CN112725509B - 一种长根菇ssr分子标记引物组及其应用 - Google Patents

一种长根菇ssr分子标记引物组及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供一种长根菇SSR分子标记引物组及其应用。本发明是基于长根菇全基因组序列为模板筛选获得了20对特异性强、稳定性好、多态性高的SSR标记引物，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:40所示。所述长根菇SSR分子标记引物组能够用来鉴定长根菇菌株，将其与其他非长根菇菌株进行区分，还可以用来对长根菇菌株进行溯源检测。本发明与常规形态学检测等相比，具有操作简单、重复性好、结果稳定、准确等优点，对长根菇品种鉴定、遗传多样性分析系统发育分析或多态性分析等均具有重要的参考价值和指导意义。

Description

一种长根菇SSR分子标记引物组及其应用
技术领域
本发明属于食用菌菌种DNA分子标记技术领域，具体涉及一种长根菇SSR分子标记引物组及其应用。
背景技术
长根菇(Oudemansiella radicata)，又名长根小奥德蘑、长根金线菌、露水鸡枞菌等，属于真菌界，担子菌门，伞菌纲，伞菌目，膨瑚菌科，小奥德蘑属，菌株的子实体脆滑爽口、香味浓郁，富含蛋白质和多糖等营养物质，子实体中特有的小奥德蘑酮对高血压有较好的抑制效果，是一种食药同源的食用菌。
随着我国经济发展，生活水平的提高，人们对食物的营养有更高的要求，食用菌作为蔬菜的重要品种，具有绿色无污染、营养价值高等优点，食用菌珍稀品种的大面积种植有助于丰富市民的菜篮子，改善人们的营养结构。长根菇作为一种食药同源的食用菌，19世纪70年代首先在日本进行工厂化栽培，目前我国工厂化栽培长根菇产业尚处于初级阶段，缺乏适合工厂化栽培、性状优良、具有自主知识产权的菌株。
长根菇既能通过有性生殖产生担孢子，也可以通过无性繁殖产生子实体。种质资源作为食用菌产业发展的重要基础，如何快速、准确地确定菌株来源，对于菌种溯源、优良菌株的开发和保护都是极为重要的。
传统的菌株鉴定方法主要是通过菌株的表型进行鉴定，如子实体和孢子的形态结构、生理生化指标等，这些鉴定方法需要的时间较长，而且食用菌子实体形态随温度、湿度和二氧化碳浓度等会有较大的变化。随着分子生物学的发展，基因组测序技术的普及，以基因组DNA为基础的分子标记技术具有不受外界环境的影响，直接反应DNA分子的遗传变化，具有检测过程简单快速、检测结果稳定性高和特异性强等优点。其中SSR分子标记具有在基因组上分布广泛、位点特应性强、重复性高等优点，被广泛应用于遗传图谱构建、分子标记辅助育种、品种鉴定和遗传多样性研究。
随着基因组测序技术的发展，基于全基因组信息开发的SSR标记在真姬菇、双孢菇、黑木耳、毛木耳、金针菇等食用菌上均有报道。目前尚未见基于全基因组序列开发SSR分子标记在长根菇种质资源遗传多样性上的报道。
发明内容
本发明的目的在于提供了一种长根菇SSR分子标记引物组，包括20对扩增条带清晰、稳定性高、特异性强、多态性丰富的SSR引物。
本发明的另一目的在于提供了长根菇SSR分子标记引物组在区别鉴定长根菇菌株与其他菌株中的应用。
本发明的另一目的还在于提供了长根菇SSR分子标记引物组在长根菇菌株的溯源检测中的应用。
为实现该发明目的，本发明采用以下技术方案予以实现：
本发明提供了一种长根菇SSR分子标记引物组，所述长根菇SSR分子标记引物组包括以下20对引物：
SSR-25：
正向引物：CCATAGTAACACTTGGCGGCG；反向引物：CGACGGCGAAGTGGAAG；
SSR-114：
正向引物：TGTGGTCCTGGCAAGAGAGATA；反向引物：CGGCAGAACTTCTACAGACGA；
SSR-10：
正向引物：AGGTGGCGGCTGGGTTAG；反向引物：CGCGTCTTCGCCTTTCG；
SSR-1：
正向引物：CTAACCCTAACCCCCTAACCC；反向引物：CTGCGAATATGACAGCGACG；
SSR-134：
正向引物：ACTTTCGTTATCACGGGCCC；反向引物：GAGGCAAGGTGAGGTAAGAGGT；
SSR-133：
正向引物：TCTTTGAAGTCTGCCCGGTG；反向引物：TCCTTGTCAAACATTTCTCCCT；
SSR-30：
正向引物：GCGTCCTATCCAATGCGAAG；反向引物：GGACGATCCATGACACAGTGC；
SSR-126：
正向引物：CGCCGTTCTTCCTTGTCAA；反向引物：TGATTCTTTGAAGTCTGCCCG；
SSR-3：
正向引物：CCAAATTTTGATTCTCCGCCA；反向引物：CCGCTCGGGAACTTGGAA；
SSR-147：
正向引物：ACCGCGGCAACACTATGAG；反向引物：TCGGAAATCCAGCACAAGG；
SSR-155：
正向引物：CCACCCACCAACTAACGACC；反向引物：GGACAAGGCGGCTGTGAAAT；
SSR-92：
正向引物：CGTTTGGGGAGTTGGAGG；反向引物：AAAACAACAGAAAACCCACCC；
SSR-23：
正向引物：AAGAAGGGAAAGAAGAAGGCG；反向引物：TGGTGCTTGTCCCTGTTGCT；
SSR-75：
正向引物：CAACGGTAGGGCCTGAGC；反向引物：GAAAAGGAAGATTTGCAACGC；
SSR-184：
正向引物：GTTTCGACAACGGCACCG；反向引物：CGCATATTCCAGAGACTTACGC；
SSR-109：
正向引物：ATCTGACGACGATGATGACGAC；反向引物：GCTTGCGAGTCCTCCACATC；
SSR-40：
正向引物：CCGGAACACCGTGAACGA；反向引物：TAAACAGTTGCAGTCCGGTGAT；
SSR-112：
正向引物：AAATGATGACTTTGGTGCCAGA；反向引物：CGGAGTTCCGGACCACC；
SSR-331：
正向引物：AGACAGTCCTGCCCATTTGAG；反向引物：GAGGGAGTTGGGGAAAAG；
SSR-66：
正向引物：TTCTGTTGACTGCAATGACGC；反向引物：CCCCCTCCTCCAAAAAT。
本发明还提供了所述的长根菇SSR分子标记引物组在用于鉴定长根菇菌株中的应用。
进一步的，长根菇菌株的鉴定方法包括以下步骤：
(1)提取待测菌株的子实体或菌丝体的基因组DNA；
(2)以提取的基因组DNA作为模板，利用引物SSR-133进行PCR扩增；
(3)电泳检测PCR扩增产物的特异性条带；若在240bp处具有对应的条带，该菌株是长根菇菌株；若在240bp处没有对应的条带，该菌株是除长根菇菌株外的其他菌株。
进一步的，所述步骤(1)中菌株的子实体包括菇柄、菇根和菌伞；菌株的菌丝体包括第一代和传代后二代、三代、四代的菌丝体。
进一步的，所述步骤(2)中PCR的反应体系为：基因组DNA 0.5微升，正向引物2微升，反向引物2微升，2×pfu mix 12.5微升，ddH2O补足至25微升；
PCR反应条件为：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退化1min，72℃延伸1min，重复该过程35次；72℃延伸10min；4℃保温。
进一步的，所述长根菇SSR分子标记引物组能够将长根菇菌株与香菇、杏鲍菇、双孢菇、灵芝、木耳、真姬菇菌株进行区分。
本发明还提供了所述的长根菇SSR分子标记引物组在用于长根菇菌株的溯源检测中的应用。
进一步的，长根菇菌株的溯源检测包括以下步骤：
(1)提取待测长根菇菌株的菌丝体的基因组DNA；
(2)以提取的基因组DNA作为模板，利用长根菇SSR分子标记引物进行PCR扩增，电泳检测PCR扩增产物的特异性条带；
(3)将所有条带转换成0、1矩阵，选择距离衡量标准后进行聚类分析，绘制进化树图；若多株长根菇菌株聚于一个进化分枝上，说明这些长根菇菌株为同源菌株。
进一步的，所述步骤(1)中长根菇菌株包括长根菇菌株的母本、单孢和杂交子。
进一步的，所述步骤(2)中PCR反应体系为：基因组DNA 0.5微升，正向引物2微升，反向引物2微升，2×pfu mix 12.5微升，ddH2O补足至25微升；
PCR反应条件为：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退化1min，72℃延伸1min，重复该过程35次；72℃延伸10min；4℃保温。
进一步的，所述步骤(3)中0代表没有条带，1代表有条带。
进一步的，所述步骤(3)中将所有条带转换成0、1矩阵，使用jaccard相似性系数作为距离衡量标准，并且通过UPGMA层聚类方法进行聚类分析，采用R语言中的phangorn包进行进化树绘图。
与现有技术相比，本发明的优点和技术效果是：
1、本发明利用实验室测序的长根菇全基因组信息，运用生物信息学方法检测基因组上的SSR位点，并根据该位点上下游的基因序列设计引物，得到了20对扩增条带清晰、稳定性高、特异性强、多态性丰富的SSR引物，这些引物可以用于鉴定菌株是否为长根菇菌株，且与跟形态学鉴定相比，检测时间短、成本低、准确性高、可重复性好。
2、本发明的长根菇SSR分子标记引物组还可以通过聚类分析将不同来源的长根菇区分开来，用于长根菇的溯源分类，能够将来源于同一菌株的单孢或者杂交子区分开，该方法效率高、专一性强。
3、本发明开发的SSR标记引物的稳定性强，在应用时，能够使用菌株子实体的不同部位，甚至是传代后四代的菌丝体。
4、本发明提供的长根菇SSR分子标记引物组为长根菇的种质资源鉴定、保护及品种选育提供了有力的工具。
附图说明
图1为基于相似性系数构建的37个长根菇菌株的聚类分析图。
图2为引物SSR-133扩增的电泳图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明的技术方案做进一步详细的说明。
实施例1：长根菇SSR位点分析、引物筛选及聚类分析
1、长根菇SSR位点分析
采用常规CTAB法提取长根菇样本全基因组DNA，利用Illumina HiSeq 2000测序仪进行全基因组测序，获得的基因组大小为57.3Mb。使用SSRHunter软件搜索长根菇基因组上的SSR序列，筛选条件设定为：重复碱基数为2-6，重复次数大于等于5次，共得到1144个SSR序列。
2、引物设计
在被检测到的SSR位点的上游和下游200bp范围内进行引物设计，引物设计条件为：引物长度在18-25bp之间，退火温度在60±3℃。共设计20对引物，设计引物信息见表1。
表1：SSR标记引物信息列表
Figure BDA0002933300920000051
Figure BDA0002933300920000061
3、菌株来源及基因组DNA提取
菌株来源为市售的商品长根菇16个，编号为：1、4、5、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37。从其中1、4和5号的菌株出发分离得到的单孢以及构建的杂合子21个，其中2、3、8、10、13、15、19、20、21、22和24号菌株来源于1号菌株，6、7、9、12、16和18号菌株来源为4号菌株，11、14、17和23号菌株来源于5号菌株，共计37株长根菇菌株。
采用常规CTAB法提取菌丝体的基因组DNA。
4、PCR扩增及多态性检测
PCR反应体系：基因组DNA为模板0.5微升，上游引物2微升，下游引物2微升，2×pfumix 12.5微升，ddH2O补足至25微升。
PCR反应程序：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退化1min，72℃延伸1min，重复该过程35次；72℃延伸10min；4℃保温。
PCR产物检测：PCR扩增产物通过凝胶电泳分离检测，EB或PI染色后观察记录条带。
电泳结果显示，20对SSR引物扩增的电泳条带呈现较好的多态性，可以将37株菌株完全分开。
5、聚类分析
将所有条带转换成0、1矩阵(0代表没有条带，1代表有条带)，使用jaccard相似性系数作为距离衡量标准，并且通过UPGMA层聚类方法进行聚类分析。采用R语言中的phangom包进行绘图。聚类分析结果(图1)表明：不同来源的商品菌株和实验菌株均能区分开；4号、6号、7号、9号、12号、16号和18号菌株关系较近，聚于一个进化分枝，这些菌株来源于同一菌株，其中4号为原始菌株，6号、7号、9号和12号为从原始菌株分离的单孢，16号和18号为杂交子；1号、2号、3号、10号、15号、20号、21号和24号菌株关系较近，聚于一个进化分枝，这些菌株来源于同一菌株，其中1号为原始菌株，2号、3号和10号为从原始菌株分离的单孢，13号、15号、20号、21号和24号为杂交子；8号、19号和22号菌株关系较近，聚于一个进化分枝；5号、11号、17号和23号菌株为来源于同一菌株的单孢和杂交子，聚于一个进化分枝；来源于同一母本的单孢或杂交子在聚类分析中聚为一类，可用于菌株溯源。
实施例2：长根菇SSR标记引物在菌株鉴定中的应用
1、常规CTAB法提取菌株的基因组DNA。供试菌株为长根菇、香菇、杏鲍菇、双孢菇、灵芝、木耳、真姬菇菌株的菌丝体。
2、提取的基因组DNA为模板，利用SSR-133引物进行扩增，电泳检测。
PCR反应体系：基因组DNA为模板0.5微升，SSR-133F上游引物2微升，SSR-133R下游引物2微升，2×pfu mix 12.5微升，ddH2O补足至25微升。
PCR反应程序：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退化1min，72℃延伸1min，重复该过程35次；72℃延伸10min；4℃保温。
PCR产物检测：PCR扩增产物通过凝胶电泳分离检测，EB或PI染色后观察记录条带。
电泳结果显示该引物扩增香菇、杏鲍菇、双孢菇、灵芝、木耳、真姬菇等食用菌的基因组DNA在240bp处没有对应的条带，而供试的37株长根菇均能用引物SSR-133扩增出大小为240bp的片段(图2)，因此引物SSR-133可以用于长根菇菌株的鉴定。
实施例3：同一菌株不同部位的SSR鉴定
1、分别提取长根菇子实体的菇柄、菇根和菌伞部分的基因组DNA；
2、以提取的基因组DNA为模板，利用SSR引物进行扩增，电泳检测；
3、电泳条带跟菌丝体扩增的电泳条带一致，层聚类分析显示相似性系数为100％，完全聚在一起，验证了本方法的有效性。
实施例4：传代后菌株的SSR鉴定
1、将长根菇菌丝体在实验室中利用无性繁殖的方式进行传代培养，分别提取传代后二代、三代、四代的菌丝体DNA；
2、以提取的基因组DNA为模板，利用SSR引物进行扩增，电泳检测；
3、电泳条带跟菌丝体扩增的电泳条带均保持一致，层聚类分析显示相似性系数为100％，完全聚在一起，验证了本方法的有效性。
以上实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其进行限制；尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，对于本领域的普通技术人员来说，依然可以对前述实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换；而这些修改或替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明所要求保护的技术方案的精神和范围。
序列表
<110> 青岛农业大学
<120> 一种长根菇SSR分子标记引物组及其应用
<160> 40
<170> SIPOSequenceListing 1.0
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
gtttcgacaa cggcaccg 18
<210> 30
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
cgcatattcc agagacttac gc 22
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
atctgacgac gatgatgacg ac 22
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
gcttgcgagt cctccacatc 20
<210> 33
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
ccggaacacc gtgaacga 18
<210> 34
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
taaacagttg cagtccggtg at 22
<210> 35
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
aaatgatgac tttggtgcca ga 22
<210> 36
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
cggagttccg gaccacc 17
<210> 37
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
agacagtcct gcccatttga g 21
<210> 38
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
gagggagttg gggaaaag 18
<210> 39
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
ttctgttgac tgcaatgacg c 21
<210> 40
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
ccccctcctc caaaaat 17

Claims (10)

1.一种长根菇SSR分子标记引物组，其特征在于，所述长根菇SSR分子标记引物组为以下20对引物：
SSR-25：
正向引物：CCATAGTAACACTTGGCGGCG；反向引物：CGACGGCGAAGTGGAAG；
SSR-114：
正向引物：TGTGGTCCTGGCAAGAGAGATA；反向引物：CGGCAGAACTTCTACAGACGA；
SSR-10：
正向引物：AGGTGGCGGCTGGGTTAG；反向引物：CGCGTCTTCGCCTTTCG；
SSR-1：
正向引物：CTAACCCTAACCCCCTAACCC；反向引物：CTGCGAATATGACAGCGACG；
SSR-134：
正向引物：ACTTTCGTTATCACGGGCCC；反向引物：GAGGCAAGGTGAGGTAAGAGGT；
SSR-133：
正向引物：TCTTTGAAGTCTGCCCGGTG；反向引物：TCCTTGTCAAACATTTCTCCCT；
SSR-30：
正向引物：GCGTCCTATCCAATGCGAAG；反向引物：GGACGATCCATGACACAGTGC；
SSR-126：
正向引物：CGCCGTTCTTCCTTGTCAA；反向引物：TGATTCTTTGAAGTCTGCCCG；
SSR-3：
正向引物：CCAAATTTTGATTCTCCGCCA；反向引物：CCGCTCGGGAACTTGGAA；
SSR-147：
正向引物：ACCGCGGCAACACTATGAG；反向引物：TCGGAAATCCAGCACAAGG；
SSR-155：
正向引物：CCACCCACCAACTAACGACC；反向引物：GGACAAGGCGGCTGTGAAAT；
SSR-92：
正向引物：CGTTTGGGGAGTTGGAGG；反向引物：AAAACAACAGAAAACCCACCC；
SSR-23：
正向引物：AAGAAGGGAAAGAAGAAGGCG；反向引物：TGGTGCTTGTCCCTGTTGCT；
SSR-75：
正向引物：CAACGGTAGGGCCTGAGC；反向引物：GAAAAGGAAGATTTGCAACGC；
SSR-184：
正向引物：GTTTCGACAACGGCACCG；反向引物：CGCATATTCCAGAGACTTACGC；
SSR-109：
正向引物：ATCTGACGACGATGATGACGAC；反向引物：GCTTGCGAGTCCTCCACATC；
SSR-40：
正向引物：CCGGAACACCGTGAACGA；反向引物：TAAACAGTTGCAGTCCGGTGAT；
SSR-112：
正向引物：AAATGATGACTTTGGTGCCAGA；反向引物：CGGAGTTCCGGACCACC；
SSR-331：
正向引物：AGACAGTCCTGCCCATTTGAG；反向引物：GAGGGAGTTGGGGAAAAG；
SSR-66：
正向引物：TTCTGTTGACTGCAATGACGC；反向引物：CCCCCTCCTCCAAAAAT。
2.权利要求1所述的长根菇SSR分子标记引物SSR-133在用于区分长根菇菌株和其他菌株中的应用。
3.根据权利要求2所述的长根菇SSR分子标记引物SSR-133在用于区分长根菇菌株和其他菌株中的应用，其特征在于，包括以下步骤：
（1）提取待测菌株的子实体或菌丝体的基因组DNA；
（2）以提取的基因组DNA作为模板，利用引物SSR-133进行PCR扩增；
（3）电泳检测PCR扩增产物的特异性条带；若在240bp处具有对应的条带，该菌株是长根菇菌株；若在240bp处没有对应的条带，该菌株是除长根菇菌株外的其他菌株。
4.根据权利要求3所述的长根菇SSR分子标记引物SSR-133在用于区分长根菇菌株和其他菌株中的应用，其特征在于，所述步骤（1）中菌株的子实体包括菇柄、菇根和菌伞；菌株的菌丝体包括第一代和传代后二代、三代、四代的菌丝体。
5.根据权利要求3所述的长根菇SSR分子标记引物SSR-133在用于区分长根菇菌株和其他菌株中的应用，其特征在于，所述步骤（2）中PCR的反应体系为：基因组DNA 0.5微升，正向引物2微升，反向引物2微升，2×pfu mix 12.5微升，ddH2O补足至25微升；
PCR反应条件为：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退化1min，72℃延伸1min，重复该过程35次；72℃延伸10min；4℃保温。
6.根据权利要求3所述的长根菇SSR分子标记引物SSR-133在用于区分长根菇菌株和其他菌株中的应用，其特征在于，所述长根菇SSR分子标记引物组能够将长根菇菌株与香菇、杏鲍菇、双孢菇、灵芝、木耳、真姬菇菌株进行区分。
7.权利要求1所述的长根菇SSR分子标记引物组在用于长根菇菌株的溯源检测中的应用。
8.根据权利要求7所述的长根菇SSR分子标记引物组在用于长根菇菌株的溯源检测中的应用，其特征用于，包括以下步骤：
（1）提取待测长根菇菌株的菌丝体的基因组DNA；
（2）以提取的基因组DNA作为模板，利用长根菇SSR分子标记引物进行PCR扩增，电泳检测PCR扩增产物的特异性条带；
（3）将所有条带转换成0、1矩阵，选择距离衡量标准后进行聚类分析，绘制进化树图；若多株长根菇菌株聚于一个进化分枝上，说明这些长根菇菌株为同源菌株。
9.根据权利要求8所述的长根菇SSR分子标记引物组在用于长根菇菌株的溯源检测中的应用，其特征用于，所述步骤（1）中长根菇菌株包括长根菇菌株的母本、单孢和杂交子。
10.根据权利要求8所述的长根菇SSR分子标记引物组在用于长根菇菌株的溯源检测中的应用，其特征用于，所述步骤（2）中PCR反应体系为：基因组DNA 0.5微升，正向引物2微升，反向引物2微升，2×pfu mix 12.5微升，ddH2O补足至25微升；PCR反应条件为：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退化1min，72℃延伸1min，重复该过程35次；72℃延伸10min；4℃保温。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101684487A (zh) * 2008-09-24 2010-03-31 上海市农业科学院 一种真姬菇工厂化栽培菌株的ssr分子标记鉴别方法
CN109055362A (zh) * 2018-09-20 2018-12-21 福建农林大学 一种提取长根菇基因组dna的试剂盒及方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101684487A (zh) * 2008-09-24 2010-03-31 上海市农业科学院 一种真姬菇工厂化栽培菌株的ssr分子标记鉴别方法
CN109055362A (zh) * 2018-09-20 2018-12-21 福建农林大学 一种提取长根菇基因组dna的试剂盒及方法

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