CN112725368B - 自身炎症性疾病相关基因tnfaip3的突变基因及其应用 - Google Patents

自身炎症性疾病相关基因tnfaip3的突变基因及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN112725368B
CN112725368B CN201911029526.1A CN201911029526A CN112725368B CN 112725368 B CN112725368 B CN 112725368B CN 201911029526 A CN201911029526 A CN 201911029526A CN 112725368 B CN112725368 B CN 112725368B
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene
tnfaip3
leu
arg
glu
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201911029526.1A
Other languages
English (en)
Other versions
CN112725368A (zh
Inventor
杨军
何庭艳
黄艳艳
夏宇
罗书立
史丽娜
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen Childrens Hospital
Original Assignee
Shenzhen Childrens Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen Childrens Hospital filed Critical Shenzhen Childrens Hospital
Priority to CN201911029526.1A priority Critical patent/CN112725368B/zh
Publication of CN112725368A publication Critical patent/CN112725368A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN112725368B publication Critical patent/CN112725368B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/48—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
    • C12N9/485—Exopeptidases (3.4.11-3.4.19)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4702—Regulators; Modulating activity
    • C07K14/4703—Inhibitors; Suppressors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10—Transferases (2.)
    • C12N9/1025—Acyltransferases (2.3)
    • C12N9/104—Aminoacyltransferases (2.3.2)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y304/00—Hydrolases acting on peptide bonds, i.e. peptidases (3.4)
    • C12Y304/19—Omega peptidases (3.4.19)
    • C12Y304/19012—Ubiquitinyl hydrolase 1 (3.4.19.12)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了自身炎症性疾病相关基因TNFAIP3的突变基因及其应用，更具体来说涉及的应用为该突变基因作为疾病诊断标志物的应用和该突变基因作为疾病治疗靶点的应用。本发明发现了TNFAIP3基因的一种新的突变形式，即TNFAIP3 c.258_261del(p.C86Wfs*8)。该突变位于TNFAIP3基因的第2外显子中，缺失了4个核苷酸，从而引起了移码并提前终止。本发明还保护特异突变作为疾病标志物的应用或者特异突变作为疾病治疗靶标的应用。本发明的发现为解析自身炎症性疾病的致病机制提供了依据，也为自身炎症性疾病临床诊断和治疗提供了新的方向。

Description

自身炎症性疾病相关基因TNFAIP3的突变基因及其应用
技术领域
本发明属于分子生物医学领域，涉及自身炎症性疾病相关基因TNFAIP3的突变基因及其应用，更具体来说涉及的应用为该突变基因作为疾病诊断标志物的应用和该突变基因作为疾病治疗靶标的应用。
背景技术
自身炎症性疾病(Autoinflammatory disorders，AIDs)是由固有免疫系统缺陷或失调导致的复发性或持续性的炎症(升高的急性相反应物)，同时适应性免疫系统(自身反应性T细胞或自身抗体生成)不作为主要致病因素。大多数患者表现为周期性发热、皮疹、关节炎、淋巴结肿大等，并伴有急性相反应物(如C反应蛋白)的升高。AIDs大多数为单基因疾病。TNFAIP3基因突变会引起家族性Behcet样自身炎症反应综合征。
TNFAIP3基因突变引起的Behcet样自身炎症反应综合征呈现常染色体显性遗传。单倍体剂量不足是致病的主要原因，单倍剂量不足(haploinsufficiency)，指一个等位基因突变后，另一个等位基因能正常表达，但这只有正常水平50％的蛋白质不足以维持细胞正常的生理功能。TNFAIP3基因，位于染色体6q23.3,由9个外显子组成，1号外显子为非编码区，5个外显子组成OTU区(Ovarian Tumor Domain)，另外3个外显子组成ZnF区(zincfinger Domain)，热点突变为OTU区和ZnF4区，ZnF1区、ZnF2区也有报道，常见突变形式为无义突变和移码突变，TNFAIP3基因纯合突变尚无报道。
该病主要有糖皮质激素、免疫抑制剂和生物制剂治疗药物。大多数患者对足量或大剂量糖皮质激素有效，但激素的副作用及部分产生耐药性不容忽视。对于严重的药物难治性患儿，造血干细胞移植也可尝试，但有复发可能。迄今为止，靶向治疗药物的缺乏使TNFAIP3基因突变引起Behcet样自身炎症反应综合征患者的治疗仍存在较大的难度。
发明内容
本发明的目的是提供自身炎症性疾病相关基因TNFAIP3的突变基因及其应用，更具体来说涉及的应用为该突变基因作为疾病诊断标志物的应用和该突变基因作为疾病治疗靶点的应用。
本发明发现了TNFAIP3基因的一种新的突变形式，即TNFAIP3c.258_261del(p.C86Wfs*8)。该突变位于TNFAIP3基因的第2外显子中，缺失了4个核苷酸，从而引起了移码并提前终止。
本发明保护一种突变基因，为人基因组中的TNFAIP3基因的第2外显子中缺失“TCGA”四个核苷酸得到的。
本发明保护一种突变基因，为序列表的序列1所示的DNA分子缺失第258-261位核苷酸得到的。
本发明保护一种突变基因，如序列表的序列3所示。
本发明保护一种突变蛋白，如序列表的序列4所示。
本发明还保护用于检测特异突变的物质在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途为如下(a)、(b)或(c)：
(a)诊断或辅助诊断自身炎症反应综合征；
(b)诊断或辅助诊断Behcet样自身炎症反应综合征；
(c)诊断或辅助诊断家族性Behcet样自身炎症反应综合征。
本发明还保护一种试剂盒，包括用于检测特异突变的物质；所述试剂盒的用途为如下(a)、(b)或(c)：
(a)诊断或辅助诊断自身炎症反应综合征；
(b)诊断或辅助诊断Behcet样自身炎症反应综合征；
(c)诊断或辅助诊断家族性Behcet样自身炎症反应综合征。
以上任一所述用于检测特异突变的物质为特异引物对；所述特异引物对的靶序列位于人基因组中的TNFAIP3基因且靶序列中包括所述特异突变。
所述特异引物对具体可由序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成。
本发明还保护特异引物对，由序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成。
所述特异引物对的用途为如下(a)、(b)或(c)：
(a)诊断或辅助诊断自身炎症反应综合征；
(b)诊断或辅助诊断Behcet样自身炎症反应综合征；
(c)诊断或辅助诊断家族性Behcet样自身炎症反应综合征。
本发明还保护特异突变作为疾病诊断标志物的应用或者特异突变作为疾病治疗靶标的应用；所述疾病为自身炎症反应综合征。
所述自身炎症反应综合征为Behcet样自身炎症反应综合征。
所述自身炎症反应综合征为家族性Behcet样自身炎症反应综合征。
以上任一所述特异突变为TNFAIP3基因c.258_261del。
TNFAIP3基因c.258_261del为人基因组中编码TNFAIP3蛋白的DNA分子突变为了编码突变体蛋白的DNA分子；TNFAIP3蛋白如序列表的序列2所示，突变体蛋白如序列表的序列4所示。
TNFAIP3基因c.258_261del为人基因组中的TNFAIP3基因的第2外显子中缺失“TCGA”四个核苷酸。
TNFAIP3基因c.258_261del为人基因组DNA中发生了与cDNA突变相应的突变；所述cDNA突变为：序列表的序列1所示的cDNA中缺失了第258-261位核苷酸。
TNFAIP3基因c.258_261del为人基因组中缺失了如下四个核苷酸：编码TNFAIP3蛋白第86位氨基酸残基的三个核苷酸、编码TNFAIP3蛋白第87位氨基酸残基的三个核苷酸中的第一个核苷酸。
本发明通过新一代高通量测序技术检测全基因组内基因外显子区域突变发现了Behcet样自身炎症反应综合征新的致病基因突变，该突变可以作为Behcet样自身炎症反应综合征临床诊断分子标志物和新型药物研发的靶标。本发明的发现为解析自身炎症性疾病的致病机制提供了依据，也为自身炎症性疾病临床诊断和治疗提供了新的方向。
附图说明
图1为Behcet样自身炎症反应综合征家系图。
图2为二代测序图。
图3为一代测序验证图。
图4为蛋白三维结果预测图。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
实施例1、家系图绘制及样本收集
一、家系图绘制
家系图见图1。家系由先证者、先证者的父亲和先证者的母亲组成。先证者为医院确诊的自身炎症性疾病患者，无家族史，父母正常。
先证者信息：女性、17岁；7年内出现反复皮疹，炎热季节皮疹较重，小关节疼痛及晨僵，有肢体麻木、跛行、乏力。先证者入院后查体结果：血常规：白细胞4.34×109/L、中性粒细胞比例81.6％、淋巴细胞比例14.5％、红细胞4.50×1012/L、血红蛋白104g/L、血小板201×109/L、超敏C-反应蛋白0.8mg/L。
二、样本收集
分别收集先证者及其家系成员的外周血样本。
实施例2、新一代高通量测序技术检测全基因组范围内外显子区域基因突变
对先证者进行新一代高通量测序，以鉴定是否携带相关致病基因。
具体实施方法如下：
1、DNA提取及质检
取外周血，采用基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA。采用Nanodrop 2000对DNA进行质检，要求DNA浓度≥20ng/μl。
2、基因组文库构建
①样品打断及末端修复和加‘A’
采用Covaris打断法，将样品DNA打碎至100-700bp范围的片段，然后进行末端修复和加‘A’，产物采用磁珠进行纯化。反应体系见表1。反应程序见表2。
表1
ER-AT Reaction Buffer 10μL
ER-AT Enzyme Mix 3μL
<![CDATA[H<sub>2</sub>O]]> 7μL
Sample 30μL
表2
温度 时间
20℃ 30min
72℃ 20min
65℃ 10min
4℃ HOLD
②文库扩增PCR及产物纯化
冰上配置表3的反应体系，然后充分混匀，离心后置于PCR仪中按表4进行反应。PCR产物采用磁珠进行纯化。
表3
<![CDATA[H<sub>2</sub>O]]> 40μL
Barcode 1μL
PE 1.0 1μL
PCR Reaction Buffer 27μL
PCR Enzyme 1μL
表4
Figure BDA0002249720810000041
Figure BDA0002249720810000051
③文库质检
使用Nanodrop 2000和琼脂糖凝胶电泳对文库进行质检。质检标准为文库浓度≥30ng/μl，低于该浓度则为不合格样本，不能进行下一步实验。琼脂糖凝胶电泳在200-500bp左右得到清晰略弥散的条带，则为建库成功。
3、目标区域捕获
经过生物素标记的探针(MyGenostics，全外显子探针为P039-Exome，北京迈基诺基因科技股份有限公司)与文库DNA在一定条件下进行杂交，用链霉亲和素修饰的磁珠共价结合生物素标记的探针，从而捕获目的基因，最后用磁力架吸附携带目的基因的磁珠，洗脱纯化，富集目的基因进行上机测序。
4、生物信息学分析
将原始测序数据去除污染和接头序列，然后利用BWA软件(http://bio-bwa.sourceforge.net/)将过滤后的序列比对到NCBI数据库人类基因组参考序列(hg19)上，利用GATK软件(https://software.broadinstitute.org/gatk/)分析得出单核苷酸变异(single nucleotide variation，SNV)和插入缺失突变(inserts and deletions，INDEL)的相关信息。然后通过ANNOVAR软件(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/)对所有的SNP和INDEL进行注释。筛选掉正常人数据库中频率小于0.05的突变位点，正常人数据库包括千人基因组计划(http://www.1000genomes.or/)、Exome VariantServer(http://evs.gs.washington.edu/EVS/)和EXAC(http://exac.broadinstitute.org/)。错义突变使用SIFT(http://sift.jcvi.org/)，PolyPhen-2(http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/)，MutationTaster(http://www.mutationtaster.org/)和GERP++(http://mendel.stanford.edu/SidowLab/downloads/gerp/index.html)软件进行致病性预测和保守性预测，剪切位点的改变用SPIDEX(http://www.deepgenomics.com/spidex)软件预测其有害性，最终的遗传变异的致病性评估主要依据美国医学遗传学及基因组学学会(ACMG)于2015年发布的《序列变异解读标准和指南》。
发现先证者的TNFAIP3基因发生了如下突变：c.258_261del(p.C86Wfs*8),突变类型为杂合型。该突变位于6号染色体，第138192622-138192625位置。即，发现先证者在TNFAIP3基因的第2外显子中发生了“TCGA”四个核苷酸的缺失，从而引起了移码并提前终止。即，先证者的一条染色体中的形成TNFAIP3基因转录本(TNFAIP3基因转录本对应的cDNA如序列表的序列1所示，表达序列表达序列2所示的蛋白质)的DNA分子突变为了形成突变基因转录本(突变基因转录本对应的cDNA如序列表的序列3所示，表达序列表的序列4所示的蛋白质)的DNA分子，先证者的另一条染色体中的形成TNFAIP3基因转录本的DNA分子未发生突变。
先证者基因组DNA中TNFAIP3基因突变位点及其周边核苷酸相应的测序结果见图2。
实施例3、Sanger测序验证
样本：先证者的外周血、先证者的父亲的外周血、先证者的母亲的外周血。
一、取样本，采用基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA。
采用Nanodrop 2000对DNA进行质检，要求DNA浓度≥20ng/μl。
二、PCR扩增及测序
1、取基因组DNA，采用TNFAIP3_F和TNFAIP3_R组成的引物对进行PCR扩增(反应程序见表5)，采用磁珠回收PCR扩增产物。
TNFAIP3_F(序列表的序列5)：CTGCAGGCAGCTATAGAGGAG；
TNFAIP3_R(序列表的序列6)：GATTTGAGTTTGGGCTTGTCC。
表5
Figure BDA0002249720810000061
2、取步骤1的产物，采用TNFAIP3_F和TNFAIP3_R组成的引物对进行PCR扩增(反应程序见表6)。
表6
Figure BDA0002249720810000071
3、取步骤2的产物，采用酒精/醋酸钠沉淀法回收DNA，加入Hi-Di(去离子甲酰胺)，然后使用3130XL测序仪进行毛细管电泳测序(参数：GA Instruments>ga3730>instrumentname>Run Schedμler)。
三、测序结果数据分析
确定参考序列(NM_006290)，用“Mutation Surveyor”软件将参考序列和测序原始数据进行比对分析。通过原始数据ab1文件，在批量截图程序中截出一代测序图片。
先证者的突变位点及其周边的测序结果见图3A。先证者的母亲的突变位点及其周边的测序结果见图3B。先证者的父亲的突变位点及其周边的测序结果见图3C。
结果表明：先证者父亲的两条染色体上的TNFAIP3基因均未发生所述突变；先证者母亲的两条染色体上的TNFAIP3基因均未发生所述突变；先证者一条染色体上的TNFAIP3基因未发生所述突变，另一条染色体上的TNFAIP3基因发生了所述突变。
实施例4、蛋白三维结构预测
使用在线软件：swiss-model(https://swissmodel.expasy.org/interactive)对参考序列(NM_006290)对应的氨基酸序列(序列表的序列2所示的蛋白质)进行野生模型预测，同时针对变异后的氨基酸序列(序列表的序列4所示的蛋白质)进行突变模型的预测。
预测步骤如下：
1、输入需要预测的蛋白序列，点击Build Model(这可能会等待一段时间)。
2、选择模型：选择模型是要考虑到模型是否覆盖了想要研究的位点即range范围，其次还要看模型的一致性(identity)和相识度(similarity)(推荐值：二者都不要低于30％)。
3、将预测好的模型用可视化分析软件Swiss-PdbViewer(http://www.genebee.msu.su/spdbv/text/getpc.htm)打开。
三维结构预测结果见图4(左图为野生模型，右图为突变模型)。发现先证者携带的突变碱基发生移码突变，导致编码序列编码氨基酸提前终止，对应氨基酸序列改变并缩短。
SEQUENCE LISTING
<110> 深圳市儿童医院
<120> 自身炎症性疾病相关基因TNFAIP3的突变基因及其应用
<130> GNCYX192271
<160> 6
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 2373
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
atggctgaac aagtccttcc tcaggctttg tatttgagca atatgcggaa agctgtgaag 60
atacgggaga gaactccaga agacattttt aaacctacta atgggatcat tcatcatttt 120
aaaaccatgc accgatacac actggaaatg ttcagaactt gccagttttg tcctcagttt 180
cgggagatca tccacaaagc cctcatcgac agaaacatcc aggccaccct ggaaagccag 240
aagaaactca actggtgtcg agaagtccgg aagcttgtgg cgctgaaaac gaacggtgac 300
ggcaattgcc tcatgcatgc cacttctcag tacatgtggg gcgttcagga cacagacttg 360
gtactgagga aggcgctgtt cagcacgctc aaggaaacag acacacgcaa ctttaaattc 420
cgctggcaac tggagtctct caaatctcag gaatttgttg aaacggggct ttgctatgat 480
actcggaact ggaatgatga atgggacaat cttatcaaaa tggcttccac agacacaccc 540
atggcccgaa gtggacttca gtacaactca ctggaagaaa tacacatatt tgtcctttgc 600
aacatcctca gaaggccaat cattgtcatt tcagacaaaa tgctaagaag tttggaatca 660
ggttccaatt tcgccccttt gaaagtgggt ggaatttact tgcctctcca ctggcctgcc 720
caggaatgct acagataccc cattgttctc ggctatgaca gccatcattt tgtacccttg 780
gtgaccctga aggacagtgg gcctgaaatc cgagctgttc cacttgttaa cagagaccgg 840
ggaagatttg aagacttaaa agttcacttt ttgacagatc ctgaaaatga gatgaaggag 900
aagctcttaa aagagtactt aatggtgata gaaatccccg tccaaggctg ggaccatggc 960
acaactcatc tcatcaatgc cgcaaagttg gatgaagcta acttaccaaa agaaatcaat 1020
ctggtagatg attactttga acttgttcag catgagtaca agaaatggca ggaaaacagc 1080
gagcagggga ggagagaggg gcacgcccag aatcccatgg aaccttccgt gccccagctt 1140
tctctcatgg atgtaaaatg tgaaacgccc aactgcccct tcttcatgtc tgtgaacacc 1200
cagcctttat gccatgagtg ctcagagagg cggcaaaaga atcaaaacaa actcccaaag 1260
ctgaactcca agccgggccc tgaggggctc cctggcatgg cgctcggggc ctctcgggga 1320
gaagcctatg agcccttggc gtggaaccct gaggagtcca ctggggggcc tcattcggcc 1380
ccaccgacag cacccagccc ttttctgttc agtgagacca ctgccatgaa gtgcaggagc 1440
cccggctgcc ccttcacact gaatgtgcag cacaacggat tttgtgaacg ttgccacaac 1500
gcccggcaac ttcacgccag ccacgcccca gaccacacaa ggcacttgga tcccgggaag 1560
tgccaagcct gcctccagga tgttaccagg acatttaatg ggatctgcag tacttgcttc 1620
aaaaggacta cagcagaggc ctcctccagc ctcagcacca gcctccctcc ttcctgtcac 1680
cagcgttcca agtcagatcc ctcgcggctc gtccggagcc cctccccgca ttcttgccac 1740
agagctggaa acgacgcccc tgctggctgc ctgtctcaag ctgcacggac tcctggggac 1800
aggacgggga cgagcaagtg cagaaaagcc ggctgcgtgt attttgggac tccagaaaac 1860
aagggctttt gcacactgtg tttcatcgag tacagagaaa acaaacattt tgctgctgcc 1920
tcagggaaag tcagtcccac agcgtccagg ttccagaaca ccattccgtg cctggggagg 1980
gaatgcggca cccttggaag caccatgttt gaaggatact gccagaagtg tttcattgaa 2040
gctcagaatc agagatttca tgaggccaaa aggacagaag agcaactgag atcgagccag 2100
cgcagagatg tgcctcgaac cacacaaagc acctcaaggc ccaagtgcgc ccgggcctcc 2160
tgcaagaaca tcctggcctg ccgcagcgag gagctctgca tggagtgtca gcatcccaac 2220
cagaggatgg gccctggggc ccaccggggt gagcctgccc ccgaagaccc ccccaagcag 2280
cgttgccggg cccccgcctg tgatcatttt ggcaatgcca agtgcaacgg ctactgcaac 2340
gaatgctttc agttcaagca gatgtatggc taa 2373
<210> 2
<211> 790
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 2
Met Ala Glu Gln Val Leu Pro Gln Ala Leu Tyr Leu Ser Asn Met Arg
1               5                   10                  15
Lys Ala Val Lys Ile Arg Glu Arg Thr Pro Glu Asp Ile Phe Lys Pro
            20                  25                  30
Thr Asn Gly Ile Ile His His Phe Lys Thr Met His Arg Tyr Thr Leu
        35                  40                  45
Glu Met Phe Arg Thr Cys Gln Phe Cys Pro Gln Phe Arg Glu Ile Ile
    50                  55                  60
His Lys Ala Leu Ile Asp Arg Asn Ile Gln Ala Thr Leu Glu Ser Gln
65                  70                  75                  80
Lys Lys Leu Asn Trp Cys Arg Glu Val Arg Lys Leu Val Ala Leu Lys
                85                  90                  95
Thr Asn Gly Asp Gly Asn Cys Leu Met His Ala Thr Ser Gln Tyr Met
            100                 105                 110
Trp Gly Val Gln Asp Thr Asp Leu Val Leu Arg Lys Ala Leu Phe Ser
        115                 120                 125
Thr Leu Lys Glu Thr Asp Thr Arg Asn Phe Lys Phe Arg Trp Gln Leu
    130                 135                 140
Glu Ser Leu Lys Ser Gln Glu Phe Val Glu Thr Gly Leu Cys Tyr Asp
145                 150                 155                 160
Thr Arg Asn Trp Asn Asp Glu Trp Asp Asn Leu Ile Lys Met Ala Ser
                165                 170                 175
Thr Asp Thr Pro Met Ala Arg Ser Gly Leu Gln Tyr Asn Ser Leu Glu
            180                 185                 190
Glu Ile His Ile Phe Val Leu Cys Asn Ile Leu Arg Arg Pro Ile Ile
        195                 200                 205
Val Ile Ser Asp Lys Met Leu Arg Ser Leu Glu Ser Gly Ser Asn Phe
    210                 215                 220
Ala Pro Leu Lys Val Gly Gly Ile Tyr Leu Pro Leu His Trp Pro Ala
225                 230                 235                 240
Gln Glu Cys Tyr Arg Tyr Pro Ile Val Leu Gly Tyr Asp Ser His His
                245                 250                 255
Phe Val Pro Leu Val Thr Leu Lys Asp Ser Gly Pro Glu Ile Arg Ala
            260                 265                 270
Val Pro Leu Val Asn Arg Asp Arg Gly Arg Phe Glu Asp Leu Lys Val
        275                 280                 285
His Phe Leu Thr Asp Pro Glu Asn Glu Met Lys Glu Lys Leu Leu Lys
    290                 295                 300
Glu Tyr Leu Met Val Ile Glu Ile Pro Val Gln Gly Trp Asp His Gly
305                 310                 315                 320
Thr Thr His Leu Ile Asn Ala Ala Lys Leu Asp Glu Ala Asn Leu Pro
                325                 330                 335
Lys Glu Ile Asn Leu Val Asp Asp Tyr Phe Glu Leu Val Gln His Glu
            340                 345                 350
Tyr Lys Lys Trp Gln Glu Asn Ser Glu Gln Gly Arg Arg Glu Gly His
        355                 360                 365
Ala Gln Asn Pro Met Glu Pro Ser Val Pro Gln Leu Ser Leu Met Asp
    370                 375                 380
Val Lys Cys Glu Thr Pro Asn Cys Pro Phe Phe Met Ser Val Asn Thr
385                 390                 395                 400
Gln Pro Leu Cys His Glu Cys Ser Glu Arg Arg Gln Lys Asn Gln Asn
                405                 410                 415
Lys Leu Pro Lys Leu Asn Ser Lys Pro Gly Pro Glu Gly Leu Pro Gly
            420                 425                 430
Met Ala Leu Gly Ala Ser Arg Gly Glu Ala Tyr Glu Pro Leu Ala Trp
        435                 440                 445
Asn Pro Glu Glu Ser Thr Gly Gly Pro His Ser Ala Pro Pro Thr Ala
    450                 455                 460
Pro Ser Pro Phe Leu Phe Ser Glu Thr Thr Ala Met Lys Cys Arg Ser
465                 470                 475                 480
Pro Gly Cys Pro Phe Thr Leu Asn Val Gln His Asn Gly Phe Cys Glu
                485                 490                 495
Arg Cys His Asn Ala Arg Gln Leu His Ala Ser His Ala Pro Asp His
            500                 505                 510
Thr Arg His Leu Asp Pro Gly Lys Cys Gln Ala Cys Leu Gln Asp Val
        515                 520                 525
Thr Arg Thr Phe Asn Gly Ile Cys Ser Thr Cys Phe Lys Arg Thr Thr
    530                 535                 540
Ala Glu Ala Ser Ser Ser Leu Ser Thr Ser Leu Pro Pro Ser Cys His
545                 550                 555                 560
Gln Arg Ser Lys Ser Asp Pro Ser Arg Leu Val Arg Ser Pro Ser Pro
                565                 570                 575
His Ser Cys His Arg Ala Gly Asn Asp Ala Pro Ala Gly Cys Leu Ser
            580                 585                 590
Gln Ala Ala Arg Thr Pro Gly Asp Arg Thr Gly Thr Ser Lys Cys Arg
        595                 600                 605
Lys Ala Gly Cys Val Tyr Phe Gly Thr Pro Glu Asn Lys Gly Phe Cys
    610                 615                 620
Thr Leu Cys Phe Ile Glu Tyr Arg Glu Asn Lys His Phe Ala Ala Ala
625                 630                 635                 640
Ser Gly Lys Val Ser Pro Thr Ala Ser Arg Phe Gln Asn Thr Ile Pro
                645                 650                 655
Cys Leu Gly Arg Glu Cys Gly Thr Leu Gly Ser Thr Met Phe Glu Gly
            660                 665                 670
Tyr Cys Gln Lys Cys Phe Ile Glu Ala Gln Asn Gln Arg Phe His Glu
        675                 680                 685
Ala Lys Arg Thr Glu Glu Gln Leu Arg Ser Ser Gln Arg Arg Asp Val
    690                 695                 700
Pro Arg Thr Thr Gln Ser Thr Ser Arg Pro Lys Cys Ala Arg Ala Ser
705                 710                 715                 720
Cys Lys Asn Ile Leu Ala Cys Arg Ser Glu Glu Leu Cys Met Glu Cys
                725                 730                 735
Gln His Pro Asn Gln Arg Met Gly Pro Gly Ala His Arg Gly Glu Pro
            740                 745                 750
Ala Pro Glu Asp Pro Pro Lys Gln Arg Cys Arg Ala Pro Ala Cys Asp
        755                 760                 765
His Phe Gly Asn Ala Lys Cys Asn Gly Tyr Cys Asn Glu Cys Phe Gln
    770                 775                 780
Phe Lys Gln Met Tyr Gly
785                 790
<210> 3
<211> 282
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
atggctgaac aagtccttcc tcaggctttg tatttgagca atatgcggaa agctgtgaag 60
atacgggaga gaactccaga agacattttt aaacctacta atgggatcat tcatcatttt 120
aaaaccatgc accgatacac actggaaatg ttcagaactt gccagttttg tcctcagttt 180
cgggagatca tccacaaagc cctcatcgac agaaacatcc aggccaccct ggaaagccag 240
aagaaactca actggtggaa gtccggaagc ttgtggcgct ga 282
<210> 4
<211> 93
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<400> 4
Met Ala Glu Gln Val Leu Pro Gln Ala Leu Tyr Leu Ser Asn Met Arg
1               5                   10                  15
Lys Ala Val Lys Ile Arg Glu Arg Thr Pro Glu Asp Ile Phe Lys Pro
            20                  25                  30
Thr Asn Gly Ile Ile His His Phe Lys Thr Met His Arg Tyr Thr Leu
        35                  40                  45
Glu Met Phe Arg Thr Cys Gln Phe Cys Pro Gln Phe Arg Glu Ile Ile
    50                  55                  60
His Lys Ala Leu Ile Asp Arg Asn Ile Gln Ala Thr Leu Glu Ser Gln
65                  70                  75                  80
Lys Lys Leu Asn Trp Trp Lys Ser Gly Ser Leu Trp Arg
                85                  90
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 5
ctgcaggcag ctatagagga g 21
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 6
gatttgagtt tgggcttgtc c 21

Claims (2)

1.用于检测特异突变的物质在制备试剂盒中的应用；所述试剂盒的用途为如下（b）或（c）：
（b）诊断或辅助诊断Behcet样自身炎症反应综合征；
（c）诊断或辅助诊断家族性Behcet样自身炎症反应综合征；
所述特异突变为TNFAIP3基因c.258_261del；所述TNFAIP3基因c.258_261del为人基因组DNA中发生了与cDNA突变相应的突变；所述cDNA突变为：序列表的序列1所示的cDNA中缺失了第258-261位核苷酸；
所述用于检测特异突变的物质为特异引物对；所述特异引物对的靶序列位于人基因组中的TNFAIP3基因且靶序列中包括所述特异突变。
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于：所述特异引物对由序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成。
CN201911029526.1A 2019-10-28 2019-10-28 自身炎症性疾病相关基因tnfaip3的突变基因及其应用 Active CN112725368B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911029526.1A CN112725368B (zh) 2019-10-28 2019-10-28 自身炎症性疾病相关基因tnfaip3的突变基因及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911029526.1A CN112725368B (zh) 2019-10-28 2019-10-28 自身炎症性疾病相关基因tnfaip3的突变基因及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN112725368A CN112725368A (zh) 2021-04-30
CN112725368B true CN112725368B (zh) 2023-05-09

Family

ID=75589461

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911029526.1A Active CN112725368B (zh) 2019-10-28 2019-10-28 自身炎症性疾病相关基因tnfaip3的突变基因及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN112725368B (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114369658B (zh) * 2022-02-18 2024-04-16 中国医学科学院北京协和医院 Nlrp3相关自身炎症性疾病相关基因nlrp3的突变形式的应用
CN116904520B (zh) * 2023-09-13 2024-01-09 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 制备重组软骨祖细胞的方法及获得的重组软骨祖细胞与应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109371123A (zh) * 2018-12-24 2019-02-22 中国医学科学院北京协和医院 用于检测自身炎症性疾病致病基因的探针组及试剂盒
CN109762882A (zh) * 2018-12-24 2019-05-17 中国医学科学院北京协和医院 用于检测原发性免疫缺陷病致病基因的探针组及试剂盒

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1538218A1 (en) * 2003-12-04 2005-06-08 Erasmus University Medical Center Rotterdam Method to diagnose or screen for inflammatory diseases

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109371123A (zh) * 2018-12-24 2019-02-22 中国医学科学院北京协和医院 用于检测自身炎症性疾病致病基因的探针组及试剂盒
CN109762882A (zh) * 2018-12-24 2019-05-17 中国医学科学院北京协和医院 用于检测原发性免疫缺陷病致病基因的探针组及试剂盒

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Florian Berteau et al.Autosomic dominant familial Behçet disease and haploinsufficiency A20: A review of the literature.《Autoimmunity Reviews》.2018,第17卷(第8期),第809-815页. *
Haploinsufficiency of A20 Due to Novel Mutations in TNFAIP3;Tingyan He et al;《Journal of Clinical Immunology》;20200608;第40卷(第5期);第741-751页 *
Loss-of-function mutations in TNFAIP3 leading to A20 haploinsufficiency cause an early-onset autoinflammatory disease;Qing Zhou et al;《Nature Genetics》;20151207;第48卷(第1期);第67-73页 *
Somatic Mutation Screening Using Archival Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tissues by Fluidigm Multiplex PCR and Illumina Sequencing;Ming Wang et al;《The Journal of Molecular Diagnostics》;20150930;第17卷(第5期);表1 *
提高对单基因遗传自身炎症性疾病的认识;宋红梅;《中国实用儿科杂志》;20180106(第01期);第8-10页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN112725368A (zh) 2021-04-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Chinn et al. Diagnostic interpretation of genetic studies in patients with primary immunodeficiency diseases: a working group report of the Primary Immunodeficiency Diseases Committee of the American Academy of Allergy, Asthma & Immunology
Zhang et al. Positional cloning of a quantitative trait locus on chromosome 13q14 that influences immunoglobulin E levels and asthma
Knight et al. A cytogenetic abnormality and rare coding variants identify ABCA13 as a candidate gene in schizophrenia, bipolar disorder, and depression
Cazeneuve et al. MEFV-gene analysis in Armenian patients with familial Mediterranean fever: diagnostic value and unfavorable renal prognosis of the M694V homozygous genotype—genetic and therapeutic implications
Mirabello et al. Whole-exome sequencing and functional studies identify RPS29 as a novel gene mutated in multicase Diamond-Blackfan anemia families
John et al. Possible role of rare variants in Trace amine associated receptor 1 in schizophrenia
Baron Manic-depression genes and the new millennium: poised for discovery
Cottrell et al. Contactin 4 as an autism susceptibility locus
Damiano et al. Mutation of the nuclear lamin gene LMNB2 in progressive myoclonus epilepsy with early ataxia
Zandi et al. Amygdala and anterior cingulate transcriptomes from individuals with bipolar disorder reveal downregulated neuroimmune and synaptic pathways
CN112725368B (zh) 自身炎症性疾病相关基因tnfaip3的突变基因及其应用
Geoffroy et al. Whole‐genome sequencing in patients with ciliopathies uncovers a novel recurrent tandem duplication in IFT140
Xiang et al. Genetic analysis of children with unexplained developmental delay and/or intellectual disability by whole-exome sequencing
Kırnaz et al. MEFV gene allele frequency and genotype distribution in 3230 patients’ analyses by next generation sequencing methods
Kambouris et al. Mutations in zinc finger 407 [ZNF407] cause a unique autosomal recessive cognitive impairment syndrome
Al Qahtani et al. Whole-genome sequencing reveals exonic variation of ASIC5 gene results in recurrent pregnancy loss
Aschard et al. Sex-specific effect of IL9 polymorphisms on lung function and polysensitization
Grochowski et al. Chromoanagenesis event underlies a de novo pericentric and multiple paracentric inversions in a single chromosome causing coffin–siris syndrome
Liu et al. Clinical utility of next-generation sequencing for developmental disorders in the rehabilitation department: experiences from a single Chinese center
Warrier et al. Asthma genetics: personalizing medicine
Mathioudakis et al. Study of Alzheimer's disease-and frontotemporal dementia-associated genes in the Cretan Aging Cohort
Shen et al. A novel 1.38-kb deletion combined with a single nucleotide variant in KIAA0586 as a cause of Joubert syndrome
Wang et al. Association study using combination analysis of SNP and STRP markers: CD14 promoter polymorphism and IgE level in Taiwanese asthma children
Zhang et al. Genetic diagnostic yields of 354 Chinese ASD children with rare mutations by a pipeline of genomic tests
Motallebi et al. A novel biallelic 19-bp deletion in the IL10RB gene caused infant-onset inflammatory bowel disease in a consanguineous family: a molecular docking simulation study and literature review

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant