CN113355405A - Tomm20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 - Google Patents
Tomm20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113355405A CN113355405A CN202110565418.7A CN202110565418A CN113355405A CN 113355405 A CN113355405 A CN 113355405A CN 202110565418 A CN202110565418 A CN 202110565418A CN 113355405 A CN113355405 A CN 113355405A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- tomm20
- mutant
- gene
- sequence
- reagent
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 101000798951 Homo sapiens Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog Proteins 0.000 title claims abstract description 31
- 102100034007 Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog Human genes 0.000 title claims abstract description 30
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 30
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 28
- 101150055835 Tomm20 gene Proteins 0.000 claims abstract description 63
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims abstract description 44
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims abstract description 17
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 15
- 102220193688 rs1057516882 Human genes 0.000 claims abstract description 14
- 102220001084 rs137852896 Human genes 0.000 claims abstract description 14
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 30
- 208000012268 mitochondrial disease Diseases 0.000 claims description 18
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 16
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 14
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 12
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 claims description 9
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 claims description 9
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 8
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 8
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 6
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 claims description 5
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims description 4
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 claims description 3
- 238000001976 enzyme digestion Methods 0.000 claims description 2
- 208000010994 Lethal infantile mitochondrial myopathy Diseases 0.000 abstract description 21
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 9
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract description 7
- 238000011160 research Methods 0.000 abstract description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 19
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 8
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 8
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 8
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 6
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 6
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 6
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 6
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 5
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 4
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 4
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 description 3
- 108091093105 Nuclear DNA Proteins 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 3
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 3
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000002438 mitochondrial effect Effects 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000007482 whole exome sequencing Methods 0.000 description 3
- GUAHPAJOXVYFON-ZETCQYMHSA-N (8S)-8-amino-7-oxononanoic acid zwitterion Chemical compound C[C@H](N)C(=O)CCCCCC(O)=O GUAHPAJOXVYFON-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 2
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- 108010068380 arginylarginine Proteins 0.000 description 2
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 2
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 2
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 2
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 2
- ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J ATP(4-) Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-J 0.000 description 1
- ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N Adenosine triphosphate Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1OC(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)C(O)C1O ZKHQWZAMYRWXGA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PCIFXPRIFWKWLK-YUMQZZPRSA-N Ala-Gly-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)N PCIFXPRIFWKWLK-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- SMCGQGDVTPFXKB-XPUUQOCRSA-N Ala-Gly-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](C)N SMCGQGDVTPFXKB-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- PNALXAODQKTNLV-JBDRJPRFSA-N Ala-Ile-Ala Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O PNALXAODQKTNLV-JBDRJPRFSA-N 0.000 description 1
- ZCUFMRIQCPNOHZ-NRPADANISA-N Ala-Val-Gln Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N ZCUFMRIQCPNOHZ-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- IIABBYGHLYWVOS-FXQIFTODSA-N Arg-Asn-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O IIABBYGHLYWVOS-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- QAODJPUKWNNNRP-DCAQKATOSA-N Arg-Glu-Arg Chemical compound NC(N)=NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O QAODJPUKWNNNRP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- LLUGJARLJCGLAR-CYDGBPFRSA-N Arg-Ile-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N LLUGJARLJCGLAR-CYDGBPFRSA-N 0.000 description 1
- FSNVAJOPUDVQAR-AVGNSLFASA-N Arg-Lys-Arg Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O FSNVAJOPUDVQAR-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- BTJVOUQWFXABOI-IHRRRGAJSA-N Arg-Lys-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N BTJVOUQWFXABOI-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- ADPACBMPYWJJCE-FXQIFTODSA-N Arg-Ser-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O ADPACBMPYWJJCE-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- MFFOYNGMOYFPBD-DCAQKATOSA-N Asn-Arg-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O MFFOYNGMOYFPBD-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- RVHGJNGNKGDCPX-KKUMJFAQSA-N Asn-Phe-Lys Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N RVHGJNGNKGDCPX-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- CVLIHKBUPSFRQP-WHFBIAKZSA-N Cys-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CVLIHKBUPSFRQP-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- VCIIDXDOPGHMDQ-WDSKDSINSA-N Cys-Gly-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CS)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O VCIIDXDOPGHMDQ-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- 102000002004 Cytochrome P-450 Enzyme System Human genes 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FKXCBKCOSVIGCT-AVGNSLFASA-N Gln-Lys-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O FKXCBKCOSVIGCT-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- JPHYJQHPILOKHC-ACZMJKKPSA-N Glu-Asp-Asp Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O JPHYJQHPILOKHC-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- WVYJNPCWJYBHJG-YVNDNENWSA-N Glu-Ile-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O WVYJNPCWJYBHJG-YVNDNENWSA-N 0.000 description 1
- OCJRHJZKGGSPRW-IUCAKERBSA-N Glu-Lys-Gly Chemical compound NCCCC[C@@H](C(=O)NCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O OCJRHJZKGGSPRW-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- CUYLIWAAAYJKJH-RYUDHWBXSA-N Gly-Glu-Tyr Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 CUYLIWAAAYJKJH-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- 101000801530 Homo sapiens Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog Proteins 0.000 description 1
- MKWSZEHGHSLNPF-NAKRPEOUSA-N Ile-Ala-Val Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)N MKWSZEHGHSLNPF-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- XMYURPUVJSKTMC-KBIXCLLPSA-N Ile-Ser-Gln Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N XMYURPUVJSKTMC-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N L-leucyl-L-arginine Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(C(O)=O)CCCN=C(N)N SENJXOPIZNYLHU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MJOZZTKJZQFKDK-GUBZILKMSA-N Leu-Ala-Gln Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(N)=O MJOZZTKJZQFKDK-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- KAFOIVJDVSZUMD-UHFFFAOYSA-N Leu-Gln-Gln Natural products CC(C)CC(N)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(O)=O KAFOIVJDVSZUMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KGCLIYGPQXUNLO-IUCAKERBSA-N Leu-Gly-Glu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O KGCLIYGPQXUNLO-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- JNDYEOUZBLOVOF-AVGNSLFASA-N Leu-Leu-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O JNDYEOUZBLOVOF-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N Leu-Leu-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O IEWBEPKLKUXQBU-VOAKCMCISA-N 0.000 description 1
- AEDWWMMHUGYIFD-HJGDQZAQSA-N Leu-Thr-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O AEDWWMMHUGYIFD-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- HKCCVDWHHTVVPN-CIUDSAMLSA-N Lys-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HKCCVDWHHTVVPN-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- DRCILAJNUJKAHC-SRVKXCTJSA-N Lys-Glu-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O DRCILAJNUJKAHC-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- YPLVCBKEPJPBDQ-MELADBBJSA-N Lys-Leu-Pro Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N YPLVCBKEPJPBDQ-MELADBBJSA-N 0.000 description 1
- IPTUBUUIFRZMJK-ACRUOGEOSA-N Lys-Phe-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 IPTUBUUIFRZMJK-ACRUOGEOSA-N 0.000 description 1
- CQRGINSEMFBACV-WPRPVWTQSA-N Met-Val-Gly Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O CQRGINSEMFBACV-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- 108010058682 Mitochondrial Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000006404 Mitochondrial Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102100033590 Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog Human genes 0.000 description 1
- 101710198130 NADPH-cytochrome P450 reductase Proteins 0.000 description 1
- 108010065395 Neuropep-1 Proteins 0.000 description 1
- YEEFZOKPYOUXMX-KKUMJFAQSA-N Phe-Gln-Met Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(O)=O YEEFZOKPYOUXMX-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- MJQFZGOIVBDIMZ-WHOFXGATSA-N Phe-Ile-Gly Chemical compound N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)O MJQFZGOIVBDIMZ-WHOFXGATSA-N 0.000 description 1
- KPDRZQUWJKTMBP-DCAQKATOSA-N Pro-Asp-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 KPDRZQUWJKTMBP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- FISHYTLIMUYTQY-GUBZILKMSA-N Pro-Gln-Gln Chemical compound NC(=O)CC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1 FISHYTLIMUYTQY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- KBUAPZAZPWNYSW-SRVKXCTJSA-N Pro-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@H]1NCCC1 KBUAPZAZPWNYSW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 101000924393 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Vacuolar aminopeptidase 1 Proteins 0.000 description 1
- MMGJPDWSIOAGTH-ACZMJKKPSA-N Ser-Ala-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O MMGJPDWSIOAGTH-ACZMJKKPSA-N 0.000 description 1
- FUMGHWDRRFCKEP-CIUDSAMLSA-N Ser-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O FUMGHWDRRFCKEP-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- XUDRHBPSPAPDJP-SRVKXCTJSA-N Ser-Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@@H](N)CO XUDRHBPSPAPDJP-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- NCXVJIQMWSGRHY-KXNHARMFSA-N Thr-Leu-Pro Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)O)N)O NCXVJIQMWSGRHY-KXNHARMFSA-N 0.000 description 1
- WEFIPBYPXZYPHD-HJPIBITLSA-N Tyr-Cys-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N WEFIPBYPXZYPHD-HJPIBITLSA-N 0.000 description 1
- LMKKMCGTDANZTR-BZSNNMDCSA-N Tyr-Phe-Asp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 LMKKMCGTDANZTR-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- ZQGPWORGSNRQLN-NHCYSSNCSA-N Val-Asp-His Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N ZQGPWORGSNRQLN-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- HGJRMXOWUWVUOA-GVXVVHGQSA-N Val-Leu-Gln Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](C(C)C)N HGJRMXOWUWVUOA-GVXVVHGQSA-N 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 108010008685 alanyl-glutamyl-aspartic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010005233 alanylglutamic acid Proteins 0.000 description 1
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000010100 anticoagulation Effects 0.000 description 1
- 108010093581 aspartyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 238000007622 bioinformatic analysis Methods 0.000 description 1
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 230000035558 fertility Effects 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 125000000404 glutamine group Chemical group N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)* 0.000 description 1
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N glycyl-L-tyrosine hemihydrate Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010087823 glycyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 208000015978 inherited metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 108010044374 isoleucyl-tyrosine Proteins 0.000 description 1
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 108010073472 leucyl-prolyl-proline Proteins 0.000 description 1
- 108010000761 leucylarginine Proteins 0.000 description 1
- 230000008774 maternal effect Effects 0.000 description 1
- 230000004898 mitochondrial function Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000010627 oxidative phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 102000014187 peptide receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010011903 peptide receptors Proteins 0.000 description 1
- 108010069184 phenylalanyl-leucyl-glutamyl-glutamyl-isoleucine Proteins 0.000 description 1
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 235000004252 protein component Nutrition 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000035806 respiratory chain Effects 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 108010048397 seryl-lysyl-leucine Proteins 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 125000001493 tyrosinyl group Chemical group [H]OC1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Abstract
本发明涉及与LIMD相关的TOMM20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途，突变TOMM20基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的一种：1号染色体物理位置为235291971的碱基由G突变为C、1号染色体物理位置为235277166的碱基由G突变为A；突变TOMM20基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的一种：c.60C>G、c.310C>T；突变TOMM20蛋白的序列与SEQ ID NO.2的序列相比具有以下突变中的一种：p.Tyr20Ter、p.Gln104Ter。本发明为LIMD的早期分子筛查、家族遗传研究提供了重要的依据。
Description
技术领域
本发明涉及疾病相关突变基因，具体涉及TOMM20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途。
背景技术
在所有遗传性代谢疾病中，线粒体疾病的发病率最高。线粒体主要负责氧化磷酸化产生三磷酸腺苷。线粒体疾病的发病机制涉及两种不同的基因组：核基因组和母体遗传的16.6kb线粒体基因组。线粒体疾病可由这些基因组中的任何一个突变引起的。核DNA(nDNA)的缺陷会导致诸如呼吸链复杂结构、翻译和线粒体DNA (mtDNA)修复缺陷等问题。在儿童时期诊断的线粒体疾病中，大约25％是由于线粒体DNA异常引起的，而其余75％是由于nDNA缺陷引起的。严重的新生儿或婴儿起病的线粒体疾病通常会导致出生后一年内死亡，婴儿致死性线粒体疾病(lethal infantile mitochondrial disease,LIMD)约占儿童期起病线粒体疾病病例的8.5％，但LIMD的分子遗传诊断率很低，大多数LIMD病例是在受试者死亡后通过生物化学和遗传方法才得到诊断。因此，当父母再次怀孕时，这类新生儿发病的严重线粒体疾病由于诊断不及时，还有可能再次发生。虽然已发现近千种核基因组基因与线粒体的功能有关，仅仅有少部分确定与LIMD的发生有关，提示存在新的LIMD致病基因有待挖掘。
发明内容
本发明的目的在于提供一种与婴儿致死性线粒体疾病有关的TOMM20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途。
本发明的目的通过如下技术方案实现：
一种突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白，所述突变TOMM20基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的至少一种：
1号染色体物理位置为235291971的碱基由G突变为C、1号染色体物理位置为235277166的碱基由G突变为A；
所述突变TOMM20基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的至少一种：
c.60C>G、c.310C>T；
所述突变TOMM20蛋白的序列与SEQ ID NO.2的序列相比具有以下突变中的至少一种：
p.Tyr20Ter(20位酪氨酸变为终止密码子)、p.Gln104Ter(104位谷氨酰胺变为终止密码子)。
TRANSLOCASE OF OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE 20(线粒体外膜转位酶20，TOMM20)基因位于1号染色体1q42.3位置，该基因含有5个外显子，其编码的TOMM20蛋白有145个氨基酸，分子量约为16KDa。TOMM20作为受体复合物的中心成分，负责细胞质合成的线粒体前蛋白的识别和转运。与TOM22一起充当线粒体外膜表面的转运肽受体，并促进前蛋白向TOM40转运孔中的移动。TOMM20是跨细胞色素P450单加氧酶的线粒体外膜转运所需的蛋白成分。目前与疾病的相关性未见报道。
野生型TOMM20基因在Ensemble数据库(www.ensembl.org)中的基因编码为ENSG00000173726，该基因位于1号染色体。发明人在大量正常人和LIMD患者家系中利用遗传学研究筛选发现TOMM20基因发生基因突变可以导致婴儿致死性线粒体疾病。本发明提供了新的致病基因的致病突变位点，为该疾病的早期分子筛查提供了新的分子生物学基础。
上述第一种突变、第二种突变均位于翻译区，其中第一种突变的物理位置为235291971，碱基G突变为C；RNA水平：TOMM20基因的cDNA序列第60位碱基由C突变为G；蛋白水平：TOMM20基因编码蛋白第20位氨基酸由酪氨酸变为终止密码子。
第二种突变的物理位置为235277166，碱基由G突变为A，RNA水平：TOMM20基因的cDNA序列第310位碱基由C突变为T；蛋白水平：TOMM20基因编码蛋白第104位氨基酸由谷氨酰胺变为终止密码子。
一种检测突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白的方法，所述方法用于非诊断目的，所述方法包括检测TOMM20基因或TOMM20蛋白中是否存在突变位点；突变位点为如下至少一种：
Chr1(GRCh37):g.235291971G>C，cDNA序列发生c.60C>G，p.Tyr20Ter；
Chr1(GRCh37):g.235277166G>A，cDNA序列发生c.310C>T，p.Gln104Ter。
在一些实施方案中，本发明中所述的非诊断疾病的目的包括但不限于研究SNP分布和多肽性，用于家族演化研究。这样的应用是本领域技术人员可以理解的。
有些个体携带本发明的突变TOMM20基因但不患LIMD，例如仅一条染色体携带所述突变的杂合基因型。对这部分人群的检测可以不涉及任何诊断疾病的目的，因为这些个体本身并不患病。但对于他们进行检测的结果可以作为有用的信息使用，例如作为育前检查的重要指标，指导生育，或者用于突变携带者筛查，或者作为SNP分布和多态性研究的工具或者追踪基因突变或家族演化。这样的应用也是本领域技术人员可以理解的。因此，本发明提供的检测突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白的方法涉及检测杂合突变。
但本发明提供的检测突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白的方法也包括检测纯合突变。
在本发明应用较佳的实施方式中，上述检测突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白的方法包括利用如下至少一组引物进行PCR扩增的步骤：
TOMM20_E1F：CCGCTCTGAGGGTTCGTG(SEQ ID NO:3)和
TOMM20_E1R：ATGGAATTCCTACGGGGCAC(SEQ ID NO:4)；
TOMM20_E4F：TACCCCAGTCCCCAGTCTTT(SEQ ID NO:5)和
TOMM20_E4R：GACGTTTAGGCCCGAATGTGT(SEQ ID NO:6)。
在本发明应用较佳的实施方式中，上述采用引物进行扩增的PCR反应程序包括：94-100℃，1-10min；94-95℃，3-5min，95-96℃，25-30s，58-60℃，25-30s，循环30-40次，70-72℃，1-10min。
检测突变TOMM20基因的方法包括如下步骤：
(1)建立LIMD患者家系临床与遗传资源库，收集LIMD家系的临床信息与血液样本，提取基因组DNA；
(2)设计覆盖TOMM20基因全外显子序列的扩增和测序引物进行测序；
(3)比对正常人和LIMD患者家系样本的测序结果。
在其中一种实施方式中，上述序列测定是Sanger序列测定。
在其他实施方式中，上述检测突变TOMM20基因的方法还可以选自如下的技术进行：
电泳、核酸杂交、原位杂交、PCR、逆转录酶链反应和变性高效液相色谱。
在其他实施方式中，还涉及检测TOMM20基因外显子和外显子/内含子边界突变的方法，其包括如下步骤：
(1)从受试者提取DNA样本；
(2)对上述DNA样品的外显子组和所有外显子/内含子边界序列进行测序得到测序片段；
(3)将上述测序片段与参考序列比对，得到基因外显子和外显子/内含子边界突变。
一种检测突变TOMM20基因的试剂，所述试剂为核酸检测探针或引物；
所述核酸检测探针与突变TOMM20基因互补；所述突变TOMM20基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的至少一种：
1号染色体物理位置为235291971的碱基由G突变为C、1号染色体物理位置为235277166的碱基由G突变为A；
所述突变TOMM20基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的至少一种：
c.60C>G、c.310C>T；
所述核酸检测探针与突变TOMM20基因互补的区域包括选自如下至少一种的物理位置或cDNA序列位置：
物理位置第235291971位、第235277166位；cDNA序列第60位、第310位；
所述引物为具有如下序列的至少一组引物：
TOMM20_E1F：CCGCTCTGAGGGTTCGTG(SEQ ID NO:3)和
TOMM20_E1R：ATGGAATTCCTACGGGGCAC(SEQ ID NO:4)；
TOMM20_E4F：TACCCCAGTCCCCAGTCTTT(SEQ ID NO:5)和
TOMM20_E4R：GACGTTTAGGCCCGAATGTGT(SEQ ID NO:6)。
核酸检测探针通过与突变TOMM20基因的互补区核酸配对从而实现突变TOMM20基因的检测。
在其他实施方式中，检测突变TOMM20基因的试剂还包括缓冲液，酶，无机盐。
采用检测突变TOMM20基因的引物对模板DNA进行扩增，通过测序或凝胶电泳对扩增产物进行突变鉴定。
一种检测突变TOMM20基因的试剂盒，它包括所述的试剂。
在其他实施方式中，上述检测突变TOMM20基因的试剂盒还包括缓冲液、使用说明书。
一种检测突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白的试剂在制备婴儿致死性线粒体疾病检测试剂中的应用；
所述婴儿致死性线粒体疾病检测试剂为基因芯片用试剂、DNA扩增用试剂、反转录扩增用试剂、限制性内切酶酶切方法用试剂或测序用试剂。
基因芯片用试剂可以是cDNA芯片用探针。
DNA扩增用试剂可以是引物，探针。
反转录扩增用试剂可以是反转录扩增引物，反转录扩增缓冲液。
限制性内切酶酶切方法用试剂可以是含限制性内切酶位点的引物，无缝克隆缓冲液。
测序用试剂可以是引物，检测缓冲液。
一种检测突变TOMM20基因的试剂在婴儿致死性线粒体疾病早期分子筛查中的应用，该应用为非疾病的诊断目的。
一种检测突变TOMM20基因的试剂盒在婴儿致死性线粒体疾病早期分子筛查中的应用，该应用为非疾病的诊断目的。
较之现有技术而言，本发明的优点在于：
本发明提供了一种TOMM20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途，创造性的挖掘出一种LIMD致病基因TOMM20，并提供了TOMM20突变基因位点，这为婴儿致死性线粒体疾病的早期分子筛查、家族遗传研究、遗传咨询提供了重要的依据。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1为家系图；
图2为TOMM20突变序列的高通量测序图。
图3为TOMM20突变序列的Sanger测序图。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。
实施例1
本实施例对多个婴儿致死性线粒体疾病(lethal infantile mitochondrialdisease,LIMD)患者的家系进行全外显子组高通量测序检测，其包括如下依次进行的步骤：
(1)样本收集和基因组DNA的提取。
收集家系成员的临床资料以及血液样本(EDTA抗凝)，样本为送检至福瑞医学检验实验室有限公司的血液样本。
根据血液DNA提取试剂盒(Magen,HiPure Blood&Tissue DNA Kit)的说明书步骤提取家系各成员的血液基因组DNA。使用Nanodrop one测量DNA的纯度，所得基因组DNA的OD260nm/OD280nm均位于1.7-2.0之间，使用Nanodrop one测量DNA的浓度，所得基因组DNA的浓度为50-100ng/μL，总量为5-10μg。置于-20℃保存。
(2)外显子组测序和生物信息学分析。
为了找到LIMD其他的致病基因，我们应用外显子组测序筛选1个LIMD家系中潜在的遗传变异(家系图参照图1所示)，而从现有已知的LIMD致病基因检测中并没有发现病理变异。
外显子组测序是在先证者身上进行。简而言之，将基因组DNA片段化，并通过使用KAPA公司的试剂盒(KAPA HyperPlus Library Preparation Kit)对基因组DNA进行酶切片段化、末端修复、3'末端加A、链接接头和PCR扩增；采用IGT公司的文库构建试剂盒(xGenExome Research Panel v2)捕获外显子区域。在Novaseq测序仪(Illumina，圣地亚哥，CA，美国)上对文库进行测序(测序深度为150X)。使用Novocraft NovoAlign将NGS测序结果和人类参考基因组UCSC NCBI37/hg19进行比对，获得比对到基因组上的唯一比对序列。利用VarScan mpileup2snp和VarScan mpileup2indel检测确定靶区域的变异。利用Remove RunCommon Variants和Remove Global Common Variants软件用来去除dbSNP和ExAC数据库中的常见变异。然后利用Interactive Biosoftware Alamut Batch对变异进行注释。注释用到的数据库包括：dbSNP、ExAC、1000g、ClinVar、OMIM等。利用filterAlamut.py将注释后的变异按照High，Medium，Low排序。在High和Medium分组中，给予变异一个优先级值和分级理由。所有的变异最初都在Low组别中，当一个变异符合某些标准时，则可以被划分为更高级别的变异。并利用FATHMM、FATHMMMKL、METALR、METASVM、MUTATIONASSESSOR、MUTATIONTASTERAGVGD、AGVGD、LRT,PROVEAN、SIFT软件进行SNP功能预测。
通过对图1中的1个LIMD家系TOMM20基因的全外显子测序和生物信息学分析后，我们发现了先证者携带2个复合杂合突变，突变测序结果的BAM文件参照图2所示，所述的TOMM20基因在Ensemble数据库(www.ensembl.org)中的基因编码为ENSG00000173726，其中突变TOMM20 p.Tyr20Ter，物理位置为235291971的碱基由G突变为C；RNA水平：TOMM20基因编码RNA第60位碱基由C突变为G；蛋白水平：TOMM20基因编码蛋白第20位氨基酸由酪氨酸变为终止密码子；突变TOMM20 p.Gln104Ter，物理位置为235277166的碱基由G突变为A；RNA水平：TOMM20基因编码RNA第310位碱基由C突变为T；蛋白水平：TOMM20基因编码蛋白第104位氨基酸由谷氨酰胺变为终止密码子；并未发现其他可疑的致病基因的突变位点。
上述TOMM20基因的突变p.Tyr20Ter、p.Gln104Ter未被gnomAD等正常人群数据库收录，将导致先证者TOMM20蛋白功能的完全丧失，严重影响TOMM20蛋白的生理功能。根据已知生物学功能结果，与先证者LIMD的临床症状高度相符。
根据我们所设计的筛选流程，借助于高通量深度测序及生物信息学分析，我们成功发现TOMM20基因为LIMD新致病基因，突变p.Tyr20Ter和p.Gln104Ter为该疾病新的致病位点。
(3)Sanger测序验证，鉴定突变基因。
Sanger测序用于验证外显子测序检测出的TOMM20基因的2个突变：c.60C>G、c.310C>T(参照图3所示)。采用Primer 3引物设计软件设计引物序列SEQ ID NO.3～SEQ IDNO.6，该引物序列扩增包含TOMM20基因突变位点在内的基因组DNA片段。
PCR扩增体系(20μl)包括：PCR 5×buffer mix 10μl，正向引物(10μmol)1μl，与正向引物相应的反向引物(10μmol)1μl，ddH2O 6μl，DNA 2μl。PCR反应程序：95℃5min，35个循环(95℃5min，95℃ 30s，60℃ 30s)，72℃ 10min，4℃保存。PCR扩增完成后采用1％琼脂糖凝胶电泳检测，切胶回收PCR产物凝胶，并用Taq酶纯化回收产物。将所有PCR产物分别以正、反向引物测序。测序结果参考图3所示。
综上，本发明鉴定出的突变TOMM20基因可用于LIMD患者早期临床筛查，以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 福州福瑞医学检验实验室有限公司
<120> TOMM20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 438
<212> DNA
<213> 人(human)
<400> 1
atggtgggtc ggaacagcgc catcgccgcc ggtgtatgcg gggccctttt cattgggtac 60
tgcatctact tcgaccgcaa aagacgaagt gaccccaact tcaagaacag gcttcgagaa 120
cgaagaaaga aacagaagct tgccaaggag agagctgggc tttccaagtt acctgacctt 180
aaagatgctg aagctgttca gaagttcttc cttgaagaaa tacagcttgg tgaagagtta 240
ctagctcaag gtgaatatga gaagggcgta gaccatctga caaatgcaat tgctgtgtgt 300
ggacagccac agcagttact gcaggtctta cagcaaactc ttccaccacc agtgttccag 360
atgcttctga ctaagctccc aacaattagt cagagaattg taagtgctca gagcttggct 420
gaagatgatg tggaatga 438
<210> 2
<211> 145
<212> PRT
<213> 人(human)
<400> 2
Met Val Gly Arg Asn Ser Ala Ile Ala Ala Gly Val Cys Gly Ala Leu
1 5 10 15
Phe Ile Gly Tyr Cys Ile Tyr Phe Asp Arg Lys Arg Arg Ser Asp Pro
20 25 30
Asn Phe Lys Asn Arg Leu Arg Glu Arg Arg Lys Lys Gln Lys Leu Ala
35 40 45
Lys Glu Arg Ala Gly Leu Ser Lys Leu Pro Asp Leu Lys Asp Ala Glu
50 55 60
Ala Val Gln Lys Phe Phe Leu Glu Glu Ile Gln Leu Gly Glu Glu Leu
65 70 75 80
Leu Ala Gln Gly Glu Tyr Glu Lys Gly Val Asp His Leu Thr Asn Ala
85 90 95
Ile Ala Val Cys Gly Gln Pro Gln Gln Leu Leu Gln Val Leu Gln Gln
100 105 110
Thr Leu Pro Pro Pro Val Phe Gln Met Leu Leu Thr Lys Leu Pro Thr
115 120 125
Ile Ser Gln Arg Ile Val Ser Ala Gln Ser Leu Ala Glu Asp Asp Val
130 135 140
Glu
145
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ccgctctgag ggttcgtg 18
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
atggaattcc tacggggcac 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
taccccagtc cccagtcttt 20
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
gacgtttagg cccgaatgtg t 21
Claims (8)
1.一种突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白，其特征在于：所述突变TOMM20基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的至少一种：
1号染色体物理位置为235291971的碱基由G突变为C、1号染色体物理位置为235277166的碱基由G突变为A；
所述突变TOMM20基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的至少一种：
c.60C>G、c.310C>T；
所述突变TOMM20蛋白的序列与SEQ ID NO.2的序列相比具有以下突变中的至少一种：
p.Tyr20Ter、p.Gln104Ter。
2.一种检测突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白的方法，所述方法用于非诊断目的，其特征在于：所述方法包括检测TOMM20基因或TOMM20蛋白中是否存在突变位点，所述突变位点为如下至少一种：
Chr1(GRCh37):g.235291971G>C，cDNA序列发生c.60C>G，p.Tyr20Ter；
Chr1(GRCh37):g.235277166G>A，cDNA序列发生c.310C>T，p.Gln104Ter。
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于：所述方法包括利用如下至少一组引物进行PCR扩增的步骤：
SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4；
SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6。
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：所述PCR扩增反应程序包括：94-100℃，1-10min；94-95℃，3-5min，95-96℃，25-30s，58-60℃，25-30s，循环30-40次，70-72℃，1-10min。
5.一种检测突变TOMM20基因的试剂，其特征在于：所述试剂为核酸检测探针或引物；
所述核酸检测探针与突变TOMM20基因互补；所述突变TOMM20基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的至少一种：
1号染色体物理位置为235291971的碱基由G突变为C、1号染色体物理位置为235277166的碱基由G突变为A；
所述突变TOMM20基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的至少一种：
c.60C>G、c.310C>T；
所述核酸检测探针与突变TOMM20基因互补的区域包括选自如下至少一种的物理位置或cDNA序列位置：
物理位置第235291971位、第235277166位；cDNA序列第60位、第310位；
所述引物为具有如下序列的至少一组引物：
SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4；
SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6。
6.一种检测突变TOMM20基因的试剂盒，其特征在于：它包括权利要求5所述的试剂。
7.一种检测突变TOMM20基因或突变TOMM20蛋白的试剂在制备婴儿致死性线粒体疾病检测试剂中的应用；
所述突变TOMM20基因与人类基因组参考序列GRCh37相比具有以下突变中的至少一种：
1号染色体物理位置为235291971的碱基由G突变为C、1号染色体物理位置为235277166的碱基由G突变为A；
所述突变TOMM20基因的cDNA序列与SEQ ID NO.1的序列相比具有如下突变中的至少一种：
c.60C>G、c.310C>T；
所述突变TOMM20蛋白的序列与SEQ ID NO.2的序列相比具有以下突变中的至少一种：
p.Tyr20Ter、p.Gln104Ter。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述婴儿致死性线粒体疾病检测试剂为基因芯片用试剂、DNA扩增用试剂、反转录扩增用试剂、限制性内切酶酶切方法用试剂或测序用试剂。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110565418.7A CN113355405A (zh) | 2021-05-24 | 2021-05-24 | Tomm20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110565418.7A CN113355405A (zh) | 2021-05-24 | 2021-05-24 | Tomm20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN113355405A true CN113355405A (zh) | 2021-09-07 |
Family
ID=77527353
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202110565418.7A Pending CN113355405A (zh) | 2021-05-24 | 2021-05-24 | Tomm20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN113355405A (zh) |
-
2021
- 2021-05-24 CN CN202110565418.7A patent/CN113355405A/zh active Pending
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| 王秋菊 等: "遗传变异分类标准与指南", 《中国科学：生命科学》, vol. 47, no. 6, pages 668 - 688 * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP2494065B1 (en) | Means and methods for non-invasive diagnosis of chromosomal aneuploidy | |
| CN110760580B (zh) | 一种肝癌的早期诊断设备 | |
| CN107760779B (zh) | 肺动脉高压相关的突变型bmp9基因及其应用 | |
| CN112608925B (zh) | 一种骨发育异常疾病的致病基因col2a1突变及其检测试剂 | |
| KR20110094041A (ko) | 정상 안압 녹내장 질환 감수성 유전자 및 그 이용 | |
| EP3274477A1 (en) | Method of identifying risk for autism | |
| CN103374627B (zh) | 先天性心脏病相关基因pkd1l1及其应用 | |
| CN113265409B (zh) | Timm21突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| CN113265405B (zh) | Samm50突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| KR20170051747A (ko) | 피부 주름 발생 민감도 진단용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 | |
| CN112226440B (zh) | 一种遗传性原发不孕的致病突变及其检测试剂 | |
| CN114875148A (zh) | 一种家族性多发性脂肪瘤检测试剂盒及引物组的应用 | |
| CN113355405A (zh) | Tomm20突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| CN113186193A (zh) | Hscb突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| CN113403378A (zh) | Timm13突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| CN113186274A (zh) | Grpel1突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| CN113215169A (zh) | Timm44突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| KR102085663B1 (ko) | Wrb 유전자의 메틸화 수준을 이용한 소혈관폐색증의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 | |
| CN113308534A (zh) | Vdac1突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| CN113201547A (zh) | Chchd4突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| CN113265410A (zh) | Tomm40突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| JP2007166962A (ja) | アルツハイマー病の予測または診断の方法 | |
| CN115948429A (zh) | Timm9突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 | |
| KR102565803B1 (ko) | 고혈압에 대한 정보 제공 방법 및 이를 이용한 키트 | |
| CN117051020A (zh) | Timm29突变基因、检测其的引物、试剂盒和方法以及其用途 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |