CN116635420A - 血液筛查方法 - Google Patents

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CN116635420A CN202180075205.4A CN202180075205A CN116635420A CN 116635420 A CN116635420 A CN 116635420A CN 202180075205 A CN202180075205 A CN 202180075205A CN 116635420 A CN116635420 A CN 116635420A
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亚历山大·安东尼·楚奇史奇
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Abstract

本发明涉及为接受抗CD38抗体作为治疗的癌症患者鉴定合适供体血液的方法。具体地,本发明解决了当患者血液包括干扰本领域的交叉配血方法的抗CD38抗体时与交叉配血患者和供体血液相关的问题。

Description

血液筛查方法
技术领域
本发明涉及为接受抗CD38抗体作为治疗的癌症患者鉴定合适供体血液的方法。具体地,本发明解决了当患者血液包括干扰本领域的交叉配血方法的抗CD38抗体时与交叉配血患者和供体血液相关的问题。
背景技术
CD38是具有酶促活性的II型膜受体糖蛋白,具体地作为重要的ADP-核糖基环化酶,所述ADP-核糖基环化酶由烟酰胺腺嘌呤二核苷酸产生环状二磷酸腺苷核糖(cADPR)。在参与免疫应答的许多细胞类型(简称为免疫细胞)的表面找到了CD38,所述细胞类型包括效应细胞(如T和B淋巴细胞以及NK细胞),而且还包括免疫抑制细胞,如调节性T和B细胞、骨髓源性抑制细胞(MDSC)或肿瘤相关巨噬细胞(Chevrier S等人2017)。CD38也在红细胞(RBC)的表面表达。
CD38由处于疾病的所有阶段的多发性骨髓瘤患者和预后不良的慢性淋巴细胞性白血病(CLL)患者中的癌细胞高度表达。已经开发了抗CD38单克隆抗体疗法用于靶向、直接杀死表达CD38的肿瘤细胞。达雷妥尤单抗(daratumumab)和伊沙妥昔单抗(isatuximab)两者都是被批准用于治疗多发性骨髓瘤的抗CD38 mAb。然而,已知此类抗CD38抗体也与在RBC表面表达的CD38结合,从而干扰一系列通过血库进行以在接受红细胞输注之前筛查和匹配患者的血液的血液学测试。红细胞输注对于需要频繁进行RBC输注作为其支持性护理的一部分的多发性骨髓瘤患者尤为重要。
已知如达雷妥尤单抗和伊沙妥昔单抗等抗CD38抗体引起对间接抗球蛋白试验(IAT)、抗体检测(筛查)测试、抗体鉴定套组和抗人球蛋白(AHG)交叉配血的干扰(Regan和Markowitz;2016)。如果患者已经用抗CD38抗体进行治疗,那么由患者的血清中的抗CD38抗体引起的干扰可能产生假指示,所述假指示是患者的血清含有临床上显著的抗体,即如果输注将破坏供体的红细胞的那些抗体(被称为溶血性输血反应)。患者血清中的抗CD38抗体也会引起对血液交叉配血(即将患者与适配供体RBC相匹配的过程)的干扰。在交叉配血之前用达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗治疗患者可能使适配交叉配血显得不适配。因此,由抗CD38抗体引起的干扰使鉴定用于输注的合适的供体红细胞延迟,并且可能遮盖患者血清中的临床上显著抗体的存在,由此增加了溶血性输血反应的风险。此外,干扰可能持续存在直至停止用抗CD38抗体治疗后六个月(包装说明书杨森生物技术公司(JanssenBiotech),2015;Oostendorp等人2015)。
最小化由抗CD38抗体引起的干扰的现有可用的策略包括用去除CD38的抗原洗脱剂,如二硫苏糖醇(DTT)、胰蛋白酶或α糜蛋白酶等,处理供体或试剂RBC。另外,可以在开始达雷妥尤单抗之前对患者RBC进行RBC表型分型或基因分型。这使得血库能够在紧急输血或不能用另一种方法立即解决达雷妥尤单抗干扰时提供表型或基因型匹配的RBC。然而,基因分型和表型分型方法耗时、昂贵,并且不能保证与供体RBC相匹配。DTT和胰蛋白酶也可能使一些RBC抗原,特别是Kell系统抗原变性并且弱化反应性,从而使得难以进行准确的交叉配血。用于解决抗CD38干扰的另一策略是中和患者的血浆中的抗最小化CD38抗体,例如通过用可溶性CD38抗原处理血浆或血清样品。然而,此类方法是昂贵的并且不是常规可获得的。因此,需要不引起对如交叉配血等血液学测试的干扰并且可以被开发用于治疗癌症,特别是患有多发性骨髓瘤的患者的抗CD38抗体。
发明内容
在第一方面,本发明提供了一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;以及
c)筛查所述患者血液样品,所述筛查包括确定来自所述患者的所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞的表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
所述抗CD38抗体或其抗原结合片段通常是抗CD38抗体,当其存在于患者血液(例如,患者血清或血浆)和供体红细胞的混合物中时,并且当患者血液(例如,患者血清或血浆)和供体红细胞的所述混合物不包括与在所述供体红细胞上表达的红细胞抗原结合的任何患者源性抗体时,不会在将凝集剂(如抗人球蛋白抗体)添加到所述混合物中时引起供体红细胞凝集。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与包括SEQ ID NO:29(人CD38)的氨基酸65-79的表位结合。
所述患者抗体可以是同种抗体。例如,在一些实施方式中,所述抗体是同种抗体,具体地是与红细胞抗原特异性结合的同种抗体。由于所述抗体是同种抗体,因此其与除由所述患者的红细胞表达的任何红细胞抗原之外的红细胞抗原特异性结合。
在一些实施方式中,所述方法包括:
(a)提供来自患者的血液样品;
(b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;
(c)使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的一种或多种供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
(d)任选地温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者抗体如果存在的话,能够与所述一种或多种供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物;
(e)任选地,如果所述任何一种或多种患者同种抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者同种抗体/供体红细胞抗原复合物,任选地其中所述分离步骤包括离心;以及
(f)确定所述患者血液样品中患者抗体的存在或不存在,所述患者抗体与在所述一种或多种供体红细胞上表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
在第二方面,本发明提供了一种治疗患者的癌症的方法,所述方法包括:提供来自所述患者的血液样品;以及根据本发明的筛查方法筛查所述血液样品。在一些实施方式中,所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段(即所述患者已经在较早时间点接受抗CD38抗体或其抗原结合片段)。在其它实施方式中,所述方法包括向所述患者施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段。在一些实施方式中,所述方法可以可替代地或另外地包括步骤:从所述患者获得所述样品。
在第三方面,本发明提供了一种用于根据本发明的治疗患者的癌症的方法的抗CD38抗体或其抗原结合片段。
附图说明
图1:与Daudi细胞结合的CID103(aCD38-b-348)的剂量反应曲线
将Daudi细胞与不同浓度的抗CD38抗体CID103或达雷妥尤单抗(Darzalex)一起温育,并且用Alexa-647缀合的F(ab')2的次级抗体检测结合。同种型对照人IgG1 mAb被用作阴性对照。每个数据点呈现为一式三份的平均值,误差条表示SEM。
图2:与Raji细胞结合的CID103(aCD38-b-348)的剂量反应曲线
将Raji细胞与不同浓度的抗CD38抗体CID103或达雷妥尤单抗(Darzalex)一起温育,并且用Alexa-647缀合的F(ab')2的次级抗体检测结合。同种型对照人IgG1 mAb被用作阴性对照。每个数据点呈现为一式三份的平均值,误差条表示SEM。
图3:与Ramos细胞结合的CID103(aCD38-b-348)的剂量反应曲线
将Ramos细胞与不同浓度的抗CD38抗体CID103或达雷妥尤单抗(Darzalex)一起温育,并且用Alexa-647缀合的F(ab')2的次级抗体检测结合。同种型对照人IgG1 mAb被用作阴性对照。每个数据点呈现为一式三份的平均值,误差条表示SEM。
图4A:与供体1的RBC结合的CID103(aCD38-b-348)的剂量反应曲线
将来自供体1的血液基质(5% RBC悬浮液于PBS中)与不同浓度的抗CD38抗体CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗(Darzalex)一起温育。同种型对照人IgG1抗体被用作阴性对照。图4A示出了与RBC结合的抗体的剂量反应曲线。每个数据点呈现为一式三份的平均值。
图4B:与供体1的RBC结合的抗CD47的剂量反应曲线
将来自供体1的血液基质(5% RBC悬浮液于PBS中)与不同浓度的Alexa Fluor647缀合的抗CD47抗体一起温育。抗CD47抗体用作阳性对照以展示与红细胞的特异性结合。图4B示出了对照抗CD47抗体与RBC结合的剂量反应曲线。每个数据点呈现为一式三份的平均值。
图5A:与供体2的RBC结合的CID103(aCD38-b-348)的剂量反应曲线
将来自供体2的血液基质(5% RBC悬浮液于PBS中)与不同浓度的抗CD38抗体CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗(Darzalex)一起温育。同种型对照人IgG1抗体被用作阴性对照。图5A示出了与RBC结合的抗体的剂量反应曲线。每个数据点呈现为一式三份的平均值。
图5B:与供体2的RBC结合的抗CD47的剂量反应曲线
将来自供体2的血液基质(5% RBC悬浮液于PBS中)与不同浓度的Alexa Fluor647缀合的抗CD47抗体一起温育。抗CD47抗体用作阳性对照以展示与红细胞的特异性结合。图5B示出了对照抗CD47抗体与RBC结合的剂量反应曲线。每个数据点呈现为一式三份的平均值。
图6A:与供体3的RBC结合的CID103(aCD38-b-348)的剂量反应曲线
将来自供体3的血液基质(5% RBC悬浮液于PBS中)与不同浓度的抗CD38抗体CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗(Darzalex)一起温育。同种型对照人IgG1抗体被用作阴性对照。图6A示出了与RBC结合的抗体的剂量反应曲线。每个数据点呈现为一式三份的平均值。
图6B:与供体3的RBC结合的抗CD47的剂量反应曲线
将来自供体3的血液基质(5% RBC悬浮液于PBS中)与不同浓度的Alexa Fluor647缀合的抗CD47抗体一起温育。抗CD47抗体用作阳性对照以展示与红细胞的特异性结合。图5B示出了对照抗CD47抗体与RBC结合的剂量反应曲线。每个数据点呈现为一式三份的平均值。
图7:示出达雷妥尤单抗对用Rh阳性和Rh阴性RBC进行的测试的干扰的IgG凝胶卡
将供体RBC(Rh表型:R1R1(图7A)、R2R2(图7B)、rr(图7C))在惰性AB血浆中与达雷妥尤单抗(DARA)在不同浓度下一起温育,并且使用IgG凝胶卡测定(Ortho MTS)测定干扰(即,尽管样品中不存在临床上显著的同种抗体,但仍存在凝集反应)。图7A-C示出了在每个被测浓度下以及针对每种Rh表型的结果。在每个微管上方指示了达雷妥尤单抗浓度,Φ指示不存在药物。在每个孔下方指示了Rh表型。由经过培训的人员根据所观察到的凝集程度对IgG凝胶卡进行评分,其中4+、3+、2+和1+全部都指示存在凝集反应。0或0?评级指示没有凝集或存疑的凝集。在每个孔下方示出了凝集评级。
图8:用Rh阳性和Rh阴性RBC对CID103(aCD38-b-348)进行的IgG凝胶卡测试
将供体RBC(Rh表型:R1R1(图8A)、R2R2(图8B)、rr(图8C、8D))在惰性AB血浆中与CID103(aCD38-b-348)在不同浓度下一起温育,并且使用IgG凝胶卡测定(Ortho MTS)测定干扰(即,尽管样品中不存在临床上显著的同种抗体,但仍存在凝集反应)。图8A-D示出了在每个被测浓度下以及针对每种Rh表型的结果。在每个微管上方指示了达雷妥尤单抗浓度,Φ指示不存在药物。在每个微管下方指示了Rh表型。由经过培训的人员根据所观察到的凝集程度对IgG凝胶卡进行评分,其中4+、3+、2+和1+全部都指示存在凝集反应。0或0?评级指示没有凝集或存疑的凝集。在每个微管下方示出了凝集评级。
图9:用未处理的和预处理的RBC对达雷妥尤单抗和CID103(aCD38-b-348)进行的IgG凝胶卡测试
RhD阴性(rr)RBC在与不同浓度的CID103(aCD38-b-348)或达雷妥尤单抗(DARA)温育之前未处理或用木瓜蛋白酶、胰蛋白酶或无花果蛋白酶进行处理。使用IgG凝胶卡测定(Ortho MTS)测定样品干扰(即,尽管样品中不存在临床上显著的同种抗体,但仍存在凝集反应)。图9A-D示出了在每个被测浓度下以及针对每种RBC处理条件的结果。在每个微管上方指示了RBC处理。由经过培训的人员根据所观察到的凝集程度对IgG凝胶卡进行评分,其中4+、3+、2+和1+全部都指示存在凝集反应。0或+/-评级指示没有凝集或存疑的凝集。在每个微管下方示出了凝集评级。
图10:在自动化平台IH-1000上用未处理的RBC筛查CID103(aCD38-b-348)
将未处理的RBC在惰性AB血浆中与250ug/ml的CID103(aCD38-b-348)一起温育,并且使用自动化IH-1000平台(伯乐公司(BioRad))测定干扰(即,尽管样品中不存在临床上显著的同种抗体,但仍存在凝集反应)。图10示出了结果的图像。IH-1000传回了“不可解释”的结果。在由经过培训的人员进行评估之后,所述结果被确定为不具有凝集。
具体实施方式
本发明首次能够使用标准技术测试患者血液样品,即使患者已经用抗CD38抗体(在本文中也被称为CD38调节抗体剂)进行治疗。大多数治疗性抗CD38抗体(包括例如达雷妥尤单抗和伊沙妥昔单抗)干扰用于鉴定患者的血液中的抗体(即,临床上显著的抗体)的测试,这可能使给定供体血液不合适,这可能是由于患者血液中存在与供体红细胞上的抗原结合的抗体而引起的溶血造成的。干扰发生是由于治疗性抗CD38抗体与在供体红细胞表面表达的CD38结合,所述供体红细胞然后在加入抗人球蛋白试剂或类似物时凝集。此试剂通常将使患者的血清中已与供体红细胞上的任何抗原结合的任何临床上显著的同种抗体结合到一起并且引起凝集。然而,患者血清中抗CD38抗体的存在导致假阳性结果,因为即使不存在任何临床上显著的同种抗体,也会发生凝集。
具体地,本发明的发明人惊讶地发现,尽管大多数治疗性抗体引起这种干扰,但某些抗CD38抗体没有。在不希望受理论束缚的情况下,本发明的发明人已经发现,与抗CD38的特定表位结合的抗体没有引起干扰,并且因此允许用标准技术进行血型检定和交叉配血,而不需要抗原洗脱剂等。
本发明的方法检测患者血液样品中临床上显著的患者抗体的存在或不存在。在一些实施方式中,本发明的方法检测患者中同种抗体(例如,临床上显著的同种抗体)的存在或不存在。如本文所使用的,术语“同种抗体”是指与受试者的自身红细胞上不存在的红细胞抗原特异性结合的抗体。因此,同种抗体是抗红细胞抗原同种抗体。同种抗体可与“自身抗体”区分开,所述自身抗体是指与受试者的自身红细胞上存在的抗原特异性结合的抗体。同种抗体和自身抗体两者都可以通过本发明的方法进行检测。为了产生同种抗体,个体必须暴露于非自身RBC抗原并且具有能够呈递非自身抗原的一部分的HLA结合基序(Tormey和Hendrickson,2019)。例如,暴露于非自身抗原可以通过妊娠、输血或移植发生。形成同种抗体的过程被称为“同种异体免疫”。同种抗体可以是临床上显著的,从而导致所输注的RBC的破坏(溶血),或者在母体携带针对婴儿的红细胞上的抗原的同种抗体的情况下对胎儿或新生儿造成伤害。事实上,同种异体免疫可能是输血相关死亡的直接原因。同种异体免疫还会导致患者治疗中的另外的并发症,如输血延迟、难以为高度同种异体免疫的个体定位适配的血液以及延迟性或急性溶血性输血反应。同种异体免疫对于肿瘤患者而言具有特定临床重要性,这些患者经常接受输血作为其支持性护理的一部分,并且产生同种抗体的风险更大(Hendrickson和Tormey,2016)。如此,重要的是,可以准确且快速地筛查患者样品中同种抗体的存在。用抗CD38抗体(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)治疗的患者可能由于其血清中抗CD38抗体或其抗原结合片段的存在而经历筛查同种抗体的延迟,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与RBC上的CD38结合并且给出存在同种抗体的假指示。用于检测同种抗体的抗体筛查测试和血液交叉配血可以被修改以并入用于通过抗CD38抗体避免这种干扰的步骤。例如,RBC可以用抗原洗脱剂(如DTT)进行处理,或者患者样品可以用抗CD38中和剂(如可溶性CD38)进行处理。然而,此类另外的试剂产生另外的成本,并且不能广泛获得,并且额外的方法步骤耗时并且使抗体筛查延迟。本发明的方法能够检测患者样品中的同种抗体,而不需要另外处理RBC或患者血液样品。使用本发明的方法,抗CD38抗体或其抗原结合片段没有引起对抗体筛查或交叉配血的干扰(例如,在不存在临床上显著的同种抗体的情况下的凝集),由此最大限度地降低成本并且避免鉴定用于输注的适配血液产品的延迟。
定义
下文提供了本文中使用的术语、技术手段和实施方式的某些定义,其中的许多或大多数确定本领域技术人员的常见理解。
施用:
如本文所使用的,术语“施用”是指向受试者施用组合物。可以通过任何适合的途径向动物受试者(例如,向人)施用。例如,在一些实施方式中,施用可以是支气管(包括通过支气管滴注)、颊、肠内、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、静脉内、室内、特定器官或组织内(例如,肝内、肿瘤内、肿瘤周围等)、粘膜、鼻、口腔、直肠、皮下、舌下、局部、气管(包括通过气管内滴注)、经皮、阴道和玻璃体。施用可以涉及间歇性给药。可替代地,施用可以涉及至少在所选择的时间段内连续给药(例如,灌注)。如本领域已知的,抗体疗法通常通过肠胃外施用,例如,通过静脉内、皮下或瘤内注射(例如,尤其是当期望肿瘤内的高剂量时)。
抑制抗CD38抗体与膜结合CD38结合的药剂:
如已经描述的,用抗CD38抗体或其抗原结合片段(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)治疗患者可能导致血液筛查(如血液抗体筛查和交叉配血)的结果不准确。例如,当存在于患者样品中时,达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗当在间接抗球蛋白试验(IAT)中与RBC一起温育时会使凝集反应发生,从而错误地指示患者样品中存在临床上显著的抗体。为了克服这一问题,必须执行用于抑制抗CD38抗体或其抗原结合片段与膜结合CD38结合的步骤。这可以涉及用抑制抗CD38抗体或其抗原结合片段与膜结合CD38结合的药剂处理供体或套组RBC。此类药剂可以被称为“抗CD38中和剂”或“CD38中和剂”。CD38中和剂的实例包括抗原洗脱剂。如本文所使用的,术语“抗原洗脱剂”可以是指用于从RBC表面去除抗原的任何药剂。具体地,抗原洗脱剂可以用于从RBC去除CD38。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是氧化还原试剂或酶。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是二硫苏糖醇(DTT)。DTT是通过破坏分子的胞外结构域中的二硫键来使RBC表面CD38变性,因此阻止抗CD38与RBC结合的硫醇还原剂。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是酶。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是蛋白酶。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是胰蛋白酶。胰蛋白酶是在切割细胞表面CD38时效率低于DTT处理的蛋白水解酶。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是α糜蛋白酶。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是木瓜蛋白酶。在一些实施方式中,抗原洗脱剂是无花果蛋白酶。在一些实施方式中,本发明的方法不包括步骤:用抑制抗CD38抗体或其抗原结合片段与膜结合CD38结合的药剂处理RBC,例如所述方法不包括步骤:使反应混合物与CD38中和剂(如抗原洗脱剂)接触。在一些实施方式中,本发明的方法不包括步骤:用抗原洗脱剂处理RBC。在一些实施方式中,本发明的方法不包括步骤:从RBC中去除CD38。
患者样品(如血清样品或血浆样品)也可以用“抗CD38中和剂”进行处理。如本文所使用的,抗CD38中和剂是指用于通过结合或以其它方式中和患者样品中的抗CD38抗体或其抗原结合片段的任何物质。抗CD38中和剂可以用于在血液筛查之前结合来自患者的血清或血浆或全血样品中的抗CD38抗体或其抗原结合片段。在一些实施方式中,抗CD38中和剂可以是可溶性CD38抗原。在一些实施方式中,抗CD38中和剂可以是抗CD38独特型抗体。在一些实施方式中,本发明的方法不包括步骤:用抗CD38中和剂处理来自患者的样品。在一些实施方式中,本发明的方法不包括步骤:用抑制抗CD38与膜结合CD38结合的药剂处理来自患者的样品。
并入使用本文所公开的抗CD38抗体(不是达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗,而是aCD38-b-348或aCD38-b-329抗体或源自其的抗体(如别处描述的变体)的本发明的方法有利地不需要使用抑制抗CD38抗体或其抗原结合片段与膜结合CD38结合的任何药剂(抗CD38中和剂或CD38中和剂)。
凝集:
如本文所使用的,术语“凝集”或“血凝集”是指多个RBC由一种或多种抗体结合并且凝集在一起的任何过程。凝集是被认为分两个阶段发生的可逆化学反应:1)当抗体附着到红细胞抗原时致敏;以及2)当致敏的红细胞桥接在一起以形成晶格时凝集。如果患者样品含有对供体RBC上存在的RBC抗原具有特异性的抗体,当患者样品和供体RBC混合时,抗体将结合RBC抗原(致敏)。一些抗体(如IgM抗体)可能通过彼此结合直接引起凝集。其它抗体(如IgG抗体)可能需要添加凝集剂,以便将结合的抗体桥接在一起或连接并产生凝集。凝集剂将患者血液样品中存在的任何抗体结合在一起。具体地,凝集剂可以将任何患者源性抗体和/或任何抗CD38抗体结合在一起。如果凝集的患者源性抗体和/或抗CD38抗体与红细胞结合,那么凝集剂也将使RBC凝集。
本发明的方法可以使用某些凝集剂,如抗人球蛋白药剂。抗人球蛋白药剂可以是抗人IgG抗体,因为与RBC抗原特异性结合的患者源性抗体通常是IgG抗体。然而,抗人球蛋白药剂可以可替代地或另外地包括抗C3抗体。通常,凝集剂是使包括人恒定区(具体地人IgG恒定区)的任何抗体结合在一起的药剂。即使本文所述的抗CD38抗体(即,aCD38-b-348和aCD38-b-329或源自其的抗体)可以包括人恒定区(例如,其可能具有人IgG同种型),凝集剂的存在也令人惊讶地没有使抗CD38抗体凝集,其方式使得引起对筛查步骤的干扰。
凝集剂(例如,抗人球蛋白药剂)和与供体RBC结合的患者抗体结合在一起。在离心时(例如在管中进行的间接抗球蛋白试验(IAT)中),与抗体结合的RBC可以减小到可见的团粒。凝集以0-4+级别进行评估,其中0表示无凝集,并且4+指示非常强的凝集反应。凝集是确定供体红细胞样品是否与患者的血液样品适配并且因此确定供体RBC是否适于输注的大多数测试的基础。凝集的发生可能指示患者与供体红细胞之间的不适配匹配,因为患者样品含有与供体的RBC上的RBC抗原结合的同种抗体(临床上显著的抗体)。1+、2+、3+和4+的凝集结果可能指示患者与供体RBC之间的不适配匹配,并且供体RBC不应被输注到患者。0或0?的凝集结果可能指示患者与供体RBC之间的适配匹配,并且供体RBC可以被安全地输注到患者。
当患者样品含有某些抗CD38抗体时,例如当患者已经用达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗进行治疗时,凝集也可能发生。当将患者样品与供体RBC一起温育时,患者样品中存在的抗CD38抗体或其抗原结合片段可能与在供体RBC表面表达的CD38结合。当将凝集剂(例如,抗人球蛋白试剂)添加到患者样品/供体RBC混合物中时,凝集也可能发生。不论患者样品中是否存在针对供体RBC上的RBC抗原的临床上显著的患者抗体,都可能发生由患者样品中的抗CD38抗体或其抗原结合片段与凝集剂的组合的存在而引起的凝集。以此方式,患者样品中的抗CD38抗体或其抗原结合片段(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)的存在引起对血液交叉配血的干扰,使得供体RBC可能对于输注到患者显得不适配,即使患者不具有针对供体RBC抗原的同种抗体。使用本文所述的抗CD38抗体(即,aCD38-b-348或aCD38-b-329或源自其的抗体)避免了这一问题。
抗体:
如本文所使用的,术语“抗体”是指包括足以赋予与特定靶抗原(如CD38,具体地是人CD38和胞外人CD38)特异性结合的典型免疫球蛋白序列元件的多肽。如本领域已知的,天然产生的完整抗体是大约150kD的四聚体药剂,包括彼此缔合成通常被称为“Y形”结构的两个相同的重链多肽(各自约50kD)和两个相同的轻链多肽(各自约25kD)。每个重链包括至少四个结构域(各自长约110个氨基酸)—氨基末端可变(VH)结构域(定位于Y结构的尖端处),随后是三个恒定结构域:CH1、CH2和羧基末端CH3(定位于Y的主干的基部处)。被称为“开关”的短区连接重链可变区和恒定区。“铰链”将CH2结构域和CH3结构域连接到抗体的其余部分。此铰链区中的两个二硫键将完整抗体中的两个重链多肽彼此连接。每个轻链包括通过另一个“开关”彼此分开的两个结构域—氨基末端可变(VL)结构域,随后是羧基末端恒定(CL)结构域。完整抗体四聚体包括两个重链-轻链二聚体,其中重链和轻链通过单个二硫键彼此连接,两个其它二硫键将重链铰接区彼此连接,使得二聚体彼此连接并且四聚体形成。天然产生的抗体也是糖基化的,典型地在CH2结构域上糖基化,并且每个结构域具有通过“免疫球蛋白折叠”表征的结构,所述“免疫球蛋白折叠”由在压缩的反平行β桶中彼此压紧的两个β片层(例如,3链、4链或5链片层)形成。每个可变结构域含有被称为“互补决定区”的三个高变环(CDR1、CDR2和CDR3;如本领域所理解的,例如根据Kabat编号方案确定)和四个稍微不变的“框架”区(FR1、FR2、FR3和FR4)。当天然抗体折叠时,FR区形成为结构域提供结构框架的β片层,并且将来自重链和轻链两者的CDR环区一起置于三维空间中,使得其形成位于Y结构的尖端处的单个高变抗原结合位点。天然存在的抗体的Fc区与互补系统的元件结合并且还与效应细胞上的受体结合,所述效应细胞例如包括介导细胞毒性的效应细胞。如本领域已知的,Fc区对Fc受体的亲和力和/或其它结合属性可以通过糖基化或可以改善抗体的可开发性的其它修饰进行调节(Jarasch A等人,2015)。
在一些实施方式中,根据本发明产生和/或利用的抗体包括糖基化Fc结构域,包括具有经修饰的或经工程化的此类糖基化的Fc结构域。出于本发明的目的,在某些实施方式中,包括如在天然抗体中发现的足够的免疫球蛋白结构域序列的任何多肽或多肽复合物可以被称为和/或被用作“抗体”,无论此类多肽是天然产生的(例如,通过生物体与抗原反应产生的)还是通过重组工程化、化学合成或其它人工系统或方法产生的。在一些实施方式中,抗体是多克隆或寡克隆的,即,作为抗体套组产生,这些抗体各自与单一抗体序列缔合并结合抗原内或多或少的不同表位(如人CD38胞外结构域内与不同参考抗CD38抗体缔合的不同表位)。
如文献(Kearns JD等人,2015)中所描述,多克隆或寡克隆抗体可以以单一制剂形式提供以用于医疗用途。在一些实施方式中,抗体是单克隆的。在一些实施方式中,抗体具有小鼠、兔、灵长类动物或人抗体所特有的恒定区序列。在一些实施方式中,如本领域已知的,抗体序列元件是人源化的、灵长化的、嵌合的等。此外,如本文所使用的,在适当的实施方式中(除非另有说明或根据上下文清楚的),术语“抗体”可以指用于在替代性呈现中利用抗体结构和功能特征(例如,如下文所定义的抗原结合片段)的本领域已知的或开发的构造或格式中的任一种。例如,根据本发明使用的抗体的形式选自但不限于:完整IgG、IgE和IgM、双特异性或多特异性抗体(例如,等)、单链可变结构域(scFv)、多肽-Fc融合物、Fab、类骆驼抗体、重链鲨鱼抗体(IgNAR)、掩蔽抗体(例如,/>)或具有允许在细胞表面表达和暴露的多肽的融合蛋白(如构建体内的scFv用于获得用于将单克隆抗体的特异性移植到T细胞上的人工T细胞受体)。在一些实施方式中,抗体可能缺乏在天然产生时其将会具有的共价修饰(例如,聚糖的附接)。可替代地,抗体可以含有共价修饰(例如,聚糖的附接、有效载荷[例如,可检测部分、治疗部分、催化部分等]或其它侧基[例如,聚乙二醇等])。
抗体筛查:
如本文所使用的,术语“抗体筛查”是指使用红细胞套组检测来自患者的样品中与一种或多种红细胞抗原特异性结合的抗体的存在或不存在而进行的任何测试。在抗体筛查时检测到的抗体可能是临床上显著的,例如,如果患者接受表达抗体可以特异性结合的抗原的输注的RBC,那么可能引起溶血性输血反应。在抗体筛查时检测到的抗体可能是同种抗体,即特异性结合受试者的自身RBC上不存在的抗原的抗体;或自身抗体,即与受试者的自身RBC上存在的抗原特异性结合的抗体。抗体筛查对于可能因既往输血而发生同种免疫的患者,例如正在经历血液系统癌症治疗的患者是特别有用的。抗体筛查可以根据本文所述的任何方法进行。抗体可以使用间接抗球蛋白试验(IAT)进行检测。抗体筛查可以使用柱凝集测定、管测定或固相测定进行。
抗体筛查可以使用红细胞套组进行,其中已知所述套组中的红细胞表达特定血型抗原。红细胞套组可以包括表达本文所述的任何血型抗原的RBC。红细胞套组可以包括表达选自由以下组成的组的任何血型抗原的RBC:Ab型、ABO型、Cromer型、Diego型、Duffy型、Gerbich型、GLOB型、Indian型、Kell型、Kidd型、Knops型、Lewis型、Lutheran型、LW型、MNS型、P1型、Rh型、XK型、Xg型或Yt型抗原。具体地,红细胞套组可以包括表达Kell型抗原、Duffy型抗原、Kidd型抗原、Lewis型抗原、P型抗原、MNS型抗原、Lutheran型抗原和Xg型抗原的RBC。对照红细胞套组筛查患者样品使得能够检测常见的临床上相关的患者抗体。抗体筛查可以在将患者样品与来自特定供体的供体RBC交叉配血之前进行。抗体筛查使得能够选择不表达在抗体筛查时鉴定的RBC抗原的供体RBC,从而提高在血液交叉配血时鉴定适配供体的可能性。
在本发明的一些实施方式中,所述方法包括步骤:对照红细胞套组进行抗体筛查。在本发明的一些实施方式中,所述方法包括将患者血液样品与候选供体红细胞样品交叉配血。在一些实施方式中,所述方法包括:首先使用红细胞套组进行抗体筛查步骤,随后将(来自同一患者的)患者血液样品与候选供体红细胞样品交叉配血,其中供体红细胞没有表达被鉴定为通过抗体筛查步骤中的患者源性抗体发现的任何红细胞抗原。
抗CD38抗体:
术语“抗CD38抗体”(在本文中也被称为“CD38调节抗体剂”)在本文中用于指代展示如本文所述的特定特性的那些抗CD38抗体。除非上下文另有说明,否则参考本文中的抗CD38抗体包括其抗原结合片段。在一些实施方式中,被使用的抗CD38抗体的任何抗原结合片段可以包括Fc部分,例如人IgG恒定区。
在许多实施方式中,如本文所述的所期望的抗CD38抗体的特征在于其刺激免疫效应细胞和/或修饰免疫细胞功能,并且对表达CD38的细胞(例如表达高水平的CD38),如免疫抑制细胞或肿瘤细胞(例如,在每种情况下,在其表面表达CD38)具有细胞毒性或诱导所述细胞的吞噬作用。在一些实施方式中,抗CD38抗体的特征在于在aCD38-b-348或aCD38-b-329方面,所述抗体的活性(例如,水平和/或类型)与免疫细胞(例如,在与免疫细胞接触时,并且具体地在与表达CD38的免疫细胞接触时)和肿瘤细胞的活性合理地相当。在一些实施方式中,相关活性是或包括在不存在CDC的情况下的ADCP、ADCC、直接杀伤、某些表达CD38的细胞(例如,高表达细胞)的耗竭、效应免疫细胞激活、促进T细胞、B细胞或NK细胞扩增、调节免疫细胞活性(例如,抑制性巨噬细胞重新极化为炎性巨噬细胞)、T细胞库的偏斜等以及其组合。在一些实施方式中,抗CD38抗体是实体或部分,所述实体或部分的存在或水平与CD38的水平和/或活性相关,和/或与CD38活性的一个或多个特征或结果特性相关。在一些实施方式中,相对于在不存在实体或部分的情况下在其它方面相当的条件下所观察到的水平和/或活性评估或确定增加的水平和/或活性。可替代地或另外地,在一些实施方式中,增加的水平和/或活性与在存在参考抗CD38抗体(所述抗体在许多实施方式中是CD38激动剂抗体,如IB4)时在相当的条件下观察到的水平和/或活性相当或比其更大。在许多实施方式中,根据本公开的供使用的抗CD38抗体是或包括直接或间接与CD38结合,通常与其胞外结构域结合的实体或部分。在一些实施方式中,抗CD38抗体是以下、包括以下或与以下竞争与CD38结合:如本文所公开的抗CD38抗体、其抗原结合片段(例如,包括一个或多个CDR、所有重链CDR、所有轻链CDR、所有CDR、重链可变区、轻链可变区或重链可变区和轻链可变区两者)、其亲和成熟变体(或其抗原结合片段)或上述任一种的任何替代性形式(例如,嵌合同种型、人源化同种型、多特异性同种型、替代同种型等)。可替代地或另外地,在一些实施方式中,如本文所公开的抗CD38抗体的特征可以在于一个或多个特征,所述一个或多个特征可能是有利于筛查、制造、(预)临床测试和/或有利于鉴定人CD38内的相关表位(如鉴定为aCD38-b-ep的序列)和/或在如本文所公开的特定上下文中(例如,用于癌症疗法)有利于调配、施用和/或疗效的特征。
抗原:
如本文所使用的,术语“抗原”是指引发免疫应答和/或与T细胞受体(例如,当通过MHC分子呈递时)和/或B细胞受体结合的药剂。引发体液应答的抗原涉及产生抗原特异性抗体,或如关于CD38胞外结构域的实例中所示,可以用于筛查抗体文库并鉴定要进一步表征的候选抗体序列。
抗原结合片段:
如本文所使用的,术语“抗原结合片段”涵盖包括或包含如本文所述的抗体的足以赋予抗原结合片段和与由抗体靶向的抗原特异性结合的能力的一个或多个部分。例如,在一些实施方式中,所述术语涵盖包括足以赋予特异性结合的免疫球蛋白结构元件的任何多肽或多肽复合物。示例性抗原结合片段包括但不限于:块化物(“SMIPsTM”)、单链抗体、类骆驼抗体、单结构域抗体(例如,鲨鱼单结构域抗体)、单链或串联双功能抗体VHH、/>迷你抗体、/>锚蛋白重复序列蛋白或DART、TCR样抗体、/> 微量蛋白、/>CoVX体、双环肽、源自Kunitz结构域的抗体构建体或任何其它抗体片段,只要其表现出所期望的生物活性即可。在一些实施方式中,所述术语涵盖其它蛋白质结构,如装订肽、抗体样结合肽模拟物、抗体样结合支架蛋白、单体和/或其它非抗体蛋白支架,例如如文献中所评述的那些(Vazquez-Lombardi R等人,2015)。在一些实施方式中,抗原结合片段是或包括多肽,所述多肽的氨基酸序列包括由本领域技术人员识别为互补决定区(CDR)的一个或多个结构元件。在一些实施方式中,抗原结合片段是或包括多肽,所述多肽的氨基酸序列包括至少一个参考CDR(例如,至少一个重链CDR和/或至少一个轻链CDR),所述至少一个参考CDR与如本文所述的在抗CD38抗体中(例如,在aCD38-b-348或aCD38-b-329氨基酸序列元件中)中发现的一个CDR基本上相同,并且具体地包括至少一个重链CDR,如HCDR3(例如,aCD38-b-348或aCD38-b-329HCDR3序列)。在一些实施方式中,抗原结合片段是或包括多肽,所述多肽的氨基酸序列包括至少一个CDR(例如,至少一个重链CDR和/或至少一个轻链CDR),所述至少一个CDR相对于此类参考CDR在序列上相同或含有少量(例如,1个、2个、3个或4个)更多的氨基酸改变(例如,取代、添加或缺失;在许多情况下,取代),同时维持与参考CDR所源自的抗体(例如,aCD38-b-348或aCD38-b-329)的靶标的结合。在一些实施方式中,抗原结合片段是或包括多肽或其复合物,所述多肽或其复合物包括来自参考抗体(例如,来自aCD38-b-348或aCD38-b-329)的重链或轻链的所有三个CDR(或者,在一些实施方式中,与其基本上相同的序列);在一些实施方式中,抗原结合片段是或包括多肽或其复合物,所述多肽或其复合物包括来自参考抗体(例如,来自aCD38-b-348或aCD38-b-329)的所有六个CDR(或者,在一些实施方式中,与其基本上相同的序列)。在一些实施方式中,抗原结合片段是或包括多肽或其复合物,所述多肽或其复合物包括参考抗体(例如,aCD38-b-348或aCD38-b-329)的重链和/或轻链可变结构域(或者,在一些实施方式中,与其基本上相同的序列)。在一些实施方式中,术语“抗原结合片段”涵盖非肽和非蛋白质结构,如核酸适配体,例如RNA适配体和DNA适配体。适配体是与特定靶标(如多肽)结合的寡核苷酸(例如,DNA、RNA或其类似物或衍生物)。适配体是与各种分子靶标(如小分子、蛋白质、核酸以及甚至细胞和组织)特异性结合的短合成单链寡核苷酸。这些小核酸分子可以形成能够与蛋白质或其它细胞靶标特异性结合的次级和三级结构,并且基本上是抗体的化学等效物。适配体具有高度特异性的,尺寸相对较小并且具有非免疫原性。适配体通常选自被称为SELEX(指数富集的配体系统进化技术(SystematicEvolution of Ligands by Exponential enrichment))的生物淘选方法(参见例如Ellington等人《自然(Nature)》1990;346(6287):818-822;Tuerk等人,《科学(Science)》1990;249(4968):505-510;Ni等人,《当今医药化学(Curr Med Che 2011);18(27):4206-14)。为任何给定靶标生成适配体的方法是本领域众所周知的。也涵盖包括affimer的肽适配体。affimer是经工程化以展示为特定靶蛋白提供高亲和力结合表面的肽环的高度稳定的小蛋白质。affimer是具有低分子量(12-14kDa)、来源于胱抑素的半胱氨酸蛋白酶抑制剂家族的蛋白质。affimer蛋白由支架构成,所述支架是基于胱抑素蛋白质折叠的稳定蛋白质。这些蛋白质展示可以被随机化成以类似于抗体的高亲和力和特异性与不同靶蛋白结合的两个肽环和N末端序列。蛋白质支架上肽的稳定化限制了所述肽可以呈现的可能构型,因此使结合亲和力和特异性相较于游离肽的文库增加。
制品和试剂盒:
在本发明的一些实施方式中,如本文所述的抗CD38抗体以单独制品提供。在本发明的一些实施方式中,含有抗CD38抗体的制品以或用具有标记的容器提供。适合的容器可以包括例如瓶子、小瓶、注射器和试管。在一些实施方式中,容器可以由如玻璃或塑料等任何材料或多种材料形成。在一些实施方式中,容器保持对于治疗特定疾病、病症或病状、或其阶段或类型有效的组合物。在一些实施方式中,容器可以具有无菌进口端(例如,容器可以是具有可被皮下注射针刺穿的塞子的静脉内溶液袋或小瓶)。例如,在一些实施方式中,包含如本文所述的抗CD38抗体的组合物被包装在具有橡胶塞子和铝密封件的洁净玻璃小瓶中。容器上或与容器相关联的标记指示组合物用于治疗选择的病状。
在一些实施方式中,制品可以进一步包括单独的容器,所述容器包括药学上可接受的缓冲液,如磷酸盐缓冲盐水、林格氏溶液(Ringer's solution)和葡萄糖溶液;和/或可以进一步包括商业和用户角度所需的其它材料,包括其它缓冲液、稀释剂、过滤器、针、注射器和带有使用说明书的包装插页。例如,在一些实施方式中,制品可以允许提供呈静脉内调配物的各药剂作为用适当稀释剂和缓冲液以0.1mg/ml、1mg/ml、10mg/ml的最终浓度或更高浓度调配的总计2mg、5mg、10mg、20mg、50mg或更多的无菌水溶液。
在一些实施方式中,如本文所述的抗CD38抗体可以以冻干形式在成套试剂盒中提供的,所述试剂盒内提供或不提供任何适当水溶液或任何适配的药物载体的其它类型的剂量单位进行复溶。抗CD38抗体的一种或多种单位剂型可以在包装或分配器装置中提供。此类包装或装置可以例如包括金属或塑料箔,如泡罩包装。为了正确地使用此类成套试剂盒,此类包装或装置可以进一步包括缓冲液、稀释剂、过滤器、针、注射器以及带有关于癌症治疗的使用说明书的包装插页。
在一些实施方式中,与如本文所述的制品或试剂盒相关的说明书可以呈标记、传单、出版物、记录、图式或可以用于告知药剂、调配物以及制品中和/或试剂盒中的其它材料的正确使用方法和/或监测可能的效应的任何其它方式。说明书可以与制品一起提供和/或提供于试剂盒中。
自动化测试:
如本文所使用的,术语“自动化测试”、“自动化平台”和“自动化测定”可以是指用于检测患者或接受者血液样品与供体血液样品或试剂RBC之间的抗原抗体反应的任何自动化系统。自动化平台的实例包括Tango(伯乐公司)和IH-1000(伯乐公司)。自动化测试可以用于固相测定、柱凝集测定、管测定和/或其它测定类型。本文所述的方法可以使用自动化测试合适地进行。
生物样品:
如本文所使用的,术语“生物样品”或“样品”(可互换使用)通常是指如本文所述的从所关注的生物源(例如,组织或生物体或细胞培养物)获得或衍生的样品。所关注的源可以是生物体,如动物或人。生物样品可以包括生物组织或流体。本文所述的方法涉及筛查从患者获得的血液样品。在一些实施方式中,所述患者血液样品是全血样品。在一些实施方式中,所述患者血液样品是红细胞样品。在一些实施方式中,所述患者血液样品是血浆样品。在一些实施方式中,所述患者血液样品是血清样品。在一些实施方式中,所述患者样品不包括任何患者的自身红细胞。
在一些实施方式中,本文所述的方法包括步骤:提供来自供体的血液样品。在一些实施方式中,所述供体血液样品是全血样品。在一些实施方式中,所述供体血液样品是红细胞样品。在一些实施方式中,所述供体血液样品是血浆样品。在一些实施方式中,所述供体血液样品是血清样品。在一些实施方式中,所述患者样品不包括任何患者的自身红细胞。
在本发明的一些实施方式中,筛查方法在更早时间点对从患者获得的样品进行。在本发明的其它实施方式中,所述方法可以包括步骤:使用任何合适的方法从患者获得样品。
本发明的方法可以对来自同一患者的多个样品进行。例如,在包括RBC套组筛查和交叉配血测定两者的方法中,RBC套组筛查可以对来自患者的第一样品进行,并且交叉配血测定可以对来自同一患者的第二不同的样品进行。可以从患者获得单个样品并且出于此目的将其分离成多个子样品(或对同一患者多次进行相同测定),或者可以从同一患者获得多个不同的样品。
患者样品可以在与供体红细胞混合之前进行处理,例如以从患者样品中去除患者RBC。另外可以使用其它处理步骤,如使用缓冲液稀释患者样品。
通常,由于患者先前已经施用抗CD38抗体,因此患者样品将包括抗CD38抗体。
癌症:
术语“癌症(cancer)”、“恶性肿瘤”、“赘生物”、“肿瘤(tumor)”、“肿瘤(tumour)”和“癌(carcinoma)”在本文中可互换地用于指表现出相对异常、不受控制和/或自主生长的细胞,使得所述细胞表现出异常生长表型,所述异常生长表型的特征为细胞增殖显著失控。一般而言,本申请中用于检测或治疗的所关注的细胞包括癌前(例如良性)、恶性、转移前、转移性和非转移性细胞。本公开的教导内容可以与任何和所有癌症相关。在一些实施方式中,为了给出一些非限制性实例,将本公开的教导内容应用于一种或多种癌症,例如,造血癌,包括白血病、淋巴瘤(霍奇金氏(Hodgkins)和非霍奇金氏)、骨髓瘤和骨髓增生性病症;肉瘤、黑色素瘤、腺瘤、实体组织癌、口腔、喉部、喉部和肺部的鳞状细胞癌、肝癌、如前列腺癌、宫颈癌、膀胱癌、子宫癌和子宫内膜癌以及肾细胞癌等泌尿生殖系统癌、骨癌、胰腺癌、皮肤癌、皮肤或眼内黑色素瘤、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、头颈癌、乳腺癌、胃肠癌和神经系统癌、如乳头状瘤等良性病变等等。
在一些实施方式中,癌症是包括在细胞表面表达CD38的细胞的癌症,即表达CD38的癌症。在一些实施方式中,癌症可以是实体瘤,如在细胞表面表达CD38的实体瘤。在一些实施方式中,癌症可以是血液系统肿瘤,如表达CD38的血液系统肿瘤。在一些实施方式中,癌症可以选自由以下组成的组:T细胞或B细胞非霍奇金氏淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、浆细胞瘤或多发性骨髓瘤。
柱凝集技术:
如本文所使用的,术语“柱凝集测定”或“柱凝集技术”是指用于鉴定患者样品中与在供体RBC或试剂RBC(即红细胞套组中的红细胞)上表达的抗原结合的患者源性抗体(如同种抗体,具体地是临床上显著的同种抗体)的技术。柱凝集技术可以用于进行IAT。柱凝集技术使用含有凝集剂,如抗人球蛋白(如抗IgG和/或抗C3)凝胶的微管或柱,并且使用微管上方的孔以允许将供体细胞与患者血浆或血清一起温育。然后将样品通过含有抗人球蛋白(例如,抗人IgG)的柱进行离心。在温育期间,患者血浆或血清中存在的任何相关患者源性抗体都可以与在供体RBC上表达的抗原结合。具有所结合抗体的供体RBC可以被称为“致敏”RBC。与RBC结合的患者源性抗体可以是IgG抗体。在离心期间,与供体RBC结合的患者源性抗体与凝胶中存在的抗人球蛋白试剂发生反应,从而阻止或减缓所结合的RBC通过微管或柱的移动。强阳性凝集反应在凝胶的顶部产生分层的RBC线。阳性反应将具有不同程度的悬浮在凝胶中的可见红细胞凝集物。相反,不由患者源性抗体结合的供体RBC在离心期间将容易地移动通过凝胶,并在微管或柱的底部形成沉淀物。柱凝集技术可以用于进行间接抗球蛋白试验(IAT)。使用柱凝集技术进行的测定的结果可以由如Tango(伯乐公司)或IH-1000(伯乐公司)等自动化平台读取。
组合疗法:
如本文所使用的,术语“组合疗法”是指受试者同时暴露于两种或更多种治疗方案(例如,两种或更多种治疗剂)的那些情况。在一些实施方式中,可以同时施用两种或更多种药剂。可替代地,此类药剂可以按顺序施用;否则,此类药剂以重叠的给药方案施用。
相当:
如本文所使用的,术语“相当的”是指彼此可能不相同但足够相似以允许在其间进行比较(例如,通过水平和/或活性)使得可以基于所观察到的差异或相似性而合理地得出结论的两种或更多种药剂、实体、情况、效应、条件组等。此类相当的条件组、效应、情况、个体或群体是由多个基本上相同的特征以及一个或少数变化的特征表征的。本领域的普通技术人员将理解,在上下文中,对于两种或更多种此类药剂、实体、情况、条件组、效应或群体等,在任何给定情况下被视为相当所需的同一性程度如何。
包括/包含(comprising):
本文中被描述为“包括/包含”一个或多个指定的元件或步骤的组合物或方法是开放式的,意指指定的元件或步骤是必需的,但是可以在组合物或方法的范围内加入其它元件或步骤。还应理解,被描述为“包括/包含”(或其“包括/包含”)一个或多个指定的元件或步骤的任何组合物或方法也描述了“基本上由相同的指定的元件或步骤组成”(或其“基本上由相同的指定的元件或步骤组成”)的对应、更有限的组合物或方法,意指所述组合物或方法包括指定的基本元件或步骤,并且还可以包括不会实质上影响组合物或方法的基本和新颖特性的另外的元件或步骤。
交叉配血:
如本文所使用的,术语“交叉配血”是指患者血液样品与供体血液样品之间的适配性的任何测试。交叉配血可以是指测试供体红细胞与接受者或患者血清或血浆的适配性,也被称为主要交叉配血。交叉配血可以用于鉴定来自患者或输血接受者的样品(例如,血浆样品或血清样品)中临床上显著的抗体的存在。临床上显著的抗体是在向接受者输注供体血液后可能产生有害副作用,如溶血性输血反应的任何抗体。临床上显著的抗体可以包括特异性结合不在输血接受者或患者的自身红细胞上表达的抗原的同种抗体。临床上显著的抗体可以包括特异性结合在输血接受者或患者的自身红细胞上表达的抗原的自身抗体。在一些实施方式中,当样品混合时,患者血液样品与供体血液样品之间的不适配性通过凝集来指示。在一些实施方式中,当样品混合时,患者血液样品与供体血液样品之间的适配性通过缺乏凝集来指示。在一些实施方式中,当样品混合时,患者血液样品与供体血液样品之间的不适配性通过溶血来指示。在一些实施方式中,当样品混合时,患者血液样品与供体血液样品之间的适配性通过缺乏溶血来指示。交叉配血可以根据本文所述的任何方法进行。交叉配血可以使用柱凝集测定、间接抗球蛋白试验(IAT)管测定或固相测定进行。
达雷妥尤单抗:
如本文所使用的,术语“达雷妥尤单抗”包括具有如WO2006/099875中公开的VH和VL序列并且是人IgG1单克隆抗体的抗体。例如具有包括如下文所提供的序列的可变重链和轻链序列:
重链:
EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAVSGFTFNSFAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGGTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYFCAKDKILWFGEPVFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:31)
轻链:
EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSNWPPTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:32)
剂型:
如本文所使用,术语“剂型”是指用于向受试者施用的活性剂(例如,治疗剂或诊断剂)的物理离散单元。每个单位含有预定量的活性剂。在一些实施方式中,这种量是适合于根据已经确定在施用于相关群体(即,使用治疗给药方案)时与期望或有益效果有关的给药方案施用的单位剂量(或其完整部分)。所属领域的普通技术人员将了解,施用于特定受试者的治疗组合物或药剂的总量由一个或多个主治医师确定,并且可以涉及多种剂型的施用。
给药和施用:
根据本发明的供使用的包含如本文所述的抗CD38抗体(例如,抗CD38或其抗原结合片段,例如包括aCD38-b-348或aCD38-b-329HCDR3氨基酸序列)的药物组合物可以使用本领域技术人员已知和/或可获得的多种技术(technique/technology)中的任一种制备用于储存和/或递送。在一些实施方式中,所公开的抗CD38抗体根据由如美国食品药品监督管理局(the United States Food and Drug Administration,FDA)和/或欧洲药品管理局(theEuropean Medicines Agency,EMA)等监管机构批准例如用于相关指示的给药方案进行施用。在一些实施方式中,所公开的抗CD38抗体与一种或多种其它药剂或疗法组合施用,所述一种或多种其它药剂或疗法自身可以根据由如美国食品药品监督管理局(FDA)和/或欧洲药品管理局(EMA)等监管机构批准例如用于相关指示的给药方案进行施用。然而,在一些实施方式中,所公开的抗CD38抗体的使用可能允许降低与抗CD38抗体疗法组合使用的所批准的药剂或疗法的给药(例如,一个或多个剂量中的活性剂的量较低、剂量数较少和/或剂量频率降低)。在一些实施方式中,给药和/或施用可以适应于也被施用的其它药物、患者状态和/或抗CD38抗体的形式(例如,被修饰为免疫缀合物、纳米抗体或双特异性抗体)。
此外,在一些实施方式中,期望的是定制给药方案,并且具体地基于对于特定细胞类型、其特定肿瘤或类型或特定患者群体(例如,携带基因标志物)的定时和/或CD38的阈值表达水平设计顺序给药方案。在一些此类实施方式中,治疗性给药方案可以与检测方法组合或根据检测方法进行调整,所述检测方法在疗法之前和/或期间评估一种或多种诱导性标志物或其它标准的表达。
在一些实施方式中,根据本发明的给药和施用利用具有所期望纯度的活性剂与呈任何或多种形式的一种或多种生理学上可接受的载体、赋形剂或稳定剂的组合。这些包括例如液体、半固体和固体剂型,如液体溶液(例如,可注射和可输注的溶液)、分散体或悬浮液、片剂、丸剂、散剂、脂质体和栓剂。优选的形式可以取决于预期的施用模式和/或治疗应用,典型地呈可注射或可输注的溶液的形式,如与用于用抗体治疗人受试者的那些组合物类似的组合物。
在一些实施方式中,成分可以使用防止药剂快速释放和/或降解的载体,如包括植入物、透皮贴片和微囊化递送系统的控制释放调配物进行制备。可以使用可生物降解的生物相容性聚合物,如聚酐、聚乙醇酸、聚原酸酯以及聚乳酸。通常,使用与良好医疗实践相符并且适于相关药剂(例如适于如抗体等药剂)的药物组合物和给药方案调配、给药并以治疗有效量施用每种活性剂。含有活性剂的药物组合物可以通过本领域已知的任何适当方法进行施用,所述方法包括但不限于口服、粘膜、吸入、局部、颊、鼻、直肠或肠胃外(例如,静脉内、输注、肿瘤内、淋巴结内、皮下、腹膜内、肌肉内、皮内、透皮或涉及物理破坏受试者的组织的其它类型的施用和通过此类破坏施用药物组合物)。
在一些实施方式中,特定活性剂的给药方案可以涉及间歇或连续(例如通过灌注或缓慢释放系统)施用,例如以在受试者体内的一个或多个所关注组织或流体中获得特别期望的药代动力学特性或其它暴露模式。在一些实施方式中,组合施用的不同药剂可以通过不同递送途径和/或根据不同时间表施用。可替代地或另外地,在一些实施方式中,将一个或多个剂量的第一活性剂与一种或多种其它活性剂基本上同时施用,并且在一些实施方式中通过常见途径和/或作为单一组合物的一部分与一种或多种其它活性剂同时施用。
在为给定治疗方案优化途径和/或给药时间表时要考虑的因素可以包括例如正在治疗的特定癌症(例如,类型、阶段、位置等)、受试者的临床状况(例如,年龄、整体健康状况、体重等)、药剂的递送部位、药剂(例如,抗体或其它基于蛋白质的化合物)的性质、药剂的施用方式和/或途径、组合疗法的存在或不存在以及医师已知的其它因素。
本领域的技术人员应了解,例如具体递送途径可能影响剂量和/或所需的剂量可能影响递送途径。例如,在特定部位或位置内(例如在组织或器官内)期望特别高浓度的药剂时,集中递送(例如,肿瘤内递送)可能是期望的和/或有用的。在一些实施方式中,特定药物组合物和/或所使用的给药方案的一个或多个特征可以随时间的推移而被修改(例如,增加或减少任何单个剂量中的活性剂的量,增加或减少剂量之间的时间间隔等),例如以优化所期望的治疗效果或应答(例如,与如本文所述的抗CD38抗体的功能特征相关的治疗或生物应答)。通常,根据本发明的活性剂的给药类型、量和频率是由当将相关药剂施用于哺乳动物,优选地人时应用的安全性和疗效要求所支配的。通常,选择此类给药特征以相较于在无疗法时所观察到的治疗应答提供特定且通常可检测的治疗应答。在本发明的上下文中,示例性所需治疗应答可以涉及但不限于抑制和/或减少肿瘤生长、肿瘤大小、转移、与肿瘤相关的一种或多种症状和副作用以及增加癌细胞的细胞凋亡、一种或多种细胞标志物或循环标志物的治疗相关减少或增加等。此类标准可以通过文献中公开的多种免疫学、细胞学和其它方法中的任一种容易地评估。例如,抗CD38抗体单独或与另外的药剂组合的治疗有效量可以被确定为足以增强如实施例中所述的癌细胞的杀伤。
作为活性剂的抗CD38抗体或包含此类药剂的组合物的治疗有效量可以使用本领域可获得的技术容易地确定,所述技术包括例如考虑一个或多个因素,如正在治疗的疾病或病状、疾病的阶段、正在治疗的哺乳动物的年龄和健康状况以及身体状况、疾病的严重程度、正在施用的特定化合物等。
在一些实施方式中,治疗有效量是活性剂的有效剂量(和/或单位剂量),所述有效剂量可以是至少约0.01μg/kg体重、至少约0.05μg/kg体重;至少约0.1μg/kg体重、至少约1μg/kg体重、至少约5μg/kg体重、至少约10μg/kg体重、至少约15μg/kg体重、至少约20μg/kg体重、至少约25μg/kg体重或更多(例如,约100μg/kg体重)。在一些实施方式中,治疗有效量是活性剂的有效剂量(和/或单位剂量),所述有效剂量可以是至少约0.01mg/kg体重、至少约0.05mg/kg体重;至少约0.1mg/kg体重、至少约1mg/kg体重、至少约5mg/kg体重、至少约10mg/kg体重、至少约15mg/kg体重、至少约20mg/kg体重、至少约25mg/kg体重或更多(例如,约100mg/kg体重)。本领域的普通技术人员应了解,在一些实施方式中,可以针对活性剂的分子量调整此类指导原则。对于可以用于确定与以增加剂量施用包括aCD38-b-348或aCD38-b-329HCDR3氨基酸序列的分离的抗体或其抗原结合片段有关的最大耐受剂量和剂量限制性毒性(如果有的话)的施用途径、治疗周期或随后的剂量递增方案,剂量还可以变化。
治疗组合物典型地在制备和储存条件下应是无菌且稳定的。组合物可以被调配为溶液、微乳液、分散体、脂质体或适合于高药物浓度的其它有序结构。无菌可注射溶液可以通过将抗体以所需量与以上所列举的成分中的一种或组合并入适当溶剂中,随后过滤灭菌来制备。通常,通过将活性化合物并入到含有基础分散介质和来自上文所列举的成分的所需其它成分的无菌媒剂中来制备分散体。在用于制备无菌可注射溶液的粉末的情况下,优选的制备方法是真空干燥和冷冻干燥,所述真空干燥和冷冻干燥从先前无菌过滤的溶液中产生了活性成分加上任何另外的期望成分的粉末。可以例如通过使用包衣、在分散体的情况下通过维持所需颗粒大小以及通过使用表面活性剂来维持溶液的适当流动性。通过在组合物中包含延迟吸收的药剂,例如单硬脂酸盐和明胶,可以实现可注射组合物的延长吸收。
每种药剂的调配物理想地应为无菌的,如可以通过滤过无菌过滤膜实现的,并且然后以适于团注施用或适于连续施用的形式包装或销售。可注射调配物可以以单位剂型,如在安瓿或在含有防腐剂的多剂量容器中制备、包装或销售。用于肠胃外施用的调配物包含但不限于悬浮液、溶液、油性或水性媒剂中的乳液、糊剂以及如本文所论述的可植入的持续释放的或生物可降解的调配物。无菌可注射调配物可以使用无毒肠胃外可接受的稀释剂或溶剂,如水或1,3丁二醇制备。可用的其它可肠胃外施用的调配物包含包括呈微晶形式、呈脂质体制剂形式或作为可生物降解的聚合物系统的组分的活性成分的那些调配物。用于缓释或植入的组合物可以包含药学上可接受的聚合材料或疏水性材料,如乳液、离子交换树脂、微溶性聚合物或微溶性盐。
根据本发明的供使用的每种药物组合物都可以包括在所采用的剂量和浓度下对受试者无毒的药学上可接受的分散剂、湿润剂、悬浮剂、等渗剂、包衣、抗细菌剂和抗真菌剂、载体、赋形剂、盐或稳定剂。此类另外的药学上可接受的化合物的非穷举性列表包括:缓冲剂,如磷酸盐、柠檬酸盐和其它有机酸;抗氧化剂,包括抗坏血酸和甲硫氨酸;含有药理学上可接受的阴离子的盐(如乙酸盐、苯甲酸盐、碳酸氢盐、硫酸氢盐、异硫磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、水杨酸盐、硬脂酸盐、次乙酸盐、琥珀酸盐、丹宁酸盐、酒石酸盐、茶氯酸盐、甲苯磺酸盐、硫乙碘和戊酸盐);防腐剂(如氯化十八烷基二甲基苄基铵;氯化六甲铵;苯扎氯铵;苄索氯铵;氯化钠;苯酚、丁醇或苯甲醇;对羟苯甲酸烷基酯,如对羟苯甲酸甲酯或丙酯;邻苯二酚;间苯二酚;环己醇;3-戊醇;以及间甲酚);低分子量(少于约10个残基)多肽;蛋白质,如血清白蛋白;亲水性聚合物,如聚乙烯吡咯烷酮;氨基酸,如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸;单糖、二糖和其它碳水化合物,包括葡萄糖、甘露糖或糊精;螯合剂,如EDTA;糖,如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇;成盐反离子,如钠;金属络合物(例如,Zn蛋白质络合物);和/或非离子型表面活性剂,如TWEENTM、PLURONICSTM或聚乙二醇(PEG)。
在一些实施方式中,在根据本发明使用两种或更多种活性剂的情况下,此类药剂可以同时施用或顺序施用。在一些实施方式中,相对于另一种药剂的施用,对一种药剂的施用进行具体地定时。在一些实施方式中,可以根据经验评估或确定组合施用的药剂的所需相对给药方案,例如使用离体、体内和/或体外模型;在一些实施方式中,此类评估或经验确定是在体内、特定患者或患者群体中进行的(例如,使得具有相关性)。
在一些实施方式中,用于实践本发明的一种或多种活性剂是根据包括至少两个周期的间歇性给药方案施用的。当两种或更多种药剂组合施用并且每种药剂通过这种间歇的周期性方案施用时,不同药剂的单独剂量可以彼此相互交叉。在一些实施方式中,在如本文所述的抗CD38抗体的一剂量之后的一段时间施用第二药剂的一个或多个剂量。在一些实施方式中,在如本文所述的抗CD38抗体的一剂量之后的一段时间施用第二药剂的每个剂量。在一些实施方式中,如本文所述的抗CD38抗体也可以在方案中施用,所述方案涉及在一周、两周、四周或更多周内的一个或多个治疗周期内不仅通过同一途径顺序施用,而且通过交替施用途径,如通过皮下(或肌肉内)施用和肿瘤内施用进行施用,用相同的方案重复此类周期(或通过延长施用之间的间隔),这取决于患者应答。而且,在一些实施方式中,与一个或多个其它周期相比,一个或多个周期所遵循的精确方案(例如,剂量的数量、剂量的间隔(例如,相对于彼此或相对于另一个事件,如施用另一种疗法)、剂量等)可以是不同的。
通过使用如本文所述的任何施用途径、剂量和/或方案,如本文所述的抗CD38抗体可以被鉴定、表征和/或验证,例如考虑到使用活检、血液样品和/或其它临床标准在患者中测量的一个或多个标准。在一些实施方式中,作为替代方案或除了直接评估肿瘤大小和/或转移之外,如本文所述的抗CD38抗体的治疗疗效可以以评估其中一个或多个不同的一般标准的方法确定:对癌细胞的直接细胞毒性(癌细胞的凋亡和坏死)、肿瘤浸润的增加、免疫细胞(如CD4阳性和/或CD8阳性肿瘤浸润性T细胞)、在血液中循环的免疫细胞(淋巴细胞、NK细胞、单核细胞、树突状细胞、巨噬细胞、B细胞等的总群体或特定亚群)增加和/或仅在应答或无应答患者中呈现治疗前与治疗后的一些差异表达(如通过RNA测序、质量流式细胞术和/或其它质量测序方法所确定的)。可替代地或另外地,在一些实施方式中,此类鉴定、表征和/或验证可以涉及通过筛查一种或多种特定蛋白质或蛋白质集合的mRNA和/或蛋白质表达在分子水平上进行跟踪。在一些实施方式中,一种或多种此类技术可以允许鉴定或相关信息,以评估对如本文所述的抗CD38抗体的应答,例如,所述信息可能与肿瘤内(或附近)和/或在血液中循环的特定细胞群体的组织分布和/或标志物有关。
此类方法和免疫生物学数据不仅可以允许确定一种或多种疗效和/或安全性参数或特征,而且在一些实施方式中,还可以提供用于选择特定剂量、途径或给药方案的基本原理,所述剂量、途径或给药方案例如可以单独和/或与其它药物、标准护理方案或可以提供另外的治疗益处的免疫疗法组合用于针对给定适应症的一个或多个临床试验中。因此,在本发明的一系列另外的实施方式中,如本文所述的抗CD38抗体用于在确定患者的细胞或组织(如肿瘤、血液样品或血液部分)中的一个或多个基因在RNA和/或蛋白质水平上表达的组合存在(和/或不存在)之后、在用此类调配物进行处理后或处理前,治疗患有疾病(如癌症)或预防疾病(如癌症)的患者的方法中。因此,此类方法可以允许定义一种或多种生物标志物、或更复杂的与治疗有效量的所期望的抗CD38抗体相关的基因表达标志(或细胞群体分布)、预测受试者在用如本文所述的抗CD38抗体进行治疗之后可能具有抗肿瘤或抗感染应答的治疗相关生物标志物或预测受试者在用抗CD38抗体治疗后可能对用化合物进行的治疗产生应答的治疗相关生物标志物。
可替代地或另外地,在一些实施方式中,鉴于人癌症和/或其它人组织中的CD38表达,如本文所公开的特定抗CD38抗体的给药和施用可以被初步建立和/或稍后评估,例如通过收集关于各种癌症、组织和/或患者中的基质和/或免疫子集中的CD38分布的数据。此类数据可以通过对常见癌症类型和/或组织(中枢神经系统、食道、胃、肝、结肠、直肠、肺、膀胱、心脏、肾、甲状腺、胰腺、子宫、皮肤、乳腺、卵巢、前列腺和睾丸)使用常见技术(如流式细胞术、质谱流式细胞术、免疫组织化学或mRNA表达文库)而产生,以鉴定各种免疫与非免疫亚群中的CD38表达之间的关系和/或其与癌细胞或免疫细胞子集(如Foxp3和PD-1/PD-L1)相关的细胞浸润量度和/或癌症相关标志物的关系。可以将CD38表达局限于(或不局限于)肿瘤组织中(如NK细胞和其它效应或调节免疫细胞中)的免疫子集,并且如果呈阳性,那么可以确定CD38表达与免疫检查点抑制剂之间的相关性,从而建议抗CD38抗体与靶向此类免疫检查点抑制剂的化合物的组合的适当使用。
给药方案:
如本文所使用的,术语“给药方案”是指典型地间隔一定时间段单独地施用于受试者的一组单位剂量(典型地多于一个单位剂量)。在一些实施方式中,给定治疗剂具有可能涉及一个或多个剂量的推荐给药方案。在一些实施方式中,给药方案包括多个剂量,所述多个剂量中的每个剂量彼此间隔相同长度的时间段。可替代地,给药方案包括多个剂量以及将单独剂量间隔开的至少两个不同时间段。在一些实施方式中,给药方案内的所有剂量具有相同的单位剂量。可替代地,给药方案内的不同剂量具有不同的量。在一些实施方式中,给药方案包括呈第一剂量形式的第一剂量,随后是呈与第一剂量不同的第二剂量形式的一个或多个另外的剂量。给药方案可以包括呈第一剂量形式的第一剂量,随后是呈与第一剂量相同的第二剂量形式的一个或多个另外的剂量。在一些实施方式中,当跨相关群体施用时,给药方案与期望或有益效果有关(即,是治疗性给药方案)。
表位:
如本文所使用的,术语“表位”是指由抗体或抗原结合片段所结合的抗原的一部分。在一些实施方式中,在抗原是多肽的情况下,表位是构象的,因为其包括抗原的在抗原中未共价连续,但当所述抗原呈相关构象时在三维空间中彼此接近的部分。例如,对于CD38,构象表位是包括在CD38胞外结构域中不连续的氨基酸残基的那些表位;线性表位是包括在CD38胞外结构域中连续的氨基酸残基的那些表位。在一些实施方式中,根据本发明使用的表位通过参考由本文所公开的抗CD38抗体(例如,通过aCD38-b-348或aCD38-b-329并被定义为aCD38-b-ep)结合的那些表位来提供。用于确定用于aCD38-b-348或aCD38-b-329的表位的确切序列和/或特别是氨基酸残基的方法是文献中和实施例中已知的,所述方法包括与来自抗原序列的肽竞争与来自不同物种的截短和/或诱变(例如通过丙氨酸扫描或其它定点诱变)的CD38序列的结合、基于噬菌体展示的筛查或(共)晶体学技术。
间接抗球蛋白试验(IAT):
如本文所使用的,术语“间接抗球蛋白试验”或“IAT”可以是指测试与通过供体血液样品中的供体红细胞表达的红细胞抗原特异性结合的任何患者源性抗体的方法。患者血液样品可以包括全血、血浆或血清。供体血液样品可以包括全血或红细胞。间接抗球蛋白试验可以使用柱凝集测定、管测定或固相测定进行。IAT可以包括以下步骤。红细胞悬浮液可以与来自患者的血浆或血清的样品或血型检定试剂或对照一起温育。红细胞悬浮液可以从供体血液样品获得。温育可以在室温(约15℃至约25℃)下进行。可替代地,温育可以在约37℃下进行。温育可以进行根据制造商的说明所确定的时长。在温育步骤期间,如果患者样品中存在患者源性抗红细胞抗原抗体,并且具有特异性的抗原也存在于RBC上,那么可能发生患者源性抗体与红细胞抗原的结合。患者源性抗体与红细胞抗原结合的步骤可以被称为致敏。致敏之后,可以进行洗涤步骤以将溶液中未结合的抗体与具有所结合抗体的RBC分离开来。将凝集剂(如抗人球蛋白试剂)添加到含有RBC和任何所结合抗体(如果存在的话)的溶液中。抗人球蛋白试剂包括抗人IgG抗体并且可以进一步包括抗C3。任何抗人球蛋白试剂可以用于本发明中。如果患者源性抗体与RBC结合,那么抗人球蛋白试剂将与RBC上的患者源性抗体结合并且引起RBC的凝集。可以包括分离步骤以将凝集的RBC与溶液的其余部分分离开来。分离步骤可以包括离心。离心可以以根据所使用的特定设备或足以将凝集的RBC与溶液的其余部分分离开来的任何条件所确定的速度和持续时间来进行。在正常测试条件下,IAT测试上的凝集反应表明患者样品中存在针对RBC抗原的患者源性抗体(临床上显著的抗体)。在正常测试条件下,IAT测试上的凝集反应表明供体RBC与患者血清/和或血浆之间的不适配匹配。在IAT测试上还可以观察到溶血(红细胞的破坏),并且也表明供体RBC与患者血清/和或血浆之间的不适配匹配。当患者已经用达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗进行治疗时,可能在IAT测试上发生RBC的凝集,而不论患者的样品是否含有针对任何RBC抗原的同种抗体,因为抗人球蛋白使抗CD38抗体达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗凝集,进而引起抗CD38抗体所结合的红细胞的凝集,这可以被视觉地(通过眼睛)检测到。本发明的方法的特征在于,当患者样品包括本文所述的抗CD38抗体或其抗原结合片段(即不是达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)时,抗CD38抗体的存在令人惊讶地没有在IAT测试上引起RBC凝集。即使在抗CD38抗体是例如IgG抗体并且抗人球蛋白包括抗人IgG的情况下也是如此。
干扰:
如本文所使用的,术语“干扰”可以是指在血液抗体筛查或血液交叉配血时获得的任何类型的假阳性或假阴性结果。例如,干扰可能是指在患者样品中不存在任何临床上显著的同种抗体的情况下,在IAT测试中发生凝集反应。干扰可能错误地指示患者血清或血浆与供体RBC之间的不适配性。干扰可能错误地指示患者血清或血浆样品中存在与供体RBC抗原特异性结合的同种抗体。例如,已知大多数抗CD38抗体(例如,达雷妥尤单抗和伊沙妥昔单抗)引起对血液抗体筛查和血液交叉配血的干扰。当将患者样品和供体样品混合时,达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗在存在于患者的血浆或血清样品中时可以与供体RBC上的CD38结合。当将抗人球蛋白试剂添加到含有与供体RBC结合的(来自患者血清的)达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗的混合物时,凝集发生。虽然凝集通常指示患者与供体之间的不适配匹配,其中已经用达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗治疗患者,但是凝集可能发生,即使当患者血液样品中不包括临床上显著的抗体,例如不包括与供体RBC上存在的任何红细胞抗原结合的同种抗体。本文所述的抗CD38抗体(即,aCD38-b-348和aCD38-b-329和源自其的抗体)没有引起对血液抗体筛查或血液交叉配血的干扰。在一些实施方式中,与达雷妥尤单抗相比和/或与伊沙妥昔单抗相比,患者的血清或血浆样品中存在如本文所述的抗CD38抗体或其抗原结合片段引起对血液抗体筛查或血液交叉配血较小的干扰。在一些实施方式中,与达雷妥尤单抗相比和/或与伊沙妥昔单抗相比,患者的血清或血浆样品中存在如本文所述的抗CD38抗体或其抗原结合片段引起对血液抗体筛查或血液交叉配血较小的凝集。在一些实施方式中,用如本文所述的抗CD38抗体治疗患者没有对血液抗体筛查或血液交叉配血产生凝集。
伊沙妥昔单抗:
伊沙妥昔单抗是人单克隆IgG1抗CD38抗体。已知伊沙妥昔单抗引起对血液抗体筛查和血液交叉配血的干扰(即,在不存在与红细胞抗原特异性结合的临床上显著的患者抗体的情况下的凝集反应)。伊沙妥昔单抗可以包括以下可变重链和可变轻链序列:
重链:
QVQLVQSGAEVAKPGTSVKLSCKASGYTFTYWMQWVKQRPGQGLEWIGTIYPGDGDTGYAQKFQGKATLTADKSSKTVYMHLSSLASEDSAVYYCARGDYYGSNSLDYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO:33)
轻链:
DIVMTQSHLSMSTSLGDPVSITCKASQDVSTVVAWYQQKPGQSPRRLIYSASYRYIGVPDRFTGSGAGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSPPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:34)
患者:
如本文所使用的,术语“患者”或“受试者”是指所提供的组合物施用于或可以施用于的任何生物体,例如用于实验、诊断、预防、美容和/或治疗目的。典型的患者包括动物(例如哺乳动物,如小鼠、大鼠、兔、非人灵长类动物和/或人)。在一些实施方式中,患者是人。在一些实施方式中,患者患有或易患一种或多种病症或病状。患者可能展示病症或病状的一种或多种症状,或可能已被诊断患有一种或多种病症或病状(如癌症,或存在一种或多种肿瘤)。在一些实施方式中,患者正在接受或已接受某种疗法以诊断和/或治疗此类疾病、病症或病状。在优选的实施方式中,患者是人癌症患者,例如多发性骨髓瘤患者。
序列同一性百分比(%):
两个序列之间的“序列同一性”百分比(%)可以使用本领域已知的方法确定。关于肽、多肽或抗体序列的序列同一性可以被定义为在比对候选序列并在必要时引入空位以达到最大序列同一性百分比之后并且在不将任何保守取代视为序列同一性的一部分的情况下,所述序列中与特定肽或多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。出于确定氨基酸序列同一性百分比目的进行的比对可以通过在本领域的技术范围内的各种方式(例如,使用可公开获得的计算机软件,如BLAST、BLAST-2,包括带空位的BLAST,以及BLASTp(针对蛋白质)(Altschul SF等人(1997))或FASTA)使用默认参数实现。
患者抗体:
如本文所使用的,本文中使用的术语“患者抗体(patient antibody)”或“患者抗体(patient antibodies)”是指患者自身在体内产生的抗体。因此患者抗体是患者源性抗体。因此将患者抗体与抗CD38抗体区分开来,因为这些抗CD38抗体是治疗性抗体(作为治疗方案的一部分向患者施用的外源性抗体,例如用于表达CD38的癌症的治疗)。患者抗体可以是同种抗体或自身抗体。通常,本发明的方法确定患者血液样品中临床上显著的患者抗体的存在或不存在。“临床上显著的”是指当患者被施用供体红细胞时,患者抗体以引起不良反应的方式与供体红细胞发生反应的能力。不良反应可以包括供体红细胞的破坏(溶血)。不良反应可以包括急性或延迟性溶血性输血反应,或胎儿和新生儿的溶血性疾病(HDFN)。
通常,与一个或多个红细胞抗原特异性结合的患者源性抗体是人IgG抗体。
“同种抗体”是指与受试者的自身红细胞上不存在的红细胞抗原特异性结合的抗体。因此,同种抗体是抗红细胞抗原同种抗体。同种抗体可与“自身抗体”区分开,所述自身抗体是指与受试者的自身红细胞上存在的抗原特异性结合的抗体。同种抗体和自身抗体两者都可以通过本发明的方法进行检测。为了产生同种抗体,个体必须暴露于非自身RBC抗原并且具有能够呈递非自身抗原的一部分的HLA结合基序(Tormey和Hendrickson,2019)。暴露于非自身抗原可以通过妊娠、输血或移植发生。形成同种抗体的过程被称为“同种异体免疫”。同种抗体可以是临床上显著的,从而导致所输注的RBC的破坏(溶血),或者在母体携带针对婴儿的红细胞上的抗原的同种抗体的情况下对胎儿或新生儿造成伤害。事实上,同种异体免疫可能是输血相关死亡的直接原因。同种异体免疫还会导致患者治疗中的另外的并发症,如输血延迟、难以为高度同种异体免疫的个体定位适配的血液以及延迟性或急性溶血性输血反应。同种异体免疫对于肿瘤患者而言具有特定临床重要性,这些患者经常接受输血作为其支持性护理的一部分,并且产生同种抗体的风险更大(Hendrickson和Tormey,2016)。如此,重要的是,可以准确且快速地筛查患者样品中同种抗体的存在。用抗CD38抗体(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)治疗的患者可能由于其血清中抗CD38抗体的存在而经历筛查同种抗体的延迟,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与RBC上的CD38结合并且给出存在同种抗体的假指示。用于检测同种抗体的抗体筛查测试和血液交叉配血可以被修改以并入用于通过抗CD38抗体避免这种干扰的步骤。例如,RBC可以用抗原洗脱剂(如DTT)进行处理,或者患者样品可以用抗CD38中和剂(如可溶性CD38)进行处理。然而,此类另外的试剂产生另外的成本,并且不能广泛获得,并且额外的方法步骤耗时并且使抗体筛查延迟。本发明的方法能够检测患者样品中的同种抗体,而不需要另外处理RBC或患者血液样品。使用本发明的方法,抗CD38抗体或其抗原结合片段没有引起对抗体筛查或交叉配血的干扰(例如,在不存在临床上显著的同种抗体的情况下的凝集),由此最大限度地降低成本并且避免鉴定用于输注的适配血液产品的延迟。
患者抗体(例如,患者同种抗体)没有与CD38特异性结合。
药学上可接受的:
如本文所使用的,适于用于调配如本文所公开的组合物的载体、稀释剂或赋形剂的术语“药学上可接受的”意指载体、稀释剂或赋形剂必须与组合物的其它成分相适配并且对其接受者无害。
药物组合物:
如本文所使用的,术语“药物组合物”是指将活性剂与一种或多种药学上可接受的载体一起调配的组合物。在一些实施方式中,活性剂以适于在施用于相关群体时示出实现预定治疗效果的统计学上显著的概率的治疗方案中施用的单位剂量存在。药物组合物可以被调配成以固体或液体形式施用,包括适于以下的那些药物组合物:口服施用,例如灌服药(水性或非水性溶液或悬浮液)、片剂,例如旨在经颊、舌下和全身吸收的那些片剂、团注、粉末、颗粒剂、施涂于舌部的糊剂;肠胃外施用,例如以无菌溶液或悬浮液或缓释调配物通过皮下、肌肉内、静脉内、肿瘤内或硬膜外注射;局部施涂,例如呈乳膏、软膏或控释贴片或喷雾施涂于皮肤、肺或口腔;阴道内、直肠内、舌下、经眼、透皮、经鼻、肺以及向其它粘膜表面。
血浆:
如本文所使用的,术语“血浆”是指基本上没有红细胞和白细胞以及血小板的血液的液体组分。血浆可能含有纤维蛋白原和其它凝血因子以及白蛋白。用于本发明的血浆可以使用任何合适的或标准的制备方案由全血制备。在本发明中,血浆可能由将要接受输血的患者提供或源自所述患者。为了制备血浆以供使用,可以将全血收集到经抗凝剂处理的管中。通过离心去除或分离红细胞和血小板,并且将所得上清液指定为血浆。用于本发明的血浆样品可以包括例如约10μl至约3ml的体积。例如,可以使用约100μl、150μl、160μl、200μl、250μl或300μl的血浆。用于本发明的方法的血浆和/或血清可以在使用前用合适的缓冲液或稀释剂稀释。血浆和/或血清可以以1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10稀释制备以供使用。合适的稀释剂可以包括例如磷酸盐缓冲盐水(PBS)和/或低离子强度溶液(LISS)。
红细胞:
如本文所使用的,术语“红细胞”、“RBC”或“红血细胞”是指能够运输氧气的血细胞。用于本发明的红细胞,即供体红细胞,可以使用任何合适的或标准的制备方案从任何合适的全血源衍生。在本发明中,红细胞可以从旨在使用,例如用于向患者输注的供体血液源获得。因此,供体红细胞通常来自人供体。供体血液可以被收集并储存在柔性塑料袋中。袋可以含有防止血液凝结并且促进储存的化合物和化学品(例如,柠檬酸钠、磷酸盐、葡萄糖以及有时腺嘌呤)。血液通入储存袋所通过的管可以在收集后被分段,以提供含有少量血液的“尾巴”部分。供体血液的这些小“尾巴”体积适用于交叉配血测定,包括本发明的测定。少量全血可以被提供作为红细胞源用于本发明的测定。例如,可以使用约1ul至约500ul的供体红细胞。本发明的方法可以使用约10μl、约20μl、约30μl、约40μl、约50μl、约60μl、约70μl、约80μl、约90μl、约100μl、约150μl或约200μl(例如,约10μl至约200μl)的全供体血。在使用前,红细胞可以用任何合适的稀释剂或缓冲液稀释。本发明的方法可以使用在合适的稀释剂或缓冲液中制备的约10μl、约20μl、约30μl、约40μl、约50μl、约60μl、约70μl、约80μl、约90μl、约100μl、约150μl或约200μl(例如,约10μl至约200μl)的供体红细胞。
血清:
如本文所使用的,术语“血清”是指基本上没有凝血因子、血小板和血细胞的血液的液体组分。用于本发明的血清可以使用任何合适的或标准的制备方案由全血制备。在本发明中,血清可以由将要接受输血的患者提供或源自所述患者。为了制备血清以供使用,可以收集全血并使其凝结一定时间段。可以通过离心去除红细胞和血小板,并且将所得上清液指定为血清。用于本发明的方法的血浆和/或血清可以在使用前用合适的缓冲液或稀释剂稀释。血浆和/或血清可以以1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10稀释制备以供使用。合适的稀释剂可以包括例如磷酸盐缓冲盐水(PBS)和/或低离子强度溶液(LISS)。
固相测定:
如本文所使用的,术语“固相测试”、“固相测定”或“固相方法”是指适于检测与患者样品中的红细胞抗原特异性结合的患者源性抗体(如同种抗体,具体地是临床上显著的同种抗体)的方法,具体地在血液交叉配血或RBC套组抗体筛查中。固相系统,如ImmucorCapture-R Select,可以用于抗体筛查以检测患者源性抗体的存在。固相测试可能涉及RBC与固体表面(如微板孔)的结合。RBC基于红细胞抗原的已知表达进行选择,通常形成了针对红细胞抗原的患者源性抗体。然后将粘附到固体表面的RBC与患者血浆或血清样品一起温育,随后执行洗涤步骤并添加指示细胞(例如,涂覆有抗IgG的细胞)。当来自患者样品的患者源性抗体已经与固体表面的固定化RBC结合时,指示细胞上的抗IgG也将和与固定化RBC结合的患者抗体结合。指示细胞可以是涂覆有凝集剂,如抗人球蛋白(例如,抗IgG和/或抗C3)的红细胞。患者样品中相关患者源性抗体的存在由弥漫性涂覆指示RBC已经结合的固体表面的红色指示。在患者样品中未检测到相关患者源性抗体的阴性固相测定由孔底部处的指示细胞的沉淀物指示。
固相测试也可以用于血液交叉配血(适配性测试)。在固相交叉配血中,凝集剂,如抗人球蛋白(例如,抗IgG和/或抗C3)被直接附着或粘附到固体表面。将来自患者的血清或血浆与待测试的供体RBC一起温育,并通过附着的凝集剂与固体表面接触。来自患者样品的与供体RBC结合的任何抗体都将粘附到固体表面的凝集剂。因此,因为患者样品中与供体RBC上的抗原特异性结合的患者源性抗体的存在,所以涂覆孔的固体表面的弥漫性红色指示患者与供体之间的不适配匹配。
实体瘤:
如本文所使用的,术语“实体瘤”是指通常不含囊肿或液体区域的异常组织块。实体瘤可以是良性或恶性的。不同类型的实体瘤是以形成其的细胞类型命名的。实体瘤的实例是肉瘤(包括由如松质骨、软骨、脂肪、肌肉、血管、造血或纤维结缔组织等组织中的间充质来源的转化细胞引起的癌症)、癌(包括由上皮细胞引起的肿瘤)、黑色素瘤、淋巴瘤、间皮瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤等。涉及实体瘤的癌症包括但不限于脑癌、肺癌、胃癌、十二指肠癌、食道癌、乳腺癌、结肠和直肠癌、肾癌、膀胱癌、肾脏癌、胰腺癌、前列腺癌、卵巢癌、黑色素瘤、口腔癌、肉瘤、眼癌、甲状腺癌、尿道癌、阴道癌、颈癌、淋巴瘤等。
治疗有效量:
如本文所使用的,术语“治疗有效量”意指当根据治疗性给药方案向患有或易患疾病和/或病状的群体施用时足以治疗此类疾病和/或病状的量(例如,药剂或药物组合物的量)。治疗有效量是降低疾病、病症和/或病状的发生率和/或严重程度,稳定疾病、病症和/或病状和/或延缓疾病、病症和/或病状的一种或多种症状的发作的量。本领域的普通技术人员应了解,“治疗有效量”实际上不需要在特定受试者中实现的成功治疗。
治疗:
如本文所使用的,术语“治疗(treatment)”(还有“治疗(treat)”或“治疗(treating)”)是指部分或完全缓解、改善、减轻、抑制一种或多种症状、延缓一种或多种症状的发作、降低一种或多种症状的严重程度和/或降低一种或多种症状的发生率的物质(例如,所公开的抗CD38抗体,如通过aCD38-b-348或aCD38-b-329所例示的,或任何其它药剂)的任何施用。在一些实施方式中,治疗可以涉及直接施用抗CD38抗体,如aCD38-b-348或aCD38-b-329(例如,作为可注射的水性组合物,任选地包含药学上可接受的载体、赋形剂和/或佐剂,用于静脉内、皮下、肿瘤内或瘤周注射)或使用方案的施用,所述方案包括:从受试者(例如从血液、组织或肿瘤,在有或没有基于标志物的表达的存在或不存在进行选择的情况下)获得细胞;使所述细胞与抗CD38抗体(如aCD38-b-348或aCD38-b-329)离体接触;以及将此类细胞施用于受试者(在有或没有基于标志物的表达的存在或不存在进行选择的情况下)。
管测定:
如本文所使用的,术语“管测定”或“管方法”是指在管(如试管)中进行间接抗球蛋白试验(IAT)的方法。管测定可以用于检测与患者样品(如血清或血浆样品)中的红细胞抗原特异性结合的患者源性抗体(如同种抗体,具体地是临床上显著的同种抗体),作为对照RBC套组的抗体筛查或与供体RBC的交叉配血的一部分。管测定通常包括以下步骤。RBC可以悬浮在合适的溶液,例如等渗盐水(NISS)、磷酸盐缓冲盐水(PBS)、聚乙二醇(PEG)溶液或低离子强度盐水(LISS)中。患者样品(例如,血清或血浆样品)可以被添加到管中,随后进行RBC悬浮。患者样品和RBC悬浮液可以在足以允许任何患者抗体与在供体RBC上表达的任何RBC抗原结合的条件下温育。例如,温育可以发生至少约5分钟。温育可以进行至少约5分钟、至少约10分钟、至少约15分钟、至少约20分钟、至少约30分钟、至少约40分钟、至少约50分钟、至少约1小时、至少约90分钟或至少约2小时。温育的持续时间可能根据所使用的试剂而变化,例如,使用LISS可能导致更短的反应时间并需要更短的温育持续时间。温育可以在约37℃下进行。温育可以在约室温(约15℃至约25℃)下进行。温育后,可以执行洗涤步骤以去除未结合的患者抗体。管测定可以进一步包括步骤:添加与患者血液样品中存在的任何患者源性抗体特异性结合到一起的药剂。与患者血液样品中存在的任何抗体特异性结合到一起的药剂可以是抗球蛋白,例如抗人IgG(和/或抗C3)。在患者源性抗体与供体RBC上的RBC抗原结合的情况下,抗球蛋白试剂与患者源性抗体结合在一起以引起与患者抗体结合的RBC的凝集。管测定中的RBC的凝集指示与供体RBC上的RBC抗原特异性结合的患者源性抗体的存在。管测定中的RBC的凝集可以指示供体RBC与患者不适配。
筛查方法
在本发明的第一方面,提供了一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;以及
c)筛查所述患者血液样品,所述筛查包括确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
有利地,本发明的方法通常不包括以下步骤:使所述患者血液样品或所述供体血液样品与抑制所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与可能存在于所述供体红细胞表面(即由所述供体红细胞表达)的膜结合CD38结合的药剂接触。在现有技术的方法中,具体地在从已经施用抗CD38抗体(除了本文所公开的抗CD38抗体)的患者筛查血液的方法中,需要另外的方法步骤来防止其它治疗性抗CD38抗体干扰患者样品中可能与在供体红细胞表面表达的红细胞抗原结合的患者抗体的筛查。具体地,需要添加抑制抗CD38抗体或其抗原结合片段与供体红细胞表面存在的膜结合CD38结合的药剂的步骤以防止筛查测定中的假阳性。抑制抗CD38抗体或其抗原结合片段与膜结合CD38结合的药剂可以是例如可溶性CD38抗原、抗CD38独特型抗体或抗原洗脱剂。
患者通常是在从患者获得血液样品之前至少6个月并且优选地至少1年尚未施用抗CD38抗体(并且任选地尚未施用抗红细胞抗原抗体)的患者,除了不干扰筛查测定的抗CD38抗体,如本文所公开的抗CD38抗体(特别是aCD38-b-348或aCD38-b-329抗体,或源自其的抗体或抗原结合片段)之外。源自aCD38-b-348或aCD38-b-329的抗体包括包含以下中的至少一个但优选地所有6个CDR的抗体:aCD38-b-348或aCD38-b-329,或其变体aCD38-b-348-m1、aCD38-b-348-m2-、aCD38-b-348-m3、aCD38-b-348-m5、aCD38-b-329-m6或aCD38-b-329-m7中的任一个或与aCD38-b-348或aCD38-b-329结合相同表位的任何抗CD38抗体。在一些实施方式中,患者是在从患者获得血液样品之前6个月并且优选地至少1年尚未施用达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗的患者。当然,患者可能从未施用任何抗CD38抗体(并且任选地从未施用抗红细胞抗原抗体),除了不干扰筛查测定的抗CD38抗体,如本文所公开的抗CD38抗体之外,特别是如果此处所公开的抗CD38抗体是患者一生中接受的首次抗CD38抗体治疗(或抗红细胞抗原抗体治疗)。
在一些实施方式中,步骤(b)的筛查使用选自由以下组成的组的测定进行:柱凝集测定、间接抗球蛋白试验(IAT)管测定和固相测定。这些在别处更详细地描述。
在一些实施方式中,所述方法包括在步骤(b)的所述筛查之前,使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的所述供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物。然后,所述方法可以进一步包括以下步骤:例如在足以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者抗体(如果存在的话)能够与所述供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合的条件下,温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物。任选地,所述方法可以进一步包括以下步骤:如果所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物,例如通过离心所述患者血液/供体红细胞混合物。在患者样品和供体红细胞混合后,仍可能发生“分离步骤”(例如,离心步骤),即使没有形成患者抗体/供体红细胞抗原复合物(例如,因为患者血液样品不包括与供体RBC上的任何RBC抗原特异性结合的任何患者抗体)。然而,这可能直到分离步骤(例如,离心)发生后才显现出来。
抗CD38抗体或其抗原结合片段
抗CD38抗体或其抗原结合片段是当将患者血液样品与供体红细胞交叉配血或当进行任何抗体RBC套组测定时不会引起干扰的抗CD38抗体或其抗原结合片段。所述抗CD38抗体或其抗原结合片段不是达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以是aCD38-b-348或a-CD38-b-329或者可以源自所述抗体。例如,在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:19的氨基酸序列作为可变重链互补决定区3(HCDR3)。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或抗原结合片段可以进一步包括氨基酸序列元件,如:
a)SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:17的氨基酸序列作为可变重链互补决定区1(HCDR1);和/或
b)SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:18的氨基酸序列作为可变重链互补决定区2(HCDR2)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以进一步包括:
a)SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:20的氨基酸序列作为可变轻链互补决定区1(LCDR1);
b)SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:21的氨基酸序列作为可变轻链互补决定区2(LCDR2);以及
c)选自由以下组成的组的氨基酸序列作为可变轻链互补决定区3(LCDR3):SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12、SEQ IDNO:25和SEQ ID NO:26。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括可变重链,所述可变重链包括SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:23的氨基酸序列。优选地,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段进一步包括可变轻链,所述可变轻链包含选自由以下组成的组的氨基酸序列:SEQID NO:8、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQID NO:27和SEQ ID NO:28。
也可以使用变体抗体其抗原结合片段,如具有某一同一性百分比和/或一种或多种氨基酸取代的变体,如下文更详细讨论的。
抗CD38抗体的某些特征
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或抗原结合片段调节CD38的一个或多个特征。也就是说,在一些实施方式中,与不存在所提供的抗体时相比,当所提供的抗体存在时,CD38的水平和/或活性和/或其一种或多种下游效应可检测地发生变化。可替代地或另外地,在一些实施方式中,当所提供的抗体存在时,CD38的水平和/或活性和/或其一种或多种下游效应与在相当条件下在参考抗CD38抗体(如IB-4,具有已知期望属性;例如,激动CD38的一个或多个特征的已知能力)的情况下所观察到的水平和/或活性和/或其一种或多种下游效应相当或比其更大。
在许多实施方式中,当存在本发明中使用的抗CD38抗体或其抗原结合片段时,CD38的一个或多个特征增强。例如,在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段的存在与增加的免疫细胞激活和/或增殖相关。因此,抗CD38抗体在本文中通常被称为“激动剂”。然而,本领域的技术人员应了解,本公开的教导内容不受所提供的抗体或其抗原结合片段的特定作用机制限制。所提供的抗体的相关结构和/或功能特征在本文中进行描述且不言自明。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段可以通过例如对某些免疫效应细胞(例如,NK细胞和/或T细胞)的效应来表征。可替代地或另外地,在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段可以通过例如对免疫抑制细胞的效应来表征。例如,在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段显示出相对于免疫效应细胞(如NK细胞和T细胞)的激活特性以及对CD38高表达细胞(如免疫抑制细胞)的细胞毒性特性。可替代地或另外地,在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段通过与人CD38胞外结构域中的特定表位结合和/或使其特别适于药物使用和/或制造相关的一个或多个特征来表征。具体地,抗CD38抗体在血液筛查方法中是特别有用的,包括患者与RBC供体之间的交叉配血,包括经历用于可能需要RBC输注的某些疾病的疗法的那些患者(包括癌症患者,具体地是多发性骨髓瘤患者)。
在一些实施方式中,所提供的抗体或其抗原结合片段以在10-8M范围内或以下(在10-9M范围内)的Kd与人CD38结合,优选地抗体或其抗原结合片段以在10-8M至10-11M范围内的Kd与人CD38结合。在一些实施方式中,Kd为约10-8至约10-11。在一些实施方式中,Kd为10-8至10-9。在一些实施方式中,所提供的抗体或其抗原结合片段还可以以在10-8至10-11M范围的Kd值与人和食蟹猴CD38(例如,与人和食蟹猴CD38上的胞外表位)结合。用于评估抗体或其抗原结合片段的结合亲和力的Kd可以通过标准方法,包括表面等离子体共振(SPR),如Biacore分析或使用Forte Bio Octet系统的分析来获得。
本文所使用的抗体(和/或其抗原结合片段)在医学中(例如,在疗法中和/或在预防中,例如在癌症治疗中)和/或关于需要或涉及靶向表位的方法,如在人CD38胞外结构域内被鉴定为aCD38-b-ep的方法的用途中可能是特别有用的。所提供的抗体或其抗原结合片段可以被制备为呈递最适当的同种型,具体地是来自由以下组成的组的人同种型:IgG1、IgG2、IgG3和IgG4同种型抗体,更具体地是人IgG1。
抗体可以以多种形式提供。例如,在一些实施方式中,适当的形式可以是或包括单克隆抗体、结构域抗体、单链抗体、Fab片段、F(ab')2片段、单链可变片段(scFv)、scFv-Fc片段、单链抗体(scAb)、适配体或纳米抗体。在一些实施方式中,抗体或其抗原结合片段(以及具体地单克隆抗体)可以是兔、小鼠、嵌合、人源化或全人抗体或其抗原结合片段。在一些实施方式中,所提供的抗体或其抗原结合片段可以具有IgG、IgA、IgE或IgM同种型(优选地人同种型),因为其可能最适合于给定用途。在一些实施方式中,所提供的抗体或其抗原结合片段是IgG同种型,更具体地是IgG1、IgG2、IgG3或IgG4同种型(优选地是人IgG1)。在一些实施方式中,所提供的抗体或其抗原结合片段被提供作为多特异性结合剂的一部分,例如,当期望缔合另外的结合和/或功能部分时,分离的抗体或抗原结合可以包括在双特异性抗体、多特异性抗体或本领域中可能可用的其它多特异性形式中。
在一些实施方式中,抗体或其抗原结合片段(或其变体)可以是a-岩藻糖基化的。众所周知,抗体糖基化可能影响抗体(例如,单克隆抗体、重组抗体和/或以其它方式工程化或分离的抗体)和Fc-融合蛋白的活性、药代动力学和药效学,并且可以利用特定技术获得具有所期望的糖基化特性的抗体(Liu L,2015)。支持根据本发明的供使用的抗体的细胞毒性的效应功能可以使用用于降低抗体岩藻糖基化水平的方法来增强。包括呈递此类特性的特异性aCD38-b-348或aCD38-b-329序列元件的抗体可以被产生,例如通过使用对细胞系进行基因工程化的技术表达aCD38-b-348或aCD38-b-329序列,所述技术可以产生岩藻糖基化能力缺失或降低的抗体,所述抗体中的一些抗体是可商购获得的,如Potelligent(龙沙基团(Lonza))、GlyMAXX(ProBiogen公司(ProBiogen)),或通过操纵制造过程,例如通过控制渗透压和/或使用酶抑制剂,还参见例如EP2480671中描述的方法。
用于本发明的抗CD38抗体或其抗原结合片段可以以组合物(例如,药物组合物)的形式提供,所述组合物包含所提供的具有如本文所述的期望特性的抗体或其抗原结合片段(例如,aCD38-b-348或aCD38-b-329抗体或其抗原结合片段,以及其变体或源自其的其它抗体)。在一些实施方式中,此类组合物旨在和/或用于医疗用途,如治疗、诊断或预防用途。在一些实施方式中,此类组合物可以进一步包含药学上可接受的载体或赋形剂和/或可以用于治疗癌症。在一些实施方式中,药物组合物可以用本领域已知的一种或多种载体、赋形剂、盐、缓冲剂等调配。本领域的技术人员将了解并能够容易地使用各种调配技术,包括对于给定方法和/或施用位点可能特别期望和/或有用的技术,例如用于肠胃外(例如,皮下、肌肉内或静脉内注射)、粘膜、肿瘤内、瘤周、口服或局部施用。在许多实施方式中,所提供的包含抗CD38抗体或其抗原结合部分的药物组合物被调配用于肠胃外递送(例如,通过注射和/或输注)。在一些实施方式中,此类药物组合物可以被提供于例如预装载的注射器或小瓶形式中。在一些实施方式中,此类药物组合物可以例如以干燥(例如冻干)形式提供和/或利用;可替代地,在一些实施方式中,此类药物组合物可以以液体形式(例如,溶液、悬浮液、分散体、乳液等形式)、凝胶形式等提供和/或利用。
抗CD38抗体的功能特征
在本发明的一些实施方式中,抗体(以及其如本文所述的变体,如突变以去除DG基序的变体)可以具有有利的活性特性。例如,在一个实施方式中,抗体或其抗原结合片段(以及其变体)可以:
-表现出针对CD38+靶细胞的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)活性;
-表现出补体依赖性细胞毒性(CDC);
-表现出抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP);和/或
-诱导免疫效应细胞激活。
优选地,与达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗相比,aCD38-b-348或aCD38-b-329或其抗原结合片段(或其变体)在相同或基本上相同的条件下表现出降低的针对CD38+靶细胞的CDC活性。
抗CD38抗体或其抗原结合片段的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)活性可以在体外确定,例如使用CD38+Daudi细胞作为靶细胞并且使用人PBMC细胞作为效应细胞,其中靶细胞与效应细胞的比率为约50:1至约25:1。
针对CD38+靶细胞的补体依赖性细胞毒性(CDC)活性可以在体外确定,例如在存在10%补体的情况下使用CD38+Daudi和/或Raji细胞。CDC活性可以通过在存在人补体的情况下用浓度增加到10μg/ml的抗体处理靶细胞来确定。在一些实施方式中,CDC活性可以通过在存在10%补体的情况下测量CD38+细胞,即CD38+Daudi细胞的最大细胞裂解百分比来确定。给定抗体的最大裂解可能在各实验之间变化。因此,考虑用于测量CDC活性的其它度量是有帮助的,包括例如EC50值和/或最大裂解%和/或EC50相较于参考抗体(如达雷妥尤单抗)的差异倍数。因此,与达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗相比,较低CDC活性的确定可以参考最大裂解%、EC50和/或相较于另一个值的达雷妥尤单抗的变化倍数。
在本发明的一个优选实施方式中,抗CD38抗体可以表现出:
a)CDC的EC50是达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗的EC50的至少0.5倍(或更优选地至少1倍);或CDC具有如在Raji中测量的最大裂解%,和/或
b)在存在10%补体的情况下,Daudi细胞的CDC不多于由达雷妥尤单抗表现出的CDC的一半;
例如,具体地在抗CD38抗体是aCD38-b-348或源自其的抗体或其变体的情况下。
在本发明的一个优选实施方式中,CD38调节抗体剂可以表现出:
a)CDC的EC50是达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗的EC50的至少0.5倍(或更优选地至少1倍)的;或
b)在存在10%补体的情况下,CDC的如在Raji和/或Daudi细胞中测量的最大裂解%不多于由达雷妥尤单抗表现出的最大裂解%的一半;
例如,具体地在抗CD38抗体是aCD38-b-329或源自其的抗体或其变体的情况下。
当然,达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗的CDC在相同或基本上相同的条件下确定以供比较。CDC活性可以使用至多约10μg/mL的抗体浓度来确定。如技术人员应理解的,在确定细胞的最大裂解时,并不总是需要10μg/mL的浓度,因为最大细胞裂解可能在较低的抗体浓度下发生,即使必要时可以使用10μg/mL。
在一些实施方式中,与达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗相比,CDC活性的降低使得在相同或基本上相同的条件下,抗体或其抗体结合片段的EC50是达雷妥尤单抗的EC50的至少约0.5倍(即至少约1.5倍),或优选地至少约1倍(即至少约2倍)。例如,在存在10%补体的情况下,抗体或其抗体结合片段的EC50是针对Daudi细胞和/或Raji的达雷妥尤单抗的EC50的至少约0.5倍,或优选地约1倍。
在一些实施方式中,抗体或其抗原结合片段(或其变体)诱导针对CD38+Daudi和/或Raji细胞的CDC,所述CDC的EC50为至少约0.05μg/mL(以及任选地通过CDC引起此类表达CD38+的细胞的至少60%裂解)。在一些实施方式中,抗体或其片段诱导针对CD38+Daudi和/或Raji细胞的CDC,所述CDC的EC50为至少约0.05μg/mL、至少约0.10g/mL或至少约0.15μg/mL(以及任选地在至多约10μg/mL的抗体浓度下通过CDC引起此类表达CD38+的细胞的至少60%裂解)。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)可以表现出针对表达CD38的细胞的抗体依赖性细胞吞噬作用(ADCP)。ADCP活性可以通过报告细胞测定,即测量Jurkat细胞中的FcgRIIa接合作为表达FcgRIIa的效应细胞来确定。效应细胞还表达NFAT诱导的荧光素酶。测定中的靶细胞可以是表达CD38的Raji细胞。可以测量NFAT信号传导以确定活性。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)可以诱导针对在体外产生的T reg细胞的ADCP。
在一些实施方式中,与达雷妥尤单抗相比,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)可以在相同或基本上相同的条件下诱导更大量的T细胞激活。在一些实施方式中,T细胞激活可以通过测量luc_报告基因Jurkat细胞中的NFAT信号传导来确定。在一些实施方式中,如在luc_报告基因Jurkat细胞中所测量的,由抗CD38抗体或其抗原结合片段诱导的NFAT信号传导比在相同或基本上相同的条件下测量的达雷妥尤单抗的NFAT信号传导高至少约10%。在一些实施方式中,所述NFAT信号传导比在相同或基本上相同的条件下测量的达雷妥尤单抗的NFAT信号传导高至少约15%、至少约20%或至少约30%。
在Jurkat细胞中进行的NFAT luc_报告基因测定中,可以在存在可溶性CD3单克隆抗体的情况下以相对发光单位(RLU)测量NFAT信号传导。CD3单克隆抗体的浓度可以为1μg/ml,并且Jurkat细胞可以用浓度为约5μg/ml至约40μg/ml(例如,10μg/ml)的抗CD38抗体进行刺激。使用此类测定,当将仅CD3刺激的RLU用作基线时,所述NFAT信号传导可能比在相同或基本上相同的条件下测量的达雷妥尤单抗的NFAT信号传导高至少约30%。
T细胞激活可以进一步通过T细胞增殖增加和/或细胞因子分泌增加来表征,其中所述细胞因子可以选自由以下组成的组:IL-2、TNF-α、IFN-γ、IL-10和GM-CSF。
T细胞增殖可以如实施例中的进行测量,例如在温育72小时后并且在存在0.1μg/ml或0.5μg/ml抗CD3抗体的情况下以10μg/ml的抗体浓度确定。在一些实施方式中,与未经处理的细胞相比,抗CD38抗体或其抗原结合片段使CD4+和/或CD8+细胞的T细胞增殖增加了至少约20%。在一些实施方式中,与未经处理的细胞相比,T细胞增殖增加了至少约25%、增加了至少约30%、增加了至少约35%或增加了至少约40%。
优选地,在相同或基本上相同的条件下(例如,在相同抗体浓度下温育72小时),与用人IgG1处理的细胞相比,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)使CD4+和/或CD8+细胞的T细胞增殖增加了至少约0.5倍(即是所述细胞的至少1.5倍)、或至少1倍(即是所述细胞的至少2倍)、或至少2倍(即是所述细胞的至少3倍)或至少3倍(即是所述细胞的至少4倍)。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)诱导选自由CD4+和/或CD8+细胞中的IL-2、TNF-α、IFN-γ、IL-10和/或GM-CSF组成的组的细胞因子的分泌的量比由达雷妥尤单抗在相同或基本上相同的条件下诱导的量多。在一些实施方式中,与达雷妥尤单抗相比,抗CD38抗体或其抗原结合片段使GM-CSF的分泌增加。在一些实施方式中,与达雷妥尤单抗相比,抗CD38抗体或其抗原结合片段使IL-2的分泌增加。在一些实施方式中,与达雷妥尤单抗相比,抗CD38抗体或其抗原结合片段使IL-2、TNF-α、IFN-γ、IL-10和GM-CSF的分泌增加。细胞因子分泌可以如实施例中所提供的进行测量,例如在温育72小时后以10μg/ml的抗体浓度确定。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)可以诱导NK细胞激活。NK细胞激活可以通过NK细胞增殖增加来表征。NK细胞激活可以可替代地或另外地通过显示胞内IFNg产生增加和/或脱粒标志物CD107a的表达增加来确定。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)可能影响环化酶和/或NADase活性。对CD38 NADase活性的效应可以被测量,例如通过测量Jurkat细胞中E-NAD+转化为5'-eAMP。对CD38环化酶活性的效应可以被测量,例如通过测量Jurkat细胞中NGD+转化为cGDPR。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)对CD38环化酶活性具有抑制效应。对CD38环化酶活性的抑制效应可以被测量,例如通过测量Jurkat细胞中NGD+转化为cGDPR。对CD38环化酶活性的抑制效应产生的CD38活性可能比在存在IgG非结合对照抗体的情况下的CD38环化酶活性低至少10%,如通过Jurkat细胞中NGD+转化为cGDPR所测量的。在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段对CD38环化酶具有抑制效应,所述抑制效应小于在相同或基本上相同的条件下达雷妥尤单抗对CD38环化酶活性的抑制效应。在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段使CD38环化酶活性降低到在存在IgG非结合对照抗体的情况下CD38环化酶活性的不少于约25%,如通过Jurkat细胞中NGD+转化为cGDPR所测量的。优选地,所述抗体使CD38环化酶活性降低到在存在IgG非结合对照抗体的情况下CD38环化酶活性的不少于约30%、不少于约40%或不少于约50%。优选地,所述抗体使CD38环化酶活性降低到在存在IgG非结合对照抗体的情况下CD38环化酶活性的25%-95%、约30%-90%或约50%至90%。这意味着在存在抗CD38抗体或其抗原结合片段的情况下,在Jurkat细胞中仍存在CD38环化酶活性,然而其量相较于在存在IgG非结合对照抗体的情况下的量减少。
达雷妥尤单抗已示出抑制环化酶活性并刺激NADase活性。相比之下,本发明的抗体对CD38环化酶可能具有抑制效应,所述抑制效应小于在相同或基本上相同的条件下达雷妥尤单抗对CD38环化酶活性的抑制效应。
如此,在相同或基本上相同的条件下,与达雷妥尤单抗和/或伊沙妥昔单抗相比,抗CD38抗体或其抗原结合片段(或其变体)表现出针对CD38+靶细胞的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)活性;表现出针对CD38+靶细胞的降低的CDC活性(例如,如本文所述进行测量的EC50值可以是达雷妥尤单抗的EC50值的至少两倍;诱导免疫效应细胞激活;诱导T细胞增殖;诱导细胞因子分泌(包括IL-2、IFNγ、TNFα、GM-CSF和IL-10)的增加;并且诱导NK细胞激活。此类抗体还可以对CD38环化酶活性表现出轻微抑制效应。
表位
鉴于所选择的抗CD38抗体不干扰交叉配血,结合抗CD38抗体的抗CD38的特定表位在本发明中可能是特别有用的。
在一些实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段与由aCD38-b-348或aCD38-b-329结合的人CD38上的表位结合。在一些实施方式中,此类抗CD38抗体或其抗原结合片段与人CD38胞外结构域结合。在一些实施方式中,抗CD38抗体可以与被鉴定为aCD38-b-ep(蛋白质序列ARCVKYTEIHPEMRH(SEQ ID NO:30);Uniprot序列P28907(SEQ ID NO:29中的氨基酸65-79))的表位结合。
在一些实施方式中,抗CD38抗体与人CD38的表位特异性结合,其中所述表位包括SEQ ID NO:29的氨基酸65-79中包括的一个或多个氨基酸残基。在一些实施方式中,抗CD38抗体与人CD38的表位特异性结合,其中所述表位包括SEQ ID NO:29的氨基酸65-79或由其组成。在一些实施方式中,抗CD38抗体在SEQ ID NO:29的氨基酸65-79的表位内结合。本文中关于任何范围提及的“内”包括范围的极限。例如,在本实例中,“在SEQ ID NO:29的氨基酸65-79的表位内”包括残基65和79,并且因此表位可以包括这些残基。
优选地,表位包括至少5个氨基酸、至少6个氨基酸、至少七个氨基酸、至少八个氨基酸、至少九个氨基酸、至少十个氨基酸、至少十一个氨基酸、至少十二个氨基酸、至少十三个氨基酸或至少十四个或更多个氨基酸,其中所述表位包括SEQ ID NO:29的氨基酸65-79中包括的一个或多个氨基酸。表位可以是线性的或构象的,即不连续的。在一些实施方式中,抗CD38抗体或抗原结合片段与人CD38的表位特异性结合,其中所述表位包括SEQ IDNO:29的氨基酸65-79中包括的至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少十一个、至少十二个、至少十三个或至少十四个或更多个氨基酸残基。在一些实施方式中,抗CD38抗体或抗原结合片段与包括SEQ ID NO:29的氨基酸65-79的表位结合。
在一些实施方式中,提供了与突变人CD38结合的抗体或其抗原结合片段(与非突变人CD38(SEQ ID NO:29)相比),其中在突变人CD38中,位置274中的丝氨酸残基已经被苯丙氨酸取代。
在一些实施方式中,提供了与突变人CD38结合的抗体或其抗原结合片段(与非突变人CD38(SEQ ID NO:29)相比),其中在突变人CD38中,位置202中的天冬氨酸残基已经被甘氨酸残基取代。
在一些实施方式中,提供了与突变人CD38结合的抗体或其抗原结合片段(与非突变人CD38(SEQ ID NO:29)相比),其中在突变人CD38中,位置274中的丝氨酸残基已经被苯丙氨酸取代,并且位置202中的天冬氨酸残基已经被甘氨酸残基取代。
aCD38-b-348和源自其的抗体和抗原结合片段
抗CD38抗体可以是抗CD38抗体aCD38-b-348,例如WO 2018224683中公开的aCD38-b-348抗体。aCD38-b-348抗体也被称为CID-103。抗CD38抗体可以是基于或源自此类抗体的任何抗体或其抗原结合片段。抗CD38抗体的互补决定区CDR1、CDR2和CDR3是根据Kabat编号方案确定的。
例如,在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:1的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:2的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:3的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:4的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:5的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:6的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-348中)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-348中)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体的可变重链序列包括aCD38-b-348的可变重链序列,即:
QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:7);
并且所述抗CD38抗体的可变轻链序列包括a-CD38-b-348的可变轻链序列,即:EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQDGNVYTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:8)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体可以是aCD38-b-348的变体。此类变体可以是抗体aCD38-b-348-m1、aCD38-b-348-m2、aCD38-b-348-m3或aCD38-b-348-m4。
例如,在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:1的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:2的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:3的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:4的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:5的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:9的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-348-m1中)。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:1的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:2的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:3的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:4的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:5的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:10的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-348-m2中)。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:1的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:2的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:3的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:4的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:5的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:11的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-348-m3中)。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:1的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:2的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:3的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:4的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:5的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:12的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-348-m4中)。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-348-m1中);
b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-348-m2中);
c)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-348-m3中);或
d)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-348-m4中)。
因此,变体抗体aCD38-b-348-m1可以表征为包括包含以下序列的重链可变区:QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:7);
以及包含以下序列的变体轻链:
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQEANVYTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:13)。
变体抗体aCD38-b-348-m2可以表征为包括包含以下序列的重链可变区:QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:7);
以及包含以下序列的变体轻链:
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFS GSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQDSNVYTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:14)。
变体抗体aCD38-b-348-m3可以表征为包括包含以下序列的重链可变区:
QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:7);
以及包含以下序列的变体轻链:EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQDANVYTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:15)。
变体抗体aCD38-b-348-m4可以表征为包括包含以下序列的重链可变区:QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:7);
以及包含以下序列的变体轻链:
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQEGNVYTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:16)。
本发明还可以使用相对于参考序列具有某一同一性百分比的变体抗体和其抗原结合片段,如aCD38-b-348的CDR序列或重链和/或轻链可变序列。
例如,在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与SEQ IDNO:7具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括包含与SEQ ID NO:7具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括包含与SEQ ID NO:7具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括包含与SEQ ID NO:7具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链序列。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ IDNO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括与选自由以下组成的组的序列的可变轻链序列同一性:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括:包含与SEQ IDNO:7具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括:包含与SEQ IDNO:7具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括:包含与SEQ IDNO:7具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段序列包括:包含与SEQ IDNO:7具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含选自由以下组成的组的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:7具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:7具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:7具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:8具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:7具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:8具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变轻链序列。
此类变体抗体和其抗原结合片段(即具有某一同一性百分比的抗体和其抗原结合片段)可以保留或表现出与具有本文所公开的aCD38-b-348的重链和轻链可变序列的抗体和其抗原结合片段所描述的功能和药理学特性相同(或基本上相同)的功能和药理学特性,例如与aCD38-b-348结合相同的表位。
在一些实施方式中,具体地对于引用序列与参考序列具有特定序列同一性的任何实施方式,可以计算序列同一性%,而不需要指定重链或轻链可变区的所有6个CDR的序列。在此类实施方式中,序列中的变化(如果有的话)仅发生在框架区中。
在一些实施方式中,抗CD38抗体可以是通过相对于以上定义的aCD38-b-348氨基酸序列元件(或变体m1至m4的那些氨基酸序列元件)的多个取代而可替代地或另外地定义的抗CD38抗体。
例如,此类抗体可以包括含有aCD38-b-348-HCDR3(SEQ ID NO:3)内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链互补决定区3(HCDR3)。在另外的实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括分别含有SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链互补决定区1、2和3(HCDR1、HCDR2和HCDR3);和/或分别含有SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列和选自由以下组成的组的序列作为可变轻链互补决定区1、2和3(LCDR1、LCDR2和LCDR3):SEQ ID NO:6、9、10、11和12。
在另外的实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:SEQ ID NO:7内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变重链序列;和/或选自由以下组成的组的序列内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体可以包括:含有SEQ ID NO:7的可变重链序列的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链序列;和/或选自由以下组成的组的序列的可变轻链序列的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列:SEQ ID NO:8、13、14、15和16。
在另外的实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:SEQ ID NO:7内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变重链序列;和/或SEQ ID NO:8内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体可以包括:含有SEQ ID NO:7的可变重链序列的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链序列;和/或SEQ ID NO:8的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)选自由SEQ ID NO:8、13、14、15和16组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与选自由SEQ ID NO:8、13、14、15和16组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变轻链区序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)SEQ ID NO:8的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与可变轻链区序列SEQ ID NO:8(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变轻链区序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQIDNO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)选自由SEQ ID NO:8、9、10、11和12组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与选自由SEQ ID NO:8、13、14、15和16组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:7的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)SEQ ID NO:8的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:8的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列。
氨基酸取代优选地不会不利地影响,或不会大体上不利地影响抗体的功能特性。因此,这些取代可以被视为保守氨基酸取代。优选地,当确实发生氨基酸取代时,这些取代以1:1的比率发生,使得重链和/或轻链可变区的总长度不会变化。
在一些实施方式中,任何氨基酸取代(如保守氨基酸取代)可能只发生在框架区内。在此类实施方式中,CDR序列保持不变。
通常,呈递此类氨基酸序列和任何取代的抗体仍可以呈递aCD38-b-348的结合和/或功能特性(如与相同的表位结合或本文所述的用于所公开的抗CD38抗体的任何功能特征)以及抗CD38抗体的结合和/或功能特性。
本发明还提供了抗体或其抗原结合片段,其中抗体的轻链或重链中的DG基序可以被改变,例如以降低对天冬氨酸异构化的敏感性,和/或其中抗体的轻链或重链中的任何甲硫氨酸可以被改变,例如以降低甲硫氨酸氧化。例如,DG基序可以被改变以用不同氨基酸取代所述基序中的一个或两个氨基酸。例如,此类基序可以被突变成EG、DQ或DA。甲硫氨酸残基可以被改变以用不同的氨基酸(例如,亮氨酸或苯丙氨酸)来代替所述甲硫氨酸残基。
因此,在一些实施方式中,本文所提供的抗体或其片段可以被突变以去除或修饰DG基序,具体地是在CDR区中出现的DG基序,这是本领域中降低对天冬氨酸异构化的敏感性的标准技术。已经以这种方式修饰的此类抗体可能需要在获得最终序列之前经历另外的修饰(例如,亲和力成熟)。
在本发明的一个实施方式中,提供了具有如本文所公开的抗体的CDR1、CDR2和CDR3序列(例如,aCD38-b-348的CDR1、CDR2和CDR3序列)或如本文所公开的任何抗体的可变重链和可变轻链(例如,aCD38-b-348的可变重链和可变轻链)的变体抗体,但与指定序列的不同之处在于,CDR中的至少一个DG基序(如果存在的话)已被改变成不同的基序。所公开的变体可以如针对aCD38-b-348所描述的进行使用和调配。
例如,aCD38-b-348在其LCDR3序列中含有DG基序。在一些实施方式中,DG基序中的天冬氨酸可以被改变成不同氨基酸,和/或DG基序中的甘氨酸可以被改变成不同氨基酸。在此类实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段可以是或可以源自例如aCD38-b-348。在一些实施方式中,变体抗体或其抗原结合片段具有SEQ ID NO:9、10、11或12中的任一个的VLCDR3序列。例如,变体LCDR3序列(例如,SEQ ID NO:9中的aCD38-b-348-m1变体LCDR3序列、SEQ ID NO:10中的aCD38-b-348-m2变体LCDR3序列、SEQ ID NO:11中的aCD38-b-348-m3变体LCDR3序列或SEQ ID NO:12中的aCD38-b-348-m4变体LCDR3序列)可以被并入到包括aCD38-b-348的LCDR1序列和/或LCDR2序列的抗体中。在一个实施方式中,变体LCDR3序列(例如,SEQ ID NO:9中的aCD38-b-348-m1变体LCDR3序列、SEQ ID NO:10中的aCD38-b-348-m2变体LCDR3序列、SEQ ID NO:11中的aCD38-b-348-m3变体LCDR3序列或SEQ ID NO:12中的aCD38-b-348-m4变体LCDR3序列)可以被并入到包括aCD38-b-348的LCDR1序列、LCDR2序列、HCDR1序列、HCDR2序列和HCDR3序列的抗体中。在一些实施方式中,变体抗体或其抗体结合片段可以包括aCD38-b-348的可变重链序列和可变轻链序列,但LCDR3序列发生突变以去除DG基序(例如,SEQ ID NO:9、10、11或12反而可以作为LCDR3存在)。变体抗CD38抗体提供了具有亲本aCD38-b-348的任何和可能全部结合和功能特性(例如与相同的表位结合或本文所述的用于所公开的抗CD38抗体的任何功能特征)的另外的抗体。所公开的变体可以如针对aCD38-b-348所描述的进行使用和调配。
本发明还可以使用其它或另外的亲和力成熟的抗体,例如源自本文所公开的任何抗体的亲和力成熟的变体。在一个实施方式中,亲和力成熟的抗体是具有改变的DG基序和/或NG基序和/或被改变以去除任何甲硫氨酸残基或使其突变的亲和力成熟的抗体。所公开的亲和力成熟的变体可以如针对aCD38-b-348所描述的进行使用和调配。
在一些实施方式中,本发明提供了一种制备抗CD38抗体的方法,所述方法包括提供如本文所述的抗体(例如,aCD38-b-348或其抗原结合片段或变体),并使抗体经受亲和力成熟,其中所产生的抗体以比亲本抗体的亲和力大的亲和力与CD38结合。优选地,所产生的抗体以比亲本抗体与CD38结合的亲和力大至少20%、至少30%、至少40%,更优选地至少50%的亲和力与CD38结合,例如如通过Kd测量的。用于测量亲和力的方法是本领域已知的并且在以下实施例中进行描述。通过此类方法产生的亲和力成熟的抗体可以如本文针对其它抗CD38抗体剂所描述的进行调配和使用。
aCD38-b-329和源自其的抗体和抗原结合片段
抗CD38抗体可以是抗CD38抗体aCD38-b-329,例如WO 2018224685中公开的aCD38-b-329抗体。抗CD38抗体可以是基于或源自此类抗体的任何抗体或其抗原结合片段。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:17的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:18的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:19的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:20的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:21的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:22的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-329中)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-329中)。
在一些实施方式中,aCD38-b-329的可变重链序列包括以下序列:
QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:23);
并且aCD38-b-329的可变轻链序列包括以下序列:
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQDGAVFTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:24)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体可以是aCD38-b-329的变体。此类变体可以是抗体aCD38-b-329-m6或aCD38-b-329-m7。
例如,在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:17的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:18的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:19的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:20的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:21的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:25的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-329-m6中)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:
a)SEQ ID NO:17的氨基酸序列作为HCDR1;
b)SEQ ID NO:18的氨基酸序列作为HCDR2;
c)SEQ ID NO:19的氨基酸序列作为HCDR3;
d)SEQ ID NO:20的氨基酸序列作为LCDR1;
e)SEQ ID NO:21的氨基酸序列作为LCDR2;以及
f)SEQ ID NO:26的氨基酸序列作为LCDR3(如aCD38-b-329-m7中)。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-329-m6中);或
b)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变重链和/或包含SEQ ID NO:28的氨基酸序列的可变轻链(如aCD38-b-329-m7中);
因此,变体抗体aCD38-b-329-m6可以表征为包括包含以下序列的重链可变区:QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:23);
以及包含以下序列的变体轻链:
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQDEAVFTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:27)。
变体抗体aCD38-b-329-m7可以表征为包括包含以下序列的重链可变区:QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSSDYYWGWIRQPPGKGLEWIGSIYYSGSTYYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGQYSSGWYAYPFDMWGQGTMVTVSS(SEQ ID NO:23);
以及包含以下序列的变体轻链:
EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVRSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFS GSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQDSAVFTFGGGTKVEIK(SEQ ID NO:28)。
本发明还可以使用相对于参考序列具有某一同一性百分比的变体抗体和其抗原结合片段,如aCD38-b-329的CDR序列或重链和/或轻链可变序列。
例如,在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与SEQ IDNO:23具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与SEQ ID NO:23具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与SEQ ID NO:23具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与SEQ ID NO:23具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变重链序列。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括包含与选自由以下组成的组的序列具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括与选自由以下组成的组的序列的可变轻链序列同一性:SEQ ID NO:24、27和28。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与选自由以下组成的组的序列具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含选自由以下组成的组的氨基酸序列的可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。
在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:24具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:24具有至少98%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含与SEQ ID NO:23具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含与SEQ ID NO:24具有至少99%序列同一性的氨基酸序列的可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变重链序列;以及包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变轻链序列。
此类变体抗体和其抗原结合片段(即具有某一同一性百分比的抗体和其抗原结合片段)可以保留或表现出与具有本文所公开的aCD38-b-329的重链和轻链可变序列的抗体和其抗原结合片段所描述的功能和药理学特性相同(或基本上相同)的功能和药理学特性,例如与aCD38-b-329结合相同的表位或本文所述的用于所公开的抗CD38抗体的任何功能特征。
在一些实施方式中,具体地对于引用序列与参考序列具有特定序列同一性的任何实施方式,可以计算序列同一性%,而不需要指定重链或轻链可变区的所有6个CDR的序列。在此类实施方式中,序列中的变化(如果有的话)仅发生在框架区中。
在一些实施方式中,抗CD38抗体可以是通过相对于以上定义的aCD38-b329氨基酸序列元件(或变体m6或m7的那些氨基酸序列元件)的多个取代而可替代地或另外地定义的抗CD38抗体。
例如,此类抗体可以包括含有aCD38-b329-HCDR3(SEQ ID NO:19)内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链互补决定区3(HCDR3)。在另外的实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括分别含有SEQ IDNO:17、SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链互补决定区1、2和3(HCDR1、HCDR2和HCDR3);和/或分别含有SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:21内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列和选自由以下组成的组的序列作为可变轻链互补决定区1、2和3(LCDR1、LCDR2和LCDR3):SEQ ID NO:22、25和26。
在另外的实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:SEQ ID NO:23内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变重链序列;和/或选自由以下组成的组的序列内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体可以包括:含有SEQ ID NO:23的可变重链序列的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链序列;和/或选自由以下组成的组的序列的可变轻链序列的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列:SEQ ID NO:24、27和28。
在另外的实施方式中,所述抗CD38抗体或其抗原结合片段可以包括:SEQ ID NO:23内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变重链序列;和/或SEQ ID NO:24内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列。在一些实施方式中,所述抗CD38抗体可以包括:含有SEQ ID NO:23的可变重链序列的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代的序列作为可变重链序列;和/或SEQ ID NO:24的框架区内的至多1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个或10个氨基酸取代作为可变轻链序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)选自由SEQ ID NO:24、27和28组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与选自由SEQ ID NO:24、27和28组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变轻链区序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)SEQ ID NO:24的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与可变轻链区序列SEQ ID NO:24(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多5个氨基酸取代的可变轻链区序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)选自由SEQ ID NO:24、27和28组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与选自由SEQ ID NO:24、27和28组成的组的序列的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列。
在一些实施方式中,抗CD38抗体(即如本文所述的抗体或其抗原结合片段以及其变体,如突变以去除DG基序的变体)可以包括:
a)SEQ ID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:23的可变重链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列;和/或
b)SEQ ID NO:24的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)或与SEQID NO:24的可变轻链区序列(或其变体,如其亲和力成熟的变体)相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列。
氨基酸取代优选地不会不利地影响,或不会大体上不利地影响抗体的功能特性。因此,这些取代可以被视为保守氨基酸取代。优选地,当确实发生氨基酸取代时,这些取代以1:1的比率发生,使得重链和/或轻链可变区的总长度不会变化。
在一些实施方式中,任何氨基酸取代(如保守氨基酸取代)可能只发生在框架区内。在此类实施方式中,CDR序列保持不变。
通常,呈递此类氨基酸序列和任何取代的抗体仍可以呈递aCD38-b-329的结合和/或功能特性(如与相同的表位结合或本文所述的用于所公开的抗CD38抗体的任何功能特征)以及抗CD38抗体的结合和/或功能特性。
本发明还提供了抗体或其抗原结合片段,其中抗体的轻链或重链中的DG基序可以被改变,例如以降低对天冬氨酸异构化的敏感性,和/或其中抗体的轻链或重链中的任何甲硫氨酸可以被改变,例如以降低甲硫氨酸氧化。例如,DG基序可以被改变以用不同氨基酸取代所述基序中的一个或两个氨基酸。例如,此类基序可以被突变成EG、DQ或DA。甲硫氨酸残基可以被改变以用不同的氨基酸(例如,亮氨酸或苯丙氨酸)来代替所述甲硫氨酸残基。
因此,在一些实施方式中,本文所提供的抗体或其片段可以被突变以去除或修饰DG基序,具体地是在CDR区中出现的DG基序,这是本领域中降低对天冬氨酸异构化的敏感性的标准技术。已经以这种方式修饰的此类抗体可能需要在获得最终序列之前经历另外的修饰(例如,亲和力成熟)。
在本发明的一个实施方式中,提供了具有如本文所公开的抗体的CDR1、CDR2和CDR3序列(例如,aCD38-b329的CDR1、CDR2和CDR3序列)或如本文所公开的任何抗体的可变重链和可变轻链(例如,aCD38-b329的可变重链和可变轻链)的变体抗体,但与指定序列的不同之处在于,CDR中的至少一个DG基序(如果存在的话)已被改变成不同的基序。所公开的变体可以如针对aCD38-b-329所描述的进行使用和调配。
例如,aCD38-b-329在其LCDR3序列中含有DG基序。在一些实施方式中,DG基序中的天冬氨酸可以被改变成不同氨基酸,和/或DG基序中的甘氨酸可以被改变成不同氨基酸。在此类实施方式中,抗CD38抗体或其抗原结合片段可以是或可以源自例如aCD38-b-329。在一些实施方式中,变体抗体或其抗原结合片段具有SEQ ID NO:25或26中的任一个的VL CDR3序列。例如,变体LCDR3序列(例如,SEQ ID NO:25中的aCD38-b-329-m6变体LCDR3序列或SEQID NO:26中的aCD38-b-329-m7变体LCDR3序列)可以被并入到包括aCD38-b-329的LCDR1序列和/或LCDR2序列的抗体中。在一个实施方式中,变体LCDR3序列(例如,SEQ ID NO:25中的aCD38-b-329-m6变体LCDR3序列或SEQ ID NO:26中的aCD38-b-329-m7变体LCDR3序列)可以被并入到包括aCD38-b-329的LCDR1序列、LCDR2序列、HCDR1序列、HCDR2序列和HCDR3序列的抗体中。在一些实施方式中,变体抗体或其抗体结合片段可以包括aCD38-b-329的可变重链序列和可变轻链序列,但LCDR3序列发生突变以去除DG基序(例如,SEQ ID NO:25或26反而可以作为LCDR3存在)。变体抗CD38抗体提供了具有亲本aCD38-b-329的任何和可能全部结合和功能特性(例如与相同的表位结合或本文所述的用于所公开的抗CD38抗体的任何功能特征)的另外的抗体。所公开的变体可以如针对aCD38-b-329所描述的进行使用和调配。
本发明中可以使用的另外的抗体
本发明还可以使用亲和力成熟的抗体,例如源自本文所公开的任何抗体的亲和力成熟的变体。在一个实施方式中,亲和力成熟的抗体是具有改变的DG基序和/或NG基序和/或被改变以去除任何甲硫氨酸残基或使其突变的亲和力成熟的抗体。所公开的亲和力成熟的变体可以如针对aCD38-b-348或aCD38-b-329所描述的进行使用和调配。
在一些实施方式中,本发明提供了一种制备抗CD38抗体的方法,所述方法包括提供如本文所述的抗体(例如,aCD38-b-329或其抗原结合片段或变体),并使抗体经受亲和力成熟,其中所产生的抗体以比亲本抗体的亲和力大的亲和力与CD38结合。优选地,所产生的抗体以比亲本抗体与CD38结合的亲和力大至少20%、至少30%、至少40%,更优选地至少50%的亲和力与CD38结合,例如如通过Kd测量的。用于测量亲和力的方法是本领域已知的并且在以下实施例中进行描述。通过此类方法产生的亲和力成熟的抗体可以如本文针对其它抗CD38抗体剂所描述的进行调配和使用。
亲和力成熟可以根据技术人员已知的任何适合方法进行。例如,体外抗体展示系统广泛用于产生具有高亲和力的特异性抗体。在这些系统中,表型(即抗体片段)与基因型(即抗体基因)偶联,从而允许直接确定抗体的序列。已开发出若干个系统来实现抗体谱系的展示以允许随后选择结合物,并且通过增加选择的严格度,允许选择亲和力越来越高的变体。抗体片段可以在酵母、核糖体、噬菌体展示颗粒中或通过与DNA直接偶联来表达。
当前的抗体亲和力成熟方法属于两个诱变类别:随机的和非随机的。易错聚合酶链反应(PCR)、增变基因菌株和饱和诱变是随机诱变方法的典型实例。非随机技术通常使用丙氨酸扫描或定点诱变来产生特定变体的有限集合。此外,也可以使用用于获得亲本抗体的改组变体的改组方法来进一步改善抗体亲和力。
因此,在本发明的一个实施方式中,亲和力成熟方法选自由以下组成的组:随机诱变(例如,易错聚合酶链反应(PCR)、增变基因菌株或饱和诱变)、非随机诱变(例如,丙氨酸扫描或定点诱变)、改组(例如,DNA改组、链改组或CDR改组)以及使用CRISPR-Cas9系统引入修饰。
在例如Rajpal等人,《美国国家科学院院刊(Proc Natl Acad Sci USA)》,2005,102(24):8466-71;Steinwand等人,MAb,2014,6(1):204-18;以及《治疗抗体手册(Handbookof Therapeutic Antibodies)》,威利公司(Wiley),2014,第6章,抗体亲和力(AntibodyAffinity)(第115-140页)中描述了亲和力成熟方法。
本发明还可以使用与所公开的任何抗体,如aCD38-b-348或aCD38-b-329或源自其的任何变体(例如,含有指定CDR或可变链序列中的一些或并非全部的片段,或具有某一同一性百分比和/或氨基酸取代的变体)竞争与CD38结合的抗CD38抗体或其抗原结合片段。
抗CD38抗体的施用
在一些实施方式中,所述方法包括从先前已经施用抗CD38抗体或其抗原结合片段的患者获得样品(换句话说,从在先前时间点施用抗CD38抗体或其抗原结合片段的患者提供或获得的样品)。在其它实施方式中,本文所述的方法进一步包括步骤:在从患者获得样品之前向患者施用抗CD38抗体。在所有情况下,抗CD38抗体都已经在从患者获得血液样品之前被施用,使得血液样品包括已经施用的抗CD38抗体(因为抗CD38抗体通常将已经静脉内或皮下施用并在患者的血流中循环)。
通常,患者应已经在一定时间范围内施用抗CD38抗体,这意味着从患者获得的血液样品包括一些治疗性抗CD38抗体分子。在一些实施方式中,在从患者获得样品之前少于1年、少于6个月、少于3个月、少于2个月或少于1个月,患者已经被施用抗CD38抗体。在一些实施方式中,在从患者获得样品之前少于8周、少于7周、少于6周、少于5周、少于4周、少于3周、少于2周或少于1周,患者已经被施用抗CD38抗体。在一些实施方式中,在从患者获得样品之前少于10天、少于9天、少于8天、少于7天、少于6天、少于5天、少于4天、少于3天、少于2天或少于1天,患者已经被施用抗CD38抗体。在一些实施方式中,在从患者获得样品之前少于48小时、少于24小时、少于12小时、少于6小时、少于5小时、少于4小时、少于3小时、少于2小时或少于1小时,患者已经被施用抗CD38抗体。
在优选的实施方式中,在从患者获得样品少于2个月内,患者已经被施用抗CD38抗体。
在包括施用抗CD38抗体或其抗原结合片段的步骤的实施方式中,施用步骤发生在从患者获得样品的任何步骤之前。根据患者的精确治疗方案,在施用抗CD38抗体或其抗原结合片段与从患者获得样品之间可能存在延迟。通常,样品将在向患者施用抗CD38抗体或其抗原结合片段后少于2个月获得。
在样品采集之前向患者施用的抗CD38抗体是在将患者血液样品与供体红细胞进行交叉配血时或在进行任何抗体RBC套组测定时不会造成干扰的抗CD38抗体。因此,抗CD38抗体或其抗原结合片段不是达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗(例如)。与本发明适配的抗CD38抗体在标题“抗CD38抗体或其抗原结合片段”下在别处进行了讨论。
测定类型
本文所述的方法包括步骤:筛查来自患者的血液样品。筛查可以包括确定患者血液样品中的一种或多种患者抗体的存在或不存在。在一些实施方式中,筛查使用选自由以下组成的组的测定进行:柱凝集测定、间接抗球蛋白试验(IAT)管测定和固相测定。在一些实施方式中,使用柱凝集测定进行筛查。在一些实施方式中,使用间接抗球蛋白试验(IAT)管测定进行筛查。在一些实施方式中,使用固相测定进行筛查。上面提供的定义中对这些进行了更详细的描述。
红细胞抗原:
术语“红细胞抗原”是指在红细胞表面发现或由红细胞表达的任何抗原。RBC抗原可以根据发现其的部分进行分组。例如,“K”和“k”RBC抗原发现于“Kell”糖蛋白上,并且属于RBC抗原的“Kell型”。抗原组可以被称为“血型”或“血型系统”,例如“Kell血型”。每个血型可能含有若干种不同的抗原,有时多达50种或更多种抗原。来自一个个体的RBC可能对同一血型内的不同抗原呈阳性或呈阴性。
RBC抗原可以是碳水化合物,例如ABO型抗原,或者可以是蛋白质,例如恒河猴(Rh)型抗原。当将患者暴露于RBC抗原时,可以产生针对所述抗原的抗体,例如IgG亚型或IgM亚型的同种抗体。患者抗体与RBC抗原的体内结合可能导致RBC破坏(溶血)。由于这种潜在的有害影响,对接受输血的患者进行筛查,以鉴定患者血浆或血清中与RBC抗原特异性结合的任何抗体。针对临床上显著的患者抗体可以发生的RBC抗原包括Ab型、ABO型、Cromer型、Diego型、Duffy型、Gerbich型、GLOB型、Indian型、Kell型、Kidd型、Knops型、Lewis型、Lutheran型、LW型、MNS型、P1型、Rh型、XK型、Xg型和Yt型。下文更详细地描述了示例性血型抗原。
ABO血型抗原是所有血型系统中最具免疫原性的并且形成了血库中的常规血型检定的基础。ABO血型抗原是RBC膜结合的,附着到RBC表面上方突出的寡糖链。所述型由四种抗原组成:A、B、AB和A1。针对ABO型抗原的天然存在的抗体经常发现于血清中,例如,具有A型血型的患者在其血清中具有抗B抗体。由于与ABO血型抗原特异性结合的患者抗体是天然存在的(即其在没有暴露于非自身抗原(例如通过输血)的情况下产生)并且非常常见,因此对所有患者进行筛查以确定其ABO状态。针对ABO型抗原的抗体可以是IgG或IgM。如果输注不适配的RBC,那么针对ABO型抗原的抗体可能引起严重的急性溶血性输血反应。ABO血型检定不受患者血液中抗CD38抗体(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)的存在的影响。
Rh血型是最复杂的血型之一,包括至少50种已知的抗原,其中D、C、E、c和e是最临床上显著的。Rh型抗原是高度免疫原性的。Rh型抗原被发现于蛋白RhD和RhCE上,两者都是跨膜RBC蛋白。Rh表型分型通常在患者接受输血之前进行,并且通常使用单克隆或多克隆抗D、抗C、抗E、抗C和抗E试剂,这些试剂与RBC上存在的任何Rh型抗原结合。如此,常规Rh表型分型通常不受患者血液中抗CD38抗体(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)的存在的影响。针对Rh血型抗原的患者抗体,具体地RhD,是胎儿和新生儿溶血性疾病(HDFN)的主要病因。
Kell血型系统起源于Kell糖蛋白,即携带Kell抗原的跨膜RBC蛋白。Kell血型系统是复杂的,由多于30多种抗原组成,其中许多抗原是高度免疫原性的。两种主要的Kell型抗原是K和k,其中K是最具免疫原性的。针对Kell型抗原的抗体通常属于IgG抗体类,其中IgM抗体不太常见。已知引起不良反应(如输血反应或HDFN)的抗Kell型抗体包括抗K、抗k、抗Kpa和抗Jsb。Kell型抗原是通过用抗原洗脱剂(如DTT或类似物)处理RBC而变性的那些抗原之一。这使得针对Kell型抗原的患者抗体尤其难以准确鉴定用抗CD38抗体(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)治疗的患者,其中DTT或类似物已被用于从RBC中去除CD38,以防止由抗CD38抗体的存在引起的凝集。
Kidd血型系统起源于在RBC上表达的运输尿素跨过红细胞膜的Kidd(JK)糖蛋白,即跨膜糖蛋白。存在三种已知的Kidd抗原(Jk1(Jka)、Jk2(Jkb)和Jk3)。已知抗Kidd患者抗体,具体地抗Jka引起延迟性溶血性输血反应。胎儿Kidd抗原也能够引起母亲的同种异体免疫。
Duffy血型包括六种已知的驻留在RBC上表达的Duffy跨膜糖蛋白上的抗原,也被称为DARC(Duffy抗原/趋化因子受体)。六种已知的Duffy抗原包括Fya、Fyb、Fy3、Fy4、Fy5和Fy6。针对Duffy抗原的患者抗体主要属于IgG亚类,而IgM亚类患者抗体很少见。已知针对Duffy抗原的患者抗体引起溶血性输血反应和HDFN两者,具体地针对Duffy抗原Fya和Fyb的患者抗体。
Diego血型系统起源于在RBC上表达的Diego蛋白,即跨膜蛋白。Diego血型系统包括21种抗原,其中Dia、Dib和Wra是最显著的。针对Diego血型抗原的患者抗体可以是IgG和/或IgM抗体。已知针对Diego血型抗原的患者抗体引起溶血性输血反应和HDFN两者。
Lutheran血型系统包括24种已知抗原。这些抗原由在RBC膜上表达的两种Lutheran糖蛋白同种型形成。针对Lutheran型抗原的患者抗体可以是IgG和/或IgM抗体。针对Lutheran型抗原的患者抗体可能引起溶血性输血反应或HDFN,即使所述抗体是罕见的并且通常是温和的。Lutheran型抗原是通过用抗原洗脱剂(如DTT或类似物)处理RBC而变性的那些抗原之一。这使得针对Lutheran型抗原的患者抗体尤其难以准确鉴定用抗CD38抗体(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)治疗的患者,其中DTT或类似物已被用于从RBC中去除CD38,以防止由抗CD38抗体的存在引起的凝集
MNS血型系统起源于携带抗原的蛋白,即血型糖蛋白A和血型糖蛋白B,这两种血型糖蛋白都在RBC膜上表达。已知MNS血型系统包括至少43种抗原,其中许多与HDFN有关。也已知针对MNS血型抗原的患者抗体引起轻度至重度不等的溶血性输血反应。针对MNS血型抗原的患者抗体可以是IgG和/或IgM抗体。
其它血型抗原,如Cromer型、Gerbich型、GLOB型、Indian型、Knops型、Lewis型、LW型、P1型、XX型、Xg型和Yt型抗原,也可以在RBC上表达,并且如果将具有这些抗原的RBC输注给具有与型内的任何抗原特异性结合的抗体的患者,那么可能能够引起溶血性输血反应或HDFN。
患者样品中针对上述任何血型抗原的患者抗体的存在在血库中被常规地评估,并且已知受患者的血液中的抗CD38抗体(如达雷妥尤单抗或伊沙妥昔单抗)的存在的影响。相比之下,当患者已用抗CD38抗体治疗时,本发明的方法使得能够对患者样品进行准确的抗体筛查和血液交叉配血,并且不需要另外的步骤来抑制抗CD38抗体与在RBC上表达的CD38(膜结合CD38)的结合。
因此,在一些实施方式中,RBC抗原可以选自由以下组成的组:Ab型抗原、ABO型抗原、Cromer型抗原、Diego型抗原、Duffy型抗原、Gerbich型抗原、GLOB型抗原、Indian型抗原、Kell型抗原、Kidd型抗原、Knops型抗原、Lewis型抗原、Lutheran型抗原、LW型抗原、MNS型抗原、P1型抗原、Rh型抗原、XK型抗原、Xg型抗原和Yt型抗原。
RBC抗原由RBC表达。这意味着所述抗原存在于RBC表面。RBC抗原也可以被称为膜结合的,因为所述抗原被并入到RBC膜中,其中至少一部分暴露于RBC表面。
本发明的更具体的方法
本发明至少包括以下方法。
本发明提供了一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;
c)使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的所述供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
d)温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者抗体如果存在的话,能够与所述供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物;
e)向所述患者血液/供体红细胞混合物中添加与所述患者血液/供体红细胞混合物中存在的任何患者抗体/供体红细胞抗原复合物特异性结合到一起的药剂,例如凝集剂,如抗人球蛋白;
f)任选地,如果所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物,进一步任选地其中所述分离步骤包括离心;以及
g)确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
本发明还包括一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品,其中所述患者血液样品包括与一种或多种红细胞抗原特异性结合的一种或多种患者抗体,其中所述患者抗体不与由所述患者的红细胞表达的任何红细胞抗原特异性结合;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;
c)使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的所述供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
d)温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以使所述患者血液样品中的所述一种或多种患者抗体能够与所述供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物;
e)向所述患者血液/供体红细胞混合物中添加与所述患者血液/供体红细胞混合物中存在的所述患者抗体/供体红细胞抗原复合物特异性结合到一起的药剂,例如凝集剂,如抗人球蛋白;
f)任选地从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物,进一步任选地其中所述分离步骤包括离心;以及
g)确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合;
其中与在来自所述供体血液样品的所述一种或多种红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原特异性结合的患者抗体的存在指示所述供体血液样品与所述患者不适配。
本发明还包括一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品,其中所述患者血液样品不包括与任何红细胞抗原特异性结合的任何患者抗体;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;
c)使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的所述供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
d)d)向所述患者血液/供体红细胞混合物中添加凝集剂,例如抗人球蛋白;
e)任选地从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述供体红细胞,任选地其中所述分离步骤包括离心;
f)确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合;
其中与在来自所述供体血液样品的所述一种或多种红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原特异性结合的患者抗体的不存在指示所述供体血液样品与所述患者适配。
本发明还包括一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品;
b)比照红细胞套组筛查所述患者血液样品,以确定所述患者血液样品中任何与所述红细胞套组中的任何红细胞表面存在的任何红细胞抗原特异性结合的患者抗体的存在或不存在;
c)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞,并且其中所述供体血液样品中的所述供体红细胞不表达任何能够由任一所述患者抗体特异性结合的红细胞抗原,所述患者抗体在步骤(b)中被鉴定为与在所述红细胞套组中的任何红细胞表面表达的任何红细胞抗原特异性结合;
d)筛查所述患者血液样品,所述筛查包括确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。步骤(c)可以根据本文所公开的任何合适的筛查方法进行。
本发明还包括一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的一个或多个血液样品;
b)比照红细胞套组筛查在步骤(a)中提供的患者血液样品,以确定所述患者血液样品中任何与所述红细胞套组中的任何红细胞表面存在的任何红细胞抗原特异性结合的患者抗体的存在或不存在;
c)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞,并且其中所述供体血液样品中的所述供体红细胞不表达任何能够由任一所述患者抗体特异性结合的红细胞抗原,所述患者抗体在步骤(b)中被鉴定为与在所述红细胞套组中的任何红细胞表面表达的任何红细胞抗原特异性结合;
d)使在步骤(a)中提供的患者血液样品与来自所述供体血液样品的所述供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
e)温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者抗体如果存在的话,能够与所述供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物;
f)向所述患者血液/供体红细胞混合物中添加与所述患者血液/供体红细胞混合物中存在的任何患者抗体/供体红细胞抗原复合物特异性结合到一起的药剂,例如凝集剂,如抗人球蛋白;
g)任选地,如果所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物,进一步任选地其中所述分离步骤包括离心;
h)确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
上述任何方法都可以与本文描述的本公开的任何更详细或优选的实施方式组合。
本文描述的任何方法的温育步骤可以在足以允许任何患者抗体(如果存在的话)与供体血液样品的红细胞上存在的任何红细胞抗原结合或与红细胞套组的红细胞上存在的任何红细胞抗原结合的条件下进行。温育可以进行约5分钟以及至约2小时。温育可以进行至少约5分钟、至少约10分钟、至少约15分钟、至少约20分钟、至少约30分钟、至少约40分钟、至少约50分钟、至少约1小时、至少约90分钟或至少约2小时。温育可以在约37℃下进行。温育可以在约室温(例如约15℃至约25℃)下进行。在一些实施方式中,温育步骤包括在约15℃至约40℃的温度下温育至少约5分钟。
治疗方法和医疗用途
本发明提供了一种治疗患者的癌症的方法,所述方法包括:提供来自所述患者的血液样品;以及根据本发明的方法筛查所述血液样品。在一些实施方式中,所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段(即所述患者已经在较早时间点接受抗CD38抗体或其抗原结合片段)。在其它实施方式中,所述方法包括向所述患者整套施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段。在一些实施方式中,所述方法可以可替代地或另外地包括步骤:从所述患者获得所述样品。所述样品是血液样品,并且可以根据本领域技术人员已知的任何合适的方法(例如,简单的抽血)获得。所述样品可以在筛查之前进行处理,例如可以对其进行稀释或可以执行如别处所述的其它处理步骤。
在一些实施方式中,所述方法包括:
a)向所述患者施用抗CD38抗体或其抗原结合片段;以及
b)在施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段之后从所述患者获得血液样品;以及
c)根据权利要求1至X中任一项所述的方法筛查所述患者血液样品。
本发明的方法可以包括生成报告,其中所述报告指示所述患者血液样品中患者抗体的存在或不存在和/或向所述患者提供血液或红细胞捐赠的供体的合适性。
治疗方法可以包括以下步骤:如果所述供体被发现与所述患者适配,例如通过输血,那么施用来自所述供体的血细胞或红细胞。
因此,本发明的方法扩展到向患者施用输血的方法,其中向所述患者施用适配的供体血液或供体红细胞,其中所述供体血液或供体红细胞已经根据本发明的任何筛查方法被确定为与所述患者适配。因此,供体血液已经与所述患者交叉配血,并且仅在发现血液适配时才向所述患者施用。例如,在一些实施方式中,所述方法是向患者施用输血的方法,所述方法包括:
a)提供供体血液或供体红细胞,其中所述供体血液或供体红细胞已经根据本发明的任何筛查方法被确定为与所述患者适配;以及
b)向所述患者施用适配的供体血液或适配的供体红细胞。
患者是在先前时间点已经施用抗CD38抗体或其抗原结合片段的患者,值得注意的是在从所述患者获得血液样品以确定所述供体血液或供体红细胞与所述患者的适配性之前。
向患者施用输血的方法可以包括步骤:筛查供体血液或供体红细胞与所述患者的适配性(即交叉配血)。
在一些实施方式中,本发明包括治疗癌症,如B细胞恶性肿瘤、淋巴瘤、(霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、急性淋巴细胞性白血病、骨髓瘤)、骨髓增生性病症、实体瘤(如乳腺癌、鳞状细胞癌、结肠癌、头颈癌、肺癌、泌尿生殖系统癌、直肠癌、胃癌、肉瘤、黑色素瘤、食道癌、肝癌、睾丸癌、宫颈癌、肥大细胞瘤、血管瘤、眼癌、喉癌、口腔癌、间皮瘤、皮肤癌、直肠癌、喉癌、膀胱癌、乳腺癌、子宫癌、前列腺癌、肺癌、胰腺癌、肾癌、胃癌、非小细胞肺癌和卵巢癌)。癌症也可以基于特异性肿瘤相关标志物和抗原(如CD20、HER2、PD-1、PD-L1、SLAM7F、CD47、CD137、CD134、TIM3、CD25、GITR、CD38、EGFR)或已被鉴定为具有被称为微卫星不稳定性高(MSI-H)或错配修复缺陷(dMMR)的生物标志物的癌症的存在来定义。此外,当定义上述癌症的癌前、无创状态,如原位癌、冒烟型骨髓瘤、显著性未确定的单克隆丙种球蛋白血病、子宫颈上皮内赘瘤、MALTomas/GALTomes以及各种淋巴增生性病症时,也可以考虑此类病状。优选地,在一些实施方式中,所治疗的受试者患有实体瘤。在一个实施方式中,所述受试者患有血液系统癌症。在一些实施方式中,所述受试者患有CD38阳性肿瘤。
当患者可能需要一次或多次输血时,本发明的方法和用途可能是特别有用的。例如,在一些实施方式中,要治疗的疾病是癌症,例如多发性骨髓瘤。接受抗CD38抗体治疗多发性骨髓瘤的患者可能需要一次或多次输血,从而需要进行血液筛查(具体地与供体的交叉配血)以鉴定与患者适配的供体。
因此,在一些实施方式中,本发明提供了治疗受试者的癌症的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的组合物,所述组合物包含如本文所述的抗CD38抗体或其抗原结合片段(例如,aCD38-b-348或aCD38-b-329或源自其的抗体)。在一些实施方式中,所提供的方法可以进一步包括同时或按任何顺序依序向受试者施用至少一种另外的药剂或疗法(即,使得受试者接受组合疗法)。在一些实施方式中,此类至少一种另外的药剂或疗法可以是或包括抗癌药物(例如,化疗剂)、放疗(通过向身体外部施加辐照或通过施用放射性缀合化合物)、抗肿瘤抗原或标志物抗体(抗原或标志物是例如CD4、CD25、CA125、PSMA、c-MET、VEGF、CD137、VEGFR2、CD20、HER2、HER3、SLAMF7、CD326、CAIX、CD40、CD47或EGF受体)、检查点抑制剂或免疫调节抗体(例如,靶向PD-1、PD-L1、TIM3、CD25、GITR、CD134、CD134L、CD137L、CD80、CD86、B7-H3、B7-H4、B7RP1、LAG3、ICOS、TIM3、GAL9、CD28、AP2M1、SHP-2、OX-40等的抗体)、疫苗、佐剂、标准使用方案、一种或多种靶向癌细胞或刺激针对癌细胞的免疫应答的其它化合物或其任何组合。在某些特定实施方式中,当此类至少一种另外的药剂或疗法是或包括抗体时,此类抗体的形式和/或由此类抗体靶向的抗原可以在文献中列出的那些中进行选择并可能适应于给定癌症(Sliwkowski M和Mellman I,2013;Redman JM等人,2015;Kijanka M等人,2015)。
除了其它方法之外,本发明提供了一种筛查供体血液样品与患者的适配性的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供从所述患者获得的血液样品;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;
c)使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的所述供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
d)在约15℃至约40℃的温度下温育所述患者血液/供体红细胞混合物至少约5分钟,以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者IgG同种抗体如果存在的话,能够与所述供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者IgG同种抗体/供体红细胞抗原复合物;
e)向所述患者血液/供体红细胞混合物中添加抗人IgG抗体,以使所述患者血液/供体红细胞混合物中存在的任何患者IgG同种抗体/供体红细胞抗原复合物凝集;
f)如果所述任何一种或多种患者IgG同种抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者IgG同种抗体/供体红细胞抗原复合物,任选地其中所述分离步骤包括离心;以及
g)确定所述患者血液样品中一种或多种患者IgG同种抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者IgG同种抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合,其中步骤(e)中的所述患者抗体/供体红细胞抗原复合物的凝集指示所述供体血液与患者不适配,并且步骤(e)中不存在所述患者抗体/供体红细胞抗原复合物的凝集指示所述供体血液与患者适配;
进一步地其中:
患者血液样品是血浆样品或血清样品;
抗CD38抗体是aCD38-b-348或源自其的抗体或其变体;
抗CD38抗体属于IgG同种型。
当在步骤(e)中添加抗人IgG抗体时,抗CD38抗体没有引起红细胞的凝集;并且
患者在从患者获得血液样品之前不超过2个月已经被施用抗CD38抗体。
本文中关于术语“包括”描述的方面和实施方式可以包括范围内的其它特征或步骤。还应理解,描述为“包括”的方面和实施方式还描述了其中术语“包括”被术语“基本上由……组成”或“由……组成”所取代的方面和实施方式。
短语“选自包括以下的组”可以被短语“选自由以下组成的组”取代,反之亦然,无论其在本文中何处出现。
还应理解,本申请公开了上面彼此描述的以上任何方面和实施方式的所有组合,除非上下文另有要求。类似地,除非上下文另有要求,否则本申请公开了单独的优选特征和/或任选特征或与其它方面中的任一个的所有组合。
本发明现在将参考附图通过以下实施例进一步描述,所述实施例旨在帮助本领域的普通技术人员实施本发明,并且不以任何方式限制本发明的范围。
实施例
实施例1:CID103(aCD38-b-348)与表达CD-38的恶性肿瘤细胞系的结合
材料与方法
所使用的细胞系/原代细胞类型:使用内源性表达CD38的多种人细胞系(Daudi(ATCC CCL-213)、Raji(ATCC CCL-86)和Ramos(ATCC CRL-1596))通过流式细胞术检测CID103(aCD38-b-348)与人CD38的结合。在对数期在补充有10% FCS、2mM L-谷氨酰胺、100IU/ml青霉素、100μg/ml链霉素和1mM丙酮酸钠(全部来自赛默飞世尔科技公司(ThermoFisher))的RPMI-1640培养基(ATCC 30-2001)中进行培养Daudi、Raji、Ramos及细胞,其中实验前的活力为>85%,如通过自动化细胞计数器(Countess II FL自动化细胞计数器;赛默飞世尔科技公司;目录号AMQAF1000)所确定的。
细胞染色和流式细胞术:所有实验均使用96孔板形式一式三份进行。将50,000个细胞平板接种于96孔圆底组织培养处理板的每个孔中。在用FACS细胞染色缓冲液(0.2%BSA,0.02% NaN3;百进生物公司(BioLegend),目录号420201)进行洗涤步骤之后,将细胞在冰上在CID103(aCD38-b-348)、达雷妥尤单抗或人IgG1同种型对照的7点3倍稀释系列(0.03、0.08、0.24、0.74、2.2、6.6和20μg/ml)中温育30分钟。在用FACS细胞染色缓冲液进行洗涤步骤之后,将细胞与次级抗体(用Alexa Fluor647标记的兔抗人FcγF(ab')2;杰克逊免疫研究公司(Jackson ImmunoResearch)目录号309-606-008)在黑暗中在冰上以5μg/ml一起温育30分钟。用FACS细胞染色缓冲液再一次洗涤细胞,并使用BD生物科学公司(BDBiosciences)FACSCalibur流式细胞仪(加利福尼亚州圣何塞(San Jose,CA))通过流式细胞术进行分析。使用FSC对SSC门控鉴定所关注的细胞。记录每个样品总共3,000个活的单细胞,并分析对应的荧光信号强度直方图。使用FlowJo分析软件(俄勒冈州阿什兰(Ashland,Oregon))计算每种抗体浓度的平均荧光强度(MFI)。
EC50计算:为了计算EC50值,针对抗体浓度绘制MFI(半对数图),并使用GraphPadPrism 8软件(加利福尼亚州拉霍亚(La Jolla,California))将数据拟合到非线性回归曲线。
结果
下表1示出了与Daudi、Raji和Ramos细胞系结合的CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗的EC50和最大MFI值。也包括了IgG1同种型对照(阴性对照)的EC50和最大MFI值。
表1:
表1:CID103(aCD38-b-348)与Daudi、Raji和Ramos细胞结合的EC50(ng/mL)和最大MFI值。CD38结合EC50值使用GraphPad Prism软件通过非线性回归曲线分析生成。“约”指示确定值的模糊回归曲线。
图1、图2和图3中分别示出了与Daudi、Raji和Ramos细胞系结合的剂量反应曲线。
达雷妥尤单抗示出了针对Daudi、Raji和Ramos细胞的典型剂量反应结合曲线。CID103(aCD38-b-348)表现出与所有三种细胞系的类似饱和浓度依赖性结合。CID103 EC50值为382ng/ml(Daudi细胞)、373ng/ml(Raji细胞)和412ng/ml(Ramos细胞),并且略高于达雷妥尤单抗的EC50值(166-199ng/ml)。CID103(aCD38-b-348)与被测细胞的最大结合类似于达雷妥尤单抗结合(对于Raji细胞)或略高于达雷妥尤单抗结合(对于Daudi和Ramos细胞)。IgG1同种型对照没有展现出与被测细胞系中的任一个的结合。
实施例2:CID-103与供体RBC的结合
材料与方法
所使用的主要细胞类型:CID103(aCD38-b-348)与人红细胞的结合使用来自三种(3)正常健康供体的新鲜全人血通过流式细胞术进行检查。新鲜的肝素化全血是从由人类参与者机构审查委员会(the Institutional Review Board for Human Participants,IRB)批准的用于收集组织用于体外研究目的的部位获得的。在实验前,目视检查全血的溶血情况。
供体RBC的制备:将全血在使用前离心并用1x PBS洗涤三次。将经洗涤的全血以1:20稀释以用PBS制成5%的红细胞悬浮液(以下称为血液基质)。在制备3小时内使用血液基质进行测定。
细胞染色和流式细胞术:将混合有100μl的FACS缓冲液的100μl的血液基质平板接种于96孔圆底组织培养处理板上的每个孔中,并且与CID103(aCD38-b-348)、人IgG1同种型对照抗体(BioXcell;目录号BE0297)、达雷妥尤单抗(Darzalex)或Alexa Fluor 647标记的CD47抗体(百进生物公司;目录号323118)的7点3倍稀释系列(0.03、0.08、0.24、0.74、2.2、6.6和20μg/ml)在冰上温育30分钟。每种条件一式三份地进行。在用FACS缓冲液进行洗涤步骤之后,将样品与次级Alexa Fluor 647标记的山羊抗人FcγF(ab')2抗体(杰克逊免疫研究公司;目录号109-606-170)在黑暗中在冰上以5μg/ml一起温育30分钟。用FACS缓冲液再一次洗涤样品以去除未结合的次级抗体并且使用Intellicyt流式细胞仪通过流式细胞术进行分析。与Alexa Fluor 647标记的CD47抗体一起温育的样品被处理以进行流式细胞术分析,而不用与次级抗体一起温育。FSC对SSC门控用于鉴定红细胞。每个样品收集至少3,000个活的红细胞,并分析对应的荧光信号强度直方图。使用ForeCyt分析软件确定每种抗体浓度的平均荧光强度(MFI)。
EC50计算:为了计算EC50值,针对抗体浓度绘制MFI(半对数图),并使用GraphPadPrism 8软件(加利福尼亚州拉霍亚)将数据拟合到非线性回归曲线。
结果
下表2示出了CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗与来自三个供体中的每个供体的RBC结合的EC50和最大MFI值。也包括了IgG1同种型对照(阴性对照)和抗人CD47(阳性对照)的EC50和最大MFI值。
表2:
*定向缀合抗体
图4、图5和图6中示出了与来自三个供体中的每个供体的RBC结合的剂量反应曲线。
总结:达雷妥尤单抗示出了与来自所有三个供体的RBC结合的剂量依赖性增加。CID103(aCD38-b-348)示出了与来自所有三个供体的RBC结合的剂量依赖性增加,但与达雷妥尤单抗相比,总MFI值更低。IgG1同种型对照没有展现出与来自三个供体中的任一个的RBC的结合,除了在最高被测浓度下之外。阳性对照,AF647缀合的抗人CD47示出了与来自所有三个供体的RBC的剂量反应结合曲线。
实施例3:通过IAT管方法进行的CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗的预输注测试
材料与方法
样品制备:CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗以惰性AB血浆中的250ug/ml和1000ug/ml的浓度制备。AB血浆的样品仅用作对照。
RBC:使用了具有以下Rh表型的RBC:RhD阳性(R1R1、R2R2)和RhD阴性(rr)。RBC根据标准方案由全血样品制备。
IAT管方法方案:根据标准方案,将RBC在具有抗人球蛋白(奥森多诊断公司(OrthoDiagnostics))和CID103(aCD38-b-348)、达雷妥尤单抗或对照血浆的聚乙二醇(PEG)增强培养基中进行温育。
数据分析:温育后,管由纽约血液中心(New York Blood Center)的经培训的人员进行目视评估,并根据观察到的反应性水平以4+至0的等级进行分级,其中4+、3+、2+和1+全部指示反应性,并且0或0?指示没有反应性或存疑的反应性。在任何实验中观察到的反应性都表明样品中存在的抗CD38抗体的干扰。
结果
表3中示出了结果。
表3:
总结:达雷妥尤单抗对被测的每种RBC表型都表现出1+的读数,而CID103(aCD38-b-348)即使在1000ug/ml的高浓度下也没有产生任何可检测到的干扰。在血库环境中,读数为1+将指示供体与接受者之间的匹配不适配。因此,虽然用达雷妥尤单抗治疗患者可能错误地指示接受者与供体RBC之间的不适配性,但用CID103(aCD38-b-348)治疗患者将不预期引起此类干扰。
实施例4:使用柱凝集技术对未经处理的RBC进行的CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗的预输注测试
材料与方法
样品制备:CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗以惰性AB血浆中的1ug/ml、10ug/ml、100ug/ml和250ug/ml的浓度制备。CID103(aCD38-b-348)的另外的样品以惰性AB血浆中的625ug/ml和1000ug/ml的浓度制备。惰性AB血浆的样品仅用作对照。
RBC:使用了具有以下Rh表型的RBC:RhD阳性(R1R1、R2R2)和RhD阴性(rr)。RBC根据标准方案由全血样品制备。
柱凝集技术:IgG凝胶卡从Ortho MTS获得。根据制造商的说明,将RBC与CID103(aCD38-b-348)、达雷妥尤单抗或对照血浆一起温育。温育之后,根据制造商的说明,将样品以900rpm离心10分钟。
数据分析:离心后,管由纽约血液中心的经培训的人员进行目视评估,并根据观察到的反应性水平以4+至0的等级进行分级,其中4+、3+、2+和1+全部指示反应性,并且0或0?指示没有反应性或存疑的反应性。Φ指示样品(血浆对照)中不存在药物。在任何实验中观察到的反应性都表明样品中存在的抗CD38抗体的干扰。
结果
图7A-C和图8A-D中示出了CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗在每个被测浓度下的凝胶卡结果。
如从图7A-C可见的,达雷妥尤单抗即使在1ug/l的低浓度下也强烈引起1+与2+之间的干扰。观察到达雷妥尤单抗对于被测的所有RBC Rh表型的干扰。相比之下,如从图8A-D可见的,CID103(aCD38-b-348)引起了最小的干扰,其中仅在被测的Rh阳性RBC中在100和250ug/ml的较高浓度下检测到存疑的干扰。没有观察到Rh阴性RBC的干扰,即使在625和1000ug/ml的高浓度下(图8D)。
实施例5:使用柱凝集技术对经酶或DTT处理的RBC进行的CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗的预输注测试
材料与方法
样品制备:CID103(aCD38-b-348)和达雷妥尤单抗以惰性AB血浆中的10ug/ml和250ug/ml的浓度制备。惰性AB血浆的样品仅用作对照。
RBC:使用了具有RhD阴性(rr)表型的RBC。RBC根据标准方案由全血样品制备。使用了未经处理和预处理的RBC两者。对于预处理的RBC,根据制造商的说明,用商购制备的无花果蛋白酶或用内部制备的木瓜蛋白酶、胰蛋白酶或0.2M DTT处理RBC,如Judd,Johnson和Storry(2008)《免疫血液学中Judd的方法(Judd's Methods in Immunohematology)》第3版所描述的。
柱凝集技术:IgG凝胶卡从Ortho MTS获得。根据制造商的说明,将RBC与CID103(aCD38-b-348)、达雷妥尤单抗或对照血浆一起温育。温育之后,根据制造商的说明,将样品以900rpm离心10分钟。
数据分析:离心后,管由纽约血液中心的经培训的人员进行目视评估,并根据观察到的反应性水平以4+至0的等级进行分级,其中4+、3+、2+和1+全部指示反应性,并且0或+/-指示没有反应性或存疑的反应性。Φ指示样品(血浆对照)中不存在药物。在任何实验中观察到的反应性都表明样品中存在的抗CD38抗体的干扰。
结果
图9中示出了具有未经处理的RBC或具有用木瓜蛋白酶、胰蛋白酶或无花果蛋白酶处理的RBC的含有达雷妥尤单抗或CID103(aCD38-b-348)的血浆的凝胶卡结果。
对于未经处理的RBC,如先前展示的,达雷妥尤单抗在10和250ug/ml两者下引起2+的稳健干扰,而CID103(aCD38-b-348)在被测的两种浓度下产生最小的干扰。用木瓜蛋白酶和无花果蛋白酶处理RBC没有解决在任一浓度下所观察到的达雷妥尤单抗干扰。用木瓜蛋白酶和无花果蛋白酶处理RBC使得在CID103(aCD38-b-348)样品上观察到干扰。用胰蛋白酶处理RBC解决了在10和250ug/ml的达雷妥尤单抗下可见的干扰。在经胰蛋白酶处理的RBC上没有观察到CID103(aCD38-b-348)的干扰。
用DTT处理RBC也解决了在10和250ug/ml的达雷妥尤单抗下可见的干扰。在经DTT处理的RBC上没有观察到CID103(aCD38-b-348)的干扰。
实施例6:使用自动化平台的CID103(aCD38-b-348)的预输注测试
材料与方法
CID103(aCD38-b-348)以惰性AB血浆中的250ug/ml的浓度制备。RBC根据标准方案由全血样品制备。根据制造商的说明,将样品在两个不同的自动化分析仪,IH-1000(伯乐公司(BioRad))和Tango(伯乐公司)上运行。
结果
在Tango(伯乐公司)自动化平台上在250ug/ml下使用CID103(aCD38-b-348)没有检测到反应性。IH-1000平台(伯乐公司)返回了未确定的结果,如在图10中可见的。根据标准方案,此结果由经培训的人员进行评估并被报道为无反应性。
实施例7:氨基酸序列
本公开涉及多种不同的氨基酸序列,如下:
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等效物和范围
本领域的技术人员应理解,本发明是由所附权利要求而非实施例或本文所包括的某些实施方式的其它说明定义的。
类似地,除非上下文另外明确规定,否则单数形式“一个/一种(a/an)”以及“所述(the)”包括复数指示物。
除非另外定义,否则本文所使用的所有技术和科学术语都具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解相同的含义。类似于或等效于本文中所描述的那些方法和材料的任何方法和材料还可以用于实践或测试本发明。通常,与本文所述的细胞和组织培养、分子生物学、免疫学、基因学和蛋白质以及核酸化学使用的术语表和其技术是本领域众所周知和常用的术语表和技术,或是根据制造商的规范的。
本文中提及的所有公开通过引并入本文中,以结合所引用的这些公开来公开和描述这些方法和/或材料。
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条款
本发明包括至少以下编号的条款:
1.一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;以及
c)筛查所述患者血液样品,所述筛查包括确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
2.根据条款1所述的方法,其中所述方法不包括以下步骤:使所述患者血液样品或所述供体血液样品与抑制所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与所述一种或多种供体红细胞表面存在的膜结合CD38结合的药剂接触。
3.根据条款2所述的方法,其中抑制所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与所述一种或多种供体红细胞表面存在的膜结合CD38结合的所述药剂是可溶性CD38抗原、抗CD38独特型抗体或抗原洗脱剂。
4.根据条款3所述的方法,其中所述抗原洗脱剂是氧化还原试剂或酶。
5.根据条款4所述的方法,其中所述氧化还原试剂是DTT。
6.根据条款4所述的方法,其中所述酶是蛋白酶。
7.根据条款6所述的方法,其中所述蛋白酶选自由以下组成的组:胰蛋白酶、α糜蛋白酶、木瓜蛋白酶和无花果蛋白酶。
8.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与人CD38的表位特异性结合,其中所述表位包括SEQ ID NO:29(人CD38)的氨基酸65-79中包括的一个或多个氨基酸残基。
9.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与人CD38的表位特异性结合,其中所述表位包括SEQ ID NO:29(人CD38)的氨基酸65-79。
10.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括HCDR3,所述HCDR3包括SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:19的氨基酸序列。
11.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO:1的HCDR1;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:2的HCDR2;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:3的HCDR3;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:4的LCDR1;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:5的LCDR2;以及
包含选自由以下组成的组的氨基酸序列的LCDR3:SEQ ID NO:6、9、10、11和12;或
b)包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列的HCDR1;
包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列的HCDR2;
包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列的HCDR3;
包含SEQ ID NO:20的氨基酸序列的LCDR1;
包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列的LCDR2;以及
包含选自由以下组成的组的氨基酸序列的LCDR3:SEQ ID NO:22、25和26。
12.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO:1的HCDR1;
包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列的HCDR2;
包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列的HCDR3;
包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列的LCDR1;
包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列的LCDR2;以及
包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的LCDR3;
b)包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列的HCDR1;
包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列的HCDR2;
包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列的HCDR3;
包含SEQ ID NO:20的氨基酸序列的LCDR1;
包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列的LCDR2;以及
包含SEQ ID NO:22的氨基酸序列的LCDR3;
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含与SEQ ID NO:7具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:8具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链;
b)包含与SEQ ID NO:23具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:24具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链;
c)包含与SEQ ID NO:7具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:13具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链;
d)包含与SEQ ID NO:7具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:14具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链;
e)包含与SEQ ID NO:7具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:15具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链;
f)包含与SEQ ID NO:7具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:16具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链;
d)包含与SEQ ID NO:23具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:27具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链;或
h)包含与SEQ ID NO:23具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变轻链,和/或包含与SEQ ID NO:28具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同一性的氨基酸序列的可变重链。
14.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列或与SEQ ID NO:7相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列或与SEQ ID NO:8相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;
b)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列或与SEQ ID NO:23相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列或与SEQ ID NO:24相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;
c)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列或与SEQ ID NO:7相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列或与SEQ ID NO:13相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;
d)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列或与SEQ ID NO:7相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列或与SEQ ID NO:14相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;
e)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列或与SEQ ID NO:7相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列或与SEQ ID NO:15相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;
f)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列或与SEQ ID NO:7相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列或与SEQ ID NO:16相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;
g)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列或与SEQ ID NO:23相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列或与SEQ ID NO:27相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;或
h)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列或与SEQ ID NO:23相比具有至多2个氨基酸取代的可变轻链区序列的可变轻链,以及包含SEQ ID NO:28的氨基酸序列或与SEQ ID NO:8相比具有至多2个氨基酸取代的可变重链区序列的可变重链;
15.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变重链;
b)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变重链;
c)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列的可变重链;
d)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列的可变重链;
e)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的可变重链;
f)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列的可变重链;
g)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列的可变重链;或
h)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:28的氨基酸序列的可变重链。
16.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段是单克隆抗体、结构域抗体、单链抗体、Fab片段、F(ab')2片段、单链可变片段(scFv)、scFv-Fc片段、单链抗体(scAb)、适配体或纳米抗体。
17.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段是兔、小鼠、嵌合、人源化或全人抗原结合抗体。
18.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段是IgG抗体。
19.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的组:IgG1、IgG2、IgG3和IgG4同种型抗体。
20.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段是IgG1抗体。
21.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段被包括在双特异性抗体、多特异性抗体或进一步包括治疗剂或诊断剂的免疫缀合物中。
22.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与人CD38的胞外结构域结合。
23.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述患者血液样品选自由以下组成的组:全血样品、血浆样品和血清样品。
24.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述患者血液样品是全血样品,并且所述方法包括步骤:从所述患者血液样品中去除患者红细胞。
25.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述抗体是同种抗体。
26.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述患者抗体与除由所述患者的红细胞表达的任何红细胞抗原之外的红细胞抗原特异性结合。
27.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述患者抗体是临床上显著的患者抗体。
28.根据前述条款中任一项所述的方法,其中与在来自所述供体血液样品的所述一种或多种红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原特异性结合的患者抗体的存在由凝集或溶血指示。
29.根据前述条款中任一项所述的方法,其中与在来自所述供体血液样品的所述一种或多种红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原特异性结合的患者抗体的存在指示所述供体血液样品与所述患者不适配。
30.根据前述条款中任一项所述的方法,其中与在来自所述供体血液样品的所述一种或多种红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原特异性结合的患者抗体的不存在指示所述供体血液样品与所述患者适配。
31.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述患者抗体是IgG抗体和/或IgM抗体。
32.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述患者是人。
33.根据前述条款中任一项所述的方法,其中所述患者患有或者正在经历癌症,或者其中所述患者正在进行癌症治疗。
34.根据条款33所述的方法,其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的实体瘤。
35.根据条款33所述的方法,其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的血液系统恶性肿瘤。
36.根据条款33至35中任一项所述的方法,其中所述癌症是T细胞或B细胞非霍奇金氏淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、浆细胞瘤或多发性骨髓瘤。
37.根据前述条款中任一项所述的方法,其中在所述供体红细胞表面表达的所述一种或多种红细胞抗原选自由以下组成的组:Ab、ABO、Cromer、Diego、Duffy、Gerbich、GLOB、Indian、Kell、Kidd、Knops、Lewis、Lutheran、LW、MNS、P1、Rh、XK、Xg和Yt。
38.根据前述条款中任一项所述的方法,其中在所述供体红细胞表面表达的所述一种或多种红细胞抗原选自由以下组成的组:Ab、Rh、MNS、P1、Lewis、Kell、Duffy、KIDD、Lutheran和Xg。
39.根据前述条款中任一项所述的方法,其进一步包括步骤:在步骤(a)之前向所述患者施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段。
40.根据前述条款中任一项所述的方法,其中在从所述患者获得所述样品之前少于1年、少于6个月、少于3个月、少于2个月、少于1个月、少于4周、少于3周、少于2周或少于1周,所述患者已经被施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段。
41.根据前述条款中任一项所述的方法,其中步骤(b)的所述筛查使用选自由以下组成的组的测定进行:柱凝集测定、间接抗球蛋白试验(IAT)管测定和固相测定。
42.根据前述条款中任一项所述的方法,其进一步包括在步骤(c)的所述筛查之前,使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的所述供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物。
43.根据条款42所述的方法,其进一步包括以下步骤:温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者抗体如果存在的话,能够与所述供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物。
44.根据条款42或43所述的方法,其进一步包括以下步骤:如果所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物,任选地其中所述分离步骤包括离心。
45.根据条款42或44中任一项所述的方法,其进一步包括离心所述患者血液/供体红细胞混合物。
46.根据前述条款中任一项所述的方法,其包括:
a)提供来自患者的血液样品;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;
c)使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的一种或多种供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
d)温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者抗体如果存在的话,能够与所述一种或多种供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物;
e)任选地,如果所述任何一种或多种患者同种抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者同种抗体/供体红细胞抗原复合物,任选地其中所述分离步骤包括离心;以及
f)确定所述患者血液样品中患者抗体的存在或不存在,所述患者抗体与在所述一种或多种供体红细胞上表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
47.根据条款46所述的方法,其进一步包括离心所述患者血液/供体红细胞混合物。
48.根据前述条款中任一项所述的方法,其进一步包括步骤:添加与所述患者血液样品中存在的任何抗体特异性结合到一起的凝集剂。
49.根据条款48所述的方法,其中与所述患者血液样品中的一种或多种患者抗体特异性结合到一起的所述凝集剂是抗人球蛋白试剂。
50.根据前述条款中任一项所述的方法,其进一步包括生成报告,其中所述报告指示所述患者血液样品中患者抗体的存在或不存在和/或向所述患者提供血液或红细胞捐赠的供体的合适性。
51.根据前述条款中任一项所述的方法,其进一步包括以下步骤:在步骤(b)之前比照红细胞套组筛查所述患者血液样品,以确定所述患者血液样品中任何与所述红细胞套组中的任何红细胞表面存在的任何红细胞抗原特异性结合的患者抗体的存在或不存在。
52.根据条款51所述的方法,其中所述供体血液样品中的所述供体红细胞不表达任何能够由任一所述患者抗体特异性结合的红细胞抗原,所述患者抗体被鉴定为与在所述红细胞套组中的任何红细胞表面表达的任何红细胞抗原特异性结合。
53.一种治疗患者的癌症的方法,所述方法包括:提供来自所述患者的血液样品;以及根据条款1至52中任一项所述的方法筛查所述血液样品。
54.根据条款53所述的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段。
55.根据条款53或条款54所述的方法,其中所述方法包括步骤:从所述患者获得所述样品。
56.根据条款53所述的方法,其中方法包括:
a)向所述患者施用抗CD38抗体或其抗原结合片段;
b)在施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段之后从所述患者获得血液样品;以及
c)根据条款1至52中任一项所述的方法筛查所述患者血液样品。
57.根据条款53至56中任一项所述的方法,其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的实体瘤。
58.根据条款53至56中任一项所述的方法,其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的血液系统恶性肿瘤。
59.根据条款53至58中任一项所述的方法,其中所述癌症是T细胞或B细胞非霍奇金氏淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、浆细胞瘤或多发性骨髓瘤。
60.根据条款53至59中任一项所述的方法,其进一步包括以下步骤:如果所述供体被发现与所述患者适配,那么施用来自所述供体的血细胞或红细胞。
61.一种抗CD38抗体或其抗原结合片段,其用于治疗患者的癌症的方法,所述方法包括根据条款53至60中任一项所述的方法。
序列表
<110> 英创远达制药公司(CASI Pharmaceuticals, Inc.)
<120> 血液筛查方法
<130> P137674WO
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<213> 智人(Homo sapiens)
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<213> 智人(Homo sapiens)
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<211> 8
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 26
Gln Gln Asp Ser Ala Val Phe Thr
1 5
<210> 27
<211> 107
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 27
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Arg Ser Ser
20 25 30
Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Asp Glu Ala Val Phe
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 28
<211> 107
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 28
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Gly Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Arg Ser Ser
20 25 30
Tyr Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu
35 40 45
Ile Tyr Gly Ala Ser Ser Arg Ala Thr Gly Ile Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Arg Leu Glu
65 70 75 80
Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Asp Ser Ala Val Phe
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105
<210> 29
<211> 300
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 29
Met Ala Asn Cys Glu Phe Ser Pro Val Ser Gly Asp Lys Pro Cys Cys
1 5 10 15
Arg Leu Ser Arg Arg Ala Gln Leu Cys Leu Gly Val Ser Ile Leu Val
20 25 30
Leu Ile Leu Val Val Val Leu Ala Val Val Val Pro Arg Trp Arg Gln
35 40 45
Gln Trp Ser Gly Pro Gly Thr Thr Lys Arg Phe Pro Glu Thr Val Leu
50 55 60
Ala Arg Cys Val Lys Tyr Thr Glu Ile His Pro Glu Met Arg His Val
65 70 75 80
Asp Cys Gln Ser Val Trp Asp Ala Phe Lys Gly Ala Phe Ile Ser Lys
85 90 95
His Pro Cys Asn Ile Thr Glu Glu Asp Tyr Gln Pro Leu Met Lys Leu
100 105 110
Gly Thr Gln Thr Val Pro Cys Asn Lys Ile Leu Leu Trp Ser Arg Ile
115 120 125
Lys Asp Leu Ala His Gln Phe Thr Gln Val Gln Arg Asp Met Phe Thr
130 135 140
Leu Glu Asp Thr Leu Leu Gly Tyr Leu Ala Asp Asp Leu Thr Trp Cys
145 150 155 160
Gly Glu Phe Asn Thr Ser Lys Ile Asn Tyr Gln Ser Cys Pro Asp Trp
165 170 175
Arg Lys Asp Cys Ser Asn Asn Pro Val Ser Val Phe Trp Lys Thr Val
180 185 190
Ser Arg Arg Phe Ala Glu Ala Ala Cys Asp Val Val His Val Met Leu
195 200 205
Asn Gly Ser Arg Ser Lys Ile Phe Asp Lys Asn Ser Thr Phe Gly Ser
210 215 220
Val Glu Val His Asn Leu Gln Pro Glu Lys Val Gln Thr Leu Glu Ala
225 230 235 240
Trp Val Ile His Gly Gly Arg Glu Asp Ser Arg Asp Leu Cys Gln Asp
245 250 255
Pro Thr Ile Lys Glu Leu Glu Ser Ile Ile Ser Lys Arg Asn Ile Gln
260 265 270
Phe Ser Cys Lys Asn Ile Tyr Arg Pro Asp Lys Phe Leu Gln Cys Val
275 280 285
Lys Asn Pro Glu Asp Ser Ser Cys Thr Ser Glu Ile
290 295 300
<210> 30
<211> 15
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 30
Ala Arg Cys Val Lys Tyr Thr Glu Ile His Pro Glu Met Arg His
1 5 10 15
<210> 31
<211> 452
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 31
Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1 5 10 15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Val Ser Gly Phe Thr Phe Asn Ser Phe
20 25 30
Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Gly Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Lys Asp Lys Ile Leu Trp Phe Gly Glu Pro Val Phe Asp Tyr Trp
100 105 110
Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro
115 120 125
Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr
130 135 140
Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr
145 150 155 160
Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro
165 170 175
Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr
180 185 190
Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn
195 200 205
His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser
210 215 220
Cys Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu
225 230 235 240
Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu
245 250 255
Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser
260 265 270
His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu
275 280 285
Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr
290 295 300
Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn
305 310 315 320
Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro
325 330 335
Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln
340 345 350
Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val
355 360 365
Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val
370 375 380
Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro
385 390 395 400
Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr
405 410 415
Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val
420 425 430
Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu
435 440 445
Ser Pro Gly Lys
450
<210> 32
<211> 214
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 32
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Gln Ser Val Ser Ser Tyr
20 25 30
Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr Asp Ala Ser Asn Arg Ala Thr Gly Ile Pro Ala Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Glu Pro
65 70 75 80
Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ser Asn Trp Pro Pro
85 90 95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210
<210> 33
<211> 450
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 33
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Ala Lys Pro Gly Thr
1 5 10 15
Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr
20 25 30
Trp Met Gln Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile
35 40 45
Gly Thr Ile Tyr Pro Gly Asp Gly Asp Thr Gly Tyr Ala Gln Lys Phe
50 55 60
Gln Gly Lys Ala Thr Leu Thr Ala Asp Lys Ser Ser Lys Thr Val Tyr
65 70 75 80
Met His Leu Ser Ser Leu Ala Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Gly Asp Tyr Tyr Gly Ser Asn Ser Leu Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Ser Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val
115 120 125
Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala
130 135 140
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
145 150 155 160
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
165 170 175
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
180 185 190
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys
195 200 205
Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp
210 215 220
Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly
225 230 235 240
Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile
245 250 255
Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu
260 265 270
Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His
275 280 285
Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg
290 295 300
Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys
305 310 315 320
Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu
325 330 335
Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr
340 345 350
Thr Leu Pro Pro Ser Arg Asp Glu Leu Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu
355 360 365
Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp
370 375 380
Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val
385 390 395 400
Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp
405 410 415
Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His
420 425 430
Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro
435 440 445
Gly Lys
450
<210> 34
<211> 214
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 34
Asp Ile Val Met Thr Gln Ser His Leu Ser Met Ser Thr Ser Leu Gly
1 5 10 15
Asp Pro Val Ser Ile Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Val
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ser Pro Arg Arg Leu Ile
35 40 45
Tyr Ser Ala Ser Tyr Arg Tyr Ile Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly
50 55 60
Ser Gly Ala Gly Thr Asp Phe Thr Phe Thr Ile Ser Ser Val Gln Ala
65 70 75 80
Glu Asp Leu Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln His Tyr Ser Pro Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
100 105 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
115 120 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
130 135 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145 150 155 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
165 170 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
180 185 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
195 200 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210

Claims (28)

1.一种筛查从患者获得的血液样品的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段,所述方法包括:
a)提供来自所述患者的血液样品;
b)提供来自供体的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;以及
c)筛查所述患者血液样品,所述筛查包括确定所述患者血液样品中一种或多种患者抗体的存在或不存在,所述一种或多种患者抗体与在所述供体红细胞的表面表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法不包括以下步骤:使所述患者血液样品或所述供体血液样品与抑制所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与所述一种或多种供体红细胞表面存在的膜结合CD38结合的药剂接触。
3.根据权利要求2所述的方法,其中抑制所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与所述一种或多种供体红细胞表面存在的膜结合CD38结合的所述药剂是可溶性CD38抗原、抗CD38独特型抗体或抗原洗脱剂。
4.根据权利要求3所述的方法,其中所述抗原洗脱剂是氧化还原试剂,任选地DTT;或酶,任选地蛋白酶。
5.根据权利要求4所述的方法,其中所述蛋白酶选自由以下组成的组:胰蛋白酶、α糜蛋白酶、木瓜蛋白酶和无花果蛋白酶。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段与人CD38的表位特异性结合,其中所述表位包括SEQ ID NO:29(人CD38)的氨基酸65-79中包括的一个或多个氨基酸残基。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含氨基酸序列SEQ ID NO:1的HCDR1;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:2的HCDR2;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:3的HCDR3;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:4的LCDR1;
包含氨基酸序列SEQ ID NO:5的LCDR2;以及
包含选自由以下组成的组的氨基酸序列的LCDR3:SEQ ID NO:6、9、10、11和12;或
b)包含SEQ ID NO:17的氨基酸序列的HCDR1;
包含SEQ ID NO:18的氨基酸序列的HCDR2;
包含SEQ ID NO:19的氨基酸序列的HCDR3;
包含SEQ ID NO:20的氨基酸序列的LCDR1;
包含SEQ ID NO:21的氨基酸序列的LCDR2;以及
包含选自由以下组成的组的氨基酸序列的LCDR3:SEQ ID NO:22、25和26。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段包括:
a)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变重链;或
b)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变重链;或
c)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:13的氨基酸序列的可变重链;或
d)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列的可变重链;或
e)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列的可变重链;或
f)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:16的氨基酸序列的可变重链;或
g)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列的可变重链;或
h)包含SEQ ID NO:23的氨基酸序列的可变轻链以及包含SEQ ID NO:28的氨基酸序列的可变重链。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段是单克隆抗体、结构域抗体、单链抗体、Fab片段、F(ab')2片段、单链可变片段(scFv)、scFv-Fc片段、单链抗体(scAb)、适配体或纳米抗体。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述抗CD38抗体或其抗原结合片段是IgG抗体,任选地IgG1抗体。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述患者抗体是同种抗体,和/或其中所述患者抗体与除由所述患者的红细胞表达的任何红细胞抗原之外的红细胞抗原特异性结合,和/或其中所述患者抗体是临床上显著的患者抗体,和/或其中所述患者抗体是IgG抗体和/或IgM抗体。
12.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述患者患有或者正在经历癌症,或者其中所述患者正在进行癌症治疗。
13.根据权利要求12所述的方法,其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的实体瘤,或者其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的血液系统恶性肿瘤。
14.根据权利要求12或权利要求13所述的方法,其中所述癌症是T细胞或B细胞非霍奇金氏淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、浆细胞瘤或多发性骨髓瘤。
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中在所述供体红细胞表面表达的所述一种或多种红细胞抗原选自由以下组成的组:Ab、ABO、Cromer、Diego、Duffy、Gerbich、GLOB、Indian、Kell、Kidd、Knops、Lewis、Lutheran、LW、MNS、P1、Rh、XK、Xg和Yt。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中在所述供体红细胞表面表达的所述一种或多种红细胞抗原选自由以下组成的组:Ab、Rh、MNS、P1、Lewis、Kell、Duffy、KIDD、Lutheran和Xg。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中在从所述患者获得所述样品之前少于1年,所述患者已经被施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段。
18.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其包括:
a)提供从患者获得的血液样品;
b)提供从供体获得的血液样品,其中所述供体血液样品包括供体红细胞;
c)使所述患者血液样品与来自所述供体血液样品的一种或多种供体红细胞接触,以提供患者血液/供体红细胞混合物;
d)温育所述患者血液/供体红细胞混合物,以使所述患者血液样品中的任何一种或多种患者抗体如果存在的话,能够与所述一种或多种供体红细胞上存在的一种或多种红细胞抗原结合,以形成一种或多种患者抗体/供体红细胞抗原复合物;
e)任选地,如果所述任何一种或多种患者同种抗体/供体红细胞抗原复合物存在的话,从所述患者血液/供体红细胞混合物中分离所述任何一种或多种患者同种抗体/供体红细胞抗原复合物,任选地其中所述分离步骤包括离心;以及
f)确定所述患者血液样品中患者抗体的存在或不存在,所述患者抗体与在所述一种或多种供体红细胞上表达的一种或多种红细胞抗原特异性结合;
所述方法任选地进一步包括离心所述患者血液/供体红细胞混合物。
19.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其进一步包括步骤:添加与所述患者血液样品中存在的任何抗体特异性结合到一起的凝集剂。
20.根据权利要求19所述的方法,其中与所述患者血液样品中的一种或多种患者抗体特异性结合到一起的所述凝集剂是抗人球蛋白试剂。
21.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其进一步包括以下步骤:在步骤(b)之前对照红细胞套组筛查所述患者血液样品,以确定所述患者血液样品中任何与所述红细胞套组中的任何红细胞表面存在的任何红细胞抗原特异性结合的患者抗体的存在或不存在;任选地其中所述供体血液样品中的所述供体红细胞不表达任何能够由任一所述患者抗体特异性结合的红细胞抗原,所述患者抗体被鉴定为与在所述红细胞套组中的任何红细胞表面表达的任何红细胞抗原特异性结合。
22.一种治疗患者的癌症的方法,所述方法包括:提供来自所述患者的血液样品;以及
根据权利要求1至21中任一项所述的方法筛查所述血液样品。
23.根据权利要求22所述的方法,其中所述患者已经被施用抗CD38抗体或其抗原结合片段。
24.根据权利要求23所述的方法,其中所述方法包括:
a)向所述患者施用抗CD38抗体或其抗原结合片段;
b)在施用所述抗CD38抗体或其抗原结合片段之后从所述患者获得血液样品;以及
c)根据权利要求1至21中任一项所述的方法筛查所述患者血液样品。
25.根据权利要求22至24中任一项所述的方法,其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的实体瘤。
26.根据权利要求22至25中任一项所述的方法,其中所述癌症是在细胞表面表达CD38的血液系统恶性肿瘤。
27.根据权利要求22至26中任一项所述的方法,其中所述癌症是T细胞或B细胞非霍奇金氏淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、浆细胞瘤或多发性骨髓瘤。
28.根据权利要求22至27中任一项所述的方法,其进一步包括以下步骤:如果所述供体被发现与所述患者适配,那么施用来自所述供体的血细胞或红细胞。
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