CN118339302A - 用于治疗听力损失的基因疗法递送组合物和方法 - Google Patents
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Abstract
本公开提供了包含编码序列的构建体,所述编码序列可操作地连接至在外毛细胞中表达多核苷酸的启动子,其中所述编码序列编码多肽(例如,异源多肽)。示例性构建体包括AAV构建体。还提供了使用所公开的构建体来治疗听力损失和/或耳聋的方法。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2021年9月30日提交的序列号为63/251,017的美国临时专利申请的优先权,所述申请的全部内容以引用的方式并入本文。
对电子提交的序列表的引用
电子提交的序列表(名称:4833_013PC01_SeqListing_ST26.xml;大小:164,451字节;及创建日期:2022年9月29日)的内容以引用的方式整体并入本文。
背景技术
听力损失可以是传导性的(从耳道或中耳引起的)、感觉神经性的(从内耳或听觉神经引起)或混合性的。大多数形式的非综合征性耳聋都与内耳结构受损引起的永久性听力损失(感觉神经性耳聋)相关,尽管一些形式可能涉及中耳的变化(传导性听力损失)。人的大部分感觉神经性听力损失是由耳蜗中Corti器的毛细胞异常(毛细胞功能差)引起的。毛细胞在出生时可能是异常的,或者在个体的一生中可能会受到损害(例如,由于噪音创伤或感染所致)。
当前,用于听力损失的治疗包括针对轻度至重度损失的听力放大和针对重度至极度损失的耳蜗植入(Kral和O'Donoghue,2010,N.Engl.J.Med.363:1438-1450)。需要改进的用于非综合征性耳聋和其他形式的听力损失的治疗选择。
发明内容
本公开的某些方面涉及一种包含编码多肽的多核苷酸的构建体,所述多核苷酸可操作地连接至在外毛细胞中表达所述多核苷酸的启动子,其中所述启动子选自以下一项或多项:癌调蛋白(OCM)启动子、prestin启动子、胆碱能受体烟碱α10(CHRNA10)启动子、动力蛋白3(DNM3)启动子、粘蛋白14(MUC15)启动子、磷脂酶D(PLDB1)启动子、RAR相关孤儿受体B(RORB)启动子、纹状蛋白相互作用蛋白2(STRIP2)启动子、水通道蛋白11(AQP11)启动子、钾电压门控通道亚家族Q成员4(KCNQ4)启动子、LBH启动子、硬纤毛蛋白(STRC)启动子、微管蛋白α8(TUBA8)启动子或它们的组合。癌调蛋白(OCM)启动子。
本公开的某些方面涉及一种包含编码多肽的多核苷酸的构建体,所述多核苷酸可操作地连接至在外毛细胞中表达所述多核苷酸的启动子,其中所述启动子与所述多核苷酸异源。
在一些方面,启动子包含与SEQ ID NO:1-15中任一者具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
本公开的某些方面涉及一种包含编码多肽的多核苷酸的构建体,所述多核苷酸可操作地连接至在外毛细胞中表达所述多核苷酸的启动子,其中所述启动子包含与SEQ IDNO:1-15中任一者具有至少85%、至少90%、具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,prestin启动子包含与SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:15具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,癌调蛋白(OCM)启动子包含与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,所述启动子与所述多核苷酸异源。
在一些方面,多肽是外毛细胞多肽、治疗性多肽或报告多肽。
在一些方面,编码外毛细胞多肽的多核苷酸包含选自以下的基因:肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物(eyes absent homolog)1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(glutaredoxin,cysteine-rich 1)(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(leucine-rich transmembrane and O-methyltransferase domain-containing,LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(tricellulin)(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(otoferlin)(OTOF)、耳胶蛋白(otogelin)样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体(purinergic recetpro)P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(polyribonucleotide nucleotidyltransferase 1,mitochondrial)(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(stereocilin)(STRC)、核膜血影重复蛋白(nesprin)4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(whirlin)(WHRN),或它们的任何组合。
本公开的某些方面涉及使用本文所公开的构建体、载体、病毒颗粒(例如,AAV)、细胞、组合物和药物组合物用于在外毛细胞中表达多肽的方法。
本公开的某些方面涉及使用本文所公开的构建体、载体、病毒颗粒(例如,AAV)、细胞、组合物和药物组合物用于增加多肽在外毛细胞中的表达的方法。在一些方面,增加的表达是相对于外毛细胞中的内源多肽表达而言的。
本公开的某些方面涉及使用本文所公开的构建体、载体、病毒颗粒(例如,AAV)、细胞、组合物和药物组合物用于治疗听力损失的方法。
附图说明
图1A至图1C描绘了包括外毛细胞启动子的构建体的KCNQ4蛋白的体外表达。图1A显示了用500ng包含由prestin、癌调蛋白、CMV或CAG启动子驱动的构建体的示例性质粒转染的HEK293细胞中的KCNQ4-FLAG蛋白水平(“KCNQ4-FLAG”)(红色条带,白色框)。GAPDH显示为加载对照(绿色)。图1B显示了用400ng包含由DNM3、STRIP2、MUC15、LBD1、RORB、CHRNA10、prestin、癌调蛋白或CMV启动子驱动的构建体的示例性质粒转染的HEK293细胞中的KCNQ4-FLAG蛋白水平(红色条带,白色框)。GAPDH显示为加载对照(绿色)。图1C显示了用400ng包含由AQP11、KCNQ4、LBH、TUBA8、STRC、prestin、癌调蛋白或CMV启动子驱动的构建体的示例性质粒转染的HEK293细胞中的KCNQ4-FLAG蛋白水平(红色条带,白色框)。GAPDH显示为加载对照(绿色)。
图2示出了根据本公开的方面,用于将流体递送至内耳的装置的透视图。
图3示出了根据本公开的方面,弯针子组件的侧视图。
图4示出了根据本公开的方面,用于将流体递送至内耳的装置的透视图。
图5示出了根据本公开的方面,耦接至装置远端的弯针子组件的透视图。
图6A至图6C描绘了在prestin启动子控制下编码KCNQ4蛋白的rAAV构建体的体内表达。图6A显示了将包含SEQ ID NO:26的构建体的rAAV颗粒施用至出生后第2天Kcnq4dn/+KI小鼠的内耳后28天耳蜗中F-肌动蛋白的鬼笔环肽染色。图6B显示了将包含SEQ ID NO:26的构建体的rAAV颗粒施用至出生后第2天Kcnq4dn/+KI小鼠的内耳后28天外毛细胞中异源KCNQ4的表达。图6C显示了将包含SEQ ID NO:26的构建体的rAAV颗粒施用至出生后第2天Kcnq4dn/+KI小鼠的内耳后28天在耳蜗的16kHz频率位置的外毛细胞中异源KCNQ4表达的放大视图。
定义
本公开的范围由所附权利要求书限定并且不受本文所述的某些方面限制。阅读本说明书的本领域技术人员将意识到可以等效于此类所描述的方面或以其他方式处于权利要求书的范围内的各种修改。一般而言,除非另有明确指示,否则本文所用的术语与其在本领域中所理解的含义一致。下文提供了某些术语的明确定义;在本说明书通篇,在特定情况下这些和其他术语的含义对于本领域技术人员而言将从上下文显而易见。
在权利要求书中使用诸如“第一”、“第二”、“第三”的顺序术语来修饰权利要求要素本身并不意味着一个权利要求要素相对于另一个权利要求要素的任何优先权、优先级或顺序或者执行方法动作的时间顺序,而仅用作将具有特定名称的一个权利要求要素与具有相同名称(但使用顺序术语)的另一个要素区分开以区分所述权利要求要素的标记。
除非相反地明确指示,否则如本文所用,冠词“一个/种(a/an)”应理解为包括复数指示物。除非相反地指示或从上下文另外显而易见,否则如果在给定的产物或过程中存在、采用或以其他方式涉及一个、多于一个或所有组成员,则认为满足在组的一个或多个成员之间包括“或”的权利要求或描述。在一些方面,在给定的产物或过程中存在、采用或以其他方式涉及组的仅一个成员。在一些方面,在给定的产物或过程中存在、采用或以其他方式涉及多于一个或所有组成员。应了解,除非另有指示或除非本领域普通技术人员将显而易见会出现矛盾或不一致,否则本公开涵盖将来自一个或多个所列权利要求的一个或多个限制、要素、条款、描述性术语等引入从属于同一独立权利要求(或相关的任何其他权利要求)的另一权利要求中的所有变化、组合和排列。在要素以列表(例如,以马库什组(Markushgroup)或类似格式)呈现的情况下,应了解,还公开了要素的每个子组,并且可以从所述组中去除任何要素。应了解,一般而言,在方面或方面被称作“包含”特定要素、特征等的情况下,某些方面或方面“由此类要素、特征等组成”或“基本上由此类要素、特征等组成”。为简单起见,那些方面并未在每种情况下在本文中用如此多的词语具体阐述。还应了解,任何实施方案或方面可以从权利要求书中明确排除,无论本说明书中是否叙述特定排除情况。
在本说明书通篇,每当多核苷酸或多肽由字母序列(例如,A、C、G和T,在多核苷酸的情况下分别表示腺苷、胞苷、鸟苷和胸苷)表示时,此类多核苷酸或多肽从左至右以5'至3'或N末端至C末端的顺序呈现。
施用:如本文所用,术语“施用”通常是指向受试者或系统施用构建体或组合物以实现剂向受试者或系统的递送。在一些方面,剂是组合物或包含于组合物中;在一些方面,通过组合物或其一种或多种组分的代谢产生剂。本领域普通技术人员将意识到在适当情况下可以用于向受试者(例如,人)施用的多种途径。举例而言,在一些方面,施用可以是全身或局部。在一些方面,全身施用可以是静脉内。在一些方面,施用可以是局部。局部施用可以涉及递送至耳蜗外淋巴,例如,经由在小管切开术之后注射穿过圆窗膜或注射至鼓阶中,中阶注射穿过内淋巴、外淋巴和/或内淋巴。在一些方面,施用可以仅涉及单个剂量。在一些方面,施用可以涉及施加固定数目的剂量。在一些方面,施用可以涉及间歇性(例如,时间上隔开的多个剂量)给药和/或周期性(例如,由共同的时间段隔开的单独剂量)给药。在一些方面,施用可以涉及连续给药(例如,灌注)持续至少所选的时间段。
等位基因:如本文所用,术语“等位基因”是指特定多态性基因组基因座的两个或更多个现有遗传变体中的一者。
改善:如本文所用,术语“改善”是指受试者的状态的预防、减轻或缓和,或受试者的状态的好转。改善可以包括但不要求疾病、病症或疾患的完全恢复或完全预防。
氨基酸:在最广泛的意义上,如本文所用,术语“氨基酸”是指可以例如通过形成一个或多个肽键而并入多肽链中的任何化合物和/或物质。在一些方面,氨基酸具有通用结构,例如,H2N-C(H)(R)-COOH。在一些方面,氨基酸是天然存在的氨基酸。在一些方面,氨基酸是非天然氨基酸;在一些方面,氨基酸是D-氨基酸;在一些方面,氨基酸是L-氨基酸。“标准氨基酸”是指天然存在的肽中通常发现的二十种标准L-氨基酸中的任一者。“非标准氨基酸”是指除标准氨基酸之外的任何氨基酸,无论其以合成方式制备还是从天然来源获得。在一些方面,氨基酸,包括多肽中的羧基和/或氨基末端氨基酸,与如上文所示的通用结构相比可以含有结构修饰。举例而言,在一些方面,氨基酸可以通过与通用结构相比进行甲基化、酰胺化、乙酰化、聚乙二醇化、糖基化、磷酸化和/或取代(例如,氨基、羧酸基、一个或多个质子和/或羟基)而修饰。在一些方面,与含有其他方面相同的未经修饰的氨基酸的多肽相比,此种修饰可以例如改变含有经修饰的氨基酸的多肽的循环半衰期。在一些方面,与含有其他方面相同的未经修饰的氨基酸的多肽相比,此种修饰并不显著改变含有经修饰的氨基酸的多肽的相关活性。
大约或约:如本文所用,术语“大约”或“约”可以应用于一个或多个目标值,包括与规定参考值类似的值。在一些方面,除非另有规定或从上下文另外显而易见(此种数值将超过可能值的100%的情况除外),否则术语“大约”或“约”是指处于规定参考值的±10%(大于或小于)以内的值的范围。举例而言,在一些方面,术语“大约”或“约”可以涵盖处于参考值的10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更小以内的值的范围。
相关:如本文所用,术语“相关”将两个事件或实体描述为彼此“相关”,条件为一者的存在、水平和/或形式与另一者的存在、水平和/或形式相关联。举例而言,特定实体(例如,多肽、遗传签名、代谢物、微生物等)应视为与特定疾病、病症或疾患相关,条件为其存在、水平和/或形式与疾病、病症或疾患的发生率和/或易感性(例如,在相关群体中)相关联。在一些方面,两个或更多个实体在物理上彼此“相关”,条件为其直接或间接相互作用,使得其彼此和/或保持彼此物理接近。在一些方面,彼此物理相关的两个或更多个实体彼此共价连接;在一些方面,彼此物理相关的两个或更多个实体彼此不共价连接,但非共价相关,例如,借助于氢键、范德华相互作用(van der Waals interaction)、疏水相互作用、磁性以及它们的组合。
生物活性:如本文所用,术语“生物活性”是指由目标剂或实体实现的可观察到的生物作用或结果。举例而言,在一些方面,特异性结合相互作用是生物活性。在一些方面,生物路径或事件的调节(例如,诱导、增强或抑制)是生物活性。在一些方面,通过检测由目标生物路径或事件产生的直接或间接产物来评估生物活性的存在或程度。
细胞选择性启动子:如本文所用,术语“细胞选择性启动子”是指主要在某些细胞类型中有活性的启动子(例如,特异性基因的转录仅在表达结合至组织特异性启动子的转录调控和/或控制蛋白的细胞内发生)。在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是主要在内耳的一个或多个外毛细胞中有活性的启动子。
特征部分:如本文所用,术语“特征部分”在最广泛的意义上是指物质的一部分,其存在(或不存在)与物质的特定特征、属性或活性的存在(或不存在)相关联。在一些方面,物质的特征部分是在给定的物质中和在共享特定特征、属性或活性的相关物质中发现,而非在不共享特定特征、属性或活性的那些物质中发现的部分。在一些方面,特征部分与完整物质共享至少一种功能性特征。举例而言,在一些方面,蛋白质或多肽的“特征部分”是含有氨基酸连续段或氨基酸连续段的集合的部分,其合在一起是蛋白质或多肽的特征。在一些方面,每个此种连续段一般含有至少2、5、10、15、20、50个或更多个氨基酸。一般而言,物质(例如,蛋白质、抗体等)的特征部分是除上文指定的序列和/或结构同一性以外,与相关完整物质共享至少一种功能性特征的部分。在一些方面,特征部分可以是生物活性的。
特征序列:如本文所用,术语“特征序列”是在多肽或核酸家族的所有成员中发现的序列,并且因此可以由本领域普通技术人员用于定义家族的成员。
特征序列元件:如本文所用,短语“特征序列元件”是指在聚合物(例如,在多肽或核酸中)中发现的序列元件,其代表那种聚合物的特征部分。在一些方面,特征序列元件的存在与聚合物的特定活性或特性的存在或水平相关联。在一些方面,特征序列元件的存在(或不存在)将特定聚合物定义为此类聚合物的特定家族或组的成员(或非成员)。特征序列元件通常包含至少两个单体(例如,氨基酸或核苷酸)。在一些方面,特征序列元件包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50个或更多个单体(例如,连续连接的单体)。在一些方面,特征序列元件包括至少第一段和第二段连续单体,其由一个或多个间隔区间隔开,所述间隔区的长度在共享序列元件的聚合物之间可能有变化或可能无变化。
组合疗法:如本文所用,术语“组合疗法”是指受试者同时暴露于两种或更多种治疗方案(例如,两种或更多种治疗剂)的那些情况。在一些方面,可以同时施用两种或更多种剂。在一些方面,可以依序施用两种或更多种剂。在一些方面,可以在重叠的给药方案中施用两种或更多种剂。
可比较:如本文所用,术语“可比较”是指两种或更多种剂、实体、情形、条件集合、受试者、群体等可能彼此不相同但足够相似以允许在其之间进行比较,使得本领域技术人员将了解可以基于所观察到的差异或相似性合理地得出结论。在一些方面,可比较的剂、实体、情形、条件集合、受试者、群体等的集合由多个基本上相同的特征和一种或少量不同特征来表征。本领域普通技术人员将了解,在上下文中,在任何给定情况下需要何种程度的同一性以将两种或更多种此类剂、实体、情形、条件集合、受试者、群体等视为可比较的。举例而言,本领域普通技术人员将了解,当由足够数目和类型的基本上相同的特征表征时,剂、实体、情形、条件集合、受试者、群体等的集合彼此可比较,以确保以下合理的结论:在环境、刺激、剂、实体、情形、条件集合、受试者、群体等的不同集合下或使用所述不同集合所获得的结果或所观察到的现象的差异由那些不同特征的变化所引起或指示那些不同特征的变化。
构建体:如本文所用,术语“构建体”是指包含能够携带至少一个异源多核苷酸的多核苷酸的组合物。在一些方面,构建体可以是质粒、转座子、粘粒、人工染色体(例如,人人工染色体(HAC)、酵母人工染色体(YAC)、细菌人工染色体(BAC)或P1源性人工染色体(PAC))或病毒载体、衣壳、病毒颗粒,和任何质粒。构建体可以例如包括足以用于表达的顺式作用元件;用于表达的其他元件可以由宿主灵长类动物细胞或在体外表达系统中提供。构建体可以包括当与适当控制元件相关时能够复制的任何遗传元件(例如,质粒、转座子、粘粒、人工染色体,或病毒载体、衣壳、病毒颗粒等)。因此,在一些方面,“构建体”可以包括克隆和/或表达构建体和/或病毒构建体(例如,腺相关病毒(AAV)构建体、腺病毒构建体、慢病毒构建体或逆转录病毒构建体)。
保守:如本文所用,术语“保守”是指描述保守氨基酸取代的情况,包括氨基酸残基由具有类似化学特性(例如,电荷或疏水性)的侧链R基团的另一个氨基酸残基取代。一般而言,保守氨基酸取代基本上不会改变蛋白质目标功能特性,例如,受体结合至配体的能力。具有类似化学特性的侧链的氨基酸组的实例包括:脂族侧链,诸如甘氨酸(Gly、G)、丙氨酸(Ala、A)、缬氨酸(Val、V)、亮氨酸(Leu、L)和异亮氨酸(Ile、I);脂族羟基侧链,诸如丝氨酸(Ser、S)和苏氨酸(Thr、T);含酰胺侧链,诸如天冬酰胺(Asn、N)和谷氨酰胺(Gln、Q);芳族侧链,诸如苯丙氨酸(Phe、F)、酪氨酸(Tyr、Y)和色氨酸(Trp、W);碱性侧链,诸如赖氨酸(Lys、K)、精氨酸(Arg、R)和组氨酸(His、H);酸性侧链,诸如天冬氨酸(Asp、D)和谷氨酸(Glu、E);以及含硫侧链,诸如半胱氨酸(Cys、C)和甲硫氨酸(Met、M)。保守氨基酸取代组包括例如缬氨酸/亮氨酸/异亮氨酸(Val/Leu/Ile、V/L/I)、苯丙氨酸/酪氨酸(Phe/Tyr、F/Y)、赖氨酸/精氨酸(Lys/Arg、K/R)、丙氨酸/缬氨酸(Ala/Val、A/V)、谷氨酸/天冬氨酸(Glu/Asp、E/D)和天冬酰胺/谷氨酰胺(Asn/Gln、N/Q)。在一些方面,保守氨基酸取代可以是用丙氨酸取代蛋白质中的任何天然残基,例如,用于丙氨酸扫描诱变中。在一些方面,进行保守取代,其在Gonnet等人,1992,Science 256:1443-1445中公开的PAM250对数似然矩阵中具有正值,所述文献以引用的方式整体并入本文。在一些方面,取代是适度保守取代,其中所述取代在PAM250对数似然矩阵中具有非负值。本领域技术人员将了解,来自不同物种的相同蛋白质之间不保守的氨基酸的变化(例如,取代、添加、缺失等)不太可能对蛋白质的功能具有影响,并且因此应选择这些氨基酸进行突变。在来自不同物种的相同蛋白质之间保守的氨基酸不应改变(例如,缺失、添加、取代等),因为这些突变更有可能引起蛋白质功能的变化。示例性保守氨基酸取代示于表1中。
表1.保守氨基酸取代
对照:如本文所用,术语“对照”是指“对照”作为比较结果的标准的本领域理解的含义。通常,对照用于通过分离变量以得出关于此类变量的结论来增强实验中的完整性。在一些方面,对照是与测试反应或测定同时进行以提供比较的反应或测定。举例而言,在一个实验中,应用“测试”(即,所测试的变量)。在第二个实验中,不应用“对照”,即,所测试的变量。在一些方面,对照是历史对照(例如,先前进行的测试或测定,或先前已知的量或结果)。在一些方面,对照是或包括印刷或以其他方式保存的记录。在一些方面,对照是阳性对照。在一些方面,对照是阴性对照。
确定、测量、评价、评估、测定和分析:如本文所用,术语“确定”、“测量”、“评价”、“评估”、“测定”和“分析”可以互换使用以指代任何形式的测量,并且包括确定要素是否存在。这些术语包括定量和/或定性确定。测定可以是相对或绝对的。举例而言,在一些方面,“测定存在”可以是确定所存在的某物的量和/或确定其是否存在。
内源:如本文所用,提及物质或过程是指来源于系统(诸如生物体、组织或细胞)内的天然存在的物质或过程。
工程化:一般而言,如本文所用,术语“工程化”是指已由人工操纵的方面。举例而言,如果已操纵细胞或生物体以改变其遗传信息(例如,通过例如转化、交配、体细胞杂交、转染、转导或其他机制已引入先前不存在的新遗传物质,或者通过例如取代或缺失突变或通过交配方案改变或去除先前存在的遗传物质),则所述细胞或生物体被视为“工程化”。按照惯例并且如本领域技术人员所了解,工程化的多核苷酸或细胞的子代通常仍称作“工程化”,即使实际操纵是对先前的实体进行。
赋形剂:如本文所用,术语“赋形剂”是指可以包含于药物组合物中,例如以提供或有助于所需稠度或稳定作用的无活性(例如,非治疗性)剂。在一些方面,适合的药物赋形剂可以包括例如淀粉、葡萄糖、乳糖、蔗糖、明胶、麦芽、大米、面粉、白垩、硅胶、硬脂酸钠、单硬脂酸甘油酯、滑石、氯化钠、脱脂乳粉、甘油、丙烯、乙二醇、水、乙醇等。
表达:如本文所用,术语核酸序列的“表达”是指从核酸序列产生任何基因产物(例如转录物,例如mRNA,例如多肽等)。在一些方面,基因产物可以是转录物。在一些方面,基因产物可以是多肽。在一些方面,核酸序列的表达涉及以下一项或多项:(1)从DNA序列产生RNA模板(例如,通过转录);(2)RNA转录物的加工(例如,通过剪接、编辑、5'帽形成和/或3'端形成);(3)RNA翻译成多肽或蛋白质;和/或(4)多肽或蛋白质的翻译后修饰。
侧翼:如本文所用,术语“侧翼”是指相对于参考项的末端的位置。举例而言,在提及参考核酸序列时,“侧翼”是指具有在参考核酸序列上游和下游的序列。在一些方面,侧翼参考核酸序列具有邻近参考核酸的5'端定位的第一序列或一系列核苷酸残基以及邻近参考核酸的3'端定位的第二序列或一系列核苷酸残基。在一些方面,上游和/或下游侧翼序列紧邻参考核酸序列。在一些方面,在上游和/或下游侧翼序列与参考核酸序列之间存在间插核酸。
功能性:如本文所用,术语“功能性”描述某物以展现表征其的特性和/或活性的形式存在。举例而言,在一些方面,“功能性”生物分子是呈展现表征其的特性和/或活性的形式的生物分子。在一些此类方面,功能性生物分子相对于另一个非功能性生物分子的特征在于“非功能性”型式不展现与“功能性”分子相同或等效的特性和/或活性。生物分子可以具有一种功能、两种功能(即,双功能性)或许多功能(即,多功能性)。
基因:如本文所用,术语“基因”是指染色体中编码基因产物(例如RNA产物,例如多肽产物)的DNA序列。在一些方面,基因包括编码序列(即,编码特定产物的序列)。在一些方面,基因包括非编码序列。在一些特定方面,基因可以包括编码(例如,外显子)和非编码(例如,内含子)序列两者。在一些方面,基因可以包括例如可以控制或影响基因表达的一个或多个方面(例如,细胞类型特异性表达、诱导性表达等)的一个或多个调控序列(例如,启动子、增强子等)和/或内含子序列。如本文所用,术语“基因”一般是指编码多肽或其片段的核酸的一部分;如本领域普通技术人员从上下文将显而易见,所述术语可以任选地涵盖调控序列。此定义不意图排除将术语“基因”应用于非蛋白质编码表达单元,而是意图澄清在大多数情况下,如本文献中所用的术语是指多肽编码核酸。在一些方面,基因可以编码多肽,但那种多肽可能不具有功能性,例如,基因变体可以编码相对于野生型基因不以相同方式发挥功能或根本不发挥功能的多肽。在一些方面,基因可以编码转录物,在一些方面,所述转录物的毒性可能超过阈值水平。在一些方面,基因可以编码多肽,但那种多肽可能不具有功能性和/或毒性可能超过阈值水平。
毛细胞:如本文所用,术语“毛细胞”或“内耳毛细胞”是指所有脊椎动物耳朵中听觉系统和前庭系统两者的感觉感受器。术语“毛细胞”或“内耳毛细胞”是指内毛细胞和/或外毛细胞。术语“内毛细胞”或“内耳内毛细胞”是指将耳蜗液中的声音振动转换为随后经由听觉神经传递至脑部的电信号的内耳细胞。术语“外毛细胞”或“内耳外毛细胞”是指将机械地进入耳蜗液中的低水平声音放大的内耳细胞。
听力损失:如本文所用,术语“听力损失”可以用于指代活生物体部分或完全无法听到声音。在一些方面,听力损失可以是获得性的。在一些方面,听力损失可以是遗传性的。在一些方面,听力损失可以是基因的。在一些方面,听力损失可能因疾病或创伤(例如,身体创伤、用一种或多种剂治疗导致听力损失等)所致。在一些方面,听力损失可能归因于一种或多种已知遗传原因和/或综合征。在一些方面,听力损失可能具有未知病因。在一些方面,听力损失可能会或可能不会通过使用助听器或其他治疗而减轻。
异源:如本文所用,术语“异源”是源自不同来源的两个或更多个核酸或蛋白质序列之间的关系。在一些方面,可操作地连接至编码蛋白质的核酸的启动子可源自除编码蛋白质的基因之外的不同基因。
同一性:如本文所用,术语“同一性”是指聚合分子之间,例如,核酸分子(例如,DNA分子和/或RNA分子)之间和/或多肽分子之间的总体相关性。在一些方面,如果聚合分子的序列至少25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%同一,则所述聚合分子被视为彼此“基本上相同”。两个核酸或多肽序列的同一性百分比的计算例如可以通过出于最佳比较目的比对两个序列来进行(例如,可以在第一序列和第二序列中的一者或两者中引入空位以用于最佳比对,并且出于比较目的可以忽略不相同的序列)。在一些方面,出于比较目的比对的序列的长度是参考序列长度的至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或基本上100%;然后比较相应位置处的核苷酸。当第一序列中的位置与第二序列中的相应位置由相同残基(例如,核苷酸或氨基酸)占据时,则两个分子(即,第一和第二)在那个位置处相同。两个序列之间的同一性百分比是将为了两个序列的最佳比对而需要引入的空位的数目和每个空位的长度考虑在内,由这两个序列共享的相同位置的数目的函数。序列的比较和两个序列之间的同一性百分比的确定可以使用数学算法来完成。举例而言,两个核苷酸序列之间的同一性百分比可以使用Meyers和Miller(CABIOS,1989,4:11-17,其以引用的方式整体并入本文)的算法来确定,所述算法已并入ALIGN程序(2.0版)中。在一些方面,用ALIGN程序进行的核酸序列比较使用PAM120权重残基表、空位长度罚分12和空位罚分4。
改善、增加、增强、抑制或减少:如本文所用,术语“改善”、“增加”、“增强”、“抑制”、“减少”或其语法等效物指示相对于基线或其他参考测量值的值。在一些方面,值与基线或其他参考测量值具有统计显著差异。在一些方面,适当参考测量值可以是或包括在特定系统中(例如,在单个个体中),在不存在/存在特定剂或治疗(例如,之前和/或之后)其他方面可比较的条件下,或在适当可比较的参考剂存在下的测量值。在一些方面,适当参考测量值可以是或包括在已知或预期以特定方式作出反应的可比较系统中在相关剂或治疗存在下的测量值。在一些方面,适当参考是阴性参考;在一些方面,适当参考是阳性参考。
敲低:如本文所用,术语“敲低”是指一种或多种基因产物的表达减少。在一些方面,抑制性核酸实现敲低。在一些方面,本文所述的基因组编辑系统实现敲低。
敲除:如本文所用,术语“敲除”是指一种或多种基因产物的表达消除。在一些方面,本文所述的基因组编辑系统实现敲除。
核酸:如本文所用,术语“核酸”在最广泛的意义上是指并入或可以并入寡核苷酸链中的任何化合物和/或物质。在一些方面,核酸是经由磷酸二酯键联并入或可以并入寡核苷酸链中的化合物和/或物质。如从上下文将显而易见,在一些方面,“核酸”是指单独核酸残基(例如,核苷酸和/或核苷);在一些方面,“核酸”是指包含单独核酸残基的寡核苷酸链。在一些方面,“核酸”是或包含RNA;在一些方面,“核酸”是或包含DNA。在一些方面,核酸是、包含一个或多个天然核酸残基或由一个或多个天然核酸残基组成。在一些方面,核酸是、包含一个或多个核酸类似物或由一个或多个核酸类似物组成。在一些方面,核酸类似物与核酸的不同之处在于其不利用磷酸二酯主链。或者或另外,在一些方面,核酸具有一个或多个硫代磷酸酯和/或5'-N-亚磷酰胺键联而非磷酸二酯键。在一些方面,核酸是、包含一个或多个天然核苷(例如,腺苷、胸苷、鸟苷、胞苷、尿苷、脱氧腺苷、脱氧胸苷、脱氧鸟苷和脱氧胞苷)或由其组成。在一些方面,核酸是、包含一个或多个核苷类似物(例如,2-氨基腺苷、2-硫胸苷、肌苷、吡咯并嘧啶、3-甲基腺苷、5-甲基胞苷、C-5丙炔基-胞苷、C-5丙炔基-尿苷、2-氨基腺苷、C5-溴尿苷、C5-氟尿苷、C5-碘尿苷、C5-丙炔基-尿苷、C5-丙炔基-胞苷、C5-甲基胞苷、2-氨基腺苷、7-脱氮腺苷、7-脱氮鸟苷、8-氧代腺苷、8-氧代鸟苷、0(6)-甲基鸟嘌呤、2-硫胞苷、甲基化碱基、嵌入碱基以及它们的组合)或由其组成。在一些方面,与天然核酸中的那些相比,核酸包含一个或多个经修饰的糖(例如,2'-氟核糖、核糖、2'-脱氧核糖、阿拉伯糖和己糖)。在一些方面,核酸具有编码功能性基因产物,诸如RNA或蛋白质的核苷酸序列。在一些方面,核酸包括一个或多个内含子。在一些方面,通过以下一种或多种方式制备核酸:从天然来源分离,通过基于互补模板(体内或体外)聚合进行酶促合成,在重组细胞或系统中复制,和化学合成。在一些方面,核酸的长度是至少3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、1 10、120、130、140、150、160、170、180、190、20、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、5000个或更多个残基。在一些方面,核酸是部分或完全单链;在一些方面,核酸是部分或完全双链。在一些方面,核酸具有包含至少一个元件的核苷酸序列,所述至少一个元件编码多肽或与编码多肽的序列互补。在一些方面,核酸具有酶活性。
可操作地连接:如本文所用,是指其中所描述的组分处于允许所述组分以其预期方式发挥功能的关系的并置。“可操作地连接”至功能性元件的控制元件以在与控制元件相容的条件下实现功能性元件的表达和/或活性的方式缔合。在一些方面,“可操作地连接的”控制元件与目标编码元件相连(例如,共价连接);在一些方面,控制元件与目标功能性元件反式作用或以其他方式作用于目标功能性元件。在一些方面,“可操作地连接”是指调控序列与异源核酸序列之间的功能性连接促成后者的表达。举例而言,当第一核酸序列与第二核酸序列处于功能关系时,第一核酸序列与第二核酸序列可操作地连接。在一些方面,例如,功能性连接可以包括转录控制。举例而言,如果启动子影响编码序列的转录或表达,则启动子可操作地连接至编码序列。可操作地连接的DNA序列可以彼此相连,并且例如在有必要连接两个蛋白质编码区的情况下,处于同一阅读框中。
药物组合物:如本文所用,术语“药物组合物”是指其中活性剂与一种或多种药学上可接受的载剂一起配制的组合物。在一些方面,活性剂以适于在治疗方案中施用的单位剂量存在,当向相关群体施用时,所述治疗方案显示出实现预定治疗作用的统计显著概率。在一些方面,药物组合物可以专门配制用于以固体或液体形式施用,包括适于例如施用的那些,例如可注射制剂,例如水性或非水性溶液或悬浮液或经设计以向耳道施用的液滴。在一些方面,药物组合物可以被配制用于经由在特定器官或区室中注射,例如直接注射至耳中,或全身(例如,静脉内)施用。在一些方面,制剂可以是或包含浸液(水性或非水性溶液或悬浮液)、片剂、大丸剂、粉末、颗粒、糊剂、胶囊、粉末等。在一些方面,活性剂可以是或包含分离的、纯化的或纯的化合物。
药学上可接受的:如本文所用,例如关于用于配制如本文所公开的药物组合物的载剂、稀释剂或赋形剂可以使用的术语“药学上可接受的”意指载剂、稀释剂或赋形剂与组合物的其他成分相容并且对其接受者无害。
药学上可接受的载剂:如本文所用,术语“药学上可接受的载剂”意指将主题化合物从一个器官或身体部分携带或转运至另一个器官或身体部分中所涉及的药学上可接受的材料、组合物或媒介物,诸如液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂或溶剂封装材料。在与制剂的其他成分相容并且对患者无害的意义上,每种载剂必须是“可接受的”。可以充当药学上可接受的载剂的材料的一些实例包括:糖,诸如乳糖、葡萄糖和蔗糖;淀粉,诸如玉米淀粉和马铃薯淀粉;纤维素及其衍生物,诸如羧甲基纤维素钠、乙基纤维素和醋酸纤维素;粉状黄蓍胶;麦芽;明胶;滑石;赋形剂,诸如可可脂和栓剂蜡;油,诸如花生油、棉籽油、红花油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油;二醇,诸如丙二醇;多元醇,诸如甘油、山梨糖醇、甘露糖醇和聚乙二醇;酯,诸如油酸乙酯和月桂酸乙酯;琼脂;缓冲剂,诸如氢氧化镁和氢氧化铝;海藻酸;无热原水;等张盐水;林格氏溶液(Ringer's solution);乙醇;pH缓冲溶液;聚酯、聚碳酸酯和/或聚酐;以及药物制剂中所采用的其他无毒相容物质。
多聚腺苷酸化:如本文所用,“多聚腺苷酸化”是指多聚腺苷酸基部分或其经修饰的变体与信使RNA分子的共价键联。在真核生物体中,大多数信使RNA(mRNA)分子在3'端经多聚腺苷酸化。在一些方面,3'poly(A)尾是通过酶聚腺苷酸聚合酶的作用添加到pre-mRNA上的长腺嘌呤核苷酸序列(例如,50、60、70、100、200、500、1000、2000、3000、4000或5000)。在高级真核生物中,可以将poly(A)尾添加到包含特定序列多聚腺苷酸化信号或“poly(A)序列”的转录物上。poly(A)尾和与其结合的蛋白质有助于保护mRNA免受核酸外切酶的降解。多聚腺苷酸化可以实现转录终止、mRNA从细胞核的输出,以及翻译。通常,在DNA转录成RNA后,多聚腺苷酸化立即在细胞核中发生,但随后另外也可在细胞质中发生。转录已终止之后,可以通过与RNA聚合酶相关的核酸内切酶复合物的作用使mRNA链裂解。裂解位点可由在裂解位点附近碱基序列AAUAAA的存在来表征。mRNA已裂解之后,可以将腺苷残基添加至裂解位点的游离3'端。如本文所用,“poly(A)序列”是触发mRNA的核酸内切酶裂解以及一系列腺苷在裂解mRNA的3'端处的添加的序列。
多肽:如本文所用,术语“多肽”是指通常由肽键连接的残基(例如,氨基酸)的任何聚合链。
在一些方面,多肽具有自然界中存在的氨基酸序列。在一些方面,多肽具有自然界中不存在的氨基酸序列。在一些方面,多肽具有通过人工作用而设计和/或产生的经工程化的氨基酸序列。在一些方面,多肽可以包含天然氨基酸、非天然氨基酸或两者或由其组成。在一些方面,多肽可以包括例如修饰或连接至一个或多个氨基酸侧链的一个或多个侧基或其他修饰,其在多肽的N末端、在多肽的C末端或它们的任何组合处。在一些方面,此类侧基或修饰可以是乙酰化、酰胺化、脂化、甲基化、聚乙二醇化等,包括它们的组合。在一些方面,多肽可以含有L-氨基酸、D-氨基酸或两者,并且可以含有本领域已知的多种氨基酸修饰或类似物中的任一者。在一些方面,可用的修饰可以是或包括例如末端乙酰化、酰胺化、甲基化等。在一些方面,蛋白质可以包含天然氨基酸、非天然氨基酸、合成氨基酸以及它们的组合。术语“肽”一般用于指代长度小于约100个氨基酸、小于约50个氨基酸、小于20个氨基酸或小于10个氨基酸的多肽。
多核苷酸:如本文所用,术语“多核苷酸”是指核酸的任何聚合链。在一些方面,多核苷酸是或包含RNA;在一些方面,多核苷酸是或包含DNA。在一些方面,多核苷酸是、包含一个或多个天然核酸残基或由其组成。在一些方面,多核苷酸是、包含一个或多个核酸类似物或由其组成。在一些方面,多核苷酸类似物与核酸的不同之处在于其不利用磷酸二酯主链。或者或另外,在一些方面,多核苷酸具有一个或多个硫代磷酸酯和/或5'-N-亚磷酰胺键联而非磷酸二酯键。在一些方面,多核苷酸是、包含一个或多个天然核苷(例如,腺苷、胸苷、鸟苷、胞苷、尿苷、脱氧腺苷、脱氧胸苷、脱氧鸟苷和脱氧胞苷)或由其组成。在一些方面,多核苷酸是、包含一个或多个核苷类似物(例如,2-氨基腺苷、2-硫胸苷、肌苷、吡咯并嘧啶、3-甲基腺苷、5-甲基胞苷、C-5丙炔基-胞苷、C-5丙炔基-尿苷、2-氨基腺苷、C5-溴尿苷、C5-氟尿苷、C5-碘尿苷、C5-丙炔基-尿苷、C5-丙炔基-胞苷、C5-甲基胞苷、2-氨基腺苷、7-脱氮腺苷、7-脱氮鸟苷、8-氧代腺苷、8-氧代鸟苷、0(6)-甲基鸟嘌呤、2-硫胞苷、甲基化碱基、嵌入碱基以及它们的组合)或由其组成。在一些方面,与天然核酸中的那些相比,多核苷酸包含一个或多个经修饰的糖(例如,2'-氟核糖、核糖、2'-脱氧核糖、阿拉伯糖和己糖)。在一些方面,多核苷酸具有编码功能性基因产物,诸如RNA或蛋白质的核苷酸序列。在一些方面,多核苷酸包括一个或多个内含子。在一些方面,通过以下一种或多种方式制备多核苷酸:从天然来源分离,通过基于互补模板(体内或体外)聚合进行酶促合成,在重组细胞或系统中复制,和化学合成。在一些方面,多核苷酸的长度是至少3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、1 10、120、130、140、150、160、170、180、190、20、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500、600、700、800、900、1000、1500、2000、2500、3000、3500、4000、4500、5000个或更多个残基。在一些方面,多核苷酸是部分或完全单链;在一些方面,多核苷酸是部分或完全双链。在一些方面,多核苷酸具有包含至少一个元件的核苷酸序列,所述至少一个元件编码多肽或是编码多肽的序列的补体。在一些方面,多核苷酸具有酶活性。
启动子:如本文所用,术语“启动子”是指具有控制一个或多个编码序列(例如,例如编码多肽的基因或转基因)转录的功能的核酸序列,其相对于编码序列的转录起始位点的转录方向定位于上游。在一些方面,启动子在结构上通过DNA依赖性RNA聚合酶的结合位点、转录起始位点或其他DNA序列(例如,转录因子结合位点、阻遏子和/或激活蛋白结合位点,或直接或间接调控自启动子转录量的其他核苷酸序列)的存在来鉴定。
蛋白质:如本文所用,术语“蛋白质”是指多肽(即,一串通过肽键彼此连接的至少两个氨基酸)。蛋白质可以包括除氨基酸之外的部分(例如,可以是糖蛋白、蛋白聚糖等)和/或可以按其他方式加工或修饰。本领域普通技术人员将了解,“蛋白质”可以是由细胞产生的完整多肽链(带有或不带有信号序列),或者可以是其特征部分。本领域普通技术人员将了解,蛋白质有时可包括多于一条多肽链,例如,由一个或多个二硫键连接或以其他方式相关。
重组:如本文所用,术语“重组”意图指代通过重组方式设计、工程化、制备、表达、产生、制造和/或分离的多肽,诸如使用转染至宿主细胞中的重组表达构建体表达的多肽;从重组、组合人多肽文库分离的多肽;从动物(例如,小鼠、兔、绵羊、鱼等)分离的多肽,所述动物是转基因的或以其他方式操纵以表达编码和/或引导多肽或其一个或多个组分、部分、元件或结构域的表达的一个或多个基因或基因组分;和/或通过任何其他方式制备、表达、产生或分离的多肽,所述方式涉及将所选核酸序列元件彼此剪接或连接,化学合成所选序列元件,和/或以其他方式产生编码和/或引导多肽或其一个或多个组分、部分、元件或结构域的表达的核酸。在一些方面,此类所选序列元件中的一者或多者在自然界中发现。在一些方面,此类所选序列元件中的一者或多者在计算机中设计。在一些方面,一个或多个此类所选序列元件由已知序列元件的诱变(例如,体内或体外)产生,所述已知序列元件例如来自天然或合成来源,诸如在目标源生物体(例如,人、小鼠等)的种系中。
参考:如本文所用,术语“参考”描述相对于其进行比较的标准或对照。举例而言,在一些方面,将目标剂、动物、个体、群体、样本、序列或值与参考或对照剂、动物、个体、群体、样本、序列或值进行比较。在一些方面,与目标测试或确定基本上同时测试和/或确定参考或对照。在一些方面,参考或对照是历史参考或对照,任选地在有形介质中体现。通常,如本领域技术人员将了解,在与评估中的那些可比较的条件或环境下确定或表征参考或对照。本领域技术人员将了解何时存在足够的相似性来证明与特定可能参考或对照的依赖性和/或比较。在一些方面,参考是阴性对照参考;在一些方面,参考是阳性对照参考。在一些方面,参考可以是本公开中公开的化合物、蛋白质、多肽或多核苷酸。
调控元件:如本文所用,术语“调控元件”或“调控序列”是指以某种方式调控一个或多个特定基因的表达的DNA非编码区。在一些方面,此类基因与给定调控元件并列或“邻近”。在一些方面,此类基因位于距给定调控元件相当远的位置。在一些方面,调控元件损害或增强一个或多个基因的转录。在一些方面,调控元件可以与所调控的基因顺式定位。在一些方面,调控元件可以与所调控的基因反式定位。举例而言,在一些方面,调控序列是指调控可操作地连接至调控序列的基因产物的表达的核酸序列。在一些此类方面,此序列可以是调控基因产物的表达的增强子序列和其他调控元件。
样本:如本文所用,术语“样本”通常是指获自或源自目标来源的材料的等分试样。在一些方面,目标来源是生物或环境来源。在一些方面,目标来源可以是或包含细胞或生物体,诸如微生物(例如,病毒)、植物或动物(例如,人)。在一些方面,目标来源是或包含生物组织或流体。在一些方面,生物组织或流体可以是或包含羊水、房水、腹水、胆汁、骨髓、血液、母乳、脑脊液、耵聍、乳糜、食糜、射精液、内淋巴、渗出液、粪便、胃酸、胃液、淋巴、粘液、心包液、外淋巴、腹膜液、肋膜液、脓液、稀粘液、唾液、皮脂、精液、血清、包皮垢、痰液、滑液、汗液、泪液、尿液、阴道分泌物、玻璃体液、呕吐物和/或它们的组合或一种或多种组分。在一些方面,生物流体可以是或包含细胞内液、细胞外液、血管内液(血浆)、间隙液、淋巴液和/或跨细胞液。在一些方面,生物流体可以是或包含植物渗出液。在一些方面,生物组织或样本可以通过例如抽吸、活检(例如,细针或组织活检)、拭子(例如,口腔、鼻腔、皮肤或阴道拭子)、刮擦、手术、洗涤或灌洗(例如,支气管肺泡、导管、鼻腔、眼部、口腔、子宫、阴道或其他洗涤或灌洗)而获得。在一些方面,生物样本是或包含从个体获得的细胞。在一些方面,样本是通过任何适当方式直接从目标来源获得的“初级样本”。在一些方面,如从上下文将显而易见,术语“样本”是指通过加工初级样本(例如,通过去除初级样本的一种或多种组分和/或通过向初级样本中添加一种或多种剂)而获得的制剂。举例而言,使用半透膜过滤。此种“经加工的样本”可以包含例如从样本中提取或通过对初级样本进行一种或多种技术,诸如核酸的扩增或逆转录、某些组分的分离和/或纯化等而获得的核酸或蛋白质。
选择性表达:如本文所用,术语“选择性表达”或“选择性地表达”是指目标基因或多肽主要在某些特定细胞类型(例如内耳细胞,例如内耳外毛细胞)中表达。
受试者:如本文所用,术语“受试者”是指生物体,通常是哺乳动物(例如,人,在一些方面包括产前人形态)。在一些方面,受试者罹患相关疾病、病症或疾患。在一些方面,受试者易患疾病、病症或疾患。在一些方面,受试者展现疾病、病症或疾患的一种或多种症状或特征。在一些方面,受试者不展现疾病、病症或疾患的任何症状或特征。在一些方面,受试者是具有表征对疾病、病症或疾患的易感性或风险的一种或多种特征的人。在一些方面,受试者是患者。在一些方面,受试者是正施用和/或已施用诊断和/或疗法的个体。
基本上:如本文所用,术语“基本上”是指展现目标特征或特性的全部或接近全部范围或程度的定性条件。本领域普通技术人员将了解,生物和化学现象极少(如果有)完成和/或进行至完成或者实现或避免绝对结果。因此,术语“基本上”在本文中用于捕获许多生物和化学现象中固有的潜在完整度缺乏。
治疗:如本文所用,术语“治疗(treatment)”(也称为“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指疗法的任何施用,所述疗法部分或完全减轻、改善、消除、逆转、缓解、抑制特定疾病、病症和/或疾患的一种或多种症状、特征和/或病因,延迟其发作,降低其严重程度,和/或降低其发生率。在一些方面,此种治疗可以针对不展现相关疾病、病症和/或疾患的体征的受试者和/或仅展现疾病、病症和/或疾患的早期体征的受试者。或者或另外,此种治疗可以针对展现相关疾病、病症和/或疾患的一种或多种确定体征的受试者。在一些方面,治疗可以针对已被诊断为患有相关疾病、病症和/或疾患的受试者。在一些方面,治疗可以针对已知具有在统计学上与给定疾病、病症和/或疾患的发展风险增加相关联的一种或多种易感因素的受试者。
变体:如本文所用,术语“变体”是指在某种程度上不同于另一种型式的某物的型式,例如,基因序列。为了确定某物是否为变体,通常选择参考型式并且变体相对于所述参考型式是不同的。在一些方面,变体可以具有与野生型序列相同或不同(例如,增加或减少)的活性或功能性水平。举例而言,在一些方面,如果变体例如经密码子优化以抵抗例如抑制性核酸(例如,miRNA)的降解,则所述变体与野生型序列相比可以具有改善的功能性。此种变体在本文中称作功能获得型变体。在一些方面,变体具有引起负向结果的活性或功能性降低或消除或活性变化(例如,增加的电活性引起慢性去极化,导致细胞死亡)。此种变体在本文中称作功能丧失型变体。在一些方面,功能获得型变体是编码转录物或多肽的密码子优化的序列,所述转录物或多肽相比其相应的野生型(例如,非密码子优化)型式可以具有改善的特性(例如对降解的易感性较低,例如对miRNA介导的降解的易感性较低)。在一些方面,功能丧失型变体具有一个或多个变化,使得转录物或多肽相对于野生型转录物和/或多肽在某种程度上有缺陷(例如,功能降低、无功能)。
具体实施方式
本公开涉及包含编码多肽的多核苷酸的构建体和包含其的组合物,所述构建体和组合物被设计用于选择性转基因表达,例如在外毛细胞中优先表达。
听力损失
一般而言,耳朵可以被描述为包括:外耳、中耳、内耳、听(听觉)神经和听觉系统(其在声音从耳朵传播至脑中时处理声音)。除检测声音以外,耳朵还帮助保持平衡。因此,在一些方面,内耳病症可以导致听力损失、耳鸣、眩晕、失衡或它们的组合。
听力损失可以是遗传因素、环境因素或遗传因素与环境因素的组合的结果。患有耳鸣-听觉系统中出现幻觉噪音(铃声、嗡嗡声、唧唧声、蜂鸣声或打击声)-的所有人中约一半还对某些声音频率和音量范围过度敏感/容忍度降低,称为听觉过敏(hyperacusis)(也拼写为听觉过敏(hyperacousis))。多种非综合征性和综合征性相关听力损失是本领域技术人员已知的(例如,DFNB1和DFNA3,或分别是巴-庞二氏综合征(Bart-Pumphreysyndrome)、伴有耳聋的豪猪样鱼鳞癣(hystrix-like ichthyosis with deafness,HID)、伴有耳聋的掌跖角化病、角膜炎-鱼鳞癣-耳聋(KID)综合征和福温克尔综合征(Vohwinkelsyndrome))。听力损害或损失的环境原因可以包括例如某些药物、出生前或出生后的特定感染和/或长时间暴露于巨大噪音。在一些方面,听力损失可以由影响耳朵的特定部位的噪音、耳毒剂、老年性耳聋、疾病、感染或癌症引起。在一些方面,缺血性损伤可以经由病理生理机制导致听力损失。在一些方面,内在异常,如在耳蜗解剖学或生理学中起重要作用的基因的先天性突变,或支持细胞和/或毛细胞中的遗传或解剖学变化,可以导致或促成听力损失。
听力损失和/或耳聋是最常见的人感觉缺陷之一,并且可以因许多原因而发生。在一些方面,受试者可能出生时患有听力损失或听不见,而其他人可能随时间推移缓慢地失去听力。大约3600万美国成年人报告一定程度的听力损失,并且三分的一的60岁以上的人和一半的85岁以上的人经历听力损失。每1,000名儿童中大约有1.5名出生时患有极度听力损失,并且另外每1,000名儿童中有两名至三名出生时患有部分听力损失(Smith等人,2005,Lancet 365:879-890,其以引用的方式整体并入本文)。这些病例中超过一半归因于遗传基础(Di Domenico等人,2011,J.Cell.Physiol.226:2494-2499,其以引用的方式整体并入本文)。
当前,用于听力损失的治疗由针对轻度至重度损失的听力放大和针对重度至极度损失的耳蜗植入组成(Kral和O'Donoghue,2010,N.Engl.J.Med.363:1438-1450,其以引用的方式整体并入本文)。此领域中的最近研究已集中于耳蜗毛细胞再生,其适用于最常见形式的听力损失,包括老年性耳聋、噪音损伤、感染和耳毒性。仍然需要能够修复和/或减轻听力问题的根源的有效治疗,诸如基因疗法(参见例如WO 2018/039375、WO 2019/165292和PCT提交申请US2019/060328,其各自以引用的方式整体并入本文)。
在一些方面,耳聋和/或听力损失可以是传导性的(起因于耳道或中耳)、感觉神经性的(起因于内耳或听觉神经)或混合性的。在一些方面,非综合征性耳聋和/或听力损失与内耳结构的损伤引起的永久性听力损失(感觉神经性耳聋)相关。在一些方面,感觉神经性听力损失可以归因于不良毛细胞功能。在一些方面,感觉神经性听力损害涉及第八脑神经(前庭蜗神经)或脑听觉部分。在一些此类方面,仅脑部听觉中枢受影响。在此种情况下,可能发生皮质性耳聋,其中可以听到正常阈值下的声音,但所感知的声音质量不良以致无法理解语言。由中耳变化引起的听力损失称为传导性听力损失。非综合征性耳聋和/或听力损失的一些形式涉及内耳和中耳两者的变化,称为混合性听力损失。在儿童学会说话前存在的听力损失和/或耳聋可以归类为习语前或先天性的。在语言发育后发生的听力损失和/或耳聋可以归类为习语后。大多数与综合征性或非综合征性听力损失有关的常染色体隐性基因座导致习语前重度至极度听力损失。
在一些方面,耳聋或听力损失可为非综合征性的。在一些方面,耳聋或听力损失可为综合征性的。非综合征性耳聋或听力损失是指与其他体征和症状不相关的听力损失。相比之下,综合征性耳聋涉及伴随着身体其他部位异常而发生的听力损失。大多数遗传性耳聋病例(70%至80%)是非综合征性的;其余病例由特定遗传性综合征引起。
非综合征性耳聋可以具有不同遗传模式,并且可以在任何年龄发生。非综合征性耳聋的类型根据其遗传模式命名。常染色体显性形式被指定为DFNA,常染色体隐性形式是DFNB,并且X连锁形式是DFNX。每种类型还按描述的顺序进行编号。举例而言,DFNA1是第一个描述的常染色体显性类型的非综合征性耳聋。在一些方面,非综合征性耳聋或听力损失可具有常染色体显性、常染色体隐性或X连锁遗传模式。
介于75%与80%之间的非综合征性耳聋病例以常染色体隐性模式遗传,其意指每种细胞中的基因的两个拷贝均具有突变。通常,患有常染色体隐性耳聋的个体的父母双方是突变基因的一个拷贝的携带者,但不受这种形式的听力损失影响。在一些方面,非综合征性耳聋或听力损失可以常染色体隐性遗传模式遗传(Venkatesh等人,2015,Med.J.ArmedForces India,71(4)363-368)。
另外20%至25%的非综合征性耳聋病例是常染色体显性的,其意指每种细胞中改变的基因的一个拷贝足以导致听力损失。患有常染色体显性耳聋的人最常从听力损失的父母遗传基因的改变的拷贝。在一些方面,非综合征性耳聋或听力损失可以常染色体显性遗传模式遗传(例如,DFNA2)(Venkatesh等人,2015,Med.J.Armed Forces India,71(4)363-368)。
介于1%与2%之间的耳聋和听力损失病例显示X连锁遗传模式,其意指导致所述疾患的突变基因位于X染色体上。在一些方面,非综合征性耳聋或听力损失可以X连锁遗传模式遗传(Venkatesh等人,2015,Med.J.Armed Forces India,71(4)363-368)。
非综合征性耳聋的原因是复杂的。研究人员已鉴定了超过30种当改变时与非综合征性耳聋相关的基因;然而,这些基因中的一些尚未完全表征。同一基因中的不同突变可能与不同类型的听力损失相关,并且一些基因与综合征性和非综合征性耳聋均相关(Venkatesh等人,2015,Med.J.Armed Forces India,71(4)363-368)。
举例而言,与非综合征性耳聋相关的基因包括但不限于ATP2B2、ACTG1、CDH23、CLDN14、COCH、COL11A2、DFNA5、DFNB31(WHRN)、DFNB59、ESPN、EYA4、GJB3、KCNQ4、LHFPL5、MYO15A、MYO6、MYO7A、OTOF、PCDH15、SLC26A4、STRC、TECTA、TMC1、TMIE、TMPRSS3、TRIOBP、USH1C和WFS1(Athena Diagnostics,2017,“Hearing Loss Advanced Sequencing and CNVEvaluation”,1-3)。在一些方面,非综合征性耳聋或听力损失与选自ATP2B2、ACTG1、CDH23、CLDN14、COCH、COL11A2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、ESPN、EYA4、GJB3、KCNQ4、LHFPL5、MYO15A、MYO6、MYO7A、OTOF、PCDH15、SLC26A4、STRC、TECTA、TMC1、TMIE、TMPRSS3、TRIOBP、USH1C和WFS1的基因相关。
OTOF相关耳聋(DFNB9非综合征性听力损失)以两种表型为特征:语前非综合征性听力损失和较少见的温度敏感型非综合征性听神经病变(TS-NSAN)(Azaiez等人,2008,“OTOF-Related Deafness”,GeneReviews,1-16)。另一种形式的进行性听力损害与耳畸蛋白基因突变(例如,E1700Q突变)相关,或者对温度不敏感(Iwasa等人2019,PLoS ONE 14(5):e0215932)。在一些方面,听力损失或耳聋是耳畸蛋白相关的。在一些方面,听力损失或耳聋是DFNB9非综合征性听力损失。在一些方面,听力损失或耳聋与耳畸蛋白基因突变相关。
DFNB59(耳聋,常染色体隐性59),也称为Pejvakin或PJVK,是属于脊椎动物gasdermin家族的352个氨基酸的蛋白质。DFNB59由定位至人染色体2q31.2的基因编码,该基因对于听觉通路神经元和外毛细胞功能的正常功能至关重要。DFNB59突变被认为会导致常染色体隐性59型非综合征性感觉神经性耳聋,这是一种感觉神经性听力损害,其特征在于听性脑干反应缺失或严重异常,但耳声发射正常(听神经病变或听觉不同步)。DFNB59与DFNA5具有显著的相似性,表明这些基因具有共同的起源(Delmaghani等人,2006,Nat.Genet.38:770-778)。在一些方面,听力损失或耳聋是pejvakin相关的。在一些方面,听力损失或耳聋是DFNB59非综合征性听力损失。在一些方面,听力损失或耳聋是DFNA5非综合征性听力损失。
离子通道缺陷与耳聋相关:DFNA2非综合征性听力损失是作为KCNQ4基因的常染色体显性突变遗传的,该基因编码钾电压门控通道亚家族KQT成员4(也称为电压门控钾通道亚单位Kv7.4)。DFNA2非综合征性听力损失的特征在于对称的主要是高频的感觉神经性听力损失(SNHL),其在所有频率上都是进行性的(Jung等人,2019,Exp.Mol.Med.51:1-12)。在年龄较小时,低频听力损失往往较轻,高频听力损失较中度;对于老年人,低频听力损失为中度,高频听力损失为重度至极重度。尽管在对学龄儿童进行常规听力评估时经常会检测到听力损害,但很可能从出生开始听力受损,尤其是高频听力受损。大多数受影响的人在10岁至40岁之间最初需要助听器来协助声音放大。到70岁时,所有患有DFNA2听力损失的人都有重度至极重度听力损害(Smith和Hildebrand,2008,DFNA2 Nonsydrmoic Hearing Loss,GeneReviews,1-14)。
乌谢尔综合征(Usher syndrome)(也称为霍尔格伦综合征(Hallgren syndrome)、乌-霍二氏综合征(Usher-Hallgren syndrome)、色素性视网膜炎-听力减退综合征和视网膜营养不良-听力减退综合征)是由至少10个基因中的任一者的突变引起的罕见疾病,导致听力损失和逐渐视力损害的组合,是导致聋盲的主要原因。听力损失是由缺陷型内耳引起的,而视力损失是由色素性视网膜炎(RP)(视网膜细胞变性)引起的。乌谢尔综合征有三种临床亚型,表示为I、II和III。患有I型乌谢尔综合征的受试者生来就患有极重度耳聋,并在生命的前十年开始丧失视力,由于前庭系统问题,他们学会像儿童一样缓慢行走,并表现出平衡困难。患有II型乌谢尔综合征的受试者并非生来耳聋,但确实有听力损失,但似乎没有明显的平衡问题;他们后来(在生命的第二个十年)也开始丧失视力,甚至到中年也可能保留一些视力。患有III型乌谢尔综合征的受试者并非生来耳聋,而是逐渐丧失听力和视力;他们可能有也可能没有平衡困难(Toms等人,2020,Ther.Adv.Ophthalmol.,12:2515841420952194)。在一些方面,听力损失是综合征性的。在一些方面,听力损失与乌谢尔综合征相关。在一些方面,耳聋或听力损失与I型乌谢尔综合征、II型乌谢尔综合征或III型乌谢尔综合征相关。
WFS1基因突变导致90%以上的1型沃尔夫勒姆综合征(Wolfram syndrome)病例;沃尔夫勒姆综合征是一种影响身体许多系统的疾患,最常见的特征在于激素胰岛素缺乏导致的高血糖水平(糖尿病),以及由于将信息从眼睛传递到脑部的神经的变性(视神经萎缩)导致的进行性视力损失。然而,患有沃尔夫勒姆综合征的人通常也患有垂体功能障碍,导致尿量排出过多(尿崩症)、内耳变化引起的听力损失(感觉神经性耳聋)、泌尿道问题、雄性性激素睾酮量减少(性腺机能减退),或神经或精神病症。约65%的沃尔夫勒姆综合征患者患有感觉神经性耳聋,其重度程度从出生时开始的耳聋到青春期开始的轻度听力损失,随着时间的推移而恶化。此外,约60%的沃尔夫勒姆综合征患者显现神经或精神病症,最常见的是平衡和协调问题(共济失调),通常始于成年早期(Medlej等人,2004,J.Clin.Endocrinol.Metab.,89(4):1656-1661)。
WFS1基因编码一种叫做“wolframin”的蛋白质,该蛋白质被认为可以调节细胞中钙的含量。当沃尔夫勒姆综合征是由WFS1基因突变引起时,它以常染色体隐性模式遗传,并且wolframin具有蛋白降低或缺失的功能。结果,细胞内的钙水平不受调节,内质网无法正常工作。当内质网没有足够的功能性wolframin时,细胞触发其自身的细胞死亡(细胞凋亡)(Zmyslowska等人,2021,Cell Commun Signal,19:116)。胰腺中细胞的死亡,特别是制造胰岛素的细胞(β细胞)的死亡,导致患有沃尔夫勒姆综合征的人患上糖尿病。沿着视神经的细胞逐渐丧失最终导致受影响个体失明。其他身体系统中的细胞死亡可能导致1型沃尔夫勒姆综合征的各种体征和症状(Urano,2016,Curr.Diab.Rep.,16:6)。在一些方面,听力损失或耳聋是综合征性听力损失或耳聋。在一些方面,综合征性听力损失或耳聋是WFS1相关的。在一些方面,综合征性听力损失或耳聋与沃尔夫勒姆综合征相关。
如本领域技术人员所知,毛细胞是脊椎动物耳朵的听觉系统和前庭系统两者的感觉感受器。毛细胞检测环境中的运动,并且在哺乳动物中,毛细胞位于耳朵的耳蜗内的柯蒂氏器官中。已知哺乳动物的耳朵具有两种类型的毛细胞-内毛细胞和外毛细胞。外毛细胞可以通过毛细胞束的机械运动或电驱动的毛细胞胞体运动来放大低水平的声音频率。内毛细胞将耳蜗液中的振动转换为听觉神经传递至脑部的电信号。在一些方面,毛细胞可能在出生时就异常,或者在个体的一生中受损。
多肽
本公开的某些方面涉及编码多肽的多核苷酸。在一些方面,多核苷酸可以编码能够在细胞(例如,内耳细胞)中表达的多肽。在一些方面,多核苷酸可以编码能够在毛细胞中表达的多肽。在一些方面,多核苷酸可以编码能够在外毛细胞中表达的多肽。在一些方面,多核苷酸可以编码全长多肽或其功能性片段。
由多核苷酸编码的示例性多肽包括但不限于跨膜蛋白、酶、生长因子、细胞因子、受体、受体配体、激素、膜蛋白、膜相关蛋白、抗原和抗体。
编码多肽的示例性多核苷酸包括但不限于肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)。
在一些方面,编码外毛细胞多核苷酸的多核苷酸包括选自以下的基因:钙粘蛋白相关23(CDH23)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、耳畸蛋白(OTOF)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、prestin(SLC26A5)、硬纤毛蛋白(STRC)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)。在一些方面,编码外毛细胞多核苷酸的多核苷酸包括KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。
在一些方面,所编码的多肽是人多肽。在一些方面,所编码的多肽是本文所公开的人多肽的功能性片段。
示例性多肽公开于Li,Y.等人Transcriptomes of cochlear inner and outerhair cells from adult mice.Sci.Data.5:180199doi:10.1038/sdata.2018.199(2018)以及Nishio,S.等人Gene Expression Profiles of the Cochlea and VestibularEndorgans:Localization and Function of Genes Causing Deafness.Annals Otology,Rhinology&Laryngology 124(55)(2015)中,其以引用的方式整体并入本文。
在一些方面,多肽是外毛细胞多肽。在一些方面,多肽是治疗性多肽。在一些方面,多肽是报告多肽。
外毛细胞多肽
本公开的某些方面涉及编码外毛细胞多肽的多核苷酸。多核苷酸可以编码全长多肽或其功能性片段。
由多核苷酸编码的示例性多肽包括但不限于跨膜蛋白、酶、生长因子、细胞因子、受体、受体配体、激素、膜蛋白、膜相关蛋白、抗原和抗体。
编码多肽的示例性多核苷酸包括但不限于肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)。
在一些方面,编码外毛细胞多核苷酸的多核苷酸包括选自以下的基因:钙粘蛋白相关23(CDH23)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、耳畸蛋白(OTOF)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、prestin(SLC26A5)、硬纤毛蛋白(STRC)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)。在一些方面,编码外毛细胞多核苷酸的多核苷酸包括KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。
在一些方面,所编码的多肽是人多肽。在一些方面,所编码的多肽是本文所公开的人多肽的功能性片段。
示例性多肽公开于Li,Y.等人Transcriptomes of cochlear inner and outerhair cells from adult mice.Sci.Data.5:180199doi:10.1038/sdata.2018.199(2018)以及Nishio,S.等人Gene Expression Profiles of the Cochlea and VestibularEndorgans:Localization and Function of Genes Causing Deafness.Annals Otology,Rhinology&Laryngology 124(55)(2015)中,其以引用的方式整体并入本文。
本公开的某些方面涉及编码治疗性多肽的多核苷酸。多核苷酸可以编码能够在细胞(例如,内耳细胞)中表达的多肽。多核苷酸可以编码全长多肽或其功能性片段。
由多核苷酸编码的示例性多肽包括但不限于跨膜蛋白、酶、生长因子、细胞因子、受体、受体配体、激素、膜蛋白、膜相关蛋白、抗原和抗体。
编码治疗性多肽的示例性多核苷酸包括但不限于肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)。
示例性多肽公开于Li,Y.等人Transcriptomes of cochlear inner and outerhair cells from adult mice.Sci.Data.5:180199doi:10.1038/sdata.2018.199(2018)以及Nishio,S.等人Gene Expression Profiles of the Cochlea and VestibularEndorgans:Localization and Function of Genes Causing Deafness.Annals Otology,Rhinology&Laryngology 124(55)(2015)中,其以引用的方式整体并入本文。
构建体
此外,本公开提供了如本文所述的一些多核苷酸是多核苷酸构建体。根据本公开的多核苷酸构建体包括本领域已知的所有那些构建体,包括并入有编码多肽或其特征部分的多核苷酸的粘粒、质粒(例如,裸露的或包含于脂质体中)和病毒构建体(例如,慢病毒、逆转录病毒、腺病毒和腺相关病毒构建体)。本领域技术人员将能够选择适合的构建体以及细胞,用于制备本文所述的多核苷酸中的任一者。在一些方面,构建体是质粒(即,可以在细胞内自主复制的环状DNA分子)。在一些方面,构建体可以是粘粒(例如,pWE或sCos系列)。在一些方面,构建体是哺乳动物或病毒载体。
在一些方面,构建体是病毒构建体。在一些方面,病毒构建体是慢病毒、逆转录病毒、腺病毒或腺相关病毒构建体。在一些方面,构建体是腺相关病毒(AAV)构建体(参见,例如,Asokan等人,Mol.Ther.20:699-7080,2012,其以引用的方式整体并入本文)。在一些方面,构建体是病毒载体。在一些方面,构建体是慢病毒、逆转录病毒、腺病毒或腺相关病毒载体。在一些方面,构建体是AAV载体。在一些方面,病毒构建体是腺病毒构建体。在一些方面,病毒构建体还可以基于或源自甲病毒。甲病毒包括辛德毕斯(Sindbis)(和VEEV)病毒、奥拉病毒(Aura virus)、巴班肯病毒(Babanki virus)、巴马森林病毒(Barmah Forest virus)、比巴鲁病毒(Bebaru virus)、卡巴斯欧病毒(Cabassou virus)、基孔肯雅病毒(Chikungunya virus)、东方马脑炎病毒、沼泽地病毒(Everglades virus)、摩根堡病毒(Fort Morgan virus)、盖塔病毒(Getah virus)、高地J病毒(Highlands J virus)、库孜拉加奇病毒(Kyzylagach virus)、马雅罗病毒(Mayaro virus)、美特里病毒(Me Tri virus)、米德尔堡病毒(Middelburg virus)、莫斯达斯佩德拉斯病毒(Mosso das Pedras virus)、穆坎布病毒(Mucambo virus)、恩杜穆病毒(Ndumu virus)、阿尼昂尼昂病毒(O'nyong-nyong virus)、皮克苏纳病毒(Pixuna virus)、尼格罗河病毒(Rio Negro virus)、罗斯河病毒(Ross River virus)、鲑鱼胰腺病病毒、塞姆利基森林病毒(Semliki Forest virus)、南方象海豹病毒、图那特病毒(Tonate virus)、特罗卡拉病毒(Trocara virus)、乌纳病毒(Una virus)、委内瑞拉马脑炎病毒、西方马脑炎病毒和瓦塔罗阿病毒(Whataroa virus)。一般而言,此类病毒的基因组编码可以在宿主细胞的细胞质中翻译的非结构蛋白(例如,复制子)和结构蛋白(例如衣壳和包膜)。罗斯河病毒、辛德毕斯病毒、塞姆利基森林病毒(SFV)和委内瑞拉马脑炎病毒(VEEV)已全部用于开发用于编码序列递送的病毒构建体。假型病毒可以通过组合甲病毒包膜糖蛋白和逆转录病毒衣壳而形成。甲病毒构建体的实例可以见于美国公布号20150050243、20090305344和20060177819;每一公布的构建体及其制备方法以引用的方式整体并入本文。
本文所提供的构建体可以具有不同大小。在一些方面,构建体是质粒并且可包括至多约1kb、至多约2kb、至多约3kb、至多约4kb、至多约5kb、至多约6kb、至多约7kb、至多约8kb、至多约9kb、至多约10kb、至多约11kb、至多约12kb、至多约13kb、至多约14kb、或至多约15kb的总长度。在一些方面,构建体是质粒并且可以具有在以下范围内的总长度:约1kb至约2kb、约1kb至约3kb、约1kb至约4kb、约1kb至约5kb、约1kb至约6kb、约1kb至约7kb、约1kb至约8kb、约1kb至约9kb、约1kb至约10kb、约1kb至约11kb、约1kb至约12kb、约1kb至约13kb、约1kb至约14kb、或约1kb至约15kb。
在一些方面,构建体是病毒构建体并且可以具有至多10kb的核苷酸总数。在一些方面,病毒构建体可以具有在以下范围内的核苷酸总数:约1kb至约2kb、1kb至约3kb、约1kb至约4kb、约1kb至约5kb、约1kb至约6kb、约1kb至约7kb、约1kb至约8kb、约1kb至约9kb、约1kb至约10kb、约2kb至约3kb、约2kb至约4kb、约2kb至约5kb、约2kb至约6kb、约2kb至约7kb、约2kb至约8kb、约2kb至约9kb、约2kb至约10kb、约3kb至约4kb、约3kb至约5kb、约3kb至约6kb、约3kb至约7kb、约3kb至约8kb、约3kb至约9kb、约3kb至约10kb、约4kb至约5kb、约4kb至约6kb、约4kb至约7kb、约4kb至约8kb、约4kb至约9kb、约4kb至约10kb、约5kb至约6kb、约5kb至约7kb、约5kb至约8kb、约5kb至约9kb、约5kb至约10kb、约6kb至约7kb、约6kb至约8kb、约6kb至约9kb、约6kb至约10kb、约7kb至约8kb、约7kb至约9kb、约7kb至约10kb、约8kb至约9kb、约8kb至约10kb、或约9kb至约10kb。
在一些方面,构建体是慢病毒构建体并且可以具有至多8kb的核苷酸总数。在一些实例中,慢病毒构建体可以具有以下核苷酸总数:约1kb至约2kb、约1kb至约3kb、约1kb至约4kb、约1kb至约5kb、约1kb至约6kb、约1kb至约7kb、约1kb至约8kb、约2kb至约3kb、约2kb至约4kb、约2kb至约5kb、约2kb至约6kb、约2kb至约7kb、约2kb至约8kb、约3kb至约4kb、约3kb至约5kb、约3kb至约6kb、约3kb至约7kb、约3kb至约8kb、约4kb至约5kb、约4kb至约6kb、约4kb至约7kb、约4kb至约8kb、约5kb至约6kb、约5kb至约7kb、约5kb至约8kb、约6kb至约8kb、约6kb至约7kb、或约7kb至约8kb
在一些方面,构建体是腺相关病毒构建体并且可以具有至多8kb的核苷酸总数。在一些方面,腺相关病毒构建体可以具有在以下范围内的核苷酸总数:约1kb至约2kb、约1kb至约3kb、约1kb至约4kb、约1kb至约5kb、约1kb至约6kb、约1kb至约7kb、约1kb至约8kb、约2kb至约3kb、约2kb至约4kb、约2kb至约5kb、约2kb至约6kb、约2kb至约7kb、约2kb至约8kb、约3kb至约4kb、约3kb至约5kb、约3kb至约6kb、约3kb至约7kb、约3kb至约8kb、约4kb至约5kb、约4kb至约6kb、约4kb至约7kb、约4kb至约8kb、约5kb至约6kb、约5kb至约7kb、约5kb至约8kb、约6kb至约7kb、约6kb至约8kb、或约7kb至约8kb。
在一些方面,构建体是腺病毒构建体并且可以具有至多8kb的核苷酸总数。在一些方面,腺病毒构建体可以具有在以下范围内的核苷酸总数:约1kb至约2kb、约1kb至约3kb、约1kb至约4kb、约1kb至约5kb、约1kb至约6kb、约1kb至约7kb、约1kb至约8kb、约2kb至约3kb、约2kb至约4kb、约2kb至约5kb、约2kb至约6kb、约2kb至约7kb、约2kb至约8kb、约3kb至约4kb、约3kb至约5kb、约3kb至约6kb、约3kb至约7kb、约3kb至约8kb、约4kb至约5kb、约4kb至约6kb、约4kb至约7kb、约4kb至约8kb、约5kb至约6kb、约5kb至约7kb、约5kb至约8kb、约6kb至约7kb、约6kb至约8kb、或约7kb至约8kb。
本文所述的任何构建体还可包括控制序列,例如,选自由以下组成的组的控制序列:转录起始序列、转录终止序列、启动子序列、增强子序列、RNA剪接序列、多聚腺苷酸化(poly(A))信号、Kozak共有序列,和/或可以容纳转录前或转录后调控和/或控制元件的另外的非翻译区。在一些方面,启动子可以是天然启动子、组成型启动子、诱导型启动子和/或组织特异性启动子。本文描述了控制序列的非限制性实例。
在一些方面,构建体包含编码多肽的多核苷酸,所述多核苷酸可操作地连接至在内耳外毛细胞中选择性地表达所述多核苷酸的启动子。
在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中选择性地表达多核苷酸的启动子、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、3'ITR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛细胞中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、3'UTR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛细胞中选择性表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛中选择性地表达多核苷酸的启动子、编码多肽的多核苷酸、3'UTR和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、3'UTR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛细胞中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、3'UTR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛细胞中选择性地表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含编码多肽的多核苷酸,所述多核苷酸可操作地连接至在内耳外毛细胞中表达所述多核苷酸的启动子。
在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中表达多核苷酸的启动子、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、3'UTR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛细胞中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、3'UTR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、在内耳外毛细胞中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛中表达多核苷酸的启动子、编码多肽的多核苷酸、3'UTR和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、3'UTR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、polyA和3'ITR。
在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛细胞中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、3'UTR、polyA和3'ITR。在一些方面,构建体包含5'ITR、增强子、在内耳外毛细胞中表达多核苷酸的启动子、5'UTR、编码多肽的多核苷酸、标签、polyA和3'ITR。
AAV颗粒
此外,本公开提供了包含编码多肽的构建体和本文所述的衣壳的AAV颗粒。在一些方面,AAV颗粒可以描述为具有血清型和衣壳毒株,所述血清型是构建体毒株的描述。在一些方面,AAV颗粒具有AAV1、AAV2、AAV3(例如,AAV3B)、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11或AAV Anc80血清型。在一些方面,AAV颗粒具有AAVAnc80血清型。在一些方面,AAV颗粒可以描述为AAV2,其中颗粒具有AAV2衣壳和包含特征性AAV2反向末端重复序列(ITR)的构建体。在一些方面,AAV颗粒可以描述为假型,其中衣壳和构建体源自不同AAV毒株,例如,AAV2/9将指代包含利用AAV2 ITR的构建体和AAV9衣壳的AAV颗粒。
AAV构建体
本公开提供了包含\多肽或其特征部分的多核苷酸构建体。在本文所述的一些方面,包含多肽或其特征部分的多核苷酸可以包含在AAV颗粒中。
在一些方面,多核苷酸构建体包含源自或修饰自天然存在的AAV基因组构建体的一种或多种组分。在一些方面,源自AAV构建体的序列是AAV1构建体、AAV2构建体、AAV3构建体、AAV4构建体、AAV5构建体、AAV6构建体、AAV7构建体、AAV8构建体、AAV9构建体、AAV2.7m8构建体、AAV8BP2构建体、AAV293构建体或AAV Anc80构建体。在一些方面,构建体源自AAVAnc80构建体。可在本文中使用的另外的示例性AAV构建体是本领域已知的。参见,例如,Kanaan等人,Mol.Ther.Nucleic Acids 8:184-197,2017;Li等人,Mol.Ther.16(7):1252-1260,2008;Adachi等人,Nat.Commun.5:3075,2014;Isgrig等人,Nat.Commun.10(1):427,2019;和Gao等人,J.Virol.78(12):6381-6388,2004;其各自以引用的方式整体并入本文。
在一些方面,所提供的构建体包含编码序列(例如,编码\多肽的核酸)、一个或多个调控和/或控制序列,以及任选的5’和3’AAV源性反向末端重复序列(ITR)。在利用5'和3'AAV源性ITR的一些方面,多核苷酸构建体可称作重组AAV(rAAV)构建体。在一些方面,所提供的rAAV构建体被包装到AAV衣壳中形成AAV颗粒。在一些方面,AAV衣壳是Anc80衣壳(例如,Anc80L65衣壳)。
在一些方面,AAV源性序列(包含在多核苷酸构建体中)通常包括顺式作用5'和3'ITR序列(参见,例如,B.J.Carter,“Handbook of Parvoviruses,”P.Tijsser编辑,CRCPress,pp.155 168,1990,其以引用的方式整体并入本文)。典型的AAV2源性ITR序列的长度约为145个核苷酸。在一些方面,将至少75%(例如,至少80%、至少85%、至少90%或至少95%)的典型ITR序列整合到本文所提供的构建体中。修饰这些ITR序列的能力在本领域技术人员的能力范围内。(参见,例如,教科书诸如Sambrook等人,“Molecular Cloning.ALaboratory Manual”,第2版,Cold Spring Harbor Laboratory,New York,1989;和K.Fisher等人,J Virol.70:520 532,1996,其各自以引用的方式整体并入)。在一些方面,本文所述的任何编码序列和/或构建体的侧翼为5'和3'AAV ITR序列。AAV ITR序列可以从任何已知的AAV,包括目前鉴定的AAV类型中获得。
在一些方面,根据本公开并以本领域已知的模式描述的多核苷酸构建体(参见,例如,Asokan等人,Mol.Ther.20:699-7080,2012,其以引用的方式整体并入本文)通常由编码序列或其部分、至少一个和/或控制序列、以及任选的5'和3'AAV反向末端重复序列(ITR)构成。在一些方面,所提供的构建体可以被包装到衣壳中以产生AAV颗粒。AAV颗粒可以被递送至所选的靶细胞。在一些方面,核酸编码序列以允许编码序列在靶组织的细胞中转录、翻译和/或表达的方式操作性地连接至和/或控制组分。
在一些方面,构建体是rAAV构建体。在一些方面,rAAV构建体可包括至少500bp、至少1kb、至少1.5kb、至少2kb、至少2.5kb、至少3kb、至少3.5kb、至少4kb或至少4.5kb。在一些方面,AAV构建体可包括至多7.5kb、至多7kb、至多6.5kb、至多6kb、至多5.5kb、至多5kb、至多4.5kb、至多4kb、至多3.5kb、至多3kb或至多2.5kb。在一些方面,AAV构建体可包括约1kb至约2kb、约1kb至约3kb、约1kb至约4kb、约1kb至约5kb、约2kb至约3kb、约2kb至约4kb、约2kb至约5kb、约3kb至约4kb、约3kb至约5kb、或约4kb至约5kb。
本文所述的任何构建体还可包括调控和/或控制序列,例如,选自由以下组成的组的控制序列:转录起始序列、转录终止序列、启动子序列、增强子序列、RNA剪接序列、多聚腺苷酸化(poly(A))序列、Kozak共有序列和/或它们的任何组合。在一些方面,启动子可以是天然启动子、组成型启动子、诱导型启动子和/或组织特异性启动子。本文描述了控制序列的非限制性实例。
示例性构建体组分
反向末端重复序列(ITR)
构建体的AAV源性序列通常包含顺式作用5'和3'ITR(参见例如B.J.Carter,“Handbook of Parvoviruses”,P.Tijsser编辑,CRC Press,第155 168页(1990),其以引用的方式整体并入本文)。一般来说,ITR能够形成发夹。形成发夹的能力可以促成ITR自启动的能力,从而允许引物酶非依赖性第二DNA链合成。ITR还在AAV构建体(例如编码序列,例如编码多肽的多核苷酸)整合到受试者细胞的基因组中发挥作用。ITR还可以帮助AAV构建体有效地包封在AAV颗粒中。
本公开的rAAV颗粒(例如,AAV2/Anc80颗粒)可以包含rAAV构建体,所述rAAV构建体包含编码序列(例如,编码多肽的多核苷酸)和侧翼为5'和3'AAV ITR序列的缔合元件。在一些方面,ITR是或包含约145个核酸。在一些方面,ITR是或包含约119个核酸。在一些方面,ITR是或包含约130个核酸。在一些方面,使用全部或基本上全部的编码ITR的序列。AAV ITR序列可以获自任何已知的AAV,包括目前鉴定的哺乳动物AAV类型。在一些方面,ITR是AAV2ITR。
本公开中采用的构建体分子的实例是含有转基因的“顺式作用”构建体,其中所选的转基因序列和相关调控元件的侧翼为5'或“左”和3'或“右”AAV ITR序列。5'和左的命名是指ITR序列相对于在有义方向上从左至右阅读的整个构建体的位置。举例而言,在一些方面,当以有义取向线性描绘构建体时,5'或左ITR是最接近给定构建体的启动子(与多聚腺苷酸化序列相反)的ITR。同时,3'和右表示是指ITR序列相对于整个构建体的位置,在有义方向上从左到右阅读。举例而言,在一些方面,当以有义取向线性描绘构建体时,3'或右ITR是最接近给定构建体的多聚腺苷酸化序列(与启动子序列相反)的ITR。根据有义链以5'至3'的顺序描绘如本文所提供的ITR。因此,本领域技术人员将了解,当从有义方向转变为反义方向时,5'或“左”取向的ITR也可以描绘为3'或“右”ITR。此外,本领域技术人员完全有能力将给定的有义ITR序列(例如,5'/左AAV ITR)转换为反义序列(例如,3'/右ITR序列)。本领域普通技术人员将了解如何修饰给定的ITR序列以用作5'/左或3'/右ITR或其反义型式。
举例而言,在一些方面,ITR(例如,5'ITR)可以具有根据SEQ ID NO:16的序列。在一些方面,ITR(例如,3'ITR)可以具有根据SEQ ID NO:17的序列。在一些方面,ITR包括如本领域已知的一种或多种修饰,例如截短、缺失、取代或插入。在一些方面,ITR包含少于145个核苷酸,例如119、127、130、134或141个核苷酸。举例而言,在一些方面,ITR包含110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144或145个核苷酸。在一些方面,ITR包含约119个核苷酸。在一些方面,ITR包含约130个核苷酸。在一些方面,ITR(例如,5'ITR)可以具有根据SEQ ID NO:16的序列。在一些方面,ITR(例如,3'ITR)可以具有根据SEQ ID NO:17的序列。
5'AAV ITR序列的非限制性实例包括SEQ ID NO:16或46。3'AAV ITR序列的非限制性实例包括SEQ ID NO:17或47。在一些方面,5'和3'AAV ITR(例如,SEQ ID NO:16和17,或SEQ ID NO:46和47)位于编码序列的一部分(例如,编码多肽的多核苷酸的全部或一部分)的侧翼。修饰这些ITR序列的能力在本领域技术人员的能力范围内。(参见,例如,教科书诸如Sambrook等人,“Molecular Cloning.A Laboratory Manual”,第2版,Cold SpringHarbor Laboratory,New York(1989);和K.Fisher等人,J Virol.,70:520 532(1996),其各自以引用的方式整体并入本文)。在一些方面,5'ITR包含与SEQ ID NO:16具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,5'ITR序列具有SEQ ID NO:16的核酸序列。在一些方面,5'ITR包含与SEQ ID NO:46具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,5'ITR包含SEQ ID NO:46的核酸序列。
在一些方面,3'ITR包含与SEQ ID NO:17具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,3'ITR包含SEQ ID NO:17的核酸序列。在一些方面,3'ITR包含与SEQ ID NO:47具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,3'ITR包含SEQ ID NO:47的核酸序列。
在一些方面,3'ITR包含与SEQ ID NO:51具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,3'ITR包含SEQ IDNO:51的核酸序列。
示例性5'AAV ITR(SEQ ID NO:46)
TTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCT
示例性3'AAV ITR(SEQ ID NO:47)
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
示例性5'AAV ITR(SEQ ID NO:16)
CTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCT
示例性3'AAV ITR(SEQ ID NO:17)
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAG
示例性5'ITR(SEQ ID NO:51)
AGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAA
启动子
在一些方面,本公开涉及包含细胞选择性启动子的构建体,所述细胞选择性启动子可用于调控(例如,增加)编码多肽的多核苷酸在细胞(例如内耳细胞,例如外毛细胞)中的表达。在一些方面,增加的表达是相对于细胞中的内源多核苷酸表达而言的。
在一些方面,构建体(例如,rAAV构建体)包含启动子。术语“启动子”是指由酶/蛋白质识别的DNA序列,其可以促进和/或起始可操作地连接的基因(例如,编码多肽的多核苷酸)的转录。举例而言,启动子通常是指例如核苷酸序列,RNA聚合酶和/或任何相关因子结合至所述核苷酸序列并且可以从所述核苷酸序列起始转录。因此,在一些方面,构建体(例如,rAAV构建体)包含可操作地连接至本文所述的非限制性实例启动子中的一者的多核苷酸。
在一些方面,启动子是诱导型启动子、组成型启动子、哺乳动物细胞启动子、病毒启动子、嵌合启动子、工程化的启动子、组织特异性启动子、细胞选择性启动子或本领域已知的任何其他类型的启动子。在一些方面,启动子是RNA聚合酶II启动子,诸如哺乳动物RNA聚合酶II启动子。在一些方面,启动子是RNA聚合酶III启动子,包括但不限于HI启动子、人U6启动子、小鼠U6启动子或猪U6启动子。启动子一般将是能够在内耳细胞中促进转录的启动子。在一些方面,启动子是耳蜗选择性启动子或耳蜗定向启动子。在一些方面,启动子是毛细胞选择性启动子或外毛细胞选择性启动子。在一些方面,启动子是内耳外毛细胞选择性启动子。
术语“组成型”启动子是指当与编码蛋白质的核酸(例如,多肽)可操作地连接时,在大多数或所有生理条件下致使RNA从细胞中的核酸中转录的核苷酸序列。
组成型启动子的实例包括但不限于逆转录病毒劳斯肉瘤病毒(RSV)LTR启动子、巨细胞病毒(CMV)启动子(参见例如Boshart等人,Cell 41:521-530,1985,其以引用的方式整体并入本文)、SV40启动子、二氢叶酸还原酶启动子、β肌动蛋白启动子、磷酸甘油激酶(PGK)启动子和EFl-α启动子(Invitrogen)。在一些方面,启动子是组成型启动子。在一些方面,组成型启动子是CAG启动子、CBA启动子、CMV启动子、CMV/CBA增强子/启动子或CB7启动子。
在一些方面,调控和/或控制序列赋予细胞选择性基因表达能力。在一些情况下,细胞选择性调控和/或控制序列结合以细胞选择性方式诱导转录的细胞选择性转录因子。
在一些方面,细胞选择性启动子是耳细胞选择性启动子。在一些方面,细胞选择性启动子是内耳细胞选择性启动子。在一些方面,启动子是内耳外毛细胞选择性启动子。
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子选自以下一项或多项:癌调蛋白、prestin、CHRNA10、DNM3、MUC15、PLBD1、RORB、STRIP2、AQP11、KCNQ4、LBH、STRC、TUBA8或它们的任何组合。
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是癌调蛋白启动子。在一些方面,癌调蛋白启动子与SEQ ID NO:1-2中任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,癌调蛋白启动子具有SEQID NO:1-2中任一项的核酸序列。
在一些方面,癌调蛋白启动子包含与SEQ ID NO:1中任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,癌调蛋白启动子是SEQ ID NO:1的核酸序列。
在一些方面,癌调蛋白启动子包含与SEQ ID NO:2中任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,癌调蛋白启动子是SEQ ID NO:2的核酸序列。
在一些方面,癌调蛋白启动子的长度为100-2000、200-1800、300-1700、400-1600、500-1500、600-1400、700-1300、800-1200、900-1100、950-1050或1000-1050个核苷酸。在一些方面,癌调蛋白启动子的长度为1000-1050个核苷酸。
在一些方面,癌调蛋白启动子的长度为500-2500、600-2400、700-2300、800-2200、900-2100、1000-2000、1100-1900、1200-1800、1300-1700、1400-1600或1450-1500个核苷酸。在一些方面,癌调蛋白启动子的长度为1450-1500个核苷酸。
示例性癌调蛋白启动子(SEQ ID NO:1)
GTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAA
示例性癌调蛋白启动子(SEQ ID NO:2)
GTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGGAAATCTAAGAGGTTGTAACTATCACTTTTTCTAGCCTATATAAGGTAGGTCAGTAAGGTAGCAAAAACACATCTGTTGTTTTGCTCCTTCAACTCTTTTTCCTGATTCTTCCTGGGGGGAAACCGAAAACGGTGAGTAACTGGTGGACACATCAGACCCCAGACTCTTTTCTTCACTGCATGCATTCATATTAGGCTCAGGTGCTTAGACTCCTGTTTTCCGGTGGCTCTGACACCTGGAAGGATTTTAATCTCTGGGAGATGGGCTTTTCATCCATCTGCTTCCCACCTTTCAGGACAGGTGCATGCCTTCTTCCACAGAATGTCTGCAAGCAGCCCAAACTGTATCCTTTCCCACGTGGAATTTGCAACATTGCATCTCTCGGGCTGCTGTAGGAAAATGCCAGTGCATGTGTAACATGGTTTACGGCTGCCTATGCAAATGACTGATTATGTCAGTATAATTTTTATAAGAAAACAATTGAATCCTTCTTTGGGTCATTTTTTTTTTCCATTTTTGGCATGTATTCAAAAGAAGGCTCTGAGACAAAAAAGGCTGGGGTGTTTTCCGTATCTGGTTTTAATTTGGATATTCTGTCCCGTCACTTAATACAAAACCATGCTTATCACATTTTAAAAATTCTAGACAGGCCTGGCTCGGTGGCTTGCATCTGTCATCCCAGCACTTTGTGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGCTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAAAATTAGCCAGGCATGGTAGTGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTGGGAAGGCTTAGGCAGGAGAATCACTTGAGCCCAGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCACGCTCTTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTTAATTTAAAAAAAAAAATAA
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是prestin启动子。在一些方面,prestin启动子与SEQ ID NO:3或15中任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,prestin启动子具有SEQID NO:3或15中任一者的核酸序列。
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是prestin启动子。在一些方面,prestin启动子包含与SEQ ID NO:3中任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,prestin启动子是SEQ ID NO:3的核酸序列。
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是prestin启动子。在一些方面,prestin启动子包含与SEQ ID NO:15中任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,prestin启动子是SEQ ID NO:15的核酸序列。
在一些方面,prestin启动子的长度为500-2500、600-2400、700-2300、800-2200、900-2100、1000-2000、1100-1900、1200-1800、1300-1700、1400-1600、1450-1550或1500-1550个核苷酸。在一些方面,prestin启动子的长度为1500-1550个核苷酸。
在一些方面,prestin启动子的长度为1000-3000、1100-2900、1200-2800、1300-2700、1400-2600、1500-2500、1600-2400、1700-2300、1800-2200、1850-1950、1900-1950个核苷酸。在一些方面,prestin启动子的长度为1900-1950个核苷酸。
示例性prestin启动子(SEQ ID NO:3)
AAAGCAAACTCATCTCTAAACCAGAAATAATAGCAATATCTATACAAGTAAATACATGTACTCAGAACAGTGCCTACTACATGTAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTACTCATACTCACATTGTCCTCTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTG
示例性prestin启动子(SEQ ID NO:15)
TAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCTCAGCTAGGGACGCGGAGAGTGGTCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTTAAGAGACGGAGTCTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGACTCAAGCAATTCTCCCAGCTTGGGGTAACGTGTTACATTATTCTACTTAATAAAAAGCAAAAGTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTTATCATGCATTGCCTTGTCGTGCAATAGTCAATATTTGCAAACCAAGTGTTAACCAAAGGCAGTTCATCAAAGATTTTTGAAAATTAAAAAAAAAAAAAAACTCATACTCACATTGTCCTCAGGATTTCCTGTTTTCGAAATGTTCCTGTACGAATCGGAGTCTCTATAATGATTGTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTGGGCCAAGGAGCGAGCTCTCCCTTCTCCTGCTCTCAGCCTCAGTGATCAAGGCTTCAGTGAACTGCACTGGAGCTCCCAGCGGGGGATCTTGTCCCCTGTCCCGACTTTTGTGCTGCACATTGGATCTGGTGACACTCAGGAAATTGCTTGTCTCCGGCTGTTAAGGAATAATTTCAGAGTACT
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是CHRNA10启动子。在一些方面,CHRNA10启动子与SEQ ID NO:4具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,CHRNA10启动子具有SEQ ID NO:4的核酸序列。
在一些方面,CHRNA10启动子的长度为100-1200、200-1100、300-1000、400-950、500-900、600-850、700-800或700-750个核苷酸。在一些方面,CHRNA10启动子的长度为740个核苷酸。
示例性CHRNA10启动子(SEQ ID NO:4)
TTCAGATGCCATCATTAATGAGAACTATGACTACCTGAAGGGGTTCTTGGAAGACCTGGCAAGGAACTCCCCTTGGATTAATTGGCTTCTCTGCTTCTTTGTAGGTGGATTGCTCAGGTAATGACCTGGAGCAGTTACACATCAAAGTGACTTCACTGTGCAGTCGGATAGAGCAGATTCAGTGTCTGGTATTGGCTTTCCCTTTGTATTTTTGAATAGAATATACCATTCAAAGCCTCCTCGCTCTTCTACTATAGTGGTTTTGTTTTTAAACCCTGAGTGACGCTTCACCTTTCTAAATCAGATTCCCTTTTGTAAAGGGGATAATGATTGCTGATGTTACTTCACACAGGGCTATTTTCAAGAGGAATCAATTGAGTAGCATGAGTACTATTCCAGATCTTATTTTGATCTGTCAAGCTGAAGATGTGAGCAAATTCCAATTAAGATTAGACCAAAGACTTCTGAGACTTTCAGGAATTCAGGGATGAGAAAGCAGAGTGGGTCAGCTCTGTTGTCTGGAACTTCCATTTAACTTAGATGCCTCAGGATAGGGGTTACTCAGCTGGAATCCCCTCCACTACTGACTCACTATGTGAACCTGAGTGAGTCACAAAACATAGTTGGACTTCCAGCAAAGAACACCTGACCTGGTTTCCTTACCAGAGGAATGTTTCAGAAAGTGAGTATGCTATAGAAATGGTTAGCTCTTAGCAGTGTTCGGAATTGTGGGCCAGGAG
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是DNM3启动子。在一些方面,DNM3启动子与SEQ ID NO:5具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,DNM3启动子具有SEQ ID NO:5的核酸序列。
在一些方面,DNM3启动子的长度为100-2000、200-1800、300-1700、400-1600、500-1500、600-1400、700-1300、800-1200、850-1000或900-950个核苷酸。在一些方面,DNM3启动子的长度为900-950个核苷酸。
示例性DNM3启动子(SEQ ID NO:5)
CCTTGATTCAGAGTTAAAGCTATGGGAAAGTCCTCAGGCAGAGGACAAACATTAGACAAGAAAATGCCCATATATGAAACCCTGCGAAGCATCAGTATTTGAGGAGCAGACTAAAAAGGAACCGTCTGTGGAGGCTAAGAGAAGCATGGCCATTTATCTTTGTGTCCCGATCATCAGGCACAGGACCCCACACACAGTCACTTCTCAATGTGCTAAATTTCACAGAATGCGTCCAGGGTACCTGGTTCTGGATAGATCCGGTAGAAGGAGATAGACCGGGAGGGCAAATGGCATGAGGAGTCTCACAGGCCAGAGTGATTAAAGGGGTGTATCGGGGCGGTAAACCCTACAGACTCTACCTGTGCTTATGCGGGGCTGGGGAGGACGAGTCATTACAGATGAAGAATTAAGTAAGGTCAGACCACTCAGGGCCTTAGATGGATGTCACATTGAAGAATTTAGACTCCAACAGGCCTGCCACCCTGGGAGGAGTCATCGCGGATTCTGGAGAAGGGCGTGACAGAGGAGATTTCCTTTCGGGAAGTGTAGTCTGGCAGCGGTGCCCCGGTGGTGGCGGCGGCGGTGCTGCTGTTGCTGGTGATCGTGTGGTGGTGTTAGCGGCGATAGTGCTTTCCACTGGGCTTTGGCTTGGTAGCCGCTGAAAGAGAACAACGCTGCCGCTGCTGCTGATTTCATGCCATTTCCTGACCCGGCGCTGTAACTTGGCCTCTGAGCCTTGGCCACAGAACGCAGAGGCCGTGGCATCTGGCCGCAGCTGGGCTGCAGTGCGTGCGCGCCTGGCCTGGTGGTCCGATGGGAAGCCCGGGGCGGGGCAGCCGCGGGGCGGGGGCGGGGCGTCGCGGAGATAGGCCACGCCCCTGCCCGCCCGCGCAGGCGCGCTGCGGGTCGTTAGCTGTC
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是MUC15启动子。在一些方面,MUC15启动子与SEQ ID NO:6具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,MUC15启动子具有SEQ ID NO:6的核酸序列。
在一些方面,MUC15启动子的长度为500-2500、600-2400、700-2300、800-2200、900-2100、1000-2000、1100-1900、1200-1800、1400-1700、1500-1650或1600个核苷酸。在一些方面,MUC15启动子的长度为1600-1650个核苷酸。
示例性MUC15启动子(SEQ ID NO:6)
TTTCTCCTAATTCAGCACAAAAATTGAGTTCCTTTTCTGTAGCTAAAGAGCTTGTATGAACTGTCAGCTTAGCTAACCATATGTTTTCAATGTTCCCTGCAAATTGTTTAAGGTATGTATAGTCCTTTCAATGGATGAGTAAGTCTTTTGTCATTGTTATTTGCTGCCTGTGGACTTGATTTCAAAATCTTCTTCAGGTCATGAATAAATTTCCTTTTCCTTCTGTCCCTACTTTTGAGCCAAGGAACAAATCAAGATTCTTCCTCAGAGTGTACACACCTTCCCAGGCATCTCACTCTCTCCTCACTCTATCTGCTTCAAGTTATGGCTCGTTGGTGAGAACACTCTGCTGCTGAGGTTATTATTTAGCTATAATAACTTTTTCTAACTAGACAGAAACAAATTAGATATGCCAGGATTTTCTAATTACCTGCCTTAAGTGCTTTTTTAGAAAGCATTAATAAATCATGTGGATCTTTTCCTAGCAGTGGTAAGATAAGTTATAATATTATCAAACTGTCAGTTTTGCCACTTCAATATATGTATGCCTGGTTGTAACCTCACTTAATAAGTTAAGTCCATGTAAAAATAGTTGATAGTTAATAAATTGGGCAAGAGTTGCTTAAACAGATTAGACTATATAACAAAATTAGGGTTTTAAAAGAATAAAGCTGCTATAACAGTACGCTTCATCTCACAGGAATTAATCAGTTATGGTATCTCCACAAAACAGAATATCACGTATTGTTGAAGAGAGCCGTCTCATTTCCCCGGGGTTGGTTTAATTTCTAATCAAACTCTGAAGGGGCCTTTGGGCTTCAGAAAATTTAAAACTATAGAATTACCTTGTTCTTTCCTCGGGCCAATTAACTGGGCAGATTCTTTGCATTCCATTTGAAGCTTACTAGCTCCTGCATTTTAGCTAAAGTTTCGTTTCTCGCTCAGCAGTTGAAAACCTATCTCCTTGTGCAGCAGAAACCAAGTATGAACCTCAGGCATATTGAGCTGAACGGCCCTTGGCGCCATCCCCAAACGCTGATGTGCGGAAGATCCCAGTTTCACTCTTCTCCCTTTCATAAGCTCTGAAAGGAAGTGTAGGAAGTATGCCAAGTTGTTATTCAACTCTAGTATTTAATCAAGCATTACCTGGGCACTTCTGAAATTCTCCAGCTTCTAAAGTGAGAGTAAACCAGAGAGAACACAGGGTGGAAACTACTTAATCGAGAAGGCTCCTAGGATAAGTGAGGATCACATGGCCATTCTCAGGCCCCAGTTCCTCTCCAAACTCCTGAAAGTCAGCAAGAAACCGAATCTCAGTCATGATGATTATTTTTCATGTAACACCTCACAGCGTTCTCAGGGATCCCAATATATGCTACTAATTCACTTTGTGTTAAGTAGGAGTTTCTTAAAAAAACAATTTCAGTGGAGAAATTCCTGCTATACCAGATGACTTTGCCAAAATCTTTGTCCTTTTTTTCACTTAGGGTGAAAAAAAAAATTGATGACCCGTGTTTTGCTACCACTGACGAGAGTAATACCTTGTCCCAAAGCTAAAACGATCAACCTATGAAAACTGGAGGGTTGGGCTTTTGTTGTTGTTGTTAAAGGCCTGAATGAGGTGATATCTT
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是PLBD1启动子。在一些方面,PLBD1启动子与SEQ ID NO:7具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,PLBD1启动子具有SEQ ID NO:7的核酸序列。
在一些方面,PLBD1启动子的长度为100-2000、200-1800、300-1700、400-1600、500-1500、600-1400、700-1300、800-1200、850-1100、900-1050或950-1000个核苷酸。在一些方面,PLBD1启动子的长度为950-1000个核苷酸。
示例性PLBD1启动子(SEQ ID NO:7)
GACCCATTATTCAATGGGAGTTGTCAGGATGTCAGCAATGTACAAAATCATTGCTTAATTTGTTTGACAATGGAAATGGCCATTATGGTTTTTATGTAACTTTGCTTCTGTTACATAATTCTTGCTGACACGGTGTTTCAACCAAGGTACTTGGTAGCAAGTGTTGTACAGAAAAGGATCTGTAAGTGGTTTATGTGGTCATCAACCACAGCAAAGATTTCATCTGAGCTGTGCTATGAAGAATGTAGCTTGAGAAACACAAAATGTATCACTGGGCAAAAAGGAAGCAGAAGAAAAATACAGTTCTGCTAATGAGAGCTCTGACTGGTATCTGGAGTATAAGATGGGCCCAGCCAATGCTGAGTGAATGAATGAAATGCCTTTTGCCTACTTCACAATGTCACCTAGGGCACCCGGTGCCAACTTCACAATATCACCCAAGGCATAACTTTTGACTACTTCACAATGTCACTTTTAACTGACCCCACACAGAAATGGGGACTCCACAGAAACGTAGGAGTGTGTCTAGTGTCAGCCCCGTCTGAATCACTCTCCTGTGGTGGCTCCAGCCAACGAAGAGGAAGCAAAAAGGATAAAAAATCTGAGCTACAGCGCATGGATTTAGGTTAAACAGCCTGGGAATGAGGGGTACGCTAATCGCTGAGGAAAACGCACCTGTGGAGGCCTCTCCAGAAACAGCAGAGGATCCGAGCTGCGTGTAGGCAGGGCGCGCATGTCACCCTGGCCCGGGCGCCTGGTCCGCTGCTGGAGATAAATGGTCGACCCCGGAGGGAGAGGCTAGTAGGGGTGTTGATGTGAACTGATTCGCCCAAGCCTTGGGCCGCAAAACTGCGAAAGAAAGCGGCAGGCAGCCTCTGCATTTCCCAGAAGTGCAGCTGGGGAACTTTCCCAGACCGGCCCAGGGGTTGCTAGAGGGTCAGACGTAAAGGATCCGCCTTTCCTAGGCGGGGTGGGCCCCAGGCC
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是RORB启动子。在一些方面,RORB启动子与SEQ ID NO:8具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,RORB启动子具有SEQ ID NO:8的核酸序列。
在一些方面,RORB启动子的长度为500-2500、600-2400、700-2300、800-2200、900-2100、1000-2000、1100-1900、1200-1800、1250-1700、1300-1600、1350-1550、1400-1500或1400-1450个核苷酸。在一些方面,RORB启动子的长度为1400-1450个核苷酸。
示例性RORB启动子(SEQ ID NO:8)
CCAATAAATGTTGGCTCTTGTTTTTTCTGACCTGTATGTTTTGTCTTTGTTCCAAAGCTAGCCTTACCTCTCCCACATACTGGGGTTAATTCATGCTTTGGCCCTTATCACCTTTTCCAATTTATTTCAAAATTACATGCTCTATTTTAATATTTGCTTTCTTTTTTTTATTTTGAAAACTTATTGAACTTGCATCTACACTTTAAAATGAAGCAGAACTTAAAGAACTCAAAGATTATGAAGAAGACTCAGTACCTGGGAATAAAATTGAGAATAGGTTCCTTTTATGACTATATAACCAATCTCAACCATTATTTTTTGCTTCCCCAAATTAGGAGAGTTTAAAATGCAGATTCTCCCCACTCTCCTCTTCCCATTCAATAGAAACTGAGAAAGAAGGATCTTATTCAGGTCTTCACTCCATTTGTGATTCATATTCAGTGGCTGAAAGGTTAGAAAGCATTCACTCCACCAATAATGATCAAGCACCCATAAAGTACCAGGAGCTCTTACAAACTCTAGGGAAATCCTGGCTCCTGTTGTCATGAATTTTGCATTCTCAGGTAGGAAATGTGGCTCTGATGCCTGCTGGGGCAGTGTACACTTAGAGCTACAGAGGATCTTGGAGGTAATCTAAAACCTTTCTAAAGAGCACCCTGCAATCACACCTTCTAGCAACAGCCATTTCTCTTGAATTAGTAAGGTGGCTACACCGCCAATTTGAGCTGTTCTCCTTCAGTCCTGTAGTCCATCGCCAGGGGAGTCTCCAAATGCTAATAAAAATCAATTTCCCAGACAAAAGAACATAGAGGGTCAGGGAGCATCTGACGGACGTTTTTAAAGGAAGGGGACAGCTACTTCCATGGGACTGCATTTTAGTTGTGCTAAAAGTGATGAAAGTGGGTTTGCATTATTCTACCACCAACACCCAAACCACCTGCCCACGGAAACCCCCGCCGGAGACCGAAGTTTACCCAAATAGCGCTCGGCAAAGCGCTGCCATAAATTCAAAACTAACTCTGCCGGGCCCGCGGGGGTTGCGAGACAGGGACCGAACGTGAAACCCGGGGAGCCCCGCGTCTCTTGCCTCCGAAGGTTTTCCGTGATCAGTGTCCCCTTCTCTGCTGGAGTCGGAAGTGCCTGTCACCTGCGGATCTGCCCGACTCTCCCGGTCGGCCCTTCTTCTCTGCCCAGTTCGGACAGTCTCGAATTCCCCGTCGCAGCCCCGGCCACCTCGGACTCCCTGGTCCCCAGCCCCCGCCCCACCCCCCGCCTCCACCACGTCCCCTCCCCGCGGTCCCAGCCTCTCCAGGCGCTGCTGGGCTCTGATTGGCGGCTGCGCTGACAGCAGGCGGGGCCTGGAAGTCGCGGCCAAGCCCGCCCTCGCGTATAAGCCCCTCTCAGCGCTCTCTCTCC
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是STRIP2启动子。在一些方面,STRIP2启动子与SEQ ID NO:9具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,STRIP2启动子具有SEQ ID NO:9的核酸序列。
在一些方面,STRIP2启动子的长度为500-2000、600-1900、700-1800、800-1700、900-1600、1000-1500、1100-1400、1200-1300或1250-1300个核苷酸。在一些方面,STRIP2启动子的长度为1250-1300个核苷酸。
示例性STRIP2启动子(SEQ ID NO:9)
CCTTGAATATTTATGTCCATTTTAACACTTCCTGGTTGCAAGAGGGATGTGCCTCCATTATTTCCTCCACAGTTTTGGTATTTGTCAGACATTTGTTCTGCTGTCTTTCTAATCCAGCCAACGTCTGCTCAGGAAGTGGGGCCAGCTCCACTGGGACCCATAGTTTTACTTCCTTGTCATTTGATTGGATAGTTTCCAAGGAAGCCCCTCCAGATTGGCACTATCTCAGAAAAGGAGAGCTTGTTGTGAAACACTGCTTCCTGAAACTTCCTGCTATTGCCTAAAGCTACGTCTGAAACTGAGTAGGGAAAGGCATACTTTTCCAGGGACTTAGGGGGATAGGCTTTGAGGTCTCTCCTCGTGTTGACTCTATGCAATCTTCATAGCACCAGTTTTACACATTCCTTCTCTGAAATTAAAGCCAGATGGAGCCTCTAGGCTTAGCAAGTGGCTTTAGATAGCCACCAGAGGGGACTTGCAAGCTGTCCTCTATCCTACTCCCAAGATCAGTCTGCCCTTTCCCCTAGGAATAGGCAGGAAAAGAATAAAGGAAAGAAAGGACTGGCGAGCAGGTGAGGGTGGGGGCTTGCTCTACCCTCAACATTTACACACCATGAGGAAGAGGCCCCCTACAGCAGAGAAGGGCAGATGACAGGAGCAGCCCTCGAGGGCACCACCAATTTCAGTGATGGAAAAACTCCCCCATCCCACCCTTAGACCTCCAGTCTCCCAGCCAAGCCCTAGCTCCGGGCGAGATGCGTTCTCTTCAGAAAAACGCTGAGAATTCTCAGCTTCCAGAGACAGCGAGTCCCTCGTTTCGGGCGATGTCCCTGGCCACCTGGCGGTGCCATCCCTCCCCTGAGACTAAGCGGGATATGGGACGTGTGCAGGAGCCGGGATATGGGGGGCCGGGTCGGTGGTAACAGGGAAACGGAGACTGCTGTGGAGCAGTAGGCGGAGACTAGAGCTCCGGAAAAGGTCGCTACAGGGACGGGGGTGAGAGCTGAGAGACACCGAGTGAGGAGCACAGAGATAACCCGCCTGATCTCAAGGCCCAGCTTTCGCGAGGTGTGGAGCCTGTAGCTAACCTAGGAGTCTCCGTCCGCCAGCAATGCCGCAGGACTAAAAAGATCCCCTCAAAAATCTCTTCATTGAGCCCCCACCTCCTCGAGTCCCGCTCCGGCCGGTCGAGCAGCCAATCGCCTCGCGGGGCGGGGTTGCGGCGAGCTGCCGTAACCAATAGAGGTGGAGGGGGCGGGGCCTGGCTCCCGGCGCGCGGCGGTAGGGTCGCCTCCGG
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是AQP11启动子。在一些方面,AQP11启动子与SEQ ID NO:10具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,AQP11启动子具有SEQ ID NO:10的核酸序列。
在一些方面,AQP11启动子的长度为500-2000、600-1900、700-1800、800-1700、900-1600、1000-1500、1100-1400、1200-1300或1250-1300个核苷酸。在一些方面,AQP11启动子的长度为1250-1300个核苷酸。
示例性AQP11启动子(SEQ ID NO:10)
AGGCATGAGCCACTATGCCCAAATGAGAAATAATTTTGTATGAAAAATAATCTTGTATGGTAAATTTAGACCAAGAATAAAATGAGTGGTTGTATAAGAAAGAAAGATGTTCAGAACAAACCAAAAAGTCCAAGCATGTCACGAATGGTCTGTGTAAGTCATAATAAAAGGATTTATCTAAAAAAACCAAAAACTTTTATATGATCAAGTCGTCTATAATTAAAGGAAAATTATAATGGGTTTTTCTAGACATTGGGTGTGATGTAATGAAACGTACACACTAAAGAATTCATTACAAGGCTTTCATGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGACTGGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAATGGCGCGATCTAGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCATCATCCTCCCGAGTAGCTGGGATGACAGGCATGCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGGTTTCTCATGTTGGTCAGGCTAGTCTCGAACTCCCGACCTCCGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCGCGCCCGGTTTTTGTTGTTGTTTTTGTTTCTAAAAACAGCGTCTCGCTCTGTGGCCCAGGCAGGGGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAGCCTGGAACTCCTGGGGTCAAGCGGTCTTCCCACCTAAGCCTCTCCGTGCTGGGACTCCGGACGCGCTCCACCTCACGCAGCCGTATTCCTGCTTTCAAAGCAGATGGAAGAGGTGCGCCAGGACCCCCAGTTCTTGGAAACAGACCTCTCCAGTTACCTGTTGTTTCCTCTTCACGAAGAGTGCATGTAACAGTAAGACACAACTGTTTCATATTATACGTAAAGAGTTCATGCCAAAGGTTATAGACAGTCACATGCTAAAACTAGGCTACACTTTGAAGAATCACCGCTCAAGTTCTGGAAAAAAGAGGTGACTGTTGAACAACACTGTGAGGGTAATCGATGCCACTGAAATATACACTTAAATTGATTAAAGTGGCGAATTTTATCTGGCATATATTACCACCATTTTTAGAAATGTTTTTTGGCAGGTGAAGAAAAGCAAGGCTCCAGGAGGCCCTGCGCACCGGTCTACGCCCACTAACTCACCCGCCCCCTGCGCCGCGTCTCCCCTCTCAATTTCAGTCGCCCATTGAT
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是KCNQ4启动子。在一些方面,KCNQ4启动子与SEQ ID NO:11具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,KCNQ4启动子具有SEQ ID NO:11的核酸序列。
在一些方面,KCNQ4启动子的长度为500-2500、600-2400、700-2300、800-2200、900-2100、1000-2000、1100-1900、1200-1800、1300-1750、1400-1700、1450-1650或1550-1600个核苷酸。在一些方面,KCNQ4启动子的长度为1550-1600个核苷酸。
示例性KCNQ4启动子(SEQ ID NO:11)
AGGGCCCATCCTGGTGTAAACAAACCCTTTGGCGCAGCCCAAGAGAGCCCCTATCTAATACCCAGCACGATCCCCTTACATCCGGAGCACTCTTTAAACATTTTTCCTAGCTGATCTTCACAGTGACCCTGCAGGGGAGACAGGAAGAGGTATCATGATCCCTGTGTTAGCGTGGGAGGGCTAGTGAAGTGCAGTGACTTGCCCAAGGTCACTCCATGAATTGAGGGTGGAATTGAAACCAAAACACTGATCTCCTGACCCCCTGTGCATACACAGTTGCTCTTGGAGATTGGAGACCCCTGGAATCTGGAGCAGACAATCTGGCTGGCTTCCTTGCAGCTCAGGTCTGCGGAGGCCACAAGGGGGCAGCATGCAGCCCTCACCTGTGTCTCTGGGACCTTTGAAGGGAGGGTCCTCCCTAGGATAACAGTGAGAGCTGGAAACTCTACCCTCTCCAGAGTATTGCCTCAAGATCCCTGAACTTAGCTCCATGTTTTCAGAATGTGCTAGCTACAATTCCTGAAATGCCCTTTTACTTCCCTTTTCACTTATTGAGCTCCTATACATCCATCAAGGCCCAATTTAAATGGCCCTTTCAGCAGCTATTTCTTTGGCACCTTCTGTGTGTCAGACGTTGTTTTAAACATTGTGAATACAGCTTAAAACAAGTCTGACGGGTGGAAAGGAAACTGCTGAGGGTGGGGTCAGGGGAACAGGTGGGAGAGGGACCAGTCCCCTCCAGCAGAGGGGCCAATTGAGGGAGCCTGAGACAGCTGTTTGCTCAGAAAAGTGTCTTAGTCACTAAAGGTTGTGGTGGGGAAAGTCCGTCCTCCCAGTCATGTCCTGGGAATCCGGATGGCGCAGGAAGGCCACCCGGTGACCCTAAGAGTGGCCACCTGTCCTCTCTGAACTGGACTTTCTCTTCTGGCCCTTCCCCTCCCTCCCTCCCTCACTGGCGCTCAGCAGATCAATGCTGCCTTTGCTGACAGCTGAGAATCGAGCTCGCCTTCCCGCCCCTTCCCCCGCCCCTCCCGCTCGGCTTCGTCCCTCGAGATCCTCCCGGAGGAACCGGGAAGAGTTTGCTGCGGAAGGCTCACCCTGGGGCAGGGCCTGCGGAGGGAGCGGCTGGTGTGGCCGCAGCTTTCCGTGGAGGAAGAGGGAAAGAGGATCGGGAAACCCAAGTTACCAACCCTGTGCAGGGGAGATGGAGGTCGGGGACTAAGAAAAACTGCTGCCCACCCAGCCACACACAGCACTGGGCACACTTTAAGCACCCGCACCAGGCACACAGTGCTCGACCCCAACGGACACACCTCATCCTGCCGCCCGCGGCCACAACTCCACATTCACTTGCACGCGTCCGGCTTCCCGGCCCCGCGCGCTGCCCCCGCCACGCGGTTCGGCCCAGGCACCAACTCGGCCGCCCGTGCGCCCTGCCCCGCCGCCTGCTCCGCGCGTTCCCTCCCTCCGCCTCGCCTCGCTTGCTCGCTCGCTCCCTCCCGATTTGGGAAGGCGGCCGCGGGGCGGGCGGGGGAGGGGCGGGGCGGGGGAGGGT
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是LBH启动子。在一些方面,LBH启动子与SEQ ID NO:12具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,LBH启动子具有SEQ ID NO:12的核酸序列。
在一些方面,LBH启动子的长度为500-2000、600-1900、700-1800、800-1700、900-1600、1000-1500、1100-1400、1150-1300或1200-1250个核苷酸。在一些方面,LBH启动子的长度为1200-1250个核苷酸。
示例性LBH启动子(SEQ ID NO:12)
GTGAATTCGATGATGTGCTTGTGTGGACATGTGGAGGTCTCAAGAACAAAAGAAGAGCTGGGCCTGGCACACAGTGGGTGCTAATGCCTGTTAGAATTGTTGTTGAGAGGGCAGGAGGGTGTAACATGGACCCAGCTATCTGATCCTGAGGCTGGGCGCCATGTGGGTGTGAAGTACACCAGGGGCTCCAACCAGCAAGTGCTAGCTCAGGTTACAGTCAGCTGCCCCTGGAGGAAGCTAGCAGACATCCTGTGTACTTGAAAAGAAAACTGAAAGTGCTATCTGCATCCTGGTGATAGTAACCTCTCTTTTCTGGCTGTTGAAGTGCATTCCTGTGCGGATGTGGAAAGAGAGAAAGCAAGATACAGCCAGGGCTAGGACAGGAATGTGAGTATTTCCTTAATTGGACATGAGAGCCTTGAACTGATTCCAGTTGGAGTGTTTTCTTTTAGGGCCTGGACCCTAAAGATTTCATACAGTTTTCTTTGTCAGAAAAATCCCTTTGGTTCAAAGGCCCCTCGATAGAAATAAAGAAAAAGCCAGGGCTGAATTTCTTTGATATGTGGGAAGGCAAGAGTTTATGAGCTGCCAGATCTCAGGCTTCTTTTGGGGTGGAGGATTTTGTCTGGTGGGTTCGGGTTGCTTTGTGTTGTTGACTGCTAATTCACTGATGACCAAGTTTCTCAAATACCTTAAAAACAAGCCCTACGTCTGCTCAGTGCTTTCCAATTTACCAAGTGTTTTCATAACATTTCTTATGTACGCAAATGAGTTTCACCGAAAAATTGGCTAGAAACTTCCCTTCTCCTACTCACGTTCATAGTGTAGCTGTGAAAACAAACAAAACCACAGAGGCATGGTAAGTGTGGTATGGTGGGGAAAACAAAGCCATTTTACAGGCGTGATTGAAGCGGAGGCCACAGAGCGGCAGCGCTGGGTCCCGAGTGAGACTCCCATCATGTGGCTCAATGGAAAAATCCTACCCAGGACGACACCACATCCTTGCTCCCACAAATAAAACCTTCCACGGAACTCAGGGCTGCAGACGCAGAGCCGAGCGCGCCCCCGAGCCGCCGCCCGCCGGAGCTGCGAGCGCTGAAGCCATTCATGATTTTGGTGACGTTATTCCAGGAGTGGGCGAGGGAGGGCGGGGCCTCTCGGGGCCAAGCCCCGCCCCCGCCCCTATAAATACGGCTTCCCGGGCTCTTTGTGGG
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是STRC启动子。在一些方面,STRC启动子与SEQ ID NO:13具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,STRC启动子具有SEQ ID NO:13的核酸序列。
在一些方面,STRC启动子的长度为100-2100、200-2000、300-1900、400-1800、500-1700、600-1600、700-1500、800-1400、900-1300、1100-1200或1100-1150个核苷酸。在一些方面,STRC启动子的长度为1100-1150个核苷酸。
示例性STRC启动子(SEQ ID NO:13)
CACTGCCATCTCAACATGTGGTTTCTAGGTTGCCTCAACAGGGAAGAGATTGTTGGAGGCTCATTTGCTAGCTCTTAAATTCTTTGGTCAACCACAGTCCATTGAACAGAACTAATCACCTGACTGCAAGAGATCTGGGAAATGTGAGAAACACCTAGATATCTAGTAAGCAATAAATATTTCAGTTACCAAAGCCAAACCAAAAAAAGAGAAAAATAATTGTACTTTACAAAGGGAGGCATCTGGGTCCTGTGGGAGTTTTGGGGAGTGAGGATGTTTCAGAGTTCTCAACTCCTGTGGCTATCCATTTCATTTTAGCAGGACATATGATTAATTTCTTGTTCTGGACCTTTGTAATTTAAAGTCTGAATCCTTAGCGGCAAGAGAATTGCTTAATCAATGGCTTACAACAGCAGAACGTGGACTGCCAGGAAAATTTCCATCCTGAGTTAAGAAAGAAGGATAATTTATTATAAGAGGGTTGTTACAGAATGAAGGGCAGAAATTCAGAAGGATTACAGGATGGGCTGGAACCACAAAGCACTGTCTGCTTTTTAGACTAGGTGTGGTATCCTTGATGGGCAAAGGGAATATTGGTAAAATTATTTGTGACCTGGGTTAAGTCATTCCATTTCTCTGGGCTTCAATTCCCCTGTCTATAAAATGTTTGAGGGAGAGAATGGGGAAGGGTTCTAGGGAAAGAAGGACAGAATAAAAGTTTGGGTATATGAATTACTATTTAGAGTTGGTATAAAGTGAAGGCCTTTGGGGAGATATACCCTGACCAGACCAGATTATTTTGAATGAAATCTCTTTCTCTGTTCCATGAGCAGTTCTGTGTGTAGGGAGAACATTTGAATGGCCTAATGAGCAAATCACATTTCTCTGGGTCTGTTTCCTTATCCATAAGTTCTGCATCACTGGCTCCTAACTCAAGCAATCTCCTTGGGTTTCTCTGAGGGGCCCCTGGGATCCCCTATCATTAGTCCCTCTCACAGAAGCATACCCTTCTCCAGAGCTAAAGGATCAGATATTCAGCGGCTCAGGTAACAAACCTGCTGTCAGGTTACACATATTGTTTCCTGAAAGACCACACTACAGTGTCAGTGGAGCCTCAGGTTGCCTGCAGT
在一些方面,内耳外毛细胞选择性启动子是TUBA8启动子。在一些方面,TUBA8启动子与SEQ ID NO:14具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,TUBA8启动子具有SEQ ID NO:14的核酸序列。
在一些方面,TUBA8启动子的长度为1000-2600、1100-2500、1200-2400、1300-2300、1400-2200、1500-2100、1600-2000、1700-1900、1800-1900或1800-1850个核苷酸。在一些方面,TUBA8启动子的长度为1800-1850个核苷酸。
示例性TUBA8启动子(SEQ ID NO:14)
GAAGACATAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGGGACCCATGAGAGCTGAAGACGTGGTCCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGACGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGATCCAGGAGAGCTAAGGACATGGTTCTAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAATACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGTTCCAGGAGAGCTGAGGACATGGTTCCAGTCTGAATCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGTCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGCAGAGCTGAAGACATGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCGGGAGAGCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCTTGAGACCCAGGGGAGCTGAAGATGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGGTGAAGACGTGGTTTCAGTCTGAGTCAAGGCCTGAGAACCAGGAGAGCTGCTGGTGAAAGTTCTAGTGCAAGGGCAGAAGACCAATGTCCTACCTAGCTCAACAGTCAGGCAGGCAGAAGTTCCCTGTTTCTCAGCCTTTTTGTTCTATTCTGTTCTTCAGTTGGTTGGATGAGGCCCCTGCACATTAAGGATAGACAAAAATTCAACGCATGCTTTACTAAGTACCGTTTGTATCAGTGGGTAAAGCACTGTGTTTGGTACTCTCTCAAATGCAAAGATGATTACGACACATGTACTATCGTTTATGAATGGGTGGCCAACAGAACAGATTGCCGCATAGGTAAGCAGAAATCTGCTCTCATTCTCTATTGGCCACAAGCAGGCATGTCTTAGGAGCAGAAGGGTAGGAAGATCTCTAACTGTGCTTGGAAACTTGGGGAGTTACCACGTCTGGCTAAAGTGGTATTGTCTTAAGGAAAACCTCTTACTACTGGGCAGAGGCAGGGGAACCCTGGTATGAGTTCTGGATTACATAGGAGATGTGACTTGGACACGTTTGGGGCTTAAAAGTAGGAAGGGATCAAGGGGGGAGATTTGAAAATCCCGGTGGAGGTGCGAGGTATCCGGGGAGAGGTGGGAGCAGAGGCCCTGCAGCTTGCCAAGCACACACGGCCCTAGGGCGCCCAGCTGAGACGGCACCTTGGCACCCGGGCCCGCTGCAGCCCGCTCCGGTCAGCTGCACCCCAGTCAGGAGCCTTTCCAGCGGGTCGGAGGAGAACGGAAGTTTGGGGAGACCCGCGCGATTCGCCTGGCTGCATTTTACATTTCTTTCTCCGGCAGCTGGGGTCACGAAGGCTGCTCTCGCCGGCGGTGTTGGAACGTGGACACGTGCGCTTTGGTAATAGGGCAGCCTCCCCCGCGGGCGCAGTCCCCGCTGCGAGCGCCCCCGGCTGCTGAGGCGGGACCGAGGACCCGGAGATTT
表2.示例性启动子
启动子 | SEQ ID NO |
癌调蛋白 | 1、2 |
Prestin | 3、15 |
CHRNA10 | 4 |
DNM3 | 5 |
MUC15 | 6 |
PLBD1 | 7 |
RORB | 8 |
STRIP2 | 9 |
AQP11 | 10 |
KCNQ4 | 11 |
LBH | 12 |
STRC | 13 |
TUBA8 | 14 |
增强子
在一些方面,构建体可包括增强子序列。在一些方面,构建体不包含增强子序列。术语“增强子”是指可以升高编码目标蛋白(例如,多肽)的核酸的转录水平的核苷酸序列。增强子序列(长度一般为50-1500bp)一般通过为转录相关蛋白(例如,转录因子)提供另外的结合位点来升高转录水平。在一些方面,在内含子序列内发现增强子序列。与启动子序列不同,增强子序列可以在距转录起始位点大得多的距离处起作用(例如,与启动子相比)。增强子的非限制性实例包括RSV增强子、CMV增强子和/或SV40增强子。在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:18具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的CMV启动子。在一些方面,CMV增强子包含SEQ ID NO:18的核酸序列。
示例性CMV增强子(SEQ ID NO:18)
GACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGACTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATG
侧翼非翻译区、5'UTR和3'UTR
在一些方面,本文所述的任何构建体可包括非翻译区(UTR),诸如5'UTR或3'UTR。基因的UTR被转录但未被翻译。5'UTR始于转录起始位点并延续至起始密码子,但不包括那个起始密码子。3'UTR紧接在终止密码子之后起始并延续直至转录终止信号。UTR的调控和/或控制特征可以并入本文所述的任何构建体、组合物、药盒或方法中以增强或以其他方式调节多肽的表达。
天然的5'UTR包括在翻译起始中发挥作用的序列。在一些方面,5'UTR可以包含序列,如Kozak序列,其通常被认为参与核糖体起始许多基因翻译的过程。Kozak序列具有共有序列CCR(A/G)CCAUGG,其中R是起始密码子(AUG)上游三个碱基的嘌呤(A或G),起始密码子后紧接另一个“G”。还已知5’UTR形成参与延伸因子结合的二级结构。
在一些方面,5'UTR包含在本文所述的任何构建体中。5'UTR的非限制性实例,包括来自以下基因的那些:白蛋白、血清淀粉样蛋白A、载脂蛋白A/B/E、转铁蛋白、α胎蛋白、促红细胞生成素和因子VIII,可以用于增强核酸分子(诸如mRNA)的表达。
在一些方面,来自由耳蜗中的细胞转录的mRNA的5'UTR可包括在本文所述的任何构建体、组合物、药盒和方法中。在一些方面,5'UTR源自编码多肽的多核苷酸的5'UTR。在一些方面,5'UTR源自内源KCNQ4 5'UTR。在一些方面,5'UTR与SEQ ID NO:19包含至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,5'UTR包含SEQ ID NO:19的核酸序列。
3'UTR紧接在目标基因的终止密码子的3'处。在一些方面,来自由耳蜗中的细胞转录的mRNA的3'UTR可包括在本文所述的任何构建体、组合物、药盒和方法中。在一些方面,
在一些方面,3'UTR源自编码多肽的多核苷酸的3'UTR。在一些方面,3'UTR源自内源KCNQ4 3'UTR。在一些方面,KCNQ4 3'UTR与SEQ ID NO:45包含至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,KCNQ4 3'UTR包含SEQ ID NO:45的核酸序列。
在一些方面,3'UTR与SEQ ID NO:45包含至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,3'UTR包含SEQID NO:45的核酸序列。
已知3'UTR中嵌入了许多段腺苷和尿苷(呈RNA形式)或胸苷(呈DNA形式)。这些富含AU的签名序列在具有高更新率的基因中是特别普遍的。基于序列特征和功能特性,富含AU的元件(ARE)可以分为三类(Chen等人,Mol.Cell.Biol.15:5777-5788,1995;Chen等人,Mol.Cell Biol.15:2010-2018,1995,其各自以引用的方式整体并入本文):I类ARE在富含U的区域内含有AUUUA基序的若干分散拷贝。举例而言,c-Myc和MyoD mRNA含有I类ARE。II类ARE具有两个或更多个重叠UUAUUUA(U/A)(U/A)九聚物。GM-CSF和TNF-αmRNA是含有II类ARE的实例。III类ARE定义不太明确。这些富含U的区域不含有AUUUA基序,这一类别的两个充分研究的实例是c-Jun和肌细胞生成素mRNA。
已知大多数与ARE结合的蛋白质都会使信使不稳定,然而ELAV家族的成员(尤其是HuR)已被证明增强mRNA的稳定性。HuR与所有这三个类别的ARE结合。将HuR特异性结合位点工程化到核酸分子的3’UTR内将导致HuR结合,并因此稳定体内信息。
在一些方面,3’UTR ARE的引入、去除或修饰可用于调节编码多肽的mRNA的稳定性。在其他方面,ARE可被去除或突变以增强细胞内稳定性,并因此增加多肽的翻译和产生。
在其他方面,非ARE序列可并入5'或3'UTR中。在一些方面,内含子或内含子序列的一部分可并入本文所提供的任何构建体、组合物、药盒和方法中的多核苷酸的侧翼区中。内含子序列的并入可以增加蛋白质产生以及mRNA水平。
示例性5'UTR序列(SEQ ID NO:19)
CGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCC
示例性3'UTR序列(SEQ ID NO:45)
GGGACTTCTCAGAGGCAGGGCAGCACACGGCCAGCCCCGCGGCCTGGCGCTCCGACTGCCCTCTGAGGCCTCCGGACTCCTCTCGTACTTGAACTCACTCCCTCACGGGGAGAGAGACCACACGCAGTATTGAGCTGCCTGAGTGGGCGTGGTACCTGCTGTGGGTGCCAGCGCCCCTTCCCCACCTCAGGAGCGTGAGATGCCAGGTCGCACAGAGGGCAGCAGCAGCGGCCGTCCCGCGGCCTCTGGGCCCCCCAGTGCCCTGCCCACTCCATCAAGGCCCTATGTGGCCCACCTGGCAGGGGCACAGCCCCGGGAGTGGGAGCGGGCGCTGGGGCCCTGGGCCCTGACCCAGCTTCCAGCTATGCAAGGTGAGGTCTCTGGCCCACCCTTCGGACACAGCAGGGAAGCCCTCCCGCCAAGTCCCCGCCCCACTTGGGGGTGGGCCAAGGTGCCCCCACAGGTACCCACAAAGCACAGGACCCTGCCACAAGGCAGGTGGACACCATATATGCAAACCATGTTAAATATGCAACTTTGGGGACCCCCATGGGGTCTCTCTGTCCCTCCCCCATTGGGAGCTGGGCCCCCAGCAGTAGCTGGTCTCAGGCTGCTTGGCCACCACCCTGTCCCTATTCTTTGGCTTATCACTCCTTCCCCTCCCAGCATGGGGCCTGTTTCTCCCCTGCCCTCTCCTAAGGGCAATGCCTGGGCCTTTCTTCCCATTTGCAAGTGTCAGCTCCCAGGGGCTCCCTCCTCCTGCTGGGTGGCCACTCCCCTCCTTGGCCCTCCAGACACCACTCATAGTCAGCACAGGTTTCTGTATCCTCCCCAAAACTCCCAGACAGTGCTTCGTGGACGATCGCACAAACATAGCCTTTTAGTTTCTCCAGACAGGAAGAAAGCCTCTCACACTTAAACATGCAATGACGTGACACACTTGGAGACATGAGTGCAGAGCCACTCAGCCGCTCCTGGGCCTCTGCAGCAGATGCCAGTGGACTGGCCTTGCAGGGTGACGACCACTAAGAGGAAGACCCCCAACTCCATCTGAGCAGGAGAAGGAGCTTTGAAGTAACCCGAGAGCTCTCCAGGCCCCACCCAGACCTTTACCCGCTCCCCTTCTTCAAGAAGATCTCCTCCTCTCTGGTCCAGGAGCCCTAACCCACTGCCTCTGCCTGTCCCCAAGGGCCCGCCTCCGTGTCTCCACAGCACAACTCGGGCCCAGGCCTGACACCACTGGAGAGACCCCAGGCCCACTTCTAGCCAGGCCTGTGCCTTCCTAGTCACTCTAACTCCCAGAGAGAATAAGAATGCATGTAATAGCTATACCAACCGCGCATCCGGCTTTCACATGCACTGTCTCCCCTCCCTCCACACCCCACTTCTTCACTTCAATTGGCAGCGCCACATCCAGGCGTCAGCCCCCATTCACTCCAGGAACACTTTCTTATCCCCACCCCTTTGCTCCTCTTCTGCAAAGCCAATGCAGGTGGCAGGAAGGTGAGGGGTAGTGGACCAATGGCAACCCTCTGTGGGAACAAGGGGCCGAGGCCACGCTGCCTGCATCTCGTGCTGGGGACCTGCATGCGCCAGCACCAGGGCTTGGACTGGATCTTACTCAGTCCATGGTGCCCAGCCTCTGCCCCAACATGCCCTCTGCATGTGACCGTCATGCCCTGGATGGAGCCACTCCTGGCTCACCCCACCTGCACTGCACTGTCCCCAGAGAGCCACCCCTCCACCCACTCAGAGACAGCTGTGGAGAGGGCCAGGAGAATGGGATTACCCTATGACCAAGGAGACATGGGAAGAAGCCCTCCTTCCTTCCACGATCGAGGTTCCGCCATCAACTCGGTTCTCGGATATGCAAGTACCTCACTTTGTTAACTTATTAACTTATTGGTTTCATTAAAGTTTTCAAGAGGA
多聚腺苷酸化序列
在一些方面,本文所提供的构建体可包括多聚腺苷酸化(poly(A))信号序列。大多数新生的真核mRNA在其3'端具有在复杂的过程中添加的poly(A)尾,所述过程包括对初始转录物的裂解以及由poly(A)信号序列驱动的偶联多聚腺苷酸化反应(参见,例如,Proudfoot等人,Cell 108:501-512,2002,其以引用的方式整体并入本文)。Poly(A)尾赋予mRNA稳定性和可转移性(Molecular Biology of the Cell,第三版,B.Alberts等人,Garland Publishing,1994,其以引用的方式整体并入本文)。在一些方面,poly(A)信号序列定位于编码序列的3'。
如本文所用,“多聚腺苷酸化”是指多聚腺苷酸基部分或其经修饰的变体与信使RNA分子的共价键联。在真核生物体中,大多数信使RNA(mRNA)分子在3'端经多聚腺苷酸化。3'poly(A)尾是通过酶聚腺苷酸聚合酶的作用添加到pre-mRNA上的长腺嘌呤核苷酸序列(例如,50、60、70、100、200、500、1000、2000、3000、4000或5000)。在一些方面,将poly(A)尾添加至含有特异性序列(例如,多聚腺苷酸化(或poly(A))信号)的转录物上。poly(A)尾与相关蛋白有助于保护mRNA免受核酸外切酶降解。多聚腺苷酸化也在转录终止、mRNA从细胞核的输出以及翻译中起作用。在DNA转录成RNA后,多聚腺苷酸化通常立即在细胞核中发生,但随后也可在细胞质中发生。转录已终止之后,通过与RNA聚合酶相关的核酸内切酶复合物的作用使mRNA链裂解。裂解位点通常由在裂解位点附近碱基序列AAUAAA的存在来表征。mRNA已裂解之后,将腺苷残基添加至裂解位点的游离3'端。
如本文所用,“poly(A)信号序列”或“多聚腺苷酸化信号序列”是触发mRNA的核酸内切酶裂解以及一系列腺苷在裂解的mRNA的3'端处的添加的序列。
可以使用几种poly(A)信号序列,包括源自以下的那些:牛生长激素(bGH)(Woychik等人,Proc.Natl.Acad Sci.US.A.81(13):3944-3948,1984;美国专利第5,122,458号,其各自以引用的方式整体并入本文)、小鼠β珠蛋白、小鼠α珠蛋白(Orkin等人,EMBOJ4(2):453-456,1985;Thein等人,Blood71(2):313-319,1988,其各自以引用的方式整体并入本文)、人胶原蛋白、多瘤病毒(Batt等人,Mol.Cell Biol.15(9):4783-4790,1995,其以引用的方式整体并入本文)、单纯疱疹病毒胸苷激酶基因(HSV TK)、IgG重链基因多聚腺苷酸化信号(US2006/0040354,其以引用的方式整体并入本文)、人生长激素(hGH)(Szymanski等人,Mol.Therapy 15(7):1340-1347,2007,其以引用的方式整体并入本文)、包含SV40poly(A)位点(诸如SV40晚期和早期的poly(A)位点)的组(Schek等人,Mol.Cell Biol.12(12):5386-5393,1992,其以引用的方式整体并入本文)。
poly(A)信号序列可以是AATAAA。AATAAA序列可以经其他六核苷酸序列取代,所述六核苷酸序列与AATAAA同源并且能够传导多聚腺苷酸化信号,包括ATTAAA、AGTAAA、CATAAA、TATAAA、GATAAA、ACTAAA、AATATA、AAGAAA、AATAAT、AAAAAA、AATGAA、AATCAA、AACAAA、AATCAA、AATAAC、AATAGA、AATTAA或AATAAG(参见例如WO 06/12414,其以引用的方式整体并入本文)。
在一些方面,poly(A)信号序列可以是合成多聚腺苷酸化位点(参见例如Promega的pCl-neo表达构建体,基于Levitt等人,Genes Dev.3(7):1019-1025,1989,其以引用的方式整体并入本文)。在一些方面,poly(A)信号序列包含SV40 poly(A)位点或由SV40 poly(A)位点组成。在一些方面,poly(A)信号序列包含bGHpA或由bGHpA组成。在一些方面,poly(A)信号序列与SEQ ID NO:22包含至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,poly(A)信号序列包含SEQ IDNO:22的核酸序列。在一些方面,poly(A)信号序列与SEQ ID NO:48包含至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,poly(A)信号序列包含SEQ ID NO:48的核酸序列。
示例性bGH Poly(A)信号序列(SEQ ID NO:22)
CTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATG
示例性SV40 Poly(A)信号序列(SEQ ID NO:48)
AACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCACAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTA
另外的序列
在一些方面,本公开的构建体可以包括一个或多个填充序列。在一些方面,填充序列可充当调控元件,改变构建体的表达。在一些此类方面,在制造以用于向受试者施用之前,填充序列可能未被完全去除。在一些方面,填充序列可具有功能性作用,包括作为接头序列,作为调控区,或者作为稳定区。如本领域技术人员将理解的,填充序列的一级序列可显著变化,同时保留其所需的功能。
在一些方面,本公开的构建体可以包括一个或多个克隆位点。在一些此类方面,在制造以用于向受试者施用之前,克隆位点可能未被完全去除。在一些方面,克隆位点可具有功能性作用,包括作为接头序列、Kozak位点的部分,或者作为编码终止密码子的位点。如本领域技术人员将理解的,克隆位点的一级序列可显著变化,同时保留其所需的功能。在一些方面,构建体可含有长度小于五个核苷酸的另外的克隆位点。
报告多肽、序列或元件
在一些方面,本文所提供的任何构建体可以任选地包括编码报告多肽和/或蛋白的序列(“报告序列”)。报告序列的非限制性实例包括编码以下的DNA序列:β-内酰胺酶、β-半乳糖苷酶(LacZ)、碱性磷酸酶、胸苷激酶、绿色荧光蛋白(GFP)、红色荧光蛋白、mCherry荧光蛋白、黄色荧光蛋白、氯霉素乙酰转移酶(CAT)和荧光素酶。报告序列的另外的实例是本领域已知的。报告多肽的非限制性实例包括:β-内酰胺酶、β-半乳糖苷酶(LacZ)、碱性磷酸酶、胸苷激酶、绿色荧光蛋白(GFP)、红色荧光蛋白、mCherry荧光蛋白、黄色荧光蛋白、氯霉素乙酰转移酶(CAT)和荧光素酶。报告序列的另外的实例是本领域已知的。
当与驱动其表达的控制元件缔合时,报告序列可提供可通过常规手段检测的信号,所述常规手段包括酶促、射线检测、比色、荧光或其他光谱测定;荧光活化细胞分选(FACS)测定;免疫测定(例如,酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)和免疫组织化学)。
在一些方面,报告序列为LacZ基因,并且通过测定β-半乳糖苷酶活性来检测哺乳动物细胞(例如,耳蜗毛细胞)中携带LacZ基因的构建体的存在。当报告基因为荧光蛋白(例如,绿色荧光蛋白)或荧光素酶时,可通过荧光技术(例如,荧光显微镜检查术或FACS)或光度计(例如,分光光度计或IVIS成像仪器)中的光产生来测量哺乳动物细胞(例如,耳蜗毛细胞)中携带荧光蛋白或荧光素酶的构建体的存在。在一些方面,可使用报告序列验证本文所述的任何构建体的组织特异性靶向能力和组织特异性启动子调控和/或控制活性。
在一些方面,报告多肽是FLAG标签(例如,3xFLAG标签),通过蛋白质结合或检测测定(例如,蛋白质印迹、免疫组织化学、放射免疫测定(RIA)、质谱法)来检测哺乳动物细胞(例如内耳细胞,例如外毛细胞)中报告基因(例如,携带FLAG标签的构建体的报告基因)的存在。示例性3xFLAG标签序列以SEQ ID NO:21和39提供。
示例性3xFLAG标签序列(SEQ ID NO:21)
GACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACA TCGACTACAAGGATGACGATGACAAG
具有终止密码子的示例性3xFLAG标签序列(SEQ ID NO:39)
GACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAA
AAV衣壳
本公开提供了包装到AAV衣壳中的一种或多种多核苷酸构建体。在一些方面,AAV衣壳来自或源自AAV2、3、4、5、6、7、8、9、10、rh8、rh10、rh39、rh43或Anc80血清型的AAV衣壳,或其一种或多种杂合体。在一些方面,AAV衣壳来自AAV祖先血清型。在一些方面,AAV衣壳是祖先(Anc)AAV衣壳。Anc衣壳是由构建体序列产生的,所述构建体序列是使用进化概率和进化建模来构建的,以确定可能的祖先序列。因此,不知在自然界中是否存在Anc衣壳/构建体序列。举例而言,在一些方面,AAV衣壳是Anc80衣壳(例如,Anc80L65衣壳)。在一些方面,AAV衣壳是使用包含SEQ ID NO:40的模板核苷酸编码序列产生的。在一些方面,衣壳包含由SEQID NO:41表示的多肽。在一些方面,衣壳包含与由SEQ ID NO:41表示的多肽具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的多肽。
如本文所提供,AAV衣壳和AAV构建体(例如,包含AAV ITR)的任何组合可用于本公开的重组AAV(rAAV)颗粒中。举例而言,野生型或变体AAV2 ITR和Anc80衣壳(例如,Anc80L65衣壳)、野生型或变体AAV2 ITR和AAV6衣壳等。在本公开的一些方面,AAV颗粒完全由AAV2组分构成(例如,衣壳和ITR是AAV2血清型)。在一些方面,AAV颗粒是AAV2/6、AAV2/8或AAV2/9颗粒(例如,AAV6、AAV8或AAV9衣壳以及具有AAV2 ITR的AAV构建体)。在本公开的一些方面,AAV颗粒是包含Anc80衣壳(例如,包含SEQ ID NO:41的多肽)的AAV2/Anc80颗粒,所述衣壳包封具有AAV2ITR(例如,SEQ ID NO:16和17)的AAV构建体,所述ITR位于编码序列(例如,编码多肽的核酸)的一部分的侧翼。其他AAV构建体是本领域已知的并且描述于例如Sharma等人,Brain Res Bull.2010年2月15日;81(2-3):273中,其以引用的方式整体并入本文。在一些方面,衣壳序列与分别由SEQ ID NO:40或41表示的衣壳核苷酸或氨基酸序列至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)5'ITR(例如,AAV 5'ITR),(ii)包含与SEQ ID NO:1-15中任一者具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列的启动子,(iii)编码多肽(例如,治疗性多肽)的多核苷酸,(v)任选地,3x FLAG标签(例如,包含SEQ ID NO:39的核酸序列),(vi)polyA序列,和(vii)3'ITR(例如,AAV 3'ITR)。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)编码多肽的多核苷酸,(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)5'ITR;(ii)包含SEQ IDNO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码外毛细胞多肽的多核苷酸,所述多核苷酸包括选自以下的基因:肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)或它们的任何组合;(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(vi)polyA序列;和(vii)3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)编码多肽的多核苷酸,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ IDNO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(v)编码多肽的多核苷酸,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQID NO:45的核酸序列的3'UTR,(viii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(ix)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR;(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码编码外毛细胞多肽的多肽的多核苷酸,所述多核苷酸包括选自以下的基因:肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)或它们的任何组合;(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列;和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR;(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码编码外毛细胞多肽的多肽的多核苷酸,所述多核苷酸包括选自以下的基因:钙粘蛋白相关23(CDH23)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、耳畸蛋白(OTOF)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、prestin(SLC26A5)、硬纤毛蛋白(STRC)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)或它们的任何组合;(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(v)包含SEQ IDNO:22的核酸序列的polyA序列;和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR;(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)的多肽的多核苷酸;(iv)任选地,包含SEQ IDNO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列;和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ IDNO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)3'UTR,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(viii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(ix)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体与SEQ ID NO:23-38和49-50中任一者至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:23-38和49-50中任一者的核酸序列。在一些方面,构建体与以下任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性:SEQID NO:23的核苷酸12-4396、SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464、SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016、SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521、SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750、SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928、SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641、SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994、SEQ IDNO:31的核苷酸12-4426、SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307、SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293、SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565、SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224、SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140、SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816,或SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含包括以下任一者的核酸序列:SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396、SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464、SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016、SEQ IDNO:26的核苷酸12-4521、SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750、SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928、SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641、SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994、SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426、SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307、SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293、SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565、SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224、SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140、SEQID NO:37的核苷酸12-4816,或SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:23具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:23的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQID NO:23的核苷酸12-4396。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:1的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:24具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:24的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:2的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:2的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:25具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:25的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iii)包含SEQID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:26具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:26的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:3的核酸序列的prestin启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:3的核酸序列的prestin启动子,(iii)包含SEQID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:27具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:27的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:4的核酸序列的CHRNA10启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:4的核酸序列的CHRNA10启动子,(iii)包含SEQID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:28具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:28的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:5的核酸序列的DNM3启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:5的核酸序列的DNM3启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:29具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:29的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:6的核酸序列的MUC15启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:6的核酸序列的MUC15启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:30具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:30的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:7的核酸序列的PLBD1启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:7的核酸序列的PLBD1启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:31具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:31的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:8的核酸序列的RORB启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:8的核酸序列的RORB启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:32具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:32的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:9的核酸序列的STRIP2启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:9的核酸序列的STRIP2启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:33具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:33的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:10的核酸序列的AQP11启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:10的核酸序列的AQP11启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:34具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:34的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:11的核酸序列的KCNQ4启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:11的核酸序列的KCNQ4启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:35具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:35的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:12的核酸序列的LBH启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:12的核酸序列的LBH启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:36具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:36的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:13的核酸序列的STRC启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:13的核酸序列的STRC启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:37具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:37的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:14的核酸序列的TUBA8启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:14的核酸序列的TUBA8启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:38具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:38的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ IDNO:15的核酸序列的prestin启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:15的核酸序列的prestin启动子,(iii)包含SEQID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:49具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:49的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:49的核苷酸12-4070具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:49的核苷酸12-4070。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:50具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:50的核酸序列。
示例性AAV Anc80衣壳DNA序列(SEQ ID NO:40)
ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGACTTGAAACCTGGAGCCCCGAAACCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAAGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGACCGGTAGAGCAATCACCCCAGGAACCAGACTCCTCTTCGGGCATCGGCAAGAAAGGCCAGCAGCCCGCGAAGAAGAGACTCAACTTTGGGCAGACAGGCGACTCAGAGTCAGTGCCCGACCCTCAACCACTCGGAGAACCCCCCGCAGCCCCCTCTGGTGTGGGATCTAATACAATGGCAGCAGGCGGTGGCGCTCCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAACGCCTCAGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTCCCCACCTACAACAACCACCTCTACAAGCAAATCTCCAGCCAATCGGGAGCAAGCACCAACGACAACACCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTTAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATCCAGGTCAAGGAGGTCACGACGAATGATGGCACCACGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTTCAGGTCTTTACGGACTCGGAATACCAGCTCCCGTACGTCCTCGGCTCTGCGCACCAGGGCTGCCTGCCTCCGTTCCCGGCGGACGTCTTCATGATTCCTCAGTACGGGTACCTGACTCTGAACAATGGCAGTCAGGCCGTGGGCCGTTCCTCCTTCTACTGCCTGGAGTACTTTCCTTCTCAAATGCTGAGAACGGGCAACAACTTTGAGTTCAGCTACACGTTTGAGGACGTGCCTTTTCACAGCAGCTACGCGCACAGCCAAAGCCTGGACCGGCTGATGAACCCCCTCATCGACCAGTACCTGTACTACCTGTCTCGGACTCAGACCACGAGTGGTACCGCAGGAAATCGGACGTTGCAATTTTCTCAGGCCGGGCCTAGTAGCATGGCGAATCAGGCCAAAAACTGGCTACCCGGGCCCTGCTACCGGCAGCAACGCGTCTCCAAGACAGCGAATCAAAATAACAACAGCAACTTTGCCTGGACCGGTGCCACCAAGTATCATCTGAATGGCAGAGACTCTCTGGTAAATCCCGGTCCCGCTATGGCAACCCACAAGGACGACGAAGACAAATTTTTTCCGATGAGCGGAGTCTTAATATTTGGGAAACAGGGAGCTGGAAATAGCAACGTGGACCTTGACAACGTTATGATAACCAGTGAGGAAGAAATTAAAACCACCAACCCAGTGGCCACAGAACAGTACGGCACGGTGGCCACTAACCTGCAATCGTCAAACACCGCTCCTGCTACAGGGACCGTCAACAGTCAAGGAGCCTTACCTGGCATGGTCTGGCAGAACCGGGACGTGTACCTGCAGGGTCCTATCTGGGCCAAGATTCCTCACACGGACGGACACTTTCATCCCTCGCCGCTGATGGGAGGCTTTGGACTGAAACACCCGCCTCCTCAGATCCTGATTAAGAATACACCTGTTCCCGCGAATCCTCCAACTACCTTCAGTCCAGCTAAGTTTGCGTCGTTCATCACGCAGTACAGCACCGGACAGGTCAGCGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAAGAAAACAGCAAACGCTGGAACCCAGAGATTCAATACACTTCCAACTACAACAAATCTACAAATGTGGACTTTGCTGTTGACACAAATGGCGTTTATTCTGAGCCTCGCCCCATCGGCACCCGTTACCTCACCCGTAATCTG
示例性AAV Anc80衣壳氨基酸序列(SEQ ID NO:41)
MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKKGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGSNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSQSGASTNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGTTTIANNLTSTVQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFEFSYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQTTSGTAGNRTLQFSQAGPSSMANQAKNWLPGPCYRQQRVSKTANQNNNSNFAWTGATKYHLNGRDSLVNPGPAMATHKDDEDKFFPMSGVLIFGKQGAGNSNVDLDNVMITSEEEIKTTNPVATEQYGTVATNLQSSNTAPATGTVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPANPPTTFSPAKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYNKSTNVDFAVDTNGVYSEPRPIGTRYLTRNL
组合物
此外,本公开提供了组合物。在一些方面,组合物包含如本文所述的构建体。在一些方面,组合物包含一种或多种如本文所述的构建体。在一些方面,组合物包含多种如本文所述的构建体。在一些方面,当组合物中包含多于一种构建体时,这些构建体各不相同。
在一些方面,组合物包含如本文所述的AAV颗粒。在一些方面,组合物包含一种或多种如本文所述的AAV颗粒。在一些方面,组合物包含多个AAV颗粒。在一些方面,当组合物中包含多于一个AAV颗粒时,AAV颗粒各不相同。
在一些方面,组合物包含如本文所述的载体。在一些方面,组合物包含一种或多种如本文所述的载体。在一些方面,组合物包含多种如本文所述的载体。在一些方面,当组合物中包含多于一种载体时,这些载体各不相同。
在一些方面,组合物包含如本文所述的细胞。在一些方面,组合物包含一种或多种如本文所述的细胞。
在一些方面,组合物是或包含药物组合物。在一些方面,药物组合物包含药学上可接受的载剂。在一些方面,组合物是或包含合成外淋巴液。在一些方面,合成外淋巴液包含20-200mM NaCl;1-5mM KCl;0.1-10mM CaCl2;1-10mM葡萄糖;和2-50mM HEPES,pH值在约6与约9之间。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)5'ITR(例如,AAV 5'ITR),(ii)包含与SEQ ID NO:1-15中任一者具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列的启动子,(iii)编码多肽(例如,治疗性多肽)的多核苷酸,(v)任选地,3x FLAG标签(例如,包含SEQ ID NO:39的核酸序列),(vi)polyA序列,和(vii)3'ITR(例如,AAV 3'ITR)。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)编码多肽的多核苷酸,(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)5'ITR;(ii)包含SEQ IDNO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码外毛细胞多肽的多核苷酸,所述多核苷酸包括选自以下的基因:肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)或它们的任何组合;(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(vi)polyA序列;和(vii)3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)编码多肽的多核苷酸,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ IDNO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(v)编码多肽的多核苷酸,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(viii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(ix)包含SEQID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR;(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码编码外毛细胞多肽的多肽的多核苷酸,所述多核苷酸包括选自以下的基因:肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPCPDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1 COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)或它们的任何组合;(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列;和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR;(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码编码外毛细胞多肽的多肽的多核苷酸,所述多核苷酸包括选自以下的基因:钙粘蛋白相关23(CDH23)、clarin1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、耳畸蛋白(OTOF)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、prestin(SLC26A5)、硬纤毛蛋白(STRC)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)或它们的任何组合;(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(v)包含SEQ IDNO:22的核酸序列的polyA序列;和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR;(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子;(iii)编码钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)的多肽的多核苷酸;(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签;(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列;和(vi)包含SEQID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,所述组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,所述组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ IDNO:19的核酸的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)3'UTR,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(v)包含SEQ IDNO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(viii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(ix)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体与SEQ ID NO:23-38和49-50中任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:23-38和49-50中任一者的核酸序列。在一些方面,构建体与以下任一者具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性:SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396、SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464、SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016、SEQ IDNO:26的核苷酸12-4521、SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750、SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928、SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641、SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994、SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426、SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307、SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293、SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565、SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224、SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140、SEQID NO:37的核苷酸12-4816,或SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含包括以下任一者的核酸序列:SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396、SEQID NO:24的核苷酸12-4464、SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016、SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521、SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750、SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928、SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641、SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994、SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426、SEQ IDNO:32的核苷酸12-4307、SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293、SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565、SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224、SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140、SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816,或SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:23具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:23的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:23的核苷酸12-4396。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ IDNO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:24具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:24的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:24的核苷酸12-4464。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:24具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:24的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:2的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ IDNO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:2的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:25具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:25的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:25具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:25的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:26具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:26的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:26的核苷酸12-4521。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:26具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:26的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:3的核酸序列的prestin启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ IDNO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:3的核酸序列的prestin启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:27具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:27的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:27的核苷酸12-3750。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:27具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:27的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:4的核酸序列的CHRNA10启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ IDNO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:4的核酸序列的CHRNA10启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:28具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:28的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:28的核苷酸12-3928。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:28具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:28的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:5的核酸序列的DNM3启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:5的核酸序列的DNM3启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:29具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:29的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:29的核苷酸12-4641。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:29具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:29的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:6的核酸序列的MUC15启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:6的核酸序列的MUC15启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:30具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:30的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:30的核苷酸12-3994。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:30具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:30的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:7的核酸序列的PLBD1启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:7的核酸序列的PLBD1启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:31具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:31的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:31的核苷酸12-4426。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:31具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,构建体rAAVAnc80颗粒SEQ ID NO:31的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:8的核酸序列的RORB启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:8的核酸序列的RORB启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:32具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:32的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:32的核苷酸12-4307。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:32具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:32的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:9的核酸序列的STRIP2启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ IDNO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:9的核酸序列的STRIP2启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:33具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:33的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:33的核苷酸12-4293。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:33具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:33的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:10的核酸序列的AQP11启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:10的核酸序列的AQP11启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:34具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:34的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:34的核苷酸12-4565。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:34具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:34的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:11的核酸序列的KCNQ4启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:11的核酸序列的KCNQ4启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:35具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:35的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:35的核苷酸12-4224。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:35具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体rAAVAnc80颗粒SEQ ID NO:35的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:12的核酸序列的LBH启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:12的核酸序列的LBH启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:36具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:36的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:36的核苷酸12-4140。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:36具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:36的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:13的核酸序列的STRC启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:13的核酸序列的STRC启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:37具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:37的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:37的核苷酸12-4816。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:37具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:37的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:14的核酸序列的TUBA8启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:14的核酸序列的TUBA8启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:38具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:38的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:38的核苷酸12-4915。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:38具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:38的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:15的核酸序列的prestin启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ IDNO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:15的核酸序列的prestin启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:49具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:49的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:49的核苷酸12-4070具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ IDNO:49的核苷酸12-4070。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:49具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:49的核酸序列。
在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含与SEQ ID NO:50具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,组合物包含构建体,所述构建体包含SEQ ID NO:50的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:50具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:50的核酸序列。
给药和施用体积
在一些方面,本文所公开的组合物,例如本文所公开的一种或多种AAV载体,作为单个剂量或多个剂量施用。
在一些方面,本文所公开的组合物作为单个剂量施用。在一些方面,本文所公开的组合物作为多个剂量,例如2、3、4、5、6、7、8、9或10个剂量施用。
在一些方面,本文所公开的组合物(例如,包含一种或多种本文所公开的rAAV构建体的组合物)以约0.01mL至约2.00mL之间、约0.05mL至约1.5mL之间、0.08mL至约1.10mL之间或约0.09mL至约1.0mL之间的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物(例如,包含一种或多种本文所公开的rAAV构建体的组合物)以约0.01mL、约0.02mL、约0.03mL、约0.04mL、约0.05mL、约0.06mL、约0.07mL、约0.08mL、约0.09mL、约1.00mL、约1.10mL、约1.20mL、约1.30mL、约1.40mL、约1.50mL、约1.60mL、约1.70mL、约1.80mL、约1.90mL或约2.00mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.01mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.02mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.03mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.04mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.05mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.06mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.07mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.08mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.09mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.10mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.20mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.3mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.4mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.5mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.6mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.7mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.8mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约0.9mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.00mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.10mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.20mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.30mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.40mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.50mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.60mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.70mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.80mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约1.90mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物以约2.00mL的体积施用。
在一些方面,本文所公开的组合物(例如,包含一种或多种本文所公开的rAAV构建体的组合物)以约0.01至2.00mL、约0.02至1.90mL、约0.03至1.8mL、约0.04至1.70mL、约0.05至1.60mL、约0.06至1.50mL、约0.06至1.40mL、约0.07至1.30mL、约0.08至1.20mL或约0.09至1.10mL的体积施用。在一些方面,本文所公开的组合物(例如,包含一种或多种本文所公开的rAAV构建体的组合物)以约0.01至2.00mL、约0.02至2.00mL、约0.03至2.00mL、约0.04至2.00mL、约0.05至2.00mL、约0.06至2.00mL、约0.07至2.00mL、约0.08至2.00mL、约0.09至2.00mL、约0.01至1.90mL、约0.01至1.80mL、约0.01至1.70mL、约0.01至1.60mL、约0.01至1.50mL、约0.01至1.40mL、约0.01至1.30mL、约0.01至1.20mL、约0.01至1.10mL、约0.01至1.00mL、约0.01至0.09mL的体积施用。
在一些方面,给药方案包括以每个耳蜗至少0.01mL、至少0.02mL、至少0.03mL、至少0.04mL、至少0.05mL、至少0.06mL、至少0.07mL、至少0.08mL、至少0.09mL、至少0.10mL、至少0.11mL、至少0.12mL、至少0.13mL、至少0.14mL、至少0.15mL、至少0.16mL、至少0.17mL、至少0.18mL、至少0.19mL或至少0.20mL的体积递送。在一些方面,给药方案包括以每个耳蜗至多0.30mL、至多0.25mL、至多0.20mL、至多0.15mL、至多0.14mL、至多0.13mL、至多0.12mL、至多0.11mL、至多0.10mL、至多0.09mL、至多0.08mL、至多0.07mL、至多0.06mL或至多0.05mL的体积递送。在一些方面,取决于群体,给药方案包括以每个耳蜗约0.05mL、约0.06mL、约0.07mL、约0.08mL、约0.09mL、约0.10mL、约0.11mL、约0.12mL、约0.13mL、约0.14mL或约0.15mL的体积递送。
单一AAV构建体组合物
在一些方面,本公开提供了包含由单一构建体构成的AAV颗粒的组合物或系统。在一些此类方面,单一构建体可以递送编码功能性(例如,野生型或以其他方式具有功能性,例如密码子优化的)多肽的多核苷酸。在一些方面,构建体是或包含rAAV构建体。在本文所述的一些方面,单一rAAV构建体能够在靶细胞(例如,内耳外毛细胞)中表达其多肽。
在一些方面,单一构建体组合物或系统可以包含本文所述的任何或所有示例性构建体组分。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)编码多肽的多核苷酸,(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(v)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)编码多肽的多核苷酸,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)编码多肽的多核苷酸,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(v)编码多肽的多核苷酸,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(viii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(ix)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(iv)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(v)包含SEQ IDNO:22的核酸序列的polyA序列,和(vi)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ IDNO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)3'UTR,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1-15中任一者的核酸序列的启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:45的核酸序列的3'UTR,(viii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(ix)包含SEQID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体与SEQ ID NO:23-38和49-50中任一者包含至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:23-38和49-50中任一者的核酸序列。在一些方面,构建体与以下任一者包含至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性:SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396、SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464、SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016、SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521、SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750、SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928、SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641、SEQ IDNO:30的核苷酸12-3994、SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426、SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307、SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293、SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565、SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224、SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140、SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816,或SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。在一些方面,构建体包含包括以下任一者的核酸序列:SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396、SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464、SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016、SEQID NO:26的核苷酸12-4521、SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750、SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928、SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641、SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994、SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426、SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307、SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293、SEQ IDNO:34的核苷酸12-4565、SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224、SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140、SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816,或SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:23具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:23的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:23具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:23的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:1的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:23)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGACTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAACGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表3.构建体组分(SEQ ID NO:23)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
CMV增强子 | 145-524 |
癌调蛋白启动子 | 525-1530 |
5'UTR | 1531-1820 |
KCNQ4编码区 | 1838-3922 |
3x Flag | 3935-4000 |
polyA | 4028-4251 |
3'ITR | 4267-4396 |
在一些方面,癌调蛋白启动子包含与SEQ ID NO:23的核苷酸525-1530具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:24具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:24的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:24具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:24的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:2的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:2的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:24)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGGAAATCTAAGAGGTTGTAACTATCACTTTTTCTAGCCTATATAAGGTAGGTCAGTAAGGTAGCAAAAACACATCTGTTGTTTTGCTCCTTCAACTCTTTTTCCTGATTCTTCCTGGGGGGAAACCGAAAACGGTGAGTAACTGGTGGACACATCAGACCCCAGACTCTTTTCTTCACTGCATGCATTCATATTAGGCTCAGGTGCTTAGACTCCTGTTTTCCGGTGGCTCTGACACCTGGAAGGATTTTAATCTCTGGGAGATGGGCTTTTCATCCATCTGCTTCCCACCTTTCAGGACAGGTGCATGCCTTCTTCCACAGAATGTCTGCAAGCAGCCCAAACTGTATCCTTTCCCACGTGGAATTTGCAACATTGCATCTCTCGGGCTGCTGTAGGAAAATGCCAGTGCATGTGTAACATGGTTTACGGCTGCCTATGCAAATGACTGATTATGTCAGTATAATTTTTATAAGAAAACAATTGAATCCTTCTTTGGGTCATTTTTTTTTTCCATTTTTGGCATGTATTCAAAAGAAGGCTCTGAGACAAAAAAGGCTGGGGTGTTTTCCGTATCTGGTTTTAATTTGGATATTCTGTCCCGTCACTTAATACAAAACCATGCTTATCACATTTTAAAAATTCTAGACAGGCCTGGCTCGGTGGCTTGCATCTGTCATCCCAGCACTTTGTGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGCTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAAAATTAGCCAGGCATGGTAGTGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTGGGAAGGCTTAGGCAGGAGAATCACTTGAGCCCAGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCACGCTCTTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTTAATTTAAAAAAAAAAATAACGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表4.构建体组分(SEQ ID NO:24)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
癌调蛋白启动子 | 145-1598 |
5'UTR | 1599-1888 |
KCNQ4编码区 | 1906-3990 |
3x Flag | 4003-4071 |
polyA | 4096-4319 |
3'ITR | 4335-4464 |
在一些方面,癌调蛋白启动子包含与SEQ ID NO:24的核苷酸145-1598具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:25具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:25的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:25具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:25的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:25)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAAGTGCAATTTATGGTATAGCTGGGAAACGTCAAAGTCAAGAGTTTTGTAGGAAAGTCACGTCACTTAGCCCTGTCTCCTGTGCCGGGTGAGACCTGTGTGTGCACTTGGTGACAATGGCTTTGAGTCTGTCAACTCCAGACTGAGGTCAGCCTTACACACCCATAGTTCCCAAAGCTGAAAACAGGCCTGCCTCCAACGGTACCTGCTAATATCAGGGGAGCCTTTTCAGCTTACAGAGCACCCTGTATGTGTTTGTCTTAGTTCAGGCCACCATCTCCACCTTACCAGGCATCTAGAACCTTCTCCACACTTTGCCAACAGGGTTCGTTTGCAGAATTGAAATCTTAGTTAAGGTTTGTTGAAGTTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTACAATTGGCTGTTCCCACCCACATTCCCTTGAGACATAAATAGAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTTCATGAGTAAGACAAGACATTTGAGCTGCATCCACTTGATCCTTGAAAACGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表5.构建体组分(SEQ ID NO:25)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
癌调蛋白启动子 | 145-1150 |
5'UTR | 1151-1440 |
KCNQ4编码区 | 1458-3542 |
3x Flag | 3555-3623 |
polyA | 3648-3871 |
3'ITR | 3887-4016 |
在一些方面,癌调蛋白启动子包含与SEQ ID NO:25的核苷酸145-1150具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:26具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:26的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:26具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:26的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:3的核酸序列的prestin启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:3的核酸序列的prestin启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:26)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTAAAGCAAACTCATCTCTAAACCAGAAATAATAGCAATATCTATACAAGTAAATACATGTACTCAGAACAGTGCCTACTACATGTAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTACTCATACTCACATTGTCCTCTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表6.构建体组分(SEQ ID NO:26)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
Prestin启动子 | 145-1655 |
5'UTR | 1656-1945 |
KCNQ4编码区 | 1963-4047 |
3x Flag | 4060-4128 |
polyA | 4153-4376 |
3'ITR | 4392-4521 |
在一些方面,prestin启动子包含与SEQ ID NO:26的核苷酸145-1655具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:27具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:27的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:27具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:27的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:4的核酸序列的CHRNA10启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3xFLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:4的核酸序列的CHRNA10启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:27)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTTTCAGATGCCATCATTAATGAGAACTATGACTACCTGAAGGGGTTCTTGGAAGACCTGGCAAGGAACTCCCCTTGGATTAATTGGCTTCTCTGCTTCTTTGTAGGTGGATTGCTCAGGTAATGACCTGGAGCAGTTACACATCAAAGTGACTTCACTGTGCAGTCGGATAGAGCAGATTCAGTGTCTGGTATTGGCTTTCCCTTTGTATTTTTGAATAGAATATACCATTCAAAGCCTCCTCGCTCTTCTACTATAGTGGTTTTGTTTTTAAACCCTGAGTGACGCTTCACCTTTCTAAATCAGATTCCCTTTTGTAAAGGGGATAATGATTGCTGATGTTACTTCACACAGGGCTATTTTCAAGAGGAATCAATTGAGTAGCATGAGTACTATTCCAGATCTTATTTTGATCTGTCAAGCTGAAGATGTGAGCAAATTCCAATTAAGATTAGACCAAAGACTTCTGAGACTTTCAGGAATTCAGGGATGAGAAAGCAGAGTGGGTCAGCTCTGTTGTCTGGAACTTCCATTTAACTTAGATGCCTCAGGATAGGGGTTACTCAGCTGGAATCCCCTCCACTACTGACTCACTATGTGAACCTGAGTGAGTCACAAAACATAGTTGGACTTCCAGCAAAGAACACCTGACCTGGTTTCCTTACCAGAGGAATGTTTCAGAAAGTGAGTATGCTATAGAAATGGTTAGCTCTTAGCAGTGTTCGGAATTGTGGGCCAGGAGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表7.构建体组分(SEQ ID NO:27)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
CHRNA10启动子 | 145-884 |
5'UTR | 885-1174 |
KCNQ4编码区 | 1192-3276 |
3x Flag | 3289-3357 |
polyA | 3382-3605 |
3'ITR | 3621-3750 |
在一些方面,CHRNA10启动子包含与SEQ ID NO:27的核苷酸145-884具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:28具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:28的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:28具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:28的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:5的核酸序列的DNM3启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:5的核酸序列的DNM3启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:28)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCCTTGATTCAGAGTTAAAGCTATGGGAAAGTCCTCAGGCAGAGGACAAACATTAGACAAGAAAATGCCCATATATGAAACCCTGCGAAGCATCAGTATTTGAGGAGCAGACTAAAAAGGAACCGTCTGTGGAGGCTAAGAGAAGCATGGCCATTTATCTTTGTGTCCCGATCATCAGGCACAGGACCCCACACACAGTCACTTCTCAATGTGCTAAATTTCACAGAATGCGTCCAGGGTACCTGGTTCTGGATAGATCCGGTAGAAGGAGATAGACCGGGAGGGCAAATGGCATGAGGAGTCTCACAGGCCAGAGTGATTAAAGGGGTGTATCGGGGCGGTAAACCCTACAGACTCTACCTGTGCTTATGCGGGGCTGGGGAGGACGAGTCATTACAGATGAAGAATTAAGTAAGGTCAGACCACTCAGGGCCTTAGATGGATGTCACATTGAAGAATTTAGACTCCAACAGGCCTGCCACCCTGGGAGGAGTCATCGCGGATTCTGGAGAAGGGCGTGACAGAGGAGATTTCCTTTCGGGAAGTGTAGTCTGGCAGCGGTGCCCCGGTGGTGGCGGCGGCGGTGCTGCTGTTGCTGGTGATCGTGTGGTGGTGTTAGCGGCGATAGTGCTTTCCACTGGGCTTTGGCTTGGTAGCCGCTGAAAGAGAACAACGCTGCCGCTGCTGCTGATTTCATGCCATTTCCTGACCCGGCGCTGTAACTTGGCCTCTGAGCCTTGGCCACAGAACGCAGAGGCCGTGGCATCTGGCCGCAGCTGGGCTGCAGTGCGTGCGCGCCTGGCCTGGTGGTCCGATGGGAAGCCCGGGGCGGGGCAGCCGCGGGGCGGGGGCGGGGCGTCGCGGAGATAGGCCACGCCCCTGCCCGCCCGCGCAGGCGCGCTGCGGGTCGTTAGCTGTCCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表8.构建体组分(SEQ ID NO:28)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
DNM3启动子 | 145-1062 |
5'UTR | 1063-1352 |
KCNQ4编码区 | 1370-3454 |
3x Flag | 3467-3535 |
polyA | 3560-3783 |
3'ITR | 3799-3928 |
在一些方面,DNM3启动子包含与SEQ ID NO:28的核苷酸145-1062具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:29具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:29的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:29具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:29的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:6的核酸序列的MUC15启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:6的核酸序列的MUC15启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:29)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTTTTCTCCTAATTCAGCACAAAAATTGAGTTCCTTTTCTGTAGCTAAAGAGCTTGTATGAACTGTCAGCTTAGCTAACCATATGTTTTCAATGTTCCCTGCAAATTGTTTAAGGTATGTATAGTCCTTTCAATGGATGAGTAAGTCTTTTGTCATTGTTATTTGCTGCCTGTGGACTTGATTTCAAAATCTTCTTCAGGTCATGAATAAATTTCCTTTTCCTTCTGTCCCTACTTTTGAGCCAAGGAACAAATCAAGATTCTTCCTCAGAGTGTACACACCTTCCCAGGCATCTCACTCTCTCCTCACTCTATCTGCTTCAAGTTATGGCTCGTTGGTGAGAACACTCTGCTGCTGAGGTTATTATTTAGCTATAATAACTTTTTCTAACTAGACAGAAACAAATTAGATATGCCAGGATTTTCTAATTACCTGCCTTAAGTGCTTTTTTAGAAAGCATTAATAAATCATGTGGATCTTTTCCTAGCAGTGGTAAGATAAGTTATAATATTATCAAACTGTCAGTTTTGCCACTTCAATATATGTATGCCTGGTTGTAACCTCACTTAATAAGTTAAGTCCATGTAAAAATAGTTGATAGTTAATAAATTGGGCAAGAGTTGCTTAAACAGATTAGACTATATAACAAAATTAGGGTTTTAAAAGAATAAAGCTGCTATAACAGTACGCTTCATCTCACAGGAATTAATCAGTTATGGTATCTCCACAAAACAGAATATCACGTATTGTTGAAGAGAGCCGTCTCATTTCCCCGGGGTTGGTTTAATTTCTAATCAAACTCTGAAGGGGCCTTTGGGCTTCAGAAAATTTAAAACTATAGAATTACCTTGTTCTTTCCTCGGGCCAATTAACTGGGCAGATTCTTTGCATTCCATTTGAAGCTTACTAGCTCCTGCATTTTAGCTAAAGTTTCGTTTCTCGCTCAGCAGTTGAAAACCTATCTCCTTGTGCAGCAGAAACCAAGTATGAACCTCAGGCATATTGAGCTGAACGGCCCTTGGCGCCATCCCCAAACGCTGATGTGCGGAAGATCCCAGTTTCACTCTTCTCCCTTTCATAAGCTCTGAAAGGAAGTGTAGGAAGTATGCCAAGTTGTTATTCAACTCTAGTATTTAATCAAGCATTACCTGGGCACTTCTGAAATTCTCCAGCTTCTAAAGTGAGAGTAAACCAGAGAGAACACAGGGTGGAAACTACTTAATCGAGAAGGCTCCTAGGATAAGTGAGGATCACATGGCCATTCTCAGGCCCCAGTTCCTCTCCAAACTCCTGAAAGTCAGCAAGAAACCGAATCTCAGTCATGATGATTATTTTTCATGTAACACCTCACAGCGTTCTCAGGGATCCCAATATATGCTACTAATTCACTTTGTGTTAAGTAGGAGTTTCTTAAAAAAACAATTTCAGTGGAGAAATTCCTGCTATACCAGATGACTTTGCCAAAATCTTTGTCCTTTTTTTCACTTAGGGTGAAAAAAAAAATTGATGACCCGTGTTTTGCTACCACTGACGAGAGTAATACCTTGTCCCAAAGCTAAAACGATCAACCTATGAAAACTGGAGGGTTGGGCTTTTGTTGTTGTTGTTAAAGGCCTGAATGAGGTGATATCTTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表9.构建体组分(SEQ ID NO:29)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
MUC15启动子 | 145-1775 |
5'UTR | 1776-2065 |
KCNQ4编码区 | 2083-4167 |
3x Flag | 4180-4248 |
polyA | 4273-4496 |
3'ITR | 4512-4641 |
在一些方面,MUC15启动子包含与SEQ ID NO:29的核苷酸145-1775具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:30具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:30的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:30的核苷酸12-3994。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:30具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:30的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:7的核酸序列的PLBD1启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:7的核酸序列的PLBD1启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:30)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGACCCATTATTCAATGGGAGTTGTCAGGATGTCAGCAATGTACAAAATCATTGCTTAATTTGTTTGACAATGGAAATGGCCATTATGGTTTTTATGTAACTTTGCTTCTGTTACATAATTCTTGCTGACACGGTGTTTCAACCAAGGTACTTGGTAGCAAGTGTTGTACAGAAAAGGATCTGTAAGTGGTTTATGTGGTCATCAACCACAGCAAAGATTTCATCTGAGCTGTGCTATGAAGAATGTAGCTTGAGAAACACAAAATGTATCACTGGGCAAAAAGGAAGCAGAAGAAAAATACAGTTCTGCTAATGAGAGCTCTGACTGGTATCTGGAGTATAAGATGGGCCCAGCCAATGCTGAGTGAATGAATGAAATGCCTTTTGCCTACTTCACAATGTCACCTAGGGCACCCGGTGCCAACTTCACAATATCACCCAAGGCATAACTTTTGACTACTTCACAATGTCACTTTTAACTGACCCCACACAGAAATGGGGACTCCACAGAAACGTAGGAGTGTGTCTAGTGTCAGCCCCGTCTGAATCACTCTCCTGTGGTGGCTCCAGCCAACGAAGAGGAAGCAAAAAGGATAAAAAATCTGAGCTACAGCGCATGGATTTAGGTTAAACAGCCTGGGAATGAGGGGTACGCTAATCGCTGAGGAAAACGCACCTGTGGAGGCCTCTCCAGAAACAGCAGAGGATCCGAGCTGCGTGTAGGCAGGGCGCGCATGTCACCCTGGCCCGGGCGCCTGGTCCGCTGCTGGAGATAAATGGTCGACCCCGGAGGGAGAGGCTAGTAGGGGTGTTGATGTGAACTGATTCGCCCAAGCCTTGGGCCGCAAAACTGCGAAAGAAAGCGGCAGGCAGCCTCTGCATTTCCCAGAAGTGCAGCTGGGGAACTTTCCCAGACCGGCCCAGGGGTTGCTAGAGGGTCAGACGTAAAGGATCCGCCTTTCCTAGGCGGGGTGGGCCCCAGGCCCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表10.构建体组分(SEQ ID NO:30)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
PLBD1启动子 | 145-1128 |
5'UTR | 1129-1418 |
KCNQ4编码区 | 1436-3520 |
3x Flag | 3533-3601 |
polyA | 3626-3849 |
3'ITR | 3865-3994 |
在一些方面,PLBD1启动子包含与SEQ ID NO:30的核苷酸145-1128具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:31具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:31的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:31具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体rAAVAnc80颗粒SEQ ID NO:31的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:8的核酸序列的RORB启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:8的核酸序列的RORB启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:31)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCCAATAAATGTTGGCTCTTGTTTTTTCTGACCTGTATGTTTTGTCTTTGTTCCAAAGCTAGCCTTACCTCTCCCACATACTGGGGTTAATTCATGCTTTGGCCCTTATCACCTTTTCCAATTTATTTCAAAATTACATGCTCTATTTTAATATTTGCTTTCTTTTTTTTATTTTGAAAACTTATTGAACTTGCATCTACACTTTAAAATGAAGCAGAACTTAAAGAACTCAAAGATTATGAAGAAGACTCAGTACCTGGGAATAAAATTGAGAATAGGTTCCTTTTATGACTATATAACCAATCTCAACCATTATTTTTTGCTTCCCCAAATTAGGAGAGTTTAAAATGCAGATTCTCCCCACTCTCCTCTTCCCATTCAATAGAAACTGAGAAAGAAGGATCTTATTCAGGTCTTCACTCCATTTGTGATTCATATTCAGTGGCTGAAAGGTTAGAAAGCATTCACTCCACCAATAATGATCAAGCACCCATAAAGTACCAGGAGCTCTTACAAACTCTAGGGAAATCCTGGCTCCTGTTGTCATGAATTTTGCATTCTCAGGTAGGAAATGTGGCTCTGATGCCTGCTGGGGCAGTGTACACTTAGAGCTACAGAGGATCTTGGAGGTAATCTAAAACCTTTCTAAAGAGCACCCTGCAATCACACCTTCTAGCAACAGCCATTTCTCTTGAATTAGTAAGGTGGCTACACCGCCAATTTGAGCTGTTCTCCTTCAGTCCTGTAGTCCATCGCCAGGGGAGTCTCCAAATGCTAATAAAAATCAATTTCCCAGACAAAAGAACATAGAGGGTCAGGGAGCATCTGACGGACGTTTTTAAAGGAAGGGGACAGCTACTTCCATGGGACTGCATTTTAGTTGTGCTAAAAGTGATGAAAGTGGGTTTGCATTATTCTACCACCAACACCCAAACCACCTGCCCACGGAAACCCCCGCCGGAGACCGAAGTTTACCCAAATAGCGCTCGGCAAAGCGCTGCCATAAATTCAAAACTAACTCTGCCGGGCCCGCGGGGGTTGCGAGACAGGGACCGAACGTGAAACCCGGGGAGCCCCGCGTCTCTTGCCTCCGAAGGTTTTCCGTGATCAGTGTCCCCTTCTCTGCTGGAGTCGGAAGTGCCTGTCACCTGCGGATCTGCCCGACTCTCCCGGTCGGCCCTTCTTCTCTGCCCAGTTCGGACAGTCTCGAATTCCCCGTCGCAGCCCCGGCCACCTCGGACTCCCTGGTCCCCAGCCCCCGCCCCACCCCCCGCCTCCACCACGTCCCCTCCCCGCGGTCCCAGCCTCTCCAGGCGCTGCTGGGCTCTGATTGGCGGCTGCGCTGACAGCAGGCGGGGCCTGGAAGTCGCGGCCAAGCCCGCCCTCGCGTATAAGCCCCTCTCAGCGCTCTCTCTCCCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表11.构建体组分(SEQ ID NO:31)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
RORB启动子 | 145-1560 |
5'UTR | 1561-1850 |
KCNQ4编码区 | 1868-3952 |
3x Flag | 3965-4033 |
polyA | 4058-4281 |
3'ITR | 4297-4426 |
在一些方面,RORB启动子包含与SEQ ID NO:31的核苷酸145-1560具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:32具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:32的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:32具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:32的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:9的核酸序列的STRIP2启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:9的核酸序列的STRIP2启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:32)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCCTTGAATATTTATGTCCATTTTAACACTTCCTGGTTGCAAGAGGGATGTGCCTCCATTATTTCCTCCACAGTTTTGGTATTTGTCAGACATTTGTTCTGCTGTCTTTCTAATCCAGCCAACGTCTGCTCAGGAAGTGGGGCCAGCTCCACTGGGACCCATAGTTTTACTTCCTTGTCATTTGATTGGATAGTTTCCAAGGAAGCCCCTCCAGATTGGCACTATCTCAGAAAAGGAGAGCTTGTTGTGAAACACTGCTTCCTGAAACTTCCTGCTATTGCCTAAAGCTACGTCTGAAACTGAGTAGGGAAAGGCATACTTTTCCAGGGACTTAGGGGGATAGGCTTTGAGGTCTCTCCTCGTGTTGACTCTATGCAATCTTCATAGCACCAGTTTTACACATTCCTTCTCTGAAATTAAAGCCAGATGGAGCCTCTAGGCTTAGCAAGTGGCTTTAGATAGCCACCAGAGGGGACTTGCAAGCTGTCCTCTATCCTACTCCCAAGATCAGTCTGCCCTTTCCCCTAGGAATAGGCAGGAAAAGAATAAAGGAAAGAAAGGACTGGCGAGCAGGTGAGGGTGGGGGCTTGCTCTACCCTCAACATTTACACACCATGAGGAAGAGGCCCCCTACAGCAGAGAAGGGCAGATGACAGGAGCAGCCCTCGAGGGCACCACCAATTTCAGTGATGGAAAAACTCCCCCATCCCACCCTTAGACCTCCAGTCTCCCAGCCAAGCCCTAGCTCCGGGCGAGATGCGTTCTCTTCAGAAAAACGCTGAGAATTCTCAGCTTCCAGAGACAGCGAGTCCCTCGTTTCGGGCGATGTCCCTGGCCACCTGGCGGTGCCATCCCTCCCCTGAGACTAAGCGGGATATGGGACGTGTGCAGGAGCCGGGATATGGGGGGCCGGGTCGGTGGTAACAGGGAAACGGAGACTGCTGTGGAGCAGTAGGCGGAGACTAGAGCTCCGGAAAAGGTCGCTACAGGGACGGGGGTGAGAGCTGAGAGACACCGAGTGAGGAGCACAGAGATAACCCGCCTGATCTCAAGGCCCAGCTTTCGCGAGGTGTGGAGCCTGTAGCTAACCTAGGAGTCTCCGTCCGCCAGCAATGCCGCAGGACTAAAAAGATCCCCTCAAAAATCTCTTCATTGAGCCCCCACCTCCTCGAGTCCCGCTCCGGCCGGTCGAGCAGCCAATCGCCTCGCGGGGCGGGGTTGCGGCGAGCTGCCGTAACCAATAGAGGTGGAGGGGGCGGGGCCTGGCTCCCGGCGCGCGGCGGTAGGGTCGCCTCCGGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表12.构建体组分(SEQ ID NO:32)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
STRIP2启动子 | 145-1441 |
5'UTR | 1442-1731 |
KCNQ4编码区 | 1749-3833 |
3x Flag | 3846-3914 |
polyA | 3939-4162 |
3'ITR | 4178-4307 |
在一些方面,STRIP2启动子包含与SEQ ID NO:32的核苷酸145-1441具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:33具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:33的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:33具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:33的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:10的核酸序列的AQP11启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:10的核酸序列的AQP11启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:33)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTAGGCATGAGCCACTATGCCCAAATGAGAAATAATTTTGTATGAAAAATAATCTTGTATGGTAAATTTAGACCAAGAATAAAATGAGTGGTTGTATAAGAAAGAAAGATGTTCAGAACAAACCAAAAAGTCCAAGCATGTCACGAATGGTCTGTGTAAGTCATAATAAAAGGATTTATCTAAAAAAACCAAAAACTTTTATATGATCAAGTCGTCTATAATTAAAGGAAAATTATAATGGGTTTTTCTAGACATTGGGTGTGATGTAATGAAACGTACACACTAAAGAATTCATTACAAGGCTTTCATGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTGACTGGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAATGGCGCGATCTAGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCATCATCCTCCCGAGTAGCTGGGATGACAGGCATGCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGGTTTCTCATGTTGGTCAGGCTAGTCTCGAACTCCCGACCTCCGGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCGCGCCCGGTTTTTGTTGTTGTTTTTGTTTCTAAAAACAGCGTCTCGCTCTGTGGCCCAGGCAGGGGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAGCCTGGAACTCCTGGGGTCAAGCGGTCTTCCCACCTAAGCCTCTCCGTGCTGGGACTCCGGACGCGCTCCACCTCACGCAGCCGTATTCCTGCTTTCAAAGCAGATGGAAGAGGTGCGCCAGGACCCCCAGTTCTTGGAAACAGACCTCTCCAGTTACCTGTTGTTTCCTCTTCACGAAGAGTGCATGTAACAGTAAGACACAACTGTTTCATATTATACGTAAAGAGTTCATGCCAAAGGTTATAGACAGTCACATGCTAAAACTAGGCTACACTTTGAAGAATCACCGCTCAAGTTCTGGAAAAAAGAGGTGACTGTTGAACAACACTGTGAGGGTAATCGATGCCACTGAAATATACACTTAAATTGATTAAAGTGGCGAATTTTATCTGGCATATATTACCACCATTTTTAGAAATGTTTTTTGGCAGGTGAAGAAAAGCAAGGCTCCAGGAGGCCCTGCGCACCGGTCTACGCCCACTAACTCACCCGCCCCCTGCGCCGCGTCTCCCCTCTCAATTTCAGTCGCCCATTGATCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表13.构建体组分(SEQ ID NO:33)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
AQP11启动子 | 145-1427 |
5'UTR | 1428-1717 |
KCNQ4编码区 | 1735-3819 |
3x Flag | 3832-3900 |
polyA | 3925-4148 |
3'ITR | 4164-4293 |
在一些方面,AQP11启动子包含与SEQ ID NO:33的核苷酸145-1427具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:34具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:34的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:34具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:34的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:11的核酸序列的KCNQ4启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:11的核酸序列的KCNQ4启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:34)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTAGGGCCCATCCTGGTGTAAACAAACCCTTTGGCGCAGCCCAAGAGAGCCCCTATCTAATACCCAGCACGATCCCCTTACATCCGGAGCACTCTTTAAACATTTTTCCTAGCTGATCTTCACAGTGACCCTGCAGGGGAGACAGGAAGAGGTATCATGATCCCTGTGTTAGCGTGGGAGGGCTAGTGAAGTGCAGTGACTTGCCCAAGGTCACTCCATGAATTGAGGGTGGAATTGAAACCAAAACACTGATCTCCTGACCCCCTGTGCATACACAGTTGCTCTTGGAGATTGGAGACCCCTGGAATCTGGAGCAGACAATCTGGCTGGCTTCCTTGCAGCTCAGGTCTGCGGAGGCCACAAGGGGGCAGCATGCAGCCCTCACCTGTGTCTCTGGGACCTTTGAAGGGAGGGTCCTCCCTAGGATAACAGTGAGAGCTGGAAACTCTACCCTCTCCAGAGTATTGCCTCAAGATCCCTGAACTTAGCTCCATGTTTTCAGAATGTGCTAGCTACAATTCCTGAAATGCCCTTTTACTTCCCTTTTCACTTATTGAGCTCCTATACATCCATCAAGGCCCAATTTAAATGGCCCTTTCAGCAGCTATTTCTTTGGCACCTTCTGTGTGTCAGACGTTGTTTTAAACATTGTGAATACAGCTTAAAACAAGTCTGACGGGTGGAAAGGAAACTGCTGAGGGTGGGGTCAGGGGAACAGGTGGGAGAGGGACCAGTCCCCTCCAGCAGAGGGGCCAATTGAGGGAGCCTGAGACAGCTGTTTGCTCAGAAAAGTGTCTTAGTCACTAAAGGTTGTGGTGGGGAAAGTCCGTCCTCCCAGTCATGTCCTGGGAATCCGGATGGCGCAGGAAGGCCACCCGGTGACCCTAAGAGTGGCCACCTGTCCTCTCTGAACTGGACTTTCTCTTCTGGCCCTTCCCCTCCCTCCCTCCCTCACTGGCGCTCAGCAGATCAATGCTGCCTTTGCTGACAGCTGAGAATCGAGCTCGCCTTCCCGCCCCTTCCCCCGCCCCTCCCGCTCGGCTTCGTCCCTCGAGATCCTCCCGGAGGAACCGGGAAGAGTTTGCTGCGGAAGGCTCACCCTGGGGCAGGGCCTGCGGAGGGAGCGGCTGGTGTGGCCGCAGCTTTCCGTGGAGGAAGAGGGAAAGAGGATCGGGAAACCCAAGTTACCAACCCTGTGCAGGGGAGATGGAGGTCGGGGACTAAGAAAAACTGCTGCCCACCCAGCCACACACAGCACTGGGCACACTTTAAGCACCCGCACCAGGCACACAGTGCTCGACCCCAACGGACACACCTCATCCTGCCGCCCGCGGCCACAACTCCACATTCACTTGCACGCGTCCGGCTTCCCGGCCCCGCGCGCTGCCCCCGCCACGCGGTTCGGCCCAGGCACCAACTCGGCCGCCCGTGCGCCCTGCCCCGCCGCCTGCTCCGCGCGTTCCCTCCCTCCGCCTCGCCTCGCTTGCTCGCTCGCTCCCTCCCGATTTGGGAAGGCGGCCGCGGGGCGGGCGGGGGAGGGGCGGGGCGGGGGAGGGTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表14.构建体组分(SEQ ID NO:34)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
KCNQ4启动子 | 145-1699 |
5'UTR | 1700-1989 |
KCNQ4编码区 | 2007-4091 |
3x Flag | 4104-4172 |
polyA | 4197-4420 |
3'ITR | 4436-4565 |
在一些方面,KCNQ4启动子包含与SEQ ID NO:34的核苷酸145-1699具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:35具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:35的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:35具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体rAAVAnc80颗粒SEQ ID NO:35的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:12的核酸序列的LBH启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:12的核酸序列的LBH启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:35)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGTGAATTCGATGATGTGCTTGTGTGGACATGTGGAGGTCTCAAGAACAAAAGAAGAGCTGGGCCTGGCACACAGTGGGTGCTAATGCCTGTTAGAATTGTTGTTGAGAGGGCAGGAGGGTGTAACATGGACCCAGCTATCTGATCCTGAGGCTGGGCGCCATGTGGGTGTGAAGTACACCAGGGGCTCCAACCAGCAAGTGCTAGCTCAGGTTACAGTCAGCTGCCCCTGGAGGAAGCTAGCAGACATCCTGTGTACTTGAAAAGAAAACTGAAAGTGCTATCTGCATCCTGGTGATAGTAACCTCTCTTTTCTGGCTGTTGAAGTGCATTCCTGTGCGGATGTGGAAAGAGAGAAAGCAAGATACAGCCAGGGCTAGGACAGGAATGTGAGTATTTCCTTAATTGGACATGAGAGCCTTGAACTGATTCCAGTTGGAGTGTTTTCTTTTAGGGCCTGGACCCTAAAGATTTCATACAGTTTTCTTTGTCAGAAAAATCCCTTTGGTTCAAAGGCCCCTCGATAGAAATAAAGAAAAAGCCAGGGCTGAATTTCTTTGATATGTGGGAAGGCAAGAGTTTATGAGCTGCCAGATCTCAGGCTTCTTTTGGGGTGGAGGATTTTGTCTGGTGGGTTCGGGTTGCTTTGTGTTGTTGACTGCTAATTCACTGATGACCAAGTTTCTCAAATACCTTAAAAACAAGCCCTACGTCTGCTCAGTGCTTTCCAATTTACCAAGTGTTTTCATAACATTTCTTATGTACGCAAATGAGTTTCACCGAAAAATTGGCTAGAAACTTCCCTTCTCCTACTCACGTTCATAGTGTAGCTGTGAAAACAAACAAAACCACAGAGGCATGGTAAGTGTGGTATGGTGGGGAAAACAAAGCCATTTTACAGGCGTGATTGAAGCGGAGGCCACAGAGCGGCAGCGCTGGGTCCCGAGTGAGACTCCCATCATGTGGCTCAATGGAAAAATCCTACCCAGGACGACACCACATCCTTGCTCCCACAAATAAAACCTTCCACGGAACTCAGGGCTGCAGACGCAGAGCCGAGCGCGCCCCCGAGCCGCCGCCCGCCGGAGCTGCGAGCGCTGAAGCCATTCATGATTTTGGTGACGTTATTCCAGGAGTGGGCGAGGGAGGGCGGGGCCTCTCGGGGCCAAGCCCCGCCCCCGCCCCTATAAATACGGCTTCCCGGGCTCTTTGTGGGCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表15.构建体组分(SEQ ID NO:35)
在一些方面,LBH启动子包含与SEQ ID NO:35的核苷酸145-1358具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:36具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:36的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:36具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:36的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:13的核酸序列的STRC启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:13的核酸序列的STRC启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:36)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCACTGCCATCTCAACATGTGGTTTCTAGGTTGCCTCAACAGGGAAGAGATTGTTGGAGGCTCATTTGCTAGCTCTTAAATTCTTTGGTCAACCACAGTCCATTGAACAGAACTAATCACCTGACTGCAAGAGATCTGGGAAATGTGAGAAACACCTAGATATCTAGTAAGCAATAAATATTTCAGTTACCAAAGCCAAACCAAAAAAAGAGAAAAATAATTGTACTTTACAAAGGGAGGCATCTGGGTCCTGTGGGAGTTTTGGGGAGTGAGGATGTTTCAGAGTTCTCAACTCCTGTGGCTATCCATTTCATTTTAGCAGGACATATGATTAATTTCTTGTTCTGGACCTTTGTAATTTAAAGTCTGAATCCTTAGCGGCAAGAGAATTGCTTAATCAATGGCTTACAACAGCAGAACGTGGACTGCCAGGAAAATTTCCATCCTGAGTTAAGAAAGAAGGATAATTTATTATAAGAGGGTTGTTACAGAATGAAGGGCAGAAATTCAGAAGGATTACAGGATGGGCTGGAACCACAAAGCACTGTCTGCTTTTTAGACTAGGTGTGGTATCCTTGATGGGCAAAGGGAATATTGGTAAAATTATTTGTGACCTGGGTTAAGTCATTCCATTTCTCTGGGCTTCAATTCCCCTGTCTATAAAATGTTTGAGGGAGAGAATGGGGAAGGGTTCTAGGGAAAGAAGGACAGAATAAAAGTTTGGGTATATGAATTACTATTTAGAGTTGGTATAAAGTGAAGGCCTTTGGGGAGATATACCCTGACCAGACCAGATTATTTTGAATGAAATCTCTTTCTCTGTTCCATGAGCAGTTCTGTGTGTAGGGAGAACATTTGAATGGCCTAATGAGCAAATCACATTTCTCTGGGTCTGTTTCCTTATCCATAAGTTCTGCATCACTGGCTCCTAACTCAAGCAATCTCCTTGGGTTTCTCTGAGGGGCCCCTGGGATCCCCTATCATTAGTCCCTCTCACAGAAGCATACCCTTCTCCAGAGCTAAAGGATCAGATATTCAGCGGCTCAGGTAACAAACCTGCTGTCAGGTTACACATATTGTTTCCTGAAAGACCACACTACAGTGTCAGTGGAGCCTCAGGTTGCCTGCAGTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表16.构建体组分(SEQ ID NO:36)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
STRC启动子 | 145-1274 |
5'UTR | 1275-1564 |
KCNQ4编码区 | 1582-3666 |
3x Flag | 3679-3747 |
polyA | 3772-3995 |
3'ITR | 4011-4140 |
在一些方面,STRC启动子包含与SEQ ID NO:36的核苷酸145-1274具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:37具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:37的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:37具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:37的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:14的核酸序列的TUBA8启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:14的核酸序列的TUBA8启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:37)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTGAAGACATAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGGGACCCATGAGAGCTGAAGACGTGGTCCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGACGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGATCCAGGAGAGCTAAGGACATGGTTCTAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAATACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGTTCCAGGAGAGCTGAGGACATGGTTCCAGTCTGAATCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGTCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGCAGAGCTGAAGACATGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCCTGAGACCCGGGAGAGCTGAAGACGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGAGACCCAGGAGAGCTGATGGTGTGGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGCTGAAGATGTGGTTTCAGTCTGTCTGAAGCTTGAGACCCAGGGGAGCTGAAGATGTAGTTCCAGTCTGAGTCTGAAGCCTGAGACCCAGGAGAGGTGAAGACGTGGTTTCAGTCTGAGTCAAGGCCTGAGAACCAGGAGAGCTGCTGGTGAAAGTTCTAGTGCAAGGGCAGAAGACCAATGTCCTACCTAGCTCAACAGTCAGGCAGGCAGAAGTTCCCTGTTTCTCAGCCTTTTTGTTCTATTCTGTTCTTCAGTTGGTTGGATGAGGCCCCTGCACATTAAGGATAGACAAAAATTCAACGCATGCTTTACTAAGTACCGTTTGTATCAGTGGGTAAAGCACTGTGTTTGGTACTCTCTCAAATGCAAAGATGATTACGACACATGTACTATCGTTTATGAATGGGTGGCCAACAGAACAGATTGCCGCATAGGTAAGCAGAAATCTGCTCTCATTCTCTATTGGCCACAAGCAGGCATGTCTTAGGAGCAGAAGGGTAGGAAGATCTCTAACTGTGCTTGGAAACTTGGGGAGTTACCACGTCTGGCTAAAGTGGTATTGTCTTAAGGAAAACCTCTTACTACTGGGCAGAGGCAGGGGAACCCTGGTATGAGTTCTGGATTACATAGGAGATGTGACTTGGACACGTTTGGGGCTTAAAAGTAGGAAGGGATCAAGGGGGGAGATTTGAAAATCCCGGTGGAGGTGCGAGGTATCCGGGGAGAGGTGGGAGCAGAGGCCCTGCAGCTTGCCAAGCACACACGGCCCTAGGGCGCCCAGCTGAGACGGCACCTTGGCACCCGGGCCCGCTGCAGCCCGCTCCGGTCAGCTGCACCCCAGTCAGGAGCCTTTCCAGCGGGTCGGAGGAGAACGGAAGTTTGGGGAGACCCGCGCGATTCGCCTGGCTGCATTTTACATTTCTTTCTCCGGCAGCTGGGGTCACGAAGGCTGCTCTCGCCGGCGGTGTTGGAACGTGGACACGTGCGCTTTGGTAATAGGGCAGCCTCCCCCGCGGGCGCAGTCCCCGCTGCGAGCGCCCCCGGCTGCTGAGGCGGGACCGAGGACCCGGAGATTTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGttaattCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表17.构建体组分(SEQ ID NO:37)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 12-130 |
TUBA8启动子 | 145-1950 |
5'UTR | 1951-2240 |
KCNQ4编码区 | 2258-4342 |
3x Flag | 4355-4423 |
polyA | 4448-4671 |
3'ITR | 4687-4816 |
在一些方面,TUBA8启动子包含与SEQ ID NO:37的核苷酸145-1950具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:38具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:38的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:38具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:38的核酸序列。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:18的核酸序列的CMV增强子,(iii)包含SEQ ID NO:15的核酸序列的prestin启动子,(iv)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(v)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(vi)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vii)包含SEQID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(viii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
在一些方面,构建体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:15的核酸序列的prestin启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ IDNO:17的核酸序列的3'ITR。
示例性构建体(SEQ ID NO:38)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTTAAACACTGAACAGGTGTTAGCAACATTGCCATTATTGTGTTAGTATATTAGGTACCTGGTGCTACCGGCAAAACCAGTTTATCATCCAACTGTCTCCAGTGTTGCTACTCAAAGTTTGGTCCTCCAGTAGCCTATCAGGATCACCCAGGGGCCTGTTAGAAAGGCACATCTCAGACCCCACCCCAGACCTACTGAATCAGAATCTGCGTTTTTAACGGGATCCGCAGGTGATTCCTATGCACATTAAAGTGTAAGAAGTACTGGGCTACAGACAGGTATGTGACAAAATAATTTCATAGGATGGCAAAGGCCAAGTGGCAAATGAAGGACACCAGAAATGCACGTCCCAGGAGCCCAACTCCTCCTTAGTAAATTACCCTATTAAGATTTGTTTAGAGATGTTCAAAAGCGTGGAGAAAAGCAAATTTGGTTTCCTCAGCTAGGGACGCGGAGAGTGGTCTGGTGCCCTTGAAGAGATCGCCCTCGTGTGGAGTAGGGAGGGAATCTCTAGCCTTTCCTCTCGGATGAAGAACAGCACCAGCGCTCCCAGCCAAAGGCCTGGCCCAGGTTCTGGAGGTGGGGTCTCCTTGGCAGAAGCCTCTGGTGTCTGCAGGCGTGCATTTACAGCTTTAAGACCAAACAGCTAGTCCGCCACGTGTCACTACAGTGTGCACGCGCAGAAATGCACAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAGATGCTCTTAATGAACCAACTATAATCCTTGCTAAGGCATAAAGCCAGAGGGAAGTATGTATCTGAAATCATTTTCTACCCCTCACCCTCTTGGAGCCCGGCACTCTGGCTGCGGTGCTCTCTTGTATCCCAGTTGCTAGATGCAAAACAAGCTATTTCCTATCTAATTTTTTTTTTTAAGAGACGGAGTCTCGCTTTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGACTCAAGCAATTCTCCCAGCTTGGGGTAACGTGTTACATTATTCTACTTAATAAAAAGCAAAAGTTGTTTTATAAATTCTAACTTAAATGCCCAGAAAATAACTTATCATGCATTGCCTTGTCGTGCAATAGTCAATATTTGCAAACCAAGTGTTAACCAAAGGCAGTTCATCAAAGATTTTTGAAAATTAAAAAAAAAAAAAAACTCATACTCACATTGTCCTCAGGATTTCCTGTTTTCGAAATGTTCCTGTACGAATCGGAGTCTCTATAATGATTGTAATTGAAAAGATAAGTCAGGTTTTTTGTGTTTTTTTTTCATTTTAAAATCATAATACGCAATGTTTTCCACTTGAACGCTATACCTTGTGTATTGTGCTTGCTTCAGCCTCGAGCCTCTACTGATGTTCCACCTCAAGGCGACAGGAATGCCACCTGGAGAAACTCCTGGGCGGTATGGGAAGAAAGCCGGTCTCATCAGAGTATATTTGCGGGGATCGACGACCAAGGTGTTAAATTCCAAGCACGCTTTGGAAAGTTCTAGGTGCTTGGGAAGAGATCCGTAGGCGGCAGGGATGCCCGCGCCCCGGCGTCCCAGCGCGGAGGGTGGCGGCGGGGCCTGGCCCTAGCGGGGCGGGGCGGGCTCGGGTTACCGGGAGTCGCGGGGCGCGGCCGGCACTGCCCGCGGCGCCTCCTCCTAGAGCCGCACCTGGAGGCAGCGCGCGCGTCGAAGAGGCAGCGGCTGTGGAGCGCGGCGGGGCGGCTCCGCCCAGGGCAGCCCGGGCTGGGCCAAGGAGCGAGCTCTCCCTTCTCCTGCTCTCAGCCTCAGTGATCAAGGCTTCAGTGAACTGCACTGGAGCTCCCAGCGGGGGATCTTGTCCCCTGTCCCGACTTTTGTGCTGCACATTGGATCTGGTGACACTCAGGAAATTGCTTGTCTCCGGCTGTTAAGGAATAATTTCAGAGTACTCGCCGGTGGCAGGTGGAAAGGCGAGCGGCATGGAGCGCGTAATAAGAGAGTTGGAGTCGGAAAGAGCAGCCCCAGTCGCCGGGGAAGCGGGAGGTCAGTGCGGGCTCCGGCGGCCCCCAGGCTCCGAGCGCCCGCCCGCGGCCCCGGCCCGGCCCCTAGCCCCCGCCGCCCGCGCCCGCCCCGGGTCGCCCCTCTGGCCCCGGGTCCGAGCCATGCGTCTCTGAGCGCCCCGAGCGCGCCCCCGCCCCGGACCGTGCCCGGGCCCCGGCGCCCCCAGCCCGGCGCCGCCCACCGGTCGCTAGCCACCATGGCTGAAGCCCCTCCTAGAAGGCTTGGACTGGGACCTCCTCCTGGGGATGCTCCTAGAGCTGAACTGGTGGCTCTGACAGCCGTGCAGTCTGAACAAGGCGAAGCTGGTGGCGGCGGATCTCCACGTAGACTTGGACTGCTGGGAAGCCCTCTTCCTCCTGGTGCTCCACTTCCTGGACCTGGCAGTGGATCTGGATCTGCCTGTGGCCAGAGAAGCTCTGCCGCTCACAAGAGATACCGGCGGCTGCAGAACTGGGTGTACAACGTGCTGGAAAGACCCAGAGGCTGGGCCTTCGTGTACCACGTGTTCATCTTTCTGCTGGTGTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCCGTGCTGAGCACCATCCAAGAACATCAAGAGCTGGCTAACGAGTGCCTGTTAATACTGGAGTTTGTGATGATTGTGGTGTTCGGCCTCGAGTACATCGTCCGCGTTTGGAGCGCCGGCTGCTGCTGCAGATATAGAGGTTGGCAAGGCAGATTCCGCTTCGCCAGAAAGCCCTTCTGCGTGATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCAGCGTGGCCGTGATTGCTGCTGGCACACAGGGCAACATCTTCGCCACAAGCGCCCTGCGGAGCATGCGGTTTCTGCAGATCCTGAGAATGGTCCGAATGGACAGAAGAGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCTGTGGTGTACGCCCACAGCAAAGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGATTTCTGGTGCTGATCTTCGCCTCCTTCCTGGTGTACCTGGCCGAGAAGGACGCCAACAGCGACTTTAGCAGCTACGCCGACTCTCTTTGGTGGGGCACCATCACACTGACCACCATCGGCTACGGCGACAAGACCCCTCACACATGGCTGGGAAGAGTGCTGGCCGCTGGATTTGCTCTGCTGGGCATCAGCTTTTTCGCCCTGCCTGCCGGAATCCTCGGATCTGGCTTTGCCCTGAAGGTGCAAGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGAGAAGAATGCCTGCCGCCAACCTGATTCAGGCCGCTTGGAGACTGTACAGCACCGACATGAGCAGAGCCTACCTGACCGCCACGTGGTATTATTACGACTCGATCCTGCCTAGCTTCCGCGAACTGGCCCTGCTGTTTGAGCATGTGCAGAGAGCCAGAAACGGCGGCCTCAGACCTCTGGAAGTTCGGAGAGCACCTGTGCCTGATGGCGCCCCTTCTAGATATCCTCCAGTGGCCACCTGTCACAGACCCGGCAGCACATCTTTTTGCCCTGGCGAGTCTAGCCGGATGGGCATCAAGGACAGAATCAGAATGGGCAGCAGCCAGCGGAGAACAGGCCCTTCTAAACAGCATCTGGCCCCTCCAACCATGCCTACAAGCCCTAGCTCTGAGCAAGTGGGCGAAGCCACCTCTCCTACCAAGGTGCAGAAGTCCTGGTCCTTCAACGACCGGACCAGATTCAGAGCCAGCCTGAGACTGAAGCCCAGAACCTCTGCCGAGGATGCCCCTTCTGAAGAGGTGGCCGAAGAGAAGTCCTACCAGTGCGAGCTGACCGTGGACGACATCATGCCAGCCGTGAAAACCGTGATACGGTCTATCCGGATCCTGAAGTTCCTGGTGGCCAAGCGGAAGTTCAAAGAGACACTGCGGCCCTACGACGTGAAGGACGTGATCGAGCAGTATTCTGCCGGCCACCTGGACATGCTGGGCAGAATCAAGAGCCTGCAGACCAGAGTGGACCAGATCGTTGGAAGAGGCCCAGGCGACAGAAAGGCCAGAGAGAAGGGCGATAAGGGCCCATCTGATGCCGAGGTTGTCGACGAGATATCAATGATGGGCAGAGTGGTCAAGGTGGAAAAACAGGTGCAGAGCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGCTGGGATTCTACAGCCGGTGTCTGAGAAGCGGCACATCTGCATCTCTGGGCGCTGTGCAGGTCCCACTGTTCGACCCTGATATCACCAGCGACTATCACAGCCCCGTGGACCACGAGGACATCTCCGTTTCTGCTCAGACCCTGAGCATCAGCAGATCCGTGTCCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGTTAATTCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGG
表18.构建体组分(SEQ ID NO:38)
在一些方面,prestin启动子包含与SEQ ID NO:38的核苷酸145-2049具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:49具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:49的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:49的核苷酸12-4070具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:49的核苷酸12-4070。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:49具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:49的核酸序列。
示例性构建体(SEQ ID NO:49)
CCTGCAGGCAGCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTGCGGCCGCACGCGTCTAGATCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGATGCGGTTTTGGCAGTACATCAATGGGCGTGGATAGCGGTTTGACTCACGGGGATTTCCAAGTCTCCACCCCATTGACGTCAATGGGAGTTTGTTTTGGCACCAAAATCAACGGGACTTTCCAAAATGTCGTAACAACTCCGCCCCATTGACGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTCGTTTAGTGAACCGTCAGATCGCCTGGAGACGCACCGGTGCCACCATGGCCGAGGCCCCCCCGCGCCGCCTCGGCCTGGGTCCCCCGCCCGGGGACGCCCCCCGCGCGGAGCTAGTGGCGCTCACGGCCGTGCAGAGCGAACAGGGCGAGGCGGGCGGGGGCGGCTCCCCGCGCCGCCTCGGCCTCCTGGGCAGCCCCCTGCCGCCGGGCGCGCCCCTCCCTGGGCCGGGCTCCGGCTCGGGCTCCGCCTGCGGCCAGCGCTCCTCGGCCGCGCACAAGCGCTACCGCCGCCTGCAGAACTGGGTCTACAACGTGCTGGAGCGGCCCCGCGGCTGGGCCTTCGTCTACCACGTCTTCATATTTTTGCTGGTCTTCAGCTGCCTGGTGCTGTCTGTGCTGTCCACTATCCAGGAGCACCAGGAACTTGCCAACGAGTGTCTCCTCATCTTGGAATTCGTGATGATCGTGGTTTTCGGCTTGGAGTACATCGTCCGGGTCTGGTCCGCCGGATGCTGCTGCCGCTACCGAGGATGGCAGGGTCGCTTCCGCTTTGCCAGAAAGCCCTTCTGTGTCATCGACTTCATCGTGTTCGTGGCCTCGGTGGCCGTCATCGCCGCGGGTACCCAGGGCAACATCTTCGCCACGTCCGCGCTGCGCAGCATGCGCTTCCTGCAGATCCTGCGCATGGTGCGCATGGACCGCCGCGGCGGCACCTGGAAGCTGCTGGGCTCAGTGGTCTACGCGCATAGCAAGGAGCTGATCACCGCCTGGTACATCGGGTTCCTGGTGCTCATCTTCGCCTCCTTCCTGGTCTACCTGGCTGAGAAGGACGCCAACTCCGACTTCTCCTCCTACGCCGACTCGCTCTGGTGGGGGACGATTACATTGACAACCATCGGCTATGGTGACAAGACACCGCACACATGGCTGGGCAGGGTCCTGGCTGCTGGCTTCGCCTTACTGGGCATCTCTTTCTTTGCCCTGCCTGCCGGCATCCTAGGCTCCGGCTTTGCCCTGAAGGTCCAGGAGCAGCACCGGCAGAAGCACTTCGAGAAGCGGAGGATGCCGGCAGCCAACCTCATCCAGGCTGCCTGGCGCCTGTACTCCACCGATATGAGCCGGGCCTACCTGACAGCCACCTGGTACTACTATGACAGTATCCTCCCATCCTTCAGAGAGCTGGCCCTCTTGTTTGAGCACGTGCAACGGGCCCGCAATGGGGGCCTACGGCCCCTGGAGGTGCGGCGGGCGCCGGTACCCGACGGAGCACCCTCCCGTTACCCGCCCGTTGCCACCTGCCACCGGCCGGGCAGCACCTCCTTCTGCCCTGGGGAAAGCAGCCGGATGGGCATCAAAGACCGCATCCGCATGGGCAGCTCCCAGCGGCGGACGGGTCCTTCCAAGCAGCATCTGGCACCTCCAACAATGCCCACCTCCCCAAGCAGCGAGCAGGTGGGTGAGGCCACCAGCCCCACCAAGGTGCAAAAGAGCTGGAGCTTCAATGACCGCACCCGCTTCCGGGCATCTCTGAGACTCAAACCCCGCACCTCTGCTGAGGATGCCCCCTCAGAGGAAGTAGCAGAGGAGAAGAGCTACCAGTGTGAGCTCACGGTGGACGACATCATGCCTGCTGTGAAGACAGTCATCCGCTCCATCAGGATTCTCAAGTTCCTGGTGGCCAAAAGGAAATTCAAGGAGACACTGCGACCGTACGACGTGAAGGACGTCATTGAGCAGTACTCAGCAGGCCACCTGGACATGCTGGGCCGGATCAAGAGCCTGCAAACTCGGGTGGACCAAATTGTGGGTCGGGGGCCCGGGGACAGGAAGGCCCGGGAGAAGGGCGACAAGGGGCCCTCCGACGCGGAGGTGGTGGATGAAATCAGCATGATGGGACGCGTGGTCAAGGTGGAGAAGCAGGTGCAGTCCATCGAGCACAAGCTGGACCTGCTGTTGGGCTTCTATTCGCGCTGCCTGCGCTCTGGCACCTCGGCCAGCCTGGGCGCCGTGCAAGTGCCGCTGTTCGACCCCGACATCACCTCCGACTACCACAGCCCTGTGGACCACGAGGACATCTCCGTCTCCGCACAGACGCTCAGCATCTCCCGCTCGGTCAGCACCAACATGGACGGATCCCGGGCTGACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGACTACAAGGATGACGATGACAAGGGCTCCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTGCTAACATGCGGTGACGTCGAGGAGAATCCTGGCCCAATGGTGAGCAAGGGCGAGGCAGTGATCAAGGAGTTCATGCGGTTCAAGGTGCACATGGAGGGCTCCATGAACGGCCACGAGTTCGAGATCGAGGGCGAGGGCGAGGGCCGCCCCTACGAGGGCACCCAGACCGCCAAGCTGAAGGTGACCAAGGGTGGCCCCCTGCCCTTCTCCTGGGACATCCTGTCCCCTCAGTTCATGTACGGCTCCAGGGCCTTCATCAAGCACCCCGCCGACATCCCCGACTACTATAAGCAGTCCTTCCCCGAGGGCTTCAAGTGGGAGCGCGTGATGAACTTCGAGGACGGCGGCGCCGTGACCGTGACCCAGGACACCTCCCTGGAGGACGGCACCCTGATCTACAAGGTGAAGCTCCGCGGCACCAACTTCCCTCCTGACGGCCCCGTAATGCAGAAGAAGACAATGGGCTGGGAAGCGTCCACCGAGCGGTTGTACCCCGAGGACGGCGTGCTGAAGGGCGACATTAAGATGGCCCTGCGCCTGAAGGACGGCGGCCGCTACCTGGCGGACTTCAAGACCACCTACAAGGCCAAGAAGCCCGTGCAGATGCCCGGCGCCTACAACGTCGACCGCAAGTTGGACATCACCTCCCACAACGAGGACTACACCGTGGTGGAACAGTACGAACGCTCCGAGGGCCGCCACTCCACCGGCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAATAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGGAAGCTTGAATTCAGCTGACGTGCCTCGGACCGCTAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGCTGCCTGCAGGGGCGCCTGATGCGGTATTTTCTCCTTACGCATCTGTGCGGTATTTCACACCGCATACGTCAAAGCAACCATAGTACGCGCCCTGTAGCGGCGCATTAAGCGCGGCGGGTGTGGTGGTTACGCGCAGCGTGACCGCTACACTTGCCAGCGCCCTAGCGCCCGCTCCTTTCGCTTTCTTCCCTTCCTTTCTCGCCACGTTCGCCGGCTTTCCCCGTCAAGCTCTAAATCGGGGGCTCCCTTTAGGGTTCCGATTTAGTGCTTTACGGCACCTCGACCCCAAAAAACTTGATTTGGGTGATGGTTCACGTAGTGGGCCATCGCCCTGATAGACGGTTTTTCGCCCTTTGACGTTGGAGTCCACGTTCTTTAATAGTGGACTCTTGTTCCAAACTGGAACAACACTCAACCCTATCTCGGGCTATTCTTTTGATTTATAAGGGATTTTGCCGATTTCGGCCTATTGGTTAAAAAATGAGCTGATTTAACAAAAATTTAACGCGAATTTTAACAAAATATTAACGTTTACAATTTTATGGTGCACTCTCAGTACAATCTGCTCTGATGCCGCATAGTTAAGCCAGCCCCGACACCCGCCAACACCCGCTGACGCGCCCTGACGGGCTTGTCTGCTCCCGGCATCCGCTTACAGACAAGCTGTGACCGTCTCCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGGTTTTCACCGTCATCACCGAAACGCGCGAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGAACAATAAAACTGTCTGCTTACATAAACAGTAATACAAGGGGTGTTATGAGCCATATTCAACGGGAAACGTCGAGGCCGCGATTAAATTCCAACATGGATGCTGATTTATATGGGTATAAATGGGCTCGCGATAATGTCGGGCAATCAGGTGCGACAATCTATCGCTTGTATGGGAAGCCCGATGCGCCAGAGTTGTTTCTGAAACATGGCAAAGGTAGCGTTGCCAATGATGTTACAGATGAGATGGTCAGACTAAACTGGCTGACGGAATTTATGCCTCTTCCGACCATCAAGCATTTTATCCGTACTCCTGATGATGCATGGTTACTCACCACTGCGATCCCCGGAAAAACAGCATTCCAGGTATTAGAAGAATATCCTGATTCAGGTGAAAATATTGTTGATGCGCTGGCAGTGTTCCTGCGCCGGTTGCATTCGATTCCTGTTTGTAATTGTCCTTTTAACAGCGATCGCGTATTTCGTCTCGCTCAGGCGCAATCACGAATGAATAACGGTTTGGTTGATGCGAGTGATTTTGATGACGAGCGTAATGGCTGGCCTGTTGAACAAGTCTGGAAAGAAATGCATAAACTTTTGCCATTCTCACCGGATTCAGTCGTCACTCATGGTGATTTCTCACTTGATAACCTTATTTTTGACGAGGGGAAATTAATAGGTTGTATTGATGTTGGACGAGTCGGAATCGCAGACCGATACCAGGATCTTGCCATCCTATGGAACTGCCTCGGTGAGTTTTCTCCTTCATTACAGAAACGGCTTTTTCAAAAATATGGTATTGATAATCCTGATATGAATAAATTGCAGTTTCATTTGATGCTCGATGAGTTTTTCTAATCTCATGACCAAAATCCCTTAACGTGAGTTTTCGTTCCACTGAGCGTCAGACCCCGTAGAAAAGATCAAAGGATCTTCTTGAGATCCTTTTTTTCTGCGCGTAATCTGCTGCTTGCAAACAAAAAAACCACCGCTACCAGCGGTGGTTTGTTTGCCGGATCAAGAGCTACCAACTCTTTTTCCGAAGGTAACTGGCTTCAGCAGAGCGCAGATACCAAATACTGTCCTTCTAGTGTAGCCGTAGTTAGGCCACCACTTCAAGAACTCTGTAGCACCGCCTACATACCTCGCTCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGATAAGTCGTGTCTTACCGGGTTGGACTCAAGACGATAGTTACCGGATAAGGCGCAGCGGTCGGGCTGAACGGGGGGTTCGTGCACACAGCCCAGCTTGGAGCGAACGACCTACACCGAACTGAGATACCTACAGCGTGAGCTATGAGAAAGCGCCACGCTTCCCGAAGGGAGAAAGGCGGACAGGTATCCGGTAAGCGGCAGGGTCGGAACAGGAGAGCGCACGAGGGAGCTTCCAGGGGGAAACGCCTGGTATCTTTATAGTCCTGTCGGGTTTCGCCACCTCTGACTTGAGCGTCGATTTTTGTGATGCTCGTCAGGGGGGCGGAGCCTATGGAAAAACGCCAGCAACGCGGCCTTTTTACGGTTCCTGGCCTTTTGCTGGCCTTTTGCTCACATGT
表18.构建体组分(SEQ ID NO:49)
在一些方面,CMV启动子包含与SEQ ID NO:49的核苷酸473-676具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
在一些方面,构建体包含与SEQ ID NO:50具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,构建体包含SEQ ID NO:50的核酸序列。
在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含与SEQ ID NO:50具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%至少99%或100%同一性的核酸序列。在一些方面,rAAVAnc80颗粒包含SEQ ID NO:50的核酸序列。
示例性构建体(SEQ ID NO:50)
TCGCAGTGGTGAGTAACCATGCATCATCAGGAGTACGGATAAAATGCTTGATGGTCGGAAGAGGCATAAATTCCGTCAGCCAGTTTAGTCTGACCATCTCATCTGTAACATCATTGGCAACGCTACCTTTGCCATGTTTCAGAAACAACTCTGGCGCATCGGGCTTCCCATACAATCGATAGATTGTCGCACCTGATTGCCCGACATTATCGCGAGCCCATTTATACCCATATAAATCAGCATCCATGTTGGAATTTAATCGCGGCCTAGAGCAAGACGTTTCCCGTTGAATATGGCTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTCTCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATGCAGCTCCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGGCGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCATATGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGCCCGGGCAAAGCCCGGGCGTCGGGCGACCTTTGGTCGCCCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACTCCATCACTAGGGGTTCCTTTGTCGACGCGGCCGCACGCGTGACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGACTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGGTCGAGGTGAGCCCCACGTTCTGCTTCACTCTCCCCATCTCCCCCCCCTCCCCACCCCCAATTTTGTATTTATTTATTTTTTAATTATTTTGTGCAGCGATGGGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGCGCGCGCCAGGCGGGGCGGGGCGGGGCGAGGGGCGGGGCGGGGCGAGGCGGAGAGGTGCGGCGGCAGCCAATCAGAGCGGCGCGCTCCGAAAGTTTCCTTTTATGGCGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCCCTATAAAAAGCGAAGCGCGCGGCGGGCGGGAGTCGCTGCGTTGCCTTCGCCCCGTGCCCCGCTCCGCGCCGCCTCGCGCCGCCCGCCCCGGCTCTGACTGACCGCGTTACTCCCACAGGTGAGCGGGCGGGACGGCCCTTCTCCTCCGGGCTGTAATTAGCGCTTGGTTTAATGACGGCTCGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGAAAGCCTTAAAGGGCTCCGGGAGGGCCCTTTGTGCGGGGGGGAGCGGCTCGGGGGGTGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGGGGAGCGCCGCGTGCGGCCCGCGCTGCCCGGCGGCTGTGAGCGCTGCGGGCGCGGCGCGGGGCTTTGTGCGCTCCGCGTGTGCGCGAGGGGAGCGCGGCCGGGGGCGGTGCCCCGCGGTGCGGGGGGGCTGCGAGGGGAACAAAGGCTGCGTGCGGGGTGTGTGCGTGGGGGGGTGAGCAGGGGGTGTGGGCGCGGCGGTCGGGCTGTAACCCCCCCCTGCACCCCCCTCCCCGAGTTGCTGAGCACGGCCCGGCTTCGGGTGCGGGGCTCCGTGCGGGGCGTGGCGCGGGGCTCGCCGTGCCGGGCGGGGGGTGGCGGCAGGTGGGGGTGCCGGGCGGGGCGGGGCCGCCTCGGGCCGGGGAGGGCTCGGGGGAGGGGCGCGGCGGCCCCCGGAGCGCCGGCGGCTGTCGAGGCGCGGCGAGCCGCAGCCATTGCCTTTTATGGTAATCGTGCGAGAGGGCGCAGGGACTTCCTTTGTCCCAAATCTGTGCGGAGCCGAAATCTGGGAGGCGCCGCCGCACCCCCTCTAGCGGGCGCGGGGCGAAGCGGTGCGGCGCCGGCAGGAAGGAAATGGGCGGGGAGGGCCTTCGTGCGTCGCCGCGCCGCCGTCCCCTTCTCCCTCTCCAGCCTCGGGGCTGTCCGCGGGGGGACGGCTGCCTTCGGGGGGGACGGGGCAGGGCGGGGTTCGGCTTCTGGCGTGTGACCGGCGGCTCTAGAGCCTCTGCTAACCATGTTCATGCCTTCTTCTTTTTCCTACAGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTTATTGTGACCGGTCGCTAGCCACCATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAAGAGCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCTTCTAGTTGCCAGCCATCTGTTGTTTGCCCCTCCCCCGTGCCTTCCTTGACCCTGGAAGGTGCCACTCCCACTGTCCTTTCCTAATAAAATGAGGAAATTGCATCGCATTGTCTGAGTAGGTGTCATTCTATTCTGGGGGGTGGGGTGGGGCAGGACAGCAAGGGGGAGGATTGGGAAGACAATAGCAGGCATGCTGGGGATGCGGTGGGCTCTATGGAAGCTTGAATTCAGCTGACGTGCCTCGGACCGTCCTAGGAGGAACCCCTAGTGATGGAGTTGGCCACTCCCTCTCTGCGCGCTCGCTCGCTCACTGAGGCCGGGCGACCAAAGGTCGCCCGACGCCCGGGCTTTGCCCGGGCGGCCTCAGTGAGCGAGCGAGCGCGCAGAGAGGGAGTGGCCAACATAGGCGCGCCTCGGGCCGTGCTTGTAATCCTGAGGAAATTGTAAACGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCGTTAAATTTTTGTTAAATCAGCTCATTTTTTAACCAATAGGCCGAAATCGGCAAAATCCCTTATAAATCAAAAGAATAGCCCGAGATAGGGTTGAGTGTTGTTCCAGTTTGGAACAAGAGTCCACTATTAAAGAACGTGGACTCCAACGTCAAAGGGCGAAAAACCGTCTATCAGGGCGATGGCCCACTACGTGAACCATCACCCAAATCAAGTTTTTTGGGGTCGAGGTGCCGTAAAGCACTAAATCGGAACCCTAAAGGGAGCCCCCGATTTAGAGCTTGACGGGGAAAGCCGGCGAACGTGGCGAGAAAGGAAGGGAAGAAAGCGAAAGGAGCGGGCGCTAGGGCGCTGGCAAGTGTAGCGGTCACGCTGCGCGTAACCACCACACCCGCCGCGCTTAATGCGCCGCTACAGGGCGCGTACTAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGATTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGAACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTAGAAAAACTCATCGAGCATCAAATGAAACTGCAATTTATTCATATCAGGATTATCAATACCATATTTTTGAAAAAGCCGTTTCTGTAATGAAGGAGAAAACTCACCGAGGCAGTTCCATAGGATGGCAAGATCCTGGTATCGGTCTGCGATTCCGACCCGTCCAACATCAATACAACCTATTAATTTCCCCTCGTCAAAAATAAGGTTATCAAGTGAGAAATCACCATGAGTGACGACTGAATCCGGTGAGAATGGCAAAAGTTTATGCATTTCTTTCCAGACTTGTTCAACAGGCCAGCCATTACGCTCGTCATCAAAATCACTCGCATCAACCAAACCGTTATTCATTCGTGATTGCGCCTGAGCGAGACGAAATACGCGATCGCTGTTAAAAGGACAATTACAAACAGGAATCGAATGCAACCGGCGCAGGAACACTGCCAGCGCATCAACAATATTTTCACCTGAATCAGGATATTCTTCTAATACCTGGAATGCTGTTTTCCCAGGGA
表18.构建体组分(SEQ ID NO:50)
组分(5'至3'方向) | 位置(核苷酸) |
5'ITR | 690-834 |
CMV增强子 | 857-1236 |
CBA启动子 | 1239-1516 |
嵌合内含子 | 1517-2529 |
EGFP | 2574-3293 |
polyA | 3315-3539 |
3'ITR | 3579-3723 |
在一些方面,CBA启动子包含与SEQ ID NO:23的核苷酸1239-1516具有至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
药物组合物
此外,本公开提供了药物组合物。在一些方面,本文所提供的组合物适合于施用至动物以改善与综合征性和/或非综合征性听力损失相关的症状。
在一些方面,本公开的药物组合物可以包含例如多核苷酸,例如一种或多种如本文所述的构建体。在一些方面,药物组合物可以包含一种或多种AAV颗粒,例如,由一种或多种AAV血清型衣壳包封的一种或多种rAAV构建体,如本文所述。
在一些方面,药物组合物包含一种或多种药学上或生理上可接受的载剂、稀释剂或赋形剂。如本文所用,术语“药学上可接受的载剂”包括与药物施用相容的溶剂、分散介质、包衣、抗细菌剂、抗真菌剂等。还可将补充性活性化合物掺入本文所述的任何组合物中。此类组合物可以包含一种或多种缓冲剂,诸如中性缓冲盐水、磷酸盐缓冲盐水等;一种或多种碳水化合物,诸如葡萄糖、甘露糖、蔗糖和葡聚糖;甘露醇;一种或多种蛋白质、多肽或氨基酸,诸如甘氨酸;一种或多种抗氧化剂;一种或多种螯合剂,诸如EDTA或谷胱甘肽;和/或一种或多种防腐剂。在一些方面,制剂是剂型,诸如可注射溶液、可注射凝胶、药物释放胶囊等。
在一些方面,本公开的组合物被配制用于静脉内施用。在一些方面,本公开的组合物被配制用于耳蜗内施用。在一些方面,治疗性组合物被配制为包含脂质纳米颗粒、聚合纳米颗粒、微环DNA和/或CELiD DNA。在一些方面,本公开的任何组合物被配制用于施用至受试者的内耳的圆窗膜中或穿过圆窗膜。在一些方面,本公开的任何组合物被配制用于施用至内耳的外淋巴液中。
在一些方面,治疗性组合物被配制为包含合成外淋巴液。举例而言,在一些方面,合成外淋巴液包含20-200mM NaCl;1-5mM KCl;0.1-10mM CaCl2;1-10mM葡萄糖;和2-50mMHEPES,pH值在约6与约9之间。在一些方面,治疗组合物被配制为包含生理学上合适的溶液。举例而言,在一些方面,生理学上合适的溶液包含可商购获得的1xPBS和普朗尼克酸(pluronic acid)F68,其制备成最终浓度为:8.10mM磷酸氢二钠、1.5mM磷酸二氢钾、2.7mM氯化钾、172mM氯化钠和0.001%普朗尼克酸F68)。在一些方面,使用替代普朗尼克酸。在一些方面,使用替代离子浓度。
在一些方面,本文所述的任何药物组合物还可以包含一种或多种促进本文所述的核酸或任何构建体进入哺乳动物细胞的剂(例如,脂质体或阳离子脂质)。在一些方面,可使用天然和/或合成聚合物来配制本文所述的任何构建体。可包含在本文所述的任何组合物中的聚合物的非限制性实例可包括但不限DYNAMIC(ArrowheadResearch Corp.,Pasadena,Calif.)、来自Mirus Bio(Madison,Wis.)和Roche Madison(Madison,Wis.)的制剂、PhaseRX聚合物制剂,诸如但不限于SMARTT POLYMER(PhaseRX,Seattle,Wash.)、DMRI/DOPE、泊洛沙姆、来自Vical(SanDiego,Calif.)的佐剂、壳聚糖、来自Calando Pharmaceuticals(Pasadena,Calif.)的环糊精、树状聚合物和聚(乳酸-共-羟基乙酸)(PLGA)聚合物、RONDELTM(RNAi/寡核苷酸纳米颗粒递送)聚合物(Arrowhead Research Corporation,Pasadena,Calif.)和pH响应性共嵌段聚合物,诸如但不限于PhaseRX(Seattle,Wash.)生产的那些pH响应性共嵌段聚合物。许多这些聚合物已证明了在体内将寡核苷酸递送至哺乳动物细胞中的功效(参见例如deFougerolles,Human Gene Ther.19:125-132,2008;Rozema等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.104:12982-12887,2007;Rozema等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.104:12982-12887,2007;Hu-Lieskovan等人,Cancer Res.65:8984-8982,2005;Heidel等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.104:5715-5721,2007,其各自以引用的方式整体并入本文)。
在一些方面,组合物包含药学上可接受的载剂(例如,磷酸盐缓冲盐水、盐水或抑菌水)。在配制后,溶液将按与剂量制剂相容的方式并以诸如治疗有效的量施用。制剂易于以多种剂型施用,诸如可注射溶液、可注射凝胶、药物释放胶囊等。
在一些方面,本文所提供的组合物可以例如被配制为与其预期施用途径相容。预期施用途径的非限制性实例是局部施用(例如,耳蜗内施用)。在一些方面,所提供的组合物包含一种核酸构建体。在一些方面,所提供的组合物包含两种或更多种不同的构建体。在一些方面,组合物包含单一核酸构建体,所述单一核酸构建体包含编码多肽和/或其功能性特征部分的编码序列。在一些方面,组合物包含单一核酸构建体,所述单一核酸构建体包含编码多肽和/或其功能性特征部分的编码序列,当将所述构建体引入哺乳动物细胞中时,该编码序列整合到哺乳动物细胞的基因组中。
本文还提供了包括本文所述的任何组合物的药盒。在一些方面,药盒可包括固体组合物(例如,包含本文所述的至少两种不同的构建体的冻干组合物)和用于增溶冻干组合物的液体。在一些方面,药盒可包括预装式注射器,所述预装式注射器包含本文所述的任何组合物。
在一些方面,药盒包括小瓶,所述小瓶包含本文所述的任何组合物(例如,配制成水性组合物,例如,水性药物组合物)。
在一些方面,药盒可包括用于进行本文所述的任何方法的说明书。
遗传修饰的细胞
本公开还提供了包含本文所述的任何核酸、构建体或组合物的细胞(例如动物细胞,例如哺乳动物细胞,例如灵长类细胞,例如人细胞)。在一些方面,动物细胞是人细胞(例如,人毛细胞或人外毛细胞)。在其他方面,动物细胞是非人哺乳动物(例如,猿科细胞、猫科细胞、犬科细胞等)。本领域技术人员将理解,本文所述的核酸和构建体可以被引入任何动物细胞(例如,适合于兽医干预的任何动物的外毛细胞)中。本文描述了构建体和用于将构建体引入动物细胞中的方法的非限制性实例。
在一些方面,动物细胞可以是内耳的任何细胞,包括外毛细胞。
在一些方面,动物细胞是耳蜗的特化细胞。在一些方面,动物细胞是毛细胞。在一些方面,动物细胞是耳蜗内毛细胞或耳蜗外毛细胞。在一些方面,动物细胞是耳蜗内毛细胞。在一些方面,动物细胞是耳蜗外毛细胞。在一些方面,动物细胞是体外的。在一些方面,动物细胞是内源性存在于动物例如灵长类动物和/或人中的细胞类型。在一些方面,动物细胞是获自动物并且离体培养的自体细胞。在一些方面,离体细胞是内耳细胞。在一些方面,离体细胞是内耳外毛细胞。
方法
此外,本公开提供了方法。在一些方面,方法包括将如本文所述的构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞引入受试者的内耳(例如,耳蜗)中。举例而言,在一些方面,本文所提供的方法包括向受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如灵长类动物,例如人)的内耳(例如,耳蜗)施用治疗有效量的本文所述的任何构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞。在一些实施方案中,本公开的任何组合物的施用可以通过施用至受试者的内耳的圆窗膜中或穿过圆窗膜来进行。在一些实施方案中,本公开的任何组合物的施用可以通过施用至内耳的外淋巴液中来进行。在这些方法中的任一者的一些方面,受试者先前已被鉴定为具有缺陷型内耳细胞靶基因(例如,具有突变的外毛细胞和/或听力细胞靶基因,所述突变导致由所述基因编码的听力细胞靶蛋白的表达和/或活性降低)。在这些方法的一些方面,受试者先前已被鉴定为具有缺陷型钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因。
这些方法中的任一者的一些方面还包括,在引入或施用步骤之前,确定受试者具有缺陷型内耳细胞靶基因(例如,具有突变的外毛细胞和/或听力细胞靶基因,所述突变导致由所述基因编码的听力细胞靶蛋白的表达和/或活性降低)。这些方法的一些方面还包括确定受试者具有缺陷型钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因。
这些方法中的任一者的一些方面还可包括确定受试者的内耳细胞靶基因的突变(例如,具有突变的外毛细胞和/或听力细胞靶基因,所述突变导致由所述基因编码的听力细胞靶蛋白的表达和/或活性降低)。这些方法的一些方面还可包括检测受试者的钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因的突变。
所述方法中的任一者的一些方面还可包括将受试者鉴定或诊断为患有非综合征性或综合征性感觉神经性听力损失。这些方法的一些方面还可包括将受试者鉴定或诊断为患有由钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因突变引起的非综合征性或综合征性感觉神经性听力损失。这些方法的一些方面还可包括将受试者鉴定或诊断为患有DFNA2听力损失。
在一些方面,本文提供了校正受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如灵长类动物,例如人)内耳中的内耳细胞靶基因缺陷的方法。在一些方面,方法包括向受试者的内耳施用治疗有效量的本文所述的任何构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞,其中所述施用修复和或改善受试者的内耳的任何细胞亚群中的内耳细胞靶基因缺陷。在一些方面,内耳靶细胞可以是感觉细胞(例如,外毛细胞),和/或非感觉细胞,和/或内耳细胞的全部或任何亚群。在一些方面,内耳细胞靶基因缺陷是钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因的突变。
本文还提供了增加受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如灵长类动物,例如人)内耳细胞中内耳细胞靶蛋白的表达水平的方法,所述方法包括:将治疗有效量的本文所述的任何构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞施用于受试者的内耳,其中所述施用使得受试者内耳细胞(例如,外毛细胞)中内耳细胞靶蛋白(例如,多肽)的表达水平增加。在一些方面,内耳靶细胞可以是外毛细胞。在一些方面,增加的表达是相对于内耳细胞中的内源多肽表达而言的。在一些方面,内耳细胞靶蛋白是KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。
本文还提供了治疗被鉴定为具有缺陷型内耳细胞靶基因的受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如灵长类动物,例如人)的听力损失(例如,非综合征性感觉神经性听力损失或综合征性感觉神经性听力损失)的方法,所述方法包括:向受试者的内耳施用治疗有效量的本文所述的任何构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞。在一些方面,缺陷型内耳细胞靶基因是KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因。
本文还提供了方法,所述方法包括用本文所述的任何构建体或载体以及共同包含AAV Rep基因、AAV Cap基因、AAV VA基因、AAV E2a基因和AAV E4基因的一个或多个辅助质粒转导细胞。
本文还提供了在有需要的受试者的外毛细胞中表达多肽的方法,所述方法包括施用本文所述的构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞。在一些方面,受试者先前已被鉴定为具有缺陷型钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因。
本文还提供了增加有需要的受试者的外毛细胞中多肽的表达的方法,所述方法包括施用本文所述的构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞。在一些方面,增加的表达是相对于受试者的外毛细胞中的内源多肽表达而言的。
本文还提供了治疗罹患听力损失或处于听力损失风险中的受试者的听力损失的方法,所述方法包括施用本文所述的构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞。
在一些方面,施用是施用至受试者的内耳。在一些方面,施用是施用至受试者的耳蜗。在一些方面,施用是经由圆窗膜注射进行的。
本文还提供了在有需要的受试者的外毛细胞中表达多肽的方法。
在一些方面,施用是施用至受试者的内耳。在一些方面,施用是施用至受试者的耳蜗。在一些方面,施用是经由圆窗膜注射进行的。
本文还提供了用于治疗听力损失(例如,非综合征性感觉神经性听力损失或综合征性感觉神经性听力损失)的手术方法。在一些方面,所述方法包括以下步骤:在第一切口点处将第一切口引入受试者的耳蜗中;并且耳蜗内施用治疗有效量的本文所提供的任何组合物。在一些方面,将组合物在第一切口点处施用于受试者。在一些方面,将组合物施用至受试者的第一切口中或穿过第一切口。
在本文所述的任何方法的一些方面,将本文所述的任何组合物施用至受试者的耳蜗卵圆窗膜中或穿过耳蜗卵圆窗膜。在本文所述的任何方法的一些方面,将本文所述的任何组合物施用至受试者的耳蜗圆窗膜中或穿过耳蜗圆窗膜。在本文所述的任何方法的一些方面,使用能够在圆窗膜中产生多个切口的医疗装置来施用组合物。在一些方面,医疗装置包括多个微针。在一些方面,医疗装置包括多个包括总体上圆形的第一平面形状的微针,其中每个微针具有至少约10微米的直径。在一些方面,医疗装置包括基座和/或能够容纳组合物的储库。在一些方面,医疗装置包括多个中空微针,所述微针单独地包括能够转移组合物的内腔。在一些方面,医疗装置包括用于产生至少部分真空的工具。
在一些方面,本公开的技术用于治疗患有听力损失或处于听力损失风险中的受试者。在一些此类方面,致病性变体导致听力损失或有导致听力损失的风险。
在一些方面,将评价经历听力损失的受试者,以确定是否以及在何处可能存在一种或多种可以导致听力损失的突变。在本文所述的任何方法的一些方面,受试者或动物是哺乳动物,在一些方面,哺乳动物是家养动物、农场动物、动物园动物、非人灵长类动物或人。在本文所述的任何方法的一些方面,动物、受试者或哺乳动物是成人、青少年、少年、儿童、幼儿、婴儿或新生儿。在本文所述的任何方法的一些方面,动物、受试者或哺乳动物是1-5、1-10、1-20、1-30、1-40、1-50、1-60、1-70、1-80、1-90、1-100、1-110、2-5、2-10、10-20、20-30、30-40、40-50、50-60、60-70、70-80、80-90、90-100、100-110、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-110、20-40、20-50、20-60、20-70、20-80、20-90、20-100、20-110、30-50、30-60、30-70、30-80、30-90、30-100、40-60、40-70、40-80、40-90、40-100、50-70、50-80、50-90、50-100、60-80、60-90、60-100、70-90、70-100、70-110、80-100、80-110或90-110岁。在本文所述的任何方法的一些方面,受试者或哺乳动物为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或11个月大。
在本文所述的任何方法的一些方面,所述方法引起有需要的受试者的听力改善(例如,用于确定本文所述的听力改善的任何度量)持续至少10天、至少15天、至少20天、至少25天、至少30天、至少35天、至少40天、至少45天、至少50天、至少55天、至少60天、至少65天、至少70天、至少75天、至少80天、至少85天、至少100天、至少105天、至少110天、至少115天、至少120天、至少5个月、至少6个月、至少7个月、至少8个月、至少9个月、至少10个月、至少11个月或至少12个月。
在一些方面,受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如人)患有综合征性或非综合征性感觉神经性听力损失或处于发展综合征性或非综合征性感觉神经性听力损失的风险中。在一些方面,受试者患有KCNQ4相关听力损失或处于发展KCNQ4相关听力损失的风险中。
在一些方面,受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如人)已被鉴定为患有综合征性或非综合征性感觉神经性听力损失。在一些方面,受试者已被鉴定为患有KCNQ4相关听力损失。
在一些方面,受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如人)已被鉴定为处于听力损失的风险中(例如,处于成为基因突变的携带者的风险中)。在一些此类方面,受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如人)可能具有听力损失的某些风险因素或具有听力损失的风险(例如,已知父母携带者,兄弟姐妹罹患,或有听力损失症状)。在一些此类方面,受试者(例如动物,例如哺乳动物,例如人)已被鉴定为基因突变的携带者(例如,经由基因检测),所述突变先前尚未被鉴定。在一些此类方面,所鉴定的突变可以是新颖的(即,先前在文献中没有描述过),并且将针对特定患者的一种或多种突变来定制治疗罹患或易患听力损失的受试者的方法。
在一些方面,可以使用本领域已知的任何常规功能性听力测试在受试者中确定综合征性或非综合征性感觉神经性听力损失的成功治疗。功能性听力测试的非限制性实例是各种类型的听力测定(例如,纯音测试、语音测试、中耳测试、听觉脑干反应和耳声发射)。
在本文所提供的任何方法的一些方面,将两个或更多个剂量的本文所述的任何组合物引入或施用至受试者的耳蜗中。这些方法中的任一者的一些方面可包括将第一剂量的组合物引入或施用至受试者的耳蜗中,在引入或施用第一剂量后评估受试者的听力功能,以及向发现在正常范围内没有听力功能(例如,如使用本领域已知的任何听力测试所确定的)的受试者的耳蜗中施用另外剂量的组合物。
在本文所提供的任何方法的一些方面,组合物可被配制用于耳蜗内施用。在本文所述的任何方法的一些方面,可经由耳蜗内施用或局部施用来施用本文所述的组合物。在本文所述的任何方法的一些方面,通过使用医疗装置(例如,本文所述的任何示例性医疗装置)来施用组合物。
在一些方面,可以使用本文所述或本领域已知的任何方法来进行耳蜗内施用。举例而言,在一些方面,可以使用以下手术技术将组合物施用或引入到耳蜗中:首先使用0度、2.5mm的刚性内窥镜进行可视化,清理外耳道并使用圆刀清晰划定约5mm的鼓膜瓣。然后,将鼓膜瓣抬高,并向后进入中耳。鉴定和分割鼓索神经,并且使用刮匙去除盾骨,从而暴露圆窗膜。为了增强所施用或引入的组合物的顶端分布,可以使用手术激光器在卵圆窗中制造2-mm小开窗,以允许在组合物跨圆窗膜输注期间外淋巴移位。接着启动微量输注装置并且进入手术区域。操纵所述装置到达圆窗,并且尖端位于骨圆窗悬垂内,以允许一个或多个微针穿透膜。啮合足蹬以允许对组合物进行经测量的稳态输注。然后撤回装置,并且用明胶海绵贴片密封圆窗和镫骨足板。
在本文所提供的任何方法的一些方面,受试者患有综合征性或非综合征性感觉神经性听力损失或处于发展综合征性或非综合征性感觉神经性听力损失的风险中。在本文所提供的任何方法的一些方面,受试者先前已被鉴定为具有内耳细胞靶基因的突变,该基因可以在外毛细胞中表达。
在本文所提供的任何方法的一些方面,受试者已被鉴定为内耳细胞靶基因突变的携带者(例如,经由基因检测)。在一些此类方面,受试者已被鉴定为KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因突变的携带者。在本文所提供的任何方法的一些方面,受试者已被鉴定为具有内耳细胞靶基因的突变并且已被诊断为患有听力损失(例如,非综合征性感觉神经性听力损失或综合征性感觉神经性听力损失,例如DFNB1、DFNA3、DFNA2)。巴-庞二氏综合征、伴有耳聋的豪猪样鱼鳞癣(HID)、伴有耳聋的掌跖角化病、角膜炎-鱼鳞癣-耳聋(KID)综合征或福温克尔综合征。在本文所述的任何方法的一些方面,受试者已被鉴定为患有听力损失(例如,非综合征性感觉神经性听力损失或综合征性感觉神经性听力损失)。在一些方面,可使用本领域已知的任何常规功能性听力测试在受试者中确定听力损失(例如,非综合征性感觉神经性听力损失或综合征性感觉神经性听力损失)的成功治疗。功能性听力测试的非限制性实例包括各种类型的听力测定(例如,纯音测试、语音测试、中耳测试、听觉脑干反应和耳声发射)。
在一些方面,受试者细胞先前已被确定具有缺陷型内耳细胞靶基因。在一些此类方面,缺陷型内耳细胞靶基因是KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因。在一些方面,受试者细胞先前已被确定具有缺陷型毛细胞靶基因。在一些此类方面,缺陷型内耳细胞靶基因是KQT样亚家族成员4(KCNQ4)基因。
在这些方法的一些方面,在治疗(例如,一次或两次或更多次施用本文所述的组合物)后,活性内耳细胞靶蛋白(例如,多肽)的表达增加。在一些此类方面,活性内耳细胞靶蛋白是KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。在一些方面,如本文所述的活性内耳靶蛋白(例如,多肽)的表达的增加是相对于对照水平,例如,相较于引入包含如本文所述的任何构建体的组合物之前的内耳细胞靶蛋白的表达水平而言的。在一些此类方面,活性内耳细胞靶蛋白是KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。
检测靶蛋白(例如,多肽)的表达和/或活性的方法是本领域已知的。在一些方面,可以直接检测内耳细胞靶蛋白的表达水平(例如,检测内耳细胞靶蛋白或靶mRNA)。可以用于直接检测靶RNA或蛋白质(例如,多肽)的表达和/或活性的技术的非限制性实例包括实时PCR、蛋白质印迹、免疫沉淀、免疫组织化学、质谱法或免疫荧光。在一些方面,可以间接检测内耳细胞靶蛋白的表达(例如,通过功能性听力测试)。
装置、施用和手术方法
本文提供了用于治疗听力损失(例如,非综合征性感觉神经性听力损失或综合征性感觉神经性听力损失)的治疗性递送系统。在一方面,治疗性递送系统包括:i)能够在有需要的受试者的内耳的圆窗膜中产生一个或多个切口的医疗装置,以及ii)有效剂量的组合物(例如,本文所述的任何组合物)。在一些方面,医疗装置包括多个微针。
本文还提供了用于治疗听力损失(例如,非综合征性感觉神经性听力损失或综合征性感觉神经性听力损失)的手术方法。在一些方面,方法包括以下步骤:在第一切口点处将第一切口引入受试者的耳蜗中;以及耳蜗内施用治疗有效量的本文所提供的任何组合物。在一些方面,将组合物在第一切口点处施用于受试者。在一些方面,将组合物施用至受试者的第一切口中或穿过第一切口。
在本文所提供的任何方法的一些方面,将本文所述的任何组合物施用至受试者的耳蜗卵圆窗膜中或穿过耳蜗卵圆窗膜。在本文所提供的任何方法的一些方面,将本文所述的任何组合物施用至受试者的耳蜗圆窗膜中或穿过耳蜗圆窗膜。在本文所提供的任何方法的一些方面,使用能够在圆窗膜中产生多个切口的医疗装置来施用组合物。在一些方面,医疗装置包括多个微针。在一些方面,医疗装置包括多个包括总体上圆形的第一平面形状的微针,其中每个微针具有至少约10微米的直径。在一些方面,医疗装置包括基座和/或能够容纳组合物的储库。在一些方面,医疗装置包括多个中空微针,所述微针单独地包括能够转移组合物的内腔。在一些方面,医疗装置包括用于产生至少部分真空的工具。
在一些方面,本公开描述了一种利用微创、广泛接受的手术技术来穿过外耳道触及中耳和/或内耳的递送方法。该程序包括对卵圆窗处中耳与内耳之间的物理屏障之一开孔,并且随后使用本文所公开的装置(例如,如图5至图8中所示)(或微导管)来经由圆窗膜以受控的流率并以固定的体积递送本文所公开的组合物。
在一些方面,用于哺乳动物(例如,啮齿动物(例如,小鼠、大鼠、仓鼠或兔)、灵长类动物(例如,NHP(例如,猕猴、黑猩猩、猴子或猿)或人)的手术程序可以包括通气以增加沿耳蜗长度的AAV载体转导率。在一些方面,与通气手术后的AAV载体耳蜗细胞转导率相比,手术期间不通气可能导致AAV载体耳蜗细胞转导率较低。在一些方面,通气促进整个耳蜗中约75%-100%的IHC转导率。在一些方面,通气使耳蜗基部处IHC转导率达约50%-70%、约60%-80%、约70%-90%或约80%-100%。在一些方面,通气使耳蜗顶端处IHC转导率达约50%-70%、约60%-80%、约70%-90%或约80%-100%。
本文所述的递送装置可放置在手术室的无菌区中,并且可将管道的末端从无菌区取出并连接至注射器,所述注射器已装载有本文所公开的组合物(例如,一种或多种AAV载体)并且安装在泵中。在对系统进行适当灌注以去除任何空气之后,可在可视化(手术显微镜、内窥镜和/或远侧尖端相机)下使针穿过中耳。可使用针(或微针)刺穿RWM。可插入针直至阻挡器接触RWM为止。然后可将装置保持在该位置,同时将本文所公开的组合物以受控的流率递送至内耳,持续所选的持续时间。在一些方面,流率(或输注速率)可以包括约30μL/min,或约25μL/min至约35μL/min,或约20μL/min至约40μL/min,或约20μL/min至约70μL/min,或约20μL/min至约90μL/min,或约20μL/min至约100μL/min。在一些方面,流率为约20μL/min、约30μL/min、约40μL/min、约50μL/min、约60μL/min、约70μL/min、约80μL/min、约90μL/min或约100μL/min。在一些方面,所选的持续时间(即,本文所公开的组合物流动的时间)可为约3分钟,或约2.5分钟至约3.5分钟,或约2分钟至约4分钟,或约1.5分钟至约4.5分钟,或约1分钟至约5分钟。在一些方面,流至内耳的本文所公开的组合物的总体积可为约0.09mL,或约0.08mL至约0.10mL,或约0.07mL至约0.11mL。在一些方面,本文所公开的组合物的总体积等于内耳体积的约40%至约50%。
一旦完成递送,就可移除装置。在一些方面,本文所述的装置可被配置为单次使用的一次性产品。在其他方面,本文所述的装置可被配置为多用途可灭菌产品,例如具有可更换和/或可灭菌的针子组件。单次使用装置可在施用完成后适当丢弃(例如,丢弃在生物危害利器容器中)。
在一些方面,本文所公开的组合物包含一种或多种rAAV构建体。在一些方面,当组合物中包含多于一种rAAV构建体时,这些rAAV构建体各不相同。在一些方面,rAAV构建体包含抗VEGF编码区,例如,如本文所述。在一些方面,组合物包含有包含本文所述AAV构建体的rAAV颗粒。在一些方面,rAAV颗粒由Anc80衣壳(例如,Anc80L65衣壳)包封。在一些方面,Anc80衣壳包含SEQ ID NO:44的多肽。
在一些方面,本文所公开的组合物可以通过手术程序施用于受试者。在一些方面,施用(例如,经由手术程序)包括经由如本文所述的递送装置将本文所公开的组合物注射到内耳中。在一些方面,本文所公开的手术程序包括:进行经耳道鼓膜切开术;进行激光辅助微型镫骨足板造孔术;以及经由如本文所述的递送装置将本文所公开的组合物注射到内耳中。
在一些方面,手术程序包括:进行经耳道鼓膜切开术;进行激光辅助微型镫骨足板造孔术;经由如本文所述的递送装置将本文所公开的组合物注射到内耳中;在受试者的圆窗和/或卵圆窗周围施加封闭剂;以及将受试者的鼓膜耳道皮瓣降低至解剖位置。
在一些方面,手术程序包括:进行经耳道鼓膜切开术;准备受试者的圆窗;进行激光辅助微型镫骨足板造孔术;准备如本文所述的递送装置和本文所公开的组合物,用于递送至内耳;经由递送装置将本文所公开的组合物注射到内耳中;在受试者的圆窗和/或卵圆窗周围施加封闭剂;以及将受试者的鼓膜耳道皮瓣降低至解剖位置。
在一些方面,进行激光辅助微型镫骨足板造孔术包括使用KTP耳科激光器和/或CO2耳科激光器。
再如,本文所公开的组合物使用专门设计用于耳蜗内施用途径的装置和/或系统来施用。在一些方面,本文所述的装置的设计要素可以包括:维持注射流体的无菌性;最大限度地减少引入内耳的气泡;以受控的速率精确地递送小体积的能力;由外科医生穿过外耳道递送;最大限度地减少对圆窗膜(RWM)或内耳(例如,RWM之外的耳蜗结构)的损害;和/或最大限度地减少穿过RWM倒漏回来的注射流体。
本文所提供的装置、系统和方法还描述了将组合物安全且有效地递送至内耳中以便治疗将受益于将本文所公开的组合物递送至内耳的疾患和病症(包括但不限于例如本文所述的听力障碍)的潜力。再如,通过在镫骨足板中放置通气孔并穿过RWM注射,本文所公开的组合物以在作用部位处具有最小稀释度的方式分散在整个耳蜗中。开发所描述的装置允许穿过人的外耳道进行手术施用程序。在将一定量的流体输注到耳蜗的外淋巴中后,可以将所描述的装置从耳中取出。在受试者中,所述装置可在手术显微镜控制下或连同内窥镜一起推进穿过外耳道。
用于本文所公开的任何方法的示例性装置描述于图2至图5中。图2示出了用于将流体递送至内耳的示例性装置10。装置10包括凸边手柄12和耦接至可伸缩式海波管(hypotube)针支撑件24的远端手柄粘合剂14(例如环氧树脂,诸如Loctite 4014)。凸边手柄12(或手柄部分)可以包括凸边特征和/或凹槽以增强抓握力。凸边手柄12(或手柄部分)可以为约5mm至约15mm厚、或约5mm至约12mm厚、或约6mm至约10mm厚、或约6mm至约9mm厚、或约7mm至约8mm厚。凸边手柄12(或手柄部分)可以是中空的,使得在使用期间流体可以穿过装置10。装置10还可以包括在凸边手柄12的近端18处的近端手柄粘合剂16、在装置10的远端20处的具有止挡件28(图3中所示)的针子组件26(图2中所示)以及应变消除特征22。应变消除特征22可以由山都平(Santoprene)材料、匹霸士(Pebax)材料、聚氨酯材料、硅酮材料、尼龙材料和/或热塑性弹性体组成。可伸缩式海波管针支撑件24包围并支撑安置于其中的弯针38(图2中所示)。
仍参考图2至图3,止挡件28(图3中所示)可以由热塑性材料或塑料聚合物(诸如UV固化聚合物)以及其他适合的材料组成,并且可以用于防止弯针38插入耳道中过深(例如,防止弯针38插入侧壁或其他内耳结构中)。装置10还可以包括安置于凸边手柄12与耦接至可伸缩式海波管针支撑件24的远端手柄粘合剂14之间的锥形部分23。凸边手柄12(或手柄部分)可以包括在手柄部分12的远端处的锥形部分23。装置10还可以包括流体连接至装置10的近端16并用作将装置连接至上游部件(例如,泵、注射器和/或在一些方面可以耦接至控制系统和/或电源(未示出)的上游部件)的流体入口管线的管道36。在一些方面,弯针38(图3中所示)从远端20延伸、穿过可伸缩式海波管针支撑件24、穿过锥形部分23、穿过凸边手柄12并穿过应变消除特征22并且直接流体连接至管道36。在其他方面,弯针38与凸边手柄的中空内部流体连接(例如,经由可伸缩式海波管针支撑件24),所述中空内部进而在近端16处与管道36流体连接。在弯针38未一直延伸穿过装置10的内部的方面,接口部件之间的接触面积(例如,重叠嵌套海波管42A至42C(图4中所示)之间)、公差和/或密封剂必须足以防止治疗性流体从装置10(其在相对低的压力(例如,约1帕斯卡至约50Pa、或约2Pa至约20Pa、或约3Pa至约10Pa)下操作)中泄漏。
图3示出了根据本发明公开的方面的方面,弯针子组件26的侧视图。弯针子组件26包括具有弯曲部分32的针38。弯针子组件26还可以包括耦接至弯曲部分32的止挡件28。弯曲部分32包括在装置10的远端20处的成角尖端34,用于刺穿耳膜(例如,RWM)。针38、弯曲部分32和成角顶部34是中空的,使得流体可以从其中流过。弯曲部分32的角度46(如图5中所示)可能有变化。止挡件28的几何形状可以是圆柱形、圆盘形、环形、圆顶形和/或其他适合形状。止挡件28可以模制至弯曲部分32上的适当位置。举例而言,止挡件28可以使用粘合剂或压缩配合围绕弯曲部分32同心地定位。粘合剂的实例包括UV固化粘合剂(诸如Dymax203A-CTH-F-T)、弹性体粘合剂、热固性粘合剂(诸如环氧树脂或聚氨酯)或乳液粘合剂(诸如聚乙酸乙烯酯)。止挡件28围绕弯曲部分32同心地装配,使得成角尖端34以所需插入深度插入耳中。弯针38可以使用渐进成形以及其他适合技术由直针形成。
图4示出了用于将流体递送至内耳的示例性装置10的透视图。管道36的长度可以为约1300mm(图4中的尺寸11)至约1600mm、或约1400mm至约1500mm、或约1430mm至约1450mm。应变释放特征22的长度可以为约25mm至约30mm(图4中的尺寸15),或长度为约20mm至约35mm。手柄12的长度可以为约155.4mm(图4中的尺寸13)、或约150mm至约160mm、或约140mm至约170mm。可伸缩式海波管针支撑件24可以具有两个或更多个嵌套海波管,例如,三个嵌套海波管42A、42B和42C,或四个嵌套海波管42A、42B、42C和42D。海波管42A、42B、42C和尖端组件26的总长度(图4中的尺寸17)可以为约25mm至约45mm、或约30mm至约40mm、或约35mm。另外,可伸缩式海波管针支撑件24可以具有约36mm、或约25mm至约45mm、或约30mm至约40mm的长度。三个嵌套海波管42A、42B和42C各自可以分别具有3.5mm、8.0mm和19.8mm(加上或减去约20%)的长度。可伸缩式海波管针支撑件24的最内部嵌套海波管(或最窄部分)可以围绕针38同心地安置。
图5示出了根据本发明公开的方面的方面,耦接至装置10的远端20的弯针子组件26的透视图。如图5中所示,弯针子组件26可以包括耦接至弯曲部分32的针38。在其他方面,弯针38可以是单个针(例如直针,然后弯曲以使其包括所需角度46)。针38可以是33号针,或者可以包括约32至约34、或约31至35的规格。在更细的规格下,必须当心以确保管道36不会弯折或损坏。针38可以连接至手柄12,以便将针38安全并准确地置放于内耳中。如图5中所示,弯针子组件26还可以包括围绕弯曲部分32安置的止挡件28。图5还显示弯曲部分32可以包括用于刺穿耳膜(例如,RWM)的成角尖端34。止挡件28可以具有约0.5mm、或约0.4mm至约0.6mm、或约0.3mm至约0.7mm的高度48。弯曲部分32可以具有约1.45mm、或约1.35mm至约1.55mm、或约1.2mm至约1.7mm的长度52。在其他方面,弯曲部分32可以具有大于2.0mm的长度,使得止挡件28的远端与成角尖端34的远端之间的距离为约0.5mm至约1.7mm、或约0.6mm至约1.5mm、或约0.7mm至约1.3mm、或约0.8mm至约1.2mm。图5显示止挡件28可以具有圆柱形、圆盘形和/或圆顶形的几何形状。本领域普通技术人员将了解,可以使用其他几何形状。
评价听力损失和恢复
在一些方面,使用听觉脑干反应测量(ABR)来确定听力功能。在一些方面,通过测量畸变产物光声发射(DPOAE)来测试听力。在一些此类方面,从受试者的一只或两只耳朵获取测量值。在一些此类方面,将记录与同一受试者的先前记录和/或关于此类反应测量值的已知阈值进行比较,所述反应测量值用于定义例如对比被定义为正常听力的可接受的听力范围的听力损失。在一些方面,受试者具有在接受任何治疗前记录的ABR和/或DPOAE测量值。在一些方面,用本文所述的一种或多种技术治疗的受试者与治疗前相比在治疗后将具有ABR和/或DPOAE测量值的改善。在一些方面,在施用治疗之后和在治疗后以定期随访时间间隔进行ABR和/或DPOAE测量。
在一些方面,使用语言模式识别确定或由语言治疗师确定听力功能。在一些方面,通过纯音测试确定听力功能。在一些方面,通过骨传导测试确定听力功能。在一些方面,通过声反射测试确定听力功能。在一些方面,通过鼓室压测定法确定听力功能。在一些方面,通过本领域已知的听力分析的任何组合来确定听力功能。在一些此类方面,整体上和/或从受试者的一只或两只耳朵获取测量值。在一些此类方面,将记录和/或专业分析与同一受试者的先前记录和/或分析和/或关于此类反应测量值的已知阈值进行比较,所述反应测量值用于定义例如对比被定义为正常听力的可接受的听力范围的听力损失。在一些方面,受试者具有在接受任何治疗前进行的语言模式识别、纯音测试、骨传导测试、声反射测试和/或鼓室压测量和/或分析。在一些方面,用本文所述的一种或多种技术治疗的受试者与治疗前相比在治疗后将具有语言模式识别、纯音测试、骨传导测试、声反射测试和/或鼓室压测量值的改善。在一些方面,在施用治疗之后和在治疗后以定期随访时间间隔进行语言模式识别、纯音测试、骨传导测试、声反射测试和/或鼓室压测量。
生产方法
AAV系统一般是本领域中众所周知的(参见例如Kelleher和Vos,Biotechniques,17(6):1110-17(1994);Cotten等人,P.N.A.S.U.S.A.,89(13):6094-98(1992);Curiel,NatImmun,13(2-3):141-64(1994);Muzyczka,Curr Top Microbiol Immunol,158:97-129(1992);和Asokan A等人,Mol.Ther.,20(4):699-708(2012),其各自以引用的方式整体并入本文)。用于产生和使用AAV构建体的方法描述于例如美国专利号5,139,941、4,797,368和PCT提交申请US2019/060328中,其各自以引用的方式整体并入本文。
用于获得病毒构建体的方法是本领域已知的。举例而言,为了产生AAV构建体,所述方法通常涉及培养含有以下的宿主细胞:编码AAV衣壳蛋白或其片段的核酸序列;功能性rep基因;由AAV反向末端重复序列(ITR)和编码序列组成的重组AAV构建体;和/或允许将重组AAV构建体包装至AAV衣壳蛋白中的足够的辅助功能。
在一些方面,可以向宿主细胞反式提供在宿主细胞中待培养以将AAV构建体包装于AAV衣壳中的组分。或者,任何一种或多种组分(例如,重组AAV构建体、rep序列、cap序列和/或辅助功能)可以由稳定的宿主细胞提供,所述宿主细胞已使用本领域技术人员已知的方法进行工程化以含有一种或多种此类组分。在一些方面,此种稳定的宿主细胞含有在诱导型启动子控制下的一种或多种此类组分。在一些方面,一种或多种此类组分可以在组成型启动子的控制下。在一些方面,所选的稳定宿主细胞可以含有在组成型启动子控制下的一种或多种所选组分和在一个或多个诱导型启动子控制下的一种或多种其他所选组分。举例而言,可以产生源自HEK293细胞(其含有在组成型启动子控制下的E1辅助功能),但含有在诱导型启动子控制下的rep和/或cap蛋白的稳定宿主细胞。其他稳定的宿主细胞可以由本领域技术人员使用常规方法产生。
可以使用任何适当的遗传元件(例如,构建体)将产生本公开的AAV所需的重组AAV构建体、rep序列、cap序列和辅助功能递送至包装宿主细胞。所选的遗传元件可以通过本领域已知,例如核酸操纵技术人员已知的任何适合的方法递送,并且包括遗传工程化、重组工程化和合成技术(参见例如Sambrook等人,Molecular Cloning:ALaboratory Manual,ColdSpring Harbor Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,其以引用的方式整体并入本文)。类似地,产生AAV颗粒的方法是众所周知的,并且任何适合的方法都可以用于本公开(参见例如K.Fisher等人,J.Virol.,70:520-532(1993)和美国专利号5,478,745,其以引用的方式整体并入本文)。
在一些方面,可以使用三重转染方法产生重组AAV(例如,如美国专利号6,001,650中所述,其以引用的方式整体并入本文)。在一些方面,通过用待包装至AAV颗粒中的重组AAV构建体(包含编码序列)、AAV辅助功能构建体和附属功能构建体转染宿主细胞来产生重组AAV。AAV辅助功能构建体编码反式发挥功能以用于生产型AAV复制和衣壳化的“AAV辅助功能”序列(即,rep和cap)。在一些方面,AAV辅助功能构建体支持有效的AAV构建体产生,而不会产生任何可检测的野生型AAV颗粒(即,含有功能性rep和cap基因的AAV颗粒)。适用于本公开的构建体的非限制性实例包括pHLP19(参见例如美国专利号6,001,650,其以引用的方式整体并入本文)和pRep6cap6构建体(参见例如美国专利号6,156,303,其以引用的方式整体并入本文)。附属功能构建体编码用于AAV复制所依赖的非AAV源性病毒和/或细胞功能(即,“附属功能”)的核苷酸序列。附属功能可以包括AAV复制所需的那些功能,包括但不限于AAV基因转录的激活、阶段特异性AAV mRNA剪接、AAV DNA复制、cap表达产物的合成和AAV衣壳组装中所涉及的那些部分。基于病毒的附属功能可以源自任何已知的辅助病毒,诸如腺病毒、疱疹病毒(1型单纯疱疹病毒除外)和牛痘病毒。
用于产生和分离适合于递送至受试者的AAV病毒构建体的另外的方法描述于例如美国专利号7,790,449;美国专利号7,282,199;WO 2003/042397、WO 2005/033321、WO2006/110689;和美国专利号7,588,772中,其各自以引用的方式整体并入本文。在一种系统中,用编码侧翼为ITR的编码序列的构建体以及编码rep和cap的一个或多个构建体瞬时转染生产细胞系。在另一种系统中,用编码侧翼为ITR的编码序列的构建体瞬时转染稳定地提供rep和cap的包装细胞系。在这些系统中的每一者中,响应于辅助腺病毒或疱疹病毒感染而产生AAV颗粒,并且将AAV与污染性病毒分离。其他系统不需要辅助病毒感染来恢复AAV--系统还反式提供辅助功能(即,腺病毒E1、E2a、VA和E4或疱疹病毒UL5、UL8、UL52和UL29以及疱疹病毒聚合酶)。在此类系统中,可以通过用编码辅助功能的构建体瞬时转染细胞来提供辅助功能,或者可以对细胞进行工程化以稳定地含有编码辅助功能的基因,所述基因的表达可以在转录或转录后水平上控制。
在一些方面,确定纯化后的病毒构建体滴度。在一些方面,使用定量PCR确定滴度。在某些方面,利用特定于构建体的TaqMan探针来确定构建体水平。在某些方面,TaqMan探针由SEQ ID NO:42表示,而正向扩增引物和反向扩增引物分别由SEQ ID NO:43和44例示。
用于定量构建体的示例性Taqman探针(SEQ ID NO:42)
/56-FAM/TCTGGCTCA/ZEN/CCGTCCTCTTCATTT/3IABkFQ/
用于定量构建体的示例性正向qPCR引物(SEQ ID NO:43)
CAAACACTCCACCAGCATTG
用于定量构建体的示例性反向qPCR引物(SEQ ID NO:44)
CAGCCACAACGAGGATCATA
如本文所述,在一些方面,本公开的病毒构建体是腺相关病毒(AAV)构建体。已表征了若干AAV血清型,包括AAV1、AAV2、AAV3(例如,AAV3B)、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11和AAV Anc80,以及其变体。在一些方面,AAV颗粒是AAV2/6、AAV2/8、AAV2/9或AAV2/Anc80颗粒(例如,具有AAV6、AAV8、AAV9或Anc80衣壳(例如,Anc80L65衣壳)和具有AAV2 ITR的构建体)。其他AAV颗粒和构建体描述于例如Sharma等人,Brain ResBull.2010年2月15日;81(2-3):273中,其以引用的方式整体并入本文。一般而言,任何AAV血清型都可以用于递送本文所述的编码序列。然而,血清型具有不同趋向性,例如,它们优先感染不同组织。在一些方面,AAV构建体是自身互补的AAV构建体。
此外,本公开提供了制备基于AAV的构建体的方法。在一些方面,此类方法包括使用宿主细胞。在一些方面,宿主细胞是哺乳动物细胞。宿主细胞可以用作AAV辅助构建体、AAV小基因质粒、辅助功能构建体和/或与重组AAV的产生相关的其他转移DNA的接受体。所述术语包括已转染的原始细胞的子代。因此,如本文所用的“宿主细胞”可以指代已用外源DNA序列转染的细胞。应了解,由于天然、偶然或有意突变,单亲代细胞的子代可能不一定在形态上或在基因组或总DNA补体上与原始亲代完全相同。
用于产生和分离适合于递送至受试者的AAV颗粒的另外的方法描述于例如美国专利号7,790,449;美国专利号7,282,199;WO 2003/042397、WO 2005/033321、WO 2006/110689;和美国专利号7,588,772中,其各自以引用的方式整体并入本文。在一种系统中,用编码侧翼为ITR的编码序列的构建体以及编码rep和cap的一个或多个构建体瞬时转染生产细胞系。在另一种系统中,用编码侧翼为ITR的编码序列的构建体瞬时转染稳定地提供rep和cap的包装细胞系。在这些系统中的每一者中,响应于辅助腺病毒或疱疹病毒感染而产生AAV颗粒,并且将AAV颗粒与污染性病毒分离。其他系统不需要辅助病毒感染来恢复AAV颗粒--系统还反式提供辅助功能(即,腺病毒E1、E2a、VA和E4或疱疹病毒UL5、UL8、UL52和UL29以及疱疹病毒聚合酶)。在此类系统中,可以通过用编码辅助功能的构建体瞬时转染细胞来提供辅助功能,或者可以对细胞进行工程化以稳定地含有编码辅助功能的基因,所述基因的表达可以在转录或转录后水平上控制。
在另一种系统中,侧翼为ITR和rep/cap基因的编码序列通过基于杆状病毒的构建体感染被引入昆虫宿主细胞中。此类生产系统是本领域已知的(一般参见例如Zhang等人,2009,Human Gene Therapy20:922-929,其以引用的方式整体并入本文)。制备和使用这些和其他AAV生产系统的方法还描述于美国专利号5,139,941、5,741,683、6,057,152、6,204,059、6,268,213、6,491,907、6,660,514、6,951,753、7,094,604、7,172,893、7,201,898、7,229,823和7,439,065中,其各自以引用的方式整体并入本文。
实施例
通过参考以下实验性实施例进一步详细描述本公开。除非另有说明,否则提供这些实施例仅用于说明的目的并且不意图作为限制。因此,本公开决不应解释为限于以下实施例,而应解释为涵盖由于本文所提供的教义而变得显而易见的任何和所有变化。
相信本领域的普通技术人员能够使用前面的描述和下面的实施例以及本领域已知的技术来做出和利用本公开的技术。
实施例1:蛋白质生产的体外证明
此实施例涉及在体外生长的哺乳动物细胞中表达hKCNQ4基因的质粒的引入、调控和表达分析。
进行实验以证明转染至HEK293细胞中的质粒的KCNQ4蛋白表达。500ng质粒,其包含prestin-KCNQ4-FLAG(包含SEQ ID NO:3的启动子)、癌调蛋白-KCNQ4-FLAG(SEQ ID NO:24)、CMV.KCNQ4.mscarlet(SEQ ID NO:49)或CAG-GFP(SEQ ID NO:50)。在48小时后收获细胞,蛋白质印迹分析显示每个构建体都能够表达KCNQ4,如FLAG染色所证明的(图1A)。
接下来是400ng质粒,其包含DNM3p-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:28)、STRIP2p-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:32)、MUC15p-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:29)、PLBD1p-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:30)、RORBp-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:31)、CHRNA10p-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:27)、sPrestinp-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:26)、OCMp-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:24)或CMV.hsaKCNQ4.mscarlet(SEQ ID NO:49)。在48小时后收获细胞,蛋白质印迹分析显示每个构建体都能够表达KCNQ4,如FLAG染色所证明的(图1B)。
400ng质粒,其包含AQP11p.KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:33)、KCNQ4p-KCNQ4.FLAG(SEQID NO:34)、LBHp-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:35)、TUBA8p-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:37)、STRCp-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:36)、sPrestinp-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:26)、OCMp-KCNQ4.FLAG(SEQ ID NO:24)、CMV.hsa-KCNQ4.FLAG或CMV.hsa.KCNQ4.mscarlet(SEQ IDNO:49)。在48小时后收获细胞,蛋白质印迹分析显示每个构建体都能够表达KCNQ4,如FLAG染色所证明的(图1C)。
实施例2:突变小鼠中KCNQ4表达的体内证明
此实施例涉及在外毛细胞特异性启动子控制下编码KCNQ4蛋白的rAAV构建体的引入和表达分析。
进行实验以证明新生Kcnq4dn/+(敲入[KI])小鼠的毛细胞和听觉功能的保存,这些 小鼠携带Kcnq4显性失活突变,模仿人已知的致病性变体。KCNQ4蛋白在杂合子和纯合子KI小鼠中基本上无法检测到。AAVAnc80载体旨在递送在外毛细胞特异性启动子(例如,prestin或癌调蛋白)控制下的编码人密码子修饰的KCNQ4(hKCNQ4CM)的基因。示例性构建体可以包含5'ITR、外毛细胞特异性启动子(例如,sPrestin)、5'UTR、KCNQ4编码区、表位标签(例如,3x FLAG)、多聚腺苷酸化信号(例如,BGH)和3'ITR。
将包含SEQ ID NO:26的构建体的rAAVAnc80颗粒以8.0E9 vg/耳蜗施用至出生后第2天的新生KI小鼠的耳蜗。在出生后第30天收获样本,并用鬼笔环肽(图6A)和抗KCNQ4抗体(图6B)染色,这证明了OHC中的KCNQ4染色。图6C显示了接受16kHz频率的耳蜗区域的放大视图,其中进一步证明了OHC中的KCNQ4染色。
Claims (77)
1.一种包含编码多肽的多核苷酸的构建体,所述多核苷酸可操作地连接至在外毛细胞中表达所述多核苷酸的启动子,其中所述启动子选自由以下组成的组:癌调蛋白(OCM)启动子、prestin启动子、胆碱能受体烟碱α10(CHRNA10)启动子、动力蛋白3(DNM3)启动子、粘蛋白14(MUC15)启动子、磷脂酶D(PLDB1)启动子、RAR相关孤儿受体B(RORB)启动子、纹状蛋白相互作用蛋白2(STRIP2)启动子、水通道蛋白11(AQP11)启动子、钾电压门控通道亚家族Q成员4(KCNQ4)启动子、LBH启动子、硬纤毛蛋白(STRC)启动子、微管蛋白α8(TUBA8)启动子以及它们的任何组合。
2.一种包含编码多肽的多核苷酸的构建体,所述多核苷酸可操作地连接至在外毛细胞中表达所述多核苷酸的启动子,其中所述启动子与所述多核苷酸异源。
3.如权利要求1或2所述的构建体,其中所述启动子包含与SEQ ID NO:1-15中任一者具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
4.一种包含编码多肽的多核苷酸的构建体,所述多核苷酸可操作地连接至在外毛细胞中表达所述多核苷酸的启动子,其中所述启动子包含与SEQ ID NO:1-15中任一者具有至少85%、至少90%、具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
5.如权利要求1-4中任一项所述的构建体,其中所述启动子是人prestin启动子。
6.如权利要求1-4中任一项所述的构建体,其中所述启动子是人癌调蛋白(OCM)启动子。
7.如权利要求1-5中任一项所述的构建体,其中所述启动子包含与SEQ ID NO:3或15具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
8.如权利要求1-5中任一项所述的构建体,其中所述启动子包含与SEQ ID NO:3具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
9.如权利要求1-5中任一项所述的构建体,其中所述启动子包含与SEQ ID NO:1或2具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%同一性的核酸序列。
10.如权利要求1或3-9中任一项所述的构建体,其中所述启动子与所述多核苷酸异源。
11.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中所述多肽是外毛细胞多肽、治疗性多肽或报告多肽。
12.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中编码外毛细胞多肽的多核苷酸包括选自以下的基因:肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN),或它们的任何组合。
13.如权利要求1-12中任一项所述的构建体,其中编码外毛细胞多核苷酸的多核苷酸包括选自以下的基因:钙粘蛋白相关23(CDH23)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、耳畸蛋白(OTOF)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、prestin(SLC26A5)、硬纤毛蛋白(STRC)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)。
14.如权利要求1-13中任一项所述的构建体,其中编码外毛细胞多核苷酸的所述多核苷酸包括KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。
15.如权利要求11-14中任一项所述的构建体,其中所述治疗性多肽是跨膜蛋白、酶、生长因子、细胞因子、受体、受体配体、激素、膜蛋白、膜相关蛋白、抗原或抗体。
16.如权利要求11-15中任一项所述的构建体,其中所述治疗性多肽是跨膜蛋白。
17.如权利要求11-15中任一项所述的构建体,其中编码所述治疗性多肽的多核苷酸包括选自以下的基因:肌动蛋白γ1(ACTG1)、腺苷酸环化酶1型(ADCY1)、钙结合蛋白2(CABP2)、含卷曲螺旋结构域的50(CCDC50)、钙粘蛋白相关23(CDH23)、癌胚抗原相关细胞粘附分子16(CEACAM16)、染色质结构域解旋酶DNA结合蛋白7(CHD7)、钙和整联蛋白结合家族成员2(CIB2)、封闭蛋白14(CLDN14)、氯离子细胞内通道5(CLIC5)、酪蛋白水解线粒体基质肽酶蛋白水解亚单位(CLPP)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、内皮素3(EDN3)、含ELMO结构域的蛋白3(ELMOD3)、表皮生长因子受体激酶底物8(EPS8)、espin(ESPN)、雌激素相关受体β(ESRRB)、眼缺失同源物1(EYA1)、含GIPC PDZ结构域的家族成员3(GIPC3)、G蛋白偶联受体98(GPR98)、G蛋白信号传导调节剂2(GPSM2)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白1(GRXCR1)、富含半胱氨酸的谷氧还蛋白2(GRXCR2)、含免疫球蛋白样结构域的受体1(ILDR1)、赖氨酰-tRNA合成酶(KARS)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、脂肪瘤HMGIC融合配偶体样5(LHFPL5)、富含亮氨酸的含跨膜和O-甲基转移酶结构域的蛋白(LRTOMT1COMT2)、三细胞紧密连接跨膜蛋白(MARVELD2)、微小rna 96(MIR96)、甲硫氨酸亚砜还原酶B3(MSRB3)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、非肌肉肌球蛋白重链14(MYH14)、非常规肌球蛋白IIIA(MYO3A)、非常规肌球蛋白VI(MYO6)、非常规肌球蛋白VIIA(MYO7A)、非常规肌球蛋白XVA(MYO15A)、耳畸蛋白(OTOF)、耳胶蛋白样蛋白(OTOGL)、嘌呤能受体P2X配体门控离子通道2(P2RX2)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、含PDZ结构域的7(PDZD7)、线粒体多核糖核苷酸核苷酸基转移酶1(PNPT1)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶Q(PTPRQ)、radixin(RDX)、含支架的锚蛋白重复序列和SAM结构域(SANS)、丝氨酸蛋白酶抑制剂肽酶抑制剂进化枝B成员6(SERPINB6)、SIX同源盒1(SIX1)、SIX同源盒5(SIX5)、prestin(SLC26A5)、第二线粒体源性半胱天冬酶激活剂(SMAC/DIABLO)、x连锁小肌肉蛋白(SMPX)、硬纤毛蛋白(STRC)、核膜血影重复蛋白4(SYNE4)、TBC1结构域家族成员24(TBC/D24)、紧密连接蛋白XO 2(TJP2)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、跨膜内耳表达蛋白(TMIE)、跨膜蛋白酶丝氨酸3(TMPRSS3)、taperin(TPRN)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、血小板反应蛋白型层粘连蛋白G结构域和EAR重复序列(TSPEAR)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN),或它们的任何组合。
18.如权利要求11-15或17中任一项所述的构建体,其中编码所述治疗性多肽的所述多核苷酸包括选自以下的基因:钙粘蛋白相关23(CDH23)、clarin 1(CLRN1)、pejvakin(DFNB59)、钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)、耳畸蛋白(OTOF)、原钙粘蛋白15(PCDH15)、POU结构域4类转录因子3(POU4F3)、prestin(SLC26A5)、硬纤毛蛋白(STRC)、跨膜通道样蛋白1(TMC1)、TRIO和F-肌动蛋白结合蛋白(TRIOBP)、harmonin(USH1C)、usherin(USH2A)、wolframin(WFS1)和旋蛋白(WHRN)。
19.如权利要求1-18中任一项所述的构建体,其中编码外毛细胞多核苷酸的所述多核苷酸包括KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。
20.如权利要求11所述的构建体,其中报告多肽是以下一项或多项:β-内酰胺酶、β-半乳糖苷酶(LacZ)、碱性磷酸酶、胸苷激酶、绿色荧光蛋白(GFP)、红色荧光蛋白、mCherry荧光蛋白、黄色荧光蛋白、FLAG标签、氯霉素乙酰转移酶(CAT)和荧光素酶。
21.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中所述构建体还包含增强子。
22.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中所述构建体不包含增强子。
23.如权利要求21或22所述的构建体,其中所述增强子是CMV增强子。
24.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中所述构建体还包含5'UTR。
25.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中所述构建体还包含3'UTR。
26.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中所述构建体还包含polyA尾。
27.如权利要求26所述的构建体,其中所述polyA尾是牛生长激素、小鼠β珠蛋白、小鼠α珠蛋白、人胶原蛋白、多瘤病毒、单纯疱疹病毒胸苷激酶基因(HSV TK)、IgG重链基因、人生长激素或SV40晚期和早期poly(A)。
28.如权利要求26或27所述的构建体,其中所述polyA尾是牛生长激素polyA。
29.如权利要求1、4-6、11-20或24-28中任一项所述的构建体,其中所述构建体包含包括以下任一者的核酸序列:SEQ ID NO:23的核苷酸12-4396、SEQ ID NO:24的核苷酸12-4464、SEQ ID NO:25的核苷酸12-4016、SEQ ID NO:26的核苷酸12-4521、SEQ ID NO:27的核苷酸12-3750、SEQ ID NO:28的核苷酸12-3928、SEQ ID NO:29的核苷酸12-4641、SEQ IDNO:30的核苷酸12-3994、SEQ ID NO:31的核苷酸12-4426、SEQ ID NO:32的核苷酸12-4307、SEQ ID NO:33的核苷酸12-4293、SEQ ID NO:34的核苷酸12-4565、SEQ ID NO:35的核苷酸12-4224、SEQ ID NO:36的核苷酸12-4140、SEQ ID NO:37的核苷酸12-4816,或SEQ ID NO:38的核苷酸12-4915。
30.如权利要求1、4-6、11、12-20或24-31中任一项所述的构建体,其中所述构建体包含与SEQ ID NO:23-38中任一者具有至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列同一性的核酸序列。
31.如前述权利要求中任一项所述的构建体,其中所述构建体是表达盒。
32.一种载体,所述载体包含前述权利要求中任一项所述的构建体。
33.如权利要求32所述的载体,其中所述载体是哺乳动物载体或病毒载体。
34.如权利要求33所述的载体,其中所述载体是病毒载体。
35.如权利要求34所述的载体,其中所述病毒载体选自由腺相关病毒(AAV)、腺病毒或慢病毒载体组成的组。
36.如权利要求35所述的载体,其中所述病毒载体是AAV载体。
37.如权利要求1-31中任一项所述的构建体或如权利要求32-36中任一项所述的载体,所述构建体或所述载体还包含5'反向末端重复序列(ITR)和3'ITR。
38.如权利要求37所述的构建体或载体,其中所述5'ITR和所述3'ITR是源自选自以下的血清型的AAV ITR:AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11和AAV Anc80 ITR。
39.如权利要求38所述的构建体或载体,其中所述AAV ITR是血清型AAV2或者源自血清型AAV2。
40.一种构建体或载体,所述构建体或载体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:3的核酸序列的prestin启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
41.一种构建体或载体,所述构建体或载体包含:(i)包含SEQ ID NO:16的核酸序列的5'ITR,(ii)包含SEQ ID NO:1或2的核酸序列的癌调蛋白启动子,(iii)包含SEQ ID NO:19的核酸序列的5'UTR,(iv)包含SEQ ID NO:20的核酸序列的KCNQ4编码区,(v)任选地,包含SEQ ID NO:39的核酸序列的3x FLAG标签,(vi)包含SEQ ID NO:22的核酸序列的polyA序列,和(vii)包含SEQ ID NO:17的核酸序列的3'ITR。
42.一种AAV颗粒,所述AAV颗粒包含权利要求1-41中任一项所述的构建体。
43.如权利要求42所述的AAV颗粒,所述AAV颗粒包含AAV衣壳,其中所述AAV衣壳是或源自AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV-rh8、AAV-rh10、AAV-rh39、AAV-rh43或AAV Anc80衣壳。
44.如权利要求43所述的AAV颗粒,其中所述AAV衣壳是AAV Anc80衣壳。
45.一种组合物,所述组合物包含权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒。
46.如权利要求45所述的组合物,其中所述组合物是药物组合物,所述药物组合物还包含药学上可接受的载剂。
47.如权利要求45-46中任一项所述的组合物,其中所述药物组合物是合成外淋巴液。
48.一种细胞,所述细胞包含权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒。
49.如权利要求48所述的细胞,其中所述细胞是外毛细胞。
50.如权利要求48或49所述的细胞,其中所述细胞是离体细胞。
51.一种方法,所述方法包括用以下物质转导细胞:
a.权利要求1-41中任一项所述的构建体或载体;和
b.一种或多种共同地包含AAV Rep基因、AAV Cap基因、AAV VA基因、AAV E2a基因和AAVE4基因的辅助质粒。
52.如权利要求51所述的方法,其中所述细胞是外毛细胞。
53.如权利要求51或52所述的方法,其中所述细胞是离体细胞。
54.一种在有需要的受试者的外毛细胞中表达多肽的方法,所述方法包括向所述受试者施用权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒,权利要求45-47中任一项所述的组合物,或权利要求48-50中任一项所述的细胞。
55.一种增加有需要的受试者的外毛细胞中的多肽表达的方法,所述方法包括向所述受试者施用权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒,权利要求45-47中任一项所述的组合物,或权利要求48-50中任一项所述的细胞。
56.如权利要求55所述的方法,其中所述受试者的所述外毛细胞中的多肽表达增加是相对于所述受试者的所述外毛细胞中的内源多肽表达而言的。
57.一种治疗罹患听力损失或处于听力损失风险中的受试者的听力损失的方法,所述方法包括向所述受试者施用1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒,权利要求45-47中任一项所述的组合物,或权利要求48-50中任一项所述的细胞。
58.如权利要求54-57中任一项所述的方法,其中所述受试者先前已被鉴定为具有缺陷型内耳细胞靶基因。
59.如权利要求58所述的方法,其中所述缺陷型内耳细胞靶基因是钾电压门控通道KQT样亚家族成员4(KCNQ4)。
60.如权利要求54-59中任一项所述的方法,其中所述受试者是人。
61.如权利要求54-60中任一项所述的方法,其中所述施用是施用至所述受试者的内耳。
62.如权利要求54-61中任一项所述的方法,其中所述施用是施用至所述受试者的耳蜗。
63.如权利要求54-62中任一项所述的方法,其中所述施用是经由圆窗膜注射进行的。
64.如权利要求54-63中任一项所述的方法,其中将所述构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞预装载于装置中。
65.如权利要求64所述的方法,其中所述装置是微导管。
66.权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒、权利要求45-47中任一项所述的组合物或权利要求48-50中任一项所述的细胞用于治疗罹患听力损失或处于听力损失风险中的受试者的听力损失的用途。
67.权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒、权利要求45-47中任一项所述的组合物或权利要求48-50中任一项所述的细胞在制造用于治疗听力损失的药剂中的用途。
68.如权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒,如权利要求45-47中任一项所述的组合物,或如权利要求48-50中任一项所述的细胞,所述构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞用作药剂。
69.如权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒,如权利要求45-47中任一项所述的组合物,或如权利要求48-50中任一项所述的细胞,所述构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞用于治疗听力损失。
70.一种药盒,所述药盒包含权利要求1-44中任一项所述的构建体、载体或AAV颗粒,权利要求45-47中任一项所述的组合物,或权利要求48-50中任一项所述的细胞。
71.如权利要求70所述的药盒,其中所述构建体、载体、AAV颗粒、组合物或细胞预装载于装置中。
72.如权利要求71所述的药盒,其中所述装置是微导管。
73.如权利要求65所述的方法或如权利要求72所述的药盒,其中所述微导管成形为使得其能够经由外耳道进入中耳腔并且使所述微导管的末端与RWM接触。
74.如权利要求65或72-73中任一项所述的方法或药盒,其中所述微导管的远端由至少一根直径在10微米与1,000微米之间的微针构成。
75.如权利要求70-75中任一项所述的药盒,所述药盒还包括装置。
76.如权利要求75中任一项所述的药盒,其中所述装置是图2至图4中任一者中描述的装置。
77.如权利要求75或76所述的药盒,其中所述装置包括针,所述针包括弯曲部分和成角尖端。
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