CN116129127A - 一种结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法,属于计算机视觉、模式识别及医学图像应用领域。首先基于U‑Net网络,构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,对视网膜图像集中的输入图像进行编码,得到血管尺度特征;其次,通过上采样对血管尺度特征进行粗分割,得到具有全尺度信息的血管粗分割结果;然后,对血管粗分割结果的上下文信息进行相似度聚合,生成纹理特征滤波器;最后,通过结合纹理特征滤波器和定义包含骰子损失、双重对比损失的联合损失,分别对粗分割结果的血管边缘和区域进行纹理增强和优化,得到最终的血管分割结果。本发明具有较高的分割效率和准确性,能有效用于视网膜图像中的血管分割。
Description
技术领域
本发明涉及一种结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法,属于计算机视觉、模式识别及医学图像应用领域。
背景技术
视网膜血管图像是一种重要的生物信息,在社会保障领域可以作为一个识别条件来构建个人识别系统;在医疗领域可用于疾病诊断,视网膜血管结构的细微变化和异常可以作为诊断多种疾病的重要信号,包括DR、AMD、高血压等;分割的视网膜血管可以作为其他解剖部位的先验,如黄斑。如果仅凭人为经验,容易造成估算上的误差,因此,通过准确分割视网膜血管区域成为计算机辅助诊断的有效途径。然而,由于视网膜血管规模和形状差异大、位于分支末端的细小血管对比度低、视网膜血管周围的医学语义复杂,增加了分割任务的难度,且存在微小血管、视杯视盘及异常区域,导致视网膜血管分割的精度和效率较低。此外,STARE数据集中许多图像存在严重病变,不同数据集的图像信息差异较大,导致血管分割结果的灵敏度较低。
公知方法通常基于Unet、FCN、transformer等网络进行改进,但这些方法大多能够准确分割出血管主干,在处理复杂和多样化的视网膜血管形态结构上仍然具有局限,对于分割只覆盖1~2个像素宽的毛细血管尤其困难,并且还存在视杯视盘及异常区域处的血管分割不准确等问题。鉴于此,公知的视网膜血管分割方法进行了改进,例如Wang(<ISBI>,2020,1237-1241)利用两个基于U-Net的深度监督编-解码器模块,以端到端的形式对视网膜血管进行粗到细的分割,粗分割部分学习预测视网膜概率图,细分割部分对预测的视网膜图进行细化,通过更多的路径来保存上下文相关的信息,克服特征积累的局限性,提高了毛细血管的分割精度。Zhang(<MICCAI>,2020,775-785)在U-Net基础上引入Sobel边缘检测器,能够获得额外的边缘先验,从而无监督地增强边界,并利用去噪块来降低隐藏在底层特征中的噪声,实现有效的医学图像分割。然而,以上公知方法未考虑视网膜血管复杂的拓扑结构,无法解决血管尺度变换大的问题。专利CN113658207A提供一种基于引导滤波的视网膜血管分割方法及装置,以视网膜眼底图像的多尺度线算子特征作为引导图对相位一致性的响应图进行引导滤波,其滤波后的输出图像作为特征图,通过FCM聚类实现视网膜血管分割,提升了对血管分割的准确度以及细小血管的检测灵敏度,但该公知方法未充分表示多尺度血管形态。专利CN113379741A基于多尺度语义信息融合的深度卷积神经网络智能模型,将增强之后的数据输入到智能模型,并获得模型的输出,在血管断点和血管厚度不一致的区域上动态增加损失权重,迭代学习并进行优化,该公知方法结合了多尺度语义信息和断点信息解决血管连通性,但是没有考虑前景和背景的关系。专利CN112132817A采用混合注意力,对低对比度的血管结构进行精准分割,对复杂的眼底图像病灶、血管中心反光现象的干扰和光照不均衡现象的干扰具有较强的鲁棒性,但是采用混合注意力机制的效率较低。专利CN115049682A基于编-解码结构构建多尺度密集网络模型,在编码器与解码器之间设计了密集空洞空间卷积金字塔,在解码器部分引入了压缩激励模块和残余连接,并设计了一种全尺度的跳跃连接,该公知方法解决了对于细小血管的分割以及血管边缘模糊的问题,虽然考虑三层血管特征,但未考虑多层血管特征表示,以及前景与背景的关系,同时也未考虑血管纹理结构。因此,本发明通过构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,对血管尺度特征进行表示,通过上采样进行粗分割,得到具有全尺度血管信息的粗分割结果;通过对具有全尺度信息的血管粗分割结果的上下文信息进行相似度聚合,从而生成关注纹理特征的滤波器;通过纹理特征滤波器对粗分割结果的血管边缘进行增强,同时结合定义包含骰子损失、双重对比损失的联合损失,考虑血管前景与背景的关系对血管区域进行优化,能够得到更准确的血管分割结果。
发明内容
本发明提供了一种结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法,能够有效用于分割视网膜血管图像,提升分割的精确性和复杂性。
本发明的技术方案是:一种结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法:包括如下步骤:
Step1、基于U-Net网络,构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,对视网膜图像集中的输入图像进行编码,得到血管尺度特征;
Step2、通过上采样对血管尺度特征进行粗分割,得到具有全尺度信息的血管粗分割结果;
Step3、对血管粗分割结果的上下文信息进行相似度聚合,生成纹理特征滤波器;
Step4、通过结合纹理特征滤波器和定义包含骰子损失、双重对比损失的联合损失,分别对粗分割结果的血管边缘和区域进行纹理增强和优化,得到最终的血管分割结果。
作为本发明的进一步方案,所述Step1和Step2具体过程如下:
然后,基于编码特征,通过结合编码器的特征图和解码器的特征图,构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,并定义对不同层次的编码特征和解码特征进行融合,得到血管的五层尺度特征;其中,表示融合不同层次编解码特征的解码特征,即血管不同层次的尺度特征,、、、、分别表示第五层、第四层、第三层、第二层、第一层血管尺度特征,表示卷积操作,表示通过批规范化和激活操作的特征聚合,和分别表示上采样和下采样操作,表示拼接操作。
作为本发明的进一步方案,所述Step3具体过程如下:
首先,对Step2中得到的具有全尺度信息的粗分割结果,计算中心像素和周围个像素的局部表示,其中表示元素乘法,表示区域的坐标,每个像素获得一个局部表示,并沿通道维度拼接局部表示,得到相似体积以表示血管粗分割结果的上下文信息,其中,、W代表相似体积的高度和宽度;
作为本发明的进一步方案,所述Step4具体过程如下:
其次,根据Step1中的第五层血管尺度特征,获得血管特征集合,其中表示高置信度像素,表示低置信度像素;并从第一层血管尺度特征获得血管附近背景样本和其他背景样本,即,其中,;将输入到映射器和预测器中,、是简单多层感知机,包括非线性层和二范式层,代表血管前景像素,代表血管附近的背景像素,代表其他背景像素,表示所有背景像素;
然后,计算血管像素与背景像素之间的双重对比损失,包括计算血管像素和血管附近背景像素的第一重对比损失以优化整个血管区域的分割结果,其中代表第一重对比损失,代表停止梯度算子,代表同一特征层中的高置信特征和低置信特征之间的余弦相似度损失,表示二范数操作,以及计算血管像素与其他背景像素的第二重对比损失以优化整个细血管区域的分割结果,其中代表第二重对比损失; 表示血管和血管附近背景像素;表示血管和其他背景像素;
最后,用定义的包括骰子损失、基于和双重对比损失的联合损失函数,为权重系数,表示真实标签,对血管区域及毛细血管区域进行增强优化,使用对比损失能提高血管与周围背景的区别,对分割结果进行优化,得到最终结果。
本发明的有益效果是:
1、公知的血管特征提取方法仅处理图像三层特征,导致对复杂形态血管,如毛细血管的分割不准确,具有局限性。本发明通过构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,对视网膜图像集中的输入图像进行编码,得到血管多尺度特征,提高了具有复杂拓扑结构的视网膜血管分割的精度。
2、公知的视网膜血管分割方法大多采用两个复杂网络对视网膜进行粗分割和细分割,或者结合注意力机制对血管进行增强,导致分割效率不高。本发明对具有全尺度信息的血管粗分割结果的上下文信息进行相似度聚合,生成纹理特征滤波器,提高了后续视网膜血管分割的效率和准确率。
3、公知的视网膜血管分割方法通常只考虑血管边界的增强,未充分考虑前景和背景关系,导致部分区域的血管分割精度不高。本发明通过生成的纹理滤波器对血管边界进行增强,并结合双重对比损失提高视杯视盘和异常区域的血管和细血管的分割,能够准确获得最终的血管分割结果。
附图说明
图1为本发明的流程图;
图2为本发明的多尺度特征表示流程图;
图3为本发明的粗分割结果实例图;
图4为本发明的纹理滤波流程图;
图5为本发明的分割结果实例图。
具体实施方式
实施例1:如图1-图5所示,一种结合血管尺度和纹理滤波的视网膜血管分割方法,包括:
包括如下步骤:
Step1、基于U-Net网络,构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,对视网膜图像集中的输入图像进行编码,得到血管尺度特征;
Step2、通过上采样对血管尺度特征进行粗分割,得到具有全尺度信息的血管粗分割结果;
Step3、对血管粗分割结果的上下文信息进行相似度聚合,生成纹理特征滤波器;
Step4、通过结合纹理特征滤波器和定义包含骰子损失、双重对比损失的联合损失,分别对粗分割结果的血管边缘和区域进行纹理增强和优化,得到最终的血管分割结果。
作为本发明的进一步方案,所述Step1和Step2具体过程如下:
然后,基于编码特征,通过结合编码器的特征图和解码器的特征图,构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,并定义对不同层次的编码特征和解码特征进行融合,得到血管的五层尺度特征;其中,表示融合不同层次编解码特征的解码特征,即血管不同层次的尺度特征,、、、、分别表示第五层、第四层、第三层、第二层、第一层血管尺度特征,表示卷积操作,表示通过批规范化和激活操作的特征聚合,和分别表示上采样和下采样操作,表示拼接操作。
作为本发明的进一步方案,所述Step3具体过程如下:
首先,对Step2中得到的具有全尺度信息的粗分割结果,计算中心像素和周围个像素的局部表示,其中表示元素乘法,表示区域的坐标,每个像素获得一个局部表示,并沿通道维度拼接局部表示,得到相似体积以表示血管粗分割结果的上下文信息,其中,、W代表相似体积的高度和宽度;
作为本发明的进一步方案,所述Step4具体过程如下:
其次,根据Step1中的第五层血管尺度特征,获得血管特征集合,其中表示高置信度像素,表示低置信度像素;并从第一层血管尺度特征获得血管附近背景样本和其他背景样本,即,其中,;将输入到映射器和预测器中,、是简单多层感知机,包括非线性层和二范式层,代表血管前景像素,代表血管附近的背景像素,代表其他背景像素,表示所有背景像素;
然后,计算血管像素与背景像素之间的双重对比损失,包括计算血管像素和血管附近背景像素的第一重对比损失以优化整个血管区域的分割结果,其中代表第一重对比损失,代表停止梯度算子,代表同一特征层中的高置信特征和低置信特征之间的余弦相似度损失,表示二范数操作,以及计算血管像素与其他背景像素的第二重对比损失以优化整个细血管区域的分割结果,其中代表第二重对比损失; 表示血管和血管附近背景像素;表示血管和其他背景像素;
最后,用定义的包括骰子损失、基于和双重对比损失的联合损失函数,为权重系数,表示真实标签,对血管区域及毛细血管区域进行增强优化,使用对比损失能提高血管与周围背景的区别,对分割结果进行优化,得到最终结果。
实施实例2:如图1-图5所示,一种结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法,包括如下步骤:
Step1、如图2所示,输入视网膜图像集中的一幅原始图像(a1),其中表示视网膜图像数量;采用U-Net网络对输入视网膜图像集中的图像进行特征提取,并进行四次下采样操作和四次上采样操作,每一层两次标准卷积进行特征提取,引入批归一化层,采用激活函数。获得视网膜图像上的五个不同层次的编码特征和解码特征;
然后,基于U-Net网络和编码解码特征构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,利用公式结合编码器的较小和相同规模的特征图和解码器的较大规模的特征图,通过对不同层次的编码特征和解码特征进行融合,将不同尺度下特征图的底层细节与高层语义信息相结合,得到血管的五层尺度特征。其中,表示融合不同层次编解码特征的解码特征,即血管不同层次的尺度特征,、、、、分别表示第五层、第四层、第三层、第二层、第一层血管尺度特征,表示卷积操作,表示通过批规范化和激活操作的特征聚合,和分别表示上采样和下采样操作,表示拼接操作。
经过Step1后,可以得到具有全尺度信息的血管粗分割结果。具体流程图如图2所示。本实例的数据集选自公开数据集DRIVE、STRAE、CHASEDB1,其中,DRIVE数据集共包含40张彩色眼底图像,已被均分为训练集和测试集,并提供了两位专家手动分割的金标准以及对应的掩膜图像。图像使用佳能CR5非散瞳 3CCD相机获取,分辨率为565×584。部分图像来自早期糖尿病视网膜病变患者,以JPEG的格式存储。在测试过程中,采用第一位专家的手动分割结果作为真值来评估本发明所提出框架的分割性能。利用Pytorch进行实验,Step1、Step2实验结果如图3(b1) ~(d1)所示。
Step3、首先对Step2中得到的具有全尺度信息的粗分割结果,采用相似体积方式来收集更广粒度的上下文信息,见图4,通过计算中心像素和周围个像素的局部表示,的相似值作为这个像素的局部表示,每个像素获得一个局部表示,并沿通道维度拼接局部表示,得到相似体积以表示血管粗分割结果的上下文信息,其中×表示元素乘法,表示区域的坐标,其中,H1、W代表相似体积的高度和宽度。
然后,基于相似体积,充分利用比d小的相似体积的残差信息,对更广粒度的上下文信息进行相似度聚合,利用公式,,,计算最终的相似体积,其中代表元素相加,表示一个卷积层、一个批规范化层和一个激活函数操作,表示最终生成的纹理滤波器的大小。
其次,使用对比损失从神经网络提取的特征空间中增强同一类别像素的相似性。根据ground truth(即医生的标签),将视网膜中的像素分为三类,分别是血管前景像素、血管附近的背景像素和其他背景像素,根据的粗分割预测概率,将像素进一步分为高置信度像素(以为索引)和低置信度像素(以为索引)两类。
根据Step1中的第五层血管尺度特征,获得血管特征集合,其中表示高置信度像素,表示低置信度像素;并从第一层血管尺度特征获得高低置信度背景特征集合,其中包括血管附近背景样本和其他背景样本,即,;将输入到映射器和预测器中,、是简单多层感知机,通过线性层、Dropout层、LeakyReLU激活函数、线性层、二范式层。然后,在同一特征层中的高置信特征和低置信特征之间使用余弦相似损失,并计算血管像素和背景像素之间的双重对比损失,包括计算血管像素和血管附近背景像素的第一重对比损失以优化整个血管区域的分割结果,其中代表第一重对比损失,代表停止梯度算子,表示所有背景像素,表示二范数操作,以及计算血管像素与其他背景像素的第二重对比损失以优化整个细血管区域的分割结果,其中代表第二重对比损失,表示血管和血管附近背景像素;表示血管和其他背景像素;
最后,用定义的包括骰子损失、基于和双重对比损失的联合损失函数,为权重系数,表示真实标签,在实验的基础上,将系数设置为=1。对血管区域及毛细血管区域进行增强优化,使用对比损失提高血管与周围背景的区别,对分割结果进行优化,得到最终结果,见图5(b3)~(d3)。
表1
方法 | Acc | Auc | Sp | Se |
U-Net | 0.9681 | 0.9836 | 0.9854 | 0.7897 |
AG-Net | 0.9692 | 0.9856 | 0.9848 | 0.8100 |
本发明方法 | 0.9761 | 0.9827 | 0.9866 | 0.8191 |
如表2所示,将本发明方法与公知方法,如AG-Net在分割参数大小上进行对比。从表2可以看出采用本发明的分割方法的分割参数比部分方法少,即分割效率相对较高。
表2
方法 | 参数(MB) |
U-Net | 4.320 |
AG-Net | 9.330 |
本发明方法 | 6.870 |
综上,本发明方法较相关的公知的方法来说,具有较高的分割准确率和效率。
上面结合附图对本发明的具体实施方式作了详细说明,但是本发明并不限于上述实施方式,在本领域普通技术人员所具备的知识范围内,还可以在不脱离本发明 宗旨的前提下做出各种变化。
Claims (4)
1.一种结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法,其特征在于:包括如下步骤:
Step1、基于U-Net网络,构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,对视网膜图像集中的输入图像进行编码,得到血管尺度特征;
Step2、通过上采样对血管尺度特征进行粗分割,得到具有全尺度信息的血管粗分割结果;
Step3、对血管粗分割结果的上下文信息进行相似度聚合,生成纹理特征滤波器;
Step4、通过结合纹理特征滤波器和定义包含骰子损失、双重对比损失的联合损失,分别对粗分割结果的血管边缘和区域进行纹理增强和优化,得到最终的血管分割结果。
2.根据权利要求1所述的结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法,其特征在于:所述Step1和Step2具体过程如下:
然后,基于编码特征,通过结合编码器的特征图和解码器的特征图,构建多尺度跳跃连接的尺度特征表示模块,并定义对不同层次的编码特征和解码特征进行融合,得到血管的五层尺度特征;其中,表示融合不同层次编解码特征的解码特征,即血管不同层次的尺度特征,、、、、分别表示第五层、第四层、第三层、第二层、第一层血管尺度特征,表示卷积操作,表示通过批规范化和激活操作的特征聚合,和分别表示上采样和下采样操作,表示拼接操作;
4.根据权利要求1所述的结合尺度特征和纹理滤波的视网膜血管分割方法,其特征在于:所述Step4具体过程如下:
其次,根据Step1中的第五层血管尺度特征,获得血管特征集合,其中表示高置信度像素,表示低置信度像素;并从第一层血管尺度特征获得血管附近背景样本和其他背景样本,即,其中,;将输入到映射器和预测器中,、是简单多层感知机,包括非线性层和二范式层,代表血管前景像素,代表血管附近的背景像素,代表其他背景像素,表示所有背景像素;
然后,计算血管像素与背景像素之间的双重对比损失,包括计算血管像素和血管附近背景像素的第一重对比损失以优化整个血管区域的分割结果,其中代表第一重对比损失,代表停止梯度算子,代表同一特征层中的高置信特征和低置信特征之间的余弦相似度损失,表示二范数操作,以及计算血管像素与其他背景像素的第二重对比损失以优化整个细血管区域的分割结果,其中代表第二重对比损失; 表示血管和血管附近背景像素;表示血管和其他背景像素;
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