CN112102317A - 一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法及系统 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法及系统,本发明首次使用无锚框方法进行多期相肝脏病灶的检测,避免参数的手工调节问题,极大提升检测效率;本发明提出全尺度连接循环深层聚合检测网络,通过该网络可以充分结合浅层、深层特征,同时保留浅层特征信息,提升网络对病灶多尺度特征的学习能力;本发明提出循环特征连接模块,通过该模块可以结合多期相每个尺度的特征,提取该尺度多期相动态变化模式,进一步提升多期相图像中对病灶的检测能力。
Description
技术领域
本发明属于医学图像分析领域,尤其涉及一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法及系统。
背景技术
计算机辅助临床诊断系统中,自动病灶检测算法是其中的一个重要环节。目前肝脏病灶的自动检测通常需要多期相CT图像。多期相CT图像,又称动态对比增强CT图像,指病人在注射造影剂前后拍摄形成的一组时序CT图像数据,其中注射前拍取的图像称为NC期图像,注射30-40秒后拍取的图像称为ART期图像,注射70-80秒后拍取的图像称为PV期图像。
目前,深度神经网络在自动病灶检测问题上已经得到广泛应用,并取得较高精度。总体来说,现有基于深度神经网络的目标检测算法可以分为:基于锚框的检测算法和无锚框检测算法。基于锚框的检测算法如FasterRCNN,SSD,YOLO,Mask RCNN等常用于自然目标检测中;而针对多期相CT图像的病灶检测,Lee等人提出了组单步目标检测网络(GroupedSSD),Liang等人提出了多通道尺度不敏感的检测网络。无锚框检测算法,如centerNet通过目标中心点来呈现目标(见图1),然后在中心点位置回归出目标的一些属性,例如:size,dimension,3D extent,orientation,pose,将目标检测问题变成了一个标准的关键点估计问题,该方法将图像传入全卷积网络得到一个热力图,热力图峰值点即中心点,每个特征图的峰值点位置预测了目标的宽高信息。
现有的肝脏病灶自动检测算法都是基于锚框的检测方法,这些方法的性能对网络中设置超参数-锚框个数十分敏感,因此在实际应用时这些方法需要进行复杂的超参数调试。此外,现有肝脏病灶自动检测算法对于肝脏病灶的多尺度变化特征和时序变化特征的提取都不够充分。
发明内容
本发明的目的在于针对现有技术的不足,提供一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法及系统。本发明首先使用无锚框方法进行多期相肝脏病灶的检测,避免了复杂的手工参数调节问题;基于肝脏的检测问题,创新地提出了全尺度连接循环深层聚合检测网络,以充分提取病灶的尺度特征,同时提出了循环特征连接模块提取时序变化特征,进一步提升多期相图像中对病灶的检测能力。
本发明的目的是通过以下技术方案来实现的:
本发明一方面提供了一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法,该方法包括以下步骤:
(1)构建无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络;所述无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络包括特征提取网络RDLA++和检测分支;输入各期相CT图像,首先由RDLA++提取图像特征,然后由检测分支预测图像中的病灶位置;
所述RDLA++由全尺度连接循环深层聚合检测网络DLA++和循环特征连接模块构成;
所述DLA++采用密集跳跃连接将浅层特征传递给深层特征,同层特征能够跨越传递,DLA++输出多个不同尺度的特征图以实现全尺度特征提取;
所述循环特征连接模块通过CLSTM实现;各期相图像经各自的DLA++输出的同尺度的特征通过循环特征连接模块依次级联;循环特征连接模块级联的结果按尺寸从小到大依次输入各连接节点,后一个连接节点的输入为所对应的循环特征连接模块的输出和前一个连接节点的输出的合成;每个连接节点对输入进行上采样卷积;最后一个连接节点输出RDLA++所提取的时空间特征;
(2)训练RDLA++和检测分支,实现肝脏病灶检测:采集各期相CT图像,标注肝脏病灶区域构成训练集对RDLA++和检测分支进行训练;将待检测用户的各期相CT图像输入训练好的RDLA++和检测分支中,得到病灶位置。
进一步地,所述DLA++有两条特征提取路径:横向I路径和纵向J路径;I路径由卷积
层和池化层所组成,由浅到深,特征图的大小随之变小;J路径只有卷积层,特征图的大小不
变;(i,j)卷积层的输出表示成公式(1);
进一步地,所述DLA++输出三个不同尺度的特征图时,所述循环特征连接模块的实现过程如公式(2);
进一步地,所述检测分支采用CenterNet方法,具体为:假定输入的某期相m的图像
为,W和H分别为图像的宽和高;对于RDLA++输出的特征图,采用全连接层通
过softmax生成C个热力图,第c类热力图,其中F是尺寸缩小率,C是被检
测物体的种类数;热力图中的最大值的位置(p x , p y )就是所要检测的第c类物体的中
心点;用回归方法通过RDLA++的特征图计算肿瘤的大小S和中心点的局部偏移O。
进一步地,所述训练集的构建具体为:采集NC、ART、PV三个期相的腹部CT图像,将3D图像分解成多张二维切片图像,选取包含病灶的若干张二维切片图像,由医生手工标注肝脏病灶区域,构成训练集。
进一步地,采用三个损失函数的线性组合进行端对端地训练RDLA++和检测分支;
本发明另一方面提供了一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测系统,该系统包括无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络构建模块、网络训练模块及肝脏病灶检测模块;
所述无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络构建模块构建的无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络包括特征提取网络RDLA++和检测分支;输入各期相CT图像,首先由RDLA++提取图像特征,然后由检测分支预测图像中的病灶位置;
所述RDLA++由全尺度连接循环深层聚合检测网络DLA++和循环特征连接模块构成;
所述DLA++采用密集跳跃连接将浅层特征传递给深层特征,同层特征能够跨越传递,DLA++输出多个不同尺度的特征图以实现全尺度特征提取;
所述循环特征连接模块通过CLSTM实现;各期相图像经各自的DLA++输出的同尺度的特征通过循环特征连接模块依次级联;循环特征连接模块级联的结果按尺寸从小到大依次输入各连接节点,后一个连接节点的输入为所对应的循环特征连接模块的输出和前一个连接节点的输出的合成;每个连接节点对输入进行上采样卷积;最后一个连接节点输出RDLA++所提取的时空间特征;
所述网络训练模块采集各期相CT图像,标注肝脏病灶区域构成训练集对RDLA++和检测分支进行训练;
所述肝脏病灶检测模块将待检测用户的各期相CT图像输入网络训练模块训练好的RDLA++和检测分支中,得到病灶位置。
进一步地,所述无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络构建模块中,构建的
DLA++有两条特征提取路径:横向I路径和纵向J路径;I路径由卷积层和池化层所组成,由浅
到深,特征图的大小随之变小;J路径只有卷积层,特征图的大小不变;(i,j)卷积层的输出表示成公式(6);
其中,H(x)表示卷积层的输出,x表示卷积层的输入;U(x)表示x的上采样;[x 1, x 2,…,x n]表示把x 1, x 2, …,x n合并成一个特征图;J代表J路径的总层数。
进一步地,所述无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络构建模块中,DLA++输出三个不同尺度的特征图时,所述循环特征连接模块的实现过程如公式(7);
本发明的有益效果是:
(1)首次使用无锚框方法进行多期相肝脏病灶的检测,避免参数的手工调节问题,极大提升检测效率;
(2)提出全尺度连接循环深层聚合检测网络(DLA++),通过该网络可以充分结合浅层、深层特征,同时保留浅层特征信息,提升网络对病灶多尺度特征的学习能力;
(3)提出循环特征连接模块,通过该模块可以结合多期相每个尺度的特征,提取该尺度多期相动态变化模式,进一步提升多期相图像中对病灶的检测能力。
附图说明
图1为现有centerNet回归目标示意图;
图2为本发明实施例中基于无锚框的多期相肝脏病灶检测原理框图;
图3为本发明实施例中DLA++示意图。
具体实施方式
为使本发明的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂,下面结合附图对本发明的具体实施方式做详细的说明。
在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本发明,但是本发明还可以采用其他不同于在此描述的其它方式来实施,本领域技术人员可以在不违背本发明内涵的情况下做类似推广,因此本发明不受下面公开的具体实施例的限制。
本发明提出的基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法及系统,首先设计了一个无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络,该网络是一个端到端的前向传播网络,不需预先设置锚框超参数和非极大值抑制等后处理。此外,需要使用全尺度连接和循环深层聚合等技术,来充分提取病灶的尺度特征和时序变化特征。
本发明一方面提供了一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法,该方法首先构建无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络;然后训练RDLA++和检测分支,实现肝脏病灶检测。本发明另一方面提供了一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测系统,该系统包括无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络构建模块、网络训练模块及肝脏病灶检测模块;网络训练模块采集各期相CT图像,标注肝脏病灶区域构成训练集对RDLA++和检测分支进行训练;肝脏病灶检测模块将待检测用户的各期相CT图像输入网络训练模块训练好的RDLA++和检测分支中,得到病灶位置。
本发明设计的无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络,实现过程如图2所示,该网络主要包括特征提取网络(记为RDLA++)和检测分支。输入三期相图像,首先通过特征提取网络充分提取图像特征,然后由检测分支预测图像中的病灶位置。
一、特征提取网络(RDLA++)
特征提取网络包括全尺度连接循环深层聚合检测网络(Deep Layer Aggregation ++,DLA++)和循环特征连接模块,其中,DLA++用于全尺度特征提取,循环特征连接模块用于时序特征提取。
1.1)DLA++的实现如下:
本发明提出的DLA++相对于传统的深层聚合网络,其创新性地采用密集跳跃连接
(dense skip connection)将浅层特征传递给深层特征,同时同层特征也可跨越传递。DLA+
+的实现原理如图3所示,其中(a)为传统的DLA(Deep Layer Aggregation)示意图,(b)为
centerNet DLA示意图,(c)为本发明DLA++示意图。DLA有两条特征提取路径:横向的I路径
和纵向的J路径。I路径由卷积层和池化层所组成,由浅到深,特征图的大小也随之变小;特
征图的缩小率可任意设置,图3中,4,8,16,32表示那一层的特征图像的缩小率,仅为示例。J
路径只有卷积层,特征图的大小不变。在现有的DLA中(如图3中(a)、(b)所示),图像由最上
面(j=0)及最左边(i=0)的卷积层输入,即图3中的Input,由最下面的(i=0,j=3或6)卷积层
输出最终的特征图。注意每个卷积层都会输出一个不同的特征图。每一个卷积层(i,j)只与
上一层中的(i,j-1)和(i+1,j-1)两个的卷积层相连。也即(i+1,j-1)卷积层输出的特征图
上采样后与(i,j-1)卷积层输出的特征图合并(concatenate)输入到(i,j)卷积层。而如图3
中(c)所示,本发明DLA++创新性地采用密集跳跃连接(dense skip connection),(i,j)层
与J方向的所有的浅层实行跳跃连接(skip connection),也即(i,j)层与(i,0),(i,1),…,
(i,j-1)以及(i+1,j-1)的卷积层相连。(i+1,j-1)卷积层输出的特征图上采样后与(i,0),
(i,1),(i,2),…,(i,j-1)卷积层输出的特征图合并(concatenate)输入到(i,j)卷积层。
(i,j)卷积层的输出可表示成公式(1)。
其中,H(x)表示卷积层的输出,x为卷积层的输入;U(x)表示x的上采样;[x 1, x 2, …,x n]表示把x 1, x 2, …,x n合并成一个特征图,即表示把合并成一个特征图,表示把
合并成一个特征图。
DLA++另一个创新点是输出多个不同尺度的最终特征图以实现全尺度的特征提取。本示例中, DLA++输出三个不同尺度(i=0,1,2)的最终特征图(Output_4, Output_8,Output_16)以实现全尺度的特征提取(如图3中(c)所示),这三个不同尺度的特征图可以通过上采样融合在一起输入到检测分支以实现目标检测,或者和循环特征连接模块配合在一起,进一步提取时序变化特征(如图2所示)。
1.2)循环特征连接模块的实现如下:
循环特征连接模块通过卷积长短时记忆网络(CLSTM)实现(如图2所示)。NC、ART、 PV三期相图像经各自的DLA++输出的同尺度的特征通过循环特征连接模块依次级联,即NC的各个尺度的特征图通过其循环特征连接模块传递给相对应的各个尺度的ART的循环特征连接模块。ART的循环特征连接模块的输出不仅有ART的信息,还有NC的信息。同样ART的循环特征连接模块的输出信息传递给相对应的各个尺度的PV的循环特征连接模块。PV的循环特征连接模块包含了全期相(NC,ART,PV)的信息,故可以获得肿瘤在各个期相的增强模式。注意在此仅用了三期相(NC,ART,PV)的CT图像作为示例,如果医学图像(如核磁共振图像)有更多期相的话,可以以此扩展增加循环特征连接模块。循环特征连接模块所级联的结果按尺寸从小到大依次输入各个连接节点(G 0 , G 1 , G 2 …)。每个连接节点的作用是对于输入进行1×1上采样卷积。在本示例中,G 0 的输入是最小尺度Output_16(i=2)所对应的循环特征连接模块的输出;G 1 的输入是Output_8(i=1)所对应的循环特征连接模块的输出和G 0 的输出的合成。G 2 的输入是Output_4(i=0)所对应的循环特征连接模块的输出和G 1 的输出的合成。通过将循环特征连接模块和DLA++相结合,构成本发明的RDLA++网络(如图2所示)。G 2 的输出是RDLA++所提取的时空间特征。
循环特征连接模块的实现过程如公式(2):
其中,J代表J路径(i=0)的总层数;代表连接节点G s 输出的特征,CLSTM代表卷积长短
时记忆网络,H 1×1代表1×1上采样卷积;分别表示NC、ART、PV期相CT图
输入时的DLA++的(i, j)卷积层的输出。
二、检测分支
检测分支可以采用现有的目标检测方法实现,本示例中检测分支采用CenterNet方法,具体实现过程如下:
假定输入的某个期相m的图像为,W和H分别为图像的宽和高。对于
RDLA++所得到的特征图,采用全连接层通过softmax生成C个热力图,第c类的热力图,其中F是尺寸缩小率(一般设为4),C是被检测物体的种类数(如只检测
是否有肿瘤则C=1,如检测5种不同种类的肿瘤则C=5)。热力图中的最大值的位置
(p x , p y )就是所要检测的第c类物体的中心点;同时用回归的方法通过RDLA++的特征图计算
肿瘤的大小S(bounding box的尺寸)和中心点的局部偏移O。
值得注意的是,本发明的RDLA++可以采用现有的任何无锚框的目标检测方法。
三、RDLA++和检测分支的训练
训练集的构建:采集NC、ART、PV三个期相的腹部CT图像,将3D图像分解成多张二维切片图像,选取包含病灶的若干张二维切片图像,由医生手工标注肝脏病灶区域(BoundingBox),构成训练集;
RDLA++和检测分支的训练如下:
采用以下三个损失函数(公式(3)-(5))的线性组合进行端对端地训练RDLA++和检测分支。
(1)公式(3)是Focal loss用于生成热力图。
其中,是根据标注的肿瘤中心点生成的高斯函数,作为热力图的真值Ground
truth,是高斯函数的参数,可设为S/6;S为标注的肿瘤的大小(bounding box的
尺寸);,(p x , p y )是标注的肿瘤的中心点坐标;是网络生成的热力
图;N是被检测物体(肿瘤)的个数;和是Focal loss的超参数,可分别设置为2和4。
(2)公式(4)和(5)是L1 loss,分别用于计算肿瘤的大小S(bounding box的尺寸)和中心点的局部偏移O。
因此,训练采用的总损失函数L为:
四、肝脏病灶检测
获取待检测用户的三期相腹部CT图像,输入训练好的RDLA++和检测分支中,得到肝脏病灶的位置和大小。
实施例
申请人从某医院收集130个病人的多期相腹部CT图像,具体包括NC、ART、PV三个期相,层厚为5/7 mm,空间分辨率为0.57-0.89 mm,图像大小为512×512。然后将3D图像分解成多张二维切片图像,选取了其中包含病灶的847张二维切片图像用于训练。同时通过肝脏分割算法从腹部CT中提取肝脏区域。选取平均精确度的平均(mean of AveragePrecision, mAP)作为病灶检测算法的评估指标。表1和表2中的mAP@0.1和mAP@0.5分别表示当交并比(目标预测框和真实框的交集和并集比例,IOU)为0.1和0.5时的mAP值。
如下表所示,对于单期相图像,本发明DLA++网络相对于DLA网络检测性能明显更优,当交并比为0.1时,其性能提升0.95%,而当交并比为0.5时,其性能提升0.83%。对于多期相图像,本发明DLA++网络相对于单期相的DLA++网络检测性能提升同样明显,当交并比为0.1时,其性能提升0.54%,而当交并比为0.5时,其性能提升0.17%。对于多期相图像,本发明联合DLA++和循环特征连接模块的RDLA++网络相对于仅采用DLA++网络,检测性能也有显著提升,当交并比为0.1时,其性能提升0.74%,而当交并比为0.5时,其性能提升0.64%。
表1 单期相和多期相检测性能对比
作为特征提取网络,RDLA++可以和不同的检测分支结合,如表2所示,当RDLA++和CenterNet head检测分支结合时,其可以达到当前最好的病灶检测性能,相对于CenterNet提升了2.23%。
表2 与现有的检测算法性能对比
表2中,Lee. et al方法参照:Lee, S., Bae, J.S., Kim, H., et al.: Weakly-Labeled Multi-phase CT Volumes with a Grouped Single Shot MultiBox Detector.International Conference on Medical Image Computing and Computer-AssistedIntervention (MICCAI), (2018)。
表2中,Liang et al方法参照:Liang, D., Lin1, L., Chen, X., Hu, H.,Zhang, Q., Chen, Q., Iwamoto, Y., Han, X., Chen, Y.W., Tong, R., Wu, J.:Multi-stream scale-insensitive convolutional and recurrent neural networksfor liver tumor detection in dynamic ct images. International Conference onImage Processing (ICIP), (2019)。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,虽然本发明已以较佳实施例披露如上,然而并非用以限定本发明。任何熟悉本领域的技术人员,在不脱离本发明技术方案范围情况下,都可利用上述揭示的方法和技术内容对本发明技术方案做出许多可能的变动和修饰,或修改为等同变化的等效实施例。因此,凡是未脱离本发明技术方案的内容,依据本发明的技术实质对以上实施例所做的任何的简单修改、等同变化及修饰,均仍属于本发明技术方案保护的范围内。
Claims (9)
1.一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:
(1)构建无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络;所述无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络包括特征提取网络RDLA++和检测分支;输入各期相CT图像,首先由RDLA++提取图像特征,然后由检测分支预测图像中的病灶位置;
所述RDLA++由全尺度连接循环深层聚合检测网络DLA++和循环特征连接模块构成;
所述DLA++采用密集跳跃连接将浅层特征传递给深层特征,同层特征能够跨越传递,DLA++输出多个不同尺度的特征图以实现全尺度特征提取;
所述循环特征连接模块通过CLSTM实现;各期相图像经各自的DLA++输出的同尺度的特征通过循环特征连接模块依次级联;循环特征连接模块级联的结果按尺寸从小到大依次输入各连接节点,后一个连接节点的输入为所对应的循环特征连接模块的输出和前一个连接节点的输出的合成;每个连接节点对输入进行上采样卷积;最后一个连接节点输出RDLA++所提取的时空间特征;
(2)训练RDLA++和检测分支,实现肝脏病灶检测:采集各期相CT图像,标注肝脏病灶区域构成训练集对RDLA++和检测分支进行训练;将待检测用户的各期相CT图像输入训练好的RDLA++和检测分支中,得到病灶位置。
5.根据权利要求1所述的一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法,其特征在于,所述训练集的构建具体为:采集NC、ART、PV三个期相的腹部CT图像,将3D图像分解成多张二维切片图像,选取包含病灶的若干张二维切片图像,由医生手工标注肝脏病灶区域,构成训练集。
6.根据权利要求4所述的一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测方法,其特征在于,采用三个损失函数的线性组合进行端对端地训练RDLA++和检测分支;
7.一种基于无锚框的多期相肝脏病灶检测系统,其特征在于,该系统包括无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络构建模块、网络训练模块及肝脏病灶检测模块;
所述无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络构建模块构建的无锚框多期相CT图像肝脏病灶自动检测网络包括特征提取网络RDLA++和检测分支;输入各期相CT图像,首先由RDLA++提取图像特征,然后由检测分支预测图像中的病灶位置;
所述RDLA++由全尺度连接循环深层聚合检测网络DLA++和循环特征连接模块构成;
所述DLA++采用密集跳跃连接将浅层特征传递给深层特征,同层特征能够跨越传递,DLA++输出多个不同尺度的特征图以实现全尺度特征提取;
所述循环特征连接模块通过CLSTM实现;各期相图像经各自的DLA++输出的同尺度的特征通过循环特征连接模块依次级联;循环特征连接模块级联的结果按尺寸从小到大依次输入各连接节点,后一个连接节点的输入为所对应的循环特征连接模块的输出和前一个连接节点的输出的合成;每个连接节点对输入进行上采样卷积;最后一个连接节点输出RDLA++所提取的时空间特征;
所述网络训练模块采集各期相CT图像,标注肝脏病灶区域构成训练集对RDLA++和检测分支进行训练;
所述肝脏病灶检测模块将待检测用户的各期相CT图像输入网络训练模块训练好的RDLA++和检测分支中,得到病灶位置。
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