CN113157291A - 一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统 - Google Patents

一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统 Download PDF

Info

Publication number
CN113157291A
CN113157291A CN202110559098.4A CN202110559098A CN113157291A CN 113157291 A CN113157291 A CN 113157291A CN 202110559098 A CN202110559098 A CN 202110559098A CN 113157291 A CN113157291 A CN 113157291A
Authority
CN
China
Prior art keywords
software
uploaded
platform
judging whether
version
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202110559098.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN113157291B (zh
Inventor
吕晖
李磊杰
任永永
程志伟
张悦宁
戴芳
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shanghai Jiaotong University
Original Assignee
Shanghai Jiaotong University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shanghai Jiaotong University filed Critical Shanghai Jiaotong University
Priority to CN202110559098.4A priority Critical patent/CN113157291B/zh
Publication of CN113157291A publication Critical patent/CN113157291A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN113157291B publication Critical patent/CN113157291B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F8/00—Arrangements for software engineering
    • G06F8/60—Software deployment
    • G06F8/61—Installation
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F8/00—Arrangements for software engineering
    • G06F8/60—Software deployment
    • G06F8/65—Updates
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F8/00—Arrangements for software engineering
    • G06F8/70—Software maintenance or management
    • G06F8/71—Version control; Configuration management
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F9/00—Arrangements for program control, e.g. control units
    • G06F9/06—Arrangements for program control, e.g. control units using stored programs, i.e. using an internal store of processing equipment to receive or retain programs
    • G06F9/44—Arrangements for executing specific programs
    • G06F9/455—Emulation; Interpretation; Software simulation, e.g. virtualisation or emulation of application or operating system execution engines
    • G06F9/45533—Hypervisors; Virtual machine monitors
    • G06F9/45558—Hypervisor-specific management and integration aspects
    • G—PHYSICS
    • G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
    • G06F9/00—Arrangements for program control, e.g. control units
    • G06F9/06—Arrangements for program control, e.g. control units using stored programs, i.e. using an internal store of processing equipment to receive or retain programs
    • G06F9/44—Arrangements for executing specific programs
    • G06F9/455—Emulation; Interpretation; Software simulation, e.g. virtualisation or emulation of application or operating system execution engines
    • G06F9/45533—Hypervisors; Virtual machine monitors
    • G06F9/45558—Hypervisor-specific management and integration aspects
    • G06F2009/45562—Creating, deleting, cloning virtual machine instances

Landscapes

  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Software Systems (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Computer Security & Cryptography (AREA)
  • Stored Programmes (AREA)

Abstract

本发明涉及一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统，其中方法包括：步骤S1：显示平台存储的软件信息，其中，软件信息包括软件ID、软件名称和版本号；步骤S2：判断是否收到确认信号，若为是，则执行步骤S4，反之，则执行步骤S3；步骤S3：接收上传的软件，分配软件ID并创建软件信息，返回步骤S2；步骤S4：根据输入信号基于平台存储的软件搭建工作流程；步骤S5：接收工作流程执行信号，并判断是否需要在线运行，若为是，则在线运行并返回运行结果，反之，则提供工作流程所调用的软件的下载。与现有技术相比，本发明具有提高工作流程运行的便捷性和可靠性等优点。

Description

一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统
技术领域
本发明涉及软件管理平台技术，尤其是涉及一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统。
背景技术
在生物大数据分析过程中，软件版本的差异直接决定了实验运行的结果，因此在分析过程中软件版本的选择和不同软件间接口的处理，是生物大数据分析实验可重复性的重要的一环。近些年出现了很多生物大数据云平台。
软件存储不是简单的实现软件的云平台安装和运行。其中存在很多关联的问题。比如不同软件之间的接口处理问题、自定义的软件云调用问题等。在正常的软件使用中往往会存在软件之间不兼容的问题，比如R语言的版本对生物信息学相关R包的安装和使用有很大的影响。由于这些问题的存在，导致科研论文读者，对于文章中开发的工具的安装使用，或者文章中结果的重复比较困难。并且由于各人电脑软件环境的差异，读者遇到的问题咨询科研论文的作者也很难得到针对性的回复。
此外，现有的生物医学领域的软件管理平台一般不提供用户的自定义软件的上传功能，无法存储用户自主研发的或者目前平台或缺的一些软件，因此也就无法实现科研论文软件环境保存；其次各个平台的分析流程固化，科研论文作者无法自行定义、保存、展示自己文章中所使用的相关流程。最后，平台虽然支持用户运行流程，但是不支持相关流程的下载和本地化运行。用户自行安装流程由于接口和软件版本的差异，会导致运行的失败或者运行结果的差异。
发明内容
本发明的目的就是为了提供一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统，允许用户自行上传软件版本，并且通过原存储版本是否被引用，以及版本的比对来锁定软件，可以提供完美的软件接口匹配模式，可以根据软件平台的现有所有软件，依据软件ID自由云调用任意现有软件云搭建个性化软件流程，以满足各种不同的任务需求，免去软件下载和安装的繁琐步骤，并提供在线运行功能，为用户免去了对于运行环境硬件的需求，节省算力资源。
本发明的目的可以通过以下技术方案来实现：
一种基于云存储的生物分析软件管理方法，包括：
步骤S1：显示平台存储的软件信息，其中，所述软件信息包括软件ID、软件名称和版本号；
步骤S2：判断是否收到确认信号，若为是，则执行步骤S4，反之，则执行步骤S3；
步骤S3：接收上传的软件，分配软件ID并创建软件信息，返回步骤S2；
步骤S4：根据输入信号基于平台存储的软件搭建工作流程；
步骤S5：接收工作流程执行信号，并判断是否需要在线运行，若为是，则在线运行并返回运行结果，反之，则提供工作流程所调用的软件的下载。
所述步骤S3具体包括：
步骤S31：搭建Singularity软件环境；
步骤S32：接收上传的软件，判断该软件在平台是否存在，若为是，则执行步骤S33，反之，则创建新的软件ID；
步骤S33：根据上传的软件的版本和平台已存储的软件信息更新。
所述步骤S33具体包括：
步骤S331：判断平台存储的版本是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则执行步骤S332；
步骤S332：判断上传的软件版本是否大于平台存储的版本，若为是，则执行步骤S333，反之，则为上传的软件创建新的软件ID；
步骤S333：判断上传的软件是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则用上传的软件版本替换平台存储的版本。
所述软件ID为无序ID。
所述步骤S5中在提供工作流程所调用的软件下载的同时，提供推荐运行数据和代码的下载。
一种基于云存储的生物分析软件管理系统，包括存储器、处理器，以及存储于存储器中并由所述处理器执行的程序，所述处理器执行所述程序时执行上述方法。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
1、允许用户自行上传软件版本，并且通过原存储版本是否被引用，以及版本的比对来锁定软件，可以提供完美的软件接口匹配模式，可以根据软件平台的现有所有软件，依据软件ID自由云调用任意现有软件云搭建个性化软件流程，以满足各种不同的任务需求，免去软件下载和安装的繁琐步骤，并提供在线运行功能，为用户免去了对于运行环境硬件的需求，节省算力资源。
2、软件运行环境为用户安装好的Singularity虚拟机，相关接口问题已解决完成，不依赖本地环境，减少报错。
附图说明
图1为本发明实施例软件管理方法的流程示意图；
图2为本发明实施例实现系统的结构示意图。
具体实施方式
下面结合附图和具体实施例对本发明进行详细说明。本实施例以本发明技术方案为前提进行实施，给出了详细的实施方式和具体的操作过程，但本发明的保护范围不限于下述的实施例。
一种基于云存储的生物分析软件管理方法，包括：
步骤S1：显示平台存储的软件信息，其中，软件信息包括软件ID、软件名称和版本号，软件ID为无序ID；
步骤S2：判断是否收到确认信号，若为是，则执行步骤S4，反之，则执行步骤S3；
步骤S3：接收上传的软件，分配软件ID并创建软件信息，返回步骤S2，具体包括：
步骤S31：搭建Singularity软件环境；
步骤S32：接收上传的软件，判断该软件在平台是否存在，若为是，则执行步骤S33，反之，则创建新的软件ID；
步骤S33：根据上传的软件的版本和平台已存储的软件信息更新。具体包括：步骤S331：判断平台存储的版本是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则执行步骤S332；步骤S332：判断上传的软件版本是否大于平台存储的版本，若为是，则执行步骤S333，反之，则为上传的软件创建新的软件ID；步骤S333：判断上传的软件是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则用上传的软件版本替换平台存储的版本。
步骤S4：根据输入信号基于平台存储的软件搭建工作流程；
步骤S5：接收工作流程执行信号，并判断是否需要在线运行，若为是，则在线运行并返回运行结果，反之，则提供工作流程所调用的软件的下载，其中在提供工作流程所调用的软件下载的同时，提供推荐运行数据和代码的下载。
允许用户自行上传软件版本，并且通过原存储版本是否被引用，以及版本的比对来锁定软件，可以提供完美的软件接口匹配模式，可以根据软件平台的现有所有软件，依据软件ID自由云调用任意现有软件云搭建个性化软件流程，以满足各种不同的任务需求，免去软件下载和安装的繁琐步骤，并提供在线运行功能，为用户免去了对于运行环境硬件的需求，节省算力资源。
图1所示为本发明软件存储和管理控制的具体流程。下面对生物信息软件环境的存储和管理控制步骤进行详细描述：
在步骤401中，用户通过软件平台可视化网页浏览现有的所有软件种类及版本信息。这些软件包括其他用户上传的权限管理为公共的全部数据和系统原有的软件，然后执行步骤402；
在步骤402中，判断现有软件是否满足任务需求，如果有需要使用的软件，通过存储模块的展示网页了解软件的存储ID和使用路径信息，然后执行步骤406；如果没有满足需求的软件则执行步骤403；
在步骤403中，用户自行搭建基于Singularity的软件环境，然后执行步骤404；
在步骤404中，用户通过可视化参数点选网页选择相关参数后，上传软件，然后执行步骤405；
在步骤405中，判断平台检测到软件的上传，存储模块负责根据用户对应分配位置存储软件，ID分配模块，负责通过相关算法生成无序ID并返回相关ID信息，权限管理模块，根据用户的个性化选择，确定软件的权限以及展示方式：所有用户可见、仅自己可见、不可更改。然后执行步骤406，
在步骤406中，用户想要完成某一项任务，分析自己的数据等，可以从存储模块查看平台现有的所有软件信息，并通过相对应的ID直接从云平台调取软件使用，免去软件下载安装的繁琐步骤，并且完全不用担心有软件环境不匹配问题，自行处理好相关接口后，搭建完成流程，并执行步骤407；
在步骤407中，根据用户的选择，判断是否在线运行相应的软件，如果是，则运行步骤408；如果不是则运行步骤409；
在步骤408中，用户选择在线运行，根据用户上传的数据和搭建的流程，直接在线运行对应流程，给出网页展示结果并对结果进行简单的解释说明。
在步骤409中，用户选择本地运行，则提供对应ID的软件虚拟机下载，并推荐对应的原作者的运行数据和代码下载。
如图2所示，本发明创建软件的web存储、展示和运行一体化平台。用户在可视化的参数点选页面上传相关Singularity软件运行环境，通过存储模块、ID分配模块、权限管理模块处理后存储在数据库中，提供给其他用户展示。并为后续的普通用户提供访问、在线运行、云调用其中的软件和打包下载的功能。

Claims (10)

1.一种基于云存储的生物分析软件管理方法，其特征在于，包括：
步骤S1：显示平台存储的软件信息，其中，所述软件信息包括软件ID、软件名称和版本号；
步骤S2：判断是否收到确认信号，若为是，则执行步骤S4，反之，则执行步骤S3；
步骤S3：接收上传的软件，分配软件ID并创建软件信息，返回步骤S2；
步骤S4：根据输入信号基于平台存储的软件搭建工作流程；
步骤S5：接收工作流程执行信号，并判断是否需要在线运行，若为是，则在线运行并返回运行结果，反之，则提供工作流程所调用的软件的下载。
2.根据权利要求1所述的一种基于云存储的生物分析软件管理方法，其特征在于，所述步骤S3具体包括：
步骤S31：搭建Singularity软件环境；
步骤S32：接收上传的软件，判断该软件在平台是否存在，若为是，则执行步骤S33，反之，则创建新的软件ID；
步骤S33：根据上传的软件的版本和平台已存储的软件信息更新。
3.根据权利要求2所述的一种基于云存储的生物分析软件管理方法，其特征在于，所述步骤S33具体包括：
步骤S331：判断平台存储的版本是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则执行步骤S332；
步骤S332：判断上传的软件版本是否大于平台存储的版本，若为是，则执行步骤S333，反之，则为上传的软件创建新的软件ID；
步骤S333：判断上传的软件是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则用上传的软件版本替换平台存储的版本。
4.根据权利要求1所述的一种基于云存储的生物分析软件管理方法，其特征在于，所述软件ID为无序ID。
5.根据权利要求1所述的一种基于云存储的生物分析软件管理方法，其特征在于，所述步骤S5中在提供工作流程所调用的软件下载的同时，提供推荐运行数据和代码的下载。
6.一种基于云存储的生物分析软件管理系统，包括存储器、处理器，以及存储于存储器中并由所述处理器执行的程序，其特征在于，所述处理器执行所述程序时执行以下步骤：
步骤S1：显示平台存储的软件信息，其中，所述软件信息包括软件ID、软件名称和版本号；
步骤S2：判断是否收到确认信号，若为是，则执行步骤S4，反之，则执行步骤S3；
步骤S3：接收上传的软件，分配软件ID并创建软件信息，返回步骤S2；
步骤S4：根据输入信号基于平台存储的软件搭建工作流程；
步骤S5：接收工作流程执行信号，并判断是否需要在线运行，若为是，则在线运行并返回运行结果，反之，则提供工作流程所调用的软件的下载。
7.根据权利要求6所述的一种基于云存储的生物分析软件管理系统，其特征在于，所述步骤S3具体包括：
步骤S31：搭建Singularity软件环境；
步骤S32：接收上传的软件，判断该软件在平台是否存在，若为是，则执行步骤S33，反之，则创建新的软件ID；
步骤S33：根据上传的软件的版本和平台已存储的软件信息更新。
8.根据权利要求7所述的一种基于云存储的生物分析软件管理系统，其特征在于，所述步骤S33具体包括：
步骤S331：判断平台存储的版本是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则执行步骤S332；
步骤S332：判断上传的软件版本是否大于平台存储的版本，若为是，则执行步骤S333，反之，则为上传的软件创建新的软件ID；
步骤S333：判断上传的软件是否被锁定，若为是，则为上传的软件创建新的软件ID，反之，则用上传的软件版本替换平台存储的版本。
9.根据权利要求6所述的一种基于云存储的生物分析软件管理系统，其特征在于，所述软件ID为无序ID。
10.根据权利要求6所述的一种基于云存储的生物分析软件管理系统，其特征在于，所述步骤S5中在提供工作流程所调用的软件下载的同时，提供推荐运行数据和代码的下载。
CN202110559098.4A 2021-05-21 2021-05-21 一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统 Active CN113157291B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110559098.4A CN113157291B (zh) 2021-05-21 2021-05-21 一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110559098.4A CN113157291B (zh) 2021-05-21 2021-05-21 一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN113157291A true CN113157291A (zh) 2021-07-23
CN113157291B CN113157291B (zh) 2024-04-02

Family

ID=76877553

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202110559098.4A Active CN113157291B (zh) 2021-05-21 2021-05-21 一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN113157291B (zh)

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104021001A (zh) * 2014-06-18 2014-09-03 董崇军 一种软件发布方法和系统
CN105302601A (zh) * 2015-10-22 2016-02-03 四川长虹电器股份有限公司 软件升级服务器的系统及方法
CN105530267A (zh) * 2016-02-15 2016-04-27 上海斐讯数据通信技术有限公司 一种基于生物特征的软件登录方法、终端、服务器及系统
CN108694305A (zh) * 2018-03-30 2018-10-23 武汉光谷创赢生物技术开发有限公司 基于云计算的生物信息分析平台
CN110490450A (zh) * 2019-08-15 2019-11-22 安诺优达生命科学研究院 基于混合云的生物信息管理系统
CN111324365A (zh) * 2020-02-29 2020-06-23 苏州浪潮智能科技有限公司 一种超融合系统升级的方法和设备

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104021001A (zh) * 2014-06-18 2014-09-03 董崇军 一种软件发布方法和系统
CN105302601A (zh) * 2015-10-22 2016-02-03 四川长虹电器股份有限公司 软件升级服务器的系统及方法
CN105530267A (zh) * 2016-02-15 2016-04-27 上海斐讯数据通信技术有限公司 一种基于生物特征的软件登录方法、终端、服务器及系统
CN108694305A (zh) * 2018-03-30 2018-10-23 武汉光谷创赢生物技术开发有限公司 基于云计算的生物信息分析平台
CN110490450A (zh) * 2019-08-15 2019-11-22 安诺优达生命科学研究院 基于混合云的生物信息管理系统
CN111324365A (zh) * 2020-02-29 2020-06-23 苏州浪潮智能科技有限公司 一种超融合系统升级的方法和设备

Also Published As

Publication number Publication date
CN113157291B (zh) 2024-04-02

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US8762187B2 (en) Easy process modeling platform
US9645989B2 (en) Techniques to generate custom electronic forms using custom content
US11983154B2 (en) Recipe management system
US11797273B2 (en) System and method for enhancing component based development models with auto-wiring
CN109076107B (zh) 基于检测定制提供用户体验升级的自动检测和优化
US9043750B2 (en) Automated generation of two-tier mobile applications
WO2003030014A1 (en) Method, apparatus, and system for implementing a framework to suppport a web-based application
EP1430396A1 (en) Method, apparatus, and system for implementing view caching in a framework to support web-based applications
US20130067456A1 (en) Application configuration framework for enterprise resource planning application installation
EP3732564A1 (en) Asynchronous c -js data binding bridge
AU2016100635A4 (en) Software creation system
US20180089337A1 (en) Creating an engineering project in an industrial automation environment
CN110162464A (zh) Mcok测试方法及系统、电子设备及可读存储介质
CN113312052A (zh) 一种组件调用方法、装置、电子设备以及存储介质
CN109035623A (zh) 自助终端的界面显示方法、界面显示装置及电子设备
CN113157291A (zh) 一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统
US20060041623A1 (en) Method and system to trigger an activity associated with a user interface element on a web page
US9059992B2 (en) Distributed mobile enterprise application platform
US11726818B1 (en) System for executing tasks in different programming languages
US11231913B1 (en) Model driven user interface
CN112181403B (zh) 开发运维一体化实现方法、装置、设备及可读存储介质
US20050076329A1 (en) Method and apparatus for supporting configuration of a web application in a web presentation architecture
CN117008890B (zh) 扩展应用开发系统及方法
CN113722341B (zh) 一种运营数据处理方法及相关装置
CN113986305B (zh) B/s模型升级的检测方法、装置、设备和存储介质

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant