CN113564242A - 凋亡相关基因在反复种植失败中的应用 - Google Patents

凋亡相关基因在反复种植失败中的应用 Download PDF

Info

Publication number
CN113564242A
CN113564242A CN202110858768.2A CN202110858768A CN113564242A CN 113564242 A CN113564242 A CN 113564242A CN 202110858768 A CN202110858768 A CN 202110858768A CN 113564242 A CN113564242 A CN 113564242A
Authority
CN
China
Prior art keywords
apoptosis
related gene
subject
expression level
failure
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202110858768.2A
Other languages
English (en)
Inventor
曲迅
徐小飞
董召刚
南兆棣
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Qilu Hospital of Shandong University
Original Assignee
Qilu Hospital of Shandong University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Qilu Hospital of Shandong University filed Critical Qilu Hospital of Shandong University
Priority to CN202110858768.2A priority Critical patent/CN113564242A/zh
Publication of CN113564242A publication Critical patent/CN113564242A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/118Prognosis of disease development
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/136Screening for pharmacological compounds
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供凋亡相关基因在反复种植失败中的应用,属于生物医药和分子生物学技术领域。本发明通过从GEO数据库中调取子宫内膜RNA‑seq相关数据,在GSE92324队列筛选出一系列差异基因,最终确定三个凋亡相关基因即CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1的异常表达与反复种植失败紧密相关,且经过验证队列(GSE71835)进行验证,证明上述凋亡相关基因对反复种植失败具有良好的诊断价值,因此可作为反复种植失败的预测诊断标志物和潜在治疗靶点,从而在反复种植失败的诊断、治疗中发挥重要作用,具有良好的实际推广应用之价值。

Description

凋亡相关基因在反复种植失败中的应用
技术领域
本发明属于生物医药和分子生物学技术领域,具体涉及凋亡相关基因在反复种植失败中的应用。
背景技术
公开该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解,而不必然被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已经成为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
反复种植失败(repeated/recurrent implantation failure,RIF)即指不孕症患者经历多个体外受精(in vitro fertilization,IVF)/卵细胞浆内单精子注射(intra-cytoplasmic sperm injection,ICSI)周期并移植了多枚优质胚胎而未发生胚胎种植或临床妊娠。迄今为止胚胎种植的分子机制尚未阐明,其原因复杂且涉及多个方面,具体包括以下几个方面:母体方面因素包括心理因素、生殖系统解剖结构异常、子宫内膜发育与功能异常、子宫收缩频繁、血栓形成倾向、母胎界面的免疫功能异常等;胚胎方面因素则包括胚胎遗传物质缺陷、胚胎孵化和发育潜能不良;以及其他相关因素(患者管理、临床管理和质控、实验室管理和质控)等。RIF的发生既可能是单因素所致,也可能是多因素共同影响所为,还有一些原因不明。因此探索RIF的病因和发病机制,则是预防和治疗RIF的关键。
细胞凋亡(apoptosis)是生物界广泛存在的一种重要的生命过程,是多细胞动物为调节机体发育、维护内环境稳定、有基因调控的细胞主动性死亡过程。细胞凋亡现象由于广泛地存在于个体发生过程及免疫机制中,且与抗癌、抗衰老、防治AIDS等密切相关,引起越来越多科学家的研究兴趣。在细胞凋亡的分子生物学研究过程中,已发现有多种基因参与细胞凋亡的调控,其中包括Bcl-2家族和Bax、p53、Fas和FasL等。然而,目前凋亡相关基因在反复种植失败中的作用的相关研究仍然较少,因此有必要探寻更加有效的反复种植失败诊断、治疗监测的标记物,为诊断、治疗RIF和相关药物的研发奠定基础。
发明内容
针对现有技术存在的不足,本发明提供凋亡相关基因在反复种植失败中的应用。本发明首次发现CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1等凋亡相关基因的表达量与反复种植失败紧密相关,且上述凋亡相关基因在RIF中的诊断的灵敏性与特异性较高,因此,CSRNP1等凋亡相关基因可以作为反复种植失败的预测诊断标志物,从而完成本发明。
具体的,本发明涉及以下技术方案:
本发明的第一个方面,提供凋亡相关基因作为标志物在制备反复种植失败诊断(辅助诊断)、监测和/或预测产品中的应用。
其中,所述凋亡相关基因至少包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中的任意一种或多种。
本发明通过研究发现,CSRNP1等凋亡相关基因在反复种植失败患者的子宫内膜细胞中呈高表达。进一步绘制受试者工作特征曲线(ROC曲线)并计算曲线下面积(AUC),表明CSRNP1等凋亡相关基因具有诊断作用,且CSRNP1等凋亡相关基因在反复种植失败中的诊断灵敏性与特异性高。特别地,将三者联合使用,其曲线下面积AUC为0.917(0.615to 0.986),敏感度、特异度分别为100.0(95%CI:54.1-100.0)、83.3(95%CI:36.1-97.2),具有极高的诊断价值。
本发明的第二个方面,提供一种产品,所述产品包含上述用于检测凋亡相关基因表达的物质,所述产品用于诊断(辅助诊断)、监测和/或预测反复种植失败。
其中,检测凋亡相关基因表达的物质包括但不限于用于RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、基因芯片和基因测序检测凋亡相关基因的表达水平的物质。
所述产品包括但不限于检测待测样本中所述凋亡相关基因表达水平的引物、探针、芯片、核酸膜条、制剂或试剂盒。
所述待测样本可为人源样本,更具体的,所述待测样本包括受试者子宫内膜组织和/或细胞。
本发明的第三个方面,提供一种用于诊断(辅助诊断)、监测和/或预测反复种植失败的系统,所述系统包括:
i)分析模块,所述分析模块包含:用于确定受试者的待测样品中选自上述凋亡相关基因表达水平的检测物质,以及;
ii)评估模块,所述评估模块包含:根据i)中确定的所述凋亡相关基因表达水平判断所述受试者是否患有反复种植失败;
所述步骤ii)评估模块具体评估流程包括:
与参照相比,所述受试者的待测样品中的凋亡相关基因表达水平上调和/或下调,则所述受试者为或候选为反复种植失败患者;反之,则所述受试者不为或不候选为反复种植失败患者。
本发明的第四个方面,提供一种用于诊断(辅助诊断)、监测和/或预测反复种植失败的方法,所述方法包括:
A)从受试者分离待测样品;
B)在所述受试者的待测样品中检测上述凋亡相关基因表达水平,以及;
C)将样品中的凋亡相关基因表达水平与参照中的凋亡相关基因表达水平进行比较;
其中,与参照中的水平相比,样品中表达水平的上调和/或下调,则所述受试者为或候选为反复种植失败患者;反之,则所述受试者不为或不候选为反复种植失败患者。
本发明的第五个方面,提供所述凋亡相关基因作为靶点在反复种植失败治疗和/或筛选反复种植失败药物中的应用。
本发明的第六个方面,提供一种筛选反复种植失败药物的方法,所述方法包括:
a)采用候选物质处理表达和/或含有所述凋亡相关基因的体系;设置不采用候选物质处理的平行对照;
b)完成步骤a)后,检测体系中所述凋亡相关基因的表达水平;与平行对照相比,如果采用候选物质处理的体系中所述凋亡相关基因的表达量显著降低和/或升高,所述候选物质可作为候选的反复种植失败药物。
以上一个或多个技术方案的有益技术效果:
上述技术方案通过从GEO数据库中调取子宫内膜RNA-seq相关数据,在GSE92324队列筛选出一系列差异基因,最终确定三个凋亡相关基因即CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1的异常表达与反复种植失败紧密相关,且经过验证队列(GSE71835)进行验证,证明上述凋亡相关基因对反复种植失败具有良好的诊断价值,因此可作为反复种植失败的预测诊断标志物和潜在治疗靶点,从而在反复种植失败的诊断、治疗中发挥重要作用,具有良好的实际推广应用之价值。
附图说明
构成本发明的一部分的说明书附图用来提供对本发明的进一步理解,本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明,并不构成对本发明的不当限定。
图1是本发明实施例中GSE92324队列中差异凋亡相关基因聚类分析图。
图2为本发明实施例中GSE71835队列中差异凋亡相关基因聚类分析图。
图3是本发明实施例中GSE92324队列中差异凋亡相关基因表达图。
图4是本发明实施例中GSE71835队列中差异凋亡相关基因表达图。
图5是本发明实施例中CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1联合在RIF的诊断作用图。
具体实施方式
应该指出,以下详细说明都是例示性的,旨在对本申请提供进一步的说明。除非另有指明,本文使用的所有技术和科学术语具有与本申请所属技术领域的普通技术人员通常理解的相同含义。
需要注意的是,这里所使用的术语仅是为了描述具体实施方式,而非意图限制根据本申请的示例性实施方式。如在这里所使用的,除非上下文另外明确指出,否则单数形式也意图包括复数形式,此外,还应当理解的是,当在本说明书中使用术语“包含”和/或“包括”时,其指明存在特征、步骤、操作、器件、组件和/或它们的组合。下列具体实施方式中如果未注明具体条件的实验方法,通常按照本领域技术内的分子生物学的常规方法和条件,这种技术和条件在文献中有完整解释。参见例如Sambrook等人,《分子克隆:实验手册》中所述的技术和条件,或按照制造厂商所建议的条件。
结合具体实例对本发明作进一步的说明,以下实例仅是为了解释本发明,并不对其内容进行限定。如果实施例中未注明的实验具体条件,通常按照常规条件,或按照销售公司所推荐的条件;实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可通过商业途径购买得到。
术语“表达水平”是指在特定的时间点体内或样品中存在的基因产物的量。表达水平可以例如通过由基因表达的蛋白质或mRNA来测量/量化/检测。可以例如如下量化表达水平:用相同样品或参考样品(例如,在相同时间从同一个体得到的样品或相同样品的相同尺寸(重量、体积)的部分)中相同类型基因产物的总量(总蛋白质或mRNA)归一化样品中存在的目的基因产物的量,或者确定目的基因产物的量/限定的样品尺寸(重量、体积等)。可以通过本领域已知的任何方法来测量或检测表达水平,所述方法例如用于目的基因产物的直接检测和量化的方法(例如质谱),或者通常通过目的基因产物与对目的基因产物具有特异性的一种或更多种不同分子或检测装置(例如,引物、探针、抗体、蛋白质支架)结合而工作的用于间接检测和测量目的基因产物的方法。技术人员还已知的是确定基因拷贝的水平,其还包括确定一个或更多个片段的不存在或存在(例如,通过核酸探针或引物,例如定量PCR、多重连接依赖性探针扩增(Multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)PCR)。
术语“指标”和“标志”在本发明中可互换使用,并且是指病症的体征或信号或者用于监测病症。这样的“病症”是指细胞、组织或器官的生物状态,或者是指个体的健康和/或疾病状态。指标可以是包括但不限于肽、蛋白质和核酸的分子的存在或不存在,或者可以是细胞、或组织、器官或个体中这样的分子的表达水平或模式变化。指标可以是个体中疾病的发生、发展或存在或者这样的疾病的进一步进展的体征。指标也可以是在个体中发生疾病的风险的体征。
术语指标的水平“上调”、“升高”或“提高”是指与参照相比,样品中这样的指标的水平降低。
术语指标的水平“下调”、“降低”或“下降”是指与参照相比,样品中这样的指标的水平降低。
如本发明所使用的术语“试剂盒”是指优选地单独提供或提供在单个容器内的上述组分的集合。容器还优选地包含有用于实施本发明方法的说明。在本说明书中已经给出了试剂盒的这些组分的实例及其使用方法。优选地,试剂盒包含在即用型制剂中的上述组分。优选地,试剂盒可另外地包括说明书,例如用于调节组分(例如,检测剂的浓度)以及用于解释关于通过本发明方法所提供诊断的任何测定的结果的用户手册。特别地,这样的手册可以包括用于将确定基因产物的量分配至诊断类型的信息。细节见于本说明书的别处。此外,这样的用户手册可以提供关于正确地使用试剂盒组分用于确定相应生物标志物的量的说明。用户手册可以以纸质或电子形式提供(例如,存储在CD或CD ROM上)。本发明还涉及所述试剂盒在根据本发明的任何方法中的用途。
如本发明所使用的术语“系统”涉及至少包含有效地互相联系以允许进行诊断的上述装置的装置系统。在上文结合本发明的方法公开了优选的用于确定基因产物之甲基化状态或量的装置和用于进行比较的装置。如何以操作方式联系装置将取决于设备中包括的装置的类型。例如,在应用用于自动化确定基因产物的甲基化状态或量的装置的情况下,可以通过例如计算机程序来处理由所述自动化操作装置获得的数据以建立诊断。优选地,在这种情况下,装置包含在单设备中。因此,所述设备可以包括用于确定样品中基因产物的甲基化状态或量的分析模块以及用于处理所得数据用于诊断的评估模块。在上文结合涉及本发明方法的实施方案公开了优选的检测装置。在这种情况下,使装置有效地连接,使得系统的使用者由于手册中给出的说明和解释将量的确定结果及其诊断值结合在一起。在这样的实施方案中装置可以呈现为单独的设备并且优选地作为试剂盒包装在一起。本领域技术人员将了解如何联系装置而无需进一步的创造性技能。优选的设备是可以在没有专业临床医师的特定知识的情况下应用的那些,例如仅需要加载样品的测试条或电子设备。结果可以作为参数诊断原始数据的输出,优选地作为绝对或相对量给出。应理解,这些数据将需要由临床医师解释。然而,还设想了专家系统设备,其中输出包含经处理的诊断原始数据,其解释不需要专业的临床医师。另一些优选设备包含分析模块/设备(例如,生物传感器、阵列、与特异性识别多肽的配体偶联的固体支持物、等离子体表面共振设备、NMR光谱仪、质谱仪等)或上文根据本发明方法提及的评估模块/设备。
本发明的一个具体实施方式中,凋亡相关基因作为标志物在制备反复种植失败诊断(辅助诊断)、监测和/或预测产品中的应用。
其中,所述凋亡相关基因至少包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中的任意一种或多种;还可以包括其他可作为反复种植失败诊断(辅助诊断)、监测和/或预测的相关基因和/或蛋白,通过不同标志物的优化组合,从而有助于进一步提高检测的特异度和灵敏度,从而为临床医生准确诊断反复种植失败,及时采取防治方案提供支持。
本发明通过研究发现,CSRNP1等凋亡相关基因在反复种植失败患者的子宫内膜细胞中呈高表达。进一步绘制受试者工作特征曲线(ROC曲线)并计算曲线下面积(AUC),表明CSRNP1等凋亡相关基因具有诊断作用,且CSRNP1等凋亡相关基因在反复种植失败中的诊断灵敏性与特异性高。特别地,将三者联合使用,其曲线下面积AUC为0.917(0.615to 0.986),敏感度、特异度分别为100.0(95%CI:54.1-100.0)、83.3(95%CI:36.1-97.2),具有极高的诊断价值。
本发明的又一具体实施方式中,提供所述产品包含上述用于检测凋亡相关基因表达的物质,所述产品用于诊断(辅助诊断)、监测和/或预测反复种植失败。
其中,检测凋亡相关基因表达的物质包括但不限于用于RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、基因芯片和基因测序检测凋亡相关基因的表达水平的物质。
所述产品包括但不限于检测待测样本中所述凋亡相关基因表达水平的引物、探针、芯片、核酸膜条、制剂或试剂盒。
所述待测样本可为人源样本和非人源样本,更具体的,所述待测样本包括受试者子宫内膜组织和/或细胞。
本发明的又一具体实施方式中,提供一种用于诊断(辅助诊断)、监测和/或预测反复种植失败的系统,所述系统包括:
i)分析模块,所述分析模块包含:用于确定受试者的待测样品中选自上述凋亡相关基因表达水平的检测物质,以及;
ii)评估模块,所述评估模块包含:根据i)中确定的所述凋亡相关基因表达水平判断所述受试者是否患有反复种植失败。
其中,所述凋亡相关基因包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中任意一种或多种,经试验证明,CSRNP1和ELAPOR1在反复种植失败患者中异常表达上调,而BIRC8在反复种植失败患者中异常表达下调。
本发明的又一具体实施方式中,以上所述待测样品包括受试者子宫内膜组织和/或细胞。
本发明的又一具体实施方式中,以上所述检测物质包括但不限于用于RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、基因芯片和基因测序检测凋亡相关基因的表达水平的物质。
本发明的又一具体实施方式中,所述分析模块中,还包括检测与目前适于检测反复种植失败的其他生物标志物的物质。
本发明的又一具体实施方式中,所述评估模块具体评估流程包括:
与参照相比,所述受试者的待测样品中的凋亡相关基因表达水平上调和/或下调,则所述受试者为或候选为反复种植失败患者;反之,则所述受试者不为或不候选为反复种植失败患者。
其中,“参照”可以是合适的对照样品,例如来自正常健康受试者的样品,其没有反复种植失败相关症状并且没有异常的生理及病理学发现,参照也可以是来自同一受试者的在表现出病症或疾病症状之前或在诊断出反复种植失败之前的样品。参照可以是经标化的样品,例如,包含来自若干健康受试者样品的材料或数据的样品,这些健康受试者没有反复种植失败症状,也没有相关生理及病理学发现。
本发明的用于诊断(辅助诊断)、监测和/或预测反复种植失败的系统,可以是虚拟装置,只要能实现所述分析模块以及评估模块的功能即可。所述的分析模块可以是包括各种检测试剂材料和/或检测仪器设备等;所述评估模块可以是任何可以实现对分析模块的检测结果进行分析处理而得出反复种植失败患病风险评估状况的运算仪器、模块或是虚拟设备,例如可以是预先将各种可能的检测结果与对应的患病风险情况制定相应的数据图表,将检测单元的检测结果对照该数据图表即能得出反复种植失败发病风险评估结果。
本发明的又一具体实施方式中,提供用于诊断(辅助诊断)、监测和/或预测反复种植失败的方法,所述方法包括:
A)从受试者分离待测样品;
B)在所述受试者的待测样品中检测上述凋亡相关基因表达水平,以及;
C)将样品中的凋亡相关基因表达水平与参照中的凋亡相关基因表达水平进行比较;
与参照中的水平相比,样品中表达水平的上调和/或下调,则所述受试者为或候选为反复种植失败患者;反之,则所述受试者不为或不候选为反复种植失败患者。
其中,“参照”可以是合适的对照样品,例如来自正常健康受试者的样品,其没有反复种植失败相关症状并且没有异常的生理及病理学发现,参照也可以是来自同一受试者的在表现出病症或疾病症状之前或在诊断出反复种植失败之前的样品。参照可以是经标化的样品,例如,包含来自若干健康受试者样品的材料或数据的样品,这些健康受试者没有反复种植失败症状,也没有相关生理及病理学发现。
本发明的又一具体实施方式中,提供上述凋亡相关基因作为靶点在反复种植失败治疗和/或筛选反复种植失败药物中的应用。
本发明的又一具体实施方式中,所述反复种植失败药物为预防和/或治疗反复种植失败的药物。
本发明的又一具体实施方式中,提供一种筛选反复种植失败药物的方法,所述方法包括:
a)采用候选物质处理表达和/或含有所述凋亡相关基因的体系;设置不采用候选物质处理的平行对照;
b)完成步骤a)后,检测体系中所述凋亡相关基因的表达水平;与平行对照相比,如果采用候选物质处理的体系中所述凋亡相关基因的表达量显著降低和/或升高,所述候选物质可作为候选的反复种植失败药物。
本发明的又一具体实施方式中,所述体系可为细胞体系、亚细胞体系、溶液体系、组织体系、器官体系或动物体系。
本发明的又一具体实施方式中,所述细胞体系中的细胞可以为子宫内膜细胞;
本发明的又一具体实施方式中,所述组织体系中的组织可以为子宫内膜组织;
本发明的又一具体实施方式中,所述器官体系中的器官可以为胎盘、子宫;
本发明的又一具体实施方式中,所述动物体系中的动物可以为哺乳动物,如大鼠、小鼠、豚鼠、兔、猴、人等。
以下通过实施例对本发明做进一步解释说明,但不构成对本发明的限制。应理解这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。
实施例
1.表达与临床队列
GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/):RIF数据集GSE92324、RIF验证集GSE71835。
其中,GSE92324队列标本信息:
1.1纳入条件:
RIF组:年龄20-40岁,既往无妊娠史(原发性不孕),至少2个IVF周期未成功或至少移植2次优质胚胎未成功。
对照组:具有生育能力,经过COS治疗的供卵者为对照组,即在入组2年前至少有过正常分娩的女性,作为有生育力的健康供卵者(年龄20-40岁)。
1.2排除条件:
多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、激素水平异常、自身免疫病患者、男方因素致不孕者,同时对照组排除分娩或卵母细胞移植前进行口服避孕药或任何激素治疗的女性。
1.3实验方案:
(1)所有研究对象(包括RIF组和对照组)都具有正常的激素水平(促卵泡生成素FSH、促黄体生成素LH、雌二醇E2、孕酮P、泌乳素PRL、抗缪勒管激素AMH),超声示内膜均“三线征”,厚度均≥8mm,且在前次IVF周期中卵巢反应正常。
(2)所有研究对象都采用“长方案”对垂体进行降调节,即从上一月经周期的第21天起开始皮下注射GnRH-a类药物(0.5mg/0.5ml),垂体分泌的内源性FSH和LH被抑制,从而抑制内源性LH峰及提前排卵。在本次月经周期的第3天开始每天肌注HMG(含FSH、LH各75IU),促进卵泡生长。通过超声监测卵泡的大小判断卵巢反应性,从而调整药物剂量。当至少3个卵泡直径达到18-20mm时,给予HCG(10000IU)肌注以诱导排卵,在肌注HCG
前应结合血清E2水平综合判断卵子成熟度(每个优势卵泡对应雌激素水平250-300pg/ml)。HCG扳机后34-36小时通过超声监测下卵泡穿刺取卵,取卵后两组均给予4天孕激素(50mg/ml)作为黄体支持,均全胚冷冻。RIF组在下一月经周期进行胚胎移植。
(3)在胚胎种植窗口期,即在HCG肌注后6-7天行内膜活检,取组织进行RNA-seq。
2.使用GSE92324队列中的RIF患者与对照组的基因表达量均数进行比较,进行t检验,以差异倍数大于1.5倍且p值小于0.05为界值,筛选差异基因,共得到1497个差异表达基因。
3.与GO数据库(https://geneontology.org/)获取的凋亡相关基因进行比对,得到11个属于凋亡相关基因的差异表达基因(AEN、AIFM1、BIRC3、BIRC8、CSRNP1、CSRNP3、DDIAS、DNASE2B、ELAPOR1、ENDOG和HRK),结果如图1和图3所示。
4.继续从GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载子宫内膜RNA-seq数据,6例重复性植入失败(RIF)和对照(control)(GSE71835)作为验证队列,分析11个凋亡差异基因的表达,进一步筛选,得到3个差异表达基因(BIRC8、CSRNP1、ELAPOR1),见图2和图4。
5.ROC分析其诊断价值,见表3,三者联合曲线下面积0.917(0.615to 0.986),敏感度、特异度为100.0(54.1-100.0)、83.3(36.1-97.2),结果见图5,表明其具有良好的诊断作用,且诊断的灵敏性与特异性高。
最后应说明的是:以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,对于本领域的技术人员来说,其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (10)

1.凋亡相关基因作为标志物在制备反复种植失败诊断、监测和/或预测产品中的应用;
其中,所述凋亡相关基因至少包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中的任意一种或多种。
2.一种产品,其特征在于,所述产品包含用于检测凋亡相关基因表达的物质,所述产品用于诊断、监测和/或预测反复种植失败;
其中,所述凋亡相关基因至少包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中的任意一种或多种。
3.如权利要求2所述产品,其特征在于,检测凋亡相关基因表达的物质包括用于RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、基因芯片和基因测序检测凋亡相关基因的表达水平的物质;
所述产品包括检测待测样本中所述凋亡相关基因表达水平的引物、探针、芯片、核酸膜条、制剂或试剂盒。
4.如权利要求2所述产品,其特征在于,所述待测样本为人源样本和非人源样本;
优选的,所述待测样本包括受试者子宫内膜组织和/或细胞。
5.一种用于诊断、监测和/或预测反复种植失败的系统,所述系统包括:
i)分析模块,所述分析模块包含:用于确定受试者的待测样品中选自凋亡相关基因表达水平的检测物质,以及;
ii)评估模块,所述评估模块包含:根据i)中确定的所述凋亡相关基因表达水平判断所述受试者是否患有反复种植失败;
其中,所述凋亡相关基因包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中任意一种或多种。
6.如权利要求5所述系统,其特征在于,所述步骤ii)评估模块具体评估流程包括:
与参照相比,所述受试者的待测样品中的凋亡相关基因表达水平上调和/或下调,则所述受试者为或候选为反复种植失败患者;反之,则所述受试者不为或不候选为反复种植失败患者。
7.如权利要求5所述系统,其特征在于,所述待测样品包括受试者子宫内膜组织和/或细胞。
8.一种用于诊断、监测和/或预测反复种植失败的方法,所述方法包括:
A)从受试者分离待测样品;
B)在所述受试者的待测样品中检测上述凋亡相关基因表达水平,以及;
C)将样品中的凋亡相关基因表达水平与参照中的凋亡相关基因表达水平进行比较;
其中,所述凋亡相关基因包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中任意一种或多种;
优选的,样品中表达水平的上调和/或下调,则所述受试者为或候选为反复种植失败患者;反之,则所述受试者不为或不候选为反复种植失败患者。
9.凋亡相关基因作为靶点在反复种植失败治疗和/或筛选反复种植失败药物中的应用;
所述凋亡相关基因包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中任意一种或多种。
10.一种筛选反复种植失败药物的方法,其特征在于,所述方法包括:
a)采用候选物质处理表达和/或含有凋亡相关基因的体系;设置不采用候选物质处理的平行对照;
b)完成步骤a)后,检测体系中所述凋亡相关基因的表达水平;与平行对照相比,如果采用候选物质处理的体系中所述凋亡相关基因的表达量显著降低和/或升高,所述候选物质可作为候选的反复种植失败药物;
所述凋亡相关基因包括CSRNP1、BIRC8和ELAPOR1中任意一种或多种。
CN202110858768.2A 2021-07-28 2021-07-28 凋亡相关基因在反复种植失败中的应用 Pending CN113564242A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110858768.2A CN113564242A (zh) 2021-07-28 2021-07-28 凋亡相关基因在反复种植失败中的应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110858768.2A CN113564242A (zh) 2021-07-28 2021-07-28 凋亡相关基因在反复种植失败中的应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN113564242A true CN113564242A (zh) 2021-10-29

Family

ID=78168581

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202110858768.2A Pending CN113564242A (zh) 2021-07-28 2021-07-28 凋亡相关基因在反复种植失败中的应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN113564242A (zh)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115873937A (zh) * 2022-08-15 2023-03-31 苏州市立医院 一种预测反复种植失败发生的生物标志物及其应用
CN116397021A (zh) * 2023-03-13 2023-07-07 山东大学齐鲁医院 PPP4r3a和/或Kif2a在进行性核上性麻痹诊治中的应用
CN117286240A (zh) * 2022-09-30 2023-12-26 兰州大学第一医院 lncRNA m6A甲基化基序作为反复种植失败的诊断标志物及其应用
CN117327780A (zh) * 2022-09-30 2024-01-02 兰州大学第一医院 m6A circRNA甲基化基序作为反复种植失败的诊断标志物及其应用

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115873937A (zh) * 2022-08-15 2023-03-31 苏州市立医院 一种预测反复种植失败发生的生物标志物及其应用
CN115873937B (zh) * 2022-08-15 2023-07-14 苏州市立医院 一种预测反复种植失败发生的生物标志物及其应用
CN117286240A (zh) * 2022-09-30 2023-12-26 兰州大学第一医院 lncRNA m6A甲基化基序作为反复种植失败的诊断标志物及其应用
CN117327780A (zh) * 2022-09-30 2024-01-02 兰州大学第一医院 m6A circRNA甲基化基序作为反复种植失败的诊断标志物及其应用
CN116397021A (zh) * 2023-03-13 2023-07-07 山东大学齐鲁医院 PPP4r3a和/或Kif2a在进行性核上性麻痹诊治中的应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Coutinho et al. New biomarkers in endometriosis
CN113564242A (zh) 凋亡相关基因在反复种植失败中的应用
Bao et al. Adipokine levels during the first or early second trimester of pregnancy and subsequent risk of gestational diabetes mellitus: a systematic review
Jamil et al. Anti‐Mullerian hormone: above and beyond conventional ovarian reserve markers
Dewailly et al. The physiology and clinical utility of anti-Müllerian hormone in women
Fanchin et al. Per-follicle measurements indicate that anti-müllerian hormone secretion is modulated by the extent of follicular development and luteinization and may reflect qualitatively the ovarian follicular status
Goldenberg et al. Biochemical markers for the prediction of preterm birth
Giudice Elucidating endometrial function in the post‐genomic era
Scheffer et al. Are age and anti-Müllerian hormone good predictors of ovarian reserve and response in women undergoing IVF?
Devesa-Peiro et al. Uterine disorders affecting female fertility: what are the molecular functions altered in endometrium?
CN113396332A (zh) 评价妊娠进展和早产流产以进行临床干预的方法及其应用
CN113249491A (zh) 用于诊断子宫内膜癌的生物标志物及其产品和应用
US20190241955A1 (en) Methods of determining endometrial receptivity and uses thereof
Lamont et al. Commentary on a combined approach to the problem of developing biomarkers for the prediction of spontaneous preterm labor that leads to preterm birth
Tolunay et al. First-trimester aspartate aminotransferase to platelet ratio index in predicting intrahepatic cholestasis in pregnancy and its relationship with bile acids: A pilot study
JP2019518225A (ja) 早産を予測する方法及び組成物
CN109891239B (zh) 用于提供子痫前期评估和预测早产的方法和试剂盒
Leow et al. Preterm birth prediction in asymptomatic women at mid-gestation using a panel of novel protein biomarkers: the Prediction of PreTerm Labor (PPeTaL) study
McRae et al. Metabolite profiling in the pursuit of biomarkers for IVF outcome: the case for metabolomics studies
Bhatti et al. The amniotic fluid proteome changes with gestational age in normal pregnancy: a cross-sectional study
Styer et al. Dynamic antimüllerian hormone levels during controlled ovarian hyperstimulation predict in vitro fertilization response and pregnancy outcomes
Bruinjé et al. Associations of inflammatory and reproductive tract disorders postpartum with pregnancy and early pregnancy loss in dairy cows
Walker et al. A systematic review of transcriptomic studies of the human endometrium reveals inconsistently reported differentially expressed genes
Campbell et al. Biomarkers of ovulation, endometrial receptivity, fertilisation, implantation and early pregnancy progression
Huang et al. The predictive factors of successful sperm retrieval for men with Y chromosome AZFc microdeletion

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination