CN111909995A - 单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提出一组可以检测单基因遗传性心血管疾病的基因组合，该基因组合包括165个基因，涉及相关疾病7大类66种，涉及基因组合的检测位点的具体区域是基因的外显子部分。本发明还提出这个组合基因的应用方式是通过基因检测技术手段来检测基因，然后运用生物信息的分析的方法查看基因上是否存在致病性变异，之后依据现有研究报道的变异和疾病致病关系，帮助受疾病影响的患者找到致病基因，同时可以辅助医生制定治疗策略、评估预后和遗传咨询。
Description
技术领域
本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合及应用。
背景技术
单基因遗传性心血管疾病是一类发病表型包括心血管损害的、由单个基因的致病突变就可引起的遗传性疾病。此类疾病发病后果严重，部分疾病不发病时症状隐匿不表现，发病会导致猝死等严重后果，疾病在家族中呈现聚集性发病，导致患者总数庞大，这使得此类疾病广泛受到医学研究的关注。随着现有研究的深入，越来越多的明确致病关系的基因被找到，如何将基因合理运用组合起来，如何使其切实、有效地应用，使得疾病影响人群受益最大化，是现有研究投入到实际应用的关键。
外显子是真核生物DNA序列中可以被表达合成蛋白质的编码区，全部的外显子序列总长度占人类基因组的1％左右，但和人类85％的疾病相关。在研究疾病和基因的致病关系时，重点关注外显子区域是全面、高效且性价比极高的，目前外显子的研究应用范围广泛，方向可涉及遗传疾病检测、临床医学诊断等。
2019年中国发改委将基因检测行业列入发展战略后，对行业的未来应用中就包括了心血管疾病的预防和检测。响应国家政策，近年来，遗传性心血管疾病基因检测产品被陆续开发出来，总体上来看，目前的产品存在检测病种单一、检测位点少的缺点，而且部分产品是针对多基因遗传病来设计的，而多基因遗传病的特点是多个微效基因的共同作用，加上环境影响而导致的疾病，这就会造成检测结果不准确、给受检者带来心理负担的问题。
发明内容
为解决上述问题，本发明提供一种单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合技术方案，所述基因组合用于检测人基因组DNA的165个基因，所述基因组合包括165个基因的全外显子区域内的所有位点。
进一步优选的：所述165个基因请详见表1。
进一步优选的：所述165个基因的全外显子区域位置和序列来源于NCBI Genome数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)。
进一步优选的：所述基因组合的检测结果包括遗传性高血压、主动脉疾病、心脏离子通道病、心肌病、肺动脉疾病、遗传性易血栓及遗传性高胆固醇等七大类疾病的遗传风险评估。
更详细的说：所述七大类疾病包含66种疾病，具体详见下表2；
表2：七大类疾病包含66种疾病
进一步优选的：所述基因组合的检测方法包括以下步骤：
步骤一，从检测者上提取人基因组DNA；
步骤二，对步骤一得到的人基因组DNA进行基因检测技术中的探针以捕获目标DNA序列；
步骤三，对步骤二中的目标DNA序列进行数据分子，并利用所述的165个基因的全外显子区域内的所有位点对比，以获得变异基因结果，并将所述变异基因结果进行注释；
步骤四，对步骤三种得到的注释信息进行筛选及分级，再将突变基因以报告的形式展示给受检者。
上述的用于单基因遗传性心血管疾病遗传风险评估检测的基因组合的应用，其包括从遗传层面进行心血管疾的高位人群筛查、预防和临床心血管疾的辅助诊断。
与现有技术相比，本发明具有以下优点：
本发明所述的基因组合包括165个基因，该165个基因中各基因的检测外显子区域，而非单个突变位点，致使其覆盖面大，满足实际临床检测需要；
另，本发明所述基因组合能检测七大类66种疾病，具有疾病种类多，且较为常见的优点，尤其是是针对于中国人体质及其遗传性特单的设计；
综上所述，本发明还可用于对患者亲属或普通群体的疾病早期筛查和预防，进而降低或预防遗传性心血管疾病可引起的猝死概率。
附图说明
图1是本发明实施例2中所述探针捕获目标DNA上机测序的流程图；
图2是本发明实施例2中所述数据分析流程图。
具体实施方式
本发明提出一组可以检测单基因遗传性心血管疾病的基因组合，该基因组合包括165个基因，涉及相关疾病7大类66种，涉及基因组合的检测位点的具体区域是基因的外显子部分。本发明还提出这个组合基因的应用方式是通过基因检测技术手段来检测基因，即：使用基因检测技术手段中的探针捕获目标DNA序列的方法，对单基因遗传性心脑血管疾病的患者进行疾病的辅助诊断，查找致病基因及位点(所述基因检测技术手段具体包括：试剂盒，探针、芯片检测等二代测序技术手段)，然后运用生物信息的分析的方法查看基因上是否存在致病性变异，之后依据现有研究报道的变异和疾病致病关系(所述查找基因上的致病性变异的分类标准遵循ACMG变异分类指南)，帮助受疾病影响的患者找到致病基因，同时可以辅助医生制定治疗策略、评估预后和遗传咨询。
由于涉及相关疾病均为遗传性疾病，且会在家族中遗传，这些基因组合还可用于对患者亲属或普通群体的疾病早期筛查和预防；另，由于遗传性心血管疾病可引起猝死，这些基因组合还可以应用于对心源性猝死高危人群的早期筛查和预防，及猝死人群的死因检测。
下面结合附图对本发明的具体实施方式做详细的说明。
实施例1技术方案的确立
本发明阐述的基因组合包括165个基因，涉及相关疾病7大类66种，涉及基因组合的检测位点的具体区域是基因的外显子部分，所述基因组合的检测方法包括以下步骤：
步骤一，从检测者上提取人基因组DNA；
步骤二，对步骤一得到的人基因组DNA进行基因检测技术中的探针以捕获目标DNA序列；
步骤三，对步骤二中的目标DNA序列进行数据分子，并利用所述的165个基因的全外显子区域内的所有位点对比，以获得变异基因结果，并将所述变异基因结果进行注释；
步骤四，对步骤三种得到的注释信息进行筛选及分级，再将突变基因以报告的形式展示给受检者。
表1为单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合
实施例2样本提取及分析：本发明使用基因检测技术手段中的探针捕获目标DNA序列的方法，对单基因遗传性心脑血管疾病的患者进行疾病的辅助诊断，查找致病基因及位点。
步骤一：探针捕获目标DNA上机测序流程，图解见图1。
本实施例使用的探针试剂盒从艾吉泰康生物科技(北京)有限公司定制，实验流程操作按照产品说明书中的基因组液相捕获实验全流程操作手册，实验中所提到的试剂均可在试剂公司得到。
1)取患者亲属血液样本，提取DNA，使用Bioruptor Pico打断仪进行DNA打断。然后，将打断后的DNA样品完全转移至PCR管中，按如下表格1配置‘末端修复、3’端加“A”体系’反应体系，使用移液器吹打混匀(避免剧烈震荡混匀)，将PCR管放回冰盒上备用；运行PCR程序，设置PCR仪参数如下：Heat lid 85℃，4℃for 1min，20℃for 30min，65℃for 30min，4℃for∞，等待程序完成。
表格1：末端修复、3’端加“A”体系
2)将adapter提前稀释成合适的浓度，在上述步骤1)反应的PCR管中，按如下表格2配置反应体系按照下2配置‘连接体系’，轻轻吸打混匀6次，避免产生气泡，然后短暂离心；运行PCR仪程序(要求无热盖)，设置PCR仪参数如下：Heat lid off；20℃for 15min；4℃for∞，然后等待程序完成。
表格2：连接体系
| Component | Volume |
| 来自步骤2)反应结束的样品 | 50μl |
| Adapter for Illumina(按照需要浓度) | 5μl |
| Nuclease-free water | 15μl |
| 5×Ligation Buffer | 20μl |
| Ligase | 10μl |
| Total volume | 100 |
3)将AgencourtAMPure XP磁珠拿至室温，震荡混匀备用；在步骤2)中程序运行完的PCR管中，按照0.8×体积的纯化磁珠进行实验，按下面表格3配置“磁珠纯化体系”，轻轻吸打混匀6次，室温静置孵育5-15min，将PCR管置于磁力架上3min使溶液澄清；移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s；移除上清，再向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s后彻底移除上清(建议使用10μl移液器移除底部残留乙醇溶液)；室温静置3-5min，使残留乙醇彻底挥发；加入22μl的Nuclease-freewater，把PCR管从磁力架取下，轻轻吸打重悬磁珠，避免产生气泡，室温静置2min；将PCR管置于磁力架上2min使溶液澄清；用移液器吸取20μl上清液，转移到新的PCR管中(置于冰盒上)，在反应管上标记样本编号，准备下一步反应。
表格3：磁珠纯化体系
| Component | Volume |
| 来自步骤2)反应结束的样品 | 50μl |
| Adapter for Illumina(按照需要浓度) | 5μl |
| Nuclease-free water | 15μl |
| 5×Ligation Buffer | 20μl |
| Ligase | 10μl |
| Total volume | 100 |
。
4)先从﹣20℃保存的试剂盒中取出PCR Master Mix、TPE1.0和TPE2.0试剂，置于冰盒上溶解，混匀后置于冰上待用；参照表格4进行“Pre-PCR体系”配制(此操作需在冰盒上进行)，使用移液器轻轻吹打混匀，然后短暂离心；将样品置于PCR仪上，启动PCR程序，设置参数如下：Heat lid 105℃，98℃for 2min，(98℃for 20s，60℃for 30，72℃for 30s)4cycles，72℃for 1min，4℃hold，等待程序运行完成。
表格4：Pre-PCR体系
5)向上述步骤4)反应后的PCR管中加入50μl AgencourtAMPure XP磁珠，用移液器吹打混匀，避免产生气泡；室温孵育5-15min，把PCR管置于磁力架上3min使溶液澄清；移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s；移除上清，再向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s后彻底移除上清(建议使用10μl移液器移除底部残留乙醇溶液)；室温静置5min，使残留乙醇彻底挥发；加入30μl的Nuclease-freewater，将离心管从磁力架取下，使用移液器,轻轻吸打重悬磁珠；室温静置2min，将200μlPCR管置于磁力架上2min使溶液澄清；用移液器将上清液转移到新的200μl PCR管中(置于冰盒上)，在反应管上标记好样本号，准备下一步反应；取1μl样品使用
3.0Fluorometer(Qubit dsDNA HS Assay Kit)进行文库浓度测定，记录文库浓度，如下游进行液相捕获，则需文库浓度>25ng/μl；取1μl样品使用Agilent 2100Bioanalyzersystem(Agilent DNA 1000Kit)进行片段长度测定，文库长度约在270bp-320bp间。
6)将向步骤5)得到的样品文库与按照下表5“Block体系”体系中相对应的反应体系配制混匀后，标记为B管。将B管放入真空浓缩离心机，打开PCR管盖，启动离心机，打开真空泵开关，开始浓缩(浓缩之前可以先用相同体积的水进行浓缩，时间测试，计算样品单位体积减少的时间，确认浓缩速率，避免因浓缩时间过长导致过度干燥，造成样品损耗)；将B管浓缩至体积小于10μl，之后用Nuclease-free water补足至10μl，轻轻吸打混匀，短暂离心后置于冰上待用。
表格5：Block体系
| Component | Volume |
| 样品文库(来自步骤6)反应结束的样品) | 750μl |
| Hyb Human Block | 5μl |
| Ada-Block for ILM(PE2.0-8bp) | 6μl |
7)向文库中加入1.8倍体积的AgencourtAMPure XP磁珠，用移液器轻轻吸打6次混匀；室温孵育5min，把PCR管置于磁力架上3min使溶液澄清；移除上清，PCR管继续置于磁力架上，加入200μl 80％乙醇，静置30s；移除上清，再向PCR管内加入200μl 80％乙醇，静置30s后彻底移除上清(可用10μl移液器移除底部残留酒精)；室温放置5min，使得残留乙醇彻底挥发；向PCR管中加入5μlHybHumanBlock，与文库对应的Adapter Block，Nuclease-freewater至总体积为11μl；将PCR管从磁力架拿下，轻轻吹打混匀重悬磁珠，室温放置2min；将PCR管置于磁力架上2min；用移液器吸10μl上清液转移到新的PCR管中，标记为B管，短暂离心后置于冰上待用。
8)将
One Hyb Buffer置于室温融化，混匀后置于50℃恒温混匀仪内预热，完全溶解后(无沉淀及浑浊物)每个反应取20μl；
One Hyb Buffer置于新的200μl PCR管内，盖好管盖，置于50℃恒温混匀仪孵育待用，标记为A管；取5μlRNase Block与2μl Probe置于200μl PCR管内，轻轻吸打混匀，短暂离心后置于冰上或4℃待用，标记为C管；从A管吸取13μl与B管10μl加入C管中震荡混匀，短暂离心后置于冰上待用；设置PCR仪参数如下：Heat lid 85℃，80℃for 5min，50℃hold。将PCR管C置于PCR仪上，等待程序完成。
9)捕获磁珠(Cap beads)从4℃取出，涡旋震荡重悬；取50μl磁珠置于新的PCR管内，置于磁力架上1min使溶液澄清，移除上清；从磁力架上取下PCR管，加入200μl BindingBuffer轻轻吸打数次混匀，重悬磁珠；磁力架上1min，移除上清；重复步骤3-4两次，共清洗磁珠3次；从磁力架上取下PCR管，加入180μl Binding Buffer轻轻吸打6次重悬磁珠待用。
10)保持杂交产物在PCR仪上，将步骤步骤9)中9重悬后的180μl Cap beads加入到杂交产物中，用移液器吸打6次混匀，置于旋转混匀仪上室温结合30min；将PCR管置于磁力架上2min使溶液澄清，移除上清液；向杂交产物内加入200μl的Wash Buffer 1，轻轻吸打6次混匀，置于旋转混匀仪上清洗15min，然后短暂离心，将PCR管放于磁力架上2min，使溶液澄清，移除上清；加入200μl的50℃预热的
One Wash Buffer 2，轻轻吸打6次混匀，置于恒温振荡混匀仪上50℃孵育10min；短暂离心，将PCR管放于磁力架上2min，移除上清。使用
One Wash Buffer 2清洗2次，共计3次。最后一次彻底移除
One Wash Buffer 2(可用10μl移液器移除残留)；保持样品在磁力架上，向PCR管内加入200μl 80％乙醇，静置30s后彻底移除乙醇溶液(可用10μl移液器移除残留)，室温晾干；向PCR管加入30μl Nuclease-free water，从磁力架上取下PCR管，轻轻吸打6次重悬磁珠待用。
11)预先从-20℃保存的试剂盒中取出Post PCR Buffer、Post PCR Primer(25μM,for ILM)试剂，放置冰上溶解，溶解混匀后置于冰上待用；取出Post PCR Polymerase简短离心后立即使用。捕获后需要对DNA文库进行富集，根据下表格6“Post-PCR体系”配制反应体系，将移液器调至40μl，轻轻吸打混匀6次，然后立即置于PCR仪上。运行PCR仪程序：Heatlid 105℃，95℃for 1min，(98℃for 20s，60℃for 30s)N cycles(N参考探针Probe管壁标签参数或探针说明文件)，72℃for 30s，72℃for 5min，4℃hold。PCR结束后向样品加入55μlAgencourtAMPure XP磁珠，用移液器轻轻吸打6次混匀；室温孵育5min，把PCR管置于磁力架上3min使溶液澄清；移除上清，PCR管继续置于磁力架上，加入200μl80％乙醇，静置30s；移除上清，再向PCR管内加入200μl80％乙醇，静置30s后彻底移除上清(可用10μl移液器移除底部残留酒精)；室温放置5min，使得残留乙醇彻底挥发；加入25μl Nuclease-freewater，将PCR管从磁力架拿下，轻轻吹打混匀重悬磁珠，室温放置2min；将PCR管置于磁力架上2min；用移液器吸23μl上清液转移到1.5ml离心管，标记样品信息；取1μl文库使用QubitdsDNA HS Assay Kit进行定量，记录文库浓度，文库浓度约在1-20ng/μl；取1μl样品使用Agilent 2100 Bioanalyzersystem(Agilent DNA 1000Kit)进行片段长度测定，文库长度约在270bp-320bp间；使用高通量测序平台进行测序。
表格6：Post-PCR体系
| Component | Volume |
| 来自步骤10)反应结束的样品 | 30μl |
| Post PCR Buffer | 18μl |
| Post PCR Primer(25μM,forILM) | 1μl |
| Post PCR Polymerase | 1μl |
| Total volume | 50μl |
步骤二：数据分析流程，图解见图2。
1)对步骤一中用高通量测序平台测序后的原始数据进行质量评估和控制，去除接头和质量低下的数据。
2)进行序列比对(Alignment)，使用BWA软件方法，将通过质控后的原始FASTQ文件，与人类基因组hg19进行序列比对，得到序列比对信息，生成比对结果文件。
3)进行排序去重，使用SAMTOOLS和Picard软件方法，将比对结果文件排序并去除PCR扩增等原因产生的重复序列。
4)使用GATK做局部重比对和碱基质量值重校正的处理。基于比对结果，对每个样品的测序深度、覆盖度、比对率等评价指标进行统计。
5)进行SNP/Indel/CNV突变检测，使用GATK软件方法，找到SNP、Indel突变，并利用变异质量值校正(VQSR)对原始的变异检测结果进行过滤得到可信度高的的变异结果。
6)使用ANNOVAR等对突变检测的结果进行注释。变异注释工作包括：识别SNP和InDel是否引起蛋白质编码或者是氨基酸改变，识别变异是否在保守区域；识别变异在人群数据库中的频率，数据库包括1000Genome Project,NHLBI-ESP 6500 exomes、ExomeAggregation Consortium和dbsnp等；查找变异与疾病之间的关系，用到的数据库包括HGMD、OMIM、Clinvar等。
步骤三：结果报告解读流程
1)根据步骤二得到的注释信息，按照表格7、8的ACMG致病变异分类标准，对变异进行筛选和注释。
表格7致病变异分级标准
表格8遗传变异分类联合标准规则
2)查找基因中的致病变异或可能致病变异后，突变以报告的形式展示给受检者，提示受检者的患病风险信息(报告的信息包括：受检者信息，检测结果，致病位点描述，致病位点可导致疾病描述，检测范围，检测局限性，公司联系方式等。)。
上述步骤实施后，实际检测时的应用效果：
本发明按照实施例2阐述的方法进行了实际的临床应用检测，
在流程化生产中，如果是全部手动填写报告，会耽误产品出报告时间同时浪费人力。为解决此项问题，此本专利再提供在具体实施时可以自动化生产报告的程序代码示例和关键思路，以python语言编写。此程序优势在于在报告模板是直接用word写的，在非编程专业人员操作时，也可以通过直接用windows系统打开word来进行报告模板的改版。
步骤一、在运行程序之前，需要准备好程序运行时所需疾病库和基因库,这一步骤生成后，除了在库定期维护和更新时期外，生产过程中不需再重复操作本步骤。
1)将检测范围内的所有疾病以人工查找的方式，通过文献、指南等获得疾病介绍，遗传模式，发生频率，临床症状等信息，以“\t”为分隔符存入gene_intro.txt文件中，作为疾病库。
疾病库示例：
2)将所有基因和疾病对应做成一个列表，同时注释出该基因导致该疾病的遗传模式。以“\t”为分隔符存入disease_intro.txt文件中，作为基因库。
基因库示例：
| 基因名称 | 相关疾病 | 遗传模式 |
| ACTC1 | 肥厚型心肌病 | AD |
步骤二、在运行程序之前，准备好报告的word格式的报告模板，这一步骤生成后的模板，除了在产品改版时更新外，生产过程中不需再重复操作本步骤。如需改版，只需在windows系统操作下打开word直接进行修改，修改后替换模板文件即可。
1)受检者分为两个检测结果，包括检测出致病位点的阳性报告，和未检出致病位点的阴性报告。两份报告都使用word来编辑，分别命名为positive.docx和negative.docx作为两种检测结果的报告模板。自带的功能设置好用户信息区域。将上述报告分别生成2个word文件，作为报告模板。
2)阳性报告内容包括：受检人信息，检测结果，致病位点描述，相关疾病描述，疾病及基因检测列表，检测方法及局限，参考文献及指南，公司地址等。其中在受检人信息部分，提前设置好替换所需结合域；在致病位点描述中插入关键字“插入致病位点信息表格”作为程序运行时的插入定位结合域示意图：
3)阴性报告内容包括：受检人信息，检测结果，疾病及基因检测列表，检测方法及局限，参考文献及指南，公司地址等。其中在受检人信息部分，提前设置好替换域。
步骤三、在运行程序之前，准备受检者相关文件。这一步骤中1)的文件需要在实际生产时手动填写，2)中的文件在实施例1中的最后一步会在使用软件ANNOVAR后自动生成，生成后需根据疾病库补充部分内容。
1)先将受检者相关信息以personal_info.txt为名称，录入当前工作目录文件夹。其中，相关信息包括：姓名、性别、年龄、民族、检测项目、样本类型、样本编号、采样日期、送样日期、联系方式、临床信息、备注信息等)，作为受检者的个人信息文件。
2)在实施例1步骤二中的ANNOVAR软件注释后的结果文件中找到受检者的致病变异或可能致病变异注释，使用ANNOVAR软件自带程序annotate_variation.pl将该致病变异改成HGVS的突变标准描述格式，并结合基因库信息，保存为gene.txt文件，作为患者的致病位点文件，文件示例：
步骤四、生成报告流程程序具体思路及关键步骤代码
1)首先代码中需要确定该样本是否有致病位点检出。在所需文件gene.txt存在的情况下，需判断受检者是否存在致病变异，即文件gene.txt是否内容为空。当为空时，样本未检出致病变异，代码进入negative_demo模块，并传入参数之前准备好的文件"negative.docx","personal_info.txt"和输出文件"out.docx"；当不为空时，样本检出致病变异，代码进入positive_demo模块，并传入参数，包括之前准备好的文件"positive.docx","personal_info.txt","gene.txt","disease_intro.txt"和输出文件"out.docx"
示例代码公开如下：
2)当受检者为阳性样本，程序进入positive_demo模块后，报告使用的模板是positive.docx，模块内包含的代码会先读取"positive.docx"文件和"personal_info.txt"文件内容，同时识别"positive.docx"文件中提前设置好的替换所需的合并域，进行替换，保存进"out.docx"文件。这一步骤的目的是将受检人的信息填入提前设置好的阳性模板中，这一步主要用到的python包为mailmerge。
代码示例：
代码运行后效果示例：
3)读取2)中替换后的"out.docx"文件，插入表格，读取"gene.txt"文件内容，并写入表格内，适当调整表格宽度，设置字体为黑体并居中。同时确定表格放入文中位置。
代码示例：
代码运行效果同步骤三2)效果图。
4)完成3)后，根据致病基因相关疾病，读取疾病库disease_intro.txt文件内容，对应写入"out.docx"文件，其中，插入内容的方式和步骤所需代码和3)类似，只是换了读取的文件，此处不示例。
代码运行后效果图同步骤一1)运行后相同。
5)完成4)后，在当前工作目录下会生成"out.docx"文件，该文件为受检者的阳性检测报告。
6)当受检者为阴性样本，报告模板会使用negative.docx，程序进入negative_demo模块后，模块内会包含2)的代码，同样的，在当前工作目录下会生成"out.docx"文件，该文件为受检者的阴性检测报告。
实施例3实际检测时的应用效果：
本发明按照实施例1和2方法进行了实际的应用检测，实际已测得10例阳性样本，即找到疑似致病位点，详细位点信息结果均已在下表总结。
为更好的解释挑选基因组合时的思路和技术方案，本发明首先将研发时主要的参考的文献资料进行公布如下：
[1]中华医学会心血管病学分会精准心血管病学学组,中国医疗保健国际交流促进会精准心血管病分会,中华心血管病杂志编辑委员会.单基因遗传性心血管疾病基因诊断指南[J].中华心血管病杂志,2019,47(3):175-196.DOI:10.3760/cma.j.issn.0253-3758.2019.03.003.
[2]中华心血管病杂志编辑委员会心律失常循证工作组.遗传性原发性心律失常综合征诊断与治疗中国专家共识[J].中华心血管病杂志,2015,43(1):5-21.DOI:10.3760/cma.j.issn.0253-3758.2015.01.003.
[3]中华医学会心血管病学分会中国成人肥厚型心肌病诊断与治疗指南编写组,中华心血管病杂志编辑委员会.中国成人肥厚型心肌病诊断与治疗指南[J].中华心血管病杂志,2017,45(12):1015-1032.DOI:10.3760/cma.j.issn.0253-3758.2017.12.005.
[4]中华医学会心血管病学分会,中华心血管病杂志编辑委员会.遗传性心脏离子通道病与心肌病基因检测中国专家共识[J].中华心血管病杂志,2011,39(12):1073-1082.DOI:10.3760/cma.j.issn.0253-3758.2011.12.001.
[5]Daniel D.Matlock,Anne B.Curtis,Robert J.Myerburg,et al.2017AHA/ACC/HRS Guideline for Management of Patients With Ventricular Arrhythmias andthe Prevention of Sudden Cardiac Death[J].Journal of the American College ofCardiology,2018,72(14):91-220.
[6]Priori,Silvia G.,Blomstrom-Lundqvist,Carina,Mazzanti,Andrea,etal.2015ESC Guidelines for the management of patients with ventriculararrhythmias and the prevention of sudden cardiac death[J].The Journal ofImmunology:Official Journal of the American Association of Immunologists,2016,196(7):2793-2879.
[7]K.M.Lampropoulos,V.G.Dounis,C.Aggeli,et al.ContrastEchocardiography:Contribution to Diagnosis of Left Ventricular Non-CompactionCardiomyopathy[J].,2011,(3).
[8]Lindsay,Mark E..Medical management of aortic disease in childrenwith Marfan syndrome[J].Current opinion in pediatrics,2018,30(5):639-644.
[9]Schepers,Dorien,Doyle,Alexander J.,Oswald,Gretchen,et al.The SMAD-binding domain of SKI:a hotspot for de novo mutations causing Shprintzen-Goldberg syndrome[J].European journal of human genetics:EJHG,2015,23(2):224-228.
[10]Sarkozy,A,Conti,E,Seripa,D,et al.Correlation between PTPN11 genemutations and congenital heart defects in Noonan and LEOPARD syndromes[J].,2003.DOI:10.1136/jmg.40.9.704.
[11]Loren.F..Hiratzka,George.L..Bakris,Joshua.A..Beckm.2010ACCF/AHA/AATS/ACR/ASA/SCA/SCAI/SIR/STS/SVM Guidelines for the Diagnosis and Managementof Patients with Thoracic Aortic Disease:Executive Summary:A Report of theAmerican College of Cardiology Foundation/American Heart Association TaskForce on Practice Guidelines,American Association for Thoracic Surgery,American College of Radiology,American Stroke Association,Society ofCardiovascular Anesthesiologists,Society for Cardiovascular Angiography andInterventions,Society of Intervent[J].Anesthesia&Analgesia,2010,111(2):279-315.DOI:10.1213/ANE.0b013e3181dd869b.
[12]Lorts,Angela,Jefferies,John Lynn,Towbin,Jeffrey A..Leftventricular non-compaction cardiomyopathy[J].The Lancet,2015,386(9995):813-825.
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[14]Reed Pyeritz,Guillaume Jondeau,Rocio Moron,et al.Loeys-Dietzsyndrome is a specific phenotype and not a concomitant of any mutation In agene involved in TGF-beta signaling[J].Genetics in medicine,2014,16(8):641-642.
[15]Sue,Richards,Nazneen,Aziz,Sherri,Bale,David,Bick,Soma,Das,Julie,Gastier-Foster,Wayne W,Grody,Madhuri,Hegde,Elaine,Lyon,Elaine,Spector,Karl,Voelkerding,Heidi L,Rehm.Standards and guidelines for the interpretation ofsequence variants:a joint consensus recommendation of the American College ofMedical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology.[J].Genetics in medicine:official journal of the American College of MedicalGenetics,2015,17(5):405-24.
本发明虽然以较佳实施例公开如上，但其并不是用来限定本发明，任何本领域技术人员在不脱离本发明的精神和范围内，都可以做出可能的变动和修改，因此本发明的保护范围应当以本发明权利要求所界定的范围为准。
Claims (6)
1.单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合，其特征在于：所述基因组合用于检测人基因组DNA的165个基因，所述基因组合包括165个基因的全外显子区域内的所有位点。
2.根据权利要求1所述的单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合，其特征在于：所述165个基因分别为：
3.根据权利要2所述的单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合，其特征在于：所述165个基因的全外显子区域位置和序列来源于NCBI Genome数据库。
4.根据权利要求1所述的单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合，其特征在于：所述基因组合的检测结果包括遗传性高血压、主动脉疾病、心脏离子通道病、心肌病、肺动脉疾病、遗传性易血栓及遗传性高胆固醇等七大类疾病的遗传风险评估。
5.据权利要求1所述的单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合，其特征在于：所述基因组合的检测方法包括以下步骤：
步骤一，从检测者上提取人基因组DNA；
步骤二，对步骤一得到的人基因组DNA进行基因检测技术中的探针以捕获目标DNA序列；
步骤三，对步骤二中的目标DNA序列进行数据分子，并利用所述的165个基因的全外显子区域内的所有位点对比，以获得变异基因结果，并将所述变异基因结果进行注释；
步骤四，对步骤三种得到的注释信息进行筛选及分级，再将突变基因以报告的形式展示给受检者。
6.根据权利要求1-5所述的单基因遗传性心血管疾病检测用的基因组合的应用，其特征在于：所述应用包括从遗传层面进行心血管疾的高危人群筛查、预防和临床心血管疾病的辅助诊断。
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| US20120220478A1 (en) * | 2009-07-20 | 2012-08-30 | Bar Harbor Biotechnology, Inc. | Methods for assessing disease risk |
| CN108950691A (zh) * | 2018-08-08 | 2018-12-07 | 广州嘉检医学检测有限公司 | 基于外显子捕获的遗传性疾病基因文库构建用的探针组合物、试剂盒及应用 |
| CN109652531A (zh) * | 2019-01-11 | 2019-04-19 | 中国人民解放军总医院 | 一种用于检测遗传性心肌病/心律失常的致病/易感基因的探针组 |
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2020
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