CN113227403A - 含铁抗菌素类在抗生素敏感性测定中用于限制交叉反应性以及改善细菌鉴定之用途 - Google Patents

含铁抗菌素类在抗生素敏感性测定中用于限制交叉反应性以及改善细菌鉴定之用途 Download PDF

Info

Publication number
CN113227403A
CN113227403A CN201980086786.4A CN201980086786A CN113227403A CN 113227403 A CN113227403 A CN 113227403A CN 201980086786 A CN201980086786 A CN 201980086786A CN 113227403 A CN113227403 A CN 113227403A
Authority
CN
China
Prior art keywords
nucleic acid
reporter
iron
molecule
nrtp
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201980086786.4A
Other languages
English (en)
Inventor
K·C·卡迪
R·陈
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
F Hoffmann La Roche AG
Original Assignee
F Hoffmann La Roche AG
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by F Hoffmann La Roche AG filed Critical F Hoffmann La Roche AG
Publication of CN113227403A publication Critical patent/CN113227403A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
    • C12Q1/10—Enterobacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6897—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids involving reporter genes operably linked to promoters
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/70—Vectors or expression systems specially adapted for E. coli
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0069—Oxidoreductases (1.) acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, i.e. oxygenases (1.13)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2304/00—Chemical means of detecting microorganisms
    • C12Q2304/60—Chemiluminescent detection using ATP-luciferin-luciferase system

Abstract

本发明涉及含铁抗菌素类在基于非复制型转导颗粒的系统中作为添加剂用于限制不需要的生物体的交叉反应性或鉴定在抗生素敏感性测定(AST测定)中操作的生物体。添加含铁抗菌素类消除或减少对其敏感的细菌的光产量，从而防止AST测定中的和/或在进行AST检测时菌株科、属和可能的种水平鉴定中的交叉反应性。

Description

含铁抗菌素类在抗生素敏感性测定中用于限制交叉反应性以 及改善细菌鉴定之用途
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年12月29日提交的美国临时专利申请号62/786,431和2019年6月6日提交的美国临时专利申请号62/858,146的优先权权益，这些临时申请各自在此以全文引用的方式并入本文。
背景技术
转导颗粒指一种能够将非病毒性核酸递送到细胞中的病毒。基于病毒的报道系统已用于检测细胞的存在，并依赖病毒的溶原期来实现从细胞中表达报道分子。这些基于病毒的报道系统使用具有复制能力的转导颗粒，上述颗粒表达报道分子并且使靶细胞发射可检测的信号。
最近，美国专利号9,388,453和美国专利申请公开号2017/0166907(两者均以引用的方式并入本文)中描述了用于将报道核酸分子包装到非复制型转导颗粒(NRTP，本文也称为Smarticles)中的方法和系统，其中，由于噬菌体基因组中包装起始位点的破坏，具有复制能力的天然子代病毒核酸分子的产生大大减少
细胞报道系统可表现出与非靶生物体之间的交叉反应性和微生物干扰。例如，如果使用肠杆菌科报道子检测粪便样品中的大肠杆菌；肠杆菌科的其他种(例如肺炎克雷伯菌)可能产生交叉反应信号，导致假阳性结果。此外，样品中可能存在的细菌的其他科的物种，例如铜绿假单胞菌(P.aeruginosa)、鲍曼不动杆菌(A.baumannii)和嗜麦芽窄食单胞菌(S.maltophilia)，可能导致微生物干扰，从而导致假阴性结果。
抗微生物药物敏感性试验(AST)测量微生物有机体对抗微生物药物的反应并且用于确定微生物是否对抗微生物药物敏感。微生物对抗微生物药物的反应可能由多种机制导致，所有机制均表现出相同的反应或表型。例如，在碳青霉烯类耐药性肠杆菌科(CRE)中，对碳青霉烯类抗生素产生耐药性可能由于以下因素：不同基因编码的多种碳青霉烯酶；基因变体(包括blaNDM-1、blaKPC、blaIMP、blaVIM和blaCMY等)；以及，即使不存在碳青霉烯酶(如非碳青霉烯酶β-内酰胺酶)高表达和导致摄入到细胞中的碳青霉烯量减少的突变，但仍然产生碳青霉烯非敏感性表型的条件。
因此，使用细胞报道系统(例如Smarticles NRTP系统)进行AST测定时，有必要限制或消除不需要的生物体的交叉反应性问题。细菌和真菌已经进化出高度特异性的铁螯合过程，包括相对较小分子量铁螯合剂(也称为铁载体)的能量依赖性主动转运(Raymond，K.N.；Dertz，E.A.“Biochemical and physical properties of siderophores.”In IronTransport in Bacteria；Crosa，J.H.，Mey，A.R.，Payne，S.M.，Eds.；American Societyfor Microbiology，2004；pp 3-17)。在革兰氏阴性菌中，特异性外膜受体(OMR)/转运体优先识别和结合铁-铁载体配合物。铁载体-铁配合物的结合启动了能量依赖性主动转运过程，该过程将铁配合物转运至周质。然后，通常是通过内膜进行主动转运。目前已鉴定出数百种结构不同的微生物铁载体，还有更多关于新型铁载体发现的报道不断发布。
结构多样性并非是生物合成相关的多余或冗余产物，而是基于结合铁载体和外膜受体/转运蛋白之间分子识别的完美匹配的谨慎进化，为产生生物体提供了选择性生长优势。然而，许多细菌确实能够表达外膜蛋白，这些外模蛋白能够识别并随后利用由其他细菌通过生物学方法合成的铁载体，从而利用其竞争者的生物合成作用。为了对抗该铁窃取过程，一些细菌合成天然铁载体-抗生素偶联物，称为含铁抗菌素类。研究人员一直努力通过设计、合成和研究铁载体-抗生素偶联物来模拟天然的含铁抗菌素类，其中大部分结合了常用的抗生素，目的是通过促进抗生素弹头主动转运到被靶向的细菌中并且同时还绕过与抗生素单独相关的外排泵来增强这些抗生素的活性(e.g Ji，C.等人，“Exploitingbacterial iron acquisition：siderophore conjugates：，Future Med.Chem.2012，4，297-313)。
发明内容
本文提供了一种减少测定中可能的交叉反应性或干扰性生物体的量的方法，该测定设计成检测靶生物体的活力的可检测的指标，该方法包括：获得可能地包含至少一种生物体的样品，该至少一种生物体在设计成检测靶生物体的活力的可检测的指标的测定中具有可能的交叉反应性或干扰性；使交叉反应性或干扰性生物体与至少一种化合物接触，该至少一种化合物与可能的交叉反应性或干扰性生物体的活力有关，其中该化合物对交叉反应性或干扰性生物体具有特异性；以及使交叉反应性或干扰性生物体丧失活力而不影响靶生物体的活力，该靶生物体在使得非复制型转导颗粒(NRTP)将报道核酸分子插入靶生物体且使得报道分子提供靶生物体的活力的可检测的指标的情况下，使样品与非复制型转导颗粒(NRTP)接触，该非复制型转导颗粒包含编码报道分子的报道核酸分子。
在某些方面，该至少一种化合物是含铁抗菌素。在某些方面，含铁抗菌素是天然存在的含铁抗菌素。在其他方面，含铁抗菌素是合成的含铁抗菌素。
在一个方面，交叉反应性或干扰性生物体是铜绿假单胞菌并且化合物是拟肽类抗微生物肽。在另一方面，该肽为L27-11。
在某些方面，活力的可检测的指标存在，表明微生物是有活力的。在某些方面，活力的可检测的指标不存在，表明微生物是没有活力的。
在某些方面，活力的可检测的指标是微生物的生长、与该微生物相关的标志物或与该微生物相关的可检测的信号。
在某些方面，本文公开的方法进一步包括在使得报道分子进入微生物并提供活力的可检测的指标的条件下，使样品与编码报道分子的报道核酸分子接触。在某些方面，报道系统是基于非复制型转导颗粒的报道系统。在某些方面，至少一种微生物包括编码报道分子的报道核酸分子。
在某些方面，本文公开的方法进一步包括在使得非复制型转导颗粒(NRTP)将报道核酸分子插入微生物且使得报道分子提供活力的可检测的指标的条件下，使样品与NRTP接触，该NRTP包括编码报道分子的报道核酸分子。
在某些方面，NRTP由细菌细胞包装系统产生，该细菌细胞包装系统包含：宿主细菌细胞；宿主细菌细胞内的第一核酸构建体，该第一核酸构建体由具有非功能性包装起始位点序列的噬菌体基因组组成，其中非功能性包装起始位点序列阻止将噬菌体基因组包装至NRTP中；以及宿主细菌细胞内的且与第一核酸构建体分开的第二核酸构建体，该第二核酸构建体由具有报道基因的报道核酸分子以及便于将报道核酸分子的复制子包装至NRTP中的功能性包装起始位点序列组成，其中第二核酸构建体上的功能性第二包装起始位点序列与第一核酸构建体上的所述噬菌体基因组中的非功能性包装起始位点序列互补。
在某些方面，报道核酸分子是编码发光分子的基因。在某些方面，基因是荧光素酶基因。
在某些方面，检测活力的可检测的指标包括检测是否存在报道分子。在某些方面，检测活力的可检测的指标包括检测是否存在由报道分子介导的反应。在其他方面，检测活力的可检测的指标包括检测报道分子的构象、活性或其他特征(例如，荧光、与另一个分子结合的能力或以其他方式与另一个分子相互作用的能力)。
在某些方面，微生物属于肠杆菌科、肠球菌属或念珠菌属。在某些方面，微生物属于埃希氏菌属(Escherichia)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、李斯特菌属(Listeria)、梭状芽孢杆菌属(Clostridium)、链球菌属(Streptococcus)、螺杆菌属(Helicobacter)、立克次体属(Rickettsia)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、致病杆菌属(Xenorhabdus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、博德特氏菌属(Bordetella)、假单胞杆菌属(Pseudomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)、放线杆菌属(Actinobacillus)、巴氏杆菌属(Pasteurella)、弧菌属(Vibrio)、军团菌属(Legionella)、芽孢杆菌属(Bacillus)、眉藻属(Calothrix)、甲烷球菌属(Methanococcus)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、衣原体属(Chlamydia)、奈瑟氏球菌属(Neisseria)、沙门氏菌属(Salmonella)、志贺氏菌属(Shigella)、弯曲杆菌属(Campylobacter)或耶尔森氏菌属(Yersinia)。
在某些方面，抗微生物药物为β-内酰胺或万古霉素。在某些方面，抗微生物药物属于以下组或纲：青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、氟喹诺酮类、林可酰胺类、多粘菌素类、四环素类、大环内酯类、恶唑烷酮类、链阳菌素类、利福霉素类或糖肽类。在某些方面，抗微生物药物为氨苄西林、氨苄西林-舒巴坦、哌拉西林-他唑巴坦、苯唑西林、青霉素、头孢唑林、头孢吡肟、头孢噻肟、头孢他啶、头孢曲松、头孢洛林酯、厄他培南、亚胺培南、美罗培南、阿米卡星、庆大霉素、庆大霉素协同、链霉素协同、妥布霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、克林霉素、粘杆菌素、达托霉素、多西环素、红霉素、利奈唑胺、呋喃妥因、奎奴普丁-达福普汀、利福平、替加环素、甲氧苄啶-磺胺甲基异恶唑、磷霉素、头孢西丁、四环素、莫西沙星或特地唑胺。
在某些方面，检测活力的可检测的指标包括观察微生物的生长，任选地其中通过细胞培养来观察生长。
在某些方面，在使样品与化合物接触之前，使样品与抗微生物药物接触。在某些方面，在使样品与抗微生物药物接触之前，使样品与化合物接触，或者其中使样品同时与化合物以及药物接触。在某些方面，样品、化合物和报道核酸以任何连续排列方式接触或同时接触。
本文还公开了一种将微生物归类为肠杆菌科来源或非肠杆菌科来源的方法，该包括：获得含有所述微生物的样品；使所述样品与包含白霉素和SalmycinA(萨尔霉素A)的含铁抗菌素组合物接触；在使得NRTP将报道核酸分子插入微生物且使得报道分子提供微生物的活力的可检测的指标的条件下，使所述样品与非复制型转导颗粒(NRTP)接触，该非复型转导颗粒包含编码报道分子的报道核酸分子；其中如果微生物的活力的可检测的指标因含铁抗菌素组合物的存在而降低超过50％，则将所述微生物归类为肠杆菌科来源，并且其中如果存微生物的活力的可监测的指标因含铁抗菌素组合物的存在而降低小于50％，则将所述微生物归类为非肠杆菌科来源。
在某些方面，报道分子为发光分子，并且微生物的活力的可检测的指标为光信号。在其他方面，发光分子为荧光素酶分子。
在某些方面，含铁抗菌素组合物包含浓度范围为3μg/mL至10μg/mL的白霉素和浓度范围为0.05μg/mL至0.25μg/mL的SalmycinA。
本文还公开了一种用于在测定中减少可能的交叉反应性或干扰性生物体的量的试剂盒，该测定设计成检测靶生物体，该试剂盒包括：化合物，该化合物使交叉反应性或干扰性生物体丧失活力而不影响靶生物体活力；以及包含编码报道分子的报道核酸分子的NRTP，在使得NRTP将报道基因核酸分子插入靶生物体且使得报道分子提供靶生物体的活力的可检测的指标。
在某些方面，NRTP由细菌细胞包装系统产生，该细菌细胞包装系统包含：宿主细菌细胞；宿主细菌细胞内的第一核酸构建体，该第一核酸构建体由具有非功能性包装起始位点序列的噬菌体基因组组成，其中非功能性包装起始位点序列阻止将噬菌体基因组包装至NRTP中；以及宿主细菌细胞内的且与第一核酸构建体分开的第二核酸构建体，该第二核酸构建体由具有报道基因的报道核酸分子以及便于将报道核酸分子的复制子包装至NRTP中的功能性包装起始位点序列组成，其中第二核酸构建体上的功能性第二包装起始位点序列与第一核酸构建体上的所述噬菌体基因组中的非功能性包装起始位点序列互补。
在某些方面，化合物为包含白霉素和SalmycinA的含铁抗菌素组合物。在某些方面，含铁抗菌素组合物包含浓度范围为3μg/mL至10μg/mL的白霉素和浓度范围为0.05μg/mL至0.25μg/mL的SalmycinA。
在某些方面，报道核酸分子编码荧光素酶基因，并且报道分子为荧光素酶分子。
附图说明
以下描述和附图有助于更好地理解本公开的上述及其他特征、方面和优势，其中：
图1为含和不含含铁抗菌素类的Smarticles测定的图形表示
图2示出在实施例1的实验中，各种细菌物种在白霉素(6μg/mL)和SalmycinA(0.128μg/mL)存在的情况下的相对发光仪单位(RLU)响应值
图3示出大肠杆菌中的RLU动力学。
图4示出鲍曼不动杆菌的RLU动力学。
图5示出在白霉素(6μg/mL)和SalmycinA(0.128μg/mL)存在的情况下的基于相对发光仪单位(RLU)响应值的生物体分类。
图6示出在白霉素(6μg/mL)和SalmycinA(0.128μg/mL)存在的情况下的基于相对发光仪单位(RLU)响应值的分离种的图形分布。
具体实施方式
除非另有说明，否则说明书和权利要求中使用的术语定义如下。
“铁载体”是由微生物(诸如细菌和真菌)分泌的小分子、高亲和力的铁螯合化合物并且用于跨细胞膜转运铁。
“含铁抗菌素类”是一组通过共价键与铁载体连接的抗生素。含铁抗菌素类可以主动绕过通透性屏障(膜)将药物递送到靶细菌细胞内，与其中所含抗生素部分的大小和极性无关。天然存在的含铁抗菌素类的示例为白霉素和salmycin，Braun等人在Biometals2009，22：3-13中进行了描述，该文献以其整体通过参考引入本文。合成含铁抗菌素类的示例包括头孢地尔(cefiderocol)(如Ito et al.，Antimicrob Agents Chemother.2017，62(1)：e01454-17中所述)、生物模拟铁载体-氨基青霉素化合物(如Mollmann et al.，Biometals 2009，22：615-624中所述)、肠杆菌素-氨苄西林/阿莫西林(如Zheng et al.，J.Am.Chem.Soc.2014，136：9677-9691中所述)、荧光嗜铁素(pyoverdin)-氨苄西林(如Kinzel et al.，J.Antibiotics 1998，51(5)：499-507中所述)、绿脓杆菌螯铁蛋白(pyochelin)-诺氟沙星(如Rivault et al.，Bioorg Med Chem Lett.2007 Feb 1，17(3)：640-644中所述)、铁载体-monocarbam(如Flanagan et al，ACS Med.Chem.Lett.2011，2：385-390中所述)以及合成铁载体-达托霉素(如Ghosh et al.，J.Med.Chem.2017，60：4577-4583中所述)，所述文献的公开内容均以其整体通过参考引入本文。
如本文所用，“报道核酸分子”是指包含DNA或RNA分子的核苷酸序列。报道核酸分子可以是天然存在的分子，也可以是人造或合成的分子。在一些实施例中，报道核酸分子对于宿主细胞是外源性的并且可以作为外源性核酸分子的一部分引入宿主细胞中，诸如质粒或载体。在其他实施例中，报道核酸分子包含编码报道分子(例如，报道酶、蛋白质)的报道基因。在一些实施例中，报道核酸分子可称为“报道构建体”或“核酸报道构建体”。
“报道分子”或“报道子”是指赋予生物体可检测的或可选择的表型的分子(例加，核酸来源的或氨基酸来源的)。例如，可检测的表型可以是比色、荧光或发光的。报道分子可由以下基因表达：编码介导发光反应的酶的报道基因(luxA、luxB、luxAB、luc、ruc、nluc)、编码介导比色反应的酶的基因(lacZ、HRP)、编码荧光蛋白的基因(GFP、eGFP、YFP、RFP、CFP、BFP、mCherry、近红外荧光蛋白)、编码亲和肽的核酸分子(His-tag、3X-FLAG)和编码可选的标志物的基因(ampC、tet(M)、CAT、erm)。报道分子可作为核酸分子或外源序列(质粒)成功摄取到细胞中的标志物。报道分子还可用于指示靶基因、靶核酸分子、靶细胞内分子或细胞的存在。报道分子还可用于指示细胞的活力。替代地，报道分子可以是核酸，诸如适体或核酶。
在某些方面，报道核酸分子与启动子可操作地连接。在其他方面，启动子的选择或设计可基于启动子在特定细胞(例加特定种)中的活性，而不是基于启动子在其他细胞中的活性，以有助于改善报道系统的反应性和交叉反应性。在某些方面，报道核酸分子包括复制起点。在其他方面，如果基于复制起点在特定细胞(例加，特定种)中的活性而不是基于在其他细胞中的活性，靶细胞内的报道核酸分子的复制有助于报道信号的产生或对于报道信号的产生是必需的，那么复制起点的选择同样可有助于报道系统的反应性和交叉反应性。在一些实施例中，报道核酸分子形成复制子，该复制子能够在病毒复制期间(例如，作为串联体DNA)被包装到子代病毒中。在其他方面，报道核酸分子包括影响报道基因转录或翻译的因子(例如，特异性核糖体结合位点和密码子选择)，这些因子同样可有助于改善报道系统的反应性和交叉反应性。
如本文所用，术语“转录物”是指从DNA或RNA模板序列或基因转录而来的一段核苷酸序列(DNA或RNA)。转录物可以是由RNA模板转录而来的cDNA序列或者由DNA模板转录而来的mRNA序列。转录物可以是蛋白质编码或者非编码。转录物也可以是由经工程改造的核酸构建体转录而来。
如本文所用，“靶转录物”是指由靶细胞自然形成的DNA序列或mRNA的核苷酸序列的一部分，包括在靶基因和mRNA(初级转录产物的RNA加工的产物)的转录过程中形成的转录物。靶转录物也可称为细胞转录物或天然存在的转录物。
当涉及核酸分子或外源序列(例加质粒、载体和构建体)时，“引入到细胞”是指促进摄取或吸收进入细胞，如本领域技术人员所理解的。核酸构建体或转录物的吸收或摄取可以通过独立扩散的或主动的细胞过程发生，或借助于助剂或设备发生，包括通过使用噬菌体、病毒、转导颗粒、脂质体、聚合物、病毒样颗粒和生物弹道技术。该术语的含义不仅限于体外细胞；核酸分子也可以“引入到细胞”，其中细胞是活体的部分。在这种情况下，“引入到细胞”将包括递送至生物体的行为。例如，对于体力递送，可将核酸分子、构建体或载体注射到组织部位或全身施用。体外引入到细胞包括本领域熟知的方法，诸如转化、电穿孔、转导和脂质体转染。另外的方法在本文有所描述或者在本领域是已知的。
“抗微生物药物敏感性表型的机制”是指参与赋予生物体对抗微生物药物的耐药性或敏感性的一种或多种机制(例如，一种或多种基因、mRNA和/或蛋白质)。
如本文所用，术语“分子”指任何化合物，包括但不限于小分子、肽、蛋白质、糖、核苷酸、核酸和脂质等，并且此类化合物可以是天然的或者是合成的。
“抗微生物药物”是指能够杀死、抑制生长或以其他方式损害一种或多种微生物活力的化合物。抗微生物药物包括抗生素、抗真菌药、抗原生动物剂、抗病毒药和其他化合物。
“活力的可检测的指标”是指与细胞相关联的指标，该指标可观察到并且可表明该细胞可存活的程度或其活力是否受到影响(例如相对于对照细胞)，其中对照细胞可以是在不同时间点的同一细胞或者是不同的细胞。示例包括一个或多个信号、一个或多个报道子、一个或多个标志物、它们的生长或缺乏、光(例如荧光素酶发射的光)或光的缺乏等。
基于病毒的报道子或基于噬菌的报道子可以分别指病毒或噬菌体，该报道基因已经过修饰，使得该报道基因已插入到其基因组中。
“转导颗粒”是指能够将非病毒性核酸分子递送到细胞中的病毒。病毒可以是噬菌体或腺病毒等。转导颗粒报道子与基于病毒的或基于噬菌体的报道子可以是同义的。
“非复制型转导颗粒”(NRTP)是指能够将非病毒性核酸分子递送到细胞中，但不将其自身复制的病毒基因组包装到转导颗粒中的病毒。病毒可以是噬菌体、腺病毒等。NRTP及其制备方法详见美国专利号9,388,453，该专利出于所有目的以引用方式并入本文。
“质粒”是一种小型DNA分子，在物理上与细胞内的染色体DNA分开并且可以独立于细胞内的染色体DNA而被复制。最常见的是细菌中的小的环状双链DNA分子，质粒有时存在于古生菌和真核生物体中。通常认为质粒是复制子，能够在合适的宿主内自主复制。
“载体”是一种分子，包括可用作载体以将遗传物质携带到细胞中的核酸，并且在细胞中可以被整合、复制和/或表达。
“病毒”是一种小的传染性病原体，只在其他生物体的活细胞内进行复制。病毒颗粒(称为病毒粒子)包括两个或三个部分：i)由携带遗传信息的DNA或RNA分子制成的遗传物质；ii)保护该核酸的蛋白质衣壳；以及在某些情况下，iii)蛋白质衣壳周围的脂质的包膜。当提到感染细菌的病毒时，术语“病毒”、“噬菌体(phage)”和“细菌噬菌体(bacteriophage)”在说明书中互换使用。
“特异性结合”是指两个分子能够彼此结合，优先于与环境中的其他分子结合。通常，“特异性结合”在反应中的发生次数是偶然结合的至少两倍，更通常地是至少10倍，经常是至少100倍或更大。通常，如通过解离常数所定量的，特异性结合的亲和力或活动性为约10-7M或更强(例加，约10-8M、10-9M或甚至更强)。
术语“改善”是指针对病情进行治疗的过程中的任何治疗上有益的结果，例如病情的改善，包括病情的预防，减轻疾病严重程度或减缓进展、缓解或治愈。
术语“原位”是指活细胞与活体分开生长的过程，例如在组织培养物中生长。
术语“体内”是指在活体内发生的过程。
如本文所用，术语“哺乳动物”包括人类和非人类，并且包括但不限于人类、非人灵长类动物、犬科动物、猫科动物、鼠科动物、牛科动物、马科动物和猪。
术语“微生物”是指来自古生菌(Archaea)、细菌(Bacteria)和真核生物(Eucarya)域的原核和真核微生物种类，后者包括酵母和丝状真菌、原生动物、藻类或更高等的原生生物。术语“微生物细胞”和“微生物体”与术语“微生物”互换使用。
术语“标志物”包括但不限于：脂质、脂蛋白、蛋白质、细胞因子、趋化因子、生长因子、肽、核酸、基因和寡核苷酸及其相关配合物、代谢物、突变、变体、多态性、修饰、片段、亚基、降解产物、元素，以及其他分析物或来源于样品的测量指标。标志物还可以包括突变的蛋白质、突变的核酸、拷贝数变化和/或转录物变体。
术语“样品”可以包括从环境或受试者采集的单个细胞、多个细胞、细胞碎片或体液等分试样，采集方法包括静脉穿刺、排泄、射精、按摩、活检、针吸、灌洗样品、刮片、手术切口、拭子、干预或本领域熟知其他方法。通常，本文公开的方法中提供的样品是体外样品。
术语“受试者”包括人类或非人类的细胞、组织或生物体，无论体内、离体还是体外，无论男性或女性。
“G”、“C”、“A”和“U”各自通常代表分别含有鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和尿嘧啶作为碱基的核苷酸。“T”和“dT”在本文中互换使用并且是指一种脱氧核糖核苷酸，其中核苷碱基是胸腺嘧啶，例加脱氧核糖基胸腺嘧啶。然而，应当理解，术语“核糖核苷酸”或“核苷酸”或“脱氧核糖核苷酸”也可以指经修饰的核苷酸(下文进一步详述)或替代(替换)部分。如技术人员所熟知的，鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和尿嘧啶可能被其他部分取代，而不显著改变寡核苷酸的碱基配对特性，该寡核苷酸包含携带此类替代部分的核苷酸。例如但不限于，包含肌苷作为其碱基的核苷酸可能与含有腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶的核苷酸形成碱基对。因此，含有尿嘧啶、鸟嘌呤或腺嘌呤的核苷酸可在核苷酸序列中被含有例如肌苷核苷酸替换。包含上述替换部分的序列为实施例。
如本文所用，术语“互补”在用于描述用于描述与第二核苷酸序列相关的第一核苷酸序列时，是包含指第一核苷酸序列的寡核苷酸或多核苷酸在一定条件下与包含第二核苷酸序列的寡核苷酸或多核苷酸杂交并形成双链体结构的能力，如本领域技术人员将会理解的那样。互补序列也可描述为彼此结合并以结合亲和力为特征。
术语“足量”是指足以产生预期效应的量，例加，足以从细胞产生可检测的信号的量。
术语“治疗有效量”是指能够有效改善病情的量。治疗有效量也可以是“预防有效量”，因为预防可被视为治疗。
必须注意的是，如在本说明书和所附权利要求中所用，单数形式“一个”、“一种”、“该”和“所述”包括复数指代物，除非上下文另外明确规定。
NRTP和报道子测定
非复制型转导颗粒(NRTP)和制备NRTP的方法如美国专利号9,388,453和美国专利申请出版物编号2017/0166907中所述(两者全文出于所有目的均以引用的方式并入本文)。在一些实施例中，NRTP是在细菌细胞包装系统中使用基于破坏/互补的方法制备得到。这种非复制型转导颗粒包装系统是基于在病毒/噬菌体的基因组的组分中引入突变、沉默突变、插入或缺失，由此使病毒/噬菌体包装机制将该包装系统识别为病毒/噬菌体产生过程中启动基因组包装的元素。此类元素的示例包括pac型噬菌体的pac位点序列和cos型噬菌体的cos位点序列。
因为这些包装起始位点通常出现在产生病毒/噬菌体时所必需的基因的编码区内，所以突变、沉默突变、插入或缺失被引入，使得病毒/噬菌体包装机制不再将pac位点识别为包装起始位点。同时，如果是沉默突变，突变不会破坏在其中编码该位点的基因。通过使包装位点序列变成非功能性，突变的病毒/噬菌体能够经历一个溶菌性周期，但无法将其基因组DNA包装到其包装单位中。
外源性报道核酸分子(诸如质粒DNA)可被引入已用病毒/噬菌体基因组溶原化的宿主细菌细胞中，所使用的病毒/噬菌体基因组具有非功能性包装起始位点序列。外源性报道核酸分子中可以包括天然的功能性包装起始位点序列，并且在编码该包装起始位点序列的基因被破坏的情况下，外源性报道核酸分子还包括对应的天然功能性基因。外源性报道核酸分子可被引入到宿主细菌细胞中并在该细胞中被复制。当突变的病毒/噬菌体正在经历溶菌性周期时，所表达的病毒/噬菌体包装机制将具有功能性包装起始位点序列的外源性报道核酸分子包装到病毒包装单位中。因为病毒/噬菌体基因组的包装起始位点序列已经破坏，所以病毒/噬菌体基因组未被包装到包装单位中。
因此，本发明设想使用细菌细胞包装系统将报道核酸分子包装到NRTP中以用于引入到细胞，该细菌细胞包装系统包含：宿主细菌细胞；宿主细菌细胞内的第一核酸构建体，该第一核酸构建体由具有非功能性包装起始位点序列的噬菌体基因组组成，其中该非功能性包装起始位点序列阻止将噬菌体基因组包装到NRTP中；以及宿主细菌细胞内的且与第一核酸构建体分开的第二核酸构建体，该第二核酸构建体由具有报道基因的报道核酸分子以及便于将报道核酸分子的复制子包装到NRTP中的功能性包装起始位点序列组成，其中该第二核酸构建体上的功能性第二包装起始位点序列与第一核酸构建体上的噬菌体基因组中的非功能性包装起始位点序列互补。
在一些实施例中，构建体(包括NRTP)包含报道核酸分子，该报道核酸分子包括报道基因。报道基因可编码报道分子，并且报道分子可以是可检测的或可选择的标志物。在某些实施例中，报道基因编码报道分子，当在细胞中被表达时，该报道分子产生可检测的信号。
在某些实施例中，报道分子可以是荧光报道分子，诸如但不限于绿色荧光蛋白(GFP)、增强型GFP、黄色荧光蛋白(YFP)、青色荧光蛋白(CFP)、蓝色荧光蛋白(BFP)、红色荧光蛋白(RFP)或mCherry以及近红外荧光蛋白。
在其他实施例中，报道分子可以是介导发光反应的酶(luxA、luxB、luxAB、luc、ruc和nluc等)。报道分子可以包括细菌荧光素酶、真核生物荧光素酶、适用于比色检测的酶(lacZ和HRP)、适用于免疫检测的蛋白(诸如亲和肽(His-tag、3X-FLAG))、作为适体或表现出酶活性的核酸(核酶)或可选择的标志物(诸如抗生素抗性基因(ampC、tet(M)、CAT、erm))。本领域已知的其他报道分子可用于产生信号，以检测靶核酸或细胞。
在其他方面，报道分子包括核酸分子。在某些方面，报道分子是具有特异性结合活性或表现出酶活性的适体(例加aptazyme、DNAzyme、核酶)。
细胞报道核酸分子的递送可以通过多种方式完成，包括电穿孔、化学法、生物弹道和玻璃珠研磨转化、转导、转染、载体和偶联，包括但不限于经由核酸递送载体进行递送，所述核酸递送载体包括噬菌体、病毒、原生质体、脂质体、病毒样颗粒、脂质-DNA配合物、脂质复合物、聚合物-DNA配合物和人工合成多聚物等。
本发明涉及在基于非复制型转导颗粒报道的测定中使用含铁抗菌素类，即与抗微生物药物(例如抗生素)共价连接的铁载体，作为添加剂，以限制不需要的生物体的交叉反应性或鉴定在抗生素敏感性(AST)测定中操作的生物体。添加含铁抗菌素类可消除或减少从对其敏感的细菌产生的信号(例如从荧光素酶测定产生的光)，从而防止细胞报道测定和/或在进行AST测定时科、属和可能的种水平鉴定中的交叉反应性。该技术在难以针对某些不需要的细菌菌株和种来控制交叉反应性的测定中特别有用。活性铁转运体系统(即铁载体)的灵敏度、特异性和种间的保守性，意味着该技术可快速且普遍适用于使用非复制型转导颗粒(NRTP)(诸如Smarticles系统)的细胞报道测定。
含铁抗菌素类已被视为革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌感染的抗生素治疗药物(参见Braun，V.et al.，“Sideromycins：tools and antibiotics”，Biometals(2009)22：3-13)，但尚未用于诊断性测定。仅需低浓度便可获得高特异性的有效作用，使含铁抗菌素成为使用NRTP进行的细胞报道测定的理想选择。含铁抗菌素活性的有限谱阻碍了其在治疗中的用途。然而，这种限制对于利用细胞报道NRTP进行细菌鉴定测定有益。另外地，在基于NRTP的诊断性测定中，含铁抗菌素类用作抗微生物药物时，不用担心对其产生耐药性。作为一种小分子，含铁抗菌素类可以很容易引入任何测定形式中。此外，通过使用不同的铁载体或不同的抗生素部分调节含铁抗菌素特异性的能力，为实现NRTP的测定特异性提供了有力的工具。
图1示出了含铁抗菌素类在基于NRTP的报道测定(也称为Smarticles测定)中如何发挥作用的示意图。图A)示出了在不存在含铁抗菌素类的情况下Smarticles的作用。Smarticles能够转导许可宿主，并且宿主细胞的代谢活性使Smarticles产生报道蛋白(荧光素酶)，随后在底物存在的情况下产生光。图B)示出了存在含铁抗菌素类时的Smarticles测定。将含铁抗菌素类导入具有已知铁载体特异性铁转运系统的细菌中，引起杀菌或抑菌作用并阻止细菌产生光。与此同时，Smarticles仍然能够转导这类细菌细胞，由于与铁载体偶联的抗生素，宿主细胞代谢不能够产生报道蛋白。加入底物后，或者不产生光，或者产生的光的量大大减少。
因此，本发明设想执行基于NRTP的报道测定以检测样品中微生物(细菌)的方法。在该测定中，将含铁抗菌素引入含有需要的细菌和不需要的细菌这两者的样品中。经历预定的时间，允许含铁抗菌素类经由相应的主动转运系统被导入到不需要的细菌中。然后，在含铁抗菌素内偶联的抗生素将影响不需要的细菌的代谢和/或活力，以减少或阻止报道蛋白的产生，从而减少含铁抗菌素敏感细胞中的光产量(由于报道蛋白的表达)。另一方面，细菌细胞缺乏相应的主动转运蛋白或抗生素无效时，光产量丝毫不会减少，因此可检测到光。因此，对一种或多种含铁抗菌素类存在的反应允许在基于NRTP的报道测定中检测的特定科、属或种，从而允许对其进行鉴定。
实施例
实例1：白霉素/Salmycin组合物降低光信号的特异性
在本示例中，肠杆菌科报道系统与浓度为6μg/mL的白霉素和浓度为0.128μg/mL的SalmycinA联合用于八种肠杆菌科菌种(弗氏柠檬酸杆菌、克氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、奥克西托克雷白杆菌和粘质沙雷菌)和在不存在含铁抗菌素类的情况下在其中检测到光的三种非肠杆菌科菌种(鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和奇异变形杆菌)。该测定包括使用在测定培养基(10g/L胰蛋白胨+5g/L酵母提取物+5％PEG8000)中的白霉素/SalmycinA A组合物对浓度为5.0E+05CFU/mL的细菌细胞进行初始2.5小时预处理。预处理步骤后，向反应中加入非复制型转导颗粒(NRTP)和转导盐(1MMgCl2+0.5M CaCl2)，孵育2小时，使得在含有荧光素酶基因luxAB的NRTP内转导报道分子。为测量获得的相对发光仪单位(RLU)降低或敲低水平，将未处理细菌(对照)的光产量与用含铁抗菌素组合物处理的细菌的光产量进行比较，实验结果如图2所示。对于测试的所有八种肠杆菌科物种，所有分离株中超过90％的分离株显示出光产量降低或敲低(通过RLU测量)超过50％。相比之下，应不受含铁抗菌素组合物影响的三种非肠杆菌科物种中显示出光产量降低的分离株不到25％。本实验的发光动力学可参见两个示例菌株：大肠杆菌(Eco0087，图3)和鲍曼不动杆菌(Abi0022，图4)。
实例2：使用含铁抗菌素类改善细菌鉴定
利用同一实验以及示例1的数据集进行了附加分析，以确定含铁抗菌素类将产生光的来源分类为肠杆菌科来源或非肠杆菌科来源的能力。在存在白霉素和SalmycinA的含铁抗菌素组合物的情况下，预期产生光的肠杆菌科生物体表现出RLU敲低/降低。相反地，在存在含铁抗菌素组合物的情况下，产生光的非肠杆菌科生物体预期不会表现出RLU敲低/降低。附加分析的结果如图5所示，总体而言，97％的光产量(由肠杆菌科产生)得到正确分类，94％的光产量(非肠杆菌科产生)得到正确分类。图6中进一步示出了这一点，其中肠杆菌科和非肠杆菌科生物体可根据其对白霉素和SalmycinA组合物的反应分为不同的组。
虽然已经参照优选的实施例和各种替代实施例对本发明进行了详细地示出和描述，但是相关领域的技术人员将理解，在不脱离本发明的精神和范围的情况下，可以对本发明中的形式和细节进行各种改变。
本说明书的正文中引用的所有参考文件、已发布专利和专利申请均出于所有目的以引用方式并入本文。

Claims (15)

1.一种用于减少测定中可能的交叉反应性或干扰性生物体的量的方法，所述测定设计成检测靶生物体的活力的可检测的指标，所述方法包括：
获得可能地包含至少一种生物体的样品，所述至少一种生物体在设计成检测所述靶生物体的活力的所述可检测的指标的测定中具有可能的交叉反应性或干扰性；
使所述交叉反应性或干扰性生物体与至少一种化合物接触，所述至少一种化合物与所述可能的交叉反应性或干扰性生物体的活力有关，其中所述化合物对所述交叉反应性或干扰性生物体具有特异性并且使得所述交叉反应性或干扰性生物体丧失活力而不影响所述靶生物体的活力；
在使得非复制型转导颗粒(NRTP)将报道核酸分子插入所述靶生物体且使得报道分子提供所述靶生物体的活力的所述可检测的指标的条件下，使所述样品与非复制型转导颗粒(NRTP)接触，所述非复制型转导颗粒包含编码报道分子的报道核酸分子。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一种化合物为含铁抗菌素。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述含铁抗菌素是天然存在的含铁抗菌素。
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述含铁抗菌素是合成的含铁抗菌素。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述NRTP由细菌细胞包装系统产生，所述细菌细胞包装系统包含：宿主细菌细胞；所述宿主细菌细胞内的第一核酸构建体，所述第一核酸构建体包含具有非功能性包装起始位点序列的噬菌体基因组，其中所述非功能性包装起始位点序列阻止将所述噬菌体基因组包装至所述NRTP中；以及所述宿主细菌细胞内的且与所述第一核酸构建体分开的第二核酸构建体，所述第二核酸构建体包含具有报道基因的报道核酸分子以及便于将所述报道核酸分子的复制子包装至所述NRTP中的功能性包装起始位点序列，其中所述第二核酸构建体上的功能性第二包装起始位点序列与所述第一核酸构建体上的所述噬菌体基因组中的所述非功能性包装起始位点序列互补。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述报道基因为荧光素酶基因。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述靶生物体属于肠杆菌科。
8.一种将微生物分类为肠杆菌科来源或非肠杆菌科来源的方法，所述方法包括：
获得含有所述微生物的样品；
使所述样品与包含白霉素和SalmycinA的含铁抗菌素组合物接触；
在使得非复制型转导颗粒(NRTP)将报道核酸分子插入所述微生物且使得报道分子提供所述微生物的活力的可检测的指标的条件下，使所述样品与所述非复制型转导颗粒(NRTP)接触，所述非复制型转导颗粒包含编码报道分子的报道核酸分子；
其中如果所述微生物的活力的所述可检测的指标因所述含铁抗菌素组合物的存在而降低超过50％，则将所述微生物归类为肠杆菌科来源，并且其中如果所述微生物的活力的所述可检测的指标因所述含铁抗菌素组合物的存在而降低小于50％，则将所述微生物归类为非肠杆菌科来源。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述报道分子为发光分子，并且所述微生物的活力的所述可检测的指标为光信号。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述发光分子为荧光素酶分子。
11.根据权利要求8至10中任一项所述的方法，其中所述含铁抗菌素组合物包含浓度范围为3μg/mL至10μg/mL的白霉素和浓度范围为0.05μg/mL至0.25μg/mL的SalmycinA。
12.一种用于在测定中减少可能的交叉反应性或干扰性生物体的量的试剂盒，所述测定设计成检测靶生物体，所述试剂盒包括：
化合物，所述化合物使所述交叉反应性或干扰性生物体丧失活力但不影响所述靶生物体的活力；以及
非复制型转导颗粒(NRTP)，所述非复制型转导颗粒包含编码报道分子的报道核酸分子，在使得所述NRTP将所述报道核酸分子插入所述靶生物体且使得所述报道分子提供所述靶生物体的活力的可检测的指标的条件下。
13.根据权利要求12所述的试剂盒，其中所述NRTP由细菌细胞包装系统产生，所述细菌细胞包装系统包含：宿主细菌细胞；所述宿主细菌细胞内的第一核酸构建体，所述第一核酸构建体包含具有非功能性包装起始位点序列的噬菌体基因组，其中所述非功能性包装起始位点序列阻止将所述噬菌体基因组包装至所述NRTP中；以及所述宿主细菌细胞内的且与所述第一核酸构建体分开的所述第二核酸构建体，所述第二核酸构建体包含具有报道基因的所述报道核酸分子以及便于将所述报道核酸分子的复制子包装至NRTP中的功能性包装起始位点序列，其中所述第二核酸构建体上的功能性第二包装起始位点序列与所述第一核酸构建体上的所述噬菌体基因组中的所述非功能性包装起始位点序列互补。
14.根据权利要求13所述的试剂盒，其中所述报道基因为荧光素酶基因。
15.根据权利要求12至14中任一项所述的试剂盒，其中所述化合物为包含白霉素和SalmycinA的含铁抗菌素组合物。
CN201980086786.4A 2018-12-29 2019-12-22 含铁抗菌素类在抗生素敏感性测定中用于限制交叉反应性以及改善细菌鉴定之用途 Pending CN113227403A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862786431P 2018-12-29 2018-12-29
US62/786431 2018-12-29
US201962858146P 2019-06-06 2019-06-06
US62/858146 2019-06-06
PCT/EP2019/086886 WO2020136153A1 (en) 2018-12-29 2019-12-22 Use of sideromycins to limit cross-reactivity and improve bacterial identification in antibiotic susceptibility assays

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN113227403A true CN113227403A (zh) 2021-08-06

Family

ID=69105860

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201980086786.4A Pending CN113227403A (zh) 2018-12-29 2019-12-22 含铁抗菌素类在抗生素敏感性测定中用于限制交叉反应性以及改善细菌鉴定之用途

Country Status (5)

Country Link
US (1) US20220073969A1 (zh)
EP (1) EP3902927A1 (zh)
JP (1) JP2022515833A (zh)
CN (1) CN113227403A (zh)
WO (1) WO2020136153A1 (zh)

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2968424B1 (en) 2013-03-13 2020-01-22 Geneweave Biosciences Inc. Non-replicative transduction particles and transduction particle-based reporter systems
US9481903B2 (en) * 2013-03-13 2016-11-01 Roche Molecular Systems, Inc. Systems and methods for detection of cells using engineered transduction particles
US9540675B2 (en) * 2013-10-29 2017-01-10 GeneWeave Biosciences, Inc. Reagent cartridge and methods for detection of cells
KR101946180B1 (ko) 2014-08-25 2019-02-08 지니위브 바이오사이언시스, 인코포레이티드 비-복제 형질도입 입자 및 형질도입 입자-기반 리포터 시스템
US10227661B2 (en) * 2014-11-21 2019-03-12 GeneWeave Biosciences, Inc. Sequence-specific detection and phenotype determination

Also Published As

Publication number Publication date
WO2020136153A1 (en) 2020-07-02
JP2022515833A (ja) 2022-02-22
US20220073969A1 (en) 2022-03-10
EP3902927A1 (en) 2021-11-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US10822664B2 (en) Sequence-specific detection and phenotype determination
CA2983408C (en) Mechanisms of antimicrobial susceptibility
Bai et al. Essential gene analysis in Acinetobacter baumannii by high-density transposon mutagenesis and CRISPR interference
US10179939B2 (en) Growth-independent detection of cells
Brito et al. Absence of tmRNA has a protective effect against fluoroquinolones in Streptococcus pneumoniae
Paul et al. Occurrence of bla NDM-1 and bla NDM-5 in a tertiary referral hospital of North India
Wang et al. Research progress on antibiotic resistance of Salmonella
Roy et al. CRISPR-Cas system, antibiotic resistance and virulence in bacteria: through a common lens
CN113227403A (zh) 含铁抗菌素类在抗生素敏感性测定中用于限制交叉反应性以及改善细菌鉴定之用途
Mirshekar et al. Analysis of mgrB gene mutations in colistin-resistant Klebsiella pneumoniae in Tehran, Iran
WO2020245123A1 (en) Use of peptidomimetic antimicrobial peptides to limit cross-reactivity and improve bacterial identification in antibiotic susceptibility assays
Sütterlin et al. Coresistance to quaternary ammonium compounds in extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli.
Zhang et al. Decoding the enigma: unveiling the molecular transmission of avian-associated tet (X4)-positive E. coli in Sichuan Province, China
Readman Development of Antisense/antigene Agents Based on Synthetic Oligonucleotides to Inhibit Extended Spectrum Β-lactamases and Restore Antibiotic Sensitivity in Resistant Bacterial Pathogens
Gladysheva-Azgari et al. ArdA genes from pKM101 and from B. bifidum chromosome have a different range of regulated genes
Al et al. Detection of Ompk36 Mutations of Klebsiella pneumoniae and Determination their effect on Outer Membrane Permeability to Antibiotics
Boekhoud et al. Se illa, E
Nordraak Antibiotics against bovine mastitis pathogens: resistance and novel targets

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination