CN114266898A - 一种基于改进EfficientNet的肝癌识别方法 - Google Patents

一种基于改进EfficientNet的肝癌识别方法 Download PDF

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CN114266898A
CN114266898A CN202210027716.5A CN202210027716A CN114266898A CN 114266898 A CN114266898 A CN 114266898A CN 202210027716 A CN202210027716 A CN 202210027716A CN 114266898 A CN114266898 A CN 114266898A
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convolution
efficientnet
mbconv
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improved
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耿旭忠
郭小明
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Liaoning Shihua University
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Abstract

本发明提供了一种基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,包括以下步骤:获取肝癌病理切面照片和正常肝脏切片照片构建数据集;对构建的数据集进行预处理;将数据集分为训练集、验证集和测试集;构建基于改进EfficientNet的分类模型并对改进EfficientNet分类模型进行学习训练;针对EfficientNet的核心模块移动翻转瓶颈卷积MBConv进行改进,将原有SENet模块替换为SKNet,形成改进EfficientNet网络模型;对改进EfficientNet的分类模型进行学习训练,保存训练好的模型;输入待识别的肝癌病理切片图像,通过训练好的改进EfficientNet分类模型对肝癌病理切片图像进行识别,无需人工干预即可得到对应的分析识别结果。本发明结合EfficientNet高速度与精度、SKNet高特征提取能力的优点,在减少模型参数的同时更好的对肝癌病理切片图像进行识别。

Description

一种基于改进EfficientNet的肝癌识别方法
技术领域
本发明属于图像识别技术领域,具体设计一种基于改进EfficientNet的肝癌识别方法。
背景技术
肝癌的主要诊断方法是血清检查和病理活检。血清检查经常需要与影像学检查配合已作出准确的判断,病理活检是诊断肝癌最直接的方法。收集患者可疑区域的组织以进行直接检查,传统的疾病分类取决于医生的经验,判断标准的主观差异和病变的非线性特征会在一定程度上影响监测结果的准确性。而现在主流的辅助诊断方法多采用SVM等,同样会受到主观因素的干扰。
现有技术存在的问题或者缺陷:现在的肝癌诊断方法主要依赖人工识别,而人工识别容易受到主观因素的干扰,影响判断。当前基于CNN的分类模型朝向了更深或更宽层的复杂结构演进。虽然在一定程度上取得不错效果,但是深层意味着网络模型具有更多的参数,这不仅增加了计算开销,同时对计算机硬件设备要求更高。
发明内容
本发明要解决的技术问题在于针对现有技术的缺陷,本发明提供了一种基于改
包括以下步骤。
S1:数据采集,获取肝癌病理切片照片和正常肝脏切片照片,并将照片缩放成预设大小后构建数据集。
S2:数据预处理,对构建的数据集进行预处理,所述预处理包括灰度化、几何变换和图像增强。
S3:数据集划分,将数据集分为训练集、验证集和测试集。
S4:构建基于改进EfficientNet的分类模型并对改进EfficientNet分类模型进行学习训练;针对EfficientNet的核心模块移动翻转瓶颈卷积MBConv进行改进,将原有SENet模块替换为SKNet,首先将MBConv模块卷积核为k的卷积替换为3×3深度可分离卷积和dilation为2的3×3空洞卷积,对输入特征进行不同卷积核大小的完整卷积操作,再通过全局平均池化来获得全局信息、两个全连接层找到不同卷积核所占权重比,最后在通道方向进行softmax操作,形成SK-MBConv网络结构;将SK-MBConv融合原始EfficientNet模型,形成改进EfficientNet网络模型;对改进EfficientNet分类模型进行学习训练,将训练数据集中的肝癌病理切片图像输入改进EfficientNet分类模型进行训练,保存训练好的模型。
S5:肝癌识别,输入待识别的肝癌病理切片图像,通过训练好的改进
EfficientNet分类模型对肝癌病理切片图像进行识别,获得特征向量,利用全连接层进行肝癌识别判定,并得到相应的识别结果。
所述S2中灰度化的方法为:Grey=0.30*R+0.59*G+0.11*B,其中,R为第一个通道即f=0时的数据,G为第一个通道即f=1时的数据,B为第三个通道即f=2时的数据,将3个通道的数据进行组合,得到单通道的灰度数据,灰度数据的数据形式为(n ,x ,y),其中n为图片编号,x与y为灰度处理后图片对应位置像素点。
所述S2中几何变换的方法为:通过平移、转置、镜像、旋转、缩放等几何变换对采集的图像进行处理,用于改正图像采集系统的系统误差和仪器位置(成像角度、透视关系乃至镜头自身原因)的随机误差。
所述S3中训练集、验证集与测试集的比例为6:1:3,所述训练集用于网络进行参数训练,获取肝癌切片分类识别模型;所述验证集用于检测训练得到的网络是过拟合还是欠拟合,所述测试集来测试模型的正确率和误差,以验证模型的有效性。
所述S4中的SKNet具体为:选择性卷积核机制SKNet采用非线性的方法融合来自不同核的特征,使神经元对于不同尺寸的输入信息进行自适应的调整其感受野的大小,其包含了三个操作:Split操作产生多个不同核尺寸的通道与神经元的不同感受野尺寸相关;Fuse操作组合融合来自多通道的信息从而获得一个全局及可理解性的表示用于进行权重选择;Select操作根据挑选得到的权重对不同核尺寸的feature map进行融合。
所述S4中的选择性卷积核机制SKNet的具体方法为。
1)Split:使用不同的卷积核对输入特征图进行卷积;对输入向量X进行不同3×3和5×5的完整卷积操作,得到两个特征图
Figure 654323DEST_PATH_IMAGE001
Figure 992900DEST_PATH_IMAGE002
为进一步提高效率,使用膨胀大小为2,卷积核为3×3的空洞卷积替代传统5×5的卷积。
2)Fuse:将多个分支的结果通过逐元素求和来融合,以获得选择权重的全局和综合表示;首先两个特征图进行求和操作,得到新的特征图U:
Figure 226435DEST_PATH_IMAGE003
,再通过简单的全局平均池化来嵌入全局信息,生成信道统计信息S∈RC其中C是模型图中S的特征维数,其公式为:
Figure 525830DEST_PATH_IMAGE004
其中,
Figure 503013DEST_PATH_IMAGE005
表示全局平均池化,
Figure 961676DEST_PATH_IMAGE006
表示将步骤一Split融合后得到的新的特征图,H、W分别代表特征图Uc的高和宽,i和j代表
Figure 369042DEST_PATH_IMAGE006
在H和W上不同的通道图,
Figure 545946DEST_PATH_IMAGE007
表示对每一个通道图的所有像素值求平均值得到的新的通道图。
然后对输出S做全连接找到每一个通道占的比重z,确保卷积核的准确性和自适应性,其公式为:
Figure 61241DEST_PATH_IMAGE008
其中,δ表示ReLU函数,
Figure 515356DEST_PATH_IMAGE009
表示批正则化处理BN;
Figure 684169DEST_PATH_IMAGE010
表示全连接层,
Figure 20472DEST_PATH_IMAGE011
表示通道s的权重;z的通道数为d,d表示特征图降维后的维度,其公式为:
Figure 401775DEST_PATH_IMAGE012
其中,C表示特征维数,r表示维数的降低率,L表示d的极小值,取值32。
3)Select:根据选择权重聚合不同大小内核的特征图,首先通过softmax回归出通道和卷积核之间的权重信息,输出矩阵
Figure 507134DEST_PATH_IMAGE013
Figure 456636DEST_PATH_IMAGE014
,两分支情况下,
Figure 139290DEST_PATH_IMAGE014
为冗余矩阵,
Figure 261967DEST_PATH_IMAGE015
,其公式为:
Figure 159516DEST_PATH_IMAGE016
其中,
Figure 76656DEST_PATH_IMAGE017
,a,b分别表示
Figure 449869DEST_PATH_IMAGE001
,
Figure 904465DEST_PATH_IMAGE002
的平滑注意力向量,
Figure 922100DEST_PATH_IMAGE018
表示A的第c行,
Figure 275720DEST_PATH_IMAGE013
表示a的第c个元素值;对于B向量同理。
然后将
Figure 339491DEST_PATH_IMAGE013
Figure 397446DEST_PATH_IMAGE014
分别与Split卷积后的特征
Figure 4008DEST_PATH_IMAGE001
Figure 528530DEST_PATH_IMAGE002
进行相乘再求和操作;其公式为:
Figure 876335DEST_PATH_IMAGE019
所述S4中的SK-EfficientNet的网络模型为。
将SK-MBConv融合原始EfficientNet模型,形成改进EfficientNet网络模型,由16个SK-MBConv卷积模块、2个卷积层、1个全局平均池化层和1个分类层构成;包括以下阶段。
第一阶段,对输入的图像进行3×3卷积,再依次经过批归一化层和Swish激活函数,输出一个维度为112×112×32的特征图。
第二阶段,对前一阶段输出的112×112×32的特征图进行SK-MBConv,即改进移动翻转瓶颈卷积,其中SK-MBConv扩张比例为1,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长1×1,输出一个维度112×112×16的特征图。
第三阶段,对前一阶段输出的112×112×16的特征图进行两次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长2×2,第二次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为56×56×24的特征图。
第四阶段,对前一阶段输出的56×56×24的特征图进行两次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为2×2,第二次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为28×28×40的特征图。
第五阶段,对前一阶段输出的28×28×40的特征图进行三次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长为2×2,第二次和第三次的核步长为1×1,输出一个维度为14×14×80的特征图。
第六阶段,对前一阶段输出的14×14×80的特征图进行三次SK-MBConv,其中三次SK-MBConv的扩张比例都为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为1×1,输出一个维度为14×14×112的特征图。
第七阶段,对前一阶段输出的14×14×112的特征图进行四次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为2×2,第二、三、四次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为7×7×192的特征图。
第八阶段,对前一阶段输出的7×7×192的特征图进行一次SK-MBConv,其中SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长为1×1,输出一个维度为7×7×320的特征图。
第九阶段,对输入的7×7×320的特征图像依次进行1×1普通卷积、批归一化、Swish激活函数、全局平均池化层、全连接层和Softmax激活函数,输出分类结果。
所述S4中对改进EfficientNet分类模型进行训练的方法为:在模型训练过程中,采用Adam作为优化器,设置初始学习率为0.03,每100个epoch学习率衰减50%,batchsize大小为16,为防止过拟合,将正则化系数设为
0.0005,损失函数使用交叉熵损失函数,设定训练300个epoch,连续20个
epoch模型损失值无下降则停止训练,保存模型。采用改进EfficientNet作为基础网络进行训练,包括16个SK-MBConv卷积模块、2个卷积层、1个全局平均池化层和1个分类层构成;首先利用卷积核为32核3×3×3,步长为2×2对输入的224×224×3的图像进行升维操作,得到维度维112×112×32的特征图,接着进行SK-MBConv卷积操作,先经过k×k的深度卷积和dilation为2的3×3空洞卷积,对输入特征进行不同卷积核大小的完整卷积操作,再通过全局平均池化来获得全局信息,两个全连接层找到不同卷积核所占权重比,最后在通道方向进行softmax操作;当出现相同的SK-MBConv时,进行连接失活和输入的跳跃连接;最后经过1×1的逐点卷积恢复原通道,并使用全连接层进行分类;每一个卷积操作后都会进行批归一化和Swish激活函数。
本发明与现有技术相比,具有的有益效果是:对目前大多数深度卷积神经网络模型识别所需网络参数数量较多,速度慢,精确度不够高的问题,本发明提供了一种基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,结合EfficientNet高速度与精度、SKNet高特征提取能力的优点,在减少模型参数的同时更好地对肝癌病理切片图像进行识别,本发明的改进EfficientNet模型具有以下优点:(1)模型所需参数更少;(2)模型识别精确度更高;(3)模型识别速度更快;(4)模型更方便部署与应用。
附图说明
图1是本发明实施例的控制流程图。
图2是本发明实施例的SK-MBConv网络结构图。
图3是本发明实施例的选择性卷积核机制结构图。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白,以下结合附图及实施例,对本发明进行进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅用以解释本发明,并不用于限定本发明。
一种基于改进改进EfficientNet的肝癌识别方法,包括以下步骤。
步骤1:数据采集,获取肝癌病理切片照片和正常肝脏切片照片,并将照片缩放成预设大小后构建数据集。具体地,将照片数据进行缩放,达到指定大小,方便后续网络进行学习与识别。其中,肝癌病理切片照片645张,正常肝脏切片照片600张,共计1245张。
步骤2:数据预处理,对构建的数据集进行预处理,所述预处理包括灰度化、几何变换和图像增强;具体地,由于数据量较少,可能无法发挥深度神经网络的全部性能,因此对数据集以旋转的方式进行扩充。为避免网络学习到在制作切片过程中导致的错误颜色特征,对数据进行灰度处理,将其处理为单通道的灰度图,帮助网络可以更好地对特征进行提取。
下面对预处理的过程进行具体阐述。
灰度化:由于不同的病理切片处理方式不同,会导致得到的病理切片图像呈现不同的颜色特征,因此对数据进行灰度处理,增强模型识别的泛化能力与鲁棒性。本方案采用的灰度处理方法为Grey=0.30*R+0.59*G+0.11*B,其中R为第一个通道即f=0时的数据,G为第一个通道即f=1时的数据,B为第三个通道即f=2时的数据,将3个通道的数据进行组合,得到单通道的灰度数据,灰度数据的数据形式为(n ,x ,y) ,其中n为图片编号,x与y为灰度处理后图片对应位置像素点。
几何变换:通过平移、转置、镜像、旋转、缩放等几何变换对采集的图像进行处理,用于改正图像采集系统的系统误差和仪器位置(成像角度、透视关系乃至镜头自身原因)的随机误差,以提高变形适应性。
图像增强: 1)高斯模糊添噪:对图像添加椒盐噪声和高斯噪声,模拟拍摄不同清晰度的样本。2)颜色增亮:以指数方式更改每个像素的饱和度S和亮度V分量,并保持色相H不变,以增加照明变化。S和V通道分别使用从[0.25,4]均匀得出的系数进行缩放; 3)统一图像尺寸:最后将所有图像的尺寸统一为256×256像素。
步骤3:数据集划分,将数据集划分为训练集、验证集与测试集。具体地,将数据集按照6:1:3的比例划分为训练集、验证集与测试集。其中训练集用于网络进行参数训练,获取肝癌切片分类识别模型;验证集用于检测训练得到的网络是否发生欠拟合;测试集用于对网络识别效果进行评价。
步骤4:构建基于改进EfficientNet的分类模型并对改进EfficientNet分类模型进行学习训练;将训练数据集中的植物病害图像输入改进EfficientNet分类模型进行训练,保存训练好的模型。
1)构建SK-MBConv核心模块。
针对EfficientNet的核心模块移动翻转瓶颈卷积(mobile inverted bottleneckconvolution,MBConv)进行改进,将原有SENet模块替换为SKNet,首先将MBConv模块卷积核为k的卷积替换为3×3深度可分离卷积和dilation为2的3×3空洞卷积,对输入特征进行不同卷积核大小的完整卷积操作,再通过全局平均池化来获得全局信息、两个全连接层找到不同卷积核所占权重比,最后在通道方向进行softmax操作,形成SK-MBConv网络结构,具体为。
首先对特征图进行1×1普通卷积升维,再分别进行 3×3深度可分离卷积和dilation为2的3×3空洞卷积,得到两个新的特征图
Figure 816609DEST_PATH_IMAGE001
Figure 199049DEST_PATH_IMAGE002
,再将两个分支的结果通过逐元素求和来融合,得到新的特征图U,接着将新的特征图U依次经过全局平均池化层、两个全连接层和softmax操作,再经过1×1普通卷积降维,最后将Dropout失活函数得到的特征图与原始特征图进行融合,得到最终的特征图。
选择性卷积核机制SKNet采用一种非线性的方法融合来自不同核的特征可以使神经元对于不同尺寸的输入信息进行自适应的调整其感受野的大小,其包含了三个操作:Split操作产生多个不同核尺寸的通道与神经元的不同感受野尺寸相关;Fuse操作组合融合来自多通道的信息从而获得一个全局及可理解性的表示用于进行权重选择;Select操作根据挑选得到的权重对不同核尺寸的feature map进行融合。
1)Split:使用不同的卷积核对输入特征图进行卷积;对输入向量X进行不同3×3和5×5的完整卷积操作,得到两个特征图
Figure 97735DEST_PATH_IMAGE001
Figure 401677DEST_PATH_IMAGE002
为进一步提高效率,使用膨胀大小为2,卷积核为3×3的空洞卷积替代传统5×5的卷积。
2)Fuse:将多个分支的结果通过逐元素求和来融合,以获得选择权重的全局和综合表示;首先两个特征图进行求和操作,得到新的特征图U:
Figure 207959DEST_PATH_IMAGE003
,再通过简单的全局平均池化来嵌入全局信息,生成信道统计信息S∈RC,其中C是模型图中S的特征维数,其公式为:
Figure 54692DEST_PATH_IMAGE004
其中,
Figure 655438DEST_PATH_IMAGE005
表示全局平均池化,
Figure 977835DEST_PATH_IMAGE006
表示将步骤一Split融合后得到的新的特征图,H、W分别代表特征图
Figure 259912DEST_PATH_IMAGE006
的高和宽,i和j代表
Figure 351365DEST_PATH_IMAGE006
在H和W上不同的通道图,
Figure 591853DEST_PATH_IMAGE007
表示对每一个通道图的所有像素值求平均值得到的新的通道图。
然后对输出S做全连接找到每一个通道占的比重z,确保卷积核的准确性和自适应性,其公式为:
Figure 138897DEST_PATH_IMAGE008
其中,δ表示ReLU函数,
Figure 490243DEST_PATH_IMAGE009
表示批正则化处理BN;
Figure 108307DEST_PATH_IMAGE010
表示全连接层,
Figure 644330DEST_PATH_IMAGE011
表示通道s的权重;z的通道数为d,d表示特征图降维后的维度,其公式为:
Figure 144582DEST_PATH_IMAGE012
其中,C表示特征维数,r表维数的降低率,L表示d的极小值,取值32。
3)Select:根据选择权重聚合不同大小内核的特征图;首先通过softmax回归出通道和卷积核之间的权重信息,输出矩阵
Figure 768461DEST_PATH_IMAGE013
Figure 506610DEST_PATH_IMAGE014
,两分支情况下,
Figure 682376DEST_PATH_IMAGE014
为冗余矩阵,
Figure 76449DEST_PATH_IMAGE015
,其公式为:
Figure 628653DEST_PATH_IMAGE016
其中,
Figure 549204DEST_PATH_IMAGE017
,a,b分别表示
Figure 36817DEST_PATH_IMAGE001
,
Figure 714923DEST_PATH_IMAGE002
的平滑注意力向量,
Figure 805239DEST_PATH_IMAGE018
表示A的第c行,
Figure 252401DEST_PATH_IMAGE013
表示a的第c个元素值;对于B向量同理。
然后将
Figure 910915DEST_PATH_IMAGE013
Figure 404213DEST_PATH_IMAGE014
分别与Split卷积后的特征
Figure 235903DEST_PATH_IMAGE001
Figure 546361DEST_PATH_IMAGE002
进行相乘再求和操作;其公式为:
Figure 438093DEST_PATH_IMAGE019
2)构建改进EfficientNet识别模型,将SK-MBConv融合原始EfficientNet模型,形成改进EfficientNet网络模型,由16个SK-MBConv卷积模块、2个卷积层、1个全局平均池化层和1个分类层构成;第一阶段,对输入的224×224×3的图像进行3×3卷积,再依次经过批归一化层和Swish激活函数,输出一个维度为112×112×32的特征图。第二阶段,对前一阶段输出的112×112×32的特征图进行SK- MBConv(改进移动翻转瓶颈卷积),其中
SK-MBConv扩张比例为1,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长1×1,输出一个维度为112×112×16的特征图。第三阶段,对前一阶段输出的112×112×16的特征图进行两次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长2×2,第二次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为56×56×24的特征图。第四阶段,对前一阶段输出的56×56×24的特征图进行两次SK-MBConv,其中第一次SK- MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为2×2,第二次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为28×28×40的特征图。第五阶段,对前一阶段输出的28×28×40的特征图进行三次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长为2×2,第二次和第三次的核步长为1×1,输出一个维度为1414×80的特征图。第六阶段,对前一阶段输出的14×14×80的特征图进行三次SK-MBConv,其中三次SK-MBConv的扩张比例都为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为1×1,输出一个维度为14×14×112的特征图。第七阶段,对前一阶段输出的14×14×112的特征图进行四次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为2×2,第二、三、四次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为7×7×192的特征图。第八阶段,对前一阶段输出的7×7×192的特征图进行一次SK-MBConv,其中SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长为1×1,输出一个维度为7×7×320的特征图。第九阶段,对输入的7×7×320的特征图像依次进行1×1普通卷积、批归一化、Swish激活函数、全局平均池化层、全连接层和Softmax激活函数,输出分类结果。
3)模型参数设置,在模型训练过程中,采用Adam作为优化器,设置初始学习率为0.03,每100个epoch学习率衰减50%,batchsize大小为16,为防止过拟合,将正则化系数设为0.0005,损失函数使用交叉熵损失函数,设定训练300个epoch,连续20个epoch模型损失值无下降则停止训练,保存模型。
4)模型训练,采用改进EfficientNet作为基础网络进行训练,包括16个SK-MBConv卷积模块、2个卷积层、1个全局平均池化层和1个分类层构成。首先利用卷积核为32核3×3×3,步长为2×2对输入的224×224×3的图像进行升维操作,得到维度维112×112×32的特征图,接着进行SK-MBConv卷积操作,先经过kxk的深度卷积和dilation为2的3×3空洞卷积,对输入特征进行不同卷积核大小的完整卷积操作,再通过全局平均池化来获得全局信息两个全连接层找到不同卷积核所占权重比,最后在通道方向进行softmax操作。当出现相同的SK-MBConv时,进行连接失活和输入的跳跃连接。最后经过1×1的逐点卷积恢复原通道,并使用全连接层进行分类。注意该模块中的每一个卷积操作后都会进行批归一化和Swish激活函数。
步骤5:输入待识别的肝癌病理切片图像,通过训练好的改进EfficientNet分类模型对肝癌病理切片图像进行识别,获得特征向量,利用全连接层进行病害识别判定,并得到相应的识别结果。
上面仅对本发明的较佳实施例作了详细说明,但是本发明并不限于上述实施例,在本领域普通技术人员所具备的知识范围内,还可以在不脱离本发明宗旨的前提下作出各种变化,各种变化均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (9)

1.一种基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,包括以下步骤:
S1:数据采集,获取肝癌病理切片照片和正常肝脏切片照片,并将照片缩放成预设大小后构建数据集;
S2:数据预处理,对构建的数据集进行预处理,所述预处理包括灰度化、几何变换和图像增强;
S3:数据集划分,将数据集分为训练集、验证集和测试集;
S4:构建基于改进EfficientNet的分类模型并对改进EfficientNet分类模型进行学习训练;针对EfficientNet的核心模块移动翻转瓶颈卷积MBConv进行改进,将原有SENet模块替换为SKNet,首先将MBConv模块卷积核为k的卷积替换为3×3深度可分离卷积和dilation为2的3×3空洞卷积,对输入特征进行不同卷积核大小的完整卷积操作,再通过全局平均池化来获得全局信息、两个全连接层找到不同卷积核所占权重比,最后在通道方向进行softmax操作,形成SK-MBConv网络结构;将SK-MBConv融合原始EfficientNet模型,形成改进EfficientNet网络模型;对改进EfficientNet分类模型进行学习训练,将训练数据集中的肝癌病理切片图像输入改进EfficientNet分类模型进行训练,保存训练好的模型;
S5:肝癌识别,输入待识别的肝癌病理切片图像,通过训练好的改进
EfficientNet分类模型对肝癌病理切片图像进行识别,获得特征向量,利用全连接层进行肝癌识别判定,并得到相应的识别结果。
2.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S1中数据采集的方法为:
获取肝癌病理切片照片和正常肝脏切片照片,并将照片缩放成预设大小后构建数据集;
具体地,将照片数据进行缩放,达到指定大小,方便后续网络进行学习与识别,
其中,肝癌病理切片照片645张,正常肝脏切片照片600张,共计1245张。
3.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S2中灰度化的方法为:
Grey=0.30*R+0.59*G+0.11*B,其中,R为第一个通道即f=0时的数据,G为第一个通道即f=1时的数据,B为第三个通道即f=2时的数据,将3个通道的数据进行组合,得到单通道的灰度数据,灰度数据的数据形式为(n,x,y),其中n为图片编号,x与y为灰度处理后图片对应位置像素点。
4.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S2中几何变换的方法为:
通过平移、转置、镜像、旋转、缩放等几何变换对采集的图像进行处理,用于改正图像采集系统的系统误差和仪器位置(成像角度、透视关系乃至镜头自身原因)的随机误差。
5.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S3中数据集划分方法为:
训练集、验证集与测试集的比例为6:1:3,所述训练集网络进行参数训练,获取肝癌切片分类识别模型;所述验证集用于检测训练得到的网络是过拟合还是欠拟合,所述测试集来测试模型的正确率和误差,以验证模型的有效性。
6.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S4中的SKNet具体为:
选择性卷积核机制SKNet采用非线性的方法融合来自不同核的特征,使神经元对于不同尺寸的输入信息进行自适应的调整其感受野的大小,其包含了三个操作:Split操作产生多个不同核尺寸的通道与神经元的不同感受野尺寸相关;Fuse操作组合融合来自多通道的信息从而获得一个全局及可理解性的表示用于进行权重选择;Select操作根据挑选得到的权重对不同核尺寸的feature map进行融合。
7.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S4中的选择性卷积核机制SKNet的具体方法为:
1)Split:使用不同的卷积核对输入特征图进行卷积;对输入向量X进行不同3×3和5×5的完整卷积操作,得到两个特征图
Figure 658240DEST_PATH_IMAGE001
Figure 630744DEST_PATH_IMAGE002
为进一步提高效率,使用膨胀大小为2,卷积核为3×3的空洞卷积替代传统5×5的卷积;
2)Fuse:将多个分支的结果通过逐元素求和来融合,以获得选择权重的全局和综合表示;首先两个特征图进行求和操作,得到新的特征图U:
Figure 24817DEST_PATH_IMAGE003
,再通过简单的全局平均池化来嵌入全局信息,生成信道统计信息S∈RC,其中C是模型图中S的特征维数,其公式为:
Figure 983545DEST_PATH_IMAGE004
其中,
Figure 904097DEST_PATH_IMAGE005
表示全局平均池化,
Figure 516344DEST_PATH_IMAGE006
表示将步骤一Split融合后得到的新的特征图,H、W分别代表特征图
Figure 132133DEST_PATH_IMAGE006
的高和宽,i和j代表
Figure 894552DEST_PATH_IMAGE006
在H和W上不同的通道图,
Figure 935190DEST_PATH_IMAGE007
表示对每一个通道图的所有像素值求平均值得到的新的通道图;
然后对输出S做全连接找到每一个通道占的比重z,确保卷积核的准确性和自适应性,其公式为:
Figure 124863DEST_PATH_IMAGE008
其中,δ表示ReLU函数,
Figure 759106DEST_PATH_IMAGE009
表示批正则化处理BN;
Figure 59638DEST_PATH_IMAGE010
表示全连接层,
Figure 689202DEST_PATH_IMAGE011
表示通道s的权重;z的通道数为d,d表示特征图降维后的维度,其公式为:
Figure 784197DEST_PATH_IMAGE012
其中,C表示特征维数,r表维数的降低率,L表示d的极小值,取值32;
3)Select:根据选择权重聚合不同大小内核的特征图;首先通过softmax回归出通道和卷积核之间的权重信息,输出矩阵
Figure 499212DEST_PATH_IMAGE013
Figure 603434DEST_PATH_IMAGE014
,两分支情况下,
Figure 350155DEST_PATH_IMAGE014
为冗余矩阵,
Figure 350472DEST_PATH_IMAGE015
,其公式为:
Figure 287204DEST_PATH_IMAGE016
其中,
Figure 929538DEST_PATH_IMAGE017
,a,b分别表示
Figure 799274DEST_PATH_IMAGE001
,
Figure 501650DEST_PATH_IMAGE002
的平滑注意力向量,
Figure 332203DEST_PATH_IMAGE018
表示A的第c行,
Figure 637283DEST_PATH_IMAGE013
表示a的第c个元素值;对于B向量同理;
然后将
Figure 830367DEST_PATH_IMAGE013
Figure 438065DEST_PATH_IMAGE014
分别与Split卷积后的特征
Figure 490335DEST_PATH_IMAGE001
Figure 864685DEST_PATH_IMAGE002
进行相乘再求和操作;其公式为:
Figure 584379DEST_PATH_IMAGE019
8.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S4中的改进EfficientNet的网络模型为:
将SK-MBConv融合原始EfficientNet模型,形成改进EfficientNet网络模型,由16个SK-MBConv卷积模块、2个卷积层、1个全局平均池化层和1个分类层构成;包括以下阶段:
第一阶段,对输入的图像进行3×3卷积,再依次经过批归一化层和Swish激活函数,输出一个维度为112×112×32的特征图;
第二阶段,对前一阶段输出的112×112×32的特征图进行SK-MBConv,即改进移动翻转瓶颈卷积,其中SK-MBConv扩张比例为1,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长1×1,输出一个维度112×112×16的特征图;
第三阶段,对前一阶段输出的112×112×16的特征图进行两次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长2×2,第二次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为56×56×24的特征图;
第四阶段,对前一阶段输出的56×56×24的特征图进行两次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为2×2,第二次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为28×28×40的特征图;
第五阶段,对前一阶段输出的28×28×40的特征图进行三次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长为2×2,第二次和第三次的核步长为1×1,输出一个维度为14×14×80的特征图;
第六阶段,对前一阶段输出的14×14×80的特征图进行三次SK-MBConv,其中三次SK-MBConv的扩张比例都为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为1×1,输出一个维度为14×14×112的特征图;
第七阶段,对前一阶段输出的14×14×112的特征图进行四次SK-MBConv,其中第一次SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为5×5,空洞卷积核大小为5×5,核步长为2×2,第二、三、四次SK-MBConv的核步长为1×1,输出一个维度为7×7×192的特征图;
第八阶段,对前一阶段输出的7×7×192的特征图进行一次SK-MBConv,其中SK-MBConv的扩张比例为6,深度卷积核大小为3×3,空洞卷积核大小为3×3,核步长为1×1,输出一个维度为7×7×320的特征图;
第九阶段,对输入的7×7×320的特征图像依次进行1×1普通卷积、批归一化、Swish激活函数、全局平均池化层、全连接层和Softmax激活函数,输出分类结果。
9.根据权利要求1所述的基于改进EfficientNet的肝癌识别方法,其特征在于,所述S4中对改进EfficientNet分类模型进行训练的方法为:
在模型训练过程中,采用Adam作为优化器,设置初始学习率为0.03,每100个epoch学习率衰减50%,batchsize大小为16,为防止过拟合,将正则化系数设为0.0005,损失函数使用交叉熵损失函数,设定训练300个epoch,连续20个epoch模型损失值无下降则停止训练,保存模型;采用改进EfficientNet作为基础网络进行训练,包括16个SK-MBConv卷积模块、2个卷积层、1个全局平均池化层和1个分类层构成;首先利用卷积核为32核3×3×3,步长为2×2对输入的224×224×3的图像进行升维操作,得到维度维112×112×32的特征图,接着进行SK-MBConv卷积操作,先经过k×k的深度卷积和dilation为2的3×3空洞卷积,对输入特征进行不同卷积核大小的完整卷积操作,再通过全局平均池化来获得全局信息,两个全连接层找到不同卷积核所占权重比,最后在通道方向进行softmax操作;当出现相同的SK-MBConv时,进行连接失活和输入的跳跃连接;最后经过1×1的逐点卷积恢复原通道,并使用全连接层进行分类;每一个卷积操作后都会进行批归一化和Swish激活函数。
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