CN112327473A - 无透镜显微成像系统及基于平均投影迭代的图像重构方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种无透镜显微成像系统及基于平均投影迭代的图像重构方法。该系统由LED光源、样品台及相机构成。该图像重构方法通过基于平均投影及自适应像素超分辨的迭代算法,从相机在单色光照明下拍摄所得的光强图像恢复得到高分辨率的待测光波场的相位信息,然后通过数值反传播获得待测物体在聚焦面上的复振幅,最后进行图像滤波,获得了物体在聚焦面上高信噪比的振幅及相位信息。本发明不用借助于其他成像光学元件,可缩小显微镜体积,降低成本;同时利用多个离焦平面上的图像信息,获得高信噪比的样品的定量相位图像,实现了生物细胞样品的无标记三维成像。有望于细胞生物学、动物学、生命科学及医学诊断等领域得到广泛应用。
Description
技术领域
本发明涉及光学显微成像技术领域,具体涉及一种无透镜显微成像系统及基于平均投影迭代的图像重构方法。
背景技术
光学显微镜,自17世纪60年代被用于生物医学观察以来,一直是生物医学检测与分析的核心仪器。相衬显微镜、微分干涉相衬显微镜、荧光显微镜、激光共聚焦显微镜的问世极大促进了生命科学研究水平的提高,它们以更高的分辨率和成像质量为疾病诊断,尤其是重大恶性疾病的早期诊断提供了有力的影像学依据,成为现代临床医学中不可或缺的重要工具。然而,这些显微镜系统仍然基于“所见即所得”的成像方式,并没有充分利用计算机等现代信号处理设备的强大功能。此外伴随着功能与性能不断革新的是显微镜系统本身也日趋昂贵、笨重、复杂且难以维护。试想若能够在保证其成像质量的前提下,实现显微设备的体积小型化、成本低廉化、操作简便化,必然能够大大降低医检测的门槛,为资源条件有限的地区提供快捷、廉价的即时诊断(point-of-caretest,POCT)工具,为贫困地区急、重症病人的早期诊断与及时治疗提供有利条件。
实现显微设备的体积小型化、成本低廉化、操作简便化的关键途径在于“无透镜”(lens-free)与“无标记”(label-free)。“无透镜”顾名思义就是不采用传统光学透镜对样品进行成像。众所周知,显微镜中最为昂贵的部件就是以显微物镜为代表的光学元件。若能够简化照明与成像光路,抛弃昂贵笨重的光学镜头实现无透镜显微成像,必然能够大大降低显微镜的成本,同时为整体系统的小型化、轻量化提供更多可能性。“无标记”是指对样本不采用任何染色预处理,而依靠其本身内部吸收或折射率差异(引起的相移)进行成像,这可大大简化样品的制备过程。无标记成像又被称为无损成像或非侵入式(invasive)成像,因其避免了传统荧光探针对细胞活性产生的不利影响(如荧光探针的特异性,强激发光引发的光漂白与光毒性,以及基因转质感染)。对大部分未染色的生物细胞样本而言,因其在可见光波段的弱吸收性(无色透明),所以必须借助于相位信息成像。泽尼克相衬显微技术与微分干涉相衬显微技术是最为经典的无标记(定性)相位成像方法,但它们无法提供定量的相位信息,从而不适用于标准化的分析与诊断(弗朗松.相衬显微镜与干涉显微镜[M]科学出版社,1966.)。相比之下,定量相位成像技术由于其能够提供由样品物理厚度和折射率系数所决定的定量相位信息,已成为目前最为理想的无标记显微成像方法。近年来信息光学、全息术以及计算成像光学的快速发展为无透镜与无标记成像提供了一个可行的解决方案:一旦能够获得光场的定量相位信息,就可以在计算机中对光波场进行数值反衍射,实现“数字重聚焦”,且无需任何成像透镜。为了获取定量相位信息,最为经典的方法就是借助于光波的干涉效应(如干涉显微与数字全息显微)(马利红,王辉,金洪震,等.数字全息显微定量相位成像的实验研究[J].中国激光,2012,39(3):209-215.)。这种方式虽省去了成像透镜,却额外引入了昂贵、笨重的激光光源,从而并没有有效缩减系统的体积与成本。此外干涉法本身对测量环境的苛刻要求,以及高相干性光源引入的散斑噪声也表明其并非是实现无透镜显微成像的理想方式。
发明内容
本发明的目的在于提供一种无透镜显微成像系统及基于平均投影迭代的图像重构方法,不借助于任何光学元件,经由后期图像恢复的方式来重构物体的显微图像。其中,本发明提出的基于LED光源的无透镜显微装置是设备实现的硬件基础,而本发明所提出的基于平均投影的G-S迭代相位恢复法是基于上述成像系统所获得的离焦图进行定量相位求解的算法基础。
本发明的技术方案如下:一种基于平均投影迭代的图像重构方法,采用无透镜显微成像系统来实现,包括如下步骤:
步骤一.图像采集:采用LED光源作为无透镜显微镜的照明光源,分别控制红、绿与蓝作为照明光,照射样品台至相机,采集对应的三幅光强图像I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y);
步骤三.图像间亚像素位移量判断:利用采集到的三幅图像,通过光波复振幅信息在空间中的传递模型,计算出理论的光强信息,通过频域特征空间亚像素定位算法判断出与红光与蓝光照明下拍摄到的光强信息与在绿光照明下拍摄到的光强信息间的相对亚像素级位移量(Δx RG ,Δy RG ),(Δx BG ,Δy BG );
步骤五.初始化:初始化图像平面R、G、B相位分布∅ zR (x,y)=∅ zG (x,y)=∅ zB (x,y)=0,并根据步骤四中得到的校正偏移量之后的光强信息,获得了图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y);
步骤六.将图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)“反传播”-Z 1 的距离,回到了物体本身所在的平面上,得到各自在物平面上对应的复振幅U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y),物平面上三色照明光对应的振幅分布A OR (x,y)、A OG (x,y)、A OB (x,y),以及物平面上三色照明光对应的相位分布∅ OR (x,y)、∅ OG (x,y)、∅ OB (x,y);
步骤七.进行相位补偿校正:首先,将步骤六中得到的物平面上对应于三色照明光的三个包裹相位分布∅ OR (x,y)、∅ OG (x,y)、∅ OB (x,y)进行相位解包裹,得到、、;然后,针对得到的解包裹后的三个相位,对其进行相位补偿并平均化,得校准后的相位、、;
步骤九.根据步骤四及步骤五中得到的校正后的相位及振幅,得到修正后物平面上对应于三色照明光的复振幅U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y);
步骤十.将修正后的物平面上的复振幅分布U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y)传播Z 1 的距离,从而传播至各自对应的图像分量平面上,得到了相应的复振幅U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y);
步骤十一.对光强信息进行更新:根据步骤十中获得的图像平面R、G、B分量对应的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)后,利用采集到的图像I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y)对abs(U zR (x,y)) 2 、abs(U zG (x,y)) 2 、abs(U zB (x,y)) 2 进行更新,更新后的光强信息、、;
步骤十二.更新图像平面R、G、B分量的复振幅信息:利用步骤十一中更新后的光强信息、、与步骤十中得到的图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)更新对应图像分量平面上的样品复振幅信息,得到、、,完成了一个回合的迭代补偿,并令n←n+1,重复执行步骤四到步骤十二;
步骤十三.停止迭代判断并反向传播:迭代的终止条件即迭代预设次数N max ,N max 为大于1的正整数,并在此时将图像平面G分量的复振幅“反传播”-Z 1 的距离,回到了物体本身所在的物平面上,得到物平面上的复振幅分布U O (x,y);
优选的,LED光源采用任意三种波长相互不同的照明光代替步骤一中的红、绿与蓝照明光。
优选的,步骤七的相位补偿校正过程具体为:
其中,Unwrapped[∅(x,y)]表示对相位∅(x,y)进行相位解包裹;
优选的,步骤八的振幅校正过程具体为:
优选的,步骤十一的光强更新过程具体为:
根据步骤十中获得的图像平面R、G、B分量对应的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x, y)后,利用采集到的图像I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y)对abs(U zR (x,y)) 2 、abs(U zG (x,y)) 2 、abs(U zB (x,y)) 2 进行更新,得到更新后的光强信息、、,
其中,↓代表下采样,即将图像由原始的M个像素降低为1个像素。
一种无透镜显微成像系统,应用在上述的基于平均投影迭代的图像重构方法中,包括由依次设置的LED光源、样品台及相机构成的成像系统,LED光源安放于成像系统的最上方,且LED光源的光敏面位于成像系统的光轴上。
优选的,LED光源具有至少三种不同波长的照明光,LED光源与样品台的轴向距离Z 2 为10~100mm,样品台与相机的轴向距离Z 1 为5~10μm。
本发明与传统方法相比,具有如下优点:(1)不用借助于任何成像光学元件,例如显微物镜、镜筒透镜等;缩小显微镜体积,大幅降低成本。(2)可灵活实现样品的数字聚焦,无需复杂的机械调焦功能。(3)能够同时利用多个离焦平面上的图像信息,而非交替使用各平面信息,从而获得高信噪比的样品的定量相位图像,实现了生物细胞样品的无标记三维成像。由于这三大优点,该显微成像方法有望于细胞生物学、动物学、生命科学、医学诊断等众多领域得到广泛应用。
附图说明
图1为本发明实施例中无透镜显微成像系统的原理示意图。
图2为本发明实施例中基于平均投影迭代的图像重构方法的流程图。
图3为本发明实施例中基于LED光源的无透镜显微成像系统所拍摄到的Hela细胞切片样品的原始图像平面R、G、B分量光强分布。
图4为本发明实施例对Hela细胞切片样品的重构图像。
LED光源1、样品台2、相机3。
具体实施方式
为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白,以下结合附图及实施例,对本申请进行进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅用以解释本申请,并不用于限定本申请。
如图1所示,为一种基于LED光源的无透镜显微成像系统,包括由依次设置的LED光源1、样品台2及相机3构成的成像系统,LED光源1安放于成像系统的最上方,且LED光源1的光敏面位于成像系统的光轴上。LED光源1具有至少三种不同波长的照明光,LED光源1与样品台2的轴向距离Z 2 为10~100mm,样品台2与相机3的轴向距离Z 1 为5~10μm。
如图2所示,为本实施例的基于平均投影迭代的图像重构方法的流程图,基于上述的无透镜显微成像系统来实现,其具体步骤如下。
步骤一.图像采集。
采用LED光源1作为无透镜显微镜的照明光源,分别控制红、绿与蓝作为照明光照射相机3,采集对应的三幅光强图像I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y)。其中(x,y)代表图像平面的二维坐标,将I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y)分别称为图像平面R(红)、G(绿)、B(蓝)的分量光强分布。这里下标的z代表该物理量位于图像平面,即相机的光敏面,其与样品台的距离为Z 1 。在这里需要说明的是,实施例中实际采用了三种波长(RGB)的单色光作为照明光源,但实际上是可以使用其他不同波长或更多波长的LED光源作为照明光。
步骤二.插值。
式中↑代表图像上采样,即将将图像由原始的1个像素插值为M个像素。
步骤三.图像间亚像素位移量判断。
利用采集到的三幅图像,通过光波复振幅信息在空间中的传递模型,计算出理论的光强信息,通过频域特征空间亚像素定位算法判断出与红光与蓝光照明下拍摄到的光强信息与在绿光照明下拍摄到的光强信息间的相对亚像素级位移量(Δx RG ,Δy RG ),(Δx BG ,Δ y BG )。
其中,Δx RG ,Δy RG 分别表示红光照明下拍摄到的光强下信息与绿光照明下拍摄到的光强信息之间在x方向与y方向上的偏移量,单位为像素;Δx BG ,Δy BG 分别表示蓝光照明下拍摄到的光强下信息与绿光照明下拍摄到的光强信息之间在x方向与y方向上的偏移量,单位为像素。
步骤四.偏移量校正。
根据步骤三获得与,与之间的位移量(Δ x RG ,Δy RG ),(Δx BG ,Δy BG )后,对、进行位移以校正偏移量,得到位移后的光强信息、。、分别表示偏移量校正后的红光、蓝光照明下的光强信息。
步骤五.初始化。
初始化图像平面R、G、B相位分布∅ zR (x,y)=∅ zG (x,y)=∅ zB (x,y)=0,并根据步骤四中得到的校正偏移量之后的光强信息,获得了图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y),
步骤六.计算图像平面分量各自在物平面上对应的复振幅、振幅分布、相位分布。
将图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)“反传播”-Z 1 的距离,回到了物体本身所在的平面上,得到各自在物平面上对应的复振幅U OR (x,y)、U OG (x, y)、U OB (x,y),
式中,傅里叶变换与反变换分别被记作F与F 1,(u,v)代表相对于(x,y)的频域坐标,下标的O代表该物理量位于物体本身所在的物平面。
H -zR (u,v),H -zG (u,v),H -zB (u,v)分别是对应于红、绿、蓝三色照明光的角谱传递函数,其形式为,
式中λ R 、λ G 、λ B 为照明红光、绿光与蓝光的波长,j为虚数单位,这里下标中的-z代表反传播-Z 1 的距离,即相机的光敏面与样品台的距离。
由物平面上的复振幅分布U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y),我们分别得到物平面上三色照明光对应的振幅分布A OR (x,y)、A OG (x,y)、A OB (x,y)与物平面上三色照明光对应的相位分布∅ OR (x,y)、∅ OG (x,y)、∅ OB (x,y),
其中abs{}代表取复数的绝对值部分,angle{}代表取复数的幅角部分。注意由于Z 1 无法通过测量精确得到,这里可采用观察调节,即通过调整不同Z 1 的值,直到获得物平面上的振幅分布A OG (x,y)足够清晰时,此时Z 1 的值就是图像平面与物平面之间的准确距离。
步骤七.进行相位补偿校正。
其中,Unwrapped[∅(x,y)]表示对相位∅(x,y)进行相位解包裹。
步骤九.根据步骤四及步骤五中得到的校正后的相位及振幅,得到修正后物平面上对应于三色照明光的复振幅U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y),
步骤十.将修正后的物平面上的复振幅分布U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y)传播Z 1 的距离,从而传播至各自对应的图像分量平面上,得到了相应的复振幅U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y),
式中,傅里叶变换与反变换分别被记作F与F 1,(u,v)代表相对于(x,y)的频域坐标。
H zR (u,v),H zG (u,v),H zB (u,v)分别是对应于红、绿、蓝三色照明光的角谱传递函数,其形式为,
式中λ R 、λ G 、λ B 为照明红光、绿光与蓝光的波长,j为虚数单位,这里下标中的z代表传播Z 1 的距离,即相机的光敏面与样品台的距离。
步骤十一.对光强信息进行更新。
根据步骤十中获得的图像平面R、G、B分量对应的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、 U zB (x,y)后,利用采集到的图像I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y)对abs(U zR (x,y)) 2 、abs(U zG (x, y)) 2 、abs(U zB (x,y)) 2 进行更新,得到更新后的光强信息 、 、,
其中,↓代表下采样,即将图像由原始的M个像素降低为1个像素。
步骤十二.更新图像平面R、G、B分量的复振幅信息。
利用步骤十一中更新后的光强信息 、 、与步骤十中得到的图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)更新对应图像分量平面上的样品复振幅信息,得到 、 、 ,
其中,angle{}代表取复数的幅角部分,α为松弛系数,可以根据需要取0~1之间的值。
完成了一个回合的迭代补偿,并令n←n+1,重复执行步骤四到步骤十二。
步骤十三.停止迭代判断并反向传播。
迭代的终止条件即迭代预设次数N max ,N max 为大于1的正整数,并在此时将图像平面G分量的复振幅“反传播”-Z 1 的距离,回到了物体本身所在的物平面上,得到物平面上的复振幅分布U O (x,y),
式中,傅里叶变换与反变换分别被记作F与F 1,(u,v)代表相对于(x,y)的频域坐标。
H -zG (u,v)是对应于绿照明光的角谱传递函数,其形式为,
式中λ G 为照明绿光的波长,j为虚数单位,这里下标中的-z代表反传播-Z 1 的距离,即相机的光敏面与样品台的距离。
由物平面上的复振幅分布U O (x,y),我们可以得到物平面上的光强分布I O (x,y)与物平面上的相位分布∅ O (x,y)为待测物体的光强分布与相位分布进行显示,
其中,angle{}代表复数的幅角部分。
步骤十四.导引滤波。
式中,imgGuidedFilter{}表示导引滤波。
为了验证上述显微成像系统及图像重构方法的成像能力,本实施例对Hela细胞切片进行了无透镜成像。图3为本实施例基于LED光源的无透镜显微成像系统所拍摄到的Hela细胞切片样品的原始图像平面R、G、B光强分布,其中右侧下方图为左侧图中白色实线所框出部分的放大图,右侧上方图为右侧下方图中白色虚线所框出部分的放大图。从放大图中可发现,由于没有成像透镜,原始图像平面R、G、B分量光强分布实际为物体的衍射光,其中样品的细节模糊不清。
同样是这三幅图像,通过本实施例提出的基于平均投影迭代(基于平均投影的G-S迭代重构方法)的图像重构方法,得到重构图像,如图4所示,其中右侧下方图为左侧图中白色实线所框出部分的放大图,右侧上方图为右侧下方图中白色虚线所框出部分的放大图。从图4中放大图部分可以看出,通过本实施例得到的重构图像中,样品已经得到了聚焦,边缘锐利、背景干净平整、细胞细节形态清晰可辨。此结果表明了本实施例可以通过基于LED光源的无透镜显微成像系统实现高质量的显微成像。
对所公开的实施例的上述说明,使本领域专业技术人员能够实现或使用本申请。对这些实施例的多种修改对本领域的专业技术人员来说将是显而易见的,本文中所定义的一般原理可以在不脱离本申请的精神或范围的情况下,在其它实施例中实现。因此,本申请将不会被限制于本文所示的这些实施例,而是要符合与本文所公开的原理和新颖特点相一致的最宽的范围。
Claims (7)
1.一种基于平均投影迭代的图像重构方法,其特征在于,采用无透镜显微成像系统来实现,包括如下步骤:
步骤一.图像采集:采用LED光源(1)作为无透镜显微镜的照明光源,分别控制红、绿与蓝作为照明光,照射样品台(2)至相机(3),采集对应的三幅光强图像I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y);
步骤三.图像间亚像素位移量判断:利用采集到的三幅图像,通过光波复振幅信息在空间中的传递模型,计算出理论的光强信息,通过频域特征空间亚像素定位算法判断出与红光与蓝光照明下拍摄到的光强信息与在绿光照明下拍摄到的光强信息间的相对亚像素级位移量(Δx RG ,Δy RG ),(Δx BG ,Δy BG );
步骤五.初始化:初始化图像平面R、G、B相位分布∅ zR (x,y)=∅ zG (x,y)=∅ zB (x,y)=0,并根据步骤四中得到的校正偏移量之后的光强信息,获得了图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y);
步骤六.将图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)“反传播”-Z 1 的距离,回到了物体本身所在的平面上,得到各自在物平面上对应的复振幅U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y),物平面上三色照明光对应的振幅分布A OR (x,y)、A OG (x,y)、A OB (x,y),以及物平面上三色照明光对应的相位分布∅ OR (x,y)、∅ OG (x,y)、∅ OB (x,y);
步骤七.进行相位补偿校正:首先,将步骤六中得到的物平面上对应于三色照明光的三个包裹相位分布∅ OR (x,y)、∅ OG (x,y)、∅ OB (x,y)进行相位解包裹,得到、、;然后,针对得到的解包裹后的三个相位,对其进行相位补偿并平均化,得校准后的相位、、;
步骤九.根据步骤四及步骤五中得到的校正后的相位及振幅,得到修正后物平面上对应于三色照明光的复振幅U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y);
步骤十.将修正后的物平面上的复振幅分布U OR (x,y)、U OG (x,y)、U OB (x,y)传播Z 1 的距离,从而传播至各自对应的图像分量平面上,得到了相应的复振幅U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x, y);
步骤十一.对光强信息进行更新:根据步骤十中获得的图像平面R、G、B分量对应的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)后,利用采集到的图像I zR (x,y)、I zG (x,y)、I zB (x,y)对abs(U zR (x,y)) 2 、abs(U zG (x,y)) 2 、abs(U zB (x,y)) 2 进行更新,更新后的光强信息、、;
步骤十二.更新图像平面R、G、B分量的复振幅信息:利用步骤十一中更新后的光强信息、、与步骤十中得到的图像平面R、G、B分量的复振幅分布U zR (x,y)、U zG (x,y)、U zB (x,y)更新对应图像分量平面上的样品复振幅信息,得到、、,完成了一个回合的迭代补偿,并令n←n+1,重复执行步骤四到步骤十二;
步骤十三.停止迭代判断并反向传播:迭代的终止条件即迭代预设次数N max ,N max 为大于1的正整数,并在此时将图像平面G分量的复振幅“反传播”-Z 1 的距离,回到了物体本身所在的物平面上,得到物平面上的复振幅分布U O (x,y);
2.根据权利要求1所述的基于平均投影迭代的图像重构方法,其特征在于,LED光源(1)采用任意三种波长相互不同的照明光代替步骤一中的红、绿与蓝照明光。
6.一种无透镜显微成像系统,其特征在于,应用在权利要求1~5中任一项所述的基于平均投影迭代的图像重构方法中,包括由依次设置的LED光源(1)、样品台(2)及相机(3)构成的成像系统,LED光源(1)安放于成像系统的最上方,且LED光源(1)的光敏面位于成像系统的光轴上。
7.根据权利要求6所述的无透镜显微成像系统,其特征在于,LED光源(1)具有至少三种不同波长的照明光,LED光源(1)与样品台(2)的轴向距离Z 2 为10~100mm,样品台(2)与相机(3)的轴向距离Z 1 为5~10μm。
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