CN114332135A - 一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法及装置 - Google Patents
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Abstract
Description
技术领域
本发明涉及图像分割领域技术领域,特别涉及一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法及装置。
背景技术
近年来,深度学习已经在图像分类、图像分割等视觉计算机任务中取得了显著的成功。虽然利用精细标记的数据进行全监督训练的深度学习模型在多种医学图像分割任务(如神经元结构、息肉、肝脏、胰腺分割等)中已取得了非常高的性能。但是全监督训练需要大量的像素级标注数据。真实世界中,对医学图像采集精确的像素级标签需要医学专家花费大量的时间,导致医学图像标注数据的获取往往成本更加昂贵且耗时。因此,降低数据的标记成本,即:利用较少的标记数据建立高性能的医学图像分割模型,在实际应用中至关重要。
近期利用少量的标记数据和大量的未标记数据的半监督学习方法获得大量的关注。许多半监督学习方法主要可以分成单模型和平均教师模型两类方法。单模型方法主要利用一致性约束或对抗训练来利用无标注数据的信息。基于对抗训练的单模型方法将分割模型当成生成器,并构建判别器用于区分生成的分割掩膜和真实的分割掩膜,生成器和判别器之间的对抗学习使得分割结果服从真实掩膜的形状分布。但对抗学习通用性不好,尤其是对目标形状多样化较高的分割任务。基于一致性约束的单模型方法在输入层或者特征层引入扰动,这样对同一个无标签样本实施两次前向传播会得到两个不同的预测结果,最后在两个预测结果之间施加一致性正则,即:两个预测结果尽可能保持一致,但是单模型在训练集上的学习能力有限,当模型学习能力趋于饱和状态时,单模型会保留认为“正确”的错误预测信息,因此单模型一致性对错误预测的纠正能力弱。在此基础上,为提高模型对错误预测的纠错能力,更多学者将注意力集中到了平均教师模型方法上,在该方法中,通常创建两个角色:老师模型和学生模型(即师生结构)。具体地,平均教师模型的通常做法是:1)对学生的输入层或特征层加入小扰动(比如,高斯噪声);2)在学生和老师模型的预测之间施加一致性约束。在平均教师模型参数更新过程中,老师模型的参数由学生模型参数的指数移动平均(Exponential Moving Average, EMA)生成。然而,随着迭代次数的增加,指数移动平均的更新方式导致老师模型累积学生模型所学到的所有知识,而对错误知识的累积不能保障老师模型为学生模型提供更好的监督信息,因此阻碍了学生模型的进一步优化。从上述分析中可以发现,如何有效提升对无标签数据生成的“伪标签”质量是半监督学习中的主要挑战。
发明内容
本发明的目的在于提供一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法,以克服当前基于半监督的医学图像分割任务中,提高伪标签质量的问题。单模型在训练集上的学习能力有限,当模型学习能力趋于饱和状态时,单模型会保留认为“正确”的错误预测信息,因此单模型一致性对错误预测的纠正能力弱。在平均教师模型中,随着迭代次数的增加,指数移动平均的更新方式导致老师模型累积学生模型所学到的所有知识,而对错误知识的累积不能保障老师模型为学生模型提供更好的监督信息,因此阻碍了学生模型的进一步优化。
为实现上述目的,本发明提供如下技术方案:
本申请公开了一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法,包括以下步骤:
S2、对原始样本进行数据增强得到噪声样本,并在原始样本和噪声样本的预测结果之间计算一致性损失;
S3、对无标注样本的像素在两个医学图像分割的模型中的稳定性进行判断;利用一个模型中更稳定的像素信息去监督另一个模型训练,并计算两个模型训练前的稳定损失;两个医学图像分割的模型结构相同,且参数相互独立;
作为优选,所述步骤S1具体包括如下子步骤:
作为优选,所述步骤S2具体包括如下子步骤:
作为优选,所述步骤S3中像素在模型中的预测结果稳定判断条件如下:
S31、原像素的预测标注类别和扰动后像素的预测标注类别一致;
若像素同时满足上述两个条件则表示像素稳定;否则,表示像素不稳定。
作为优选,所述步骤S3还包括对像素在模型中的稳定性程度评估:利用均方误差衡量模型对像素预测的稳定性程度。
作为优选,所述步骤S3中所述模型包括第一模型和第二模型,利用一个模型中更稳定的像素信息去监督另一个模型训练,并计算稳定损失的具体操作如下:
本发明的有益效果:
本发明一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法,根据标签数据特征,该方法在有效学习标签数据知识时引入交叉熵和DICE的监督约束;根据伪标签特征,该方法引入伴随变量,其主要作用是缓解错误伪标签对模型学习过程的影响;对样本进行噪声增强,并在正式训练阶段提供基于样本预测结果和噪声样本预测结果之间的一致性损失;根据双模型对无标签数据的学习,该方法提出基于稳定性判断的伪标签筛选机制,实现双模型交互学习;本发明实现方法简便,手段灵活,在医学图像的训练数据上取得显著的分割效果提升。
本发明的特征及优点将通过实施例结合附图进行详细说明。
附图说明
图1 双模型交互学习框架图。MSE、CE和DICE分别表示均方误差函数、交叉熵函数和DICE函数;
图2 在ACDC数据集上,双模型与其他半监督方法分割结果图,图中黑色区域代表背景,深灰色区域代表左室腔,浅灰色区域代表左室心肌,白色区域代表右室腔;
图3 在训练过程中,平均教师模型和双模型的输出结果对比图;
图4 在LITS数据集上,双模型与其他半监督方法分割结果图,图中白色区域代表肝脏区域;
图5 在BraTS2019数据集上,双模型与其他半监督方法分割结果图,图中白色区域代表整个肿瘤区域;
图6本发明一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割装置的结构图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明了,下面通过附图及实施例,对本发明进行进一步详细说明。但是应该理解,此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明,并不用于限制本发明的范围。此外,在以下说明中,省略了对公知结构和技术的描述,以避免不必要地混淆本发明的概念。
本发明实施例提供一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法,包括如下步骤:
1、实验设定与准备:
本发明主要解决半监督医学图像分割任务中,提升伪标签质量和模型分割性能的问题。这里正式定义训练集,训练集包括标注数据集和无标注数据集,即:,其中由标注样本及其标签组成,即,表示有标注样本,表示有标注样本对应的真实标签;表示数据集中仅包括无标注样本,即,表示无标注样本。假设所有样本和真实标注大小均为。因此本发明中设计的半监督医学分割任务的目的是:利用少量有标注医学样本和大量无标注医学样本组成的数据集训练出性能良好的分割模型。
对于训练模型的网络结构设定,本文提出的双模型框架由结构相同、参数独立的两个模型组成(见图1)。网络结构采用医学图像分割中常用的U-Net网络,U-Net网络主要由编码器、解码器和跳跃连接三部分组成。编码器和解码器分别包含四个子模块,编码器中的每个子模块包含两个卷积层和一个下采样层,解码器中的每个子模块包含一个上采样层和两个卷积层。跳跃连接的作用是将编码器的中间特征融入具有相同分辨率输入的解码模块中。
对于模型输出的设定,给定输入图像,每个模型的最后一个卷积层输出两个变量:分割结果和双模型交互学习的伴随变量。在模型训练过程中,为无标签图像提供监督信号,即伪标签,其主要作用是缓解错误伪标签对模型学习过程的影响。定义在模型中的分割结果和伴随变量分别为和;在模型中的分割结果和伴随变量分别为和。
2、有监督约束:
为保证双模型中的每个模型自身可以充分探索和学习有标注样本的知识,本设计直接利用它们的实际标注构建有监督约束。采用交叉熵(Cross-Entropy, CE)和DICE函数计算模型分割结果和真实标签之间的监督损失。
DICE损失定义为:
因此,根据交叉熵损失和DICE损失,定义有监督损失为:
其中,表示待分割的类别数;表示模型预测像素属于类别的概率;表示像素真实标签是否是类;如果,表示像素真实标签是类;如果,表示像素真实标签不是类;表示模型的交叉熵损失;表示模型的DICE损失;表示模型的监督损失。
3、噪声增强策略:
4:一致性损失:
在监督损失的基础上,为进一步学习和利用无标注图像的知识,本发明在原始图像和噪声图像之间引入无监督一致性约束。
对有标签图像,考虑到真实标签被用于直接监督,具有高可信度,因此利用监督和,即:在和、和中引入一致性正则化。通过采用均方误差函数(MeanSquared Error, MSE)计算和、和之间的一致性损失,具体定义为:
对无标签图像,我们将基于分割结果(和)分配伪标签,并利用伪标签对伴随变量进行监督。最后,我们将作为分割结果和的监督信息,采用均方误差(MeanSquared Error, MSE)计算和、和之间的一致性损失,具体定义为:
5、像素稳定性判断策略:
对无标注样本的像素在两个模型中的稳定性进行判断。定义一个稳定像素必须满足两个条件:第一,一定限度的噪声干扰不影响分割结果;第二,像素的预测概率值应该远离决策边界,即像素的预测标签有一个高概率值。因此,具体地,像素在模型中的预测结果稳定判断条件为:
6、像素稳定性程度判断:
7、基于像素稳定性判断的伪标签生成机制:
构建基于像素稳定性判断的伪标签生成机制,即:利用一个模型中更稳定的像素信息去监督另一个模型训练。一个像素在两个模型之中的稳定性关系存在三种情况,第一种情况:像素在一个模型中稳定,在另一个模型中不稳定;第二种情况:像素在两个模型中都稳定,并且在一个模型中的稳定性高于在另一个模型的稳定性;第三种情况:像素 在两个模型中都不稳定。当满足第一种和第二种情况时,我们利用一个模型中稳定/更稳定的像素信息去监督另一个模型中不稳定/稳定的像素信息的学习,当满足第三种情况时,说明像素在两个模型中的预测结果均不准确,因此两个模型之间不进行交互学习。具体做法为:首先对模型1和模型2分别定义伪标签变量和,并将它们分别初始化为和。以模型1为例,对像素分以下两种情况更新伪标签:
8、稳定性损失:
根据基于像素稳定性的伪标签机制,对生成的伪标签考虑到筛选的稳定像素仍然会包含少量错误标签,为缓解其对模型学习的影响,将所获得的伪标签和用于监督伴随变量和。具体地,对模型1利用MSE函数计算更新后的和之间的稳定损失,稳定损失定义为:
基于稳定损失的双模型交互学习方法在ACDC、LITS和BraTS2019三种医学数据集上均取得高质量的分割性能(见图2、图4和图5)。具体的,在ACDC、LITS和BraTS2019三种医学数据集上,采用Unet、DenseUnet或3D Unet网络,双模型方法与平均教师(Mean Teacher,MT)、不确定性感知自集成模型(Uncertainty- Aware Self-Ensembling, UAMT)、深度对抗模型(Deep Adversarial Networks, DAN)、对抗熵最小化模型(Entropy Minimization,EM)、插值一致性训练模型(Interpolation Consistency Training, ICT)、转换一致性自集成模型(Transformation-Consistent Self-Ensembling, TCSM)、双学生模型(DualStudent, DS)、深度互学习(Deep Mutual Learning, DML)、特征级对抗学习(Feature-map-level, FML)、双网络(DualNet, D-N)方法相比,双模型均获得了高质量的分割性能(见表1、表2、表3);本发明提出的一致性损失、稳定性判断机制、伴随变量和稳定损失均有效帮助模型获得好的分割性能。
表1 采用Unet和DneseUnet网络结构时, 在不同标签比例的ACDC数据集下与其他方法的对比结果
表2 采用Unet和DenseUnet网络结构,在30%标签比例的LiTS数据集下与其他方法的对比结果.
表3 采用3D Unet网络,在30%标签比例的BraTS2019数据集下与其他方法的对比结果
除此之外,基于稳定损失的双模型交互学习方法相比与均值教师模型可以更好的减少错误伪标签在模型训练过程中的传播与累积(见图3)。最后,关于本发明的双模型与其他双模型方法相比较主要贡献是引入稳定伪标签判断机制, 用一个模型的稳定像素去监督另一个模型的不稳定像素(见表4)。
表4 本文双模型方法与其他双模型方法的比较
本发明实施例还提供一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割装置,该装置可包括存储器和一个或多个处理器,所述存储器中存储有可执行代码,所述一个或多个处理器执行所述可执行代码时,用于实现上述实施例中的基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法;
本发明一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割装置的实施例可以应用在任意具备数据处理能力的设备上,该任意具备数据处理能力的设备可以为诸如计算机等设备或装置。装置实施例可以通过软件实现,也可以通过硬件或者软硬件结合的方式实现。以软件实现为例,作为一个逻辑意义上的装置,是通过其所在任意具备数据处理能力的设备的处理器将非易失性存储器中对应的计算机程序指令读取到内存中运行形成的。从硬件层面而言,如图6所示,为本发明一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割装置所在任意具备数据处理能力的设备的一种硬件结构图,除了图6所示的处理器、内存、网络接口、以及非易失性存储器之外,实施例中装置所在的任意具备数据处理能力的设备通常根据该任意具备数据处理能力的设备的实际功能,还可以包括其他硬件,对此不再赘述。上述装置中各个单元的功能和作用的实现过程具体详见上述方法中对应步骤的实现过程,在此不再赘述。
对于装置实施例而言,由于其基本对应于方法实施例,所以相关之处参见方法实施例的部分说明即可。以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的,其中所述作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的,作为单元显示的部件可以是或者也可以不是物理单元,即可以位于一个地方,或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部模块来实现本发明方案的目的。本领域普通技术人员在不付出创造性劳动的情况下,即可以理解并实施。
本发明实施例还提供一种计算机可读存储介质,其上存储有程序,该程序被处理器执行时,实现上述实施例中的基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法。
所述计算机可读存储介质可以是前述任一实施例所述的任意具备数据处理能力的设备的内部存储单元,例如硬盘或内存。所述计算机可读存储介质也可以是任意具备数据处理能力的设备的外部存储设备,例如所述设备上配备的插接式硬盘、智能存储卡(Smart Media Card,SMC)、SD卡、闪存卡(Flash Card)等。进一步的,所述计算机可读存储介质还可以既包括任意具备数据处理能力的设备的内部存储单元也包括外部存储设备。所述计算机可读存储介质用于存储所述计算机程序以及所述任意具备数据处理能力的设备所需的其他程序和数据,还可以用于暂时地存储已经输出或者将要输出的数据。
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已,并不用以限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换或改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (8)
1.一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法,其特征在于,包括以下步骤:
S2、对原始样本进行数据增强得到噪声样本,并在原始样本和噪声样本的预测结果之间计算一致性损失;
S3、对无标注样本的像素在两个医学图像分割的模型中的稳定性进行判断;利用一个模型中更稳定的像素信息去监督另一个模型训练,并计算两个模型训练前的稳定损失;两个医学图像分割的模型结构相同,且参数相互独立;
3.如权利要求1所述的一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法,其特征在于,所述步骤S2具体包括如下子步骤:
5.如权利要求4所述的一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法,其特征在于,所述步骤S3还包括对像素在模型中的稳定性程度评估:利用均方误差衡量模型对像素预测的稳定性程度。
7.一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割装置,其特征在于:包括存储器和一个或多个处理器,所述存储器中存储有可执行代码,所述一个或多个处理器执行所述可执行代码时,用于实现权利要求1-6任一项所述的一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法。
8.一种计算机可读存储介质,其特征在于:其上存储有程序,该程序被处理器执行时,实现权利要求1-6任一项所述的一种基于双模型交互学习的半监督医学图像分割方法。
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