAC....
701.   .......... .......... ........GC AGACACGCCC GCCGCATCCG
751    CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA AGCCCTCGCC GAACACCTCC
801    ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA GCACCGATAT GCGTCAGGAA
851    ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC ACCCGCCGCA AATGGCTGGA
901    TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG CCTGCTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 228；ORF8>：
  1    ......PRRP RHAPVSRGDL LQGGGTYARH GHRAGRGFGR FMAEPALFPR
 51    QPPLLPHRRH GKRTGRLGGG RQKRLRPXAG RADDVYAHRR QRQRMARQRT
101    HARHERPHRR GHRHRRRQTA AAEIHTDVAF HACRQPGRLQ QNDCRNQQRQ
151    AHDPRTPRGE HGENAPNQRT HGQKPQPSRR HIGRKLHQPR HDGSHAARPP
201    XNRQHHRAAP DHRRQAAISQ TQRQRNPAAX PPLHTAPN.. .........Q
251    TRPPHPHRHR HQPRTGSPRR TPPLPMAGLP LAQHRYASGN FRPRHPAATH
301    PPQMAGCPRT PTPAPKPA*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
序列基序
ORF8富含脯氨酸，其脯氨酸残基分布与表面定位相符。而且，RGD基序的存在可能暗示其可能在细菌粘附行为中有作用。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF8与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF8.ng)在重叠的312个氨基酸内有86.5％的相同性：
orf8ng      1    MDRDDRLRRPRHAPVPRRDLLQRGGTYARYGHRAGRGFGRFMAEPALFPR 50
                        |||||||| | |||| ||||||:||||||||||||||||||||
orf8.pep    1    ......PRRPRHAPVSRGDLLQGGGTYARHGHRAGRGFGRFMAEPALFPR 44
orf8ng     51    QPPLLPDHRHGKRTGRLGGGRQKRLRPYVGGADDVHAHRRQRQRMARQRP 100
                 ||||||  ||||||||||||||||||  | ||||:|||||||||||||||
orf8.pep   45    QPPLLPHRRHGKRTGRLGGGRQKRLRPXAGRADDVYAHRRQRQRMARQRT 94
orf8ng    101    DARDERPHRRRHRHCRRQTAAAEIHTDVAFHACRQPGRLQQNDCRNQQRQ 150
                  || |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf8.pep   95    HARHERPHRRGHRHRRRQTAAAEIHTDVAFHACRQPGRMQQNDCRNQQRQ 144
orf8ng    151    AYDARTFGAEYGQNAPNQRTHGQKPQPPRRHIGRKPHQPLHDGSHAARPP 200
                 |:| ||   |:|:|||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||
orf8.pep  145    AHDPRTPRGEHGENAPNQRTHGQKPQPSRRHIGRKLHQPRHDGSHAARPP 194
orf8ng    201    QNRQHHRAAPDHRRQAAISQTQRQRNPAARPPLHTAPNRPATNRRPHQRQ 250
                  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |
orf8.pep  195    XNRQHHRAAPDHRRQAAISQTQRQRNPAAXPPLHTAPN...........Q 244
orf8ng    251    TRPPHPHRHRHQPRTGSPRRTPPLPMAGFPLAQHQYASGNFRPRHPPATH 300
                 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
orf8.pep  245    TRPPHPHRHRHQPRTGSPRRTPPLPMAGLPLAQHRYASGNFRPRHPAATH 294
orf8ng    301     PPQMAGCPRTPTPAPKPA*    319
                  ||||||||||||||||||
orf8.pep  295     PPQMAGCPRTPTPAPKPA*    313
预计全长ORF8ng核苷酸序列<SEQ ID 229>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 230>：
  1    MDRDDRLRRP RHAPVPRRDL LQRGGTYARY GHRAGRGFGR FMAEPALFPR
 51    QPPLLPDHRH GKRTGRLGGG RQKRLRPYVG GADDVHAHRR QRQRMARQRP
101    DARDERPHRR RHRHCRRQTA AAEIHTDVAF HACRQPGRLQ QNDCRNQQRQ
151    AYDARTFGAE YGQNAPNQRT HGQKPQPPRR HIGRKPHQPL HDGSHAARPP
201    QNRQHHRAAP DHRRQAAISQ TQRQRNPAAR PPLHTAPNRP ATNRRPHQRQ
251    TRPPHPHRHR HQPRTGSPRR TPPLPMAGFP LAQHQYASGN FRPRHPPATH
301    PPQMAGCPRT PTPAPKPA*
根据这些蛋白质中的序列基序，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例28
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 231>：
  1  ..GAAATCAGCC TGCGGTCCGA CNACAGGCCG GTTTCCGTGN CGAAGCGGCG
 51    GGATTCGGAA CGTTTTCTGC TGTTGGACGG CGGCAACAGC CGGCTCAAGT
101    GGGCGTGGGT GGAAAACGGC ACGTTCGCAA CCGTCGGTAG CGCGCCGTAC
151    CGCGATTTGT CGCCTTTGGG CGCGGAGTGG GCGGAAAAGG CGGATGGAAA
201    TGTCCGCATC GTCGGTTGCG CTGTGTGCGG AGAATTCAAA AAGGCACAAG
251    TGCAGGAACA GCTCGCCCGA AAAATCGAGT GGCTGCCGTC TTCCGCACAG
301    GCTTT.GGCA TACGCAACCA CTACCGCCAC CCCGAAGAAC ACGGTTCCGA
351    CCGCTGGTTC AACGCCTTGG GCAGCCGCCG CTTCAGCCGC AACGCCTGCG
401    TCGTCGTCAG TTGCGGCACG GCGGTAACGG TTGACGCGCT CACCGATGAC
451    GGACATTATC TCGGAGA.GG AACCATCATG CCCGGTTTCC ACCTGATGAA
501    AGAATCGCTC GCCGTCCGAA CCGCCAACCT CAACCGGCAC GCCGGTAAGC
551    GTTATCCTTT CCCGACCGG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 232；ORF61>：
  1  ..EISLRSDXRP VSVXKRRDSE RFLLLDGGNS RLKWAWVENG TFATVGSAPY
 51    RDLSPLGAEW AEKADGNVRI VGCAVCGEFK KAQVQEQLAR KIEWLPSSAQ
101    AXGIRNHYRH PEEHGSDRWF NALGSRRFSR NACVVVSCGT AVTVDALTDD
151    GHYLGXGTIM PGFHLMKESL AVRTANLNRH AGKRYPFPT..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 233>：
  1    ATGACGGTTT TGAAGCTTTC GCACTGGCGG GTGTTGGCGG AGCTTGCCGA
 51    CGGTTTGCCG CAACACGTCT CGCAACTGGC GCGTATGGCG GATATGAAGC
101    CGCAGCAGCT CAACGGTTTT TGGCAGCAGA TGCCGGCGCA CATACGCGGG
151    CTGTTGCGCC AACACGACGG CTATTGGCGG CTGGTGCGCC CATTGGCGGT
201    TTTCGATGCC GAAGGTTTGC GCGAGCTGGG GGAAAGGTCG GGTTTTCAGA
251    CGGCATTGAA GCACGAGTGC GCGTCCAGCA ACGACGAGAT ACTGGAATTG
301    GCGCGGATTG CGCCGGACAA GGCGCACAAA ACCATATGCG TGACCCACCT
351    GCAAAGTAAG GGCAGGGGGC GGCAGGGGCG GAAGTGGTCG CACCGTTTGG
401    GCGAGTGTCT GATGTTCAGT TTTGGCTGGG TGTTTGACCG GCCGCAGTAT
451    GAGTTGGGTT CGCTGTCGCC TGTTGCGGCA GTGGCGTGTC GGCGCGCCTT
501    GTCGCGTTTA GGTTTGGATG TGCAGATTAA GTGGCCCAAT GATTTGGTTG
551    TCGGACGCGA CAAATTGGGC GGCATTCTGA TTGAAACGGT CAGGACGGGC
601    GGCAAAACGG TTGCCGTGGT CGGTATCGGC ATCAATTTTG TCCTGCCCAA
651    GGAAGTAGAA AATGCCGCTT CCGTGCAATC GCTGTTTCAG ACGGCATCGC
701    GGCGGGGCAA TGCCGATGCC GCCGTGCTGC TGGAAACGCT GTTGGTGGAA
751    CTGGACGCGG TGTTGTTGCA ATATGCGCGG GACGGATTTG CGCCTTTTGT
801    GGCGGAATAT CAGGCTGCCA ACCGCGACCA CGGCAAGGCG GTATTGCTGT
851    TGCGCGACGG CGAAACCGTG TTCGAAGGCA CGGTTAAAGG CGTGGACGGA
 901    CAAGGCGTTT TGCACTTGGA AACGGCAGAG GGCAAACAGA CGGTCGTCAG
 951    CGGCGAAATC AGCCTGCGGT CCGACGACAG GCCGGTTTCC GTGCCGAAGC
1001    GGCGGGATTC GGAACGTTTT CTGCTGTTGG ACGGCGGCAA CAGCCGGCTC
1051    AAGTGGGCGT GGGTGGAAAA CGGCACGTTC GCAACCGTCG GTAGCGCGCC
1101    GTACCGCGAT TTGTCGCCTT TGGGCGCGGA GTGGGCGGAA AAGGCGGATG
1151    GAAATGTCCG CATCGTCGGT TGCGCTGTGT GCGGAGAATT CAAAAAGGCA
1201    CAAGTGCAGG AACAGCTCGC CCGAAAAATC GAGTGGCTGC CGTCTTCCGC
1251    ACAGGCTTTG GGCATACGCA ACCACTACCG CCACCCCGAA GAACACGGTT
1301    CCGACCGCTG GTTCAACGCC TTGGGCAGCC GCCGCTTCAG CCGCAACGCC
1351    TGCGTCGTCG TCAGTTGCGG CACGGCGGTA ACGGTTGACG CGCTCACCGA
1401    TGACGGACAT TATCTCGGGG GAACCATCAT GCCCGGTTTC CACCTGATGA
1451    AAGAATCGCT CGCCGTCCGA ACCGCCAACC TCAACCGGCA CGCCGGTAAG
1501    CGTTATCCTT TCCCGACCAC AACGGGCAAT GCCGTCGCCA GCGGCATGAT
1551    GGATGCGGTT TGCGGCTCGG TTATGATGAT GCACGGGCGT TTGAAAGAAA
1601    AAACCGGGGC GGGCAAGCCT GTCGATGTCA TCATTACCGG CGGCGGCGCG
1651    GCAAAAGTTG CCGAAGCCCT GCCGCCTGCA TTTTTGGCGG AAAATACCGT
1701    GCGCGTGGCG GACAACCTCG TCATTTACGG GTTGTTGAAC ATGATTGCCG
1751    CCGAAGGCAG GGAATATGAA CATATTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 234；ORF61-1>：
  1    MTVLKLSHWR VLAELADGLP QHVSQLARMA DMKPQQLNGF WQQMPAHIRG
 51    LLRQHDGYWR LVRPLAVFDA EGLRELGERS GFQTALKHEC ASSNDEILEL
101    ARIAPDKAHK TICVTHLQSK GRGRQGRKWS HRLGECLMFS FGWVFDRPQY
151    ELGSLSPVAA VACRRALSRL GLDVQIKWPN DLVVGRDKLG GILIETVRTG
201    GKTVAVVGIG INFVLPKEVE NAASVQSLFQ TASRRGNADA AVLLETLLVE
251    LDAVLLQYAR DGFAPFVAEY QAANRDHGKA VLLLRDGETV FEGTVKGVDG
301    Q3VLHLETAE GKQTVVSGEI SLRSDDRPVS VPKRRDSERF LLLDGGNSRL
351    KWAWVENGTF ATVGSAPYRD LSPLGAEWAE KADGNVRIVG CAVCGEFKKA
401    QVQEQLARKI EWLPSSAQAL GIRNHYRHPE EHGSDRWFNA LGSRRFSRNA
451    CVVVSCGTAV TVDALTDDGH YLGGTIMPGF HLMKESLAVR TANLNRHAGK
501    RYPFPTTTGN AVASGMMDAV CGSVMMMHGR LKEKTGAGKP VDVIITGGGA
551    AKVAEALPPA FLAENTVRVA DNLVIYGLLN MIAAEGREYE HI*
图9显示出ORF61-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。该氨基酸序列的进一步计算机分析给出了下列结果：
与副百日咳博德特氏菌的baf蛋白(登录号为U12020)的同源性
ORF61和baf蛋白在166个氨基酸的重叠区内有33％的氨基酸相同性：
orf61    23    LLLDGGNSRLKWAWVE-NGTFATVGSAPYR----DLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCG 77
               +L+D GNSRLK  W + +   A    AP      DL  LG   A       R +G  V G
baf      3     ILIDSGNSRLKVGWFDPDAPQAAREPAPVAFDNLDLDALGRWLATLPRRPQRALGVNVAG 62
orf61    78    EFKKAQVQEQLAR---KIEWLPSSAQAXGIRNHYRHPEEHGSDRW---FNALGSRRFSRN 131
                 +   +   L      I WL +   A G+RN YR+P++ G+DRW      L  +
baf      63    LARGEAIAATLRAGGCDIRWLRAQPLAMGLRNGYRNPDQLGADRWACMVGVLARQPSVHP 122
orf61    132   ACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGXGTIMPGFHLMKESLAVRTANL 177
                 +V S GTA T+D +  D  + G G I+PG  +M+ +LA  TA+L
baf      123   PLLVASFGTATTLDTIGPDNVFPG-GLILPGPAMMRGALAYGTAHL 167
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF61与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF61a)在重叠的189个氨基酸内有97.4％的相同性：
                                                  10        20        30
orf61.pep                                 EISLRSDXRPVSVXKRRDSERFLLLDGGNS
                                          ||||||| ||||| ||||||||||||||||
orf61a      TVFEGTVKGVDGQGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNS
            290       300       310       320       330       340
                     40        50        60        70        80        90
orf61.pep    RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLAR
             |||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||
orf61a       RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKVDGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLAR
            350       360       370       380       390       400
                    100       110       120       130       140       150
orf61.pep    KIEWLPSSAQAXGIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRN ACVVVSCGTAVTVDALTDD
             ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61a       KIEWLPSSAQALGIRHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRN ACVVVSCGTAVTVDALTDD
            410       420       430       440       450       460
                    160       170       180       189
orf61.pep    GHYLGXGTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPT
             ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61a       GHYLG-GTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMM
            470        480       490       500       510       520
orf61a       HGRLKEKTGAGKPVDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIHGLLNLIAAEGG
             530       540       550       560       570       580
全长ORF61a核苷酸序列<SEQ ID 235>是：
   1    ATGACGGTTT TGAAGCCTTC GCACTGGCGG GTGTTGGCGG AGCTTGCCGA
  51    CGGTTTGCCG CAACACGTCT CGCAACTGGC GCGTATGGCG GATATGAAGC
 101    CGCAGCAGCT CAACGGTTTT TGGCAGCAGA TGCCGGCGCA CATACGCGGG
 151    CTGTTGCGCC AACACGACGG CTATTGGCGG CTGGTGCGCC CATTGGCGGT
 201    TTTCGATGCC GAAGGTTTGC GCGAGCTGGG GGAAAGGTCG GGTTTTCAGA
 251    CGGCATTGAA GCACGAGTGC GCGTCCAGCA ACGACGAGAT ACTGGAATTG
 301    GCGCGGATTG CGCCGGACAA GGCGCACAAA ACCATATGTG TGACCCACCT
 351    GCAAAGTAAG GGCAGGGGGC GGCAGGGGCG GAAGTGGTCG CACCGTTTGG
 401    GCGAGTGTCT GATGTTCAGT TTTGGCTGGG TGTTTGACCG GCCGCAGTAT
 451    GAGTTGGGTT CGCTGTCGCC TGTTGCGGCA GTGGCGTGCC GGCGCGCCTT
 501    GTCGCGTTTG GGTTTGAAAA CGCAAATCAA GTGGCCAAAC GATTTGGTCG
 551    TCGGACGCGA CAAATTGGGC GGCATTCTGA TTGAAACGGT CAGGACGGGC
 601    GGCAAAACGG TTGCCGTGGT CGGTATCGGC ATCAATTTCG TGCTGCCCAA
 651    GGAAGTGGAA AACGCCGCTT CCGTGCAATC GCTGTTTCAG ACGGCATCGC
 701    GGCGGGGAAA TGCCGATGCC GCCGTGTTGC TGGAAACGCT GTTGGCGGAA
 751    CTTGATGCGG TGTTGTTGCA ATATGCGCGG GACGGATTTG CGCCTTTTGT
 801    GGCGGAATAT CAGGCTGCCA ACCGCGACCA CGGCAAGGCG GTATTGCTGT
 851    TGCGCGACGG CGAAACCGTG TTCGAAGGCA CGGTTAAAGG CGTGGACGGA
 901    CAAGGCGTTC TGCACTTGGA AACGGCAGAG GGCAAACAGA CGGTCGTCAG
 951    CGGCGAAATC AGCCTGCGGT CCGACGACAG GCCGGTTTCC GTGCCGAAGC
1001    GGCGGGATTC GGAACGTTTT CTGCTGTTGG ACGGCGGCAA CAGCCGGCTC
1051    AAGTGGGCGT GGGTGGAAAA CGGCACGTTC GCAACCGTCG GTAGCGCGCC
1101    GTACCGCGAT TTGTCGCCTT TGGGCGCGGA GTGGGCGGAA AAGGTGGATG
1151    GAAATGTCCG CATCGTCGGT TGCGCCGTGT GCGGAGAATT CAAAAAGGCA
1201    CAAGTGCAGG AACAGCTCGC CCGAAAAATC GAGTGGCTGC CGTCTTCCGC
1251    ACAGGCTTTG GGCATACGCA ACCACTACCG CCACCCCGAA GAACACGGTT
1301    CCGACCGCTG GTTCAACGCC TTGGGCAGCC GCCGCTTCAG CCGCAACGCC
1351    TGCGTCGTCG TCAGTTGCGG CACGGCGGTA ACGGTTGACG CGCTCACCGA
1401    TGACGGACAT TATCTCGGGG GAACCATCAT GCCCGGTTTC CACCTGATGA
1451    AAGAATCGCT CGCCGTCCGA ACCGCCAACC TCAACCGGCA CGCCGGTAAG
1501    CGTTATCCTT TCCCGACCAC AACGGGCAAT GCCGTCGCCA GCGGCATGAT
1551    GGATGCGGTT TGCGGCTCGG TTATGATGAT GCACGGGCGT TTGAAAGAAA
1601    AAACCGGGGC GGGCAAGCCT GTCGATGTCA TCATTACCGG CGGCGGCGCG
1651    GCAAAAGTTG CCGAAGCCCT GCCGCCTGCA TTTTTGGCGG AAAATACCGT
1701    GCGCGTGGCG GACAACCTCG TCATTCACGG GCTGCTGAAC CTGATTGCCG
1751    CCGAAGGCGG GGAATCGGAA CATACTTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 236>：
  1    MTVLKPSHWR VLAELADGLP QHVSQLARMA DMKPQQLNGF WQQMPAHIRG
 51    LLRQHDGYWR LVRPLAVFDA EGLRELGERS GFQTALKHEC ASSNDEILEL
101    ARIAPDKAHK TICVTHLQSK GRGRQGRKWS HRLGECLMFS FGWVFDRPQY
151    ELGSLSPVAA VACRRALSRL GLKTQIKWPN DLVVGRDKLG GILIETVRTG
201    GKTVAVVGIG INFVLPKEVE NAASVQSLFQ TASRRGNADA AVLLETLLAE
251    LDAVLLQYAR DGFAPFVAEY QAANRDHGKA VLLLRDGETV FEGTVKGVDG
301    QGVLHLETAE GKQTVVSGEI SLRSDDRPVS VPKRRDSERF LLLDGGNSRL
351    KWAWVENGTF ATVGSAPYRD LSPLGAEWAE KVDGNVRIVG CAVCGEFKKA
401    QVQEQLARKI EWLPSSAQAL GIRNHYRHPE EHGSDRWFNA LGSRRFSRNA
451    CVVVSCGTAV TVDALTDDGH YLGGTIMPGF HLMKESLAVR TANLNRHAGK
501    RYPFPTTTGN AVASGMMDAV CGSVMMMHGR LKEKTGAGKP VDVIITGGGA
551    AKVAEALPPA FLAENTVRVA DNLVIHGLLN LIAAEGGESE HT*
ORF61a和ORF61-1在591个氨基酸的重叠区内有98.5％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf61a.pep  MTVLKPSHWRVLAELADGLPQHVSQLARMADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR
            ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1     MTVLKLSHWRVLAELADGLPQHVSQLARMADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf61a.pep  LVRPLAVFDAEGLRELGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1     LVRPLAVFDAEGLRELGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK
                    70        80        90       100       110       120b                      130       140       150       160       170       180
orf61a.pep  GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWVFDRPQYELGSLSPVAAVACRRALSRLGLKTQIKWPN
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| :||||||
orf61-1     GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWVFDRPQYELGSLSPVAAVACRRALSRLGLDVQIKWPN
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf61a.pep  DLVVGRDKLGGILIETVRTGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1     DLVVGRDKLGGILIETVRTGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf61a.pep  AVLLETLLAELDAVLLQYARDGFAPFVAEYQAANRDHGKAVLLLRDGETVFEGTVKGVDG
            ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1     AVLLETLLVELDAVLLQYARDGFAPFVAEYQAANRDHGKAVLLLRDGETVFEGTVKGVDG
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf61a.pep  QGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNSRLKWAWVENGTF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1     QGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNSRLKWAWVENGTF
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410       420
orf61a.pep  ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKVDGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLARKIEWLPSSAQAL
            |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1     ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLARKIEWLPSSAQAL
                   370       380       390       400       410       420
                   430       440       450       460       470       480
orf61a.pep  GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1       GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520       530       540
orf61a.pep    HLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMMHGRLKEKTGAGKP
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1       HLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMMHGRLKEKTGAGKP
                     490       500       510       520       530       540
                     550       560       570       580       590
orf61a.pep     VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIHGLLNLIAAEGGESEHTX
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||| | ||
orf61-1        VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIYGLLNMIAAEGREYEHIX
                      550       560       570       580       590
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF61与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF61.ng)在重叠的189个氨基酸内有94.2％的相同性：
orf61.pep                                  EISLRSDXRPVSVXKRRDSERFLLLDGGNS   30
                                           ||||| | | ||| || ||||||||:||||
orf61ng      TVCEGTVKGVDGRGVLHLETAEGEQTVVSGEISLRPDNRSVSVPKRPDSERFLLLEGGNS  211
orf61.pep    RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLAR   90
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:|||||
orf61ng      RLKWAWVENGTFATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGESKKAQVKEQLAR  271
orf61.pep    KIEWLPSSAQAXGIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDD  150
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61ng      KIEWLPSSAQALGIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDD  331
orf61.pep    GHYLGXGTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPT                       189
             ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf61ng      GHYLG-GTIMPGFHLMKESLAVRTANLNRPAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSIMMM  390
预计ORF61ng核苷酸序列<SEQ ID 237>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID238>：
  1    MFSFGWAFDR PQYEL GSLSP VAALACRRAL GCLGLETQIK WPNDLVVGRD
 51    KLGGILIETV RAGGKTVAVV GIGINFVLPK EVENAASVQS LFQTASRRGN
101    ADAAVLLETL LAELGAVLEQ YAEEGFAPFL NEYETANRDH GKAVLLLRDG
151    ETVCEGTVKG VDGRGVLHLE TAEGEQTVVS GEISLRPDNR SVSVPKRPDS
201    ERFLLLEGGN SRLKWAWVEN GTFATVGSAP YRDLSPLGAE WAEKADGNVR
251    IVGCAVCGES KKAQVKEQLA RKIEWLPSSA QALGIRNHYR HPEEHGSDRW
301    FNALGSRRFS RNACVVVSCG TAVTVDALTD DGHYLGGTIM PGFHLMKESL
351    AVRTANLNRP AGKRYPFPTT TGNAVASGMM DAVCGSIMMM HGRLKEKNGA
401    GKPVDVIITG GGAAKVAEAL PPAFLAENTV RVADNLVIHG LLNLIAAEGG
451    ESEHA*
进一步的分析揭示完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 239>是：
  1    ATGACGGTTT TGAAGCCTTC GCATTGGCGG GTGTTGGCGG AGCTTGCCGA
 51    CGGTTTGCCG CAACACGTAT CGCAATTGGC GCGTGAGGCG GACATGAAGC
101    CGCAGCAGCT CAACGGTTTT TGGCAGCAGA TGCCGGCGCA TATACGCGGG
151    CTGTTGCGCC AACACGACGG CTATTGGCGG CTGGTGCGCC CCTTGGCGGT
201    TTTCGATGCC GAAGGTTTGC GCGATCTGGG GGAAAGGTCG GGTTTTCAGA
251    CGGCATTGAA GCACGAGTGC GCGTCCAGCA ACGACGAGAT ACTGGAATTG
301    GCGCGGATTG CGCCGGACAA GGCGCACAAA ACCATATGCG TGACCCACCT
351    GCAAAGTAAG GGCAGGGGGC GGCAGGGGCG GAAGTGGTCG CACCGTTTGG
401    GCGAGTGCCT GATGTTCAGT TTCGGCTGGG CGTTTGACCG GCCGCAGTAT
451    GAGTTGGGTT CGCTGTCGCC TGTTGCGGCA CTTGCGTGCC GGCGCGCTTT
 501    GGGGTGTTTG GGTTTGGAAA CGCAAATCAA GTGGCCAAAC GATTTGGTCG
 551    TCGGACGCGA CAAATTGGGC GGCATTCTGA TTGAAACAGT CAGGGCGGGC
 601    GGTAAAACGG TTGCCGTGGT CGGTATCGGC ATCAATTTCG TGCTGCCCAA
 651    GGAAGTGGAA AACGCCGCTT CCGTGCAGTC GCTGTTTCAG ACGGCATCGC
 701    GGCGGGGCAA TGCCGATGCC GCCGTATTGC TGGAAACATT GCTTGCGGAA
 751    CTGGGCGCGG TGTTGGAACA ATATGCGGAA GAAGGGTTCG CGCCATTTTT
 801    AAATGAGTAT GAAACGGCCA ACCGCGACCA CGGCAAGGCG GTATTGCTGT
 851    TGCGCGACGG CGAAACCGTG TGCGAAGGCA CGGTTAAAGG CGTGGACGGA
 901    CGAGGCGTTC TGCACTTGGA AACGGCAgaa ggcgaACAGa cggtcgtcag
 951    cggcgaaaTC AGcctGCggc ccgacaacaG GTCGGtttcc gtgccgaagc
1001    ggccggatTC GgaacgtTTT tTGCtgttgg aaggcgggaa cagccgGCTC
1051    AAGTGGGCGT GggtggAAAa cggcacgttc gcaaccgtgg gcagcgcgCc
1101    gtaCCGCGAT TTGTCGCCTT TGGGCGCGGA GTGGGCGGAA AAGGCGGATG
1151    GAAATGTCCG CATCGTCGGT TGCGCCGTGT GCGGAGAATC CAAAAAGGCA
1201    CAAGTGAAGG AACAGCTCGC CCGAAAAATC GAGTGGCTGC CGTCTTCCGC
1251    ACAGGCTTTG GGCATACGCA ACCACTACCG CCACCCCGAA GAACACGGTT
1301    CCGACCGTTG GTTCAACGCC TTGGGCAGCC GCCGCTTCAG CCGCAACGCC
1351    TGCGTCGTCG TCAGTTGCGG CACGGCGGTA ACGGTTGACG CGCTCACCGA
1401    TGACGGACAT TATCTCGGCG GAACCATCAT GCCCGGCTTC CACCTGATGA
1451    AAGAATCGCT CGCCGTCCGA ACCGCCAACC TCAACCGCCC CGCCGGCAAA
1501    CGTTACCCTT TCCCGACCAC AACGGGCAAC GCCGTCGCAA GCGGCATGAT
1551    GGACGCGGTT TGCGGCTCGA TAATGATGAT GCACGGCCGT TTGAAAGAAA
1601    AAAACGGCGC GGGCAAGCCT GTCGATGTCA TCATTACCGG CGGCGGCGCG
1651    GCGAAAGTCG CCGAAGCCCT GCCGCCTGCA TTTTTGGCGG AAAATACCGT
1701    GCGCGTGGCG GACAACCTCG TCATCCACGG GCTGCTGAAC CTGATTGCCG
1751    CCGAAGGCGG GGAATCGGAA CACGCTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 240；ORF61ng-1>：
  1    MTVLKPSHWR VLAELADGLP QHVSQLAREA DMKPQQLNGF WQQMPAHIRG
 51    LLRQHDGYWR LVRPLAVFDA EGLRDLGERS GFQTALKHEC ASSNDEILEL
101    ARIAPDKAHK TICVTHLQSK GRGRQGRKWS HRLGECLMFS FGWAFDRPQY
151    ELGSLSPVAA LACRRALGCL GLETQIKWPN DLVVGRDKLG GILIETVRAG
201    GKTVAVVGIG INFVLPKEVE NAASVQSLFQ TASRRGNADA AVLLETLLAE
251    LGAVLEQYAE EGFAPFLNEY ETANRDHGKA VLLLRDGETV CEGTVKGVDG
301    RGVLHLETAE GEQTVVSGEI SLRPDNRSVS VPKRPDSERF LLLEGGNSRL
351    KWAWVENGTF ATVGSAPYRD LSPLGAEWAE KADGNVRIVG CAVCGESKKA
401    QVKEQLARKI EWLPSSAQAL GIRNHYRHPE EHGSDRWFNA LGSRRFSRNA
451    CVVVSCGTAV TVDALTDDGH YLGGTIMPGF HLMKESLAVR TANLNRPAGK
501    RYPFPTTTGN AVASGMMDAV CGSIMMMHGR LKEKNGAGKP VDVIITGGGA
551    AKVAEALPPA FLAENTVRVA DNLVIHGLLN LIAAEGGESE HA*
ORF61ng-1和ORF61-1在591个氨基酸的重叠区内有93.9％的相同性：
orf61ng-1.pep    MTVLKPSHWRVLAELADGLPQHVSQLAREADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR  60
                 ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1          MTVLKLSHWRVLAELADGLPQHVSQLARMADMKPQQLNGFWQQMPAHIRGLLRQHDGYWR  60
orf61ng-1.pep    LVRPLAVFDAEGLRDLGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK 120
                 ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1          LVRPLAVFDAEGLRELGERSGFQTALKHECASSNDEILELARIAPDKAHKTICVTHLQSK 120
orf61ng-1.pep    GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWAFDRPQYELGSLSPVAALACRRALGCLGLETQIKWPN 180
                 |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||: |||::||||||
orf61-1          GRGRQGRKWSHRLGECLMFSFGWVFDRPQYELGSLSPVAAVACRRALSRLGLDVQIKWPN 180
orf61ng-1.pep    DLVVGRDKLGGILIETVRAGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA 240
                 ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1          DLVVGRDKLGGILIETVRTGGKTVAVVGIGINFVLPKEVENAASVQSLFQTASRRGNADA 240
orf61ng-1.pep    AVLLETLLAELGAVLEQYAEEGFAPFLNEYETANRDHGKAVLLLRDGETVCEGTVKGVDG 300
                 ||||||||:|| ||| |||::|||||: ||::|||||||||||||||||| |||||||||
orf61-1          AVLLETLLVELDAVLLQYARDGFAPFVAEYQAANRDHGKAVLLLRDGETVFEGTVKGVDG 300
orf61ng-1.pep     RGVLHLETAEGEQTVVSGEISLRPDNRSVSVPKRPDSERFLLLEGGNSRLKWAWVENGTF 360
                  :||||||||||:||||||||||| |:|  |||||| ||||||||:|||||||||||||||
orf61-1           QGVLHLETAEGKQTVVSGEISLRSDDRPVSVPKRRDSERFLLLDGGNSRLKWAWVENGTF 360
orf61ng-1.pep     ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGESKKAQVKEQLARKIEWLPSSAQAL 420
                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:|||||||||||||||||
orf61-1           ATVGSAPYRDLSPLGAEWAEKADGNVRIVGCAVCGEFKKAQVQEQLARKIEWLPSSAQAL 420
orf61ng-1.pep     GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF 480
                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf61-1           GIRNHYRHPEEHGSDRWFNALGSRRFSRNACVVVSCGTAVTVDALTDDGHYLGGTIMPGF 480
orf61ng-1.pep     HLMKESLAVRTANLNRPAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSIMMMHGRLKEKNGAGKP 540
                  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||
orf61-1           HLMKESLAVRTANLNRHAGKRYPFPTTTGNAVASGMMDAVCGSVMMMHGRLKEKTGAGKP 540
orf61ng-1.pep     VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIHGLLNLIAAEGGESEHAX  593
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:|||||| | ||
orf61-1           VDVIITGGGAAKVAEALPPAFLAENTVRVADNLVIYGLLNMIAAEGREYEHIX  593
根据该分析结果(包括与副百日咳博德特氏菌的baf蛋白有同源性，以及存在一个推定的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例29
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 241>：
  1    ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGAGCAGCT CGTTTATTGC
 51    CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC
101    GCCTGCTAAT TGCCGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC
151    GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT
201    CAACTATGTG CTGACCCTGC TGCTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT
251    CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCGCT GCTGATGGTG
301    TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT
351    ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG
401    CGGaAGAGGG CGGCGaAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG
451    GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC
501    ACGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT
551    TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC
601    TGGAGCGTCG GGATGGTATT GTCGCTGCTG TATTTGGGTT TGGGGTGC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 242；ORF62>：
  1    MFYQILALII WSSSFIAAKY VYGGIDPALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV
 51    GKIPREEWKP LLIVSFVNYV LTLLLQFVGL KYTSAASASV IVGLEPLLMV
101    FVGHFFFNDK ARAYHWICGA AAFAGVALLM AGGAEEGGEV GWFGCLLVLL
151    AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTSVSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD
201    WSVGMVLSLL YLGLGC..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 243>：
  1    ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGAGCAGCT CGTTTATTGC
 51    CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC
101    GCCTGCTAAT TGCCGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC
151    GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT
201    CAACTATGTG CTGACCCTGC TGCTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT
251    CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCGCT GCTGATGGTG
301    TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT
351    ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG
401    CGGAAGAGGG CGGCGAAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG
451    GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC
501    ACGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT
551    TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC
601    TGGAGCGTCG GGATGGTATT GTCGCTGCTG TATTTGGGTT TGGGGTGCGG
651    CTGGTACGCC TATTGGCTGT GGAACAAGGG GATGAGCCGT GTTCCTGCCA
701    ATGTTTCGGG ACTGTTGATT TCGCTCGAAC CCGTCGTCGG CGTGCTGCTG
751    GCGGTTTTGA TTTTGGGCGA ACACCTGTCG CCCGTGTCCG CCTTGGGCGT
801    GTTTGTCGTC ATCGCCGCCA CCTTGGTTGC CGGCCGGCTG TCGCATCAAA
851    AATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 244；ORF62-1>：
  1    MFYQILALII WSSSFIAAKY VYGGID PALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV
 51    GKIPREEWKP L LIVSFVNYV LTLLLQFVGL KYTSA ASASV IVGLEPLLMV
101    FVGHFFFNDK ARAYHW ICGA AAFAGVALLM AGGAEEGGEV GW FGCLLVLL
151    AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTS VSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD
201    WSVGMVLSLL YLGLGCGWYA YWLWNKGMSR VPANVSG LLI SLEPVVGVLL
251    AVLILGEHLS P VSALGVFVV IAATLVAGRL SHQK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与流感嗜血菌的假设跨膜蛋白HI0976(登录号为Q57147)的同源性
ORF62和HI0976在114的氨基酸的重叠区内有50％的氨基酸相同性：
Orf62    1   MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRXXXXXXXXXXXCRRHVGKIPREEWKP 60
             M YQILAL+IWSSS I   K Y  +DP L+V VR             R   KI +   K
HI0976   1   MLYQILALLIWSSSLIVGKLTYSMMDPVLVVQVRLIIAMIIVMPLFLRRWKKIDKPMRKQ 60
Orf62    61  LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAY 114
             L  ++F NY    LLQF+GLKYTSA+SA  ++GLEPLL+VFVGHFFF  K   +
HI0976   61  LWWLAFFNYTAVFLLQFIGLKYTSASSAVTMIGLEPLLVVFVGHFFFKTKQNGF 114
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF62与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF62a)在重叠的216个氨基酸内有99.5％的相同性：
                     10         20         30        40         50        60
orf62.pep    MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGID PALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
             ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf62a       MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGID PALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
                     10         20         30        40         50        60
                      70         80         90       100        110        120
orf62.pep    L LIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSA ASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHW ICGA
             ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
orf62a       L LIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSA ASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHW ICGA
                      70         80         90       100        110        120
                    130        140        150       160        170        180
orf62.pep    AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGW FGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTS VSIA
             ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
orf62a       AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGW FGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTS VSIA
                    130        140        150       160        170        180
                    190        200       210
orf62.pep    AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGC
             ||||||||||||| ||||||||||||||||||||:||
orf62a       AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGVGCSWYAYWLWNKGMSRVPANVSG LLI
                    190        200       210       220       230        240
orf62a    SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSVLGVFVVIAATLVAGRLSHQKX
                 250        260       270       280
全长ORF62a核苷酸序列<SEQ ID 245>是：
  1    ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGAGCAGCT CGTTTATTGC
 51    CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC
101    GCCTGCTGAT TGCTGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC
151    GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT
201    CAACTATGTG CTGACCCTGC TACTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT
251    CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCACT GCTGATGGTG
301    TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT
351    ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG
401    CGGAAGAGGG CGGCGAAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG
451    GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC
501    ACGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT
551    TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC
601    TGGAGCGTCG GAATGGTATT GTCGCTGCTG TATTTGGGCG TGGGGTGCAG
651    CTGGTACGCC TATTGGCTGT GGAACAAGGG GATGAGCCGT GTTCCTGCCA
701    ACGTTTCGGG ACTGTTGATT TCGCTCGAAC CCGTCGTCGG CGTGCTGCTG
751    GCGGTTTTGA TTTTGGGCGA ACACCTGTCG CCCGTGTCCG TCTTGGGCGT
801    GTTTGTCGTC ATCGCCGCCA CCTTGGTTGC CGGCCGGCTG TCGCATCAAA
851    AATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 246>：
  1    MFYQILALII WSSSFIAAKY VYGGID PALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV
 51    GKIPREEWKP L LIVSFVNYV LTLLLQFVGL KYTSA ASASV IVGLEPLLMV
101    FVGHFFFNDK ARAYHW ICGA AAFAGVALLM AGGAEEGGEV GW FGCLLVLL
151    AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTS VSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD
201    WSVGMVLSLL YLGVGCSWYA YWLWNKGMSR VPANVSG LLI SLEPVVGVLL
251    AVLILGEHLS P VSVLGVFVV IAATLVAGRL SHQK*
ORF62a和ORF62-1在284个氨基酸的重叠区内有98.9％的相同性：
orf62a.pep  MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1     MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP  60
orf62a.pep  LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1     LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA 120
orf62a.pep  AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA 180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1     AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA 180
orf62a.pep  AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGVGCSWYAYWLWNKGMSRVPANVSGLLI 240
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||
orf62-1     AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANVSGLLI 240
orf62a.pep  SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSVLGVFVVIAATLVAGRLSHQKX 285
            |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf62-1     SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSALGVFVVIAATLVAGRLSHQKX 285
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF62与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF62.ng)在重叠的216个氨基酸内有99.5％的相同性：
orf62.pep  MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP  60
           |||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62ng    MFYQILALIIWGSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP  60
orf62.pep    LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA  120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62ng      LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA  120
orf62.pep    AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA  180
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62ng      AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA  180
orf62.pep    AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGC                          216
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62ng      AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANASGLLI  240
全长ORF62ng核苷酸序列<SEQ ID 247>是：
  1    ATGTTTTACC AAATCCTTGC CCTGATTATC TGGGGCAGCT CGTTTATTGC
 51    CGCCAAATAT GTCTATGGCG GCATCGATCC CGCATTGATG GTCGGCGTGC
101    GCCTGCTGAT TGCCGCGCTG CCTGCACTGC CCGCCTGCCG CCGTCATGTC
151    GGCAAGATTC CGCGTGAGGA ATGGAAGCCG TTGCTGATTG TGTCGTTCGT
201    CAACTATGTG CTGACCCTGC TGCTTCAGTT TGTCGGGTTG AAATACACTT
251    CCGCCGCCAG CGCATCGGTC ATTGTCGGAC TCGAGCCGCT GCTGATGGTG
301    TTTGTCGGAC ACTTTTTCTT CAACGACAAA GCGCGTGCCT ACCACTGGAT
351    ATGCGGCGCG GCGGCATTTG CCGGTGTCGC GCTGCTGATG GCGGGCGGTG
401    CGGAAGAGGG CGGCGAAGTC GGCTGGTTCG GCTGCCTGCT GGTGTTGTTG
451    GCGGGCGCGG GCTTTTGTGC CGCTATGCGT CCGACGCAAA GGCTGATTGC
501    CCGCATCGGC GCACCGGCAT TCACATCTGT TTCCATTGCC GCCGCATCGT
551    TGATGTGCCT GCCGTTTTCG CTTGCTTTGG CGCAAAGTTA TACCGTGGAC
601    TGGAGCGTCG GGATGGTATT GTCGCTGTTG TATTTGGGTT TGGGGTGCGG
651    CTGGTACGCC TATTGGCTGT GGAACAAGGG GATGAGCCGT GTTCCTGCCA
701    ACGCGTCGGG ACTGTTGATT TCGCTCGAAC CCGTCGTCGG CGTGCTGTTG
751    GCGGTTTTGA TTTTGGGCGA ACATTTATCG CCCGTGTCCG CCTTGGGCGT
801    GTTTGTCGTC ATCGCCGCCA CTTTCGCCGC CGGCCGGCTG TCGCGCAGGG
851    ACGCGCAAAA CGGCAATGCC GTCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 248>：
  1    AKY VYGGIDPALM VGVRLLIAAL PALPACRRHV
 51    GKIPREEWKP L LIVSFVNYV LTLLLQFVGL KYTSA ASASV IVGLEPLLMV
101    FVGHFFFNDK ARAYHW ICGA AAFAGVALLM AGGAEEGGEV GW FGCLLVLL
151    AGAGFCAAMR PTQRLIARIG APAFTS VSIA AASLMCLPFS LALAQSYTVD
201    WSVGMVLSLL YLGLGCGWYA YWLWNKGMSR VPANASG LLI SLEPVVGVLL
251    AVLILGEHLS P VSALGVFVV IAATFAAGRL SRRDAQNGNA V*
ORF62ng和ORF62-1在283个氨基酸的重叠区内有97.9％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf62ng.pep  MFYQILALIIWGSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
             ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1      MFYQILALIIWSSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRLLIAALPALPACRRHVGKIPREEWKP
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf62ng.pep  LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1      LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAYHWICGA
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf62ng.pep  AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf62-1      AAFAGVALLMAGGAEEGGEVGWFGCLLVLLAGAGFCAAMRPTQRLIARIGAPAFTSVSIA
                    130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf62ng.pep    AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANASGLLI
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf62-1        AASLMCLPFSLALAQSYTVDWSVGMVLSLLYLGLGCGWYAYWLWNKGMSRVPANVSGLLI
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290
orf62ng.pep    SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSALGVFVVIAATFAAGRLSRRDAQNGNAVX
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||::||||::
orf62-1        SLEPVVGVLLAVLILGEHLSPVSALGVFVVIAATLVAGRLSHQKX
                      250       260       270       280
另外，ORF62ng显示出与假设的流感嗜血菌蛋白明显同源：
sp|Q57147|Y976_HAEIN假设蛋白HI0976>gi|1074589|pir||B64163假设蛋白HI0976-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)
>gi|1574004(U32778)假设的[流感嗜血菌]长度＝128
评分＝106位(262)，估计值＝2e-22
相同性＝56/114(49％)，阳性＝68/114(59％)
询问：1    MFYQILALIIWGSSFIAAKYVYGGIDPALMVGVRXXXXXXXXXXXCRRHVGKIPREEWKP  60
            M YQILAL+IW SS I  K  Y  +DP L+V VR             R   KI +   K
目标：1    MLYQILALLIWSSSLIVGKLTYSMMDPVLVVQVRLIIAMIIVMPLFLRRWKKIDKPMRKQ  60
询问：61   LLIVSFVNYVLTLLLQFVGLKYTSAASASVIVGLEPLLMVFVGHFFFNDKARAY 114
            L  ++F NY    LLQF+GLKYTSA+SA  ++GLEPLL+VFVGHFFF  K   +
目标：61   LWWLAFFNYTAVFLLQFIGLKYTSASSAVTMIGLEPLLVVFVGHFFFKTKQNGF 114
根据该分析结果(包括与流感嗜血菌的跨膜蛋白同源，且淋球菌蛋白中有推定的前导序列和几个跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例30
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 249>：
   1    ATGCGCCGTT TTCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCmGwms TCCTGkkGTA
  51    sGGACTGACG GCGGCAACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT
 101    GGTGGATTGT TGCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT
 151    TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCG ACGGCGTATT
 201    CGGTTCG
Figure A20051011339501821
tA srTyGCCAAA gsGCCTgkks TGGG.ATGTT TACGCTGGTT
 251    GCCGkACTGC CCGGCGTGTT TCTGTTCGGC TTTCCCGCAC AGTTCATCAA
 301    CGGCACGATT AATTCGTGGT TCGGCAACGA TACCCACGAG GCGCTTGAAC
 351    GCAGCCTCAA TTTGAGCAAG TCCGCATTGA ATTTGGCGGC AGACAACGCC
 401    CTCGGCAACG CCGTCCCCGT GCAGATAGAC CTCATCGGCG CGGCTTCCCT
 451    GCCCGGGGAT ATGGGCAGGG TGCTGGAACA TTACGCCGGC AGCGGTTTTG
 501    CCCAGCTTGC CCTGTACAAy ksCGCAAGCG GCAAAATCGA AAAAAGCATC
 551    AACCCGCACA AGCTCGATCA GCCGTTTCCA GGTAAGGCGC GTTGGGAaAa
 601    AATCCaACGG GCGGGTTCGG TCAGGGATTT GGAAAGCATA GGCGGCGTAT
 651    TGTaCGCGCA GGGCTGGCTG TCGGCGGGTA CGCACwACGG GCGCGATTAC
 701    GCCTTGTTTT TCCGTCAGCC GGTTCCCAAA GGCGTGGCAG AGGATGCCGT
 751    yTTAATCGAA AAGGCAAGGG CGAAATATGC TGAGTTGAGT TACAGCAAAA
 801    AAGGTTTGCA GACCTTTTTC CTGGCAACCC TGCTGATTGC CTCGCTGCTG
 851    TCGATTTTTC TTGCACTGGT CATGGCACTG TATTTCGCCC GCCGTTTCGT
 901    CGAACCCGTC CTATCGCTTG CCGAGGGGGC GAAGGCGGTG GCGCAAGGCG
 951    ATTTCAGCCA GACGCGCCCC GTGTTGCGCA ACGACGAGTT CGGACGCTTG
1001    ACCArGTTGT TCAACCACAT GACCGAGCAG CTTTCCATCG CCAAAGATGC
1051    AGACGAGCGC AACCGCCGGC GCGAGGAAGC CGCCAGGCAT TATCTTGAAT
1101    GCGTGTTGGA GGGGCTGACC ACGGGCGTGG TGGTGTTTGA CGAACAAGGC
1151    TGTCTGAAAA CCTTCAACAA AGCGGCGGGT ACC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 250；ORF64>：
  1    MRRFLPIAAI CAXXLXXGLT AATGSTSSLA DYFWWIVAFS AMLLLVLSAV
 51    LARYVILLLK DRRDGVFGSX XAKXPXXXMF TLVAXLPGVF LFGFPAQFIN
101    GTINSWFGND THEALERSLN LSKSALNLAA DNALGNAVPV QIDLIGAASL
151    PGDMGRVLEH YAGSGFAQLA LYNXASGKIE KSINPHKLDQ PFPGKARWEK
201    IQRAGSVRDL ESIGGVLYAQ GWLSAGTHXG RDYALFFRQP VPKGVAEDAV
251    LIEKARAKYA ELSYSKKGLQ TFFLATLLIA SLLSIFLALV MALYFARRFV
301    EPVLSLAEGA KAVAQGDFSQ TRPVLRNDEF GRLTXLFNHM TEQLSIAKDA
351    DERNRRREEA ARHYLECVLE GLTTGVVVFD EQGCLKTFNK AAGT..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 251>：
   1    ATGCGCCGTT TTCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCCGTCG TCCTGTTGTA
  51    CGGACTGACG GCGGCAACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT
 101    GGTGGATTGT TGCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT
 151    TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCG ACGGCGTATT
 201    CGGTTCGCAG ATTGCCAAAC GCCTTTCTGG GATGTTTACG CTGGTTGCCG
 251    TACTGCCCGG CGTGTTTCTG TTCGGCGTTT CCGCACAGTT CATCAACGGC
 301    ACGATTAATT CGTGGTTCGG CAACGATACC CACGAGGCGC TTGAACGCAG
 351    CCTCAATTTG AGCAAGTCCG CATTGAATTT GGCGGCAGAC AACGCCCTCG
 401    GCAACGCCGT CCCCGTGCAG ATAGACCTCA TCGGCGCGGC TTCCCTGCCC
 451    GGGGATATGG GCAGGGTGCT GGAACATTAC GCCGGCAGCG GTTTTGCCCA
 501    GCTTGCCCTG TACAATGCCG CAAGCGGCAA AATCGAAAAA AGCATCAACC
 551    CGCACAAGCT CGATCAGCCG TTTCCAGGTA AGGCGCGTTG GGAAAAAATC
 601    CAACGGGCGG GTTCGGTCAG GGATTTGGAA AGCATAGGCG GCGTATTGTA
 651    CGCGCAGGGC TGGCTGTCGG CGGGTACGCA CAACGGGCGC GATTACGCCT
 701    TGTTTTTCCG TCAGCCGGTT CCCAAAGGCG TGGCAGAGGA TGCCGTCTTA
 751    ATCGAAAAGG CAAGGGCGAA ATATGCTGAG TTGAGTTACA GCAAAAAAGG
 801    TTTGCAGACC TTTTTCCTGG CAACCCTGCT GATTGCCTCG CTGCTGTCGA
 851    TTTTTCTTGC ACTGGTCATG GCACTGTATT TCGCCCGCCG TTTCGTCGAA
 901    CCCGTCCTAT CGCTTGCCGA GGGGGCGAAG GCGGTGGCGC AAGGCGATTT
 951    CAGCCAGACG CGCCCCGTGT TGCGCAACGA CGAGTTCGGA CGCTTGACCA
1001    AGTTGTTCAA CCACATGACC GAGCAGCTTT CCATCGCCAA AGAAGCAGAC
1051    GAGCGCAACC GCCGGCGCGA GGAAGCCGCC AGGCATTATC TTGAATGCGT
1101    GTTGGAGGGG CTGACCACGG GCGTGGTGGT GTTTGACGAA CAAGGCTGTC
1151    TGAAAACCTT CAACAAAGCG GCGGAACAGA TTTTGGGGAT GCCGCTTACC
1201    CCCCTGTGGG GCAGCAGCCG GCACGGTTGG CACGGCGTTT CGGCGCAGCA
1251    GTCCCTGCTT GCCGAAGTGT TTGCCGCCAT CGGCGCGGCG GCAGGTACGG
1301    ACAAACCGGT CCATGTGAAA TATGCCGCGC CGGACGATGC CAAAATCCTG
1351    CTGGGCAAGG CAACCGTCCT GCCCGAAGAC AACGGCAACG GCGTGGTAAT
1401    GGTGATTGAC GACATCACCG TTTTGATACA CGCGCAAAAA GAAGCCGCGT
1451    GGGGCGAAGT GGCGAAGCGG CTGGCACACG AAATCCGCAA TCCGCTCACG
1501    CCCATCCAGC TTTCCGCCGA ACGGCTGGCG TGGAAATTGG GCGGGAAGCT
1551    GGATGAGCAG GATGCGCAAA TCCTGACGCG TTCGACCGAC ACCATCGTCA
1601    AACAGGTGGC GGCATTGAAG GAAATGGTCG AAGCATTCCG CAATTATGCG
1651    CGTTCCCCTT CGCTCAAATT GGAAAATCAG GATTTGAACG CCTTAATCGG
1701    CGATGTGTTG GCATTGTATG AAGCCGGTCC GTGCCGGTTT GCGGCGGAGC
1751    TTGCCGGCGA ACCGCTGACG GTGGCGGCGG ATACGACCGC CATGCGGCAG
1801    GTGCTGCACA ATATTTTCAA AAATGCCGCC GAAGCGGCGG AAGAAGCCGA
1851    TGTGCCCGAA GTCAGGGTAA AATCGGAAAC AGGGCAGGAC GGTCGGATTG
1901    TCCTGACGGT TTGCGACAAC GGCAAAGGGT TCGGCAGGGA AATGCTGCAC
1951    AACGCCTTCG AGCCGTATGT AACGGACAAA CCGGCGGGAA CGGGATTGGG
2001    TCTGCCTGTG GTGAAAAAAA TCATTGAAGA ACACGGCGGC CGCATCAGCC
2051    TGAGCAATCA GGATGCGGGT GGCGCGTGTG TCAGAATCAT CTTGCCAAAA
2101    ACGGTAAAAA CTTATGCGTA G
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 252；ORF64-1>：
  1    MRRFLPIAAI CAVVLLYGLT AATGSTSSLA DYFWWIVAFS AM LLLVLSAV
 51    LARYVILLLK DRRDGVFGSQ IAKRLS GMFT LVAVLPGVFL FGVSAQFING
101    TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALNLAAD NALGNAVPVQ IDLIGAASLP
151    GDMGRVLEHY AGSGFAQLAL YNAASGKIEK SINPHKLDQP FPGKARWEKI
201    QRAGSVRDLE SIGGVLYAQG WLSAGTHNGR DYALFFRQPV PKGVAEDAVL
251    IEKARAKYAE LSYSKKGLQT FFLAT LLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE
301    PVLSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNHMT EQLSIAKEAD
351    ERNRRREEAA RHYLECVLEG LTTGVVVFDE QGCLKTFNKA AEQILGMPLT
401    PLWGSSRHGW HGVSAQQSLL AEVFAAIGAA AGTDKPVHVK YAAPDDAKIL
451    LGKATVLPED NGNGVVMVID DITVLIHAQK EAAWGEVAKR LAHEIRNPLT
501    PIQLSAERLA WKLGGKLDEQ DAQILTRSTD TIVKQVAALK EMVEAFRNYA
551    RSPSLKLENQ DLNALIGDVL ALYEAGPCRF AAELAGEPLT VAADTTAMRQ
601    VLHNIFKNAA EAAEEADVPE VRVKSETGQD GRIVLTVCDN GKGFGREMLH
651    NAFEPYVTDK PAGTGLGLPV VKKIIEEHGG RISLSNQDAG GACVRIILPK
701    TVKTYA*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF64与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF64a)在重叠的392个氨基酸内有92.6％的相同性：
                     10        20        30         40         50        60
orf64.pep    MRRFLPIAAICAXXLXXGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAM LLLVLSAVLARYVILLLK
             ||||||||||||  |  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |
orf64a       MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAM LLLVLSAVLARYVILLLK
                     10        20        30         40         50        60
                     70         80        90        100       110       120
orf64.pep    DRRDGVFGSXXAKXPXX XMFTLVAXLPGVFLFGFPAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN
             |||||||||  ||      |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||
orf64a       DRRDGVFGSQIAKR-LS GMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN
                     70          80        90        100        110
                    130       140       150       160       170       180
orf64.pep    LSKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNXASGKIE
             |||||||||||||||||:||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
orf64a       LSKSALNLAADNALGNAIPVQIDXIGAASLPXDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIE
           120       130       140       150       160       170
                    190       200       210       220       230       240
orf64.pep    KSINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHXGRDYALFFRQP
             ||||||||||||||||||||||:|||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||
orf64a       KSINPHKLDQPFPGKARWEKIQQAGSVRDXESIGGVLYAXGWLSAXTHNGRDYALFFRQP
           180       190       200       210       220       230
                    250       260       270       280       290       300
orf64.pep    VPKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV
             ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64a       VPKGVAEDAVLIEKARAXXXXLSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV
           240       250       260       270       280       290
                    310       320       330       340       350       360
orf64.pep    EPVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTXLFNHMTEQLSIAKDADERNRRREEA
             |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||||
orf64a       EPVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEA
           300       310       320       330       340       350
                    370       380       390
orf64.pep    ARHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAGT
             ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64a       ARHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSL
           360       370       380       390       400       410
orf64a       LAEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNXNGVVMVIDDITVLIHAQ
       420       430       440       450       460       470
全长ORF64a核苷酸序列<SEQ ID 253>是：
   1    ATGCGCCGTT TTCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCCGTCG TCCTGTTGTA
  51    CGGACTGACG GCGGCAACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT
 101    GGTGGATTGT TGCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT
 151    TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCG ACGGCGTATT
 201    CGGTTCGCAG ATTGCCAAAC GCCTTTCCGG GATGTTTACG CTGGTTGCCG
 251    TACTGCCCGG CGTGTTTCTG TTCGGCGTTT CCGCACAGTT TATCAACGGC
 301    ACGATTAATT CGTGGTTCGG CAACGATACC CACGAGGCGC TTGAACGCAG
 351    CCTCAATTTG AGCAAGTCCG CATTGAATCT GGCGGCAGAC AACGCCCTTG
 401    GCAACGCCAT CCCCGTGCAG ATAGACNTCA TCGGCGCGGC TTCCCTGCCC
 451    NGGGATATGG GCAGGGTGCT GGAACATTAC GCCGGCAGCG GTTTTGCCCA
 501    GCTTGCCCTG TACAATGCCG CAAGCGGCAA AATCGAAAAA AGCATCAACC
 551    CGCACAAGCT CGATCAGCCG TTTCCAGGTA AGGCGCGTTG GGAAAAAATC
 601    CAACAGGCGG GTTCGGTCAG GGATNNGGAA AGCATAGGCG GCGTATTGTA
 651    CGCGCANGGC TGGCTGTCGG CAGNNACGCA CAACGGGCGC GATTACGCCT
 701    TGTTTTTCCG TCAGCCGGTT CCCAAAGGCG TGGCAGAGGA TGCCGTCTTA
 751    ATCGAAAAGG CAAGGGCGNA ANANNNTNAG TTGAGTTACA GCAAAAAAGG
 801    TTTGCAGACC TTTTTCCTNG CAACCCTGCT GATTGCCTCN CTGCTGTCGA
 851    TTTTTCTTGC ACTGGTCATG GCACTGTATT TCGCCCGCCG TTTCGTCGAA
 901    CCCGTCCTAT CGCTTGCCGA GGGGGCGAAG GCGGTGGCGC AAGGCGATTT
 951    CAGCCAGACG CGCCCCGTGT TGCGCAACGA CGAGTTCGGA CGCTTGACCA
1001    AGTTGTTCAA CCACATGACC GAGCAGCTTT CCATCGCCAA AGAAGCAGAC
1051    GAGCGCAACC GCCGGCGCGA GGAAGCCGCC AGACATTATC TCGAATGCGT
1101    GTTGGAGGGG CTGACCACGG GCGTGGTGGT GTTTGACGAA CAAGGCTGTC
1151    TGAAAACCTT CAACAAAGCG GCGGAACAGA TTTTGGGGAT GCCGCTTACC
1201    CCCCTGTGGG GCAGCAGCCG GCACGGTTGG CACGGCGTTT CGGCGCAGCA
1251    GTCCCTGCTT GCCGAAGTGT TTGCCGCCAT CGGCGCGGCG GCAGGTACGG
1301    ACAAACCGGT CCATGTGAAA TATGCCGCGC CGGACGATGC CAAAATCCTG
1351    CTGGGCAAGG CAACCGTCCT GCCCGAAGAC AACNGCAACG GCGTGGTAAT
1401    GGTGATTGAC GACATCACCG TTTTGATACA CGCGCAAAAA GAAGCCGCGT
1451    GGGGCGAAGT GGCAAAACGG CTGGCACACG AAATCCGCAA TCCGCTCACG
1501    CCCATCCAGC TTTCTGCCGA ACGGCTGGCG TGGAAATTGG GCGGGAAGCT
1551    GGACGAGCAN GACGCGCAAA TCCTGACACG TTCGACCGAC ACCATCATCA
1601    AACAAGTGGC GGCATTAAAA GAAATGGTCG AGGCATTCCG CAATTACNCG
1651    CGTTCCCCTT CGNCTCAATT GGAAAATCAG GATTTGAACG CCTTAATCGG
1701    CGATGTGTTG GCATTGTACG AAGCTGGTCC GTGCCGGTTT GCGGCGGAAC
1751    TTGCCGGCGA ACCGCTGATG ATGGCGGCGG ATACGACCGC CATGCGGCAG
1801    GTGCTGCACA ATATTTTCAA AAATGCCGCC GAAGCGGCGG AAGAAGCCGA
1851    TGTGCCCGAA GTCAGGGTAA AATCGGAAGC GGGGCAGGAC GGACGGATTG
1901    TCCTGACAGT TTGCGACAAC GGCAAGGGGT TCGGCAGGGA AATGCTGCAC
1951    AATGCCTTCG AGCCGTATGT AACGGACAAA CCGGCTGGAA CGGGATTGNG
2001    ACTGCCCGTG GTGAAAAAAA TCATTGAAGA ACACGGCGGC CNCATCAGCC
2051    TGAGCAATCA GGATGCGGGC GGCGCGTNTG TCAGAATCAT CTTGCCAAAA
2101    ACGGTAGAAA CTTATGCGTA G
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 254>：
  1    MRRFLPIAAI CAVVLLYGLT AATGSTSSLA DYFWWIVAFS AM LLLVLSAV
 51    LARYVILLLK DRRDGVFGSQ IAKRLS GMFT LVAVLPGVFL FGVSAQFING
101    TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALNLAAD NALGNAIPVQ IDXIGAASLP
151    XDMGRVLEHY AGSGFAQLAL YNAASGKIEK SINPHKLDQP FPGKARWEKI
201    QQAGSVRDXE SIGGVLYAXG WLSAXTHNGR DYALFFRQPV PKGVAEDAVL
251    IEKARAXXXX LSYSKKGLQT FFLAT LLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE
301    PVLSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNHMT EQLSIAKEAD
351    ERNRRREEAA RHYLECVLEG LTTGVVVFDE QGCLKTFNKA AEQILGMPLT
401    PLWGSSRHGW HGVSAQQSLL AEVFAAIGAA AGTDKPVHVK YAAPDDAKIL
451    LGKATVLPED NXNGVVMVID DITVLIHAQK EAAWGEVAKR LAHEIRNPLT
501    PIQLSAERLA WKLGGKLDEX DAQILTRSTD TIIKQVAALK EMVEAFRNYX
551    RSPSXQLENQ DLNALIGDVL ALYEAGPCRF AAELAGEPLM MAADTTAMRQ
601    VLHNIFKNAA EAAEEADVPE VRVKSEAGQD GRIVLTVCDN GKGFGREMLH
651    NAFEPYVTDK PAGTGLXLPV VKKIIEEHGG XISLSNQDAG GAXVRI ILPK
701    TVETYA*
ORF64a和ORF64-1在706个氨基酸的重叠区内有96.6％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf64a.pep  MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1     MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf64a.pep  DRRDGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1     DRRDGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf64a.pep  SKSALNLAADNALGNAIPVQIDXIGAASLPXDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
            ||||||||||||||||:||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1     SKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf64a.pep  SINPHKLDQPFPGKARWEKIQQAGSVRDXESIGGVLYAXGWLSAXTHNGRDYALFFRQPV
            |||||||||||||||||||||:|||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||
orf64-1     SINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQPV
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf64a.pep  PKGVAEDAVLIEKARAXXXXLSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFVE
            |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1     PKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFVE
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf64a.pep  PVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1     PVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410       420
orf64a.pep  RHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1     RHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
                   370       380       390       400       410       420
                   430       440       450       460       470       480
orf64a.pep  AEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNXNGVVMVIDDITVLIHAQK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf64-1     AEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNGNGVVMVIDDITVLIHAQK
                   430       440       450       460       470       480
                   490       500       510       520       530       540
orf64a.pep  EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDEXDAQILTRSTDTIIKQVAALK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||
orf64-1     EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDEQDAQILTRSTDTIVKQVAALK
                   490       500       510       520       530       540
                   550       560       570       580       590       600
orf64a.pep  EMVEAFRNYXRSPSXQLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFAAELAGEPLMMAADTTAMRQ
            ||||||||| |||| :||||||||||||||||||||||||||||||||| :|||||||||
orf64-1      EMVEAFRNYARSPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFAAELAGEPLTVAADTTAMRQ
                    550       560       570       580       590       600
                    610       620       630       640       650       660
orf64a.pep   VLHNIFKNAAEAAEEADVPEVRVKSEAGQDGRIVLTVCDNGKGFGREMLHNAFEPYVTDK
             ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1      VLHNIFKNAAEAAEEADVPEVRVKSETGQDGRIVLTVCDNGKGFGREMLHNAFEPYVTDK
                    610       620       630       640       650       660
                    670       680       690       700
orf64a.pep   PAGTGLXLPVVKKIIEEHGGXISLSNQDAGGAXVRIILPKTVETYAX
             |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||:||||
orf64-1      PAGTGLGLPVVKKIIEEHGGRISLSNQDAGGACVRIILPKTVKTYAX
                    670       680       690       700
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF64与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF64.ng)在重叠的387个氨基酸内有86.6％的相同性：
orf64.pep    MRRFLPIAAICAXXLXXGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK  60
             |||||||||||| | ||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf64ng      MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVSFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK  60
orf64.pep    DRRDGVFGSXXAKXPXXXMFTLVAXLPGVFLFGFPAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN 120
             |||:|||||  ||     |||||| |||:||||: |||||||||||||||||||||||||
orf64ng      DRRNGVFGSQIAKR-LSGMFTLVAVLPGLFLFGISAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLN 119
orf64.pep    LSKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNXASGKIE 180
             ||||||:||||||::|||||||||||:||| |:|| ||||||||||||||||| ||||||
orf64ng      LSKSALDLAADNAVSNAVPVQIDLIGTASLSGNMGSVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIE 179
orf64.pep    KSINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHXGRDYALFFRQP 240
             ||||||::|||:| | :||:||::||||:||||||||||||||||||| |||||||||||
orf64ng      KSINPHQFDQPLPDKEHWEQIQQTGSVRSLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQP 239
orf64.pep    VPKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV 300
             :|::||:|||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf64ng      IPENVAQDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLVTLLIASLLSIFLALVMALYFARRFV 299
orf64.pep    EPVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTXLFNHMTEQLSIAKDADERNRRREEA 360
             ||:||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||||
orf64ng      EPILSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEA 359
orf64.pep    ARHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAGT        394
             |||||||||:||||||||    :| :|
orf64ng      ARHYLECVLDGLTTGVVVSYPLSCCRTAVFSTCHSSPLSYF 400
预计ORF64ng核苷酸序列<SEQ ID 255>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID256>：
  1    DYFWWIVSFS AM LLLVLSAV
 51    LARYVILLLK DRRNGVFGSQ IAKRLS GMFT LVAVLPGLFL FGISAQFING
101    TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALDLAAD NAVSNAVPVQ IDLIGTASLS
151    GNMGSVLEHY AGSGFAQLAL YNAASGKIEK SINPHQFDQP LPDKEHWEQI
201    QQTGSVRSLE SIGGVLYAQG WLSAGTHNGR DYALFFRQPI PENVAQDAVL
251    IEKARAKYAE LSYSKKGLQT FFLVT LLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE
301    PILSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNHMT EQLSIAKEAD
351    ERNRRREEAA RHYLECVLDG LTTGVVVSYP LSCCRTAVFS TCHSSPLSYF*
进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 257>：
   1    ATGCGCCGCT TCCTACCGAT CGCAGCCATA TGCGCCGTCG TCCTGCTGTA
  51    CGGATTGACG GCGGCGACCG GCAGCACCAG TTCGCTGGCG GATTATTTCT
 101    GGTGGATAGT CTCGTTCAGC GCAATGCTGC TGCTGGTGTT GTCCGCCGTT
 151    TTGGCACGTT ATGTCATATT GCTGTTGAAA GACAGGCGCA ACGGCGTGTT
 201    CGGTTCGCAG ATTGCCAAAC GCCTTTCCGG GATGTTCACG CTGGTCGCCG
 251    TACTGCCCGG CTTGTTCCTG TTCGGCATTT CCGCGCAGTT TATCAACGGC
 301    ACGATTAATT CGTGGTTCGG CAACGACACC CACGAAGCCC TCGAACGCAG
 351    CCTTAATTTG AGCAAGTCCG CACTGGATTT GGCGGCAGAC AATGCCGTCA
 401    GCAACGCCGT TCCCGTACAG ATAGACCTCA TCGGCACCGC CTCCCTGTCG
 451    GGCAATATGG GCAGTGTGCT GGAACACTAC GCCGGCAGCG GTTTTGCCCA
 501    GCTTGCCCTG TACAATGCCG CAAGCGGGAA AATCGAAAAA AGCATCAATC
 551    CGCACCAATT CGACCAGCCG CTTCCCGACA AAGAACATTG GGAACAGATT
 601    CAGCAGACCG GTTCGGTTCG GAGTTTGGAA AGCATAGGCG GCGTATTGTA
 651    CGCGCAGGGA TGGTTGTCGG CAGGTACGCA CAACGGGCGC GATTACGCGC
 701    TGTTCTTCCG CCAGCCGATT CCCGAAAATG TGGCACAGGA TGCCGTTCTG
 751    ATTGAAAAGG CGCGGGCGAA ATATGCCGAA TTGAGTTACA GCAAAAAAGG
 801    TTTGCAGACC TTTTTTCTGG TAACCCTGCT GATTGCCTCG CTGCTGTCGA
 851    TTTTTCTTGC GCTGGTAATG GCACTGTATT TTGCCCGCCG TTTCGTCGAA
 901    CCCATTCTGT CGCTTGCCGA GGGCGCAAAG GCGGTGGCGC AGGGTGATTT
 951    CAGCCAGACG CGCCCCGTAT TGCGCAACGA CGAGTTCGGA CGTTTGACCA
1001    AGCTGTTCAA CCATATGACC GAGCAGCTTT CCATCGCCAA AGAAGCAGAC
1051    GAACGCAACC GCCGGCGCGA GGAAGCCGCC CGTCACTACC TCGAGTGCGT
1101    GTTGGATGGG TTGACTACCG GTGTGGTGGT GTTTGACGAA AAAGGCCGTT
1151    TGAAAACCTT CAACAAGGCG GCGGAACAGA TTTTGGGGAT GCCGCTCGCC
1201    CCCCTGTGGG GCAGCAGCCG GCACGGTTGG CACGGCGTTT CGGCGCAGCA
1251    GTCCCTGCTT GCCGAAGTGT TtgccgccAT CGGTGCGGCG GCAGGTACGG
1301    ACAAACCGGT CCAGGTGGAA TATGCCGCGC CGGACGATGC CAAAATCCTG
1351    CTGGGCAAGG CGACGGTATT GCCCGAAGAC AACGGCAACG GCGTGGTGAT
1401    GGTGATTGAC GACATCACCG TGCTGATACG CGCGCAAAAA GAAGCCGCGT
1451    GGGGTGAAGT GGCGAAGCGG CTGGCACACG AAATCCGCAA TCCGCTCACG
1501    CCCATCCAGC TTTCCGCCGA ACGGCTGGCG TGGAAATTGG GCGGGAAGCT
1551    GGACGATCAG GACGCGCAAA TCCTGACGCG TtcgACCGAC ACCATCATCA
1601    AACAGgtggc gGCGTTAAAA GAAATGGTCG AGGCATTCCG CAATTACGCG
1651    CGCGCCCCTT CGCTCAAACT GGAAAATCAG GATTTGAACG CCTTAATCGG
1701    CGATGTTTTG GCCCTGTACG AAGCCGGCCC GTGCCGGTTT GAGGCGGAAC
1751    TTGCCGGCGA ACCGCTGATG ATGGCGGCGG ATACGACCGC CATGCGGCAG
1801    GTGCTGCACA ATATTTTCAA AAATGCCGCC GAAGCGGCGG AAGAAGCCGA
1851    TATGCCCGAA GTCAGGGTAA AATCGGAAAC GGGGCAGGAC GGACGGATTG
1901    TCCTGACGGT TTGCGACAAC GGCAAGGGAT TCGGCAAGGA AATGCTGCAC
1951    AATGCTTTCG AGCCGTATGT GACGGATAAG CCGGCGGGAA CGGGACTGGG
2001    TCTGCCTGTA GTGAAAAAAA TCATTGGAGAACACGGCGGC CGCATCAGCC
2051    TGAGCAATCA GGATGCGGGT GGGGCGTGTG TCAGAATCAT CTTGCCAAAA
2101    ACGGTAGAAA CTTATGCGTA G
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 258；ORF64ng-1>：
  1    MRRFLPIAAI CAVVLLYGLT AATGSTSSLA DYFWWIVSFS AM LLLVLSAV
 51    LARYVILLLK DRRNGVFGSQ IAKRLS GMFT LVAVLPGLFL FGISAQFING
101    TINSWFGNDT HEALERSLNL SKSALDLAAD NAVSNAVPVQ IDLIGTASLS
151    GNMGSVLEHY AGSGFAQLAL YNAASGKIEK SINPHQFDQP LPDKEHWEQI
201    QQTGSVRSLE SIGGVLYAQG WLSAGTHNGR DYALFFRQPI PENVAQDAVL
251    IEKARAKYAE LSYSKKGLQT FFLVT LLIAS LLSIFLALVM ALYFARRFVE
301    PILSLAEGAK AVAQGDFSQT RPVLRNDEFG RLTKLFNHMT EQLSIAKEAD
351    ERNRRREEAA RHYLECVLDG LTTGVVVFDE KGRLKTFNKA AEQILGMPLA
401    PLWGSSRHGW HGVSAQQSLL AEVFAAIGAA AGTDKPVQVE YAAPDDAKIL
451    LGKATVLPED NGNGVVMVID DITVLIRAQK EAAWGEVAKR LAHEIRNPLT
501    PIQLSAERLA WKLGGKLDDQ DAQILTRSTD TIIKQVAALK EMVEAFRNYA
551    RAPSLKLENQ DLNALIGDVL ALYEAGPCRF EAELAGEPLM MAADTTAMRQ
601    VLHNIFKNAA EAAEEADMPE VRVKSETGQD GRIVLTVCDN GKGFGKEMLH
651    NAFEPYVTDK PAGTGLGLPV VKKIIGEHGG RISLSNQDAG GACVRIILPK
701    TVETYA*
ORF64ng-1和ORF64-1在706个氨基酸的重叠区内有93.8％的相同性：
                          10        20        30        40        50        60
orf64ng-1.pep     MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVSFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf64-1           MRRFLPIAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIVAFSAMLLLVLSAVLARYVILLLK
                          10        20        30        40        50        60
                          70        80        90       100       110       120
orf64ng-1.pep     DRRNGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGLFLFGISAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
                  |||:|||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf64-1           DRRDGVFGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGVFLFGVSAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNL
                          70        80        90       100       110       120
                         130       140       150       160       170       180
orf64ng-1.pep     SKSALDLAADNAVSNAVPVQIDLIGTASLSGNMGSVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
                  |||||:||||||::|||||||||||:||| |:|| |||||||||||||||||||||||||
orf64-1           SKSALNLAADNALGNAVPVQIDLIGAASLPGDMGRVLEHYAGSGFAQLALYNAASGKIEK
                         130       140       150       160       170       180
                         190       200       210       220       230       240
orf64ng-1. pep    SINPHQFDQPLPDKEHWEQIQQTGSVRSLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQPI
                  |||||::|||:| | :||:||::||||:|||||||||||||||||||||||||||||||:
orf64-1           SINPHKLDQPFPGKARWEKIQRAGSVRDLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYALFFRQPV
                         190       200       210       220       230       240
                         250       260       270       280       290       300
orf64ng-1.pep     PENVAQDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLVTLLIA LLSIFLALVMALYFARRFVE
                  |::||:|||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||
orf64-1           PKGVAEDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLATLLIA LLSIFLALVMALYFARRFVE
                         250       260       270       280       290       300
                         310       320       330       340       350       360
orf64ng-1.pep     PILSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
                  |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf64-1           PVLSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRNDEFGRLTKLFNHMTEQLSIAKEADERNRRREEAA
                         310       320       330       340       350       360
                         370       380       390       400       410       420
orf64ng-1.pep     RHYLECVLDGLTTGVVVFDEKGRLKTFNKAAEQILGMPLAPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
                  ||||||||:|||||||||||:| ||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf64-1           RHYLECVLEGLTTGVVVFDEQGCLKTFNKAAEQILGMPLTPLWGSSRHGWHGVSAQQSLL
                         370       380       390       400       410       420
                         430       440       450       460       470       480
orf64ng-1.pep     AEVFAAIGAAAGTDKPVQVEYAAPDDAKILLGKATVLPEDNGNGVVMVIDDITVLIRAQK
                  |||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
orf64-1           AEVFAAIGAAAGTDKPVHVKYAAPDDAKILLGKATVLPEDNGNGVVMVIDDITVLIHAQK
                         430       440       450       460       470       480
                         490       500       510       520       530       540
orf64ng-1.pep     EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDDQDAQILTRSTDTIIKQVAALK
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:|||||||
orf64-1           EAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDEQDAQILTRSTDTIVKQVAALK
                         490       500       510       520       530       540
                         550       560       570       580       590       600
orf64ng-1.pep     EMVEAFRNYARAPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFEAELAGEPLMMAADTTAMRQ
                  |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| :|||||||||
orf64-1           EMVEAFRNYARSPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFAAELAGEPLTVAADTTAMRQ
                         550       560       570       580       590       600
                       610       620       630       640       650       660
orf64ng-1.pep   VLHNIFKNAAEAAEEADMPEVRVKSETGQDGRIVLTVCDNGKGFGKEMLHNAFEPYVTDK
                |||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf64-1         VLHNIFKNAAEAAEEADVPEVRVKSETGQDGRIVLTVCDNGKGFGREMLHNAFEPYVTDK
                       610       620       630       640       650       660
                       670       680       690       700
orf64ng-1.pep   PAGTGLGLPVVKKIIGEHGGRISLSNQDAGGACVRIILPKTVETYAX
                ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||:||||
orf64-1         PAGTGLGLPVVKKIIEEHGGRISLSNQDAGGACVRIILPKTVKTYAX
                       670       680       690       700
另外，ORF64ng-1显示出与茎瘤固氮根瘤菌的一种蛋白明显同源：
sp|Q04850|NTRY_AZOCA氮调节蛋白NTRY>gi|77479|pir||S18624ntrY蛋白-茎瘤固氮根瘤菌>gi|38737(X63841)NtrY基因产物[茎瘤固氮根瘤菌]长度＝771
评分＝218位(550)，估计值＝7e-56
相同性＝195/720(27％)，阳性＝320/720(44％)，空隙＝58/720(8％)
询问：7     IAAICAVVLLYGLTAATGSTSSLADYFWWIXXXXXXXXXXXXXXXXRYVILLLKDRRNGV 66
             I+A+   ++L GLT    +   +      +               R  +  + K R  G
目标：35    ISALATFLILMGLTPVVPTHQVVIS----VLLVNAAAVLILSAMVGREIWRIAKARARGR 90
询问：67    FGSQIAKRLSGMFTLVAVLPGLFLFGISAQFINGTINSWFGNDTHEALERSLNLSKSALD 126
               +++  R+ G+F +V+V+P + +  +++  ++  ++ WF   T E +  S++++++ +
目标：91    AAARLHIRIVGLFAVVSVVPAILVAVVASLTLDRGLDRWFSMRTQEIVASSVSVAQTYVR 150
询问：127   LAADNAVSNAVPVQIDLIGTASLSGNMGSVLEHYAG--SGFAQLALYNAASGKIEKSINP 184
               A N   + + +  DL    S+          Y G  S F Q+    AA   +  ++
目标：151   EHALNIRGDILAMSADLTRLKSV----------YEGDRSRFNQILTAQAALRNLPGAMLI 200
询问：185   HQFDQPLPDKEHWEQIQQTGSVRSLESIGGVLYAQGWLSAGTHNGRDYA----------- 233
              + D  + ++ +   I +   V +  +IG     Q  +     N  DY
目标：201   RR-DLSVVERAN-VNIGREFIVPANLAIGDATPDQPVIYLP--NDADYVAAVVPLKDYDD 256
询问：234   --LFFRQPIPENVAQDAVLIEKARAKYAELSYSKKGLQTFFLVTXXXXXXXXXXXXXVMA 291
               L+  + I   V       ++  A Y  L   + G+Q  F +               +
目标：257   LYLYVARLIDPRVIGYLKTTQETLADYRSLEERRFGVQVAFALMYAVITLIVLLSAVWLG 316
询问：292   LYFARRFVEPILSLAEGAKAVAQGDFSQTRPVLRND-EFGRLTKLFNHMTEQLSIXXXXX 350
             L F++  V PI  L   A  VA+G+     P+ R + +   L + FN MT +L
目标：317   LNFSKWLVAPIRRLMSAADHVAEGNLDVRVPIYRAEGDLASLAETFNKMTHELRSQREAI 376
询问：351   XXXXXXXXXXXHYLECVLDGLTTGVVVFDEKGRLKTFNKAAEQILGMPLAPLWGSSRHGW 410
                         +E  VL G+  GV+  D + R+   N++AE++LG  L+ +    RH
目标：377   LTARDQIDSRRRFTEAVLSGVGAGVIGLDSQERITILNRSAERLLG--LSEVEALHRHLA 434
询问：411   HGVSAQQSLLAEVFXXXXXXXXTDKPVQVEYAAPDDAKILLGKATVLPEDNG---NGVVM 467
               V     LL E            + VQ       D +  +    V  E +    +G V+
目标：435   EVVPETAGLLEEA------EHARQRSVQGNITLTRDGRERVFAVRVTTEQSPEAEHGWVV 488
询问：468   VIDDITVLIRAQKEAAWGEVAKRLAHEIRNPLTPIQLSAERLAWKLGGKLDDQDAQILTR 527
              +DDIT LI AQ+ +AW +VA+R+AHEI+NPLTPIQLSAERL  K G  +  QD +I  +
目标：489   TLDDITELISAQRTSAWADVARRIAHEIKNPLTPIQLSAERLKRKFGRHV-TQDREIFDQ 547
询问：528   STDTIIKQVAALKEMVEAFRNYARAPSLKLENQDLNALIGDVLALYEAGPCRFEAELAGE 587
              TDTII+QV  +  MV+ F ++AR P   +++QD++ +I    +L   G      +
目标：548   CTDTIIRQVGDIGRMVDEFSSFARMPKPVVDSQDMSEIIRQTVFLMRVGHPEVVFDSEVP 607
询问：588   PLMMAA-DTTAMRQVLHNIFKNXXXXXXXXDMPEVRVK-------SETGQDGRIVLTVCD 639
             P M A  D   + Q L NI KN          P+VR +       +  G+D  +V+ + D
目标：608    PAMPARFDRRLVSQALTNILKNAAEAIEAVP-PDVRGQGRIRVSANRVGED--LVIDIID 664
询问：640    NGKGFGKEMLHNAFEPYVTDKPAGTGLGLPVVKKIIGEHGGRISLSNQDAG-GACVRIIL 698
              NG G  +E +    EPYVT +  GTGLGL +V KI+ EHGG I L++   G GA +R+ L
目标：665    NGTGLPQESRNRLLEPYVTTREKGTGLGLAIVGKIMEEHGGGIELNDAPEGRGAWIRLTL 724
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和几个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例31
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 259>：
  1    ATGTACGCAT TTACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCCGGCTGGT
 51    GCTTTTTCAT ATCCTCATCA TCGCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC
101    CTTTCCAAAT TTTCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCATT TTCCTTTCCC
151    TTCATCTTCC TTGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCTCACTT
201    GGCACGGCGG ATTATCTTTT GGGTGATGTT CCCCGCCCTT TTGCTTTCCT
251    ACGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACAGG CTTGGGCGCG
301    CTGTCCGAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCCTTAG CCAGCTTTGC
351    CGCCTACGCG ATCGGACAAA TCCTTGATAT TTTTGTATTC AACAAATTAC
401    GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG ATTGCACCGA ACGCATCAAC CGTCATCGGG
451    CACGCGTTGG ATACG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 260；ORF66>：
  1    MYAFTAAQQQ KALFRLVLFH ILIIAASNYL VQFPFQIFGI HTTWGAFSFP
 51    FIFLATDLTV RIFGSHLARR IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA
101    LSEFNTFVGR IALASFAAYA IGQILDIFVF NKLRRLKAWW IAPNASTVIG
151    HALDT...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 261>：
  1    ATGTACGCAT TTACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCCGGCTGGT
 51    GCTTTTTCAT ATCCTCATCA TCGCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC
101    CTTTCCAAAT TTTCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCATT TTCCTTTCCC
151    TTCATCTTCC TTGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCTCACTT
201    GGCACGGCGG ATTATCTTTT GGGTGATGTT CCCCGCCCTT TTGCTTTCCT
251    ACGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACAGG CTTGGGCGCG
301    CTGTCCGAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCCTTAG CCAGCTTTGC
351    CGCCTACGCG ATCGGACAAA TCCTTGATAT TTTTGTATTC AACAAATTAC
401    GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG ATTGCACCGA CCGCATCAAC CGTCATCGGC
451    AACGCCTTGG ATACGCTGGT ATTTTTCGCC GTTGCCTTCT ACGCAAGCAG
501    CGATGGATTT ATGGCGGCAA ACTGGCAGGG CATCGCTTTT GTCGATTACC
551    TGTTCAAACT TACCGTCTGC ACCCTCTTCT TCCTGCCCGC CTACGGCGTG
601    ATACTGAATC TGCTGACGAA AAAACTGACA ACCCTGCAAA CCAAACAGGC
651    GCAAGACCGC CCCGCGCCCT CGCTGCAAAA TCCGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 262；ORF66-1>：
  1    MYAFTAAQQQ KALFRLVLFH ILI IAASNYL VQFPFQIFGI HTTWGAFSFP
 51    FIFLATDLTV RIFGSHLARR  IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA
101    LSEFNTFVGR IA LASFAAYA IGQILDIFVF NKLRRLKAWW IAPTAS TVIG
151    NALDTLVFFA VAFYASSDGF MAANWQGIAF VDYLFKLT VC TLFFLPAYGV
201    ILNLLTKKLT TLQTKQAQDR PAPSLQNP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与大肠杆菌的假设蛋白o221(登录号P37619)的同源性
ORF66和o221蛋白在155个氨基酸的重叠区内有67％的氨基酸相同性：
orf66  1    MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
            M  F+  Q+ KALF L LFH+L+I +SNYLVQ P  I G HTTWGAFSFPFIFLATDLTV
o221   1    MNVFSQTQRYKALFWLSLFHLLVITSSNYLVQLPVSILGFHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
orf66  61   RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA 120
            RIFG+ LARRIIF VM PALL+SYV S LF+GSW  G GAL +FN FV RIA ASF AYA
o221   61   RIFGAPLARRIIFAVMIPALLISYVISSLFYMGSWQGFGALAHFNLFVARIATASFMAYA 120
orf66  121  IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPNASTVIGHALDT 155
            +GQILD+ VFN+LR+ + WW+AP AST+ G+  DT
o221   121  LGQILDVHVFNRLRQSRRWWLAPTASTLFGNVSDT 155
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF66与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF66a)在重叠的155个氨基酸内有96.1％的相同性：
                     10        20        30        40         50        60
orf66.pep    MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
orf66a       MYAFTAAQQQKALFWLVLFHILIIAASNYLVQFPFQISGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
                     10        20        30        40         50        60
                     70         80         90       100       110        120
orf66.pep    RIFGSHLARR IIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIA LASFAAYA
             |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf66a       RIFGSHLARR IIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIA LASFAAYA
                     70        80          90       100       110        120
                    130        140        150
orf66.pep    IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPNAS TVIGHALDT
             :||||||| ||||||||||||:||:|| ||||:||||
orf66a       LGQILDIFVFNKLRRLKAWWVAPTAS TVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF
                    130        140        150       160        170       180
orf66a       VDYLFKLT VCGLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX
                    190        200        210       220
全长ORF66a核苷酸序列<SEQ ID 263>是：
  1    ATGTACGCAT TTACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCTGGCTGGT
 51    GCTTTTTCAT ATCCTCATCA TCGCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC
101    CCTTCCAAAT TTCCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCGTT TTCCTTTCCC
151    TTCATCTTCC TCGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCGCACTT
201    GGCACGGCGG ATTATCTTTT GGGTCATGTT CCCCGCCCTT TTGCTTTCCT
251    ACGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACGGG CTTGGGCGCG
301    CTGTCCGAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCGCTGG CAAGTTTTGC
351    CGCCTACGCG CTCGGACAAA TCCTTGATAT TTTTGTGTTC AACAAATTAC
401    GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG GTTGCCCCGA CTGCATCAAC CGTCATCGGC
451    AACGCCTTAG ATACGTTGGT ATTTTTCGCC GTTGCCTTCT ACGCAAGCAG
501    CGATGGATTT ATGGCGGCAA ACTGGCAGGG CATCGCTTTT GTCGATTACC
551    TGTTCAAACT CACCGTCTGC GGTCTGTTTT TCCTGCCCGC CTACGGCGTG
601    ATTCTGAATC TGCTGACGAA AAAACTGACG ACCCTGCAAA CCAAACAGGC
651    GCAAGACCGC CCCGCGCCCT CGCTGCAAAA TCCGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 264>：
  1    MYAFTAAQQQ KALFWLVLFH ILIIAASNYL VQFPFQISGI HTTWGAFSFP
 51    FIFLATDLTV RIFGSHLARR  IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA
101    LSEFNTFVGR IA LASFAAYA LGQILDIFVF NKLRRLKAWW VAPTAS TVIG
151    NALDTLVFFA VAFYASSDGF MAANWQGIAF VDYLFKLT VC GLFFLPAYGV
201    ILNLLTKKLT TLQTKQAQDR PAPSLQNP*
ORF66a和ORF66-1在228个氨基酸的重叠区内有97.8％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf66a.pep  MYAFTAAQQQKALFWLVLFHILIIAASNYLVQFPFQISGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
orf66-1     MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf66a.pep  RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf66-1     RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf66a.pep  LGQILDIFVFNKLRRLKAWWVAPTASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF
            :|||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf66-1     IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPTASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       229
orf66a.pep  VDYLFKLTVCGLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX
            |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf66-1     VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX
                   190       200       210       220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF66与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF66.ng)在重叠的155个氨基酸内有94.2％的相同性：
orf66.pep    MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV  60
             |||:|||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf66ng      MYALTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFRIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV  60
orf66.pep    RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA  120
             ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |:|||||||||||||||||
orf66ng      RIFGSHLARRIIFWVMFPALSLSYVFSVLFHNGSWTGLGAPSQFNTFVGRIALASFAAYA  120
orf66.pep    IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPNASTVIGHALDT                           155
             :|||||||||:|||||||||||| ||||||:||||
orf66ng      LGQILDIFVFDKLRRLKAWWIAPAASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDEFMAANWQGIAF  180
全长ORF66ng核苷酸序列<SEQ ID 265>是：
  1    ATGTACGCAT TGACCGCCGC ACAGCAACAG AAGGCACTCT TCCGGCTGGT
 51    GCTTTTCCAT ATCCTCATCA TCGCCGCCAG CAACTATCTG GTGCAGTTCC
101    CCTTCCGGAT TTTCGGCATC CACACCACTT GGGGCGCGTT TTCCTTTCCC
151    TTCATCTTCC TCGCCACCGA CCTGACCGTC CGCATTTTCG GTTCGCACTT
201    GGCGCGGCGG ATTATCTTTT GGGTGATGTT CCCCGCCCTT ttgCTTTcat
251    aCGTCTTTTC CGTTTTGTTC CACAACGGCA GTTGGACGGG CTTGGGCGCG
301    ctgTCCCAAT TCAACACCTT TGTCGGACGC ATCGCGCTGG CAAGTTTTGC
351    CGCCTACGCG CTCGGACAAA TCCTTGATAT TTTCGTATTC GACAAATTAC
401    GCCGTCTGAA AGCGTGGTGG ATTGCCCCGG CCGCATCAAC CGTCATCGGC
451    AATGCACTGG ACACGTTAGT ATTTTTTGCC GTTGCCTTTT ACGCAAGCAG
501    CGATGAATTT ATGGCGGCAA ACTGGCAGGG CATCGCTTTT GTCGATTACC
551    TGTTCAAACT TACCGTCTGC ACCCTCTTCT TCCTGCCCGC CTACGGCGTG
601    ATACTGAATC TGCTGACGAA AAAACTGACG GCCCTGCAAA CCAAACAGGC
651    GCAAGACCGC CCCGTGCCCT CGCTGCAAAA TCCGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 266>：
  1    MYALTAAQQQ KALFRLVLFH ILIIAASNYL VQFPFRIFGI HTTW GAFSFP
 51    FIFLATDLTV RIFGSHLARR IIFWVMFPAL SLSYVFSVLF HNGSWTGLGA
101    PSQ FNTFVGR IALASFAAYA LGQILDIFVF DKLRRLKAWW IAPAA STVIG
151    NALDTLVFFA VAFYASSDEF MAANWQGIA F VDYLFKLTVC TLFFLPAYGV
201    ILNLLTKKLT ALQTKQAQDR PVPSLQNP*
另一个注释的序列是：
  1    MYALTAAQQQ KALFRLVLFH ILIIAASNYL VQFPFRIFGI HTTWGAFSFP
 51    FIFLATDLTV RIFGSHLARR  IIFWVMFPAL LLSYVFSVLF HNGSWTGLGA
101    LSQFNTFVGR IA LASFAAYA LGQILDIFVF DKLRRLKAWW IAPAAS TVIG
151    NALDTLVFFA VAFYASSDEF MAANWQGIAF VDYLFKLT VC TLFFLPAYGV
201    ILNLLTKKLT ALQTKQAQDR PVPSLQNP*
ORF66ng和ORF66-1在228个氨基酸的重叠区内有96.1％的相同性：
orf66-1.pep  MYAFTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFQIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
             |||:|||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf66ng      MYALTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFRIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
orf66-1.pep  RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSEFNTFVGRIALASFAAYA 120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf66ng      RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSQFNTFVGRIALASFAAYA 120
orf66-1.pep  IGQILDIFVFNKLRRLKAWWIAPTASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDGFMAANWQGIAF 180
             :|||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf66ng      LGQILDIFVFDKLRRLKAWWIAPAASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDEFMAANWQGIAF 180
orf66-1.pep  VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILNLLTKKLTTLQTKQAQDRPAPSLQNPX  229
             ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||||
orf66ng      VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILNLLTKKLTALQTKQAQDRPVPSLQNPX  229
另外，ORF66ng显示出与大肠杆菌的ORF有明显的同源性：
sp|P37619|YHHQ_ECOLI FTSY-NIKA基因间区域中的假设的25.3KD蛋白(O221)
>gi|1073495|pir||S47690假设蛋白o221-大肠杆菌>gi|466607(U00039)没有发现确定线[大肠杆菌]
>gi|1789882(AE000423)ftsY-nikA基因间区域中假设的25.3kD蛋白[大肠杆菌]长度＝221
评分＝273位(692)，估计值＝5e-73
相同性＝132/203(65％)，阳性＝155/203(76％)
询问：1    MYALTAAQQQKALFRLVLFHILIIAASNYLVQFPFRIFGIHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
            M   +  Q+ KALF L LFH+L+I +SNYLVQ P  I G HTTWGAFSFPFIFLATDLTV
目标：1    MNVFSQTQRYKALFWLSLFHLLVITSSNYLVQLPVSILGFHTTWGAFSFPFIFLATDLTV 60
询问：61   RIFGSHLARRIIFWVMFPALLLSYVFSVLFHNGSWTGLGALSQFNTFVGRIALASFAAYA 120
            RIFG+ LARRIIF VM PALL+SYV S LF+ GSW G GAL+ FN FV RIA ASF AYA
目标：61   RIFGAPLARRIIFAVMIPALLISYVISSLFYMGSWQGFGALAHFNLFVARIATASFMAYA 120
询问：121  LGQILDIFVFDKLRRLKAWWIAPAASTVIGNALDTLVFFAVAFYASSDEFMAANWQGIAF 180
            LGQILD+ VF++LR+ + WW+AP AST+ GN  DTL FF +AF+ S D FMA +W  IA
目标：121  LGQILDVHVFNRLRQSRRWWLAPTASTLFGNVSDTLAFFFIAFWRSPDAFMAEHWMEIAL 180
询问：181  VDYLFKLTVCTLFFLPAYGVILN 203
            VDY FK+ +  +FFLP YGV+LN
目标：181  VDYCFKVLISIVFFLPMYGVLLN 203
根据该分析结果(包括与大肠杆菌蛋白质同源以及淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例32
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 267>：
  1    ATGGTCATAA AATATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC
 51    AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAAyGCA GTmwrAATAT
101    CTGAAACTGT TTCAGTTGAT ACCGGACAAG GTGCGAAAAT TCATAAGTTT
151    GTACCTAAAA ATAGTAAAAC TTATTCATCT GATTTAATAA AAACGGTAGA
201    TTTAACACAC AyyCCTACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA
251    CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGG CGGGGGTCGG CAAACTTGCC
301    CGCTTAGgCG CGAAATTCAG CACAAGGGCG GTtCCCTATG TCGGAACAGC
351    CcTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAAcTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC
401    GAGGCTACCA ATACGACCCC GAAACCGACA AATTTGTAAA AGGCTACGAA
451    TATAGTAATT GCCTTTGGTA CGAAGACAAA AGACGTATTA ATAGAACCTA
501    TGGCTGCTAC GGCGTTGAT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 268；ORF72>：
  1    MVIKYTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VXISETVSVD TGQGAKIHKF
 51    VPKNSKTYSS DLIKTVDLTH XPTGAKARIN AKITASVSRA GVLAGVGKLA
101    RLGAKFSTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGYQYDP ETDKFVKGYE
151    YSNCLWYEDK RRINRTYGCY GVD..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 269>：
  1    ATGGTCATAA AATATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC
 51    AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAATGCA GTAAAAATAT
101    CTGAAACTGT TTCAGTTGAT ACCGGACAAG GTGCGAAAAT TCATAAGTTT
151    GTACCTAAAA ATAGTAAAAC TTATTCATCT GATTTAATAA AAACGGTAGA
201    TTTAACACAC ATCCCTACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA
251    CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGG CGGGGGTCGG CAAACTTGCC
301    CGCTTAGGCG CGAAATTCAG CACAAGGGCG GTTCCCTATG TCGGAACAGC
351    CCTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAACTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC
401    GAGGCTACCA ATACGACCCC GAAACCGACA AATTTGCAAA GGTCTCAGGC
451    TAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 270；ORF72-1>：
  1    MVIKYTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETVSVD TGQGAKIHKF
 51    VPKNSKTYSS DLIKTVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLAGVGKLA
101    RLGAKFSTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGYQYDP ETDKFAKVSG
151    *
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF72与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF72a)在重叠的147个氨基酸内有98.0％的相同性。
                     10        20         30        40        50        60
orf72.pep    MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVXISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
             |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf72a       MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
                     10        20         30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf72.pep    DLIKTVDLTHXPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
             |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf72a       DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170
orf72.pep    HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFVKGYEYSNCLWYEDKRRINRTYGCYGVD
             |||||||||||||||||||||||||:|
orf72a       HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
                    130       140       150
全长ORF72a核苷酸序列<SEQ ID 271>是：
  1    ATGGTCATAA AATATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC
 51    AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAATGCA GTAAAAATAT
101    CTGAAACTGT TTCAGTTGAT ACCGGACAAG GTGCGAAAAT TCATAAGTTT
151    GTACCTAAAA ATAGTAAAAC TTATTCATCT GATTTAATAA AAACGGTAGA
201    TTTAACACAC ATCCCTACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA
251    CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGG CGGGGGTCGG CAAACTTGCC
301    CGCTTAGGCG CGAAATTCAG CACAAGGGCG GTTCCCTATG TCGGAACAGC
351    CCTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAACTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC
401    GAGGCTACCA ATACGACCCC GAAACCGACA AATTTGCAAA GGTCTCAGGC
451    TAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 272>：
  1    MVIKYTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETVSVD TGQGAKIHKF
 51    VPKNSKTYSS DLIKTVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLAGVGKLA
101    RLGAKFSTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGYQYDP ETDKFAKVSG
151    *
ORF72a和ORF72-1在150个氨基酸的重叠区内有100.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf72a.pep  MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf72-1     MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf72a.pep  DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf72-1     DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150
orf72a.pep  HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
            |||||||||||||||||||||||||||||||
orf72-1     HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
                  130       140       150
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF72与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF72.ng)在重叠的173个氨基酸内有89％的相同性：
orf72.pep  MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVXISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS  60
           || |:|||||||||||||||||||||||||| ||||:|||||||||:||||||:|: |||
orf72ng    MVTKHTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETLSVDTGQGAKVHKFVPKSSNIYSS  60
orf72.pep  DLIKTVDLTHXPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA  120
           || |:||||| ||||||||||||||||||||||:|||||:| ||||:|||||||||||||
orf72ng    DLTKAVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLSGVGKLVRQGAKFGTRAVPYVGTALLA  120
orf72.pep  HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFVKGYEYSNCLWYEDKRRINRTYGCYGVD         173
           ||||||||||||||||| :||||||||||||:|||||||:|||||||||||||
orf72ng    HDVYETFKEDIQARGCRYDPETDKFVKGYEYANCLWYEDERRINRTYGCYGVDSSIMRLM  180
预计ORF72ng核苷酸序列<SEQ ID 273>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID274>：
  1    MVTKHTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETLSVD TGQGAKVHKF
 51    VPKSSNIYSS DLTKAVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLSGVGKLV
101    RQGAKFGTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGCRYDP ETDKFVKGYE
151    YANCLWYEDE RRINRTYGCY GVDSSIMRLM PDRSRFPEVK QLMESQMYRL
201    ARPFWNWRKE ELNKLSSLDW NNFVLNRCTF DWNGGGCAVN KGDDFRAGAS
251    FSLGRNPKYK EEMDAKKPEE ILSLKVDADP DKYIEATGYP GYSEKVEVAP
301    GTKVNMGPVT DRNGNPVQVA ATFGRDAQGN TTADVQVIPR PDLTPASAEA
351    PHAQPLPEVS PAENPANNPD PDENPGTRPN PEPDPDLNPD ANPDTDGQPG
401    TSPDSPAVPD RPNGRHRKER KEGEDGGLSC DYFPEILACQ EMGKPSDRMF
451    HDISIPQVTD DKTWSSHNFL PSNGVCPQPK TFHVFGRQYR ASYEPLCVFA
501    EKIR FAVLLA FI IMSAFVVF GSLGGE*
在进一步分析后，鉴定出下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 275>：
  1    ATGGTCACAA AACATACAAA TTTGAATTTT GCGAAATTGT CGATAATTGC
 51    AATTTTGATG ATGTATTCGT TTGAAGCGAA TGCAAATGCA GTAAAAATAT
101    CTGAAACTCT TTCGGTTGAT ACCGGACAAG GCGCGAAAGT TCATAAGTTC
151    GTTCCTAAAT CAAGTAATAT TTATTCATCT GATTTAACAA AAGCGGTAGA
201    TTTAACGCAT ATCCCCACGG GCGCAAAAGC CCGAATCAAC GCCAAAATAA
251    CCGCCAGCGT ATCCCGCGCC GGCGTATTGT CGGGGGTCGG CAAACTTGTC
301    CGCCAAGGCG CGAAATTCGG CACAAGGGCG GTTCCCTATG TCGGAACAGC
351    CCTTTTAGCC CACGACGTAT ACGAAACTTT CAAAGAAGAC ATACAGGCAC
401    GAGGCTGCCG ATACGATCCC GAAACCGACA AATTT
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 276；ORF72ng-1>：
  1    MVTKHTNLNF AKLSIIAILM MYSFEANANA VKISETLSVD TGQGAKVHKF
 51    VPKSSNIYSS DLTKAVDLTH IPTGAKARIN AKITASVSRA GVLSGVGKLV
101    RQGAKFGTRA VPYVGTALLA HDVYETFKED IQARGCRYDP ETDKF
ORF72ng-1和ORF721-1在145个氨基酸的重叠区内有89.7％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf72ng-1.pe MVTKHTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETLSVDTGQGAKVHKFVPKSSNIYSS
             || |:|||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||:||||||:|: |||
orf72-1      MVIKYTNLNFAKLSIIAILMMYSFEANANAVKISETVSVDTGQGAKIHKFVPKNSKTYSS
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf72ng-1.pe DLTKAVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLSGVGKLVRQGAKFGTRAVPYVGTALLA
             || |:||||||||||||||||||||||||||||:|||||:| ||||:|||||||||||||
orf72-1      DLIKTVDLTHIPTGAKARINAKITASVSRAGVLAGVGKLARLGAKFSTRAVPYVGTALLA
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140
orf72ng-1.pe HDVYETFKEDIQARGCRYDPETDKF
             ||||||||||||||| :||||||||
orf72-1      HDVYETFKEDIQARGYQYDPETDKFAKVSGX
                    130       140       150
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列以及数个跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例33
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 277>：
  1    ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAGATTAT
 51    GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGCTGGG CGGCGGCTGG ACGTTGTTTT
101    TGATGGCGGC AGGTTTTGCC GCCGGCGTGC TGATGCTCAG GCAAACCGGG
151    CTGACCGGT CTTTTATTGG CGGGCGCGGC AATGAGAAGC GGCGGGAAGG
201    TATCCGTTTA TCAGATGTTG TGGCCTATC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 278；ORF73>：
 1    MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAAGFA AGVLMLRQTG
51    LTGLLLAGAA MRSGGKVSVY QMLWPI..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 279>：
  1    ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAGATTAT
 51    GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGCTGGG CGGCGGCTGG ACGTTGTTTT
101    TGATGGCGGC AGGTTTTGCC GCCGGCGTGC TGATGCTCAG GCATACGGGG
151    CTGTCCGGTC TTTTATTGGC GGGCGCGGCA ATGAGAAGCG GCGGGAGGGT
201    ATCCGTTTAT CAGATGTTGT GGCCTATCCG TTATACGGTG GCGGCTGTGT
251    GTCTGATGAG TCCGGGATTC GTATCCTCGG TGTTGGCGGT ATTGCTGCTG
301    CTGCCGTTTA AGGGAGGGGC AGTGTTGCAG GCAGGAGGTG CGGAAAATTT
351    TTTCAACATG AACCAATCGG GCAGAAAAGA GGGCTTTTCC CGCGATGACG
401    ATATTATCGA GGGAGAATAT ACGGTTGAAG AGCCTTACGG CGGCAATCGT
451    TCCCGAAACG CCATCGAACA CAAAAAAGAC GAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 280；ORF73-1>：
  1    MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAAGFA AGVLMLRHTG
 51    LSGLLLAGAA MRSGGRVSVY QMLWPIRYTV AAVC LMSPGF VSSVLAVLLL
101    LPFKGGAVLQ AGGAENFFNM NQSGRKEGFS RDDDIIEGEY TVEEPYGGNR
151    SRNAIEHKKD E*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF73与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF73a)在重叠的76个氨基酸内有90.8％的相同性：
                     10        20        30        40         50        60
orf73.pep    MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRQTGLTGLLLAGAA
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:|||:|||:||||||||
orf73a       MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVVMLRHTGLSGLLLAGAA
                     10        20        30        40         50        60
                     70
orf73.pep    MRSGGKVSVYQMLWPI
             |||||:|||| ||| |
orf73a       MRSGGRVSVYXMLWXIRYTVAAVC XMSPGFVSSVXAVLLXLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
全长ORF73a核苷酸序列<SEQ ID 281>是：
  1    ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAGATTAT
 51    GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGTTGGG CGGCGGTTGG ACGCTGTTTC
101    TAATGGCGGC AACCTTTGCC GCCGGCGTGG TGATGCTCAG GCATACGGGG
151    CTGTCCGGTC TTTTATTGGC GGGCGCGGCA ATGAGAAGCG GCGGGAGGGT
201    ATCCGTTTAT CANATGTTGT GGCNTATCCG TTATACGGTG GCGGCGGTGT
251    GTCNGATGAG TCCGGGATTC GTATCCTCGG TGTNGGCGGT ATTGCTGNTG
301    CTNCCGTTTA AGGGAGGTGC AGTGTTGCAG GCAGGAGGTG CGGAAAATTT
351    TTTCAACATG AACCANTCGG GCAGAAAAGA NGGCNTTTCC CGCGATGACG
401    ATATTATCGA GGGGGAATAT ACGGTTGAAG ANCCTTACGG CGGCANTCGT
451    TTCCGAAACG CCNTNGAACA CAAAAAAGAC GAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 282>：
  1    MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAATFA AGVVMLRHTG
 51    LSGLLLAGAA MRSGGRVSVY XMLWXIRYTV AAVC XMSPGF VSSVXAVLLX
101    LPFKGGAVLQ AGGAENFFNM NXSGRKXGXS RDDDI IEGEY TVEXPYGGXR
151    FRNAXEHKKD E*
ORF73a和ORF73-1在161个氨基酸的重叠区内有91.3％的相同性
                    10        20        30        40        50        60
orf73a.pep  MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVVMLRHTGLSGLLLAGAA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:||||||||||||||||
orf73-1     MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf73a.pep  MRSGGRVSVYXMLWXIRYTVAAVCXMSPGFVSSVXAVLLXLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
            |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
orf73-1     MRSGGRVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160
orf73a.pep  NXSGRKXGXSRDDDIIEGEYTVEXPYGGXRFRNAXEHKKDEX
            | |||| | |||||||||||||| |||| | ||| |||||||
orf73-1     NQSGRKEGFSRDDDIIEGEYTVEEPYGGNRSRNAIEHKKDEX
                   130       140       150       160
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF73与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF73.ng)在重叠的76个氨基酸内有92.1％的相同性：
orf73.pep  MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRQTGLTGLLLAGAA  60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||:|||:||||||||
orf73ng    MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA  60
orf73.pep  MRSGGKVSVYQMLWPI                                              76
           ::|:||||||||||||
orf73ng    VKSSGKVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM  120
全长ORF73ng核苷酸序列<SEQ ID 283>是：
  1    ATGAGATTTT TCGGTATCGG TTTTTTGGTG CTGCTGTTTT TGGAAATTAT
 51    GTCGATTGTG TGGGTTGCCG ATTGGCTGGG CGGCGGTTGG AcgcTGTTTC
101    TAATGGCGGC AACCTTTGCC GCCGGTGTGC TGATGCTCAG GCATAcggGG
151    CTGTCCGGTC TTTTATTGGC TGGCGCGGCG GTAAAAagta gtgGGAAGGT
201    ATCTGTTTAT CagatgtTGT GGCCTATCCG TTATAcggtg gcggcggtgT
251    GTCTGatgag tCcggGATTC GTATCCTccg tgttggCGGT ATTGCTGCTG
301    CTGCcgttta aggGaggGgc agtgttgcag gcaggaggtg cggaaaATTT
351    TTTCAACATg aaCcaatcgg gcagaaAaga gggatttttc cacgatgacg
401    atattatcga gggagaatat acggttgaaa aacctgacgg cggcaatcgt
451    tcccgaAAcg ccatcgaaca cgaaaAagac gaataA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 284>：
  1    MRFFGIGFLV LLFLEIMSIV WVADWLGGGW TLFLMAATFA AGVLMLRHTG
 51    LSGLLLAGAA VKSSGKVSVY QMLWPIRYTV AAVC LMSPGF VSSVLAVLLL
101    LPFKGGAVLQ AGGAENFFNM NQSGRKEGFF HDDDIIEGEY TVEKPDGGNR
151    SRNAIEHEKD E*
ORF73ng和ORG73-1在161个氨基酸的重叠区内有93.8％的相同性
                    10        20        30        40        50        60
orf73-1.pep MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAAGFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
orf73ng     MRFFGIGFLVLLFLEIMSIVWVADWLGGGWTLFLMAATFAAGVLMLRHTGLSGLLLAGAA
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf73-1.pep MRSGGRVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
            ::|:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf73ng     VKSSGKVSVYQMLWPIRYTVAAVCLMSPGFVSSVLAVLLLLPFKGGAVLQAGGAENFFNM
                    70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160
orf73-1.pep    NQSGRKEGFSRDDDIIEGEYTVEEPYGGNRSRNAIEHKKDEX
               ||||||||| :||||||||||||:| |||||||||||:||||
orf73ng        NQSGRKEGFFHDDDIIEGEYTVEKPDGGNRSRNAIEHEKDEX
                      130       140       150       160
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列以及推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例34
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 285>：
  1    ATGTTTGTTT TTCAGACGGC ATTCTT.ATG TTTCAGAAAC ATTTGCAGAA
 51    AGCCTCCGAC AGCGTCGTCG GAGGGACATT ATACGTGGTT GCCACGCCCA
101    TCGGCAATTT GGCGGACATT ACCCTGCGCG CTTTGGCGGT ATTGCAAAAG
151    GCG....... .....GCCGA AGACACGCGC GTTACCGCAC AGCTTTTGAG
201    CGCGTACGGC ATTCAGGGCA AACTCGTCAG TGTGCGCGAA CACAACGAAC
251    GGCAGATGGC GGACAAGATT GTCGGCTATC TTTCAGACGG CATGGTTGTG
301    GCACAGGTTT CCGATGCGGG TACGCCGGCC GTGTGCGACC CGGGCGCGAA
351    ACTCGCCCGC CGCGTGCGTG AGGCCGGGTT TAAAGTCGTT CCCGTCGTGG
401    GCGCAAC.GC GGTGATGGCG GCTTTGAGCG TGGCCGGTGT GGAAGGATCC
451    GATTTTTATT TCAACGGTTT TGTACCGCCG AAATCGGGAG AACGCAGGAA
501    ACTGTTTGCC AAATGGGTGC GGGCGGCGTT TCCTATCGTC ATGTTTGAAA
551    CGCCGCACCG CATCGGTGCA GCGCTTGCCG ATATGGCGGA ACTGTTCCCC
601    GAACGCCGAT TAATGCTGGC GCGCGAAATT ACGAAAACGT TTGAAACGTT
651    CTTAAGCGGC ACGGTTGGGG AAATTCAGAC GGCATTGTCT GCCGACGGCG
701    ACCAATCGCG CGGCGAGATG GTGTTGGTGC TTTATCCGGC GCAGGATGAA
751    AAACACGAAG GCTTGTCCGA GTCCGCGCAA AACATCATGA AAATCCTCAC
801    AGCCGAGCTG CCGACCAAAC AGGCGGCGGA GCTTGCTGCC AAAATCACGG
851    GCGAGGGAAA GAAAGCTTTG TACGAT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 286；ORF75>：
  1    MFVFQTAFXM FQKHLQKASD SVVGGTLYVV ATPIGNLADI TLRALAVLQK
 51    A....AEDTR VTAQLLSAYG IQGKLVSVRE HNERQMADKI VGYLSDGMVV
101    AQVSDAGTPA VCDPGAKLAR RVREAGFKVV PVVGAXAVMA ALSVAGVEGS
151    DFYFNGFVPP KSGERRKLFA KWVRAAFPIV MFETPHRIGA ALADMAELFP
201    ERRLMLAREI TKTFETFLSG TVGEIQTALS ADGDQSRGEM VLVLYPAQDE
251    KHEGLSESAQ NIMKILTAEL PTKQAAELAA KITGEGKKAL YD..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 287>：
  1    ATGTTTCAGA AACATTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC
 51    ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCGGAC ATTACCCTGC
101    GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATCTGTGC CGAAGACACG
151    CGCGTTACCG CACAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAAACTCGT
201    CAGTGTGCGC GAACACAACG AACGGCAGAT GGCGGACAAG ATTGTCGGCT
251    ATCTTTCAGA CGGCATGGTT GTGGCACAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG
301    GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GTGAGGCCGG
351    GTTTAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTGATG GCGGCTTTGA
401    GCGTGGCCGG TGTGGAAGGA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG
451    CCGAAATCGG GAGAACGCAG GAAACTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC
501    GTTTCCTATC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGCATCGGT GCGACGCTTG
551    CCGATATGGC GGAACTGTTC CCCGAACGCC GATTAATGCT GGCGCGCGAA
601    ATTACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA
651    GACGGCATTG TCTGCCGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG
701    TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCCGCG
751    CAAAACATCA TGAAAATCCT CACAGCCGAG CTGCCGACCA AACAGGCGGC
801    GGAGCTTGCT GCCAAAATCA CGGGCGAGGG AAAGAAAGCT TTGTACGATC
851    TGGCTCTGTC TTGGAAAAAC AAATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 288；ORF75-1>：
  1    MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADI ICAEDT
 51    RVTAQLLSAY GIQGKLVSVR EHNERQMADK IVGYLSDGMV VAQVSDAGTP
101    AVCDPGAKLA RRVREAGFK V VPVVGASAVM AALSVAGVEG SDFYFNGFVP
151    PKSGERRKLF AKWVRAAFPI VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE
201    ITKTFETFLS GTVGEIQTAL SADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA
251    QNIMKILTAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF75与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF75a)在重叠的283个氨基酸内有95.8％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf75.pep    MFVFQTAFXMFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKAXXXXAEDTR
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||
orf75a                MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTR
                               10        20        30        40        50
                     70        80        90       100       110       120
orf75.pep    VTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf75a       VTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR
                    60        70        80        90       100       110
                    130        140        150       160       170       180
orf75.pep    RVREAGFK VVPVVGAXAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIV
             ||||:||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||:|||:|
orf75a       RVREVGFK VVPVVGASAVMAALSVAGVAGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRVAFPVV
                   120        130        140       150       160       170
                    190       200       210       220       230       240
orf75.pep    MFETPHRIGAALADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGEM
             |||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||
orf75a       MFETPHRIGATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEM
                   180       190       200       210       220       230
                    250       260       270       280       290
orf75.pep    VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf75a       VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNK
                   240       250       260       270       280       290
orf75a       X
全长ORF75a核苷酸序列<SEQ ID 289>是：
  1    ATGTTTCAGA AACATTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC
 51    ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCGGAC ATTACCCTGC
101    GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATCTGTGC CGAAGACACG
151    CGCGTTACCG CGCAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAAACTCGT
201    CAGCGTGCGC GAACACAACG AACGGCAGAT GGCGGACAAG ATTGTCGGCT
251    ATCTTTCAGA CGGCATGGTT GTGGCACAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG
301    GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GTGAGGTCGG
351    GTTTAAAGTT GTCCCTGTTG TCGGCGCAAG CGCGGTGATG GCGGCTTTGA
401    GTGTGGCTGG TGTGGCGGGA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG
451    CCGAAATCGG GCGAACGTAG GAAATTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGTGGC
501    GTTTCCCGTC GTGATGTTTG AAACGCCGCA CCGCATCGGG GCGACGCTTG
551    CCGATATGGC GGAACTGTTC CCCGAACGCC GATTAATGCT GGCGCGCGAA
601    ATCACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA
651    GACGGCATTG GCGGCGGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG
701    TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCCGCG
751    CAAAACATCA TGAAAATCCT CACAGCCGAG CTGCCGACCA AACAGGCGGC
801    GGAGCTTGCC GCCAAAATCA CGGGCGAGGG AAAAAAAGCT TTGTACGATC
851    TGGCACTGTC TTGGAAAAAC AAATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 290>：
  1    MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADI ICAEDT
 51    RVTAQLLSAY GIQGKLVSVR EHNERQMADK IVGYLSDGMV VAQVSDAGTP
101    AVCDPGAKLA RRVREVGFK V VPVVGASAVM AALSVAGVAG SDFYFNGFVP
151    PKSGERRKLF AKWVRVAFPV VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE
201    ITKTFETFLS GTVGEIQTAL AADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA
251    QNIMKILTAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
ORF75a和ORF75-1在291个氨基酸的重叠区内有98.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf75a.pep   MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAY
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf75-1      MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAY
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf75a.pep   GIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREVGFKV
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||
orf75-1      GIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKV
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf75a.pep   VPVVGASAVMAALSVAGVAGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRVAFPVVMFETPHRIG
             |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||
orf75-1      VPVVGASAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIG
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf75a.pep m ATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf75-1      ATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGNQSRGEMVLVLYPAQD
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290
orf75a.pep   EKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 orf75-1     EKHEGLSESAQNKMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
                    250       260       270       280       290
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF75与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF75.ng)在重叠的292个氨基酸内有93.2％的相同性：
orf75.pep    MFVFQTAFXMFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKA----AEDTR   56
             | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||
orf75ng      MSVFQTAFFMFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTR   60
orf75.pep    VTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR  116
             |||||||||||||:|||||||||||||||::|:||||:||||||||||||||||||||||
orf75ng      VTAQLLSAYGIQGRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLAR  120
orf75.pep    RVREAGFKVVPVVGAXAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIV  176
             ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||:|
orf75ng      RVREAGFKVVPVVGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVV  180
orf75.pep    MFETPHRIGAALADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGEM  236
             ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||
orf75ng      MFETPHRIGATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEM  240
orf75.pep    VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD          288
             ||||||||||||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||
orf75ng      VLVLYPAQDEKHEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNK  300
预计ORF75ng核苷酸序列<SEQ ID 291>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID292>：
  1    MSVFQTAFFM FQKHLQKASD SVVGGTLYVV ATPIGNLADI TLRALAVLQK
 51    ADIICAEDTR VTAQLLSAYG IQGRLVSVRE HNERQMADKV IGFLSDGLVV
101    AQVSDAGTPA VCDPGAKLAR RVREAGFK VV PVVGASAVMA ALSVAGVAES
151    DFYFNGFVPP KSGERRKLFA KWVRAAFPVV MFETPHRIGA TLADMAELFP
201    ERRLMLAREI TKTFETFLSG TVGEIQTALA ADGNQSRGEM VLVLYPAQDE
251    KHEGLSESAQ NAMKILAAEL PTKQAAELAA KITGEGKKAL YDLALSWKNK
301    *
在进一步分析后，鉴定出下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 293>：
  1    ATGTTTCAGA AACACTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC
 51    ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCAGAC ATTACCCTGC
101    GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATTTGTGC CGAAGACACG
151    CGCGTTACTG CGCAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAGGTTGGT
201    CAGTGTGCGC GAACACAACG AGCGGCAGAT GGCGGACAAG GTAATCGGTT
251    TCCTTTCAGA CGGCCTGGTT GTGGCGCAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG
301    GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GCGAAGCAGG
351    GTTCAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTAATG GCGGCGTTGA
401    GTGTGGCCGG TGTGGCGGAA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG
451    CCGAAATCGG GCGAACGTAG GAAATTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC
501    ATTTCCTGTC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGAATCGGG GCAACGCTTG
551    CCGATATGGC GGAATTGTTC CCCGAACGCC GTCTGATGCT GGCGCGCGAA
601    ATCACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA
651    GACGGCATTG GCGGCGGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG
701    TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCTGCG
751    CAAAATGCGA TGAAAATCCT TGCGGCCGAG CTGCCGACCA AGCAGGCGGC
801    GGAGCTTGCC GCCAAGATTA CAGGTGAGGG CAAAAAGGCT TTGTACGATT
851    TGGCACTGTC GTGGAAAAAC AAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 294；ORF75ng-1>：
  1    MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT
 51    RVTAQLLSAY GIQGRLVSVR EHNERQMADK VIGFLSDGLV VAQVSDAGTP
101    AVCDPGAKLA RRVREAGFK V VPVVGASAVM AALSVAGVAE SDFYFNGFVP
151    PKSGERRKLF AKWVRAAFPV VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE
201    ITKTFETFLS GTVGEIQTAL AADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA
251    QNAMKILAAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
ORF75ng-1和ORF75-1在291个氨基酸的重叠区内有96.2％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf75-1.pep     MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAY
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf75ng-1       MFQKHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAY
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf75-1.pep     GIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKV
                ||||:|||||||||||||||::|:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
orf75ng-1       GIQGRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKV
                70        80        90       100       110       120
               130       140       150       160       170       180
orf75-1.pep VPVVGASAVMAALSVAGVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIG
            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf75ng-1   VPVVGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIG
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf75-1.pep ATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGNQSRGEMVLVLYPAQD
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf75ng-1   ATLADMAELFPERRLMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQD
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290
orf75-1.pep EKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
            |||||||||||| ||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf75ng-1   EKHEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
                   250       260       270       280       290
另外，ORG75ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白明显同源：
sp|P45528|YRAL_ECOLI AGAI-MTR基因间区域中的假设的31.3KD蛋白(F286)
>ig|606086(U18997)ORF_f286[大肠杆菌]
>ig|1789535(AE000395)agai-mtr基因间区域中的假设的31.3kD蛋白[大肠杆菌]长度＝286
评分＝218位(550)，估计值＝3e-56
相同性＝128/284(45％)，阳性＝171/284(60％)，空隙＝4/284(1％)
询问：4    KHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQ 63
            K  Q A+S    G LY+V TPIGNLADIT RAL VLQ  D+I AEDTR T   LL +GI
目标：2    KQHQSADNSQ--GQLYIVPTPIGNLADITQRALEVLQAVDLIAAEDTRHTGLLLQHFGIN 59
询问：64   GRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPV 123
             RL ++ +HNE+Q A+ ++  L +G  +A VSDAGTP + DPG  L R  REAG +VVP+
目标：60   ARLFALHDHNEQQKAETLLAKLQEGQNIALVSDAGTPLINDPGYHLVRTCREAGIRVVPL 119
询问：124  VGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIGATL 183
             G  A + ALS AG+    F + GF+P KS  RR            ++ +E+ HR+  +L
目标：120  PGPCAAITALSAAGLPSDRFCYEGFLPAKSKGRRDALKAIEAEPRTLIFYESTHRLLDSL 179
询问：184  ADMAELFPERR-LMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEK 242
             D+  +  E R ++LARE+TKT+ET     VGE+   +  D N+ +GEMVL++      +
目标：180  EDIVAVLGESRYVVLARELTKTWETIHGAPVGELLAWVKEDENRRKGEMVLIV-EGHKAQ 238
询问：243  HEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLAL 286
             E L   A   + +L AELP K+AA LAA+I G  K ALY  AL
目标：239  EEDLPADALRTLALLQAELPLKKAAALAAEIHGVKKNALYKYAL 282
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的该蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例35
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 295>：
 1    ATGAAACAGA AAAAAACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCAA TGTTGGCAGG
51    TTTTGCGGCA GC.AAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCTTTG ..........
                                  //
651    .......... ...GAGTTGG TCAGAAACCA GTTGGAGCAG GGTTTGAGAC
701    AGGAAAAAGC CCGCTTGAAA ATCGATGCCC TTTTGGAAGA AAACGGTGTC
751    AAACCGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 296；ORF76>：
  1    MKQKKTAAAV IAAMLAGFAA XKAPEIDPAL .......... ..........
                                 //
201    .......... .......... ELVRNQLEQG LRQEKARLKI DALLEENGVK
251    P*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 297>：
  1    ATGAAACAGA AAAAAACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCAA TGTTGGCAGG
 51    TTTTGCGGCA GCCAAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCTTTG GTGGATACGC
101    TGGTGGCGCA GATCATGCAG CAGGCAGACC GGCATGCGGA GCAGTCCCAA
151    AAACCGGACG GGCAGGCAAT CCGAAACGAT GCCGTCCGCC GGCTACAAAC
201    TTTGGAAGTT TTGAAAAACA GGGCATTGAA GGAAGGTTTG GATAAGGATA
251    AGGATGTCCA AAACCGCTTT AAAATCGCCG AAGCGTCTTT TTATGCCGAG
301    GAGTACGTCC GTTTTCTGGA ACGTTCGGAA ACGGTTTCCG AAGACGAGCT
351    GCACAAGTTT TACGAACAGC AAATCCGCAT GATCAAATTG CAGCAGGTCA
401    GCTTCGCAAC CGAAGAGGAG GCGCGTCAGG CGCAGCAGCT CCTGCTCAAA
451    GGGCTGTCTT TTGAAGGGCT GATGAAGCGT TATCCGAACG ACGAGCAGGC
501    TTTTGACGGT TTCATTATGG CGCAGCAGCT TCCCGAGCCG CTGGCTTCGC
551    AGTTTGCCGC GATGAATCGG GGCGACGTTA CCCGCGATCC GGTCAAATTG
601    GGCGAACGCT ATTATCTGTT CAAACTCAGC GAGGTCGGGA AAAACCCCGA
651    CGCGCAGCCT TTCGAGTTGG TCAGAAACCA GTTGGAGCAG GGTTTGAGAC
701    AGGAAAAAGC CCGCTTGAAA ATCGATGCCC TTTTGGAAGA AAACGGTGTC
751    AAACCGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 298；ORF76-1>：
  1    MKQKKTAAAV IAAMLAGFAA AKAPEIDPAL VDTLVAQIMQ QADRHAEQSQ
 51    KPDGQAIRND AVRRLQTLEV LKNRALKEGL DKDKDVQNRF KIAEASFYAE
101    EYVRFLERSE TVSEDELHKF YEQQIRMIKL QQVSFATEEE ARQAQQLLLK
151    GLSFEGLMKR YPNDEQAFDG FIMAQQLPEP LASQFAAMNR GDVTRDPVKL
201    GERYYLFKLS EVGKNPDAQP FELVRNQLEQ GLRQEKARLK IDALLEENGV
251    KP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF76与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF76a)在重叠的30个氨基酸中有96.7％的相同性，在31个氨基酸的重叠区内有96.8％的相同性：
                     10        20         30
orf76.pep    MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAXKAPEIDPAL
             |||||||||||||||||||| || |||||||
orf76a       MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQKPDGQAIRND
                     10        20         30        40        50        60
                      //
                                            70        80        90
orf76.pep                                 XELVRNQLEQGLRQEKARLKIDALLEENGVKPX
                                          |||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf76a       DVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLKIDAILEENGVKPX
                   200       210       220       230       240       250
全长ORF76a核苷酸序列<SEQ ID 299>是：
  1    ATGAAACAGA AAAAAACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCAA TGTTGGCAGG
 51    TTTTGCGGCA GCCAAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCTTTG GTGGATACGC
101    TGGTGGCGCA GATCATGCAG CAGGCAGACC GGCATGCGGA GCAGTCCCAA
151    AAACCGGACG GGCAGGCAAT CCGAAACGAT GCCGTCCGTC GGCTGCAAAC
201    TTTGGAAGTT TTGAAAAACA GGGCATTGAA GGAAGGTTTG GATAAGGATA
251    AGGATGTCCA AAACCGCTTT AAAATCGCCG AAGCGTCTTT TTATGCCGAG
301    GAGTACGTCC GTTTTCTGGA ACGTTCGGAA ACGGTTTCCG AAAGCGCACT
351    GCGTCAGTTT TATGAGCGGC AAATCCGCAT GATCAAATTG CAGCAGGTCA
401    GCTTCGCAAC CGAAGAGGAG GCGCGTCAGG CGCAGCAGCT CCTGCTCAAA
451    GGGCTGTCTT TTGAAGGGCT GATGAAGCGT TATCCGAACG ACGAGCAGGC
501    TTTTGACGGT TTCATTATGG CGCAGCAGCT TCCCGAGCCG CTGGCTTCGC
551    AGTTTGCAGC GATGAATCGG GGCGACGTTA CCCGCGATCC GGTCAAATTG
601    GGCGAACGCT ATTATCTGTT CAAACTCAGC GAGGTCGGGA AAAACCCCGA
651    CGCGCAGCCT TTCGAGTTGG TCAGAAACCA GTTGGAACAA GGTTTGAGAC
701    AGGAAAAAGC CCGCTTGAAA ATCGATGCCA TTTTGGAAGA AAACGGTGTC
751    AAACCGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 300>：
  1    MKQKKTAAAV IAAMLAGFAA AKAPEIDPAL VDTLVAQIMQ QADRHAEQSQ
 51    KPDGQAIRND AVRRLQTLEV LKNRALKEGL DKDKDVQNRF KIAEASFYAE
101    EYVRFLERSE TVSESALRQF YERQIRMIKL QQVSFATEEE ARQAQQLLLK
151    GLSFEGLMKR YPNDEQAFDG FIMAQQLPEP LASQFAAMNR GDVTRDPVKL
201    GERYYLFKLS EVGKNPDAQP FELVRNQLEQ GLRQEKARLK IDAILEENGV
251    KP*
ORF76a和ORF76-1在252个氨基酸的重叠区内有97.6％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf76a.pep  MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQKPDGQAIRND
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf76-1     MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQKPDGQAIRND
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf76a.pep  AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSESALRQF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: |::|
orf76-1     AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSEDELHKF
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf76a.pep  YERQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
            ||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf76-1     YEQQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf76a.pep  LASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf76-1     LASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
                   190       200       210       220       230       240
                   250
orf76a.pep  IDAILEENGVKPX
            |||:|||||||||
orf76-1     IDALLEENGVKPX
                   250
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF76与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF76.ng)的N端和C端进行氨基酸序列对比，分别显示在30和31个氨基酸重叠区内有96.7％和100％的相同性：
orf76.pep  MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAXKAPEIDPAL                                 30
           |||||||||||||||||||| |||||||||
orf76ng    MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQRPDGQAIRND   60
                                  //
orf76.pep                               ELVRNQLEQGLRQEKARLKIDALLEENGVKP  251
                                        |||||||||||||||||||||||||||||||
orf76ng    VTRNPVKLGERYYLFKLGAVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLKIDALLEENGVKP  251
全长ORF76ng核苷酸序列<SEQ ID 301>是：
  1    ATGAAACAGA AAAAGACCGC TGCCGCAGTT ATTGCTGCAA TGTTGGCAGG
 51    TTTTGCGGCA GCCAAAGCAC CCGAAATCGA CCCGGCTTTG GTGGATACGC
101    TGGTGGCGCA GATCATGCAG CAGGCAGACC GGCATGCGGA GCAGTCCCAA
151    AGACCGGACG GGCAGGCAAT CCGAAACGAT GCCGTCCGCC GGCTGCAAAC
201    TTTGGAAGTT TTGAAAAACA GGGCATTGAA GGAAGGTTTG GATAAGGATA
251    AGGATGTCCA AAACCGCTTT AAAATCGCCG AAGCGTCTTT TTATGCCGAG
301    GAGTACGTCC GTTTTCTGGA ACGTTCGGAA ACGGTTTCCG AAAGCGCACT
351    GCGTCAGTTT TATGAGCGGC AAATCCGCAT GATCAAATTG CAGCAGGTCA
401    GCTTCGCAAC CGAAGAGGAG GCGCGTCAGG CGCAGCAGCT CCTGCTCAAA
451    GGGCTGTCTT TTGAAGGGCT GATGAAGCGT TATCCGAACG ACGAGCAGGC
501    GTTCGACGGT TTCATTATGG CGCAGCAGCT TCCCGAGCCG CTGGCTTcgc
551    agtttgCCGG TATGAACCGT GGCGACGTTA CCCGCAATCC GGTCAAATTG
601    GGCGAACGCT ATTACCTGTT CAAACTCGGC GCGGTCGGGA AAAACCCCGA
651    CGCGCAGCCT TTCGAGTTGG TCAGAAACCA GTTGGAACAA GGTTTGAGGC
701    AGGAAAAAGC CCGCTTGAAA ATCGATGCCC TTTTGGAaga Aaacggtgtc
751    AaacCGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 302>：
  1   
Figure A20051011339502071
PEIDPAL VDTLVAQIMQ QADRHAEQSQ
 51    RPDGQAIRND AVRRLQTLEV LKNRALKEGL DKDKDVQNRF KIAEASFYAE
101    EYVRFLERSE TVSESALRQF YERQIRMIKL QQVSFATEEE ARQAQQLLLK
151    GLSFEGLMKR YPNDEQAFDG FIMAQQLPEP LASQFAGMNR GDVTRNPVKL
201    GERYYLFKLG AVGKNPDAQP FELVRNQLEQ GLRQEKARLK IDALLEENGV
251    KP*
ORF76ng和ORF76-1在252个氨基酸的重叠区内有96.0％的相同性
                    10        20        30        40        50        60
orf76-1.pep MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQKPDGQAIRND
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf76ng     MKQKKTAAAVIAAMLAGFAAAKAPEIDPALVDTLVAQIMQQADRHAEQSQRPDGQAIRND
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf76-1.pep AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSEDELHKF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: |::|
orf76ng     AVRRLQTLEVLKNRALKEGLDKDKDVQNRFKIAEASFYAEEYVRFLERSETVSESALRQF
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf76-1.pep YEQQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
            ||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf76ng     YERQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPNDEQAFDGFIMAQQLPEP
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf76-1.pep LASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
            ||||||:||||||||:|||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf76ng     LASQFAGMNRGDVTRNPVKLGERYYLFKLGAVGKNPDAQPFELVRNQLEQGLRQEKARLK
                   190       200       210       220       230       240
                   250
orf76-1.pep IDALLEENGVKPX
            |||||||||||||
orf76ng     IDALLEENGVKPX
                   250
另外，ORF76ng显示出与一种枯草杆菌输出蛋白(export protein)前体明显同源：
sp|P24327|PRSA_BACSU蛋白输出蛋白PRSA前体>gi|98227|pir||S1526933K脂蛋白-枯草芽孢杆菌>gi|39782(X57271)33kDa脂蛋白[枯草芽孢杆菌]
>gi|2226124|gnl|PID|e325181(Y14077)33kDa脂蛋白[枯草芽孢杆菌]>gi|2633331|gnl|PID|e1182997(Z99109)分子陪伴蛋白[枯草芽孢杆菌]长度＝292
评分＝50.4位(118)，估计值＝1e-05
相同性＝48/199(24％)，阳性＝82/199(41％)，空隙＝32/199(16％)
询问：70  VLKNRALKEGLDK-----DKDVQNRFKIAEASF----------YAEEYVRFLERSETVSE 114
           VL     ++ LDK     DK++ N+ K  +             Y ++Y++   + E +++
目标：53  VLTQLVQEKVLDKKYKVSDKEIDNKLKEYKTQLGDQYTALEKQYGKDYLKEQVKYELLTQ 112
询问：115 SA-----------LRQFYERQIRMIKLQQVSFATEEEARQAQQLLLKGLSFEGLMKRYPN 163
            A           +++++E     I+   +  A ++ A + ++ L KG  FE L K Y
目标：113 KAAKDNIKVTDADIKEYWEGLKGKIRASHILVADKKTAEEVEKKLKKGEKFEDLAKEYST 172
询问：164 DEQAFDG-----FIMAQQLPEPLASQFAAMNRGDVTRDPVKLGERYYLFKLSEVGKNPDA 218
           D  A  G     F    Q+ E  +     +  G+V+ DPVK    Y++ K +E     D
目标：173 DSSASKGGDLGWFAKEGQMDETFSKAAFKLKTGEVS-DPVKTQYGYHIIKKTEERGKYDD 231
询问：219 QPFELVRNQLEQGLRQEKA 237
              EL    LEQ L    A
目标：232 MKKELKSEVLEQKLNDNAA 250
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定前导序列和一个RGD基序)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF76-1(27.8kDa)克隆到pET载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图10A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠血清用于Western印迹(图10B)，ELISA(阳性结果)，和FACS分析(图10C)。这些实验确认ORF76-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例36
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 303>：
   1    ATGAAAAAAT CTTTCCTTAC GCTTGTTCTG TATTCGTCTT TACTTACCGC
  51    CAGCGAAATT GCC TACCCC TTGGAATTGG GGATTGAAAC CTTACCGGCG
 101    GCAAAAATTG CGGAAACGTT TGCGCTGACA TTTGTGATTG CTGCGCTGTA
 151    TCTGTTTGCG CGTAATAAGG TGACGCGTTT GTTGATTGCG GTGTTTTTTG
 201    CGTTCAGCAT TATTGCCAAC AATGTGCATT ACGCGGATTA TCAAAGCTGG
 251    ATGACG.... .......... .......... .......... ..........
                                  //
1201    .......... CAAACCGTAT TCGAGCAGCT GCAAAAGACT CCTGACGGCA
1251    ACTGGCTGTT TGCCTATACC TCCGATCATG GCCAGTATGT TCGCCAAGAT
1301    ATCTACAATC AAGGCACGGT GCAGCCCGAC AGCTATCTCG TGCCGCTAGT
1351    GTTGTACAGC CCGGATAAGG CCGTGCAACA GGCTGCCAAC CAGGCTTTTG
1401    CGCCTTGCGA GATTGCCTTC CATCAGCAGC TTTCAACGTT CCTGATTCAC
1451    ACGTTGGGCT ACGATATGCC GGTTTCAGGT TGTCGCGAAG GCTCGGTAAC
1501    GGGCAACCTG ATTACGGGTG ATGCAGGCAG CTTGAACATT CGCGACGGCA
1551    AGGCGGAATA TGTTTATCCG CAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 304；ORF81>：
  1    MKKSFLTLVL YSSLLTASEI AYPLELGIET LPAAKIAETF ALTFVIAALY
 51    LFARNKVTRL LIAVFFAFSI IANNVHYADY QSWMT..... ..........
                                 //
401    ...QTVFEQL QKTPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYLVPLV
451    LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT
501    GNLITGDAGS LNIRDGKAEY VYPQ*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 305>：
   1    ATGAAAAAAT CTTTCCTTAC GCTTGTTCTG TATTCGTCTT TACTTACCGC
  51    CAGCGAAATT GCCTATCGCT TTGTATTTGG GATTGAAACC TTACCGGCGG
 101    CAAAAATTGC GGAAACGTTT GCGCTGACAT TTGTGATTGC TGCGCTGTAT
 151    CTGTTTGCGC GTTATAAGGT GACGCGTTTG TTGATTGCGG TGTTTTTTGC
 201    GTTCAGCATT ATTGCCAACA ATGTGCATTA CGCGGTTTAT CAAAGCTGGA
 251    TGACGGGCAT CAATTATTGG CTGATGCTGA AAGAGGTTAC CGAAGTCGGC
 301    AGCGCGGGTG CGTCGATGTT GGATAAGTTG TGGCTGCCTG TGTTGTGGGG
 351    CGTGTTGGAA GTCATGTTGT TTTGCAGCCT TGCCAAGTTC CGCCGTAAGA
 401    CGCATTTTTC TGCCGATATA CTGTTTGCCT TCCTAATGCT GATGATTTTC
 451    GTGCGTTCGT TCGACACGAA ACAAGAGCAC GGTATTTCGC CCAAACCGAC
 501    ATACAGCCGC ATCAAAGCCA ATTATTTCAG CTTCGGTTAT TTTGTCGGAC
 551    GCGTGTTGCC GTATCAGTTG TTTGATTTAA GCAGGATTCC CGCCTTTAAG
 601    CAGCCTGCTC CAAGCAAAAT CGGGCAGGGC AGTGTTCAAA ATATCGTCCT
 651    GATTATGGGC GAAAGCGAAA GCGCGGCGCA TTTGAAGCTG TTTGGCTACG
 701    GACGCGAAAC TTCGCCGTTT TTAACCCGGC TGTCGCAAGC CGATTTTAAG
 751    CCGATTGTGA AACAAAGTTA TTCCGCAGGC TTTATGACTG CAGTGTCCCT
 801    GCCCAGTTTT TTCAATGCGA TACCGCACGC CAACGGCTTG GAACAAATCA
 851    GCGGCGGCGA TACCAATATG TTCCGCCTCG CCAAAGAGCA GGGCTATGAA
 901    ACGTATTTTT ACAGCGCGCA GGCGGAAAAC GAGATGGCGA TTTTGAACTT
 951    AATCGGTAAG AAATGGATAG ACCATCTGAT TCAGCCGACG CAACTTGGCT
1001    ACGGCAACGG CGACAATATG CCCGATGAGA AGCTGCTGCC GTTGTTCGAC
1051    AAAATCAATT TGCAGCAGGG CAAGCATTTT ATCGTGTTGC ACCAACGCGG
1101    TTCGCACGCC CCATACGGCG CATTGTTGCA GCCTCAAGAT AAAGTATTCG
1151    GCGAAGCCGA TATTGTGGAT AAGTACGACA ACACCATCCA CAAAACCGAC
1201    CAAATGATTC AAACCGTATT CGAGCAGCTG CAAAAGCAGC CTGACGGCAA
1251    CTGGCTGTTT GCCTATACCT CCGATCATGG CCAGTATGTT CGCCAAGATA
1301    TCTACAATCA AGGCACGGTG CAGCCCGACA GCTATCTCGT GCCGCTAGTG
1351    TTGTACAGCC CGGATAAGGC CGTGCAACAG GCTGCCAACC AGGCTTTTGC
1401    GCCTTGCGAG ATTGCCTTCC ATCAGCAGCT TTCAACGTTC CTGATTCACA
1451    CGTTGGGCTA CGATATGCCG GTTTCAGGTT GTCGCGAAGG CTCGGTAACG
1501    GGCAACCTGA TTACGGGTGA TGCAGGCAGC TTGAACATTC GCGACGGCAA
1551    GGCGGAATAT GTTTATCCGC AATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 306；ORF81-1>：
  1    MKKSFLTLVL YSSLLTASEI AYRFVFGIET LPAAKIAETF ALTFVIAALY
 51    LFARYKVTRL LIAVFFAFSI IANNVHYAVY QSWMTGINYW LMLKEVTEVG
101    SAGASMLDKL WLPVLWGVLE VMLFCSLAKF RRKTHFSADI LFAFLMLMIF
151    VRSFDTKQEH GISPKPTYSR IKANYFSFGY FVGRVLPYQL FDLSRIPAFK
201    QPAPSKIGQG SVQNIVLIMG ESESAAHLKL FGYGRETSPF LTRLSQADFK
251    PIVKQSYSAG FMTAVSLPSF FNAIPHANGL EQISGGDTNM FRLAKEQGYE
301    TYFYSAQAEN EMAILNLIGK KWIDHLIQPT QLGYGNGDNM PDEKLLPLFD
351    KINLQQGKHF IVLHQRGSHA PYGALLQPQD KVFGEADIVD KYDNTIHKTD
401    QMIQTVFEQL QKQPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYLVPLV
451    LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT
501    GNLITGDAGS LNIRDGKAEY VYPQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF81和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF81a)在85个氨基酸的重叠区内有84.7％的相同性，在121个氨基酸的重叠区内有99.2％的相同性：
                10       20       30      40       50       60
orf81.pep  MKKSFLTLVLYSSLLTASEIAYPLELGIETLPAAK IAETFALTFVIAALYLFARNKVTR L
           ||||:::| ||||||||||||| : :|||||||||:|||||||||||||||||| |:|||
orf81a     MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAK MAETFALTFVIAALYLFARYKATR L
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80
orf81.pep  LIAVFFAFSIIANNVHYADYQSWMT
           |||||||||||||||||| ||||:|
orf81a     LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWITGINYWLMLKEITEVGGAGASMLDKLW LPALWGVLE
                   70        80        90       100       110       120
                    //
                                                120       130       140
orf81.pep                                QTVFEQLQKTPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD
                                         ||||||||| ||||||||||||||||||||
orf81a     IPHANGLEQISGGDIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD
               280       290       300       310       320       330
                  150       160       170       180       190       200
orf81.pep  IYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTFLIHTLGYDMPVSG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81a     IYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTFLIHTLGYDMPVSG
               340       350       360       370       380       390
                 210       220       230
orf81.pep  CREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
           ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81a     CREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
               400       410       420
全长ORF81a核苷酸序列<SEQ ID 307>是：
   1    ATGAAAAAAT CCCTTTTCGT TCTCTTTCTG TATTCGTCCC TACTTACTGC
  51    CAGCGAAATT GCTTATCGCT TTGTATTCGG AATTGAAACC TTACCGGCTG
 101    CAAAAATGGC AGAAACGTTT GCGCTGACAT TTGTGATTGC TGCGCTGTAT
 151    CTGTTTGCGC GTTATAAGGC AACGCGTTTG TTGATTGCGG TGTTTTTCGC
 201    GTTCAGCATT ATTGCCAACA ATGTGCATTA CGCGGTTTAT CAAAGCTGGA
 251    TAACGGGCAT TAATTATTGG CTGATGCTGA AAGAGATTAC CGAAGTTGGC
 301    GGCGCAGGGG CGTCGATGTT GGATAAGTTG TGGCTGCCTG CGTTGTGGGG
 351    CGTGTTGGAA GTCATGTTGT TTTGCAGCCT TGCCAAGTTC CGCCGTAAGA
 401    CGCATTTTTC TGCCGATATA CTGTTTGCCT TCCTAATGCT GATGATTTTC
 451    GTGCGTTCGT TCGACACGAA ACAAGAACAC GGTATTTCGC CCAAACCGAC
 501    ATACAGCCGC ATCAAAGCCA ATTATTTCAG CTTCGGTTAT TTTGTCGGAC
 551    GCGTGTTGCC GTATCAGTTG TTTGATTTAA GCAAGATTCC TGTGTTCAAA
 601    CAGCCTGCTC CAAGCAGAAT CGGGCAAGGC AGTATTCAAA ATATCGTCCT
 651    GATTATGGGC GAAAGCGAAA GCGCGGCGCA TTTGAAATTG TTTGGCTACG
 701    GGCGCGAAAC TTCGCCGTTT TTGACCCAGC TTTCGCAAGC CGATTTTAAG
 751    CCGATTGTGA AACAAAGTTA TTCCGCAGGC TTTATGACGG CAGTATCCCT
 801    GCCCAGTTTC TTTAACGTCA TACCGCATGC CAACGGCTTG GAACAAATCA
 851    GCGGCGGCGA TATTGTGGAT AAGTACGACA ACACCATCCA CAAAACCGAC
 901    CAAATGATTC AAACCGTATT CGAGCAGCTG CAAAAGCAGC CTGACGGCAA
 951    CTGGCTGTTT GCCTATACCT CCGATCATGG CCAGTATGTT CGCCAAGATA
1001    TCTACAATCA AGGCACGGTG CAGCCCGACA GCTATCTCGT GCCGCTGGTG
1051    TTGTACAGCC CGGATAAGGC CGTGCAACAG GCTGCCAACC AGGCTTTTGC
1101    GCCTTGCGAG ATTGCCTTCC ATCAGCAGCT TTCAACGTTC CTGATTCACA
1151    CGTTGGGCTA CGATATGCCG GTTTCAGGTT GTCGCGAAGG CTCGGTAACG
1201    GGCAACCTGA TTACGGGTGA TGCAGGCAGC TTGAACATTC GCGACGGCAA
1251    GGCGGAATAT GTTTATCCGC AATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 308>：
  1    MKKSLFVLFL YSSLLTASEI AYRFVFGIET LPAAK MAETF ALTFVIAALY
 51    LFARYKATR L LIAVFFAFSI IANNVHYAVY QSWITGINYW LMLKEITEVG
101    GAGASMLDKL W LPALWGVLE VMLFCSLAKF RRKT HFSADI LFAFLMLMIF
151    VRSFDTKQEH GISPKPTYSR IKANYFSFGY FVGRVLPYQL FDLSKIPVFK
201    QPAPSRIGQG SIQNIVLIMG ESESAAHLKL FGYGRETSPF LTQLSQADFK
251    PIVKQSYSAG FMTAVSLPSF FNVIPHANGL EQISGGDIVD KYDNTIHKTD
301    QMIQTVFEQL QKQPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYLVPLV
351    LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT
401    GNLITGDAGS LNIRDGKAEY VYPQ*
ORF81a和ORF81-1在524个氨基酸的重叠区内有77.9％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf81a.pep   MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKMAETFALTFVIAALYLFARYKATRL
             ||||:::| ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||:|||
orf81-1      MKKSFLTLVLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKIAETFALTFVIAALYLFARYKVTRL
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf81a.pep   LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWITGINYWLMLKEITEVGGAGASMLDKLWLPALWGVLE
             ||||||||||||||||||||||||:|||||||||||:||||:||||||||||||:|||||
orf81-1      LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPVLWGVLE
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf81a.pep   VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1      VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf81a.pep   FVGRVLPYQLFDLSKIPVFKQPAPSRIGQGSIQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
             ||||||||||||||:||:|||||||:|||||:||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1      FVGRVLPYQLFDLSRIPAFKQPAPSKIGQGSVQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280
orf81a.pep   LTQLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNVIPHANGLEQISGGD-------------
             ||:|||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf81-1      LTRLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNAIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQGYE
                    250       260       270       280       290       300
orf81a.pep   ------------------------------------------------------------
orf81-1      TYFYSAQAENEMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQQGKHF
                    310       320       330       340       350       360
                                        290       300       310       320
orf81a.pep   ---------------------------IVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
                                        |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1      IVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
                    370       380       390       400       410       420
                    330       340       350       360       370       380
orf81a.pep   AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1      AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
                    430       440       450       460       470       480
                    390       400       410       420
orf81a.pep   LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1      LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
                    490       500       510       520
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF81与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF81.ng)的N-和C-端的氨基酸序列对比分别显示出在85和121个氨基酸的重叠区内有82.4％和97.5％的相同性：
orf81.pep    MKKSFLTLVLYSSLLTASEIAYPLELGIETLPAAKIAETFALTFVIAALYLFARNKVTRL  60
             ||||:::| ||||||||||||| : :|||||||||:||||||||:||||||||| |::||
orf81ng      MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKMAETFALTFMIAALYLFARYKASRL  60
orf81.pep    LIAVFFAFSIIANNVHYADYQSWMT                                     85
             |||||||||:|||||||||||||||
orf81ng      LIAVFFAFSMIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPALWGVAE 120
                                    //
orf81.pep                                  QTVFEQLQKTPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD  433
                                           ||||||||| ||||||||||||||||||||
orf81ng      ALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLFAYTSDHGQYVRQD  433
orf81.pep    IYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTFLIHTLGYDMPVSG  493
             ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81ng      IYNQGTVQPDSYIVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTFLIHTLGYDMPVSG  493
orf81.pep    CREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQ  524
             |||||||||||||||||||||:|||||||||
orf81ng      CREGSVTGNLITGDAGSLNIRNGKAEYVYPQ  524
全长ORF81ng核苷酸序列<SEQ ID 309>是：
   1    ATGAAAAAAT CCCTTTTCGT TCTCTTTCTG TATTCATCCC TACTTACCGC
  51    CAGCGAAATC GCCTATCGCT TTGTATTCGG AATTGAAACC TTACCGGCTG
 101    CAAAAATGGC GGAAACGTTT GCGCTGACAT TTATGATTGC TGCGCTGTAT
 151    CTGTTTGCGC GTTATAAGGC TTCGCGGCTG CTGATTGCGG TGTTTTTCGC
 201    GTTCAGCATG ATTGCCAACA ATGTGCATTA CGCGGTTTAT CAAAGCTGGA
 251    TGACGGGTAT TAACTATTGG CTGATGCTGA AAGAGGTTAC CGAAGTCGGC
 301    AGCGCGGGCG CGTCGATGTT GGATAAGTTG TGGCTGCCTG CTTTGTGGGG
 351    CGTGGCGGAA GTCATGTTGT TTTGCAGCCT TGCCAAGTTC CGCCGTAAGA
 401    CGCATTTTTC TGCCGATATA CTGTTTGCCT TCCTAATGCT GATGATTTTC
 451    GTGCGTTCGT TCGACACGAA ACAAGAGCAC GGTATTTCGC CCAAACCGAC
 501    ATACAGCCGC ATCAAAGCCA ATTATTTCAG CTTCGGTTAT TTTGTCGGGC
 551    GCGTGTTGCC GTATCAGTTG TTTGATTTAA GCAAGATCCC TGTGTTCAAA
 601    CAGCCTGCTC CAAGCAAAAT CGGGCAAGGC AGTATTCAAA ATATCGTCCT
 651    GATTATGGGC GAAAGCGAAA GCGCGGCGCA TTTGAAATTG TTTGGTTACG
 701    GGCGCGAAAC TTCGCCGTTT TTAACCCGGC TGTCGCAAGC CGATTTTAAG
 751    CCGATTGTGA AACAAAGTTA TTCCGCAGGC TTTATGACGG CAGTATCCCT
 801    GCCCAGTTTC TTTAACGTCA TACCGCACGC CAACGGCTTG GAACAAATCA
 851    GCGGCGGCGA TACCAATATG TTCCGCCTCG CCAAAGAGCA GGGCTATGAA
 901    ACGTATTTTT ACAGTGCCCA GGCTGAAAAC CAAATGGCAA TTTTGAACTT
 951    AATCGGTAAG AAATGGATAG ACCATCTGAT TCAGCCGACG CAACTTGGCT
1001    ACGGCAACGG CGACAATATG CCCGATGAGA AGCTGCTGCC GTTGTTCGAC
1051    AAAATCAATT TGCAGCAGGG CAGGCATTTT ATCGTGTTGC ACCAACGCGG
1101    TTCGCACGCC CCATACGGCG CATTGTTGCA GCCTCAAGAT AAAGTATTCG
1151    GCGAAGCCGA TATTGTGGAT AAGTACGACA ACACCATCCA CAAAACCGAC
1201    CAAATGATTC AAACCGTATT CGAGCAGCTG CAAAAGCAGC CTGACGGCAA
1251    CTGGCTGTTT GCCTATACCT CCGATCATGG CCAGTATGTG CGCCAAGATA
1301    TCTACAATCA AGGCACGGTG CAGCCCGACA GCTATATTGT GCCTCTGGTT
1351    TTGTACAGCC CGGATAAGGC CGTGCAACAG GCTGCCAACC AGGCTTTTGC
1401    GCCTTGCGAG ATTGCCTTCC ATCAGCAGCT TTCAACGTTC CTGATTCACA
1451    CGTTGGGCTA CGATATGCCG GTTTCAGGTT GTCGCGAAGG CTCGGTAACA
1501    GGCAACCTGA TTACGGGCGA TGCAGGCAGC TTGAACATTC GCAACGGCAA
1551    GGCGGAATAT GTTTATCCGC AATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 310>：
  1   
Figure A20051011339502131
 51   
Figure A20051011339502132
RYKASRL  LIAVFFAFSM IANNVHYAVY QSWMTGINYW LMLKEVTEVG
101    SAGASMLDKL W LPALWGVAE VMLFCSLAKF RRKT HFSADI LFAFLMLMIF
151    VRSFDTKQEH GISPKPTYSR IKANYFSFGY FVGRVLPYQL FDLSKIPVFK
201    QPAPSKIGQG SIQNIVLIMG ESESAAHLKL FGYGRETSPF LTRLSQADFK
251    PIVKQSYSAG FMTAVSLPSF FNVIPHANGL EQISGGDTNM FRLAKEQGYE
301    TYFYSAQAEN QMAILNLIGK KWIDHLIQPT QLGYGNGDNM PDEKLLPLFD
351    KINLQQGRHF IVLHQRGSHA PYGALLQPQD KVFGEADIVD KYDNTIHKTD
401    QMIQTVFEQL QKQPDGNWLF AYTSDHGQYV RQDIYNQGTV QPDSYIVPLV
451    LYSPDKAVQQ AANQAFAPCE IAFHQQLSTF LIHTLGYDMP VSGCREGSVT
501    GNLITGDAGS LNIRNGKAEY VYPQ*
ORF81ng和ORF81-1在524个氨基酸的重叠区内有96.4％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf81ng-1.pep   MKKSLFVLFLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKMAETFALTFMIAALYLFARYKASRL
                ||||:::| ||||||||||||||||||||||||||:||||||||:|||||||||||::||
orf81-1         MKKSFLTLVLYSSLLTASEIAYRFVFGIETLPAAKIAETFALTFVIAALYLFARYKVTRL
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf81ng-1.pep   LIAVFFAFSMIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPALWGVAE
                |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||| |
orf81-1         LIAVFFAFSIIANNVHYAVYQSWMTGINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPVLWGVLE
                        70        80        90       100       110       120
                       130       140       150       160       170       180
orf81ng-1.pep   VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1         VMLFCSLAKFRRKTHFSADILFAFLMLMIFVRSFDTKQEHGISPKPTYSRIKANYFSFGY
                       130       140       150       160       170       180
                       190       200       210       220       230       240
orf81ng-1.pep   FVGRVLPYQLFDLSKIPVFKQPAPSKIGQGSIQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
                ||||||||||||||:||:|||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1         FVGRVLPYQLFDLSRIPAFKQPAPSKIGQGSVQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPF
                       190       200       210       220       230       240
                       250       260       270       280       290       300
orf81ng-1.pep   LTRLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNVIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQGYE
                ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf81-1         LTRLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLPSFFNAIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQGYE
                       250       260       270       280       290       300
                       310       320       330       340       350       360
orf81ng-1.pep   TYFYSAQAENQMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQQGRHF
                ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||
orf81-1         TYFYSAQAENEMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQQGKHF
                       310       320       330       340       350       360
                       370       380       390       400       410       420
orf81ng-1.pep   IVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1         IVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDKYDNTIHKTDQMIQTVFEQLQKQPDGNWLF
                       370       380       390       400       410       420
                       430       440       450       460       470       480
orf81ng-1.pep   AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYIVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
                |||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf81-1         AYTSDHGQYVRQDIYNQGTVQPDSYLVPLVLYSPDKAVQQAANQAFAPCEIAFHQQLSTF
                       430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520
orf81ng-1.pep LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRNGKAEYVYPQX
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf81-1       LIHTLGYDMPVSGCREGSVTGNLITGDAGSLNIRDGKAEYVYPQX
                     490       500       510       520
另外，ORF81ng显示出与大肠杆菌的OMP明显同源：
gi|1256380(U50906)结合外膜蛋白粘附蛋白的蛋白[E.coli]长度＝547
评分＝87.4位(213)，估计值＝2e-16
相同性＝122/468(26％)，阳性＝198/468(42％)，空隙＝70/468(14％)
询问：25  VFGIETLPAAKMAETFA-LTFMIAALYLFARYKAS--RLLIAVFFAFSMIANNVHYAVYQ  81
           VFGI  L A+  A     L F +  + +  R  +   RLL+A  F   + A ++  ++Y
目标：29  VFGITNLVASSGAHMVQRLLFFVLTILVVKRISSLPLRLLVAAPFVL-LTAADMSISLY-  86
询问：82  SWMT-------GINYWLMLKEVTEVGSAGASMLDKLWLPALWGVAEVMLFCSLAKFRRKT  134
           SW T       G    ++  +  EV    A ML  ++ P L   A + L       +
目标：87  SWCTFGTTFNDGFAISVLQSDPDEV----AKMLG-MYSPYLCAFAFLSLLFLAVIIKYDV  141
询问：135 HFSADILFAFLMLMIFVRSF---------DTKQEHGISPKPTYSRIKAN--YFSFGYFVG  183
                 +   L+L++   S          D K ++  SP    SR      +F+  YF
目标：142 SLPTKKVTGILLLIVISGSLFSACQFAYKDAKNKNAFSPYILASRFATYTPFFNLNYFAL  201
询问：184 RVLPYQ--LFDLSKIPVFKQPAPSKIGQGSIQNIVLIMGESESAAHLKLFGYGRETSPFL  241
              +Q   L   + +P F+      +    I   VLI+GES    ++ L+GY R T+P +
目标：202 AAKEHQRLLSIANTVPYFQL----SVRDTGIDTYVLIVGESVRVDNMSLYGYTRSTTPQV  257
询问：242 TRLSQADFKPIVKQSYSAGFMTAVSLP---SFFNVIPHANGLEQISGGDTNMFRLAKEQG  298
              +Q     +  Q+ S    TA+S+P   +  +V+ H      I     N+  +A + G
目标：258 E--AQRKQIKLFNQAISGAPYTALSVPLSLTADSVLSH-----DIHNYPDNI INMANQAG 310
询问：299 YETYFYSAQA---ENQMAILNLIGKKWIDHLIQPTQLGYGNGDNMPDEKLLPLFDKINLQ  355
           ++T++ S+Q+   +N  A+ ++         ++ +   Y  G    DE LLP   +   Q
目标：311 FQTFWLSSQSAFRQNGTAVTSI--------AMRAMETVYVRGF---DELLLPHLSQALQQ  359
询问：356 --QGRHFIVLHQRGSHAPYGALLQPQDKVFGEADIVDK-YDNTIHKTDQMIQTVFEQLQK  412
             Q +  IVLH  GSH P  +       VF   D  D  YDN+IH TD ++  VFE  L+
目标：360 NTQQKKLIVLHLNGSHEPACSAYPQSSAVFQPQDDQDACYDNSIHYTDSLLGQVFELLK-  418
询问：413 QPDGNWLFAYTSDHG---QYVRQDIYNQG--TVQPDSYIVPL-VLYSP 454
             D      Y +DHG      ++++Y  G       +Y VP+ + YSP
目标：419--DRRASVMYFADHGLERDPTKKNVYFHGGREASQQAYHVPMFIWYSP 464
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线)的结果)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例37
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 311>：
  1 ...ACCCTGCTCC TCTTCATCCC CCTCGTCCTC ACAC.GTGCG GCACACTGAC
 51    CGGCATACTC GCCCaCGGCG GCGGCAAACG CTTTGCCGTC GAACAAGAAC
101    TCGTCGCCGC ATCGTCCCGC GCCGCCGTCA AAGAAATGGA TTTGTCCGCC
151    yTAAAAGGAC GCAAAGCCGC CyTTTACGTC TCCGTTATGG GCGACCAAGG
201    TTCGGGCAAC ATAAGCGGCG GACGCTACTC TATCGACGCA CTGATACGCG
251    GCGGCTACCA CAACAACCCC GAAAGTGCCA CCCAATACAG CTACCCCGCC
301    TACGACACTA CCGCCACCAC CAAATCCGAC GCGCTCTCCA GCGTAACCAC
351    TTCCACATCG CTTTTGAACG CCCCCGCCGC CGyCyTGACG AAAAACAGCG
401    GACGCAAAGG CGAACGcTCC GCCGGACTGT CCGTCAACGG CACGGGCGAC
451    TACCGCAACG AAACCCTGCT CGCCAACCCC CGCGACGTTT CCTTCCTGAC
501    CAACCTCATC CAAACCGTCT TCTACCTGCG CGGCATCGAA GTCgTACCGC
551    CCGrATACGC CGACACCGAC GTATTCGTAA CCGTCGACGT A...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 312；ORF83>：
  1  ..TLLLFIPLVL TXCGTLTGIL AHGGGKRFAV EQELVAASSR AAVKEMDLSA
 51    LKGRKAAXYV SVMGDQGSGN ISGGRYSIDA LIRGGYHNNP ESATQYSYPA
101    YDTTATTKSD ALSSVTTSTS LLNAPAAXLT KNSGRKGERS AGLSVNGTGD
151    YRNETLLANP RDVSFLTNLI QTVFYLRGIE VVPPXYADTD VFVTVDV..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 313>：
  1    ATGAAAACCC TGCTCCTCCT CATCCCCCTC GTCCTCACAG CCTGCGGCAC
 51    ACTGACCGGC ATACCCGCCC ACGGCGGCGG CAAACGCTTT GCCGTCGAAC
101    AAGAACTCGT CGCCGCATCG TCCCGCGCCG CCGTCAAAGA AATGGATTTG
151    TCCGCCCTAA AAGGACGCAA AGCCGCCCTT TACGTCTCCG TTATGGGCGA
201    CCAAGGTTCG GGCAACATAA GCGGCGGACG CTACTCTATC GACGCACTGA
251    TACGCGGCGG CTACCACAAC AACCCCGAAA GTGCCACCCA ATACAGCTAC
301    CCCGCCTACG ACACTACCGC CACCACCAAA TCCGACGCGC TCTCCAGCGT
351    AACCACTTCC ACATCGCTTT TGAACGCCCC CGCCGCCGCC CTGACGAAAA
401    ACAGCGGACG CAAAGGCGAA CGCTCCGCCG GACTGTCCGT CAACGGCACG
451    GGCGACTACC GCAACGAAAC CCTGCTCGCC AACCCCCGCG ACGTTTCCTT
501    CCTGACCAAC CTCATCCAAA CCGTCTTCTA CCTGCGCGGC ATCGAAGTCG
551    TACCGCCCGA ATACGCCGAC ACCGACGTAT TCGTAACCGT CGACGTATTC
601    GGCACCGTCC GCAGCCGTAC CGAACTGCAC CTCTACAACG CCGAAACCCT
651    TAAAGCCCAA ACCAAGCTCG AATATTTCGC CGTTGACCGC GACAGCCGGA
701    AACTGCTGAT TACCCCTAAA ACCGCCGCCT ACGAATCCCA ATACCAAGAA
751    CAATACGCCC TTTGGACCGG CCCTTACAAA GTCAGCAAAA CCGTCAAAGC
801    CTCAGACCGC CTGATGGTCG ATTTCTCCGA CATTACCCCC TACGGCGACA
851    CAACCGCCCA AAACCGTCCC GACTTCAAAC AAAACAACGG TAAAAAACCC
901    GATGTCGGCA ACGAAGTCAT CCGCCGCCGC AAAGGAGGAT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 314；ORF83-1>：
  1    MKTLLLLIPL VLTACGTLTG IPAHGGGKRF AVEQELVAAS SRAAVKEMDL
 51    SALKGRKAAL YVSVMGDQGS GNISGGRYSI DALIRGGYHN NPESATQYSY
101    PAYDTTATTK SDALSSVTTS TSLLNAPAAA LTKNSGRKGE RSAGLSVNGT
151    GDYRNETLLA NPRDVSFLTN LIQTVFYLRG IEVVPPEYAD TDVFVTVDVF
201    GTVRSRTELH LYNAETLKAQ TKLEYFAVDR DSRKLLITPK TAAYESQYQE
251    QYALWTGPYK VSKTVKASDR LMVDFSDITP YGDTTAQNRP DFKQNNGKKP
301    DVGNEVIRRR KGG*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF83与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF83a)在重叠的197个氨基酸内有96.4％的相同性：
                        10         20        30        40        50
orf83.pep       TLLLFIPLVLTXCGTLTGILAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAX
                ||| :||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83a        MKTLLXLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
                      10         20        30        40        50        60
              60        70        80        90       100       110
orf83.pep     YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83a        YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
                      70        80        90       100       110       120
         120       130       140       150       160       170
orf83.pep TSLLNAPAAXLTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83a    TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
                 130       140       150       160       170       180
         180       190
orf83.pep IEVVPPXYADTDVFVTVDV
          |||||| ||||||||||||
orf83a    IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK
                 190       200       210       220       230       240
全长ORF83a核苷酸序列<SEQ ID 315>是：
  1    ATGAAAACCC TGCTCNTCCT CATCCCCCTC GTCCTCACAG CCTGCGGCAC
 51    ACTGACCGGC ATACCCGCCC ACGGCGGCGG CAAACGCTTT GCCGTCGAAC
101    AAGAACTCGT CGCCGCATCG TCCCGCGCCG CCGTCAAAGA AATGGACTTG
151    TCCGCCCTGA AAGGACGCAA AGCCGCCCTT TACGTCTCCG TTATGGGCGA
201    CCAAGGTTCG GGCAACATAA GCGGCGGACG CTACTCTATC GACGCACTGA
251    TACGCGGCGG CTACCACAAC AACCCCGAAA GTGCCACCCA ATACAGCTAC
301    CCCGCCTACG ACACTACCGC CACCACCAAA TCCGACGCGC TCTCCAGCGT
351    AACCACTTCC ACATCGCTTT TGAACGCCCC CGCCGCCGCC CTGACGAAAA
401    ACAGCGGACG CAAAGGCGAA CGCTCCGCCG GACTGTCCGT CAACGGCACG
451    GGCGACTACC GCAACGAAAC CCTGCTCGCC AACCCCCGCG ACGTTTCCTT
501    CCTGACCAAC CTCATCCAAA CCGTCTTCTA CCTGCGCGGC ATCGAAGTCG
551    TACCGCCCGA ATACGCCGAC ACCGACGTAT TCGTAACCGT CGACGTATTC
601    GGCACCGTCC GCAGCCGCAC CGAACTGCAC CTCTACAACG CCGAAACCCT
651    TAAAGCCCAA ACCAAGCTCG AATATTTCGC CGTTGACCGC GACAGCCGGA
701    AACTGCTGAT TGCCCCTAAA ACCGCCGCCT ACGAATCCCA ATACCAAGAA
751    CAATACGCCC TCTGGATGGG ACCTTACAGC GTCGGCAAAA CCGTCAAAGC
801    CTCAGACCGC CTGATGGTCG ATTTCTCCGA CATCACCCCC TACGGCGACA
851    CAACCGCCCA AAACCGTCCC GACTTCAAAC AAAACAACGG TAAAAAACCC
901    GATGTCGGCA ACGAAGTCAT CCGCCGCCGC AAAGGAGGAT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 316>：
  1    MKTLLXLIPL VLTACGTLTG IPAHGGGKRF AVEQELVAAS SRAAVKEMDL
 51    SALKGRKAAL YVSVMGDQGS GNISGGRYSI DALIRGGYHN NPESATQYSY
101    PAYDTTATTK SDALSSVTTS TSLLNAPAAA LTKNSGRKGE RSAGLSVNGT
151    GDYRNETLLA NPRDVSFLTN LIQTVFYLRG IEVVPPEYAD TDVFVTVDVF
201    GTVRSRTELH LYNAETLKAQ TKLEYFAVDR DSRKLLIAPK TAAYESQYQE
251    QYALWMGPYS VGKTVKASDR LMVDFSDITP YGDTTAQNRP DFKQNNGKKP
301    DVGNEVIRRR KGG*
ORF83a和ORF83-1在313个氨基酸的重叠区内有98.4％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf83a.pep  MKTLLXLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
            ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83-1     MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf83a.pep  YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83-1     YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf83a.pep  TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83-1     TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf83a.pep  IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||
orf83-1     IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLITPK
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf83a.pep  TAAYESQYQEQYALWMGPYSVGKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKKP
            ||||||||||||||| |||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83-1     TAAYESQYQEQYALWTGPYKVSKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKKP
                   250       260       270       280       290       300
                   310
orf83a.pep DVGNEVIRRRKGGX
           ||||||||||||||
orf83-1    DVGNEVIRRRKGGX
                  310
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF83和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF83.ng)在重叠的197个氨基酸内有94.9％的相同性：
orf83.pep        TLLLFIPLVLTXCGTLTGILAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAX   58
                 ||||:|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83ng        MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL   60
orf83.pep      YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS  118
               ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||:||||
orf83ng        YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPDSATRYSYPAYDTTATTKSDALSGVTTS  120
orf83.pep      TSLLNAPAAXLTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG  178
               ||||||||| ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83ng        TSLLNAPAAALTKNNGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG  180
orf83.pep      IEVVPPXYADTDVFVTVDV                                           197
               |||||||||||||||||||
orf83ng        IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK  240
全长ORF83ng核苷酸序列<SEQ ID 317>是：
  1    ATGAAAACCC TGCTCCTCCT CATCCCCCTC GTACTCACCG CCTGCGGCAC
 51    ACTGACCGGC ATACCCGCCC ACGGCGGCGG CAAACGCTTT GCCGTCGAAC
101    AGGAACTCGT CGCCGCATCG TCCCGCGCCG CCGTCAAAGA AATGGACTTG
151    TCCGCCCTGA AAGGACGCAA AGCCGCCCTT TACGTCTCCG TTATGGGCGA
201    CCAAGGTTCG GGCAACATAA GCGGCGGACG CTACTCCATC GACGCACTGA
251    TACGCGGCGG CTACCACAAC AACCCCGACA GCGCCACCCG ATACAGCTAC
301    CCCGCCTATG ACACTACCGC CACCACCAAA TCCGACGCGC TCTCCGGCGT
351    AACCACTTCC ACATCGCTTT TGAACGCCCC CGCCGCCGCC CTGACGAAAA
401    ACAACGGACG CAAAGGCGAA CGCTCCGCCG GACTGTCCGT CAACGGCACG
451    GGCGACTACC GCAACGAAAC CCTGCTCGCC AACCCCCGCG ACGTTTCCTT
501    CCTGACCAAC CTCATCCAAA CCGTCTTCTA CCTGCGCGGC ATCGAAGTCG
551    TACCGCCCGA ATACGCCGAC ACCGACGTAT TCGTAACCGT CGACGTATTC
601    GGCACCGTCC GCAGCCGTAC CGAACTGCAC CTCTACAACG CCGAAACCCT
651    TAAAGCCCAA ACCAAGCTCG AATATTTCGC CGTCGACCGC GACAGCCGGA
701    AACTGCTGAT TGCCCCTAAA ACCGCCGCCT ACGAATCCCA ATACCAAGAA
751    CAATACGCCC TCTGGATGGG ACCTTACAGC GTCGGCAAAA CCGTCAAAGC
801    CTCAGACCGC CTGATGGTCG ATTTCTCCGA CATCACCCCC TACGGCGACA
851    CAACCGCCCA AAACCGTCCC GACTTCAAAC AAAACAACGG TAAAAACCCC
901    GATGTCGGCA ACGAAGTCAT CCGCCGCCGC AAAGGAGGAT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 318>：
1    MKTL LLLIPL VLTACGTLTG IPAHGGGKRF AVEQELVAAS SRAAVKEMDL
 51    SALKGRKAAL YVSVMGDQGS GNISGGRYSI DALIRGGYHN NPDSATRYSY
101    PAYDTTATTK SDALSGVTTS TSLLNAPAAA LTKNNGRKGE RSAGLSVNGT
151    GDYRNETLLA NPRDVSFLTN LIQTVFYLRG IEVVPPEYAD TDVFVTVDVF
201    GTVRSRTELH LYNAETLKAQ TKLEYFAVDR DSRKLLIAPK TAAYESQYQE
251    QYALWM VKASDR LMVDFSDITP YGDTTAQNRP DFKQNNGKNP
301    DVGNEVIRRR KGG*
ORF83ng和ORF83-1在313个氨基酸的重叠区内有97.1％的相同性
                       10        20        30        40        50        60
orf83-1.pep    MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83ng        MKTLLLLIPLVLTACGTLTGIPAHGGGKRFAVEQELVAASSRAAVKEMDLSALKGRKAAL
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf83-1.pep    YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPESATQYSYPAYDTTATTKSDALSSVTTS
               ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||:||||
orf83ng        YVSVMGDQGSGNISGGRYSIDALIRGGYHNNPDSATRYSYPAYDTTATTKSDALSGVTTS
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf83-1.pep    TSLLNAPAAALTKNSGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
               ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf83ng        TSLLNAPAAALTKNNGRKGERSAGLSVNGTGDYRNETLLANPRDVSFLTNLIQTVFYLRG
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf83-1.pep    IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLITPK
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||
orf83ng        IEVVPPEYADTDVFVTVDVFGTVRSRTELHLYNAETLKAQTKLEYFAVDRDSRKLLIAPK
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf83-1.pep    TAAYESQYQEQYALWTGPYKVSKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKKP
               ||||||||||||||| |||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf83ng        TAAYESQYQEQYALWMGPYSVGKTVKASDRLMVDFSDITPYGDTTAQNRPDFKQNNGKNP
                      250       260       270       280       290       300
                      310
orf83-1.pep    DVGNEVIRRRKGGX
               ||||||||||||||
orf83ng        DVGNEVIRRRKGGX
                      310
根据该分析结果(预计淋球菌蛋白中存在一个推定的ATP/GTP-结合位点基序A(P-环)(双划线)以及一个推定的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例38
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 319>：
  1    ATGGCAGAGA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT
 51    AAAAATGGTT TCCATGATGG CGAATGATGA AATGTTTAAG CCTGATGAAA
101    AAGCCATACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TAAAAGGCTT GAAAATACCG
151    CACACCTACA TAGAAACGGA CGCAAAAAAG CTGCCGAAAT CGACAGATGA
 201    GCAGCTTTCG GCGCATGATA TGTACGAATG GATAAAGAAG CCCGAAAATA
 251    TCGGGTCTAT TGTCATTGTA GATGAAGCTC AAGACGTATG GCCGGCACGC
 301    TCGGCAGGTT CAAAAATCCC TGAAAATGTC CAATGGCTGA ATACGCACAG
 351    ACATCAGGGC ATTGATATAT TTGTTTTGAC TCAAGGTCCT AAGCTTCTAG
 401    ATCAAAATCT TAGAACGCTT GTACGGAAAC ATTACCACAT CGCTTCAAAC
 451    AAGATGGGTA TGCGTACGCT TTTAGAATGG AAAATATGCG CGGACGATCC
 501    CGTAAAAATG GCATCAAGCG CATTCTCCAG TATCTATACA CTGGATAAAA
 551    AAGTTTATGA CTTGTAysrr TmmGCGGAAG TTCATACCGT AAATAAGGTC
 601    AAGCGGTCAA AGTGGTTTTA CACTCTGCCa GTAATAGTAT TGCTGATTCC
 651    CGTGTTTGTC GGCCTGTCCT ATAAAATGTT GagCaGTTAC GGAAAAAAAC
 701    aGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA GCAGGCAGTA
 751    CTTCCGGATA AAACAGAAGG CGAGCCGGTA AATAACGGCA ACCTTACCGC
 801    AGATATGTTT GTTCCGACAT TGTCCGAaAA ACCCGrAAGC AAGCcgaTTT
 851    ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGAACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTATA
 901    GAAGGCGGAA GAACCGGATG CGCCTGCTAT TCGCaTCAAG GGACGGCATt
 951    gaAAGAAGTG ACGGaGTTGA TGTGc
Figure A20051011339502191
aAgG aCTATGTaAA AAacGGCTTG
1001    CCGTTTAACC CaTACAAAGA AGAAAGCCAA GGGCAGGAAG TTCAGCAAAG
1051    CGCGCAgCAA CATTCGGACA GGGCG
Figure A20051011339502192
CAAG TTGCCACATT GGGCGGAAAA
1101    CCGTAGCAGA ACCTAATGTA CGATAATTGG GAAGAACGCG GGAAACCGTT
1151    TGAAGGAATC GG
Figure A20051011339502193
CGGGGGC GTGGTCGGAT CGGCAAACTG A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 320；ORF84>：
  1    MAEICLITGT PGSGKTLKMV SMMANDEMFK PDEKAIRRKV FTNIKGLKIP
 51    HTYIETDAKK LPKSTDEQLS AHDMYEWIKK PENIGSIVIV DEAQDVWPAR
101    SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGP KLLDQNLRTL VRKHYHIASN
151    KMGMRTLLEW KICADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYX XAEVHTVNKV
201    KRSKWFYTLP VIVLLIPVFV GLSYKMLSSY GKKQEEPAAQ ESAATEQQAV
251    LPDKTEGEPV NNGNLTADMF VPTLSEKPXS KPIYNGVRQV RTFEYIAGCI
301    EGGRTGCACY SHQGTALKEV TELMCKDYVK NGLPFNPYKE ESQGQEVQQS
351    AQQHSDRAQV ATLGGKPXQN LMYDNWEERG KPFEGIGGGV VGSAN*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 321>：
   1    ATGGCAGAGA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT
  51    AAAAATGGTT TCCATGATGG CGAATGATGA AATGTTTAAG CCTGATGAAA
 101    ACGGCATACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TAAAAGGCTT GAAAATACCG
 151    CACACCTACA TAGAAACGGA CGCAAAAAAG CTGCCGAAAT CGACAGATGA
 201    GCAGCTTTCG GCGCATGATA TGTACGAATG GATAAAGAAG CCCGAAAATA
 251    TCGGGTCTAT TGTCATTGTA GATGAAGCTC AAGACGTATG GCCGGCACGC
 301    TCGGCAGGTT CAAAAATCCC TGAAAATGTC CAATGGCTGA ATACGCACAG
 351    ACATCAGGGC ATTGATATAT TTGTTTTGAC TCAAGGTCCT AAGCTTCTAG
 401    ATCAAAATCT TAGAACGCTT GTACGGAAAC ATTACCACAT CGCTTCAAAC
 451    AAGATGGGTA TGCGTACGCT TTTAGAATGG AAAATATGCG CGGACGATCC
 501    CGTAAAAATG GCATCAAGCG CATTCTCCAG TATCTATACA CTGGATAAAA
 551    AAGTTTATGA CTTGTACGAA TCAGCGGAAG TTCATACCGT AAATAAGGTC
 601    AAGCGGTCAA AGTGGTTTTA CACTCTGCCA GTAATAGTAT TGCTGATTCC
 651    CGTGTTTGTC GGCCTGTCCT ATAAAATGTT GAGCAGTTAC GGAAAAAAAC
 701    AGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA GCAGGCAGTA
 751    CTTCCGGATA AAACAGAAGG CGAGCCGGTA AATAACGGCA ACCTTACCGC
 801    AGATATGTTT GTTCCGACAT TGTCCGAAAA ACCCGAAAGC AAGCCGATTT
 851    ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGAACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTATA
 901    GAAGGCGGAA GAACCGGATG CGCCTGCTAT TCGCATCAAG GGACGGCATT
 951    GAAAGAAGTG ACGGAGTTGA TGTGCAAGGA CTATGTAAAA AACGGCTTGC
1001    CGTTTAACCC ATACAAAGAA GAAAGCCAAG GGCAGGAAGT TCAGCAAAGC
1051    GCGCAGCAAC ATTCGGACAG GGCGCAAGTT GCCACATTGG GCGGAAAACC
1101    GTAGCAGAAC CTAATGTACG ATAATTGGGA AGAACGCGGG AAACCGTTTG
1151    AAGGAATCGG CGGGGGCGTG GTCGGATCGG CAAACTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 322；ORF84-1>：
  1    MAEICLITGT PGSGKTLKMV SMMANDEMFK PDENGIRRKV FTNIKGLKIP
 51    HTYIETDAKK LPKSTDEQLS AHDMYEWIKK PENIGSIVIV DEAQDVWPAR
101    SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGP KLLDQNLRTL VRKHYHIASN
151    KMGMRTLLEW KICADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYE SAEVHTVNKV
201    KRSKW FYTLP VIVLLIPVFV GLSYKMLSSY GKKQEEPAAQ ESAATEQQAV
251    LPDKTEGEPV NNGNLTADMF VPTLSEKPES KPIYNGVRQV RTFEYIAGCI
301    EGGRTGCACY SHQGTALKEV TELMCKDYVK NGLPFNPYKE ESQGQEVQQS
351    AQQHSDRAQV ATLGGKP*QN LMYDNWEERG KPFEGIGGGV VGSAN*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF84与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF84a)在重叠的395个氨基酸内有93.9％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf84.pep    MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDEKAIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
             |||||||||||||||||||||||||||||||||::|||||||||||||||||||||||||
orf84a       MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf84.pep    LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84a       LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf84.pep    IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
             ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84a       IDIFVLTQGSKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf84.pep    LDKKVYDLYXXAEVHTVNKVKRSKW FYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
             |||||||||  |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf84a       LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKW FYTLPVI ILLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf84.pep    ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPXSKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
             ||||||:|||: |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||:
orf84a       ESAATEHQAVFQDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCV
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf84.pep    EGGRTGCACYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
             |||||||:|||||||||||:|: |||||::||||||||||||||::|||| |:|||| ||
orf84a       EGGRTGCTCYSHQGTALKEITKEMCKDYARNGLPFNPYKEESQGRDVQQSEQHHSDRPQV
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390
orf84.pep    ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
             ||||||| ||||||||:|||||||||||||||||||
orf84a       ATLGGKPWQNLMYDNWQERGKPFEGIGGGVVGSANX
                    370       380       390
全长ORF84a核苷酸序列<SEQ ID 323>是：
  1    ATGGCAGAGA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT
 51    AAAAATGGTT TCCATGATGG CAAACGATGA AATGTTTAAG CCGGATGAAA
101    ACGGCATACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TCAAAGGCTT GAAGATACCG
151    CACACCTACA TAGAAACGGA CGCGAAAAAG CTGCCGAAAT CGACAGATGA
201    GCAGCTTTCG GCGCATGATA TGTACGAATG GATAAAGAAG CCCGAAAATA
251    TCGGGTCTAT TGTCATTGTA GATGAAGCTC AAGACGTATG GCCGGCACGC
301    TCGGCAGGTT CAAAAATCCC TGAAAATGTC CAATGGCTGA ATACGCACAG
 351    ACATCAGGGC ATTGATATAT TTGTTTTGAC TCAAGGCTCT AAGCTTCTAG
 401    ATCAAAATCT TAGAACGCTT GTACGGAAAC ATTACCACAT CGCTTCAAAC
 451    AAGATGGGTA TGCGTACGCT TTTAGAATGG AAAATATGCG CGGACGATCC
 501    CGTAAAAATG GCATCAAGCG CATTCTCCAG TATCTATACA CTGGATAAAA
 551    AAGTTTATGA CTTGTACGAA TCAGCGGAAG TTCATACCGT AAATAAGGTC
 601    AAGCGGTCAA AATGGTTTTA TACTCTGCCA GTAATAATAT TGCTGATTCC
 651    CGTTTTTGTC GGCCTGTCCT ATAAAATGTT AAGTAGTTAT GGAAAAAAAC
 701    AGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA TCAGGCAGTA
 751    TTTCAGGATA AAACAGAAGG CGAGCCGGTA AACAACGGTA ACCTTACCGC
 801    AGATATGTTT GTTCCGACAT TGTCCGAAAA ACCCGAAAGC AAGCCGATTT
 851    ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGAACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTGTA
 901    GAAGGCGGAA GAACCGGATG CACATGCTAT TCGCATCAAG GGACGGCATT
 951    GAAAGAAATT ACAAAGGAAA TGTGCAAGGA TTACGCAAGA AACGGATTGC
1001    CGTTTAACCC ATATAAAGAA GAAAGCCAAG GGCGGGATGT CCAGCAAAGT
1051    GAGCAGCACC ATTCGGACAG ACCGCAAGTT GCCACGTTGG GCGGAAAGCC
1101    GTGGCAAAAT CTTATGTATG ATAATTGGCA GGAGCGCGGA AAACCGTTTG
1151    AAGGAATCGG CGGGGGCGTG GTCGGATCGG CAAACTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 324>：
  1    MAEICLITGT PGSGKTLKMV SMMANDEMFK PDENGIRRKV FTNIKGLKIP
 51    HTYIETDAKK LPKSTDEQLS AHDMYEWIKK PENIGSIVIV DEAQDVWPAR
101    SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGS KLLDQNLRTL VRKHYHIASN
151    KMGMRTLLEW KICADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYE SAEVHTVNKV
201    KRSKW FYTLP VIILLIPVFV GLSYKMLSSY GKKQEEPAAQ ESAATEHQAV
251    FQDKTEGEPV NNGNLTADMF VPTLSEKPES KPIYNGVRQV RTFEYIAGCV
301    EGGRTGCTCY SHQGTALKEI TKEMCKDYAR NGLPFNPYKE ESQGRDVQQS
351    EQHHSDRPQV ATLGGKPWQN LMYDNWQERG KPFEGIGGGV VGSAN*
ORF84a和ORF84-1在395个氨基酸的重叠区内有95.2％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf84a.pep      MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84-1         MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf84a.pep      LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84-1         LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                        70        80        90       100       110       120
                       130       140       150       160       170       180
orf84a.pep      IDIFVLTQGSKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
                ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84-1         IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
                       130       140       150       160       170       180
                       190       200       210       220       230       240
orf84a.pep      LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIILLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
                ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf84-1         LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
                       190       200       210       220       230       240
                       250       260       270       280       290       300
orf84a.pep      ESAATEHQAVFQDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCV
                ||||||:|||: |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf84-1         ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
                       250       260       270       280       290       300
                       310       320       330       340       350       360
orf84a.pep      EGGRTGCTCYSHQGTALKEITKEMCKDYARNGLPFNPYKEESQGRDVQQSEQHHSDRPQV
            |||||||:|||||||||||:|:|||||::||||||||||||||::|||| |:|||| ||
orf84-1     EGGRTGCACYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390
orf84a.pep  ATLGGKPWQNLMYDNWQERGKPFEGIGGGVVGSANX
            ||||||| ||||||||:|||||||||||||||||||
orf84-1     ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
                   370       380       390
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF84与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF84.ng)在重叠的395个氨基酸内有94.2％的相同性：
orf84.pep   MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDEKAIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK   60
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:::||||||||||||||||:|||||||
orf84ng     MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGVRRKVFTNIKGLKIPHTHIETDAKK   60
orf84.pep   LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG  120
            |||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84ng     LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENVGAIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG  120
orf84.pep   IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT  180
            |||||||||||||||||||||::|||||:||||:|||||||:||||||||||||||||||
orf84ng     IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVKRHYHIAANKMGLRTLLEWKVCADDPVKMASSAFSSIYT  180
orf84.pep   LDKKVYDLYXXAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ  240
            |||||||||  ||:|||||||||||||:||||:||||:|||||||||:||||||||||||
orf84ng     LDKKVYDLYESAEIHTVNKVKRSKWFYALPVIILLIPLFVGLSYKMLGSYGKKQEEPAAQ  240
orf84.pep   ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPXSKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI  300
            |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
orf84ng     ESAATEQQAVLPDKTEGESVNNGNLTADMFVPTLPEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI  300
orf84.pep   EGGRTGCACYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV  360
            |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84ng     EGGRTGCTCYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV  360
orf84.pep   ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSAN  395
            ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf84ng     ATLGGKPQQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSAN  395
全长ORF84ng核苷酸序列<SEQ ID 325>是：
  1    ATGGCAGAAA TCTGTTTGAT AACCGGCACG CCCGGTTCAG GGAAAACATT
 51    AAAAATGGTT TCCATGATGG CAAACGATGA AATGTTTAAG CCAGATGAAA
101    ACGGCGTACG CCGTAAAGTA TTTACGAACA TCAAAGGTTT GAAGATACCG
151    CACACCCACA TAGAAACAGA CGCAAAGAAG CTGCCGAAAT CAACCGATGA
201    ACAGCTTTCG GCGCATGATA TGTATGAATG GATCAAGAAG CCTGAAAacg
251    tcggcgCAAT CGTTATTGTC GATGAGGCGC AAGACGTATG GCCCGCACGC
301    TccgCAGGTT CGAAAATCCC CGAAAACGTC CAATGGCTGA ACACACACAG
351    GCATCAGGGC ATAGATATAT TTGTATTGAC ACAAGGTCCT AAACTCTTAG
401    ATCAGAACTT GCGAACATTG GTTAAAAGAC ATTACCACAT TGCGGCCAAC
451    AAAATGGGTT TGCGTACCCT GCTTGAATGG AAAGTATGCG CGGATGACCC
501    GGTAAAAATG GCATCAAGTG CATTTTCCAG TATCTACACA CTGGATAAAA
551    AAGTTTATGA CTTGTACGAA TCCGCAGAAA TTCACACGGT AAACAAAGTC
601    AAGCGTTCAA AATGGTTTTA TGCATTGCCC GTCATCATAT TATTGATTCC
651    GCTATTTGTC GGTTTGTCTT ACAAAATGTT GGGCAGTTAC GGAAAAAAAC
701    AGGAAGAACC CGCAGCACAA GAATCGGCGG CAACAGAACA GCAGGCAGTA
751    CTTCCGGATA AAACAGAAGG AGAATCGGTG AATAACGGAA ACCTTACGGC
801    AGATATGTTT GTTCCGACAT TGCCCGAAAA ACCCGAAAGC AAGCCGATTT
 851    ATAACGGTGT AAGGCAGGTA AGGACCTTTG AATATATAGC AGGCTGTATA
 901    GAAGGCGGAA GAACCGGATG CACCTGCTAT TCGCATCAAG GGACGGCATT
 951    GAAAGAAGTG ACGGAGTTGA TGTGCAAGGA CTATGTAAAA AACGGCTTGC
1001    CGTTTAACCC ATACAAAGAA GAAAGCCAAG GGCAGGAAGT TCAGCAAAGC
1051    GCGCAGCAAC ATTCGGACAG GGCGCAAGTT GCCACCTTGG GCGGAAAACC
1101    GCAGCAGAAC CTAATGTACG ACAATTGGGA AGAACGCGGG AAACCGTTTG
1151    AAGGAATCGG CGGGGGCGTG GTCGGATCGG CAAACTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 326>：
  1    MAEICLIT
Figure A20051011339502231
LKMV SMMANDEMFK PDENGVRRKV FTNIKGLKIP
 51    HTHIETDAKK LPKSTDEQLS AHDMYEWIKK PENVGAIVIV DEAQDVWPAR
101    SAGSKIPENV QWLNTHRHQG IDIFVLTQGP KLLDQNLRTL VKRHYHIAAN
151    KMGLRTLLEW KVCADDPVKM ASSAFSSIYT LDKKVYDLYE SAEIHTVNKV
201    KRSKW FYALP VIILLIPLFV GLSYKMLGSY GKKQEEPAAQ ESAATEQQAV
251    LPDKTEGESV NNGNLTADMF VPTLPEKPES KPIYNGVRQV RTFEYIAGCI
301    EGGRTGCTCY SHQGTALKEV TELMCKDYVK NGLPFNPYKE ESQGQEVQQS
351    AQQHSDRAQV ATLGGKPQQN LMYDNWEERG KPFEGIGGGV VGSAN*
ORF84ng和ORF84-1在395个氨基酸的重叠区内有95.4％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf84-1.pep     MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGIRRKVFTNIKGLKIPHTYIETDAKK
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:|||||||
orf84ng         MAEICLITGTPGSGKTLKMVSMMANDEMFKPDENGVRRKVFTNIKGLKIPHTHIETDAKK
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf84-1.pep     LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENIGSIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                |||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84ng         LPKSTDEQLSAHDMYEWIKKPENVGAIVIVDEAQDVWPARSAGSKIPENVQWLNTHRHQG
                        70        80        90       100       110       120
                       130       140       150       160       170       180
orf84-1.pep     IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVRKHYHIASNKMGMRTLLEWKICADDPVKMASSAFSSIYT
                |||||||||||||||||||||::|||||:||||:|||||||:||||||||||||||||||
orf84ng         IDIFVLTQGPKLLDQNLRTLVKRHYHIAANKMGLRTLLEWKVCADDPVKMASSAFSSIYT
                       130       140       150       160       170       180
                       190       200       210       220       230       240
orf84-1.pep     LDKKVYDLYESAEVHTVNKVKRSKWFYTLPVIVLLIPVFVGLSYKMLSSYGKKQEEPAAQ
                |||||||||||||:|||||||||||||:||||:||||:|||||||||:||||||||||||
orf84ng         LDKKVYDLYESAEIHTVNKVKRSKWFYALPVIILLIPLFVGLSYKMLGSYGKKQEEPAAQ
                       190       200       210       220       230       240
                       250       260       270       280       290       300
orf84-1.pep     ESAATEQQAVLPDKTEGEPVNNGNLTADMFVPTLSEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
                |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf84ng         ESAATEQQAVLPDKTEGESVNNGNLTADMFVPTLPEKPESKPIYNGVRQVRTFEYIAGCI
                       250       260       270       280       290       300
                       310       320       330       340       350       360
orf84-1.pep     EGGRTGCACYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
                |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf84ng         EGGRTGCTCYSHQGTALKEVTELMCKDYVKNGLPFNPYKEESQGQEVQQSAQQHSDRAQV
                       310       320       330       340       350       360
                       370       380       390
orf84-1.pep     ATLGGKPXQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
                ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf84ng         ATLGGKPQQNLMYDNWEERGKPFEGIGGGVVGSANX
                       370       380       390
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域(单划线)，以及一个推定的ATP/GTP-结合位点基序A(P环，双划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例39
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 327>：
   1    GTGGTTTTCC TGAATGCCGA CAACGGGATA TTGGTTCAGG ACTTGCCTTT
  51    TGAAGTCAAA CTGAAAAAAT TCCATATCGA TTTTTACAAT ACGGGTATGC
 101    CGCGTGATTT CGCCAGCGAT ATTGAAGTGA CGGACAAGGC AACCGGTGAG
 151    AAACTCGAGC GCACCATCCG CGTGAACCAT CCTTTGACCT TGCACGGCAT
 201    CACGATTTAT CAGGCGAGTT TTGCCGACGG CGGTTCGGAT TTGACATTCA
 251    AGGCGTGGAA TTTGGGTGAT GCTTCGCGCG AGCCTGTCGT GTTGAAGGCA
 301    ACATCCATAC ACCAGTTTCC GTTGGAAATT GGCAAACACA AATATCGTCT
 351    TGAGTTCGAT CAGTTCACTT CTATGAATGT GGAGGACATG AGCGAGGGCG
 401    CGGAACGGGA AAAAAGCCTG AAATCCACGC TGCCCGATGT CCGCGCCGTT
 451    ACTCAGGAAG GTCACAAATA CACCAAT... .......... .....TACCG
 501    TATCCGTGAT GCGCCAGGCC AGGCGGTCGA ATATAAAAAC TATATGCTGC
 551    CGGTTTTGCA GGAACAGGAT TATTTTTGGA TTACCGGCAC GCGCAGCGC.
 601    TTGCAGCAGC AATACCGCTG GCTGCGTATC CCCTTGGACA AGCAGTTGAA
 651    AGCGGACACC TTTATGGCAT TGCGTGAGTT TTTGAAAGAT GGGGAAGGGC
 701    GCAAACGTCT .GTTGCCGAC GCAACCAAAG GCGCACCTGC CGAAATCCGC
 751    GAACAATTCA TGCTGGCTGC GGAAAACACG CTGAACATCT TTGCACAAAA
 801    AGGCTATTTG GGATTGGACG AATTTATTAC GTCCAATATC CCGAAAGAGC
 851    AGCAGGATAA GATGCAGGGC TATTTCTACG AAATGCTTTA CGGCGTGATG
 901    AACGCTGCTT TGGATGAAAC CAT.ACCCGG TACGGCTTGC CCGAATGGCA
 951    GCAGGATGAA GCGCGGAATC GTTTCCTGCT GCACAGTATG GATGCGTACA
1001    CGGGTTTGAC CGAATATCCC GCGCCTATGC TGCTGCAACT TGATGGGTTT
1051    TCCGAGGTGC GTTCGTCGGG TTTGCAGATG ACCCGTTCCC C.GGTCCGCT
1101    TTTGGTCTAT CTC...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 328；ORF88>：
  1    MVFLNADNGI LVQDLPFEVK LKKFHIDFYN TGMPRDFASD IEVTDKATGE
 51    KLERTIRVNH PLTLHGITIY QASFADGGSD LTFKAWNLGD ASREPVVLKA
101    TSIHQFPLEI GKHKYRLEFD QFTSMNVEDM SEGAEREKSL KSTLPDVRAV
151    TQEGHKYTNX XXXXXYRIRD APGQAVEYKN YMLPVLQEQD YFWITGTRSX
201    LQQQYRWLRI PLDKQLKADT FMALREFLKD GEGRKRXVAD ATKGAPAEIR
251    EQFMLAAENT LNIFAQKGYL GLDEFITSNI PKEQQDKMQG YFYEMLYGVM
301    NAALDETXTR YGLPEWQQDE ARNRFLLHSM DAYTGLTEYP APMLLQLDGF
351    SEVRSSGLQM TRSXGPLLVY L...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 329>：
  1    ATGAGTAAAT CCCGTAGATC TCCCCCACTT CTTTCCCGTC CGTGGTTCGC
 51    TTTTTTCAGC TCCATGCGCT TTGCAGTCGC TTTGCTCAGT CTGCTGGGTA
101    TTGCATCGGT TATCGGTACG GTGTTGCAGC AAAACCAGCC GCAGACGGAT
151    TATTTGGTCA AATTCGGATC GTTTTGGGCG CAGATTTTTG GTTTTCTGGG
201    ACTGTATGAC GTCTATGCTT CGGCATGGTT TGTCGTTATC ATGATGTTTT
251    TGGTGGTTTC TACCAGTTTG TGCCTGATTC GCAATGTGCC GCCGTTCTGG
301    CGCGAAATGA AGTCTTTTCG GGAAAAGGTT AAAGAAAAAT CTCTGGCGGC
351    GATGCGCCAT TCTTCGCTGT TGGATGTAAA AATTGCGCCC GAGGTTGCCA
401    AACGTTATCT GGAAGTACAA GGTTTTCAGG GAAAAACCAT TAACCGTGAA
451    GACGGGTCGG TTCTGATTGC CGCCAAAAAA GGCACAATGA ACAAATGGGG
501    CTATATCTTT GCCCATGTTG CTTTGATTGT CATTTGCCTG GGCGGGTTGA
551    TAGACAGTAA CCTGCTGTTG AAACTGGGTA TGCTGACCGG TCGGATTGTT
601    CCGGACAATC AGGCGGTTTA TGCCAAGGAT TTCAAGCCCG AAAGTATTTT
651    GGGTGCGTCC AATCTCTCAT TTAGGGGCAA CGTCAATATT TCCGAGGGGC
701    AGAGTGCGGA TGTGGTTTTC CTGAATGCCG ACAACGGGAT ATTGGTTCAG
751    GACTTGCCTT TTGAAGTCAA ACTGAAAAAA TTCCATATCG ATTTTTACAA
801    TACGGGTATG CCGCGTGATT TCGCCAGCGA TATTGAAGTG ACGGACAAGG
 851  CAACCGGTGA GAAACTCGAG CGCACCATCC GCGTGAACCA TCCTTTGACC
 901  TTGCACGGCA TCACGATTTA TCAGGCGAGT TTTGCCGACG GCGGTTCGGA
 951  TTTGACATTC AAGGCGTGGA ATTTGGGTGA TGCTTCGCGC GAGCCTGTCG
1001  TGTTGAAGGC AACATCCATA CACCAGTTTC CGTTGGAAAT TGGCAAACAC
1051  AAATATCGTC TTGAGTTCGA TCAGTTCACT TCTATGAATG TGGAGGACAT
1101  GAGCGAGGGC GCGGAACGGG AAAAAAGCCT GAAATCCACG CTGAACGATG
1151  TCCGCGCCGT TACTCAGGAA GGTAAAAAAT ACACCAATAT CGGCCCTTCC
1201  ATTGTTTACC GTATCCGTGA TGCGGCAGGG CAGGCGGTCG AATATAAAAA
1251  CTATATGCTG CCGGTTTTGC AGGAACAGGA TTATTTTTGG ATTACCGGCA
1301  CGCGCAGCGG CTTGCAGCAG CAATACCGCT GGCTGCGTAT CCCCTTGGAC
1351  AAGCAGTTGA AAGCGGACAC CTTTATGGCA TTGCGTGAGT TTTTGAAAGA
1401  TGGGGAAGGG CGCAAACGTC TGGTTGCCGA CGCAACCAAA GGCGCACCTG
1451  CCGAAATCCG CGAACAATTC ATGCTGGCTG CGGAAAACAC GCTGAACATC
1501  TTTGCACAAA AAGGCTATTT GGGATTGGAC GAATTTATTA CGTCCAATAT
1551  CCCGAAAGAG CAGCAGGATA AGATGCAGGG CTATTTCTAC GAAATGCTTT
1601  ACGGCGTGAT GAACGCTGCT TTGGATGAAA CCATACGCCG GTACGGCTTG
1651  CCCGAATGGC AGCAGGATGA AGCGCGGAAT CGTTTCCTGC TGCACAGTAT
1701  GGATGCGTAC ACGGGTTTGA CCGAATATCC CGCGCCTATG CTGCTGCAAC
1751  TTGATGGGTT TTCCGAGGTG CGTTCGTCGG GTTTGCAGAT GACCCGTTCC
1801  CCGGGTGCGC TTTTGGTCTA TCTCGGCTCG GTGCTGTTGG TATTGGGTAC
1851  GGTATTGATG TTTTATGTGC GCGAAAAACG GGCGTGGGTA TTGTTTTCAG
1901  ACGGCAAAAT CCGTTTTGCC ATGTCTTCGG CCCGCAGCGA ACGGGATTTG
1951  CAGAAGGAAT TTCCAAAACA CGTCGAGAGT CTGCAACGGC TCGGCAAGGA
2001  CTTGAATCAT GACTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 330；ORF88-1>：
  1  MSKSRRSPPL LSRPWFAFFS SMRFA VALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD
 51  YLVKFGSFWA QIFGFLGLYD VYASAW FVVI MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW
101  REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP EVAKRYLEVQ GFQGKTINRE
151  DGSVLIAAKK GTMNKWG YIF AHVALIVICL GGLIDSNLLL KLGMLTGRIV
201  PDNQAVYAKD FKPESILGAS NLSFRGNVNI SEGQSADVVF LNADNGILVQ
251  DLPFEVKLKK FHIDFYNTGM PRDFASDIEV TDKATGEKLE RTIRVNHPLT
301  LHGITIYQAS FADGGSDLTF KAWNLGDASR EPVVLKATSI HQFPLEIGKH
351  KYRLEFDQFT SMNVEDMSEG AEREKSLKST LNDVRAVTQE GKKYTNIGPS
401  IVYRIRDAAG QAVEYKNYML PVLQEQDYFW ITGTRSGLQQ QYRWLRIPLD
451  KQLKADTFMA LREFLKDGEG RKRLVADATK GAPAEIREQF MLAAENTLNI
501  FAQKGYLGLD EFITSNIPKE QQDKMQGYFY EMLYGVMNAA LDETIRRYGL
551  PEWQQDEARN RFLLHSMDAY TGLTEYPAPM LLQLDGFSEV RSSGLQMTRS
601  PGA LLVYLGS VLLVLGTVLM FYVREKRAWV LFSDGKIRFA MSSARSERDL
651  QKEFPKHVES LQRLGKDLNH D*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF88与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF88a)在重叠的371个氨基酸内有95.7％的相同性：
                                                 10        20        30
orf88.pep                                MVFLNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYN
                                         :|||||||||||||||||||||||||||||
orf88a     AKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVFLNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYN
           210       220       230       240       250       260
                   40        50        60        70        80        90
orf88.pep  TGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGD
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88a     TGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGD
           270       280       290       300       310       320
                  100       110       120       130       140       150
orf88.pep  ASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLPDVRAV
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
orf88a       ASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAV
             330       340       350       360       370       380
                    160       170       180       190       200       210
orf88.pep    TQEGHKYTNXXXXXXYRIRDAPGQAVEYKNYMLPVLQEQDYFWITGTRSXLQQQYRWLRI
             ||||:||||      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
orf88a       TQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYMLPVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRI
             390       400       410       420       430       440
                    220       230       240       250       260       270
orf88.pep    PLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRXVADATKGAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYL
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88a       PLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATKGAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYL
             450       460       470       480       490       500
                    280       290       300       310       320       330
orf88.pep    GLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAALDETXTRYGLPEWQQDEARNRFLLHSM
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
orf88a       GLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAALDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSM
             510       520       530       540       550       560
                    340       350       360       370
orf88.pep    DAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRSXGP LLVYL
             ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||
orf88a       DAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRSPGA LLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKR
             570       580       590       600        610       620
orf88a       AWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVESLQRLGKDLNHDX
             630       640       650       660       670
全长ORF88a核苷酸序列<SEQ ID 331>是：
   1  ATGAGTAAAT CCCGTAGATC TCCCCCACTT CTTTCCCGTC CGTGGTTCGC
  51  TTTTTTCAGC TCCATGCGCT TTGCGGTCGC TTTGCTCAGT CTGCTGGGTA
 101  TTGCATCGGT TATCGGTACG GTGTTGCAGC AAAACCAGCC GCAGACGGAT
 151  TATTTGGTCA AATTCGGATC GTTTTGGGCG CAGATTTTTG GTTTTCTGGG
 201  ACTGTATGAC GTCTATGCTT CGGCATGGTT TGTCGTTATC ATGATGTTTT
 251  TGGTGGTTTC TACCAGTTTG TGCCTGATTC GCAATGTGCC GCCGTTCTGG
 301  CGCGAAATGA AGTCTTTTCG GGAAAAGGTT AAAGAAAAAT CTCTGGCGGC
 351  GATGCGCCAT TCTTCGCTGT TGGATGTAAA AATTGCGCCC GAGGTTGCCA
 401  AACGTTATCT GGAAGTACAA GGTTTTCAGG GAAAAACCAT TAACCGTGAA
 451  GACGGGTCGG TTCTGATTGC CGCCAAAAAA GGCACAATGA ACAAATGGGG
 501  CTATATCTTT GCCCATGTTG CTTTGATTGT CATTTGCCTG GGCGGGTTGA
 551  TAGACAGTAA CCTGCTGTTG AAACTGGGTA TGCTGACCGG TCGGATTGTT
 601  CCGGACAATC AGGCGGTTTA TGCCAAGGAT TTCAAGCCCG AAAGTATTTT
 651  GGGTGCGTCC AATCTCTCAT TTAGGGGCAA CGTCAATATT TCCGAGGGGC
 701  AGAGTGCGGA TGTGGTTTTC CTGAATGCCG ACAACGGGAT ATTGGTTCAG
 751  GACTTGCCTT TTGAAGTCAA ACTGAAAAAA TTCCATATCG ATTTTTACAA
 801  TACGGGTATG CCGCGCGATT TTGCCAGTGA TATTGAAGTA ACGGATAAGG
 851  CAACCGGTGA GAAACTCGAG CGCACCATCC GCGTGAACCA TCCTTTGACC
 901  TTGCACGGCA TCACGATTTA TCAGGCGAGT TTTGCCGACG GCGGTTCGGA
 951  TTTGACATTC AAGGCGTGGA ATTTGGGTGA TGCTTCGCGC GAGCCTGTCG
1001  TGTTGAAGGC AACATCCATA CACCAGTTTC CGTTGGAAAT TGGCAAACAC
1051  AAATATCGTC TTGAGTTCGA TCAGTTTACT TCTATGAATG TGGAGGACAT
1101  GAGCGAGGGC GCGGAACGGG AAAAAAGCCT GAAATCCACG CTGAACGATG
1151  TCCGCGCCGT TACTCAGGAA GGTAAAAAAT ACACCAATAT CGGCCCTTCC
1201  ATTGTTTACC GTATCCGTGA TGCGGCAGGG CAGGCGGTCG AATATAAAAA
1251  CTATATGCTG CCGGTTTTGC AGGAACAGGA TTATTTTTGG ATTACCGGCA
1301  CGCGCAGCGG CTTGCAGCAG CAATACCGCT GGCTGCGTAT CCCCTTGGAC
1351  AAGCAGTTGA AAGCGGACAC CTTTATGGCA TTGCGTGAGT TTTTGAAAGA
1401  TGGGGAAGGG CGCAAACGTC TGGTTGCCGA CGCAACCAAA GGCGCACCTG
1451  CCGAAATCCG CGAACAATTC ATGCTGGCTG CGGAAAACAC GCTGAACATC
1501  TTTGCACAAA AAGGCTATTT GGGATTGGAC GAATTTATTA CGTCCAATAT
1551  CCCGAAAGAG CAGCAGGATA AGATGCAGGG CTATTTCTAC GAAATGCTTT
1601  ACGGCGTGAT GAACGCTGCT TTGGATGAAA CCATACGCCG GTACGGCTTG
1651  CCCGAATGGC AGCAGGATGA AGCGCGGAAT CGTTTCCTGC TGCACAGTAT
1701  GGATGCGTAC ACGGGTTTGA CCGAATATCC CGCGCCTATG CTGCTGCAAC
1751  TTGATGGGTT TTCCGAGGTG CGTTCGTCGG GTTTGCAGAT GACCCGTTCC
1801  CCGGGTGCGC TTTTGGTCTA TCTCGGCTCG GTGCTGTTGG TATTGGGTAC
1851  GGTATTGATG TTTTATGTGC GCGAAAAACG GGCGTGGGTA TTGTTTTCAG
1901  ACGGCAAAAT CCGTTTTGCC ATGTCTTCGG CCCGCAGCGA ACGGGATTTG
1951  CAGAAGGAAT TTCCAAAACA CGTCGAGAGT CTGCAACGGC TCGGCAAGGA
2001  CTTGAATCAT GACTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 332>：
  1  MSKSRRSPPL LSRPWFAFFS SMRFA VALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD
 51  YLVKFGSFWA QIFGFLGLYD VYASAW FVVI MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW
101  REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP EVAKRYLEVQ GFQGKTINRE
151  DGSVLIAAKK GTMNKWG YIF AHVALIVICL GGLIDSNLLL KLGMLTGRIV
201  PDNQAVYAKD FKPESILGAS NLSFRGNVNI SEGQSADVVF LNADNGILVQ
251  DLPFEVKLKK FHIDFYNTGM PRDFASDIEV TDKATGEKLE RTIRVNHPLT
301  LHGITIYQAS FADGGSDLTF KAWNLGDASR EPVVLKATSI HQFPLEIGKH
351  KYRLEFDQFT SMNVEDMSEG AEREKSLKST LNDVRAVTQE GKKYTNIGPS
401  IVYRIRDAAG QAVEYKNYML PVLQEQDYFW ITGTRSGLQQ QYRWLRIPLD
451  KQLKADTFMA LREFLKDGEG RKRLVADATK GAPAEIREQF MLAAENTLNI
501  FAQKGYLGLD EFITSNIPKE QQDKMQGYFY EMLYGVMNAA LDETIRRYGL
551  PEWQQDEARN RFLLHSMDAY TGLTEYPAPM LLQLDGFSEV RSSGLQMTRS
601  PGA LLVYLGS VLLVLGTVLM FYVREKRAWV LFSDGKIRFA MSSARSERDL
651  QKEFPKHVES LQRLGKDLNH D*
ORF88a和ORF88-1在671个氨基酸的重叠区内有100.0％的相同性：
orf88a.pep  MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA 60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA 60
orf88a.pep  QIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH 120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     QIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH 120
orf88a.pep  SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL 180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL 180
orf88a.pep  GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF 240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF 240
orf88a.pep  LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT 300
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT 300
orf88a.pep  LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT 360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT 360
orf88a.pep  SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML 420
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML 420
orf88a.pep  PVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK 480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     PVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK 480
orf88a.pep  GAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA 540
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     GAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA 540
orf88a.pep  LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS 600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS 600
orf88a.pep  PGALLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES 660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88-1     PGALLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES 660
orf88a.pep  LQRLGKDLNHD  672
            |||||||||||
orf88-1     LQRLGKDLNHD  672
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF88与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF88.ng)在重叠的371个氨基酸内有93.8％的相同性：
orf88.pep    MVFLNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNH  60
             |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng      MVFLNADNGMLVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNH  60
orf88.pep    PLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFD  120
             |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng      PLTLHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLRDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFD  120
orf88.pep    QFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLPDVRAVTQEGHKYTNXXXXXXYRIRDAPGQAVEYKN  180
             |||||||||||||||||||||||| |||||||||:||||      |||||| ||||||||
orf88ng      QFTSMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKN  180
orf88.pep    YMLPVLQEQDYFWITGTRSXLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRXVAD  240
             ||||:||::||||:||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
orf88ng      YMLPILQDKDYFWLTGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVAD  240
orf88.pep    ATKGAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVM  300
             ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf88ng      ATKDAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKGQQDKMQGYFYEMLYGVM  300
orf88.pep    NAALDETXTRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQM  360
             |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng      NAALDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQM  360
orf88.pep    TRSXGPLLVYL                                                   371
             ||| | |||||
orf88ng      TRSPGALLVYLGSVLLVLGTVFMFYVPKKRAWVLFSNXKIRFAMSSARSERDLQKEFPKH 420
预计ORF88ng核苷酸序列<SEQ ID 333>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID334>：
  1  MVFLNADNGM LVQDLPFEVK LKKFHIDFYN TGMPRDFASD IEVTDKATGE
 51  KLERTIRVNH PLTLHGITIY QASFADGGSD LTFKAWNLRD ASREPVVLKA
101  TSIHQFPLEI GKHKYRLEFD QFTSMNVEDM SEGAEREKSL KSTLNDVRAV
151  TQEGKKYTNI GPSIVYRIRD AAGQAVEYKN YMLPILQDKD YFWLTGTRSG
201  LQQQYRWLRI PLDKQLKADT FMALREFLKD GEGRKRLVAD ATKDAPAEIR
251  EQFMLAAENT LNIFAQKGYL GLDEFITSNI PKGQQDKMQG YFYEMLYGVM
301  NAALDETIRR YGLPEWQQDE ARNRFLLHSM DAYTGLTEYP APMLLQLDGF
351  SEVRSSGLQM TRSPGA LLVY LGSVLLVLGT VFMFYVPKKR AWVLFSNXKI
 401  RFAMSSARSE RDLQKEFPKH VESLQRLGKD LNHD*
进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 335>：
  1   ATGAGTAAAT CCCGTATATC TCCCACACTT CTTTCCCGTC CGTGGTTCGC
  51  TTTTTTCAGC TCCATGCGCT TTGCGGTCGC TTTGCTCAGT CTGCTGGGTA
 101  TTGCATCGGT TATCGGCACG GTGTTACAGC AAAACCAGCC GCAGACGGAT
 151  TATTTGGTCA AATTCGGACC GTTTTGGACT CGGATTTTTG ATTTTTTGGG
 201  TTTGTATGAT GTCTATGCTT CGGCATGGTT TGTCGTTATC ATGATGTTTC
 251  TGGTGGTTTC TACCAGTTTG TGTTTAATCC GTAACGTTCC GCCGTTTTGG
 301  CGCGAAATGA AGTCTTTCCG GGAAAAGGTT AAAGAAAAAT CTCTGGCGGC
 351  GATGCGCCAT TCTTCGCTGT TGGATGTAAA AATTGCCCCC GAAGTTGCCA
 401  AACGTTATCT GGAGGTGCGG GGTTTTCAGG GAAAAACCGT CAGCCGTGAG
 451  GACGGGTCGG TTCTGATTGC CGCCAAAAAA GGCAcaatga acaaATGGGG
 501  CTATATCTTT GCccaagtag ctTTGATTGT CATTTGCCTG GGCGGGTTGA
 551  TAGACAGTAA CCTGCTGCTG AAGCTGGGTA TGCTGGCCGG TCGGATTGTT
 601  CCGGACAATC AGGCGGTTTA TGCCAAGGAT TTCAAGCCCG AAAGTATTTT
 651  GGGTGCGTCC AATCTCTCAT TTAGGGGCAA CGTCAATATT TCCGAGGGGC
 701  AAAGTGCGGA TGTGGTTTTC CTGAATGCCG ACAACGGGAT GTTGGTTCAG
 751  GACTTGCCTT TTGAAGTCAA ACTGAAAAAA TTCCATATCG ATTTTTACAA
 801  TACGGGTATG CCGCGCGATT TTGCCAGCGA TATTGAAGTA ACGGACAAGG
 851  CAACCGGTGA GAAACTCGAG CGCACCATCC GCGTGAACCA TCCTTTGACC
 901  TTGCACGGCA TCACGATTTA TCAGGCGAGT TTTGCCGACG GCGGTTCGGA
 951  TTTGACATTC AAGGCGTGGA ATTTGAGGGA TGCTTCGCGC GAACCTGTCG
1001  TGTTGAAGGC AACCTCCATA CACCAGTTTC CGTTGGAAAT CGGCAAACAC
1051  AAATATCGTC TTGAGTTCGA TCAGTTCACT TCTATGAATG TGGAGGACAT
1101  GAGCGAGGGT GCGGAACGGG AAAAAAGCCT GAAATCCACT CTGAACGATG
1151  TCCGCGCCGT TACTCAGGAA GGTAAAAAAT ACACCAATAT CGGCCCTTCC
1201  ATCGTGTACC GCATCCGTGA TGcggCAGGG CAGGCGGTCG AATATAAAAA
1251  CTATATGCTG CCGATTTTGC AGGACAAAGA TTATTTTTGG CTGACCGGCA
1301  CGCGCAGCGG CTTGCAGCAG CAATACCGCT GGCTGCGTAT CCCCTTGGAC
1351  AAGCAGTTGA AAGCGGACAC CTTTATGGCA TTGCGTGAGT TTTTGAAAGA
1401  TGGGGAAGGG CGCAAACGTC TGGTTGCCGA CGCAACCAAA GACGCACCTG
1451  CCGAAATCCG CGAACAATTC ATGCTGGCTG CGGAAAACAC GCTGAATATC
1501  TTTGCGCAAA AAGGCTATTT GGGATTGGAC GAATTTATTA CGTCCAATAT
1551  CCCGAAAGGG CAGCAGGATA AGATGCAGGG CTATTTCTAC GAAATGCTTT
1601  ACGGCGTGAT GAACGCTGCT TTGGATGAAA CCATACGCCG GTACGGCTTG
1651  CCCGAATGGC AGCAGGATGA AGCGCGGAAC CGTTTCCTGC TGCACAGTAT
1701  GGATGCCTAT ACGGGGCTGA CGGAATATCC CGCGCCTATG CTGCTCCAGC
1751  TTGACGGGTT TTCCGAGGTG CGTTCCTCAG GTTTGCAGAT GACCCGTTCG
1801  CCGGGTGCGC TTTTGGTCTA TCtcggctcg gtattgttgg TTTTGGgtac
1851  ggtaTttatg tTTTATGTGC GCGAAAAACG GGCGTGGgta tTGTTTTCag
1901  aCGGCAAAAT CCGTTTTGCT ATGtCTTcgg CCcgcagcga ACGGGATTTG
1951  cAGAaggaaT TTCCAAAACA CGtcgAGAGC CTGCAACggc tcggcaaggA
2001  CttgaaTCAT GACTga
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 336；ORF88ng-1>：
  1  MSKSRISPTL LSRPWFAFFS SMRFA VALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD
 51  YLVKFGPFWT RIFDFLGLYD VYASAW FVVI MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW
101  REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP EVAKRYLEVR GFQGKTVSRE
151  DGSVLIAAKK GTMNKWG YIF AQVALIVICL GGLIDSNLLL KLGMLAGRIV
201  PDNQAVYAKD FKPESILGAS NLSFRGNVNI SEGQSADVVF LNADNGMLVQ
251  DLPFEVKLKK FHIDFYNTGM PRDFASDIEV TDKATGEKLE RTIRVNHPLT
301  LHGITIYQAS FADGGSDLTF KAWNLRDASR EPVVLKATSI HQFPLEIGKH
351  KYRLEFDQFT SMNVEDMSEG AEREKSLKST LNDVRAVTQE GKKYTNIGPS
401  IVYRIRDAAG QAVEYKNYML PILQDKDYFW LTGTRSGLQQ QYRWLRIPLD
451  KQLKADTFMA LREFLKDGEG RKRLVADATK DAPAEIREQF MLAAENTLNI
501  FAQKGYLGLD EFITSNIPKG QQDKMQGYFY EMLYGVMNAA LDETIRRYGL
551  PEWQQDEARN RFLLHSMDAY TGLTEYPAPM LLQLDGFSEV RSSGLQMTRS
601  PGA LLVYLGS VLLVLGTVFM FYVREKRAWV LFSDGKIRFA MSSARSERDL
651  QKEFPKHVES LQRLGKDLNH D*
ORF88ng-1和ORF88-1在671个氨基酸的重叠区内有97.0％的相同性：
orf88-1.pep  MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA  60
             ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||:
orf88ng-1    MSKSRISPTLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGPFWT  60
orf88-1.pep  QIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH 120
             :|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    RIFDFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH 120
orf88-1.pep  SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL 180
             |||||||||||||||||||:||||||::|||||||||||||||||||||||:||||||||
orf88ng-1    SSLLDVKIAPEVAKRYLEVRGFQGKTVSREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAQVALIVICL 180
orf88-1.pep  GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF 240
             |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    GGLIDSNLLLKLGMLAGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF 240
orf88-1.pep  LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT 300
             ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    LNADNGMLVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT 300
orf88-1.pep  LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLGDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT 360
             ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    LHGITIYQASFADGGSDLTFKAWNLRDASREPVVLKATSIHQFPLEIGKHKYRLEFDQFT 360
orf88-1.pep  SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML 420
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    SMNVEDMSEGAEREKSLKSTLNDVRAVTQEGKKYTNIGPSIVYRIRDAAGQAVEYKNYML 420
orf88-1.pep  PVLQEQDYFWITGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK 480
             |:||::||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    PILQDKDYFWLTGTRSGLQQQYRWLRIPLDKQLKADTFMALREFLKDGEGRKRLVADATK 480
orf88-1.pep  GAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKEQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA 540
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf88ng-1    DAPAEIREQFMLAAENTLNIFAQKGYLGLDEFITSNIPKGQQDKMQGYFYEMLYGVMNAA 540
orf88-1.pep  LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS 600
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    LDETIRRYGLPEWQQDEARNRFLLHSMDAYTGLTEYPAPMLLQLDGFSEVRSSGLQMTRS 600
orf88-1.pep  PGALLVYLGSVLLVLGTVLMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES 660
             ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf88ng-1    PGALLVYLGSVLLVLGTVFMFYVREKRAWVLFSDGKIRFAMSSARSERDLQKEFPKHVES 660
orf88-1.pep  LQRLGKDLNHD    671
             |||||||||||
orf88ng-1    LQRLGKDLNHD    671
另外，ORG88ng-1显示出与Aquifex aeolicus的一种假设蛋白同源：
gi|2984296(AE000771)假设蛋白[Aquifex aeolicus]长度＝537
评分＝94.4位(231)，估计值＝2e-18
相同性＝91/334(27％)，阳性＝159/334(47％)，空隙＝59/334(17％)
询问：16  FAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIG-TVLQQNQPQTDYLVKFGPFWTRIFDFLGLYDVYAS 74
           + F +S++ A+ ++ +LGI S++G T ++QNQ    YL +FG         L L DV+ S
目标：80  YDFLASLKLAIFIMLVLGILSMLGSTYIKQNQSFEWYLDQFGYDVGIWIWKLWLNDVFHS 139
询问：75  AWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRHSSLLDVKIAPEVAK 134
            ++++ ++ L V+   C I+ +P  W++  S +E++ +    A +H   + VKI P+  K
目标：140 WYYILFIVLLAVNLIFCSIKRLPRVWKQAFS-KERILKLDEHAEKHLKPITVKI-PDKDK 197
询问：135 --RYLEVRGFQGKTVSREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAQVALIVICLGGLIDSNLLLKL 192
             ++L  +GF+   V  E   + + A+KG  ++ G     +AL+VI  G LID
目标：198 VLKFLLKKGFK-VFVEEEGNKLYVFAEKGRFSRLGVYITHIALLVIMAGALID------- 249
询问：193 GMLAGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVFLNADNGMLVQDL 252
                                 +I+G      RG++ ++EG + DV+ + A+       L
目标：250 ----------------------AIVGV-----RGSLIVAEGDTNDVMLVGAE--QKPYKL 280
询问：253 PFEVKLKKFHIDFY---NTGMPRDFA-------SDIEVTDKATGEKLER--TIRVNHPLT 300
           PF V L  F I  Y   N  + + FA       SDIE+ +   G K+E   T++VN P
目标：281 PFAVHLIDFRIKTYAEENPNVDKRFAQAVSSYESDIEIIN---GGKVEAKGTVKVNEPFD 337
询问：301 LHGITIYQASFA--DGGSDLTFKAWNLRDASREP 332
                ++QA++   DG S +     + + A  +P
目标：338 FGRYRLFQATYGILDGTSGMGVIVVDRKKAHEDP 371
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中有推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例40
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 337>：
  1  ATGATGAGTA ATAmAATGGm ACAAAAAGGG TTTACATTGA TTGmGmTGAT
 51  GATAGTCGTC GCGATACTCG GCATTATCAG CGTCATTGCC ATACCTTCTT
101  ATCmAAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG
151  GyCGGTATCA ACAATATTTC CAAACAGTTT ATTTTGAAAA ATCCCCTGGA
201  CGATAATCAG ACCATCGAGA ACAAACTGGA AATATTTGTC TCAGGCTATA
251  AGATGAATCC GAAAATTGCC AAAAAaTATA GTGTTTCGGT AAAGTTTGTC
301  GATAAGGAAA AATCAAGGGC ATACAGGTTG GTCGGCGTTC CGAAGGCGGG
351  GACGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA
401  AATGCCGTGA TGCCGCTTCT GCCCAAGCCC ATTTGGAGAC CTTGTCCTCA
451  GATGTCGGCT GTGAAGCCTT CTCTAATCGT AAAAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 338；ORF89>：
  1  MMSNXMXQKG FTLIXXMIVV AILGIISVIA IPSYXSYIEK GYQSQLYTEM
 51  XGINNISKQF ILKNPLDDNQ TIENKLEIFV SGYKMNPKIA KKYSVSVKFV
101  DKEKSRAYRL VGVPKAGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDAAS AQAHLETLSS
151  DVGCEAFSNR KK*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 339>：
  1  ATGATGAGTA ATAAAATGGA ACAAAAAGGG TTTACATTGA TTGAGATGAT
 51  GATAGTCGTC GCGATACTCG GCATTATCAG CGTCATTGCC ATACCTTCTT
101  ATCAAAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG
151  GTCGGTATCA ACAATATTTC CAAACAGTTT ATTTTGAAAA ATCCCCTGGA
201  CGATAATCAG ACCATCGAGA ACAAACTGGA AATATTTGTC TCAGGCTATA
251  AGATGAATCC GAAAATTGCC AAAAAATATA GTGTTTCGGT AAAGTTTGTC
301  GATAAGGAAA AATCAAGGGC ATACAGGTTG GTCGGCGTTC CGAAGGCGGG
351  GACGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA
401  AATGCCGTGA TGCCGCTTCT GCCCAAGCCC ATTTGGAGAC CTTGTCCTCA
451  GATGTCGGCT GTGAAGCCTT CTCTAATCGT AAAAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 340；ORF89-1>：
  1  MMSNKMEQKG FTLIEMMIVV AILGIISVIA IPSYQSYIEK GYQSQLYTEM
 51  VGINNISKQF ILKNPLDDNQ TIENKLEIFV SGYKMNPKIA KKYSVSVKFV
101  DKEKSRAYRL VGVPKAGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDAAS AQAHLETLSS
151  DVGCEAFSNR KK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的PilE(登录号Z69260)的同源性
ORF89和PilE蛋白在120个氨基酸重叠区内显示出有30％的氨基酸相同性：
orf89  8   QKGFTLIXXMIVVAILGIISVIAIPSYXSYIEKGYQSQLYTEMXGINNISKQFILKNPL- 66
           QKGFTLI  MIV+AI+GI++ +A+P+Y  Y  +   S+      G  +   ++ L + +
PilE   5   QKGFTLIELMIVIAIVGILAAVALPAYQDYTARAQVSEAILLAEGQKSAVTEYYLNHGIW 64
orf89  67  -DDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGYTLSVW 125
             DN +         +G   + KI  KY  SV       +      GV K   G  LS+W
PilE   65  PKDNTS---------AGVASSDKIKGKYVQSVTVAKGVVTAEMASTGVNKEIQGKKLSLW 115
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF89显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF89a)在重叠的162个氨基酸内有83.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf89.pep    MMSNXMXQKGFTLIXXMIVVAILGIISVIAIPSYXSYIEKGYQSQLYTEMXGINNISKQF
             |||| | |||||||||    ||    |||    ||||||||||||||||| ||||||||
orf89a       MMSNKMEQKGFTLIXXXXXXAIXXXXSVIXXXXYXSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQX
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf89.pep    ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY
             ||||||||||||::||||||||||||||||:||:|||:||::|| ||| ||||||:||||
orf89a       ILKNPLDDNQTIKSKLEIFVSGYKMNPKIAEKYNVSVHFVNEEKPRAYSLVGVPKTGTGY
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160
orf89.pep    TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
             |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf89a       TLSVWMNSVGDGYKCRDAASARAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
                    130       140       150       160
全长ORF89a核苷酸序列<SEQ ID 341>是：
  1  ATGATGAGTA ATAAAATGGA ACAAAAAGGG TTTACATTGA TTGNGANGNT
 51  NATNGNCNTC GCGATACNCN GCNTTANCAG CGTCATTNCN ATNNNTNCNT
101  ATCNNAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG
151  GTCGGTATCA ACAATATTTC CAAACAGTNT ATTTTGAAAA ATCCCCTGGA
201  CGATAATCAG ACCATCAAGA GCAAACTGGA AATATTTGTC TCAGGCTATA
251  AGATGAATCC GAAAATTGCC GAAAAATATA ATGTTTCGGT GCATTTTGTC
301  AATGAGGAAA AACCNAGGGC ATACAGCTTG GTCGGCGTTC CAAAGACGGG
351  GACGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA
401  AATGCCGTGA TGCCGCTTCT GCCCGAGCCC ATTTGGAGAC CTTGTCCTCA
451  GATGTCGGCT GTGAAGCCTT CTCTAATCGT AAAAAATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 342>：
  1  MMSNKMEQKG FTLIXXXXXX AIXXXXSVIX XXXYXSYIEK GYQSQLYTEM
 51  VGINNISKQX ILKNPLDDNQ TIKSKLEIFV SGYKMNPKIA EKYNVSVHFV
101  NEEKPRAYSL VGVPKTGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDAAS ARAHLETLSS
151  DVGCEAFSNR KK*
ORF89a和ORF89-1显示在162个氨基酸的重叠区内有83.3％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf89a.pep  MMSNKMEQKGFTLIXXXXXXAIXXXXSVIXXXXYXSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQX
            ||||||||||||||      ||    |||    | |||||||||||||||||||||||||
orf89-1     MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVAILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQF
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf89a.pep  ILKNPLDDNQTIKSKLEIFVSGYKMNPKIAEKYNVSVHFVNEEKPRAYSLVGVPKTGTGY
            ||||||||||||::||||||||||||||||:||:|||:||::|| ||| ||||||:||||
orf89-1     ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160
orf89a.pep  TLSVWMNSVGDGYKCRDAASARAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
            |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf89-1     TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
                   130       140       150       160
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF89与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF89.ng)在重叠的162个氨基酸内显示有84.6％的相同性：
orf89      MMSNXMXQKGFTLIXXMIVVAILGIISVIAIPSYXSYIEKGYQSQLYTEMXGINNISKQF  60
           |||| | |||||||  ||||:||||||||||||| ||||||||||||||| ||||: |||
orf89ng    MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVTILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNVLKQF  60
orf89      ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY  120
           ||||| |||:|:::||:||||||||||||||||||||:||| || |||||||||:|||||
orf89ng    ILKNPQDDNDTLKSKLKIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVRFVDAEKPRAYRLVGVPNAGTGY  120
orf89      TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKK  162
           ||||||||||||||||||:||||: :|||:| ||||||||||
orf89ng    TLSVWMNSVGDGYKCRDATSAQAYSDTLSADSGCEAFSNRKK  162
全长ORF89ng核苷酸序列<SEQ ID 343>是：
  1  aTGATGAGCA ATAAAATGGA ACAAAAAGGG TTTACATTGA TTGAGATGAT
 51  GATAGTTGTC ACGATACTCG GCATCATCAG CGTCATTGCC ATACCTTCTT
101  ATCAGAGTTA TATTGAAAAA GGCTATCAGT CCCAGCTTTA TACGGAGATG
151  GTCGGTATCA ACAATGTTCT CAAACAGTTT ATTTTGAAAA ATCCCCAGGA
201  CGATAATGAT ACCCTCAAGA GCAAACTGAA AATATTTGTC TCAGGCTATA
251  AGATGAATCC GAAAAttgCC AAAAAATATA GTGTTTCGGt aaggtttGTC
301  gatGCGGAAA AACCAAGGGC ATACAGGTTG GTCGGCGTTC CGAACGCGGG
351  GACGGGTTAT ACTTTGTCGG TATGGATGAA CAGCGTGGGC GACGGATACA
401  AATGCCGTGA TGCCACTTCT GCCCAGGCCT ATTCGGACAC CTTGTCCGCA
451  GATAGCGGCT GTGAAGCTTT CTCTAATCGT AAAAAATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 344>：
  1
Figure A20051011339502331
A IPSYQSYIEK GYQSQLYTEM
 51  VGINNVLKQF ILKNPQDDND TLKSKLKIFV SGYKMNPKIA KKYSVSVRFV
101  DAEKPRAYRL VGVPNAGTGY TLSVWMNSVG DGYKCRDATS AQAYSDTLSA
151  DSGCEAFSNR KK*
该淋球菌蛋白具有一个推定的前导序列(下划线)和N端甲基化位点(NMePhe或4型菌毛，双划线)。另外，ORF89ng和ORF89-1在162个氨基酸的重叠区内有88.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf89-1.pep  MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVAILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNISKQF
             ||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||: |||
orf89ng      MMSNKMEQKGFTLIEMMIVVTILGIISVIAIPSYQSYIEKGYQSQLYTEMVGINNVLKQF
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf89-1.pep  ILKNPLDDNQTIENKLEIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVKFVDKEKSRAYRLVGVPKAGTGY
            ||||| |||:|:::||:||||||||||||||||||||:||| || |||||||||:|||||
orf89ng     ILKNPQDDNDTLKSKLKIFVSGYKMNPKIAKKYSVSVRFVDAEKPRAYRLVGVPNAGTGY
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160
orf89-1.pep TLSVWMNSVGDGYKCRDAASAQAHLETLSSDVGCEAFSNRKKX
            ||||||||||||||||||:||||: :|||:| |||||||||||
orf89ng     TLSVWMNSVGDGYKCRDATSAQAYSDTLSADSGCEAFSNRKKX
                   130       140       150       160
根据该分析结果(包括淋球菌基序以及与已知PilE蛋白的同源性)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF89-1(13.6kDa)克隆到pGex载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图11A显示出GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，该小鼠的血清在ELISA测试中给出了阳性结果，这确认了ORF89-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例41
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 345>：
  1  ATGAAAAAAT CCTCCCTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT
 51  CGGCATGGCA TTTGCCGCCC CTGCCGACGC GGTAAGCCAA ATCCGTCAAA
101  ACGCCACTCA AGTATTGAGC ATCTTAAAAA ACGGCGATGC CAACACCGCT
151  CGCCAAAAAG CCGAAGCCTA TGCGATTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT
201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGsG CACCG.GTCC GACG.GCAAA
251  AACAAGCGTT GGCCn.AGAA TTTCAACCC...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 346；ORF91>：
 1  MKKSSLISAL GIGILSIGMA FAAPADAVSQ IRQNATQVLS ILKNGDANTA
51  RQKAEAYAIP YFDFQRMTAL AVGNPWXTXS DXQKQALAXE FQP...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 347>：
  1  ATGAAAAAAT CCTCCCTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT
 51  CGGCATGGCA TTTGCCGCCC CTGCCGACGC GGTAAGCCAA ATCCGTCAAA
101  ACGCCACTCA AGTATTGAGC ATCTTAAAAA ACGGCGATGC CAACACCGCT
151  CGCCAAAAAG CCGAAGCCTA TGCGATTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT
201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGCG CACCGCGTCC GACGCGCAAA
251  AACAAGCGTT GGCCAAAGAA TTTCAAACCC TGCTGATCCG CACCTATTCC
301  GGCACGATGC TGAAATTAAA AAACGCCAAC GTCAACGTCA AAGACAATCC
351  CATCGTCAAT AAAGGCGGCA AAGAAATCAT CGTCCGCGCC GAAGTCGGCG
401  TACCCGGGCA AAAACCCGTC AACATGGACT TCACCACCTA CCAAAGCGGC
451  GGTAAATACC GTACCTACAA CGTCGCCATC GAAGGCGCGA GCCTGGTTAC
501  CGTGTACCGC AACCAATTCG GCGAAATTAT CAAAGCGAAA GGCGTGGACG
551  GACTGATTGC CGAGTTGAAA GCCAAAAACG GCGGCAAATA A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 348；ORF91-1>：
  1  MKKSSLISAL GIGILSIGMA FAAPADAVSQ IRQNATQVLS ILKNGDANTA
 51  RQKAEAYAIP YFDFQRMTAL AVGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS
101  GTMLKLKNAN VNVKDNPIVN KGGKEIIVRA EVGVPGQKPV NMDFTTYQSG
151  GKYRTYNVAI EGASLVTVYR NQFGEIIKAK GVDGLIAELK AKNGGK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF91显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF91a)在重叠的92个氨基酸内有92.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf91.pep    MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP
             |||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||
orf91a       MKKSSFISALGIGILSIGMAFAAPADAVNQIRQNATQVLSILKSGDANTARQKAEAYAIP
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90
orf91.pep    YFDFQRMTALAVGNPWXTXSDXQKQALAXEFQP
             |||||||||||||||| | || |||||| |||
orf91a       YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
                     70        80        90       100       110       120
orf91a       KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
                    130       140       150       160       170       180
全长ORF91a核苷酸序列<SEQ ID 349>是：
  1  ATGAAAAAAT CCTCCTTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT
 51  CGGCATGGCA TTTGCCGCCC CTGCCGACGC GGTAAACCAA ATCCGTCAAA
101  ACGCCACTCA AGTATTGAGC ATCTTAAAAA GCGGTGATGC CAACACCGCC
151  CGCCAAAAAG CCGAAGCCTA TGCGATTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT
201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGCG CACCGCGTCC GACGCGCAAA
251  AACAAGCGTT GGCCAAAGAA TTTCAAACCC TGCTGATCCG CACCTATTCC
301  GGCACGATGC TGAAATTAAA AAACGCCAAC GTCAACGTCA AAGACAATCC
351  CATCGTCAAT AAAGGCGGCA AAGAAATCAT CGTCCGCGCC GAAGTCGGCG
401  TACCCGGGCA AAAACCCGTC AACATGGACT TCACCACCTA CCAAAGCGGC
451  GGTAAATACC GTACCTACAA CGTCGCCATC GAAGGCGCGA GCCTGGTTAC
501  CGTGTACCGC AACCAATTCG GCGAAATTAT CAAAGCGAAA GGCGTGGACG
551  GACTGATTGC CGAGTTGAAG GCTAAAAACG GCAGCAAGTA A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 350>：
  1  MKKSSFISAL GIGILSIGMA FAAPADAVNQ IRQNATQVLS ILKSGDANTA
 51  RQKAEAYAIP YFDFQRMTAL AVGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS
101  GTMLKLKNAN VNVKDNPIVN KGGKEIIVRA EVGVPGQKPV NMDFTTYQSG
151  GKYRTYNVAI EGASLVTVYR NQFGEIIKAK GVDGLIAELK AKNGSK*
ORF91a和ORF91-1显示在196个氨基酸的重叠区内有98.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf91a.pep  MKKSSFISALGIGILSIGMAFAAPADAVNQIRQNATQVLSILKSGDANTARQKAEAYAIP
            |||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||
orf91-1     MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf91a.pep  YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf91-1     YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf91a.pep  KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf91-1     KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
                   130       140       150       160       170       180
                   190
orf91a.pep  GVDGLIAELKAKNGSKX
           ||||||||||||||:||
orf91-1    GVDGLIAELKAKNGGKX
                  190
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF91显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF91.ng)在重叠的92个氨基酸内有84.8％的相同性：
orf91.pep  MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP  60
           :||||:||||||||||||||||:|||||:||||||||||:|||:||| :|| ||||||:|
orf91ng    VKKSSFISALGIGILSIGMAFASPADAVGQIRQNATQVLTILKSGDAASARPKAEAYAVP  60
orf91.pep  YFDFQRMTALAVGNPWXTXSDXQKQALAXEFQP                             93
           |||||||||||||||| | || |||||| |||
orf91ng    YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKFKNATVNVKDNPIVN  120
预计全长ORF91ng核苷酸序列<SEQ ID 351>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 352>：
  1  VKKSSFISAL GIGILSIGMA FASPADAVGQ IRQNATQVLT ILKSGDAASA
 51  RPKAEAYAVP YFDFQRMTAL AVGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS
101  GTMLKFKNAT VNVKDNPIVN KGGKEIVVRA EVGIPGQKPV NMDFTTYQSG
151  GKYRTYNVAI EGTSLVTVYR NQFGEIIKAK GIDGLIAELK AKNGGK*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 353>：
  1  ATGAAAAAAT CCTCCTTCAT CAGCGCATTG GGCATCGGTA TTTTGAGCAT
 51  CGGCATGGCA TTTGCCTCCC CGGCCGACGC AGTGGGACAA ATCCGCCAAA
101  ACGCCACACA GGTTTTGACC ATCCTCAAAA GCGGCGACGC GGCTTCTGCA
151  CGCCCAAAAG CCGAAGCCTA TGCGGTTCCC TATTTCGATT TCCAACGTAT
201  GACCGCATTG GCGGTCGGCA ACCCTTGGCG TACCGCGTCC GACGCGCAAA
251  AACAAGCGTT GGCCAAAGAA TTTCAAACCC TGCTGATCCG CACCTATTCC
301  GGCACGATGC TGAAATTCAA AAACGCGACC GTCAACGTCA AAGACAATCC
351  CATCGTCAAT AAGGGCGGCA AGGAAATCGT CGTCCGTGCC GAAGTCGGCA
401  TCCCCGGTCA GAAGCCCGTC AATATGGACT TTACCACCTA CCAAAGCGGC
451  GGCAAATACC GTACCTACAA CGTCGCCATC GAAGGCACGA GCCTGGTTAC
501  CGTGTACCGC AACCAATTCG GCGAAATCAT CAAAGCCAAA GGCATCGACG
551  GGCTGATTGC CGAGTTGAAA GCCAAAAACG GCGGCAAATA A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 354；ORF91ng-1>：
  1  MKKSSFISAL GIGILSIGMA FASPADAVGQ IRQNATQVLT ILKSGDAASA
 51  RPKAEAYAVP YFDFQRMTAL AVGNPWRTAS DAQKQALAKE FQTLLIRTYS
101  GTMLKFKNAT VNVKDNPIVN KGGKEIVVRA EVGIPGQKPV NMDFTTYQSG
151  GKYRTYNVAI EGTSLVTVYR NQFGEIIKAK GIDGLIAELK AKNGGK*
ORF91ng-1和ORF91-1显示在196个氨基酸的重叠区内有92.3％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf91-1.pep MKKSSLISALGIGILSIGMAFAAPADAVSQIRQNATQVLSILKNGDANTARQKAEAYAIP
            |||||:||||||||||||||||:|||||:||||||||||:|||:||| :|| ||||||:|
orf91ng-1   MKKSSFISALGIGILSIGMAFASPADAVGQIRQNATQVLTILKSGDAASARPKAEAYAVP
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf91-1.pep YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKLKNANVNVKDNPIVN
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||
orf91ng-1   YFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKFKNATVNVKDNPIVN
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf91-1.pep KGGKEIIVRAEVGVPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGASLVTVYRNQFGEIIKAK
            ||||||:||||||:||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf91ng-1   KGGKEIVVRAEVGIPGQKPVNMDFTTYQSGGKYRTYNVAIEGTSLVTVYRNQFGEIIKAK
                   130       140       150       160       170       180
                   190
orf91-1.pep GVDGLIAELKAKNGGKX
            |:|||||||||||||||
orf91ng-1   GIDGLIAELKAKNGGKX
                   190
另外，ORF91ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
sp|P45390|YRBC_ECOLI MURA-RPON基因间区域中的假设的24.0KD蛋白前体(F211)>gi|606130(U18997)ORF_f211[大肠杆菌]>gi|1789583(AE000399)murZ-rpoN基因间区域中的假设的24.0kD蛋白[大肠杆菌]长度＝211
评分＝70.6位(170)，估计值＝6e-12
相同性＝42/137(30％)，阳性＝76/137(54％)，空隙＝6/137(4％)
询问：59  VPYFDFQRMTALAVGNPWRTASDAQKQALAKEFQTLLIRTYSGTMLKFKNATVNVKDNPI 118
           +PY   +   AL +G  +++A+ AQ++A    F+  L + Y   +  +   T  +   P
目标：65  LPYVQVKYAGALVLGQYYKSATPAQREAYFAAFREYLKQAYGQALAMYHGQTYQIA--PE 122
询问：119 VNKGGKEIV-VRAEVGIP-GQKPVNMDFTTYQSG--GKYRTYNVAIEGTSLVTVYRNQFG 174
              G K IV +R  +  P G+ PV +DF   ++   G ++ Y++  EG S++T  +N++G
目标：123 QPLGDKTIVPIRVTIIDPNGRPPVRLDFQWRKNSQTGNWQAYDMIAEGVSMITTKQNEWG 182
询问：175 EIIKAKGIDGLIAELKA 191
            +++ KGIDGL A+LK+
目标：183 TLLRTKGIDGLTAQLKS 199
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例42
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 355>：
  1  ATGAAACACA TACTCCCCCT GATTGCCGCA TCCGCACTCT GCATTTCAAC
 51  CGCTTCGGCA CATCCTGCCA GCGAACCGTC CACTCAAAAC GAAACCGCTA
101  TGATCACGCA TACCCTCATC TCAAAATACA GTTTTGGnnn nnnnnnnnnn
151  nnnnnnnnnn nnGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT
201  CGACCATCAG GAAGCCGCAC GCCGAAACGG CTTAACGATG CAGCCGGCAA
251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAAGCCG GCACGCCGCT GATGGTCAAA
301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTA CGCGTCCTCG TTACCGAAAC
351  GGACGGCAAA GTACGCGCCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGCCG
401  GCAGCCGCAT CGGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA
451  AAACTGATAC AAAAAACCGT AGGCGAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 356；ORF97>：
  1  MKHILPLIAA SALCISTASA HPASEPSTQN ETAMITHTLI SKYSFGXXXX
 51  XXXXAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK
101  DPAFALQLPL RVLVTETDGK VRAAYTDTRA LIAGSRIGFD EVANTLANAE
151  KLIQKTVGE*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 357>：
  1  ATGAAACACA TACTCCCCCT GATTGCCGCA TCCGCACTCT GCATTTCAAC
 51  CGCTTCGGCA CATCCTGCCA GCGAACCGTC CACCCAAAAC GAAACCGCTA
101  TGACCACGCA TACCCTCACC TCAAAATACA GTTTTGACGA AACCGTCAGC
151  CGCCTTGAAA CCGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT
201  CGACCATCAG GAAGCCGCCC GCCGAAACGG CTTAACGATG CAGCCGGCAA
251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAAGCCG GCACGCCGCT GATGGTCAAA
301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTA CGCGTCCTCG TTACCGAAAC
351  GGACGGCAAA GTACGCGCCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGCCG
401  GCAGCCGCAT CGGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA
451  AAACTGATAC AAAAAACCGT AGGCGAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 358；ORF97-1>：
  1  MKHILPLIAA SALCISTASA HPASEPSTQN ETAMTTHTLT SKYSFDETVS
 51  RLETAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK
101  DPAFALQLPL RVLVTETDGK VRAAYTDTRA LIAGSRIGFD EVANTLANAE
151  KLIQKTVGE*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF97显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF97a)在重叠的159个氨基酸内有88.7％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf97.pep    MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMITHTLISKYSFGXXXXXXXXAIKSKG
             | |||||  |||||||||| ||||||:||||||| |||| |||||  :     :||||||
orf97a       MXHILPLXXASALCISTASXHPASEPQTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf97.pep    MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf97a       MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVXVTETDGK
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160
orf97.pep    VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
orf97a       VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTIGEX
                    130       140       150       160
全长ORF97a核苷酸序列<SEQ ID 359>是：
  1  ATGANACACA TACTCCCCCT GANTGNCGCA TCCGCACTCT GCATTTCAAC
 51  CGCTTCGGNN CATCCTGCCA GCGAACCGCA AACCCAAAAC GAAACCGCTA
101  TGACCACGCA TACCCTCACC TCAAAATACA GTTTTGACGA AACCGTCAGC
151  CGCCTTGAAA CCGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT
201  CGACCATCAG GAAGCCGCCC GCCGAAACGG CTTAACGATG CAGCCGGCAA
251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAAGCCG GTACGCCGCT GATGGTCAAA
301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTG CGCGTCNTCG TTACCGAAAC
351  GGACGGCAAA GTACGCGCCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGCCG
401  GCAGCCGCAT CGGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA
451  AAACTGATAC AAAAAACCAT AGGCGAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 360>：
  1  MXHILPLXXA SALCISTASX HPASEPQTQN ETAMTTHTLT SKYSFDETVS
 51  RLETAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK
101  DPAFALQLPL RVXVTETDGK VRAAYTDTRA LIAGSRIGFD EVANTLANAE
151  KLIQKTIGE*
ORF97a和ORF97-1显示在159个氨基酸的重叠区内有95.6％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf97a.pep  MXHILPLXXASALCISTASXHPASEPQTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
            | |||||  |||||||||| ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf97-1     MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf97a.pep  MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVXVTETDGK
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf97-1     MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160
orf97a.pep  VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTIGEX
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
orf97-1     VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
                   130       140       150       160
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF97显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF97.ng)在重叠的159个氨基酸内有88.1％的相同性：
orf97.pep    MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMITHTLISKYSFGXXXXXXXXAIKSKG  60
             |||||| |||||:||||||||||::| ||||||| |||| |||||  :     :||||||
orf97ng      MKHILPPIAASAFCISTASAHPAGKPPTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG  60
orf97.pep    MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK  120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf97ng      MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK  120
orf97.pep    VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGE  159
             ||:|||||||||:||||:|||||||||||||||||||||
orf97ng      VRTAYTDTRALIVGSRISFDEVANTLANAEKLIQKTVGE  159
预计全长ORF97ng核苷酸序列<SEQ ID 361>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 362>：
  1  MKHILPPIAA SAFCISTASA HPAGKPPTQN ETAMTTHTLT SKYSFDETVS
 51  RLETAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK
101  DPAFALQLPL RVLVTETDGK VRTAYTDTRA LIVGSRISFD EVANTLANAE
151  KLIQKTVGE*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 363>：
  1  ATGAAACACA TACTCCCcct gatcgccgca TccgcactCT GCATTTCAAC
 51  CGCTTCGGCA CACCCTGCCG GCAAACCGCC CACCCAAAAC GAAACCGCTA
101  TGACCACGCA CACCCTCACC TCGAAATACA GTTTTGACGA AACCGTCAGC
151  CGCCTTGAAA CCGCCATAAA AAGCAAAGGG ATGGACATTT TTGCCGTCAT
201  CGACCATCAG GAAGCGGCAC GCCGAAACGG CCTGACCATG CAGCCGGCAA
251  AAGTCATCGT CTTCGGCACG CCCAAGGCCG GTACGCCgct GATGGTCAAA
301  GACCCCGCCT TCGCCCTGCA ACTGCCCCTG CGCGTCCTCG TTACCGAAAC
351  GGACGGCAAA GTACGCACCG CCTATACCGA TACGCGCGCC CTCATCGTCG
401  GCAGCCGCAT CAGTTTCGAC GAAGTGGCAA ACACTTTGGC AAACGCCGAA
451  AAACTGATAC AAAAAACCGT AGGCGAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 364；ORF97ng-1>：
  1  MKHILPLIAA SALCISTASA HPAGKPPTQN ETAMTTHTLT SKYSFDETVS
 51  RLETAIKSKG MDIFAVIDHQ EAARRNGLTM QPAKVIVFGT PKAGTPLMVK
101  DPAFALQLPL RVLVTETDGK VRTAYTDTRA LIVGSRISFD EVANTLANAE
151  KLIQKTVGE*
ORF97ng-1和ORF97-1显示在159个氨基酸的重叠区内有96.2％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf97-1.pep  MKHILPLIAASALCISTASAHPASEPSTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
             |||||||||||||||||||||||::| |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf97ng-1    MKHILPLIAASALCISTASAHPAGKPPTQNETAMTTHTLTSKYSFDETVSRLETAIKSKG
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf97-1.pep MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf97ng-1   MDIFAVIDHQEAARRNGLTMQPAKVIVFGTPKAGTPLMVKDPAFALQLPLRVLVTETDGK
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160
orf97-1.pep VRAAYTDTRALIAGSRIGFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
            ||:|||||||||:||||:||||||||||||||||||||||
orf97ng-1   VRTAYTDTRALIVGSRISFDEVANTLANAEKLIQKTVGEX
                   130       140       150       160
根据该分析，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF97-1(15.3kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图12A和12B分别显示了GST-融合蛋白和His-融合蛋白的亲和纯化结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图12C)，ELISA(阳性结果)，和FACS分析(图12D).这些实验确认ORF97-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
图12E显示出ORF97-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。
实施例43
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA<SEQ ID 365>：
  1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGC AGTAAATGGC TGATTGTGCC
 51  GCTGATGCTC CCCGCCTTTC AGAATGTGGC GGCGGAGGGG ATAGATGTGA
101  GCCGTGCCGA AGCGAGGATA ACCGACGGCG GGCAGCTTTC CATCAGCAGC
151  CGCTTCCAAA CCGAGCTGCC CGACCAGCTC CAACAGGCGT TGCGCCGGGg
201  CGTGCCGCTC AACTTTACCT TAAGCTGGCA GCTTTCCGCC CCGATAATCG
251  CTTCTTATCG GTTTAAATTG GGGCAACTGA TTGGCGATGA CGACaATATT
301  GACTACAAAC TGAGTTTCCA TCCGCTGACc AaACGCTACC GCGTTACCgT
351  CGgCGCGTTT TCGACAGACT ACGACACCTT GGATGCGGCA TTGCGCGCGA
401  CCGGCGCGGT TGCCAACTGG AAAGTCCTGA ACAAAGGCGC GCTGTCCGGT
451  GCGGAAGCAG GGGAAACCAA GGCGGAAATC CGCCTGACGC TGTCCACTTC
501  AAAACTGCCC AAGCCTTTTC AAATCAATGC ATTGACTTCT CAAAACTGGC
551  ATTTGGATTC GGGTTGGAAA CCTCTAAACA TCATCGGGAA CAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 366；ORF106>：
  1  MAFITRLFKS SKWLIVPLML PAFQNVAAEG IDVSRAEARI TDGGQLSISS
 51  RFQTELPDQL QQALRRGVPL NFTLSWQLSA PIIASYRFKL GQLIGDDDNI
101  DYKLSFHPLT KRYRVTVGAF STDYDTLDAA LRATGAVANW KVLNKGALSG
151  AEAGETKAEI RLTLSTSKLP KPFQINALTS QNWHLDSGWK PLNIIGNK*
进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 367>：
  1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGC AGTAAATGGC TGATTGTGCC
 51  GCTGATGCTC CCCGCCTTTC AGAATGTGGC GGCGGAGGGG ATAGATGTGA
101  GCCGTGCCGA AGCGAGGATA ACCGACGGCG GGCAGCTTTC CATCAGCAGC
151  CGCTTCCAAA CCGAGCTGCC CGACCAGCTC CAACAGGCGT TGCGCCGGGG
201  CGTGCCGCTC AACTTTACCT TAAGCTGGCA GCTTTCCGCC CCGATAATCG
251  CTTCTTATCG GTTTAAATTG GGGCAACTGA TTGGCGATGA CGACAATATT
301  GACTACAAAC TGAGTTTCCA TCCGCTGACC AACCGCTACC GCGTTACCGT
351  CGGCGCGTTT TCGACAGACT ACGACACCTT GGATGCGGCA TTGCGCGCGA
401  CCGGCGCGGT TGCCAACTGG AAAGTCCTGA ACAAAGGCGC GCTGTCCGGT
451  GCGGAAGCAG GGGAAACCAA GGCGGAAATC CGCCTGACGC TGTCCACTTC
501  AAAACTGCCC AAGCCTTTTC AAATCAATGC ATTGACTTCT CAAAACTGGC
551  ATTTGGATTC GGGTTGGAAA CCTCTAAACA TCATCGGGAA CAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 368；ORF106-1>：
  1  MAFITRLFKS SKWLIVPLML PAFQNVAAEG IDVSRAEARI TDGGQLSISS
 51  RFQTELPDQL QQALRRGVPL NFTLSWQLSA PIIASYRFKL GQLIGDDDNI
101  DYKLSFHPLT NRYRVTVGAF STDYDTLDAA LRATGAVANW KVLNKGALSG
151  AEAGETKAEI RLTLSTSKLP KPFQINALTS QNWHLDSGWK PLNIIGNK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF106显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF106a)在重叠的199个氨基酸内有87.4％的相同性：
                    10         20        30        40        50       59
orf106.pep  MAFITRLFKSSK-WLIVPLMLPAFQNVAAEGIDVSRAEARITDGGQLSISSRFQTELPDQ
            |||||||||| | ||::  || :: ::||||||||||||||:||||||  ||||||||||
orf106a     MAFITRLFKSIKQWLVLLPMLSVLPDAAAEGIDVSRAEARIXDGGQLSXXSRFQTELPDQ
                    10        20        30        40        50        60
           60        70        80        90       100       110      119
orf106.pep  LQQALRRGVPLNFTLSWQLSAPIIASYRFKLGQLIGDDDNIDYKLSFHPLTKRYRVTVGA
            || |  ||| || || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||:||||||||
orf106a     LQXAXXRGVXLNXTLXWQLSAPIIASYRFXLGQLIGDDDXIDYKLSFHPLTNRYRVTVGA
                    70        80        90       100       110       120
          120       130       140       150       160       170      179
orf106.pep  FSTDYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT
            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf106a     FSTXYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT
                   130       140       150       160       170       180
          180       190      199
orf106.pep  SQNWHLDSGWKPLNIIGNKX
            ||||||||||||||||||||
orf106a     SQNWHLDSGWKPLNIIGNKX
                   190       200
由于残基11位的K被替代成N，ORF106a和ORF106-1之间在相同的199个氨基酸重叠区内的同源性是87.9％。
全长ORF106a核苷酸序列<SEQ ID 369>是：
  1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGC ATTAAACAAT GGCTTGTGCT
 51  GCTGCCGATG CTTTCCGTTT TGCCGGACGC GGCGGCGGAG GGGATAGATG
101  TGAGCCGCGC CGAAGCGAGG ATAANCGACG GCGGGCAGCT TTCCATNAGN
151  AGCCGCTTCC AAACCGAGCT GCCCGACCAG CTCCAANNNG CGNNGNGCCG
201  GGGCGTGNCG CTCAACTNTA CCTTAAGNTG GCAGCTTTCC GCCCCGATAA
251  TCGCTTCTTA TCGGTTTNAA TTGGGGCAAC TGATTGGCGA TGACGACNAT
301  ATTGACTACA AACTGAGTTT CCATCCGCTG ACCAACCGCT ACCGCGTTAC
351  CGTCGGCGCG TTTTCGACAG ANTACGACAC CTTGGATGCG GCATTGCGCG
401  CGACCGGCGC GGTTGCCAAC TGGAAAGTCC TGAACAAAGG CGCGCTGTCC
451  GGTGCGGAAG CAGGGGAAAC CAAGGCGGAA ATCCGCCTGA CGCTGTCCAC
501  TTCAAAACTG CCCAAGCCTT TTCAAATCAA TGCATTGACT TCTCAAAACT
551  GGCATTTGGA TTCGGGTTGG AAACCTCTAA ACATCATCGG GAACAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 370>：
  1  MAFITRLFKS IKQWLVLLPM LSVLPDAAAE GIDVSRAEAR IXDGGQLSXX
 51  SRFQTELPDQ LQXAXXRGVX LNXTLXWQLS APIIASYRFX LGQLIGDDDX
101  IDYKLSFHPL TNRYRVTVGA FSTXYDTLDA ALRATGAVAN WKYLNKGALS
151  GAEAGETKAE IRLTLSTSKL PKPFQINALT SQNWHLDSGW KPLNIIGNK*
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF106显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF106.ng)在重叠的199个氨基酸内有90.5％的相同性：
orf106.pep  MAFITRLFKSSK-WLIVPLMLPAFQNVAAEGIDVSRAEARITDGGQLSISSRFQTELPDQ 59
            |||||||||| | ||::  :| :: ::||||| ::||||||||||:||||||||||||||
orf106ng    MAFITRLFKSIKQWLVLLPILSVLPDAAAEGIAATRAEARITDGGRLSISSRFQTELPDQ 60
orf106.pep  LQQALRRGVPLNFTLSWQLSAPIIASYRFKLGQLIGDDDNIDYKLSFHPLTKRYRVTVGA 119
            |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||:||||||||
orf106ng    LQQALRRGVPLNFTLSWQLSAPTIASYRFKLGQLIGDDDNIDYKLSFHPLTNRYRVTVGA 120
orf106.pep  FSTDYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT 179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf106ng    FSTDYDTLDAALRATGAVANWKVLNKGALSGAEAGETKAEIRLTLSTSKLPKPFQINALT 180
orf106.pep  SQNWHLDSGWKPLNIIGNK 198
            |||||||||||||||||||
orf106ng    SQNWHLDSGWKPLNIIGNK 199
由于残基111位的K被替换成N，ORF106ng和ORF106-1之间在相同的199个氨基酸重叠区内的同源性是91.0％。
全长ORF106ng核苷酸序列<SEQ ID 371>是：
  1  ATGGCTTTTA TTACGCGCTT ATTCAAAAGC ATTAAACAAT GGCTTGTGCT
 51  GTTGCCGATA CTCTCCGTTT TGCCGGACGC GGCGGCGGAG GGCATTGCCG
101  CGACCCGCGC CGAAGCGAGG ATAACCGACG GCGGGCGGCT TTCCATCAGC
151  AGCCGCTTCC AAACCGAGCT GCCCGACCAG CTCCAACAGG CGTTGCGCCG
201  GGGCGTACCG CTCAACTTTA CCTTAAGCTG GCAGCTTTCC GCCCCGACAA
251  TCGCTTCTTA TCGGTTTAAA TTGGGGCAAC TGATTGGCGA TGACGACAAT
301  ATTGACTACA AACTAAGTTT CCATCCGCTG ACCAACCGCT ACCGCGTTAC
351  CGTCGGCGCA TTTTCCACCG ATTACGACAC TTTGGATGCG GCATTGCGCG
401  CGACCGGCGC GGTTGCCAAC TGGAAAGTCC TGAACAAAGG CGCGTTGTCC
451  GGTGCGGAAG CAGGGGAAAC CAAGGCGGAA ATCCGCCTGA CGCTGTCCAC
501  TTCAAAACTG CCCAAGCCTT TCCAAATCAA CGCATTGACT TCTCAAAACT
551  GGCATTTGGA TTCGGGTTGG AAACCTCTAA ACATCATCGG GAACAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 372>：
  1  MAFITRLFKS IKQWLVLLPI LSVLPDAAAE GIAATRAEAR ITDGGRLSIS
 51  SRFQTELPDQ LQQALRRGVP LNFTLSWQLS APTIASYRFK LGQLIGDDDN
101  IDYKLSFHPL TNRYRVTVGA FSTDYDTLDA ALRATGAVAN WKVLNKGALS
151  GAEAGETKAE IRLTLSTSKL PKPFQINALT SQNWHLDSGW KPLNIIGNK*
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF106-1(18kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图13A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图13B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠血清用于FACS分析(图13C)。这些实验确认ORF106-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例44
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 373>：
   1  ATGGACACAA AAGAAATCCT CGG.TACGCG GcAGGcTCGA TCGGCAGCGC
  51  GGTTTTAGCC GTCATCATCc TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCCCCGCCG
 101  ACGACATCGG GCGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG GCTgACGGTG
 151  TCGGTGTTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC
 201  CACCGCCGAC AAAGACAcCT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC
 251  TGTCTGCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGC TTTCCCGCCC GTCCCTGCCG
 301  TCTGAAATCC TGTTTTCACT CGACGATGCC gCCGCCGGCa TCGGGCTGGT
 351  GCTGTTTGAA CtGAGCTTCC TGCCCATCCG cTTTCTCTTA CTGGTTTTGC
 401  GTATGGAAGG ACGCGCCcTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGCcCAAG
 451  CTCGCCATCC TGCTGCTG.T GCCGCTGACG GTCGGGCTGC TGCACTTTCC
 501  AGCGAACACC GCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG
 551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG
 601  CACGCACCGT TTTCGCCCGC CGTCCTGCAC CGGGGG.TGC GCTACGGCAT
 651  ACCGATCGCA CTGAGCAGCA TCGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC
 701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCCGGCCTGG AACAGCTCGG CGTTTATTCG
 751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG GGCGGCATTA TTGTTCCAAA GCATCTTTTC
 801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGCGC AATCGAAGAA AACGCCCCGC
 851  CCGCTCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCCGCCCT GCTTGCCTCC
 901  GCCCTCTGC. TGACCGGCAT TTTCTCGCCC CTTGCCTCCC TCCTGCTGCC
 951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTATCGT CGTATCGTGT ATG.TGCCGC
1001  CGCTGTTTTG CACGCTGGCG GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTT
1051  CGCAAAACGC GCCCGATCGC GCTCGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA
1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG ACCGTGCCGT ACCGGCGAGG CCGCC.GGCG
1151  CGGCGGTTGC CTGTGCCGCC TCATTCTGGC TGTTTTTTGC CTTCAAGACC
1201  GAAAGCTCyT GCCGCCTGTG GCAGCCGCTC AAACGCCTGC CGCTTTATCT
1251  GCACACATTG TTCTGCCTGA CCTCCTCGGC GGCCTACACC TGCTTCGGCA
1301  CGCCGGCAAA CTATCCCCTG TTTGCCGGCG TATGGGCGGC ATATCTGGCA
1351  GGCTGCATCC TGCGCCACCG GAAAGATTTG CACAAACTGT TTCATTATTT
1401  GAAAAAACAA GGTTTCCCAT TATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 374；ORF10>：
  1  MDTKEILXYA AGSIGSAVLA VIILPLLSWY FPADDIGRIV LMQTAAGLTV
 51  SVLCLGLDQA YVREYYATAD KDTLFKTLFL PPLLSAAAIA ALLLSRPSLP
101  SEILFSLDDA AAGIGLVLFE LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQLVPK
151  LAILLLXPLT VGLLHFPANT AVLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR
201  HAPFSPAVLH RGXRYGIPIA LSSIAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQLGVYS
251  MGISFGGAAL LFQSIFSTVW TPYIFRAIEE NAPPARLSAT AESAAALLAS
301  ALCXTGIFSP LASLLLPENY AAVRFIVVSC MXPPLFCTLA EISGIGLNVV
351  RKTRPIALAT LGALAANLLL LGLDRAVPAR PXGAAVACAA SFWLFFAFKT
401  ESSCRLWQPL KRLPLYLHTL FCLTSSAAYT CFGTPANYPL FAGVWAAYLA
451  GCILRHRKDL HKLFHYLKKQ GFPL*
进一步的序列分析揭示了完整的DNA序列<SEQ ID 375>是：
  1  ATGGACACAA AAGAAATCCT CGGCTACGCG GCAGGCTCGA TCGGCAGCGC
 51  GGTTTTAGCC GTCATCATCC TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCCCCGCCG
101  ACGACATCGG GCGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG GCTGACGGTG
151  TCGGTGTTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC
201  CACCGCCGAC AAAGACACCT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC
251  TGTCTGCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGC TTTCCCGCCC GTCCCTGCCG
301  TCTGAAATCC TGTTTTCACT CGACGATGCC GCCGCCGGCA TCGGGCTGGT
351  GCTGTTTGAA CTGAGCTTCC TGCCCATCCG CTTTCTCTTA CTGGTTTTGC
 401  GTATGGAAGG ACGCGCCCTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGCCCAAG
 451  CTCGCCATCC TGCTGCTGCT GCCGCTGACG GTCGGGCTGC TGCACTTTCC
 501  AGCGAACACC GCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG
 551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG
 601  CACGCACCGT TTTCGCCCGC CGTCCTGCAC CGGGGGCTGC GCTACGGCAT
 651  ACCGATCGCA CTGAGCAGCA TCGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC
 701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCCGGCCTGG AACAGCTCGG CGTTTATTCG
 751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG GGCGGCATTA TTGTTCCAAA GCATCTTTTC
 801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGCGC AATCGAAGAA AACGCCCCGC
 851  CCGCCCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCCGCCCT GCTTGCCTCC
 901  GCCCTCTGCC TGACCGGCAT TTTCTCGCCC CTTGCCTCCC TCCTGCTGCC
 951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTATCGT CGTATCGTGT ATGCTGCCGC
1001  CGCTGTTTTG CACGCTGGCG GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTC
1051  CGCAAAACGC GCCCGATCGC GCTCGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA
1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG CCGTGCCGTC CGGCGGCGCG CGCGGCGCGG
1151  CGGTTGCCTG TGCCGCCTCA TTCTGGCTGT TTTTTGCCTT CAAGACCGAA
1201  AGCTCCTGCC GCCTGTGGCA GCCGCTCAAA CGCCTGCCGC TTTATCTGCA
1251  CACATTGTTC TGCCTGACCT CCTCGGCGGC CTACACCTGC TTCGGCACGC
1301  CGGCAAACTA TCCCCTGTTT GCCGGCGTAT GGGCGGCATA TCTGGCAGGC
1351  TGCATCCTGC GCCACCGGAA AGATTTGCAC AAACTGTTTC ATTATTTGAA
1401  AAAACAAGGT TTCCCATTAT GA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 376；ORF10-1>：
  1  MDTKEILGYA AGSIGSAVLA VIILPLLSWY FPADDIGRI V LMQTAAGLTV
 51  SVLCLGLDQA YVREYYATAD KDTLFKT LFL PPLLSAAAIA ALLLSRPSLP
101  SEILFSLDDA AAGIG LVLFE LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQL VPK
151  LAILLLLPLT VGLLHFPANT A VLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR
201  HAPFSPAVLH RGLRYGIPIA LSSIAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQ LGVYS
251  MGISFGGAAL LFQSIFSTVW TPYIFRAIEE NAPPARLSAT AESA AALLAS
301  ALCLTGIFSP LASLLLPENY AAVRFIVVSC MLPPLFCTLA EISGIGLNVV
351  RKTRP IALAT LGALAANLLL LGLAVPSGGA R GAAVACAAS FWLFFAFKTE
401  SSCRLWQPLK RLPLYLHTLF CLTSSAAYTC FGTPANYPLF AGVWAAYLAG
451  CILRHRKDLH KLFHYLKKQG FPL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
预计
预计ORF10-1是一种整合膜蛋白的前体，因为它包含几个(12-13个)潜在跨膜片段，以及一个可能的可断裂信号肽。
与唾液链球菌嗜热亚种的EpsM(登录号为U40830)的同源性
ORF10显示出与唾液链球菌嗜热亚种的epsM基因同源，该基因编码的蛋白质大小与ORF10相似，并涉及外多糖的合成。它还与原核生物膜蛋白有其它同源性：
相同性＝(25％)
询问：  213 LRYGIPLALSSLAYWGLASADRLFLKKYAGLEQLGVYSMGISFGGAALLLQSIFSTVW 270
             L Y +PL  SS+ +W L ++ R F+  + G    G+ ++         +  +IF+  W
目标：  210 LYYALPLIPSSILWWLLNASSRYFVLFFLGAGANGLLAVATKIPSIISIFNTIFTQAW 267
相同性＝15/57(26％)，阳性＝31/57(54％)
询问：    7 LGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQAYVR  63
             L +  G++GS +L  +++PL ++     + G   L QT A L + ++ + +  A +R
目标：   12 LVFTIGNLGSKLLVFLLVPLYTYAMTPQEYGMADLYQTTANLLLPLITMNVFDATLR  68
相同性＝16/96(16％)，阳性＝36/96(37％)
询问：307 IFSPLASLLLPENYAAVRFTVVSCMLPPLFYTLTEISGIGLNVVRKTRPIXXXXXXXXXX 366
             +  P+   ++  +YA+    V   ML  LF + ++  G      ++T+ +
目标：305 VLKPIVEKVVSSDYASSWQYVPFFMLSMLFSSFSDFFGTNYIAAKQTKGVFMTSIYGTIV 364
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF10显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF10a)在重叠的475个氨基酸内有95.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf10.pep    MDTKEILXYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10a       MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf10.pep    YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
             |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10a       YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf10.pep    LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLXPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
             |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
orf10a       LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVSKLAILLLLPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf10.pep    NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGXRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
             ||||||||||||||||||||:|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf10a       NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSSAVLHRGLRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf10.pep    AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf10a       AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEANAPPARLSATAESAAALLAS
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf10.pep    ALCXTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMXPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT
             ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||:||||||||||||||||||||
orf10a       ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMLPPLFCTLVEISGIGLNVVRKTRPIALAT
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400       410       419
orf10.pep    LGALAANLLLLGLDRAVPAR-PXGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHT
             |||||||||||||  |||:    ||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||
orf 10a      LGALAANLLLLGL--AVPSGGARGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHT
                    370         380       390       400       410
           420       430       440       450       460       470
orf10.pep    LFCLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
             ||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
orf10a       LFCLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAVYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
            420       430       440       450       460       470
全长ORF10a核苷酸序列<SEQ ID 377>是：
  1  ATGGACACAA AAGAAATCCT CGGCTACGCG GCAGGCTCGA TCGGCAGCGC
 51  GGTTTTAGCC GTCATCATCC TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCCCTGCCG
101  ACGACATCGG ACGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG GCTGACGGTG
 151  TCGGTGTTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC
 201  CGCCGCCGAC AAAGACACTT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC
 251  TGTCTGCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGC TTTCCCGCCC ATCCCTGCCG
 301  TCTGAAATCC TGTTTTCGCT CGACGATGCC GCCGCCGGCA TCGGGCTGGT
 351  GCTGTTTGAA CTGAGCTTCC TGCCCATCCG CTTTCTCTTA CTGGTTTTGC
 401  GTATGGAAGG ACGCGCCCTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGTCCAAG
 451  CTCGCCATCC TGCTGCTGCT GCCGCTGACG GTCGGGCTGC TGCACTTTCC
 501  GGCGAACACC GCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG
 551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG
 601  CGCGCACCGT TTTCATCCGC CGTCCTGCAT CGCGGCCTGC GCTACGGCAT
 651  ACCGATCGCA CTAAGCAGCA TCGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC
 701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCCGGCCTAG AACAGCTCGG CGTTTATTCG
 751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG AGCGGCATTA TTGTTCCAAA GCATCTTTTC
 801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGCGC AATCGAAGCA AACGCCCCGC
 851  CCGCCCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCCGCCCT GCTTGCCTCC
 901  GCCCTCTGCC TGACCGGCAT TTTCTCGCCC CTCGCCTCCC TCCTGCTGCC
 951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTATCGT CGTATCGTGT ATGCTGCCTC
1001  CGCTGTTTTG CACGCTGGTA GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTC
1051  CGAAAAACAC GCCCGATCGC GCTCGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA
1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG CCGTACCGTC CGGCGGCGCG CGCGGCGCGG
1151  CGGTTGCCTG TGCCGCCTCA TTTTGGCTGT TTTTTGTTTT CAAGACCGAA
1201  AGCTCCTGCC GCCTGTGGCA GCCGCTCAAA CGCCTGCCGC TTTATATGCA
1251  CACATTGTTC TGCCTGGCCT CCTCGGCGGC CTACACCTGC TTCGGCACTC
1301  CGGCAAACTA CCCCCTGTTT GCCGGCGTAT GGGCGGTATA TCTGGCAGGC
1351 TGCATCCTGC GCCACCGGAA AGATTTGCAC AAACTGTTTC ATTATTTGAA
1401  AAAACAAGGT TTCCCATTAT GA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 378>：
  1  MDTKEILGYA AGSIGSAVLA VIILPLLSWY FPADDIGRIV LMQTAAGLTV
 51  SVLCLGLDQA YVREYYAAAD KDTLFKTLFL PPLLSAAAIA ALLLSRPSLP
101  SEILFSLDDA AAGIGLVLFE LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQLVSK
151  LAILLLLPLT VGLLHFPANT AVLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR
201  RAPFSSAVLH RGLRYGIPIA LSSIAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQLGVYS
251  MGISFGGAAL LFQSIFSTVW TPYIFRAIEA NAPPARLSAT AESAAALLAS
301  ALCLTGIFSP LASLLLPENY AAVRFIVVSC MLPPLFCTLV EISGIGLNVV
351  RKTRPIALAT LGALAANLLL LGLAVPSGGA RGAAVACAAS FWLFFVFKTE
401  SSCRLWQPLK RLPLYMHTLF CLASSAAYTC FGTPANYPLF AGVWAVYLAG
451  CILRHRKDLH KLFHYLKKQG FPL*
ORF10a和ORF10-1显示在475个氨基酸的重叠区内有95.4％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf10-1.pep    MDTKEILXYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
               ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10a         MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf10-1.pep    YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
               |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10a         YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf10-1.pep    LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLXPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
               |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
orf10a         LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVSKLAILLLLPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf10-1.pep    NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGXRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
               ||||||||||||||||||||:|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf10a         NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSSAVLHRGLRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf10-1.pep    AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf10a         AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEANAPPARLSATAESAAALLAS
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf10-1.pep    ALCXTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMXPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT
               ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||:||||||||||||||||||||
orf10a         ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMLPPLFCTLVEISGIGLNVVRKTRPIALAT
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380        390       400       410      419
orf10-1.pep    LGALAANLLLLGLDRAVPAR-PXGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHT
               |||||||||||||  |||:    ||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||
orf10a         LGALAANLLLLGL--AVPSGGARGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHT
                      370         380       390       400       410
             420       430       440       450       460       470
orf10-1.pep    LFCLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
               ||||:||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
orf10a         LFCLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAVYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
              420       430       440       450       460       470
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF10显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF10.ng)在重叠的475个氨基酸内有94.1％的相同性：
orf10ng.pep  MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA 60
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10nm      MDTKEILXYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA 60
orf10ng.pep  YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLFSAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE 120
             |||||||:|||||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10nm      YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE 120
orf10ng.pep  LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLLPLTVGLLHFPANTSVLTAVYALA 180
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||
orf10nm      LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLXPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA 180
orf10ng.pep  NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSPAVLHRGLRYGIPLALSSLAYWGLASADRLFLKKY 240
             ||||||||||||||||||||:||||||||||| |||||:||||:||||||||||||||||
orf10nm      NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGXRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY 240
orf10ng.pep  AGLEQLGVYSMGISFGGAALLLQSIFSTVWTPYIFRAIEENATPARLSATAESAAALLAS 300
             |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf10nm      AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS 300
orf10ng.pep  ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFTVVSCMLPPLFYTLTEISGIGLNVVRKTRPIALAT 360
             ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||:||||||||||||||||||||
orf10nm      ALCXTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMXPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT 360
                    370         380       390       400       410
orf10ng.pep  LGALAANLLLLGL--AVPSGGTRGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHT
             |||||||||||||  |||:    ||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||
orf10nm      LGALAANLLLLGLDRAVPAR-PXGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHT
                    370       380        390       400       410
            420       430       440       450       460       470
orf10ng.pep  LFCLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKNLHKLFHYLKKQGFPLX
             ||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf10nm      LFCLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
           420       430       440       450       460       470
全长ORF10ng核苷酸序列<SEQ ID 379>是：
   1  ATGGACACAA AAGAAATCCT CGGCTACGCG GCAGGCTCGA TCGGCAGCGC
  51  GGTTTTAGCC GTCATCATCC TGCCGCTGCT GTCGTGGTAT TTCcccgCCG
 101  ACGACATCGG GCGCATCGTG CTGATGCAGA CGGCGGCGGG ACTGACGGTG
 151  TCGGTATTGT GCCTCGGGCT GGATCAGGCA TACGTCCGCG AATACTATGC
 201  CGCCGCCGAC AAAGACACTT TGTTCAAAAC CCTGTTCCTG CCGCCGCTGC
 251  TGTTTTCCGC CGCGATAGCC GCCCTGCTGC TTTCCCGCCC GTCCCTGCCG
 301  TCTGAAATCC TGTTTTCGCT CGACGATGCC GCCGCCGGCA TCGGGCTGGT
 351  GCTGTTTGAA CTGAGCTTCC TGCCCATCCG CTTTCTCTTA CTGGTTTTGC
 401  GTATGGAAGG GCGCGCCCTT GCCTTTTCGT CCGCGCAACT CGTGCCCAAA
 451  CTCGCCATTC TGCTGCTGTT GCCGCTGACG GTCGGGCTGC TGCACTTTCC
 501  GGCGAACACC TCCGTCCTGA CCGCCGTTTA CGCGCTGGCA AACCTTGCCG
 551  CCGCCGCCTT TTTGCTGTTT CAAAACCGAT GCCGTCTGAA GGCCGTCCGG
 601  CGCGCGCCGT TTTCGCCCGC CGTCCTGCAC CGGGGGCTGC GCTACGGCAT
 651  ACCGCTCGCA CTGAGCAGCC TTGCCTATTG GGGGCTGGCA TCCGCCGACC
 701  GTTTGTTCCT GAAAAAATAT GCGGGCCTGG AACAGCTCGG CGTTTATTCG
 751  ATGGGTATTT CGTTCGGCGG GGCGGCATTA TTGCTCCAAA GCATCTTTTC
 801  AACGGTCTGG ACACCGTATA TTTTCCGTGC AATCGAAGAA AACGCCACGC
 851  CCGCCCGCCT CTCGGCAACG GCAGAATCCG CCGCCGCCCT GCTTGCCTCC
 901  GCCCTCTGCC TGACCGGAAT TTTCTCGCCC CTCGCCTCCC TCCTGCTGCC
 951  GGAAAACTAC GCCGCCGTCC GGTTTACCGT CGTATCGTGT ATGCTGccgc
1001  cgctGTTTTA CACGCTGACC GAAATCAGCG GCATCGGTTT GAACGTCGTC
1051  CGCAAAACGC GTCCGATCGC GCTTGCCACC TTGGGCGCGC TGGCGGCAAA
1101  CCTGCTGCTG CTGGGGCTTG CCGTACCGTC CGGCGGCACG CGCGGCGCGG
1151  CGGTTGCCTG TGCCGCCTCA TTCTGGTTGT TTTTTGTTTT CAAGACAGAA
1201  AGCTCCTGCC GCCTGTGGCA GCCGCTCAAA CGCCTGCCGC TTTATATGCA
1251  CACATTGTTC TGCCTgGCCT CCTCGGCGGC CTACACCTGC TTCGGCACAC
1301  CGGCAAACTA CCCcctgttt gccggcgtAT GGGCGGCATA TCTGGCAGGC
1351  TGCATCCTGC GCCACCGGAA AAATTTGCAC AAACTGTTTC ATTATTTGAA
1401  AAAACAAGGT TTCCCATTAT GA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 380>：
  1  MDTKEILGYA AGSIGSAVLA VIILPLLSWY FPADDIGRIV LMQTAAGLTV
 51  SVLCLGLDQA YVREYYAAAD KDTLFKTL FL PPLLFSAAIA ALLLSRPSLP
101  SEILFSLDDA  AAGIGLVLFE LSFLPIRFLL LVLRMEGRAL AFSSAQLVPK
151  LAILLLLPLT VGLLHFPANT SVLTAVYALA NLAAAAFLLF QNRCRLKAVR
201  RAPFSPAVLH RGLRYGIPLA LSSLAYWGLA SADRLFLKKY AGLEQLGVYS
251  MGISFGGAAL LLQSIFSTVW TPYIFRAIEE NATPARLSAT AESAAALLAS
301  ALCLTGIFSP LASLLLPENY AAVRFTVVSC MLPPLFYTLT EISGIGLNVV
351  RKTRPI ALAT LGALAANLLL LGLAVPSGGT RGAAVACAAS FWLFFVFKTE
401  SSCRLWQPLK RLPLYMHTLF CLASSAAYTC FGTPANYPLF AGVWAAYLAG
451  CILRHRKNLH KLFHYLKKQG FPL*
ORF10ng和OFF10-1显示在473个氨基酸的重叠区内有96.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf10-1.pep  MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10ng-1    MDTKEILGYAAGSIGSAVLAVIILPLLSWYFPADDIGRIVLMQTAAGLTVSVLCLGLDQA
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf10-1.pep  YVREYYATADKDTLFKTLFLPPLLSAAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
             |||||||:|||||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf10ng-1    YVREYYAAADKDTLFKTLFLPPLLFSAAIAALLLSRPSLPSEILFSLDDAAAGIGLVLFE
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf10-1.pep  LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLLPLTVGLLHFPANTAVLTAVYALA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf10ng-1    LSFLPIRFLLLVLRMEGRALAFSSAQLVPKLAILLLLPLTVGLLHFPANTSVLTAVYALA
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf10-1.pep  NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRHAPFSPAVLHRGLRYGIPIALSSIAYWGLASADRLFLKKY
             ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||:||||:||||||||||||||||
orf10ng-1    NLAAAAFLLFQNRCRLKAVRRAPFSPAVLHRGLRYGIPLALSSLAYWGLASADRLFLKKY
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf10-1.pep  AGLEQLGVYSMGISFGGAALLFQSIFSTVWTPYIFRAIEENAPPARLSATAESAAALLAS
             |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf10ng-1    AGLEQLGVYSMGISFGGAALLLQSIFSTVWTPYIFRAIEENATPARLSATAESAAALLAS
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf10-1.pep  ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFIVVSCMLPPLFCTLAEISGIGLNVVRKTRPIALAT
             ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||:||||||||||||||||||||
orf10ng-1    ALCLTGIFSPLASLLLPENYAAVRFTVVSCMLPPLFYTLTEISGIGLNVVRKTRPIALAT
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400       410       420
orf10-1.pep  LGALAANLLLLGLAVPSGGARGAAVACAASFWLFFAFKTESSCRLWQPLKRLPLYLHTLF
             |||||||||||||||||||:|||||||||||||||:|||||||||||||||||||:||||
orf10ng-1    LGALAANLLLLGLAVPSGGTRGAAVACAASFWLFFVFKTESSCRLWQPLKRLPLYMHTLF
                    370       380       390       400       410       420
                    430       440       450       460       470
orf10-1.pep  CLTSSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKDLHKLFHYLKKQGFPLX
             ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf10ng-1    CLASSAAYTCFGTPANYPLFAGVWAAYLAGCILRHRKNLHKLFHYLKKQGFPLX
                    430       440       450       460       470
根据该分析结果(包括存在一个推定的前导肽和几个跨膜片段，以及存在一个亮氨酸拉链基序(相隔6个氨基酸的4个Leu残基，用粗体表示))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例45
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 381>：
  1..ATCCTGAAAC CGCATAACCA GCTTAAGGAA GACATCCAAC CTGATCCGGC
 51  CGATCAAAAC GCCTTGTCCG AACCGGATGC TGCGACAGAG GCAGAGCAGT
101  CGGATGCGGA AAATGCTGCC GACAAGCAGC CCGTTGCCGA TAAAGCCGAC
151  GAGGTTGAAG AAAAGGCGGG CGAGCCGGAA CGGGAAGAGC CGGACGGACA
201  GGCAGTGCGT AAGAAAGCGC TGACGGAAGA GCGTGAACAA ACCGTCAGGG
251  AAAAAGCGCA GAAGAAAGAT GCCGAAACGG TTAAAATACA AGCGGTAAAA
301  CCGTCTAAAG AAACAGAGAA AAAAGCTTCA AAAGAAGAGA AAAAGGCGGC
351  GAAGGAAAAA GTTGCACCCA AACCAACCCC GGAACAAATC CTCAACAGCG
401  GCAgCATCGA AAAmGCGCGC AgTGCCGCCG CCAAAGAAGT GCAGAAAATG
451  AA.AACGTCC GACAAGGCGG AAGC.AACGC ATTATCTGCA AATGGGCGCG
501  TATGCCGACC GTCAGAGCGC GGAAGGGCAG CGTGCCAAAC TGGCAATCTT
551  GGGCATATCT TCCAAGGTGG TCGGTTATCA GGCGGGACAT AAAACGCTTT
601  ACCGGGTGCA AAGCGGCAAT ATGTCTGCCG ATGCGGTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 382；ORF65>：
  1..ILKPHNQLKE DIQPDPADQN ALSEPDAATE AEQSDAENAA DKQPVADKAD
 51  EVEEKAGEPE REEPDGQAVR KKALTEEREQ TVREKAQKKD AETVKIQAVK
101  PSKETEKKAS KEEKKAAKEK VAPKPTPEQI LNSGSIEXAR SAAAKEVQKM
151  XNVRQGGSXR IICKWARMPT VRARKGSVPN WQSWAYLPRW SVIRRDIKRF
201  TGCKAAICLP MR*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 383>：
  1  ATGTTTATGA ACAAATTTTC CCAATCCGGA AAAGGTCTGT CCGGTTTTTT
 51  CTTCGGTTTG ATACTGGCGA CGGTCATTAT TGCCGGTATT TTGTTTTATC
101  TGAACCAGAG CGGTCAAAAT GCGTTCAAAA TCCCGGCTTC GTCGAAGCAG
151  CCTGCAGAAA CGGAAATCCT GAAACCGAAA AACCAGCCTA AGGAAGACAT
201  CCAACCTGAA CCGGCCGATC AAAACGCCTT GTCCGAACCG GATGCTGCGA
251  CAGAGGCAGA GCAGTCGGAT GCGGAAAAAG CTGCCGACAA GCAGCCCGTT
301  GCCGATAAAG CCGACGAGGT TGAAGAAAAG GCGGGCGAGC CGGAACGGGA
351  AGAGCCGGAC GGACAGGCAG TGCGTAAGAA AGCGCTGACG GAAGAGCGTG
401  AACAAACCGT CAGGGAAAAA GCGCAGAAGA AAGATGCCGA AACGGTTAAA
451  AAACAAGCGG TAAAACCGTC TAAAGAAACA GAGAAAAAAG CTTCAAAAGA
501  AGAGAAAAAG GCGGCGAAGG AAAAAGTTGC ACCCAAACCA ACCCCGGAAC
551  AAATCCTCAA CAGCGGCAGC ATCGAAAAAG CGCGCAGTGC CGCCGCCAAA
601  GAAGTGCAGA AAATGAAAAC GTCCGACAAG GCGGAAGCAA CGCATTATCT
651  GCAAATGGGC GCGTATGCCG ACCGTCAGAG CGCGGAAGGG CAGCGTGCCA
701  AACTGGCAAT CTTGGGCATA TCTTCCAAGG TGGTCGGTTA TCAGGCGGGA
751  CATAAAACGC TTTACCGGGT GCAAAGCGGC AATATGTCTG CCGATGCGGT
801  GAAAAAAATG CAGGACGAGT TGAAAAAACA TGAAGTCGCC AGCCTGATCC
851  GTTCTATCGA AAGCAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 384；ORF65-1>：
  1  MFMNKFSQSG KGLSG FFFGL ILATVIIAGI LFYLNQSGQN AFKIPASSKQ
 51  PAETEILKPK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DAATEAEQSD AEKAADKQPV
101  ADKADEVEEK AGEPEREEPD GQAVRKKALT EEREQTVREK AQKKDAETVK
151  KQAVKPSKET EKKASKEEKK AAKEKVAPKP TPEQILNSGS IEKARSAAAK
201  EVQKMKTSDK AEATHYLQMG AYADRQSAEG QRAKLAILGI SSKVVGYQAG
251  HKTLYRVQSG NMSADAVKKM QDELKKHEVA SLIRSIESK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF65显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF65a)在重叠的150个氨基酸内有92.0％的相同性：
                                                 10        20        30
orf65.pep                                ILKPHNQLKEDIQPDPADQNALSEPDAATE
                                         ||||:|| ||||||:||||||||||||| |
orf65a     IIAGILFYLNQSGQNAFKIPVPSKQPAETEILKPKNQPKEDIQPEPADQNALSEPDAAKE
              30         40        50        60        70        80
                   40        50        60        70        80        90
orf65.pep  AEQSDAENAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPDGQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKD
           |||||||:|||||||||||||||||| |||||: |||||||||||||||||| |||||||
orf65a     AEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKADEPEREKSDGQAVRKKALTEEREQTVGEKAQKKD
              90       100       110       120       130       140
                  100       110       120       130       140       150
orf65.pep  AETVKIQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKPTPEQILNSGSIEXARSAAAKEVQKM
           ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
orf65a     AETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAEKEKVAPKPTPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKM
             150       160       170       180       190       200
                 160       170       180       190       200       210
orf65.pep XNVRQGGSXRIICKWARMPTVRARKGSVPNWQSWAYLPRWSVIRRDIKRFTGCKAAICLP
orf65a    KTPDKAEATHYLQMGAYADRRSAEGQRAKLAILGISSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSAD
            210       220       230       240       250       260
全长ORF65a核苷酸序列<SEQ ID 385>是：
  1  ATGTTTATGA ACAAATTTTC CCAATCCGGA AAAGGTCTGT CCGGTTTTTT
 51  CTTCGGTTTG ATACTGGCGA CGGTCATTAT TGCCGGTATT TTGTTTTATC
101  TGAACCAGAG CGGTCAAAAT GCGTTCAAAA TCCCGGTTCC GTCGAAGCAG
151  CCTGCAGAAA CGGAAATCCT GAAACCGAAA AACCAGCCTA AGGAAGACAT
201  CCAACCTGAA CCGGCCGATC AAAACGCCTT GTCCGAACCG GATGCTGCGA
251  AAGAGGCAGA GCAGTCGGAT GCGGAAAAAG CTGCCGACAA GCAGCCCGTT
301  GCCGACAAAG CCGACGAGGT TGAGGAAAAG GCGGACGAGC CGGAGCGGGA
351  AAAGTCGGAC GGACAGGCAG TGCGCAAGAA AGCACTGACG GAAGAGCGTG
401  AACAAACCGT CGGGGAAAAA GCGCAGAAGA AAGATGCCGA AACGGTTAAA
451  AAACAAGCGG TAAAACCATC TAAAGAAACA GAGAAAAAAG CTTCAAAAGA
501  AGAGAAAAAG GCGGAGAAGG AAAAAGTTGC ACCCAAACCG ACCCCGGAAC
551  AAATCCTCAA CAGCGGCAGC ATCGAAAAAG CGCGCAGTGC CGCTGCCAAA
601  GAAGTGCAGA AAATGAAAAC GCCCGACAAG GCGGAAGCAA CGCATTATCT
651  GCAAATGGGC GCGTATGCCG ACCGCCGGAG CGCGGAAGGG CAGCGTGCCA
701  AACTGGCAAT CTTGGGCATA TCTTCCAAGG TGGTCGGTTA TCAGGCGGGA
751  CATAAAACGC TTTACCGGGT GCAAAGCGGC AATATGTCTG CCGATGCGGT
801  GAAAAAAATG CAGGACGAGT TGAAAAAACA TGAAGTCGCC AGCCTGATCC
851  GTTCTATCGA AAGCAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 386>：
  1  MFMNKFSQSG KGLSG FFFGL ILATVIIAGI LFYLNQSGQN AFKIPVPSKQ
 51  PAETEILKPK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DAAKEAEQSD AEKAADKQPV
101  ADKADEVEEK ADEPEREKSD GQAVRKKALT EEREQTVGEK AQKKDAETVK
151  KQAVKPSKET EKKASKEEKK AEKEKVAPKP TPEQILNSGS IEKARSAAAK
201  EVQKMKTPDK AEATHYLQMG AYADRRSAEG QRAKLAILGI SSKVVGYQAG
251  HKTLYRVQSG NMSADAVKKM QDELKKHEVA SLIRSIESK*
ORF65a和ORF65-1显示在289个氨基酸的重叠区内有96.5％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf65a.pep  MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILFYLNQSGQNAFKIPVPSKQPAETEILKPK
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: |||||||||||||
orf65-1     MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILFYLNQSGQNAFKIPASSKQPAETEILKPK
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf65a.pep  NQPKEDIQPEPADQNALSEPDAAKEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKADEPEREKSD
            ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||: |
orf65-1     NQPKEDIQPEPADQNALSEPDAATEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPD
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf65a.pep  GQAVRKKALTEEREQTVGEKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAEKEKVAPKP
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf65-1     GQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKP
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf65a.pep  TPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKMKTPDKAEATHYLQMGAYADRRSAEGQRAKLAILGI
            ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||:||||||||||||||
orf65-1     TPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKMKTSDKAEATHYLQMGAYADRQSAEGQRAKLAILGI
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290
orf65a.pep  SSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHEVASLIRSIESKX
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf65-1    SSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHEVASLIRSIESKX
                  250       260       270       280       290
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF65显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF65.ng)在重叠的212个氨基酸内有89.6％的相同性：
                30        40        50        60        70        80
ORF65ng IIAGILLYLNQGGQNAFKIPAPSKQPAETEILKLKNQPKEDIQPEPADQNALSEPDVAKE
                                         ||| :|| ||||||:|||||||||||:| |
ORF65                                    ILKPHNQLKEDIQPDPADQNALSEPDAATE
                                                  10        20        30
                90       100       110       120       130       140
ORF65ng AEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPDGQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKD
           |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ORF65      AEQSDAENAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPDGQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKD
                    40        50        60        70        80        90
               150       160       170       180       190       200
ORF65ng AETVKKKAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKPTPEQILNSRSIEKARSAAAKEVQKM
           ||||| :|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
ORF65      AETVKIQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKPTPEQILNSGSIEXARSAAAKEVQKM
                   100       110       120       130       140       150
               210       220       230       240       250       260
ORF65ng KNFGQGGSQRIICKWARMPNPGARKGSVPNWQSWAYLPKWSAIRRDIKRFTACKAAICPP
            |  |||| ||||||||||:  ||||||||||||||||:||:|||||||||:|||||| |
ORF65      XNVRQGGSXRIICKWARMPTVRARKGSVPNWQSWAYLPRWSVIRRDIKRFTGCKAAICLP
                   160       170       180       190       200       210
ORF65ng MR
        ||
ORF65   MR
预计An ORF65ng核苷酸序列<SEQ ID 387>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 388>：
  1  MFMNKFSQSG K GLSGFFFGL ILATVIIAGI LLYLNQGGQN AFKIPAPSKQ
 51  PAETEILKLK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DVAKEAEQSD AEKAADKQPV
101  ADKADEVEEK AGEPEREEPD GQAVRKKALT EEREQTVREK AQKKDAETVK
151  KKAVKPSKET EKKASKEEKK AAKEKVAPKP TPEQILNSRS IEKARSAAAK
201  EVQKMKNFGQ GGSQRIICKW ARMPNPGARK GSVPNWQSWA YLPKWSAIRR
251 DIKRFTACKA AICPPMR*
进一步分析后，发现此完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 389>是：
  1  ATGTTTATGA ACAAATTTTC CCAATCCGGA AAAGGTCTGT CCGGTTTCTT
 51  CTTCGGTTTG ATACTGGCAA CGGTCATTAT TGCCGGTATT TTGCTTTATC
101  TGAACCAGGG CGGTCAAAAT GCGTTCAAAA TCCCGGCTCC GTCGAAGCAG
151  CCTGCAGAAA CGGAAATCCT GAAACTGAAA AACCAGCCTA AGGAAGACAT
201  CCAACCTGAA CCGGCCGATC AAAACGCCTT GTCCGAACCG GATGTTGCGA
251  AAGAGGCAGA GCAGTCGGAT GCGGAAAAAG CTGCCGACAA GCAGCCCGTT
301  GCCGACAAag ccgacgAGGT TGAAGAAAag GcGGgcgAgc cggaACGGga
351  aGAGCCGGAC ggACAGGCAG TGCGCAAGAA AGCACTGAcg gAAGAgcGTG
401  AACAAACcgt cagggAAAAA GCGCagaaga AAGATGCCGA AACGgTTAAA
451  AAacaaGCgg tAaaaccgtc tAAAGAAACa gagaaaaaag cTtcaaaaga
501  agagaaaaag gcggcgaaag aaaAAGttgc acccaaaccg accccggaaC
551  aaatcctcaa cagccgCagc atcgaaaaag cgcgtagtgc cgctgccaaa
601  gaAgtgcaGA AAatgaaaaa ctTtgggcaa ggcgGaagcc aacgcattaT
651  CTGcaaatgg gcgcgtatgc cgaccgtccg gagcgcggaA gggcagcgtg
701  ccaaACtggc aAtcttgGgc atatctTccg aagtggtcgG CTATCAGGCG
751  GGACATAAAA CGCTTTACCG CGTGCAAagc GGCAatatgt ccgccgatgc
801  gGTGAAAAAA ATGCAGGACG AGTTGAAAAA GCATGGGGtt gcCAGCCTGA
851  TCCGTGcgAT TGAAGGCAAA TAA
它编码下列氨基酸序列<SEQ ID 390>：
  1  MFMNKFSQSG KGLSG FFFGL ILATVIIAGI LLYLNQGGQN AFKIPAPSKQ
 51  PAETEILKLK NQPKEDIQPE PADQNALSEP DVAKEAEQSD AEKAADKQPV
101  ADKADEVEEK AGEPEREEPD GQAVRKKALT EEREQTVREK AQKKDAETVK
151  KQAVKPSKET EKKASKEEKK AAKEKVAPKP TPEQILNSRS IEKARSAAAK
201  EVQKMKNFGQ GGSQRIICKW ARMPTVRSAE GQRAKLAILG ISSEVVGYQA
251  GHKTLYRVQS GNMSADAVKK MQDELKKHGV ASLIRAIEGK *
ORF65ng-1和ORF65-1显示在290个氨基酸的重叠区内有89.0％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf65-1.pep  MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILFYLNQSGQNAFKIPASSKQPAETEILKPK
             |||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||||| ||||||||||| |
orf65ng-1    MFMNKFSQSGKGLSGFFFGLILATVIIAGILLYLNQGGQNAFKIPAPSKQPAETEILKLK
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf65-1.pep  NQPKEDIQPEPADQNALSEPDAATEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPD
             |||||||||||||||||||||:| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf65ng-1    NQPKEDIQPEPADQNALSEPDVAKEAEQSDAEKAADKQPVADKADEVEEKAGEPEREEPD
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf65-1.pep  GQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKP
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf65ng-1    GQAVRKKALTEEREQTVREKAQKKDAETVKKQAVKPSKETEKKASKEEKKAAKEKVAPKP
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       239
orf65-1.pep  TPEQILNSGSIEKARSAAAKEVQKMKTSDKAEATHYL-QMGAYADRQSAEGQRAKLAILG
             |||||||| |||||||||||||||||:  :: : : : : : :   :|||||||||||||
orf65ng-1    TPEQILNSRSIEKARSAAAKEVQKMKNFGQGGSQRIICKWARMPTVRSAEGQRAKLAILG
                    190       200       210       220       230       240
           240       250       260       270       280       290
orf65-1.pep  ISSKVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHEVASLIRSIESKX
             |||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||:||:||
orf65ng-1    ISSEVVGYQAGHKTLYRVQSGNMSADAVKKMQDELKKHGVASLIRAIEGKX
                    250       260       270       280       290
根据该结果，包括淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例46
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 391>：
  1  ATGAACCACG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTACTCG GTkTCTTCGG
 51  CGGAAcGCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GcGTTTGs.s
101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTTT GGCTGATCCT GCTGCTTAAC
151  ACAGGACGGG TAAGCAGCTA TACGGCAAtC GGCCTGATAC TCGGATTAAT
201  CGGACAGGTC GGCGTTTCAC TCGAcCAaAC CCGCGTCCTG CAGAATATTT
251  TATACACGGC CGCCAACCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC
301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAaATCGGCA AACCGATATG
351  GCGGAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GTTACCCATA AAATCCATAC
401  CCGCCTGCCT tGCGgTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTG
451  GTTTACAGCG CGTCGCTTTA CGCGCTGGGA AgCGGTAGTG CGGCAACGGG
501  CGGGTTATAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTtTAG
551  CAATCGGCAT TTTtTCCCTG CAACTGAAwA AAATCATGCA AAACCGATAT
601  ATCCGCCTGT GTACGGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAACT
651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 392；ORF103>：
  1  MNHDITFLTL FLLGXFGGTH CIGMCGGLSS AFXXQLPPHI NRFWLILLLN
 51  TGRVSSYTAI GLILGLIGQV GVSLDQTRVL QNILYTAANL LLLFLGLYLS
101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPILNRLLPI KSIPACLAVG ILWGWLPCGL
151  VYSASLYALG SGSAATGGLY MLAFALGTLP NLLAIGIFSL QLXKIMQNRY
201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL WL*
进一步的工作详细描述了该DNA序列<SEQ ID 393>：
  1  ATGAACCACG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTACTCG GTTTCTTCGG
 51  CGGAACGCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GCGTTTGCGC
101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTTT GGCTGATCCT GCTGCTTAAC
151  ACAGGACGGG TAAGCAGCTA TACGGCAATC GGCCTGATAC TCGGATTAAT
201  CGGACAGGTC GGCGTTTCAC TCGACCAAAC CCGCGTCCTG CAGAATATTT
251  TATACACGGC CGCCAACCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC
301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAAATCGGCA AACCGATATG
351  GCGGAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GTTACCCATA AAATCCATAC
401  CCGCCTGCCT TGCGGTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTG
451  GTTTACAGCG CGTCGCTTTA CGCGCTGGGA AGCGGTAGTG CGGCAACGGG
501  CGGGTTATAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTTTAG
551  CAATCGGCAT TTTTTCCCTG CAACTGAAAA AAATCATGCA AAACCGATAT
601  ATCCGCCTGT GTACGGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAACT
651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 394；ORF103-1>：
  1  MNHDITFLTL FLLGFFGGTH CIGMCGGLSS AFALQLPPHI NRFWLILLLN
 51  TGRVSSY TAI GLILGLIGQV GVSLDQTRVL QNILYTAAN L LLLFLGLYLS
101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPILNRLLPI KSIP ACLAVG ILWGWLPCGL
151  VYSASLYALG SGSAATGGLY M LAFALGTLP NLLAIGIFSL QLKKIMQNRY
201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL WL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF103显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF103.a)在重叠的222个氨基酸内有93.8％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf103.pep  MNHDITFLTLFLLGXFGGTHCIGMCGGLSSAFXXQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI
            || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
orf103a     MNXDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRXWLILLLNTGRVSSYTAI
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf103.pep  GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
            ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103a     GLILGLIGQVGVSLDQTRVXQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf103.pep  NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103a     NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220
orf103.pep  NLLAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
            || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103a     NLXAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
                   190       200       210       220
全长ORF103a核苷酸序列<SEQ ID 395>是：
  1  ATGAACCANG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTACTCG GTTTCTTCGG
 51  CGGAACGCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GCGTTTGCGC
101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTNT GGCTGATCCT GCTGCTTAAC
151  ACAGGACGGG TAAGCAGCTA TACGGCAATC GGCCTGATAC TCGGATTAAT
201  CGGACAGGTC GGCGTTTCAC TCGACCAAAC CCGCGTCNTG CAGAATATTT
251  TATACACGGC CGCCAACCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC
301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAAATCGGCA AACCGATATG
351  GCGGAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GTTACCCATA AAATCCATAC
401  CCGCCTGCCT TGCGGTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTA
451  GTTTACAGCG CGTCGCTTTA CGCGCTGGGA AGCGGTAGTG CGGCAACGGG
501  CGGGTTATAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTTNGG
551  CAATCGGCAT TTTTTCCCTG CAACTGNAAA AAATCATGCA AAACCGATAT
601  ATCCGCCTGT GTACGGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAACT
651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 396>：
  1  MNXDITFLTL FLLGFFGGTH CIGMCGGLSS AFALQLPPHI NRXWLILLLN
 51  TGRVSSY TAI GLILGLIGQV GVSLDQTRVX QNILYTAAN L LLLFLGLYLS
101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPILNRLLPI KSIP ACLAVG ILWGWLPCGL
151  VYSASLYALG SGSAATGGLY M LAFALGTLP NLXAIGIFSL QLXKIMQNRY
201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL WL*
ORF103a和ORF103-1显示在222个氨基酸的重叠区内有97.7％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf103a.pep    MNXDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRXWLILLLNTGRVSSYTAI
               || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf103-1       MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf103a.pep    GLILGLIGQVGVSLDQTRVXQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
               ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103-1       GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf103a.pep    NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103-1       NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220
orf103a.pep    NLXAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
               || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
orf103-1       NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
                      190       200       210       220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF103显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF103.ng)在重叠的222个氨基酸内有95.5％的相同性：
orf103.pep  MNHDITFLTLFLLGXFGGTHCIGMCGGLSSAFXXQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI  60
            |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||:||||||
orf103ng    MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLNTGRISSYTAI  60
orf103.pep  GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL  120
            ||:||||||:|:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103ng    GLMLGLIGQLGISLDQTRVLQNILYTASNLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL  120
orf103.pep  NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP  180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||
orf103ng    NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSATTGGLYMLAFALGTLP  180
orf103.pep  NLLAIGIFSLQLXKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWL  222
            |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf103ng    NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWL  222
全长ORF103ng核苷酸序列<SEQ ID 397>是：
  1  ATGAACCACG ACATCACTTT CCTCACCCTG TTCCTGCTCG GTTTCTTCGG
 51  CGGAACTCAC TGCATCGGTA TGTGCGGCGG ATTAAGCAGC GCGTTTGCGC
101  TCCAACTCCC CCCGCATATC AACCGCTTTT GGCTGATTCT GCTGCTTAAC
151  ACAGGACGGA TAAGCAGCTA TACGGCAATC GGCCTGATGC TCGGATTAAT
201  CGGACAACTC GGCATTTCAC TCGACCAAAc ccgcgTCCTG CAAAATATTT
251  tatacacagc ctccaaCCTC CTGCTGCTCT TTTTAGGCTT ATACTTGAGC
301  GGTATTTCTT CCTTGGCGGC AAAAATCGAG AAAATCGGCA AACCGATATG
351  GCGCAACCTG AACCCGATAC TCAACCGGCT GCTGCCCATA AAATCCATAC
401  CCGCCTGCCT TGCTGTCGGA ATATTATGGG GCTGGCTGCC GTGCGGACTG
451  GTTTACAGCG CATCACTTTA CGCGCTGGGA AGCGGTAGTG CGACAACCGG
501  CGGACTGTAT ATGCTTGCCT TTGCACTGGG TACGCTGCCC AATCTTTTGG
551  CAATCGGCAT TTTTTCCCTG CAACTGAAAA AAATCATGCA AAACCGATAT
601  ATCCGCCTGT GTACAGGATT ATCCGTATCA TTATGGGCAT TATGGAAGCT
651  TGCCGTCCTG TGGCTGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 398>：
  1  LQLPPHI NRFWLILLLN
 51  TGRISSY TAI GLMLGLIGQL GISLDQTRVL QNILYTASN L LLLFLGLYLS
101  GISSLAAKIE KIGKPIWRNL NPILNRLLPI KSIP ACLAVG ILWGWLPCGL
151  VYSASLYALG SGSATTGGLY M LAFALGTLP NLLAIGIFSL QLKKIMQNRY
201  IRLCTGLSVS LWALWKLAVL WL*
另外，ORF103ng和ORF103-1显示在222个氨基酸的重叠区内有97.3％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf103-1.pep  MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLNTGRVSSYTAI
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||
orf103ng      MNHDITFLTLFLLGFFGGTHCIGMCGGLSSAFALQLPPHINRFWLILLLNTGRISSYTAI
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf103-1.pep  GLILGLIGQVGVSLDQTRVLQNILYTAANLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
              ||:||||||:|:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103ng      GLMLGLIGQLGISLDQTRVLQNILYTASNLLLLFLGLYLSGISSLAAKIEKIGKPIWRNL
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf103-1.pep  NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSAATGGLYMLAFALGTLP
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||
orf103ng      NPILNRLLPIKSIPACLAVGILWGWLPCGLVYSASLYALGSGSATTGGLYMLAFALGTLP
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220
orf103-1.pep  NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf103ng      NLLAIGIFSLQLKKIMQNRYIRLCTGLSVSLWALWKLAVLWLX
                     190       200       210       220
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例47
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 399>：
  1  ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTT CGCTTGGCAC TTTTGGCGGC
 51  GATGACGTGG GGAACGCTGC CGAT.TCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG
101  TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA
151  TTGTTTGTTT TGCTGGCACT GGGCGGGCGG CTGCcGAAGC GGCG GGATT
201  TTTCTTGGTG CTCATTCAGG CTGCTGCTGC TCGGCGTGGC GGGCATTTCG
251  GCAAACTTTG TGCTGATTGC CCAAGGGCTG CATTATATTT CGCCGACCAC
301  GACGCAGGTT TTGTGGCAGA TTTCGCCGTT TACGATGATT GTwGTCGGTG
351  TGTTGGTGTT TAAAGACCGG ATGACTGCCG CTCAGAAAAT CGGCTTGGTT
401  TTGCTGCTTG CCGGTTTGCT TATGTATTTT AACGATAAAT TCGGCGAGTT
451  GTCGGGTTTG GGCGCGTATG C.AAGGGCGT GTTGCTGTGT GCGGCAGGCA
501  GTATGGCATG GGTGTGTAAT GCCGTGGCGC AAAAGCTGCT GTCGGCGCAA
551  TTCGGGCCGC AACAGATTCT GCTGTTGATT TATGCGGCAA GTGCCGCCGT
601  GTTCCTGCCG TTTGCCGAAC CGGCACACAT CGGAAGTATG GACGGTACGT
651  TGGCGTGGGT ATGTATTGCG TATTGCTGCT TGAATACGTT AATCGGTTAC
701  GGCTCGTTCG GCGAGGCGTT GAAACATTGG GAGGCTTCCA AAGTCAGCGC
751  GGTAACAACC TTGCTCCCCG TGTTTACCGT AATAAATACT TTGCTCGGGC
801  ATTATGTGAT GCCTGAAACT TTTGCCGCGC CGGA..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 400；ORF104>：
  1  MENQRPLLGF RLALLAAMTW GTLPXSVRQV LKFVDAPTLV WVRFTVAAAV
 51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWC SFRLLLLGVA GISANFVLIA QGLHYISPTT
101  TQVLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTAAQKI GLVLLLAGLL MYFNDKFGEL
151  SGLGAYXKGV LLCAAGSMAW VCNAVAQKLL SAQFGPQQIL LLIYAASAAV
201  FLPFAEPAHI GSMDGTLAWV CIAYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASKVSA
251  VTTLLPVFTV INTLLGHYVM PETFAAP...
进一步的工作进一步揭示了部分DNA序列<SEQ ID 401>：
  1  ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTC GCGTTGGCAC TTTTGGCGGC
 51  GATGACGTGG GGAACGCTGC CGATTGCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG
101  TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA
151  TTGTTTGTTT TGCTGGCACT GGGCGGGCGG CTGCCGAAGC GGCGGGATTT
201  TTCTTGGTGC TCATTCAGGC TGCTGCTGCT CGGCGTGGCG GGCATTTCGG
251  CAAACTTTGT GCTGATTGCC CAAGGGCTGC ATTATATTTC GCCGACCACG
301  ACGCAGGTTT TGTGGCAGAT TTCGCCGTTT ACGATGATTG TTGTCGGTGT
351  GTTGGTGTTT AAAGACCGGA TGACTGCCGC TCAGAAAATC GGCTTGGTTT
401  TGCTGCTTGC CGGTTTGCTT ATGTTTTTTA ACGATAAATT CGGCGAGTTG
451  TCGGGTTTGG GCGCGTATGC GAAGGGCGTG TTGCTGTGTG CGGCAGGCAG
501  TATGGCATGG GTGTGTTATG CCGTGGCGCA AAAGCTGCTG TCGGCGCAAT
551  TCGGGCCGCA ACAGATTCTG CTGTTGATTT ATGCGGCAAG TGCCGCCGTG
601  TTCCTGCCGT TTGCCGAACC GGCACACATC GGAAGTTTGG ACGGTACGTT
651  GGCGTGGGTT TGTTTTGCGT ATTGCTGCTT GAATACGTTA ATCGGTTACG
701  GCTCGTTCGG CGAGGCGTTG AAACATTGGG AGGCTTCCAA AGTCAGCGCG
751  GTAACAACCT TGCTCCCCGT GTTTACCGTA ATAwTwwCTT TGCTCGGGCA
801  TTATGTGATG CCTGAAACTT TTGCCGCGCC GGA...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 402；ORF104-1>：
  1  MENQRPLLGF ALALLAAMTW GTLPIAVRQV LKFVDAPT LV WVRFTVAAAV
 51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWC SFR LLLLGVA GISANFVLIA QGLHYISPTT
101  TQ VLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTA AQKI GLVLLLAGLL MFFNDKFGEL
151  SGLGAYAKG V LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQQ IL LLIYAASAAV
201  FLPFAEPAHI GSLD GTLAWV CFAYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASK VSA
251  VTTLLPVFTV IXXLLGHYVM PETFAAP...
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与假设的流感嗜血菌HI0878蛋白(登录号U32769)的同源性
ORF104和HI0878显示在277个氨基酸的重叠区内有40％的氨基酸相同性：
orf104  4   QRPLLGFRLALLAAMTWGTLPXSVRQVLKFVDAPTLVWXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXP- 62
            Q+PLLGF  AL+ AM WG+LP +++QVL  ++A T+VW                    P
HI0878  3   QQPLLGFTFALITAMAWGSLPIALKQVLSVMNAQTIVWYRFIIAAVSLLALLAYKKQLPE 62
orf104  63  --KRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF 120
              K R ++W    ++L+GV G+++NF+L +  L+YI P+  Q+   +S F M++ GVL+F
HI0878  63  LMKVRQYAW----IMLIGVIGLTSNFLLFSSSLNYIEPSVAQIFIHLSSFGMLICGVLIF 118
orf104  121 KDRMTAAQKIXXXXXXXXXXMYFNDKFGELSGLGAYXKGVLLCAAGSMAWVCNAVAQKLL 180
            K+++   QKI          ++FND+F   +GL  Y  GV+L   G++ WV   +AQKL+
HI0878  119 KEKLGLHQKIGLFLLLIGLGLFFNDRFDAFAGLNQYSTGVILGVGGALIWVAYGMAQKLM 178
orf104  181 SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSMDGTLAWVCIAYCCLNTLIGYGSFGEAL 240
              +F  QQILL++Y   A  F+P A+ + +  +   LA +C  YCCLNTLIGYGS+ EAL
HI0878  179 LRKFNSQQILLMMYLGCAIAFMPMADFSQVQELT-PLALICFIYCCLNTLIGYGSYAEAL 237
orf104  241 KHWEASKVSAVTTLLPVFTVINTLLGHYVMPETFAAP 277
              W+ SKVS V TL+P+FT++ + + HY  P  FAAP
HI0878  238 NRWDVSKVSVVITLVPLFTILFSHIAHYFSPADFAAP 274
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF104显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF104a)在重叠的277个氨基酸内有95.3％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf104.pep  MENQRPLLGFRLALLAAMTWGTLPXSVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
            |||||||||| ||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104a     MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf104.pep  LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104a     LPKWRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf104.pep  KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMYFNDKFGELSGLGAYXKGVLLCAAGSMAWVCNAVAQKLL
            |||||||||||||||||||||:|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
orf104a     KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf104.pep  SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSMDGTLAWVCIAYCCLNTLIGYGSFGEAL
            |||||||||||||||||||||||||| |||||:||||||||:||||||||||||||||||
orf104a     SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAELAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270
orf104.pep  KHWEASKVSAVTTLLPVFTVINTLLGHYVMPETFAAP
            ||||||||||||||||||||| :||||||||:|||||
orf104a     KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYAGALVVVGGAVTAAVG
                   250       260       270       280       290       300
全长ORF104a核苷酸序列<SEQ ID 403>是：
  1  ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTC GCGTTGGCAC TTTTGGCGGC
 51  GATGACGTGG GGAACGCTGC CGATTGCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG
101  TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA
151  TTGTTTGTTT TGCTGGCATT GGGCGGGCGG CTGCCGAAGT GGCGGGATTT
201  TTCTTGGTGC TCATTCAGGC TGCTGCTGCT CGGCGTGGCG GGCATTTCGG
251  CAAACTTTGT GCTGATTGCC CAAGGGCTGC ATTATATTTC GCCGACCACG
301  ACGCAGGTTT TGTGGCAGAT TTCGCCGTTT ACGATGATTG TTGTCGGTGT
351  GTTGGTGTTT AAAGACCGGA TGACTGCCGC TCAGAAAATC GGCTTGGTTT
401  TGCTGCTTGC CGGTTTGCTT ATGTTTTTTA ACGATAAATT CGGCGAGTTG
451  TCGGGTTTGG GCGCGTATGC GAAGGGCGTG TTGCTGTGTG CGGCAGGCAG
501  TATGGCATGG GTGTGTTATG CCGTGGCGCA AAAGCTGCTG TCGGCGCAAT
551  TCGGGCCGCA ACAGATTCTG CTGTTGATTT ATGCGGCAAG TGCCGCCGTG
601  TTCCTGCCGT TTGCCGAACT GGCACACATC GGAAGTTTGG ACGGTACGTT
651  GGCGTGGGTT TGTTTTGCGT ATTGCTGCTT GAATACGTTA ATCGGTTACG
701  GCTCGTTCGG CGAGGCGTTG AAACATTGGG AGGCTTCCAA AGTCAGCGCG
751  GTAACAACCT TGCTCCCCGT GTTTACCGTA ATATTTTCTT TGCTCGGGCA
801  TTATGTGATG CCTGATACTT TTGCCGCGCC GGATATGAAC GGTTTGGGTT
851  ATGCCGGCGC ACTGGTCGTG GTCGGGGGTG CGGTTACGGC GGCGGTGGGG
901  GACAGGCTGT TCAAACGCCG CTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 404>：
  1  MENQRPLLGF ALALLAAMTW GTLPIAVRQV LKFVDAPT LV WVRFTVAAAV
 51  LFVLLALGGR LPKWRDFSWC SFR LLLLGVA GISANFVLIA QGLHYISPTT
101  TQ VLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTA AQKI GLVLLLAGLL MFFNDKFGEL
151  SGLGAYAKG V LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQQ IL LLIYAASAAV
201  FLPFAELAHI GSLD GTLAWV CFAYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASK VSA
251  VTTLLPVFTV IFSLLGHYVM PDTFAAPDMN GL GYAGALVV VGGAVTAAVG
301  DRLFKRR*
ORF104a和ORF104-1显示在277个氨基酸的重叠区内有98.2％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf104a.pep    MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104-1       MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf104a.pep    LPKWRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
               ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104-1       LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf104a.pep    KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104-1       KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf104a.pep    SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAELAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
               |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104-1       SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf104a.pep    KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYAGALVVVGGAVTAAVG
               |||||||||||||||||||||  ||||||||:|||||
orf104-1       KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIXXLLGHYVMPETFAAP
                      250       260       270
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF104显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF104.ng)在重叠的277个氨基酸内有93.9％的相同性：
orf104.pep  MENQRPLLGFRLALLAAMTWGTLPXSVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR  60
            |||||||||| ||||||||||||| :||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104ng    MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR  60
orf104.pep  LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF  120
            ||||||||| |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104ng    LPKRRDFSWHSFRLLLLGVTGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF  120
orf104.pep  KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMYFNDKFGELSGLGAYXKGVLLCAAGSMAWVCNAVAQKLL  180
            ||||||||||||||||:||||:|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
orf104ng    KDRMTAAQKIGLVLLLVGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL  180
orf104.pep  SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSMDGTLAWVCIAYCCLNTLIGYGSFGEAL  240
            ||||||||||||||||||||||  ||||||||:||||||||::|||||||||||||||||
orf104ng    SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLLXAEPAHIGSLDGTLAWVCFVYCCLNTLIGYGSFGEAL  240
orf104.pep  KHWEASKVSAVTTLLPVFTVINTLLGHYVMPETFAAP                         277
            ||||||||||||||||||||| :||||||||:|||||
orf104ng    KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYVGALVVVGGAVTAAVG  300
预计全长ORF104ng核苷酸序列<SEQ ID 405>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 406>：
  1  W GTLPIAVRQV LKFVDAPT LV WVRFTVAAAV
 51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWH SFR LLLLGVT GISANFVLIA QGLHYISPTT
101  TQ VLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTA AQKI GLVLLLVGLL MFFNDKFGEL
151  SGLGAYAKGV  LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQ QIL LLIYAASAAV
201  FLLXAEPAHI GSL DGTLAWV CFVYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEAS KVSA
251  VTTLLPVFTV IFSLLGHYVM PDTFAAPDMN G LGYVGALVV VGGAVTAAVG
301  DRPFKRR*
进一步的工作揭示了完整的淋球菌核苷酸序列<SEQ ID 407>：
  1  ATGGAAAACC AAAGGCCGCT CCTAGGCTTC GCGTTGGCAC TTTTGGCGGC
 51  GATGACGTGG GGGACGCTGC CGATTGCCGT GCGGCAGGTA TTGAAGTTTG
101  TCGATGCGCC GACGCTGGTG TGGGTGCGTT TTACCGTGGC GGCGGCGGTA
151  TTGTTTGTTT TGCTGGCATT GGGCGGGCGG CTGCCGAAGC GGCGGGATTT
201  TTCTTGGCAT TCATTCAGGC TGCTGCTGCT CGGCGTGACG GGCATTTCGG
251  CAAACTTTGT GCTGATTGCC CAAGGGCTGC ATTATATTTC GCCGACCACG
301  ACGCAGGTTT TGTGGCAGAT TTCGCCGTTT ACGATGATTG TTGTCGGCGT
351  GTTGGTGTTT AAAGACCGGA tgaCTGCCGC GCAGAAAATC GGTTTGGTTT
401  TGCTGCttgT CGGTttgCTT ATGTTTTtta ACGACAAATT CGGCGAGTTG
451  TCGGGTTTGG GCGCGTATGC GAAGGGCGTG TTGCTGTGTG CGGCAGGCAG
501  TATGGCCTGG GTGTGTTATG CCGTGGCGCA AAAGCTGCTG TCGGCGCAAT
551  TCGGGCCGCA ACAGATTCTG CTGTTGATTT ATGCGGcaag tgccgccGTG
601  TTCCtgccgT TTGccgaaCC GGCACACATC GGAAGTTTgg aCGGTACGtt
651  GGCGTGGGTT TGTTTTGTGT ATTGCTGCTT GAATACGTTA ATCGGTTACG
701  GCTCGTTCGG CGAGGCGTTG AAACATTGGG AGGCTTCCAA AGTCAGCGCG
751  GTAACAACCT TGCTCCCCGT GTTTACCGTA ATATTTTCTT TGCTCGGGCA
801  TTATGTGATG CCTGATACTT TTGCCGCGCC GGATATGAAC GGTTTGGGTT
851  ATGTCGGCGC ACTGGTCGTG GTCGGGGGTG CGGTTACGGC GGCGGTGGGG
901  GACAGGCCGT TCAAACGCCG CTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 408；ORF104ng-1>：
  1  MENQRPLLGF ALALLAAMTW GTLPIAVRQV LKFVDAPT LV WVRFTVAAAV
 51  LFVLLALGGR LPKRRDFSWH SFR LLLLGVT GISANFVLIA QGLHYISPTT
101  TQ VLWQISPF TMIVVGVLVF KDRMTA AQKI GLVLLLVGLL MFFNDKFGEL
151  SGLGAYAKG V LLCAAGSMAW VCYAVAQKLL SAQFGPQQ IL LLIYAASAAV
201  FLPFAEPAHI GSLD GTLAWV CFVYCCLNTL IGYGSFGEAL KHWEASK VSA
251  VTTLLPVFTV IFSLLGHYVM PDTFAAPDMN GL GYVGALVV VGGAVTAAVG
301  DRPFKRR*
ORF104ng-1和ORF104-1显示在277个氨基酸的重叠区内有97.5％的相同性：
                        10        20        30        40        50        60
orf104-1.pep    MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104ng-1      MENQRPLLGFALALLAAMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWVRFTVAAAVLFVLLALGGR
                        10        20        30        40        50        60
                        70        80        90       100       110       120
orf104-1.pep    LPKRRDFSWCSFRLLLLGVAGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
                ||||||||| |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104ng-1      LPKRRDFSWHSFRLLLLGVTGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF
                        70        80        90       100       110       120
                       130       140       150       160       170       180
orf104-1.pep    KDRMTAAQKIGLVLLLAGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
                ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf104ng-1      KDRMTAAQKIGLVLLLVGLLMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL
                       130       140       150       160       170       180
                       190       200       210       220       230       240
orf104-1.pep    SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFAYCCLNTLIGYGSFGEAL
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf104ng-1      SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFVYCCLNTLIGYGSFGEAL
                     190       200       210       220       230       240
                       250       260       270
orf104-1.pep    KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIXXLLGHYVMPETFAAP
                |||||||||||||||||||||  ||||||||:|||||
orf104ng-1      KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMNGLGYVGALVVVGGAVTAAVG
                       250       260       270       280       290       300
另外，ORF104ng-1显示出与一种假设的流感嗜血菌蛋白明显同源：
gi|1573895(U32769)假设的[流感嗜血菌]长度＝306
评分＝237位(598)，估计值＝8e-62
相同性＝114/280(40％)，阳性＝168/280(59％)，空隙＝8/280(2％)
询问：30  QRPXXXXXXXXXXXMTWGTLPIAVRQVLKFVDAPTLVWXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXP-  88
           Q+P           M WG+LPIA++QVL  ++A T+VW                    P
目标：3   QQPLLGFTFALITAMAWGSLPIALKQVLSVMNAQTIVWYRFIIAAVSLLALLAYKKQLPE  62
询问：89  --KRRDFSWHSFRLLLLGVTGISANFVLIAQGLHYISPTTTQVLWQISPFTMIVVGVLVF  146
             K R ++W    ++L+GV G+++NF+L +  L+YI P+  Q+   +S F M++ GVL+F
目标：63  LMKVRQYAW----IMLIGVIGLTSNFLLFSSSLNYIEPSVAQIFIHLSSFGMLICGVLIF  118
询问：147 KDRMTAAQKIXXXXXXXXXXMFFNDKFGELSGLGAYAKGVLLCAAGSMAWVCYAVAQKLL 206
           K+++   QKI          +FFND+F   +GL  Y+ GV+L   G++ WV Y +AQKL+
目标：119 KEKLGLHQKIGLFLLLIGLGLFFNDRFDAFAGLNQYSTGVILGVGGALIWVAYGMAQKLM 178
询问：207 SAQFGPQQILLLIYAASAAVFLPFAEPAHIGSLDGTLAWVCFVYCCLNTLIGYGSFGEAL 266
             +F  QQILL++Y   A  F+P A+ + +  L   LA +CF+YCCLNTLIGYGS+ EAL
目标：179 LRKFNSQQILLMMYLGCAIAFMPMADFSQVQELT-PLALICFIYCCLNTLIGYGSYAEAL 237
询问：267 KHWEASKVSAVTTLLPVFTVIFSLLGHYVMPDTFAAPDMN 306
             W+ SKVS V TL+P+FT++FS + HY  P  FAAP++N
目标：238 NRWDVSKVSVVITLVPLFTILFSHIAHYFSPADFAAPELN 277
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列和数个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例48
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 409>：
  1  ATGGTAGCTC GTCGGGCTCA TAACCCGAAG GTCGTAGGTT CGAATCCTGT
 51  .CCCGCAACC TAATTTCAAA CCCCTCGGTT CAATGCCGAG GG.GTTTTGT
101  T.TTGCCTGT TTCCTGTTTC CTGTTTCCTG CCGCCTCCGT TTTTTGCCGG
151  ATTTTCCTTC CGGCCGCAAT ATCGGAACGG CAGACCGCCG TCTGTTTGCG
201  GTTGCAAATT CAGGCAGTTT GGCTACAATC TTCCGCATTG TCTTCAAGAA
251  AGCCAACCAT GCCGACCGTC CGTTTTACCG AATCCGTCAG CAAACAAGAC
301  CTTGATGCTC TGTTCGAGTG GGCAAAAGCA AGTTACGGTG CAGAAAGTTG
351  CTGGAAAACG CTGTATCTGA ACGGTCysCC TTTGGGCAAC CTGTCGCCGG
401  AATGGGTGGA ACGCGTsmmA AAAGACTGGG AGGCAGGCTG CyCGGAGTCT
451  TCAGACGGCA TTTTTCTGAA TgCGGACGGc TGgCctGATA TGGgCGGAcg
501  cTTACAGCAC CTCGCCCTCG GTTGGCACTG TGCGGGGCTG TTGGACGgsT
551  GGCGCAACGA GTGTTTCGAC CTGACCGACG GCGGCGGCAA CCCCTTGTTC
601  ACGCTCGaAc GCGCCGyTTT mCGTCCTkTC GGACTGCTCA GCCGCGCCGT
651  CCATCTCAAC GGTCTGACCG AATCGGACGG CCGATGGCAT TTCTGGATAG
701  GCAGGCGCAG TCCGCACAAA GCAGTCGATC CCAACAAACT CGACAATACT
751  rCCGCCGGCG GTGTTTCCGG CGGCGAAATG CCGTCTGAAG CCGTGTGTCG
801  CGAAAGCAGC GAAGAAGCCG GTTTGGATAA AACGCTGcTT CCGCTCATCC
851  GCCCGGTATC GCAGCTGCAC AGCCTGCGCT CCGTCAGCCG GGGTGTACAC
901  AATGAAATCC TGTATGTATT CGATGCCGTC CTGCCG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 410；ORF105>：
  1  MVARRAHNPK VVGSNPXPAT XFQTPRFNAE XVLXLPVSCF LFPAASVFCR
 51  IFLPAAISER QTAVCLRLQI QAVWLQSSAL SSRKPTMPTV RFTESVSKQD
101  LDALFEWAKA SYGAESCWKT LYLNGXPLGN LSPEWVERVX KDWEAGCXES
151  SDGIFLNADG WPDMGGRLQH LALGWHCAGL LDGWRNECFD LTDGGGNPLF
201  TLERAXXRPX GLLSRAVHLN GLTESDGRWH FWIGRRSPHK AVDPNKLDNT
251  XAGGVSGGEM PSEAVCRESS EEAGLDKTLL PLIRPVSQLH SLRSVSRGVH
301  NEILYVFDAV LP...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 411>：
  1  ATGCCGACCG TCCGTTTTAC CGAATCCGTC AGCAAACAAG ACCTTGATGC
 51  TCTGTTCGAG TGGGCAAAAG CAAGTTACGG TGCAGAAAGT TGCTGGAAAA
101  CGCTGTATCT GAACGGTCTG CCTTTGGGCA ACCTGTCGCC GGAATGGGTG
151  GAACGCGTCA AAAAAGACTG GGAGGCAGGC TGCTCGGAGT CTTCAGACGG
201  CATTTTTCTG AATGCGGACG GCTGGCCTGA TATGGGCGGA CGCTTACAGC
251  ACCTCGCCCT CGGTTGGCAC TGTGCGGGGC TGTTGGACGG CTGGCGCAAC
301  GAGTGTTTCG ACCTGACCGA CGGCGGCGGC AACCCCTTGT TCACGCTCGA
351  ACGCGCCGCT TTCCGTCCTT TCGGACTGCT CAGCCGCGCC GTCCATCTCA
401  ACGGTCTGAC CGAATCGGAC GGCCGATGGC ATTTCTGGAT AGGCAGGCGC
451  AGTCCGCACA AAGCAGTCGA TCCCAACAAA CTCGACAATA CTGCCGCCGG
501  CGGTGTTTCC GGCGGCGAAA TGCCGTCTGA AGCCGTGTGT CGCGAAAGCA
551  GCGAAGAAGC CGGTTTGGAT AAAACGCTGC TTCCGCTCAT CCGCCCGGTA
601  TCGCAGCTGC ACAGCCTGCG CTCCGTCAGC CGGGGTGTAC ACAATGAAAT
651  CCTGTATGTA TTCGATGCCG TCCTGCCCGA AACCTTCCTG CCTGAAAATC
701  AGGATGGCGA AGTGGCGGGT TTTGAGAAAA TGGACATCGG CGGTCTGTTG
751  GATGCCATGT TGTCGGGAAA CATGATGCAC GACGCGCAAC TGGTTACGCT
801  GGACGCGTTT TGCCGTTACG GTCTGATTGA TGCCGCCCAT CCGCTGTCCG
851  AGTGGCTGGA CGGCATACGT TTATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 412；ORF105-1>：
  1  MPTVRFTESV SKQDLDALFE WAKASYGAES CWKTLYLNGL PLGNLSPEWV
 51  ERVKKDWEAG CSESSDGIFL NADGWPDMGG RLQHLALGWH CAGLLDGWRN
101  ECFDLTDGGG NPLFTLERAA FRPFGLLSRA VHLNGLTESD GRWHFWIGRR
151  SPHKAVDPNK LDNTAAGGVS GGEMPSEAVC RESSEEAGLD KTLLPLIRPV
201  SQLHSLRSVS RGVHNEILYV FDAVLPETFL PENQDGEVAG FEKMDIGGLL
251  DAMLSGNMMH DAQLVTLDAF CRYGLIDAAH PLSEWLDGIR L*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF105显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF105a)在重叠的226个氨基酸内有89.4％的相同性：
              60        70        80        90       100       110
orf105.pep  ISERQTAVCLRLQIQAVWLQSSALSSRKPTMPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAES
                                          ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf105a                                   MPTVRFTESVSKHDLDALFEWAKASYGAES
                                                  10        20        30
             120       130       140       150       160       170
orf105.pep  CWKTLYLNGXPLGNLSPEWVERVXKDWEAGCXESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWH
            ||||||||| |||||||||:||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |:
orf105a     CWKTLYLNGLPLGNLSPEWAERVKKDWEAGCSESSDGIFLNADGWPDMGRRLQHLARIWK
                    40        50        60        70        80        90
             180       190       200       210       220       230
orf105.pep  CAGLLDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAXXRPXGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRR
             |||| |||:|||||||||:||||:||||  || ||||||||||||:|||||||||||||
orf105a     EAGLLHGWRDECFDLTDGGSNPLFALERAAFRPFGLLSRAVHLNGLVESDGRWHFWIGRR
                   100       110       120       130       140       150
             240       250       260       270       280       290
orf105.pep  SPHKAVDPNKLDNTXAGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVS
            ||||||||:||||| |||||:||:|||:||||||||||||||||||||||||||||| ||
orf105a     SPHKAVDPDKLDNTAAGGVSSGELPSETVCRESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRPVS
                   160       170       180       190       200       210
             300       310
orf105.pep  RGVHNEILYVFDAVLP
            ||||||||||||||||
orf105a     RGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAGFEKMDIGGLLAAMLSGNMMHDAQLVTLDAF
                   220       230       240       250       260       270
全长ORF105a核苷酸序列<SEQ ID 413>是：
  1  ATGCCGACCG TCCGTTTTAC CGAATCCGTC AGCAAACACG ACCTTGATGC
 51  CCTATTCGAG TGGGCAAAGG CAAGTTACGG TGCGGAAAGT TGCTGGAAAA
101  CGCTGTATCT GAACGGTCTG CCTTTGGGCA ATCTGTCGCC GGAATGGGCG
151  GAGCGCGTCA AAAAAGACTG GGAGGCAGGC TGCTCGGAGT CTTCAGACGG
201  CATTTTCCTG AATGCGGACG GCTGGCCAGA TATGGGCAGA CGCTTGCAGC
251  ACCTCGCCCG AATATGGAAA GAAGCGGGAC TGCTTCACGG CTGGCGCGAC
301  GAGTGTTTCG ACCTGACCGA CGGCGGCAGC AATCCCTTGT TCGCGCTCGA
351  ACGCGCCGCT TTCCGTCCGT TCGGACTGCT CAGCCGCGCC GTCCATCTCA
401  ACGGTTTGGT CGAATCGGAC GGCCGATGGC ATTTCTGGAT AGGCAGGCGC
451  AGTCCGCACA AAGCAGTCGA TCCCGACAAA CTCGACAATA CTGCCGCCGG
501  CGGTGTTTCC AGCGGTGAAT TGCCGTCTGA AACCGTGTGT CGCGAAAGCA
551  GCGAAGAAGC CGGTTTGGAT AAAACGCTGC TTCCGCTCAT CCGCCCGGTA
601  TCGCAGCTGC ACAGCCTGCG CCCCGTCAGC CGGGGTGTGC ACAATGAAAT
651  CCTGTATGTA TTCGATGCCG TCCTGCCCGA AACCTTCCTG CCTGAAAATC
701  AGGATGGCGA AGTGGCGGGT TTTGAGAAAA TGGACATCGG CGGTCTGTTG
751  GCTGCCATGT TGTCGGGAAA CATGATGCAC GACGCGCAAC TGGTTACGCT
801  GGACGCGTTT TGCCGTTACG GTCTGATTGA TGCCGCCCAT CCGCTGTCCG
851  AGTGGCTGGA CGGCATACGT TTATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 414>：
  1  MPTVRFTESV SKHDLDALFE WAKASYGAES CWKTLYLNGL PLGNLSPEWA
 51  ERVKKDWEAG CSESSDGIFL NADGWPDMGR RLQHLARIWK EAGLLHGWRD
101  ECFDLTDGGS NPLFALERAA FRPFGLLSRA VHLNGLVESD GRWHFWIGRR
151  SPHKAVDPDK LDNTAAGGVS SGELPSETVC RESSEEAGLD KTLLPLIRPV
201  SQLHSLRPVS RGVHNEILYV FDAVLPETFL PENQDGEVAG FEKMDIGGLL
251  AAMLSGNMMH DAQLVTLDAF CRYGLIDAAH PLSEWLDGIR L*
ORF105a和ORF105-1显示在291个氨基酸的重叠区内有93.8％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf105a.pep    MPTVRFTESVSKHDLDALFEWAKASYGAESCWKTLYLNGLPLGNLSPEWAERVKKDWEAG
               ||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf105-1       MPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAESCWKTLYLNGLPLGNLSPEWVERVKKDWEAG
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf105a.pep    CSESSDGIFLNADGWPDMGRRLQHLARIWKEAGLLHGWRDECFDLTDGGSNPLFALERAA
               ||||||||||||||||||| ||||||  |: |||| |||:|||||||||:||||:|||||
orf105-1       CSESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWHCAGLLDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAA
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf105a.pep    FRPFGLLSRAVHLNGLVESDGRWHFWIGRRSPHKAVDPDKLDNTAAGGVSSGELPSETVC
               ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:|||||||||||:||:|||:||
orf105-1       FRPFGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRRSPHKAVDPNKLDNTAAGGVSGGEMPSEAVC
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf105a.pep    RESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRPVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
               ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf105-1       RESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290
orf105a.pep    FEKMDIGGLLAAMLSGNMMHDAQLVTLDAFCRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
               |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf105-1       FEKMDIGGLLDAMLSGNMMHDAQLVTLDAFCRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
                      250       260       270       280       290
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF105显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF105.ng)在重叠的312个氨基酸内有87.5％的相同性：
orf105.pep  MVARRAHNPKVVGSNPXPATXFQTPRFNAEXVLXLPVSCFLFPAASVFCRIFLPAAISER  60
            |||||||||||||||| ||| :|||||||| ||      |||||||||||||||||||||
orf105ng    MVARRAHNPKVVGSNPAPATKYQTPRFNAEGVLF-----FLFPAASVFCRIFLPAAISER  55
orf105.pep  QTAVCLRLQIQAVWLQSSALSSRKPTMPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAESCWKT  120
            |:|||||||||||||||||| ||||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||
orf105ng    QAAVCLRLQIQAVWLQSSALCSRKPAMPTVRFTESVSKQDLDALFERAKASYGAESCWKT  115
orf105.pep  LYLNGXPLGNLSPEWVERVXKDWEAGCXESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWHCAGL  180
            ||||  |||||||||:||: ||||||| |||:||||||||||||||||||||  |: |||
orf105ng    LYLNRLPLGNLSPEWAERIKKDWEAGCSESSNGIFLNADGWPDMGGRLQHLARTWNKAGL  175
orf105.pep  LDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAXXRPXGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRRSPHK  240
            | ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||:||:||||||||||||||
orf105ng    LHGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAAFRPFGLLIRAVHLNGLVESNGRWHFWIGRRSPHK  235
orf105.pep  AVDPNKLDNTXAGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVSRGVH  300
            ||||:||||  :|||||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||| ||||||
orf105ng    AVDPGKLDNIAGGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLFPLIRPVSRLHSLRPVSRGVH  295
orf105.pep  NEILYVFDAVLP                                                  312
            ||||||||||||
orf105ng    NEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAGFEKMDIGGLLDAMLSKNMMHDAQLVTLDAFYRYG  355
预计全ORF105ng核苷酸序列<SEQ ID 415>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQID 416>：
  1  MVARRAHNPK VVGSNPAPAT KYQTPRFNAE G VLFFLFPAA SVFCRIFLPA
 51  AISERQAAVC LRLQIQAVWL QSSALCSRKP AMPTVRFTES VSKQDLDALF
101  ERAKASYGAE SCWKTLYLNR LPLGNLSPEW AERIKKDWEA GCSESSNGIF
151  LNADGWPDMG GRLQHLARTW NKAGLLHGWR NECFDLTDGG GNPLFTLERA
201  AFRPFGLLIR AVHLNGLVES NGRWHFWIGR RSPHKAVDPG KLDNIAGGGV
251  SGGEMPSEAV CRESSEEAGL DKTLFPLIRP VSRLHSLRPV SRGVHNEILY
301  VFDAVLPETF LPENQDGEVA GFEKMDIGGL LDAMLSKNMM HDAQLVTLDA
351  FYRYGLIDAA HPLSEWLDGI RL*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 417>：
  1  ATGCCGACCG TCCGTTTTAC CGAATCCGTC AGCAAACAAG ACCTTGATGC
 51  CCTGTTCGAG CGGGCAAAAG CAAGTTACGG TGCCGAAAGT TGCTGGAAAA
101  CGCTGTATCT GAACCGTCTT CCTTTGGGCA ATCTGTCGCC GGAATGGGCT
151  GAGCGCATCA AAAAAGACTG GGAGGCAGGC TGCTCCGAGT CTTCAGACGG
201  CATTTTTCTG AATGCGGACG GCTGGCCGGA TATGGGCGGA CGCTTGCAGC
251  ACCTCGCCCG CACATGGAAC AAGGCGGGGC TGCTTCACGG ATGGCGCAAC
301  GAGTGTTTCG ACCTGACCGA CGGCGGCGGC AACCCCTTGT TCACGCTCGA
351  ACGCGCCGCT TTCCGTCCGT TCGGACTACT CAGCCGCGCC GTCCATCTCA
401  ACGGTTTGGT CGAATCGAAC GGCAGATGGC ATTTTTGGAT AGGCAGGCGC
451  AGTCCGCACA AAGCAGTCGa tcCCGGCAAG CTCGACAATA TTGCCGGCGG
501  CGGTGTTTCC GGCGGCGAAA TGCCGTCTGA AGCCGTGTGC CGCGAAAGCA
551  GCGAAGAAGC CGGTTTGGAT AAAACGCTGT TTCCGCTCAT CCGCCCAGTA
601  TCGCGGCTGC ACAGCCTTCG CCCCGTCAGC CGAGGTGTGC ACAATGAAAT
651  CCTGTATGTG TTCGATGCCG TCCTGCCCGA AACCTTCCTG CCTGAAAATC
701  AGGATGGCGA GGTAGCGGGT TTTGAAAAGA TGGACATTGG CGGCCTATTG
751  GATGCCATGT TGTCGAAAAA CATGATGCAC GACGCGCAAC TGGTTACGCT
801  GGACGCGTTT TACCGTTACG GTCTGATTGA TGCCGCCCAT CCGCTGTCCG
851  AGTGGCTGGA CGGCATACGT TTATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 418；ORF105ng-1>：
  1  MPTVRFTESV SKQDLDALFE RAKASYGAES CWKTLYLNRL PLGNLSPEWA
 51  ERIKKDWEAG CSESSDGIFL NADGWPDMGG RLQHLARTWN KAGLLHGWRN
101  ECFDLTDGGG NPLFTLERAA FRPFGLLSRA VHLNGLVESN GRWHFWIGRR
151  SPHKAVDPGK LDNIAGGGVS GGEMPSEAVC RESSEEAGLD KTLFPLIRPV
201  SRLHSLRPVS RGVHNEILYV FDAVLPETFL PENQDGEVAG FEKMDIGGLL
251  DAMLSKNMMH DAQLVTLDAF YRYGLIDAAH PLSEWLDGIR L*
ORG105ng-1和ORF105-1显示在291个氨基酸的重叠区内有93.5％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf105-1.pep  MPTVRFTESVSKQDLDALFEWAKASYGAESCWKTLYLNGLPLGNLSPEWVERVKKDWEAG
              |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||:||:|||||||
orf105ng-1    MPTVRFTESVSKQDLDALFERAKASYGAESCWKTLYLNRLPLGNLSPEWAERIKKDWEAG
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf105-1.pep  CSESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLALGWHCAGLLDGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAA
              ||||||||||||||||||||||||||  |: |||| ||||||||||||||||||||||||
orf105ng-1    CSESSDGIFLNADGWPDMGGRLQHLARTWNKAGLLHGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAA
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf105-1.pep  FRPFGLLSRAVHLNGLTESDGRWHFWIGRRSPHKAVDPNKLDNTAAGGVSGGEMPSEAVC
              ||||||||||||||||:||:||||||||||||||||||:|||| |:||||||||||||||
orf105ng-1    FRPFGLLSRAVHLNGLVESNGRWHFWIGRRSPHKAVDPGKLDNIAGGGVSGGEMPSEAVC
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf105-1.pep  RESSEEAGLDKTLLPLIRPVSQLHSLRSVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
              |||||||||||||:|||||||:||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf105ng-1    RESSEEAGLDKTLFPLIRPVSRLHSLRPVSRGVHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAG
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290
orf105-1.pep  FEKMDIGGLLDAMLSGNMMHDAQLVTLDAFCRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
              ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
orf105ng-1    FEKMDIGGLLDAMLSKNMMHDAQLVTLDAFYRYGLIDAAHPLSEWLDGIRLX
                     250       260       270       280       290
另外，ORF105ng-1显示出与一种酵母的酶同源：
sp|P41888|TNR3_SCHPO硫胺焦磷酸激酶(TPK)(硫胺激酶)
>gi|1076928|pir||S52350硫胺焦磷酸激酶(EC 2.7.6.2)-裂殖酵母(栗酒裂殖酵母)>gi|666111(X84417)硫胺焦磷酸激酶[栗酒裂殖酵母]>gi|2330852|gnl|PID|e334056(Z98533)硫胺焦磷酸激酶[栗酒裂殖酵母]长度＝569
评分＝105位(259)，估计值＝4e-22
相同性＝64/192(33％)，阳性＝94/192(48％)，空隙＝3/192(1％)
询问：268 NKAGLLHGWRNECFDLTDGGGNPLFTLERAAFRPFGLLSRAVHLNGLVESNGRW--HFWI 441
           N  G+   WRNE + +      P+  +ER  F  FG LS  VH    + +        W+
目标：96  NTFGIADQWRNELYTVYGKSKKPVLAVERGGFWLFGFLSTGVHCTMYIPATKEHPLRIWV 155
询问：442 GRRSPHKAVDPGKLDNIAGGGVSGGEMPSEAVCRESSEEAGLDKTLFPLIRPVSRLHSLR 621
            RRSP K   P  LDN   GG++ G+     + +E SEEA LD +   LI P   +  ++
目标：156 PRRSPTKQTWPNYLDNSVAGGIAHGDSVIGTMIKEFSEEANLDVSSMNLI-PCGTVSYIK 214
询问：622 PVSRG-VHNEILYVFDAVLPETFLPENQDGEVAGFEKMDIGGLLDAMLSKNMMHDAQLVT 798
              R  +  E+ YVFD  + +  +P   DGEVAGF  + +  +L  +  K+   +  LV
目标：215 MEKRHWIQPELQYVFDLPVDDLVIPRINDGEVAGFSLLPLNQVLHELELKSFKPNCALVL 274
询问：799 LDAFYRYGLIDAAHP 843
           LD   R+G+I   HP
目标：275 LDFLIRHGIITPQHP 289
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例49
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 419>：
 1  ATGAATAGAC CCAAGCAACC CTTCTTCCGT CCCGAAGTCG CCGTTGCCCG
51  CCAAACCAGC CTGACGGGTA AAGTGATTCT GACACGACCG TTGTCATTTT
101  CCCTATGGAC GACATTTGCA TCGATATCTG CGTTATTGAT TATCCTGTTT
151  TTGATATTTG GTAACTATAC GCGAAAGACA ACAGTGGAGG GACAAATTTT
201  ACCTGCATCG GGCGTAATCA GGGTGTATGC ACCGgATACG rGkACAATTA
251  CAGCGAAATT CGTGGAAGAT GGmsAAAAGG TTAAGGCTGG CGACAAGCTA
301  TTTGCGCTTT CGACCTCACG TTTCGGCGCA GGAGGTAGCG TGCAGCAGCA
351  GTTGAAAACG GAGGCAGTTT TGAAGAAAAC GTTGGCAGAA CAGGAACTGG
401  GTCGTCTGAA GCTGATACAC GGGAATGAAA CGCGCAgCcT TAAAGCAACT
451  GTCGAACGTT TGGAAAACCA GGAACTCCAT ATTTCGCAAC AGATAGACGG
501  TCAGAAAAGG CGCATTAGAC TTGCGGAAGA AATGTTGCAG AAATATCGTT
551  TCCTATCCGC .CAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 420；ORF107>：
  1  MNRPKQPFFR PEVAVARQTS LTGKVILTRP LSFSLWTTFA SISALLIILF
 51  LIFGNYTRKT TVEGQILPAS GVIRVYAPDT XTITAKFVED GXKVKAGDKL
101  FALSTSRFGA GGSVQQQLKT EAVLKKTLAE QELGRLKLIH GNETRSLKAT
151  VERLENQELH ISQQIDGQKR RIRLAEEMLQ KYRFLSXQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF107显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF107a)在重叠的186个氨基酸内有97.8％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf107.pep  MNRPKQPFFRPEVAVARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf107a     MNRPKQPFFRPEVAVARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf107.pep  TVEGQILPASGVIRVYAPDTXTITAKFVEDGXKVKAGDKLFALSTSRFGAGGSVQQQLKT
            |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||
orf107a     TVEGQILPASGVIRVYAPDTGTITAKFXEDGEKVKAGDKLFALSTSRFGAGDSVQQQLKT
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf107.pep  EAVLKKTLAEQELGRLKLIHGNETRSLKATVERLENQELHISQQIDGQKRRIRLAEEMLQ
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf107a     EAVLKKTLAEQELGRLKLIHGNETRSLKATVERLENQELHISQQIDGQKRRIRLAEEMLQ
                   130       140       150       160       170       180
                  189
orf107.pep  KYRFLSXQX
            ||||||
orf107a     KYRFLSANDAVPKQEMMNVKAELLEQKAKLDAYRREEVGLLQEIRTQNLTLXSLPQAAX
                   190       200       210       220       230
全长ORF107a核苷酸序列<SEQ ID 421>是：
  1  ATGAATAGAC CCAAGCAACC NTTCTTCCGT CCCGAAGTCG CCGTTGCCCG
 51  CCAAACCAGC CTGACGGGTA AAGTGATTCT GACACGACCG TTGTCATTTT
101  CCCTATGGAC GACATTTGCA TCGATATCTG CGTTATTGAT TATCCTGTTT
151  TTGATATTTG GTAACTATAC GCGAAAGACA ACAGTGGAGG GACAAATTTT
201  ACCTGCATCG GGCGTAATCA GGGTGTATGC ACCGGATACG GGGACAATTA
251  CNGCGAAATT CNTGGAAGAT GGAGAAAAGG TTAAGGCTGG CGACAAGCTA
301  TTTGCGCTTT CGACCTCACG TTTCGGCGCA GGAGATAGCG TGCAGCAGCA
351  GTTGAAAACG GAGGCAGTTT TGAAGAAAAC GTTGGCAGAA CAGGAACTGG
401  GTCGTCTGAA GCTGATACAC GGGAATGAAA CGCGCAGCCT TAAAGCAACT
451  GTCGAACGTT TGGAAAACCA GGAACTCCAT ATTTCGCAAC AGATAGACGG
501  TCAGAAAAGG CGCATTAGAC TTGCGGAAGA AATGTTGCAG AAATATCGTT
551  TCCTATCCGC CAATGATGCA GTGCCAAAAC AAGAAATGAT GAATGTCAAG
601  GCAGAGCTTT TAGAGCAGAA AGCCAAACTT GATGCCTACC GCCGAGAAGA
651  AGTCGGGCTG CTTCAGGAAA TCCGCACGCA GAATCTGACA TTGGNNAGCC
701  TCCCCCAAGC GGCATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 422>：
  1  MNRPKQPFFR PEVAVARQTS LTGKVILTRP LSFSLWT TFA SISALLIILF
 51  LIFGNYTRKT TVEGQILPAS GVIRVYAPDT GTITAKFXED GEKVKAGDKL
101  FALSTSRFGA GDSVQQQLKT EAVLKKTLAE QELGRLKLIH GNETRSLKAT
151  VERLENQELH ISQQIDGQKR RIRLAEEMLQ KYRFLSANDA VPKQEMMNVK
201  AELLEQKAKL DAYRREEVGL LQEIRTQNLT LXSLPQAA*
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF107显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF107.ng)在重叠的188个氨基酸内有95.7％的相同性：
orf107.pep  MNRPKQPFFRPEVAVARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT  60
            ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf107ng    MNRPKQPFFRPEVAIARQTSLTGKVILTRPLSFSLWTTFASISALLIILFLIFGNYTRKT  60
orf107.pep  TVEGQILPASGVIRVYAPDTXTITAKFVEDGXKVKAGDKLFALSTSRFGAGGSVQQQLKT  120
            |:|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf107ng    TMEGQILPASGVIRVYAPDTGTITAKFVEDGEKVKAGDKLFALSTSRFGAGGSVQQQLKT  120
orf107.pep  EAVLKKTLAEQELGRLKLIHGNETRSLKATVERLENQELHISQQIDGQKRRIRLAEEMLQ  180
            |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:
orf107ng    EAVLKKTLAEQELGRLKLIHENETRSLKATVERLENQKLHISQQIDGQKRRIRLAEEMLR  180
orf107.pep  KYRFLSXQ  188
            |||||| |
orf107ng    KYRFLSAQ  188
预计全长ORF107ng核苷酸序列<SEQ ID 423>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 424>：
  1  MNRPKQPFFR PEVAIARQTS LTGKVILTRP LSFSLWT TFA SISALLIILF
 51  LIFGNYTRKT TMEGQILPAS GVIRVYAPDT GTITAKFVED GEKVKAGDKL
101  FALSTSRFGA GGSVQQQLKT EAVLKKTLAE QELGRLKLIH ENETRSLKAT
151  VERLENQKLH ISQQIDGQKR RIRLAEEMLR KYRFLSAQ*
根据此淋球菌蛋白中存在一个推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例50
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 425>：
  1  ATGCTGAATA CTTTTTTTGC CGTATTGGGC GGCTGCCTGC TGCT.TTGCC
 51  GTGCGGCAAA TCCGTAAATA CGGCGGTACA GCCGCAAAAC GCGGTACAAA
101  GCGCGCCGAA ACCGGTTTTC AAAGTCATAT ATATCGACAA TACGGCGATT
151  GCCGGTTTGG ATTTGGGACA AAGCAGCGAA GGCAAAACCA ACGACGGCAA
201  AAAACAAATC AGTTATCCGA TTAAAGGCTT GCCGGAACAA AATGTTATCC
251  GACTGATCGG CAAGCATCCC GGCGACTTGG AAGCCGTCAG CGGCAAATGT
301  ATGGAAACCG ATGATAAGGA CAGTCCGGCA GGTTGGGCAG AAAACGGCGT
351  GTGCCATACC TTGTTTGCCA AACTGGTGGG CAATATCGCC GAAGACGGCG
401  GCAAACTGAC GGATTACCTA GTTTCGCATG CCGCCCTGCA ACCCTATCAG
451  GCAGGCAAAA GCGGCTATGC CGCCGTGCAG AACGGACGCT ATGTGCTGGA
501  AATCGACAGC GAAGGGGCGT TTTATTTCCG CCGCCGCCAT TATTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 426；ORF 108>：
1  MLNTFFAVLG GCLLXLPCGK SVNTAVQPQN AVQSAPKPVF KVIYIDNTAI
 51  AGLDLGQSSE GKTNDGKKQI SYPIKGLPEQ NVIRLIGKHP GDLEAVSGKC
101  METDDKDSPA GWAENGVCHT LFAKLVGNIA EDGGKLTDYL VSHAALQPYQ
151  AGKSGYAAVQ NGRYVLEIDS EGAFYFRRRH Y*
进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 427>：
  1  ATGCTGAAAA CATCTTTTGC CGTATTGGGC GGCTGCCTGC TGCTTGCCGC
 51  CTGCGGCAAA TCCGAAAATA CGGCGGAACA GCCGCAAAAC GCGGTACAAA
101  GCGCGCCGAA ACCGGTTTTC AAAGTCAAAT ATATCGACAA TACGGCGATT
151  GCCGGTTTGG ATTTGGGACA AAGCAGCGAA GGCAAAACCA ACGACGGCAA
201  AAAACAAATC AGTTATCCGA TTAAAGGCTT GCCGGAACAA AATGTTATCC
251  GACTGATCGG CAAGCATCCC GGCGACTTGG AAGCCGTCAG CGGCAAATGT
301  ATGGAAACCG ATGATAAGGA CAGTCCGGCA GGTTGGGCAG AAAACGGCGT
351  GTGCCATACC TTGTTTGCCA AACTGGTGGG CAATATCGCC GAAGACGGCG
401  GCAAACTGAC GGATTACCTA GTTTCGCATG CCGCCCTGCA ACCCTATCAG
451  GCAGGCAAAA GCGGCTATGC CGCCGTGCAG AACGGACGCT ATGTGCTGGA
501  AATCGACAGC GAAGGGGCGT TTTATTTCCG CCGCCGCCAT TATTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 428；ORF108-1>：
  1  MLKTSFAVLG GCLLLAACGK SENTAEQPQN AVQSAPKPVF KVKYIDNTAI
 51  AGLDLGQSSE GKTNDGKKQI SYPIKGLPEQ NVIRLIGKHP GDLEAVSGKC
101  METDDKDSPA GWAENGVCHT LFAKLVGNIA EDGGKLTDYL VSHAALQPYQ
151  AGKSGYAAVQ NGRYVLEIDS EGAFYFRRRH Y*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF108显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF108.ng)在重叠的181个氨基酸内有88.4％的相同性：
orf108.pep  MLNTFFAVLGGCLLXLPCGKSVNTAVQPQNAVQSAPKPVFKVIYIDNTAIAGLDLGQSSE  60
            ||:  |||||||||   |||| ||| |||||:|||||||||| |||||||||| ||||||
orf108ng    MLKIPFAVLGGCLLLAACGKSENTAEQPQNAAQSAPKPVFKVKYIDNTAIAGLALGQSSE  60
orf108.pep  GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNVIRLIGKHPGDLEAVSGKCMETDDKDSPAGWAENGVCHT  120
            |||||||||||||||||||||::|| ||||:||||| ||||||| ||:|:||||||||||
orf108ng    GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNAVRLTGKHPNDLEAVVGKCMETDGKDAPSGWAENGVCHT  120
orf108.pep  LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLVSHAALQPYQAGKSGYAAVQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY 181
            ||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf108ng    LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLISHSALQPYQAGKSGYAAVQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY  181
ORF108-1与ORF108ng在相同的181个氨基酸重叠区内有92.3％的相同性：
orf108-1.pep  MLKTSFAVLGGCLLLAACGKSENTAEQPQNAVQSAPKPVFKVKYIDNTAIAGLDLGQSSE 60
              |||  ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||| ||||||
orf108ng-1    MLKIPFAVLGGCLLLAACGKSENTAEQPQNAAQSAPKPVFKVKYIDNTAIAGLALGQSSE 60
orf108-1.pep  GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNVIRLIGKHPGDLEAVSGKCMETDDKDSPAGWAENGVCHT 120
              |||||||||||||||||||||::|| ||||:||||| ||||||| ||:|:||||||||||
orf108ng-1    GKTNDGKKQISYPIKGLPEQNAVRLTGKHPNDLEAVVGKCMETDGKDAPSGWAENGVCHT 120
orf108-1.pep  LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLVSHAALQPYQAGKSGYAAVQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY 181
              ||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf108ng-1    LFAKLVGNIAEDGGKLTDYLISHSALQPYQAGKSGYAAVQNGRYVLEIDSEGAFYFRRRHY 181
全长ORF108ng核苷酸序列<SEQ ID 429>是：
  1  ATGCTGAAAa tacctTTTGC CGTGTtgggc ggCtgcctGC TGCTTGCCGC
 51  CTGCGGCAAA TCCGAAAATa cggcggaACA GCCGCAAAAT gcggCACAAA
101  GCGCGCCGAA ACCGGTTTTC AAAGTCAAAT ACATCGACAA TACGGCGATT
151  GCCGGTTTGG CTTTGGGACA AAGTAGCGAA GGCAAAACCA acgacgGCAA
201  AAAACAAATC AGTTATccgA TTAAAGGCTT GCCGGAACAA Aacgccgtcc
251  gGCTGACCGG AAAGCATCCC AACGACTTGG AagccgtcgT CGGCAAATGT
301  ATGGAAACCG ACGGAAAGGA CGCGCCTTCG GGCTGGGCGG AAAACGGCGT
351  GTGCCATACC TTGTTTGCCA AACTGGTGGG CAATATCGCC GAAGACGGCG
401  GCAAACTGAC TGATTACCTG ATTTCGCATT CCGCCCTGCA ACCCTATCAG
451  GCAGGCAAAA GCGGCTATGC CGCCGTGCAG AACGGACGCT ATGTGCTGGA
501  AATCGACAGC GagggGGCGT TTTATttccg ccgccgccat tattgA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 430>：
  1  MLKIPFA YLG GCLLLAACGK SENTAEQPQN AAQSAPKPVF KVKYIDNTAI
 51  AGLA
Figure A20051011339502701
NDGKKQI SYPIKGLPEQ NAVRLTGKHP NDLEAVVGKC
101  METDGKDAPS GWAENGVCHT LFAKLVGNIA EDGGKLTDYL ISHSALQPYQ
151  AGKSGYAAVQ NGRYVLEIDS EGAFYFRRRH Y*
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(下划线)和一个推定的ATP/GTP-结合位点基序A(P-环，双划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例51
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 431>：
  1  ATGGAAGATT TATATATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATTGC
 51  CGgATTTATC GATgcgatTg cGggCGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCCG
101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG
151  CTGCAAgCAG CCGCTGCTAC GTTTTCAGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA
201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCCGCA GCATCGTTTG
251  TAGGCGGCGT GGcCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT
301  CTgCTgGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCAC TGTATTTTGT
351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT
401  TTTTTCTGTT cGGGCTGACG GTCGC.ACCG CTTTTGGGTT TTTACGACGG
451  TGTGTTCGGA CCGGGTGTCG GCTCGTTTTT TCTGATTGCC TTTATTGTTT
501  TGCTCGGCTG CAAgCTGTTG AACGCGATGT CTTACACCAA ATTGGCGAAC
551  GTTGCCTGCA ATCTTGGTTC GCTATCGGTA TTCCTGCTGC ACGGTTCGAT
601  TATTTTCCCG ATTGCGGCAA CGaTGGCGGT CGGTGCGTTT GTCGGtGCGA
651  ATTTAgGTGC GAGATTTGCC GTaCgctTCG GTTCGAAGCT GATTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 432；ORF109>：
  1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK
 51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIAA ASFVGGVAGA LSVSLVSKDI
101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA RMSFFLFGLT VXTAFGFLRR
151  CVRTGCRLVF SDCLYCFARL QAVERDVLHQ IGERCLQSWF AIGIPAARFD
201  YFPDCGNDGG RCVCRCEFRC EICRTLRFEA D*
进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 433>：
  1  ATGGAAGATT TATATATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATTGC
 51  CGGATTTATC GATGCGATTG CGGGCGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCCG
101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG
151  CTGCAAGCAG CCGCTGCTAC GTTTTCAGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA
201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCCGCA GCATCGTTTG
251  TAGGCGGCGT GGCCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT
301  CTGCTGGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCAC TGTATTTTGT
351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT
401  TTTTTCTGTT CGGGCTGACG GTCGCACCGC TTTTGGGTTT TTACGACGGT
451  GTGTTCGGAC CGGGTGTCGG CTCGTTTTTT CTGATTGCCT TTATTGTTTT
501  GCTCGGCTGC AAGCTGTTGA ACGCGATGTC TTACACCAAA TTGGCGAACG
551  TTGCCTGCAA TCTTGGTTCG CTATCGGTAT TCCTGCTGCA CGGTTCGATT
601  ATTTTCCCGA TTGCGGCAAC GATGGCGGTC GGTGCGTTTG TCGGTGCGAA
651  TTTAGGTGCG AGATTTGCCG TCCGCTTCGG TTCGAAGCTG ATTAAGCCGC
701  TGCTGATTGT CATCAGCATT TCGATGGCTG TGAAATTGTT GATAGACGAG
751  AGAAATCCGC TGTATCAGAT GATTGTTTCG ATGTTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 434；ORF109-1>：
  1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK
 51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIA A ASFVGGVAGA LSVSLVSKD I
101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA R MSFFLFGLT VAPLLGFYDG
151  VFGPG VGSFF LIAFIVLLGC KLLNAMSYTK LANVACNLGS LSVFLLHGS I
201  IFPIAATMAV GAFVGANLGA RFAVRFGSKL IK PLLIVISI SMAVKLLIDE
251  RNPLYQMIVS MF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF109显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF109a)在重叠的147个氨基酸内有95.9％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf109.pep  MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109a     MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf109.pep  TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFVGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
            |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109a     TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf109.pep  KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVXTAFGFLRRCVRTGCRLVFSDCLYCFARLQAVERDVLHQ
            |||||||||||||||||||||   :||
orf109a     KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF109a核苷酸序列<SEQ ID 435>是：
  1  ATGGAAGATT TATACATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATTGC
 51  CGGATTTATC GATGCGATTG CGGGTGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCTG
101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG
151  CTGCAAGCAG CCGCTGCTAC GTTTTCGGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA
201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCGGCA GCATCGTTTG
251  CAGGCGGCGT GGTCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT
301  CTGCTGGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCGC TGTATTTTGT
351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT
401  TTTTTCTGTT CGGTCTGACG GTTGCACCAC TTTTGGGTTT TTACGACGGT
451  GTGTTCGGAC CGGGTGTCGG CTCGTTTTTT CTGATTGCCT TTATTGTTTT
501  GCTCGGCTGC AAGCTGTTGA ACGCGATGTC TTACACCAAA TTGGCGAACG
551  TTGCCTGCAA TCTTGGTTCG CTATCGGTAT TCCTGCTGCA CGGTTCGATT
601  ATTTTCCCGA TTGCGGCAAC GATGGCGGTC GGTGCGTTTG TCGGTGCGAA
651  TTTAGGTGCG AGATTTGCCG TCCGCTTCGG TTCGAAGCTG ATTAAGCCGC
701  TGCTGATTGT CATCAGCATT TCGATGGCTG TGAAATTGTT GATAGACGAG
751  AGAAATCCGC TGTATCAGAT GATTGTTTCG ATGTTTTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 436>：
  1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK
 51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIA A ASFAGGVVGA LSVSLVSKD I
101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA R MSFFLFGLT VAPLLGFYDG
151  VFGPG VGSFF LIAFIVLLGC KLLNAMSYTK LANVACNLGS LSVFLLHGS I
201  IFPIAATMAV GAFVGANLGA RFAVRFGSKL IK PLLIVISI SMAVKLLIDE
251  RNPLYQMIVS MF*
ORF109a和ORF109-1显示在262个氨基酸的重叠区内有99.2％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf109a.pep  MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1     MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf109a.pep  TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
             |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1     TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFVGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf109a.pep  KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1     KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf109a.pep  LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIAATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1     LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIAATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260
orf109a.pep  SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
             |||||||||||||||||||||||
orf109-1     SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
                    250       260
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF109显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF109.ng)在重叠的231个氨基酸内有98.3％的相同性：
orf109.pep  MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109ng    MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA  60
orf109.pep  TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFVGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP  120
            |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109ng    TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP  120
orf109.pep  KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVXTAFGFLRRCVRTGCRLVFSDCLYCFARLQAVERDVLHQ  180
            ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109ng    KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVATAFGFLRRCVRTGCRLVFSDCLYCFARLQAVERDVLHQ  180
orf109.pep  IGERCLQSWFAIGIPAARFDYFPDCGNDGGRCVCRCEFRCEICRTLRFEAD 231
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
orf109ng    IGERCLQSWFAIGIPAARFDYFPDCGNDGGRCVCRCEFRCEICRPLRFEAD 231
预计ORF109ng核苷酸序列<SEQ ID 437>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID438>：
  1  TNK
 51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIA A ASFAGGVVGA LSVSLVSKD I
101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA R MSFFLFGLT VATAFGFLRR
151  CVRTGCRLVF SDCLYCFARL QAVERDVLHQ IGERCLQSWF AIGIPAARFD
201  YFPDCGNDGG RCVCRCEFRC EICRPLRFEA D*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 439>：
  1  ATGGAAGATT TATACATAAT ACTCGCTTTG GGTTTGGTTG CGATGATCGC
 51  CGGATTTATC GATGCGATTG CGGGCGGGGG TGGTTTGATT ACGCTGCCTG
101  CACTCTTGTT GGCAGGTATT CCTCCCGTGT CGGCAATTGC CACCAACAAG
151  CTGCAAGCAG CCGCTGCTAC GTTTTCGGCT ACGGTTTCTT TTGCACGCAA
201  AGGTTTGATT GATTGGAAGA AAGGTCTCCC GATTGCCGCA GCATCGTTTG
251  CAGGCGGCGT GGTCGGTGCA TTATCGGTCA GCTTGGTTTC CAAAGATATT
301  TTGCTGGCGG TCGTGCCGGT TTTGTTGATA TTTGTCGCGC TGTATTTTGT
351  GTTTTCGCCC AAGCTCGACG GCAGTAAGGA AGGCAAAGCC AGAATGTCTT
401  TTTTTCTATT CGGGCTGACG GTTGCACCGC TTTTGGGTTT TTACGACGGT
451  GTGTTCGGAC CGGGTGTCGG CTCGTTTTTT CTGATTGCCT TTATTGTTTT
501  GCTCGGCTGC AAGCTGTTGA ACGCGATGTC TTACACCAAA TTGGCGAACG
551  TTGCTTGCAA TCTTGGTTCG CTATCGGTAT TCCTGCTGCA CGGTTCGATT
601  ATTTTCCCGA TTGTGGCAAC GATGGCGGTC GGTGCGTTTG TCGGTGCGAA
651  TTTAGGTGCG AGATTTGCCG TCCGCTTCGG TTCGAAGCTG ATTAAGCCGC
701  TGCTGATTGT CATCAGCATT TCGATGGCTG TGAAATTGTT GATAGACGAG
751  AGAAATCCGC TGTATCAGAT GATTGTTTCG ATGTTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 440；ORF109ng-1>：
  1  MEDLYIILAL GLVAMIAGFI DAIAGGGGLI TLPALLLAGI PPVSAIATNK
 51  LQAAAATFSA TVSFARKGLI DWKKGLPIA A ASFAGGVVGA LSVSLVSKD I
101  LLAVVPVLLI FVALYFVFSP KLDGSKEGKA R MSFFLFGLT VAPLLGFYDG
151  VFGPG VGSFF LIAFIVLLGC KLLNAMSYTK LANVACNLGS LSVFLLHGS I
201  IFPIVATMAV GAFVGANLGA RFAVRFGSKL IK PLLIVISI SMAVKLLIDE
251  RNPLYQMIVS MF*
ORF109ng-1和ORF109-1显示在262个氨基酸的重叠区内有98.9％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf109ng-1.pep MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1       MEDLYIILALGLVAMIAGFIDAIAGGGGLITLPALLLAGIPPVSAIATNKLQAAAATFSA
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf109ng-1.pep TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFAGGVVGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
               |||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1       TVSFARKGLIDWKKGLPIAAASFVGGVAGALSVSLVSKDILLAVVPVLLIFVALYFVFSP
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf109ng-1.pep KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1       KLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFFLIAFIVLLGCKLLNAMSYTK
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf109ng-1.pep LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIVATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
               ||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf109-1       LANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIAATMAVGAFVGANLGARFAVRFGSKLIKPLLIVISI
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260
orf109ng-1.pep SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
               |||||||||||||||||||||||
orf109-1       SMAVKLLIDERNPLYQMIVSMFX
                      250       260
另外，ORF109ng-1显示出与一种假设的假单胞菌属蛋白同源：
sp|P29942|YCB9_PSEDE COBO 3’区域中假设的27.4KD蛋白(ORF9)
>gi|94984|pir||I38164假设蛋白9-假单胞菌属>gi|551929(M62866)ORF9[脱氮假单胞菌]长度＝261
评分＝175位(439)，估计值＝3e-43
相同性＝83/214(38％)，阳性＝131/214(60％)，空隙＝1/214(0％)
询问：41  PPVSAIATNKLQXXXXXXXXXXXXXRKGLIDWKKGLPIXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKDI 100
           PP+  + TNKLQ             R+G ++ K+ LP+                    D+
目标：43  PPLQTLGTNKLQGLFGSGSATLSYARRGHVNLKEQLPMALMSAAGAVLGALLATIVPGDV 102
询问：101 LLAVVPVLLIFVALYFVFSPKLDGSKEGKARMSFFLFGLTVAPLLGFYDGVFGPGVGSFF 160
           L A++P LLI +ALYF   P + G  +  +R++ F+F LT+ PL+GFYDGVFGPG GSFF
目标：103 LKAILPFLLIAIALYFGLKPNM-GDVDQHSRVTPFVFTLTLVPLIGFYDGVFGPGTGSFF 161
询问：161 LIAFIVLLGCKLLNAMSYTKLANVACNLGSLSVFLLHGSIIFPIVATMAVGAFVGANLGA 220
           ++ F+ L G  +L A ++TK  N   N+G+  VFL  G++++ +   M +G F+GA +G+
目标：162 MLGFVTLAGFGVLKATAHTKFLNFGSNVGAFGVFLFFGAVLWKVGLLMGLGQFLGAQVGS 221
询问：221 RFAVRFGSKLIKPLLIVISISMAVKLLIDERNPL 254
           R+A+  G+K+IKPLL+++SI++A++LL D  +PL
目标：222 RYAMAKGAKIIKPLLVIVSIALAIRLLADPTHPL 255
根据该分析结果(包括该淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例52
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 441>：
  1  ..CTGCTAGG  ATTGCATCGG TTATCGGTAC G CTGTTGCA GCAAAACCAG
 51    CCGCAGACGG ATTATTTGGT CAAATTCGGA TCGTTTTGGG CGAG.ATTTT
101    TGGTTTTCTG GGACTGTATG ACGTCTATGC TTCGGCATGG TTTGTCGTTA
151    TCATGATGTT TTTGGTGGTT TCTACCAGTT TGTGCCTGAT TCGCAATGTG
201    CCGCCGTTCT GGCGCGAAAT GAAGTCTTTT CGGGAAAAGG TTAAAGAAAA
251    ATCTCTGGCG GCGATGCGCC ATTCTTCGCT GTTGGATGTA AAAATTGCGC
301    CCGAGGTTGC CAAACGTTAT CTGGAAGTAC AAGGTTTTCA GGGGAAAACC
351    ATTAACCGTG AAGACGGGTC GGTTCTGATT GCCGCCAAAA AAGGCACAAT
401    GAACAAATGG GGCTATATCT TTGCCCATGT TGCTTTGATT GTCATTTGCC
451    TGGGCGGGTT GATAGACAGT AACCTGCTGT TGAAACTGGG TATGCTGACC
501    GGTCGGATT
Figure A20051011339502743
 TTCCGGACAA TCAGGCGGTT TATGCCAAGG ATTTC.AAGC
551    CCGAAAGTAT .TTTGGGTGC gTCCAATCTC TCATTTAGGG GCAACGTCAA
601    TATTTCCG.A GGGGCAGAgT GCGGATGTGG TTTTCCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 442；ORF110>：
  1  ..LLGIASVIGT LLQQNQPQTD YLVKFGSFWA XIFGFLGLYD VYASAWFVVI
 51    MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP
101    EVAKRYLEVQ GFQGKTINRE DGSVLIAAKK GTMNKWGYIF AHVALIVICL
151    GGLIDSNLLL KLGMLTGRIF RTIRRFMPRI XKPESXFGCV QSLI*GQRQY
201    FXRGRVRMWF S*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的ORF88a的同源性
ORF110显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF88a在重叠的188个氨基酸内有91.5％的相同性：
                    10        20        30         40         50        60
orf88a.pep  MSKSRRSPPLLSRPWFAFFSSMRFA VALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGSFWA
                                           ||||||||||:| ||||||||||||||||||
orf110                                     LLGIASVIGTLLQQNQPQTDYLVKFGSFWA
                                                   10         20        30
                    70        80         90        100       110       120
orf88a.pep  QIFGFLGLYDVYASAW FVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH
            |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf110      XIFGFLGLYDVYASAW FVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH
                    40         50        60         70        80        90
                    130       140       150       160        170       180
orf88a.pep  SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWG YIFAHVALIVICL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
orf110      SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWG YIFAHVALIVICL
                    100       110       120       130       140       150
                    190       200       210       220       230       240
orf88a.pep  GGLIDSNLLLKLGMLTGRIVPDNQAVYAKDFKPESILGASNLSFRGNVNISEGQSADVVF
            |||| |||||||||||||||    :  : :  |||| :|
orf110      GGLIDSNLLLKLGMLTGRIFRTIRRFMPRIXKPESXFGCVQSLIXGQRQYFXRGRVRMWF
                    160       170       180       190       200       210
                    250       260       270       280       290       300
orf88a.pep  LNADNGILVQDLPFEVKLKKFHIDFYNTGMPRDFASDIEVTDKATGEKLERTIRVNHPLT
orf110      SX
然而，ORF88和ORF110并不匹配，因为它们代表了同一蛋白上的两个不同片段。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF110显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF110.ng)在重叠的211个氨基酸内有88.6％的相同性：
orf110.pep                                LLGIASVIGTLLQQNQPQTDYLVKFGSFWA  30
                                          ||||||||||:||||||||||||||| ||:
orf110ng    MSKSRISPTLLSRPWFAFFSSMRFAVALLSLLGIASVIGTVLQQNQPQTDYLVKFGPFWT  60
orf110.pep  XIFGFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH  90
             || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf110ng    RIFDFLGLYDVYASAWFVVIMMFLVVSTSLCLIRNVPPFWREMKSFREKVKEKSLAAMRH  120
orf110.pep  SSLLDVKIAPEVAKRYLEVQGFQGKTINREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIFAHVALIVICL  150
            |||||||||||||||||||:||||||::||||||||||||||||||||| ||||||||||
orf110ng    SSLLDVKIAPEVAKRYLEVRGFQGKTVSREDGSVLIAAKKGTMNKWGYIXAHVALIVICL  180
orf110.pep  GGLIDSNLLLKLGMLTGRIFRTIRRFMPRIXKPESXFGCVQSLIXGQRQYFXRGRVRMWF  210
            | ||: |||||||||:| |||: || |||| |||| :| ||||| |||||| ||:|||||
orf110ng    GRLINXNLLLKLGMLAGSIFRNNRRVMPRISKPESIWGGVQSLIKGQRQYFQRGKVRMWF  240
orf110.pep  S  211
            |
orf110ng    S  241
预计全长ORF110ng核苷酸序列<SEQ ID 443>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 444>：
1 MSKSRISPTL LSRPWFAFFS SMRFA VALLS LLGIASVIGT VLQQNQPQTD
 51  YLVKFGPFWT RIFDFLGLYD VYASAW FVVI MMFLVVSTSL CLIRNVPPFW
101  REMKSFREKV KEKSLAAMRH SSLLDVKIAP EVAKRYLEVR GFQGKTVSRE
151  DGSVLIAAKK GTMNKWGYIX A HVALIVICL GRLINXNLLL KLGMLAGSIF
201  RNNRRVMPRI SKPESIWGGV QSLIKGQRQY FQRGKVRMWF S*
根据淋球菌蛋白中存在推定的跨膜结构域的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例53
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 445>：
   1  ATGCCGTCTG AAACACGCCT GCCGAACTTT ATCCGCGTCT TGATATTTGC
  51  CCTGGGTTTC ATCTTCCTGA ACGCCTGTTC GGAACAAACC GCGCAAACCG
 101  TTACCCTGCA AGGCGAAACG ATGGGCACGA CCTATACCGT CAAATACCTT
 151  TCAAATAATC GGGACAAACT CCCCTCACCT GCCGAAATAC AAAAACGCAT
 201  CGATGACGCG CTTAAAGAAG TCAACCGGCA GATGTCCACC TATCAGCCCG
 251  ACTCCGAAAT CAGCCGGTTC AACCAACACA CAGCCGGCAA GCCCCTCCGC
 301  ATTTCAAGCG ACTTCGCACA CGTTACTGCC GAAGCCGTCC GCCTGAACCG
 351  CCTGACACAC GGCGCGCTGG ACGTAACCGT CGGCCCCTTG GTCAACCTTT
 401  GGGGATTCGG CCCCGACAAA TCCGTTACCC GTGAACCGTC GCCGGAACAA
 451  ATCAAACAGG CGGCATCTTA TACGGGCATA GACAAAATCA TTTTGAAACA
 501  AGGCAAAGAT TACGCTTCCT TGAGCAAAAC CCACCCCAAG GCCTATTTGG
 551  ATTTATCTTC GATTGCCAAA GGCTTCGGCG TTGATAAAGT TGCGGGCGAA
 601  CTGGAAAAAT ACGGCATTCA AAATTATCTG GTCGAAATCG GCGGCGAGTT
 651  GCACGGCAAA GGCAAAAACG CGCGCGGCGA ACCGTGGCGC ATCGGTATCG
 701  AGCAGCCCAA TATCGTCCAA GGCGGCAATA CGCAGATTAT CGTCCCGCTG
 751  AACAACCGTT CGCTTGCCAC TTCCGGCGAT TACCGTATTT TCCACGTCGA
 801  TAAAAACGGC AAACGCCTCT CCCATATCAT CAACCCGAAC AACAAACGAC
 851  CCATCAGCCA CAACCTCGCC TCCATCAGCG TGGTCGCAGA CAGTGCGATG
 901  ACGGCGGACG GCTTGTCCAC AGGATTATTC GTATTGGGCG AAACCGAAGC
 951  CTTAAAGCTG GCAGAGCGCG AAAAACTCGC TGTTTTCCTG ATTGTCAGGG
1001  ATAAAGGCGG CTACCGCACC GCCATGTCTT CCGAATTTGA AAAACTGCTC
1051  CGCTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 446；ORF111>：
  1  MPSETRLPNF IRVLIFALGF IFLNACSEQT AQTVTLQGET MGTTYTVKYL
 51  SNNRDKLPSP AEIQKRIDDA LKEVNRQMST YQPDSEISRF NQHTAGKPLR
101  ISSDFAHVTA EAVRLNRLTH GALDVTVGPL VNLWGFGPDK SVTREPSPEQ
151  IKQAASYTGI DKIILKQGKD YASLSKTHPK AYLDLSSIAK GFGVDKVAGE
201  LEKYGIQNYL VEIGGELHGK GKNARGEPWR IGIEQPNIVQ GGNTQIIVPL
251  NNRSLATSGD YRIFHVDKNG KRLSHIINPN NKRPISHNLA SISVVADSAM
301  TADGLSTGLF VLGETEALKL AEREKLAVFL IVRDKGGYRT AMSSEFEKLL
351  R*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF111显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF111a)在重叠的351个氨基酸内有96.9％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf111a.pep    MPSETRLPNFIRTLIFALSFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDXLPSP
               ||||||||||||:|||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf111         MPSETRLPNFIRVLIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSP
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf111a.pep    AEIQXRIDDALKEVNRQMSTYQPDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVHLNRLTH
              |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||
orf111        AEIQKRIDDALKEVNRQMSTYQPDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTH
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf111a.pep   GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILKQGKDYASLSKTHPK
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf111        GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILKQGKDYASLSKTHPK
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf111a.pep   AYLDLSSIAKGFGVDXVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKXKNARGEPWRIGIEQPNIVQ
              ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf111        AYLDLSSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNARGEPWRIGIEQPNIVQ
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf111a.pep   GGNTQIIVPLNNRSXATSGDYRIFHVDKSGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVXADSAM
              |||||||||||||| |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||| |||||
orf111        GGNTQIIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVADSAM
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350
orf111a.pep   TADGXSTGLFVLGETEALKLAEREKLAVFLIVRDKGGYRTAMSSEFEKLLRX
              |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf111        TADGLSTGLFVLGETEALKLAEREKLAVFLIVRDKGGYRTAMSSEFEKLLRX
                     310       320       330       340       350
全长ORF111a核苷酸序列<SEQ ID 447>是：
   1  ATGCCGTCTG AAACACGCCT GCCGAACTTT ATCCGCACCT TGATATTTGC
  51  CCTGAGTTTT ATCTTCCTGA ACGCCTGTTC GGAACAAACC GCGCAAACCG
 101  TTACCCTGCA AGGTGAAACG ATGGGCACGA CCTATACCGT CAAATACCTT
 151  TCAAATAATC GGGACNAACT CCCNTCACCT GCCGAAATAC AAAANCGCAT
 201  CGATGACGCG CTTAAAGAAG TCAACCGGCA GATGTCCACC TATCAGCCCG
 251  ACTCCGAAAT CAGCCGGTTC AACCAACACA CAGCCGGCAA GCCCCTCCGC
 301  ATTTCAAGCG ACTTCGCACA CGTTACTGCC GAAGCCGTCC ACCTGAACCG
 351  CCTGACACAC GGCGCGCTGG ACGTAACCGT CGGCCCCTTG GTCAACCTTT
 401  GGGGATTCGG CCCCGACAAA TCCGTTACCC GTGAACCGTC GCCGGAACAA
 451  ATCAAACAAG CAGCATCTTA TACGGGCATA GACAAAATCA TTTTGAAACA
 501  AGGCAAAGAT TACGCTTCCT TGAGCAAAAC CCACCCCAAG GCCTATTTGG
 551  ATTTATCTTC GATTGCCAAA GGCTTCGGCG TTGATNANGT TGCGGGCGAA
 601  CTGGAAAAAT ACGGCATTCA AAATTATCTG GTCGAAATCG GCGGNGAGTT
 651  GCACGGCAAA GNCAAAAACG CGCGCGGCGA ACCTTGGCGC ATCGGCATCG
 701  AACAGCCCAA CATCGTCCAA GGCGGCAATA CGCAGATTAT CGTCCCGCTG
 751  AACAACCGTT CGNTTGCCAC TTCCGGCGAT TACCGTATTT TCCACGTCGA
 801  TAAAAGCGGC AAACGCCTCT CCCATATCAT TAATCCGAAC AACAAACGAC
 851  CCATCAGCCA CAACCTCGCC TCCATCAGCG TGNTCGCAGA CAGTGCGATG
 901  ACGGCGGACG GCTTNTCCAC AGGATTATTC GTATTGGGCG AAACCGAAGC
 951  CTTAAAGCTG GCAGAGCGCG AAAAACTCGC TGTTTTCCTG ATTGTCAGGG
1001  ATAAAGGCGG CTACCGCACC GCCATGTCTT CCGAATTTGA AAAACTGCTC
1051  CGCTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 448>：
  1  MPSETRLPNF IRTLIFALSF IFLNACSEQT AQTVTLQGET MGTTYTVKYL
 51  SNNRDXLPSP AEIQXRIDDA LKEVNRQMST YQPDSEISRF NQHTAGKPLR
101  ISSDFAHVTA EAVHLNRLTH GALDVTVGPL VNLWGFGPDK SVTREPSPEQ
151  IKQAASYTGI DKIILKQGKD YASLSKTHPK AYLDLSSIAK GFGVDXVAGE
201  LEKYGIQNYL VEIGGELHGK XKNARGEPWR IGIEQPNIVQ GGNTQIIVPL
251  NNRSXATSGD YRIFHVDKSG KRLSHIINPN NKRPISHNLA SISVXADSAM
301  TADGXSTGLF VLGETEALKL AEREKLAVFL IVRDKGGYRT AMSSEFEKLL
351  R*
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF111显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF111.ng)在重叠的351个氨基酸内有96.6％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf111ng    MPSETRLPNLIRALIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSP
            |||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf111      MPSETRLPNFIRVLIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSP
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf111      AKIQKRIDDALKEVNRQMSTYQTDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTH
            |:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf111      AEIQKRIDDALKEVNRQMSTYQPDSEISRFNQHTAGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTH
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf111ng    GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILQQGKDYASLSKTHPK
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf111      GALDVTVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILKQGKDYASLSKTHPK
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf111ng    AYLDLSSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNAHGEPWRIGIEQPNIIQ
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:|
orf111      AYLDLSSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNARGEPWRIGIEQPNIVQ
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf111ng    GGNTQIIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVSDSAM
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||
orf111      GGNTQIIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVADSAM
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350
orf111ng    TADGLSTGLFVLGETEALRLAEQEKLAVFLIVRDKDGYRTAMSSEFAKLLRX
            ||||||||||||||||||:|||:|||||||||||| |||||||||| |||||
orf111      TADGLSTGLFVLGETEALKLAEREKLAVFLIVRDKGGYRTAMSSEFEKLLRX
                   310       320       330       340       350
全长ORF111ng核苷酸序列<SEQ ID 449>是：
  1  ATGCCGTCTG AAACACGCCT GCCGAACCTT ATCCGCGCCT TGATATTTGC
 51  CCTGGGTTTC ATCTTCCTGA ACGCCTGTTC GGaacaaacC GCGCAaaccg
101  TTACCCTGCA AGGCGAAAcg aTGGGTACGA CCTATACCGT CAAATACCTT
151  TCAAATAATC GGGACAAACT CCCCTCCCCT GCCAAAATAC AAAAGCGCAT
201  TGATGATGCG CTTAAAGAAG TCAACCGGCA GATGTCCACC TACCAGACCG
251  ATTCCGAAAT CAGCCGGTTC AACCAACACA CAGCCGGCAA GCCCCTCCGC
301  ATTTCAAGCG ATTTCGCACA CGTTACCGCC GAAGCCGTCC GCCTGAACCG
351  CCTGACTCAC GGCGCACTGG ACGTAACCGT CGGCCCTTTG GTCAACCTTT
401  GGGGGTTCGG CCCCGACAAA TCCGTTACCC GTGAACCGTC GCCGGAACAA
451  ATCAAACAGG CGGCATCTTA TACGGGCATA GACAAAATCA TTTTGCAACA
501  AGGCAAAGAT TACGCTTCCT TGAGCAAAAC CCACCCCAAA GCCTATTTGG
551  ATTTATCTTC GATTGCCAAA GGCTTCGGCG TTGATAAAGT TGCGGGCGAA
601  CTGGAAAAAT ACGGCATTCA AAATTATCTG GTCGAAAtcg gcggcGAGTT
651  GCACGGCAAA GGCAAAAATG CGCACGGCGA ACCGTGGCGC ATCGGTATAG
701  AGCAACCCAA TATCATCCAA GgcgGCAata CGCAGATTAt cgtcccgctg
751  aaCaaccgtt cgctTGCCAC TTCCGGCGAT TAccgtaTTT tccacgtcgA
801  TAAAAAcggc aaacgccttt cccacaTCAT CAATCCCaAC aacAAACgac
851  ccATCAGcca caacctcgcc tccatcagcg tggtctcAGA CAGTGCAATG
 901  ACGGCGGACG GTTtatCCAC AGGATTATTT GTTTTAGGCG AAACCGAAGC
 951  CTTAAGGCTG GCAGAACAAG AAAAACTCGC TGTTTTCCTA ATTGTCCGGG
1001  ATAAGGACGG CTACCGCACC GCCATGTCTT CCGAATTTGC CAAGCTGCTC
1051  CGCTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 450>：
  1  MPSETRLPNL IRALIFALGF IFLNACSEQT AQTVTLQGET MGTTYTVKYL
 51  SNNRDKLPSP AKIQKRIDDA LKEVNRQMST YQTDSEISRF NQHTAGKPLR
101  ISSDFAHVTA EAVRLNRLTH GALDVTVGPL VNLWGFGPDK SVTREPSPEQ
151  IKQAASYTGI DKIILQQGKD YASLSKTHPK AYLDLSSIAK GFGVDKVAGE
201  LEKYGIQNYL VEIGGELHGK GKNAHGEPWR IGIEQPNIIQ GGNTQIIVPL
251  NNRSLATSGD YRIFHVDKNG KRLSHIINPN NKRPISHNLA SISVVSDSAM
301  TADGLSTGLF VLGETEALRL AEQEKLAVFL IVRDKDGYRT AMSSEFAKLL
351  R*
该蛋白显示出与一种假设的流感嗜血菌的脂蛋白前体同源：
sp|P44550|YOJL_HAEIN假设的脂蛋白HI0172前体>gi|1074292|pir|4假设蛋白HI0172-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)>gi|1573128(U32702)假设的[流感嗜血菌]长度＝346
评分＝353位(896)，估计值＝9e-97
相同性＝181/344(52％)，阳性＝247/344(71％)，空隙＝4/344(1％)
询问：7   LPNLIRALIFALGFIFLNACSEQTAQTVTLQGETMGTTYTVKYLSNNRDKLPSPAKIQKR  66
           +  LI  +I     + L AC ++T + ++L G+TMGTTY VKYL +      S  K  +
目标：1   MKKLISGIIAVAMALSLAACQKET-KVISLSGKTMGTTYHVKYLDDGSITATSE-KTHEE  58
询问：67  IDDALKEVNRQMSTYQTDSEISRFNQHT-AGKPLRISSDFAHVTAEAVRLNRLTHGALDV  125
           I+  LK+VN +MSTY+ DSE+SRFNQ+T    P+ IS+DFA V AEA+RLN++T GALDV
目标：59  IEAILKDVNAKMSTYKKDSELSRFNQNTQVNTPIEISADFAKVLAEAIRLNKVTEGALDV  118
询问：126 TVGPLVNLWGFGPDKSVTREPSPEQIKQAASYTGIDKIILQQGKDYASLSKTHPKAYLDL  185
           TVGP+VNLWGFGP+K   ++P+PEQ+ +  ++ GIDKI L   K+ A+LSK  P+ Y+DL
目标：119 TVGPVVNLWGFGPEKRPEKQPTPEQLAERQAWVGIDKITLDTNKEKATLSKALPQVYVDL  178
询问：186 SSIAKGFGVDKVAGELEKYGIQNYLVEIGGELHGKGKNAHGEPWRIGIEQPNIIQGGNTQ  245
           SSIAKGFGVD+VA +LE+   QNY+VEIGGE+  KGKN  G+PW+I IE+P        +
目标：179 SSIAKGFGVDQVAEKLEQLNAQNYMVEIGGEIRAKGKNIEGKPWQIAIEKPTTTGERAVE  238
询问：246 IIVPLNNRSLATSGDYRIFHVDKNGKRLSHIINPNNKRPISHNLASISVVSDSAMTADGL  305
            ++ LNN  +A+SGDYRI+  ++NGKR +H I+P    PI H+LASI+V++ ++MTADGL
目标：239 AVIGLNNMGMASSGDYRIY-FEENGKRFAHEIDPKTGYPIQHHLASITVLAPTSMTADGL  297
询问：306 STGLFVLGETEALRLAEQEKLAVFLIVRDKDGYRTAMSSEFAKL 349
           STGLFVLGE +AL +AE+  LAV+LI+R  +G+ T  SS F KL
目标：298 STGLFVLGEDKALEVAEKNNLAVYLIIRTDNGFVTKSSSAFKKL 341
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例54
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 451>：
  1  ..CCGTGCCGCC GACAGGGCGA CGACGTGTAT GCGGCGCACG CGTCCCGTCA
 51    AAAATTGTGG CTGCGCTTCA TCGGCGGCCG GTCGCATCAA AATATACGGG
101    GCGGCGCGGC TGCGGACGGG TGGCGCAAAG GCGTGCAAAT CGGCGGCGAG
151    GTGTTTGTAC GGCAAAATGA AGGCAGCCkA yTGGCAATCG GCGTGATGGG
201    CGGCAGGGCC GGCCAGCACG CwTCAGTCAA CGGCAAAGGC GGTGCGGCAG
251    gCAGTGATTT GTATGGTTAT GgCGGGGgTG TTTATGCTgC GTGGCATCAG
301    TTGCGCGATA AACAAACGGG TgCGTATTTG GACGGCTGGT TGCAATACCA
351    ACGTTTCAAA CACCGCATCA ATGATGAAAA CCGTGCGGAA CgCTACAAAA
401    CCAAAGGTTG GACGGCTTCT GTCGAAGGCG GCTACAACGC GCTTGTGGCG
451    GAAGGCATTG TCGGAAAAGG CAATAATGTG CGGTTTTACC TACAACCGCA
501    GgCGCAGTTT ACCTACTTGG GCGTAAACGG CGGCTTTACC GACAGCGAGG
551    GGACGGCGGT CGGACTGCTC GGCAGCGGTC AGTGGCAAAG CCGCGCCGGC
601    AtTCGGGCAA AAACCCGTTT TGCTTTGCGT AACGGTGTCA ATCTTCAGCC
651    TTTTGCCGCT TTTAATGTtt TGCACAGGTC AAAATCTTTC GGCGTGGAAA
701    TGGACGGCGA AAAACAGACG CTGGCAGGCA GGACGGCACT CGAAGGGCGG
751    TTCGGTATTG AAGCCGGTTG GAAAGGCCAT ATGTCCGCA..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 452；ORF35>：
  1  ..PCRRQGDDVY AAHASRQKLW LRFIGGRSHQ NIRGGAAADG WRKGVQIGGE
 51    VFVRQNEGSX LAIGVMGGRA GQHASVNGKG GAAGSDLYGY GGGVYAAWHQ
101    LRDKQTGAYL DGWLQYQRFK HRINDENRAE RYKTKGWTAS VEGGYNALVA
151    EGIVGKGNNV RFYLQPQAQF TYLGVNGGFT DSEGTAVGLL GSGQWQSRAG
201    IRAKTRFALR NGVNLQPFAA FNVLHRSKSF GVEMDGEKQT LAGRTALEGR
251    FGIEAGWKGH MSA..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌的推定分泌性VirG-同系物(登录号A32247)的同源性
ORF和virg-h蛋白显示在261个氨基酸的重叠区内有51％的氨基酸相同性：
Orf35  5   QGDDVYAAHASRQKLWLRFIGGRSHQNIRGGAA-ADGWRKGVQIGGEVFVRQNEGSXLAI 63
           +  D++     R+ LWLR I G S+Q ++G  A  +G+RKGVQ+GGEVF  QNE + L+I
virg-h 396 KNSDIFDRTLPRKGLWLRVIDGHSNQWVQGKTAPVEGYRKGVQLGGEVFTWQNESNQLSI 455
Orf35  64  GVMGGRAGQHASVNGKG--GAAGSDLYGYGGGVYAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKH 121
           G+MGG+A Q ++ +          ++ G+G GVYA WHQL+DKQTGAY D W+QYQRF+H
virg-h 456 GLMGGQAEQRSTFHNPDTDNLTTGNVKGFGAGVYATWHQLQDKQTGAYADSWMQYQRFRH 515
Orf35  122 RINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAEGIVGKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTD 181
           RIN E+  ER+ +KG TAS+E GYNAL+AE    KGN++R YLQPQAQ TYLGVNG F+D
virg-h 516 RINTEDGTERFTSKGITASIEAGYNALLAEHFTKKGNSLRVYLQPQAQLTYLGVNGKFSD 575
Orf35  182 SEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRNGVNLQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTL 241
           SE   V LLGS Q Q+R G++AK +F+L   + ++PFAA N L+ +K FGVEMDGE++ +
virg-h 576 SENAHVNLLGSRQLQTRVGVQAKAQFSLYKNIAIEPFAAVNALYHNKPFGVEMDGERRVI 635
Orf35  242 AGRTALEGRFGIEAGWKGHMS 262
             +TA+E + G+    K H++
virg-h 636 NNKTAIESQLGVAVKIKSHLT 656
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF35显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF35a)在重叠的259个氨基酸内有96.9％的相同性：
                                              10        20        30
orf35.pep                             PCRRQGDDVYAAHASRQKLWLRFIGGRSHQNIRG
                                          :|||||||  ||||||||||||||||||||
orf35a      QRLAIPEAEAVLYAQQAYAANTLFGLRAADRGDDVYAADPSRQKLWLRFIGGRSHQNIRG
           310       320       330       340       350       360
                40        50        60        70        80        90
orf35.pep   GAAADGWRKGVQIGGEVFVRQNEGSXLAIGVMGGRAGQHASVNGKGGAAGSDLYGYGGGV
            |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |:||||||
orf35a      GAAADGRRKGVQIGGEVFVRQNEGSRLAIGVMGGRAGQHASVNGKGGAAGSYLHGYGGGV
           370       380       390       400       410       420
               100       110       120       130       140       150
orf35.pep   YAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKHRINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAEGIV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf35a      YAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKHRINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAEGVV
           430       440       450       460       470       480
               160       170       180       190       200       210
orf35.pep   GKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTDSEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRNGVN
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf35a      GKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTDSEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRNGVN
           490       500       510       520       530       540
               220       230       240       250       260
orf35.pep   LQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTLAGRTALEGRFGIEAGWKGHMSA
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf35a      LQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTLAGRTALEGRFGIEAGWKGHMSARIGYGKRTDGD
           550       560       570       580       590       600
orf35a      KEAALSLKWLFX
           610       620
全长ORF35a核苷酸序列<SEQ ID 453>是：
   1  ATGTTCAGAG CTCAGCTTGG TTCAAATACT CGTTCTACCA AAATCGGCGA
  51  CGATGCCGAT TTTTCATTTT CAGACAAGCC GAAACCCGGC ACTTCCCATT
 101  ATTTTTCCAG CGGTAAAACC GATCAAAATT CATCCGAATA TGGGTATGAC
 151  GAAATCAATA TCCAAGGTAA AAACTACAAT AGCGGCATAC TCGCCGTCGA
 201  TAATATGCCC GTTGTTAAGA AATATATTAC AGATACTTAC GGGGATAATT
 251  TAAAGGATGC GGTTAAGAAG CAATTACAGG ATTTATACAA AACAAGACCC
 301  GAAGCTTGGG AAGAAAATAA AAAACGGACT GAGGAGGCGT ATATAGAACA
 351  GCTTGGACCA AAATTTAGTA TACTCAAACA GAAAAACCCC GATTTAATTA
 401  ATAAATTGGT AGAAGATTCC GTACTCACTC CTCATAGTAA TACATCACAG
 451  ACTAGTCTCA ACAACATCTT CAATAAAAAA TTACACGTCA AAATCGAAAA
 501  CAAATCCCAC GTCGCCGGAC AGGTGTTGGA ACTGACCAAG ATGACGCTGA
 551  AAGATTCCCT TTGGGAACCG CGCCGCCATT CCGACATCCA TATGCTGGAA
 601  ACTTCCGATA ATGCCCGCAT CCGCCTGAAC ACGAAAGATG AAAAACTGAC
 651  CGTCCATAAA GCGTATCAGG GCGGTGCGGA TTTCCTGTTC GGCTACGACG
 701  TGCGGGAGTC GGACAAACCC GCCCTGACCT TTGAAGAAAA AGTCAGCGGA
 751  CAATCCGGCG TGGTTTTGGA ACGCCGGCCG GAAAATCTGA AAACGCTCGA
 801  CGGGCGCAAA CTGATTGCGG CGGAAAAGGC AGACTCTAAT TCGTTTGCGT
 851  TTAAACAAAA TTACCGGCAG GGACTGTACG AATTATTGCT CAAGCAATGC
 901  GAAGGCGGAT TTTGCTTGGG CGTGCAGCGT TTGGCTATCC CCGAGGCGGA
 951  AGCGGTTTTA TATGCCCAAC AGGCTTATGC GGCAAATACT TTGTTCGGGC
1001  TGCGTGCCGC CGACAGGGGC GACGACGTGT ATGCCGCCGA TCCGTCCCGT
1051  CAAAAATTGT GGCTGCGCTT CATCGGCGGC CGGTCGCATC AAAATATACG
1101  GGGCGGCGCG GCTGCGGACG GGCGGCGCAA AGGCGTGCAA ATCGGCGGCG
1151  AGGTGTTTGT ACGGCAAAAT GAAGGCAGCC GGCTGGCAAT CGGCGTGATG
1201  GGCGGCAGGG CTGGCCAGCA CGCATCAGTC AACGGCAAAG GCGGTGCGGC
1251  AGGCAGTTAT TTGCATGGTT ATGGCGGGGG TGTTTATGCT GCGTGGCATC
1301  AGTTGCGCGA TAAACAAACG GGTGCGTATT TGGACGGCTG GTTGCAATAC
1351  CAACGTTTCA AACACCGCAT CAATGATGAA AACCGTGCGG AACGCTACAA
1401  AACCAAAGGT TGGACGGCTT CTGTCGAAGG CGGCTACAAC GCGCTTGTGG
1451  CGGAAGGCGT TGTCGGAAAA GGCAATAATG TGCGGTTTTA CCTGCAACCG
1501  CAGGCGCAGT TTACCTACTT GGGCGTAAAC GGCGGCTTTA CCGACAGCGA
1551  GGGGACGGCG GTCGGACTGC TCGGCAGCGG TCAGTGGCAA AGCCGCGCCG
1601  GCATTCGGGC AAAAACCCGT TTTGCTTTGC GTAACGGTGT CAATCTTCAG
1651  CCTTTTGCCG CTTTTAATGT TTTGCACAGG TCAAAATCTT TCGGCGTGGA
1701  AATGGACGGC GAAAAACAGA CGCTGGCAGG CAGGACGGCG CTCGAAGGGC
1751  GGTTCGGCAT TGAAGCCGGT TGGAAAGGCC ATATGTCCGC ACGCATCGGA
1801  TACGGCAAAA GGACGGACGG CGACAAAGAA GCCGCATTGT CGCTCAAATG
1851  GCTGTTTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 454>：
1  MFRAQLGSNT RSTKIGDDAD FSFSDKPKPG TSHYFSSGKT DQNSSEYGYD
 51  EINIQGKNYN SGILAVDNMP VVKKYITDTY GDNLKDAVKK QLQDLYKTRP
101  EAWEENKKRT EEAYIEQLGP KFSILKQKNP DLINKLVEDS VLTPHSNTSQ
151  TSLNNIFNKK LHVKIENKSH VAGQVLELTK MTLKDSLWEP RRHSDIHMLE
201  TSDNARIRLN TKDEKLTVHK AYQGGADFLF GYDVRESDKP ALTFEEKVSG
251  QSGVVLERRP ENLKTLDGRK LIAAEKADSN SFAFKQNYRQ GLYELLLKQC
301  EGGFCLGVQR LAIPEAEAVL YAQQAYAANT LFGLRAADRG DDVYAADPSR
351  QKLWLRFIGG RSHQNIRGGA AADGRRKGVQ IGGEVFVRQN EGSRLAIGVM
401  GGRAGQHASV NGKGGAAGSY LHGYGGGVYA AWHQLRDKQT GAYLDGWLQY
451  QRFKHRINDE NRAERYKTKG WTASVEGGYN ALVAEGVVGK GNNVRFYLQP
501  QAQFTYLGVN GGFTDSEGTA VGLLGSGQWQ SRAGIRAKTR FALRNGVNLQ
551  PFAAFNVLHR SKSFGVEMDG EKQTLAGRTA LEGRFGIEAG WKGHMSARIG
601  YGKRTDGDKE AALSLKWLF*
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF35显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF35ngh)在重叠的261个氨基酸内有51.7％的相同性：
orf35.pep                             PCRRQGDDVYAAHASRQKLWLRFIGGRSHQNIRG  34
                                          :::|::     |: |||| | |:|:| ::|
orf35ngh    FTKVQERDDIAIYAQQAQAANTLFALRLNDKNSDIFDRTLPRKGLWLRVIDGHSNQWVQG  370
orf35.pep   GAA-ADGWRKGVQIGGEVFVRQNEGSXLAIGVMGGRAGQHASVNGKG--GAAGSDLYGYG  91
             :| ::|:|||||:|||||: |||:: |:||:|||:| |:::  :    : : ::: |:|
orf35ngh    KTAPVEGYRKGVQLGGEVFTWQNESNQLSIGLMGGQAEQRSTFRNPDTDNLTTGNVKGFG  430
orf35.pep   GGVYAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKHRINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAE  151
            :||||:||||:|||||||:|:|:|||||:|||| |  :||: :|| |||:|:|||||:||
orf35ngh    AGVYATWHQLQDKQTGAYVDSWMQYQRFRHRINTEYATERFTSKGITASIEAGYNALLAE  490
orf35.pep   GIVGKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTDSEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRN  211
             :: |||::| |||||||:||||||| |:|||:: |:|||| | |||:|::||::||: |
orf35ngh    HFTKKGNSLRVYLQPQAQLTYLGVNGKFSDSENAQVNLLGSRQLQSRVGVQAKAQFAFTN  550
orf35.pep   GVNLQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTLAGRTALEGRFGIEAGWKGHMSA          263
            ||::|||:| | ::::| ||||:||::::: ::|::| ::|: |  |:|::
orf35ngh    GVTFQPFVAVNSIYQQKPFGVEIDGDRRVINNKTVIETQLGVAAKIKSHLTLQASFNRQT  610
预计部分ORF35ngh核苷酸序列<SEQ ID 455>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 456>：
  1  ..KKLRDRNSEY WKEETYHIKS NGRTYPNIPA LFPKHPFDPF ENINNSKKIS
 51    FYDKEYTEDY LVGFARGFGV EKRNGEEEKP LRQYFKDCVN TENSNNDNCK
101    ISSFGNYGPI LIKSDIFALA SQIKNSHINS EILSVGNYIE WLRPTLNKLT
151    GWQEHLYAGL DPFHYIEVTD NSHVIGQTID LGALELTNSL WKPRWNSNID
201    YLITKNAEIR FNTKNESLLV KEDYAGGARF RFAYDLKDKV PEIPVLTFEK
251    NITGTSDIIF EGKALDNLKH LDGHQIVKVN DTADKDAFRL SSKYRKGIYT
301    LSLQQRPEGF FTKVQERDDI AIYAQQAQAA NTLFALRLND KNSDIFDRTL
351    PRKGLWLRVI DGHSNQWVQG KTAPVEGYRK GVQLGGEVFT WQNESNQLSI
401    GLMGGQAEQR STFRNPDTDN LTTGNVKGFG AGVYATWHQL QDKQTGAYVD
451    SWMQYQRFRH RINTEYATER FTSKGITASI EAGYNALLAE HFTKKGNSLR
501    VYLQPQAQLT YLGVNGKFSD SENAQVNLLG SRQLQSRVGV QAKAQFAFTN
551    GVTFQPFVAV NSIYQQKPFG VEIDGDRRVI NNKTVIETQL GVAAKIKSHL
601    TLQASFNRQT SKHHHAKQGA LNLQWTF*
根据该预测，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例55
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 457>：
  1  ..GCGGAATATG TTCAGTTCTC TATAGATTTG TTCAGTGTGG GTAAATCGGG
 51    GGGCGGTATA CCTAAGGCTA AGCCTGTGTT TGATGCGAAA CCGAGATGGG
101    AGGTTGATAG GAAGCTTAAT AAATTGACAA CTCGTGAGCA GGTGGAGAAA
151    AATGTTCAGG AAACGAGAAG AAGGAGTCAG AGTAGTCAGT TTAAAGCCCA
201    TGCGCAACGA GAATGGGAAA ATAAAACAGG GTTAGATTTT AATCATTTTA
251    TAGGTGGTGA TATCAATAAA AAAGGCACAG TAACAGGAGG GCATAGTCTA
301    ACCCGTGGTG ATGTACGGGT GATACAACAA ACCTCGGCAC CTGATAAACA
351    TGGGGT.TTA TCAAGCGACA GTGGAAATTN A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 458；ORF46>：
  1  ..AEYVQFSIDL FSVGKSGGGI PKAKPVFDAK PRWEVDRKLN KLTTREQVEK
 51    NVQETRRRSQ SSQFKAHAQR EWENKTGLDF NHFIGGDINK KGTVTGGHSL
101    TRGDVRVIQQ TSAPDKHGXL SSDSGNX
进一步的工作进一步揭示了部分核苷酸序列<SEQ ID 459>：
  1  ..GCAGTGTGCC TnCCGATGCA TGCACACGCC TCAnATTTGG CAAACGATTC
 51    TTTTATCCGG CAGGTTCTCG ACCGTCAGCA TTTCGAACCC GACGGGAAAT
101    ACCACCTATT CGGCAGCAGG GGGGAACTTG CCGAGCGCCA GTCTCATATC
151    GGATTGGGAA AAATACAAAG CCATCAGTTG GGCAACCTGA TGATTCAACA
201    GGCGGCCATT AAAGGAAATA TCGGCTACAT TGTCCGCTTT TCCGATCACG
251    GGCACGAAGT CCATTCCCCs TTCGACAACC ATGCCTCACA TTCCGATTCT
301    GATGAAGCCG GTAGTCCCGT TGACGGATTT AGCCTTTACC GCATCCATTG
351    GGACGGATAC GAACACCATC CCGCCGACGG CTATGACGGG CCACAGGGCG
401    GCGGCTATCC CGCTCCCAAA GGCGCGAGGG ATATATACAG TTACGACATA
451    AAAGGCGTTG CCCAAAATAT CCGCCTCAAC CTGACCGACA ACCGCAGCAC
501    CGGACAACGG CTTGCCGACC GTTTCCACAA TGCCGGTAGT ATGCTGACGC
551    AAGGAGTAGG CGACGGATTC AAACGCGCCA CCCGATACAG CCCCGAGCTG
601    GACAGATCGG GCAATGCCGC CGAAGCCTTC AACGGCACTG CAGATATCGT
651    TAAAAACATC ATCGGCGCTG CAGGAGAAAT TGT
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 460；ORF46-1>：
  1 .. AVCLPMHAHA SXLANDSFIR QVLDRQHFEP DGKYHLFGSR GELAERQSHI
 51    GLGKIQSHQL GNLMIQQAAI KGNIGYIVRF SDHGHEVHSP FDNHASHSDS
101    DEAGSPVDGF SLYRIHWDGY EHHPADGYDG PQGGGYPAPK GARDIYSYDI
151    KGVAQNIRLN LTDNRSTGQR LADRFHNAGS MLTQGVGDGF KRATRYSPEL
201    DRSGNAAEAF NGTADIVKNI IGAAGEI
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF46显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF64ng)在重叠的111个氨基酸内有98.2％的相同性：
orf46.pep                 AEYVQFSIDLFSVGKSGGGIPKAKPVFDAKPRWEVDRKLNKLTTR  45
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf46ng    PKTGVPFDGKGFPNFEKHVKYDTKLDIQELSGGGIPKAKPVFDAKPRWEVDRKLNKLTTR  217
orf46.pep  EQVEKNVQETRRRSQSSQFKAHAQREWENKTGLDFNHFIGGDINKKGTVTGGHSLTRGDV  105
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||
orf46ng    EQVEKNVQETRRRSQSSQFKAHAQREWENKTGLDFNHFIGGDINKKGAVTGGHSLTRGDV  277
orf46.pep  RVIQQTSAPDKHGXLSSDSGN 126
           ||||||||||||| |||||||
orf46ng    RVIQQTSAPDKHGVLSSDSGN 298
预计部分ORF46ng核苷酸序列<SEQ ID 461>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 462>：
1  ..RRLKHCCHAR LGSAFHRKQD GAHQRFGRYG ATQRLCRSSH PRLGSPKPQC
 51    RTRHRSRQQY LYGSHPHQRD WSCPGKIQLG RHHGTSCRAV ADXRDRICER
101    EIRRQRQXCR CRLGKIPSLS IPKYPLKLEQ RYGKENITSS TVPPSNGKNV
151    KLADQRHPKT GVPFDGKGFP NFEKHVKYDT KLDIQELSGG GIPKAKPVFD
201    AKPRWEVDRK LNKLTTREQV EKNVQETRRR SQSSQFKAHA QREWENKTGL
251    DFNHFIGGDI NKKGAVTGGH SLT RGDVRVI QQTSAPDKHG VLSSDSGN*
进一步的工作揭示了该完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 463>：
   1  TTGGGCATTT CCCGCAAAAT ATCCCTTATT CTGTCCATAC TGGCAGTGTG
  51  CCTGCCGATG CATGCACACG CCTCAGATTT GGcaAACGAT CCCTTTATCC
 101  GgCaggttcT CGaccGTCAG CATTTCGaac ccgacggGAa ATACCaCCTA
 151  TTcggCaGCA GGGGGGAGCT TgccnagcGC aacggccATa tcggattggG
 201  aaacaTAcaa Agccatcagt tGggccacct gatgattcaa caggcggccg
 251  ttgaaggaaA TAtcgGctac attgtccgct tttccgatca cgggcacaaa
 301  ttccattcgc ccttcGAcaa ccaTGCCTCA CATTCCGATT CTGACGAAGC
 351  CGGTAGTCCC GTTGACGGAT TCAGCCTTTA CCGCATCCAT TGGGACGGAT
 401  ACGAACACCA TCCCGCCGAC GGCTATGACG GGCCACAGGG CGGCGGCTAT
 451  CCCGCTCCCA AAGGCGCGAG GGATATATAC AGCTACGACA TAAAAGGCGT
 501  TGCCCAAAAT ATCCGCCTCA ACCTGACCGA CAACCGCAGC ACCGGACAAC
 551  GGCTTGCCGA CCGTTTCCAC AATGCCGGCG CTATGCTGAC GCAAGGAGTA
 601  GGCGACGGAT TCAAACGCGC CACCCGATAC AGCCCCGAGC TGGACAGATC
 651  GGGCAATGCc gccGAAGCCT TCAACGGCAC TGCAGATATC GTCAAAAACA
 701  TCATCGGCGC GGCAGGAGAA ATTGTCGGCG CAGGCGATGC CGTGCagGGT
 751  ATAAGCGAAG GCTCAAACAT TGCTGTCATG CACGGCTTGG GTCTGCTTTC
 801  CACCGAAAAC AAGATGGCGC GCATCAACGA TTTGGCAGAT ATGGCGCAAC
 851  TCAAAGACTA TGCCGCAGCA GCCATCCGCG ATTGGGCAGT CCAAAACCCC
 901  AATGCCGCAC AAGGCATAGA AGCCGTCAGC AATATCTTTA TGGCAGCCAT
 951  CCCCATCAAA GGGATTGGAG CTGTCCGGGG AAAATACGGC TTGGGCGGCA
1001  TCACGGCACA TCCTGTCAAG CGGTCGCAGA TGGGCGCGAT CGCATTGCCG
1051  AAAGGGAAAT CCGCCGTCAG CGACAATTTT GCCGATGCGG CATACGCCAA
1101  ATACCCGTCC CCTTACCATT CCCGAAATAT CCGTTCAAAC TTGGAGCAGC
1151  GTTACGGCAA AGAAAACATC ACCTCCTCAA CCGTGCCGCC GTCAAACGGC
1201  AAAAATGTCA AACTGGCAGA CCAACGCCAC CCGAAGACAG GCGTACCGTT
1251  TGACGGTAAA GGGTTTCCGA ATTTTGAGAA GCACGTGAAA TATGATACGA
1301  AGCTCGATAT TCAAGAATTA TCGGGGGGCG GTATACCTAA GGCTAAGCCT
1351  GTGTTTGATG CGAAACCGAG ATGGGAGGTT GATAGGAAGC TTAATAAATT
1401  GACAACTCGT GAGCAGGTGG AGAAAAATGT TCAGGAAACG AGAAGAAGGA
1451  GTCAGAGTAG TCAGTTTAAA GCCCATGCGC AACGAGAATG GGAAAATAAA
1501  ACAGGGTTAG ATTTTAATCA TTTTATAGGT GGTGATATCA ATAAGAAAGG
1551  CACAGTAACA GGAGGGCATA GTCTAACCCG TGGTGATGTA CGGGTGATAC
1601  AACAAACCTC GGCACCTGAT AAACATGGGG TTTATCAAGC GACAGTGGAA
1651  ATTAAAAAGC CTGATGGAAG TTGGGAGGTG AAAACGAAAA AAGGTGGGAA
1701  AGTGATGACC AAGCACACCA TGTTCCCAAA AGATTGGGAT GAGGCTAGAA
1751  TTAGGGCTGA AGTTACTTCG GCTTGGGAAA GTAGAATAAT GCTTAAGGAT
1801  AATAAATGGC AGGGTACAAG TAAATCGGGT ATTAAAATAG AAGGATTTAC
1851  CGAACCTAAT AGAACAGCAT ATCCCATTTA TGAATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 464；ORF46ng-1>：
  1  LGISRKISLI LSILAVCLPM HAHASDLAND PFIRQVLDRQ HFEPDGKYHL
 51  FGSRGELAXR NGHIGLGNIQ SHQLGHLMIQ QAAVEGNIGY IVRFSDHGHK
101  FHSPFDNHAS HSDSDEAGSP VDGFSLYRIH WDGYEHHPAD GYDGPQGGGY
151  PAPKGARDIY SYDIKGVAQN IRLNLTDNRS TGQRLADRFH NAGAMLTQGV
201  GDGFKRATRY SPELDRSGNA AEAFNGTADI VKNIIGAAGE IVGAGDAVQG
251  ISEGSNIAVM HGLGLLSTEN KMARINDLAD MAQLKDYAAA AIRDWAVQNP
301  NAAQGIEAVS NIFMAAIPIK GIGAVRGKYG LGGITAHPVK RSQMGAIALP
351  KGKSAVSDNF ADAAYAKYPS PYHSRNIRSN LEQRYGKENI TSSTVPPSNG
401  KNVKLADQRH PKTGVPFDGK GFPNFEKHVK YDTKLDIQEL SGGGIPKAKP
451  VFDAKPRWEV DRKLNKLTTR EQVEKNVQET RRRSQSSQFK AHAQREWENK
501  TGLDFNHFIG GDINKKGTVT GGHSLTRGDV RVIQQTSAPD KHGVYQATVE
551  IKKPDGSWEV KTKKGGKVMT KHTMFPKDWD EARIRAEVTS AWESRIMLKD
601  NKWQGTSKSG IKIEGFTEPN RTAYPIYE*
ORF46ng-1和ORF46-1显示在227个氨基酸的重叠区内有94.7％的相同性：
                                   10        20        30        40
orf46-1.pep                AVCLPMHAHASXLANDSFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAER
                           ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
orf46ng-1    LGISRKISLILSILAVCLPMHAHASDLANDPFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAXR
                     10        20        30        40        50        60
               50        60        70        80        90       100
orf46-1.pep  QSHIGLGKIQSHQLGNLMIQQAAIKGNIGYIVRFSDHGHEVHSPFDNHASHSDSDEAGSP
             ::|||||:|||||||:|||||||::||||||||||||||: |||||||||||||||||||
orf46ng-1    NGHIGLGNIQSHQLGHLMIQQAAVEGNIGYIVRFSDHGHKFHSPFDNHASHSDSDEAGSP
                     70        80        90       100       110       120
              110       120       130       140       150       160
orf46-1.pep  VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf46ng-1    VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
                    130       140       150       160       170       180
              170       180       190       200       210       220
orf46-1.pep  TGQRLADRFHNAGSMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
             |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf46ng-1    TGQRLADRFHNAGAMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
                    190       200       210       220       230       240
orf46-1.pep  I
             |
orf46ng-1    IVGAGDAVQGISEGSNIAVMHGLGLLSTENKMARINDLADMAQLKDYAAAAIRDWAVQNP
                    250       260       270       280       290       300
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF46ng-1显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF46a)在重叠的486个氨基酸内有87.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf46a.pep   LGISRKISLILSILAVCLPMHAHASDLANDSFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAER
             |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
orf46ng-1    LGISRKISLILSILAVCLPMHAHASDLANDPFIRQVLDRQHFEPDGKYHLFGSRGELAXR
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf46a.pep   SGHIGLGNIQSHQLGNLFIQQAAIKGNIGYIVRFSDHGHEVHSPFDNHASHSDSDEAGSP
             :||||||||||||||:|:|||||::||||||||||||||: |||||||||||||||||||
orf46ng-1    NGHIGLGNIQSHQLGHLMIQQAAVEGNIGYIVRFSDHGHKFHSPFDNHASHSDSDEAGSP
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf46a.pep   VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf46ng-1    VDGFSLYRIHWDGYEHHPADGYDGPQGGGYPAPKGARDIYSYDIKGVAQNIRLNLTDNRS
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf46a.pep   TGQRLVDRFHNTGSMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
             |||||:|||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf46ng-1    TGQRLADRFHNAGAMLTQGVGDGFKRATRYSPELDRSGNAAEAFNGTADIVKNIIGAAGE
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf46a.pep   IVGAGDAVQGISEGSNIAVMHGLGLLSTENKMARINDLADMAQLKDYAAAAIRDWAVQNP
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf46ng-1    IVGAGDAVQGISEGSNIAVMHGLGLLSTENKMARINDLADMAQLKDYAAAAIRDWAVQNP
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf46a.pep   NAAQGIEAVSNIFTAVIPVKGIGAVRGKYGLGGITAHPVKRSQMGEIALPKGKSAVSDNF
             ||||||||||||| |:||:|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf46ng-1    NAAQGIEAVSNIFMAAIPIKGIGAVRGKYGLGGITAHPVKRSQMGAIALPKGKSAVSDNF
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400       410       420
orf46a.pep   ADAAYAKYPSPYHSRNIRSNLEQRYGKENITSSTVPPSNGKNVKLANKRHPKTKVPFDGK
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::||||| ||||||
orf46ng-1    ADAAYAKYPSPYHSRNIRSNLEQRYGKENITSSTVPPSNGKNVKLADQRHPKTGVPFDGK
                    370       380       390       400       410       420
                    430       440           450         460       470
orf46a.pep   GFPNFEKDVKYDTRINTAVPQVN----PIDEPVFN--PKGSVGSAHSWSITARIQYAKLP
             ||||||| |||||:::  : :::    |  :|||:  |:  |    : ::|:| |  |
orf46ng-1    GFPNFEKHVKYDTKLD--IQELSGGGIPKAKPVFDAKPRWEVDRKLN-KLTTREQVEKNV
                    430         440       450       460        470
                480       490       500       510       520       530
orf46a.pep   RQGRIRYIPPKNYSPSAPLPKGPNNGYLDKFGNEWTKGPSRTKGQEFEWDVQLSKTGREQ
             :: | |
orf46ng-1    QETRRRSQSSQFKAHAQREWENKTGLDFNHFIGGDINKKGTVTGGHSLTRGDVRVIQQTS
             480       490       500       510       520       530
全长ORF46aDNA序列<SEQ ID 465>是：
   1  TTGGGCATTT CCCGCAAAAT ATCCCTTATT CTGTCCATAC TGGCAGTGTG
  51  CCTGCCGATG CATGCACACG CCTCAGATTT GGCAAACGAT TCTTTTATCC
 101  GGCAGGTTCT CGACCGTCAG CATTTCGAAC CCGACGGGAA ATACCACCTA
 151  TTCGGCAGCA GGGGGGAACT TGCCGAGCGC AGCGGTCATA TCGGATTGGG
 201  AAACATACAA AGCCATCAGT TGGGCAACCT GTTCATCCAG CAGGCGGCCA
 251  TTAAAGGAAA TATCGGCTAC ATTGTCCGCT TTTCCGATCA CGGGCACGAA
 301  GTCCATTCCC CCTTCGACAA CCATGCCTCA CATTCCGATT CTGATGAAGC
 351  CGGTAGTCCC GTTGACGGAT TCAGCCTTTA CCGCATCCAT TGGGACGGAT
 401  ACGAACACCA TCCCGCCGAC GGCTATGACG GGCCACAGGG CGGCGGCTAT
 451  CCCGCTCCCA AAGGCGCGAG GGATATATAC AGCTACGACA TAAAAGGCGT
 501  TGCCCAAAAT ATCCGCCTCA ACCTGACCGA CAACCGCAGC ACCGGACAAC
 551  GGCTTGTCGA CCGTTTCCAC AATACCGGTA GTATGCTGAC GCAAGGAGTA
 601  GGCGACGGAT TCAAACGCGC CACCCGATAC AGCCCCGAGC TGGACAGATC
 651  GGGCAATGCC GCCGAAGCTT TCAACGGCAC TGCAGATATC GTCAAAAACA
 701  TCATCGGCGC GGCAGGAGAA ATTGTCGGCG CAGGCGATGC CGTGCAGGGT
 751  ATAAGCGAAG GCTCAAACAT TGCTGTTATG CACGGCTTGG GTCTGCTTTC
 801  CACCGAAAAC AAGATGGCGC GCATCAACGA TTTGGCAGAT ATGGCGCAAC
 851  TCAAAGACTA TGCCGCAGCA GCCATCCGCG ATTGGGCAGT CCAAAACCCC
 901  AATGCCGCAC AAGGCATAGA AGCCGTCAGC AATATCTTTA CGGCAGTCAT
 951  CCCCGTCAAA GGGATTGGAG CTGTTCGGGG AAAATACGGC TTGGGCGGCA
1001  TCACGGCACA TCCTGTCAAG CGGTCGCAGA TGGGCGAGAT CGCATTGCCG
1051  AAAGGGAAAT CCGCCGTCAG CGACAATTTT GCCGATGCGG CATACGCCAA
1101  ATACCCGTCC CCTTACCATT CCCGAAATAT CCGTTCAAAC TTGGAGCAGC
1151  GTTACGGCAA AGAAAACATC ACCTCCTCAA CCGTGCCGCC GTCAAACGGA
1201  AAGAATGTGA AACTGGCAAA CAAACGCCAC CCGAAGACCA AAGTGCCGTT
1251  TGACGGTAAA GGGTTTCCGA ATTTTGAAAA AGACGTAAAA TACGATACGA
1301  GAATTAATAC CGCTGTACCA CAAGTGAATC CTATAGATGA ACCCGTCTTT
1351  AATCCTAAAG GTTCTGTCGG ATCGGCTCAT TCTTGGTCTA TAACTGCCAG
1401  AATTCAATAC GCAAAATTAC CAAGGCAAGG TAGAATCAGA TATATCCCAC
1451  CTAAAAATTA CTCTCCTTCA GCACCGCTAC CAAAAGGACC TAATAATGGA
1501  TATTTGGATA AATTTGGTAA TGAATGGACT AAAGGTCCAT CAAGAACTAA
1551  AGGTCAAGAA TTTGAATGGG ATGTTCAATT GTCTAAAACA GGAAGAGAGC
1601  AACTTGGATG GGCTAGTAGG GATGGTAAGC ATTTAAATAT ATCAATTGAT
1651  GGAAAGATTA CACACAAATG A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 466>：
  1  LGISRKISLI LSILAVCLPM HAHASDLAND SFIRQVLDRQ HFEPDGKYHL
 51  FGSRGELAER SGHIGLGNIQ SHQLGNLFIQ QAAIKGNIGY IVRFSDHGHE
101  VHSPFDNHAS HSDSDEAGSP VDGFSLYRIH WDGYEHHPAD GYDGPQGGGY
151  PAPKGARDIY SYDIKGVAQN IRLNLTDNRS TGQRLVDRFH NTGSMLTQGV
201  GDGFKRATRY SPELDRSGNA AEAFNGTADI VKNIIGAAGE IVGAGDAVQG
251  ISEGSNIAVM HGLGLLSTEN KMARINDLAD MAQLKDYAAA AIRDWAVQNP
301  NAAQGIEAVS NIFTAVIPVK GIGAVRGKYG LGGITAHPVK RSQMGEIALP
351  KGKSAVSDNF ADAAYAKYPS PYHSRNIRSN LEQRYGKENI TSSTVPPSNG
401  KNVKLANKRH PKTKVPFDGK GFPNFEKDVK YDTRINTAVP QVNPIDEPVF
451  NPKGSVGSAH SWSITARIQY AKLPRQGRIR YIPPKNYSPS APLPKGPNNG
501  YLDKFGNEWT KGPSRTKGQE FEWDVQLSKT GREQLGWASR DGKHLNISID
551  GKITHK*
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在粘附素典型的RGD序列)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例56
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 467>：
  1  ATGAATATTC ACACCCTGCT CTCCAAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT
 51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTTGCC CCCAATGCGG
101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT
151  TTGGACTATC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTTTCGT
201  CAAAATTGCC GGCGTATTGG CGTTTTGGCT GGCGGTTTTG TTTGACGGGC
251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGATCTCAT CGGCGCCATC
301  AACCTCGTCC CCTTCATCCT GACCGCCCCC GCCCCTTATC AGATAATGAC
351  CGGGCTG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 468；ORF48>：
  1  MNIHTLLSKQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLA PNAVFWVLAL LTATARPIVN
 51  LDYLPAALLI ALPWRFVKIA GVLAFWLAVL FDGLMMVIQL FPFMDLIGAI
101  NLVPFILTAP APYQIMTGL...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 469>：
  1  ATGAATATTC ACACCCTGCT CTCCAAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT
 51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTTGCC CCCAATGCGG
101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT
151  TTGGACTATC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTTTCGT
201  CAAAATTGCC GGCGTATTGG CGTTTTGGCT GGCGGTTTTG TTTGACGGGC
251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGATCTCAT CGGCGCCATC
301  AACCTCGTCC CCTTCATCCT GACCGCCCCC GCCCCTTATC AGATAATGAC
351  CGGGCTGTTG CTGCTGTATA TGCTGGCGAT GCCGTTTGTG TTGCAGAAAG
401  CCGCCGCCAA AACCGACTTC CGGCACATTG CCGTCTGCGC CGCCGTTGTG
451  GCGGCAGCCG GCTATTTCAC CGGCCATTTG AGTTACTACG ACCGGGGTCG
501  GATGGCCAAT ATCTTCGGCG CAAACAACTT CTACTACGCC AAAAGTCAGG
551  CGATGCTCTA CACCGTCAGC CAGAATGCCG ACTTTATTAC CGCCGGCCTG
601  GTCGATCCCG TCTTCCTCCC CTTGGGCAAT CAACAGCGTG CCGCCACGCA
651  TCTGAACGAG CCGAAATCTC AAAAAATCCT CTTTATCGTC GCCGAATCTT
701  GGGGGCTGCC GGCCAATCCC GAACTTCAAA ACGCCACTTT TGCCAAACTG
751  CTGGCGCAAA AAGACCGTTT TTCGGTTTGG GAAAGCGGCA GTTTTCCCTT
801  CATCGGCGCG ACGGTCGAAG GCGAAATGCG CGAACTGTGT GCCTACGGCG
851  GTTTGCGCGG GTTCGCACTG CGCCGCGCGC CCGACGAAAA ATTTGCCCGC
 901  TGCCTCCCCA ACCGTTTGAA ACAAGAAGGT TACGCCACCT TTGCGATGCA
 951  CGGCGCGGGC AGTTCGCTTT ACGACCGCTT CAGCTGGTAT CCGAGGGCGG
1001  GCTTTCAAGA AATCAAAACC GCCGAAAACC TGATCGGTAA AAAAACCTGC
1051  GCCATTTTCG GCGGCGTGTG CGACAGCGAG CTGTTCGGCG AAGTGTCGGC
1101  ATTTTTCAAA AAACACGACA AGGGACTGTT TTACTGGATG ACGCTGACCA
1151  GCCACGCCGA CTATCCCGAA TCCGACATTT TCAACCACAG GCTCAAATGC
1201  ACCGAATATG GCCTGCCCGC CGAAACCGAC CTCTGCCGCA ATTTCAGCCT
1251  GCACACCCAA TTCTTCGACC AACTGGCGGA TTTGATCCAA CGCCCCGAAA
1301  TGAAAGGCAC GGAAGTCATC ATCGTCGGCG ACCATCCGCC GCCCGTCGGC
1351  AACCTCAATG AAACCTTCCG CTACCTCAAA CAGGGGCACG TCGCCTGGCT
1401  GAACTTCAAA ATCAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 470；ORF48-1>：
  1  MNIHTLLSKQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLA PNAVFWVLAL LTATARPIVN
 51  LDYLPAALLI ALPWRFVKIA G VLAFWLAVL FDGLMMVIQ L FPFMDLIGAI
101  NLVPFILTAP APYQ IMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAAKTDF R HIAVCAAVV
151  AAAGYFTGHL SYYDRGRMAN IFGANNFYYA KSQAMLYTVS QNADFITAGL
201  VDPVFLPLGN QQRAATHLNE PKSQKILFIV AESWGLPANP ELQNATFAKL
251  LAQKDRFSVW ESGSFPFIGA TVEGEMRELC AYGGLRGFAL RRAPDEKFAR
301  CLPNRLKQEG YATFAMHGAG SSLYDRFSWY PRAGFQEIKT AENLIGKKTC
351  AIFGGVCDSE LFGEVSAFFK KHDKGLFYWM TLTSHADYPE SDIFNHRLKC
401  TEYGLPAETD LCRNFSLHTQ FFDQLADLIQ RPEMKGTEVI IVGDHPPPVG
451  NLNETFRYLK QGHVAWLNFK IK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF48显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF48a)在重叠的119个氨基酸内有94.1％的相同性：
                     10        20        30        40         50        60
orf48.pep    MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||
orf48a       MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLXPNAVFWVLALLTATARPIVNLXYLPAALLI
                     10        20        30        40         50        60
                     70         80        90         100        110       119
orf48.pep    ALPWRFVKIAG VLAFWLAVLFDGLMMVIQ LFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQ IMTGL
             ||||| ||| | ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||| || |||||
orf48a       ALPWRXVKIXG VLAXWLAVLFDGLMMVIQ LFPFMDLIGAINLVPFIXTAPALYQ IMTGLL
                     70         80          90       100        110        120
orf48a       LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAACAAVVVAAGYFTGHLSXYDRGRMANIFGANNFYYA
                    130       140       150       160       170       180
全长ORF48a核苷酸序列<SEQ ID 471>是：
  1  ATGAATATTC ACACCCTGCT CTCCAAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT
 51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTNNCC CCCAATGCGG
101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT
151  TTGGANTACC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTNTCGT
201  CAAAATTGNC GGCGTATTGG CGTNTTGGCT GGCGGTTTTG TTTGACGGGC
251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGATCTCAT CGGCGCCATC
301  AACCTCGTCC CCTTCATCNT GACCGCCCCC GCCCTTTATC AGATAATGAC
351  CGGGCTGTTA CTGCTGTATA TGCTGGCGAT GCCGTTTGTG TTGCAGAAAG
401  CCGCCGCCAA AACCGACTTC CGACACATTG CCGCCTGTGC CGCCGTTGTG
451  GTGGCAGCCG GCTATTTTAC CGGCCATTTG AGTTANTACG ACCGGGGGCG
501  GATGGCCAAT ATCTTCGGCG CAAACAACTT CTATTACGCC AAAAGTCAGG
551  CGATGCTCTA CACCGTCAGC CAGAATGCCG ACTTTATTAC CGCCGGCCTG
601  GTCGATCCCG TCTTCCTCCC CTTGGGCAAT CAACAGCGTG CCGCCACGCA
651  TCTGAACGAG CCGAAATCTC AAAAAATCCT CTTTATCGTC GCCGAATCTT
701  GGGGGCTGCC GGCCAATCCC GAACTTCAAA ACGCCACTTT TGCCAAACTG
 751  CTGGCGCAAA AAGANCGTTT TTCGGTTTGG GAAAGCGGCA GTTTTCCCTT
 801  CATCGGCGCG ACGATCGAAG GCGAAATGCG CGAACTGTGT GCCTACGGCG
 851  GTTTGCGCGG GTTCGCACTG CGCCGCGCGC CCGACGAAAA ATTTGCCCGC
 901  TGCCTCCCCA ACCGTTTGAA ACAAGAAGGT TACGCCACCT TTGCGATGCA
 951  CGGCGCGGGC AGTTCGCTTT ACGACCGCTT CAGCTGGTAT CCGAGGGCGG
1001  GCTTTCAAGA AATCAAAACC GCCGAAAACC TGATCGGTAA AAAAACCTGC
1051  GCCATTTTCG GCGGCGTGTG CGACAGCGAG CTGTTCGGCG AAGTGTCGGC
1101  ANTTTTCAAA AAACACGACA AGGGACTGTT TTACTGGATG ACGCTGACCA
1151  GCCACGCCGA CTATCCCGAA TCNGACATTT TCAACCACAG GCTCAAATGC
1201  ACCGAATATG GCCTGCCCGC CGAAACCGAC NTCTGCCGCA ATTTCAGCCT
1251  GCACACCCAA TTCTTCGACC AACTGGCGGA TTTGATCCAA CGCCCCGAAA
1301  TGAAAGGCAC GGAAGTCATC ATCGTCGGCG ACCATCCGCC GCCCGTCGGC
1351  AACCTCAATG AAACCTTCCG CTACCTCAAA CAGGGGCACG TCGNCTGGCT
1401  GAACTTCAAA ATCAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 472>：
  1  MNIHTLLSKQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLX PNAVFWVLAL LTATARPIVN
 51  LXYLPAALLI ALPWRXVKIX G VLAXWLAVL FDGLMMVIQ L FPFMDLIGAI
101  NLVPFIXTAP ALYQ IMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAAKTDF R HIAACAAVV
151  VAAGYFTGHL SXYDRGRMAN IFGANNFYYA KSQAMLYTVS QNADFITAGL
201  VDPVFLPLGN QQRAATHLNE PKSQKILFIV AESWGLPANP ELQNATFAKL
251  LAQKXRFSVW ESGSFPFIGA TIEGEMRELC AYGGLRGFAL RRAPDEKFAR
301  CLPNRLKQEG YATFAMHGAG SSLYDRFSWY PRAGFQEIKT AENLIGKKTC
351  AIFGGVCDSE LFGEVSAXFK KHDKGLFYWM TLTSHADYPE SDIFNHRLKC
401  TEYGLPAETD XCRNFSLHTQ FFDQLADLIQ RPEMKGTEVI IVGDHPPPVG
451  NLNETFRYLK QGHVXWLNFK IK*
ORF48a和ORF48-1显示在472个氨基酸的重叠区内有96.8％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf48a.pep  MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLXPNAVFWVLALLTATARPIVNLXYLPAALLI
            ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
orf48-1     MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf48a.pep  ALPWRXVKIXGVLAXWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFIXTAPALYQIMTGLL
            ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
orf48-1     ALPWRFVKIAGVLAFWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf48a.pep  LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAACAAVVVAAGYFTGHLSXYDRGRMANIFGANNFYYA
            ||||||||||||||||||||||||:|||||:|||||||||| ||||||||||||||||||
orf48-1     LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAVCAAVVAAAGYFTGHLSYYDRGRMANIFGANNFYYA
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf48a.pep  KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATHLNEPKSQKILFIVAESWGLPANP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48-1     KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATHLNEPKSQKILFIVAESWGLPANP
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf48a.pep  ELQNATFAKLLAQKXRFSVWESGSFPFIGATIEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
            |||||||||||||| ||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
orf48-1     ELQNATFAKLLAQKDRFSVWESGSFPFIGATVEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf48a.pep  CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQEIKTAENLIGKKTCAIFGGVCDSE
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48-1      CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQEIKTAENLIGKKTCAIFGGVCDSE
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400       410       420
orf48a.pep   LFGEVSAXFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDXCRNFSLHTQ
             ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf48-1      LFGEVSAFFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDLCRNFSLHTQ
                    370       380       390       400       410       420
                    430       440       450       460       470
orf48a.pep   FFDQLADLIQRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVXWLNFKIKX
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf48-1      FFDQLADLIQRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVAWLNFKIKX
                    430       440       450       460       470
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF48显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF48ng)在重叠的119个氨基酸内有97.5％的相同性：
orf48.pep  MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI  60
           ||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48ng    MNIHALLSEQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI  60
orf48.pep  ALPWRFVKIAGVLAFWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGL   119
           |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48ng    ALPWRFVKIAGVLAFWPAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL  120
预计ORF48ng核苷酸序列<SEQ ID 473>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID474>：
  1  RPTVN
 51   LDYLPAALLI ALPWRFVKIA G VLAFWPAVL FDGLMMVIQ L FPFMDLIGAI
101   NLVPFILTAP APYQ IMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAVKTDF RHIAVCAAVV
151   AAARYFTGPF ELLRTGGRWQ YVQHRRLLLS GSRASFRRRQ KADVLRRLGN
201   PYASMGNGG..
进一步的工作鉴定出完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 475>：
   1  ATGAATATTC ACGCCCTGCT CTCCGAACAA TGGACGCTGC CGCCATTCCT
  51  GCCGAAACGG CTGCTGCTGT CCCTGCTGAT ACTGCTGGCC CCCAATGCGG
 101  TGTTTTGGGT TTTGGCACTG CTGACCGCCA CCGCCCGCCC GATTGTCAAT
 151  TTGGACTACC TTCCCGCCGC GCTGCTGATC GCCCTGCCTT GGCGTTTCGT
 201  CAAAATTGCC GGCGTATTGG CGTTTTGGCC GGCGGTTTTG TTTGACGGGC
 251  TGATGATGGT GATCCAACTC TTCCCTTTTA TGGACCTCAT CGGCGCCATC
 301  AACCTCGTCC CCTTCATCCT GACCGCCCCC GCCCCTTATC AGATAATGAC
 351  CGGGCTGTTG CTGCTGTATA TGCTGGCGAT GCCGTTTGTG TTGCAAAAAG
 401  CCGCCGTCAA AACCGACTTC CGACACATTG CCGTCTGTGC CGCCGTTGTG
 451  GCGGCAGCCG GCTATTTCAC CGGCCATTTG AGTTACTACG ACCGGGGGCG
 501  GATGGCCAAT ATCTTCGGCG CAAACAACTT CTATTACGCc aAAAGTCAGG
 551  CGATGCTCTA CACCGTCAGC CAGAATGCCG ACTTTATTAC CGCCGgcctG
 601  GTCGACCCCG TCTTCCTCCC CTTGGGCAAT CAGCAGCGTG CCGCCACGCG
 651  GCTGAGTGAG CCGAAATCTC AAAAAATCCT CTTTATCGTC GCCGAATCTT
 701  GGGGGCTGCC GGGCAATCCC GAGCTTCAAA ACGCCACTTT TGCCAAACTG
 751  CTGGCGCAAA AAGACCGTTT TTCGGTTTGG GAAAGCGGCA GTTTTCCCTT
 801  CATCGGCGCG ACGGTCGAAG GCGAAATGCG CGAATTGTGC GCCTACGGCG
 851  GTTTGCGCGG GTTCGCACTG CGCCGCGCGC CCGACGAAAA ATTTGCCCGC
 901  TGCCTCCCCA ACCGTTTGAA ACAAGAAGGT TACGCCACCT TTGCGATGCA
 951  CGGCGCGGGT AGTTCGCTTT ACGACCGCTT CAGCTGGTAT CCGAGGGCGG
1001  GCTTTCAAAA AATCAAAACC GCCGAAAACC TGATCGGTAA AAAAACCTGC
1051  GCCATTTTCG GCGGCGTGTG CGACAGCGAG CTGTTCGGCG AAGTGTCGGC
1101  ATTTTTCAAA AAACACGACA AGGGACTGTT TTACTGGATG ACGCTGACCA
1151  GCCACGCCGA CTATCCCGAA TCCGACATTT TCAACCACAG GCTCAAATGC
1201  ACCGAATACG GCCTGCCCGC CGAAACCGAC CTCTGCCGCA ATTTCAGCCT
1251  GCACACCCAA TtcttcgACC AACTGGCGGA TTTGATCCGA CGCCCCGAAA
1301  TGAAAGGCAC GGAAGTCATC ATCGTCGGCG ACCATCCGCC GCCCGTCGGC
1351  AACCTCAATG AAACCTTCCG CTACCTCAAA CAGGGACACG TCGCCTGGCT
1401  GCACTTCAAA ATCAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 476；ORF48ng-1>：
  1  MNIHALLSEQ WTLPPFLPKR LLLSLLILLA PNAVFWVLAL LTATARPIVN
 51  LDYLPAALLI ALPWRFVKIA GVLAFWPAVL FDGLMMVIQL FPFMDLIGAI
101  NLVPFILTAP APYQIMTGLL LLYMLAMPFV LQKAAVKTDF RHIAVCAAVV
151  AAAGYFTGHL SYYDRGRMAN IFGANNFYYA KSQAMLYTVS QNADFITAGL
201  VDPVFLPLGN QQRAATRLSE PKSQKILFIV AESWGLPGNP ELQNATFAKL
251  LAQKDRFSVW ESGSFPFIGA TVEGEMRELC AYGGLRGFAL RRAPDEKFAR
301  CLPNRLKQEG YATFAMHGAG SSLYDRFSWY PRAGFQKIKT AENLIGKKTC
351  AIFGGVCDSE LFGEVSAFFK KHDKGLFYWM TLTSHADYPE SDIFNHRLKC
401  TEYGLPAETD LCRNFSLHTQ FFDQLADLIR RPEMKGTEVI IVGDHPPPVG
451  NLNETFRYLK QGHVAWLHFK IK*
ORG48ng-1和ORF48-1显示在472个氨基酸的重叠区内有97.9％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf48-1.pep    MNIHTLLSKQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
               ||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48ng-1      MNIHALLSEQWTLPPFLPKRLLLSLLILLAPNAVFWVLALLTATARPIVNLDYLPAALLI
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf48-1.pep    ALPWRFVKIAGVLAFWLAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL
               |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48ng-1      ALPWRFVKIAGVLAFWPAVLFDGLMMVIQLFPFMDLIGAINLVPFILTAPAPYQIMTGLL
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf48-1.pep    LLYMLAMPFVLQKAAAKTDFRHIAVCAAVVAAAGYFTGHLSYYDRGRMANIFGANNFYYA
               |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48ng-1      LLYMLAMPFVLQKAAVKTDFRHIAVCAAVVAAAGYFTGHLSYYDRGRMANIFGANNFYYA
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf48-1.pep    KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATHLNEPKSQKILFIVAESWGLPANP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||:||
orf48ng-1      KSQAMLYTVSQNADFITAGLVDPVFLPLGNQQRAATRLSEPKSQKILFIVAESWGLPGNP
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf48-1.pep    ELQNATFAKLLAQKDRFSVWESGSFPFIGATVEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48ng-1      ELQNATFAKLLAQKDRFSVWESGSFPFIGATVEGEMRELCAYGGLRGFALRRAPDEKFAR
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf48-1.pep    CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQEIKTAENLIGKKTCAIFGGVCDSE
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf48ng-1      CLPNRLKQEGYATFAMHGAGSSLYDRFSWYPRAGFQKIKTAENLIGKKTCAIFGGVCDSE
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf48-1.pep    LFGEVSAFFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDLCRNFSLHTQ
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf48ng-1      LFGEVSAFFKKHDKGLFYWMTLTSHADYPESDIFNHRLKCTEYGLPAETDLCRNFSLHTQ
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440       450       460       470
orf48-1.pep    FFDQLADLIQRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVAWLNFKIKX
               |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf48ng-1      FFDQLADLIRRPEMKGTEVIIVGDHPPPVGNLNETFRYLKQGHVAWLHFKIKX
                      430       440       450       460       470
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和两个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例57
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 477>：
  1  ..GTGAGCGGAC GTTACCGCGC TTTGGATCGC GTTTCCAAAA TCATCATCGT
 51    TACTTTGAGT ATCGCCACGC TTGCCGCCGC CGGCATCGCT ATGTCGCGCG
101    GTATGCAGAT GCAGTCCGAT TTTATCGAGC CGACACCGTG GACGCTTGCC
151    GGTTTGGGCT TCCTGATCGC GCTGATGGGC TGGATGCCCG CGCCGATTGA
201    AATTTCCGCC ATCAATTCTT TGTGGGTAAC CGAAAAACAA CGCATCAATC
251    CTTCCGAATA CCGCGACGGG ATTTTTGAAT TCAACGTCGG TTATATCGCC
301    AGTGCGGTTT TGGCTTTGGT TTTCCTTGCA CTGGGCGC.G TAGCGCCGAA
351    CGGCAACGGC GA.ACAGTGC AGATGGCGGG CGGCAAATAT AACGGGCAAT
401    TGATCAATAT GTACGCC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 478；ORF53>：
  1  ..VSGRYRALDR VSKIIIVTLS IATLAAAGIA MSRGMQMQSD FIEPTPWTLA
 51    GLGFLIALMG WMPAPIEISA INSLWVTEKQ RINPSEYRDG IFEFNVGYIA
101    SAVLALVFLA LGXVAPNGNG XTVQMAGGKY NGQLINMYA..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 479>：
   1  ATGTCCGAAC AACATATTTC GACTTGGAAA AGTAAAATCA ACGCATTGGG
  51  TCCGGGGATC ATGATGGCTT CGGCGGCGGT CGGCGGTTCG CACCTGATTG
 101  CCTCGACGCA GGCGGGCGCG CTTTACGGCT GGCAGATCGC GCTCATCATC
 151  ATCCTGACCA ACCTCTTCAA ATACCCGTTT TTCCGCTTCA GCGCGCATTA
 201  CACGCTGGAC ACGGGCAAGA GCCTGATTGA AGGTTATGCC GAGAAAAGCC
 251  GCGTTTATTT GTGGGTATTC CTGATTTTGT GCATCCTCTC CGCCACGATT
 301  AACGCGGGCG CGGTCGCCAT TGTAACCGCC GCCATCGTCA AAATGGCGAT
 351  TCCCTCGCTG ATGTTTGATG CCGGCACGGT TGCCGCCTTG ATTATGGCAT
 401  CCTGCCTGAT TATTTTGGTG AGCGGACGTT ACCGCGCTTT GGATCGCGTT
 451  TCCAAAATCA TCATCGTTAC TTTGAGTATC GCCACGCTTG CCGCCGCCGG
 501  CATCGCTATG TCGCGCGGTA TGCAGATGCA GTCCGATTTT ATCGAGCCGA
 551  CACCGTGGAC GCTTGCCGGT TTGGGCTTCC TGATCGCGCT GATGGGCTGG
 601  ATGCCCGCGC CGATTGAAAT TTCCGCCATC AATTCTTTGT GGGTAACCGA
 651  AAAACAACGC ATCAATCCTT CCGAATACCG CGACGGGATT TTTGATTTCA
 701  ACGTCGGTTA TATCGCCAGT GCGGTTTTGG CTTTGGTTTT CCTTGCACTG
 751  GGCGCGTTTG TGCAATACGG CAACGGCGAA GCAGTGCAGA TGGCGGGCGG
 801  CAAATATATC GGGCAATTGA TCAATATGTA CGCCGTTACC ATCGGCGGCT
 851  GGTCGCGCCC GCTGGTGGCG TTTATCGCGT TTGCCTGTAT GTACGGCACG
 901  ACGATTACCG TCGTGGACGG CTATGCCCGT GCCATTGCCG AACCCGTGCG
 951  CCTGCTGCGC GGAAAAGACA AAACGGGCAA CGCCGAATTC TTTGCCTGGA
1001  ATATTTGGGT GGCGGGCAGC GGTTTGGCGG TGATTTTCTG GTTTGACGGC
1051  GTAATGGCGA ATCTGCTCAA ATTTGCGATG ATTGCCGCTT TTGTGTCCGC
1101  CCCTGTGTTT GCCTGGCTGA ATTACCGTTT GGTTAAAGGT GATGAAAAAC
1151  ACAAACTCAC ATCAGGTATG AATGCCCTTG CATTGGCAGG CTTGATTTAT
1201  CTGACCGGTT TTACCGTTTT GTTCTTATTG AATTTGGCGG GAATGTTCAA
1251  ATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 480；ORF53-1>：
  1  MSEQHISTWK SKINALGPGI MMASAAVGGS HLIASTQAG A LYGWQIALII
 51  ILTNLFKYPF FRFSAHYTLD TGKSLIEGYA EKSRVYLW VF LILCILSATI
101  NAGAV AIVTA AIVKMAIPSL MFD AGTVAAL IMASCLIILV SGRYRALDRV
151  SK IIIVTLSI ATLAAAGIAM SRGMQMQSDF IEPTPW TLAG LGFLIALMGW
201  MPAPIEISAI NSLWVTEKQR INPSEYRDGI FDFNVGY IAS AVLALVFLAL
251  GAFVQYGNGE AVQMAGGKYI GQLINMYAVT IGGWSRPL VA FIAFACMYGT
301  TITVVDGYAR AIAEPVRLLR GKDKTGNAE F FAWNIWVAGS GLAVIFWFDG
351  VMAN LLKFAM IAAFVSAPVF AWLNYRLVKG DEKHKLTSGM NA LALAGLIY
401  LTGFTVLFLL NLAGMFK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF53显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF53a)在重叠的139个氨基酸内有93.5％的相同性：
                                                       10         20        30
orf53.pep                                     VSGRYRALDRVSK IIIVTLSIATLAAAGIA
                                              | |||||||||||| |||||||||||||||||
orf53a       A AIVKMAIPSLMFD AGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSK IIIVTLSIATLAAAGIA
           110        120         130       140        150        160
                     40         50        60         70        80        90
orf53.pep    MSRGMQMQSDFIEPTPW TLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
orf53a       MSRGMQMQSDFIEPTPW TLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG
           170       180        190       200        210       220
                    100        110        120       130      139
orf53.pep    IFEFNVGY IASAVLALVFLALGXVAPNGNGXTVQMAGGKYNGQLINMYA
             ||:||||| ||||||||||||||  :   ||| :|||||||| ||||||||
orf53a       IFDFNVGY IASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLV
           230        240       250        260       270       280
orf53a       AFIAFACMYGTTITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFD
           290       300        310       320       330       340
全长ORF53a核苷酸序列<SEQ ID 481>是：
   1  ATGTCCGAAC AACATATTTC GACTTGGAAA AGTAAAATCA ACGCATTGGG
  51  ACCGGGGATT ATGATGGCTT CGGCGGCGGT CGGCGGTTCG CACCTGATTG
 101  CCTCGACGCA GGCGGGCGCG CTTTACGGCT GGCAGATCGC GCTCATCATC
 151  ATCCTGACCA ACCTCTTCAA ATACCCGTTT TTCCGCTTCA GCGCGCATTA
 201  CACGCTGGAC ACGGGCAAGA GCCTGATTGA AGGTTATGCC GAGAAAAGCC
 251  GCGTTTATTT GTGGGTATTC CTGATTTTGT GCATCCTCTC CGCCACGATT
 301  AACGCGGGCG CGGTCGCCAT TGTAACCGCC GCCATCGTCA AAATGGCGAT
 351  TCCCTCGCTG ATGTTTGATG CCGGCACGGT TGCCGCCTTG ATTATGGCAT
 401  CCTGCCTGAT TATTTTGGTG AGCGGACGTT ACCGCGCTTT GGATCGCGTT
 451  TCCAAAATCA TCATCGTTAC TTTGAGTATC GCCACGCTTG CCGCCGCCGG
 501  CATCGCTATG TCGCGCGGTA TGCAGATGCA GTCCGATTTT ATCGAGCCGA
 551  CACCGTGGAC GCTTGCCGGT TTGGGCTTCC TGATCGCGCT GATGGGCTGG
 601  ATGCCCGCGC CGATTGAAAT TTCCGCCATC AATTCTTTGT GGGTAACCGA
 651  AAAACAACGC ATCAATCCTT CCGAATACCG CGACGGGATT TTTGATTTCA
 701  ACGTCGGTTA TATCGCCAGT GCGGTTTTGG CTTTGGTTTT CCTTGCACTG
 751  GGCGCGTTTG TGCAATACGG CAACGGCGAA GCAGTGCAGA TGGCGGGCGG
 801  CAAATATATC GGGCAATTGA TCAATATGTA CGCCGTTACC ATCGGCGGCT
 851  GGTCGCGCCC GCTGGTGGCG TTTATCGCGT TTGCCTGTAT GTACGGCACG
 901  ACGATTACCG TTGTGGACGG CTATGCCCGT GCCATTGCCG AACCCGTGCG
 951  CCTGCTGCGC GGAAAAGACA AAACGGGCAA CGCCGAATTC TTTGCCTGGA
1001  ATATTTGGGT GGCGGGCAGC GGTTTGGCGG TGATTTTCTG GTTTGACGGC
1051  GTAATGGCGA ATCTGCTCAA ATTTGCGATG ATTGCCGCTT TTGTGTCCGC
1101  CCCTGTGTTT GCCTGGCTGA ATTACCGTTT GGTCAAAGGT GATGAAAAAC
1151  ACAAACTCAC ATCAGGTATG AATGCCCTTG CATTGGCAGG CTTGATTTAT
1201  CTGACCGGTT TTACCGTTTT GTTCTTATTG AATTTGGCGG GAATGTTCAA
1251  ATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 482>：
  1  MSEQHISTWK SKINALGPGI MMASAAVGGS HLIASTQAG A LYGWQIALII
 51  ILTNLFKYPF FRFSAHYTLD TGKSLIEGYA EKSRVYLW VF LILCILSATI
101  NAGAV AIVTA AIVKMAIPSL MFD AGTVAAL IMASCLIILV SGRYRALDRV
151  SK IIIVTLSI ATLAAAGIAM SRGMQMQSDF IEPTPW TLAG LGFLIALMGW
201  MPAPIEISAI NSLWVTEKQR INPSEYRDGI FDFNVGY IAS AVLALVFLAL
251  GAFVQYGNGE AVQMAGGKYI GQLINMYAVT IGGWSRPL VA FIAFACMYGT
301  TITVVDGYAR AIAEPVRLLR GKDKTGNAE F FAWNIWVAGS GLAVIFWFDG
351  VMAN LLKFAM IAAFVSAPVF AWLNYRLVKG DEKHKLTSGM NA LALAGLIY
401  LTGFTVLFLL NLAGMFK*
ORF 53a显示与ORF53-1在重叠的417个氨基酸内有100.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf53a.pep  MSEQHISTWKSKINALGPGIMMASAAVGGSHLIASTQAGALYGWQIALIIILTNLFKYPF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53-1     MSEQHISTWKSKINALGPGIMMASAAVGGSHLIASTQAGALYGWQIALIIILTNLFKYPF
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf53a.pep  FRFSAHYTLDTGKSLIEGYAEKSRVYLWVFLILCILSATINAGAVAIVTAAIVKMAIPSL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53-1     FRFSAHYTLDTGKSLIEGYAEKSRVYLWVFLILCILSATINAGAVAIVTAAIVKMAIPSL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf53a.pep  MFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAMSRGMQMQSDF
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53-1     MFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAMSRGMQMQSDF
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf53a.pep  IEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGIFDFNVGYIAS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53-1     IEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGIFDFNVGYIAS
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf53a.pep  AVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVAFIAFACMYGT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53-1     AVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVAFIAFACMYGT
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf53a.pep  TITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFDGVMANLLKFAM
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53-1     TITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFDGVMANLLKFAM
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410
orf53a.pep  IAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDEKHKLTSGMNALALAGLIYLTGFTVLFLLNLAGMFKX
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53-1     IAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDEKHKLTSGMNALALAGLIYLTGFTVLFLLNLAGMFKX
                   370       380       390       400       410
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF53显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF53ng)在重叠的139个氨基酸内有92.1％的相同性：
orf53.pep                                 VSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIA  30
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf53ng     AAIVKMAIPSLMFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIA  91
orf53.pep   MSRGMQMQSDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG  90
            |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53ng     MSRGMQMQPDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDG  151
orf53.pep   IFEFNVGYIASAVLALVFLALGXVAPNGNGXTVQMAGGKYNGQLINMYA             139
            ||:|||||||||||||||||||  :  ||| :|||:|||| ||||||||
orf53ng    IFDFNVGYIASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMGGGKYIGQLINMYAVTIGGGSRPLV   211
预计ORF53ng核苷酸序列<SEQ ID 483>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID484>：
  1 
 51  ALIMASCLII LVSGRYRALD RVSK IIIVTL SIATLAAAGI AMSRGMQMQP
101  DFIEPTPW TL AGLGFLIALM GWMPAPIEIS AINSLWVTEK QRINPSEYRD
151  GIFDFNVGY I ASAVLALVFL ALGAFVQYGN GEAVQMGGGK YIGQLINMYA
201  VTIGGGSRPL  VAFIAFACMY GAASTVVDGY ARAIAEPVRL LRGKDKTARP
251  IVLLEKLGGR HRFGRDFLV*
进一步的分析进一步揭示了淋球菌的该部分DNA序列<SEQ ID 485>：
   1  ..aagaAAAGCT GCGTTTATTT GTGGGTTTTT TTGATTTTGT GTATCGCCTC
  51    CGCCACGATT AACGCGGGCG CGGTCGCCAT TGTAACCGCC GCCATCGTCA
 101    AAATGGCGAT TCCCTCGCTG ATGTTTGATG CCGGCACGGT TGCCGCCTTG
 151    ATTATGGCAT CCTGCCTGAT TATTTTGGTG AGCGGACGTT ACCGCGCTTT
 201    GGATCGTGTT TCCAAAATCA TCATTGTTAC TTTGAGCATC GCCACGCTTG
 251    CCGCCGCCGG CATCGCTATG TCGCGCGGTA TGCAGATGCA GCCCGATTTT
 301    ATCGAGCCGA CACCGTGGAC GCTTGCCGGT TTGGGCTTCC TGATCGCGCT
 351    GATGGGCTGG ATGCCCGCGC CGATCGAAAT TTCCGCCATC AATTCTTTGT
 401    GGGTAACCGA AAAACAACGC ATCAATCCTT CTGAATACCG CGACGGGATT
 451    TTCGATTTCA ACGTCGGTTA TATCGCcagT GCGGTTTTGG CTTTGGTTTT
 501    CCTTGCACTG GGCGCGTTTG TGCAATACGG CAACGGCGAA GCAGTGCAGA
 551    TGGCGGGCGG CAAATATATC GGGCAATTGA TTAATATGTA TGCCGTAACC
 601    ATCGGCGGCT GGTCTCGTCC GCTGGTGGCG TTTATCGCGT TTGCCTGTAT
 651    GTACGGCACG ACGATTACCG TTGTGGACGG TTATGCGCGT GCCATTGCCG
 701    AACCCGTGCG CCTGCTGCGC GGCAGGGATA AAACCGGCAA CGCCGAGTTG
 751    TTtgccTGGA ATATTTGGGT GGCGGGCAGC GGTTTGGCGG TGATTTTCTG
 801    GTTTGACggc gcaaTGGCgG AACtgcTCAA ATTTGCGATG ATtgccgcCT
 851    TTGTGTCCGC CCCTGTGTTC GCCTGGCTCA ACTACCGCCT CGTCAAAGGG
 901    GACAAACGCC ACAGGCTTAC CGCCGGTATG AACGCCCTTG CCATTGTCGG
 951    CCTGCTCTAC CTGGCCGGGT TTGCCGTTTT GTTCCTGTTG AACCTTACCG
1001    GACTTTTGGC ATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 486；ORF53ng-1>：
  1  ..KKSCVYLWVF LILCIASATI NAGAVAIVTA AIVKMAIPSL MFDAGTVAAL
 51    IMASCLIILV SGRYRALDRV SK IIIVTLSI ATLAAAGIAM SRGMQMQPDF
101    IEPTPW TLAG LGFLIALMGW MPAPIEISAI NSLWVTEKQR INPSEYRDGI
151    FDFNVGY IAS AVLALVFLAL GAFVQYGNGE AVQMAGGKYI GQLINMYAVT
201    IGGWSRPL VA FIAFACMYGT TITVVDGYAR AIAEPVRLLR GRDKTGNAE L
251    FAWNIWVAGS GLAVIFWFDG AMAE LLKFAM IAAFVSAPVF AWLNYRLVKG
301    DKRHRLTAGM NA LAIVGLLY LAGFAVLFLL NLTGLLA*
ORF53ng-1和ORF53-1显示在336个氨基酸的重叠区内有94.0％的相同性：
                     60        70        80        90       100       110
orf53-1.pep  ILTNLFKYPFFRFSAHYTLDTGKSLIEGYAEKSRVYLWVFLILCILSATINAGAVAIVTA
                                           :|| ||||||||||| ||||||||||||||
orf53ng-1                                  KKSCVYLWVFLILCIASATINAGAVAIVTA
                                                   10        20        30
                    120       130       140       150       160       170
orf53-1.pep  AIVKMAIPSLMFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAM
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53ng-1    AIVKMAIPSLMFDAGTVAALIMASCLIILVSGRYRALDRVSKIIIVTLSIATLAAAGIAM
                     40        50        60        70        80        90
                    180       190       200       210       220       230
orf53-1.pep  SRGMQMQSDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGI
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53ng-1    SRGMQMQPDFIEPTPWTLAGLGFLIALMGWMPAPIEISAINSLWVTEKQRINPSEYRDGI
                    100       110       120       130       140       150
                    240       250       260       270       280       290
orf53-1.pep  FDFNVGYIASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf53ng-1    FDFNVGYIASAVLALVFLALGAFVQYGNGEAVQMAGGKYIGQLINMYAVTIGGWSRPLVA
                    160       170       180       190       200       210
                    300       310       320       330       340       350
orf53-1.pep  FIAFACMYGTTITVVDGYARAIAEPVRLLRGKDKTGNAEFFAWNIWVAGSGLAVIFWFDG
             |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||||||||||||||||||
orf53ng-1    FIAFACMYGTTITVVDGYARAIAEPVRLLRGRDKTGNAELFAWNIWVAGSGLAVIFWFDG
                    220       230       240       250       260       270
                    360       370       380       390       400       410
orf53-1.pep  VMANLLKFAMIAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDEKHKLTSGMNALALAGLIYLTGFTVLFLL
             :||:|||||||||||||||||||||||||||::|:||:||||||::||:||:||:|||||
orf53ng-1    AMAELLKFAMIAAFVSAPVFAWLNYRLVKGDKRHRLTAGMNALAIVGLLYLAGFAVLFLL
                    280       290       300       310       320       330
orf53-1.pep  NLAGMFKX
             ||:|::
orf53ng-1    NLTGLLAX
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例58
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 487>：
  1  ..TTGCGGGAAA CGGCATATGT TTTGGATAGT TTTGATCGTT ATTTTGTTGT
 51    TGCGCTTGCC GGCTTGTTTT TTGTCCGCGC ACAATCCGAA CGCGAGTGGA
101    TGCGCGAGGT TTCTGCGTGG CAGGAAAAGA AAGGGGAAAA ACAGGCGGAG
151    CTGCCTGAAA TCAAAGACGG TATGCCCGAT TTTCCCGAAC TTGCCCTGAT
201    GCTTTTCCAC GCCGTCAAAA CGGCAGTGTA TTGGCTGTTT GTCGGTGTCG
251    TCCGTTTCTG CCGAAACTAT CTGGCGCACG AATCCGAACC GGACAGGCCC
301    GTTCCGCCT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 488；ORF58>：
  1  ..LRETAYVLDS FDRYFVVALA GLFFVRAQSE REWMREVSAW QEKKGEKQAE
 51    LPEIKDGMPD FPELALML FH AVKTAVYWLF VGVVRFCRNY LAHESEPDRP
101    VPP..
进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 489>：
   1  ATGTTTTGGA TAGTTTTGAT CGTTATTTTG TTGCTTGCGC TTGCCGGCTT
  51  GTTTTTTGTC CGCGCACAAT CCGAACGCGA GTGGATGCGC GAGGTTTCTG
 101  CGTGGCAGGA AAAGAAAGGG GAAAAACAGG CGGAGCTGCC TGAAATCAAA
 151  GACGGTATGC CCGATTTTCC CGAACTTGCC CTGATGCTTT TCCATGCCGT
 201  CAAAACGGCA GTGTATTGGC TGTTTGTCGG TGTCGTCCGT TTCTGCCGAA
 251  ACTATCTGGC GCACGAATCC GAACCGGACA GGCCCGTTCC GCCTGCTTCT
 301  GCAAACCGTG CGGATGTTCC GACCGCATCC GACGGATATT CAGACAGTGG
 351  AAACGGGACG GAAGAAGCGG AAACGGAAGA AGCAGAAGCT GCGGAGGAAG
 401  AGGCTGCCGA TACGGAAGAC ATTGCAACTG CCGTAATCGA CAACCGCCGC
 451  ATCCCATTCG ACCGGAGTAT TGCTGAAGGG TTGATGCCGT CTGAAAGCGA
 501  AATTTCGCCC GTCCGTCCGG TTTTTAAAGA AATCACTTTG GAAGAAGCAA
 551  CGCGTGCTTT AAACAGCGCG GCTTTAAGGG AAACGAAAAA ACGCTATATC
 601  GATGCATTTG AGAAAAACGA AACAGCGGTC CCCAAAGTCC GCGTGTCCGA
 651  TACCCCGATG GAAGGGCTGC AGATTATCGG TTTGGACGAC CCTGTGCTTC
 701  AACGCACGTA TTCCCATATG TTCGATGCGG ACAAAGAAGC GTTTTCCGAG
 751  TCTGCGGATT ACGGATTTGA GCCGTATTTT GAGAAGCAGC ATCCGTCTGC
 801  CTTTTCTGCA GTCAAAGCCG AAAATGCACG GAATGCGCCG TTCCACCGTC
 851  ATGCAGGGCA GGGGAAAGGG CAGGCGGAGG CAAAATCCCC GGATGTTTCC
 901  CAAGGGCAGT CCGTTTCAGA CGGCACGGCC GTCCGCGATG CCCGCCGCCG
 951  CGTTTCCGTC AATTTGAAAG AACCGAACAA GGCAACGGTT TCTGCGGAGG
1001  CGCGAATTTC TCGCCTGATT CCGGAAAGTC AGACGGTTGT CGGGAAACGG
1051  GATGTCGAAA TGCCGTCTGA AACCGAAAAT GTTTTCACGG AAACCGTTTC
1101  GTCTGTGGGA TACGGCGGTC CGGTTTATGA TGAAACTGCC GATATCCATA
1151  TTGAAGAACC TGCCGCGCCC GATGCTTGGG TGGTCGAACC ACCCGAAGTG
1201  CCGAAAGTTC CCATGACCGC AATCGATATT CAGCCGCCGC CTCCCGTATC
1251  GGAAATCTAC AACCGTACCT ATGAACCGCC GTCAGGATTC GAGCAGGTGC
1301  AACGCAGCCG CATTGCCGAG ACCGACCATC TTGCCGATGA TGTTTTGAAT
1351  GGAGGTTGGC AGGAGGAAAC CGCCGCTATT GCGGATGACG GCAGTGAAGG
1401  TGCGGCAGAG CGGTCAAGCG GGCAATATCT GTCGGAAACC GAAGCGTTCG
1451  GGCATGACAG TCAGGCGGTT TGTCCGTTTG AAAATGTGCC GTCTGAACGC
1501  CCGTCCTGCC GGGTATCGGA TACGGAAGCG GATGAAGGGG CGTTCCCATC
1551  TGAAGAAACC GGTGCGGTAT CCGAACACCT GCCGACAACC GACCTGCTTC
1601  TGCCTCCGCT GTTCAATCCC GAGGCGACGC AAACCGAAGA AGAACTGTTG
1651  GAAAACAGCA TCACCATCGA AGAAAAATTG GCGGAGTTCA AAGTCAAGGT
1701  CAAGGTTGTC GATTCTTATT CCGGCCCCGT AATTACGCGT TATGAAATCG
1751  AACCCGATGT CGGCGTGCGC GGCAATTCCG TTCTGAATCT GGAAAAAGAT
1801  TTGGCGCGTT CGCTCGGCGT GGCTTCCATC CGCGTTGTCG AAACCATCCC
1851  CGGCAAAACC TGCATGGGTT TGGAACTTCC GAACCCGAAA CGCCAAATGA
1901  TACGCCTGAG CGAAATCTTC AATTCGCCCG AGTTTGCCGA ATCCAAATCC
1951  AAGCTGACGC TCGCGCTCGG TCAGGACATC ACCGGACAGC CCGTCGTAAC
2001  CGACTTGGGA AAAGCACCGC ATTTGTTGGT TGCCGGCACG ACCGGTTCGG
2051  GCAAATCGGT GGGTGTCAAC GCGATGATTC TGTCTATGCT TTTCAAAGCC
2101  GCGCCGGAAG ACGTGCGTAT GATTATGATC GATCCGAAAA TGCTGGAATT
2151  GAGCATTTAC GAAGGCATCC CGCACCTGCT CGCCCCTGTC GTTACCGATA
2201  TGAAGCTGGC GGCAAACGCG CTGAACTGGT GTGTTAACGA AATGGAAAAA
2251  CGCTACCGCC TGATGAGCTT TATGGGCGTG CGTAATCTTG CGGGCTTCAA
2301  TCAAAAAATC GCCGAAGCCG CAGCAAGGGG AGAAAAAATC GGCAATCCGT
2351  TCAGCCTCAC GCCCGACGAT CCCGAACCTT TGGAAAAACT GCCGTTTATC
2401  GTGGTCGTGG TCGATGAGTT TGCCGACCTG ATGATGACGG CAGGCAAGAA
2451  AATCGAAGAA CTGATTGCCC GCCTCGCCCA AAAAGCCCGC GCGGCAGGCA
2501  TCCATTTGAT TCTTGCCACA CAACGCCCCA GCGTCGATGT CATCACGGGT
2551  CTGATTAAGG CGAACATCCC GACGCGTATC GCGTTCCAAG TGTCCAGCAA
2601  AATCGACAGC CGCACGATTC TCGACCAAAT GGGCGCGGAA AACCTGCTCG
2651  GTCAGGGCGA TATGCTGTTC CTGCTGCCGG GTACTGCCTA TCCGCAGCGC
2701  GTTCACGGCG CGTTTGCCTC GGATGAAGAG GTGCACCGCG TGGTCGAATA
2751  TTTGAAACAG TTTGGCGAAC CGGACTATGT TGACGATATT TTGAGCGGCG
2801  GCGGCAGCGA AGAGCTGCCC GGCATCGGGC GCAGCGGCGA CGACGAAACC
2851  GATCCGATGT ACGACGAGGC CGTATCCGTT GTCCTGAAAA CGCGCAAAGC
2901  CAGCATTTCG GGCGTACAGC GCGCCTTGCG TATCGGCTAC AACCGCGCCG
2951  CGCGTCTGAT TGACCAGATG GAGGCGGAAG GCATTGTGTC CGCACCGGAA
3001  CACAACGGCA ACCGTACGAT TCTCGTCCCC TTGGACAATG CTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 490；ORF58-1>：
   1  MFWIVLIVIL LLALAGLFFV RAQSEREWMR EVSAWQEKKG EKQAELPEIK
  51  DGMPDFPELA LM LFHAVKTA VYWLFVGVVR FCRNYLAHES EPDRPVPPAS
 101  ANRADVPTAS DGYSDSGNGT EEAETEEAEA AEEEAADTED IATAVIDNRR
 151  IPFDRSIAEG LMPSESEISP VRPVFKEITL EEATRALNSA ALRETKKRYI
 201  DAFEKNETAV PKVRVSDTPM EGLQIIGLDD PVLQRTYSHM FDADKEAFSE
 251  SADYGFEPYF EKQHPSAFSA VKAENARNAP FHRHAGQGKG QAEAKSPDVS
 301  QGQSVSDGTA VRDARRRVSV NLKEPNKATV SAEARISRLI PESQTVVGKR
 351  DVEMPSETEN VFTETVSSVG YGGPVYDETA DIHIEEPAAP DAWVVEPPEV
 401  PKVPMTAIDI QPPPPVSEIY NRTYEPPSGF EQVQRSRIAE TDHLADDVLN
 451  GGWQEETAAI ADDGSEGAAE RSSGQYLSET EAFGHDSQAV CPFENVPSER
 501  PSCRVSDTEA DEGAFPSEET GAVSEHLPTT DLLLPPLFNP EATQTEEELL
 551  ENSITIEEKL AEFKVKVKVV DSYSGPVITR YEIEPDVGVR GNSVLNLEKD
 601  LARSLGVASI RVVETIPGKT CMGLELPNPK RQMIRLSEIF NSPEFAESKS
 651  KLTLALGQDI TGQPVVTDLG KAPHLLVAGT TGSGKSVGVN AMILSMLFKA
 701  APEDVRMIMI DPKMLELSIY EGIPHLLAPV VTDMKLAANA LNWCVNEMEK
 751  RYRLMSFMGV RNLAGFNQKI AEAAARGEKI GNPFSLTPDD PEPLEK LPFI
 801  VVVVDEFADL MMTAGKKIEE LIARLAQKAR AAGIHLILAT QRPSVDVITG
 851  LIKANIPTRI AFQVSSKIDS RTILDQMGAE NLLGQGDMLF LLPGTAYPQR
 901  VHGAFASDEE VHRVVEYLKQ FGEPDYVDDI LSGGGSEELP GIGRSGDDET
 951  DPMYDEAVSV VLKTRKASIS GVQRALRIGY NRAARLIDQM EAEGIVSAPE
1001 HNGNRTILVP LDNA*
对该氨基酸序列的计算机分析预计了指定的跨膜区，并给出下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF58显示与脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF58a)在重叠的89个氨基酸内有96.6％的相同性：
                    10         20        30         40        50        60
orf58.pep   LRETAYVLDSFDRYFVV ALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPD
                          ::: |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf58a            MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPD
                          10        20         30        40        50
                     70        80         90       100
orf58.pep   FPELALM LFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPP
            ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf58a      FPELALM LFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSD
               60         70        80           90     100       110
全长ORF58a核苷酸序列<SEQ ID 491>是：
  1  ATGTTTTGGA TAGTTTTGAT CGTTATTTTG TTGCTTGCGC TTGCCGGCTT
 51  GTTTTTTGTC CGCGCACAAT CCGAACGCGA GTGGATGCGC GAGGTTTCTG
101  CGTGGCAGGA AAAGAAAGGG GAAAAACAGG CGGAGCTGCC TGAAATCAAA
151  GACGGTATGC CCGATTTTCC CGAACTTGCC CTGATGCTTT TCCATGCCGT
201  CAAAACGGCA GTGTATTGGC TGTTTGTCGG TGTCGTCCGT TTCTGCCGAA
251  ACTATCTGGC GCACGAATCC GAACCGGACA GGCCCGTTCC GCCTGCTTCT
301  GCAAATCGTG CGGATGTTCC GACCGCATCC GACGGATATT CAGACAGTGG
351  AAACGGGACG GAAGAAGCGG AAACGGAAGA AGCAGAAGCT GCGGAGGAAG
401  AGGCTGCCGA TACGGAAGAC ATTGCAACTG CCGTAATCGA CAACCGCCGC
451  ATCCCATTCG ACCGGAGTAT TGCTGAAGGG TTGATGCCGT CTGAAAGCGA
501  AATTTCGCCC GTCCGTCCGG TTTTTAAGGA AATCACTTTG GAAGAAGCAA
551  CGCGTGCTTT AAACAGCGCG GCTTTAAGGG AAACGAAAAA ACGCTATATC
601  GATGCATTTG AGAAAAACGA AACAGCGGTC CCCAAAGTCC GCGTGTCCGA
651  TACCCCGATG GAAGGGCTGC AGATTATCGG TTTGGACGAC CCTGTGCTTC
701  AACGCACGTA TTCCCGTATG TTCGATGCGG ACAAAGAAGC GTTTTCCGAG
751  TCTGCGGATT ACGGATTTGA GCCGTATTTT GAGAAGCAGC ATCCGTCTGC
 801  CTTTTCTGCA GTCAAAGCCG AAAATGCACG GAATGCGCCG TTCCGCCGTC
 851  ATGCAGGGCA GGGNAAAGGG CAGGCGGAGG CNAAATCCCC GGATGTTTCC
 901  CAAGGGCAGT CCGTTTCAGA CGGCACAGCC GTCCGCGATG CCNGCCGCCG
 951  CGTTTCCGTC AATTTGAAAG AACCGAACAA GGCAACGGTT TCTGCGGAGG
1001  CGCGGATTTC GCGCCTGATT CCGGAAAGTC GGACGGTTGT CGGGAAACGG
1051  GATGTCGAAA TGCCGTCTGA AACCGAAAAT GTTTTCACGG AAANTGTTTC
1101  GTCTGTGGGA TACGGCGNTC CGGTTTATGA TGAAACTGCC GATATCCATA
1151  TTGAAGAACC TGCCGCGCCC GATGCTTGGG TGGTCGAACC ACCCGAAGTG
1201  CCGAAAGTTC CCATGCCCGC AATNGATATT CCGCCGCCGC CTCCCGTATC
1251  GGAAATCTAC AACCGTACCT ATGAACCGCC GGCAGGATTC GAGCAGGTGC
1301  AACGCAGCCG CATTGCCGAA ACCGATCATC TTGCCGATGA TGTTTTGAAT
1351  GGAGGTTGGC AGGAGGAAAC CGCCGCTATT GCGAATGACG GCAGTGAGGG
1401  TGTGGCAGAG CGGTCAAGCG GGCAATATTT GTCGGAAACC GAAGCGTTCG
1451  GGCATGACAG TCAGGCGGTT TGTCCGTTTG AAAATGTGCC GTCTGAACGC
1501  CCGTCCCGCC GGGCATNGGA TACGGAAGCG GATGAAGGGG CGTTCCAATC
1551  TGAAGAAACC GGTGCGGTAT CCGAACACCT GCCGACAACC GACCTGCTTC
1601  TGCCGCCGCT GTTCAATCCC GGGGCGACGC AAACCGAAGA AGANCTGTTG
1651  GANAACAGCA TCACCATCGA AGAAAAATNG GCGGAGTTCA AAGTCAAGGT
1701  CAAGGTTGTC GATTCTTATT CCGGCCCCGT GATTACGCGT TATGAAATCG
1751  AACCCGATGT CGGCGTGCGC GGCAATTCCG TTCTAAATCT GGAAAAAGAN
1801  TTGGCGCGTT CGCTCGGCGT GGCTTCCATC CGCGTTGTCG AAACCATCCT
1851  CGGCAAAACC TGTATGGGTT TGGAACTTCC GAACCCGAAA CGCCAAATGA
1901  TACGCCTGAG CGAAATCTTC AATTCGCCCG AGTTTGCCGA ATCCAAATCC
1951  AAGCTGACGC TCGCGCTCGG TCAGGACATC ACCGGACAGC CCGTCGTAAC
2001  CGACTTGGGC AAAGCACCGC ATTTGTTGGT TGCCGGCACG ACCGGTTCGG
2051  GCAAATCGGT GGGTGTCAAC GCGATGATTC TGTCTATGCT TTTCAAAGCC
2101  GCGCCGGAAG ACGTGCGTAT GATTATGATC GATCCGAAAA TGCTGGAATT
2151  GAGCATTTAC GAAGGCATCC CGCACCTGCT CGCCCCTGTC GTTACCGATA
2201  TGAAGCTGGC GGCAAACGCG CTGAACTGGT GTGTTAACGA AATGGAAAAA
2251  CGCTACCGCC TGATGAGCTT TATGGGCGTG CGCAATCTTG CGGGTNTCAA
2301  TCAAAAAATC GCCGAAGCCG CAGCAAGGGG GGAGAAAATC GGCAACCCGT
2351  TCAGCCTCAC GCCCGACAAT CCCGAACCTT TGGANAAATT GCCGTTTATC
2401  GTGGTCGTGG TTGATGAGTT TGCCGACCTG ATGATGACGG CAGGCAAGAA
2451  AATCGAAGAA CTGATTGCCC GCCTCGCCCA AAAAGCCCGC GCGGCAGGCA
2501  TCCATCTTAT CCTTGCCACA CAACGCCCCA GTGTCGATGT CATCACGGGT
2551  CTGATTAAGG CGAACATCCC GACGCGTATC GCGTTCCAAG TGTCCAGCAA
2601  AATCGACAGC CGCACGATTC TTGACCAAAT GGGTGCGGAA AACCTGCTCG
2651  GGCAGGGCGA TATGCTGTTC CTGCCGCCGG GTACGGCCTA TCCGCAGCGC
2701  GTTCACGGCG CGTTTGCCTC GGATGAAGAG GTGCACCGCG TGGTCGAATA
2751  TCTGAAACAG TTTGGCGAAC CGGACTATGT TGACGATATN TTGAGCGGCG
2801  GTATGTCCGA CGATTTGCTG GGAATCAGCC GGAGCGGCGA CGGCGAAACC
2851  GATCCGATGT ACGACGAGGC CGTGTCNGTT GTTTTGAAAA CGCGCAAAGC
2901  CAGCATTTCT GGCGTGCAGC GCGCATTGCG TATCGGCTAT AATCGCGCCG
2951  CGCGTCTGAT TGACCAGATG GAGGCGGAAG GCATTGTGTC CGCACCGGAA
3001  CACAACGGCA ACCGTACGAT TCTCGTCCCC TTNGACAATG CTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 492>：
  1  MFWIVLIVIL LLALAGLFFV RAQSEREWMR EVSAWQEKKG EKQAELPEIK
 51  DGMPDFPELA LM LFHAVKTA VYWLFVGVVR FCRNYLAHES EPDRPVPPAS
101  ANRADVPTAS DGYSDSGNGT EEAETEEAEA AEEEAADTED IATAVIDNRR
151  IPFDRSIAEG LMPSESEISP VRPVFKEITL EEATRALNSA ALRETKKRYI
201  DAFEKNETAV PKVRVSDTPM EGLQIIGLDD PVLQRTYSRM FDADKEAFSE
251  SADYGFEPYF EKQHPSAFSA VKAENARNAP FRRHAGQGKG QAEAKSPDVS
301  QGQSVSDGTA VRDAXRRVSV NLKEPNKATV SAEARISRLI PESRTVVGKR
351  DVEMPSETEN VFTEXVSSVG YGXPVYDETA DIHIEEPAAP wDAWVVEPPEV
401  PKVPMPAXDI PPPPPVSEIY NRTYEPPAGF EQVQRSRIAE TDHLADDVLN
451  GGWQEETAAI ANDGSEGVAE RSSGQYLSET EAFGHDSQAV CPFENVPSER
501  PSRRAXDTEA DEGAFQSEET GAVSEHLPTT DLLLPPLFNP GATQTEEXLL
551  XNSITIEEKX AEFKVKVKVV DSYSGPVITR YEIEPDVGVR GNSVLNLEKX
601  LARSLGVASI RVVETILGKT CMGLELPNPK RQMIRLSEIF NSPEFAESKS
651  KLTLALGQDI TGQPVVTDLG KAPHLLVAGT TGSGKSVGVN AMILSMLFKA
 701  APEDVRMIMI DPKMLELSIY EGIPHLLAPV VTDMKLAANA LNWCVNEMEK
 751  RYRLMSFMGV RNLAGXNQKI AEAAARGEKI GNPFSLTPDN PEPLXK LPFI
 801  VVVVDEFADL MMTAGKKIEE LIARLAQKAR AAGIHLILAT QRPSVDVITG
 851  LIKANIPTRI AFQVSSKIDS RTILDQMGAE NLLGQGDMLF LPPGTAYPQR
 901  VHGAFASDEE VHRVVEYLKQ FGEPDYVDDX LSGGMSDDLL GISRSGDGET
 951  DPMYDEAVSV VLKTRKASIS GVQRALRIGY NRAARLIDQM EAEGIVSAPE
1001  HNGNRTILVP XDNA*
ORF58a和ORF58-1显示在1014个氨基酸的重叠区内有96.6％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf58a.pep  MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPELA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58-1     MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPELA
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf58a.pep  LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58-1     LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf58a.pep  EEAETEEAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMPSESEISPVRPVFKEITL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58-1     EEAETEEAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMPSESEISPVRPVFKEITL
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf58a.pep  EEATRALNSAALRETKKRYIDAFEKNETAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSRM
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf58-1     EEATRALNSAALRETKKRYIDAFEKNETAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSHM
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf58a.pep  FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFRRHAGQGKGQAEAKSPDVS
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf58-1     FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFHRHAGQGKGQAEAKSPDVS
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf58a.pep  QGQSVSDGTAVRDAXRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESRTVVGKRDVEMPSETEN
            |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf58-1     QGQSVSDGTAVRDARRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESQTVVGKRDVEMPSETEN
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410       420
orf58a.pep  VFTEXVSSVGYGXPVYDETADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPKVPMPAXDIPPPPPVSEIY
            ||||:||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||
orf58-1     VFTETVSSVGYGGPVYDETADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPKVPMTAIDIQPPPPVSEIY
                   370       380       390       400       410       420
                   430       440       450       460       470       480
orf58a.pep  NRTYEPPAGFEQVQRSRIAETDHLADDVLNGGWQEETAAIANDGSEGVAERSSGQYLSET
            |||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:||||||||||||
orf58-1     NRTYEPPSGFEQVQRSRIAETDHLADDVLNGGWQEETAAIADDGSEGAAERSSGQYLSET
                   430       440       450       460       470       480
                   490       500       510       520       530       540
orf58a.pep  EAFGHDSQAVCPFENVPSERPSRRAXDTEADEGAFQSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
            |||||||||||||||||||||| |: ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
orf58-1     EAFGHDSQAVCPFENVPSERPSCRVSDTEADEGAFPSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
                   490       500       510       520       530       540
                   550       560       570       580       590       600
orf58a.pep  GATQTEEXLLXNSITIEEKXAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKX
             |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58-1     EATQTEEELLENSITIEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKD
                   550       560       570       580       590       600
                   610       620       630       640       650       660
orf58a.pep  LARSLGVASIRVVETILGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
            |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58-1     LARSLGVASIRVVETIPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
                   610       620       630       640       650       660
                   670       680       690       700       710       720
orf58a.pep  TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58-1     TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
                   670       680       690       700       710       720
                   730       740       750       760       770       780
orf58a.pep  EGIPHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGXNQKIAEAAARGEKI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf58-1     EGIPHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKI
                   730       740       750       760       770       780
                   790       800       810       820       830       840
orf58a.pep  GNPFSLTPDNPEPLXKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
            |||||||||:|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58-1     GNPFSLTPDDPEPLEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
                   790       800       810       820       830       840
                   850       860       870       880       890       900
orf58a.pep  QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQR
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf58-1     QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLLPGTAYPQR
                   850       860       870       880       890       900
                   910       920       930       940       950       960
orf58a.pep  VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDXLSGGMSDDLLGISRSGDGETDPMYDEAVSV
            ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |::| ||:|||| ||||||||||||
orf58-1     VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDDETDPMYDEAVSV
                   910       920       930       940       950       960
                   970       980       990      1000      1010
orf58a.pep  VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPXDNAX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf58-1     VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPLDNAX
                   970       980       990      1000      1010
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF58显示出与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF58ng)的9个氨基酸重叠区完全相同：
orf58.pep ALMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPP                      103
                                        |||||||||
orf58ng                                 SEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNG 30
预计ORF58ng核苷酸序列<SEQ ID 493>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列
<SEQ ID 494>：
  1  ..SEPDRPVPPA 8ANRADVPTA SDGYSDSGNG TEEAETEAAE AAEEEAADTE
 51    DIATAVIDNR RIPFDRSIAE GLMQSESKTS PVRPVFKEIT LEEATRALSS
101    AALRETKKRY IDAFEKNGTA VPKVRVSDTP MEGLQIIGLD DPVLQRTYSR
151    MFDADKEAFS ESADYGFEPY FEKQHPSAFS AVKAENARNA PFRRHAGQEK
201    GQAEAKSPDV SQGQSVSDGT AVRDARRRVS VNLKEPNKAT VSAEARISRL
251    IPESRTVVGK RDVEMPSETE NVFTETVSSV GYGGPVYDEA ADIHIEEPAA
301    PDAWVVEPPE VPEVAVPEID ILPPPPVSEI YNRTYEPPAG FEQAQRSRIA
351    ETDHLAADVL NGGWQEETAA IADDGSEGAA ERSSGQYLSE TEAFGHDSQA
401    VCPFEDVPSE RPSCRVSDTE ADEGAFQSEE TGAVSEHLPT TDLLLPPLFN
451    PEATQTEEEL LENSITIEEK LAEFKVKVKV VDSYSGPVIT RYEIEPDVGV
501    RGNSVLNLEK DLARSLGVAS IRVVETIPGK TCMGLELPNP KRQMIRLSEI
551    FNSPEFAESK 8KLTLALGQD ITGQPVVTDL GKAPHLLVA
Figure A20051011339503021
VGV
601    NAMILSMLFK AAPEDVRMIM IDPKMLELSI YEGITHLLAP VVTDMKLAAN
651    ALNWCVNEME KRYRLMSFMG VRNLAGFNQK IAEAAARGEK IGNPFSLTPD
701    DPEPLEK LPF IVVVVDEFAD LMMTAGKKIE ELIARLAQKA RAAGIHLILA
751    TQRPSVDVIT GLIKANIPTR IAFQVSSKID SRTILDQMGA ENLLGQGDML
801    FLPPGTAYPQ RVHGAFASDE EVHRVVEYLK QFGEPDYVDD ILSGGGSEEL
851    PGIGRSGDGE TDPMYDEAVS VVLKTRKASI SGVQRALRIG YNRAARLIDQ
901    MEAEGIVSAP EHNGNRTILV PLDNA*
该部分淋球菌序列含有一个预计的跨膜区和一个预计的ATP/GTP-结合位点基序A(P-环；双划线)。另外，它具有一个与大肠杆菌的FTSK细胞分裂蛋白同源的结构域。将ORF58ng和Ftsk(登录号p46889)作序列对比，结果显示在459个氨基酸重叠区内有65％的氨基酸相同性：
ORF58ng：  467  IEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKDLARSLGVASIRVVET 526
                +E +LA+F++K  VV+   GPVITR+E+    GV+   + NL +DLARSL   ++RVVE
FtsK：     868  VEARLADFRIKADVVNYSPGPVITRFELNLAPGVKAARISNLSRDLARSLSTVAVRVVEV 927
ORF58ng：  527  IPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDITGQPVVTDLGKAPHL 586
                IPGK  +GLELPN KRQ + L E+ ++ +F ++ S LT+ LG+DI G+PVV DL K PHL
FtsK：     928  IPGKPYVGLELPNKKRQTVYLREVLDNAKFRDNPSPLTVVLGKDIAGEPVVADLAKMPHL 987
ORF58ng：  587  LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIYEGITHLLAPVVTDMK 646
                LVAGTTGSGKSVGVNAMILSML+KA PEDVR IMIDPKMLELS+YEGI HLL  VVTDMK
FtsK：     988  LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLYKAQPEDVRFIMIDPKMLELSVYEGIPHLLTEVVTDMK 1047
ORF58ng：  647  LAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKIGNPFSLTPDDPEP-- 704
                 AANAL WCVNEME+RY+LMS +GVRNLAG+N+KIAEA      I +P+    D  +
FtsK：     1048 DAANALRWCVNEMERRYKLMSALGVRNLAGYNEKIAEADRMMRPIPDPYWKPGDSMDAQH 1107
ORF58ng：  705  --LEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILATQRPSVDVITGL 762
                  L+K P+IVV+VDEFADLMMT GKK+EELIARLAQKARAAGIHL+LATQRPSVDVITGL
FtsK：     1108 PVLKKEPYIVVLVDEFADLMMTVGKKVEELIARLAQKARAAGIHLVLATQRPSVDVITGL 1167
ORF58ng：  763  IKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQRVHGAFASDEEV 822
                IKANIPTRIAF VSSKIDSRTILDQ GAE+LLG GDML+  P +  P RVHGAF  D+EV
FtsK：     1168 IKANIPTRIAFTVSSKIDSRTILDQAGAESLLGMGDMLYSGPNSTLPVRVHGAFVRDQEV 1227
0RF58ng：  823  HRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDGETDPMYDEAVSVVLKTRKASISG 882
                H VV+  K  G P YVD I S   SE   G G  G  E DP++D+AV  V + RKASISG
FtsK：     1228 HAVVQDWKARGRPQYVDGITSDSESEGGAG-GFDGAEELDPLFDQAVQFVTEKRKASISG 1286
ORF58ng：  883  VQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVP 921
                VQR  RIGYNRAAR+I+QMEA+GIVS   HNGNR+L  P
FtsK：     1287 VQRQFRIGYNRAARIIEQMEAQGIVSEQGHNGNREVLAP 1325
对ORF58ng作进一步工作揭示了其完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 495>是：
   1  ATGTTTTGGA TAGTTTTGAT CGTTATtgtg TTGCTTGCGC TTGCCGGCCT
  51  GTTTTTTGTC CGCGCACAAT CCGAACGCGA GTGGATGCGC GAGGTTTCTG
 101  CGTGGCAGGA AAAGAAAGGG GAAAAACAGG CGGAGCTGCC TGAAATCAAA
 151  GACGGTATGC CCGATTTTCC CGAGTTTTCC CTGATGCTTT TCCATGCCGT
 201  CAAAACGGCA GTGTATTGGC TGTTTGTCGG TGTCGTCCGT TTCTGCCGAA
 251  ACTATCTGGC GCACGAATCC GAACCGGACA GGCCCGTTCC GCCTGCTTCT
 301  GCAAACCGTG CGGATGTTCC GACCGCATCC GACGGGTATT CAGACAGTGG
 351  AAACGGGACG GAAGAAGCGG AAACGGAAGC AGCAGAAGCT GCGGAGGAAG
 401  AGGCTGCCgA TACgGAAGAC ATTGCAACTG CCGTAATCGA CAACCGCCGC
 451  ATCCcatTCG ACCGGAGTAT TGCTGAAGGG TTGATGCAGT CTGAAAGCAA
 501  AACTTCGCCC GTCCGTCCGG TTTTTAAGGA AATCACTTTG GAAGAAGCAA
 551  CGCGTGCTTT AAGCAGCGCG GCTTTAAGGG AAACGAAAAA ACGCTATATC
 601  GATGCATTTG AGAAAAACGG AACAGCCGTC CCCAAAGTAC GCGTGTCCGA
 651  TACCCCGATG GAAGGGCTGC AGATTATCGG TTTGGACGAC CCTGTGCTTC
 701  AACGCACGTA TTCCCGTATG TTTGATGCGG ACAAAGAAGC GTTTTCCGAG
 751  TCTGCGGATT ACGGATTTGA GCCGTATTTT GAGAAGCAGC ATCCGTCTGC
 801  CTTTTCTGCA GTCAAAGCCG AAAATGCACG GAATGCGCCG TTCCGCCGTC
 851  ATGCAGGGCA GGAGAAAGGG CAGGCGGAGG CAAAATCCCC GGATGTTTCC
 901  CAAGGGCAGT CCGTTTCAGA CGGCACAGCC GTCCGCGATG CCCGCCGCCG
 951  CGTTTCCGTC AATTTGAAAG AACCGAACAA GGCAACGGTT TCTGCGGAGG
1001  CGCGGATTTC GCGCCTGATT CCGGAAAGTC GGACGGTTGT CGGGAAACGG
1051  GATGTCGAAA TGCCGTCTGA AACCGAAAAT GTTTTCACGG AAACCGTTTC
1101  GTCTGTGGGA TACGGCGGTC CGGTTTATGA TGAAGCTGCC GATATCCATA
1151  TTGAAGAGCC TGCCGCGCCC GATGCTTGGG TGGTCGAACC ACCCGAAGTG
1201  CCGGAGGTAG CCGTACCCGA AATCGATATT CTGCCGCCGC CTCCCGTATC
1251  GGAAATCTAC AACCGTACCT ATGAGCCGCC GGCAGGATTC GAGCAGGCGC
1301  AACGCAGCCG CATTGCCGAA ACCGACCATC TTGCCGCTGA TGTTTTGAAT
1351  GGAGGTTGGC AGGAGGAAAC CGCCGCTATT GCAGATGACG GCAGTGAGGG
1401  TGCGGCAGAG CGGTCAAGCG GGCAATATCT GTCGGAAACC GAAGCGTTCG
1451  GGCATGACAG TCAGGCGGTT TGTCCGTTTG AAGATGTGCC GTCTGAACGC
1501  CCGTCCTGCC GGGTATCGGA TACGGAAGCG GATGAAGGGG CGTTCCAATC
1551  GGAAGAGACC GGTGCGGTAT CCGAACACCT GCCGACAACC GACCTGCTTC
1601  TGCCTCCGCT GTTCAATCCC GAGGCGACGC AAACCGAAGA AGAACTGTTG
1651  GAAAACAGCA TCACCATCGA AGAAAAATTG GCGGAGTTCA AAGTCAAGGT
1701  CAAGGTTGTC GATTCTTATT CCGGCCCCGT GATTACGCGT TATGAAATCG
1751  AACCCGATGT CGGCGTGCGC GGCAATTCCG TTCTGAATTT GGAAAAAGAC
1801  TTGGCGCGTT CGCTCGGCGT GGCTTCCATC CGCGTTGTCG AAACCATCCC
1851  CGGCAAAACC TGCATGGGTT TGGAACTTCC GAACCCGAAA CGCCAAATGA
1901  TACGCCTGAG CGAAATTTTC AATTCGCCCG AGTTTGCCGA ATCCAAATCC
1951  AAGCTGACGC TCGCGCTCGG TCAGGACATT ACCGGACAGC CCGTCGTAAC
2001  CGACTTGGGC AAAGCACCGC ATTTGCTGGT TGCCGGCACG ACCGGTTCGG
2051  GCAAATCGGT GGGTGTCAAC GCGATGATTC TGTCTATGCT TTTCAAAGCC
2101  GCGCCGGAAG ACGTGCGTAT GATTATGATC GATCCGAAAA TGCTGGAATT
2151  GAGCATTTAC GAAGGCATCA CGCACCTGCT CGCCCCTGTC GTTACCGATA
2201  TGAAGCTGGC GGCAAACGCG CTGAACTGGT GTGTTAACGA AATGGAAAAA
2251  CGCTACCGCC TGATGAGCTT TATGGGCGTG CGCAATCTTG CGGGCTTCAA
2301  CCAAAAAATC GCCGAAGCCG CAGCAAGGGG AGAAAAAATC GGCAATCCGT
2351  TCAGCCTCAC GCCCGACGAT CCCGAACCTT TGGAAAAACT GCCGTTTATC
2401  GTGGTCGTGG TCGATGAGTT TGCCGATTTG ATGATGACGG CAGGCAAGAA
2451  AATCGAAGAA CTGATTGCGC GCCTCGCCCA AAAAGCCCGC GCGGCAGGCA
2501  TCCACCTTAT CCTTGCCACA CAACGCCCCA GCGTCGATGT CATCACGGGT
2551  CTGATTAAGG CGAACATCCC GACGCGTATC GCGTTCCAAG TGTCCAGCAA
2601  AATCGACAGC CGCACGATTC TCGACCAAAT GGGCGCGGAA AACCTGCTCG
2651  GTCAGGGCGA TATGCTGTTC CTGCCGCCGG GTACTGCCTA TCCGCAGCGC
2701  GTTCACGGCG CGTTTGCCTC GGATGAAGAG GTGCACCGCG TGGTCGAATA
2751  TCTGAAGCAG TTTGGCGAGC CGGACTATGT TGACGATATT TTGAGCGGCG
2801  GCGGCAGCGA AGAGCTGCCC GGCATCGGGC GCAGCGGCGA CGGCGAAACC
2851  GATCCGATGT ACGACGAGGC CGTATCCGTT GTCCTGAAAA CGCGCAAAGC
2901  CAGCATTTCG GGCGTACAGC GCGCCTTGCG CATCGGCTAC AACCGCGCCG
2951  CGCGTCTGAT TGACCAAATG GAAGCGGAAG GCATTGTGTC CGCACCGGAA
3001  CACAACGGCA ACCGTACGAT TCTCGTCCCC TTGGACAATG CTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 496；ORF58ng-1>：
   1  MFWIVLIVIV LLALAGLFFV RAQSEREWMR EVSAWQEKKG EKQAELPEIK
  51  DGMPDFPEFS LM LFHAVKTA VYWLFVGVVR FCRNYLAHES EPDRPVPPAS
 101  ANRADVPTAS DGYSDSGNGT EEAETEAAEA AEEEAADTED IATAVIDNRR
 151  IPFDRSIAEG LMQSESKTSP VRPVFKEITL EEATRALSSA ALRETKKRYI
 201  DAFEKNGTAV PKVRVSDTPM EGLQIIGLDD PVLQRTYSRM FDADKEAFSE
 251  SADYGFEPYF EKQHPSAFSA VKAENARNAP FRRHAGQEKG QAEAKSPDVS
 301  QGQSVSDGTA VRDARRRVSV NLKEPNKATV SAEARISRLI PESRTVVGKR
 351  DVEMPSETEN VFTETVSSVG YGGPVYDEAA DIHIEEPAAP DAWVVEPPEV
 401  PEVAVPEIDI LPPPPVSEIY NRTYEPPAGF EQAQRSRIAE TDHLAADVLN
 451  GGWQEETAAI ADDGSEGAAE RSSGQYLSET EAFGHDSQAV CPFEDVPSER
 501  PSCRVSDTEA DEGAFQSEET GAVSEHLPTT DLLLPPLFNP EATQTEEELL
 551  ENSITIEEKL AEFKVKVKVV DSYSGPVITR YEIEPDVGVR GNSVLNLEKD
 601  LARSLGVASI RVVETIPGKT CMGLELPNPK RQMIRLSEIF NSPEFAESKS
 651  KLTLALGQDI TGQPVVTDLG KAPHLLVAGT TGSGKSVGVN AMILSMLFKA
 701  APEDVRMIMI DPKMLELSIY EGITHLLAPV VTDMKLAANA LNWCVNEMEK
 751  RYRLMSFMGV RNLAGFNQKI AEAAARGEKI GNPFSLTPDD PEPLEK LPFI
 801  VVVVDEFADL MMTAGKKIEE LIARLAQKAR AAGIHLILAT QRPSVDVITG
 851  LIKANIPTRI AFQVSSKIDS RTILDQMGAE NLLGQGDMLF LPPGTAYPQR
 901  VHGAFASDEE VHRVVEYLKQ FGEPDYVDDI LSGGGSEELP GIGRSGDGET
 951  DPMYDEAVSV VLKTRKASIS GVQRALRIGY NRAARLIDQM EAEGIVSAPE
1001  HNGNRTILVP LDNA*
ORF58ng-1和ORF58-1显示在1014个氨基酸的重叠区内有97.2％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf58-1.pep  MFWIVLIVILLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPELA
             |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::
orf58ng-1    MFWIVLIVIVLLALAGLFFVRAQSEREWMREVSAWQEKKGEKQAELPEIKDGMPDFPEFS
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf58-1.pep  LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    LMLFHAVKTAVYWLFVGVVRFCRNYLAHESEPDRPVPPASANRADVPTASDGYSDSGNGT
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf58-1.pep  EEAETEEAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMPSESEISPVRPVFKEITL
             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||: ||||||||||||
orf58ng-1    EEAETEAAEAAEEEAADTEDIATAVIDNRRIPFDRSIAEGLMQSESKTSPVRPVFKEITL
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf58-1.pep  EEATRALNSAALRETKKRYIDAFEKNETAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSHM
             |||||||:|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf58ng-1    EEATRALSSAALRETKKRYIDAFEKNGTAVPKVRVSDTPMEGLQIIGLDDPVLQRTYSRM
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf58-1.pep  FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFHRHAGQGKGQAEAKSPDVS
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||| ||||||||||||
orf58ng-1    FDADKEAFSESADYGFEPYFEKQHPSAFSAVKAENARNAPFRRHAGQEKGQAEAKSPDVS
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf58-1.pep  QGQSVSDGTAVRDARRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESQTVVGKRDVEMPSETEN
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf58ng-1    QGQSVSDGTAVRDARRRVSVNLKEPNKATVSAEARISRLIPESRTVVGKRDVEMPSETEN
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400       410       420
orf58-1.pep  VFTETVSSVGYGGPVYDETADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPKVPMTAIDIQPPPPVSEIY
             ||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||:| :  ||| |||||||||
orf58ng-1    VFTETVSSVGYGGPVYDEAADIHIEEPAAPDAWVVEPPEVPEVAVPEIDILPPPPVSEIY
                    370       380       390       400       410       420
                    430       440       450       460       470       480
orf58-1.pep  NRTYEPPSGFEQVQRSRIAETDHLADDVLNGGWQEETAAIADDGSEGAAERSSGQYLSET
             |||||||:||||:|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    NRTYEPPAGFEQAQRSRIAETDHLAADVLNGGWQEETAAIADDGSEGAAERSSGQYLSET
                    430       440       450       460       470       480
                    490       500       510       520       530       540
orf58-1.pep  EAFGHDSQAVCPFENVPSERPSCRVSDTEADEGAFPSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
             ||||||||||||||:|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    EAFGHDSQAVCPFEDVPSERPSCRVSDTEADEGAFQSEETGAVSEHLPTTDLLLPPLFNP
                    490       500       510       520       530       540
                    550       560       570       580       590       600
orf58-1.pep  EATQTEEELLENSITIEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    EATQTEEELLENSITIEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKD
                    550       560       570       580       590       600
                    610       620       630       640       650       660
orf58-1.pep  LARSLGVASIRVVETIPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    LARSLGVASIRVVETIPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDI
                    610       620       630       640       650       660
                    670       680       690       700       710       720
orf58-1.pep  TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    TGQPVVTDLGKAPHLLVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIY
                    670       680       690       700       710       720
                    730       740       750       760       770       780
orf58-1.pep  EGIPHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKI
             ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    EGITHLLAPVVTDMKLAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKI
                    730       740       750       760       770       780
                    790       800       810       820       830       840
orf58-1.pep  GNPFSLTPDDPEPLEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1    GNPFSLTPDDPEPLEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILAT
                    790       800       810       820       830       840
                    850       860       870       880       890       900
orf58-1.pep  QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLLPGTAYPQR
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf58ng-1    QRPSVDVITGLIKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQR
                    850       860       870       880       890       900
                    910       920       930       940       950       960
orf58-1.pep  VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDDETDPMYDEAVSV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
orf58ng-1    VHGAFASDEEVHRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDGETDPMYDEAVSV
                    910       920       930       940       950       960
                    970       980       990      1000      1010
orf58-1.pep VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPLDNAX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf58ng-1   VLKTRKASISGVQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVPLDNAX
                   970       980       990      1000      1010
另外，ORF58ng-1显示出与大肠杆菌蛋白Ftsk明显同源：
sp|P46889|FTSK_ECOLI细胞分裂蛋白FTSK>gi|1651412|gnl|PID|d1015290(D1分裂蛋白FtsK[大肠杆菌]>gi|1651418|gnl|PID|d1015296(D90727)细胞分裂蛋白FtsK[大肠杆菌]>gi|1787117(AE000191)细胞分裂蛋白FtsK[大肠杆菌]长度＝1329
评分＝576位(1469)，估计值＝e-163
相同性＝301/459(65％)，阳性＝353/459(76％)，空隙＝5/459(1％)
询问：556  IEEKLAEFKVKVKVVDSYSGPVITRYEIEPDVGVRGNSVLNLEKDLARSLGVASIRVVET 615
            +E +LA+F++K  VV+   GPVITR+E+    GV+   + NL +DLARSL   ++RVVE
目标：868  VEARLADFRIKADVVNYSPGPVITRFELNLAPGVKAARISNLSRDLARSLSTVAVRVVEV 927
询问：616  IPGKTCMGLELPNPKRQMIRLSEIFNSPEFAESKSKLTLALGQDITGQPVVTDLGKAPHL 675
            IPGK  +GLELPN KRQ + L E+ ++ +F ++ S LT+ LG+DI G+PVV DL K PHL
目标：928  IPGKPYVGLELPNKKRQTVYLREVLDNAKFRDNPSPLTVVLGKDIAGEPVVADLAKMPHL 987
询问：676  LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLFKAAPEDVRMIMIDPKMLELSIYEGITHLLAPVVTDMK 735
            LVAGTTGSGKSVGVNAMILSML+KA PEDVR IMIDPKMLELS+YEGI HLL  VVTDMK
目标：988  LVAGTTGSGKSVGVNAMILSMLYKAQPEDVRFIMIDPKMLELSVYEGIPHLLTEVVTDMK 1047
询问：736  LAANALNWCVNEMEKRYRLMSFMGVRNLAGFNQKIAEAAARGEKIGNPFSLTPDDPEP-- 793
             AANAL WCVNEME+RY+LMS +GVRNLAG+N+KIAEA      I +P+    D  +
目标：1048 DAANALRWCVNEMERRYKLMSALGVRNLAGYNEKIAEADRMMRPIPDPYWKPGDSMDAQH 1107
询问：794  --LEKLPFIVVVVDEFADLMMTAGKKIEELIARLAQKARAAGIHLILATQRPSVDVITGL 851
             L+K P+IVV+VDEFADLMMT GKK+EELIARLAQKARAAGIHL+LATQRPSVDVITGL
目标：1108 PVLKKEPYIVVLVDEFADLMMTVGKKVEELIARLAQKARAAGIHLVLATQRPSVDVITGL 1167
询问：852  IKANIPTRIAFQVSSKIDSRTILDQMGAENLLGQGDMLFLPPGTAYPQRVHGAFASDEEV 911
            IKANIPTRIAF VSSKIDSRTILDQ GAE+LLG GDML+  P +  P RVHGAF  D+EV
目标：1168 IKANIPTRIAFTVSSKIDSRTILDQAGAESLLGMGDMLYSGPNSTLPVRVHGAFVRDQEV 1227
询问：912  HRVVEYLKQFGEPDYVDDILSGGGSEELPGIGRSGDGETDPMYDEAVSVVLKTRKASISG 971
            H VV+  K  G P YVD I S   SE   G G  G  E DP++D+AV  V + RKASISG
目标：1228 HAVVQDWKARGRPQYVDGITSDSESEGGAG-GFDGAEELDPLFDQAVQFVTEKRKASISG 1286
询问：972  VQRALRIGYNRAARLIDQMEAEGIVSAPEHNGNRTILVP 1010
            VQR  RIGYNRAAR+I+QMEA+GIVS   HNGNR +L P
目标：1287 VQRQFRIGYNRAARIIEQMEAQGIVSEQGHNGNREVLAP 1325
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例59
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 497>：
  1  ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAA CTCTCTTTTA CCGCCGTCGG
 51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTATTGGT CTCCACGCAG GCAATCAACC
101  TGCTCGGCCG TGCCGCCGAC GGGC..GTGA TCGCCATCGA TGCCGTGTTG
151  GCATTGGTCG GCTTCTGGGT C......... .......... ..........
                               //
901  .........A TTGCCATCGG TTTGTTTTTA ATTTACCAAA ACGGGCTGAC
951  CCTGCTTTTT GAAGCCGTGG AAGACGGCAA AATCCATTTT TGGCTCGGAC
1001  TGCTGCCTAT GCACATTATC ATGTTTGTCC TTGCACTCAT CCTGTTGCGC
1051  GTCCGCAGTA TGCCCAGCCA GCCCTTGTGG CAGGCGGTTG GCAAAAGTCT
1101  GACATTGAAA GGCGGAAAAT GA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 498；ORF101>：
  1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGRAAD GXVIAIDAVL
 51  ALVGFWV... .......... .......... .......... ..........
                           //
301  ...IAIGLFL IYQNGLTLLF EAVEDGKIHF WLGLLPMHII MFVLALILLR
351  VRSMPSQPFW QAVGKSLTLK GGK*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 499>：
   1  ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAA CTCTCTTTTA CCGCCGTCGG
  51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTATTGGT CTCCACGCAG GCAATCAACC
 101  TGCTCGGCCG TGCCGCCGAC GGGCGTGTCG CCATCGATGC CGTGTTGGCA
 151  TTGGTCGGCT TCTGGGTCAT CGGTATGACG CCGCTTTTGC TGGTGTTGAC
 201  CGCATTTATC AGTACGTTGA CCGTGTTGAC CCGCTACTGG CGCGACAGCG
 251  AAATGTCGGT CTGGCTATCC TGCGGATTGG CATTGAAACA ATGGATACGC
 301  CCGGTGATGC AGTTTGCCGT GCCGTTTGCC GTTTTGGTTG CCGTCATGCA
 351  GCTTTGGGTG ATACCGTGGG CAGAGCTACG CAGCCGCGAA TACGCTGAAA
 401  TCCTGAAGCA GAAGCAGGAA TTGTCTTTGG TGGAGGCAGG CGAGTTCAAC
 451  AGTTTGGGCA AGCGCAACGG CAGGGTTTAT TTTGTCGAAA CCTTCGATAC
 501  CGAATCCGGC ATCATGAAAA ACCTGTTCCT GCGCGAACAG GACAAAAACG
 551  GCGGCGACAA CATCATCTTC GCCAAAGAAG GTAACTTCTC GCTGAACGAC
 601  AACAAACGCA CGCTCGAATT GCGCCACGGC TACCGTTACA GCGGCACGCC
 651  CGGACGCGCC GACTACAATC AGGTTTCCTT CCAAAAACTC AACCTGATTA
 701  TCAGCACCAC GCCCAAACTC ATCGACCCCG TTTCCCACCG CCGTACCATT
 751  CCGACCGCCC AACTGATTGG CAGCAGCAAC CCGCAACATC AGGCGGAATT
 801  GATGTGGCGC ATCTCGCTGA CCGTCAGCGT CCTCCTACTC TGCCTGCTTG
 851  CCGTGCCGCT TTCCTATTTC AACCCGCGCA GCGGACATAC CTACAATATC
 901  TTGATTGCCA TCGGTTTGTT TTTAATTTAC CAAAACGGGC TGACCCTGCT
 951  TTTTGAAGCC GTGGAAGACG GCAAAATCCA TTTTTGGCTC GGACTGCTGC
1001  CTATGCACAT TATCATGTTT GCCGTTGCAC TCATCCTGTT GCGCGTCCGC
1051  AGTATGCCCA GCCAGCCCTT CTGGCAGGCG GTTGGCAAAA GTCTGACATT
1101  GAAAGGCGGA AAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 500；ORF101-1>：
  1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGRAAD GRVAIDA VLA
 51  LVGFWVIGMT PLLLVLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWLS CGLALKQWIR
101  PVMQ FAVPFA VLVAVMQLWV IPWAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGEFN
151  SLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF AKEGNFSLND
201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFQKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTI
251  PTAQLIGSSN PQHQAELMWR  ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYN I
301  LIAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL  GLLPMHIIMF AVALILLRVR
351  SMPSQPFWQA VGKSLTLKGG K*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF101显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF101a)在57个氨基酸重叠区内有91.2％的相同性，在69个氨基酸重叠区内有95.7％的相同性：
                    10        20        30        40        50
orf101.pep  MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGXVIAIDAVLALVGFWVX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||||||
orf101a     MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGXAADXRX-AIDAVLALVGFWVXXM
                    10        20        30        40        50
                                                //
                                             90       100       110
orf101.pep  .............................IAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGL
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf101a    LTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNILXAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGL
                280       290       300       310       320       330
             120       130       140       150
orf101.pep LPMHIIMFVLALILLRVRSMPSQPFWQAVGKSLTLKGGKX
           |||||||||:|::|||||||||||||||||||||||||||
orf101a    LPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQAVGKSLTLKGGKX
                340       350       360       370
全长ORF101a核苷酸序列<SEQ ID 501>是：
   1  ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAACTCTCTTTTA CCGCCGTCGG
  51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTATTGGT CTCCACGCAG GCAATCAACC
 101  TGCTCGGCCN TGCCGCCGAC NGGCGTNTCG CCATCGATGC CGTGTTGGCA
 151  TTGGTCGGCT TCTGGGTCNN NNGNATGACG CCGCTTTTGC TNGTGTTGAC
 201  CGCATTTATC AGTACGTTGA CCGTGTTGAC CCGCTACTGG CGNGACAGCG
 251  AAATGTCGGT CTGGNTATCC TGCGGATTGG CATTGAAACA ATGGATACGC
 301  CCGGTGATGC AGTTTGCCGT GCCGTTTGCC GTTTTGGTTG CCGTCATGCA
 351  GCTTTGGGTG ATACCGTGGG CAGAGCTACG CAGCCGCGAA TACGCTGAAA
 401  TCCTGAAGCA GAAGCAGGAA TTGTCTTTGG TGGAGGCAGG CGGGTTCAAC
 451  AGTTTGGGCA AGCGCAACGG CAGGGTTTAT TTTGTCGAAA CCTTCGATAC
 501  CGAATCCGGC ATCATGAAAA ACCTGTTCCT GCGCGAACAG GACAAAAACG
 551  GCGGCGACAA CATCATCTTC NCCAAAGAAA GTAACTTCTC GCTGAACGAC
 601  AACAAACGCA CGCTCGAATT GCGCCACGGC TACCGTTACA GCGGCACGCC
 651  CGGACGCGCC GACTACAATC AGGTTTCCTT CCNAAAACTC AACCTGATTA
 701  TCAGCACCAC GCCCAAACTC ATCGACCCCG TTTCCCACCG CCGTACNATN
 751  CCNACNGCCC AACTGATTGG CAGCAGCAAC CCGCAACATC ANGCGGAATT
 801  GATGTGGCGC ATCTCGCTGA CCGTCAGCGT CCTCCTACTC TGCCTGCTTG
 851  CCGTGCCGCT TTCCTATTTC AACCCGCGCA GCGGACATAC CTACAATATC
 901  TTGANTGCCA TCGGTTTGTT TTTAATTTAC CAAAACGGGC TGACCCTGCT
 951  TTTTGAAGCC GTGGAAGACG GCAAAATCCA TTTTTGGCTC GGACTGCTGC
1001  CTATGCACAT CATCATGTTC GTCATCGCAA TCGTACTTCT GCGCGTCCGC
1051  AGCATGCCCA GCCAGCCCTT CTGGCAGGCG GTTGGCAAAA GTCTGACATT
1101  GAAAGGCGGA AAATGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 502>：
  1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGXAAD XRXAIDA VLA
 51  LVGFWVXXMT PLLLVLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWXS CGLALKQWIR
101  PVMQ FAVPFA VLVAVMQLWV IPWAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGGFN
151  SLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF XKESNFSLND
201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFXKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTX
251  PTAQLIGSSN PQHXAELMWR  ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYN I
301  LXAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL  GLLPMHIIMF VIAIVLLRVR
351  SMPSQPFWQA VGKSLTLKGG K*
ORF101a和ORF101-1显示在371个氨基酸的重叠区内有95.4％的相同性：
orf101a.pep    MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGXAADXRXAIDAVLALVGFWVXXMT 60
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||  ||
orf101-1       MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRVAIDAVLALVGFWVIGMT 60
orf101a.pep    PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSEMSVWXSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAVLVAVMQLWV 120
               |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf101-1       PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSEMSVWLSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAVLVAVMQLWV 120
orf101a.pep    IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGGFNSLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ 180
               ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf101-1       IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGEFNSLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ 180
orf101a.pep    DKNGGDNIIFXKESNFSLNDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFXKLNLIISTTPKL 240
               |||||||||| ||:||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
orf101-1       DKNGGDNIIFAKEGNFSLNDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFQKLNLIISTTPKL 240
orf101a.pep    IDPVSHRRTXPTAQLIGSSNPQHXAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI 300
            ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf101-1    IDPVSHRRTIPTAQLIGSSNPQHQAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI 300
orf101a.pep LXAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQA 360
            | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::|::|||||||||||||||
orf101-1    LIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFAVALILLRVRSMPSQPFWQA 360
orf101a.pep VGKSLTLKGGK 371
            |||||||||||
orf101-1    VGKSLTLKGGK  371
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF101显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF101ng)在N端结构域的57个氨基酸重叠区以及C端结构域的61个氨基酸重叠区内分别有96.5％和95.1％的相同性：
orf101.pep  MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGXVIAIDAVLALVGFWV      57
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
orf101ng    MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRV-AIDAVLALVGFWVIGM   59
                                       //
orf101.pep                                IAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLG   333
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf101ng    SLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNILIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLG   331
orf101.pep  LLPMHIIMFVLALILLRVRSMPSQPFWQAVGKSLTLKGGK  373
            ||||||||||:|::|||||||||||||||||
orf101ng    LLPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQAVG           362
预计ORF101ng核苷酸序列<SEQ ID 503>编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 504>：
  1 
Figure A20051011339503091
LLAVLVSTQ AINLLGRAAD GRVAIDA VLA
 51  LVGFWVIGMT PLLLVLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWLS CGLALKQWIR
101  PVMQ FAVPFA ILIAVMQLWV IPWAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGEFN
151  NLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF AKEGNFSLKD
201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFQKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTI
251  STAQLIGSSN PQHQAELMWR  ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYN I
301  LIAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL  GLLPMHIIMF VIAIVLLRVR
351  SMPSQPFWQA VG...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 505>：
  1  ATGATTTATC AAAGAAACCT CATCAAAGAA CTCTCTTTTA CCGCCGTCGG
 51  CATTTTCGTC GTCCTCTTGG CGGTGTTGGT GTCCACGCAG GCGATCAACC
101  TGCTTGGCCG CGCAGCTGAC GGGCGTGTCG CCATCGATGC CGTGTTGGCC
151  TTAGTCGGCT TCTGGGTCAT CGGTATGACC CCGCTTTTGC TGGTGTTGAC
201  CGCATTCATC AGCACGCTGA CCGTATTGAC CCGCTACTGG CGCGACAGCG
251  AAATGTCGGT CTGGCTATCC TGCGGATTGG CGTTGAAACA GTGGATACGC
301  CCCGTCATGC AGTTTGCCGT GCCGTTTGCC ATCCTGATTG CCGTCATGCA
351  GCTTTGGGTG ATACCGTGGG CAGAGCTGCG CAGCCGCGAA TATGCCGAAA
401  TTTTGAAGCA GAAGCAGGAA TTGTCTTTGG TGGAAGCCGG CGAGTTCAAT
451  AACTTGGGCA AGCGCAACGG CAgggtttaT TtcgtcgaaA CCTTTGACAC
501  CGaatccgGC ATCATGAAAA ACCTGTtcct GGGCGAACAG GACAAAAACG
551  gcggcgacaA CATCATCTTC GCcaaaGAag gtaactTctc gctgaaggaC
601  AACAAAcgca cgctcgaATT GCGCCACGGC TACCGTTACA GCGGcacgcC
651  CGGacGCGCc gactaCAATC AGGTTtcctt cCAAAAacTc aacctgATta
701  TCAGCACCAC GCCCAAacTT ATCGaccCCG TTTCCCACCG CCGCACCATT
751  tcgacCGCCC AAcTGATTGG CAGCAGCAAT CCGCAACATC AGGCAGAATT
801  GATGTGGCGC ATCTCGCTGA CCGTCAGCGT CCTCCTGCTC TGCCTACTCG
851  CCGTGCCGCT TTCCTATTTC AACCCGCGCA GCGGACATAC CTACAATATC
 901  TTGATTGCCA TCGGTTTGTT TTTAATTTAC CAAAACGGGC TGACCCTGCT
 951  TTTTGAAGCC GTGGAAGACG GCAAAATCCA TTTTTGGCTC GGACTGCTGC
1001  CTATGCACAT CATCATGTTC GTCATCGCAA TCGTACTTCT GCGCGTCCGC
1051  AGTATGCCCA GCCAGCCCTT CTGGCAGGCG GTTGGCAAAA GTCTGACATT
1101  GAAAGgcgGA AAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 506；ORF101ng-1>：
  1  MIYQRNLIKE LSFTAVGIFV VLLAVLVSTQ AINLLGRAAD GRVAIDA VLA
 51  LVGFWVIGMT PLLLVLTAFI STLTVLTRYW RDSEMSVWLS CGLALKQWIR
101  PVMQ FAVPFA ILIAVMQLWV IPWAELRSRE YAEILKQKQE LSLVEAGEFN
151  NLGKRNGRVY FVETFDTESG IMKNLFLREQ DKNGGDNIIF AKEGNFSLKD
201  NKRTLELRHG YRYSGTPGRA DYNQVSFQKL NLIISTTPKL IDPVSHRRTI
251  STAQLIGSSN PQHQAELMWR  ISLTVSVLLL CLLAVPLSYF NPRSGHTYN I
301  LIAIGLFLIY QNGLTLLFEA VEDGKIHFWL  GLLPMHIIMF VIAIVLLRVR
351  SMPSQPFWQA VGKSLTLKGG K*
ORF101ng-1和ORF101-1显示在371个氨基酸的重叠区内有97.6％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf101-1.pep  MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRVAIDAVLALVGFWVIGMT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf101ng-1    MIYQRNLIKELSFTAVGIFVVLLAVLVSTQAINLLGRAADGRVAIDAVLALVGFWVIGMT
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf101-1.pep  PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSEMSVWLSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAVLVAVMQLWV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||||||
orf101ng-1    PLLLVLTAFISTLTVLTRYWRDSEMSVWLSCGLALKQWIRPVMQFAVPFAILIAVMQLWV
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf101-1.pep  IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGEFNSLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ
              ||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||
orf101ng-1    IPWAELRSREYAEILKQKQELSLVEAGEFNNLGKRNGRVYFVETFDTESGIMKNLFLREQ
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf101-1.pep  DKNGGDNIIFAKEGNFSLNDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFQKLNLIISTTPKL
              ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf101ng-1    DKNGGDNIIFAKEGNFSLKDNKRTLELRHGYRYSGTPGRADYNQVSFQKLNLIISTTPKL
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf101-1.pep  IDPVSHRRTIPTAQLIGSSNPQHQAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI
              |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf101ng-1    IDPVSHRRTISTAQLIGSSNPQHQAELMWRISLTVSVLLLCLLAVPLSYFNPRSGHTYNI
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf101-1.pep  LIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFAVALILLRVRSMPSQPFWQA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::|::|||||||||||||||
orf101ng-1    LIAIGLFLIYQNGLTLLFEAVEDGKIHFWLGLLPMHIIMFVIAIVLLRVRSMPSQPFWQA
                     310       320       330       340       350       360
                     370
orf101-1.pep  VGKSLTLKGGKX
              ||||||||||||
orf101ng-1    VGKSLTLKGGKX
                     370
根据该分析结果(包括此淋球菌蛋白中存在一个推定的前导序列(双划线)和数个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例60
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 507>：
  1  ..GGTGGTGGTT TTATCAATGC TTCCTGTGCC ACTTTGACGA CAGCCAAACC
 51    GCAATATCAA GCAGGAGACC TTAGCGCTTT TAAGATAAGG CAAGGCAATG
101    TTGTAATCGC CGGACACGGT TTGGATGCAC GTGATACCGA TTACACACGT
151    ATTCTCAGTT ATCATTCCAA AATCGATGCA CCCGTATGGG GACAAGATGT
201    TCGTGTCGTC GCGGGACAAA ACGATGTGGC CGCAACAGGT GATGCACATT
251    CGCCTATTCT CAATAATGCT GCTGCCAATA CGTCAAACAA TACAGCCAAC
301    AACGGCACAC ATATCCCTTT ATTTGCGATT GATACAGGCA AATTAGGAGG
351    TAT.GTATGC CAACAAAATC ACCTTGATCA GTACGGTCGA GCAAGCAGGC
401    ATTCGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 508；ORF113>：
  1  ..GGGFINASCA TLTTAKPQYQ AGDLSAFKIR QGNVVIAGHG LDARDTDYTR
 51    ILSYHSKIDA PVWGQDVRVV AGQNDVAATG DAHSPILNNA AANTSNNTAN
101    NGTHIPLFAI DTGKLGGXVC QQNHLDQYGR ASRHS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌的pspA推定分泌蛋白(登录号为AF030941)的同源性
ORF和pspA显示在179个氨基酸的重叠区内有44％的氨基酸相同性：
orf113  GGGFINASCATLTTAKPQYQAGDLSAFKIRQGNVVIAGHGLDARDTDYTRILSYHSKIDA 60
        GGG INA+  TLT+  P    G+L+ F +  G VVI G GLD  D DYTRILS  ++I+A
pspa    GGGLINAASVTLTSGVPVLNNGNLTGFDVSSGKVVIGGKGLDTSDADYTRILSRAAEINA 256
orf113  PVWGQDVRVVAGQNDVAATGDAHSPILXXXXXXXXXXXXXXGTHIPLFAIDTGKLGGMYA 120
         VWG+DV+VV+G+N +   G                      +  P  AIDT  LGGMYA
pspa    GVWGKDVKVVSGKNKLDFDG---------SLAKTASAPSSSDSVTPTVAIDTATLGGMYA 307
orf113  NKITLISTVEQAGIRNQGQWFASAGNVAVNAEGKLVNTGMIAATGENHAVSLHARNVHN  179
        +KITLIST   A IRN+G+ FA+ G V ++A+GKL N+G I A      +++ A+ V N
pspa    DKITLISTDNGAVIRNKGRIFAATGGVTLSADGKLSNSGSIDAA----EITISAQTVDN  362
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF113显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF113ng)在N端部分的52个氨基酸重叠区以及C端部分的17个氨基酸重叠区内有86.5％和94.1％的相同性：
orf113                                    GGGFINASCATLTTAKPQYQAGDLSAFKIR  30
                                          |||||||| |||||::||||||||:|:|||
orf113ng    SHPSQLNGYIEVGGRRAEVVIANPAGIAVNGGGFINASRATLTTGQPQYQAGDFSGFKIR  224
orf113      QGNVVIAGHGLDARDTDYTRILSYHSKIDAPVWGQDVRVVAGQNDVAATGDAHSPILNNA  90
            |||:|||||||||||||:||||
orf113ng    QGNAVIAGHGLDARDTDFTRILVCQQNHLDQYGRTSRHS 263
orf113                           IDTGKLGGXVCQQNHLDQYGRASRHS 135
                                          ||||||||||||:||||
orf113ng    DFSGFKIRQGNAVIAGHGLDARDTDFTRILVCQQNHLDQYGRTSRHS 263
预计全长ORF113ng核苷酸序列<SEQ ID 509>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 510>：
1  MNKTLYRVIF NRKRGAVVAV AETTKREGKS CADSGSGSVY VKSVSFTPTH
 51  SKAFCFSALG FSLCLALGTV NIAFADGIIT DKAAPKTQQA TILQTGNGIP
101  QVNIQTPTSA GVSVNQYAQF DVGNRGAILN NSRSNTQTQL GGWIQGNPWL
151  TRGEARVVVN QINSSHPSQL NGYIEVGGRR AEVVIANPAG IAVNGGGFIN
201  ASRATLTTGQ PQYQAGDFSG FKIRQGNAVI AGHGLDARDT DFTRILVCQQ
251  NHLDQYGRTS RHS*
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例61
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 511>：
  1  ..TCAACGGGAC ATAGCGAACA AAATTACACT TTGCCGCGAG AAATCACACG
 51    CAACATTTCA CTGGGTTCAT TTGCCTATGA ATCGCATCGC AAAGCATTAA
101    GCCATCATGC GCCCAGCCAA GGCACTGAGT TGCCGCAAAG CAACGGTATT
151    TCGCTACCCT ATACGTCCAA TTCTTTTACC CCATTACCCA GCAGCAGCTT
201    ATACATTATC AATCCTGTCA ATAAAGGCTA TCTTGTTGAA ACCGATCCAC
251    GCTTTGCCAA CTACCGTCAA TGGTTGGGTA GTGACTATAT GCtGGACAGC
301    CTCAAACTAG ACCCAAACAA TTTACATAAA CGTTTGGGTG ATGGTTATTA
351    CGAGCAACGT TTAATCAATG AACAAATCGC AGAGCTGACA GGGCATCGTC
401    GTTTAGAcGG TTATCAAAAC GACGAAGAAC AATTTAAAGC CTTAATGGAT
451    AATGGCGCGA CTGCGGCACG TTcGATGAAT CTCAGCGTTG GCATTGCATT
501    AAGTGCCGAG CAAGTAGCGC AACTGACCAG CGATATTGTT TGGTTGGTAC
551    AAAAAGAAGT TAAGCTTCCT GATGGCGGCA CACAAACCGT ATTGGTGCCA
601    CAGGTTTATG TACGCGTTAA AAATGGCGAC ATAGACGGTA AAGGTGCATT
651    GTTGTCAGGC AGCAATACAC AAATCAATGT TTCAGGCAGC CTGAAAAACT
701    CAGGCACGAT TGCAGGgCGC AATGCGCTTA TTATCAATAC CGATACGCTA
751    GACAATATCG GTGGGCGTAT TCATGCGCAA AAATCAGCGG TTACGGCCAC
801    ACAAGACATC AATAATATTG GCGGCATGCT TTCTGCCGAA CAGACATTAT
851    TGCTCAACGC AGGCAACAAC ATCAACAGCC AAAGCACCAC CGCCAGCAGT
901    CAAAATACAC AAGGCAGCAG CACCTACCTA GACCGAATGG CAGGTATTTA
951    TATCACAGGC AAAGAAAAAG GTGTTT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 512；ORF115>：
  1  ..STGHSEQNYT LPREITRNIS LGSFAYESHR KALSHHAPSQ GTELPQSNGI
 51    SLPYTSNSFT PLPSSSLYII NPVNKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLDS
101    LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD
151    NGATAARSMN LSVGIALSAE QVAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLVP
201    QVYVRVKNGD IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL
251    DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGMLSAE QTLLLNAGNN INSQSTTASS
301    QNTQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGV..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌的pspA推定分泌蛋白(登录号为AF030941)的同源性
ORF115和pspA蛋白显示在325个氨基酸的重叠区内有50％的氨基酸相同性：
Orf115：1    STGHSEQNYTLPREITRNISLGSFAYESHRKALSHHAPSQGTELPQSNGISLPYTSNSFT 60
             STG+S   Y    E++ +I +G  AY+ +    +   P     +   NGI   +T
pspA：  778  STGYSRSPYEPAPEVS-SIRMGISAYKGYAPQQASDIPGTVVPVVAENGIHPTFT----- 831
Orf115：61   PLPSSSLYIINPVNKGYLVETDPRFANYRQWLGSDYMLDSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQR 120
              LP+SSL+ I P NKGYL+ETDP F +YR+WLGS YML +L+ DPN++HKRLGDGYYEQ+
pspA：  832  -LPNSSLFAIAPNNKGYLIETDPAFTDYRKWLGSGYMLAALQQDPNHIHKRLGDGYYEQK 890
Orf115：121  LINEQIAELTGHRRLDGYQNDEEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQVAQLTSDIV 180
             L+NEQIA+LTG+RRLDGY NDEEQFKALMDNG T A+ + L+ GIALSAEQVA+LTSDIV
pspA：  891  LVNEQIAKLTGYRRLDGYTNDEEQFKALMDNGITIAKELQLTPGIALSAEQVARLTSDIV 950
Orf115：181  WLVQKEVKLPDGGTQTVLVPQVYVRVKNGDIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKN-SGTIAG 239
             WL  + V LPDG TQTVL P+VYVR +  D++G+GALLSGS   I  SG+++N  G IAG
pspA：  951  WLENETVTLPDGTTQTVLKPKVYVRARPKDMNGQGALLSGSVVDIG-SGAIENRGGLIAG 1009
Orf115：240  RNALIINTDTLDNIGGRIHAQKSAVTATQDINNIGGMLSAEQTLLLNAGXXXXXXXXXXX 299
             R ALI+N   + N+ G +  +     A  DI N G  + AE  LLL A
pspA：  1010 REALILNAQNIKNLQGDLQGKNIFAAAGSDITNTGS-IGAENALLLKASNNIESRSETRS 1068
Orf115：300  XXXXXXXXXYLDRMAGIYITGKEKG 324
                       + R+AGIY+TG++ G
pspA：  1069 NQNEQGSVRNIGRVAGIYLTGRQNG 1093
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF115显示与淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF115ng)在重叠的334个氨基酸内有91.9％的相同性：
orf115.pep                                 STGHSEQNYTLPREITRNISLGSFAYESHRK  31
                                            ||| |||||||:||||:||||||||||| |
orf115ng      NEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDISLGSFAYESHSK  71
orf115.pep    ALSHHAPSQGTELPQSN----------GISLPYTSNSFTPLPSSSLYIINPVNKGYLVET  81
              |||:|||||||||||||          ||||||| |||||||:||||||||:||||||||
orf115ng      ALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYIINPANKGYLVET  131
orf115.pep    DPRFANYRQWLGSDYMLDSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND  141
              ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf115ng      DPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND  191
orf115.pep    EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQVAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLVPQ  201
              ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||
orf115ng      EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLMPQ  251
orf115.pep    VYVRVKNGDIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK  261
              |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf115ng      VYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK  311
orf115.pep    SAVTATQDINNIGGMLSAEQTLLLNAGNNINSQSTTASSQNTQGSSTYLDRMAGIYITGK  321
              ||||||||||||||:||||||||||||||||:|||: ||||:||||||||||||||||||
orf115ng      SAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTYLDRMAGIYITGK  371
orf115.pep    EKGV                                                          325
              ||||
orf115ng      EKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQEIHFDADNHTIR  431
预计ORF115ng核苷酸序列<SEQ ID 513>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID514>：
  1  MLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT
 51  LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI
101  SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS
151  LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD
201  NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLMP
251  QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL
301  DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS
351  QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT
401  RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL
451  SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG
501  GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI
551  QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS
601  NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ
651  NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAVAHKAAK QFDKAKTTAL
701  MPWRLPMQVG RLFKQAKAPK K*
进一步的工作揭示了下列淋球菌的部分DNA序列<SEQ ID 515>：
   1  TTGCTTGTGC AAACAGAAAA AGACGGTTTG CATAACGAGC AAACCTTTGG
  51  CGAGAAGAAA GTCTTCAGCG AAAATGGTAA GTTGCACAAC TACTGGCGTG
 101  CGCGTCGTAA AGGACATGAT GAAACAGGGC ATCGTGAACA AAATTATACT
 151  TTGCCGGAGG AAATCACACG CGACATTTCA CTGGGTTCAT TTGCCTATGA
 201  ATCGCATAGC AAAGCATTAA GCCGTCATGC GCCCAGCCAA GGCACTGAGT
 251  TGCCACAAAG TAACCGGGAT AATATCCGTA CTGCGAAAAG CAACGGTATT
 301  TCGCTACCCT ATACGCCCAA TTCTTTTACC CCATTACCCG GCAGCAGCTT
 351  ATACATTATC AATCCTGCCA ATAAAGGCTA TCTTGTTGAA ACCGATCCAC
 401  GCTTTGCCAA CTACCGTCAA TGGTTGGGTA GTGACTATAT GCTGGGCAGC
 451  CTCAAACTAG ACCCAAACAA TTTACATAAA CGTTTGGGTG ATGGTTATTA
 501  CGAGCAACGT TTAATCAATG AACAAATCGC AGAGCTGACA GGGCATCGTC
 551  GTTTAGACGG TTATCAAAAC GACGAAGAAC AATTTAAAGC CTTAATGGAT
 601  AATGGCGCGA CTGCGGCACG TTCGATGAAT CTCAGCGTTG GCATTGCATT
 651  AAGTGCCGAG CAAGCAGCGC AACTGACCAG CGATATTGTT TGGTTGGTAC
 701  AAAAAGAAGT TAAACTTCCT GATGGCGGCA CACAAACCGT ATTGATGCCA
 751  CAGGTTTATG TACGCGTTAA AAATGGCGGC ATAGACGGTA AAGGTGCATT
 801  GTTGTCAGGC AGCAATACAC AAATCAATGT TTCAGGCAGC CTGAAAAACT
 851  CAGGCACGAT TGCAGGGCGC AATGCGCTTA TTATCAATAC CGATACGCTA
 901  GACAATATCG GTGGGCGTAT TCATGCGCAA AAATCAGCGG TTACGGCCAC
 951  ACAAGACATC AATAATATTG GCGGCATTCT TTCTGCCGAA CAGACATTAT
1001  TGCTCAATGC GGGTAACAAC ATCAACAACC AAAGCACGGC CAAGAGCAGT
1051  CAAAATGCAC AAGGTAGCAG CACCTACCTA GACCGAATGG CAGGTATTTA
1101  TATCACAGGC AAAGAAAAAG GTGTTTTAGC AGCGCAGGCA GGCAAAGACA
1151  TCAACATCAT TGCCGGTCAA ATCAGCAATC AATCAGATCA AGGGCAAACC
1201  CGGCTGCAGG CAGGACGCGA CATTAACCTG GATACGGTAC AAACCGGCAA
1251  ATATCAAGAA ATCCATTTTG ATGCCGATAA CCATACCATC CGAGGTTCAA
1301  CGAACGAAGT CGGCAGCAGC ATTCAAACAA AAGGCGATGT TACCCtatTG
1351  TCAGGGAATA ATCTCAATGC CAAAGCTGCC GAAGTCGGCA GCGCAAAAGG
1401  CACACTTGCC GTGTATGCTA AAAATGACAT TACTATCAGC TCAGGCATCC
1451  ATGCCGGCCA AGTTGATGAT GCGTCCAAAC ATACAGGCAG AAGCGGCGGC
1501  GGTAATAAAT TAGTCATTAC CGATAAAGCC CAAAGTCATC ACGAAACTGC
1551  TCAAAGCAGC ACCTTTGAAG GCAAGCAAGT TGTATTGCAG GCAGGAAACG
1601  ATGCCAACAT CCTTGGCAGT AATGTTATTT CCGATAATGG CACCCGGATT
1651  CAAGCAGGCA ATCATGTTCG CATTGGTACA ACCCAAACTC AAAGCCAAAG
1701  CGAAACCTAT CATCAAACCC AAAAATCAGG ATTGATGAGT GCAGGTATCG
1751  GCTTCACTAT TGGCAGCAAG ACAAACACAC AAGAAAACCA ATCCCAAAGC
1801  AACGAACATA CAGGCAGTAC CGTAGGCAGC CTGAAAGGCG ATACCACCAT
1851  TGTTGCAAGC AAACACTACG AACAAACCGG CAGCAACGTT TCCAGCCCTG
1901  AGGGCAACAA CCTTATCAGC ACGCAAAGTA TGGATATTGG CGCAGCACAA
1951  AACCAATTAA ACAGCAAAAC CACCCAAACC TACGAACAAA AAGGCTTAAC
2001  GGTGGCATTC AGTTCGCCCG TTACCGATTT GGCACAACAA GCGATTGCCG
2051  TAGCACACAA AGCAGCAAAC AAGTCGGACA AAGCAAAAAC GACCGCGTTA
2101  ATGCCATGGC GGCTGCCAAT GCAGGTTGGC AGGCCTATCA AACAGGCAAA
2151  GGCGCACAAA ACTTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 516；ORF115ng-1>：
  1  LLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT
 51  LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI
101  SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS
151  LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD
201  NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLMP
251  QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL
301  DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS
351  QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT
401  RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL
451  SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG
501  GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI
551  QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS
601  NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ
651  NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAVAHKAAN KSDKAKTTAL
701  MPWRLPMQVG RPIKQAKAHK T*
此淋球菌蛋白(ORF115ng-1)显示和ORF115在334个氨基酸内有91.9％的相同性：
                     20        30        40        50        60        70
orf115ng-1.p  NEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDISLGSFAYESHSK
                                            ||| |||||||:||||:||||||||||| |
orf115                                     STGHSEQNYTLPREITRNISLGSFAYESHRK
                                                   10        20        30
                     80        90       100       110       120       130
orf115ng-1.p  ALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYIINPANKGYLVET
              |||:|||||||||||||          ||||||| |||||||:||||||||:||||||||
orf115        ALSHHAPSQGTELPQSN----------GISLPYTSNSFTPLPSSSLYIINPVNKGYLVET
                     40                  50        60        70        80
                    140       150       160       170       180       190
orf115ng-1.p  DPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND
              ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf115        DPRFANYRQWLGSDYMLDSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELTGHRRLDGYQND
                     90       100       110       120       130       140
                    200       210       220       230       240       250
orf115ng-1.p  EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLMPQ
              ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||
orf115        EEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQVAQLTSDIVWLVQKEVKLPDGGTQTVLVPQ
                    150       160       170       180       190       200
                    260       270       280       290       300       310
orf115ng-1.p  VYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK
              |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   orf115        VYVRVKNGDIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKNSGTIAGRNALIINTDTLDNIGGRIHAQK
                    210       220       230       240       250       260
                    320       330       340       350       360       370
orf1 15ng-1.p SAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTYLDRMAGIYITGK
              ||||||||||||||:||||||||||||||||:|||: ||||:||||||||||||||||||
orf115        SAVTATQDINNIGGMLSAEQTLLLNAGNNINSQSTTASSQNTQGSSTYLDRMAGIYITGK
                    270       280       290       300       310       320
                    380       390       400       410       420       430
orf115ng-1.p  EKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQEIHFDADNHTIR
              ||||
orf115        EKGV
另外，它显示出与数据库中一种分泌的脑膜炎奈瑟球菌蛋白同源：
gi|2623258(AF030941)推定分泌的蛋白[脑膜炎奈瑟球菌]长度＝2273
评分＝604位(1541)，估计值＝e-172
相同性＝325/678(47％)，阳性＝449/678(65％)，空隙＝22/678(3％)
询问：1    LLVQTEKDGLHNEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDIS 60
            L+V T +  L N++T G K + ++ G LH Y R  +KG D TG+    Y    E++  I
目标：739  LIVGTPESALDNDETLGTKTI-TDKGDLHRYHRHHKKGRDSTGYSRSPYEPAPEVS-SIR 796
询问：61   LGSFAYESHSKALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYII 120
            +G  AY+ +       AP Q +++P +    +     NGI   +T      LP SSL+ I
目标：797  MGISAYKGY-------APQQASDIPGTV---VPVVAENGIHPTFT------LPNSSLFAI 840
询问：121  NPANKGYLVETDPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELT 180
             P NKGYL+ETDP F +YR+WLGS YML +L+ DPN++HKRLGDGYYEQ+L+NEQIA+LT
目标：841  APNNKGYLIETDPAFTDYRKWLGSGYMLAALQQDPNHIHKRLGDGYYEQKLVNEQIAKLT 900
询问：181  GHRRLDGYQNDEEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLP 240
            G+RRLDGY NDEEQFKALMDNG T A+ + L+ GIALSAEQ A+LTSDIVWL  + V LP
目标：901  GYRRLDGYTNDEEQFKALMDNGITIAKELQLTPGIALSAEQVARLTSDIVWLENETVTLP 960
询问：241  DGGTQTVLMPQVYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKN-SGTIAGRNALIINTDT 299
            DG TQTVL P+VYVR +   ++G+GALLSGS   I  SG+++N  G IAGR ALI+N
目标：961  DGTTQTVLKPKVYVRARPKDMNGQGALLSGSVVDIG-SGAIENRGGLIAGREALILNAQN 1019
询问：300  LDNIGGRIHAQKSAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTY 359
            + N+ G + +      A  DI N G I  AE  LLL A NNI ++S  +S+QN QGS
目标：1020 IKNLQGDLQGKNIFAAAGSDITNTGSI-GAENALLLKASNNIESRSETRSNQNEQGSVRN 1078
询问：360  LDRMAGIYITGKEKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQ 419
            + R+AGIY+TG++ G +   AG +I + A +++NQS+ GQT L AG DI  DT    + Q
目标：1079 IGRVAGIYLTGRQNGSVLLDAGNNIVLTASELTNQSEDGQTVLNAGGDIRSDTTGISRNQ 1138
询问：420  EIHFDADNHTIRGSTNEVGSSIQTKGDVTLLSGNNLNAKAAEVGSAKGTLAVYAKNDITI 479
               FD+DN+ IR   NEVGS+I+T+G+++L +  ++  +AAEVGS +G L + A  DI +
目标：1139 NTIFDSDNYVIRKEQNEVGSTIRTRGNLSLNAKGDIRIRAAEVGSEQGRLKLAAGRDIKV 1198
询问：480  SSGIHAGQVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILG 539
             +G    + +DA K+TGRSGGG K  +T   ++ +  A S T +GK+++L +G D  + G
目标：1199 EAGKAHTETEDALKYTGRSGGGIKQKMTRHLKNQNGQAVSGTLDGKEIILVSGRDITVTG 1258
询问：540  SNVISDNGTRIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLM-SAGIGFTIGSKTNTQENQS 598
            SN+I+DN T + A N++ +   +T+S+S   ++ +KSGLM S GIGFT GSK +TQ N+S
目标：1259 SNIIADNHTILSAKNNIVLKAAETRSRSAEMNKKEKSGLMGSGGIGFTAGSKKDTQTNRS 1318
询问：599  QSNEHTGSTVGSLKGDTTIVASKHYEQTGSNVSSPEGNNLISTQSMDIGAAQNQLNSKTT 658
            ++  HT S VGSL G+T I A KHY QTGS +SSP+G+  IS+  + I AAQN+ + ++
目标：1319 ETVSHTESVVGSLNGNTLISAGKHYTQTGSTISSPQGDVGISSGKISIDAAQNRYSQESK 1378
询问：659  QTYEQKGLTVAFSSPVTD 676
            Q YEQKG+TVA S PV +
目标：1379 QVYEQKGVTVAISVPVVN 1396
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例62
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 517>：
  1  ..TCAGGGAATA ACCTCAATGC CAAAGCTGCC GAAGTCAGCA GCGCAAACGG
 51    TACACTCGCT GTGTCTGCCA ATAATGACAT CAACATCAGC GCAGGCATCA
101    ACACGACCCA TGTTGATGAT GCGTCCAAAC ACACAGGCAG AAGCGGTGGT
151    GGCAATAAAT TAGTCATTAC CGATAAAGCC CAAAGTCATC ACGAAACCGC
201    CCAAAGCAGC ACCTTTGAAG GCAAGCAAGT TGTATTGCAG GCAGGAAACG
251    ATGCCAACAT CCTTGGCAGC AATGTTATTT CCGATAATGG CACCCAGATT
301    CAAGCAGGCA ATCATGTTCG CATTGGTACA ACCCAAACTC AAAGCCAAAG
351    CGAAACCTAT CATCAAACCC AGAAATCAGG ATTGATGAGT GCAGGTATCG
401    GCTTCACTAT TGGCAGCAAG ACAAACACAC AAGAAAACCA ATCCCAAAGC
451    AACGAACATA CAGGCAGTAC CGTAGGCAGC TTGAAAGGCG ATACCACCAT
501    TGTTGCAGGC AAACACTACG AACAAATCGG CAGTACCGTT TCCAGCCCGG
551    AAGGCAACAA TACCATCTAT GCCCAAAGCA TAGACATTCA AGCGGCACAC
601    AACAAATTAA ACAGTAATAC CACCCAAACC TATGAACAAA AAGG.CTAAC
651    GGTGGCATTC AGTTCGCCCG TTACCGATTT GGCACAACAA ...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 518；ORF117>：
  1  ..SGNNLNAKAA EVSSANGTLA VSANNDINIS AGINTTHVDD ASKHTGRSGG
 51    GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTQI
101    QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS
151    NEHTGSTVGS LKGDTTIVAG KHYEQIGSTV SSPEGNNTIY AQSIDIQAAH
201    NKLNSNTTQT YEQKXLTVAF SSPVTDLAQQ ...
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌的pspA推定分泌蛋白(登录号AF030941)的同源性
ORF117和pspA蛋白显示在224个氨基酸的重叠区内有45％的氨基酸相同性：
Orf117：4    NLNAKAAEVSSANGTLAVSANNDINISAGINTTHVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSH 63
             ++  +AAEV S  G L ++A  DI + AG   T  +DA K+TGRSGGG K  +T   ++
pspA：  1173 DIRIRAAEVGSEQGRLKLAAGRDIKVEAGKAHTETEDALKYTGRSGGGIKQKMTRHLKNQ 1232
Orf117：64   HETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILGSNVISDNGTQIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQT 123
             +  A S T +GK+++L +G D  + GSN+I+DN T + A N++ +   +T+S+S   ++
pspA：  1233 NGQAVSGTLDGKEIILVSGRDITVTGSNIIADNHTILSAKNNIVLKAAETRSRSAEMNKK 1292
Orf117：124  QKSGLM-SAGIGFTIGSKTNTQENQSQSNEHTGSTVGSLKGDTTIVAGKHYEQIGSTVSS 182
             +KSGLM S GIGFT GSK +TQ N+S++  HT S VGSL G+T I AGKHY Q GST+SS
pspA：  1293 EKSGLMGSGGIGFTAGSKKDTQTNRSETVSHTESVVGSLNGNTLISAGKHYTQTGSTISS 1352
Orf117：183  PEGNNTIYAQSIDIQAAHNKLNSNTTQTYEQKXLTVAFSSPVTD 226
             P+G+  I +  I I AA N+ +  + Q YEQK +TVA S PV +
pspA：  1353 PQGDVGISSGKISIDAAQNRYSQESKQVYEQKGVTVAISVPVVN 1396
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF117显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF117ng)在230个氨基酸的重叠区内有90％的相同性：
orf117.pep                                SGNNLNAKAAEVSSANGTLAVSANNDINIS  30
                                          ||||||||||||:||:||||| |:|||:||
orf117ng    IHFDADNHTIRGSTNEVGSSIQTKGDVTLLSGNNLNAKAAEVGSAKGTLAVYAKNDITIS  480
orf117.pep  AGINTTHVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILGS  90
            :||:: :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf117ng    SGIHAGQVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILGS  540
orf117.pep  NVISDNGTQIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLMSAGIGFTIGSKTNTQENQSQS  150
            ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf117ng    NVISDNGTRIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLMSAGIGFTIGSKTNTQENQSQS  600
orf117.pep  NEHTGSTVGSLKGDTTIVAGKHYEQIGSTVSSPEGNNTIYAQSIDIQAAHNKLNSNTTQT  210
            |||||||||||||||||||:||||| ||:|||||||| | :||:|| ||:|:|||:||||
orf117ng    NEHTGSTVGSLKGDTTIVASKHYEQTGSNVSSPEGNNLISTQSMDIGAAQNQLNSKTTQT  660
orf117.pep  YEQKXLTVAFSSPVTDLAQQ                                          230
            |||| |||||||||||||||
orf117ng    YEQKGLTVAFSSPVTDLAQQAIAVAHKAAKQFDKAKTTALMPWRLPMQVGRLFKQAKAPK  720
预计ORF117ng核苷酸序列<SEQ ID 519>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID520>：
  1  ..LLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT
 51    LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI
101    SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS
151    LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD
201    NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLMP
251    QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL
301    DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS
351    QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT
401    RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL
451    SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG
501    GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI
551    QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS
601    NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ
651    NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAVAHKAAK QFDKAKTTAL
701    MPWRLPMQVG RLFKQAKAPK K*
进一步的工作揭示了下列淋球菌的部分DNA序列<SEQ ID 521>：
   1  TTGCTTGTGC AAACAGAAAA AGACGGTTTG CATAACGAGC AAACCTTTGG
  51  CGAGAAGAAA GTCTTCAGCG AAAATGGTAA GTTGCACAAC TACTGGCGTG
 101  CGCGTCGTAA AGGACATGAT GAAACAGGGC ATCGTGAACA AAATTATACT
 151  TTGCCGGAGG AAATCACACG CGACATTTCA CTGGGTTCAT TTGCCTATGA
 201  ATCGCATAGC AAAGCATTAA GCCGTCATGC GCCCAGCCAA GGCACTGAGT
 251  TGCCACAAAG TAACCGGGAT AATATCCGTA CTGCGAAAAG CAACGGTATT
 301  TCGCTACCCT ATACGCCCAA TTCTTTTACC CCATTACCCG GCAGCAGCTT
 351  ATACATTATC AATCCTGCCA ATAAAGGCTA TCTTGTTGAA ACCGATCCAC
 401  GCTTTGCCAA CTACCGTCAA TGGTTGGGTA GTGACTATAT GCTGGGCAGC
 451  CTCAAACTAG ACCCAAACAA TTTACATAAA CGTTTGGGTG ATGGTTATTA
 501  CGAGCAACGT TTAATCAATG AACAAATCGC AGAGCTGACA GGGCATCGTC
 551  GTTTAGACGG TTATCAAAAC GACGAAGAAC AATTTAAAGC CTTAATGGAT
 601  AATGGCGCGA CTGCGGCACG TTCGATGAAT CTCAGCGTTG GCATTGCATT
 651  AAGTGCCGAG CAAGCAGCGC AACTGACCAG CGATATTGTT TGGTTGGTAC
 701  AAAAAGAAGT TAAACTTCCT GATGGCGGCA CACAAACCGT ATTGATGCCA
 751  CAGGTTTATG TACGCGTTAA AAATGGCGGC ATAGACGGTA AAGGTGCATT
 801  GTTGTCAGGC AGCAATACAC AAATCAATGT TTCAGGCAGC CTGAAAAACT
 851  CAGGCACGAT TGCAGGGCGC AATGCGCTTA TTATCAATAC CGATACGCTA
 901  GACAATATCG GTGGGCGTAT TCATGCGCAA AAATCAGCGG TTACGGCCAC
 951  ACAAGACATC AATAATATTG GCGGCATTCT TTCTGCCGAA CAGACATTAT
1001  TGCTCAATGC GGGTAACAAC ATCAACAACC AAAGCACGGC CAAGAGCAGT
1051  CAAAATGCAC AAGGTAGCAG CACCTACCTA GACCGAATGG CAGGTATTTA
1101  TATCACAGGC AAAGAAAAAG GTGTTTTAGC AGCGCAGGCA GGCAAAGACA
1151  TCAACATCAT TGCCGGTCAA ATCAGCAATC AATCAGATCA AGGGCAAACC
1201  CGGCTGCAGG CAGGACGCGA CATTAACCTG GATACGGTAC AAACCGGCAA
1251  ATATCAAGAA ATCCATTTTG ATGCCGATAA CCATACCATC CGAGGTTCAA
1301  CGAACGAAGT CGGCAGCAGC ATTCAAACAA AAGGCGATGT TACCCtatTG
1351  TCAGGGAATA ATCTCAATGC CAAAGCTGCC GAAGTCGGCA GCGCAAAAGG
1401  CACACTTGCC GTGTATGCTA AAAATGACAT TACTATCAGC TCAGGCATCC
1451  ATGCCGGCCA AGTTGATGAT GCGTCCAAAC ATACAGGCAG AAGCGGCGGC
1501  GGTAATAAAT TAGTCATTAC CGATAAAGCC CAAAGTCATC ACGAAACTGC
1551  TCAAAGCAGC ACCTTTGAAG GCAAGCAAGT TGTATTGCAG GCAGGAAACG
1601  ATGCCAACAT CCTTGGCAGT AATGTTATTT CCGATAATGG CACCCGGATT
1651  CAAGCAGGCA ATCATGTTCG CATTGGTACA ACCCAAACTC AAAGCCAAAG
1701  CGAAACCTAT CATCAAACCC AAAAATCAGG ATTGATGAGT GCAGGTATCG
1751  GCTTCACTAT TGGCAGCAAG ACAAACACAC AAGAAAACCA ATCCCAAAGC
1801  AACGAACATA CAGGCAGTAC CGTAGGCAGC CTGAAAGGCG ATACCACCAT
1851  TGTTGCAAGC AAACACTACG AACAAACCGG CAGCAACGTT TCCAGCCCTG
1901  AGGGCAACAA CCTTATCAGC ACGCAAAGTA TGGATATTGG CGCAGCACAA
1951  AACCAATTAA ACAGCAAAAC CACCCAAACC TACGAACAAA AAGGCTTAAC
2001  GGTGGCATTC AGTTCGCCCG TTACCGATTT GGCACAACAA GCGATTGCCG
2051  TAGCACACAA AGCAGCAAAC AAGTCGGACA AAGCAAAAAC GACCGCGTTA
2101  ATGCCATGGC GGCTGCCAAT GCAGGTTGGC AGGCCTATCA AACAGGCAAA
2151  GGCGCACAAA ACTTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 522；ORF117ng-1>：
1  LLVQTEKDGL HNEQTFGEKK VFSENGKLHN YWRARRKGHD ETGHREQNYT
 51  LPEEITRDIS LGSFAYESHS KALSRHAPSQ GTELPQSNRD NIRTAKSNGI
101  SLPYTPNSFT PLPGSSLYII NPANKGYLVE TDPRFANYRQ WLGSDYMLGS
151  LKLDPNNLHK RLGDGYYEQR LINEQIAELT GHRRLDGYQN DEEQFKALMD
201  NGATAARSMN LSVGIALSAE QAAQLTSDIV WLVQKEVKLP DGGTQTVLMP
251  QVYVRVKNGG IDGKGALLSG SNTQINVSGS LKNSGTIAGR NALIINTDTL
301  DNIGGRIHAQ KSAVTATQDI NNIGGILSAE QTLLLNAGNN INNQSTAKSS
351  QNAQGSSTYL DRMAGIYITG KEKGVLAAQA GKDINIIAGQ ISNQSDQGQT
401  RLQAGRDINL DTVQTGKYQE IHFDADNHTI RGSTNEVGSS IQTKGDVTLL
451  SGNNLNAKAA EVGSAKGTLA VYAKNDITIS SGIHAGQVDD ASKHTGRSGG
501  GNKLVITDKA QSHHETAQSS TFEGKQVVLQ AGNDANILGS NVISDNGTRI
551  QAGNHVRIGT TQTQSQSETY HQTQKSGLMS AGIGFTIGSK TNTQENQSQS
601  NEHTGSTVGS LKGDTTIVAS KHYEQTGSNV SSPEGNNLIS TQSMDIGAAQ
651  NQLNSKTTQT YEQKGLTVAF SSPVTDLAQQ AIAVAHKAAN KSDKAKTTAL
701  MPWRLPMQVG RPIKQAKAHK T*
ORF117ng-1和ORF117显示在230个氨基酸的重叠区内同样有90％的相同性。另外，它显示出与数据库中一种分泌型脑膜炎奈瑟球菌蛋白同源：
gi|2623258(AF030941)推定分泌的蛋白[脑膜炎奈瑟球菌]长度＝2273
评分＝604位(1541)，估计值＝e-172
相同性＝325/678(47％)，阳性＝449/678(65％)，空隙＝22/678(3％)
询问：1    LLVQTEKDGLHNEQTFGEKKVFSENGKLHNYWRARRKGHDETGHREQNYTLPEEITRDIS 60
            L+V T +  L N++T G K + ++ G LH Y R  +KG D TG+    Y    E++  I
目标：739  LIVGTPESALDNDETLGTKTI-TDKGDLHRYHRHHKKGRDSTGYSRSPYEPAPEVS-SIR 796
询问：61   LGSFAYESHSKALSRHAPSQGTELPQSNRDNIRTAKSNGISLPYTPNSFTPLPGSSLYII 120
            +G  AY+ +       AP Q +++P +    +     NGI   +T      LP SSL+ I
目标：797  MGISAYKGY-------APQQASDIPGTV---VPVVAENGIHPTFT------LPNSSLFAI 840
询问：121  NPANKGYLVETDPRFANYRQWLGSDYMLGSLKLDPNNLHKRLGDGYYEQRLINEQIAELT 180
             P NKGYL+ETDP F +YR+WLGS YML +L+ DPN++HKRLGDGYYEQ+L+NEQIA+LT
目标：841  APNNKGYLIETDPAFTDYRKWLGSGYMLAALQQDPNHIHKRLGDGYYEQKLVNEQIAKLT 900
询问：181  GHRRLDGYQNDEEQFKALMDNGATAARSMNLSVGIALSAEQAAQLTSDIVWLVQKEVKLP 240
            G+RRLDGY NDEEQFKALMDNG T A+ + L+ GIALSAEQ A+LTSDIVWL  + V LP
目标：901  GYRRLDGYTNDEEQFKALMDNGITIAKELQLTPGIALSAEQVARLTSDIVWLENETVTLP 960
询问：241  DGGTQTVLMPQVYVRVKNGGIDGKGALLSGSNTQINVSGSLKN-SGTIAGRNALIINTDT 299
            DG TQTVL P+VYVR +   ++G+GALLSGS   I  SG+++N  G IAGR ALI+N
目标：961  DGTTQTVLKPKVYVRARPKDMNGQGALLSGSVVDIG-SGAIENRGGLIAGREALILNAQN 1019
询问：300  LDNIGGRIHAQKSAVTATQDINNIGGILSAEQTLLLNAGNNINNQSTAKSSQNAQGSSTY 359
            + N+ G +  +     A  DI N G I  AE  LLL A NNI ++S  +S+QN QGS
目标：1020 IKNLQGDLQGKNIFAAAGSDITNTGSI-GAENALLLKASNNIESRSETRSNQNEQGSVRN 1078
询问：360  LDRMAGIYITGKEKGVLAAQAGKDINIIAGQISNQSDQGQTRLQAGRDINLDTVQTGKYQ 419
            + R+AGIY+TG++ G +   AG +I + A +++NQS+ GQT L AG DI  DT    + Q
目标：1079 IGRVAGIYLTGRQNGSVLLDAGNNIVLTASELTNQSEDGQTVLNAGGDIRSDTTGISRNQ 1138
询问：420  EIHFDADNHTIRGSTNEVGSSIQTKGDVTLLSGNNLNAKAAEVGSAKGTLAVYAKNDITI 479
               FD+DN+ IR   NEVGS+I+T+G+++L +  ++  +AAEVGS +G L + A  DI +
目标：1139 NTIFDSDNYVIRKEQNEVGSTIRTRGNLSLNAKGDIRIRAAEVGSEQGRLKLAAGRDIKV 1198
询问：480  SSGIHAGQVDDASKHTGRSGGGNKLVITDKAQSHHETAQSSTFEGKQVVLQAGNDANILG 539
             +G    + +DA K+TGRSGGG K  +T   ++ +  A S T +GK+++L +G D  + G
目标：1199 EAGKAHTETEDALKYTGRSGGGIKQKMTRHLKNQNGQAVSGTLDGKEIILVSGRDITVTG 1258
询问：540  SNVISDNGTRIQAGNHVRIGTTQTQSQSETYHQTQKSGLM-SAGIGFTIGSKTNTQENQS 598
            SN+I+DN T + A N++ +   +T+S+S   ++ +KSGLM S GIGFT GSK +TQ N+S
目标：1259 SNIIADNHTILSAKNNIVLKAAETRSRSAEMNKKEKSGLMGSGGIGFTAGSKKDTQTNRS 1318
询问：599  QSNEHTGSTVGSLKGDTTIVASKHYEQTGSNVSSPEGNNLISTQSMDIGAAQNQLNSKTT 658
            ++  HT S VGSL G+T I A KHY QTGS +SSP+G+  IS+  + I AAQN+ + ++
目标：1319 ETVSHTESVVGSLNGNTLISAGKHYTQTGSTISSPQGDVGISSGKISIDAAQNRYSQESK 1378
询问：659  QTYEQKGLTVAFSSPVTD 676
            Q YEQKG+TVA S PV +
目标：1379 QVYEQKGVTVAISVPVVN 1396
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例63
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 523>：
  1  ATGATTTACA TCGTACTGTT TCTAGCTGTC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA
 51  CAACATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG
101  GACACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAwAACCAG CCATGTCCGC
151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GTCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC
201  GGTCAAAAAA ACGGCAAAAC CCCAAGACCC CGyCATGCGC AACCTGCAAG
251  AACAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG
301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAAGCGGCA TTATCGGCAA
351  CTCCGCCCAC ACCGTTTCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCAACGAAAC
401  CTGCCGACGC GTCGGCAAAA CCTGCACCCG TTCCGCAAAC ACCTGCAAAA
451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA ACTGTCAAAA GTCGAATTAT CCTGGTTTGA
501  CGTGCGCATC GACTTCATCT CCTAT...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 524；ORF119>：
  1  MIYIVLFLAV VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSXTSHVR
 51  DGKPSGGSVM MPKPQPAVKK TAKPQDPXMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP
101  FKTEIETALE ESGIIGNSAH TVSEPQTGHS ATKPADASAK PAPVPQTPAK
151  PLITLKELSK VELSWFDVRI DFISY...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 525>：
   1  ATGATTTACA TCGTACTGTT TCTAGCTGTC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA
  51  CAACATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG
 101  GACACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAAAACCAG CCATGTCCGC
 151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GTCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC
 201  GGTCAAAAAA ACGGCAAAAC CCCAAGACCC CGCCATGCGC AACCTGCAAG
 251  AACAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG
 301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAAGCGGCA TTATCGGCAA
 351  CTCCGCCCAC ACCGTTTCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCACCGAAAC
 401  CTGCCGACGC GCCGGCAAAA CCTGCACCCG TTCCGCAAAC ACCTGCAAAA
 451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA ACTGTCAAAA GTCGAATTAC CCTGGTTTGA
 501  CGTGCGCTTC GACTTCATCT CCTATATCGC GCTGACCGAA GCCAAAGAAC
 551  TGCACGCACT GCCGCGCCTT TCCAACCGCT GCCGCTACCA GATTGTCGGC
 601  TGCACCATGG ACGACCATTT CCAGATTGCC GAACCCATCC CGGGCATCCG
 651  CTATCAGGCA TTTATCGTGG GTATTCAGGC AGTCAGCCGC AACGGACTTG
 701  CCTCGCAGGA AGAACTCTCC GCATTCAACC GCCAGGTGGA CGCATTCGCA
 751  CAAAGCATGG GCGGTCAGAC GCTGCACACC GACCTTGCCG CCTTTATCGA
 801  AGTGGCTTCC GCACTGGACG CATTCTGCGC GCGCGTCGAC CAGACCATCG
 851  CCATCCATTT GGTTTCCCCG ACCAGCATCA GCGGCGTAGA ACTGCGTTCC
 901  GCCGTAACGG GCGTGGGTTT CGTTTTGGAA GACGACGGCG CGTTCCACTA
 951  TACCGACACG TCGGGCTCGA CCATGTTCTC CATCTGCTCG CTCAACAACG
1001  AGCCGTTTAC CAACGCCCTT TTGGACAACC AGTCCTACAA AGGCTTCAGT
1051  ATGCTGCTCG ACATCCCGCA CTCTCCGGCA GGCGAAAAAA CCTTCGACGA
1101  TTTGTTTATG GATTTGGCGG TACGCCTGTC CGGCCAGTTG AACCTGAATC
1151  TGGTCAACGA CAAAATGGAA GAAGTTTCGA CCCAATGGCT CAAAGACGTG
1201  CGCACTTATG TATTGGCGCG TCAGTCCGAG ATGCTCAAAG TCGGTATCGA
1251  ACCGGGCGGC AAAACCGCAT TGCGCCTGTT CTCCTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 526；ORF119-1>：
  1  MIYIVLFLAV VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSKTSHVR
 51  DGKPSGGSVM MPKPQPAVKK TAKPQDPAMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP
101  FKTEIETALE ESGIIGNSAH TVSEPQTGHS APKPADAPAK PAPVPQTPAK
151  PLITLKELSK VELPWFDVRF DFISYIALTE AKELHALPRL SNRCRYQIVG
201  CTMDDHFQIA EPIPGIRYQA FIVGIQAVSR NGLASQEELS AFNRQVDAFA
251  QSMGGQTLHT DLAAFIEVAS ALDAFCARVD QTIAIHLVSP TSISGVELRS
301  AVTGVGFVLE DDGAFHYTDT SGSTMFSICS LNNEPFTNAL LDNQSYKGFS
351  MLLDIPHSPA GEKTFDDLFM DLAVRLSGQL NLNLVNDKME EVSTQWLKDV
401  RTYVLARQSE MLKVGIEPGG KTALRLFS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF119显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF119a)在175个氨基酸的重叠区内有93.7％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf119.pep  MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSXTSHVRDGKPSGGSVM
            |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
orf119a     MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf119.pep  MPKPQPAVKKTAKPQDPXMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
            ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119a     MPKPQPAVKKTAKSQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170
orf119.pep  TVSEPQTGHSATKPADASAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELSWFDVRIDFISY
            || |||||||| ||||| |||:||||||||||||||||||||| |||||:|||||
orf119a     TVPEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
                   130       140       150       160       170       180
orf119a     AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
                   190       200       210       220       230       240
全长ORF119a核苷酸序列<SEQ ID 527>是：
  1  ATGATTTACA TCGTACTGTT CCTCGCCGCC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA
 51  CAATATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG
101  GGCACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAAAACCAG CCATGTCCGC
151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GCCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC
201  GGTCAAAAAA ACGGCAAAAT CCCAAGACCC CGCCATGCGC AACCTGCAAG
251  AGCAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG
301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAAGCGGCA TTATCGGCAA
351  CTCCGCCCAC ACCGTTCCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCACCAAAAC
401  CTGCCGACGC GCCGGCAAAA CCTGTTCCCG TTCCGCAAAC GCCGGCAAAA
451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA GCTGTCGAAG GTCGAGCTGC CCTGGTTTGA
501  CGTGCGCTTC GACTTCATCT CTTATATCGC GCTGACCGAA GCCAAAGAAC
551  TGCACGCACT GCCGCGCCTT TCCAACCGCT GCCGCTACCA GATTGTCGGC
601  TGCACCATGG ACGACCATTT CCAGATTGCC GAACCCATCC CGGGCATCCG
651  CTATCAGGCA TTTATCGTGG GTATTCAGGC AGTCAGCCGC AACGGACTTG
701  CCTCGCAGGA AGAACTCTCC GCATTCAACC GCCAGGTGGA TGCATTCGCA
751  CACAGCATGG GCGGTCAGAC GCTGCACACC GACCTTGCCG CCTTTATCGA
801  AGTGGCTTCC GCACTGGACG CATTCTGCGC GCGCGTCGAC CAGACTATCG
851  CCATCCATTT GGTTTCCCCG ACCAGCATCA GCGGCGTAGA ACTGCGTTCC
901  GCCGTAACGG GCGTGGGTTT CGTTTTGGAA GACGACGGCG CGTTCCACTA
951  TACCGACACG TCGGGCTCGA CCATGTTCTC CATCTGCTCG CTCAACAACG
1001  AGCCGTTTAC CAATGCCCTT TTGGACAACC AGTCCTATAA AGGCTTCAGT
1051  ATGCTGCTCG ACATCCCGCA CTCTCCGGCA GGCGAAAAAA CCTTCGACGA
1101  TTTGTTTATG GATTTGGCGG TACGCCTGTC CGGCCAGTTG AACCTGAATC
1151  TGGTCAACGA CAAAATGGAA GAAGTTTCGA CCCAATGGCT CAAAGACGTG
1201  CGCACTTATG TATTGGCTCG TCAGTCCGAG ATGCTCAAAG TCGGTATCGA
1251  ACCGGGCGGC AAAACCGCAT TGCGCCTGTT CTCCTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 528>：
  1  MIYIVLFLAA VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSKTSHVR
 51  DGKPSGGPVM MPKPQPAVKK TAKSQDPAMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP
101  FKTEIETALE ESGIIGNSAH TVPEPQTGHS APKPADAPAK PVPVPQTPAK
151  PLITLKELSK VELPWFDVRF DFISYIALTE AKELHALPRL SNRCRYQIVG
201  CTMDDHFQIA EPIPGIRYQA FIVGIQAVSR NGLASQEELS AFNRQVDAFA
251  HSMGGQTLHT DLAAFIEVAS ALDAFCARVD QTIAIHLVSP TSISGVELRS
301  AVTGVGFVLE DDGAFHYTDT SGSTMFSICS LNNEPFTNAL LDNQSYKGFS
351  MLLDIPHSPA GEKTFDDLFM DLAVRLSGQL NLNLVNDKME EVSTQWLKDV
401  RTYVLARQSE MLKVGIEPGG KTALRLFS*
ORF119a和ORF119-1显示在428个氨基酸的重叠区内有98.6％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf119a.pep    MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM
               |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
orf119-1       MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGSVM
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf119a.pep    MPKPQPAVKKTAKSQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
               ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1       MPKPQPAVKKTAKPQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf119a.pep    TVPEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
               || ||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1       TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf119a.pep    AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1       AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf119a.pep    AFNRQVDAFAHSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
               ||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1       AFNRQVDAFAQSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf119a.pep    AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1       AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf119a.pep    GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1       GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
                      370       380       390       400       410       420
                     429
orf119a.pep    KTALRLFSX
               |||||||||
orf119-1       KTALRLFSX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF119显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF119ng)在175个氨基酸的重叠区内有93.1％的相同性：
orf119.pep  MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSXTSHVRDGKPSGGSVM  60
            |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
orf119ng    MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM  60
orf119.pep  MPKPQPAVKKTAKPQDPXMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH  120
            |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf119ng    MPKPQPAVKKPAKPQDSAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEEIGIIGNSAH  120
orf119.pep  TVSEPQTGHSATKPADASAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELSWFDVRIDFISY       175
            ||||||||||| ||||| |||:||||||||||||||||||||| |||||:|||||
orf119ng    TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE  180
全长ORF119ng核苷酸序列<SEQ ID 529>是：
   1  ATGATTTACA TCGTACTGTT CCTCGCCGCC GTCCTCGCCG TTGTCGCCTA
  51  CAATATGTAT CAGGAAAACC AATACCGCAA AAAAGTGCGC GACCAGTTCG
 101  GACACTCCGA CAAAGATGCC CTGCTCAACA GCAAAACCAG CCATGTCCGC
 151  GACGGCAAAC CGTCCGGCGG GCCAGTCATG ATGCCGAAAC CCCAACCGGC
 201  GGTCAAAAAA CCGGCCAAAC CCCAAGACTC CGCCATGCGC AACCTGCAAG
 251  AACAGGATGC CGTCTACATC GCCAAGCAGA AACAGGCAAA AGCCTCCCCG
 301  TTCAAAACCG AAATCGAAAC CGCCTTGGAA GAAATCGGCA TTATCGGCAA
 351  CTCCGCCCAC ACCGTTTCCG AACCCCAAAC CGGACATTCC GCACCGAAAC
 401  CTGCCGACGC GCCGGCAAAA CCCGTTCCCG TTCCGCAAAC GCCGGCAAAA
 451  CCGCTGATTA CGCTCAAAGA GCTGTCGAAG GTCGAGCTGC CCTGGTTTGA
 501  CGTGCGCTtc gACTTCATCT CCTATATCGC GCTGACCGAA GCCAAAGAAC
 551  TGCACGCACT GCCGCGCCTT tccAACCGCT GCCGCTACCA GATTGTCGGC
 601  TGCACCATGG ACGACCATTT CCAGATTGCC GAACCCATCC CGGGCATCCG
 651  CTATCAGGCA TTTATCGTGG GTATCCAGGC AGTCAGCCGC AACGGACTTG
 701  CCTCGCAGGA AGAACTCTCC GCATTCAACC GCCAGGCGGA CGCATTCGCA
 751  CAAAGCATGG GCGGTCAGAC GCTGCACACC GACCTTGCCG CCTTTATCGA
 801  AGTGGCTTCC GCACTGGACG CATTCTGCGC GCGCGTCGAC CAGACCATCG
 851  CCATCCATTT GGTTTCGCCG ACCAGCATCA GCGGCGTAGA ACTGCGTTCC
 901  GCCGTAACGG GCGTGGGTTT CGTTTTGGAA GACGACGGCG CGTTCCACTA
 951  TACCGACACG TCGGGCTCGA CCATGTTCTC CATCTGCTCG CTCAACAACG
1001  AGCCGTTTAC CAATGCCCTT TTGGACAACC AGTCCTACAA AGGCTTCAGT
1051  ATGCTGCTCG ACATCCCGCA CTCTCCGGCA GGCGAAAAAA CCTTCGACGA
1101  TTTGTTTATG GATTTGGCGG TACGCCTGTC CGGTCAGTTG AACCTGAATC
1151  TGGTCAACGA CAAAATGGAA GAAGTTTCGA CCCAATGGCT CAAAGACGTA
1201  CGCACTTATG TATTGGCGCG TCAGTCCGAG ATGCTCAAAG TCGGTATCGA
1251  ACCGGGCGGC AAAACCGCCC TGCGCCTGTT TTCATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 530>：
  1  MIYIVLFLAA VLAVVAYNMY QENQYRKKVR DQFGHSDKDA LLNSKTSHVR
 51  DGKPSGGPVM MPKPQPAVKK PAKPQDSAMR NLQEQDAVYI AKQKQAKASP
101  FKTEIETALE EIGIIGNSAH TVSEPQTGHS APKPADAPAK PVPVPQTPAK
151  PLITLKELSK VELPWFDVRF DFISYIALTE AKELHALPRL SNRCRYQIVG
201  CTMDDHFQIA EPIPGIRYQA FIVGIQAVSR NGLASQEELS AFNRQADAFA
251  QSMGGQTLHT DLAAFIEVAS ALDAFCARVD QTIAIHLVSP TSISGVELRS
301  AVTGVGFVLE DDGAFHYTDT SGSTMFSICS LNNEPFTNAL LDNQSYKGFS
351  MLLDIPHSPA GEKTFDDLFM DLAVRLSGQL NLNLVNDKME EVSTQWLKDV
401  RTYVLARQSE MLKVGIEPGG KTALRLFS*
ORF119ng和ORF119-1显示在428个氨基酸的重叠区内有98.4％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf119ng    MIYIVLFLAAVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGPVM
            |||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
orf119-1    MIYIVLFLAVVLAVVAYNMYQENQYRKKVRDQFGHSDKDALLNSKTSHVRDGKPSGGSVM
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf119ng    MPKPQPAVKKPAKPQDSAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEEIGIIGNSAH
            |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf119-1    MPKPQPAVKKTAKPQDPAMRNLQEQDAVYIAKQKQAKASPFKTEIETALEESGIIGNSAH
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf119ng    TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPVPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
            |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1    TVSEPQTGHSAPKPADAPAKPAPVPQTPAKPLITLKELSKVELPWFDVRFDFISYIALTE
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf119ng    AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1    AKELHALPRLSNRCRYQIVGCTMDDHFQIAEPIPGIRYQAFIVGIQAVSRNGLASQEELS
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf119ng    AFNRQADAFAQSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
            |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1    AFNRQVDAFAQSMGGQTLHTDLAAFIEVASALDAFCARVDQTIAIHLVSPTSISGVELRS
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf119ng    AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1    AVTGVGFVLEDDGAFHYTDTSGSTMFSICSLNNEPFTNALLDNQSYKGFSMLLDIPHSPA
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380       390       400       410       420
orf119ng    GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf119-1    GEKTFDDLFMDLAVRLSGQLNLNLVNDKMEEVSTQWLKDVRTYVLARQSEMLKVGIEPGG
                   370       380       390       400       410       420
                  429
orf119ng    KTALRLFSX
            |||||||||
orf119-1    KTALRLFSX
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例64
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 531>
 1  ..GCGCGGCACG GCACGGAAGA TTTCTTCATG AACAACAGCG ACAC.ATCAG
51    GCAGATAGTC GAAAGCACCA CCGGTACGAT GAAGCTGCTG ATTTCCTCCA
101    TCGCCCTGAT TTCATTGGTA GTCGGCGGCA TCGGCGTGAT GAACATCATG
151    CTGGTGTCCG TTACCGAGCG CACCAAAGAA ATCGGCATAC GGATGGCAAT
201    CGGCGCGCGG CGCGGCAATA TTTyGCAGCA GTTTTTGATT GAGGCGGTGT
251    TAATCTGCGT CATCGGCGGT TTGGTCGGCG TGGGTTTGTC CGCCGCCGTC
301    AGCCTCGTGT TCAATCATTT TGTAACCGAC TTCCCGATGG ACATTTCCGC
351    CATGTCCGTC ATCGGCGCGG TCGCCTGTTC GACCGGAATC GGCATCGCGT
401    TCGGCTTTAT GCCTGCCAAT AAAGCAGCCA AACTCAATCC GATAGACGCA
451    TTGGCACAGG ATTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 532；ORF134>：
  1  ..ARHGTEDFFM NNSDXIRQIV ESTTGTMKLL ISSIALISLV VGGIGVMNIM
 51    LVSVTERTKE IGIRMAIGAR RGNIXQQFLI EAVLICVIGG LVGVGLSAAV
101    SLVFNHFYTD FPMDISAMSV IGAVACSTGI GIAFGFMPAN KAAKLNPIDA
151    LAQD*
进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 533>：
   1  ATGTCGGTGC AAGCAGTATT GGCGCACAAA ATGCGTTCGC TTCTGACGAT
  51  GCTCGGCATC ATCATCGGTA TCGCGTCGGT GGTTTCCGTC GTCGCATTGG
 101  GCAATGGTTC GCAGAAAAAA ATCCTTGAAG ACATCAGTTC GATAGGGACG
 151  AACACCATCA GCATCTTCCC GGGGCGCGGC TTCGGCGACA GGCGCAGCGG
 201  CAGGATTAAA ACCCTGACCA TAGACGACGC AAAAATCATC GCCAAACAAA
 251  GCTACGTTGC TTCCGCCACG CCCATGACTT CGAGCGGCGG CACGCTGACT
 301  TACCGCAACA CCGACCTGAC CGCCTCGCTT TACGGCGTGG GCGAACAATA
 351  TTTCGACGTG CGCGGACTGA AGCTGGAAAC GGGGCGGCTG TTTGACGAAA
 401  ACGATGTGAA AGAAGACGCG CAGGTCGTCG TCATCGACCA AAATGTCAAA
 451  GACAAACTCT TTGCGGACTC GGATCCGTTG GGTAAAACCA TTTTGTTCAG
 501  GAAACGCCCC TTGACCGTCA TCGGCGTGAT GAAAAAAGAC GAAAACGCTT
 551  TCGGCAATTC CGACGTGCTG ATGCTTTGGT CGCCCTATAC GACGGTGATG
 601  CACCAAATCA CAGGCGAGAG CCACACCAAC TCCATCACCG TCAAAATCAA
 651  AGACAATGCC AATACCCAGG TTGCCGAAAA AGGGCTGACC GATCTGCTCA
 701  AAGCGCGGCA CGGCACGGAA GATTTCTTCA TGAACAACAG CGACAGCATC
 751  AGGCAGATAG TCGAAAGCAC CACCGGTACG ATGAAGCTGC TGATTTCCTC
 801  CATCGCCCTG ATTTCATTGG TAGTCGGCGG CATCGGCGTG ATGAACATCA
 851  TGCTGGTGTC CGTTACCGAG CGCACCAAAG AAATCGGCAT ACGGATGGCA
 901  ATCGGCGCGC GGCGCGGCAA TATTTTGCAG CAGTTTTTGA TTGAGGCGGT
 951  GTTAATCTGC GTCATCGGCG GTTTGGTCGG CGTGGGTTTG TCCGCCGCCG
1001  TCAGCCTCGT GTTCAATCAT TTTGTAACCG ACTTCCCGAT GGACATTTCC
1051  GCCATGTCCG TCATCGGCGC GGTCGCCTGT TCGACCGGAA TCGGCATCGC
1101  GTTCGGCTTT ATGCCTGCCA ATAAAGCAGC CAAACTCAAT CCGATAGACG
1151  CATTGGCACA GGATTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 534；ORF134-1>：
  1  MSVQAVLAHK MRSLLTMLGI IIGIASVVSV VALGNGSQKK ILEDISSIGT
 51  NTISIFPGRG FGDRRSGRIK TLTIDDAKII AKQSYVASAT PMTSSGGTLT
101  YRNTDLTASL YGVGEQYFDV RGLKLETGRL FDENDVKEDA QVVVIDQNVK
151  DKLFADSDPL GKTILFRKRP LTVIGVMKKD ENAFGNSDVL MLWSPYTTVM
201  HQITGESHTN SITVKIKDNA NTQVAEKGLT DLLKARHGTE DFFMNNSDSI
251  RQIVESTTGT MKL LISSIAL ISLVVGGIGV MNIMLVSVTE RTKEIGIRMA
301  IGARRGNILQ Q FLIEAVLIC VIGGLVGVGL SAAVSLVFNH FVTDFPMDIS
351  AMS VIGAVAC STGIGIAFGF MPANKAAKLN PIDALAQD*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与假设的大肠杆菌o648蛋白(登录号为AE000189)的同源性
ORF134和o648蛋白显示在153个氨基酸的重叠区内有45％的氨基酸相同性：
Orf134：2   RHGTEDFFMNNSDXIRQIVESTTGTMKXXXXXXXXXXXVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEI 61
            RHG +DFF  N D + + VE TT T++           VVGGIGVMNIMLVSVTERT+EI
o648：  496 RHGKKDFFTWNMDGVLKTVEKTTRTLQLFLTLVAVISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTREI 555
Orf134：62  GIRMAIGARRGNIXQQFLIEAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXFNHFVTDFPMDISAMSVI 121
            GIRMA+GAR  ++ QQFLIEA                        F+  + +  S ++++
o648：  556 GIRMAVGARASDVLQQFLIEAVLVCLVGGALGITLSLLIAFTLQLFLPGWEIGFSPLALL 615
Orf134：122 GAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQD 154
             A  CST  GI FG++PA  AA+L+P+DALA++
o648：  616 LAFLCSTVTGILFGWLPARNAARLDPVDALARE 648
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF134显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF134a)在154个氨基酸的重叠区内有98.7％的相同性：
                                                  10        20        30
orf134.pep                                ARHGTEDFFMNNSDXIRQIVESTTGTMKLL
                                          |||||||||||||| |||||||||||||||
orf134a     GESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTEDFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLL
               210       220       230       240       250       260
                    40        50        60        70        80        90
orf134.pep  ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNIXQQFLIEAVLICVIGG
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
orf134a     ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNILQQFLIEAVLICVIGG
               270       280       290       300       310       320
                   100       110       120       130       140       150
orf134.pep  LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134a     LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA
               330       340       350       360       370       380
orf134.pep  LAQDX
            |||||
orf134a     LAQDX
全长ORF134a核苷酸序列<SEQ ID 535>是：
   1  ATGTCGGTGC AAGCAGTATT GGCGCACAAA ATGCGTTCGC TTCTGACGAT
  51  GCTCGGCATC ATCATCGGTA TCGCTTCGGT TGTCTCCGTC GTCGCATTGG
 101  GCAACGGTTC GCAGAAAAAA ATCCTTGAAG ACATCAGTTC GATAGGGACG
 151  AACACCATCA GCATCTTCCC AGGGCGCGGC TTCGGCGACA GGCGCAGCGG
 201  CAGGATTAAA ACCCTGACCA TAGACGACGC AAAAATCATC GCCAAACAAA
 251  GCTACGTTGC TTCCGCCACG CCCATGACTT CGAGCGGCGG CACGCTGACT
 301  TACCGCAATA CCGACCTGAC CGCTTCTTTG TACGGTGTGG GCGAACAATA
 351  TTTCGACGTG CGCGGGCTGA AGCTGGAAAC GGGGCGGCTG TTTGACGAAA
 401  ACGATGTGAA AGAAGACGCG CAGGTCGTCG TCATCGACCA AAATGTCAAA
 451  GACAAACTCT TTGCGGACTC GGATCCGTTG GGTAAAACCA TTTTGTTCAG
 501  GAAACGCCCC TTGACCGTCA TCGGCGTGAT GAAAAAAGAC GAAAACGCTT
 551  TCGGCAATTC CGACGTGCTG ATGCTTTGGT CGCCCTATAC GACGGTGATG
 601  CACCAAATCA CAGGCGAGAG CCACACCAAC TCCATCACCG TCAAAATCAA
 651  AGACAATGCC AATACCCAGG TTGCCGAAAA AGGGCTGACC GATCTGCTCA
 701  AAGCGCGGCA CGGCACGGAA GATTTCTTCA TGAACAACAG CGACAGCATC
 751  AGGCAGATAG TCGAAAGCAC CACCGGTACG ATGAAGCTGC TGATTTCCTC
 801  CATCGCCCTG ATTTCATTGG TAGTCGGCGG CATCGGCGTG ATGAACATCA
 851  TGCTGGTGTC CGTTACCGAG CGCACCAAAG AAATCGGCAT ACGGATGGCA
 901  ATCGGCGCGC GGCGCGGCAA TATTTTGCAG CAGTTTTTGA TTGAGGCGGT
 951  GTTAATCTGC GTCATCGGCG GTTTGGTCGG CGTGGGTTTG TCCGCCGCCG
1001  TCAGCCTCGT GTTCAATCAT TTTGTAACCG ACTTCCCGAT GGACATTTCC
1051  GCCATGTCCG TCATCGGCGC GGTCGCCTGT TCGACCGGAA TCGGCATCGC
1101  GTTCGGCTTT ATGCCTGCCA ATAAAGCAGC CAAACTCAAT CCGATAGATG
1151  CATTGGCGCA GGATTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 536>：
  1  MSVQAVLAHK MRSLLTMLGI IIGIASVVSV VALGNGSQKK ILEDISSIGT
 51  NTISIFPGRG FGDRRSGRIK TLTIDDAKII AKQSYVASAT PMTSSGGTLT
101  YRNTDLTASL YGVGEQYFDV RGLKLETGRL FDENDVKEDA QVVVIDQNVK
151  DKLFADSDPL GKTILFRKRP LTVIGVMKKD ENAFGNSDVL MLWSPYTTVM
201  HQITGESHTN SITVKIKDNA NTQVAEKGLT DLLKARHGTE DFFMNNSDSI
251  RQIVESTTGT MKL LISSIAL ISLVVGGIGV MNIMLVSVTE RTKEIGIRMA
301  IGARRGNILQ Q FLIEAVLIC VIGGLVGVGL SAAVSLVFNH FVTDFPMDIS
351  AMS VIGAVAC STGIGIAFGF MPANKAAKLN PIDALAQD*
ORF134a和ORF134-1显示在388个氨基酸的重叠区内有100.0％的相同性：
orf134a.pep  MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSIGTNTISIFPGRG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1     MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSIGTNTISIFPGRG
orf134a.pep  FGDRRSGRIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1     FGDRRSGRIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV
orf134a.pep  RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1     RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKD
orf134a.pep  ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTE
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1     ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTE
orf134a.pep  DFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1     DFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMA
orf134a.pep  IGARRGNILQQFLIEAVLICVIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVAC
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1     IGARRGNILQQFLIEAVLICVIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVAC
orf134a.pep  STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
             |||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1     STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF134显示和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF134.ng)在154个氨基酸的重叠区内有96.8％的相同性：
orf134.pep                                ARHGTEDFFMNNSDXIRQIVESTTGTMKLL 30
                                          |||||||||||||| |||:|||||||||||
orf134ng    GESHTNSITVKIKDNANTRVAEKGLAELLKARHGTEDFFMNNSDSIRQMVESTTGTMKLL 264
orf134.pep  ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNIXQQFLIEAVLICVIGG 90
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||:|||
orf134ng    ISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMAIGARRGNILQQFLIEAVLICIIGG 324
orf134.pep  LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA 150
            ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134ng    LVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAASVIGAVACSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDA 384
orf134.pep  LAQD 154
            ||||
orf134ng    LAQD 388
全长ORF134ng核苷酸序列<SEQ ID 537>是：
   1  ATGTCGGTGC AAGCAGTATT GGCGCACAAA ATGCGTTCGC TTCTGACCAT
  51  GCTCGGCATC ATCATCGGTA TCGCTTCGGT TGTCTCCGTC GTCGCGCTGG
 101  GCAACGGTTC GCAGAAAAAA ATCCTCGAAG ACATCAGTTC GATGGGGACG
 151  AACACCATCA GCATCTTCCC CGGGCGCGGC TTCGGCGACA GGCGCAGCGG
 201  CAAAATCAAA ACCCTGACCA TAGACGACGC AAAAATCATC GCCAAACAAA
 251  GCTACGTTGC CTCCGCCACG CCCATGACTT CGAGCGGCGG CACGCTGACC
 301  TACCGCAATA CCGACCTGAC CGCTTCTTTG TACGGTGTGG GCGAACAATA
 351  TTTCGACGTG CGCGGGCTGA AGCTGGAAAC GGGGCGGCTG TTTGATGAGA
 401  ACGATGTGAA AGAAGACGCG CAAGTCGTCG TCATCGACCA AAATGTCAAA
 451  GACAAACTCT TTGCGGACTC GGATCCGTTG GGTAAAACCA TTTTGTTCAG
 501  GAAACGCCCC TTGACCGTCA TCGGCGTGAT GAAAAAAGAC GAAAACGCTT
 551  TCGGCAATTC CGACGTGCTG ATGCTTTGGT CGCCCTATAC GACGGTGATG
 601  CACCAAATCA CAGGCGAGAG CCACACCAAC TCCATCACCG TCAAAATCAA
 651  AGACAATGCC AATACCCGGG TTGCCGAAAA AGGGCTGGCC GAGCTGCTCA
 701  AAGCACGGCA CGGCACGGAA GACTTCTTTA TGAACAACAG CGACAGCATC
 751  AGGCAGATGG TCGAAAGCAC CACCGGTACG ATGAAGCTGC TGATTTCCTC
 801  CATCGCCCTG ATTTCATTGG TAGTCGGCGG CATCGGTGTG ATGAACATTA
 851  TGCTGGTGTC CGTTACCGAG CGCACCAAAG AAATCGGCAT ACGGATGGCA
 901  ATCGGCGCGC GGCGCGGCAA TATTTTGCAG CAGTTTTTGA TTGAGGCGGT
 951  GTTAATCTGC ATCATCGGAG GCTTGGTCGG CGTAGGTTTG TCCGCCGCCG
1001  TCAGCCTCGT GTTCAATCAT TTTGTAACCG ATTTCCCGAT GGACATTTCG
1051  GCGGCATCCG TTATCGGGGC GGTCGCCTGT TCGACCGGAA TCGGCATCGC
1101  GTTCGGCTTT ATGCCTGCCA ATAAGGCAGC CAAACTCAAT CCGATAGATG
1151  CATTGGCGCA GGATTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 538>：
  1  MSVQAVLAHK MRSLLTMLGI IIGIASVVSV VALGNGSQKK ILEDISSMGT
 51  NTISIFPGRG FGDRRSGKIK TLTIDDAKII AKQSYVASAT PMTSSGGTLT
101  YRNTDLTASL YGVGEQYFDV RGLKLETGRL FDENDVKEDA QVVVIDQNVK
151  DKLFADSDPL GKTILFRKRP LTVIGVMKKD ENAFGNSDVL MLWSPYTTVM
201  HQITGESHTN SITVKIKDNA NTRVAEKGLA ELLKARHGTE DFFMNNSDSI
251  RQMVESTTGT MKL LISSIAL ISLVVGGIGV MNIMLVSVTE RTKEIGIRMA
301  IGARRGNILQ Q FLIEAVLIC IIGGLVGVGL SAAVSLVFNH FVTDFPMDIS
351  AAS VIGAVAC STGIGIAFGF MPANKAAKLN PIDALAQD*
ORF134ng和ORF134-1显示在388个氨基酸的重叠区内有97.9％的相同性：
orf134ng    MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSMGTNTISIFPGRG
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||
orf134-1    MSVQAVLAHKMRSLLTMLGIIIGIASVVSVVALGNGSQKKILEDISSIGTNTISIFPGRG
orf134ng    FGDRRSGKIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV
            |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1    FGDRRSGRIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV
orf134ng    RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKD
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1    RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFADSDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKKD
orf134ng    ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTRVAEKGLAELLKARHGTE
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||::||||||||||
orf134-1    ENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTQVAEKGLTDLLKARHGTE
orf134ng    DFFMNNSDSIRQMVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMA
            ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1    DFFMNNSDSIRQIVESTTGTMKLLISSIALISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRMA
orf134ng    IGARRGNILQQFLIEAVLICIIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAASVIGAVAC
            ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf134-1    IGARRGNILQQFLIEAVLICVIGGLVGVGLSAAVSLVFNHFVTDFPMDISAMSVIGAVAC
orf134ng    STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
            |||||||||||||||||||||||||||||
orf134-1    STGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQDX
ORF134ng还显示出与一种大肠杆菌ABC转运蛋白同源：
sp|P75831|YBJZ_ECOLI假设的ABC转运蛋白ATP-结合蛋白YBJZ>gi5(AE000189)o648；similar to YBBA_HAEINSW：P45247[大肠杆菌]长度＝648
评分＝297位(753)，估计值＝6e-80
相同性＝162/389(41％)，阳性＝230/389(58％)，空隙＝1/389(0％)
询问：1   MSVQAVLAHKMRSLLTMLXXXXXXXXXXXXXXLGNGSQKKILEDISSMGTNTISIFPGRG 60
           M+ +A+ A+KMR+LLTML              +G+ +++ +L DI S+GTNTI ++PG+
目标：260 MAWRALAANKMRTLLTMLGIIIGIASVVSIVVVGDAAKQMVLADIRSIGTNTIDVYPGKD 319
询问：61  FGDRRSGKIKTLTIDDAKIIAKQSYVASATPMTSSGGTLTYRNTDLTASLYGVGEQYFDV 120
           FGD      + L  DD   I KQ +VASATP  S    L Y N D+ AS  GV   YF+V
目标：320 FGDDDPQYQQALKYDDLIAIQKQPWVASATPAVSQNLRLRYNNVDVAASANGVSGDYFNV 379
询问：121 RGLKLETGRLFDENDVKEDAQVVVIDQNVKDKLFAD-SDPLGKTILFRKRPLTVIGVMKK 179
            G+    G  F++  +   AQVVV+D N + +LF   +D +G+ IL    P  VIGV ++
目标：380 YGMTFSEGNTFNQEQLNGRAQVVVLDSNTRRQLFPHKADVVGEVILVGNMPARVIGVAEE 439
询问：180 DENAFGNSDVLMLWSPYTTVMHQITGESHTNSITVKIKDNANTRVAEKGLAELLKARHGT 239
            ++ FG+S VL +W PY+T+  ++ G+S  NSITV++K+  ++  AE+ L  LL  RHG
目标：440 KQSMFGSSKVLRVWLPYSTMSGRVMGQSWLNSITVRVKEGFDSAEAEQQLTRLLSLRHGK 499
询问：240 EDFFMNNSDSIRQMVESTTGTMKXXXXXXXXXXXVVGGIGVMNIMLVSVTERTKEIGIRM 299
           +DFF  N D + + VE TT T++           VVGGIGVMNIMLVSVTERT+EIGIRM
目标：500 KDFFTWNMDGVLKTVEKTTRTLQLFLTLVAVISLVVGGIGVMNIMLVSVTERTREIGIRM 559
询问：300 AIGARRGNILQQFLIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXFNHFVTDFPMDISAASVIGAVA 359
           A+GAR  ++LQQFLIE                         F+  + +  S  +++ A
目标：560 AVGARASDVLQQFLIEAVLVCLVGGALGITLSLLIAFTLQLFLPGWEIGFSPLALLLAFL 619
询问：360 CSTGIGIAFGFMPANKAAKLNPIDALAQD 388
           CST  GI FG++PA  AA+L+P+DALA++
目标：620 CSTVTGILFGWLPARNAARLDPVDALARE 648
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在前导肽和跨膜区)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例65
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 539>：
  1  ..GGGACGGGAG CGATGCTGCT GCTGTTTTAC GCGGTAACGA T.CTGCCTTT
 51    GGCCACTGGC GTTACCCTGA GTTACACCTC GTCGATTTTT TTGGCGGTAT
101    TTTCCTTCCT GATTTTGAAA GAACGGATTT CCGTTTACAC GCAGGCGGTG
151    CTGCTCCTTG GTTTTGCCGG CGTGGTATTG CTGCTTAATC CCTCGTTCCG
201    CAGCGGTCAG GAAACGGCGG CACTCGCCGG GCTGGCGGGC GGCGCGATGT
251    CCGGCTGGGC GTATTTGAAA GTGCGCGAAC TGTCTTTGGC GGGCGAACCC
301    GGCTGGCGCG TCGTGTTTTA CCTTTCCGTG ACAGGTGTGG CGATGTCGTC
351    GGTTTGGGCG ACGCTGACCG GCTGGCACAC CCTGTCCTTT CCATCGGCAG
401    TTTATCTGTC GTGCATCGGC GTGTCCGCGC TGATTGCCCA ACTGTCGATG
451    ACGCGCGCCT ACAAAGTCGG CGACAAATTC ACGGTTGCCT CGCTTTCCTA
501    TATGACCGTC GTTTTTTCCG CTCTGTCTGC CGCATTTTTT CTGGGCGAAG
551    AGCTTTTCTG GCAGGAAATA CTCGGTATGT GCATCATCAT C
Figure A20051011339503291
TCAGCGGT
601    ATTTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 540；ORF135>：
  1  ..GTGAMLLLFY AVTILPLATG VTLSYTSSIF LAVFSFLILK ERISVYTQAV
 51    LLLGFAGVVL LLNPSFRSGQ ETAALAGLAG GAMSGWAYLK VRELSLAGEP
101    GWRVVFYLSV TGVAMSSVWA TLTGWHTLSF PSAVYLSCIG VSALIAQLSM
151    TRAYKVGDKF TVASLSYMTV VFSALSAAFF LGEELFWQEI LGMCIIISAV
201    F*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 541>：
  1  ATGGATACCG CAAAAAAAGA CATTTTAGGA TCGGGCTGGA TGCTGGTGGC
 51  GGCGGCCTGC TTTACCATTA TGAACGTATT GATTAAAGAG GCATCGGCAA
101  AATTTGCCCT CGGCAGCGGC GAATTGGTCT TTTGGCGCAT GCTGTTTTCA
151  ACCGTTGCGC TCGGGGCTGC CGCCGTATTG CGTCGGGACA mCTTCCGCAC
201  GCCCCATTGG AAAAACCACT TAAACCGCAG TATGGTCGGG ACGGGGGCGA
251  TGCTGCTGCT GTTTTACGCG GTAACGCATC TGCCTTTGGC CACTGGCGTT
301  ACCCTGAGTT ACACCTCGTC GATTTTTTTG GCGGTATTTT CCTTCCTGAT
351  TTTGAAAGAA CGGATTTCCG TTTACACGCA GGCGGTGCTG CTCCTTGGTT
401  TTGCCGGCGT GGTATTGCTG CTTAATCCCT CGTTCCGCAG CGGTCAGGAA
451  ACGGCGGCAC TCGCCGGGCT GGCGGGCGGC GCGATGTCCG GCTGGGCGTA
501  TTTGAAAGTG CGCGAACTGT CTTTGGCGGG CGAACCCGGC TGGCGCGTCG
551  TGTTTTACCT TTCCGTGACA GGTGTGGCGA TGTCGTCGGT TTGGGCGACG
601  CTGACCGGCT GGCACACCCT GTCCTTTCCA TCGGCAGTTT ATCTGTCGTG
651  CATCGGCGTG TCCGCGCTGA TTGCCCAACT GTCGATGACG CGCGCCTACA
701  AAGTCGGCGA CAAATTCACG GTTGCCTCGC TTTCCTATAT GACCGTCGTT
751  TTTTCCGCTC TGTCTGCCGC ATTTTTTCTG GGCGAAGAGC TTTTCTGGCA
801  GGAAATACTC GGTATGTGCA TCATCATCCT CAGCGGTATT TTGAGCAGCA
851  TCCGCCCCAC TGCCTTCAAA CAGCGGCTGC AATCCCTGTT CCGCCAAAGA
901  TAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 542；ORF135-1>：
  1  MDTAKKDILG SGWMLVAAAC FTIMNVLIKE ASAKFALGSG ELVFWRMLFS
 51  TVALGAAAVL RRDXFRTPHW KNHLNRS MVG TGAMLLLFYA VTHLPLATGV
101  T LSYTSSIFL AVFSFLILKE RISVYTQA VL LLGFAGVVLL LNPSFRSGQE
151  TAALAGLAGG AMSGWAYLKV RELSLAGEPG WRVVFYLSVT GVAMSSVWAT
201  LTGWHTLS FP SAVYLSCIGV SALIAQLSMT RAYKVGDKFT VAS LSYMTVV
251  FSALSAAFFL GEELFWQ EIL GMCIIILSGI LSSIRPTAFK QRLQSLFRQR
301  *
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF135显示和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF135a)在197个氨基酸的重叠区内有99.0％的相同性：
                                                 10        20        30
orf135.pep                               GTGAMLLLFYAVTILPLATGVTLSYTSSIF
                                         ||||||||||||| ||||||||||||||||
orf135a    STVALGAAAVLRRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIF
          50        60        70        80        90       100
                   40        50        60        70        80        90
orf135.pep LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLK
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf135a    LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLK
         110       120       130       140       150       160
                  100       110       120       130       140       150
orf135.pep VRELSLAGEPGWRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSM
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf135a    VRELSLAGEPGWRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSM
         170       180       190       200       210       220
                  160       170       180       190       200
orf135.pep TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIISAVFX
           |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||
orf135a    TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLAEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAF
         230       240       250       260       270       280
orf135a    KQRLQSLFRQRX
         290       300
全长ORF135a核苷酸序列<SEQ ID 543>是：
  1  ATGGATACCG CAAAAAAAGA CATTTTAGGA TCGGGCTGGA TGCTGGTGGC
 51  GGCGGCCTGC TTTACCATTA TGAACGTATT GATTAAAGAG GCATCGGCAA
101  AATTTGCCCT CGGCAGCGGC GAATTGGTCT TTTGGCGCAT GCTGTTTTCA
151  ACCGTTGCGC TCGGGGCTGC CGCCGTATTG CGTCGGGACA CCTTCCGCAC
201  GCCCCATTGG AAAAACCACT TAAACCGCAG TATGGTCGGG ACGGGGGCGA
251  TGCTGCTGCT GTTTTACGCG GTAACGCATC TGCCTTTGGC CACCGGCGTT
301  ACCCTGAGTT ACACCTCGTC GATTTTTTTG GCGGTATTTT CCTTCCTGAT
351  TTTGAAAGAA CGGATTTCCG TTTACACGCA GGCGGTGCTG CTCCTTGGTT
401  TTGCCGGCGT GGTATTGCTG CTTAATCCCT CGTTCCGCAG CGGTCAGGAA
451  ACGGCGGCAC TCGCCGGGCT GGCGGGCGGC GCGATGTCCG GCTGGGCGTA
501  TTTGAAAGTG CGCGAACTGT CTTTGGCGGG CGAACCCGGC TGGCGCGTCG
551  TGTTTTACCT TTCCGTGACA GGTGTGGCGA TGTCATCGGT TTGGGCGACG
601  CTGACCGGCT GGCACACCCT GTCCTTTCCA TCGGCAGTTT ATCTGTCGTG
651  CATCGGCGTG TCCGCGCTGA TTGCCCAACT GTCGATGACG CGCGCCTACA
701  AAGTCGGCGA CAAATTCACG GTTGCCTCGC TTTCCTATAT GACCGTCGTT
751  TTTTCCGCTC TGTCTGCCGC ATTTTTTCTG GCCGAAGAGC TTTTCTGGCA
801  GGAAATACTC GGTATGTGCA TCATCATCCT CAGCGGTATT TTGAGCAGCA
851  TCCGCCCCAC TGCCTTCAAA CAGCGGCTGC AATCCCTGTT CCGCCAAAGA
901  TAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 544>：
  1  MDTAKKDILG SGWMLVAAAC FTIMNVLIKE ASAKFALGSG ELVFWRMLFS
 51  TVALGAAAVL RRDTFRTPHW KNHLNRS MVG TGAMLLLFYA VTHLPLATGV
101  T LSYTSSIFL AVFSFLILKE RISVYTQA VL LLGFAGVVLL LNPSFRSGQE
151  TAALAGLAGG AMSGWAYLKV RELSLAGEPG WRVVFYLSVT GVAMSSVWAT
201  LTGWHTLS FP SAVYLSCIGV SALIAQLSMT RAYKVGDKFT VAS LSYMTVV
251  FSALSAAFFL AEELFWQ EIL GMCIIILSGI LSSIRPTAFK QRLQSLFRQR
301  *
ORF135a和ORF135-1显示在300个氨基酸的重叠区内有99.3％的相同性：
orf135a.pep    MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTIMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVALGAAAVL
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf135-1       MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTIMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVALGAAAVL
orf135a.pep    RRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKE
               |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf135-1       RRDXFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKE
orf135a.pep    RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPG
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf135-1       RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPG
orf135a.pep    WRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFT
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf135-1       WRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFT
orf135a.pep    VASLSYMTVVFSALSAAFFLAEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAFKQRLQSLFRQR
               ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf135-1       VASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAFKQRLQSLFRQR
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF135和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF135ng)在201个氨基酸的重叠区内显示出有97％的相同性：
orf135.pep                                GTGAMLLLFYAVTXLPLATGVTLSYTSSIF  30
                                          ||||||||||||| |||:||||||||||||
orf135ng    STVTLGAAAVLRRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLTTGVTLSYTSSIF  335
orf135.pep  LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLK  90
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf135ng    LAVFSFLILKERISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQEPAALAGLAGGAMSGWAYLK  395
orf135.pep  VRELSLAGEPGWRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSM  150
            |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
orf135ng    VRELSLAGEPGWRVVFYLSATGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSGIGVSALIAQLSM  455
orf135.pep  TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIISAVF  201
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf135ng    TRAYKVGDKFTVASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIISAAF  506
预计ORF135ng核苷酸序列<SEQ ID 545>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID546>：
  1  MPSEKAFRRH LRTASFQGLH LHHFHQKVGK  CGIIGFGIHI FPTLLPAAQG
 51  ILDIQLGLFR IDFAALAVYR RTQVDFIHTV IDGIASDQAF SEVVQILRRL
101  NLGHFTDTHL IAQARRFIAD FGNIRPMRRG EAKTFCRCFR FDGIDGIHGD
151  FRQCGHINRL APGKDCRNGK RDKYFFHTRH YNQVCLEKTN CSARKIKFRH
201  QKQAKTHSTS LAARFTIRPS LSQRPFMDTA KKDILGS GWM LVAAACFTVM
251  NVLIKEASAK FALGSGELVF WRMLFSTVTL GAAAVLRRDT FRTPHWKNHL
301  NRS MVGTGAM LLLFYAVTHL PLTTGVT LSY TSSIFLAVFS FLILKERISV
351  YTQA VLLLGF AGVVLLLNPS FRSGQEPAAL AGLAGGAMSG WAYLKVRELS
401  LAGEPGWRVV FYLSATGVAM SSVWATLTGW HTLS FPSAVY LSGIGVSALI
451  AQLSMTRAYK VGDKFTVAS L SYMTVVFSAL SAAFFLGEE L FWQEILGMCI
501   IISAAF*
进一步的工作揭示了下列淋球菌序列<SEQ ID 547>：
  1  ATGGATACCG CAAAAAAAGA CATTTTAGGA TCGGGCTGGA TGCTGGTGGC
 51  GGCGGCCTGC TTCACCGTTA TGAACGTATT GATTAAAGAG GCATCGGCAA
101  AATTTGCCCT CGGCAGCGGC GAATTGGTCT TTTGGCGCAT GCTGTTTTCA
151  ACCGTTACGC TCGGTGCTGC CGCCGTATTG CGGCGCGACA CCTTCCGCAC
201  GCCCCATTGG AAAAACCACT TAAACCGCAG TATGGTCGGG ACGGGGGCGA
251  TGCTGCTGCT GTTTTACGCG GTAACGCATC TGCCTTTGAC AACCGGCGTT
301  ACCCTGAGTT ACACCTCGTC GATTTTTttg GCGGTATTTT CCTTCCTGAT
351  TTTGAAAGAA CGGATTTCCG TTTACACGCA GGCGGTGCTG CTCCTTGGTT
401  TTGCCGGCGT GGTATTGCTG CTTAATCCCT CGTTCCGCAG CGGTCAGGAA
451  CCGGCGGCAC TCGCCGGGCT GGCGGGCGGC GCGATGTCCG GCTGGGCGTA
501  TTTGAAAGTG CGCGAACTGT CTTTGGCGGG CGAACCCGGC TGGCGCGTCG
551  TGTTTTACCT TTCCGCAACC GGCGTGGCGA TGTCGTCggt ttgggcgacg
601  Ctgaccggct ggCACAcccT GTCCTTTcca tcggcagttt ATCtgtCGGG
651  CATCGGCGTG tccgcgCtgA TTGCCCAaCT GtcgatgAcg cGCGcctaca
701  aaGTCGGCGA CAAATTCACG GTTGCCTCGC tttcctaTAt gaccgtcGTC
751  TTTTCCGCCC TGTCTGCCGC ATTTTTTCTg ggcgaagagc tttTCtggCA
801  GGAAATACTC GGTATGTGCA TCATTAtccT CAGCGGCATT TTGAGCAGCA
851  TCCGCCCCAT TGCCTTCAAA CAGCGGCTGC AAGCCCTCTT CCGCCAAAGA
901  TAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 548；ORF135ng-1>：
  1  MDTAKKDILG SGWMLVAAAC FTVMNVLIKE ASAKFALGSG ELVFWRMLFS
 51  TVTLGAAAVL RRDTFRTPHW KNHLNRS MVG TGAMLLLFYA VTHLPLTTGV
101  T LSYTSSIFL AVFSFLILKE RISVYTQA VL LLGFAGVVLL LNPSFRSGQE
151  PAALAGLAGG AMSGWAYLKV RELSLAGEPG WRVVFYLSAT GVAMSSVWAT
201  LTGWHTLS FP SAVYLSGIGV SALIAQLSMT RAYKVGDKFT VAS LSYMTVV
251  FSALSAAFFL GEELFWQ EIL GMCIIILSGI LSSIRPIAFK QRLQALFRQR
301  *
ORF135ng-1和ORF135-1显示在300个氨基酸的重叠区内有97.0％的相同性：
orf135ng-1.pep MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTVMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVTLGAAAVL
               ||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
orf135-1       MDTAKKDILGSGWMLVAAACFTIMNVLIKEASAKFALGSGELVFWRMLFSTVALGAAAVL
orf135ng-1.pep RRDTFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLTTGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKE
               |||:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf135-1       RRDXFRTPHWKNHLNRSMVGTGAMLLLFYAVTHLPLATGVTLSYTSSIFLAVFSFLILKE
orf135ng-1.pep RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQEPAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPG
               |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf135-1       RISVYTQAVLLLGFAGVVLLLNPSFRSGQETAALAGLAGGAMSGWAYLKVRELSLAGEPG
orf135ng-1.pep WRVVFYLSATGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSGIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFT
               ||||||||:||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
orf135-1       WRVVFYLSVTGVAMSSVWATLTGWHTLSFPSAVYLSCIGVSALIAQLSMTRAYKVGDKFT
orf135ng-1.pep VASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPIAFKQRLQALFRQR
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||
orf135-1       VASLSYMTVVFSALSAAFFLGEELFWQEILGMCIIILSGILSSIRPTAFKQRLQSLFRQR
根据该分析结果，包括此淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例66
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列DNA序列<SEQ ID 549>：
  1  ATGAAGCGGC GTATAGCCGT CTTCGTCCTG TTCCCGCAGA TAATCCGAGT
 51  TTTGGGACAA CTGTTGCCGA AAATCGTCAA TACAGTTCCG GCACATCGGA
101  TGCTCTTCCA GATTTTCGGG ATGTTCTTTT TCTTCATACA CCAGCAATAT
151  CTGCCCGGGA TCGCCGAAAT CGATTCCCCA TGCGGCATCG TGTTCGGTGC
201  GCTCCTCTTC CGTCATCTGC CCGCGCATTG CCTGTATGGT AAAGCCGCCG
251  TAGGGGATGC CgTTGCACAC GAACATCCAG TCGCTGATGT CGTCAACCGG
301  AACGCAAACG cTTTCGCCTT GTTCGACATT GGTCAGTTCG CCsGGTTCAT
351  TGTTCAGCAC ACCGTAAATA TAAAGACCGT CAAAATAAAT ATCGTCGATC
401  CACATATGTT CGCAAATTTC GCCGTCTTCG CCGTCTTGGA AAAAAGGGAC
451  TTTGACCATG GCAAAATCCA AGGCGGAAAT AATGCGGCGG CGTTCCCAAA
501  AAAGcTCGCG CCAAAAATAT TTGAATGTTT TACGGGCGCG TTCGTCGGCA
551  CGGTTTACCG GTTCGTCTGC CTGTTCTACA TAATAAATGA CGGAATCGCC
601  CATCAT
Figure A20051011339503331
TCT GCTCCTCAAC GTGTACGGTA TCTGTTTGCA CCTTACTGCG
651  GCTTTCTgcC kTCGGCATCC GATTCGGATT TGAAAAGTTC mmrwyATTCG
701  GAATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 550；ORF136>：
  1  MKRRIAVFVL FPQIIRVLGQ LLPKIVNTVP AHRMLFQIFG MFFFFIHQQY
 51  LPGIAEIDSP CGIVFGALLF RHLPAHCLYG KAAVGDAVAH EHPVADVVNR
101  NANAFALFDI GQFAXFIVQH TVNIKTVKIN IVDPHMFANF AVFAVLEKRD
151  FDHGKIQGGN NAAAFPKKLA PKIFECFTGA FVGTVYRFVC LFYIINDGIA
201  HHSAPQRVRY LFAPYCGFLP SASDSDLKSS XXSE*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 551>：
  1  ATGATGAAGC GGCGTATAGC CGTCTTCGTC CTGTTCCCGC AGATAATCCG
 51  AGTTTTGGGA CAACTGTTGC CGAAAATCGT CAATACAGTT CCGGCACATC
101  GGATGCTCTT CCAGATTTTC GGGATGTTCT TTTTCTTCAT ACACCAGCAA
151  TATCTGCCCG GGATCGCCGA AATCGATTCC CCATGCGGCA TCGTGTTCGG
201  TGCGCTCCTC TTCCGTCATC TGCCCGCGCA TTGCCTGTAT GGTAAAGCCG
251  CCGTAGGGGA TGCCGTTGCA CACGAACATC CAGTCGCTGA TGTCGTCAAC
301  CGGAACGCAA ACGCTTTCGC CTTGTTCGAC ATTGGTCAGT TCGCCGGGTT
351  CATTGTTCAG CACACCGTAA ATATAAAGAC CGTCAAAATA AATATCGTCG
401  ATCCACATAT GTTCGCAAAT TTCGCCGTCT TCGCCGTCTT GGAAAAAAGG
451  GACTTTGACC ATGGCAAAAT CCAAGGCGGA AATAATGCGG CGGCGTTCCC
501  AAAAAAGCTC GCGCCAAAAA TATTTGAATG TTTTACGGGC GCGTTCGTCG
551  GCACGGTTTA CCGGTTCGTC TGCCTGTTCT ACATAATAAA TGACGGAATC
601  GCCCATCATT CTGCTCCTCA ACGTGTACGG TATCTGTTTG CACCTTACTG
651  CGGCTTTCTG CCTTCGGCAT CCGATTCGGA TTTGAAAAGT TCCAAATATT
701  CGGAATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 552；ORF 136-1>：
  1  MMKRR IAVFV LFPQIIRVLG QLLPKIVNTV PAHRMLFQIF GMFFFFIHQQ
 51  YLPGIAEIDS PCGIVFGALL FRHLPAHCLY GKAAVGDAVA HEHPVADVVN
101  RNANAFALFD IGQFAGFIVQ HTVNIKTVKI NIVDPHMFAN FAVFAVLEKR
151  DFDHGKIQGG NNAAAFPKKL APKIFECFT G AFVGTVYRFV CLFYIINDGI
201  AHHSAPQRVR YLFAPYCGFL PSASDSDLKS SKYSE*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF136和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF136a)在237个氨基酸的重叠区内显示出有71.7％的相同性：
                      10        20        30        40        50       59
orf136.pep    MKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
              ||||||||||: | ||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
orf136a      MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQXFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
                     10        20        30        40        50        60
            60        70        80        90       100       110      119
orf136.pep   PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAXFIVQ
             |||||||:||||| :||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf136a      PCGIVFGTLLFRHXSTHCLYGKAAVGNAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQ
                     70        80        90       100       110       120
           120       130       140       150       160       170      179
orf136.pep   HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTG
             |::|:||||||||||||||||| ||||||| :  :| :         |:   | :: : :
orf136a      HAINVKTVKINIVDPHMFANFAXFAVLEKRALTMAKSKXXXMRRRSQKSSRQKYLNVLRA
                    130       140       150       160       170       180
           180       190       200          210       220       230
orf136.pep   AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHH---SAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSXXSEX
                 :  ||: |    :  :::    ||||||||||||||||||||||||||||  |||
orf136a      R---SPARFTGLSACSTXXMTESPIISAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
                       190       200       210       220       230
全长ORF136a核苷酸序列<SEQ ID 553>是：
  1  ATGATGAAGC GGCGTATAGC CGTCTTCGTC CTGCTCATGC AGAAAATCCG
 51  GATTTTGGGA CAACTGTTGC CGAAAATCGT CAATACAGTT CCGGCACATC
101  GGATGCTCTT CCAGATNTTC GGGATGTTCT TTTTCTTCAT ACACCAGCAA
151  TACCTGCCCG GGATCGCCGA AATCGATTCC CCATGCGGCA TCGTGTTCGG
201  TACGCTCCTC TTCCGTCATC NGTCCACGCA TTGCCTGTAT GGTAAAGCCG
251  CCGTAGGGAA TGCCGTTGCA CACGAACATC CAGTCGCTGA TGTCGTCAAC
301  CGGAACGCAA ACGCTTTCGC CTTGTTCGAC ATTGGTCAGT TCGCCGGGTT
351  CATTGTTCAG CACGCCATAA ATGTAAAGAC CGTCAAAATA AATATCGTCG
401  ATCCACATAT GTTCGCAAAT TTCGCCNTCT TCGCCGTCTT GGAAAAAAGG
451  GCTTTGACCA TGGCAAAATC TAAGGNGNNA NNGATGCGGC GGCGTTCCCA
501  AAAAAGCTCG CGCCAAAAAT ATTTGAATGT TTTGCGGGCG CGTTCGCCGG
551  CACGGTTTAC CGGTTTGTCT GCCTGTTCTA CATAATAAAT GACGGAATCG
601  CCCATCATAT CTGCTCCTCA ACGTGTACGG TATCTGTTTG CACCTTACTG
651  CGGCTTTCTG CCTTCGGCAT CCGATTCGGA TTTGAAAAGT TCCAAATATT
701  CGGAATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 554>：
  1  MMKRR IAVFV LLMQKIRILG QLLPKIVNTV PAHRMLFQXF GMFFFFIHQQ
 51  YLPGIAEIDS PCGIVFGTLL FRHXSTHCLY GKAAVGNAVA HEHPVADVVN
101  RNANAFALFD IGQFAGFIVQ HAINVKTVKI NIVDPHMFAN FAXFAVLEKR
151  ALTMAKSKXX XMRRRSQKSS RQKYLNVLRA RSPARFTGLS ACST**MTES
201  PIISAPQRVR YLFAPYCGFL PSASDSDLKS SKYSE*
ORF136a和ORF136-1显示在238个氨基酸的重叠区内有73.1％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf136a.pep    MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQXFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
               |||||||||||: | ||:|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
orf136-1       MMKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf136a.pep    PCGIVFGTLLFRHXSTHCLYGKAAVGNAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQ
               |||||||:||||| :||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf136-1       PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQ
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf136a.pep    HAINVKTVKINIVDPHMFANFAXFAVLEKRALTMAKSKXXXMRRRSQKSSRQKYLNVLRA
               |::|:||||||||||||||||| ||||||| :  :| :         |:   | :: : :
orf136-1       HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTG
                      130       140       150       160       170       180
                         190       200       210       220       230
orf136a.pep    R---SPARFTGLSACSTXXMTESPIISAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
                   :  ||: |    :  :::    |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf136-1       AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHH---SAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
                      190       200          210       220       230
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF136和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF136ng)在234个氨基酸的重叠区内显示出有92.3％的相同性：
orf136.pep   MKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS   59
             ||||||||||: | ||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
orf136ng    MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHRQYLPGIAEIDS   60
orf136.pep  PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAXFIVQ  119
            | |||||:|||||| |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||| | ||||
orf136ng    PGGIVFGTLLFRHLSAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVANRNANAFALFDIGQSAGFIVQ  120
orf136.pep  HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTG  179
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||
orf136ng    HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKVFECFTG  180
orf136.pep  AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHHSAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSXXSE  234
            ||:||||||||||||||||||||:|||||||||||| |||| |||||||||  ||
orf136ng    AFAGTVYRFVCLFYIINDGIAHHTAPQRVRYLFAPYRGFLPPASDSDLKSSKYSE  235
全长ORF136ng核苷酸序列<SEQ ID 555>是：
  1  ATGATGAAGC GGCGTATAGC CGTCTTCGTC CTGCTCATGC AGAAAATCCG
 51  GATTTTGGGA CAACTGTTGC CGAAAATCGT CAATACAGTT CCGGCACATC
101  GGATGCTCTT CCAAATTTTC GGGATGTTCT TTTTCTTCAT ACACCGGCAA
151  TACCTGCCCG GGATCGCCGA AATCGATTCC CCAGGCGGTA TCGTGTTCGG
201  TACGCTCCTC TTCCGTCATC TGTCCGCGCA TTGCCTGTAC GGTAAAGCCG
251  CCGTAGGGGA TGCCGTTGCA CACGAACATC CAGTCGCTGA TGTCGCCAAC
301  CGGAACGCAA ACGCTTTCGC CTTGTTCGAC ATTGGTCAGT CCGCCGGGTT
351  CATTGTTCAG CACACCGTAA ATATAAAGAC CGTCAAAATA AATATCGTCG
401  ATCCACATAT GTTCGCAAAT TTCGCCGTCT TCGCCGTCTT GGAAAAAAGG
451  GACTTTGACC ATGGCAAAAT CCAAGGCGGA AATAATGCGG CGGCGTTCCC
501  AAAAAAGCTC GCGCCAAAAG TATTTGAATG TTTTACGGGC GCGTTCGCCG
551  GCACGGTTTA CCGGTTCGTC TGCCTGTTCT ACATAATAAA TGACGGAATC
601  GCCCATCATA CTGCTCCTCA ACGTGTACGG TATCTGTTTG CACCTTACCG
651  CGGTTTTCTA CCTCCGGCAT CCGATTCGGA TTTGAAAAGT TCCAAATATT
701  CGGAATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 556>：
  1  MMKRR IAVFV LLMQKIRILG QLLPKIVNTV PAHRMLFQIF GMFFFFIHRQ
 51  YLPGIAEIDS PGGIVFGTLL FRHLSAHCLY GKAAVGDAVA HEHPVADVAN
101  RNANAFALFD IGQSAGFIVQ HTVNIKTVKI NIVDPHMFAN FAVFAVLEKR
151  DFDHGKIQGG NNAAAFPKKL APKVFECFT G AFAGTVYRFV CLFYIINDGI
201  AHHTAPQRVR YLFAPYRGFL PPASDSDLKS SKYSE*
ORF136ng和ORF136-1显示在235个氨基酸的重叠区内有93.6％的相同性：
orf136ng    MMKRRIAVFVLLMQKIRILGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHRQYLPGIAEIDS
            |||||||||||: | ||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
orf136-1    MMKRRIAVFVLFPQIIRVLGQLLPKIVNTVPAHRMLFQIFGMFFFFIHQQYLPGIAEIDS
orf136ng    PGGIVFGTLLFRHLSAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVANRNANAFALFDIGQSAGFIVQ
            | |||||:|||||| |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||| ||||||
orf136-1    PCGIVFGALLFRHLPAHCLYGKAAVGDAVAHEHPVADVVNRNANAFALFDIGQFAGFIVQ
orf136ng    HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKVFECFTG
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||
orf136-1    HTVNIKTVKINIVDPHMFANFAVFAVLEKRDFDHGKIQGGNNAAAFPKKLAPKIFECFTG
orf136ng    AFAGTVYRFVCLFYIINDGIAHHTAPQRVRYLFAPYRGFLPPASDSDLKSSKYSEX
            ||:||||||||||||||||||||:|||||||||||| |||| ||||||||||||||
orf136-1    AFVGTVYRFVCLFYIINDGIAHHSAPQRVRYLFAPYCGFLPSASDSDLKSSKYSEX
根据此淋球菌蛋白中存在推定跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例67
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 557>：
  1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGACCGCTTT TGGCAATCGC
 51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CC.TGCGGAC GGCGGGAAAT AATGCTGTCC
101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGG TTTGGCACTC
151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT GTAGGTATTA TTAAGGTTTT
201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACC TCCGCAGGTT
251  CGATTGTCGG CAACCTTTTT GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA
301  TTGGAAGCCG AAATTTTAGG CAAAACCGAT TTGGTCGATT TAACCTTGTC
351  CACCAATGGG TTTATCAAAG GCGCAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA
401  AACTCCGCGG CATGCAGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 558；ORF137>：
  1  MENMVTFSKI RPLLAIAAAA LLAAXRTAGN NAVRKPVQTA KPAAVVGLAL
 51  GGGASKGFAH VGIIKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGNLF ASGMSPDRLE
101  LEAEILGKTD LVDLTLSTNG FIKGAKLQNY INRKLRGMQI QQFPIKFAA..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 559>：
  1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGACCGCTTT TGGCAATCGC
 51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CCTGCGGCAC GGCGGGAAAT AATGCTGTCC
101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGG TTTGGCACTC
151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT GTAGGTATTA TTAAGGTTTT
201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACA TCGGCAGGTT
251  CGATTGTCGG CAGCCTTTTT GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA
301  TTGGAAGCCG AAATTTTAGG CAAAACCGAT TTGGTCGATT TAACCTTGTC
351  CACCAGTGGT TTTATCAAAG GCGAAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA
401  AAGTCGGCGG CAGGCAGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCCGTT
451  GCTACTGATT TTGAAACCGG CAAGGCCGTC GCTTTCAATC AGGGGAATGC
501  CGGGCAGGCT GTGCGCGCTT CCGCCGCCAT TCCCAATGTG TTCCAACCCG
551  TTATCATCGG CAGGCATACA TATGTTGACG GCGGTCTGTC GCAGCCCGTG
601  CCCGTCAGTG CCGCCCGGCG GCAGGGGGCG AATTTCGTGA TTGCCGTCGA
651  TATTTCCGCC CGTCCGGGCA AAAACATCAG CCAAGGTTTC TTCTCTTATC
701  TCGATCAGAC GCTGAACGTA ATGAGCGTTT CTGCGTTGCA AAATGAGTTG
751  GGGCAGGCGG ATGTGGTTAT CAAACCGCAG GTTTTGGATT TGGGTGCAGT
801  CGGCGGATTC GATCAGAAAA AACGCGCCAT CCGGTTGGGT GAGGAGGCAG
851  CACGTGCCGC ATTGCCTGAA ATCAAACGCA AACTGGCGGC ATACCGTTAT
901  TGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 560；ORF137-1>：
  1  MENMVTFSKI RPLLAIAAAA LLAACGTAGN NAVRKPVQTA KPAAVVGLAL
 51  GGGASKGFAH VGIIKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGSLF ASGMSPDRLE
101  LEAEILGKTD LVDLTLSTSG FIKGEKLQNY INRKVGGRQI QQFPIKFAAV
151  ATDFETGKAV AFNQGNAGQA VRASAAIPNV FQPVIIGRHT YVDGGLSQPV
201  PVSAARRQGA NFVIAVDISA RPGKNISQGF FSYLDQTLNV MSVSALQNEL
251  GQADVVIKPQ VLDLGAVGGF DQKKRAIRLG EEAARAALPE IKRKLAAYRY
301  *
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF137和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF137a)在149个氨基酸的重叠区内显示出有93.3％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf137.pep  MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAAXRTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
            ||||||||||||||||||||||||  ||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf137a     MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf137.pep  VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGNLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTNG
            |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf137a     VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140      149
orf137.pep  FIKGAKLQNYINRKLRGMQIQQFPIKFAA
            |||| |||||||||: | :||||||||||
orf137a     FIKGEKLQNYINRKVGGRRIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF137a核苷酸序列<SEQ ID 561>是：
  1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGACCGCTTT TGGCAATCGC
 51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CCTGCGGCAC GGCGGGAAAT AATGCTGCCC
101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGG TTTGGCACTC
151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT GTAGGTATTA TTAAGGTTTT
201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACA TCGGCAGGTT
251  CGATAGTCGG CAGCCTTTTT GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA
301  TTGGAAGCCG AAATTTTAGG TAAAACCGAT TTGGTCGATT TAACCTTGTC
351  CACCAGTGGT TTTATCAAAG GCGAAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA
401  AAGTCGGCGG CAGGCGGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCCGTT
451  GCTACTGATT TTGAAACCGG CAAGGCCGTC GCTTTCAATC AAGGGAATGC
501  CGGGCAGGCT GTGCGCGCTT CCGCCGCCAT TCCCAATGTG TTCCAACCCG
551  TTATCATCGG CAGGCATACA TATGTTGACG GCGGTCTGTC GCAGCCCGTG
601  CCCGTCAGTG CCGCCCGGCG GCANGNNNNG NATNTCGTGA TTGCCGTCGA
651  TATTTCCGCC CGTCCGAGCA AAAACATCAG CCAAGGCTTC TTCTCTTATC
701  TCGATCAGAC GCTGAACGTA ATGAGCGTTT CCGCGTTGCA AAATGAGTTG
751  GGGCAGGCGG ATGTGGTTAT CAAACCGCAG GTTTTGGATT TGGGTGCAGT
801  CGGCGGATTC GATCAGAAAA AACGCGCCAT CCGGTTGGGT GAGGAGGCAG
851  CACGTGCCGC ATTGCCTGAA ATCAAACGCA AACTGGCGGC ATACCGTTAT
901  TGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 562>：
  1  MENMVTFSKI RPLLAIAAAA LLAACGTAGN NAARKPVQTA KPAAVVGLAL
 51  GGGASKGFAH VGIIKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGSLF ASGMSPDRLE
101  LEAEILGKTD LVDLTLSTSG FIKGEKLQNY INRKVGGRRI QQFPIKFAAV
151  ATDFETGKAV AFNQGNAGQA VRASAAIPNV FQPVIIGRHT YVDGGLSQPV
201  PVSAARRXXX XXVIAVDISA RPSKNISQGF FSYLDQTLNV MSVSALQNEL
251  GQADVVIKPQ VLDLGAVGGF DQKKRAIRLG EEAARAALPE IKRKLAAYRY
301  *
ORF137a和ORF137-1显示在300个氨基酸的重叠区内有97.3％的相同性：
orf137a.pep    MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
               ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf137-1       MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
orf137a.pep    VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf137-1       VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
orf137a.pep    FIKGEKLQNYINRKVGGRRIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
               ||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf137-1       FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
orf137a.pep    FQPVIIGRHTYVDGGLSQPVPVSAARRXXXXXVIAVDISARPSKNISQGFFSYLDQTLNV
               |||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||:|||||||||||||||||
orf137-1       FQPVIIGRHTYVDGGLSQPVPVSAARRQGANFVIAVDISARPGKNISQGFFSYLDQTLNV
orf137a.pep    MSVSALQNELGQADVVIKPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf137-1       MSVSALQNELGQADVVIKPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF137和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF137ng)在149个氨基酸的重叠区内显示出有89.9％的相同性：
orf137.pep  MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAAXRTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH   60
            ||||||||||| :||||||||||| ||||||:|||||||||||||:|||||||||||||
orf137ng    MENMVTFSKIRSFLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVALALGGGASKGFAH   60
orf137.pep  VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGNLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTNG  120
            :||:|||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||||||||||||:|
orf137ng    IGIVKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLLASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG  120
orf137.pep  FIKGAKLQNYINRKLRGMQIQQFPIKFAA                                 149
            |||| |||||||||: | |||||||||||
orf137ng    FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV  180
全长ORF137ng核苷酸序列<SEQ ID 563>是：
  1  ATGGAAAATA TGGTAACGTT TTCAAAAATC AGATCATTTT TGGCAATCGC
 51  CGCCGCCGCG TTGCTTGCCG CCTGCGGTAC GGCGGGAAAC AATGCCGCCC
101  GCAAGCCGGT GCAAACCGCC AAACCCGCCG CAGTGGTCGC TTTGGCACTC
151  GGTGGCGGCG CATCTAAAGG ATTTGCCCAT ATAGGAATTG TTAAGGTTTT
201  GAAAGAAAAC GGTATTCCTG TGAAGGTGGT TACCGGCACA TCGGCAGGTT
251  CGATAGTCGG CAGCCTTTTG GCATCGGGTA TGTCGCCCGA CCGCCTCGAA
301  TTGGAAGCCG AGATTTTAGG TAAAACCGAT TTAGTCGATT TAACCTTGTC
351  CACCAGTGGT TTTATCAAAG GCGAAAAGCT GCAAAATTAC ATCAACCGAA
401  AAGTCGGCGG CAGGCAGATT CAGCAGTTTC CCATCAAATT TGCCGCCGTT
451  GCCACTGATT TTGAAACCGG CAAGGCCGTC GCTTTCAATC AAGGGAATGC
501  CGGGCAGGCG GTTCGTGCTT CCGCCGCCAT TCCCAATGTG TTCCAGCCAG
551  TCATCATCGG CAGGCACAAA TATGTTGACG GCGGTCTGTC GCAGCCCGTG
601  CCCGTCAGTG CCGCTCGGCG GCAGGGGGCG AATTTCGTGA TTGCCGTCGA
651  TATTTCCGCA CGTCCGAGCA AAAATGTCGG TCAAGGTTTC TTCTCTTATC
701  TCGATCAGAC GCTGAACGTG ATGAGCGTTT CCGTGTTGCA AAACGAGTTG
751  gggcAGGCGG ATGTGGTTAT CAAACCGCag gtTTTGGATT TGGGTGCAGT
801  CGGCGGATTC GATCAGAAAA AGCGCGCCAT CCGGTTGGGC GAGGAGGCAG
851  CACGTGCCGC ATTGCCTGAA ATCAAACGCA AACTGGCGGC ATACCGTTAT
901  TGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 564>：
  1  MENMVTFSK I RSFLAIAAAA LLAACGTAGN NAARKPVQTA KPAAVVALAL
 51  GGGASKGFAH IGIVKVLKEN GIPVKVVTGT SAGSIVGSLL ASGMSPDRLE
101  LEAEILGKTD LVDLTLSTSG FIKGEKLQNY INRKVGGRQI QQFPIKFAAV
151  ATDFETGKAV AFNQGNAGQA VRASAAIPNV FQPVIIGRHK YVDGGLSQPV
201  PVSAARRQGA NFVIAVDISA RPSKNVGQGF FSYLDQTLNV MSVSVLQNEL
251  GQADVVIKPQ VLDLGAVGGF DQKKRAIRLG EEAARAALPE IKRKLAAYRY
301  *
ORF137ng和ORF137-1显示在300个氨基酸的重叠区内有96.0％的相同性：
orf137ng    MENMVTFSKIRSFLAIAAAALLAACGTAGNNAARKPVQTAKPAAVVALALGGGASKGFAH
            ||||||||||| :|||||||||||||||||||:|||||||||||||:|||||||||||||
orf137-1    MENMVTFSKIRPLLAIAAAALLAACGTAGNNAVRKPVQTAKPAAVVGLALGGGASKGFAH
orf137ng    IGIVKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLLASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
            :||:|||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf137-1    VGIIKVLKENGIPVKVVTGTSAGSIVGSLFASGMSPDRLELEAEILGKTDLVDLTLSTSG
orf137ng    FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf137-1    FIKGEKLQNYINRKVGGRQIQQFPIKFAAVATDFETGKAVAFNQGNAGQAVRASAAIPNV
orf137ng    FQPVIIGRHKYVDGGLSQPVPVSAARRQGANFVIAVDISARPSKNVGQGFFSYLDQTLNV
            ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||:||::|||||||||||||
orf137-1    FQPVIIGRHTYVDGGLSQPVPVSAARRQGANFVIAVDISARPGKNISQGFFSYLDQTLNV
orf137ng    MSVSVLQNELGQADVVIKPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
            ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf137      MSVSALQNELGQADVVIKPQVLDLGAVGGFDQKKRAIRLGEEAARAALPEIKRKLAAYRY
根据此淋球菌蛋白中存在预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(下划线表示)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例68
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 565>：
  1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA
 51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGcTG CCGCTTTCCT
101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA
151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCmAT ATGCGGCAGG CGGGTTTGAA
201  CCCCGACCCC AAAACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAAGGCG
251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAGAA AACCGGAAGA CATAGAAACA
301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAT GTGCAGCAGG CTTTGGACAA
351  ACACGAAGGG CTGCTATTC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 566；ORF138>：
  1  MFRLQFRLFP PLRTAMHILL TALLKCLSLL PLSCLHTLGN RLGHLAFYLL
 51  KEDRARIVAX MRQAGLNPDP KTVKAVFAET AKGGLELAPA FFRKPEDIET
101  MFKAVHGWEH VQQALDKHEG LLF
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 567>：
  1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA
 51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGCTG CCGCTTTCCT
101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA
151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCAAT ATGCGGCAGG CGGGTTTGAA
201  CCCCGACCCC AAAACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAAGGCG
251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAGAA AACCGGAAGA CATAGAAACA
301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAT GTGCAGCAGG CTTTGGACAA
351  ACACGAAGGG CTGCTATTCA TCACGCCGCA CATCGGCAGC TACGATTTGG
401  GCGGACGCTA CATCAGCCAG CAGCTTCCGT TCCCGCTGAC CGCCATGTAC
451  AAACCGCCGA AAATCAAAGC GATAGACAAA ATCATGCAGG CGGGCAGGGT
501  TCGCGGCAAA GGAAAAACCG CGCCTACCAG CATACAAGGG GTCAAACAAA
551  TCATCAAAGC CCTGCGTTCG GGCGAAGCAA CCATCGTCCT GCCCGACCAC
601  GTCCCCTCCC CTCAAGAAGG CGGGGAAGGC GTATGGGTGG ATTTCTTCGG
651  CAAACCTGCC TATACCATGA CGCTGGCGGC AAAATTGGCA CACGTCAAAG
701  GCGTGAAAAC CCTGTTTTTC TGCTGCGAAC GCCTGCCTGG CGGACAAGGT
751  TTCGATTTGC ACATCCGCCC CGTCCAAGGG GAATTGAACG GCGACAAAGC
801  CCATGATGCC GCCGTGTTCA ACCGCAATGC CGAATATTGG ATACGCCGTT
851  TTCCGACGCA GTATCTGTTT ATGTACAACC GCTACAAAAT GCCGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 568；ORF138-1>：
  1  MFRLQFRLFP PLRTAMH ILL TALLKCLSLL PLSCLHTLGN RLGHLAFYLL
 51  KEDRARIVAN MRQAGLNPDP KTVKAVFAET AKGGLELAPA FFRKPEDIET
101  MFKAVHGWEH VQQALDKHEG LLFITPHIGS YDLGGRYISQ QLPFPLTAMY
151  KPPKIKAIDK IMQAGRVRGK GKTAPTSIQG VKQIIKALRS GEATIVLPDH
201  VPSPQEGGEG VWVDFFGKPA YTMTLAAKLA HVKGVKTLFF CCERLPGGQG
251  FDLHIRPVQG ELNGDKAHDA AVFNRNAEYW IRRFPTQYLF MYNRYKMP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF138和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORE(ORF138a)在123个氨基酸重叠区内显示出有99.2％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf138.pep  MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138a     MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf138.pep  MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138a     MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
                    70        80        90       100       110       120
orf138.pep  LLF
            |||
orf138a     LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF138a核苷酸序列<SEQ ID 569>是：
  1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA
 51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGCTG CCGCTTTCCT
101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA
151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCAAT ATGCGTCAGG CAGGCATGAA
201  TCCCGACCCC AAAACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAAGGCG
251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAGAA AACCGGAAGA CATAGAAACA
301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAT GTGCAGCAGG CTTTGGACAA
351  ACACGAAGGG CTGCTATTCA TCACGCCGCA CATCGGCAGC TACGATTTGG
401  GCGGACGCTA CATCAGCCAG CAGCTTCCGT TCCCGCTGAC CGCCATGTAC
451  AAACCGCCGA AAATCAAAGC GATAGACAAA ATCATGCAGG CGGGCAGGGT
501  TCGCGGCAAA GGAAAAACCG CGCCTACCAG CATACAAGGG GTCAAACAAA
551  TCATCAAAGC CCTGCGTTCG GGCGAAGCAA CCATCGTCCT GCCCGACCAC
601  GTCCCCTCCC CTCAAGAAGG CGGGGAAGGC GTATGGGTGG ATTTCTTCGG
651  CAAACCTGCC TATACCATGA CGCTGGCGGC AAAATTGGCA CACGTCAAAG
701  GCGTGAAAAC CCTGTTTTTC TGCTGCGAAC GCCTGCCTGG CGGACAAGGT
751  TTCGATTTGC ACATCCGCCC CGTCCAAGGG GAATTGAACG GCGACAAAGC
801  CCATGATGCC GCCGTGTTCA ACCGCAATGC CGAATATTGG ATACGCCGTT
851  TTCCGACGCA GTATCTGTTT ATGTACAACC GCTACAAAAT GCCGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 570>：
  1  MFRLQFRLFP PLRTAMH ILL TALLKCLSLL PLSCLHTLGN RLGHLAFYLL
 51  KEDRARIVAN MRQAGLNPDP KTVKAVFAET AKGGLELAPA FFRKPEDIET
101  MFKAVHGWEH VQQALDKHEG LLFITPHIGS YDLGGRYISQ QLPFPLTAMY
151  KPPKIKAIDK IMQAGRVRGK GKTAPTSIQG VKQIIKALRS GEATIVLPDH
201  VPSPQEGGEG VWVDFFGKPA YTMTLAAKLA HVKGVKTLFF CCERLPGGQG
251  FDLHIRPVQG ELNGDKAHDA AVFNRNAEYW IRRFPTQYLF MYNRYKMP*
ORF138a和ORF138-1显示在298个氨基酸的重叠区内有99.7％的相同性：
orf138a.pep  MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1     MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
orf138a.pep  MRQAGMNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
             |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1     MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
orf138a.pep  LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1     LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
orf138a.pep  VKQIIKALRSGEATIVLPDHVPSPQEGGEGVWVDFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFF
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1     VKQIIKALRSGEATIVLPDHVPSPQEGGEGVWVDFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFF
orf138a.pep  CCERLPGGQGFDLHIRPVQGELNGDKAHDAAVFNRNAEYWIRRFPTQYLFMYNRYKMP
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf138-1     CCERLPGGQGFDLHIRPVQGELNGDKAHDAAVFNRNAEYWIRRFPTQYLFMYNRYKMP
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF138和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF138ng)在123个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：
orf138.pep  MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAX   60
            |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf138ng    MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLSLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN   60
orf138.pep  MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG  120
            ||||||||| :||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||| ||
orf138ng    MRQAGLNPDTQTVKAVFAETAKCGLELAPAFFKKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKGEG  120
orf138.pep  LLF                                                           123
            |||
orf138ng    LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFHLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTGIQG  180
全长ORF138ng核苷酸序列<SEQ ID 571>是：
  1  ATGTTTCGTT TACAATTCAG GCTGTTTCCC CCTTTGCGAA CCGCCATGCA
 51  CATCCTGTTG ACCGCCCTGC TCAAATGCCT CTCCCTGCTG TCGCTTTCCT
101  GTCTGCACAC GCTGGGAAAC CGGCTCGGAC ATCTGGCGTT TTACCTTTTA
151  AAGGAAGACC GCGCGCGCAT CGTCGCCAAT ATGCGGCAGG CGGGTTTGAA
201  CCCCGACACG CAGACGGTCA AAGCCGTTTT TGCGGAAACG GCAAAATGCG
251  GTTTGGAACT TGCCCCCGCG TTTTTCAAAA AACCGGAAGA CATCGAAACA
301  ATGTTCAAAG CGGTACACGG CTGGGAACAC GTGCAGCAGG CTTTGGACAA
351  GGGCGAAGGG CTGCTGTTCA TCACGCCGCA CATCGGCAGC TACGATTTGG
401  GCGGACGCTA CATCAGCCAG CAGCTTCCGT TCCACCTGAC CGCCATGTAC
451  AAGCCGCCGA AAATCAAAGC GATAGACAAA ATCATGCAGG CGGGCAGGGT
501  GCGCGGCAAA GGCAAAACcg cgcccaccgg catACAAGGG GTCAAACAAA
551  tcatcaAGGC CCTGCGCGCG GGCGAGGCAA CCAtcATCCT GCCCGACCAC
601  GTCCCTTCTC CGCAGGAagg cggCGGCGTG TGGGCGGATT TTTTCGGCAA
651  ACCTGCATAc acCATGACAC TGGCGGCAAA ATTGGCACAC GTCAAAGGCG
701  TGAAAACCCT GTTTTTCTGC TGCGAACGCC TGCCCGACGG ACAAGGCTTC
751  GTGTTGCACA TCCGCCCCGT CCAAGGGGAA TTGAACGGCA ACAAAGCCCA
801  CGATGCCGCC GTGTTCAACC GCAATACCGA ATATTGGATA CGCCGTTTTC
851  CGACGCAGTA TCTGTTTATG TACAACCGCT ATAAAACGCC GTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 572>：
  1  MFRLQFRLFP PLRTAMH ILL TALLKCLSLL SLSCLHTLGN RLGHLAFYLL
 51  KEDRARIVAN MRQAGLNPDT QTVKAVFAET AKCGLELAPA FFKKPEDIET
101  MFKAVHGWEH VQQALDKGEG LLFITPHIGS YDLGGRYISQ QLPFHLTAMY
151  KPPKIKAIDK IMQAGRVRGK GKTAPTGIQG VKQIIKALRA GEATIILPDH
201  VPSPQEGGGV WADFFGKPAY TMTLAAKLAH VKGVKTLFFC CERLPDGQGF
251  VLHIRPVQGE LNGNKAHDAA VFNRNTEYWI RRFPTQYLFM YNRYKTP*
ORF138ng和ORF138-1在299个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：
orf138-1.pep  MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLPLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
              |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf138ng      MFRLQFRLFPPLRTAMHILLTALLKCLSLLSLSCLHTLGNRLGHLAFYLLKEDRARIVAN
orf138-1.pep  MRQAGLNPDPKTVKAVFAETAKGGLELAPAFFRKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKHEG
              ||||||||| :||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||| ||
orf138ng      MRQAGLNPDTQTVKAVFAETAKCGLELAPAFFKKPEDIETMFKAVHGWEHVQQALDKGEG
orf138-1.pep  LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFPLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTSIQG
              |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|||
orf138ng      LLFITPHIGSYDLGGRYISQQLPFHLTAMYKPPKIKAIDKIMQAGRVRGKGKTAPTGIQG
orf138-1.pep  VKQIIKALRSGEATIVLPDHVPSPQEGGEGVWVDFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFF
              |||||||||:|||||:|||||||||||| |||:|||||||||||||||||||||||||||
orf138ng      VKQIIKALRAGEATIILPDHVPSPQEGG-GVWADFFGKPAYTMTLAAKLAHVKGVKTLFF
orf138-1.pep  CCERLPGGQGFDLHIRPVQGELNGDKAHDAAVFNRNAEYWIRRFPTQYLFMYNRYKMP
              |||||| |||| ||||||||||||:|||||||||||:||||||||||||||||||| |
orf138ng      CCERLPDGQGFVLHIRPVQGELNGNKAHDAAVFNRNTEYWIRRFPTQYLFMYNRYKTP
另外，ORF138ng与荧光假单胞菌的htrB蛋白同源：
gnl|PID|e334283(Y14568)htrB[荧光假单胞菌]长度＝253
评分＝80.8位(196)，估计值＝9e-15
相同性＝49/151(32％)，阳性＝79/151(51％)，空隙＝6/151(3％)
询问：101 MFKAVHGWEHVQQALDKGEGLLFITPHIGSYD-LGGRYISQQLPFHLTAMYKPPKIKAID 159
          + + V G E +++AL  G+G++ IT H+G+++ L   Y SQ  P      Y+PPK+KA+D
目标：94  LVREVEGLEVLKEALASGKGVVGITSHLGNWEVLNHFYCSQCKPI---IFYRPPKLKAVD 150
询问：160 KIMQAGRVRGKGKTAPTGIQGVKQIIKALRAGEATIILPDHVPSPQEGGGVWADFFGKPA 219
           ++++  RV+   K A +  +G+  +IK +R G    I  D  P P E  G++  FF   A
目标：151 ELLRKQRVQLGNKVAASTKEGILSVIKEVRKGGQVGIPAD--PEPAESAGIFVPFFATQA 208
询问：220 YTMTLAAKLAHVKGVKTLFFCCERLPDGQGF 250
            T      +        +F    RLPDG G+
目标：209 LTSKFVPNMLAGGKAVGVFLHALRLPDGSGY 239
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF138-1(57kDa)克隆到pGex载体中，并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图14A显示出GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA(阳性结果)和FACS分析(图14B)。这些实验确认ORF138-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例69
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 573>：
  1  ..GCGTGGTCGG CCGGCGAATC GTGGCGTGTG TTAATGGAAA GTGAAACGTG
 51    GCATGCGGTG TGGAATACTT TGCGCTTCTC GGCGGCGGCG GTGTATGCGG
101    CAGCGGTTTT GGGTGTGGTG TATGCGGCGC CGGCGCGGCG GTCGGCGTGG
151    ATGCGCGGGC TGATGTTTTA GCCGTTTATG GTGTCGCCGG TTTGTGTTTC
201    GGCGGGCGTG CTGCTGCTTT ATCCGCAGTG GACGGCTTCG TTGCCGTTGC
251    TGCTGGCGAT GTATGCGCTG CTGGCGTATC CGTTTGTGGC AAAAGATGTT
301    TTATCAGCCT GGGATGCACT GCCGCCGGAT TACGGCAGGG CGGCGGCGGG
351    TTTGGGTGCA AACGGCTTTC AGACGGCATG CCGCATCACG TTCCCCCTCT
401    TGAAACCGGC GTTGCGGCGC GGTCTGACTT TGGCGGCGGC AACCTGCGTG
451    GGCGAATTTG CGGCGACATT GTTTCTGTCG CGTCCGGAAT GGCAGACGCT
501    GACGACTTTG ATTTATGCCT ATTTGGGACG CGCGGGTGAG GATAATTACG
551    CGCGGGCGAT GGTGCTG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 574；ORF139>：
  1  ..AWSAGESWRV LMESETWHAV WNTLRFSAAA VYAAAVLGVV YAAPARRSAW
 51    MRGLMFXPFM VSPVCVSAGV LLLYPQWTAS LPLLLAMYAL LAYPFVAKDV
101    LSAWDALPPD YGRAAAGLGA NGFQTACRIT FPLLKPALRR GLTLAAATCV
151    GEFAATLFLS RPEWQTLTTL IYAYLGRAGE DNYARAMVL..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 575>：
  1  ATGGATGGAC GGCGTTGGGT GGTATGGGGT GCTTTTGCCC TGCTGCCTTC
 51  GGCTTTTTTG GCGGTAATGG TCGTTGCGCC TTTGTGGGCG GTGGCGGCGT
101  ATGACGGTTT GGCGTGGCGC GCGGTGCTGT CGGATGCCTA TATGCTCAAA
151  CGTTTGGCGT GGACGGTATT TCAGGCAGCG GCAACCTGTG TGCTGGTGCT
201  GCCTTTGGGC GTGCCTGTCG CGTGGGTGCT GGCGCGGCTG GCGTTTCCGG
 251  GGCGGGCTTT GGTGCTGCGC CTGCTGATGC TGCCTTTTGT GATGCCCACG
 301  TTGGTGGCGG GCGTGGGCGT GCTGGCCCTG TTCGGGGCGG ACGGGCTGTT
 351  GTGGCGCGGC AGGCAGGATA CGCCGTATCT GTTGTTGTAC GGCAATGTGT
 401  TTTTCAACCT TCCTGTGTTG GTCAGGGCGG CGTATCAGGG GTTTGTGCAA
 451  GTGCCTGCGG CACGGCTTCA GACGGCACGG ACGTTGGGCG CGGGGGCGTG
 501  GCGGCGGTTT TGGGACATTG AAATGCCCGT TTTGCGCCCG TGGCTTGCCG
 551  GCGGCGTGTG CCTTGTCTTT CTGTATTGTT TTTCCGGGTT CGGGCTGGCG
 601  CTGCTGCTGG GCGGCAGCCG TTATGCCACG GTCGAAGTGG AAATTTACCA
 651  GTTGGTCATG TTCGAACTCG ATATGGCGGT TGCTTCGGTG CTGGTGTGGC
 701  TGGTGTTGGG GGTAACGGCG GCGGCAGGGT TGCTGTATGC GTGGTTCGGC
 751  AGGCGCGCGG TTTCGGATAA GGCGGTTTCC CCTGTGATGC CGTCGCCGCC
 801  GCAGTCGGTC GGGGAATATG TGCTGCTGGC GTTTGCGGCG GCGGTGTTGT
 851  CTGTGTGCTG CCTGTTTCCT TTGTTGGCAA TTGTTGTGAA AGCGTGGTCG
 901  GCCGGCGAAT CGTGGCGTGT GTTAATGGAA AGTGAAACGT GGCAGGCGGT
 951  GTGGAATACT TTGCGCTTCT CGGCGGCGGC GGTGTATGCG GCGGCGGTTT
1001  TGGGTGTGGT GTATGCGGCG GCGGCGCGGC GGTCGGCGTG GATGCGCGGG
1051  CTGATGTTTT TGCCGTTTAT GGTGTCGCCG GTTTGTGTTT CGGCGGGCGT
1101  GCTGCTGCTT TATCCGCAGT GGACGGCTTC GTTGCCGTTG CTGCTGGCGA
1151  TGTATGCGCT GCTGGCGTAT CCGTTTGTGG CAAAAGATGT TTTATCAGCC
1201  TGGGATGCAC TGCCGCCGGA TTACGGCAGG GCGGCGGCGG GTTTGGGTGC
1251  AAACGGCTTT CAGACGGCAT GCCGCATCAC GTTCCCCCTC TTGAAACCGG
1301  CGTTGCGGCG CGGTCTGACT TTGGCGGCGG CAACCTGCGT GGGCGAATTT
1351  GCGGCGACAT TGTTTCTGTC GCGTCCGGAA TGGCAGACGC TGACGACTTT
1401  GATTTATGCC TATTTGGGAC GCGCGGGTGA GGATAATTAC GCGCGGGCGA
1451  TGGTGCTGAC ATTGCTGTTG GCGGCGTTCG CGCTGGGTAT TTTCCTGCTG
1501  TTGGACGGCG GCGAAGGCGG AAAACAGACG GAAACGTTAT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 576；ORF139-1>：
   1  MDGRRWVVWG AFALLPSAFL AVMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK
  51  RLAWTVFQAA  ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLML PFVMPT
 101  LVAGVGVLAL FGADGLLWRG RQDTPYLLLY GNVFFNLPVL VRAAYQGFVQ
 151  VPAARLQTAR TLGAGAWRRF WDIEMPVLRP WLAGG VCLVF LYCFSGFGLA
 201  LLLGGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAVA SV LVWLVLGVTA AAGLLYAWFG
 251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFA A AVLSVCCLFP LLAIVVKAWS
 301  AGESWRVLME SETWQAVWNT LRFS AAAVYA AAVLGVVYAA AARRSAWMRG
 351  LMF LPFMVSP VCVSAGVLLL YPQWTAS LPL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA
 401  WDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKPALRRGLT LAAATCVGEF
 451  AATLFLSRPE WQTLTTLIYA YLGRAGEDNY ARAM VLTLLL AAFALGIFLL
 501  LDGGEGGKQT ETL*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF139和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF139a)在189个氨基酸的重叠区内显示出有94.7％的相同性：
                                                  10        20        30
orf139.pep                                AWSAGESWRVLMESETWHAVWNTLRFS AAA
                                          |||||||||||||||||:||||| ||| |||
orf139a     QSVGEYVLLAFA AAVXSVCCLFXLLAIVVKAWSAGESWRVLMESETWQAVWNTXRFS AAA
            270       280        290        300       310       320
                    40         50         60        70         80         90
orf139.pep  VYAAAVLGVVYAAPARRSAWMRGLMF XPFMVSPVCVSAGVLLLYPQWTAS LPLLLAMYAL
            |||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||
orf139a     VYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMF LPFMVSPVCVSAGVLLLXPQWTAS LPLLLAMYAL
            330       340       350       360       370       380
                   100       110       120       130       140       150
orf139.pep  LAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV
            ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139a     LAYPFVAKDVLSAXDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV
            390        400       410       420       430       440
                   160       170       180       189
orf139.pep  GEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYARAM VL
            |||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||
orf139a     GEFAATLFXSRXEWQTLTTLIYAYXGRAGXDNYARAM VLTLLLAAFALGXFLLLDGGEGG
            450       460       470       480        490       500
全长ORF139a核苷酸序列<SEQ ID 577>是：
   1  ATGGATGGAC GGCGTTGGGC GGTATGGGGT GCTTTTGCCC TGCTGCCTTC
  51  GGCTTTTTTG GCGGCAATGG TCGTTGCGCC TTTGTGGGCG GTGGCGGCGT
 101  ATGACGGTTT GGCGTGGCGC GCGGTGCTGT CGGATGCCTA TATGCTCAAA
 151  CGTTTGGCGT GGACGGTATT TCAGGCAGCG GCAACCTGTG TGCTGGTGCT
 201  GCCTTTGGGC GTGCCTGTCG CGTGGGTGCT GGCGCGGCTG GCGTTTCCGG
 251  GGCGGGCTTT GGTGCTGCGC CTGCTGATGC TGCCTTTTGT GATGCCCACG
 301  TTGGTGGCGG GCGTGGGCGT GCTGGCTCTG TTCGGGGCGG ACGGCCTGTN
 351  GTGGCGCGGC TGGCAGGATA CGCCGTATCT GTTGTTGTAC GGCAATGTGT
 401  TTTTTNACCT TCCTGTGTTG GTCAGGGCGG CATATCAGGG GTTTGTGCAA
 451  GTGCCTGCGG CACGGCTTCA GACGGCACNG ACATTGGGCG CGGGGGCGTG
 501  GCGGCGGTTT TGGGACATTG AAATGCCCGT TTTGCGCCCG TGGCTTGCCG
 551  GCGGCGTGTG CCTTGTCTTC CTGTATTGTT TTTCGGGGTT CGGGCTGGCA
 601  TTGCTGCTGG GCGGCAGCCG TTATGCCACG GTCGAAGTGG AAATTTACCA
 651  GTTGGTCATG TTCGAACTCG ATATGGCGGT TGCTTCGGTG CTNGTGTGGC
 701  TGGTGTNGGG GGTAACNGCG GCGGCAGGGT TGCTGTATGC GTGGTTCGGC
 751  AGGCGCGCGG TTTCGGATAA GGCNGTTTCC CCTGTGATGC CGTCGCCGCC
 801  GCAGTCGGTC GGGGAATATG TGCTNCTGGC GTTTGCGGCG GCGGTGTNGT
 851  CTGTGTGCTG CCTGTTTCNT TTGTTGGCAA TTGTTGTGAA AGCGTGGTCG
 901  GCCGGCGAAT CGTGGCGTGT GTTAATGGAA AGTGAAACGT GGCAGGCGGT
 951  GTGGAATACT NTGCGCTTCT CGGCGGCGGC GGTGTATGCG GCGGCGGTTT
1001  TGGGTGTGGT GTATGCGGCG GCGGCGCGGC GGTCGGCGTG GATGCGCGGG
1051  CTGATGTTTT TGCCGTTTAT GGTGTCGCCG GTTTGTGTTT CGGCGGGCGT
1101  GCTGCTGCTT NATCCGCAGT GGACGGCTTC GTTGCCGCTG CTGCTGGCGA
1151  TGTATGCGCT GCTGGCGTAT CCGTTTGTGG CAAAAGATGT TTTATCAGCC
1201  TGNGATGCAC TGCCGCCGGA TTACGGCAGG GCGGCGGCGG GTTTGGGTGC
1251  AAACGGCTTT CAGACGGCAT GCCGCATCAC GTTCCCCCTC TTGAAACCGG
1301  CGTTGCGGCG CGGTCTGACT TTGGCGGCGG CAACCTGCGT GGGCGAATTT
1351  GCGGCAACCT TGTTCNTGTC GCGTCNCGAG TGGCAGACGC TGACGACTTT
1401  GATTTATGCC TATNTGGGAC GCGCGGGTGA NGATAATTAC GCGCGGGCGA
1451  TGGTGCTGAC ATTGCTGTTG GCGGCGTTCG CGCTGGGTAT NTTCCTGCTG
1501  TTGGACGGCG GCGAAGGCGG AAAACGGACG GAAACGTTAT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 578>：
   1  MDGRRWAVWG AFALLPSAFL AAMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK
  51  RLAWTVFQAA  ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLML PFVMPT
 101  LVAGVGVLAL FGADGLXWRG WQDTPYLLLY GNVFFXLPVL VRAAYQGFVQ
 151  VPAARLQTAX TLGAGAWRRF WDIEMPVLRP WLAGG VCLVF LYCFSGFGLA
 201  LLLGGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAVA SV LVWLVXGVTA AAGLLYAWFG
 251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFA A AVXSVCCLFX LLAIVVKAWS
 301  AGESWRVLME SETWQAVWNT XRFS AAAVYA AAVLGVVYAA AARRSAWMRG
 351  LMF LPFMVSP VCVSAGVLLL XPQWTAS LPL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA
 401  XDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKPALRRGLT LAAATCVGEF
 451  AATLFXSRXE WQTLTTLIYA YXGRAGXDNY ARAM VLTLLL AAFALGXFLL
 501  LDGGEGGKRT ETL*
ORF139a和ORF139-1在514个氨基酸的重叠区内显示出有96.5％的同源性：
orf139a.pep  MDGRRWAVWGAFALLPSAFLAAMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAA
             ||||||:||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139-1     MDGRRWVVWGAFALLPSAFLAVMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAA
orf139a.pep  ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLXWRG
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
orf139-1     ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLLWRG
orf139a.pep  WQDTPYLLLYGNVFFXLPVLVRAAYQGFVQVPAARLQTAXTLGAGAWRRFWDIEMPVLRP
              |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf139-1     RQDTPYLLLYGNVFFNLPVLVRAAYQGFVQVPAARLQTARTLGAGAWRRFWDIEMPVLRP
orf139a.pep  WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAVASVLVWLVXGVTA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf139-1     WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAVASVLVWLVLGVTA
orf139a.pep  AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFAAAVXSVCCLFXLLAIVVKAWS
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
orf139-1     AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFAAAVLSVCCLFPLLAIVVKAWS
orf139a.pep  AGESWRVLMESETWQAVWNTXRFSAAAVYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMFLPFMVSP
             |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139-1     AGESWRVLMESETWQAVWNTLRFSAAAVYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMFLPFMVSP
orf139a.pep  VCVSAGVLLLXPQWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAXDALPPDYGRAAAGLGANGF
             |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
orf139-1     VCVSAGVLLLYPQWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGF
orf139a.pep  QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFXSRXEWQTLTTLIYAYXGRAGXDNY
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||
orf139-1     QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNY
orf139a.pep  ARAMVLTLLLAAFALGXFLLLDGGEGGKRTETLX
             |||||||||||||||| |||||||||||:|||||
orf139-1     ARAMVLTLLLAAFALGIFLLLDGGEGGKQTETLX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF139和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF139ng)在189个氨基酸的重叠区内显示出有95.2％的相同性：
orf139.pep                                  AWSAGESWRVLMESETWHAVWNTLRFSAAA   30
                                            ||||||| |||||||||:||||||||||||
orf139ng      QSVGEYVLLAFSVAVLSVCCLFPLSAIVVKAWSAGESRRVLMESETWQAVWNTLRFSAAA  327
orf139.pep    VYAAAVLGVVYAAPARRSAWMRGLMFXPFMVSPVCVSAGVLLLYPQWTASLPLLLAMYAL   90
              |:||||||||||| ||| :|||||:| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf139ng      VFAAAVLGVVYAAAARRLVWMRGLVFLPFMVSPVCVSAGVLLLYPGWTASLPLLLAMYAL  387
orf139.pep    LAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV  150
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139ng      LAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGFQTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCV  447
orf139.pep    GEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYARAMVL                       189
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139ng      GEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNYARAMVLTLLLSAFAVCIFLLLDNGEGG  507
预计全长ORF139ng核苷酸序列<SEQ ID 579>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 580>：
  1  MDGRCWAVRG AFSLLPSAFL AVMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK
 51  RLAWTVFQAA ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLMLPFVMPT
101  LVAGVGVLAL FGADGLLWRG RQDTPYLLLY GNVFFNLPVL VRAAYQGFAQ
151  VPAARLQTAR TLGAGAWRPF WDIEMPVLRP WLAGGVCLVF LYCFSGFGLA
201  LLLGGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAGASA LVWLVLGVTA AAGLLYAWFG
251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFSV AVLSVCCLFP LSAIVVKAWS
301  AGESRRVLME SETWQAVWNT LRFSAAAVFA AAVLGVVYAA AARRLVWMRG
 351  LVFLPFMVSP VCVSAGVLLL YPGWTASLPL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA
 401  WDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKPALRRGLT LAAATCVGEF
 451  AATLFLSRPE WQTLTTLIYA YLGRAGEDNY ARAMVLTLLL SAFAVCIFLL
 501  LDNGEGGKRT ETL*
进一步的工作揭示了一个淋球菌变体DNA序列<SEQ ID 581>：
   1  ATGGATGGAC GGTGTTGGGC GGTACGGGGT GCTTTTTCCC TGCTGCCTTC
  51  GGCTTTTTTG GCGGTAATGG TCGTTGCGCC TTTGTGGGCG GTGGCGGCGT
 101  ATGACGGTTT GGCGTGGCGC GCGGTGCTGT CGGATGCCTA TATGCTCAAA
 151  CGTTTGGCGT GGACGGTGTT TCAGGCGGCG GCAACCTGTG TGCTGGTGCT
 201  GCCTTTGGGC GTGCCTGTCG CGTGGGTGCT GGCGCGGCTG GCGTTCCCGG
 251  GGCGGGCTTT GGTGCTGCGC CTGCTGATGC TGCCGTTTGT GATGCCCACG
 301  CTGGTGGCGG GCGTGGGCGT GCTGGCTCTG TTCGGGGCGG ACGGGCTGTT
 351  GTGGCGCGGC CGGCAGGATA CGCCGTATCT GTTGTTGTAC GGCAATGTGT
 401  TTTTCAACCT GCCCGTGTTG GTCAGGGCGG CGTATCAGGG GTTTGCTCAA
 451  GTGCCTGCGG CACGGCTTCA GACGGCACGG ACGTTGGGCG CGGGGGCGTG
 501  GCGGCGGTTT TGGGACATTG AAATGCCCGT TTTGCGCCCG TGGCTTGCCG
 551  GCGGCGTGTG CCTTGTCTTC CTGTATTGTT TTTCGGGGTT CGGGCTGGCA
 601  TTGCTGTTGG GCGGCAGCCG TTATGCCACG GTCGAAGTGG AAATTTACCA
 651  GTTGGTTATG TTCGAACTCG ATATGGCGGG GGCTTCGGCG CTGGTGTGGC
 701  TGGTGTTGGG GGTAACGGCG GCGGCAGGGT TGCTGTATGC GTGGTTCGGC
 751  AGGCGCGCGG TTTCGGATAA GGCGGTTTCC CCCGTGATGC CGTCGCCGCC
 801  GCAATCGGTG GGGGAATATG TATTGCTGGC ATTTTCGGTG GCGGTGTTGT
 851  CCGTGTGCTG CCTGTTTCCT TTGTCGGCAA TTGTTGTGAA AGCGTGGTCG
 901  GCCGGCGAAT CGCGGCGTGT GTTAATGGAA AGTGAAACGT GGCAGGCAGT
 951  GTGGAATACt ttGCGCTTTT CGGCGGCGGC GGTGTTTGCG GCGGCGGTTT
1001  TGGGTGTGGT GTATGCGGCG GCGGCGCGGC GGCTGGTGTG GATGCGCGGA
1051  CTGGTGTTTT TACCGTTTAT GGTGTCGCCG GTTTGTGTTT CGGCGGGCGT
1101  GCTGCTGCTT TATCCGGGGT GGACGGCTTC GTTACCGCTG CTGCTGGCGA
1151  TGTATGCGCT GCTGGCGTAT CCGTTTGTGG CAAAAGATGT TTTATCGGCC
1201  TGGGATGCAC TGCCGCCGGA TTACGGCAGG GCGGCGGCAG GTTTGGGCGC
1251  AAACGGCTTT CAGACGGCAT GCCGTATCAC GTTCCCCCTC TTGAAACCGG
1301  CGTTGCGGCG CGGTCTGACT TTGGCGGCGG CGACGTGTGT GGGCGAATTT
1351  GCGGCAACCT TGTTCCTGTC GCGTCCGGAA TGGCAGACGT TGACGACTTT
1401  GATTTATGCC TATTTGGGGC GTGCGGGTGA GGACAATTAT GCGCGGGCAA
1451  TGGTGTTGAC ATTGCTGTTG TCGGCATTTG CGGTGTGCAT TTTCCTGCTG
1501  TTGGACAACG GCGAAGGCGg aaaACGGACG GAAACGTTAT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 582；ORF139ng-1>：
    1  MDGRCWAVRG AFSLLPSAFL AVMVVAPLWA VAAYDGLAWR AVLSDAYMLK
   51  RLAWTVFQAA  ATCVLVLPLG VPVAWVLARL AFPGRALVLR LLMLP FVMPT
  101  LVAGVGVLAL FGADGLLWRG RQDTPYLLLY GNVFFNLPVL VRAAYQGFAQ
  151  VPAARLQTAR TLGAGAWRRF WDIEMPVLRP WLAGG VCLVF LYCFSGFGLA
  201  LLLGGSRYAT VEVEIYQLVM FELDMAGA SA LVWLVLGVTA AAGLLYAWFG
  251  RRAVSDKAVS PVMPSPPQSV GEYVLLAFS V AVLSVCCLFP LSAIVVKAWS
  301  AGESRRVLME SETWQAVWNT LRFS AAAVFA AAVLGVVYAA AARRLVWMRG
  351  LVF LPFMVSP VCVSAGVLLL YPGWTASL PL LLAMYALLAY PFVAKDVLSA
  401  WDALPPDYGR AAAGLGANGF QTACRITFPL LKPALRRGLT LAAATCVGEF
  451  AATLFLSRPE WQTLTTLIYA YLGRAGEDNY ARAM VLTLLL SAFAVCIFLL
  501  LDNGEGGKRT ETL*
ORF139ng-1和ORF139-1在513个氨基酸的重叠区内显示出有95.9％的相同性：
orf139ng    MDGRCWAVRGAFSLLPSAFLAVMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAA
            |||| |:| |||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139-1    MDGRRWVVWGAFALLPSAFLAVMVVAPLWAVAAYDGLAWRAVLSDAYMLKRLAWTVFQAA
orf139ng    ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLLWRG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139-1    ATCVLVLPLGVPVAWVLARLAFPGRALVLRLLMLPFVMPTLVAGVGVLALFGADGLLWRG
orf139ng    RQDTPYLLLYGNVFFNLPVLVRAAYQGFAQVPAARLQTARTLGAGAWRRFWDIEMPVLRP
            ||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
orf139-1    RQDTPYLLLYGNVFFNLPVLVRAAYQGFVQVPAARLQTARTLGAGAWRRFWDIEMPVLRP
orf139ng    WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAGASALVWLVLGVTA
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||:||||||||||
orf139-1    WLAGGVCLVFLYCFSGFGLALLLGGSRYATVEVEIYQLVMFELDMAVASVLVWLVLGVTA
orf139ng    AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFSVAVLSVCCLFPLSAIVVKAWS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::||||||||||| ||||||||
orf139-1    AAGLLYAWFGRRAVSDKAVSPVMPSPPQSVGEYVLLAFAAAVLSVCCLFPLLAIVVKAWS
orf139ng    AGESRRVLMESETWQAVWNTLRFSAAAVFAAAVLGVVYAAAARRLVWMRGLVFLPFMVSP
            |||| |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||| :|||||:||||||||
orf139      AGESWRVLMESETWQAVWNTLRFSAAAVYAAAVLGVVYAAAARRSAWMRGLMFLPFMVSP
orf139ng    VCVSAGVLLLYPGWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGF
            |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139-1    VCVSAGVLLLYPQWTASLPLLLAMYALLAYPFVAKDVLSAWDALPPDYGRAAAGLGANGF
orf139ng    QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNY
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf139-1    QTACRITFPLLKPALRRGLTLAAATCVGEFAATLFLSRPEWQTLTTLIYAYLGRAGEDNY
orf139ng    ARAMVLTLLLSAFAVCIFLLLDNGEGGKRTETL
            ||||||||||:|||: ||||||:|||||:||||
orf139-1    ARAMVLTLLLAAFALGIFLLLDGGEGGKQTETL
根据淋球菌蛋白中存在一个预计的结合蛋白依赖型转运蛋白系统内膜组分特征序列(下划线)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例70
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 583>：
  1  ATGGACGGCT GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCCTGT TGGGCATTTC
 51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAGA TTCCGCATCC
101  ACGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGTCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC
151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT TGTCAAAGAC ATACTGGTCA AAAACTTCGG
201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGCCTGGGC GCGATGCTCG
251  AACGTTTGGT C...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 584；ORF 140>：
  1  MDGWTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVR FRIHALLTLV IVSLLTALAT
 51  GLPTGSIVKD ILVKNFGGTL GGVALLVGLG AMLERLV..
进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 585>：
  1  ATGGACGGCT GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCCTGT TGGGCATTTC
 51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAAA TTCCGCATCC
101  ACGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGTCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC
151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT TGTCAACGAC ATACTGGTCA AAAACTTCGG
201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGCCTGGGC GCGATGCTCG
251  GACGTTTGGT CGAAACATCC GGCGGCGCAC AGTCGCTGGC GGACGCGCTG
301  ATCCGGATGT TCGGCGAAAA ACGCGCACCG TTCGCGCTGG GCGTTGCCTC
351  GCTGATTTTC GGCTTCCCGA TTTTCTTCGA TGCCGGACTA ATCGTCATGC
401  TGCCCATCGT GTTCGCCACC GCACGGCGCA TGAAACAGGA CGTACTGCCC
451  TTCGCGCTTG CCTCCATCGG CGCATTTTCC GTCATGCACG TCTTCCTGCC
501  GCCCCATCCG GGCCCGATTG CCGCTTCCGA ATTTTACGGC GCGAACATCG
551  GCCAAGTTTT GATTTTGGGT CTGCCGACCG CCTTCATCAC ATGGTATTTC
601  AGCGGCTATA TGCTCGGCAA AGTGTTGGGG CGCACCATCC ATGTTCCCGT
 651  TCCCGAACTG CTCAGCGGCG GCACGCAAGA CAACGACCTG CCGAAAGAAC
 701  CTGCCAAAGC AGGAACGGTC GTCGCCATCA TGCTGATTCC CATGCTGCTG
 751  ATTTTCCTGA ATACCGGCGT ATCGGCCCTC ATCAGCGAAA AACTCGTAAG
 801  TGCGGACGAA ACCTGGGTTC AGACGGCAAA AATAATCGGT TCGACACCGA
 851  TCGCCCTTCT GATTTCCGTA TTGGTCGCAC TGTTTGTCTT GGGACGCAAA
 901  CGCGGCGAAA GCGGCAGCGC GTTGGAAAAA ACCGTGGACG GCGCACTCGC
 951  CCCCGTCTGT TCCGTGATTC TGATTACCGG CGCGGGCGGT ATGTTCGGCG
1001  GCGTTTTGCG CGCTTCCGGC ATCGGCAAGG CACTCGCCGA CAGCATGGCG
1051  GATTTGGGCA TTCCCGTCCT TTTGGGCTGT TTCCTTGTCG CCTTGGCACT
1101  GCGTATCGCG CAAGGTTCGG CAACCGTCGC CCTGACCACC GCCGCCGCGC
1151  TGATGGCTCC TGCCGTTGCC GCCGCCGGCT TTACCGACTG GCAGCTCGCC
1201  TGTATCGTAT TGGCAACGGC GGCAGGTTCG GTCGGTTGCA GCCACTTCAA
1251  CGACTCCGGC TTCTGGCTGG TCGGCCGTCT CTTGGACATG GACGTACCGA
1301  CCACGCTGAA AACCTGGACG GTCAACCAAA CCCTCATCGC ACTCATCGGC
1351  TTTGCCTTGT CCGCACTGCT GTTCGCCATC GTCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 586；ORF140-1>：
   1  MDGWTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVK FRIHALLTLV IVSLLTALAT
  51  GLPTGSIVND ILVKNFGGTL  GGVALLVGLG AMLGRLVETS GGAQSLADAL
 101  IRMFGEKRAP FALGVAS LIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQD VLP
 151  FALASIGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF
 201  SGYMLGKVLG RTIHVPVPEL LSGGTQDNDL PKEPAK AGTV VAIMLIPMLL
 251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKIIG S TPIALLISV LVALFVLGRK
 301  RGESGSALEK TVDGALAPVC  SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA
 351  DLG IPVLLGC FLVALALRIA QGSAT VALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA
 401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLLDM DVPTTLKTWT VNQTLIALIG
 451  FALSALLFAI V*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF140和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF140a)在87个氨基酸的重叠区内显示出有95.4％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf140.pep  MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVRFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVKD
            |||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||:|
orf140a     MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVND
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80
orf140.pep  ILVKNFGGTL GGVALLVGLGAMLERLV
            :|||||||||||||||||||||| |||
orf140a     VLVKNFGGTL GGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIF
                    70         80         90       100       110       120
全长ORF140a核苷酸序列<SEQ ID 587>是：
  1  ATGGACGGCT GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCCTGT TGGGCATTTC
 51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAAA TTCCGCATCC
101  ACGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGTCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC
151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT TGTCAACGAC GTACTGGTCA AAAACTTCGG
201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGCCTGGGC GCGATGCTCG
251  GACGTTTGGT CGAAACATCC GGCGGCGCAC AGTCGCTGGC GGACGCGCTG
301  ATCCGGATGT TCGGCGAAAA ACGCGCACCG TTCGCGCTGG GCGTTGCCTC
351  GCTGATTTTC GGCTTCCCGA TTTTCTTCGA TGCCGGACTA ATCGTCATGC
401  TGCCCATCGT GTTCGCCACC GCACGGCGCA TGAAACAGGA CGTACTGCCC
451  TTCGCGCTTG CCTCCATCGG CGCATTTTCC GTCATGCACG TCTTCCTGCC
501  GCCCCATCCG GGCCCGATTG CCGCTTCCGA ATTTTACGGC GCGAACATCG
551  GCCAAGTTTT GATTTTGGGT CTGCCGACCG CCTTCATCAC ATGGTATTTC
601  AGCGGCTATA TGCTCGGCAA AGTGTTGGGG CGCACCATCC ATGTTCCCGT
651  TCCCGAACTG CTCAGCGGCG GCACGCAAGA CAACGACCTG CCGAAAGAAC
 701  CTGCCAAAGC AGGAACGGTC GTCGCCATCA TGCTGATTCC CATGCTGCTG
 751  ATTTTCCTGA ATACCGGCGT ATCGGCCCTC ATCAGCGAAA AACTCGTAAG
 801  TGCGGACGAA ACCTGGGTTC AGACGGCAAA AATAATCGGT TCGACACCGA
 851  TCGCCCTTCT GATTTCCGTA TTGGTCGCAC TGTTTGTCTT GGGACGCAAA
 901  CGCGGCGAAA GCGGCAGCGC GTTGGAAAAA ACCGTGGACG GCGCACTCGC
 951  CCCCGTCTGT TCCGTGATTC TGATTACCGG CGCGGGCGGT ATGTTCGGCG
1001  GCGTTTTGCG CGCTTCCGGC ATCGGCAAGG CACTCGCCGA CAGCATGGCG
1051  GATTTGGGCA TTCCCGTCCT TTTGGGCTGT TTCCTTGTCG CCTTGGCACT
1101  GCGTATCGCG CAAGGTTCGG CAACCGTCGC CCTGACCACC GCCGCCGCGC
1151  TGATGGCTCC TGCCGTTGCC GCCGCCGGCT TTACCGACTG GCAGCTCGCC
1201  TGTATCGTAT TGGCAACGGC GGCAGGTTCG GTCGGTTGCA GCCACTTCAA
1251  CGACTCCGGC TTCTGGCTGG TCGGCCGCCT CTTGGACATG GACGTACCGA
1301  CCACGCTGAA AACCTGGACG GTCAACCAAA CCCTCATCGC ACTCATCGGC
1351  TTTGCCTTGT CCGCACTGCT GTTCGCCATC GTCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 588>：
   1  MDGWTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVK FRIHALLTLV IVSLLTALAT
  51  GLPTGSIVND VLVKNFGGTL  GGVALLVGLG AMLGRLVETS GGAQSLADAL
 101  IRMFGEKRAP FALGVAS LIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQD VLP
 151  FALASIGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF
 201  SGYMLGKVLG RTIHVPVPEL LSGGTQDNDL PKEPAK AGTV VAIMLIPMLL
 251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKIIG S TPIALLISV LVALFVLGRK
 301  RGESGSALEK TVDGALAPVC SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA
 351  DLG IPVLLGC FLVALALRIA QGSAT VALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA
 401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLLDM DVPTTLKTWT VNQT LIALIG
 451  FALSALLFAI V*
ORF140a和ORF140-1在461个氨基酸的重叠区内显示出有99.8％的相同性：
orf140-1.pep  MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVND  60
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVND  60
orf140-1.pep  ILVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIF 120
              :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       VLVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIF 120
orf140-1.pep  GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASIGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYG 180
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASIGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYG 810
orf140-1.pep  ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRTIHVPVPELLSGGTQDNDLPKEPAKAGTV 240
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRTIHVPVPELLSGGTQDNDLPKEPAKAGTV 240
orf140-1.pep  VAIMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKIIGSTPIALLISVLVALFVLGRK 300
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       VAIMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKIIGSTPIALLISVLVALFVLGRK 300
orf140-1.pep  RGESGSALEKTVDGALAPVCSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGC 360
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       RGESGSALEKTVDGALAPVCSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGC 360
orf140-1.pep  FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSG 420
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSG 420
orf140-1.pep  FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIALIGFALSALLFAIV  461
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140a       FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIALIGFALSALLFAIV  461
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF140和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF140ng)在87个氨基酸的重叠区内显示出有92％的相同性：
orf140.pep  MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVRFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVKD   60
            ||| |||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||:||||||||||||||||:|
orf140ng    MDGRTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIRALLTLVIASLLTALATGLPTGSIVND   60
orf140.pep  ILVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLERLV                                    87
            :|||||||||||||||||||||| |||
orf140ng    VLVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFAPGVASLIF  120
预计全长ORF 140ng核苷酸序列<SEQ ID 589>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 590>：
   1
Figure A20051011339503511
  51 
Figure A20051011339503512
LPTGSIVND VLVKNFGGTL  GGVALLVGLG AMLGRLVETS GGAQSLADAL
 101  IRMFGEKRAP FAPGVAS LIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQD VLP
 151  FALASVGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF
 201  SGYMLGKVLG RAIHVPVPEL LSGGTQDSDP PKEPAK AGTV VAVMLIPMLL
 251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKMIG S TPVALLISV LAALLVLGRK
 301  RGESGSTLEK TVDGALAPA C SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA
 351  DLG IPVLLGC FLVALALRIA QGSAT VALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA
 401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLSDM DVPTTLKTWT VNQT LIAFIG
 451  FALSALLFAI V*
进一步的工作揭示了一个淋球菌变体DNA序列<SEQ ID 591>：
   1  ATGGACGGCC GGACACAGAC GCTGTCCGCG CAAACCTTGT TGGGCATTTC
  51  GGCGGCGGCA ATCATCCTCA TTCTGATTTT AATCGTCAAA TTCCGCATCC
 101  GCGCGCTGCT GACACTGGTC ATCGCCAGCC TGCTGACGGC TTTGGCAACC
 151  GGTTTGCCCA CAGGCAGCAT CGTCAACGAC GTACTGGTCA AAAACTTCGG
 201  CGGCACGCTC GGCGGCGTGG CGCTTCTGGT CGGTCTGGGC GCAATGCTCG
 251  GACGTTTGGT AGAAACATCC GGCGGCGCAC AGTCGCTGGC GGACGCGCTG
 301  ATCCGGATGT TCGGCGAAAA ACGCGCACCG TTCGCTCCGG GCGTTGCCTC
 351  GCTGATTTTC GGCTTCCCGA TTTTCTTCGA TGCCGGACTA ATCGTCATGC
 401  TGCCCATCGT ATTCGCCACC GCACGGCGCA TGAAACAGGA CGTACTGCCC
 451  TTCGCGCTTG CCTCCGTCGG CGCATTTTCC GTCATGCACG TCTTCCTGCC
 501  GCCCCATCCG GGCCCGATTG CCGCTTCCGA ATTTTACGGC GCGAACATCG
 551  GCCAGGTTTT GATTTTGGGT CTGCCGACCG CCTTCATCAC ATGGTATTTC
 601  AGCGGCTATA TGCTCGGCAA AGTGTTGGGG CGCGCCATCC ATGTTCCCGT
 651  TCCCGAACTG CTCAGCGGCG GCACGCAAGA CAGCGACCCG CCGAAAGAAC
 701  CTGCCAAAGC AGGAACGGTC GTCGCCGTCA TGCTGATTCC CATGCTGCTG
 751  ATTTTCCTGA ATACCGGCGT ATCAGCCCTC ATCAGCGAAA AACTCGTAAG
 801  TGCGGACGAA ACTTGGGTTC AGACGGCAAA AATGATCGGT TCGACACCTG
 851  TCGCCCTTCT GATTTCCGTA TTGGCCGCAC TGTTGGTCTT GGGACGCAAA
 901  CGCGGCGAAA GCGGCAGCAC GTTGGAAAAA ACCGTGGACG GCGCACTCGC
 951  CCCCGCCTGT TCCGTGATTC TGATTACCGG CGCGGGCGGT ATGTTCGGCG
1001  GCGTTTTGCG CGCTTCCGGC ATCGGCAAGG CACTCGCCGA CAGCATGGCG
1051  GATTTGGGCA TTCCCGTCCT TTTGGGCTGC TTCCTTGTCG CCTTGGCACT
1101  GCGTATCGCG CAAGGTTCGG CAACCGTCGC CCTGACCACA GCCGCCGCGC
1151  TGATGGCTCC TGCCGTTGCC GCCGCCGGCT TTACCGACTG GCAGCTCGCC
1201  TGTATCGTAT TGGCAACGGC GGCAGGTTCG GTCGGTTGCA GCCACTTCAA
1251  CGACTCCGGC TTCTGGCTGG TCGGCCGCCT CTTGGATATG GACGTACCGA
1301  CCACGCTGAA AACCTGGACG GTCAACCAAA CCCTCATCGC ATTCATCGGC
1351  TTTGCCTTGT CCGCACTGCT GTTTGCCATC GTCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 592；ORF140ng-1>：
   1  MDGRTQTLSA QTLLGISAAA IILILILIVK FRIRALLTLV IASLLTALAT
  51  GLPTGSIVND VLVKNFGGTL  GGVALLVGLG AMLGRLVETS GGAQSLADAL
 101  IRMFGEKRAP FAPGVAS LIF GFPIFFDAGL IVMLPIVFAT ARRMKQD VLP
 151  FALASVGAFS VMHVFLPPHP GPIAASEFYG ANIGQVLILG LPTAFITWYF
 201  SGYMLGKVLG RAIHVPVPEL LSGGTQDSDP PKEPAK AGTV VAVMLIPMLL
 251  IFLNTGVSAL ISEKLVSADE TWVQTAKMIG S TPVALLISV LAALLVLGRK
 301  RGESGSTLEK TVDGALAPAC  SVILITGAGG MFGGVLRASG IGKALADSMA
 351  DLG IPVLLGC FLVALALRIA QGSAT VALTT AAALMAPAVA AAGFTDWQLA
 401  CIVLATAAGS VGCSHFNDSG FWLVGRLLDM DVPTTLKTWT VNQT LIAFIG
 451  FALSALLFAI V*
ORF140ng-1和ORF140-1在461个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：
orf140ng-1.pep  MDGRTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIRALLTLVIASLLTALATGLPTGSIVND
                ||| |||||||||||||||||||||||||||||:|||||||:||||||||||||||||||
orf140-1        MDGWTQTLSAQTLLGISAAAIILILILIVKFRIHALLTLVIVSLLTALATGLPTGSIVND
orf140ng-1.pep  VLVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFAPGVASLIF
                :||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf140-1        ILVKNFGGTLGGVALLVGLGAMLGRLVETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFALGVASLIF
orf140ng-1.pep  GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASVGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYG
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf140-1        GFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQDVLPFALASIGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYG
orf140ng-1.pep  ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRAIHVPVPELLSGGTQDSDPPKEPAKAGTV
                |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:| ||||||||||
orf140-1        ANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGKVLGRTIHVPVPELLSGGTQDNDLPKEPAKAGTV
orf140ng-1.pep  VAVMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKMIGSTPVALLISVLAALLVLGRK
                ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:|||||||:||:|||||
orf140-1        VAIMLIPMLLIFLNTGVSALISEKLVSADETWVQTAKIIGSTPIALLISVLVALFVLGRK
orf140ng-1.pep  RGESGSTLEKTVDGALAPACSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGC
                ||||||:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140-1        RGESGSALEKTVDGALAPVCSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGC
orf140ng-1.pep  FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSG
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf140-1        FLVALALRIAQGSATVALTTAAALMAPAVAAAGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSG
orf140ng-1.pep  FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIAFIGFALSALLFAIV
                |||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf140-1        FWLVGRLLDMDVPTTLKTWTVNQTLIALIGFALSALLFAIV
另外，ORF140ng-1与一种大肠杆菌蛋白同源：
gi|882633(U29579)ORF_o454[大肠杆菌]＞gi|1789097(AE000358)o454；
该454个氨基酸的ORF与约456个氨基酸的蛋白的444个残基有34％的相同性(9个空隙)GNTP_BACLI SW：P46832[大肠杆菌]长度＝454
评分＝210位(529)，估计值＝1e-53
相同性＝130/384(33％)，阳性＝194/384(49％)，空隙＝19/384(4％)
询问：88  ETSGGAQSLADALIRMFGEKRAPFAPGVASLIFGFPIFFDAGLIVMLPIVFATARRMKQD 147
           E SGGA+SLA+   R  G+KR   A  +A+   G P+FFD G I++ PI++  A+  K
目标：80  EHSGGAESLANYFSRKLGDKRTIAALTLAAFFLGIPVFFDVGFIILAPIIYGFAKVAKIS 139
询问：148 VLPFALASVGAFSVMHVFLPPHPGPIAASEFYGANIGQVLILGLPTAFITWYFSGYMLGK 207
            L F L   G    +HV +PPHPGP+AA+    A+IG + I+G+  + I     GY   K
目标：140 PLKFGLPVAGIMLTVHVAVPPHPGPVAAAGLLHADIGWLTIIGIAIS-IPVGVVGYFAAK 198
询问：208 VLGRAIHVPVPELL----------SGGTQDSDPPKEPAKAGTVVAVMLIPMLLIFLNTGV 257
           ++ +  +    E+L           G T+ SD    P  A  V ++++IP+ +I   T
目标：199 IINKRQYAMSVEVLEQMQLAPASEEGATKLSDKINPPGVA-LVTSLIVIPIAIIMAGT-- 255
询问：258 SALISEKLVSADETWVQTAKMIGSTPXXXXXXXXXXXXXXGRKRGESGSTLEKTVDGALA 317
              +S  L+      + T ++IGS                  +RG S       +  AL
目标：256 ---VSATLMPPSHPLLGTLQLIGSPMVALMIALVLAFWLLALRRGWSLQHTSDIMGSALP 312
询问：318 PACSVILITGAGGMFGGVLRASGIGKALADSMADLGIPVLLGCFLVALALRIAQGSXXXX 377
            A  VIL+TGAGG+FG VL  SG+GKALA+ +  + +P+L   F+++LALR +QGS
目标：313 TAAVVILVTGAGGVFGKVLVESGVGKALANMLQMIDLPLLPAAFIISLALRASQGS--AT 370
询问：378 XXXXXXXXXXXXXXXGFTDWQLACIVLATAAGSVGCSHFNDSGFWLVGRLLDMDVPTTLK 437
                          G    Q   + LA   G +G SH NDSGFW+V + L + V   LK
目标：371 VAILTTGGLLSEAVMGLNPIQCVLVTLAACFGGLGASHINDSGFWIVTKYLGLSVADGLK 430
询问：438 TWTVNQTLIAFIGFALSALLFAIV 461
           TWTV  T++ F GF ++  ++A++
目标：431 TWTVLTTILGFTGFLITWCVWAVI 454
根据该分析结果(包括鉴定出此淋球菌蛋白中存在一个推定前导序列(双划线)和几个推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例71
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 593>：
  1  ..GATTTCGGCA TATCGCCCGT GTATCTTTGG GTTGCCGCCG CGTTCAAACA
 51    TTTGCTGTCG CCGTGGGCTG CCGACTCATA CGATGTCGCA CGCTTTGCAG
101    GCGTATTTTT TGCCGTTATC GGACTGACTT CCTGCGGCTT TGCCGGTTTC
151    AACTTTTTGG GCAGACACCA CGGGCGCAC. GTCGTCCTGA TTCTCATCGG
201    CTGTATCGGG CTGATTCCAG TTGCCCATTT CCTCAACCCC GCTGCCGCCG
251    CCTTTGCCGC CGCCGGACTG GTGCTGCACG GTTATTCTTT GGCTCGCCGG
301    CGCGTGATTG CCGCCTCTTT TCTGCTCGGT ACGGGCTGGA CGCTGATGTC
351    GTTGGCAGCA GCTTATCCGG CAGCATTTGC CCTGATGCTG CCCTTGCCCG
401    TACTGATGTT TTTCCGTCCG ..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 594；ORF141>：
  1  ..DFGISPVYLW VAAAFKHLLS PWAADSYDVA RFAGVFFAVI GLTSCGFAGF
 51    NFLGRHHGRX VVLILIGCIG LIPVAHFLNP AAAAFAAAGL VLHGYSLARR
101    RVIAASFLLG TGWTLMSLAA AYPAAFALML PLPVLMFFRP ..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 595>：
  1  ATGCTGACCT ATACCCCGCC CGATGCCCGC CCGCCCGCCA AAACCCACGA
 51  AAAGCCGTGG CTGCTGCTGT TGATGGCGTT TGCCTGGTTG TGGCCCGGCG
101  TGTTTTCCCA CGATTTGTGG AATCCTGACG AACCTGCCGT CTATACCGCC
151  GTCGAAGCAC TGGCAGGCAG CCCCACCCCC TTGGTTGCCC ATCTGTTCGG
201  TCAAACCGAT TTCGGCATAC CGCCCGTGTA TCTTTGGGTT GCCGCCGCGT
251  TCAAACATTT GCTGTCGCCG TGGGCTGCCG ACTCATACGA TGCCGCACGC
301  TTTGCAGGCG TATTTTTTGC CGTTATCGGA CTGACTTCCT GCGGCTTTGC
351  CGGTTTCAAC TTTTTGGGCA GACACCACGG GCGCAgCGTC GTCCTGATTC
401  TCATCGGCTG TATCGGGCTG ATTCCAGTTG CCCATTTCCT CAACCCCGCT
451  GCCGCCGCCT TTGCCGCCGC CGGACTGGTG CTGCACGGTT ATTCTTTGGC
501  TCGCCGGCGC GTGATTGCCG CCTCTTTTCT GCTCGGTACG GGCTGGACGC
551  TGATGTCGTT GGCAGCAGCT TATCCGGCAG CATTTGCCCT GATGCTGCCC
601  TTGCCCGTAC TGATGTTTTT CCGTCCGTGG CAAAGCAGGC GTTTGATGTT
651  GACGGCAGTC GCCTCACTTG CCTTTGCCCT GCCGCTTATG ACCGTTTACC
701  CGCTGCTCTT GGCAAAAACG CAGCCCGCGC TGTTCGCGCA ATGGCTCGAC
751  TATCACGTTT TCGGTACGTT CGGCGGCGTG CGGCACGTTC AGACGGCATT
801  CAGTTTGTTT TACTATCTGA AAAACCTGCT TTGGTTTGCA TTGCCCGCGC
851  TGCCGCTGGC GGTTTGGACG GTTTGCCGCA CGCGCCTGTT TTCGACCGAC
901  TGGGGGATTT TGGGCGTCGT CTGGATGCTT GCCGTTTTGG TGCTGCTTGC
951  CGTCAATCCG CAGCGTTTTC AGGATAACCT CGTCTGGCTG CTTCCGCCGC
1001  TTGCCCTGTT CGGCGCGGCG CAACTGGACA GCCTGAGGCG CGGCGCGGCG
1051  GCGTTTGTCA ACTGGTTCGG CATTATGGCG TTCGGACTGT TTGCCGTGTT
1101  CCTGTGGACG GGCTTTTTCG CCATGAATTA CGGCTGGCCC GCCAAGCTTG
1151  CCGAACGCGC CGCCTATTTC AGCCCGTATT ATGTTCCTGA TATCGATCCC
1201  ATTCCGATGG CGGTTGCCGT ACTGTTCACA CCCTTGTGGC TGTGGGCGAT
1251  TACCCGGAAA AACATACGCG GCAGGCAGGC GGTTACCAAC TGGGCGGCAG
1301  GCGTTACCCT GACCTGGGCT TTGCTGATGA CGCTGTTCCT GCCGTGGCTG
1351  GACGCGGCGA AAAGCCACGC GCCGGTCGTC CGGAGTATGG AGGCATCGCT
1401  TTCCCCGGAA TTGAAACGGG AGCTTTCAGA CGGCATCGAG TGTATCGGCA
1451  TAGGCGGCGG CGACCTGCAC ACGCGGATTG TTTGGACGCA GTACGGCACA
1501  TTGCCGCACC GCGTCGGCGA TGTACAATGC CGCTACCGCA TCGTCCTCCT
1551  GCCCCAAAAT GCGGATGCGC CGCAAGGCTG GCAGACGGTT TGGCAGGGTG
1601  CGCGTCCGCG CAACAAAGAC AGTAAGTTCG CACTGATACG GAAAATCGGG
1651  GAAAATATAT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 596；ORF141-1>：
   1  MLTYTPPDAR PPAKTHEKPW LLLLMAFAWL WPGVFSHDLW NPDEPAVYTA
  51  VEALAGSPTP LVAHLFGQTD FGIPPVYLWV AAAFKHLLSP WAADSYDAAR
 101  FAGVFFAVIG  LTSCGFAGFN FLGRHHGRS V VLILIGCIGL IPVAHFLNPA
 151  AAAFAAAGLV LHGYSLARRR  VIAASFLLGT  GWTLMSLAAA  YPAAFALMLP
 201  LPVLMFFRPW QSRRL MLTAV ASLAFALPLM TVYPLLLAKT QPALFAQWLD
 251  YHVFGTFGGV RHVQTAFSLF YYLKNLLWFA LPALPLAVWT VCRTRLFSTD
 301  W GILGVVWML AVLVLLAVNP QRFQDNLVWL LPPLALFGAA QLDSLRRGAA
 351  AFVNWFGIMA FGLFAVFLWT GFFAMNYGWP AKLAERAAYF SPYYVPDIDP
 401  IPMAVAVLFT PLWLWAITRK NIRGRQAVTN  WAAGVTLTWA LLMTLFLPWL
 451  DAAKSHAPVV RSMEASLSPE LKRELSDGIE CIGIGGGDLH TRIVWTQYGT
 501  LPHRVGDVQC RYRIVLLPQN ADAPQGWQTV WQGARPRNKD SKFALIRKIG
 551  ENI*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF141和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF141a)在140个氨基酸的重叠区内显示出有95.0％的相同性：
                                                  10        20        30
orf141.pep                                DFGISPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDVA
                                          |||| |||||||||||||||||||| ||:|
orf141a     WNPDEPAVYTAVEALAGSPTPLVAHLFGQIDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADPYDAA
           40        50        60        70        80        90
                     40         50        60         70         80        90
orf141.pep  R FAGVFFAVIGLTSCGFAGFNFLGRHHGRX VVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGL
            | ||||||||:||||||||| |||||||||| |||||||||||||::|||||||||||||||
orf141a     R FAGVFFAVVGLTSCGFAGFNFLGRHHGRS VVLILIGCIGLIPTVHFLNPAAAAFAAAGL
          100        110        120       130        140        150
                   100        110       120         130        140
orf141.pep  VLHGYSLARRR VIAASFLLGTGWTLMSLAAA YPAAFALMLPLPVLMFFRP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141a     VLHGYSLARRR VIAASFLLGTGWFLMSLAAA YPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRL MLTA
          160       170        180        190        200        210
orf141a     VASLAFALPLMTVYPLLLAKTQPALFAQWLDDHVFGTFGGVRHIQTAFSLFYYLKNLLWF
          220       230       240       250       260       270
全长ORF141a核苷酸序列<SEQ ID 597>是：
  1  ATGCTGACCT ATACCCCGCC CGATGCCCGC CCGCCCGCCA AAACCCACGA
 51  AAAGCCGTGG CTGTTGCTGT TGATGGCGTT TGCCTGGTTG TGGCCCGGCG
101  TGTTTTCCCA CGATTTGTGG AATCCTGACG AACCTGCCGT CTATACCGCC
151  GTCGAAGCAC TGGCAGGCAG CCCCACCCCT TTGGTTGCCC ATCTGTTCGG
 201  TCAAATCGAT TTCGGCATAC CGCCCGTGTA TCTTTGGGTT GCCGCCGCGT
 251  TCAAACATTT GCTGTCGCCG TGGGCTGCCG ACCCGTATGA TGCCGCACGC
 301  TTTGCCGGCG TGTTTTTCGC CGTTGTCGGA CTGACTTCCT GCGGCTTTGC
 351  CGGTTTCAAC TTTTTGGGCA GACACCACGG GCGCAGCGTC GTCCTGATTC
 401  TCATCGGCTG TATCGGGCTG ATTCCGACCG TACACTTTCT CAACCCCGCT
 451  GCCGCCGCCT TTGCCGCCGC CGGACTGGTG CTGCACGGTT ATTCTTTGGC
 501  TCGCCGGCGC GTGATTGCCG CCTCTTTTCT GCTCGGTACG GGTTGGACGC
 551  TGATGTCGTT GGCAGCAGCT TATCCGGCGG CATTTGCCCT GATGCTGCCC
 601  CTGCCCGTGC TGATGTTTTT CCGTCCGTGG CAAAGCAGGC GTTTGATGTT
 651  GACGGCAGTC GCCTCGCTTG CCTTTGCCCT GCCGCTTATG ACCGTTTACC
 701  CGCTGCTCTT GGCAAAAACG CAGCCCGCGC TGTTCGCGCA ATGGCTCGAC
 751  GATCACGTTT TCGGTACGTT CGGCGGCGTG CGGCACATTC AGACGGCATT
 801  CAGTTTGTTT TACTATCTGA AAAACCTGCT TTGGTTTGCA TTGCCTGCGC
 851  TGCCGCTGGC GGTTTGGACG GTTTGCCGCA CGCGCCTGTT TTCGACCGAC
 901  TGGGGGATTT TGGGCGTCGT CTGGATGCTT GCCGTTTTGG TGCTGCTTGC
 951  CGTCAATCCG CAGCGTTTTC AGGATAACCT CGTCTGGCTG CTTCCGCCGC
1001  TTGCCCTGTT CGGCGCGGCG CAACTGGACA GCCTGAGACG CGGCGCGGCG
1051  GCGTTTGTCA ACTGGTTCGG CATTATGGCG TTCGGACTGT TTGCCGTGTT
1101  CCTGTGGACG GGCTTTTTCG CCATGAATTA CGGCTGGCCC GCCAAGCTTG
1151  CCGAACGCGC CGCCTATTTC AGCCCGTATT ATGTTCCTGA TATCGATCCC
1201  ATTCCGATGG CGGTTGCCGT ACTGTTCACA CCCTTGTGGC TGTGGGCGAT
1251  TACCCGCAAA AACATACGCG GCAGGCAGGC GGTTACCAAC TGGGCGGCAG
1301  GCGTTACCCT GACCTGGGCT TTGCTGATGA CGCTGTTCCT GCCGTGGCTG
1351  GACGCGGCGA AAAGCCACGC GCCCGTCGTC CGGAGTATGG AGGCATCGCT
1401  TTCCCCGGAA TTAAAACGGG AGCTTTCAGA CGGCATCGAG TGTATCGACA
1451  TAGGCGGCGG CGACCTACAC ACGCGGATTG TTTGGACGCA GTACGGCACA
1501  TTGCCGCACC GCGTCGGCGA TGTACAATGC CGCTACCGCA TCGTCCGCTT
1551  GCCCCAAAAC GCGGATGCGC CGCAAGGCTG GCAGACGGTC TGGCAGGGTG
1601  CGCGCCCGCG CAACAAAGAC AGTAAGTTCG CACTGATACG GAAAACCGGG
1651  GAAAATATAT TAAAAACAAC AGATTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 598>：
   1  MLTYTPPDAR PPAKTHEKPW LLLLMAFAWL WPGVFSHDLW NPDEPAVYTA
  51  VEALAGSPTP LVAHLFGQID FGIPPVYLWV AAAFKHLLSP WAADPYDAAR
 101  FAGVFFAVVG LTSCGFAGFN FLGRHHGRS V VLILIGCIGL IPTVHFLNPA
 151  AAAFAAAGLV LHGYSLARRR  VIAASFLLGT GWTLMSLAAA  YPAAFALMLP
 201  LPVLMFFRPW QSRRL MLTAV ASLAFALPLM TVYPLLLAKT QPALFAQWLD
 251  DHVFGTFGGV RHIQTAFSLF YYLKNLLWFA LPALPLAVWT VCRTRLFSTD
 301  W GILGVVWML AVLVLLAVNP QRFQDNLVWL LPPLALFGAA QLDSLRRGAA
 351  AFVNWFGIMA FGLFAVFLWT GFFAMNYGWP AKLAERAAYF SPYYVPDIDP
 401  IPMAVAVLFT PLWLWAITRK NIRGRQAVTN  WAAGVTLTWA LLMTLFLPWL
 451  DAAKSHAPVV RSMEASLSPE LKRELSDGIE CIDIGGGDLH TRIVWTQYGT
 501  LPHRVGDVQC RYRIVRLPQN ADAPQGWQTV WQGARPRNKD SKFALIRKTG
 551  ENILKTTD*
ORF141a和ORF141-1在553个氨基酸的重叠区内显示出有98.2％的相同性：
orf141a.pep    MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPDEPAVYTAVEALAGSPTP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPDEPAVYTAVEALAGSPTP
orf141a.pep    LVAHLFGQIDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADPYDAARFAGVFFAVVGLTSCGFAGFN
               |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|||||||||||
orf141-1       LVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDAARFAGVFFAVIGLTSCGFAGFN
orf141a.pep    FLGRHHGRSVVLILIGCIGLIPTVHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
               ||||||||||||||||||||||::||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       FLGRHHGRSVVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
orf141a.pep    GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
orf141a.pep    QPALFAQWLDDHVFGTFGGVRHIQTAFSLFYYLKNLLWFALPALPLAVWTVCRTRLFSTD
               |||||||||| |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       QPALFAQWLDYHVFGTFGGVRHVQTAFSLFYYLKNLLWFALPALPLAVWTVCRTRLFSTD
orf141a.pep    WGILGVVWMLAVLVLLAVNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       WGILGVVWMLAVLVLLAVNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
orf141a.pep    FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
orf141a.pep    NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASLSPELKRELSDGIE
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASLSPELKRELSDGIE
orf141a.pep    CIDIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVQCRYRIVRLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
               || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
orf141-1       CIGIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVQCRYRIVLLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
orf141a.pep    SKFALIRKTGENI
               |||||||| ||||
orf141-1       SKFALIRKIGENI
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF141和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF141ng)在140个氨基酸的重叠区内显示出有95％的相同性：
orf141.pep                                DFGISPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDVA   30
                                          |||| |||||||||||||||||||  ||:|
orf141ng    WNPAEPAVYTAVEALAGSPTPLVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAAHPYDAA  126
orf141.pep  RFAGVFFAVIGLTSCGFAGFNFLGRHHGRXVVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGL   90
            ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||:||||||||||||
orf141ng    RFAGVFFAVIGLTSCGFAGFNFLGRHHGRSVVLIHIGCIGLIPVAHFFNPAAAAFAAAGL  186
orf141.pep  VLHGYSLARRRVIAASFLLGTGWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRP            140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141ng    VLHGYSLARRRVIAASFLLGTGWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTA  246
预计ORF141ng核苷酸序列<SEQ ID 599>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID600>：
  1  MPSEAVSARP LCEYLLHLAI RPFLLTLMLT YTPPDARPPA KTHEKP WLLL
 51  LMAFAWLWPG VFSHDLWNPA EPAVYTAVEA LAGSPTPLVA HLFGQTDFGI
101  PPVYLWVAAA FKHLLSPWAA HPYDAAR FAG VFFAVIGLTS CGFAGFNFLG
151  RHHGRS VVLI HIGCIGLIPV AHFFNPAAAA FAAAGLVLHG YSLARRR VIA
201  ASFLLGTGWT LMSLAAA YPA AFALMLPLPV LMFFRPWQSR RL MLTAVASL
251  AFALPLMTVY PLLLAKTQPA LFAQWLNYHV FGTFGGVRHI QRAFSLFHYL
301  KNLLWFAPPG LPLAVWTVCR TRLFSTDW GI LGIVWMLAVL VLLAFNPQRF
351  QDNLVWLLPP LALFGAAQLD SLRRGAAAFV NWFG IMAFGL FAVFLWTGFF
401  AMNYGWPAKL AERAAYFSPY YVPDIDP IPM AVAVLFTPLW LWAITRKNIR
451  GRQAVTN WAA GVTLTWALLM TLFLPWLDAA KSHAPVVRSM EASFSPELKR
501  ELSDGIECIG IGGGDLHTRI VWTQYGTLPH RVGDVRCRYR IVRLPQNADA
551  PQGWQTVWQG ARPRNKDSKF ALIRKIGENI LKTTD*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 601>：
  1  ATGCTGACCT ATACCCCGCC CGATGCCCGC CCGCCCGCCA AAACCCACGA
 51  AAAACCGTGG CTGCTGCTGT TGATGGCGTT TGCCTGGCTG TGGCCCGGCG
 101  TGTTTTCCCA CGATTTGTGG AATCCTGCCG AACCTGCCGT CTATACCGCC
 151  GTCGAAGCAC TGGCAGGCAG CCCCACCCCC TTGGTTGCCC ATCTGTTCGG
 201  TCAAACCGAT TTCGGCATAC CGCCCGTGTA TCTTTGGGTT GCCGCCGCAT
 251  TCAAACATTT GCTGTCGCCG TGGGCAGCCG ACCCGTATGA TGCCGCACGC
 301  TTTGCAGGCG TATTTTTTGC CGTTATCGGA CTGACTTCTT GCGGCTTTGC
 351  CGGTTTCAAC TTTTTGGGCA GACACCACGG GCGCAGCGTT GTTTTAATCC
 401  ATATCGGCTG TATCGGGCTG ATTCCGGTTG CCCATTTCCT CAATCCcgcc
 451  gccgccgcct tTGCCGCCGC CGGACTGGTG CTGCacggct actcgctgGC
 501  ACGCCGGCGC GTGATtgccg cctctTtccT GCTCGGTACG GGTTGGACGT
 551  TGATGTCGCT GGCGGCAGCT TATCCGGCGG CGTTTGCGCT GATGCTGCCC
 601  CTGCCCGTGC TGATGTTTTT CCGTCCGTGG CAAAGCAGGC GTTTGATGTT
 651  GACGGCAGTC GCCTCGCTTG CCTTTGCCCT GCCGCTTATG ACCGTTTACC
 701  CGCTGCTCtt gGCAAAAACG CAGCCCGCGC TGTTTGCGCA ATGGCTCAAC
 751  TATCACGTTT TCGGTACGTt cggcgGCGTG CGGCAcaTTC AGAggGCatT
 801  Cagtttgttt cactatctgA AAaatctgct ttggttcgca ccgcccgggC
 851  TGCCGCTGGC GGTTTGGACG GTTTGCCGCA CACGCCTGTT TTCGACCGAC
 901  TGGGGGATTT TGGGCATTGT CTGGATGCTT GCCGTTTTGG TGCTGCTCGC
 951  CTTTAATCCG CAGCGTTTTC AAGACAACCT CGTCTGGCTG CTGCCGCCGC
1001  TTGCCCTGTT CGGCGCGGCG CAACTGGACA GCCTGAGGCG CGGCGCGGCG
1051  GCTTTTGTCA ACTGGTTCGG CATTATGGCG TTCGGGCTGT TTGCCGTGTT
1101  CCTGTGGACG GGCTTTTTCG CCATGAATTA CGGCTGGCCC GCCAAGCTTG
1151  CCGAACGCGC CGCCTACTTC AGCCCGTATT ACGTTCCCGA CATCGATCCC
1201  ATTCCGATGG CGGTTGCCGT ACTGTTCACA CCCTTGTGGC TGTGGGCGAT
1251  TACCCGGAAA AACATACGCG GCAGGCAGGC GGTTACCAAC TGGGCGGCAG
1301  GCGTTACCCT GACCTGGGCT TTGCTGATGA CGCTGTTCCT GCCGTGGCTG
1351  GACGCGGCGA AAAGCCACGC GCCCGTCGTC CGGAGTATGG AGGCATCGTT
1401  TTCCCCGGAA TTAAAACGGG AGCTTTCAGA CGGCATCGAG TGTATCGGCA
1451  TAGGCGGCGG CGACCTGCAC ACGCGGATTG TTTGGACGCA GTACGGCACA
1501  TTGCCGCACC GCGTCGGCGA TGTCCGTTGC CGCTACCGTA TCGTCCGCCT
1551  GCCCCAAAAC GCGGATGCGC CGCAAGGCTG GCAGACGGTC TGGCAGGGTG
1601  CGCGCCCGCG CAACAAAGAC AGTAAGTTTG CACTGATACG GAAAATCGGG
1651  GAAAATATAT TAAAAACAAC AGATTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 602；ORF141ng-1>：
   1  MLTYTPPDAR PPAKTHEKPW LLLLMAFAWL WPGVFSHDLW NPAEPAVYTA
  51  VEALAGSPTP LVAHLFGQTD FGIPPVYLWV AAAFKHLLSP WAADPYDAAR
 101  FAGVFFAVIG LTSCGFAGFN FLGRHHGRS V VLIHIGCIGL IPVAHFLNPA
 151  AAAFAAAGLV LHGYSLARRR  VIAASFLLGT GWTLMSLAAA  YPAAFALMLP
 201  LPVLMFFRPW QSRRL MLTAV ASLAFALPLM TVYPLLLAKT QPALFAQWLN
 251  YHVFGTFGGV RHIQRAFSLF HYLKNLLWFA PPGLPLAVWT VCRTRLFSTD
 301  W GILGIVWML AVLVLLAFNP QRFQDNLVWL LPPLALFGAA QLDSLRRGAA
 351  AFVNWFG IMA FGLFAVFLWT GFFAMNYGWP AKLAERAAYF SPYYVPDIDP
 401  IPMAVAVLFT PLWLWAITRK NIRGRQAVTN  WAAGVTLTWA LLMTLFLPWL
 451  DAAKSHAPVV RSMEASFSPE LKRELSDGIE CIGIGGGDLH TRIVWTQYGT
 501  LPHRVGDVRC RYRIVRLPQN ADAPQGWQTV WQGARPRNKD SKFALIRKIG
 551  ENILKTTD*
ORF141ng-1和ORF141-1在553个氨基酸的重叠区内显示出有97.5％的相同性有：
orf141ng-1.pep MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPAEPAVYTAVEALAGSPTP
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf141-1       MLTYTPPDARPPAKTHEKPWLLLLMAFAWLWPGVFSHDLWNPDEPAVYTAVEALAGSPTP
orf141ng-1.pep LVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADPYDAARFAGVFFAVIGLTSCGFAGFN
               |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf141-1       LVAHLFGQTDFGIPPVYLWVAAAFKHLLSPWAADSYDAARFAGVFFAVIGLTSCGFAGFN
orf141ng-1.pep FLGRHHGRSVVLIHIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
               ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       FLGRHHGRSVVLILIGCIGLIPVAHFLNPAAAAFAAAGLVLHGYSLARRRVIAASFLLGT
orf141ng-1.pep GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       GWTLMSLAAAYPAAFALMLPLPVLMFFRPWQSRRLMLTAVASLAFALPLMTVYPLLLAKT
orf141ng-1.pep QPALFAQWLNYHVFGTFGGVRHIQRAFSLFHYLKNLLWFAPPGLPLAVWTVCRTRLFSTD
               |||||||||:||||||||||||:| |||||:||||||||| |:|||||||||||||||||
orf141-1       QPALFAQWLDYHVFGTFGGVRHVQTAFSLFYYLKNLLWFALPALPLAVWTVCRTRLFSTD
orf141ng-1.pep WGILGIVWMLAVLVLLAFNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
               |||||:||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       WGILGVVWMLAVLVLLAVNPQRFQDNLVWLLPPLALFGAAQLDSLRRGAAAFVNWFGIMA
orf141ng-1.pep FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf141-1       FGLFAVFLWTGFFAMNYGWPAKLAERAAYFSPYYVPDIDPIPMAVAVLFTPLWLWAITRK
orf141ng-1.pep NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASFSPELKRELSDGIE
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf141-1       NIRGRQAVTNWAAGVTLTWALLMTLFLPWLDAAKSHAPVVRSMEASLSPELKRELSDGIE
orf141ng-1.pep CIGIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVRCRYRIVRLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
               ||||||||||||||||||||||||||||:|||||| ||||||||||||||||||||||||
orf141-1       CIGIGGGDLHTRIVWTQYGTLPHRVGDVQCRYRIVLLPQNADAPQGWQTVWQGARPRNKD
orf141ng-1.pep SKFALIRKIGENILKTTDX
               |||||||||||||
orf141-1       SKFALIRKIGENIX
根据淋球菌中存在几个推定跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例72
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 603>：
  1  ..CAATCCGCCA AATGGTTATC GGGCCAAACT CTAGTCGGCA CAGCAATTGG
 51    GATACGCGGG CAGATAAAGC TTGGCGGCAA CCTGCATTAC GATATATTTA
101    CCGGCCGCGC ATTGAAAAAG CCCGAATTTT TCCAATCAAG GAAATGGGCA
151    AGCGGTTTTC AGGTAGGCTA TACGTTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 604；ORF142>：
  1  ..QSAKWLSGQT LVGTAIGIRG QIKLGGNLHY DIFTGRALKK PEFFQSRKWA
 51    SGFQVGYTF*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 605>：
  1  ATGGATAATT CGGGTAGTGA GGCGACAGGA AAATACCAAG GAAATATCAC
 51  TTTCTCTGCC GACAATCCTT TGGGACTGAG TGATATGTTC TATGTAAATT
101  ATGGACGTTC GATTGGCGGT ACGCCCGATG AGGAAAGTTT TGACGGCCAT
151  CGCAAAGAAG GCGGATCAAA CAATTACGCC GTACATTATT CAGCCCCTTT
201  CGGTAAATGG ACATGGGCAT TCAATCACAA TGGCTACCGT TACCATCAGG
251  CAGTTTCCGG ATTATCGGAA GTCTATGACT ATAATGGAAA AAGTTACAAT
301  ACTGATTTCG GCTTCAACCG CCTGTTGTAT CGTGATGCCA AACGCAAAAC
351  CTATCTCGGT GTAAAACTGT GGATGAGGGA AACAAAAAGT TACATTGATG
401  ATGCCGAACT GACTGTACAA CGGCGTAAAA CTGCGGGTTG GTTGGCAGAA
451  CTTTCCCACA AAGAATATAT CGGTCGCAGT ACGGCAGATT TTAAGTTGAA
501  ATATAAACGC GGCACCGGCA TGAAAGATGC TCTGCGCGCG CCTGAAGAAG
551  CCTTTGGCGA AGGCACGTCA CGTATGAAAA TTTGGACGGC ATCGGCTGAT
601  GTAAATACTC CTTTTCAAAT CGGTAAACAG CTATTTGCCT ATGACACATC
651  CGTTCATGCA CAATGGAACA AAACCCCGCT AACATCGCAA GACAAACTGG
701  CTATCGGCGG ACACCACACC GTACGTGGCT TCGACGGTGA AATGAGTTTG
 751  TCTGCCGAGC GGGGATGGTA TTGGCGCAAC GATTTGAGCT GGCAATTTAA
 801  ACCAGGCCAT CAGCTTTATC TTGGGGCTGA TGTAGGACAT GTTTCAGGAC
 851  AATCCGCCAA ATGGTTATCG GGCCAAACTC TAGTCGGCAC AGCAATTGGG
 901  ATACGCGGGC AGATAAAGCT TGGCGGCAAC CTGCATTACG ATATATTTAC
 951  CGGCCGCGCA TTGAAAAAGC CCGAATTTTT CCAATCAAGG AAATGGGCAA
1001  GCGGTTTTCA GGTAGGCTAT ACGTTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 606；ORF142-1>：
   1  MDNSGSEATG KYQGNITFSA DNPLGLSDMF YVNYGRSIGG TPDEESFDGH
  51  RKEGGSNNYA VHYSAPFGKW TWAFNHNGYR YHQAVSGLSE VYDYNGKSYN
 101  TDFGFNRLLY RDAKRKTYLG VKLWMRETKS YIDDAELTVQ RRKTAGWLAE
 151  LSHKEYIGRS TADFKLKYKR GTGMKDALRA PEEAFGEGTS RMKIWTASAD
 201  VNTPFQIGKQ LFAYDTSVHA QWNKTPLTSQ DKLAIGGHHT VRGFDGEMSL
 251  SAERGWYWRN DLSWQFKPGH QLYLGADVGH VSGQSAKWLS GQTLVGTAIG
 301  IRGQIKLGGN LHYDIFTGRA LKKPEFFQSR KWASGFQVG Y TF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF142和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF142ng)在59个氨基酸的重叠区内显示出有88.1％的相同性。
orf142.pep                                QSAKWLSGQTLVGTAIGIRGQIKLGGNLHY   30
                                          |||||||||||:||||||||||||||||||
orf142ng    RGWYWRNDLSWQFKPGHQLYLGADVGHVSGQSAKWLSGQTLAGTAIGIRGQIKLGGNLHY  313
orf142.pep  DIFTGRALKKPEFFQSRKWASGFQVGYTF   59
            ||||||||||||:||::||::||||||:|
orf142ng    DIFTGRALKKPEYFQTKKWVTGFQVGYSF  342
全长ORF142ng核苷酸序列<SEQ ID 607>是：
   1  ATGGATAATT CGGGTAGTGA GGCGACAGGA AAATACCAAG GAAATATCAC
  51  TTTCTCTGCC GACAATCCTT TTGGACTGAG TGATATGTTC TATGTAAATT
 101  ATGGACGTTC AATTGGCGGT ACGCCCGATG AGGAAAATTT TGACGGCCAT
 151  CGCAAAGAAG GCGGATCAAA CAATTACGCC GTACATTATT CAGCCCCTTT
 201  CGGTAAATGG ACATGGGCAT TCAATCACAA TGGCTACCGT TACCATCAGG
 251  CGGTTTCCGG ATTATCGGAA GTCTATGACT ATAATGGAAA AAGTTACAAC
 301  ACTGATTTCG GCTTCAACCG CCTGTTGTAT CGTGATGCCA AACGCAAAAC
 351  CTATCTCAGT GTAAAACTGT GGACGAGGGA AACAAAAAGT TACATTGATG
 401  ATGCCGAACT GACTGTACAA CGGCGTAAAA CCACAGGTTG GTTGGCAGAA
 451  CTTTCCCACA AAGGATATAT CGGTCGCAGT ACGGCAGATT TTAAGTTGAA
 501  ATATAAACAC GGCACCGGCA TGAAAGATGC TCTGCGCGCG CCTGAAGAAG
 551  CCTTTGGCGA AGGCACGTCA CGTATGAAAA TTTGGACGGC ATCGGCTGAT
 601  GTAAATACTC CTTTTCAAAT CGGTAAACAG CTATTTGCCT ATGACACATC
 651  CGTTCATGCA CAATGGAACA AAACCCCGCT AACATCGCAA GACAAACTGG
 701  CTATCGGCGG ACACCACACC GTACGTGGCT TCGACGGTGA AATGAGTTTG
 751  CCTGCCGAGC GGGGATGGTA TTGGCGCAAC GATTTGAGCT GGCAATTTAA
 801  ACCAGGCCAT CAGCTTTATC TTGGGGCTGA TGTAGGACAT GTTTCAGGAC
 851  AATCCGCCAA ATGGTTATCG GGCCAAACTC TAGCCGGCAC AGCAATTGGG
 901  ATACGCGGGC AGATAAAGCT TGGCGGCAAC CTGCATTACG ATATATTTAC
 951  CGGCCGTGCA TTGAAAAAGC CCGAATATTT TCAGACGAAG AAATGGGTAA
1001  CGGGGTTTCA GGTGGGTTAT TCGTTTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 608>：
   1  MDNSGSEATG KYQGNITFSA DNPFGLSDMF YVNYGRSIGG TPDEENFDGH
  51  RKEGGSNNYA VHYSAPFGKW TWAFNHNGYR YHQAVSGLSE VYDYNGKSYN
 101  TDFGFNRLLY RDAKRKTYLS VKLWTRETKS YIDDAELTVQ RRKTTGWLAE
 151  LSHKGYIGRS TADFKLKYKH GTGMKDALRA PEEAFGEGTS RMKIWTASAD
 201  VNTPFQIGKQ LFAYDTSVHA QWNKTPLTSQ DKLAIGGHHT VRGFDGEMSL
 251  PAERGWYWRN DLSWQFKPGH QLYLGADVGH VSGQSAKWLS GQTLAGTAIG
 301  IRGQIKLGGN LHYDIFTGRA LKKPEYFQTK KWVTGFQVG Y SF*
通常发现有下划线的序列(芳族-Xaa-芳族氨基酸基序)在外膜蛋白的C端。
ORF142ng和ORF142-1在342个氨基酸的重叠区内显示出有95.6％的相同性：
orf142-1.pep  MDNSGSEATGKYQGNITFSADNPLGLSDMFYVNYGRSIGGTPDEESFDGHRKEGGSNNYA
              |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf142ng-1    MDNSGSEATGKYQGNITFSADNPFGLSDMFYVNYGRSIGGTPDEENFDGHRKEGGSNNYA
orf142-1.pep  VHYSAPFGKWTWAFNHNGYRYHQAVSGLSEVYDYNGKSYNTDFGFNRLLYRDAKRKTYLG
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf142ng-1    VHYSAPFGKWTWAFNHNGYRYHQAVSGLSEVYDYNGKSYNTDFGFNRLLYRDAKRKTYLS
orf142-1.pep  VKLWMRETKSYIDDAELTVQRRKTAGWLAELSHKEYIGRSTADFKLKYKRGTGMKDALRA
              |||| |||||||||||||||||||:||||||||| ||||||||||||||:||||||||||
orf142ng-1    VKLWTRETKSYIDDAELTVQRRKTTGWLAELSHKGYIGRSTADFKLKYKHGTGMKDALRA
orf142-1.pep  PEEAFGEGTSRMKIWTASADVNTPFQIGKQLFAYDTSVHAQWNKTPLTSQDKLAIGGHHT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf142ng-1    PEEAFGEGTSRMKIWTASADVNTPFQIGKQLFAYDTSVHAQWNKTPLTSQDKLAIGGHHT
orf142-1.pep  VRGFDGEMSLSAERGWYWRNDLSWQFKPGHQLYLGADVGHVSGQSAKWLSGQTLVGTAIG
              |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf142ng-1    VRGFDGEMSLPAERGWYWRNDLSWQFKPGHQLYLGADVGHVSGQSAKWLSGQTLAGTAIG
orf142-1.pep  IRGQIKLGGNLHYDIFTGRALKKPEFFQSRKWASGFQVGYTF
              |||||||||||||||||||||||||:||::||::||||||:|
orf142ng-1    IRGQIKLGGNLHYDIFTGRALKKPEYFQTKKWVTGFQVGYSF
另外，ORF142ng与菊欧文氏菌的HecB蛋白同源：
gi|1772622(L39897)HecB[菊欧文氏菌]长度＝558
评分＝119位(295)，估计值＝3e-26
相同性＝88/346(25％)，阳性＝151/346(43％)，空隙＝22/346(6％)
询问：2   DNSGSEATGKYQGNITFSADNPFGLSDMFYVNYGRSIGGTPDEENFDGHRKEGGSNNYAV  61
           DNSG ++TG+ Q N + + DN FGL+D ++++ G S   +    +D     + G
目标：230 DNSGQKSTGEEQLNGSLALDNVFGLADQWFISAGHS---SRFATSHDAESLQAG------ 280
询问：62  HYSAPFGKWTWAFNHNGYRYHQAVSGLSEVYDYNGKSYNTDFGFNRLLYRDAKRKTYLSV 121
            +S P+G W   +N++  RY          +   G S    F  +R+++RD   KT ++
目标：281 -FSMPYGYWNLGYNYSQSRYRNTFINRDFPWHSTGDSDTHRFSLSRVVFRDGTMKTAIAG 339
询问：122 KLWTRETKSYIDDAELTVQRRKTTGWLAELSHKGYIGRSTADFKLKYKHGTGMKDALRAP 181
               R   +Y++ + L    RK +    ++H    +    A F   Y  G     +
目标：340 TFSQRTGNNYLNGSLLPSSSRKLSSVSLGVNHSQKLWGGLATFNPTYNRGVRWLGSETDT 399
询问：182 EEAFGEGTSRMKIWTASADVNTPFQIGKQLFAYDTSVHAQWNKTPLTSQDKLAIGGHHTV 241
           +++  E  +    WT SA    P         Y  S++ Q++   L   ++L +GG  ++
目标：400 DKSADEPRAEFNKWTLSASYYHPV---TDSITYLGSLYGQYSARALYGSEQLTLGGESSI 456
询问：242 RGFDGEMSLPAERGWYWRNDLSWQFKP----GHQLYLGA-DVGHVSGQSAKWLSGQTLAG 296
           RGF E       RG YWRN+L+WQ       G+  ++ A D GH+        +  +L G
目标：457 RGF-REQYTSGNRGAYWRNELNWQAWQLPVLGNVTFMAAVDGGHLYNHKQDNSTAASLWG 515
询问：297 TAIGIRGQIKLGGNLHYDIFTGRALKKPEYFQTKKWVTGFQVGYSF 342
            A+G+    +    L   +  G  +  P + Q    V G++VG SF
目标：516 GAVGMTVASRW---LSQQVTVGWPISYPAWLQPDTMVVGYRVGLSF 558
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例73
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 609>：
  1  ATGCGGACGA AATGGTCAGC AGTGAGAAGC TGC
Figure A20051011339503611
ACTTG GgCGGACACC
 51  GCCGACATCG ATACCGCTTT GAACCTGTTG TACCGTTTGC AAAAACTCGA
101  ATTCCTCTAT GGCGATGAAA ACGGTCATTC AGACGGCATC AATTTGwCGG
151  ACGAGCAATT GCCGTTGCTG ATGGAACAAT TGTCCGGCAG CGGTAAGGCG
201  TTATTGGTCG ATCGGAACGG TCTGTATCTT GCCAACGCCA ATTTCCATCA
251  TGAGGCGGCG GAAGAGTTGG GGTTGTTGGC GGCAGAAGTC GCACAGATGG
301  AAAAGAAATA CCGGCTGCTG ATTAAGAACA AC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 610；ORF143>：
  1  MRTKWSAVRS CTWADTADID TALNLLYRLQ KLEFLYGDEN GHSDGINLXD
 51  EQLPLLMEQL SGSGKALLVD RNGLYLANAN FHHEAAEELG LLAAEVAQME
101  KKYRLLIKNN ..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 611>：
  1  ATGGAATCAA CACTTTCACT ACAAGCAAAT TTATATCCCC GCCTGACTCC
 51  TGCCGGTGCA TTTTATGCCG TATCCAGCGA TGCCCCCAGT GCCGGTAAAA
101  CTTTGTTGCA CAGCCTGTTG AAAGCAGATG CGGACGAAAT GGTCAGCAGT
151  GAGAAGCTGC TTACTTGGGC GGACACCGCC GACATCGATA CCGCTTTGAA
201  CCTGTTGTAC CGTTTGCAAA AACTCGAATT CCTCTATGGC GATGAAAACG
251  GTCATTCAGA CGGCATCAAT TTGTCGGACG AGCAATTGCC GTTGCTGATG
301  GAACAATTGT CCGGCAGCGG TAAGGCGTTA TTGGTCGATC GGAACGGTCT
351  GTATCTTGCC AACGCCAATT TCCATCATGA GGCGGCGGAA GAGTTGGGGT
401  TGTTGGCGGC AGAAGTCGCA CAGATGGAAA AGAAATACCG GCTGCTGATT
451  AAGAACAACC TGTATATCAA CAATAACGCT TGGGGCGTTT GCGATCCTTC
501  CGGTCAGAGC GAATTGACAT TTTTCCCATT GTATATCGGT TCAACCAAAT
551  TTATTTTGGT TATCGGCGGC ATTCCCGATT TGGGCAAAGA GGCATTTGTT
601  ACTTTGGTAA GGATTTTATA CCGCCGTTAC AGCAACCGCG TGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 612；ORF143-1>：
  1  MESTLSLQAN LYPRLTPAGA FYAVSSDAPS AGKTLLHSLL KADADEMVSS
 51  EKLLTWADTA DIDTALNLLY RLQKLEFLYG DENGHSDGIN LSDEQLPLLM
101  EQLSGSGKAL LVDRNGLYLA NANFHHEAAE ELGLLAAEVA QMEKKYRLLI
151  KNNLYINNNA WGVCDPSGQS ELT FFPLYIG STKFILVIGG IPDLGKEAFV
201  TLVRILYRRY SNRV*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF143和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF143a)在105个氨基酸的重叠区内显示出有92.4％的相同性：
                                             10        20        30
orf143.pep                           MRTKWSAVRSCTWADTADIDTALNLLYRLQKLEFL
                                          |: :  ||| ||||||||||||||||||||
orf143a     GAFYAVSSDXPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWAXTADIDTALNLLYRLQKLEFL
            20        30        40        50        60        70
               40        50        60        70        80        90
orf143.pep  YGDENGHSDGINLXDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLANANFHHEAAEELGLLAAE
            ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf143a     YGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLANANFHHEAAEELGLLAAE
            80        90       100       110       120       130
               100      110
orf143.pep  VAQMEKKYRLLIKNN
            |||||||||| ||||
orf143a     VAQMEKKYRLXIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELT FFPLYIGSTKFILVIGGIPDLGKEA
       140       150       160       170       180       190
全长ORF143a核苷酸序列<SEQ ID 613>是：
  1  ATGGAATCAA CANTTTCACT ACAAGCAAAT TTATATCNCC GCCTGACTCC
 51  TGCCGGTGCA TTTTATGCCG TATCCAGCGA TGNCCCCAGT GCCGGTAAAA
101  CTTTGTTGCA CAGCCTGTTG AAAGCGGATG CGGACGAAAT GGTNAGCAGT
151  GAGAAGCTGC TTACCTGGGC GGANACCGCC GACATCGATA CCGCTTTGAA
201  CCTGTTGTAC CGTTTGCAAA AACTCGAATT CCTCTATGGC GATGAAAACG
251  GTCATTCAGA CGGCATCAAT TTGTCGGACG AGCAATTGCC GTTGCTGATG
301  GAACAATTGT CCGGCAGCGG TAAGGCGTTA TTGGTCGATC GGAACGGTCT
351  GTATCTTGCC AACGCCAATT TCCATCATGA GGCGGCGGAA GAGTTGGGGT
401  TGTTGGCGGC AGAAGTCGCA CAGATGGAAA AGAAATACCG GCTGCNNATT
451  AAGAACAACC TGTATATCAA CAATAACGCT TGGGGCGTTT GCGATCCTTC
501  CGGTCAGAGC GAATTGACAT TTTTCCCATT GTATATCGGT TCAACCAAAT
551  TTATTTTGGT TATCGGCGGC ATTCCCGATT TGGGCAAAGA GGCATTTGTT
601  ACTTTGGTAA GGATNTTATA CCNCCNGTTA CAGCAACCGC GTGTAAAACT
651  TGGGAGAGAG GANGGGTTAT GCAGCAATTA TTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 614>：
  1  MESTXSLQAN LYXRLTPAGA FYAVSSDXPS AGKTLLHSLL KADADEMVSS
 51  EKLLTWAXTA DIDTALNLLY RLQKLEFLYG DENGHSDGIN LSDEQLPLLM
101  EQLSGSGKAL LVDRNGLYLA NANFHHEAAE ELGLLAAEVA QMEKKYRLXI
151  KNNLYINNNA WGVCDPSGQS ELT FFPLYIG STKFILVIGG IPDLGKEAFV
201  TLVRXLYXXL QQPRVKLGRE XGLCSNY*
ORF143a和ORF143-1在207个氨基酸的重叠区内显示出有97.1％的相同性：
orf143a.pep    MESTXSLQANLYXRLTPAGAFYAVSSDXPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWAXTA
               |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
orf143-1       MESTLSLQANLYPRLTPAGAFYAVSSDAPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWADTA
orf143a.pep    DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf143-1       DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLA
orf143a.pep    NANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLXIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIG
               |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf143-1       NANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIG
orf143a.pep    STKFILVIGGIPDLGKEAFVTLVRXLY
               |||||||||||||||||||||||| ||
orf143-1       STKFILVIGGIPDLGKEAFVTLVRILY
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF143和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF143ng)在110个氨基酸的重叠区内显示出有95.5％的相同性：
orf143.pep  MRTKWSAVRSCTWADTADIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLXDEQLPLLMEQL  60
            |||||||||||: ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf143ng    MRTKWSAVRSCSRADTADIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQL  60
orf143.pep  SGSGKALLVDRNGLYLANANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIKNN           110
           |||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||:||
orf143ng    SGSGKALLVDRNGLYLANANFHHESAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIRNNLYINNNAWGV 120
预计ORF143ng核苷酸序列<SEQ ID 615>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID616>：
  1  MRTKWSAVRS CSRADTADID TALNLLYRLQ KLEFLYGDEN GHSDGINLSD
 51  EQLPLLMEQL SGSGKALLVD RNGLYLANAN FHHESAEELG LLAAEVAQME
101  KKYRLLIRNN LYINNNAWGV CDPSGQSELT F FPLYIGSTK FILVIAGIPD
151  LSKGGICYFG KDFIPPLQQP RVKLGTGGIM RQLLISILED LNNTSTDIIA
201  SAVISTDGLP MATMLPSHLN SDRVGAISAT LLALGSRSVQ ELACGELEQV
251  MIKGKSGYIL LSQAGKDAVL VLVAKETG RL GLILLDAKRA ARHIAEAI*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 617>：
  1  ATGGAATCAA CACTTTCACT ACAAGCGAAT TTATATCCCT GCCTGACTCC
 51  TGCCGGTGCA TTTTATGCCG TATCCAGCGA TGCCCCCAGT GCCGGTAAAA
101  CTTTGTTGCG CAGCCTGTTG AAAGCGGATG CGGACGAAGT GGTCAGCAGT
151  GAGAAGCTGC TCGCGGCGGA CACCGCCGAC ATCGATACCG CTTTGAACCT
201  GTTGTACCGT TTGCAAAAAC TCGAATTCCT CTATGGCGAT GAAAACGGTC
251  ATTCAGACGG CATCAATTTG TCGGACGAGC AATTGCCGTT GCTGATGGAA
301  CAATTGTCCG GCAGCGGTAA GGCATTATTG GTCGATCGGA ACGGTCTGTA
351  TCTTGCCAAC GCCAATTTCC ATCATGAGTC GGCGGAAGAG TTGGGGTTGT
401  TGGCGGCAGA AGTCGCACAG ATGGAAAAGA AATACCGGCT GCTGATTAGG
451  AACAACCTGT ATATCAACAA TAACGCTTGG GGCGTTTGCG ATCCTTCCGG
501  TCAGAGCGAA TTGACATTTT TCCCATTGTA TATCGGTTCA ACCAAATTTA
551  TTTTGGTTAT CGCCGGCATT CCCGATTTGA GCAAAGAGGC ATTTGTTACT
601  TTGGTAAGGA TTTTATACCG CCGTTACAGC AACCGCGTGT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 618；ORF143ng-1>：
  1  MESTLSLQAN LYPCLTPAGA FYAVSSDAPS AGKTLLRSLL KADADEVVSS
 51  EKLLAADTAD IDTALNLLYR LQKLEFLYGD ENGHSDGINL SDEQLPLLME
101  QLSGSGKALL VDRNGLYLAN ANFHHESAEE LGLLAAEVAQ MEKKYRLLIR
151  NNLYINNNAW GVCDPSGQSE LTF FPLYIGS TKFILVIAGI PDLSKEAFVT
201  LVRILYRRYS NRV*
ORF143ng-1和ORF143-1在214个氨基酸的重叠区内显示出有95.8％的相同性：
orf143ng-1.pep MESTLSLQANLYPCLTPAGAFYAVSSDAPSAGKTLLRSLLKADADEVVSSEKLLA-ADTA  59
               ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||:|||||||||:|||||||: ||||
orf 143-1      MESTLSLQANLYPRLTPAGAFYAVSSDAPSAGKTLLHSLLKADADEMVSSEKLLTWADTA  60
orf143ng-1.pep DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLA 119
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf143-1       DIDTALNLLYRLQKLEFLYGDENGHSDGINLSDEQLPLLMEQLSGSGKALLVDRNGLYLA 120
orf143ng-1.pep NANFHHESAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIRNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIG 179
               |||||||:||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||
orf143-1       NANFHHEAAEELGLLAAEVAQMEKKYRLLIKNNLYINNNAWGVCDPSGQSELTFFPLYIG 180
orf143ng-1.pep STKFILVIAGIPDLSKEAFVTLVRILYRRYSNRV  213
               ||||||||:|||||:|||||||||||||||||||
orf143-1       STKFILVIGGIPDLGKEAFVTLVRILYRRYSNRV  214
根据淋球菌蛋白中存在推定的跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例74
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 619>：
  1  ATGACCTTTT TACAACGTTT GCAAGGTTTG GCAGACAATA AAATCTGTGC
 51  GTTTGCATGG TTCGTCGTCC GCCGCTTTGA TGAAGAACGC GTACCGCAGr
101  CGGCGGCAAG CATGACGTTT ACGACGCTGC TGGCACTCGT CCCCGTGCTG
151  ACCGTGATGG TGGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGCTGGTC
201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CA.GGCGCGG
251  ACATGGTGTT CGACTATATC AATGCGTTCC GCGAGCAGGC GAACCGGCTG
301  ACGGCAATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTT ACCTCGCTGA TGCTGATTCG
351  GACGATAGAC AATACGTTCA ACCGCATCTG G
Figure A20051011339503631
CGGGTCAA wTyCCAGCGT
401  CCGTGGATG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 620；ORF144>：
   1  MTFLQRLQGL ADNKICAFAW FVVRRFDEER VPQXAASMTF TTLLALVPVL
  51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP XGADMVFDYI NAFREQANRL
 101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NTFNRIWRVX XQRPWM...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 621>：
   1  ATGACCTTTT TACAACGTTT GCAAGGTTTG GCAGACAATA AAATCTGTGC
  51  GTTTGCATGG TTCGTCGTCC GCCGCTTTGA TGAAGAACGC GTACCGCAGG
 101  CGGCGGCAAG CATGACGTTT ACGACGCTGC TGGCACTCGT CCCCGTGCTG
 151  ACCGTGATGG TGGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGCTGGTC
 201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CAGGGCGCGG
 251  ACATGGTGTT CGACTATATC AATGCGTTCC GCGAGCAGGC GAACCGGCTG
 301  ACGGCAATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTT ACCTCGCTGA TGCTGATTCG
 351  GACGATAGAC AATACGTTCA ACCGCATCTG GCGGGTCAAT TCCCAGCGTC
 401  CGTGGATGAT GCAGTTTCTC GTCTATTGGG CTTTACTGAC GTTCGGGCCG
 451  CTGTCTTTGG GCGTGGGCAT TTCCTTTATG GTCGGCTCGG TACAGGATGC
 501  CGCGCTTGCC TCAGGTGCGC CGCAGTGGTC GGGCGCGTTG CGAACGGCGG
 551  CGACGCTGAC CTTCATGACG CTTTTGCTGT GGGGGCTGTA CCGCTTCGTG
 601  CCAAACCGCT TCGTTCCCGC GCGGCAGGCG TTTGTCGGGG CTTTGGCAAC
 651  AGCGTTTTGT CTGGAAACCG CGCGCTCCCT CTTCACTTGG TATATGGGCA
 701  ATTTCGACGG CTACCGCTCG ATTTACGGCG CGTTTGCCGC CGTGCCGTTT
 751  TTTCTGTTGT GGCTGAACCT GTTGTGGACG CTGGTCTTGG GCGGCGCGGT
 801  GCTGACTTCT TCACTCTCCT ACTGGCAGGG AGAAGCGTTC CGCAGGGGCT
 851  TCGACTCGCG CGGACGGTTT GACGACGTGT TGAAAATCCT GCTGCTTCTG
 901  GATGCGGCGC AAAAAGAAGG CAAAGCCTTG CCTGTTCAGG AGTTCAGACG
 951  GCATATCAAT ATGGGCTACG ACGAGTTGGG CGAGCTTTTG GAAAAGCTGG
1001  CGCGGCACGG CTACATCTAT TCCGGCAGAC AGGGTTGGGT GTTGAAAACG
1051  GGGGCGGATT CGATTGAGTT GAACGAACTC TTCAAGCTCT TCGTTTACCG
1101  TCCGTTGCCT GTGGAAAGGG ATCATGTGAA CCAAGCTGTC GATGCGGTAA
1151  TGACACCGTG TTTGCAGACT TTGAACATGA CGCTGGCAGA GTTTGACGCT
1201  CAGGCGAAAA AACGGCAGTA G
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 622；ORF144-1>：
   1  MTFLQRLQGL ADNKICAFAW FVVRRFDEER VPQAAASMTF TT LLALVPVL
  51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI NAFREQANR L
 101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NTFNRIWRVN SQRPWMMQFL VYWA LLTFGP
 151  LSLGVGISFM VGSVQDAALA SGAPQWSGAL RTAATLTFMT LLLWGLYRFV
 201  PNRFVPARQA FVGALATAFC LETARSLFTW YMGNFDGYRS IYGAF AAVPF
 251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRGFDSRGRF DDVLKILLLL
 301  DAAQKEGKAL PVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARHGYIY SGRQGWVLKT
 351  GADSIELNEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMTPCLQT LNMTLAEFDA
 401  QAKKRQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF144和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF144a)在136个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf144.pep  MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQXAASMTFTT LLALVPVLTVMVAVASIF
            ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
orf144a     MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTT LLALVPVLTVMVAVASIF
                    10        20         30        40         50         60
                    70        80        90       100        110        120
orf144.pep  PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPXGADMVFDYINAFREQANR LTAIGSVMLVVTSLMLIRTID
            |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf144a     PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANR LTAIGSVMLVVTSXMLIRTID
                    70        80        90       100        110        120
                   130
orf144.pep  NTFNRIWRVXXQRPWM
            |||||||||  |||||
orf144a     NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWA LLTFGPLSLGVGISFXVGSVQDAALASGAPQWSGAL
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF144a核苷酸序列<SEQ ID 623>是：
   1  ATGACCTTTT TACAACGTTT GCAAGGTTTG GCAGACAATA AAATCTGTGC
  51  GTTTGCATGG TTCGTCGTCC GCCGCTTTGA TGAAGAACGC GTACCGCAGG
 101  CGGCGGCAAG CATGACGTTT ACGACACTGC TGGCACTCGT CCCCGTGCTG
 151  ACCGTGATGG TGGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGNTGGTC
 201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CAGGGCGCGG
 251  ACATGGTNTT CGACTATATC AATGCGTTCC GCGAGCAGGC GAACCGGCTG
 301  ACGGCAATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTT ACCTCGCNGA TGCTGATTCG
 351  GACGATAGAC AATACGTTCA ACCGCATCTG GCGGGTCAAT TCCCAGCGTC
 401  CGTGGATGAT GCAGTTTCTC GTCTATTGGG CTTTACTGAC GTTCGGGCCG
 451  CTGTCTTTGG GCGTGGGCAT TTCCTTTATN GTCGGCTCGG TACAGGATGC
 501  CGCGCTTGCC TCAGGTGCGC CGCAGTGGTC GGGCGCGTTG CGAACGGCGG
 551  CGACGCTGAN CTTCATGACG CTTTTGCTGT GGGGGCTGTA CCGCTNCGTG
 601  CCAAACCGCT TCGTTCCCGC GCGGCANGCG TTTGTCGGGG CTTTGGCAAC
 651  AGCGTTCTGT CTGGAAACCG CGCGTTCCCT CTTTACTTGG TATATGGGCA
 701  ATTTCGACGG CTACCGCTCG ATTTACGGNG CGTTTGCCGC CGTGCCGTTT
 751  TTTCTGTTGT GGCTGAACCT GTTGTGGACG CTGGTCTTGG GCGGCGCGGT
 801  GCTGACTTCT TCACTCTCCT ACTGGCAGGG AGAAGCGTTC CGCAGGGNCT
 851  TCGACTCGCG CGGACGGTTT GACGACGTGT TGAAAATCCT GCTGCTTCTG
 901  GATGCGGCGC AAAAAGAAGG CNAAGCCTTG CCTGTTCAGG AGTTCAGACG
 951  GCATATCAAT ATGGGCTACG ACGAGTTGGG CGAGCTTTTG GAAAAGCTGG
1001  CGCGGCACGG CTACATCTAT TCCGGCAGAC AGGGTTGGGT GTTGAAAACG
1051  GGGGCGGATT CGATTGAGTT GAACGAACTC TTCAAGCTCT TCGTTTACCG
1101  TCCGTTGCCT GTGGAAAGGG ATCATGTGAA CCAAGCTGTC GATGCGGTAA
1151  TGATGCCGTG TTTGCAGACT TTGAACATGA CGCTGGCAGA GTTTGACGCT
1201  CAGGCGAAAA AACAGCAGCA ATCTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 624>：
   1  MTFLQRLQGL ADNKICAFAW FVVRRFDEER VPQAAASMTF TT LLALVPVL
  51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI NAFREQANRL
 101  TAIGSVMLVV TSXMLIRTID NTFNRIWRVN SQRPWMMQFL VYWA LLTFGP
 151  LSLGVGISFX VGSVQDAALA SGAPQWSGAL RTAATLXFMT LLLWGLYRXV
 201  PNRFVPARXA FVGALATAFC LETARSLFTW YMGNFDGYRS IYGAFA AVPF
 251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRXFDSRGRF DDVLKILLLL
 301  DAAQKEGXAL PVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARHGYIY SGRQGWVLKT
 351  GADSIELNEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMMPCLQT LNMTLAEFDA
 401  QAKKQQQS*
ORF144a和ORF144-1在406个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
orf144a.pep   MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf144-1      MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
orf144a.pep   PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSXMLIRTID
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf144-1      PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID
orf144a.pep   NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFXVGSVQDAALASGAPQWSGAL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf144-1      NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDAALASGAPQWSGAL
orf144a.pep   RTAATLXFMTLLLWGLYRXVPNRFVPARXAFVGALATAFCLETARSLFTWYMGNFDGYRS
              ||||||:||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
orf144-1      RTAATLTFMTLLLWGLYRFVPNRFVPARQAFVGALATAFCLETARSLFTWYMGNFDGYRS
orf144a.pep    IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRXFDSRGRFDDVLKILLLL
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf144-1       IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRGFDSRGRFDDVLKILLLL
orf144a.pep    DAAQKEGXALPVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARHGYIYSGRQGWVLKTGADSIELNEL
               ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf144-1       DAAQKEGKALPVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARHGYIYSGRQGWVLKTGADSIELNEL
orf144a.pep    FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMMPCLQTLNMTLAEFDAQAKKQQQS  408
               |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||:|
orf144-1       FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMTPCLQTLNMTLAEFDAQAKKRQ    406
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF144和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF114ng)在136个氨基酸的重叠区内显示出有91.2％的相同性：
orf144.pep   MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQXAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF   60
             |||||  || ||||||||||||:|||:|||||| ||||||||||||||||||||||||||
orf144ng     MTFLQCWQGSADNKICAFAWFVIRRFSEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF   60
orf144.pep   PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPXGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID  120
             |||||||||||||||||||| |||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||
orf144ng     PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYIDAFRDQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID  120
orf144.pep   NTFNRIWRVXXQRPWM                                              136
             |:||||||| :|||||
orf144ng     NAFNRIWRVNTQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDSVLSSGAQQWADAL  180
预计全长ORF144ng核苷酸序列<SEQ ID 625>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 626>：
  1  MTFLQCWQGS ADNKICAFAW FVIRRFSEER VPQAAASMTF TT LLALVPVL
 51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI DAFRDQANR L
101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NAFNRIWRVN TQRPWMMQFL VYWA LLTFGP
151  LSLGVGISFM VGSVQDSVLS SGAQQWADAL KTAARLAFMT LLLWGLYRFV
201  PNRFVPARQA FVGALITAFC LETARFLFTW YMGNFDGYRS IYGAFA AVPF
251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRGFDSRGRF DDVLKILLLL
301  DAAQKEGRTL SVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARYGYIY SGRQGWVLKT
351  GADSIELSEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMTPCLQT LNMTLAEFDA
401  QAKKQQQS*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 627>：
  1  ATGACCTTTT TACAACGTTG GCAAGGTTTG GCGGACAATA AAATCTGTGC
 51  ATTTGCATGG TTCGTCATCC GCCGTTTCAG TGAAGAGCGC GTACCGCAGG
101  CAGCGGCGAG CATGACGTTT ACGACACTGC TGGCACTCGT CCCCGTACTG
151  ACCGTAATGG TCGCGGTCGC TTCGATTTTC CCCGTGTTCG ACCGCTGGTC
201  GGATTCGTTC GTCTCCTTCG TCAACCAAAC CATTGTGCCG CAGGGCGCGG
251  ATATGGTGTT CGACTATATC GACGCATTCC GCGATCAGGC AAACCGGCTG
301  ACCGCCATCG GCAGCGTGAT GCTGGTCGTA ACCTCGCTGA TGCTGATTCG
351  GACGATAGAC AATGCGTTCA ACCGCATCTG GCGGGTTAAC ACGCAACGCC
401  CCTGGATGAT GCAGTTCCTC GTTTATTGGG CGTTGCTGAC TTTCGGGCCT
451  TTGTCTTTGG GTGTGGGCAT TTCCTTTATG GTCGGGTCGG TTCAAGACTC
501  CGTACTCTCC TCCGGAGCGC AACAATGGGC GGACGCGTTG AAGACGGCGG
551  CAAGGCTGGC TTTCATGACG CTTTTGCTGT GGGGGCTGTA CCGCTTCGTG
601  CCCAACCGCT TCGTGCCCGC CCGGCAGGCG TTTGTCGGAG CTTTGATTAC
651  GGCATTCTGC CTGGAGACGG CACGTTTCCT GTTCACCTGG TATATGGGCA
701  ATTTCGACGG CTACCGCTCG ATTTACGGCG CATTTGCCGC CGTGCCGTTT
751  TTCCTGCTGT GGTTAAACCT GCTGTGGACG CTGGTCTTGG GCGGGGCGGT
801  GCTGACTTCG TCGCTGTCTT ATTGGCAGGG CGAGGCCTTC CGCAGGGGAT
851  TCGACTCGCG CGGACGGTTT GACGACGTGT TGAAAATCCT GCTGCTTCTG
 901  GATGCGGCGC AAAAAGAAGG CCGAACCCTG TCCGTTCAGG AGTTCAGACG
 951  GCATATCAAT ATGGGTTACG ATGAATTGGG CGAGCTTTTG GAAAAGCTGG
1001  CGCGGTACGG CTATATCTAT TCCGGCAGAC AGGGCTGGGT TTTGAAAACG
1051  GGGGCGGATT CGATTGAGTT GAGCGAACTC TTCAAGCTCT TCGTGTACCG
1101  CCCGTTGCct gtggaAAGGG ATCATGTGAA CCAAGCTGtc gaTGCGGTAA
1151  TGAcgccgtG TTTGCAGACT TTGAACATGA CGCTGGCGGA GTTTGACGCT
1201  CAGgcgAAAA AACAGCAGCA GTCTTGA
它编码ORF144ng的一个变体，该变体具有氨基酸序列<SEQ ID 628；ORF144ng-1>：
   1  MTFLQRWQGL ADNKICAFAW FVIRRFSEER VPQAAASMTF TT LLALVPVL
  51  TVMVAVASIF PVFDRWSDSF VSFVNQTIVP QGADMVFDYI DAFRDQANRL
 101  TAIGSVMLVV TSLMLIRTID NAFNRIWRVN TQRPWMMQFL VYWA LLTFGP
 151  LSLGVGISFM VGSVQDSVLS SGAQQWADAL KTAARLAFMT LLLWGLYRFV
 201  PNRFVPARQA FVGALITAFC LETARFLFTW YMGNFDGYRS IYGAFA AVPF
 251  FLLWLNLLWT LVLGGAVLTS SLSYWQGEAF RRGFDSRGRF DDVLKILLLL
 301  DAAQKEGRTL SVQEFRRHIN MGYDELGELL EKLARYGYIY SGRQGWVLKT
 351  GADSIELSEL FKLFVYRPLP VERDHVNQAV DAVMTPCLQT LNMTLAEFDA
 401  QAKKQQQS*
ORF144ng-1和ORF144-1在406个氨基酸的重叠区内显示出有94.1％的相同性：
orf144ng-1.pep MTFLQRWQGLADNKICAFAWFVIRRFSEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
               |||||| |||||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf144-1       MTFLQRLQGLADNKICAFAWFVVRRFDEERVPQAAASMTFTTLLALVPVLTVMVAVASIF
orf144ng-1.pep PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYIDAFRDQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID
               ||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||
orf144-1       PVFDRWSDSFVSFVNQTIVPQGADMVFDYINAFREQANRLTAIGSVMLVVTSLMLIRTID
orf144ng-1.pep NAFNRIWRVNTQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDSVLSSGAQQWADAL
               |:||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||::|:||| ||: ||
orf 144-1      NTFNRIWRVNSQRPWMMQFLVYWALLTFGPLSLGVGISFMVGSVQDAALASGAPQWSGAL
orf144ng-1.pep KTAARLAFMTLLLWGLYRFVPNRFVPARQAFVGALITAFCLETARFLFTWYMGNFDGYRS
               :||| |:|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
orf144-1       RTAATLTFMTLLLWGLYRFVPNRFVPARQAFVGALATAFCLETARSLFTWYMGNFDGYRS
orf144ng-1.pep IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRGFDSRGRFDDVLKILLLL
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf144-1       IYGAFAAVPFFLLWLNLLWTLVLGGAVLTSSLSYWQGEAFRRGFDSRGRFDDVLKILLLL
orf144ng-1.pep DAAQKEGRTLSVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARYGYIYSGRQGWVLKTGADSIELSEL
               |||||||::| ||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:||
orf144-1       DAAQKEGKALPVQEFRRHINMGYDELGELLEKLARHGYIYSGRQGWVLKTGADSIELNEL
orf144ng-1.pep FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMTPCLQTLNMTLAEFDAQAKKQQQS
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf144-1       FKLFVYRPLPVERDHVNQAVDAVMTPCLQTLNMTLAEFDAQAKKRQ
根据该分析结果(包括在淋球菌蛋白中鉴定出几个推定的跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例75
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 629>：
  1  ..AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA
 51    AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA
101    GCACCGATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC
151    ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG
201    CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACGGCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 630；ORF146>：
  1  ..RHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTDMRQE ISALVILLQR
 51    TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHG*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 631>：
   1  ATGAACACCT CGCAACGCAA CCGCCTCGTC AGCCGCTGGC TCAACTCCTA
  51  CGAACGCTAC CGCTACCGCC GCCTCATCCA CGCCGTCCGG CTCGGCGGGG
 101  CCGTCCTGTT CGCCACCGCC TCCGCCCGGC TGCTCCACCT CCAACACGGC
 151  GAGTGGATAG GGATGACCGT CTTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTTCA
 201  AGGGGCGATT TACTCCAAGG CGGTGGAACG TATGCTCGGC ACGGTCATCG
 251  GGCTGGGCGC GGGTTTGGGC GTTTTATGGC TGAACCAGCA TTATTTCCAC
 301  GGCAACCTCC TCTTCTACCT CACCGTCGGC ACGGCAAGCG CACTGGCCGG
 351  CTGGGCGGCG GTCGGCAAAA ACGGCTACGT CCCTATGCTG GCAGGGCTGA
 401  CGATGTGTAT GCTCATCGGC GACAACGGCA GCGAATGGCT CGACAGCGGA
 451  CTCATGCGCG CCATGAACGT CCTCATCGGC GCGGCCATCG CCATCGCCGC
 501  CGCCAAACTG CTGCCGCTGA AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG
 551  CCGACAACCT GGCCGACTGC AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC
 601  AGGCGCATGA CCCGCGAACG CCTCGAGGAG AACATGGCGA AAATGCGCCA
 651  AATCAACGCA CGCATGGTCA AAAGCCGCAG CCATCTCGCC GCCACATCGG
 701  GCGAAAGCCG CATCAGCCCC GCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC
 751  CGTAAAATCG TCAACACCAC CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT
 801  GCAATCTCCC AAACTCAACG GCAGCGAAAT CCGGCTGCTT GACCGCCACT
 851  TCACACTGCT CCAAACCGAC CTGCAACAAA CCGTCGCCCT TATCAACGGC
 901  AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA
 951  AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA
1001  GCACCAATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC
1051  ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG
1101  CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACGGCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 632；ORF146-1>：
   1  MNTSQRNRLV SRWLNSYERY RYRRLIHAVR LGGAVLFATA SARLLHLQHG
  51  EW IGMTVFVV LGMLQFQGAI YSKAVER MLG TVIGLGAGLG VLWLNQHYFH
 101  GNLLFYLTVG TASALAGWAA VGKNGYVPML AGLTMCMLIG DNGSEWLDSG
 151  LMRAMN VLIG AAIAIAAAKL LPLKSTLMWR FMLADNLADC SKMIAEISNG
 201  RRMTRERLEE NMAKMRQINA RMVKSRSHLA ATSGESRISP AMMEAMQHAH
 251  RKIVNTTELL LTTAAKLQSP KLNGSEIRLL DRHFTLLQTD LQQTVALING
 301  RHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTNMRQE ISALVILLQR
 351  TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHG*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF146和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF146a)在74个氨基酸的重叠区内显示出有98.6％的相同性：
                                                 10        20        30
orf146.pep                               RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf146a    KLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALINGRHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF
                  280       290       300       310       320       330
                   40        50        60        70
orf146.pep LWLSTDMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHGX
           |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf146a    LWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHSX
                  340       350       360       370
全长ORF146a核苷酸序列<SEQ ID 633>是：
   1  ATGAACACCT CGCAACGCAA CCGCCTCGTC AGCCGCTGGC TCAACTCCTA
  51  CGAACGCTAC CGCTACCGCC GCCTCATCCA CGCCGTCCGG CTCGGCGGGG
 101  CCGTCCTGTT CGCCACCGCC TCCGCCCGGC TGCTCCACCT CCAACACGGC
 151  GAGTGGATAG GGATGACCGT CTTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTTCA
 201  AGGGGCGATT TACTCCAAGG CGGTGGAACG TATGCTCGGC ACGGTCATCG
 251  GGCTGGGCGC GGGTTTGGGC GTTTTATGGC TGAACCAGCA TTATTTCCAC
 301  GGCAACCTCC TCTTCTACCT CACCGTCGGC ACGGCAAGCG CACTGGCCGG
 351  CTGGGCGGCG GTCGGCAAAA ACGGCTACGT CCCTATGCTG GCGGGGCTGA
 401  CGATGTGCAT GCTCATCGGC GACAACGGCA GCGAATGGTT CGACAGCGGC
 451  CTGATGCGCG CGATGAACGT CCTCATCGGC GCGGCCATCG CCATCGCCGC
 501  CGCCAAACTG CTGCCGCTGA AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG
 551  CCGACAACCT GACCGACTGC AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC
 601  AGGCGCATGA CCCGCGAACG CCTCGAAGAG AACATGGCGA AAATGCGCCA
 651  AATCAACGCA CGCATGGTCA AAAGCCGCAG CCACCTCGCC GCCACATCGG
 701  GCGAAAGCCG CATCAGCCCC GCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC
 751  CGTAAAATTG TCAACACCAC CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT
 801  GCAATCTCCC AAACTCAACG GCAGCGAAAT CCGGCTGCTT GACCGCCACT
 851  TCACACTGCT CCAAACCGAC CTGCAACAAA CCGTCGCCCT TATCAACGGC
 901  AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA
 951  AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA
1001  GCACCAATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC
1051  ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG
1101  CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACAGTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 634>：
   1  MNTSQRNRLV SRWLNSYERY RYRRLIHAVR LGGAVLFATA SARLLHLQHG
  51  EW IGMTVFVV LGMLQFQGAI YSKAVER MLG TVIGLGAGLG VLWLNQHYFH
 101  GNLLFYLTVG TASALAGWAA VGKNGYVPML AGLTMCMLIG DNGSEWFDSG
 151  LMRAMN VLIG AAIAIAAAKL LPLKSTLMWR FMLADNLTDC SKMIAEISNG
 201  RRMTRERLEE NMAKMRQINA RMVKSRSHLA ATSGESRISP AMMEAMQHAH
 251  RKIVNTTELL LTTAAKLQSP KLNGSEIRLL DRHFTLLQTD LQQTVALING
 301  RHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTNMRQE ISALVILLQR
 351  TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHS*
ORF146a和ORF146-1在374个氨基酸的重叠区内显示出有99.5％的相同性：
orf146a.pep    MNTSQRNRLVSRWLNSYERYRYRRLIHAVRLGGAVLFATASARLLHLQHGEWIGMTVFVV
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146-1       MNTSQRNRLVSRWLNSYERYRYRRLIHAVRLGGAVLFATASARLLHLQHGEWIGMTVFVV
orf146a.pep    LGMLQFQGAIYSKAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTVGTASALAGWAA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146-1       LGMLQFQGAIYSKAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTVGTASALAGWAA
orf146a.pep    VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWFDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWR
               ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146-1       VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWR
orf146a.pep    FMLADNLTDCSKMIAEISNGRRMTRERLEENMAKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISP
               |||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146-1       FMLADNLADCSKMIAEISNGRRMTRERLEENMAKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISP
orf146a.pep    AMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALING
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146-1       AMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALING
orf146a.pep    RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHE
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146-1       RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHE
orf146a.pep    RQHLRQSLLETREHSX
            ||||||||||||||:
orf146-1    RQHLRQSLLETREHGX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF146和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF146ng)在75个氨基酸的重叠区内显示出有97.3％的相同性：
orf146.pep                                  RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF  30
                                            ||||||||||||||||||||||||||||||
orf146ng      KLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTAALINGRHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGF 364
orf146.pep    LWLSTDMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHG   75
              |||||:|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf146ng      LWLSTNMRQEISALVIPLQRTRRKWLDAHERQHLRQSLLETREHG  409
预计ORF146ng核苷酸序列<SEQ ID 635>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID636>：
   1  MSGVRFPSPA PIPSTDPPSG SLCFFTFPLQ TASDMNSSQR KRLSGRWLNS
  51  YERYRHRRLI HAVRLGGTVL FATALARLLH LQHGEW IGMT VFVVLGMLQF
 101  QGAIYSNAVE R MLGTVIGLG AGLGVLWLNQ HYFHGNLLFY LTIGTASALA
 151  GWAAVGKNGY VPMLAGLTMC MLIGDNGSEW LDSGLMRAMN  VLIGAAIAIA
 201  AAKLLPLKST LMWRFMLADN LADCSKMIAE ISNGRRMTRE RLEQNMVKMR
 251  QINARMVKSR SHLAATSGES RISPSMMEAM QHAHRKIVNT TELLLTTAAK
 301  LQSPKLNGSE IRLLDRHFTL LQTDLQQTAA LINGRHARRI RIDTAINPEL
 351  EALAEHLHYQ WQGFLWLSTN MRQEISALVI PLQRTRRKWL DAHERQHLRQ
 401  SLLETREHG*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 637>：
   1  ATGAACTCCT CGCAACGCAA ACGCCTTTCC GgccGCTGGC TCAACTCCTA
  51  CGAACGCTac cGCCaccGCC GCCTCATACA TGCCGTGCGG CTCGGCggaa
 101  ccgtCCTGTT CGCCACCGCA CTCGCCCGgc tACTCCACCT CCAacacggc
 151  gAATGGATAG GGAtgaCCGT CTTCGTCGTC CTCGGCATGC TCCAGTTCCA
 201  AGGCgcgatt tActccaacg cggtgGAacg taTGctcggt acggtcatcg
 251  ggctgGGCGC GGGTTTGGgc gTTTTATGGC TGAACCAGCA TTAtttccac
 301  ggcaacCTcc tcttctacct gaccatcggc acggcaagcg cactggccgg
 351  ctGGGCGGCG GTCGGCAAAA acggctacgt ccctatgctg GCGGGGctgA
 401  CGATGTGCAT gctcatcggc gACAACGGCA GCGAATGGCT CGACAGCGGC
 451  CTGATGCGCG CGATGAACGT CCTCATCGGC GCCGCCATCG CCATTGCCGC
 501  CGCCAAACTG CTGCCGCTGA AATCCACACT GATGTGGCGT TTCATGCTTG
 551  CCGACAACCT GGCCGACTGC AGCAAAATGA TTGCCGAAAT CAGCAACGGC
 601  AGGCGTATGA CGCGCGAACG TTTGGAGCAG AATATGGTCA AAATGCGCCA
 651  AATCAACGCA CGCATGGTCA AAAGCCGCAG CCACCTCGCC GCCACATCGG
 701  GCGAAAGCCG CATCAGCCCC TCCATGATGG AAGCCATGCA GCACGCCCAC
 751  CGCAAAATCG TCAACACCAC CGAGCTGCTC CTGACCACCG CCGCCAAGCT
 801  GCAATCTCCC AAACTCAACG GCAGCGAAAT CCGGCTGCTC GACCGCCACT
 851  TCACACTGCT CCAAACCGAC CTGCAACAAA CCGCCGCCCT CATCAACGGC
 901  AGACACGCCC GCCGCATCCG CATCGACACC GCCATCAACC CCGAACTGGA
 951  AGCCCTCGCC GAACACCTCC ACTACCAATG GCAGGGCTTC CTCTGGCTCA
1001  GCACCAATAT GCGTCAGGAA ATTTCCGCCC TCGTCATCCT GCTGCAACGC
1051  ACCCGCCGCA AATGGCTGGA TGCCCACGAA CGCCAACACC TGCGCCAAAG
1101  CCTGCTTGAA ACACGGGAAC ACGGCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 638；ORF146ng-1>：
   1  MNSSQRKRLS GRWLNSYERY RHRRLIHAVR LGGTVLFATA LARLLHLQHG
  51  EW IGMTVFVV LGMLQFQGAI YSNAVER MLG TVIGLGAGLG VLWLNQHYFH
 101  GNLLFYLTIG TASALAGWAA VGKNGYVPML AGLTMCMLIG DNGSEWLDSG
 151  LMRAMN VLIG AAIAIAAAKL LPLKSTLMWR FMLADNLADC SKMIAEISNG
 201  RRMTRERLEQ NMVKMRQINA RMVKSRSHLA ATSGESRISP SMMEAMQHAH
 251  RKIVNTTELL LTTAAKLQSP KLNGSEIRLL DRHFTLLQTD LQQTAALING
301  RHARRIRIDT AINPELEALA EHLHYQWQGF LWLSTNMRQE ISALVILLQR
351  TRRKWLDAHE RQHLRQSLLE TREHG*
ORF146ng-1和ORF146-1在375个氨基酸的重叠区内显示出有96.5％的相同性：
orf146-1.pep  MNTSQRNRLVSRWLNSYERYRYRRLIHAVRLGGAVLFATASARLLHLQHGEWIGMTVFVV
              ||:|||:|| :||||||||||:|||||||||||:|||||| |||||||||||||||||||
orf146ng-1    MNSSQRKRLSGRWLNSYERYRHRRLIHAVRLGGTVLFATALARLLHLQHGEWIGMTVFVV
orf146-1.pep  LGMLQFQGAIYSKAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTVGTASALAGWAA
              ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
orf146ng-1    LGMLQFQGAIYSNAVERMLGTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTIGTASALAGWAA
orf146-1.pep  VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146ng-1    VGKNGYVPMLAGLTMCMLIGDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGAAIAIAAAKLLPLKSTLMWR
orf146-1.pep  FMLADNLADCSKMIAEISNGRRMTRERLEENMAKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISP
              |||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||
orf146ng-1    FMLADNLADCSKMIAEISNGRRMTRERLEQNMVKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISP
orf146-1.pep  AMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTVALING
              :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf146ng-1    SMMEAMQHAHRKIVNTTELLLTTAAKLQSPKLNGSEIRLLDRHFTLLQTDLQQTAALING
orf146-1.pep  RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHE
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf146ng-1    RHARRIRIDTAINPELEALAEHLHYQWQGFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRKWLDAHE
orf146-1.pep  RQHLRQSLLETREHGX
              ||||||||||||||||
orf146ng-1    RQHLRQSLLETREHGX
另外，ORF146ng-1显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
sp|P33011|YEEA_ECOLI COBU-SBMC基因间区域中假设的40.0KD蛋白
＞gi|1736674|gnl|PID|d1016553(D90838)ORF_ID：o348#20；与[SwissProt登录号P33011][大肠杆菌]相似＞gi|1736682|gnl|PID|d1016560(D90839)ORF_ID：o348#20；与[SwissProt登录号P33011][大肠杆菌]相似＞gi|1788318(AE000292)f352；与片段YEEA_ECOLI 100％相同SW：P33011，但C端有附加的203个残基[大肠杆菌]长度＝352
评分＝109位(271)，估计值＝2e-23
相同性＝89/347(25％)，阳性＝150/347(42％)，空隙＝21/347(6％)
询问：20  YRHRRLIHAVRLGGTVLFATALARLLHLQHGEWIGMTVFVVLGMLQFQGAIYSNAVERML  79
           YRH R++H  R+    L    + RL  +    W  +T+ V++G + F G +   A ER+
目标：15  YRHYRIVHGTRVALAFLLTFLIIRLFTIPESTWPLVTMVVIMGPISFWGNVVPRAFERIG  74
询问：80  GTVIGLGAGLGVLWLNQHYFHGNLLFYLTIGTASALAGWAAVGKNGYVPMLAGLTMCMLI 139
           GTV+G   GL  L L         L  +    A  L GW A+GK  Y  +L G+T+ +++
目标：75  GTVLGSILGLIALQLE---LISLPLMLVWCAAAMFLCGWLALGKKPYQGLLIGVTLAIVV 131
询问：140 GDNGSEWLDSGLMRAMNVLIGXXXXXXXXKLLPLKSTLMWRFMLADNLADCSKMIAEISN 199
           G    E +D+ L R+ +V++G         + P ++ + WR  LA +L + +++     +
目标：132 GSPTGE-IDTALWRSGDVILGSLLAMLFTGIWPQRAFIHWRIQLAKSLTEYNRVYQSAFS 190
询问：200 GRRMTRERLEQNMVKMRQINARMVKSRSHLAATSGESRISPSMMEAMQHAHRKIVNXXXX 259
              + R RLE ++ K+       VK R  +A  S E+RI  S+ E +Q  +R +V
目标：191 PNLLERPRLESHLQKLL---TDAVKMRGLIAPASKETRIPKSIYEGIQTINRNLVCMLEL 247
询问：260 XXXXXXXXQSPK---LNGSEIRLLDRHFXXXXXXXXXXAALINGRHARRIRIDTAINPEL 316
                   +      LN  ++R  D              AL  G           +N  +
目标：248 QINAYWATRPSHFVLLNAQKLR--DTQHMMQQILLSLVHALYEGNPQPVFANTEKLNDAV 305
询问：317 EALAEHL--HYQWQ-------GFLWLSTNMRQEISALVILLQRTRRK 354
           E L + L  H+  +     G++WL+       ++  L  L+ R  RK
目标：306 EELRQLLNNHHDLKVVETPIYGYVWLNMETAHQLELLSNLICRALRK 352
根据该分析结果(包括鉴定出在此淋球菌中的几个跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例76
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 639>
  1  ..GCCGAAGACA CGCGCGTTAC CGCACAGCTT TTGAGCGCGT ACGGCATTCA
 51    GGGCAAACTC GTCAGTGTGC GCGAACACAA CGAACGGCAG ATGGCGGACA
101    AGATTGTCGG CTATCTTTCA GACGGCATGG TTGTGGCACA GGTTTCCGAT
151    GCGGGTACGC CGGCCGTGTG CGACCCGGGC GCGAAACTCG CCCGCCGCGT
201    GCGTGAGGCC GGGTTTAAAG TCGTTCCCGT CGTGGGCGCA AC.GCGGTGA
251    TGGCGGCTTT GAGCGTGGCC GGTGTGGAAG GATCCGATTT TTATTTCAAC
301    GGTTTTGTAC CGCCGAAATC GGGAGAACGC AGGAAACTGT TTGCCAAATG
351    GGTGCGGGCG GCGTTTCCTA TCGTCATGTT TGAAACGCCG CACCGCATCG
401    GTGCAGCGCT TGCCGATATG GCGGAACTGT TCCCCGAACG CCGATTAATG
451    CTGGCGCGCG AAATTACGAA AACGTTTGAA ACGTTCTTAA GCGGCACGGT
501    TGGGGAAATT CAGACGGCAT TGTCTGCCGA CGGCGACCAA TCGCGCGGCG
551    AGATGGTGTT GGTGCTTTAT CCGGCGCAGG ATGAAAAACA CGAAGGCTTG
601    TCCGAGTCCG CGCAAAACAT CATGAAAATC CTCACAGCCG AGCTGCCGAC
651    CAAACAGGCG GCGGAGCTTG CTGCCAAAAT CACGGGCGAG GGAAAGAAAG
701    CTTTGTACGA T..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 640；ORF147>：
  1  ..AEDTRVTAQL LSAYGIQGKL VSVREHNERQ MADKIVGYLS DGMVVAQVSD
 51    AGTPAVCDPG AKLARRVREA GFKVVPVVGA XAVMAALSVA GVEGSDFYFN
101    GFVPPKSGER RKLFAKWVRA AFPIVMFETP HRIGAALADM AELFPERRLM
151    LAREITKTFE TFLSGTVGEI QTALSADGDQ SRGEMVLVLY PAQDEKHEGL
201    SESAQNIMKI LTAELPTKQA AELAAKITGE GKKALYD..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 641>：
  1  ATGTTTCAGA AACATTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC
 51  ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCGGAC ATTACCCTGC
101  GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATCTGTGC CGAAGACACG
151  CGCGTTACCG CACAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAAACTCGT
201  CAGTGTGCGC GAACACAACG AACGGCAGAT GGCGGACAAG ATTGTCGGCT
251  ATCTTTCAGA CGGCATGGTT GTGGCACAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG
301  GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GTGAGGCCGG
351  GTTTAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTGATG GCGGCTTTGA
401  GCGTGGCCGG TGTGGAAGGA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG
451  CCGAAATCGG GAGAACGCAG GAAACTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC
501  GTTTCCTATC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGCATCGGT GCGACGCTTG
551  CCGATATGGC GGAACTGTTC CCCGAACGCC GATTAATGCT GGCGCGCGAA
601  ATTACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA
651  GACGGCATTG TCTGCCGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG
701  TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCCGCG
751  CAAAACATCA TGAAAATCCT CACAGCCGAG CTGCCGACCA AACAGGCGGC
801  GGAGCTTGCT GCCAAAATCA CGGGCGAGGG AAAGAAAGCT TTGTACGATC
851  TGGCTCTGTC TTGGAAAAAC AAATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 642；ORF147-1>：
  1  MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT
 51  RVTAQLLSAY GIQGKLVSVR EHNERQMADK IVGYLSDGMV VAQVSDAGTP
101  AVCDPGAKLA RRVREAGFK V VPVVGASAVM AALSVAGVEG SDFYFNGFVP
151  PKSGERRKLF AKWVRAAFPI VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE
 201  ITKTFETFLS GTVGEIQTAL SADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA
 251  QNIMKILTAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与大肠杆菌的假设蛋白ORF286(登录号为U18997)的同源性
ORF147和大肠杆菌ORF286蛋白在237个氨基酸的重叠区内显示出有36％的氨基酸相同性：
Orf147：1   AEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQMADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPG  60
            AEDTR T  LL  +GI  +L ++ +HNE+Q A+ ++  L +G  +A VSDAGTP + DPG
Orf286：43  AEDTRHTGLLLQHFGINARLFALHDHNEQQKAETLLAKLQEGQNIALVSDAGTPLINDPG 102
Orf147：61  AKLARRVREXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRA 120
              L R RE                            F + GF+P KS  RR
Orf286：103 YHLVRTCREAGIRVVPLPGPCAAITALSAAGLPSDRFCYEGFLPAKSKGRRDALKAIEAE 162
Orf147：121 AFPIVMFETPHRIGAALADMAELFPERR-LMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGD 179
               ++ +E+ HR+  +L D+  +  E R ++LARE+TKT+ET     VGE+   +  D +
Orf286：163 PRTLIFYESTHRLLDSLEDIVAVLGESRYVVLARELTKTWETIHGAPVGELLAWVKEDEN 222
Orf147：180 QSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKILTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALY 236
            + +GEMVL++      + E L   A   + +L AELP K+AA LAA+I G  K ALY
Orf286：223 RRKGEMVLIV-EGHKAQEEDLPADALRTLALLQAELPLKKAAALAAEIHGVKKNALY 278
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF147和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF75a在237个氨基酸的重叠区内显示出有96.6％的相同性：
                                                   10        20        30
orf147.pep                                 AEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQ
                                           ||||||||||||||||||||||||||||||
orf75a       TLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQ
               20        30        40        50        60        70
                     40        50        60        70        80        90
orf147.pep   MADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFK VVPVVGAXAVMAALSVA
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||
orf75a       MADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREVGFK VVPVVGASAVMAALSVA
               80        90       100       110       120       130
                    100       110       120       130       140       150
orf 147.pep  GVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIGAALADMAELFPERRLM
             || ||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||:||||||||||||||
orf75a       GVAGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRVAFPVVMFETPHRIGATLADMAELFPERRLM
              140       150       160       170       180       190
                    160       170       180       190       200       210
orf147.pep   LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKI
             ||||||||||||||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||
orf75a       LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKI
              200       210       220       230       240       250
                    220       230
orf147.pep   LTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD
             |||||||||||||||||||||||||||
orf75a       LTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNKX
              260       270       280       290
ORF147a与ORF75a相同，它包括ORF75的氨基酸56-292。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF147和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF147ng)在237个氨基酸的重叠区内显示出有94.1％的相同性：
orf147.pep                                AEDTRVTAQLLSAYGIQGKLVSVREHNERQ   30
                                          ||||||||||||||||||:|||||||||||
orf147ng    TLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQGRLVSVREHNERQ   85
orf147.pep  MADKIVGYLSDGMVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPVVGAXAVMAALSVA   90
            ||||::|:||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf147ng    MADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPVVGASAVMAALSVA  145
orf147.pep  GVEGSDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPIVMFETPHRIGAALADMAELFPERRLM  150
            || |||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||:||||||||||||||
orf147ng    GVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIGATLADMAELFPERRLM  205
orf147.pep  LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALSADGDQSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNIMKI  210
            ||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||  |||
orf147ng    LAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEKHEGLSESAQNAMKI  265
orf147.pep  LTAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYD          237
            |:|||||||||||||||||||||||||
orf147ng    LAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLALSWKNK  300
预计ORF147ng核苷酸序列<SEQ ID 643>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID644>：
  1  MSVFQTAFFM FQKHLQKASD SVVGGTLYVV ATPIGNLADI TLRALAVLQK
 51  ADIICAEDTR VTAQLLSAYG IQGRLVSVRE HNERQMADKV IGFLSDGLVV
101  AQVSDAGTPA VCDPGAKLAR RVREAGFK VV PVVGASAVMA ALSVAGVAES
151  DFYFNGFVPP KSGERRKLFA KWVRAAFPVV MFETPHRIGA TLADMAELFP
201  ERRLMLAREI TKTFETFLSG TVGEIQTALA ADGNQSRGEM VLVLYPAQDE
251  KHEGLSESAQ NAMKILAAEL PTKQAAELAA KITGEGKKAL YDLALSWKNK
301  *
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 645>：
  1  ATGTTTCAGA AACACTTGCA GAAAGCCTCC GACAGCGTCG TCGGAGGGAC
 51  ATTATACGTG GTTGCCACGC CCATCGGCAA TTTGGCAGAC ATTACCCTGC
101  GCGCTTTGGC GGTATTGCAA AAGGCGGACA TCATTTGTGC CGAAGACACG
151  CGCGTTACTG CGCAGCTTTT GAGCGCGTAC GGCATTCAGG GCAGGTTGGT
201  CAGTGTGCGC GAACACAACG AGCGGCAGAT GGCGGACAAG GTAATCGGTT
251  TCCTTTCAGA CGGCCTGGTT GTGGCGCAGG TTTCCGATGC GGGTACGCCG
301  GCCGTGTGCG ACCCGGGCGC GAAACTCGCC CGCCGCGTGC GCGAAGCAGG
351  GTTCAAAGTC GTTCCCGTCG TGGGCGCAAG CGCGGTAATG GCGGCGTTGA
401  GTGTGGCCGG TGTGGCGGAA TCCGATTTTT ATTTCAACGG TTTTGTACCG
451  CCGAAATCGG GCGAACGTAG GAAATTGTTT GCCAAATGGG TGCGGGCGGC
501  ATTTCCTGTC GTCATGTTTG AAACGCCGCA CCGAATCGGG GCAACGCTTG
551  CCGATATGGC GGAATTGTTC CCCGAACGCC GTCTGATGCT GGCGCGCGAA
601  ATCACGAAAA CGTTTGAAAC GTTCTTAAGC GGCACGGTTG GGGAAATTCA
651  GACGGCATTG GCGGCGGACG GCAACCAATC GCGCGGCGAG ATGGTGTTGG
701  TGCTTTATCC GGCGCAGGAT GAAAAACACG AAGGCTTGTC CGAGTCTGCG
751  CAAAATGCGA TGAAAATCCT TGCGGCCGAG CTGCCGACCA AGCAGGCGGC
801  GGAGCTTGCC GCCAAGATTA CAGGTGAGGG CAAAAAGGCT TTGTACGATT
851  TGGCACTGTC GTGGAAAAAC AAATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 646；ORF147ng-1>：
  1  MFQKHLQKAS DSVVGGTLYV VATPIGNLAD ITLRALAVLQ KADIICAEDT
 51  RVTAQLLSAY GIQGRLVSVR EHNERQMADK VIGFLSDGLV VAQVSDAGTP
101  AVCDPGAKLA RRVREAGFK V VPVVGASAVM AALSVAGVAE SDFYFNGFVP
151  PKSGERRKLF AKWVRAAFPV VMFETPHRIG ATLADMAELF PERRLMLARE
201  ITKTFETFLS GTVGEIQTAL AADGNQSRGE MVLVLYPAQD EKHEGLSESA
251  QNAMKILAAE LPTKQAAELA AKITGEGKKA LYDLALSWKN K*
ORF147ng显示出与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
sp|P45528|YRAL_ECOLI AGAI-MTR基因间区域中假设的31.3KD蛋白(F286)
＞gi|606086(U18997)ORF_f286[大肠杆菌]
＞gi|1789535(AE000395)agai-mtr基因间区域中假设的31.3 kD蛋白[大肠杆菌]长度＝286
评分＝218位(550)，估计值＝3e-56
相同性＝128/284(45％)，阳性＝171/284(60％)，空隙＝4/284(1％)
询问：4   KHLQKASDSVVGGTLYVVATPIGNLADITLRALAVLQKADIICAEDTRVTAQLLSAYGIQ  63
           K  Q A +S   G LY+V TPIGNLADIT RAL VLQ  D+I AEDTR T  LL  +GI
目标：2   KQHQSADNSQ--GQLYIVPTPIGNLADITQRALEVLQAVDLIAAEDTRHTGLLLQHFGIN  59
询问：64  GRLVSVREHNERQMADKVIGFLSDGLVVAQVSDAGTPAVCDPGAKLARRVREAGFKVVPV 123
            RL ++ +HNE+Q A+ ++  L +G  +A VSDAGTP + DPG  L R  REAG +VVP+
目标：60  ARLFALHDHNEQQKAETLLAKLQEGQNIALVSDAGTPLINDPGYHLVRTCREAGIRVVPL 119
询问：124 VGASAVMAALSVAGVAESDFYFNGFVPPKSGERRKLFAKWVRAAFPVVMFETPHRIGATL 183
            G  A + ALS AG+    F + GF+P KS  RR            ++ +E+ HR+  +L
目标：120 PGPCAAITALSAAGLPSDRFCYEGFLPAKSKGRRDALKAIEAEPRTLIFYESTHRLLDSL 179
询问：184 ADMAELFPERR-LMLAREITKTFETFLSGTVGEIQTALAADGNQSRGEMVLVLYPAQDEK 242
            D+  +  E R ++LARE+TKT+ET    VGE+    +  D N+ +GEMVL++      +
目标：180 EDIVAVLGESRYVVLARELTKTWETIHGAPVGELLAWVKEDENRRKGEMVLIV-EGHKAQ 238
询问：243 HEGLSESAQNAMKILAAELPTKQAAELAAKITGEGKKALYDLAL 286
            E L   A   + +L AELP K+AA LAA+I G  K ALY  AL
目标：239 EEDLPADALRTLALLQAELPLKKAAALAAEIHGVKKNALYKYAL 282
根据计算机的分析以及淋球菌蛋白中存在一个推定跨膜结构域，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例77
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 647>
  1  ATGAAAACAA CCGACAAACG GACAACCGAA ACACACCGCA AAGCCCCGAA
 51  AACCGGTCGC ATCCGCTTCT C.GCTGCTTA CTTAGCCATA TGCCTGTCGT
101  TCGGCATTCT TCCCCAAGCC TGGGCGGGAC ACACTTATTT CGGCATCAAC
151  TACCAATACT ATCGCGACTT TGCCGAAAAT AAAGGCAAGT TTGCAGTCGG
201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTTT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT
251  CAATGACAAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTGTC GCGTAACGGC
301  GTGGCGGcAT TGGTGGGCGt A
Figure A20051011339503751
CAATATAT TGTGAGCGTG GCACATAACG
351  GCGGCTATAA CAACGTTGAT TTTGGTGCGG AAGGAAk.AA tATCCC.GAT
401  CAACAwCGww TTACTTATAA AATTGTGAAA CGGAATAATT ATAAAGCAGG
451  GACTAAAGGC CATCCTTATG GCGGCGATTA TCATATGCCG CGTTTGCATA
501  AATwTGTCAC AGATGCAGAA CCTGTTGAAA TGACCAGTTA TATGGATGGG
551  CGGAAATATA TCGATCAAAA TAATTACCCT GACCGTGTTC GTATTGGGGC
601  AGGCAGGCAA TATTGGCGAT CTGATGAAGA TGAGCCCAAT AACCGCGAAA
651  GTTCATATCA TATTGCAAGT .......... .......... ..........
701  .......... .....GGCTC ACCAATGTTT ATCTATGATG CCCAAAAGCA
751  AAAGTGGTTA ATTAATGGGG TATTGCAAAC GGGCAACCCC TATATAGGAA
801  AAAGCAATGG CTTCCAGCTG GTTCGTAAAG ATTGGTTCTA TGATGAAATC
851  TTTGCTGGAG ATACCCATTC AGTATTCTAC GAACCACGTC AAAATGGGAA
901  ATACTCTTTT AACGACGATA ATAATGGCAC AGGAAAAATC AATGCCAAAC
 951  ATGAACACAA TTCTCTGCCT AATAGATTAA AAACACGAAC CGTTCAATTG
1001  TTTAATGTTT CTTTATCCGA GACAGCAAGA GAACCTGTTT ATCATGCTGC
1051  AGGTGGTGTC AACAGTTATC GACCCAGACT GAATAATGGA GAAAATATTT
1101  CCTTTATTGA CGAAGGAAAA GGCGAATTGA TACTTACCAG CAACATCAAT
1151  CAAGGTGCTG GAGGATTATA TTTCCAAGGA GATTTTACGG TCTCGCCTGA
1201  AAATAACGAA ACTTGGCAAG GCGCGGGCGT TCATATCAGT GAAGACAGTA
1251  CCGTTACTTG GAAAGTAAAC GGCGTGGCAA ACGACCGCCT GTCCAAAATC
1301  GGCAAAGGCA CGCTG..... .......... .......... ..........
                                             //
2101  .......... .......... .......... .......... ...GATAAAG
2151  TGACTGCTTC ATTGACTAAG ACCGACATCA GCGGCAATGT CGATCTTGCC
2201  GATCACGCTC ATTTAAATCT CACAGGGCTT GCCACACTCA ACGGCAATCT
2251  TAGTGCAAAT GGCGATACAC GTTATACAGT CAGCCACAAC GCCACCCAAA
2301  ACGGCAACCk TAgCCtCGtG G.sAATGcCC AAGCAACATT TAATCAAGCC
2351  ACATTAAACG GCAACACATC GGCTTCgGGC AATGCTTCAT TTAATCTAAG
2401  CGACCACGCC GTACAAAACG GCAGTCTGAC GCTTTCCGGC AACGCTAAGG
2451  CAAACGTAAG CCATTCCGCA CTCAACGGTA ATGTCTCCCT AGCCGATAAG
2501  GCAGTATTCC ATTTTGAAAG CAGCCGCTTT ACCGGACAAA TCAGCGGCGG
2551  CAagGATACG GCATTACACT TAAAAGACAG CGAATGGACG CTGCCGTCAg
2601  GarCGGAATT AGGCAATTTA AACCTTGACA ACGCCACCAT TACaCTCAAT
2651  TCCGCCTATC GCCACGATGC GGCAGGGGCG CAAACCGGCA GTGCGACAGA
2701  TGCGCCGCGC CGCCGTTCGC GCCGTTCGCG CCGTTCCCTA TTATmCGTTA
2751  CACCGCCAAC TTCGGTAGAA TCCCGTTTCA ACACGCTGAC GGTAAACGGC
2801  AAATTGAACG GTCAGGGAAC ATTCCGCTTT ATGTCGGAAC TCTTCGGCTA
2851  CCGCAGCGAC AAATTGAAGC TGGCGGAAAG TTCCGAAGGC ACTTACACCT
2901  TGGCGGTCAA CAATACCGGC AACGAACCTG CAAGCCTCGA ACAATTGACG
2951  GTAGTGGAAG GAAAAGACAA CAAACCGCTG TCCGAAAACC TTAATTTCAC
3001  CCTGCAAAAC GAACACGTCG ATGCAGGCGC GTGG...... ..........
                                             //
3551  .......... .......... ....TTAGAC CGCGTATTTG CCGAAGACCG
3601  CCGCAACGCC GTTTGGACAA GCGGCATCCG GGACACCAAA CACTACCGTT
3651  CGCAAGATTT CCGCGCCTAC CGCCAACAAA CCGACCTGCG CCAAATCGGT
3701  ATGCAGAAAA ACCTCGGCAG CGGGCGCGTC GGCATCCTGT TTTCGCACAA
3751  CCGGACCGAA AACACCTTCG ACGACGGCAT CGGCAACTCG GCACGGCTTG
3801  CCCACGGCGC CGTTTTCGGG CAATACGGCA TCGACAGGTT CTACATCGGC
3851  ATCAG
Figure A20051011339503761
CGCG GGCGCGGGTT TTAGCAGCGG CAGCCTTTGA GACGGCATCG
3901  GAGsmAAAwT CCGCCGCCGC GTGCtGCATT ACGGCATTCA GGCACGAtAC
3951  CGCGCCGgtt tCggCGgATt CGGCATCGAA CCGCACATCG GCGCAACGCg
4001  ctATTTCGTC CAAAAAGCGG ATTACCGCTA CGAAAACGTC AATATCGCCA
4051  CCCCCGGCCT TGCATTCAAC CGcTACCGCG CGGGCATTAa GGCAGATTAT
4101  TCATTCAAAC CGGCGCAACA CATTTCCATC ACGCCTTATT TGAGCCTGTC
4151  CTATACCGAT GCCGCTTCGG GCAAAGTCCG AACACGCGTC AATACCGCCG
4201  TATTGGCTCA GGATTTCGGC AAAACCCGCA GTGCGGAATG GGgCGTAAAC
4251  GCCGAAATCA AAGGTTTCAC GCTGTCCCTC CACGCTGCCG CCGCCAAAGG
4301  CCCGCAACTG GAAGCGCAAC ACAGCGCGGG CATCAAATTA GGCTACCGCT
4351  GGTAA...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 648；ORF1>：
  1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR IRFXAAYLAI CLSFGILPQA WAGHTYFGIN
 51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG
101  VAALVGVQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGXN IXDQXRXTYK IVKRNNYKAG
151  TKGHPYGGDY HMPRLHKXVT DAEPVEMTSY MDGRKYIDQN NYPDRVRIGA
201  GRQYWRSDED EPNNRESSYH IAS....... ........GS PMFIYDAQKQ
251  KWLINGVLQT GNPYIGKSNG FQLVRKDWFY DEIFAGDTHS VFYEPRQNGK
301  YSFNDDNNGT GKINAKHEHN SLPNRLKTRT VQLFNVSLSE TAREPVYHAA
351  GGVNSYRPRL NNGENISFID EGKGELILTS NINQGAGGLY FQGDFTVSPE
401  NNETWQGAGV HISEDSTVTW KVNGVANDRL SKIGKGTL.. ..........
                                            //
701  .......... ....DKVTAS LTKTDISGNV DLADHAHLNL TGLATLNGNL
751  SANGDTRYTV SHNATQNGNX SLVXNAQATF NQATLNGNTS ASGNASFNLS
801  DHAVQNGSLT LSGNAKANVS HSALNGNVSL ADKAVFHFES SRFTGQISGG
 851  KDTALHLKDS EWTLPSGXEL GNLNLDNATI TLNSAYRHDA AGAQTGSATD
 901  APRRRSRRSR RSLLXVTPPT SVESRFNTLT VNGKLNGQGT FRFMSELFGY
 951  RSDKLKLAES SEGTYTLAVN NTGNEPASLE QLTVVEGKDN KPLSENLNFT
1001  LQNEHVDAGA W......... .......... .......... ..........
                                             //
1151  .......... .......... .......... .......... .LDRVFAEDR
1201  RNAVWTSGIR DTKHYRSQDF RAYRQQTDLR QIGMQKNLGS GRVGILFSHN
1251  RTENTFDDGI GNSARLAHGA VFGQYGIDRF YIGISAGAGF SSGSLSDGIG
1301  XKXRRRVLHY GIQARYRAGF GGFGIEPHIG ATRYFVQKAD YRYENVNIAT
1351  PGLAFNRYRA GIKADYSFKP AQHISITPYL SLSYTDAASG KVRTRVNTAV
1401  LAQDFGKTRS AEWGVNAEIK GFTLSLHAAA AKGPQLEAQH SAGIKLGYRW
1451  *
进一步的序列分析揭示了全部的核苷酸序列<SEQ ID 649>：
   1  ATGAAAACAA CCGACAAACG GACAACCGAA ACACACCGCA AAGCCCCGAA
  51  AACCGGCCGC ATCCGCTTCT CGCCTGCTTA CTTAGCCATA TGCCTGTCGT
 101  TCGGCATTCT TCCCCAAGCC TGGGCGGGAC ACACTTATTT CGGCATCAAC
 151  TACCAATACT ATCGCGACTT TGCCGAAAAT AAAGGCAAGT TTGCAGTCGG
 201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTTT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT
 251  CAATGACAAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTGTC GCGTAACGGC
 301  GTGGCGGCAT TGGTGGGCGA TCAATATATT GTGAGCGTGG CACATAACGG
 351  CGGCTATAAC AACGTTGATT TTGGTGCGGA AGGAAGAAAT CCCGATCAAC
 401  ATCGTTTTAC TTATAAAATT GTGAAACGGA ATAATTATAA AGCAGGGACT
 451  AAAGGCCATC CTTATGGCGG CGATTATCAT ATGCCGCGTT TGCATAAATT
 501  TGTCACAGAT GCAGAACCTG TTGAAATGAC CAGTTATATG GATGGGCGGA
 551  AATATATCGA TCAAAATAAT TACCCTGACC GTGTTCGTAT TGGGGCAGGC
 601  AGGCAATATT GGCGATCTGA TGAAGATGAG CCCAATAACC GCGAAAGTTC
 651  ATATCATATT GCAAGTGCGT ATTCTTGGCT CGTTGGTGGC AATACCTTTG
 701  CACAAAATGG ATCAGGTGGT GGCACAGTCA ACTTAGGTAG TGAAAAAATT
 751  AAACATAGCC CATATGGTTT TTTACCAACA GGAGGCTCAT TTGGCGACAG
 801  TGGCTCACCA ATGTTTATCT ATGATGCCCA AAAGCAAAAG TGGTTAATTA
 851  ATGGGGTATT GCAAACGGGC AACCCCTATA TAGGAAAAAG CAATGGCTTC
 901  CAGCTGGTTC GTAAAGATTG GTTCTATGAT GAAATCTTTG CTGGAGATAC
 951  CCATTCAGTA TTCTACGAAC CACGTCAAAA TGGGAAATAC TCTTTTAACG
1001  ACGATAATAA TGGCACAGGA AAAATCAATG CCAAACATGA ACACAATTCT
1051  CTGCCTAATA GATTAAAAAC ACGAACCGTT CAATTGTTTA ATGTTTCTTT
1101  ATCCGAGACA GCAAGAGAAC CTGTTTATCA TGCTGCAGGT GGTGTCAACA
1151  GTTATCGACC CAGACTGAAT AATGGAGAAA ATATTTCCTT TATTGACGAA
1201  GGAAAAGGCG AATTGATACT TACCAGCAAC ATCAATCAAG GTGCTGGAGG
1251  ATTATATTTC CAAGGAGATT TTACGGTCTC GCCTGAAAAT AACGAAACTT
1301  GGCAAGGCGC GGGCGTTCAT ATCAGTGAAG ACAGTACCGT TACTTGGAAA
1351  GTAAACGGCG TGGCAAACGA CCGCCTGTCC AAAATCGGCA AAGGCACGCT
1401  GCACGTTCAA GCCAAAGGGG AAAACCAAGG CTCGATCAGC GTGGGCGACG
1451  GTACAGTCAT TTTGGATCAG CAGGCAGACG ATAAAGGCAA AAAACAAGCC
1501  TTTAGTGAAA TCGGCTTGGT CAGCGGCAGG GGTACGGTGC AACTGAATGC
1551  CGATAATCAG TTCAACCCCG ACAAACTCTA TTTCGGCTTT CGCGGCGGAC
1601  GTTTGGATTT AAACGGGCAT TCGCTTTCGT TCCACCGTAT TCAAAATACC
1651  GATGAAGGGG CGATGATTGT CAACCACAAT CAAGACAAAG AATCCACCGT
1701  TACCATTACA GGCAATAAAG ATATTGCTAC AACCGGCAAT AACAACAGCT
1751  TGGATAGCAA AAAAGAAATT GCCTACAACG GTTGGTTTGG CGAGAAAGAT
1801  ACGACCAAAA CGAACGGGCG GCTCAACCTT GTTTACCAGC CCGCCGCAGA
1851  AGACCGCACC CTGCTGCTTT CCGGCGGAAC AAATTTAAAC GGCAACATCA
1901  CGCAAACAAA CGGCAAACTG TTTTTCAGCG GCAGACCAAC ACCGCACGCC
1951  TACAATCATT TAAACGACCA TTGGTCGCAA AAAGAGGGCA TTCCTCGCGG
2001  GGAAATCGTG TGGGACAACG ACTGGATCAA CCGCACATTT AAAGCGGAAA
2051  ACTTCCAAAT TAAAGGCGGA CAGGCGGTGG TTTCCCGCAA TGTTGCCAAA
2101  GTGAAAGGCG ATTGGCATTT GAGCAATCAC GCCCAAGCAG TTTTTGGTGT
2151  CGCACCGCAT CAAAGCCACA CAATCTGTAC ACGTTCGGAC TGGACGGGTC
2201  TGACAAATTG TGTCGAAAAA ACCATTACCG ACGATAAAGT GATTGCTTCA
2251  TTGACTAAGA CCGACATCAG CGGCAATGTC GATCTTGCCG ATCACGCTCA
2301  TTTAAATCTC ACAGGGCTTG CCACACTCAA CGGCAATCTT AGTGCAAATG
2351  GCGATACACG TTATACAGTC AGCCACAACG CCACCCAAAA CGGCAACCTT
2401  AGCCTCGTGG GCAATGCCCA AGCAACATTT AATCAAGCCA CATTAAACGG
2451  CAACACATCG GCTTCGGGCA ATGCTTCATT TAATCTAAGC GACCACGCCG
2501  TACAAAACGG CAGTCTGACG CTTTCCGGCA ACGCTAAGGC AAACGTAAGC
2551  CATTCCGCAC TCAACGGTAA TGTCTCCCTA GCCGATAAGG CAGTATTCCA
2601  TTTTGAAAGC AGCCGCTTTA CCGGACAAAT CAGCGGCGGC AAGGATACGG
2651  CATTACACTT AAAAGACAGC GAATGGACGC TGCCGTCAGG CACGGAATTA
2701  GGCAATTTAA ACCTTGACAA CGCCACCATT ACACTCAATT CCGCCTATCG
2751  CCACGATGCG GCAGGGGCGC AAACCGGCAG TGCGACAGAT GCGCCGCGCC
2801  GCCGTTCGCG CCGTTCGCGC CGTTCCCTAT TATCCGTTAC ACCGCCAACT
2851  TCGGTAGAAT CCCGTTTCAA CACGCTGACG GTAAACGGCA AATTGAACGG
2901  TCAGGGAACA TTCCGCTTTA TGTCGGAACT CTTCGGCTAC CGCAGCGACA
2951  AATTGAAGCT GGCGGAAAGT TCCGAAGGCA CTTACACCTT GGCGGTCAAC
3001  AATACCGGCA ACGAACCTGC AAGCCTCGAA CAATTGACGG TAGTGGAAGG
3051  AAAAGACAAC AAACCGCTGT CCGAAAACCT TAATTTCACC CTGCAAAACG
3101  AACACGTCGA TGCCGGCGCG TGGCGTTACC AACTCATCCG CAAAGACGGC
3151  GAGTTCCGCC TGCATAATCC GGTCAAAGAA CAAGAGCTTT CCGACAAACT
3201  CGGCAAGGCA GAAGCCAAAA AACAGGCGGA AAAAGACAAC GCGCAAAGCC
3251  TTGACGCGCT GATTGCGGCC GGGCGCGATG CCGTCGAAAA GACAGAAAGC
3301  GTTGCCGAAC CGGCCCGGCA GGCAGGCGGG GAAAATGTCG GCATTATGCA
3351  GGCGGAGGAA GAGAAAAAAC GGGTGCAGGC GGATAAAGAC ACCGCCTTGG
3401  CGAAACAGCG CGAAGCGGAA ACCCGGCCGG CTACCACCGC CTTCCCCCGC
3451  GCCCGCCGCG CCCGCCGGGA TTTGCCGCAA CTGCAACCCC AACCGCAGCC
3501  CCAACCGCAG CGCGACCTGA TCAGCCGTTA TGCCAATAGC GGTTTGAGTG
3551  AATTTTCCGC CACGCTCAAC AGCGTTTTCG CCGTACAGGA CGAATTAGAC
3601  CGCGTATTTG CCGAAGACCG CCGCAACGCC GTTTGGACAA GCGGCATCCG
3651  GGACACCAAA CACTACCGTT CGCAAGATTT CCGCGCCTAC CGCCAACAAA
3701  CCGACCTGCG CCAAATCGGT ATGCAGAAAA ACCTCGGCAG CGGGCGCGTC
3751  GGCATCCTGT TTTCGCACAA CCGGACCGAA AACACCTTCG ACGACGGCAT
3801  CGGCAACTCG GCACGGCTTG CCCACGGCGC CGTTTTCGGG CAATACGGCA
3851  TCGACAGGTT CTACATCGGC ATCAGCGCGG GCGCGGGTTT TAGCAGCGGC
3901  AGCCTTTCAG ACGGCATCGG AGGCAAAATC CGCCGCCGCG TGCTGCATTA
3951  CGGCATTCAG GCACGATACC GCGCCGGTTT CGGCGGATTC GGCATCGAAC
4001  CGCACATCGG CGCAACGCGC TATTTCGTCC AAAAAGCGGA TTACCGCTAC
4051  GAAAACGTCA ATATCGCCAC CCCCGGCCTT GCATTCAACC GCTACCGCGC
4101  GGGCATTAAG GCAGATTATT CATTCAAACC GGCGCAACAC ATTTCCATCA
4151  CGCCTTATTT GAGCCTGTCC TATACCGATG CCGCTTCGGG CAAAGTCCGA
4201  ACACGCGTCA ATACCGCCGT ATTGGCTCAG GATTTCGGCA AAACCCGCAG
4251  TGCGGAATGG GGCGTAAACG CCGAAATCAA AGGTTTCACG CTGTCCCTCC
4301  ACGCTGCCGC CGCCAAAGGC CCGCAACTGG AAGCGCAACA CAGCGCGGGC
4351  ATCAAATTAG GCTACCGCTG GTAA
 它对应于氨基酸序列<SEQ ID 650；ORF1-1>：
   1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR  IRFSPAYLAI CLSFGILPQA WAGHTYFGIN
  51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG
 101  VAALVGDQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGRN PDQHRFTYKI VKRNNYKAGT
 151  KGHPYGGDYH MPRLHKFVTD AEPVEMTSYM DGRKYIDQNN YPDRVRIGAG
 201  RQYWRSDEDE PNNRESSYHI ASAYSWLVGG NTFAQNGSGG GTVNLGSEKI
 251  KHSPYGFLPT GGSFGDSGSP MFIYDAQKQK WLINGVLQTG NPYIGKSNGF
 301  QLVRKDWFYD EIFAGDTHSV FYEPRQNGKY SFNDDNNGTG KINAKHEHNS
 351  LPNRLKTRTV QLFNVSLSET AREPVYHAAG GVNSYRPRLN NGENISFIDE
 401  GKGELILTSN INQGAGGLYF QGDFTVSPEN NETWQGAGVH ISEDSTVTWK
 451  VNGVANDRLS KIGKGTLHVQ AKGENQGSIS VGDGTVILDQ QADDKGKKQA
 501  FSEIGLVSGR GTVQLNADNQ FNPDKLYFGF RGGRLDLNGH SLSFHRIQNT
 551  DEGAMIVNHN QDKESTVTIT GNKDIATTGN NNSLDSKKEI AYNGWFGEKD
 601  TTKTNGRLNL VYQPAAEDRT LLLSGGTNLN GNITQTNGKL FFSGRPTPHA
 651  YNHLNDHWSQ KEGIPRGEIV WDNDWINRTF KAENFQIKGG QAVVSRNVAK
 701  VKGDWHLSNH AQAVFGVAPH QSHTICTRSD WTGLTNCVEK TITDDKVIAS
 751  LTKTDISGNV DLADHAHLNL TGLATLNGNL SANGDTRYTV SHNATQNGNL
 801  SLVGNAQATF NQATLNGNTS ASGNASFNLS DHAVQNGSLT LSGNAKANVS
 851  HSALNGNVSL ADKAVFHFES SRFTGQISGG KDTALHLKDS EWTLPSGTEL
 901  GNLNLDNATI TLNSAYRHDA AGAQTGSATD APRRRSRRSR RSLLSVTPPT
 951  SVESRFNTLT VNGKLNGQGT FRFMSELFGY RSDKLKLAES SEGTYTLAVN
1001  NTGNEPASLE QLTVVEGKDN KPLSENLNFT LQNEHVDAGA WRYQLIRKDG
1051  EFRLHNPVKE QELSDKLGKA EAKKQAEKDN AQSLDALIAA GRDAVEKTES
1101  VAEPARQAGG ENVGIMQAEE EKKRVQADKD TALAKQREAE TRPATTAFPR
1151  ARRARRDLPQ LQPQPQPQPQ RDLISRYANS GLSEFSATLN SVFAVQDELD
1201  RVFAEDRRNA VWTSGIRDTK HYRSQDFRAY RQQTDLRQIG MQKNLGSGRV
1251  GILFSHNRTE NTFDDGIGNS ARLAHGAVFG QYGIDRFYIG ISAGAGFSSG
1301  SLSDGIGGKI RRRVLHYGIQ ARYRAGFGGF GIEPHIGATR YFVQKADYRY
1351  ENVNIATPGL AFNRYRAGIK ADYSFKPAQH ISITPYLSLS YTDAASGKVR
1401  TRVNTAVLAQ DFGKTRSAEW GVNAEIKGFT LSLHAAAAKG PQLEAQHSAG
1451  IKLGYRW*
这些序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF1和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF1a)在1456个氨基酸的重叠区内显示出有57.8％的相同性：
                    10        20         30         40        50        60
orf1.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGR IRFXAAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
            |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1a       MKTTDKRTTETHRKAPKTGR IRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                    10        20         30         40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf1.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGVQYIVSVAHNGGYN
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
orf1a       KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf1.pep    NVDFGAEGXNIXDQXRXTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKXVTDAEPVEMTSY
            |||||||||| || | :|:|||||||| :: |||:|| ||||||| |||||||||||
orf1a       NVDFGAEGXN-PDQHRFSYQIVKRNNYKPDNS-HPYNGDXHMPRLHKFVTDAEPVEMTSD
                   130        140       150        160       170
                   190       200       210
orf1.pep    MDGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEP---------------------NN-----
            | |  | |:::||:|||||:|::||| |:|:                      ||
orf1a       MRGNTYSDKEKYPERVRIGSGHHYWRYDDDKHGDLSYSGAWLIGGNTHMQGWGNNGVXSL
           180       190       200       210       220       230
                   220                230       240       250       260
orf1.pep    ----RESSYH----IA-----SGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGFQLVRK
                |::: :    ||     |||||||||  ::|||:||||||| || |: |||||:||
orf1a       SGDVRHANDYGPMPIAGAAGDSGSPMFIYDKTNNKWLLNGVLQTGYPYSGRENGFQLIRK
           240       250       260       270       280       290
                  270       280       290       300       310       320
orf1.pep    DWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRTVQLFNV
            |||||:|: ||||:| :|||:||::||:::||||| ::  :|: | | :||::||:||:
orf1a       DWFYDDIYRGDTHTVXFEPRSNGHFSFTSNNNGTGTVTETNEKVSNP-KLKVQTVRLFDE
           300        310       320       330       340        350
                  330       340       350       360       370       380
orf1.pep    SLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLYFQGDFT
            ||:|||:|||| ||||||:||||||||||:|||| |:|:|||::|||||||||||:||||
orf1a       SLNETDKEPVY-AAGGVNQYRPRLNNGENLSFIDYGNGKLILSNNINQGAGGLYFEGDFT
            360        370       380       390       400       410
                390       400       410       420       430
orf1.pep  VSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTL------------------
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1a     VSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSISVGDGT
           420       430       440       450       460       470
orf1.pep  ------------------------------------------------------------
orf1a     VILDQQADDKGKKQAFSEIGLXSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNGHSLSFH
           480       490       500       510       520       530
orf1.pep  ------------------------------------------------------------
orf1a     RIQNTDEGAMIXXHNATTTSTVTITGNESITQPSGKNINRLNYSKEIAYNGWFGEKDTTK
           540       550       560       570       580       590
orf1.pep  ------------------------------------------------------------
orf1a     TNGRLNLVYQPAAEDRTXLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSGWSKMEG
           600       610       620       630       640       650
orf1.pep  ------------------------------------------------------------
orf1a     IPQGEIVWDNDWIXRTFKAENFHIQGGQAVISRNVAKVEGDXHLSNHAQAVFGVAPHQSH
           660       670       680       690       700       710
                         440       450       460       470       480
orf1.pep  ----------------XXXXXDKVTASLTKTDISGNVDLADHAHLNLTGLATLNGNLSAN
                     :    || : ||| ||||||| || | |       |:| |:| ||||||
orf1a     TICTRSDWTGLTNCVEXXITDDKVIASLTKTDXSGXVXLXXXXXXXLXGXAXLXGNLSAN
           720       730       740       750       760       770
               490       500       510       520       530       540
orf1.pep  GDTRYTVSHNATQNGNXSLVXNAQATFNQATLNGNTSASGNASFNLSDHAVQNGSLTLSG
          |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||:| |||||||||::|:||||||||
orf 1a    GDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNXSXSGNASFNLSNNAAQNGSLTLSD
           780       790       800       810       820       830
               550       560       570       580       590       600
orf1.pep  NAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSGXELGNL
          ||||||||||||||||||||||||||:||||||:||:| |||||||||||||||:|||||
orf1a     NAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGQLSGSKXTALHLKDSEWTLPSGTELGNL
           840       850       860       870       880       890
               610       620       630       640       650       660
orf1.pep  NLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPRRRSRRSRRSLLXVTPPTSVESRFNTLTVNG
          ||||||||||||||||||||||| ::|:||||||||   || ||||||||||||||||||
orf1a     NLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGXVSDTPRRRSRRS---LLSVTPPTSVESRFNTLTVNG
           900       910       920       930          940       950
               670       680       690       700       710       720
orf1.pep  KLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEGKDNKPL
          ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||
orf1a     KLNXQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLDQLTVVEGKDNKPL
              960       970       980       990      1000      1010
               730       740       750
orf1.pep  SENLNFTLQNEHVDAGAW------------------------------------------
          ||||||||||||||||||
orf1a     SENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAEAKKQAEKDNAQS
             1020      1030      1040      1050      1060      1070
orf1.pep  ------------------------------------------------------------
orf1a     LDALIAAGRDAAEKTESVAEPARXAGGENVGIMQAEEEKKRVQADKDSALAKQREAETRP
             1080      1090      1100      1110      1120      1130
                                                              760
orf1.pep  ---------------------------------------------------------LDR
                                                                   |||
orf1a     XTTAFPRARXARRDLPQPQPQPQPQPQPQRDLXSRYANSGLSEFSATLNSVFAVQDELDR
             1140      1150      1160      1170      1180      1190
            770       780       790       800       810       820
orf1.pep  VFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFSHNRTEN
          ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 orf1a    VFAEDRRNAVWTSXIRXTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFSHNRTEN
             1200      1210      1220      1230      1240      1250
            830       840       850       860       870       880
 orf1.pep TFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYIGISAGAGFSSGSLSDGIGXKXRRRVLHYGIQA
          :|||||||||||||||||||||| || ||||:||||||| |||||||| |||||||||||
 orf1a    XFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISTGAGFSSGXLSDGIGGKIRRRVLHYGIQA
             1260      1270      1280      1290      1300      1310
            890       900       910       920       930       940
orf1.pep  RYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPAQHI
          |||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1a     RYRAGFGGFGIEPYIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPAQHX
             1320      1330      1340      1350      1360      1370
            950       960       970       980       990      1000
orf1.pep  SITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHAAAAKGP
          ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf1a     SITPYXSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSXHAAAAKGP
             1380      1390      1400      1410      1420      1430
          1010      1020
orf1.pep QLEAQHSAGIKLGYRWX
         |||||||||||||||||
orf1a    QLEAQHSAGIKLGYRWX
            1440      1450
全长ORF1a核苷酸序列<SEQ ID 651>是：
  1  ATGAAAACAA CCGACAAACG GACAACCGAA ACACACCGCA AAGCCCCGAA
 51  AACCGGCCGC ATCCGCTTCT CGCCTGCTTA CTTAGCCATA TGCCTGTCGT
101  TCGGCATTCT TCCCCAAGCT TGGGCGGGAC ACACTTATTT CGGCATCAAC
151  TACCAATACT ATCGCGACTT TGCCGAAAAT AAAGGCAAGT TTGCAGTCGG
201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTNT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT
251  CAATGACAAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTGTC GCGTAACGGC
301  GTGGCGGCAT TGGTGGGCGA TCAATATATT GTGAGCGTGG CACATAACGG
351  CGGCTATAAC AACGTTGATT TTGGTGCGGA AGGAAGNAAT CCCGATCAGC
401  ACCGTTTTTC TTACCAAATT GTGAAAAGAA ATAATTATAA GCCTGACAAT
451  TCACACCCTT ACAACGGCGA TTANCATATG CCGCGTTTGC ATAAATTTGT
501  CACAGATGCA GAACCTGTCG AAATGACGAG TGACATGAGG GGGAATACCT
551  ATTCCGATAA AGAAAAATAT CCCGAGCGTG TCCGCATCGG CTCAGGACAC
601  CACTATTGGC GTTATGATGA TGACAAACAC GGCGATTTAT CCTACTCCGG
 651  CGCATGGTTA ATTGGCGGCA ATACACATAT GCAGGGTTGG GGAAATAATG
 701  GCGTANTTAG TTTGAGCGGC GATGTGCGCC ATGCCAACGA CTATGGCCCT
 751  ATGCCGATTG CAGGTGCGGC AGGCGACAGC GGTTCGCCAA TGTTTATTTA
 801  TGACAAAACA AACAATAAAT GGCTGCTCAA CGGAGTTTTA CAAACCGGCT
 851  ACCCTTATTC CGGCAGGGAA AACGGTTTCC AGCTGATACG CAAAGATTGG
 901  TTCTACGATG ACATTTACAG AGGCGATACA CATACCGTCT NTTTTGAACC
 951  GCGCAGTAAC GGACATTTTT CCTTTACATC CAACAACAAC GGTACGGGTA
1001  CGGTAACAGA AACCAACGAA AAGGTNTCCA ATCCAAAGCT TAAAGTACAG
1051  ACAGTCCGAC TGTTTGACGA ATCTTTGAAT GAAACTGATA AAGAACCAGT
1101  TTACGCGGCA GGGGGTGTTA ATCAGTACCG TCCAAGGTTA AACAACGGTG
1151  AAAACCTTTC TTTTATCGAT TACGGCAACG GCAAACTCAT CTTATCAAAC
1201  AACATCAACC AAGGCGCGGG CGGTTTGTAT TTTGAAGGTG ATTTTACGGT
1251  CTCGCCTGAA AACAACGAAA CGTGGCAAGG CGCGGGCGTT CATATCAGTG
1301  AAGACAGTAC CGTTACTTGG AAAGTAAACG GCGTGGCAAA CGACCGCCTG
1351  TCCAAAATCG GCAAAGGCAC GCTGCACGTT CAAGCCAAAG GGGAAAACCA
1401  AGGCTCGATC AGCGTGGGCG ACGGTACAGT CATTTTGGAT CAGCAGGCAG
1451  ACGATAAAGG CAAAAAACAA GCCTTTAGTG AAATCGGCTT GNTCAGCGGC
1501  AGGGGTACGG TGCAACTGAA TGCCGATAAT CAGTTCAACC CCGACAAACT
1551  CTATTTCGGC TTTCGCGGCG GACGTTTGGA TTTAAACGGG CATTCGCTTT
1601  CGTTCCACCG TATTCAAAAT ACCGATGAAG GGGCGATGAT TGNCNATCAT
1651  AATGCCACAA CAACATCCAC CGTTACCATT ACAGGGAATG AAAGTATTAC
1701  ACAACCGAGT GGTAAGAATA TCAATAGACT TAATTACAGC AAAGAAATTG
1751  CCTACAACGG TTGGTTTGGC GAGAAAGATA CGACCAAAAC GAACGGGCGG
1801  CTCAACCTTG TTTACCAGCC CGCCGCAGAA GACCGCACCC NGCTGCTTTC
1851  CGGCGGAACA AATTTAAACG GCAACATCAC GCAAACAAAC GGCAAACTGT
1901  TTTTCAGCGG CAGACCGACA CCGCACGCCT ACAATCATTT AGGAAGCGGG
1951  TGGTCAAAAA TGGAAGGTAT CCCACAAGGA GAAATCGTGT GGGACAACGA
2001  CTGGATCNAC CGCACGTTTA AAGCGGAAAA TTTCCATATT CAGGGCGGGC
2051  AGGCGGTGAT TTCCCGCAAT GTTGCCAAAG TGGAAGGCGA TTGNCATTTG
2101  AGCAATCACG CCCAAGCAGT TTTTGGTGTC GCACCGCATC AAAGCCATAC
2151  AATCTGTACA CGTTCGGACT GGACNGGTCT GACAAATTGT GTCGAANAAA
2201  NCATTACCGA CGATAAAGTG ATTGCTTCAT TGACTAAGAC NGACNTNAGC
2251  GGCANTGTNA GNCTNNCCNA TNACGNTNNT TNAAANCTCN CNGGGCNTGC
2301  NNCACTNAAN GGCAATCTTA GTGCAAATGG CGATACACGT TATACAGTCA
2351  GCCACAACGC CACCCAAAAC GGCAACCTTA GCCTCGTGGG CAATGCCCAA
2401  GCAACATTTA ATCAAGCCAC ATTAAACGGC AACNCATCGG NTTCGGGCAA
2451  TGCTTCATTT AATCTAAGCA ACAACGCCGC ACAAAACGGC AGTCTGACGC
2501  TTTCCGACAA CGCTAAGGCA AACGTAAGCC ATTCCGCACT CAACGGCAAT
2551  GTCTCCCTAG CCGATAAGGC AGTATTCCAT TTTGAAAACA GCCGCTTTAC
2601  CGGACAACTC AGCGGCAGCA AGGANACAGC ATTACACTTA AAAGACAGCG
2651  AATGGACGCT GCCGTCAGGC ACGGAATTAG GCAATTTAAA CCTTGACAAC
2701  GCCACCATTA CACTCAATTC CGCCTATCGC CACGATGCTG CAGGCGCGCA
2751  AACCGGCAGN GTGTCAGACA CGCCGCGCCG CCGTTCGCGC CGTTCCCTAT
2801  TATCCGTTAC ACCGCCAACT TCGGTAGAAT CCCGTTTCAA CACGCTGACG
2851  GTAAACGGCA AATTGAACNG TCAAGGAACA TTCCGCTTTA TGTCGGAACT
2901  CTTCGGCTAC CGAAGCGACA AATTGAAGCT GGCGGAAAGT TCCGAAGGNA
2951  CTTACACCTT GGCGGTCAAC AATACCGGCA ACGAACCCGT AAGCCTCGAT
3001  CAATTGACGG TAGTGGAAGG GAAAGACAAC AAACCGCTGT CCGAAAACCT
3051  TAATTTCACC CTGCAAAACG AACACGTCGA TGCCGGCGCG TGGCGTTACC
3101  AACTCATCCG CAAAGACGGC GAGTTCCGCC TGCATAATCC GGTCAAAGAA
3151  CAAGAGCTTT CCGACAAACT CGGCAAGGCA GAAGCCAAAA AACAGGCGGA
3201  AAAAGACAAC GCGCAAAGCC TTGACGCGCT GATTGCGGCC GGGCGCGATG
3251  CCGCCGAAAA GACAGAAAGC GTTGCCGAAC CGGCCCGGCN GGCAGGCGGG
3301  GAAAATGTCG GCATTATGCA GGCGGAGGAA GAGAAAAAAC GGGTGCAGGC
3351  GGATAAAGAC AGCGCNTTGG CGAAACAGCG CGAAGCGGAA ACCCGGCCGG
3401  NTACCACCGC CTTCCCCCGC GCCCGCNGCG CCCGCCGGGA TTTGCCGCAA
3451  CCGCAGCCCC AACCGCAACC TCAACCCCAA CCGCAGCGCG ACCTGATNAG
3501  CCGTTATGCC AATAGCGGTT TGAGTGAATT TTCCGCCACG CTCAACAGCG
3551  TTTTCGCCGT ACAGGACGAA TTGGACCGCG TGTTTGCCGA AGACCGCCGC
3601  AACGCNGTTT GGACAAGCNG CATCCGGNAC ACCAAACACT ACCGTTCGCA
3651  AGATTTCCGC GCCTACCGCC AACAAACCGA CCTGCGCCAA ATCGGTATGC
3701  AGAAAAACCT CGGCAGCGGG CGCGTCGGCA TCCTGTTTTC GCACAACCGG
3751  ACCGAAAACA NCTTCGACGA CGGCATCGGC AACTCGGCAC GGCTTGCCCA
3801  CGGCGCCGTT TTCGGGCAAT ACGGCATCGG CAGGTTCGAC ATCGGCATCA
3851  GCACGGGCGC GGGTTTTAGC AGCGGCANTC TNTCAGACGG CATCGGAGGC
3901  AAAATCCGCC GCCGCGTGCT GCATTACGGC ATTCAGGCAC GATACCGCGC
3951  CGGTTTCGGC GGATTCGGCA TCGAACCGTA CATCGGCGCA ACGCGCTATT
4001  TCGTCCAAAA AGCGGATTAC CGCTACGAAA ACGTCAATAT CGCCACCCCC
4051  GGTCTTGCGT TCAACCGNTA CCGNGCGGGC ATTAAGGCAG ATTATTCATT
4101  CAAACCGGCG CAACACATNT CCATCACNCC TTATTTNAGC CTGTCCTATA
4151  CCGATGCCGC TTCGGGCAAA GTCCGAACAC GCGTCAATAC CGCNGTATTG
4201  GCTCAGGATT TCGGCAAAAC CCGCAGTGCG GAATGGGGCG TAAACGCCGA
4251  AATCAAAGGT TTCACGCTGT CCNTCCACGC TGCCGCCGCC AAAGGNCCGC
4301  AACTGGAAGC GCAACACAGC GCGGGCATCA AATTAGGCTA CCGCTGGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 652>：
   1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR  IRFSPAYLAI CLSFGILPQA WAGHTYFGIN
  51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG
 101  VAALVGDQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGXN PDQHRFSYQI VKRNNYKPDN
 151  SHPYNGDXHM PRLHKFVTDA EPVEMTSDMR GNTYSDKEKY PERVRIGSGH
 201  HYWRYDDDKH GDLSYSGAWL IGGNTHMQGW GNNGVXSLSG DVRHANDYGP
 251  MPIAGAAGDS GSPMFIYDKT NNKWLLNGVL QTGYPYSGRE NGFQLIRKDW
 301  FYDDIYRGDT HTVXFEPRSN GHFSFTSNNN GTGTVTETNE KVSNPKLKVQ
 351  TVRLFDESLN ETDKEPVYAA GGVNQYRPRL NNGENLSFID YGNGKLILSN
 401  NINQGAGGLY FEGDFTVSPE NNETWQGAGV HISEDSTVTW KVNGVANDRL
 451  SKIGKGTLHV QAKGENQGSI SVGDGTVILD QQADDKGKKQ AFSEIGLXSG
 501  RGTVQLNADN QFNPDKLYFG FRGGRLDLNG HSLSFHRIQN TDEGAMIXXH
 551  NATTTSTVTI TGNESITQPS GKNINRLNYS KEIAYNGWFG EKDTTKTNGR
 601  LNLVYQPAAE DRTXLLSGGT NLNGNITQTN GKLFFSGRPT PHAYNHLGSG
 651  WSKMEGIPQG EIVWDNDWIX RTFKAENFHI QGGQAVISRN VAKVEGDXHL
 701  SNHAQAVFGV APHQSHTICT RSDWTGLTNC VEXXITDDKV IASLTKTDXS
 751  GXVXLXXXXX XXLXGXAXLX GNLSANGDTR YTVSHNATQN GNLSLVGNAQ
 801  ATFNQATLNG NXSXSGNASF NLSNNAAQNG SLTLSDNAKA NVSHSALNGN
 851  VSLADKAVFH FENSRFTGQL SGSKXTALHL KDSEWTLPSG TELGNLNLDN
 901  ATITLNSAYR HDAAGAQTGX VSDTPRRRSR RSLLSVTPPT SVESRFNTLT
 951  VNGKLNXQGT FRFMSELFGY RSDKLKLAES SEGTYTLAVN NTGNEPVSLD
1001  QLTVVEGKDN KPLSENLNFT LQNEHVDAGA WRYQLIRKDG EFRLHNPVKE
1051  QELSDKLGKA EAKKQAEKDN AQSLDALIAA GRDAAEKTES VAEPARXAGG
1101  ENVGIMQAEE EKKRVQADKD SALAKQREAE TRPXTTAFPR ARXARRDLPQ
1151  PQPQPQPQPQ PQRDLXSRYA NSGLSEFSAT LNSVFAVQDE LDRVFAEDRR
1201  NAVWTSXIRX TKHYRSQDFR AYRQQTDLRQ IGMQKNLGSG RVGILFSHNR
1251  TENXFDDGIG NSARLAHGAV FGQYGIGRFD IGISTGAGFS SGXLSDGIGG
1301  KIRRRVLHYG IQARYRAGFG GFGIEPYIGA TRYFYQKADY RYENVNIATP
1351  GLAFNRYRAG IKADYSFKPA QHXSITPYXS LSYTDAASGK VRTRVNTAVL
1401  AQDFGKTRSA EWGVNAEIKG FTLSXHAAAA KGPQLEAQHS AGIKLGYRW*
跨膜区用下划线表示。
ORF1-1和ORF1a在1462个氨基酸的重叠区内显示出有86.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf1a.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1       MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf1a.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1       KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       179
orf1a.pep    NVDFGAEGXNPDQHRFSYQIVKRNNYKPDNS-HPYNGDXHMPRLHKFVTDAEPVEMTSDM
           |||||||| |||||||:|:|||||||| :: |||:|| ||||||||||||||||||| |
orf1-1     NVDFGAEGRNPDQHRFTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
                  130       140       150       160       170       180
         180       190       200       210             220       230
orf1a.pep  RGNTYSDKEKYPERVRIGSGHHYWRYDDDKHGDL--SYSGA----WLIGGNTHMQGWGNN
            |  | |:::||:|||||:|::||| |:|: ::   ||  |    ||:||||  |: :::
orf1-1     DGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
                  190       200       210       220       230       240
               240        250       260       270       280       290
orf1a.pep  GVXSLSGD-VRHANDYGPMPIAGAAGDSGSPMFIYDKTNNKWLLNGVLQTGYPYSGRENG
           |: :|::: ::    || :| : |||||||||||||  ::|||:||||||| || |: ||
orf1-1     GTVNLGSEKIKHS-PYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNG
                  250        260       270       280       290
                300       310       320       330       340        350
orf1a.pep  FQLIRKDWFYDDIYRGDTHTVXFEPRSNGHFSFTSNNNGTGTVTETNEKVSNP-KLKVQT
           |||:|||||||:|: ||||:| :|||:||::||:::||||| ::  :|: | | :||::|
orf1-1     FQLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRT
         300       310       320       330       340       350
                 360        370       380       390       400       410
orf1a.pep  VRLFDESLNETDKEPVY-AAGGVNQYRPRLNNGENLSFIDYGNGKLILSNNINQGAGGLY
           |:||: ||:|| :|||| ||||||:||||||||||:||||||:|:|||::||||||||||
orf1-1     VQLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLY
         360       370       380        390      400       410
                  420       430       440       450       460       470
orf1a.pep  FEGDFTVSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSI
           |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1     FQGDFTVSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSI
         420       430       440       450       460       470
                  480       490       500       510       520       530
orf1a.pep  SVGDGTVILDQQADDKGKKQAFSEIGLXSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNG
           ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1     SVGDGTVILDQQADDKGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNG
         480       490       500       510       520       530
                  540       550       560       570       580       590
orf1a.pep  HSLSFHRIQNTDEGAMIXXHNATTTSTVTITGNESITQPSGKNINRLNYSKEIAYNGWFG
           ||||||||||||||||| || ||||||||::|:  :|:| | |: :||||||||||
orf1-1     HSLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDIAT-TGNN-NSLDSKKEIAYNGWFG
         540       550       560       570        580        590
                  600       610       620       630       640       650
orf1a.pep  EKDTTKTNGRLNLVYQPAAEDRTXLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSG
           ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||::
orf1-1     EKDTTKTNGRLNLVYQPAAEDRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLNDH
           600       610       620       630       640       650
                  660       670       680       690       700       710
orf1a.pep  WSKMEGIPQGEIVWDNDWIXRTFKAENFHIQGGQAVISRNVAKVEGDXHLSNHAQAVFGV
           ||: ||||:|||||||||| ||||||||:|:|||||:|||||||:|| ||||||||||||
orf1-1     WSQKEGIPRGEIVWDNDWINRTFKAENFQIKGGQAVVSRNVAKVKGDWHLSNHAQAVFGV
           660       670       680       690       700       710
                  720       730       740       750       760       770
orf1a.pep  APHQSHTICTRSDWTGLTNCVEXXITDDKVIASLTKTDXSGXVXLXXXXXXXLXGXAXLX
           |||||||||||||||||||||| :|||||||||||||| || | |       |:| |:|
orf1-1      APHQSHTICTRSDWTGLTNCVEKTITDDKVIASLTKTDISGNVDLADHAHLNLTGLATLN
            720       730       740       750       760       770
                   780       790       800       810       820       830
orf1a.pep   GNLSANGDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNXSXSGNASFNLSNNAAQNG
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:| |||||||||::|:|||
orf1-1      GNLSANGDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASGNASFNLSDHAVQNG
            780       790       800       810       820       830
                   840       850       860       870       880       890
orf1a.pep   SLTLSDNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGQLSGSKXTALHLKDSEWTLPSG
            |||||:||||||||||||||||||||||||||:||||||:||:| |||||||||||||||
orf1-1      SLTLSGNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSG
            840       850       860       870       880       890
                   900       910       920       930          940
orf1a.pep   TELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGXVSDTPRRRSRRS---LLSVTPPTSVESRFN
            ||||||||||||||||||||||||||||| ::|:||||||||   |||||||||||||||
orf1-1      TELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPRRRSRRSRRSLLSVTPPTSVESRFN
            900       910       920       930       940       950
            950       960       970       980       990      1000
orf1a.pep   TLTVNGKLNXQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLDQLTVVEG
            ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||
orf1-1      TLTVNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEG
            960       970       980       990      1000      1010
           1010      1020      1030      1040      1050      1060
orf1a.pep   KDNKPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAEAKKQAE
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1      KDNKPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAEAKKQAE
           1020      1030      1040      1050      1060      1070
           1070      1080      1090      1100      1110      1120
orf1a.pep   KDNAQSLDALIAAGRDAAEKTESVAEPARXAGGENVGIMQAEEEKKRVQADKDSALAKQR
            ||||||||||||:|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||:||||||
orf1-1      KDNAQSLDALIAAGRDAVEKTESVAEPARQAGGENVGIMQAEEEKKRVQADKDTALAKQR
           1080      1090      1100      1110      1120      1130
           1130      1140      1150      1160      1170      1180
orf1a.pep   EAETRPXTTAFPRARXARRDLPQPQPQPQPQPQPQRDLXSRYANSGLSEFSATLNSVFAV
            |||||| |||||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||
orf1-1      EAETRPATTAFPRARRARRDLPQLQPQPQPQP--QRDLISRYANSGLSEFSATLNSVFAV
           1140      1150      1160        1170      1180      1190
           1190      1200      1210      1220      1230      1240
orf1a.pep   QDELDRVFAEDRRNAVWTSXIRXTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFS
            ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1      QDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFS
             1200      1210      1220      1230      1240      1250
           1250      1260      1270      1280      1290      1300
orf1a.pep   HNRTENXFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISTGAGFSSGXLSDGIGGKIRRRVL
            ||||||:|||||||||||||||||||||| || ||||:||||||| ||||||||||||||
orf1-1      HNRTENTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYIGISAGAGFSSGSLSDGIGGKIRRRVL
             1260      1270      1280      1290      1300      1310
           1310      1320      1330      1340      1350      1360
orf1a.pep   HYGIQARYRAGFGGFGIEPYIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSF
            |||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1-1      HYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSF
              1320      1330      1340      1350      1360      1370
            1370      1380      1390      1400      1410      1420
orf1a.pep    KPAQHXSITPYXSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSXHA
             ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
orf1-1       KPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHA
              1380      1390      1400      1410      1420      1430
            1430      1440      1450
orf1a.pep    AAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
             |||||||||||||||||||||||
orf1-1       AAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
             1440      1450
与流感嗜血菌的粘附和穿透蛋白hap前体(登录号为P45387)的同源性
ORF1的氨基酸23-423和hap蛋白在450个氨基酸的重叠区内显示出有59％的氨基酸相同性：
orf1  23  FXAAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAENKGKFAVGAKDIEVYNKKGELVG  82
          F   +L  C+S GI  QAWAGHTYFGI+YQYYRDFAENKGKF VGAK+IEVYNK+G+LVG
hap   6   FRLNFLTACVSLGIASQAWAGHTYFGIDYQYYRDFAENKGKFTVGAKNIEVYNKEGQLVG  65
orf1  83  KSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGVQYIVSVAHNGGYNNVDFGAEGXNIXDQXRXTYKIV 142
           SMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVG QYIVSVAHNGGYN+VDFGAEG N  DQ R TY+IV
hap   66  TSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYNDVDFGAEGRN-PDQHRFTYQIV 124
orf1  143 KRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKXVTDAEPVEMTSYMDGRKYIDQNNYPDRVRIGAGR 202
          KRNNY+A  + HPY GDYHMPRLHK VT+AEPV MT+ MDG+ Y D+ NYP+RVRIG+GR
hap   125 KRNNYQAWERKHPYDGDYHMPRLHKFVTEAEPVGMTTNMDGKVYADRENYPERVRIGSGR 184
orf1  203 QYWRSDEDEPNNRESSYHIA---------------------------------------- 222
          QYWR+D+DE  N  SSY+++
hap   185 QYWRTDKDEETNVHSSYYVSGAYRYLTAGNTHTQSGNGNGTVNLSGNVVSPNHYGPLPTG 244
orf1  223 -----SGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGFQLVRKDWFYDEIFAGDTHSVF 277
               SGSPMFIYDA+K++WLIN VLQTG+P+ G+ NGFQL+R++WFY+E+ A DT SVF
hap   245 GSKGDSGSPMFIYDAKKKQWLINAVLQTGHPFFGRGNGFQLIREEWFYNEVLAVDTPSVF 304
orf1  278 --YEPRQNGKYSFNDDNNGTGKIN-AKHEHNSLPNRLKTRTVQLFNVSLSETAREPVYHA 334
            Y P  NG YSF  +N+GTGK+   +   +    + +  TV+LFN SL++TA+E V  A
hap   305 QRYIPPINGHYSFVSNNDGTGKLTLTRPSKDGSKAKSEVGTVKLFNPSLNQTAKEHV-KA 363
orf1  335 AGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLYFQGDFTV-SPENNETWQGA 393
          A G N Y+PR+  G+NI   D+GKG L + +NINQGAGGLYF+G+F V   +NN TWQGA
hap   364 AAGYNIYQPRMEYGKNIYLGDQGKGTLTIENNINQGAGGLYFEGNFVVKGKQNNITWQGA 423
orf1  394 GVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTL 423
          GV I +D+TV WKV+   NDRLSKIG GTL
 hap  424 GVSIGQDATVEWKVHNPENDRLSKIGIGTL 453
ORF1的氨基酸715-1011和hap蛋白在258个氨基酸的重叠区内显示出有50％的氨基酸相同性：
Orf1  41  DTRYTVSHNATQ-NGNXSLVXNAQATFNQ-ATLNGNTSASGNASFNLSDHAVQNGSLTLS 98
          DT+   S   TQ NG+ +L  NA     + A LNGN +   ++ F LS++A Q G++ LS
hap   733 DTKVINSIPITQINGSINLTNNATVNIHGLAKLNGNVTLIDHSQFTLSNNATQTGNIKLS 792
orf1  99  GNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSGXELGN 158
           +A A V+++ LNGNV L D A F  ++S F   QI G KDT + L+++ WT+PS  L N
hap  793  NHANATVNNATLNGNVHLTDSAQFSLKNSHFWHQIQGDKDTTVTLENATWTMPSDTTLQN 852
orf1  159 LNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPXXXXXXXXXXLLXVTPPTSVESRFNTLTVN 218
          L L+N+T+TLNSAY        + S+ +AP          L   T PTS E RFNTLTVN
hap   853 LTLNNSTVTLNSAY--------SASSNNAPRHRRS-----LETETTPTSAEHRFNTLTVN 899
orf1  219 GKLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEGKDNKP 278
          GKL+GQGTF+F S LFGY+SDKLKL+  +EG YTL+V NTG EP +LEQLT++E  DNKP
hap   900 GKLSGQGTFQFTSSLFGYKSDKLKLSNDAEGDYTLSVRNTGKEPVTLEQLTLIESLDNKP 959
orf1  279 LSENLNFTLQNEHVDAGA 296
          LS+ L FTL+N+HVDAGA
hap   960 LSDKLKFTLENDHVDAGA 977
ORF1的氨基酸1192-1450和hap蛋白在259个氨基酸的重叠区内显示出有41％的氨基酸相同性：
Orf1  1    LDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLGSGRVGILFSHNR 60
           LDR+F +  ++AVWT+  +D + Y S  FRAY+Q+T+LRQIG+QK L +GR+G +FSH+R
hap   1135 LDRLFVDQAQSAVWTNIAQDKRRYDSDAFRAYQQKTNLRQIGVQKALANGRIGAVFSHSR 1194
orf1  61   TENTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYXXXXXXXXXXXXXXXXXIGXKXRRRVLHYG 120
           ++NTFD+ + N A L   + F QY                          K  R+ ++YG
hap   1195 SDNTFDEQVKNHATLTMMSGFAQYQWGDLQFGVNVGTGISASKMAEEQSRKIHRKAINYG 1254
orf1  121  IQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYRAGIKADYSFKPA 180
           + A Y+   G  GI+P+ G  RYF+++ +Y+ E V + TP LAFNRY AGI+ DY+F P
hap   1255 VNASYQFRLGQLGIQPYFGVNRYFIERENYQSEEVRVKTPSLAFNRYNAGIRVDYTFTPT 1314
orf1  181  QHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEIKGFTLSLHAAAA 240
            +IS+ PY  ++Y D ++  V+T VN  VL Q FG+    E G+ AEI  F +S   + +
hap   1315 DNISVKPYFFVNYVDVSNANVQTTVNLTVLQQPFGRYWQKEVGLKAEILHFQISAFISKS 1374
orf1  241  KGPQLEAQHSAGIKLGYRW 259
           +G QL  Q + G+KLGYRW
hap   1375 QGSQLGKQQNVGVKLGYRW 1393
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF1的片段和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF1ng)在467、298和259个氨基酸的重叠区内分别显示出有83.5％，88.3％和97.7％的相同性：
orf1.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFXAAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN   60
            |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf1ng      MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQARAGHTYFGINYQYYRDFAEN   60
orf1.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGVQYIVSVAHNGGYN  120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:| |||||||||||||
orf1ng      KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALAGDQYIVSVAHNGGYN  120
orf1.pep    NVDFGAEGXNIXDQXRXTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKXVTDAEPVEMTSY  180
            ||||||||||  || | :|:|||||||||||:||||||||||||||| ||||||||||||
orf1ng      NVDFGAEGSN-PDQHRFSYQIVKRNNYKAGTNGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSY  179
orf1.pep    MDGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIAS-----------------  223
            ||| || | |:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng      MDGWKYADLNKYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSG  239
orf1.pep    ---------------------------- GSPMFIYDAQKQKWLIN 255
                                        ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng      GGTVNLGSEKIKHSPY GFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLIN GVLQTGNPYIGKSNG  289
orf1.pep VRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRT  315
Figure A20051011339503882
 201  GGCGAAAGAT ATTGAGGTTT ACAACAAAAA AGGGGAGTTG GTCGGCAAAT
 251  CGATGACGAA AGCCCCGATG ATTGATTTTT CTGTGGTATC GCGTAACGGC
 301  GTGGCGGCAT TGGCGGGCGA TCAATATATT GTGAGCGTGG CACATAACGG
 351  CGGCTATAAC AATGTTGATT TTGGTGCGGA GGGAAGCAAT CCCGATCAGC
 401  ACCGCTTTTC TTACCAAATT GTGAAAAGAA ATAATTATAA AGCAGGGACT
 451  AACGGCCATC CTTATGGCGG CGATTATCAT ATGCCGCGTT TGCACAAATT
 501  TGTCACAGAT GCAGAACCTG TTGAGATGAC CAGTTATATG GATGGGTGGA
 551  AATACGCTGA TTTAAATAAA TACCCTGATC GTGTTCGAAT CGGAGCAGGC
 601  AGACAATATT GGCGGTCTGA TGAAGACGAA CCCAATAACC GCGAAAGTTC
 651  ATATCATATT GCAAGCGCAT ATTCTTGGCT CGTCGGTGGC AATACCTTTG
 701  CACAAAATGG ATCAGGTGGT GGCACAGTCA ACTTAGGTAG CGAAAAAATT
 751  AAACATAGCC CATATGGTTT TTTACCAACA GGAGGCTCAT TTGGCGACAG
 801  TGGCTCACCA ATGTTTATCT ATGATGCCCA AAAGCAAAAG TGGTTAATTA
 851  ATGGGGTATT GCAAACAGGC AACCCCTATA TAGGAAAAAG CAATGGCTTC
 901  CAGCTAGTTC GTAAAGATTG GTTCTATGAT GAAATCTTTG CTGGAGATAC
 951  CCATTCAGTA TTCTACGAAC CACATCAAAA TGGGAAATAC TTTTTTAACG
1001  ACAATAATAA TGGCGCAGGA AAAATCGATG CCAAACATAA ACACTATTCT
1051  CTACCTTATA GATTAAAAAC ACGAACCGTT CAATTGTTTA ATGTTTCTTT
1101  ATCCGAGACA GCAAGAGAAC CTGTTTATCA TGCTGCAGGT GGGGTCAACA
1151  GTTATCGACC CAGACTGAAT AATGGAGAAA ATATTTCCTT TATTGACAAA
1201  GGAAAAGGTG AATTGATACT TACCAGCAAC ATCAACCAAG GCGCGGGCGG
1251  TTTGTATTTT GAGGGTAATT TTACGGTCTC GCCTAAAAAC AACGAAACGT
1301  GGCAAGGCGC GGGCGTTCAT ATCAGTGATG GCAGTACCGT TACTTGGAAA
1351  GTAAACGGCG TGGCAAACGA CCGCCTGTCC AAAATCGGCA AAGGCACGCT
1401  GCTGGTTCAA GCCAAAGGGG AAAACCAAGG CTCGGTCAGC GTGGGCGACG
1451  GTAAAGTCAT CTTAGATCAG CAGGCGGACG ATCAAGGCAA AAAACAAGCC
1501  TTTAGTGAAA TCGGCTTGGT CAGCGGCAGG GGGACGGTGC AACTGAATGC
1551  CGATAATCAG TTCAACCCCG ACAAACTCTA TTTCGGCTTT CGCGGCGGAC
1601  GTTTGGATTT GAACGGGCAT TCGCTTTCGT TCCACCGCAT TCAAAATACC
1651  GATGAAGGGG CGATGATTGT CAACCACAAT CAAGACAAAG AATCCACCGT
1701  TACCATTACA GGCAATAAAG ATATTACTAC AACCGGCAAT AACAACAACT
1751  TGGATAGCAA AAAAGAAATT GCCTACAACG GTTGGTTTGG CGAGAAAGAT
1801  GCAACCAAAA CGAACGGGCG GCTCAATCTG AATTACCAAC CGGAAGAAGC
1851  GGATCGCACT TTACTGCTTT CCGGCGGAAC AAATTTAAAC GGCAATATCA
1901  CGCAAACAAA CGGCAAACTG TTTTTCAGCG GCAGACCGAC ACCGCACGCC
1951  TACAATCATT TAGGAAGCGG GTGGTCAAAA ATGGAAGGTA TCCCACAAGG
2001  AGAAATCGTG TGGGACAACG ATTGGATCGA CCGCACATTT AAAGCGGAAA
2051  ACTTCCATAT TCAGGGCGGA CAAGCGGTGG TTTCCCGCAA TGTTGCCAAA
2101  GTGGAAGGCG ATTGGCATTT AAGCAATCAC GCCCAAGCAG TTTTCGGTGT
2151  CGCACCGCAT CAAAGCCACA CAATCTGTAC ACGTTCGGAC TGGACGGGTC
2201  TGACAAGTTG TACCGAAAAA ACCATTACCG ACGATAAAGT GATTGCTTCA
2251  TTGAGCAAGA CCGACATCAG AGGCAATGTC AGCCTTGCCG ATCACGCTCA
2301  TTTAAATCTC ACAGGACTTG CCACACTCAA CGGCAATCTT AGTGCAGGCG
2351  GAGACACGCA CTATACGGTT ACGCGCAACG CCACCCAAAA CGGCAACCTC
2401  AGCCTCGTGG GCAATGCCCA AGCAACATTT AATCAAGCCA CATTAAACGG
2451  CAACACATCG GCTTCGGACA ATGCTTCATT TAATCTAAGC AACAACGCCG
2501  TACAAAACGG CAGTCTGACG CTTTCCGACA ACGCTAAGGC AAACGTAAGC
2551  CATTCCGCAC TCAACGGCAA TGTCTCCCTA GCCGATAAGG CAGTATTCCA
2601  TTTTGAAAAC AGCCGCTTTA CCGGAAAAAT CAGCGGCGGC AAGGATACGG
2651  CATTACACTT AAAAGACAGC GAATGGACGC TGCCGTCGGG CACGGAATTA
2701  GGCAATTTAA ACCTTGACAA CGCCACCATT ACACTCAATT CCGCCTATCG
2751  ACACGATGCG GCAGGCGCGC AAACCGGCAG TGCGGCAGAT GCGCCGCGCC
2801  GCCGTTCGCG CCGTTCCCTA TTATCCGTTA CGCCGCCAAC TTCGGCAGAA
2851  TCCCGTTTCA ACACGCTGAC GGTAAACGGC AAATTGAACG GTCAGGGAAC
2901  ATTCCGCTTT ATGTCGGAAC TCTTCGGCTA CCGCAGCGGC AAATTGAAGC
2951  TGGCGGAAAG TTCCGAAGGC ACTTACACCT TGGCTGTCAA CAATACCGGC
3001  AACGAACCCG TAAGTCTCGA GCAATTGACG GTAGTGGAAG GAAAAGACAA
3051  CACACCGCTG TCCGAAAATC TTAATTTCAC CCTGCaaaAc gaacacgtcg
3101  atgccggcgc atggCGTTAT CAGCTTATCC gcaaagacgG CGAGTTCCgc
3151  CTGCATAATC CGGTCAAAGA ACAAGAGCTT TCCGACAAAC TCGGCAAGgc
3201  gggagaaACA GAggccgccT TGACGGCAAA ACAGGCacaA CTTGCCGCCA
3251  AAcaacaggc ggaaaAAGAC AACgcgcaaa gccttgAcgc gctgattgcg
3301  gCcgggcgca atgccaccga AAAGGCAgaa agtgttgccg aaccgGCCCG
3351  GCAGGCAGGC GGGGAAAAtg ccgGCATTAT GCAGGCGGAG GAAGAGAAAA
3401  AACGGGTGCA GGCGGATAAA GACACCGCCT TGGCGAAACA GCGCGAAGCG
3451  GAAACCCGGC CGGCTACCAC CGCCTTCCCC CGCGCCCGCC GCGCCCGCCG
3501  GGATTTGCCG CAACCGCAGC CCCAACCGCA ACCCCAACCG CAGCGCGACC
3551  TGATCAGCCG TTATGCCAAT AGCGGTTTGA GTGAATTTTC CGCCACGCTC
3601  AACAGCGTTT TCGCCGTACA GGACGAATTG GACCGCGTGT TTGCCGAAGA
3651  CCGCCGCAAC GCCGTTTGGA CAAGCGGCAT CCGGGACACC AAACACTACC
3701  GTTCGCAAGA TTTCCGCGCC TACCGCCAAC AAACCGACCT GCGCCAAATC
3751  GGTATGCAGA AAAACCTCGG CAGCGGGCGC GTCGGCATCC TGTTTTCGCA
3801  CAACCGGACC GGAAACACCT TCGACGACGG CATCGGCAAC TCGGCACGGC
3851  TTGCCCACGG TGCCGTTTTC GGGCAATACG GCATCGGCAG GTTCGACATC
3901  GGCATCAGCG CGGGCGCGGG TTTTAGTAGC GGCAGCCTTT CAGACGGCAT
3951  CAGAGGCAAA ATCCGCCGCC GCGTGCTGCA TTACGGCATT CAGGCAAGAT
4001  ACCGCGCAGG TTTCGGCGGA TTCGGCATCG AACCGCACAT CGGCGCAACG
4051  CGCTATTTCG TCCAAAAAGC GGATTACCGA TACGAAAACG TCAATATCGC
4101  CACCCCGGGC CTTGCATTCA ACCGCTACCG CGCGGGCATT AAGGCAGATT
4151  ATTCATTCAA ACCGGCGCAA CACATTTCCA TCACGCCTTA TTTGAGCCTG
4201  TCCTATACCG ATGCCGCTTC CGGCAAAGTC CGAACGCGCG TCAATACCGC
4251  CGTATTGGCG CAGGATTTCG GCAAAACCCG CAGTGCGGAA TGGGGCGTAA
4301  ACGCCGAAAT CAAAGGTTTC ACGCTGTCCC TCCACGCTGC CGCCGCCAAG
4351  GGGCCGCAAT TGGAAGCGCA GCACAGCGCG GGCATCAAAT TAGGCTACCG
4401  CTGGTAA
预计它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 654>：
   1  MKTTDKRTTE THRKAPKTGR IRFSPAYLAI CLSFGILPQA RAGHTYFGIN
  51  YQYYRDFAEN KGKFAVGAKD IEVYNKKGEL VGKSMTKAPM IDFSVVSRNG
 101  VAALAGDQYI VSVAHNGGYN NVDFGAEGSN PDQHRFSYQI VKRNNYKAGT
 151  NGHPYGGDYH MPRLHKFVTD AEPVEMTSYM DGWKYADLNK YPDRVRIGAG
 201  RQYWRSDEDE PNNRESSYHI ASAYSWLVGG NTFAQNGSGG GTVNLGSEKI
 251  KHSPY GFLPT GGSFGDSGSP MFIYDAQKQK WLIN
Figure A20051011339503901
 301 VRKDWFYD EIFAGDTHSV FYEPHQNGKY FFNDNNNGAG KIDAKHKHYS
 351  LPYRLKTRTV QLFNVSLSET AREPVYHAAG GVNSYRPRLN NGENISFIDK
 401  GKGELILTSN INQGAGGLYF EGNFTVSPKN NETWQGAGVH ISDGSTVTWK
 451  VNGVANDRLS KIGKGTLLVQ AKGENQGSVS VGDGKVILDQ QADDQGKKQA
 501  FSEIGLVSGR GTVQLNADNQ FNPDKLYFGF RGGRLDLNGH SLSFHRIQNT
 551  DEGAMIVNHN QDKESTVTIT GNKDITTTGN NNNLDSKKEI AYNGWFGEKD
 601  ATKTNGGLNL NYPPEEADRT LLLSGGTNLN GNITQTNGKL FFSGRPTPHA
 651  YNHLGSGWSK MEGIPQGEIV WDNDWIDRTF KAENFHIQGG QAVVSRNVAK
 701  VEGDWHLSNH AQAVFGVAPH QSHTICTRSD WTGLTSCTEK TITDDKVIAS
 751  LSKTDVRGNV SLADHAHLNL TGLATFNGNL VQAETRTIRL RANATQNGNL
 801  SLVGNAQATF NQATLNGNTS ASDNASFNLS NNAVQNGSLT LSDNAKANVS
 851  HSALNGNVSL ADKAVFHFEN SRFTGKISGG KDTALHLKDS EWTLPSGTEL
 901  GNLNLDNATI TLNSAYRHDA AGAQTGSAAD APRRRSRRSL LSVTPPTSAE
 951  SRFNTLTVNG KLNGQGTFRF MSELFGYRSG KLKLAESSEG TYTLAVNNTG
1001  NEPVSLEQLT VVEGKDNTPL SENLNFTLQN EHVDAGAWRY QLIRKDGEFR
1051  LHNPVKEQEL SDKLGKAGET EAALTAKQAQ LAAKQQAEKD NAQSLDALIA
1101  AGRNATEKAE SVAEPARQAG GENAGIMQAE EEKKRVQADK DTALAKQREA
1151  ETRPATTAFP RARRARRDLP QPQPQPQPQP QRDLISRYAN SGLSEFSATL
1201  NSVFAVQDEL DRVFAEDRRN AVWTSGIRDT KHYRSQDFRA YRQQTDLRQI
1251  GMQKNLGSGR VGILFSHNRT GNTFDDGIGN SARLAHGAVF GQYGIGRFDI
1301  GISAGAGFSS GSLSDGIRGK IRRRVLHYGI QARYRAGFGG FGIEPHIGAT
1351  RYFVQKADYR YENVNIATPG LAFNRYRAGI KADYSFKPAQ HISITPYLSL
1401  SYTDAASGKV RTRVNTAVLA QDFGKTRSAE WGVNAEIKGF TLSLHAAAAK
1451  GPQLEAQHSA GIKLGYRW*
有下划线和双划线的序列代表丝氨酸蛋白酶(胰蛋白酶家族)的活性位点以及ATP/GTP-结合位点基序A(P-环)。
ORF1-1和ORF1ng在1471个氨基酸的重叠区内显示出有93.7％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf1-1.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQAWAGHTYFGINYQYYRDFAEN
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
orf1ng-1      MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQARAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf1-1.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVGDQYIVSVAHNGGYN
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||
orf1ng-1      KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALAGDQYIVSVAHNGGYN
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf1-1.pep    NVDFGAEGRNPDQHRFTYKIVKRNNYKAGTKGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
              |||||||| |||||||:|:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      NVDFGAEGSNPDQHRFSYQIVKRNNYKAGTNGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf1-1.pep    DGRKYIDQNNYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
              || || | |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      DGWKYADLNKYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf1-1.pep    GTVNLGSEKIKHSPYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      GTVNLGSEKIKHSPYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGF
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf1-1.pep    QLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPRQNGKYSFNDDNNGTGKINAKHEHNSLPNRLKTRTV
              ||||||||||||||||||||||||:||||| |||:|||:|||:|||:| ||| |||||||
orf1ng-1      QLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPHQNGKYFFNDNNNGAGKIDAKHKHYSLPYRLKTRTV
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf1-1.pep    QLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDEGKGELILTSNINQGAGGLYF
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf1ng-1      QLFNVSLSETAREPVYHAAGGVNSYRPRLNNGENISFIDKGKGELILTSNINQGAGGLYF
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf1-1.pep    QGDFTVSPENNETWQGAGVHISEDSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLHVQAKGENQGSIS
              :|:||||||||:||||||||||: ||||||||||||||||||||||| ||||||||||:|
orf1ng-1      EGNFTVSPKNNETWQGAGVHISDGSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLLVQAKGENQGSVS
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520       530       540
orf1-1.pep    VGDGTVILDQQADDKGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNGH
               ||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      VGDGKVILDQQADDQGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNGH
                     490       500       510       520       530       540
                     550       560       570       580       590       600
orf1-1.pep    SLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDIATTGNNNSLDSKKEIAYNGWFGEKD
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||:|||||||||||||||||
orf1ng-1      SLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDITTTGNNNNLDSKKEIAYNGWFGEKD
                     550       560       570       580       590       600
                     610       620       630       640       650       660
orf1-1.pep    TTKTNGRLNLVYQPAAEDRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLNDHWSQ
              :||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:: ||:
orf 1ng-1     ATKTNGRLNLNYQPEEADRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSGWSK
                     610       620       630       640       650       660
                     670       680       690       700       710       720
orf1-1.pep    KEGIPRGEIVWDNDWINRTFKAENFQIKGGQAVVSRNVAKVKGDWHLSNHAQAVFGVAPH
              |||||:||||||||||:||||||||:|:|||||||||||||:||||||||||||||||||
orf1ng-1      MEGIPQGEIVWDNDWIDRTFKAENFHIQGGQAVVSRNVAKVEGDWHLSNHAQAVFGVAPH
                     670       680       690       700       710       720
                     730       740       750       760       770       780
orf1-1.pep    QSHTICTRSDWTGLTNCVEKTITDDKVIASLTKTDISGNVDLADHAHLNLTGLATLNGNL
              |||||||||||||||:|:|||||||||||||:|||| |||:|||||||||||||||||||
orf1ng-1      QSHTICTRSDWTGLTSCTEKTITDDKVIASLSKTDIRGNVSLADHAHLNLTGLATLNGNL
                     730       740       750       760       770       780
                     790       800       810       820       830       840
orf1-1.pep    SANGDTRYTVSHNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASGNASFNLSDHAVQNGSLT
              ||:|||:|||::|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||::||||||||
orf1ng-1      SAGGDTHYTVTRNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASDNASFNLSNNAVQNGSLT
                     790       800       810       820       830       840
                     850       860       870       880       890       900
orf1-1.pep    LSGNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFESSRFTGQISGGKDTALHLKDSEWTLPSGTEL
              || ||||||||||||||||||||||||||:|||||:||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      LSDNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGKISGGKDTALHLKDSEWTLPSGTEL
                     850       860       870       880       890       900
                     910       920       930       940       950       960
orf1-1.pep    GNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSATDAPRRRSRRSRRSLLSVTPPTSVESRFNTLT
              ||||||||||||||||||||||||||||:||||||||   |||||||||||:||||||||
orf1ng-1      GNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSAADAPRRRSR---RSLLSVTPPTSAESRFNTLT
                     910       920       930          940       950
                     970       980       990      1000      1010      1020
orf1-1.pep    VNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSDKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPASLEQLTVVEGKDN
              |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf1ng-1      VNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSGKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLEQLTVVEGKDN
              960       970       980       990      1000      1010
                    1030      1040      1050      1060      1070
orf1-1.pep    KPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKA----------
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      TPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAGETEAALTAK
             1020      1030      1040      1050      1060      1070
                        1080      1090      1100      1110      1120
orf1-1.pep    ----EAKKQAEKDNAQSLDALIAAGRDAVEKTESVAEPARQAGGENVGIMQAEEEKKRVQ
                   ||:||||||||||||||||||:|:||:||||||||||||||:|||||||||||||
orf1ng-1      QAQLAAKQQAEKDNAQSLDALIAAGRNATEKAESVAEPARQAGGENAGIMQAEEEKKRVQ
             1080      1090      1100      1110      1120      1130
              1130      1140      1150      1160      1170      1180
orf1-1.pep    ADKDTALAKQREAETRPATTAFPRARRARRDLPQLQPQPQPQPQRDLISRYANSGLSEFS
              |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1      ADKDTALAKQREAETRPATTAFPRARRARRDLPQPQPQPQPQPQRDLISRYANSGLSEFS
             1140      1150      1160      1170      1180      1190
              1190      1200      1210      1220      1230      1240
orf1-1.pep    ATLNSVFAVQDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 orf1ng-1    ATLNSVFAVQDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQTDLRQIGMQKNLG
            1200      1210      1220      1230      1240      1250
             1250      1260      1270      1280      1290      1300
orf1-1.pep   SGRVGILFSHNRTENTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIDRFYIGISAGAGFSSGSLSDGI
             ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
orf1ng-1     SGRVGILFSHNRTGNTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISAGAGFSSGSLSDGI
            1260      1270      1280      1290      1300      1310
             1310      1320      1330      1340      1350      1360
orf1-1.pep   GGKIRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYR
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1     RGKIRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGLAFNRYR
            1320      1330      1340      1350      1360      1370
             1370      1380      1390      1400      1410      1420
orf1-1.pep   AGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEI
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf1ng-1     AGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEWGVNAEI
            1380      1390      1400      1410      1420      1430
             1430      1440      1450
orf1-1.pep   KGFTLSLHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
             ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf 1ng-1    KGFTLSLHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
            1440      1450      1460
另外，ORF1ng和hap蛋白(P45387)在1455个氨基酸的重叠区内显示出有55.7％的相同性：
SCORES Initl：1104 Initn：4632 Opt：2680
Smith-Waterman评分：5165；在1455个氨基酸的重叠区内有55.7％的相同性
                        10        20        30        40        50        60
orf1ng-1.pep    MKTTDKRTTETHRKAPKTGRIRFSPAYLAICLSFGILPQARAGHTYFGINYQYYRDFAEN
                                      |   :|: |:|:||: || ||||||||:||||||||||
p45387                           MKKTVFRLNFLTACISLGIVSQAWAGHTYFGIDYQYYRDFAEN
                                         10        20        30        40
                        70        80        90       100       110       120
orf1ng-1.pep    KGKFAVGAKDIEVYNKKGELVGKSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALAGDQYIVSVAHNGGYN
                ||||:|||::|:||||:|:||| ||| |||||||||||||||||: :||||||||| ||:
p45387          KGKFTVGAQNIKVYNKQGQLVGTSMTKAPMIDFSVVSRNGVAALVENQYIVSVAHNVGYT
                     50        60        70        80        90       100
                       130       140       150       160       170       180
orf1ng-1.pep    NVDFGAEGSNPDQHRFSYQIVKRNNYKAGTNGHPYGGDYHMPRLHKFVTDAEPVEMTSYM
                :|||||||:|||||||:|:||||||||  | ||||  ||| ||||||||:| |::||| |
p45387          DVDFGAEGNNPDQHRFTYKIVKRNNYKKD-NLHPYEDDYHNPRLHKFVTEAAPIDMTSNM
                    110        120       130       140       150       160
                       190       200       210       220       230       240
orf1ng-1.pep    DGWKYADLNKYPDRVRIGAGRQYWRSDEDEPNNRESSYHIASAYSWLVGGNTFAQNGSGG
                :|  |:| :|||:|||||:|||:||:|:|: :      ::|:|| :|::|||  | |:|:
p45387          NGSTYSDRTKYPERVRIGSGRQFWRNDQDKGD------QVAGAYHYLTAGNTHNQRGAGN
                     170       180       190             200       210
                       250       260       270       280       290       300
orf1ng-1.pep    GTVNLGSEKIKHSPYGFLPTGGSFGDSGSPMFIYDAQKQKWLINGVLQTGNPYIGKSNGF
              |   ||:: | : || || :|| ||||||||||||:||||||||:|:||||: || |||
p45387        GYSYLGGDVRKAGEYGPLPIAGSKGDSGSPMFIYDAEKQKWLINGILREGNPFEGKENGF
               220       230       240       250       260       270
                     310       320       330       340       350       360
orf1ng-1.pep  QLVRKDWFYDEIFAGDTHSVFYEPHQNGKYFFNDNNNGAGKIDAKHKHYSLPYRLKTRTV
              |||||::| ||||  | |: :|    || | :: |:|| |:|  |    ::| ::|   :
p45387        QLVRKSYF-DEIFERDLHTSLYTRAGNGVYTISGNDNGQGSITQKS---GIPSEIK---I
               280        290       300       310       320
                     370       380       390       400       410       419
orf1ng-1.pep  QLFNVSLSETAREPVYHAA-GGVNSYRPRLNNGENISFIDKGKGELILTSNINQGAGGLY
               | |:||    :: |::    | | | |||||||:: |:|: :| ||::|:|||||||||
p45387        TLANMSLPLKEKDKVHNPRYDGPNIYSPRLNNGETLYFMDQKQGSLIFASDINQGAGGLY
            330       340       350       360       370       380
            420       430       440       450       460       470      479
orf1ng-1.pep  FEGNFTVSPKNNETWQGAGVHISDGSTVTWKVNGVANDRLSKIGKGTLLVQAKGENQGSV
              |||||||||::|:||||||:|:|::|||||||||| :||||||||||| |||||||:||:
p45387        FEGNFTVSPNSNQTWQGAGIHVSENSTVTWKVNGVEHDRLSKIGKGTLHVQAKGENKGSI
            390       400       410       420       430       440
            480       490       500       510       520       530      539
orf1ng-1.pep  SVGDGKVILDQQADDQGKKQAFSEIGLVSGRGTVQLNADNQFNPDKLYFGFRGGRLDLNG
              |||||||||:|||||||:||||||||||||||||||| |:||: ||:|||||||||||||
p45387        SVGDGKVILEQQADDQGNKQAFSEIGLVSGRGTVQLNDDKQFDTDKFYFGFRGGRLDLNG
            450       460       470       480       490       500
            540       550       560       570        580        590
orf1ng-1.pep  HSLSFHRIQNTDEGAMIVNHNQDKESTVTITGNKDITT-TGNN-NNLDSKKEIAYNGWFG
              |||:|:|||||||||||||||  : ::||||||::|:  :||| |:|| :||||||||||
p45387        HSLTFKRIQNTDEGAMIVNHNTTQAANVTITGNESIVLPNGNNINKLDYRKEIAYNGWFG
            510       520       530       540       550       560
              600       610       620       630       640       650
orf1ng-1.pep  EKDATKTNGRLNLNYQPEEADRTLLLSGGTNLNGNITQTNGKLFFSGRPTPHAYNHLGSG
              | | :| |||||| |:|   ||||||||||||:|:||||:|||||||||||||||||::
p45387        ETDKNKHNGRLNLIYKPTTEDRTLLLSGGTNLKGDITQTKGKLFFSGRPTPHAYNHLNKR
            570       580       590       600       610       620
              660       670       680       690       700       710
orf1ng-1.pep  WSKMEGIPQGEIVWDNDWIDRTFKAENFHIQGGQAVVSRNVAKVEGDWHLSNHAQAVFGV
              ||:||||||||||||:|||:||||||||:|:||:|||||||:::||:| :||:|:|:|||
p45387        WSEMEGIPQGEIVWDHDWINRTFKAENFQIKGGSAVVSRNVSSIEGNWTVSNNANATFGV
            630       640       650       660       670       680
              720       730       740       750       760       770
orf1ng-1.pep  APHQSHTICTRSDWTGLTSCTEKTITDDKVIASLSKTDIRGNVSLADHAHLNLTGLATLN
              :|:|::||||||||||||:| :  :|| ||| |: ||:| |:::|:|:|  |: ||| ||
p45387        VPNQQNTICTRSDWTGLTTCQKVDLTDTKVINSIPKTQINGSINLTDNATANVKGLAKLN
            690       700       710       720       730       740
              780       790       800       810       820       830
orf1ng-1.pep  GNLSAGGDTHYTVTRNATQNGNLSLVGNAQATFNQATLNGNTSASDNASFNLSNNAVQNG
              ||::                                        :::::|:|||||:| |
p45387        GNVTL---------------------------------------TNHSQFTLSNNATQIG
            750                                              760       770
              840       850       860       870       880       890
orf1ng-1.pep  SLTLSDNAKANVSHSALNGNVSLADKAVFHFENSRFTGKISGGKDTALHLKDSEWTLPSG
              :: ||||: |:|::: ||||| |:|:| | ::||:|: :|:| | |:: |::: ||:||
p45387        NIRLSDNSTATVDNANLNGNVHLTDSAQFSLKNSHFSHQIQGDKGTTVTLENATWTMPSD
                     780       790       800       810       820       830
              900       910       920       930       940       950
orf1ng-1.pep  TELGNLNLDNATITLNSAYRHDAAGAQTGSAADAPRRRSRRSLLSVTPPTSAESRFNTLT
              | | ||:|:|:||||||||        ::|: ::|||||   | : | ||||| ||||||
p45387        TTLQNLTLNNSTITLNSAY--------SASSNNTPRRRS---LETETTPTSAEHRFNTLT
                     840               850       860          870
              960       970       980       990      1000      1010
orf1ng-1.pep  VNGKLNGQGTFRFMSELFGYRSGKLKLAESSEGTYTLAVNNTGNEPVSLEQLTVVEGKDN
              |||||:|||||:| | ||||:| ||||::::|| | |:| |||:|| :|||||:||:|||
p45387        VNGKLSGQGTFQFTSSLFGYKSDKLKLSNDAEGDYILSVRNTGKEPETLEQLTLVESKDN
            880       890       900       910       920       930
             1020      1030      1040      1050      1060      1070
orf1ng-1.pep  TPLSENLNFTLQNEHVDAGAWRYQLIRKDGEFRLHNPVKEQELSDKLGKAGETEAALTAK
               |||::|:|||:|:|||||| ||:|:::|||||||||:||||| : | :| ::| :| ||
p45387        QPLSDKLKFTLENDHVDAGALRYKLVKNDGEFRLHNPIKEQELHNDLVRAEQAERTLEAK
            940       950       960       970       980       990
             1080      1090      1100       1110      1120      1130
orf1ng-1.pep  QAQLAAKQQAEKDNAQSLDALIAAGRNAT-EKAESVAEPARQAGGENAGIMQAEEEKKRV
              |:: :|| |: : :::|  |  ||  ::  :::   |  |:||   :|  :::: : |:|
p45387        QVEPTAKTQTGEPKVRSRRAARAAFPDTLPDQSLLNALEAKQAE-LTAETQKSKAKTKKV
           1000      1010      1020      1030      1040       1050
              1140         1150      1160       1170      1180      1190
orf1ng-1.pep  QADK---DTALAKQREAETRPATTAFPRARRARRD-LPQPQPQPQPQPQRDLISRYANSG
              :: :   :  |  |     : |  ::   :::::| | | : : | : |:||||||:||:
p45387        RSKRAVFSDPLLDQSLFALEAALEVIDAPQQSEKDRLAQEEAEKQ-RKQKDLISRYSNSA
            1060      1070      1080      1090      1100      1110
                  1200      1210      1220      1230      1240       1250
orf1ng-1.pep  LSEFSATLNSVFAVQDELDRVFAEDRRNAVWTSGIRDTKHYRSQDFRAYRQQ-TDLRQIG
              |||:|||:||:::|||||||:|::: ::||||:  :| ::| |: ||||:|| |:|||||
p45387        LSELSATVNSMLSVQDELDRLFVDQAQSAVWTNIAQDKRRYDSDAFRAYQQQKTNLRQIG
             1120      1130      1140      1150      1160      1170
                   1260      1270      1280      1290      1300      1310
orf1ng-1.pep  MQKNLGSGRVGILFSHNRTGNTFDDGIGNSARLAHGAVFGQYGIGRFDIGISAGAGFSSG
              :|| |::||:| :|||:|: ||||: : | | |:  : |:||  | :::|:::|:|:|::
p45387        VQKALANGRIGAVFSHSRSDNTFDEQVKNHATLTMMSGFAQYQWGDLQFGVNVGTGISAS
             1180      1190      1200      1210      1220      1230
                   1320      1330      1340      1350      1360      1370
orf1ng-1.pep  SLSDGIRGKIRRRVLHYGIQARYRAGFGGFGIEPHIGATRYFVQKADYRYENVNIATPGL
              ::::    ||:|::::||::| |:  :| :||:|::|::|||::: :|: |:| : ||:|
p45387        KMAEEQSRKIHRKAINYGVNASYQFRLGQLGIQPYFGVNRYFIERENYQSEEVRVKTPSL
            1240      1250      1260      1270      1280      1290
                   1380      1390      1400      1410      1420      1430
orf1ng-1.pep  AFNRYRAGIKADYSFKPAQHISITPYLSLSYTDAASGKVRTRVNTAVLAQDFGKTRSAEW
              ||||| |||::||:| |:::||: ||: ::|:|:::::|:| || :|| | ||:  : |
p45387        AFNRYNAGIRVDYTFTPTDNISVKPYFFVNYVDVSNANVQTTVNLTVLQQPFGRYWQKEV
             1300      1310      1320      1330      1340      1350
                   1440      1450      1460     1469
orf1ng-1.pep  GVNAEIKGFTLSLHAAAAKGPQLEAQHSAGIKLGYRWX
              |::|||  | :|   : ::| ||  |:::|:||||||
p45387        GLKAEILHFQISAFISKSQGSQLGKQQNVGVKLGYRW
         1360      1370      1380      1390
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例78
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 655>：
  1  ..AAGGTGTGGC AATTTGTCGA AGA.CCGCTG CGTGCCGTCG TGCCTGCCGA
 51    CAGTTTTGAA CCGACCGCGC AAAAATTGAA CCTGTTTAAG GCGGGTGCGG
101    CAACCATTTT GTTTTATGAA GATCAAAATG TCGTCAAAGG TTTGCAGGAG
151    CAGTTCCCTG CTTATGCCGC TAACTTCCCC GTTTGGGCGg ATCAGGCAAA
201    CGCGATGGTG CAGTATGCCG TTTGGACGAC ACTTGCCGCG GTCGGCGTAG
251    GTGCAAACCT GCAACATTAC AATCCCTTGC CCGATGCGGC GATTGCCAAA
301    GCGTGGAATA TCCCCGAAAA CTGGTTGTTG CGCGCACAAA TGGTTATCGG
351    CGGTATTGAA GGGGCGGCAG GTGAAAAGAC CTTTGAACCC GTTGCAGAAC
401    GTTTGAAAGT GTTCGGCGCA TAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 656；ORF6>：
  1  ..KVWQFVEXPL RAVVPADSFE PTAQKLNLFK AGAATILFYE DQNVVKGLQE
 51    QFPAYAANFP VWADQANAMV QYAVWTTLAA VGVGANLQHY NPLPDAAIAK
101    AWNIPENWLL RAQMVIGGIE GAAGEKTFEP VAERLKVFGA *
进一步的序列分析进一步揭示了部分DNA序列<SEQ ID 657>：
  1  ..CTGCGTGCCG TCGTGCCTGC CGACAGTTTT GAACCGACCG CGCAAAAATT
 51    GAACCTGTTT AAGGCGGGTG CGGCAACCAT TTTGTTTTAT GAAGATCAAA
101    ATGTCGTCAA AGGTTTGCAG GAGCAGTTCC CTGCTTATGC CGCTAACTTC
151    CCCGTTTGGG CGGATCAGGC AAACGCGATG GTGCAGTATG CCGTTTGGAC
201    GACACTTGCC GCGGTCGGCG TAGGTGCAAA CCTGCAACAT TACAATCCCT
251    TGCCCGATGC GGCGATTGCC AAAGCGTGGA ATATCCCCGA AAACTGGTTG
301    TTGCGCGCAC AAATGGTTAT CGGCGGTATT GAAGGGGCGG CAGGTGAAAA
351    GACCTTTGAA CCCGTTGCAG AACGTTTGAA AGTGTTCGGC GCATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 658；ORF6-1>：
  1  ..LRAVVPADSF EPTAQKLNLF KAGAATILFY EDQNVVKGLQ EQFPAYAANF
 51    PVWADQANAM VQYAVWTTLA AVGVGANLQH YNPLPDAAIA KAWNIPENWL
101    LRAQMVIGGI EGAAGEKTFE PVAERLKVFG A*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF6和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF6a)在140个氨基酸的重叠区内显示出有98.6％的相同性：
                                                  10        20        30
orf6.pep                                  KVWQFVEXPLRAVVPADSFEPTAQKLNLFK
                                          |||||||  |||||||||||||||||||||
orf6a       QIVEHAVLHTPSSFNSQSARVVVLFGEEHDKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLNLFK
                   40        50        60        70        80        90
                    40        50        60        70        80        90
orf6.pep    AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHY
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf6a       AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHY
                  100       110       120       130       140       150
                   100       110       120       130       140
orf6.pep    NPLPDAAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf6a   NPLPDAAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
              160       170       180       190       200
全长ORF6a核苷酸序列<SEQ ID 659>是：
  1  ATGACCCGTC AATCTCTGCA ACAGGCTGCC GAAAGCCGCC GTTCCATTTA
 51  TTCGTTAAAT AAAAATCTGC CCGTCGGCAA AGATGAAATC GTCCAAATCG
101  TCGAACACGC CGTTTTGCAC ACACCTTCTT CGTTCAATTC CCAATCTGCC
151  CGTGTGGTCG TGCTGTTTGG CGAAGAGCAT GATAAGGTGT GGCAATTTGT
201  CGAAGACGCG CTGCGTGCCG TCGTGCCTGC CGACAGTTTT GAACCGACCG
251  CGCAAAAATT GAACCTGTTT AAGGCGGGTG CGGCAACTAT TTTGTTTTAT
301  GAAGATCAAA ATGTCGTCAA AGGTTTGCAG GAGCAGTTCC CTGCTTATGC
351  CGCCAACTTT CCCGTTTGGG CGGACCAGGC GAACGCGATG GTGCAGTATG
401  CCGTTTGGAC GACACTTGCC GCGGTCGGCG TAGGTGCAAA CCTGCAACAT
451  TACAATCCCT TGCCCGATGC GGCGATTGCC AAAGCGTGGA ATATCCCCGA
501  AAACTGGTTG TTGCGCGCAC AAATGGTTAT CGGCGGTATT GAAGGGGCGG
551  CAGGTGAAAA GACCTTTGAA CCAGTTGCAG AACGTTTGAA AGTGTTCGGC
601  GCATAA
预计它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 660>：
  1  MTRQSLQQAA ESRRSIYSLN KNLPVGKDEI VQIVEHAVLH TPSSFNSQSA
 51  RVVVLFGEEH DKVWQFVEDA LRAVVPADSF EPTAQKLNLF KAGAATILFY
101  EDQNVVKGLQ EQFPAYAANF PVWADQANAM VQYAVWTTLA AVGVGANLQH
151  YNPLPDAAIA KAWNIPENWL LRAQMVIGGI EGAAGEKTFE PVAERLKVFG
201  A*
ORF6a和ORF6-1在131个氨基酸的重叠区内显示出有100.0％的相同性：
                     50        60        70        80        90       100
orf6a.pep    TPSSFNSQSARVVVLFGEEHDKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLNLFKAGAATILFY
                                           ||||||||||||||||||||||||||||||
orf6-1                                     LRAVVPADSFEPTAQKLNLFKAGAATILFY
                                                   10        20        30
                    110      120        130       140       150       160
orf6a.pep    EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHYNPLPDAAIA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf6-1       EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHYNPLPDAAIA
                     40        50        60        70        80        90
                    170       180       190       200
orf6a.pep    KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf6-1       KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
                    100       110       120       130
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF6和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF6ng)在140个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：
orf6.pep                                  KVWQFVEXPLRAVVPADSFEPTAQKLNLFK  30
                                          ||||||| |||||||||||||||||:|||
orf6ng      SNVSLDMSNPTVLRMGLPLYIASLRRGAIYKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLKLFK  64
orf6.pep    AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHY  90
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
orf6ng      AGAATILFYEDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGAGANLQHY 124
orf6.pep    NPLPDAAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGA  140
            |||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf6ng      NPLPDVAIAKAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKVFEPVAERLKVFGA  174
鉴定出全长ORF6ng核苷酸序列<SEQ ID 661>：
  1  ATGGCCGTTG CGTCAAATGT CAGCTTGGAT ATGTCCAATC CTACGGTGTT
 51  ACGCATGGGA TTACCCTTAT ATATTGCGTC CCTAAGAAGG GGCGCAATAT
101  ATAAGGTGTG GCAATTTGTC GAAGACGCGC TGCGTGCCGT CGTGCCTGCC
151  GACAGTTTTG AACCGACCGC GCAAAAATTG AAGCTGTTTA AGGCGGGCGC
201  GGCAACCATT TTGTTTTATG AAGATCAAAA TGTCGTCAAA GGTTTGCAGG
251  AGCAGTTCCC TGCTTATGCC GCCAACTTTC CCGTTTGGGC GGACCAGGCG
301  AACGCTATGG TACAGTATGC CGTCTGGACG ACACTTGCCG CGGTCGGTGC
351  AGGTGCAAAT CTGCAACATT ACAACCCCTT GCCCGATGTG GCGATTGCTA
401  AAGCGTGGAA TATTCCCGAA AACTGGCTGT TGCGCGCGCA AATGGTTATC
451  GGTGGTATTG AAGGGGcggc aggtgaaaaa gtctttgaac CCGTTGCgga
501  acgtttgAAA GTGTTCGGCG CATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 662>：
  1  MAVASNVSLD MSNPTVLRMG LPLYIASLRR GAIYKVWQFV EDALRAVVPA
 51  DSFEPTAQKL KLFKAGAATI LFYEDQNVVK GLQEQFPAYA ANFPVWADQA
101  NAMVQYAVWT TLAAVGAGAN LQHYNPLPDV AIAKAWNIPE NWLLRAQMVI
151  GGIEGAAGEK VFEPVAERLK VFGA*
ORF6ng和ORF6-1在131个氨基酸的重叠区内显示出有96.9％的相同性：
                                                  10        20        30
orf6-1.pep                                LRAVVPADSFEPTAQKLNLFKAGAATILFY
                                          |||||||||||||||||:||||||||||||
orf6ng      PTVLRMGLPLYIASLRRGAIYKVWQFVEDALRAVVPADSFEPTAQKLKLFKAGAATILFY
                 20        30        40        50        60        70
                    40        50        60        70        80        90
orf6-1.pep  EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGVGANLQHYNPLPDAAIA
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||:|||
orf6ng      EDQNVVKGLQEQFPAYAANFPVWADQANAMVQYAVWTTLAAVGAGANLQHYNPLPDVAIA
                 80        90       100       110       120       130
                   100       110       120       130
orf6-1.pep  KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKTFEPVAERLKVFGAX
            |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf6ng      KAWNIPENWLLRAQMVIGGIEGAAGEKVFEPVAERLKVFGAX
                140       150       160       170
预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例79
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 663>
  1  ..GGCTACAACT ACCTGTTCGC GCGCGGCAGC CGCATCGCCA ACTACCAAAT
 51    CAACGGCATC CCCGTTGCCG ACGCGCTGGC CGATACGGG
Figure A20051011339503981
CAATGCCAAC
101    ACCGCCGCCT ATGAGCGCGT AGAAGTCGTG CGCGGCGTGG CGGGGCTGCT
151    GGACGGCACG GGCGAGCCTT CCGCCACCGT CAATCTGGTG CGCAAACGCC
201    TGACCCGCAA GCCATTGTTT GAAGTCCGCG CCGAAGCgGG CAACCGcAAA
251    CATTTCGGGC TGGACGCGGA CGTATCGGGC AGCCTGAACA CCGAAG.crC
301    rCTGCGCgGC CGCCTGGTTT CCAcCTTCGG ACGCGGCGAC TCGTGGCGGC
351    GGCGCGAACG CAGCCGskAT GCCGAACTCT ACGGCATTTT GGAATACGAC
401    ATCGCACCGC AAACCCGCGT CCACGCArGC ATGGACTACC AGCAGGCGAA
451    AGAAACCGCC GACGCGCCGC TCAGcTACGC CGTGTACGAC AGCCAAGGTT
501    ATGCCACCGC CTTCGGCCCG AAAGACAACC CCGCCACAAA TTGGGCGAAC
551    AGCCACCACC GTGCGCTCAA CCTGTTCGCC GGCATCGAAC ACCGCTTCAA
601    CCAAGACTGG AAACTCAAAG CCGAATACGA CTAC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 664；ORF23>：
  1  ..GYNYLFARGS RIANYQINGI PVADALADTG NANTAAYERV EVVRGVAGLL
 51    DGTGEPSATV NLVRKRLTRK PLFEVRAEAG NRKHFGLDAD VSGSLNTEXX
101    LRGRLVSTFG RGDSWRRRER SRXAELYGIL EYDIAPQTRV HAXMDYQQAK
151    ETADAPLSYA VYDSQGYATA FGPKDNPATN WANSHHRALN LFAGIEHRFN
201    QDWKLKAEYD Y..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 665>：
   1  ATGACACGCT TCAAATATTC CCTGCTGTTT GCCGCCCTGT TGCCCGTGTA
  51  CGCGCAGGCC GATGTTTCTG TTTCAGACGA CCCCAAACCG CAGGAAAGCA
 101  CTGAATTGCC GACCATCACC GTTACCGCCG ACCGCACCGC GAGTTCCAAC
 151  GACGGCTACA CTGTTTCCGG CACGCACACC CCGCTCGGGC TGCCCATGAC
 201  CCTGCGCGAA ATCCCGCAGA GCGTCAGCGT CATCACATCG CAACAAATGC
 251  GCGACCAAAA CATCAAAACG CTCGACCGCG CCCTGTTGCA GGCGACCGGC
 301  ACCAGCCGCC AGATTTACGG CTCCGACCGC GCGGGCTACA ACTACCTGTT
 351  CGCGCGCGGC AGCCGCATCG CCAACTACCA AATCAACGGC ATCCCCGTTG
 401  CCGACGCGCT GGCCGATACG GGCAATGCCA ACACCGCCGC CTATGAGCGC
 451  GTAGAAGTCG TGCGCGGCGT GGCGGGGCTG CTGGACGGCA CGGGCGAGCC
 501  TTCCGCCACC GTCAATCTGG TGCGCAAACG CCTGACCCGC AAGCCATTGT
 551  TTGAAGTCCG CGCCGAAGCG GGCAACCGCA AACATTTCGG GCTGGACGCG
 601  GACGTATCGG GCAGCCTGAA CACCGAAGGC ACGCTGCGCG GCCGCCTGGT
 651  TTCCACCTTC GGACGCGGCG ACTCGTGGCG GCGGCGCGAA CGCAGCCGCG
 701  ATGCCGAACT CTACGGCATT TTGGAATACG ACATCGCACC GCAAACCCGC
 751  GTCCACGCAG GCATGGACTA CCAGCAGGCG AAAGAAACCG CCGACGCGCC
 801  GCTCAGCTAC GCCGTGTACG ACAGCCAAGG TTATGCCACC GCCTTCGGCC
 851  CGAAAGACAA CCCCGCCACA AATTGGGCGA ACAGCCGCCA CCGTGCGCTC
 901  AACCTGTTCG CCGGCATCGA ACACCGCTTC AACCAAGACT GGAAACTCAA
 951  AGCCGAATAC GACTACACCC GCAGCCGCTT CCGCCAGCCC TACGGCGTAG
1001  CAGGCGTGCT TTCCATCGAC CACAACACCG CCGCCACCGA CCTGATTCCC
1051  GGTTATTGGC ACGCCGACCC GCGCACCCAC AGCGCCAGCG TGTCATTGAT
1101  CGGCAAATAC CGCCTGTTCG GCCGCGAACA CGATTTAATC GCGGGTATCA
1151  ACGGTTACAA ATACGCCAGC AACAAATACG GCGAACGCAG CATCATCCCC
1201  AACGCCATTC CCAACGCCTA CGAATTTTCC CGCACGGGTG CCTACCCGCA
1251  GCCTGCATCG TTTGCCCAAA CCATCCCGCA ATACGGCACC AGGCGGCAAA
1301  TCGGCGGCTA TCTCGCCACC CGTTTCCGCG CCGCCGACAA CCTTTCGCTG
1351  ATTTTGGGCG GACGATACAC CCGTTACCGC ACCGGCAGCT ACGACAGCCG
1401  CACACAAGGC ATGACCTATG TGTCCGCCAA CCGTTTCACC CCCTACACAG
1451  GCATCGTGTT CGACCTGACC GGCAACCTGT CTCTTTACGG CTCGTACAGC
1501  AGCCTGTTCG TCCCGCAATC GCAAAAAGAC GAACACGGCA GCTACCTGAA
1551  ACCCGTAACC GGCAACAATC TGGAAGCCGG CATCAAAGGC GAATGGCTTG
1601  AAGGCCGTCT GAACGCATCC GCCGCCGTGT ACCGCGCCCG TAAAAACAAC
1651  CTCGCCACCG CAGCAGGACG CGACCCGAGC GGCAACACCT ACTACCGCGC
1701  CGCCAACCAA GCCAAAACCC ACGGCTGGGA AATCGAAGTC GGCGGCCGCA
1751  TCACGCCCGA ATGGCAGATA CAGGCAGGTT ACAGCCAAAG CAAAACCCGC
1801  GACCAAGACG GCAGCCGCCT GAACCCCGAC AGCGTACCCG AACGCAGCTT
1851  CAAACTCTTC ACTGCCTACC ACTTTGCCCC CGAAGCCCCC AGCGGCTGGA
1901  CCATCGGCGC AGGCGTGCGC TGGCAGAGCG AAACCCACAC CGACCCTGCC
1951  ACGCTCCGCA TCCCCAACCC CGCCGCCAAA GCCCGCGCCG CCGACAACAG
2001  CCGCCAAAAA GCCTACGCCG TCGCCGACAT CATGGCGCGT TACCGCTTCA
2051  ATCCGCGCGC CGAACTGTCG CTGAACGTGG ACAATCTGTT CAACAAACAC
2101  TACCGCACCC AGCCCGACCG CCACAGCTAC GGCGCACTGC GGACAGTGAA
2151  CGCGGCGTTT ACCTATCGGT TTAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 666；ORF23-1>：
   1  MTRFKYSLLF AALLPVYAQA DVSVSDDPKP QESTELPTIT VTADRTASSN
  51  DGYTVSGTHT PLGLPMTLRE IPQSVSVITS QQMRDQNIKT LDRALLQATG
 101  TSRQIYGSDR AGYNYLFARG SRIANYQING IPVADALADT GNANTAAYER
 151  VEVVRGVAGL LDGTGEPSAT VNLVRKRLTR KPLFEVRAEA GNRKHFGLDA
 201  DVSGSLNTEG TLRGRLVSTF GRGDSWRRRE RSRDAELYGI LEYDIAPQTR
251  VHAGMDYQQA KETADAPLSY AVYDSQGYAT AFGPKDNPAT NWANSRHRAL
301  NLFAGIEHRF NQDWKLKAEY DYTRSRFRQP YGVAGVLSID HNTAATDLIP
351  GYWHADPRTH SASVSLIGKY RLFGREHDLI AGINGYKYAS NKYGERSIIP
401  NAIPNAYEFS RTGAYPQPAS FAQTIPQYGT RRQIGGYLAT RFRAADNLSL
451  ILGGRYTRYR TGSYDSRTQG MTYVSANRFT PYTGIVFDLT GNLSLYGSYS
501  SLFVPQSQKD EHGSYLKPVT GNNLEAGIKG EWLEGRLNAS AAVYRARKNN
551  LATAAGRDPS GNTYYRAANQ AKTHGWEIEV GGRITPEWQI QAGYSQSKTR
601  DQDGSRLNPD SVPERSFKLF TAYHFAPEAP SGWTIGAGVR WQSETHTDPA
651  TLRIPNPAAK ARAADNSRQK AYAVADIMAR YRFNPRAELS LNVDNLFNKH
701  YRTQPDRHSY GALRTVNAAF TYRFK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与恶臭假单胞菌的铁-假单胞菌素受体PupB(登录号为P38047)的同源性
ORF23和PupB蛋白在205个氨基酸的重叠区内显示出有32％的氨基酸相同性：
Orf23  6  FARGSRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRK 65
          ++RG  I NY+++G+P +  L D  + + A ++RVE+VRG  GL+ G G PSAT+NL+RK
PupB  215 WSRGFAIQNYEVDGVPTSTRL-DNYSQSMAMFDRVEIVRGATGLISGMGNPSATINLIRK 273
Orf23 66  RLTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEXXLRGRLVSTFXXXXXXXXXXXXXXAE 125
          R T+     +  EAGN   +G   DVSG L     +RGR V+ +
PupB  274 RPTAEAQASITGEAGNWDRYGTGFDVSGPLTETGNIRGRFVADYKTEKAWIDRYNQQSQL 333
Orf23 126 LYGILEYDIAPQTRVHAXMDYQQAKETADAPLSYAVYD--SQGYATAFGPKDNPATNWAN 183
          +YGI E+D++  T +     Y   +   D+PL   +    S G  T      N A +W+
PupB  334 MYGITEFDLSEDTLLTVGFSY--LRSDIDSPLRSGLPTRFSTGERTNLKRSLNAAPDWSY 391
Orf23 184 SHHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAE 208
          + H   + F  IE +    W  K E
PupB  392 NDHEQTSFFTSIEQQLGNGWSGKIE 416
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF23和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF23a)在211个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：
                                                   10        20        30
orf23.pep                                  GYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTG
                                           ||||||||||||||||||||||||||||||
orf23a       QMRDQNIKALDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTG
                    90       100       110       120       130       140
                     40        50        60        70        80        90
orf23.pep    NANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRLTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLDAD
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
orf23a       NANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRPTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLGAD
                   150       160       170       180       190       200
                    100       110       120       130       140       150
orf23.pep    VSGSLNTEXXLRGRLVSTFGRGDSWRRRERSRXAELYGILEYDIAPQTRVHAXMDYQQAK
             ||||||:| :||||||||||||||||:||||| ||||||||||||||||||| |||||||
orf23a       VSGSLNAEGTLRGRLVSTFGRGDSWRQRERSRDAELYGILEYDIAPQTRVHAGMDYQQAK
                   210       220       230       240       250       260
                    160       170       180       190       200       210
orf23.pep    ETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSHHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf23a       ETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYD
                   270       280       290       300       310       320
orf23.pep Y
          |
orf23a    YTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTHSASVSLIGKYRLFGREHDLIA
                330       340       350       360       370       380
全长ORF23a核苷酸序列<SEQ ID 667>是：
   1  ATGACACGCT TCAAATATTC CCTGCTGTTT GCCGCCCTGT TGCCCGTGTA
  51  CGCGCAGGCC GATGTTTCTG TTTCAGACGA CCCAAAACCG CAGGAAAGCA
 101  CTGAATTGCC GACCATCACC GTTACCGCCG ACCGCACCGC GAGTTCCAAC
 151  GACGGCTACA CTGTTTCCGG CACGCACACC CCGCTCGGGC TGCCCATGAC
 201  CCTGCGCGAA ATCCCGCAGA GCGTCAGCGT CATCACATCG CAACAAATGC
 251  GCGACCAAAA CATCAAAGCG CTCGACCGCG CCCTGTTGCA GGCGACCGGC
 301  ACCAGCCGCC AGATTTACGG CTCCGACCGC GCGGGCTACA ACTACCTGTT
 351  CGCGCGCGGC AGCCGCATCG CCAACTACCA AATCAACGGC ATCCCCGTTG
 401  CCGACGCGCT GGCCGATACG GGCAATGCCA ACACCGCCGC CTATGAGCGC
 451  GTAGAAGTCG TGCGCGGCGT GGCGGGGCTG CTGGACGGCA CGGGCGAGCC
 501  TTCCGCCACC GTCAATCTGG TGCGCAAACG CCCGACCCGC AAGCCATTGT
 551  TTGAAGTCCG CGCCGAAGCG GGCAACCGCA AACATTTCGG GCTGGGCGCG
 601  GACGTATCGG GCAGCCTGAA TGCCGAAGGC ACGCTGCGCG GCCGCCTGGT
 651  TTCCACCTTC GGACGCGGCG ACTCGTGGCG GCAGCGCGAA CGCAGCCGCG
 701  ATGCCGAACT CTACGGCATT TTGGAATACG ACATCGCACC GCAAACCCGC
 751  GTCCACGCAG GCATGGACTA CCAGCAGGCG AAAGAAACCG CCGACGCGCC
 801  GCTCAGCTAC GCCGTGTACG ACAGCCAAGG TTATGCCACC GCCTTCGGCC
 851  CGAAAGACAA CCCCGCCACA AATTGGGCGA ACAGCCGCCA CCGTGCGCTC
 901  AACCTGTTCG CCGGCATCGA ACACCGCTTC AACCAAGACT GGAAACTCAA
 951  AGCCGAATAC GACTACACCC GCAGCCGCTT CCGCCAGCCC TACGGCGTAG
1001  CAGGCGTGCT TTCCATCGAC CACAACACCG CCGCCACCGA CCTGATTCCC
1051  GGTTATTGGC ACGCCGACCC GCGCACCCAC AGCGCCAGCG TGTCATTAAT
1101  CGGCAAATAC CGCCTGTTCG GCCGCGAACA CGATTTAATC GCGGGTATCA
1151  ACGGTTACAA ATACGCCAGC AACAAATACG GCGAACGCAG CATCATCCCC
1201  AACGCCATTC CCAACGCCTA CGAATTTTCC CGCACGGGTG CCTACCCGCA
1251  GCCTGCATCG TTTGCCCAAA CCATCCCGCA ATACGGCACC AGGCGGCAAA
1301  TCGGCGGCTA TCTCGCCACC CGTTTCCGCG CCGCCGACAA CCTTTCGCTG
1351  ATACTCGGCG GCAGATACAG CCGTTACCGC ACCGGCAGCT ACGACAGCCG
1401  CACACAAGGC ATGACCTATG TGTCCGCCAA CCGTTTCACC CCCTACACAG
1451  GCATCGTGTT CGACCTGACC GGCAACCTGT CGCTTTACGG CTCGTACAGC
1501  AGCCTGTTCG TCCCGCAATC GCAAAAAGAC GAACACGGCA GCTACCTGAA
1551  ACCCGTAACC GGCAACAATC TGGAAGCCGG CATCAAAGGC GAATGGCTTG
1601  AAGGCCGTCT GAACGCATCC GCCGCCGTGT ACCGCGCCCG TAAAAACAAC
1651  CTCGCCACCG CAGCAGGACG CGACCCGAGC GGCAACACCT ACTACCGCGC
1701  CGCCAACCAA GCCAAAACCC ACGGCTGGGA AATCGAAGTC GGCGGCCGCA
1751  TCACGCCCGA ATGGCAGATA CAGGCAGGTT ACAGCCAAAG CAAAACCCGC
1801  GACCAAGACG GCAGCCGCCT GAACCCCGAC AGCGTACCCG AACGCAGCTT
1851  CAAACTCTTC ACTGCCTACC ACTTTGCCCC CGAAGCCCCC AGCGGCTGGA
1901  CCATCGGCGC AGGCGTGCGC TGGCAGAGCG AAACCCACAC CGACCCTGCC
1951  ACGCTCCGCA TCCCCAACCC CGCCGCCAAA GCCCGCGCCG CCGACAACAG
2001  CCGCCAAAAA GCCTACGCCG TCGCCGACAT CATGGCGCGT TACCGCTTCA
2051  ATCCGCGCGC CGAACTGTCG CTGAACGTGG ACAATCTGTT CAACAAACAC
2101  TACCGCACCC AGCCCGACCG CCACAGCTAC GGCGCACTGC GGACAGTGAA
2151  CGCGGCGTTT ACCTATCGGT TTAAATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 668>：
   1  MTRFKYSLLF AALLPVYAQA DVSVSDDPKP QESTELPTIT VTADRTASSN
  51  DGYTVSGTHT PLGLPMTLRE IPQSVSVITS QQMRDQNIKA LDRALLQATG
 101  TSRQIYGSDR AGYNYLFARG SRIANYQING IPVADALADT GNANTAAYER
 151  VEVVRGVAGL LDGTGEPSAT VNLVRKRPTR KPLFEVRAEA GNRKHFGLGA
 201  DVSGSLNAEG TLRGRLVSTF GRGDSWRQRE RSRDAELYGI LEYDIAPQTR
 251  VHAGMDYQQA KETADAPLSY AVYDSQGYAT AFGPKDNPAT NWANSRHRAL
 301  NLFAGIEHRF NQDWKLKAEY DYTRSRFRQP YGVAGVLSID HNTAATDLIP
 351  GYWHADPRTH SASVSLIGKY RLFGREHDLI AGINGYKYAS NKYGERSIIP
 401  NAIPNAYEFS RTGAYPQPAS FAQTIPQYGT RRQIGGYLAT RFRAADNLSL
 451  ILGGRYSRYR TGSYDSRTQG MTYVSANRFT PYTGIVFDLT GNLSLYGSYS
 501  SLFVPQSQKD EHGSYLKPVT GNNLEAGIKG EWLEGRLNAS AAVYRARKNN
 551  LATAAGRDPS GNTYYRAANQ AKTHGWEIEV GGRITPEWQI QAGYSQSKTR
 601  DQDGSRLNPD SVPERSFKLF TAYHFAPEAP SGWTIGAGVR WQSETHTDPA
 651  TLRIPNPAAK ARAADNSRQK AYAVADIMAR YRFNPRAELS LNVDNLFNKH
 701  YRTQPDRHSY GALRTVNAAF TYRFK*
ORF23a和ORF23-1在725个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf23a.pep    MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf23a.pep    PLGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKALDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
              |||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       PLGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf23a.pep    SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRPTR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
orf23-1       SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRLTR
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf23a.pep    KPLFEVRAEAGNRKHFGLGADVSGSLNAEGTLRGRLVSTFGRGDSWRQRERSRDAELYGI
              |||||||||||||||||| ||||||||;|||||||||||||||||||:||||||||||||
orf23-1       KPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEGTLRGRLVSTFGRGDSWRRRERSRDAELYGI
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf23a.pep    LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRAL
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRAL
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf23a.pep    NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTH
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTH
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf23a.pep    SASVSLIGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPAS
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       SASVSLIGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPAS
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf23a.pep    FAQTIPQYGTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYSRYRTGSYDSRTQGMTYVSANRFT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf23-1       FAQTIPQYGTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYTRYRTGSYDSRTQGMTYVSANRFT
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500       510       520       530       540
orf23a.pep    PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQSQKDEHGSYLKPVTGNNLEAGIKGEWLEGRLNAS
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQSQKDEHGSYLKPVTGNNLEAGIKGEWLEGRLNAS
                     490       500       510       520       530       540
                     550       560       570       580       590       600
orf23a.pep    AAVYRARKNNLATAAGRDPSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKTR
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       AAVYRARKNNLATAAGRDPSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKTR
                     550       560       570       580       590       600
                     610       620       630       640       650       660
orf23a.pep    DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHFAPEAPSGWTIGAGVRWQSETHTDPATLRIPNPAAK
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHFAPEAPSGWTIGAGVRWQSETHTDPATLRIPNPAAK
                     610       620       630       640       650       660
                     670       680       690       700       710       720
orf23a.pep    ARAADNSRQKAYAVADIMARYRFNPRAELSLNVDNLFNKHYRTQPDRHSYGALRTVNAAF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23-1       ARAADNSRQKAYAVADIMARYRFNPRAELSLNVDNLFNKHYRTQPDRHSYGALRTVNAAF
                     670       680       690       700       710       720
orf23a.pep    TYRFKX
              ||||||
orf23-1       TYRFKX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF23和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF23.ng)在211个氨基酸的重叠区内显示出有93.4％的相同性：
orf23.pep           GYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLD   51
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf23ng    SAVDACRIPGYNYLFARGSRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLPD   60
orf23.pep  GTGEPSATVNLVRKRLTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEXXLRGRLVSTFGR  111
           ||||||||||||||: |||||||||||||||||||| ||||||||:| :|||||||||||
orf23ng    GTGEPSATYNLVRKHPTRKPLFEVRAEAGNRKHFGLGADVSGSLNAEGTLRGRLVSTFGR  120
orf23.pep  GDSWRRRERSRXAELYGILEYDIAPQTRVHAXMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAF  171
           |||||: |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf23ng    GDSWRQLERSRDAELYGILEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAF  180
orf23.pep  GPKDNPATNWANSHHRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDY                      211
           ||||||||||:||::|||||||||||||||||||||||||
orf23ng    GPKDNPATNWSNSRNRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHS  240
预计ORF23ng核苷酸序列<SEQ ID 669>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID670>：
  1  SAVDACRIPG YNYLFARGSR IANYQINGIP VADALADTGN ANTAAYERVE
 51  VVRGVAGLPD GTGEPSATVN LVRKHPTRKP LFEVRAEAGN RKHFGLGADV
101  SGSLNAEGTL RGRLVSTFGR GDSWRQLERS RDAELYGILE YDIAPQTRVH
151  AGMDYQQAKE TADAPLSYAV YDSQGYATAF GPKDNPATNW SNSRNRALNL
201  FAGIEHRFNQ DWKLKAEYDY TRSRFRQPYG VAGVLSIDHS TAATDLIPGY
251  WHADPRTHSA SMSLTGKYRL FGREHDLIAG INGYKYASNK YGERSIIPNA
301  IPNAYEFSRT GAYPQPSSFA QTIPQYDTRR QIGGYLATRF RAADNLSLIL
351  GGRYSRYRAG SYNSRTQGMT YVSANRFTPY TGIVFDLTGN LSLYGSYSSL
401  FVPQLQKDEH GSYLKPVTGN NLEADIKGEW LEGRLNASAA VYRARKNNLA
451  TAAGRDQSGN TYYRAANQAK THGWEIEVGG RITPEWQIQA GYSQSKPRDQ
501  DGSRLNPDSV PERSFKLFTA YHLAPEAPSG RTIGAGVRRQ GETHTDPAAL
551  RIPNPAAKAR AVANSRQKAY AVADIMARYR FNPRTELSLN VDNLFNKHYR
 601  TQPDRHSYGA LRTVNAAFTY RFK*
进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 671>：
   1  ATGACACGCT TCAAATACTC CCTGCTTTTT GCCGCCCTGC TACCCGTGTA
  51  CGCGCAGGCC GATGTTTCTG TTTCAGACGA CCCCAAACCG CAGGAAAGCA
 101  CCGAATTGCC GACCATCACC GTTACCGCCG ACCGCACCGC GAGTTCCAAC
 151  GACGGCTACA CCGTTTCCGG CACGCACACC CCGTTCGGGC TGCCCATGAC
 201  CCTGCGCGAA ATCCCGCAGA GCGTCAGCGT CATCACATCG CAACAAATGC
 251  GCGACCAAAA CATCAAAACG CTCGACCGCG CCCTGTTGCA GGCGACCGGC
 301  ACCAGCCGCC AGATTTACGG CTCCGACCGC GCGGGCTACA ACTACCTGTT
 351  CGCGCGCGGC AGCCGCATCG CCAACTACCA AATCAACGGC ATCCCCGTTG
 401  CCGACGCGCT GGCCGATACG GGCAATGCCA ACACCGCCGC CTATGAGCGC
 451  GTAGAAGTCG TGCGCGGCGT GGCGGGGCTG CCGGACGGCA CGGGCGAGCC
 501  TTCTGCCACC GTCAATCTGG TACGCAAACA CCCGACCCGC AAGCCATTGT
 551  TTGAAGTCCG CGCCGAAGCC GGCAACCGCA AACATTTCGG GCTGGGCGCG
 601  GACGTATCGG GCAGCCTGAA CGCCGAAGGC ACGCTGCGCG GCCGCCTGGT
 651  TTCCACCTTC GGACGCGGCG ACTCGTGGCG GCAGCTCGAA CGCAGCCGCG
 701  ATGCCGAACT CTACGGCATT TTGGAATACG ACATCGCACC GCAAACCCGC
 751  GTCCACGCAG GCATGGACTA CCAGCAGGCG AAAGAAACCG CAGACGCGCC
 801  GCTCAGCTAC GCCGTGTACG ACAGCCAAGG TTATGCCACC GCCTTCGGCC
 851  CAAAAGACAA CCCCGCCACA AATTGGTCGA ACAGCCGCAA CCGTGCGCTC
 901  AACCTGTTCG CCGGCATAGA ACACCGCTTC AACCAAGACT GGAAACTCAA
 951  AGCCGAATAC GACTACACCC GTAGCCGCTT CCGCCAGCCC TACGGTGTGG
1001  CAGGCGTACT TTCCATCGAC CACAGCACTG CCGCCACCGA CCTGATTCCC
1051  GGTTATTGGC ACGCcgatcc GCGCACCCAC AGCGCCAGCA TGTCATTGAC
1101  CGGCAAATAC CgcctGTTCG GCCGCGAGCA CGATTTAATC GCGGGTATCA
1151  ACGGCTACAA ATACGCCAGC AACAAATACG GCGAACGCAG CATCATTCCC
1201  AACGCCATTC CCAACGCCTA CGAATTTTCC CGCACGGGCG CCTATCCGCA
1251  GCCATCATCG TTTGCCCAAA CCATCCCGCA ATACGACACC AGGCGGCAAA
1301  TCGGCGGCTA TCTCGCCACC CGTTTCCGCG CCGCCGACAA CCTTTCGCTG
1351  ATACTCGGCG GCAGATACAG CCGCTACCGC GCAGGCAGCT ACAACAGCCG
1401  CACACAAGGC ATGACCTATG TGTCCGCCAA CCGTTTCACC CCCTACACAG
1451  GCATCGTGTT CGATCTGACC GGCAACCTGT CGCTTTACGG CTCGTACAGC
1501  AGCCTGTTCG TCCCGCAATT GCAAAAAGAC GAACACGGCA GCTACCTGAA
1551  ACCCGTAACC GGCAACAATC TGGAAGCCGA CATCAAAGGC GAATGGCTTG
1601  AAGGGCGTCT GAACGCATCC GCCGCCGTGT ACCGCGCCCG TAAAAACAAC
1651  CTCGCCACCG CAGCAGGACG CGACCAGAGC GGCAACACCT ACTATCGCGC
1701  CGCCAACCAA GCCAAAACCC ACGGCTGGGA AATCGAAGTC GGCGGCCGCA
1751  TCACGCCCGA ATGGCAGATA CAGGCAGGCT ACAGCCAAAG CAAACCCCGC
1801  GACCAAGACG GCAGCCGCCT GAACCCCGAC AGCGTAcCCG AACGCAGCTT
1851  CAAACTCTTC ACCGCCTACC ACTTAGCCCC CGAAGCCCCC AGCGGCCGGA
1901  CCATcggTGC GGGTGTGCGC CGGCAGGGCG AAACCCACAC CGACCCAGCC
1951  GCGCTCCGCA TCCCCAACCC CGCCGCCAAA GCCCGCGCCG TCGCCAACAG
2001  CCGCCAGAAA GCCTACGCCG TCGCCGACAT CATGGCGCGT TACCGCTTCA
2051  ATCCGCGCAC CGAACTGTCG CTGAACGTGG ACAACCTGTT CAACAAACAC
2101  TACCGCACCC AGCCCGACCG CCACAGCTAC GGCGCACTGC GGACAGTGAA
2151  CGCGGCGTTT ACCTATCGGT TTAAATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 672；ORF23ng-1>：
   1  MTRFKYSLLF AALLPVYAQA DVSVSDDPKP QESTELPTIT VTADRTASSN
  51  DGYTVSGTHT PFGLPMTLRE IPQSVSVITS QQMRDQNIKT LDRALLQATG
 101  TSRQIYGSDR AGYNYLFARG SRIANYQING IPVADALADT GNANTAAYER
 151  VEVVRGVAGL PDGTGEPSAT VNLVRKHPTR KPLFEVRAEA GNRKHFGLGA
 201  DVSGSLNAEG TLRGRLVSTF GRGDSWRQLE RSRDAELYGI LEYDIAPQTR
 251  VHAGMDYQQA KETADAPLSY AVYDSQGYAT AFGPKDNPAT NWSNSRNRAL
 301  NLFAGIEHRF NQDWKLKAEY DYTRSRFRQP YGVAGVLSID HSTAATDLIP
 351  GYWHADPRTH SASMSLTGKY RLFGREHDLI AGINGYKYAS NKYGERSIIP
 401  NAIPNAYEFS RTGAYPQPSS FAQTIPQYDT RRQIGGYLAT RFRAADNLSL
 451  ILGGRYSRYR AGSYNSRTQG MTYVSANRFT PYTGIVFDLT GNLSLYGSYS
 501  SLFVPQLQKD EHGSYLKPVT GNNLEADIKG EWLEGRLNAS AAVYRARKNN
 551  LATAAGRDQS GNTYYRAANQ AKTHGWEIEV GGRITPEWQI QAGYSQSKPR
 601  DQDGSRLNPD SVPERSFKLF TAYHLAPEAP SGRTIGAGVR RQGETHTDPA
 651  ALRIPNPAAK ARAVANSRQK AYAVADIMAR YRFNPRTELS LNVDNLFNKH
 701  YRTQPDRHSY GALRTVNAAF TYRFK*
ORF23ng-1和ORF23-1在725个氨基酸的重叠区内显示出有95.9％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf23-1.pep    MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23ng-1      MTRFKYSLLFAALLPVYAQADVSVSDDPKPQESTELPTITVTADRTASSNDGYTVSGTHT
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf23-1.pep    PLGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
               |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23ng-1      PFGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRALLQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARG
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf23-1.pep    SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLLDGTGEPSATVNLVRKRLTR
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||: ||
orf23ng-1      SRIANYQINGIPVADALADTGNANTAAYERVEVVRGVAGLPDGTGEPSATVNLVRKHPTR
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf23-1.pep    KPLFEVRAEAGNRKHFGLDADVSGSLNTEGTLRGRLVSTFGRGDSWRRRERSRDAELYGI
               |||||||||||||||||| ||||||||:|||||||||||||||||||: |||||||||||
orf23ng-1      KPLFEVRAEAGNRKHFGLGADVSGSLNAEGTLRGRLVSTFGRGDSWRQLERSRDAELYGI
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf23-1.pep    LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWANSRHRAL
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|||
orf23ng-1      LEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADAPLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWSNSRNRAL
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf23-1.pep    NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHNTAATDLIPGYWHADPRTH
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf23ng-1      NLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSRFRQPYGVAGVLSIDHSTAATDLIPGYWHADPRTH
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf23-1.pep    SASVSLIGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPAS
               |||:|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf23ng-1      SASMSLTGKYRLFGREHDLIAGINGYKYASNKYGERSIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPSS
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440       450       460       470       480
orf23-1.pep    FAQTIPQYGTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYTRYRTGSYDSRTQGMTYVSANRFT
               |||||||| |||||||||||||||||||||||||||:|||:|||:|||||||||||||||
orf23ng-1      FAQTIPQYDTRRQIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYSRYRAGSYNSRTQGMTYVSANRFT
                      430       440       450       460       470       480
                      490       500       510       520       530       540
orf23-1.pep    PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQSQKDEHGSYLKPVTGNNLEAGIKGEWLEGRLNAS
               |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
orf23ng-1      PYTGIVFDLTGNLSLYGSYSSLFVPQLQKDEHGSYLKPVTGNNLEADIKGEWLEGRLNAS
                      490       500       510       520       530       540
                      550       560       570       580       590       600
orf23-1.pep    AAVYRARKNNLATAAGRDPSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKTR
             |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
orf23ng-1    AAVYRARKNNLATAAGRDQSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKPR
                    550       560       570       580       590       600
                    610       620       630       640       650       660
orf23-1.pep  DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHFAPEAPSGWTIGAGVRWQSETHTDPATLRIPNPAAK
             ||||||||||||||||||||||||:||||||| ||||||| |:|||||||:|||||||||
orf23ng-1    DQDGSRLNPDSVPERSFKLFTAYHLAPEAPSGRTIGAGVRRQGETHTDPAALRIPNPAAK
                    610       620       630       640       650       660
                    670       680       690       700       710       720
orf23-1.pep  ARAADNSRQKAYAVADIMARYRFNPRAELSLNVDNLFNKHYRTQPDRHSYGALRTVNAAF
             |||: |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf23ng-1    ARAVANSRQKAYAVADIMARYRFNPRTELSLNVDNLFNKHYRTQPDRHSYGALRTVNAAF
                    670       680       690       700       710       720
orf23-1.pep  TYRFKX
             ||||||
orf23ng-1    TYRFKX
另外，ORF23ng-1显示出与大肠杆菌的OMP明显同源：
sp|P16869|FHUE_ECOLI FE(III)粪原因子、FE(III)铁草铵以及FE(III)-RHODOTRULIC ACID前体的外膜受体＞gi|1651542|gnl|PID|d1015403(D90745)外膜蛋白FhuE前体[大肠杆菌]＞gi|1651545|gnl|PID|d1015405(D90746)外膜蛋白FhuE前体[大肠杆菌]＞gi|1787344(AE000210)E(III)粪原因子、FE(III)铁草铵以及FE(III)-RHODOTRULIC ACID前体的外膜受体[大肠杆菌]长度＝729
评分＝332位(843)，估计值＝3e-90
相同性＝228/717(31％)，阳性＝350/717(48％)，空隙＝60/717(8％)
询问：38  TITVTADRTASSN--DGYTVSGTHTPFGLPMTLREIPQSVSVITSQQMRDQNIKTLDRAL 95
           T+ V    TA  +  + Y+V+ T     + MT R+IPQSV++++ Q+M DQ ++TL   +
目标：43  TVIVEGSATAPDDGENDYSVTSTSAGTKMQMTQRDIPQSVTIVSQQRMEDQQLQTLGEVM 102
询问：96  LQATGTSRQIYGSDRAGYNYLFARGSRIANYQINGIP--------VADALADTGNANTAA 147
               G S+    SDRA Y   ++RG +I NY ++GIP        + DAL+D      A
目标：103 ENTLGISKSQADSDRALY---YSRGFQIDNYMVDGIPTYFESRWNLGDALSDM-----AL 154
询问：148 YERVEVVRGVAGLPDGTGEPSATVNLVRKHPTRKPLF-EVRAEAGNRKHFGLGADVSGSL 206
           +ERVEVVRG  GL  GTG PSA +N+VRKH T +    +V AE G+       AD+   L
目标：155 FERVEVVRGATGLMTGTGNPSAAINMVRKHATSREFKGDVSAEYGSWNKERYVADLQSPL 214
询问：207 NAEGTLRGRLVSTFGRGDSWRQLERSRDAELYGILEYDIAPQTRVHAGMDYQQAKETADA 266
             +G +R R+V  +   DSW     S      GI++ D+   T + AG +YQ+    +
目标：215 TEDGKIRARIVGGYQNNDSWLDRYNSEKTFFSGIVDADLGDLTTLSAGYEYQRIDVNSPT 274
询问：267 PLSYAVYDSQGYATAFGPKDNPATNWSNSRNRALNLFAGIEHRFNQDWKLKAEYDYTRSR 326
                 +++ G + ++    + A +W+ +      +F  ++ +F   W+      ++
目标：275 WGGLPRWNTDGSSNSYDRARSTAPDWAYNDKEINKVFMTLKQQFADTWQATLNATHSEVE 334
询问：327 F--RQPYGVAGVLSIDHSTAA--TDLIPGY-------WHADPRTHSA-SMSLTGKYRLFG 374
           F  +  Y  A V   D       ++  PG+       W++  R   A  +   G Y LFG
目标：335 FDSKMMYVDAYVNKADGMLVGPYSNYGPGFDYVGGTGWNSGKRKVDALDLFADGSYELFG 394
询问：375 REHDLIAGINGYKYASNKYGER--SIIPNAIPNAYEFSRTGAYPQPSSFAQTIPQYDTRR 432
           R+H+L+ G   Y   +N+Y     +I P+ I + Y F+  G +PQ     Q++ Q DT
目标：395 RQHNLMFG-GSYSKQNNRYFSSWANIFPDEIGSFYNFN--GNFPQTDWSPQSLAQDDTTH 451
询问：433 QIGGYLATRFRAADNLSLILGGRYSRYRAGSYNSRTQGMTY-VSANRFTPYTGIVFDXXX 491
               Y ATR   AD L LILG RY+ +R  +       +TY +  N  TPY G+VFD
目标：452 MKSLYAATRVTLADPLHLILGARYTNWRVDT-------LTYSMEKNHTTPYAGLVFDIND 504
询问：492 XXXXXXXXXXXFVPQLQKDEHGSYLKPVTGNNLEADIKGEWLEGRLNASAAVYRARKNNL 551
                      F PQ  +D  G YL P+TGNN E  +K +W+  RL  + A++R  ++N+
目标：505 NWSTYASYTSIFQPQNDRDSSGKYLAPITGNNYELGLKSDWMNSRLTTTLAIFRIEQDNV 564
询问：552 ATAAGR---DQSGNTYYRAANQAKTHGWEIEVGGRITPEWQIQAGYSQSKPRDQDGSRLN 608
           A + G      +G T Y+A +    + G E E+ G IT  WQ+  G ++   D +G+ +N
目标：565 AQSTGTPIPGSNGETAYKAVDGTVSKGVEFELNGAITDNWQLTFGATRYIAEDNEGNAVN 624
询问：609 PDSVPERSFKLFTAYHLAPEAPSGRTIGAGVRRQGETHTDPAALRIPNPAAKARAVANSR 668
           P ++P  + K+FT+Y L P  P   T+G GV  Q   +TD        P    RA
目标：625 P-NLPRTTVKMFTSYRL-PVMPE-LTVGGGVNWQNRVYTDTV-----TPYGTFRA----E 672
询问：669 QKAYAVADIMARYRFNPRTELSLNVDNLFNKHYRTQPDRH-SYGALRTVNAAFTYRF 724
           Q +YA+ D+  RY+      L  NV+NLF+K Y T  +    YG  R  +   TY+F
目标：673 QGSYALVDLFTRYQVTKNFSLQGNVNNLFDKTYDTNVEGSIVYGTPRNFSITGTYQF 729
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF23-1(77.5kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图15A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图15B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，对小鼠血清进行Western印迹(图15C)和ELISA(阳性结果).这些实验确认ORF23-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例80
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 673>：
  1  ATGCGCACGG CAGTGGTTTT GCTGTTGATC ATGCCGATGG CGGCTTCGTC
 51  GGCAATGATG CCGGAAATGG TGTGCGCGGG CGTGTCGCCG GGAACGGCAA
101  TCATATCCAA GCCGACCGAA CAAACGGCGG TCATGGCTTC GAGTTTGTCC
151  AGCGTCAgcA CGCCTGCTTC GGCGgcGgCa ATCATACCTT CGTCTTCGGA
201  AACGGGGATA AACGcGCCAC TCAAACCCCC GACCGCGCTG GAAGCCATCA
251  TGCCGCCTTT TTTCACGGCA TCGTTCAGCA ATGCCAAAGC TGCTGTTGTG
301  CCGTGCGTAC CGCAGACGCT CAAGCCCATT TnTTCAAGAA TGCGTGCCAC
351  TnAGTCGCCG ACGGGG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 674；ORF24>：
  1  MRTAVVLLLI MPMAASSAMM PEMVCAGVSP GTAIISKPTE QTAVMASSLS
 51  SVSTPASAAA IIPSSSETGI NAPLKPPTAL EAIMPPFFTA SFSNAKAAVV
101  PCVPQTLKPI XSRMRATXSP TG..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 675>：
  1  ATGCGCACGG CAGTGGTTTT GCTGTTGATC ATGCCGATGG CGGCTTCGTC
 51  GGCAATGATG CCGGAAATGG TGTGCGCGGG CGTGTCGCCG GGAACGGCAA
101  TCATATCCAA GCCGACCGAA CAAACGGCGG TCATGGCTTC GAGTTTGTCC
151  AGCGTCAGCA CGCCTGCTTC GGCGGCGGCA ATCATACCTT CGTCTTCGGA
201  AACGGGGATA AACGCGCCAC TCAAACCCCC GACCGCGCTG GAAGCCATCA
251  TGCCGCCTTT TTTCACGGCA TCGTTCAGCA ATGCCAAAGC TGCTGTTGTG
301  CCGTGCGTAC CGCAGACGCT CAAGCCCATT TCTTCAAGAA TGCGTGCCAC
351  TGAGTCGCCG ACGGCGGGGG TCGGCGCCAG CGACAAGTCG AGAATACCAA
401  ACGGGATATT CAGCATTTTT GAGGCTTCGC GGCCGATGAG TTCGCCCACG
451  CGGGTAATTT TGAAAGCAGT TTTCTTCACT ACTTCCGCAA CTTCGGTCAA
501  TGTCGTTGCA TCTGAATTTT CCAACGCGGC TTTTACGACA CCTGGGCCGG
551  ATACGCCGAC ATTGATAACG GCATCCGCTT CGCCCGAACC ATGAAACGCG
601  CCCGCCATAA ACGGGTTGTC TTCCACCGCG TTGCAGAACA CGACAATTTT
651  AGCGCAGCCG AAACCTTCGG GCGTGATTTC CGCCGTGCGT TTGACGGTTT
701  CGCCCGCCAG CTTGACCGCA TCCATATTGA TACCGGCACG CGTACTGCCG
751  ATATTGATGG AGCTGCACAC AATATCGGTA GTCTTCATCG CTTCGGGAAT
801  GGAGCGGATT AACACCTCAT CCGAAGGCGA CATCCCTTTT TGCACCAACG
851  CGGAAAAACC GCCGATAAAA GACACACCGA TGGCTTTGGC AGCTTTATCC
901  AAAGTTTGCG CCACGCTGAC GTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 676；ORF24-1>：
  1  MRTAVVLLLI MPMAASSAMM PEMVCAGVSP GTAIISKPTE QTAVMASSLS
 51  SVSTPASAAA IIPSSSETGI NAPLKPPTAL EAIMPPFFTA SFSNAKAAVV
101  PCVPQTLKPI SSRMRATESP TAGVGASDKS RIPNGIFSIF EASRPMSSPT
151  RVILKAVFFT TSATSVNVVA SEFSNAAFTT PGPDTPTLIT ASASPEP*NA
201  PAINGLSSTA LQNTTILAQP KPSGVIS AVR LTVSPASLTA SILIPAR VLP
251  ILMELHTISV VFIASGMERI NTSSEGDIPF CTNAEKPPIK DTPMALAALS
301  KVCATLT*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF24和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF24a)在307个氨基酸的重叠区内显示出有96.4％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf24a.pep  MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISXPTEQTAVIASSLSNVSTPASAAA
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||:|||||||||
orf24       MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf24a.pep  IIPSSSXTGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
            |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24       IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf24a.pep  TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24       TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf24a.pep  PGPDTPTLITASASPEPXNAPAIXGLSSXALQNTTILAQPKPSSVISXVRLMVSPASLTA
            ||||||||||||||||||||||| ||||:||||||||||||||:||| ||| ||||||||
orf24       PGPDTPTLITASASPEPXNAPAINGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLTVSPASLTA
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf24a.pep  SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERXNTSSEGDIPFCTSAEKPPIKDTPMALAALS
            ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf24       SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERINTSSEGDIPFCTNAEKPPIKDTPMALAALS
                   250       260       270       280       290       300
orf24a.pep  KVCATLTX
            ||||||||
orf24       KVCATLTX
全长ORF24a核苷酸序列<SEQ ID 677>是：
  1  ATGCGCACGG CAGTGGTTTT GCTGTTGATC ATGCCGATGG CGGCTTCGTC
 51  GGCAATGATG CCGGAAATGG TGTGCGCGGG TGTGTCGCCG GGAACGGCAA
101  TCATATCCAA NCCGACCGAA CAAACGGCGG TCATCGCTTC GAGTTTATCC
151  AACGTCAGCA CGCCTGCTTC GGCGGCGGCA ATCATACCTT CGTCTTCGGA
201  NACGGGGATA AACGCGCCAC TCAAACCGCC AACCGCGCTC GAAGCCATCA
251  TGCCGCCCTT TTTCACGGCA TCGTTCAGCA ATGCCAAAGC TGCTGTTGTG
301  CCGTGCGTAC CGCAGACGCT CAAACCCATT TCTTCAAGAA TGCGCGCCAC
351  CGAGTCGCCG ACGGCAGGGG TCGGTGCCAG CGACAAGTCG AGAATACCAA
401  ACGGGATATT CAGCATTTTT GAGGCTTCGC GGCCGATGAG TTCGCCCACG
451  CGGGTAATTT TGAAGGCGGT TTTCTTCACA ACTTCGGCAA CTTCGGTCAA
501  TGTCGTTGCA TCCGAATTTT CCAACGCGGC TTTTACGACA CCCGGGCCGG
551  ATACGCCGAC ATTAATCACA GCATCCGCTT CGCCTGAGCC GTGAAACGCG
601  CCCGCCATAN ACGGGTTGTC TTCCNCCGCG TTGCAGAACA CGACGATTTT
651  GGCGCAGCCG AAACCTTCTA GTGTGATTTC ANCCGTGCGT TTGATGGTTT
701  CGCCCGCCAG TCTGACCGCG TCCATATTGA TACCGGCGCG CGTACTGCCG
751  ATATTGATGG AGCTGCACAC GATATCAGTA GTCTTCATCG CTTCGGGAAT
801  GGAACGGATN AACACCTCGT CAGAAGGCGA CATACCTTTT TGCACCAGCG
851  CGGAAAAGCC GCCAATAAAA GACACGCCGA TGGCTTTGGC AGCCTTATCC
901  AAAGTTTGCG CCACGCTGAC GTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 678>：
  1  MRTAVVLLLI MPMAASSAMM PEMVCAGVSP GTAIISXPTE QTAVIASSLS
 51  NVSTPASAAA IIPSSSXTGI NAPLKPPTAL EAIMPPFFTA SFSNAKAAVV
101  PCVPQTLKPI SSRMRATESP TAGVGASDKS RIPNGIFSIF EASRPMSSPT
151  RVILKAVFFT TSATSVNVVA SEFSNAAFTT PGPDTPTLIT ASASPEP NA
201  PAIXGLSSXA LQNTTILAQP KPSSVISXVR LMVSPASLTA SILIPARVLP
251  ILMELHTISV VFIASGMERX NTSSEGDIPF CTSAEKPPIK DTPMALAALS
301  KVCATLT*
应注意，该蛋白质包括198位的终止密码子。
ORF24a和ORF24-1在307个氨基酸的重叠区内显示出有96.4％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf24a.pep    MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISXPTEQTAVIASSLSNVSTPASAAA
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||:|||||||||
orf24-1       MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf24a.pep    IIPSSSXTGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
              |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24-1       IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf24a.pep    TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24-1       TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf24a.pep    PGPDTPTLITASASPEPXNAPAIXGLSSXALQNTTILAQPKPSSVISXVRLMVSPASLTA
              ||||||||||||||||||||||| ||||:||||||||||||||:||| ||| ||||||||
orf24-1       PGPDTPTLITASASPEPXNAPAINGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLTVSPASLTA
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf24a.pep    SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERXNTSSEGDIPFCTSAEKPPIKDTPMALAALS
              ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf24-1       SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERINTSSEGDIPFCTNAEKPPIKDTPMALAALS
                     250       260       270       280       290       300
orf24a.pep    KVCATLTX
           ||||||||
orf24-1    KVCATLTX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF24和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF24ng)在121个氨基酸的重叠区内显示出有96.7％的相同性：
orf24.pep    MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||:|||||||
orf24ng      MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIMSKPTEQTAVMASSLSSVNTPASAAA  60
orf24.pep    IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPIXSRMRATXSP  120
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
orf24ng      IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP  120
orf24.pep    TG                                                            122
             |:
orf24ng      TAGVGASDKSRMPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVRLTASEFSSAALTT  180
全长ORF24ng核苷酸序列<SEQ ID 679>是：
  1  ATGCGCACGG CGGTGGTTTT GCTGTTGATC ATGCCGATGG CGGCTTCGTC
 51  GGCGATGATG CCGGAAATGG TGTGCGCGGG CGTGTCGCCG GGAACGGCAA
101  TCATGTCCAA ACCAACGGAG CAGACGGCGG TCATGGCTTC GAGTTTGTCC
151  AGCGTCAACA CGCCTGCCTC GGCGGCGGCA ATCATACCTT CGTCTTCGGA
201  AACGGGGATA AACGCGCCGC TCAAACCGCC GACCGCGCTG GAAGCCATCA
251  TGCCGCCCTT TTTCACGGCA TCGTTCAGCA ATGCCAAAGC TGCTGTTGTG
301  CCGTGCGTAC CGCAGACGCT CAAGCCCATT TCTTCAAGAA TGCGCGCCAC
351  CGAGTCGCCG ACGGCGGGGG TCGGTGCCAG CGACAAATCG AGAATGCCGA
401  ACGGGATATT CAGCATTTTT GAGGCTTCGC GACCGATGAG TTCGCCCACG
451  CGGGTGATTT TGAAAGCGGT TTTCTTCACG ACTTCGGCGA CCTCGGTCAG
501  GCTGACCGCG TCCGAATTTT CCAGCGCGGC TTTGACCACG CCTGGACCGG
551  ATACGCCGAC ATTAATCACA GCATCCGCTT CGCCCGAGCC GTGGAACGCA
601  CCCGCCATAA ACGGATTGTC TTCCACCGCG TTGCAGAACA CGACGATTTT
651  GGCGCAGCCG AAACCTTCGG GTGTGATTTC AGCCGTGCGT TTGATGGTTT
701  CGCCTGCCAG CTTGACCGCA TCCATATTGA TACCGGCACG CGTGCTGCCG
751  ATATTGATGG AGCTGCACAC GATATCGGTA GTTTTCATCG CTTCGGGAAC
801  GGAACGGATC AACACCTCAT CCGAAGGCGA CATACCTTTT TGCACCAGCG
851  CGGAAAAGCC GCCGATAAAG GACACGCCGA TGGCTTTGGC TGCCTTGTCC
901  AAAGTCTGCG CCACGCTGAC ATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 680>：
  1
Figure A20051011339504101
MM PEMVCAGVSP GTAIMSKPTE QTAVMASSLS
 51  SVNTPASAAA IIPSSSETGI NAPLKPPTAL EAIMPPFFTA SFSNAKAAVV
101  PCVPQTLKPI SSRMRATESP TAGVGASDKS RMPNGIFSIF EASRPMSSPT
151  RVILKAVFFT TSATSVRLTA SEFSSAALTT PGPDTPTLIT ASASPEPWNA
201  PAINGLSSTA LQNTTILAQP KPSGVIS AVR LMVSPASLTA SILIPAR VLP
251  ILMELHTISV VFIASGTERI NTSSEGDIPF CTSAEKPPIK DTPMALAALS
301  KVCATLT*
ORF24ng和ORF24-1在307个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf24-1.pep    MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIISKPTEQTAVMASSLSSVSTPASAAA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||:|||||||
orf24ng        MRTAVVLLLIMPMAASSAMMPEMVCAGVSPGTAIMSKPTEQTAVMASSLSSVNTPASAAA
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf24-1.pep    IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf24ng        IIPSSSETGINAPLKPPTALEAIMPPFFTASFSNAKAAVVPCVPQTLKPISSRMRATESP
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf24-1.pep TAGVGASDKSRIPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVNVVASEFSNAAFTT
            |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||| ::|||||:||:||
orf24ng     TAGVGASDKSRMPNGIFSIFEASRPMSSPTRVILKAVFFTTSATSVRLTASEFSSAALTT
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230       240
orf24-1.pep PGPDTPTLITASASPEPXNAPATNGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLTVSPASLTA
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf24ng     PGPDTPTLITASASPEPWNAPAINGLSSTALQNTTILAQPKPSGVISAVRLMVSPASLTA
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf24-1.pep SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGMERINTSSEGDIPFCTNAEKPPIKDTPMALAALS
            |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf24ng     SILIPARVLPILMELHTISVVFIASGTERINTSSEGDIPFCTSAEKPPIKDTPMALAALS
                   250       260       270       280       290       300
orf24-1.pep KVCATLTX
            ||||||||
orf24ng     KVCATLTX
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个推定前导序列(前18个氨基酸，用双划线表示)和推定的跨膜结构域(单划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例81
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 681>：
  1  ..ACCGACGTGC AAAAAGAGTT GGTCGGCGAA CAACGCAAGT GGGCGCAGGA
 51    AAAAATCAGC AACTGCCGAC AAGCCGCCGC GCAGGCAGAC CGGCAGGAAT
101    ACGCCGAATA CCTCAAGCTG CAATGCGACA CGCGGATGAC GCGCGAACGG
151    ATACAGTATC TTCGCGGCTA TTCCATCGAT TAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 682；ORF25>：
  1  ..TDVQKELVGE QRKWAQEKIS NCRQAAAQAD RQEYAEYLKL QCDTRMTRER
 51    IQYLRGYSID*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 683>：
  1  ATGTATCGGA AACTCATTGC GCTGCCGTTT GCCCTGCTGC TTGGCGCTTG
 51  CGGCAGGGAA GAACCGCCCA AGGCATTGGA ATGCGCCAAC CCCGCCGTGT
101  TGCAAGGCAT ACGCGGCAAT ATTCAGGAAA CGCTCACGCA GGAAGCGCGT
151  TCTTTCGCGC GCGAAGACGG CAGGCAGTTT GTCGATGCCG ACAAAATTAT
201  CGCCGCCGCC TACGGTTTGG CGTTTTCTTT GGAACACGCT TCGGAAACGC
251  AGGAAGGCGG GCGCACGTTC TGTATCGCCG ATTTGAACAT TACCGTGCCG
301  TCTGAAACGC TTGCCGATGC CAAGGCAAAC AGCCCCCTGT TGTACGGGGA
351  AACTGCTTTG TCGGATATTG TGCGGCAGAA GACGGGCGGC AATGTCGAGT
401  TTAAAGACGG CGTATTGACG GCAGCCGTCC GCTTCCTGCC CGTCAAAGAC
451  GGTCAGACGG CATTTGTCGA CAACACGGTC GGTATGGCGG CGCAAACGCT
501  GTCTGCCGCG CTGCTGCCTT ACGGCGTGAA GAGCATCGTG ATGATAGACG
551  GCAAGGCGGT GAAAAAAGAA GACGCGGTCA GGATTTTGAG CGGAAAAGCC
601  CGTGAAGAAG AACCGTCCAA ACCCACGCCC GAAGACATTT TGGAACACAA
651  TGCCGCCGGC GGCGATGCGG GCGTACCCCA AGCCGCAGAA GGCGCGCCCG
701  AACCGGAAAT CCTGCATCCT GACGACGGCG AGCGTGCCGA TACCGTTACC
 751  GTATCACGGG GCGAAGTGGA AGAGGCGCGC GTACAAAACC AGCGTGCGGA
 801  ATCCGAAATT ACCAAACTTT GGGGAGGACT CGATACCGAC GTGCAAAAAG
 851  AGTTGGTCGG CGAACAACGC AAGTGGGCGC AGGAAAAAAT CAGCAACTGC
 901  CGACAAGCCG CCGCGCAGGC AGACCGGCAG GAATACGCCG AATACCTCAA
 951  GCTGCAATGC GACACGCGGA TGACGCGCGA ACGGATACAG TATCTTCGCG
1001  GCTATTCCAT CGATTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 684；ORF25-1>：
   1  MYRKLIALPF ALLLAACGRE EPPKALECAN PAVLQGIRGN IQETLTQEAR
  51  SFAREDGRQF VDADKIIAAA YGLAFSLEHA SETQEGGRTF CIADLNITVP
 101  SETLADAKAN SPLLYGETAL SDIVRQKTGG NVEFKDGVLT AAVRFLPVKD
 151  GQTAFVDNTV GMAAQTLSAA LLPYGVKSIV MIDGKAVKKE DAVRILSGKA
 201  REEEPSKPTP EDILEHNAAG GDAGVPQAAE GAPEPEILHP DDGERADTVT
 251  VSRGEVEEAR VQNQRAESEI TKLWGGLDTD VQKELVGEQR KWAQEKISNC
 301  RQAAAQADRQ EYAEYLKLQC DTRMTRERIQ YLRGYSID*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF25和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF25a)在60个氨基酸的重叠区内显示出有98.3％的相同性：
                                                   10        20        30
orf25.pep                                  TDVQKELVGEQRKWAQEKISNCRQAAAQAD
                                           |||||||||| |||||||||||||||||||
orf25a       VTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEXRKWAQEKISNCRQAAAQAD
            250       260       270       280       290       300
                     40        50        60
orf25.pep    RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
             |||||||||||||||||||||||||||||||
orf25a       RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
            310       320       330
全长ORF25a核苷酸序列<SEQ ID 685>是：
   1  ATGTATCGGA AACTCATTGC GCTGCCGTTT GCCCTGCTGC TTGCCGCTTG
  51  CGGCAGGGAA GAACCGCCCA AGGCATTGGA ATGCGCCAAC CCCGCCGTGT
 101  TGCAANGCAT ACGCNGCAAT ATTCAGGAAA CGCTCACGCA GGAAGCGCGT
 151  TCTTTCGCGC GCGAAGACNG CANGCAGTTT GTCGATGCCG ACNAAATTAT
 201  CGCCGCCGCC TANGNTNNGN NGNTNTCTTT GGAACACGCT TCGGAAACGC
 251  AGGAAGGCGG GCGCACGTTC TGTNTCGCCG ATTTGAACAT TACCGTGCCG
 301  TCTGAAACGC TTGCCGATGC CAAGGCAAAC AGCCCCCTGC TGTACGGGGA
 351  AACCGCTTTG TCGGATATTG TGCGGCAGAA GACGGGCGGC AATGTCGAGT
 401  TTAAAGACGG CGTATTGACG GCAGCCGTCC GCTTCCTACC CGTCAAAGAC
 451  GGTCAGANGG CATTTGTCGA CAACACGGTC GGTATGGCGG CGCAAACGCT
 501  GTCTGCCGCG TTGCTGCCTT ACGGCGTGAA GAGCATCGTG ATGATAGACG
 551  GCAAGGCGGT AAAAAAAGAA GACGCGGTCA GGATTNTGAG CNGANAAGCC
 601  CGTGAANAAG AACCGTCCAA ANCCNNGCCC GAAGACATTT TGGAACATAA
 651  TGCCGCCGGA GGGGATGCAG ACGTACCCCA AGCCGGAGAA GACGCGCCCG
 701  AACCGGAAAT CCTGCATCCT GACGACGGCG AGCGTGCCGA TACCGTTACC
 751  GTATCACGGG GCGAAGTGGA AGAGGCGCGN GTACAAAACC AGCGTGCGGA
 801  ATCCGAAATT ACCAAACTTT GGGGAGGACT CGATACCGAC GTGCAAAAAG
 851  AGTTGGTCGG CGAANAACGC AAGTGGGCGC AGGAAAAAAT CAGCAACTGC
 901  CGACAAGCCG CCGCGCAGGC AGACCGGCAG GAATACGCCG AATACCTCAA
 951  GCTGCAATGC GACACGCGGA TGACGCGCGA ACGGATACAG TATCTTCGCG
1001  GCTATTCCAT CGATTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 686>：
   1  MYRKLIALPF ALLLAACGRE EPPKALECAN PAVLQXIRXN IQETLTQEAR
  51  SFAREDXXQF VDADXIIAAA XXXXXSLEHA SETQEGGRTF CXADLNITVP
 101  SETLADAKAN SPLLYGETAL SDIVRQKTGG NVEFKDGVLT AAVRFLPVKD
151  GQXAFVDNTV GMAAQTLSAA LLPYGVKSIV MIDGKAVKKE DAVRIXSXXA
201  REXEPSKXXP EDILEHNAAG GDADVPQAGE DAPEPEILHP DDGERADTVT
251  VSRGEVEEAR VQNQRAESEI TKLWGGLDTD VQKELVGEXR KWAQEKISNC
301  RQAAAQADRQ EYAEYLKLQC DTRMTRERIQ YLRGYSID*
ORF25a和ORF25-1在338个氨基酸的重叠区内显示出有93.5％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf25a.pep    MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQXIRXNIQETLTQEARSFAREDXXQF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||
orf25-1       MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQGIRGNIQETLTQEARSFAREDGRQF
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf25a.pep    VDADXIIAAAXXXXXSLEHASETQEGGRTFCXADLNITVPSETLADAKANSPLLYGETAL
              |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf25-1       VDADKIIAAAYGLAFSLEHASETQEGGRTFCIADLNITVPSETLADAKANSPLLYGETAL
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf25a.pep    SDIVRQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPVKDGQXAFVDNTVGMAAQTLSAALLPYGVKSIV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf25-1       SDIVRQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPVKDGQTAFVDNTVGMAAQTLSAALLPYGVKSIV
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf25a.pep    MIDGKAVKKEDAVRIXSXXAREXEPSKXXPEDILEHNAAGGDADVPQAGEDAPEPEILHP
              ||||||||||||||| |  ||| |||| :|||||||||||||| ||||:| |||||||||
orf25-1       MIDGKAVKKEDAVRILSGKAREEEPSKPTPEDILEHNAAGGDAGVPQAAEGAPEPEILHP
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf25a.pep    DDGERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEXRKWAQEKISNC
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
orf25-1       DDGERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNC
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330      339
orf25a.pep    RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25-1       RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
                     310       320       330
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF25和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF25ng)在60个氨基酸的重叠区内显示出有100％的相同性：
orf25.pep                                TDVQKELVGEQRKWAQEKISNCRQAAAQAD  30
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng    VTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNCRQAAAQAD 308
orf25.pep  RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSID  60
           ||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng    RQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSID 338
全长ORF25ng核苷酸序列<SEQ ID 687>是：
  1  ATGTATCGGA AACTCATTGC GCTGCCGTTT GCCCTGCTGC TTGCAGCGTG
 51  CGGCAGGGAA GAACCGCCCA AGGCGTTGGA ATGCGCCAAC CCCGCCGTGT
101  TGCAGGACAT ACGCGGCAGT ATTCAGGAAA CGCTCACGCA GGAAGCGCGT
151  TCTTTCGCGC GCGAAGACGG CAGGCAGTTT GTCGATGCCG ACAAAATTAT
201  CGCCGCCGCC TACGGTTTGG CGTTTTCTTT GGAACACGCT TCGGAAACGC
 251  AGGAAGGCGG GCGCACGTTC TGTATCGCCG ATTTGAACAT TACCGTGCCG
 301  TCTGAAACGC TTGCCGATGC CGAGGCAAAC AGCCCCCTGC TGTATGGGGA
 351  AACGTCTTTG GCAGACATCG TGCAGCAGAA GACGGGCGGC AATGTCGAGT
 401  TTAAAGACGG CGTATTGACG GCAGCCGTCC GCTTCCTGCC CGCCAAAGAC
 451  GCTCGGACGG CATTTATCGA CAACACGGTC GGTATGGCGA CGCAAACGCT
 501  GTCTGCCGCG TTGCTGCCTT ACGGCGTGAA GAGCATCGTG ATGATAGACG
 551  GCAAGGCGGT GACAAAAGAA GACGCGGTCA GGGTTTTGAG CGGCAAAGCC
 601  CGTGAAGAAG AACCGTCCAA ACCCACCCCC GAAGACATTT TGGAACACAA
 651  TGCCGCCGGC GGCGATGCGG GCGTACCCCA AGCCGCAGAA GGCGCACCCG
 701  AACCCGAAAT CCTGCATCCC GACGACGTCG AGCGTGCCGA TACCGTTACC
 751  GTATCACGGG GCGAAGTGGA AGAGGCGCGC GTACAAAACC AACGTGCGGA
 801  ATCCGAAATT ACCAAACTTT GGGGAGGACT CGATACCGAC GTGCAAAAAG
 851  AGTTGGTCGG CGAACAGCGC AAGTGGGCGC AGGAAAAAAT CAGcaactgc
 901  cgACAAGCCG CCGCGCAGGC AGACCGGCAG GAATACGCCG AATACCTCAA
 951  GCTCCAATGC GACACGCGGA TGACGCGCGA ACggaTACAG TATCTTCGCG
1001  GCTATTCCAT CGATTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 688>：
   1  MYRKLIALPF ALLLAACGRE EPPKALECAN PAVLQDIRGS IQETLTQEAR
  51  SFAREDGRQF VDADKIIAAA YGLAFSLEHA SETQEGGRTF CIADLNITVP
 101  SETLADAEAN SPLLYGETSL ADIVQQKTGG NVEFKDGVLT AAVRFLPAKD
 151  ARTAFIDNTV GMATQTLSAA LLPYGVKSIV MIDGKAVTKE DAVRVLSGKA
 201  REEEPSKPTP EDILEHNAAG GDAGVPQAAE GAPEPEILHP DDVERADTVT
 251  VSRGEVEEAR VQNQRAESEI TKLWGGLDTD VQKELVGEQR KWAQEKISNC
 301  RQAAAQADRQ EYAEYLKLQC DTRMTRERIQ YLRGYSID*
ORF25ng和ORF25-1在338个氨基酸的重叠区内显示出有95.9％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf25-1.pep  MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQGIRGNIQETLTQEARSFAREDGRQF
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:||||||||||||||||||||
orf25ng      MYRKLIALPFALLLAACGREEPPKALECANPAVLQDIRGSIQETLTQEARSFAREDGRQF
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf25-1.pep  VDADKIIAAAYGLAFSLEHASETQEGGRTFCIADLNITVPSETLADAKANSPLLYGETAL
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|
orf25ng      VDADKIIAAAYGLAFSLEHASETQEGGRTFCIADLNITVPSETLADAEANSPLLYGETSL
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf25-1.pep  SDIVRQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPVKDGQTAFVDNTVGMAAQTLSAALLPYGVKSIV
             :|||:||||||||||||||||||||||:||::|||:|||||||:||||||||||||||||
orf25ng      ADIVQQKTGGNVEFKDGVLTAAVRFLPAKDARTAFIDNTVGMATQTLSAALLPYGVKSIV
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf25-1.pep  MIDGKAVKKEDAVRILSGKAREEEPSKPTPEDILEHNAAGGDAGVPQAAEGAPEPEILHP
             ||||||| ||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng      MIDGKAVTKEDAVRVLSGKAREEEPSKPTPEDILEHNAAGGDAGVPQAAEGAPEPEILHP
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf25-1.pep  DDGERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNC
             || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng      DDVERADTVTVSRGEVEEARVQNQRAESEITKLWGGLDTDVQKELVGEQRKWAQEKISNC
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330      339
orf25-1.pep  RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf25ng      RQAAAQADRQEYAEYLKLQCDTRMTRERIQYLRGYSIDX
                310    320    330
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在一个预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点(下划线))，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF25-1(37kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图16A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图16B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，对小鼠血清进行Western印迹(图16C)，ELISA(阳性结果)，和FACS分析(图16D)。这些实验确认ORF25-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
图16E显示出ORF25-1的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。
实施例82
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 689>
   1  ATGCAGCTGA TCGACTATTC ACATTCATTT TTCTCGGTTG TGCCACCCTT
  51  TTTGGCACTG GCACTTGCCG TCATTACCCG CCGCGTACTG CTGTCTTTAG
 101  GCATCGGTAT TCTGGwysGC GTTGCCTTTT TGGTCGGCGG CAACCCCGTC
 151  GACGGTCTGA CACACCTGAA AGACATGGTC GTCGGCTTGG CTTGGTCAGA
 201  CGsyGATTGG TCGCTGGGCA AACCAAAAAT CTTGGTTTTC CkGATACTTT
 251  TGGGTATTTT TACTTCCCTG CTGACCTACT CCGGCAGCAA T.........
                                             //
 851  .......... .......... .......... ........AC TTCGCTGGTA
 901  TTCGGCGGCA CTTGCGGCGT CTTTGCCGTC GTTCTCTGCA CGCTCGGCAC
 951  GATTAAAACC GCCGACTATC CCAAAGCCGT TTGGCAGGGT GCGAAATCTA
1001  TGTTCGGCGC AATCGCCATT TTAATCCTCG CTTGGCTCAT CAGTACGGTT
1051  GTCGGCGAAA TGCACACCGG CGATTACCTC TCCACACTGG TTGCGGGCAA
1101  CATCCATCCC GGCTTCCTGC CCGTCATCCT CTTCCTGCTC GCCAGCGTGA
1151  TGGCGTTTGC CACAGGCACA AGCTGGGGGA CGTTCGGCAT TATGCTGCCG
1201  ATTGCCGCCG CCATGGCGGT CAAAGTCGAA CCCGCGCTGA TTATCCCGTG
1251  TATGTCCGCA GTAATGGCGG GGGCGGTATG CGGCGACCAC TGCTCGCCCA
1301  TTTCCGACAC GACCATCCTG TCGTCCACCG GCGCGCGCTG CAACCACATC
1351  GACCACGTTA CCTCGCAACT GCCTTACGCC TTAACCGTTG CCGCCGCCGC
1401  CGCATCGGGC TACCTCGCAT TGGGTCTGAC AAAATCCGCG CTGTTGGGCT
1451  TTGGCACGAC AGGCATTGTA TTGGCGGTGC TGATTTTTCT GTTGAAAGAT
1501  AAAAAA..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 690；ORF26>：
   1  MQLIDYSHSF FSVVPPFLAL ALAVITRRVL LSLGIGILXX VAFLVGGNPV
  51  DGLTHLKDMV VGLAWSDXDW SLGKPKILVF XILLGIFTSL LTYSGSN...
                                             //
 251  .......... .......... .......... .......... ......TSLV
 301  FGGTCGVFAV VLCTLGTIKT ADYPKAVWQG AKSMFGAIAI LILAWLISTV
 351  VGEMHTGDYL STLVAGNIHP GFLPVILFLL ASVMAFATGT SWGTFGIMLP
 401  IAAAMAVKVE PALIIPCMSA VMAGAVCGDH CSPISDTTIL SSTGARCNHI
 451  DHVTSQLPYA LTVAAAAASG YLALGLTKSA LLGFGTTGIV LAVLIFLLKD
 501  KK..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 691>：
   1  ATGCAGCTGA TCGACTATTC ACATTCATTT TTCTCGGTTG TGCCACCCTT
  51  TTTGGCACTG GCACTTGCCG TCATTACCCG CCGCGTACTG CTGTCTTTAG
 101  GCATCGGTAT TCTGGTCGGC GTTGCCTTTT TGGTCGGCGG CAACCCCGTC
 151  GACGGTCTGA CACACCTGAA AGACATGGTC GTCGGCTTGG CTTGGTCAGA
 201  CGGCGATTGG TCGCTGGGCA AACCAAAAAT CTTGGTTTTC CTGATACTTT
 251  TGGGTATTTT TACTTCCCTG CTGACCTACT CCGGCAGCAA TCAGGCGTTT
 301  GCCGACTGGG CAAAACGGCA CATTAAAAAC CGGCGCGGCG CGAAAATGCT
 351  GACCGCCTGC CTCGTGTTCG TAACCTTTAT CGACGACTAT TTCCACAGTC
 401  TCGCCGTCGG TGCGATTGCC CGCCCCGTTA CCGACAAGTT TAAAGTTTCC
 451  CGCACCAAAC TCGCCTACAT CCTCGACTCC ACTGCCGCTC CTATGTGCGT
 501  GCTGATGCCC GTTTCAAGCT GGGGCGCGTC GATTATCGCC ACGCTTGCCG
 551  GACTGCTCGT TACCTACAAA ATCACCGAAT ACACGCCGAT GGGGACGTTT
 601  GTCGCCATGA GCCTGATGAA CTATTACGCA CTGTTTGCCC TGATTATGGT
 651  GTTCGTCGTC GCATGGTTTT CCTTCGACAT CGGCTCGATG GCACGTTTCG
 701  AACAAGCCGC GTTGAACGAA GCCCACGATG AAACTGCCGT TTCAGACGCT
 751  ACCAAAGGTC GTGTTTACGC ACTGATTATT CCCGTTTTGG CCTTAATCGC
 801  CTCAACGGTT TCCGCCATGA TCTACACCGG CGCGCAGGCA AGCGAAACCT
 851  TCAGCATTTT GGGGGCATTT GAAAACACGG ACGTAAACAC TTCGCTGGTA
 901  TTCGGCGGCA CTTGCGGCGT CCTTGCCGTC GTTCTCTGCA CGCTCGGCAC
 951  GATTAAAACC GCCGACTATC CCAAAGCCGT TTGGCAGGGT GCGAAATCTA
1001  TGTTCGGCGC AATCGCCATT TTAATCCTCG CTTGGCTCAT CAGTACGGTT
1051  GTCGGCGAAA TGCACACCGG CGATTACCTC TCCACACTGG TTGCGGGCAA
1101  CATCCATCCC GGCTTCCTGC CCGTCATCCT CTTCCTGCTC GCCAGCGTGA
1151  TGGCGTTTGC CACAGGCACA AGCTGGGGGA CGTTCGGCAT TATGCTGCCG
1201  ATTGCCGCCG CCATGGCGGT CAAAGTCGAA CCCGCGCTGA TTATCCCGTG
1251  TATGTCCGCA GTAATGGCGG GGGCGGTATG CGGCGACCAC TGCTCGCCCA
1301  TTTCCGACAC GACCATCCTG TCGTCCACCG GCGCGCGCTG CAACCACATC
1351  GACCACGTTA CCTCGCAACT GCCTTACGCC TTAACCGTTG CCGCCGCCGC
1401  CGCATCGGGC TACCTCGCAT TGGGTCTGAC AAAATCCGCG CTGTTGGGCT
1451  TTGGCACGAC AGGCATTGTA TTGGCGGTGC TGATTTTTCT GTTGAAAGAT
1501  AAAAAACGCG CCAACGCCTG A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 692；ORF26-1>：
   1  MQLIDYSHSF FSVVPPFLAL ALAVITRR VL LSLGIGILVG VAFLVGGNPV
  51  DGLTHLKDMV VGLAWSDGDW SLGKPK ILVF LILLGIFTSL LTYSGSNQAF
 101  ADWAKRHIKN R RGAKMLTAC LVFVTFIDDY FHSLAVGAIA RPVTDKFKVS
 151  RTKLAYILDS TAAPMCVLMP  VSSWGASIIA TLAGLLVTYK ITEYTPMGTF
 201  VAMSLMNYYA  LFALIMVFVV AWFSFDIGSM ARFEQAALNE AHDETAVSDA
 251  TKGRVYA LII PVLALIASTV SAMIYTGAQA SETFSILGAF ENTDVNTS LV
 301  FGGTCGVLAV VLCTLGTIKT ADYPKAVWQG AKSM FGAIAI LILAWLISTV
 351  VGEMHTGDYL STLVAGNIHP  GFLPVILFLL ASVMAFATGT SW GTFGIMLP
 401  IAAAMAVKVE P ALIIPCMSA VMAGAVCGDH CSPISDTTIL SSTGARCNHI
 451  DHVTSQLPY A LTVAAAAASG YLALGLTKSA  LLGFGTTGIV LAVLIFLLKD
 501  KKRANA*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与流感嗜血菌的假设跨膜蛋白HI1586(登录号为P44263)的同源性
ORF26和HI1586在N端和C端的97和221个氨基酸重叠区内分别显示出有53％和49％的氨基酸相同性：
Orf26  1   MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVXXXXXXXXXXXVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV 60
           M+LID+S S +S+VP  LA+ LA+ TRRV              L          +L   V
HI1586 14  MELIDFSSSVWSIVPALLAIILAIATRRVLVSLSAGIIIGSLMLSDWQIGSAFNYLVKNV 73
Orf26  61  VGLAWSDXDWSLGKPKILVFXILLGIFTSLLTYSGSN 97
           V L ++D + +     I++F +LLG+ T+LLT SGSN
HI1586 74  VSLVYADGEIN-SNMNIVLFLLLLGVLTALLTVSGSN 109
                                                 //
Orf26  86  IFTSLLTYSGS--NTSLVFGGTCGVFAVVLCTL--GTIKTADYPKAVWQGAKSMFGXXXX 141
           +F+ L T+  +   TSLV GG C +    L  +    +   +Y ++   G KSM G
HI1586 299 VFSVLGTFENTVVGTSLVVGGFCSIIISTLLIILDRQVSVPEYVRSWIVGIKSMSGAIAI 358
Orf26  142 XXXXXXXSTVVGEMHTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLP 201
                  + +VG+M TG YLS+LV+GNI   FLPVILF+L + MAF+TGTSWGTFGIMLP
HI1586 359 LFFAWTINKIVGDMQTGKYLSSLVSGNIPMQFLPVILFVLGAAMAFSTGTSWGTFGIMLP 418
Orf26  202 IAAAMAVKVEPALIIPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQXXXX 261
           IAAAMA    P L++PC+SAVMAGAVCGDHCSP+SDTTILSSTGA+CNHIDHVT+Q
HI1586 419 IAAAMAANAAPELLLPCLSAVMAGAVCGDHCSPVSDTTILSSTGAKCNHIDHVTTQLPYA 478
Orf26  262 XXXXXXXXXXXXXXXXXKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDK 302
                             S L GF  T + L V+IF +K +
HI1586 479 ATVATATSIGYIVVGFTYSGLAGFAATAVSLIVIIFAVKKR 519
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF26和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF26a)在502个氨基酸的重叠区内显示出有58.2％的相同性：
                   10        20          30        40         50        60
orf26.pep  MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRR VLLSLGIGILXXVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
           ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||
orf26a     MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRR VLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
                   10        20          30        40         50        60
                   70        80        90       99
orf26.pep  VGLAWSDXDWSLGKPK ILVFXILLGIFTSLLTYSGSNXX---------------------
           |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||
orf26a     VGLAWSDGDWSLGKPK XLVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
                   70         80        90        100       110       120
orf26.pep  ------------------------------------------------------------
orf26a     LVFVTFIDDYFHSLAVGAXARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTAAPMCVLMP VSSWGASIIA
                  130       140       150       160       170       180
orf26.pep  ------------------------------------------------------------
orf26a     TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYA LFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
                  190       200       210       220       230       240
                                                     100       110
orf26.pep  --------------------------------------------------------TSLV
                                                                   ||||
orf26a     AHDETAVSDGSWGRVYA LIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTS LV
                  250       260       270       280       290       300
             120       130       140       150       160       170
orf26.pep  FGGTCGVFAVVLCTLGTIKTADYPKAVWQGAKSM FGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
           |||||||:||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26a     FGGTCGVLAVVLCTLGTIKIADYPKAVWQGAKSM FGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
                  310       320       330       340       350       360
             180       190       200       210       220       230
orf26.pep  STLVAGNIHP GFLPVILFLLASVMAFATGTSW GTFGIMLPIAAAMAVKVEP ALIIPCMSA
           |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |: |:||||||||
orf26a     STLVAGNIHP GFLXVILFLLASVMAFATGTSW GTFGIMLPIAAAMAVKVDP SLIIPCMSA
                  370        380        390        400       410         420
             240        250       260         270       280         290
orf26.pep    VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPY ALTVAAAAASGYLALGLTKSA
             |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
orf26a       VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPY ALTVAAAAASGYLALGLTKSA
                    430        440       450       460        470        480
               300       310
orf26.pep    LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKK
             ||||||:|||||||||| |||||
orf26a       LLGFGXTGIVLAVLIFLLKDKKRANAX
                    490        500
全长ORF26a核苷酸序列<SEQ ID 693>是：
   1  ATGCAGCTGA TCGACTATTC ACATTCATTT TTCTCGGTTG TGCCACCCTT
  51  TTTGGCACTG GCACTTGCCG TCATTACCCG CCGCGTACTG CTGTCTTTAG
 101  GCATCGGTAT TCTGGTCGGC GTTGCCTTTT TGGTCGGCGG CAACCCCGTC
 151  GACGGTCTGA CACACCTGAA AGACATGGTC GTCGGCTTGG CTTGGTCAGA
 201  CGGCGATTGG TCGCTGGGCA AACCAAAANT CTTGGTTTTC CTGATACTTT
 251  TGGGTATTTT TACTTCCCTG CTGACCTACT CCGGCAGCAA TCAGGCGTTT
 301  GCCGACTGGG CAAAACGGCA CATTAAAAAC CGGCGCGGCG CGAAAATGCT
 351  GACCGCCTGC CTCGTGTTCG TAACCTTTAT CGACGACTAT TTCCACAGTC
 401  TCGCCGTCGG TGCGNTTGCC CGCCCCGTTA CCGACAAGTT TAAAGTTTCC
 451  CGCGCCAAAC TCGCCTACAT CCTCGACTCC ACTGCCGCGC CTATGTGCGT
 501  GCTGATGCCC GTTTCAAGCT GGGGCGCGTC GATTATCGCC ACGCTTGCCG
 551  GACTGCTCGT TACCTACAAA ATCACCGAAT ACACGCCGAT GGGGACGTTT
 601  GTCGCCATGA GCCTGATGAA CTATTACGCA CTGTTTGCCC TGATTATGGT
 651  GTTCGTCGTC GCATGGTTCT CCTTCGACAT CGGCTCGATG GCACGTTTCG
 701  AACAAGCCGC GTTGAACGAA GCCCACGATG AAACTGCCGT TTCAGACGGC
 751  AGCTGGGGCA GGGTTTACGC ATTGATTATT CCCGTTTTGG CCTTAATCGC
 801  CTCAACGGTT TCCGCCATGA TCTACACCGG TGCACAGGCA AGCGAAACCT
 851  TCAGCATTTT GGGTGCATTT GAAAATACGG ACGTGAACAC TTCGCTGGTA
 901  TTCGGCGGCA CTTGCGGCGT GCTTGCCGTC GTCCTCTGCA CGCTCGGCAC
 951  GATTAAAATC GCCGATTATC CCAAAGCCGT TTGGCAGGGT GCGAAATCCA
1001  TGTTCGGCGC AATCGCCATT TTAATCCTTG CCTGGCTCAT CAGTACGGTT
1051  GTCGGCGAAA TGCACACAGG CGACTACCTC TCCACGCTGG TTGCGGGCAA
1101  CATCCATCCC GGCTTCCTGN CCGTCATCCT TTTCCTGCTC GCCAGCGTGA
1151  TGGCGTTTGC CACAGGCACA AGCTGGGGGA CGTTCGGCAT CATGCTGCCG
1201  ATTGCCGCCG CCATGGCGGT CAAAGTCGAT CCCTCACTGA TTATCCCGTG
1251  TATGTCCGCC GTGATGGCGG GGGCGGTATG CGGCGACCAC TGCTCGCCCA
1301  TTTCCGACAC GACCATCCTG TCGTCCACCG GCGCGCGCTG CAACCACATC
1351  GACCACGTTA CNTCGCAACT GCCTTACGCC TTAACCGTTG CCGCCGCCGC
1401  CGCATCGGGN TACCTCGCAT TGGGTCTGAC AAAATCCGCG CTGTTGGGTT
1451  TTGGCANGAC AGGCATTGTA TTGGCGGTGC TGATTTTTCT GTTGAAAGAT
1501  AAAAAACGCG CCAACGCCTG A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 694>：
   1  MQLIDYSHSF FSVVPPFLAL ALAVITRR VL LSLGIGILVG VAFLVGGNPV
  51  DGLTHLKDMV VGLAWSDGDW SLGKPK XLVF LILLGIFTSL LTYSGSNQAF
 101  ADWAKRHIKN R RGAKMLTAC LVFVTFIDDY FHSLAVGAXA RPVTDKFKVS
 151  RAKLAYILDS TAAPMCVLMP  VSSWGASIIA TLAGLLVTYK ITEYTPMGTF
 201  VAMSLMNYYA  LFALIMVFVV AWFSFDIGSM ARFEQAALNE AHDETAVSDG
 251  SWGRVYA LII PVLALIASTV SAMIYTGAQA SETFSILGAF ENTDVNT SLV
 301  FGGTCGVLAV VLCTLGTIKI ADYPKAVWQG AKSM FGAIAI LILAWLISTV
 351  VGEMHTGDYL STLVAGNIHP  GFLXVILFLL ASVMAFATGT SW GTFGIMLP
 401  IAAAMAVKVD P SLIIPCMSA VMAGAVCGDH CSPISDTTIL SSTGARCNHI
 451  DHVTSQLPY A LTVAAAAASG YLALGLTKSA  LLGFGXTGIV LAVLIFLLKD
 501  KKRANA*
ORF26a和ORF26-1在506个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf26a.pep    MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26-1       MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf26a.pep    VGLAWSDGDWSLGKPKXLVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
              |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26-1       VGLAWSDGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf26a.pep    LVFVTFIDDYFHSLAVGAXARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTAAPMCVLMPVSSWGASIIA
              |||||||||||||||||| |||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf26-1       LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRTKLAYILDSTAAPMCVLMPVSSWGASIIA
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf26a.pep    TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26-1       TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf26a.pep    AHDETAVSDGSWGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
              |||||||||:: ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26-1       AHDETAVSDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf26a.pep    FGGTCGVLAVVLCTLGTIKIADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
              ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26-1       FGGTCGVLAVVLCTLGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400       410       420
orf26a.pep    STLVAGNIHPGFLXVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVDPSLIIPCMSA
              ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||||||
orf26-1       STLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSA
                     370       380       390       400       410       420
                     430       440       450       460       470       480
orf26a.pep    VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26-1       VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
                     430       440       450       460       470       480
                     490       500
orf26a.pep    LLGFGXTGIVLAVLIFLLKDKKRANAX
              |||||:|||||||||||||||||||||
orf26-1       LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRANAX
                     490       500
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF26和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF26ng)在N端和C端的97和206个氨基酸的重叠区内分别显示出有94.8％和99％的相同性：
orf26.pep  MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILXXVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV  60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
orf26ng    MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV  60
orf26.pep  VGLAWSDXDWSLGKPKILVFXILLGIFTSLLTYSGSN                          97
           |||||:| |||||||||||| ||||||||||||||||
orf26ng    VGLAWADGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRCGAKMLTAC  120
                                               //
orf26.pep                                TSLVFGGTCGVFAVVLCTLGTIKTADYPKA  326
                                         |||||||||||:||||||:|||||||||||
orf26ng    ASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLVFGGTCGVLAVVLCTFGTIKTADYPKA  326
orf26.pep  VWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAF  386
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng    VWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAF  386
orf26.pep  ATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGAR  446
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng    ATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGAR  446
orf26.pep  CNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKK      502
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng    CNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRADV  506
全长ORF26ng核苷酸序列<SEQ ID 695>是：
   1  ATGCAGCTGA TTGACTATTC ACATTCATTT TTCTCGGTTG TGCCACCCTT
  51  TTTGGCACTG GCACTTGCCG TCATTACCCG CCGCGTACTG CTGTCTTTAG
 101  GCATCGGTAT TTTGGTCGGC GTTGCCTTTT TGGTCGGCGG CAACCCCGTC
 151  GACGGTCTGA CACACCTGAA AGACATGGTC GTCGGCTTGG CTTGGGCAGA
 201  CGGCGATTGG TCGCTGGGCA AACCAAAAAT CTTGGTTTTC CTGATACTTT
 251  TGGGCATTTT CACTTCACTG CTGACCTACT CCGGCAGCAA TCAGGCGTTT
 301  GCCGACTGGG CAAAACGGCA CATTAAAAAC CGGTGCGGCG CGAAAATGCT
 351  GACCGCCTGC CTCGTGTTCG TAACCTTTAT CGACGACTAT TTCCACAGCC
 401  TCGCCGTCGG TGCGATTGCC CGCCCCGTTA CCGACAAGTT TAAAGTTTCC
 451  CGCGCCAAAC TCGCCTACAT CCTCGACTCC ACTGCCTCGC CCATGTGCGT
 501  GCTGATGGCC GTTTCAAGCT GGGGCGCGTC GATTATCGCC ACGCTTGCCG
 551  GATTGCTCGT TACCTACAAA ATTACCGAAT ACACGCCGAT GGGGACGTTT
 601  GTCGCCATGA GCCTGATGAA CTATTACGCG CTGTTTGCCC TGATTATGGT
 651  ATTCGTCGTC GCATGGTTCT CCTTCGACAT CGGCTCGAtg gCGCGTTTCG
 701  AACAGGCTGC GTTGAACGAA gcccaggacg aaaccgccgc tTCAGACgCT
 751  ACCAAAGGTC GTGTTTACGC ATTGATTATT CCCGTTTTGG CCTTAATCGC
 801  CTCAACGGTT TCCGCCATGA TCTACACCGG CGCGCAGGCA AGCGAAACCT
 851  TCAGCATTTT GGGGGCATTT GAAAATACCG ACGTAAACAC TTCGCTGGTA
 901  TTCGGCGGCA CTTGCGGCGT GCTTGCCGTC GTCCTCTGCA CGTTCGGCAC
 951  GATTAAAACC GCCGATTATC CCAAAGCCGT GTGGCAGGGT GCGAAATCCA
1001  TGTTCGGCGC AATCGCCATT TTAATCCTCG CCTGGCTCAT CAGTACGGTT
1051  GTCGGCGAAA TGCACACGGG CGACTACCTC TCCACGCTGG TTGCGGGCAA
1101  CATCCATCCC GGCTTCCTGC CCGTCATCCT CTTCCTGCTC GCCAGCGTGA
1151  TGGCGTTTGC CACAGGCACA AGCTGGGGGA CGTTCGGCAT TATGCTGCCG
1201  ATTGCCGCCG CCATGGCGGT CAAAGTCGAA CCCGCGCTGA TTAtcccGTG
1251  TATGTCCGCA GTAATGGCGG GGGCGGTATG CGGCGACCAC TGTTCGCCCA
1301  TCTCCGACAC GACCATCCTG TCGTCCACCG GCGCGCGCTG CAACCACATC
1351  GACCACGTTA CCTCGCAACT GCCTTATGCC CTGACGGTTG CCGCCGCCGC
1401  CGCATCGGGC TACCTCGCAT TGGGTCTGAC AAAATCCGCG CTGTTGGGCT
1451  TTGGCACGAC CGGTATTGTA TTGGCGGTGC TGATTTTTCT GTTGAAAGAT
1501  AAAAAACGCG CCGACGTTTG A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 696>：
   1  MQLIDYSHSF FSVVPPFLAL ALAVITRR VL LSLGIGILVG VAFLVGGNPV
  51  DGLTHLKDMV VGLAWADGDW SLGKPK ILVF LILLGIFTSL LTYSGSNQAF
 101  ADWAKRHIKN R CGAKMLTAC LVFVTFIDDY FHSLAVGAIA RPVTDKFKVS
 151  RAKLAYILDS TASPMCVLMP  VSSWGASIIA TLAGLLVTYK ITEYTPMGTF
 201  VAMSLMNYYA  LFALIMVFVV AWFSFDIGSM ARFEQAALNE AQDETAASDA
 251  TKGRVYA LII PVLALIASTV SAMIYTGAQA SETFSILGAF ENTDVNTS LV
 301  FGGTCGVLAV VLCTFGTIKT ADYPKAVWQG AKSM FGAIAI LILAWLISTV
 351  VGEMHTGDYL STLVAGNIHP  GFLPVILFLL ASVMAFATGT SW GTFGIMLP
 401  IAAAMAVKVE P ALIIPCMSA VMAGAVCGDH CSPISDTTIL SSTGARCNHI
 451  DHVTSQLPY A LTVAAAAASG YLALGLTKSA  LLGFGTTGIV LAVLIFLLKD
 501  KKRADV*
ORF26ng和ORF26-1在505个氨基酸的重叠区内显示出有98.4％的相同性：
                       10        20        30        40        50        60
orf26-1.pep    MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng        MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRVLLSLGIGILVGVAFLVGGNPVDGLTHLKDMV
                       10        20        30        40        50        60
                       70        80        90       100       110       120
orf26-1.pep    VGLAWSDGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRRGAKMLTAC
               |||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf26ng        VGLAWADGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRCGAKMLTAC
                       70        80        90       100       110       120
                      130       140       150       160       170       180
orf26-1.pep    LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRTKLAYILDSTAAPMCVLMPVSSWGASIIA
               |||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||:|||||||||||||||||
orf26ng        LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTASPMCVLMPVSSWGASIIA
                      130       140       150       160       170       180
                      190       200       210       220       230       240
orf26-1.pep    TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng        TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE
                      190       200       210       220       230       240
                      250       260       270       280       290       300
orf26-1.pep    AHDETAVSDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
               |:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng        AQDETAASDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQASETFSILGAFENTDVNTSLV
                      250       260       270       280       290       300
                      310       320       330       340       350       360
orf26-1.pep    FGGTCGVLAVVLCTLGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
               ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng        FGGTCGVLAVVLCTFGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGAIAILILAWLISTVVGEMHTGDYL
                      310       320       330       340       350       360
                      370       380       390       400       410       420
orf26-1.pep    STLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng        STLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALIIPCMSA
                      370       380       390       400       410       420
                      430       440       450       460       470       480
orf26-1.pep    VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf26ng        VMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQLPYALTVAAAAASGYLALGLTKSA
                      430       440       450       460       470       480
                      490       500
orf26-1. pep   LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRANAX
               ||||||||||||||||||||||||::
orf26ng        LLGFGTTGIVLAVLIFLLKDKKRADVX
                      490       500
另外，ORF26ng显示出与一种假设的流感嗜血菌蛋白明显同源：
sp|P44263|YF86_HAEIN假设蛋白HI1586＞gi|1074850|pir||C64037假设
protein HI1586-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)＞gi|1574427(U32832)流感嗜血菌预计编码区HI1586[流感嗜血菌]长度＝519
评分＝538位(1370)，估计值＝e-152
相同性＝280/507(55％)，阳性＝346/507(68％)，空隙＝7/507(1％)
询问：1   MQLIDYSHSFFSVVPPFLALALAVITRRXXXXXXXXXXXXXAFLVGGNPVDGLTHLKDMV 60
           M+LID+S S +S+VP LA+ LA+ TRR                L          +L   V
目标：14  MELIDFSSSVWSIVPALLAIILAIATRRVLVSLSAGIIIGSLMLSDWQIGSAFNYLVKNV 73
询问：61  VGLAWADGDWSLGKPKILVFLILLGIFTSLLTYSGSNQAFADWAKRHIKNRCGAKMLTAC 120
           V L +ADG+ +     I++FL+LLG+ T+LLT SGSN+AFA+WA+  IK R GAK+L A
目标：74  VSLVYADGEIN-SNMNIVLFLLLLGVLTALLTVSGSNRAFAEWAQSRIKGRRGAKLLAAS 132
询问：121 LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDKFKVSRAKLAYILDSTASPMCVLMPVSSWGASIIA 180
           LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTD+FKVSRAKLAYILDSTA+PMCV+MPVSSWGA II
目标：133 LVFVTFIDDYFHSLAVGAIARPVTDRFKVSRAKLAYILDSTAAPMCVMMPVSSWGAYIIT 192
询问：181 TLAGLLVTYKITEYTPMGTFVAMSLMNYYALFALIMVFVVAWFSFDIGSMARFEQAALNE 240
            + GLL TY ITEYTP+G FVAMS MN+YA+F++IMVF VA+FSFDI SM R E+ AL
目标：193 LIGGLLATYSITEYTPIGAFVAMSSMNFYAIFSIIMVFFVAYFSFDIASMVRHEKLALKN 252
询问：241 AQDETAASDATKGRVYALIIPVLALIASTVSAMIYTGAQA----SETFSILGAFENTDVN 296
            +D+      TKG+V  LI+P+L LI +TVS MIYTGA+A     + FS+LG FENT V
目标：253 TEDQLEEETGTKGQVRNLILPILVLIIATVSMMIYTGAEALAADGKVFSVLGTFENTVVG 312
询问：297 TSLVFGGTCGVL--AVVLCTFGTIKTADYPKAVWQGAKSMFGXXXXXXXXXXXSTVVGEM 354
           TSLV GG C ++   +++     +   +Y ++   G KSM G           + +VG+M
目标：313 TSLVVGGFCSIIISTLLIILDRQVSVPEYVRSWIVGIKSMSGAIAILFFAWTINKIVGDM 372
询问：355 HTGDYLSTLVAGNIHPGFLPVILFLLASVMAFATGTSWGTFGIMLPIAAAMAVKVEPALI 414
            TG YLS+LV+GNI   FLPVILF+L + MAF+TGTSWGTFGIMLPIAAAMA    P L+
目标：373 QTGKYLSSLVSGNIPMQFLPVILFVLGAAMAFSTGTSWGTFGIMLPIAAAMAANAAPELL 432
询问：415 IPCMSAVMAGAVCGDHCSPISDTTILSSTGARCNHIDHVTSQXXXXXXXXXXXXXXXXXX 474
           +PC+SAVMAGAVCGDHCSP+SDTTILSSTGA+CNHIDHVT+Q
目标：433 LPCLSAVMAGAVCGDHCSPVSDTTILSSTGAKCNHIDHVTTQLPYAATVATATSIGYIVV 492
询问：475 XXXKSALLGFGTTGIVLAVLIFLLKDK 501
               S L GF  T + L V+IF +K +
目标：493 GFTYSGLAGFAATAVSLIVIIFAVKKR 519
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例83
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 697>：
  1  ..AAGCAATGGT ATGCCGACGN .AGTATCAAG ACGGAAATGG TTATGGTCAA
 51    CGATGAGCCT GCCAAAATTC TGACTTGGGA TGAAAGCGGC CGATTACTCT
101    CGGAACTGTC TATCCGCCAC CATCAACGCA ACGGGGTGGT TTTGGAGTGG
151    TATGAAGATG GTTCTAAAAA GAGCGAAGT. GTTTATCAGG ATGACAAGTT
201    GGTCAGGAAA ACCCAGTGGG ATAAGGATGG TTATTTAATC GAACCCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 698；ORF27>：
  1  ..KQWYADXSIK TEMVMVNDEP AKILTWDESG RLLSELSIRH HQRNGVVLEW
 51    YEDGSKKSEX VYQDDKLVRK TQWDKDGYLI EP*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 699>：
  1  ATGAAAAAAT TATCTCGGAT TGTATTTTCA ACTGTCCTGT TGGGTTTTTC
 51  GGCCGCTTTG CCGGCGCAGA CCTATTCTGT TTATTTTAAT CAGAACGGAA
101  AGCTGACGGC GACGATGTCT TCTGCCGCTT ATATCAGGCA ATATAGTGTG
151  GTGGCGGGTA TTGCGCACGC GCAGGATTTT TATTATCCGT CGATGAAGAA
201  ATATTCTGAA CCTTATATCG TTGCTTCAAC GCAAATCAAA TCTTTTGTGC
251  CTACCCTGCA AAACGGTATG TTGATTTTGT GGCATTTTAA TGGTCAGAAA
301  AAAATGGCGG GGGGCTTCAG CAAGGGTAAG CCGGACGGGG AGTGGGTCAA
351  CTGGTATCCG AACGGTAAAA AATCTGCCGT TATGCCTTAT AAAAATGGCT
401  TGAGTGAGGG TACGGGATAC CGCTATTACC GTAACGGCGG CAAGGAAAGC
451  GAAATCCAGT TTAAGCAAAA TAAGGCAAAC GGCGTATGGA AGCAATGGTA
501  TGCCGACGGC AGTATCAAGA CGGAAATGGT TATGGTCAAC GATGAGCCTG
551  CCAAAATTCT GACTTGGGAT GAAAGCGGCC GATTACTCTC GGAACTGTCT
601  ATCCGCCACC ATCAACGCAA CGGGGTGGTT TTGGAGTGGT ATGAAGATGG
651  TTCTAAAAAG AGCGAAGCTG TTTATCAGGA TGACAAGTTG GTCAGGAAAA
701  CCCAGTGGGA TAAGGATGGT TATTTAATCG AACCCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 700；ORF27-1>：
  1  MKKLSRIVFS TVLLGFSAAL PAQTYSVYFN QNGKLTATMS SAAYIRQYSV
 51  VAGIAHAQDF YYPSMKKYSE PYIVASTQIK SFVPTLQNGM LILWHFNGQK
101  KMAGGFSKGK PDGEWVNWYP NGKKSAVMPY KNGLSEGTGY RYYRNGGKES
151  EIQFKQNKAN GVWKQWYADG SIKTEMVMVN DEPAKILTWD ESGRLLSELS
201  IRHHQRNGVV LEWYEDGSKK SEAVYQDDKL VRKTQWDKDG YLIEP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF27和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF27a)在82个氨基酸的重叠区内显示出有91.5％的相同性：
                                                 10        20        30
orf27.pep                                KQWYADXSIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG
                                         |||||| :||||||||||||||||||||||
orf27a     LSEGTGXRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGNIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG
               140       150       160       170       180       190
                   40        50        60        70        80
orf27.pep  RLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEXVYQDDKLVRKTQWDKDGYLIEPX
           ||||||||:|| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
orf27a     RLLSELSIHHHXRNGVVLEWYEDGSKKXEAVYQDDKLVRKTQWDXDGYLIEPX
               200       210       220       230       240
全长ORF27a核苷酸序列<SEQ ID 701>是：
  1  ATGAAAAAAT TATCTCGGAT TGTATTTTCA ACTGTCCTGT TGGGTTTTTC
 51  GGCCGCTTTG CCGGCGCAGA NCTATTCTGT TTATTTTAAT CAGAACGGGA
101  AACTGACGGC GACGNTGTCT TCTGCCGCNT ATATCAGGCA ATATAGTGTG
151  GCGGAGGGTA TTGCGCACGC GCAGGANTTT TANTATCCGT CGATGAAGAA
201  ATATTCCGAA CCTTATATCG TTGCTTCAAC GCAAATCAAA TCTTTTGTGC
251  CTACCCTGCA AAACGGTATG TTGATTTTGT GGCATTTTAA NGGTCAGAAA
301  AAAATGGCNG GGGGCTTCAG CAAGGGTAAG CCGGACGGGG AGTGGGTCAA
351  CTGGTATCCG AACGGTAAAA AATCTGCCGT TATGCCTTAT AAAAATGGTT
401  TGAGTGAAGG TACGGGGTNN CGCTATTACC GTAACGGCGG CAAGGAAAGC
451  GAAATCCAGT TTAAACAGAA TAAGGCAAAC GGCGTATGGA AGCAATGGTA
501  TGCCGACGGC AATATCAAAA CGGAAATGGT TATGGTCAAT GATGAGCCTG
551  CCAAAATTCT GACATGGGAT GAAAGCGGTC GATTACTCTC GGAACTGTCT
601  ATCCATCATC ATNAACGTAA TGGAGTAGTC TTAGAGTGGT ATGAAGATGG
651  TTCTAAAAAG ANTGAAGCTG TTTATCAGGA TGATAAGTTG GTCAGGAAAA
701  CCCAGTGGGA TAANGATGGT TATTTAATCG AACCCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 702>：
  1  MKKLSRIVFS TVLLGFSAAL PAQXYSVYFN QNGKLTATXS SAAYIRQYSV
 51  AEGIAHAQXF XYPSMKKYSE PYIVASTQIK SFVPTLQNGM LILWHFXGQK
101  KMAGGFSKGK PDGEWVNWYP NGKKSAVMPY KNGLSEGTGX RYYRNGGKES
151  EIQFKQNKAN GVWKQWYADG NIKTEMVMVN DEPAKILTWD ESGRLLSELS
201  IHHHXRNGVV LEWYEDGSKK XEAVYQDDKL VRKTQWDXDG YLIEP*
ORF27a和ORF27-1在245个氨基酸的重叠区内显示出有94.7％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf27a.pep    MKKLSRIVFSTVLLGFSAALPAQXYSVYFNQNGKLTATXSSAAYIRQYSVAEGIAHAQXF
              |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||| |||||||||||: |||||| |
orf27-1       MKKLSRIVFSTVLLGFSAALPAQTYSVYFNQNGKLTATMSSAAYIRQYSVVAGIAHAQDF
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf27a.pep    XYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFXGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
               ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
orf27-1       YYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFNGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf27a.pep    NGKKSAVMPYKNGLSEGTGXRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGNIKTEMVMVN
              ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf27-1       NGKKSAVMPYKNGLSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVN
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf27a.pep    DEPAKILTWDESGRLLSELSIHHHXRNGVVLEWYEDGSKKXEAVYQDDKLVRKTQWDXDG
              |||||||||||||||||||||:|| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
orf27-1       DEPAKILTWDESGRLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLVRKTQWDKDG
                     190       200       210       220       230       240
orf27a.pep    YLIEPX
              ||||||
orf27-1       YLIEPX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF27和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF27ng)在82个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：
orf27.pep                                  KQWYADXSIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG  30
                                           |||||| |||||||||||||||||||||||
orf27ng      LSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVNDEPAKILTWDESG  193
orf27.pep    RLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEXVYQDDKLVRKTQWDKDGYLIEP  82
             |||||||||||:||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
orf27ng      RLLSELSIRHHKRNGVYLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLYRKTQWDKDGYLIEP  245
全长ORF27ng核苷酸序列<SEQ ID 703>是：
  1  ATGAAGAAAT TATCTCGGAT TGTATTTTCA ATCGTACTGT TGGGTTTTTC
 51  GGCCGCTTTG CCGGCGCAGA CCTATTCTGT TTATTTTAAT CAGAACGGGA
101  AACTGACGGC GACGATGTCT TCTGCCGCTT ATATCAGGCA ATATAGTGTG
151  GCGGCGGGTA TCGCACACGC GCAGGATTTT TATTATCCGT CGATGAAGAA
201  ATATTCCGAA CCTTATATCG TTGCTTCAAC GCAAATCAAA TCTTTTGTGC
251  CTACCCTGCA AAACGGTATG TTGATTTTGT GGCATTTTAA TGGTCAGAAA
301  AAAATGGCGG GGGGCTTCAG CAAGGGTAAG CCGGACGGGG AATGGGTCAA
351  CTGGTATCCG AACGGTAAAA AATCTGCGGT TATGCCTTAT AAAAATGGCT
401  TGAGTGAGGG TACGGGATAC CGTTATTACC GTAACGGCGG CAAGGAAAGC
451  GAAATCCAGT TTAAGCAAAA TAAGGCGAAC GGCGTATGGA AGCAATGGTA
501  TGCCGATGGA AGTATCAAGA CGGAAATGGT TATGGTCAAC GATGAGCCTG
551  CCAAAATTCT GACTTGGGAT GAAAGCGGCC GATTACTTTC GGAACTGTCT
601  ATCCGCCACC ATAAACGCAA CGGGGTGGTT TTGGAGTGGT ATGAAGATGG
651  TTCTAAAAAG AGCGAGGCTG TTTATCAGGA TGACAAGTTG GTCAGGAAAA
701  CCCAATGGGA TAAGGATGGT TATTTAATCG AACCCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 704>：
  1  MKKLSRIVFS IVLLGFSAAL PAQTYSVYFN QNGKLTATMS SAAYIRQYSV
 51  AAGIAHAQDF YYPSMKKYSE PYIVASTQIK SFVPTLQNGM LILWHFNGQK
101  KMAGGFSKGK PDGEWVNWYP NGKKSAVMPY KNGLSEGTGY RYYRNGGKES
151  EIQFKQNKAN GVWKQWYADG SIKTEMVMVN DEPAKILTWD ESGRLLSELS
201  IRHHKRNGVV LEWYEDGSKK SEAVYQDDKL VRKTQWDKDG YLIEP*
ORF27ng和ORF27-1在245个氨基酸的重叠区内显示出有98.8％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf27-1.pep  MKKLSRIVFSTVLLGFSAALPAQTYSVYFNQNGKLTATMSSAAYIRQYSVVAGIAHAQDF
             |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf27ng      MKKLSRIVFSIVLLGFSAALPAQTYSVYFNQNGKLTATMSSAAYIRQYSVAAGIAHAQDF
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf27-1.pep  YYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFNGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf27ng      YYPSMKKYSEPYIVASTQIKSFVPTLQNGMLILWHFNGQKKMAGGFSKGKPDGEWVNWYP
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf27-1.pep  NGKKSAVMPYKNGLSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVN
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf27ng      NGKKSAVMPYKNGLSEGTGYRYYRNGGKESEIQFKQNKANGVWKQWYADGSIKTEMVMVN
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf27-1.pep  DEPAKILTWDESGRLLSELSIRHHQRNGVVLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLVRKTQWDKDG
             ||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf27ng      DEPAKILTWDESGRLLSELSIRHHKRNGVVLEWYEDGSKKSEAVYQDDKLVRKTQWDKDG
                    190       200       210       220       230       240
orf27-1.pep  YLIEPX
             ||||||
orf27ng      YLIEPX
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中有推定的前导序列)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF27-1(24.5kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图17A显示了GST-融合蛋白的亲和纯化结果，图17B显示了His-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的GST-融合蛋白来免疫小鼠，用小鼠血清进行ELISA，该试验给出了阳性结果，这确认ORF27-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例84在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 705>：
   1  ATGAAATTTA CCAAGCACCC CGTCTGGGCA ATGGCGTTCC GCCCATTTTA
  51  TTCGCTGGCG GCTCTGTACG GCGCATTGTC CGTATTGCTG TGGGGTTTCG
 101  GCTACACGGG AACGCACkAG CTGTCCGGTT TCTATTGGCA CGCGCATGAg
 151  ATGATTTGGG GTTATGCCGG ACTGGTCGTC ATCGCCTTCC TGCTGACCGC
 201  CGTCGCCACT TGGACGGGGC AGCCGCCCAC GCGGGGCGGC GTaTCTGGTC
 251  GGCTTGACTA TCTTTTGGCT GGCTGCGCGG ATTGCCGCCT TTATCCCGGG
 301  TTGGGGTGCG TCGGCAAGCG GCATACTCGG TACGCTGTTT TTCTGGTACG
 351  GCGCGGTGTG CATGGCTTTG CCCGTTATCC GTTCGCAGAA TCAACGCAAC
 401  TATGTTgCCG TGTTCGCGCT GTTCGTCTTG GGCGGCACGC ATGCGGCGTT
 451  CCACGTCCAG CTGCACAACG GCAACCTAGG CGGACTCTTG AGCGGATTGC
 501  AGTCGGGCTT GGTGATG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 706；ORF47>：
   1  MKFTKHPVWA MAFRPFYSLA ALYGALSVLL WGFGYTGTHX LSGFYWHAHE
  51  MIWGYAGLVV IAFLLTAVAT WTGQPPTRGG VLVGLTIFWL AARIAAFIPG
 101  WGASASGILG TLFFWYGAVC MALPVIRSQN QRNYVAVFAL FVLGGTHAAF
 151  HVQLHNGNLG GLLSGLQSGL VM
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 707>：
   1  ATGAAATTTA CCAAGCACCC CGTCTGGGCA ATGGCGTTCC GCCCATTTTA
  51  TTCGCTGGCG GCTCTGTACG GCGCATTGTC CGTATTGCTG TGGGGTTTCG
 101  GCTACACGGG AACGCACGAG CTGTCCGGTT TCTATTGGCA CGCGCATGAG
 151  ATGATTTGGG GTTATGCCGG ACTGGTCGTC ATCGCCTTCC TGCTGACCGC
 201  CGTCGCCACT TGGACGGGGC AGCCGCCCAC GCGGGGCGGC GTTCTGGTCG
 251  GCTTGACTAT CTTTTGGCTG GCTGCGCGGA TTGCCGCCTT TATCCCGGGT
 301  TGGGGTGCGT CGGCAAGCGG CATACTCGGT ACGCTGTTTT TCTGGTACGG
 351  CGCGGTGTGC ATGGCTTTGC CCGTTATCCG TTCGCAGAAT CAACGCAACT
 401  ATGTTGCCGT GTTCGCGCTG TTCGTCTTGG GCGGCACGCA TGCGGCGTTC
 451  CACGTCCAGC TGCACAACGG CAACCTAGGC GGACTCTTGA GCGGATTGCA
 501  GTCGGGCTTG GTGATGGTGT CGGGTTTTAT CGGTCTGATT GGTACGCGGA
 551  TTATTTCGTT TTTTACGTCC AAACGCTTGA ATGTGCCGCA GATTCCCAGT
 601  CCGAAATGGG TGGCGCAGGC TTCGCTGTGG CTGCCCATGC TGACTGCCAT
 651  GCTGATGGCG CACGGTGTGT TGGCTTGGCT GTCTGCCGTT TTTGCCTTTG
 701  CGGCAGGTGT GATTTTTACC GTGCAGGTGT ACCGCTGGTG GTATAAACCC
 751  GTGTTGAAAG AGCCGATGCT GTGGATTCTG TTTGCCGGCT ATCTGTTTAC
 801  CGGATTGGGG CTGATTGCGG TCGGCGCGTC TTATTTCAAA CCCGCTTTCC
 851  TCAATCTGGG TGTGCATCTG ATCGGGGTCG GCGGTATCGG CGTGCTGACT
 901  TTGGGCATGA TGGCGCGTAC CGCGCTTGGT CATACGGGCA ATCCGATTTA
 951  TCCGCCGCCC AAAGCCGTTC CCGTTGCGTT TTGGCTGATG ATGGCGGCAA
1001  CCGCCGTCCG TATGGTTGCC GTATTTTCTT CCGGCACTGC CTACACGCAC
1051  AGCATCCGCA CCTCTTCGGT TTTGTTTGCA CTCGCGCTTT TGGTGTATGC
1101  GTGGAAGTAT ATTCCTTGGC TGATTCGTCC GCGTTCGGAC GGCAGGCCCG
1151  GTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 708；ORF47-1>：
   1  MKFTKHPVWA MAFRPFYSLA ALYGALSVLL WGFGYTGTHE LSGFYWHAHE
  51  M IWGYAGLVV IAFLLTAVAT WTGQPPTRGG V LVGLTIFWL AARIAAFIPG
 101  WGASAS GILG TLFFWYGAVC MALPVIRSQN QRN YVAVFAL FVLGGTHAAF
 151  HVQLHNGNLG GLLSGLQS GL VMVSGFIGLI GTRIISFFTS KRLNVPQIPS
 201  PKW VAQASLW LPMLTAMLMA HGVLAW LSAV FAFAAGVIFT VQVYRWWYKP
 251  VLKEPMLW IL FAGYLFTGLG LIAVGASYFK PA FLNLGVHL IGVGGIGVLT
 301  LGMMARTALG HTGNPIYPPP KAVP VAFWLM MAATAVRMVA VFSSGTAYTH
 351  SIRTSSVLFA LALLVYAWKY IPWLIRPRSD GRPG*
对该氨基酸序列进行计算机分析预测到有一个前导肽，并且还给出了下列结果：：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计fQRF的同源性
ORF47和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF47a)在172个氨基酸的重叠区内显示出有99.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50         60
orf47.pep    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHXLSGFYWHAHEM IWGYAGLVV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
orf47a       MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEM IWGYAGLVV
                    10         20        30        40        50         60
                    70         80        90       100       110        120
orf47.pep    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGV LVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASAS GILGTLFFWYGAVC
             |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
orf47a       IAFLLTAVATWTGQPPTRGGV LVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASAS GILGTLFFWYGAVC
                     70         80         90       100         110       120
                   130        140       150       160       170
orf47.pep    MALPVIRSQNQRN YVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQS GLVM
             |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
orf47a       MALPVIRSQNQRN YVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQS GLVMVSGFIGLI
                   130        140       150       160       170       180
orf47a       GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVMPWLSAAFAFAAGVIFT
                     190       200       210       220       230       240
全长ORF47a核苷酸序列<SEQ ID 709>是：
   1  ATGAAATTTA CCAAGCACCC CGTTTGGGCA ATGGCGTTCC GCCCGTTTTA
  51  TTCACTGGCG GCTCTGTACG GCGCATTGTC CGTATTGCTG TGGGGTTTCG
 101  GCTACACGGG AACGCACGAG CTGTCCGGTT TCTATTGGCA CGCGCATGAG
 151  ATGATTTGGG GTTATGCCGG ACTGGTCGTC ATCGCCTTCC TGCTGACCGC
 201  CGTCGCCACT TGGACGGGGC AGCCGCCCAC GCGGGGCGGC GTTCTGGTCG
 251  GCTTGACTAT CTTTTGGCTG GCTGCGCGGA TTGCCGCCTT TATCCCGGGT
 301  TGGGGTGCGT CGGCAAGCGG CATACTCGGT ACGCTGTTTT TCTGGTACGG
 351  CGCGGTGTGC ATGGCTTTGC CCGTTATCCG TTCGCAGAAT CAACGCAATT
 401  ATGTTGCCGT GTTCGCGCTG TTCGTCTTGG GCGGTACGCA CGCGGCGTTC
 451  CACGTCCAGC TGCACAACGG CAACCTAGGC GGACTCTTGA GCGGATTGCA
 501  GTCGGGCTTG GTGATGGTGT CGGGTTTTAT CGGTCTGATT GGTACGCGGA
 551  TTATTTCGTT TTTTACGTCC AAACGGTTGA ATGTGCCGCA GATTCCCAGT
 601  CCGAAATGGG TGGCGCAGGC TTCGCTGTGG CTGCCCATGC TGACCGCCAT
 651  GCTGATGGCG CACGGCGTGA TGCCTTGGCT GTCGGCGGCT TTCGCGTTTG
 701  CGGCAGGTGT GATTTTTACC GTGCAGGTGT ACCGCTGGTG GTATAAGCCT
 751  GTGTTGAAAG AGCCGATGCT GTGGATTCTG TTTGCCGGCT ATCTGTTTAC
 801  CGGATTGGGG CTGATTGCGG TCGGCGCGTC TTATTTCAAA CCCGCTTTCC
 851  TCAATCTGGG TGTGCATCTG ATCGGGGTCG GCGGTATCGG CGTGCTGACT
 901  TTGGGCATGA TGGCGCGTAC CGCGCTCGGT CATACGGGCA ATCCGATTTA
 951  TCCGCCGCCC AAAGCCGTTC CCGTTGCGTT TTGGCTGATG ATGGCGGCAA
1001  CCGCCGTCCG TATGGTTGCC GTATTTTCTT CCGGCACTGC CTACACGCAC
1051  AGCATACGCA CCTCTTCGGT TTTGTTTGCA CTCGCGCTTT TGGTGTATGC
1101  GTGGAAGTAT ATTCCTTGGC TGATTCGTCC GCGTTCGGAC GGCAGGCCCG
1151  GTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 710>：
   1  MKFTKHPVWA MAFRPFYSLA ALYGALSVLL WGFGYTGTHE LSGFYWHAHE
  51  M IWGYAGLVV IAFLLTAVAT WTGQPPTRGG V LVGLTIFWL AARIAAFIPG
 101  WGASAS GILG TLFFWYGAVC MALPVIRSQN QRN YVAVFAL FVLGGTHAAF
 151  HVQLHNGNLG GLLSGLQS GL VMVSGFIGLI GTRIISFFTS KRLNVPQIPS
 201  PKW VAQASLW LPMLTAMLMA HGVMPW LSAA FAFAAGVIFT VQVYRWWYKP
 251  VLKEPMLW IL FAGYLFTGLG LIAVGASYFK PA FLNLGVHL IGVGGIGVLT
 301  LGMMARTALG HTGNPIYPPP KAVP VAFWLM MAATAVRMVA VFSSGTAYTH
 351  SIRTSSVLFA LALLVYAWKY IPWLIRPRSD GRPG*
ORF47a和ORF47-1在384个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf47a.pep    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47-1    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf47a.pep IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47-1    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140       150       160       170       180
orf47a.pep MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47-1    MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
                  130       140       150       160       170       180
                  190       200       210       220       230       240
orf47a.pep GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVMPWLSAAFAFAAGVIFT
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||: ||||:||||||||||
orf47-1    GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVLAWLSAVFAFAAGVIFT
                  190       200       210       220       230       240
                  250       260       270       280       290       300
orf47a.pep VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47-1    VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
                  250       260       270       280       290       300
                  310       320       330       340      350        360
orf47a.pep LGMMARTALGHTGNPIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47-1    LGMMARTALGHTGNPIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
                  310       320       330       340       350       360
                  370       380
orf47a.pep LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
           |||||||||||||||||||||||||
orf47-1    LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
                  370       380
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF47和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF47a)在172个氨基酸的重叠区显示出有97.1％的相同性：
ORF47    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV  60
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ORF47ng  MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV  60
ORF47    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC  120
         |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||:||||||||||||||||
ORF47ng  IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTAFWLAARIAAFIPGWGAAASGILGTLFFWYGAVC  120
ORF47    MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVM          172
         ||||||||||:||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||
ORF47ng  MALPVIRSQNRRNYVAVFAIFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVWGFIGLI  180
预计ORF47ng核苷酸序列<SEQ ID 711>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID712>：
  1  MKFTKHPVWA MAFRPFYSLA ALYGALSVLL WGFGYTGTHE LSGFYWHAHE
 51  M IWGYAGLVV IAFLLTAVAT WTGQPPTRGG V LVGLTAFWL AARIAAFIPG
101  WGAAAS GILG TLFFWYGAVC MALPVIRSQN RRN YVAVFAI FVLGGTHAAF
151  HVQLHNGNLG GLLSGLQS GL VMVWGFIGLI GMKI ISFFTS KRLKLPQIPS
201  PKWVAHASLW LPMLNAILMA HRVMPW LSAA FPFAAGVIFT VQVYAGGITP
251  IEETSCGSVA GICYRLGNSS G
预计的前导肽和跨膜结构域与脑膜炎球菌蛋白(另见施氏假单胞菌orf396，登录号为e246540)中的序列相同(除了87位的Ile/Ala替换和140位的Leu/Ile替换)：
ORF47ng中的TM节段
整合可能性＝-5.63  跨膜  52-68
整合可能性＝-3.88  跨膜  169-185
整合可能性＝-3.08  跨膜  82-98
整合可能性＝-1.91  跨膜  134-150
整合可能性＝-1.44  跨膜  107-123
整合可能性＝-1.38  跨膜  227-243
进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 713>：
   1  ATGAAATTTA CCAAACATCC CGTCTGGGCA ATGGCGTTCC GCCCGTTTTA
  51  TTCACTGGCG GCACTGTACG GCGCATTGTC CGTATTGCTG TGGGGTTTCG
 101  GCTACACGGG AACGCACGAG CTGTCCGGTT TCTATTGGCA CGCGCATGAG
 151  ATGATTTGGG GTTATGCCGG TCTCGTCGTC ATCGCCTTCC TGCTGACCGC
 201  CGTCGCCACT TGGACGGGAC AGCCGCCCAC GAGGGGCGGC GTTCTGGTCG
 251  GCTTGACCGC CTTTTGGCTG GCTGCGCGGA TTGCCGCCTT TATCCCGGGT
 301  TGGGGTGCGG CGGCAAGCGG CATACTCGGT ACGCTGTTTT TCTGGTACGG
 351  CGCGGTGTGC ATGGCTTTGC CCGTTATCCG TtcgCAAAAC CGGCGCAACT
 401  ATGtcgCCGT ATTCGCAATA TTTGTGCTGG GCGGTACGCA TGCGgcgTTC
 451  CACGtccAgc tGCACAACGG CAACCTAGGC GGACTCTTGA GCGGATTGCA
 501  GTCGGGCCTG GTTATGGTGT CGGGCTTTAT CGGCCTGATT GGGATGAGGA
 551  TTATTTCGTT TTTTACGTCC AAACGGTTGA ACGTGCCGCA GATTCCCAGT
 601  CCGAAATGGG TGGCGCAGGC TTCGCTGTGG CTACCCATGC TGACCGCCAT
 651  ACTGATGGCG CACGGCGTGA TGCCTTGGCT GTCGGCGGCT TTCGCGTTTG
 701  CGGCGGGCGT GATTTTTACC GTACAGGTGT ACCGCTGGTG GTATAAACCC
 751  GTATTGAAAG AACCGATGCT GTGGATTCTG TTTGCCGGCT ATCTGTTTAC
 801  CGGATTGGGG CTGATTGCGG TCGGCGCGTC TTATTTCAAA CCTGCCTTCC
 851  TCAATCTGGG CGTACATCTG ATCGGGGTCG GCGGTATCGG CGTGCTGACT
 901  TTGGGCATGA TGGCGCGTAC CGCGCTCGGT CATACGGGCA ATTCGATTTA
 951  TCCGCCGCCC AAAGCCGTTC CCGTTGCGTT TTGGCTGATG ATGGCGGCAA
1001  CCGCCGTCCG TATGGTTGCC GTATTTTCTT CCGGCACTGC CTACACGCAC
1051  AGCATCCGCA CGTCTTCGGT TTTGTTTGCA CTCGCGCTGC TGGTGTATGC
1101  GTGGAAATAC ATTCCGTGGC TGATCCGTCC GCGTTCGGAC GGCAGGCCCG
1151  GTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 714；ORF47ng-1>：
   1  MKFTKHPVWA MAFRPFYSLA ALYGALSVLL WGFGYTGTHE LSGFYWHAHE
  51  M IWGYAGLVV IAFLLTAVAT WTGQPPTRGG V LVGLTAFWL AARIAAFIPG
 101  WGAAAS GILG TLFFWYGAVC MALPVIRSQN RRN YVAVFAI FVLGGTHAAF
 151  HVQLHNGNLG GLLSGLQS GL VMVSGFIGLI GMRIISFFTS KRLNVPQIPS
 201  PKW VAQASLW LPMLTAILMA HGVMPW LSAA FAFAAGVIFT VQVYRWWYKP
 251  VLKEPMLW IL FAGYLFTGLG LIAVGASYFK PA FLNLGVHL IGVGGIGVLT
 301  LGMMARTALG HTGNSIYPPP KAVP VAFWLM MAATAVRMVA VFSSGTAYTH
 351  SIRTSSVLFA LALLVYAWKY IPWLIRPRSD GRPG*
ORF47ng-1和ORF47-1在384个氨基酸的重叠区内显示出有97.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf47-1.pep  MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47ng-1    MKFTKHPVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFYWHAHEMIWGYAGLVV
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf47-1.pep  IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTIFWLAARIAAFIPGWGASASGILGTLFFWYGAVC
             |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||:||||||||||||||||
orf47ng-1    IAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTAFWLAARIAAFIPGWGAAASGILGTLFFWYGAVC
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf47-1.pep  MALPVIRSQNQRNYVAVFALFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
             ||||||||:||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47ng-1    MALPVIRSQNRRNYVAVFAIFVLGGTHAAFHVQLHNGNLGGLLSGLQSGLVMVSGFIGLI
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf47-1.pep  GTRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAMLMAHGVLAWLSAVFAFAAGVIFT
             | ||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||: ||||:||||||||||
orf47ng-1    GMRIISFFTSKRLNVPQIPSPKWVAQASLWLPMLTAILMAHGVMPWLSAAFAFAAGVIFT
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf47-1.pep  VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47ng-1    VQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYFKPAFLNLGVHLIGVGGIGVLT
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf47-1.pep  LGMMARTALGHTGNPIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf47ng-1    LGMMARTALGHTGNSIYPPPKAVPVAFWLMMAATAVRMVAVFSSGTAYTHSIRTSSVLFA
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380
orf47-1.pep  LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
             |||||||||||||||||||||||||
orf47ng-1    LALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPGX
                    370       380
另外，ORF47ng-1显示出与施氏假单胞菌的一个ORF明显同源：
gnl|PID|e246540(Z73914)ORF396蛋白[施氏假单胞菌]长度＝396
评分＝155位(389)，估计值＝5e-37
相同性＝121/391(30％)，阳性＝169/391(42％)，空隙＝21/391(5％)
询问：7   PVWAMAFRPFYSLAALYGALSVLLWGFGYTGTHELSGFY-------WHAHEMIWGYAGLV 59
           P+W+ AFRPF+   +LY  L++ LW    +TG    GF        WH HEM++G+A  +
目标：14  PIWRLAFRPFFLAGSLYALLAIPLWVAAWTGLWP--GFQPTGGWLAWHRHEMLFGFAMAI 71
询问：60  VIAFLLTAVATWTGQPPTRGGVLVGLTAFWLAARIAAFIPGWGAAASGILGTLFFWYGAV 119
           V  FLLTAV TWTGQ    G  LVGL A WLAAR+  ++ G  AA    L  LF
目标：72  VAGFLLTAVQTWTGQTAPSGNRLVGLAAVWLAARL-GWLFGLPAAWLAPLDLLFLVALVW 130
询问：120 CMALPVIRSQNRRNYVAVFAIFVLGGTHAAFXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMVSGFIGL 179
            MA  +   + +RNY  V  + ++ G                          +V+  + L
目标：131 MMAQMLWAVRQKRNYPIVVVLSLMLGADVLILTGLLQGNDALQRQGVLAGLWLVAALMAL 190
询问：180 IGMRIISFFTSKRLNVPQIPSP-KWVAQASLWLPMLTAILMAHGV----MPWLSAAFAFA 234
           IG R+I FFT + L       P  W+  A L    + A+L A GV     P L   F  A
目标：191 IGGRVIPFFTQRGLGKVDAVKPWVWLDVALLVGTGVIALLHAFGVAMRPQPLLGLLFV-A 249
询问：235 AGVIFTVQVYRWWYKPVLKEPMLWILFAGYLFTGLGLIAVGASYF-KPAFXXXXXXXXXX 293
            GV   +++ RW+ K + K  +LW L    L+  +    +   +F   A
目标：250 IGVGHLLRLMRWYDKGIWKVGLLWSLHVAMLWLVVAAFGLALWHFGLLAQSSPSLHALSV 309
询问：294 XXXXXXXXXMMARTALGHTGNSIYPPPKAVPVAFWLXXXXXXXXXXXXFSSGTAYTHSIR 353
                    M+AR  LGHTG  +  P   +  AF L            F S       +
目标：310 GSMSGLILAMIARVTLGHTGRPLQLPAGIIG-AFVL---FNLGTAARVFLSVAWPVGGLW 365
询问：354 TSSVLFALALLVYAWKYIPWLIRPRSDGRPG 384
            ++V +LA   +Y W+Y P L+  R DG PG
目标：366 LAAVCWTLAFALYVWRYAPMLVAARVDGHPG 396
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例85
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 715>：
  1  ..ATGCCGTCTG AAGGTTCAGA CGGCmTCGGT GyCGGGGAAy CAGAAGyGGT
 51    AGCGCATGCC CAATGAGACT TCGTGGGTTT TGAAGCGGGT GTTTTCCAAG
101    CGTCCCCAGT TGTGGTAACG GTATCCGGTG TCyAArGTCA GCTTGGGyGT
151    GATGTCGAAa CCGACACCGG CGATGACACC AAGACCyAmG CTGCTGATrC
201    TGTkGCTTTC GTGATAGGsA GGTTTGyTGG kmksAsyTTG TAyrATwkkG
251    CCTssCwsTG kAGmGCCkTk CkyTGGTkkA swGrwArTAG TCGTGGTTTy
301    TkTTyyCACC GAATGAACyT GATGTTTAAC GTGTCCGTAG GCGACGCGCG
351    CGCCGATATA GGGTTTGAAT TTATCGTTGA GTTTGAAATC GTAAATGGCG
401    GACAAGCCGA GAGAAGAAAC GGCGTGGAAG CTGCCGTTTC CCTGATGTTT
451    TGTTTGGGTT TCTTTGTAGT TGTTGTTTAT CTCTTCAGTA ACTTTTTTAG
501    TAGAAGAATT ACTTTCTTTC CATTTTCTGT AACTGGCATA ATCTGCCGCT
551    ATTCTCCAGC CGCCGAAATC ..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 716；ORF67>：
  1  ..MPSEGSDGXG XGEXEXVAHA QXDFVGFEAG VFQASPVVVT VSGVXXQLGX
 51    DVETDTGDDT KTXAADXVAF VIGRFXGXXL YXXAXXXXAX XWXXXXSRGF
101    XXHRMNLMFN VSVGDARADI GFEFIVEFEI VNGGQAERRN GVEAAVSLMF
151    CLGFFVVVVY LFSNFFSRRI TFFPFSVTGI ICRYSPAAEI ..
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF67和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF67ng)在199个氨基酸的重叠区内显示出有51.8％的相同性：
orf67.pep                                MPSEGSDGXGXGEXEXVAHAQXDFVGFEAG   30
                                         |||||||| | || | |||||  |||||||
orf67ng    TNFEIAVLSGMTVRVFYCARPAPVNGGRLKMPSEGSDGIGIGESEAVAHAQRGFVGFEAG  146
             90       100       110       120       130       140
orf67.pep  VFQASPVVVTVSGVXXQLGXDVETDTGDDTKTXAADXVAFVIGRFXGXXLYXXAXXXXAX   90
           |||||||||:|:|| | | || : :   ::: ||  |||:|| |    :        :
orf67ng    VFQASPVVVAVAGVQGQAGRDVYAHARHRAEAQAAAAVAFLIGVFLRMSVRINRNCCVSI  206
orf67.pep  XWXXXXSRGFXXHRMNLMFNVSVGDARADIGFEFIVEFEIVNGGQAERRNGVEAAVSLMF  150
           :     |  :   |:: : :|||||||:||||||:|||||||||||||||||| || |||
orf67ng    TRVGGKSTCYFFSRIDAVSDVSVGDARTDIGFEFVVEFEIVNGGQAERRNGVECAVFLMF  266
orf67.pep  CLGFFVV--------VVYLFSNFFSRRITFF-PFSVTGIICRYSPAAEI             190
            |  | |        ::  |: |: : | :  || |||||   :||||:
orf67ng    RLLVFYVKLVAAKSFIILSFQLFYVHGIFIVVPFPVTGIIRGDAPAAEVVADRHPGVDGM  326
预计ORF67ng核苷酸序列<SEQ ID 717>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID718>：
  1  MPSETVGSIV NVGVDESVGF SPPFPSIQHF YRFHRIHRIR LFRPPGPMQL
 51  NRHSHGSGNL GRGVWATVLS DKFPCGQVRI PACAGMTNFE IAVLSGMTVR
101  VFYCARPAPV NGGRLKMPSE GSDGIGIGES EAVAHAQRGF VGFEAGVFQA
151  SPVVVAVAGV QGQAGRDVYA HARHRAEAQ A AAAVAFLIGV FLRMSVRINR
201  NCCVSITRVG GKSTCYFFSR IDAVSDVSVG DARTDIGFEF VVEFEIVNGG
251  QAERRNGVE C AVFLMFRLLV FYVKLVAAKS F IILSFQLFY VHGIFIVVPF
301  PVTGIIRGDA PAAEVVADRH PGVDGMRTDV SEIIAYRAYF VFAWSGWFRI
351  IVGNAFGGVG*
根据淋球菌蛋白中存在几个推定的跨膜结构域的发现，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例86
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 719>
  1  ATGTTTGCTT TTTTAGAAGC CTTTTTTGTC GAATACGGTT ATGCGGCTGT
 51  TTTTTTTGTA TTGGTCATCT GCGGTTTCGG CGTGCCGATT CCCGAGGATT
101  TGACCTTGGT AACAGGCGGC GTGATTTCGG GTATGGGTTA TACCAATCCG
151  CATATTATGT TTGCAGTCGG TATGCTCGGC GTATTGGTCG GGGACGGCAT
201  CATGTTCGCC GCCGGACGAA TTTGGGGGCA GArArTCCTA rGGTTCArAC
251  CTATTGCGsG CATCATGACG CCGrAACGTT ATGAGCAGGT TCAGGAAAAA
301  TTCGACAAAT ACGGTAACTG GGTCTTATTT GTCGCCCGTT TCCTGCCCGG
351  TTTGAGAACG GCCGTATTTG TTACAGCCGG TATCAGCCGC AAGGTTTCAT
401  ACTTGCGTTT TATCATTATG GATGGACTGG CCGCA...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 720；ORF78>：
  1  MFAFLEAFFV EYG YAAVFFV LVICGFGVPI PEDLTLVTGG VISGMGYTNP
 51  H IMFAVGMLG VLVGDGIMFA AGRIWGQXXL XFXPIAXIMT PXRYEQVQEK
101  F DKYGNWVLF VARFLPGLRT AVFVTAGISR KVSYLRFIIM DGLAA...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 721>：
  1  ATGTTTGCTT TTTTAGAAGC CTTTTTTGTC GAATACGGTT ATGCGGCTGT
 51  TTTTTTTGTA TTGGTCATCT GCGGTTTCGG CGTGCCGATT CCCGAGGATT
101  TGACCTTGGT AACAGGCGGC GTGATTTCGG GTATGGGTTA TACCAATCCG
151  CATATTATGT TTGCAGTCGG TATGCTCGGC GTATTGGTCG GGGACGGCAT
201  CATGTTCGCC GCCGGACGAA TTTGGGGGCA GAAAATCCTA AGGTTCAAAC
251  CTATTGCGCG CATCATGACG CCGAAACGTT ATGAGCAGGT TCAGGAAAAA
301  TTCGACAAAT ACGGTAACTG GGTCTTATTT GTCGCCCGTT TCCTGCCCGG
351  TTTGAGAACG GCCGTATTTG TTACAGCCGG TATCAGCCGC AAGGTTTCAT
401  ACTTGCGTTT TATCATTATG GATGGACTGG CCGCACTGAT TTCCGTCCCT
451  ATTTGGATTT ATCTGGGCGA ATACGGTGCG CACAACATCG ATTGGCTGAT
501  GGCGAAAATG CACAGCCTGC AATCGGGTAT TTTTGTTATC TTGGGTATAG
551  GTGCGACCGT TGTCGCTTGG ATTTGGTGGA AAAAACGCCA ACGTATCCAG
601  TTTTACCGCA GCAAATTGAA AGAAAAGCGG GCGCAACGCA AAGCCGCCAA
651  GGCAGCCAAA AAAGCCGCGC AAAGCAAACA ATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 722；ORF78-1>：
  1  MFAFLEAFFV EYG YAAVFFV LVICGFGVPI PEDLTLVTGG VISGMGYTNP
 51  H IMFAVGMLG VLVGDGIMFA AGRIWGQKIL RFKPIARIMT PKRYEQVQEK
101  FDKYGNW VLF VARFLPGLRT AVFVTAGISR KVSYLR FIIM DGLAALISVP
151  IWIYLGEYGA HNIDWLMAKM HSLQ SGIFVI LGIGATVVAW IWWKKRQRIQ
201  FYRSKLKEKR AQRKAAKAAK KAAQSKQ*
该氨基酸序列的计算机分析预测了几个跨膜结构域，并且还给出了下列结果：
与流感嗜血菌的dedA类似物(登录号为P45280)的同源性
ORF78和dedA类似物在144个氨基酸的重叠区内显示出有58％的氨基酸相同性：
Orf78：4   FLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGM--GYTNPHIMFAVGMLGV 61
           FL  FF EYGY AV FVL+ICGFGVPIPED+TLV+GGVI+G+     N H+M  V M+GV
DedA： 20  FLIGFFTEYGYWAVLFVLIICGFGVPIPEDITLVSGGVIAGLYPENVNSHLMLLVSMIGV 79
Orf78：62  LVGDGIMFAAGRIWGQXXLXFXPIAXIMTPXRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRTA 121
           L GD  M+  GRI+G   L F PI  I+T  R   V+EKF +YGN VLFVARFLPGLR
DedA： 80  LAGDSCMYWLGRIYGTKILRFRPIRRIVTLQRLRMVREKFSQYGNRVLFVARFLPGLRAP 139
Orf78：122 VFVTAGISRKVSYLRFIIMDGLAA 145
           +++ +GI+R+VSY+RF+++D  AA
DedA： 140 IYMVSGITRRVSYVRFVLIDFCAA 163
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF78和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF78a)在145个氨基酸的重叠区内显示出有93.8％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf78.pep    MFAFLEAFFVEYG YAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPH IMFAVGMLG
             |||:||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
orf78a       MFALLEAFFVEYG YAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPH IMFAVGMLG
                     10        20         30         40        50         60
                     70        80         90        100        110       120
orf78.pep    VLVGDGIMFAAGRIWGQXXLXFXPIAXIMTPXRYEQVQEKFDKYGNW VLFVARFLPGLRT
             |||||||| |||||||||  | | ||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||
orf78a       VLVGDGIMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNW VLFVARFLPGLRT
                      70        80        90       100       110        120
                     130        140
orf78.pep    AVFVTAGISRKVSYLR FIIMDGLAA
             |||| |||||||||||| |:|||||||
orf78a       AVFVTAGISRKVSYLR FLIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQ SGIFIA
                     130        140       150        160       170        180
全长ORF78a核苷酸序列<SEQ ID 723>是：
  1  ATGTTTGCCC TTTTGGAAGC CTTTTTTGTC GAATACGGCT ATGCGGCCGT
 51  GTTTTTCGTT TTGGTCATCT GCGGTTTCGG CGTGCCGATT CCCGAGGATT
101  TGACCTTGGT AACAGGCGGC GTGATTTCGG GTATGGGTTA TACCAATCCG
151  CATATTATGT TTGCAGTCGG TATGCTCGGC GTATTGGTCG GGGACGGCAT
201  CATGTTCGCC GCCGGACGCA TCTGGGGGCA GAAAATCCTC AAGTTCAAAC
251  CGATTGCGCG CATCATGACG CCGAAACGTT ACGCACAGGT TCAGGAAAAA
301  TTCGACAAAT ACGGCAACTG GGTGTTATTT GTCGCTCGTT TCCTGCCCGG
351  TTTGCGGACT GCCGTTTTCG TTACCGCCGG CATCAGCCGC AAAGTATCGT
401  ATCTGCGCTT TCTGATTATG GACGGGCTTG CCGCGCTGAT TTCCGTGCCC
451  GTTTGGATTT ACTTGGGCGA GTACGGCGCG CACAACATCG ATTGGCTGAT
501  GGCGAAAATG CACAGCCTGC AATCCGGCAT CTTCATCGCA TTGGGCGTGC
551  TGGCGGCGGC GCTGGCGTGG TTCTGGTGGC GCAAACGCCG ACATTATCAG
601  CTTTACCGCG CACAATTGAG CGAAAAACGC GCCAAACGCA AGGCGGAAAA
651  GGCAGCGAAA AAAGCGGCAC AGAAGCAGCA GTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 724>：
  1  MFALLEAFFV EYG YAAVFFV LVICGFGVPI PEDLTLVTGG VISGMGYTNP
 51  H IMFAVGMLG VLVGDGIMFA AGRIWGQKIL KFKPIARIMT PKRYAQVQEK
101  FDKYGNW VLF VARFLPGLRT AVFVTAGISR KVSYLR FLIM DGLAALISVP
151   VWIYLGEYGA HNIDWLMAKM HSLQ SGIFIA LGVLAAALAW FWWRKRRHYQ
201  LYRAQLSEKR AKRKAEKAAK KAAQKQQ*
ORF78a和ORF78-1在227个氨基酸的重叠区内显示出有89.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf78a.pep  MFALLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
            |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf78-1     MFAFLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf78a.pep  VLVGDGIMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
            ||||||||||||||||||||:||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf78-1     VLVGDGIMFAAGRIWGQKILRFKPIARIMTPKRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf78a.pep  AVFVTAGISRKVSYLRFLIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIA
            |||||||||||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:
orf78-1     AVFVTAGISRKVSYLRFIIMDGLAALISVPIWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFVI
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220
orf78a.pep  LGVLAAALAWFWWRKRRHYQLYRAQLSEKRAKRKAEKAAKKAAQKQQX
            ||: |:::||:||:||:: |:||::|:||||:||| ||||||||::||
orf78-1     LGIGATVVAWIWWKKRQRIQFYRSKLKEKRAQRKAAKAAKKAAQSKQX
                   190       200       210       220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF78和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF78ng)在38个氨基酸的重叠区内显示出有97.4％的相同性：
orf78.pep  XXLXFXPIAXIMTPXRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRTAVFVTAGISRKVSYLRF  137
                                ||||||||||||||||||||||||||||||
orf78ng                                YPVLFVARFLPGLRTAVFVTAGISRKVSYLRF   32
orf78.pep  IIMDGLAA                                                      145
           :|||||||
orf78ng    LIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIALGVLAAALAWFWWRKRR   92
预计ORF78ng核苷酸序列<SEQ ID 725>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID726>：
  1  ..YP VLFVARFL PGLRTAVFVT AGISRKVSYL R FLIMDGLAA LISVPVWIYL
 51    GEYGAHNIDW LMAKMHSLQ S GIFIALGVLA AALAWFWWRK RRHYQLYRAQ
101    LSEKRAKRKA EKAAKKAAQK QQ*
进一步的工作揭示了完整的淋球菌核苷酸序列<SEQ ID 727>：
  1  atgtttgccc tttTggaagc CTTTTTTGTC GAAtacggCt atgcGGCCGT
 51  GTTTTTCGTT TTGGTCATCT GCGGTTTCGG CGTGCCGATT CCCGAAGATT
101  TGACCTTGGT AACGGGCGGC GTGATTTCGG GTATGGGTTA TACCAATCCG
151  CATATTATGT TTGCGGTCGG TATGCTCGGC GTGTTGGCGG GCGACGGCGT
201  GATGTTTGCC GCCGGACGCA TCTGGGGGCA GAAAATCCTC AAGTTCAAAC
251  CGATTGCGCG CATCATGACG CCGAAACGTT ACGCGCAGGT TCAGGAAAAA
301  TTCGACAAAT ACGGCAACTG GGTTCTGTTT GTCGCCCGTT TCCTGCCGGG
351  TTTGCGGACT GCCGTTTTCG TTACCGCCGG CATCAGCCGC AAAGTATCGT
401  ATCTGCGCTT TCTGATTATG GACGGGCTGG CCGCGCTGAT TTCCGTGCCC
451  GTTTGGATTT ACTTGGGCGA GTACGGCGCG CACAACATCG ATTGGCTGAT
501  GGCGAAAATG CACAGCCTGC AATCGGGCAT CTTCATCGCA TTGGGCGTGC
551  TGGCGGCGGC GCTGGCGTGG TTCTGGTGGC GCAAACGCCG ACATTATCAG
601  CTTTACCGCG CACAATTGAG CGAAAAACGC GCCAAACGCA AGGCGGAAAA
651  GGCAGCGAAA AAAGCGGCAC AGAAGCAGCA GTAa
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 728；ORF78ng-1>：
  1  MFALLEAFFV EYG YAAVFFV LVICGFGVPI PEDLTLVTGG VISGMGYTNP
 51  H IMFAVGMLG VLAGDGVMFA AGRIWGQKIL KFKPIARIMT PKRYAQVQEK
101  FDKYGNW VLF VARFLPGLRT AVFVTAGISR KVSYLR FLIM DGLAALISVP
151  VWIYLGEYGA HNIDWLMAKM HSLQ SGIFIA LGVLAAALAW FWWRKRRHYQ
201  LYRAQLSEKR AKRKAEKAAK KAAQKQQ*
ORF78ng-1和ORF78-1在227个氨基酸的重叠区内显示出有88.1％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf78-1.pep MFAFLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
            |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf78ng-1   MFALLEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGMGYTNPHIMFAVGMLG
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf78-1.pep VLVGDGIMFAAGRIWGQKILRFKPIARIMTPKRYEQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
            ||:|||:|||||||||||||:||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf78ng-1   VLAGDGVMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRT
                   70        80        90        100       110       120
                  130       140       150        160       170       180
orf78-1.pep AVFVTAGISRKVSYLRFIIMDGLAALISVPIWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFVI
            |||||||||||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:
orf78ng-1   AVFVTAGISRKVSYLRFLIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIA
                  130       140       150        160       170       180
                  190       200       210        220
orf78-1.pep LGIGATVVAWIWWKKRQRIQFYRSKLKEKRAQRKAAKAAKKAAQSKQX
            ||: |:::||:||:||:: |:||::|:||||:||| ||||||||::||
orf78ng-1   LGVLAAALAWFWWRKRRHYQLYRAQLSEKRAKRKAEKAAKKAAQKQQX
                  190       200       210        220
另外，orf78ng-1显示出与流感嗜血菌的dedA蛋白同源：
sp|P45280| YG29_HAEIN假设蛋白HI1629＞gi|1073983|pir||D64133 dedA蛋白(dedA)同系物-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)
＞gi|1574476(U32836)dedA蛋白(dedA)[流感嗜血菌]长度＝212
评分＝223位(563)，估计值＝7e-58
相同性＝108/182(59％)，阳性＝140/182(76％)，空隙＝2/182(1％)
询问：5   LEAFFVEYGYAAVFFVLVICGFGVPIPEDLTLVTGGVISGM--GYTNPHIMFAVGMLGVL 62
           L  FF EYGY AV FVL+ICGFGVPIPED+TLV+GGVI+G+     N H+M  V M+GVL
目标：21  LIGFFTEYGYWAVLFVLIICGFGVPIPEDITLVSGGVIAGLYPENVNSHLMLLVSMIGVL 80
询问：63  AGDGVMFAAGRIWGQKILKFKPIARIMTPKRYAQVQEKFDKYGNWVLFVARFLPGLRTAV 122
           AGD  M+  GRI+G KIL+F+PI RI+T +R   V+EKF +YGN VLFVARFLPGLR  +
目标：81  AGDSCMYWLGRIYGTKILRFRPIRRIVTLQRLRMVREKFSQYGNRVLFVARFLPGLRAPI 140
询问：123 FVTAGISRKVSYLRFLIMDGLAALISVPVWIYLGEYGAHNIDWLMAKMHSLQSGIFIALG 182
           ++ +GI+R+VSY+RF+++D  AA+ISVP+WIYLGE GA N+DWL  ++   Q  I+I +G
目标：141 YMVSGITRRVSYVRFVLIDFCAAIISVPIWIYLGELGAKNLDWLHTQIQKGQIVIYIFIG 200
询问：183 VL 184
            L
目标：201 YL 202
根据该分析结果(包括推定跨膜结构域的存在)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例87
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 729>：
  1  ATGAAAAAAT TATTGGCGGC CGTGATGATG GCAGGTTTGG CAGGCGCGGT
 51  TTCCGCCGCC GGAGTCCACG TTGAGGACGG CTGGGCGCGC ACCACCGTCG
101  AAGGTATGAA AATAGGCGGC GCGTTCATGA AAATCCACAA CGACGAAGCC
151  AAACAAGACT TTTTGCTCGG CGGAAGCAGC CCCGTTGCCG ACCGCGTCGA
201  AGTGCATACC CACATCAACG ACAACGGCGT GATGCGGATG CGCGAAGTCG
251  AAGGCGGCGT GCCTTTGGAA GCGAAATCCG TTACCGAACT CAAACCCGGC
301  AGCTATCATG TGATGTTTAT GGGTTTGAAA AAACAATTAA AAGAGGGCGA
351  TAAAATTCCC GTTACCCTGA AATTTAAAAA CGCCAAAGCG CAAACCGTCC
401  AACTGGAAGT CAAAATCGCG CCGATGCCGG CAATGAACCA C...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 730；ORF79>：
  1  MKKLLAAVMM AGLAGAVSAA GVHVEDGWAR TTVEGMKIGG AFMKIHNDEA
 51  KQDFLLGGSS PVADRVEVHT HINDNGVMRM REVEGGVPLE AKSVTELKPG
101  SYHVMFMGLK KQLKEGDKIP VTLKFKNAKA QTVQLEVKIA PMPAMNH..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 731>：
  1  ATGAAAAAAT TATTGGCGGC CGTGATGATG GCAGGTTTGG CAGGCGCGGT
 51  TTCCGCCGCC GGAGTCCACG TTGAGGACGG CTGGGCGCGC ACCACCGTCG
101  AAGGTATGAA AATAGGCGGC GCGTTCATGA AAATCCACAA CGACGAAGCC
151  AAACAAGACT TTTTGCTCGG CGGAAGCAGC CCCGTTGCCG ACCGCGTCGA
201  AGTGCATACC CACATCAACG ACAACGGCGT GATGCGGATG CGCGAAGTCG
251  AAGGCGGCGT GCCTTTGGAA GCGAAATCCG TTACCGAACT CAAACCCGGC
301  AGCTATCATG TGATGTTTAT GGGTTTGAAA AAACAATTAA AAGAGGGCGA
351  TAAAATTCCC GTTACCCTGA AATTTAAAAA CGCCAAAGCG CAAACCGTCC
401  AACTGGAAGT CAAAATCGCG CCGATGCCGG CAATGAACCA CGGTCATCAC
451  CACGGCGAAG CGCATCAGCA CTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 732；ORF79-1>：
  1  MKKLLAAVMM AGLAGAVSAA GVHVEDGWAR TTVEGMKIGG AFMKIHNDEA
 51  KQDFLLGGSS PVADRVEVHT HINDNGVMRM REVEGGVPLE AKSVTELKPG
101  SYHVMFMGLK KQLKEGDKIP VTLKFKNAKA QTVQLEVKIA PMPAMNHGHH
151  HGEAHQH*
对该氨基酸序列的计算机分析揭示了一个推定的前导肽，并且还给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF79和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF79a)在147个氨基酸的重叠区内显示出有94.6％的相同性：
                   10        20        30        40        50        60
orf79.pep  MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKIGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
           || ||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf79a     MKXLLAAVMMAGLAGAVSAAGIHVEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
                   10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf79.pep  PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
orf79a     PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGXKKQLKXGDKIP
                   70        80        90       100       110       120
                  130       140
orf79.pep  VTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPAMNH
           |||||||||||||||||| ||| ||:|
orf79a     VTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMDHGHHHGEAHQHX
                  130       140       150
全长ORF79a核苷酸序列<SEQ ID 733>是：
  1  ATGAAANAAC TATTGGCAGC CGTGATGATG GCAGGTTTGG CAGGCGCGGT
 51  TTCCGCCGCC GGAATCCACG TTGAGGACGG CTGGGCGCGC ACCACCGTCG
101  AAGGTATGAA AATGGGCGGC GCGTTCATGA AAATCCACAA CGACGAAGCC
151  AAACAAGACT TTTTGCTCGG CGGAAGCAGC CCTGTTGCCG ACCGCGTCGA
201  AGTGCATACC CATATCAATG ATAACGGTGT GATGCGGATG CGCGAAGTCG
251  AAGGCGGCGT GCCTTTGGAG GCGAAATCCG TTACCGAACT CAAACCCGGC
301  AGCTATCATG TCATGTTTAT GGGTNTGAAA AAACAATTAA AAGANGGCGA
351  CAAGATTCCC GTTACCCTGA AATTTAAAAA CGCCAAAGCA CAAACCGTCC
401  AACTGGAAGT CAAAACCGCG CCGATGTCGG CAATGGACCA CGGTCATCAC
451  CACGGCGAAG CGCATCAGCA CTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 734>：
  1  MKXLLAAVMM AGLAGAVSAA GIHVEDGWAR TTVEGMKMGG AFMKIHNDEA
 51  KQDFLLGGSS PVADRVEVHT HINDNGVMRM REVEGGVPLE AKSVTELKPG
101  SYHVMFMGXK KQLKXGDKIP VTLKFKNAKA QTVQLEVKTA PMSAMDHGHH
151  HGEAHQH*
ORF79a和ORF79-1在157个氨基酸的重叠区内显示出有94.9％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf79a.pep  MKXLLAAVMMAGLAGAVSAAGIHVEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
            || ||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf79-1     MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKIGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf79a.pep  PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGXKKQLKXGDKIP
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
orf79-1     PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
                   70        80         90       100       110       120
                  130       140       150
orf79a.pep  VTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMDHGHHHGEAHQHX
            |||||||||||||||||| ||| ||:||||||||||||
orf79-1     VTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPAMNHGHHHGEAHQHX
                  130       140       150
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF79和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF79ng)在76个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
orf79.pep    FMKIHNDEAKQDFLLGGSSPVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGS  101
                                ||||||||||||:|||||||||||||||||
orf79ng                                    INDNGVMRMREVKGGVPLEAKSVTELKPGS   30
orf79.pep    YHVMFMGLKKQLKEGDKIPVTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPAMNH             147
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
orf79ng      YHVMFMGLKKQLKEGDKIPVTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMNHGHHHGEAHQH    86
预计ORF79ng核苷酸序列<SEQ ID 735>编码的蛋白质包含氨基酸序列<SEQ ID736>：
 1  ..INDNGVMRMR EVKGGVPLEA KSVTELKPGS YHVMFMGLKK QLKEGDKIPV
51   TLKFKNAKAQ TVQLEVKTAP MSAMNHGHHH GEAHQH*
进一步的工作揭示了完整的淋球菌DNA序列<SEQ ID 737>：
  1  ATGAAAAAAT TATTGGCAGC CGTGATGATG GCAGGTTTGG CAGGCGCGGT
 51  TTccgccgCc GGagTccAtG TCGAggACGG CTGGGCGCGc accaCTGtcg
101  aaggtATgaa aatggGCGGC GCgttCATga aaATCCACAA CGACGaaGcc
151  atacaaGACt ttgtgcTCgg CGGaagcatg cccgttgccg accgcGTCGA
201  AGTGCAtaca cacATCAACG ACAACGGCGT GATGCGTATG CGCGAAGTCA
251  AAGGCGGCGT GCCTTTGGAG GCGAAATCCG TTACCGAACT CAAACCCGGC
301  AGCTATCACG TGATGTTTAT GGGTTTGAAA AAACAACTGA AAGAGGGCGA
351  CAAGATTCCC GTTACCCTGA AATTTAAAAA CGCCAAAGCG CAAACCGTCC
401  AACTGGAAGT CAAAACCGCG CCGATGTCGG CAATGAACCA CGGTCATCAC
451  CACGGCGAAG CGCATCAGCA CTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 738；ORF79ng-1>：
  1  MKKLLAAVMM AGLAGAVSAA GVHVEDGWAR TTVEGMKMGG AFMKIHNDEA
 51  IQDFVLGGSM PVADRVEVHT HINDNGVMRM REVKGGVPLE AKSVTELKPG
101  SYHVMFMGLK KQLKEGDKIP VTLKFKNAKA QTVQLEVKTA PMSAMNHGHH
151  HGEAHQH*
ORF79ng-1和ORF79-1在157个氨基酸的重叠区内显示出有95.5％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf79-1.pep MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKIGGAFMKIHNDEAKQDFLLGGSS
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||| |||:|||||
orf79ng-1   MKKLLAAVMMAGLAGAVSAAGVHVEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAIQDFVLGGSM
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf79-1.pep PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVEGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
            |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf79ng-1   PVADRVEVHTHINDNGVMRMREVKGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIP
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150
orf79-1.pep VTLKFKNAKAQTVQLEVKIAPMPAMNHGHHHGEAHQHX
            |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
orf79ng-1   VTLKFKNAKAQTVQLEVKTAPMSAMNHGHHHGEAHQHX
                   130       140       150
另外，ORF79ng-1显示出与Aquifex aeolicus的蛋白有明显的同源性
gi|2983695(AE000731)推定的蛋白[Aquifex aeolicus]长度＝151
评分＝63.6位(152)，估计值＝6e-10
相同性＝38/114(33％)，阳性＝58/114(50％)，空隙＝1/114(0％)
询问：24  VEDGWARTTVEGMKMGGAFMKIHNDEAIQDFVLGGSMPVADRVEVHTHINDNGVMRMREV 83
           V+  W      G       M I N+    D+++G    +A RVE+H  + +N V +M
目标：27  VKHPWVMEPPPGPNTTMMGMI IVNEGDEPDYLIGAKTDIAQRVELHKTVIENDVAKMVPQ 86
询问：84  KGGVPLEAKSVTELKPGSYHVMFMGLKKQLKEGDKIPVTLKFKNAKAQTVQLEV 137
           +  + +  K  E K  YHVM +GLKK++KEGDK+ V L F+ +     TV+  V
目标：87  ER-IEIPPKGKVEFKHHGYHVMIIGLKKRIKEGDKVKVELIFEKSGKITVEAPV 139
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF79-1(15.6kDa)克隆到pET载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图18A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，用其血清进行ELISA(阳性结果)和FACS分析(图18B)。这些实验确认ORF79-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例88
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 739>：
 1  ATGACGGTAA CTGCGGCCGA AGGCGGCAAA GCTGCCAAGG CGTTAAAAAA
51  ATATCTGATT ACGGGCATTT TGGTCTGGCT GCCGATTGCG GTAACGGTTT
101  GGGTGGTTTC CTATATCGTT TCCGCGTCCG ATCAGCTCGT CAACCTGCTG
151  CCGAAGCAAT GGCGGCCGCA ATATGTTTTG GGGTTTAATA TCCCGGGGCT
201  GGGCGTTATC GTTGCCATTG CCGTATTGTT TGTAACCGGA TTGTTTGCCG
251  CCAACGTATT GGGTCGGCAG ATCCTCGCCG CGTGGGACAG CCTGTTGGGG
301  CGGATTCCGG TTGTGAAAtC CATCTATTCG AGTGTGAAAA AAGTATCCGA
351  ATacgTGCTG TCCGACAGCA GCCGTTCGTT TAAAACGCCG GTACTCGTGC
401  CGTTTCCCCA GCCCGGTATT TGGACGATyG CTTTCGTGTC AGGGCAGGTG
451  TCGAATGCGG TTAAGGCCGC ATTGCCGAAs GACGGCGATT ATCTTTCCGT
501  GTATGTTCCG ACCACGCCGA ATCCGACCGG CGGTTACTAT ATTATGGTAA
551  AGAAAAGCGA TGTGCGCGAA CTCGATATGA GCGTGGACGA AsCATTGAAA
601  TATGTGATTT CGCTGGGTAT GGTCATCCCT GACGACCTGC CCGTCAAAAC
651  ATTGGCAsGA CCTATGCCGT CTGAAAAGGC GGATTTGCCC GAACAACAAT
701  AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 740；ORF98>：
  1  MTVTAAEGGK AAKALKKYLI TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
 51  PKQWRPQYVL GFNIPGLGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLG
101  RIPVVKSIYS SVKKVSEYVL SDSSRSFKTP VLVPFPQPGI WTIAFVSGQV
151  SNAVKAALPX DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEXLK
201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAX PMPSEKADLP EQQ*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 741>：
  1  ATGACGGAAC nTGCGGCCGA AGGCGGCAAA GCTGCCAArG CGTTAAAAAA
 51  ATATCTGATT ACGGGCATTT TGGTCTGGCT GCCGATTGCG GTAACGGTTT
101  GGGTGGTTTC CTATATCGTT TCCGCGTCCG ATCAGCTCGT CAACCTGCTG
151  CCGAAGCAAT GGCGGCCGCA ATATGTTTTG GGGTTTAATA TCCCGGGGCT
201  GGGCGTTATC GTTGCCATTG CCGTATTGTT TGTAACCGGA TTGTTTGCCG
251  CCAACGTATT GGGTCGGCAG ATCCTCGCCG CGTGGGACAG CCTGTTGGGG
301  CGGATTCCGG TTGTGAAATC CATCTATTCG AGTGTGAAAA AAGTATCCGA
351  ATCGCTGCTG TCCGACAGCA GCCGTTCGTT TAAAACGCCG GTACTCGTGC
401  CGTTTCCCCA GCCCGGTATT TGGACGATTG CTTTCGTGTC AGGGCAGGTG
451  TCGAATGCGG TTAAGGCCGC ATTGCCGAAG GACGGCGATT ATCTTTCCGT
501  GTATGTTCCG ACCACGCCGA ATCCGACCGG CGGTTACTAT ATTATGGTAA
551  AGAAAAGCGA TGTGCGCGAA CTCGATATGA GCGTGGACGA AGCATTGAAA
601  TATGTGATTT CGCTGGGTAT GGTCATCCCT GACGACCTGC CCGTCAAAAC
651  ATTGGCAGGA CCTATGCCGT CTGAAAAGGC GGATTTGCCC GAACAACAAT
701  AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 742；ORF98-1>：
  1  MTEXAAEGGK AAKALKKYL I TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
 51  PKQWRPQYVL GFNIPG LGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLG
101  RIPVVKSIYS SVKKVSESLL SDSSRSFKTP VLVPFPQPGI WTIAFVSGQV
151  SNAVKAALPK DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEALK
201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAG PMPSEKADLP EQQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF98和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF98a)在233个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf98.pep    MTVTAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
             || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98a       MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf98.pep    GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSEYVL
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  :|
orf98a       GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSXSLL
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf98.pep    SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPXDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf98a       SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230
orf98.pep    IMVKKSDVRELDMSVDEXLKYVISLGMVIPDDLPVKTLAXPMPSEKADLPEQQX
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf98a       IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
                    190       200       210       220       230
全长ORF98a核苷酸序列<SEQ ID 743>是：
  1  ATGACGGAAC CTGCGGCCGA AGGCGGCAAA GCTGCCAAGG CGTTAAAAAA
 51  ATATCTGATT ACGGGCATTT TGGTCTGGCT GCCGATTGCG GTAACGGTTT
101  GGGTGGTTTC CTATATCGTT TCCGCGTCCG ATCAGCTCGT CAACCTGCTG
151  CCGAAGCAAT GGCGGCCGCA ATATGTTTTG GGGTTTAATA TCCCGGGGCT
201  GGGCGTTATC GTTGCCATTG CCGTATTGTT TGTAACCGGA TTATTTGCCG
251  CAAACGTATT GGGCCGGCAG ATTCTTGCCG CGTGGGACAG CTTGTTGGGG
301  CGGATTCCGG TTGTGAAGTC CATCTATTCG AGTGTGAAAA AAGTATCCGA
351  NTCGTTGCTG TCCGACAGCA GCCGTTCGTT TAAAACACCA GTACTCGTGC
401  CGTTTCCCCA ATCGGGTATT TGGACAATCG CATTCGTGTC CGGTCAGGTG
451  TCGAATGCGG TTAAGGCCGC ATTGCCGAAG GACGGCGATT ATCTTTCCGT
501  GTATGTTCCG ACCACGCCGA ATCCGACCGG CGGTTACTAT ATTATGGTAA
551  AGAAAAGCGA TGTGCGCGAA CTCGATATGA GCGTGGACGA AGCGTTGAAA
601  TATGTGATTT CGCTGGGTAT GGTCATCCCT GACGACCTGC CCGTCAAAAC
651  ATTGGCAGGA CCTATGCCGT CTGAAAAGGC GGATTTGCCC GAACAACAAT
701  AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 744>：
  1  MTEPAAEGGK AAKALKKYL I TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
 51  PKQWRPQYVL GFNIPG LGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLG
101  RIPVVKSIYS SVKKVSXSLL SDSSRSFKTP VLVPFPQSGI WTIAFVSGQV
151  SNAVKAALPK DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEALK
201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAG PMPSEKADLP EQQ*
ORF98a和ORF98-1在233个氨基酸的重叠区内显示出有98.7％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf98a.pep  MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98-1     MTEXAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf98a.pep  GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSXSLL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98-1     GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSESLL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf98a.pep  SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
            ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98-1     SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230
orf98a.pep  IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98-1     IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
                   190       200       210       220       230
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF98和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF98ng)在233个氨基酸的重叠区内显示出有95.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf98.pep    MTVTAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL  60
             || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98ng      MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL  60
orf98.pep    GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSEYVL  120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| :|
orf9Sng      GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLXRIPVVKSIYSSVKKVSESLL  120
orf98.pep    SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPXDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY  180
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
orf98ng      SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPQDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY  180
orf98.pep    IMVKKSDVRELDMSVDEXLKYVISLGMVIPDDLPVKTLAXPMPSEKADLPEQQ  233
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||:|||||
orf98ng      IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPPEKAELPEQQ  233
预计全长ORF98ng核苷酸序列<SEQ ID 745>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 746>：
  1  MTEPAAEGGK AAKALKKYL I TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
 51  PKQWRPQYVL GFNIPG LGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLX
101  RIPVVKSIYS SVKKVSESLL SDSSRSFKTP VLVPFPQSGI WTIAFVSGQV
151  SNAVKAALPQ DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEALK
201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAG PMPPEKAELP EQQ*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 747>：
  1  ATGACGGAAC CTGCGGCCGA AGGCGGCAAA GCTGCCAAGG CGTTAAAAAA
 51  ATATCTGATT ACAGGCATTT TGGTCTGGCT GCCGATTGCG GTAACGGTTT
101  GGGTGGTTTC CTATATCGTT TCCGCGTCCG ACCAGCTTGT CAACCTGCTG
151  CCGAAGCAAT GGCGGCCGCA ATATGTTTTG GGGTTTAATA TCCCCGGGCT
201  CGGCGTTATT GTTGCCATTG CCGTATTGTT TGTAACCGGA TTATTTGCCG
251  CAAACGTGTT GGGCCGGCAG ATTCTTGCCG CGTGGGACAG CCTGTTgggg
301  cggaTTCCGG TTGTCAAATC CATCTATTCG AGTGTGAAAA AAGTATCCGA
351  ATCGCTGCTG TCCGACAGCA GCCGTTCGTT TAAAACGCCG GTACTCGTGC
401  CGTTTCCCCA ATCGGGTATT TGGACAATCG CATTCGTGTC CGGTCAGGTG
451  TCGAATGCGG TTAAGGCCGC ATTGCCGCAG GATGGCGATT ATCTTTCCGT
501  GTATGTCCCG ACCACGCCCA ACCCGACCGG CGGTTACTAT ATTATGGTAA
551  AGAAAAGCGA TGTGCGCGAA CTCGATATGA GCGTGGACGA AGCGTTGAAA
601  TATGTGATTT CGCTGGGTAT GGTCATCCCT GACGACCTGC CCGTCAAAAC
651  ATTGGCAGGA CCTATGCCGC CTGAAAAGGC GGAGTTGCCC GAACAACAAT
701  AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 748；ORF98ng-1>：
  1  MTEPAAEGGK AAKALKKYL I TGILVWLPIA VTVWVVSYIV SASDQLVNLL
 51  PKQWRPQYVL GFNIPG LGVI VAIAVLFVTG LFAANVLGRQ ILAAWDSLLG
101  RIPVVKSIYS SVKKVSESLL SDSSRSFKTP VLVPFPQSGI WTIAFVSGQV
151  SNAVKAALPQ DGDYLSVYVP TTPNPTGGYY IMVKKSDVRE LDMSVDEALK
201  YVISLGMVIP DDLPVKTLAG PMPPEKAELP EQQ*
ORF98ng-1和ORF98-1在233个氨基酸的重叠区内显示出有97.9％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf98-1.pep MTEXAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
            ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98ng-1   MTEPAAEGGKAAKALKKYLITGILVWLPIAVTVWVVSYIVSASDQLVNLLPKQWRPQYVL
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf98-1.pep GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSESLL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf98ng-1   GFNIPGLGVIVAIAVLFVTGLFAANVLGRQILAAWDSLLGRIPVVKSIYSSVKKVSESLL
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf98-1.pep SDSSRSFKTPVLVPFPQPGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPKDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf98ng-1   SDSSRSFKTPVLVPFPQSGIWTIAFVSGQVSNAVKAALPQDGDYLSVYVPTTPNPTGGYY
                   130       140       150       160       170       180
                   190       200       210       220       230
orf98-1.pep IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPSEKADLPEQQX
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:||||||
orf98ng-1   IMVKKSDVRELDMSVDEALKYVISLGMVIPDDLPVKTLAGPMPPEKAELPEQQX
                   190       200       210       220       230
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中的推定跨膜结构域与脑膜炎球菌蛋白中的序列相同这一事实)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例89
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 749>：
   1  ATgAAAACGG TAGTCTGGAT TGTCGTCCTG TTTGCCGCCG CCGTCGGACT
  51  GGCGCTGGCT TCGGGCATTT ACACCGGCGA CGTGTATATC GTACTCGGAC
 101  AGACCATGCT CAGAATCAAC CTGCACGCCT TTGTGTTAGG TTCGCTGATT
 151  GCCGTCGTGG TGTGGTATTT CTTGTTTAAA TTCATTATCG G
Figure A20051011339504421
GgTACTCA
 201  ATATCCCCGA AAAGATGCAG CGTTTCGGTT CGGCnCGTAA AGGCCkCAAG
 251  ssCGsGCTTG CCTTGAACAA GGCGGGTTTG GCGTATTTTG AAGGGCGTTT
 301  TGAAAAGGCG GAACTAGAAG CCTCACGCGT GTTGGTCAAC AAAGtAGGCC
 351  G
Figure A20051011339504422
AGACAAC CGGACTTTGG CATTGATGCT GrGCGCGCAC GCCGCCGGAC
 401  AGATGGAAAA CATCGAssTG CGCGACCGTT ATCTTGCGGA AATCGCCAAA
 451  CTGCCGGAAA AACAGCAGCT TTCCCGTTAT CTTTTGTTGG CGGAATCGGC
 501  GTTGAACCGG CGCGATTACG AAGCGGCGGA AGCCAATCTT CATGCGGCGG
 551  CGAAGATGAA TGCCAACCTT ACGCGCCTCG TGCGTCTGCA .ATTCGTTAC
 601  GCTTTCGACA GGGGCGACGC GTTGCAGGTT CTGGCAAAAA CCGAAAAACT
 651  TTCCAAGGCG GGCGCGTTGG GCAAATCGGA AATGGAACGG TATCAAAATT
 701  GGGCATAT C GTCGCCAGCT GGCGGATGCT GCCGATGCCG CCGCTTTGAA
 751  AACCTGCCTG AAGCGGATTC CCGACAGCCT CAAAAACGGG GAATTGAGCG
 801  TATCGGTTGC GGAAAAGTAC GAACGTTTGG GACTGTATGC CGATGCGGTC
 851  AAATGGGTCA AACAGCATTA TCCGCAsAAC CGCCGCCCCG AGCTTTTGGA
 901  AGCCTTTGTC GAAAGCGTGC GCTTTTTGGG CGAGCGCGAA CAGCAGAAAG
 951  CCATCGATTT TGCCGATGCT TGGCTGAAAG AACAGCCCGA TAACGCGCTT
1001  CTGCTGATGT ATCTCGGTCG GCTCGCCTTC GGCCGCAAAC TTTGGGGCAA
1051  GGCAAAAGGC TACCTTGAAG CGAGCATTGC ATTAAAGCCG AGTATTTCCG
1101  CGCGTTTGGT TCTAACAAAG GTTTTCGACG AAATCGGAGA ACCGCAGAAG
1151  GCGGAGGCGC AC...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 750；ORF100>：
   1  MKTVVWIVVL FAAAVGLALA SGIYTGDVYI VLGQTMLRIN LHAFVLGSLI
  51  AVVVWYFLFK FIIGVLNIPE KMQRFGSARK GXKXXLALNK AGLAYFEGRF
 101  EKAELEASRV LVNKVGRDNR TLALMLXAHA AGQMENIXXR DRYLAEIAKL
 151  PEKQQLSRYL LLAESALNRR DYEAAEANLH AAAKMNANLT RLVRLXIRYA
 201  FDRGDALQVL AKTEKLSKAG ALGKSEMERY QNWAYRRQLA DAADAAALKT
 251  CLKRIPDSLK NGELSVSVAE KYERLGLYAD AVKWVKQHYP XNRRPELLEA
 301  FVESVRFLGE REQQKAIDFA DAWLKEQPDN ALLLMYLGRL AFGRKLWGKA
 351  KGYLEASIAL KPSISARLVL TKVFDEIGEP QKAEAH...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 751>：
   1  ATGAAAACGG TAGTCTGGAT TGTCGTCCTG TTTGCCGCCG CCGTCGGACT
  51  GGCGCTGGCT TCGGGCATTT ACACCGGCGA CGTGTATATC GTACTCGGAC
 101  AGACCATGCT CAGAATCAAC CTGCACGCCT TTGTGTTAGG TTCGCTGATT
 151  GCCGTCGTGG TGTGGTATTT CTTGTTTAAA TTCATTATCG GCGTACTCAA
 201  TATCCCCGAA AAGATGCAGC GTTTCGGTTC GGCGCGTAAA GGCCGCAAGG
 251  CCGCGCTTGC CTTGAACAAG GCGGGTTTGG CGTATTTTGA AGGGCGTTTT
 301  GAAAAGGCGG AACTAGAAGC CTCACGCGTG TTGGTCAACA AAGAGGCCGG
 351  AGACAACCGG ACTTTGGCAT TGATGCTGGG CGCGCACGCC GCCGGACAGA
 401  TGGAAAACAT CGAGCTGCGC GACCGTTATC TTGCGGAAAT CGCCAAACTG
 451  CCGGAAAAAC AGCAGCTTTC CCGTTATCTT TTGTTGGCGG AATCGGCGTT
 501  GAACCGGCGC GATTACGAAG CGGCGGAAGC CAATCTTCAT GCGGCGGCGA
 551  AGATGAATGC CAACCTTACG CGCCTCGTGC GTCTGCAACT TCGTTACGCT
 601  TTCGACAGGG GCGACGCGTT GCAGGTTCTG GCAAAAACCG AAAAACTTTC
 651  CAAGGCGGGC GCGTTGGGCA AATCGGAAAT GGAACGGTAT CAAAATTGGG
 701  CATACCGCCG CCAGCTGGCG GATGCTGCCG ATGCCGCCGC TTTGAAAACC
 751  TGCCTGAAGC GGATTCCCGA CAGCCTCAAA AACGGGGAAT TGAGCGTATC
 801  GGTTGCGGAA AAGTACGAAC GTTTGGGACT GTATGCCGAT GCGGTCAAAT
 851  GGGTCAAACA GCATTATCCG CACAACCGCC GCCCCGAGCT TTTGGAAGCC
 901  TTTGTCGAAA GCGTGCGCTT TTTGGGCGAG CGCGAACAGC AGAAAGCCAT
 951  CGATTTTGCC GATGCTTGGC TGAAAGAACA GCCCGATAAC GCGCTTCTGC
1001  TGATGTATCT CGGTCGGCTC GCCTACGGCC GCAAACTTTG GGGCAAGGCA
1051  AAAGGCTACC TTGAAGCGAG CATTGCATTA AAGCCGAGTA TTTCCGCGCG
1101  TTTGGTTCTA GCAAAGGTTT TCGACGAAAT CGGAGAACCG CAGAAGGCGG
1151  AGGCGCAGCG CAACTTGGTT TTGGAAGCCG TCTCCGATGA CGAACGTCAC
1201  GCAGCGTTAG AGCAGCATAG CTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 752；ORF100-1>：
   1  MKTVVWIVVL FAAAVGLALA SGIYTGDVYI VLGQTMLRIN LHAFVLGS LI
  51  AVVVWYFLFK FIIGVLNIPE KMQRFGSARK GRKAALALNK AGLAYFEGRF
 101  EKAELEASRV LVNKEAGDNR TLALMLGAHA AGQMENIELR DRYLAEIAKL
 151  PEKQQLSRYL LLAESALNRR DYEAAEANLH AAAKMNANLT RLVRLQLRYA
 201  FDRGDALQVL AKTEKLSKAG ALGKSEMERY QNWAYRRQLA DAADAAALKT
 251  CLKRIPDSLK NGELSVSVAE KYERLGLYAD AVKWVKQHYP HNRRPELLEA
 301  FVESVRFLGE REQQKAIDFA DAWLKEQPDN ALLLMYLGRL AYGRKLWGKA
 351  KGYLEASIAL KPSISARLVL AKVFDEIGEP QKAEAQRNLV LEAVSDDERH
 401  AALEQHS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF100和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF100a)在386个氨基酸的重叠区内显示出有93.5％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf100.pep  MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
            |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100a     MKTVVWIVVLFAAAXGLALASGIXTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf100.pep  FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGXKXXLALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKVGRDNR
            ||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || : |||
orf100a     FIIGVLNXPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf100.pep  TLALMLXAHAAGQMENIXXRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
            |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100a     TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
                   130       140       150       160      170       180
                   190       200       210       220      230       240
orf100.pep  AAAKMNANLTRLVRLXIRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQLA
            ||||||||||||||| :||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
orf100a     AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKXSKAGAXGKSEMERYQNWAYRRQLX
                   190       200       210       220       230       240
                   250       260       270       280       290       300
orf100.pep  DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPXNRRPELLEA
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf100a     DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
                   250       260       270       280       290       300
                   310       320       330       340       350       360
orf100.pep  FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAFGRKLWGKAKGYLEASIAL
            |||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf100a     FVESVRFLGERDQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLXYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
                   310       320       330       340       350       360
                   370       380
orf100.pep  KPSISARLVLTKVFDEIGEPQKAEAH
            ||||||||||:||||| ||||||||:
orf100a     KPSISARLVLAKVFDETGEPQKAEAQRNLVLASVAEENRPSAETHX
                   370       380       390       400
全长ORF100a核苷酸序列<SEQ ID 753>是：
   1  ATGAAAACGG TAGTCTGGAT TGTCGTCCTG TTTGCCGCCG CNNTCGGGCT
  51  GGCATTGGCG TCGGGCATTN ACACCGGCGA CGTGTATATC GTACTCGGAC
 101  AGACCATGCT CAGAATCAAC CTGCACGCCT TTGTGTTAGG TTCGCTGATT
 151  GCCGTCGTGG TGTGGTATTT CCTGTTCAAA TTCATCATCG GCGTACTCAA
 201  TANCCCCGAA AAGATGCAGC GTTTCGGTTC GGCGCGTAAA GGCCGCAAGG
 251  CCGCGCTTGC TTTGAACAAG GCGGGTTTGG CGTATTTTGA AGGGCGTTTT
 301  GAAAAGGCGG AACTTGAAGC CTCGCGCGTA TTGGGAAACA AAGAGGCGGG
 351  GGATAACCGG ACTTTGGCAT TGATGTTGGG CGCACATGCC GCCGGGCAGA
 401  TGGAAAACAT CGAGCTGCGC GACCGTTATC TTGCGGAAAT CGCCAAACTG
 451  CCGGAAAAGC AGCAGCTTTC CCGTTATCTT TTGTTGGCGG AATCGGCGTT
 501  GAACCGGCGC GATTACGAAG CGGCGGAAGC CAATCTTCAT GCGGCGGCGA
 551  AGATGAATGC CAACCTTACG CGCCTCGTGC GTCTGCAACT TCGTTACGCT
 601  TTCGACAGGG GCGACGCGTT GCAGGTTCTG GCAAAAACCG AAAAANTTTC
 651  CAAGGCGGGC GCGTNGGGCA AATCGGAAAT GGAACGGTAT CAAAATTGGG
 701  CATACCGCCG CCAGCTGNCG GATGCTGCCG ATGCCGCCGC TTTGAAAACC
 751  TGCCTGAAGC GGATTCCCGA CAGCCTCAAA AACGGGGAAT TGAGCGTATC
 801  GGTTGCGGAA AAGTACGAAC GTTTGGGACT GTATGCCGAT GCGGTCAAAT
 851  GGGTCAAACA GCATTATCCG CACAACCGCC GACCCGAACT TTTGGAAGCN
 901  TTTGTCGAAA GCGTGCGCTT TTTGGGCGAA CGCGATCAGC AGAAAGCCAT
 951  CGATTTTGCC GATGCTTGGC TGAAAGAACA GCCCGATAAT GCGCTTCTGC
1001  TGANGTATCT CGGTCGGCTC GCCTACGGCC GCAAACTTTG GGGCAAGGCA
1051  AAAGGCTACC TTGAAGCGAG CATTGCATTA AAGCCGAGTA TTTCCGCGCG
1101  TTTGGTTCTG GCAAAGGTTT TTGACGAAAC CGGAGAACCG CAGAAGGCGG
1151  AGGCGCAGCG CAACTTGGTT TTGGCAAGCG TTGCCGAGGA AAACCGNCCT
1201  TCCGCCGAAA CCCATTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 754>：
   1  MKTVVWIVVL FAAAXGLALA SGIXTGDVYI VLGQTMLRIN LHAFVLGS LI
  51  AVVVWYFLFK FIIGVLNXPE KMQRFGSARK GRKAALALNK AGLAYFEGRF
 101  EKAELEASRV LGNKEAGDNR TLALMLGAHA AGQMENIELR DRYLAEIAKL
 151  PEKQQLSRYL LLAESALNRR DYEAAEANLH AAAKMNANLT RLVRLQLRYA
201  FDRGDALQVL AKTEKXSKAG AXGKSEMERY QNWAYRRQLX DAADAAALKT
251  CLKRIPDSLK NGELSVSVAE KYERLGLYAD AVKWVKQHYP HNRRPELLEA
301  FVESVRFLGE RDQQKAIDFA DAWLKEQPDN ALLLXYLGRL AYGRKLWGKA
351  KGYLEASIAL KPSISARLVL AKVFDETGEP QKAEAQRNLV LASVAEENRP
401  SAETH*
ORF100a和ORF100-1在406个氨基酸的重叠区内显示出有95.1％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf100a.pep  MKTVVWIVVLFAAAXGLALASGIXTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
             |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100-1     MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf100a.pep  FIIGVLNXPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR
             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
orf100-1     FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKEAGDNR
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf100a.pep  TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100-1     TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf100a.pep  AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKXSKAGAXGKSEMERYQNWAYRRQLX
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
orf100-1     AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQLA
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf100a.pep  DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100-1     DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf100a.pep  FVESVRFLGERDQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLXYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
             |||||||||||:|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
orf100-1     FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
                    310       320       330       340       350       360
                    370       380       390       400
orf100a.pep  KPSISARLVLAKVFDETGEPQKAEAQRNLVLASVAEENRPSA-ETHX
             |||||||||||||||| |||||||||||||| :|::::| :| | |
orf100-1     KPSISARLVLAKVFDEIGEPQKAEAQRNLVLEAVSDDERHAALEQHSX
                    370       380       390       400
与淋病奈瑟基菌的预计ORF的同源性
ORF100和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF100ng)在386个氨基酸的重叠区内显示出有93.3％的相同性：
orf100.pep  MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng    MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK  60
orf100.pep  FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGXKXXLALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKVGRDNR 120
            ||||||||||:|:| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || : |||
orf100ng    FIIGVLNIPENMRRSGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR 120
orf100.pep  TLALMLXAHAAGQMENIXXRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH  180
            |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng    TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH  180
orf100.pep  AAAKMNANLTRLVRLXIRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQLA  240
            ||||||||||||||| :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf100ng    AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQMA  240
orf100.pep  DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPXNRRPELLEA  300
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
orf100ng    DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA  300
orf100.pep  FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAFGRKLWGKAKGYLEASIAL  360
            |||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf100ng    FVESVRFLGEREQQKAIDFADSWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL  360
orf100.pep  KPSISARLVLTKVFDEIGEPQKAEAH                      386
            |||| |||||:||||| :: |||||:
orf100ng    KPSIPARLVLAKVFDETAQSQKAEAQRNLVLASVAGENRPSAETR   405
全长ORF100ng核苷酸序列<SEQ ID 755>是：
  1  ATGAAAACGG TAGTCTGGAT TGTTGTCCTG TTTGCCGCCG CCGTCGGACT
 51  GGCGCTGGCT TCGGGCATTT ACACCGGCGA CGTGTATATC GTACTCGGAC
101  AGACCATGCT CAGAATCAAC CTGCACGCCT TTGTGTTAGG TTCGCTGATT
151  GCCGTCGTGG TGTGGTATTT CCTGTTTAAA TTCATCATCG GCGTACTCAA
201  TATCCCCGAA AATATGCGGC GTTCCGGTTC GGCGCGGAAA GGCCGCAAGG
251  CCGCGCTTGC CTTGAATAAG GCGGGTTTGG CGTATTTCGA AGGGCGTTTT
301  GAAAAGGCGG AACTCGAAGC CTCTCGAGTG TTGGGCAACA AAGAGGCCGG
351  AGACAACCGG ACTTTGGCAT TGATGCTGGG CGCGCACGCG GCAGGACAGA
401  TGGAAAATAT CGAGCTGCGC GACCGTTATC TTGCGGAAAT CGCCAAACTG
451  CCGGAAAAAC AGCAGCTTTC CCGCTATCTT CTGCTGGCGG AATCGGCGTT
501  AAACCGGCGC GATTACGAAG CGGCGGAAGC CAATCTTCAT GCGGCGGCGA
551  AGATGAATGC CAACCTTACG CGCCTCGTGC GTCTGCAACT TCGTTACGCC
601  TTCGATCGGG GCGATGCGTT GCAGGTTCTG GCAAAAaccG AAAAACTTTC
651  CAAGGCGGGC GCGTTGGGCA AATCGGAAAT GGAACGGTAT CAAAATTGGG
701  CATACCGCCG CCAGATGGCG GATGCTGCCG ATGCCGCCGC TTTGAAAACC
751  TGCCTGAAGC GGATTCCCGA CAGCCTCAAA AACGGGGAAT TGagcGTATC
801  GGTTGCGGAA AAGTACGAAC GTTTGGGACT GTATGCCGAT GCGGTCAAAT
851  GGGTCAAACA GCATTATCCG CACAACCGCC GCCCCGAGCT TTTGGAAGCC
901  TTTGTCGAAA GCGTGCGCTT TTTGGGCGAG CGCGAACAGC AGAAAGCCAT
951  CGATTTTGCC GATTCTTGGC TGAAAGAACA GCCCGATAAC GCGCTTCTGC1001  TGATGTATCT CGGCCGGCTC GCCTACGGCC GCAAACTTTG GGGTAAGGCA1051  AAAGGCTACC TTGAAGCGAG TATTGCACTG AAGCCGAGTA TTCCGGCGCG1101  TTTGGTGTTG GCAAAGGTTT TTGACGAAAC CGCACAGTCG CAAAAAGCCG1151  AAGCACAGCG CAACTTGGTT TTGGCAAGCG TTGCCGGGGA AAACCGCCCT1201  TCCGCCGAAA CCCGTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 756>：
  1  MKTVVWIVVL FAAAVGLALA SGIYTGDVYI VLGQTMLRIN LHAFVLGSL I
 51  AVVVWYFLFK FIIGVLNIPE NMRRSGSARK GRKAALALNK AGLAYFEGRF
101  EKAELEASRV LGNKEAGDNR TLALMLGAHA AGQMENIELR DRYLAEIAKL
151  PEKQQLSRYL LLAESALNRR DYEAAEANLH AAAKMNANLT RLVRLQLRYA
201  FD RGDALQVL AKTEKLSKAG ALGKSEMERY QNWAYRRQMA DAADAAALKT
251  CLKRIPDSLK NGELSVSVAE KYERLGLYAD AVKWVKQHYP HNRRPELLEA
301  FVESVRFLGE REQQKAIDFA DSWLKEQPDN ALLLMYLGRL AYGRKLWGKA
351  KGYLEASIAL KPSIPARLVL AKVFDETAQS QKAEAQRNLV LASVAGENRP
401  SAETR*
ORF100ng和ORF100-在402个氨基酸的重叠区内1显示出有95.3％的相同性：
                       10        20        30       40         50        60
 orf100-1.pep  MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng      MKTVVWIVVLFAAAVGLALASGIYTGDVYIVLGQTMLRINLHAFVLGSLIAVVVWYFLFK
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf100-1.pep  FIIGVLNIPEKMQRFGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLVNKEAGDNR
              ||||||||||:|:| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
orf100ng      FIIGVLNIPENMRRSGSARKGRKAALALNKAGLAYFEGRFEKAELEASRVLGNKEAGDNR
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf100-1.pep  TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng      TLALMLGAHAAGQMENIELRDRYLAEIAKLPEKQQLSRYLLLAESALNRRDYEAAEANLH
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf100-1.pep  AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQLA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf100ng      AAAKMNANLTRLVRLQLRYAFDRGDALQVLAKTEKLSKAGALGKSEMERYQNWAYRRQMA
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf100-1.pep  DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng      DAADAAALKTCLKRIPDSLKNGELSVSVAEKYERLGLYADAVKWVKQHYPHNRRPELLEA
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf100-1.pep  FVESVRFLGEREQQKAIDFADAWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
              |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf100ng      FVESVRFLGEREQQKAIDFADSWLKEQPDNALLLMYLGRLAYGRKLWGKAKGYLEASIAL
                     310       320       330       340       350       360
                     370       380       390       400
orf100-1.pep  KPSISARLVLAKVFDEIGEPQKAEAQRNLVLEAVSDDERHAALEQHSX
              |||| ||||||||||| :: ||||||||||| :|: ::| :|
orf100n       KPSIPARLVLAKVFDETAQSQKAEAQRNLVLASVAGENRPSAETRX
                      370       380       390       400
根据该分析结果(包括一个推定的前导序列、一个推定的跨膜结构域以及一个RGD基序的存在)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例90
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 757>
  1  ATGATGTTTT CTTGGTTCAA GCTGTTTCAC TTGTTTTTTG TCATTTCGTG
 51  GTTTGCAGGG CTGTTTTACC TGCCGAGGAT TTTCGTCAAT ATGGCGATGA
101  TTGATGTGCC GCGCGGCAAT CCCGAGTATG TGCGTCTGTC GGGCATGGCG
151  GTGCGGCTGT ACCGTTTTAT GTCGCCGTTG GGCTTCGGCG CGGTCGTGTT
201  CGGCGCGGCG ATACCGTTTG CCGCCGGCTG GTGGGGCAGC GGCTGGGTAC
251  ACGTCAAACT GTGTTTGGGC TTGATGCTCT TGGCTTACCA GTTGTATTGC
301  GGCGTGCTGC TGCGCCGTTT TCAGGATTAC AGCAATGCTT TTTCACACCG
351  CTGGTACCGC GTGTTCAACG AAATCCCCGT GCTGCTGATG GTTGCCGCGC
401  TGTATsTGGT CGTGTTCAAA CCGTTTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 758；ORF102>：
  1  MMFSWFKLFH LFFVISWFAG LFYLPRIFVN MAMIDVPRGN PEYVRLSGMA
 51  VRLYRFMSPL GFGAVVFGAA IPFAAGWWGS GWVHVKLCLG LMLLAYQLYC
101  GVLLRRFQDY SNAFSHRWYR VFNEIPVLLM VAALYXVVFK PF*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 759>：
  1  ATGATGTTTT CTTGGTTCAA GCTGTTTCAC TTGTTTTTTG TCATTTCGTG
 51  GTTTGCAGGG CTGTTTTACC TGCCGAGGAT TTTCGTCAAT ATGGCGATGA
101  TTGATGTGCC GCGCGGCAAT CCCGAGTATG TGCGTCTGTC GGGCATGGCG
151  GTGCGGCTGT ACCGTTTTAT GTCGCCGTTG GGCTTCGGCG CGGTCGTGTT
201  CGGCGCGGCG ATACCGTTTG CCGCCGGCTG GTGGGGCAGC GGCTGGGTAC
251  ACGTCAAACT GTGTTTGGGC TTGATGCTCT TGGCTTACCA GTTGTATTGC
301  GGCGTGCTGC TGCGCCGTTT TCAGGATTAC AGCAATGCTT TTTCACACCG
351  CTGGTACCGC GTGTTCAACG AAATCCCCGT GCTGCTGATG GTTGCCGCGC
401  TGTATCTGGT CGTGTTCAAA CCGTTTTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 760；ORF102-1>：
  1  MMFSWFKLFH LFFVISWFAG LFYLPRIFVN MAMIDVPRGN PEYVRLSGMA
 51  VRLYRFMSP L GFGAVVFGAA IPFAAGWWGS GWVHVK LCLG LMLLAYQLYC
101  GVLLRRFQDY SNAFSHRWYR VFNE IPVLLM VAALYLVVFK PF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与幽门螺杆菌的HP1484假设整合膜蛋白(登录号为AE000647)的同源性ORF102和HP1484在143个氨基酸的重叠区内显示出有33％的氨基酸相同性：
orf102  3   FSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPLGF 62
            F W K FH+  VISW A LFYLPR+FV  A    +      V++     +LY F++
HP1484  8   FLWVKAFHVIAVISWMAALFYLPRLFVYHAENAHKKEFVGVVQIQEK--KLYSFIASPAM 65
orf102  63  GAVVFGAAIPFAAG---WWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWY 119
            G  +     +       +   GW+H KL L ++LLAY  YC   +R  +      + R+Y
HP1484  66  GFTLITGILMLLIEPTLFKSGGWLHAKLALVVLLLAYHFYCKKCMRELEKDPTRRNARFY 125
orf102  120 RVFNEIPXXXXXXXXXXXXFKPF 142
            RVFNE P             KPF
HP1484  126 RVFNEAPTILMILIVILVVVKPF 148
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF102和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF102a)在142个氨基酸的重叠区内显示出有99.3％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf102.pep  MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102a     MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf102.pep  GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102a     GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140
orf102.pep  VFNEIPVLLMVAALYXVVFKPFX
            ||||||||||||||| |||||||
orf102a     VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
            130    140
全长ORF102a核苷酸序列<SEQ ID 761>是：
  1  ATGATGTTTT CTTGGTTCAA GCTGTTTCAC TTGTTTTTTG TCATTTCGTG
 51  GTTTGCAGGG CTGTTTTACC TGCCGAGGAT TTTCGTCAAT ATGGCGATGA
101  TTGATGTGCC GCGCGGCAAT CCCGAGTATG TGCGTCTGTC GGGCATGGCG
151  GTGCGGCTGT ACCGTTTTAT GTCGCCGTTG GGCTTCGGCG CGGTCGTGTT
201  CGGCGCGGCG ATACCGTTTG CCGCCGGCTG GTGGGGCAGC GGCTGGGTAC
251  ACGTCAAACT GTGTTTGGGC TTGATGCTCT TGGCTTACCA GTTGTATTGC
301  GGCGTGCTGC TGCGCCGTTT TCAGGATTAC AGCAATGCTT TTTCACACCG
351  CTGGTACCGC GTGTTCAACG AAATCCCCGT GCTGCTGATG GTTGCCGCGC
401  TGTATCTGGT CGTGTTCAAA CCGTTTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 762>：
  1  MMFSWFKLFH LFFVISWFAG LFYLPRIFVN MAMIDVPRGN PEYVRLSGMA
 51  VRLYRFMSP L GFGAVVFGAA IPFAAGWWGS GWVHVK LCLG LMLLAYQLYC
101  GVLLRRFQDY SNAFSHRWYR VFNE IPVLLM VAALYLVVFK PF*
ORF102a和ORF102-1在142个氨基酸的重叠区内显示出完全相同：
                     10        20        30        40        50        60
orf102a.pep  MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102-1     MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf102a.pep  GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102-1     GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140
orf102a.pep  VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
             |||||||||||||||||||||||
orf102-1     VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
                    130       140
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF102和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF102ng)在142个氨基酸的重叠区内显示出有97.9％的相同性：
orf102.pep  MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL   60
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf102ng    MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDAPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL   60
orf102.pep  GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR  120
            |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102ng    GFGAVVFGAAIPFAAGRWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR  120
orf102.pep  VFNEIPVLLMVAALYXVVFKPF  142
            ||||||||||||||| ||||||
orf102ng    VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPF  142
全长ORF102ng核苷酸序列<SEQ ID 763>是：
  1  ATGATGTTTT CTTGGTTCAA GCTGTTTCAC TTGTTTTTTG TCATTTCGTG
 51  GTTTGCAGGG CTGTTTTACC TGCCGAGGAT TTTCGTCAAT ATGGCGATGA
101  TTGATGCGCC GCGCGGCAAT CCCGAGTATG TGCGCCTGTC GGGGATGGCG
151  GTGCGGTTGT ACCGTTTTAT GTCGCCTTTG GGTTTCGGCG CGGTCGTGTT
201  CGGCGCGGCG ATACCGTTTG CCGCcggccg GTGGGGCagc ggctggGTTC
251  ACGTCAAACT GTGTTTGGGC TTGATGCTCT TGGCTTATCA GTTGTATTGC
301  GGCGTGCTGC TGCGCCGTTT TCAGGATTAC AGCAATGCTT TTTCACACCG
351  CTGGTACCGC GTGTTCAAcg aAATCCCCGT GCTGCTGATG GTTGCCGCGC
401  TGTATCTGGT CGTGTTCAAA CCGTTTTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 764>：
  1  MMFSWFKLFH LFFYISWFAG LFYLPRIFVN MAMIDAPRGN PEYVRLSGMA
 51  VRLYRFMSP L GFGAVVFGAA IPFAAGRWGS GWVHVK LCLG LMLLAYQLYC
101  GVLLRRFQDY SNAFSHRWYR VFNE IPVLLM VAALYLVVFK PF*
ORF102ng和ORF102-1在142个氨基酸的重叠区内显示出有98.6％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf102-1.pep  MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDVPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
orf102ng      MMFSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDAPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPL
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf102-1.pep  GFGAVVFGAAIPFAAGWWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
              |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf102ng      GFGAVVFGAAIPFAAGRWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFSHRWYR
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140
orf102-1.pep  VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
              |||||||||||||||||||||||
orf102ng      VFNEIPVLLMVAALYLVVFKPFX
                     130       140
另外，ORF102ng显示出与幽门螺杆菌的一种膜蛋白明显同源：
gi|2314656(AE000647)保守的假设整合蛋白[幽门螺杆菌]长度＝148
评分＝79.2位(192)，估计值＝1e-14
相同性＝50/147(34％)，阳性＝68/147(46％)，空隙＝13/147(8％)
询问：3  FSWFKLFHLFFVISWFAGLFYLPRIFVNMAMIDAPRGNPEYVRLSGMAVRLYRFMSPLGF 62
          F W K FH+  VISW A LFYLPR+FV  A     +     V++     +LY F++
目标：8  FLWVKAFHVIAVISWMAALFYLPRLFVYHAENAHKKEFVGVVQIQEK--KLYSFIASPAM 65
询问：63 GAVVFGAAIP-------FAAGRWGSGWVHVKLCLGLMLLAYQLYCGVLLRRFQDYSNAFS 115
          G  +    +        F +G    GW+H KL L ++LLAY  YC   +R  +      +
目标：66 GFTLITGILMLLIEPTLFKSG----GWLHAKLALVVLLLAYHFYCKKCMRELEKDPTRRN 121
询问：116 HRWYRVFNEIPXXXXXXXXXXXXFKPF 142
            R+YRVFNE P             KPF
目标：122 ARFYRVFNEAPTILMILIVILVVVKPF 148
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例91
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 765>：
  1  ATGGCAAAAA TGATGAAATG GGCGGCTGTT GCGGCGGTCG CGGCGGCAGC
 51  GGTTTGGGGC GGATGGTCTT AACTGAAGCC CGAGCCGCAC GTGCTTGATA
101  TTACGGAAAC GGTCAGGCGC GGC //.....
//.. ATTTCGTTTA CGATTTTGTC CGAACCGGAT ACGCCGATTA AGGCGAAGCT
 51  CGACAGCGTC GACCCCGGGC TGACCACGAT GTCGTCGGGC GGTTACAACA
101  GCAGTACGGA TACGGCTTCC AATGCGGTCT ACTATTATGC CCGTTCGTTT
151  GTGCCGAATC CGGACGGCAA ACTCGCCACG GGGATGACGA CGCAGAATAC
201  GGTTGAAATC GACGGCGTGA AAAATGTGCT GATTATTCCG TCGCTGACCG
251  TGAAAAATCG CGGCGGCAAG GCGTTTGTGC GCGTGTTGGG TGCGGACGGC
301  AAGGCGGCGG AACGCGAAAT CCGGACCGGT ATGAGAGACA GTATGAATAC
351  CGAAGTAAAA AGCGGGTTGA AAGAGGGGGA CAAAGTGGTC ATCTCCGAAA
401  TAACCGCCGC CGAGCAACAG GAAAGCGGCG AACGCGCCCT AGGCGGCCCG
451  CCGCGCCGAT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 766；ORF85>：
  1  MAKMMKWAAV AAVAAAAVWG GWS.LKPEPH VLDITETVRR G........
 51  .......... .......... .......... .......... ..........
101  .......... .......... .......... .......... ..........
151  .......... .......... .......... .......... ..........
201  .......... .......... .......... .........I SFTILSEPDT
251  PIKAKLDSVD PGLTTMSSGG YNSSTDTASN AVYYYARSFV PNPDGKLATG
301  MTTQNTVEID GVKNVLIIPS LTVKNRGGKA FVRVLGADGK AAEREIRTGM
351  RDSMNTEVKS GLKEGDKVVI SEITAAEQQE SGERALGGPP RR*
进一步的工作揭示了部分核苷酸序列<SEQ ID 767>：
   1  ..GTATCGGTCG GCGCGCAGGC ATCGGGGCAG ATTAAGATAC TTTATGTCAA
  51    ACTCGGGCAA CAGGTTAAAA AGGGCGATTT GATTGCGGAA ATCAATTCGA
 101    CCTCGCAGAC CAATACGCTC AATACGGAAA AATCCAAGTT GGAAACGTAT
 151    CAGGCGAAGC TGGTGTCGGC ACAGATTGCA TTGGGCAGCG CGGAGAAGAA
 201    ATATAAGCGT CAGGCGGCGT TATGGAAGGA AAACGCGACT TCCAAAGAGG
 251    ATTTGGAAAG CGCGCAGGAT GCGTTTGCCG CCGCCAAAGC CAATGTTGCC
 301    GAGCTGAAGG CTTTAATCAG ACAGAGCAAA ATTTCCATCA ATACCGCCGA
 351    GTCGGAATTG GGCTACACGC GCATTACCGC AACGATGGAC GGCACGGTGG
 401    TGGCGATTCT CGTGGAAGAG GGGCAGACTG TGAACGCGGC GCAGTCTACG
 451    CCGACGATTG TCCAATTGGC GAATCTGGAT ATGATGTTGA ACAAAATGCA
 501    GATTGCCGAG GGCGATATTA CCAAGGTGAA GGCGGGGCAG GATATTTCGT
 551    TTACGATTTT GTCCGAACCG GATACGCCGA TTAAGGCGAA GCTCGACAGC
 601    GTCGACCCCG GGCTGACCAC GATGTCGTCG GGCGGTTACA ACAGCAGTAC
 651    GGATACGGCT TCCAATGCGG TCTACTATTA TGCCCGTTCG TTTGTGCCGA
 701    ATCCGGACGG CAAACTCGCC ACGGGGATGA CGACGCAGAA TACGGTTGAA
 751    ATCGACGGCG TGAAAAATGT GCTGATTATT CCGTCGCTGA CCGTGAAAAA
 801    TCGCGGCGGC AAGGCGTTTG TGCGCGTGTT GGGTGCGGAC GGCAAGGCGG
 851    CGGAACGCGA AATCCGGACC GGTATGAGAG ACAGTATGAA TACCGAAGTA
 901    AAAAGCGGGT TGAAAGAGGG GGACAAAGTG GTCATCTCCG AAATAACCGC
 951    CGCCGAGCAA CAGGAAAGCG GCGAACGCGC CCTAGGCGGC CCGCCGCGCC
1001    GATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 768；ORF85-1>：
  1  ..VSVGAQASGQ IKILYVKLGQ QVKKGDLIAE INSTSQTNTL NTEKSKLETY
 51    QAKLVSAQIA LGSAEKKYKR QAALWKENAT SKEDLESAQD AFAAAKANVA
101    ELKALIRQSK ISINTAESEL GYTRITATMD GTVVAILVEE GQTVNAAQST
151    PTIVQLANLD MMLNKMQIAE GDITKVKAGQ DISFTILSEP DTPIKAKLDS
201    VDPGLTTMSS GGYNSSTDTA SNAVYYYARS FVPNPDGKLA TGMTTQNTVE
251    IDGVKNVLII PSLTVKNRGG KAFVRVLGAD GKAAEREIRT GMRDSMNTEV
301    KSGLKEGDKV VISEITAAEQ QESGERALGG PPRR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF85和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF85a)在41个氨基酸的重叠区内有87.8％的相同性，在153个氨基酸的重叠区内有99.3％的相同性：
                   10        20        30        40
orf85.pep  MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWS-LKPEPHVLDITETVRRG
           ||||||||||||||||||||||| |||||::  ||||||||
orf85a     MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWSYLKPEPQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVS
                   10        20        30        40        50        60
                                         80        90       100
orf85.pep  ..............................ISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSSG
                                         ||||||||||||||||||||||||||||||
orf85a     TIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSSG
         210       220       230       240       250       260
          110       120       130       140       150       160
orf85.pep  GYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGGK
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf85a     GYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGGR
         270       280       290       300       310       320
          170       180       190       200       210       220
orf85.pep  AFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85a     AFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGP
         330       340       350       360       370       380
          230
orf85.pep  PRRX
           ||||
orf85a     PRRX
         390
全长ORF85a核苷酸序列<SEQ ID 769>是：
   1  ATGGCAAAAA TGATGAAATG GGCGGCTGTT GCGGCGGTCG CGGCGGCAGC
  51  GGTTTGGGGC GGATGGTCTT ATCTGAAGCC CGAGCCGCAG GCTGCTTATA
 101  TTACGGAAAC GGTCAGGCGC GGCGACATCA GCCGGACGGT TTCTGCAACA
 151  GGGGAGATTT CGCCGTCCAA CCTGGTATCG GTCGGCGCGC AGGCATCGGG
 201  GCAGATTAAG AAACTTTATG TCAAACTCGG GCAACAGGTT AAAAAGGGCG
 251  ATTTGATTGC GGAAATCAAT TCGACCTCGC AGACCAATAC GCTCAATACG
 301  GAAAAATCCA AATTGGAAAC GTATCAGGCG AAGCTGGTGT CGGCACAGAT
 351  TGCATTGGGC AGCGCGGAGA AGAAATATAA GCGTCAGGCG GCGTTGTGGA
 401  AGGATGATGC GACCGCTAAA GAAGATTTGG AAAGCGCACA GGATGCGCTT
 451  GCCGCCGCCA AAGCCAATGT TGCCGAGCTG AAGGCTCTAA TCAGACAGAG
 501  CAAAATTTCC ATCAATACCG CCGAGTCGGA ATTGGGCTAC ACGCGCATTA
 551  CCGCAACGAT GGACGGCACG GTGGTGGCGA TTCTCGTGGA AGAGGGGCAG
 601  ACTGTGAACG CGGCGCAGTC TACGCCGACG ATTGTCCAAT TGGCGAATCT
 651  GGATATGATG TTGAACAAAA TGCAGATTGC CGAGGGCGAT ATTACCAAGG
 701  TGAAGGCGGG GCAGGATATT TCGTTTACGA TTTTGTCCGA ACCGGATACG
 751  CCGATTAAGG CGAAGCTCGA CAGCGTCGAC CCCGGGCTGA CCACGATGTC
 801  GTCGGGCGGC TACAACAGCA GTACGGATAC GGCTTCCAAT GCGGTCTACT
 851  ATTATGCCCG TTCGTTTGTG CCGAATCCGG ACGGCAAACT CGCCACGGGG
 901  ATGACGACGC AGAATACGGT TGAAATCGAC GGTGTGAAAA ATGTGCTGAT
 951  TATTCCGTCG CTGACCGTGA AAAATCGCGG CGGCAGGGCG TTTGTGCGCG
1001  TGTTGGGTGC AGACGGCAAG GCGGCGGAAC GCGAAATCCG GACCGGTATG
1051  AGAGACAGTA TGAATACCGA AGTAAAAAGC GGGTTGAAAG AGGGGGACAA
1101  AGTGGTCATC TCCGAAATAA CCGCCGCCGA GCAGCAGGAA AGCGGCGAAC
1151  GCGCCCTAGG CGGCCCGCCG CGCCGATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 770>：
   1  MAKMMKWAAV AAVAAAAVWG GWSYLKPEPQ AAYITETVRR GDISRTVSAT
  51  GEISPSNLVS VGAQASGQIK KLYVKLGQQV KKGDLIAEIN STSQTNTLNT
 101  EKSKLETYQA KLVSAQIALG SAEKKYKRQA ALWKDDATAK EDLESAQDAL
 151  AAAKANVAEL KALIRQSKIS INTAESELGY TRITATMDGT VVAILVEEGQ
 201  TVNAAQSTPT IVQLANLDMM LNKMQIAEGD ITKVKAGQDI SFTILSEPDT
 251  PIKAKLDSVD PGLTTMSSGG YNSSTDTASN AVYYYARSFV PNPDGKLATG
 301  MTTQNTVEID GVKNVLIIPS LTVKNRGGRA FVRVLGADGK AAEREIRTGM
 351  RDSMNTEVKS GLKEGDKVVI SEITAAEQQE SGERALGGPP RR*
ORF85a和ORF85-1在334个氨基酸的重叠区内显示出有98.2％的相同性：
            30        40        50        60        70        80
orf85a.pep  PQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVSVGAQASGQIKKLYVKLGQQVKKGDLIAE
                                          |||||||||||| |||||||||||||||||
orf85-1                                   VSVGAQASGQIKILYVKLGQQVKKGDLIAE
                                                  10        20        30
            90       100       110       120       130       140
orf85a.pep  INSTSQTNTLNTEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKDDATAKEDLESAQD
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||::||:|||||||||
orf85-1     INSTSQTNTLNTEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKENATSKEDLESAQD
                    40        50        60        70        80        90
           150       160       170       180       190       200
orf85a.pep  ALAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESELGYTRITATMDGTVVAILVEEGQTVNAAQST
            |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1     AFAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESELGYTRITATMDGTVVAILVEEGQTVNAAQST
                   100       110       120       130       140       150
           210       220       230       240       250       260
orf85a.pep  PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1     PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
                   160       170       180       190       200       210
           270       280       290       300       310       320
orf85a.pep  GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1     GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGG
                   220       230       240       250       260       270
           330       340       350       360       370       380
orf85a.pep  RAFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
            :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1     KAFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
                   280       290       300       310       320       330
           390
orf85a.pep  PPRRX
            |||||
orf85-1     PPRRX
图19D显示出ORF85a的亲水性、抗原性指数和AMPHI区域的曲线。
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF85和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF85ng)显示出高度的相同性：
ORF85      1 MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWS.LKPEPHVLDITETVRRG......... 40
             ||||||||||||||||||||||| |||||::  |||:||||
ORF85ng    1 MAKMMKWAAVAAVAAAAVWGGWSYLKPEPQAAYITEAVRRGDISRTVSAT 50
                      .         .         .         .         .
ORF85        .......................................ISFTILSEPDT 250
                                                    |||||||||||
ORF85ng  201 TVNAAQSTPTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDT 250
                      .         .         .         .         .
ORF85    251 PIKAKLDSVDPGLTTMSSGGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATG 300
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ORF85ng  251 PIKAKLDSVDPGLTTMSSGGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATG 300
                      .         .         .         .         .
ORF85    301 MTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGGKAFVRVLGADGKAAEREIRTGM 350
             ||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| ||||||||
ORF85ng  301 MTTQNTVEIDGVKNVLLIPSLTVKNRGGKAFVRVLGADGKAVEREIRTGM 350
                      .         .         .         .         .
ORF85    152 RDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGPPRR 393
             :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ORF85ng  351 KDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGGPPRR 393
全长ORF85ng核苷酸序列<SEQ ID 771>是：
   1  ATGGCAAAAA TGATGAAATG GGCGGCTGTT GCGGCGGTCG CGGCGGCaac
  51  GGTTTGGGGC GGATGGTCTT ATCTGAAGCC CGAACCGCAG GCTGCTTATA
 101  TTACGGAaac ggTCAGGCGC GGCGATATCA GCCGGACGGT TTCCGCGACG
 151  GgcgAGATTT CGCCGTCCAA CCTGGTATCG GTCGGCGCGC AGGCTTCGGG
 201  GCAGATTAAA AAGCTTTATG TCAAACTCGG GCAACAGGTC AAAAAGGGCG
 251  ATTTGATTGC GGAAATCAAT TCGACCACGC AGACCAACAC GATCGATATG
 301  GAAAAATCCA AATTGGAAAC GTATCAGGCG AAGCTGGTGT CGGCACAGAT
 351  TGCATTGGGC AGCGCGGAGA AGAAATATAA GCGTCAGGCG GCGTTGTGGA
 401  AGGATGATGC GACCTCTAAA GAAGATTTGG AAAGCGCGCA GGATGCGCTT
 451  GCCGCCGCCA AAGCCAATGT TGCCGAGTTG AAGGCTTTAA TCAGACAGAG
 501  CAAAATTTCC ATCAATACCG CCGAGTCGGA TTTGGGCTAC ACGCGCATTA
 551  CCGCGACGAT GGACGGCACG GTGGTGGCGA TTCCCGTGGA AGAGGGGCAG
 601  ACTGTGAACG CGGCGCAGTC TACGCCGACG ATTGTCCAAT TGGCGAATCT
 651  GGATATGATG TTGAACAAAA TGCAGATTGC CGAGGGCGAT ATTACCAAGG
 701  TGAAGGCGGG GCAGGATATT TCGTTTACGA TTTTGTCCGA ACCGGATACG
 751  CCGATTAAGG CGAAGCTCGA CAGCGTCGAC CCCGGGCTGA CCACGATGTC
 801  GTCGGGCGGC TACAACAGCA GTACGGATAC GGCTTCCAAT GCGGTCTATT
 851  ATTATGCCCG TTCGTTTGTG CCGAATCCGG ACGGCAAACT CGCCACGGGG
 901  ATGACGACGC AGAATACGGT TGAAATCGAC GGTGTGAAAA ATGTGTTGCT
 951  TATTCCGTCG CTGACCGTGA AAAATCGCGG CGGCAAGGCG TTCGTACGCG
1001  TGTTGGGTGC GGACGGCAAG GCAGTGGAAC GCGAAATCCG GACCGGTATG
1051  AAAGACAGTA TGAATACCGA AGTGAAAAGC GGGTTGAAAG AGGGGGACAA
1101  AGTGGTCATC TCCGAAATAA CCGCCGCCGA GCAGCAGGAA AGCGGCGAAC
1151  GCGCCCTAGG CGGCCCGCCG CGCCGATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 772>：
   1  MAKMMKWAAV AAVAAAAVWG GWSYLKPEPQ AAYITEAVR R GDISRTVSAT
  51  GEISPSNLVS VGAQASGQIK KLYVKLGQQV KKGDLIAEIN STTQTNTIDM
 101  EKSKLETYQA KLVSAQIALG SAEKKYKRQA ALWKDDATSK EDLESAQDAL
 151  AAAKANVAEL KALIRQSKIS INTAESDLGY TRITATMDGT VVAIPVEEGQ
 201  TVNAAQSTPT IVQLANLDMM LNKMQIAEGD ITKVKAGQDI SFTILSEPDT
 251  PIKAKLDSVD PGLTTMSSGG YNSSTDTASN AVYYYARSFV PNPDGKLATG
 301  MTTQNTVEID GVKNVLLIPS LTVKNRGGKA FVRVLGADGK AVEREIRTGM
 351  KDSMNTEVKS GLKEGDKVVI SEITAAEQQE SGERALGGPP RR*
ORF85ng和ORF85-1在334个氨基酸的重叠区内显示出有96.1％的相同性：
          30        40        50        60        70        80
orf85ng   PQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVSVGAQASGQIKKLYVKLGQQVKKGDLIAE
                                        |||||||||||| |||||||||||||||||
orf85-1                                 VSVGAQASGQIKILYVKLGQQVKKGDLIAE
                                                10        20        30
          90       100       110       120       130       140
orf85ng   INSTTQTNTIDMEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKDDATSKEDLESAQD
          ||||:||||:: ||||||||||||||||||||||||||||||||||::||||||||||||
orf85-1   INSTSQTNTLNTEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKENATSKEDLESAQD
                  40        50        60        70        80        90
         150       160       170       180       190       200
orf85ng   ALAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESDLGYTRITATMDGTVVAIPVEEGQTVNAAQST
          |:||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||||||||||||
orf85-1   AFAAAKANVAELKALIRQSKISINTAESELGYTRITATMDGTVVAILVEEGQTVNAAQST
                 100       110       120       130       140       150
         210       220       230       240       250       260
orf85ng   PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1   PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS
                 160       170       180       190       200       210
        270       280       290       300       310       320
orf85ng  GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLLIPSLTVKNRGG
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
orf85-1  GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLIIPSLTVKNRGG
                220       230       240       250       260       270
        330       340       350       360       370       380
orf85ng  KAFVRVLGADGKAVEREIRTGMKDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
         |||||||||||||:||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf85-1  KAFVRVLGADGKAAEREIRTGMRDSMNTEVKSGLKEGDKVVISEITAAEQQESGERALGG
                280       290       300       310       320       330
        390
orf85ng  PPRRX
         |||||
orf85-1  PPRRX
另外，ORF85ng显示出与大肠杆菌一种膜融合蛋白明显同源：
gi|1787104(AE000189)o380；与膜融合蛋白前体的332个残基有27％相同(27个空隙)，MTRC_NEIGO SW：P43505(412aa)[大肠杆菌]长度＝380
评分＝193位(485)，估计值＝2e-48
相同性＝120/345(34％)，阳性＝182/345(51％)，空隙＝13/345(3％)
询问：29  PQAAYITETVRRGDISRTVSATGEISPSNLVSVGAQASGQIKKLYVKLGQQVKKGDLIAE 88
           P   Y T  VR GD+ ++V ATG++     V VGAQ SGQ+K L V +G +VKK  L+
目标：41  PVPTYQTLIVRPGDLQQSVLATGKLDALRKVDVGAQVSGQLKTLSVAIGDKVKKDQLLGV 100
询问：89  INSTTQTNTIDMEKSKLETYQAKLVSAQIALGSAEKKYKRQAALWKDDATSKEXXXXXXX 148
           I+     N I   ++ L   +A+   A+  L  A   Y RQ  L +  A S++
目标：101 IDPEQAENQIKEVEATLMELRAQRQQAEAELKLARVTYSRQQRLAQTKAVSQQDLDTAAT 160
询问：149 XXXXXXXXXXXXXXXIRQSKISINTAESDLGYTRITATMDGTVVAIPVEEGQTVNAAQST 208
                          I++++ S++TA+++L YTRI A M G V  I  +GQTV  AAQ
目标：161 EMAVKQAQIGTIDAQIKRNQASLDTAKTNLDYTRIVAPMAGEVTQITTLQGQTVIAAQQA 220
询问：209 PTIVQLANLDMMLNKMQIAEGDITKVKAGQDISFTILSEPDTPIKAKLDSVDPGLTTMSS 268
           P I+ LA++  ML K Q++E D+  +K GQ   FT+L +P T  + ++  V P
目标：221 PNILTLADMSAMLVKAQVSEADVIHLKPGQKAWFTVLGDPLTRYEGQIKDVLP------- 273
询问：269 GGYNSSTDTASNAVYYYARSFVPNPDGKLATGMTTQNTVEIDGVKNVLLIPSLTVKNRGG 328
                + +  ++A++YYAR  VPNP+G L   MT Q  +++  VKNVL IP   + +  G
目标：274 -----TPEKVNDAIFYYARFEVPNPNGLLRLDMTAQVHIQLTDVKNVLTIPLSALGDPVG 328
询问：329 KAFVRV-LGADGKAVEREIRTGMKDSMNTEVKSGLKEGDKVVISE 372
               +V L  +G+  ERE+  G ++  + E+  GL+ GD+VVI E
目标：329 DNRYKVKLLRNGETREREVTIGARNDTDVEIVKGLEAGDEVVIGE 373
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF85-1(40.4kDa)克隆到pGex载体中，并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图19A显示出GST-融合蛋白亲和纯化的结果。用纯化的GST-融合蛋白免疫小鼠，用小鼠血清进行Western印迹(图19B)，FACS分析(图19C)和ELISA(阳性结果)。这些实验确认ORF85-1是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例92
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 773>：
  1  ..ATTCCCGCCA CGATGACATT TGAACGCAGC GGCAATGCTT ACAAAATCGT
 51    TTCGACGATT AAAGTGCCGC TATACAATAT CCGTTTCGAG TCCGGCGGTA
101    CGGTTGTCGG CAATACCCTG CACCCTACCT ACTATAGAGA CATACGCAGG
151    GGCAAACTGT ATGCGGAAgc CAAATTCGCC GACgGcAGCG TAACTTACGG
201    CAAAGCGGGC GAGAGCAAAA CCGAGCAAAG CCCCAAGGCT ATGGATTTGT
251    TCACGCTTGC CTGGCAGTTG GCGGCAAATG ACGCGAAACT CCCCCCGGGG
301    CTGAAAATCA CCAACGGCAA AAAACTTTAT TCCGTCGGCG GTTTGAATAA
351    GGCGGGTACA GGAAAATACA GCATAGGCGG CGTGGAAACC GAAGTCGTCA
401    AATATCGGGT GCGGCGCGGC GACGATGCGG TAATGTATTT cTTCGCACCG
451    TCCCTGAACA ATATTCCGGC ACAAATCGGC TATACCGACG ACGGCAAAAC
501    CTATACGCTG AAACTCAAAT CGGTGCAGAT CAACGGCCAG GCAGCCAAAC
551    CGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 774；ORF120>：
  1  ..IPATMTFERS GNAYKIVSTI KVPLYNIRFE SGGTVVGNTL HPTYYRDIRR
 51    GKLYAEAKFA DGSVTYGKAG ESKTEQSPKA MDLFTLAWQL AANDAKLPPG
101    LKITNGKKLY SVGGLNKAGT GKYSIGGVET EVVKYRVRRG DDAVMYFFAP
151    SLNNIPAQIG YTDDGKTYTL KLKSVQINGQ AAKP*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 775>：
  1  ATGATGAAGA CTTTTAAAAA TATATTTTCC GCCGCCATTT TGTCCGCCGC
 51  CCTGCCGTGC GCGTATGCGG CAGGGCTGCC CCAATCCGCC GTGCTGCACT
101  ATTCCGGCAG CTACGGCATT CCCGCCACGA TGACATTTGA ACGCAGCGGC
151  AATGCTTACA AAATCGTTTC GACGATTAAA GTGCCGCTAT ACAATATCCG
201  TTTCGAGTCC GGCGGTACGG TTGTCGGCAA TACCCTGCAC CCTACCTACT
251  ATAGAGACAT ACGCAGGGGC AAACTGTATG CGGAAGCCAA ATTCGCCGAC
301  GGCAGCGTAA CTTACGGCAA AGCGGGCGAG AGCAAAACCG AGCAAAGCCC
351  CAAGGCTATG GATTTGTTCA CGCTTGCCTG GCAGTTGGCG GCAAATGACG
401  CGAAACTCCC CCCGGGGCTG AAAATCACCA ACGGCAAAAA ACTTTATTCC
451  GTCGGCGGTT TGAATAAGGC GGGTACAGGA AAATACAGCA TAGGCGGCGT
501  GGAAACCGAA GTCGTCAAAT ATCGGGTGCG GCGCGGCGAC GATGCGGTAA
551  TGTATTTCTT CGCACCGTCC CTGAACAATA TTCCGGCACA AATCGGCTAT
601  ACCGACGACG GCAAAACCTA TACGCTGAAA CTCAAATCGG TGCAGATCAA
651  CGGCCAGGCA GCCAAACCGT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 776；ORF120-1>：
  1   MMKTFKNIFS AAILSAALPC AYAAGLPQSA VLHYSGSYGI PATMTFERSG
 51  NAYKIVSTIK VPLYNIRFES GGTVVGNTLH PTYYRDIRRG KLYAEAKFAD
101  GSVTYGKAGE SKTEQSPKAM DLFTLAWQLA ANDAKLPPGL KITNGKKLYS
151  VGGLNKAGTG KYSIGGVETE VVKYRVRRGD DAVMYFFAPS LNNIPAQIGY
201  TDDGKTYTLK LKSVQINGQA AKP*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF120和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF120a)在184个氨基酸的重叠区内显示出有92.4％的相同性：
                                                  10        20        30
orf120.pep                                IPATMTFERSGNAYKIVSTIKVPLYNIRFE
                                          |||| :    ||||||||||||||||||||
orf120a     SAAILSAALPCAYAAGLPXSAVLHYSGSYGIPATXXXXXXXNAXKIVSTIKVPLYNIRFE
           10        20        30        40        50        60
                    40        50        60        70        80        90
orf120.pep  SGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAMDLFTLAWQL
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    : |||||||||||||||
orf120a     SGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAXXXXXXQSPKAMDLFTLAWQL
           70        80        90       100       110       120
                   100       110       120       130       140       150
orf120.pep  AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDAVMYFFAP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120a     AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDAVMYFFAP
          130       140       150       160       170       180
                   160       170       180
orf120.pep  SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120a     SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
          190       200       210       220
全长ORF120a核苷酸序列<SEQ ID 777>是：
  1  ATGATGAAGA CTTTTAAAAA TATATTTTCC GCCGCCATTT TGTCCGCCGC
 51  CCTGCCGTGC GCGTATGCGG CAGGGCTGCC CNAATCCGCC GTGCTGCACT
101  ATTCCGGCAG CTACGGCATT CCCGCCACNA NNANNTNNGN ACNNNGNGNC
151  AATGCTTNCA AAATCGTTTC GACGATTAAA GTGCCGCTAT ACAATATCCG
201  TTTCGAGTCC GGCGGTACGG TTGTCGGCAA TACCCTGCAC CCTACCTACT
251  ATAGAGACAT ACGCAGGGGC AAACTGTATG CGGAAGCCAA ATTCGCCGAC
301  GGCAGCGTAA CCTACGGCAA AGCGGNNNNN ANCNNNNNNG NGCAAAGCCC
351  CAAGGCTATG GATTTGTTCA CGCTTGCNTG GCAGTTGGCG GCAAATGACG
401  CGAAACTCCC CCCGGGGCTG AAAATCACCA ACGGCAAAAA ACTTTATTCC
451  GTCGGCGGTT TGAATAAGGC GGGTACAGGA AAATACAGCA TAGGCGGCGT
501  GGAAACCGAA GTCGTCAAAT ATCGGGTGCG GCGCGGCGAC GATGCGGTAA
551  TGTATTTCTT CGCACCGTCC CTGAACAATA TTCCGGCACA AATCGGCTAT
601  ACCGACGACG GCAAAACCTA TACGCTGAAA CTCAAATCGG TGCAGATCAA
651  CGGCCAGGCA GCCAAACCGT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 778>：
  1  MMKTFKNIFS AAILSAALPC AYAAGLPXSA VLHYSGSYGI PATXXXXXXX
 51  NAXKIVSTIK VPLYNIRFES GGTVVGNTLH PTYYRDIRRG KLYAEAKFAD
101  GSVTYGKAXX XXXXQSPKAM DLFTLAWQLA ANDAKLPPGL KITNGKKLYS
151  VGGLNKAGTG KYSIGGVETE VVKYRVRRGD DAVMYFFAPS LNNIPAQIGY
201 TDDGKTYTLK LKSVQINGQA AKP*
ORF120a和ORF120-1在223个氨基酸的重叠区内显示出有93.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf120a.pep  MMKTFKNIFSAAILSAALPCAYAAGLPXSAVLHYSGSYGIPATXXXXXXXNAXKIVSTIK
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| :    ||| |||||||
orf120-1     MMKTFKNIFSAAILSAALPCAYAAGLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIK
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf120a.pep  VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAXXXXXXQSPKAM
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    : ||||||
orf120-1     VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAM
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf120a.pep  DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120-1     DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220
orf120a.pep  DAVMYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120-1  DAVMYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
                 190       200       210       220
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF120和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF120ng)在184个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
orf120.pep                                IPATMTFERSGNAYKIVSTIKVPLYNIRFE   30
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng    SAAILSAALPCAYAARLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIKVPLYNIRFE   69
orf120.pep  SGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAMDLFTLAWQL   90
            ||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng    SGGTVVGNTLHPAYYKDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAMDLFTLAWQL  129
orf120.pep  AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDAVMYFFAP  150
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:| |||||
orf120ng    AANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGDDTVTYFFAP  189
orf120.pep  SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKP  184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng    SLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKP  223
全长ORF120ng核苷酸序列<SEQ ID 779>是：
  1  ATGATGAAGA CTTTTAAAAA TATATTTTCC GCCGCCATTT TGTCCGCCGC
 51  CCTGCCGTGC GCGTATGCGG CAAGGCTACC CCAATCCGCC GTGCTGCACT
101  ATTCCGGCAG CTACGGCATT CCCGCCACGA TGACATTTGA ACGCAGCGGC
151  AATGCTTACA AAATCGTTTC GACGATTAAA GTGCCGCTAT ACAATATCCG
201  TTTCGAATCC GGCGGTACGG TTGTCGGCAA TACCCTGCAC CCTGCCTACT
251  ATAAAGACAT ACGCAGGGGC AAACTGTATG CGGAAGCCAA ATTCGCCGAC
301  GGCAGCGTAA CCTACGGCAA AGCGGGCGAG AGCAAAACCG AGCAAAGCCC
351  CAAGGCTATG GATTTGTTCA CGCTTGCCTG GCAGTTGGCG GCAAATGACG
401  CGAAACTCCC CCCGGGTCTG AAAATCACCA ACGGCAAAAA ACTTTATTCC
451  GTCGGCGGCC TGAATAAGGC GGGTACGGGA AAATACAGCA TaggCGGCGT
501  GGAAACCGAA GTCGTCAAAT ATCGGGTGCG GCGCGGCGAC GATACGGTAA
551  CGTATTTCTT CGCACCGTCC CTGAACAATA TTCCGGCACA AATCGGCTAT
601  ACCGACGACG GCAAAACCTA TACGCTGAAG CTCAAATCGG TGCAGATCAA
651  CGGACAGGCC GCCAAACCGT AA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 780>：
  1  MMKTFKNIFS AAILSAALPC AYAARLPQSA VLHYSGSYGI PATMTFERSG
 51  NAYKIVSTIK VPLYNIRFES GGTVVGNTLH PAYYKDIRRG KLYAEAKFAD
101  GSVTYGKAGE SKTEQSPKAM DLFTLAWQLA ANDAKLPPGL KITNGKKLYS
151  VGGLNKAGTG KYSIGGVETE VVKYRVRRGD DTVTYFFAPS LNNIPAQIGY
201 TDDGKTYTLK LKSVQINGQA AKP*
与ORF120-1相比，ORF120ng在223个氨基酸的重叠区内显示出有97.8％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf120-1.pep  MMKTFKNIFSAAALSAALPCAYAAGLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIK
              |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng      MMKTFKNIFSAAILSAALPCAYAARLPQSAVLHYSGSYGIPATMTFERSGNAYKIVSTIK
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf120-1.pep  VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPTYYRDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAM
              |||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng      VPLYNIRFESGGTVVGNTLHPAYYKDIRRGKLYAEAKFADGSVTYGKAGESKTEQSPKAM
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf120-1.pep  DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng      DLFTLAWQLAANDAKLPPGLKITNGKKLYSVGGLNKAGTGKYSIGGVETEVVKYRVRRGD
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220
orf120-1.pep  DAVMYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
              |:| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf120ng      DTVTYFFAPSLNNIPAQIGYTDDGKTYTLKLKSVQINGQAAKPX
                     190       200       210       220
该分析结果(包括淋球菌蛋白中有一个推定的前导序列)提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例93
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 781>：
  1  ATGTATCGGA GGAAAGGGCG GGGCATCAAG CCGTGGATGG GTGCCGGTGC
 51  .GCGTTTGCC GCCTTGGTCT GGCTGGTTTT CGCGCTCGGC GATACTTTGA
101  CTCCGTTTGC GGTTGCGGCG GTGCTGGCGT ATGTATTGGA CCCTTTGGTC
151  GAATGGTTGC AGAAAAAGGG TTTGAACCGT GCATCCGCTT CGATGTCTGT
201  GATGGTGTTT TCCTTGATTT TGTTGTTGGC ATTATTGTTG ATTATCGTCC
251  CTATGCTGGT CGGGCAGTTC AACAATTTGG CATCGCGCCT GCCCCAATTA
301  ATCGGTTTTA TGCAGAACAC GCTGCTGCCG TGGTTGAAAA ATACAATCGG
351  CGGATATGTG GAAATCGATC AGGCATCTAT TATTGCGTGG CTTCAGGCGC
401  ATACGGGAGA GTTGAGCAAC GCGCTTAAGG CGTGGTTTCC CGTTTTGATG
451  AGGCAGGGCG GCAATATT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 782；ORF121>：
  1  MYRRKGRGIK PWMGAGXAFA ALVWLVFALG DTLTPFAVAA VLAYVLDPLV
 51  EWLQKKGLNR ASASMSVMVF SLILLLALLL IIVPMLVGQF NNLASRLPQL
101  IGFMQNTLLP WLKNTIGGYV EIDQASIIAW LQAHTGELSN ALKAWFPVLM
151  RQGGNI..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 783>：
  1  ATGTATCGGA GGAAAGGGCG GGGCATCAAG CCGTGGATGG GTGCCGGTGC
 51  GGCGTTTGCC GCCTTGGTCT GGCTGGTTTT CGCGCTCGGC GATACTTTGA
101  CTCCGTTTGC GGTTGCGGCG GTGCTGGCGT ATGTATTGGA CCCTTTGGTC
151  GAATGGTTGC AGAAAAAGGG TTTGAACCGT GCATCCGCTT CGATGTCTGT
201  GATGGTGTTT TCCTTGATTT TGTTGTTGGC ATTATTGTTG ATTATCGTCC
251  CTATGCTGGT CGGGCAGTTC AACAATTTGG CATCGCGCCT GCCCCAATTA
301  ATCGGTTTTA TGCAGAACAC GCTGCTGCCG TGGTTGAAAA ATACAATCGG
351  CGGATATGTG GAAATCGATC AGGCATCTAT TATTGCGTGG CTTCAGGCGC
401  ATACGGGAGA GTTGAGCAAC GCGCTTAAGG CGTGGTTTCC CGTTTTGATG
451  AGGCAGGGCG GCAATATTGT CAGCAGTATC GGCAACCTGC TGCTGCTTCC
501  CTTGCTGCTT TACTATTTCC TGCTGGATTG GCAGCGGTGG TCGTGCGGCA
551  TTGCCAAACT GGTTCCGAgG CGTTTTGCCG GTGCTTATAC GCGCATTACA
601  GGCAATTTGA ACGAGGTATT GGGCGAATTT TTGCGCGGGC AGCTTCTGGT
651  AATGCTGATT ATGGGCTTGG TTTACGGTTT GGGATTGGTG CTGGTCGGGC
701  TGGATTCGGG GTTTGCCATC GGTATGCTTG CCGGTATTTT GGTGTTTGTC
751  CCTTATCTCG GGGCGTTTAC GGGATTGCTG CTTGCCACCG TCGCCGCCTT
801  GCTCCAGTTC GGTTCGTGGA ACGGCATCCT ATCGGTTTGG GCGGTTTTTG
851  CCGTAGGACA GTTTCTCGAA AGTTTTTTCA TTACGCCGAA AATCGTGGGA
901  GACCGTATCG GGCTGTCGCC GTTTTGGGTT ATCTTTTCGC TGATGGCGTT
951  CGGGCAGCTG ATGGGCTTTG TCGGAATGTT GGCGGGATTG CCTTTGGCCG1001  CCGTAACCTT GGTCTTGCTT CGCGAGGGCG TGCAGAAATA TTTTGCCGGC1051  AGTTTTTACC GGGGCAGGTA G
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 784；ORF121-1>：
   1  MYRRKGRGIK PWMGAGAAFA ALVWLVFALG DTL TPFAVAA VLAYVLDPLV
  51  EWLQKKGLNR ASASMS VMVF SLILLLALLL IIVPMLVGQF NNLASRLPQL
 101  IGFMQNTLLP WLKNTIGGYV EIDQASIIAW LQAHTGELSN ALKAWFPVLM
 151  RQGGNIVS SI GNLLLLPLLL YYFLLDWQRW SCGIAKLVPR RFAGAYTRIT
 201  GNLNEVLGEF LRGQL LVMLI MGLVYGLGLV LVGLDSGFAI GMLAG ILVFV
 251  PYLGAFTGLL LATVAALLQF GSWNG ILSVW AVFAVGQFLE SFFITPKIVG
 301  DRIGLSPFWV IFSLMAFGQL MGF VGMLAGL PLAAVTLVLL REGVQKYFAG
 351  SFYRGR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF121和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF121a)在156个氨基酸的重叠区内显示出有98.7％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf121.pep  MYRRKGRGIKPWMGAGXAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
            ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121a     MYRRKGRGIKPWMDAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf121.pep  ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121a     ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150
orf121.pep  EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121a     EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
                   130       140       150       160       170       180
orf121a     SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
                   190       200       210       220       230       240
全长ORF121a核苷酸序列<SEQ ID 785>是：
   1  ATGTATCGGA GGAAAGGGCG GGGCATCAAG CCGTGGATGG ATGCCGGTGC
  51  GGCGTTTGCC GCCTTGGTCT GGCTGGTTTT CGCGCTCGGC GATACTTTGA
 101  CTCCGTTTGC GGTTGCGGCG GTGCTGGCGT ATGTATTGGA CCCTTTGGTC
 151  GAATGGTTGC AGAAAAAGGG TTTGAACCGT GCATCCGCTT CGATGTCTGT
 201  GATGGTGTTT TCCTTGATTT TGTTGTTGGC ATTATTGTTG ATTATTGTCC
 251  CTATGCTGGT CGGGCAGTTC AACAATTTGG CATCGCGCCT GCCCCAATTA
 301  ATCGGTTTTA TGCAGAACAC GCTGCTGCCG TGGTTGAAAA ATACAATCGG
 351  CGGATATGTG GAAATCGATC AGGCATCTAT TATTGCGTGG CTTCAGGCGC
 401  ATACGGGCGA GTTGAGCAAC GCGCTTAAGG CGTGGTTTCC CGTTTTGATG
 451  AGGCAGGGCG GCAATATTGT CAGCAGTATC GGCAACCTGC TGCTGCTTCC
 501  CTTGCTGCTT TACTATTTCC TGCTGGATTG GCAGCGGTGG TCGTGCGGCA
 551  TTGCCAAACT GGTTCCGAGG CGTTTTGCCG GTGCTTATAC GCGCATTACA
 601  GGCAATTTGA ACGAGGTATT GGGCGAATTT TTGCGCGGGC AGCTTCTGGT
 651  GATGCTGATT ATGGGTTTGG TTTACGGCTT GGGGTTGGTG CTGGTCGGGC
 701  TGGATTCGGG GTTTGCAATC GGTATGGTTG CCGGTATTTT GGTTTTTGTT
 751  CCCTATTTGG GCGCGTTTAC AGGACTGCTG CTGGCAACCG TCGCCGCCTT
 801  GCTCCAGTTC GGTTCGTGGA ACGGCATCTT GGCTGTTTGG GCGGTTTTTG
 851  CCGTAGGACA GTTTCTCGAA AGTTTTTTCA TTACGCCGAA AATCGTGGGA
 901  GACCGTATCG GCCTGTCGCC GTTTTGGGTT ATCTTTTCGC TGATGGCGTT
 951  CGGGCAGCTG ATGGGCTTTG TCGGAATGTT GGCCGGATTG CCTTTGGCCG
1001  CCGTAACCTT GGTCTTGCTT CGCGAGGGCG TGCAGAAATA TTTTGCCGGC
1051  AGTTTTTACC GGGGCAGGTA G
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 786>：
  1  MYRRKGRGIK PWMDAGAAFA ALVWLVFALG DTL TPFAVAA VLAYVLDPLV
 51  EWLQKKGLNR ASASMS VMVF SLILLLALLL IIVPMLVGQF NNLASRLPQL
101  IGFMQNTLLP WLKNTIGGYV EIDQASIIAW LQAHTGELSN ALKAWFPVLM
151  RQGGNIVS SI GNLLLLPLLL YYFLLDWQRW SCGIAKLVPR RFAGAYTRIT
201  GNLNEVLGEF LRGQL LVMLI MGLVYGLGLV LVGLDSGFAI GMVAG ILVFV
251   PYLGAFTGLL LATVAALLQF GSWNG ILAVW AVFAVGQFLE SFFITPKIVG
301  DRIGLSPFWV IFSLMAFGQL MGF VGMLAGL PLAAVTLVLL REGVQKYFAG
351  SFYRGR*
ORF121a和ORF121-1在356个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf121a.pep  MYRRKGRGIKPWMDAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
             |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121-1     MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf121a.pep  ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121-1     ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf121a.pep  EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121-1     EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf121a.pep  SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121-1     SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf121a.pep  GMVAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILAVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
             ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf121-1     GMLAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILSVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350
orf121a.pep  DRIGLSPFWVIFSLMAFGQLMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGVQKYFAGSFYRGRX
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121-1     DRIGLSPFWVIFSLMAFGQLMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGVQKYFAGSFYRGRX
                    310       320       330       340       350
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF121和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF121ng)在156个氨基酸的重叠区内显示出有97.4％的相同性：
orf121.pep  MYRRKGRGIKPWMGAGXAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR   60
            |||||||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121ng    MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVYALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR   60
orf121.pep  ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV  120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121ng    ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV  120
orf121.pep  EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNI                         156
            ||||||||||:|||||||||||||||||||:|||||
orf121ng    EIDQASIIAWFQAHTGELSNALKAWFPVLMKQGGNIVSTIGNLLLPPLLLYYFLLDWHRW 180
预计ORF121ng核苷酸序列<SEQ ID 787>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID788>：
   1  MYRRKGRGIK PWMGAGAAFA ALVWLVYALG DTL TPFAVAA VLAYVLDPLV
  51  EWLQKKGLNR ASASMS VMVF SLILLLALLL IIVPMLVGQF NNLASRLPQL
 101  IGFMQNTLLP WLKNTIGGYV EIDQASIIAW FQAHTGELSN ALKAWFPVLM
 151  KQGGNIVS TI GNLLLPPLLL YYFLLDWHRW SCGIPKLVPR RFAGAYTRIT
 201  GNLNKVWGKF LRGQLLGETE RGAVVCRVGR ECWEGGGARS RPSDDGWPRW
 251  GGG*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 789>：
   1  ATGTATCGGA GAAAAGGACG GGGCATCAAG CCGTGGATGG GTGCCGGCGC
  51  GGCGTTTGCC GCCTTGGTCT GGCTGGTTTA CGCGCTCGGC GATACTTTGA
 101  CTCCGTTTGC GGTTGCGGCG GTGCTGGCGT ATGTGTTGGA CCCTTTGGTC
 151  GAATGGTTGC AGAAAAAGGG TTTGAACCGT GCATCCGCTT CGATGTCTGT
 201  GATGGTGTTT TCCTTGATTT TGTTGTTGGC ATTATTGTTG ATTATTGTCC
 251  CTATGCTGGT CGGGCAGTTC AATAATTTGG CATCTCGCCT GCCCCAATTA
 301  ATCGGTTTTA TGCAGAACAC GCTGCTGCCG TGGTTGAAAA ATACAATCGG
 351  CGGATATGTG GAAATCGATC AGGCATCTAT TATTGCGTGG TTTCAGGCGC
 401  ATACGGGCGA GTTGAGCAAC GCGCTTAAGG CGTGGTTTCC CGTTTTGATG
 451  AAACAGGGCG GCAATATTGT CAGCAGTATC GGCAACCTGC TGCTGCCGCC
 501  CTTGCTGCTT TACTATTTCC TGCTGGATTG GCAGCGGTGG TCGTGCGGCA
 551  TCGCCAAACT GGTTCCGAGG CGTTTTGCCG GTGCTTATAC GCGCATTACG
 601  GGTAATTTGA ACGAGGTATT GGGCGAATTT TTGCGCGGTC AGCTTCTGGT
 651  GATGCTGATT ATGGGCTTGG TTTACGGTTT GGGATTGATG CTAGTCGGAC
 701  TGGATTCGGG ATTTGCCATC GGTATGGTTG CCGGTATTTT GGTGTTTGTC
 751  CCCTATTTGG GTGCGTTTAC GGGATTGCTG CTTGCCACTG TTGCAGCCTT
 801  GCTCCAGTTC GGTTCGTGGA ACGGAATCTT GGCTGTTTGG GCGGTTTTTG
 851  CCGTCGGTCA GTTTCTCGAA AGTTTTTTCA TTACGCCGAA AATTGTAGGA
 901  GACCGTATCG GCCTGTCGCC GTTTTGGGTT ATCTTTTCGC TGATGGCGTT
 951  CGGAGAGCTG ATGGGCTTTG TCGGAATGTT GGCCGGATTG CCTTTGGCCG
1001  CCGTAACCTT GGTCTTGCTT CGCGAGGGCG CGCAGAAATA TTTTGCCGGC
1051  AGTTTTTACC GGGGCAGGTA G
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 790；ORF121ng-1>：
   1  MYRRKGRGIK PWMGAGAAFA ALVWLVYALG DTL TPFAVAA VLAYVLDPLV
  51  EWLQKKGLNR ASASMS VMVF SLILLLALLL IIVPMLVGQF NNLASRLPQL
 101  IGFMQNTLLP WLKNTIGGYV EIDQASIIAW FQAHTGELSN ALKAWFPVLM
 151  KQGGNIVS SI GNLLLPPLLL YYFLLDWQRW SCGIAKLVPR RFAGAYTRIT
 201  GNLNEYLGEF LRGQL LVMLI MGLVYGLGLM LVGLDSGFAI GMVAG ILVFV
 251  PYLGAFTGLL LATVAALLQF GSWNG ILAVW AVFAVGQFLE SFFITPKIVG
 301  DRIGLSPFWV IFSLMAFGEL MGF VGMLAGL PLAAVTLVLL REGAQKYFAG
 351  SFYRGR*
ORF121ng-1和ORF121-1在356个氨基酸的重叠区内显示出有97.5％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf121-1.pep  MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVFALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
              ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121ng-1    MYRRKGRGIKPWMGAGAAFAALVWLVYALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWLQKKGLNR
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf121-1.pep  ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf121ng-1    ASASMSVMVFSLILLLALLLIIVPMLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYV
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf121-1.pep  EIDQASIIAWLQAHTGELSNALKAWFPVLMRQGGNIVSSIGNLLLLPLLLYYFLLDWQRW
              ||||||||||:|||||||||||||||||||:||||||||||||| |||||||||||||||
orf121ng-1    EIDQASIIAWFQAHTGELSNALKAWFPVLMKQGGNIVSSIGNLLLPPLLLYYFLLDWQRW
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf121-1.pep  SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLVLVGLDSGFAI
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf121ng-1    SCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNLNEVLGEFLRGQLLVMLIMGLVYGLGLMLVGLDSGFAI
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf121-1.pep  GMLAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILSVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
              ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf121ng-1    GMVAGILVFVPYLGAFTGLLLATVAALLQFGSWNGILAVWAVFAVGQFLESFFITPKIVG
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350
orf121-1.pep  DRIGLSPFWVIFSLMAFGQLMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGVQKYFAGSFYRGRX
              ||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||
orf121ng-1    DRIGLSPFWVIFSLMAFGELMGFVGMLAGLPLAAVTLVLLREGAQKYFAGSFYRGRX
                     310       320       330       340       350
另外，ORF121ng-1显示出与流感嗜血菌的一种通透酶同源：
sp|P43969|PERM_HAEIN推定的通透酶PERM同系物 长度＝349
评分＝69.9位(168)，估计值＝2e-11
相同性＝67/317(21％)，阳性＝120/317(37％)，空隙＝7/317(2％)
询问：26  VYALGDTLTPFAVAAVLAYVLDPLVEWL-QKKGLNRASASMSVMVFSXXXXXXXXXXXVP 84
           +Y  GD + P  +A VL+Y+L+  + +L Q     R  A++ +               VP
目标：32  IYFFGDLIAPLLIALVLSYLLEIPINFLNQYLKCPRMLATILIFGSFIGLAAVFFLVLVP 91
询问：85  MLVGQFNNLASRLPQLIGFMQNTLLPWLKNTIGGYVE-IDQASIIAWFQAHTGELSNALK 143
           ML  Q  +L S LP +     N    WL N    Y E ID + + + F +   ++    +
目标：92  MLWNQTISLLSDLPAMF----NKSNEWLLNLPKNYPELIDYSMVDSIFNSVREKILGFGE 147
询问：144 AWFPVLMKQGGNIVSSIGNXXXXXXXXXXXXXDWQRWSCGIAKLVPRRFAGAYTRITGNL 203
           +   + +    N+VS                 D      G+++ +P+    A+ R    +
目标：148 SAVKLSLASIMNLVSLGIYAFLVPLMMFFMLKDKSELLQGVSRFLPKNRNLAFXRWK-EM 206
询问：204 NEVLGEFLRGQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXDSGFAIGMVAGILVFVPYXXXXXXXXXXX 263
            + +  ++ G+                    +    +    G+ V VPY
目标：207 QQQISNYIHGKLLEILIVTLITYIIFLIFGLNYPLLLAFAVGLSVLVPYIGAVIVTIPVA 266
询问：264 XXXXXQFGSWNGILAVWAVFAVGQFLESFFITPKIVGDRIGLSPFWVIFSLMAFGELMGF 323
                QFG       +   FAV Q L+   + P +  + + L P  +I S++ FG L GF
目标：267 LVALFQFGISPTFWYIIIAFAVSQLLDGNLLVPYLFSEAVNLHPLIIIISVLIFGGLWGF 326
询问：324 VGMLAGLPLAAVTLVLL 340
            G+   +PLA +   ++
目标：327 WGVFFAIPLATLVKAVI 343
根据该分析结果(包括两个蛋白中存在一个推定的前导序列和跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例94
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 791>：
  1  ..ACTGCTTTTT CGGCGGCGCT GCGCTTGAGT CCATCATGAC TCGTCATATT
 51    TTTGTCCTTT GGGAAACCGT ATCAACAAAC AGCCGCCATC TTAACATTTT
101    TTTGCACGTC CTGCCCGCCG CGTTCAAATG CGTACCAGCA ATACCGCCGC
151    CTGCGCCTCT ATGCCTTCCA TCCGCCCGAG ATAGCCGAGT TTTTCGTTGG
201    TTTTGCCTTT GATGTTGACG CACGAAATGT CTATGCCCAA ATCGGCGGCG
251    ATGTTGGCAC GCATTTGCGG AATGTGCGGC GCGAGTGTGG GTTTCTGTGC
301    AATCACGGTC GTATCGACAT TGACCGCCTG CCAACCCTGC GCCTGAACGC
351    TTTGATACGC CGCACGCAAA AGGACGCGGC TGTCCGCATC TTTGAACTCT
401    GCGGCGGTGT CGGGGAAATG GCTGCCGATA TCGCCCAAAC CTGCCGCACC
451    GAGCAGCGCG TCGGTAACGG CGTGCAGCAG CGCATCGGCA TCGGAGTGTC
501    CGAGCAGCCC TTTTTCAAAT GGGATTTCAA CTCCGCCAAG TATCAG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 792；ORF122>：
  1  ..TAFSAALRLS PSXLVIFLSF GKPYQQTAAI LTFFCTSCPP RSNAYQQYRR
 51    LRLYAFHPPE IAEFFVGFAF DVDARNVYAQ IGGDVGTHLR NVRRECGFLC
101    NHGRIDIDRL PTLRLNALIR RTQKDAAVRI FELCGGVGEM AADIAQTCRT
151    EQRVGNGVQQ RIGIGVSEQP FFKWDFNSAK YQ..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 793>：
  1  ATATCGTACT GGGCAAGCAG TTCGCCGGAT TTTTTGGAAG TAGATACCGC
 51  GCCTTTGATT TTTTTGCCGC TCTTACCCAA GGCTTCGATG AAAAAGTTGA
101  TGGTCGAGCC GGTACCGATG CCGATATATT CATTTTCGGG TACGAATTCG
151  ACTGCTTTTT CGGCGGCGAT GCGCTTGAGT TCGTCTTGTG TCGTCATATT
201  TTTGTCCTTT GGGAAACCGT ATCAACAAAC AGCCGCCATC TTAACATTTT
251  TTTGCACGTC CTGCCCGCCG CGTTCAAATG CGTACCAGCA ATACCGCCGC
301  CTGCGCCTCT ATGCCTTCCA TCCGCCCGAG ATAGCCGAGT TTTTCGTTGG
351  TTTTGCCTTT GATGTTGACG CACGAAATGT CTATGCCCAA ATCGGCGGCG
401  ATGTTGGCAC GCATTTGCGG AATGTGCGGC GCGAGTTTGG GTTTCTGTGC
451  AATCACGGTC GTATCGACAT TGACCGCCTG CCAACCCTGC GCCTGAACGC
501  TTTGATACGC CGCACGCAAA AGGACGCGGC TGTCCGCATC TTTGAACTCT
551  GCGGCGGTGT CGGGGAAATG GCTGCCGATA TCGCCCAAAC CTGCCGCACC
601  GAGCAGCGCG TCGGTAACGG CGTGCAGCAG CGCATCGGCA TCGGAGTGTC
651  CGAGCAGCCC TTTTTCAAAT GGGATTTCAA CTCCGCCAAG TATCAGCTTT
701  CTGCCTTCGG TCAGTTGGTG GACATCGTAG CCCTGTCCGA TACGGATGTT
751  CGTCATCGTT TGTGTTCCTG A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 794；ORF122-1>：
  1  ISYWASSSPD FLEVDTAPLI FLPLLPKASM KKLMVEPVPM PIYSFSGTNS
 51  TAFSAAMRLS SSCVVIFLSF GKPYQQTAAI LTFFCTSCPP RSNAYQQYRR
101  LRLYAFHPPE IAEFFVGFAF DVDARNVYAQ IGGDVGTHLR NVRREFGFLC
151  NHGRIDIDRL PTLRLNALIR RTQKDAAVRI FELCGGVGEM AADIAQTCRT
201  EQRVGNGVQQ RIGIGVSEQP FFKWDFNSAK YQLSAFGQLV DIVALSDTDV
251  RHRLCS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF122和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF122a)在182个氨基酸的重叠区内显示出有94.0％的相同性：
                                                  10        20        30
orf122.pep                                TAFSAALRLSPSXLVIFLSFGKPYQQTAAI
                                          ||||||:||| | :||||||||||||||||
orf122a     FLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLSSSCVVIFLSFGKPYQQTAAI
                    30        40        50        60        70        80
                    40        50        60        70        80        90
orf122.pep  LTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAFDVDARNVYAQIGGDVGTHLR
            |||| |||||||| ||||||||||||| |||:|||||||| |||||||||||||||||||
orf122a     LTFFXTSCPPRSNPYQQYRRLRLYAFHAPEITEFFVGFAFXVDARNVYAQIGGDVGTHLR
                    90       100       110       120       130       140
                   100       110       120       130       140       150
orf122.pep  NVRRECGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGEMAADIAQTCRT
            |:||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122a     NMRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGEMAADIAQTCRT
                   150       160       170       180       190       200
                   160       170       180
orf122.pep  EQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQ
            ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122a     EQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLVDIVALSDTDVRHRLCSX
                   210       220       230       240       250
全长ORF122a核苷酸序列<SEQ ID 795>是：
  1  ATATCATATT GGGCAAGCAG TTCACTGGAT TTTTTGGAAG TAGATACCGC
 51  GCCTTTGATT TTTTTGCCGC TCTTACCCAA GGCTTCGATG AAAAAGTTGA
101  TGGTCGAACC GGTACCGATG CCGATGTATT CGTTTTCGGG TACGAATTCG
151  ACTGCNTTTT CGGCGGCGAT GCGCTTGAGT TCGTCTTGTG TCGTCATATT
201  TTTGTCCTTT GGGAAACCGT ATCAACAAAC AGCCGCCATC TTAACATTTT
251  TTNNNACGTC CTGCCCGCCG CGTTCAAATC CTTACCAGCA ATACCGCCGC
301  CTGCGACTCT ATGCCTTCCA TGCGCCCGAG ATAACCGAGT TTTTCGTTGG
351  TTTTGCCTTT GANGTTGACG CACGAAATGT CTATGCCCAA ATCGGCGGCG
401  ATGTTGGCAC GCATTTGCGG AATATGCGGC GCGAGTTTGG GTTTCTGTGC
451  AATCACGGTC GTATCGACAT TGACCGCCTG CCAACCCTGC GCCTGAACGC
501  TTTGATACGC CGCACGCAAA AGGACGCGGC TGTCCGCATC TTTGAACTCT
551  GCGGCGGTGT CGGGGAAATG GCTGCCGATA TCGCCCAAAC CTGCCGCACC
601  GAGCAGCGCG TCGGTAACGG CGTGCAGCAG CGCATCGGCA TCGGAGTGTC
651  CGAGCAGCCC TTTTTCAAAT GGGATTTCAA CTCCGCCAAG TATCAGCTTT
701  CTGCCTTCGG TCAGTTGGTG GACATCGTAG CCCTGTCCGA TACGGATGTT
751  CGTCATCGTT TGTGTTCCTG A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 796>：
  1  ISYWASSSLD FLEVDTAPLI FLPLLPKASM KKLMVEPVPM PMYSFSGTNS
 51  TAFSAAMRLS SSCVVIFLSF GKPYQQTAAI LTFFXTSCPP RSNPYQQYRR
101  LRLYAFHAPE ITEFFVGFAF XVDARNVYAQ IGGDVGTHLR NMRREFGFLC
151  NHGRIDIDRL PTLRLNALIR RTQKDAAVRI FELCGGVGEM AADIAQTCRT
201  EQRVGNGVQQ RIGIGVSEQP FFKWDFNSAK YQLSAFGQLV DIVALSDTDV
251  RHRLCS*
ORF122a和ORF122-1在256个氨基酸的重叠区内显示出有96.9％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf122a.pep  ISYWASSSLDFLEVDTAPLIFLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLS
             |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf122-1     ISYWASSSPDFLEVDTAPLIFLPLLPKASMKKLMVEPVPMPIYSFSGTNSTAFSAAMRLS
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf122a.pep  SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFXTSCPPRSNPYQQYRRLRLYAFHAPEITEFFVGFAF
             |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| |||:||||||||
orf122-1     SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAF
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf122a.pep  XVDARNVYAQIGGDVGTHLRNMRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
             |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122-1     DVDARNVYAQIGGDVGTHLRNVRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf122a.pep  FELCGGVGEMAADIAQTCRTEQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf122-1     FELCGGVGEMAADIAQTCRTEQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
                    190       200       210       220       230       240
                    250
orf122a.pep  DIVALSDTDVRHRLCSX
             |||||||||||||||||
orf122-1     DIVALSDTDVRHRLCSX
                    250
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF122和淋病奈瑟球菌的ORF(ORF122ng)在182个氨基酸的重叠区内显示出有89.6％的相同性：
orf122.pep                                TAFSAALRLSPSXLVIFLSFGKPYQQTAAI   30
                                          ||||||:||| | :||||||||||||||||
orf122ng    FLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLSSSCVVIFLSFGKPYQQTAAI   80
orf122.pep  LTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAFDVDARNVYAQIGGDVGTHLR   90
            ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||:||||: :|||||||||||
orf122ng    LTFFCTSWPPRSNPYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAFDIDARNIDTQIGGDVGTHLR  140
orf122.pep  NVRRECGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGEMAADIAQTCRT  150
            ||| | ||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||:||||:||||||
orf122ng    NVRCEFGFLCNHGRIDIDHLPTLRLNALIRRTQKDAAVRIFELCGGVGKMAADVAQTCRT  200
orf122.pep  EQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQ                          182
            |||||||||||:|| : |||||||||||||||
orf122ng    EQRVGNGVQQRVGIRMPEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLVDIVALSDTDIRHRLCS  256
全长ORF122ng核苷酸序列<SEQ ID 797>是：
  1  ATGTCGTACC GGGCAAGCAG TTCGCCGGAT TTTTTGGAGG TTGAAACCGC
 51  GCCTTTGATT TTTTTACCGC TTTTGCCCAA GGCTTCGATG AAGAAATTGa
101  tgGTCGAACC GgtaCCGATG CCGATGTATT CGTTTTCGGG TACGAATTCG
151  ACTGCTTTTT CGGCGGCGAT GCGCttgAgt TCgtcttgcg TcgTCATATT
201  TTTAtccttt gGGAAaccct atcaAcaAAc agccgccatC TTAACATTTT
251  TTTGCACGtc ctggccgccg cgttcaAATc cgtaccaGca ataccgccgc
301  ctgcgcctCT AtgcCTTCCA TCCGCCCGAG ATAGCCGAGT TTTTCGTTGG
351  TTTTGCCTTT GATatTGACG CACGAAATAT CGatacCCAa atcggcgGCG
401  ATGTTGGCAC GCATTTGCGG AATGTGCGGT GCGAGTTTGG GTTTCTGTGC
451  AATCACGGTC GTATCGACAT TGACCACCTG CCAACCCTGC GCCTGAACGC
501  TTTGATACGC CGCACGCAAA AGGACGCGGC TGTCCGCATC TTTGAACTCT
551  GCGGCGGTGT CGGGAAAATG GCTGCCGATG TCGCCCAAAC CTGCCGCACC
601  GAGCAGCgcg tcggtaaCGG CGTGCAGCAG cgcgTcgGCA TCCGAATGCC
651  CGAGCAGCCC TTTTTCAAAT GGGATTTCAA CTCCGCCAAG TATCAGCTTT
701  CTGCCTTCGG TCAATTGGTG GACATCGTAG CCCTGTCCGA TACGGATATT
751  CGTCATCGTT TGTGTTCCTG A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 798>：
  1  MSYRASSSPD FLEVETAPLI FLPLLPKASM KKLMVEPVPM PMYSFSGTNS
 51  TAFSAAMRLS SSCVVIFLSF GKPYQQTAAI LTFFCTSWPP RSNPYQQYRR
101  LRLYAFHPPE IAEFFVGFAF DIDARNIDTQ IGGDVGTHLR NVRCEFGFLC
151  NHGRIDIDHL PTLRLNALIR RTQKDAAVRI FELCGGVGKM AADVAQTCRT
201  EQRVGNGVQQ RVGIRMPEQP FFKWDFNSAK YQLSAFGQLV DIVALSDTDI
251  RHRLCS*
ORF122ng和ORF122-1在256个氨基酸的重叠区内显示出有92.6％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf122-1.pep  ISYWASSSPDFLEVDTAPLIFLPLLPKASMKKLMVEPVPMPIYSFSGTNSTAFSAAMRLS
              :|| ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf122ng      MSYRASSSPDFLEVETAPLIFLPLLPKASMKKLMVEPVPMPMYSFSGTNSTAFSAAMRLS
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf122-1.pep  SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFCTSCPPRSNAYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAF
              |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
orf122ng      SSCVVIFLSFGKPYQQTAAILTFFCTSWPPRSNPYQQYRRLRLYAFHPPEIAEFFVGFAF
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf122-1.pep  DVDARNVYAQIGGDVGTHLRNVRREFGFLCNHGRIDIDRLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
              |:||||: :|||||||||||||| ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf122ng      DIDARNIDTQIGGDVGTHLRNVRCEFGFLCNHGRIDIDHLPTLRLNALIRRTQKDAAVRI
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf122-1.pep  FELCGGVGEMAADIAQTCRTEQRVGNGVQQRIGIGVSEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
              ||||||||:||||:|||||||||||||||||:|| : |||||||||||||||||||||||
orf122ng      FELCGGVGKMAADVAQTCRTEQRVGNGVQQRVGIRMPEQPFFKWDFNSAKYQLSAFGQLV
                     190       200       210       220       230       240
                     250
orf122-1.pep  DIVALSDTDVRHRLCSX
              |||||||||:|||||||
orf122ng      DIVALSDTDIRHRLCSX
                     250
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例95
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 799>：
  1  ..GCCGGCGCGA GTGCGAACAA CATTTCCGCG CGTTTTGCGG AAACACCCGT
 51    CGCTGTCAGC GTTACCCTGA TCGGCACGGT ACTTGCCGTC ATGCTGCCCG
101    TTACCGAATA TGAAAACTTC CTGCTGCTTA TCGGCTCGGT ATTTGCGCCG
151    ATG
Figure A20051011339504671
GGCGGA
Figure A20051011339504672
TTTGATTGC CGACTTTTTC GTCTTGAAAC GGCGTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 800；ORF125>：
 1  ..AGASANNISA RFAETPVAVS VTLIGTVLAV MLPVTEYENF LLLIGSVFAP
51    MGGFDCRLFR LETA*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 801>：
  1  ATGTCGGGCA ATGCCTCCTC TCCTTCATCT TCCTCCGCCA TCGGGCTGAT
 51  TTGGTTCGGC GCGGCGGTAT CGATTGCCGA AATCAGCACG GGTACGCTGC
101  TTGCGCCTTT GGGCTGGCAG CGCGGTCTGG CGGCTCTACT TTTGGGTCAT
151  GCCGTCGGCG GCGCGCTGTT TTTTGCGGCG GCGTATATCG GCGCACTGAC
201  CGGACGCAGC TCGATGGAAA GCGTGCGCCT GTCGTTCGGC AAACGCGGTT
251  CAGTGCTGTT TTCCGTGGCG AATATGCTGC AACTGGCCGG CTGGACGGCG
301  GTGATGATTT ACGCCGGCGC AACGGTCAGC TCCGCTTTGG GCAAAGTGTT
351  GTGGGACGGC GAATCTTTTG TCTGGTGGGC ATTGGCAAAC GGCGCGCTGA
401  TTGTGCTGTG GCTGGTTTTC GGCGCACGCA AAACAGGCGG GCTGAAAACC
451  GTTTCGATGC TGCTGATGCT GTTGGCGGTT CTGTGGCTGA GTGCCGAAGT
501  CTTTTCCACG GCAGGCAGCA CCGCCGCACA GGTTTCAGAC GGCATGAGTT
551  TCGGAACGGC AGTCGAGCTG TCCGCCGTGA TGCCGCTTTC CTGGCTGCCG
601  CTTGCCGCCG ACTACACGCG CCACGCGCGC CGCCCGTTTG CGGCAACCCT
651  GACGGCAACG CTCGCCTACA CGCTGACCGG CTGCTGGATG TATGCCTTGG
701  GTTTGGCAGC GGCGTTGTTC ACCGGAGAAA CCGACGTGGC AAAAATCCTG
751  CTGGGCGCAG GTTTGGGTGC GGCAGGCATT TTGGCGGTCG TCCTCTCCAC
 801  CGTTACCACA ACGTTTCTCG ATGCCTATTC CGCCGGCGCG AGTGCGAACA
 851  ACATTTCCGC GCGTTTTGCG GAAACACCCG TCGCTGTCGG CGTTACCCTG
 901  ATCGGCACGG TACTTGCCGT CATGCTGCCC GTTACCGAAT ATGAAAACTT
 951  CCTGCTGCTT ATCGGCTCGG TATTTGCGCC GATGGCGGCG GTTTTGATTG
1001  CCGACTTTTT CGTCTTGAAA CGGCGTGAGG AGATTGAAGG CTTTGACTTT
1051  GCCGGACTGG TTCTGTGGCT TGCGGGCTTC ATCCTCTACC GCTTCCTGCT
1101  CTCGTCCGGC TGGGAAAGCA GCATCGGTCT GACCGCCCCC GTAATGTCTG
1151  CCGTTGCCAT TGCCACCGTA TCGGTACGCC TTTTCTTTAA AAAAACCCAA
1201  TCTTTACAAA GGAACCCGTC ATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 802；ORF125-1>：
   1  MSGNASSPSS SSAIGLIWFG AAVSIAEIST GTLLAPLGWQ RGLAALLLGH
  51  AVGGALFFAA AYIGALTGRS SMESVRLSFG KRGSVLFSVA NMLQLAGWTA
 101  VMIYAGATVS SALGKVLWDG ES FVWWALAN GALIVLWLVF GARKTGGLKT
 151  VS MLLMLLAV LWLSAEVFST AGSTAAQVSD GMSFGTAVEL SAVMPLSWLP
 201  LAADYTRHAR RPFAATLTAT LAYTLTGCWM YALGLAAALF TGETDVAK IL
 251  LGAGLGAAGI LAVVLSTVTT TFLDAYSAGA SANNISARFA E TPVAVGVTL
 301  IGTVLAVMLP VTEYEN FLLL IGSVFAPMAA VLIADFFVLK RREEIEGFDF
 351  AGLVLWLAGF ILYRFLLSSG WESSIGLTA P VMSAVAIATV SVRLFFKKTQ
 401  SLQRNPS*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF125和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF125a)在51个氨基酸的重叠区内显示出有76.5％的相同性：
                                                  10        20        30
orf125.pep                                AGASANNISARFAETPVAVSVTLIGTVLAV
                                          ||:|||||||:::| |:||:|:::||:|||
orf125a     KILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGVSANNISAKLSEIPIAVAVAVVGTLLAV
            250       260       270       280       290       300
                    40        50        60
orf125.pep  MLPVTEYENFLLLIGSVFAPMGGFDCRLFRLETAX
            :||||||||||||||||||||:
orf125a     LLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEG
            310       320       330       340
该ORF125a的部分核苷酸序列<SEQ ID 803>是：
   1  ATGTCGGGCA ATGCCTCCTC TCNTTCATCT TCCGCCGCCA TCGGGCTGAT
  51  TTGGTTCGGC GCGGCGGTAT CGATTGCCGA AATCAGCACG GGTACACTGC
 101  TTGCGCCTTT GGGCTGGCAG CGCGGTCTGG CNGCTCTGCT TTTGGGTCAT
 151  GCCGTCGGCG GCGCGCTGTT TTTTGCGGCG GCGTATATCG GCGCACTGAC
 201  CGGACNCANC TCGATGGAAA GCGTGCGCCT GTCGTTCGGC AAACGCGGTT
 251  CAGTGCTGTT TTCCGTGGCG AATATGCTGC AACTGGCCGG CTGGACGGCG
 301  GTGATGATTT ACGCCGGCGC AACGGTCAGC TCCGCTTTGG GCAAAGTGTT
 351  GTGGGACGGC GAATCTTTTG TCTGGTGGGC ATTGGCAAAC GGCGCGCTGA
 401  TTGTGCTGTG GCTGGTTTTC GGCGCACGCA AAACAGGCGG GCTGAAAACC
 451  GTTTCGATGC TGCTGATGCT GTTGGCGGTT CTGTGGCTGA GTGCCGAANT
 501  NTTTTCCACG GCAGGCAGCA CCGCCGCANN GGTNNCAGAC GGCATGAGTT
 551  TCGGAACGGC AGTCGAGCTG TCCGCCGTNA TGCCGCTTTC TTGGCTGCCG
 601  CTGGCCGCCG ACTACACGCG CCACGCGCGC CGCCCGTTTG CGGCAACCCT
 651  GACGGCAACG CTCGCCTACA CGCTGACCGG CTGCTGGATG TATGCCTTGG
 701  GTTTGGCAGC GGCGTTGTTC ACCGGAGAAA CCGACGTGGC AAAAATCCTG
 751  CTGGGCGCAG GTTTGGGTGC GGCAGGCATT TTGGCGGTCG TCCTGTCGAC
 801  CGTTACCACC ACTTTTCTCG ATGCNTACTC CGCCGGCGTA AGTGCCAACA
 851  ATATTTCCGC CAAACTTTCG GAAATACCNA TCGCCGTTGC CGTCGCCGTT
 901  GTCGGCACAC TGCTTGCCGT CCTCCTGCCC GTTACCGAAT ATGAAAACTT
 951  CCTGCTGCTT ATCGGCTCGG TATTTGCGCC GATGGCGGCG GTTTTGATTG
1001  CCGACTTTTT CGTCTTGAAA CGGCGTGAGG AGATTGAAGG C..
它编码的蛋白质具有部分氨基酸序列<SEQ ID 804>：
  1  MSGNASSXSS SAAIGLIWFG AAVSIAEIST GTLLAPLGWQ RGLAALLLGH
 51  AVGGALFFAA AYIGALTGXX SMESVRLSFG KRGSVLFSVA NMLQLAGWTA
101  VMIYAGATVS SALGKVLWDG ES FVWWALAN GALIVLWLVF GARKTGGLKT
151  VS MLLMLLAV LWLSAEXFST AGSTAAXVXD GMSFGTAVEL SAVMPLSWLP
201  LAADYTRHAR RPFAATLTAT LAYTLTGCWM YALGLAAALF TGETDVAK IL
251  LGAGLGAAGI LAVVLSTVTT TFLDAYSAGV SANNISAKLS E IPIAVAVAV
301  VGTLLAVLLP VTEYEN FLLL IGSVFAPMAA VLIADFFVLK RREEIEG..
ORF125a和ORF125-1在347个氨基酸的重叠区内显示出有94.5％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf125a.pep  MSGNASSXSSSAAIGLIWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
             ||||||| |||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125-1     MSGNASSPSSSSAIGLIWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf125a.pep  AYIGALTGXXSMESVRLSFGKRGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYAGATVSSALGKVLWDG
             ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125-1     AYIGALTGRSSMESVRLSFGKRGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYAGATVSSALGKVLWDG
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf125a.pep  ESFVWWALANGALIVLWLVFGARKTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSAEXFSTAGSTAAXVXD
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |
orf125-1     ESFVWWALANGALIVLWLVFGARKTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSAEVFSTAGSTAAQVSD
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf125a.pep  GMSFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRHARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAALF
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125-1     GMSFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRHARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAALF
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf125a.pep  TGETDVAKILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGVSANNISAKLSEIPIAVAVAV
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||:::| |:||:|::
orf125-1     TGETDVAKILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGASANNISARFAETPVAVGVTL
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340
orf125a.pep  VGTLLAVLLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEG
             :||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125-1     IGTVLAVMLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEGFDFAGLVLWLAGF
                    310       320       330       340       350       360
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF125和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF125ng)在65个氨基酸的重叠区内显示出有86.2％的相同性：
orf125.pep                                AGASANNISARFAETPVAVSVTLIGTVLAV   30
                                          |||||||||||||| ||||:|||| |||||
orf125ng    KILLGAGLGITGILAVVLSTVTTTFLDTYSAGASANNISARFAEIPVAVGVTLIRTVLAV  308
orf125.pep  MLPVTEYENFLLLIGSVFAPM-GGFDCRLFRLETA   64
            |||||||:|||||| |||:|| |||||||| |:||
orf125ng    MLPVTEYKNFLLLIRSVFGPMAGGFDCRLFCLKTA  343
预计ORF125ng核苷酸序列<SEQ ID 805>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID806>：
   1  MSGNASSPSS SAAIGLVWFG AAVSIAEIST GTLLAPLGWQ RGLAALLLGH
  51  AVGGALFFAA AYIGALTGRS SMESVRLSFG KCGSVLFSVA NMLQLAGWTA
 101  VMIYVGATVS SALGKVLWDG ES FVWWALAN GALIVLWLVF GARRTGGLKT
 151  VS MLLMLLAV LWLSVEVFAS SGTNAAPAVS DGMTFGTAVE LSAVMPLSWL
 201  PLAADYTRQA RRPFAATLTA TLAYTLTGCW MYALGLAAAL FTGETDVAK I
 251  LLGAGLGITG ILAVVLSTVT TTFLDTYSAG ASANNISARF AE IPVAVGVT
 301  LIRTVLAVML PVTEYKNFLL LIRSVFGPMA GGFDCRLFCL KTA*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 807>：
   1  ATGTCGGGCA ATGCCTCCTC TCCTTCATCT TCCGCCGCCA TCGGGCTGGT
  51  TTGGTTCGGC GCGGCGGTAT CGATTGCCGA AATCAGCACG GGTACGCTGC
 101  TCGCCCCCTT GGGCTGGCAG CGCGGTCTGG CGGCCCTGCT TTTGGGTCAT
 151  GCCGTCGGCG GCGCGCTGTT TTTTGCGGCG GCGTATATCG GCGCACTGAC
 201  CGGACGCAGC TCGATGGAAA GTGTGCGCCT GTCGTTCGGC AAATGCGGTT
 251  CAGTGCTGTT TTCCGTGGCG AATATGCTGC AACTGGCCGG CTGGACGGCG
 301  GTGATGATTT ACGTCGGCGC AACGGTCAGC TCCGCTTTGG GCAAAGTGTT
 351  GTGGGACGGC GAATCCTTTG TCTGGTGGGC ATTGGCAAAC GGCGCACTGA
 401  TCGTGCTGTG GCTGGTTTTC GGCGCACGCA GAACGGGCGG GCTGAAAACC
 451  GTTTCGATGC TGCTGATGCT GCTTGCCGTG TTGTGGTTGA GCGTCGAAGT
 501  GTTCGCTTCG TCCGGCACAA ACGCCGCGCC CGCCGTTTCA GACGGCATGA
 551  CCTTCGGAAC GGCAGTCGAA CTGTCCGCCG TCATGCCGCT TTCCTGGCTG
 601  CCGCTGGCCG CCGACTACAC GCGCCAAGCA CGCCGCCCGT TTGCGGCAAC
 651  CCTGACGGCA ACGCTCGCCT ATACGCTGAC GGGCTGCTGG ATGTATGCCT
 701  TGGGTTTGGC GGCGGCTCTG TTTACCGGAG AAACCGACGT GGCGAAAATC
 751  CTGTTGGGCG CGGGCTTGGG CATAACGGGC ATTCTGGCAG TCGTCCTCTC
 801  CACCGTTACC ACAACGTTTC TCGATACCTA TTCCGCCGGC GCGAGTGCGA
 851  ACAACATTTC CGCGCGTTTT GCGGAAATAC CCGTCGCTGT CGGCGTTACC
 901  CTGATCGGCA CGGTGCTTGC CGTCATGCTG CCCGTTACCG AATATAAAAA
 951  CTTCCTGCTG CTTATCGGCT CGGTATTTGC GCCGATGGCG GCGGTTTTGA
1001  TTGCCGACTT TTTCGTCTTA AAACGGCGTG AGGAGATTGA AGGCTTTGAC
1051  TTTGCCGGAC TGGTTCTGTG GCTGGCAGGC TTCATCCTCT ACCGCTTCCT
1101  GCTCTCGTCC GGTTGGGAAA GCAGCATCGG TCTGACCGCC CCCGTAATGT
1151  CTGCCGTTGC CATTGCCACC GTATCGGTAC GCCTTTTCTT TAAAAAAACC
1201  CAATCTTTAC AAAGGAACCC GTCATGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 808；ORF125ng-1>：
   1  MSGNASSPSS SAAIGLVWFG AAVSIAEIST GTLLAPLGWQ RGLAALLLGH
  51  AVGGALFFAA AYIGALTGRS SMESVRLSFG KCGSVLFSVA NMLQLAGWTA
 101  VMIYVGATVS SALGKVLWDG ES FVWWALAN GALIVLWLVF GARRTGGLKT
 151  VS MLLMLLAV LWLSVEVFAS SGTNAAPAVS DGMTFGTAVE LSAVMPLSWL
 201  PLAADYTRQA RRPFAATLTA TLAYTLTGCW MYALGLAAAL FTGETDVAK I
 251  LLGAGLGITG ILAVVLSTVT TTFLDTYSAG ASANNISARF AE IPVAVGVT
 301  LIGTVLAVML PVTEYKN FLL LIGSVFAPMA AVLIADFFVL KRREEIEGFD
 351  F AGLVLWLAG FILYRFLLSS GWESSIGLTA  PVMSAVAIAT VSVRLFFKKT
 401  QSLQRNPS*
ORF125ng-1和ORF125-1在408个氨基酸的重叠区内显示出有95.1％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf125-1.pep  MSGNASSPSSSSAIGLIWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
              |||||||||||:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125ng-1    MSGNASSPSSSAAIGLVWFGAAVSIAEISTGTLLAPLGWQRGLAALLLGHAVGGALFFAA
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf125-1.pep  AYIGALTGRSSMESVRLSFGKRGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYAGATVSSALGKVLWDG
              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
orf125ng-1    AYIGALTGRSSMESVRLSFGKCGSVLFSVANMLQLAGWTAVMIYVGATVSSALGKVLWDG
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       179
orf125-1.pep  ESFVWWALANGALIVLWLVFGARKTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSAEVFSTAGSTAAQ-VS
              |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||:|||:::|::||  ||
orf125ng-1    ESFVWWALANGALIVLWLVFGARRTGGLKTVSMLLMLLAVLWLSVEVFASSGTNAAPAVS
                     130       140       150       160       170       180
            180       190       200       210       220       230      239
orf125-1.pep  DGMSFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRHARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAAL
              |||:||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
orf125ng-1    DGMTFGTAVELSAVMPLSWLPLAADYTRQARRPFAATLTATLAYTLTGCWMYALGLAAAL
                     190    200    210    220    230    240
            240       250       260       270       280       290      299
orf125-1.pep  FTGETDVAKILLGAGLGAAGILAVVLSTVTTTFLDAYSAGASANNISARFAETPVAVGVT
              ||||||||||||||||| :||||||||||||||||:|||||||||||||||| |||||||
orf125ng-1    FTGETDVAKILLGAGLGITGILAVVLSTVTTTFLDTYSAGASANNISARFAEIPVAVGVT
                     250       260       270       280       290       300
            300       310       320       330       340       350      359
orf125-1.pep  LIGTVLAVMLPVTEYENFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEGFDFAGLVLWLAG
              |||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125ng-1    LIGTVLAVMLPVTEYKNFLLLIGSVFAPMAAVLIADFFVLKRREEIEGFDFAGLVLWLAG
                     310       320       330       340       350       360
             360      370       380       390       400
orf125-1.pep  FILYRFLLSSGWESSIGLTAPVMSAVAIATVSVRLFFKKTQSLQRNPSX
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf125ng-1    FILYRFLLSSGWESSIGLTAPVMSAVAIATVSVRLFFKKTQSLQRNPSX
                      370       380       390       400
根据该分析结果(包括淋球菌蛋白中存在推定的前导序列和跨膜结构域)，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例96
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 809>：
  1  ATGACCCGTA TCGCCATCCT CGGCGGCGGC CTCTCGGGAA GGCTGACCGC
 51  GTTGCAGCTT GCAGAACAAG GTTATCAGAT TGCACTTTTC GATAAAAGCT
101  GCCGCCGGGG CGAACACGCC GCCGCCTATG TAGCCGCCGC CATGCTCGCG
151  CCTGCAGCGG A.ACGGTCGA AGCCACGCCC GAAGTGGTCA GGCTGGGCAG
201  GCAGAGCATC CCGCTTTGGC GCGGCATCCG ATGCCGTCTG AACACGCACA
251  CGATGATGCA GGAAAACGGC AGCCTGATTG TATGGCACGG GCAGGACAAG
301  CCATTATCCA GCGAGTTCGT CCGCCATCTC AAACGCGGCG GCGT.ACGGA
351  TGACGAAATC GTCCGTTGGC GCGCCGACGA CATCGCCGAA CGCGAACCGC
401  AACTCGGCGG ACGTTTTTAA GACGGCATCT ACCTGCCGAC CGAAGC.CAG
451  CTCGACGGGC GGCAATTATA GTCTGCACTT GCCGACGCTT TGGACGAACT
501  GAACGTCCCC TGCCATTGGG AACACGAATG CGTCCCCGAA GCCTGCAAG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 810；ORF126>：
  1  MTRIAILGGG LSGRLTALQL AEQGYQIALF DKSCRRGEHA AAYVAAAMLA
 51  PAAXTVEATP EVVRLGRQSI PLWRGIRCRL NTHTMMQENG SLIVWHGQDK
101  PLSSEFVRHL KRGGXTDDEI VRWRADDIAE REPQLGGRFX DGIYLPTEXQ
151  LDGRQLXSAL ADALDELNVP CHWEHECVPE ACK...
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 811>：
  1  ATGACCCGTA TCGCCATCCT CGGCGGCGGC CTCTCGGGAA GGCTGACCGC
  51  GTTGCAGCTT GCAGAACAAG GTTATCAGAT TGCACTTTTC GATAAAGGCT
 101  GCCGCCGGGG CGAACACGCC GCCGCCTATG TTGCCGCCGC CATGCTCGCG
 151  CCTGCGGCGG AAGCGGTCGA AGCCACGCCC GAAGTGGTCA GGCTGGGCAG
 201  GCAGAGCATC CCGCTTTGGC GCGGCATCCG ATGCCGTCTG AACACGCACA
 251  CGATGATGCA GGAAAACGGC AGCCTGATTG TGTGGCACGG GCAGGACAAG
 301  CCATTATCCA GCGAGTTCGT CCGCCATCTC AAACGCGGCG GCGTAGCGGA
 351  TGACGAAATC GTCCGTTGGC GCGCCGACGA CATCGCCGAA CGCGAACCGC
 401  AACTCGGCGG ACGTTTTTCA GACGGCATCT ACCTGCCGAC CGAAGGCCAG
 451  CTCGACGGGC GGCAAATATT GTCTGCACTT GCCGACGCTT TGGACGAACT
 501  GAACGTCCCC TGCCATTGGG AACACGAATG CGTCCCCGAA GGCCTGCAAG
 551  CCCAATACGA CTGGCTGATC GACTGCCGCG GCTACGGCGC AAAAACCGCG
 601  TGGAACCAAT CCCCCGAGCA CACCAGCACC CTGCGCGGCA TACGCGGCGA
 651  AGTGGCGCGG GTTTACACAC CCGAAATCAC GCTCAACCGC CCCGTGCGTC
 701  TGCTCCATCC GCGTTATCCG CTCTACATCG CCCCGAAAGA AAACCACGTC
 751  TTCGTCATCG GCGCGACCCA AATCGAAAGC GAAAGCCAAG CCCCCGCCAG
 801  CGTGCGTTCA GGGTTGGAAC TCTTGTCCGC ACTCTATGCC ATCCACCCCG
 851  CCTTCGGCGA AGCCGACATC CTCGAAATCG CCACCGGCCT GCGCCCCACG
 901  CTCAACCACC ACAACCCCGA AATCCGTTAC AACCGCGCCC GACGCCTGAT
 951  TGAAATCAAC GGCCTTTTCC GCCACGGTTT CATGATCTCC CCCGCCGTAA
1001  CCGCCGCCGC CGCCAGATTG GCAGTGGCAC TGTTTGACGG AAAAGACGCG
1051  CCCGAACGCG ATAAAGAAAG CGGTTTGGCG TATATCCGAA GACAAGATTA
1101  A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 812；ORF126-1>：
   1  MTRIAILGGG LSGRLTALQL AEQGYQIALF DKGCRRGEHA AAYVAAAMLA
  51  PAAEAVEATP EVVRLGRQSI PLWRGIRCRL NTHTMMQENG SLIVWHGQDK
 101  PLSSEFVRHL KRGGVADDEI VRWRADDIAE REPQLGGRFS DGIYLPTEGQ
 151  LDGRQILSAL ADALDELNVP CHWEHECVPE GLQAQYDWLI DCRGYGAKTA
 201  WNQSPEHTST LRGIRGEVAR VYTPEITLNR PVRLLHPRYP LYIAPKENHV
 251  FVIGATQIES ESQAPASVRS GLELLSALYA IHPAFGEADI LEIATGLRPT
 301  LNHHNPEIRY NRARRLIEIN GLFRHGFM IS PAVTAAAARL AVALFDGKDA
 351  PERDKESGLA YIRRQD*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF126和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF126a)在180个氨基酸的重叠区内显示出有90.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf126.pep  MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKSCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAXTVEATP
            ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||| :|||||
orf126a     MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf126.pep  EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGXTDDEI
            |||||||| |||||||||:|:| :|| ||||||||||||||||:|||||||||| :|| |
orf126a     EVVRLGRQXIPLWRGIRCHLKTPAMMXENGSLIVWHGQDKPLSNEFVRHLKRGGVADDXI
                    70        80        90       100       110       120
                   130       140       150       160       170       180
orf126.pep  VRWRADDIAEREPQLGGRFXDGIYLPTEXQLDGRQLXSALADALDELNVPCHWEHECVPE
            ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||: ||||||||||||||||||||:||
orf126a     VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPE
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF126a核苷酸序列<SEQ ID 813>是：
   1  ATGACCCGTA TCGCCATCCT CGGCGGCGGC CTCTCNGGAA GGCTGACCGC
  51  ACTGCAGCTT GCAGAACAAG GTTATCAGAT TGCACTTTTC GATAAAGGCT
 101  GCCGCCGGGG CGAACACGCC GCCGCCTATG TTGCCGCCGC CATGCTCGCG
 151  CCTGCGGCGG AAGCGGTCGA AGCCACGCCT GAAGTGGTCA GGCTGGGCAG
 201  GCAGANCATC CCGCTTTGGC GCGGCATCCG ATGCCATCTG AAAACGCCTG
 251  CCATGATGCA NGAAAACGGC AGCCTGATTG TGTGGCACGG GCAGGACAAA
 301  CCTTTATCCA ACGAGTTCGT CCGCCATCTC AAACGCGGCG GCGTAGCGGA
 351  TGACNAAATC GTCCGTTGGC GCGCCGACGA CATCGCCGAA CGCGAACCGC
 401  AACTCGGCGG ACGTTTTTCA GACGGCATCT ACCTGCCGAC CGAAGGCCAG
 451  CTCGACGGGC GGCAAATATT GTCTGCACTT GCCGACGCTT TGGACGAACT
 501  GAACGTCCCC TGCCATTGGG AACACGAATG TGCCCCCGAA GACTTGCAAG
 551  CCCAATACGA CTGGCTGATC GACTGCCGCG GCTACGGCGC AAAAACCGCG
 601  TGGAACCAAT CCCCCGANNA NACCAGCACC CTGCGCGGCA TACGCGGCGA
 651  AGTGGCGCGG GTTTACACAC CCGAAATCAC GCTCAACCGC CCCGTGCGCC
 701  TGCTACACCC GCGCTATCCG CTNTACATCG CCCCGAAAGA AAACCNCGTC
 751  TTCGTCATCG GCGCGACCCA AATCGAAAGC GAAAGCCAAG CACCTGCCAG
 801  CGTGCGTTCC GGGCTGGAAC TCTTATCCGC ACTCTATGCC GTCCACCCCG
 851  CCTTCGGCGA AGCCGACATC CTCGAAATCG CCACCGGCCT GCGCCCCACG
 901  CTCAATCACC ACAACCCCGA AATCCGTTAC AACCGCGCCC GACGCCTGAT
 951  TGAAATCAAC GGCCTTTTCC GCCACGGTTT CATGATCTCC CCCGCCGTAA
1001  CCGCCGCCGC CGTCAGATTG GCAGTGGCAC TGTTTGACGG AAAAGANGCG
1051  CCCGAACGCG ATGAAGAAAG CGGTTTGGCG TATATCCGAA GACAAGATTA
1101  A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 814>：
   1  MTRIAILGGG LSGRLTALQL AEQGYQIALF DKGCRRGEHA AAYVAAAMLA
  51  PAAEAVEATP EVVRLGRQXI PLWRGIRCHL KTPAMMXENG SLIVWHGQDK
 101  PLSNEFVRHL KRGGVADDXI VRWRADDIAE REPQLGGRFS DGIYLPTEGQ
 151  LDGRQILSAL ADALDELNVP CHWEHECAPE DLQAQYDWLI DCRGYGAKTA
 201  WNQSPXXTST LRGIRGEVAR VYTPEITLNR PVRLLHPRYP LYIAPKENXV
 251  FVIGATQIES ESQAPASVRS GLELLSALYA VHPAFGEADI LEIATGLRPT
 301  LNHHNPEIRY NRARRLIEIN GLFRHGFM IS PAVTAAAVRL AVALFDGKXA
 351  PERDEESGLA YIRRQD*
ORF126a和ORF126-1在366个氨基酸的重叠区内显示出有95.4％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf126a.pep  MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126-1     MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf126a.pep  EVVRLGRQXIPLWRGIRCHLKTPAMMXENGSLIVWHGQDKPLSNEFVRHLKRGGVADDXI
             |||||||| |||||||||:|:| :|| ||||||||||||||||:|||||||||||||| |
orf126-1     EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160       170       180
orf126a.pep  VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPE
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||
orf126-1     VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECVPE
                    130       140       150       160       170       180
                    190       200       210       220       230       240
orf126a.pep  DLQAQYDWLIDCRGYGAKTAWNQSPXXTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
             |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126-1     GLQAQYDWLIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
                    190       200       210       220       230       240
                    250       260       270       280       290       300
orf126a.pep  LYIAPKENXVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAVHPAFGEADILEIATGLRPT
             |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf126-1     LYIAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAIHPAFGEADILEIATGLRPT
                    250       260       270       280       290       300
                    310       320       330       340       350       360
orf126a.pep  LNHHNPEIRYNRARRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAVRLAVALFDGKXAPERDEESGLA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||| |||||:|||||
orf126-1     LNHHNPEIRYNRARRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAARLAVALFDGKDAPERDKESGLA
                    310       320       330       340       350       360
orf126a.pep  YIRRQDX
             |||||||
orf126-1     YIRRQDX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF126和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF126ng)在180个氨基酸的重叠区内显示出有90％的相同性：
orf126.pep  MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKSCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAXTVEATP   60
            |||||:||||||||||||||||||||| ||||: |:||||||||||||||||| :|||||
orf126ng    MTRIAVLGGGLSGRLTALQLAEQGYQIELFDKGTRQGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP   60
orf126.pep  EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGXTDDEI  120
            ||:||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| :||||
orf126ng    EVIRLGRQSIPLWRGIRCRLNTLTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI  120
orf126.pep  VRWRADDIAEREPQLGGRFXDGIYLPTEXQLDGRQLXSALADALDELNVPCHWEHECVPE  180
            ||||||:|||||||||||| |||||||| ||||||: ||||||||||||||||||||:|:
orf126ng    VRWRADEIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPQ  180
预计ORF126ng核苷酸序列<SEQ ID 815>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID816>：
  1  MTRIAVLGGG LSGRLTALQL AEQGYQIELF DKGTRQGEHA AAYVAAAMLA
 51  PAAEAVEATP EVIRLGRQSI PLWRGIRCRL NTLTMMQENG SLIVWHGQDK
101  PLSSEFVRHL KRGGVADDEI VRWRADEIAE REPQLGGRFS DGIYLPTEGQ
151  LDGRQILSAL ADALDELNVP CHWEHECAPQ DLQAQYDWVI DCRGYGAKTA
201  WNQSPEHTST LRGIRGEVRG FTRPKSRSTA PCACCTRAIR STSPRKKTTS
251  SSSARPKSKA KAKPPPAYVP GWNSYPRSMP STPPSAKPTS SKWRPGLRPT
301  LNHHNPEIRY SRERRLIEIN GLFRHGFM IS PAVTAAAVRL AVALFDGKDA
351  PERDEESGLA YIGRQD*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 817>：
  1  ATGACCCGTA TCGCCGTCCT CGGAGGCGGC CTTTCCGGAA GGCTGACCGC
 51  ATTGCAGCTT GCAGAACAAG GTTATCAGAT TGAACTTTTC GACAAGGGCA
101  CCCGCCAAGG CGAACACGCC GCCGCCTATG TTGCCGCCGC GATGCTCGCG
151  CCTGCGGCGG AAGCGGTCGA GGCAACGCCC GAAGTCATCA GGCTGGGCAG
201  GCAGAGCATT CCGCTTTGGC GCGGCATCCG ATGCCGTCTG AACACGCTCA
251  CGATGATGCA GGAAAACGGC AGCCTGATTG TGTGGCACGG GCAGGACAAG
301  CCATTATCCA GCGAGTTCGT CCGCCATCTC AAACGCGGCG GCGTAGCGGA
351  TGACGAAATC GTCCGTTGGC GCGCCGATGA AATCGCCGAA CGCGAACCGC
401  AACTCGGCGG ACGTTTTTCA GACGGCATCT ACCTGCCGAC CGAAGGCCAG
451  CTCGACGGGC GGCAAATATT GTCTGCACTT GCCGACGCTT TGGACGAACT
501  GAACGTCCCT TGCCATTGGG AACACGAATG CGCCCCCCAA GACCTGCAAG
551  CCCAATACGA CTGGGTAATC GACTGCCGGG GCTACGGCGC GAAAACCGCG
601  TGGAACCAAT CCCCCGAGCA CACCAGCACC TTGCGCGGCA TACGCGGCGA
651  AGTGGCGCGG GTTTACACGC CCGAAATCAC GCTCAACCGC CCCGTGCGCC
701  TGCTGCACCC GCGCTATCCG CTCTACATCG CCCCGAAAGA AAACCACGTC
751  TTCGTCATCG GCGCGACCCA AATCGAAAGC GAAAGCCAAG CCCCCGCCAG
801  CGTACGTTCC GGGCTGGAAC TCTTATCCGC GCTCTATGCC GTCCACCCCG
851  CCTTCGGCGA AGCCGACATC CTCGAAATCG CCGCCGGCCT GCGCCCCACG
901  CTCAACCACC ACAACCCCGA AATCCGCTAC AGCCGCGAAC GCCGCCTCAT
 951  CGAAATCAAC GGCCTTTTCC GGCACGGCTT TATGATTTCC CCCGCCGTAA
1001  CCGCCGCCGC CGTCAGATTG GCAGTGGCAC TGTTTGACGG AAAAGACGCG
1051  CCCGAACGTG ATGAAGAAAG CGGTTTGGCG TATATCGGAA GACAAGATTA
1101  A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 818；ORF126ng-1>：
   1  MTRIAVLGGG LSGRLTALQL AEQGYQIELF DKGTRQGEHA AAYVAAAMLA
  51  PAAEAVEATP EVIRLGRQSI PLWRGIRCRL NTLTMMQENG SLIVWHGQDK
 101  PLSSEFVRHL KRGGVADDEI VRWRADEIAE REPQLGGRFS DGIYLPTEGQ
 151  LDGRQILSAL ADALDELNVP CHWEHECAPQ DLQAQYDWVI DCRGYGAKTA
 201  WNQSPEHTST LRGIRGEVAR VYTPEITLNR PVRLLHPRYP LYIAPKENHV
 251  FVIGATQIES ESQAPASVRS GLELLSALYA VHPAFGEADI LEIAAGLRPT
 301  LNHHNPEIRY SRERRLIEIN GLFRHGFM IS PAVTAAAVRL AVALFDGKDA
 351  PERDEESGLA YIGRQD*
ORF126ng-1和ORF126-1在366个氨基酸的重叠区内显示出有95.1％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf126-1.pep  MTRIAILGGGLSGRLTALQLAEQGYQIALFDKGCRRGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
              |||||:|||||||||||||| |||||| ||||| |:||||||||||||||||||||||||
orf126ng-1    MTRIAVLGGGLSGRLTALQLAEQGYQIELFDKGTRQGEHAAAYVAAAMLAPAAEAVEATP
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf126-1.pep  EVVRLGRQSIPLWRGIRCRLNTHTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI
              ||:||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126ng-1    EVIRLGRQSIPLWRGIRCRLNTLTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEI
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150       160       170       180
orf126-1.pep  VRWRADDIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECVPE
              ||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:
orf126ng-1    VRWRADEIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPQ
                     130       140       150       160       170       180
                     190       200       210       220       230       240
orf126-1.pep  GLQAQYDWLIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
              ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf126ng-1    DLQAQYDWVIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYP
                     190       200       210       220       230       240
                     250       260       270       280       290       300
orf126-1.pep  LYIAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAIHPAFGEADILEIATGLRPT
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:|||||
orf126ng-1    LYIAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAVHPAFGEADILEIAAGLRPT
                     250       260       270       280       290       300
                     310       320       330       340       350       360
orf126-1.pep  LNHHNPEIRYNRARRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAARLAVALFDGKDAPERDKESGLA
              ||||||||||:| ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:|||||
orf126ng-1    LNHHNPEIRYSRERRLIEINGLFRHGFMISPAVTAAAVRLAVALFDGKDAPERDEESGLA
                     310       320       330       340       350       360
orf126-1.pep  YIRRQDX
              || ||||
orf126ng-1    YIGRQDX
另外，ORF126ng-1显示出与一种推定的根瘤菌氧化酶黄素蛋白同源：
gi|2627327(AF004408)推定的氨基酸氧化酶黄素蛋白[Rhizobium etli]长度＝327
评分＝169位(423)，估计值＝3e-41
相同性＝112/329(34％)，阳性＝163/329(49％)，空隙＝25/329(7％)
询问：3   RIAVLGGGLSGRLTALQLAEQGYQIELFDKGTRQGEHXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX  62
           RI V G G++G   A QL   G+++ L ++    G
目标：2   RILVNGAGVAGLTVAWQLYRHGFRVTLAERAGTVGA-GASGFAGGMLAPWCERESAEEPV  60
询问：63  IRLGRQSIPLWRGIRCRLNTLTMMQENGSLIVWHGQDKPLSSEFVRHLKRGGVADDEIVR  122
           + LGR +   W            +   G+L+V  G+D      F R    G    DE+
目标：61  LTLGRLAADWWEAA-----LPGHVHRRGTLVVAGGRDTGELDRFSRRTS-GWEWLDEVA-  113
询问：123 WRADEIAEREPQLGGRFSDGIYLPTEGQLDGRQILSALADALDELNVPCHWEHECAPQDL  182
                IA  EP L GRF   ++   E  LD RQ L+ALA  L++  +           +
目标：114 -----IAALEPDLAGRFRRALFFRQEAHLDPRQALAALAAGLEDARMRLTLG---VVGES  165
询问：183 QAQYDWVIDCRGYGAKTAWNQSPEHTSTLRGIRGEVARVYTPEITLNRPVRLLHPRYPLY  242
              +D V+DC G                LRG+RGE+  V T E++L+RPVRLLHPR+P+Y
目标：166 DVDHDRVVDCTGAA-------QIGRLPGLRGVRGEMLCVETTEVSLSRPVRLLHPRHPIY  218
询问：243 IAPKENHVFVIGATQIESESQAPASVRSGLELLSALYAVHPAFGEADILEIAAGLRPTLN  302
           I P++ + F++GAT IES+   P + RS +ELL+A YA+HPAFGEA + E  AG+RP
目标：219 IVPRDKNRFMVGATMIESDDGGPITARSLMELLNAAYAMHPAFGEARVTETGAGVRPAYP  278
询问：303 HHNPEIRYSRERRLIEINGLFRHGFMISP 331
            +P   R ++E R + +NGL+RHGF+++P
目标：279 DNLP--RVTQEGRTLHVNGLYRHGFLLAP 305
该分析结果提示，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例97
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列认为是完整的DNA序列<SEQ ID 819>：
  1  ATGACTGATA ATCGGGGGTT TACGCTGGTT GAATTAATAT CAGTGGTCTT
 51  GATATTGTCT GTACTTGCTT TAATTGTTTA TCCGAGCTAT CGCAATTATG
101  TTGAGAAAGC AAAGATAAAT GCAGTGCGGG CAGCCTTGTT AGAAAATGCA
151  CATTTTATGG AAAAGTTTTA TCTGCAGAAT GGGAGGTTTA AACAAACATC
201  TACCAAGTGG CCAAGTTTGC CGATTAAAGA GGCAGAAGGC TTTTGTATCC
251  GTTTGAATGG AATCGtCGCG CGGG..GCTT TAGACAGTAA ATTCATGTTG
301  AAGGCGGTAG CCATAGATAA AGATAAAAAT CCTTTTATTA TTAAGATGAA
351  TGAAAATCTA GTAACCTTTATTTGCAAGA AGTCCGCCAG TTCGTGTAGT
401  GACGGGCTGG ATTATTTTAA AGGAAATGAT AAGGACTGCA AGTTACTTAA
451  GTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 820；ORF127>：
  1  MTDNRGFTLV ELISVVLILS VLALIVYPSY RNYVEKAKIN AVRAALLENA
 51  HFMEKFYLQN GRFKQTSTKW PSLPIKEAEG FCIRLNGIVA RXALDSKFML
101  KAVAIDKDKN PFI IKMNENL VTFICKKSAS SCSDGLDYFK GNDKDCKLLK
151  *
进一步的工作揭示了下列DNA序列<SEQ ID 821>：
  1  ATGACTGATA ATCGGGGGTT TACGCTGGTT GAATTAATAT CAGTGGTCTT
 51  GATATTGTCT GTACTTGCTT TAATTGTTTA TCCGAGCTAT CGCAATTATG
101  TTGAGAAAGC AAAGATAAAT GCAGTGCGGG CAGCCTTGTT AGAAAATGCA
151  CATTTTATGG AAAAGTTTTA TCTGCAGAAT GGGAGGTTTA AACAAACATC
201  TACCAAGTGG CCAAGTTTGC CGATTAAAGA GGCAGAAGGC TTTTGTATCC
251  GTTTGAATGG AATCGCGCGC GGGGCTTTAG ACAGTAAATT CATGTTGAAG
301  GCGGTAGCCA TAGATAAAGA TAAAAATCCT TTTATTATTA AGATGAATGA
351  AAATCTAGTA ACCTTTATTT GCAAGAAGTC CGCCAGTTCG TGTAGTGACG
401  GGCTGGATTA TTTTAAAGGA AATGATAAGG ACTGCAAGTT ACTTAAGTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 822；ORF127-1>：
 1   MTDNRGFTL V ELISVVLILS VLALIVYPSY RNYVEKAKIN AVRAALLENA
 51  HFMEKFYLQN GRFKQTSTKW PSLPIKEAEG FCIRLNGIAR GALDSKFMLK
101  AVAIDKDKNP FIIKMNENLV TFICKKSASS CSDGLDYFKG NDKDCKLLK*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF127和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF127a)在150个氨基酸的重叠区内显示出有98.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf127.pep  MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf127a     MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINTVRAALLENAHFMEKFYLQN
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf127.pep  GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIVARXALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL
            |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
orf127a     GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGI-ARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL
                    70        80        90       100       110
                   130       140       150
orf127.pep  VTFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
            |||||||||||||||||||||||||||||||
orf127a     VTFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
          120       130       140       150
全长ORF127a核苷酸序列<SEQ ID 823>是：
  1  ATGACTGATA ATCGGGGGTT TACGCTGGTT GAATTAATAT CAGTGGTCTT
 51  GATATTGTCT GTACTTGCTT TAATTGTTTA TCCGAGCTAT CGCAATTATG
101  TTGAGAAAGC AAAGATAAAT ACAGTGCGGG CAGCCTTGTT AGAAAATGCA
151  CATTTTATGG AAAAGTTTTA TCTGCAGAAT GGGAGATTTA AACAAACATC
201  TACCAAATGG CCAAGTTTGC CGATTAAAGA GGCAGAAGGC TTTTGTATCC
251  GTTTGAATGG AATCGCGCGC GGGGCCTTAG ACAGTAAATT CATGTTGAAG
301  GCGGTAGCCA TAGATAAAGA TAAAAATCCT TTTATTATTA AGATGAATGA
351  AAATCTAGTA ACCTTTATTT GCAAGAAGTC CGCCAGTTCG TGTAGTGACG
401  GGCTGGATTA TTTTAAAGGA AATGATAAGG ACTGCAAGTT ACTTAAGTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 824>：
  1  MTDNRGFTL V ELISVVLILS VLALIVYPSY RNYVEKAKIN TVRAALLENA
 51  HFMEKFYLQN GRFKQTSTKW PSLPIKEAEG FCIRLNGIAR GALDSKFMLK
101  AVAIDKDKNP FIIKMNENLV TFICKKSASS CSDGLDYFKG NDKDCKLLK*
ORF127a和ORF127-1在149个氨基酸的重叠区内显示出有99.3％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf127a.pep  MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINTVRAALLENAHFMEKFYLQN
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf127-1     MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
                     10        20        30        40        50        60
                   70        80        90       100       110       120
orf127a.pep  GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf127-1     GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
                     70        80        90       100       110       120
                  130       140       150
orf127a.pep  TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
             ||||||||||||||||||||||||||||||
orf127-1     TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
               130    140    150
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF127和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF127ng)在150个氨基酸的重叠区内显示出有97.3％的相同性：
orf127.pep  MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN   60
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
orf127ng    MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAAFLENAHFMEKFYLQN   60
orf127.pep  GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIVARXALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL  120
            |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng    GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGI-ARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENL  119
orf127.pep  VTFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLK  150
            |||||||||||||| |||||||||||||||
orf127ng    VTFICKKSASSCSDRLDYFKGNDKDCKLLK  149
全长ORF127ng核苷酸序列<SEQ ID 825>是：
  1  ATGACTGATA ATCGGGGGTT TACACTGGTT GAATTAATAT CAGTGGTCTT
 51  GATATTGTCT GTACTTGCTT TAATTGTTTA TCCGAGCTAT CGCAATTATG
101  TTGAGAAAGC AAAGATAAAT GCAGTGCGGG CAGCCTTGTT AGAAAATGCA
151  CATTTTATGG AAAAGTTTTA TCTGCAGAAT GGGAGATTTA AACAAACATC
201  TACCAAATGG CCAAGTTTGC CGATTAAAGA GGCAGAAGGC TTTTGTATCC
251  GTTTGAATGG AATCGCGCGC GGGGCTTTAG ACAGTAAATT CATGTTGAAG
301  GCGGTAGCCA TAGATAAAGA TAAAAATCCT TTTATTATTA AGATGAATGA
351  AAATCTAGTA ACCTTTATTT GCAAGAAGTC CGCCAGTTCG TGTAGTGACG
401  GGCTGGATTA TTTTAAAGGA AATGATAAGG ACTGCAAGTT ACTTAAGTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 826>：
  1  MTDNRGFTL V ELISVVLILS VLALIVYPSY RNYVEKAKIN AVRAAFLENA
 51  HFMEKFYLQN GRFKQTSTKW PSLPIKEAEG FCIRLNGIAR GALDSKFMLK
101  AVAIDKDKNP FIIKMNENLV TFICKKSASS CSDRLDYFKG NDKDCKLLK*
ORF127ng和ORF127-1在149个氨基酸的重叠区内显示出有100.0％的相同性：
                      10        20        30        40        50        60
orf127-1.pep  MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng-1    MTDNRGFTLVELISVVLILSVLALIVYPSYRNYVEKAKINAVRAALLENAHFMEKFYLQN
                      10        20        30        40        50        60
                      70        80        90       100       110       120
orf127-1.pep  GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng-1    GRFKQTSTKWPSLPIKEAEGFCIRLNGIARGALDSKFMLKAVAIDKDKNPFIIKMNENLV
                      70        80        90       100       110       120
                     130       140       150
orf127-1.pep  TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
              ||||||||||||||||||||||||||||||
orf127ng-1    TFICKKSASSCSDGLDYFKGNDKDCKLLKX
                     130       140       150
该分析结果(包括脑膜炎球菌和淋球菌蛋白均具有预计的跨膜结构域这一事实)提示，脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例98
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 827>
   1  ..GTGTCGCTGG CTTCGGTGAT TGCCTCTCAA ATCTTCCTTT ACGAAGATTT
  51    CAACCAAATG CGGAAAACC CGTGGAGCTAT CTGCGGTTTT CTTGTCCAAT
 101    ATTTATCTGG GGTTTCAGCA GGGGTATTTC GATTTGAGTG CCGACGAGAA
 151    CCCCGTACTG CATATCTGGT CTTTGGCAGT AGAGGAACAG TATTACCTCC
 201    TGTATCCCCT TTTGCTGATA TTTTGCTGCA AAAAAACCAA ATCGCTACGG
 251    GTGCTGCGTA ACATCAGCAT CATCCTGTTT TTGATTTTGA CTGCCTCATC
 301    GTTTTTGCCA AGCGGGTTTT ATACCGACAT CCTCAACCAA CCCAATACTT
 351    ATTACCTTTC GACACTGAGG TTTCCCGAGC TGTTGGCAGG TTCGCTGCTG
 401    GCGGTTTACG GGCAAACGCA AAACGGCAGA CGGCAAACAG CAAATGGAAA
 451    ACGGCAGTTG CTTTCATCAC TCTGCTTCGG CGCATTGCTT GCCTGCCTGT
 501    TCGTGATTGA CAAACACAAT CCGTTTATCC CGGGAATGAC CCTGCTCCTT
 551    CCCTGCCTGC TGACGGCACT GCTTATCCGG AGTATGCAAT ACGGGACACT
 601    TCCGACCCGC ATCCTGTCGG CAAGCCCCAT CGTATTTGTC GGCAAAATCT
 651    CTTATTCCCT ATACCTGTAC CATTGGATTT TTATTGCTTT CGCTCCGCTC
 701    ATTAGAGGCG GGAAACAGCT CGGACTGCCT GCCG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 828；ORF128>：
   1  ..VSLASVIASQ IFLYEDFNQM RKTVELSAVF LSNIYLGFQQ GYFDLSADEN
  51    PVLHIWSLAV EEQYYLLYPL LLIFCCKKTK SLRVLRNISI ILFLILTASS
 101    FLPSGFYTDI LNQPNTYYLS TLRFPELLAG SLLAVYGQTQ NGRRQTANGK
 151    RQLLSSLCFG ALLACLFVID KHNPFIPGMT LLLPCLLTAL LIRSMQYGTL
 201    PTRILSASPI VFVGKISYSL YLYHWIFIAF APLIRGGKQL GLPA..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 829>：
   1  ATGCAAGCTG TCCGATACAG ACCGGAAATT GACGGATTGC GGGCCGTCGC
  51  CGTGCTATCC GTCATGATTT TCCACCTGAA TAACCGCTGG CTGCCCGGAG
 101  GATTCCTGGG GGTGGACATT TTCTTTGTCA TCTCAGGATT CCTCATTACC
 151  GGCATCATTC TTTCTGAAAT ACAGAACGGT TCTTTTTCTT TCCGGGATTT
 201  TTATACCCGC AGGATTAAGC GGATTTATCC TGCCTTTATT GCGGCCGTGT
 251  CGCTGGCTTC GGTGATTGCC TCTCAAATCT TCCTTTACGA AGATTTCAAC
 301  CAAATGCGGA AAACCGTGGA GCTTTCTGCG GTTTTCTTGT CCAATATTTA
 351  TCTGGGGTTT CAGCAGGGGT ATTTCGATTT GAGTGCCGAC GAGAACCCCG
 401  TACTGCATAT CTGGTCTTTG GCAGTAGAGG AACAGTATTA CCTCCTGTAT
 451  CCCCTTTTGC TGATATTTTG CTGCAAAAAA ACCAAATCGC TACGGGTGCT
 501  GCGTAACATC AGCATCATCC TGTTTTTGAT TTTGACTGCC TCATCGTTTT
 551  TGCCAAGCGG GTTTTATACC GACATCCTCA ACCAACCCAA TACTTATTAC
 601  CTTTCGACAC TGAGGTTTCC CGAGCTGTTG GCAGGTTCGC TGCTGGCGGT
 651  TTACGGGCAA ACGCAAAACG GCAGACGGCA AACAGCAAAT GGAAAACGGC
 701  AGTTGCTTTC ATCACTCTGC TTCGGCGCAT TGCTTGCCTG CCTGTTCGTG
 751  ATTGACAAAC ACAATCCGTT TATCCCGGGA ATGACCCTGC TCCTTCCCTG
 801  CCTGCTGACG GCACTGCTTA TCCGGAGTAT GCAATACGGG ACACTTCCGA
 851  CCCGCATCCT GTCGGCAAGC CCCATCGTAT TTGTCGGCAA AATCTCTTAT
 901  TCCCTATACC TGTACCATTG GATTTTTATT GCTTTCGCCC ATTACATTAC
 951  AGGCGACAAA CAGCTCGGAC TGCCTGCCGT ATCGGCGGTT GCCGCGTTGA
1001  CGGCCGGATT TTCCCTGTTG AGTTATTATT TGATTGAACA GCCGCTTAGA
1051  AAACGGAAGA TGACCTTCAA AAAGGCATTT TTCTGCCTCT ATCTCGCCCC
1101  GTCCCTGATA CTTGTCGGTT ACAACCTGTA CGCAAGGGGG ATATTGAAAC
1151  AGGAACACCT CCGCCCGTTG CCCGGCGCGC CCCTTGCTGC GGAAAATCAT
1201  TTTCCGGAAA CCGTCCTGAC CCTCGGCGAC TCGCACGCCG GACACCTGAG
1251  GGGGTTTCTG GATTATGTCG GCAGCCGGGA AGGGTGGAAA GCCAAAATCC
1301  TGTCCCTCGA TTCGGAGTGT TTGGTTTGGG TAGATGAGAA GCTGGCAGAC
1351  AACCCGTTAT GTCGAAAATA CCGGGATGAA GTTGAAAAAG CCGAAGCCGT
1401  TTTCATTGCC CAATTCTATG ATTTGAGGAT GGGCGGCCAG CCTGTGCCGA
1451  GATTTGAAGC GCAATCCTTC CTAATACCCG GGTTCCCAGC CCGATTCAGG
1501  GAAACCGTCA AAAGGATAGC CGCCGTCAAA CCCGTCTATG TTTTTGCAAA
1551  CAACACATCA ATCAGCCGTT CGCCCCTGAG GGAGGAAAAA TTGAAAAGAT
1601  TTGCCGCAAA CCAATATCTC CGCCCCATTC AGGCTATGGG CGACATCGGC
1651  AAGAGCAATC AGGCGGTCTT TGATTTGATT AAAGATATTC CCAATGTGCA
1701  TTGGGTGGAC GCACAAAAAT ACCTGCCCAA AAACACGGTC GAAATATACG
1751  GCCGCTATCT TTACGGCGAC CAAGACCACC TGACCTATTT CGGTTCTTAT
1801  TATATGGGGC GGGAATTCCA CAAACACGAA CGCCTGCTTA AATCTTCCCA
1851  CGGCGGCGCA TTGCAGTAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 830；ORF128-1>：
   1  MQAVRYRPE I DGLRAVAVLS VMIFHLNNRW LPGGFLG VDI FFVISGFLIT
  51  GIILSEIQNG SFSFRDFYTR RIKRIYPA FI AAVSLASVIA SQIFLYEDFN
 101  QMRKTVELSA VFLSNIYLGF QQGYFDLSAD ENPVLHIWSL AVEEQYYLLY
 151  PLLLIFCCKK TKSLRVLRN I SIILFLILTA SSFLPSGFYT DILNQPNTYY
 201  LSTLRFPELL AGSLLAVYGQ TQNGRRQTAN GKRQ LLSSLC FGALLACLFV
 251  IDKHNPF IPG MTLLLPCLLT ALLIRSMQYG TLPTRILSAS PIVFVGKISY
 301  SLYLYHWIFI AFAHYITGDK QLG LPAVSAV AALTAGFSLL SYYLIEQPLR
 351  KRKMTFKKAF FCLYLAPSLI LVGYNLYARG ILKQEHLRPL PGAPLAAENH
 401  FPETVLTLGD SHAGHLRGFL DYVGSREGWK AKILSLDSEC LVWVDEKLAD
 451  NPLCRKYRDE VEKAEAVFIA QFYDLRMGGQ PVPRFEAQSF LIPGFPARFR
 501  ETVKRIAAVK PVYVFANNTS ISRSPLREEK LKRFAANQYL RPIQAMGDIG
 551  KSNQAVFDLI KDIPNVHWVD AQKYLPKNTV EIYGRYLYGD QDHLTYFGSY
 601  YMGREFHKHE RLLKSSHGGA LQ*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与流感嗜血菌的假设的整合膜蛋白HI0392(登录号为U32723)的同源性ORF128和HI0392在180个氨基酸的重叠区内显示出有52％的氨基酸相同性：
Orf128：1   VSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAV  60
            ++L S IAS IF+Y DFN++RKT+EL+  FLSN YLG  QGYFDLSA+ENPVLHIWSLAV
HI0392：46  MALVSFIASAIFIYNDFNKLRKTIELAIAFLSNFYLGLTQGYFDLSANENPVLHIWSLAV  105
Orf128：61  EEQXXXXXXXXXIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTASSFLPSGFYTDILNQPNTYYLS  120
            E Q         I   KK + ++VL  I++ILF IL A+SF+ + FY ++L+QPN YYLS
HI0392：106 EGQYYLIFPLILILAYKKFREVKVLFIITLILFFILLATSFVSANFYKEVLHQPNIYYLS  165
0rf128：121 TLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMT  180
             LRFPELL GSLLA+Y    N + Q +     +L+ L    L +CLF+++ +  FIPG+T
HI0392：166 NLRFPELLVGSLLAIYHNLSN-KVQLSKQVNNILAILSTLLLFSCLFLMNNNIAFIPGIT  224
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF128和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF128a)在244个氨基酸的重叠区内显示出有98.0％的相同性：
                                                  10        20        30
orf128.pep                                VSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVF
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a     ILSEIQNGSFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVF
                  60        70        80        90       100       110
                    40        50        60        70        80        90
orf128.pep  LSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a     LSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISI
                 120       130       140       150       160       170
                   100       110       120       130       140       150
orf128.pep  ILFLILTASSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGK
            ||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a     ILFLILTATSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGK
                 180       190       200       210       220       230
                   160       170       180       190       200       210
orf128.pep  RQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128a     RQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI
                 240       250       260       270       280       290
                   220       230       240
orf128.pep  VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAPLIRGGKQLGLPA
            |||||||||||||||||||||  | | |||||||
orf128a     VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKR
                 300       310       320       330       340       350
orf128a     KMTFKKAFFCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSH
                 360       370       380       390       400       410
全长ORF128a核苷酸序列<SEQ ID 831>是：
   1  ATGCAAGCTG TCCGATACAG ACCGGAAATT GACGGATTGC GGGCCGTCGC
  51  CGTGCTATCC GTCATGATTT TCCACCTGAA TAACCGCTGG CTGCCCGGAG
 101  GATTCCTGGG GGTGGACATT TTCTTTGTCA TCTCAGGATT CCTCATTACC
 151  GGCATCATTC TTTCTGAAAT ACAGAACGGT TCTTTTTCTT TCCGGGATTT
 201  TTATACCCGC AGGATTAAGC GGATTTATCC TGCTTTTATT GCGGCCGTGT
 251  CGCTGGCTTC GGTGATTGCC TCTCAAATCT TCCTTTACGA AGATTTCAAC
 301  CAAATGCGGA AAACCGTGGA GCTTTCTGCG GTTTTCTTGT CCAATATTTA
 351  TCTGGGGTTT CAGCAGGGGT ATTTCGATTT GAGTGCCGAC GAGAACCCCG
 401  TACTGCATAT CTGGTCTTTG GCAGTAGAGG AACAGTATTA CCTCCTGTAT
 451  CCTCTTTTGC TGATATTTTG CTGCAAAAAA ACAAAATCGC TACGGGTGCT
 501  GCGTAACATC AGCATCATCC TATTTCTGAT TTTGACTGCC ACATCGTTTT
 551  TGCCAAGCGG GTTTTATACC GATATTCTCA ACCAACCCAA TACTTATTAC
 601  CTTTCGACAC TGAGGTTTCC CGAGCTGTTG GCAGGTTCGC TGCTGGCGGT
 651  TTACGGGCAA ACGCAAAACG GCAGACGGCA AACAGCAAAT GGAAAACGGC
 701  AGTTGCTTTC ATCACTCTGC TTCGGCGCAT TGCTTGCCTG CCTGTTCGTG
 751  ATTGACAAAC ACAATCCGTT TATCCCGGGA ATGACCCTGC TCCTTCCCTG
 801  CCTGCTGACG GCACTGCTTA TCCGGAGTAT GCAATACGGG ACACTTCCGA
 851  CCCGCATCCT GTCGGCAAGC CCCATCGTAT TTGTCGGCAA AATCTCTTAT
 901  TCCCTATACC TGTACCATTG GATTTTTATT GCTTTCGCCC ATTACATTAC
 951  AGGCGACAAA CAGCTCGGAC TGCCTGCCGT ATCGGCGGTT GCCGCGTTGA
1001  CGGCCGGATT TTCCCTGTTG AGTTATTATT TGATTGAACA GCCGCTTAGA
1051  AAACGGAAGA TGACCTTCAA AAAGGCATTT TTCTGCCTCT ATCTCGCCCC
1101  GTCCCTGATA CTTGTCGGTT ACAACCTGTA CGCAAGGGGG ATATTGAAAC
1151  AGGAACACCT CCGCCCGTTG CCCGGCGCGC CCCTTGCTGC GGAAAATCAT
1201  TTTCCGGAAA CCGTCCTGAC CCTCGGCGAC TCGCACGCCG GACACCTGCG
1251  GGGGTTTCTG GATTATGTCG GCAGCCGGGA AGGGTGGAAA GCCAAAATCC
1301  TGTCCCTCGA TTCGGAGTGT TTGGTTTGGG TAGATGAGAA GCTGGCAGAC
1351  AACCCGTTAT GTCGAAAATA CCGGGATGAA GTTGAAAAAG CCGAAGCCGT
1401  TTTCATTGCC CAATTCTATG ATTTGAGGAT GGGCGGCCAG CCCGTGCCGA
1451  GATTTGAAGC GCAATCCTTC CTAATACCCG GGTTCCCAGC CCGATTCAGG
1501  GAAACCGTCA AAAGGATAGC CGCCGTCAAA CCCGTCTATG TTTTTGCAAA
1551  CAACACATCA ATCAGCCGTT CGCCCCTGAG GGAGGAAAAA TTGAAAAGAT
1601  TTGCCGCAAA CCAATATCTC CGCCCCATTC AGGCTATGGG CGACATCGGC
1651  AAGAGCAATC AGGCGGTCTT TGATTTGATT AAAGATATTC CCAATGTGCA
1701  TTGGGTGGAC GCACAAAAAT ACCTGCCCAA AAACACGGTC GAAATATACG
1751  GCCGCTATCT TTACGGCGAC CAAGACCACC TGACCTATTT CGGTTCTTAT
1801  TATATGGGGC GGGAATTTCA CAAACACGAA CGCCTGCTTA AATCTTCTCG
1851  CGACGGCGCA TTGCAGTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 832>：
   1  MQAVRYRPE I DGLRAVAVLS VMIFHLNNRW LPGGFLG VDI FFVISGFLIT
  51  GIILSEIQNG SFSFRDFYTR RIKRIYPA FI AAVSLASVIA SQIFLYEDFN
 101  QMRKTVELSA VFLSNIYLGF QQGYFDLSAD ENPVLHIWSL AVEEQYYLLY
 151  PLLLIFCCKK TKSLRVLRN I SIILFLILTA TSFLPSGFYT DILNQPNTYY
 201  LSTLRFPELL AGSLLAVYGQ TQNGRRQTAN GKRQ LLSSLC FGALLACLFV
 251  IDKHNPF IPG MTLLLPCLLT ALLIRSMQYG TLPTRILSAS PIVFVGKISY
301  SLYLYHWIFI AFAHYITGDK QLG LPAVSAV AALTAGFSLL SYYLIEQPLR
351  KRKMTFKKAF FCLYLAPSLI LVGYNLYARG ILKQEHLRPL PGAPLAAENH
401  FPETVLTLGD SHAGHLRGFL DYVGSREGWK AKILSLDSEC LVWVDEKLAD
451  NPLCRKYRDE VEKAEAVFIA QFYDLRMGGQ PVPRFEAQSF LIPGFPARFR
501  ETVKRIAAVK PVYVFANNTS ISRSPLREEK LKRFAANQYL RPIQAMGDIG
551  KSNQAVFDLI KDIPNVHWVD AQKYLPKNTV EIYGRYLYGD QDHLTYFGSY
601  YMGREFHKHE RLLKSSRDGA LQ*
ORF128a和ORF128-1在622个氨基酸的重叠区内显示出有99.5％的相同性：
orf128a.pep  MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVMIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITGIILSEIQNG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVMIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITGIILSEIQNG
orf128a.pep  SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGF
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGF
orf128a.pep  QQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     QQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTA
orf128a.pep  TSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLC
             :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     SSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLC
orf128a.pep  FGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     FGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
orf128a.pep  SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
orf128a.pep  FCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     FCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
orf128a.pep  DYVGSREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     DYVGSREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
orf128a.pep  PVPRFEAQSFLIPGFPARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAANQYL
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     PVPRFEAQSFLIPGFPARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAANQYL
orf128a.pep  RPIQAMGDIGKSNQAVFDLIKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIYGRYLYGDQDHLTYFGSY
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128-1     RPIQAMGDIGKSNQAVFDLIKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIYGRYLYGDQDHLTYFGSY
orf128a.pep  YMGREFHKHERLLKSSRDGALQX
             ||||||||||||||||: |||||
orf128-1     YMGREFHKHERLLKSSHGGALQX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF128和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF128ng)在244个氨基酸的重叠区内显示出有93.4％的相同性：
orf128.pep                                VSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVF  30
                                          |||||||||||||||||||||||:|||:||
orf128ng    ILSEIQNGSFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTIELSTVF 112
orf128.pep  LSNIYLGFQQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISI   90
            ||||||||: ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
orf128ng    LSNIYLGFRLGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCYKKTKSLRVLRNISI  172
orf128.pep  ILFLILTASSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGK  150
            |||||||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||
orf128ng    ILFLILTASSFLPAGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLVGSLLAVYGQTQNGRRQTENGK  232
orf128.pep  RQLLSSLCFGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI  210
            |||| ||||||||:||||||||:|||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng    RQLLSLLCFGALLVCLFVIDKHDPFIPGITLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPI  292
orf128.pep  VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAPLIRGGKQLGLPA                            244
            |||||||||||||||||||||  | | |||||||
orf128ng    VFVGKISYSLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKR  352
全长ORF128ng核苷酸序列<SEQ ID 833>是：
   1  ATGCAAGCTG TCCGATACAG GCCTGAAATT GACGGATTGC GGGCCGTCGC
  51  CGTGCTATCC GTCATTATTT TCCACCTGAA TAACCGCTGG CTGCCCGGAG
 101  GATTCCTGGG GGTGGACATT TTCTTTGTCA TCTCGGGATT CCTCATTACC
 151  AACATCATTC TTTCTGAAAT ACAGAACGGT TCTTTTTCTT TCCGGGATTT
 201  TTATACCCGC AGGATTAAGC GGATTTATCC TGCTTTTATT GCGGCCGTGT
 251  CCCTGGCTTC GGTGATTGCT TCTCAAATCT TCCTTTACGA AGATTTCAAC
 301  CAAATGAGGA AAACCATAGA GCTTTCTACG GTTTTTTTGT CCAATATTTA
 351  TTTGGGGTTC CGATTGGGGT ATTTCGATTT GAGTGCCGAC GAGAACCCCG
 401  TACTGCATAT CTGGTCTTTG GCGGTAGAGG AACAGTATTA CCTCCTGTAT
 451  CCTCTTTTGC TGATATTCTG TTACAAAAAA ACCAAATCAC TACGGGTGCT
 501  GCGTAATATC AGCATCATCC TGTTTCTGAT TTTGACCGCA TCATCGTTTT
 551  TGCCGGCCGG GTTTTATACC GACATCCTCA ACCAACCcaa TACTTATTAC
 601  CTTTCGACAC TGAGGTTTCC CGAGCTGTTG GTGGGTTCGC TGTTGGCGGT
 651  TTACGGGCAA ACGCAAAACG GCAGACGGCA AACAGAAAAT GGAAAACGGC
 701  AGTTGCTTTC ATTACTCTGT TTCGGCGCat tgCTTGTCTG CCTGTTCGTG
 751  ATCGACAAAC ACGATCCGTT TATCCCGGGA ATAACCCTGC TCCTTCCCTG
 801  CCTGCTGACG GCGCTGCTTA TCCGGAGTAT GCAATACGGG ACACTTCCGA
 851  CCCGCATCCT GTCGGCAAGC CCCATCGTAT TTGTCGGCAA AATCTCTTAT
 901  TCCCTATACC TGTACCATTG GATTTTTATT GCCTTCGCCC ATTACATTAC
 951  AGGCGACAAA CAGCTCGGAC TGCCTGCCGT ATCGGCGGTT GCCGCGTTGA
1001  CGGCCGGATT TTCCCTGTTG AGCTATTATT TGATTGAACA GCCGCTTAGA
1051  AAACGGAAGA TGACCTTCAA AAAGGCATTT TTCTGCCTTT ATCTCGCCCC
1101  GTCCCTGATG CTTGTCGGTT ACAACCTGTA TTCAAGAGGG ATATTGAAAC
1151  AGGAACACCT CCGCCCGCTG CCCGGCACGC CCGTTGCTGC GGAAAATAAT
1201  TTTCCGGAAA CCGTCTTGAC CCTCGGCGAC TCGCACGCCG GACACCTGCG
1251  GGGGTTTCTG GATTATGTCG GCGGCAGGGA AGGGTGGAAA GCTAAAATCC
1301  TGTCCCTCGA TTCGGAGTGT TTGGTTTGGG TGGATGAGAA GCTGGCAGAC
1351  AACCCGTTGT GCCGAAAATA CCGGGATGAA GTTGAAAAAG CCGAAGCTGT
1401  TTTCATTGCC CAATTCTATG ATTTGAGGAT GGGCGGCCAG CCCGTGCCGA
1451  GATTTGAAGC GCAATCCTTC CTGATACCCG GGTTCAAAGC CCGATTCAGG
1501  GAAACCGTCA AGAGGATAGC CGCCGTCAAA CCTGTATATG TTTTTGCAAA
1551  CAATACATCA ATCAGCCGTT CTCCCTTGAG GGAGGAAAAA TTGAAAAGAT
1601  TTGCTATAAA CCAATACCTC CGGCCTATTC GGGCTATGGG CGACATCGGC
1651  AAGAGCAATC AGGCGGTCTT TGATTTGGTT AAAGATATTC CCAATGTGCA
1701  TTGGGTGGAC GCACAAAAAT ACCTGCCCAA AAACACGGTC GAAATACACG
1751  GACGCTATCT TTACGGCGAC CAAGACCACC TGACCTATTT CGGTTCTTAT
1801  TATATGGGGC GGGAATTTCA CAAACACGAA CGCCTGCTCA AGCATTCCCG
1851  AGGCGGCGCA TTGCAGTAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 834>：
   1  MQAVRYRPE I DGLRAVAVLS VIIFHLNNRW LPGGFLG VDI FFVISGFLIT
  51  NIILSEIQNG SFSFRDFYTR RIKRIYPA FI AAVSLASVIA SQIFLYEDFN
 101  QMRKTIELST VFLSNIYLGF RLGYFDLSAD ENPVLHIWSL AVEEQYYLLY
151  PLLLIFCYKK TKSLRVLRN I SIILFLILTA SSFLPAGFYT DILNQPNTYY
201  LSTLRFPELL VGSLLAVYGQ TQNGRRQTEN GKRQ LLSLLC FGALLVCLFV
251  IDKHDPF IPG ITLLLPCLLT ALLIRSMQYG TLPTRILSAS PIVFVGKISY
301  SLYLYHWIFI AFAHYITGDK QLG LPAVSAV AALTAGFSLL SYYLIEQPLR
351  KRKMTFKKAF FCLYLAPSLM LVGYNLYSRG ILKQEHLRPL PGTPVAAENN
401  FPETVLTLGD SHAGHLRGFL DYVGGREGWK AKILSLDSEC LVWVDEKLAD
451  NPLCRKYRDE VEKAEAVFIA QFYDLRMGGQ PVPRFEAQSF LIPGFKARFR
501  ETVKRIAAVK PVYVFANNTS ISRSPLREEK LKRFAINQYL RPIRAMGDIG
551  KSNQAVFDLV KDIPNVHWVD AQKYLPKNTV EIHGRYLYGD QDHLTYFGSY
601  YMGREFHKHE RLLKHSRGGA LQ*
ORF128ng和ORF128-1在622个氨基酸的重叠区内显示出有95.7％的相同性：
orf128-1.pep  MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVMIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITGIILSEIQNG
              |||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||
orf128ng      MQAVRYRPEIDGLRAVAVLSVIIFHLNNRWLPGGFLGVDIFFVISGFLITNIILSEIQNG
orf128-1.pep  SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTVELSAVFLSNIYLGF
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||||
orf128ng      SFSFRDFYTRRIKRIYPAFIAAVSLASVIASQIFLYEDFNQMRKTIELSTVFLSNIYLGF
orf128-1.pep  QQGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCCKKTKSLRVLRNISIILFLILTA
              :|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
orf128ng      RLGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQYYLLYPLLLIFCYKKTKSLRVLRNISIILFLILTA
orf128-1.pep  SSFLPSGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLAGSLLAVYGQTQNGRRQTANGKRQLLSSLC
              |||||:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||| |||||||| ||
orf128ng      SSFLPAGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLVGSLLAVYGQTQNGRRQTENGKRQLLSLLC
orf128-1.pep  FGALLACLFVIDKHNPFIPGMTLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
              |||||:||||||||:|||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng      FGALLVCLFVIDKHDPFIPGITLLLPCLLTALLIRSMQYGTLPTRILSASPIVFVGKISY
orf128-1.pep  SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng      SLYLYHWIFIAFAHYITGDKQLGLPAVSAVAALTAGFSLLSYYLIEQPLRKRKMTFKKAF
orf128-1.pep  FCLYLAPSLILVGYNLYARGILKQEHLRPLPGAPLAAENHFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
              |||||||||:|||||||:||||||||||||||:|:||||:||||||||||||||||||||
orf128ng      FCLYLAPSLMLVGYNLYSRGILKQEHLRPLPGTPVAAENNFPETVLTLGDSHAGHLRGFL
orf128-1.pep  DYVGSREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
              ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf128ng      DYVGGREGWKAKILSLDSECLVWVDEKLADNPLCRKYRDEVEKAEAVFIAQFYDLRMGGQ
orf128-1.pep  PVPRFEAQSFLIPGFPARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAANQYL
              ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
orf128ng      PVPRFEAQSFLIPGFKARFRETVKRIAAVKPVYVFANNTSISRSPLREEKLKRFAINQYL
orf128-1.pep  RPIQAMGDIGKSNQAVFDLIKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIYGRYLYGDQDHLTYFGSY
              |||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
orf128ng      RPIRAMGDIGKSNQAVFDLVKDIPNVHWVDAQKYLPKNTVEIHGRYLYGDQDHLTYFGSY
orf128-1.pep  YMGREFHKHERLLKSSHGGALQX
              |||||||||||||| |:||||||
orf128ng      YMGREFHKHERLLKHSRGGALQX
                     610       620
另外，ORF218ng显示出与一种假设的流感嗜血菌蛋白同源：
sp|P43993|Y392_AEIN假设蛋白HI0392＞gi|1074385|pir||B64007假设蛋白HI0392-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)＞gi|1573364(U32723)流感嗜血菌预计的编码区HI0392[流感嗜血菌]长度＝245
评分＝239位(604)，估计值＝3e-62
相同性＝124/225(55％)，阳性＝152/225(67％)，空隙＝1/225(0％)
询问：38  VDIFFVISGFLITNIILSEIQNGSFSFRDFYTRRIKRIYPXXXXXXXXXXXXXXXXFLYE  97
           +DIFFVISGFLIT II++EIQ  SFS + FYTRRIKRIYP                F+Y
目标：1   MDIFFVISGFLITGIIITEIQQNSFSLKQFYTRRIKRIYPAFITVMALVSFIASAIFIYN  60
询问：98  DFNQMRKTIELSTVFLSNIYLGFRLGYFDLSADENPVLHIWSLAVEEQXXXXXXXXXIFC  157
           DFN++RKTIEL+  FLSN YLG  GYFDLSA+ENPVLHIWSLAVE  Q         I
目标：61  DFNKLRKTIELAIAFLSNFYLGLTQGYFDLSANENPVLHIWSLAVEGQYYLIFPLILILA  120
询问：158 YKKTKSLRVLRNISIILFLILTASSFLPAGFYTDILNQPNTYYLSTLRFPELLVGSLLAV  217
           YKK + ++VL  I++ILF IL A+SF+ A FY ++L+QPN YYLS LRFPELLVGSLLA+
目标：121 YKKFREVKVLFIITLILFFILLATSFVSANFYKEVLHQPNIYYLSNLRFPELLVGSLLAI  180
询问：218 YGQTQNGRRQTENGKRQLLSLLCFGALLVCLFVIDKHDPFIPGIT  262
           Y    N + Q       +L++L    L  CLF+++ +  FIPGIT
目标：181 YHNLSN-KVQLSKQVNNILAILSTLLLFSCLFLMNNNIAFIPGIT  224
该分析结果(包括鉴定出几个推定的跨膜结构域)提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例99
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 835>：
  1  ..ATTATTTACG AATACCGCTG GATGTTTCTT TACGGCGCAC TGACGACCTT
 51    GGGGCTGACG GTCGTGGCAA C.GCGGGCGG TTCGGTATTG GGTCTGTTGT
101    TGGCGTTGGC GCGCCTGATT CACTTGGAAA AAGCCGGTGC GCCGATGCGC
151    GTGCTGGCGT GGGCGTTGCG TAAAGTTTCG CTGCTGTATG TTACGCTGTT
201    CCGGGGTACG CCGCTGTTTG TGCAGATTGT GATTTGGGCG TATGTGTGGT
251    TTCCGTTTTT CGTC..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 836；ORF129>：
 1  ..IIYEYRWMFL YGALTTLGLT VVAXAGGSVL GLLLALARLI HLEKAGAPMR
51    VLAWALRKVS LLYVTLFRGT PLFVQIVIWA YVWFPFFV..
进一步的工作揭示了其完整的核苷酸序列<SEQ ID 837>：
  1  ATGGATTTTC GTTTTGACAT TATTTACGAA TACCGCTGGA TGTTTCTTTA
 51  CGGCGCACTG ACGACCTTGG GGCTGACGGT CGTGGCAACG GCGGGCGGTT
101  CGGTATTGGG TCTGTTGTTG GCGTTGGCGC GCCTGATTCA CTTGGAAAAA
151  GCCGGTGCGC CGATGCGCGT GCTGGCGTGG GCGTTGCGTA AAGTTTCGCT
201  GCTGTATGTT ACGCTGTTCC GGGGTACGCC GCTGTTTGTG CAGATTGTGA
251  TTTGGGCGTA TGTGTGGTTT CCGTTTTTCG TCCATCCTTC AGACGGCATT
301  TTGGTCAGCG GCGAGGCGGC AATCGCGCTG CGTCGCGGAT ACGGGCCGCT
351  GATTGCCGGT TCTTTGGCAC TGATCGCCAA CTCGGGGGCG TATATCTGTG
401  AGATTTTCCG CGCGGGCATC CAGTCTATAG ACAAAGGACA GATGGAGGCG
451  GCGCGTTCTT TGGGGCTGAC CTATCCGCAG GCGATGCGCT ATGTGATTCT
501  GCCGCAGGCA TTGCGCCGCA TGCTGCCGCC TTTGGCGAGC GAGTTCATCA
551  CGCTCTTGAA AGACAGCTCG CTGCTGTCGG TCATTGCTGT GGCGGAGTTG
601  GCGTATGTTC AGAATACGAT TACGGGCCGG TATTCGGTTT ATGAAGAACC
651  GCTTTACACC GTCGCCCTGA TTTATCTGTT GATGACGACT TTCTTAGGCT
701  GGATATTCCT GCGTTTGGAA AAACGTTACA ATCCGCAACA CCGCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 838；ORF129-1>：
  1  MDFRFDIIYE YRWMFLYGAL TTLGLT VVAT AGGSVLGLLL ALARLIHLEK
 51  AGAPMRVLAW ALRKVSLLYV TLFRGTP LFV QIVIWAYVWF PFFVHPSDGI
101  LVSGEAAIAL RRGYGP LIAG SLALIANSGA YICEIFRAGI QSIDKGQMEA
151  ARSLGLTYPQ AMRYVILPQA LRRMLPPLAS E FITLLKDSS LLSVIAVAEL
201  AYVQNTITGR YSVYEEPLYT VALIYLLMTT FLGWIFLRLE KRYNPQHR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF129和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF129a)在88个氨基酸的重叠区内显示出有98.9％的相同性：
                          10        20        30        40        50
orf129.pep        IIYEYRWMFLYGALTTLGLT VVAXAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
                  |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf129a     MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLT VVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
                    10        20        30        40        50        60
                60        70        80
orf129.pep  ALRKVSLLYVTLFRGTP LFVQIVIWAYVWFPFFV
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129a     ALRKVSLLYVTLFRGTP LFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGP LIAG
                    70        80        90       100       110       120
orf129a     SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
                   130       140       150       160       170       180
全长ORF129a核苷酸序列<SEQ ID 839>是：
  1  ATGGATTTTC GTTTTGACAT TATTTACGAA TACCGCTGGA TGTTTCTTTA
 51  CGGCGCACTG ACGACCTTGG GGCTGACGGT CGTGGCGACG GCGGGCGGTT
101  CGGTATTGGG TCTGTTGTTG GCGTTGGCGC GCCTGATTCA CTTGGAAAAA
151  GCCGGTGCGC CGATGCGCGT GCTGGCGTGG GCGTTGCGTA AGGTTTCGCT
201  GCTGTATGTT ACGCTGTTCC GGGGTACGCC GCTGTTTGTG CAGATTGTGA
251  TTTGGGCGTA TGTGTGGTTT CCGTTTTTCG TCCATCCTTC AGACGGCATT
301  TTGGTTAGCG GCGAGGCGGC AATCGCGCTG CGTCGCGGAT ACGGGCCGCT
351  GATTGCCGGT TCTTTGGCAC TGATCGCCAA CTCGGGGGCG TATATCTGTG
401  AGATTTTCCG CGCGGGCATC CAGTCTATAG ACAAAGGACA GATGGAGGCG
451  GCGCGTTCTT TGGGGCTGAC CTATCCGCAG GCGATGCGCT ATGTGATTCT
501  GCCGCAGGCA TTGCGCCGTA TGCTGCCGCC TTTGGCGAGC GAGTTCATCA
551  CGCTCTTGAA AGACAGCTCG CTGCTGTCGG TCATTGCTGT GGCGGAGTTG
601  GCGTATGTTC AGAATACGAT TACGGGCCGG TATTCGGTTT ATGAAGAACC
651  GCTTTACACC GTCGCCCTGA TTTATCTGTT GATGACGACT TTCTTAGGCT
701  GGATATTCCT GCGTTTGGAA AAACGTTACA ATCCGCAACA CCGCTGA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 840>：
  1  MDFRFDIIYE YRWMFLYGAL TTLGLT VVAT AGGSVLGLLL ALARLIHLEK
 51  AGAPMRVLAW ALRKVSLLYV TLFRGTP LFV QIVIWAYVWF PFFVHPSDGI
101  LVSGEAAIAL RRGYGP LIAG SLALIANSGA YICEIFRAGI QSIDKGQMEA
151  ARSLGLTYPQ AMRYVILPQA LRRMLPPLAS E FITLLKDSS LLSVIAVAEL
201  AYVQNTITGR YSVYEEPLYT VALIYLLMTT FLGWIFLRLE KRYNPQHR*
ORF129a和ORF129-1在248个氨基酸的重叠区内显示出有100.0％的相同性：
orf129a.pep  MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1     MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
orf129a.pep  ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1     ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
orf129a.pep  SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1     SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
orf129a.pep  EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTVALIYLLMTTFLGWIFLRLE
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129-1     EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTVALIYLLMTTFLGWIFLRLE
orf129a.pep  KRYNPQHRX
             |||||||||
orf129-1     KRYNPQHRX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF129和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF129ng)在88个氨基酸的重叠区内显示出有98.9％的相同性：
orf129.pep        IIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVAXAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW   54
                  |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
orf129ng    MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW   60
orf129.pep  ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFV                             88
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129ng    ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVILHTAFLGNAMRQSRRVPDKGRWIAG  120
预计ORF129ng核苷酸序列<SEQ ID 841>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID842>：
  1  MDFRFDIIYE YRWMFLYGAL TTLGLT VVAT AGGSVLGLLL ALARLIHLEK
 51  AGAPMRVLAW ALRKVSLLYV TLFRGTPLF V QIVIWAYVWF PFFVILHTAF
101  LGNAMRQSRR VPDKGRWIAG SLELNCQPRG RKTRGEFPPG ESNLGTEPRN
151  PLSMGQRRFP GCENWYPPQN FIKK*
进一步的工作揭示了下列淋球菌序列<SEQ ID 843>：
  1  ATGGATTTTc gtTTTGACAT TATTTAcgaA TACCGCTGGA TGTTTCTTTA
 51  CGGCGCACTG Acgaccttgg ggctgacggt cgtggcgacg gCGGGCGGTT
101  CGGtattggG TCTGTTGTTG GCGTTGGCGC GCCTGATTCA CTTGGAAAAA
151  GCCGGTGCGC CGATGCGCGT GCTGGCGTGG GCGTTGCGTA AGGTTTCGCT
201  GCTGTACGTT ACCCTGTTCC GGGGTACCCC GCTGTTTGTG CAGATTGTGA
251  TTTGGGCGTA TGTGTGGTTT CCGTTTTTCG TCCATCCTTC AGACGGCATT
301  TTGGTCAGCG GCGAGGCGGC AATCGCGCTG CGTCGCGGAT ACGGGCCGCT
351  GATTGCCGGT TCTTTGGCAC TGATCGCCAA CTCGGGGGCG TATATCTGTG
401  AGATTTTCCG CGCGGGCATC CAGTCTATAG ACAAAGGACA GATGGAGGCG
451  GCGTGTTCTT TGGGACTGAC CTATCCGCAG GCGATGCGCT ATGTGATTCT
501  GCCGCAGGCA TTGCGCCGTA TGCTGCCGCC TTTGGCGAGC GAGTTCATCA
551  CGCTCTTGAA AGACAGCTCG CTGCTGTCGG TCATTGCTGT GGCGGAGTTG
601  GCGTATGTTC AGAATACGAT TACGGGCCGG TATTCGGTTT ATGAAGAACC
651  GCTTTACACC GCCGCCCTGA TTTATCTGTT GATGACGACT TTCTTAGGCT
701  GGATATTCCT GCGTTTGGAA AAACGTTACA ATCCGCAACA CCGCTGA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 844；ORF129ng-1>：
  1  MDFRFDIIYE YRWMFLYGAL TTLGLT VVAT AGGSVLGLLL ALARLIHLEK
 51  AGAPMRVLAW ALRKVSLLYV TLFRGTP LFV QIVIWAYVWF PFFVHPSDGI
101  LVSGEAAIAL RRGYGP LIAG SLALIANSGA YICEIFRAGI QSIDKGQMEA
151  ARSLGLTYPQ AMRYVILPQA LRRMLPPLAS E FITLLKDSS LLSVIAVAEL
201  AYVQNTITGR YSVYEEPLYT VALIYLLMTT FL6WIFLRLE KRYNPQHR*
ORF129ng-1和ORF129-1在248个氨基酸的重叠区内显示出有99.2％的相同性：
orf129-1.pep  MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129ng-1    MDFRFDIIYEYRWMFLYGALTTLGLTVVATAGGSVLGLLLALARLIHLEKAGAPMRVLAW
orf129-1.pep  ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf129ng-1    ALRKVSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAG
orf129-1.pep  SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAARSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
              ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
orf129ng-1    SLALIANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAACSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLAS
orf129-1.pep  EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTVALIYLLMTTFLGWIFLRLE
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf129ng-1    EFITLLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTAALIYLLMTTFLGWIFLRLE
orf129-1.pep  KRYNPQHRX
              |||||||||
orf129ng-1    KRYNPQHRX
另外，ORF129ng-1与闪烁古生球菌的ABC转运蛋白同源：
2650409(AE001090)谷氨酰胺ABC转运蛋白，通透酶蛋白(glnP)[闪烁古生球菌]长度＝224
评分＝132位(329)，估计值＝2e-30
相同性＝86/178(48％)，阳性＝103/178(57％)，空隙＝18/178(10％)
询问：65  VSLLYVTLFRGTPLFVQIVIWAYVWFPFFVHPSDGILVSGEAAIALRRGYGPLIAGSLAL  124
           +S  YV + RGTPL VQI+I       +F  P+ GI +  E A            G +AL
目标：58  ISTAYVEVIRGTPLLVQILI------VYFGLPAIGINLQPEPA------------GIIAL  99
询问：125 IANSGAYICEIFRAGIQSIDKGQMEAACSLGLTYPQAMRYVILPQALRRMLPPLASEFIT  184
              SGAYI EI RAGI+SI  GQMEAA SLG+TY QAMRYVI PQA R +LP L +EFI
目标：100 SICSGAYIAEIYRAGIESIPIGQMEAARSLGMTYLQAMRYVIFPQAFRNILPALGNEFIA  159
询问：185 LLKDSSLLSVIAVAELAYVQNTITGRYSVYEEPLYTAALIYLLMTTFLGWIFLRLEKR  242
           LLKDSSLLSVI++ EL  V   I         P    AL YL+MT  L  +    +K+
目标：160 LLKDSSLLSVISIVELTRVGRQIVNTTFNAWTPFLGVALFYLMMTIPLSRLVAYSQKK  217
该分析结果(包括在两个蛋白中鉴定出几个跨膜结构域)提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例100
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 845>：
  1  ..CTGAAAGAAT GCCGTCTGAA AGACCCTGTT TTTATTCCAA ATATCGTTTA
 51    TAAGAACATC GCCATTACTT TCCTGCTCTT GCACGCCGCC GCCGAACTTT
101    GGCTGCCCGC GCAAACCGCC GGTTTTACCG CGCTCGCCGT CGGCTTCATC
151    CTGCTCGCCA AGCTGCGTGA gCTTCACCAT CACGAACTCT TACGTAAACA
201    cTACGTCCGC ACTTATTACy TGCTCCAACT CTTTGCCGCC GCAGgc
Figure A20051011339504881
AgT
251    TTGTGGACAG GCGCGGCGwA ATTACAAAAC CTGCCCGCyT CCGCGCCCCT
301    GCACCTGATT ACCCTCGGCG GCATGATGGG CGGCGTGATG ATGGTGTGGc
351    TGACCGCCGG ACTGTGGCAC AGCGGCTTTA CCAAACTCGA CTACCCCAAA
401    CTCTGCCGCA TTGCCGTCCC CATCCTTTTC GCCGCCGCCG TCTCGCGCGC
451    TTTCTTGrTG AACGTGAACC CGrTATTTTT CATTACCGTT CCTGCGATTC
501    TGACCGCCGC CGTATTCGTA CTGTATCTTT TCrCGTTTAT ACCGATATTT
551    CGGGCGAATG CGTTTACAGA CGATCCGGAr TAr
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 846；ORF130>：
  1  ..LKECRLKDPV FIPNIVYKNI AITFLLLHAA AELWLPAQTA GFTALAVGFI
 51    LLAKLRELHH HELLRKHYVR TYYLLQLFAA AGSLWTGAAX LQNLPASAPL
101    HLITLGGMMG GVMMVWLTAG LWHSGFTKLD YPKLCRIAVP ILFAAAVSRA
151    FLXNVNPXFF ITVPAILTAA VFVLYLFXFI PIFRANAFTD DPE*
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 847>：
  1  ATGCGGCCGT TTTTCGTCGG CGCGGCGGTG CTTGCCATAC TCGGTGCGCT
 51  GGTGTTTTTC ATCAACCCCG GTGCCATCGT CCTGCACCGC CAAATTTTCT
101  TGGAACTTAT GCTGCCGGCG GCATACGGCG GTTTTTTGAC TGCGGCTTTG
151  TTGGACTGGA CGGGTTTTTC GGGTAACCTG AAACCTGTCG CGACTTTGAT
201  GGCGGCATTA TTGCTCGCCG CATCCGCTAT ACTGCCCTTT TCGCCGCAAA
 251  CTGCCTCGTT TTTCGTCGCC GCCTATTGGC TGGTGTTGCT GCTGTTCTGC
 301  GCCCGGCTGA TTTGGCTAGA CCGAAACACC GACAACTTCG CCCTGCTAAT
 351  GTTACTTGCC GCGTTCACTG TTTTTCAGAC GGCATATGCC GTCAGCGGCG
 401  ATTTGAACCT GTTGCGCGCG CAAGTGCATC TAAATATGGC GGCGGTGATG
 451  TTCGTATCCG TGCGCGTCAG TATTCTTTTG GGCGCGGAAG CCCTGAAAGA
 501  ATGCCGTCTG AAAGACCCTG TTTTTATTCC AAATATCGTT TATAAAAACA
 551  TCGCCATTAC TTTCCTGCTC TTGCACGCCG CCGCCGAACT TTGGCTGCCC
 601  GCGCAAACCG CCGGTTTTAC CGCGCTCGCC GTCGGCTTCA TCCTGCTCGC
 651  CAAGCTGCGT GAGCTTCACC ATCACGAACT CTTACGTAAA CACTACGTCC
 701  GCACTTATTA CCTGCTCCAA CTCTTTGCCG CCGCAGGCTA TTTGTGGACA
 751  GGCGCGGCGA AATTACAAAA CCTGCCCGCC TCCGCGCCCC TGCACCTGAT
 801  TACCCTCGGC GGCATGATGG GCGGCGTGAT GATGGTGTGG CTGACCGCCG
 851  GACTGTGGCA CAGCGGCTTT ACCAAACTCG ACTACCCCAA ACTCTGCCGC
 901  ATTGCCGTCC CCATCCTTTT CGCCGCCGCC GTCTCGCGCG CTTTCTTGAT
 951  GAACGTGAAC CCGATATTTT TCATTACCGT TCCTGCGATT CTGACCGCCG
1001  CCGTATTCGT ACTGTATCTT TTCACGTTTA TACCGATATT TCGGGCGAAT
1051  GCGTTTACAG ACGATCCGGA ATAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 848；ORF130-1>：
   1   MRPFFVGAAV LAILGALVFF INPGAIVLHR QIFLELMLPA AYGGFLTAAL
  51  LDWTGFSGNL KP VATLMAAL LLAASAILPF SPQT ASFFVA AYWLVLLLFC
 101  ARLIWLDRNT DNFA LLMLLA AFTVFQTAYA VSGDLNLLRA QVHLN MAAVM
 151  FVSVRVSILL GAEALKECRL KDPVFIPNIV YKN IAITFLL LHAAAELWLP
 201  AQ TAGFTALA VGFILLAKLR ELHHHELLRK HYVRTYYLLQ LFAAAGYLWT
 251  GAAKLQNLPA SAPLH LITLG GMMGGVMMVW LTAGLWHSGF TKLDYPKLCR
 301  IAVPILFAAA VSRAFLMNVN P IFFITVPAI LTAAVFVLYL FTFIPIFRAN
 351  AFTDDPE*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF130和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF130a)在193个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：
                                                  10        20        30
orf130.pep                                LKECRLKDPVFIPNIVYKNIAITFLLLHAA
                                          ||||||||||||||:|||||||||||||||
orf130a     LNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNVVYKNIAITFLLLHAA
               140    150    160    170    180    190
                    40        50        60        70        80        90
orf130.pep  AELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGSLWTGAAX
            |||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf130a     AELWLPAQTAGFTSLAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGYLWTGAAK
               200       210       220       230       240       250
                  100       110       120       130       140       150
orf130.pep  LQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCRIAVPILFAAAVSRA
            ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130a     LQNLPASAPLHLITLGGMMGSVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCRIAVPILFAAAVSRA
               260       270       280       290       300       310
                   160       170       180       190
orf130.pep  FLXNVNPXFFITVPAILTAAVFVLYLFXFIPIFRANAFTDDPEX
            | ||||| ||||||||||||||||||::|:||||||||||||||
orf130a     VLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLLTFVPIFRANAFTDDPEX
               320       330       340       350
全长ORF130a核苷酸序列<SEQ ID 849>是：
  1  ATGCGGCCGT TTTTCGTCGG CGCGGCGGTG CTTGCCATAC TCGGTGCGCT
 51  GGTGTTTTTC ATCAACCCCG GTGCCATCGT CCTGCACCGC CAAATTTTCT
 101  TGGAACTTAT GCTGCCGGCG GCATACGGCG GTTTTTTGAC TGCGGCTTTG
 151  TTGGACTGGA CGGGTTTTTC GGGTAACCTG AAACCTGTCG CGACTTTGAT
 201  GGCGGCATTA TTGCTCGCCG CATCCGCTAT ACTGCCCTTT TCGCCGCAAA
 251  CTGCCTCGTT TTTCGTCGCC GCCTATTGGC TGGTGTTGCT GCTGTTCTGC
 301  GCCCGGCTGA TTTGGCTAGA CCGAAACACC GACAACTTCG CCCTGCTAAT
 351  GTTACTTGCC GCGTTCACTG TTTTTCAGAC GGCATATGCC GTCAGCGGCG
 401  ATTTGAACCT GTTGCGCGCG CAAGTGCATC TAAATATGGC GGCGGTGATG
 451  TTCGTATCCG TGCGCGTCAG TATTCTTTTG GGCGCGGAAG CCCTGAAAGA
 501  ATGCCGTCTG AAAGACCCAG TATTCATCCC CAATGTCGTC TATAAAAACA
 551  TCGCCATTAC CTTCCTGCTC CTGCACGCCG CCGCCGAACT TTGGCTGCCT
 601  GCGCAAACCG CCGGTTTTAC CTCGCTCGCC GTCGGCTTTA TCCTGCTTGC
 651  CAAGCTGCGT GAGCTTCACC ATCACGAACT CCTGCGCAAA CACTACGTCC
 701  GCACTTATTA CCTGCTCCAA CTCTTTGCCG CCGCAGGCTA TTTGTGGACA
 751  GGCGCGGCGA AATTACAAAA CCTGCCCGCC TCCGCGCCCC TGCACCTGAT
 801  TACCCTCGGT GGCATGATGG GCAGCGTGAT GATGGTGTGG CTGACTGCCG
 851  GACTGTGGCA CAGCGGCTTT ACCAAGCTCG ACTACCCGAA ACTCTGCCGC
 901  ATCGCCGTCC CCATCCTNTT CGCCGCCGCC GTTTCGCGCG CTGTTTTAAT
 951  GAACGTAAAC CCGATATTCT TCATCACCGT CCCCGCAATT CTGACCGCCG
1001  CCGTGTTCGT GCTTTACCTG CTGACATTCG TACCGATCTT TCGGGCGAAC
1051  GCGTTTACAG ACGATCCGGA ATAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 850>：
   1   MRPFFVGAAV LAILGALVFF INPGAIVLHR QIFLELMLPA AYGGFLTAAL
  51  LDWTGFSGNL KP VATLMAAL LLAASAILPF SPQT ASFFVA AYWLVLLLFC
 101  ARLIWLDRNT DNFA LLMLLA AFTVFQTAYA VSGDLNLLRA QVHLN MAAVM
 151  FVSVRVSILL GAEALKECRL KDPVFIPNVV YKN IAITFLL LHAAAELWLP
 201  AQ TAGFTSLA VGFILLAKLR ELHHHELLRK HYVRTYYLLQ LFAAAGYLWT
 251  GAAKLQNLPA SAPLH LITLG GMMGSVMMVW LTAGLWHSGF TKLDYPKLCR
 301  IAVPILFAAA VSRAVLMNVN P IFFITVPAI LTAAVFVLYL LTFVPIFRAN
 351  AFTDDPE*
ORF130a和ORF130-1在357个氨基酸的重叠区内显示出有98.3％的相同性：
orf130a.pep  MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIVLHRQIFLELMLPAAYGGFLTAALLDWTGFSGNL
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130-1     MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIVLHRQIFLELMLPAAYGGFLTAALLDWTGFSGNL
orf130a.pep  KPVATLMAALLLAASAILPFSPQTASFFVAAYWLVLLLFCARLIWLDRNTDNFALLMLLA
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130-1     KPVATLMAALLLAASAILPFSPQTASFFVAAYWLVLLLFCARLIWLDRNTDNFALLMLLA
orf130a.pep  AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNVV
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
orf130-1     AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNIV
orf130a.pep  YKNIAITFLLLHAAAELWLPAQTAGFTSLAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
             |||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130-1     YKNIAITFLLLHAAAELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
orf130a.pep  LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMMGSVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf130-1     LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
orf130a.pep  IAVPILFAAAVSRAVLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLLTFVPIFRANAFTDDPE
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||
orf130-1     IAVPILFAAAVSRAFLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLFTFIPIFRANAFTDDPE
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF130和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF130ng)在193个氨基酸的重叠区内显示出有91.7％的相同性：
orf130.pep                                LKECRLKDPVFIPNIVYKNIAITFLLLHAA   30
                                          ||||||||||||||::||||||| ||||||
orf130ng    LNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSVLLGTETLKECRLKDPVFIPNVIYKNIAIT-LLLHAA  201
orf130.pep  AELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGSLWTGAAX   90
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf130ng    AELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQLFAAAGYLWTGAAK  261
orf130.pep  LQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCRIAVPILFAAAVSRA  150
            |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||:|||||
orf130ng    LQNLPASAPLHLITLGGMTGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCRIAVSILFASAVSRA  321
orf130.pep  FLXNVNPXFFITVPAILTAAVFVLYLFXFIPIFRANAFTDDPE  193
             | |||| |||||| |||||||:|||::|:|||||||||||||
orf130ng    VLMNVNPIFFITVPEILTAAVFMLYLLTFVPIFRANAFTDDPE  364
预计ORF130ng核苷酸序列<SEQ ID 851>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID852>：
   1  MNKFFTHPMR PFFVGAAVLA ILGALVFFHQ PRRYHPAPPN FLGTYAAGCI
  51  RRFFDYRFVG PDGFFRQPET CRYFDG GVVA CCGCFIAVFT ATCRIFRRRL
 101  LAGVAAVLRL ADLARRQHRT LRSVDVTAAF TVFQTAYAVS GDLNLLRAQV
 151  H LNMAAVMFV SVRVSVLLGT ETLKECRLKD P VFIPNVIYK NIAITLLLHA
 201  AAELWLPAQ T AGFTALAVGF ILLAKLRELH HHELLRKHYV RTYYLLQLFA
 251  AAGYLWTGAA KLQNLPASAP LHLITLGGMT GGVMMVWLTA GLWHSGFTKL
 301  DYPKLCR IAV SILFASAVSR AVLMNVNPIF FITVPE ILTA AVFMLYLLTF
 351  VPIFRANAFT DDPE*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 853>：
   1  ATGCGCCCGT TTTTCGTCGG TGCGGCAGTA CTTGCCATAC TCGGTGCGTT
  51  GGTGTTTTTT ATCAACCCCG GCGCTATCAT CCTGCACCGC CAAATTTTCT
 101  TGGAACTTAT GCTGCCGGCT GCATACGGCG GTTTTTTGAC TACCGCTTTG
 151  TTGGACCGGA CGGGTTTTTC AGGCAACCTG AAACCTGCCG CTACTTTGAT
 201  GGCGGTGTTG TTGCTTGTTG CGGCTGTTTT ATTGCCGTTT TTACCGCAAC
 251  TTGCCGCATT TTTCGTCGCC GCCTATTGGC TGGTGTTGCT GCTGTTCTGC
 301  GCCTGGCTGA TTTGGCTCGA CCGCAACACC GACAACTTCG CTCTGTTGAT
 351  GTTACTTGCC GCATTTACCG TTTTTCAGAC GGCCTATGCC GTCAGCGGCG
 401  ATTTGAACTT ACTGCGCGCG CAAGTGCATT TGAATATGGC GGCGGTCATG
 451  TTCGTATCCG TCCGCGTCAG CGTCCTTTTG GGCACGGAAA CCCTGAAAGA
 501  ATGCCGTCTG AAAGACCCCG TATTCATCCC CAACGTTATC TATAAAAACA
 551  TCGCCATCAC CCTGCTGCTG CACGCCGCCG CCGAACTTTG GCTGCCCGCG
 601  CAAACCGCCG GTTTTACTGC GCTTGCCGTC GGCTTCATCC TGCTCGCCAA
 651  GCTGCGCGAA CTGCACCATC ACGAACTCTT ACGCAAACAC TACGTCCGCA
 701  CTTATTACCT GCTCCAGCTC TTTGCCGCCG CAGGTTATCT GTGGACAGGC
 751  GCGGCGAAAC TGCAAAACCT GCCCGCCTCC GCGCCCCTGC ACCTGATTAC
 801  CCTCGGCGGC ATGACGGGTG GCGTGATGAT GGTGTGGCTG ACTGCCGGAC
 851  TGTGGCACAG CGGCTTTACC AAACTCGACT ACCCGAAACT CTGCCGCATC
 901  GCCGTCTCCA TCCTTTTCGC CTCCGCCGTT TCGCGCGCTG TTTTAATGAA
 951  CGTGAATCCG ATATTCTTCA TCACCGTTCC CGAGATTCTG ACCGCCGCCG
1001  TGTTCATGCT TTACCTGCTG ACGTTCGTAC CGATTTTTCG AGCGAACGCG
1051  TTTACAGACG ATCCGGAATA A
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 854；ORF130ng-1>：
   1  MRPF FVGAAV LAILGALVFF INPGAIILHR QIFLELMLPA AYGGFLTTAL
  51  LDRTGFSGNL KPAA TLMAVL LLVAAVLLPF LPQ LAAFFVA AYWLVLLLFC
 101  AWLIWLDRNT DNFA LLMLLA AFTVFQTAYA VSGDLNLLRA QVH LNMAAVM
 151  FVSVRVSVLL GTETLKECRL KDP VFIPNVI YKNIAITLLL HAAAELWLPA
 201  Q TAGFTALAV GFILLAKLRE LHHHELLRKH YVRTYYLLQL FAAAGYLWTG
 251  AAKLQNLPAS APLHLITLGG MTGGVMMVWL TAGLWHSGFT KLDYPKLCR I
 301  AVSILFASAV SRAVLMNVNP IFFITVPE IL TAAVFMLYLL TFVPIFRANA
 351  FTDDPE*
ORF130ng-1和ORF130-1在357个氨基酸的重叠区内显示出有92.4％的相同性：
orf130-1.pep  MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIVLHRQIFLELMLPAAYGGFLTAALLDWTGFSGNL
              ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||:||||||||||||
orf130ng-1    MRPFFVGAAVLAILGALVFFINPGAIILHRQIFLELMLPAAYGGFLTTALLDRTGFSGNL
orf130-1.pep  KPVATLMAALLLAASAILPFSPQTASFFVAAYWLVLLLFCARLIWLDRNTDNFALLMLLA
              ||:|||||:|||:|:::||| || |:||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf130ng-1    KPAATLMAVLLLVAAVLLPFLPQLAAFFVAAYWLVLLLFCAWLIWLDRNTDNFALLMLLA
orf130-1.pep  AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSILLGAEALKECRLKDPVFIPNIV
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:|:||||||||||||||::
orf130ng-1    AFTVFQTAYAVSGDLNLLRAQVHLNMAAVMFVSVRVSVLLGTETLKECRLKDPVFIPNVI
orf130-1.pep  YKNIAITFLLLHAAAELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
              ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf130ng-1    YKNIAIT-LLLHAAAELWLPAQTAGFTALAVGFILLAKLRELHHHELLRKHYVRTYYLLQ
orf130-1.pep  LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMMGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
              |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
orf130ng-1    LFAAAGYLWTGAAKLQNLPASAPLHLITLGGMTGGVMMVWLTAGLWHSGFTKLDYPKLCR
orf130-1.pep  IAVPILFAAAVSRAFLMNVNPIFFITVPAILTAAVFVLYLFTFIPIFRANAFTDDPEX
              ||| ||||:||||| ||||||||||||| |||||:|||:||:||||||||||||||||
orf130ng-1    IAVSILFASAVSRAVLMNVNPIFFITVPEILTAAVFMLYLLTFVPIFRANAFTDDPEX
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例101
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 855>：
  1  ATGGAAATTC GGGCAATAAA ATATACGGCA ATGGCTGCGT TGCTTGCATT
 51  TACGGTTGCA GGCTGCCGGC TGGCGGGGTG GTATGAGTGT TCGTCCCTCA
101  CCGGCTGGTG TAAGCCGAGA AAACCGGCTG CCATCGATTT TTGGGATATT
151  GGCGGCGAGA GTCCGCCGTC TTTAGGGGAC TACGAGATAC CGCTTTCAGA
201  CGGCAATAGT TCCGTCAGGG CAAACGAATA TGAATCCGCA CAACAATCTT
251  ACTTTTACAG GAAAATAGGG AAGTTTGAAG C.TGCGGGCT GGATTGGCGT
301  ACGCGTGACG GCAAACCTTT GATTGAGACG TTCAAACAGG GAGGATTTGA
351  CTGCTTGGAA AAG..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 856；ORF131>：
  1  MEIRAIKYTA MAALLAFTVA GCRLAGWYEC SSLTGWCKPR KPAAIDFWDI
 51  GGESPPSLGD YEIPLSDGNS SVRANEYESA QQSYFYRKIG KFEXCGLDWR
101  TRDGKPLIET FKQGGFDCLE K..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 857>：
  1  ATGGAAATTC GGGCAATAAA ATATACGGCA ATGGCTGCGT TGCTTGCATT
 51  TACGGTTGCA GGCTGCCGGC TGGCGGGGTG GTATGAGTGT TCGTCCCTCA
101  CCGGCTGGTG TAAGCCGAGA AAACCGGCTG CCATCGATTT TTGGGATATT
151  GGCGGCGAGA GTCCGCCGTC TTTAGGGGAC TACGAGATAC CGCTTTCAGA
201  CGGCAATCGT TCCGTCAGGG CAAACGAATA TGAATCCGCA CAACAATCTT
251  ACTTTTACAG GAAAATAGGG AAGTTTGAAG CCTGCGGGCT GGATTGGCGT
301  ACGCGTGACG GCAAACCTTT GATTGAGACG TTCAAACAGG GAGGATTTGA
351  CTGCTTGGAA AAGCAGGGGT TGCGGCGCAA CGGTCTGTCC GAGCGCGTCC
401  GATGGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 858；ORF131-1>：
  1  MEIRAIKYTA MAALLAFTVA GCRLAGWYEC SSLTGWCKPR KPAAIDFWDI
 51  GGESPPSLGD YEIPLSDGNR SVRANEYESA QQSYFYRKIG KFEACGLDWR
101  TRDGKPLIET FKQGGFDCLE KQGLRRNGLS ERVRW*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF131和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF131a)在121个氨基酸的重叠区内显示出有95.0％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf131.pep  MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLTGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLGD
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| |
orf131a     MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLED
                    10        20        30        40        50        60
                    70        80        90       100       110       120
orf131.pep  YEIPLSDGNSSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEXCGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE
            ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||:
orf131a     YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQEGFDCLK
                    70        80        90       100       110       120
orf131.pep  K
            |
orf131a     KQGLRRNGLSERVRWX
                   130
全长ORF131a核苷酸序列<SEQ ID 859>是：
  1  ATGGAAATTC GGGCAATAAA ATATACGGCA ATGGCTGCGT TGCTTGCATT
 51  TACGGTTGCA GGCTGCCGGT TGGCAGGTTG GTATGAGTGT TCGTCCCTGT
101  CCGGCTGGTG TAAGCCGAGA AAACCTGCCG CCATCGATTT TTGGGATATT
151  GGCGGCGAGA GTCCTCCGTC TTTAGAGGAC TACGAGATAC CGCTTTCAGA
201  CGGCAATCGT TCCGTCAGGG CAAACGAATA TGAATCCGCA CAACAATCTT
251  ACTTTTACAG GAAAATAGGG AAGTTTGAAG CCTGCGGGTT GGATTGGCGT
301  ACGCGTGACG GCAAACCTTT GATTGAGACG TTCAAACAGG AAGGTTTTGA
351  TTGTTTGAAA AAGCAGGGGT TGCGGCGCAA CGGTCTGTCC GAGCGCGTCC
401  GATGGTAA
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 860>：
  1  MEIRAIKYTA MAALLAFTVA GCRLAGWYEC SSLSGWCKPR KPAAIDFWDI
 51  GGESPPSLED YEIPLSDGNR SVRANEYESA QQSYFYRKIG KFEACGLDWR
101  TRDGKPLIET FKQEGFDCLK KQGLRRNGLS ERVRW*
ORF131a和ORF131-1在135个氨基酸的重叠区内显示出有97.0％的相同性：
orf131a.pep  MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLED
             |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||| |
orf131a.pep  YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQEGFDCLK
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||:
orf131-1     YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE
orf131a.pep  KQGLRRNGLSERVRWX
             ||||||||||||||||
orf131-1     KQGLRRNGLSERVRWX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF131和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF131ng)121个氨基酸的重叠区内显示出有89.3％的相同性：
orf131.pep  MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLTGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLGD   60
            ||||:||||| |||:||||||||||||||| ||:||||||||||||||||||||| || |
orf131ng    MEIRVIKYTATAALFAFFVAGCRLAGWYECLSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPLSLED   60
orf131.pep  YEIPLSDGNSSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEXCGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE  120
            ||||||||| |||||||||||:||||||||||| |||||||||||||:| ||| ||||||
orf131ng    YEIPLSDGNRSVRANEYESAQKSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLVERFKQEGFDCLE  120
orf131.pep  K                121
            |
orf131ng    KQGLRRNGLSERVRW  134
预计全长ORF131ng核苷酸序列<SEQ ID 861>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 862>：
  1  MEIRVIKYTA TAALFAFTVA GCRLAGWYEC LSLSGWCKPR KPAAIDFWDI
 51  GGESPLSLED YEIPLSDGNR SVRANEYESA QKSYFYRKIG KFEACGLDWR
101  TRDGKPLVER FKQEGFDCLE KQGLRRNGLS ERVRW*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 863>：
  1  ATGGAAATTC GGGTAATAAA ATATACGGCA ACGGCTGCGT TGTTTGCATT
 51  TACGGTTGCA GGCTGCCGGC TGGCGGGGTG GTATGAGTGT TCGTCCTTGT
101  CCGGCTGGTG TAAGCCGAGA AAACCTGCCG CCATCGATTT TTGGGATATT
151  GGCGGCGAGA GtccgctGTC TTTAGAGGAC TACGAGATAC CGCTTTCAGA
201  CGGCAATCGT TCCGTCAGGG CAAACGAATA TGAATCCGCG CAAAAATCTT
251  ACTTTTATAG GAAAATAGGG AAGTTTGAAG CCTGCGGGTT GGATTGGCGT
301  ACGCGTGACG GCAAACCTTT GGTTGAGAGG TTCAAACAGG AAGGTTTCGA
351  CTGTTTGGAA AAGCAGGGGT TGCGGCGCAA CGGCCTGTCC GAGCGCGTCC
401  GATGGTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 864；ORF131ng-1>：
  1  MEIRVIKYTA TAALFAFTVA GCRLAGWYEC SSLSGWCKPR KPAAIDFWDI
 51  GGESPLSLED YEIPLSDGNR SVRANEYESA QKSYFYRKIG KFEACGLDWR
101  TRDGKPLVER FKQEGFDCLE KQGLRRNGLS ERVRW*
ORF131ng-1和ORF131-1在135个氨基酸的重叠区内显示出有92.6％的相同性：
orf131ng-1.pep  MEIRVIKYTATAALFAFTVAGCRLAGWYECSSLSGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPLSLED
                ||||:||||| |||:||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||| || |
orf131-1        MEIRAIKYTAMAALLAFTVAGCRLAGWYECSSLTGWCKPRKPAAIDFWDIGGESPPSLGD
orf131ng-1.pep  YEIPLSDGNRSVRANEYESAQKSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLVERFKQEGFDCLE
                |||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||:| ||| ||||||
orf131-1        YEIPLSDGNRSVRANEYESAQQSYFYRKIGKFEACGLDWRTRDGKPLIETFKQGGFDCLE
orf131ng-1.pep  KQGLRRNGLSERVRWX
                ||||||||||||||||
orf131-1        KQGLRRNGLSERVRWX
根据存在预计的原核细胞膜脂蛋白脂质连接位点的结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的此蛋白质及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例102
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 865>
  1  ATGAAACACA TCCATATTAT CGGTATCGGC GGCACGTTTA TGGGCGGGCT
 51  TGCCGCCATT GCCAAAGAAG CGGGGTTTGA AGTCAGCGGT TGCGACGCGA
101  AGATGTATCC GCCGATGAGC ACCCAGCTCG AAGCCTTGGG TATAGACGTG
 151  TATGAAGGCT TCGATGCCGC TCAGTTGGAC GAATTTAAAG CCGACGTTTA
 201  CGTTATCGGC AATGTCGCCA AGCGCGGGAT GGATGTGGTT GAAGCGATTT
 251  TGAACCTCGG CCTGCCtTAT ATtTcCGGCC CGCAATGGCT GTCGGAAAAC
 301  GTGCTGCACC ATCATTGGGT ACTCGGTGTG GCGGGGACgC ACGGCAAAAC
 351  GACCACCGCC TCCATGCTCG CATGGGTCTT GGAATATgCC GGCCTCGCGC
 401  CGGGCTTCCT TATtGGCGGC GTACC.GGAA AATttCGGCG TTTCCGCCCG
 451  CCTGCCGCAA ACGCCGCGCC AAGACCCGAA CAGCCAATCG CCGTTTTTcG
 501  TCATCGAAGC CGACGAATAC GACACCGCCT TTtTCGACAA ACGTTCTAAA
 551  TtCGTGCATT ACCGTCCGCG TACCGCCGTG TTGAACAATC TGGAATTCGA
 601  CCACGCCGAC ATCTTTGCCG ACTTGGGCGC GATACAGACc CAGTTCCACT
 651  ACCTCGTGCG TACCGTGCCG TCTGAAGGCT TAATCGTCTG CAACGGACGG
 701  CAGCAAAGCC TGCAAGATAC TTTGGACAAA GGCTGCTGGA CGCCGGTGGA
 751  AAAATTCGGC ACGGAACACG GCTGGCA..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 866；ORF132>：
   1  MKHIHIIGIG GTFMGGLAAI AKEAGFEVSG CDAKMYPPMS TQLEALGIDV
  51  YEGFDAAQLD EFKADVYVIG NVAKRGMDVV EAILNLGLPY ISGPQWLSEN
 101  VLHHHWVLGV AGTHGKTTTA SMLAWVLEYA GLAPGFLIGG VXGKFRRFRP
 151  PAANAAPRPE QPIAVFRHRS RRIRHRLFRQ TFXIRALPSA YRRVEQSGIR
 201  PRRHLCRLGR DTDPVPLPRA YRAVXRLNRL QRTAAKPARY FGQRLLDAGG
 251  KIRHGTRLA..
进一步的工作揭示了完整的核苷酸序列<SEQ ID 867>：
   1  ATGAAACACA TCCATATTAT CGGTATCGGC GGCACGTTTA TGGGCGGGCT
  51  TGCCGCCATT GCCAAAGAAG CGGGGTTTGA AGTCAGCGGT TGCGACGCGA
 101  AGATGTATCC GCCGATGAGC ACCCAGCTCG AAGCCTTGGG TATAGACGTG
 151  TATGAAGGCT TCGATGCCGC TCAGTTGGAC GAATTTAAAG CCGACGTTTA
 201  CGTTATCGGC AATGTCGCCA AGCGCGGGAT GGATGTGGTT GAAGCGATTT
 251  TGAACCTCGG CCTGCCTTAT ATTTCCGGCC CGCAATGGCT GTCGGAAAAC
 301  GTGCTGCACC ATCATTGGGT ACTCGGTGTG GCGGGGACGC ACGGCAAAAC
 351  GACCACCGCC TCCATGCTCG CATGGGTCTT GGAATATGCC GGCCTCGCGC
 401  CGGGCTTCCT TATTGGCGGC GTACCGGAAA ATTTCGGCGT TTCCGCCCGC
 451  CTGCCGCAAA CGCCGCGCCA AGACCCGAAC AGCCAATCGC CGTTTTTCGT
 501  CATCGAAGCC GACGAATACG ACACCGCCTT TTTCGACAAA CGTTCTAAAT
 551  TCGTGCATTA CCGTCCGCGT ACCGCCGTGT TGAACAATCT GGAATTCGAC
 601  CACGCCGACA TCTTTGCCGA CTTGGGCGCG ATACAGACCC AGTTCCACTA
 651  CCTCGTGCGT ACCGTGCCGT CTGAAGGCTT AATCGTCTGC AACGGACGGC
 701  AGCAAAGCCT GCAAGATACT TTGGACAAAG GCTGCTGGAC GCCGGTGGAA
 751  AAATTCGGCA CGGAACACGG CTGGCAGGCC GGCGAAGCCA ATGCCGACGG
 801  CTCGTTCGAC GTGTTGCTCG ACGGCAAAAC CGCCGGACGC GTCAAATGGG
 851  ATTTGATGGG CAGGCACAAC CGCATGAACG CGCTCGCCGT CATTGCCGCC
 901  GCGCGTCATG TCGGTGTCGA TATTCAGACC GCCTGCGAAG CCTTGGGCGC
 951  GTTTAAAAAC GTCAAACGCC GGATGGAAAT CAAAGGCACG GCAAACGGCA
1001  TCACCGTTTA CGACGACTTC GCCCACCACC CGACCGCCAT CGAAACCACG
1051  ATTCAAGGTT TGCGCCAACG CGTCGGCGGC GCGCGCATCC TCGCCGTCCT
1101  CGAACCGCGT TCCAACACGA TGAAGCTGGG CACGATGAAG TCCGCCCTGC
1151  CTGTAAGCCT CAAAGAAGCC GACCAAGTGT TCTGCTACGC CGGCGGCGTG
1201  GACTGGGACG TCGCCGAAGC CCTCGCGCCT TTGGGCGGCA GGCTGAACGT
1251  CGGCAAAGAC TTCGATGCCT TCGTTGCCGA AATCGTGAAA AACGCCGAAG
1301  TAGGCGACCA TATTTTGGTG ATGAGCAACG GCGGTTTCGG CGGAATACAC
1351  GGAAAGCTGC TGGAAGCTTT GAGATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 868；ORF132-1>：
   1  MKHIHIIGIG GTFMGGLAAI AKEAGFEVSG CDAKMYPPMS TQLEALGIDV
  51  YEGFDAAQLD EFKADVYVIG NVAKRGMDVV EAILNLGLPY ISGPQWLSEN
 101  VLHHHWVLGV AGTHGKTTTA SMLAWVLEYA GLAPGFLIGG VPENFGVSAR
 151  LPQTPRQDPN SQSPFFVIEA DEYDTAFFDK RSKFVHYRPR TAVLNNLEFD
 201  HADIFADLGA IQTQFHYLVR TVPSEGLIVC NGRQQSLQDT LDKGCWTPVE
 251  KFGTEHGWQA GEANADGSFD VLLDGKTAGR VKWDLMGRHN RMNALAVIAA
 301  ARHVGVDIQT ACEALGAFKN VKRRMEIKGT ANGITVYDDF AHHPTAIETT
 351  IQGLRQRVGG ARILAVLEPR SNTMKLGTMK SALPVSLKEA DQVFCYAGGV
 401  DWDVAEALAP LGGRLNVGKD FDAFVAEIVK NAEVGDHILV MSNGGFGGIH
451  GKLLEALR*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与大肠杆菌的假设的o457蛋白(登录号为U14003)的同源性
ORF132和o457在140个氨基酸的重叠区内显示出有58％的氨基酸相同性：
Orf132：4   IHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLDEFK  63
            IHI+GI GTFMGGLA +A++ G EV+G DA +YPPMST LE  GI++ +G+DA+QL+  +
o457：3     IHILGICGTFMGGLAMLARQLGHEVTGSDANVYPPMSTLLEKQGIELIQGYDASQLEP-Q  61
Orf132：64  ADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTASML  123
             D+ +IGN   RG   VEA+L   +PY+SGPQWL + VL   WVL VAGTHGKTTTA M
o457：62    PDLVIIGNAMTRGNPCVEAVLEKNIPYMSGPQWLHDFVLRDRWVLAVAGTHGKTTTAGMA  121
Orf132：124 AWVLEYAGLAPGFLIGGVXG  143
             W+LE  G  PGF+IGGV G
o457：122   TWILEQCGYKPGFVIGGVPG  141
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF132和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF132a)在189个氨基酸的重叠区内显示出有74.6％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf132.pep   MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLD
             ||||||||||||||||:|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||:||||
orf132a      MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFEXSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVYEGFDTAQLD
                     10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf132.pep   EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA
             ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||:|| ||||| |||| ||||||||
orf132a      EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENXLHHHWXLGVAXTHGKTTTA
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160
orf132.pep   SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVXGKFR---RFRPPAANAAPRPEQPI----------AVFR
             |||||||||||||||||||||  :|    |: | :    |  ::|:          | |
orf132a      SMLAWVLEYAGLAPGFXIGGVPENFSVSARL-PQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFD
                    130       140       150       160       170
             170       180       190       200       210       220
orf132.pep   HRSRRIRHRLFRQTFXIRALPSAYRRVEQSGIRPRRHLCRLGRDTDPVPLPRAYRAVXRL
             :||: :::|
orf132a      KRSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQD
           180       190       200       210       220       230
全长ORF132a核苷酸序列<SEQ ID 869>是：
  1  ATGAAACACA TCCACATTAT CGGTATCGGC GGCACGTTTA TGGGTGGGAT
 51  TGCCGCCATT GCCAAAGAAG CAGGGTTTGA ANTCAGCGGT TGCGATGCGA
101  AGATGTATCC GCCGATGAGC ACCCAGCTCG AAGCCTTGGG CATAGGCGTG
151  TATGAAGGCT TCGACACCGC GCAGTTGGAC GAATTTAAAG CCGACGTTTA
201  CGTTATCGGC AATGTCGCCA AGCGCGGGAT GGATGTGGTT GAAGCGATTT
251  TGAACCGTGG GCTGCCTTAT ATTTCCGGCC CGCAATGGCT GGCTGAAAAC
301  NTGCTGCACC ATCATTGGNN ACTCGGCGTG GCGGNGACGC ACGGCAAAAC
351  GACCACCGCG TCTATGCTCG CGTGGGTTTT GGAATATGCC GGACTCGCAC
401  CGGGCTTCNT TATCGGCGGC GTACCGGAAA ACTTCAGCGT TTCCGCCCGC
451  CTGCCGCAAA CGCCGCGCCA AGACCCGAAC AGCCAATCGC CGTTTTTCGT
501  CATTGAAGCC GACGAATACG ACACCGCGTT TTTCGACAAA CGCTCCAAAT
551  TCGTGCATTA CCGTCCGCGT ACCGCCGTGT TGAACAATCT GGAATTCGAC
 601  CACGCCGACA TCTTCGCCGA TTTGGGCGCG ATACAGACCC AGTTCCACCA
 651  CCTCGTGCGT ACCGTGCCGT CTGAAGGCCT CATCGTCTGC AACGGACGGC
 701  AGCAAAGCCT GCAAGACACT TTGGACAAAG GCTGCTGGAC GCCGGTGGAA
 751  AAATTCGGCA CGGAACACGG CTGGCAGGCC GGCGAAGCCA ATGCCGATGG
 801  CTCGTTCGAC GTGTTGCTTG ACGGCAAAAA AGCCGGACAC GTCGCTTGGA
 851  GTTTGATGGG CGGACACAAC CGCATGAACG CGCTCGCNGT CATCGCCGCC
 901  GCGCGTCATG CCGGAGTNGA CATTCAGACG GCCTGCGAAG CCTTGAGCAC
 951  GTTTAAAAAC GTCAAACGCC GCATGGAAAT CAAAGGCACG GCAAACGGTA
1001  TCACCGTTTA CGACGACTTC GCCCACCATC CGACCGCTAT CGAAACCACG
1051  ATTCAAGGTT TGCGCCAGCG CGTCGGCGGC GCGCGCATCC TCGCCGTCCT
1101  CGAACCGCGT TCCAATACGA TGAAGCTGGG TACGATGAAA GCCGCCCTGC
1151  CCGCAAGCCT CAAAGAAGCC GACCAAGTGT TCTGNTACGC CGGCGGCGCG
1201  GACTGGGACG TTGCCGAAGC CCTCGCGCCT TTGGGCGGCA GGCTGCACGT
1251  CGGCAAAGAC TTCGATGCCT TCGTTGCCGA AATCGTGAAA AACGCCGAAG
1301  CAGGCGACCA TATTTTGGTG ATGAGCAACG GCGGTTTCGG CGGAATACAC
1351  ACCAAACTGC TGGACGCTTT GAGATAG
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 870>：
   1  MKHIHIIGIG GTFMGGIAAI AKEAGFEXSG CDAKMYPPMS TQLEALGIGV
  51  YEGFDTAQLD EFKADVYVIG NVAKRGMDVV EAILNRGLPY ISGPQWLAEN
 101  XLHHHWXLGV AXTHGKTTTA SMLAWVLEYA GLAPGFXIGG VPENFSVSAR
 151  LPQTPRQDPN SQSPFFVIEA DEYDTAFFDK RSKFVHYRPR TAVLNNLEFD
 201  HADIFADLGA IQTQFHHLVR TVPSEGLIVC NGRQQSLQDT LDKGCWTPVE
 251  KFGTEHGWQA GEANADGSFD VLLDGKKAGH VAWSLMGGHN RMNALAVIAA
 301  ARHAGVDIQT ACEALSTFKN VKRRMEIKGT ANGITVYDDF AHHPTAIETT
 351  IQGLRQRVGG ARILAVLEPR SNTMKLGTMK AALPASLKEA DQVFXYAGGA
 401  DWDVAEALAP LGGRLHVGKD FDAFVAEIVK NAEAGDHILV MSNGGFGGIH
 451  TKLLDALR*
ORF132a和ORF132-1在458个氨基酸的重叠区内显示出有93.9％的相同性：
orf132a.pep  MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFEXSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVYEGFDTAQLD
             |||||||||||||||||||:||||||| |||||||||||||||||||| ||||||:||||
orf132-1     MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLD
orf132a.pep  EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENXLHHHWXLGVAXTHGKTTTA
             ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||:|| ||||| |||||||||||||
orf132-1     EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA
orf132a.pep  SMLAWVLEYAGLAPGFXIGGVPENFSVSARLPQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFDK
             |||||||||||||||| ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf132-1     SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPENFGVSARLPQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFDK
orf132a.pep  RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQDT
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf132-1     RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHYLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQDT
orf132a.pep  LDKGCWTPVEKFGTEHGWQAGEANADGSFDVLLDGKKAGHVAWSLMGGHNRMNALAVIAA
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||:| |:||| ||||||||||||
orf132-1     LDKGCWTPVEKFGTEHGWQAGEANADGSFDVLLDGKTAGRVKWDLMGRHNRMNALAVIAA
orf132a.pep  ARHAGVDIQTACEALSTFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
             |||:|||||||||||::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf132-1     ARHVGVDIQTACEALGAFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
orf132a.pep  ARILAVLEPRSNTMKLGTMKAALPASLKEADQVFXYAGGADWDVAEALAPLGGRLHVGKD
             ||||||||||||||||||||:|||:||||||||| |:||||||||||||||||||:||||
orf132-1     ARILAVLEPRSNTMKLGTMKSALPVSLKEADQVFCYAGGVDWDVAEALAPLGGRLNVGKD
orf132a.pep  FDAFVAEIVKNAEAGDHILVMSNGGFGGIHTKLLDALRX
             |||||||||||:|||||||||||||||||| |||:||||
orf132-1     FDAFVAEIVKNAEVGDHILVMSNGGFGGIHGKLLEALRX
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF132和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF132ng)在259个氨基酸的重叠区内显示出有89.6％的相同性：
orf132.pep  MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLD  60
            ||||||||||||||||:|||||||||:||||||||||||||||||||| |:||||||||:
orf132ng    MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFKVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVHEGFDAAQLE  60
orf132.pep  EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA  120
            ||:||:|||||||:||||||||| |||||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf132ng    EFQADIYVIGNVARRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA  120
orf132.pep  SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVXGKFRRFRPPAANAAPRPEQPIAVFRHRSRRIRHRLFRQ  180
            ||||||||||||||||||||| |||||||||:|||| |||| ||||||||||||||||||
orf132ng    SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPGKFRRFRPPTANAASRPEQQIAVFRHRSRRIRHRLFRQ  180
orf132.pep  TFXIRALPSAYRRVEQSGIRPRRHLCRLGRDTDPVPLPRAYRAVXRLNRLQRTAAKPARY  240
            |: |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||:|:: | :||||||||||||
orf132ng    TLQIRALSPAYRRVEQSGIRPRRHLRRLGRDTDPVPPPRAHRTIRRPHRLQRTAAKPARY  240
orf132.pep  FGQRLLDAGGKIRHGTRLA    259
            |||||||||||||| ||||
orf132ng    FGQRLLDAGGKIRHRTRLADW  261
预计ORF132ng核苷酸序列<SEQ ID 871>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID872>：
  1  MKHIHIIGIG GTFMGGIAAI AKEAGFKVSG CDAKMYPPMS TQLEALGIGV
 51  HEGFDAAQLE EFQADIYVIG NVARRGMDVV EAILNRGLPY ISGPQWLAEN
101  VLHHHWVLGV AGTHGKTTTA SMLAWVLEYA GLAPGFLIGG VPGKFRRFRP
151  PTANAASRPE QQIAVFRHRS RRIRHRLFRQ TLQIRALSPA YRRVEQSGIR
201  PRRHLRRLGR DTDPVPPPRA HRTIRRPHRL QRTAAKPARY FGQRLLDAGG
251  KIRHRTRLAD W*
进一步的工作揭示了下列淋球菌DNA序列<SEQ ID 873>：
  1  ATGAAACACA TCCACATTAT CGGTATCGGC GGCACGTTTA TGGGCGGGAT
 51  TGCCGCCATT GCCAAAGAAG CCGGGTTCAA AGTCAGCGGT TGCGACGCGA
101  AGATGTATCC GCCGATGAGC ACCCAGCTCG AAGCCTTGGG CATAGGCGTA
151  CACGAAGGCT TCGATGCCGC GCAGTTGGAA GAATTTCAAG CCGATATTTA
201  CGTCATCGGC AATGTCGCCA GGCGCGGGAT GGATGTGGTC GAGGCGATTT
251  TGAACCGTGG GCTGCCTTAT ATTTCCGGCC CGCAATGGCT GGCTGAAAac
301  GTGCtgcacc atcaTTGGgt ACTCGGCGTG GcagggaCGC ACGGcaaAac
351  gaccaCcGcg tCCATGCTCG CCTGGGTCTT GGAATATGCC GGACTCGCGC
401  CGGGCTTCCT CATCGGCGGt gtaccggaAA ATTTCGGCGT TTCCGCCCGC
451  CTACCGCAAA CGCCGCGTCA AGACCCGAAC AGCAAATCGC CGTTTTTCGT
501  CATCGAAGCC GACGAATACG ACACCGCCTT TTTCGACAAA CGCTCCAAAT
551  TCGTGCATTA TCGCCCGCGT ACCGCCGTGT TGAACAATCT GGAATTCGAC
601  CACGCCGACA TCTTCGCCGA CTTGGGCGCG ATACAGACCC AGTTCCACCA
651  CCTCGTGCGC ACCGTACCAT CCGAAGGCCT CATCGTCTGC AACGGACAGC
701  AGCAAAGCCT GCAAGATACT TTGGACAAAG GCTGCTGGAC GCCGGTGGAA
751  AAATTCGGCA CCGGACACGG CTGGCAGATT GGTGAAGTCA ATGCCGACGG
801  CTCGTTCGAC GTATTGCTTG ACGGCAAAAA AGCCGGACAC GTCGCATGGG
851  ATTTGATGGG CGGACACAAC CGCATGAACG CGCTCGCCGT CATCGCTGCC
901  GCACGCCATG CCGGAGTCGA TGTTCAGACG GCCTGCGAAG CCTTGGGTGC
951  GTTTAAAAAC GTCAAACGCC GCATGGAAAT CAAAGGCACG GCAAACGGCA1001  TCACCGTTTA CGACGATTTC GCCCACCACC CGACCGCCAT CGAAACCACG1051  ATTCAAGGTT TGCGCCAACG TGTCGGCGGC GCGCGCATCC TCGCCGTCCT1101  CGAGCCGCGT TCCAACACCA TGAAACTCGG CACGATGAAG TCCGCCCTGC1151  CCGCAAGCCT CAAAGAAGCC GACCAAGTGT TCTGCTACGC CGGCGGCGCG
1201  GACTGGGACG TTGCCGAAGC CCTCGCGCCT TTGGGCTGCA GGCTGCGCGT
1251  CGGTAAAGAT TTCGATACCT TCGTTGCCGA AATTGTGAAA AACGCCCGAA
1301  CCGGCGACCA TATTTTGGTG ATGAGCAACG GCGGTTTCGG CGGAATACAC
1351  ACCAAACTGC TGGACGCTTT GAGATAG
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 874；ORF132ng-1>：
   1  MKHIHIIGIG GTFMGGIAAI AKEAGFKVSG CDAKMYPPMS TQLEALGIGV
  51  HEGFDAAQLE EFQADIYVIG NVARRGMDVV EAILNRGLPY ISGPQWLAEN
 101  VLHHHWVLGV AGTHGKTTTA SMLAWVLEYA GLAPGFLIGG VPENFGVSAR
 151  LPQTPRQDPN SKSPFFVIEA DEYDTAFFDK RSKFVHYRPR TAVLNNLEFD
 201  HADIFADLGA IQTQFHHLVR TVPSEGLIVC NGQQQSLQDT LDKGCWTPVE
 251  KFGTGHGWQI GEVNADGSFD VLLDGKKAGH VAWDLMGGHN RMNALAVIAA
 301  ARHAGVDVQT ACEALGAFKN VKRRMEIKGT ANGITVYDDF AHHPTAIETT
 351  IQGLRQRVGG ARILAVLEPR SNTMKLGTMK SALPASLKEA DQVFCYAGGA
 401  DWDVAEALAP LGCRLRVGKD FDTFVAEIVK NARTGDHILV MSNGGFGGIH
 451  TKLLDALR*
ORF132ng-1和ORF132-1在458个氨基酸的重叠区内显示出有93.2％的相同性：
orf132ng-1.pep  MKHIHIIGIGGTFMGGIAAIAKEAGFKVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVHEGFDAAQLE
                |||||||||||||||||||:||||||:||||||||||||||||||||| |:||||||||:
orf132-1        MKHIHIIGIGGTFMGGLAAIAKEAGFEVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIDVYEGFDAAQLD
orf132ng-1.pep  EFQADIYVIGNVARRGMDVVEAILNRGLPYISGPQWLAENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA
                ||:||:|||||||:||||||||||| |||||||||||:||||||||||||||||||||||
orf132-1        EFKADVYVIGNVAKRGMDVVEAILNLGLPYISGPQWLSENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTA
orf132ng-1.pep  SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPENFGVSARLPQTPRQDPNSKSPFFVIEADEYDTAFFDK
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||
orf132-1        SMLAWVLEYAGLAPGFLIGGVPENFGVSARLPQTPRQDPNSQSPFFVIEADEYDTAFFDK
orf132ng-1.pep  RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGQQQSLQDT
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:|||||||
orf132-1        RSKFVHYRPRTAVLNNLEFDHADIFADLGAIQTQFHYLVRTVPSEGLIVCNGRQQSLQDT
orf132ng-1.pep  LDKGCWTPVEKFGTGHGWQIGEVNADGSFDVLLDGKKAGHVAWDLMGGHNRMNALAVIAA
                |||||||||||||| |||| ||:||||||||||||| ||:| |||| |||||||||||||
orf132-1        LDKGCWTPVEKFGTEHGWQAGEANADGSFDVLLDGKTAGRVKWDLMGRHNRMNALAVIAA
orf132ng-1.pep  ARHAGVDVQTACEALGAFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
                |||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf132-1        ARHVGVDIQTACEALGAFKNVKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRVGG
orf132ng-1.pep  ARILAVLEPRSNTMKLGTMKSALPASLKEADQVFCYAGGADWDVAEALAPLGCRLRVGKD
                |||||||||||||||||||||:||||||||||||||:||||||||||||||| || ||||
orf132-1        ARILAVLEPRSNTMKLGTMKSALPVSLKEADQVFCYAGGVDWDVAEALAPLGGRLNVGKD
orf132ng-1.pep  FDTFVAEIVKNARTGDHILVMSNGGFGGIHTKLLDALRX
                ||:|||||||||::|||||||||||||||| |||:||||
orf132-1        FDAFVAEIVKNAEVGDHILVMSNGGFGGIHGKLLEALRX
另外，ORF132ng-1与一种假设的大肠杆菌蛋白同源：
pir||S56459假设蛋白o457-大肠杆菌＞gi|537075(U14003)
ORF_o457[大肠杆菌]＞gi|1790680(AE000494)fbp-pmba基因间区中的假设的48.5kD蛋白[大肠杆菌]长度＝457
评分＝474位(1207)，估计值＝e-133
相同性＝249/439(56％)，阳性＝294/439(66％)，空隙＝13/439(2％)
询问：22  KEAGFKVSGCDAKMYPPMSTQLEALGIGVHEGFDAAQLEEFQADIYVIGNVARRGMDVVE  81
           ++ G +V+G DA +YPPMST LE  GI + +G+DA+QLE  Q D+ +IGN   RG   VE
目标：21  RQLGHEVTGSDANVYPPMSTLLEKQGIELIQGYDASQLEP-QPDLVIIGNAMTRGNPCVE  79
询问：82  AILNRGLPYISGPQWLAENVLHHHWVLGVAGTHGKTTTASMLAWVLEYAGLAPGFLIGGV  141
           A+L + +PY+SGPQWL + VL   WVL VAGTHGKTTTA M  W+LE  G  PGF+IGGV
目标：80  AVLEKNIPYMSGPQWLHDFVLRDRWVLAVAGTHGKTTTAGMATWILEQCGYKPGFVIGGV  139
询问：142 PENFGVSARLPQTPRQDPNSKSPFFVIEADEYDTAFFDKRSKFVHYRPRTAVLNNLEFDH  201
           P NF VSA L          +S FFVIEADEYD AFFDKRSKFYHY PRT +LNNLEFDH
目标：140 PGNFEVSAHL---------GESDFFVIEADEYDCAFFDKRSKFVHYCPRTLILNNLEFDH  190
询问：202 ADIFADLGAIQTQFHHLVRTVPSEGLIVCNGQQQSLQDTLDKGCWTPVEKFGTGHGWQIG  261
           ADIF DL AIQ QFHHLVR VP +G I+      +L+ T+  GCW+  E  G    WQ
目标：191 ADIFDDLKAIQKQFHHLVRIVPGQGRIIWPENDINLKQTMAMGCWSEQELVGEQGHWQAK  250
询问：262 EVNADGS-FDVLLDGKKAGHVAWDLMGGHNRMNALAVIAAARHAGVDVQTACEALGAFKN  320
           ++  D S ++VLLDG+K G V W L+G HN  N L  IAAARH GV    A  ALG+F N
目标：251 KLTTDASEWEVLLDGEKVGEVKWSLVGEHNMHNGLMAIAAARHVGVAPADAANALGSFIN  310
询问：321 VKRRMEIKGTANGITVYDDFAHHPTAIETTIQGLRQRYGG-ARILAVLEPRSNTMKLGTM  379
            +RR+E++G ANG+TVYDDFAHHPTAI  T+  LR +VGG ARI+AVLEPRSNTMK+G
目标：311 ARRRLELRGEANGYTVYDDFAHHPTAILATLAALRGKVGGTARIIAVLEPRSNTMKMGIC  370
询问：380 KSALPASLKEADQVF-CYAGGADWDVAEALAPLGCRLRVGKDFDTFVAEIVKNARTGDHI  438
           K  L  SL  AD+VF        W VAE             D DT    +VK A+ GDHI
目标：371 KDDLAPSLGRADEVFLLQPAHIPWQVAEVAEACVQPAHWSGDVDTLADMVVKTAQPGDHI  430
询问：439 LVMSNGGFGGIHTKLLDAL  457
           LVMSNGGFGGIH KLLD L
目标：431 LVMSNGGFGGIHQKLLDGL  449
根据该分析结果，预计脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
如上所述，将ORF132-1(26.4kDa)克隆到pET和pGeX载体中并在大肠杆菌中表达。用SDS-PAGE分析蛋白表达和纯化的产物。图20A显示出His-融合蛋白亲和纯化的结果，图20B显示出GST-融合物在大肠杆菌中表达的结果。用纯化的His-融合蛋白免疫小鼠，将小鼠血清用于FACS分析(图20C)和ELISA(阳性结果)。这些实验确认ORF132是一种外露蛋白，且是一种有用的免疫原。
实施例103
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 875>
  1  ..CCGGGCTATT ACGGCTCGGA TGACGAATTT AAGCGGGCAT TCGGAGAAAA
 51    CTCGCCGACA TmCAAGAAAC ATTGCAACCG GAGCTGCGGG ATTTATGAAC
101    CCGTATTGAA AAAATACGGC AAAAAGCGCG CCAACAACCA TTCGGTCAGC
151    ATTAGTGCGG ACTTCGGCGA TTATTTCATG CCGTTCGCCA GCTATTCGCG
201    CACACACCGT ATGCCCAACA TCCAAGAAAT GTATTTTTCC CAAATCGGCG
251    ACTCCGGCGT TCACACCGCC TTAAAACCAG AGCGCGCAAA CACTTGGCAA
301    TTTGGCTTCr ATACCTATAA AAAAGGATTG TTAAAACAAG ATGATACATT
351    AGGATTAAAA CTGGTCGGCT ACCGCAGCCG CATCGACAAC TACATCCACA
401    ACGTTTACGG GAAATGGTGG GATTTGAACG GGGATATTCC GAGCTGGGTC
451    AGCAGCACCG GGCTTGCCTA CACCATCCAA CATCGCrATT TCAwAGACAA
501    AGTGCATCAA nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnTACGAT TATGGGCGTT
551    TTTTCACCAA CCTTTCTTAC GCCTATCAAA AAAGCACGCA ACCGACCAAC
601    TTCAGCGATG CGAGCGAATC GCCCAACAAT GCGTCCAAAG AAGACCAACT
651    CAAACAAGGT TATGGGTTGA GCAGGGTTTC CGCCCTGCCG CGAGATTACG
701    GACGTTTGGA AGTCGGTACG CGCTGGTTGG GCAACAAACT GACTTTGGGC
751    GGCGCGATGC GCTATTTCGG CAAGAGCATC CGCGCGACGG CTGAAGAACG
801    CTATATCGAC GGCACCAACG GGGGAAATAC CAGCAATTTC CGGCAACTGG
 851  GCAAGCGTTC CATCAAACAA ACCGAAACTC TTGCCCGCCA GCCTTTGATT
 901  TTwGATTTTa ACGCCGCTTA CGAGCCGAAG AAAAACCTTA TTTTCCGCGC
 951  CGAAGTCAAA AATCTGTTCG ACAGGCGTTA TATCGATCCG CTCGATGCGG
1001  GCAATGATGC GGCAAC.GAG CGTTATTACA GCTCGTTCGA CCCGAAAGAC
1051  AAGGACrrAG ACGTAACGTG TAATGCTGAT AAAACGTTGT GCaACGGCAA
1101  ATACGGCGGC ACAAGCAAAA GCGTATTGAC CAATTTTGCA CGCGGACGCA
1151  CCTTTTTgAT GACGATGAGC TACAAGTTTT AA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 876；ORF133>：
   1  ..PGYYGSDDEF KRAFGENSPT XKKHCNRSCG IYEPVLKKYG KKRANNHSVS
  51    ISADFGDYFM PFASYSRTHR MPNIQEMYFS QIGDSGVHTA LKPERANTWQ
 101    FGFXTYKKGL LKQDDTLGLK LVGYRSRIDN YIHNVYGKWW DLNGDIPSWV
 151    SSTGLAYTIQ HRXFXDKVHQ XXXXXXXXYD YGRFFTNLSY AYQKSTQPTN
 201    FSDASESPNN ASKEDQLKQG YGLSRVSALP RDYGRLEVGT RWLGNKLTLG
 251    GAMRYFGKSI RATAEERYID GTNGGNTSNF RQLGKRSIKQ TETLARQPLI
 301    XDFNAAYEPK KNLIFRAEVK NLFDRRYIDP LDAGNDAAXE RYYSSFDPKD
 351    KDXDVTCNAD KTLCNGKYGG TSKSVLTNFA RGRTFLMTMS YKF*
进一步的工作揭示了部分DNA序列<SEQ ID 877>：
   1  GAGGCGCAGA TACAGGTTTT GGAAGATGTG CACGTCAAGG CGAAGCGCGT
  51  ACCGAAAGAC AAAAAAGTGT TTACCGATGC GCGTGCCGTA TCGACCCGTC
 101  AGGATATATT CAAATCCAGC GAAAACCTCG ACAACATCGT ACGCAGCATC
 151  CCCGGTGCGT TTACACAGCA AGATAAAAGC TCGGGCATTG TGTCTTTGAA
 201  TATTCGCGGC GACAGCGGGT TCGGGCGGGT CAATACGATG GTGGACGGCA
 251  TCACGCAGAC CTTTTATTCG ACTTCTACCG ATGCGGGCAG GGCAGGCGGT
 301  TCATCTCAAT TCGGTGCATC TGTCGACAGC AATTTTATTG CCGGACTGGA
 351  TGTCGTCAAA GGCAGCTTCA GCGGCTCGGC AGGCATCAAC AGCCTTGCCG
 401  GTTCGGCGAA TCTGCGGACT TTAGGCGTGG ATGACGTCGT TCAGGGCAAT
 451  AATACCTACG GCCTGCTGCT AAAAGGTCTG ACCGGCACCA ATTCAACCAA
 501  AGGTAATGCG ATGGCGGCGA TAGGTGCGCG CAAATGGCTG GAAAGCGGAG
 551  CATCTGTCGG TGTGCTTTAC GGGCACAGCA GGCGCAGCGT GGCGCAAAAT
 601  TACCGCGTGG GCGGCGGCGG GCAGCACATC GGAAATTTTG GCGCGGAATA
 651  TTTGGAACGG CGCAAGCAGC GATATTTTGT ACAAGAGGGT GCTTTGAAAT
 701  TCAATTCCGA CAGCGGAAAA TGGGAGCGGG ATTTACAAAG GCAACAGTGG
 751  AAATACAAGC CGTATAAAAA TTACAACAAC CAAGAACTAC AaAAATACAT
 801  CGAAGAGCAT GACAAAAGCT GGCGGGAAAA CCTg.CaCCG CAATACGACA
 851  TTACCCCCAT CGATCCGTCC AGCCTGAAGC AGCAGTCGGC AGGCAATCTG
 901  TTTAAATTGG AATACGACGG CGTATTCAAT AAATACACGG CGCAATTTCG
 951  CGATTTAAAC ACCAAAATCG GCAGCCGCAA AATCATCAAC CGCAATTATC
1001  AGTTCAATTA CGGTTTGTCT TTGAACCCGT ATACCAACCT CAATCTGACC
1051  GCAGCCTACA ATTCGGGCAG GCAGAAATAT CCGAAAGGGT CGAAGTTTAC
1101  AGGCTGGGGG CTTTTAAAGG ATTTTGAAAC CTACAACAAC GCGAAAATCC
1151  TCGACCTCAA CAACACCGCC ACCTTCCGGC TGCCCCGCGA AACCGAGTTG
1201  CAAACCACTT TGGGCTTCAA TTATTTCCAC AACGAATACG GCAAAAACCG
1251  CTTTCCTGAA GAATTGGGGC TGTTTTTCGA CGGTCCTGAT CAGGACAACG
1301  GGCTTTATTC CTATTTGGGG CGGTTTAAGG GCGATAAAGG GCTGCTGCCC
1351  CAAAAATCAA CCATTGTCCA ACCGGCCGGC AGCCAATATT TCAACACGTT
1401  CTACTTCGAT GCCGCGCTCA AAAAAGACAT TTACCGCTTA AACTACAGCA
1451  CCAATACCGT CGGCTACCGT TTCGGCGGCG AATATACGGG CTATTACGGC
1501  TCGGATGACG AATTTAAGCG GGCATTCGGA GAAAACTCGC CGACATACAA
1551  GAAACATTGC AACCGGAGCT GCGGGATTTA TGAACCCGTA TTGAAAAAAT
1601  ACGGCAAAAA GCGCGCCAAC AACCATTCGG TCAGCATTAG TGCGGACTTC
1651  GGCGATTATT TCATGCCGTT CGCCAGCTAT TCGCGCACAC ACCGTATGCC
1701  CAACATCCAA GAAATGTATT TTTCCCAAAT CGGCGACTCC GGCGTTCACA
1751  CCGCCTTAAA ACCAGAGCGC GCAAACACTT GGCAATTTGG CTTCAATACC
1801  TATAAAAAAG GATTGTTAAA ACAAGATGAT ACATTAGGAT TAAAACTGGT
1851  CGGCTACCGC AGCCGCATCG ACAACTACAT CCACAACGTT TACGGGAAAT
1901  GGTGGGATTT GAACGGGGAT ATTCCGAGCT GGGTCAGCAG CACCGGGCTT
1951  GCCTACACCA TCCAACATCG CAATTTCAAA GACAAAGTGC ACAAACACGG
2001  TTTTGAGTTG GAGCTGAATT ACGATTATGG GCGTTTTTTC ACCAACCTTT
2051  CTTACGCCTA TCAAAAAAGC ACGCAACCGA CCAACTTCAG CGATGCGAGC
2101  GAATCGCCCA ACAATGCGTC CAAAGAAGAC CAACTCAAAC AAGGTTATGG
2151  GTTGAGCAGG GTTTCCGCCC TGCCGCGAGA TTACGGACGT TTGGAAGTCG
2201  GTACGCGCTG GTTGGGCAAC AAACTGACTT TGGGCGGCGC GATGCGCTAT
2251  TTCGGCAAGA GCATCCGCGC GACGGCTGAA GAACGCTATA TCGACGGCAC
2301  CAACGGGGGA AATACCAGCA ATTTCCGGCA ACTGGGCAAG CGTTCCATCA
2351  AACAAACCGA AACTCTTGCC CGCCAGCCTT TGATTTTTGA TTTTTACGCC
2401  GCTTACGAGC CGAAGAAAAA CCTTATTTTC CGCGCCGAAG TCAAAAATCT
2451  GTTCGACAGG CGTTATATCG ATCCGCTCGA TGCGGGCAAT GATGCGGCAA
2501  CGCAGCGTTA TTACAGCTCG TTCGACCCGA AAGACAAGGA CGAAGACGTA
2551  ACGTGTAATG CTGATAAAAC GTTGTGCAAC GGCAAATACG GCGGCACAAG
2601  CAAAAGCGTA TTGACCAATT TTGCACGCGG ACGCACCTTT TTGATGACGA
2651  TGAGCTACAA GTTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 878；ORF133-1>：
   1  EAQIQVLEDV HVKAKRVPKD KKVFTDARAV STRQDIFKSS ENLDNIVRSI
  51  PGAFTQQDKS SGIVSLNIRG DSGFGRVNTM VDGITQTFYS TSTDAGRAGG
 101  SSQFGASVDS NFIAGLDVVK GSFSGSAGIN SLAGSANLRT LGVDDVVQGN
 151  NTYGLLLKGL TGTNSTKGNA MAAIGARKWL ESGASVGVLY GHSRRSVAQN
 201  YRVGGGGQHI GNFGAEYLER RKQRYFVQEG ALKFNSDSGK WERDLQRQQW
 251  KYKPYKNYNN QELQKYIEEH DKSWRENLXP QYDITPIDPS SLKQQSAGNL
 301  FKLEYDGVFN KYTAQFRDLN TKIGSRKIIN RNYQFNYGLS LNPYTNLNLT
 351  AAYNSGRQKY PKGSKFTGWG LLKDFETYNN AKILDLNNTA TFRLPRETEL
 401  QTTLGFNYFH NEYGKNRFPE ELGLFFDGPD QDNGLYSYLG RFKGDKGLLP
 451  QKSTIVQPAG SQYFNTFYFD AALKKDIYRL NYSTNTVGYR FGGEYTGYYG
 501  SDDEFKRAFG ENSPTYKKHC NRSCGIYEPV LKKYGKKRAN NHSVSISADF
 551  GDYFMPFASY SRTHRMPNIQ EMYFSQIGDS GVHTALKPER ANTWQFGFNT
 601  YKKGLLKQDD TLGLKLVGYR SRIDNYIHNV YGKWWDLNGD IPSWVSSTGL
 651  AYTIQHRNFK DKVHKHGFEL ELNYDYGRFF TNLSYAYQKS TQPTNFSDAS
 701  ESPNNASKED QLKQGYGLSR VSALPRDYGR LEVGTRWLGN KLTLGGAMRY
 751  FGKSIRATAE ERYIDGTNGG NTSNFRQLGK RSIKQTETLA RQPLIFDFYA
 801  AYEPKKNLIF RAEVKNLFDR RYIDPLDAGN DAATQRYYSS FDPKDKDEDV
 851  TCNADKTLCN GKYGGTSKSV LTNFARGRTF LMTMSYKF*
该氨基酸序列的计算机分析给出了下列结果：
与流感嗜血菌的可能的TonB依赖性受体HI121(登录号为U32801)的同源性
ORF133和HI121在363个氨基酸的重叠区内显示出有57％的氨基酸相同性：
Orf133：31  IYEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTA  90
            I EP+L K G K+A NHS ++SA+  DYFMPF +YSRTHRMPNIQEM+FSQ+ ++GV+TA
HI121： 563 INEPILHKSGHKKAFNHSATLSAELSDYFMPFFTYSRTHRMPNIQEMFFSQVSNAGVNTA  622
0rf133：91  LKPERANTWQFGFXTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWV  150
            LKPE+++T+Q GF TYKKGL  QDD LG+KLVGYRS I NYIHNVYG WW     +P+W
HI121： 623 LKPEQSDTYQLGFNTYKKGLFTQDDVLGVKLVGYRSFIKNYIHNVYGVWW--RDGMPTWA  680
Orf133：151 SSTGLAYTIQHRXFXDKVHXXXXXXXXXYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNN  210
            S  G  YTI H+ +   V          YD GRFF N+SYAYQ++ QPTN++DAS  PNN
HI121： 681 ESNGFKYTIAHQNYKPIVKKSGYELEINYDMGRFFANVSYAYQRTNQPTNYADASPRPNN  740
Orf133：211 ASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYID  270
            AS+ED LKQGYGLSRVS LP+DYGRLE+GTRW   KLTLG A RY+GKS RAT EE YI+
HI121： 741 ASQEDILKQGYGLSRVSMLPKDYGRLELGTRWFDQKLTLGLAARYYGKSKRATIEEEYIN  800
Orf133：271 GTNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIXDFNAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDP  330
            G+     +  R+    ++K+TE + +QP+I D + +YEP K+LI +AEV+NL D+RY+DP
HI121：801  GSR-FKKNTLRRENYYAVKKTEDIKKQPIILDLHVSYEPIKDLIIKAEVQNLLDKRYVDP  859
Orf133：331 LDAGNDAAXERYYSSFDPKDKDXDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMS  390
            LDAGNDAA +RYYSS      +  + C  D + C    GG+ K+VL NFARGRT++++++
HI121：860  LDAGNDAASQRYYSSL-----NNSIECAQDSSAC----GGSDKTVLYNFARGRTYILSLN  910
Orf133：391 YKF  393
            YKF
HI121：911  YKF  913
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF133和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF133a)在392个氨基酸的重叠区内显示出有90.8％的相同性：
                                                  10        20        30
orf133.pep                                PGYYGSDDEFKRAFGENSPTXKKHCNRSCGI
                                          |||| ||||||||||||||| |||||:||||
orf133a     FYFDAALKKDIYRLNYSTNTVGYRFGGXYTGYYXSDDEFKRAFGENSPTYXKHCNQSCGI
          450       460       470       480       490       500
                   40        50        60        70        80        90
orf133.pep  YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133a     YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL
          510       520       530       540       550       560
                  100       110       120       130       140       150
orf133.pep  KPERANTWQFGFXTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVS
            |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||:||||||
orf133a     KPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDXYIHNVYGKWWDLNGNIPSWVS
          570       580       590       600       610       620
                  160       170       180       190       200       210
orf133.pep  STGLAYTIQHRXFXDKVHQXXXXXXXXYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA
            ||||||||||| | ||||:        ||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf133a     STGLAYTIQHRNFKDKVHKHGFELELNYDYXRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA
          630       640       650      660       670       680
                  220       230       240       250       260       270
orf133.pep  SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDG
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133a     SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDX
          690       700       710       720       730       740
                  280       290       300       310       320       330
orf133.pep  TNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIXDFNAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPL
            |||  |||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||
orf133a     TNGXXTSNFRQLGKRSIXQTETLARQPLIFDXYAAYEPKKXLIFRAEVKNLFDRRYIDPL
          750       760       770       780       790       800
                  340       350       360       370       380       390
orf133.pep  DAGNDAAXERYYSSFDPKDKDXDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSY
            |||||||::|||||||||||| :|||| |:||||||||||||||||||||| |||:||||
orf133a     DAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEEVTCNDDNTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGXTFLITMSY
          810       820       830       840       850       860
orf133.pep  KFX
            |||
orf133a     KFX
         870
一部分ORF133a核苷酸序列<SEQ ID 879>是：
  1  AAAGACAAAA AAGTGTTTAC CGATGCGCGT GCCGTATCGA CCCGTCAGGA
 51  TATATTCAAA TCCANCGAAA ACCTCGACAA CATCGTACGC ANCATCCCCG
101  GTGCGTTTAC ACANCAANAT AAAAGCTCGG GCNTTGTGTC TTTGAATATT
 151  CGCNGCGACA GCGGGTTCGG GCGGGTCAAT ACNATGGTNG ACGGCATCAC
 201  NCANACCTTT TATTCGACTT CTACCGATGC GGGCAGGGCA GGCGGTTCAT
 251  CTCAATTCGG TGCATCTGTC GACAGCAATT TTATNGCCGG ACTGGATGTC
 301  GTCAAAGGCA GCTTCAGCGG CTCGGCAGGC ATCAACAGCC TTGCCGGTTC
 351  GGCGAATCTG CGGACTTTAN GCGTGGATGA TGTCGTTCAG GGCAATANTA
 401  CNTACGGCCT GCTGCTAAAA GGTCTGACCG GCACCAATTC AACCAAAGGT
 451  AATGCGATGG CGGCGATAGG TGCGCGCAAA TGGCTGGAAA GCGGAGCATC
 501  TGTCGGTGTG CTTTACGGGC ACAGCAGGCG CAGCGTGGCG CAAAATTACC
 551  GCGTGGGCGG CGGCGGGCAG CACATCGGAA ATTTTGGCGC GGAATATCTG
 601  GAACGACGCA AGCAACGATA TTTTGAGCAA GAAGGCGGGT TGAAATTCAA
 651  TTCCAACAGC GGAAAATGGG AGCGGGATTT CCAAAAGTCG TACTGGAAAA
 701  CCAAGTGGTA TCAAAAATAC GATGCCCCCC AAGAACTGCA AAAATACATC
 751  GAAGGTCATG ATAAAAGCTG GCGGGAAAAC CTGGCGCCGC AATACGACAT
 801  CACCCCCATC GATCCGTCCA GCCTGAAGCN GCAGTCGGCA GGCAACCTGT
 851  TTAAATTGGA ATACGACGGC GTATTCAATA AATACACGGC GCAATTTCGC
 901  GATTTAAACA CCAAAATCGG CAGCCGCAAA ATCATCAACC GCAATTATCA
 951  ATTCAATTAC GGTTTGTCTT TGAACCCGTA TACCAACCTC AATCTGACCG
1001  CAGCCTACAA TTCGGGCAGG CAGAAATATC CGAAAGGGTC GAAGTTTACA
1051  GGCTGGGGGC TTTTNAAAGA TTTTGAAACC TACAACAACG CAAAAATCCT
1101  CGACCTCANC AACACCTCCA CCTTCCGGCT GCCCCGTGAA ACCGAGTTGC
1151  AAACCACTTT GGGCTTCAAT TATTTCCACA ACGAATACGG CAAAAACCGC
1201  TTTCCTGAAG AATTGGGGCT GTTTTTCGAC GGTCCGGATC ANGACAACGG
1251  GCTTTATTCC TATTTGGGGC GGTTTAAGGG CGATAAAGGG CTGCTGCCCC
1301  AAAAATCAAC CATTGTCCAA CCGGCCGGCA GCCAATATTT CAACACGTTC
1351  TACTTCGATG CCGCGCTCAA AAAAGACATT TACCGCTTAA ACTACAGCAC
1401  CAATACCGTC GGCTACCGTT TCGGCGGCNA ATATACGGGC TATTACNGCT
1451  CGGATGACGA ATTTAAGCGG GCATTCGGAG AAAACTCGCC GACATACANG
1501  AAACATTGCA ACCAGAGCTG CGGAATTTAT GAACCCGTAT TGAAAAAATA
1551  CGGCAAAAAG CGCGCCAACA ACCATTCGGT CAGCATTAGT GCGGACTTCG
1601  GCGATTATTT CATGCCGTTC GCCAGCTATT CGCGCACACA CCGTATGCCC
1651  AACATCCAAG AAATGTATTT TTCCCAAATC GGCGACTCCG GCGTTCACAC
1701  CGCCTTAAAA CCAGAGCGCG CAAACACTTG GCAATTTGGC TTCAATACCT
1751  ATAAAAAAGG ATTGTTAAAA CAAGATGATA TATTAGGATT AAAACTGGTC
1801  GGCTACCGCA GCCGCATCGA CNACTACATC CACAACGTTT ACGGGAAATG
1851  GTGGGATTTG AACGGGAATA TTCCGAGCTG GGTCAGCAGC ACCGGGCTTG
1901  CCTACACCAT CCAACACCGC AATTTCAAAG ACAAAGTGCA CAAACACGGT
1951  TTTGAGTTGG AGCTGAATTA CGATTATNGG CGTTTTTTCA CCAACCTTTC
2001  TTACGCCTAT CAAAAAAGCA CGCAACCGAC CAACTTCAGC GATGCGAGCG
2051  AATCGCCCAA CAATGCGTCC AAAGAAGACC AACTCAAACA AGGTTATGGG
2101  TTGAGCAGGG TTTCCGCCCT GCCGCGAGAT TACGGACGTT TGGAAGTCGG
2151  TACGCGCTGG TTGGGCAACA AACTGACTTT GGGCGGCGCG ATGCGCTATT
2201  TCGGCAAGAG CATCCGCGCG ACGGCTGAAG AACGCTATAT CGACGNCACC
2251  AATGGGGNAN NTACCAGCAA TTTCCGGCAA CTGGGCAAGC GTTCCATCAN
2301  ACAAACCGAA ACCCTTGCCC GCCAGCCTTT GATTTTTGAT TTNTACGCCG
2351  CTTACGAGCC GAAGAAAAAN CTTATTTTCC GCGCCGAAGT CAAAAATCTG
2401  TTCGACAGGC GTTATATCGA TCCGCTCGAT GCGGGCAATG ATGCGGCAAC
2451  GCAGCGTTAT TACAGTTCGT TCGACCCGAA AGACAAGGAC GAAGAAGTAA
2501  CGTGTAATGA TGATAACACG TTATGCAACG GCAAATACGG CGGCACAAGC
2551  AAAAGCGTAT TGACCAATTT TGCACGCGGA CNCACCTTTT TGATAACGAT
2601  GAGCTACAAG TTTTAA
它编码的蛋白质具有(部分)氨基酸序列<SEQ ID 880>：
   1  KDKKVFTDAR AVSTRQDIFK SXENLDNIVR XIPGAFTXQX KSSGXVSLNI
  51  RXDSGFGRVN TMVDGITXTF YSTSTDAGRA GGSSQFGASV DSNFXAGLDV
 101  VKGSFSGSAG INSLAGSANL RTLXVDDVVQ GNXTYGLLLK GLTGTNSTKG
 151  NAMAAIGARK WLESGASVGV LYGHSRRSVA QNYRVGGGGQ HIGNFGAEYL
 201  ERRKQRYFEQ EGGLKFNSNS GKWERDFQKS YWKTKWYQKY DAPQELQKYI
 251  EGHDKSWREN LAPQYDITPI DPSSLKXQSA GNLFKLEYDG VFNKYTAQFR
 301  DLNTKIGSRK IINRNYQFNY GLSLNPYTNL NLTAAYNSGR QKYPKGSKFT
 351  GWGLXKDFET YNNAKILDLX NTSTFRLPRE TELQTTLGFN YFHNEYGKNR
 401  FPEELGLFFD GPDXDNGLYS YLGRFKGDKG LLPQKSTIVQ PAGSQYFNTF
451  YFDAALKKDI YRLNYSTNTV GYRFGGXYTG YYXSDDEFKR AFGENSPTYX
501  KHCNQSCGIY EPVLKKYGKK RANNHSVSIS ADFGDYFMPF ASYSRTHRMP
551  NIQEMYFSQI GDSGVHTALK PERANTWQFG FNTYKKGLLK QDDILGLKLV
601  GYRSRIDXYI HNVYGKWWDL NGNIPSWVSS TGLAYTIQHR NFKDKVHKHG
651  FELELNYDYX RFFTNLSYAY QKSTQPTNFS DASESPNNAS KEDQLKQGYG
701  LSRVSALPRD YGRLEVGTRW LGNKLTLGGA MRYFGKSIRA TAEERYIDXT
751  NGXXTSNFRQ LGKRSIXQTE TLARQPLIFD XYAAYEPKKX LIFRAEVKNL
801  FDRRYIDPLD AGNDAATQRY YSSFDPKDKD EEVTCNDDNT LCNGKYGGTS
851  KSVLTNFARG XTFLITMSYK F*
ORF133a和ORF133-1在871个氨基酸的重叠区内显示出有94.3％的相同性：
                                       10        20        30        40
orf133a.pep                    KDKKVFTDARAVSTRQDIFKSXENLDNIVRXIPGAFTXQXKS
                               ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||
orf133-1     EAQIQVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAVSTRQDIFKSSENLDNIVRSIPGAFTQQDKS
                     10        20        30        40        50        60
                   50        60        70        80        90       100
orf133a.pep  SGXVSLNIRXDSGFGRVNTMVDGITXTFYSTSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFXAGLDVVK
             || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
orf133-1     SGIVSLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYSTSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVK
                     70        80        90       100       110       120
                  110       120       130       140       150       160
orf133a.pep  GSFSGSAGINSLAGSANLRTLXYDDYVQGNXTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWL
             ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1     GSFSGSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQGNNTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWL
                    130       140       150       160       170       180
                  170       180       190       200       210       220
orf133a.pep  ESGASVGVLYGHSRRSVAQNYRVGGGGQHIGNFGAEYLERRKQRYFEQEGGLKFNSNSGK
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||:|||||:|||
orf133-1     ESGASVGVLYGHSRRSVAQNYRVGGGGQHIGNFGAEYLERRKQRYFVQEGALKFNSDSGK
                    190       200       210       220       230       240
                  230       240       250       260       270       280
orf133a.pep  WERDFQKSYWKTKWYQKYDAPQELQKYIEGHDKSWRENLAPQYDITPIDPSSLKXQSAGN
             ||||:|:: || | |::|:  |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||
orf133-1     WERDLQRQQWKYKPYKNYNN-QELQKYIEEHDKSWRENLXPQYDITPIDPSSLKQQSAGN
                    250       260       270       280       290
                 290       300       310       320       330       340
orf133a.pep  LFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTKIGSRKIINRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQK
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1     LFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTKIGSRKIINRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQK
           300       310       320       330       340       350
                   350       360       370       380       390       400
orf133a.pep  YPKGSKFTGWGLXKDFETYNNAKILDLXNTSTFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFP
             |||||||||||| |||||||||||||| ||:|||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1     YPKGSKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNTATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFP
           360       370       380       390       400       410
                  410       420       430       440       450       460
orf133a.pep  EELGLFFDGPDXDNGLYSYLGRFKGDKGLLPQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYR
             ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1     EELGLFFDGPDQDNGLYSYLGRFKGDKGLLPQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYR
           420       430       440       450       460       470
                  470       480       490       500       510       520
orf133a.pep  LNYSTNTVGYRFGGXYTGYYXSDDEFKRAFGENSPTYXKHCNQSCGIYEPVLKKYGKKRA
             |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||:|||||||||||||||||
orf133-1     LNYSTNTVGYRFGGEYTGYYGSDDEFKRAFGENSPTYKKHCNRSCGIYEPVLKKYGKKRA
           480       490       500       510       520       530
                  530       540       550       560       570       580
orf133a.pep  NNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFN
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1     NNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFN
           540       550       560       570       580       590
                    590       600       610       620       630       640
orf133a.pep  TYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDXYIHNVYGKWWDLNGNIPSWVSSTGLAYTIQHRNF
             ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||:|||||||||||||||||||||
orf133-1     TYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVSSTGLAYTIQHRNF
           600       610       620       630       640       650
                  650       660       670       680       690       700
orf133a.pep  KDKVHKHGFELELNYDYXRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLS
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1     KDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLS
           660       670       680       690       700       710
                  710       720       730       740       750       760
orf133a.pep  RVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDXTNGXXTSNFRQLG
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||
orf133-1     RVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNFRQLG
           720       730       740       750       760       770
                  770       780       790       800       810       820
orf133a.pep  KRSIXQTETLARQPLIFDXYAAYEPKKXLIFRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYS
             |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1     KRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYS
           780       790       800       810       820       830
                  830       840       850       860       870
orf133a.pep  SFDPKDKDEEVTCNDDNTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGXTFLITMSYKFX
             |||||||||:|||| |:||||||||||||||||||||| |||:|||||||
orf133-1     SFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSYKFX
           840       850       860       870       880
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF133和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF133ng)在392个氨基酸的重叠区内显示出有92.3％的相同性：
orf133.pep                               PGYYGSDDEFKRAFGENSPTXKKHCNRSCGI  31
                                          |||||::|||||||||||: |:||:|||:
orf133ng    FYFDAALKKDIYRLNYSTNAINYRFGGEYTGYYGSENEFKRAFGENSPAYKEHCDPSCGL  560
orf133.pep  YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL  91
            ||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    YEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFAGYSRTHRMPNIQEMYFSQIGDSGVHTAL  620
orf133.pep  KPERANTWQFGFXTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVS  151
            |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||:
orf133ng    KPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDNYIHNVYGKWWDLNGDIPSWVG  680
orf133.pep  STGLAYTIQHRXFXDKVHQXXXXXXXXYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA  211
            ||||||||:|| | ||||:        |||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    STGLAYTIRHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQKSTQPTNFSDASESPNNA  740
orf133.pep  SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDG  271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    SKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMRYFGKSIRATAEERYIDG  800
orf133.pep  TNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIXDFNAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPL  331
            |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    TNGGNTSNVRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLIFRAEVKNLFDRRYIDPL  860
orf133.pep  DAGNDAAXERYYSSFDPKDKDXDVTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSY  391
            |||||||::|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133ng    DAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDYTCNADKTLCNGKYGGTSKSVLTNFARGRTFLMTMSY  920
orf133.pep  KF  393
            ||
orf133ng    KF  922
预计全长ORF133ng核苷酸序列<SEQ ID 881>编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 882>：
  1  MRSSFRLKPI CFYLMGVMLY HHSYAEDAGR AGSEAQIQVL EDVHVKAKRV
 51  PKDKKVFTDA RAVSTRQDYF KSGENLDNIV RSIPGAFTQQ DKSSGIVSLN
101  IRGDSGFGRV NTMVDGITQT FYSTSTDAGR AGGSSQFGAS VDSNFIAGLD
151  VVKGSFSGSA GINSLAGSAN LRTLGVDDVV QGNNTYGLLL KGLTGTNSTK
201  GNAMAAIGAR KWLESGASVG VLYGHSRRGV AQNYRVGGGG QHIGNFGEEY
251  LERRKQQYFV QEGGLKFNAG SGKWERDLQR QYWKTKWYKK YEDPQELQKY
301  IEEHDKSWRE NLAPQYDITP IDPSGLKQQS AGNLLNLEYD GVFNKYTAQF
351  RDLNTRIGSR KIINRNYQFN YGLSLNPYTN LNLTAAYNSG RQKYPKGAKF
401  TGWGLLKDFE TYNNAKILDL NNTATFRLPR ETELQTTLGF NYFHNEYGKN
451  RFPEELGLFF DGPDQDNGLY SYLGRFKGDK GLLPQKSTIV QPAGSQYFNT
 501  FYFDAALKKD IYRLNYSTNA INYRFGGEYT GYYGSENEFK RAFGENSPAY
 551  KEHCDPSCGL YEPVLKKYGK KRANNHSVSI SADFGDYFMP FAGYSRTHRM
 601  PNIQEMYFSQ IGDSGVHTAL KPERANTWQF GFNTYKKGLL KQDDILGLKL
 651  VGYRSRIDNY IHNVYGKWWD LNGDIPSWVG STGLAYTIRH RNFKDKVHKH
 701  GFELELNYDY GRFFTNLSYA YQKSTQPTNF SDASESPNNA SKEDQLKQGY
 751  GLSRVSALPR DYGRLEVGTR WLGNK LTLGG AMRYFGKSIR ATAEERYIDG
 801  TNGGNTSNVR QLGKRSIKQT ETLARQPLIF DFYAAYEPKK NLIFRAEVKN
 851  LFDRRYIDPL DAGNDAATQR YYSSFDPKDK DEDVTCNADK TLCNGKYGGT
 901  SKSVLTNFAR GRTFLMTMSY KF*
还鉴定出一个变体，它由淋球菌DNA序列<SEQ ID 883>编码：
   1  ATGAGATCTT CTTTCCGGTT GAAGCCGATT TGTTTTTATC TTATGGGTGT
  51  TATGCTATAT CATCATAGTT ATGCCGAAGA TGCAGGGCGC GCGGGCAGCG
 101  AGGCGCAGAT ACAGGTTTTG GAAGATGTGC ACGTCAAGGC GAAGCGCGTA
 151  CCGAAAGACA AAAAAGTGTT TACCGATGCG CGTGCCGTAT CGACCCGTca
 201  gGATGTGTTC AAATCCGGCG AAAACCTCGA CAACATCGTA CGCAGCATAC
 251  CCGGTGCGTT TACACAGCAA GATAAAAGCT CGGGCATTGT GTCTTTGAAT
 301  ATTCGCGGCG ACAGCGGGTT CGGGCGGGTC AATACGATGG TGGACGGCAT
 351  CACGCAGACC TTTTATTCGA CTTCTACCGA TGCGGGCAGG GCAGGCGGTT
 401  CATCTCAATT CGGTGCATCT GTCGACAGCA ATTTTATTGC CGGACTGGAT
 451  GTCGTCAAAG GCAGCTTCAG CGGCTCGGCA GGCATCAACA GCCTTGCCGG
 501  TTCGGCGAAT CTGCGGACTT TAGGCGTGGA TGACGTCGTT CAGGGCAATA
 551  ATACCTACGG CCTGCTGCTA AAAGGTCTGA CCGGCACCAA TTCAACCAAA
 601  GGTAATGCGA TGGCGGCGAT AGGTGCGCGC AAATGGCTGG AAAGCGGAGC
 651  GTCTGTCGGT GTGCTTTACG GGCACAGCAG GCGCGGCGTG GCGCAAAATT
 701  ACCGCGTGGG CGGCGGCGGG CAGCACATCG GAAATTTTGG TGAAGAATAT
 751  CTGGAACGGC GCAAACAGCA ATATTTTGTA CAAGAGGGTG GTTTGAAATT
 801  CAATGCCGGC AGCGGAAAAT GGGAACGGGA TTTGCAAAGG CAATACTGGA
 851  AAACAAAGTG GTATAAAAAA TACGAAGACC CCCAAGAACT GCAAAAATAC
 901  ATCGAAGAGC ATGATAAAAG CTGGCGGGAA AACCTGGCGC CGCAATACGA
 951  CATCACCCCC ATCGATCCGT CCGGCCTGAA GCAGCAGTCG GCAGGCAATC
1001  TGTTTAAATT GGAATACGAC GGCGTATTCA ATAAATACAC GGCGCAATTT
1051  CGCGATTTAA ACACCAGAAT CGGCAGCCGC AAAATCATCA ACCGCAATTA
1101  TCAATTCAAT TACGGTTTGT CTTTGAACCC GTATACCAAC CTCAATCTGA
1151  CCGCAGCCTA CAATTCGGGC AGGCAGAAAT ATCCGAAAGG GGCGAAGTTT
1201  ACAGGCTGGG GGCTTTTAAA AGATTTTGAA ACCTACAACA ACGCGAAAAT
1251  CCTCGACCTC AACAACACCG CCACCTTCCG GCTGCCCCGC GAAACCGAGT
1301  TGCAAACCAC TTTGGGCTTC AATTATTTCC ACAACGAATA CGGCAAAAAC
1351  CGCTTTCCTG AAGAATTGGG GCTGTTTTTC GACGGTCCTG ATCAGGACAA
1401  CGGGCTTTAT TCCTATTTGG GGCGGTTTAA GGGCGATAAA GGGCTGTTGC
1451  CTCAAAAATC AACCATTGTC CAACCGGCCG GCAGCCAATA TTTCAACACG
1501  TTCTACTTCG ATGCCGCGCT CAAAAAAGAC ATTTACCGCT TAAACTACAG
1551  CACCAATGCA ATCAACTACC GTTTCGGCGG CGAATATACG GGCTATTACG
1601  GCTCGGAAAA CGAATTTAAG CGGGCATTCG GAGAAAACTC GCCGGCATAC
1651  AAGGAACATT GCGACCCGAG CTGCGGGCTT TATGAACCCG TATTGAAAAA
1701  ATACGGCAAA AAGCGCGCCA ACAACCATTC GGTCAGCATT AGTGCGGACT
1751  TCGGCGATTA TTTCATGCCG TTCGCCGGCT ATTCGCGCAC ACACCGTATG
1801  CCCAACATCC AAGAAATGTA TTTTTCCCAA ATCGGCGACT CCGGCGTTCA
1851  CACCGCCTTA AAACCAGAGC GCGCAAACAC TTGGCAATTT GGCTTCAATA
1901  CCTATAAAAA AGGATTGTTA AAACAAGATG ATATATTAGG ATTGAAACTG
1951  GTCGGCTACC GCAGCCGCAT TGACAACTAC ATCCACAACG TTTACGGGAA
2001  ATGGTGGGAT TTGAACGGGG ATATTCCGAG CTGGGTCGGC AGCACCGGGC
2051  TTGCCTACAC CATCCGACAC CGCAATTTCA AAGACAAAGT GCACAAACAC
2101  GGTTTTGAGC TGGAGCTGAA TTACGATTAT GGGCGTTTTT TCACCAACCT
2151  TTCTTACGCC TATCAAAAAA GCACGCAACC GACCAATTTC AGCGATGCGA
2201  GCGAATCGCC CAACAATGCC tccaaAGAAG ACCAACTCAA ACAAGGTTAT
2251  GGGCTGAGCA GGGTTTCCGC CCTGCCGCGA GATTACGGAC GTTTGGAAGT
2301  CGGTACGCGC TGGTTGGGCA ACAAACTGAC TTTGGGCGGC GCGAtgcGCT
2351  ATTTCGGCAA GAGCATCCGC GCGACGGCTG AAGAACGCTA TATCGACGGC
2401  ACCAACGGGG GAAATACCAG CAATGTCCGG CAACTGGGCA AGCGTTCCAT
2451  CAAACAAACC GAAACCCTTG CCCGACAGCC TTTGATTTTT GATTTTTACG
2501  CCGCTTACGA GCCGAAGAAA AACCTTATTT TCCGCGCCGA AGTCAAAAAC
2551  CTGTTCGACA GGCGTTATAT CGATCCGCTC GATGCGGGCA ATGATGCGGC
2601  AACGCAGCGT TATTACAGCT CGTTCGACCC GAAAGACAAG GACGAAGACG
2651  TAACGTGTAA TGCTGATAAA ACGTTGTGCA ACGGCAAATA CGGCGGCACA
2701  AGCAAAAGCG TATTGACCAA TTTCGCACGC GGACGCACCT TCTTGATGAC
2751  GATGAGCTAC AAGTTTTAA
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 884；ORF133ng-1>：
   1  MRSSFRLKPI CFYLMGVMLY HHSYAEDAGR AGSEAQIQVL EDVHVKAKRV
  51  PKDKKVFTDA RAVSTRQDVF KSGENLDNIV RSIPGAFTQQ DKSSGIVSLN
 101  IRGDSGFGRV NTMVDGITQT FYSTSTDAGR AGGSSQFGAS VDSNFIAGLD
 151  VVKGSFSGSA GINSLAGSAN LRTLGVDDVV QGNNTYGLLL KGLTGTNSTK
 201  GNAMAAIGAR KWLESGASVG VLYGHSRRGV AQNYRVGGGG QHIGNFGEEY
 251  LERRKQQYEV QEGGLKFNAG SGKWERDLQR QYWKTKWYKK YEDPQELQKY
 301  IEEHDKSWRE NLAPQYDITP IDPSGLKQQS AGNLFKLEYD GVFNKYTAQF
 351  RDLNTRIGSR KIINRNYQFN YGLSLNPYTN LNLTAAYNSG RQKYPKGAKF
 401  TGWGLLKDFE TYNNAKILDL NNTATFRLPR ETELQTTLGF NYFHNEYGKN
 451  RFPEELGLFF DGPDQDNGLY SYLGRFKGDK GLLPQKSTIV QPAGSQYFNT
 501  FYFDAALKKD IYRLNYSTNA INYRFGGEYT GYYGSENEFK RAFGENSPAY
 551  KEHCDPSCGL YEPVLKKYGK KRANNHSVSI SADFGDYFMP FAGYSRTHRM
 601  PNIQEMYFSQ IGDSGVHTAL KPERANTWQF GFNTYKKGLL KQDDILGLKL
 651  VGYRSRIDNY IHNVYGKWWD LNGDIPSWVG STGLAYTIRH RNFKDKVHKH
 701  GFELELNYDY GRFFTNLSYA YQKSTQPTNF SDASESPNNA SKEDQLKQGY
 751  GLSRVSALPR DYGRLEVGTR WLGNKLTLGG AMRYFGKSIR ATAEERYIDG
 801  TNGGNTSNVR QLGKRSIKQT ETLARQPLIF DFYAAYEPKK NLIFRAEVKN
 851  LFDRRYIDPL DAGNDAATQR YYSSFDPKDK DEDVTCNADK TLCNGKYGGT
 901  SKSVLTNFAR GRTFLMTMSY KF*
ORF133ng-1和ORF133-1在889个氨基酸的重叠区显示出有96.2％的相同性：
                     10        20        30        40        50        60
orf133ng-1.pep  SFRLKPICFYLMGVMLYHHSYAEDAGRAGSEAQIQVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAV
                                              ||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1                                      EAQIQVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAV
                                                      10        20        30
                     70        80        90       100       110       120
orf133ng-1.pep  STRQDVFKSGENLDNIVRSIPGAFTQQDKSSGIVSLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYS
                |||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1        STRQDIFKSSENLDNIVRSIPGAFTQQDKSSGIVSLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYS
                        40        50        60        70        80        90
                    130       140       150       160       170       180
orf133ng-1.pep  TSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVKGSFSGSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQGN
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1        TSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVKGSFSGSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQGN
                       100       110       120       130       140       150
                    190       200       210       220       230       240
orf133ng-1.pep  NTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWLESGASVGVLYGHSRRGVAQNYRVGGGGQHI
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||
orf133-1        NTYGLLLKGLTGTNSTKGNAMAAIGARKWLESGASVGVLYGHSRRSVAQNYRVGGGGQHI
                       160       170       180       190       200       210
                    250       260       270       280       290       300
orf133ng-1.pep  GNFGEEYLERRKQQYFVQEGGLKFNAGSGKWERDLQRQYWKTKWYKKYEDPQELQKYIEE
                |||| ||||||||:||||||:||||: ||||||||||| || | ||:|:: |||||||||
orf133-1        GNFGAEYLERRKQRYFVQEGALKFNSDSGKWERDLQRQQWKYKPYKNYNN-QELQKYIEE
                       220       230       240       250       260
                    310       320       330       340       350       360
orf133ng-1.pep  HDKSWRENLAPQYDITPIDPSGLKQQSAGNLFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTRIGSRKII
                ||||||||| |||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
orf133-1        HDKSWRENLXPQYDITPIDPSSLKQQSAGNLFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTKIGSRKII
              270       280       290       300       310       320
                    370       380       390       400       410       420
orf133ng-1.pep  NRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQKYPKGAKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNT
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
orf133-1        NRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQKYPKGSKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNT
              330       340       350       360       370       380
                    430       440       450       460       470       480
orf133ng-1.pep  ATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFPEELGLFFDGPDQDNGLYSYLGRFKGDKGLL
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1        ATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFPEELGLFFDGPDQDNGLYSYLGRFKGDKGLL
              390       400       410       420       430       440
                    490       500       510       520       530       540
orf133ng-1.pep  PQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYRLNYSTNAINYRFGGEYTGYYGSENEFKRAF
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:::|||||||||||||::||||||
orf133-1        PQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYRLNYSTNTVGYRFGGEYTGYYGSDDEFKRAF
              450       460       470       480       490       500
                    550       560       570       580       590       600
orf133ng-1.pep  GENSPAYKEHCDPSCGLYEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFAGYSRTHRMPNI
                |||||:||:||: |||:||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf133-1        GENSPTYKKHCNRSCGIYEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFASYSRTHRMPNI
              510       520       530       540       550       560
                    610       620       630       640       650       660
orf133ng-1.pep  QEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDNYIHN
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
orf133-1        QEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDTLGLKLVGYRSRIDNYIHN
              570       580       590       600       610       620
                    670       680       690       700       710       720
orf133ng-1.pep  VYGKWWDLNGDIPSWVGSTGLAYTIRHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQK
                ||||||||||||||||:||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1        VYGKWWDLNGDIPSWVSSTGLAYTIQHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAYQK
              630       640       650       660       670       680
                    730       740       750       760       770       780
orf133ng-1.pep  STQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMR
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1        STQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGAMR
              690       700       710       720       730       740
                    790       800       810       820       830       840
orf133ng-1.pep  YFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNVRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLI
                ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1        YFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNFRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKNLI
              750       760       770       780       790       800
                     850       860       870       880       890       900
orf133ng-1.pep  FRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTSKS
                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf133-1        FRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTSKS
              810       820       830       840       850       860
                    910       920
orf133ng-1.pep  VLTNFARGRTFLMTMSYKFX
                ||||||||||||||||||||
orf133-1    VLTNFARGRTFLMTMSYKFX
          870       880
另外，ORF133ng-1与流感嗜血菌中的TonB-依赖性受体同源：
sp|P45114|YC17_HAEIN可能的TONB-依赖性受体HI1217前体
＞gi|1075372|pir||G64110运铁蛋白结合蛋白1前体(tbp1)同系物-流感嗜血菌(Rd KW20菌株)＞gi|1574147(U32801)运铁蛋白结合蛋白1前体(tbp1)[流感嗜血菌]长度＝913
评分＝930位(2377)，估计值＝0.0
相同性＝476/921(51％)，阳性＝619/921(66％)，空隙＝72/921(7％)
询问：38 QVLEDVHVKAKRVPKDKKVFTDARAVSTRQDVFKSGENLDNIVRSIPGAFTQQDKSSGIV  97
          + L  + V  K +  DKK FT+A+A STR++VFK  + +D ++RSIPGAFTQQDK SG+V
目标：29  ETLGQIDVVEKVISNDKKPFTEAKAKSTRENVFKETQTIDQVIRSIPGAFTQQDKGSGVV 88
询问：98  SLNIRGDSGFGRVNTMVDGITQTFYSTSTDAGRAGGSSQFGASVDSNFIAGLDVVKGSFS 157
           S+NIRG++G GRVNTMVDG+TQTFYST+ D+G++GGSSQFGA++D NFIAG+DV K +FS
目标：89  SVNIRGENGLGRVNTMVDGVTQTFYSTALDSGQSGGSSQFGAAIDPNFIAGVDVNKSNFS 148
询问：158 GSAGINSLAGSANLRTLGVDDVVQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXAMAAIGARKWLESGA 217
           G++GIN+LAGSAN RTLGV+DV+                       M     RKWL++G
目标：149 GASGINALAGSANFRTLGVNDVITDDKPFGIILKGMTGSNATKSNFMTMAAGRKWLDNGG 208
询问：218 SVGVLYGHSRRGVAQNYRVGGGGQHIGNFGEEYLERRKQQYFVQEGGLKFNAGSGKWERD 277
            VGV+YG+S+R V+Q+YR+ GGG+ + + G++ L + K+ YF +  G   N   G+W  D
目标：209 YVGVVYGYSQREVSQDYRI-GGGERLASLGQDILAKEKEAYF-RNAGYILNP-EGQWTPD 265
询问：278 LQRQYWK-----------TKWY--------------------KKYEDPQELQK---YIEE 303
           L +++W              +Y                    KK +D ++LQK    IEE
目标：266 LSKKHWSCNKPDYQKNGDCSYYRIGSAAKTRREILQELLTNGKKPKDIEKLQKGNDGIEE 325
询问：304 HDKSWRENLAPQYDITPIDPSGLKQQSAGNLFKLEYDGVFNKYTAQFRDLNTRIGSRKII 363
            DKS+  N   QY + PI+P  L+ +S  +L K EY        AQ R L+ +IGSRKI
目标：326 TDKSFERN-KDQYSVAPIEPGSLQSRSRSHLLKFEYGDDHQNLGAQLRTLDNKIGSRKIE 384
询问：364 NRNYQFNYGLSLNPYTNLNLTAAYNSGRQKYPKGAKFTGWGLLKDFETYNNAKILDLNNT 423
           NRNYQ NY  +N  Y +LNL AA+N G+  YPKG  F GW +     T N A I+D+NN+
目标：385 NRNYQVNYNFNNNSYLDLNLMAAHNIGKTIYPKGGFFAGWQVADKLITKNVANIVDINNS 444
询问：424 ATFRLPRETELQTTLGFNYFHNEYGKNRFPEELGLFFDGPDQDNGLYSY--LGRFKGDKG 481
            TF LP+E +L+TTLGFNYF NEY KNRFPEEL LF++    D GLYS+    GR+ G K
目标：445 HTFLLPKEIDLKTTLGFNYFTNEYSKNRFPEELSLFYNDASHDQGLYSHSKRGRYSGTKS 504
询问：482 LLPQKSTIVQPAGSQYFNTFYFDAALKKDIYRLNYSTNAINYRFGGEYTGYYGSENEFKR 541
           LLPQ+S I+QP+G Q F T YFD AL K IY LNYS N  +Y F GEY GY
目标：505 LLPQRSVILQPSGKQKFKTVYFDTALSKGIYHLNYSVNFTHYAFNGEYVGY--------- 555
询问：542 AFGENSPAYKEHCDPSCGLYEPVLKKYGKKRANNHSVSISADFGDYFMPFAGYSRTHRMP 601
              EN+   +        + EP+L K G K+A NHS ++SA+  DYFMPF  YSRTHRMP
目标：556 ---ENTAGQQ--------INEPILHKSGHKKAFNHSATLSAELSDYFMPFFTYSRTHRMP 604
询问：602 NIQEMYFSQIGDSGVHTALKPERANTWQFGFNTYKKGLLKQDDILGLKLVGYRSRIDNYI 661
           NIQEM+FSQ+ ++GV+TALKPE+++T+Q GFNTYKKGL  QDD+LG+KLVGYRS I NYI
目标：605 NIQEMFFSQVSNAGVNTALKPEQSDTYQLGFNTYKKGLFTQDDVLGVKLVGYRSFIKNYI 664
询问：662 HNVYGKWWDLNGDIPSWVGSTGLAYTIRHRNFKDKVHKHGFELELNYDYGRFFTNLSYAY 721
           HNVYG WW     +P+W  S G  YTI H+N+K  V K G ELE+NYD GRFF N+SYAY
目标：665 HNVYGVWW--RDGMPTWAESNGFKYTIAHQNYKPIVKKSGVELEINYDMGRFFANVSYAY 722
询问：722 QKSTQPTNFSDASESPNNASKEDQLKQGYGLSRVSALPRDYGRLEVGTRWLGNKLTLGGA 781
           Q++ QPTN++DAS  PNNAS+ED LKQGYGLSRVS LP+DYGRLE+GTRW   KLTLG A
目标：723 QRTNQPTNYADASPRPNNASQEDILKQGYGLSRVSMLPKDYGRLELGTRWFDQKLTLGLA 782
询问：782 MRYFGKSIRATAEERYIDGTNGGNTSNVRQLGKRSIKQTETLARQPLIFDFYAAYEPKKN 841
            RY+GKS RAT EE YI+G+     + +R+    ++K+TE + +QP+I D + +YEP K+
目标：783 ARYYGKSKRATIEEEYINGSR-FKKNTLRRENYYAVKKTEDIKKQPIILDLHVSYEPIKD 841
询问：842 LIFRAEVKNLFDRRYIDPLDAGNDAATQRYYSSFDPKDKDEDVTCNADKTLCNGKYGGTS 901
           LI +AEV+NL D+RY+DPLDAGNDAA+QRYYSS      +  + C  D + C    GG+
目标：842 LIIKAEVQNLLDKRYVDPLDAGNDAASQRYYSSL-----NNSIECAQDSSAC----GGSD 892
询问：902 KSVLTNFARGRTFLMTMSYKF 922
           K+VL NFARGRT++++++YKF
目标：893 KTVLYNFARGRTYILSLNYKF 913
该淋球菌蛋白中用下划线示出的基序预计是ATP/GTP结合位点基序A(P-环)，该分析提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
实施例104
在脑膜炎奈瑟球菌中鉴定出下列部分DNA序列<SEQ ID 885>
  1  ATGAACCTGA TTTCACGTTA CATCATCCGT CAAATGGCGG TTATGGCGGT
 51  TTACGCGCTC CTTGCCTTCC TCGCTTTGTA CAGCTTTTTT GAAATCCTGT
101  ACGAAACCGG CAACCTCGGC AAAGGCAGTT ACGGCATATG GGAAATGCTG
151  GGCTACACCG CCCTCAAAAT GCCCGCCCGC GCCTACGAAC TGATTCCCCT
201  CGCCGTCCTT ATCGGCGGAC TGGTCTCCCT CAGCCAGCTT GCCGCCGGCA
251  GCGAACTGAC CGTCATCAAA GCCAGCGGCA TGAGCACCAA AAAGCTGCTG
301  TTGATTCTGT CGCAGTTCGG TTTTATTTTT GCTATTGCCA CCGTCGCGCT
351  CGGCGAATGG GTTGCGCCCA CACTGAGCCA AAAAGCCGAA AACATCAAAG
401  CCGCCGCCAT CAACGGCAAA ATCAGCACCG GCAATACCGG CCTTTGGCTG
451  AAAGAAAAAA ACAGCGTGAT CAATGTGCGC GAAATGTTGC CCGACCAT..
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 886；ORF112>：
  1  MNLISRYIIR QMAVMAVYAL LAFLALYSFF EILYETGNLG KGSYGIWEML
 51  GYTALKMPAR AYE LIPLAVL IGGLVSLSQL AAGSELTVIK ASGMSTKK LL
101   LILSQFGFIF AIATVALGEW VAPTLSQKAE NIKAAAINGK ISTGNTGLWL
151  KEKNSVINVR EMLPDH...
进一步的工作揭示了部分核苷酸序列<SEQ ID 887>：
  1  ATGAACCTGA TTTCACGTTA CATCATCCGT CAAATGGCGG TTATGGCGGT
 51  TTACGCGCTC CTTGCCTTCC TCGCTTTGTA CAGCTTTTTT GAAATCCTGT
101  ACGAAACCGG CAACCTCGGC AAAGGCAGTT ACGGCATATG GGAAATGCTG
151  gGCTACACCG CCCTCAAAAT GCCCGCCCGC GCCTACGAAC TGATTCCCCT
201  CGCCGTCCTT ATCGGCGGAC TGGTCTCCCT CAGCCAGCTT GCCGCCGGCA
251  GCGAACTGAC CGTCATCAAA GCCAGCGGCA TGAGCACCAA AAAGCTGCTG
301  TTGATTCTGT CGCAGTTCGG TTTTATTTTT GCTATTGCCA CCGTCGCGCT
351  CGGCGAATGG GTTGCGCCCA CACTGAGCCA AAAAGCCGAA AACATCAAAG
401  CCGCCGCCAT CAACGGCAAA ATCAGCACCG GCAATACCGG CCTTTGGCTG
451  AAAGAAAAAA ACAGCrTkAT CAATGTGCGC GAAATGTTGC CCGACCATAC
501  GCTTTTGGGC ATCAAAATTT GGGCGCGCAA CGATAAAAAC GAATTGGCAG
551  AGGCAGTGGA AGCCGATTCC GCCGTTTTGA ACAGCGACGG CAGTTGGCAG
601  TTGAAAAACA TCCGCCGCAG CACGCTTGGC GAAGACAAAG TCGAGGTCTC
651  TATTGCGGCT GAAGAAAACT GGCCGATTTC CGTCAAACGC AACCTGATGG
701  ACGTATTGCT CGTCAAACCC GACCAAATGT CCGTCGGCGA ACTGACCACC
751  TACATCCGCC ACCTCCAAAA CAACAGCCAA AACACCCGAA TCTACGCCAT
801  CGCATGGTGG CGCAAATTGG TTTACCCCGC CGCAGCCTGG GTGATGGCGC
851  TCGTCGCCTT TGCCTTTACC CCGCAAACCA CCCGCCACGG CAATATGGGC
901  TTAAAACTCT TCGGCGGCAT CTGTsTCGGA TTGCTGTTCC ACCTTGCCGG
951  ACGGCTCTTT GGGTTTACCA GCCAACTCGG...
它对应于氨基酸序列<SEQ ID 888；ORF112-1>：
  1  MNLISRYIIR QMAVMAVYAL LAFLALYSFF EILYETGNLG KGSYGIWEML
 51  GYTALKMPAR AYE LIPLAVL IGGLVSLSQL AAGSELTVIK ASGMSTKK LL
101  LILSQFGFIF AIATVALGEW VAPTLSQKAE NIKAAAINGK ISTGNTGLWL
151  KEKNSXINVR EMLPDHTLLG IKIWARNDKN ELAEAVEADS AVLNSDGSWQ
201  LKNIRRSTLG EDKVEVSIAA EENWPISVKR NLMDVLLVKP DQMSVGELTT
251  YIRHLQNNSQ NTRIYAIAWW RK LVYPAAAW VMALVAFAFT PQTTRHGN MG
301  LKLFGGICXG LLFHLAGRLF GFTSQL...
对该氨基酸序列进行的计算机分析预测了两个跨膜结构域，并给出下列结果：
与脑膜炎奈瑟球菌(菌株A)的预计ORF的同源性
ORF112和脑膜炎奈瑟球菌菌株A的ORF(ORF112a)在166个氨基酸的重叠区内显示出有96.4％的相同性：
                    10        20        30        40        50        60
orf112.pep  MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
orf112a     MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMXGYTALKMXAR
                    10        20        30        40        50        60
                     70        80        90       100       110       120
orf112.pep   AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
             ||||:||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112a      AYELMPLAVLIGGLVSXSQLAAGSELXVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
                     70        80        90       100       110       120
                    130       140       150       160
orf112.pep   VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSVINVREMLPDH
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||
orf112a      VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSIINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
                    130       140       150       160       170       180
orf112a      ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEEXWPISVKRNLMDVLLVKP
                    190       200       210       220       230       240
该ORF112a的核苷酸序列<SEQ ID 889>是：
   1  ATGAACCTGA TTTCACGTTA CATCATCCGT CAAATGGCGG TTATGGCGGT
  51  TTACGCGCTC CTTGCCTTCC TCGCTTTGTA CAGCTTTTTT GAAATCCTGT
 101  ACGAAACCGG CAACCTCGGC AAAGGCAGTT ACGGCATATG GGAAATGNTG
 151  GGNTACACCG CCCTCAAAAT GNCCGCCCGC GCCTACGAAC TGATGCCCCT
 201  CGCCGTCCTT ATCGGCGGAC TGGTCTCTNT CAGCCAGCTT GCCGCCGGCA
 251  GCGAACTGAN CGTCATCAAA GCCAGCGGCA TGAGCACCAA AAAGCTGCTG
 301  TTGATTCTGT CGCAGTTCGG TTTTATTTTT GCTATTGCCA CCGTCGCGCT
 351  CGGCGAATGG GTTGCGCCCA CACTGAGCCA AAAAGCCGAA AACATCAAAG
 401  CCGCGGCCAT CAACGGCAAA ATCAGTACCG GCAATACCGG CCTTTGGCTG
 451  AAAGAAAAAA ACAGCATTAT CAATGTGCGC GAAATGTTGC CCGACCATAC
 501  CCTGCTGGGC ATTAAAATCT GGGCCCGCAA CGATAAAAAC GAACTGGCAG
 551  AGGCAGTGGA AGCCGATTCC GCCGTTTTGA ACAGCGACGG CAGTTGGCAG
 601  TTGAAAAACA TCCGCCGCAG CACGCTTGGC GAAGACAAAG TCGAGGTCTC
 651  TATTGCGGCT GAAGAAAANT GGCCGATTTC CGTCAAACGC AACCTGATGG
 701  ACGTATTGCT CGTCAAACCC GACCAAATGT CCGTCGGCGA ACTGACCACC
 751  TACATCCGCC ACCTCCAAAN NNACAGCCAA AACACCCGAA TCTACGCCAT
 801  CGCATGGTGG CGCAAATTGG TTTACCCCGC CGCAGCCTGG GTGATGGCGC
 851  TCGTCGCCTT TGCCTTTACC CCGCAAACCA CCCGCCACGG CAATATGGGC
 901  TTAAAANTCT TCGGCGGCAT CTGTCTCGGA TTGCTGTTCC ACCTTGCCGG
 951  NCGGCTCTTC NGGTTTACCA GCCAACTCTA CGGCATCCCG CCCTTCCTCG
1001  NCGGCGCACT ACCTACCATA GCCTTCGCCT TGCTCGCCGT TTGGCTGATA
1051  CGCAAACAGG AAAAACGCTA A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 890>：
  1  MNLISRYIIR QMAVMAVYAL LAFLALYSFF EILYETGNLG KGSYGIWEMX
 51  GYTALKMXAR AYE LMPLAVL IGGLVSXSQL AAGSELXVIK ASGMSTKK LL
101  LILSQFGFIF AIATVALGEW VAPTLSQKAE NIKAAAINGK ISTGNTGLWL
151  KEKNSIINVR EMLPDHTLLG IKIWARNDKN ELAEAVEADS AVLNSDGSWQ
201  LKNIRRSTLG EDKVEVSIAA EEXWPISVKR NLMDVLLVKP DQMSVGELTT
251  YIRHLQXXSQ NTRIYAIAWW RK LVYPAAAW VMALVAFAFT PQTTRHGN MG
301   LKXFGGICLG LLFHLAGRLF XFTSQLYGIP PFLXGALPTI AFALLAVWLI
351  RKQEKR*
ORF112a和ORF112-1在326个氨基酸的重叠区内显示出有96.3％的相同性：
orf112a.pep  MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMXGYTALKMXAR
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
orf112-1     MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
orf112a.pep  AYELMPLAVLIGGLVSXSQLAAGSELXVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
             ||||:||||||||||| |||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112-1     AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
orf112a.pep  VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSIINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
orf112-1     VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSXINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
orf112a.pep  ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEEXWPISVKRNLMDVLLVKP
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
orf112-1     ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEENWPISVKRNLMDVLLVKP
orf112a.pep  DQMSVGELTTYIRHLQXXSQNTRIYAIAWWRKLVYPAAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
             ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112-1     DQMSVGELTTYIRHLQNNSQNTRIYAIAWWRKLVYPAAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
orf112a.pep  LKXFGGICLGLLFHLAGRLFXFTSQLYGIPPFLXGALPTIAFALLAVWLIRKQEKRX
             || ||||| ||||||||||| |||||
orf112-1     LKLFGGICXGLLFHLAGRLFGFTSQL
与淋病奈瑟球菌的预计ORF的同源性
ORF112和淋病奈瑟球菌的预计ORF(ORF112ng)在166个氨基酸的重叠区内显示出有95.8％的相同性：
orf112.pep  MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR  60
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112ng    MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR  60
orf112.pep  AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW 120
            ||||:|||||||||:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||:|||||
orf112ng    AYELMPLAVLIGGLASLSQLAAGSELAVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIAAVALGEW 120
orf112.pep  VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSVINVREMLPDH               166
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:|:|||| |||||
orf112ng    VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKTSIINVRGMLPDHTLLGIKIWARNDKN 180
全长ORF112ng核苷酸序列<SEQ ID 891>是：
  1  ATGAACCTGA TTTCACGTTA CATCATCCGC CAAATGGCGG TTATGGCGGT
 51  TTACGCGCTC CTTGCCTTCC TCGCTTTGTA CAGCTTTTTT GAAATCCTGT
101  ACGAAACCGG CAACCTCGGC AAAGGCAGTT ACGGCATATG GGAAATGCTG
151  GGCTACACCG CCCTCAAAAT GCCCGCCCGC GCCTACGAAC TCATGCCCCT
201  CGCCGTCCTC ATCGGCGGAC TGGCCTCTCT CAGCCAGCTT GCCGCCGGCA
251  GCGAACTGGC CGTCATCAAA GCCAGCGGCA TGAGCACCAA AAAGCTGCTG
301  TTGATTCTGT CTCAGTTCGG TTTTATTTTT GCTATTGCCG CCGTCGCGCT
 351  CGGCGAATGG GTTGCGCCCA CGCTGAGCCA AAAAGCCGAA AACATCAAag
 401  cCGCCGCCAt taacggCAAA ATCAGCAccg gcAATACCGG CCTTTggcTG
 451  AAAGAAAAAa ccAGCATTAT CAATGTGcGc GGAATGTTGC CCGACCATAC
 501  GCTTTTGGGC ATCAAAATTT GGGCGCGCAA CGATAAAAAC GAATTGGCAG
 551  AGGCAGTGGA AGCCGATTCC GCCGTTTTGA ACAGCGACGG CAGCTGGCAG
 601  TTGAAAAACA TCCGCCGCAG CATCATGGGT ACAGACAAAA TCGAAACATC
 651  cgCCGCCGCC GAAGAAACTT gGCCGATTGC CGTCAGACGC AACCTGATGG
 701  ACGTATTGCT CGTCAAGCCC GACCAAATGT CCGTCGGCGA GCTGACCACC
 751  TACATCCGCC ACCTCCAAAA CAACAGCCAA AACACCCAAA TCTACGCCAT
 801  CGCATGGTGG CGTAAACTCG TTTACCCCGT CGCCGCATGG GTCATGGCGC
 851  TCGTTGCCTT CGCCTTTACG CCGCAAACCA CGCGCCACGG CAATATGGGC
 901  TTAAAACTCT TCGGCGGCAT CTGTCTCGGA TTGCTGTTCC ACCTTGCCGG
 951  CAGGCTCTTC GGGTTTACCA GCCAACTCTA CGGCACCCCA CCCTTCCTCG
1001  CCGGCGCACT GCCTACCATA GCCTTCGCCT TGCTCGCTGT TTGGCTGATA
1051  CGCAAACAGG AAAAACGTTG A
它编码的蛋白质具有氨基酸序列<SEQ ID 892>：
   1   MNLISRYIIR QMAVMAVYAL LAFLALYSFF EILYETGNLG KGSYGIWEML
  51  GYTALKMPAR AYE LMPLAVL IGGLASLSQL AAGSELAVIK ASGMSTKK LL
 101  LILSQFGFIF AIAAVALGEW VAPTLSQKAE NIKAAAINGK ISTGNTGLWL
 151  KEKTSIINVR GMLPDHTLLG IKIWARNDKN ELAEAVEADS AVLNSDGSWQ
 201  LKNIRRSIMG TDKIETSAAA EETWPIAVRR NLMDVLLVKP DQMSVGELTT
 251  YIRHLQNNSQ NTQIYAIAWW RK LVYPVAAW VMALVAFAFT PQTTRHGN MG
 301  LKLFGGICLG LLFHLAGRLF GFTSQLYGTP PFL AGALPTI AFALLAVWLI
 351  RKQEKR*
ORF112ng和ORF112-1在326个氨基酸的重叠区内显示出有94.2％的相同性：
                  10        20        30        40        50        60
orf112ng  MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
orf112-1  MNLISRYIIRQMAVMAVYALLAFLALYSFFEILYETGNLGKGSYGIWEMLGYTALKMPAR
                  10        20        30        40        50        60
                  70        80        90       100       110       120
orf112ng  AYELMPLAVLIGGLASLSQLAAGSELAVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIAAVALGEW
          ||||:|||||||||:|||||||||||:||||||||||||||||||||||||||:||||||
orf112-1  AYELIPLAVLIGGLVSLSQLAAGSELTVIKASGMSTKKLLLILSQFGFIFAIATVALGEW
                  70        80        90       100       110       120
                 130       140       150       160       170       180
orf112ng  VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKTSIINVRGMLPDHTLLGIKIWARNDKN
          |||||||||||||||||||||||||||||||||:| |||| |||||||||||||||||||
orf112-1  VAPTLSQKAENIKAAAINGKISTGNTGLWLKEKNSXINVREMLPDHTLLGIKIWARNDKN
                 130       140       150       160       170       180
                 190       200       210       220       230       240
orf112ng  ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSIMGTDKIETSAAAEETWPIAVRRNLMDVLLVKP
          ||||||||||||||||||||||||||| :| ||:|:| ||||:|||:|:|||||||||||
orf112-1  ELAEAVEADSAVLNSDGSWQLKNIRRSTLGEDKVEVSIAAEENWPISVKRNLMDVLLVKP
                 190       200       210       220       230       240
                 250       260       270       280       290       300
orf112ng  DQMSVGELTTYIRHLQNNSQNTQIYAIAWWRKLVYPVAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
          |||||||||||||||||||:||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||
orf112-1  DQMSVGELTTYIRHLQNNSQNTRIYAIAWWRKLVYPAAAWVMALVAFAFTPQTTRHGNMG
                 250       260       270       280       290       300
                 310       320       330       340       350
orf112ng  LKLFGGICLGLLFHLAGRLFGFTSQLYGTPPFLAGALPTIAFALLAVWLIRKQEKRX
          |||||||| |||||||||||||||||
orf112-1  LKLFGGICXGLLFHLAGRLFGFTSQL
               310       320
该分析结果提示脑膜炎奈瑟球菌和淋病奈瑟球菌的这些蛋白及其表位可用作疫苗或诊断用的抗原，或用来产生抗体。
应理解，本发明只通过实施例进行了描述，而在本发明的思路和范围内还可作其它改动。
                                表I-PCR引物
  ORF   引物 序列 限制性位点
  ORF 1ORF 2ORF 2-1ORF 4ORF 5ORF 6ORF 7ORF 8ORF 9ORF 10   正向反向正向反向正向反向正向反向正向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向 CGC GGATCCGCTAGC-GGACACACTTATTTCGGCCCG CTCGAG-CCAGCGGTAGCCTAATTGC GGATCCCATATG-TTTGATTTCGGTTTGGGCCCG CTCGAG-GACGGCATAACGGCGGC GGATCCCATATG-TTTGATTTCGGTTTGGGCCCG CTCGAG-TGATTTACGGACGCGCAGC GGATCCCATATG-TGCGGAGGTCAAAAAGACCCCG CTCGAG-TTTGGCTGCGCCTTCGGAATTC CATATGG CCATGG-TGGAAGGCGCACAACCCG GGATCC-ATGGAAGGCGCACAACCCCG CTCGAG-GACTGTGCAAAAACGGCGC GGATCCCATATG-ACCCGTCAATCTCTGCACCCG CTCGAG-TGCGCCGAACACTTTCCGC GGATCCGCTAGC-GCGCTGCTTTTTGTTCCCCCG CTCGAG-TTTCAAAATATATTTGCGGAGC GGATCCCATATG-GCTCAACTGCTTCGTACCCCG CTCGAG-AGCAGGCTTTGGCGCCGC GGATCCCATATG-CCGAAGGAAGTCGGAAACCCG CTCGAG-TTTCCGAGGTTTTCGGGGC GGATCCCATATG-GACACAAAAGAAATCCTCCCCG CTCGAG-TAATGGGAAACCTTGTTTT BamHI-NheIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NheIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoI
 ORF 11ORF 13ORF 15ORF 17ORF 18ORF 19ORF 20ORF 22ORF 23ORF 24 正向反向正向反向正向正向反向正向正向反向正向反向正向正向反向正向正向反向正向正向反向正向反向正向正向 GC GGATCCCATATG-GCGGTCAACCTCTACGCCCG CTCGAG-GGAAACGACTTCGCCCGC GGATCCCATATG-GCTCTGCTTTCCGCGCCCCG CTCGAG-AGGGTGTGTGATAATAAGGGAATTC CATATGG CCATGG-GCGGGACACTGACAGCG GGATCC-TGCGGGACACTGACAGGCCCG CTCGAG-AGGTTGGCCTTGTCTATGGGAATT CCATATGG CCATGG-TTGCCGGCCTGTTCGCG GGATCC-ATTGCCGGCCTGTTCGCCCG CTCGAG-AAGCAGGTTGTACAGCGC GGATCCCATATG-ATTTTGCTGCATTTGGATCCCG CTCGAG-TCTTCCAATTTCTGAAAGCGGAATTC CATATGG CCATGG-TCGCCAGTGTTTTTACCCG GGATCC-TTCGCCAGTGTTTTTACCGCCCG CTCGAG-GGTGTTTTTGAAGCTGCCGGAATTC CATATGG CCATGG-TCGGCGCGGGTATGCG GGATCC-TTCGGCGCGGGTATGCCCG CTCGAG-CGGCGAGCGAGAGCAGGAATTC CATATGG CCATGG-TGATTAAAATCAAAAAAGGTCTCG GGATCC-ATGATTAAAATCAAAAAAGGTCTAAACCCCCG CTCGAG-ATTATGATAGCGGCCCCGC GGATCCCATATG-GATGTTTCTGTTTCAGACCCCG CTCGAG-TTTAAACCGATAGGTAAACGGGAATTC CATATGG CCATGG-TGATGCCGGAAATGGTGCG GGATCC-ATGATGCCGGAAATGGTG BamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoIBamHI-NdeIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoIBamHI-NdeIXhoINdeI-NcoIBamHI
ORF 25ORF 26ORF 27ORF 28ORF 29ORF 32ORF 33ORF 35ORF 37ORF 58 反向正向反向正向反向正向正向反向正向正向反向正向正向反向正向反向正向反向正向正向反向正向反向正向反向   CCCG CTCGAG-TGTCAGCGTGGCGCAGC GGATCCCATATG-TATCGCAAACTGATTGCCCCG CTCGAG-ATCGATGGAATAGCCGGC GGATCCCATATG-CAGCTGATCGACTATTCCCCG CTCGAG-GACATCGGCGCGTTTTGGAATTC CATATGG CCATGG-AGACCTATTCTGTTTACG GGATCC-CAGACCTATTCTGTTTATTTTAATCCCCG CTCGAG-GGGTTCGATTAAATAACCATGGAATTC CATATGG CCATGG-ACGGCTGTACGTTGATGTCG GGATCC-AACGGCTGTACGTTGATGCCCG CTCGAG-TTTGTCAGAGGAATTCGCGGC GGATCCCATATG-AACGGTTTGGATGCCCGCGC GGATCCGCTAGC-AACGGTTTGGATGCCCGCCCG CTCGAG-TTTGTCTAAGTTCCTGATATGCGC GGATCCCATATG-AATACTCCTCCTTTTGCCCG CTCGAG-GCGTATTTTTTGATGCTTTGGC GGATCCCATATG-ATTGATAGGGATCGTATGCCCG CTCGAG-TTGATCTTTCAAACGGCCGC GGATCCCATATG-TTCAGAGCTCAGCTTCGC GGATCCGCTAGC-TTCAGAGCTCAGCTTCCCG CTCGAG-AAACAGCCATTTGAGCGAGC GGATCCCATATG-GATGACGTATCGGATTTTCCCG CTCGAG-ATAGCCCGCTTTCAGGCGC GGATCCGCTAGC-TCCGAACGCGAGTGGATCCCG CTCGAG-AGCATTGTCCAAGGGGAC XhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoINdeI-NcoIBamHIXhoIBamHI-NdeIBamHI-NheIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIBamHI-NheIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NheIXhoI
 ORF 65ORF 66ORF 72ORF 73ORF 75ORF 76ORF 79ORF 83ORF 84ORF 85ORF 89 正向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向正向 GGAATTC CATATGG CCATGG-TGCTGTATCTGAATCAAGCG GGATCC-TTGCTGTATCTGAATCAAGGCCCG CTCGAG-CCGCATCGGCAGACAGC GGATCCCATATG-TACGCATTTACCGCCGCCCG CTCGAG-TGGATTTTGCAGAGATGGCGC GGATCCCATATG-AATGCAGTAAAAATATCTGACCCG CTCGAG-GCCTGAGACCTTTGCAAGC GGATCCCATATG-AGATTTTTCGGTATCGGCCCG CTCGAG-TTCATCTTTTTCATGTTCGGC GGATCCCATATG-TCTGTCTTTCAAACGGCCCCG CTCGAG-TTTGTTTTTGCAAGACAGGATCA GCTAGCCATATG-AAACAGAAAAAAACCGCCG GGATCC-TTACGGTTTGACACCGTTCGC GGATCCCATATG-GTTTCCGCCGCCGCCCG CTCGAG-GTGCTGATGCGCTTCGGC GGATCCCATATG-AAAACCCTGCTGCTGCCCCG CTCGAG-GCCGCCTTTGCGGCGC GGATCCCATATG-GCAGAGATCTGTTTGCCCG CTCGAG-GTTTGCCGATCCGACCACGC GGATCCCATATG-GCGGTTTGGGGCGGACCCG CTCGAG-TCGGCGCGGCGGGCGGAATTC CATATGG CCATGG-CCATACCTTCTTATCACG GGATCC-GCCATACCTTCTTATCAGAG NdeI-NcoIBamHIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoINheI-NdeIBamHIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoINdeI-NcoIBamHI
ORF 97ORF 98ORF 100ORF 101ORF 102ORF 103ORF 104ORF 105ORF 106ORF 109ORF 110 反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向 CCCG CTCGAG-TTTTTTGCGATTAGAAAAAGCGC GGATCCCATATG-CATCCTGCCAGCGAACCCCG CTCGAG-TTCGCCTACGGTTTTTTGGC GGATCCCATATG-ACGGTAACTGCGGCCCG CTCGAG-TTGTTGTTCGGGCAAATCGCGGATCCCATATG-TCGGGCATTTACACCGCCCG CTCGAG-ACGGGTTTCGGCGGAAGC GGATCCCATATG-ATTTATCAAAGAAACCTCCCCG CTCGAG-TTTTCCGCCTTTCAATGTGC GGATCCCATATG-GCAGGGCTGTTTTACCCCCG CTCGAG-AAACGGTTTGAACACGACGC GGATCCCATATG-AACCACGACATCACCCCG CTCGAG-CAGCCACAGGACGGCGC GGATCCCATATG-ACGTGGGGAACGCCCCG CTCGAG-GCGGCGTTTGAACGGCGC GGATCCCATATG-ACCAAATTTCAAACCCCTCCCCG CTCGAG-TAAACGAATGCCGTCCAGGC GGATCCCATATG-AGGATAACCGACGGCGCCCG CTCGAG-TTTGTTCCCGATGATGTTGC GGATCCCATATG-GAAGATTTATATATAATACTCGCCCG CTCGAG-ATCAGCTTCGAACCGAAGAAA GAATTC-ATGAGTAAATCCCGTAGATCTCCCAAA CTGCAG-GGAAAACCACATCCGCACTCTGCC XhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIEcoRIPstI
 ORF 111ORF 113ORF 115ORF 119ORF 120ORF 121ORF 122ORF 125ORF 126ORF 127ORF 128ORF 129 正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向 AAA GAATTC-GCACCGCAAAAGGCAAAAACCGCAAAA CTGCAG-TCTGCGCGTTTTCGGGCAGGGTGGAAA GAATTC-ATGAACAAAACCCTCTATCGTGTGATTTTCAACCGAAA CTGCAG-TTACGAATGCCTGCTTGCTCGACCGTACTGAAA GAATTC-TTGCTTGTGCAAACAGAAAAAGACGGAAAAAA GTCGAC-CTATTTTTTAGGGGCTTTTGCTTGTTTGAAAAGCCTGCCAAA GAATTC-TACAACATGTATCAGGAAAACCAATACCGAAA CTGCAG-TTATGAAAACAGGCGCAGGGCGGTTTTGCCAAA GAATTC-GCAAGGCTACCCCAATCCGCCGTGAAA CTGCAG-CGGTTTGGCTGCCTGGCCGTTGATAAA GAATTC-GCCTTGGTCTGGCTGGTTTTCGCAAA CTGCAG-TCATCCGCCACCCCACCTCGGCCATCCATCAAAAAA GTCGAC-ATGTCTTACCG CGCAAGCAGTTCTCCAAA CTGCAG-TCAGGAACACAAACGATGACGAATATCCGTATCAAA GAATTC-GCGCTGTTTTTTGCGGCGGCGTATAAA CTGCAG-CGCCGTTTCAAGACGAAAAAGTCGAAA GAATTC-GCGGAAACGGTCGAAGAAA CTGCAG-TTAATCTTGTCTTCCGATATACAAA GAATTC-ATGACTGATAATCGGGGGTTTACGAAAAAA GTCGAC-CTTAAGTAACTTGCAGTCCTTATCAAA GAATTC-ATGCAAGCTGTCCGCTACAGGCCAAA CTGCAG-CTATTGCAATGCGCCGCCGCGGGAATGAATGAGCAGGCGAAA GAATTC-ATGGATTTTCGTTTTGACATTATTTACGAATACCGAAA CTGCAG-TTATTTTTTGATGAAATTTTGGGGCGG EcoRIPstIEcoRIPstIEcoRISalIEcoRIPstIEcoRIPstIEcoRIPstISalIPstIEcoRIPstIEcoRIPstIEcoRISatIEcoRIPstIEcoRIPstI
 ORF 130ORF 131ORF 132ORF 133ORF 134ORF 135ORF 136ORF 137ORF 138ORF 139ORF 140ORF 141   正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向反向正向  AAA GAATTC-GCAGTACTTGCCAT TCTCGGTGCGAAA CTGCAG-CTCCGGATCGTCTGTAAACGCATTGC GGATCCCATATG-GAAATTCGGGCAATAAAATCCCG CTCGAG-CCAGCGGACGCGTTCGC GGATCCCATATG-AAAGAAGCGGGGTTTGCCCG CTCGAG-CCAATCTGCCAGCCGTCGCGGATCCCATATG-GAAGATGCAGGGCGCGCCCG CTCGAG-AAACTTGTAGCTCATCGTGC GGATCCCATATG-TCTGTGCAAGCAGTATTGCCCG CTCGAG-ATCCTGTGCCAATGCGGC GGATCCCATATG-CCGTCTGAAAAAGCTTTCCCG CTCGAG-AAATACCGCTGAGGATGCGC GGATCCGCTAGC-ATGAAGCGGCGTATAGCCCCCG CTCGAG-TTCCGAATATTTGGAACTTTTCGC GGATCCCATATG-GGCACGGCGGGAAATACCCG CTCGAG-ATAACGGTATGCCGCCGC GGATCCCATATG-TTTCGTTTACAATTCAGGCCCCG CTCGAG-CGGCGTTTTATAGCGGGC GGATCCCATATG-GCTTTTTTGGCGGTAATGCCCG CTCGAG-TAACGTTTCCGTGCGTTTGC GGATCCCATATG-TTGCCCACAGGCAGCCCCG CTCGAG-GACGATGGCAAACAGCGC GGATCCCATATG-CCGTCTGAAGCAGTCT EcoRIPstIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NheIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeI
ORF 142ORF 143ORF 144ORF 147 反向正向反向正向反向正向反向正向反向 CCCG CTCGAG-ATCTGTTGTTTTTAAAATATTGC GGATCCCATATG-GATAATTCTGGTAGTGAAGCCCG CTCGAG-AAACGTATAGCCTACCTGC GGATCCCATATG-GATACCGCTTTGAACCTCCCG CTCGAG-AATGGCTTCCGCAATATGGC GGATCCCATATG-ACCTTTTTACAACGTTTGCCCCG CTCGAG-AGATTGTTGTTGTTTTTTCGGC GGATCCCATATG-TCTGTCTTTCAAACGGCCCCG CTCGAG-TTTGTTTTTGCAAGACAG XhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoIBamHI-NdeIXhoI
NB：
-限制性位点用下划线表示
-对于ORF110-130，当ORF本身携带EcoRI位点(例如ORF122)时，在正向引物中采用SalI位点。同样，当ORF携带了PstI位点(例如ORF115和127)，在反向引物中采用SalI位点。
                     表II-隆、表达和纯化的归纳
   ORF  PCR/克隆  His-融合物表达  GST-融合物表达      纯化
  orf1     +     +     +   His-融合物
  orf2     +     +     +   GST-融合物
  orf2.1     +     未测定     +   GST-融合物
  orf4     +     +     +   His-融合物
  orf5     +     未测定     +   GST-融合物
  orf6     +     +     +   GST-融合物
  orf7     +     +     +   GST-融合物
  orf8     +     未测定     未测定
  orf9     +     +     +   GST-融合物
  orf10     +     未测定     未测定
  orf11     +     未测定     未测定
  orf13     +     未测定     +   GST-融合物
  orf15     +     +     +   GST-融合物
  orf17     +     未测定     未测定
  orf18     +     未测定     未测定
  orf19     +     未测定     未测定
  orf20     +     未测定     未测定
  orf22     +     +     +   GST-融合物
  orf23     +     +     +   His-融合物
  orf24     +     未测定     未测定
  orf25     +     +     +   His-融合物
  orf26     +     未测定     未测定
  orf27     +     +     +   GST-融合物
  orf28     +     +     +   GST-融合物
  orf29     +     未测定     未测定
  orf32     +     +     +   His-融合物
  orf33     +     未测定     未测定
  orf35     +     未测定     未测定
    orf37     +-     +     +   GST-融合物
    orf58     +     未测定     未测定
    orf65     +     未测定     未测定
    orf66     +     未测定     未测定
    orf72     +     +     未测定   His-融合物
    orf73     +     未测定     +   未测定
    orf75     +     未测定     未测定
    orf76     +     +     未测定   His-融合物
    orf79     +     +     未测定   His-融合物
    orf83     +     未测定     +   未测定
    orf84     +     未测定     未测定
    orf85     +     未测定     +   GST-融合物
    orf89     +     未测定     +   GST-融合物
    orf97     +     +     +   GST-融合物
    orf98     +     未测定     未测定
    orf100     +     未测定     未测定
    orf101     +     未测定     未测定
    orf102     +     未测定     未测定
    orf103     +     未测定     未测定
    orf104     +     未测定     未测定
    orf105     +     未测定     未测定
    orf106     +     +     +   His-融合物
    orf109     +     未测定     未测定
    orf110     +     未测定     未测定
    orf111     +     +     未测定   His-融合物
    orf113     +     +     未测定   His-融合物
    orf115   未测定     未测定     未测定
    orf119     +     +     未测定   His-融合物
    orf120     +     +     未测定   His-融合物
    orf121     +     未测定     未测定
    orf122     +     +     未测定   His-融合物
  orf125     +     +     未测定   His-融合物
  orf126     +     +     未测定   His-融合物
  orf127     +     +     未测定   His-融合物
  orf128     +     未测定     未测定
  orf129     +     +     未测定   His-融合物
  orf130     +     未测定     未测定
  orf131     +     +     +   未测定
  orf132     +     +     +   His-融合物
  orf133     +     未测定     +   GST-融合物
  orf134     +     未测定     未测定
  orf135     +     未测定     未测定
  orf136     +     未测定     未测定
  orf137     +     未测定     +   GST-融合物
  orf138     +     未测定     +   GST-融合物
  orf139     +     未测定     未测定
  orf140     +     未测定     未测定
  orf141     +     未测定     未测定
  orf142     +     未测定     未测定
  orf143     +     未测定     未测定
  orf144     +     未测定     +   未测定
  orf147     +     未测定     未测定

Claims (17)

1.一种蛋白，它包含选自SEQ ID 2、4、6和8的氨基酸序列。
2.一种核酸分子，它编码权利要求1所述的蛋白。
3.根据权利要求2所述的核酸分子，它包含选自SEQ ID 1、3、5和7的核苷酸序列。
4.一种蛋白，它包含选自SEQ ID 2，4，6，8，10，12，14，16，18，20，22，24，26，28，30，32，34，36，38，40，42，44，46，48，50，52，54，56，58，60，62，64，66，68，70，72，74，76，78，80，82，84，86，88，90，92，94，96，98，100，102，104，106，108，110，112，114，116，118，120，122，124，126，128，130，132，134，136，138，140，142，144，146，148，150，152，154，156，158，160，162，164，166，168，170，172，174，176，178，180，182，184，186，188，190，192，194，196，198，200，202，204，206，208，210，212，214，216，218，220，222，224，226，228，230，232，234，236，238，240，242，244，246，248，250，252，254，256，258，260，262，264，266，268，270，272，274，276，278，280，282，284，286，288，290，292，294，296，298，300，302，304，306，308，310，312，314，316，318，320，322，324，326，328，330，332，334，336，338，340，342，344，346，348，350，352，354，356，358，360，362，364，366，368，370，372，374，376，378，380，382，384，386，388，390，392，394，396，398，400，402，404，406，408，410，412，414，416，418，420，422，424，426，428，430，432，434，436，438，440，442，444，446，448，450，452，454，456，458，460，462，464，466，468，470，472，474，476，478，480，482，484，486，488，490，492，494，496，498，500，502，504，506，508，510，512，514，516，518，520，522，524，526，528，530，532，534，536，538，540，542，544，546，548，550，552，554，556，558，560，562，564，566，568，570，572，574，576，578，580，582，584，586，588，590，592，594，596，598，600，602，604，606，608，610，612，614，616，618，620，622，624，626，628，630，632，634，636，638，640，642，644，646，648，650，652，654，656，658，660，662，664，666，668，670，672，674，676，678，680，682，684，686，688，690，692，694，696，698，700，702，704，706，708，710，712，714，716，718，720，722，724，726，728，730，732，734，736，738，740，742，744，746，748，750，752，754，756，758，760，762，764，766，768，770，772，774，776，778，780，782，784，786，788，790，792，794，796，798，800，802，804，806，808，810，812，814，816，818，820，822，824，826，828，830，832，834，836，838，840，842，844，846，848，850，852，854，856，858，860，862，864，866，868，870，872，874，876，878，880，882，884，886，888，890，和892的氨基酸序列。
5.一种蛋白质，它与权利要求4所述的蛋白质的序列相同性为50％或更高。
6.一种蛋白质，它包含选自SEQ ID 2，4，6，8，10，12，14，16，18，20，22，24，26，28，30，32，34，36，38，40，42，44，46，48，50，52，54，56，58，60，62，64，66，68，70，72，74，76，78，80，82，84，86，88，90，92，94，96，98，100，102，104，106，108，110，112，114，116，118，120，122，124，126，128，130，132，134，136，138，140，142，144，146，148，150，152，154，156，158，160，162，164，166，168，170，172，174，176，178，180，182，184，186，188，190，192，194，196，198，200，202，204，206，208，210，212，214，216，218，220，222，224，226，228，230，232，234，236，238，240，242，244，246，248，250，252，254，256，258，260，262，264，266，268，270，272，274，276，278，280，282，284，286，288，290，292，294，296，298，300，302，304，306，308，310，312，314，316，318，320，322，324，326，328，330，332，334，336，338，340，342，344，346，348，350，352，354，356，358，360，362，364，366，368，370，372，374，376，378，380，382，384，386，388，390，392，394，396，398，400，402，404，406，408，410，412，414，416，418，420，422，424，426，428，430，432，434，436，438，440，442，444，446，448，450，452，454，456，458，460，462，464，466，468，470，472，474，476，478，480，482，484，486，488，490，492，494，496，498，500，502，504，506，508，510，512，514，516，518，520，522，524，526，528，530，532，534，536，538，540，542，544，546，548，550，552，554，556，558，560，562，564，566，568，570，572，574，576，578，580，582，584，586，588，590，592，594，596，598，600，602，604，606，608，610，612，614，616，618，620，622，624，626，628，630，632，634，636，638，640，642，644，646，648，650，652，654，656，658，660，662，664，666，668，670，672，674，676，678，680，682，684，686，688，690，692，694，696，698，700，702，704，706，708，710，712，714，716，718，720，722，724，726，728，730，732，734，736，738，740，742，744，746，748，750，752，754，756，758，760，762，764，766，768，770，772，774，776，778，780，782，784，786，788，790，792，794，796，798，800，802，804，806，808，810，812，814，816，818，820，822，824，826，828，830，832，834，836，838，840，842，844，846，848，850，852，854，856，858，860，862，864，866，868，870，872，874，876，878，880，882，884，886，888，890和892的氨基酸序列的片段。
7.一种抗体，它结合权利要求4至6任一所述的蛋白质。
8.一种核酸分子，它编码权利要求4至6任一所述的蛋白质。
9.根据权利要求8所述的核酸分子，它包括选自SEQ ID 1，3，5，7，9，11，13，15，17，19，21，23，25，27，29，31，33，35，37，39，41，43，45，47，49，51，53，55，57，59，61，63，65，67，69，71，73，75，77，79，81，83，85，87，89，91，93，95，97，99，101，103，105，107，109，111，113，115，117，119，121，123，125，127，129，131，133，135，137，139，141，143，145，147，149，151，153，155，157，159，161，163，165，167，169，171，173，175，177，179，181，183，185，187，189，191，193，195，197，199，201，203，205，207，209，211，213，215，217，219，221，223，225，227，229，231，233，235，237，239，241，243，245，247，249，251，253，255，257，259，261，263，265，267，269，271，273，275，277，279，281，283，285，287，289，291，293，295，297，299，301，303，305，307，309，311，313，315，317，319，321，323，325，327，329，331，333，335，337，339，341，343，345，347，349，351，353，355，357，359，361，363，365，367，369，371，373，375，377，379，381，383，385，387，389，391，393，395，397，399，401，403，405，407，409，411，413，415，417，419，421，423，425，427，429，431，433，435，437，439，441，443，445，447，449，451，453，455，457，459，461，463，465，467，469，471，473，475，477，479，481，483，485，487，489，491，493，495，497，499，501，503，505，507，509，511，513，515，517，519，521，523，525，527，529，531，533，535，537，539，541，543，545，547，549，551，553，555，557，559，561，563，565，567，569，571，573，575，577，579，581，583，585，587，589，591，593，595，597，599，601，603，605，607，609，611，613，615，617，619，621，623，625，627，629，631，633，635，637，639，641，643，645，647，649，651，653，655，657，659，661，663，665，667，669，671，673，675，677，679，681，683，685，687，689，691，693，695，697，699，701，703，705，707，709，711，713，715，717，719，721，723，725，727，729，731，733，735，737，739，741，743，745，747，749，751，753，755，757，759，761，763，765，767，769，771，773，775，777，779，781，783，785，787，789，791，793，795，797，799，801，803，805，807，809，811，813，815，817，819，821，823，825，827，829，831，833，835，837，839，841，843，845，847，849，851，853，855，857，859，861，863，865，867，869，871，873，875，877，879，881，883，885，887，889和891的核苷酸序列。
10.一种核酸分子，它包含选自SEQ ID 1，3，5，7，9，11，13，15，17，19，21，23，25，27，29，31，33，35，37，39，41，43，45，47，49，51，53，55，57，59，61，63，65，67，69，71，73，75，77，79，81，83，85，87，89，91，93，95，97，99，101，103，105，107，109，111，113，115，117，119，121，123，125，127，129，131，133，135，137，139，141，143，145，147，149，151，153，155，157，159，161，163，165，167，169，171，173，175，177，179，181，183，185，187，189，191，193，195，197，199，201，203，205，207，209，211，213，215，217，219，221，223，225，227，229，231，233，235，237，239，241，243，245，247，249，251，253，255，257，259，261，263，265，267，269，271，273，275，277，279，281，283，285，287，289，291，293，295，297，299，301，303，305，307，309，311，313，315，317，319，321，323，325，327，329，331，333，335，337，339，341，343，345，347，349，351，353，355，357，359，361，363，365，367，369，371，373，375，377，379，381，383，385，387，389，391，393，395，397，399，401，403，405，407，409，411，413，415，417，419，421，423，425，427，429，431，433，435，437，439，441，443，445，447，449，451，453，455，457，459，461，463，465，467，469，471，473，475，477，479，481，483，485，487，489，491，493，495，497，499，501，503，505，507，509，511，513，515，517，519，521，523，525，527，529，531，533，535，537，539，541，543，545，547，549，551，553，555，557，559，561，563，565，567，569，571，573，575，577，579，581，583，585，587，589，591，593，595，597，599，601，603，605，607，609，611，613，615，617，619，621，623，625，627，629，631，633，635，637，639，641，643，645，647，649，651，653，655，657，659，661，663，665，667，669，671，673，675，677，679，681，683，685，687，689，691，693，695，697，699，701，703，705，707，709，711，713，715，717，719，721，723，725，727，729，731，733，735，737，739，741，743，745，747，749，751，753，755，757，759，761，763，765，767，769，771，773，775，777，779，781，783，785，787，789，791，793，795，797，799，801，803，805，807，809，811，813，815，817，819，821，823，825，827，829，831，833，835，837，839，841，843，845，847，849，851，853，855，857，859，861，863，865，867，869，871，873，875，877，879，881，883，885，887，889和891的核苷酸序列的片段。
11.一种核酸分子，它包含与权利要求8至10任一所述的核酸分子互补的核苷酸序列。
12.一种核酸分子，它包含的核苷酸序列与权利要求8至11任一所述的核酸分子的序列相同性为50％或更高。
13.一种核酸分子，它能在高度严谨的条件下与权利要求8至12任一所述的核酸分子杂交。
14.一种组合物，它包含前述任一权利要求所述的蛋白质、核酸分子或抗体。
15.根据权利要求14所述的组合物，它是疫苗组合物或诊断组合物。
16.权利要求14或15所述的组合物作为药剂的应用。
17.权利要求14所述的组合物在生产用于治疗或预防由于奈瑟球菌引起的感染的药剂中的应用。
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