CN116964225A - 用于选择免疫疗法的基因标志物 - Google Patents

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CN116964225A CN202280015535.9A CN202280015535A CN116964225A CN 116964225 A CN116964225 A CN 116964225A CN 202280015535 A CN202280015535 A CN 202280015535A CN 116964225 A CN116964225 A CN 116964225A
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V·普拉克斯
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Abstract

本公开涉及诊断和预后的方法、用于免疫疗法的组合物、改进所述组合物的方法以及使用这些组合物的免疫疗法(例如，T细胞、非T细胞、基于TCR的疗法、基于CAR的疗法、双特异性T细胞接合剂(BiTE)和/或免疫检查点阻断)。

Description

用于选择免疫疗法的基因标志物
相关申请的交叉引用
本申请要求于2021年2月20日提交的美国临时专利申请号63/151,710、于2021年6月3日提交的美国临时专利申请号63/196,620、于2021年6月15日提交的美国临时专利申请号63/210,962、于2021年6月28日提交的美国临时专利申请号63/215,838、于2021年7月30日提交的美国临时专利申请号63/227,733、于2021年9月30日提交的美国临时专利申请号63/250,634以及于2021年11月1日提交的美国临时专利申请号63/274,342的优先权，这些临时专利申请中的每一个据此全文以引用方式并入。
技术领域
本公开涉及诊断和预后的方法、用于免疫治疗的组合物、改进所述组合物的方法以及使用这些组合物的免疫疗法。
背景技术
人癌本质上由正常细胞构成，这些正常细胞发生了遗传转化或表观遗传转化而变成异常癌细胞。这样一来，癌细胞开始表达与正常细胞所表达的那些蛋白质不同的蛋白质(包括但不限于抗原)。身体的先天免疫系统可使用这些异常肿瘤抗原来特异性地靶向和杀死癌细胞。然而，癌细胞采用各种机制来防止免疫细胞(诸如T和B淋巴细胞)成功靶向癌细胞。
人T细胞疗法依赖于经富集或修饰的人T细胞来靶向和杀死患者体内的癌细胞。为了增加T细胞靶向和杀死特定癌细胞的能力，已开发了工程化T细胞以表达将T细胞引导至特定靶癌细胞的构建体的方法。例如，包含能够与特定肿瘤抗原相互作用的结合结构域的嵌合抗原受体(CAR)和T细胞受体(TCR)允许T细胞靶向并杀死表达特定肿瘤抗原的癌细胞。然而，CAR-T细胞充分发挥活性的一个主要障碍是由免疫抑制调节剂组成的恶劣肿瘤微环境。
需要了解CAR阳性T细胞、TCR阳性T细胞和其他基于细胞的免疫疗法的属性、患者的免疫状态以及肿瘤微环境与临床结果的关系。
发明内容
应当理解，本公开的应用不限于以下实施方案、权利要求、说明书和附图中阐述的细节。本公开能够具有其他实施方案并且能够以多种其他方式实践或执行。
本文提供了用于治疗患有疾病或病症的受试者的免疫疗法(例如，T细胞、非T细胞、基于TCR的疗法、基于CAR的疗法、双特异性T细胞接合剂(BiTE)和/或免疫检查点阻断)，包括细胞(例如，工程化T细胞)和/或其组合物的方法和用途，该疾病或病症通常是或包括癌症或肿瘤，诸如白血病或淋巴瘤。在一些方面，与某些替代方法相比，所述方法和用途在用一些方法治疗的受试者中提供或实现改善的反应和/或更持久的反应或功效和/或降低的毒性或其他副作用的风险。在一些实施方案中，所述方法包括施用指定数量或相对数量的工程化细胞、施用确定比率的特定类型的细胞、治疗特定患者群体(诸如具有特定风险概况、分期和/或既往治疗史的那些)、施用另外的治疗剂和/或它们的组合。
还提供了涉及评估特定参数的方法，例如，特定生物标志物或分析物的表达，这些参数可以与结果相关，诸如治疗结果，包括反应，诸如完全反应(CR)或部分反应(PR)；或安全结果，诸如在施用细胞疗法后产生毒性，例如神经毒性或CRS。还提供了基于参数的评估来评估反应的可能性和/或毒性风险的可能性的方法，所述参数诸如为在患者中和在肿瘤微环境中的生物标志物或分析物的表达。
在一个实施方案中，本公开表明，与持续反应者相比，在复发者和无反应者中骨髓相关基因特征被上调。在一个实施方案中，本公开表明，在治疗前肿瘤中具有较高ARG2表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低ARG2表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的ARG2。在一个实施方案中，本公开表明，在治疗前肿瘤中具有较高TREM2表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低TREM2表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的TREM2。在一个实施方案中，本公开表明，在治疗前肿瘤中具有较高IL8表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低IL8表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的IL8。在一个实施方案中，本公开表明，在治疗前肿瘤中具有较高IL13表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低IL13表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的IL13。在一个实施方案中，本公开表明，在治疗前肿瘤中具有较高CCL20表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低CCL20表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的CCL20。在一个实施方案中，本公开表明，处于持久反应的患者显示较低的ARG2和TREM2表达，而复发者和无反应者显示较高的ARG2和TREM2表达，特别是在具有较高基线肿瘤负荷的患者中。在一个实施方案中，本公开表明，CAR-T峰值扩增与持续反应正相关，特别是在具有大基线肿瘤负荷的患者中。在一个实施方案中，本公开表明，T/骨髓指数的比率与持续反应正相关，特别是在具有大基线肿瘤负荷的患者中。在一个实施方案中，本公开表明，CAR-T峰值扩增与T细胞指数和T/骨髓比率正相关。在一个实施方案中，本公开表明，相对于基线肿瘤负荷的峰值CAR-T细胞水平与T细胞指数和T/骨髓比率正相关。
以下是本公开的非限制性实施方案。
本公开的一个实施方案涉及一种用于治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括：评估患者的肿瘤中的骨髓炎症水平；至少部分地根据骨髓炎症水平确定患者是否应当施用有效剂量的工程化淋巴细胞，或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法；以及基于确定步骤施用有效剂量的工程化淋巴细胞，或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。在这样的实施方案中，如果骨髓炎症水平低于参考值，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞，并且如果骨髓炎症水平高于参考值，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中评估患者的肿瘤中的骨髓炎症水平包括测量选自由精氨酸酶2(ARG2)、骨髓细胞表达的触发受体2(TREM2)、白介素8(IL8)、白介素13(IL13)、补体C8γ链(C8G)、C-C基序趋化因子配体20(CCL20)、干扰素λ2(IFNL2)、制瘤素M(OSM)、白介素11受体α(IL11RA)、C-C基序趋化因子配体11(CCL11)、黑色素瘤细胞粘附分子(MCAM)、前列腺素D2受体2(PTGDR2)和C-C基序趋化因子配体16(CCL16)组成的组的至少一种基因的基因表达水平，并且其中骨髓炎症水平与基因表达水平相关。本公开的一个实施方案涉及一种用于治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括：通过测量选自由ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16组成的组的至少一种基因的基因表达水平来评估患者的肿瘤中的骨髓炎症水平；至少部分地根据测量至少一种基因的基因表达水平来确定患者是否应当施用有效剂量的工程化淋巴细胞，或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法；以及基于确定步骤施用有效剂量的工程化淋巴细胞，或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。在这样的实施方案中，如果至少一种基因的基因表达水平低于预定水平，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞，并且如果至少一种基因的基因表达水平高于预定水平，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中预定水平是代表性肿瘤群体中至少一种基因的中位表达水平。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中组合疗法包括增强T细胞增殖的药剂和减少肿瘤中骨髓群体的药剂中的至少一种。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中至少一种药剂包括抗CD47拮抗剂、干扰素基因刺激剂(STING)激动剂、ARG1/2抑制剂、CD73xTGFβmAb、CD40激动剂、FLT3激动剂、CSF/CSF1R抑制剂、IDO1抑制剂、TLR激动剂、PD-1抑制剂、免疫调节性酰亚胺药物、CD20xCD3双特异性抗体、靶向肿瘤内的表观遗传景观的药剂、或T细胞共刺激激动剂、或它们的组合。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，还包括：确定患者的肿瘤负荷；以及基于确定患者的肿瘤负荷施用有效剂量的工程化淋巴细胞，或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。在这样的实施方案中，如果肿瘤负荷低于参考肿瘤负荷值，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞，并且如果肿瘤负荷高于参考肿瘤负荷值，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中参考肿瘤负荷值包括大于2500mm2的基线肿瘤负荷(SPD)或高于代表性肿瘤群体的中位数的肿瘤代谢体积。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中组合疗法包括增强T细胞增殖的药剂和减少肿瘤中骨髓群体的药剂中的至少一种。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，还包括：定量肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度；以及基于定量肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度施用有效剂量的工程化淋巴细胞，或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。在这样的实施方案中，如果肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度低于预定骨髓细胞密度水平，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞，并且如果肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度高于预定骨髓细胞密度水平，则向患者施用有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中对肿瘤骨髓细胞密度定量，包括测量CD14+细胞、CD68+细胞、CD68+CD163+细胞、CD68+CD206+细胞、CD11b+CD15+CD14-LOX-1+细胞或CD11b+CD15-CD14+S100A9+CD68-细胞的水平。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中参考值是代表性肿瘤群体的中位数。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中工程化淋巴细胞是嵌合抗原受体T细胞。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中有效剂量的工程化淋巴细胞或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法作为一线疗法或作为二线疗法施用。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中恶性肿瘤是实体瘤，肉瘤，癌，淋巴瘤，多发性骨髓瘤，霍奇金病，非霍奇金淋巴瘤(NHL)，原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)，弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，滤泡性淋巴瘤(FL)，转化滤泡性淋巴瘤，脾边缘带淋巴瘤(SMZL)，慢性或急性白血病，急性髓细胞性白血病，慢性髄细胞性白血病，急性淋巴细胞白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)，慢性淋巴细胞白血病(CLL)，T细胞淋巴瘤，B细胞急性淋巴细胞白血病(“BALL”)、T细胞急性淋巴细胞白血病(“TALL”)、急性淋巴细胞白血病(ALL)中的一种或多种，慢性髓细胞性白血病(CML)，B细胞幼淋巴细胞白血病，母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤，伯基特氏淋巴瘤，弥漫性大B细胞淋巴瘤，滤泡性淋巴瘤，毛细胞白血病，小细胞或大细胞滤泡性淋巴瘤，恶性淋巴组织增生性病症，MALT淋巴瘤，套细胞淋巴瘤，边缘带淋巴瘤，脊髓发育不良和骨髓增生异常综合征，浆母细胞淋巴瘤，浆细胞样树突状细胞肿瘤，华氏巨球蛋白血症，浆细胞增生性病症，意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)，浆细胞瘤，系统性淀粉样蛋白轻链淀粉样变性，POEMS综合征，头颈癌，宫颈癌，卵巢癌，非小细胞肺癌，肝细胞癌，前列腺癌，乳腺癌或它们的组合。
本公开的一个实施方案涉及一种预测免疫疗法在有需要的患者中的临床功效的方法，该方法包括：评估患者的肿瘤中的骨髓炎症水平，包括测量选自由ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16组成的组的至少一种基因的基因表达水平；以及至少部分地根据基因表达水平来确定免疫疗法在患者中的临床功效的可能性。在这样的实施方案中，临床功效的可能性与基因表达水平负相关。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，还包括测量肿瘤中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率。在这样的实施方案中，临床功效的可能性与肿瘤中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率相关，使得肿瘤中较高的活化T细胞指数与抑制性骨髓细胞指数的比率指示增加的临床功效的可能性。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中确定活化T细胞指数，包括测量肿瘤中CD3D、CD8A、CTLA4和TIGIT中的一种或多种的基因表达水平。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，还包括确定患者的肿瘤负荷。在这样的实施方案中，临床功效的可能性与患者的肿瘤负荷相关，使得高于参考肿瘤负荷值的肿瘤负荷指示降低的临床功效的可能性，并且低于参考肿瘤负荷值的肿瘤负荷指示增加的临床功效的可能性，并且其中参考肿瘤负荷是2500mm2。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，其中评估临床功效，包括评估完全反应率、客观反应率、持续反应率、反应的中位持续时间、中位无进展生存、中位总体生存或它们的任何组合。
本公开的一个实施方案涉及一种预测患者的抑制性肿瘤微环境(TME)的方法，该方法包括：评估患者的肿瘤中的骨髓炎症水平，包括测量选自由ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16组成的组的至少一种基因的基因表达水平；以及至少部分地根据基因表达水平来确定肿瘤抑制性微环境的水平。在这样的实施方案中，肿瘤抑制性微环境的水平与基因表达水平相关，使得较高的基因表达水平指示较高的抑制性肿瘤微环境。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，还包括：定量肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度。在这样的实施方案中，肿瘤抑制性微环境的水平与肿瘤骨髓细胞密度相关，使得较高的肿瘤骨髓细胞密度指示较高的抑制性肿瘤微环境。
本公开的一个实施方案涉及上述方法，还包括测量肿瘤中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率，其中肿瘤抑制性微环境的水平与肿瘤中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率相关，使得肿瘤中较低的活化T细胞指数与抑制性骨髓细胞指数的比率指示较高的抑制性肿瘤微环境。
另外的非限制性实施方案包括：
1.一种预测癌症患者的肿瘤中由骨髓细胞诱导的抑制性肿瘤微环境(TME)和/或预测用于治疗所述患者的癌症的免疫疗法的临床功效的方法，所述方法包括定量所述肿瘤中的所述TME中的骨髓炎症；其中：
(i)肿瘤骨髓炎症水平越高，所述肿瘤微环境的抑制性越强；以及
(ii)所述肿瘤骨髓炎症水平越高，所述免疫疗法的所述临床功效越低。
2.根据实施方案1所述的方法，其中通过测量所述肿瘤中的ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的基因表达水平来估计所述肿瘤骨髓炎症水平；其中这些基因中的一种或多种的表达越高，所述骨髓炎症水平越高。
3.一种在有需要的癌症患者中用免疫疗法治疗癌症的方法，其中如通过ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的基因表达水平所测量的，当患者的肿瘤微环境中的骨髓炎症水平达到以下水平时，选择所述患者进行治疗：
(i)低于代表性肿瘤群体的中位数；和/或
(ii)每个相应基因在以下值内：0-27(ARG2)、0-10(TREM2)、0-42(IL8)、0-9(IL13)、0-11(C8G)、0-1(CCL20)、0-11(IFNL2)、0-8(OSM)、0-77(IL11RA)、0-27(CCL11)、59-132(MCAM)、0-1(PTGDR2)和0-1(CCL16)，优选地如通过Nanostring所测量的，加或减标准偏差或加或减20％。
4.一种将患有具有TME的肿瘤的患者分层以进行包括免疫疗法的组合疗法的方法，所述方法包括将免疫疗法与增强T细胞增殖的药剂组合施用，其中所述组合疗法增强所述T细胞的所述增殖和/或其中所述组合疗法减少所述TME中的抑制性骨髓群体，其中当所述患者具有高肿瘤负荷、低T细胞与抑制性骨髓细胞标志物(T/M)比率和/或高水平的TME骨髓炎症时，选择所述患者进行组合治疗，优选地其中通过测量所述肿瘤中的ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的基因表达水平来估计TME骨髓炎症水平；任选地，其中在CAR-T输注之前、在CAR-T扩增的峰值时(例如，输注后第7-14天)和/或在峰值CAR-T扩增之后(例如，第14-28天)向所述患者施用药剂。
5.根据实施方案4所述的方法，其中所述药剂选自抗CD47拮抗剂(例如，莫洛利单抗(magrolimab))、STING激动剂(例如，GSK3745417)、ARG1/2抑制剂(例如，INCB001158)、CD73xTGFβmAb(例如，GS-1423)、CD40激动剂(例如，塞鲁单抗(Selicrelumab))、FLT3激动剂(例如，GS3583)、CSF/CSF1R抑制剂(例如，培西达替尼(Pexidartinib))、IDO1抑制剂(例如，艾卡哚司他(epacadostat))、TLR激动剂(例如，GS9620)、PD-1抑制剂(例如，帕博利珠单抗(pembrolizumab))、免疫调节性酰亚胺药物(例如，来那度胺(lenalidomide))、CD20xCD3双特异性抗体(例如，艾可瑞妥单抗(epcoritamab))和T细胞共刺激激动剂(例如，乌托鲁单抗(utoliumab))。
6.一种治疗具有高肿瘤负荷的受试者的肿瘤的方法，其中通过施用一种或多种产生有利的免疫TME(例如，较高的T/M比率和/或较低的TME骨髓炎症)的药剂或治疗和/或通过增加CAR T细胞扩增来减少所述受试者中的高肿瘤负荷。
7.根据实施方案6所述的方法，其中就有利于用免疫疗法治疗而言，所述免疫TME是有利的。
8.根据实施方案6和7中任一项所述的方法，其中当基线肿瘤负荷(SPD)大于2500、3000、3500或4000，优选大于3000mm2和/或肿瘤代谢体积高于代表性肿瘤群体的中位数(例如，高于100ml或高于150ml)时，所述受试者具有高肿瘤负荷(如通过所述SPD和/或所述肿瘤代谢体积所评估的)。
9.根据实施方案6至8中任一项所述的方法，其中当所述TME相对于施用所述药剂之前的那些值表现出降低的抑制性骨髓细胞活性(例如，低ARG2和TREM2表达)和增加的T细胞/骨髓细胞比率(例如，1-4)时，所述免疫TME是有利的。
10.根据实施方案9所述的方法，其中当所述TME显示低ARG2和/或低TREM2表达时，存在所述降低的抑制性骨髓活性，优选地其中低意味着低于代表性肿瘤群体的中位数。
11.根据实施方案9所述的方法，其中当表达水平介于0和27之间时，ARG2和/或TREM2基因表达是低的，如通过NanoString所测量的，加或减标准偏差或加或减20％。
12.根据实施方案6至11中任一项所述的方法，其中所述药剂降低肿瘤骨髓抑制活性和/或降低肿瘤骨髓细胞密度。
13.根据实施方案12所述的方法，其中通过在肿瘤活检物中用免疫组织化学测量CD14+细胞、CD68+细胞、CD68+CD163+细胞、CD68+CD206+细胞、CD11b+CD15+CD14-LOX-1+细胞和/或CD11b+CD15-CD14+S100A9+CD68-细胞来定量肿瘤骨髓细胞密度。
14.根据实施方案6至13中任一项所述的方法，其中所述药剂选自抗CD47拮抗剂(例如，莫洛利单抗)、STING激动剂(例如，GSK3745417)、ARG1/2抑制剂(例如，INCB001158)、CD73xTGFβmAb(例如，GS-1423)、CD40激动剂(例如，塞鲁单抗)、FLT3激动剂(例如，GS3583)、CSF/CSF1R抑制剂(例如，培西达替尼)、IDO1抑制剂(例如，艾卡哚司他)、TLR激动剂(例如，GS9620)以及它们的组合。
15.根据实施方案6至13中任一项所述的方法，其中所述药剂或治疗选自低剂量辐射、通过检查点阻断促进T细胞活性、T细胞激动剂(例如，帕博利珠单抗、来那度胺、艾可瑞妥单抗和艾可瑞妥单抗)以及它们的组合。
16.根据实施方案6至15中任一项所述的方法，其中所述药剂或治疗在免疫疗法之前、期间和/或之后施用。
17.根据实施方案16所述的方法，其中所述免疫疗法是CAR T细胞疗法。
18.根据实施方案17所述的方法，其中相对于没有所述药剂或治疗的代表性CAR T细胞扩增水平，CAR T细胞扩增增加。
19.一种用于定量TME骨髓炎症的方法，所述方法包括测量肿瘤中的ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的基因表达，其中这些基因中的一种或多种的所述表达越高，所述TME骨髓炎症水平越高。
20.一种预测有需要的受试者中肿瘤免疫疗法的反应/临床功效的方法，所述方法包括测量TME中的ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的基因表达，其中这些基因中的一种或多种的所述表达越高，临床功效越低。
21.一种预测具有高肿瘤负荷的患者对免疫疗法的反应/临床功效的方法，所述方法包括在免疫疗法之前测量TME中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率，即T/M比率，其中所述TME中活化T细胞指数与抑制性骨髓细胞指数的比率越高，反应越好。
22.根据实施方案21所述的方法，其中T细胞活化通过测量所述TME中CD3D、CD8A、CTLA4和TIGIT中的一种或多种的基因表达水平来测量，优选地其中所述活化T细胞指数优选地通过NanoString估计为CD3D、CD8A、CTLA4、TIGIT基因表达水平的均方根。
23.根据实施方案21或22所述的方法，其中所述骨髓指数优选地通过NanoString估计为ARG2、TREM2基因表达水平的均方根。
24.根据实施方案22或23所述的方法，其中所述T/M比率估计为Log2((T细胞指数+1)/(骨髓指数+1))。
25.根据实施方案21至24中任一项所述的方法，其中当所述TME中所述活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率低时，在免疫疗法之前向所述患者施用骨髓调节，优选地其中低意味着低于代表性肿瘤群体的中位数。
26.根据实施方案25所述的方法，其中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的低TME比率(T/M)为1-4内的比率。
27.根据实施方案25或26所述的方法，其中骨髓调节包括抑制性骨髓TME的抑制。
28.根据实施方案27所述的方法，其中骨髓调节通过施用抗CD47拮抗剂(例如，莫洛利单抗)、STING激动剂(例如，GSK3745417)、ARG1/2抑制剂(例如，INCB001158)、CD73xTGFβmAb(例如，GS-1423)、CD40激动剂(例如，塞鲁单抗)、FLT3激动剂(例如，GS3583)、CSF/CSF1R抑制剂(例如，培西达替尼)、IDO1抑制剂(例如，艾卡哚司他)、TLR激动剂(例如，GS9620)或它们的组合来实现。
29.根据实施方案21至28中任一项所述的方法，其中如果基线肿瘤负荷(SPD)高于代表性肿瘤群体的中位数，任选地为2000至3700mm2，则所述肿瘤负荷高。
30.一种预测CAR或TCR峰值T细胞扩增和/或通过肿瘤负荷归一化的CAR或TCR峰值T细胞扩增的方法，所述方法包括测量T/M，其中T/M比率越高，所述通过肿瘤负荷归一化的CAR或TCR峰值T细胞扩增越高。
31.根据实施方案1至30中任一项所述的方法，其中所述反应/临床功效通过完全反应率、客观反应率、持续反应率、反应的中位持续时间、中位PFS和/或中位OS来评估。
32.根据实施方案1至31中任一项所述的方法，其中所述免疫疗法是CAR T细胞疗法、TCR T细胞疗法、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)细胞疗法和/或施用免疫检查点抑制剂。
33.根据实施方案32所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂选自阻断T细胞表面上的免疫检查点受体的药剂，诸如细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA-4)、淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)、T细胞免疫球蛋白粘蛋白结构域3(TIM-3)、B和T淋巴细胞衰减因子(BTLA)、T细胞免疫球蛋白和T细胞免疫受体酪氨酸抑制基序(ITIM)结构域以及程序性细胞死亡1(PD-1/PDL-1)。
34.根据实施方案33所述的方法，所述方法包括向所述患者施用41BB、OX40和/或TLR的激动剂。
35.根据实施方案1至34中任一项所述的方法，其中所述药剂、组合药剂和/或治疗在免疫疗法之前、期间和/或之后施用。
36.根据实施方案1至35中任一项所述的方法，其中所述免疫疗法是自体或同种异体的。
37.根据实施方案1至36中任一项所述的方法，其中所述免疫疗法是识别靶抗原的CAR T或TCR T细胞疗法。
38.根据实施方案37所述的方法，其中所述靶抗原是肿瘤抗原，优选地选自肿瘤相关表面抗原，诸如5T4、甲胎蛋白(AFP)、B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、BCMA、B-人绒毛膜促性腺激素、CA-125、癌胚抗原(CEA)、CD123、CD133、CD138、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD30、CD33、CD34、CD4、CD40、CD44、CD56、CD79a、CD79b、CD123、FLT3、BCMA、SLAMF7、CD8、CLL-1、c-Met、CMV-特异性抗原、CS-1、CSPG4、CTLA-4、DLL3、二唾液酸神经节苷脂GD2、导管-上皮粘蛋白、EBV-特异性抗原、EGFR变体III(EGFRvIII)、ELF2M、内皮糖蛋白、肝配蛋白B2、表皮生长因子受体(EGFR)、上皮细胞粘附分子(EpCAM)、上皮肿瘤抗原、ErbB2(HER2/neu)、成纤维细胞相关蛋白(fap)、FLT3、叶酸结合蛋白、GD2、GD3、神经胶质瘤相关抗原、鞘糖脂、gp36、HBV-特异性抗原、HCV-特异性抗原、HER1-HER2、HER2-HER3组合、HERV-K、高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、HIV-1包膜糖蛋白gp41、HPV-特异性抗原、人端粒酶逆转录酶、IGFI受体、IGF-II、IL-11Rα、IL-13R-a2、流感病毒-特异性抗原；CD38、胰岛素生长因子(IGFl)-l、肠羧基酯酶、κ链、LAGA-la、λ链、拉沙病毒-特异性抗原、凝集素反应性AFP、谱系特异性或组织特异性抗原诸如CD3、MAGE、MAGE-A1、主要组织相容性复合体(MHC)分子、呈递肿瘤特异性肽表位的主要组织相容性复合体(MHC)分子、M-CSF、黑色素瘤相关抗原、间皮素、MN-CA IX、MUC-1、mut hsp70-2、突变p53、突变ras、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、NKG2D、Nkp30、NY-ESO-1、p53、PAP、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、前列腺特异性抗原蛋白、STEAP1、STEAP2、PSMA、RAGE-1、ROR1、RU1、RU2(AS)、表面粘附分子、生存素和端粒酶、TAG-72、纤连蛋白的额外结构域A(EDA)和额外结构域B(EDB)以及腱生蛋白-C的Al结构域(TnC Al)、甲状腺球蛋白、肿瘤基质抗原、血管内皮生长因子受体-2(VEGFR2)、病毒-特异性表面抗原诸如HIV-特异性抗原(诸如HIV gpl20)、GPC3(磷脂酰肌醇蛋白聚糖3)，以及这些抗原的任何衍生物或变体。
39.根据实施方案1至38中任一项所述的方法，其中所述癌症/肿瘤选自实体瘤，肉瘤，癌，淋巴瘤，多发性骨髓瘤，霍奇金病，非霍奇金淋巴瘤(NHL)，原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)，弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)(未另外指明)，滤泡性淋巴瘤(FL)，转化滤泡性淋巴瘤，脾边缘带淋巴瘤(SMZL)，慢性或急性白血病，急性髓细胞性白血病，慢性髄细胞性白血病，急性淋巴细胞白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)，慢性淋巴细胞白血病(CLL)，T细胞淋巴瘤，B细胞急性淋巴细胞白血病(“BALL”)、T细胞急性淋巴细胞白血病(“TALL”)、急性淋巴细胞白血病(ALL)中的一种或多种，慢性髓细胞性白血病(CML)，B细胞幼淋巴细胞白血病，母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤，伯基特氏淋巴瘤，弥漫性大B细胞淋巴瘤，滤泡性淋巴瘤，毛细胞白血病，小细胞或大细胞滤泡性淋巴瘤，恶性淋巴组织增生性病症，MALT淋巴瘤，套细胞淋巴瘤，边缘带淋巴瘤，脊髓发育不良和骨髓增生异常综合征，浆母细胞淋巴瘤，浆细胞样树突状细胞肿瘤，华氏巨球蛋白血症，浆细胞增生性病症(例如，无症状骨髓瘤(冒烟型多发性骨髓瘤或惰性骨髓瘤))，意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)，浆细胞瘤(例如，浆细胞恶液质、孤立性骨髓瘤、孤立性浆细胞瘤、髓外浆细胞瘤和多发性浆细胞瘤)，系统性淀粉样蛋白轻链淀粉样变性，POEMS综合征(也称为Crow-Fukase综合征、高槻病和PEP综合征)，头颈癌，宫颈癌，卵巢癌，非小细胞肺癌，肝细胞癌，前列腺癌，乳腺癌或它们的组合。
40.根据实施方案39所述的方法，其中所述癌症是(复发性或难治性)未另外指明的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤、高级别B细胞淋巴瘤、由滤泡性淋巴瘤引起的DLBCL、或套细胞淋巴瘤。
41.根据实施方案1至40中任一项所述的方法，其中所述免疫疗法选自阿基仑赛(axicabtagene ciloleucel)、布瑞基奥仑赛(brexucabtagene autoleucel)、替沙仑赛(tisagenlecleucel)、利基迈仑赛(lisocabtagene maraleucel)和bb2121。
附图说明
图1.比较持续反应者与复发和无反应者的差异表达基因的火山图。通过每个持续反应组的中位数的比率确定倍数变化，并从Wilcoxon检验导出p值。在对数变换中，将中位数加小常数1以避免出现零。包括ARG2、TREM2、IL8、C8G和MASP2的复发和无反应者组中最前的差异表达基因与骨髓炎症相关。使用小组上所有管家基因的表达值与几何平均值的比率对基因计数进行归一化。管家归一化的基因计数还使用在与观察到的数据相同的盒上运行的小组标准进行归一化。
图2.按ARG2基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的ARG2基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的ARG2基因计数。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
图3.按TREM2基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的TREM2基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的TREM2基因计数。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
图4按IL8基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的IL8基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的IL8基因计数。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
图5.按IL13基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的IL13基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的IL13基因计数。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
图6.按CCL20基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的CCL20基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的CCL20基因计数。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
图7.在具有高(SPDhi)(高于代表性肿瘤群体的中位水平)或低(SPDlow)(低于代表性肿瘤群体的中位水平)基线肿瘤负荷的患者中，治疗前T细胞和骨髓细胞基因特征与持续反应之间的关联。红色的值代表大于平均表达的值，而蓝色的值代表小于相应基因的平均表达的值。输注的CD8的总数(NCD8)、输注的初始产品的总数(NNV)、峰值CAR-T细胞水平及其相对于基线肿瘤负荷的值(CAR-T峰值/SPD)被包括作为比较。
图8.在具有高(SPDhi)或低(SPDlow)基线肿瘤负荷的患者中，持续反应组的峰值CAR-T水平(细胞数/μL)之间的关联。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，而无反应者以蓝色示出。进行了非参数Kruskal-Wallis检验以比较3组。
图9.在具有高(SPDhi)或低(SPDlow)基线肿瘤负荷的患者中，持续反应组的T细胞与骨髓炎症的比率。使用所选的基因导出T细胞(CD3D、CD8A、CTLA4、TIGIT)和骨髓炎症(ARG2和TREM2)指数。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，而无反应者以蓝色示出。进行了非参数Kruskal-Wallis检验以比较3组。
图10.峰值CAR-T细胞水平与T细胞、骨髓炎症指数和T细胞/骨髓炎症比率之间的关联。示出了斯皮尔曼秩系数(R)和p值。
图11.相对于肿瘤负荷的峰值CAR-T细胞水平与T细胞、骨髓炎症指数和T细胞/骨髓炎症比率之间的关联。示出了斯皮尔曼秩系数(R)和p值。
图12.与持续反应负相关的基因与TME中的骨髓群体正相关。包括来自ZUMA-1队列1-3的12名患者的数据以及用于基因表达分析和多重免疫组织化学两者的可评估样品。热图中呈现的基因是基于图1的结果选择的；具体地，这些基因在具有治疗抗性的患者中相对于持续反应者被上调。细胞值代表所示协变量之间的斯皮尔曼秩相关值(R)。阴影分别表示协变量之间的正相关和负相关。ARG2，精氨酸酶2；C8G，补体C8γ链；CCL，趋化因子配体；FoxP3，叉头盒蛋白P3；IL，白介素；LAG-3，淋巴细胞活化基因3；LOX-1，凝集素型氧化低密度脂蛋白受体1；max，最大值；min，最小值；M-MDSC，单核细胞骨髓源性抑制细胞；PD-1，程序性细胞死亡蛋白1；PMN-MDSC，多形核骨髓源性抑制细胞；S100A9，S100钙结合蛋白A9；TIM-3，T细胞免疫球蛋白和含粘蛋白结构域的蛋白3；TME，肿瘤微环境；TREM2，骨髓细胞表达的触发受体2。
图13.抑制性骨髓基因特征与癌症睾丸抗原的基因表达正相关。包括来自ZUMA-1队列1-3的30名患者的数据以及用于基因表达分析的可评估样品。热图中呈现的基因是基于图1的结果选择的；具体地，这些基因在具有治疗抗性的患者中相对于持续反应者被上调。细胞值代表所示协变量之间的斯皮尔曼秩相关值(R)。阴影分别表示协变量之间的正相关和负相关。ARG2，精氨酸酶2；BTK，布鲁顿酪氨酸激酶；C8G，补体C8γ链；CCL，趋化因子配体；DDX43，DEAD-盒解旋酶43；IL，白介素；IRF，干扰素调节因子；ITK，白介素2包含型T细胞激酶；MAGE，黑色素瘤抗原基因；MAP2K，促分裂原活化的蛋白激酶激酶；MAP3K，促分裂原活化的蛋白激酶激酶激酶；MAPK，促分裂原活化的蛋白激酶；MAPKAPK，促分裂原活化的蛋白激酶-活化的蛋白激酶；max，最大值；min，最小值；PRAME，优先表达的黑色素瘤抗原；SPA17，精子表面蛋白Sp17；STAT，信号转导子和转录激活子；SYK，脾相关酪氨酸激酶；TREM2，骨髓细胞表达的触发受体2。
图14.临床试验-1的队列1+2和队列4中的方案指定的AE管理。“是”或“否”分别表示是否施用托珠单抗或皮质类固醇。*仅在共存病或年龄较大的情况下。仅当用托珠单抗无改善时；使用标准剂量。/>如果3天后无改善。AE，不良事件；CRS，细胞因子释放综合征；HD，高剂量；NE，神经事件；Mgmt，管理。
图15.患者处置图。该图总结了入组临床试验-1队列4的患者的处置。根据机构方案筛选总共57名患者。有11个筛选失败。*由于自杀(n＝1)和疾病进展(n＝1)。axicabtagene ciloleucel，阿基仑赛。
图16A和图16B.ORR和反应持续时间。(16A)队列4中患者的ORR以及SD率和PD率。2名患者的反应无法评估：1名患者在第一次评估前死于肺炎，并且1名患者的正电子发射断层扫描结果呈阳性，疑似有炎症。(16B)反应持续时间的Kaplan-Meier曲线。CR，完全反应；NE，不可估；NR，未达到；ORR，客观反应率；PD，进行性疾病；PR，部分反应；SD，疾病稳定。
图17.使用皮质类固醇的最佳反应。该图显示了接受或未接受类固醇、相应的ORR、CR和在12个月时持续反应的患者的百分比。CR，完全反应；ORR，客观反应率。
图18.队列4中的无进展生存。
图19A和图19B.CAR T细胞扩增和关键可溶性血清生物标志物水平随时间的变化。(19A)CAR T细胞的中位(Q1，Q3)血液水平随时间的变化。(19B)关键可溶性血清炎性生物标志物的中位(Q1，Q3)水平对时间作图。BL，基线；CAR，嵌合抗原受体；CRP，C反应蛋白；GM-CSF，粒细胞-巨噬细胞集落-刺激因子；IFN，干扰素；IL，白介素。
图20.所选的基线和第5天时的CSF分析以及与神经事件的关联。该图示出了队列4中基线(点)和第5天(三角形)的CSF样品中炎性标志物的水平(按神经事件的严重程度划分)。神经事件的级别(0至5)和病例的数量分别显示在文本的上排和下排中。中间的线代表中位数，并且方框代表四分位数范围；晶须示出了最小值和最大值。CRP，C反应蛋白；CSF，脑脊液；IFN，干扰素；IL，白介素；R，受体。
图21.所选的基线和第5天时的血清分析以及与神经事件的关联。该图示出了队列4中基线(点)和第5天(三角形)的血清样品中炎性标志物的水平(按神经事件的严重程度划分)。神经事件的级别(0至5)和病例的数量分别显示在文本的上排和下排中。中间的线代表中位数，并且方框代表四分位数范围；晶须示出了最小值和最大值。CRP，C反应蛋白；IFN，干扰素；IL，白介素；R，受体。
具体实施方式
本公开部分地基于以下发现：单采材料和工程化CAR T细胞的输注前属性(例如，T细胞适应性)以及患者的免疫因子和肿瘤负荷的治疗前特征可能与临床功效和毒性相关，包括持久反应、≥3级细胞因子释放综合征和≥3级神经系统事件。
定义
为了更容易理解本公开，下面首先定义某些术语。在整个说明书中阐述了以下术语和其他术语的附加定义。
如本说明书和所附权利要求书中所使用的，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指代物，除非上下文另有明确规定。
除非特别说明或从上下文中显而易见，否则如本文所用，术语“或”被理解为包含性的并且涵盖“或”和“和”两者。
本文所使用的术语“和/或”应被视为两个指定特征或部件中的每一者连同或不连同另一者的具体公开。因此，如在本文中诸如“A和/或B”之类的短语中使用的术语“和/或”旨在包括A和B；A或B；A(单独)；以及B(单独)。同样，如诸如“A、B和/或C”之类的短语中使用的术语“和/或”旨在涵盖以下每个方面：A、B和C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A和C；A和B；B和C；A(单独)；B(单独)；以及C(单独)。
如本文所用，术语“例如”和“即”仅以举例的方式使用，并非旨在进行限制，并且不应被解释为仅指代说明书中明确列举的那些项目。
术语“或更多”、“至少”、“超过”等例如“至少一个”被理解为包括但不限于至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149或150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000或超过所述值。还包括其间任何更大的数字或分数。
相反，术语“不超过”包括小于所述值的每个值。例如，“不超过100个核苷酸”包括100、99、98、97、96、95、94、93、92、91、90、89、88、87、86、85、84、83、82、81、80、79、78、77、76、75、74、73、72、71、70、69、68、67、66、65、64、63、62、61、60、59、58、57、56、55、54、53、52、51、50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1和0个核苷酸。还包括其间任何更小的数字或分数。
术语“多个”、“至少两个”、“两个或更多个”、“至少第二”等被理解为包括但不限于至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149或150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000或更多。还包括其间任何更大的数字或分数。
在整个说明书中，词语“包括”或诸如“包含”或“具有”之类的变型形式将被理解为暗示包含所述元素、整数或步骤或者元素、整数或步骤的组，但不排除任何其他元素、整数或步骤或者元素、整数或步骤的组。应当理解，无论本文在何处用语言“包括”描述各方面，还提供了按照“由...组成”和/或“基本上由...组成”描述的其他类似方面。术语“由……组成”排除未在权利要求中指明的任何要素、步骤或成分。涉及Gray,53F.2d 520,11USPQ 255(CCPA 1931)；片面地Davis,80USPQ 448,450(Bd.App.1948)(“由……组成”定义为“闭合权利要求以包括除通常与其相关的杂质以外的与所叙述的那些材料不同的材料”)。术语“基本上由……组成”将权利要求的范围限制为指定的材料或步骤以及不会实质上影响所要求保护的公开的基本和新颖特征的那些材料或步骤。
除非特别说明或从上下文明显看出，如本文所用，术语“约”是指在如本领域普通技术人员所确定的特定值或组成的可接受误差范围内的值或组成，这将部分地取决于如何测量或确定该值或组成，即测量系统的局限性。例如，根据本领域的实践，“约”或“大约”可意指在一个或超过一个标准偏差内。“约”或“大约”可意指至多10％(即，±10％)的范围。因此，“约”可被理解为在比所述值大或小10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、0.01％或0.001％内。例如，约5mg可包括4.5mg与5.5mg之间的任何量。此外，特别是对于生物系统或过程而言，这些术语可意指某个值的至多一个数量级或至多5倍。当在本公开中提供特定值或组成时，除非另有说明，否则“约”或“大约”的含义应被假定在该特定值或组成的可接受误差范围内。
如本文所述，任何浓度范围、百分比范围、比率范围或整数范围应被理解为包括在所述范围内的任何整数的值，以及在适当时其分数(诸如整数的十分之一和百分之一)，除非另有说明。
本文使用的单位、前缀和符号使用其国际单位制(SI)接受的形式提供。数字范围包括定义该范围的数字。
除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语具有与本公开相关领域的普通技术人员通常理解的相同含义。例如，Juo，“生物医学与分子生物学简明词典(TheConcise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology)”，第2版，2001年，CRC出版社(CRC Press)；“细胞与分子生物学词典(The Dictionary of Cell&MolecularBiology)”，第5版，2013年，学术出版社(Academic Press)；以及“牛津生物化学与分子生物学词典(The Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology)”，Cammack等人编辑，第2版，2006年，牛津大学出版社(Oxford University Press)为本领域技术人员提供了本公开中使用的许多术语的通用词典。
“施用”是指使用本领域技术人员已知的各种方法和递送系统中的任何一种将药剂物理引入至受试者。用于本文所公开的制剂的示例性施用途径包括静脉内、肌内、皮下、腹膜内、脊髓或其他肠胃外施用途径(例如，通过注射或输注)。用于本文所公开的组合物的示例性施用途径包括静脉内、肌内、皮下、腹膜内、脊髓或其他肠胃外施用途径(例如，通过注射或输注)。如本文所用，短语“肠胃外施用”意指除了肠内和局部施用以外的施用模式(通常通过注射)，并且包括但不限于静脉内、肌内、动脉内、鞘内、淋巴内、病灶内、囊内、眶内、心内、皮内、腹膜内、经气管、皮下、表皮下、关节内、囊下、蛛网膜下、脊柱内、硬膜外和胸骨内注射和输注以及体内电穿孔。在一些实施方案中，通过非肠胃外途径(例如，口服)施用制剂。其他非肠胃外途径包括局部、表皮或粘膜施用途径，例如鼻内、阴道、直肠、舌下或局部。也可以例如一次、多次和/或在一个或多个延长的时间段执行施用。在一个实施方案中，CAR T细胞治疗经由包含CAR T细胞的“输注产品”施用。
术语“抗体”(Ab)包括但不限于特异性结合抗原的糖蛋白免疫球蛋白。一般而言，抗体可包含通过二硫键相互连接的至少两条重(H)链和两条轻(L)链，或其抗原结合分子。每条H链包含重链可变区(在本文中缩写为VH)和重链恒定区。重链恒定区包含三个恒定结构域CH1、CH2和CH3。每条轻链包含轻链可变区(在本文中缩写为VL)和轻链恒定区。轻链恒定区包含一个恒定结构域CL。VH和VL区可进一步细分为高变区，称为互补决定区(CDR)，其间散布有更为保守的区，称为框架区(FR)。每个VH和VL包含三个CDR和四个FR，其从氨基末端到羧基末端的排列顺序如下：FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3和FR4。重链和轻链的可变区包含与抗原相互作用的结合结构域。Ab的恒定区可介导免疫球蛋白与宿主组织或因子的结合，所述宿主组织或因子包括免疫系统的各种细胞(例如，效应细胞)和经典补体系统的第一组分(C1q)。
抗体可以包括例如单克隆抗体、重组产生的抗体、单特异性抗体、多特异性抗体(包括双特异性抗体)、人抗体、工程化的抗体、人源化的抗体、嵌合抗体、免疫球蛋白、合成抗体、包含两个重链和两个轻链分子的四聚体抗体、抗体轻链单体、抗体重链单体、抗体轻链二聚体、抗体重链二聚体、抗体轻链-抗体重链对、内体、抗体融合体(有时在本文中称为“抗体缀合物”)、异源缀合物抗体、单结构域抗体、单价抗体、单链抗体或单链Fv(scFv)、骆驼化抗体、亲和体、Fab片段、F(ab')2片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、抗独特型(抗Id)抗体(包括例如抗Id抗体)、微型抗体、结构域抗体、合成抗体(有时在本文中称为“抗体模拟物”)，以及上述任一种抗体的抗原结合片段。在一些实施方案中，本文所述的抗体是指多克隆抗体群体。
“抗原结合分子”、“抗原结合部分”或“抗体片段”是指包含衍生该分子的抗体的抗原结合部分(例如，CDR)的任何分子。抗原结合分子可包含抗原互补决定区(CDR)。抗体片段的示例包括但不限于Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段、dAb、线性抗体、scFv抗体以及由抗原结合分子形成的多特异性抗体。肽体(即，包含肽结合结构域的Fc融合分子)是合适的抗原结合分子的另一个示例。在一些实施方案中，抗原结合分子结合肿瘤细胞上的抗原。在一些实施方案中，抗原结合分子结合参与过度增殖性疾病的细胞上的抗原或者病毒或细菌抗原。在一些实施方案中，抗原结合分子结合CD19。在另外的实施方案中，抗原结合分子是特异性结合抗原的抗体片段，包括其一个或多个互补决定区(CDR)。在另外的实施方案中，抗原结合分子是单链可变区片段(scFv)。在一些实施方案中，抗原结合分子包含高亲合性多聚体(avimer)或由其组成。
“抗原”是指引起免疫反应或能够被抗体或抗原结合分子结合的任何分子。免疫反应可涉及抗体产生，或特定免疫活性细胞的活化，或两者。本领域技术人员将容易理解任何大分子(包括几乎所有蛋白质或肽)都可用作抗原。抗原可内源表达，即由基因组DNA表达，或者可重组表达。抗原可特异于某种组织(诸如癌细胞)，或者其可广泛表达。另外，较大分子的片段可充当抗原。在一些实施方案中，抗原是肿瘤抗原。
术语“中和”是指结合配体并防止或降低该配体的生物学作用的抗原结合分子、scFv、抗体或其片段。在一些实施方案中，抗原结合分子、scFv、抗体或其片段直接阻断配体上的结合位点，或通过间接方式(例如，配体中的结构或能量改变)改变配体的结合能力。在一些实施方案中，抗原结合分子、scFv、抗体或其片段防止与其结合的蛋白质执行生物学功能。
术语“自体”是指来源于相同个体并且稍后再次引入该个体的任何材料。例如，本文所述的工程化的自体细胞疗法(eACTTM)方法涉及从患者收集淋巴细胞，然后将其工程化以表达例如CAR构建体，随后施用回同一患者。
术语“同种异体”是指衍生自一个个体并且随后引入相同物种的另一个个体的任何材料，例如同种异体T细胞移植。
在一个实施方案中，CAR T细胞治疗包括“阿基仑赛治疗”。“阿基仑赛治疗”由单次输注以2×106个抗CD19 CAR T细胞/kg的目标剂量静脉内施用的抗CD19 CAR转导的自体T细胞组成。对于体重大于100kg的受试者，可以施用2×108个抗CD19 CAR T细胞的最大平稳剂量。抗CD19CAR T细胞是自体人T细胞，它们已经被工程化以表达具有对CD19的特异性的胞外单链可变片段(scFv)，所述胞外单链可变片段连接到由来自CD28和CD3ζ(CD3-ζ)分子的信号传导结构域组成的胞内信号传导部分，所述CD28和CD3ζ分子以串联的方式排列，抗CD19 CAR载体构建体已经在国家癌研究所的外科分支机构处设计、优化和最初测试(NCI,IND 13871)(Kochenderfer等人,J Immunother.2009；32(7):689-702；Kochenderfer等人,Blood.2010；116(19):3875-86)。scFv源自抗CD19单克隆抗体FMC63的可变区(Nicholson等人,Molecular Immunology.1997；34(16-17):1157-65)。添加了一部分CD28共刺激分子，因为鼠模型表明这对于抗CD19 CAR T细胞的抗肿瘤作用和持久性很重要(Kowolik等人,Cancer Res.2006；66(22):10995-1004)。CD3-ζ链的信号传导结构域用于T细胞活化。这些片段被克隆到基于鼠干细胞病毒(MSGV1)的载体中，用于遗传工程化自体T细胞。CAR构建体通过逆转录病毒载体转导插入到T细胞的基因组中。简言之，通过白细胞单采和Ficoll分离获得外周血单核细胞(PBMC)。外周血单核细胞通过在重组白介素2(IL-2)的存在下用抗CD3抗体培养来活化。受刺激的细胞用含有抗CD19 CAR基因的逆转录病毒载体转导，并在培养物中增殖，以产生足够的工程化T细胞用于施用。阿基仑赛是受试者特异性产品。
术语“转导”和“转导的”是指通过病毒载体将外源DNA引入细胞的过程(参见Jones等人，“遗传学：原理与分析(Genetics:principles and analysis)”，波士顿：琼斯和巴特利特出版社(Boston:Jones&Bartlett Publ.)，(1998))。在一些实施方案中，载体是逆转录病毒载体、DNA载体、RNA载体、腺病毒载体、杆状病毒载体、Epstein-Barr病毒载体、乳头病毒载体、牛痘病毒载体、单纯疱疹病毒载体、腺病毒相关联载体、慢病毒载体或它们的任何组合。
“癌症”是指一组广泛的各种疾病，特征在于体内异常细胞的不受控制的生长。不受调节的细胞分裂和生长导致恶性肿瘤的形成，恶性肿瘤侵袭邻近组织并且还可通过淋巴系统或血流转移到身体的远端部分。“癌症”或“癌组织”可包括肿瘤。在本申请中，术语癌症与恶性肿瘤同义。可通过本文所公开的方法治疗的癌症的示例包括但不限于免疫系统的癌症，包括淋巴瘤、白血病、骨髓瘤和其他白细胞恶性肿瘤。在一些实施方案中，本文所公开的方法可用于减小衍生自例如以下的肿瘤的肿瘤大小：骨癌、胰腺癌、皮肤癌、头颈癌、皮肤或眼内恶性黑色素瘤、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛区癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌、宫颈癌、阴道癌、外阴癌、[添加其他实体瘤]多发性骨髓瘤、霍奇金病、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、原发纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、转化滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、食道癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病、急性髓性白血病、慢性髓性白血病、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、儿童实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌，肾脏或输尿管癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)肿瘤、原发性CNS淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊髓轴肿瘤、脑干胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西氏肉瘤、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境引起的癌(包括石棉引起的那些癌)、其他B细胞恶性肿瘤以及所述癌症的组合。在一些实施方案中，癌症是多发性骨髓瘤。在一些实施方案中，癌症是NHL。特定癌症可能对化疗或放疗有反应，或者癌症可能是难治性的。难治性癌症是指不适于外科手术干预的癌症，并且该癌症最初对化疗或放疗无应答，或者该癌症随时间推移而变得无应答。
如本文所用，“抗肿瘤作用”是指可表现为肿瘤体积减少、肿瘤细胞数量减少、肿瘤细胞增殖减少、转移数量减少、总体或无进展生存增加、预期寿命增加或与肿瘤相关联的各种生理症状改善的生物学作用。抗肿瘤作用还可指预防肿瘤的发生，例如疫苗。
如本文所用，“细胞因子”是指对与特异性抗原接触作出反应而由一个细胞释放的非抗体蛋白，其中细胞因子与第二细胞相互作用以介导第二细胞中的反应。如本文所用，“细胞因子”是指由一个细胞群释放的作为细胞间介体作用于另一个细胞的蛋白质。细胞因子可由细胞内源表达或施用给受试者。细胞因子可由免疫细胞(包括巨噬细胞、B细胞、T细胞和肥大细胞)释放以传播免疫反应。细胞因子可在受体细胞中诱导各种反应。细胞因子可包括稳态细胞因子、趋化因子、促炎细胞因子、效应子和急性期蛋白。例如，包括白介素(IL)7和IL-15在内的稳态细胞因子促进免疫细胞存活和增殖，并且促炎细胞因子可促进炎性反应。稳态细胞因子的示例包括但不限于IL-2、IL-4、IL-5、IL-7、IL-10、IL-12p40、IL-12p70、IL-15和干扰素(IFN)γ。促炎细胞因子的示例包括但不限于IL-1a、IL-1b、IL-6、IL-13、IL-17a、肿瘤坏死因子(TNF)-α、TNF-β、成纤维细胞生长因子(FGF)2、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、可溶性细胞间粘附分子1(sICAM-1)、可溶性血管细胞粘附分子1(sVCAM-1)、血管内皮生长因子(VEGF)、VEGF-C、VEGF-D和胎盘生长因子(PLGF)。效应子的示例包括但不限于颗粒酶A、颗粒酶B、可溶性Fas配体(sFasL)和穿孔素。急性期蛋白的示例包括但不限于C反应蛋白(CRP)和血清淀粉样蛋白A(SAA)。
“趋化因子”是一种介导细胞趋化性或定向运动的细胞因子。趋化因子的示例包括但不限于IL-8、IL-16、嗜酸性粒细胞活化趋化因子、嗜酸性粒细胞活化趋化因子-3、巨噬细胞源趋化因子(MDC或CCL22)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1或CCL2)、MCP-4、巨噬细胞炎性蛋白1α(MIP-1α、MIP-1a)、MIP-1β(MIP-1b)、γ诱导蛋白10(IP-10)和胸腺活化调节趋化因子(TARC或CCL17)。
如本文所用，“嵌合受体”是指能够识别特定分子的工程化表面表达分子。包含能够与特定肿瘤抗原相互作用的结合结构域的嵌合抗原受体(CAR)和工程化T细胞受体(TCR)允许T细胞靶向并杀死表达特定肿瘤抗原的癌细胞。在一个实施方案中，T细胞治疗基于被工程化以表达嵌合抗原受体(CAR)或T细胞受体(TCR)的T细胞，该CAR或TCR包含(i)抗原结合分子、(ii)共刺激结构域和(iii)活化结构域。共刺激结构域可包含胞外结构域、跨膜结构域和胞内结构域，其中胞外结构域包含可被截短的铰链结构域。
治疗剂(例如，说明书中描述的工程化CAR T细胞、小分子、“药剂”)的“治疗有效量”、“有效剂量”、“有效量”或“治疗有效剂量”是当单独使用或与另一种治疗剂联合使用时，保护受试者免受疾病发作或促进疾病消退(通过疾病症状的严重程度的减轻、无症状疾病期的频率和持续时间的增加或因患病导致的障碍或残疾的预防来证实)的任何量。此类术语可以互换使用。可使用技术人员已知的多种方法来评估治疗剂促进疾病消退的能力，诸如在临床试验期间的人类受试者中，在预测对人的功效的动物模型系统中，或通过在体外测定法中测定药剂的活性。治疗有效量和剂量方案可以通过在已知的体外或体内(例如动物模型)系统中测试而凭经验确定。
术语“组合”是指一种剂量单位形式的固定组合，或组合施用，其中本公开的化合物和组合伴侣(例如如下解释的另一种药物，也称为“治疗剂”或“药剂”)可以同时独立施用或在时间间隔内单独施用，尤其是在这些时间间隔允许组合伴侣表现出协作(例如协同效应)的情况下。单种组分可以包装在试剂盒中或单独包装。一种或两种组分(例如，粉末或液体)可以在施用前重构或稀释至所需剂量。如本文所用，术语“共同施用”或“组合施用”等意在涵盖将所选组合伴侣施用于有需要的单个受试者(例如患者)，并且意在包括其中药剂不必通过相同施用途径或同时施用的治疗方案。
术语“产品”或“输注产品”在本文中可互换使用，并且是指施用于有需要的受试者的T细胞组合物。通常，在CAR T细胞疗法中，T细胞组合物作为输注产品施用。
如本文所用，术语“淋巴细胞”包括自然杀伤(NK)细胞、T细胞或B细胞。NK细胞是一种细胞毒性(对细胞有毒的)淋巴细胞，其代表固有免疫系统的主要组分。NK细胞排斥肿瘤和被病毒感染的细胞。它通过细胞凋亡或程序性细胞死亡的过程起作用。它们被称为“自然杀手”，因为它们不需要活化即可杀死细胞。T细胞在细胞介导的免疫(无抗体参与)中起主要作用。其T细胞受体(TCR)将它们自己与其他淋巴细胞类型区分开。胸腺是免疫系统的专门器官，主要负责T细胞的成熟。T细胞有六种类型，即：辅助T细胞(例如，CD4+细胞)、细胞毒性T细胞(也称为TC、细胞毒性T淋巴细胞、CTL、T杀伤细胞、溶细胞性T细胞、CD8+T细胞或杀伤性T细胞)、记忆T细胞((i)干记忆TSCM细胞(如幼稚细胞)是CD45RO-、CCR7+、CD45RA+、CD62L+(L-选择素)、CD27+、CD28+和IL-7Rα+，但它们还表达大量的CD95、IL-2Rβ、CXCR3和LFA-1，并显示出许多记忆细胞特有的功能属性)；(ii)中枢记忆TCM细胞表达L-选择素和CCR7，它们分泌IL-2，但不分泌IFNγ或IL-4，以及(iii)然而，效应记忆TEM细胞不表达L-选择素或CCR7，但产生效应细胞因子(如IFNγ和IL-4))、调节性T细胞(Treg、抑制性T细胞或CD4+CD25+调节性T细胞)、自然杀伤T细胞(NKT)和γδT细胞。另一方面，B细胞在体液免疫(有抗体参与)中起主要作用。其制造抗体和抗原并发挥抗原递呈细胞(APC)的作用，并在通过抗原相互作用活化后转变为记忆B细胞。在哺乳动物中，未成熟B细胞在其名称所来源的骨髓中形成。
在本公开的上下文中，术语“TN”、“T幼稚样”和CCR7+CD45RA+实际上是指更像干样记忆细胞而不是典型的幼稚T细胞的细胞。因此，在实施例和权利要求中对TN的所有引用是指仅通过它们作为CCR7+CD45RA+细胞的表征而在实验上选择的细胞，并且应当如此解释。它们在本公开的上下文中更好的名称是干样记忆细胞，但它们应被称为CCR7+CD45RA+细胞。对干样记忆细胞的进一步表征可以例如使用Arihara Y,Jacobsen CA,Armand P等人Journal for ImmunoTherapy of Cancer.2019；7(1):P210中描述的方法进行。
术语“遗传工程化的”或“工程化的”是指修饰细胞的基因组的方法，包括但不限于删除编码区或非编码区或者其一部分，或者插入编码区或其一部分。在一些实施方案中，经修饰的细胞是淋巴细胞，例如T细胞，其可从患者或供体获得。可修饰细胞以表达掺入细胞基因组中的外源构建体，例如嵌合抗原受体(CAR)或T细胞受体(TCR)。
“免疫反应”是指免疫系统的细胞(例如，T淋巴细胞、B淋巴细胞、自然杀伤(NK)细胞、巨噬细胞、嗜酸性粒细胞、肥大细胞、树突细胞和中性粒细胞)和这些细胞中的任何细胞或肝脏产生的可溶性大分子(包括Ab、细胞因子和补体)的作用，导致选择性地靶向、结合、损害、破坏和/或清除来自脊椎动物身体的侵入病原体、被病原体感染的细胞或组织、癌细胞或其他异常细胞、或在自身免疫或病理性炎症的情况下的正常人细胞或组织。
术语“免疫疗法”是指通过包括诱导、增强、抑制或以其他方式改变免疫反应的方法来治疗罹患疾病或者有患上疾病或复发的风险的受试者。免疫疗法的示例包括但不限于T细胞疗法。T细胞疗法可包括过继性T细胞疗法、肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)免疫疗法、自体细胞疗法、工程化的自体细胞疗法(eACTTM)和同种异体T细胞移植。然而，本领域技术人员将认识到本文所公开的调节方法将增强任何移植的T细胞疗法的功效。T细胞疗法的示例描述于美国专利公布2014/0154228和2002/0006409、美国专利7,741,465、美国专利6,319,494、美国专利5,728,388和国际公布WO 2008/081035中。在一些实施方案中，免疫疗法包括CART细胞治疗。在一些实施方案中，CAR T细胞治疗产品经由输注而施用。
免疫疗法的T细胞可来自本领域已知的任何来源。例如，可在体外从造血干细胞群中分化出T细胞，或者可从受试者获得T细胞。T细胞可获自例如外周血单核细胞(PBMC)、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾组织和肿瘤。另外，T细胞可衍生自本领域中可用的一种或多种T细胞系。还可使用技术人员已知的多种技术(诸如FICOLLTM分离和/或血液单采术)从收集自受试者的血液单位中获得T细胞。分离T细胞疗法用T细胞的附加方法公开于美国专利公布2013/0287748中，该专利公布全文以引用方式并入本文。
术语“工程化的自体细胞疗法”或“eACTTM”(也称为过继细胞转移)是通过其收集患者自身的T细胞并随后对这些细胞进行基因改造以识别和靶向在一种或多种特异性肿瘤细胞或恶性肿瘤的细胞表面上表达的一种或多种抗原的过程。可对T细胞进行工程化以表达例如嵌合抗原受体(CAR)。对CAR阳性(+)T细胞进行工程化以表达对特定肿瘤抗原具有特异性的细胞外单链可变区片段(scFv)，其连接到包含至少一个共刺激结构域和至少一个活化结构域的细胞内信号传导部分。CAR scFv可被设计为靶向例如CD19，CD19是由B细胞谱系中的细胞(包括所有正常B细胞和B细胞恶性肿瘤，包括但不限于弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)非特指型、原发纵隔大B细胞淋巴瘤、高级别B细胞淋巴瘤以及由滤泡性淋巴瘤引起的DLBCL、NHL、CLL和非T细胞ALL)表达的跨膜蛋白。示例性CAR T细胞疗法和构建体描述于美国专利公布2013/0287748、2014/0227237、2014/0099309和2014/0050708中，并且这些参考文献全文以引用方式并入。
如本文所用，“患者”或“受试者”包括罹患癌(例如，淋巴瘤或白血病)的任何人。术语“受试者”和“患者”在本文可互换使用。
如本文所用，术语“体外细胞”是指离体培养的任何细胞。具体地讲，体外细胞可包括T细胞。术语“体内”是指在患者体内。
术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”可互换使用，并且是指由通过肽键共价连接的氨基酸残基构成的化合物。蛋白质或肽包含至少两个氨基酸，并且对可构成蛋白质或肽序列的最大氨基酸数量没有限制。多肽包括包含通过肽键彼此连接的两个或更多个氨基酸的任何肽或蛋白质。如本文所用，该术语是指短链(其在本领域中通常也称为例如肽、寡肽和寡聚物)和长链(其在本领域中通常称为蛋白质，蛋白质有很多类型)。“多肽”包括例如生物活性片段、基本上同源的多肽、寡肽、同二聚体、异二聚体、多肽的变体、修饰的多肽、衍生物、类似物、融合蛋白等等。多肽包括天然肽、重组肽、合成肽或它们的组合。
如本文所用，“刺激”是指通过刺激分子与其同源配体的结合而诱导的初级反应，其中该结合介导信号转导事件。“刺激分子”是T细胞上的分子(例如，T细胞受体(TCR)/CD3复合物)，其与抗原递呈细胞上递呈的同源刺激配体特异性结合。“刺激配体”是当在抗原递呈细胞(例如，APC、树突细胞、B细胞等)上递呈时可与T细胞上的刺激分子特异性结合，从而介导T细胞的初级反应(包括但不限于活化、起始免疫反应、增殖等)的配体。刺激配体包括但不限于抗CD3抗体、装载有肽的MHC I类分子、超激动剂抗CD2抗体和超激动剂抗CD28抗体。
如本文所用，“共刺激信号”是指与诸如TCR/CD3连接之类的初级信号联合引起T细胞反应(诸如但不限于增殖和/或对关键分子的上调或下调)的信号。
如本文所用，“共刺激配体”包括抗原递呈细胞上的分子，其特异性结合T细胞上的同源共刺激分子。共刺激配体的结合提供了介导T细胞反应(包括但不限于增殖、活化、分化等)的信号。共刺激配体诱导除了刺激分子提供的初级信号之外的信号，例如，通过T细胞受体(TCR)/CD3复合物与装载有肽的主要组织相容性复合物(MHC)分子的结合。共刺激配体可包括但不限于3/TR6、4-1BB配体、结合Toll配体受体的激动剂或抗体、B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、CD30配体、CD40、CD7、CD70、CD83、疱疹病毒侵入介体(HVEM)、人白细胞抗原G(HLA-G)、ILT4、免疫球蛋白样转录物(ILT)3、诱导型共刺激配体(ICOS-L)、细胞间粘附分子(ICAM)、与B7-H3特异性结合的配体、淋巴毒素β受体、MHC I类链相关蛋白A(MICA)、MHC I类链相关蛋白B(MICB)、OX40配体、PD-L2或程序性死亡(PD)L1。在某些实施方案中，共刺激配体包括但不限于与T细胞上存在的共刺激分子特异性结合的抗体，诸如但不限于4-1BB、B7-H3、CD2、CD27、CD28、CD30、CD40、CD7、ICOS、与CD83特异性结合的配体、淋巴细胞功能相关联抗原-1(LFA-1)、自然杀伤细胞受体C(NKG2C)、OX40、PD-1或肿瘤坏死因子超家族成员14(TNFSF14或LIGHT)。
“共刺激分子”是T细胞上的同源结合伴侣，其与共刺激配体特异性结合，从而介导T细胞的共刺激反应，诸如但不限于增殖。共刺激分子包括但不限于4-1BB/CD137、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD33、CD45、CD100(SEMA4D)、CD103、CD134、CD137、CD154、CD16、CD160(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、CD22、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD28、CD29、CD3(α；β；δ；ε；γ；ζ)、CD30、CD37、CD4、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD5、CD64、CD69、CD7、CD80、CD83配体、CD84、CD86、CD8α、CD8β、CD9、CD96(Tactile)、CD11a、CD11b、CD11c、CD11d、CDS、CEACAM1、CRT AM、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fcγ受体、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、ICOS、Igα(CD79a)、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、整合素、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGBl、KIRDS2、LAT、LFA-1、LIGHT(肿瘤坏死因子超家族成员14；TNFSF14)、LTBR、Ly9(CD229)、淋巴细胞功能相关联抗原-1(LFA-1(CD11a/CD18)、MHC I类分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX40、PAG/Cbp、PD-1、PSGL1、SELPLG(CD162)、信号传导淋巴细胞活化分子、SLAM(SLAMF1；CD150；IPO-3)、SLAMF4(CD244；2B4)、SLAMF6(NTB-A；Lyl08)、SLAMF7、SLP-76、TNF、TNFr、TNFR2、Toll配体受体、TRANCE/RANKL、VLA1或VLA-6或者它们的片段、截短或组合。
术语“减少”和“降低”在本文中可互换使用并且指示任何小于原始值的变化。“减少”和“降低”是相对术语，需要测量前和测量后之间的比较。“减少”和“降低”包括完全耗竭。类似地，术语“增加”表示高于原始值的任何变化。“增加”、“更高”和“更低”是相对术语，需要在测量前与测量后之间和/或在参考标准之间的比较。在一些实施方案中，参考值是从一般群体的值获得的，该一般群体可以是一般患者群体。在一些实施方案中，参考值来自一般患者群体的四分位数分析。
受试者的“治疗”是指在受试者上执行的任何类型的干预或过程，或对受试者施用活性剂，目的是逆转、缓解、改善、抑制、减慢或预防与疾病相关的症状、并发症或病症或者生化指标的发作、进展、发展、严重程度或复发。在一些实施方案中，“治疗”包括部分缓解。在另一个实施方案中，“治疗”包括完全缓解。在一些实施方案中，治疗可以是预防性的，在这种情况下，在观察到病症的任何症状之前施用该治疗。如本文所用，术语“预防”是指疾病或疾病状态的预防或保护性治疗。症状、疾病或疾病状态的预防可以包括例如相对于参考水平(例如，未施用治疗的类似受试者中的症状)减少(例如，减轻)疾病或疾病状态的一种或多种症状。预防还可以包括延迟疾病或疾病状态的一种或多种症状的发作，例如相对于参考水平(例如，未施用治疗的类似受试者中的症状的发作)。在实施方案中，疾病是本文所述的疾病。在一些实施方案中，疾病是癌症。在一些实施方案中，疾病状态是CRS或神经毒性。在一些实施方案中，改善或成功治疗的指标包括确定未能表现出毒性分级量表(例如CRS或神经毒性分级量表)上的相关评分，诸如小于3的评分，或如本文所讨论的分级量表上的分级或严重性的变化，诸如从评分4到评分3的变化，或从评分4到评分2、1或0的变化。
如本文所用，“骨髓细胞”是白细胞的亚群，包括粒细胞、单核细胞、巨噬细胞和树突细胞。
在一个实施方案中，术语“高”和“低”意指“高于”和“低于”代表性肿瘤群体的中位数。在一些实施方案中(例如，在使用NanoString进行基因表达分析的情况下)，中位数可以如下：
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如本文所用，术语“四分位数”是统计术语，描述基于数据值以及它们如何与整组观察结果进行比较而将观察结果分成四个限定的区间。
如本文所用，术语“研究第0天”定义为受试者接受第一次CAR T细胞输注的那天。研究第0天之前的那天将是研究第-1天。入组之后和研究第-1天之前的任何天将是连续的并且是负整数值。
如本文所用，术语“持久反应”是指在CAR T细胞输注后至少一年的随访中处于持续反应的受试者。在一个实施方案中，“反应持续时间”定义为从第一次客观反应到疾病进展或到由于疾病复发而死亡的时间。
如本文所用，术语“复发”是指实现完全反应(CR)或部分反应(PR)并随后经历疾病进展的受试者。
如本文所用，术语“无反应”是指在CAR T细胞输注后从未经历过CR或PR的受试者，包括患有疾病稳定(SD)和进行性疾病(PD)的受试者。
如本文所用，术语“客观反应”是指完全反应(CR)、部分反应(PR)或无反应。客观反应可以根据修订的IWG恶性淋巴瘤反应标准(Cheson等人,J Clin Oncol.2007；25(5):579-86)进行评估。
如本文所用，术语“完全反应”是指疾病的完全消退，其变得无法通过放射成像和临床实验室评估检测到。在给定时间没有癌症的证据。
如本文所用，术语“部分反应”是指肿瘤减少超过30％但没有完全消退。
如本文所用，“客观反应率”(ORR)是根据国际工作组(IWG)2007标准(Cheson等人JClin Oncol.2007；25(5):579-86)确定的。
如本文所用，“无进展生存(PFS)”可以定义为从T细胞输注日期到疾病进展或任何原因导致的死亡日期的时间。进展是根据IWG标准(Cheson等人,J Clin Oncol.2007；25(5):579-86)定义的研究者对反应的评估来定义的。
术语“总体生存(OS)”可以定义为从T细胞输注日期到任何原因导致的死亡日期的时间。
如本文所用，外周血中CAR T细胞的扩增和持久性可以通过qPCR分析来监测，例如使用针对CAR的scFv部分(例如，CD19结合结构域的重链)及其铰链/CD28跨膜结构域的CAR特异性引物。或者，可以通过计算CAR细胞数/单位血液体积来测量。
如本文所用，CAR T细胞的预定抽血可以在CAR T细胞输注之前、第7天、第2周(第14天)、第4周(第28天)、第3个月(第90天)、第6个月(第180天)、第12个月(第360天)和第24个月(第720天)。
如本文所用，“CAR T细胞的峰值”定义为第0天后血清中达到的CAR+PBMC/μL的最大绝对数。
如本文所用，“达到CAR T细胞的峰值的时间”定义为从第0天到达到CAR T细胞的峰值的那天的天数。
如本文所用，“从第0天到第28天的CAR T细胞水平的曲线下面积(AUC)”定义为相对于从第0天到第28天的计划就诊的CAR T细胞水平的图中的曲线下面积。该AUC测量CAR T细胞随时间的总水平。
如本文所用，细胞因子的预定抽血是在调节性化疗之前或当天(第-5天)、第0天、第1天、第3天、第5天、第7天、每隔一天至住院治疗(如果有的话)、第2周(第14天)和第4周(第28天)。
如本文所用，细胞因子的“基线”定义为在调节性化疗之前测量的最后值。
如本文所用，第X天相对于基线的倍数变化定义为
如本文所用，“基线后细胞因子的峰值”定义为基线(第-5天)后直至第28天达到的血清中细胞因子的最大水平。
如本文所用，CAR T细胞输注后的“达到细胞因子的峰值的时间”定义为从第0天到达到细胞因子峰值的那天的天数。
如本文所用，从第-5天到第28天的“细胞因子水平曲线下面积(AUC)”定义为细胞因子水平相对于从第-5天到第28天的计划就诊的图中的曲线下面积。该AUC测量细胞因子随时间的总水平。鉴于细胞因子和CAR+T细胞是在某些离散时间点测量的，可以使用梯形规则来估计AUC。
如本文所用，治疗中出现的不良事件(TEAE)定义为在第一剂量的调节性化疗时或之后发生的不良事件(AE)。不良事件可用监管活动医学词典(MedDRA)22.0版进行编码，并使用美国国家癌症研究所(NCI)不良事件通用术语标准(CTCAE)4.03版进行分级。按照Lee及其同事(Lee等人,2014Blood.2014；124(2):188-95)，细胞因子释放综合征(CRS)事件可以根据综合征水平进行分级。个体CRS症状可根据CTCAE 4.03进行分级。神经病学事件可以用基于与CAR T免疫疗法相关的已知神经病学毒性的搜索策略来鉴定，如例如Topp,MS等人Lancet Oncology.2015；16(1):57-66中描述的。
在以下小节中进一步详细描述本公开的各个方面。
肿瘤微环境(TME)的表征
在一些实施方案中，本公开提供了在用免疫疗法治疗之前使用基因表达谱和/或瘤内T细胞密度和/或TME骨髓细胞密度/骨髓炎症状态测量来表征肿瘤微环境(TME)的方法。在一个实施方案中，这些测量被归一化为肿瘤负荷(TB)。在一个实施方案中，免疫疗法选自用嵌合受体疗法(例如，YESCARTATM阿基仑赛(axicabtagene ciloleucel)、TECARTUSTM-布瑞基奥仑赛/KTE-X19、KYMRIAHTM(替沙仑赛)等)、TCR、TIL、免疫检查点抑制剂等进行的治疗。在一个实施方案中，免疫疗法产品包含自体或同种异体CAR T细胞。在一个实施方案中，免疫疗法包括T细胞受体修饰的T细胞。在一个实施方案中，免疫疗法包括肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)。在一个实施方案中，免疫疗法产品包含诱导型多能干细胞(iPSC)。如本文所述，利用预先指定的基因组(例如，21，Pan Cancer)和免疫评分(例如，/>21)的TME特征、瘤内T细胞密度测量结果或指标(例如，)、TME骨髓细胞密度和/或与嵌合受体疗法(例如，阿基仑赛(axicabtageneciloleucel))的临床结果相关的TME骨髓炎症可用于预测所有免疫疗法(例如，T细胞、非T细胞、基于TCR的疗法、基于CAR的疗法、双特异性T细胞接合剂(BiTE)和/或免疫检查点阻断)的临床结果。
患者肿瘤活检物可用作起始材料以使用基因表达谱(例如，使用NanoStringTM的数字基因表达)和免疫组织化学(IHC)来分析肿瘤微环境。在一些实施方案中，在用嵌合受体疗法(例如，阿基仑赛(axicabtagene ciloleucel))或其他免疫疗法治疗之前获得患者活检物。在一些实施方案中，活检物是在调节性疗法开始之前获得的。
基于生物信息学和/或数据科学的方法可用于生成一个或多个免疫评分来表征TME。在一些实施方案中，免疫评分是免疫相关基因的量度，其提供关于适应性免疫的信息，包括T细胞细胞毒性、T细胞分化、T细胞吸引、T细胞粘附和免疫抑制，包括免疫定向、血管生成抑制、免疫共抑制和癌症干细胞。生物信息学方法还可以包括T细胞特异性(效应T细胞，Th1)基因、干扰素途径相关基因、趋化因子和免疫检查点。
表达谱测定(例如，临床研究测定利用/>技术(NanoString))可用于测量多重形式的多个免疫基因的基因表达水平。在一些实施方案中，高/低免疫评分(例如，/>21评分)截止值可定义为样品中观察到的评分的第25个百分位。在一些实施方案中，高评分指示可能与肿瘤反应相关的免疫相关基因的表达。
在一些实施方案中，免疫评分是瘤内T细胞密度的量度。瘤内T细胞密度可以通过例如检测和定量肿瘤微环境中的T细胞(诸如CD3+T细胞和/或CD8+T细胞)来确定。例如，可以将肿瘤活检物切片并针对T细胞标志物诸如CD3和/或CD8进行染色或标记，并且T细胞的相对或绝对丰度可以由病理学家定量或使用专用数字病理学软件确定。在一些实施方案中，基于瘤内T细胞密度分配高/低免疫评分(例如，)。高/低免疫评分阈值可以被定义为例如在样品中观察到的中位评分。在一些实施方案中，瘤内T细胞密度使用流式细胞术和/或基于蛋白质的测定法诸如蛋白质印迹法和ELISA来确定。
TME骨髓细胞密度和TME骨髓炎症水平、表达以及肿瘤浸润性T淋巴细胞分析和评分可用于检查TME特征与反应之间的关联。在一些实施方案中，客观反应(OR)根据修订的IWG恶性淋巴瘤反应标准(Cheson,2007)确定，并通过IWG恶性淋巴瘤反应标准(Cheson等人Journal of Clinical Oncology 32,第27期(2014年9月)3059-3067)确定。在一些实施方案中，评估反应持续时间。在一些实施方案中，根据卢加诺反应分类标准通过研究者评估来评估无进展生存(PFS)。
在一些实施方案中，使用基于TaqMan的定量聚合酶链式反应(qPCR；ThermoFisher Scientific)来定量CAR T细胞，如前所述(Locke FL等人Lancet Oncol.2019；20(1):31-42；Neelapu SS等人N Engl J Med.2017；377(26):2531-2544；Locke FL等人MolTher.2017；25(1):285-295)。为了报告血液中CAR阳性细胞的频率，通过将外周血单核细胞中的CAR基因表达归一化为肌动蛋白表达，然后归一化为绝对淋巴细胞计数来计算每微升的CAR T细胞(Kochenderfer JN等人J Clin Oncol.2017；35(16):1803-1813)。峰值CAR T扩增由每μL血液测量的CAR T的最大水平定义，用于分析。
在一个实施方案中，基因表达分析通过NanoString进行。在一个实施方案中，分别使用QIAGEN RNeasy试剂盒和QIAGEN FFPE RNeasy提取试剂盒进行从冷冻或固定的活检物的RNA提取。来自执行H&E染色的病理学家的注释用于指导在RNA提取之前以及在组织脱蜡和裂解之后通过宏观解剖从载玻片去除正常组织。提取后，用Nanodrop进行RNA定量，并用安捷伦生物分析仪进行鉴定。在每次测试运行中包括一个RNA QC样品作为提取的阳性对照。使用3个NanoString数据集进行RNA表达谱分析。
在一个实施方案中，对结果进行统计分析。在一个实施方案中，使用Spotfire7.12.0(TIBCO软件)生成转录物表达的火山图、热图。使用R Studio 3.4.1绘制Kaplan-Meier生存曲线(总体生存和无进展生存)、箱线图和回归曲线。在一个实施方案中，
在一些实施方案中，本公开通过分析治疗之前(例如，调节前)的肿瘤微环境和施用T细胞疗法后发生的变化(例如，两周后、四周后)提供了用于免疫疗法(例如，T细胞疗法)的临床功效的预测工具。
在一个方面，本公开表明，与抑制性骨髓相关活性(即，降低治疗(例如，免疫疗法)的效果或损害治疗(例如，免疫疗法)的效果的骨髓细胞活性；降低对治疗的反应)相关的治疗前免疫TME特征，最显著的是(但不仅仅是)ARG2、TREM2和IL-8基因表达，在没有记录的CD19表达损失的未反应或复发的患者中升高。在一个方面，本公开表明，治疗前活检物中的ARG2和TREM2水平与CD8+T细胞密度负相关。在一个方面，与复发的具有高TB的患者相比，实现持久反应的具有高TB的患者在TME中的治疗前ARG2和TREM2水平较低，并且在阿基仑赛后CAR T细胞扩增增强。在一个方面，在具有高TB的患者中，治疗前活检物中的T细胞与抑制性骨髓细胞标志物的高比率(T/M比率)与CAR T细胞扩增(峰和归一化为TB的峰)和持久反应正相关。
因此，在一个实施方案中，本公开提供了一种通过定量癌症患者的肿瘤中的TME中的骨髓炎症来预测癌症患者中由骨髓细胞诱导的抑制性肿瘤微环境(TME)和/或用于治疗患者癌症的免疫疗法的临床功效的方法。在一个实施方案中，骨髓炎症的肿瘤水平越高，癌症患者的TME的治疗抑制性越强。在一个实施方案中，肿瘤骨髓炎症水平越高，免疫疗法的临床功效越低。在一个实施方案中，免疫疗法选自CAR-T细胞、TCR-T细胞、肿瘤浸润性淋巴细胞、检查点抑制剂以及它们的组合。在一个实施方案中，通过测量肿瘤中的ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的基因表达来估计TME骨髓炎症水平。在一个实施方案中，TME中这些基因中的一种或多种的表达越高，TME中的骨髓炎症水平越高。在一个实施方案中，临床功效通过完全反应率、客观反应率、持续反应率、反应的中位持续时间、中位PFS和/或中位OS来评估。
在另一个实施方案中，本公开表明，免疫疗法(例如，阿基仑赛)可以克服具有有利的免疫TME(就有利于对治疗的反应(例如，对免疫疗法的反应)而言是有利的)以及稳健的CAR T细胞扩增的患者的高TB。在一个实施方案中，稳健的CAR T细胞扩增包括一般CAR T细胞治疗群体中CAR T细胞扩增的中位水平，其中中位数在0-10、10-20、20-30、30-40、40-50、50-60、60-70、70-80、80-90、90-100之间，优选在40-50之间。因此，本公开提供了在CAR T细胞疗法的背景下克服高TB的可行策略。在一个实施方案中，有利的免疫TME的特征在于降低的抑制性骨髓细胞活性(低ARG2和TREM2表达)和增加的T/M比率。在一个实施方案中，本公开提供了一种用免疫疗法(例如，CAR或TCR-T)治疗有需要的癌症患者的癌症的方法，其中当TME骨髓炎症水平高于参考水平/在参考水平内时选择该患者进行治疗。在一个实施方案中，当TME骨髓炎症水平如下时，使用所述基因作为TME骨髓炎症的替代物，选择患者进行治疗：0-27(ARG2)、0-10(TREM2)、0-42(IL8)、0-9(IL13)、0-11(C8G)、0(CCL20)、0-11(IFNL2)、0-8(OSM)、0-77(IL11RA)、0-27(CCL11)、59-132(MCAM)、0(PTGDR2)和/或0(CCL16)，如通过NanoString单位方法所测量的。下面提供了范围和四分位数分布的表格。在一个实施方案中，ARG2：0-27、27-40、40-75、75-120，优选0-27；TREM2：0-10、10-35、35-100、100-500，优选0-10；IL8：0-40、40-100、100-200、200-3000，优选0-40；IL13：0-10、10-40、40-90、90-400，优选0-10；CCL20：0-44、44-100、100-500，优选0-44。
在一个实施方案中，增加的T/M比率是高于-0.5-0.02、0.02-1、1-4、4-8、8-15、优选高于1-4的比率。在一个实施方案中，T细胞指数估计为每个NanoString的所选基因(CD3D、CD8A、CTLA4、TIGIT)的均方根。在其他实施方案中，本领域普通技术人员可以使用其他等效方法。在一些实施方案中，骨髓指数估计为所选基因(ARG2、TREM2)的均方根。在其他实施方案中，本领域普通技术人员可以使用其他等效方法。在一些实施方案中，T/M比率估计为Log2((T细胞指数+1)/(骨髓指数+1))。在其他实施方案中，本领域普通技术人员可以使用其他等效方法。
在一个实施方案中，本公开提供了一种将患有肿瘤(具有TME)的患者分层以进行包括免疫疗法(例如，CAR或TCR-T)和另一种药剂的组合疗法的方法，该方法包括在CAR-T输注之前、在CAR-T扩增的峰值时和/或在峰值CAR-T扩增之后向患者施用与药剂组合的免疫疗法(例如，CAR或TCR-T)。在一个实施方案中，CAR-T扩增的峰值是输注后第7-14天。在一个实施方案中，CAR-T扩增的峰值是输注后第1天、第2天、第3天、第4天、第5天、第6天、第7天、第8天、第9天、第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第15天、第16天、第17天、第18天、第19天或第20天。在一个实施方案中，峰值CAR-T扩增后的时期是输注后第14-28天之间的时期。在一个实施方案中，峰值CAR-T扩增后的时期是第1天-第5天、第5天-第10天、第10天-第15天、第15天-第20天、第20天-第25天；第1天、第2天、第3天、第4天、第5天、第6天、第7天、第8天、第9天、第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第15天、第16天、第17天、第18天、第19天、第20天、第25天、第30天、第35天、第40天、第45天、第50天后，峰值扩增后的任一天。在一个实施方案中，组合疗法增强T细胞的增殖。在一个实施方案中，所述组合疗法包括用帕博利珠单抗、来那度胺、艾可瑞妥单抗和艾可瑞妥单抗治疗。在一个实施方案中，组合疗法减少了TME中的抑制性骨髓群体。在一个实施方案中，所述疗法包括莫洛利单抗(抗CD47拮抗剂)、GSK3745417(STING激动剂)、INCB001158(ARG1/2抑制剂)、GS-1423(CD73xTGFβmAb)、塞鲁单抗(CD40激动剂)、GS3583(FLT3激动剂)、培西达替尼(CSF1R抑制剂)、艾卡哚司他(IDO1抑制剂)、GS9620(TLR激动剂)。
在一个实施方案中，本公开提供了一种治疗具有高肿瘤负荷的受试者的肿瘤的方法，其中通过施用一种或多种产生有利的免疫TME的药剂和/或通过增加CAR T细胞扩增来减少受试者中的高肿瘤负荷。在一个实施方案中，当基线肿瘤负荷(最长垂直直径，SPD)大于3000mm2时，受试者具有高肿瘤负荷。在一个实施方案中，高肿瘤负荷是100-2000、2000-3000、3000-6000、6000-40000之间，优选高于2000-3000mm2的基线肿瘤负荷。在一个实施方案中，当TME表现出降低的抑制性骨髓细胞活性和/或增加的T细胞/骨髓细胞比率时，免疫TME是有利的。在一个实施方案中，增加的T/M比率是1-4、1、2、3或4。在一个实施方案中，增加的T/M是1-4之间的比率。在一个实施方案中，增加的T/M是2-5、3-6、7-10、11-14、15-18或19-20之间的比率。在一个实施方案中，增加的T/M是高于10、20、30、40、50、60、70、80、90、100之间的比率。在一个实施方案中，降低的骨髓细胞活性是低ARG2和/或低TREM2基因表达。在一个实施方案中，低ARG2和/或TREM2基因表达是当基因表达水平落在0-27内(如通过Nanostring所测量的(参见实施例))或是等效值(如通过其他基因表达测量方法所测量的)时。在一个实施方案中，当它们落入代表性肿瘤群体中的水平的第一四分位数内时，水平是低的，如由本领域普通技术人员所评估的。在一个实施方案中，该药剂降低肿瘤骨髓抑制活性和/或降低肿瘤骨髓细胞密度，如通过免疫组织化学测量CD14+细胞、CD68+细胞、CD68+CD163+细胞、CD68+CD206+细胞、CD11b+CD15+CD14-LOX-1+细胞和/或CD11b+CD15-CD14+S100A9+CD68-细胞所评估的。在一个实施方案中，该药剂选自抗CD47拮抗剂、CSF/CSF-1R抑制剂、TLR激动剂、CD40激动剂、精氨酸酶抑制剂、IDO抑制剂和TGF-β抑制剂。在一个实施方案中，该药剂选自莫洛利单抗(抗CD47拮抗剂)、GSK3745417(STING激动剂)、INCB001158(ARG1/2抑制剂)、GS-1423(CD73xTGFβmAb)、塞鲁单抗(CD40激动剂)、GS3583(FLT3激动剂)、培西达替尼(CSF1R抑制剂)、艾卡哚司他(IDO1抑制剂)和/或GS9620(TLR激动剂)。
在一个实施方案中，该药剂选自(i)选自以下的GM-CSF抑制剂：仑兹鲁单抗(lenzilumab)；那美芦单抗(AMG203)；GSK3196165/MOR103/奥替利单抗(GSK/MorphoSys)；KB002和KB003(KaloBios)；MT203(Micromet和Nycomed)；MORAb-022/瑾司鲁单抗(Morphotek)；或它们中的任何一种的生物仿制药；E21R；以及小分子；(ii)选自以下的CSF1抑制剂：RG7155、PD-0360324、MCS110/拉妥珠单抗或它们中的任何一种的生物仿制药型式；以及小分子；和/或(iii)选自以下的GM-CSFR抑制剂和CSF1R抑制剂：玛弗利木单抗(Mavrilimumab)(以前称为CAM-3001；MedImmune,Inc.)；卡比拉单抗(Five PrimeTherapeutics)；LY3022855(IMC-CS4)(礼来公司)，依米妥珠单抗，也称为RG7155或RO5509554；FPA008(Five Prime/BMS)；AMG820(安进公司)；ARRY-382(Array Biopharma)；MCS110(诺华公司)；PLX3397(Plexxikon)；ELB041/AFS98/TG3003(ElsaLys Bio、Transgene)、SNDX-6352(Syndax)；它们中的任何一种的生物仿制药型式；以及小分子。
在一个实施方案中，免疫疗法与低剂量辐射、通过免疫检查点阻断促进T细胞活性和/或T细胞激动剂组合。在一个实施方案中，T细胞激动剂选自帕博利珠单抗、来那度胺、艾可瑞妥单抗和艾可瑞妥单抗。在一个实施方案中，组合药剂选自检查点抑制剂(例如，抗PD1抗体、帕博利珠单抗(Keytruda)、西米普利单抗(Libtayo)、纳武单抗(Opdivo)；抗PD-L1抗体、阿替利珠单抗(Tecentriq)、阿维鲁单抗(Bavencio)、度伐利尤单抗(Imfinzi)；和/或抗CTLA-4抗体、伊匹单抗(Yervoy)。
在一个实施方案中，本公开提供了一种用于定量TME骨髓炎症的方法，该方法包括测量肿瘤中的ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的表达。在一个实施方案中，这些基因中的一种或多种的表达越高，TME骨髓炎症水平越高。
在一个实施方案中，本公开提供了一种预测有需要的受试者中肿瘤免疫疗法(例如，CAR或TCR-T)的临床功效的方法，该方法包括测量TME中的ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16中的一种或多种的基因表达，其中这些基因中的一种或多种的所述表达越高，临床功效越低。在一个实施方案中，临床功效通过PFS和/或OS、持续反应率、完全反应率和/或客观反应率来测量。在一个实施方案中，T/M比率可用于基于其对持续反应率的影响来区分高肿瘤负荷受试者和低肿瘤负荷受试者。
在一个实施方案中，本公开提供了一种预测具有大肿瘤负荷的患者对免疫疗法(例如，CAR或TCR-T)的反应的方法，该方法包括测量TME中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率。在一个实施方案中，TME中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率越高，反应越好。在一个实施方案中，通过测量TME中CD3D、CD8A、CTLA4和TIGIT中的一种或多种的基因表达水平来测量T细胞活化。在一个实施方案中，TME中抑制性骨髓细胞的水平通过用log2变换测量T细胞与骨髓细胞指数(所选基因的均方根)的比率来测量。在一个实施方案中，通过测量TME中ARG2和/或TREM2的基因表达水平来测量抑制性骨髓细胞的水平。在一个实施方案中，本公开提供了一种选择癌症患者进行治疗的方法，其中当TME中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率低时，在免疫疗法之前向患者施用骨髓调节。在一些实施方案中，骨髓调节包括抑制性骨髓TME的抑制。在一个实施方案中，骨髓调节疗法选自靶向特定骨髓基因(例如，ARG2、TREM2、IL8、CD163、MRC1、MSR1)和共刺激基因/途径(例如TLR、CD40、STING)的药剂，诸如莫洛利单抗(抗CD47拮抗剂)、GSK3745417(STING激动剂)、INCB001158(ARG1/2抑制剂)、GS-1423(CD73xTGFβmAb)、塞鲁单抗(CD40激动剂)、GS3583(FLT3激动剂)、培西达替尼(CSF1R抑制剂)、艾卡哚司他(IDO1抑制剂)和/或GS9620(TLR激动剂)。其他有用的CSF/CSF1R抑制剂如上所述。在一些实施方案中，大肿瘤负荷(最长垂直直径，SPD)是3000-40000mm2内的肿瘤负荷。在一些实施方案中，活化T细胞与抑制性骨髓细胞在-0.5-4内的低T/M比率是在-0.5-4内的比率。在一个实施方案中，增加的T/M比率高于1-4。在一个实施方案中，增加的T/M是2-5、3-6、7-10、11-14、15-18或19-20之间的比率。在一个实施方案中，增加的T/M是高于10、20、30、40、50、60、70、80、90、100之间的比率。在一个实施方案中，反应是客观反应率、完全反应率、持续反应率、反应的中位持续时间、中位PFS或中位OS。
在一个实施方案中，前述实施方案中的术语低、高、增加、减少和其他相关术语是相对于同种类肿瘤的代表性组中的一般分布。在一个实施方案中，这些术语是相对于下表的四分位数、中位数、平均值、最小值、最大值和范围值的分布。
在一个实施方案中，TME中的T/M比率、骨髓特征、基线肿瘤负荷(SPD)和生物标志物基因表达具有如下分布
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本公开表明，活化T细胞与抑制性骨髓细胞特征的比率与反应正相关，并且还与CAR-T峰值细胞扩增/肿瘤负荷正相关。因此，本公开提供了估计CAR-T峰值细胞扩增/肿瘤负荷的方法，该方法包括测量T/M。在用免疫疗法治疗之前，具有较低活化T/骨髓比率的患者可受益于骨髓调节(通过靶向特定骨髓基因例如Arg2来抑制抑制性骨髓TME)。
在一个实施方案中，这些方法应用于免疫疗法，其中免疫疗法是CAR-T细胞疗法。在一个实施方案中，免疫疗法选自TCR-T细胞、iPSC、肿瘤浸润性淋巴细胞和检查点抑制剂。在一个实施方案中，免疫疗法是自体免疫疗法。在一个实施方案中，免疫疗法是同种异体的。靶肿瘤抗原的示例在说明书的其他地方列出。可以通过本公开的方法治疗的癌症的示例也在说明书的其他地方提供。
本公开的方法还可用于伴随测试，以告知组合或顺序使用的另外的疗法是否将对具有某些肿瘤微环境特征的受试者更有效。在一些实施方案中，另外的治疗可以是细胞因子(例如，IL-2、IL-15)、刺激性抗体(例如，抗41BB、OX-40)、检查点阻断(例如，CTLA4、PD-1)或先天免疫刺激剂(例如，TLR、STING激动剂)。在一些实施方案中，另外的治疗可以是T细胞募集趋化因子(例如，CCL2、CCL1、CCL22、CCL17以及它们的组合)和/或T细胞。在一些实施方案中，另外的一种或多种疗法全身或瘤内施用。
本公开的一个方面涉及治疗恶性肿瘤的方法，该方法包括在施用(例如，至少一次输注)CAR-T细胞或表达外源TCR的T细胞之前测量恶性肿瘤的一个或多个位点(即，肿瘤微环境)处的免疫相关基因表达和/或T细胞密度。在一些实施方案中，所述测量在化疗调节和工程化T细胞(例如，CAR-T细胞)施用之前进行。
在一些实施方案中，所述测量包括基于免疫相关基因表达确定综合免疫评分，例如21或/>15评分。在一些实施方案中，所述测量包括基于T细胞(包括CD3+和/或CD8+T细胞)的瘤内密度确定免疫评分，诸如/>在一些实施方案中，所述测量还包括基于受试者的免疫评分与预定阈值的比较来确定和分配相对评分，诸如高或低。在一些实施方案中，这样的预定阈值被确定为或已经被确定为对于用工程化T细胞治疗恶性肿瘤具有预后价值。
在一些实施方案中，所公开的方法还包括基于所述测量的治疗优化的步骤。例如，在一些实施方案中，基于TME中的骨髓活性/炎症和T/M比率来优化工程化T细胞(例如，CAR-T细胞)施用的剂量和/或时间表。在一个实施方案中，有利的免疫TME的特征在于降低的抑制性骨髓细胞活性(低ARG2和TREM2表达)和增加的T/M比率。在示例性实施方案中，与具有较低水平的抑制性骨髓活性和/或增加的T/M比率的受试者相比，向具有较高水平的抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率的受试者施用较高剂量的CAR-T细胞。在一些实施方案中，与具有较低水平的抑制性骨髓活性和/或增加的T/M比率的受试者相比，向具有较高水平的抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率的受试者施用高约25％、或高约50％、或高约100％的剂量。在另外的和替代的示例性实施方案中，具有较高水平的抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率的受试者接受一种或多种另外的CAR-T细胞输注。在一些实施方案中，向具有较高水平的抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率的受试者施用第一剂量的免疫疗法(例如，CAR-T细胞)，评估治疗反应，并且如果观察到不完全反应，则进行抑制性骨髓活性水平和/或T/M比率的额外测量。在一些实施方案中，如果受试者在第一次施用后仍具有较高水平的抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率，则进行免疫疗法(例如，CAR-T细胞)的额外施用。
在一些实施方案中，所公开的方法另外或替代地包括“预治疗”步骤，其中治疗具有较高水平的抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率的受试者，目的是在CAR-T施用之前改善他们的TME。例如，在一些实施方案中，向具有较高水平的抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率的受试者施用一种或多种免疫刺激剂，诸如细胞因子、趋化因子、免疫激动剂或免疫检查点抑制剂。在一些实施方案中，在治疗之前进行抑制性骨髓活性和/或T/M比率的额外测量。
在一些实施方案中，当评估治疗选项时，考虑抑制性骨髓活性和/或T/M比率相对于基于免疫疗法(例如，CAR-T疗法)的完全反应的预后值。例如，在一些实施方案中，与具有较低抑制性骨髓活性和/或较高T/M比率的受试者相比，具有较高抑制性骨髓活性和/或降低的T/M比率的受试者接受CAR-T施用作为较早线的疗法。
在一个实施方案中，本公开提供了一种降低对免疫疗法(例如，CAR-T细胞治疗)的原发性抗性的方法，该方法包括在免疫疗法之前向有需要的患有肿瘤的受试者施用骨髓调节。在一些实施方案中，骨髓调节包括抑制性骨髓TME的抑制。在一个实施方案中，骨髓调节疗法选自靶向特定骨髓基因(例如，ARG2、TREM2、IL8、CD163、MRC1、MSR1)和共刺激基因/途径(例如TLR、CD40、STING)的药剂，诸如莫洛利单抗(抗CD47拮抗剂)、GSK3745417(STING激动剂)、INCB001158(ARG1/2抑制剂)、GS-1423(CD73xTGFβmAb)、塞鲁单抗(CD40激动剂)、GS3583(FLT3激动剂)、培西达替尼(CSF1R抑制剂)、艾卡哚司他(IDO1抑制剂)和/或GS9620(TLR激动剂)。其他有用的CSF/CSF1R抑制剂如上所述。在一个实施方案中，受试者具有高肿瘤负荷。
在一个实施方案中，本公开提供了一种降低对免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的原发性抗性的方法，该方法包括在施用CAR T细胞治疗之前、期间或之后向有需要的患有肿瘤的受试者施用调节肿瘤的甲基化状态的药剂(例如DNA去甲基化抑制剂(DDMTi)5-氮杂-2'-脱氧胞苷(地西他滨)和5-氮杂胞苷或其他胞嘧啶类似物)和/或肿瘤的乙酰化状态的药剂(例如，HDAC抑制剂)。
在一个实施方案中，本公开提供了一种降低对免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的原发性抗性的方法，该方法包括在施用CAR T细胞治疗之前、期间或之后向有需要的患有肿瘤的受试者施用检查点阻断剂，诸如阻断T细胞表面上的免疫检查点受体的药剂，诸如细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA-4)、淋巴细胞活化基因-3(LAG-3)、T细胞免疫球蛋白粘蛋白结构域3(TIM-3)、B和T淋巴细胞衰减因子(BTLA)、T细胞免疫球蛋白和T细胞免疫受体酪氨酸抑制基序(ITIM)结构域以及程序性细胞死亡1(PD-1/PDL-1)。在一个实施方案中，检查点抑制剂选自帕博利珠单抗(Keytruda)、纳武单抗(Opdivo)、西米普利单抗(Libtayo)、阿替利珠单抗(Tecentriq)、阿维鲁单抗(Bavencio)、度伐利尤单抗(Imfinzi)和伊匹单抗(Yervoy)。在一个实施方案中，本公开提供了一种降低对CAR T细胞治疗的原发性抗性的方法，该方法包括在施用CAR T细胞治疗之前、期间或之后向有需要的患有肿瘤的受试者施用41BB、OX40和/或TLR的激动剂。
在一个实施方案中，本公开提供了一种降低或克服对免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的原发性抗性的方法，该方法包括通过在组成型或诱导型启动子下共表达γ链受体细胞因子来改善CAR T细胞。
在一个实施方案中，本公开提供了一种通过优化桥接疗法(bridging therapy)以将肿瘤微环境调节至更有利的免疫允许状态来改进免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的方法。在一个实施方案中，优化包括用免疫调节性酰亚胺药物(IMID)/小脑蛋白调节剂(例如，来那度胺、泊马度胺、伊贝度胺和阿普斯特)施用桥接疗法。在一种实施方案中，优化包括用局部放射施用桥接疗法。
在一个实施方案中，本公开提供了一种通过优化桥接疗法以减少免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)施用之前的肿瘤负荷来改进免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的方法。在一个实施方案中，优化包括用R-CHOP、苯达莫司汀、烷化剂和/或铂基药剂施用桥接疗法。其他示例性桥接疗法在本申请的其他地方描述。
在一个实施方案中，本公开提供了一种通过优化调节治疗以将肿瘤微环境调节至更有利的免疫允许状态(例如，TME中较少的骨髓炎症)来改进免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的方法。在一个实施方案中，优化包括在环磷酰胺/氟达拉滨调节中添加局部放射。在一个实施方案中，优化包括施用铂基药剂作为调节剂。
在一个实施方案中，本公开提供了一种通过一起共同施用生物反应调节剂或在免疫治疗(例如CAR T细胞治疗)后施用以实现CAR T细胞活性来改善免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的方法。在一个实施方案中，该方法包括施用γ链细胞因子(例如，IL-2、IL-4、IL-7、IL-9、IL-15和IL-21)。在一个实施方案中，该方法包括施用检查点阻断剂(例如抗CTLA-4)。
在一个实施方案中，本公开提供了一种通过重编程T细胞以克服有害肿瘤微环境(包括低T/M比率、高肿瘤负荷、高TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平)来改进免疫疗法(例如CAR T细胞治疗)的方法。在一个实施方案中，T细胞被工程化以表达γ链受体细胞因子。在一个实施方案中，γ链受体细胞因子在组成型或诱导型启动子下表达。
在一个实施方案中，本公开提供了一种通过优化T细胞制造以帮助CAR T细胞克服有害肿瘤微环境来改进CAR T细胞治疗的方法，其中可能有害的肿瘤微环境的特征包括低T/M比率、高肿瘤负荷、高TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平。在一个实施方案中，可能有害的TME的特征包括低T/M比率(在-0.5-4内)、高肿瘤负荷(在3000-40000mm2内)、高骨髓细胞密度(在1000-4000个细胞/mm2内)和/或高TME骨髓炎症水平(在27-2000内)。在一个实施方案中，该方法包括工程化CAR T细胞以表达γ链受体细胞因子。在一个实施方案中，γ链受体细胞因子在组成型或诱导型启动子下表达。在一个实施方案中，该方法包括在γ链细胞因子诸如IL-15的存在下生长T细胞。
在一个实施方案中，本公开提供了一种治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括：
(a)分析患者的肿瘤活检物以表征肿瘤微环境；以及
(b)向患者施用有效剂量的包含一种或多种嵌合受体的T细胞，其中有效剂量是使用肿瘤微环境的特征确定的，其中肿瘤微环境的特征包括T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或TME骨髓炎症水平，诸如低T/M比率(在-0.5-4内)、高肿瘤负荷(在3000-40000mm2内)、高骨髓细胞密度(在1000-4000个细胞/mm2内)和/或高骨髓炎症水平(在27-2000内)。
在一个实施方案中，使用基因表达谱、瘤内T细胞密度测量或它们的组合来表征肿瘤微环境。
在一个实施方案中，基因表达谱包括确定一组特定基因(在本文中用作生物标志物)和/或特定T细胞亚组的表达水平，其中许多在本公开的这一部分和实施例中举例说明。
在一个实施方案中，本公开提供了确定患者是否对嵌合受体治疗有反应的方法，该方法包括：
(a)使用反映T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或TME骨髓炎症水平诸如低T/M比率(在-0.5-4内)、高肿瘤负荷(在3000-40000mm2内)、高TME骨髓细胞密度(在1000-4000个细胞/mm2内)和/或高TME骨髓炎症水平(在27-2000内)的基因表达谱或T细胞谱分析患者的肿瘤活检物(在治疗之前和/或之后)以表征肿瘤微环境；
(b)基于基因表达谱确定免疫评分；以及
(c)基于免疫评分确定患者是否将对嵌合受体治疗有反应。
在一个实施方案中，本公开提供了一种确定患者是否对嵌合受体治疗有反应的方法，该方法包括：
(a)在治疗之前和治疗之后获得患者的肿瘤活检物；
(b)分析肿瘤活检物以表征肿瘤微环境；以及
(c)基于肿瘤微环境的特征确定患者是否将对嵌合受体治疗有反应，其中肿瘤微环境的特征包括T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或TME骨髓炎症水平，诸如低T/M比率(在-0.5-4内)、高肿瘤负荷(在3000-40000mm2内)、高TME骨髓细胞密度(在1000-4000个细胞/mm2内)和/或高TME骨髓炎症水平(在27-2000内)。
在一个实施方案中，本公开提供了一种治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括：
(a)在嵌合受体治疗之前分析患者的肿瘤活检物以表征肿瘤微环境；
(b)基于肿瘤微环境的特征确定患者是否将对嵌合受体治疗有反应；以及
(c)向患者施用有效剂量的包含一种或多种嵌合受体的T细胞，其中有效剂量是使用肿瘤微环境的特征确定的，其中肿瘤微环境的特征包括T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平，诸如低T/M比率(在-0.5-4内)、高肿瘤负荷(在3000-40000mm2内)、高TME骨髓细胞密度(在1000-4000个细胞/mm2内)和/或高TME骨髓炎症水平(在27-2000内)。
在一个实施方案中，肿瘤微环境的特征是在实施例和本公开的这一部分中分析和描述的任何特征。
基于T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平调整的治疗方法与治疗前属性的测量的组合
单采材料和工程化细胞的治疗前属性(T细胞属性)以及从患者样品测量的患者免疫因子可用于评估临床结果(包括反应和毒性)的可能性。与临床结果相关的属性可以是肿瘤相关参数(例如，肿瘤负荷、作为缺氧/细胞死亡标志物的血清LDH、与肿瘤负荷和骨髓细胞活性相关的炎性标志物)、T细胞属性(例如，T细胞适应性、功能性(尤其是T1相关的IFNγ产生)和输注的CD8 T细胞的总数)和通过在早期时间点血液中的峰值CAR T细胞水平测量的CAR T细胞移入。
从T细胞属性和患者治疗前属性推断的信息可用于确定、改进或制备适于治疗恶性肿瘤(例如，癌症)的治疗有效剂量。此外，一些T细胞属性和患者治疗前属性可用于确定患者在用工程化嵌合抗原受体(CAR)免疫疗法治疗后是否会出现不良事件(例如，神经毒性(NT)、细胞因子释放综合征(CRS))。因此，可以确定有效的不良事件管理策略(例如，基于所测量的一种或多种属性的水平，施用托珠单抗、皮质类固醇疗法或用于毒性预防的抗癫痫药物)。
在一些实施方案中，治疗前属性是包含一种或多种嵌合抗原受体的工程化T细胞的属性。在一些实施方案中，治疗前属性是T细胞转导率、主要T细胞表型、CAR T细胞和T细胞亚组的数量、CAR T细胞的适应性、T细胞功能性、T细胞多功能性、分化的CAR+CD8+T细胞的数量。
在一些实施方案中，治疗前属性是从获自患者的样品(例如，脑脊髓液(CSF)、血液、血清或组织活检物)测量的。在一些实施方案中，一种或多种治疗前属性是肿瘤负荷、IL-6水平或LDH水平。
T细胞表型
如本文所述，制造起始材料(单采材料)中的T细胞表型可与T细胞适应性(DT)相关。Tn样细胞和Tcm细胞(CCR7+细胞)的总％与DT负相关。Tem(CCR7-CD45RA-)细胞的％与DT直接相关。因此，在一些实施方案中，治疗前属性是Tn样细胞和Tcm细胞的％。在一些实施方案中，Tn样细胞和Tcm细胞的％由CCR7+细胞的百分比确定。在一些实施方案中，CCR7+细胞的百分比通过流式细胞术测量。
在一些实施方案中，治疗前属性是Tem(CCR7-CD45RA-)细胞的％。在一些实施方案中，Tem细胞的％由CCR7-CD45RA-细胞的百分比确定。在一些实施方案中，CCR7-CD45RA-细胞的百分比通过流式细胞术测量。
如本文所述，制造倍增时间和产物T细胞适应性与在入组CAR T细胞治疗之前患者T细胞的分化状态直接相关。因此，本公开提供了一种预测制造产品的T细胞适应性的方法，该方法包括在CAR T细胞治疗之前(例如，在单采产物中)确定患者T细胞的分化状态，以及基于该分化状态预测制造期间的T细胞适应性。
如本文所述，在总CD3+T细胞或CD4和CD8亚组内，单采产物中效应记忆T细胞的比例越大，产物倍增时间越长。如本文所述，起始材料中的T细胞表型越年轻，但产物T细胞适应性越好。如本文所述，代表表达关键共刺激分子的具有免疫能力的TN细胞亚组的CD27+CD28+TN细胞与产物倍增时间正相关。如本文所述，在所有主要表型组之间存在直接关联，包括由CD3、CD4和CD8亚组中的分化标志物定义的T细胞亚群在单采产物中相对于最终产物表型的比例。如本文所述，具有CD25hi CD4表达的T细胞(可能代表单采材料中的调节性T细胞)的比例与产品中的CD8 T细胞输出负相关。如本文所述，CAR T细胞治疗后的肿瘤负荷与最终产物的分化表型正相关。
如本文所述，归一化为肿瘤负荷的输注的CD8+T细胞的数量与CAR T细胞相对于肿瘤负荷的持久反应和扩增相关。更具体地，输注的CD8 T细胞的数量/治疗前肿瘤负荷的四分位数分析显示最低四分位数的持久反应率为16％，而最高四分位数为58％。
如本文所述，输注的特化T细胞(主要是CD8+TN细胞群)的数量对CAR T细胞疗法的持久临床功效具有积极影响。如本文所述，需要更高数量的产品CD8+T细胞以实现完全的肿瘤消退并在具有更高肿瘤负荷的患者中建立持久反应。如本文所述，在具有高肿瘤负荷的患者中，与有反应但然后复发的患者相比，持久反应与显著更高数量的输注的CD8 T细胞相关。如本文所述，归一化为肿瘤负荷的输注的TN细胞的数量与持久反应正相关。如本文所述，CD4:CD8比率与持久反应正相关。如本文所述，归一化为治疗前肿瘤负荷的产品中CD8 T细胞的总数与持久反应正相关。在CD8 T细胞中，TN细胞的数量与持久反应最显著相关。在一个实施方案中(例如，阿基仑赛)，被鉴定为CCR7+CD45RA+细胞的TN细胞实际上是干样记忆细胞而不是典型的幼稚T细胞。本公开提供了一些另外的关联，其可用于改进CAR T细胞输注产品、确定有效剂量和/或基于这些关联中的一个或多个预测持久反应的一种或多种方法。参见表1。
表1：产品表型与持续反应或峰值CAR T细胞水平之间的关联。使用逻辑回归计算 持久反应的P值并通过斯皮尔曼相关性计算CAR T细胞水平的P值。
a表示LOG2变换中的分析物。+在实施例中被称为TN的细胞被简单地鉴定为
CCR7+CD45RA+T细胞，并被进一步表征为干样记忆细胞。
因此，本公开提供了一种改善患者中CAR T细胞疗法的持久临床功效(例如，持久反应)的方法，该方法包括制备和/或向患者施用有效剂量的CAR T细胞治疗，其中有效剂量基于T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平以及输注产品中特化T细胞的数量和/或CD4:CD8比率的组合来确定。在一些实施方案中，特化T细胞是CD8+T细胞，优选TN细胞。在一个实施方案中(例如，阿基仑赛)，被称为TN的细胞被鉴定为CCR7+CD45RA+T细胞，并被进一步表征为干样记忆细胞。
在另一个实施方案中，本公开提供了一种确定患者对治疗将如何反应的方法，该方法包括(a)表征T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平以及输注产品中特化T细胞的数量以获得一个或多个值，以及(b)基于该一个或多个值确定患者将如何反应。在另一个实施方案中，本公开提供了一种治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括测量从患者获得的T细胞群体(例如，单采材料)中的T细胞表型，与T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平的测量组合。在一些实施方案中，该方法还包括基于所测量的特定T细胞类型的百分比来确定患者是否将对嵌合抗原受体治疗有反应。在一些实施方案中，在工程化细胞以表达嵌合抗原受体(CAR)(例如，单采材料)之前测量T细胞表型。在一些实施方案中，在工程化细胞以表达嵌合抗原受体(CAR)(例如，包含CAR的工程化T细胞)之后测量T细胞表型。
如本文所述，产品输注袋中CCR7+CD45RA+细胞的数量与对阿基仑赛治疗的(“快速”)反应(大约两周)正相关。因此，可以控制T细胞产品中这些细胞的百分比或总数以改善对T细胞治疗的反应。
如本文所述，产品输注袋中CCR7+CD45RA+T细胞的频率越高，产品T细胞适应性越高。如本文所述，产品输注袋中CCR7+CD45RA+T细胞的频率越高，产品倍增时间越短。因此，可以控制T细胞产品中这些细胞的百分比或总数以降低DT并改善对T细胞治疗的反应。
如本文所述，阿基仑赛产品输注袋中的大多数CCR7+CD45RA+T细胞是干样记忆细胞，而不是典型的幼稚T细胞。如本文所述，来自外周血的CCR7+CD45RA+T细胞可以在体外分化成干样记忆细胞。
如本文所述，与DT最相关的T细胞亚群是CCR7+CD45RA+CD27+CD28+T细胞。因此，可以控制T细胞产品中这些细胞的百分比或总数以降低DT并改善对T细胞治疗的反应。
如本文所述，CCR7+CD45RA+T细胞是T细胞疗法中抗肿瘤活性的驱动者。因此，可以控制T细胞产品中这些细胞的百分比或总数以改善对T细胞治疗的反应。
如本文所述，归一化为治疗前肿瘤负荷的特化T细胞的总数比CAR T细胞的产物T细胞的数量与临床功效更相关。因此，可以控制T细胞产品中这些细胞的百分比或总数以改善对T细胞治疗的反应。
T1功能
工程化T细胞的特征可能在于其免疫功能特征。本公开的方法提供了测量T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或TME骨髓炎症水平，与离体细胞因子产生水平结合。在一些实施方案中，细胞因子选自由IFNγ、TNFa、IL-12、MIP1β、MIP1α、IL-2、IL-4、IL-5和IL-13组成的组。在一些实施方案中，T细胞功能通过Th1细胞因子的水平来测量。
在一些实施方案中，Th1细胞因子选自由IFNγ、TNFa和IL-12组成的组。在一些实施方案中，T细胞功能通过IFNγ产生水平来测量。在一些实施方案中，过量T细胞IFNγ(治疗前属性)和治疗后T1活性是可用于确定患者是否会发生不良事件(例如，神经毒性)的属性。在一些实施方案中，通过在施用工程化CAR T细胞之前共培养来测量由工程化CAR T细胞产生的IFNγ水平。
在一些实施方案中，具有较低共培养IFNγ的工程化CAR T细胞导致积极的临床功效结果和降低的3+级神经毒性。在一个方面，本公开提供了一种治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括测量由包含嵌合抗原受体(CAR)的工程化T细胞群体产生的IFNγ水平。在一些实施方案中，该方法还包括基于与参考水平相比的所测量的IFNγ水平来确定患者是否将对嵌合抗原受体治疗有反应。在一些实施方案中，参考水平小于约1ng/ml、约2ng/ml、约3ng/ml、约4ng/ml、约5ng/ml、约6ng/ml、约7ng/ml或约8ng/ml。
在一些实施方案中，具有过量IFNγ产生的工程化CAR T细胞显示出3+级神经毒性的速率快速升高以及客观反应率的降低。在一个方面，本公开提供了一种治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括测量由包含嵌合抗原受体(CAR)的工程化T细胞群体产生的IFNγ水平。在一些实施方案中，该方法还包括基于与参考水平相比的所测量的IFNγ水平来确定患者是否将对嵌合抗原受体治疗产生不良事件。在一些实施方案中，参考水平大于约5ng/ml、约6ng/ml、约7ng/ml、或约8ng/ml、约9ng/ml、约10ng/ml或约11ng/ml。
如本文所述，CAR T细胞输注后血清中IFNγ的早期升高与3+级毒性的速率直接相关。在一些实施方案中，测量CAR T细胞输注后血清中的IFNγ升高(第1天/第0天倍数变化)。在一些实施方案中，第1天/第0天血清IFNγ倍数变化大于约25导致3+级神经毒性。在一些实施方案中，第1天/第0天血清IFNγ倍数变化大于约30、约35、约40、约45或约50导致3+级神经毒性。
CAR T细胞输注后血清中IFNγ相关的CXCL10(IP-10)升高的早期升高与3+级毒性的速率直接相关。在一些实施方案中，测量CAR T细胞输注后血清中的IFNγ相关CXCL10(IP-10)升高(第1天/第0天倍数变化)。在一些实施方案中，第1天/第0天血清IFNγ相关CXCL10(IP-10)倍数变化大于约2.5导致3+级神经毒性。在一些实施方案中，第1天/第0天血清IFNγ相关CXCL10(IP-10)倍数变化大于约3.0、约3.5、约4.0、约4.5或约5.0导致3+级神经毒性。
如本文所述，治疗前产物T细胞IFNγ的产生与输注袋中分化程度较高的T细胞相关，并且与严重的神经毒性正相关，并且与功效降低较低程度的相关。因此，在一个实施方案中，本公开提供了一种预测神经毒性的方法，该方法包括测量治疗前产物T细胞IFNγ产生水平并基于该水平预测神经毒性。在一个实施方案中，该方法还包括调节治疗前产物T细胞IFNγ产生水平以改善CAR T细胞治疗的有效性和/或毒性。在一些实施方案中，该方法还包括施用有效剂量的CAR T细胞治疗，其中该有效剂量基于产物T细胞IFNγ产生水平确定。
全身炎性病症与血清铁蛋白、C反应蛋白(CRP)、IL6、IL8、CCL2升高以及血清白蛋白降低相关，并表明全身性骨髓活化状态。已知骨髓来源的抑制细胞被肿瘤内的IL8和CCL2诱导，并被来自骨髓的IL6动员。
如本文所述，低T/M比率、高肿瘤负荷、高TME骨髓细胞密度和/或高TME骨髓炎症水平，与调节(在基线处)之前测量的血清中促炎和骨髓活化标志物(例如，IL6、铁蛋白、CCL2)结合，与体内CAR T细胞扩增受损和持久反应率降低相关。因此，在一个实施方案中，本公开提供了一种提高CAR T细胞治疗之后持久反应率的方法，该方法包括在CAR T细胞治疗施用之前降低患者血清和/或TME中促炎和骨髓活化标志物的基线水平。本公开还提供了一种确定患者是否将对CAR T细胞治疗具有持久反应的方法，该方法包括测量T/M比率、肿瘤负荷、TME骨髓细胞密度和/或TME骨髓炎症水平，与促炎和骨髓活化标志物的基线水平结合，并基于这些水平做出确定。在一些实施方案中，该方法还包括施用有效剂量的CAR T细胞治疗，其中该有效剂量基于促炎和骨髓活化标志物的基线水平确定。如本文所述，CAR T细胞输注后持续的全身性炎症与CAR T细胞未能完全消除肿瘤相关。
如本文所述，促炎标志物在调节(在基线处)之前测量的治疗前水平彼此正相关并且与血红蛋白和血小板水平负相关。如本文所述，治疗前肿瘤负荷与基线血清LDH、铁蛋白和IL6相关，但与CCL2不相关。如本文所述，治疗前铁蛋白和LDH与归一化为治疗前肿瘤负荷的CAR T细胞扩增负相关(峰值CAR T细胞扩增/肿瘤负荷)。如本文所述，治疗前肿瘤负荷和全身性炎症与持久反应率负相关；这种效应可能是由于相对于治疗前肿瘤负荷CAR-T细胞扩增减少所介导的。因此，在一个实施方案中，本公开提供了一种提高CAR T细胞治疗之后持久反应率的方法，该方法包括在施用CAR T细胞治疗之前减少患者的全身性炎症。本公开还提供了一种确定患者是否将对CAR T细胞治疗具有持久反应的方法，该方法包括测量治疗前肿瘤负荷和炎症以获得它们的水平并基于这些水平做出确定。在一些实施方案中，该方法还包括施用有效剂量的CAR T细胞治疗，其中该有效剂量是基于这些水平计算的。
如本文所述，升高的LDH与降低的持久反应相关。因此，本公开还提供了一种确定患者是否将对CAR T细胞治疗具有持久反应的方法，该方法包括测量LDH的基线水平并基于这些水平做出确定。在一些实施方案中，该方法还包括施用有效剂量的CAR T细胞治疗，其中该有效剂量基于LDH的基线水平确定。
如本文所述，基线IL6升高与降低的反应率和持久的反应率相关。因此，本公开提供了一种增强CAR T细胞治疗之后反应和持久反应的方法，该方法包括在CAR T细胞治疗施用之前降低IL6的基线水平。本公开还提供了一种确定患者是否将对CAR T细胞治疗具有持久反应的方法，该方法包括测量IL6的基线水平并基于这些水平做出确定。在一些实施方案中，该方法还包括施用有效剂量的CAR T细胞治疗，其中该有效剂量基于IL6的基线水平确定。在一个实施方案中，基线IL6活化或水平用药剂如托珠单抗(或另一种抗IL6/IL6R药剂/拮抗剂)降低。
如本文所述，输注后前28天内的高的峰值和累积铁蛋白水平与较低的体内CAR T细胞扩增和较低的持久反应率相关。因此，本公开提供了一种增强CAR T细胞治疗之后反应和持久反应的方法，该方法包括在CAR T细胞治疗施用后的前28天内降低高的峰值和累积铁蛋白水平。本公开还提供了一种确定患者是否将对CAR T细胞治疗具有持久反应的方法，该方法包括测量输注后前28天内的高的峰值和累积铁蛋白水平并基于这些水平做出确定。
如本文所述，前28天的铁蛋白水平与归一化为肿瘤负荷的峰值CAR T细胞水平之间存在关联。如本文所述，与具有持久反应的患者相比，在CAR T细胞输注后的大多数时间点，在复发或没有反应的患者中观察到较高水平的血清铁蛋白。因此，本公开还提供了一种确定患者是否会复发或对CART细胞治疗没有反应的方法，该方法包括在CAR T细胞输注后的某个时间点测量血清铁蛋白水平并基于这些水平(例如，相对于参照值)做出确定。
如本文所述，升高的治疗前或治疗后促炎、骨髓相关细胞因子(IL6、铁蛋白、CCL2)以及LDH与≥3级NE或CRS正相关。因此，本公开提供了一种降低≥3级NE和/或CRS的方法，该方法包括降低一种或多种促炎、骨髓相关细胞因子(例如，IL6、铁蛋白、CCL2)和/或LDH的治疗前和/或治疗后水平。本公开还提供了一种确定患者在施用CAR T细胞治疗之后是否将具有≥3NE或CRS的方法，该方法包括测量促炎、骨髓相关细胞因子(IL6、铁蛋白、CCL2)和/或LDH的基线水平并基于这些水平做出确定。在一些实施方案中，该方法还包括施用有效剂量的CAR T细胞治疗，其中该有效剂量基于促炎、骨髓相关细胞因子(IL6、铁蛋白、CCL2)以及LDH的基线水平确定。
如本文所述，治疗后早期测量的IFNγ、CXCL10和IL15的血清水平与神经毒性正相关，但与持久反应率不相关。因此，本公开提供了一种降低神经毒性的方法，该方法包括降低IFNγ、CXCL10和/或IL15的早期治疗后血清水平。如本文所述，第0天的IL15血清水平与第1天的IFNγ血清水平显著相关，而不是与产物共培养IFNγ相关。
本公开还提供了一种确定患者在施用CAR T细胞治疗后是否将表现出神经毒性的方法，该方法包括测量早期治疗后测量的IFNγ、CXCL10和IL15的血清水平并基于这些水平做出确定。在一些实施方案中，该方法还包括施用有效剂量的降低神经毒性的药剂，其中该有效剂量基于IFNγ、CXCL10和IL15的基线水平确定。在一些实施方案中，在治疗后第0天和/或第1天测量这些水平。在一些实施方案中，药剂选自降低IFNγ、CXCL10和IL15和/或其他细胞因子的水平或活性的药剂。
肿瘤相关参数(例如，肿瘤负荷、作为缺氧/细胞死亡标志物的血清LDH、与肿瘤负荷和骨髓细胞活性相关的炎性标志物)可能与临床结果相关。在一个方面，本公开提供了一种治疗患者的恶性肿瘤的方法，该方法包括在施用CAR T细胞治疗之前测量患者的肿瘤负荷，与测量T/M比率、TME骨髓细胞密度和/或TME骨髓炎症水平结合。在一些实施方案中，该方法还包括基于与参考水平相比的肿瘤负荷水平来确定患者是否将对CAR T细胞治疗有反应。在一些实施方案中，参考水平小于约1,000mm2、约2,000mm2、约3,000mm2、约4,000mm2。
如本文所述，肿瘤负荷越高，实现OR的受试者在治疗后1年内复发的可能性越高，并且3+级神经毒性的可能性越高。在一些实施方案中，如果治疗前肿瘤负荷大于约4,000mm2、约5,000mm2、约6,000mm2、约7,000mm2或约8,000mm2，则肿瘤负荷可用于评估有反应的患者中复发的概率。
如本文所述，低肿瘤负荷预CAR T细胞疗法是持久反应的阳性预测因子。如本文所述，在最高肿瘤负荷四分位数中，与复发或无反应的患者相比，实现持久反应的患者具有3倍以上的峰值CAR T细胞扩增。如本文所述，与具有较低肿瘤负荷的患者相比，具有较高肿瘤负荷的患者在可比较的峰值CAR T细胞水平下存在较低的持久反应率。如本文所述，与无反应者或随后在治疗后一年内复发的反应者相比，持久反应者具有更高的峰值CART细胞/肿瘤负荷比。如本文所述，与部分反应者或无反应者相比，完全反应者具有更高的峰值CART细胞/肿瘤负荷比。因此，本公开还提供了一种确定患者是否将是无反应者、具有持久反应或在施用CAR T细胞治疗后一年内复发的方法，该方法包括测量峰值CAR T细胞/肿瘤负荷比并基于这些水平做出确定。如本文所述，客观反应率和持久反应率与增加峰值CAR T细胞水平相关。如本文所述，在峰值CAR T细胞/肿瘤负荷比率的最低四分位数内的患者的持久反应率(12％)低于在最高四分位数内的患者的持久反应率(＞50％)。如本文所述，用含有CD28共刺激结构域的抗CD19 CAR T细胞疗法治疗的难治性大细胞淋巴瘤的持久反应受益于与肿瘤负荷相称的早期CAR T细胞扩增。
如本文所述，肿瘤负荷与严重的神经毒性正相关：当速率从四分位数1增加到四分位数3时，它们在最高四分位数中下降，通常反映了整个群体中CAR T细胞扩增与肿瘤负荷之间的关联。
如本文所述，归一化为治疗前肿瘤负荷或体重的峰值CAR T细胞水平与功效密切相关，并且后者与≥3级NE相关。因此，本公开还提供了一种确定患者在施用CAR T细胞治疗后是否将表现出持久反应的方法，该方法包括测量归一化为治疗前肿瘤负荷或体重的峰值CAR T细胞水平，并基于这些水平做出确定。此外，本公开还提供了一种确定患者在施用CART细胞治疗后是否将表现出≥3级NE的方法，该方法包括测量归一化为治疗前肿瘤体重的峰值CAR T细胞水平，并基于这些水平做出确定。
如本文所述，与治疗前肿瘤负荷相称并受内在产物T细胞适应性、特化T细胞亚组的剂量和宿主全身性炎症影响的体内CAR T细胞扩增是持久反应的决定性因素。因此，这些参数可以用作持久反应的生物标志物，并且还可以通过实验操作来改善对T细胞治疗的反应。
如本文所述，次优产物T细胞适应性是与主要治疗抗性相关的主要因素，并且与肿瘤负荷成比例的有限数量的CCR7+CD45RA+或CD8 T细胞与未能实现持久反应相关。因此，这些参数可以用作持久反应的生物标志物，并且还可以通过实验操作来改善对T细胞治疗的反应。
如本文所述，高肿瘤负荷、显著的炎性状态(由CAR T细胞输注前后的骨髓活化标志物反映)和过量的1型细胞因子与持久功效负相关并与严重毒性正相关。因此，这些参数可以用作持久反应的生物标志物，并且还可以通过实验操作来改善对T细胞治疗的反应。
临床结果
在一些实施方案中，临床结果是完全反应。在一些实施方案中，临床结果是持久反应。在一些实施方案中，临床结果是完全反应。在一些实施方案中，临床结果是无反应。在一些实施方案中，临床结果是部分反应。在一些实施方案中，临床结果是客观反应。在一些实施方案中，临床结果是生存。在一些实施方案中，临床结果是复发。
在一些实施方案中，客观反应(OR)根据修订的IWG恶性淋巴瘤反应标准(Cheson,2007)确定，并通过IWG恶性淋巴瘤反应标准(Cheson等人Journal of Clinical Oncology32，第27期(2014年9月)3059-3067)确定。评估反应的持续时间。根据卢加诺反应分类标准通过研究者评估来评估无进展生存(PFS)。
在一些实施方案中，通过在施用工程化CAR T细胞后约1天、约2天、约3天、约4天、约5天、约6天或约7天随访来确定反应、血液中CAR T细胞的水平、或免疫相关因子。在一些实施方案中，通过在施用工程化CAR T细胞后约1周、约2周、约3周或约4周随访来确定反应、血液中CAR T细胞的水平、或免疫相关因子。在一些实施方案中，通过在施用工程化CAR T细胞后约1个月、约2个月、约3个月、约4个月、约5个月、约6个月、约7个月、约8个月、约9个月、约10个月、约11个月、约12个月、约13个月、约14个月、约15个月、约16个月、约17个月、约18个月、约19个月、约20个月、约21个月、约22个月、约23个月或约24个月随访来确定反应、血液中CAR T细胞的水平、和/或免疫相关因子。在一些实施方案中，通过在施用工程化CAR T细胞后约1年、约1.5年、约2年、约2.5年、约3年、约4年或约5年随访来确定反应、血液中CART细胞的水平、和/或免疫相关因子。
在一些实施方案中，本文描述的方法可以为受试者提供临床益处。在一些实施方案中，至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的患者获得临床益处。在一些实施方案中，约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、0％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％和其间任何未列举的％的患者获得临床益处。在一些实施方案中，反应率为1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、9.5％、10.5％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、25 55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％或一些其他未列举的百分比，并且范围在1％与100％之间。在一些实施方案中，反应率在0％-10％、10％-20％、20％-30％、30％-40％、40％-50％、50％-60％、60％-70％、70％-80％、80％-90％或90％-100％之间。在一些实施方案中，反应率在0％-1％、1％-1.5％、1.5％-2％、2％-3％、3％-4％、4％-5％、5％-6％、6％-7％、7％-8％、8％-9％、9％-10％、10％-15％、15％-20％、20-25％、25％-30％、35-40％等以此类推至95％-100％之间。
在一个实施方案中，免疫疗法是CAR-T细胞免疫疗法。嵌合抗原受体(CAR)是遗传工程化受体。根据本领域已知的技术，这些工程改造的受体可插入包括T细胞和其他淋巴细胞在内的免疫细胞中并由其表达。使用CAR，可对单个受体进行编程，使其既识别特异性抗原，又在结合该抗原时激活免疫细胞以攻击并破坏携带该抗原的细胞。当这些抗原存在于肿瘤细胞上时，表达CAR的免疫细胞可靶向并杀死肿瘤细胞。嵌合抗原受体可掺入共刺激(信号传导)结构域以增加它们的效力。参见美国专利号7,741,465和6,319,494，以及Krause等人和Finney等人(出处同上)，Song等人,Blood 119:696-706(2012)；Kalos等人,Sci.Transl.Med.3:95(2011)；Porter等人,N.Engl.J.Med.365:725-33(2011)，以及Gross等人,Annu.Rev.Pharmacol.Toxicol.56:59–83(2016)。
在一些实施方案中，包括截短的铰链结构域(“THD”)的共刺激结构域还包含免疫球蛋白家族成员的一些或全部，诸如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgD、IgE、IgM或其片段。
在一些实施方案中，THD源自人完整铰链结构域(“CHD”)。在其他实施方案中，THD源自共刺激蛋白的啮齿类动物、鼠类或灵长类动物(例如，非人灵长类动物)CHD。在一些实施方案中，THD源自共刺激蛋白的嵌合CHD。
本公开的CAR的共刺激结构域还可以包含跨膜结构域和/或胞内信号传导结构域。跨膜结构域可以与CAR的胞外结构域融合。共刺激结构域可以类似地与CAR的胞内结构域融合。在一些实施方案中，使用与CAR中的结构域之一天然缔合的跨膜结构域。在一些情况下，通过氨基酸取代来选择或修饰跨膜结构域，以避免此类结构域与相同或不同表面膜蛋白的跨膜结构域结合，以最小化与受体复合物的其他成员的相互作用。跨膜结构域可源自天然或合成来源。在来源是天然来源的情况下，结构域可以来源于任何膜结合蛋白质或跨膜蛋白质。本公开中特别使用的跨膜区可以源自(即，包含)4-1BB/CD137、活化NK细胞受体、免疫球蛋白、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD100(SEMA4D)、CD103、CD160(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD28、CD29、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD30、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD7、CD84、CD8、CD8α、CD8β、CD96(Tactile)、CD11a、CD11b、CD11c、CD11d、CDS、CEACAM1、CRT AM、细胞因子受体、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fcγ受体、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、Igα(CD79a)、IL-2Rβ、IL-2Rγ、IL-7Rα、诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)、整合素、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGBl、KIRDS2、LAT、LFA-1、特异性结合CD83的配体、LIGHT、LTBR、Ly9(CD229)、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1；CD11a/CD18)、MHC 1类分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX-40、PAG/Cbp、程序性死亡-1(PD-1)、PSGL1、SELPLG(CD162)、信号传导淋巴细胞活化分子(SLAM蛋白)、SLAM(SLAMF1；CD150；IPO-3)、SLAMF4(CD244；2B4)、SLAMF6(NTB-A；Lyl08)、SLAMF7、SLP-76、TNF受体蛋白、TNFR2、TNFSF14、Toll配体受体、TRANCE/RANKL、VLA1或VLA-6，或者它们的片段、截短形式或组合。
任选地，短接头可以在CAR的任何或一些细胞外、跨膜和细胞内结构域之间形成连接。在一些实施方案中，接头可源自甘氨酸-甘氨酸-甘氨酸-甘氨酸-丝氨酸(SEQ ID NO:2)(G4S)n或GSTSGSGKPGSGEGSTKG(SEQ ID NO:1)的重复。在一些实施方案中，接头包含3-20个氨基酸和与GSTSGSGKPGSGEGSTKG(SEQ ID NO:1)至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列。
本文描述的接头也可以用作肽标签。接头肽序列可以具有连接一种或多种感兴趣蛋白的任何合适长度，并且优选地被设计成足够柔性的，以允许其连接的一种或两种肽的正确折叠和/或功能和/或活性。因此，接头肽的长度可以不超过10个、不超过11个、不超过12个、不超过13个、不超过14个、不超过15个、不超过16个、不超过17个、不超过18个、不超过19个或不超过20个氨基酸。在一些实施方案中，接头肽包含至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个氨基酸的长度。在一些实施方案中，接头包含至少7个且不超过20个氨基酸、至少7个且不超过19个氨基酸、至少7个且不超过18个氨基酸、至少7个且不超过17个氨基酸、至少7个且不超过16个氨基酸、至少7个且不超过15个氨基酸、至少7个且不超过14个氨基酸、至少7个且不超过13个氨基酸、至少7个且不超过12个氨基酸或至少7个且不超过11个氨基酸。在某些实施方案中，接头包含15-17个氨基酸，并且在特定实施方案中，包含16个氨基酸。在一些实施方案中，接头包含10-20个氨基酸。在一些实施方案中，接头包含14-19个氨基酸。在一些实施方案中，接头包含15-17个氨基酸。在一些实施方案中，接头包含15-16个氨基酸。在一些实施方案中，接头包含16个氨基酸。在一些实施方案中，接头包含3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个氨基酸。
在一些实施方案中，使用间隔区结构域。在一些实施方案中，间隔区结构域源自CD4、CD8a、CD8b、CD28、CD28T、4-1BB或本文描述的其他分子。在一些实施方案中，间隔区结构域可以包括化学诱导的二聚化物以在添加小分子后控制表达。在一些实施方案中，不使用间隔区。
本公开的工程化T细胞的胞内(信号传导)结构域可以向活化结构域提供信号传导，该活化结构域然后活化免疫细胞的至少一种正常效应子功能。T细胞的效应子功能例如可以是细胞溶解活性或辅助活性，包括细胞因子的分泌。
在某些实施方案中，合适的胞内信号传导结构域包括(即，包含)但不限于4-1BB/CD137、活化NK细胞受体、免疫球蛋白、B7-H3、BAFFR、BLAME(SLAMF8)、BTLA、CD100(SEMA4D)、CD103、CD160(BY55)、CD18、CD19、CD19a、CD2、CD247、CD27、CD276(B7-H3)、CD28、CD29、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD30、CD4、CD40、CD49a、CD49D、CD49f、CD69、CD7、CD84、CD8、CD8α、CD8β、CD96(Tactile)、CD11a、CD11b、CD11c、CD11d、CDS、CEACAM1、CRT AM、细胞因子受体、DAP-10、DNAM1(CD226)、Fcγ受体、GADS、GITR、HVEM(LIGHTR)、IA4、ICAM-1、Igα(CD79a)、IL-2Rβ、IL-2Rγ、IL-7Rα、诱导型T细胞共刺激因子(ICOS)、整合素、ITGA4、ITGA6、ITGAD、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB2、ITGB7、ITGBl、KIRDS2、LAT、特异性结合CD83的配体、LIGHT、LTBR、Ly9(CD229)、Lyl08、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1；CD11a/CD18)、MHC 1类分子、NKG2C、NKG2D、NKp30、NKp44、NKp46、NKp80(KLRF1)、OX-40、PAG/Cbp、程序性死亡-1(PD-1)、PSGL1、SELPLG(CD162)、信号传导淋巴细胞活化分子(SLAM蛋白)、SLAM(SLAMF1；CD150；IPO-3)、SLAMF4(CD244；2B4)、SLAMF6(NTB-A)、SLAMF7、SLP-76、TNF受体蛋白、TNFR2、TNFSF14、Toll配体受体、TRANCE/RANKL、VLA1或VLA-6，或它们的片段、截短形式或组合。
抗原结合分子
合适的CAR和TCR可以通过掺入与靶向抗原相互作用的抗原结合分子而与抗原(诸如细胞表面抗原)结合。在一些实施方案中，抗原结合分子是其抗体片段，例如，一个或多个单链抗体片段(“scFv”)。scFv是具有连接在一起的抗体重链和轻链可变区的单链抗体片段。参见美国专利号7,741,465和6,319,494，以及Eshhar等人,Cancer ImmunolImmunotherapy(1997)45:131-136。scFv保留了亲本抗体与靶抗原特异性相互作用的能力。scFv在嵌合抗原受体中很有用，因为它们可以被工程化以与其他CAR组分一起表达为单链的一部分。Id.还参见Krause等人,J.Exp.Med.,第188卷第4期,1998(619–626)；Finney等人,Journal of Immunology,1998,161:2791-2797。应当理解，抗原结合分子通常包含在CAR或TCR的胞外部分内，使得其能够识别并结合感兴趣的抗原。双特异性和多特异性CAR和TCR考虑在本公开的范围内，其对多于一种感兴趣的靶标具有特异性。
在一些实施方案中，多核苷酸编码包含(截短的)铰链结构域和特异性结合靶抗原的抗原结合分子的CAR或TCR。在一些实施方案中，靶抗原是肿瘤抗原。在一些实施方案中，抗原选自肿瘤相关表面抗原，诸如5T4、甲胎蛋白(AFP)、B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、BCMA、B-人绒毛膜促性腺激素、CA-125、癌胚抗原(CEA)、CD123、CD133、CD138、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD30、CD33、CD34、CD4、CD40、CD44、CD56、CD8、CLL-1、c-Met、CMV-特异性抗原、CS-1、CSPG4、CTLA-4、DLL3、二唾液酸神经节苷脂GD2、导管-上皮粘蛋白、EBV-特异性抗原、EGFR变体III(EGFRvIII)、ELF2M、内皮糖蛋白、肝配蛋白B2、表皮生长因子受体(EGFR)、上皮细胞粘附分子(EpCAM)、上皮肿瘤抗原、ErbB2(HER2/neu)、成纤维细胞相关蛋白(fap)、FLT3、叶酸结合蛋白、GD2、GD3、神经胶质瘤相关抗原、鞘糖脂、gp36、HBV-特异性抗原、HCV-特异性抗原、HER1-HER2、HER2-HER3组合、HERV-K、高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW-MAA)、HIV-1包膜糖蛋白gp41、HPV-特异性抗原、人端粒酶逆转录酶、IGFI受体、IGF-II、IL-11Rα、IL-13R-a2、流感病毒-特异性抗原；CD38、胰岛素生长因子(IGFl)-l、肠羧基酯酶、κ链、LAGA-la、λ链、拉沙病毒-特异性抗原、凝集素反应性AFP、谱系特异性或组织特异性抗原诸如CD3、MAGE、MAGE-A1、主要组织相容性复合体(MHC)分子、呈递肿瘤特异性肽表位的主要组织相容性复合体(MHC)分子、M-CSF、黑色素瘤相关抗原、间皮素、MN-CA IX、MUC-1、muthsp70-2、突变p53、突变ras、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、NKG2D、Nkp30、NY-ESO-1、p53、PAP、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、前列腺特异性抗原蛋白、STEAP1、STEAP2、PSMA、RAGE-1、ROR1、RU1、RU2(AS)、表面粘附分子、生存素和端粒酶、TAG-72、纤连蛋白的额外结构域A(EDA)和额外结构域B(EDB)以及腱生蛋白-C的Al结构域(TnC Al)、甲状腺球蛋白、肿瘤基质抗原、血管内皮生长因子受体-2(VEGFR2)、病毒-特异性表面抗原诸如HIV-特异性抗原(诸如HIV gpl20)，以及这些表面抗原的任何衍生物或变体。
在一个实施方案中，免疫疗法是T细胞疗法。在一个实施方案中，细胞来自受试者。在一个实施方案中，细胞是诱导型多能干细胞(iPSC)。T细胞可获自例如外周血单核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾组织、肿瘤或在体外分化。另外，T细胞可衍生自本领域中可用的一种或多种T细胞系。还可使用技术人员已知的多种技术(诸如FICOLLTM分离和/或血液单采术)从收集自受试者的血液单位中获得T细胞。在一些实施方案中，洗涤通过血液单采术收集的细胞以去除血浆部分，并将其置于适当的缓冲液或培养基中以用于后续处理。在一些实施方案中，用PBS洗涤细胞。应当理解，可使用洗涤步骤，诸如通过使用半自动流通式离心机，例如CobeTM 2991细胞处理器、Baxter CytoMateTM等。在一些实施方案中，将洗涤的细胞重悬于一种或多种生物相容性缓冲液或者具有或不具有缓冲液的其他盐溶液中。在一些实施方案中，去除血液单采术样品的不需要的组分。分离T细胞疗法用T细胞的附加方法公开于美国专利公布2013/0287748中，该专利公布全文以引用方式并入本文。
在一些实施方案中，通过裂解红血细胞并耗竭单核细胞(例如通过使用通过PERCOLLTM梯度的离心)来从PBMC分离T细胞。在一些实施方案中，通过本领域已知的阳性或阴性选择技术来进一步分离T细胞的特定亚群，诸如CD4+、CD8+、CD28+、CD45RA+和CD45RO+T细胞。例如，可使用针对阴性选择的细胞特有的表面标志物的抗体组合来完成通过阴性选择的T细胞群的富集。在一些实施方案中，可使用经由负磁性免疫粘附或流式细胞术进行的细胞分选和/或选择，其使用针对存在于阴性选择的细胞上的细胞表面标志物的单克隆抗体的混合物。例如，为了通过阴性选择来富集CD4+细胞，单克隆抗体混合物通常包含针对CD8、CD11b、CD14、CD16、CD20和HLA-DR的抗体。在一些实施方案中，使用流式细胞术和细胞分选来分离用于本公开中的感兴趣的细胞群。
在一些实施方案中，使用如本文所述的方法将PBMC直接用于免疫细胞(诸如CAR)的基因修饰。在一些实施方案中，在分离PBMC之后，进一步分离T淋巴细胞，并且在基因修饰和/或扩增之前或之后，将细胞毒性和辅助T淋巴细胞分选为幼稚、记忆和效应T细胞亚群。
在一些实施方案中，通过鉴定与这些类型的CD8+细胞的每一种相关联的细胞表面抗原，将CD8+细胞进一步分选为幼稚、中央记忆和效应细胞。在一些实施方案中，中央记忆T细胞的表型标志物的表达包括CCR7、CD3、CD28、CD45RO、CD62L和CD127的表达并且对颗粒酶B是阴性的。在一些实施方案中，中央记忆T细胞是CD8+、CD45RO+和CD62L+T细胞。在一些实施方案中，效应T细胞对CCR7、CD28、CD62L和CD127是阴性的并且对颗粒酶B和穿孔素是阳性的。在一些实施方案中，将CD4+T细胞进一步分选为亚群。例如，可通过鉴定具有细胞表面抗原的细胞群来将CD4+T辅助细胞分选为幼稚、中央记忆和效应细胞。
在一些实施方案中，使用已知方法在分离后对免疫细胞(例如，T细胞)进行基因修饰，或者在对免疫细胞进行基因修饰之前使其在体外活化和扩增(或在祖细胞的情况下分化)。在另一个实施方案中，用本文所述的嵌合抗原受体对免疫细胞(例如，T细胞)进行基因修饰(例如，用包含一个或多个编码CAR的核苷酸序列的病毒载体进行转导)，然后在体外活化和/或扩增。用于活化和扩增T细胞的方法是本领域已知的，并且描述于例如美国专利号6,905,874、6,867,041和6,797,514以及PCT公开号WO 2012/079000中，其内容全文据此以引用方式并入。一般来讲，此类方法包括在具有适当的细胞因子(诸如IL-2)的培养基中使PBMC或分离的T细胞与通常附着于珠粒或其他表面的刺激剂和共刺激剂(诸如抗CD3和抗CD28抗体)接触。附着在同一珠粒上的抗CD3抗体和抗CD28抗体充当“替代”抗原递呈细胞(APC)。一个示例是系统，这是一种用于人T细胞的生理活化的CD3/CD28激活剂/刺激剂系统。在其他实施方案中，使用诸如美国专利6,040,177和5,827,642以及PCT公布WO 2012/129514(这些专利的内容据此全文以引用方式并入)中描述的那些的方法，用饲养细胞以及适当的抗体和细胞因子激活并刺激T细胞以增殖。
在一些实施方案中，从供体受试者获得T细胞。在一些实施方案中，供体受试者是罹患癌症或肿瘤的人类患者。在一些实施方案中，供体受试者是未罹患癌症或肿瘤的人类患者。
在一些实施方案中，包含工程化T细胞的组合物包含药学上可接受的载体、稀释剂、增溶剂、乳化剂、防腐剂和/或辅助剂。在一些实施方案中，组合物包含赋形剂。“药学上可接受的载体”是指药物制剂中除活性成分之外的对受试者无毒的成分。药学上可接受的载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
在一些实施方案中，选择组合物以用于肠胃外递送、用于吸入或用于通过消化道递送，诸如口服。此类药学上可接受的组合物的制备在本领域技术人员的能力范围内。在一些实施方案中，使用缓冲剂将组合物保持在生理pH或稍低的pH，通常在约5至约8的pH范围内。在一些实施方案中，当考虑肠胃外施用时，组合物呈药学上可接受的溶媒中的无热原、肠胃外可接受的水溶液的形式，该水溶液包含本文所述的组合物，有或没有附加治疗剂。在一些实施方案中，用于肠胃外注射的溶媒是无菌蒸馏水，在其中将本文所述的组合物与或不与至少一种附加治疗剂一起配制为适当保存的无菌等渗溶液。在一些实施方案中，制备涉及将所需分子与聚合物化合物(诸如聚乳酸或聚乙醇酸)、珠粒或脂质体一起配制，以提供产品的受控或持续释放，然后将其通过积存注射进行递送。在一些实施方案中，可植入药物递送装置用于引入所需的分子。
在一些实施方案中，为对其有需要的受试者治疗癌症的方法包括T细胞疗法。在一些实施方案中，本文所公开的T细胞疗法是工程化的自体细胞疗法(eACTTM)。根据该实施方案，该方法可包括从患者收集血细胞。然后可对分离的血细胞(例如，T细胞)进行工程改造以表达本文所公开的CAR。在特定实施方案中，向患者施用CAR T细胞。在一些实施方案中，CAR T细胞治疗患者的肿瘤或癌。在一些实施方案中，CAR T细胞减小肿瘤或癌的大小。
在一些实施方案中，从患者获得用于T细胞疗法的供体T细胞(例如，用于自体T细胞疗法)。在其他实施方案中，从不是患者的受试者获得用于T细胞疗法的供体T细胞。在某些实施方案中，T细胞是肿瘤浸润性淋巴细胞(TIL)、工程化自体T细胞(eACTTM)、同种异体T细胞、异源性T细胞，或它们的任何组合。
在一些实施方案中，以治疗有效量施用工程化T细胞。例如，治疗有效量的工程化T细胞可以是至少约104个细胞、至少约105个细胞、至少约106个细胞、至少约107个细胞、至少约108个细胞、至少约109个或至少约1010个。在另一个实施方案中，治疗有效量的T细胞是约104个细胞、约105个细胞、约106个细胞、约107个细胞或约108个细胞。在一些实施方案中，治疗有效量的T细胞是约2×106个细胞/kg、约3×106个细胞/kg、约4×106个细胞/kg、约5×106个细胞/kg、约6×106个细胞/kg、约7×106个细胞/kg、约8×106个细胞/kg、约9×106个细胞/kg、约1×107个细胞/kg、约2×107个细胞/kg、约3×107个细胞/kg、约4×107个细胞/kg、约5×107个细胞/kg、约6×107个细胞/kg、约7×107个细胞/kg、约8×107个细胞/kg或约9×107个细胞/kg。
在一些实施方案中，治疗有效量的工程化活T细胞介于每kg体重约1×106与约2×106个工程化活T细胞之间直至约1×108个工程化活T细胞的最大剂量。
在一些实施方案中，工程化T细胞是抗CD19 CART T细胞。在一些实施方案中，抗CD19 CAR T细胞是阿基仑赛产品、YESCARTATM阿基仑赛(axicabtagene ciloleucel)、TECARTUSTM-布瑞基奥仑赛/KTE-X19、KYMRIAHTM(替沙仑赛)等。在一些实施方案中，产品满足商业规格。在一些实施方案中，产品不满足商业规格(不合格产品，OOS)。在一些实施方案中，与满足商业规格的阿基仑赛产品相比，OOS产品包含更少、分化程度较低的CCR7+TN和TCM以及更大比例的分化程度较高的CCR7-TEM+TEFF细胞。在一些实施方案中，OOS产品在施用后产生低于商业产品的中位峰值CAR T细胞水平的中位峰值CAR T细胞水平。在一些实施方案中，OOS产品仍然显示出可管理的安全特性和有意义的临床益处。
本文所公开的方法可用于治疗受试者的癌症、减小肿瘤的大小、杀死肿瘤细胞、防止肿瘤细胞增殖、防止肿瘤的生长、消除患者的肿瘤、防止肿瘤的复发、防止肿瘤转移、诱导患者的缓解或它们的任何组合。在一些实施方案中，所述方法诱导完全反应。在其他实施方案中，所述方法诱导部分反应。
可治疗的癌症包括未血管化、尚未充分血管化或血管化的肿瘤。癌症还可包括实体瘤或非实体瘤。在一些实施方案中，癌症是血液癌。在一些实施方案中，癌症是白血细胞的癌。在其他实施方案中，癌症是浆细胞的癌。在一些实施方案中，癌症是白血病、淋巴瘤或骨髓瘤。在一些实施方案中，癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)、急性淋巴性白血病(ALL)和噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(HLH))、B细胞幼淋巴细胞白血病、B细胞急性淋巴性白血病(“BALL”)、母细胞性浆细胞样树突细胞肿瘤、伯基特淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、慢性髓性白血病(CML)、慢性或急性肉芽肿病、慢性或急性白血病、弥漫性大B细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、滤泡性淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤(FL)、毛细胞白血病、噬血细胞综合征(巨噬细胞活化综合征(MAS)、霍奇金病、大细胞肉芽肿、白细胞粘附缺陷、恶性淋巴组织增生性病症、MALT淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、边缘区淋巴瘤、意义未明的单克隆丙种球蛋白血症(MGUS)、多发性骨髓瘤、骨髓增生异常和骨髓增生异常综合征(MDS)、髓性疾病(包括但不限于急性髓性白血病(AML))、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、浆细胞增生性疾病(例如，无症状性骨髓瘤(郁积型多发性骨髓瘤或惰性骨髓瘤)、浆母细胞性淋巴瘤、浆细胞样树突细胞瘤、浆细胞瘤(例如，浆细胞恶液质；孤立性骨髓瘤；孤立性浆细胞瘤；髓外浆细胞瘤和多发性浆细胞瘤)、POEMS综合征(Crow-Fukase综合征；Takatsuki病；PEP综合征)、原发纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBC)、小细胞或大细胞滤泡性淋巴瘤、脾边缘区淋巴瘤(SMZL)、系统性淀粉样蛋白轻链型淀粉样变性、T细胞急性淋巴性白血病(“TALL”)、T细胞淋巴瘤、转化滤泡性淋巴瘤、Waldenstrom巨球蛋白血症或它们的组合。
在一些实施方案中，癌症是骨髓瘤。在一些实施方案中，癌症是多发性骨髓瘤。在一些实施方案中，癌症是白血病。在一些实施方案中，癌症是急性髓性白血病。
在一些实施方案中，癌症是非霍奇金淋巴瘤。在一些实施方案中，癌症是复发性/难治性NHL。在一些实施方案中，癌症是套细胞淋巴瘤。
在一些实施方案中，癌症是晚期惰性非霍奇金淋巴瘤(iNHL)，包括滤泡性淋巴瘤(FL)和边缘带淋巴瘤(MZL)。在一些实施方案中，患者在≥2线既往疗法(包括抗CD20单克隆抗体与烷化剂)之后患有复发性/难治性疾病。在一些实施方案中，患者可能已接受PI3K抑制剂。在一些实施方案中，患者可能(也)已接受自体干细胞移植。在一些实施方案中，患者经历白细胞单采以获得用于CAR T细胞制造的T细胞，随后在第-5、-4和-3天施用500mg/m2/天的环磷酰胺和30mg/m2/天的氟达拉滨进行调节性化疗；在第0天，患者可以接受目标剂量为2×106个CAR T细胞/kg的CAR T细胞疗法(例如，阿基仑赛)的单次静脉内输注。在一些实施方案中，可以在稍后的时期给予另外的输注。在一些实施方案中，如果患者在初次施用后第3个月评估时出现反应后进展，则患者可以接受CAR T细胞治疗(例如，阿基仑赛)的再治疗。在一些实施方案中，患者可以接受桥接疗法。桥接疗法的示例在说明书的其他地方(包括实施例)提供。在一些实施方案中，患者经历CRS。在一些实施方案中，使用本申请(包括实施例)中描述的协议中的任一种来管理CRS。在一些实施方案中，用托珠单抗、皮质类固醇和/或血管升压药来管理CRS。
在一些实施方案中，癌症是复发性/难治性惰性非霍奇金淋巴瘤，并且治疗有需要的受试者的方法包括向受试者施用治疗有效量的CAR T细胞作为再治疗，其中该受试者之前已接受用CAR T细胞的第一次治疗。在一些实施方案中，用CAR T细胞的第一次治疗可以作为一线疗法或二线疗法施用，任选地其中淋巴瘤是R/R滤泡性淋巴瘤(FL)或边缘带淋巴瘤(MZL)，并且任选地其中先前的既往疗法线包括与烷化剂组合的抗CD20单克隆抗体。在一些实施方案中，调节性疗法包括在第-5天、第-4天和第-3天IV氟达拉滨30mg/m2和IV环磷酰胺500mg/m2。在一些实施方案中，CAR T细胞治疗包括在第0天单次IV输注2×106个CAR T细胞/kg。在一些实施方案中，施用至少约104个细胞、至少约105个细胞、至少约106个细胞、至少约107个细胞、至少约108个细胞、至少约109或至少约1010个CAR T细胞。在另一个实施方案中，治疗有效量的T细胞是约104个细胞、约105个细胞、约106个细胞、约107个细胞或约108个细胞。在一些实施方案中，治疗有效量的T细胞是约2×106个细胞/kg、约3×106个细胞/kg、约4×106个细胞/kg、约5×106个细胞/kg、约6×106个细胞/kg、约7×106个细胞/kg、约8×106个细胞/kg、约9×106个细胞/kg、约1×107个细胞/kg、约2×107个细胞/kg、约3×107个细胞/kg、约4×107个细胞/kg、约5×107个细胞/kg、约6×107个细胞/kg、约7×107个细胞/kg、约8×107个细胞/kg或约9×107个细胞/kg。在一些实施方案中，CAR T是抗CD19 CAR T细胞。在一些实施方案中，CAR T细胞是阿基仑赛CAR T细胞。在一些实施方案中，再治疗合格标准包括在第3个月疾病评估时CR或PR的反应以及后续进展；通过局部检查在进展活检物中没有CD19损失的证据；和/或用CAR T细胞第一次治疗时未出现4级CRS或神经事件或威及生命的毒性。在一些实施方案中，治疗方法是CLINICAL TRIAL-5临床试验(NCT03105336)之后的方法。
在一些实施方案中，癌症是NHL并且免疫疗法(例如，CAR T或TCR T细胞治疗)作为一线疗法施用。在一些实施方案中，癌症是LBCL。在一些实施方案中，LBCL是具有MYC和BCL2和/或BCL6易位的高风险/高级别LBCL或在入组前的任何时间IPI评分≥3的DLBCL。在一些实施方案中，一线疗法包括CAR T细胞治疗与抗CD 20单克隆抗体和含蒽环霉素的方案的结合。在一些实施方案中，首先施用CAR T细胞治疗。在一些实施方案中，首先施用抗CD20单克隆抗体/含蒽环霉素的方案。在一些实施方案中，施用治疗至少2周、至少4周、至少6周、至少1个月、至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月、间隔少于一年等。在一些实施方案中，该方法还包括在白细胞单采之后施用并在开始调节性化疗之前完成的桥接疗法。在一些实施方案中，另外的入选标准包括年龄≥18岁和ECOGPS 0-1。在一些实施方案中，调节性疗法包括在第-5天、第-4天和第-3天IV氟达拉滨30mg/m2和IV环磷酰胺500mg/m2。其他示例性有益的预调节治疗方案描述于美国临时专利申请62/262,143和62/167,750以及美国专利号9,855,298和10,322,146中，其全部内容据此以引用方式并入。这些临时专利申请描述了例如调节需要T细胞疗法的患者的方法，所述方法包括向患者施用指定有益剂量的环磷酰胺(200mg/m2/天与2000mg/m2/天之间)和指定剂量的氟达拉滨(20mg/m2/天与900mg/m2/天之间)。一种这样的剂量方案涉及治疗患者，包括在向患者施用治疗有效量的工程化的T细胞之前，持续三天每天向患者施用约500mg/m2/天的环磷酰胺和约60mg/m2/天的氟达拉滨。另一个实施方案包括在T细胞施用之前的第-4天、第-3天和第-2天的血清环磷酰胺和氟达拉滨，在该时间段内剂量为以500mg/m2体表面积的环磷酰胺/天和剂量为30mg/m2体表面积的氟达拉滨/天。另一个实施方案包括在T细胞施用之前的第-2天的环磷酰胺和第-4天、第-3天和第-2天的氟达拉滨，在该时间段内剂量为900mg/m2体表面积的环磷酰胺和剂量为25mg/m2体表面积的氟达拉滨/天。在另一个实施方案中，调节包括在T细胞施用之前的第-5天、第-4天和第-3天的血清环磷酰胺和氟达拉滨，在该时间段内剂量为以500mg/m2体表面积的环磷酰胺/天和剂量为30mg/m2体表面积的氟达拉滨/天。其他预调节实施方案包括200-300mg/m2体表面积的环磷酰胺/天和剂量为20-50mg/m2体表面积的氟达拉滨/天，持续三天。在一些实施方案中，CAR T细胞治疗包括在第0天单次IV输注2×106个CAR T细胞/kg。在一些实施方案中，施用至少约104个细胞、至少约105个细胞、至少约106个细胞、至少约107个细胞、至少约108个细胞、至少约109或至少约1010个CAR T细胞。在另一个实施方案中，治疗有效量的T细胞是约104个细胞、约105个细胞、约106个细胞、约107个细胞或约108个细胞。在一些实施方案中，治疗有效量的T细胞是约2×106个细胞/kg、约3×106个细胞/kg、约4×106个细胞/kg、约5×106个细胞/kg、约6×106个细胞/kg、约7×106个细胞/kg、约8×106个细胞/kg、约9×106个细胞/kg、约1×107个细胞/kg、约2×107个细胞/kg、约3×107个细胞/kg、约4×107个细胞/kg、约5×107个细胞/kg、约6×107个细胞/kg、约7×107个细胞/kg、约8×107个细胞/kg或约9×107个细胞/kg。在一些实施方案中，CAR T是抗CD19 CAR T细胞。在一些实施方案中，CAR T细胞治疗包括抗CD19 CAR T细胞。在一些实施方案中，CAR T细胞治疗包括阿基仑赛或YESCARTATM。在一些实施方案中，CAR T细胞治疗包括TECARTUSTM-布瑞基奥仑赛/KTE-X19或KYMRIAHTM(替沙仑赛)等)。在一些实施方案中，治疗方法是在ZUMA-1至ZUMA-19、KITE-585、KITE-222、KITE-037、KITE-363、KITE-439或KITE-718临床试验中的任一个中使用的方法，它们在本领域中有充分描述。
在另一个实施方案中，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，该方法包括向其中既往疗法线数为1-2、3、4或≥5的受试者施用治疗有效量的CD19 CAR-T治疗。在一个实施方案中，本公开提供了一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，该方法包括向其中既往疗法线数为1-2的受试者施用治疗有效量的CD19 CAR-T治疗。癌症可以是上面列出的癌症中的任一种。CD19 CAR-T治疗可以是上面列出的CD19 CAR-T治疗中的任一种。在一些实施方案中，使用CD19 CAR-T治疗作为一线治疗。在一些实施方案中，使用CD19CAR-T治疗作为二线治疗。
在一个实施方案中，CD19 CAR-T治疗是上述CD19 CAR-T治疗中的任一种。在一个实施方案中，CD19 CAR-T治疗包括阿基仑赛治疗。在实施方案中，癌症是未另外指定的难治性DLBCL(ABC/GCB)、具有或不具有MYC和BCL2和/或BCL6重排的HGBL、由FL产生的DLBCL、富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤、与慢性炎症相关的DLBCL、原发性皮肤DLBCL、腿型和/或Epstein-Barr病毒(EBV)+DLBCL。在一个实施方案中，选择进行阿基仑赛治疗的受试者患有未另外指定的难治性DLBCL(ABC/GCB)、具有或不具有MYC和BCL2和/或BCL6重排的HGBL、由FL产生的DLBCL、富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤、与慢性炎症相关的DLBCL、原发性皮肤DLBCL、腿型和/或Epstein-Barr病毒(EBV)+DLBCL。在一些实施方案中，使用阿基仑赛治疗作为二线治疗，其中一线治疗是CHOP，即环磷酰胺多柔比星(羟基多柔比星)、长春新碱/>和泼尼松。在一些实施方案中，使用阿基仑赛治疗作为二线治疗，其中一线治疗是R-CHOP(CHOP加利妥昔单抗)。
在实施方案中，选择患有在一线化学免疫疗法之后的复发性或难治性疾病的患者进行二线阿基仑赛治疗。在实施方案中，难治性疾病定义为一线疗法未完全缓解；对一线疗法不耐受的个体被排除在外。进行性疾病(PD)是对一线疗法有最佳反应，疾病稳定(SD)是在至少4个周期的一线疗法(例如，4个周期的R-CHOP)后有最佳反应，部分反应(PR)是在至少6个周期后有最佳反应，并且活检证明的残留疾病或疾病进展≤12个月的疗法，和/或复发性疾病定义为一线疗法完全缓解，随后活检证明的复发≤12个月的一线疗法。在一些实施方案中，一线疗法包括R-GDP(第1天(或第8天)利妥昔单抗375mg/m2、第1天和第8天吉西他滨1g/m2、第1-4天地塞米松40mg、第1天顺铂75mg/m2(或卡铂AUC＝5))、R-ICE(化疗前利妥昔单抗375mg/m2、第2天24h-CI异环磷酰胺5g/m2与美司钠、第2天卡铂AUC＝5(最大剂量800mg)、第1-3天依托泊甙100mg/m2/d)或R-ESHAP(第1天利妥昔单抗375mg/m2、第1-4天IV依托泊甙40mg/m2/d、第1-4天或第5天IV甲泼尼龙500mg/d、第1-4天CI顺铂25mg/m2/d、第5天阿糖胞苷2g/m2)。
在一些实施方案中，在第-5天、第-4天和第-3天向选择进行二线阿基仑赛治疗的患者提供包括IV氟达拉滨30mg/m2和IV环磷酰胺500mg/m2的调节性疗法。在一些实施方案中，阿基仑赛治疗用作二线治疗，其中一线疗法实施方案、包含本文公开的表达CAR的免疫效应细胞的组合物可以与任何数量的化疗剂组合施用(在T细胞施用之前、之后和/或同时)。在一些实施方案中，抗原结合分子、转导的(或以其他方式工程化的)细胞(诸如CAR)和化疗剂各以有效治疗受试者的疾病或病症的量施用。化疗剂的示例包括烷化剂，诸如噻替哌和环磷酰胺(CYTOXANTM)；烷基磺酸盐，诸如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶，诸如苯佐替哌、卡波醌、美妥替哌和乌瑞替哌；乙烯亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；氮芥，诸如苯丁酸氮芥、萘氮芥、胆磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、盐酸甲氧氮芥、美法仑、新氮芥、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲磷胺、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，诸如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀、雷莫司汀；抗生素，诸如阿克拉霉素、放线菌素、蒽霉素、重氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素C、卡奇霉素、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌霉素、色霉素、放线菌素D、柔红霉素、地托比星、6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸、多柔比星、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁阿霉素、罗多比星、链黑霉素、链脲霉素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢物，诸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨、6-巯嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，诸如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、双脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷、5-FU；雄性激素，诸如卡普睾酮、丙酸屈他雄酮、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素，诸如氨鲁米特、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂，诸如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；安吖啶；布沙莫司汀；比生群；依达曲沙；地磷酰胺；秋水仙胺；地吖醌；依洛尼塞(elformithine)；依利醋铵；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；鬼臼酸；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；多糖K(PSK)；雷佐生；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2”-三氯三乙胺；乌拉坦；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托星(gacytosine)；阿拉伯糖苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替哌；紫杉烷，例如紫杉醇(TAXOLTM，百时美施贵宝公司(Bristol-Myers Squibb))和多西他赛(罗纳普朗克乐安公司(Rhone-Poulenc Rorer))；苯丁酸氮芥；吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，诸如顺铂和卡铂；长春碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；丝裂霉素C；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；诺维本；诺消灵；替尼泊苷；道诺霉素；氨喋呤；希罗达；伊班膦酸盐；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；视黄酸衍生物，诸如TargretinTM(贝沙罗汀)、PanretinTM(阿利维A酸)；ONTAKTM(地尼白介素)；埃斯帕米霉素(esperamicin)；卡培他滨；以及上述任何物质的药学上可接受的盐、酸或衍生物。在一些实施方案中，包含本文所公开的表达CAR的免疫效应细胞的组合物可与用于调节或抑制对肿瘤的激素作用的抗激素剂联合施用，该抗激素剂诸如为抗雌激素，包括例如他莫昔芬、雷洛昔芬、抑制芳香化酶的4(5)-咪唑、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬、盐酸雷洛昔芬、LY117018、奥那司通和托瑞米芬(法乐通)；和抗雄激素，诸如氟他胺、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙瑞林和戈舍瑞林；以及上述任何物质的药学上可接受的盐、酸或衍生物。在适当的情况下，还施用化学疗法剂的组合，包括但不限于CHOP，即环磷酰胺/>多柔比星(羟基多柔比星)、长春新碱/>和泼尼松、R-CHOP(CHOP加利妥昔单抗)和G-CHOP(CHOP加奥妥珠单抗)。
在一些实施方案中，化疗剂在工程化细胞施用的同时或施用后一周内施用。在其他实施方案中，化疗剂在工程化的细胞或核酸施用后1至4周或1周至1个月、1周至2个月、1周至3个月、1周至6个月、1周至9个月或1周至12个月施用。在一些实施方案中，化疗剂在施用该细胞或核酸之前至少1个月施用。在一些实施方案中，所述方法还包括施用两种或更多种化疗剂。
多种另外的治疗剂可以与本文所述的组合物联合使用(在T细胞施用之前、之后和/或同时)。例如，潜在有用的另外的治疗剂包括PD-1抑制剂，诸如纳武单抗帕博利珠单抗/>西米普利单抗(Libtayo)、匹地利珠单抗(CureTech)和阿替利珠单抗(罗氏)，以及PD-L1抑制剂诸如阿替利珠单抗、度伐利尤单抗和阿维鲁单抗。
适合与本文公开的组合物和方法组合(在T细胞施用之前、之后和/或同时)使用的另外的治疗剂包括但不限于依鲁替尼奥法木单抗/>利妥昔单抗/>贝伐珠单抗/>曲妥珠单抗/>恩美曲妥珠单抗/>伊马替尼/>西妥昔单抗/>帕尼单抗/>卡妥索单抗、替伊莫单抗、奥法木单抗、托西莫单抗、本妥昔单抗、阿仑单抗、吉妥珠单抗、厄洛替尼、吉非替尼、凡德他尼、阿法替尼、拉帕替尼、来那替尼、阿西替尼、马赛替尼、帕唑帕尼、舒尼替尼、索拉非尼、妥拉尼布、来他替尼、阿西替尼、西地尼布、乐伐替尼、尼达尼布、帕唑帕尼、瑞格非尼、司马沙尼、索拉非尼、舒尼替尼、替沃扎尼、妥拉尼布、凡德他尼、恩曲替尼、卡博替尼、伊马替尼、达沙替尼、尼罗替尼、普纳替尼、拉多替尼、博舒替尼、来他替尼、鲁索替尼、帕克替尼、考比替尼、司美替尼、曲美替尼、比美替尼、艾乐替尼、色瑞替尼、克唑替尼、阿柏西普、阿地伯肽(adipotide)、地尼白介素、mTOR抑制剂诸如依维莫司和替西罗莫司、hedgehog抑制剂诸如索尼德吉和维莫德吉、CDK抑制剂诸如CDK抑制剂(帕博西尼)、GM-CSF、CSF1、GM-CSFR或CSF1R的抑制剂，以及抗胸腺细胞球蛋白、仑兹鲁单抗和玛弗利木单抗。
在一个实施方案中，GM-CSF抑制剂选自仑兹鲁单抗；那美芦单抗(AMG203)；GSK3196165/MOR103/奥替利单抗(GSK/MorphoSys)；KB002和KB003(KaloBios)；MT203(Micromet和Nycomed)；MORAb-022/瑾司鲁单抗(Morphotek)；或它们中的任何一种的生物仿制药；E21R；以及小分子。在一个实施方案中，CSF1抑制剂选自RG7155、PD-0360324、MCS110/拉妥珠单抗或它们中的任何一种的生物仿制药型式；以及小分子。在一个实施方案中，GM-CSFR抑制剂和CSF1R抑制剂选自玛弗利木单抗(以前称为CAM-3001；MedImmune,Inc.)；卡比拉单抗(Five Prime Therapeutics)；LY3022855(IMC-CS4)(礼来公司)，依米妥珠单抗，也称为RG7155或RO5509554；FPA008(Five Prime/BMS)；AMG820(安进公司)；ARRY-382(Array Biopharma)；MCS110(诺华公司)；PLX3397(Plexxikon)；ELB041/AFS98/TG3003(ElsaLys Bio、Transgene)、SNDX-6352(Syndax)；它们中的任何一种的生物仿制药型式；以及小分子。
在一些实施方案中，药剂通过注射施用，例如静脉内或皮下注射、眼内注射、眼周注射、视网膜下注射、玻璃体内注射、经中隔注射、巩膜下注射、脉络膜内注射、前房内注射、结膜下注射(subconjectval injection、subconjuntival injection)、眼球筋膜囊下注射、眼球后注射、球周注射或后近巩膜递送。在一些实施方案中，它们通过肠胃外、肺内和鼻内施用，并且如果需要局部疗法，则通过病灶内施用。肠胃外输注包括肌内、静脉内、动脉内、腹膜内或皮下施用。
在一些实施方案中，治疗还包括疗法，该疗法是调节与本文公开的组合物之间的疗法或在白细胞单采后施用并在开始调节性化疗之前完成的疗法。在一些实施方案中，桥接疗法包括CHOP、G-CHOP、R-CHOP(利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松龙)、皮质类固醇、苯达莫司汀、铂化合物、蒽环霉素和/或磷酸肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂。在一些实施方案中，PI3K抑制剂选自杜韦利西布(duvelisib)、艾德利西布(idelalisib)、维奈托克(venetoclax)、匹克提利西布(pictilisib)(GDC 0941)、科潘利西布(copanlisib)、PX 866、布帕利西布(buparlisib)(BKM120)、皮拉拉勒西布(pilaralisib)(XL 147)、GNE317、阿尔佩利西布(Alpelisib)(BYL719)、INK1117、GSK2636771、AZD8186、SAR260301和塔塞利西布(Taselisib)(GDC 0032)。在一些实施方案中，AKT抑制剂是哌立福辛、MK-2206。在一个实施方案中，mTOR抑制剂选自依维莫司、西罗莫司、替西罗莫司、利达福莫司。在一些实施方案中，双重PI3K/mTOR抑制剂选自BEZ235、XL765和GDC-0980。在一些实施方案中，PI3K抑制剂选自杜韦利西布(duvelisib)、艾德利西布(idelalisib)、维奈托克(venetoclax)、匹克提利西布(pictilisib)(GDC 0941)、科潘利西布(copanlisib)、PX 866、布帕利西布(buparlisib)(BKM120)、皮拉拉勒西布(pilaralisib)(XL 147)、GNE 317、阿尔佩利西布(Alpelisib)(BYL719)、INK1117、GSK2636771、AZD8186、SAR260301和塔塞利西布(Taselisib)(GDC 0032)。
在一些实施方案中，桥接疗法包括阿卡替尼、本妥昔单抗瑞他汀、考潘利西布盐酸盐、尼拉拉滨、贝利司他、苯达莫司汀盐酸盐、卡莫司汀、博莱霉素硫酸盐、硼替佐米、泽布替尼、卡莫司汀、苯丁酸氮芥、考潘利西布盐酸盐、地尼白介素、地塞米松、多柔比星盐酸盐、杜韦利西布、普拉曲沙、奥妥珠单抗、替伊莫单抗替克西坦、依鲁替尼、艾德利西布、重组干扰素α-2b、罗米地辛、来那度胺、盐酸氮芥、甲氨蝶呤、莫加穆珠单抗-kpc、普瑞沙福、尼拉拉滨、奥妥珠单抗、地尼白介素、帕博利珠单抗、普乐沙福、泊洛妥珠单抗瑞他汀-piiq、莫加穆珠单抗-kpc、泼尼松、利妥昔单抗、透明质酸酶、罗米地辛、硼替佐米、维奈托克、硫酸长春碱、伏立诺他、泽布替尼、CHOP、COPP、CVP、EPOCH、R-EPOCH、HYPER-CVAD、ICE、R-ICE、R-CHOP、R-CVP以及它们的组合。
在一些实施方案中，细胞免疫疗法与减积疗法组合施用，该减积疗法用于降低肿瘤负荷的目的。在一个实施方案中，减积疗法是在白细胞单采之后和在施用调节性化疗或细胞输注之前施用的。减积疗法的示例包括以下：
/>
缩写：AUC，曲线下面积
a可以使用其他减积治疗选择，并与医疗监测员讨论。可以根据当地标准使用水合、止吐、美司钠、生长因子支持和肿瘤溶解预防等支持治疗。允许多于1个周期。
b至少1个目标病灶应当保留在辐射场之外以允许肿瘤测量
在一些实施方案中，包含免疫疗法(例如，工程化CAR T细胞)的组合物与抗炎剂一起施用(在T细胞施用之前、之后和/或同时)。抗炎剂或抗炎药包括但不限于类固醇和糖皮质激素(包括倍他米松、布地奈德、地塞米松、醋酸氢化可的松、氢化可的松、氢化可的松、甲泼尼龙、泼尼松龙、泼尼松、曲安西龙)；非甾体抗炎药(NSAIDS)，包括阿司匹林、布洛芬、萘普生、甲氨蝶呤、柳氮磺吡啶、来氟米特、抗TNF药物、环磷酰胺和霉酚酸酯。示例性NSAID包括布洛芬、萘普生、萘普生钠、Cox-2抑制剂和唾液酸化剂(sialylate)。示例性镇痛药包括对乙酰氨基酚、羟考酮、曲马朵或盐酸丙氧芬。示例性糖皮质激素包括可的松、地塞米松、氢化可的松、甲泼尼龙、泼尼松龙或泼尼松。示例性生物反应调节剂包括针对细胞表面标志物(例如，CD4、CD5等)的分子、细胞因子抑制剂诸如TNF拮抗剂(例如，依那西普阿达木单抗/>和英夫利昔单抗/>趋化因子抑制剂和粘附分子抑制剂。生物反应调节剂包括单克隆抗体以及分子的重组形式。示例性DMARD包括硫唑嘌呤、环磷酰胺、环孢菌素、甲氨蝶呤、青霉胺、来氟米特、柳氮磺吡啶、羟氯喹、金制剂(口服(金诺芬)和肌内)和米诺环素。
在一些实施方案中，本文所述的组合物与细胞因子组合施用(在T细胞施用之前、之后或同时)。细胞因子的示例是淋巴因子、单核因子和传统多肽激素。细胞因子包括生长激素，诸如人生长激素、N-甲硫氨酰人生长激素和牛生长激素；甲状旁腺激素；甲状腺素；胰岛素；胰岛素原；松弛素；松弛素原；糖蛋白激素，诸如促滤泡激素(FSH)、促甲状腺激素(TSH)和促黄体激素(LH)；肝细胞生长因子(HGF)；成纤维细胞生长因子(FGF)；催乳素；胎盘催乳素；苗勒管抑制物质；小鼠促性腺激素相关联肽；抑制素；激活素；血管内皮生长因子；整合素；血小板生成素(TPO)；神经生长因子(NGF)，诸如NGF-β；血小板生长因子；转化生长因子(TGF)，诸如TGF-α和TGF-β；胰岛素样生长因子-I和-II；红细胞生成素(EPO、)；骨诱导因子；干扰素，诸如干扰素α、β和γ；集落刺激因子(CSF)，诸如巨噬细胞-CSF(M-CSF)；粒细胞-巨噬细胞-CSF(GM-CSF)；和粒细胞-CSF(G-CSF)；白介素(IL)，诸如IL-1、IL-1α、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12、IL-15；肿瘤坏死因子，诸如TNF-α或TNF-β；和其他多肽因子，包括LIF和kit配体(KL)。如本文所用，术语细胞因子包括来自天然来源或来自重组细胞培养物的蛋白质，以及天然序列细胞因子的生物学活性等同物。
在一些实施方案中，细胞的施用和另外的治疗剂的施用在同一天进行，间隔不超过36小时、间隔不超过24小时、间隔不超过12小时、间隔不超过6小时、间隔不超过4小时、间隔不超过2小时、或间隔不超过1小时或间隔不超过30分钟进行。在一些实施方案中，细胞的施用和另外的治疗剂的施用在以下时间进行：在或约0小时与在或约48小时之间、在或约0小时与在或约36小时之间、在或约0小时与在或约24小时之间、在或约0小时与在或约12小时之间、在或约0小时与在或约6小时之间、在或约0小时与在或约2小时之间、在或约0小时与在或约1小时之间、在或约0分钟与在或约30分钟之间、在或约30分钟与在或约48小时之间、在或约30分钟与在或约36小时之间、在或约30分钟与在或约24小时之间、在或约30分钟与在或约12小时之间、在或约30分钟与在或约6小时之间、在或约30分钟与在或约4小时之间、在或约30分钟与在或约2小时之间、在或约30分钟与在或约1小时之间、在或约1小时与在或约48小时之间、在或约1小时与在或约36小时之间、在或约1小时与在或约24小时之间、在或约1小时与在或约12小时之间、在或约1小时与在或约6小时之间、在或约1小时与在或约4小时之间、在或约1小时与在或约2小时之间、在或约2小时与在或约48小时之间、在或约2小时与在或约36小时之间、在或约2小时与在或约24小时之间、在或约2小时与在或约12小时之间、在或约2小时与在或约6小时之间、在或约2小时与在或约4小时之间、在或约4小时与在或约48小时之间、在或约4小时与在或约36小时之间、在或约4小时与在或约24小时之间、在或约4小时与在或约12小时之间、在或约4小时与在或约6小时之间、在或约6小时与在或约48小时之间、在或约6小时与在或约36小时之间、在或约6小时与在或约24小时之间、在或约6小时与在或约12小时之间、在或约12小时与在或约48小时之间、在或约12小时与在或约36小时之间、在或约12小时与在或约24小时之间、在或约24小时与在或约48小时之间、在或约24小时与在或约36小时之间或在或约36小时与在或约48小时之间。在一些实施方案中，细胞和另外的治疗剂同时施用。
在一些实施方案中，药剂以等于或约30mg至5000mg，诸如50mg至1000mg、50mg至500mg、50mg至200mg、50mg至100mg、100mg至1000mg、100mg至500mg、100mg至200mg、200mg至1000mg、200mg至500mg或500mg至1000mg的剂量施用。
在一些实施方案中，药剂以0.5mg/kg至100mg/kg、1mg/kg至50mg/kg、1mg/kg至25mg/kg、1mg/kg至10mg/kg、1mg/kg至5mg/kg、5mg/kg至100mg/kg、5mg/kg至50mg/kg、5mg/kg至25mg/kg、5mg/kg至10mg/kg、10mg/kg至100mg/kg、10mg/kg至50mg/kg、10mg/kg至25mg/kg、25mg/kg至100mg/kg、25mg/kg至50mg/kg至50mg/kg至100mg/kg的剂量施用。在一些实施方案中，药剂以各自1mg/kg至10mg/kg、2mg/kg至8mg/kg、2mg/kg至6mg/kg、2mg/kg至4mg/kg或6mg/kg至8mg/kg的剂量施用。在一些方面，药剂以至少1mg/kg、2mg/kg、4mg/kg、6mg/kg、8mg/kg、10mg/kg或更多的剂量施用。
在一些实施方案中，在经认证的医疗机构处进行嵌合受体T细胞免疫疗法的施用。
在一些实施方案中，本文所公开的方法包括在输注后，在经认证的医疗机构处至少每天监测患者的CRS体征和症状以及神经毒性以及CAR T细胞治疗的其他不良反应，持续7天。在一些实施方案中，神经毒性的症状选自脑病、头痛、震颤、头晕、失语、谵妄、失眠和焦虑。在一些实施方案中，不良反应的症状选自发烧、低血压、心动过速、缺氧和发冷，包括心律失常(包括心房纤颤和室性心动过速)、心脏骤停、心力衰竭、肾功能不全、毛细血管渗漏综合征、低血压、缺氧、器官毒性、噬血细胞性淋巴组织细胞增生症/巨噬细胞活化综合征(HLH/MAS)、癫痫、脑病、头痛、震颤、眩晕、失语、谵妄、失眠焦虑、过敏反应、发热性中性粒细胞减少、血小板减少、中性粒细胞减少和贫血。在一些实施方案中，指示患者在输注后留在经认证的医疗机构附近至少4周。
在一些实施方案中，本公开提供了基于一种或多种属性的水平来预防不良反应的发展或降低其严重程度的方法。在一些实施方案中，细胞疗法与一种或多种预防、延迟不良事件的发作、减少不良事件的症状、治疗不良事件的药剂一起施用，从而，该不良事件包括细胞因子释放综合征和神经毒性。在一个实施方案中，上文已经描述了该药剂。在其他实施方案中，该药剂在下文进行了描述。在一些实施方案中，该药剂通过本说明书中别处所描述的方法和剂量之一在施用细胞之前、之后或同时施用。在一个实施方案中，将该药剂施用于可能易感染疾病但尚未被诊断患有该疾病的受试者。
在这方面，所公开的方法可以包括施用“预防有效量”的托珠单抗、皮质类固醇疗法和/或抗癫痫药物用于毒性预防。在一些实施方案中，该方法包括施用GM-CSF、CSF1、GM-CSFR或CSF1R的抑制剂、仑兹鲁单抗、玛弗利木单抗、细胞因子和/或抗炎剂。药理学和/或生理学效应可以是预防性的，即，该效应完全或部分预防疾病或其症状。“预防有效量”可以是指对于实现期望的预防性结果(例如，预防不良反应的发作)有效(在剂量上和所必需的时间段)的量。
在一些实施方案中，该方法包括在任何受试者中的不良反应的管理。在一些实施方案中，不良反应选自细胞因子释放综合征(CRS)、神经毒性、超敏反应、严重感染、血细胞减少和低丙球蛋白血症。
在一些实施方案中，不良反应的体征和症状选自发烧、低血压、心动过速、缺氧和发冷，包括心律失常(包括心房纤颤和室性心动过速)、心脏骤停、心力衰竭、肾功能不全、毛细血管渗漏综合征、低血压、缺氧、器官毒性、噬血细胞性淋巴组织细胞增生症/巨噬细胞活化综合征(HLH/MAS)、癫痫、脑病、头痛、震颤、眩晕、失语、谵妄、失眠焦虑、过敏反应、发热性中性粒细胞减少、血小板减少、中性粒细胞减少和贫血。
在一些实施方案中，基于本申请中描述的生物标志物中的一种或多种生物标志物鉴定和选择患者。在一些实施方案中，已经简单地通过临床呈现(例如，毒性症状的存在和级别)来鉴定和选择患者。
在一些实施方案中，该方法包括预防或降低嵌合受体治疗中的CRS的严重程度。在一些实施方案中，工程化的CAR T细胞在施用于患者后失活。
在一些实施方案中，该方法包括基于临床表现来鉴定CRS。在一些实施方案中，该方法包括评估并治疗发烧、缺氧和低血压的其他病因。应使用连续心脏遥测术和脉膊血氧测定法监测发生≥2级CRS(例如，低血压、对补液无反应或需补氧的缺氧)的患者。在一些实施方案中，对于发生严重CRS的患者，考虑执行超声心动图以评估心脏功能。对于严重或危及生命的CRS，可考虑重症监护支持疗法。
在一些实施方案中，该方法包括在输注后，在经认证的医疗机构处至少每天监测患者的CRS体征和症状，持续7天。在一些实施方案中，该方法包括在输注后，监测患者的CRS的体征或症状4周。在一些实施方案中，该方法包括如果在任何时候出现CRS的体征或症状，则建议患者立即就医。在一些实施方案中，在表现出CRS的首发体征时，用支持性护理、托珠单抗或托珠单抗和皮质类固醇进行治疗。
在一些实施方案中，该方法包括监测患者的神经毒性的体征和症状。在一些实施方案中，该方法包括排除神经症状的其他病因。应使用连续心脏遥测术和脉膊血氧测定法监测发生≥2级神经毒性的患者。为严重或危及生命的神经毒性提供重症监护支持疗法。在一些实施方案中，神经毒性的症状选自脑病、头痛、震颤、头晕、失语、谵妄、失眠和焦虑。
在一些实施方案中，该细胞治疗在施用治疗和/或预防(预防性)不良事件的一种或多种症状的一种或多种药剂(例如，类固醇)或治疗(例如，斑块切除)之前、期间/同时和/或之后施用。预防有效量是指在一定剂量下且在必要的时间段内有效达到期望的预防结果的量。在一个实施方案中，预防有效量在疾病的较早期阶段之前或之时用于受试者。在一个实施方案中，预防有效量将小于治疗有效量。在一些实施方案中，基于本说明书中在本文中描述的一种或多种标志物的表达来选择患者来管理不良事件。在一个实施方案中，向将接受、症状接受或已经接受细胞疗法的任何患者施用不良事件治疗或预防。
在一些实施方案中，管理不良事件的方法包括在输注后，在经认证的医疗机构处至少每天监测患者的神经毒性体征和症状，持续7天。在一些实施方案中，该方法包括在输注后，监测患者的神经毒性和/或CRS的体征或症状4周。
在一些实施方案中，本公开提供了两种管理接受用类固醇和抗IL6/抗IL-6R抗体的CAR T细胞治疗的受试者中的不良事件的方法。在一个实施方案中，本公开表明，与在队列1+2中观察到的相比，队列4中的早期类固醇干预与严重CRS和神经事件的较低发生率相关。在一个实施例中，本公开表明，队列4中类固醇的早期使用与队列1+2中的中位累积可的松当量剂量的约15％相关，表明早期类固醇使用可以允许总体类固醇暴露的减少。因此，在一个实施方案中，本公开提供了一种管理不良事件的方法，其中如果在3天后没有改善和对于所有≥1级神经事件，则启动皮质类固醇疗法用于管理所有1级CRS的病例。在一个实施方案中，如果在3天后没有改善和对于所有≥2级神经事件，则启动托珠单抗用于所有1级CRS的病例。在一个实施方案中，本公开提供了一种减少在CAR T细胞施用之后接受不良事件管理的患者中的总体类固醇暴露的方法，该方法包括如果在3天后没有改善以及对于所有≥1级神经事件，则启动皮质类固醇疗法用于管理所有1级CRS的病例，和/或如果在3天后没有改善和对于所有≥2级神经事件，则启动托珠单抗。在一个实施方案中，皮质类固醇和托珠单抗以选自方案A至C中例示的那些方案的方案施用。在一个实施方案中，本公开表明较早期类固醇使用与严重感染的风险增加、CAR T细胞扩增减少或肿瘤反应减少不相关。
在一个实施方案中，本公开支持左乙拉西坦预防在CAR T细胞癌治疗中的安全性。在一个实施方案中，癌症是NHL。在一个实施方案中，癌症是R/R LBCL，并且患者接受阿基仑赛。因此，在一个实施方案中，本公开提供了一种管理用CAR T细胞治疗的患者中的不良事件的方法，该方法包括向该患者施用预防性剂量的抗癫痫药物。在一些实施方案中，如果在中断预防性左乙拉西坦后发生神经事件，则患者在CAR T细胞治疗的第0天开始(调节后)并且还在≥2级神经毒性发作时接受左乙拉西坦(例如，每天两次口服或静脉内给予750mg)。在一个实施方案中，如果患者未经历任何≥2级神经毒性，则左乙拉西坦逐渐减量并且如临床上所指示中断。在一个实施方案中，将左乙拉西坦预防与任何其他不良事件管理方案组合。
在一个实施方案中，本公开表明，接受队列4的不良管理方案的患者中的CAR T细胞水平与队列1+2的那些相当。在一个实施方案中，本公开表明，与CAR相关炎性事件相关的关键炎性细胞因子(例如，IFNγ、IL-2和GM-CSF)的数值水平在队列4中比队列1+2中低。因此，本公开提供了一种减少CAR T细胞治疗相关的炎性事件而不影响CAR T细胞水平的方法，该方法包括向患者施用队列4的不良事件管理方案。本公开还提供了一种在CAR T细胞治疗后减少免疫细胞产生细胞因子的方法，该方法包括向患者施用队列4的不良事件管理方案。在一个实施方案中，获得这一效果而不影响CAR T细胞扩增和反应率。在一个实施方案中，患者患有R/R LBCL。在一个实施方案中，CAR T细胞治疗是抗CD19 CAR T细胞治疗。在一个实施方案中，CAR T细胞治疗包括阿基仑赛。
在一个实施方案中，本公开表明，在阿基仑赛后早期或预防性使用托珠单抗用于不良事件管理减少了≥3级细胞因子释放综合征但增加了≥3级神经事件。因此，本公开提供了一种用于CAR T细胞疗法中的不良事件管理的方法。在一个实施方案中，患者在第0天开始接受左乙拉西坦(每天两次口服或静脉内给予750mg)。在≥2级神经事件的发作时，将左乙拉西坦剂量增加至每天两次1000mg。在一个实施方案中，如果患者未经历任何≥2级神经事件，则左乙拉西坦逐渐减量并且如临床上所指示停药。在第2天患者还接受托珠单抗(在1小时内IV给予8mg/kg[不超过800mg])。可以在患有共存病或年龄年长的患者的2级CRS发作时推荐或者在≥3级CRS的情况下推荐进一步的托珠单抗(±皮质类固醇)。对于经历≥2级神经事件的患者，启动托珠单抗，并且对于患有共存病或年龄年长的患者，或者如果存在≥3级神经事件的任何发生，尽管使用了托珠单抗仍有症状恶化时，添加皮质类固醇。
在一个实施方案中，本公开表明，预防性类固醇使用似乎降低了与阿基仑赛施用后输注早期类固醇使用相似程度的严重CRS和NE的比率。因此，本公开提供了用于管理CART细胞疗法中的不良事件的方法，其中患者在第0天(在阿基仑赛输注之前)、第1天和第2天接受PO给予的地塞米松10mg。当3天支持性护理之后未观察到改善时，还从1级NE和1级CRS开始施用类固醇。如果在支持性护理24小时后未观察到改善，那么也施用托珠单抗用于管理≥1级CRS。
在一个实施方案中，本公开表明用中和和/或耗竭GM-CSF的抗体的CAR T细胞疗法的不良事件管理防止或减少了所治疗患者中的治疗相关CRS和/或NE。在一个实施方案中，该抗体是仑兹鲁单抗。
在一些实施方案中，通过施用作为IL-6或IL-6受体(IL-6R)的拮抗剂或抑制剂的一种/多种药剂来管理不良事件。在一些实施方案中，该药剂是中和IL-6活性的抗体，诸如结合IL-6或IL-6R的抗体或抗原结合片段。例如，在一些实施方案中，该药剂是或包括托珠单抗(阿替珠单抗(atlizumab))或沙利姆单抗、抗IL-6R抗体。在一些实施方案中，该药剂是美国专利8,562,991中描述的抗IL-6R抗体。在一些情况下，靶向IL-6的药剂是抗TL-6抗体，诸如司妥昔单抗、艾西莫单抗、ALD518/BMS-945429、西卢卡单抗(CNTO 136)、CPSI-2634、ARGX 109、FE301、FM101或奥洛珠单抗(CDP6038)及它们的组合。在一些实施方案中，该药剂可通过抑制配体-受体相互作用来中和IL-6活性。在一些实施方案中，IL-6/IL-6R拮抗剂或抑制剂是IL-6突变蛋白，诸如美国专利5591827中所述的IL-6突变蛋白。在一些实施方案中，作为IL-6/IL-6R拮抗剂或抑制剂的药剂是小分子、蛋白质或肽或者核酸。
在一些实施方案中，可用于管理不良反应及其症状的其他药剂包括细胞因子受体或细胞因子的拮抗剂或抑制剂。在一些实施方案中，细胞因子或受体是IL-10、TL-6、TL-6受体、IFNy、IFNGR、IL-2、IL-2R/CD25、MCP-1、CCR2、CCR4、MIP13、CCR5、TNFα、TNFR1诸如TL-6受体(IL-6R)、IL-2受体(IL-2R/CD25)、MCP-1(CCL2)受体(CCR2或CCR4)、TGF-β受体(TGF-βI、II或III)、IFN-γ受体(IFNGR)、MIP1P受体(例如，CCR5)、TNFα受体(例如，TNFR1)、IL-1受体(IL1-Ra/IL-1RP)或IL-10受体(IL-10R)、IL-1和IL-1Rα/IL-1β。在一些实施方案中，该药剂包括司妥昔单抗、沙利姆单抗、奥洛珠单抗(CDP6038)、艾西莫单抗、ALD518/BMS-945429、西卢卡单抗(CNTO 136)、CPSI-2634、ARGX 109、FE301或FM101。在一些实施方案中，该药剂是细胞因子的拮抗剂或抑制剂，该细胞因子诸如为转化生长因子β(TGF-β)、白介素6(TL-6)、白介素10(IL-10)、IL-2、MIP13(CCL4)、TNFα、IL-1、干扰素γ(IFN-γ)或单核细胞趋化蛋白-I(MCP-1)。在一些实施方案中，该药剂是靶向细胞因子受体(例如，抑制细胞因子受体或作为细胞因子受体的拮抗剂)的药剂，该细胞因子受体诸如为TL-6受体(IL-6R)、IL-2受体(IL-2R/CD25)、MCP-1(CCL2)受体(CCR2或CCR4)、TGF-β受体(TGF-βI、II或III)、IFN-γ受体(IFNGR)、MIP1P受体(例如，CCR5)、TNFα受体(例如，TNFR1)、IL-1受体(IL1-Ra/IL-1RP)或IL-10受体(IL-10R)及它们的组合。在一些实施方案中，该药剂通过本说明书中别处所描述的方法和剂量之一在施用细胞之前、之后或同时施用。
在一些实施方案中，以约1mg/kg至10mg/kg、2mg/kg至8mg/kg、2mg/kg至6mg/kg、2mg/kg至4mg/kg或6mg/kg至8mg/kg(均包括端值)的剂量施用该药剂，或以至少或至少约2mg/kg、4mg/kg、6mg/kg或8mg/kg的剂量施用该药剂。在一些实施方案中，以约1mg/kg至12mg/kg(诸如为或为约10mg/kg)的剂量施用。在一些实施方案中，通过静脉内输注来施用该药剂。在一个实施方案中，该药剂是托珠单抗。在一些实施方案中，该药剂(例如，特异性托珠单抗)通过本说明书中别处所描述的方法和剂量之一在施用细胞之前、之后或同时施用。
在一些实施方案中，该方法包括基于临床表现来鉴定CRS。在一些实施方案中，该方法包括评估并治疗发烧、缺氧和低血压的其他病因。如果观察到或怀疑有CRS，则可根据方案A中的推荐来管理CRS，所述推荐还可与本公开的其他治疗(包括CSF/CSFR1轴的中和或减少)联合使用。应使用连续心脏遥测术和脉膊血氧测定法监测发生≥2级CRS(例如，低血压、对补液无反应或需补氧的缺氧)的患者。在一些实施方案中，对于发生严重CRS的患者，考虑执行超声心动图以评估心脏功能。对于严重或危及生命的CRS，可考虑重症监护支持疗法。在一些实施方案中，在本文所公开的方法中，可使用托珠单抗的生物仿制药或等效药代替托珠单抗。在其他实施方案中，可使用另一种抗IL6R代替托珠单抗。
在一些实施方案中，根据以下方案(方案A)来管理不良事件：
(a)Lee DW等人，2014年，细胞因子释放综合征诊断和管理的当前概念(Currentconcepts in the diagnosis and management of cytokine release syndrome)，Blood.2014年7月10日；124(2):188–195。
(b)有关神经毒性的管理，请参阅方案B。
(c)有关详细信息，请参阅(托珠单抗)处方信息，https://www.gene.com/download/pdf/actemra_prescribing.pdf(上次访问时间：2017年10月18日)。其中指出了美国初次批准的时间为2010年。
在一些实施方案中，该方法包括监测患者的神经毒性的体征和症状。在一些实施方案中，该方法包括排除神经症状的其他病因。应使用连续心脏遥测术和脉膊血氧测定法监测发生≥2级神经毒性的患者。为严重或危及生命的神经毒性提供重症监护支持疗法。对于任何≥2级神经毒性，考虑非镇静的抗癫痫药物(例如，左乙拉西坦)以用于癫痫预防。以下治疗可与本公开的其他治疗(包括CSF/CSFR1轴的中和或减少)联合使用。
在一些实施方案中，根据以下方案(方案B)来管理不良事件：
采用皮质类固醇的附加安全管理策略
在1级下施用皮质类固醇和/或托珠单抗可被视为预防性的。可在所有CRS和NE严重性级别下在所有方案中提供支持性护理。
在用于管理与CRS相关的不良事件的方案的一个实施方案中，按如下方式施用托珠单抗和/或皮质类固醇：1级CRS：无托珠单抗；无皮质类固醇；2级CRS：托珠单抗(仅在并存病或较大年龄的情况下)；和/或皮质类固醇(仅在并存病或较大年龄的情况下)；3级CRS：托珠单抗；和/或皮质类固醇；4级CRS：托珠单抗；和/或皮质类固醇。在用于管理与CRS相关的不良事件的方案的另一个实施方案中，按如下方式施用托珠单抗和/或皮质类固醇：1级CRS：托珠单抗(如果3天后无改善)；和/或皮质类固醇(如果3天后无改善)；2级CRS：托珠单抗；和/或皮质类固醇；3级CRS：托珠单抗；和/或皮质类固醇；4级CRS：托珠单抗；和/或皮质类固醇，高剂量。
在用于管理与NE相关的不良事件的方案的一个实施方案中，按如下方式施用托珠单抗和/或皮质类固醇：1级NE：无托珠单抗；无皮质类固醇；
2级NE：无托珠单抗；无皮质类固醇；3级NE：托珠单抗；和/或皮质类固醇(只有在托珠单抗未起到改善作用时才采用标准剂量)；4级NE：托珠单抗；和/或皮质类固醇。
在用于管理与NE相关的不良事件的方案的另一个实施方案中，按如下方式施用托珠单抗和/或皮质类固醇：1级NE：无托珠单抗；和/或皮质类固醇；2级NE：托珠单抗；和/或皮质类固醇；3级NE：托珠单抗；和/或皮质类固醇，高剂量；4级NE：托珠单抗；和/或皮质类固醇，高剂量。
在一个实施方案中，在CRS级别≥2时开始皮质类固醇治疗并且在CRS级别≥2时开始托珠单抗治疗。在一个实施方案中，在CRS级别≥1时开始皮质类固醇治疗并且在CRS级别≥1时开始托珠单抗治疗。在一个实施方案中，在NE级别≥3时开始皮质类固醇治疗并且在CRS级别≥3时开始托珠单抗治疗。在一个实施方案中，在CRS级别≥1时开始皮质类固醇治疗并且在CRS级别≥2时开始托珠单抗治疗。在一些实施方案中，第2天施用的托珠单抗的预防性使用可降低≥3级CRS的速率。
在一个实施方案中，用于治疗不良事件的方案包括方案C，如下：
a根据研究者的判断在症状改善时逐渐减少治疗；b不超过800mg；AE，不良事件；CRS，细胞因子释放综合征；IV，静脉内；N/A，不适用；NE，神经事件
任何皮质类固醇对于该使用都可为适当的。在一个实施方案中，皮质类固醇是地塞米松。在一些实施方案中，皮质类固醇是甲泼尼龙。在一些实施方案中，联合施用这两种物质。在一些实施方案中，糖皮质激素包括合成和非合成糖皮质激素。示例性糖皮质激素包括但不限于：阿氯米松、阿尔孕酮、倍氯米松(例如，二丙酸倍氯米松)、倍他米松(例如，倍他米松17戊酸酯、倍他米松醋酸钠、倍他米松磷酸钠、戊酸倍他米松)、布地奈德、氯倍他索(例如，丙酸氯倍他索)、氯倍他松、氯可托龙(例如，新戊酸氯可托龙)、氯泼尼醇、皮质酮、可的松和氢化可的松(例如，醋酸氢化可的松)、可的伐唑、地夫可特、地奈德、去羟米松、地塞米松(例如，21-磷酸地塞米松、醋酸地塞米松、地塞米松磷酸钠)、双氟拉松(例如，双醋酸双氟拉松)、二氟可龙、二氟泼尼酯、甘草次酸、氟扎可特、氟氯奈德、氟氢可的松(例如，醋酸氟氢可的松)、氟米松(例如，新戊酸氟米松)、氟尼缩松、氟轻松(例如，醋酸氟轻松)、氟轻松醋酸酯、氟可丁、氟可龙、氟米龙(例如，醋酸氟米龙)、氟培龙(例如，醋酸氟培龙)、氟泼尼定、氟泼尼龙、氟氢缩松、氟替卡松(例如，丙酸氟替卡松)、福莫可他、哈西奈德、卤贝他索、卤米松、卤泼尼松、氢可他酯、氢化可的松(例如，氢化可的松21-丁酸酯、氢化可的松醋丙酯、醋酸氢化可的松、丙丁氢化可的松、丁酸氢化可的松、环戊丙酸氢化可的松、半琥珀酸氢化可的松、丙丁酸氢化可的松、氢化可的松磷酸钠、氢化可的松琥珀酸钠、戊酸氢化可的松)、依碳氯替泼诺、马泼尼酮、甲羟松、甲泼尼松、甲泼尼龙(醋丙甲泼尼龙、醋酸甲泼尼龙、半琥珀酸甲泼尼龙、甲泼尼龙琥珀酸钠)、莫米松(例如，糠酸莫米松)、帕拉米松(例如，醋酸帕拉米松)、泼尼卡酯、泼尼松龙(例如，泼尼松龙25-二乙氨基醋酸酯、泼尼松龙磷酸钠、泼尼松龙21-半琥珀酸酯、醋酸泼尼松龙；法呢酸泼尼松龙、半琥珀酸泼尼松龙、泼尼松龙-21(β-D-葡糖苷酸)、间磺苯甲酸泼尼松龙、司替泼尼松龙、丁乙酸泼尼松龙、四氢邻苯二甲酸泼尼松龙)、泼尼松、戊酸泼尼松龙、泼尼立定、利美索龙、替可的松、曲安西龙(例如，曲安奈德、苯曲安奈德、己曲安奈德、曲安奈德21棕榈酸酯、曲安西龙双醋酸酯)。这些糖皮质激素及其盐在例如以下文献中详细讨论：《雷明顿药物科学》(Remington's PharmaceuticalSciences)，A.Osol编辑，宾夕法尼亚州伊斯顿的马克出版公司(Mack Pub.Co.,Easton,Pa.)(1980年第16版)和《雷明顿：药学科学和实践》(Remington:The Science andPractice of Pharmacy)，第22版，宾夕法尼亚州费城的利平科特&威廉斯π威尔金斯出版公司(Lippincott Williams&Wilkins,Philadelphia,Pa.)(2013年)以及任何其他版本，这些文献据此以引用方式并入。在一些实施方案中，糖皮质激素选自可的松、地塞米松、氢化可的松、甲泼尼龙、泼尼松龙和泼尼松。在一个实施方案中，糖皮质激素是地塞米松。在其他实施方案中，类固醇是盐皮质激素。可在本文提供的方法中使用任何其他类固醇。
可按照可适应于不良事件(例如，CRS和NE)的严重程度/级别的任何施用剂量和频率来施用该一种或多种皮质类固醇。表1和表2分别提供了用于管理CRS和NE的给药方案的示例。在另一个实施方案中，皮质类固醇施用包括口服或静脉内施用10mg地塞米松，每天1至4次。另一个实施方案(有时称为“高剂量”皮质类固醇)包括每天单独或与地塞米松联合静脉内施用1g甲基强的松。在一些实施方案中，按每天1至2mg/kg的剂量施用该一种或多种皮质类固醇。
可按有效改善与不良事件(诸如与CRS或神经毒性)相关的一种或多种症状的任何量施用皮质类固醇。可例如按每剂在或约在0.1与100mg之间、0.1至80mg、0.1至60mg、0.1至40mg、0.1至30mg、0.1至20mg、0.1至15mg、0.1至10mg、0.1至5mg、0.2至40mg、0.2至30mg、0.2至20mg、0.2至15mg、0.2至10mg、0.2至5mg、0.4至40mg、0.4至30mg、0.4至20mg、0.4至15mg、0.4至10mg、0.4至5mg、0.4至4mg、1至20mg、1至15mg或1至10mg的量，向70kg成人受试者施用皮质类固醇(例如，糖皮质激素)。通常，按每剂在或约在0.4与20mg之间，例如在或约在0.4mg、0.5mg、0.6mg、0.7mg、0.75mg、0.8mg、0.9mg、1mg、2mg、3mg、4mg、5mg、6mg、7mg、8mg、9mg、10mg、11mg、12mg、13mg、14mg、15mg、16mg、17mg、18mg、19mg或20mg的量，向普通成人受试者施用皮质类固醇(诸如糖皮质激素)。
在一些实施方案中，可例如按在或约在0.001mg/kg(受试者)、0.002mg/kg、0.003mg/kg、0.004mg/kg、0.005mg/kg、0.006mg/kg、0.007mg/kg、0.008mg/kg、0.009mg/kg、0.01mg/kg、0.015mg/kg、0.02mg/kg、0.025mg/kg、0.03mg/kg、0.035mg/kg、0.04mg/kg、0.045mg/kg、0.05mg/kg、0.055mg/kg、0.06mg/kg、0.065mg/kg、0.07mg/kg、0.075mg/kg、0.08mg/kg、0.085mg/kg、0.09mg/kg、0.095mg/kg、0.1mg/kg、0.15mg/kg、0.2mg/kg、0.25mg/kg、0.30mg/kg、0.35mg/kg、0.40mg/kg、0.45mg/kg、0.50mg/kg、0.55mg/kg、0.60mg/kg、0.65mg/kg、0.70mg/kg、0.75mg/kg、0.80mg/kg、0.85mg/kg、0.90mg/kg、0.95mg/kg、1mg/kg、1.05mg/kg、1.1mg/kg、1.15mg/kg、1.20mg/kg、1.25mg/kg、1.3mg/kg、1.35mg/kg或1.4mg/kg的剂量，向通常重约70kg至75kg的普通成人受试者施用皮质类固醇。
一般来讲，施用的皮质类固醇的剂量取决于特定皮质类固醇，因为不同皮质类固醇之间存在效力差异。通常应当理解，药物的效力各不相同，因此要获得等效的效果，剂量会改变。各种糖皮质激素和给药途径的效力方面的等效性是熟知的。与等效类固醇给药(以非时间治疗方式)相关的信息可见于《英国国家处方集》(British National Formulary，BNF)37，1999年3月。
在一些实施方案中，通过以下方案管理不良事件：患者在施用T细胞疗法的第0天开始接受左乙拉西坦(750mg口服或静脉内，每天两次)；在≥2级神经事件的发作时，将左乙拉西坦剂量增加至每天两次1000mg；在一个实施方案中，如果患者未经历任何≥2级神经事件，则左乙拉西坦逐渐减量并且如临床上所指示停药；在第2天患者还接受托珠单抗(在1小时内IV给予8mg/kg[不超过800mg])；可以在患有共存病或年龄年长的患者的2级CRS发作时推荐或者在≥3级CRS的情况下推荐进一步的托珠单抗(±皮质类固醇)；对于经历≥2级神经事件的患者，启动托珠单抗，并且对于患有共存病或年龄年长的患者，或者如果存在≥3级神经事件的任何发生，尽管使用了托珠单抗仍有症状恶化时，添加皮质类固醇。在一些实施方案中，如果在停止预防性左乙拉西坦之后发生神经事件，则在≥2级神经毒性发作时施用左乙拉西坦用于预防，和/或如果患者没有经历任何≥2级神经毒性，则逐渐减少并停止左乙拉西坦。
在一些实施方案中，通过以下方案管理不良事件：患者在第0天(在T细胞疗法输注之前)、第1天和第2天接受地塞米松10mg PO；从1级NE开始也施用类固醇，并且对于1级CRS，在支持治疗3天后没有观察到改善；如果在支持性护理24小时后未观察到改善，那么也施用托珠单抗用于管理≥1级CRS。
在一些实施方案中，接受CAR T细胞(例如，CD19定向的)或其他基因修饰自体T细胞免疫疗法治疗的患者可能患上继发性恶性肿瘤。在某些实施方案中，接受CAR T细胞(例如，CD19定向的)或其他基因修饰同种异体T细胞免疫疗法治疗的患者可能患上继发性恶性肿瘤。在一些实施方案中，该方法包括终身监测继发性恶性肿瘤。
本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均以引用方式并入本文，其程度如同每个单独的出版物、专利或专利申请都具体且单独地指明以引用方式并入一般。然而，本文引用的参考文献不应被解释为承认这种参考文献是本公开的现有技术。就以引用方式并入的参考文献中提供的任何定义或术语与本文提供的术语和讨论不同而言，以本术语和定义为准。
通过以下实施例进一步说明本公开，这些实施例不应解释为进一步限制性的。在本申请中引用的所有参考文献的内容均以引用方式明确地并入本文。
本申请提供的公开内容可用于除上述方法之外的多种方法中或作为上述方法的组合。以下是可以从本申请中提供的公开内容导出的示例性方法的汇编。
在一个实施方案中，本公开提供了一种制造具有改善的临床功效和/或降低的毒性的免疫治疗产品的方法。在一些实施方案中，免疫治疗产品包含血细胞。在一些实施方案中，洗涤从受试者收集的血细胞，例如以除去血浆部分并将细胞置于适当的缓冲液或培养基中以用于后续处理步骤。在一些实施方案中，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤细胞。在一些实施方案中，洗涤溶液不含钙和/或镁和/或许多或全部二价阳离子。在一些实施方案中，洗涤步骤根据制造商的说明通过半自动“流通”离心机(例如，Cobe 2991细胞处理器，Baxter)完成。在一些实施方案中，洗涤步骤根据制造商的说明通过切向流过滤(TFF)完成。在一些实施方案中，洗涤后将细胞重悬于多种生物相容性缓冲液中，例如不含Ca++Mg++的PBS。在某些实施方案中，除去血细胞样品的组分并将细胞直接重悬于培养基中。
在一些实施方案中，这些方法包括基于密度的细胞分离方法，诸如通过裂解红细胞并通过Percoll或Ficoll梯度离心从外周血制备白细胞。在一些实施方案中，这些方法包括白细胞单采。
在一些实施方案中，选择步骤的至少一部分包括将细胞与选择试剂一起温育。与一种或多种选择试剂一起温育，例如作为选择方法的一部分，这些选择方法可以使用一种或多种选择试剂进行，用于基于一种或多种特定分子(诸如表面标志物，例如表面蛋白、细胞内标志物或核酸)在细胞中或细胞上的表达或存在来选择一种或多种不同的细胞类型。在一些实施方案中，可以使用采用一种或多种选择试剂用于基于此类标志物进行分离的任何已知方法。在一些实施方案中，一种或多种选择试剂导致基于亲和力或免疫亲和分离的分离。例如，一些实施方案中的选择包括与用于基于一种或多种标志物(通常为细胞表面标志物)的细胞表达或表达水平来分离细胞和细胞群体的一种或多种试剂一起温育，例如通过与特异性结合这些标志物的抗体或结合伴侣一起温育，随后通常进行洗涤步骤并将已结合抗体或结合伴侣的细胞与未结合抗体或结合伴侣的细胞分离。
在此类方法的一些实施方案中，将一定体积的细胞与一定量的期望的基于亲和力的选择试剂混合。基于免疫亲和力的选择可以使用任何系统或方法来进行，该系统或方法导致被分离的细胞与特异性结合细胞上的标志物的分子(例如，固体表面上的抗体或其他结合伴侣，例如，颗粒)之间的有利的能量相互作用。在一些实施方案中，使用包被有对细胞标志物特异性的选择剂(例如抗体)的颗粒诸如珠(例如磁珠)进行方法。颗粒(例如珠)可以在容器(诸如管或袋)中与细胞一起温育或混合，同时振荡或混合，具有恒定的细胞密度与颗粒(例如珠)的比率，以帮助促进能量上有利的相互作用。在其他情况下，这些方法包括选择细胞，其中全部或部分选择在室的内腔中进行，例如在离心旋转下进行。在一些实施方案中，细胞与选择试剂(诸如基于免疫亲和力的选择试剂)的温育在室中进行。
在一些实施方案中，通过在室的腔中进行这样的选择步骤或其部分(例如，与抗体包被的颗粒例如磁珠一起温育)，使用者能够控制某些参数，例如各种溶液的体积、处理期间溶液的添加及其定时，这与其他可用方法相比可以提供优势。例如，在温育过程中减小腔中的液体体积的能力可以增加选择中使用的颗粒(例如，珠试剂)的浓度，并且因此增加溶液的化学势，而不影响腔中的细胞总数。这又可以增强被处理的细胞与用于选择的颗粒之间的成对相互作用。
在一些实施方案中，例如当与如本文所述的系统、电路和控制相关联时，在室中执行温育步骤允许使用者在温育过程中在期望的时间实现溶液的搅动，这也可以改善相互作用。
在一些实施方案中，选择步骤的至少一部分在室中进行，其包括将细胞与选择试剂一起温育。在此类方法的一些实施方案中，将一定体积的细胞与一定量的期望的基于亲和力的选择试剂混合，该量远小于当根据制造商的说明在用于选择相同数量的细胞和/或相同体积的细胞的管或容器中进行类似选择时通常使用的量。在一些实施方案中，使用的一种或多种选择试剂的量不超过用于根据制造商的说明在用于相同数量的细胞和/或相同体积的细胞的基于管或容器的温育中选择细胞的相同选择试剂的量的5％、10％、15％、20％、25％、50％、60％、70％或80％，所述相同选择试剂。
在一些实施方案中，为了选择，例如基于免疫亲和力的细胞选择，将细胞在室中的组合物中温育，该组合物还含有选择缓冲液和选择试剂，诸如特异性结合需要富集和/或消耗的细胞上但不结合组合物中的其他细胞上的表面标志物的分子，诸如抗体，其任选地偶联至支架诸如聚合物或表面，例如珠，例如磁珠，诸如偶联至对CD4和CD8特异性的单克隆抗体的磁珠。在一些实施方案中，如所描述的，当在摇动或旋转的管中进行选择时，将选择试剂添加到室的腔中的细胞中，其量基本上比与通常使用的或实现相同数量的细胞或相同体积的细胞的大约相同或相似的选择效率所必需的选择试剂的量少(例如不超过该量的5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)。在一些实施方案中，在向细胞和选择试剂添加选择缓冲液的情况下进行温育以实现试剂温育的目标体积，例如10mL至200mL，诸如至少或约至少10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mL或200mL。在一些实施方案中，选择缓冲液和选择试剂在添加至细胞之前预混合。在一些实施方案中，将选择缓冲液和选择试剂分别添加到细胞中。在一些实施方案中，选择温育在周期性温和混合条件下进行，这可以帮助促进能量上有利的相互作用，从而允许使用较少的总选择试剂，同时实现高选择效率。
在一些实施方案中，与选择试剂一起温育的总持续时间为约5分钟至6小时，诸如30分钟至3小时，例如至少或约至少30分钟、60分钟、120分钟或180分钟。
在一些实施方案中，温育通常在混合条件下进行，诸如在存在旋转的情况下，通常以相对较低的力或速度，诸如低于用于沉淀细胞的速度，诸如为或约600rpm至1700rpm(例如，为或约或至少600rpm、1000rpm、或1500rpm或1700rpm)，诸如以为或约80g至l00g(例如，为或约或至少80g、85g、90g、95g或100g)的室或其他容器的样品或壁处的RCF。在一些实施方案中，使用以如此低的速度旋转随后休息期的重复间隔进行旋转，诸如旋转和/或休息1、2、3、4、5、6、7、8、9或10秒，诸如以约1或2秒旋转随后休息约5、6、7或8秒。
在一些实施方案中，这样的过程在与室成一体的完全封闭的系统内进行。在一些实施方案中，该过程(并且在一些实施方案中还有一个或多个额外步骤，诸如洗涤含有细胞的样品(诸如单采样品)的先前洗涤步骤)以自动化方式进行，使得细胞、试剂和其他组分在适当的时间被吸入室中和推出室并实现离心，以使用自动化程序在单个封闭系统中完成洗涤和结合步骤。
在一些实施方案中，在温育和/或混合细胞和一种或多种选择试剂后，对温育的细胞进行分离以基于一种或多种特定试剂的存在或不存在来选择细胞。在一些实施方案中，分离在进行细胞与选择试剂的温育的同一封闭系统中进行。在一些实施方案中，在与选择试剂一起温育后，将温育的细胞(包括其中已结合选择试剂的细胞)转移到用于基于免疫亲和力的细胞分离的系统中。在一些实施方案中，用于基于免疫亲和力的分离的系统是或包含磁性分离柱。
在一些实施方案中，分离方法包括基于一种或多种特定分子在细胞中的表达或存在来分离不同的细胞类型，该一种或多种特定分子诸如表面标志物，例如表面蛋白、胞内标志物或核酸。在一些实施方案中，可以使用基于此类标志物的任何已知的分离方法。在一些实施方案中，分离是基于亲和力或免疫亲和力的分离。例如，一些实施方案中的分离包括基于一种或多种标志物(通常为细胞表面标志物)的细胞表达或表达水平来分离细胞和细胞群体，例如通过与特异性结合这些标志物的抗体或结合伴侣一起温育，随后通常进行洗涤步骤并将已结合抗体或结合伴侣的细胞与未结合抗体或结合伴侣的细胞分离。
此类分离步骤可以基于阳性选择和/或阴性选择，在阳性选择中保留已结合试剂的细胞以供进一步使用，在阴性选择中保留未结合抗体或结合伴侣的细胞。在一些示例中，保留两种部分以供进一步使用。
在一些实施方案中，当没有特异性鉴定异质群体中的细胞类型的抗体可用时，阴性选择可能特别有用，使得分离最好基于由除期望群体之外的细胞表达的标志物进行。
分离不需要导致100％富集或去除特定细胞群体或表达特定标志物的细胞。例如，特定类型的细胞(诸如表达标志物的细胞)的阳性选择或富集是指增加此类细胞的数量或百分比，但不必导致完全不存在不表达标志物的细胞。同样地，特定类型的细胞(诸如表达标志物的细胞)的阳性选择、去除或消耗是指减少此类细胞的数量或百分比，但不必导致完全去除所有此类细胞。
在一些示例中，进行多轮分离步骤，其中使来自一个步骤的阳性或阴性选择的部分经受另一个分离步骤，诸如后续阳性或阴性选择。在一些示例中，单个分离步骤可以消耗同时表达多种标志物的细胞，诸如通过将细胞与多种抗体或结合伴侣一起温育，每种抗体或结合伴侣对阴性选择所靶向的标志物具有特异性。同样地，可以通过将细胞与在多种细胞类型上表达的多种抗体或结合伴侣一起温育来同时阳性选择多种细胞类型。
例如，在一些实施方案中，通过阳性或阴性选择技术分离T细胞的特定亚群，诸如呈阳性或表达高水平的一种或多种表面标志物的细胞，例如CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+和/或CD45RO+T细胞。例如，可以使用抗CD3/抗CD28缀合磁珠(例如，M-450 CD3/CD28 T细胞扩增剂)来阳性选择CD3+、CD28+T细胞。在一些实施方案中，细胞群体富集具有幼稚表型的T细胞(CD45RA+CCR7+)。
在一些实施方案中，通过阳性选择富集特定细胞群体，或通过阴性选择消耗特定细胞群体来进行分离。在一些实施方案中，通过将细胞与一种或多种抗体或其他结合剂一起温育来完成阳性或阴性选择，该一种或多种抗体或其他结合剂分别特异性结合在阳性或阴性选择的细胞上表达(标记为+)或以相对较高的水平表达(标记为高)的一种或多种表面标志物。
在具体的实施方案中，对生物样品(例如，PBMC或其他白细胞的样品)进行CD4+T细胞的选择，其中阴性和阳性部分均被保留。在某些实施方案中，CD8+T细胞选自阴性部分。在一些实施方案中，对生物样品进行CD8+T细胞的选择，其中阴性和阳性部分均被保留。在某些实施方案中，CD4+T细胞选自阴性部分。
在一些实施方案中，通过阴性选择在非T细胞诸如B细胞、单核细胞或其他白细胞诸如CD14上表达的标志物从PBMC样品中分离T细胞。在一些实施方案中，使用CD4+或CD8+选择步骤来分离CD4+辅助T细胞和CD8+细胞毒性T细胞。通过对在一种或多种幼稚、记忆和/或效应T细胞亚群上表达或以相对较高程度表达的标志物的阳性或阴性选择，可以将此类CD4+和CD8+群体进一步分选为亚群。
在一些实施方案中，诸如通过基于与相应亚群相关的表面抗原的阳性或阴性选择，进一步富集CD8+细胞或消耗幼稚、中央记忆、效应记忆和/或中央记忆干细胞。在一些实施方案中，进行中央记忆T(TCM)细胞的富集以增加功效，诸如改善施用后的长期存活、扩增和/或移入，这在一些实施方案中在此类亚群中是特别稳健的。在一些实施方案中，组合富含TcM的CD8+T细胞和CD4+T细胞进一步增强功效。在一些实施方案中，富集具有幼稚表型(CD45RA+CCR7+)的T细胞增强功效。
在实施方案中，记忆T细胞存在于CD8+外周血淋巴细胞的CD62L+和CD62L亚组中。PBMC可以富集或消耗CD62L CD8+和/或CD62L+CD8+部分，诸如使用抗CD8和抗CD62L抗体。
在一些实施方案中，中央记忆T(TCM)细胞的富集基于CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3和/或CD127的阳性或高表面表达；在一些实施方案中，其基于对表达或高表达CD45RA和/或粒酶B的细胞的阴性选择。在一些实施方案中，富集TCM细胞的CD8+群体的分离通过消耗表达CD4、CD 14、CD45RA的细胞并阳性选择或富集表达CD62L的细胞来进行。在一个实施方案中，从基于CD4表达选择的细胞的阴性部分开始进行中央记忆T(TCM)细胞的富集，这经历基于CD 14和CD45RA表达的阴性选择和基于CD62L的阳性选择。这样的选择在一些实施方案中同时进行，并且在其他实施方案中以任一顺序依次进行。在一些实施方案中，用于制备CD8+细胞群体或亚群的相同的基于CD4表达的选择步骤也用于产生CD4+细胞群体或亚群，使得来自基于CD4的分离的阳性和阴性部分均被保留并用于这些方法的后续步骤中，任选地在一个或多个另外的阳性或阴性选择步骤之后。
在一个具体的示例中，对PBMC样品或其他白细胞样品进行CD4+细胞的选择，其中阴性和阳性部分均被保留。然后基于CD14和CD45RA或CD19的表达对阴性部分进行阴性选择，并且基于中央记忆T细胞的特征性标志物(诸如CD62L或CCR7)进行阳性选择，其中阳性和阴性选择以任一顺序进行。
通过鉴定具有细胞表面抗原的细胞群体来讲CD4+T辅助细胞分选为幼稚、中央记忆和效应细胞。CD4+淋巴细胞可以通过标准方法获得。在一些实施方案中，幼稚CD4+T淋巴细胞是CD45RO、CD45RA+、CD62L+、CD4+T细胞。在一些实施方案中，中央记忆CD4+细胞是CD62L+和CD45RO+。在一些实施方案中，效应CD4+细胞是CD62L和CD45RO。在一些实施方案中，具有幼稚表型的T细胞是CD45RA+CCR7+。
在一个示例中，为了通过阴性选择富集CD4+细胞，单克隆抗体混合物通常包括针对CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR和CD8的抗体。在一些实施方案中，抗体或结合伴侣结合至固体支持物或基质，诸如磁珠或顺磁珠，以允许分离细胞以进行阳性和/或阴性选择。例如，在一些实施方案中，使用免疫磁性(或亲和磁性)分离技术分离或分开细胞和细胞群。
在一些实施方案中，将待分离的细胞的样品或组合物与小的、可磁化或磁响应材料一起温育，诸如磁响应颗粒或微粒，诸如顺磁性珠(例如，Dynalbeads或MACS珠)。磁响应材料(例如，颗粒)通常直接或间接附着于结合伴侣(例如，抗体)，该结合伴侣特异性结合期望分离(例如期望阴性选择或阳性选择)的一个或多个细胞或细胞群体上存在的分子(例如，表面标志物)。
在一些实施方案中，磁性颗粒或珠包含与特异性结合成员(诸如抗体或其他结合伴侣)结合的磁响应材料。在磁分离方法中使用许多众所周知的磁响应材料。
温育通常在这样的条件下进行，其中抗体或结合伴侣或特异性结合附着于磁性颗粒或珠的此类抗体或结合伴侣的分子(诸如第二抗体或其他试剂)特异性结合细胞表面分子(如果存在于样品内的细胞上)。
在一些实施方案中，将样品置于磁场中，并且附着有磁响应或可磁化颗粒的那些细胞将被吸引至磁体并与未标记的细胞分离。对于阳性选择，被吸引至磁体的细胞被保留；对于阴性选择，未被吸引的细胞(未标记的细胞)被保留。在一些实施方案中，在相同的选择步骤期间进行阳性和阴性选择的组合，其中阳性和阴性部分被保留并进一步处理或经历进一步的分离步骤。
在一些实施方案中，磁响应颗粒被包被在第一抗体或其他结合伴侣、第二抗体、凝集素、酶或链霉亲和素中。在某些实施方案中，磁性颗粒经由对一种或多种标志物具有特异性的第一抗体的涂层附着于细胞。在某些实施方案中，细胞(而不是珠)用一抗或结合伴侣标记，然后添加细胞类型特异性二抗或其他结合伴侣(例如，链霉亲和素)包被的磁性颗粒。在某些实施方案中，链霉亲和素包被的磁性颗粒与生物素化的一抗或二抗结合使用。
在一些实施方案中，磁响应颗粒附着于随后将被温育、培养和/或工程化的细胞；在一些实施方案中，颗粒保持附着于细胞以施用于患者。在一些实施方案中，从细胞中除去可磁化或磁响应颗粒。用于从细胞中除去可磁化颗粒的方法是已知的，并且包括例如使用竞争性非标记抗体，以及与可裂解接头缀合的可磁化颗粒或抗体。在一些实施方案中，可磁化颗粒是可生物降解的。
在一些实施方案中，基于亲和力的选择是经由磁活化细胞分选(MACS)(MiltenyiBiotec,Auburn,CA)进行的。磁活化细胞分选(MACS)系统能够高纯度地选择附着有磁化颗粒的细胞。在某些实施方案中，MACS以其中非靶标和靶标物质在施加外部磁场后顺序洗脱的模式操作。也就是说，附着于磁化颗粒的细胞被保持在适当位置，而未附着的物质则被洗脱。然后，在该第一洗脱步骤完成之后，被捕获在磁场中并且被阻止洗脱的物质以某种方式被释放，使得它们可以被洗脱并回收。在某些实施方案中，非靶细胞被标记并从异质细胞群体中去除。
在一些实施方案中，使用进行这些方法的分开、细胞制备、分离、处理、温育、培养和/或配制步骤中的一个或多个步骤的系统、装置或设备来进行分开或分离。在一些实施方案中，该系统用于在封闭或无菌环境中执行这些步骤中的每一个步骤，例如以最小化误差、用户处理和/或污染。在一个示例中，系统是如国际专利申请公开号W02009/072003或US20110003380Al中描述的系统。
在一些实施方案中，系统或设备以集成或独立的系统和/或以自动或可编程的方式执行一个或多个(例如，所有)分离、处理、工程化和配制步骤。在一些实施方案中，系统或设备包括与该系统或设备通信的计算机和/或计算机程序，其允许用户对处理、分离、工程话和配制步骤的各种实施方案进行编程、控制，评估它们的结果和/或对处理、分离、工程化和配制步骤的各种实施方案进行调整。
在一些实施方案中，分离和/或其他步骤使用CliniMACS系统(Miltenyi Biotec)进行，例如用于在封闭且无菌的系统中在临床规模水平上自动分离细胞。部件可包括集成微型计算机、磁性分离单元、蠕动泵和各种夹管阀。在一些实施方案中，集成计算机控制仪器的部件并指导系统以标准化顺序执行重复程序。在一些实施方案中，磁性分离单元包括可移动永磁体和用于选择柱的保持器。蠕动泵控制整个管道组的流速，并与夹管阀一起确保缓冲液通过系统的受控流动和细胞的持续悬浮。
在一些实施方案中，CliniMACS系统使用在无菌、无热原溶液中提供的抗体偶联的可磁化颗粒。在一些实施方案中，在用磁性颗粒标记细胞后，洗涤细胞以除去过量的颗粒。然后将细胞制备袋连接到管道组，该管道组又连接到含有缓冲液的袋和细胞收集袋。该管道组由预组装的无菌管道组成，包括预柱和分离柱，并且仅供单次使用。在开始分离程序之后，系统自动地将细胞样品施加到分离柱上。标记的细胞保留在柱内，而未标记的细胞则通过一系列洗涤步骤除去。在一些实施方案中，用于本文描述的方法的细胞群体未被标记并且不保留在柱中。在一些实施方案中，用于本文描述的方法的细胞群体被标记并且保留在柱中。在一些实施方案中，用于本文描述的方法的细胞群体在除去磁场后从柱中洗脱，并收集在细胞收集袋中。
在某些实施方案中，使用CliniMACS Prodigy系统(Miltenyi Biotec)进行分离和/或其他步骤。在一些实施方案中，CliniMACS Prodigy系统配备有细胞处理单元，其允许通过离心自动洗涤和分级分离细胞。CliniMACS Prodigy系统还可以包括机载摄像头和图像识别软件，通过辨别源细胞产物的宏观层来确定最佳细胞分级终点。例如，外周血被自动分离成红细胞、白细胞和血浆层。CliniMACS Prodigy系统还可以包括集成的细胞培养室，其完成细胞培养方案，例如细胞分化和扩增、抗原装载和长期细胞培养。输入端口可以允许无菌去除和补充培养基，并且可以使用集成显微镜来监测细胞。
在一些实施方案中，通过流式细胞术收集并富集(或消耗)本文所述的细胞群体，其中针对多种细胞表面标志物染色的细胞被携带在流体流中。在一些实施方案中，通过制备规模(FACS)分选收集并富集(或消耗)本文所述的细胞群体。在某些实施方案中，通过使用微机电系统(MEMS)芯片与基于FACS的检测系统的组合来收集并富集(或消耗)本文所述的细胞群体(参见例如WO 2010/033140,Cho等人(2010)Lab Chip 10,1567-1573；以及Godin等人(2008)J Biophoton.l(5):355-376)。在这两种情况下，细胞可以用多种标志物标记，从而允许以高纯度分离明确定义的T细胞亚组。
在一些实施方案中，抗体或结合伴侣用一种或多种可检测标志物标记，以促进阳性和/或阴性选择的分离。例如，分离可以基于与荧光标记的抗体的结合。在一些示例中，基于对一种或多种细胞表面标志物具有特异性的抗体或其他结合伴侣的结合进行的细胞分离在流体流中进行，诸如通过荧光激活细胞分选(FACS)，包括制备级(FACS)和/或微机电系统(MEMS)芯片，例如与流式细胞术检测系统组合。此类方法允许同时基于多个标志物的阳性和阴性选择。
在一些实施方案中，制备方法包括在分离、温育和/或工程化之前或之后冷冻(例如，冷冻保存)细胞的步骤。在一些实施方案中，冷冻和后续解冻步骤去除细胞群体中的粒细胞，并且在某种程度上去除单核细胞。在一些实施方案中，将细胞悬浮在冷冻溶液中，例如在洗涤步骤以除去血浆和血小板之后。在一些实施方案中，可以使用多种已知冷冻溶液和参数中的任一种。一个示例涉及使用含有20％ DMSO和8％人血清白蛋白(HSA)的PBS或其他合适的细胞冷冻培养基。然后用培养基1:1稀释，使得DMSO和HSA的最终浓度分别为10％和4％。然后通常将细胞以1℃/分钟的速率冷冻至-80℃并储存在液氮储存罐的气相中。
在一些实施方案中，分离和/或选择产生富集的T细胞，例如CD3+T细胞、CD4+T细胞和/或CD8+T细胞的一种或多种输入组合物。在一些实施方案中，从单个生物样品中分离、选择、富集或获得两种或更多种单独的输入组合物。在一些实施方案中，分离的输入组合物是从收集、取得和/或获得自同一受试者的分离的生物样品中分离、选择、富集和/或获得的。
在某些实施方案中，一种或多种输入组合物是或包括富集的T细胞的组合物，其包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或等于或约100％的CD3+T细胞。在一个实施方案中，富集的T细胞的输入组合物基本上由CD3+T细胞组成。
在某些实施方案中，一种或多种输入组合物是或包括富集的CD4+T细胞的组合物，其包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或等于或约100％的CD4+T细胞。在某些实施方案中，CD4+T细胞的输入组合物包含小于40％、小于35％、小于30％、小于25％、小于20％、小于15％、小于10％、小于5％、小于1％、小于0.1％或小于0.01％的CD8+T细胞，和/或不含CD8+T细胞，和/或不含或基本上不含CD8+T细胞。在一些实施方案中，富集的T细胞的组合物基本上由CD4+T细胞组成。
在某些实施方案中，一种或多种组合物是或包括CD8+T细胞的组合物，其是或包含至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或等于或约100％的CD8+T细胞。在某些实施方案中，CD8+T细胞的组合物含有小于40％、小于35％、小于30％、小于25％、小于20％、小于15％、小于10％、小于5％、小于1％、小于0.1％或小于0.01％的CD4+T细胞，和/或不含CD4+T细胞，和/或不含或基本上不含CD4+T细胞。在一些实施方案中，富集的T细胞的组合物基本上由CD8+T细胞组成。
在一些实施方案中，在遗传工程化之前或与遗传工程化结合温育和/或培养细胞。温育步骤可包括培育、培养、刺激、活化和/或繁殖。温育和/或工程化可以在培养容器中进行，诸如单元、室、孔、柱、管、管组、阀、小瓶、培养皿、袋或用于培育或培养细胞的其他容器。在一些实施方案中，在刺激条件或刺激剂的存在下温育组合物或细胞。此类条件包括设计用于诱导群体中细胞的增殖、扩增、活化和/或存活、模拟抗原暴露和/或引发细胞进行遗传工程化，诸如用于引入重组抗原受体的那些条件。条件可以包括特定培养基、温度、氧含量、二氧化碳含量、时间、试剂(例如，营养物、氨基酸、抗生素、离子)和/或刺激因子(诸如细胞因子、趋化因子、抗原、结合伴侣、融合蛋白、重组可溶性受体)和设计用于活化细胞的任何其他试剂中的一种或多种。
在一些实施方案中，刺激条件或试剂包括一种或多种试剂，例如配体，其能够刺激或激活TCR复合物的胞内信号传导结构域。在一些实施方案中，该试剂开启或启动T细胞中的TCR/CD3胞内信号传导级联。此类试剂可以包括抗体，诸如对TCR具有特异性的那些，例如抗CD3。在一些实施方案中，刺激条件包括一种或多种试剂，例如配体，其能够刺激共刺激受体，例如抗CD28。在一些实施方案中，此类试剂和/或配体可以结合至固体支持物诸如珠和/或一种或多种细胞因子。任选地，扩增方法还可以包括向培养基中添加抗CD3和/或抗CD28抗体(例如，以至少约0.5ng/mL的浓度)的步骤。在一些实施方案中，刺激剂包括IL-2、IL-15和/或IL-7。在一些实施方案中，IL-2浓度为至少约10单位/mL。在一些实施方案中，根据诸如授予Riddell等人的美国专利号6,040,177；Klebanoff等人(2012)J Immunother.35(9):651—660；Terakura等人(2012)Blood.1:72-82和/或Wang等人(2012)J Immunother.35(9):689-701中描述的那些技术进行温育。
在一些实施方案中，通过以下方式扩增T细胞：向培养起始组合物中添加饲养细胞，诸如非分裂外周血单核细胞(PBMC)(例如，使得所得细胞群体对于待扩增的初始群体中的每个T淋巴细胞含有至少约5、10、20或40或更多个PBMC饲养细胞)；以及温育培养物(例如，持续足以扩增T细胞数量的时间)。在一些实施方案中，非分裂饲养细胞可以包括γ-照射的PBMC饲养细胞。在一些实施方案中，用约3000至3600拉德范围内的γ射线照射PBMC以防止细胞分裂。在一些实施方案中，在添加T细胞群体之前将饲养细胞添加到培养基中。
在一些实施方案中，刺激条件包括适于人T淋巴细胞生长的温度，例如至少约25摄氏度，通常至少约30摄氏度，并且通常为或约37摄氏度。任选地，温育还可以包括添加非分裂EBV转化的类淋巴母细胞(LCL)作为饲养细胞。LCL可以用约6000至10,000拉德范围内的γ射线照射。在一些实施方案中，LCL饲养细胞以任何合适的量提供，诸如LCL饲养细胞与初始T淋巴细胞的比率为至少约10:1。
在实施方案中，抗原特异性T细胞，诸如抗原特异性CD4+和/或CD8+T细胞，是通过用抗原刺激幼稚或抗原特异性T淋巴细胞获得的。例如，针对巨细胞病毒抗原的抗原特异性T细胞系或克隆可以通过从感染的受试者中分离T细胞并用相同的抗原在体外刺激细胞来产生。
在一些实施方案中，在一种或多种刺激条件或刺激剂存在下的至少一部分温育在离心室的内腔中进行，例如在离心旋转下进行，诸如国际公开号WO2016/073602中描述的。在一些实施方案中，在离心室中进行的温育的至少一部分包括与一种或多种试剂混合以诱导刺激和/或活化。在一些实施方案中，将细胞(诸如选定的细胞)与刺激条件或刺激剂在离心室中混合。在此类方法的一些实施方案中，将一定体积的细胞与一定量的一种或多种刺激条件或试剂混合，该一种或多种刺激条件或试剂的量远小于当在细胞培养板或其他系统中进行类似刺激时通常采用的量。
在一些实施方案中，当在没有混合的情况下在室中(例如在具有周期性摇动或旋转的管或袋中)进行选择时，将刺激剂添加到室的腔中的细胞中，其量基本上比与通常使用的或实现相同数量的细胞或相同体积的细胞的大约相同或相似的选择效率所必需的刺激剂的量少(例如不超过该量的5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)。在一些实施方案中，在向细胞和刺激剂添加温育缓冲液的情况下进行温育以实现试剂温育的目标体积，例如10mL至200mL，诸如至少或约至少或约或10mL、20mL、30mL、40mL、50mL、60mL、70mL、80mL、90mL、100mL、150mL或200mL。在一些实施方案中，在添加至细胞之前将温育缓冲液和刺激剂预混合。在一些实施方案中，将温育缓冲液和刺激剂分别添加到细胞中。在一些实施方案中，刺激温育在周期性温和混合条件下进行，这可以帮助促进能量上有利的相互作用，从而允许使用较少的总刺激剂，同时实现细胞的刺激和活化。
在一些实施方案中，温育通常在混合条件下进行，诸如在存在旋转的情况下，通常以相对较低的力或速度，诸如低于用于沉淀细胞的速度，诸如为或约600rpm至1700rpm(例如，为或约或至少600rpm、1000rpm、或1500rpm或1700rpm)，诸如以为或约80g至100g(例如，为或约或至少80g、85g、90g、95g或100g)的室或其他容器的样品或壁处的RCF。在一些实施方案中，使用以如此低的速度旋转随后休息期的重复间隔进行旋转，诸如旋转和/或休息1、2、3、4、5、6、7、8、9或10秒，诸如以约1或2秒旋转随后休息约5、6、7或8秒。
在一些实施方案中，例如与刺激剂一起温育的总持续时间为或为约1小时至96小时、1小时至72小时、1小时至48小时、4小时至36小时、8小时至30小时或12小时至24小时，诸如至少或约至少6小时、12小时、18小时、24小时、36小时或72小时。在一些实施方案中，进一步温育的时间为或为约1小时至48小时、4小时至36小时、8小时至30小时或12小时至24小时(包括端值)。
在一些实施方案中，刺激条件包括与一种或多种细胞因子一起温育、培育和/或培养富集的T细胞的组合物和/或在一种或多种细胞因子的存在下温育、培育和/或培养富集的T细胞的组合物。在具体的实施方案中，一种或多种细胞因子是重组细胞因子。在一些实施方案中，一种或多种细胞因子是人重组细胞因子。在某些实施方案中，一种或多种细胞因子结合和/或能够结合由T细胞表达和/或为T细胞内源的受体。在具体的实施方案中，一种或多种细胞因子是或包括细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员。在一些实施方案中，细胞因子的4-α-螺旋束家族的成员包括但不限于白介素-2(IL-2)、白介素-4(IL-4)、白介素-7(IL-7)、白介素-9(IL-9)、白介素12(IL-12)、白介素15(IL-15)、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。在一些实施方案中，刺激导致细胞的活化和/或增殖，例如，在转导之前。
在一些实施方案中，与所提供的方法、用途、制品或组合物结合使用的工程化细胞(诸如T细胞)是已被遗传工程化以表达重组受体(例如，本文描述的CAR或TCR)的细胞。在一些实施方案中，通过引入、递送或转移编码重组受体和/或其他分子的核酸序列来工程化细胞。
在一些实施方案中，用于产生工程化细胞的方法包括将编码重组受体(例如抗CD19 CAR)的多核苷酸引入细胞，例如被刺激或活化的细胞。在具体的实施方案中，重组蛋白是重组受体，诸如任何描述的。可以使用多种已知载体中的任一种将编码重组蛋白(诸如重组受体)的核酸分子引入细胞中。此类载体包括病毒和非病毒系统，包括慢病毒和γ逆转录病毒系统，以及基于转座子的系统，诸如基于PiggyBac或Sleeping Beauty的基因转移系统。示例性方法包括用于转移编码受体的核酸的方法，包括通过病毒(例如，逆转录病毒或慢病毒)、转导、转座子和电穿孔。在一些实施方案中，工程化产生一种或多种工程化的富集T细胞组合物。
在某些实施方案中，一种或多种被刺激的T细胞组合物是或包括两种单独的被刺激的富集T细胞组合物。在一些实施方案中，两种单独的富集T细胞组合物，例如已从相同生物样品中选择、分离和/或富集的两种单独的富集T细胞组合物被单独地工程化。在某些实施方案中，两种单独的组合物包括富集的CD4+T细胞的组合物。在一些实施方案中，两种单独的组合物包括富集的CD8+T细胞的组合物。在一些实施方案中，富集的CD4+T细胞和富集的CD8+T细胞的两种单独的组合物被分别遗传工程化。在一些实施方案中，相同的组合物富集CD4+T细胞和CD8+T细胞两者，并且这些细胞被一起遗传工程化。
在一个实施方案中，T淋巴细胞样品通过对来自受试者的PBMC进行白细胞单采来制备。在一个实施方案中，通过对CD4+和/或CD8+细胞的阳性选择，对白细胞单采样品进一步进行T淋巴细胞富集。在一个实施方案中，淋巴细胞被进一步工程化以包含CAR或外源TCR。CAR和TCR的示例以及工程化淋巴细胞的方法在本公开的其他地方进行了描述。在一个实施方案中，该方法包括在IL-2存在下扩增工程化淋巴细胞以产生T细胞输注产物。在一个实施方案中，工程化淋巴细胞在IL-2存在下扩增约2-7天。
在受试者最初有反应但随后复发的情况下，受试者可以符合第二个疗程的调节性化疗和阿基仑赛的条件。可以在诸如以下的条件下施用再治疗：受试者患有PR或CR；受试者的疾病随后进展；CD19肿瘤表达在疾病进展后和再治疗前通过活检局部确认；除既往阿基仑赛使用之外，受试者继续满足最初的研究合格标准。如研究者所确定的，如果有临床指征，则应重复筛选评估以确认合格；受试者未接受用于治疗淋巴瘤的后续疗法；与调节性化疗(氟达拉滨和环磷酰胺)相关的毒性(除脱发外)已消退至≤1级或恢复至再治疗前的基线；以及受试者不具有已知的中和抗体(例外：如果出现非中和抗体，如果受试者满足最初的研究合格标准，则他们可以再治疗)。
实施例
实施例1
临床试验-1是一项临床研究，其中复发性/难治性NHL患者接受了阿基仑赛治疗。阿基仑赛是CD19定向的基因修饰自体T细胞免疫疗法，其包含所收集的患者自身的T细胞以及离体通过逆转录转导进行基因修饰而表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞，该CAR包含连接到CD28和CD3-ζ共刺激结构域的抗CD19单链可变区片段(scFv)。尽管接受了推荐的既往疗法，患者可能患有弥漫性大B细胞淋巴瘤、原发性纵隔B细胞淋巴瘤或伴有难治性疾病的转化滤泡性淋巴瘤。患者在接受低剂量环磷酰胺和氟达拉滨的调节性方案后，接受了每千克体重2×106个抗CD19 CAR T细胞的目标剂量。(Neelapu,SS等人2017,N Engl J Med 2017；377(26):2531-44)。
根据扩展的统计分析计划对临床试验-1患者的生物标志物数据进行了分析，以了解与治疗功效和毒性以及产品适应性差异相关的反应和参数的相关性。揭示了一些相关性。对临床试验-1(NCT02348216)中患者的可用样品进行了分析。安全性和功效结果之前已进行了报道。(Neelapu,SS等人2017,N Engl JMed 2017；377(26):2531-44；Locke FL等人2019；Lancet Oncol.2019年1月；20(1):31-42.doi:10.1016/S1470-2045(18)30864-7.2018年12月2日电子出版)。持久反应是指在数据截止时处于持续反应的患者。复发是指获得CR或PR并随后出现疾病进展的患者。获得稳定或进行性疾病作为最佳反应的患者被包括在无反应类别中。
虽然LBCL的常规预后因素与关键的临床试验-1研究中的结果无关(Neelapu等人NEJM.2017)，但其他属性如嵌合抗原受体(CAR)T-细胞适应性和组成(CCR7+CD45RA+T细胞)、降低的治疗前肿瘤负荷、存在活化的CD8+PD-1+LAG-3+/–TIM-3–T细胞的免疫肿瘤微环境(TME)与功效相关(Locke等人,Blood Advances,2020https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2020002394以及Galon等人,ASCO,2020https://ascopubs.org/doi/abs/10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.3022)。通过进一步询问具有较大基线肿瘤负荷(SPD>＝3721mm2)的患者的肿瘤免疫组织(TIC)(例如免疫细胞的密度、组成和功能)并与具有较小基线肿瘤负荷(SPD<3721mm2)的患者比较，揭示了治疗前TIC中的骨髓炎症与CAR-T扩增之间的关联，其影响反应的持久性，特别是对于具有较大肿瘤并且明显更难以治疗的患者。
通过多重免疫组织化学(n＝18)和基因表达分析(N＝30)进行治疗前TIC分析，如前所述(Rossi等人,Cancer Res 2018年7月1日(78)(13增刊)LB-016；DOI:10.1158/1538-7445.AM2018-LB-016,Galon等人,Journal of Clinical Oncology 2020(38)(15_增刊),3022-3022DOI:10.1200/JCO.2020.38.15_suppl.3022Journal of Clinical Oncology38,第15期_增刊(2020年5月20日)3022-3022)。为了进一步询问活化T细胞和抑制性骨髓特征，用T细胞(CD3D、CD8A、CTLA4、TIGIT)和骨髓细胞(ARG2、TREM2)的所选基因的均方根得到指数。通过Log2((T细胞指数+1)/骨髓指数+1)确定活化T细胞与抑制性骨髓细胞指数之间的比率。
与抑制性骨髓相关活性相关的治疗前免疫TME特征，最显著的是ARG2、TREM2和IL-8基因表达，在没有记录的CD19表达损失的未反应或复发的患者中升高。治疗前活检物中的ARG2和TREM2水平与CD8+T细胞密度负相关。与复发的具有高肿瘤负荷的患者相比，实现持久反应的具有高肿瘤负荷的患者在TME中的治疗前ARG2和TREM2水平较低，并且在阿基仑赛后CAR T细胞扩增增强。在具有高肿瘤负荷的患者中，治疗前活检物中的T细胞与抑制性骨髓细胞标志物的高比率(T/M比率)与CAR T细胞扩增(峰和归一化为肿瘤负荷的峰)和持久反应正相关。
阿基仑赛可以克服具有有利的免疫TIC和稳健的CAR T细胞扩增的患者的高肿瘤负荷。有利的免疫TME的特征在于降低的抑制性骨髓细胞活性(低ARG2和TREM2表达)和增加的T/M比率。这些数据表明在CAR T细胞疗法的情况下克服高TB的可能可行策略。
与持续反应者相比，在复发者和无反应者中骨髓相关基因特征被上调。图1.比较持续反应者与复发和无反应者的差异表达基因的火山图。通过每个持续反应组的中位数的比率确定倍数变化，并从Wilcoxon检验导出p值。在对数变换中，将中位数加小常数1以避免出现零。包括ARG2、TREM2、IL8、C8G和MASP2的复发和无反应者组中最前的差异表达基因与TME骨髓炎症相关。使用小组上所有管家基因的表达值与几何平均值的比率对基因计数进行归一化。管家归一化的基因计数还使用在与观察到的数据相同的盒上运行的小组标准进行归一化。
在治疗前肿瘤中具有较高ARG2表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低ARG2表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的ARG2。图2.按ARG2基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的ARG2基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的ARG2基因计数。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，无反应者以蓝色示出，而复发且无反应者(其他)以黄色示出。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
在治疗前肿瘤中具有较高TREM2表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低TREM2表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的TREM2in。图3.按TREM2基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的TREM2基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的TREM2基因计数。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，无反应者以蓝色示出，而复发且无反应者(其他)以黄色示出。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
在治疗前肿瘤中具有较高IL8表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低IL8表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的IL8。图4按IL8基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的IL8基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的IL8基因计数。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，无反应者以蓝色示出，而复发且无反应者(其他)以黄色示出。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
在治疗前肿瘤中具有较高IL13表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低IL13表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的IL13。图5.按IL13基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的IL13基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的IL13基因计数。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，无反应者以蓝色示出，而复发且无反应者(其他)以黄色示出。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
在治疗前肿瘤中具有较高CCL20表达(由30名患者的中位数确定)的患者比具有较低CCL20表达的那些患者具有更差的总体生存和无进展生存。箱线图显示，与复发者和/或无反应者相比，持续反应者在治疗前肿瘤中表达较低水平的CCL20。图6.按CCL20基因计数分组的临床试验-1受试者的总体生存曲线和无进展生存曲线。对治疗前肿瘤样品中的CCL20基因计数进行中位截止选择的Kaplan-Meier总体生存曲线和无进展生存曲线具有通过对数秩检验确定的显著性。箱线图示出了持续反应组的CCL20基因计数。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，无反应者以蓝色示出，而复发且无反应者(其他)以黄色示出。分别进行了非参数Wilcoxon检验和Kruskal-Wallis检验以比较2组或3组。
处于持久反应的患者显示较低的ARG2和TREM2表达，而复发者和无反应者显示较高的ARG2和TREM2表达，特别是在具有较高基线肿瘤负荷的患者中。图7.在具有高(SPDhi)或低(SPDlow)基线肿瘤负荷的患者中，治疗前T细胞和骨髓细胞基因特征与持续反应之间的关联。红色的值代表大于平均表达的值，而蓝色的值代表小于相应基因的平均表达的值。输注的CD8的总数(NCD8)、输注的初始产品的总数(NNV)、峰值CAR-T细胞水平及其相对于基线肿瘤负荷的值(CAR-T峰值/SPD)被包括作为比较。
CAR-T峰值扩增与持续反应正相关，特别是在具有大基线肿瘤负荷的患者中。图8.在具有高(SPDhi)或低(SPDlow)基线肿瘤负荷的患者中，持续反应组的峰值CAR-T水平(细胞数/μL)之间的关联。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，而无反应者以蓝色示出。进行了非参数Kruskal-Wallis检验以比较3组。
T/骨髓指数的比率与持续反应正相关，特别是在具有大基线肿瘤负荷的患者中。图9.在具有高(SPDhi)或低(SPDlow)基线肿瘤负荷的患者中，持续反应组的T细胞/TME骨髓炎症比率。使用所选的基因导出T细胞(CD3D、CD8A、CTLA4、TIGIT)和TME骨髓炎症(ARG2和TREM2)指数。持续反应者以绿色示出，复发患者以橙色示出，而无反应者以蓝色示出。进行了非参数Kruskal-Wallis检验以比较3组。
CAR-T峰值扩增与T细胞指数和T/骨髓比率正相关。图10.峰值CAR-T细胞水平与T细胞、TME骨髓炎症指数和T细胞/TME骨髓炎症比率之间的关联。示出了斯皮尔曼秩系数(R)和p值。
相对于基线肿瘤负荷的峰值CAR-T细胞水平与T细胞指数和T/骨髓比率正相关。图11.相对于肿瘤负荷的峰值CAR-T细胞水平与T细胞、TME骨髓炎症指数和T细胞/TME骨髓炎症比率之间的关联。示出了斯皮尔曼秩系数(R)和p值。
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实施例2
该实施例是实施例1的延续，并且数据是通过相同的方法从相同的患者群体获得的。目标是系统地分析治疗前肿瘤微环境(TME)特征，其可能影响来自临床试验-1的LBCL患者的CAR T细胞表现，特别是具有较高肿瘤负荷和较低持续反应率的患者。在该事后分析中，分析了来自临床试验-1的1期和2期队列1-3中的患者的可评估样品。因此，n值随测定类型而变化，队列1和队列2代表关键队列。(Locke FL等人Lancet Oncol.2019；20:31-42；Neelapu SS等人N Engl J Med.2017；377:2531-2544)。队列3，即添加到ZUMA 1的几个探索性安全管理队列中的一个，评估了抗惊厥药左乙拉西坦和抗白介素6受体抗体托珠单抗的预防性用途，以最小化CAR T细胞治疗相关毒性。(Locke FL等人Blood.2017；130(增刊，摘要):1547)。1期和2期队列1和2中的患者进行了≥2年的随访(中位数，27.1个月)。队列3中的患者进行了≥6个月的随访(中位数，9.8个月)。如前所述，通过多重免疫组织化学和基因表达谱(NanoString)分析了治疗前免疫TME。(Galon J等人J Clin Oncol.2020；38(增刊，摘要):3022；Rossi JM等人Cancer Res.2018；78(增刊，摘要):LB-016)。如前所述评估了基线肿瘤负荷(通过SPD)。(Locke FL等人Blood Adv.2020；4:4898-4911)。通过斯皮尔曼秩相关或Wilcoxon或Kruskala-Wallis检验进行上述协变量与临床结果的相关分析。来自临床试验-1的1期和2期队列1+2的中位肿瘤负荷(通过SPD)被用作高(>3721mm2)与低(≤3721mm2)肿瘤负荷的截止值。反应定义是根据数据截止时的反应，并且如下：持续/持久反应者是实现完全或部分反应并保持反应的患者；无反应者是经历稳定或进行性疾病作为最佳反应的患者；并且复发患者是实现完全或部分反应但随后经历疾病进展的患者。
由Nanostring生成的从图1获得的骨髓特征(参见实施例1)与关键TME免疫细胞亚群相关，其使用利用多重IHC产生的数据显示。图12.与持续反应负相关的基因(例如，ARG2、IL13、IL8、C8G、CCL20和TREM2)与TME内的骨髓细胞群体正相关。相反，在复发患者和无反应者中最前的差异表达的基因显示与TME内的骨髓细胞(粒细胞、嗜中性粒细胞和M-MDSC)正相关，并且与T细胞(例如，CD8+T细胞、FoxP3+CD9+T细胞)负相关。图12.抑制性髓系基因特征也被证明与癌睾丸抗原(CTA)正相关。图13.CTA基因先前已被证明与最佳反应负相关(Rossi JM等人Cancer Res.2018；78(增刊，摘要):LB-016)。有利的免疫TME包含相对于抑制性骨髓细胞基因表达特征更显著的T细胞基因表达特征。在治疗前TME中具有低ARG2和TREM2基因表达的患者表现出与肿瘤负荷相称的相对较高的CAR T细胞扩增，实现了持久反应。这些数据表明，克服失调的骨髓相关TME与利用高功能CAR T细胞产品结合，使具有高肿瘤负荷的患者的持久临床益处最大化。阿基仑赛可以克服具有有利的免疫TME和高CAR T细胞扩增的患者的高治疗前肿瘤负荷。
实施例3
阿基仑赛，一种自体抗CD19嵌合抗原受体(CAR)T细胞疗法，被批准用于在≥2线既往全身性疗法后治疗复发性/难治性大B细胞淋巴瘤(R/R LBCL)((阿基仑赛)[产品特征概述].Amsterdam,the Netherlands:Kite Pharma EU B.V.；2018；(阿基仑赛)[包装说明书].Santa Monica,CA:Kite Pharma,Inc；2017)。为了减少阿基仑赛相关的毒性，将几个探索性安全管理队列加入到临床试验-1(NCT02348216)中，这是阿基仑赛在难治性LBCL中的关键1/2期研究。队列4评估了早期使用皮质类固醇和托珠单抗的细胞因子释放综合征(CRS)和神经事件(NE)的发生率和严重程度。主要终点是CRS和NE的发生率和严重程度。患者在调节性疗法后接受2×106个抗CD19CAR T细胞/kg。四十一名患者接受了阿基仑赛。任何级别的CRS和NE的发生率分别为93％和61％(≥3级，2％和17％)。没有4级或5级CRS或NE。尽管早期进行了给药，但需要皮质类固醇疗法的患者中累积的可的松当量皮质类固醇剂量低于在关键临床试验-1队列中报道的剂量。中位随访为14.8个月，客观反应率和完全反应率分别为73％和51％，并且51％的治疗患者处于持续反应状态。在接受阿基仑赛的患有R/R LBCL的患者中，早期并谨慎使用皮质类固醇和/或托珠单抗有可能降低≥3级CRS和NE的发生率。
临床试验-1是一项阿基仑赛治疗R/R LBCL的单组、多中心注册研究，正在美国、欧洲、加拿大和以色列进行。队列4程序类似于针对队列1+2描述的程序。(Neelapu等人,NEngl J Med.2017；377(26):2531-44)队列4中的主要差异是使用左乙拉西坦预防以及早期皮质类固醇和托珠单抗干预来管理CRS和NE(图14)。
队列4中符合条件的患者在≥2线全身性疗法后患有R/R LBCL，或者对一线疗法是难治性的(即，对进行性疾病(PD)或疾病稳定的最佳反应(对于≥4个周期的一线疗法，疾病稳定持续时间不长于6个月))。既往疗法必须包括抗CD20单克隆抗体(除非肿瘤是CD20阴性)和含蒽环霉素的化疗方案。要求患者具有0或1的东部肿瘤协作组体能状态。其他纳入标准是绝对嗜中性粒细胞计数>1,000个细胞/μL、绝对淋巴细胞计数>100个细胞/μL、血小板计数>75,000个细胞/μL、足够的器官功能、没有中枢神经系统参与和没有活性感染。
队列4患者在第-5至-3天接受环磷酰胺(500mg/m2/天)和氟达拉滨(30mg/m2/天)的调节性方案，并在第0天接受1剂阿基仑赛(目标剂量，2×106个CAR T细胞/kg)。根据研究者的判断(例如，筛选或基线时的大块疾病或快速发展的疾病)，允许在开始调节性化疗之前的桥接疗法(表3)。
表3.桥接疗法方案.*
HDMP，高剂量甲泼尼龙；IV，静脉内；PET-CT，正电子发射断层扫描-计算机断层扫描；PO，口服。
*在桥接疗法后进行新的基线PET-CT。
桥接疗法方案可以根据研究者的判断来选择。
患者在第0天开始接受左乙拉西坦(750mg口服或静脉内，每天两次)，并且如果在停止预防性左乙拉西坦后发生NE，则在≥2级神经毒性发作时接受左乙拉西坦。在一个实施方案中，如果患者未经历任何≥2级神经毒性，则左乙拉西坦逐渐减量并且如临床上所指示停药。如果3天后没有改善并且对于所有≥1级NE，则开始皮质类固醇疗法以管理所有1级CRS(图14；表4)。如果3天后没有改善，则在1级CRS、在≥2级CRS和在≥2级NE时开始托珠单抗(表4)。
表4.临床试验-1队列4中托珠单抗和皮质类固醇不良事件管理指南。
CRS，细胞因子释放综合征；IV，静脉内；N/A，不适用；NE，神经事件。
*根据研究者的判断在症状改善时逐渐减少治疗。
不超过800mg。
没有测试正式假设，并且对所有终点进行描述性分析。群主4的主要终点是CRS和NE的发生率和严重程度。CRS根据修改后的Lee等人标准(Lee等人,Blood.2014；124(2):188-95)进行分级，并且NE按照不良事件通用术语标准4.03版(美国卫生与公共服务部.不良事件通用术语标准(CTCAE)4.03版.2010)进行分级。关键的安全相关次要终点包括其他不良事件的发生率和安全实验室值的临床显著变化。关键的功效相关次要终点包括每个研究者评估的ORR、反应持续时间、PFS、OS、血液中抗CD19CAR T细胞水平以及血清中细胞因子水平。
修改后的意向治疗人群包括入组并用剂量≥1×106个抗CD19 CAR T细胞/kg的阿基仑赛治疗的患者。该分析集用于所有客观反应分析和基于客观反应的终点。安全分析集包括用任何量的阿基仑赛治疗的所有患者。队列4中的肿瘤负荷在桥接后和调节性化疗前测量。通过转化为初始住院期间的全身可的松当量剂量来计算累积皮质类固醇剂量。
使用经过验证的聚合酶链式反应进行药代动力学分析，计算血液中基因标记的CAR T细胞(Neelapu等人,N Engl J Med.2017；377(26):2531-44；Kochenderfer等人,JClin Oncol.2015；33(6):540-9)。在多个时间点获得血清以定量可溶性标志物，包括细胞因子。在确认资格后、在调节性化疗前、在阿基仑赛输注后第5天(±3天)以及在第4周就诊(±3天)收集脑脊液(CSF)。使用来自Meso Scale Discovery或Luminex的多重测定试剂盒、ProteinSimple Simple Plex或R&D Systems酶联免疫吸附测定试剂盒测量血清和CSF中多达46种可溶性标志物。通过流式细胞术和与表达CD19的靶细胞共培养，然后进行酶联免疫吸附测定或Meso Scale Discovery对产物细胞进行表征。
进行探索性(倾向性评分匹配分析)PSM分析(Rosenbaum和Rubin,Biometriks.1983；70(1):41-55；Austin,Multivariate Behav Res.2011；46(3):399-424)，以允许在平衡以下基线特征后对队列4与队列1+2中的患者的结果进行描述性比较(中位随访，15.4个月)：年龄、东部肿瘤协作组(ECOG)体能状态、肿瘤负荷、国际预后指数评分、既往化疗线数、既往铂使用、疾病分期和乳酸脱氢酶(LDH)水平(补充方法)。使用队列4与匹配队列1+2之间±0.2内的标准化平均差(Austin,Stat Med.2008；27(12):2037-49；Imai等人,J R Statist Soc A.2008；171:481-502)作为评估PSM后协变量平衡的标准。PSM分析代表了一种统计学方法，其通过最小化测量或未测量基线特征的潜在混杂功效来减少两组间比较的偏差，这些测量或未测量基线特征在使用观察数据时可能存在于组之间(Rosenbaum和Rubin,Biometriks.1983；70(1):41-55；Austin,Multivariate BehavRes.2011；46(3):399-424)。使用这种方法，可以在没有随机试验的情况下评估两个不同组之间的治疗对结果的影响(Rosenbaum和Rubin,Biometriks.1983；70(1):41-55；Austin,Multivariate Behav Res.2011；46(3):399-424)。这里，进行了事后倾向性评分匹配分析以描述性地比较临床试验-1的队列4和关键队列1+2。通过标准化平均差(SMD)或计算出的2组之间的平均差除以标准偏差来评估匹配前后的协变量平衡(Austin,Stat Med.2008；27(12):2037-49；Imai等人,J R Statist Soc A.2008；171:481-502)。这种统计方法是用于倾向性评分匹配分析的最广泛使用的诊断指标，并且不受改善平衡之外的因素(例如，匹配亚组的样本大小)的影响(Austin,Stat Med.2008；27(12):2037-49；Imai等人,J RStatist Soc A.2008；171:481-502)。因此，通过匹配后的SMD协变量平衡诊断来确立倾向性评分匹配比较的有效性。
队列4入组在2018年2月开始。队列4中入组了四十六名患者并进行了白细胞单采，并且41名患者接受了最小目标剂量的阿基仑赛。后一组包括修改后的意向治疗和安全性分析集(图15)。百分之六十八的患者(n＝28/41)在接受阿基仑赛之前接受了桥接疗法，在17名可评估的患者中肿瘤负荷的中位数降低为10％。截至2019年11月6日的数据截止，中位随访为14.8个月(范围为8.9-19.9个月)。在接受治疗的患者中，中位年龄为61岁(范围，19-77岁；表5)。
表5.基线特征
ASCT，自体干细胞移植；DLBCL，弥漫性大B细胞淋巴瘤；ECOG，美国东部肿瘤协作组；HGBCL，高级别B细胞淋巴瘤；IPI，国际预后指数；LDH，乳酸脱氢酶；PD，进行性疾病；PMBCL，原发性纵隔B细胞淋巴瘤；SCT，干细胞移植；SPD，直径乘积之和；TFL，转化滤泡性淋巴瘤。
*通过中心诊断确认，存档和研究治疗前肿瘤活检确定率为59％(24/41)。另外两名受试者由于送去用于中心评估的活检标本中不存在肿瘤组织而错过了确诊。
对于ASCT后没有复发的患者。/>
调节性化疗前的最后一次观察；可以在接受桥接的患者中在桥接之前或之后测量。
最常见的疾病亚型是弥漫性LBCL(63％)。大多数患者(71％)患有III期或IV期疾病，63％接受过≥3种既往疗法，并且37％具有对其最近化疗的进行性疾病的最佳反应。产品特征在很大程度上与先前在临床试验-1中报道的那些相当(表6)。
表6.
CAR，嵌合抗原受体；IFN，干扰素；max，最大值；min，最小值。
所有接受阿基仑赛的患者均经历了AE，其中98％经历了至少1次≥3级事件—最常见的是中性粒细胞减少(39％)、中性粒细胞计数减少(29％)、贫血(24％)和发热(24％；表7)。报道了25名(61％)患者中任何级别的感染，其中最严重的3级、4级和5级分别发生在8名(20％)、1名(2％)和1名(2％)患者中。
表7.TEAE的发生率和严重程度。*
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TEAE，治疗中出现的不良事件。*在≥15％的患者中发生的TEAE，包括在>10％的患者中发生的所有≥3级事件。
有2名患者由于AE而死亡，并且据报道两者均与调节性化疗(第13天肺炎)或既往疗法(第354天急性髓性白血病；通过回顾性分析显示，从白细胞单采中存在的潜在骨髓增生异常综合征转化)相关。据报道，39％的患者在第30天或之后出现≥3级血细胞减少(表8)。
表8.阿基仑赛输注后第30天或之后出现最严重的≥3级中性粒细胞减少、血小板 减少和贫血的发生率
CRS的总发生率为93％，3级CRS在2％的患者中发生(表9)，并且在CRS的环境中没有4级CRS事件或死亡。最常见的CRS≥3级症状为发热(24％)、低血压(8％)和缺氧(5％)。CRS发作的中位时间为2天，中位持续时间为6.5天，并且所有CRS事件均在数据截止时缓解。NE在61％的患者中发生，其中≥3级NE的发生率为17％(表9)。
表9.CRS和NE的发生率、严重程度、发作和持续时间
CRS，细胞因子释放综合征；NE，神经事件；TEAE，治疗中出现的不良事件。
队列4中最常见的≥3级NE是嗜睡(7％)、意识模糊状态(7％)和脑病(5％)。没有4级或5级NE。值得注意的是，≥3级NE仅限于接受桥接疗法的患者。NE发作的中位时间为6天，中位持续时间为8天。截至数据截止时，三名患者患有持续NE(表10)。
表10.数据截止时未缓解的神经事件的总结。
axicabtagene ciloleucel，阿基仑赛；N/A，不适用。
*神经事件在第13天由于肺炎而死亡时仍在持续。
神经事件在第6天由于疾病进展而死亡时仍在持续。
桥接疗法无助于降低队列4中≥3级CRS(桥接，1/28[4％]；无桥接，0/13[0％])或NE(桥接，7/28[25％]；无桥接，0/13[0％])的发生率。在队列4中共有73％的患者接受了皮质类固醇。在接受皮质类固醇的患者中，累积的可的松当量皮质类固醇剂量为939mg，43％接受了≥5剂(表11)。将托珠单抗施用于76％的患者。
表11.皮质类固醇使用的累积剂量和频率。
max，最大值；min，最小值。
*皮质类固醇的使用包括在第一剂阿基仑赛的开始日期或之后但在出院日期之前或当天开始的剂量。
输注至出院日期之间累积的全身可的松当量剂量。
队列4中研究者评估的客观反应率(ORR)为73％，CR率为51％(图16)。虽然该研究没有设计成评估桥接疗法的效果，但是在接受和未接受桥接疗法的队列4患者中观察到相当的ORR(分别为71％与77％)，尽管在接受桥接疗法的患者中CR率在数值上更低(46％与62％)。反应率的12个月持续时间的KM估计为71％，并且截至数据截止日期，51％的经治疗患者仍保持反应。反应似乎不受皮质类固醇使用的影响(图17)。在队列4中，经过最少1年的随访，中位PFS(图18)和中位OS(PFS：95％ CI，3.0个月—不可估计；OS：95％ CI，15.8个月—不可估计)均未达到。12个月PFS和OS率的KM估计分别为57％和68％。
队列4的中位峰值CAR T细胞扩增为52.9个细胞/μL血液，并且在阿基仑赛输注后14天内观察到(图19A)。与CRS和/或NE相关的关键炎性血清生物标志物(包括IFN-γ、IL-2、IL-6、IL-15、GM-CSF和铁蛋白)的治疗后中位水平在阿基仑赛输注后的第一周达到峰值(图19B；表12)。
表12.血清生物标志物的总结
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AUC0-28，第0天至第28天的曲线下面积；CCL，趋化因子(C-C基序)配体；CRP，C反应蛋白；CXCL，趋化因子(C-X-C基序)配体；GM-CSF，粒细胞-巨噬细胞集落-刺激因子；ICAM，细胞间粘附分子；IFN，干扰素；IL，白介素；max，最大值；MCP，单核细胞趋化蛋白；MDC，巨噬细胞来源的趋化因子；min，最小值；MIP，巨噬细胞炎症蛋白；N/A，不适用；PD-L1，编程死亡配体1；R，受体；RA，受体拮抗剂；SAA，血清淀粉样蛋白A；SFASL，血清可溶性Fas配体；TARC，胸腺和激活调节趋化因子；TNF，肿瘤坏死因子；VCAM，血管细胞粘附分子。
*如果N与整个组的不同，则在细胞中指定。
除非另有说明，否则为指定单位。
具有可评估样品且≥3级NE的队列4患者在输注后(第5天)IFN-γ、IL-15、IL-2Rα、IL-6和IL-8的脑脊液水平在数值上高于具有0级至1级NE的患者，尽管在队列4中基线水平较低且相当(图20)。对于血清生物标志物观察到类似的模式(图21)。
在队列4中观察到的≥3级CRS和≥3级NE的发生率(分别为2％和17％)在数值上低于队列1+2(分别为12％和29％)。3由于队列4并非设计用于与队列1+2进行统计比较，因此使用探索性PSM分析来匹配这些队列的关键基线特征。PSM后，队列4和队列1+2中的患者之间的基线疾病和产品特征大致相似，尽管较少的队列4患者具有1的基线ECOG体能状态(49％与68％；表13)。
表13.在倾向性评分匹配之前和之后，队列1+2与队列4中的患者之间的基线和产 品特征的比较。
CAR，嵌合抗原受体；ECOG，美国东部肿瘤协作组；IPI，国际预后指数；LDH，乳酸脱氢酶；Q，四分位数；SPD，直径乘积之和。
*在调节性治疗之前的测量。对于接受桥接疗法的队列4，在桥接后但在调节性疗法前测量基线肿瘤负荷。
产品特征参数不用于倾向性评分匹配，并且在匹配之前和匹配之后的亚组中在此以描述性方式呈现。
值得注意的是，在PSM之前在队列1+2与队列4中的患者之间观察到的≥3级CRS和NE的差异在匹配后得以维持。尽管PSM后的CR率在队列4中与队列1+2相比在数值上更低，但持续反应率保持相当。通过与CAR相关炎性事件相关的关键炎性可溶性生物标志物(例如，IFN-γ、IL-2、IL-8、C-反应性蛋白、铁蛋白、GM-CSF)的水平较低3,10，以及PSM之前和之后队列4与队列1+2中峰值CAR T细胞水平大致相当，证实了临床结果。管理CRS或NE所需的中位累积可的松当量皮质类固醇剂量在队列4(939mg)中仍比在匹配队列1+2(6886mg；表14)中更低。
表14.在倾向性评分匹配之前和之后，在队列1+2与队列4中的患者之间的功效和 安全结果以及CAR T细胞和可溶性血清生物标志物水平的比较。
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AUC0-28，第0天至第28天的曲线下面积；CAR，嵌合抗原受体；CRP，C反应蛋白；CRS，细胞因子释放综合征；GM-CSF，粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子；IFN，干扰素；IL，白介素；MCP-1，单核细胞趋化蛋白-1；NE，神经事件；Q，四分位数。
*皮质类固醇的使用包括在阿基仑赛的开始日期或之后但在出院日期之前开始的剂量。
CAR T细胞疗法中的AE管理是一个不断发展的领域，我们不断努力提高这种治疗方式的安全性，同时又不影响持久的临床益处。为此，临床试验-1队列4名患者比关键队列1+2更早地接受皮质类固醇和/或托珠单抗干预(Neelapu等人,N Engl J Med.2017；377(26):2531-44；Locke FL,Ghobadi A,Jacobson CA,Miklos DB,Lekakis LJ,Oluwole OO等人,Lancet Oncol.2019；20(1):31-42)。在队列4中观察到的≥3级CRS和NE的发生率(分别为2％和17％)在数值上低于队列1+2(12％和29％)，表明早期用皮质类固醇和/或托珠单抗干预可能有可能改变阿基仑赛在R/R LBCL患者中的安全特性。在用皮质类固醇治疗的患者中，队列4中的中位累积可的松当量剂量为939mg，而队列1+2中报告为6388mg，表明早期使用皮质类固醇不会增加累积皮质类固醇剂量。此外，该修订后的安全管理方案似乎并未对1年时的持续反应率产生负面影响(队列4：51％；队列1+2：42％)。
当将队列4与关键队列1+2进行比较时，应考虑基线特征和队列大小的差异。队列4患者在基线时炎性血清生物标志物(例如，铁蛋白或LDH)水平较低，并且对最近的疗法线有反应的进行性疾病患者比例较低(Locke等人,Lancet Oncol.2019；20(1):31-42；Topp等人,Blood.2019；134(增刊1):243-)。队列4还具有较低的肿瘤负荷(之前与较低的NE发生率相关)和增加的功效(Locke等人,Blood Adv.2020；4(19):4898-911；Dean等人,BloodAdv.2020；4(14):3268-76)。为了克服这些限制并在没有随机试验的情况下减少偏差，将PSM(Rosenbaum和Rubin,Biometriks.1983；70(1):41-55；Austin,Multivariate BehavRes.2011；46(3):399-424)应用于队列1+2和队列4。这种统计方法针对队列之间基线疾病特征的潜在不平衡进行调整，从而提供更平衡和更稳健的比较(Austin,Stat Med.2008；27(12):2037-49；Zhang等人,Ann Transl Med.2019；7(1):16)。尽管在匹配后仍存在治疗前特征的微小差异，但在PSM前在队列4与队列1+2中的患者之间观察到的上述毒性结果的差异在匹配后仍保持不变，支持早期皮质类固醇和/或托珠单抗的益处。PSM对峰值CAR T细胞水平也几乎没有影响，并且在1年时的持续反应率保持相当。
此处给出的结果与临床试验-1(队列1+2)的主要分析一致，表明皮质类固醇的使用对ORR没有实质影响(皮质类固醇，78％[58％-91％]；皮质类固醇，84％[73％-91％])。关于皮质类固醇的使用对R/R LBCL患者使用阿基仑赛后临床结果的影响，对现实世界数据的回顾性分析给出了不同的结果(Strati等人,Blood.2021,Nastoupil等人,J ClinOncol.2020:[印刷前在线])。然而，在这2项研究中的较大的一项(N＝298)中，多变量分析表明，用皮质类固醇治疗的患者的PFS、CR率或OS与未用皮质类固醇治疗的患者没有显著差异(Nastoupil等人,J Clin Oncol.2020:[印刷前在线])。重要的是需注意，鉴于这些研究的回顾性以及需要皮质类固醇与不需要皮质类固醇的患者基线特征(例如，肿瘤负荷)(Locke等人,Blood Adv.2020；4(19):4898-911；Dean等人,Blood Adv.2020；4(14):3268-76；Gauthier等人,J Clin Oncol.2018；36(15_增刊):7567-；Jacobson等人,Blood.2018；132:摘要92)的潜在不平衡，这些研究的临床适用性尚不清楚。尽管在B细胞急性淋巴细胞白血病中其他CAR T细胞产品的研究还没有被设计用于评估皮质类固醇使用的影响，但公开的分析表明皮质类固醇的使用对CAR T细胞扩增或肿瘤反应没有显著影响(Gardner等人,Blood.2019；134(24):2149-58；Liu等人,Blood Cancer J.2020；10(2):15)。
实施例4
在患有复发性或难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的成年患者中进行了一项开放标签、全球、多中心3期研究，以评估阿基仑赛与二线疗法的现行护理标准(基于铂的挽救性联合化疗方案，随后是对挽救性化疗有反应的患者的高剂量疗法和自体干细胞移植)的安全和功效。在该研究中，将359名患者随机(1:1)接受单次输注阿基仑赛或二线疗法的现行护理标准。主要终点是无事件生存(EFS)，定义为从随机分组到按照卢加诺分类(参见Cheson等人,J Clin Oncol.2014年9月20日；32(27):3059-68)最早出现疾病进展、开始新的淋巴瘤治疗或任何原因导致死亡的时间。关键的次要终点包括客观反应率(ORR)和总体生存(OS)。其他次要终点包括修改后的无事件生存、无进展生存(PFS)和反应持续时间(DOR)。参与该研究的患者年龄范围为22至81岁，其中30％的患者年龄超过65岁。该实施例中描述的研究评估了在患有复发性或难治性LBCL的成年患者中，与二线护理标准(SOC)相比，一次性输注细胞疗法阿基仑赛。研究SOC组是2步过程：在初次复发后，重新引入免疫化疗，并且如果患者有反应并且可以耐受进一步治疗，则继续进行高剂量化疗加干细胞移植。
关键纳入标准：
1.经组织学证明的大B细胞淋巴瘤，包括由WHO 2016定义的以下类型(参见Swerdlow等人Blood.2016年5月19日；127(20):2375-90.doi:10.1182/blood-2016-01-643569.2016年3月15日电子出版.综述)。
没有另外指定的DLBCL(ABC/GCB)
有或没有MYC和BCL2和/或BCL6重排的HGBL
由FL引起的DLBCL
富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤
与慢性炎症相关的DLBCL
原发性皮肤DLBCL，腿型
Epstein-Barr病毒(EBV)+DLBCL
2.一线化学免疫疗法后复发的或难治性疾病
难治性疾病定义为一线疗法未完全缓解；对一线疗法不耐受的个体被排除在外。
进行性疾病(PD)是对一线疗法有最佳反应
疾病稳定(SD)是在至少4个周期的一线疗法(例如，4个周期的R-CHOP)后有最佳反应
部分反应(PR)是在至少6个周期后有最佳反应，并且活检证明的残留疾病或疾病进展≤12个月的疗法
复发性疾病定义为一线疗法完全缓解，随后活检证明的复发≤12个月的一线疗法
3.个体必须已接受充分的一线疗法，包括至少：
抗CD20单克隆抗体，除非研究者确定肿瘤是CD20阴性的，以及含蒽环霉素的化疗方案
4.无淋巴瘤累及中枢神经系统的已知病史或怀疑
5.美国东部肿瘤协作组(ECOG)体能状态为0或1
6.如以下所证实的足够的骨髓功能：
绝对中性粒细胞计数(ANC)≥1000/uL
血小板≥75,000/uL
绝对淋巴细胞计数≥100/uL
7.如以下所证实的充足的肾功能、肝功能、心脏功能和肺功能：
肌酐清除率(Cockcroft Gault)≥60mL/min
血清丙氨酸转氨酶/天冬氨酸转氨酶(ALT/AST)≤2.5正常上限(ULN)
总胆红素≤1.5mg/dl
心射血分数≥50％，没有心包积液的证据，如由超声心动图(ECHO)所确定，并且没有临床显著的心电图(ECG)结果
没有临床上显著的胸腔积液
室内空气中的基线氧饱和度>92％
关键排除标准是：
1.除非至少3年无疾病，否则除了非黑色素瘤皮肤癌或原位癌(例如，宫颈、膀胱、乳腺)之外的恶性肿瘤史
2.针对DLBCL接受了多于一线的疗法
3.自体或同种异体干细胞移植史
4.真菌、细菌、病毒或其他感染的存在不受控制或需要静脉内抗微生物剂进行管理。
5.具有人免疫缺陷病毒(HIV)或乙型肝炎(HBsAg阳性)或丙型肝炎病毒(抗HCV阳性)的已知感染史。如果有治疗乙型肝炎或丙型肝炎的阳性历史，则病毒载量必须是通过定量聚合酶链式反应(PCR)和/或核酸测试检测不到的。
6.具有可检测脑脊液恶性细胞或已知脑转移或具有脑脊髓性恶性细胞或脑转移的病史的个体。
7.非恶性中枢神经系统(CNS)病症诸如癫痫症、脑血管缺血/出血、痴呆、小脑疾病或任何涉及CNS的自身免疫疾病的病史或存在
8.存在任何留置线或管。专用中心静脉进入导管，诸如Port-a-Cath或Hickman导管是允许的。
9.心肌梗死、心脏血管成形术或支架术、不稳定型心绞痛、纽约心脏协会II级或更高级别的充血性心力衰竭或入组12个月内的其他临床上显著的心脏病病史
10.在入组的6个月内的症状性深静脉血栓形成或肺栓塞的病史
11.自体免疫疾病史，在过去2年内需要全身免疫抑制和/或全身疾病调节剂
12.抗CD19或CAR-T疗法的历史或先前随机分组的历史
该研究的主要分析表明，在二线复发性或难治性大B细胞淋巴瘤(LBCL)中，阿基仑赛与护理标准(SOC)相比具有优越性。该研究达到了无事件生存(EFS；风险比0.398，p<0.0001)的主要终点，以及客观反应率(ORR)的关键次要终点。总体生存(OS)的中期分析显示有利于阿基仑赛的趋势，但数据尚不成熟，并且可能需要额外的分析和/或研究。
该研究的安全结果与已知的阿基仑赛在三线环境中治疗LBCL的安全特性一致。6％的患者经历了3级或更高级别的CRS，并且21％经历了3级或更高级别的神经事件。在该二线环境中没有发现新的安全问题。
实施例5
该实施例涉及实施例4并对其进行了扩展。在患有复发性或难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的成年患者中进行了一项开放标签、全球、多中心3期研究，以评估阿基仑赛与二线疗法的现行护理标准(SOC)(基于铂的挽救性联合化疗方案，随后是对挽救性化疗有反应的患者的高剂量疗法和自体干细胞移植)的安全和功效。常见方案包括利妥昔单抗+吉西他滨、地塞米松和顺铂/卡铂(R-GDP)、利妥昔单抗+地塞米松、高剂量阿糖胞苷和顺铂(R-DHAP)、利妥昔单抗+异环磷酰胺、卡铂和依托泊苷(R-ICE)以及利妥昔单抗+依托泊苷、甲泼尼龙、阿糖胞苷、顺铂(R-ESHAP)。由于没有单一的挽救方案显示出优越性(Crump等人JClin Oncol.2014；32:3490-6；Gisselbrecht等人J Clin Oncol.2012；30:4462-9)，因此在为患者选择SOC方案时，考虑了机构偏好和毒性特征。SOC常用方案的建议给药示于表15中。
表15：SOC化疗
24小时-CI，24小时连续输注；AUC，曲线下面积；CI，连续输注；IV，静脉内；R-GDP，利妥昔单抗+吉西他滨、地塞米松和顺铂/卡铂；R-DHAP，利妥昔单抗+地塞米松、高剂量阿糖胞苷和顺铂；R-ICE，利妥昔单抗+异环磷酰胺、卡铂和依托泊苷；R-ESHAP，利妥昔单抗+依托泊苷、甲泼尼龙、阿糖胞苷、顺铂。
该研究在世界范围内77个地点进行。符合条件的患者年龄≥18岁，根据世界卫生组织2016分类标准(Swedlow等人Blood.2016；127:2375-90)经组织学确诊为LBCL，其是R/R≤12个月的一线化学免疫疗法，包括抗CD20单克隆抗体和含蒽环霉素的方案，并打算进行HDT-ASCT。难治性疾病定义为对一线疗法无CR；复发性疾病定义为CR，随后活检证明的疾病复发≤12个月的一线疗法。入组对任何被研究者认为有资格纳入本研究的患者开放。
其他纳入标准：
·经组织学证明的大B细胞淋巴瘤，包括由世界卫生组织2016定义的以下类型(Swedlow等人Blood.2016；127:2375-90)。
○没有另外指定的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)(包括活化B细胞样[ABC]/生发中心B细胞样[GCB])
○具有或不具有MYC原癌基因、BHLH转录因子(MYC)和BCL2细胞凋亡调节因子和/或BCL6转录阻遏因子重排的高级别B细胞淋巴瘤
○由滤泡性淋巴瘤引起的DLBCL
○富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤
○与慢性炎症相关的DLBCL
○原发性皮肤DLBCL，腿型
○Epstein-Barr病毒+DLBCL
·一线化学免疫疗法后复发的或难治性疾病
○难治性疾病定义为一线疗法未完全缓解；对一线疗法不耐受的患者被排除在外
■进行性疾病(PD)是对一线疗法有最佳反应
■疾病稳定(SD)是在至少4个周期的一线疗法(例如，4个周期的环磷酰胺/多柔比星/泼尼松/利妥昔单抗/长春新碱)后有最佳反应
■部分反应(PR)是在至少6个周期后有最佳反应，并且活检证明的残留疾病或疾病进展≤12个月的疗法
○复发性疾病定义为一线疗法完全缓解，随后活检证明的疾病复发≤12个月的一线疗法
·患者必须已接受充分的一线疗法，包括至少：
○抗CD20单克隆抗体，除非研究者确定肿瘤是CD20阴性的，以及
○含蒽环霉素的化疗方案
·如果对二线疗法有反应，则旨在进行具有自体干细胞挽救的高剂量疗法(HDT-ASCT)
·患者必须患有放射学记录的疾病
·无淋巴瘤累及中枢神经系统(CNS)的已知病史或怀疑
·患者同意时，距离任何既往全身癌症疗法须至少经过2周或5个半衰期，以较短者为准
·知情同意时年龄为18岁或以上
·美国东部肿瘤协作组(ECOG)体能状态为0或1
·足够的骨髓、肾、肝、肺和心脏功能定义为：
○绝对中性粒细胞计数≥1000/μL
○血小板计数≥75,000/μL
○绝对淋巴细胞计数≥100/μL
○肌酐清除率(根据Cockcroft Gault估计)≥60mL/min
○血清丙氨酸转氨酶/天冬氨酸转氨酶≤2.5正常上限
○总胆红素≤1.5mg/dl，患有吉尔伯特综合征的患者除外
○心射血分数≥50％，没有心包积液的证据，如由超声心动图所确定，并且没有临床显著的心电图结果
○没有临床上显著的胸腔积液
○室内空气中的基线氧饱和度>92％
·有生育能力的女性血清或尿液妊娠测试必须呈阴性(接受过绝育手术或绝经至少2年的女性不被认为具有生育能力)
其他排除标准：
·除非至少3年无疾病，否则除了非黑色素瘤皮肤癌或原位癌(例如，宫颈、膀胱、乳腺)之外的恶性肿瘤史
·慢性淋巴细胞白血病或原发性纵膈大B细胞淋巴瘤的Richter转化史
·自体或同种异体干细胞移植史
·针对DLBCL接受了多于一线的疗法
·既往CD19靶向疗法
·在第一次剂量阿基仑赛(axicabtagene ciloleucel)或护理标准(SOC)之前，在6周内或药物的5个半衰期内(以较短者为准)用全身免疫刺激剂(包括但不限于干扰素和IL-2)治疗
·既往嵌合抗原受体(CAR)疗法或其他遗传修饰的T细胞疗法或既往随机分组
·氨基糖苷类所致的重度速发型超敏反应史
·真菌、细菌、病毒或其他感染的存在不受控制或需要静脉内(IV)抗微生物剂进行管理如果对积极治疗有反应，则单纯性尿路感染和无并发症的细菌性咽炎是允许的
·具有人免疫缺陷病毒(HIV)或乙型肝炎(HBsAg阳性)或丙型肝炎病毒(抗HCV阳性)的已知感染史。如果有治疗乙型肝炎或丙型肝炎的阳性历史，则病毒载量必须是通过定量聚合酶链式反应(PCR)和/或核酸测试检测不到的
·活动性结核病
·存在任何内置线或管(例如，经皮肾造瘘术管、内置Foley导尿管、胆汁输送管或脾脏/腹膜/心包导管)。专用中心静脉进入导管，诸如Port-a-Cath或Hickman导管是允许的。
·具有可检测脑脊液恶性细胞或已知脑转移或具有脑脊髓性恶性细胞或脑转移的病史的患者
·非恶性CNS病症诸如癫痫症、脑血管缺血/出血、痴呆、小脑疾病或任何涉及CNS的自身免疫疾病的病史或存在
·具有心房或心室淋巴瘤累及的患者
·心肌梗死、心脏血管成形术或支架术、不稳定型心绞痛、纽约心脏协会II级或更高级别的充血性心力衰竭或入组12个月内的其他临床上显著的心脏病病史
·由于肿瘤块效应，诸如肠梗阻或血管受压，需要紧急治疗
·自体免疫疾病史，在过去2年内需要全身免疫抑制和/或全身疾病调节剂
·特发性肺纤维化、机化性肺炎(例如，闭塞性细支气管炎)、药物诱导的肺炎、特发性肺炎病史，或筛查时每次胸部计算机断层扫描(CT)扫描的活动性肺炎的证据。有放射场中的放射性肺炎病史(纤维化)是允许的。
·在入组的6个月内的症状性深静脉血栓形成或肺栓塞的病史
·可能干扰研究治疗的安全性或功效评估的任何医学病症
·对本研究中使用的托珠单抗或任何药剂的严重速发型过敏反应的病史
·在开始研究治疗或预期在研究过程中需要这种疫苗之前6周内用活的减毒疫苗治疗
·由于化学疗法对胎儿或婴儿的潜在危险作用，怀孕或哺乳的有生育潜力的女性从同意时以及在最后一次给予阿基仑赛或SOC化疗之后至少6个月内不愿意实行节育的任一性别的患者
·在研究者的判断中，患者不太可能完成所有方案所需的研究访视或程序(包括随访访视)或遵守研究的参与要求
根据最初的方案，复发的CR疾病到一线疗法然后是活检证明的疾病复发的时间范围是开始一线疗法后≤12个月。这被扩大到≤12个月的一线疗法。根据最初的方案，随机分组按开始一线疗法后≤6个月的复发和开始一线疗法后>6个月且≤12个月的复发进行分层。这被扩大到复发≤6个月的一线疗法和复发>6个月且≤12个月的一线疗法。随机分组根据在筛选时评估的对一线疗法的反应(原发性难治性，相对于复发≤6个月的一线疗法，相对于复发>6个月且≤12个月的一线疗法)和二线按年龄调整的IPI(sAAIPI；0-1与2-3)进行分层。患者在随机分组后约5天内开始白细胞单采(对于阿基仑赛队列)或SOC疗法(对于SOC队列)。
筛选后，将患者以1:1随机分组至阿基仑赛或研究者选择的SOC化疗，根据在筛选时对一线疗法的反应和二线按年龄调整的IPI(sAAIPI)进行分层。阿基仑赛患者接受白细胞单采，随后进行调节性化疗。在第0天，患者接受单次阿基仑赛输注。根据研究者的判断，桥接疗法仅限于皮质类固醇。SOC患者接受了2-3个周期的由研究中心提供的方案定义的、研究者选择的基于铂的化学免疫疗法方案。实现CR或部分反应(PR)的患者进行HDT-ASCT。尽管没有计划在各组之间进行交叉，但对SOC无反应的患者可以接受方案外的细胞免疫疗法(治疗转换)。毒性管理遵循Neelapu等人N Engl J Med.2017；377:2531-2544。细胞因子释放综合征(CRS)按照修改后的Lee标准(Lee等人Blood.2014；124:188-95)进行分级。按照美国国家癌症研究所不良事件通用术语标准4.03版对不良事件(AE)和CRS以及神经事件症状进行分级。
主要终点是通过设盲中央审查得出的无事件生存(EFS；随机分组到按照卢加诺分类(Cheson等人J Clin Oncol.2014；32:3059-68)最早出现疾病进展、开始新的淋巴瘤治疗或任何原因导致死亡的时间)。关键次要终点是ORR和OS。次要终点包括研究者评估的EFS、无进展生存(PFS)和AE发生率。
疾病评估根据卢加诺分类反应标准进行评估。(Cheson等J Clin Oncol.2014；32:3059-68)。需要从颅底到大腿中部筛选氟脱氧葡萄糖(FDG)-正电子发射断层扫描(PET)和从颅底通过较小转子的诊断质量对比增强的计算机断层扫描(CT)(PET-CT)，以及对所有其他疾病部位的适当成像，以确认合格并在随机分组前28天内建立基线。患者在第50天的评估期(从随机化日期计算)内进行了他们的第一次治疗后计划的PET-CT肿瘤评估。在随机分组的第50天、第100天和第150天进行疾病评估。PET-CT持续到第9个月或直到淋巴瘤治疗发生变化或疾病进展(以先发生者为准)。如果患者的疾病到第9个月还没有进展，则根据怀疑完全反应的情况下每次CT扫描和怀疑PR的情况下每个PET-CT评估疾病评估。具有提示疾病进展的症状的患者在出现症状时评估其进展情况。PET-CT可以在怀疑疾病进展的任何时间进行。当FDG-PET评估和CT评估均可用时，前者优先于后者。如果某个时间点仅CT可用，则评估可能会受前一个时间点的PET-CT评估的影响。除了研究者的评估之外，PET-CT扫描提交给对治疗队列不知情的独立中央审查员并由其进行审查。通过随机分组前的PET-CT或骨髓活检和抽吸确认患者的骨髓受累。
功效分析包括以意向治疗为基础的所有随机分组的患者。安全分析包括按照方案接受≥1剂阿基仑赛或SOC的所有随机患者；通过接受的方案疗法来分析患者。提供了时间-事件终点的Kaplan-Meier估计。根据按随机化分层因子分层的Cox比例风险模型计算双侧95％ CI和估计风险比(HR)。计算时间-事件终点的分层对数秩P值。对ORR进行分层Cochran-Mantel-Haenszel试验。
在筛选的437名患者中，将359名随机分组到阿基仑赛(N＝180)或SOC(N＝179)。从随机分组到数据截止的中位随访时间为24.9个月。总体而言，根据研究者评估，中位年龄为59岁，其中30％年龄≥65岁，74％的患者患有原发性难治性疾病，46％具有高sAAIPI(2-3)，并且19％患有HGBL(包括双重/三重打击淋巴瘤)(表16)。2个治疗队列之间的基线特征是平衡的。
表16.所有治疗患者的基线患者特征。
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*在阿基仑赛队列、SOC队列和总患者群体中，每个研究者评估的分子亚组(n[％])对于生发中心B细胞样分别为96(53％)、84(47％)和180(50％)；对于非生发中心B细胞样分别为47(26％)、54(30％)和101(28％)；并且对于未测试分别为37(21％)、41(23％)和78(22％)。每个中心实验室对DLBCL的定义包括由于样品量或样品类型不足而导致评估不完整的情况，对于这些情况，无法对DLBCL亚型进行进一步分类。按照世界卫生组织2016定义(Swedlow等人Blood.2016；127:2375-90)还包括DLBCL NOS。/>参与该研究不需要CD19染色。§肿瘤负荷根据Cheson标准(Cheson等人J Clin Oncol.2007；25:579-586)通过靶病灶的乘积直径之和来测量并由中心实验室评估。显示的数据分别来自阿基仑赛队列、SOC队列和总患者群体中的180、179和359名患者。1L，一线；BCL，B细胞淋巴瘤；DLBCL，弥漫性大B细胞淋巴瘤；ECOGPS，美国东部肿瘤协作组体能状态；HGBL，高级别B细胞淋巴瘤；IHC，免疫组织化学；LBCL，大B细胞淋巴瘤；NOS，没有另外指定的；sAAIPI，二线按年龄调整的国际预后指数；SOC，护理标准。
在阿基仑赛患者中，178/180(99％)接受白细胞单采，170/180(94％)接受阿基仑赛；60/180(33％)患者接受桥接皮质类固醇。对所有接受白细胞单采的患者成功地制备了阿基仑赛。从白细胞单采到产品释放的中位时间(当产品通过质量测试并可用于研究者时)是13天(范围，10-24)。在SOC患者中，168/179(94％)接受基于铂的SOC化疗，并且64/179(36％)接受HDT-ASCT(包括2名在方案外接受ASCT的患者；表17)。
表17进行ASCT的SOC患者的基线特征。
*每个中心实验室对DLBCL的定义包括由于样品量或样品类型不足而导致评估不完整的情况，对于这些情况，无法对DLBCL亚型进行进一步分类。按照世界卫生组织2016定义(Swedlow等人Blood.2016；127:2375-90)还包括DLBCL NOS。参与该研究不需要CD19染色。
1L，一线；ASCT，自体干细胞移植；DLBCL，弥漫性大B细胞淋巴瘤；ECOGPS，美国东部肿瘤协作组体能状态；HGBL，高级别B细胞淋巴瘤；IHC，免疫组织化学；LBCL，大B细胞淋巴瘤；NOS，没有另外指定的；sAAIPI，二线按年龄调整的国际预后指数；SOC，护理标准。
达到EFS的主要终点，证明用阿基仑赛治疗优于SOC(HR，0.398；95％ CI，0.308-0.514；P<.0001)。通过设盲中央审查得出的中位EFS在阿基仑赛中比在SOC队列中显著更长(分别为8.3个月[95％ CI，4.5-15.8]与2.0个月[95％ CI，1.6-2.8])。在阿基仑赛与SOC队列中，24个月估计的EFS率分别为40.5％(95％ CI，33.2-47.7)和16.3％(95％ CI，11.1-22.2)(表18)。阿基仑赛与SOC对EFS的改善在所有关键患者亚组中是一致的(表19)。研究者评估的EFS类似于通过设盲中央审查得出的EFS。
表18.阿基仑赛和SOC队列中的无事件生存的Kaplan-Meier估计。
无事件生存通过设盲中央审查来评估。
SOC，护理标准。
阿基仑赛患者的ORR显著高于SOC患者(分别为83％和50％；优势比，5.31[95％CI，3.1-8.9；P<.0001])CR率分别为65％和32％。OS的中期分析倾向于阿基仑赛(中位数未达到[NR])而不是SOC(中位，35.1个月[HR，0.730；P＝.0270])。接受后续细胞免疫治疗的SOC患者的比例为56％(HR，0.695；95％ CI，0.461-1.049)。进行预先计划的OS敏感性分析，以解决SOC队列中的治疗转换为后续细胞免疫疗法的混杂效应，证明使用Rank PreservingStructural Failure Time(RPSFT)模型，OS有利于具有0.580的分层HR的阿基仑赛的统计学显著差异(95％ CI，0.416-0.809；描述性log-rankP＝.0006)。经验证且常用的RPSFT模型保留了随机性(Danner和Sarkar PharmaSUG.2018；EP-04)，揭示了SOC患者没有接受后续细胞免疫疗法时的治疗效果的差异。
中位PFS在阿基仑赛中比在SOC患者中更长(14.7个月[95％ CI，5.4-NE]与3.7个月[95％ CI，2.9-5.3]；HR，0.490；P<.0001)。估计的24个月PFS率在阿基仑赛队列中为45.7％(95％ CI，38.1-53.0)，在SOC队列中为27.4％(95％ CI，20.0-35.3)。中位反应持续时间(DOR)在数值上有利于阿基仑赛超过SOC，但未达到统计学显著性(26.9个月[95％ CI，13.6-NE]与8.9个月[95％ CI，5.7-NE]；HR，0.769；P＝.0695)。
由于与阿基仑赛治疗相关的风险，延迟输注，并且如果患者具有任何以下情况则进行适当评估：
·未缓解的严重不良反应(特别是肺部反应、心脏反应或低血压)，包括先前化疗引起的那些
·不受控制的活动性感染
·活动性移植物抗宿主病
抗CD19 CAR T细胞疗法中的细胞因子释放综合征(CRS)管理旨在预防危及生命的病症，同时保留抗肿瘤效果的益处。监测患者的CRS体征和症状。CRS的诊断需要排除全身炎症反应的替代原因，特别是感染。通过连续心脏遥测术和脉搏血氧测定法监测经历≥2级CRS的患者。对于经历严重CRS的患者，考虑超声心动图来评估心脏功能。对于严重或危及生命的CRS，考虑重症监护支持疗法。表20概述了与用阿基仑赛治疗相关的CRS的推荐管理。
表20：与阿基仑赛治疗相关的CRS的推荐管理
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BID，每天两次；IV，静脉内；CRS，细胞因子释放综合征；FiO2，吸入氧的分数；SOC，护理标准。*修改后的Lee等人2014(Lee等人Blood.2014；124:188-95)。
仔细监测患者的神经事件的体征和症状。经历≥2级神经事件的患者进行了脑成像、腰椎穿刺(开放压评估)、定期神经检查，并用连续心脏遥测术和脉搏血氧测定法监测。对于可能严重或危及生命的神经事件，考虑转入重症监护室。在没有禁忌症的情况下，对于≥2级神经事件，考虑使用非镇静抗癫痫药物(例如，左乙拉西坦)来预防癫痫发作。仅当神经事件≤1级时才逐渐减少左乙拉西坦的用量。在严重的情况下可能需要气管插管以保护气道。在一些情况下，可能需要多种抗癫痫药物来控制癫痫发作。除非需要，否则避免使用具有镇静性质的药物。基于临床症状管理脑白质病病例，并建议进行后续磁共振成像用于监测。表21概述了与用阿基仑赛治疗相关的神经事件的推荐管理。
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ADL，日常生活活动；CRS，细胞因子释放综合征；CTCAE，不良事件通用术语标准；EEG，脑电图；MRI，磁共振成像；NA，不适用；SOC，护理标准。*或等效甲泼尼龙剂量(1mg/kg)。地塞米松的当量剂量为188mg/天。
脑水肿被认为是在任何级别的神经事件中出现进行性神经症状的患者。诊断包括一系列神经检查。疑似脑水肿的管理指南包括在表22中。
表22疑似脑水肿的推荐管理。
CRS，细胞因子释放综合征。注意：信息是基于Rabinstein 2006年对脑水肿治疗的综述。(Rabinstein.Neurologist.2006；12:59-73)。
根据机构实践指南，通过对感染源的全面评估和预防性广谱抗生素的施用来管理血细胞减少，包括长期血细胞减少。根据已发布的指南给予粒细胞集落刺激因子(G-CSF)。用支持性措施和退烧药治疗发烧。根据临床指示并按照机构实践指南，通过添加等渗静脉内流体(例如，类晶体)来维持血容量正常。在阿基仑赛施用后超过30天的长期血细胞减少可能需要临床研究，包括骨髓活检。患者根据贫血和血小板减少的需要接受血小板和压积红细胞。
监测患者的感染体征和症状，并推荐用抗生素治疗疑似或确认的感染。根据国家综合癌症网络指南或标准机构实践指南，患者接受了肺孢子虫肺炎、疱疹病毒和真菌感染的预防治疗。用对乙酰氨基酚和舒适措施治疗发烧，并避免使用皮质类固醇。中性粒细胞减少和发热的患者接受广谱抗生素治疗，并且大多数高烧患者开始维持静脉输液。G-CSF根据已公布的指南(例如，美国传染病学会)给予。具有导致低丙种球蛋白血症的B细胞发育不全的患者按照机构实践指南接受了静脉内免疫球蛋白。在收集用于生产的细胞之前，根据临床指南进行乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒和HIV的筛查。
所有患者经历≥1次任何级别的AE。接受阿基仑赛和SOC疗法的患者中，分别有91％(155/170)和83％(140/168)发生≥3级AE。最常报道的≥3级AE是中性粒细胞减少(69％阿基仑赛；41％ SOC；表23)。阿基仑赛和SOC队列中分别有50％和46％的患者发生任何级别的严重AE(表24)；患者任何级别感染发生率分别为41％和30％，≥3级感染发生率分别为14％和11％。
表23.最常见的不良事件、细胞因子释放综合征和神经事件。
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CRS，细胞因子释放综合征；SOC，护理标准。
*包括在阿基仑赛或SOC队列中≥20％的患者中发生的任何级别的任何不良事件，以及在阿基仑赛队列中≥15％的患者或在SOC队列中≥3％的患者中发生的任何级别的CRS和神经事件。CRS根据Lee等人(Lee等人Blood.2014；124:188-95)进行分级。根据与抗CD19免疫疗法相关的已知神经毒性，按照监管活动医学词典首选术语的预定搜索列表来鉴定神经事件，并使用基于博纳吐单抗注册研究的方法进行特异性鉴定。(Topp等人LancetOncol.2015；16:57-66)。使用美国国家癌症研究所不良事件通用术语标准4.03版来对所有不良事件(包括神经事件)和CRS的严重程度症状进行分级。在SOC队列中(≤2名患者)报道的其他首选术语包括嗜睡、激动、感觉迟钝、嗜睡、意识水平低下、认知障碍、记忆障碍、智力迟钝、味觉障碍、幻觉、眼球震颤、头部不适和神经痛。
表24.总群体中至少3名患者发生严重不良事件。
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axicabtagene ciloleucel，阿基仑赛；SOC，护理标准。
血细胞减少的频率总结在表22中。阿基仑赛和SOC队列中分别有49名(29％)和101名(60％)患者在开始治疗后第30天或之后出现长期≥3级血细胞减少(表25)。没有报道有复制能力的逆转录病毒或阿基仑赛治疗相关的继发性恶性肿瘤的病例。
表25.治疗开始后第30天或之后出现的血细胞减少的总结*
*第0天定义为患者接受阿基仑赛输注或第一剂挽救性化学免疫疗法的日期。
血小板减少被鉴定为SMQ造血血小板减少(狭义)。
使用中性粒细胞减少、中性粒细胞计数减少和发热性中性粒细胞减少的MedDRA首选术语来鉴定中性粒细胞减少。
§使用SMQ造血红细胞减少(广义)来鉴定贫血。
将1名患者发生相同不良事件的多个示例按每名患者的最严重级别计数一次。不良事件使用MedDRA 23.1版进行编码，并按照不良事件通用术语标准4.03版进行分级。
axicabtagene ciloleucel，阿基仑赛；MedDRA，监管活动医学词典；SMQ，标准化MedDRA查询；SOC，护理标准。
阿基仑赛和SOC队列中分别有64名(38％)和78名(46％)患者死亡。其中，47名(28％)和64名(38％)患者死于进行性疾病。阿基仑赛队列中有7名(4％)患者发生5级AE(其中只有1名与阿基仑赛相关：乙肝再激活)，而SOC队列中有2名(1％)患者发生5级AE(两者均与SOC相关：心脏骤停和急性呼吸窘迫综合征；表26)。
表26.阿基仑赛和SOC队列中的死亡。
*阿基仑赛相关5级不良事件；HDT-相关5级不良事件。
5级不良事件是在方案规定的不良事件报告期间发生的不良事件。
HDT，高剂量疗法；SOC，护理标准。
92％(157/170)的阿基仑赛患者发生CRS(表22)。6％(11/170)的患者发生≥3级CRS。未发生5级CRS事件。分别有65％、24％和6％的患者接受托珠单抗、皮质类固醇和血管升压药用于CRS管理。无论适应症如何，托珠单抗的中位累积使用量为1396mg(范围，430-7200)；大多数患者接受了≤4剂托珠单抗(102/170；60％)。CRS发作的中位时间为输注后3天(范围，1-10)，并且CRS的中位持续时间为7天(范围，2-43)。缓解了CRS环境中的所有事件。
在阿基仑赛和SOC队列中，分别有60％(102/170)和20％(33/168)的患者发生神经事件；≥3级神经事件的发生率分别为21％(36/170)和1％(1/168)的患者。未发生5级神经事件。在阿基仑赛队列中，32％的患者使用皮质类固醇用于管理神经事件。在阿基仑赛和SOC队列中，神经事件发作的中位时间分别为5天(范围1-133)和10天(范围1-146)。在阿基仑赛和SOC队列中，神经事件的中位持续时间分别为14天(范围1-817)和26天(范围1-588)。在数据截止时，2名患者出现持续的神经事件(1名阿基仑赛患者出现2级感觉异常和1级记忆障碍；1名SOC患者出现1级感觉异常)。
阿基仑赛输注后达到峰值CAR T细胞水平的中位时间是8天(范围，2-233；表27)。中位峰值CAR T细胞水平为25.84个细胞/μL(范围，0.04-1173)，在24个月时12/30(40％)可评估的患者中仍可检测到CAR T细胞。治疗后前28天内的CAR T细胞峰值和曲线下面积与客观反应相关(未显示)，与Locke等Mol Ther.2017；25:285-295一致。未检测到抗阿基仑赛抗体的出现。
表27.CAR T细胞水平。
axicabtagene ciloleucel，阿基仑赛；AUC0-28；第0天至第28天的曲线下面积；CAR，嵌合抗原受体。
*第8天等于阿基仑赛输注日后7天(阿基仑赛输注日是第1天，用于计算达到峰值的时间)。
提供了在血液中测量的抗CD19 CAR T细胞的总结统计数据。如先前报道的，测量了外周血单核细胞中CAR T细胞的存在、扩增和持久性。(Locke等人Mol Ther.2017；25:285-295)。简言之，通过定量PCR(qPCR)分析血液来源的和冷冻保存的外周血单核细胞，以评估抗CD19 CAR-T细胞水平随时间的变化。将qPCR值转换为细胞数/uL血液。本文列出了具有可评估样品的患者中输注后峰值、达到峰值的时间、第0天至第28天的曲线下面积(AUC)(AUC0-28)，以及抗CD19 CAR T细胞长达24个月的持续性。
潜在的免疫原性最初通过开发针对鼠单克隆抗体FMC63(用于在阿基仑赛中产生抗CD19 CAR的单链可变区片段[scFv]的亲本抗体)的反应性测试为阳性的抗体来鉴定，如通过传统基于夹心的酶联免疫吸附测定法(ELISA)所测量的。阳性样品通过基于细胞的确证性流式细胞术测定法进行进一步测试，以确定在初始筛选测定法(ELISA)中观察到的信号是否是由于抗体与在抗CD19 CAR T细胞表面上表达的正确折叠的scFv结合。
尽管当前研究中的OS结果尚不成熟，但中期分析倾向于支持阿基仑赛。在SOC队列中取得进展的患者可以接受方案外的CAR T-细胞疗法，这可能会削弱生存差异，因为传统的意向治疗分析可能会低估治疗转换后对OS的治疗效果。(Danner和Sarkar.PharmaSUG.2018；EP-04)。在使用基于随机化的RPSFT模型对SOC患者后续细胞免疫疗法的生存获益进行调整后(Danner和Sarkar.PharmaSUG.2018；EP-04)，阿基仑赛证明了OS与SOC相比具有统计学上的显著改善。
在该研究中阿基仑赛的安全特性是可管理的并且与之前针对难治性LBCL的研究一致。(Neelapu等人N Engl J Med.2017；377:2531-2544；Locke等人Blood.2017；130:2826-2826)。如所预期的，除CRS和神经事件之外，在阿基仑赛与SOC队列中的患者之间≥3级AE在数值上类似(分别为91％和83％)。≥3级CRS和神经事件通常与在三线中报道的一致(Neelapu等人N Engl J Med.2017；377:2531-2544)，但在该研究中明显没有5级CRS或神经事件。
重要的是，与SOC患者相比，接近三倍数量的阿基仑赛患者接受了确定性疗法。虽然几乎所有随机接受阿基仑赛的患者都输注了阿基仑赛(Neelapu等N Engl J Med.2017；377:2531-2544)，但SOC队列中仅少数患者接受了方案定义的HDT-ASCT(36％)，与历史研究一致。(Gisselbrecht等人J Clin Oncol.2010；28:4184-90；van Imhoff等人J ClinOncol.2017；35:544-551；Crump等人J Clin Oncol.2014；32:3490-6)。鉴于事先不知道哪些患者会对挽救性疗法有反应，并且由于大多数患者从未达到HDT-ASCT确定性疗法，因此当前SOC疗法的结果是次优的。
在该研究中，桥接疗法限于皮质类固醇，诸如20mg-40mg或等效剂量的地塞米松，每天口服或IV，持续1-4天，根据研究者对筛选时具有高疾病负荷的患者的判断，在白细胞单采后施用，并在阿基仑赛前≥5天完成。皮质类固醇的选择和剂量根据年龄/共存病或根据临床判断进行调整。尽管这可能限制了需要紧急治疗的患者的入组，但74％的患者是原发性难治性的。禁止使用化疗桥接疗法(其单独可导致40％-50％的反应率)(Gisselbrecht等人J Clin Oncol.2010；28:4184-90；van Imhoff等人J Clin Oncol.2017；35:544-551；Crump等人J Clin Oncol.2014；32:3490-6)，确保了阿基仑赛队列中的结果不被混淆。然而，在一些情况下，桥接化疗必须紧急开始。如果患者已接受挽救性化学免疫疗法并对其有反应，则本研究中使用阿基仑赛相对于SOC的结果改善可能不适用。DOR虽然在数值上有所不同，但在统计上并不显著，这一事实表明了这一点。一旦实现挽救性化疗的反应，进行HDT-ASCT的患者预计将获得与直接接受阿基仑赛而不进行挽救的患者相似的益处。然而，由于在治疗开始之前化疗敏感性未知，使用二线阿基仑赛可以避免对最终不接受移植的患者进行额外的化疗，缩短确定性疗法的时间，并且避免既往更大线的疗法对CAR T细胞适应性产生潜在影响。(Neelapu等人ASH Annual Meeting.2020)。
而大多数LBCL患者在利妥昔单抗后时代诱导后<12个月内复发(Vannata等人Br JHaematol.2019；187:478-487；Hamadani等人Biology of Blood and MarrowTransplantation.2014；20:1729-1736)。诱导后>12个月发生LBCL复发的患者未纳入。然而，使用阿基仑赛的2年EFS为40.5％，优于先前接受利妥昔单抗后在CORAL中接受SOC且从诊断起>12个月复发疾病的患者(Gisselbrecht等人J Clin Oncol.2010；28:4184-90)，这通常与二线反应的更大可能性相关。因此，一线疗法后>12个月复发的患者也可受益于作为治疗选择的阿基仑赛，无论一线疗法后复发的时间如何。
实施例6
该研究与先前的实施例相关，因为结果是从阿基仑赛在患有难治性LBCL的患者中的相同临床试验-1注册1/2期研究中获得的。在临床试验-1队列1+2(C1+2；N＝101)中，6个月的主要分析中，≥3级(Gr)细胞因子释放综合征(CRS)和神经事件(NE)的发生率分别为13％和28％；ORR为82％(54％ CR；Neelapu等人NEJM.2017)。临床试验-1安全管理队列6(C6)评估了预防性和早期皮质类固醇和/或托珠单抗是否可以降低CRS和NE的发生率和严重程度。C6的中位随访为8.9个月(N＝40)，没有出现≥3Gr CRS，≥3Gr NE的发生率较低(13％)，并且反应率较高(Oluwole等BJH.2021)。这里，呈现了由倾向性评分匹配(PSM)分析支持的C6的1年更新分析结果，以比较C6与C1+2中的患者的结果。符合条件的患者可以在白细胞单采后接受任选的桥接疗法。患者在单次阿基仑赛输注前接受了3天的调节性化学疗法。患者在第0天(阿基仑赛前)、第1天和第2天每天一次口服接受地塞米松10mg，并且早期接受皮质类固醇和/或托珠单抗用于AE管理。主要终点是CRS和NE的发生率和严重程度。其他终点包括功效结果和生物标志物分析。为了准确地比较C6和C1+2中的患者的结果，在平衡关键基线疾病特征(肿瘤负荷、IPI评分、既往化疗线数、疾病阶段和LDH水平)后进行了探索性PSM分析。
截至2020年12月16日，中位随访时间为14.9个月。中位累积可的松当量皮质类固醇剂量为1252mg(包括预防(N＝40))和2504mg(排除预防(n＝25；15名患者未接受皮质类固醇用于AE管理)。在所有40名治疗的患者中均报告了≥3Gr AE，并且最常见的是中性白细胞减少(45％)、中性白细胞计数减少(33％)和白血细胞计数减少(23％)。没有发生≥3GrCRS。在15％的患者中报告了≥3Gr NE。阿基仑赛输注后，CRS和NE发作的中位时间分别为5天和6天。在50％的患者中发生任何级别的感染(20％≥3Gr)。自6个月分析以来，没有观察到新的CRS病例。2名患者(患者1：2Gr精神状态改变和癫痫样现象；患者2：1Gr痴呆[在第93天发生，但报道较晚]和5Gr痴呆)出现四种新的阿基仑赛相关的NE。观察到2Gr肺炎和1Gr支气管炎的两种新感染；后者是阿基仑赛相关的。发生一例因进行性疾病的死亡。研究者评估的ORR为95％(80％ CR)。未达到中位DOR、PFS和OS。12个月DOR、PFS和OS率的Kaplan-Meier估计分别为60％、63％和82％。截至数据截止时，53％的患者处于持续反应状态。中位峰值CAR T-细胞水平在12个月时在持续反应和复发的患者中相当高(分别为64个细胞/μL[n＝21]和66个细胞/μL[n＝15])，并且在无反应者中相当低(18个细胞/μL[n＝2])。
在PSM分析期间，在C6和匹配的C1+2中鉴定了总共32名患者。与C1+2(13％和6d)相比，在C6(分别为0％和不适用)中观察到较低的发生率和较长的≥3Gr CRS发作的中位时间。≥3Gr NE的发生率和中位发作时间在C6中分别为19％和12天，而在C1+2中为22％和7天。ORR在C6和匹配的C1+2中均为94％(CR率分别为75％和78％)；分别有47％和59％的患者处于持续反应时间。在C6和C1+2中，中位峰值CAR T-细胞水平分别为65个细胞/μL和43个细胞/μL。与CAR T细胞治疗相关的AE(IFN-γ、IL-2、GM-CSF和铁蛋白)相关的炎症生物标志物的血清水平在C6中比在C1+2中更低。包括预防在内的中位累积皮质类固醇剂量在C6(n＝32)中为1252mg，在C1+2(n＝6)中为7418mg。
在≥1年随访的情况下，预防性和早期皮质类固醇和/或托珠单抗干预表现出可控的安全特性，没有新的安全信号，以及高的、持久的反应率，PSM分析证实了这一点。尽管C1+2中较少的患者在匹配后接受皮质类固醇，但C6中的中位累积皮质类固醇剂量是C1+2的1/4。
实施例7
如先前实施例中所述，阿基仑赛(一种自体抗CD19 CAR T-细胞疗法)被批准用于治疗接受过≥2种全身性疗法的患有复发性/难治性LBCL的患者。在临床试验-1(NCT02348216)的2年分析中，多中心单组1/2期研究评估了阿基仑赛对患有难治性LBCL的患者的功效，ORR为83％，包括58％的CR率，并且39％的患者具有持续反应，中位随访为27.1个月(Locke等人Lancet Oncol.2019)。无事件生存(EFS)正在成为血液系统恶性肿瘤中OS的可靠替代终点。最近的系统分析表明，在免疫化疗后患有弥漫性LBCL的患者中EFS与OS之间存在线性相关性(Zhu等人Leukemia.2020)。此处，提供了4年随访后来自临床试验-1的更新生存结果，包括OS与EFS的关联的评估。符合条件的患者患有难治性LBCL(弥漫性LBCL、原发性纵隔B细胞淋巴瘤、转化滤泡性淋巴瘤)。在入组时进行白细胞单采后，患者接受低剂量的调节性化疗(氟达拉滨和环磷酰胺)，随后接受2×106个抗CD19 CAR T细胞/kg的目标剂量(Neelapu等人N Engl J Med.2017)。主要终点是ORR，首次反应评估发生在输注后4周。其他终点包括安全和转化评估。通过EFS在12个月和24个月时对OS进行了探索性分析。EFS被定义为从阿基仑赛输注到疾病进展、开始新的淋巴瘤治疗(不包括干细胞移植)或因任何原因死亡的时间。通过Kaplan-Meier估计分析了EFS结果的OS比较。
自2年分析以来(Locke等人Lancet Oncol.2019)，没有报道新的安全信号，包括没有新的严重不良事件，没有阿基仑赛相关的继发性恶性肿瘤，并且没有确认的有复制能力的逆转录病毒病例。二十六名患者接受了后续抗癌治疗；距下次治疗的中位时间是8.7个月(范围，0.3-53.8)。两名接受阿基仑赛诱导缓解的患者接受了同种异体干细胞移植。总体上，66名患者死亡(59％)，主要是由于进行性疾病(47％；n＝52)，其次是其他原因(7％；n＝8)、不良事件(5％；n＝5)以及与阿基仑赛无关的继发性恶性肿瘤(1％；n＝1)。
实施例8
临床试验-5是评估阿基仑赛对患有R/R iNHL(包括FL和边缘带淋巴瘤[MZL])的患者的功效的2期、多中心、单组研究。在临床试验-5(N＝104)的主要分析中，ORR为92％(76％CR率)，并且在12个月时持续反应的患有FL的患者中的中位峰值CAR T细胞水平在数值上比在复发的患者中高(Jacobson等人ASH 2020.摘要700)。此处，呈现了来自临床试验-5的更新临床和药理学结果。患有FL或MZL和R/R疾病的符合条件的成人在≥2线疗法(包括抗CD20mAb加烷化剂)之后经历白细胞单采和调节性化疗，随后以2×106个CAR T细胞/kg进行单次阿基仑赛输注。主要终点是根据卢加诺分类(Cheson等人J Clin Oncol.2014)集中评估的ORR。当≥80名连续治疗的FL患者在≥2年的输注后随访并且包括≥4周的输注后随访的MZL患者时，进行更新的功效分析。
截至2021年3月31日，149名患有iNHL(124名FL；25名MZL)的患者接受了阿基仑赛治疗。其中，110名患者(86名FL；24名MZL)符合功效分析的条件，中位随访为29.7个月(范围，7.4-44.3)。ORR与主要分析(Jacobson等人ASH 2020.摘要700)一致，FL患者的ORR为94％(79％CR率)，MZL患者的ORR为83％(63％ CR率)。在数据截断时，57％的符合功效的FL患者和50％的MZL患者具有持续反应；在实现CR的患者中，68％的FL患者和73％的MZL患者具有持续反应。FL患者的中位DOR是38.6个月，而MZL患者未达到。在FL患者中，在初始化学免疫疗法后进展<2年的患者(POD24；n＝62)的中位DOR是38.6个月，而没有POD24的患者(n＝37)未达到中位DOR。FL患者的中位无进展生存是39.6个月，而MZL患者为17.3个月；FL患者距下次治疗的中位时间是39.6个月，而MZL患者未达到。两种疾病类型均未达到中位OS，在24个月时FL患者和MZL患者的估计的OS分别为81％和70％。所有接受治疗的iNHL患者中常见的≥3级AE与先前报道一致：中性粒细胞减少(33％)、中性粒细胞计数减少(28％)和贫血(25％)。在34％的iNHL患者(33％ FL；36％ MZL)中报道了输注后≥30天出现≥3级血细胞减少。与以前的报道一致，≥3级细胞因子释放综合征(CRS)和神经事件(NE)分别发生在7％的iNHL患者(6％ FL；8％ MZL)和19％患者(15％ FL；36％ MZL)中。大多数CRS病例(120/121)和任何级别的NE(82/87)在数据截止时缓解。在具有可评估样品的FL患者中，76％(65/86)在输注后12个月时具有低水平的可检测的CAR基因标记细胞；53％(23/43)在输注后24个月具有可检测的细胞。在可评估的MZL患者中，67％(8/12)在输注后12个月具有可检测的CAR基因标记细胞；60％(3/5)在输注后24个月具有可检测的细胞。在输注后12个月，59％的可评估FL患者(49/83)和71％的MZL患者(5/7)可检测到B细胞。
在临床试验-5中，经过近30个月的中位随访，阿基仑赛在患有iNHL的患者中显示出显著且持续的长期益处。在FL中，高反应率转化为持久性，中位DOR为38.6个月，并且在数据截止时57％反应持续。在MZL中，功效结果似乎随着随访时间的延长而改善，但尚未达到中位DOR和OS。
实施例9
在1线(1L)化学免疫疗法(CIT)之后，在患有复发性/难治性(R/R)大B细胞淋巴瘤(LBCL)的患者的治疗环境中的护理治疗(Tx)标准(SOC)是用自体干细胞挽救的高剂量疗法(HDT-ASCT)，如果对二线(2L)CIT有反应；然而，由于许多患者对2L CIT没有反应或不能耐受，或者不打算进行HDT-ASCT，结果仍然很差。阿基仑赛已被批准用于治疗≥2种全身性疗法后的R/R LBCL。由于CAR T-细胞疗法可使早期疗法的患者受益，因此在患有2L R/R LBCL的患者中进行了阿基仑赛与SOC的全球、随机、3期试验，并且此处报道了主要分析(PA)的结果。符合条件的患者≥18岁，患有LBCL，ECOGPS 0-1，R/R疾病≤12个月的足够1L CIT(包括抗CD20单克隆抗体和蒽环霉素)，并旨在进行HDT-ASCT。将患者以1:1随机分配至阿基仑赛或SOC，根据1L Tx反应和2L按年龄调整的IPI(sAAIPI)进行分层。在阿基仑赛队列中，患者在调节后接受2×106个CAR T细胞/kg的单次输注(3天；环磷酰胺500mg/m2/天和氟达拉滨30mg/m2/天)。任选的桥接Tx限于皮质类固醇(不允许CIT)。在SOC组中，患者接受2-3个周期的研究者选择的、方案定义的基于铂的CIT方案；具有部分反应或CR的患者进行HDT-ASCT。根据卢加诺分类，在随机指定的时间点通过PET-CT进行疾病评估。尽管在各组之间没有计划的试验交叉，但对SOC没有反应的患者可接受方案外的CAR T-细胞治疗。假设阿基仑赛导致相对于SOC的无事件生存(EFS：疾病进展、任何原因导致的死亡或新发淋巴瘤Tx的最早日期的时间)有50％的改善。PA是事件驱动的，主要终点是通过设盲中央审查得出的EFS。分层测试的关键次要终点是客观反应率(ORR)和总体生存(OS；中期分析)；安全性也是次要终点。
截至21年3月18日，全球已入组了359名患者。患者的中位年龄为59岁(范围，21-81；30％≥65岁)。总体上，74％的患者患有原发性难治性疾病，46％具有高sAAIPI(2-3)。在随机分组到阿基仑赛的180名患者中，有170名(94％)接受了输注。在随机分组到SOC的179名患者中，有168名(94％)开始2L CIT，90名(50％)有反应，并且64名(36％)达到HDT-ASCT。在24.9个月的中位随访时，阿基仑赛的中位EFS显著更长(分别为8.3个月[95％ CI：4.5-15.8]与2个月[95％ CI：1.6-2.8]；HR：0.398；P<.0001)，并且使用阿基仑赛的24个月EFS率的Kaplan-Meier估计显著更高(41％与16％)。在随机化的患者中，阿基仑赛的ORR和CR率比SOC更高(ORR：83％与50％，优势比：5.31[95％ CI：3.1-8.9；P<.0001]；CR：65％与32％)。中位OS(此处作为预先计划的中期分析进行评估)显示阿基仑赛与SOC相比更有利，但未达到统计学显著性(分别是未达到与35.1个月；HR：0.730；P＝.027)。对于SOC患者，100名(56％)接受了市售或研究性CAR T-细胞疗法(方案外)作为后续Tx。在阿基仑赛组和SOC组中，分别有155名(91％)和140名(83％)患者发生≥3级治疗中出现的不良事件，并且1名和2名患者发生Tx相关死亡。在用阿基仑赛治疗的患者中，11名(6％)患者发生≥3级细胞因子释放综合征(CRS)(发作的中位时间为3天；中位持续时间为7天)，并且36名(21％)患者发生≥3级神经事件(NE)(发作的中位时间为7天；中位持续时间为8.5天)。未发生5级CRS或NE。注射后中位峰值CAR T-细胞水平为25.8个细胞/μL；达到峰值的中位时间为8天。
实施例10
高风险LBCL与一线含抗CD20 mAb的方案后的不良预后相关，突出了对新治疗的需求。阿基仑赛被批准用于治疗≥2线全身性疗法后的复发性/难治性(R/R)LBCL。此处报告了一项2期、多中心、单组研究的主要分析，其将阿基仑赛作为一线疗法的一部分，用于接受≥2线全身性疗法后的高风险R/R LBCL患者。符合条件的成人患有高风险LBCL(根据组织学(每个研究者的双重或三重打击状态[MYC和BCL2和/或BCL6易位])或IPI评分≥3进行定义)，加上在接受2个周期的抗CD20 mAb和含蒽环霉素的方案后，根据卢加诺分类(Deauville评分[DS]4/5)，中期PET呈阳性。患者接受白细胞单采并接受调节性化疗(环磷酰胺和氟达拉滨)，随后以2×106个CAR T细胞/kg进行单次阿基仑赛输注。根据研究者的判断，可以在调节之前施用非化疗桥接。主要终点是研究者评估的每个卢加诺的完全反应(CR)率。次要终点包括客观反应率(ORR)；CR+部分反应)、反应持续时间(DOR)、无事件生存(EFS)、无进展生存(PFS)、总体生存(OS)、不良事件发生率(AE)以及血液中CAR T细胞和血清中细胞因子的水平。在所有接受治疗的患者进行≥6个月的随访后进行主要分析。
截至2021年5月17日，入组了42名患者，其中40名接受阿基仑赛治疗。中位年龄为61岁(范围，23–86)；68％的患者是男性，63％具有ECOG 1,95％具有III/IV期疾病，48％/53％具有DS 4/5；根据中央评估25％具有双重或三重打击状态，并且78％具有≥3的IPI评分。总共37名患者具有中心确认的双重或三重打击组织学或IPI评分≥3，并且可评估反应，中位随访为15.9个月(范围，6.0-26.7)。CR率为78％(n＝29；95％ CI，62-90)；89％具有客观反应，并且初始反应的中位时间为1个月。在所有40名接受治疗的患者中，90％具有客观反应(80％ CR率)。截至数据截止时，73％的可评估反应的患者具有持续反应。未达到DOR、EFS和PFS的中位数；在12个月时估计分别为81％、73％和75％。在12个月时估计的OS为91％。所有40名接受治疗的患者均出现任何级别的AE；85％的患者出现≥3级AE，最常见的是血细胞减少(68％)。分别在3名患者(8％)和9名患者(23％)中发生≥3级细胞因子释放综合征(CRS)和神经系统事件(NE)。CRS和NE发作的中位时间分别为4天(范围，1-10)和9天(范围，2-44)，中位持续时间分别为6天和7天。任何级别的所有CRS和大多数NE(28/29)在数据截止时缓解(1个持续1级震颤)；39/40的CRS事件在输注后14天时缓解，而19/29NE在输注后21天时缓解。将托珠单抗分别施用于63％和3％的患者以管理CRS或NE；将皮质类固醇施用于35％和33％的患者进行CRS和NE管理。发生了一起5级COVID-19事件(第350天)。所有接受治疗的患者的中位峰值CAR T细胞水平为36个细胞/μL(范围，7-560)，并且根据AUC0-28的中位扩增为495个细胞/μL×天(范围，74-4288)。CAR T细胞水平在输注后平均8天达到峰值(范围，8-37)。与R/R LBCL的临床试验-1研究(Neelapu等人,New Engl J Med.2017)相比，观察到CCR7+CD45RA+T细胞在阿基仑赛产品中的频率更高(先前与CAR T细胞的更大扩增相关(Locke等Blood Adv.2020))。
在主要分析中，阿基仑赛在高风险LBCL患者(需求未得到满足的人群)中显示出较高的快速和完全反应率。经过15.9个月的中位随访，反应是持久的，因为DOR、EFS和PFS的中位数尚未达到，并且超过70％的患者在数据截止时仍有反应。在早期线中没有关于阿基仑赛的新安全信号的报道。
实施例11
该实施例涉及实施例10并对其进行了扩展。在2019年2月6日至2020年10月22日之间，总共入组42名患者并对其进行白细胞单采(表28)。为所有42名患者制备阿基仑赛并施用于40名。一名患者没有根据他们的要求接受治疗，并且一名患者由于发现第二种原发性恶性肿瘤而在治疗之前退出该研究。从白细胞单采到将阿基仑赛产品递送至治疗机构的中位时间为18天(范围，14-32；表29)。主要分析的数据截止日期是2021年5月17日。包括在主要功效分析中的患者(N＝37)的中位随访时间是15.9个月(范围，6.0-26.7)，并且用阿基仑赛治疗的所有患者(N＝40)的中位随访时间是17.4个月(范围，6.0-26.7)。
表28：按国家和研究地点划分的患者入组(N＝42)
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表29：所有接受治疗的患者(N＝40)中阿基仑赛产品特征
*数据是基于输注的T细胞而非CAR+T细胞群体的总数报告的。axicabtageneciloleucel，阿基仑赛；CAR，嵌合抗原受体；CCR7，7型C-C趋化因子受体。
在接受阿基仑赛治疗的40名患者中，中位年龄为61岁(范围，23-86；表30)。患者中23名(58％)患有弥漫性LBCL(DLBCL)、12名(30％)患有双重或三重打击淋巴瘤、2名(5％)患有高级别B细胞淋巴瘤(未另外指定)，3名(8％)患有被归类为其他的疾病(表30)。大多数患者(95％)患有III期或IV期疾病，78％具有≥3的IPI评分(表30)。所有患者均接受2个周期的1种既往全身性治疗，最常见的是R-CHOP(48％)或DA-EPOCH-R(45％)。从既往疗法的最后一次给药到白细胞单采的中位时间是1个月。所有患者均被视为高风险，无论是双重或三重打击状态和/或如果他们在初次诊断和入组之间的任何时间具有≥3的IPI评分，并且所有患者根据当地审查均为PET2+，Deauville PET评分为4(48％)或5(53％)。七名患者在白细胞单采后和调节性化疗前接受非化疗桥接疗法。五名患者接受了中枢神经系统(CNS)预防。
表30.所有治疗患者的基线患者特征(N＝40)
a其他疾病类型包括非GCB亚型、生发中心DLBCL和高级别B细胞淋巴瘤。b四名患者在诊断时具有ECOG≥2，在入组前变为ECOG≤1。c在初始诊断时或在初始诊断与入组之间的任何时间测量IPI。d基线时的骨髓评估是基于第一次剂量的调节性化疗时或之前的活检或PET/CT的最后一次评估。e三名患者均接受了R-CHOP和DA-EPOCH-R两者。在没有接受R-CHOP或DA-EPOCH-R的6名患者中，2名接受了EPOCH-R，1名接受了EPOCH，1名接受了EPOCH-R和鞘内化疗，1名接受了R-mini-CHOP，并且1名接受了CODOX-M。CODOX-M、环磷酰胺、长春新碱、多柔比星、高剂量甲氨蝶呤；DA-EPOCH-R，剂量调整的依托泊苷、泼尼松、长春新碱、环磷酰胺、多柔比星和利妥昔单抗；DLBCL，弥漫性大B细胞淋巴瘤；ECOG，美国东部肿瘤协作组；EPOCH，依托泊苷、泼尼松、长春新碱、环磷酰胺和多柔比星；EPOCH-R，依托泊苷、泼尼松、长春新碱、环磷酰胺、多柔比星和利妥昔单抗；FISH，荧光原位杂交；GCB，生发中心B细胞；HGBL-NOS，没有另外指定的高级别B细胞淋巴瘤；IPI，国际预后指数；NE，不可评估；PD，进行性疾病；PR，部分反应；R-CHOP，利妥昔单抗、环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松；R-mini-CHOP，利妥昔单抗和减少剂量的环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松；SD，疾病稳定。
根据方案，主要功效分析包括具有中心确认的疾病类型(双重或三重打击淋巴瘤)或IPI评分≥3的接受≥1×106个CAR T细胞/kg的患者。在包括在主要功效分析中的37名患者中，完全反应率为78％(95％ CI，62-90)。首次完全反应的中位时间为30天(范围，27-207)。客观反应率为89％(95％ CI，75-97)，并且首次客观反应的中位时间为29天(范围，27-207)。截至数据截止日期，25名患者(在主要功效分析中86％的完全反应者；68％的患者)具有持续完全反应，并且27名患者(在主要功效分析中82％的客观反应者；73％的患者)具有持续客观反应。
关键亚组中的完全反应率和客观反应率通常与总体患者群体一致。所有4名患有双重或三重打击淋巴瘤且IPI评分≥3的患者均实现了完全反应；并且所有13名年龄≥65岁的患者均实现了客观反应。尽管样品量较小，但患有双重或三重打击淋巴瘤且IPI评分≤2的6名患者的完全反应率低于总体群体的完全反应率(50％与78％)。
截至数据截止时，中位随访时间为15.9个月，尚未达到反应持续时间、无进展生存和无事件生存的中位数。12个月的反应持续时间、无进展生存和无事件生存的估计比率分别为81％、75％和73％。12个月的估计总体生存比率为91％。在包括在主要功效分析中的37名患者中，32名(86％)在数据截止时仍然存活。用阿基仑赛治疗的所有患者的功效结果相似(N＝40；表31)。
表31.包括在主要分析中的两名患者和所有治疗患者的关键功效结果
在数据截止时，五名患者在对阿基仑赛产生初步反应后出现疾病进展：一名患者接受阿基仑赛治疗并获得部分反应；两名患者接受后续治疗但没有反应；筛选一名患者接受阿基仑赛再治疗并等待治疗；并且一名患者截至数据截止日期仍然存活，后续治疗未知。没有患者经历CNS复发。一名患者实现了对阿基仑赛的最佳反应的部分反应，然后进行了包括自体干细胞移植的后续疗法，之后该患者实现了完全反应。三名患者实现了对阿基仑赛的疾病稳定的最佳反应。在数据截断时，一名患者没有接受后续治疗但仍然存活，并且两名患者接受了后续疗法但死于进行性疾病。一名作为对阿基仑赛有最佳反应而患有进行性疾病的患者继续接受后续治疗但死于进行性疾病。
所有40名接受治疗的患者都经历了至少一种任何级别的不良事件，其中34名患者(85％)经历了≥3级的不良事件。最常见的任何级别的治疗中出现的不良事件是发热(100％)、头痛(70％)和中性粒细胞计数减少(55％)。最常见的≥3级治疗中出现的不良事件是中性粒细胞计数减少(53％)、白细胞减少(43％)和贫血(30％；表32)。
表32.按最严重级别划分，所有治疗患者(N＝40)中≥15％发生不良事件
a不良事件包括在阿基仑赛输注日期或之后发生并使用MedDRA 23.1版编码并根据CTCAE 5.0分级的不良事件。b显示任何不良事件的第一行显示40名接受治疗的患者中每名患者所经历的最严重级别事件。c发生了一例5级事件，并将其报告为COVID-19。
在所有40名患者中均发生任何级别的细胞因子释放综合征(CRS)(表3)。大多数CRS病例为1级或2级(93％)，其中3例(8％)为≥3级，并且没有患者死于CRS。任何级别的最常见的CRS症状是发热(100％)、低血压(30％)、发冷(25％)和缺氧(23％)。输注阿基仑赛后至CRS发作的中位时间为4天(范围，1-10；表33)。所有40名患者(100％)的CRS均在数据截止时缓解，中位事件持续时间为6天。25名患者(63％)使用托珠单抗来管理CRS，14名患者(35％)使用类固醇，1名患者(3％)使用血管升压药。
表33.按最严重级别划分，在所有治疗患者(N＝40)中≥15％发生的感兴趣不良事 件
a不良事件包括在阿基仑赛输注日期或之后发生并使用MedDRA 23.1版编码的不良事件。使用改进的博纳吐单抗注册研究来鉴定神经事件。细胞因子释放综合征根据Lee等人31进行分级。所有不良事件的严重程度，包括神经事件和细胞因子释放综合征的症状均按照CTCAE 5.0进行分级。CRS，细胞因子释放综合征，TE，治疗中出现的。
29名(73％)患者经历了任何级别的神经事件，其中9名(23％)病例为≥3级。没有患者死于神经事件。任何级别的最常见的神经事件是意识模糊状态(28％)、脑病(25％)和震颤(25％)。2名患者(5％)经历了4级严重脑病不良事件；这两个事件均在数据截止时完全缓解。神经事件发作的中位时间为9天(范围，2-44天)，中位事件持续时间为7天。截至数据截止时，28名患者的神经事件已缓解，其中1名患者经历了持续的1级震颤神经事件。在13名患者(33％)中使用类固醇并且在1名患者(3％)中使用托珠单抗来管理神经事件。另外，没有患者需要机械通气来管理神经事件，并且没有患者死于神经毒性。
18名患者(45％；表34)经历了任何级别的严重不良事件。总共13名患者(33％)经历了任何级别的感染(表35)；这些事件中的3起是COVID-19感染，包括2级和5级COVID-19感染各一起(患者未报告接种过COVID-19疫苗)和一起3级COVID-19肺炎(患者已全面接种COVID-19疫苗)。剩余的10起不良感染事件是3级(n＝4)、2级(n＝3)或1级(n＝3)，并且包括1级巨细胞病毒感染事件。总共4名患者(10％)出现低丙种球蛋白血症的不良事件；所有4个事件均为2级。68％的患者(n＝27)存在≥3级血细胞减少。8名患者(20％)在第30天或之后出现≥3级血细胞减少。任何级别的所有血细胞减少均在数据截止时缓解，中位持续时间为0.5个月。尚未报道与阿基仑赛相关的肿瘤溶解综合征、具有复制能力的逆转录病毒或继发性恶性肿瘤的病例。
表34.在至少2名治疗患者(N＝40)中发生严重不良事件
TEAE包括在阿基仑赛输注日期或之后发生的所有AE。排除在再治疗期间发生的AE。一名患者中同一AE的多次发生率按该患者的最严重级别计数一次。
首选术语按任何级别中出现频率的降序排列。AE使用MedDRA 23.1版进行编码，并按照CTCAE 5.0进行分级。AE，不良事件；CTCAE，不良事件通用术语标准；MedDRA，监管活动医学词典；TEAE，治疗中出现的不良事件。
表35.所有治疗患者(N＝40)中发生的感染
在用阿基仑赛治疗的患者中，总共6名患者(15％)死亡，其中四名在进行后续治疗之后死于进行性疾病(10％)。其他2例死亡是由于COVID-19(输注后第350天)和败血性休克(输注后第287天)。仅将由于COVID-19的死亡报告为不良事件。在患者进行后续疗法后报告败血性休克。
在所有40名患者的外周血中均观察到CAR T细胞扩增。中位峰值CAR T细胞水平为36.27个细胞/μL，并且血液中CAR T细胞相对于第0天至第28天的计划就诊的图中的中位曲线下中位面积(AUC0-28)为495.38个细胞/μL×天。达到血液中峰值抗CD19 CAR T细胞水平的中位时间为8天(范围，8-37；表S6)。不同诊断类别的患者的药代动力学特征相似，包括患有双重或三重打击淋巴瘤和IPI评分≥3的患者(表36)。在输注后6个月时，21名具有可评估样品的患者中，有13名(62％)血液中CAR基因标记的细胞维持在较低但可检测的水平。三名患者在其复发的大致时间具有可评估样品，其中2名的血液中具有可检测的CAR基因标记的细胞。另外两名复发患者在复发时没有可评估的样品；然而，在复发前的最后一个评估时间点(第85天和第145天)，他们的血液中具有可检测的CAR基因标记的细胞。
表36.每个中心实验室的双重/三重打击状态下血液中抗CD19 CAR T细胞随时间 的数量
所有数据的单位均为细胞数/μL，除了AUC0-28以细胞数/μL*天并且达到峰值的时间以天来测量。
AUC0-28定义为血液中CAR T细胞数两相对于第0天至第28天的计划就诊的图中的AUC。峰值定义为在输注后测量的血液中CAR T细胞的最大数量。达到峰值的时间定义为从阿基仑赛输注到血液中CAR T细胞数量首次达到最大基线后水平之日的天数。a.分析集中的所有患者，包括2名非双重/三重打击且IPI评分<3的患者和8名双重/三重打击状态未完成的患者。AUC，曲线下面积；CAR，嵌合抗原受体；IPI，国际预后指数。
在复发或无反应的患者中，CAR T细胞的中位峰值水平和AUC0-28趋向于更高，但与截至数据截止日期具有持续反应的患者没有显著差异。与复发疾病或对阿基仑赛无反应的患者相比，在具有持续反应的患者中CAR T细胞持久性也类似地下降。另外，在峰值或AUC0-28与反应之间没有发现趋势。
与具有高于2778mm2的基线肿瘤负荷的患者相比，直径乘积之和低于中位基线肿瘤负荷值(2778mm2)的患者具有较低的CAR T细胞中位峰值水平、较低的AUC0-28和较低的平均达到峰值时间(尽管差异不是统计学显著的)。经历≥3级CRS的患者(n＝3)的血液中峰值CAR T细胞水平和AUC0-28的中位比率是经历2级、1级或无CRS的患者的4.0倍和2.2倍。经历≥3级神经事件的患者的血液中峰值CAR T细胞水平和AUC0-28的中位比率是经历2级、1级或无神经事件的患者的2.1倍和2.3倍，但2组之间没有显著差异。
大多数血清细胞因子达到峰值的中位时间为8天内。与具有2级、1级或无CRS或神经事件的患者相比，经历≥3级CRS或神经事件的患者的多种血清分析物升高。经历≥3级神经事件的患者的血清分析物的峰值是未经历患者的至少两倍，白介素(IL)-5、MIP-1α、IFN-γ、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、铁蛋白、TNF-α、IL-10、IL-8和PDL1均被确定为显著更高(P<0.05)。经历≥3级CRS的患者的血清细胞因子峰值是未经历患者的至少四倍，我们对此进行了分析，但由于经历≥3级CRS的患者群体规模较小(n＝3)，因此未评估其显著性。在经历≥3级CRS的患者中，血清细胞因子升高最高的是IL-6、IL-8和GM-CSF。
实施例12
一项针对2L R/R LBCL的3期随机临床试验证明，阿基仑赛在无事件生存(EFS；危险比[HR]，0.398；P<.0001；Locke等人N Eng J Med.2021)方面优于标准护理(SOC)挽救性化疗和高剂量化疗联合自体移植。本文公开了肿瘤特征的探索终点，包括preTx肿瘤负荷(TB)、组织缺氧相关的乳酸脱氢酶(LDH)水平和肿瘤微环境(TME)。
方法：TB计算为≤6个参考病灶的直径乘积(SPD)之和。评估了血清LDH。将两个治疗组中的PreTx肿瘤样品用于分子评估。通过NanoString IO 360TM组和与T细胞参与相关的预先指定的免疫环境指数(Immunosign 15[IS15]和21[IS21])分析肿瘤RNA表达。使用先前临床研究的肿瘤RNA表达数据与3L R/R LBCL患者进行比较。通过免疫组织化学评估CD19蛋白表达的H评分。评估了肿瘤相关分子特征与临床结果之间的关联。进行描述性统计(P<.05表示显著性)。
结果：阿基仑赛患者的EFS与preTx TB(HR，1.01[95％ CI，0.88-1.16]；P＝.89)或LDH(HR，0.98[95％ CI，0.74-1.29]；P＝.86)无关，但在具有较高的preTx TB(HR，1.17[95％ CI，1.03-1.32]；P＝.01)或较高的LDH(HR，1.29[95％ CI，1.02-1.63]，P＝.03)的SOC患者中更差。与无反应者或复发者相比，持续反应的SOC患者中PreTx TB较低(P＝.16)，但在阿基仑赛患者中则不然(P＝1)。非GCB细胞来源亚型是SOC中EFS的不良预后因子，但在阿基仑赛中则不然。与GCB相比，使用非GCB的SOC患者的EFS明显较差(HR，1.82[95％ CI，1.12-2.96]；P＝02)。IO360分析显示，B细胞谱系抗原(CD19、CD20和BCMA)和肿瘤细胞高度表达的标志物(CD45RA、IRF8和BTLA)的基因表达与阿基仑赛的客观反应和持久反应正相关。尽管无论CD19表达水平如何，阿基仑赛仍优于SOC，但持续反应的可能性随着CD19 H评分的升高而增加。2L与3L相比，PreTx TME IS15和IS21评分通常更高。
结论：在R/R LBCL患者中，阿基仑赛在主要预后组中优于SOC，如较高的TB和LDH。阿基仑赛在具有突出的B细胞特征的肿瘤中显示出最大持久反应潜力，但无论这些特征如何，它都优于SOC。与3L相比，2L环境中具有更高免疫浸润的TME进一步支持使用阿基仑赛的早期干预，表明在具有高TB的患者中对2L阿基仑赛的更深反应可能归因于更有利的免疫环境。
实施例13
背景：患有R/R LBCL的老年患者面临预后较差、毒性增加和无法耐受二线(2L)SOC治疗(Tx)的风险中。此外，2L SOC Tx通常与和健康相关的生活质量差有关。在临床研究中，我们评估了2L阿基仑赛与SOC在患有R/R LBCL的老年患者中的结果，包括PRO。
方法：在计划的亚组分析中评估年龄≥65岁的患者。将1L化学免疫疗法(CIT)后具有ECOGPS 0-1且R/R LBCL≤12个月的患者以1:1随机分组到阿基仑赛或SOC(基于铂的CIT的2-3个周期；具有部分或完全反应(CR)的患者进行HDT-ASCT)。在包括基线(BL；在Tx之前)、第50天(D)、D100、D150和第9个月(M)的时间点应用PRO量表，包括EORTC QLQ-C30(全球健康[GH]和身体机能[PF])和EQ-5D-5L VAS，然后每3个月直至24个月一次或无事件生存(EFS)时间(以先发生者为准)。QoL分析集包括具有BL PRO且在D50、D100或D150完成≥1次测量的所有患者。临床上有意义的变化被定义为每个EORTC QLQ-C30评分10分，EQ-5D-5LVAS评分7分。
结果：51和58名老年患者分别被随机分组到阿基仑赛和SOC组，中位年龄(范围)为70岁(65-80岁)和69岁(65-81岁)。在BL处，与SOC患者相比，更多阿基仑赛患者具有高风险特征，包括2L按年龄调整的IPI 2-3(53％与31％)和升高的LDH(61％与41％)。阿基仑赛的EFS优于SOC(HR，0.276，P<0.0001)，具有更高的CR率(75％与33％)。阿基仑赛和SOC患者中分别有94％和82％的患者发生≥3级治疗期间出现的不良事件(AE)，0名和1名患者发生5级治疗相关AE。在包括46名阿基仑赛患者和42名SOC患者的QoL分析集中，D100时的评分相对于BL的平均评分变化存在统计学显著且有临床意义的差异，对于EORTC QLQ-C30GH(P<0.0001)和PF(P＝0.0019)以及EQ-5D-5L VAS(P<0.0001)，阿基仑赛更有利。在D150时，对于所有3个领域，阿基仑赛的评分也优于SOC(P<0.05)。在阿基仑赛组中(到D150时)，平均估计评分在数值上返回到或超过早期BL评分，但在SOC组中到M15时从未等于或超过BL评分。
结论：阿基仑赛在≥65岁的患者中显示出优于2L SOC，具有显著改善的EFS和可管理的安全特性。与SOC相比，阿基仑赛还显示出优于SOC的QoL的显著改善(通过多个验证的PRO量表测量)，表明更快地恢复到治疗前QoL。阿基仑赛优于SOC的临床结果和患者经验应有助于为≥65岁的患者在2L R/R LBCL中的治疗选择提供信息。
本申请中所引用的所有出版物、专利、专利申请和其他文献出于所有目的据此全文以引用方式并入，其程度如同每个单独的出版物、专利、专利申请或其他文献被单独指示为处于所有目的以引用方式并入一样。
虽然已经说明和描述了各种具体实施方案/方面，但是应当理解在不脱离本公开的精神和范围的情况下可以进行各种改变。

Claims (20)

1.一种用于治疗患者的恶性肿瘤的方法，所述方法包括：
评估所述患者的肿瘤中的骨髓炎症水平，包括测量选自由ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16组成的组中的至少一种基因的基因表达水平；
至少部分地根据测量至少一种基因的所述基因表达水平来确定所述患者是否应当施用有效剂量的工程化淋巴细胞，或有效剂量的工程化淋巴细胞和组合疗法；以及
基于所述确定步骤施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞，或所述有效剂量的工程化淋巴细胞和所述组合疗法，
其中如果所述至少一种基因的所述基因表达水平低于预定水平，则向所述患者施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞，并且其中如果所述至少一种基因的所述基因表达水平高于所述预定水平，则向所述患者施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞和所述组合疗法。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述组合疗法包括增强T细胞增殖的药剂和减少所述肿瘤中骨髓群体的药剂中的至少一种。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述至少一种药剂包括抗CD47拮抗剂、STING激动剂、ARG1/2抑制剂、CD73xTGFβmAb、CD40激动剂、FLT3激动剂、CSF/CSF1R抑制剂、IDO1抑制剂、TLR激动剂、PD-1抑制剂、免疫调节性酰亚胺药物、CD20xCD3双特异性抗体、靶向所述肿瘤内的表观遗传景观的药剂、或T细胞共刺激激动剂、或它们的组合。
4.根据权利要求1所述的方法，还包括：
确定所述患者的肿瘤负荷；以及
基于确定所述患者的所述肿瘤负荷施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞，或所述有效剂量的工程化淋巴细胞和所述组合疗法，
其中如果所述肿瘤负荷低于参考肿瘤负荷值，则向所述患者施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞，并且其中如果所述肿瘤负荷高于所述参考肿瘤负荷值，则向所述患者施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞和所述组合疗法。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述参考肿瘤负荷值包括大于2500mm2的基线肿瘤负荷(SPD)或高于代表性肿瘤群体的中位数的肿瘤代谢体积。
6.根据权利要求4所述的方法，其中所述组合疗法包括增强T细胞增殖的药剂和减少所述肿瘤中骨髓群体的药剂中的至少一种。
7.根据权利要求1所述的方法，还包括
定量所述肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度；以及
基于定量所述肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度来施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞，或所述有效剂量的工程化淋巴细胞和所述组合疗法，
其中如果所述肿瘤中的所述肿瘤骨髓细胞密度低于预定骨髓细胞密度水平，则向所述患者施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞，并且其中如果所述肿瘤中的所述肿瘤骨髓细胞密度高于所述预定骨髓细胞密度水平，则向所述患者施用所述有效剂量的工程化淋巴细胞和所述组合疗法。
8.根据权利要求7所述的方法，其中对所述肿瘤骨髓细胞密度定量，包括测量CD14+细胞、CD68+细胞、CD68+CD163+细胞、CD68+CD206+细胞、CD11b+CD15+CD14-LOX-1+细胞或CD11b+CD15-CD14+S100A9+CD68-细胞的水平。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述预定水平是代表性肿瘤群体中所述至少一种基因的中位表达水平。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述工程化淋巴细胞是嵌合抗原受体T细胞。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述有效剂量的工程化淋巴细胞或所述有效剂量的工程化淋巴细胞和所述组合疗法作为一线疗法或作为二线疗法施用。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述恶性肿瘤是实体瘤，肉瘤，癌，淋巴瘤，多发性骨髓瘤，霍奇金病，非霍奇金淋巴瘤(NHL)，原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)，弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)，滤泡性淋巴瘤(FL)，转化滤泡性淋巴瘤，脾边缘带淋巴瘤(SMZL)，慢性或急性白血病，急性髓细胞性白血病，慢性髓细胞性白血病，急性淋巴细胞白血病(ALL)(包括非T细胞ALL)，慢性淋巴细胞白血病(CLL)，T细胞淋巴瘤，B细胞急性淋巴细胞白血病(“BALL”)、T细胞急性淋巴细胞白血病(“TALL”)、急性淋巴细胞白血病(ALL)中的一种或多种，慢性髓细胞性白血病(CML)，B细胞幼淋巴细胞白血病，母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤，伯基特氏淋巴瘤，弥漫性大B细胞淋巴瘤，滤泡性淋巴瘤，毛细胞白血病，小细胞或大细胞滤泡性淋巴瘤，恶性淋巴组织增生性病症，MALT淋巴瘤，套细胞淋巴瘤，边缘带淋巴瘤，脊髓发育不良和骨髓增生异常综合征，浆母细胞淋巴瘤，浆细胞样树突状细胞肿瘤，华氏巨球蛋白血症，浆细胞增生性病症，意义未明的单克隆丙种球蛋白病(MGUS)，浆细胞瘤，系统性淀粉样蛋白轻链淀粉样变性，POEMS综合征，头颈癌，宫颈癌，卵巢癌，非小细胞肺癌，肝细胞癌，前列腺癌，乳腺癌或它们的组合。
13.一种预测免疫疗法在有需要的患者中的临床功效的方法，所述方法包括：
评估所述患者的肿瘤中的骨髓炎症水平，包括测量选自由ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16组成的组中的至少一种基因的基因表达水平；以及
至少部分地根据所述基因表达水平来确定所述免疫疗法在所述患者中的临床功效的可能性，
其中所述临床功效的可能性与所述基因表达水平负相关。
14.根据权利要求13所述的方法，还包括测量所述肿瘤中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率，其中所述临床功效的可能性与所述肿瘤中所述活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率相关，使得所述肿瘤中较高的活化T细胞指数与抑制性骨髓细胞指数的比率指示增加的临床功效的可能性。
15.根据权利要求14所述的方法，其中确定所述活化T细胞指数，包括测量所述肿瘤中CD3D、CD8A、CTLA4和TIGIT中的一种或多种的基因表达水平。
16.根据权利要求13所述的方法，还包括确定所述患者的肿瘤负荷，其中所述临床功效的可能性与所述患者的所述肿瘤负荷相关，使得高于参考肿瘤负荷值的肿瘤负荷指示降低的临床功效的可能性，并且低于参考肿瘤负荷值的肿瘤负荷指示增加的临床功效的可能性，并且其中所述参考肿瘤负荷是2500mm2。
17.根据权利要求13所述的方法，其中评估所述临床功效，包括评估完全反应率、客观反应率、持续反应率、反应的中位持续时间、中位无进展生存、中位总体生存或它们的任何组合。
18.一种预测患者的抑制性肿瘤微环境(TME)的方法，所述方法包括：
评估所述患者的肿瘤中的骨髓炎症水平，包括测量选自由ARG2、TREM2、IL8、IL13、C8G、CCL20、IFNL2、OSM、IL11RA、CCL11、MCAM、PTGDR2和CCL16组成的组中的至少一种基因的基因表达水平；以及
至少部分地根据所述基因表达水平来确定肿瘤抑制性微环境的水平，
其中所述肿瘤抑制性微环境的所述水平与所述基因表达水平相关，使得较高的基因表达水平指示较高的抑制性肿瘤微环境。
19.根据权利要求18所述的方法，还包括定量所述肿瘤中的肿瘤骨髓细胞密度，其中所述肿瘤抑制性微环境的所述水平与所述肿瘤骨髓细胞密度相关，使得较高的肿瘤骨髓细胞密度指示较高的抑制性肿瘤微环境。
20.根据权利要求18所述的方法，还包括测量所述肿瘤中活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率，其中所述肿瘤抑制性微环境的所述水平与所述肿瘤中所述活化T细胞与抑制性骨髓细胞的比率相关，使得所述肿瘤中较低的活化T细胞指数与抑制性骨髓细胞指数的比率指示较高的抑制性肿瘤微环境。
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