CN113160265B - 一种用于胼胝体状态评估的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法 - Google Patents
一种用于胼胝体状态评估的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种用于胼胝体状态评估的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法,它是从获取的胎儿脑部超声图像中绘制出胼胝体初始轮廓线,计算胼胝体初始轮廓线的关键点偏移量,根据胼胝体初始轮廓线和关键点偏移量在所述胎儿脑部超声图像中裁剪出脑部胼胝体分割预测图像。本发明胎儿超声图像状态分析深度神经网络模型填补了脑部超声图像脑部胼胝体状态分析的空白,首创了用脑部超声图像评估脑部胼胝体状态的方法。
Description
技术领域
本发明医学图像分割和深度学习领域,具体涉及一种用于胼胝体状态评估的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法。
背景技术
胼胝体位于大脑半球纵裂的底部,是大脑半球中最大的连合纤维。胼胝体发育不良(Agenesis of Corpus Callosum,ACC)是胎儿中枢神经系统畸形中的一种先天性发育异常,指在发育过程中胼胝体部分或完全缺失,利用影像学检查在胎儿期诊断胼胝体发育状况具有重要作用。
目前对于胼胝体大小位置的测量还依赖于医学影像技术人员根据胎儿脑部超声图像标注提供,需要对操作者的经验和技术提出很高的要求,而且超声影像无法精确地计算胼胝体的体积大小,从而也无法对超声学医师的判断提供有效的判断依据。因此,造成目前胎儿胼胝体异常检出率低,错误率高。
发明内容
为解决上述问题,本发明提供了一种用于胼胝体状态评估的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法,它是从获取的胎儿脑部超声图像中绘制出胼胝体初始轮廓线,计算胼胝体初始轮廓线的关键点偏移量,根据胼胝体初始轮廓线和关键点偏移量在所述胎儿脑部超声图像中裁剪出脑部胼胝体分割预测图像。
进一步地,它通过深度神经网络模型实现,所述深度神经网络模型是由图像预处理部分、初始轮廓建立部分和活动轮廓收缩部分组成,其中,图像预处理部分用于胎儿脑部超声图像平移转换、扭曲增强以及弹性形变;初始轮廓建立部分由编码解码模块和关键点分布调整模块组成,用于输出初始轮廓线;活动轮廓收缩部分由轮廓微调卷积模块组成,用于输出关键点偏移量;
所述编码解码模块的结构由基础主干网络、多孔空间金字塔池化模块、信息通道组成,其中,基础主干网络是最大值池化层结构被步伐为2的深度可分离卷积代替并且每个3x3的深度可分离卷积都跟批归一化和Relu激活函数,用于采样提取胎儿超声图像数据的低层语义信息和高层语义信息;多孔空间金字塔池化模块是由扩张率分别为1、2、4、8的空洞卷积和一个3x3的重叠池化组成,用于将语义信息卷积得到多尺度特征图;信息通道用于将低层语义信息与多尺度特征图融合输出标有热力图预测中心点、胼胝体预测状态编码和n个预测关键点坐标的初始轮廓线;
所述关键点分布调整模块是用损失函数将n个预测关键点的坐标更多分布于突起细节区域;所述损失函数为:
所述轮廓微调卷积模块由核大小固定为9的8个循环卷积、批归一化和Relu激活函数构成的循环卷积块组成。
更进一步地,所述图像预处理部分还储存有经角点检测和中心点检测的脑部胼胝体分割标签图像;所述检测的具备方法为:
②对①中求得的矩阵进行高斯平滑滤波,得到矩阵M.;
③由矩阵M求得行列式的值λ1和λ2,使用如下图像度量表示公式:
R=min(λ1,λ2),根据λ1≥λ2且λ2≥λ2max判定强角点,其中λ2max是图像像素点较小特征值中的最大值;
④设定阈值Tc和Tp,用于对提取的特征点的数目和相邻特征点的距离进行定量约束;所述约束是使被比较的胎儿胼胝体预测图像与脑部胼胝体分割标签图像提取的角点数目相同,从而使被比较的胎儿胼胝体预测图像中相邻角点的距离大于设定的阈值;
⑤找到构造的轮廓与真实标注交并比最大的n个角点作为关键点,将关键点距离最远的两个点的中点作为图像的中心点。
更进一步地,所述孔空间金字塔池化模块的每一个尺度的输出串联连接,输出的特征经过一个1x1的卷积后,再经过倍率为4的上采样后输出多尺度特征图。
更进一步地,所述循环卷积块每块都使用残差连接,然后通过1x1卷积层和最大池化层融合于主干网络。
更进一步地,所述深度神经网络模型是经过网络初始化和随机梯度下降法训练后的模型,具体训练流程为:
将脑部胼胝体分割预测图像与胼胝体状态标签、脑部胼胝体分割标签图像、初始轮廓线建立部分输出的预测胼胝体状态编码对比,计算得到交叉熵损失的和(Lseg)、胼胝体状态编码损失(Lcls)、中心点损失(Lcen),将各损失与关键点分布调整模块输出的关键点分布向量损失(Lkey)建立损失函数,进行反向传输更新权重优化模型,其中,网络初始化方法为:深度神经网络的卷积层由标准高斯分布进行参数初始化,具体如下所示:权值被设置成一个零均值高斯分布,标准差为其中k1是第l层卷积核的边长大小,dl-1是第l-1层滤波器的数量;
训练方法为:以每一像素的交叉熵损失的和、胼胝体状态编码损失、关键点分布向量损失以及中心点损失的加权和作为损失函数,具体如下所示:
本发明还提供了一种计算机设备,用于裁剪脑部胼胝体分割预测图像,包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序,所述处理器执行所述计算机程序时实现前述的方法。
本发明还提供了一种用于裁剪脑部胼胝体分割预测图像的系统,包括:超声切面成像仪和前述的计算机设备,所述超声切面成像仪和所述计算机设备通过数据线连接。
本发明最后提供了一种计算机可读存储介质,其上存储有用于实现前述的方法的计算机程序。
本发明具有下述有益效果:
本发明将脑部胼胝体分割转化初始轮廓线建立以及活动轮廓收敛,利用编码解码模块获得多尺度图像特征信息,预测胎儿超声图像的胼胝体状态编码和初始轮廓线,并通过关键点分布向量和损失函数的构建使得关键点侧重分布于突起细节区域,最后通过轮廓微调卷积模块将活动轮廓收敛到所要检测的物体边缘,以此裁剪出的脑部胼胝体分割预测图像,可以实现对胼胝体以及内部结构端到端的状态评估,拥有较高胎儿超声图像分割脑部的准确率。本发明胎儿超声图像状态分析深度神经网络模型填补了脑部超声图像脑部胼胝体状态分析的空白,首创了用脑部超声图像评估脑部胼胝体状态的方法。
显然,根据本发明的上述内容,按照本领域的普通技术知识和惯用手段,在不脱离本发明上述基本技术思想前提下,还可以做出其它多种形式的修改、替换或变更。
以下通过实施例形式的具体实施方式,对本发明的上述内容再作进一步的详细说明。但不应将此理解为本发明上述主题的范围仅限于以下的实例。凡基于本发明上述内容所实现的技术均属于本发明的范围。
附图说明
图1用于胼胝体状态评估的训练测试流程图
图2标签图与预测图比较
图3深度神经网络和胎儿超声图像的胼胝体状态分析框架结构图
具体实施方式
实施例1本发明的胎儿超声图像状态分析深度神经网络模型的构建
(一)图像预处理
a、采集胎儿脑部超声图像以及脑部胼胝体分割标签图像
使用辉度调制型即超声切面成像仪,TRT33型变频双平面经脑部探头采集胎儿脑部超声图像;脑部胼胝体分割标签图像则由医学影像技术人员根据胎儿脑部超声图像标注提供;
b、图像数据预处理
将采集到的胎儿脑部超声图像平移转换、扭曲增强以及弹性形变,并对脑部胼胝体分割标签图像进行角点检测和中心点检测,具体方法为:
②对①中求得的矩阵进行高斯平滑滤波,得到矩阵M.;
③由矩阵M求得行列式的值λ1和λ2,使用如下图像度量表示公式:
R=min(λ1,λ2),根据λ1≥λ2且λ2≥λ2max判定强角点,其中λ2max是图像像素点较小特征值中的最大值;
④设定阈值Tc和Tp,用于对提取的特征点的数目和相邻特征点的距离进行定量约束;所述约束是使被比较的胎儿胼胝体预测图像与脑部胼胝体分割标签图像提取的角点数目相同,从而使被比较的胎儿胼胝体预测图像中相邻角点的距离大于设定的阈值;
⑤找到构造的轮廓与真实标注交并比最大的n个角点作为关键点,将关键点距离最远的两个点的中点作为图像的中心点。
(二)构建初始轮廓线建立部分
1)构建编码解码模块
c、将Xception网络所有的最大值池化层结构用步伐为2的深度可分离卷积代替,并且每个3x3的深度可分离卷积都跟批归一化和Relu激活函数,以改进的Xception网络作为基础主干网络,使用级联与跳联方式提取步骤(一)中的胎儿脑部超声图像预处理数据,并将其分为低层语义信息和高层语义信息;
d、用多孔空间金字塔池化模块提取步骤c中的胎儿脑部超声图像语意信息,使不同尺度目标提取特征,不同扩张率大小的空洞卷积得到相同分辨率的多尺度特征图,其中,多孔空间金字塔池化模块由4个不同扩张率的空洞卷积组成,4个分支使用扩张率分别为1、2、4、8的方式进行卷积来针对不同尺度的目标得到相同分辨率的特征图,并对卷积后的特征图增加一个3x3的重叠池化以提升网络的学习能力,且多孔空间金字塔池化模块的每一个尺度的输出串联连接,输出的特征经过一个1x1的卷积后,再经过倍率为4的上采样后输出多尺度特征图。
e、通过通道融合将步骤c的低层语义信息与步骤d的多尺度特征图做信息融合,更好的实现低维空间与高维空间信息的采样,同时更好恢复物体的边缘信息,输出保持分辨率的图像特征后,再将图像特征经过三次1x1的卷积减少其通道数,最后经过全卷积网络输出标有热力图预测中心点、胼胝体预测状态编码和n个预测关键点坐标的初始轮廓线。
2)构建关键点分布调整模块
将步骤e输出的n个预测关键点的坐标和热力图预测中心点位置,与步骤b输出的脑部胼胝体分割标签图像角点和中心点位置输入关键点分布调整模块,在该模块中脑部胼胝体分割标签图像的角点用关键点表述,各关键点分布向量为nx1的一维向量,每个值表示了脑部胼胝体分割标签图像预处理数据中的中心点360/n角度内的关键点数量,以此构建损失函数,通过损失函数将输入的n个预测关键点的坐标更多分布于突起细节区域,同时输出计算得到的关键点分布向量损失,损失函数为:
(三)构建活动轮廓收敛建立部分
将经关键点分布调整模块调整的关键点输入活动轮廓收缩部分,其中活动轮廓收缩部分由轮廓微调卷积模块组成,轮廓微调卷积模块是由8个循环卷积块组成,循环卷积块由核大小固定为9的循环卷积、批归一化和Relu激活函数组成,每块都使用残差连接,然后通过1x1卷积层和最大池化层用于融合主干网络中的多尺度轮廓特征,最后通过3个1x1卷积输出每个关键点的偏移。
(四)深度神经网络模型的训练优化
将初始轮廓线建立部分输出的的初始轮廓输入活动轮廓收敛部分,与活动轮廓收敛部分输出的关键点偏移量结合,得到脑部胼胝体分割预测图像,再将脑部胼胝体分割预测图像与胼胝体状态标签(即胼胝体发育正常、胼胝体缺如、小胼胝体及胼胝体畸形面)、脑部胼胝体分割标签图像、初始轮廓线建立部分输出的预测胼胝体状态编码对比,计算得到交叉熵损失的和(Lseg)、胼胝体状态编码损失(Lcls)、中心点损失(Lcen),将各损失与关键点分布调整模块输出的关键点分布向量损失(Lkey)建立损失函数,进行反向传输更新权重,优化模型,具体训练流程为:
②训练:以每一像素的交叉熵损失的和、胼胝体状态编码损失、关键点分布向量损失以及中心点损失的加权和作为损失函数,具体如下所示:
(五)模型测试
取已知胼胝体状态的胎儿超声图像,用于测试上述训练得到的深度神经网络模型,具体的训练测试流程图见图1,其中一例已知胼胝体状态的胼胝体体标签图与测试生成的胼胝体分割预测图见图2,从图2可知,本发明胎儿超声图像状态分析深度神经网络模型是可行的。
实施例2本发明的胎儿超声图像状态分析
取一位待评估胎儿脑部超声图像数据输入实施例1构建的深度神经网络模型,通过输出的初始轮廓线以及活动轮廓偏移量即可构建出脑部胼胝体分割图,评估胎儿脑部胼胝体状态,具体基于深度神经网络的胎儿超声图像的胼胝体状态分析框架结构见图3。
综上,本发明将脑部胼胝体分割转化初始轮廓线建立以及活动轮廓收敛,利用编码解码模块获得多尺度图像特征信息,预测胎儿超声图像的胼胝体状态编码和初始轮廓线,并通过关键点分布向量和损失函数的构建使得关键点侧重分布于突起细节区域,最后通过轮廓微调卷积模块将活动轮廓收敛到所要检测的物体边缘,以此裁剪出的脑部胼胝体分割预测图像,可以实现对胼胝体以及内部结构端到端的状态评估,拥有较高胎儿超声图像分割脑部的准确率。本发明胎儿超声图像状态分析深度神经网络模型填补了脑部超声图像脑部胼胝体状态分析的空白,首创了用脑部超声图像评估脑部胼胝体状态的方法。
Claims (8)
1.一种用于胼胝体状态评估的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法,其特征在于:它是从获取的胎儿脑部超声图像中绘制出胼胝体初始轮廓线,计算胼胝体初始轮廓线的关键点偏移量,根据胼胝体初始轮廓线和关键点偏移量在所述胎儿脑部超声图像中裁剪出脑部胼胝体分割预测图像;
它通过深度神经网络模型实现,所述深度神经网络模型是由图像预处理部分、初始轮廓建立部分和活动轮廓收缩部分组成,其中,图像预处理部分用于胎儿脑部超声图像平移转换、扭曲增强以及弹性形变;初始轮廓建立部分由编码解码模块和关键点分布调整模块组成,用于输出初始轮廓线;活动轮廓收缩部分由轮廓微调卷积模块组成,用于输出关键点偏移量;
所述编码解码模块的结构由基础主干网络、多孔空间金字塔池化模块、信息通道组成,其中,基础主干网络是最大值池化层结构被步伐为2的深度可分离卷积代替并且每个3x3的深度可分离卷积都跟批归一化和Relu激活函数,用于采样提取胎儿超声图像的低层语义信息和高层语义信息;多孔空间金字塔池化模块是由扩张率分别为1、2、4、8的空洞卷积和一个3x3的重叠池化组成,用于将语义信息卷积得到多尺度特征图;信息通道用于将低层语义信息与多尺度特征图融合输出标有热力图预测中心点、胼胝体预测状态编码和n个预测关键点坐标的初始轮廓线;
所述关键点分布调整模块是用损失函数将n个预测关键点的坐标更多分布于突起细节区域;所述损失函数为:
其中表示预测的关键点分布向量,dk表示关键点分布向量的真实值;所述关键点分布向量为nx1的一维向量,每个值表示了脑部胼胝体分割标签图像中的中心点360/n角度内的关键点数量;所述脑部胼胝体分割标签图像的角点用关键点表述;
所述轮廓微调卷积模块由核大小固定为9的8个循环卷积、批归一化和Relu激活函数构成的循环卷积块组成。
2.根据权利要求1所述的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法,其特征在于:所述图像预处理部分还储存有经角点检测和中心点检测的脑部胼胝体分割标签图像;所述检测的具备方法为:
②对①中求得的矩阵进行高斯平滑滤波,得到矩阵M;
③由矩阵M求得行列式的值λ1和λ2,使用如下图像度量表示公式:
R=min(λ1,λ2),根据λ1≥λ2且λ2≥λ2max判定强角点,其中λ2max是图像像素点较小特征值中的最大值;
④设定阈值Tc和Tp,用于对提取的特征点的数目和相邻特征点的距离进行定量约束;所述约束是使被比较的胎儿胼胝体预测图像与脑部胼胝体分割标签图像提取的角点数目相同,从而使被比较的胎儿胼胝体预测图像中相邻角点的距离大于设定的阈值;
⑤找到构造的轮廓与真实标注交并比最大的n个角点作为关键点,将关键点距离最远的两个点的中点作为图像的中心点。
3.根据权利要求1所述的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法,其特征在于:所述多孔空间金字塔池化模块的每一个尺度的输出串联连接,输出的特征经过一个1x1的卷积后,再经过倍率为4的上采样后输出多尺度特征图。
4.根据权利要求1所述的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法,其特征在于:所述循环卷积块每块都使用残差连接,然后通过1x1卷积层和最大池化层融合于主干网络。
5.根据权利要求1~4任意一项所述的脑部胼胝体分割预测图像的构建方法,其特征在于:所述深度神经网络模型是经过网络初始化和随机梯度下降法训练后的模型,具体训练流程为:
将脑部胼胝体分割预测图像与胼胝体状态标签、脑部胼胝体分割标签图像、初始轮廓线建立部分输出的预测胼胝体状态编码对比,计算得到交叉熵损失的和(Lseg)、胼胝体状态编码损失(Lcls)、中心点损失(Lcen),将各损失与关键点分布调整模块输出的关键点分布向量损失(Lkey)建立损失函数,进行反向传输更新权重优化模型,其中,网络初始化方法为:深度神经网络的卷积层由标准高斯分布进行参数初始化,具体如下所示:权值被设置成一个零均值高斯分布,标准差为其中k1是第l层卷积核的边长大小,dl-1是第l-1层滤波器的数量;
训练方法为:以每一像素的交叉熵损失的和、胼胝体状态编码损失、关键点分布向量损失以及中心点损失的加权和作为损失函数,具体如下所示:
6.一种计算机设备,用于裁剪脑部胼胝体分割预测图像,包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序,其特征在于:所述处理器执行所述计算机程序时实现权利要求1-5任一项所述的方法。
7.一种用于裁剪脑部胼胝体分割预测图像的系统,其特征在于,包括:超声切面成像仪和权利要求6所述的计算机设备,所述超声切面成像仪和所述计算机设备通过数据线连接。
8.一种计算机可读存储介质,其上存储有用于实现权利要求1-5任一项所述的方法的计算机程序。
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