CN115769078A

CN115769078A - 用于卵巢癌评估的具有改良特异性与敏感性的组合物

Info

Publication number: CN115769078A
Application number: CN202180040367.4A
Authority: CN
Inventors: H·弗里切; L·诺斯罗普
Original assignee: Espira Women's Health Co
Current assignee: Espira Women's Health Co
Priority date: 2020-03-20
Filing date: 2021-03-19
Publication date: 2023-03-07
Also published as: WO2021188863A1; EP4121770A4; BR112022018859A2; US20230127069A1; KR20230022833A; EP4121770A1; AU2021238363A1; JP2023518280A; CA3176136A1; IL296570A

Abstract

本发明提供改良的特异性及敏感度的组合物及方法，用于对具有多种卵巢癌类型(如，低度恶性潜能、中度恶性潜能、高度恶性潜能)的多种受试者中(如，停经前或停经后妇女)的卵巢肿瘤进行术前评估(如，有症状或无症状的子宫附件肿块)。

Description

用于卵巢癌评估的具有改良特异性与敏感性的组合物

相关申请的引用

本申请主张2020年3月20日提交的美国临时专利申请第62/992,358号的优先权，所述临时专利申请的整体内容通过引用并入本文。

背景技术

卵巢癌为发达国家中最致命的妇科恶性肿瘤之一。仅在美国一年就有约23,000妇女被诊断患有此疾且有近14,000妇女死于此疾。纵使癌症疗法有进展，卵巢癌死亡率在过去二十年几近没有改变。鉴于卵巢癌被诊断出时的期数的存活率梯度陡峭，早期发现仍是增进卵巢癌病患长期存活率最重要的因素。第二个重要因素为卵巢癌妇女是否由一位专精妇科肿瘤学的外科医生治疗。

美国国家卫生研究院(NIH)所发表的共同声明强调识别应由妇科肿瘤科医师治疗的妇女的重要性。在1994年，NIH表示术前即被识别为具有卵巢癌显著风险的妇女应有让其手术由一位妇科肿瘤科医师执行的选择。为确保没有具有卵巢癌的妇女是被忽略的，现今诊断方式优化敏感度而牺牲特异性。现今诊断方式有无法接受的高伪阳性。在人类方面，这意味进行手术的妇女的50％相信他们具有卵巢癌，当实际上他们具有良性肿块。诊断方法迫切需要改良，使其不仅具有高度敏感度，而且也提供高度特异性，其可用于更有效地管理受试者的治疗并确保使适当的病患被及时和适当地转至专科医师。

发明内容

本发明所提供组合物及方法具有对多种卵巢癌型式(如，低度恶性潜能、中度恶性潜能、高度恶性潜能)的多种受试者中(如，停经前或停经后妇女)术前卵巢肿瘤的评估(如，有症状或无症状的子宫附件肿块(adnexal mass))改良的特异性及敏感度。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)和选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog,KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼(Fanconi)贫血互补组M(FANCM)、范可尼(Fanconi)贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(Postmeiotic segregation Increased,PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症(Werner syndrome)ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(Gremlin 1,GREM1)、同源匣B13(Homobox13,HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)和癌抗原-125(CA125)标记或由上述标记组成，以及选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)标记或由上述标记组成，以及选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutYDNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)和乳腺癌1(BRCA1)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、乳腺癌1(BRCA1)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌1(BRCA1)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)、乳腺癌1(BRCA1)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌1(BRCA1)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

在一个方面，本发明提供一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)、乳腺癌1(BRCA1)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

在某些实施方案中，本发明的检测组还包括选自由共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)一个或多个标记所组成的组。

在某些实施方案中，所述各标记结合至一单独的捕获试剂。在一实施方案中，所述捕获试剂附着在固态载体。在一实施方案中，所述固态载体是盘、芯片、珠、微流体平台、膜、平面微阵列或悬浮阵列。在一实施方案中，所述捕获试剂是抗体、适体、亲和体、杂交探针及/或其片段。在一实施方案中，各捕获试剂特异性的结合至所述标记之一。

在某些方面，本发明的检测组可被用于一种术前评估受试者具有卵巢癌风险的方法。

在一个方面，本发明提供一种术前评估受试者具有卵巢癌风险的方法，所述方法包括用本文中提供的任何检测组特征化来自所述受试者的生物样本的标记。

在一个方面，本发明提供一种术前评估受试者具有高或低卵巢癌风险的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；及(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

在一个方面，本发明提供一种术前评估受试者具有高或低卵巢癌风险的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；及(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

在一个方面，本发明提供一种术前评估受试者具有高或低卵巢癌风险的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第二分数，其第二分数识别所述受试者为低、中或高风险；及(c)特征化衍生自所述第二分数识别为具有中或高癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第三分数，其中，所述第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

在一个方面，本发明提供一种术前评估一无症状受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；及(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有高、中或低癌症风险的受试者的生物样本选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)一个或多个标记所组成的组，其中，一个或多个标记中一个或多个突变的存在或一个或多个标记中异常甲基化的存在把所述受试者识别为相对于一个或多个标记中不具有突变或异常甲基化的受试者具有更高的癌症风险。在一实施方案中，所述一个或多个标记中一个或多个突变的存在或所述一个或多个标记中异常甲基化的存在识别所述受试者需要治疗介入。在一实施方案中，所述一个或多个标记中一个或多个突变的存在或所述一个或多个标记中异常甲基化的存在把所述受试者识别为具有较高的癌症风险需要治疗介入。在一实施方案中，所述异常甲基化是过度甲基化。在一实施方案中，所述异常甲基化是低甲基化。在一实施方案中，所述治疗介入是手术。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括特征化衍生自所述第一分数识别为具有高、中或低癌症风险的受试者的生物样本选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)组成的组的一个或多个标记，其中，一个或多个标记中一个或多个突变的存在或一个或多个标记中异常甲基化的存在识别所述受试者，相较一个或多个标记中不具有一个或多个突变或异常甲基化的受试者，具有更高的癌症风险。在一实施方案中，所述一个或多个标记中一个或多个突变的存在或所述一个或多个标记中异常甲基化的存在识别所述受试者需要治疗介入。在一实施方案中，所述一个或多个标记中一个或多个突变的存在或所述一个或多个标记中异常甲基化的存在识别所述受试者有较高的癌症风险需要治疗介入。在一实施方案中，所述异常甲基化是过度甲基化。在一实施方案中，所述异常甲基化是低甲基化。在一实施方案中，所述治疗介入是手术。

在一个方面，本发明提供一种术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的第一生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；及(b)在一个或多个时间点重复步骤(a)于来自所述识别为具有中或低卵巢癌风险受试者的一个或多个生物样本，从而监控所述受试者。

在一个方面，本发明提供一种术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的第一生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；及(c)在一个或多个时间点重复步骤(a)及(b)于一或更多来自步骤(b)识别为具有低卵巢癌风险受试者的生物样本，从而监控所述受试者。

在一个方面，本发明提供一种术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的第一生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；及(c)在一个或多个时间点重复步骤(a)及(b)于一或更多来自步骤(b)识别为具有低卵巢癌风险受试者的生物样本，从而监控所述受试者。

在一个方面，本发明提供一种术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化识别为具有低或中卵巢癌风险受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的第一生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低、中或高癌症风险；(c)特征化衍生自所述第二分数识别为具有中或高癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第一时间点的第三分数，其中，所述第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；及(d)在一个或多个时间点重复步骤(a)至(c)于一或更多来自步骤(b)识别为具有低或中风险或步骤(c)识别为具有低卵巢癌风险的受试者的生物样本，从而监控所述受试者。

在某些实施方案中，所述一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记是选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)组成的组。

在一个方面，本发明提供一种术前监控具有子宫附件肿块受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；及(c)在一个或多个时间点重复步骤(a)及(b)于一或更多来自步骤(b)识别为具有低卵巢癌风险受试者的生物样本，从而监控所述受试者。

在一个方面，本发明提供一种术前监控具有子宫附件肿块受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高卵巢癌风险；及(c)在一个或多个时间点重复步骤(a)及(b)于一或更多来自步骤(b)识别为具有低卵巢癌风险受试者的生物样本，从而监控所述受试者。

在一个方面，本发明提供一种术前监控具有子宫附件肿块受试者的方法，所述方法包括(a)特征化衍生自所述受试者的第一生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低、中或高卵巢癌风险；(c)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中或高癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记以决定一个第一时间点的第三分数，其中，所述第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；及(d)在一个或多个时间点重复步骤(a)至(c)于一或更多来自步骤(b)识别为具有低或中风险或步骤(c)识别为具有低卵巢癌风险的受试者的生物样本，从而监控所述受试者。

在某些实施方案中，所述一个或多个生殖细胞系标记是BRCA1和/或BRCA2。在一实施方案中，所述一或更多的BRCA1突变包括c.68_69del和/或c.5266dup，和/或所述一或更多的BRCA2突变包括c.5946del。在一实施方案中，所述一或更多的标记以检测细胞游离肿瘤DNA(cftDNA)特征化。在一实施方案中，所述标记以免疫分析、定序和/或核酸微阵列特征化。在一实施方案中，所述定序是次世代定序(NGS)或桑格(Sanger)定序。在一实施方案中，所述免疫分析包括亲和力捕获分析、免疫计量分析、异质化学发光免疫计量分析、同质化学发光免疫计量分析、ELISA、西方墨点法、放射性免疫分析、磁性免疫分析、即时免疫定量PCR(iqPCR)和SERS免标定分析。

在某些实施方案中，所述第一分数范围由0至20，其中，第一分数小于或等于5把所述受试者识别为具有低癌症风险，停经前受试者第一分数大于5且小于10或停经后受试者第一分数大于5且小于14把所述受试者识别为具有中癌症风险，而停经前受试者第一分数大于或等于10或停经后受试者第一分数大于或等于14把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，所述第二分数范围由0至20，其中，第二分数小于5识别为所述受试者具有低癌症风险，而第一分数为5或更大把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，所述第二分数范围由0至20，其中，停经前受试者第二分数小于或等于5或停经后受试者第二分数小于4.4把所述受试者识别为具有低癌症风险，停经前受试者第二分数大于5且小于7或停经后受试者第二分数大于4.4且小于6把所述受试者识别为具有中癌症风险，而停经前受试者第二分数大于或等于7或停经后受试者第二分数大于或等于6把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，所述第三分数范围由0至20，其中，第三分数小于或等于5把所述受试者识别为具有低癌症风险，而第三分数大于5把所述受试者识别为具有高癌症风险。

在某些实施方案中，本发明的方法进一步特征化所述受试者中一或更多的卵巢癌风险临床生物标记，其中，所述一个或多个临床生物标记是选自由年龄、停经前状态、停经后状态、族裔、病理、子宫附件肿块诊断、家族史、体格检查、成像结果和/或抽烟史组成的组，其中，所述一个或多个临床生物标记进一步把所述受试者识别为具有高或低癌症风险。

在一个方面，本发明提供一种分类受试者具有卵巢癌风险的方法，所述方法包括：由至少一个处理器接收代表检测组检侦各标记的标记谱峰的第一检测组讯号，包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4和促卵泡激素(FSH)标记或由上述标记组成，和选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6、NBN、PALB2、PTEN、RAD51D、STK11、TP53、KRAS、ABRAXAS1、AKT1、APC、AXIN2、BMPR1A、BRAF、CDC25、CDKN2A、CDK4、CTNNB1、DICER1、ERBB2、ERCC6、FANCM、FANCC、MRE11、MUTYH、NF1、NTHL1、PIK3CA、PMS2、PP2R1A、PRKDC、POLD1、RAD50、RAD51C、RNF43、SDHB、SDHD、SMARCA4、XRCC2、WRN、CDC73、GALNT12、GREM1、HOXB13、MSH3、POLE、RAD51、RINT1、RSP20、SLX4、SMAD4、TTK、RASSF1A、RUNX3、TFPI2、SFRP5、OPCML、MGMT、CDH13、SULF1、HOXA9、HOXAD11、CLDN4、MAL、BORIS、ABCG2、TUBB3、MCJ、SNGG、P14ARF、P16INK4A、DAPK、P15、MINT31、RIZ1和TMS1组成的组的一个或多个标记；由至少一个处理器运用第一阶段癌症风险分类器以预测代表预测的发展卵巢癌风险的癌症风险分类分数，所述癌症风险分类分数依据习得的风险分类参数和第一检测组讯号；由至少一个处理器决定与癌症风险分类分数相关的癌症风险水平，所述癌症风险水平选自由包括低风险、中风险和高风险的至少一选项；及由至少一个处理器产生显示所述受试者癌症风险水平于照护提供者相关的计算装置上的癌症风险水平预测。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险；由至少一个处理器运用第二阶段癌症风险分类器以预测依据第二阶段习得的风险分类参数和包括第一检测组讯号的子集合的第二检测组讯号的加强癌症风险分类分数；及由至少一个处理器决定关于加强癌症风险分类分数的加强癌症风险水平，所述加强癌症风险水平选自由包括低风险和高风险的至少一选项。在一实施方案中，所述代表标记谱峰的第二检测组讯号包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成。在一实施方案中，所述代表标记谱峰第二检测组讯号包括FSH、CA125、HE4、转铁蛋白、ApoA1标记或由上述标记组成。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险；由至少一个处理器运用第二阶段癌症风险分类器以预测依据第二阶段习得的风险分类参数和包括第一检测组讯号一不同子集合的第二检测组讯号的加强癌症风险分类分数；由至少一个处理器运用第三阶段癌症风险分类器以预测依据第二阶段习得的风险分类参数和包括第一检测组讯号一不同子集合的第三检测组讯号的加强癌症风险分类分数，所述加强癌症风险水平选自由包括低风险和高风险的至少一选项。在一实施方案中，所述代表标记谱峰的第二检测组讯号包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成，且所述代表标记谱峰第三检测组讯号包括FSH、CA125、HE4、转铁蛋白、ApoA1标记或由上述标记组成。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，当癌症风险分类分数是介于0.0和5.0；由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，当癌症风险分类分数是介于5.1和9.9；及由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，当癌症风险分类分数是介于10.0和20.0。在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括：已习得停经前风险分类参数的习得风险分类参数的停经前第一阶段癌症风险预测模型；及已习得停经后风险分类参数的习得风险分类参数的停经后第一阶段癌症风险预测模型。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，当癌症风险分类分数是介于0.0和5.0；由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，当停经后受试者癌症风险分类分数是介于5.1和13.9；及由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，当停经后受试者癌症风险分类分数是介于14.0和20.0。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，当癌症风险分类分数是介于0.0和5.0；由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，当停经前受试者癌症风险分类分数是介于5.1和9.9；及由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，当停经前受试者癌症风险分类分数是介于10.0和20.0。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器于计算装置荧幕上建议手术介入的建议，当癌症风险水平是高风险。在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器产生一个于计算装置荧幕上建议不要手术介入的建议，当癌症风险水平是低风险。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器接收来自计算装置癌症风险水平预测的修改；及由至少一个处理器依据所述修改和所述癌症风险水平的差异再训练所述习得风险分类参数。在某些实施方案中，所述第一检测组讯号是接收自与至少一个处理器通讯的质谱仪或生物芯片或两者。在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括分类树或人工神经网路。在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括监督式分类模型。在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括非监督式分类模型。

在某些实施方案中，所述受试者诊断出一无症状的子宫附件肿块。在某些实施方案中，所述受试者诊断出一有症状的子宫附件肿块。在某些实施方案中，所述受试者是停经前。在某些实施方案中，所述受试者是停经后。在某些实施方案中，来自所述受试者的生物样本是血清。

在一个方面，本发明提供一种系统包括所述至少一个处理器设定执行指令使所述至少一个处理器执行本文提供的任一方法。在某些实施方案中，所述至少一个处理器是与指令存于其上的记忆体通讯。在某些实施方案中，所述至少一个处理器还设定执行指令以执行于计算装置荧幕上产生建议手术介入的建议的步骤，当癌症风险水平是高风险。在某些实施方案中，所述至少一个处理器还设定执行指令以执行于计算装置荧幕上产生建议不要手术介入的建议的步骤，当癌症风险水平是低风险。在某些实施方案中，所述至少一个处理器还设定执行指令以执行步骤：接收来自计算装置癌症风险水平预测的修改；及依据所述修改和所述癌症风险水平的差异再训练所述习得风险分类参数。在某些实施方案中，本文提供的发明系统包括与所述至少一个处理器通讯的质谱仪。

在一个方面，本发明提供一种其上储存软体的非暂态电脑可读取媒体，所述软体包括程式指令设定使所述至少一个处理器执行本文提供的任一方法。在某些实施方案中，本文提供的本发明方法还包括于计算装置荧幕上产生建议手术介入的建议的步骤，当癌症风险水平是高风险。在某些实施方案中，本文提供的本发明方法还包括于计算装置荧幕上产生建议不要手术介入的建议的步骤，当癌症风险水平是低风险。在某些实施方案中，本文提供的本发明方法还包括接收来自计算装置癌症风险水平预测的修改；及依据所述修改和所述癌症风险水平的差异再训练所述习得风险分类参数。在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括分类树或人工神经网路。在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括监督式分类模型。在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括非监督式分类模型。

在一个方面，本发明提供一种套组，包括：(a)本文提供的任何本发明标记检测组，及(b)使用检测组以术前评估受试者具有卵巢癌风险的指令。在特定实施方案中，使用这些检测组不可预期的增加特异性、增加敏感度和/或降低传统生物标记检测组识别的伪阳性或伪阴性。

如本文详述，可使用本领域已知的任何方法测量生物标记检测组。在本发明方面，所述生物标记检测组是使用已知的任何免疫分析测量。在实施方案中，所述免疫分析可为，但不限于，ELISA、西方墨点法和放射性免疫分析。

由本发明定义的组合物和制品是根据下面提供的实施例分离或制造的。本发明的其它特征和优点将从发明内容和权利要求中显而易见。

定义

除非另外定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所属领域的技术人员通常理解的含义。以下参考文献为本领域技术人员提供了本发明中使用的许多术语的一般定义：Singleton等人,Dictionary of Microbiology and Molecular Biology(2^nded.1994)；The Cambridge Dictionary of Science and Technology(Walker ed.,1988)；The Glossary of Genetics,5th Ed.,R.Rieger et al.(eds.),Springer Verlag(1991)；Benjamin Lewin,Genes V,Oxford University Press出版,1994(ISBN 0-19-854287-9)；Kendrew et al.(eds.)；The Encyclopedia of Molecular Biology,Blackwell ScienceLtd.出版,1994(ISBN 0-632-02182-9)；Molecular Biology and Biotechnology:aComprehensive Desk Reference,Robert A.Meyers(ed.),VCH Publishers,Inc.出版,1995(ISBN 1-56081-569-8)和Hale&Marham,The Harper Collins Dictionary ofBiology(1991)。如本文所用，除非另有说明，否则以下术语具有下面赋予它们的含义。

所谓“子宫附件肿块(adnexal mass)”是指一种于子宫周遭发展的不正常生长，最常发生于卵巢、输卵管或结缔组织。所述类肿瘤肿块可为囊肿(充满液体)或固体。子宫附件肿块可为良性(非癌性)或恶性(癌性)。子宫附件肿块可为有症状的或无症状的。所谓“有症状的子宫附件肿块”是指一个在受试者中呈现出有症状的子宫附件肿块。所述症状可包含，但不限于，腹部胀满感、腹部气胀、骨盆疼痛、肠蠕动困难和排尿频增加、异常阴道出血或骨盆压力。所谓“无症状的子宫附件肿块”是指一个在受试者中未产生或表现症状的子宫附件肿块。

所谓“剂”是指任何小分子化学化合物、抗体、核酸分子或多肽，或其片段。

所谓“变化”是指基因或多肽以如本文所述的标准技术已知的方法检测的表现水平或活性的一种改变(减少或增加)。一种变化可为小至1％、2％、3％、4％、5％、10％、20％、30％，或40％、50％、60％，或甚至大至70％、75％、80％、90％或100％。

所谓“生物样本”是指任何组织、细胞、体液或其他由生物体衍生的材料。

本文所用“生物标记”或“标记”一般是指与一个疾病相关的蛋白质、核酸分子、临床指标或其他分析物。在一实施方案中，相较于基准，由具有或有风险发展成卵巢癌的受试者取得的生物样本的卵巢癌的一个标记存在有差异。一个标记存在有差异如所述样本中存在的生物标记平均或中位水平与基准存在水平有统计学差异。一个基准水平可为，例如，由健康控制组受试者取得的样本的存在水平，或所述受试者较早时间点，即治疗前，取得的样本的水平。显著统计学差异常见测试包含除t检定、ANOVA、克拉斯卡－瓦立斯检定(Kruskal-Wallis)、威尔卡森检定(Wilcoxon),曼－怀特尼检定(Mann-Whitney)和胜率比(odds ratio)等其他。单独或组合的生物标记提供测量一个属于有兴趣表型状态的受试者的相对可能性。一个受试者样本于本发明标记的差异存在在特征化所述受试者具有或有风险发展成卵巢癌有用，以决定所述受试者预后、评估治疗功效或选择治疗方案(如，选择所述受试者由专精妇科肿瘤学的外科医生评估和/或治疗)。

本发明检测组中有用的标记包括，例如，FSH、HE4、CA125、转甲状腺素蛋白、转铁蛋白、ApoA1和β2微球蛋白，以及编码其蛋白的核酸分子。本发明方法中有用的片段能充分结合至一个抗体，其抗体特异性辨识所述蛋白质，所述片段是由所述蛋白质衍生。本发明包含标记，其标记是与下列序列实质上相同。较佳地是，其序列在比较用序列氨基酸层面或核酸是至少85％、90％、95％或甚至99％相同。

如本文所用，术语“包括(comprises)”、“包括(comprising)”、“含有(containing)”以及“具有(having)”等可以具有在美国专利法中归于它们的含义并且可以意指“包含(includes)”、“包含(including)”等；“基本上由…组成(consistingessentially of或consists essentially)”同样具有在美国专利法中指定的含义并且所述术语是开放性的，允许超出所叙述的存在，只要所叙述的基本或新颖特征不被超过叙述的存在改变，但是排除现有技术实施例。

所谓“促卵泡激素(FSH)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI登录号NP_000501约85％氨基酸同一性。

所谓“人类附睾蛋白4(HE4)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI登录号NP_006094约85％氨基酸同一性。

所谓“癌抗原-125(CA125)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与Swiss-Prot登录号Q8WXI7约85％氨基酸同一性。

所谓“转甲状腺素蛋白(前白蛋白)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与Swiss-Prot登录号P02766约85％氨基酸同一性。

所谓“转铁蛋白多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与UniProtKB/TrEMBL登录号Q06AH7约85％氨基酸同一性。

所谓“载脂蛋白A1(ApoA1)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与Swiss-Prot登录号P02647约85％氨基酸同一性。

所谓“β2微球蛋白多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与Swiss-Prot登录号P61769约85％氨基酸同一性。

所谓“乳腺癌1(BRCA1)基因”是指一个在染色体17上的基因具有至少与NCBI登录号NG_005905.2约85％核苷酸同一性，其基因通常帮助抑制细胞生长。所述BRCA1基因突变与乳癌、卵巢癌、摄护腺癌和其他型癌症较高风险相关。

所谓“乳腺癌1(BRCA1)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与GenBank登录号AAC37594.1约85％氨基酸同一性。

所谓“乳腺癌2(BRCA2)基因”是指一个在染色体13上的基因具有至少与NCBI登录号NG_012772.3约85％核苷酸同一性，其基因通常帮助抑制细胞生长。所述BRCA2基因突变与乳癌、卵巢癌、摄护腺癌和其他型癌症较高风险相关。

所谓“乳腺癌2(BRCA2)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI登录号NP_000050.2约85％氨基酸同一性。

所谓“共济失调毛细血管扩张突变(ATM)基因”是指一个在染色体11上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_009830.1约85％核苷酸同一性，其基因编码一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，其丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶是由DNA双股裂缝招募与激活以磷酸化蛋白质，其磷酸化蛋白质起始DNA损伤查核点激活，导致细胞周期停止、DNA修护或细胞雕亡。所述ATM基因突变与乳癌、卵巢癌、摄护腺癌、胰脏癌和其他型癌症较高风险相关。

所谓“共济失调毛细血管扩张突变(ATM)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000042.3约85％氨基酸同一性。

所谓“BRCA1关联环指结构域1(BARD1)基因”是指一个在染色体2上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_012047.3约85％核苷酸同一性，其基因编码一种透过N端环指结构域与BRCA1形成异二聚体以稳定BRCA1的蛋白质。影响蛋白结构的BARD1基因突变与乳癌、卵巢癌和子宫癌相关，暗示所述突变使BARD1肿瘤抑制功能失效。

所谓“BRCA1关联环指结构域1(BARD1)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000456.2约85％氨基酸同一性。

所谓“BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)基因”是指一个基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007409.2约85％核苷酸同一性，其基因编码范可尼贫血组J蛋白，RecQDEAH解旋酶族一员，其蛋白与BRCA1有交互作用。BRIP1基因突变与卵巢癌相关。

所谓“BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_114432.2约85％氨基酸同一性。

所谓“钙粘蛋白-1(CDH1)基因”是指一个在染色体16上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_008021.1约85％核苷酸同一性，其基因编码一种依钙细胞-细胞附着糖蛋白。所述CDH1基因突变与胃癌、乳癌、大肠直肠癌、甲状腺癌和卵巢癌相关。

所谓“钙粘蛋白-1(CDH1)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_004351.1约85％氨基酸同一性。

所谓“检测点激酶2(CHEK2)基因”是指一个在染色体22上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_008150.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种丝氨酸-苏氨酸激酶，其丝氨酸-苏氨酸激酶参与因应DNA损伤的DNA修护、细胞周期停止或细胞雕亡。所述CHEK2基因突变与乳癌、摄护腺癌、肺癌、大肠癌、肾脏癌和甲状腺癌相关。

所谓“检测点激酶2(CHEK2)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_009125.1约85％氨基酸同一性。

所谓“上皮细胞粘附分子(EPCAM)基因”是指一个在染色体2上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_012352.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种跨膜糖蛋白调控上皮的依钙离子同型细胞-细胞附着，细胞讯息传导、迁移、增生和分化。所述EPCAM基因突变与多种癌症相关，包含乳癌和卵巢癌。

所谓“上皮细胞粘附分子(EPCAM)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_002345.2约85％氨基酸同一性。

所谓“MutL同源物1(MLH1)基因”是指一个在染色体3上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007109.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种DNA错配修复蛋白。所述MLH1基因突变与大肠癌、子宫内膜癌和卵巢癌相关。

所谓“MutL同源物1(MLH1)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000240.1约85％氨基酸同一性。

所谓“MutS同源物2(MSH2)基因”是指一个在染色体2上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007110.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种DNA错配修复蛋白。所述MSH2基因突变与大肠癌、乳癌和卵巢癌相关。

所谓“MutS同源物2(MSH2)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000242.1约85％氨基酸同一性。

所谓“MutS同源物6(MSH6)基因”是指一个在染色体2上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007111.1约85％核苷酸同一性，其基因编码一种参与DNA修复的蛋白。所述MSH6基因突变与大肠癌、子宫内膜癌、乳癌和卵巢癌相关。

所谓“MutS同源物6(MSH6)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000170.1约85％氨基酸同一性。

所谓“尼布瑞(Nibrin,NBN)基因”是指一个在染色体6上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_008860.1约85％核苷酸同一性，其基因编码一种DNA错配修复蛋白。所述NBN基因突变与乳癌、摄护腺癌和卵巢癌相关。

所谓“尼布瑞(Nibrin,NBN)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_002476.2约85％氨基酸同一性。

所谓“BRCA2合作者和定位信标(PALB2)基因”是指一个在染色体16上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007406.1约85％核苷酸同一性，其基因编码一种参与双股裂缝修复的蛋白并与BRCA2结合及共定位。所述PALB2基因突变与卵巢癌、乳癌、胰脏癌相关。

所谓“BRCA2合作者和定位信标(PALB2)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_078951.2约85％氨基酸同一性。

所谓“磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)基因”是指一个在染色体10上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007466.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种参与细胞周期调控的磷酸酶蛋白。所述PTEN基因突变与摄护腺癌、乳癌和卵巢癌相关。

所谓“磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000305.3约85％氨基酸同一性。

所谓“RAD51旁系同源物D(RAD51D)基因”是指一个在染色体17上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_031858.1约85％核苷酸同一性，其基因编码一种参与同源重组和DNA修复的蛋白。所述RAD51D基因突变与乳癌和卵巢癌相关。

所谓“RAD51旁系同源物D(RAD51D)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_002869.3约85％氨基酸同一性。

所谓“丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)基因”是指一个在染色体19上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007460.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。所述STK11基因突变与卵巢癌、子宫颈癌、乳癌、肠癌、睾丸癌、胰脏癌和皮肤癌相关。

所谓“丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000446.1约85％氨基酸同一性。

所谓“肿瘤蛋白p53(TP53)基因”是指一个在染色体17上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_017013.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种癌症抑制蛋白。所述TP53基因突变与与多种癌症相关，包含乳癌和卵巢癌。

所谓“肿瘤蛋白p53(TP53)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_000537.3约85％氨基酸同一性。

所谓“鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)基因”是指一个在染色体12上的基因具有至少与NCBI参考序列：NG_007524.2约85％核苷酸同一性，其基因编码一种参与细胞讯息传递的GTP酶。所述KRAS基因突变与与多种癌症相关，包含大肠癌、肺癌、卵巢癌和乳癌。

所谓“鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)多肽”是指一个多肽或其片段具有至少与NCBI参考序列：NP_203524.1约85％氨基酸同一性。

图1显示本文例示性选择描绘的序列。

所谓“捕获试剂”是指一种特异性结合核酸分子或多肽以选择或分离所述核酸分子或多肽的试剂。

所谓“临床攻击性(clinical aggressiveness)”是指瘤形成的严重性。攻击性瘤形成相较较低攻击性瘤形成较可能转移。固然在较低攻击性瘤形成保守治疗方法恰当，较高攻击性瘤形成需要较积极的治疗方案。

如本文所用，术语“决定(determining)”、“评估(assessing)”、“测定(assaying)”、“测量(measuring)”和“检测(detecting)”是指一个分析物定量和定性决定，并且正因如此，术语“决定”在本文可以与“测定”、“测量”及其他互换使用。其中定量测定为目的时，使用短语“决定分析物和类似物的量”。其中定性和/或定量测定为目的时，使用短语“决定分析物的水平”或“检测”分析物。

所谓“可检测标签”是指一个组合物，当其组合物与有兴趣的分子键结时使后者可透过光谱、光化学、生化、免疫化学或化学方式检测。例如，有用的标签包含放射性同位素、磁珠、金属珠、胶体粒子、萤光染剂、电子致密试剂、酵素(例如ELISA常用者)、生物素、长叶毛地黄配质(digoxigenin)或不完全抗原(haptens)。

所谓“疾病”是指任何损伤或干扰正常细胞、组织或器官功能的状况或异常。疾病的例子包含乳癌与卵巢癌。

所谓“有效量”是指改善未经治疗病患的疾病症状的必要用量。用来实践本发明的用于治疗疾病的活性化合物的有效量，依据给药方式、受试者的年龄、体重和一般健康状况而变化。最终，主治医生或兽医将决定适宜的量和剂量方案。此量被称为“有效”量。

本发明提供数个标的，其标的于发展高特异性药物于治疗或一个藉由本文描绘的方法特征化的异常是有用的。另外，本发明的方法提供一个识别疗法的简易方式，其识别疗法能安全使用于受试者。另外，本发明的方法提供一个高通量、高敏感度及低复杂性分析几近任何数量化合物对一个本文描述的疾病影响的途径。

所谓“片段”是指多肽或核酸分子的部分。较佳地,所述部分含有,参照核酸分子或多肽的整个长度的至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。片段可含有10、20、30、40、50、60、70、80、90或100、200、300、400、500、600、700、800、900或1000个核苷酸或氨基酸。

所谓“生殖细胞系标记”是指任何于生殖细胞内具有表现水平或活性变化的蛋白质或多核苷酸，其表现水平或活性变化与一个可遗传至后代的疾病或异常相关。

所谓“生殖细胞系突变”是指生殖细胞内遗传而来的基因变化。

“杂交”指氢键合，其氢键合可为互补核碱基的间沃森-克里克(Watson-Crick)、霍氏(Hoogsteen)或反霍氏氢键合。例如腺嘌呤及胸腺嘧啶是透过形成氢键配对的互补核碱基。

术语“分离的”、“纯化的”或“生物纯的”是指在不同程度上不含在其天然状态中通常伴随其的组分的材料。“分离”是指与原始来源或环境分开的程度。“纯化”是指高于分离的分开的程度。“纯化的”或“生物纯的”蛋白是充分地不含有其他材料，这样使得任何杂质并不物质上影响蛋白的生物学特性或引起其他不良后果。即，本发明的核酸或肽是纯化的，前提是基本上不含有当以重组DNA技术产生时细胞材料、病毒材料、或培养基，或当化学合成时化学前体或其他化学品。典型地使用分析化学技术，例如聚丙烯酰氨凝胶电泳或高效液相层析法来确定纯度和同质性。术语“纯化的”可以指核酸或蛋白在电泳凝胶中产生基本上一条带。对于可以经受修饰，例如磷酸化或糖基化，的蛋白而言，不同修饰可以产生不同的分离的蛋白，这些蛋白可以分开地纯化。

所谓“经分离的生物标记”或“经纯化的生物标记”是指免除至少60％重量所述标记自然结合的蛋白质和自然存在的有机分子。较佳地，所述配制是至少75％，更佳地，80、85、90或95％纯度或至少99％重量的一个分离纯化的生物标记。

所谓“分离的多核苷酸”是指不含有周遭基因的核酸(如，DNA)，其周遭基因在衍生出本发明的核酸分子的生物体天然存在的基因体中。因此所述术语包含，例如，重组DNA，其重组DNA合并进入载体、自主复制质粒或病毒、或原核生物或真核生物的基因体DNA；或者其重组DNA以独立于其他序列分离的分子存在(例如，以PCR或限制性内切核酸酶消化产生的cDNA或者基因体的或cDNA的片段)。此外，所述术语包括从DNA分子转录的RNA分子，以及重组DNA，其重组DNA是编码有额外的多肽序列的混合基因的一部分。

所谓“分离的多肽”是指本发明的多肽是从自然伴随的成分中分离的。典型地，当免除至少60％重量与其自然结合的蛋白质与自然存在的有机分子时，所分离而得的其多肽。较佳地，所述制备是本发明多肽的重量至少75％，更佳为致使90％，以及更佳为至少99％。例如，通过从自然来源萃取、通过表现编码所述多肽的重组核酸；或是通过化学合成所述蛋白质，可得到本发明分离的多肽。可使用任何适当的方法，例如管柱层析、聚丙烯酰氨胶体电泳或是HPLC分析，测量纯度。

所谓“标记(marker)”是指具有表现水平或活性变化的蛋白质或多核苷酸，其表现水平或活性变化与一种疾病或异常相关。

所谓“标记剖析(marker profile)”是指特征化二或更多多肽或多核苷酸的表现或表现水平。

所谓“瘤形成(neoplasia))”是指不适当地高水平的细胞分裂、不适当地低水平的细胞凋亡或两者引起的任何疾病。癌症的实例包括，但不限于，摄护腺癌、白血病(如，急性白血病、急性淋巴细胞白血病、急性髓细胞白血病、急性成髓细胞白血病、急性早幼粒细胞白血病、急性骨髓单核细胞性白血病、急性单核细胞白血病、急性红白血病、慢性白血病、慢性髓细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病)、真性红细胞增多症、淋巴瘤(何杰金氏(Hodgkin's)病、非何杰金氏病)、沃尔登斯特伦氏(Waldenstrom's)巨球蛋白血症、重链病和实体瘤例如肉瘤和癌(如，纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤因氏(Ewing's)瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、大肠癌、胰脏癌、乳癌、卵巢癌、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、囊腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、精原细胞瘤、胚胎性癌、威尔姆氏(Wilm's)瘤、子宫颈癌、子宫癌、睾丸癌、肺癌、小细胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神经胶质瘤、星形细胞瘤、成神经管细胞瘤、颅咽管瘤、室管膜细胞瘤、松果体瘤、成血管细胞瘤、听神经瘤、少突胶质细胞瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、黑素瘤、成神经细胞瘤及成视网膜细胞瘤)。淋巴增生性障碍也视为增生性疾病。

如本文所用，“取得剂”中的“取得”包含合成、购买或其他获取所述剂方式。

术语“卵巢癌”指原发卵巢肿瘤以及可能转至身体任一处的所述原发卵巢肿瘤的转移二者。

术语“卵巢癌状态”指所述病患疾病的状态。卵巢癌状态型式的实例包含，但不限于，所述受试者的癌症风险、疾病的存在与否、病患的疾病期数及疾病治疗的有效性。在实施方案中，一个被辨识为具有骨盆肿块的受试者被评估以辨识其卵巢癌状态是良性或恶性。

可用于本发明方法中的核酸分子包括编码本发明的多肽或其片段的任何核酸分子。这些核酸分子无需与内源性核酸序列100％一致，但典型显现基本同一性。具有与内源性序列“基本同一性”的多核苷酸典型地能与单链或双链核酸分子的至少一条链杂交。可用于本发明方法中的核酸分子包括编码本发明的多肽或其片段的任何核酸分子。这些核酸分子无需与内源性核酸序列100％—致，但典型显现基本一致性。具有与内源性序列“基本同一性”的多核苷酸典型地能与单链或双链核酸分子的至少一条链杂交。“杂交”意为在互补的多核苷酸序列(如，本文中揭示的基因)或其部分的间在各种严格度条件下配对，以形成双链分子(见，如，Wahl,G.M.and S.L.Berger(1987)Methods Enzymol.152:399；Kimmel,A.R.(1987)Methods Enzymol.152:507)。

例如，严格的盐浓度通常低于约750mM NaCl和75mM柠檬酸三钠，优选低于约500mMNaCl和50mM柠檬酸三钠，更优选低于约250mM NaCl和25mM柠檬酸三钠。低严格度杂交可在有机溶剂如甲酰氨的不存在下获得；而高严格度杂交可在至少约35％甲酰氨，更优选至少约50％甲酰氨的存在下获得。严格的温度条件通常包括至少约30℃的温度，较佳地至少约37℃，且最佳地至少约42℃。改变其它参数，如杂交时间、洗涤剂如十二烷基硫酸钠(SDS)的浓度、以及包含或不饱和载体DNA，是本领域技术人员所周知的。通过如所需者合并这些多种条件而完成各种水平的严格度。在一较佳实施方案中，杂交将在30℃出现于750mM NaCl、75mM柠檬酸三钠、及1％SDS中。在一更佳实施方案中，杂交将在37℃出现于500mM NaCl、50mM柠檬酸三钠、1％SDS、35％甲酰氨、及100μg/ml变性的大马哈鱼精子DNA(ssDNA)中。一种最佳实施方案中，杂交将在42℃出现于250mM NaCl、25mM柠檬酸三钠、1％SDS、50％甲酰氨、及200μg/ml ssDNA中。本领域技术人员可轻易获知对这些条件的可用改变。

对于大多数应用，杂交后的洗涤步骤的严格度亦可变。洗涤的严格度条件可由盐浓度和温度而定。如上，洗涤的严格度可由于盐浓度降低或温度升高而增加。例如，对于洗涤步骤的严格的盐浓度较佳为低于约30mM NaCl和3mM柠檬酸三钠，且最佳低于约15mMNaCl和1.5mM柠檬酸三钠。对于洗涤步骤的严格温度通常包括至少约25℃的温度，更佳至少约42℃，且甚至更佳至少约68℃。在一较佳实施方案中，洗涤步骤将在25℃出现于30mMNaCl、3mM柠檬酸三钠、及0.1％SDS中。在一更佳实施方案中，洗涤步骤将在42℃出现于15mMNaCl、1.5mM梓檬酸三钠、及0.1％SDS中。在一更佳实施方案中，洗涤步骤将在68℃出现于15mM NaCl、1.5mM梓檬酸三钠、及0.1％SDS中。本领域技术人员可轻易获知对这些条件的其它改变。杂交技术是本领域技术人员周知的，且揭示于例如Benton and Davis(Science196:180,1977)；Grunstein and Hogness(Proc.Natl.Acad.Sci.,USA72:3961,1975)；Ausubel et al.(Current Protocols in Molecular Biology,Wiley Interscience,NewYork,2001)；Berger and Kimmel(Guide to Molecular Cloning Techniques,1987,Academic Press,New York)；and Sambrook et al.,Molecular Cloning:A LaboratoryManual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,New York中。

所谓“降低”是指意为负向变更。在一些实施方案中，所述改变是至少5％、10％、25％、50％、75％、或100％。

所谓“基准”是指一个供比较的标准或控制组状况。例如，一个病患样本中标记存在水平可与一个相对应的健康细胞或组织，或死亡细胞或组织(例如由具有卵巢癌受试者衍生的细胞或组织)的标记水平比较。在特定实施方案中，一个病患样本中存在IGFBP2、IL6、FSH、HE4、CA125；转甲状腺素蛋白、转铁蛋白、TAG-72/CA 72-4多肽水平可与较早时间点取得的相对样本(即治疗前)、健康的细胞或组织或缺乏转移倾向的肿瘤细胞或组织的所述多肽存在水平。

所谓“样本”是指如任何组织、细胞、体液或其他生物衍生而来的材料的生物样本。

“序列同一性”指氨基酸或核酸序列的间的相似性，其根据序列的间的相似性表达。序列同一性经常用百分比同一性(或相似性或同源性)来衡量；百分比越高，序列越相似。当使用标准方法比对时，给定基因或蛋白质的同源物或变体将具有相对较高的序列同一性。序列同一性通常使用序列分析软体进行测量(例如：威斯康星大学生物技术中心遗传计算机组的序列分析软体包，威斯康星州麦迪逊市，1710University Avenue，Madison，Wis.53705，BLAST，BESTFIT，GAP，或PILEUP/PRETTYBOX程式)。这样的软件通过将同源性程度分配给各种取代、缺失及/或其他修饰来匹配相同或相似的序列。保守取代通常包含以下组内的取代：甘氨酸、丙氨酸；缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸；天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰氨、谷氨酰氨；丝氨酸、苏氨酸；赖氨酸、精氨酸；以及苯丙氨酸、酪氨酸。在确定同一性程度的示例性方法中，可以使用BLAST程式，其中e^-3到e^-100的间的概率得分表示密切相关的序列。此外，其他程式及比对算法描述于例如：Smith and Waterman,1981,Adv.Appl.Math.2:482；Needleman and Wunsch,1970,J.Mol.Biol.48:443；Pearson and Lipman,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:2444；Higgins and Sharp,1988,Gene 73:237-244；Higgins and Sharp,1989,CABIOS 5:151-153；Corpet et al.,1988,Nucleic AcidsResearch 16:10881-10890；Pearson and Lipman,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:2444；and Altschul et al.,1994,Nature Genet.6:119-129.The NCBI Basic LocalAlignment Search Tool(BLAST^TM)(Altschul et al.1990,J.Mol.Biol.215:403-410)可从多种来源获得，包括美国国家生物技术资讯中心(NCBI，贝塞斯达，马里兰州)，并在网际网路上与序列分析程式blastp、blastn、blastx、tblastn及tblastx结合使用。

所谓“体细胞标记”是指任何具有表现水平或活性变化的蛋白质或多核苷酸，其表现水平或活性变化与一个发生在除生殖细胞外的任何细胞且无法遗传的疾病或异常相关。

所谓“体细胞突变”是指一个除生殖细胞外的任何细胞且无法遗传的基因变化。

所谓“特异性结合”是指一个化合物(例如抗体)识别并结合一个分子(例如多肽)，但基本上不识别并结合样品中的其他分子，例如，生物样品。

可以使用本领域中众所周知的任何方法来表征诊断测试的准确性，包括但不限于接受者操作特征曲线(“ROC曲线”)。ROC曲线显示了灵敏度和特异性的间的关系。灵敏度是测试预测为阳性的真实阳性百分比，而特异性是测试预测为阴性的真实阴性百分比。ROC是针对诊断测试可能的不同截止点的真实阳性率与假阳性率的关系图。因此，灵敏度的提高将伴随特异性的降低。曲线越接近左轴和然后ROC空间的顶部边缘，则测试越精确。相反，曲线越接近ROC图的45度对角线，测试的准确性就越低。ROC下的面积是测试准确性的测量。测试的准确性取决于测试将测试的组分为有或无相关病症或疾病的那些的程度。曲线下的面积(称为“AUC”)为1表示完美测试。在实施方案中，本发明的生物标记和诊断方法具有大于0.50、大于0.60、大于0.70、大于0.80或大于0.9的AUC。

其他测试实用性的有用度量是阳性预测值(“PPV”)和阴性预测值(“NPV”)。PPV是测试为阳性的实际阳性的百分比。NPV是测试为阴性的实际阴性的百分比。

术语“受试者”或“病患”指一个治疗、观察或试验的目标动物。在一非限制性的实例中，受试者包含但不限于哺乳动物，包含但不限于人或一非人类哺乳动物，如非人灵长类动物，鼠、牛、马、犬、绵羊或猫科动物。

所谓“实质上相同(substantially identical)”是指与基准氨基酸序列(例如：本文所述的任一氨基酸序列)或核酸序列(例如：例如：本文所述的任一核酸序列)具有至少50％同一性的多肽或核酸分子。较佳地，这种序列在氨基酸水平或核酸上与用于比较的序列至少60％，或更佳地80％或85％，或更佳地90％、95％或甚至99％相同。

典型地，使用序列分析软件(例如，威斯康星大学生物技术中心(University ofWisconsin Biotechnology Center,1710University Avenue，Madison，Wis.53705)基因计算机小组(Genetics Computer Group)的序列分析软件包BLAST、BESTFIT、GAP、S PILEUP/PRETTYBOX程序)测量序列同一性。所述软件通过设定各种替换、删除、及/或其它修饰的同源性程度来匹配一致的序列或相似的序列。保守替换典型包括在下列组别中的替换：甘氨酸、丙氨酸；缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸；天冬氨酸、谷氨酸、天冬酰氨、谷酰氨；丝氨酸、苏氨酸；赖氨酸、精氨酸；以及苯丙氨酸、酪氨酸。在用以确定同一性程度的例示性途径中，可使用BLAST程序，评分为e^-3与e-¹⁰⁰的间的可能性说明密切相关的序列。

除非特别说明或从上下文中显而易见，否则如本文所用，术语“约(about)”应理解为在本领域的正常公差范围内，例如在平均值的2个标准偏差的内。大约可以理解为在以下范围的10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％或0.01％的内规范值。除非上下文另有明确说明，否则本文提供的所有数值均是以术语大约修饰。

如本文所用，术语“治疗(treat)”、“进行治疗(treating)”或“治疗(treatment)”等语指降低或改善关于其的异常或症状。应被理解的是，虽未被排除，治疗一种异常及/或状况并不需要关于其的所述异常、状况或症状完全消灭。

本文所提供的范围应理解为所述范围内所有值的简写形式。例如，范围1至50应理解为包含任何数字、数字的组合，或子范围选自包含以下数字的群组：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、或50。

本文提供的任何化合物、成份或方法可与一或更多本文提供的任何其他成份或方法组合。

如本文所用，单数型式“一(a)”，“一种(an)”和“所述(the)”包含复数型式，除非上下文另外明确指出不包含。因此，举例而言，引用“一生物标记”包含引用超过一种生物标记。

除非特别声明或从上下文中显而易见，否则如本文所用，术语“或(or)”应理解为包含性的。

术语“包含(including)”用于本文意思为片语“包含但不限于”，且是可与其交换使用的。

本文提供的任何成份或方法可与一或更多本文提供的任何其他成份或方法组合。

附图说明

图1提供促卵泡激素(FSH)；人类附睾蛋白4(HE4)；癌抗原-125(CA125)；转甲状腺素蛋白(前白蛋白)；转铁蛋白；载脂蛋白A1(ApoA1)；β2微球蛋白(β2M)；BRCA1及BRCA2多肽例示性的序列。

图2提供依停经阶段行人口分析及临床病理讯息的研究。

图3A至3C显示于停经前(左，图3A)、停经后(中，图3B)及停经前第I/II期侵袭性癌(右，图3C)病患以及限于良性子宫附件肿块训练组(OVA1)和三组验证组(OVA500、FHCRC#7788和OVA1-PS1-CO4)AMRA与CA125比较接受者操作特征(ROC)曲线图(AUC：曲线下的面积，ROC：接受者操作特征)。

图4A及4B显示良性、低恶性潜力肿瘤第I/II期及第I/II期病患子宫附件肿块风险评估(AMRA)风险主别分布(HR：高风险；IR：中风险LR低风险)。图4A显示依预设前测盛行率5％调整的停经前病患与AMRA相较恶性风险长条图。图4B显示依预设前测盛行率10％调整的停经后病患与AMRA相较恶性风险长条图。

图5提供在停经前子宫附件肿块风险评估风险群良性、低恶性潜力肿瘤/早期及晚期癌症分布(实际上与以预设盛行率推估的)。

图6提供在停经后子宫附件肿块风险评估风险群良性、低恶性潜力肿瘤/早期及晚期癌症分布(实际上与以预设盛行率推估的)。

图7A及7B显示依训练组(OVA1)及组合验证数据集(OVA500、FHCRC#7788和OVA1-PS1-CO4)盛行率调整过的子宫附件肿块风险评估风险群后测癌症机率推估(HR：高风险；IR：中风险LR低风险)。所述估计的癌症机率长条上迭置一条逻辑式回归内插曲线。图7A提供停经前病患机率的长条图。图7B提供停经后病患机率的长条图。

图8提供一张显示子宫附件肿块风险评估群估计的表现度量的表。

图9提供一张显示分类验证子宫附件肿块风险评估群样本组的流程图。

具体实施方式

本发明包括生物标记测试组及使用所述测试主以术前评估受试者具有卵巢癌的风险。本发明依据，至少部分地，于本发明的测试组增强特异性(例如至约70％、75％、80％、85％、90％平均/中位数)及敏感度(例如至至少75％)和降低传统生物标记检测组识别停经前及停经后诊断出有子宫附件肿块的受试者(例如有症状或无症状的)的伪阳性及伪阴性的发现。

尤其是，本发明提供包括下列标记组或由其组成的检测组：

载脂蛋白A1(ApoA1)、癌抗原-125(CA125)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)及转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)；

促卵泡激素(FSH)、CA125、人类附睾蛋白4(HE4)、ApoA1及转铁蛋白；

ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、FSH及HE4；

ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT及乳腺癌1(BRCA1)；

FSH、CA125、HE4、ApoA1、转铁蛋白及BRCA1；

ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT及乳腺癌2(BRCA2)；

FSH、CA125、HE4、ApoA1、转铁蛋白及BRCA2；

ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、BRCA1及BRCA2；

FSH、CA125、HE4、ApoA1、转铁蛋白、BRCA1及BRCA2；

ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、FSH、HE4及BRCA1；

ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、FSH、HE4及BRCA2；及

ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、FSH、HE4、BRCA1及BRCA2。

另外，本发明依据，至少部分地，特征化额外的升息细胞及/或体细胞突变以多变项系数分析(例如AMRA、OVA1及/或OVERA)增强特异性及敏感度和降低传统生物标记检测组识别停经前及停经后诊断出有子宫附件肿块的受试者的伪阳性及伪阴性的发现。同样地，生物标记异常甲基化(如过度甲基化或低甲基化)的存在增强特异性及敏感度和降低传统生物标记检测组识别停经前及停经后诊断出有子宫附件肿块的受试者的伪阳性及伪阴性。

在某些实施方案中，所述上述标记组能与一或更多下列与乳癌及/或卵巢癌相关的标记组合：共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)。

本发明的方法亦包含降低在停经前及停经后受试者术前卵巢癌评估的伪阳性比例或伪阴性比例。本发明还有以使用所述检测组以供术前评估一个受试者具有卵巢癌的风险的特色。尤其，使用所述检测组提供术前特征化诊断有子宫附件肿块(如有症状或无症状的)的一个受试者(如停经前或停经后)具有高或低癌症风险的方法。

卵巢癌

卵巢癌在各年龄的女性中被检测到的频率越来越高，然而却无标准化或可靠的术前决定其是恶性的方法。于1994年，美国国家卫生研究院(NIH)发表共同声明表示术前即被鉴别为有卵巢癌显著风险的带有卵巢肿块的妇女应有让其手术由一位妇科肿瘤科医师进行的选择。目前，美国国家癌症资讯网(NCCN)、妇科肿瘤科医师协会(SGO)、SOGC临床实务指引、癌症医疗咨询委员会常务委员会(Standing Subcommittee on Cancer of theMedical Advisory Committee)及其他数个单位发表的声明皆建议卵巢癌妇女由一位妇科肿瘤科医师(GO)治疗。

近期乳癌、膀胱癌、肠胃癌和卵巢癌论文报告当有专科外科医师参与癌症处理时有改善的结果。此外，近期18篇卵巢癌研究的统合分析发现，妇科肿瘤科医师的早期参与，而非一般外科医师或一般妇科医师，改善病患的结果。所述作者结论为：1)有早期疾病的受试者更可能有通盘的手术分期，引导合适的辅助化疗，2)有晚期疾病的受试者更可能获得最佳的减积手术(cytoreductive surgery)及3)有晚期疾病的受试者具有改善的中位数与整理5年存活率。尽管有此重要的讯息可用，只有部分有恶性卵巢肿瘤的女性(估计33％)被转至妇科肿瘤科医师行主要手术。依据报告的卵巢癌处理照护模式，美国大部分的女性可能未获得本疾病最佳的照护。

手术移除卵巢肿瘤及所述由通科或专科医师进行手术的判断是根据体格检查、成像研究、实验室检测和临床判断诠释而来。单单骨盆检查是不合适于可靠的检测或分类卵巢肿瘤，尤其是在卵巢癌治疗做成功的早期。检查亦已被摄护腺、肺、大肠直肠及卵巢症筛选测试演算法剔除。骨盆超音波是临床有用的且最便宜的成像模式，但在一贯性地识别恶性肿瘤上有其限制。整体而言，近乎所有单房囊肿为良性，而有固体组成或内生乳头状突出的复杂囊肿则更有可能为恶性。CA125被独自或与其他测试一起使用于一个建立恶性的风险的努力上。不幸地，CA125在早期卵巢癌敏感度低(50％)，且在停经前及停经后两者女性中因众多伪阳性而特异性低。

美国妇产科医师协会(ACOG)及SGO已发表骨盆肿块病患地转诊指引。这些指引包含：病患年龄、血清CA125水平，体格检查、成像结果及家族史。此转诊策略被回顾性地及先期性地两者评估。在一个单一机构审查中，Dearking和同事下述指引对预测晚期卵巢癌有用的结论，但“辨识早期疾病表现不良，尤其是停经前女性，主要因为缺乏卵巢癌的早期标记与征兆”。

生物标记

在特定实施方案中，一种生物标记是一种有机生物分子，其生物分子是在由一种表型状态(如患病)的受试者取得的样本中与另一种表型状态(如未患病)比较下表现具差异。如在不同族群中所述生物标记平均或中位表现水平计算为显著统计学差异，则生物标记是在不同表型状态中表现具差异。显著统计学差异常见测试包含t检定、ANOVA、克拉斯卡－瓦立斯检定(Kruskal-Wallis)、威尔卡森检定(Wilcoxon)、曼－怀特尼检定(Mann-Whitney)和胜率比(odds ratio)等其他。生物标记，单独或组合，提供测量一个受试者属于一种或另一种表型状态的相对风险。因此，其为特征化疾病的有用标记。

卵巢癌生物标记

本发明提供一种多肽或多核苷酸生物标记的检测组，其生物标记是在具有卵巢癌受试者中表现具差异，尤其是于良性对比恶性骨盆肿块中。本发明的生物标记是依卵巢癌状态表现具差异。卵巢癌状态包含具有卵巢癌的受试者对比未有卵巢癌的受试者或停经状态，包含停经前或停经后的受试者。

本发明的生物标记检测组包快一或更多生物标记由下表1表示。

表1

生物标记	卵巢癌中的调控差异
		ApoA1	降低
β2微球蛋白(B2M)	升高
		类胰岛素生长因子结合蛋白(IGFBP2)	升高
促卵泡激素(FSH)	升高
		人类附睾蛋白4(HE4)	升高
癌抗原-125(CA125)	升高
		转甲状腺素蛋白(前白蛋白)	降低
转铁蛋白	降低

可被认知的是，引用本文表1的生物标记，一个生物标记的检测组，或其他相似的片语，表示一或更多表1提出或其他内文叙述的生物标记。一个一或更多表1的生物标记的检测组可与一或更多表1的生物标记的一或更多检测组一起使用。例如，在一实施方案中，一个包括生物标记ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、FSH及HE4的检测组可与一个包括ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白及TT的检测组一起使用。在一实施方案中，一个包括生物标记ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、FSH及HE4的检测组可与一个包括促卵泡激素FSH、CA125、HE4、ApoA1及转铁蛋白的检测组一起使用。在一实施方案中，一个包括生物标记ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白、TT、FSH及HE4的检测组可与一个包括ApoA1、CA125、β2M、转铁蛋白及TT的检测组及一个包括促卵泡激素FSH、CA125、HE4、ApoA1及转铁蛋白的检测组一起使用。本发明的生物标记亦可包含遗传性生殖细胞系标记(如BRCA1/2)及/或与乳癌及/或卵巢癌相关的体细胞标记，包含，但不限于，乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)。本发明的生物标记可由受试者的生物样本(如组织或体液)中侦测，包含，但不限于，血液、血清、血浆、唾液、尿液、腹水、囊肿液、均一化的组织样本(如由活检或液态活检取得的组织样本)、病患样本分离的细胞及其他。

本发明提供包括分离生物样本的检测组。所述生物样本可由生物流体(biological fluid)分离，如尿液或血清。他们可由任何本领域习知的方法分离。在某些实施方案中，此分离是透过所述标记重量及/或结合特征达成。例如，一个包含生物标记的样本可被层析段分及透过如丙烯酰氨凝胶电泳被进一步分离。对于所述生物标记本体的知识亦让其可以免疫亲和层析法分离。所谓“分离的生物标记”是指指免除至少60％重量所述标记自然结合的蛋白质与自然存在的有机分子。较佳地，所述配制是至少75％，更较佳地，80、85、90或95％纯度或至少99％重量的一个分离纯化的生物标记。

促卵泡激素(FSH)

一个出现在本发明检测组的示例性生物标记是FSH。FSH是一个128氨基酸蛋白质(NCBI登录号NP_000501)。一组示例性FSH多肽的氨基酸序列是呈现于图1。FSH抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如Santa Cruz Biotechnology,Inc.(如CatalogNumber sc-57149)(www.scbt.com,Santa Cruz,CA)购买。在本发明方面，FSH相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中上调。

人类附睾蛋白4(HE4)

一个出现在本发明检测组的示例性生物标记是HE4。HE4是一个124氨基酸蛋白质(NCBI登录号NP_006094)。一组示例性HE4多肽的氨基酸序列是呈现于图1。HE4抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如Santa Cruz Biotechnology,Inc.(Catalog Numbersc-27570)(www.scbt.com,Santa Cruz,CA)购买。在本发明方面，HE4相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中上调。

癌抗原-125(CA125)

一个出现在本发明检测组的示例性生物标记是CA125。CA125是一个22152氨基酸蛋白质(Swiss-Prot登录号Q8WXI7)。一组示例性CA125多肽的氨基酸序列是呈现于图1。CA125抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如Santa Cruz Biotechnology,Inc.(Catalog Number sc-52095)(www.scbt.com,Santa Cruz,CA)购买。在本发明方面，CA125相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中上调。

转甲状腺素蛋白(前白蛋白)

另一个出现在本发明检测组的示例性生物标记是前白蛋白的一型，在本文中亦称为转甲状腺素蛋白。转甲状腺素蛋白是一个147氨基酸蛋白质(Swiss-Prot登录号P02766)。一组示例性转甲状腺素蛋白多肽的氨基酸序列是呈现于图1。转甲状腺素蛋白抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如Santa Cruz Biotechnology,Inc.(Catalog Numbersc-13098)(www.scbt.com,Santa Cruz,CA)购买。在本发明方面，转甲状腺素蛋白相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中下调。

转铁蛋白

转铁蛋白是另一个本发明检测组生物标记的示例性生物标记。转铁蛋白是一个698氨基酸蛋白质(UniProtKB/TrEMBL登录号Q06AH7)。一组示例性转铁蛋白多肽的氨基酸序列是呈现于图1。转铁蛋白抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如Santa CruzBiotechnology,Inc.(Catalog Number sc-52256)(www.scbt.com,Santa Cruz,CA)购买。在本发明方面，转铁蛋白相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中下调。

载脂蛋白A1

载脂蛋白A1，在本文中亦称为“ApoA1”，是另一个本发明检测组生物标记的示例性生物标记。ApoA1是一个267氨基酸蛋白质(Swiss-Prot登录号P02647)。一组示例性ApoA1多肽的氨基酸序列是呈现于图1。载脂蛋白A1抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如Santa Cruz Biotechnology,Inc.(Catalog Number sc-130503)(www.scbt.com,SantaCruz,CA)购买。在本发明方面，ApoA1相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中下调。

β2微球蛋白

一个在本发明方法中有用的示例性生物标记是β2微球蛋白。于2005年6月24日公开美国临时专利60/693,679(Fung等人)中描述β2微球蛋白为一个卵巢癌的生物标记。所述成熟形式的β2微球蛋白是一个衍生自119氨基酸前驱蛋白的99氨基酸蛋白质(GI:179318；Swiss-Prot登录号P61769)。一组示例性β2微球蛋白多肽的氨基酸序列是呈现于图1。所述成熟形式的β2微球蛋白由呈现于图1的β2微球蛋白21至119残基组成。抗体可辨识β2微球蛋白。所述抗体可以任何本领域习知的方法制造，亦可于例如Abcam(catalog AB759)(www.abcam.com,Cambridge,MA)商购。在本发明方面，β2微球蛋白相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中上调。

BRCA1

BRCA1是另一个本发明检测组生物标记使用的示例性生物标记。BRCA1基因位染色体17上且为193,689bp(NCBI登录号NG_005905.2)BRCA1蛋白有1863个氨基酸(GenBank登录号AAC37594.1)，为修复DNA双股裂缝的复合体之一员且通常帮助抑制细胞生长。一组示例性BRCA1蛋白的氨基酸序列是呈现于图1。BRCA1抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如Santa Cruz Biotechnology,Inc.(Catalog Number sc-6954)(www.scbt.com,Santa Cruz,CA)购买。

BRCA1基因的生殖细胞系突变与乳癌、卵巢癌、摄护腺癌和其他型癌症较高风险相关。在本发明某些方面，BRCA1基因相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中突变。在某些实施方案中，所述BRCA1基因的突变系德系犹太人(Ashkenazi Jewish，AJ)突变(如c.68_69del及/或c.5266dup)。

BRCA2

BRCA2是另一个本发明检测组生物标记使用的示例性生物标记。BRCA2基因位染色体13上且为91,193bp(NCBI登录号NG_012772.3)BRCA2蛋白有3418个氨基酸(NCBI登录号NP_000050.2)，参与修复DNA双股裂缝且通常帮助抑制细胞生长。一组示例性BRCA2蛋白的氨基酸序列是呈现于图1。BRCA2抗体可以任何本领域习知的方法制造，或可于例如SantaCruz Biotechnology,Inc.(Catalog Number sc-293185)(www.scbt.com,Santa Cruz,CA)购买。

BRCA2基因的生殖细胞系突变与乳癌、卵巢癌、摄护腺癌和其他型癌症较高风险相关。在本发明某些方面，BRCA2基因相较于无卵巢癌的受试者，于卵巢癌受试者中突变。在某些实施方案中，所述BRCA1基因的突变系德系犹太人(Ashkenazi Jewish，AJ)突变(如c.5946del)。

生物标记及不同形式的蛋白质

蛋白质经常以不同的复数形式存在于一个样本中。这些形式可由转译前及/或后修饰而来。转译前修饰的形式包含等位基因变异、接位变异及RNA编辑形式。转译后修饰的形式包含由蛋白酶切割(如讯息序列切割或母蛋白的片段)、糖基化、磷酸化、脂化、氧化、甲基化、半胱氨酸化、磺化及乙酰化而来的形式。当检测或测量一个样本的蛋白质时，任何或所有的形式可被测量，或感兴趣的一个形式被测量，已决定生物标记的水平。区别一个蛋白质不同形式的能力依靠所述蛋白质自然的不同及所使用的检测或测量方法。例如，使用一个单抗的免疫分析法会检测到所有含所述抗原决定区的蛋白质形式而不会区别他们。然而，一个使用两个针对蛋白质上不同抗原决定区的抗体的三明治免疫分析法会检测到所有含所述二抗原决定区的蛋白质形式而不会检测那些只有含所述抗原决定区之一的形式。等位基因变异、接位变异及RNA编辑形式。区分不同形式的分析物或特异性检测一个特定形式的分析物即指“解析(resolving)”所述分析物。

质谱测定法是一个特别强大解析不同形式蛋白质的方法，因为不同形式蛋白质通常具有不同质量，其质量可被质谱测定法解析。因此，如一个蛋白质的一种形式是相较其他形式优越的疾病生物标记，质谱测定法可特异性检测及测量所述有用的形式，当传统免疫分析法未能区分不同形式且未能特异性的检测有用的生物标记。

一种有用的方法结合质谱测定法及免疫分析法。例如，一中生物特异性的捕获试剂(如抗体、适体、亲和体及辨识生物标记和其其他形式的其他类)是用于捕获有兴趣的的生物标记。在一实施方案中，所述生物特异性捕获试剂是附着在固态载体，如珠、盘、膜或阵列。当未结合的材料被洗掉后，所述捕获的分析物是以质谱测定法检测及/或测量。此方法亦会产生捕获与所述蛋白质结合的蛋白中间媒介(interactors)或其他被抗体辨识的蛋白质，其蛋白质本身可为生物标记。各种形式的质谱测定法是有用于检测蛋白形式，包括雷射脱附方法，例如传统MALDI或SELDI、电洒游离及其他。

因此，当本文引用检测一个特定蛋白或测量一个特定蛋白的量时，其意思为有或没有解析不同形式的蛋白下检测及测量所述蛋白。例如，步骤“检测β2微球蛋白”包含以不区分所述蛋白不同形式的方法(如某些免疫分析法)以及以区分某些形式和其他形式或测量一个蛋白特定形式的方法测量β2微球蛋白。

检测卵巢癌的生物标记

本发明的生物标记可以任何合适的方法检测。本文描述的方法可单独使用或组合更准确的检测生物标记方法(如生物芯片与质谱测定法组合、免疫分析法与质谱测定法组合及其他)。

可使用的检测模范包含，但不限于，光学法、电化学法(电位测定法及电流测定法)、原子力显微术及射频法，如多极共振光谱法(multipolar resonance spectroscopy)。说明性的光学法，共焦及非共焦二者显微术外，萤光、冷光、化学发光、吸光度、反射率、透射率及双折射或折射率(如表面电浆子共振、椭圆偏光术、谐振镜法、光栅耦合器波导法或干涉术)。

这些和除此的外的方法描述于下。

以免疫分析法检测

在特定的实施方案中，本发明的生物标记是以免疫分析法测量。免疫分析法通常使用一种抗体(或其他特异性结合标记的剂)以检测一个样本的生物标记的存在或水平。抗体可以本领域习知的方法制造，如，以生物标记免疫动物。生物标记可依据其结合特征由样本中分离。或者，如多肽生物标记的氨基酸序列是已知的，所述多肽可以本领域习知的方法和成并用于产生抗体。

本发明所关注的传统免疫分析法包含，例如，西方墨点法、三明治免疫分析包含ELISA和其他酵素免疫分析、萤光免疫分析、化学发光。浊度测定法是于液态中进行的测定，其抗体是在溶液中。抗原结合至抗体使吸光度发生变化，其变化被测量。其他形式的免疫分析包含磁性免疫分析、放射性免疫分析及即时免疫定量PCR(iqPCR)。

免疫分析可在固态基材上进行(如芯片、珠、微流体平台、膜)或其他任何承载抗体结合至标记及后续检测的形式。一次可检测一个标记或可使用一个多工格式(multiplexformat)。多工免疫分析可为、面微阵列(蛋白质芯片)及珠基(bead-based)微阵列(悬浮阵列)。

在一个SELDI基免疫分析中，一种生物标记的生物特异性捕获试剂是依附在MS探针的表面，例如一个预激活的蛋白质芯片阵列。所述生物标记接着透过此剂特异性的于生物芯片上捕获，而被捕获的生物标记是以质谱测定法检测。

以生物芯片检测

在本发明方面，一种样本是以生物芯片(也称为微阵列)手段分析。本发明的多肽及核酸分子于生物芯片的可杂交阵列元素中是有用的。生物芯片通常包含固体基材且通常具有平面表面，以让捕获试剂(又被称为吸附剂或亲和试剂)附着。通常，生物芯片的表面包含一个复数的可定址位置，其每个位置具有捕获试剂结合于此。

所述阵列元素是以一种有序的方式整理让各元素存在于基材上的特殊位子。有用的基材材质包含由纸、尼龙或其他材料组成的膜、滤纸、芯片、玻片及其他固态载体。所述阵列元素有序的配置允许诠释杂交模式及强度为特定基因或蛋白质的表现水平。制造核酸微阵列的方法是本领域人士习知的且于，举例而言，本文参考文献美国专利5,837,832、Lockhart等人(Nat.Biotech.14:1675-1680,1996)及Schena等人(Proc.Natl.Acad.Sci.93:10614-10619,1996)中描述。制造多肽微阵列的方法是，举例而言，本文参考文献Ge(Nucleic Acids Res.28:e3.i-e3.vii,2000)、MacBeath等人(Science289:1760-1763,2000)、Zhu等人(Nature Genet.26:283-289)及美国专利6,436,665中描述。

以蛋白质生物芯片检测

在本发明方面，一种样本是以蛋白质生物芯片(也称为蛋白质微阵列)手段分析。所述生物芯片有用于高通量低成本筛选，以识别本发明的多肽或其片段表现变化或是转译后修饰。在实施方案中，本发明的蛋白质生物芯片结合一个受试者样本中的生物标记，并检测所述生物标记水平的改变。通常，一个蛋白质芯片有一种蛋白质或其片段结合于固态载体的特征。合适的固态载体包含膜(如由硝化纤维素、纸或其他材料组成的膜)、高分子膜(如聚苯乙烯)珠或玻片。在某些应用上，蛋白质(如结合本发明标记的抗体)是透过本领域人士习知的任何传统方法(如以手或喷墨印表机)点于基材上。

在某些实施方案中，所述蛋白质生物芯片是与具侦测性的探针杂交。所述探针可为多肽、核酸分子、抗体或小分子。在某些应用中，多肽及核酸分子探针是衍生自一个取自病患的生物样本，例如体液(例如血、血清、血浆、唾液、尿液、腹水、囊肿液及其他)；均一化的组织样本(如由活检或液态活检取得的组织样本)；或病患样本分离的细胞。探针可包含衍生自胜肽、核酸或化学库的抗体、候选多肽、核酸或小分子化合物。杂交条件(如温度、pH、蛋白质浓度及离子强度)最佳化以促进特异的交互作用。所述条件是本领域人士习知的且于，举例而言，Harlow,E.及Lane,D.,Using Antibodies:A Laboratory Manual.1998,NewYork:Cold Spring Harbor Laboratories中描述。在移除非特异性探针后，特异性结合的探针被检测，举例而言，以萤光、酵素活性(如酵素键结热量阵列)、直接免疫分析、放射线测定分析或其他本领域人士习知的合适检测方法。

本领域描述的蛋白质生物芯片众多。这些包含，例如，Ciphergen Biosystems,Inc.(Fremont,CA),Zyomyx(Hayward,CA),Packard BioScience Company(Meriden,CT),Phylos(Lexington,MA),Invitrogen(Carlsbad,CA),Biacore(Uppsala,Sweden)和Procognia(Berkshire,UK)生产的蛋白质芯片。所述蛋白质芯片的例子于以下的专利或已公开专利申请描述：美国专利6,225,047；6,537,749；6,329,209；及5,242,828；PCT专利公布WO 00/56934；WO 03/048768；及WO 99/51773。

以核酸生物芯片检测

在本发明方面，一种样本是以核酸生物芯片(也称为核酸微阵列)手段分析。为制造核酸生物芯片，寡核苷酸可被合成或结合至基材表面，利用PCT专利公布W095/251116(Baldeschweiler等人)描述的化学偶合制程及喷墨应用器材。另一方面，一网格阵列可被用于排列与键结cDNA片段或寡核苷酸至基材表面，利用真空系统、温度、UV、机械性或化学结合制程。

一个衍生至生物样本的核酸分子(如RNA或DNA)可用于生产本文描述的杂交探针。所述生物样本通常是衍生自病患，如体液(例如血、血清、血浆、唾液、尿液、腹水、囊肿液及其他)；均一化的组织样本(如由生检或液态活检取得的组织样本)；或病患样本分离的细胞。在某些应用中，培养的细胞或其他制备的组织可被使用。所述mRNA是以标准分法分离，及cDNA是被生产并用于制造合适杂交的互补的RNA。所述方法是本领域习知的。所述RNA于萤光核苷酸存在下放大，且所述标记的探针接着与微阵列反应以允许所述探针序列与结合在生物芯片上的互补寡核苷酸杂交。

反应条件依照使用的严格度调整使其杂交发生于精确互补的配对上，或于较低的各种程度互补。例如，严格的盐浓度通常低于约750mM NaCl和75mM柠檬酸三钠，低于约500mM NaCl和50mM柠檬酸三钠，或低于约250mM NaCl和25mM柠檬酸三钠。低严格度杂交可在有机溶剂如甲酰氨的不存在下获得；而高严格度杂交可在至少约35％甲酰氨，更优选至少约50％甲酰氨的存在下获得。严格的温度条件通常包括至少约30℃的温度，至少约37℃，或至少约42℃。改变其它参数，如杂交时间、洗涤剂如十二烷基硫酸钠(SDS)的浓度、以及包含或不包含载体DNA，是所述领域技术人员所周知的。通过如所需者合并这些多种条件而完成各种水平的严格度。在一较佳实施方案中，杂交将在30℃出现于750mM NaCl、75mM柠檬酸三钠、及1％SDS中。在实施方案中，杂交将在37℃出现于500mM NaCl、50mM柠檬酸三钠、1％SDS、35％甲酰氨、及100μg/ml变性的大马哈鱼精子DNA(ssDNA)中。在其他实施方案中，杂交将在42℃出现于250mM NaCl、25mM柠檬酸三钠、1％SDS、50％甲酰氨、及200μg/ml ssDNA中。本领域技术人员可轻易获知对这些条件的可用改变。

所述未杂交的探针移除可以例如洗涤达成。所述杂交后的洗涤步骤的严格度亦可变。洗涤的严格度条件可由盐浓度和温度而定。如上，洗涤的严格度可由于盐浓度降低或温度升高而增加。例如，对于洗涤步骤的严格的盐浓度较佳为低于约30mM NaCl和3mM柠檬酸三钠，且最佳低于约15mM NaCl和1.5mM柠檬酸三钠。对于洗涤步骤的严格温度通常包括至少约25℃的温度，至少约42℃，或至少约68℃。在一实施方案中，洗涤步骤将在25℃出现于30mM NaCl、3mM柠檬酸三钠、及0.1％SDS中。在一更佳实施方案中，洗涤步骤将在42℃出现于15mM NaCl、1.5mM梓檬酸三钠、及0.1％SDS中。在其他实施方案中，洗涤步骤将在68℃出现于15mM NaCl、1.5mM梓檬酸三钠、及0.1％SDS中。本领域技术人员可轻易获知对这些条件的其它改变。

测量所有相异核酸序列杂交不存在、存在及数量的检测系统为本领域周知的。例如，同时检测于Heller等人,Proc.Natl.Acad.Sci.94:2150-2155,1997中描述。在实施方案中，一台扫描器被使用于决定萤光的模式与水平。

以质谱测定法检测

在本发明方面，本发明的生物标记是以质谱测定法(MS)检测。质谱测定法是一周知的分析化学化合物的工具，其分析使用一台质谱仪检测气态离子。质谱仪为本领域周知且包含，但不限于，飞行时间、扇形磁场、四极过滤器、离子阱、离子回旋共振、静电扇形分析器(electrostatic sector analyzer)及其混合使用。所述方法可在自动化(Villanueva,等人，Nature Protocols(2006)1(2):880-891)或半自动化模式下执行。此可以例如所述质谱仪可运行地连接至一台液相层析装置(LC-MS/MS或LC-MS)或气相层析装置(GC-MS或GC-MS/MS)上达成。执行质谱测定的方法是周知的且于例如美国专利公开20050023454；20050035286；美国专利5,800,979及其中引用文献揭露。

雷射脱附/游离

在实施方案中，所述质谱仪是雷射脱附/游离质谱仪。在雷射脱附/游离质谱测定法中，所述分析物是放置于所述质谱测定法探针表面上，一种用于接合质谱仪探针介面且给予分析物游离能量以游离并导入一台质谱仪中。一雷射脱附质谱仪使用雷射能量，通常来自紫外光雷射，但已可来自红外光雷射，以将分析物由表面脱附，以挥发及游离其分析物并让其分析物为所述质谱仪离子光学可用的。以LDI分析蛋白质是可为MALDI或SELDI的形式。

在一单个飞行时间雷射脱附/游离仪器中通常是于线性分离模式执行。串联式质谱仪可使用正交分离(orthogonal extraction)模式。

基质辅助雷射脱附/游离(MALDI)及电洒游离(ESI)

在实施方案中，本发明使用的质谱测定技术是基质辅助雷射脱附/游离(MALDI)或电洒游离(ESI)。在相关实施方案中，所述程序是MALDI配合飞行时间(TOF)分析，也称为MALDI-TOF MS。其包含在一膜上形成一基质与吸收使用的特别波长的入射光剂。所述样本是MALDI质谱仪中以UV或IR雷射光激发至汽相。离子是以挥发产生并形成离子云。所述离子是于电场中加速并依其沿固定距离的飞行时间分离，提供一非常准确及敏感的质量/电荷比(m/z)读数。MALDI光谱仪是本领域周知地且是有来自例如PerSeptive Biosystems,Inc.(Framingham,Mass.,USA)的商源。

磁基血清处理可与传统MALDI-TOF结合。透过此方式，在基质混合及样本在MALDI目标盘上沈积前达成改良的胜肽捕获。如此，在实施方案中，胜肽捕获的方法是透过使用衍生的磁珠基样本处理(derivatized magnetic bead based sample processing)加强。

MALDI-TOF MS允许同一时间扫描多个蛋白片段。因此，多个蛋白可同时跑于聚丙烯酰氨凝胶内，依照本发明的方法产生一阵列的点于收集膜上，且所述阵列可被分析。接着，结果的自动化输出是使用一伺服器(如ExPASy)以产生适合电脑的资料形式。

分析由收集膜上取得的蛋白片段可使用其他改善MALDI-TOF MS质量准确度和敏感度的技术。其包含，但不限于，使用离子延时引出、能量反射器、离子阱模组及其他。此外，源后衰变及MS-MS分析对于提供更进一步结构分析是有用的。使用ESI，所述样本是在液相中且所述分析可以离子阱、TOF、单四极、复四极质谱仪及其他。使用所述装置(单四极除外)允许执行MS-MS或MSⁿ。串联式质谱仪允许同时监控多个反应。

导入所述标记至一目标质谱仪实施可使用毛细管注入，比如说，因为其可在不破坏所述真空下有效地导入少量的样本至质谱仪中。毛细管柱例行用作所述质谱仪的游离源与其他分离技术的介面。其他分离技术包含，但不限于，气相层析(GC)及液相层析(LC)。质量分析前溶液中的不同组成可以GC及LC分离。所述技术可与质谱测定法轻易结合。本技术的一变形是联合高效能液相层析法(HPLC)至一质谱仪以统和样本分离/和质谱仪分析。

四极质量分析仪亦可依执行本发明的需求使用。傅立叶转换离子回旋共振(FTMS)亦可被用于某些发明实施方案。其提供高解析度及串联质谱测定法实验的能力。FTMS是基于在磁场存在下一个带电粒子会环绕的原理。连结至ESI及MALDI，FTMS提供错误低至0.001％的高准确性。

表面增强雷射脱附/游离(SELDI)

在实施方案中，本发明使用的质谱测定技术是“表面增强雷射脱附及游离”或“SELDI”，例如Hutchens及Yip二者的美国专利5,719,060及6,225,047所述。其指一种脱附/游离气相离子光谱测定方法(如质谱测定法)，其分析物(本文中，一或更多生物标记)是捕获于SELDI质谱测定法探针的表面。

SELDI也被称为“亲合性捕获质谱测定法”。其也被称为“表面增强亲合性捕获”或“SEAC”。此版本包含探针的使用，其探针具有一种材料于探针表面上，其材料透过材料与分析物非共价亲合性交互(吸附)作用捕获分析物。所述材料是被称为一种“吸附剂”、一种“捕获试剂”、一种“亲合试剂”或一种“结合部位”。所述探针可被指为“亲合性捕获探针”且具有一“吸附表面”。所述捕获试剂可为任何可与分析物结合的材料。所述捕获试剂以物理吸附或化学吸附接合于所述探针表面。在某些实施方案中，所述探针已具有捕获试剂接合于表面上。在其他实施方案中，所述探针预激活且包含有能力接合捕获试剂的活性部位，如透过形成共价或配位共价键。环氧化物及酰基眯唑是有用的活性部位以共价地结合多肽捕获试剂如抗体或细胞受器。氮基三乙酸(nitrilotriacetic acid)及亚氨二乙酸是有用的活性部位，其活性部位功能为螯合剂以结合金属离子，其金属离子非共价地与含组氨酸胜肽交互作用。吸附剂一般分类为层析吸附剂及生物特异性吸附剂。

“层析吸附剂”指一种经常用于层析的吸附材料。层析吸附剂包含，例如，离子交换材料、金属螯合剂(如氮基三乙酸或亚氨二乙酸)、固定化金属螯合剂、疏水性交互作用吸附剂、亲水性交互作用吸附剂、染剂、简单生物分子(如核苷酸、氨基酸、简单糖类及脂肪酸)及混合型吸附剂(如疏水性吸引/静电排斥吸附剂)。

“生物特异性吸附剂”指一种包括生物分子的吸附剂。如一核酸分子(如适配体)、一多肽、一多糖、一脂质、一类固醇或其接合物(如糖蛋白、载脂蛋白、糖脂质、核酸(如DNA)-蛋白质接合物)。在某些情况中，所述生物特异性吸附剂可为一巨分子结构如一多蛋白复合体、一生物膜或一病毒。生物特异性吸附剂的例子有抗体、受器蛋白和核酸。生物特异性吸附剂通常对目标分析物具有比层析吸附剂高的特异性。更多用于SELDI的吸附剂可见于美国专利6,225,047。一“生物选择性的吸附剂”指一种以至少10^-8M亲和力结合至分析物的吸附剂。

Ciphergen生产的蛋白质生物芯片包含具有层析或生物特异性吸附剂结合于其可定位位置的表面。Ciphergen的

阵列包含NP20(亲水性)；H4 and H50(疏水性)；SAX-2,Q-10及(阴离子交换)；WCX-2及CM-10(阳离子交换)；IMAC-3,IMAC-30及IMAC-50(金属螯合)；及PS-10,PS-20(有酰基眯唑、环氧化物的活性表面)及PG-20(透过酰基眯唑偶合的蛋白G)。疏水性的ProteinChip阵列具有异丙基或壬基苯氧基-聚(乙烯乙二醇)甲基丙烯酸酯官能团。阴离子交换ProteinChip阵列具有季铵官能团。阳离子交换ProteinChip阵列具有羧酸官能团。固定化金属螯合剂ProteinChip阵列具有氮基三乙酸官能团(IMAC 3及IMAC 30)或0-甲基丙烯酰基-N，N-二-簇甲基酪氨酸官能团(IMAC50)，其可以螯合吸附过渡金属离子如铜、镍、锌和镓。预先激活的ProteinChip阵列含有酰基眯唑或环氧化物官能团，其能与蛋白质上的基团通过共价键相互作用。

所述生物芯片更进一步描述于：美国专利6,579,719(Hutchens及Yip,“RetentateChromatography,”June 17,2003)、美国专利6,897,072(Rich等人，“Probes for a GasPhase Ion Spectrometer,”May 24,2005)、美国专利6,555,813(Beecher等人，“SampleHolder with Hydrophobic Coating for Gas Phase Mass Spectrometer,”April 29,2003)、美国专利公开U.S.2003-0032043A1(Pohl及Papanu“Latex Based AdsorbentChip,”July 16,2002)、及PCT国际公开WO 03/040700(Um等人，“Hydrophobic SurfaceChip,”May 15,2003)、美国专利公开U.S.2003-0218130A1(Boschetti等人,“BiochipsWith Surfaces Coated With Polysaccharide-Based Hydrogels,”April 14,2003)及美国专利7,045,366(Huang等人，“Photocrosslinked Hydrogel Blend Surface Coatings”May 16,2006)。

通常具有吸附剂表面的探针与样品接触一段充分的时间以允许可能存在于样品中的生物标记结合至吸附剂。在培养一段时间后，清洗所述基质以除去未结合的物质。可使用任何适合的清洗溶液，较佳是使用水性溶液。通过调整清洗的严格度可控制分子保持结合的程度。清洗溶液的洗脱特性取决于，例如，pH、离子强度、疏水性、混乱度、清洁剂强度及温度。除非所述探针同时具有SEAC与SEND性质(如同本文所述)，接着施加能量吸收分子至具有所述已结合生物标记的基质上。

在另一方法中，生物标记可由结合于固相的免疫吸附剂捕捉，其中所述吸附剂具有与所述生物标记结合的抗体。清洗吸附剂以除去未结合物质后，从固相洗脱出所述生物标记并通过将其施加于结合所述生物标记的SELDI生物芯片而侦测，并以SELDI分析。

透过气相离子光谱仪，如飞行时间质谱仪侦测结合于基质上的生物标记。所述生物标记以离子源如雷射离子化，所述产生的离子由离子光学装置收集，然后通过质量分析器分散并分析通过的离子。然后侦测器将侦测到的离子资讯转换为质荷比。生物标记的侦测通常包括信号强度的侦测。因此，生物标记的量与质量皆可被测定。

定序以识别突变

在某些实施方案中，一个由生物样本(如以核酸生物芯片侦测)衍生的核酸分子(如RNA或DNA)可被定序以识别特定突变，例如与卵巢癌相关的一生殖细胞系突变(如BRCA1/2)或一体细胞突变。在某些实施方案中，可使用次世代定序或桑格(Sanger)定序。定序方法是本领域中具有通常知识者习知的，且通常知识者可轻易选择及使用合适的定序方法以分析特定突变。

本发明的方法

包含本发明的生物标记的检测组被用于特征化受试者中的骨盆肿块以决定所述受试者是否需要由一位一般外科医生诊断或需由一位妇科肿瘤科医师评估及/或治疗。在其他实施方案中，本发明的检测组是以决定癌症的分子剖析以诊断或判断卵巢癌期数。在某些实施方案中，受试者疗程使用本发明的检测组选择。片语“卵巢癌状态”包含任何可区别的疾病症状，包含无疾病。例如，卵巢癌状态包含，不局限于，疾病的存在或不存在(如卵巢癌与非卵巢癌)、产生疾病的风险、疾病的期数、疾病的发展(如随时间推移疾病的发展或疾病的缓解)、预后、对疾病治疗的有效度或反应及决定一骨盆肿块是恶性或良性、有症状或无症状的。依据此状态，可能指示进一步程序，包含额外诊断测试或治疗程序或疗法。在本发明方面，本发明的生物标记可被用于诊断测试以识别受试者中的早期卵巢癌。

在某些实施方案中，本发明的方法术前评估受试者为高、中或低卵巢癌风险。本方法包含量测或特征化受试者中的一组生物标记。疾病的治疗(如手术)依此特征决定。

在某些实施方案中，所述组生物标记包含，但不限于，转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)。在某些实施方案中，受试者的多组生物标记被量测或特征化。在一实施方案中，第一组标记包含，但不限于，被特征化的TT、ApoA1、β2M、Tfr、CA125、HE4及FSH以及第二组标记包含，但不限于，被特征化的FSH、CA125、HE4、Tfr及ApoA1。在另一实施方案中，第一组标记包含，但不限于，被特征化的TT、ApoA1、β2M、Tfr、CA125、HE4及FSH，第二组标记包含，但不限于，被特征化的FSH、CA125、HE4、Tfr及ApoA1，以及第三组标记包含，但不限于，被特征化的CA125、β2M、Tfr、TT及ApoA1。

在某些实施方案中，来自受试者的生物样本一组生物标记的特征化决定一分数，其分数识别受试者为低、中或高产生或具有卵巢癌的风险。在某些实施方案中，特征化第一组标记决定第一分数。在某些实施方案中，一个被第一分数识别为发展或具有卵巢癌的中风险受试者被选择以进一步以一或更多组生物标记特征化。在某些实施方案中，特征化第二组标记决定第二分数。在某些实施方案中，特征化第三组标记决定第三分数。在某些实施方案中，第一分数识别受试者具有高、中、或低发展卵巢癌的风险。在某些实施方案中，第二分数识别受试者具有高或低发展卵巢癌的风险。在某些实施方案中，第二分数识别一对具有为高、中、或低发展卵巢癌的风险。在某些实施方案中，第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

在某些实施方案中，第一分数范围由0至20。在某些实施方案中，低于或等于5的第一分数把所述受试者识别为具有低癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经前状态，第一分数大于5且小于10把所述受试者识别为具有中癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经后状态，第一分数大于5且小于14把所述受试者识别为具有中癌症风险。在某些实施方案中，大于5的第一分数把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经前状态，第一分数大于或等于10把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，大于5的第一分数把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经后状态，第一分数大于或等于14把所述受试者识别为具有高癌症风险。

在某些实施方案中，第二分数范围由0至20。在某些实施方案中，低于或等于5的第二分数把所述受试者识别为具有低癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经前状态，第二分数小于或等于5把所述受试者识别为具有低癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经前状态，第二分数大于5且小于10把所述受试者识别为具有中癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经后状态，第二分数大于5且小于14把所述受试者识别为具有中癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经前状态，第二分数大于或等于10把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经后状态，第二分数大于或等于14把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经后状态，第二分数小于4.4把所述受试者识别为具有低癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经前状态，第二分数大于5且小于7把所述受试者识别为具有中癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经后状态，第二分数大于4.4且小于6把所述受试者识别为具有中癌症风险。在某些实施方案中，高于5的第二分数把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经前状态，第二分数大于或等于7把所述受试者识别为具有高癌症风险。在某些实施方案中，其所述受试者为停经后状态，第二分数大于或等于6把所述受试者识别为具有高癌症风险。

在某些实施方案中，第三分数范围由0至20。在某些实施方案中，低于或等于5的第三分数把所述受试者识别为具有低癌症风险。在某些实施方案中，大于5的第三分数把所述受试者识别为具有高癌症风险。

在某些实施方案中，来自受试者的生物样本进一步以检测所述受试者使否具有一个或多个突变于一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记特征化。在某些实施方案中，所述生殖细胞系及/或体细胞标记是与乳癌或卵巢癌相关。在某些实施方案中，一或更多乳癌及/或卵巢癌标记一个或多个突变的存在识别受试者为具有高(增加的)癌症风险而需要治疗介入，相对于不具有此标记的受试者而言。在某些实施方案中，一或更多乳癌及/或卵巢癌标记异常甲基化识别受试者为具有高(增加的)癌症风险而需要治疗介入，相对于不具有此异常的甲基化标记的受试者而言。在某些实施方案中，所述一或更多上述乳癌及/或卵巢癌标记异常甲基化是过度甲基化。在某些实施方案中，所述一或更多上述乳癌及/或卵巢癌标记异常甲基化是低甲基化。在某些实施方案中，受试者被识别为低、中或高卵巢癌风险且于一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记具有一个或多个突变进一步被识别为需要治疗介入(如手术)。

在某些实施方案中，一个或多个生殖细胞系及/或体细胞与乳癌及/或卵巢癌相关的标记包含，但不限于，乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)。

在某些实施方案中，所述生殖细胞系标记是BRCA1及/或BRCA2。在某些实施方案中，BRCA1突变是68_69del及/或c.5266dup。在某些实施方案中，BRCA2突变是c.5946del。

在某些实施方案中，术前评估受试者具有高、中或低卵巢癌风险的方法进一步特征化所述受试者中一或更多的卵巢癌风险临床生物标记，其中，所述一个或多个临床生物标记是选自由年龄、停经前状态、停经后状态、族裔、病理、子宫附件肿块诊断、家族史、体格检查、成像结果和/或抽烟史组成的组，其中，所述一个或多个临床生物标记进一步识别受试者具有高或低癌症风险。在某些实施方案中，所述受试者被诊断有子宫附件肿块。在某些实施方案中，所述受试者被诊断为无症状的子宫附件肿块。在某些实施方案中，所述受试者被诊断为有症状的子宫附件肿块。在某些实施方案中，所述受试者是停经前。在某些实施方案中，所述受试者是停经后。

所述方法包含由患有或易得卵巢癌的受试者取得的生物样本的诊断测量(如筛选测定或检测测定)。在某些实施方案中，所述诊断测量特征化生物样本中的标记。在某些实施方案中，所述生物样本是血清。在某些实施方案中，一个或多个标记是以检测细胞游离循环肿瘤DNA(cftDNA)特征化。在某些实施方案中，所述各标记结合至一单独的捕获试剂。在某些实施方案中，所述捕获试剂附着在固态载体。在某些实施方案中，所述固态载体是盘、芯片、珠、微流体平台、膜、平面微阵列或悬浮阵列。在某些实施方案中，所述捕获试剂是抗体、适体、亲和体、杂交探针及/或其片段。各捕获试剂特异性的结合至所述标记之一。在某些实施方案中，所述标记以免疫分析、定序和/或核酸微阵列特征化。在某些实施方案中，所述定序是次世代定序(NGS)或桑格(Sanger)定序。在某些实施方案中，所述免疫分析包括亲和力捕获分析、免疫计量分析、异质化学发光免疫计量分析、同质化学发光免疫计量分析、ELISA、西方墨点法、放射性免疫分析、磁性免疫分析、即时免疫定量PCR(iqPCR)和SERS免标定分析。

测试结果与卵巢癌的相关性包含实施某种分类演算法于结果以产生所述状态。所述分类演算法可简单以所述表1记载的标记或标记的组合的量是否在特定截止值的上或的下决定。当多个生物标记被使用时，所述分类演算法可为线性回归方程式。另一方面，所述分类演算法可为任何本文描述的多种学习演算法。

在复杂的分类演算法情况下，可能需要使用电脑，如可程式化数位电脑，以于数据中执行演算法以决定分类。于任一个情况，所述状态可记录于切实的媒介，例如，以电脑的可读格式如一记忆驱动或磁盘或仅仅打印于纸上。其结果亦可于电脑屏幕中呈现。

本发明的生物标记

个别生物标记是有用的诊断生物标记。另一方面，如举例中所述，特定的生物标记组合被发现比任一单一生物标记或任何其他先前识别的生物标记组合能提供特定状态更佳预测值。特别是在一样本中检测复数生物标记可增加所述测试的敏感度、准确性及特异性。

本文所述的各生物标记可差别性地存在卵巢癌中，且因此各生物标记个别于协助决定卵巢癌状态是有用的。本方法包含，第一，测量受试者中被选择的生物标记，以本领域习知的任何方法采样，包含但不限于本文所述的方法，如于SELDI生物芯片捕获接着以质谱分析法检测。第二，比较所述量测值与诊断量或截止值，其诊断量或截止值区分阳性卵巢癌状态与阴性卵巢癌状态。所述诊断量代表一生物标记量测的量高于或低于，其高于或低于使受试者被归类于具有特定的卵巢癌状态。例如，如一生物标记于卵巢癌中相比于正常状况是增加的(up-regulated)，则一测试量高于诊断截止值提供一卵巢癌的诊断。另一方面，如所述生物标记于卵巢癌中是减少的(down-regulated)，则一测试量低于诊断截止值提供一卵巢癌的诊断。如本领域习知的，透过调整测定中使用的特定诊断截止值，可依照诊断人员喜好增加所述诊断测定敏感度或特异性。所述特定的诊断截止值可以，例如，以统计显著数量的来自不同卵巢癌状态受试者的样本中测量所述生物标记的量，如同本文，并画出符合诊断人员期望的特异性及敏感度水平的截止值。

本发明的生物标记(单独利用或组合)显示了至少p≦0.05、p≦10^-2、p≦10^-3、p≦10^-4、或p≦10^-5的不同卵巢癌状态的统计差异。单独利用这些生物标记或者它们组合的诊断测试显示至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％及约100％的敏感度和特异性。

决定疾病发展方向(进程/缓解)

在一实施方案中，本发明提供监控或决定受试者疾病发展方向的方法。疾病发展方向指疾病状态随时间推移的变化，包含疾病进程(恶化)及疾病退转(改善)。随着时间，所述生物标记的量或相对量(如模式)改变。因此，此方法包含量测或特征化来自受试者至少两个不同时间点生物样本中的一组生物标记，如第一时间点和第二时间点，并比较量的差异，如果有的话。所述疾病的发展方向(如，于治疗中)是依靠这些比较决定。

在某些实施方案中，所述组生物标记包含，但不限于，转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)。在某些实施方案中，受试者至少两个时间点生物样本的多组生物标记被量测或特征化。在一实施方案中，第一组标记包含，但不限于，被特征化的TT、ApoA1、β2M、Tfr、CA125、HE4及FSH以及第二组标记包含被特征化的CA125、β2M、Tfr、TT及ApoA1。在一实施方案中，第一组标记包含，但不限于，被特征化的TT、ApoA1、β2M、Tfr、CA125、HE4及FSH以及第二组标记包含被特征化的FSH、CA125、HE4、Tfr及ApoA1。在另一实施方案中，第一组标记包含，但不限于，被特征化的TT、ApoA1、β2M、Tfr、CA125、HE4及FSH，第二组标记包含，但不限于，被特征化的FSH、CA125、HE4、Tfr及ApoA1，以及第三组标记包含，但不限于，被特征化的CA125、β2M、Tfr、TT及ApoA1。

在某些实施方案中，来自受试者的生物样本一组生物标记的特征化决定一分数，其分数识别受试者为低、中或高产生卵巢癌的风险，其可在不同时间点比较以监控疾病发展方向。在某些实施方案中，特征化第一组标记决定第一分数。在某些实施方案中，一个被第一分数识别为发展或具有卵巢癌的低或中风险受试者被选择以进一步以一或更多组生物标记特征化。在某些实施方案中，特征化第二组标记决定第二分数。在某些实施方案中，特征化第三组标记决定第三分数。在某些实施方案中，第一分数识别受试者具有高、中、或低发展卵巢癌的风险。在某些实施方案中，第二分数识别受试者具有高或低发展卵巢癌的风险。在某些实施方案中，第二分数识别一对具有为高、中、或低发展卵巢癌的风险。在某些实施方案中，第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

在某些实施方案中，发展卵巢癌低或中风险的受试者疾病进程(如，发展为高风险状态)被监控。在某些实施方案中，于一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记有一个或多个突变且为发展卵巢癌低或中风险的受试者疾病进程(如，发展为高风险状态)被监控。在某些实施方案中，于一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记有异常的甲基化且为发展卵巢癌低或中风险的受试者疾病进程(如，发展为高风险状态)被监控。在某些实施方案中，所述异常甲基化是过度甲基化。在某些实施方案中，所述异常甲基化是低甲基化。

在某些实施方案中，一个或多个生殖细胞系及/或体细胞的标记包含，但不限于，乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)。

在某些实施方案中，监控和决定受试者疾病发展方向的方法进一步特征化所述受试者中一或更多的卵巢癌风险临床生物标记，其中，所述一个或多个临床生物标记是选自由年龄、停经前状态、停经后状态、族裔、病理、子宫附件肿块诊断、家族史、体格检查、成像结果和/或抽烟史组成的组，其中，所述一个或多个临床生物标记进一步识别受试者具有高或低癌症风险。在某些实施方案中，被诊断有子宫附件肿块且为发展卵巢癌低或中风险的受试者疾病进程(如，高风险状态)被监控。在某些实施方案中，所述受试者被诊断为无症状的子宫附件肿块。在某些实施方案中，所述受试者被诊断为有症状的子宫附件肿块。在某些实施方案中，所述受试者是停经前。在某些实施方案中，所述受试者是停经后。

本方法中的诊断测量可与来自健康正常控制组的样本比较；所述受试者病前样本比较；或其他受影响的/患病的病患比较，以建立所述被治疗的受试者疾病状态。为监控，于第一诊断测量决定的时间点的后可由所述受试者取得第二诊断测量，且可比较所述两个测量以监控疾病发展方向或疗法/治疗的有效性。在某些实施方案中，受试者治疗前的测量(如，由所述受试者取得的样本或活检或电脑断层扫描)再如所述治疗开始前被决定；此测量可与所述受试者治疗开始后及/或治疗途中的测量比较，以决定疾病治疗的有效性(监控其有效性)。在某些实施方案中，疾病治疗的有效性可以抗体标记分析及/或干扰素gamma(IFN-γ)ELISPOT测定执行。

报告状态

本发明额外的实施方案与测定结果或诊断或二者和例如技师、医生或病患的沟通相关。在某修实施方案中，使用电脑以和相关人士，如，医生及其病患，沟通测定结果或诊断或二者。在某些实施方案中，所述测定的执行或所述测定结果的分析于一国家或管辖区中，其国家或管辖区不同于沟通结果或诊断的国家或管辖区。

在本发明一较佳的实施方案中，依据表1记载的标记或标记的组合于受测受试者相异的存在或不存在的诊断在所述诊断取得后尽速和所述受试者沟通。所述诊断可由所述受试者治疗医生和所述受试者沟通。又，所述诊断可由电子邮件传递给受测受试者或由电话以所述受试者沟通。可使用电脑以透过电子邮件或电话沟通所述诊断。在某些实施方案中，所述含有诊断测试结果的讯息可使用一电脑硬体及软体的组合自动被产生及传送至所述受试者，其电脑硬体及软体的组合对通信领域通常知识者是熟悉的。健康照护向沟通是统的一个例子为美国专利第6,283,761号所述；唯本发明不限于使用此特定沟通是统的方法。在本发明方法的某些实施方案中，所有或部分方法步骤，包含样本测定、疾病诊断及沟通测定结果或诊断，可在不同的(如，外国)管辖区进行。

受试者处理

在某些实施方案中，本发明的方法包含依据状态处理受试者的治疗。所述处理包含转诊，例如，至一妇科肿瘤科医师，或其他医师或临床医师决定卵巢癌状态后的动作。例如，如医师做一卵巢癌诊断，则某些治疗疗程，如可能跟随开立或施予治疗剂。又，非卵巢癌的诊断或非卵巢癌可能跟随进一步测试以决定所述病患可能罹患的特定疾病。同时，如诊断测试给予卵巢癌状态不明确的结果，可能需要进一步测试。

在某些实施方案中，所述诊断可能决定一骨盆肿块是良性或恶性。如诊断为恶性，可选择一妇科肿瘤科医师进行手术。相反的，如诊断为良性，可选择一般外科医师或妇科医师进行手术。

硬体及软体

本文所述的任何方法，所述关联生物标记测量和卵巢癌的步骤可于通用或特异程式化的硬体或软体执行。

在某些方面，所述分析是以软体分类演算法执行。所述分析物以本领域习知的任何检测方法分析，包含，但不限于本文所述的方法，会产生需数据处理的结果。数据处理可以软体分类演算法执行。所述软体分类演算法是本领域习知的且通常知识者可轻易选择及使用合适的软体以分析由特定检测方法取得的结果。

在某些方面，所述分析是以电脑可读取媒体执行。所述电脑可读取媒体可为非过渡性及/或切实的。例如，所述电脑可读取媒体可为挥发性记忆体(如，随机存取记忆体及其他)或非挥发性记忆体(如，唯读记忆体随机、硬碟、磁碟片、磁带、光碟片、纸桌、打孔卡及其他)。

例如，以飞行时间质谱测定法分析的分析物产生一飞行时间谱。所述最终分析的飞行时间谱通常不代表来自对一样本的单独脉冲离子化能量的讯号，而是来自多个脉冲的讯号总和。此降低杂讯并增加动态范围。此飞行时间数据接着需数据处理。例示性的软体包含，但不限于，Ciphergen的

软体，其数据处理通常包含飞行时间至质量/电荷比(TOF-to-M/Z)转化以产生一质谱，基准线相减(baseline subtraction)以移除仪器偏移及高频杂讯过滤以降低高频杂讯。

以生物标记脱附及检测产生的数据可使用可程式化数位电脑分析。所述电脑程式分析所述数据以呈现检测到的生物标记数量及选择性地所述讯号的强度和决定各检测到的生物标记分子重。数据分析可包含决定一生物标记讯号强度及移除偏离事前决定的统计分布的数据。例如，所述观测到的峰值可被正规化，透过计算各峰值相对于某基准的高度。所述基准可为仪器及化学物质产生的背景杂讯。如于刻度中设定为零的能量吸收分子产生的杂讯。

所述电脑可转化产生的数据为多种格式以供显示。所述标准质谱可被显示，但在一种有用的格式中只有峰值高度与重量讯息被保留于质谱观察中，产生一较清晰的图示并使有相近分子量的生物标记更易被看到。在另一有用的格式中，比较二或更多质谱，方便标明独特的生物标记及样本间增加或减少的的生物标记。使用任何这些格式，可轻易决定特定生物标记是否存在于样本中。

分析一般涉及包含在代表得自分析物的信号的频谱中峰的识别。峰的选择可用肉眼进行，但软件是可得的，如Ciphergen的

软件装的其中一部分，其可使峰的检验自动化。此软件是藉由识别为具有信噪比超过所选的阀值的信号以及在峰信号的中心标记峰的质量而发挥功能。在实施方案中，比较许多质谱以识别呈现一些所选的百分比的质谱中是相同峰。此软件的一个版本将在多种频谱中所定义的质量范围内所出现的所有峰都加以丛集，并将质量(N/Z)归于接近质量(M/Z)丛集的中央点的所有峰。

在某些方面，用来分析数据的软件可包括应用演算法以分析结果(如，信号藉以判定所述信号是否代表在与生物标记相应的所述信号中的峰)。所述软件亦可使关于所观察到的生物标记的数据接受分类树或ANN分析，以决定生物标记峰或生物标记峰的组合是否出现，其出现显示在试验时所述特定的临床参数的状态。所述数据的分析可能是直接或者间接自所述样品的质谱分析对所获得的各种参数“定调(keyed)”。这些参数包括，但不限于，一个或多个峰的存在或不存在、一个或一组峰的形状、一个或多个峰的高度、一个或多个峰的高度的对数，以及峰高度数据的其它算数操作。

分类演算法以限定卵巢癌状态

在某些实施方案中，由测定(如，ELISA测定)推导而来的数据，其数据是使用如“已知样本”的样本可接着被使用于“训练”一分类模型。一“已知样本”是被预分类的样本。所述推导自质谱且被用于形成分类模型的数据可被指为“训练数据组”。一旦训练后，所述分类模型可辨识由未知样本产生的质谱推导的数据中的模式。所述分类模型可接着被使用于分类未知样本至分类。此有用于，例如，于预测特定生物样本是否与特定生物状况(如患病对比未患病的)相关。

用于形成分类模型的训练数据组应包括原数据或预处理数据。在某些实施方案中，原数据可直接从飞行时间谱或质谱得到，然后可依上述选择性“预处理”。

分类模型可用任何适当且试图将数据主体基于数据中呈现的目标参数而分隔成组的统计分类(或"学习")方法来形成。分类方法可为监督式或非监督式。监督式与非监督式分类处理的例子于Jain,“Statistical Pattern Recognition:A Review”,IEEETransactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence,Vol.22,No.1,January2000中描述，所述文献包含教示。

于监督式分类中，含有已知种类例子的训练数据是呈现于学习机制中，即学习多于一组定义每一已知类别的关系。然后新数据被应用于所述学习机制中，所述学习机制然后用学到的关系分类新数据。监督式分类处理举例包括线性回归处理(如，多重线性回归(multiple linear regression，MLR)、部份最小平方回归(partial least squares(PLS)regression)与主成分回归(principle components regression(PCR))、二元决策树(binary decision trees)(如，递归分布处理(recursive partitioning processs)，如CART-分类及回归树)、类神经网络(artificial neural networks)如倒传递网络(backpropagation networks)、辨别分析(如，贝斯分类器(Bayesian classifier)或费舍分析(Fisher analysis))、逻辑分类器及支持向量分类器(support vector classifier)(支持向量机(support machines))。

在实施方案中，一监督式分类方法是递归分布处理。递归分布处理使用递归分布树分类来自未知样本的光谱。关于递归分布处理进一步详细内容在美国专利公开U.S.20020138208A1 Paulse等人“Method for analyzing mass spectra.”中提供。

在其它实施方案中，制做出的分类模型可用非监督式学习方法形成。非监督式分类试图依据训练数据组中的相似性学习分类，其中无须预先分类来自训练数据组的光谱。非监督式学习方法包括群集分析。群集分析是试图将数据分成理想上应有彼此非常相似而又对其它群集成员非常不相似的"群集"或群组。相似性是用一些测量数据组间距离的距离尺度来测定，并且将彼此靠近的数据组集合起来。群集技术包括MacQueen K-平均值演算法与Kohonen自我组织网络(Self-Organizing Map)演算法。

主张学习演算法用于分类生物学讯息的描述，例如，PCT专利WO 01/31580(Barnhill et al.,“Methods and devices for identifying patterns in biologicalsystems and methods of use thereof”)；美国专利公开U.S.2002 0193950A1(Gavin etal.,“Method or analyzing mass spectra”)；美国专利公开U.S.2003 0004402 A1(Hittet al.,“Process for discriminating between biological states based on hiddenpatterns from biological data”)；及美国专利公开U.S.2003 0055615A1(Zhang andZhang,“Systems and methods for processing biological expression data”)。

所述分类模型可在任何适当的数位电脑上建立并使用。适当的数位电脑包括使用任何标准或特殊操作系统，如依据Unix、Windows^TM或Linux^TM操作系统的微、迷你或大型电脑。所使用的数位电脑在实体上可能与用于制造有兴趣质谱的质谱仪分开，也可能与质谱仪并连。

依照本发明实施方案的训练数据组及分类模型可通过数位电脑执行或使用的电脑代码使其具体化。所述电脑代码可存放于任何适当的电脑可读媒介包括光碟或磁碟、棒、磁带等，并能以任何适当电脑程序语言包括C、C++、visual basic等写成。

上述学习演算法对发展已发现的生物标记分类演算法或是寻找新卵巢癌生物标记二者皆有用处。所述分类演算法反过来透过提供单独或组合使用的生物标记诊断值(如，截止值)形成诊断测试的依据。

在某些实施方案中，本发明的方法包含分类受试者举有卵巢癌的风险。在某些实施方案中，所述方法包含以至少一处理器接收一代表检测组各标记检测道的标记光谱峰的讯号。在某些实施方案中，所述检测组包含，但不限于，标记转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4和促卵泡激素(FSH)。在某些实施方案中，所述检测组包含，但不限于，选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6、NBN、PALB2、PTEN、RAD51D、STK11、TP53、KRAS、ABRAXAS1、AKT1、APC、AXIN2、BMPR1A、BRAF、CDC25、CDKN2A、CDK4、CTNNB1、DICER1、ERBB2、ERCC6、FANCM、FANCC、MRE11、MUTYH、NF1、NTHL1、PIK3CA、PMS2、PP2R1A、PRKDC、POLD1、RAD50、RAD51C、RNF43、SDHB、SDHD、SMARCA4、XRCC2、WRN、CDC73、GALNT12、GREM1、HOXB13、MSH3、POLE、RAD51、RINT1、RSP20、SLX4、SMAD4、TTK、RASSF1A、RUNX3、TFPI2、SFRP5、OPCML、MGMT、CDH13、SULF1、HOXA9、HOXAD11、CLDN4、MAL、BORIS、ABCG2、TUBB3、MCJ、SNGG、P14ARF、P16INK4A、DAPK、P15、MINT31、RIZ1及TMS1一或更多的标记。在某些实施方案中，所述检测组包含，但不限于，CA125、β2M、Tfr、TT及ApoA1。在某些实施方案中，所述检测组包含，但不限于，FSH、CA125、HE4、转铁蛋白及ApoA1。

在某些实施方案中，，所述方法包含以至少一处理器接收一代表检测组各标记检测道的标记光谱峰的第一检测组讯号，包含标记转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4和促卵泡激素(FSH)，及选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6、NBN、PALB2、PTEN、RAD51D、STK11、TP53、KRAS、ABRAXAS1、AKT1、APC、AXIN2、BMPR1A、BRAF、CDC25、CDKN2A、CDK4、CTNNB1、DICER1、ERBB2、ERCC6、FANCM、FANCC、MRE11、MUTYH、NF1、NTHL1、PIK3CA、PMS2、PP2R1A、PRKDC、POLD1、RAD50、RAD51C、RNF43、SDHB、SDHD、SMARCA4、XRCC2、WRN、CDC73、GALNT12、GREM1、HOXB13、MSH3、POLE、RAD51、RINT1、RSP20、SLX4、SMAD4、TTK、RASSF1A、RUNX3、TFPI2、SFRP5、OPCML、MGMT、CDH13、SULF1、HOXA9、HOXAD11、CLDN4、MAL、BORIS、ABCG2、TUBB3、MCJ、SNGG、P14ARF、P16INK4A、DAPK、P15、MINT31、RIZ1及TMS1一或更多的标记组成的组。

在某些实施方案中，所述方法以至少一处理器使用一第一阶段癌症风险分类器以预测代表发展卵巢癌预测风险的癌症风险分类分数，所述癌症风险分类指数是依据习得的风险分类参数及第一检测组讯号。在某些实施方案中，所述方法以至少一处理器决定一与癌症风险分类指数相关的癌症风险水平，所述癌症风险水平选自由包括低风险、中风险及高风险的至少一选择。在某些实施方案中，所述方法以至少一处理器产生一于照护提供者相关的计算装置显示所述受试者癌症风险水平的癌症风险水平预测。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险；由至少一个处理器运用一个第二阶段癌症风险分类器以预测一个依据第二阶段习得的风险分类参数和包括第一检测组讯号不同子集合的第二检测组讯号的加强癌症风险分类分数；及由至少一个处理器决定一个关于加强癌症风险分类分数的加强癌症风险水平，所述加强癌症风险水平包括选自由低风险和高风险的至少一选项。在某些实施方案中，所述第二检测组讯号代表标记谱峰，包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成。在某些实施方案中，所述第二检测组讯号代表标记谱峰，包括FSH、CA125、HE4、转铁蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成。

在某些实施方案中，本发明的方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险；由至少一个处理器运用一第二阶段癌症风险分类器及一第三阶段癌症风险分类器以预测一个依据第二阶段及第三阶段习得的风险分类参数和第二及第三检测组讯号各包括第一检测组讯号的不同子集合的加强癌症风险分类分数；及由至少一个处理器决定一个关于加强癌症风险分类分数的加强癌症风险水平，所述加强癌症风险水平包括选自由低风险和高风险的至少一选项。在某些实施方案中，所述第二检测组讯号代表标记谱峰，包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成，且所述第三检测组讯号代表标记谱峰，包括FSH、CA125、HE4、转铁蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成。

在某些实施方案中，所述方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，当癌症风险分类分数是介于0.0和4.9；由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，当癌症风险分类分数是介于5.0和10.0；及由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，当癌症风险分类分数是介于10.1和20.0。

在某些实施方案中，所述第一阶段癌症风险分类器包括：一个已习得停经前风险分类参数习得风险分类参数的停经前第一阶段癌症风险预测模型；及一个已习的停经后风险分类参数习得风险分类参数的停经后第一阶段癌症风险预测模型。

在某些实施方案中，所述方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，当癌症风险分类分数是介于0.0和4.9；由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，当停经后受试者癌症风险分类分数是介于5.0和10.0；及由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，当停经后受试者癌症风险分类分数是介于10.1和20.0。

在某些实施方案中，所述方法还包括由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，当癌症风险分类分数是介于0.0和4.9；由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，当停经前受试者癌症风险分类分数是介于5.0和14.0；及由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，当停经前受试者癌症风险分类分数是介于14.1和20.0。在某些实施方案中，所述受试者是被诊断有有症状或无症状的子宫附件肿块。

检测卵巢癌生物标记的套件

在另一方面，本发明提供协助诊断卵巢癌(如，识别卵巢癌状态、检测卵巢癌、识别早期卵巢癌、选择具有卵巢癌风险受试者的治疗方法及其他)的套件，其套件依照本发明使用于生物标记的检测。在一实施方案中，所述套件包括特异性辨识表1记载的标记或标记的组合的剂。在某些实施方案中，所述套件包括剂，其剂特异性辨识表1记载的标记或标记的组合及识别为与卵巢癌有连结的生殖细胞是或其他DNA突变相关标记。所述套件可包含1、2、3、4、5或更多不同剂，所述剂个别特异性辨识生物标记之一。在相关实施方案中，所述捕获试剂是抗体、适体、亲和体、杂交探针及/或其片段。

在另一实施方案中，所述套件包括一固态载体，如具有捕获试剂于其上的芯片、微孔盘、或珠或树脂，其中，所述捕获试剂结合本发明的生物标记。因此，例如，本发明的套件可包括给SELDI的质谱测定探针，如

阵列。在生物特异捕获试剂情况下，所述套件可包括一有活性表面的固态载体及包括生物特异捕获试剂的容器。

所述套件亦可包括一洗涤溶液或制造洗涤溶液的指示，在其中所述捕获试剂和洗涤溶液的组合允许于固态载体上捕获所述生物标记或生物标记们以供透过如质谱测定法的后续检测。所述套件可包含不只一类吸收剂，各存在于不同固态载体上。

在一进一步的实施方案中，其套件可包括使用任何本文描述的方法的指示。在实施方案中，所述指示以标签或额外插页提供合适的操作参数。例如，所述指示可告知客户关于如何收集样本、如何洗涤探针或所述应被检测到的特定生物标记。

除非另外指明，本发明的实施采用很好地处在熟练业内人士的见识范围的内的分子生物学(包含重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术。此类技术在文献中进行充分地说明，如：“分子克隆:实验指南”，第二版，(Sambrook，1989)；“寡核苷酸合成”(Gait，1984)；“动物细胞培养”(Freshney，1987)；“酶学方法”“实验免疫学手册”(Weir，1996)；“哺乳动物细胞的基因转移载体”(Miller and Calos，1987)；“分子生物学现行规范”(Ausubel，1987)；“PCR:聚合酶链式反应”(Mullis，1994)；“免疫学现行规范”(Coligan，1991)。这些技术适用于本发明的多核苷酸和多肽的生产，并且按照这样，可以被考虑用于制备和实施本发明。对具体实施方案特别有用的技术将在下面的部分进行讨论。

给出以下的实例是为了给本领域普通技术人员提供对如何进行和使用本发明的测定、筛选和治疗方法的一个完整的公开和说明，而不是旨在限定诸位发明人认为是自己的发明的范围。

实施例

实施例1：子宫附件肿块风险评估：一恶性风险分层多变数指数测定

子宫附件肿块是自青春期后年龄妇女常见的临床诊断，在妇女一生中于百分的五至十发生。肿块在绝大多数案例下为良性(见如，Demir R,Marchand G.Adnexal massessuspected to be benign treated with laparoscopy.J.Soc.Laparoendosc.Surg.16(1),71–84(2012))。唯，必须考虑可能的恶性风险。

良性的肿块可能因尺寸、相近于器官及疼痛或不适造成问题。可建议手术移除肿块。唯，部分良性肿块可能为大体上无症状的且可被监控的。此好处是清楚的：避免侵入性手术，及经济及以复原时间论二者相关成本(见如，Farghaly S.,Current diagnosis andmanagement of ovarian cysts.Clin.Exp.Obstet.Gynecol.41(6),609–612(2014).)。

现行怀疑子宫附件肿块照护标准是成像，一般以阴道超音波法(transvaginalultrasonography)执行。成像可清楚依其自然形态揭露所述肿块为良性或恶性，但有需多案例其肿块是无法确认的(见如，Sadowski E,et al.Indeterminate adnexal cysts atUS:prevalence and characteristics of ovarian cancer.Radiology 287(3),1041–1049(2018))。在这些案例中，在无症状病患中，建议一段时间后追踪成像以决定所述肿块是持续、稳定或消退的。与此方法相关的一风险为恶性病灶检测及处理的延迟(见如，Modesitt S,et al.Risk of malignancy in unilocular ovarian cystic tumors lessthan 10centimeters in diameter.Obstet.Gynecol.102(3),594–599(2003))。

子宫附件肿块风险评估(AMRA)是一血清生物标记多变数指数测定为分类怀疑有子宫附件肿块的病患至三恶性风险分类，以协助决定是否建议立即的手术。目标是利用一截止值以捕获一高风险病患小群组的全部癌症案例中高百分比的案例，致使一临床上可行动的阳性预测值，并利用一第二截止值有非常高阴性预测值以指派一大部分余下测试族群至低风险(LR)组。

所述发展与评估一血清测试的能力常被缺乏以代表所述目标测试族群包含/排除基准正确注册临床样本及未进行手术的人中实务上缺乏确定的临床分类的困难所拖累。为AMRA的发展及独立验证，回顾性地分析由诊断有子宫附件肿块先期性收集的病患族群及全部由手术确立病态分类的病患的生物标记数据。为在决定手术前推估AMRA表现至其目标有子宫附件肿块病患族群，除在明显癌症盛行不同外，在研究中利用的病患族群及AMRA的目标族群中癌症案例以组织亚型、等级及期数而论为相似的，且AMRA的目标族群中非癌症良性病患是对照组。预测测试表现度量，如透过AMRA的目标族群通常观测到的假定恶性盛行率调整后AMRA高及低风险群组分别的阳性及阴性预测值(见如，Molinaro A.,Diagnostictests:how to estimate the positive predictive value.Neuro Oncol.Practice 2(4),162–166(2015))。

具有子宫附件肿块妇女可能有众多理由希望避免安全的立即手术，包含经济成本及手术中恢复的时间。唯，目前于市面上未有一测试特异性的瞄准此“监看与等待”族群。AMRA的目的为解决此需求，使未来有子宫附件肿块的妇女可考虑延后手术。

实施例1.1：方法

多分析物检测组

AMRA发展包含七血清蛋白分析物作为输入：ApoA1、B2M、CA125、FSH、HE4、TRF及TT。这些分析物的子集合以被用于多变数指数测定(MIA)及第二代多变数指数测定(MIA2G)。全部数据集中，所述分析物以在Roche cobas 6000(Roche Diagnostics Corp.,IN,USA)上每个制造商产品包装插件测量。

样本组

本研究使用来自四分开收集的样本的数据。为推导AMRA演算法，所述训练数据是来自已于的前使用于推导与验证原始MIA及MIAG2 IVDMIA的测试(‘OVA1 Study’)(UelandF,et al.Effectiveness of a multivariate index assay in the preoperativeassessment of ovarian tumors.Obstet.Gynecol.117,1289–1297(2011)；Bristow R,etal.Ovarian malignancy risk stratification of the adnexal mass using amultivariate index assay.Gynecol.Oncol.128,252–259(2013)；Coleman R,etal.Validation of a second-generation multivariate index assay for malignancyrisk of adnexal masses.Am.J.Obstet.Gynecol.215(1),82.e1–82.e11(2016))的样本。这些样本原本为由27个研究伦理委员会核可的遍布美国的地点收集。包含基准为：妇女年龄＞18岁、签属告知后的同意书、同意静脉切开术及已记录且预备成像后三月内进行手术介入的骨盆肿块。一骨盆肿块于注册前以成像(电脑断层摄影、超音波法或MRI)确认。排除基准包含前五年内有恶性诊断(非黑色素瘤的皮肤癌除外)。原本样本的收集是使用于评估MIA及MIAG2以将高风险(HR)病患转诊至妇科肿瘤科医师的实用性，因此排除收集由妇科肿瘤科医师初始注册的病患。停经定义为>12月没有月经，或在小部分经期数据缺失的受试者中定义为年龄>50岁。人口分布及临床病理数据收集于病例报告表格上。

原始的先期性收集样本组代表所述子宫附件肿块术前风险评估实际测试组群。一全部样本的全部七种分析物结果皆存在子集合(88.36％)用以发展AMRA演算法。在585个样本中，其中有284停经前病患包含54卵巢癌案例及230良性控制组，及301停经后病患包含124案例及177控制组。图2列出样本组中相关的人口分布及临床病理叙述。所述训练后的AMRA演算法接着以余下的3独立研究伦理委员会核可的样本族群：FHCRC#7788、OVA500研究及OVA1-PS1-CO4的数据集验证。

FHCRC#7788中，病患先期性的注册于2012至2015年Seattle Cancer CareAlliance及University of Washington Medical Center的妇科肿瘤可及良性妇科诊疗所。包含基准包含妇女年龄＞18岁、签属告知后的同意书及已记录且预备进行手术的子宫附件肿块。一子宫附件肿块于注册前以成像(电脑断层摄影、超音波法或MRI)确认。排除基准包含报到前6周内有骨盆手术。人口分布、临床及病理资讯先期性地收集。告知后的同意书提供给所有注册病患。为验证AMRA，使用一来自FHCRC#7788族群依据有所有七个生物表记的样本的案例-对照组组。

所述OVA500研究及OVA1-PS1-CO4有同OVA1研究相同的注册及排除基准，除了OVA1-PS1-CO4只包含已预备手术介入但尚未转诊至妇科肿瘤科医师的受试者。因此导致OVA1-PS1-CO4卵巢癌盛行率较OVA500低的结果。

此分析使用在各研究中所有已知全部七分析物生物标记值的样本。在癌症案例中，15个不关于卵巢的恶性样本(0.074％全部样本)由分析中移除。

推导模型

AMRA的发展是预期利用二截止值以识别一小群组高风险病患，其识别病患捕获一大部分癌症案例，及相对一大群组有高阴性预测值的低风险病患。在模型推导中，特别期待的表现特征是于非常高特异下具有改良的敏感度，是以数字化及电脑化地转译及实施以影响最终模型的推导及选择。为确保结果的统计稳定，使用统计重采样方法，如所述训练样本组中数据反复抽样法(bootstrap sampling)及随机选择输入分析物子集合。

为停经前及停经后病患族群分别推导两个分开的预测模型(演算法)。各演算法中，所述训练数据集亦被用于决定‘纳入’截止值以辨识高风险群及‘排除’截止值以辨识相对低风险群。在两截止值间的样本被归类为中风险(IR)。截止值的选择是由依据医师共识期待的表现特征驱动。例如，敏感度及有一较小部分的病患于高风险群(及相对应知阳性预测值(PPV))间的权衡决定纳入截止值；及相同地，需要的高阴性预测值(NPV)及具有一足够大的低风险群间的平衡用于选择排除截止值。

表现评估

推导的AMRA演算法及固定的截止值于训练组和三独立验证组个别或是组合分析。利用来自接受者操作特征曲线分析的曲线下的面积以评估整体表现并与CA125比较。估计纳入截止值的敏感度(所有案例被高风险群捕获的比率)及排除截止值的特异性(低风险群中所有良性的比率)。除此的外，高风险群及低风险群亦分别估计独立于盛行率的阳性概度比(positive likelihood ratios(LR+))及阴性概度比(negative likelihood ratios(LR-))，并用于提供近似的由癌症前测可能性到后测可能性的变化的评估。

本研究使用的样本皆来自原本为先期性收集族群。为推估AMRA演算法的表现于其目标族群，一5及10％前测盛行率分别用于停经前和停经后测试族群。所述三AMRA风险分类群推估良性、低恶性潜在性肿瘤(LMPs)、第I/II期案例及第III/IV期案例分布在调整预设盛行率后估计。依据其调整，全测试族群的百分比，估计AMRA风险群后测癌症盛行率，包含高风险群及低风险群分别地PPV及NPV。

实施例1.2：结果

图3显示AMRA接受者操作特征(ROC)曲线图及与CA125于停经前(图3A)及停经后(图3B)病患于训练组及三组验证组的比较。所述AMRA与CA125相比的表现特征以代表非常高特异性中敏感度的ROC曲线(图是最左边)，其决定所述纳入(高风险)组的表现特征(图3)。特别是图3分别显示停经前病患卵巢癌(p值＝0.01、0.06、0.05及<0.01)以及第I/II期侵袭性卵巢癌(p值＝0.01、0.07、<0.01及<0.01；图3C)于训练组(OVA1)和三组验证组(OVA500、FHCRC#7788和OVA1-PS1-CO4)AMRA结果。

所述AMRA纳入及排除截止值，于停经前模型分别为14.0IU及5.0IU，及停经后模型分别为10.0IU及5.0IU，是利用训练样本组建立，然后在验证中保持固定。利用纳入及排除截止值，结合所述三验证组样本以估计并作图三组AMRA风险群的盛行率调整的癌症/良性分布(图4)。所述各风险群中原始及盛行率调整的癌症及良性病患比率是列于图5及6。在图8中，独立于盛行率的表现度量如敏感度、特异性及LR+及LR-，和盛行率调整的估计如测试族群的百分比、PPV及NPV二者是提供给风险群个别及其有意义的组合。图7为AMRA风险群盛行率调整过后测癌症机率推估作图并迭置一条逻辑式回归内插曲线。

于5％盛行率，所述高风险群，全部的7.9％，捕获75.9％侵袭性恶性肿瘤并有一35.8％阳性预测值。高风险/中风险结合的停经前及停经后癌症的敏感度分别有89.7及95.6％。所述低风险群，全部的67.8％，有一99.0％阴性预测值。给停经前和停经后族群二者，所述高风险群(分别为测试族群的7.9及10.6％)捕获超过三分的二的全体癌症案例，并分别有42.3及66.1％ PPV。当移除LMP后，二者的高风险敏感度接增加至75％以上。所述低风险群识别一大部分的测式族群(停经前及停经后分别为67.8及52.7％)，且NPV接近99％。在余下中风险群病患后测癌症盛行率是低于预设前测盛行率(停经前及停经后分别为所有癌症的4.0及6.3％，或排除LMP后2.1及4.8％)。图8中亦列出组合群组的敏感度及PPV。停经前病患高风险及低风险分别是85.9及13.3％。停经后病患高风险及低风险分别是93.1及19.7％。对侵袭性癌的敏感度只有更高。

实施例1.3：讨论

发展AMRA以将病患分至三高度相异后测癌症机率的族群。在诊断有子宫附件肿块的病患中，无论是否预备手术，卵巢癌案例以组织亚型、等级及期数而论为相似的预设下，PPV及NPV利用验证数据个别估计(图4)(Molinaro A.Diagnostic tests:how to estimatethe positive predictive value.Neuro Oncol.Practice 2(4),162–166(2015))。依预设前测癌症盛行率调整后，评估AMRA在个别验证组中决定是否建议立即手术的预期用途的表现潜力。为改善估计结果的统计稳定性，利用组合依预设前测盛行率调整后验证数据，进一步估计所述整体验证结果(图5至8)。

所述AMRA风险群中推估的后测癌症盛行率，如高风险群PPV及低风险群NPV，需依靠预设前测癌症盛行率。唯所述AMRA将病患分至高度相异且临床上有意义的风险族群能力是进一步被估计的阳性及阴性概度比(LR+及LR-)支持，其概度比是一阳性或阴性设结果如何改变疾病机率的独立于盛行率的测量。例如，利用一Steven McGee的LR的简化解释(McGee S.Simplifying likelihood ratios.J.Gen.Intern.Med.17(8),646–649(2002))，停经后AMRA高风险群于组合验证样本中>10.0估计LR+表示潜在增加癌症机率约百分的45。同样地，停经后AMRA低风险群中0.5估计LR-暗示一癌症机率后测减少约百分的15。

身为一多变数指数测定，AMRA的表现依LMP及第I/II期侵袭性卵巢癌的检测且跨越多个组织亚型评估。ROC曲线分析比较AMRA及CA125，以及通常需要小心考虑的停经前病患的第I/II期卵巢癌。

为协助医师处理无法确认的肿块，AMRA设计的主要特征及实际推导及实施包含高敏感度，其排除截止值造成AMRA表示为低风险的一大部分测试族群非常高的NPV的结果。所述纳入截止值识别一病患群组，其群组提供一临床上可动作的PPV及捕获大多数的总癌症案例。依据独立的验证结果，所述有二截止值的AMRA演算法展示出诊断出可疑子宫附件肿块的病患临床处理的有效性，包含对高风险病患建议手术、对低风险病患连续以超音波检查监控及对中风险病患以临床感想(clinical impression)评估。

实施例2：多变数指数测定改良卵巢癌风险评估且具有指引诊断出子宫附件肿块的妇女临床处理的实用性

实施例2.1：背景

有子宫附件肿块的妇女在其手术治疗前需要准确癌症风险的评估是稳固确立的(Sanchez-Salcedo MA.Pre-operative assessment of adnexal mass.Obstet GynecolInt J 2019；10(1):65-69)。5-35％青春期前女性、10％停经前及30％停经后具有卵巢肿块的妇女会包藏癌症(Givens V,et al.Diagnosis and Management of Adnexal Mass.AmFam Physician 2009；80(8):815-820；Radhamani S,Akhila MV.Evaluation of AdnexalMasses-Correlation of Clinical,Sonological and Histopathological Findings inAdnexal Mass.Int J Sci Studies 2017；4(11):88-92)。虽然良性肿块可由妇产科医师移除，癌症手术应由外科专科医师执行(3.Radhamani S,Akhila MV.Evaluation of AdnexalMasses-Correlation of Clinical,Sonological and Histopathological Findings inAdnexal Mass.Int J Sci Studies 2017；4(11):88-92；Vernooij F,et al.The outcomesof ovarian cancer treatment are better when provided by gynecologiconcologists and in specialized hospitals.Gynecol Oncol 2007；105(3)801-812)。术前手术风险评估确保所述病患最佳的预后(Glanc P,et al.First internationalconsensus report on adnexal masses-Management Recommendations.J UltrasoundMed 2017；36:849-863)。

对某些诊断出有症状的子宫附件肿块的妇女，可能不期望或需要立即的手术(Suh-Bergmann E,et al.Outcomes from ultrasound follow-up of small complexmasses in women over 50.Am J Obstet Gynecol 2014；211:623.e1-7；Froyman W,etal.Risk of Complications in patients with conservatively managed ovariantumors(IOTA5):a 2-year interim analysis of a multicenter,prospective,cohortstudy.Lancet Oncol 2019；20(3):448-458；May T,Oza A.Conservative management ofadnexal mass.Lancet Oncol 2019；20(3):p326-327)。在常规骨盆检查或成像中发现的偶然无症状肿块中，手术可能不是处理的第一选择。一个可以识别低癌症风险受试者以行“等待与监看”处理方法的癌症风险评估测试可减少需要临床追踪及手术的妇女数目。

子宫附件肿块的病患的诊断评估包含成像，通常超音波检查，一并骨盆检查，及一CA125血液测试。但这些形式的诊断准确度，无论单独使用或作为一检测组，对检测早期卵巢癌并不适当(Lennox G,et al.Effectiveness of the risk of malignancy index andthe risk of ovarian malignancy algorithm in a cohort of women with ovariancancer.Int J Gynecol Cancer 25；2015；25:809-814)。在过去10年间，多变数指数(MIA)测定已被引入于识别高卵巢癌风险的妇女的使用上。MIA由一各生物标记测试结果结合成一单一分数的生物标记检测组组成。MIA，如OVA1(CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白及ApoA1)及OVERA(FSH、CA125、HE4、转铁蛋白、Apo A1)血液测试，已被显示为于所有组织细胞型式的卵巢癌及于疾病早期的检测高度有效(Ueland F,et al.Obstet Gynecol 2011；117(6):1289-1297；Goodrich S,et al.The effect of ovarian imaging on the clinicalinterpretation of a multivariate index assay.Am J Obstet Gynecol 2014；211:65e1-65e11)。卵巢恶性肿瘤风险演算法(ROMA)，一由CA125及HE4检测组成的检测组，是限定于上皮卵巢癌检测，且被报告会漏掉高百本比的早期癌症(Lennox G,etal.Effectiveness of the risk of malignancy index and the risk of ovarianmalignancy algorithm in a cohort of women with ovarian cancer.Int J GynecolCancer 25；2015；25:809-814)。另外，CA125及ROMA已被显示在非高加索妇女中识别恶性肿瘤表现贫弱(Dunton C,et al.Ethnic disparity in clinical performance betweenmultivariate index assay and CA125 in detection of ovarian malignancy.FutureOncol.2019)；Dunton C,et al.Multivariate index assay is superior to CA125 andHE4 testing in detection of ovarian malignancy in African Americanwomen.Biomarkers In Cancer 2019；11:1-4)。

如实施例1所述，所述AMRA演算法使用七生物标记的输入以提供一癌症风险评估((Zhang Z,Bullock R,Fritsche H.Adnexal mass risk assessment:a multivariateindex assay for malignancy risk stratification.Future Oncol 2019)。所述AMRA分数是个别生物标记浓度的数学组合至一单一分数。所述AMRA分数的范围是由0至20.0。所述AMRA分数可将有子宫附件肿块有症状的妇女分层至三癌症风险分类。高癌症风险群以高阳性预测值定义，而低癌症风险群以高阴性预测值定义。余下的受试者被分类为中风险群。高风险妇女一般考虑立即转诊以行手术，而低风险妇女考虑行一‘等待与监看’策略。唯，过多的妇女被分类至中风险分类，而提出如何最佳地处理此妇女子集合的问题。

修改所述AMRA测试以包含额外的演算法，OVA1(CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白及ApoA1)及/或OVERA(FSH、CA125、HE4、转铁蛋白、Apo A1)，其演算法提供包含在中风险群的受试者加强的分析。以AMRA2多步骤演算法，低风险及高风险病患首先以对低风险低于5.0AMRA分数，及对停经后及停经前妇女高风险分别以超过10.0或14.0识别。所述中风险样本接着受到额外的演算法，其演算法再定义所述中间分数为低风险或高风险。因此，AMRA2可以将所有受试者分类为低风险或高风险以移除所述中风险群而改良AMRA的风险评估，且保持卵巢癌检测高敏感度及高特异性二者。

实施例2.2：方法

生物标记测定：用于AMRA2 MIA中定义癌症风险的七生物标记包含：癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、β2微球蛋白(β2M)、载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白及促卵泡激素(FSH)。生物标记测定的执行依据制造商的使用指示使用Rochecobas 6000分析仪。

演算法：所述AMRA2测试使用AMRA演算法依据对阳性及阴性预测值(见实施例1)的设定基准定义对低风险及高风险群的截止值。被分至中风险群的样本以额外演算法再评估。由原始七生物标记衍生的独特子集合的额外演算法OVA1(CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白及ApoA1)OVERA(FSH、CA125、HE4、转铁蛋白及Apo A1)重新计算中级样本为低或高风险。

所述样本以AMRA演算法测试，其演算法包含标记CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白及ApoA1、FSH及HE4，以定义对低风险及高风险群的分数。所述中级群样本接着以OVA1测试，其OVA1包含标记CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白及ApoA1，以重新计算为低或高风险。在某些样本中，在中级群经AMRA及OVA1测试后，所述样本还经OVERA测试，其OVERA包含标记FSH、CA125、HE4、转铁蛋白及Apo A1，以重新计算为低或高风险。在某些测试中，在样本经AMRA测试后，所述中级群样本经OVERA测试。在某些测试中，在样本经AMRA及OVERA两者测试后，所述中级群样本还经及OVA1测试。

训练及测试样本组：使用所述被AMRA演算法分类为中风险的血清样本行AMRA2测试训练及测试。所述分类为中风险的血清生物标记数据以额外的演算法重分析以重分类中风险样本至低风险或高风险，使用截止值5.0。

验证样本组：所述使用于AMRA2 MIA验证的样本组是于IRB核可程序(见实施例1)下收集。一于同样的IRB核可要求下由128良性疾病府女收集来的独立样本组被用来确认AMRA2的高特异性。所述血清样本已保存于-70度C至最高2年的时间。内部测试确认所述七生物标记于保存期间的稳定性。

程序：使用由的前测定的样本而来的生物标记数据训练及测试AMRA2演算法(Zhang Z,et al.Adnexal mass risk assessment:a multivariate index assay formalignancy risk stratification.Future Oncol 2019)。分析使用于AMRA2 MIA验证血清样本(ASPiRA Labs)，使用测试结果计算AMRA2分数。于停经前及停经后二者妇女低于5.0AMRA2分数分类为低风险。分数高于5.0定义为高风险。

实施例2.3：结果

图9显示使用于AMRA2风险评估的验证的样本组的分类。整体而言，在来自有子宫附件肿块妇女的596个样本中，23被特征化为具有卵巢癌。在第一步骤中，所述AMRA2演算法使用截止值以辨识低风险(≤5)、中风险(5至10间(停经前)、5至14间(停经后))及高风险(≥10(停经前)、≥14(停经后))病患。在此步骤中，AMRA2辨识45高风险案例，其案例辨识23位中18位辨识有卵巢癌的病患。391案例辨识为低风险，且388案例是良性而3案例有卵巢癌。160案例辨识为中风险。

在第二步骤中，所述160辨识为中风险的案例以停经前及停经后状态区分。所述中级群接着受OVA1测是以分离病患至低风险(停经后<4.4；停经前<5)、中/边缘风险(停经后4.4至6间；停经前5至7间)及高风险(停经后≥6；停经前≥7)组。那些在第二步骤中识别为具有中/边缘风险的妇女进一步以OVERA测试测是以分离病患至低风险(≤5)高风险(>5)组，其分组不受停经状态影响。结果二个额外的卵巢癌案例被识别。

整体而言，在来自有子宫附件肿块的596位妇女中，83位辨识为高风险病患，且总共23位辨识有卵巢癌病患中20位病患被辨识。辨识63案例为伪阳性。513位妇女辨识为低风险，且510位妇女为良性肿块。

表2还显示所有训练组中癌症及良性案例AMRA2风险评估。所有受试者被分类为低或高风险。原始AMRA演算法分类31％停经前及51％停经后妇女至中风险群。

表2 AMRA2于AMRA训练组中的临床表现。

表3显示AMRA测试组中AMRA2演算法表现参数。所有受试者被分类为低或高风险。AMRA2在停经后测试组的特异性远较训练组佳(80.1％比57.0％)。为解析所述差异，测试由128位有子宫附件肿块没有癌症的妇女组成的新样本组。在这些128位非癌症妇女中，只有18位经AMRA2错误分类为高风险，因此AMRA2在此族群的敏感度为86％。

表3 AMRA2于AMRA测试组中的临床表现。

表4显示于验证组中AMRA2的表现。虽然于验证族群中确认高敏感度及特异性，所述PPV是约测试组的一半。此PPV的减少是因验证组癌症盛行率的减少。所述癌症盛行率于停经前群(N＝296)中是2.0％，且于停经后群(N＝296)中是5.6％。相较的下测试组中停经前及停经后群分别是5.0％及10.0％的盛行率。图5给予596研究受试者数据集人口分布，其数据集用于AMRA2验证。

表4 AMRA2于验证组中的临床表现。

表5验证组中人口分布及临床病理讯息。

表6总结研究受试者分类至低或高风险群。对停经前群中的6癌症，6种中有5种被AMRA2分类为高风险；一癌症分类为低风险。对停经后群中的17癌症，17种中有15种分类为高风险而2种为低风险。因此，AMRA2的敏感度对停经前和停经后妇女分别是83％及88％。对所有受试者的组合，敏感度是23中的18(87％)。为比较目的，此病患群中CA125的敏感度对停经前和停经后妇女分别是67％及71％。评估CA125表现使用的截止值对停经后妇女是35.0U/ml而对停经前妇女是62.0U/ml。

表6 AMRA2于验证组中风险分数分布。

所述停经前低风险群AMRA2测试特异性是90％。所述停经后低风险群测试特异性是87％。为比较目的，所述停经前及停经后妇女CA125特异性分别是90及89％。所述AMRA2高风险群阳性预测值对停经前及停经后妇女分别是15.62％(5/27)及29.41％(15/36)。

实施例2.4：讨论

如实施例1的讨论，一群956位有子宫附件肿块的停经前妇女，在其中癌症盛行率是5％，所述AMRA2 MIA呈现一妇女的三阶风险分层：一低风险群(67.8％的族群，有0.6％卵巢癌盛行率)；一高风险群(7.9％的族群，有35.8％卵巢癌盛行率)；及一中风险群(24.3％的族群，有2.1％卵巢癌盛行率)。在一群562位有癌症盛行率10％的停经后妇女中，所述低风险群包含52.7％的妇女，癌症盛行率0.7％。对10.6％在高风险群中的妇女，所述癌症盛行率是86.6％。所述中级群有36.7％的妇女及癌症盛行率4.8％(见实施例1；亦见Zhang etal.Adnexal mass risk assessment:a multivariate index assay for malignancyrisk stratification.Future Oncol 2019，其公开内容通过引用整体并入本文)。

在这些相同停经前及停经后二群妇女中，所述AMRA2两步骤演算法消灭中风险群。其作法下，所述AMRA2敏感度及特异性分别改良至86.60％及85.25％。

在目前研究的3.8％癌症盛行率的596位有子宫附件肿块的妇女中，AMRA2产生敏感度86.96％及特异性89.01％的结果。所述AMRA2敏感度显著较CA125佳，而两测试的特异性相似。

实施例3：高风险妇女中卵巢癌风险评估的多变数指数测定

各式生物标记已被建议于卵巢癌的早期检测。有子宫附件肿块的妇女具有10％发展为恶性肿瘤的终生罹病风险，而有生殖细胞系基因突变的妇女的卵巢癌风险具有高很多的风险。OVA1及OVERA多变数指数测定(MIA)(Aspira Lab)以前被开发以评估具有子宫附件肿块的妇女的癌症风险。既然这些肿块不受活检，肿块的超音波检查及OVA1生物标记测试提供恶性风险的评估及病患临床处理的指引。不幸的是，没有可在无症状高风险病患中有较检测卵巢癌的成像或生物标记测试。因此，有改良诊断测试的需求。

如实施例2的讨论，所述AMRA2 MIA使用七生物标记(Apo A1、CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白、FSH及HE4)及多个演算法已产生一范围由0至20的风险分数。小于5.0AMRA2风险分数的妇女定义为低风险，其妇女合于一“监看与等待”策略，使用连续性的超音波检查及生物标记测试。一高风险AMRA2分数(5.0或大于)定义需要考虑立即手术的妇女。所述癌症可能性随所述分数增加而增加，且可指引医师于做出合适的手术决定。

发展所述AMRA2血液测试以迎合高风险妇女中早期癌症检测的需求，定义为具有无症状子宫附件肿块的妇女，其妇女具有生殖细胞系突变(如BRCA1/2)或其妇女有其他与卵巢癌相关的DNA突变。使用所述AMRA2血液测试以识别有症状子宫附件肿块的高风险妇女何者需要立即手术，何者可延后手术者，或也许避免手术。评估三重点范围：1)利用AMRA2对有症状子宫附件肿块妇女早期癌症检测；2)发起一新临床应用，其应用是有症状子宫附件肿块妇女早期卵巢癌检测；3)建立AMRA2为监控测试以指引生殖细胞系及/或体细胞基因突变及/或异常甲基化(如，过度甲基化或低甲基化)基因妇女的预防性手术，其基因是关于乳癌及/或卵巢癌。多种关于乳癌及/或卵巢癌(BOC)包含，但不限于：乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(Nibrin,NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)。

执行一先期研究以验证AMRA2血液测试诊断为有症状子宫附件肿块的妇女，但超音波检查无法确认恶性者，癌症风险分层敏感度、特异性、阳性预测值及阴性预测值。超音波检查经常显示有骨盆症状的妇女具有子宫附件肿块。在约10％的案例中，发现所述肿块为恶性且建议由妇科肿瘤科医师执行立即手术。唯，在很多案例中，所述超音波检查无法确认，且如所述肿块为良性，手术可被延后。在某些案例中，所述良性肿块未治疗即消退而可避免手术。设计AMRA2以分离病患至高及低风险群，目标为识别可被引导至期待治疗(expectant management)之一等待与监看群中的妇女，而高风险病患可被引导至立即手术。

执行一监控研究以定义连续ARRA2测试在诊断出无症状子宫附件肿块的妇女中早期检测癌症的角色。在某情况中，无骨盆症状的妇女诊断出有子宫附件肿块。在此研究中，给予妇女连续超音波检查及CA125及AMRA2生物标记测试。由于卵巢癌可发生于有子宫附件肿块的妇女中，无论是否存在症状，这些妇女目前在积极监看等待(watchful waiting)情境下处理，且以超音波检查及血清CA125以连续的方式监控。

执行一第二监控研究以定义连续ARRA2测试在具有乳癌及/或卵巢癌发展相关生殖细胞系突变(如，BRCA1/2)或体细胞突变及/或乳癌及/或卵巢癌基因异常甲基化(如，过度甲基化或低甲基化)的妇女中早期检测癌症的角色。有重点生殖细胞系或体细胞基因突变或异常甲基化(如，过度甲基化或低甲基化)的妇女具有非常高乳癌及卵巢癌风险。对卵巢癌，CA125目前是唯一用于监控妇女卵巢癌发展的血液测试。与乳癌及/或卵巢癌相关的基因利用细胞游离循环肿瘤DNA(cftDNA)筛选以作为非侵入式诊断工具。由受试者取得由血清分离的cftDNA并检查单核苷酸变异(SNV)，或用针对性次世代定序(NGS)检查拷贝数变化，进一步用NGS或PCT以检查相对的甲醛固定石蜡包埋肿瘤组织中相同的基因变化以验证结果。

对上述研究，评估约100位有症状子宫附件肿块的妇女及100位无症状子宫附件肿块的妇女。监控BRCA突变的妇女直至50位妇女有手术结果评估。

AMRA2验证研究中及所述二监控研究中使用的血清样本是由妇女先期收集，其妇女是18岁以上且诊断有卵巢子宫附件肿块，或因BRCA1/2及其他DNA突变及/c或异常甲基化(如，过度甲基化或低甲基化)的存在追踪中。本研究使用IRB核可病患监控研究取得并保存于血清储存库的回顾性收集血清样本。

编码所述病患样本并储存于-70℃至测试时。在测试时，解冻所述样本并放置于分析仪中的编码等分试样。测定所述血清样本决定AMRA2分数。回报所述AMRA2分数给医生以指引病患至立即手术或期待治疗。引导至监看与等待群的妇女在一年期间以超音波、CA125及AMRA2以连续的方式测试。用所有有手术结果(如，癌症检测阳性或阴性)的妇女以定义真阳性率、伪阳性率、真阴性率及伪阴性率。用来自本研究的所述表现数据以验证AMRA2指引有子宫附件肿块的妇女临床处理的临床实用性。

有无症状骨盆肿块的妇女及有重点生殖细胞系及/或体细胞基因突变及/或异常甲基化(如，过度甲基化或低甲基化)的妇女以超音波、AMRA2及CA125以连续的方式测试。于监控期间结束时，由医师及病患定义，执行手术以移除所述子宫附件肿块，或对生殖细胞系及/或体细胞基因突变及/或异常甲基化(如，过度甲基化或低甲基化)的妇女，执行预防性手术以移除卵巢及输卵管。

实施例4：对乳癌及卵巢癌风险检测的多因子风险评估

实施例4.1：背景

估计120至130万有乳癌及卵巢癌有资格行基因测试的美国妇女未能接受测试；及大于％85有乳癌的病患及80％有卵巢癌的病患甚至从未与其医师讨论基因测试(Christopher P.Childers,et al.,National Estimates of Genetic Testing in WomenWith a History of Breast or Ovarian Cancer,J.Clin Oncol.,August 18,2017)。约10％诊断为乳癌及/或卵巢癌的妇女是因遗传病因。

在2017年，一NCI研究报导25％有乳癌的妇女及33％有卵巢癌的妇女经受已知乳癌及卵巢癌易感地基因有害变异体基因测试。接受基因测试的病患，8％乳癌病患及15％卵巢癌病患有“可动作的”基因变异体，即可能同意改变治疗、筛选及减少风险策略的变异体(Allison W.Kurian,et al.,Genetic Testing and Results in a Population-BasedCohort of Breast Cancer Patients and Ovarian Cancer Patients,J.Clin Oncol.,April 9,2019)。在那些基因中，仅12用于减少风险手术方法，被认为是‘治疗’(NCCN卵巢癌指引1.2019)。此识别继续努力完善余下已知关于乳癌及卵巢癌(BOC)有害变异体24+基因及创造更佳治疗计画的需求。在其12基因中，BRCA是最常见的相关基因，且只占约15-20％的遗传性癌症。然而余下低盛行率基因占约18％，留下粗略60％给机率(Thomas PaulSlavin,et al.,Clinical application of multigene panels:challenges of next-generation counseling and cancer risk management,Front.Oncol.,29 September2015)对诊断出后期BOC的那些妇女，基因测试通常是次要的，因小基因组导致阴性发现，或是根本不提供。

卵巢癌诊断困难，因其被认为是沉默疾病。没有已知不须侵入性肿瘤移除及病理评估可测量体细胞检测的非侵入性诊断测试。现行诊断使用的方法是阴道超音波(TVUS)，当症状需要一成像以排除一卵巢肿块时使用的最常见型式超音波，只在症状证明其合理下作为诊断测试。

多变数指数测定(如，OVA1及OVERA)已开发作为存有子宫附件肿块妇女癌症风险评估。因为这些肿块不接受活检，肿块超音波检查及生物标记测试提供恶性风险评估及病患临床处理的指引。不幸的是，没有可有效于无症状高风险病患检测卵巢癌的成像或生物标记测试。

恶性肿瘤来源的异质性是挑战之一。卵巢恶性肿瘤可由多种源头(即生殖细胞、基质细胞、上皮细胞或间质组织)而来。某些案例是偶发的，而有些卵巢癌的案例可在HBOC或罕见基因突变家族中遗传。例如Lynch氏症候群。卵巢癌治疗和处理方法依赖所述肿瘤的病理。没有诊断卵巢癌及如何最佳处理所述疾病的单一测试方法。目前有症状妇女经过广泛的追踪，在他们接受来自妇科肿瘤科医师手术评估前先见过多种专科医师，让癌症得以发展至微小甚至没有生存机会的后期。因此，有早期检测妇女中卵巢癌的较低侵入性诊断测试及其测试识别生殖细胞系及突发性发展肿瘤风险的需求。

发展一诊断卵巢癌高风险的病患测试，及发展一易感地基因检测组及发展一由如血液中测试的细胞肿瘤DNA(ctNDA)早期筛选测量，取得的肿瘤剖析是由妇女有1)有症状的子宫附件肿块、2)偶然于骨盆检查发现的无症状子宫附件肿块、3)无症状具有HBOC基因检测及无子宫附件肿块征兆及/或4)关于卵巢癌的家族史或基因异常(生殖细胞系或体细胞DNA突变)。

实施例4.2：方法与程序

样本收集

因细胞的生物本质，卵巢癌病患血液样本收集于3分开的有不同媒介以确保收集高完整性的收集管：(1)标准EDTA(紫头)、(1)PAX(ccfDNA)及(1)红黄头(Tiger top)(血清)管。

所述EDTA管是抗凝血收集器具已保存细胞单元淋巴球的型态，其细胞单元潜藏含有你DNA的细胞。此为基因测试使用的标准管。

所述PAX血液ccfDNA管：是设计为特异性收集稳定血浆中循环细胞游离DNA浓度的全血。此类型管对收集高完整性ccfDNA重要。

红黄头含有抗凝血剂，但含有一凝血起始剂及血清分离胶。让全血凝固加速已分离保有大型细胞次单位的血清。大型细胞次单位如OVA1及/或OVERA测定中测试的蛋白质。

所述收集的血液样本用HBOC、OVERA及/或OVA1测定测试。

全血的收集

全血会约每管5mL血液收集在1ETDA管及1PAX管。

血清的收集

血清会由用血清分离管(红黄头)于病患以标准静脉穿刺程序静脉采血8.5mL。

FFPE组织的收集

于手术中移除的子宫附件肿块收集的组织会接收为最少有20％肿瘤含量的甲醛固定石蜡包埋(FFPE)玻片。亦会收集一H&E玻片以评估肿瘤含量。

临床样本

会妥善处理全部样本以依循标准作业程序(SOP)取得有兴趣的生物材料。来自收集给OVA测试提供品的血清样本多余的材料会商源测试并储存于-20℃至进一步测试。

会混合均匀所述供生殖细胞系及/或体细胞HBOC测试的EDTA血液收集管，并会移出1mL分量并至于一管中且保存于4℃至进一步测试。所述余下血液会依循实验室SOP处理。

会提供额外的EDTA血液管以处理血浆及达成细胞游离DNA收集。这些样本会马上依循实验室SOP处理并储存于-20℃至进一步测试。

其他实施方案

从前述叙述将明显得知，可对本文所述的发明进行改变和修饰以将其采用于多种利用和情况。所述实施方案亦在以下权利要求的范畴内。

本文的变量的任何定义中的所列元素的叙述包含所述变量为任何所列元素单一元素或所列元素的组合(或子组合)的定义。本文的实施方案的叙述包含所述实施方案为任何单一实施方案及任何其它实施方案或其部分的组合。

所述说明书中提到的所有的专利、出版物、和登录号，包含，但不限于，Zhang Z,etal.Adnexal mass risk assessment:a multivariate index assay for malignancyrisk stratification,Future Oncol 2019，以如同每个独立的专利、出版物、和登录号被具体和各自地指出以通过引用被并入的相同程度在本文通过引用被并入。

Claims

1.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)标记和/或由上述标记组成，以及选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1相关环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记。

2.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)和癌抗原-125(CA125)标记或由上述标记组成，以及选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记。

3.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)标记或由上述标记组成，以及选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记。

4.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)和乳腺癌1(BRCA1)标记或由上述标记组成。

5.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

6.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、乳腺癌1(BRCA1)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

7.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌1(BRCA1)标记或由上述标记组成。

8.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

9.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括载脂蛋白A1(ApoA1)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)、乳腺癌1(BRCA1)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

10.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌1(BRCA1)标记或由上述标记组成。

11.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

12.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的检测组，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)、乳腺癌1(BRCA1)和乳腺癌2(BRCA2)标记或由上述标记组成。

13.根据权利要求4至12中任一项所述的检测组，还包括选自由共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的检测组，其中，所述标记各自结合至单独的捕获试剂。

15.根据权利要求14所述的检测组，其中，所述捕获试剂附着在固态载体。

16.根据权利要求15所述的检测组，其中，所述固态载体是盘、芯片、珠、微流体平台、膜、平面微阵列或悬浮阵列。

17.根据权利要求14至16中任一项所述的检测组，其中，所述捕获试剂是抗体、适体、亲和体、杂交探针及/或其片段。

18.根据权利要求14至17中任一项所述的检测组，其中，各捕获试剂特异性的结合至所述标记之一。

19.根据权利要求1至18中任一项所述的检测组使用于一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的方法。

20.一种用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的方法，所述方法包括使用根据权利要求1至18中任一项所述的检测组特征化来自所述受试者的生物样本的标记。

21.一种用于术前评估受试者具有高或低卵巢癌风险的方法，所述方法包括：

(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本中包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记，以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；以及

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本中包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

22.一种术前评估受试者具有高或低卵巢癌风险的方法，所述方法包括：

(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记，以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；以及

(b)特征化衍生自所述第一分数识别具有中癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

23.一种术前评估受试者具有高或低卵巢癌风险的方法，所述方法包括：

(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记，以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第二分数，其第二分数把所述受试者为低、中或高风险；以及

(c)特征化衍生自所述第二分数识别为具有中或高癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第三分数，其中，所述第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险。

24.一种术前评估一无症状受试者的方法，所述方法包括：

(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)、促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记，以决定第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低癌症风险；以及

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有高、中或低癌症风险的受试者的生物样本选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)所组成的组的一个或多个标记，其中，一个或多个标记中一个或多个突变的存在或一个或多个标记中异常甲基化的存在，把所述受试者识别为相对于一个或多个标记中不具有突变或异常甲基化的受试者具有更高的癌症风险。

25.根据权利要求19或23任一项所述的方法，还包括特征化衍生自所述第一分数识别为具有高、中或低癌症风险的受试者的生物样本选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)一或多个标记组成的组，其中，一个或多个标记中一个或多个突变的存在或一个或多个标记中异常甲基化的存在，把所述受试者识别为相对于一个或多个标记中不具有突变或异常甲基化的受试者具有更高的癌症风险。

26.一种用于术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化受试者的方法，所述方法包括：

(a)特征化衍生自所述受试者的第一生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；以及

(b)在一个或多个时间点重复步骤(a)于来自所述识别为具有中或低卵巢癌风险受试者的一个或多个生物样本，从而监控所述受试者。

27.一种用于术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化受试者的方法，所述方法包括：

(a)特征化衍生自所述受试者的第一生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；以及

(c)在一个或多个时间点重复步骤(a)及(b)于来自步骤(b)识别为具有低卵巢癌风险受试者的一个或多个生物样本，从而监控所述受试者。

28.一种术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化受试者的方法，所述方法包括：

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；以及

29.一种术前监控一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记中有一个或多个突变或异常甲基化识别为具有低或中卵巢癌风险受试者的方法，所述方法包括：

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低、中或高癌症风险；

(c)特征化衍生自所述第二分数识别为具有中或高癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第三分数，其中，所述第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；以及

(d)在一个或多个时间点重复步骤(a)至(c)于来自步骤(b)识别为具有低或中风险或步骤(c)识别为具有低卵巢癌风险的受试者的一个或多个生物样本，从而监控所述受试者。

30.根据权利要求26至29任一项所述的方法，其中，所述一个或多个生殖细胞系及/或体细胞标记是选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、共济失调毛细血管扩张突变(ATM)、BRCA1关联环指结构域1(BARD1)、BRCA1交互作用蛋白C端解旋酶1(BRIP1)、钙粘蛋白-1(CDH1)、检测点激酶2(CHEK2)、上皮细胞粘附分子(EPCAM)、MutL同源物1(MLH1)、MutS同源物2(MSH2)、MutS同源物6(MSH6)、尼布瑞(NBN)、BRCA2合作者和定位信标(PALB2)、磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)、RAD51旁系同源物D(RAD51D)、丝氨酸/苏氨酸激酶11(STK11)、肿瘤蛋白p53(TP53)、鼠类肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、BRCA1 A复合体亚基abraxas 1(ABRAXAS1或FAM175A)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1或蛋白激酶B)、腺瘤性结肠瘜肉(APC)、轴抑制蛋白2(AXIN2)、骨形态发生蛋白受体1A型(BMPR1A)、原癌基因B-Raf(BRAF)、细胞分裂周期25C(CDC25)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)、周期蛋白依赖性激酶4(CDK4)、连环蛋白β-1(CTNNB1)、含核糖核酸酶模体解旋酶(DICER1)、Erb-B2受体酪氨酸激酶2(ERBB2)、切除修复交叉互补组6(ERCC6)、范可尼贫血互补组M(FANCM)、范可尼贫血互补组C(FANCC)、减数分裂重组11(MRE11)、mutY DNA糖苷酶(MUTYH)、神经纤维瘤蛋白1(NF1)、核酸内切酶III样蛋白1(NTHL1)、磷脂酰肌醇4,5-双磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、后减数分裂分离增加2(PMS2)、蛋白磷酸酶2调节亚基Aα(PP2R1A)、蛋白激酶DNA-激活催化亚基(PRKDC)、DNA聚合酶δ1催化亚基(POLD1)、RAD50同源物(RAD50)、RAD51旁系同源物C(RAD51C)、环指蛋白43(RNF43)、琥珀酸脱氢酶复合体铁硫亚基B(SDHB)、琥珀酸脱氢酶复合体亚基D(SDHD)、染色质亚科A成员4的SWI/SNF相关基质关联肌动蛋白依赖性调节因子(SMARCA4)、中国仓鼠细胞中X射线修复互补缺陷修复2(XRCC2)、维尔纳综合症ATP依赖性解旋酶(WRN或RECQL)、细胞分裂周期73(CDC73)、多肽N-乙酰基半乳糖氨基转移酶12(GALNT12)、格林姆林1(GREM1)、同源匣B13(HOXB13)、MutS同源物3(MSH3)、DNA聚合酶ε催化亚基(POLE)、RAD51重组酶(RAD51)、RAD50交互作用因子1(RINT1)、40S核糖体蛋白S20(RSP20)、SLX4结构特异性核酸内切酶亚基(SLX4)、SMAD族成员4(SMAD4)、双特异性蛋白激酶TTK(TTK)、Ras关联域家族1异形体A(RASSF1A)、Runt相关转录因子3(RUNX3)、组织因子路径抑制因子2(TFPI2)、分泌卷曲相关蛋白5(SFRP5)、阿片类结合蛋白/细胞粘附分子(OPCML)、O⁶-烃基鸟嘌呤DNA烃基转移酶(MGMT)、钙粘蛋白13(CDH13)、硫酸酯酶1(SULF1)、同源匣A9(HOXA9)、同源匣A11(HOXAD11)、密封蛋白4(CLDN4)、T细胞分化蛋白(MAL)、印记位点调节因子兄弟(BORIS)、ATP结合盒超家族G成员2(ABCG2)、微管蛋白β3组III(TUBB3)、甲基化控制DNAJ(MCJ)、突触核蛋白-γ(SNGG)、可变阅读框肿瘤抑制因子(P14ARF)、周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A或P16INK4A)、周期蛋白依赖性激酶4抑制因子B(CDKN2B或P15)、死亡关联蛋白激酶1(DAPK)、钙通道电压依赖性T型α1G亚基(CACNA1G或MINT31)、视网膜母细胞瘤交互作用锌指蛋白1(RIZ1)和甲基化诱导沉默靶标的1(TMS1)组成的组。

31.一种用于术前监控具有子宫附件肿块(adnexal mass)受试者的方法，所述方法包括：

(a)特征化衍生自所述受试者的生物样本包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、人类附睾蛋白4(HE4)和促卵泡激素(FSH)的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第一分数，其中，所述第一分数把所述受试者识别为具有高、中或低卵巢癌风险；

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；以及

32.一种用于术前监控具有子宫附件肿块受试者的方法，所述方法包括：

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低或高卵巢癌风险；以及

(c)在一个或多个时间点重复步骤(a)及(b)于一或更多来自步骤(b)识别为具有低卵巢癌风险受试者的生物样本，从而监控所述受试者。

33.一种术前监控具有子宫附件肿块受试者的方法，所述方法包括：

(b)特征化衍生自所述第一分数识别为具有低或中癌症风险的受试者的生物样本包括CA125、β2M、Tfr、TT和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第二分数，其中，所述第二分数把所述受试者识别为具有低、中或高卵巢癌风险；

(c)特征化衍生自所述第一分数识别为具有中或高癌症风险的受试者的生物样本包括FSH、CA125、HE4、Tfr和ApoA1的标记或由上述组成的标记，以决定第一时间点的第三分数，其中，所述第三分数把所述受试者识别为具有低或高癌症风险；以及

34.根据权利要求24至30中任一项所述的方法，其中，所述一个或多个生殖细胞系标记是BRCA1和/或BRCA2。

35.根据权利要求34所述的方法，其中，所述一或更多的BRCA1突变包括c.68_69del和/或c.5266dup，和/或所述一或更多的BRCA2突变包括c.5946del。

36.根据权利要求19至35中任一项所述的方法，其中，所述一个或多个标记以检测细胞游离肿瘤DNA(cftDNA)特征化。

37.根据权利要求21至36中任一项所述的方法，其中，所述第一分数范围由0至20，及其中，第一分数小于或等于5把所述受试者识别为具有低癌症风险，停经前受试者的第一分数大于5且小于10或停经后受试者的第一分数大于5且小于14把所述受试者识别为具有中癌症风险，而停经前受试者的第一分数大于或等于10或停经后受试者的第一分数大于或等于14把所述受试者识别为具有高癌症风险。

38.根据权利要求21、22、25、27、28、30至32或34至37中任一项所述的方法，其中，所述第二分数范围由0至20，及其中，第二分数小于5把所述受试者识别为具有低癌症风险，而第一分数为5或更大把所述受试者识别为具有高癌症风险。

39.根据权利要求23、29、30或33至38中任一项所述的方法，其中，所述第二分数范围由0至20，及其中，停经前受试者的第二分数小于或等于5或停经后受试者的第二分数小于4.4把所述受试者识别为具有低癌症风险，停经前受试者的第二分数大于5且小于7或停经后受试者的第二分数大于4.4且小于6把所述受试者识别为具有中癌症风险，而停经前受试者的第二分数大于或等于7或停经后受试者的第二分数大于或等于6把所述受试者识别为具有高癌症风险；以及

其中，所述第三分数范围由0至20，及其中，第三分数小于或等于5把所述受试者识别为具有低癌症风险，而第三分数大于5把所述受试者识别为具有高癌症风险。

40.根据权利要求19至39中任一项所述的方法，其中，所述标记各自结合至单独的捕获试剂。

41.根据权利要求40所述的方法，其中，所述捕获试剂附着在固态载体。

42.根据权利要求41所述的方法，其中，所述固态载体是盘、芯片、珠、微流体平台、膜、平面微阵列或悬浮阵列。

43.根据权利要求40至42中任一项所述的方法，其中，所述捕获试剂是抗体、适体、亲和体、杂交探针及/或其片段。

44.根据权利要求40至43中任一项所述的方法，其中，各捕获试剂特异性的结合至所述标记之一。

45.根据权利要求19至44中任一项所述的方法，其中，所述标记以免疫分析、定序和/或核酸微阵列特征化。

46.根据权利要求45所述的方法，其中，所述定序是次世代定序(NGS)或桑格(Sanger)定序。

47.根据权利要求45所述的方法，其中，所述免疫分析包括亲和力捕获分析、免疫计量分析、异质化学发光免疫计量分析、同质化学发光免疫计量分析、ELISA、西方墨点法、放射性免疫分析、磁性免疫分析、即时免疫定量PCR(iqPCR)和SERS免标定分析。

48.根据权利要求19至47中任一项所述的方法，其中，所述方法进一步特征化所述受试者中卵巢癌风险的一个或多个临床生物标记，其中，所述一个或多个临床生物标记是选自由年龄、停经前状态、停经后状态、族裔、病理、子宫附件肿块诊断、家族史、体格检查、成像结果和/或抽烟史组成的组，其中，所述一个或多个临床生物标记进一步把所述受试者识别为具有高或低癌症风险。

49.一种用于分类受试者具有卵巢癌风险的方法，所述方法包括：

由至少一个处理器接收代表检测组检侦各标记的标记谱峰的第一检测组讯号，所述检测组包括转甲状腺素蛋白/前白蛋白(TT)、载脂蛋白A1(ApoA1)、β2微球蛋白(β2M)、转铁蛋白(Tfr)、癌抗原-125(CA125)、HE4和促卵泡激素(FSH)标记或由上述标记组成，和选自由乳腺癌1(BRCA1)、乳腺癌2(BRCA2)、ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6、NBN、PALB2、PTEN、RAD51D、STK11、TP53、KRAS、ABRAXAS1、AKT1、APC、AXIN2、BMPR1A、BRAF、CDC25、CDKN2A、CDK4、CTNNB1、DICER1、ERBB2、ERCC6、FANCM、FANCC、MRE11、MUTYH、NF1、NTHL1、PIK3CA、PMS2、PP2R1A、PRKDC、POLD1、RAD50、RAD51C、RNF43、SDHB、SDHD、SMARCA4、XRCC2、WRN、CDC73、GALNT12、GREM1、HOXB13、MSH3、POLE、RAD51、RINT1、RSP20、SLX4、SMAD4、TTK、RASSF1A、RUNX3、TFPI2、SFRP5、OPCML、MGMT、CDH13、SULF1、HOXA9、HOXAD11、CLDN4、MAL、BORIS、ABCG2、TUBB3、MCJ、SNGG、P14ARF、P16INK4A、DAPK、P15、MINT31、RIZ1和TMS1组成的组的一个或多个标记；

由至少一个处理器运用第一阶段癌症风险分类器以预测代表预测的发展卵巢癌风险的癌症风险分类分数，所述癌症风险分类分数依据习得的风险分类参数和第一检测组讯号；

由至少一个处理器决定与癌症风险分类分数相关的癌症风险水平，所述癌症风险水平选自由包括低风险、中风险和高风险的至少一选项；以及

由至少一个处理器产生显示所述受试者癌症风险水平于照护提供者相关的计算装置上的癌症风险水平预测。

50.根据权利要求49所述的方法，还包括：

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险；

由至少一个处理器运用第二阶段癌症风险分类器以预测依据第二阶段习得的风险分类参数和包括第一检测组讯号的子集合的第二检测组讯号的加强癌症风险分类分数；以及

由至少一个处理器决定关于加强癌症风险分类分数的加强癌症风险水平，所述加强癌症风险水平选自由包括低风险和高风险的至少一选项。

51.根据权利要求50所述的方法，其中，所述代表标记谱峰的第二检测组讯号包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成。

52.根据权利要求50所述的方法，其中，所述代表标记谱峰第二检测组讯号包括FSH、CA125、HE4、转铁蛋白、ApoA1标记或由上述标记组成。

53.根据权利要求49所述的方法，还包括：

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险；

由至少一个处理器运用第二阶段癌症风险分类器以预测依据第二阶段习得的风险分类参数和包括第一检测组讯号不同子集合的第二检测组讯号的加强癌症风险分类分数；

由至少一个处理器运用第三阶段癌症风险分类器以预测依据第二阶段习得的风险分类参数和包括第一检测组讯号不同子集合的第三检测组讯号的加强癌症风险分类分数；以及

由至少一个处理器决定关于加强癌症风险分类分数的加强癌症风险水平，所述加强癌症风险水平选自由包括低风险和高风险的至少一个选项。

54.根据权利要求53所述的方法，其中，所述代表标记谱峰的第二检测组讯号包括CA125、β2M、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白和ApoA1标记或由上述标记组成，且所述代表标记谱峰第三检测组讯号包括FSH、CA125、HE4、转铁蛋白、ApoA1标记或由上述标记组成。

55.根据权利要求49至54中任一项所述的方法，还包括：

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，当癌症风险分类分数是介于0.0和5.0；

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，当癌症风险分类分数是介于5.1和9.9；以及

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，当癌症风险分类分数是介于10.0和20.0。

56.根据权利要求49至54中任一项所述的方法，其中，所述第一阶段癌症风险分类器包括：

已习得停经前风险分类参数的习得风险分类参数的停经前第一阶段癌症风险预测模型；以及

已习得停经后风险分类参数的习得风险分类参数的停经后第一阶段癌症风险预测模型。

57.根据权利要求56所述的方法，还包括：

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为低风险，其中癌症风险分类分数是介于0.0和5.0；

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，其中停经后受试者癌症风险分类分数是介于5.1和13.9；以及

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，其中停经后受试者癌症风险分类分数是介于14.0和20.0。

58.根据权利要求56所述的方法，还包括：

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为中风险，其中停经前受试者癌症风险分类分数是介于5.1和9.9；以及

由至少一个处理器决定所述癌症风险水平为高风险，其中停经前受试者癌症风险分类分数是介于10.0和20.0。

59.根据权利要求49至58中任一项所述的方法，还包括由至少一个处理器产生于计算装置荧幕上建议手术介入的建议，其中癌症风险水平是高风险。

60.根据权利要求49至58中任一项所述的方法，还包括由至少一个处理器产生于计算装置荧幕上建议不要手术介入的建议，其中癌症风险水平是低风险。

61.根据权利要求49至60中任一项所述的方法，还包括：

由至少一个处理器接收来自计算装置癌症风险水平预测的修改；以及

由至少一个处理器依据所述修改和所述癌症风险水平的差异再训练所述习得风险分类参数。

62.根据权利要求49至61中任一项所述的方法，其中，所述第一检测组讯号是接收自与至少一个处理器通讯的质谱仪或生物芯片或两者。

63.根据权利要求49至62中任一项所述的方法，其中，所述第一阶段癌症风险分类器包括分类树或人工神经网路。

64.根据权利要求49至63中任一项所述的方法，其中，所述第一阶段癌症风险分类器包括监督式分类模型。

65.根据权利要求49至63中任一项所述的方法，其中，所述第一阶段癌症风险分类器包括非监督式分类模型。

66.根据权利要求19至65中任一项所述的方法，其中，所述受试者诊断出无症状的子宫附件肿块。

67.根据权利要求19至65中任一项所述的方法，其中，所述受试者诊断出有症状的子宫附件肿块。

68.根据权利要求19至56或58至67中任一项所述的方法，其中，所述受试者是停经前。

69.根据权利要求19至57或59至67中任一项所述的方法，其中，所述受试者是停经后。

70.根据权利要求20至48或67至69中任一项所述的方法，其中，所述生物样本是血清。

71.一种系统，包括设定为执行指令的至少一个处理器，使所述至少一个处理器执行根据权利要求49至70中任一项所述的方法。

72.根据权利要求71所述的系统，其中，所述至少一个处理器是与指令存于其上的记忆体通讯。

73.根据权利要求71或72所述的系统，其中，所述至少一个处理器还设定为执行指令，以执行于计算装置荧幕上产生建议手术介入的建议的步骤，其中癌症风险水平是高风险。

74.根据权利要求71至73中任一项所述的系统，其中，所述至少一个处理器还设定为执行指令，以执行于计算装置荧幕上产生建议不要手术介入的建议的步骤，其中癌症风险水平是低风险。

75.根据权利要求71至74中任一项所述的系统，其中，所述至少一个处理器还设定为执行指令，以执行步骤：

接收来自计算装置癌症风险水平预测的修改；以及

依据所述修改和所述癌症风险水平的差异再训练所述习得风险分类参数。

76.根据权利要求71至75中任一项所述的系统，进一步包括与所述至少一个处理器通讯的质谱仪。

77.一种其上储存软体的非暂态电脑可读取媒体，所述软体包括程式指令，设定为使所述至少一个处理器执行根据权利要求49至70中任一项所述的方法。

78.根据权利要求77所述的非暂态电脑可读取媒体，其中，所述方法还包括于计算装置荧幕上产生建议手术介入的建议的步骤，其中癌症风险水平是高风险。

79.根据权利要求77或78所述的非暂态电脑可读取媒体，其中，所述方法还包括于计算装置荧幕上产生建议不要手术介入的建议的步骤，其中癌症风险水平是低风险。

80.根据权利要求77至79中任一项所述的非暂态电脑可读取媒体，其中，所述方法包括步骤：

接收来自计算装置癌症风险水平预测的修改；以及

81.根据权利要求77至80中任一项所述的非暂态电脑可读取媒体，其中，所述第一阶段癌症风险分类器包括分类树或人工神经网路。

82.根据权利要求77至81中任一项所述的非暂态电脑可读取媒体，其中所述第一阶段癌症风险分类器包括监督式分类模型。

83.根据权利要求77至81中任一项所述的非暂态电脑可读取媒体，其中所述第一阶段癌症风险分类器包括非监督式分类模型。

84.一种套组，包括：

(a)根据权利要求1至18中任一项所述的标记的检测组；以及

(b)使用检测组以用于术前评估受试者具有卵巢癌风险的指令。