CN1519353A - Lss基因第三号外显子多态性 - Google Patents

Abstract

本发明涉及LSS基因第三号外显子的单核苷酸多态性(SNP)。本发明提供了分析LSS基因第三号外显子的SNP或其活性的方法。本发明的SNP是SEQ ID NO：1所示序列的人LSS基因第三号外显子的第211位的G－＞A多态性。该SNP导致编码蛋白第18位发生Thr(T)－＞Ala(A)改变，从而改变了蛋白活性。

Description

LSS基因第三号外显子多态性

技术领域

本发明涉及LSS基因第三号外显子的单核苷酸多态性。本发明还涉及分析LSS基因第三号外显子的等位基因突变的方法。

背景技术

Holoprosencephaly(HPE)是最常见的一种人脑先天性缺陷症。其表现为大脑左右两个半球不同程度地不完全分离开来，同时颅骨也不规则。研究发现，人的羊毛甾醇合成酶基因LSS(lanosterol synthase gene)和HPE1基因同处在人21号染色体相近区段，并在HPE患者中普遍表现为LSS基因异常。因此，研究者认为，LSS基因在HPE发病机理中扮演了关键角色。(Hum Genet 1999 Nov；105(5)：489-95)。

在本申请之前，还没有LSS基因第三号外显子多态性的相关报道。

发明内容

本发明的目的就是提供LSS基因第三号外显子的多态性及其检测方法。

在本发明的第一方面，提供了一种检测人LSS基因第三号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤：

(a)确定在人LSS基因第三号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第211位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

在一优选例中，所述的单核苷酸多态性是在第211位存在A。

在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第211位为A。

在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人LSS基因第三号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第211位单核苷酸多态性的扩增产物。

在本发明的第四方面，提供了一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人LSS基因第三号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第211位单核苷酸多态性。

一种试剂盒包括：

(1)特异性扩增人LSS基因第三号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的LSS基因第三号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第211位单核苷酸多态性。

另一种诊断试剂盒包括：本发明上述的引物和/或本发明上述的寡核苷酸探针。

具体实施方式

本发明人通过广泛而深入的研究，已经发现了LSS基因第三号外显子所编码的蛋白序列中第18位Thr(T)->Ala(A)多态(即mRNA上211位G->A多态性)，在此基础上完成了本发明。

根据对正常人LSS基因测序结果，发现了该SNP。经分析发现，该SNP导致第18位氨基酸由Thr(T)->Ala(A)。由于这是不同性质氨基酸的置换，因此，会导致LSS基因第三号外显子所编码的蛋白活性发生改变。

LSS基因第三号外显子的cDNA序列列于SEQ ID NO：1，其中开放阅读框为第160-315位，其所编码的氨基酸序列列于SEQ ID NO：2。LSS基因第三号外显子的基因组序列可以从GenBank中获得。

本领域的技术人员知道，有大量的分析技术可用于检测LSS基因第三号外显子中所述位点是否存在单核苷酸多态性。这些技术包括(但并不限于)：DNA测序、杂交测序；酶促错配切割、异源双链分析、点杂交、寡核苷酸阵列(DNA芯片)、Mini-sequencing、Taqman技术、分子信标等，变性高效液相色谱法(DHPLC)。

另一方面，本发明的检测方法被用于评估个体患LSS基因第三号外显子相关疾病的易感性。

用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于检测LSS基因第三号外显子活性而言，可以任何含有LSS基因第三号外显子的样品，如血液等。

用于本发明方法或检测试剂盒的引物和探针，根据LSS基因第三号外显子的cDNA序列(SEQ ID NO：1的序列)或基因组序列进行设计，并可用常规的合成技术进行合成即可。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York：ColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1

基因的抽提和测序

用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正至20ng/ul后，用于常规PCR扩增。引物是：

有义引物：5’-ctttgctgag gtgtgatgct c-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-agagtttgcc agcccttttc t-3’(SEQ ID NO：4)

扩增出的450bp的产物，纯化后进行DNA测序。

实施例2

SNP的获得

对LSS基因进行直接测序。将测定的各样本序列进行比较，从而得出序列的差异，获得SNP。

实施例3

检测试剂盒

制备一检测LSS基因相关疾病易感性的检测试剂盒，其中，含有下列可扩增出211位SNP的引物对：

有义引物：5’-ctttgctgag gtgtgatgct c-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-agagtttgcc agcccttttc t-3’(SEQ ID NO：4)

对扩增产物与正常对照用变性高效液相色谱仪(DHPLC)进行色谱分析，可轻易地检测出211位的G->A型SNP。

在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

                                        SEQUENCE LISTING

<110>上海人类基因组研究中心

<120>LSS基因第三号外显子多态性

<130>030115

<160>4

<170>PatentIn version 3.1

<210>1

<211>450

<212>DNA

<213>Homo sapiens

<220>

<221>CDS

<222>(160)..(315)

<223>

<400>1

ctttgctgag gtgtgatgct ctcatcaaag agtttcagac ttttgatgga aacagctgaa     60

acttttaaag taatttacat tcactgtttt gacttgggct gtatgtgaag agggttcctc    120

tggccgggca acagtcccgt cagctatctc tttttttttt ttt tcg atc tct ttg      174

                                            Phe Ser Ile Ser Leu

                                            1               5

cag aag aat tac ttt aag gac ttg ccc aaa gcc cac acc gcc ttt gag      222

Gln Lys Asn Tyr Phe Lys Asp Leu Pro Lys Ala His Thr Ala Phe Glu

                10                  15                  20

ggg gct ctg aac ggg atg aca ttt tac gtg ggg ctg cag gct gag gat      270

Gly Ala Leu Asn Gly Met Thr Phe Tyr Val Gly Leu Gln Ala Glu Asp

            25                  30                  35

ggg cac tgg acg ggt gat tat ggt ggc cca ctt ttc ctc ctg cca          315

Gly His Trp Thr Gly Asp Tyr Gly Gly Pro Leu Phe Leu Leu Pro

        40                  45                  50

ggtaggagta tgctgcccca gcctgatggt atggccaccc tggatcaccc ttgggatcct    375

ggcccagcct ggtctagggt tttgatgaag caggtgaaaa tccaggggct cacaagaaaa    435

gggctggcaa actct                                                     450

<210>2

<211>52

<212>PRT

<213>Homo sapiens

<400>2

Phe Ser Ile Ser Leu Gln Lys Asn Tyr Phe Lys Asp Leu Pro Lys Ala

1               5                   10                  15

His Thr Ala Phe Glu Gly Ala Leu Asn Gly Met Thr Phe Tyr Val Gly

            20                  25                  30

Leu Gln Ala Glu Asp Gly His Trp Thr Gly Asp Tyr Gly Gly Pro Leu

        35                  40                  45

Phe Leu Leu Pro

    50

<210>3

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>3

ctttgctgag gtgtgatgct c                                               21

<210>4

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>4

agagtttgcc agcccttttc t                                               21

Claims (7)

1.一种检测人LSS基因第三号外显子的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，它包括步骤：

(a)确定在人LSS基因第三号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第211位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的单核苷酸多态性是在第211位存在A。

3.一种分离核酸，其特征在于，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第211位为A。

4.一种等位基因特异性的核酸引物，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人LSS基因第三号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第211位单核苷酸多态性的扩增产物。

5.一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人LSS基因第三号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第211位单核苷酸多态性。

6.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：

(1)特异性扩增人LSS基因第三号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的LSS基因第三号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第211位单核苷酸多态性。

7.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：权利要求4所述的引物和/或权利要求5所述的寡核苷酸探针。