CN116705152A - Pcr检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质 - Google Patents

Pcr检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质 Download PDF

Info

Publication number
CN116705152A
CN116705152A CN202310208260.7A CN202310208260A CN116705152A CN 116705152 A CN116705152 A CN 116705152A CN 202310208260 A CN202310208260 A CN 202310208260A CN 116705152 A CN116705152 A CN 116705152A
Authority
CN
China
Prior art keywords
value
detection
qualitative
result
target
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
CN202310208260.7A
Other languages
English (en)
Inventor
苏荣
莫巧璇
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
FOSHAN HOSPITAL OF TCM
Original Assignee
FOSHAN HOSPITAL OF TCM
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by FOSHAN HOSPITAL OF TCM filed Critical FOSHAN HOSPITAL OF TCM
Priority to CN202310208260.7A priority Critical patent/CN116705152A/zh
Publication of CN116705152A publication Critical patent/CN116705152A/zh
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B35/00ICT specially adapted for in silico combinatorial libraries of nucleic acids, proteins or peptides
    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16HHEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
    • G16H50/00ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
    • G16H50/20ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for computer-aided diagnosis, e.g. based on medical expert systems
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Library & Information Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Primary Health Care (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及数据处理技术领域,公开一种PCR检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质。该方法包括:解析核酸采样获得的采样数据,得到受检样本数据;对所述受检样本数据进行CT值识别处理,得到目标CT值,所述目标CT值包括N‑CT值、ORF1ab‑CT值和内标CT值;依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,得到检测定性结果;对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,得到有效定性结果,所述有效性筛选处理为判断该核酸采样是否采样成功的处理过程;基于所述有效定性结果生成检测报告。本发明提供的实施例能够提高PCR检测数据的录入效率和准确性。

Description

PCR检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质
技术领域
本发明涉及数据处理技术领域,尤其是一种PCR检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质。
背景技术
荧光定量PCR技术是目前检测SARS-CoV-2病毒核酸的主流方法,从基因水平检测病毒,具有高度的敏感度和特异度,且克服了病毒分离鉴定耗时长、抗原检测窗口期短的缺点。然而,目前临床PCR实验室的荧光定量PCR检测SARS-CoV-2病毒核酸数据的审核都采用人工逐个判读的审核方式,针对一个检测孔可能包含一个或多个不等的受检者情况,如何精确导入lis系统是难点,不但费时且录入的差错风险高。
发明内容
本发明的目的是提供一种PCR检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质,旨在提高PCR检测数据的录入效率和准确性。
第一方面,提供一种PCR检测数据处理方法,包括:
解析核酸采样获得的采样数据,得到受检样本数据;
对所述受检样本数据进行CT值识别处理,得到目标CT值,所述目标CT值包括N-CT值、ORF1ab-CT值和内标CT值;
依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,得到检测定性结果;
对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,得到有效定性结果,所述有效性筛选处理为判断该核酸采样是否采样成功的处理过程;
基于所述有效定性结果生成检测报告。
在一些实施例中,所述解析核酸检测获得的采样数据,包括:
解析记录所述采样数据的源文件,得到采样信息和被采样人信息;
关联所述采样信息和所述被采样人信息,以得到所述受检样本数据。
在一些实施例中,所述依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,包括:
将各所述目标CT值分别与预设的第一参考CT值进行初检比较,若N-CT值和ORF1ab-CT值大于第一参考CT值或无CT值,且内标CT值小于第一参考CT值,输出表征阴性的检测定性结果,反之,输出表征阳性的检测定性结果。
在一些实施例中,所述输出表征阳性的检测定性结果之后,还包括:
将各所述目标CT值分别与第一参考CT值进行复检比较,若N-CT值和ORF1ab-CT值大于第一参考CT值或无CT值,且内标CT值小于第一参考CT值,输出表征阴性的检测定性结果,若N-CT值和ORF1ab-CT值和内标CT值均不大于第一参考CT值,输出表征阳性的检测定性结果,若N-CT值和ORF1ab-CT值和内标CT值均大于第一参考CT值,再次将各所述目标CT值分别与第一参考CT值进行复检比较,直至输出表征阴性的检测定性结果或输出表征阳性的检测定性结果。
在一些实施例中,所述对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,包括:
判断内标CT值是否为无CT值;
若是,将所述检测定性结果标记为无效,得到无效定性结果;
若否,将所述检测定性结果标记为有效,得到有效定性结果。
在一些实施例中,所述对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,还包括:
若输出表征阴性的检测定性结果,判断N-CT值和ORF1ab-CT值是否均为无CT值,内标CT值是否不大于预设的第二参考CT值,若均为是,将所述检测定性结果标记为有效,反之,将所述检测定性结果标记为无效;
若输出表征阳性的检测定性结果,判断N-CT值和ORF1ab-CT值是否均不大于预设的第三参考CT值,若均为是,将所述检测定性结果标记为有效,反之,将所述检测定性结果标记为无效。
在一些实施例中,所述基于所述有效定性结果生成检测报告,包括:
将所述有效定性结果和被采样人进行关联并导入到lis系统,以在lis系统中生成所述检测报告。
第二方面,提供一种PCR检测数据处理装置,所述装置包括:
解析模块,用于解析核酸采样获得的采样数据,得到受检样本数据;
识别模块,用于对所述受检样本数据进行CT值识别处理,得到目标CT值,所述目标CT值包括N-CT值、ORF1ab-CT值和内标CT值;
定性模块,用于依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,得到检测定性结果;
筛选模块,用于对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,得到有效定性结果,所述有效性筛选处理为判断该核酸采样是否采样成功的处理过程;
生成模块,用于基于所述有效定性结果生成检测报告。
第三方面,提供一种电子设备,所述电子设备包括存储器和处理器,所述存储器存储有计算机程序,所述处理器执行所述计算机程序时实现第一方面所述的PCR检测数据处理方法。
第四方面,提供一种计算机可读存储介质,所述计算机可读存储介质存储有计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现第一方面所述的PCR检测数据处理方法。
本发明的有益效果:通过实时对荧光定量PCR仪检测的采样数据进行实时解析以及通过从核酸采样获得的采样数据识别出目标CT值,依据目标CT值进行智能的检测结果定性处理和有效性筛选处理,进而基于有效定性结果生成检测报告,实现了精确判读和数据导入的技术效果,能显著提升审核效率,有效的减少标本周转时间,减少低级错误发生,减轻了实验室人员的负担。
附图说明
图1是本申请实施例提供的PCR检测数据处理方法的流程图。
图2是图1中的步骤S101的流程图。
图3是图1中的步骤S104的流程图。
图4是本申请实施例提供的PCR检测数据处理装置的结构示意图。
图5是本申请实施例提供的电子设备的硬件结构示意图。
具体实施方式
为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白,以下结合附图及实施例,对本申请进行进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅用以解释本申请,并不用于限定本申请。
需要说明的是,虽然在装置示意图中进行了功能模块划分,在流程图中示出了逻辑顺序,但是在某些情况下,可以以不同于装置中的模块划分,或流程图中的顺序执行所示出或描述的步骤。说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”、“第二”、“第三”等是用于区别类似的对象,而不必用于描述特定的顺序或先后次序。
除非另有定义,本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本申请的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中所使用的术语只是为了描述本申请实施例的目的,不是旨在限制本申请。
首先,对本申请中涉及的若干名词进行解析:
荧光定量PCR技术:最常用的方法是DNA结合染料SYBR GreenⅠ的非特异性方法和Taqman水解探针的特异性方法。荧光定量PCR所使用的荧光化学可分为两种:荧光探针和荧光染料。而荧光定量PCR的方法相应的可分为特异类和非特异类两类,特异性检测方法是在PCR反应中利用标记荧光染料的基因特异寡核苷酸探针来检测产物;而非特异性检测方法是在在PCR反应体系中,加入过量荧光染料,荧光染料特异性地掺入DNA双链后,发射出荧光信号。前者由于增加了探针的识别步骤,特异性更高,但后者则简便易行。
LIS系统(Laboratory Information System):即实验室(检验科)信息系统,它是医院信息管理的重要组成部分之一,自从人类社会进入信息时代,信息技术的迅速发展加快了各行各业现代化与信息化的进程。LIS系统逐步采用了智能辅助功能来处理大信息量的检验工作,即LIS系统不仅是自动接收检验数据,打印检验报告,系统保存检验信息的工具,而且可根据实验室的需要实现智能辅助功能。随着IT技术的不断发展,人工智能在LIS系统中的应用也越来越广泛。
相关技术中,荧光定量PCR技术是目前检测SARS-CoV-2病毒核酸的主流方法,从基因水平检测病毒,具有高度的敏感度和特异度,且克服了病毒分离鉴定耗时长、抗原检测窗口期短的缺点。然而,目前临床PCR实验室的荧光定量PCR检测SARS-CoV-2病毒核酸数据的审核都采用人工逐个判读的审核方式,即检验人员需要逐个阅读荧光定量PCR仪检测的反应数据及曲线,根据各个荧光通道的Ct值和反应曲线,并结合个人对行业评判标准理解,做出SARS-CoV-2病毒核酸阴性或阳性的判读。而对于不确定或者可能错误的样本,也是按照个人理解判断可能的错误类别并结合自身能力给予处置。该实施过程缺乏标准化,需要检验人员全面理解、掌握行业相关审核标准,当数据量过大、实验不顺利、判断不确定样本过多时,工作人员审核压力大。然而,目前临床PCR实验室的荧光定量PCR检测SARS-CoV-2病毒核酸数据的审核都采用人工逐个判读的审核方式,针对一个检测孔可能包含一个或多个不等的受检者情况,如何精确导入lis系统是难点,人工审核判读的方式明显还存在效率低下、受人为因素影响大,容易因审核人员对判断标准的理解不同而出现差异化的判断,不但费时且录入的差错风险高。
基于此,本申请实施例提供了一种PCR检测数据处理方法、装置、设备及存储介质,旨在提高PCR检测数据的录入效率和准确性。
本申请实施例提供的PCR检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质,具体通过如下实施例进行说明,首先描述本申请实施例中的PCR检测数据处理方法。
本申请实施例提供的PCR检测数据处理方法可应用于终端中,也可应用于服务器端中,还可以是运行于终端或服务器端中的软件。在一些实施例中,终端可以是智能手机、平板电脑、笔记本电脑、台式计算机等;服务器端可以配置成独立的物理服务器,也可以配置成多个物理服务器构成的服务器集群或者分布式系统,还可以配置成提供云服务、云数据库、云计算、云函数、云存储、网络服务、云通信、中间件服务、域名服务、安全服务、CDN以及大数据和人工智能平台等基础云计算服务的云服务器;软件可以是实现PCR检测数据处理方法的应用等,但并不局限于以上形式。
本申请可用于众多通用或专用的计算机系统环境或配置中。例如:个人计算机、服务器计算机、手持设备或便携式设备、平板型设备、多处理器系统、基于微处理器的系统、置顶盒、可编程的消费电子设备、网络PC、小型计算机、大型计算机、包括以上任何系统或设备的分布式计算环境等等。本申请可以在由计算机执行的计算机可执行指令的一般上下文中描述,例如程序模块。一般地,程序模块包括执行特定任务或实现特定抽象数据类型的例程、程序、对象、组件、数据结构等等。也可以在分布式计算环境中实践本申请,在这些分布式计算环境中,由通过通信网络而被连接的远程处理设备来执行任务。在分布式计算环境中,程序模块可以位于包括存储设备在内的本地和远程计算机存储介质中。
需要说明的是,在本申请的各个具体实施方式中,当涉及到需要根据用户信息、用户行为数据,用户历史数据以及用户位置信息等与用户身份或特性相关的数据进行相关处理时,都会先获得用户的许可或者同意,而且,对这些数据的收集、使用和处理等,都会遵守相关国家和地区的相关法律法规和标准。此外,当本申请实施例需要获取用户的敏感个人信息时,会通过弹窗或者跳转到确认页面等方式获得用户的单独许可或者单独同意,在明确获得用户的单独许可或者单独同意之后,再获取用于使本申请实施例能够正常运行的必要的用户相关数据。
图1是本申请实施例提供的PCR检测数据处理方法的一个可选的流程图,图1中的方法可以包括但不限于包括步骤S101至步骤S105。
步骤S101,解析核酸采样获得的采样数据,得到受检样本数据。
在一些实施例的步骤S101中,解析核酸采样获得的采样数据,具体是接收荧光定量PCR仪在完成核酸检测实验分析后保存并自动生成数据文件,按照预设的规则将数据文件转化为可以读取的数据文件,解析数据文件并提取数据文件中的检测SARS-CoV-2病毒核酸的数据和反应曲线等数据信息。
其中,采样数据包括受检样本数据,受检样本数据包括样本信息、样本状态和样本受检结果数据,样本受检结果数据用于呈现样本受检的结果,样本信息包含被采样人信息和采样信息,被采样人信息包括姓名、性别、年龄、区域、证件号、手机、状态、混合类型和采集时间,采样信息包括样本采集类型、是否为入境人员、是否在指定酒店和是否为普通筛查。
步骤S102,对所述受检样本数据进行CT值识别处理,得到目标CT值。其中,所述目标CT值包括N-CT值、ORF1ab-CT值和内标CT值。
在一些实施例的步骤S102中,对所述受检样本数据进行CT值识别处理,具体是识别受检样本数据中CT值的类型以及对应的具体数值,依据预设的识别规则提取所需要类型的CT值以及对应的具体数值,输出提取得到的CT值类型及其具体数值,从而得到目标CT值。
其中,CT值指荧光定量PCR仪中每个反应管内的荧光信号到达设定的阈值时所经历的循环数,N-CT值表示检测核壳蛋白基因得到的CT值,ORF1ab-CT值表示检测开放阅读框1ab基因得到的CT值,内标CT值表示内部标准的CT值。
步骤S103,依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,得到检测定性结果。
在一些实施例的步骤S103中,依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,具体是根据目标CT值的变化程度来判断,目标CT值大于一定数值时(例如目标CT值大于15)则属于较高的波动范围,此时携带SARS-CoV-2病毒的概率很高,反之则需要进行更深入的检测,对目标CT值的变化程度进行二次检查,得到最终的检测定性结果。
在一些实施例中,还可以是结合患者的症状来进行诊断,例如患者患有呼吸困难、发热或咳嗽等症状时,携带SARS-CoV-2病毒的概率很高。
可以理解的是,SARS-CoV-2病毒的检测依赖于扩增特异的基因片断,即用于显示SARS-CoV-2病毒感染的real-time PCR(实时聚合酶链反应),这种方法通过检测病毒的核壳蛋白基因以确定冠状病毒阳性血清样本。Real-time PCR需要设计特异性的引物来扩增SARS-CoV-2特定的核衣壳蛋白N基因,一旦扩增成功,再使用某种技术如荧光引物来检测真正的特异性的目标串,如果存在实时聚合酶链反应产物,则可以假定对携带SARS-CoV-2病毒的血清样本进行了带有特定核壳蛋白基因片断的检测,即为SARS-CoV-2病毒阳性。
步骤S104,对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,得到有效定性结果。其中,所述有效性筛选处理为判断该核酸采样是否采样成功的处理过程。
在一些实施例的步骤S104中,对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,具体是得到检测定性结果之后根据与之对应的内标CT值对其进行有效性筛选处理,内标CT值大于预设数值时,则判断检测定性结果为有效定性结果,内标CT值小于预设数值时,则判断检测定性结果为无效定性结果,从而将检测定性结果分为有效定性结果和无效定性结果,将有效定性结果作为有效性筛选处理的处理结果进行输出。
步骤S105,基于所述有效定性结果生成检测报告。
本申请实施例所示意的步骤S101至步骤S105,通过实时对荧光定量PCR仪检测的采样数据进行实时解析以及通过从核酸采样获得的采样数据识别出目标CT值,依据目标CT值进行智能的检测结果定性处理和有效性筛选处理,进而基于有效定性结果生成检测报告,实现了精确判读和数据导入的技术效果,能显著提升审核效率,有效的减少标本周转时间,减少低级错误发生,减轻了实验室人员的负担。
请参阅图2,在一些实施例中,步骤S101可以包括但不限于包括步骤S201至步骤S202。
步骤S201,解析记录所述采样数据的源文件,得到采样信息和被采样人信息。
在一些实施例的步骤S201中,解析记录所述采样数据的源文件,具体是接收荧光定量PCR仪在完成核酸检测实验分析后保存并自动生成数据文件,进而对该数据文件进行解析,从中识别出采样信息和被采样人信息。更为具体地,源文件解析过程由词法分析(lexical analysis)和语法分析(syntactic analysis)两个阶段组成,词法分析阶段将源文件中的文本流解析成词法单元(lexical units),如标识符、特殊符号或关键字等,这叫做tokenizing或scanning,语法分析阶段将上述生成的单词组合起来,直到构造出一棵语法树,这一阶段将构造的树称为抽象语法树或者抽象语法分析树(Abstract Syntax Tree,AST)。
步骤S202,关联所述采样信息和所述被采样人信息,以得到所述受检样本数据。
在一些实施例的步骤S202中,关联所述采样信息和所述被采样人信息,具体是将采样信息分别与至少一个被采样人信息进行对应关联,例如采用10混1混采方式时将一个采样信息同时与对应的十个被采样人信息进行关联,而对于不足10混1条件的混采标本,则剔除无效的被采样人信息,将一个采样信息同时与剔除处理后剩余的被采样人信息进行关联。
在一些实施例的步骤S103中,具体包括:将各所述目标CT值分别与预设的第一参考CT值进行初检比较,若N-CT值和ORF1ab-CT值大于第一参考CT值或无CT值,且内标CT值小于第一参考CT值,输出表征阴性的检测定性结果,反之,输出表征阳性的检测定性结果。
本实施例中,第一参考CT值为30。分别通过不同的检测通道对对应的目标CT值进行检测,示例性地,通过FAM通道检测N-CT值,通过VIC通道检测ORF1ab-CT值,通过Cy5通道检测内标CT值。输出检测定性结果的具体过程为:
(1)若N-CT值>30或无CT值,ORF1ab-CT值>30或无CT值,内标CT值≤30,则判定样品为SARS-CoV-2病毒阴性;
(2)若N-CT值≤30,ORF1ab-CT值≤30,内标CT值有或无扩增曲线,则判定样品为SARS-CoV-2病毒阳性;
(3)若N-CT值≤30,ORF1ab-CT值>30或无CT值,内标CT值有或无扩增曲线,则需要复检;
(4)若N-CT值>30或无CT值,ORF1ab-CT值≤30,内标CT值有或无扩增曲线,则需要复检;
(5)若N-CT值>30或无CT值,ORF1ab-CT值>30或无CT值,内标CT值>30或无CT值,则需要复检。
更为具体地,所述输出表征阳性的检测定性结果之后还包括:将各所述目标CT值分别与第一参考CT值进行复检比较,若N-CT值和ORF1ab-CT值大于第一参考CT值或无CT值,且内标CT值小于第一参考CT值,输出表征阴性的检测定性结果,若N-CT值和ORF1ab-CT值和内标CT值均不大于第一参考CT值,输出表征阳性的检测定性结果,若N-CT值和ORF1ab-CT值和内标CT值均大于第一参考CT值,再次将各所述目标CT值分别与第一参考CT值进行复检比较,直至输出表征阴性的检测定性结果或输出表征阳性的检测定性结果。
本实施例中,输出检测定性结果的具体过程为:
(1)若内标CT值>30或无扩增曲线,则需要对该样本进行再次复检,直至符合输出表征阴性的检测定性结果或输出表征阳性的检测定性结果;
(2)若内标CT值≤30,该样本重新进行采样数据解析获取。
请参阅图3,在一些实施例中,步骤S104可以包括但不限于包括步骤S301至步骤S303。
步骤S301,判断内标CT值是否为无CT值。若是,执行步骤S302;若否,执行步骤S303。
步骤S302,将所述检测定性结果标记为无效,得到无效定性结果。
若检测定性结果的内标CT值为无CT值,表示出现取样失败、样本提取过程出错、反转录过程出错、加样失败、PCR试剂失效、PCR程序出错等情况,将检测定性结果标记为无效,将提供样本重新提取或重新采样并进行单试剂复查的处置方案。
步骤S303,将所述检测定性结果标记为有效,得到有效定性结果。
在一些实施例中,步骤S104还包括:
若输出表征阴性的检测定性结果,判断N-CT值和ORF1ab-CT值是否均为无CT值,内标CT值是否不大于预设的第二参考CT值,若均为是,将所述检测定性结果标记为有效,反之,将所述检测定性结果标记为无效;
若输出表征阳性的检测定性结果,判断N-CT值和ORF1ab-CT值是否均不大于预设的第三参考CT值,若均为是,将所述检测定性结果标记为有效,反之,将所述检测定性结果标记为无效。
在一些实施例的步骤S105中,基于所述有效定性结果生成检测报告,包括:将所述有效定性结果和被采样人进行关联并导入到lis系统,以在lis系统中生成所述检测报告。
请参阅图4,本申请实施例还提供一种PCR检测数据处理装置,可以实现上述PCR检测数据处理方法,该装置包括:
解析模块401,用于解析核酸采样获得的采样数据,得到受检样本数据;
识别模块402,用于对受检样本数据进行CT值识别处理,得到目标CT值,所述目标CT值包括N-CT值、ORF1ab-CT值和内标CT值;
定性模块403,用于依据目标CT值对受检样本数据进行检测结果定性处理,得到检测定性结果;
筛选模块404,用于对检测定性结果进行有效性筛选处理,得到有效定性结果,所述有效性筛选处理为判断该核酸采样是否采样成功的处理过程;
生成模块405,用于基于有效定性结果生成检测报告。
该PCR检测数据处理装置的具体实施方式与上述PCR检测数据处理方法的具体实施例基本相同,在此不再赘述。
本申请实施例还提供了一种电子设备,电子设备包括存储器和处理器,存储器存储有计算机程序,处理器执行计算机程序时实现上述PCR检测数据处理方法。该电子设备可以为包括平板电脑、车载电脑等任意智能终端。
请参阅图5,图5示意了另一实施例的电子设备的硬件结构,电子设备包括:
处理器501,可以采用通用的CPU(CentralProcessingUnit,中央处理器)、微处理器、应用专用集成电路(ApplicationSpecificIntegratedCircuit,ASIC)、或者一个或多个集成电路等方式实现,用于执行相关程序,以实现本申请实施例所提供的技术方案;
存储器502,可以采用只读存储器(ReadOnlyMemory,ROM)、静态存储设备、动态存储设备或者随机存取存储器(RandomAccessMemory,RAM)等形式实现。存储器502可以存储操作系统和其他应用程序,在通过软件或者固件来实现本说明书实施例所提供的技术方案时,相关的程序代码保存在存储器502中,并由处理器501来调用执行本申请实施例的PCR检测数据处理方法;
输入/输出接口503,用于实现信息输入及输出;
通信接口504,用于实现本设备与其他设备的通信交互,可以通过有线方式(例如USB、网线等)实现通信,也可以通过无线方式(例如移动网络、WIFI、蓝牙等)实现通信;
总线505,在设备的各个组件(例如处理器501、存储器502、输入/输出接口503和通信接口504)之间传输信息;
其中,处理器501、存储器502、输入/输出接口503和通信接口504通过总线505实现彼此之间在设备内部的通信连接。
本申请实施例还提供了一种计算机可读存储介质,该计算机可读存储介质存储有计算机程序,该计算机程序被处理器执行时实现上述PCR检测数据处理方法。
存储器作为一种非暂态计算机可读存储介质,可用于存储非暂态软件程序以及非暂态性计算机可执行程序。此外,存储器可以包括高速随机存取存储器,还可以包括非暂态存储器,例如至少一个磁盘存储器件、闪存器件、或其他非暂态固态存储器件。在一些实施方式中,存储器可选包括相对于处理器远程设置的存储器,这些远程存储器可以通过网络连接至该处理器。上述网络的实例包括但不限于互联网、企业内部网、局域网、移动通信网及其组合。
本申请实施例提供的PCR检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质,通过实时对荧光定量PCR仪检测的采样数据进行实时解析以及通过从核酸采样获得的采样数据识别出目标CT值,依据目标CT值进行智能的检测结果定性处理和有效性筛选处理,进而基于有效定性结果生成检测报告,实现了精确判读和数据导入的技术效果,能显著提升审核效率,有效的减少标本周转时间,减少低级错误发生,减轻了实验室人员的负担。
本申请实施例描述的实施例是为了更加清楚的说明本申请实施例的技术方案,并不构成对于本申请实施例提供的技术方案的限定,本领域技术人员可知,随着技术的演变和新应用场景的出现,本申请实施例提供的技术方案对于类似的技术问题,同样适用。
本领域技术人员可以理解的是,图中示出的技术方案并不构成对本申请实施例的限定,可以包括比图示更多或更少的步骤,或者组合某些步骤,或者不同的步骤。
以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的,其中作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的,即可以位于一个地方,或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部模块来实现本实施例方案的目的。
本领域普通技术人员可以理解,上文中所公开方法中的全部或某些步骤、系统、设备中的功能模块/单元可以被实施为软件、固件、硬件及其适当的组合。
本申请的说明书及上述附图中的术语“第一”、“第二”、“第三”、“第四”等(如果存在)是用于区别类似的对象,而不必用于描述特定的顺序或先后次序。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换,以便这里描述的本申请的实施例能够以除了在这里图示或描述的那些以外的顺序实施。此外,术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形,意图在于覆盖不排他的包含,例如,包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元,而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
应当理解,在本申请中,“至少一个(项)”是指一个或者多个,“多个”是指两个或两个以上。“和/或”,用于描述关联对象的关联关系,表示可以存在三种关系,例如,“A和/或B”可以表示:只存在A,只存在B以及同时存在A和B三种情况,其中A,B可以是单数或者复数。字符“/”一般表示前后关联对象是一种“或”的关系。“以下至少一项(个)”或其类似表达,是指这些项中的任意组合,包括单项(个)或复数项(个)的任意组合。例如,a,b或c中的至少一项(个),可以表示:a,b,c,“a和b”,“a和c”,“b和c”,或“a和b和c”,其中a,b,c可以是单个,也可以是多个。
在本申请所提供的几个实施例中,应该理解到,所揭露的装置和方法,可以通过其它的方式实现。例如,以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的,例如,上述单元的划分,仅仅为一种逻辑功能划分,实际实现时可以有另外的划分方式,例如多个单元或组件可以结合或者可以集成到另一个系统,或一些特征可以忽略,或不执行。另一点,所显示或讨论的相互之间的耦合或直接耦合或通信连接可以是通过一些接口,装置或单元的间接耦合或通信连接,可以是电性,机械或其它的形式。
上述作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的,作为单元显示的部件可以是或者也可以不是物理单元,即可以位于一个地方,或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部单元来实现本实施例方案的目的。
另外,在本申请各个实施例中的各功能单元可以集成在一个处理单元中,也可以是各个单元单独物理存在,也可以两个或两个以上单元集成在一个单元中。上述集成的单元既可以采用硬件的形式实现,也可以采用软件功能单元的形式实现。
集成的单元如果以软件功能单元的形式实现并作为独立的产品销售或使用时,可以存储在一个计算机可读取存储介质中。基于这样的理解,本申请的技术方案本质上或者说对现有技术做出贡献的部分或者该技术方案的全部或部分可以以软件产品的形式体现出来,该计算机软件产品存储在一个存储介质中,包括多指令用以使得一台计算机设备(可以是个人计算机,服务器,或者网络设备等)执行本申请各个实施例的方法的全部或部分步骤。而前述的存储介质包括:U盘、移动硬盘、只读存储器(Read-Only Memory,简称ROM)、随机存取存储器(Random Access Memory,简称RAM)、磁碟或者光盘等各种可以存储程序的介质。
以上参照附图说明了本申请实施例的优选实施例,并非因此局限本申请实施例的权利范围。本领域技术人员不脱离本申请实施例的范围和实质内所作的任何修改、等同替换和改进,均应在本申请实施例的权利范围之内。

Claims (10)

1.一种PCR检测数据处理方法,其特征在于,包括:
解析核酸采样获得的采样数据,得到受检样本数据;
对所述受检样本数据进行CT值识别处理,得到目标CT值,所述目标CT值包括N-CT值、ORF1ab-CT值和内标CT值;
依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,得到检测定性结果;
对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,得到有效定性结果,所述有效性筛选处理为判断该核酸采样是否采样成功的处理过程;
基于所述有效定性结果生成检测报告。
2.根据权利要求1所述的PCR检测数据处理方法,其特征在于,所述解析核酸检测获得的采样数据,包括:
解析记录所述采样数据的源文件,得到采样信息和被采样人信息;
关联所述采样信息和所述被采样人信息,以得到所述受检样本数据。
3.根据权利要求1所述的PCR检测数据处理方法,其特征在于,所述依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,包括:
将各所述目标CT值分别与预设的第一参考CT值进行初检比较,若N-CT值和ORF1ab-CT值大于第一参考CT值或无CT值,且内标CT值小于第一参考CT值,输出表征阴性的检测定性结果,反之,输出表征阳性的检测定性结果。
4.根据权利要求3所述的PCR检测数据处理方法,其特征在于,所述输出表征阳性的检测定性结果之后,还包括:
将各所述目标CT值分别与第一参考CT值进行复检比较,若N-CT值和ORF1ab-CT值大于第一参考CT值或无CT值,且内标CT值小于第一参考CT值,输出表征阴性的检测定性结果,若N-CT值和ORF1ab-CT值和内标CT值均不大于第一参考CT值,输出表征阳性的检测定性结果,若N-CT值和ORF1ab-CT值和内标CT值均大于第一参考CT值,再次将各所述目标CT值分别与第一参考CT值进行复检比较,直至输出表征阴性的检测定性结果或输出表征阳性的检测定性结果。
5.根据权利要求1所述的PCR检测数据处理方法,其特征在于,所述对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,包括:
判断内标CT值是否为无CT值;
若是,将所述检测定性结果标记为无效,得到无效定性结果;
若否,将所述检测定性结果标记为有效,得到有效定性结果。
6.根据权利要求1或5所述的PCR检测数据处理方法,其特征在于,所述对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,还包括:
若输出表征阴性的检测定性结果,判断N-CT值和ORF1ab-CT值是否均为无CT值,内标CT值是否不大于预设的第二参考CT值,若均为是,将所述检测定性结果标记为有效,反之,将所述检测定性结果标记为无效;
若输出表征阳性的检测定性结果,判断N-CT值和ORF1ab-CT值是否均不大于预设的第三参考CT值,若均为是,将所述检测定性结果标记为有效,反之,将所述检测定性结果标记为无效。
7.根据权利要求1所述的PCR检测数据处理方法,其特征在于,所述基于所述有效定性结果生成检测报告,包括:
将所述有效定性结果和被采样人进行关联并导入到lis系统,以在lis系统中生成所述检测报告。
8.一种PCR检测数据处理装置,其特征在于,所述装置包括:
解析模块,用于解析核酸采样获得的采样数据,得到受检样本数据;
识别模块,用于对所述受检样本数据进行CT值识别处理,得到目标CT值,所述目标CT值包括N-CT值、ORF1ab-CT值和内标CT值;
定性模块,用于依据所述目标CT值对所述受检样本数据进行检测结果定性处理,得到检测定性结果;
筛选模块,用于对所述检测定性结果进行有效性筛选处理,得到有效定性结果,所述有效性筛选处理为判断该核酸采样是否采样成功的处理过程;
生成模块,用于基于所述有效定性结果生成检测报告。
9.一种电子设备,其特征在于,所述电子设备包括存储器和处理器,所述存储器存储有计算机程序,所述处理器执行所述计算机程序时实现权利要求1至7任一项所述的PCR检测数据处理方法。
10.一种计算机可读存储介质,所述计算机可读存储介质存储有计算机程序,其特征在于,所述计算机程序被处理器执行时实现权利要求1至7中任一项所述的PCR检测数据处理方法。
CN202310208260.7A 2023-03-06 2023-03-06 Pcr检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质 Withdrawn CN116705152A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310208260.7A CN116705152A (zh) 2023-03-06 2023-03-06 Pcr检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310208260.7A CN116705152A (zh) 2023-03-06 2023-03-06 Pcr检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN116705152A true CN116705152A (zh) 2023-09-05

Family

ID=87824555

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202310208260.7A Withdrawn CN116705152A (zh) 2023-03-06 2023-03-06 Pcr检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN116705152A (zh)

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Skittrall et al. Specificity and positive predictive value of SARS-CoV-2 nucleic acid amplification testing in a low-prevalence setting
Sillé et al. The exposome: a new approach for risk assessment
EP1107169A3 (en) Method and apparatus for performing document structure analysis
JP2007094775A (ja) 意味解析装置、意味解析方法および意味解析プログラム
US11866772B2 (en) Digital PCR for non-invasive prenatal testing
Minuzzi-Souza et al. Surveillance of vector-borne pathogens under imperfect detection: lessons from Chagas disease risk (mis) measurement
CN105986013A (zh) 确定微生物种类的方法和装置
Liu et al. AIAP: a quality control and integrative analysis package to improve ATAC-seq data analysis
Smith Validating real-time polymerase chain reaction (PCR) assays
US20180196924A1 (en) Computer-implemented method and system for diagnosis of biological conditions of a patient
WO2019196107A1 (zh) 物质成分的检测方法及相关装置和计算机可读存储介质
Willis Rigorous statistical methods for rigorous microbiome science
Sun et al. Efficient and stable metabarcoding sequencing data using a DNBSEQ-G400 sequencer validated by comprehensive community analyses
Stevens et al. Evaluation of the performance of the automated NucliSENS easyMAG and EasyQ systems versus the Roche AmpliPrep-AMPLICOR combination for high-throughput monitoring of human immunodeficiency virus load
Mueller et al. Computer-aided medical microbiology monitoring tool: a strategy to adapt to the SARS-CoV-2 epidemic and that highlights RT-PCR consistency
Al‐Hail et al. Evaluation of automated molecular tests for the detection of SARS‐CoV‐2 in pooled nasopharyngeal and saliva specimens
Magiorkinis et al. Potential for diagnosis of infectious disease from the 100,000 Genomes Project Metagenomic Dataset: Recommendations for reporting results
CN112507658A (zh) 一种预测模型生成、检测数据归一化的方法、装置及设备
CN116705152A (zh) Pcr检测数据处理方法、装置、电子设备及存储介质
CN103593282B (zh) 产品自动化测试实现方法和产品自动化测试辅助工具
US20170206315A1 (en) Analysis method and information processing device
CN113355438B (zh) 一种血浆微生物物种多样性评估方法、装置和存储介质
CN111737533B (zh) 一种检验项目的处理方法、装置、存储介质及设备
CN112085081B (zh) 一种污水成分检测方法及系统
Amir Microbiome analysis using 16S amplicon sequencing: from samples to ASVs

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
WW01 Invention patent application withdrawn after publication

Application publication date: 20230905

WW01 Invention patent application withdrawn after publication