CN117946248A - Mage-a1特异性t细胞受体及其用途 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种特异性结合主要组织兼容性复合体(MHC)/MAGE‑A1表位复合体的肿瘤特异性T细胞受体,包含该受体的工程改造T细胞,以及使用其治疗包括癌症在内的疾病的方法。
Description
技术领域
本申请涉及癌症免疫疗法的领域。具体而言,本申请在一些方面中涉及结合分子,诸如能够特异性结合主要组织相容性复合物(MHC)分子和MAGE-A1肽的复合物。特别地,本申请涉及结合或识别此类肽表位的T细胞受体(TCR),包括其抗原结合结构域。本申请进一步涉及包含此类结合分子,例如TCR的工程化细胞,及其在过继细胞疗法中的用途。
背景技术
人体拥有复杂的免疫系统保护自身免遭疾病,包括体内恶性肿瘤。对肿瘤的天然免疫应答通常由肿瘤抗原引发,所述肿瘤抗原包括在癌细胞中专一表达的突变蛋白,以及在癌起源组织中过表达但却不能完全被识别为“自身”的肿瘤相关抗原(TAA)。遇到肿瘤抗原的抗原递呈细胞(APC)(尤其是树突细胞(DC))可加工肿瘤抗原并将肿瘤抗原递呈到其细胞表面上。在成熟后,负载有肿瘤抗原的DC可引起对寄宿肿瘤抗原的癌细胞的T细胞应答,其中涉及细胞毒性T细胞、辅助T细胞及功能上不同的效应T细胞和记忆T细胞。细胞毒性T细胞可以通过其表面的T细胞受体(TCR)特异性结合并识别表达肿瘤抗原的癌细胞,并通过释放细胞因子、酶和细胞毒素或者通过经由细胞-细胞相互作用引发促凋亡信号级联反应来杀灭癌细胞。
过继淋巴细胞疗法(ACT)通过对受试者施用离体扩增的淋巴细胞,为癌症治疗提供了一种有前景的概念。例如,可从患者的肿瘤分离肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL),离体扩增TIL,并且在去除患者的天然非骨髓性淋巴细胞之后,将TIL输注回患者。然而,从每个患者或供体分离的TIL亲和力的可变性,限制了临床试验中的抗肿瘤疗效。此外,大多数导致免疫应答的抗原特异性突变仅在个体的癌症中发现,而不是在多个患者中。
经工程改造的含有肿瘤抗原特异性T细胞受体(TCR)的T细胞可以克服过当前继淋巴细胞治疗方法所面临的一些挑战,因为它可以快速产生具有确定抗原特异性的肿瘤反应性T淋巴细胞。该领域有需求得到靶向不同肿瘤抗原且可提供体内高抗肿瘤疗效和低脱靶效应的TCR。常见TCR-T细胞治疗方法的问题包括临床试验中的严重不良事件(如中枢神经系统毒性),这可能与靶标的不恰当选择(所谓的在靶/脱肿瘤,on-target off tumor效应)和T细胞群的偏向性增殖(biased expansion)有关。
黑色素瘤相关抗原A1(melanoma-associated antigen A1,MAGE-A1)是一种癌症-睾丸抗原,存在于成年男性生殖细胞和胚胎细胞中,在肿瘤的检测和免疫治疗上具有重要作用。MAGE-A1基因属于MAGE家族,该家族可以分为两类:I类和II类,前者位于X染色体上,是肿瘤相关抗原的重要组成部分,包括MAGE-A、MAGE-B和MAGE-C,其中MAGE-A1基因仅在基因组不稳定、容易发生去甲基化的组织如正常的睾丸组织和各种肿瘤组织中表达,并且该基因被认为与肿瘤的进展和不良的预后密切相关。研究结果表明,遗传易患自身免疫的个体中的肿瘤和/或肿瘤衍生因子可能引发肌病,对肌炎抗原的免疫反应可能与患者的初始或亚临床抗肿瘤有关反应。MAGE-A1特异性TCR及TCR-T因此有希望成为具有高抗肿瘤疗效和低脱靶效应的癌症疗法。
发明概述
根据本发明的第一方面,提供一种分离的特异性结合主要组织兼容性复合体(MHC)/MAGE-A1表位复合体的肿瘤特异性T细胞受体(TCR)或其抗原结合结构域,所述肿瘤特异性TCR包括:TCRα链,所述TCRα链包含具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的CDR1、具有SEQID NO:2的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的CDR3;和TCRβ链,所述TCRβ链包含具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR3。
在一些实施方案中,提供特异性结合主要组织兼容性复合体(MHC)/MAGE-A1表位复合体的分离的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其中所述MAGE-A1表位包含SEQ IDNO:79所示的氨基酸序列。
在一些根据上述任一者的实施方案中,所述MHC是HLA-A*11:01。
在一些根据上述任一者的实施方案中,所述的分离的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域包括:包含具有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变区的TCRα链和包含具有SEQ IDNO:10的氨基酸序列的可变区的TCRβ链。
在一些根据上述任一者的实施方案中,所述的分离的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,包括:
包含具有SEQ ID NOs:7和8的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和包含具有SEQ ID NOs:10和11的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其是经分离或经纯化或为重组的。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其是嵌合的、人类化的或人类的。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该TCR或其抗原结合结构域为单链。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该TCRα链进一步包含α恒定(Cα)区和/或该TCRβ链进一步包含β恒定(Cβ)区。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该Cα区和该Cβ区为小鼠恒定区。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该Cα区包含SEQ ID NOs:22的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列,和/或该Cβ区包含SEQ ID NOs:25的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,包括:包含具有SEQ ID NOs:21和22的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和包含具有SEQ ID NOs:24和25的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该TCRα链和/或该TCRβ链进一步包含信号肽。
在一些实施方案中,提供分离的核酸,其编码根据一些上述任一者的实施方案中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域或其TCRα链或TCRβ链。
根据上述任一者的实施方案中所述的分离的核酸分子,其中所述核酸序列经密码子优化。
根据上述任一者的实施方案中所述的分离的核酸分子,其中编码所述TCRα链的所述核苷酸序列和编码所述TCRβ链的所述核苷酸序列由自裂肽序列隔开。
根据上述任一者的实施方案中所述的分离的核酸分子,其中所述自裂肽为P2A,包含SEQ ID NO:13所示的氨基酸序列。
在一些实施方案中,提供分离的核酸,所述分离的核酸编码权利要求1-13中任一项所述的肿瘤特异性TCR的所述TCRα链和所述TCRβ链。
在一些实施方案中,提供经工程化改造的免疫细胞,所述经工程化改造的免疫细胞包含根据上述任一者的实施方案中所述的肿瘤特异性TCR或其编码核酸,所述工程化细胞为细胞系或获自受试者的原代细胞或异体异源的细胞,优选地,所述细胞为人细胞,包括但不限于T细胞、NK细胞、巨噬细胞等。
根据上述任一者的实施方案中所述的工程化免疫细胞,其中所述免疫细胞是T细胞。
根据上述任一者的实施方案中所述的工程化细胞,其中所述工程化细胞包含CD8+T细胞。
根据上述任一者的实施方案中所述的工程化细胞,其中所述工程化细胞包含CD4+T细胞。
在一些实施方案中,提供药物组合物,其包含上述任一者的实施方案中所述的经工程化改造的免疫细胞,和药学上可接受的载体。
在一些实施方案中,提供一种治疗表达MAGE-A1的疾病或病症的方法,其包括向有需要的受试者施用有效量的根据上述任一者的实施方案中所述的药物组合物。
根据上述任一者的实施方案中所述的方法,其中所述疾病或病症为癌症。
根据上述任一者的实施方案中所述的方法,其中所述癌症选自肺癌,肝癌,皮肤癌,乳腺癌和头颈肿瘤。
根据上述任一者的实施方案中所述的方法,其中所述工程化细胞是受试者的自体细胞。
根据上述任一者的实施方案中所述的方法,进一步地包括向受试者实施下列一种或多种:免疫抑制剂、治疗性抗体、化疗、放射治疗、手术或其任何结合。
附图说明
以下实施例旨在纯粹为本专利申请的示例,因此不应视为以任何方式限制本发明。以下实施例和详细说明是以说明方式而非限制方式提供。
图1本发明显示MAGE-A1特异性TCR构建(野生型、鼠源化、和鼠源化密码子优化构建体)。
图2-4显示表达MAGE-A1抗原特异性T细胞受体ST09B14的T细胞的筛选与表征。
图5显示表达MAGE-A1抗原特异性T细胞受体ST09B14的T细胞在LCL细胞系中的HLA限制性测定。
图6显示表达MAGE-A1抗原特异性T细胞受体ST09B14的T细胞在体外对HLA-A*11:01和MAGE-A1蛋白双阳性的A549细胞系存在细胞毒性。
发明详述
I.定义
在针对其一些优选实施方案对于本发明进行详细描述之前,提供以下一般定义。除非另有定义如下,用语在本文中如所属技术领域中所通常使用。
将针对特定实施例并参考某些附图来描述本发明,但是本发明不限于此,而是仅由权利要求来限定在本说明书和权利要求书中使用术语“包含”时,其不排除其它元素。为了本发明的目的,术语“由...组成”被认为是术语“包含”的优选实施方案。如果在下文中将组定义为包括至少一定数量的实施方案,则还应被理解为公开了优选仅由这些实施方案组成的组。
为了本发明的目的,术语“获得”被认为是术语“可获得”的优选实施方案。如果在下文中,例如抗体被定义为从特定来源可获得,这也应被理解为公开了从该来源获得的抗体。
如本文中所使用,“T细胞受体”或“TCR”是指内源性或经工程改造的T细胞受体,其包括胞外抗原结合域,该胞外抗原结合域结合至MHC分子中的特异性抗原表位。TCR可包括TCRα多肽链和TCRβ多肽链。“肿瘤特异性TCR”是指特异性识别肿瘤细胞所表达的肿瘤抗原的TCR。“TCR-T”是指表达重组TCR的T细胞。TCR的“抗原结合结构域”是指TCR因于其一级、二级或三级序列及/或转译后修饰及/或电荷,以较高程度特异性与抗原结合的多肽。抗原结合结构域可来源于TCR的任何部分或片段,所述部分或片段作为TCR一部分的保留了TCR的抗原结合活性。抗原结合部分涵盖了例如TCR中保留与MAGE-A1或其片段氨基酸序列特异性结合的部分,或与野生型TCR相比以相似的程度、相同的程度或以更高的程度检测、治疗或预防癌症的能力的部分。TCR抗原结合结构域可包含例如约10%、约25%、约30%、约50%、约68%、约80%、约90%、约95%或更多的全长TCR。抗原结合结构域可包含TCR的α链和β链中任一条或两条的抗原识别部分,诸如包含TCR的α链和/或β链的可变区的互补决定区CDR1、CDR2和CDR3中的一个或多个的部分。抗原结合结构域可包含以下的氨基酸序列:α链的CDR1、α链的CDR2、α链的CDR3、β链的CDR1、β链的CDR2、β链的CDR3或其任何组合。优选地,抗原结合结构域包含TCR的α链CDR1、CDR2和CDR3的氨基酸序列或β链的CDR1、CDR2和CDR3的氨基酸序列;或所有α链和β链的CDR1、CDR2、CDR3的氨基酸序列。在本发明的一个实施方案中,抗原结合部分可以包括,例如,TCR的可变区,其包括上述CDR区的组合。在这方面,抗原结合部分可以包含TCR的α链的可变区(Vα)的氨基酸序列,β链的可变区的氨基酸序列(Vβ)或Vα和Vβ两者的氨基酸序列。在本发明的一个实施方案中,抗原结合部分可包含可变区和恒定区的组合。在这方面,抗原结合部分可包含TCR的全长α或β链,或α和β链两者。
如本文中所使用,“免疫检查点抑制剂”是指抑制或阻断在免疫细胞(诸如T细胞)或肿瘤细胞上的抑制性免疫检查点分子的药剂(包括抗体)。“免疫检查点分子”包括提升对肿瘤细胞的免疫信号的分子(即,“共刺激分子”)、或降低对肿瘤细胞的免疫信号的分子(即,“抑制性免疫检查点分子”)。
如本文中所使用,“治疗”是获得有益或所期望结果(包括临床结果)的方式。针对本发明的目的,有益或所期望临床结果包括但不限于下列中的一者或多者:减少又一种疾病所导致的症状、消减疾病的程度、稳定疾病(例如,预防或延迟疾病的恶化)、预防或延迟疾病的扩散(例如,转移)、预防或延迟疾病的发生或复发、延迟或减缓疾病的进展、改善疾病状态、提供疾病的(部分或完全)缓解、降低一种或多种治疗疾病所需的其他药物的剂量、延迟疾病的进展、增加生活质量、和/或延长存活。“治疗”还涵盖的是疾病(如癌症)病理结果的减少。本发明的方法设想到这些治疗方面中的任一者或多者。
如本文所用的“分离”构建体(例如MAGE-A1 TCR)是指(1)不与自然界中发现的蛋白质相关,(2)不含来自相同来源的其他蛋白质,(3)由来自不同物种的细胞表达,或(4)不存在于自然界中的构建体。
如本文所用的术语“分离核酸”欲意为基因组、cDNA或合成来源或其某一组合的核酸,凭借其来源,该“经分离核酸”(1)不与发现于自然界中的“分离核酸”的所有或一部分聚核苷酸相关联,(2)可操作地连接于自然界中不与其连接的聚核苷酸,或(3)在自然界中不作为较大序列的一部分存在。
如本文中所使用,“延迟”疾病(如癌症)的发展意指推迟、阻碍、减缓、推迟、稳定、和/或延后疾病的发展。此延迟可为不同时间长度,其取决于疾病史和/或正接受治疗的个体。如对于所属领域技术人员而言为明显的,足够或显著的延迟实际上可涵盖预防,因为个体不会发展疾病。“延迟”疾病(如癌症)发展的方法当与未使用该方法比较时,是降低给定时段中疾病发展的可能性和/或降低给定时段中疾病程度的方法。此模拟较一般是基于临床研究、使用统计上显著的个体数。可使用标准方法检测癌症发展,标准方法包括但不限于计算机断层扫描(CAT扫描)、磁共振造影、腹部超音波、凝血测试、动脉摄影、或活检。发展也可指最初可能为不可检测的癌症进展,且包括发生、复发和发作。
用语“个体”、“受试者”、以及“患者”在本文中可互换使用,以描述哺乳动物,包括人类。个体包括但不限于人类、牛、马、猫、犬、啮齿动物、或灵长类动物。在一些实施方案中,个体是人类。在一些实施方案中,个体罹患诸如癌症的疾病。在一些实施方案中,个体需要治疗。
如所属技术领域中所了解,“有效量”是指足以产生所期望治疗成果(例如,降低一种或多种癌症症状的严重性或减少其持续时间、稳定一种或多种癌症症状的严重性、或消除一种或多种癌症症状)的组合物(例如表达TCR的经工程改造的免疫细胞)的量。就治疗用途而言,有益或所期望结果包括例如减少一种或多种疾病导致的症状(生物化学、组织学、和/或行为方面),该症状包括在疾病发展期间呈现的并发症和中间病理表型;增加罹患疾病者的生活质量;降低其他治疗疾病所需药物的剂量;增强另一种药物的效果;延迟疾病的进展;和/或延长患者的存活。
“辅助性治疗”是指其中个体已具有癌症病史且通常(但不一定)已对疗法有反应的临床环境,疗法包括但不限于手术(例如,手术切除)、放射疗法、以及化疗。然而,由于其癌症病史,将这些个体视为处于疾病发展的风险。“辅助性治疗”中的治疗或施用是指后续治疗模式。风险程度(例如,在辅助性治疗中的个体被视为“高风险”或“低风险”时)是取决于多个因素,最常见的是首次治疗时的疾病程度。
“新辅助性治疗”是指其中方法是在主要/决定性疗法之前进行的临床环境。
如本文中所使用,“组合疗法”意指第一药剂是与另一种药剂配合施用。“与……配合”是指一种治疗型态在除了另一种治疗型态之外下施用,诸如本文所述的组合物(例如表达TCR的经工程改造的免疫细胞)在除了另一种药剂(诸如免疫检查点抑制剂)的施用外施用至相同个体。因此,“与……配合”是指一种治疗型态在另一种治疗型态递送至个体之前、期间、或之后施用。将此类组合视为属于单一治疗方案的部分。
如本文中所使用,用语“同时施用”意指在组合疗法中的第一疗法和第二疗法是以不多于约15分钟(诸如不多于约10、5、或1分钟中的任一者)的时间间隔施用。当第一疗法和第二疗法是同时施用时,第一疗法和第二疗法可含在相同组合物(例如,包括第一疗法和第二疗法两者的组合物)中或不同组合物(例如,第一疗法在一种组合物中,而第二疗法是含在另一种组合物中)中。
如本文中所使用,用语“依序施用”意指在组合疗法中的第一疗法和第二疗法是以多于约15分钟(诸如多于约20、30、40、50、60、或更多分钟中的任一者)的时间间隔施用。可先施用第一疗法或第二疗法。第一疗法和第二疗法可含在不同组合物中,此类不同组合物可含在相同或不同包装或试剂盒中。
如本文中所使用,用语“并行施用”意指组合疗法中的第一疗法的施用与第二疗法的施用彼此重迭。
如本文中所使用,以“药学上可接受”或“药理上相容”意指不是在生物或其他方面上非所期望的材料,例如,可将该材料并入施用至个体的药物组合物中,而不会造成任何显著非所期望的生物作用,或以有害方式与含有其的组合物中的任何其他组分相互作用。药学上可接受的载体或赋形剂优选地已符合所需毒物测试标准和制造测试标准,和/或包括于美国食品药物管理局所制作的非活性成分指南。
以下定义可用于评估基于目标病变的反应:“完全反应”或“CR”是指所有目标病变消失;“部分反应”或“PR”是指目标病变的最长直径总和减少至少30%,其是以基线SLD作为参考;“疾病稳定”或“SD”是指目标病变的缩小不足以符合PR的条件,其增加还不足以符合PD的条件,其是以自治疗开始以来的最低点SLD作为参考;且“疾病进展”或“PD”是指目标病变的SLD增加至少20%(其是以自治疗开始以来所记录的最低点SLD作为参考),或是存在一个或多个新病变。
以下反应评估的定义可用于评估非目标病变:“完全反应”或“CR”是指所有非目标病变消失;“疾病稳定”或“SD”是指不符合CR或PD的条件的一个或多个非目标病变持续存在;且“疾病进展”或“PD”是指现有(多个)非目标病变的“明确进展”,或者将一个或多个新病变的出现视为疾病进展(如果完全基于(多个)非目标病变的进展针对一时间点来评估个体的PD,则需要符合附加的标准)。
如本文中所使用,用语“细胞”、“细胞系”、以及“细胞培养物”可互换使用,且所有此类名称皆包括子代。据了解,由于人为或意外的突变,所有子代的DNA含量可能不完全相同。具有与原始细胞相同的功能或生物活性的变体子代包括在内。
如本文中所使用,用语“特异性结合至”、“识别”、“特异性识别”、“靶向”、或“对……具特异性”是指可测量且可再现的相互作用,诸如目标与抗体之间、或受体与配体之间、或受体与表位/MHC复合物之间的结合,其确定在分子(包括生物分子)的异质群体存在下目标的存在。例如,结合至或特异性结合至目标表位的TCR是以较大亲合性、结合性、更加容易地、和/或以更长持续时间结合目标表位/MHC复合物(相较于其结合至其他表位/MHC复合物)的TCR。在一个实施方案中,如所测量(例如通过放射免疫测定法(RIA)),TCR与不相关表位/MHC复合物的结合程度小于TCR与目标表位/MHC复合物的结合的约10%。在某些实施方案中,特异性结合至目标表位(即,目标表位/MHC复合物)的TCR具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、或≤0.1nM的解离常数(Kd)。在某些实施方案中,TCR特异性结合至来自不同物种的蛋白质中保守的蛋白质上的表位。在另一实施方案中,特异性结合可包括但不需要排他性结合。
如本文中所使用的用语“分离核酸”旨在意指基因组、cDNA、或合成来源或其一些组合的核酸,由于其来源,该“分离核酸”(1)与其中在自然界发现的“分离核酸”的多核苷酸的全部或部分不相关联,(2)是可操作地连接至其在自然界中不会连接的多核苷酸,或(3)不会以更大序列的部分存在于自然界中。
据了解,本文所述的本发明的方面和实施方案包括“由……所组成(consisting)”和/或“基本上由……所组成”方面和实施方案。
本文中所提及的“约”一值或参数包括(并描述)关于该值或参数本身的变动。例如,提及“约X”的描述包括“X”的描述。
本文所使用的用语“约X至Y”具有与“约X至约Y”相同的意义。
如本文中所使用,提及“不/非”为一值或参数通常意指并描述一值或参数“以外”。例如,该方法不用于治疗X类型的癌症意指该方法是用于治疗X以外的类型的癌症。
如本文和随附权利要求书中所使用,单数形式“一”和“该”皆包括复数指称,除非上下文另有明确说明。
II.MAGE-A1肿瘤特异性TCR
本申请提供特异性识别肿瘤MAGE-A1和/或特异性识别MHC/MAGE-A1表位复合体的TCR。在一些实施方案中,肿瘤特异性TCR特异性识别MAGE-A1。在一些实施方案中,肿瘤特异性TCR特异性识别MHC/MAGE-A1表位复合体。编码肿瘤特异性TCR的核酸和载体、表达肿瘤特异性TCR的经工程改造的免疫细胞还在本专利申请的范围内。
使用本文所述的方法识别的示例性TCR显示于下表1中。V、J、C区段是根据IMGT数据库命名。可使用所属技术领域中已知的其他命名法和区段划分(delineation)算法。参见例如Lefranc,M.-P.,The Immunologist,7,132-136(1999)、以及world wideweb.imgt.org/IMGTScientificChart/Nomenclature/IMGT-FRCDRdefinition.html。示例性TCR的CDR1、CDR2、以及CDR3显示于“序列表”一节。
表1:示例性肿瘤特异性TCR
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其特异性结合至MAGE-A1肽的表位,例如包括SEQ ID NO:79的氨基酸序列的MAGE-A1表位。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域特异性结合至包括SEQ ID NO:79的氨基酸序列的MAGE-A1表位。在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其特异性结合至MAGE-A1肽/MHC复合体,其中MAGE-A1包括SEQ ID NO:79的氨基酸序列的MAGE-A1表位。在一些实施方案中,MAGE-A1肽/MHC复合体中MHC蛋白质为MHC-I类蛋白质。在一些实施方案中,MHC-I类蛋白质为HLA-A。在一些实施方案中,HLA-A为HLA-A*11:01。一些实施方案中,表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞)的靶抗原为MAGE-A196-104肽/MHCI A*11:01复合体。
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其包括SEQ ID NO:3、6、17、20、31、34中任一者的氨基酸序列。在一些实施方案中,提供MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其包括:(a)TCRαCDR3,其与SEQ ID NO:3具有至少约90%序列同一性(例如,100%同一性);以及TCRβCDR3,其与SEQ ID NO:6具有至少约90%序列同一性(例如,100%同一性);(b)TCRαCDR3,其与SEQ ID NO:17具有至少约90%序列同一性(例如,100%同一性);以及TCRβCDR3,其与SEQ ID NO:20具有至少约90%序列同一性(例如,100%同一性);(c)TCRαCDR3,其与SEQ ID NO:31具有至少约90%序列同一性(例如,100%同一性);以及TCRβCDR3,其与SEQ ID NO:34具有至少约90%序列同一性(例如,100%同一性)所示氨基酸序列的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域具有更高的亲和力。
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其包括TCRα链,其包括SEQ ID NO:9、23、或37的氨基酸序列中任一者的CDR1,CDR2,和CDR3。
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其包括TCRβ链,其包括SEQ ID NO:12、26、或40的氨基酸序列中任一者的CDR1,CDR2,和CDR3。
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其包括:TCRα链,其包括SEQ ID NO:9、23、或37的氨基酸序列中任一者的CDR;和TCRβ链,其包括SEQ ID NO:12、26、或40的氨基酸序列中任一者的CDR。
本文所述的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域还包括TCR恒定域。在一些实施方案中,肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域包括:TCRα链,其包括SEQ ID NO:9、23、37中任一者的TCRα恒定域(TRAC)、或其变体;和TCRβ链,其包括SEQ ID NO:12、26、40的氨基酸序列中任一者的TCRβ恒定域(TRBC)、或其变体。在一些实施方案中,肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域包括:人类TRAC和人类TRBC,诸如人类Cα和人类Cβ1、或人类Cα和人类Cβ2。在一些实施方案中,肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域包括鼠类TRAC和鼠类TRBC,诸如鼠类Cα和鼠类Cβ1、或鼠类Cα和鼠类Cβ2。
在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域是人类TCR。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域是嵌合TCR,诸如鼠源化TCR,例如包括TCRα链和β链的鼠类恒定区的TCR。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域包括人类TCR可变区、以及来自非人类物种(诸如小鼠)的TCR恒定区。
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其包括:TCRα链,其包括SEQ ID NO:9、23、以及37的氨基酸序列中任一者具有至少约80%同一性(例如,至少约85%、90%、95%、98%、或更高同一性中任一者,或具有100%同一性)的氨基酸序列;和TCRβ链,其包括SEQ ID NO:12、26、以及40的氨基酸序列中任一者具有至少约80%同一性(例如,至少约85%、90%、95%、98%、或更高同一性中任一者,或具有100%同一性)的氨基酸序列。
还提供的是一种分离核酸,其编码根据上述肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中任一者的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的该TCRα链和/或该TCRβ链;一种载体,其包括该(等)分离核酸。在一些实施方案中,分离核酸是鼠源化核酸序列。在一些实施方案中,分离核酸是经序列优化的鼠源化核酸序列。
III.表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的免疫细胞
本专利申请的一个方面提供一种经工程改造的免疫细胞,其包括上述根据肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中任一者的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域、分离核酸、或载体。
本申请提供表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的经工程改造的免疫细胞。在一些实施方案中,提供一种效应细胞(例如T细胞),其递呈根据本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者于其表面上。在一些实施方案中,效应细胞包含编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸,其中MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域自核酸表达且定位于效应细胞表面。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域外源性表达且与效应细胞组合。在一些实施方案中,效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。
用于破坏基因表达的细胞修饰包括本领域中已知的任何此类技术,包括例如RNA干扰(例如,siRNA、shRNA、miRNA)、基因编辑(例如,基于CRISPR或TALEN的基因敲除)等。举例而言,在一些实施方案中,提供一种效应细胞(例如T细胞),其包含编码根据本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者的核酸,其中MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域自核酸表达且定位于效应细胞表面。在一些实施方案中,提供一种效应细胞(例如T细胞),其包含编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的第一多肽链的第一核酸序列及编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的第二多肽链的第二核酸序列。在一些实施方案中,编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸位于载体上。在一些实施方案中,第一核酸序列位于第一载体上且第二核酸序列位于第二载体上。在一些实施方案中,第一及第二核酸序列位于同一载体上。载体可选自例如哺乳动物表达载体及病毒载体(例如源自反转录病毒、腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒及慢病毒的载体)。在一些实施方案中,载体整合于效应细胞的宿主基因组中。在一些实施方案中,编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸序列处于启动子控制下。在一些实施方案中,第一核酸序列处于第一启动子控制下且第二核酸序列处于第二启动子控制下。在一些实施方案中,第一及第二启动子具有相同序列。在一些实施方案中,第一及第二启动子具有不同序列。在一些实施方案中,第一及第二核酸处于单一启动子控制下。在一些实施方案中,第一、第二和/或单一启动子为诱导型启动子。在一些实施方案中,启动子为诱导型启动子。在一些实施方案中,第一多肽链的表达与第二多肽链的表达大致相同。在一些实施方案中,第一多肽链的表达为第二多肽链的表达的至少约两(例如至少约2、3、4、5或更大中的任一者)倍。在一些实施方案中,第一多肽链的表达不超过第二多肽链的表达的约1/2(例如不超过约1/2、1/3、1/4、1/5或更小中的任一者)。
可由mRNA或蛋白质水平测定MAGE-1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的表达。mRNA的表达水平可通过使用各种熟知方法测量自核酸转录的mRNA的量来测定,所述方法包括Northern免疫印迹法、定量RT-PCR、微阵列分析等。蛋白质表达水平可通过已知方法测量,包括免疫细胞化学染色、酶联免疫吸附分析(ELISA)、蛋白免疫印迹分析、发光分析、质谱、高效液相层析、高压液相层析-串联质谱等。
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域效应细胞(例如T细胞),其于其表面上表达根据本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者的,其中MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域效应细胞包含宿主基因组整合的哺乳动物表达载体及病毒载体(例如源自反转录病毒、腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒及慢病毒的载体),其包含编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的第一多肽链的第一核酸序列及编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的第二多肽链的第二核酸序列。在一些实施方案中,存在可操作地连接于第一核酸序列的5'端的启动子,且存在选自内部核糖体进入位点(IRES)及编码自裂解2A肽(例如P2A、T2A、E2A或F2A)的核酸的核酸接头以将第一核酸序列的3'端连接至第二核酸序列的5'端,其中第一核酸序列及第二核酸序列在启动子控制下转录为单一RNA。在一些实施方案中,存在可操作地连接于第二核酸序列的5'端的启动子,且存在选自内部核糖体进入位点(IRES)及编码自裂解2A肽(例如P2A、T2A、E2A或F2A)的核酸的核酸接头以将第二核酸序列的3'端连接至第一核酸序列的5'端,其中第一核酸序列及第二核酸序列在启动子控制下转录为单一RNA。在一些实施方案中,2A肽为P2A。在一些实施方案中,启动子为诱导型启动子。在一些实施方案中,效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。
在一些实施方案中,提供一种于表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR的效应细胞(例如T细胞),其包含a)编码第一多肽链的第一核酸序列,第一多肽链包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列及b)编码第二多肽链的第二核酸序列,第二多肽链包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列;和/或c)编码第一多肽链的第一核酸序列,第一多肽链包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列及d)编码第二多肽链的第二核酸序列,第二多肽链包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列;和/或e)编码第一多肽链的第一核酸序列,第一多肽链包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列及f)编码第二多肽链的第二核酸序列,第二多肽链包含SEQ ID NO:40的氨基酸序列。在一些实施方案中,表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞进一步包含编码SEQID NOs:13、27、41的P2A核酸序列。在一些实施方案中,提供一种于表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞),其包含编码SEQ ID NOs:14、28、42中一个或多个的氨基酸序列的核酸序列。
在一些实施方案中,表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞)的靶抗原为MAGE-A1肽/MHC复合体。在一些实施方案中,MAGE-A1肽/MHC复合体中MHC蛋白质为MHC-I类蛋白质。在一些实施方案中,MHC-I类蛋白质为HLA-A。在一些实施方案中,HLA-A为A*11:01。在一些实施方案中,效应细胞为γδT细胞。在一些实施方案中,效应细胞为αβT细胞。在一些实施方案中,效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。在一些实施方案中,表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞)的靶抗原为MAGE-A196-104肽/MHCI A*11:01复合体。在一些实施方案中,该免疫细胞是T细胞。在一些实施方案中,提供一种药物组合物,其包括根据上述经工程改造的免疫细胞中任一者的经工程改造的免疫细胞、以及药学上可接受的载体。
IV.制备表达MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域的效应细胞
在一些实施方案中,在一个方面中,本发明提供表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如淋巴细胞,例如T细胞)。本文提供表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞,例如MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞)的例示性制备方法。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞)可通过将一或多个编码特异性结合至靶抗原(例如疾病相关抗原)的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者)的核酸(包括例如慢病毒载体)引入至效应细胞中而产生。将一或多个核酸引入至效应细胞中可使用本领域中已知的技术实现,例如本文针对核酸所述的那些技术。在一些实施方案中,本发明的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞)能够在体内复制,产生可促成与靶抗原的表达相关的疾病(例如癌症)的持续控制的长期持久性。
在一些实施方案中,本发明是关于使用淋巴细胞输注施用经基因修饰T细胞来治疗患有或有风险患上与靶抗原的表达相关的疾病和/或病症(在本文中也称作“靶抗原阳性”或“TA阳性”疾病或病症)的患者,该疾病和/或病症包括例如癌症,该经基因修饰T细胞表达根据本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者。在一些实施方案中,在治疗中使用自体淋巴细胞输注。自需要治疗的患者收集自体PBMC且使用本文所描述及本领域中已知的方法活化及扩增T细胞,且随后将其输注回患者体内。在一些实施方案中,提供一种表达根据本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者的特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的T细胞(在本文中也称作“MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞”)。本发明的MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞可经历稳固的体内T细胞扩增且可建立以高含量在血液及骨髓中存留较长时间的靶抗原特异性记忆细胞。在一些实施方案中,输注至患者体内的本发明MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞可体内消除具有靶抗原相关疾病的患者体内递呈靶抗原的细胞,例如递呈靶抗原的癌症细胞。在一些实施方案中,输注至患者体内的本发明MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞可体内消除具有难以用至少一种已知疗法治疗的靶抗原相关疾病的患者体内递呈靶抗原的细胞,例如递呈靶抗原的癌症细胞。
在T细胞扩增及基因修饰之前,自个体获得T细胞来源。T细胞可获自多种来源,包括外周血液单核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染位点的组织、腹水、肋膜积液、脾组织及肿瘤。在本发明的一些实施方案中,可使用任何数目的本领域中可用的T细胞系。在本发明的一些实施方案中,T细胞可获自使用任何数目的本领域的技术人员已知的技术(例如FicollTM分离)自个体收集的血液单元。在一些实施方案中,通过血球分离(apheresis)获得来自个体的循环血液的细胞。血球分离产物通常含有淋巴细胞,包括T细胞、单核细胞、粒细胞、B细胞、其他有核白细胞、红细胞及血小板。在一些实施方案中,可洗涤通过血球分离收集的细胞以移除血浆部分且将细胞置于适当缓冲液或培养基中以进行后续处理步骤。在一些实施方案中,用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞。在一些实施方案中,洗涤溶液缺乏钙且可能缺乏镁或可能缺乏许多(若并非所有)二价阳离子。如本领域的技术人员容易了解,洗涤步骤可通过本领域的技术人员已知的方法实现,例如通过根据制造商说明书使用半自动“流通”离心(例如Cobe 2991细胞处理器Baxter CytoMate或Haemonetics细胞保存器5)。在洗涤之后,细胞可再悬浮于多种生物相容性缓冲剂中,例如不含Ca2+、不含Mg2+的PBS、PlasmaLyteA或其他具有或不具有缓冲剂的生理盐水溶液。或者,可移除血球分离样品的非所要组分且将细胞直接再悬浮于培养基中。
在一些实施方案中,通过溶解红细胞及例如通过经PERCOLLTM梯度离心或通过逆流离心淘析耗尽单核细胞而自外周血液淋巴细胞分离T细胞。T细胞的特异性亚群(例如CD3+、CD28+、CD4+、CD8+、CD45RA+及CD45RO+T5细胞)可通过正向选择或负向选择技术进一步分离。举例而言,在一些实施方案中,通过与抗CD3/抗CD28(也即3×28)结合的珠粒(例如M-450CD3/CD28T)一起温育足以正向选择所要T细胞的时段来分离T细胞。在一些实施方案中,时段为约30分钟。在一些实施方案中,时段在30分钟至36小时或更长(包括这些值之间的所有范围)的范围内。在一些实施方案中,时段为至少1、2、3、4、5或6小时。在一些实施方案中,时段为10至24小时。在一些实施方案中,温育时段为24小时。关于T细胞自患有白血病的患者的分离,使用较长温育时间(例如24小时)可提高细胞产量。在任何相较于其他细胞类型存在较少T细胞的情形中可使用较长温育时间分离T细胞,例如自肿瘤组织或免疫功能不全个体分离肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。此外,使用较长温育时间可提高CD8+T细胞的捕捉效率。因此,通过仅缩短或延长允许T细胞结合至CD3/CD28珠粒的时间和/或通过增加或减小珠粒与T细胞的比率,可对于或针对在培养起始时或该过程期间的其他时间点优先选择T细胞亚群。另外,通过增加或减小珠粒或其他表面上抗CD3和/或抗CD28抗体的比率,可对于或针对在培养起始时或在其他所要时间点优先选择T细胞亚群。本领域的技术人员将认识到本发明的上下文中也可使用多个选择轮。在一些实施方案中,可能需要进行选择程序且在活化及扩增过程中使用“未经选择的”细胞。“未经选择的”细胞也可进行其他选择轮。
通过负向选择富集T细胞群体可使用针对负向选择细胞所特有的表面标记物的抗体的组合来实现。一种方法为经负磁性免疫粘附或流动式细胞测量术分选和/或选择细胞,该负磁性免疫粘附或流动式细胞测量术使用针对负向选择细胞上存在的细胞表面标记物的单克隆抗体混合物。举例而言,为了通过负向选择富集CD4+细胞,单克隆抗体混合物通常包括针对CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR及CD8的抗体。在一些实施方案中,可能需要富集或正向选择通常表达CD4+、CD25+、CD62Lhi、GITR+及FoxP3+的调节T细胞。或者,在一些实施方案中,T调节细胞通过抗CD25结合珠粒或其他类似选择方法耗尽。
为了通过正向选择或负向选择分离所要细胞群体,细胞浓度及表面(例如粒子,例如珠粒)可变化。在一些实施方案中,可能需要显著减小珠粒及细胞混合在一起的体积(也即增加细胞浓度),以确保细胞及珠粒的最大接触。举例而言,在一些实施方案中,使用约20亿个细胞/毫升的浓度。在一些实施方案中,使用约10亿个细胞/毫升的浓度。在一些实施方案中,使用大于约100,000,000个细胞/毫升。在一些实施方案中,使用约10,000,000、15,000,000、20,000,000、25,000,000、30,000,000、35,000,000、40,000,000、45,000,000或50,000,000个细胞/毫升中的任一者的细胞浓度。在一些实施方案中,使用约75,000,000、80,000,000、85,000,000、90,000,000、95,000,000或100,000,000个细胞/毫升中的任一者的细胞浓度。在一些实施方案中,使用约125,000,000或约150,000,000个细胞/毫升的浓度。使用高浓度可导致增加的细胞产量、细胞活化及细胞扩增。此外,使用高细胞浓度使得更有效捕捉可能弱表达所关注靶抗原的细胞(例如CD28阴性T细胞)或自存在许多肿瘤细胞的样品(也即白血病血液、肿瘤组织等)更有效捕捉细胞。此类细胞群体可具有治疗价值且期望可以获得。举例而言,使用高细胞浓度允许更有效选择通常具有较弱CD28表达的CD8+T细胞。
在本发明的一些实施方案中,T细胞直接获自治疗之后的患者。就此而言,已观察到,在某些癌症治疗之后,尤其是使用破坏免疫系统的药物治疗之后,在治疗之后不久在患者通常将自治疗恢复的时段期间,所获得的T细胞的品质可为最佳的或其离体扩增的能力得到改良。同样,在使用本文所描述的方法离体操纵之后,这些细胞的增强移植及体内扩增可呈优选状态。因此,本发明的上下文内涵盖在此恢复阶段期间收集血细胞(包括T细胞)、树突状细胞或造血谱系的其他细胞。此外,在一些实施方案中,可使用移动(例如用GM-CSF移动)及调节方案在个体内建立条件,其中尤其在治疗之后的限定时间窗期间宜再增殖、再循环、再生和/或扩增特定细胞类型。说明性细胞类型包括T细胞、B细胞、树突状细胞及免疫系统的其他细胞。无论是在基因修饰T细胞以表达所需MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域之前或之后,T细胞一般均可使用如例如以下各者中所描述的方法活化及扩增:美国专利第6,352,694;6,534,055;6,905,680;6,692,964;5,858,358;6,887,466;6,905,681;7,144,575;7,067,318;7,172,869;7,232,566;7,175,843;5,883,223;6,905,874;6,797,514;6,867,041号;及美国专利申请公开案第20060121005号。
一般而言,本发明的T细胞通过与某一表面接触而扩增,该表面上连接有刺激CD3/TCR复合体相关信号的药剂及刺激T细胞表面上的共刺激分子的配体。具体地,可例如通过与抗CD3抗体或其抗原结合结构域,或固定于表面上的抗CD2抗体接触,或通过与钙离子载体结合的蛋白激酶C活化剂(例如苔藓虫素(bryostatin))接触来刺激T细胞群体。为了共刺激T细胞表面上的辅助分子,使用结合辅助分子的配体。举例而言,T细胞群体可与抗CD3抗体及抗CD28抗体在适于刺激T细胞增殖的条件下接触。为了刺激CD4+T细胞或CD8+T细胞的增殖,抗CD3抗体及抗CD28抗体。抗CD28抗体的实施例包括9.3、B-T3、XR-CD28(DiaClone,France),可如本领域中通常已知的其他方法一般可使用(Berg等人,TransplantProc.30(8):3975-3977,1998;Haanen等人,J.Exp.Med.190(9):13191328,1999;Garland等人,J.Immunol Meth.227(1-2):53-63,1999)。
基因修饰
在一些实施方案中,本发明的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞)是通过用编码如本文所述的MAGE-A1肿瘤特异性TCR的病毒载体转导效应细胞(例如通过本文所描述的方法制备的T细胞)而产生。病毒载体传递系统包括DNA及RNA病毒,其在传递至效应细胞之后具有游离或整合基因组。关于基因疗法程序的综述,参见Anderson,Science256:808-813(1992);Nabel及Feigner,TIBTECH11:211-217(1993);Mitani及Caskey,TIBTECH11:162-166(1993);Dillon,TIBTECH11:167-175(1993);Miller,5Nature357:455-460(1992);VanBrunt,Biotechnology6(10):1149-1154(1988);Vigne,Restorative Neurology andNeuroscience 8:35-36(1995);Kremer及Perricaudet,British Medical Bulletin 51(l):31-44(1995);及Yu等人,Gene Therapy1:13-26(1994)。在一些实施方案中,病毒载体为慢病毒载体,且MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞包含整合至MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞基因组中的慢病毒载体。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞,其包含整合至其基因组中的慢病毒载体。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为经修饰以阻断或减少内源性TCR链中的一者或两者的表达的T细胞。举例而言,在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为经修饰以阻断或减少TCRα和/或β链的表达的αβT细胞,或者MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为经修饰以阻断或减少TCRγ和/或δ链的表达的γδT细胞。用于破坏基因表达的细胞修饰包括本领域中已知的任何此类技术,包括例如RNA干扰(例如,siRNA、shRNA、miRNA)、基因编辑(例如,基于CRISPR或TALEN的基因敲除)等。
在一些实施方案中,使用CRISPR/Cas系统产生T细胞的内源性TCR链中的一者或两者的表达减少的MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞。关于基因编辑的CRISPR/Cas系统的综述,参见例如JianW及Marraffini LA,Annu.Rev.Microbiol.69,2015;HsuPD等人,Cell,157(6):1262-1278,2014;及O'ConnellMR等人,Nature516:263-266,2014。在一些实施方案中,使用基于TALEN的基因组编辑产生T细胞的内源性TCR链中的一者或两者的表达减少的MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞。
富集
在一些实施方案中,提供一种富集异质性细胞群体中根据本文所述的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的方法。可通过正向选择技术富集特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞)的特定亚群。举例而言,在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞(例如表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR的T细胞)通过与靶抗原结合的珠粒一起温育足以正向选择所要MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的时段来进行富集。在一些实施方案中,时段为约30分钟。在一些实施方案中,时段在30分钟至36小时或更长(包括这些值之间的所有范围)的范围内。在一些实施方案中,时段为至少1、2、3、4、5或6小时。在一些实施方案中,时段为10至24小时。在一些实施方案中,温育时段为24小时。关于异质性细胞群体中以低含量存在的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的分离,使用较长温育时间(例如24小时)可提高细胞产量。在任何相较于其他细胞类型存在较少MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的情形中可使用较长温育时间分离MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞。
本领域的技术人员将认识到本发明的上下文中也可使用多个选择轮。为了通过正向选择或负向选择分离所要MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,细胞浓度及表面(例如,粒子,例如珠粒)可变化。在一些实施方案中,可能需要显著减小珠粒及细胞混合在一起的体积(也即增加细胞浓度),以确保细胞及珠粒的最大接触。举例而言,在一些实施方案中,使用约20亿个细胞/毫升的浓度。在一些实施方案中,使用约10亿个细胞/毫升的浓度。在一些实施方案中,使用大于约1亿个细胞/毫升。在一些实施方案中,使用约10,000,000、15,000,000、20,000,000、25,000,000、30,000,000、35,000,000、40,000,000、45,000,000或50,000,000个细胞/毫升中的任一者的细胞浓度。在一些实施方案中,使用约75,000,000、80,000,000、85,000,000、90,000,000、95,000,000或100,000,000个细胞/毫升中的任一者的细胞浓度。在一些实施方案中,使用约125,000,000或约150,000,000个细胞/毫升的浓度。使用高浓度可导致增加的细胞产量、细胞活化及细胞扩增。此外,使用高细胞浓度使得更有效捕捉可能弱表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞。
在本文所述的任何此类实施方案中的一些中,富集导致最小程度或基本上无MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞耗尽。举例而言,在一些实施方案中,富集导致小于约50%(例如小于约45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或5%中的任一者)的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞发生耗尽。效应细胞耗尽可通过本领域中已知的任何方式测定,包括本文所述的任何方式。在本文所述的任何此类实施方案中的一些中,富集导致最小程度或基本上无MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的最后分化。举例而言,在一些实施方案中,富集导致小于约50%(例如小于约45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或5%中的任一者)的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞发生最后分化。效应细胞分化可通过本领域中已知的任何方式测定,包括本文所述的任何方式。
在本文所述的任何此类实施方案中的一些中,富集导致MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞上的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的最小程度或基本上无内化。举例而言,在一些实施方案中,富集导致MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞上小于约50%(例如小于约45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或5%中的任一者)的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域发生内化。MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞上的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的内化可通过本领域中已知的任何方式测定,包括本文所述的任何方式。
在本文所述的任何此类实施方案中的一些中,富集导致MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的增殖增加。举例而言,在一些实施方案中,富集导致MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的数目在富集之后增加至少约10%(例如至少约20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、1000%或更多中的任一者)。因此,在一些实施方案中,提供一种富集异质性细胞群体中表达特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的方法,其包含:a)使异质性细胞群体与包含靶抗原或其中所含的一或多个表位的配体接触,形成包含MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞结合至配体的复合体;及b)自异质性细胞群体分离复合体,从而产生MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞富集的细胞群体。在一些实施方案中,将配体固定至固体载体。在一些实施方案中,固体载体为微粒(例如珠粒)。在一些实施方案中,固体载体为表面(例如孔的底部)。在一些实施方案中,配体经标签标记。在一些实施方案中,标签为荧光分子、亲和力标签或磁性标签。在一些实施方案中,该方法进一步包含自配体洗脱MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞且回收洗脱液。
在一些实施方案中,T细胞可以由FACS方法通过筛选CD3和IFN-γ富集。在一些实施方案中,T细胞可以由ELISA方法通过筛选IFN-γ富集。
在一些实施方案中,在溶液中在所标记的配体标靶(例如,生物素标记配体)上发生相互作用。在一些实施方案中,该程序涉及一或多个用于移除非特异性且非响应性文库成员的洗涤步骤(淘选)。在一些实施方案中,为了纯化溶液中的复合体,通过固定或通过离心捕捉复合体。在一些实施方案中,将亲和力成员捕捉于可溶性生物素标记配体上,随后于抗生蛋白链菌素珠粒上固定亲和力复合体(亲和力成员及配体)。在一些实施方案中,固体载体为珠粒。在一些实施方案中,珠粒包括例如磁性珠粒(例如,来自BangsLaboratories、Polysciencesinc.、Dynal Biotech、Miltenyi Biotech或Quantum Magnetic)、非磁性珠粒(例如,Pierce及Upstatetechnology)、单分散珠粒(例如,Dynal Biotech及MicroparticleGmbh)及多分散珠粒(例如,Chemagen)。磁性珠粒的使用在文献中已有详尽描述(Uhlen,M等人(1994)Advances in Biomagnetic Separation,Bio Techniques press,5Westborough,MA)。在一些实施方案中,通过正向选择纯化亲和力成员。在一些实施方案中,通过负向选择纯化亲和力成员以移除不合需要的文库成员。在一些实施方案中,通过正向及负向选择步骤纯化亲和力成员。
一般而言,用于制备文库构建体的技术将基于已知的基因工程技术。就此而言,将编码文库中待表达的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸序列并入至适合于待使用类型的表达系统的表达载体中。用于在例如CD3+细胞的细胞中呈现的适当表达载体在本领域中为熟知的且有描述。举例而言,在一些实施方案中,表达载体为病毒载体,例如慢病毒载体。
在一些实施方案中,提供一种核酸文库,其包含编码多个根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的序列。在一些实施方案中,核酸文库包含编码多个MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的病毒载体。在一些实施方案中,病毒载体为慢病毒载体。在一些实施方案中,提供一种筛选根据本文所述实施方案中的任一者的核酸文库中编码对靶抗原具有特异性的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的序列的方法,其包含:a)将核酸文库引入至多个细胞中,使得MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域表达于多个细胞的表面上;b)使多个细胞与包含靶抗原或其中所含的一或多个表位的配体一起温育;c)收集结合至配体的细胞;及d)自步骤c)中所收集的细胞分离编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的序列,从而鉴别对靶抗原具有特异性的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,该方法进一步包含一或多个洗涤步骤。在一些实施方案中,一或多个洗涤步骤是在步骤b)与c)之间进行。在一些实施方案中,多个细胞为多个CD3+细胞。在一些实施方案中,将配体固定于固体载体上。在一些实施方案中,固体载体为珠粒。在一些实施方案中,收集结合至配体的细胞包含自结合至固体载体的配体洗脱细胞且收集洗脱液。在一些实施方案中,配体经标签标记。在一些实施方案中,标签为荧光分子、亲和力标签或磁性标签。在一些实施方案中,收集结合至配体的细胞包含分离包含所述细胞及经标记的配体的复合体。在一些实施方案中,自复合体解离所述细胞。
MHC蛋白质
人类白细胞抗原(HLA)基因为MHC基因的人类型式。人体中参与抗原递呈的三种主要MHCI类蛋白质为HLA-A、HLDA-B及HLA-C。在一些实施方案中,相关抗原(例如肿瘤相关或病毒编码抗原)的肽及MHCI类蛋白质的复合体。在一些实施方案中,在一些实施方案中,MHCI类蛋白质为HLA-A。适用于产生抗原结合模块的肽可例如基于蛋白酶体及免疫蛋白酶体的HLA(例如HLA-DRA*01:01)结合基序及裂解位点的存在,使用本领域的技术人员已知的电脑预测模型来确定。关于预测MHC结合位点,此类模型包括(但不限于)ProPred1(更详细地描述于Singh及Raghava,ProPred:prediction20 of HLA-DR bindingsites.BIOINFORMATICS17(12):1236-1237,2001中)及SYFPEITHI(参见Schuler等人SYFPEITHI,Database for Searching and T-Cell EpitopePrediction.Immunoinformatics Methods in Molecular Biology,第409卷(1):75-93,2007)。
一旦鉴别出适当肽,即可根据一般本领域的技术人员熟知的方案完成肽合成。本发明的肽由于其相对较小的尺寸而可根据已知肽合成技术直接在溶液中或固体载体上合成。各种自动合成器为可商购的且可根据已知方案使用。在溶液相中合成肽已变成用于大规模制造合成肽的公认程序,且因此为用于制备本发明肽的适合替代方法(参见例如SolidPhase Peptide Synthesis,JohnMorrow Stewart及Martin等人Application of Almez-mediated Amidation Reactionsto Solution Phase Peptide Synthesis,TetrahedronLetters第39卷,第1517-1520页,1998)。
在一些实施方案中,MAGE-A1肽/MHC复合体中MHC蛋白质为MHC-I类蛋白质。在一些实施方案中,MHC-I类蛋白质为HLA-A。在一些实施方案中,表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞)的靶抗原为MAGE-A196-104肽/MHCI A*11:01复合体。
变异体
在一些实施方案中,涵盖本文所提供的MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域的氨基酸序列变异体。举例而言,可能需要改进MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域的结合亲和力和/或其他生物特性。MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域的氨基酸序列变异体可通过将适当修饰引入编码该MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域的核苷酸序列中或通过肽合成制备。此类修饰包括例如在氨基酸序列内的残基的缺失和/或插入和/或取代。可进行缺失、插入及取代的任何组合以获得最终构建体,其限制条件为最终构建体具有所要特征,例如抗原结合。在一些实施方案中,提供具有一或多个氨基酸取代的MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域变异体。氨基酸取代可引入至相关MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域中且针对所需活性筛选产物,所需活性例如保留/提高的抗原结合或降低的免疫原性。
保守取代显示于下表2中。
氨基酸可根据共同侧链特性分组为不同类别:
疏水性:正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile;
中性亲水性:Cys、Ser、Thr、Asn、Gln;
酸性:Asp、Glu;
碱性:His、Lys、Arg;
影响链取向的残基:Gly、Pro;
芳族:Trp、Tyr、Phe。
非保守取代将必然伴有将这些类别中的一者的成员换成另一个类别。例示性取代型变异体为亲和力成熟抗体部分,其可例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术便利地产生。简言之,使一或多个CDR残基突变且在噬菌体上呈现变异抗体部分且针对特定生物活性(例如结合亲和力)进行筛选。
表2:保守取代
原始残基 | 例示性取代 | 较佳取代 |
Ala(A) | Val:Leu:Ile | Val |
Arg(R) | Lys;Gln:Asn | Lys |
Asn(N) | Gln:His:Asp,Lys:Arg | Gln |
Asp(D) | Glu:Asn | Glu |
Cys(C) | Ser;Ala | Ser |
Gln(Q) | Asn:Glu | Asn |
Glu(E) | Asp:Gln | Asp |
Gly(G) | Ala | Ala |
His(H) | Asn:Gln:Lys;Arg | Arg |
Ile(I) | Leu:Val;Met:Ala;Phe;正白胺酸 | Leu |
Leu(L) | 正白胺酸:Ile;Val;Met:Ala:Phe | Ile |
Lys(K) | Arg:Gln:Asn | Arg |
Met(M) | Leu:Phe:Ile | Leu |
Phe(F) | T1p:Leu:Val:Ile:Ala:Tyr | Tyr |
Pro(P) | Ala | Ala |
Ser(S) | Thr | Thr |
Thr(T) | Val:Ser | Ser |
Trp(W) | Tyr:Phe | Tyr |
Tyr(Y) | Trp:Phe:Thr:Ser | Phe |
Val(V) | Ile:Leu:Met:Phe:Ala:正白胺酸 | Leu |
简言之,使一或多个CDR残基突变且在噬菌体上呈现变异部分且针对特定生物活性(例如结合亲和力)进行筛选。
改变(例如取代)可在MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域中进行以例如提高亲和力。通过建构二级文库及自二级文库再选择达成的亲和力成熟已描述于例如Hoogenboom等人Methods in Molecular Biology 178:1-37(O′Brien等人编,Human Press,Totowa,NJ,(2001))中。在亲和力成熟的一些实施方案中,通过多种方法(例如易错PCR、链改组或寡核苷酸引导的突变诱发)中的任一种将多样性引入经选择用于成熟的可变基因中。随后产生二级文库。随后筛选该文库以鉴别任何具有所需亲和力的TCR或其抗原结合结构域部分变异体。参与抗原结合的CDR残基可特定鉴别,例如使用丙氨酸扫描突变诱发或模型化来鉴别。具体地,通常靶向CDR3。
在一些实施方案中,取代、插入或缺失可发生在一或多个CDR内,只要这些改变实质上不降低抗体部分结合抗原的能力即可。举例而言,可在TCR或其抗原结合结构域中进行实质上不降低结合亲和力的保守改变(例如如本文所提供的保守取代)。在上文所提供的变异TCR或其抗原结合结构域的某些实施方案中,各CDR未改变或含有不超过一个、两个或三个氨基酸取代。
用于鉴别抗体部分的可针对突变诱发靶向的残基或区域的适用方法称为“丙氨酸扫描突变诱发”,如由Cunningham及Wells(1989)Science,244:1081-1085所描述。在此方法中,鉴别一个残基或一组标靶残基(例如带电残基,例如arg、asp、his、lys及glu)且用中性或带负电氨基酸(例如丙氨酸或聚丙氨酸)替换以判定TCR或其抗原结合结构域与MHC抗原复合体的相互相用是否受到影响。可在对初始取代显示功能敏感性的氨基酸位置处引入其他取代。或者或另外,可测定抗原-MHC-TCR部分复合体的晶体结构以鉴别抗体部分与抗原之间的接触点。此类接触残基及邻近残基可作为取代候选物的标靶或排除在取代候选物的外。可筛选变体以判定其是否含有所需特性。
氨基酸序列插入包括在一个残基至含有一百个或更多个残基的多肽的长度范围内的氨基和/或羧基端融合物,以及具有单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的实施例包括具有N端甲硫氨酰基残基的TCR部分。TCR部分的其他插入变异体包括TCR部分的N端或C端与酶(例如对于ADEPT而言)或延长抗体部分的血清半衰期的多肽的融合物。
衍生物
在一些实施方案中,根据本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域可经进一步修饰以含有本领域中已知且可易于获得的额外非蛋白质部分。适合于MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域衍生作用的部分包括(但不限于)水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性实施例包括(但不限于)聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、聚5葡萄糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯啶酮、聚-1,3-二氧杂环戊烷、聚-1,3,6-三恶烷、乙烯/顺丁烯二酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或无规共聚物)及聚葡萄糖或聚(n-乙烯基吡咯啶酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚氧化丙烯/氧化乙烯共聚物、聚氧乙烯多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。聚乙二醇丙醛因其于水中的稳定性而可具有制造优势。聚合物可具有任何分子量,且可为分支链或未分支的。连接至MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的聚合物的数目可变化,且若连接一个以上聚合物,则其可为相同或不同分子。一般而言,用于衍生作用的聚合物的数目和/或类型可基于包括(但不限于)MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的特定待改良特性或功能、MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域衍生物是否将用于限定条件下的疗法等考虑因素来确定。
在一些实施方案中,提供MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域与可通过暴露于辐射选择性地加热的非蛋白质部分的偶联物。在一些实施方案中,非蛋白质部分为碳纳米管(Kam等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可具有任何波长,且包括(但不限于)不损害普通细胞但将非蛋白质部分加热至杀伤MAGE-A1肿瘤特异性TCR-非蛋白质部分近侧的细胞的温度的波长。
V.药物组合物
本文也提供一种组合物(例如药物组合物,在本文中也称作配制物),其包含根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域、编码根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸、或根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞。在一些实施方案中,组合物为MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物(例如药物组合物),其包含于表面上递呈根据本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞)。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物为药物组合物。组合物可包含均质细胞群体或异质细胞群体,均质细胞群体包含相同细胞类型且表达相同MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞,异质细胞群体包含多个包含不同细胞类型和/或表达不同MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的群体。组合物可进一步包含不为MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞的细胞。因此,在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物,其包含相同细胞类型且表达相同MAGE-A1肿瘤特异性TCR的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCRT细胞)的均质细胞群体。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物为药物组合物。
在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物,其包含异质细胞群体,异质细胞群体包含多个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体包含不同细胞类型和/或表达不同MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有选自细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞的细胞类型。在一些实施方案中,组合物中的所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞具有相同细胞类型(例如,所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞都为细胞毒性T细胞)。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的细胞类型(例如,一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体由细胞毒性T细胞组成且其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体由自然杀伤T细胞组成)。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达相同MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至相同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如,一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体特异性结合至pMHC复合体且其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体特异性结合至细胞表面受体)。在一些实施方案中,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至与相同疾病或病症相关的靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如,靶抗原中的每一者与癌症相关,例如乳腺癌)。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物为药物组合物。
因此,在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物,其包含多个根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,其中组合物中的所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞具有相同细胞类型(例如,所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为细胞毒性T细胞),且其中各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至相同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的靶抗原MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如,一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体特异性结合至pMHC复合体且其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体特异性结合至细胞表面受体)。在一些实施方案中,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至与相同疾病或病症相关的靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如,靶抗原中的每一者与癌症相关,例如乳腺癌)。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物为药物组合物。
在一些实施方案中,提供一种组合物,其包含多个根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的细胞类型。在一些实施方案中,所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体全具有不同细胞类型。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有选自细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞的细胞类型。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达相同MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至相同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如,一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体特异性结合至pMHC复合体且其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体特异性结合至细胞表面受体)。在一些实施方案中,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至与相同疾病或病症相关的靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如,靶抗原中的每一者与癌症相关,例如乳腺癌)。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物为药物组合物。
在组合物制备期间的各个时刻,可能需要或者宜低温保存细胞。术语“冷冻(frozen/freezing)”及“低温保存(cryopreserved/cryopreserving)”可互换地使用。冷冻包括冷冻干燥。
如本领域的技术人员所了解,冷冻细胞可具破坏性(参Mazur,P.,1977,Cryobiology14:251-272),但存在大量可供防止此类破坏用的程序。举例而言,可通过(a)使用低温保护剂、(b)控制冷冻速率和/或(c)在可使降解响应降到最低的足够低的温度下储存来避免破坏。例示性低温保护剂包括二甲亚砜(DMSO)(Lovelock及Bishop,1959,Nature183:1394-1395;Ashwood-Smith,1961,Nature 190:1204-1205)、甘油、聚乙烯吡咯啶酮(Rinfret,1960,Ann.N.Y.Acad.Sci.85:576)、聚乙二醇(Sloviter及Ravdin,1962,Nature196:548)、白蛋白、聚葡萄糖、蔗糖、乙二醇、i-赤藻糖醇、D-核糖醇、D-甘露糖醇(Rowe等人,1962,Fed.Proc.21:157)、D-山梨糖醇、i-肌醇、D-乳糖、氯化胆碱(Bender等人,1960,J.Appl.Physiol.15:520)、氨基酸(Phan The Tran及Bender,1960,Exp.CellRes.20:651)、甲醇、乙酰氨、甘油单乙酸酯(Lovelock,1954,BioChem.J.56:265)及无机盐(PhanThe Tran及Bender,1960,Proc.Soc.Exp.Biol.Med.104:388;Phan The Tran及Bender,1961,Radiobiology,Proceedings ofthe Third Australian Conference onRadiobiology,llbery编,Butterworth,London,第59页)。在特定实施方案中,可使用DMSO。添加血浆(例如,至20-25%的浓度)可强化DMSO的保护作用。在添加DMSO之后,细胞可保持在0℃下直至冷冻,因为1%的DMSO浓度在高于4℃的温度下可具有毒性。
在细胞的低温保存中,缓慢的控制的冷却速率可为关键的且不同低温保护剂(Rapatz等人,1968,Cryobiology 5(1):18-25)及不同细胞类型具有不同的最佳冷却速率(关于冷却速度对干细胞的存活率及对于其移植潜能的影响,参见例如Rowe及Rinfret,1962,Blood20:636;Rowe,51966,Cryo biology3(1):12-18;Lewis等人,1967,Transfusion7(1):17-32;及Mazur,1970,Science168:939-949)。水变成冰的融化阶段的热量应该极少。冷却程序可通过使用例如可程序化冷冻装置或甲醇浴液程序进行。可程序化冷冻设备允许测定最佳冷却速率且促成标准可再现冷却。
在特定实施方案中,经DMSO处理的细胞可于冰上预先冷却且转移至含有经冷藏的甲醇的托盘中,其又置放于机械制冷机(例如,Harris或Revco)中置于-80℃下。甲醇浴液及样品的热电偶测量指示1℃至3℃/分钟的冷却速率可为优选的。在至少两个小时之后,样本可达到-80℃的温度且可直接置放于液氮(-196℃)中。在澈底冷冻之后,细胞可迅速转移至长期低温储存容器中。
在一优选实施方案中,样品可低温储存于液氮(-196℃)或蒸气(-1℃)中。高效液氮冰箱的可获得性有助于此类储存。关于操控、低温保存及长期储存细胞的其他考虑因素及程序可见于以下例示性参考文献中:美国专利第4,199,022号、第3,753,357号及第4,559,298号;Gorin,1986,Clinics In Haematology 15(1):19-48Bone-MarrowConservation,Culture and Transplantation,Proceedings ofaPanel,Moscow,1968年7月22-26日,International Atomic Energy Agency,Vienna,第107-186页;Livesey及Linner,1987,Nature 327:255;Linner等人,1986,J.HistoChem.CytoChem.34(9):1123-1135;Simione,1992,J.Parenter.Sci.TeChnol.46(6):226-32。
在低温保存之后,可解冻冷冻细胞以根据本领域的技术人员已知的方法使用。冷冻细胞优选快速解冻且在解冻后立刻冷藏。在特定实施方案中,含有冷冻细胞的小瓶可浸入温水浴中直至其颈部;平缓旋转将确保细胞悬浮液随着解冻发生混合且提高自温水至内部冰块的热传递。一旦冰完全融化,即可立刻将小瓶置放于冰上。
在特定实施方案中,可在解冻期间使用防止细胞凝集的方法。例示性方法包括:在冷冻之前和/或之后添加脱氧核糖核酸酶(Spitzer等113人,1980,Cancer45:3075-3085)、低分子量聚葡萄糖及柠檬酸盐、羟乙基淀粉(Stiff等人,1983,Cryobiology20:17-24)等。如本领域的技术人员所了解,若使用对人类有毒的低温保护剂,则其应该在治疗用途之前移除。DMSO无严重毒性。
示例性载剂及细胞施用模式描述于美国专利公开案第2010/0183564号第14-15页。其他医药载剂描述于Remington:The Science and Practice of Pharmacy,第21版,David B.Troy编,LippicottWilliams&Wilkins(2005)中。
在特定实施方案中,细胞可自培养基收集,且洗涤并于载剂中浓缩至治疗有效量。例示性载剂包括盐水、缓冲盐水、生理食盐水、水、汉克氏溶液(Hanks'solution)、林格氏溶液(Ringer's solution)、Nonnosol-R(Abbott Labs)、Plasma-LyteA(R)(BaxterLaboratories,Inc.,MortonGrove,IL)、甘油、乙醇及其组合。
在特定实施方案中,载剂可补充有人类血清白蛋白(HSA)或其他人类血清组分或胎牛血清。在特定实施方案中,输注载剂包括含5%HAS或右旋糖的缓冲盐水。其他等张剂包括多羟基糖醇,包括三元醇或高级糖醇,例如甘油、赤藻糖醇、阿拉伯糖醇、木糖醇、山梨糖醇或甘露糖醇。
载剂可包括缓冲剂,例如柠檬酸盐缓冲剂、丁二酸盐缓冲剂、酒石酸盐缓冲剂、反丁烯二酸盐缓冲剂、葡糖酸盐缓冲剂、草酸盐缓冲剂、乳酸盐缓冲剂、乙酸盐缓冲剂、磷酸盐缓冲剂、组氨酸缓冲剂和/或三甲氨盐。
稳定剂是指宽泛的一类赋形剂,其功能范围可介于增积剂至有助于防止细胞粘附于容器壁上的添加剂之间。典型的稳定剂可包括多羟基糖醇;氨基酸,例如精氨酸、赖氨酸、甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰氨、组氨酸、丙氨酸、鸟氨酸、L-亮氨酸、2-苯丙氨酸、谷氨酸及苏氨酸;有机糖或糖醇,例如乳糖、海藻糖、水苏糖、甘露糖醇、山梨糖醇、木糖醇、核糖醇、肌肉肌醇、半乳糖醇、甘油及环醇,例如肌醇;PEG;氨基酸聚合物;含硫还原剂,例如脲、谷胱甘肽、硫辛酸、硫乙醇酸钠、硫代甘油、α-单硫代甘油及硫代硫酸钠;低分子量多肽(也即,<10个残基);蛋白质,例如HSA、牛血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白;亲水性聚合物,例如聚乙烯吡咯啶酮;单糖,例如木糖、甘露糖、果糖及葡萄糖;双糖,例如乳糖、麦芽糖及蔗糖;三糖,例如棉子糖;及多糖,例如聚葡萄糖。
在需要时或在有利时,组合物可包括例如利多卡因(lidocaine)的局部麻醉剂以减轻注射部位的疼痛。
示例性防腐剂包括苯酚、苯甲醇、间甲酚、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、氯化十八烷基二甲基苯甲铵、卤化苯甲烃铵、氯化六羟季铵、对羟基苯甲酸烷基酯(例如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯)、儿茶酚、间苯二酚、环己醇及3-戊醇。
组合物内的细胞的治疗有效量可为大于102个细胞、大于103个细胞、大于104个细胞、大于105个细胞、大于106个细胞、大于107个细胞、大于108个细胞、大于109个细胞、大于1010个细胞或大于1011个细胞。在本文所揭示的组合物及配制物中,细胞的体积一般为一公升或更小、500ml或更小、250ml或更小、或100ml或更小。因此,所施用的细胞密度通常为大于104个细胞/毫升、107个细胞/毫升或108个细胞/毫升。
本文也提供MAGE-A1肿瘤特异性TCR核酸组合物(例如药物组合物,在本文中也称作配制物),其包含编码本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸中的任一者。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR核酸组合物为药物组合物。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR核酸组合物进一步包含以下中的任一者:等张剂、赋形剂、稀释剂、增稠剂、稳定剂、缓冲剂和/或防腐剂;和/或含水媒剂,例如纯化水、糖水溶液、缓冲溶液、生理盐水、聚合物水溶液或不含核糖核酸酶的水。待添加的此类添加剂及含水媒剂的量可根据MAGE-A1肿瘤特异性TCR核酸组合物的使用形式进行适当地选择。
本文所揭示的组合物及配制物可经制备用于通过例如注射、输注、灌注或灌洗施用。组合物及配制物可进一步经调配用于骨髓、静脉内、皮内、动脉内、结节内、淋巴管内、腹膜内、病灶内、前列腺内、阴道内、直肠内、局部、鞘内、瘤内、肌肉内、囊泡内和/或皮下注射。
用于体内施用的配制物必须为无菌的。此要求容易通过例如经由无菌过滤膜过滤达成。使用MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的治疗方法可向个体(例如哺乳动物,例如人类)施用本发明的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域和/或组合物以治疗与靶抗原(TA)表达相关的疾病和/或病症(在本文中也称作“靶抗原阳性”或“TA阳性”疾病或病症),包括例如癌症。因此在一些实施方案中,本申请提供一种用于治疗个体的靶抗原阳性疾病(例如癌症)的方法,其包含向个体施用有效量的组合物(例如药物组合物),该组合物包含例如本文所述MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域中的任一者。
在一些实施方案中,组合物进一步包含与MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域相关的细胞(例如效应细胞)。在一些实施方案中,癌症是选自例如由以下:肾上腺皮质癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、胆管癌、结肠直肠癌、食道癌、神经胶母细胞瘤、神经胶质瘤、肝癌、头颈癌、肾癌、肺癌、黑素瘤、间皮瘤、多发性骨髓瘤、胰脏癌、嗜铬细胞瘤、浆细胞瘤、神经母细胞瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宫癌、及甲状腺癌。
VI.治疗方法
在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的靶抗原相关疾病(例如癌症)的方法,其包含向个体施用有效量的组合物,该组合物包含根据本文所述任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,或编码根据本文所述任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸,或于表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域)的效应细胞(例如T细胞或自然杀伤细胞)。在一些实施方案中,上述组合物包含a)编码第一多肽链的第一核酸序列,第一多肽链包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列及b)编码第二多肽链的第二核酸序列,第二多肽链包含SEQID NO:12的氨基酸序列;和/或c)编码第一多肽链的第一核酸序列,第一多肽链包含SEQ IDNO:23的氨基酸序列及d)编码第二多肽链的第二核酸序列,第二多肽链包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列;和/或e)编码第一多肽链的第一核酸序列,第一多肽链包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列及f)编码第二多肽链的第二核酸序列,第二多肽链包含SEQ ID NO:40的氨基酸序列。在一些实施方案中,表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞进一步包含编码SEQ ID NOs:13、27、41的P2A核酸序列。在一些实施方案中,提供一种于表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞),其包含编码SEQ ID NOs:14、28、42中一个或多个的氨基酸序列的核酸序列。
在一些实施方案中,上述组合物包含分离的MAGE-A1 TCR或其抗原结合结构域,包括a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的TCRα链及b)包含SEQ ID NO:12的氨基酸序列的TCRβ链;和/或c)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的TCRα链及d)包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的TCRβ链;和/或e)包含SEQ ID NO:37的氨基酸序列的TCRα链及f)包含SEQ ID NO:40的氨基酸序列的TCRβ链。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域进一步包含SEQ ID NOs:13、27、41的P2A序列。在一些实施方案中,提供一种MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其包SEQ ID NOs:14、28、42中一个或多个的氨基酸序列。
在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的靶抗原相关疾病(例如癌症)的方法,其包含向个体施用有效量的组合物,该组合物包含于表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域(例如MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域)的效应细胞(例如T细胞或自然杀伤细胞),其中MAGE-A1肿瘤特异性TCR的效应细胞(例如T细胞)的靶抗原为MAGE-A1肽/MHC复合体。在一些实施方案中,MAGE-A1肽/MHC复合体中MHC蛋白质为MHC-I类蛋白质。在一些实施方案中,MHC-I类蛋白质为HLA-A。在一些实施方案中,效应细胞为γδT细胞。在一些实施方案中,效应细胞为αβT细胞。在一些实施方案中,效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。在一些实施方案中,表面上表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞(例如T细胞)的靶抗原为MAGE-A196-104肽/MHCI A*11:01复合体。本发明也涵盖治疗有需要个体的靶抗原相关疾病的方法,其包含向个体施用一种组合物,该组合物包含多个表达不同MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞。因此,在一些实施方案中,根据本文所述的治疗个体的靶抗原相关疾病的方法中的任一者,组合物为如本文所述的异质性MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物。举例而言,在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的靶抗原相关疾病(例如癌症)的方法,其包含向个体施用有效量的异质性MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物,该组合物包含多个根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,其中组合物中的所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞都具有相同细胞类型(例如,所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞都为细胞毒性T细胞),其中各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR,且其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,不同靶抗原中的每一者与靶抗原相关疾病相关。
在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的靶抗原相关疾病(例如癌症)的方法,其包含向个体施用有效量的异质性MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物,该组合物包含多个根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的细胞类型,且其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体全具有不同细胞类型。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有选自细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞的细胞类型。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达相同MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至不同靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,不同靶抗原中的每一者与靶抗原相关疾病相关。
在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的与多个靶抗原相关的疾病的方法,其包含向个体施用有效量的异质性MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物,该组合物包含多个根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,其中组合物中的所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞都具有相同细胞类型(例如,所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞都为细胞毒性T细胞),其中各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,且其中对于多个靶抗原的各靶抗原而言,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞选自下组:细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞。
在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的与多个靶抗原相关的疾病的方法,其包含向个体施用有效量的异质性MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物,该组合物包含多个根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体,其中至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的细胞类型,且其中对于多个靶抗原的各靶抗原而言,至少一个MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达特异性结合至靶抗原的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。在一些实施方案中,所有MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体全具有不同细胞类型。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞为T细胞。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体具有选自细胞毒性T细胞、辅助T细胞、自然杀伤T细胞及抑制T细胞的细胞类型。在一些实施方案中,各MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体表达不同于其他MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞群体的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域。
在一些实施方案中,个体为哺乳动物(例如人类、非人类灵长类动物、大鼠、小鼠、母牛、马、猪、绵羊、山羊、狗、猫等)。在一些实施方案中,个体为人类。在一些实施方案中,个体为临床患者、临床试验志愿者、实验动物等。在一些实施方案中,个体年龄小于约60岁(包括例如年龄小于约50、40、30、25、20、15或10岁中的任一者)。在一些实施方案中,个体年龄大于约60岁(包括例如年龄大于约70、80、90或100岁中的任一者)。在一些实施方案中,个体诊断患有或环境上或基因上易患本文所述的疾病或病症中的一或多者(例如癌症)。在一些实施方案中,个体具有与一或多种本文所述的疾病或病症相关的一或多种风险因素。
在一些实施方案中,本发明的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物与第二、第三或第四药剂(包括例如抗赘生剂、生长抑制剂、细胞毒性剂或化学治疗剂)组合施用来治疗涉及靶抗原表达的疾病或病症。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物与细胞因子(例如IL-2)组合施用。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域与增加MHC蛋白质表达和/或增强MHC蛋白质对肽的表面递呈的药剂组合施用。在一些实施方案中,药剂包括例如IFN受体激动剂、Hsp90抑制剂、p53表达增强剂及化学治疗剂。在一些实施方案中,药剂为IFN受体激动剂,包括例如IFNγ、IFNβ及IFNα。在一些实施方案中,药剂为Hsp90抑制剂,包括例如坦螺旋霉素(tanespimycin;17-AAG)、阿螺旋霉素(alvespimycin;17-DMAG)、瑞他霉素(retaspimycin;IPI-504)、IPI-493、CNF2024/BIIB021、MPC-3100、Debio0932(CUDC-305)、PU-H71、加利特皮(Ganetespib;STA-9090)、NVP-AUY922(VER-52269)、HSP990、KW-2478、AT13387、SNX-5422、DS-2248及XL888。在一些实施方案中,药剂为p53表达增强剂,包括例如5-氟尿嘧啶及nutlin-3。在一些实施方案中,药剂为化学治疗剂,包括例如拓朴替康(topotecan)、依托泊苷(etoposide)、顺铂(cisplatin)、太平洋紫杉醇(paclitaxel)及长春碱(vinblastine)。在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的靶抗原阳性疾病的方法,其包含向个体施用根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物以及细胞因子(例如IL-2)。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物及细胞因子是同时施用。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物及细胞因子是依序施用。
在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的靶抗原阳性疾病的方法,其中表达靶抗原的细胞于其表面上通常不递呈或以相对较低含量递呈包含靶抗原及MHCI类蛋白质的复合体,该方法包含向个体施用根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物以及提高MHCI类蛋白质的表达和/或增强MHCI类蛋白质对靶抗原的表面递呈的药剂。在一些实施方案中,药剂包括例如IFN受体激动剂、Hsp90抑制剂、p53表达增强剂及化学治疗剂。在一些实施方案中,药剂为IFN受体激动剂,包括例如IFNγ、IFNβ及IFNα。在一些实施方案中,药剂为Hsp90抑制剂,包括例如坦螺旋霉素(17-AAG)、阿螺旋霉素(17-DMAG)、瑞他霉素(IPI-504)、IPI-493、CNF2024/BIIB021、MPC-3100、Debio0932(CUDC-305)、PU-H71、加利特皮(STA-9090)、NVP-AUY922(VER-52269)、HSP990、KW-2478、AT13387、SNX-5422、DS-2248及XL888。在一些实施方案中,药剂为p53表达增强剂,包括例如5-氟尿嘧啶及nutlin-3。在一些实施方案中,药剂为化学治疗剂,包括例如拓朴替康、依托泊苷、顺铂、太平洋紫杉醇及长春碱。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物及药剂同时施用。在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物及药剂依序施用。
在一些实施方案中,提供一种治疗有需要个体的靶抗原相关疾病(例如癌症)的方法,其包含向个体施用有效量的组合物,该组合物包含编码根据本文所述实施方案中的任一者的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的核酸。基因递送方法为本领域中已知的。参见例如美国专利第5,399,346号、第5,580,859号、第5,589,466号,其以全文引用的方式并入本文中。
癌症治疗可通过例如肿瘤消退、肿瘤重量或尺寸收缩、癌细胞死亡百分比、进展时间、存活持续时间、无进展存活期、总响应率、响应持续时间、生活品质、蛋白质表达和/或活性评估。可使用用于确定疗法功效的方法,包括例如经由放射成像测量响应。
在一些实施方案中,治疗功效以肿瘤生长抑制百分比(TGI%)形式测量,其使用公式100-(T/C×100)计算,其中T为经治疗肿瘤的平均相对肿瘤体积,C为未治疗肿瘤的平均相对肿瘤体积。在一些实施方案中,TGI%为约10%、约20%、约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约80%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约95%或大于95%。
在一些实施方案中,治疗功效以肿瘤生长抑制百分比(TGI%)形式测量,其使用公式100-(T/C×100)计算,其中T为经治疗靶细胞数,C为未治疗靶细胞数。在一些实施方案中,TGI%为约10%、约20%、约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约80%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约95%或大于95%。
在一些实施方案中,根据本文所述的治疗个体的靶抗原相关疾病的方法中的任一者,进一步与免疫抑制剂、治疗性抗体、化疗、放射治疗、手术或其任何结合。
疾病
在一些实施方案中,MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞可适用于治疗与靶抗原相关的癌症。可使用本文所描述的方法中的任一者治疗的癌症包括非血管化,或尚未大体上血管化的肿瘤,以及血管化肿瘤。癌症可包含非实体肿瘤(例如血液肿瘤,例如白血病及淋巴瘤)或可包含实体肿瘤。待通过本发明的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞治疗的癌症的类型包括(但不限于)癌瘤、母细胞瘤及肉瘤,及某些白血病或淋巴恶性肿瘤、良性及恶性肿瘤,及恶性病,例如,肉瘤、癌瘤及黑素瘤。成人肿瘤/癌症及小儿肿瘤/癌症也包括在内。血液癌为血液或骨髓的癌症。血液(或血性)癌的实施例包括白血病,包括急性白血病(例如急性淋巴球性白血病、急性骨髓细胞性白血病、急性骨髓性白血病及骨髓母细胞性、前髓细胞性、骨髓单核细胞性、单核细胞性及红白血病)、慢性白血病(例如慢性骨髓细胞性(粒细胞性)白血病、慢性骨髓性白血病及慢性淋巴球性白血病)、真性红细胞增多症、淋巴瘤、霍奇金氏病(Hodgkin's disease)、非霍奇金氏淋巴瘤(顽固性及高级形式)、多发性骨髓瘤、浆细胞瘤、瓦尔登斯特伦氏巨球蛋白血症(Waldenstrom'smacroglobulinemia)、重链病、骨髓发育不良症候群、毛细胞白血病及骨髓发育不良。实体肿瘤为通常不含有囊肿或液体区域的异常组织块体。实体肿瘤可为良性或恶性的。不同类型的实体肿瘤以形成其的细胞类型命名(例如肉瘤、癌瘤及淋巴瘤)。实体肿瘤(例如肉瘤及癌瘤)的实施例包括肾上腺皮质癌、胆管癌、纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肉瘤、软骨肉瘤、骨肉瘤及其他肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤文氏肿瘤(Ewing'stumor)、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、结肠癌瘤、胃癌、淋巴恶性肿瘤、胰脏癌、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、肝细胞癌、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、甲状腺癌(例如甲状腺髓样癌及乳头状甲状腺癌)、嗜铬细胞瘤皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓性癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒膜癌、威耳姆士肿瘤(Wilms'tumor)、子宫颈癌(例如,子宫颈癌及侵袭前子宫颈发育异常)、结肠直肠癌、肛门癌、肛管癌或肛门直肠癌、阴道癌、外阴癌(例如,鳞状细胞癌、上皮内癌、腺癌及纤维肉瘤)、阴茎癌、口咽癌、食道癌、头癌(例如,鳞状细胞癌)、颈癌(例如,鳞状细胞癌)、睪丸癌(例如,精原细胞瘤、畸胎瘤、胚胎癌、畸胎上皮癌、绒膜癌、肉瘤、莱迪希细胞肿瘤(Leydigcell tumor)、纤维瘤、纤维腺瘤、腺瘤样肿瘤及脂肪瘤)、膀胱癌、肾癌、黑素瘤、子宫癌(例如,子宫内膜癌)、尿道上皮癌(例如,鳞状细胞癌、移行细胞癌、腺癌、输尿管癌及膀胱癌)、及CNS肿瘤(例如神经胶质瘤(例如脑干神经胶质瘤及混合神经胶质瘤)、神经胶母细胞瘤(也称为多态性胶质母细胞瘤)星形细胞瘤、CNS淋巴瘤、胚细胞瘤、神经管胚细胞瘤、神经鞘瘤颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤及脑转移瘤)。
癌症治疗可例如通过肿瘤消退、肿瘤重量或尺寸收缩、进展时间、存活持续时间、无进展存活期、总响应率、响应持续时间、生活品质、蛋白质表达和/或活性评估。可使用用于确定疗法功效的方法,包括例如经由放射成像测量响应。
制品及试剂盒
在本发明的一些实施方案中,提供一种制品,其含有适用于治疗靶抗原阳性疾病的材料,该靶抗原阳性疾病例如癌症(例如肾上腺皮质癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、胆管癌、结肠直肠癌、食道癌、神经胶母细胞瘤、神经胶质瘤、肝细胞癌、头颈癌、肾癌、肺癌、黑素瘤、间皮瘤、多发性骨髓瘤、胰脏癌、嗜铬细胞瘤、浆细胞瘤、神经母细胞瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宫癌或甲状腺癌)。该制品可包含容器及容器上或容器随附的标记或药品说明书。适合的容器包括例如瓶子、小瓶、注射器等。容器可由各种材料形成,例如玻璃或塑胶。一般来说,容器容纳可有效治疗本文所述的疾病或病症的组合物,且可具有无菌出入端口(例如容器可为静脉内溶液袋或具有可通过皮下注射针刺穿的塞子的小瓶)。组合物中的至少一种活性剂为在表面上递呈本发明MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞。标记或药品说明书指示该组合物用于治疗特定病状。标记或药品说明书将进一步包含向患者施用MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物的说明书。也涵盖包含本文中描述的组合疗法的制品及试剂盒。
药品说明书是指市售治疗产品包装中通常所包括的含有关于适应症、用途、剂量、施用、与此类治疗产品的使用有关的禁忌和/或警告的说明书。在一些实施方案中,药品说明书指示,该组合物用于治疗靶抗原阳性癌症(例如肾上腺皮质癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、胆管癌、结肠直肠癌、食道癌、神经胶母细胞瘤、神经胶质瘤、肝细胞癌、头颈癌、肾癌、肺癌、黑素瘤、间皮瘤、多发性骨髓瘤、胰脏癌、嗜铬细胞瘤、浆细胞瘤、神经母细胞瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宫癌或甲状腺癌)。另外,制品可进一步包含第二容器,其包含药物上可接受的缓冲液,例如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液及右旋糖溶液。其可进一步包括就商业及使用者观点而言所需的其他物质,包括其他缓冲液、稀释剂、过滤器、针及注射器。
也提供适用于各种目的的试剂盒,例如用于治疗本文所述的靶抗原阳性疾病或病症,视情况与制品组合。本发明的试剂盒包括一或多个容器,其包含MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物(或单位剂型和/或制品),且在一些实施方案中,进一步包含根据本文所描述的方法中的任一者的另一药剂(如本文所述的药剂)和/或使用说明书。试剂盒可进一步包含适合治疗的个体的选择的说明。本发明试剂盒中提供的说明书为通常在标记或药品说明书(例如,试剂盒中包括的纸片)上的书面说明书,但为机器可读说明书(例如,磁化或光学储存碟上载有的说明书)也为可接受的。
举例而言,在一些实施方案中,试剂盒包含一种组合物,该组合物包含在表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR的效应细胞。在一些实施方案中,试剂盒包含a)包含在表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞的组合物,及b)有效量的至少一种其他药剂,其中其他药剂增加MHC蛋白质的表达和/或增强MHC蛋白质(例如IFNγ、IFNβ、IFNα或Hsp90抑制剂)对肽的表面递呈。在一些实施方案中,试剂盒包含a)包含在表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞的组合物,及b)向个体施用
MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物以治疗靶细胞阳性疾病(例如癌症)的说明书。在一些实施方案中,试剂盒包含a)包含在表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞的组合物,b)有效量的至少一种其他药剂,其中其他药剂增加MHC蛋白质的表达和/或增强MHC蛋白质(例如IFNγ、IFNβ、IFNα或Hsp90抑制剂)对肽的表面递呈,及c)向个体施用MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物及其他药剂以治疗靶细胞阳性疾病(例如癌症)的说明书。MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物及其他药剂可存在于独立容器或单一容器中。举例而言,试剂盒可包含一种独特的组合物或两种或更多种组合物,其中一种组合物包含MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞且另一组合物包含另一药剂。
在一些实施方案中,试剂盒包含a)包含MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的组合物,及b)说明书,该说明书涉及MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域与效应细胞(例如源自个体的效应细胞,例如T细胞或自然杀伤细胞)组合形成包含于表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞的组合物及向个体施用MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物以治疗靶抗原阳性疾病(例如癌)。在一些实施方案中,试剂盒包含a)包含MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的组合物,及b)效应细胞(例如细胞毒性细胞)。在一些实施方案中,试剂盒包含a)包含MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的组合物,b)效应细胞(例如细胞毒性细胞),及c)说明书,该说明书涉及MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域与效应细胞组合形成包含于表面上递呈MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的效应细胞的组合物及向个体施用MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物以治疗靶抗原阳性疾病(例如癌症)。
在一些实施方案中,试剂盒包含编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的一种核酸(或一组核酸)。在一些实施方案中,试剂盒包含a)编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的一种核酸(或一组核酸),及b)用于表达该核酸(或该组核酸)的宿主细胞(例如效应细胞)。在一些实施方案中,试剂盒包含a)编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的一种核酸(或一组核酸),及b)说明书,该说明书涉及i)在宿主细胞(例如效应细胞,例如T细胞)中表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,ii)制备包含表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的宿主细胞的组合物,及iii)向个体施用包含表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的宿主细胞的组合物以治疗靶抗原阳性疾病(例如癌症)。在一些实施方案中,宿主细胞源自个体。在一些实施方案中,试剂盒包含a)编码MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的一种核酸(或一组核酸),b)用于表达该核酸(或该组核酸)的宿主细胞(例如效应细胞),及c)说明书,该说明书涉及i)在宿主细胞中表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,ii)制备包含表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的宿主细胞的组合物,及iii)向个体施用包含表达MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域的宿主细胞的组合物以治疗靶抗原阳性疾病(例如癌症)。本发明的试剂盒是在适合的包装中。适合的包装包括(但不限于)小瓶、瓶子、罐、可塑性包装(例如密封Mylar或塑胶袋)及其类似物。试剂盒可视情况提供例如缓冲剂的额外组分及说明性信息。本申请因此也提供制品,其包括小瓶(例如密封小瓶)、瓶子、罐、可塑性包装等。
与MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物的使用相关的说明书大体上包括关于所期望治疗的剂量、给药时程及施用途径的信息。容器可为单位剂量、散装(例如多剂量包装)或次单位剂量。举例而言,可提供含有足够剂量的如本文中所揭示的MAGE-A1肿瘤特异性TCR效应细胞组合物的试剂盒,用于为个体提供较长时间的有效治疗,例如一周、8天、9天、10天、11天、12天、13天、2周、3周、4周、6周、8周、3个月、4个月、5个月、7个月、8个月、9个月或更久中的任一者。
试剂盒也可包括多个单位剂量的MAGE-A1肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域及药物组合物及使用说明书且以对于在药房,例如医院药房及配药房中储存及使用而言足够的量包装。
本领域的技术人员将认识到,在本发明的范畴及精神内,若干实施方案为可能的。现将参照以下非限制性实施例来更详细地描述本发明。以下实施方案进一步说明本发明,但当然不应解释为以任何方式限制其范畴。应了解的是,本文所述的各种实施方案的一项、一些、或所有性质可经组合以形成本发明的其他实施方案。
实施例
以下实施例旨在纯粹为本专利申请的示例,因此不应视为以任何方式限制本发明。以下实施例和详细说明是以说明方式而非限制方式提供。
实施例1:MAGE-A1特异性T细胞的制备
制备一种MAGE-A1抗原特异性T细胞受体ST09B14用于表征与验证实验。每种肿瘤抗原特异性T细胞受体,制备对应于其的人类(即,野生型)TCR构建体和鼠源化TCR构建体;对于ST09B14进行了密码子优化。鼠源化TCR构建体具有鼠类恒定域(mCα和mCβ1)。肿瘤抗原特异性T细胞受体的野生型、鼠源化和鼠源化密码子优化构建体示意图如图1所示。
实施例2:MAGE-A1特异性T细胞受体ST09B14的验证
本例目的为验证T细胞受体(TCR)ST09B14的表达、多肽识别、表位识别、HLA阻断和体外毒性。
TCR表达与多肽识别测定
TCR表达和多肽识别测定方法如图2所示。
使用检测染色TCR Vβ链的FACS测定,评估TCR表达。简而言之,收集TCR转移T细胞并通过添加10mL PBS(含有2%胎牛血清)来洗涤,以350g离心5分钟,且将上清液完全吸出。通过添加PBS(含有2%胎牛血清),将细胞团块再悬浮并调整至约2×106个细胞/mL。收集100μL/样本细胞悬浮液,并将其用于TCR Vβ链表面染色且由FACS进行检测。
使用MAGE-A196-104多肽测定TCR转导T细胞对MAGE-A1的识别。收集TCR转导T细胞并通过添加10mL PBS来洗涤,以350g离心5分钟,且将上清液完全吸出。然后,通过添加AIM-V培养基(含有10%胎牛血清),将TCR转导T细胞再悬浮,并调整至1×106个细胞/mL至96孔盘中。将MAGE-A196-104多肽与肿瘤特异性T细胞混合,将布雷非德菌素A(brefeldin A)(最终浓度3μg/mL)添加至孔中,并培养4小时。4小时后,收集细胞,并将其用于细胞内IFN-γ和CD3染色且由FACS进行检测。针对IFN-γ的ELISA检测,将100μL/孔的LCL(1×106个细胞/mL)和100μL/孔的TCR转导T细胞(1×106个细胞/mL)混合至96孔盘中,并在培养箱中培养24小时。24小时后,在96盘中每孔收集175μL上清液,并将其用于使用IFN-γELISA HRP试剂盒的IFN-γ的ELISA检测。
如图3-4所示,ST09B14可以特异性识别多肽MAGE-A196-104。
LCL刺激测定用于验证抗原表位识别
LCL刺激测定如下进行。首先,使LCL载有肽:将LCL收集于15mL试管中,通过添加10mL PBS来洗涤,以350g离心5分钟,且将上清液完全吸出。将细胞团块再悬浮于培养基(含有10%FBS的RPMI1640)中,并调整至1×106个细胞/mL。将肿瘤抗原肽添加于LCL至最终浓度5μg/mL,并在培养箱中培养8至24小时。然后,用肽负载LCL刺激TCR-T细胞如下:收集肽负载LCL并通过添加10mL PBS来洗涤,以350g离心5分钟,且将上清液完全吸出。通过添加AIM-V培养基(含有10%胎牛血清),将LCL再悬浮并调整至1×106个细胞/mL。收集TCR转导T细胞并通过添加10mL PBS来洗涤,以350g离心5分钟,且将上清液完全吸出。然后,通过添加AIM-V培养基(含有10%胎牛血清),将TCR转导T细胞再悬浮,并调整至1×106个细胞/mL。将100μL/孔的LCL(1×106个细胞/mL)和100μL/孔的TCR转导T细胞(1×106个细胞/mL)混合至96孔盘中,并在培养箱中培养24小时。24小时后,在96盘中每孔收集175μL上清液,并将其用于使用IFN-γELISA HRP试剂盒的IFN-γ的ELISA检测。
HLA限制测定
使具有各种HLA-A亚型的细胞载有MAGE-A196-104多肽以在HLA限制测定中刺激转染T细胞受体的T细胞。通过添加10mL PBS来洗涤,以350g离心5分钟,且将上清液完全吸出。通过添加AIM-V培养基(含有10%胎牛血清),将细胞团块再悬浮,调整至1×106个细胞/mL。将100μL/孔的细胞悬浮液添加至96孔盘,且将HLA阻断抗体添加(最终浓度50μg/mL)至适当孔,并在培养箱中培养2小时。收集TCR转移T细胞,通过添加10mL的PBS来洗涤,以350g离心5分钟,且将上清液完全吸出。通过添加AIM-V培养基(含有10%胎牛血清),收集细胞团块并将其调整至1×106个细胞/mL。将100μL/孔的TCR转导细胞悬浮液添加至对应孔,与LCL混合,并在培养箱中培养24小时。24小时后,96盘的每孔收集175μL上清液,最后使用人类IFN-γELISA进行测量。
在第1天,将高蛋白结合ELISA盘用于PBS(pH 7.4)中经稀释至2μg/mL的抗体1-D1K(IFN-γELISA HRP试剂盒)涂布(通过添加50μL/孔),并在4℃下培养过夜。在第2天,将盘用PBS(200μL/孔)洗涤两次。将盘通过添加200μL/孔的培养基来阻断,并在室温(RT)下培养1小时。将人类IFN-γ标准品(IFN-γELISA HRP试剂盒)制备于2mL PBS(具有1%BSA)中至0.5μg/mL的浓度,并置于RT下15分钟,然后使试管漩涡震荡。将50μL/孔的样本或标准品稀释于培养基中并在RT下培养2小时。以二重复测试样本和标准探针。将盘用含有0.05%Tween 20的PBS洗涤五次。以1μg/mL(于PBS中)添加50μL/孔的抗体7-B6-1-生物素(IFN-γELISA HRP试剂盒),在RT下培养1小时,并洗涤。添加50μL/孔经1:1000稀释于PBS中的链霉亲和素-HRP(IFN-γELISA HRP试剂盒),在RT下培养1小时,并洗涤。添加100μL/孔的TMB受质溶液,在RT下于暗处培养15至30分钟,直到孔中溶液转变成可见蓝色为止。添加50μL/孔的终止溶液以终止酶反应。溶液颜色从蓝色变成黄色。在450nm下以ELISA读取仪测量光强度。
如图5所示,转染ST09B14的T细胞可以识别由HLA-A*11:01呈递的MAGE-A196-104抗原肽。
体外毒性测定
将转染T细胞受体ST09B14的T细胞作为效应细胞,以5:1的比例与靶细胞混合作为实验组。本实验中使用的靶细胞是转染HLA-A*11:01和MAGE-A1蛋白的A549细胞。未转染T细胞受体的T细胞以相同比例与靶细胞混合,作为对照组。连续测量48小时内实验组与对照组效应细胞对靶细胞的杀伤力。
如图6所示,转染了ST09B14的T细胞对表达HLA-A*11:01和MAGE-A1蛋白的A549靶细胞有明显杀伤作用,84.3%的靶细胞被杀死。对照组中未转染T细胞对靶细胞无杀伤作用。
本发明TCR的CDR序列
本发明涉及的序列如下
Claims (28)
1.一种分离的特异性结合主要组织兼容性复合体(MHC)/MAGE-A1表位复合体的肿瘤特异性T细胞受体(TCR)或其抗原结合结构域,所述肿瘤特异性TCR包括:TCRα链,所述TCRα链包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的CDR1、SEQ ID NO:2的氨基酸序列的CDR2和SEQ ID NO:3的氨基酸序列的CDR3;和TCRβ链,所述TCRβ链包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列的CDR1、SEQID NO:5的氨基酸序列的CDR2和SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR3。
2.权利要求1所述的分离的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其中所述MAGE-A1表位为SEQ ID NO:79所示的氨基酸序列。
3.权利要求1或2所述的分离的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,其中所述MHC是HLA-A*11:01。
4.权利要求1所述的分离的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,包括:包含SEQ IDNO:7的氨基酸序列的可变区的TCRα链,和包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的可变区的TCRβ链。
5.权利要求1所述的分离的肿瘤特异性TCR或其抗原结合结构域,包括:包含SEQ IDNOs:7和8的氨基酸序列的TCRα链,和包含SEQ ID NOs:10和11的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
6.根据权利要求1所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其是经分离或经纯化或为重组的。
7.根据权利要求1所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其是嵌合的、人类化的或人类的。
8.根据权利要求1所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该TCR或其抗原结合结构域为单链。
9.根据权利要求8中所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该TCRα链进一步包含α恒定(Cα)区和/或该TCRβ链进一步包含β恒定(Cβ)区。
10.根据权利要求9所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该Cα区和该Cβ区为小鼠恒定区。
11.根据权利要求10所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该Cα区包含SEQ IDNO(Cα):22的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列,和/或该Cβ区包含SEQ ID NO(Cβ):25的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列。
12.根据权利要求11所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,包括:包含SEQ ID NOs:21和22的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的TCRα链,和包含SEQ IDNOs:24和25的氨基酸序列或与其具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的TCRβ链。
13.根据权利要求1所述的分离的TCR或其抗原结合结构域,其中该TCRα链和/或该TCRβ链进一步包含信号肽。
14.分离的核酸分子,其编码根据上述权利要求1-13中任一项所述的分离的TCR或其抗原结合结构域的TCRα链和TCRβ链。
15.根据权利要求14所述的分离的核酸分子,其中所述核酸序列经密码子优化。
16.根据权利要求14或15所述的分离的核酸分子,其中编码所述TCRα链的所述核苷酸序列和编码所述TCRβ链的所述核苷酸序列由自裂肽序列隔开。
17.根据权利要求16所述的分离的核酸分子,其中所述自裂肽为P2A,包含SEQ ID NOs:13所示的氨基酸序列。
18.经工程化改造的免疫细胞,所述经工程化改造的免疫细胞包含权利要求1-13中任一项所述的分离的TCR或其抗原结合结构域或权利要求14-17中任一项所述的分离的核酸分子,所述工程化细胞为细胞系或获自受试者的原代细胞或异体异源的细胞。
19.权利要求18所述的经工程化改造的免疫细胞,其中所述免疫细胞是人细胞,包括但不限于T细胞、NK细胞、巨噬细胞。
20.权利要求19所述的经工程化改造的免疫细胞,其中所述免疫细胞是T细胞。
21.根据权利要求20中所述的经工程化改造的免疫细胞,其中所述工程化细胞包含CD8+T细胞。
22.根据权利要求20中所述的经工程化改造的免疫细胞,其中所述工程化细胞包含CD4+T细胞。
23.药物组合物,其包含权利要求21或22所述的经工程化改造的免疫细胞,和药学上可接受的载体。
24.权利要求18所述的经工程化改造的免疫细胞在制备治疗表达MAGE-A1的疾病或病症的药物中的用途。
25.根据权利要求24所述的用途,其中所述疾病或病症为癌症。
26.根据权利要求25所述的用途,其中所述癌症选自肺癌,肝癌,皮肤癌,乳腺癌和头颈肿瘤。
27.根据权利要求24至26中任一项所述的用途,其中所述工程化细胞是受试者的自体细胞或异体细胞。
28.根据权利要求24所述用途,进一步地包括向施用了经工程化改造的免疫细胞的受试者实施下列一种或多种:免疫抑制剂、治疗性抗体、化疗、放射治疗、手术或其任何结合。
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