CN115768895A - 用于治疗冠状病毒科感染的适体 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及用于治疗由来自冠状病毒科的病毒引起的感染的新型适体分子、体外/离体预防由来自冠状病毒科的病毒引起的感染的方法、包含此类适体分子的药物组合物和试剂盒、以及适体分子用于预防由来自冠状病毒科的病毒感染体细胞的用途。本发明还涉及与冠状病毒科病毒的关键酶的特定和新鉴定的表位结合的亲和性分子。

Description

用于治疗冠状病毒科感染的适体
技术领域
本发明涉及用于治疗由来自冠状病毒科(Coronaviridae)的病毒引起的感染的新型适体分子、体外/离体预防由来自冠状病毒科的病毒引起的感染的方法、包含此类适体分子的药物组合物和试剂盒、以及适体分子用于预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的用途。本发明还涉及与冠状病毒科病毒的关键酶内的特定和新鉴定的表位结合的亲和性分子。
背景技术
新型且高致病性冠状病毒(SARS-CoV-2)的出现及其迅速的国际化传播构成了严重的全球突发公共卫生事件。与由例如2003年的严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)和2012年的中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)等其它致病性冠状病毒毒株感染的那些患者相似,由SARS-CoV-2感染的患者表现出一系列症状,包括干咳、发烧、头痛、呼吸困难和肺炎,估计死亡率在3-5%的范围内。
截至2020年4月8日,全球已确认1,317,130例病毒感染,其中74,304例感染患者确认死亡(https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019)。
目前,世界上的多个城市和国家处于不同程度的封锁以使持续传播最小化,并且由于SARS-COV-2的迅速和全球传播,WHO已宣布国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC)。
对冠状病毒基因组的系统发育分析表明,SARS-CoV-2是β冠状病毒属(Betacoronavirus genus)的新成员,β冠状病毒属包括SARS-CoV、MERS-CoV、蝙蝠SARS相关冠状病毒(SARSr-CoV)以及在人类和各种动物物种中鉴定的其它成员。
每种冠状病毒包含四种结构蛋白,包括刺突蛋白(S)、包膜蛋白(E)、膜蛋白(M)和核衣壳蛋白(N)。其中,刺突糖蛋白或S蛋白在病毒附着、融合和进入中发挥最重要的作用,其是开发抗体、进入抑制剂和疫苗的最有前景的靶标。S蛋白首先通过S1亚基中的受体结合结构域(RBD)与宿主受体结合,然后通过S2亚基融合病毒和宿主细胞膜,从而介导病毒进入宿主细胞(Lu,G.等人Nature 500,227–231(2013).)。因此,病毒包膜上的同源三聚体刺突糖蛋白(每个刺突单体中的S1亚基和S2亚基)用于结合它们的细胞受体。这种结合引发事件级联,导致细胞和病毒的膜之间的融合以进入细胞。
SARS-CoV和MERS-CoV RBD识别不同受体。SARS-CoV将血管紧张素转换酶2(ACE2)识别为其受体,而MERS-CoV将二肽基肽酶4(DPP4)识别为其受体。与SARS-CoV类似,SARS-CoV-2也将ACE2识别为与病毒S蛋白结合的其宿主受体(Zhou,P.,等人Nature 579,270–273(2020).)。
先前对SARS-CoV刺突及其与细胞受体ACE2的相互作用的低温EM(cryo-EM)研究显示,与靶体细胞上的ACE2受体结合是SARS-CoV进入靶细胞的关键初始步骤。最近的研究还指出了ACE2在介导SARS-CoV-2进入中的重要作用(Walls,A.C.等人Cell S0092-8674(20)30262-2(2020).https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.058.和Hoffmann,M.等人Cell S0092-8674(20)30229-4(2020).https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052)。
表达ACE2的HeLa细胞对SARS-CoV-2感染敏感,而缺乏受体的HeLa细胞则不然。体外结合测定也显示,SARS-CoV-2受体结合结构域(RBD)以低nM范围的亲和性与ACE2结合,表明RBD是刺突糖蛋白的S1亚基内负责由ACE2结合SARS-CoV-2的关键功能组分。
最近,可以证明SARS-CoV2还使用硫酸乙酰肝素(heparan sulfate)作为辅因子或细胞附着因子,使得随后ACE-2介导的细胞进入成功。RBD与硫酸乙酰肝素的预先接触可起到“病毒收集器”的作用,这是后续细胞摄取(cell-uptake)所必需的。这里,SARS-CoV-2的RBD的带正电荷的氨基酸被讨论作为硫酸乙酰肝素和肝素的潜在结合配偶体(Clausen等人,2020,Cell 183,1043–1057.e15.)。
总之,每种不同的冠状病毒的刺突蛋白对于病毒的传染性和致病性是至关重要且相关的。在这个阶段,有大量的研究和开发活动以确定针对冠状病毒刺突蛋白并因此能够干扰感染过程的新型和另外的药剂。虽然可以开发选择性靶向该部分的抗体,但确定已通过I期临床试验并因此可以安全地施用至患者的(小)分子可能更有利。
此外,病毒和病毒感染周期有更多的易感部位,理论上可以被某种物质攻击。在基于寡核苷酸的药物、也称为适体的情况下,之前已经鉴定和描述了几种易受此类分子干扰的关键位点。包括小分子、抗体衍生生物制品以及适体的药物的其它潜在靶标是参与RNA病毒的复制过程的酶。这种新型靶标和针对这种新型靶标的亲和性分子的表征将补充用于对抗冠状病毒科感染的工具包。
González等人和Zou等人提供了抗病毒活性适体的概述(González,V.M.等人,2016.Use of Aptamers as Diagnostics Tools and Antiviral Agents for HumanViruses.Pharmaceuticals(Basel)9.https://doi.org/10.3390/ph9040078和Zou等人,2019.Application of Aptamers in Virus Detection and Antiviral Therapy.FrontMicrobiol 10,1462.https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01462)。
事实上,针对严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒NTPase/解旋酶,分别地,基于抑制性RNA和DNA适体的分离,进一步报道了抗冠状病毒疗法。在这样的抗病毒活性适体中,应提及阻断血凝素的受体结合区的抗流感适体A22(-AATTAACCCTCACTAAAGGGCTGAGTCTCAAAACCGCAATACACTGGTTGTATGGTCGAATAAGTTAA;SEQ ID No.6)。根据本发明,除了病毒的细胞进入介体作为靶标以外,也已鉴定其它病毒靶标结合位点,例如流感病毒的核蛋白(Negri等人,2012.Direct Optical Detection of Viral Nucleoprotein Binding to an Anti-Influenza Aptamer.Anal Chem.2012Jul 3;84(13):5501–5508.)。
基于来自COVID-19患者的新数据的近期的出版物表明或甚至证明了SARS-CoV-2可以到达血流和身体的各个部位,在这些部位似乎引起微血栓形成(microthromboses)。这种微血栓形成目前被视为COVID-19患者的死亡的主要原因之一(Ackermann M.等人,NEngl J Med.2020doi:10.1056/NEJMoa2015432;Varga Z等人,The Lancet 2020doi: 10.1016/S0140–6736(20)30937–5.;Wichmann D等人Annals of Internal Medicine2020doi:10.7326/M20-2003)。
在大流行的过程中,这变得很明显,例如在一项意大利的研究中,超过85%的高比例患者即使从COVID-19恢复后仍表现出持续症状(CarfìA,Bernabei R,Landi F,GemelliAgainst COVID-19Post-Acute Care Study Group(2020)Persistent Symptoms inPatients After Acute COVID-19.JAMA 324:603–605.https://doi.org/10.1001/ jama.2020.12603)。在一项德国的研究中证实了关于COVID-19后症状的程度的类似结果,显示超过75%的调查的COVID-19患者表现出病后症状(Puntmann VO,Carerj ML,WietersI,等人(2020)Outcomes of Cardiovascular Magnetic Resonance Imaging in PatientsRecently Recovered From Coronavirus Disease 2019(COVID-19).JAMACardiol.https://doi.org/10.1001/jamacardio.2020.3557.)。
在活动性SARS-CoV-2感染后和COVID-19疾病消退后观察到的持续症状的复合组(complex)通常称为COVID-19后综合征、长COVID(Long COVID)、PASC(SARS-CoV-2感染后急性后遗症)、CCS(慢性COVID综合征)或长期COVID。
这些症状可包括以下的一种以上:神经障碍如慢性疲劳综合征、体位性心动过速综合征(PoTS)、自主神经紊乱、横贯性脊髓炎、急性坏死性脊髓炎、和格林-巴利综合征和其它,以及心血管征象如心肌炎症、心律失常、心动过速、心动过缓和房室(AV)传导阻滞,这些甚至可能升级为心脏骤停。
因此,不仅需要新的治疗剂用于预防和治疗活动性SARS-CoV-2感染,而且还需要用于预防和治疗这种长COVID形式的感染后的症状。有趣的是,最近表明在长COVID和自身免疫之间存在关联。在这方面,SARS-CoV-2引发的自身免疫反应被认为是该疾病的严重程度和持久(长-COVID)的一个可能关键因素(Khamsi R 2021,Nature 590(7844):29-31.)。
理论上,任何新的化合物和组合物都可以在短时间范围内在许多临床相关应用中找到用途,包括减轻和治愈患者中由冠状病毒科引起的症状。
因此,本发明的一个目的是提供用于治疗遭受来自冠状病毒科的病毒的感染的受试者的新分子。
此外,本发明的另一个目的是提供预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的方法。
本发明的另一个目的是提供可针对此类病毒感染使用的药物组合物和试剂盒。
本发明的又一个目的是提供新分子用于预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的用途。
鉴于最近认识到的微血栓形成在COVID-19疾病过程中的相关性,又一个目的是提供针对来自冠状病毒科的病毒的感染为有效的并且同时显示抗凝作用的新分子。
本发明的又一个目的是提供针对冠状病毒科复制机制内的新靶标的亲和性分子。
发明内容
上述目的通过下文所述的本发明的方面来解决。
根据本发明的第一方面,提供了一种适体,其用于通过治疗、治愈来自冠状病毒科的病毒的感染或预防来自冠状病毒科的病毒的感染的进一步进展来治疗受试者的用途,其中所述适体包含SEQ ID NO.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID No.1为至少80%同一性的核酸序列。
在本发明的第一方面的优选实施方案中,受试者是哺乳动物,优选受试者是人。
在本发明的第一方面的一个优选实施方案中,感染由来自β冠状病毒属的病毒引起,优选来自沙贝科病毒(Sarbecovirus)或玛贝科病毒(Merbecovirus)亚属的病毒,更优选所述感染由选自包括MERS-CoV、SARS-CoV和SARS-CoV-2的组的病毒引起。
在本发明的第一方面的另一优选实施方案中,感染由来自沙贝科亚属的病毒引起,优选来自严重急性呼吸综合征相关冠状病毒种,甚至更优选SARS-CoV和SARS-CoV-2中的一种。
在本发明的第一方面的特别优选实施方案中,感染由SARS-CoV-2引起。
在本发明的第一方面的一个优选实施方案中,适体具有抗凝血活性,优选地,适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人校准血浆的作为部分促凝血酶原激酶时间(PTT或可选地aPTT)测定的凝血时间延长至60秒以上,和/或适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人校准血浆的凝血酶原时间(Quick值)降低至40%以下。
在本发明的第一方面的另一优选实施方案中,适体与人凝血酶选择性地相互作用或结合,优选地,适体与人凝血酶结合的KD值为1μM以下。
在本发明的第一方面的优选实施方案中,适体通过与病毒的刺突(S)糖蛋白、优选与刺突(S)糖蛋白的受体结合结构域(RBD)选择性相互作用来干扰体细胞的感染,更优选通过阻止或干扰刺突糖蛋白与受试者宿主细胞的血管紧张素转换酶2(ACE2)或二肽基肽酶4(DPP4)、甚至更优选ACE2的相互作用来干扰体细胞的感染。
在本发明的第一方面的前述实施方案的更优选实施方案中,刺突糖蛋白的受体结合结构域具有SEQ ID NO:2(SARS-CoV-2刺突RBD)或SEQ ID NO:3(SARS-CoV刺突RBD)或SEQID NO:4(MERS-CoV刺突RBD)的序列,优选其中刺突糖蛋白的受体结合结构域具有SEQ IDNO:2或SEQ ID NO:3的序列,优选其中刺突糖蛋白具有SEQ ID NO:2的序列。
在本发明的一个优选实施方案中,适体通过全身递送或肺部递送来施用至受试者,优选通过肺部递送,更优选通过吸入。
根据本发明的第二方面,提供了一种适体,其用于通过治疗、治愈或预防已克服来自冠状病毒科的病毒的感染的患者中与长COVID相关的疾病症状来治疗受试者的用途,其中适体包含SEQ ID NO.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID NO.1为至少80%同一性的核酸序列。
在第二方面的优选实施方案中,疾病症状包括来自包含以下的组的一种以上:神经症状如慢性疲劳综合征、体位性心动过速综合征(PoTS)、自主神经紊乱、震颤、注意力缺陷、命名性失语症、神经病变、横贯性脊髓炎、急性坏死性脊髓炎和格林-巴利综合征,心血管症状如心肌炎症、心律失常、心动过速、心动过缓、高血压和房室(AV)传导阻滞,皮肤病症状如脱发和湿疹,或胃肠道疾病。
在本发明的第二方面的另一优选实施方案中,适体用于抑制对G蛋白偶联受体为特异性的自身抗体与其靶蛋白的相互作用的用途。
在本发明的第二方面的又另一优选实施方案中,适体用于治疗可以检测到针对G-蛋白偶联受体的自身抗体的患者。
在本发明的第二方面的一个优选实施方案中,患者表现出针对G蛋白偶联受体的功能性自身抗体,优选对人G蛋白偶联受体肾上腺素α-1受体、肾上腺素β-2受体、内皮素1ETA受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、MAS受体和/或伤害感受受体中的任一种为特异性的功能性自身抗体,更优选对肾上腺素β2受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、MAS-受体中的任一种为特异性的功能性自身抗体,特别优选其中患者表现出包含对肾上腺素β-2受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、和MAS受体中的每一种为特异性的功能性自身抗体的抗体模式。
根据本发明的第三方面,提供了一种通过使用适体来预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的方法,其中所述方法体外/离体进行,并且其中适体包含SEQ ID NO.1(GGTTGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID NO.1为至少80%同一性的核酸序列。
在本发明的第三方面的优选实施方案中,所述细胞是哺乳动物细胞,优选其中所述细胞是人细胞。
根据本发明的第四方面,提供了一种药物组合物,其包含根据本发明的第一方面所述的用于用途的适体和至少一种药学上可接受的赋形剂。
在本发明的第四方面的优选实施方案中,根据第一方面所述的用于用途的药物组合物用于通过全身递送或肺部递送来施用至受试者,优选通过肺部递送,更优选通过吸入。
根据本发明的第五方面,提供了一种试剂盒,其包含至少一种根据本发明的第一方面所述的用于用途的适体和容器。
根据本发明的第六方面,提供了如本发明的第一方面所限定的适体用于预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的用途,其中所述适体体外/离体使用。
根据本发明的第七方面,提供了一种亲和性分子,其与严重急性呼吸综合征冠状病毒2的RNA依赖性RNA聚合酶的氨基酸序列Leu-Tyr-Arg-Asn-Arg-Asp-Val(LYRNRDV;SEQID NO:9)和/或His-Arg-Phe-Tyr-Arg-Leu-Ala-Asn(HRFYRLAN;SEQ ID NO:10)的肽特异性结合。
在本发明的第七方面的优选实施方案中,亲和性分子是分子量至多900道尔顿的小分子,更优选地,亲和性分子是来自包含以下的组的任何一种小分子集合的小分子:辛辛那提大学化合物集合(the University of Cincinnati Compound Collection)、来自ApexBio Technology LLC的DiscoveryProbeTM生物活性化合物文库Plus(BioactiveCompound Library Plus)和来自Cayman Chemical的SARS-CoV-2筛选文库(ScreeningLibrary)。
在本发明的第七方面的另一优选实施方案中,亲和性分子是基于肽的化合物,更优选抗体或其结合片段。
在本发明的第七方面的一个优选实施方案中,亲和性分子是适体或寡核苷酸。
在本发明的第八方面,提供第七方面的亲和性分子用作药物。
在本发明的第九方面,提供第七方面的亲和性分子用于通过治疗、治愈来自冠状病毒科的病毒的感染或预防来自冠状病毒科的病毒的感染的进一步进展来治疗受试者的用途。
附图说明
图1显示了在来自SARS-CoV-2的刺突蛋白的第4号肽(SEQ ID NO:5的6氨基酸肽序列;YRLFRK)的存在下,BC007的四联体形成的NMR分析;上部谱:BC007和带有序列YRLFRK的第4号肽的1:1混合物的1H-NMR谱。中部谱:SEQ ID NO:5的第4号肽在纯水中的谱;下部谱:在KCl的存在下,BC007的四联体结构的谱。
图2显示了与图1相同的谱,其中视图放大至8.5-6.0ppm之间的范围;中间和底部:纯物质显示出相当清晰的信号,由于两种物质彼此之间的相互作用,它们在上部谱中的位置变宽和偏移。
图3显示了基于BC007在VeroFM和Calu-3细胞中的抗病毒剂量反应效应,BC007在细胞培养中对SARS-CoV-2复制的抑制作用。
图4显示了本发明的适体BC007(SEQ ID NO:1)与固定化人凝血酶结合的ELISA测试。
图5显示了分别作为(A)部分促凝血酶原激酶时间(PTT)和(B)凝血酶原时间(Quick)值测定的,由适体BC007(SEQ ID NO:1)和AS1411(SEQ ID NO:7)引起的凝血抑制的测定结果。
图6显示了在SARS-CoV-2的RNA依赖性RNA聚合酶(全长序列如SEQ ID NO:8)的肽LYRNRDV(上部;SEQ ID NO:9)和肽HRFYRLAN(下部;SEQ ID NO:10)的存在下,BC007的四联体形成的NMR分析,其中两种肽都能够诱导四联体折叠,这表明成功的和特异性结合。
图7显示了用SARS-CoV-2的RNA依赖性RNA聚合酶的肽HRFYRLAN(SEQ ID NO:10)滴定的BC007的ITC(等温滴定量热法)分析;上部-热谱图;下部-结合等温线。
图8显示了用也存在于SARS-CoV-2的刺突RBD中的比较性的高电荷肽对照序列NRKRISN(SEQ ID NO:11)滴定BC007的ITC分析;上部-热谱图;下部-结合等温线。
图9显示了在来自SARS-CoV-2的刺突蛋白的对照肽NRKRISN(SEQ ID NO:11)和第4号肽(SEQ ID NO:5;YRLFRK)的存在下,BC007的NMR分析的比较。
图10显示了患者血清中长COVID症状和伴随的GPCR自身抗体的概况。
图11显示了生物测定中来自遭受COVID后症状的患者的血清的靶向G蛋白偶联受体的功能活性自身抗体的测定。A:针对β2-肾上腺素受体(β2-R)、痛敏素受体(nociceptin-R)、血管紧张素II AT1受体(AT1)和α1-肾上腺素受体(α1-R)的正性变时性(positivechronotropic)自身抗体;这些测量是在存在阻断发挥负性变时效应(negativechronotropic effect)的抗体的拮抗剂阿托品(Atropine)、A779和BQ123的情况下进行的;当与适体BC007预孵育时,功能活性被消除。对照是健康供体的样品。B:针对MAS受体(MAS-R)、毒蕈碱M2受体(M2-R)、内皮素受体(ETA-R)的负性变时活化自身抗体;这里,正性变时作用自身抗体的活性被ICI118.551、J113397、洛沙坦(losartan)和乌拉地尔(urapidil)阻断;当与适体BC007预孵育时,功能活性被消除。对照是健康供体的样品;神经*=神经症状;心血管**=心血管症状,n.a.=不适用,PoTS=体位性心动过速综合征;NOC-fAAB§=针对痛敏素受体的功能活性自身抗体,β2-fAAB§=靶向β1-肾上腺素受体的自身抗体,α1-fAAB&=靶向α1-肾上腺素受体的自身抗体,ETA-fAAB+=靶向内皮素受体的自身抗体,M2-fAAB=靶向毒蕈碱受体的自身抗体,AT1-fAAB=靶向血管紧张素II AT1受体的自身抗体,MAS-fAAB#=靶向MAS受体的自身抗体。
具体实施方式
本发明基于能够与冠状病毒科的病毒的刺突蛋白选择性相互作用并由此预期会干扰体细胞被此类病毒感染的新型化合物的鉴定。此外,发明人成功地认识到特定适体分子能够抑制此类病毒在人细胞中的感染活性和复制。
本发明人深入研究了SEQ ID NO:1的适体(通常也称为凝血酶结合适体或BC007)与几种结合配偶体如凝血酶的相互作用。在使用NMR技术研究BC007和凝血酶之间的相互作用的特异性时,可以检测到与BC007的强结合不需要完整的全长凝血酶分子,如通过BC007适应NMR可检测四联体结构来证明的。
事实上,取自结合部分的更短的肽序列被认为会导致相同的结果(数据未显示)。事实上,很明显,取自导致BC007的四联体折叠的全长凝血酶的肽由含有具有带正电荷的侧链的若干氨基酸的序列基序组成或具有所述序列基序,优选精氨酸的。这些肽由于带正电荷,可以呈现于面向溶剂的表面,然后可以选择性地被要求保护的适体结合于凝血酶以及例如来自冠状病毒科的病毒的刺突蛋白等其它蛋白质中。
面对当前SARS-CoV-2的爆发和其它冠状病毒相关感染引起的问题,本发明人考虑了要求保护的适体分子是否可具有作为针对冠状病毒感染的药剂的功能。
令人惊讶的是,发明人了解到不同冠状病毒毒株的刺突蛋白,特别是属于其受体结合结构域的序列,具有含有具有带正电荷的侧链的若干氨基酸的序列基序,例如富含精氨酸的簇(参见Hoffmann等人,2020,同上)。
基于该信息以及研究特定适体与凝血酶的相互作用的大量经验,发明人成功地鉴定了SARS-CoV-2的病毒刺突蛋白的受体结合结构域内带正电荷的氨基酸的代表性的簇和富含精氨酸的序列片段(例如簇)以及冠状病毒科病毒的RNA依赖性RNA聚合酶中以前未知的靶标肽。
第4号肽(氨基酸序列为YRLFRK;SEQ ID NO:5)是SARS-CoV-2的刺突蛋白的S1亚基的受体结合结构域的一部分,被选择作为与BC007结合研究的代表性肽。令人惊讶地发现,第4号肽和BC007之间实际上存在强相互作用,导致BC007适应四联体折叠(参见图1和图2以及下文中实施例部分中的实施例1)。
这种强相互作用是高度合理的,并且可能持续存在于全长分子、整个刺突蛋白以及整个病毒颗粒中,其中刺突蛋白负责冠状病毒科的病毒的传染性和致病性。此外,基于来自冠状病毒科的其它病毒株的刺突蛋白中带正电荷的氨基酸簇的存在,本发明针对其它此类病毒也有用是合理的。
从本发明的适体与SARS-CoV-2的刺突序列基序的强相互作用的证据出发,发明人继续进行本发明适体对SARS-CoV-2感染人细胞的抑制活性的分析。
令人惊讶地,本发明的适体不仅证明了对SARS-CoV-2的病毒活性的非常有效的抑制,而且实际上似乎超过了目前作为COVID-19的潜在治疗选择讨论的其它抗病毒剂(参见实施例2)。
这些结果清楚地反映了使用本发明适体在治疗、治愈或预防冠状病毒科的病毒感染中的治疗应用所基于的治疗效果。
除了观察到的效果以外,先前报道了G-四联寡核苷酸结构在例如HIV感染中导致抗病毒作用的发展,不仅通过抑制HIV进入宿主细胞(ISIS5320),而且还通过抑制HIV整合酶本身(T30177或AR177,临床试验中的第一个整合酶抑制剂)(对于综述,参见Roxo,C.,等人,2019.G-Quadruplex-Forming Aptamers-Characteristics,Applications,andPerspectives.Molecules 24.https://doi.org/10.3390/molecules24203781)。
与SARS-CoV-2和其它冠状病毒科病毒一样,HIV是一种ssRNA病毒,这意味着病毒复制步骤是可比较的。因此,除了与刺突蛋白直接相互作用以外,请求保护的适体在与结合配偶体相互作用时也可能适应G-四联体样折叠,也可能能够抑制SARS-CoV-2整合酶或其它易受攻击的位点。
此外,最近的数据表明微血栓形成与遭受COVID-19的患者的死亡的显著相关性,在冠状病毒科感染的背景下研究了具有抗血栓形成和抗凝作用的分子。本申请请求保护的适体分子对抗来自冠状病毒科的病毒的感染并同时显示出抗凝作用的能力,使得本发明甚至更适合用于对抗COVID-19和其它冠状病毒科相关疾病。
这是本发明的适体相对于最近被建议作为针对COVID-19的治疗剂如适体AS1411(SEQ ID NO:7)的其它适体的特别优势。此类比较适体没有任何抗血栓形成或抗凝血作用,因此缺乏本发明的双重攻击模式。AS1411最初是作为一种合成DNA分子开发的,其与一种在细胞表面发现的称为核仁蛋白的蛋白质结合。基于这一活性,它以前被作为一种用于治疗癌症的试验性药物进行研究。
根据本发明的一个方面,提供了一种适体,其用于通过治疗、治愈来自冠状病毒科的病毒的感染或预防来自冠状病毒科的病毒的感染的进一步进展来治疗受试者的用途,其中所述适体包含SEQ ID NO.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID NO.1为至少80%同一性的核酸序列。
在本发明中,用于治疗病毒感染的用途还意味着可以通过根据本发明所述的用于用途的适体来预防受试者的首次感染。此外且更重要的是,根据本发明所述的用于用途的适体将用于治疗、治愈已鉴定为感染来自冠状病毒科的病毒的受试者中的感染或预防已鉴定为感染来自冠状病毒科的病毒的受试者中的感染的进一步进展。
关于上文讨论的Clausen等人,2020的新发现,更可能和合理的是SEQ ID NO.1的适体也可能与RBD的肝素结合基序竞争。已报道所述适体除了其众所周知和研究的与外部位点(exosite)1(凝血酶的纤维蛋白原结合位点)的结合外,其与凝血酶的肝素结合基序(外部位点2;参见Padmanabhan和Tulinsky,1996Acta Crystallogr D Biol Crystallogr52:272–282)选择性地相互作用。由于在此类肝素结合位点处带负电荷的氨基酸的存在增加,SEQ ID NO.1在SARS-CoV-2的RBD的肝素结合位点处的结合类似于已知的与凝血酶的肝素结合基序的结合似乎是合理的。
根据本发明的一个实施方案,适体通过与受试宿主细胞的细胞硫酸乙酰肝素选择性地相互作用来进一步干扰体细胞的感染。
根据本发明的优选实施方案,应治疗、治愈病毒感染或预防病毒感染的进一步进展的受试者是脊椎动物,更优选受试者是哺乳动物。在本发明的含义中,哺乳动物的组包括但不限于大鼠、小鼠、雪貂、兔、猫、犬、马、牛、奶牛、猪、羊、非人类灵长类动物和人。最优选地,受试者是人。
在本发明的优选实施方案中,本文公开和描述的本发明的适体包含SEQ ID NO.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID NO.1为至少80%同一性的核酸序列。在另一更优选实施方案中,适体包含SEQ ID NO.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列,特别是适体由SEQ ID NO.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列组成。
根据本发明,通过使用Karlin和Altschul(Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1993)90:5873-5877)的数学算法来确定两条序列之间的同一性百分比。这种算法是Altschul等人的BLASTN和BLASTP程序(J.Mol.Biol.(1990)215:403-410)的基础。使用BLASTN程序进行BLAST核苷酸搜索。为了获得用于比较目的的空位比对,使用了如Altschul等人(NucleicAcids Res.(1997)25:3389-3402)所描述的Gapped BLAST。当使用BLAST和Gapped BLAST程序时,使用各自程序的默认参数。
根据本发明的更优选实施方案,适体序列形成本发明的一部分,其由与本文公开的个体化适体序列为至少85%同一性、甚至更优选至少90%同一性、特别优选至少95%同一性的核酸序列组成或包含所述核酸序列。
为了本发明的目的,术语“适体”是指与靶分子特异性且高亲和性结合的寡核苷酸。在限定的条件下,适体可以折叠成特定的三维结构。在本发明的一个优选实施方案中,要求保护的适体与靶序列特异性且高亲和性相互作用。
根据优选实施方案,适体与来自冠状病毒科的病毒的刺突糖蛋白内的序列相互作用,优选与S1亚基内的序列相互作用,更优选与其受体结合结构域内的序列相互作用。根据本发明的一个实施方案,适体与病毒序列内的区域结合,该区域在七个氨基酸的一段中具有两个以上的带正电荷的氨基酸、更优选精氨酸。
本发明的适体包含核酸分子(即核苷酸)的序列或由其组成。根据一个优选实施方案,本发明的适体由如本文所限定的核苷酸序列组成。
本发明的适体优选包含未修饰和/或修饰的D和/或L-核苷酸。根据核酸碱基的常见单字母代码“C”或代表胞嘧啶,“A”或代表腺嘌呤,“G”或代表鸟嘌呤,如果核苷酸序列是DNA序列,“T”或代表胸腺嘧啶,如果核苷酸序列是RNA序列,“T”则代表尿嘧啶核苷酸。如果下文中没有相反的说明,术语“核苷酸”应指核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸。
本发明的适体可包含DNA核苷酸序列或RNA核苷酸序列或由其组成,因此可分别称为DNA适体或RNA适体。应当理解,如果本发明的适体包含RNA核苷酸序列,则在本发明通篇指定的序列基序内,“T”代表尿嘧啶。
为了本发明通篇的简明起见,仅提及明确的DNA核苷酸序列。然而,应理解,相应的RNA核苷酸序列也包含在本发明中。
根据一个实施方案,优选使用DNA适体。DNA适体在血浆中通常比RNA适体更稳定。然而,根据替代实施方案,优选RNA适体。根据另一实施方案,优选单链核苷酸序列。根据另一替代实施方案,优选双链核苷酸序列。
本发明的适体可以包含含有2’-修饰的核苷酸的核苷酸序列,例如2’-氟代-、2’-甲氧基-、2’-甲氧基乙基-和/或2’-氨基修饰的核苷酸。本发明的适体也可以包含脱氧核糖核苷酸、修饰的脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和/或修饰的核糖核苷酸的混合物。分别地,术语“2’-氟代-修饰的核苷酸”、“2’-甲氧基-修饰的核苷酸”、“2’-甲氧基乙基-修饰的核苷酸”和/或“2-氨基-修饰的核苷酸”指代修饰的核糖核苷酸和修饰的脱氧核糖核苷酸。
本发明的适体可以包括修饰。这样的修饰包括例如烷基化,即至少一种核苷酸的甲基化、芳基化或乙酰化,包括对映异构体和/或适体与一种以上的其它核苷酸或核酸序列的融合。这样的修饰可以包括例如5’-和/或3’-PEG-或5’-和/或3’-CAP-修饰。可选地或另外地,本发明的适体可以包含修饰的核苷酸,优选选自锁核酸、2’-氟代-、2’-甲氧基-和/或2’-氨基-修饰的核苷酸。
锁核酸(LNA)代表其中构象已经固定的相应RNA核苷酸的类似物。锁核酸的寡核苷酸包含一种以上的双环核糖核苷,其中2’-OH基团通过亚甲基与C4-碳原子连接。与相应的未修饰的RNA适体对应物相比,锁定的核酸表现出比核酸酶改善的稳定性。杂交性也得到改进,这允许适体的亲和性和特异性的增强。
另一优选的修饰是向适体的3’-和/或5’-末端添加所谓的3’-CAP-、5’-CAP-结构和/或修饰的鸟苷-核苷酸(例如7-甲基-鸟苷)。这种3’-和/或5’-末端的修饰具有保护适体免于被核酸酶快速降解的效果。
可选地或另外地,本发明的适体可表现聚乙二醇化的3’或5’-末端。3’-或5’-PEG修饰包含添加至少一个聚乙二醇(PEG)单元,优选PEG基团包含1至900个亚乙基,更优选1至450个亚乙基。在优选实施方案中,适体包含具有HO-(CH2CH2O)n-H的线性PEG单元,其中n为1至900的整数,优选n为1至450的整数。
本发明的适体可以全部或部分配置为肽核酸(PNA)。根据本发明的适体可以被进一步修饰,如Keefe AD等人,Nat Rev Drug Discov.2010Jul;9(7):537-50或Mayer G,Angew Chem Int Ed Engl.2009;48(15):2672-89或Mayer,G.和Famulok M.,Pharmazie inunserer Zeit 2007;36:432–436中所描述的。
术语“寡核苷酸”通常指代包含多个连接的核苷单元的多核苷。这样的寡核苷酸可以从现有的核酸来源获得,包括基因组的或cDNA,但优选通过合成方法生产。在优选实施方案中,与野生型寡核苷酸相比,每个核苷单元可以包含各种化学修饰和取代,包括但不限于修饰的核苷碱基和/或修饰的糖单元。
化学修饰的实例对于本领域技术人员是已知的,并且例如在Uhlmann,E.等人(1990)Chem.Rev.90:543;"Protocols for Oligonucleotides and Analogs"Synthesisand Properties&Synthesis and Analytical Techniques,S.Agrawal,Ed,Humana Press,Totowa,USA1993;和Hunziker,J.等人(1995)Mod.Syn.Methods 7:331-417;和Crooke,S.等人(1996)Ann.Rev.Pharm.Tox.36:107-129中所描述的。
核苷残基可以通过许多已知的核苷间键(internucleoside linkage)的任何一种相互偶联,特别是以提高寡核苷酸针对例如通过核酸酶等的酶促降解的稳定性。这样的核苷间键包括但不限于磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、烷基磷酸酯、烷基硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、硅氧烷、碳酸酯、烷氧羰基(carboalkoxy)、乙酰胺酸酯、氨基甲酸酯、吗啉代、硼烷、硫醚、桥联氨基磷酸酯、桥联亚甲基磷酸酯、桥联硫代磷酸酯和砜核苷间键。
术语“寡核苷酸”还包括具有一种以上的立体特异性核苷间键(例如,(Rr)-或(Sr)-硫代磷酸酯、烷基磷酸酯或磷酸三酯键)的多核苷。如本文所用,术语“寡核苷酸”和“二核苷酸”明确旨在包括具有任何此类核苷间键的多核苷和二核苷,无论该键是否包含磷酸基团。在某些优选实施方案中,这些核苷间键可以是磷酸二酯、硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯键或它们的组合,更优选核苷间键是硫代磷酸酯。
此外,适体可以包封在合适的载体中以保护它们的结构完整性以及促进它们在细胞内的递送。优选的载体包括脂质体、脂质囊泡、和微粒等。
通过上述方式之一修饰本发明的适体的一个优点是可以稳定适体以抵抗有害影响,例如,核酸酶存在于使用适体的环境中。所述修饰也适合于改变适体的药理学性质。修饰优选不改变适体的亲和性或特异性。
本发明的适体也可以与载体分子和/或报道分子缀合。载体分子包含如下这样的分子:当与适体缀合时,例如通过提高稳定性和/或影响排泄率,延长缀合的适体在人血浆中的血浆半衰期。合适的载体分子的一个实例是PEG。
报道分子包括允许检测缀合适体的分子。这种报道分子的实例是GFP、生物素、胆固醇、染料如荧光染料、电化学活性报道分子和/或包含放射性残基的化合物,特别是适用于PET(正电子发射断层扫描)检测的放射性核素如18F、11C、13N、15O、82Rb或68Ga。本领域技术人员非常了解合适的载体和报道分子以及如何将它们与本发明的适体缀合的方式。
在本发明的第一方面的一个优选实施方案中,本发明的适体具有抗凝血活性。抗凝血活性可以优选地意指抗血栓形成活性,并且优选地被理解为预防或减少微血栓形成。
更优选地,本发明的适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人校准血浆的作为部分促凝血酶原激酶时间(PTT或可选地aPTT)测定的凝血时间延长至60秒以上。根据本发明的一个实施方案,本发明的适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人校准血浆的作为部分促凝血酶原激酶时间测定的凝血时间延长至40秒以上、更优选延长至50秒以上。根据一个优选实施方案,本发明的适体比适体AS1411(SEQ ID NO:7)更多地延长人校准血浆的部分促凝血酶原激酶时间。
并且更优选地,适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人血浆校准的凝血酶原时间(Quick值)降低至40%以下。根据本发明的一个实施方案,本发明的适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人校准血浆的凝血酶原时间(Quick值)降低至80%以下、更优选至70%以下、甚至更优选至60%以下、特别优选50%以下。根据一个优选实施方案,本发明的适体比适体AS1411(SEQ ID NO:7)更多地降低人校准血浆的凝血酶原时间(Quick值)。
根据一个优选实施方案,PTT时间是通过使用下文中实施例部分中描述的测试来评价的。可选地,优选PTT时间和/或Quick值按照本领域公知的方式进行评价。作为校准血浆,可以使用健康个体的任何人参照血浆,优选采用HemosIL人校准血浆(InstrumentationLaboratory,Werfen)。
在本发明的第一方面的另一优选实施方案中,适体与人凝血酶选择性相互作用或结合,优选地,适体与人凝血酶结合的KD值为1μM以下,更优选KD值为100nM以下,甚至更优选KD值为10nM以下。KD值可以优选地在斑点印迹结合试验中使用人凝血酶的稀释系列(范围在1pM和1000nM之间),并将描述1:1NA:蛋白质复合物的等式拟合至所得数据(适体结合分数=幅值*([凝血酶]/(KD+[凝血酶]))(KaleidaGraph v.3.51,Synergy Software,Reading,PA)来确定。
在本发明中,两个分子之间的选择性结合或相互作用、或特异性结合或相互作用可优选意指与不相关的、不相互作用的或不结合的分子作为结合配偶体相比,所引用的两个分子以至少10倍、更优选至少50倍、特别优选至少100倍增加的亲和性结合或相互作用。
本发明的适体可用于治疗来自冠状病毒科的病毒毒株的感染。在本发明的上下文中,适体被认为可用于人类受试者以及动物受试者。根据一个实施方案,适体用于人类受试者。根据另一实施方案,适体用于动物受试者。
通过抑制冠状病毒感染,冠状病毒感染的潜在负面影响被中和和减少,并且任何疾病症状都可能被消除或降低至正常水平。作为结果,可能会显著降低由冠状病毒感染引起或与冠状病毒感染相关的疾病的程度和严重程度。因此,本发明提供了适用于治疗与冠状病毒感染相关的疾病或症状的适体。
根据本发明的另一实施方案,提供了一种通过使用根据本发明所述的适体来预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的方法。在一个优选实施方案中,预防感染的方法包括治疗、治愈受试者中来自冠状病毒科的病毒的感染或预防受试者中来自冠状病毒科的病毒的感染的进展。
在本发明的优选实施方案中,该方法体外/离体进行。更优选地,根据本发明的方法要与适体接触的细胞不形成完整活生物体的一部分。在一个实施方案中,要接触的细胞可以在细胞培养物中培养。单个细胞或细胞组的这种培养可按本领域的通常做法进行。
在本发明的方法的另一优选实施方案中,所述方法可以体内进行和/或在形成完整活生物体的一部分的细胞上进行。根据该实施方案,要接触的细胞、组织或器官先前已被诊断为感染了来自冠状病毒科的病毒。优选地,根据本发明的要治疗的细胞属于胃肠道或呼吸道,更优选属于呼吸道,更优选治疗肺细胞。
本发明还涉及适体用于通过治疗、治愈或预防已克服来自冠状病毒科的病毒的感染的患者中与长COVID相关的疾病症状来治疗受试者的用途,其中适体包含SEQ ID NO.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID NO.1为至少80%同一性的核酸序列。
长COVID是在已克服来自冠状病毒科的病毒的感染的患者中观察到的一种病况或一系列的症状。虽然与之相关的症状的复合组仍在检查中,但越来越明显的是,即使在活动性感染的症状消失后,症状仍然存在。
根据本文中还包括的实验数据,很明显,在遭受活动性SARS-CoV-2感染的患者中观察到的许多症状与功能性自身抗体的存在有关(图10)。由于先前已证明本发明的适体具有针对此类功能性自身抗体的抑制活性(也在图11中证明),因此可以认为本发明的适体具有针对被归类为长COVID的此类症状的活性。
在任何情况下,总结为长COVID的症状都被认为是感染冠状病毒科如SARS-CoV-2的晚期效应或延迟效应。在这方面,本发明的适体对长COVID的特殊作用可被视为治疗例如SARS-CoV-2等来自冠状病毒科的病毒的感染的一部分,如本文所描述和要求保护的。
在一个实施方案中,疾病症状包括来自包含以下的组的一种以上:神经症状如慢性疲劳综合征、体位性心动过速综合征(PoTS)、自主神经紊乱、震颤、注意力缺陷、命名性失语症、神经病变、横贯性脊髓炎、急性坏死性脊髓炎和格林-巴利综合征,心血管症状如心肌炎症、心律失常、心动过速、心动过缓、高血压和房室(AV)传导阻滞,皮肤病症状如脱发和湿疹,或胃肠道疾病。
优选地,适体用于抑制对G蛋白偶联受体为特异性的自身抗体与其靶蛋白的相互作用。还优选地,适体用于治疗其中可以检测到针对G蛋白偶联受体的自身抗体的患者。
在本发明的一个实施方案中,要治疗的患者表现出针对G蛋白偶联受体的功能性自身抗体,优选对人G蛋白偶联受体肾上腺素α-1受体、肾上腺素β-2受体、内皮素1ETA受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、MAS受体和/或伤害感受受体中的任一种为特异性的功能性自身抗体,更优选对肾上腺素β2受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、MAS-受体中的任一种为特异性的功能性自身抗体,特别优选其中患者表现出包含对肾上腺素β-2受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体和MAS受体中的每一种为特异性的功能性自身抗体的抗体模式。
本发明还涉及一种药物组合物,其包含至少一种本发明的适体和任选的至少一种药学上可接受的赋形剂。本发明还涉及一种药物组合物,其包含本发明的适体或本发明的不同适体的混合物和药学上可接受的赋形剂,例如,合适的载体或稀释剂。
优选地,本发明的适体构成药物组合物的活性成分和/或以有效量存在。术语“有效量”表示对疾病或病理状况具有预防性(prophylactically)、诊断性(diagnostically)或治疗性(therapeutically)相关效果的本发明的适体的量。预防性效果防止疾病的爆发。治疗性相关效果在一定程度上缓解疾病的一种以上的症状、或使与疾病或病理状况相关或导致疾病或病理状况的一种以上的生理或生化参数部分地或完全地恢复正常。
用于施用本发明的适体的相应量足够高以实现所需的预防性、诊断性或治疗性效果。本领域技术人员将理解,对任何特定哺乳动物的特定剂量水平、频率和给药周期将取决于多种因素,包括所使用的特定组分的活性、年龄、体重、一般健康、性别、饮食、给药时间、给药途径、药物组合、和具体疗法的严重程度。使用众所周知的手段和方法,本领域技术人员可以根据常规实验来确定确切的量。
根据本发明的药物组合物的一个实施方案,总适体含量的至少20%由本发明的适体构成,优选至少50%,更优选至少75%,最优选至少95%。
当用于治疗时,药物组合物将通常作为制剂给药,任选地与一种以上的药学上可接受的赋形剂结合。术语“赋形剂”在本文中用于描述除了本发明适体以外的任何成分。赋形剂的选择在很大程度上取决于特定的给药方式。赋形剂可以是合适的载体和/或稀释剂。
本发明的药物组合物可以优选口服或静脉内给药。根据一个优选实施方案,药物组合物通过吸入给药。根据替代实施方案,药物组合物是静脉内给药。
根据优选实施方案,药物组合物通过全身递送或肺递送施用于受试者,优选通过肺递送,更优选通过吸入。通过吸入给药的药物组合物可以优选为粉末剂或喷雾剂的形式。
对于向人类患者给药,本发明的适体和/或本发明的药物组合物的总日剂量通常在0.001mg至8000mg的范围内,当然取决于给药方式。例如,静脉内日剂量可能只需要0.001mg至40mg。根据医生的判断,总日剂量可以单剂量或分剂量给药,并且可能落在本文给定的典型范围之外。
这些剂量是基于体重约为75kg至80kg的平均人类受试者。医生将能够容易地确定用于例如婴儿和老年人等体重落在此范围之外的受试者的剂量。
在本发明的上下文中,适体可以优选与以下的一种以上联合给药:疫苗、抗原、抗体、细胞毒素剂、过敏原、抗生素、反义寡核苷酸、TLR拮抗剂、肽、蛋白质、基因治疗载体、DNA疫苗、佐剂、激酶抑制剂、T细胞治疗剂或硫酸化聚甘油或类似的硫酸化聚合物。
本发明还包括一种试剂盒,其包含本发明的适体、容器和任选的书面使用说明和/或具有给药手段。
对于由冠状病毒感染引起的或与冠状病毒感染相关的疾病的治疗,无论给药途径如何,本发明的适体以不超过150mg/kg体重的每个治疗周期的总日剂量给药,优选不超过20mg/kg体重,更优选不超过10mg/kg体重,甚至更优选选自1μg/kg至20mg/kg体重的范围,最优选选自0.01至10mg/kg体重的范围。在本发明的优选实施方案中,适体在一天的过程中以多个分开的剂量步骤给药,优选每天2至6次之间,例如每天4次。适体可以以每天四个剂量、每个剂量1900mg给药。
根据本发明的一个方面,提供了如本文所限定的适体用于预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的用途。在本发明的优选实施方案中,适体可以体外/离体使用。在替代优选实施方案中,适体可以体内使用。
本发明适体的制造或大规模生产在本领域中是众所周知的并且仅代表常规活动。
根据本发明的一个方面,提供了一种亲和性分子,其与严重急性呼吸综合征冠状病毒2的RNA依赖性RNA聚合酶(SEQ ID NO:8)的氨基酸序列Leu-Tyr-Arg-Asn-Arg-Asp-Val(LYRNRDV;SEQ ID NO:9)和/或His-Arg-Phe-Tyr-Arg-Leu-Ala-Asn(HRFYRLAN;SEQ ID NO:10)的肽特异性结合。
在本发明中,亲和性分子可以是对给定靶标具有高亲和性的任何分子,例如针对SEQ ID NO:9或10的肽。以高亲和性结合优选意指与不相关的表位、蛋白质或蛋白质区域相比的,以至少10倍、优选至少50倍、更优选至少100倍增加的亲和性与所述靶标表位结合。
在发明人进行的其它研究中,令人惊讶地发现,请求保护的适体与SARS-CoV-2的RNA依赖性RNA聚合酶(SEQ ID NO:8;NCBI参照序列登录号:YP_009725307.1)的两个先前未知的、不同表位特异性相互作用并结合。通过NMR研究以及等温滴定量热法,已最终显示本发明的适体与RNA依赖性RNA聚合酶的所述表位之间的选择性相互作用(参见图6和7)。观察到特异性结合的该酶的确定的肽段是氨基酸731至737(LYRNRDV;SEQ ID NO:9)和氨基酸650至657(HRFYRLAN;SEQ ID NO:10)。
在来自冠状病毒科的另一个成员SARS-CoV的RNA依赖性RNA聚合酶序列中也发现了等同的靶序列(数据未显示)。从现有技术已知,RNA依赖性RNA聚合酶的序列在冠状病毒科中共享非常高的氨基酸序列同一性,但与其它病毒RNA依赖性RNA聚合酶和逆转录酶具有非常低的序列相似性(参见,例如,Xu X等人(2003)Molecular model of SARScoronavirus polymerase:implications for biochemical functions and drugdesign.Nucleic Acids Res31:7117–7130,第7118页,右栏,第1个完整段落,第2句)。因此,可以合理地认为在冠状病毒科的其它病毒的RNA依赖性RNA聚合酶中存在等同的靶序列。
在核磁共振研究中观察到的这种强烈的相互作用在这种情况下也是高度合理的,并且可能持续存在于全长分子以及冠状病毒科的活性病毒中。事实上,要求保护的适体针对刺突蛋白以及针对病毒RNA依赖性RNA聚合酶的额外活性可以解释与已知药物相比在细胞培养试验中观察到的优异结果。
虽然先前报道了例如瑞德西韦(Remdesivir)和加利西韦(Galidesivir)等针对冠状病毒科为活性的抗病毒药物可能与RNA依赖性RNA聚合酶内的序列相互作用(参见WangY,Anirudhan V,Du R,Cui Q,和Rong L(2020)RNA-dependent RNApolymerase of SARS-CoV-2as a therapeutic target.J Med Virol,doi:10.1002/jmv.26264.,对于加利西韦的研究和氨基酸Thr455、Arg553、Lys621、Arg624、Asp452、Ala554、Asp623、Asn691、Ser759、Asp760作为靶标氨基酸的鉴定,以及Wu C,Liu Y,Yang Y,Zhang P,Zhong W,Wang Y,WangQ,Xu Y,Li M,Li X,Zheng M,Chen L,和Li H(2020)Analysis of therapeutic targetsfor SARS-CoV-2and discovery of potential drugs by computational methods.ActaPharm Sin B,doi:10.1016/j.apsb.2020.02.008.,对于瑞德西韦的研究和氨基酸Asn497、Arg569、Asp684、Leu576、Ala685、Tyr687作为靶标氨基酸的鉴定),报道的序列与本发明人确定的肽段不同且不相关。
靶标酶RNA依赖性RNA聚合酶是冠状病毒科病毒的复制机制的关键组分。对本领域技术人员将显而易见的是,这种酶的特异性结合或与这种酶的特异性结合将至少干扰、损害或甚至抑制冠状病毒科的RNA病毒的病毒RNA的正确和有效复制。这样,由于对病毒在其宿主体内的生命周期产生影响,病毒的传染性将降低。
所述关键酶的新表位的鉴定是对技术领域的重大贡献,因为它将允许产生和鉴定也导致干扰或抑制病毒复制的另外的结合配偶体。此外,由于新鉴定的表位不同于先前已知为亲和性分子的合适结合位点的所述关键酶的任何表位,与之结合的任何亲和性分子至少将会起到补充由与RNA依赖性RNA聚合酶特异性结合的任何其它分子提供的抑制作用的作用。
另外还认识到并证明了新鉴定的表位定位成朝向酶的外侧,因此面向溶剂并且易于获得特异性相互作用或结合(数据未显示)。还应该提到的是,适体结合剂在大多数情况下能够干扰其靶蛋白的功能,甚至为此目的在体内故意表达(Ulrich H(2005)DNA andRNAaptamers as modulators of protein function.Medicinal Chemistry(Shariqah(United Arab Emirates))1:199–208.)。
令人惊讶地,本发明的适体不仅证明了对SARS-CoV-2的病毒活性的非常有效的抑制,而且实际上似乎超过了目前作为COVID-19的潜在治疗选择讨论的其它抗病毒剂(参见实施例2)。这可能是由于对病毒感染过程及其在宿主中复制的双重作用。
通过提供对病毒复制周期为至关重要的这种关键酶的新表位,本领域技术人员将能够通过使用本领域公知的标准程序来鉴别、建立或产生与所述新鉴定的表位具有亲和性的另外的小分子、抗体或抗体衍生的生物制品、或寡核苷酸/适体。
在本发明的第六方面的优选实施方案中,亲和性分子是分子量至多为900道尔顿的小分子。优选地,亲和性分子是来自包括以下的组的任何一种小分子集合的小分子:辛辛那提大学化合物集合、来自ApexBio Technology LLC的DiscoveryProbeTM生物活性化合物文库Plus和来自Cayman Chemical的SARS-CoV-2筛选文库。
根据本发明的一个优选实施方案,亲和性分子是存在于ZINC 15数据库中的小分子(Sterling T和Irwin JJ,Journal of Chemical Information and Modeling 2015 55(11),2324-2337;DOI:10.1021/acs.jcim.5b00559)。
可选地,优选地,根据Kowalewski J和Ray A(2020),Heliyon.6.e04639.10.1016/j.heliyon.2020.e04639.的公开内容,发现亲和性分子具有针对至少一种病毒靶标、更优选至少两种病毒靶标的潜在活性。
关于COVID-19抑制,先前的出版物已经筛选了现有药物或小分子文库,并检查了与对SARS-CoV-2感染或复制为至关重要的蛋白质可能的相互作用/结合,特别是利用了能够识别这种相互作用的适当的计算机方法(计算机程序)。
在这样的筛选中,筛选了现有药物与SARS-CoV-2的已知蛋白质结构的潜在结合,从而除了已知的病毒抑制剂(virustatic agent)以外,鉴定了抗溃疡药物法莫替丁(Famotidine)作为SARS-CoV-2的可能的3CLpro蛋白酶阻断剂(Wu C,Liu Y,Yang Y,ZhangP,Zhong W,Wang Y,Wang Q,Xu Y,Li M,Li X,Zheng M,Chen L,和Li H(2020)Analysis oftherapeutic targets for SARS-CoV-2and discovery of potential drugs bycomputational methods.Acta Pharm Sin B,doi:10.1016/j.apsb.2020.02.008.),并鉴定了几种抗生素作为RNA依赖性RNA聚合酶的可能的阻断剂(Pokhrel R,Chapagain P,和Siltberg-Liberles J(2020)Potential RNA-dependent RNA polymerase inhibitors asprospective therapeutics against SARS-CoV-2.J Med Microbiol,doi:10.1099/jmm.0.001203.),还鉴定了其它小分子作为RNA依赖性RNA聚合酶的阻断剂(Aftab SO,Ghouri MZ,Masood MU,Haider Z,Khan Z,Ahmad A,和Munawar N(2020)Analysis ofSARS-CoV-2RNA-dependent RNA polymerase as a potential therapeutic drug targetusing a computational approach.Journal of Translational Medicine18:275.)。
沿着同样的路线,针对SEQ ID NO:9或10的任何新鉴定的肽表位作为靶标,本领域技术人员将能够采用任何可用的小分子集合或文库,作为本体文库(bulk library)或按特定亲和性、特征或要求进行次分组(sub-grouped),并运行高通量分析,例如基于表面等离子共振。这样做时,可以在没有过度负担并使用本领域公知的标准程序的情况下鉴定表现出与新表位特异性结合的新型小分子。
可以优选使用的小分子的示例性集合是来自ChemBridge Corporation,SanDiego,CA,USA的ChemBridge DIVERSet-CL和-EXP集合,Thermo Fisher Scientific,Geel,Belgium的Maybridge筛选集合(Screening Collection)(以Maybridge HitDiscover、Maybridge HitFinder或Maybridge HitCreator的形式),来自Cayman Chemical,AnnArbor,MI,USA的抗病毒筛选文库(Antiviral Screening Library)(Supplier/ItemNr.30390-50)或SARS-CoV-2筛选文库(Supplier/Item Nr.9003509),或辛辛那提大学化合物集合的任何多样性集合(Diversity Set),或技术人员认为有用的任何其它可用的合适的小分子的集合或文库。
在本发明的第六方面的另一优选实施方案中,亲和性分子是基于肽的化合物,更优选抗体或其结合片段。
为了建立新的抗体或此类抗体的结合片段,针对新鉴定的肽表位,通过使用已确立且可靠的杂交瘤技术来产生有效的单克隆抗体是简单、直接和常见的做法。例如用相应的肽序列免疫动物。虽然对于病毒性疾病的治疗,可能不会施用完整的抗体(约150kDa),但为了能够在体内到达靶标,例如源自抗体的Fab片段或甚至更小的部分等片段可用于治疗。
此类结合片段可以由对所述表位具有特异性亲和性的Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab)2、Fv、双链抗体(diabody)、单链抗体片段或其它片段组成或包含它们。在这点上,在本发明中,与SEQ ID NO:9或10的新发现的表位特异性结合或针对其的亲和性分子是指与不相关的表位、蛋白质或蛋白质区域相比,以至少10倍、优选至少50倍、更优选至少100倍增加的亲和性与所述靶表位结合的亲和性分子。
根据本发明的优选实施方案,亲和性分子与分离的靶表位的特异性结合被认为是当通过如下文中进一步描述的等温滴定量热法测定时,在KD小于500μM、优选小于200μM、更优选小于100μM的情况下给出的。根据本发明的另一优选实施方案,亲和性分子与全长RNA依赖性RNA聚合酶的特异性结合被认为是当通过如下文中进一步描述的等温滴定量热法测定时,在KD小于1mM、优选小于100μM、更优选小于10μM的情况下给出的。可选地,优选地,用于确定KD值的亲和性测量可以根据Biacore Assay Handbook 29-0194-00第AA版、使用来自GE Healthcare Life Sciences的BiacoreTM检测来进行,或本领域已知的任何其它亲和性测量。
在本发明的第六方面的另一优选实施方案中,亲和性分子是适体或寡核苷酸。与抗体的情况一样,有一些程序可以产生与靶标特异性结合的寡核苷酸分子,这些分子可以获得并且可以容易地用于此类检测。
早在1990年,SELEX就作为用于寻找已知表位的新型寡核苷酸结合剂的这些技术之一被使用和描述。今天,开发并使用许多不同的基于SELEX的适体选择程序(Ali MH,Elsherbiny ME,和Emara M(2019)Updates on Aptamer Research.InternationalJournal of Molecular Sciences 20.),这使得能够对几乎所有可以想到的靶标选择适体(Stoltenburg R,Nikolaus N,和Strehlitz B(2012)Capture-SELEX:Selection of DNAAptamers for Aminoglycoside Antibiotics.Journal of Analytical Methods inChemistry2012:415697.)。
自1990年首次公开适体以来,已针对各种不同类别的靶标描述了适体,从小分子如核苷酸、辅因子或氨基酸到肽、多糖和蛋白质,再到复杂结构如全细胞、病毒和单个细胞生物(参见,例如Zhang Y,Lai BS,和Juhas M(2019)Recent Advances in AptamerDiscovery and Applications.Molecules 24.)。
在这方面,提供冠状病毒科病毒的关键酶内的新的表位使得技术人员能够通过使用本领域公知的标准程序产生额外的亲和性分子,例如小分子、抗体衍生的化合物以及适体。这种额外的亲和性分子被认为是对抗SARS-CoV-2感染的合理的活性剂,因为它们与病毒关键酶内的仍未知的位点特异性结合,从而干扰病毒复制周期。
本文所述的本发明的所有实施方案被认为是可以任意组合的,除非技术人员认为这种组合没有任何技术意义。
实施例
1.BC007与SARS-CoV-2的受体结合结构域(RBD)的序列基序之间的相互作用的NMR 分析
所有NMR谱均在298K下在90/10H2O/D2O中、在Bruker AV600光谱仪(BrukerBiospin,Rheinstetten,Germany)上以600MHz获得。使用Brucker脉冲程序zggpw5中包含的Watergate w5脉冲序列抑制溶剂信号。采集参数包括:时域=65K,扫描次数=512,扫描宽度=24ppm和90°大功率脉冲=13.8μs。
BC007和SEQ ID NO:5的肽的浓度为1mM。将物质溶解于无任何添加剂的0.5ml纯H2O/D2O混合物中。
BC007与来自SARS-CoV-2的刺突蛋白的受体结合结构域的SEQ ID NO:5的肽结合的图1中上NMP谱(上部谱)显示了由与肽的相互作用而诱导的BC007的四联体结构的形成,并且可通过12.5ppm处的八个亚氨基信号清晰地识别;与钾诱导的折叠相比,谱中的肽信号发生了强烈的偏移和变宽,这是由两种分子(肽与BC007)的相互作用引起的。
在图1的下NMR谱中,12ppm的范围内的亚氨基信号再次清楚地表明了由钾离子的存在而诱导的结构形成,然而亚氨基质子的化学位移明显不同于上部谱的那些。对于单独的肽(中间谱),没有观察到12ppm的范围内的亚氨基信号。
先前已报道SEQ ID NO:1的适体在钾离子存在的情况下被稳定在其特征折叠中(Schultze,P.等人,1994.Three-dimensional solution structure of the thrombin-binding DNA aptamer d(GGTTGGTGTGGTTGG).J.Mol.Biol.235,1532–1547.https:// doi.org/10.1006/jmbi.1994.1105)并且在水中主要以无规卷曲结构存在(参见Weisshoff,H.等人,2018.Characterization of Aptamer BC 007Substance and ProductUsing Circular Dichroism and Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy.J PharmSci.https://doi.org/10.1016/j.xphs.2018.04.003)。
在图2的放大图中,可以看到单独对于每个分子呈现的峰是如何基于非常尖锐的信号的。由于被认为是针对冠状病毒具有活性的试剂的SEQ ID NO:1的适体与作为SARS-CoV-2的刺突蛋白的受体结合结构域的代表序列的SEQ ID NO:5之间的强相互作用,随后这些信号在上部谱中它们的位置处变宽和偏移。
基于这些结果,预计在体内条件下,与完整的病毒材料和也使用刺突蛋白及其受体结合结构域进行细胞进入和感染的同一冠状病毒科的其它毒株也发生所述相互作用。
2.BC007在人类和灵长类动物细胞系中对SARS-CoV-2复制的抑制
在VeroFM和Calu-3细胞中进行了BC007的抗病毒剂量-反应效应的研究。以不同的浓度将SEQ ID No.1的适体BC007添加至病毒中并在4℃下保持15分钟,然后将混合物添加至细胞上(至MOI 0.0005)并升温至37℃30分钟以开始病毒附着和进入。
在这30分钟孵育后,去除上清液,用PBS洗涤细胞一次,洗涤后添加含有相同终浓度的BC007的培养基。在37℃下孵育24小时后(复制),取每种浓度的样品等分试样用于如前所述(Herzog等人,Virology Journal 2008,5:138)的噬斑测定。
BC007在Vero和Calu-3细胞系中以低剂量显示出病毒复制的高效抑制(参见图3)。对于病毒感染的抑制确定的半最大有效浓度(EC50,可选地称为半最大抑制浓度IC50)对于Calu-3细胞为3.74μM,对于Vero细胞为0.21μM。
关于与涉及SARS-CoV-2的潜在治疗的其它抗病毒剂的比较,参考Wang等人,CellResearch 2020,30:269–271的出版物。其中,使用Vero E6细胞和0.05的起始MOI、在类似的实验装置中测试了利巴韦林(ribavirin)、喷昔洛韦(penciclovir)、法匹拉韦(favipiravir)、硝唑尼特(nitazoxanide)、氯喹(chloroquine)和瑞德西韦(remdesivir)。
在Wang等人的该报道中,EC50浓度确定为:利巴韦林为109.50μM,喷昔洛韦为95.96μM,法匹拉韦为61.88μM,硝唑尼特为2.12μM,氯喹为1.13μM,瑞德西韦为0.77μM(参见Wang等人,2020的第269页的桥接左栏和右栏的完整段落以及第270页的图1a)。
根据使用瑞德西韦获得的结果,得出的结论是,瑞德西韦在低微摩尔浓度下可有效阻断病毒感染。此外,在用于测试其SARS-CoV-2抑制效果的浓度下,瑞德西韦没有显著的细胞毒性。
鉴于Wang等人,2020中报道的结果,很明显,使用本发明的适体在Vero细胞中获得的结果也表明了达到或甚至超过使用目前作为冠状病毒科感染的潜在治疗选择讨论的其它抗病毒剂观察到的效率的病毒感染的强力阻断。
重要的是,与在Wang等人,2020中鉴定为表现非常好的分子相类似的,本发明的适体不仅显示出对Vero以及对人细胞(Calu-3)的SARS-CoV-2感染活性的有效抑制,并且也没有任何毒性,如在预期和在人细胞中观察到SARS-CoV-2的抑制所需的剂量下、在成功完成的I期临床试验中所显示的(Becker等人,Clin Drug Investig 2020May;40(5):433-447)。
本发明的适体相对于作为目前讨论的治疗选项的瑞德西韦的显著优势是所述适体的制备的简单和容易。据报道,作为建议用于治疗冠状病毒感染的抗病毒剂的实例的瑞德西韦需要约70种原材料、试剂和催化剂,其中一些对人类非常危险(参见Langreth,Robert(14May 2020)."All Eyes on Gilead".Bloomberg Businessweek.Bloomberg,L.P.)。
此外,合成显然涉及约25个耗时的化学步骤,导致从合同制造商的原材料到制成品的原始端到端制造过程需要时间9至12个月。
相反,可以作为未修饰的DNA分子使用和施用的本发明的适体可以在几周内大规模生产到满足全球需求的公斤量,而所涉及的成本只是例如瑞德西韦等比较抗病毒剂的一小部分。
3.BC007与人凝血酶的相互作用以及随后的凝血抑制
在Nunc Maxisorp ELISA板上在4℃下用0.1M碳酸盐缓冲液固定人凝血酶(250nM)过夜,然后在室温下用磷酸盐缓冲盐水溶液(PBS)中1% BSA (pH7.4)进行封闭1小时。然后,以各种浓度(100nM、500nM和1000nM)添加5’-生物素化适体BC007,并在室温下孵育2小时。通过POD偶联的Neutravidine检测与凝血酶结合的适体,其中通过过氧化氢/四甲基联苯胺(TMB)反应确定POD的量,并使用读板器在450nm的波长=测量波长(650nm参照波长)下进行读数。每次之间使用常规ELISA洗涤缓冲液进行洗涤;无凝血酶的塑料板用作对照。凝血酶结合测定的结果如图4所示。
对于凝血抑制的确定,如下测定部分促凝血酶原激酶时间(PTT)。将50μl的1mM适体溶液(SEQ ID NO:1的BC007或SEQ ID NO:7的适体AS1411作为参照适体)稀释于1mLHemosIL人校准血浆((Instrumentation Laboratory,Werfen)中。然后将该溶液在HemosIL校准血浆中进一步1:2连续稀释至0.083、0.028、0.009、0.003、0.001mg/ml的浓度。
根据制造商的方案,用磷脂和缓冲液孵育这些样品。添加钙后,使用ACL TOP凝血(Coagulation system)(Werfen)测量凝血时间。结果如图5A所示。
适体BC007和SEQ ID NO:7的参照适体AS1411的Quick值按照本领域公知的方法确定。结果如图5B所示(Quick值)。
4.BC007与SARS-CoV-2的RNA依赖性RNA聚合酶的两个序列基序之间的相互作用的 分析
通过NMR谱分析了取自严重急性呼吸综合征冠状病毒2的RNA依赖性RNA聚合酶(NCBI参考序列:YP_009725307.1)的两个序列部分:HRFYRLAN(His650-Arg651-Phe652-Tyr653-Arg654-Leu655-Ala656-Asn657)和LYRNRDV(Leu731-Tyr732-Arg733-Asn734-Arg735-Asp736-Val737)与BC007的结合和相互作用。两个序列部分(肽)都能够迫使BC007成为其众所周知的四联体结构(图6),这是成功的和特异性结合的结果(readout)。
图6的上部中的BC007与LYRNRDV结合的上部NMR谱显示了通过与肽的分子相互作用而诱导的BC007的四联体结构的形成,其可通过11.5和12.5ppm之间的亚氨基信号清楚地识别。下部的谱显示了BC007和HRFYRLAN之间的结合。
物质溶解于无任何添加剂的0.5ml的纯H2O/D2O混合物中。研究BC007与SARS-CoV-2蛋白的这些序列部分的相互作用的NMR数据是在298K下、在90/10H2O/D2O中、在BrukerAV600光谱仪(Bruker Biospin,Rheinstetten,Germany)上以600MHz获得的。使用Brucker脉冲程序zggpw5中包含的Watergate w5脉冲序列抑制溶剂信号。采集参数包括:时域=65K,扫描次数=512,扫描宽度=24ppm和90°大功率脉冲=13.8μs。
通过等温滴定量热法(ITC)进一步分析了HRFYRLAN和BC007之间的结合。此ITC分析的结果如图7所示,其中热谱图位于上部,结合等温线位于下部。
ITC实验在MicroCal PEAQ-ITC微量热计(Malvern Panalytical GmbH,Germany)上进行。两种相互作用配偶体均溶解于50mM磷酸钠、150mM NaCl缓冲液、pH7.06中。实验在25℃下进行。在常规实验中,将肽(3.6或4mM)以2μl-逐步滴定至量热计池中的适体溶液(200μM)中。注射之间的时间间隔被调整为200秒,这足以使热信号恢复到基线。以750rpm连续搅拌反应混合物。
与向缓冲液添加肽相关的稀释热(在单独的对照实验中确定)具有对于测定的结合热可以忽略不计的小的恒定值。仪器软件(MicroCal PEAQ-ITC Analysis)用于基线调整、峰积分和反应热相对于注入配体摩尔量的标准化以及用于数据拟合和结合参数评价。
该ITC分析揭示了两个结合配偶体BC007和HRFYRLAN之间的1:1化学计量结合,这强烈支持真正的和特异性结合。
使用具有序列NRKRISN(SEQ ID NO:11;理论pI值为12.01)的来自SARS-CoV-2的刺突RBD的高电荷肽进行ITC分析的对照实验。结果如图8所示。使用此对照,RNA依赖性RNA聚合酶HRFYRLAN(理论pI值为10.84)和LYRNRDV(理论pI值为8.75)的结合肽和BC007之间的唯一的非特异性静电相互作用显然可以被排除。
实验再次在MicroCal PEAQ-ITC微量热计(Malvern Panalytical GmbH,德国)上进行。两种相互作用配偶体均溶解于50mM磷酸钠、150mM NaCl缓冲液、pH7.16中。实验在25℃下进行。在常规实验中,将肽(3.6或4mM)以2μl-逐步滴定至量热计池中的适体溶液(200μM)中。注射之间的时间间隔被调整为200秒,这足以使热信号恢复到基线。以750rpm连续搅拌反应混合物。与向缓冲液添加肽相关的稀释热(在单独的对照实验中确定)具有对于测量的结合热可以忽略不计的小的恒定值。仪器软件(MicroCal PEAQ-ITC分析)被用于基线调整、峰积分和反应热相对于注入配体摩尔量的标准化以及用于数据拟合和结合参数评价。
最后,还进行了NMR波谱法以分析BC007与对照肽NRKRISN的潜在结合。其结果如图9所示。BC007与NRKRISN的结合的NMR谱表明几乎完全缺失BC007的四联体结构的形成,这在11.5和12.5ppm之间的缺失亚氨基的信号中是可识别的。用于比较:上谱:BC007结合肽序列YRLFRK(来自SARS-CoV-2刺突蛋白的序列,理论pI值为11.0)。
物质溶解于无任何添加剂的0.5ml的纯H2O/D2O混合物中。研究BC007与SARS-CoV-2蛋白的此序列部分的相互作用的NMR数据是在298K下、在90/10H2O/D2O中、在Bruker AV600光谱仪(Bruker Biospin,Rheinstetten,Germany)上以600MHz获得的。使用Brucker脉冲程序zggpw5中包含的Watergate w5脉冲序列抑制溶剂信号。采集参数包括:时域=65K,扫描次数=512,扫描宽度=24ppm和90°大功率脉冲=13.8μs。
5.从活动性SARS-CoV-2感染中恢复的患者的血清中的GPCR自身抗体的鉴定和表
从如通过PCR确证的从25名急性疾病康复后的患者获得血清。23名患者遭受COVID-19后症状,2名患者无症状。
作为安全预防措施,使用前在56℃下热灭活COVID-19患者血清30分钟。之后,将0.4mL的样品在1L的透析缓冲液(0.15M NaCl,10mM磷酸盐缓冲液,pH 7.4;Membra-Cel MD44,14kDa,Serva)中透析24小时以去除低分子量生物活性化合物和肽。最后,将40μL的透析样品添加至生物测定中(1:50的最终稀释)。
对于GPCR-fAAB的鉴定和表征,使用了生物测定,如Davideit等人(Davideit H等人(2019)Determination of Agonistically Acting Autoantibodies to theAdrenergic Beta-1 Receptor by Cellular Bioassay.Methods Mol Biol1901:95–102.https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8949-2_8)和Wenzel等人(Wenzel K,Schulze-Rothe S,Haberland A,等人(2017)Performance and in-house validation ofa bioassay for the determination of beta1-autoantibodies found in patientswith cardiomyopathy.Heliyon 3:e00362.https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2017.e00362)中详细描述的,对于针对β1-肾上腺素受体的GPCR-fAAB,以及类似地对于其它GPCR-fAAB(也参见Wallukat等人(2018)PLoS ONE 13:e0192778)用于几种GPCR-fAAB的平行测定。
在与各自的自身抗体接触后,将表达GPCR的自发搏动的心肌细胞的基础搏动率的变化用作测量信号。受体特异性是通过随后添加特异性受体阻断剂、导致该效应的取消来检查的,或通过添加相应的受体-表位-竞争性细胞外环肽来检查的。具体而言:对于具体到β2-fAAB,使用受体拮抗剂ICI118.551(0.1μM)以及对应于人β2-肾上腺素受体的第一或第二细胞外环的中和肽。
负性变时性毒蕈碱M2受体自身抗体(M2-fAAB)的作用被阿托品(1μM)阻断。氯沙坦(1μM)阻断了正性变时性AT1-fAAB的作用,A779(1μM)阻断了负性变时性MAS-fAAB的作用。为了鉴定MAS-fAAB,利用了对应于人MAS受体的第一和第二细胞外环的另外的竞争肽。
通过添加特异性内皮素受体拮抗剂BQ123(0.1μM)以及分别对应于受体的第一或第二细胞外环的竞争肽来阻断其负性变时性效应来鉴定ETA-fAAB。
痛敏素受体拮抗剂J113397(0.1μM)用于阻断正性变时性NOC-fAAB以及对应于第一个或第二个细胞外环的竞争肽的效应。添加1μM乌拉地尔或哌唑嗪(prazosin)消除了α1-fAAB的正性变时性效应。对于所有肽,将2μL的100μg/mL的储备溶液添加至40μL的相应的GPCR-fAAB样品中并孵育30分钟,然后将混合物转移至细胞中。
在25份康复的COVID-19患者的血清中发现了几种不同的GPCR-fAAB。所有25名被调查的患者都有2至7种之间的不同的GPCR-fAAB(图10)。
在几乎所有被调查的患者中都看到的两种功能活性自身抗体,它们针对β2-肾上腺素受体(β2-fAAB)和毒蕈碱M2受体(M2-fAAB)。这些fAAB分别在其靶向受体上诱导了正性和负性变时性反应。
在25名调查的COVID-19后患者中,有23名(92%)也存在另外两种fAAB,它们针对血管紧张素II AT1受体(fAT1-AAB)和血管紧张素1-7MAS受体(MAS-AAB)。这些受体属于肾素血管紧张素系统(RAS),并且当被各自的fAAB靶向时,它们分别引起正性和负性变时性效应。
8名康复患者经历感染后毛发脱落(脱发)。在这些患者的血清中,发现了另外三种GPCR-fAAB:负性变时性ETA-fAAB(4/8、正性变时性NOC-fAAB(5/8)、和正性变时性α1-AAB(3/8)。并非每个脱发患者都显示所有这三种GPCR-fAAB。相反,它们的发生率各不相同,并且尚无法检测到一种模式。如图10所示,25名调查的COVID-19后患者中的2名出现了fAAB,但不表现出任何症状。
持续的疲劳样症状,在病毒随访检测呈阴性后持续很长时间,这是本研究的患者中经常报告的损伤(17/25)。对于遭受经典冠状病毒非依赖性疲劳综合征的患者,之前已经报道了β2-fAAB、M2-fAAB以及在某些情况下ETA-fAAB的发生。
这里,几乎所有研究的血清都含有β2-fAAB和M2-fAAB。β2-fAAB和M2-fAAB的结合也已在遭受PoTS和自主神经紊乱的患者的血清中被鉴定,这两种情况现在在COVID-19后患者中观察到(分别为3/25和2/25,不重叠)。
此外,β2-FAAB与M2-FAAB的这种结合也曾被发明人在复杂性区域疼痛综合征(CRPS)患者、1型嗜睡症患者(这里10例中有9例额外具有NOC-fAAB)以及小纤维疾病患者中鉴定。
在超过90%的调查的COVID-19患者血清(23/25)中观察到了两种已鉴定的GPCR-fAAB,它们针对RAS的受体,即血管紧张素II AT1受体和血管紧张素(1-7)MAS受体。这些血管活性的AT1-fAAB先前曾在恶性高血压、难治性高血压、先兆子痫和肾脏疾病患者中被鉴定。
序列表
<110> 柏林制药股份有限公司(Berlin Cures GmbH)
<120> 用于治疗冠状病毒科感染的适体
<130> B73438PC
<150> EP20204036.6
<151> 2020-10-27
<150> EP20180781.5
<151> 2020-06-18
<150> EP20176023.8
<151> 2020-05-22
<150> EP20168929.6
<151> 2020-04-09
<160> 11
<170> BiSSAP 1.3.6
<210> 1
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 适体BC007
<400> 1
ggttggtgtg gttgg 15
<210> 2
<211> 223
<212> PRT
<213> 严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2
<220>
<223> SARS-CoV-2的刺突蛋白的S1亚基的受体结合结构域(RBD)
<400> 2
Arg Val Gln Pro Thr Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn
1 5 10 15
Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val
20 25 30
Tyr Ala Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser
35 40 45
Val Leu Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val
50 55 60
Ser Pro Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp
65 70 75 80
Ser Phe Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln
85 90 95
Thr Gly Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr
100 105 110
Gly Cys Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly
115 120 125
Gly Asn Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys
130 135 140
Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr
145 150 155 160
Pro Cys Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser
165 170 175
Tyr Gly Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val
180 185 190
Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly
195 200 205
Pro Lys Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys Val Asn Phe
210 215 220
<210> 3
<211> 222
<212> PRT
<213> 严重急性呼吸综合征相关冠状病毒
<220>
<223> SARS-CoV的刺突蛋白的S1亚基的受体结合结构域
<400> 3
Arg Val Val Pro Ser Gly Asp Val Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn
1 5 10 15
Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Lys Phe Pro Ser Val
20 25 30
Tyr Ala Trp Glu Arg Lys Lys Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser
35 40 45
Val Leu Tyr Asn Ser Thr Phe Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val
50 55 60
Ser Ala Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Ser Asn Val Tyr Ala Asp
65 70 75 80
Ser Phe Val Val Lys Gly Asp Asp Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln
85 90 95
Thr Gly Val Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Met
100 105 110
Gly Cys Val Leu Ala Trp Asn Thr Arg Asn Ile Asp Ala Thr Ser Thr
115 120 125
Gly Asn Tyr Asn Tyr Lys Tyr Arg Tyr Leu Arg His Gly Lys Leu Arg
130 135 140
Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Asn Val Pro Phe Ser Pro Asp Gly Lys
145 150 155 160
Pro Cys Thr Pro Pro Ala Leu Asn Cys Tyr Trp Pro Leu Asn Asp Tyr
165 170 175
Gly Phe Tyr Thr Thr Thr Gly Ile Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val
180 185 190
Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu Asn Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro
195 200 205
Lys Leu Ser Thr Asp Leu Ile Lys Asn Gln Cys Val Asn Phe
210 215 220
<210> 4
<211> 240
<212> PRT
<213> 中东呼吸综合征相关冠状病毒
<220>
<223> MERS-CoV的刺突蛋白的S1亚基的受体结合结构域
<400> 4
Glu Ala Lys Pro Ser Gly Ser Val Val Glu Gln Ala Glu Gly Val Glu
1 5 10 15
Cys Asp Phe Ser Pro Leu Leu Ser Gly Thr Pro Pro Gln Val Tyr Asn
20 25 30
Phe Lys Arg Leu Val Phe Thr Asn Cys Asn Tyr Asn Leu Thr Lys Leu
35 40 45
Leu Ser Leu Phe Ser Val Asn Asp Phe Thr Cys Ser Gln Ile Ser Pro
50 55 60
Ala Ala Ile Ala Ser Asn Cys Tyr Ser Ser Leu Ile Leu Asp Tyr Phe
65 70 75 80
Ser Tyr Pro Leu Ser Met Lys Ser Asp Leu Ser Val Ser Ser Ala Gly
85 90 95
Pro Ile Ser Gln Phe Asn Tyr Lys Gln Ser Phe Ser Asn Pro Thr Cys
100 105 110
Leu Ile Leu Ala Thr Val Pro His Asn Leu Thr Thr Ile Thr Lys Pro
115 120 125
Leu Lys Tyr Ser Tyr Ile Asn Lys Cys Ser Arg Leu Leu Ser Asp Asp
130 135 140
Arg Thr Glu Val Pro Gln Leu Val Asn Ala Asn Gln Tyr Ser Pro Cys
145 150 155 160
Val Ser Ile Val Pro Ser Thr Val Trp Glu Asp Gly Asp Tyr Tyr Arg
165 170 175
Lys Gln Leu Ser Pro Leu Glu Gly Gly Gly Trp Leu Val Ala Ser Gly
180 185 190
Ser Thr Val Ala Met Thr Glu Gln Leu Gln Met Gly Phe Gly Ile Thr
195 200 205
Val Gln Tyr Gly Thr Asp Thr Asn Ser Val Cys Pro Lys Leu Glu Phe
210 215 220
Ala Asn Asp Thr Lys Ile Ala Ser Gln Leu Gly Asn Cys Val Glu Tyr
225 230 235 240
<210> 5
<211> 6
<212> PRT
<213> 严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2
<220>
<223> SEQ ID NO: 1的氨基酸135-140
<400> 5
Tyr Arg Leu Phe Arg Lys
1 5
<210> 6
<211> 68
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 抗流感适体A22
<400> 6
aattaaccct cactaaaggg ctgagtctca aaaccgcaat acactggttg tatggtcgaa 60
taagttaa 68
<210> 7
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 适体AS 1411
<400> 7
ggtggtggtg gttgtggtgg tggtgg 26
<210> 8
<211> 932
<212> PRT
<213> 严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2
<220>
<223> 来自SARS-CoV-2病毒的RNA依赖性RNA聚合酶
<400> 8
Ser Ala Asp Ala Gln Ser Phe Leu Asn Arg Val Cys Gly Val Ser Ala
1 5 10 15
Ala Arg Leu Thr Pro Cys Gly Thr Gly Thr Ser Thr Asp Val Val Tyr
20 25 30
Arg Ala Phe Asp Ile Tyr Asn Asp Lys Val Ala Gly Phe Ala Lys Phe
35 40 45
Leu Lys Thr Asn Cys Cys Arg Phe Gln Glu Lys Asp Glu Asp Asp Asn
50 55 60
Leu Ile Asp Ser Tyr Phe Val Val Lys Arg His Thr Phe Ser Asn Tyr
65 70 75 80
Gln His Glu Glu Thr Ile Tyr Asn Leu Leu Lys Asp Cys Pro Ala Val
85 90 95
Ala Lys His Asp Phe Phe Lys Phe Arg Ile Asp Gly Asp Met Val Pro
100 105 110
His Ile Ser Arg Gln Arg Leu Thr Lys Tyr Thr Met Ala Asp Leu Val
115 120 125
Tyr Ala Leu Arg His Phe Asp Glu Gly Asn Cys Asp Thr Leu Lys Glu
130 135 140
Ile Leu Val Thr Tyr Asn Cys Cys Asp Asp Asp Tyr Phe Asn Lys Lys
145 150 155 160
Asp Trp Tyr Asp Phe Val Glu Asn Pro Asp Ile Leu Arg Val Tyr Ala
165 170 175
Asn Leu Gly Glu Arg Val Arg Gln Ala Leu Leu Lys Thr Val Gln Phe
180 185 190
Cys Asp Ala Met Arg Asn Ala Gly Ile Val Gly Val Leu Thr Leu Asp
195 200 205
Asn Gln Asp Leu Asn Gly Asn Trp Tyr Asp Phe Gly Asp Phe Ile Gln
210 215 220
Thr Thr Pro Gly Ser Gly Val Pro Val Val Asp Ser Tyr Tyr Ser Leu
225 230 235 240
Leu Met Pro Ile Leu Thr Leu Thr Arg Ala Leu Thr Ala Glu Ser His
245 250 255
Val Asp Thr Asp Leu Thr Lys Pro Tyr Ile Lys Trp Asp Leu Leu Lys
260 265 270
Tyr Asp Phe Thr Glu Glu Arg Leu Lys Leu Phe Asp Arg Tyr Phe Lys
275 280 285
Tyr Trp Asp Gln Thr Tyr His Pro Asn Cys Val Asn Cys Leu Asp Asp
290 295 300
Arg Cys Ile Leu His Cys Ala Asn Phe Asn Val Leu Phe Ser Thr Val
305 310 315 320
Phe Pro Pro Thr Ser Phe Gly Pro Leu Val Arg Lys Ile Phe Val Asp
325 330 335
Gly Val Pro Phe Val Val Ser Thr Gly Tyr His Phe Arg Glu Leu Gly
340 345 350
Val Val His Asn Gln Asp Val Asn Leu His Ser Ser Arg Leu Ser Phe
355 360 365
Lys Glu Leu Leu Val Tyr Ala Ala Asp Pro Ala Met His Ala Ala Ser
370 375 380
Gly Asn Leu Leu Leu Asp Lys Arg Thr Thr Cys Phe Ser Val Ala Ala
385 390 395 400
Leu Thr Asn Asn Val Ala Phe Gln Thr Val Lys Pro Gly Asn Phe Asn
405 410 415
Lys Asp Phe Tyr Asp Phe Ala Val Ser Lys Gly Phe Phe Lys Glu Gly
420 425 430
Ser Ser Val Glu Leu Lys His Phe Phe Phe Ala Gln Asp Gly Asn Ala
435 440 445
Ala Ile Ser Asp Tyr Asp Tyr Tyr Arg Tyr Asn Leu Pro Thr Met Cys
450 455 460
Asp Ile Arg Gln Leu Leu Phe Val Val Glu Val Val Asp Lys Tyr Phe
465 470 475 480
Asp Cys Tyr Asp Gly Gly Cys Ile Asn Ala Asn Gln Val Ile Val Asn
485 490 495
Asn Leu Asp Lys Ser Ala Gly Phe Pro Phe Asn Lys Trp Gly Lys Ala
500 505 510
Arg Leu Tyr Tyr Asp Ser Met Ser Tyr Glu Asp Gln Asp Ala Leu Phe
515 520 525
Ala Tyr Thr Lys Arg Asn Val Ile Pro Thr Ile Thr Gln Met Asn Leu
530 535 540
Lys Tyr Ala Ile Ser Ala Lys Asn Arg Ala Arg Thr Val Ala Gly Val
545 550 555 560
Ser Ile Cys Ser Thr Met Thr Asn Arg Gln Phe His Gln Lys Leu Leu
565 570 575
Lys Ser Ile Ala Ala Thr Arg Gly Ala Thr Val Val Ile Gly Thr Ser
580 585 590
Lys Phe Tyr Gly Gly Trp His Asn Met Leu Lys Thr Val Tyr Ser Asp
595 600 605
Val Glu Asn Pro His Leu Met Gly Trp Asp Tyr Pro Lys Cys Asp Arg
610 615 620
Ala Met Pro Asn Met Leu Arg Ile Met Ala Ser Leu Val Leu Ala Arg
625 630 635 640
Lys His Thr Thr Cys Cys Ser Leu Ser His Arg Phe Tyr Arg Leu Ala
645 650 655
Asn Glu Cys Ala Gln Val Leu Ser Glu Met Val Met Cys Gly Gly Ser
660 665 670
Leu Tyr Val Lys Pro Gly Gly Thr Ser Ser Gly Asp Ala Thr Thr Ala
675 680 685
Tyr Ala Asn Ser Val Phe Asn Ile Cys Gln Ala Val Thr Ala Asn Val
690 695 700
Asn Ala Leu Leu Ser Thr Asp Gly Asn Lys Ile Ala Asp Lys Tyr Val
705 710 715 720
Arg Asn Leu Gln His Arg Leu Tyr Glu Cys Leu Tyr Arg Asn Arg Asp
725 730 735
Val Asp Thr Asp Phe Val Asn Glu Phe Tyr Ala Tyr Leu Arg Lys His
740 745 750
Phe Ser Met Met Ile Leu Ser Asp Asp Ala Val Val Cys Phe Asn Ser
755 760 765
Thr Tyr Ala Ser Gln Gly Leu Val Ala Ser Ile Lys Asn Phe Lys Ser
770 775 780
Val Leu Tyr Tyr Gln Asn Asn Val Phe Met Ser Glu Ala Lys Cys Trp
785 790 795 800
Thr Glu Thr Asp Leu Thr Lys Gly Pro His Glu Phe Cys Ser Gln His
805 810 815
Thr Met Leu Val Lys Gln Gly Asp Asp Tyr Val Tyr Leu Pro Tyr Pro
820 825 830
Asp Pro Ser Arg Ile Leu Gly Ala Gly Cys Phe Val Asp Asp Ile Val
835 840 845
Lys Thr Asp Gly Thr Leu Met Ile Glu Arg Phe Val Ser Leu Ala Ile
850 855 860
Asp Ala Tyr Pro Leu Thr Lys His Pro Asn Gln Glu Tyr Ala Asp Val
865 870 875 880
Phe His Leu Tyr Leu Gln Tyr Ile Arg Lys Leu His Asp Glu Leu Thr
885 890 895
Gly His Met Leu Asp Met Tyr Ser Val Met Leu Thr Asn Asp Asn Thr
900 905 910
Ser Arg Tyr Trp Glu Pro Glu Phe Tyr Glu Ala Met Tyr Thr Pro His
915 920 925
Thr Val Leu Gln
930
<210> 9
<211> 7
<212> PRT
<213> 严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2
<220>
<223> 肽LYRNRDV (SEQ ID NO: 8的氨基酸731-737)
<400> 9
Leu Tyr Arg Asn Arg Asp Val
1 5
<210> 10
<211> 8
<212> PRT
<213> 严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2
<220>
<223> 肽HRFYRLAN (SEQ ID NO: 8的氨基酸650-657)
<400> 10
His Arg Phe Tyr Arg Leu Ala Asn
1 5
<210> 11
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 对照肽NRKRISN
<400> 11
Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn
1 5

Claims (20)

1.一种适体,其用于通过治疗、治愈来自冠状病毒科的病毒的感染或预防来自冠状病毒科的病毒的感染的进一步进展来治疗受试者的用途,其中所述适体包含SEQ ID No.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID No.1为至少80%同一性的核酸序列。
2.根据权利要求1所述的用于用途的适体,其中所述感染由来自β冠状病毒属的病毒、优选来自沙贝科病毒或玛贝科病毒亚属的病毒引起,更优选所述感染由选自包括MERS-CoV、SARS-CoV和SARS-CoV-2的组的病毒引起,特别优选其中所述感染由SARS-CoV-2引起。
3.根据前述权利要求中任一项所述的用于用途的适体,其中所述适体具有抗凝血活性,优选地,其中所述适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人校准血浆的作为部分促凝血酶原激酶时间(PTT)测定的凝血时间延长至60秒以上,和/或其中所述适体在0.03mg/ml的适体浓度下能够将人校准血浆的凝血酶原时间(Quick值)降低至40%以下。
4.根据前述权利要求中任一项所述的用于用途的适体,其中所述适体通过与所述病毒的刺突(S)糖蛋白的选择性相互作用来干扰体细胞的感染,优选通过阻止或干扰所述病毒的刺突糖蛋白与受试者宿主细胞的血管紧张素转换酶2(ACE2)或二肽基肽酶4(DPP4)、更优选ACE2的相互作用来干扰体细胞的感染。
5.根据权利要求4所述的用于用途的适体,其中所述刺突糖蛋白的受体结合结构域具有SEQ ID NO:2(SARS-CoV-2刺突RBD)或SEQ ID NO:3(SARS-CoV刺突RBD)或SEQ ID NO:4(MERS-CoV刺突RBD)的序列,优选其中所述刺突糖蛋白的受体结合结构域具有SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:3的序列,优选其中所述刺突糖蛋白具有SEQ ID NO:2的序列。
6.一种适体,其用于通过治疗、治愈或预防已克服来自冠状病毒科的病毒感染的患者中与长COVID相关的疾病症状来治疗受试者的用途,其中所述适体包含SEQ ID NO.1(GGTTGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID NO.1为至少80%同一性的核酸序列。
7.根据权利要求6所述的用于用途的适体,其中所述疾病症状包括来自包含以下的组的一种以上:神经症状如慢性疲劳综合征、体位性心动过速综合征(PoTS)、自主神经紊乱、震颤、注意力缺陷、命名性失语症、神经病变、横贯性脊髓炎、急性坏死性脊髓炎和格林-巴利综合征,心血管症状如心肌炎症、心律失常、心动过速、心动过缓、高血压和房室(AV)传导阻滞,皮肤病症状如脱发和湿疹,或胃肠道疾病。
8.根据权利要求6或7中任一项所述的用于用途的适体,其中所述适体用于抑制对G蛋白偶联受体为特异性的自身抗体与其靶蛋白的相互作用。
9.根据权利要求6至8中任一项所述的用于用途的适体,其中所述适体用于治疗可以检测到针对G蛋白偶联受体的自身抗体的患者。
10.根据权利要求6至9中任一项所述的用于用途的适体,其中所述患者表现出针对G蛋白偶联受体的功能性自身抗体,优选对人G蛋白偶联受体肾上腺素α-1受体、肾上腺素β-2受体、内皮素1ETA受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、MAS受体和/或伤害感受受体中的任一种为特异性的功能性自身抗体,更优选对肾上腺素β2受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、MAS-受体中的任一种为特异性的功能性自身抗体,特别优选其中所述患者表现出包含对肾上腺素β-2受体、毒蕈碱M2受体、血管紧张素II AT1受体、和MAS受体中的每一种为特异性的功能性自身抗体的抗体模式。
11.一种通过使用适体来预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的方法,其中所述方法体外/离体进行,并且其中所述适体包含SEQ ID No.1(GGT TGG TGT GGT TGG)的核酸序列和/或与SEQ ID No.1为至少80%同一性的核酸序列。
12.一种药物组合物,其包含根据权利要求1至10中任一项所述的用于用途的适体和至少一种药学上可接受的赋形剂。
13.一种试剂盒,其包含至少一种根据权利要求1至10中任一项所述的用于用途的适体和容器。
14.如权利要求1所限定的适体用于预防体细胞被来自冠状病毒科的病毒感染的用途,其中所述适体体外/离体使用。
15.一种亲和性分子,其与严重急性呼吸综合征冠状病毒2的RNA依赖性RNA聚合酶(SEQID NO:8)内的氨基酸序列Leu-Tyr-Arg-Asn-Arg-Asp-Val(LYRNRDV;SEQ ID NO:9)和/或His-Arg-Phe-Tyr-Arg-Leu-Ala-Asn(HRFYRLAN;SEQ ID NO:10)的肽特异性结合。
16.根据权利要求15所述的亲和性分子,其中所述亲和性分子是分子量至多为900道尔顿的小分子,优选其中所述亲和性分子是来自包括以下的组的任何一种小分子集合的小分子:辛辛那提大学化合物集合、来自ApexBio Technology LLC的DiscoveryProbeTM生物活性化合物文库Plus和来自Cayman Chemical的SARS-CoV-2筛选文库。
17.根据权利要求15所述的亲和性分子,其中所述亲和性分子是基于肽的化合物,优选抗体或其结合片段。
18.根据权利要求15所述的亲和性分子,其中所述亲和性分子是适体或寡核苷酸。
19.根据权利要求15至18中任一项所述的亲和性分子,其用作药物。
20.根据权利要求15至18中任一项所述的亲和性分子,其用于通过治疗、治愈来自冠状病毒科的病毒的感染或预防来自冠状病毒科的病毒的感染的进一步进展来治疗受试者的用途。
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EP20180781 2020-06-18
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