CN111868833A - 数字病理扫描接口和工作流程 - Google Patents

Abstract

本文公开了一种利用扫描装置获取设置在基底上的生物样品的高分辨率扫描的方法，所述方法包括：在图形用户接口上接收与用户可配置扫描设置相对应的第一用户输入；在图形用户接口上接收第二用户输入以基于所接收到的与所述用户可配置扫描设置相对应的一系列用户输入来发起扫描；以及在所述图形用户接口上显示一个或多个占位符的可视化，所述一个或多个占位符填充有扫描操作状态信息、图像数据和至少一部分所述用户可配置扫描设置中的一者或多者。

Description

数字病理扫描接口和工作流程

相关申请的交叉引用

本申请要求2018年3月6日提交的美国临时专利申请第62/639,375号的申请日的权益，所述申请的公开内容通过引用整体结合于此。

背景技术

组织病理学是指对各种形式的生物样品进行显微镜检查。具体地，在临床医学中，组织病理学是指在活组织检查或手术样品已被处理并将组织学切片置于玻璃样本载玻片上之后由病理学家对所述样品进行的检查。细胞病理学是病理学的一个分支，其在细胞水平上研究和诊断疾病。它通常用于辅助诊断癌症，而且也有助于诊断某些传染病和其他炎性症状，以及甲状腺病变、涉及无菌体腔(腹膜、胸膜和脑脊髓)和大范围的其他身体部位的疾病。细胞病理学通常用于游离细胞或组织碎片的样品(与研究整个组织的组织病理学相反)。

在过去，实验室技术人员或病理学家通常手动地对生物样品执行检查。在手动方法中，在显微镜下以低放大倍率观察用生物样品制备的载玻片以目视定位候选的感兴趣细胞。然后以较高放大倍率观察载玻片上感兴趣细胞所在的那些区域，以确认那些对象为感兴趣细胞，诸如肿瘤或癌细胞。此过程不仅麻烦，而且耗时。通过使用数字图像(即，包含已被数字化的染色生物样品的载玻片的拍摄图像或扫描图像)，此手动过程已得到改善。通常使用显微镜和专用成像硬件获得生物样品的高分辨率数字图像。

相信获得数字样本图像已深刻影响了病理学领域。使用数字图像数据使技术人员或病理学家从某些与物理处理玻璃样本载玻片和手动操作光学仪器相关的任务中解脱出来。另外，数字图像的使用允许对处理和操纵图像进行自动化过程。许多组织机构都被数字病理学系统所吸引，将其作为一种提高生产力和效率的方法，最终改善治疗决策和患者护理。

数字病理学涉及将整个组织病理学或细胞病理学玻片扫描成可在计算机屏幕上解释的数字图像。这些图像随后由成像算法处理或由病理学家解释。为了检查生物样品，使用选择性结合细胞成分的有色组织化学染色剂制备组织切片。病理学家或计算机辅助诊断算法使用颜色增强或染色的细胞结构来识别疾病的形态学标记，并相应地进行治疗。观察所述测定可以实现多种过程，包括疾病诊断、对治疗反应的评估、以及研发抗击疾病的新药物。

发明内容

在本公开文本的一方面中，一种利用载玻片扫描装置获取生物样品的高分辨率图像(例如具有适用于病理学家查看和分析的分辨率的那些图像)的方法，所述方法包括：(i)显示多个非重叠占位符，每个占位符对应于插入所述载玻片扫描装置中的载玻片托盘的载玻片位置，其中每个占位符具有适于传达图像数据的第一部分和适于传达一个或多个数据字段的第二部分；(ii)至少用扫描操作状态信息填充所述多个占位符的每一者的所述第二部分；(iii)利用位于所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处的所述生物样品的预览扫描图像来填充所述多个占位符中的至少一者的所述第一部分；以及(iv)基于接收到的与一个或多个选定的用户接口元素相对应的输入信号，生成至少一个高分辨率扫描图像。在一些实施方案中，所述预览扫描图像是缩略图图像。在一些实施方案中，所述预览扫描图像是高分辨率扫描图像。

在一些实施方案中，基于接收到的与一个或多个选定的用户可配置扫描设置相对应的输入信号生成所述至少一个高分辨率扫描图像。在一些实施方案中，所述一个或多个选定的用户接口元素对应于所述一个或多个选定的用户可配置扫描设置。在一些实施方案中，所述一个或多个选定的用户可配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)可配置扫描参数。在一些实施方案中，对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下至少一项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域以及删除感兴趣区域。在一些实施方案中，可配置扫描参数包括以下至少一者：聚焦方法、感兴趣区域检测方法(“AOI”检测方法)、放大倍率、聚焦层数以及聚焦层间距。在一些实施方案中，所述可配置扫描参数进一步包括标签匿名化。

在一些实施方案中，扫描操作状态信息和初始扫描参数(即，用于获取预览扫描图像的扫描参数)都显示所述在多个占位符的所述第二部分中。在一些实施方案中，当在所述载玻片托盘中的所述对应位置没有载玻片时，填充在所述占位符的所述第二部分中的所述扫描操作状态信息是空状态字段。在一些实施方案中，自动生成填充到所述多个占位符中的所述至少一者的所述第一部分的所述预览扫描图像，并且其中使用预先编程的扫描设置来获取所述自动生成的预览扫描图像。在一些实施方案中，所述预编程的扫描设置包括聚焦方法和感兴趣区域检测方法中的至少一者。

在一些实施方案中，所述扫描操作状态信息包括字母数字指示、动画和/或彩色标记中的至少一者。在一些实施方案中，为所述多个占位符中的任何单个占位符显示的所述彩色标记基本上与所述对应的单个状态指示灯的颜色相匹配。在一些实施方案中，所述载玻片扫描仪装置包括具有多个状态指示灯的外部面板，每个状态指示灯对应于所述多个占位符中的一者。在一些实施方案中，所述方法进一步包括自动识别载玻片标签信息，并将所识别的载玻片标签信息填充到一个或多个元数据字段中。在一些实施方案中，所述一个或多个元数据字段是DICOM属性。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括评估所述多个占位符中的至少一者内的所述预览扫描图像是否满足预定标准。在一些实施方案中，对所述预览扫描图像的所述评估包括查看所述预览扫描图像的至少一个放大部分的焦点质量或图像对比度。在一些实施方案中，所述方法进一步包括显示叠加窗口，所述叠加窗口包括对填充到所述多个占位符中的所述至少一者的所述第一部分中的所述预览扫描图像的放大部分的渲染。在一些实施方案中，对所述预览扫描图像的所述放大部分的所述渲染对应于使用输入装置选择的图像区域。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括将感兴趣区域叠加在填充到所述多个占位符中的所述至少一者的所述第一部分中的所述预览扫描图像上方。在一些实施方案中，在所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处利用所述生物样品的预览扫描图像依次填充所述多个占位符中的每一者，并且其中所述扫描操作状态信息被实时或基本上实时更新。在一些实施方案中，所述方法进一步包括接收载玻片托盘插入信号，所述载玻片托盘插入信号包括对所述载玻片托盘内的载玻片位置的数量的指示，并且其中基于载玻片位置的指示数量来确定要显示的所述多个非重叠占位符的数量。

在本公开文本的另一方面中，一种用于生成高分辨率图像扫描的系统，所述系统包括：(i)一个或多个处理器；以及(ii)联接到所述一个或多个处理器的一个或多个存储器，所述一个或多个存储器存储计算机可执行指令，所述计算机可执行指令在由所述一个或多个处理器执行时使所述系统执行包括以下各项的操作：显示具有多个载玻片位置的载玻片托盘的表示，其中所述表示包括多个占位符，每个占位符对应于所述多个载玻片位置中的一者；利用从扫描装置接收的扫描操作状态信息填充所述多个占位符中的每一者；利用从所述扫描装置接收的生物样品的扫描图像依次填充所述占位符中的每一者；以及将信号传输到所述扫描装置，以基于一个或多个选定的用户可配置扫描设置实现对位于所述载玻片托盘的一个或多个载玻片位置处的一个或多个显微镜载玻片的扫描。在一些实施方案中，所述生物样品的所述扫描图像是缩略图图像。在一些实施方案中，所述生物样品的所述扫描图像是高分辨率图像。

在一些实施方案中，所述系统进一步包括用于显示所述扫描图像中的至少一者的放大部分的指令。在一些实施方案中，所述放大部分显示在叠加查看器窗口中。在一些实施方案中，所述一个或多个选定的用户可配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)可配置扫描参数。在一些实施方案中，对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下至少一项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域和/或删除感兴趣区域。在一些实施方案中，可配置扫描参数至少包括聚焦方法、AOI检测方法、放大倍率、聚焦层数和/或聚焦层间距。在一些实施方案中，所述扫描操作状态信息包括字母数字指示、动画和/或彩色标记中的至少一者。在一些实施方案中，所述扫描装置包括具有多个状态指示灯的外部面板，每个状态指示灯对应于所述多个占位符中的一者。在一些实施方案中，为所述多个占位符中的任何单个占位符显示的所述彩色标记基本上与所述对应的单个状态指示灯的颜色相匹配。在一些实施方案中，所述系统进一步包括用于自动识别所述扫描图像内的载玻片标签信息并将所述载玻片标签信息填充到一个或多个元数据字段中的指令。在一些实施方案中，所述一个或多个元数据字段是DICOM属性。

在本公开文本的一方面中，一种存储用于利用载玻片扫描装置生成高分辨率图像扫描的指令的非暂态计算机可读介质，所述非暂态计算机可读介质包括：显示多个非重叠占位符，每个占位符对应于插入所述载玻片扫描装置中的载玻片托盘的载玻片位置，其中每个占位符具有适于传达图像数据的第一部分和适于传达一个或多个数据字段的第二部分；至少用扫描操作状态信息填充所述多个占位符的每一者的所述第二部分；以及利用位于所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处的所述生物样品的预览扫描图像来填充所述多个占位符中的至少一者的所述第一部分。

在一些实施方案中，所述非暂态计算机可读介质进一步包括用于基于接收到的与一个或多个选定的用户可配置扫描设置相对应的输入信号生成所述至少一个高分辨率扫描图像的指令。在一些实施方案中，提供指令以在将所述载玻片托盘插入所述载玻片扫描装置时自动发起扫描操作。在一些实施方案中，所述自动发起的扫描操作利用预设扫描设置。在一些实施方案中，所述预设扫描设置包括聚焦方法和感兴趣区域检测方法中的至少一者。

在本公开文本的另一方面中，一种利用扫描装置获取设置在基底上的生物样品的高分辨率扫描的方法，所述方法包括：在图形用户接口上接收与用户可配置扫描设置相对应的第一用户输入；在图形用户接口上接收第二用户输入以基于所接收到的与所述用户可配置扫描设置相对应的一系列用户输入来发起扫描；以及在所述图形用户接口上至少显示一个或多个占位符的可视化，所述一个或多个占位符填充有(i)扫描操作状态信息、(ii)图像数据和/或(iii)至少一部分所述用户可配置扫描设置中的一者或多者。在一些实施方案中，所述方法进一步包括接收第三用户输入以存储所述图像数据。在一些实施方案中，对所述图像数据的所述存储进一步包括在存储之前生成所述图像数据的高分辨率扫描。在一些实施方案中，所述方法进一步包括接收第四用户输入以基于与用户可配置扫描设置相对应的修正的一系列用户输入来重新扫描图像数据。

申请人已经开发了一种系统，所述系统促进载有样本的载玻片的有效准确扫描。所述系统包括新颖的用户接口，所述用户接口允许用户在查看一个或多个预览扫描图像(即，可以具有任何分辨率的初始扫描图像，包括但不限于缩略图图像、低分辨率图像或高分辨率图像)、扫描操作状态信息和/或已应用的扫描设置之后选择或修改可配置扫描设置(例如，用户可配置扫描参数和/或预先计算的感兴趣区域)。因此，所述系统和伴随方法允许用户动态地改变用户可配置扫描设置，同时被提供实时图像数据、扫描操作状态数据和扫描设置信息，使得可以获取满足某些标准或目标(例如，病理学家偏好、测定或方案要求等)的最终扫描。申请人认为，本文公开的系统和方法促进提高扫描速度和提高图像数据的采集效率。申请人进一步提出，本文公开的系统和方法能够提高显微镜载玻片的扫描准确度。

附图说明

为了全面理解本公开的特征，参考了附图。在附图中，始终使用相同的附图标记来标识相同的要素。

图1A示出了根据一些实施方案的扫描系统，所述扫描系统包括具有一个或多个处理器的计算机以及扫描装置，其中计算机和扫描装置诸如通过网络通信地联接。

图1B示出了根据一些实施方案的扫描系统，所述扫描系统包括处理子系统、扫描装置、存储子系统、输出装置和输入装置，所述部件中的每一者通过总线、网络或其他有线或无线互连件可通信地联接。

图2A阐述了示出根据一些实施方案的使用扫描装置生成设置在基底(例如，显微镜载玻片)上的生物样品的高分辨率扫描的步骤的流程图。

图2B阐述了示出根据一些实施方案的扫描装置与处理子系统之间的数据交换的流程图，所述处理子系统向用户提供反馈并且进一步使得系统用户能够修改扫描设置，使得生成具有用户可配置属性的高分辨率扫描。

图2C阐述了示出根据一些实施方案的接收数据(诸如图像数据或扫描操作状态数据)并向用户接口提供此类接收到的数据以便促进对图像数据的查看和对扫描设置的任选调整的步骤的流程图。

图2D阐述了根据一些实施方案的示出诸如经由用户接口确定图像数据是否满足预定标准的步骤和经由用户接口调整扫描设置并存储任何生成的高分辨率扫描的步骤的流程图。

图2E阐述了示出根据一些实施方案的修改用户可配置扫描参数和/或预先计算的感兴趣区域以及随后使用选定的用户可配置扫描参数和/或修改的感兴趣区域来重新扫描样品的步骤的流程图。

图3A示出了根据一些实施方案的具有三个载玻片位置的载玻片托盘。

图3B示出了根据一些实施方案的具有六个载玻片位置的载玻片托盘。

图4A示出了根据一些实施方案的包括具有三个离散占位符的表示的用户接口，每个占位符表示具有总共三个载玻片位置的载玻片托盘中的载玻片位置，并且其中在用户接口内显示的每个占位符对应于载玻片托盘中的对应载玻片位置。

图4B示出了根据一些实施方案的包括具有六个离散占位符的表示的用户接口，每个占位符表示具有总共六个载玻片位置的载玻片托盘中的载玻片位置，并且其中在用户接口内显示的每个占位符对应于载玻片托盘中的对应载玻片位置。

图5A示出了用户接口，所述用户接口阐释具有三个载玻片位置的载玻片托盘的表示，所述表示包括三个占位符；其中第一占位符被示出为包括缩略图图像扫描和缩略图图像扫描完成的指示，以及用于生成缩略图图像扫描的扫描设置；而第二占位符和第三占位符显示扫描操作状态信息和用于生成相应的缩略图图像扫描和/或高分辨率图像扫描的扫描设置。

图5B示出了根据一些实施方案的用户接口，所述用户接口阐述具有三个载玻片位置的载玻片托盘的表示，所述表示包括三个占位符；其中第一占位符被示出为包括缩略图图像和附加信息，所述附加信息包括(i)缩略图图像扫描完成的指示以及(ii)用于生成缩略图图像扫描的扫描设置；第二位置示出另一个缩略图图像扫描以及正在主动扫描高分辨率图像的指示以及用于扫描操作的扫描设置；并且第三占位符示出了缩略图图像扫描完成以及缩略图图像数据和用于生成扫描的扫描设置。

图5C示出了根据一些实施方案的用户接口，所述用户接口阐释具有六个载玻片位置的载玻片托盘的表示，所述表示包括六个占位符；其中第一占位符被示出为包括缩略图图像和高分辨率图像扫描完成的指示，以及用于生成高分辨率图像扫描的扫描设置；第二占位符示出缩略图扫描完成以及缩略图图像数据和用于生成缩略图图像扫描的扫描设置；第三占位符、第四占位符、第五占位符和第六占位符显示扫描操作状态信息和用于生成缩略图图像扫描和/或高分辨率图像扫描的扫描设置。

图5D示出了用户接口，所述用户接口阐述具有六个载玻片位置的载玻片托盘的表示，所述表示包括六个占位符，其中所有六个占位符指示图像扫描(例如，高分辨率图像扫描或缩略图图像扫描)已完成以及对所获取的图像数据和所利用的扫描设置的可视化。根据一些实施方案，还示出了每个扫描载玻片的标签部分，所述标签部分包括载玻片标签信息，诸如条形码和/或字母数字信息。

图5E示出了用户接口，所述用户接口阐述具有六个载玻片位置的载玻片托盘的表示，所述表示包括六个占位符，其中所有六个占位符包括缩略图图像扫描和扫描操作状态。值得注意的是，根据一些实施方案，第二占位符指示基于选定扫描设置(例如，对40X放大倍率和间隔0.2微米的多个聚焦层的选择)开始扫描(即，正在生成高分辨率图像扫描)。

图6阐述了根据一些实施方案的指示以下各个步骤的工作流程：生成对设置在基底(例如，显微镜载玻片)上的生物样品的高分辨率扫描，所述步骤包括接收扫描装置已接收基底的信号、发送信号以发起扫描、接收扫描数据(包括图像和状态数据)、显示图像数据；基于选定扫描设置发送信号以发起重新扫描和/或发送信号以存储所生成的高分辨率图像扫描。

图7提供了示出根据一些实施方案的将信号发送到扫描装置和/或用户输入装置并从其中接收信号的流程图。

具体实施方式

还应该理解，除非明确指出相反的情况，否则在本文要求保护的包括多于一个步骤或动作的任何方法中，该方法的步骤或动作的顺序不一定限于该方法的步骤或动作被叙述的顺序。

如本文所使用的，单数术语“一个”、“一种”以及“该”包括复数个指示物，除非上下文中另外明确指示。类似地，词语“或”旨在包括“和”，除非上下文中另外明确指示。术语“包括”被定义为包含性的，使得“包括A或B”是指包括A、B或A和B。

如本说明书和权利要求书中所用的，“或”应被理解为与如上所定义的“和/或”具有相同含义。例如，在将所列项目分开时，“或”或“和/或”应解释为包容性的，即包括所列元素中的多个元素或至少一个元素，但也包括一个以上元素，以及(可选地)其他未列出的项目。只有明确指示相互矛盾，否则诸如“只有一个”或“恰好一个”或者在权利要求中使用时“由……组成”将指代恰好包括许多元件或元件列表中的一个元件。一般而言，如本文中所使用的术语“或”之后有诸如“两者之一”、“中的一个”、“中的仅一个”或“中的恰好一个”之类的排他性术语时仅应被解释为指示排他性备选方案(即，“一个或另一个但不是两个”)。“基本上由……组成”在权利要求中使用时它的普通意义如同在专利法领域中使用的那样。

术语“包括”、“包含”、“具有”等可互换地使用并且具有相同的含义。类似地，术语“包括”、“包含”、“具有”等可互换地使用并且具有相同的意思。具体而言，每个术语的定义与美国专利法中“包括”的一般定义一致，因此被解释为一个开放式术语，意思是“至少以下”，并且也被解释为不排除附加的特征、限制、方面等。因此，例如，“具有部件a、b和c的装置”意味着该装置至少包括部件a、b和c。类似地，短语“涉及步骤a、b和c的方法”意味着该方法至少包括步骤a、b和c。此外，尽管本文中可以特定顺序概述步骤和过程，但是本领域技术人员将认识到，排序步骤和过程可以变化。

如本说明书和权利要求书中所使用的，关于一个或多个元件的列表，短语“至少一个”应被理解为表示选自元件列表中的任何一个或多个元件的至少一个元件，但不一定包括元件列表中具体列出的每个元件中的至少一个元件，并且不排除元件列表中元件的任何组合。该定义还允许可选地存在除在短语“至少一个”所指代的元件列表内具体表示的元件之外的元件，而无论是与具体表示的那些元件相关还是不相关。因此，作为非限制性示例，“A和B中的至少一者”(或等同地，“A或B中的至少一者”，或等效地“A和/或B中的至少一者”)在一个实施方案中可以指代至少一个A，可选地包括一个以上A，而不存在B(并且可选地包括除B之外的元件)；在另一个实施方案中，指代至少一个B，可选地包括一个以上B，而不存在A(并且可选地包括除A之外的元件)；在又一个实施方案中，指代至少一个A，可选地包括一个以上A和至少一个B，可选地包括一个以上B(和可选地包括其他元件)；等等。

如本文中所使用的，短语“感兴趣区域”意指可以自动或手动选择进行扫描或者已经被扫描的载玻片的区域。

如本文所用，术语“生物样品”或“组织样品”指从包括病毒在内的任何生物体获取的包括生物分子(如蛋白质、肽、核酸、脂质、碳水化合物或其组合)的任何样品。生物的其他示例包括哺乳动物(诸如人类；兽类，诸如猫、狗、马、牛和猪；以及实验动物，诸如小鼠、大鼠和灵长类动物)、昆虫、环节动物、蛛形纲动物、有袋动物、爬行动物、两栖动物、细菌和真菌。生物样品包括组织样品(例如组织切片和组织的针活检)，细胞样品(例如细胞学涂片，例如巴氏涂片或血液涂片或通过显微切割获取的细胞样品)，或细胞组分、片段或细胞器(例如通过裂解细胞并通过离心或其他方式分离它们的组分获取的)。生物样品的其他示例包括血液、血清、尿液、精液、粪便、脑脊液、间质液、粘液、泪液、汗液、脓、活检组织(例如，通过外科活组织检查或针活组织检查获取的)、乳头抽吸物、耳垢、乳汁、阴道液、唾液、拭子(例如口腔拭子)，或任何包含来自第一生物样品的生物分子的材料。在某些实施方案中，本文使用的术语“生物样品”指从肿瘤制备的样品(例如均质或液化样品)或从受试者获取的肿瘤的一部分。

如本文中所使用的，术语“图像数据”、“扫描图像数据”等包括诸如通过光学传感器或传感器阵列从生物组织样品采集的原始图像数据、或预处理的图像数据。具体地，图像数据可以包括像素矩阵。

如本文所用，术语“图像”、“图像扫描”或“扫描图像”包括从生物组织样品采集的原始图像数据，例如通过光学传感器或传感器阵列、或预处理图像数据。

如本文所使用的，术语“载玻片”是指其上放置有生物样品以进行分析的任何合适尺寸的任何基底(例如，全部或部分由玻璃、石英、塑料、硅等制成的基底)，并且尤其是“显微镜载玻片”，诸如标准的3英寸乘1英寸的显微镜载玻片或标准的75mm乘25mm的显微镜载玻片。可以放置在载玻片上的生物样品的例子包括但不限于细胞学涂片、薄组织切片(诸如来自活组织检查的样品)和生物样品阵列，例如组织阵列、细胞阵列、DNA阵列、RNA阵列、蛋白质阵列或它们的任何组合。因此，在一个实施方案中，组织切片、DNA样品、RNA样品和/或蛋白质被放置在载玻片上的特定位置。在一些实施方案中，术语载玻片可以指SELDI和MALDI芯片，以及硅晶片。

如本文中所使用的，本文所用的术语“染色”或“给...染色”等通常是指检测和/或区分生物样品中的特定分子(诸如脂质、蛋白质或核酸)或特定结构(例如正常或恶性细胞、细胞质溶胶、核、高尔基体或细胞骨架)的存在、位置和/或含量(诸如浓度)的生物样品的任何处理。例如，染色可提供特定分子或特定细胞结构与生物样品周围部分之间的对比，并且染色强度可提供样品中特定分子量的量度。染色不仅可以用明场显微镜，也可以用其他观察工具，如相差显微镜、电子显微镜和荧光显微镜，来帮助观察分子、细胞结构和生物体。系统进行的一些染色可用于可视化细胞轮廓。系统进行的其他染色可能依赖于某些细胞成分(如分子或结构)被染色，而不会或几乎不会对其他细胞成分进行染色。由系统执行的染色方法类型的例子包括但不限于组织化学方法、免疫组织化学方法和基于分子间反应(包括非共价结合相互作用)的其他方法，例如核酸分子间的杂交反应。特定的染色方法包括但不限于主染色方法(例如，H&E染色、Pap染色等)、酶联免疫组织化学方法、以及原位RNA和DNA杂交方法，诸如荧光原位杂交(FISH)。

如本文中所使用的，术语“用户接口”是指使得用户(例如组织学家、细胞学家、病理学家等)能够输入命令和数据并接收结果的程序。在一些实施方案中，用户接口是图形用户接口(GUI)。术语“用户接口”和“图形用户接口”在本文中可互换使用。

如本文中进一步详细描述的，本公开文本根据用户(例如，技术人员、组织学家、细胞学家、病理学家等)的需求或偏好或者针对特定测定或评分方法确立的要求而促进对诸如来自设置在基底上的生物样品的扫描的图像数据的采集和/或处理。相信所公开的用户接口和与用户接口交互的方法能够使得系统的用户进行有效的工作流程。

图1A阐述了包括与处理子系统102通信地联接的扫描装置110的扫描系统100(例如，用于数字病理学的扫描系统)。扫描装置110可以直接(例如，通过一根或多根通信电缆)或通过一种或多种有线和/或无线网络联接到处理子系统102。在一些实施方案中，处理子系统102可以被包括在扫描装置110中或与其集成。处理子系统102可以包括显示器108和用于从用户接收命令的一个或多个输入装置(未示出)。在一些实施方案中，处理子系统102或扫描装置110可以联接到网络，其中所述网络可以包括或联接到其中可以存储图像数据和/或患者信息以供后续查看和/或使用的存储系统。在一些实施方案中，用户接口由处理子系统102渲染并且被设置在显示器108上，以便于从扫描装置110采集图像数据以及对图像数据的后续评估，其中用户接口的元素可以向用户提供关于扫描装置110正在执行的任何扫描操作的状态。用户接口还可以提供对用户可配置扫描设置的选择，使得可以根据用户输入来命令扫描操作。

图1B是根据本公开文本的实施方案的扫描系统100的框图。可以使用任何类型的用户可操作的计算装置来实施扫描系统100，所述计算装置包括台式计算机、膝上型计算机、平板计算机、手持装置(例如，智能电话、媒体播放器)等等。系统100可以包括多个互连部件，诸如处理子系统102、存储子系统104、用户输入装置106、显示器108、扫描装置110和经由总线114进行通信的网络接口112，如下面更详细地讨论的。

处理子系统102可以包括可以具有一个或多个核的单个处理器，或者各自具有一个或多个核的多个处理器。在一些实施方案中，处理子系统102可以包括一个或多个通用处理器(例如，CPU)、专用处理器(诸如图形处理器(GPU))数字信号处理器、或这些和其他类型的处理器的任意组合。在一些实施方案中，可以使用诸如专用集成电路(ASIC)或现场可编程门阵列(FPGA)之类的定制电路来实施处理子系统中的一些或所有处理器。在一些实施方案中，此类集成电路执行存储在电路本身上的指令。在其他实施方案中，处理子系统102可以检索并执行存储在存储子系统104中的指令。例如，处理子系统可以执行指令以接收和处理来自扫描装置110的图像数据，以显示具有可选扫描设置的用户接口等。

存储子系统104可以包括各种存储器单元，诸如系统存储器、只读存储器(ROM)和永久存储装置。ROM可以存储处理子系统102和扫描系统100的其他模块所需的静态数据和指令。永久存储装置可以是读写存储器装置。该永久存储装置可以是即使在扫描系统100断电时也存储指令和数据的非易失性存储器单元。在一些实施方案中，大容量存储装置(诸如磁盘或光盘或闪存)可以用作永久存储装置。其他实施方案可以使用可移动存储装置(例如，闪盘驱动器)作为永久存储装置。系统存储器可以是读写存储器装置或易失性读写存储器，诸如动态随机存取存储器。系统存储器可以存储处理器在运行时所需的部分或全部指令和数据。

存储子系统104可以包括非暂态计算机可读存储介质的任意组合，包括各种类型的半导体存储器芯片(DRAM、SRAM、SDRAM、闪存、可编程只读存储器)等等。也可以使用磁盘和/或光盘。在一些实施方案中，存储子系统104可包括可读取和/或可写入的可移动存储介质；此类介质的例子包括光盘(CD)、只读数字多功能光盘(例如，DVD-ROM、双层DVD-ROM)、只读和可记录

磁盘、超密度光盘、闪存卡(例如，SD卡、小型SD卡、微型SD卡等)等等。在一些实施方案中，数据和其他信息可以存储在一个或多个远程位置(例如，云存储)中，并且与系统100的其他部件同步。

在一些实施方案中，存储子系统104可以存储要由处理子系统102执行的一个或多个软件程序，诸如扫描接口应用程序120或图像查看器应用程序。“软件”通常是指指令序列，所述指令序列在由处理子系统102执行时使扫描系统100执行各种操作，因此定义执行(execute/perform)软件程序的操作的一种或多种特定机器实施方式。因此，“软件”还可以包括固件或嵌入式应用程序或处理子系统102可读和可执行的任何其他类型的指令。软件可以被实施为单个程序或根据需要交互的单独程序或程序模块的集合。在一些实施方案中，程序和/或数据可以存储在非易失性存储装置中，并且在程序执行期间全部或部分复制到易失性工作存储器。处理子系统102可以从存储子系统104中检索要执行的程序指令和要处理的数据，以便执行包括以下描述的操作的各种操作。软件的例子包括但不限于扫描接口软件(例如，选择用于扫描的设置并使得能够采集扫描图像数据)和图像查看器软件(例如，查看和/或分析扫描图像数据)。

可以将用户接口提供给显示装置108和/或一个或多个其他用户输出装置(未示出)。输入装置106可以包括用户可以经由其向扫描系统100提供信号的任何装置；扫描系统100可以将所述信号解释为指示特定用户请求或信息。例如，并且如本文中进一步公开的，用户可以选择在用户接口内显示的某些用户可配置扫描设置，由此由所述选择生成的信号可以使扫描装置110基于选定配置设置来捕获图像数据。在各种实施方案中，输入装置106可以包括键盘触摸板、触摸屏(例如，显示器108的显示表面上的触敏覆盖物)、鼠标或其他定点装置、滚轮、点击式转盘、拨盘、按钮、开关、小键盘、麦克风等等中的任一者或全部。

显示器108可以显示由扫描系统100生成的图像，并且可以包括各种图像生成技术，例如，阴极射线管(CRT)、液晶显示器(LCD)、包括有机发光二极管(OLED)的发光二极管(LED)、投影系统等，以及支持电子器件(例如，数模转换器或模数转换器，信号处理器等)。一些实施方案可以包括既充当输入装置又充当输出装置的装置，诸如触摸屏。在一些实施方案中，作为显示器108的补充或替代，可以提供其他用户输出装置。例子包括存在于扫描装置110上的指示灯、扬声器、触觉“显示”装置、打印机等等。

在一些实施方案中，扫描装置110可以包括多个指示灯或状态灯，所述指示灯或状态灯能够显示多种颜色，诸如第一颜色、第二颜色、第三颜色和第四颜色，或者不显示任何颜色(即，状态指示灯可能保持明亮或不亮)。在一些实施方案中，扫描装置110同时向指示灯或状态灯以及处理子系统102提供信号，使得可以通过在扫描装置110本身上和/或在如本文所提供的用户接口内的标记同期地对扫描操作状态进行可视化。通过这种方式，可以向系统100的用户提供多个反馈源。在一些实施方案中，多个反馈源基本上彼此同步，从而实现身临其境的用户体验。

在一些实施方案中，用户接口可以提供图形用户接口，其中显示器108的某些区域中的可见图像元素被定义为用户使用用户输入装置106选择的活动元素或控制元素。例如，用户可以操纵用户输入装置106以将屏幕上光标或指针定位在控制元素上方，然后“点击”按钮以指示选择(所述选择发送信号以执行指定的动作或例程)。例如，用户可以操纵用户输入装置106以在用户接口内选择将实现扫描操作的发起、停止扫描操作、弹出载玻片托盘、启动查看器模块134或其他查看器软件、发起感兴趣区域调整的图标。在一些实施方案中，此类元素沿着“菜单栏”布置，并且在一些实施方案中，如同动作或例程一样被分组在一起(例如，扫描操作动作被分组在一起，查看器动作被分组在一起等)。

同样，用户可以操纵用户输入装置106以便与一系列用户可配置选项(图标、按钮、上下文菜单、下拉菜单、拨动开关等)进行交互以便定义用户可配置扫描设置的集合，所述用户可配置扫描设置在被选择时将允许使用选定扫描设置开始一项或多项扫描操作。在一些实施方案中并且如本文中进一步描述的，可以利用用户输入装置106，使得利用输入装置106选择用户可配置扫描设置，使得在扫描操作期间利用扫描装置110获取的图像符合用户偏好或者用于执行或分析特定生物样品所需的标准。

替代地，用户可以(例如，用手指或光笔)触摸在触摸屏装置上的控制元素。在一些实施方案中，用户可以说出与控制元素相关联的一个或多个单词(所述单词可以是例如所述元素上的标识符或与所述元素相关联的功能)。在一些实施方案中，触敏装置上的用户手势可以被识别并解释为输入命令；这些手势可以但不必与显示器108上的任何特定区域相关联。也可以实施其他用户接口。

扫描装置110可以从安装在基底上的样品(例如，设置在显微镜载玻片上的生物样品)收集图像数据。扫描装置110可以包括但不限于一个或多个图像捕获装置。图像捕获装置可以包括但不限于相机(例如，模拟相机、数字相机等)、光学器件(例如，一个或多个透镜、传感器聚焦透镜组、显微镜物镜等)、成像传感器(例如，电荷联接装置(CCD)、互补金属氧化物半导体(CMOS)图像传感器等)、胶片等。在数字实施方案中，图像捕获装置可以包括协作以证明即时聚焦的多个透镜。图像传感器(例如，CCD传感器)可以捕获样品的数字图像。在一些实施方案中，扫描装置110还包括将信号(诸如包括图像数据、扫描操作状态数据和/或载玻片托盘插入信号的信号)发送到其他系统部件的能力。扫描装置110可以从处理子系统102接收信号，使得可以根据用户可配置扫描设置来发起或停止扫描，并且使得可以通过在用户接口内选择元素来执行载玻片托盘弹出。

在一些实施方案中，扫描装置110包括线扫描检测器。在一些实施方案中，扫描装置110包括成像透镜，所述成像透镜将源自位于载玻片上的样品的光聚焦到线扫描检测器上。由于检测器是线扫描检测器，因此图像区域是在宽度方向5(x轴)上延伸的细长区域。在一些实施方案中，条带限定了可以由垂直于扫描方向的传感器成像的组织的宽度。在20x放大倍率下，标准扫描模式下的条带宽度为约1.2mm。在40x放大倍率下，条带宽度大约为1mm。在一些实施方案中，可以通过由用户接口呈现的用户可配置扫描设置来设定线扫描操作的参数。

成像透镜和线扫描检测器一起构成扫描装置110的成像系统。在一些实施方案中，为了在位于载玻片上的大面积样品上产生扩展图像，(通过移动载玻片安装装置)使载玻片相对于成像透镜和线扫描检测器在扫描长度方向(y轴)上移动。在这种意义上，载玻片上的样品被线扫描检测器“扫描”。PCT公开第WO/2017/097950号公开了其他线扫描检测器及其使用方法，所述PCT公开的公开内容通过引用整体结合于此。

网络接口112可以为扫描系统100提供数据通信能力。在一些实施方案中，网络接口112可以包括用于(例如，使用蜂窝电话技术，诸如3G、4G或EDGE之类的高级数据网络技术、WiFi(IEEE 802.11家族标准)访问无线语音和/或数据网络的射频(RF)收发器部件、或其他移动通信技术或它们的任意组合、GPS接收器部件和/或其他部件的射频(RF)收发器部件。在一些实施方案中，作为无线接口的补充或替代，网络接口112可以提供有线网络连接性(例如，以太网)。可以使用硬件(例如，天线、调制器/解调器、编码器/解码器和其他模拟和/或数字信号处理电路)和软件部件的组合来实施网络接口112。

总线114可以包括通信地连接扫描系统100的许多部件的各种系统总线、外围总线和芯片组总线。例如，总线114可以将处理子系统102与存储子系统104通信地联接。同样，总线114可以将扫描装置(以及设置在其中的任何子系统)通信地联接到处理系统子系统102。总线114也可以连接到输入装置106和显示器108。总线114还可以通过网络接口112将处理子系统102联接到网络。通过这种方式，扫描系统100可以连接到多个计算机系统的网络(例如，局域网(LAN)、广域网(WAN)、内联网或网络的网络，诸如因特网)。扫描系统100的任何或所有部件可以结合本公开文本使用。

一些实施方案包括将计算机程序指令存储在计算机可读存储介质中的电子部件，诸如微处理器、存储装置和存储器。本文描述的许多特征可以被实施为过程，所述过程被指定为编码在计算机可读存储介质上的程序指令集合。当这些程序指令由一个或多个处理单元执行时，它们使一个或多个处理单元执行程序指令中指示的各种操作。程序指令或计算机代码的例子包括诸如由编译器产生的机器代码，以及包括由计算机、电子部件或微处理器使用解释器执行的高级代码的文件。

通过适当编程，处理子系统102可以为扫描系统100提供各种功能性。例如，处理子系统102可以执行具有用户接口的扫描接口应用程序120；或者可以执行查看器应用程序，从而查看、分析和/或注释所显示或存储的图像和/或元数据。扫描接口应用程序120可以提供各种功能性，诸如从扫描装置110中检索内容并显示所述内容(例如，图像数据、扫描仪操作状态信息)的能力；或命令扫描装置使用用户可配置扫描设置执行扫描操作并将在扫描操作期间获取的所得图像数据(例如，预览扫描、高分辨率扫描等)发送到例如处理子系统102、存储子系统104和/或网络接口112的能力。另外，扫描接口应用程序120可以从存储子系统104中检索内容和显示所述内容(例如，存储的图像数据和/或患者数据)，并且还提供接收和解释与内容项(例如，对图像或图像系列或其任何部分的选择以供查看，包括使用查看器模块134在扫描接口应用程序中查看，或在单独的图像查看、注释和分析软件应用程序中查看)有关的用户输入的能力。

在一些实施方案中，扫描接口应用程序120结合了各种互操作模块(例如，代码块)，所述互操作模块在由处理子系统102内的一个或多个处理器执行时实施扫描接口操作的各方面。例如，扫描接口120可以包括内容预取器122、内容渲染器124、接口模块126、GUI渲染器128、UI解释器130、OCR/解码器模块132和查看器模块134。

在一些实施方案中，内容预取器122可以包括用于与扫描装置110或网络接口112交互以预取或以其他方式检索内容项(例如，扫描图像数据、状态数据等)的指令。在一些实施方案中，内容渲染器124可以包括用于解释预取的内容项并渲染诸如生物样品的扫描图像之类的可显示图像的指令。在一些实施方案中，内容渲染器124还可以例如通过对所获取的扫描图像进行任何预处理来处理所收集的数据。在一些实施方案中，接口模块126包括用于控制扫描装置110的操作使得可以根据用户可配置扫描设置(例如，焦点、扫描体积、感兴趣区域、放大倍率等)获得一个或多个生物样品的扫描图像的指令。

在一些实施方案中，GUI渲染器128创建将与由内容渲染器124或其他系统模块渲染的内容项一起呈现给用户的图形用户接口(GUI)元素。GUI渲染器128可以包括定义GUI元素的位置和外观的代码，诸如菜单栏、查看器窗口覆盖物、扫描参数配置面板、弹出菜单等。在一些实施方案中，GUI渲染器128可以结合有从接口模块126提供到一些或全部GUI元素中的扫描图像数据(例如，可以在用户接口内的占位符内显示扫描的生物样品的实际图像等)。同样，GUI渲染器128可以结合有来自接口模块126的状态信息，以便向用户直观地提供任何扫描操作的状态(即，随着扫描装置110接收扫描操作状态信息，可以将扫描操作状态信息诸如实时填充到适当占位符的各部分中)。GUI渲染器128还可以提供工作空间，使得用户可以与系统100交互和/或控制扫描装置110的操作。在诸如图4A至图4B所描绘的一些实施方案中，工作空间包括：(i)载玻片托盘中的载玻片位置400的表示，载玻片位置400各自适于在第一占位符部分401中传达图像数据和/或在第二占位符部分402中传达一个或多个数据字段(例如，扫描状态数据字段)；(ii)允许选择用户可配置扫描参数403的面板；以及(iii)菜单栏404。

UI解释器130可以例如经由用户输入装置106接收用户输入，并且可以解释所述输入以确定要由扫描接口应用程序120执行的动作。例如，UI解释器130可以确定用户选择了哪个GUI元素并且哪个GUI元素(例如，图标或菜单、上下文菜单、下拉列表、按钮等中的可选项目)发起对应动作(例如，基于对用户可配置扫描设置或存储的扫描参数预设的选择来发起扫描或重新扫描，启动查看窗口，启动查看器程序，发起高分辨率扫描，弹出载玻片托盘等)。

在一些实施方案中，OCR/解码器模块132包括使得能够对在基底(例如，显微镜载玻片)的标签部分上提供的载玻片标签信息(例如，字母数字信息或条形码中包括的信息)进行光学字符识别。同样，OCR/解码器模块132包括使得能够从条形码或包括嵌入信息的其他标记中提取信息的指令。在一些实施方案中，OCR/解码器模块132包括使得能够将识别的和/或解码的信息填充到适当的数据字段中的指令。在一些实施方案中，可以基于自动识别的载玻片标签信息来自动改变至少一个用户可配置扫描设置。实际上，条形码信息可以用于建立任何可配置扫描仪设置，包括本文所述的那些设置中的任何扫描仪设置。例如，条形码信息可以指示某个类型的载玻片(例如，癌症类型和污渍类型)，并且扫描装置可以识别所述载玻片类型并设置与所述特定类型的载玻片相关联的扫描设置。扫描设置可以包括Z堆栈中的层数、AOI形状、AOI大小、放大倍率等。

在一些实施方案中，OCR/解码器模块132使得能够填充DICOM属性。例如，OCR/解码器模块132允许(i)读取条形码信息，和/或(ii)将解码的信息分配给患者属性字段(例如，患者姓名、患者ID、患者出生日期、患者性别、研究属性、研究ID、存取编号等)。在其他实施方案中，OCR/解码器模块132使得能够基于存在于载玻片的标签部分上的条形码信息或其他标记来生成文件名。

在一些实施方案中，查看器模块134允许在用户接口内查看获取的图像的一部分或区域，即，不必切换到单独的应用程序。在一些实施方案中，查看器模块134使用从用户输入装置106接收的输入来促进对获取的图像的区域或部分的查看。通过这种方式，用户可以将例如十字光标(或诸如鼠标指针)定位在图像的区域上方例，然后查看器模块134将针对所述特定的选定区域显示图像的放大部分。在一些实施方案中，查看器模块134可以在整个用户接口中动态地重新定位，使得它“浮动”在任何占位符或其他用户接口元素上方。可以重新调整查看器模块134的大小以适应用户偏好和/或所显示的放大部分的大小。

应当明白，扫描系统100是说明性的，并且变型和修改是可能的。此外，尽管参考特定框描述了扫描系统100，但是应当理解，这些框是为了便于描述而定义的，并且不意图暗示组成部件的特定物理布置。此外，所述框不必对应于物理上不同的部件。框可以被配置为例如通过对处理器进行编程或提供适当的控制电路来执行各种操作，并且取决于如何获得初始配置，各种框可以是可重新配置的，或者可以是不可重新配置的。可以在包括使用电路和软件的任何组合实施的电子装置的各种设备中实现本公开文本的实施方案。扫描接口应用程序120也是说明性的，并且特定的实施方式可以包括比在本文描述的模块更多或更少的模块。此外，尽管可以将特定模块描述为执行特定功能，但是此类描述并不意图暗示由模块执行的特定功能或者包括在此类模块内的特定指令集。

图2A和2B阐述了描绘获取对设置在基底(例如，显微镜载玻片)上的生物样品的扫描所涉及的步骤的流程图。在一些实施方案中，根据可以由用户选择(例如，手动地或根据预定配置文件选择)的用户可配置扫描设置来获取扫描。在一些实施方案中，可以在用户查看由扫描装置110获取的生物样品的一个或多个预览扫描图像之后优化用户可配置扫描设置。在一些实施方案中，通过使用新颖的用户接口以有效方式促进所述方法，所述用户接口允许用户在查看一个或多个预览扫描图像之后选择或修改可配置扫描设置(例如，用户可配置扫描参数或预先计算的感兴趣区域)。在一些实施方案中，选定的用户可配置扫描设置(以及在扫描操作期间应用的那些设置)显示在与它们所对应的一个或多个预览扫描图像附近。如本文中进一步详细地描述，所述方法允许用户动态地改变用户可配置扫描设置，同时被提供实时图像数据、扫描操作状态数据和扫描设置信息，使得可以获取满足某些标准或目标(例如，病理学家偏好、测定或方案要求等)的最终扫描。

参考图2A，扫描装置110生成并且扫描接口应用程序120接收设置在显微镜载玻片上的生物样品的至少一个预览扫描图像(步骤200)。可以根据在扫描接口应用程序120内实现的预设来自动获取至少一个预览扫描图像，或者可以(即，通过用户使用用户输入装置106选择一个或多个用户接口元素，导致扫描操作开始)手动获取预览扫描图像。在其中自动获取预览扫描图像的实施方案中，可以使用存储在存储子系统104内的预定的扫描设置集合(例如，预置文件)来开始扫描操作。

然后将接收的至少一个预览扫描图像填充到由用户接口显示的多个占位符中的一者中(步骤201)。在一些实施方案中，将预览扫描图像填充到占位符中，所述占位符对应于插入扫描装置110中的载玻片托盘的载玻片位置。通过这种方式，所显示的占位符准确地表示插入扫描装置110中的实际载玻片托盘的载玻片位置。在诸如图4A和4B所描绘的一些实施方案中，占位符相对于彼此和/或相对于捕获或扫描设置面板平行地布置。在一些实施方案中，占位符以垂直布置显示。在一些实施方案中，将感兴趣区域(“AOI”)叠加在预览扫描图像上方。本文进一步详细描述了用户接口内的占位符的表示以及各种载玻片托盘实施方案。

在一些实施方案中，占位符还填充有用于获取相应的预览扫描图像的可配置扫描设置集合。在一些实施方案中，在获取相应的预览扫描图像中使用的扫描设置集合的标识包括以下一项或多项：(i)聚焦方法、(ii)检测方法、(iii)放大倍率、(iv)扫描层数和/或(v)扫描层之间的间距。通过这种方式，向系统100的用户呈现预览扫描图像和相关的扫描参数信息(步骤203)，所述扫描参数信息将允许用户做出关于预览扫描图像对于给定目的是否令人满意的明智确定。为了进一步方便对预览扫描图像的查看，查看器模块134可以用于根据用户输入来查看预览扫描图像的各区域或部分，诸如预览扫描图像的放大部分。另外或作为查看器模块134的替代，处理子系统10可以运行单独的查看器软件(在存储子系统104上提供)来查看预览扫描图像或其任何部分。在一些实施方案中，查看器模块134或独立的查看器软件可以使得能够查看不同的聚焦层，以便确定是否选择了适当的聚焦层间距。

如果预览扫描图像令人满意，则用户可以选择将预览扫描图像存储在诸如存储子系统104中，假设预览扫描图像的分辨率足以进行进一步的分析(例如，如果预览扫描图像的分辨率很高，则可以存储所述高分辨率图像而无需进一步重新扫描)。另一方面，如果需要更高分辨率扫描，则用户可以选择如下用户接口元素：在被选择时向扫描装置110提供命令以使用用于预览扫描图像的相同扫描设置来获取对生物样品的高分辨率扫描。例如，用户可以选择如下用户接口元素：将信号发送到接口模块126使得扫描装置110使用先前使用的扫描设置根据选定扫描设置来启动高分辨率扫描。在一些实施方案中，高分辨率包括比诸如缩略图图像之类的低分辨率图像更多的每英寸点数(dpi)英寸。在一些实施方案中，高分辨率图像的dpi在150dpi至1200dpi的范围内。在一些实施方案中，高分辨率图像的dpi在200dpi至1200dpi的范围内。在其他实施方案中，高分辨率图像的dpi在300dpi至1200dpi的范围内。在其他实施方案中，高分辨率图像的dpi在600dpi至1200dpi的范围内。

如果预览扫描图像令人不满意，则可以诸如通过从显示在用户接口内的设置面板或菜单栏中的多个元素(例如，下拉列表、拨动开关等)来选择用户可配置扫描设置。例如，用户接口可以提供可选用户可配置的扫描参数，包括对以下一项或多项的选择：(i)聚焦方法、(ii)AOI检测方法、(iii)放大倍率、(iv)待扫描的聚焦层的数量和/或(v)聚焦层之间的间距。

在一些实施方案中，再次使用来自用户输入装置106的输入，还向用户提供了改变包括预先计算的感兴趣区域(“AOI”)的扫描设置的能力。例如，用户可以选择如下用户接口元素：能够调整AOI的位置、大小和/或焦点中的一者或多者。在一些实施方案中，所述用户输入允许进行以下一项或多项：实时重新调整预先计算的AOI的大小、实时重新定位预先计算的AOI边界框、实时删除一个或多个预先计算的AOI、实时AOI焦点选择、或实时概述新AOI。在一些实施方案中，可以通过用户输入来调整AOI以将组织周围的空白空间最小化，由此例如减少扫描装置110的扫描操作的扫描时间。替代地，可以通过用户输入来调整AOI以增大任何预先计算的AOI边界框的大小，使得可以捕获被自动化检测方法遗漏的组织。在一些实施方案中，在接收到用户输入命令时，扫描接口应用程序120和/或接口模块126可以指示扫描装置110在对或不对任何预先计算的AOI进行更改的情况下使用选定用户可配置扫描设置的集合来获取扫描(步骤204)。

在步骤205处，用户可以再次确定所生成的中间扫描是否令人满意(即，满足预定扫描标准)，并且如果是，则可以存储中间扫描或(使用同一扫描设置集合)生成中间扫描的更高分辨率版本进行存储(步骤206)。当然，如果中间扫描令人不满意，则可以利用又一不同的用户可配置扫描设置集合(诸如其中更改至少一个设置的扫描设置集合)来重新扫描样品。可以重复该过程(例如，获取第二图像扫描、第三图像扫描、第四图像扫描等)，直到获取令人满意的扫描，即，满足预定标准或目标(包括病理学家偏好、测定或方案要求等)的扫描。

在一些实施方案中，用户接口提供使得能够选择特定文件格式(包括DICOM格式)进行保存的元素。在一些实施方案中，用户接口使得能够在文件保存操作之前、期间或之后手动输入元数据。在其他实施方案中，使用OCR/解码器模块132自动识别元数据并将其导入适当的数据字段或文件名本身内。在一些实施方案中，用户接口可以显示单独的窗口，所述窗口包括用于填充和/或查看的元数据字段，由此元数据可以与任何成像数据一起存储。

图2B阐述了示出使用载玻片扫描装置110获取设置在基底上的生物样品的扫描图像的步骤的流程图。步骤220涉及从载玻片扫描装置110接收载玻片托盘插入信号，所述载玻片托盘插入信号指示载玻片托盘被插入载玻片扫描装置110中。载玻片托盘可以包括其上设置有生物样品的一个或多个载玻片，例如，一个载玻片、两个载玻片、三个载玻片、四个载玻片、五个载玻片、六个载玻片等。在一些实施方案中，从载玻片扫描装置110接收的载玻片托盘插入信号包括所插入的载玻片托盘的类型的指示，例如，是否插入了具有3或6个载玻片位置的载玻片托盘(如下所述)。在一些实施方案中，载玻片托盘插入信号还可以指示载玻片托盘中的特定载玻片位置是否被显微镜载玻片占用。

在一些实施方案中，载玻片托盘包括多个载玻片位置，每个载玻片位置适于保持一个显微镜载玻片。在一些实施方案中，载玻片托盘被配置为保持3至6个显微镜载玻片。在其他实施方案中，载玻片托盘被配置为保持3个显微镜载玻片(见图3A)。在其他实施方案中，载玻片托盘被配置为保持6个显微镜载玻片。(见图3B)。

本领域技术人员应当明白，尽管载玻片托盘可以保持3至6个显微镜载玻片，但是并非所有载玻片位置都需要被载玻片占用，以便将载玻片托盘插入载玻片扫描装置110中或便于载玻片扫描装置110进行扫描操作。例如，对于保持6个载玻片的载玻片托盘，载玻片可以占用可用载玻片位置中的1至6个可用载玻片位置。同样，对于保持3个载玻片的载玻片托盘，载玻片可以占用可用载玻片位置中的1至3个可用载玻片位置。无论如何，本领域技术人员将进一步明白，载玻片托盘便于载玻片的装载和快速扫描。

在接口模块126接收到载玻片托盘插入信号(步骤220)之后，GUI渲染器128诸如向用户接口生成载玻片托盘的表示并且在输出装置108上生成可视化(步骤221)。在一些实施方案中，由GUI渲染器128生成的表示是对载玻片托盘中的载玻片位置的布局的描绘。换句话说，所显示的表示模仿布置在载玻片托盘中的载玻片的布局。因而，如果在步骤200处插入具有三个载玻片位置的载玻片托盘，则GUI渲染器128将显示具有三个3个载玻片位置400(诸如相对于彼此平行布置的三个载玻片位置)的表示(见图4A)。同样，如果在步骤200处插入具有六个载玻片位置的载玻片托盘，则GUI渲染器128将提供具有六个载玻片位置400(诸如相对于彼此平行布置的六个载玻片位置)的表示(见图4B)。

在一些实施方案中并且除了占位符之外，GUI渲染器128还显示具有用户可选元素的菜单栏404，所述用户可选元素在被用户输入装置106选择时可以发起扫描操作、感兴趣区域(“AOI”)调整操作、查看器模块134的启动或查看软件等中的一项或多项。在一些实施方案中并且除了占位符之外，GUI渲染器128还显示提供多个用户可配置扫描参数的配置面板403。

在一些实施方案中，由GUI渲染器128生成的表示包括多个非重叠占位符400。在一些实施方案中，多个占位符中的每一者具有相等大小。在一些实施方案中，多个占位符以垂直方向布置，即，占位符的长边缘平行于所显示的捕获设置或配置面板。在一些实施方案中，每个占位符对应于载玻片托盘中的一个特定载玻片位置。通过这种方式，所显示的占位符表示载玻片托盘中的载玻片的实际布局。在一些实施方案中，所显示的占位符表示载玻片托盘内的载玻片的实际形状和大小。在一些实施方案中，GUI渲染器128针对载玻片托盘的每个载玻片位置显示占位符400，而不管载玻片托盘是否被显微镜载玻片占用。例如，在将具有六个载玻片位置的载玻片托盘插入扫描装置110中并且物理载玻片托盘的位置1、4和6被载玻片占用的情况下，尽管位置2、3和5未被显微镜载玻片占用，但是GUI渲染器128将显示六个大小相同的非重叠占位符400。通过这种方式，在插入载玻片扫描装置100中的特定载玻片托盘的用户接口内描绘了准确的可视化，包括被载有生物样品的载玻片所占用的载玻片位置，因此便于向系统100进行用户反馈。

参考图4A，在一些实施方案中，每个占位符400适于至少将从扫描装置110接收的图像数据(例如，预览扫描图像、缩略图图像扫描、中间扫描、高分辨率扫描等)通过所显示的用户接口传达给扫描系统100的用户。在一些实施方案中，每个占位符400适于传达与整个显微镜载玻片的扫描相对应的图像数据，包括显微镜载玻片的标签部分(例如，对于整个载玻片扫描，见图5D)。在一些实施方案中，标签部分可以包括条形码或其他字母数字信息或标记。在一些实施方案中，标签部分提供关于患者、病例编号、病例类型、样品制备日期等的标识信息。在一些实施方案中，用户接口提供用户可选选项或隐藏在占位符中描绘的任何载玻片的标签部分以便保持患者匿名的标签匿名特征(例如，在配置面板中可选的选项)。在一些实施方案中，即使在隐藏患者数据的情况下，扫描系统100也可以(例如，通过使用OCR/解码器模块132的光学字符识别)自动检索和识别在标签部分中编码的一些或全部数据(包括条形码)，诸如以填充一个或多个元数据字段、文件名、DICOM文件属性、其他医学/成像行业文件格式的可填充字段等。在一些实施方案中，在通过用户命令“隐藏”载玻片标签信息的情况下，从一个或多个元数据字段中删除载玻片标签信息。

在一些实施方案中，由GUI渲染器128生成的每个占位符400包括第一部分401和第二部分402。在一些实施方案中，第一部分401适于传达设置在显微镜载玻片上的生物样品的接收到的图像数据(具有或不具有载玻片的标签部分)。在一些实施方案中，第二部分402适于传达多个数据字段中的一者，诸如扫描操作状态数据字段和/或一个或多个扫描属性/扫描参数数据字段。在一些实施方案中，任何单个占位符400的第二部分402可以使用字母数字描述符、状态栏、动画状态栏、动画或其他图形或动画图形来传达扫描操作的状态。

当然，技术人员应当明白，任何占位符400的第二部分402内的状态指示可以进行颜色编码。在一些实施方案中，第一颜色可以表示第一状态，第二颜色可以表示第二状态，第三颜色可以表示第三状态，其中颜色中的每一者是不同的。在一些实施方案中，扫描操作状态的指示可以是不提供扫描状态信息。例如，当在载玻片托盘中的特定载玻片位置上没有载玻片时，状态字段可能留空，指示不存在载玻片。替代地，所述字段保持与第二部分的背景色相同的颜色。因此，在该特定实施方案中，扫描操作状态是不会针对所述特定占位符/载玻片位置进行扫描。

在一些实施方案中，在第二部分402中传达的扫描操作状态与存在于扫描装置110的外表面上的状态灯/指示灯实时地同步。在一些实施方案中，并且如上所述，载玻片扫描仪装置110可以包括具有多个状态指示灯的外部面板，其中每个状态指示灯对应于多个占位符400中的一者，所述占位符继而对应于载玻片托盘中的载玻片位置。在一些实施方案中，在用户接口内的任何占位符400的第二部分402内显示的彩色标记可以与对应的扫描装置状态指示灯同步，使得在占位符400的任何第二部分402内显示的任何颜色都可以与相同载玻片位置的对应的单个状态指示灯的颜色基本上相匹配。同样，在用户接口内的任何占位符400的第二部分402中传达的动画可以通过使扫描装置110上的相应状态指示灯闪烁或闪光来模仿。例如，如果扫描装置110上的第一状态指示灯以第一颜色闪烁，则用户接口内的第一占位符400的第二部分402的区域可能会闪光或具有与指示灯显示相同的第一颜色的动画栏。通过这种方式，系统100的用户从用户接口和扫描装置110两者接收同步的视觉状态指示，相信这将增强用户体验并便于实时扫描操作反馈。

在一些实施方案中，信号从接口模块126传输到扫描装置110以发起一个或多个扫描操作。在一些实施方案中，接口模块126将信号连同预定扫描设置集合(诸如存储在存储子系统104中的扫描设置集合)一起发送到扫描装置110以自动地发起对一个或多个载玻片位置处的载玻片的扫描。因而，在一些实施方案中，在接收到载玻片托盘插入信号(步骤220)和显示多个占位符(步骤221)时，使用预定扫描设置集合自动地发起扫描。在其他实施方案中，在接收到载玻片托盘插入信号(步骤220)和显示多个占位符(步骤221)时，将所传输的用户输入信号通过接口模块126传输扫描装置110，使得可以发起扫描(手动发起扫描)。手动发起扫描可以利用预设扫描设置或通过如本文所述的用户输入提供的设置。

在显示包括多个占位符的表示之后(步骤221)，发起扫描，随后对一个或多个占位符400填充从扫描装置110或从扫描接口应用程序122接收的数据(无论扫描是自动还是手动发起，或者无论手动还是基于预设选择了用于扫描的设置(步骤222)。例如，扫描装置110可以传输扫描操作状态数据和/或可以传输图像数据，并且此类信息可以被填充到占位符400中。另外，可以对占位符400填充用于采集每个载玻片位置的图像数据的扫描设置(即，存储的预设或手动输入的扫描设置，所述扫描设置被传输到扫描装置110)。

在一些实施方案中，每个载玻片被单独扫描，结果，占位符400被依次填充扫描图像数据。在一些实施方案中，并且在用图像数据填充占位符400之前，占位符400至少填充有与扫描操作的状态有关的信息。在一些实施方案中，并且同样在用图像数据填充占位符400之前，用扫描操作状态信息和扫描设置两者来填充占位符400。在一些实施方案中，所有占位符400基本上同时填充有状态数据和/或扫描参数数据。

参考图2C，在一些实施方案中，与图像数据的传输分开地从载玻片扫描装置110传输扫描操作状态数据，即，首先用扫描操作状态信息和/或扫描设置填充每个占位符400(步骤240)，然后一旦在与占位符的载玻片位置处的载玻片的扫描完成，就用图像数据填充占位符(步骤241)。例如，当在任何载玻片位置处的载玻片被扫描时，传输每个载玻片位置的扫描操作状态信息(步骤240)，使得用户接口可以诸如实时地显示对应占位符内的扫描操作状态(与在扫描装置110的载玻片状态面板上显示的任何同时期状态结合使用)。当任何位置处的载玻片的扫描完成时，然后将所得图像数据从载玻片扫描装置110传输到接口模块126，使得可以将图像数据填充到占位符中的一者中(步骤241)。另外，提供新的扫描操作状态信息，使得每个占位符显示更新的扫描状态(步骤242)。本领域技术人员应当明白，当扫描装置110获取存在于任何载玻片位置处的显微镜载玻片的扫描时，可以诸如实时地连续传输或更新扫描状态信息。通过这种方式，将状态数据作为反馈连续地提供给用户(即，当将图像数据依次填充到占位符中时，可以重复步骤242)。

例如，假设将具有六个载玻片位置的载玻片托盘插入扫描装置110中。进一步假设载玻片位置1、2、4、5和6被载有不同生物样品的显微镜载玻片占用。在将占位符400显示在用户接口内之后，从载玻片扫描装置110至少传输扫描操作状态信号，使得可以针对载玻片位置1、2、4、5和6中的每一者显示扫描操作状态。在一些实施方案中并且除了扫描操作状态信号之外，每个占位符400还填充有扫描装置100在获取相应的图像数据时使用的扫描设置的标识。进一步例如，当位置1处的载玻片被扫描时，第一占位符的第二部分可以提供指示载玻片1正在“扫描”的标记，而第二占位符、第四占位符、第五占位符和第六占位符中的每一者的第二部分可以提供指示载玻片2、4、5和6正在“待处理”的标记。当然，并且如上所述，在载玻片扫描装置110的外部的状态指示灯可以同时描绘载玻片位置中的每一者的相同状态标记。图5A和5B示出了用图像数据依次填充占位符。类似地，图5C和5D也示出了用图像数据和/或扫描操作状态数据信息依次填充占位符。与图5D相比，图5E示出了使用选定的用户可配置扫描设置(见每个图中的第二占位符)发起高分辨率扫描。

进一步以上述例子为例，当第一载玻片的扫描完成时，第一占位符的第二部分可以提供扫描完成的标记，并且可以根据所获取的图像数据是缩略图图像(即，适用于查看AOI的低分辨率通信以及组织切片的捕获或扫描设置)还是高分辨率图像(例如，载玻片的20X或40X放大倍率扫描)来提供不同标记。在第一载玻片的扫描完成并且第二载玻片的扫描开始之后，第二占位符、第四占位符、第五占位符和第六占位符的第二部分将同样传达不同的状态标记(例如，第一位置＝扫描完成；第二位置＝正扫描；第四位置＝待处理；第五位置＝待处理；并且第六位置＝待处理)。还将提供对扫描装置110外部的状态指示灯的相应改变。

如图5A所示，在完成在任何载玻片位置处的载玻片中的一者的扫描之后，用户接口将在占位符500的第一部分502中提供扫描图像数据501(图像数据可以是低分辨率或高分辨率捕获)，并且在占位符500的第二部分503中提供扫描操作状态指示和/或扫描参数。如本文所述，所显示的扫描设置反映填充在占位符中所填充的图像数据的采集期间应用的那些扫描设置(而不管手动选择了扫描设置还是是否利用了存储子系统104上存储的预定扫描设置集合)。在一些实施方案中，将自动生成的AOI 504(或者，如图5A中的情况，多个AOI)叠加在图像数据501上方(见扫描显微镜载玻片上的染色组织的每个部分周围的蓝色矩形框)。

本领域技术人员应当明白，尽管可以用图像数据(例如，预览扫描)填充占位符中的一者，但是也可以开始和/或安排载玻片扫描以生成图像数据填充到其他占位符中(例如，图5A中的占位符505指示正在获取扫描，而占位符506指示已安排扫描，因此“待处理”)。技术人员还应当明白，尽管其他扫描待处理或正被安排，用户也可以查看图像数据和/或对用于获取所显示的图像数据的扫描设置进行调整。换句话说，用户不必等到所有占位符都填充有图像数据即可查看任何特定图像或对包括AOI参数的扫描设置进行调整。

在占位符中的一者中显示图像之后，用户可以查看图像数据、扫描参数和/或任何预先计算的AOI，并且基于至少在用户接口工作空间内呈现的全部数据做出关于是否需要调整扫描参数的明智决定(步骤223)。在一些实施方案中，处理子系统102可以执行在存储子系统104内提供的查看器模块134或其他查看器软件，以进一步辅助用户确定扫描参数是否需要调整。如本文所述，在一些实施方案中，可以执行查看器模块134以便于查看扫描图像数据的区域或部分，诸如图像的放大部分。

参考图2D，在一些实施方案中，不需要进一步调整(步骤250)。在获取缩略图图像的同时进行高分辨率扫描的情况下(即，占位符中的图像数据是缩略图图像，但是可以同期进行高分辨率扫描)，可以将高分辨率图像保存(步骤254或224)到存储子系统104或网络(以包括DICOM格式的各种不同文件格式中的一者进行保存)。如果仅获取了低分辨率图像或缩略图图像，则可以提供用户输入，使得可以使用其中获取预览扫描图像的相同扫描设置来获取高分辨率扫描(步骤251)。一旦获取，就可以任选地(诸如使用查看器模块)查看高分辨率扫描(步骤252)，然后可以将高分辨率扫描存储在存储子系统104或网络上。

替代地，可以对用户可配置扫描参数和/或预先计算的AOI进行调整，并且可以使用选定的和/或调整的设置来生成另一扫描(步骤225)。参考图2E，在一些实施方案中，查看器模块134或其他查看器软件用于查看占位符中的一者中的图像的至少一部分(步骤260)。例如，用户可能能够确定图像是否离焦或所获取图像的对比度是否不足。在一些实施方案中，用户输入装置106可以用于将十字光标定位在扫描图像的区域上，使得所选择的点将显示在查看器窗口中。

在一些实施方案中，用户可以选择在重新扫描生物样品时将应用的某些用户可配置扫描参数(步骤261)。一个用户可配置扫描参数是一种聚焦方法。在一些实施方案中，可以通过调整条带宽度来维持难以扫描的样品的图像质量。在一些实施方案中，焦点选项是可用的，包括基于动态跟踪方法的那些焦点选项。在其他实施方案中，可以选择在扫描AOI的同时测量聚焦质量并根据需要动态地调整聚焦的聚焦方法。在其他实施方案中，可以选择补偿组织可变性(例如，具有可变厚度或褶皱的组织)的一种聚焦方法。

在一些实施方案中，用户可以选择与AOI检测方法有关的用户可配置扫描参数。例如，可以选择用于检测微阵列和分散样品的AOI的一种设置。可以选择用于检测本质上为圆形或环形的AOI的另一设置。在其他实施方案中，可以为具有低对比度样品(诸如轻度染色的组织或阴性对照)的载玻片选择一种设置。在一些实施方案中，可以基于在载玻片上存在的条形码或其他标记内编码的属性来自动选择AOI检测方法。例如，条形码可以包含与测定类型或组织类型有关的信息，并且可以基于测定类型或组织类型来自动选择最能确定感兴趣区域的检测方法。

在一些实施方案中，用户可以选择与放大倍率有关的用户可配置扫描参数。在一些实施方案中，提供20X和40X选项。可以相信，当使用20X或40X物镜观察样品时，每次放大产生的数字图像的分辨率类似于光学显微镜所获得的分辨率。

在一些实施方案中，用户可以选择用户可配置扫描参数，使得例如为了体积扫描，可以扫描多个聚焦层。在一些实施方案中，聚焦层是指在z轴上被成像的平面。在其他实施方案中，在用户接口内提供的元素允许从1至15个焦点层之间进行选择。在其他实施方案中，在用户接口内提供的元素允许从3至15个焦点层之间进行选择。在一些实施方案中，在用户接口内提供的元素允许选择聚焦层之间的间距，例如，0.1微米、0.2微米、0.25微米、0.5微米和1.0微米。

如本文所述，还可以选择用户接口内(诸如扫描设置面板内)的用户可配置特征，以使得标签部分中的信息可以被“隐藏”或匿名化。通过选择此类标签匿名化特征，可以掩盖载玻片的标签部分上的并且在任何占位符的第一部分中描绘的条形码和其他标识信息(可以永久掩盖或从系统100的用户的角度掩盖)。在一些实施方案中，即使该数据被隐藏，元数据也能够被收集并且用于填充字段，诸如DICOM图像属性。

用户可配置扫描设置可以应用于占位符中的一个、全部或任何子集。“应用于占位符”是指在重新扫描载玻片位置中的一者、全部或任何子集处的样品时，将使用选定的用户可配置扫描设置来获取任何所得扫描。例如，用户可能能够选择一个、全部或多个占位符，并且用户可配置扫描设置可以应用于所选则的每个占位符以进一步促进易用性、扫描载玻片的速度以及系统的直观操作。

在一些实施方案中，用户接口包括当经由用户接口装置106选择时能够调整预先计算的AOI的元素(步骤262)。如本文所述，将预先计算的AOI叠加在占位符中的图像上方。预先计算的AOI可以由例如彩色框表示(见图5A的504)。可以通过使用用户输入装置106诸如实时地重新调整颜色框的大小，移动或删除所述颜色框。例如，通过点击用户输入装置106并且在预先计算的AOI内部保持4向移动指针，用户可以将AOI拖动到载玻片上的期望位置，然后软件接口应用程序120确定组织切片上的新焦点(其中焦点是扫描的起始位置，并且它可以被自动选择或由用户确定)。在一些实施方案中，也可以通过使用用户输入装置106来移动叠加的焦点。尽管相信可以手动移动焦点以优化扫描，但是优选地应当将焦点位于组织上的某个位置。可以相信，焦点的最佳位置在靠近底部的组织的最长切片上。在一些实施方案中，诸如对于分散样品，焦点优选地应当位于组织底部附近的最大密度的区域中。同样，用户输入装置106可以用于添加一个或多个新的AOI。

在选择了用户可配置扫描参数和/或对预先计算的AOI进行了调整之后，使用选定参数来重新扫描生物样品(步骤263和225)。在重新扫描之后，可以再次确定所应用的设置是否令人满意(步骤226)，并且如果是，则可以将高分辨率图像存储在图像子系统104内或网络上(步骤227)。本领域技术人员应当明白，步骤260至263可以根据需要重复多次，直到获取合适的扫描，即，获取满足预定标准的扫描。当已经为载有样品的每个载玻片位置存储了图像时，可以通过选择适当的用户接口元素(例如，“弹出”图标)弹出载玻片。然后扫描系统100可以准备扫描另一组载玻片。

在一些实施方案中，用户接口可以向用户提供附加反馈。例如，GUI渲染器128可以在用户接口内提供覆盖物，诸如指示扫描错误的覆盖物等。在一些实施方案中，可以在需要用户注意的情况下以例如红色的颜色来呈现覆盖物。

图6提供了示出使用扫描装置110获取高分辨率图像的步骤的另一流程图。具体地，图6示出了扫描的发起可以是手动的或自动的，如本文所详述。如果在软件接口应用程序120内将扫描的发起设置为自动的，则在扫描期间应用预定扫描设置。然而，如果最初是手动进行扫描(诸如通过在用户接口中选择导致信号被发送到扫描装置110来发起扫描的元素)，则可以手动设置扫描设置或者可以应用预定扫描设置。如果手动设置扫描设置，则可以通过用户接口显示多个用户可配置扫描设置。在选择用户可配置扫描设置之后，应用用户可配置扫描设置并且将其用于获取初始图像数据。在一些实施方案中，可以将手动应用的用户可配置扫描设置作为预设存储在存储子系统104中以供后续使用。

图7提供了示出将信号发送到扫描装置和/或用户输入装置并从其中接收信号的流程图。例如，在步骤700处，从扫描装置110接收载玻片托盘插入信号。此后，处理子系统可以显示包括所插入的载玻片托盘的表示的用户接口。如本文所述，所述表示可以包括可以在其中传达图像数据、扫描操作状态信息和/或扫描设置的多个占位符。在接收到载玻片托盘插入信号(步骤700)之后，将信号发送到扫描装置110以发起扫描(步骤701)。如本文所述，扫描的发起可以是手动或自动的，并且可以利用选定的扫描设置或预设扫描设置。随后，从扫描装置110接收图像数据和扫描操作状态信息(步骤702)，并且可以将此类数据和信息填充到用户接口内的多个占位符中。在一些实施方案中，从输入装置106接收与对用户接口元素的选择相对应的信号以启动图像查看器(例如，查看器模块134或外部查看器软件包)(步骤703)。在查看图像数据的一部分之后，接收与对一个或多个用户可配置扫描设置的选择相对应的信号(步骤704)，和/或接收与对感兴趣区域或焦点的调整相对应的信号(步骤705)。在一些实施方案中，然后将与对一个或多个用户可配置扫描参数的选择或对感兴趣区域或焦点的调整相对应的信号然后发送到扫描装置110，使得可以根据选定的扫描设置来重新扫描图像数据(步骤706)。

附加实施方案

在一些实施方案中，一种利用扫描装置获取设置在基底上的生物样品的高分辨率扫描的方法，所述方法包括：(i)在图形用户接口上接收与用户可配置扫描设置相对应的第一用户输入；(ii)在图形用户接口上接收第二用户输入以基于所接收到的与所述用户可配置扫描设置相对应的一系列用户输入来发起扫描；以及(iii)在所述图形用户接口上显示一个或多个占位符的可视化，所述一个或多个占位符填充有扫描操作状态信息、图像数据和至少一部分所述用户可配置扫描设置中的一者或多者。在一些实施方案中，所述方法进一步包括接收第三用户输入以存储所述图像数据。在一些实施方案中，对所述图像数据的所述存储进一步包括在存储之前生成所述图像数据的高分辨率扫描。在一些实施方案中，所述方法进一步包括接收第四用户输入以基于与用户可配置扫描设置相对应的修正的一系列用户输入来重新扫描图像数据。在一些实施方案中，所述一个或多个选定的用户可配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)用户可配置扫描参数。在一些实施方案中，对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下各项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域或删除感兴趣区域。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数包括聚焦方法、感兴趣区域确定方法放大倍率、聚焦层数以及聚焦层间距。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数还包括标签匿名化特征。

在一些实施方案中，一种利用载玻片扫描装置获取生物样品的高分辨率图像的方法，所述方法包括：(i)显示多个占位符，每个占位符对应于插入所述载玻片扫描装置中的载玻片托盘的载玻片位置；(ii)至少用扫描操作状态信息填充所述多个占位符的每一者的所述第二部分；(iii)利用位于所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处的所述生物样品的预览扫描图像来填充所述多个占位符中的至少一者的所述第一部分。在一些实施方案中，所述方法进一步包括评估所述多个占位符中的至少一者内的所述预览扫描图像是否满足预定标准。在一些实施方案中，所述方法进一步包括基于接收到的与对一个或多个用户接口元素的选择相对应的输入信号来生成至少一个修正的扫描图像(例如，具有比预览扫描图像更高的分辨率的图像)。在一些实施方案中，每个占位符具有适用于传达图像数据的第一部分和适用于传达一个或多个数据字段的第二部分。在一些实施方案中，所述预览扫描图像是缩略图图像，并且所述修正的扫描图像是高分辨率图像。在一些实施方案中，所选择的用户接口元素是使所述扫描装置发起扫描操作的元素。

在一些实施方案中，基于接收到的与一个或多个选定用户可配置扫描设置相对应的输入信号生成所述至少一个修正的扫描图像。在一些实施方案中，所述一个或多个选定的用户可配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)用户可配置扫描参数。在一些实施方案中，对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下各项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域或删除感兴趣区域。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数包括聚焦方法、AOI检测方法、放大倍率、聚焦层数以及聚焦层间距。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数还包括标签匿名化特征。

在一些实施方案中，在所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处利用所述生物样品的预览扫描图像依次填充所述多个占位符中的每一者。在一些实施方案中，所述扫描操作状态信息被实时更新。在一些实施方案中，扫描操作状态信息和初始扫描参数都显示在所述多个占位符中的每一者的所述第二部分中。

在一些实施方案中，将感兴趣区域叠加在填充到所述多个占位符中的所述至少一者的所述第一部分中的所述预览扫描图像上方。在一些实施方案中，所述占位符是非重叠的并且大小相等。在一些实施方案中，显示三个占位符。在一些实施方案中，显示六个占位符。

在一些实施方案中，生物样品用原色染料(例如，H&E)染色。在一些实施方案中，对生物样品进行染色以检测特定生物标志物的存在与否。在一些实施方案中，将生物样品用原色染色，并且还针对特定生物标记的存在与否进行染色。

在一些实施方案中，当在所述载玻片托盘中的所述对应位置没有载玻片时，填充在所述占位符的所述第二部分中的所述扫描操作状态信息是(i)空状态字段或(ii)与用户接口背景颜色相匹配的状态字段。在一些实施方案中，填充在所述占位符的所述第二部分中的所述扫描操作状态信息是字母数字条目，指示在所述载玻片托盘中的所述对应位置没有载玻片。

在一些实施方案中，自动地生成填充到所述多个占位符中的所述至少一者的所述第一部分中的所述预览扫描图像。在一些实施方案中，使用预编程的扫描设置(诸如存储在存储子系统上的预设文件中的预编程的扫描设置)来获取自动生成的预览扫描图像。在一些实施方案中，所述预编程的扫描设置包括聚焦方法或感兴趣区域检测方法中的至少一者。

在一些实施方案中，所述扫描操作状态信息包括字母数字指示、动画和彩色标记中的至少一者。在一些实施方案中，所述载玻片扫描仪装置包括具有多个状态指示灯的外部面板，每个状态指示灯对应于所述多个占位符中的一者，并且其中为所述多个占位符中的任何单个占位符显示的所述彩色标记基本上与所述对应的单个状态指示灯的颜色相匹配。在一些实施方案中，相邻的一对载玻片状态指示灯对应于单个占位符。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括自动识别载玻片标签信息，并将所述载玻片标签信息填充到一个或多个元数据字段中。在一些实施方案中，所述载玻片标签信息体现在条形码内。在一些实施方案中，所述一个或多个元数据字段是DICOM属性。在一些实施方案中，基于自动识别的载玻片标签信息(例如，测定类型、组织类型等)来自动改变至少一个用户可配置扫描设置。

在一些实施方案中，对所述预览扫描图像的所述评估包括查看所述预览扫描图像的至少一个放大部分，诸如查看焦点质量或图像对比度。例如，用户可能能够根据他的偏好和/或测定或方案要求来确定图像是否离焦或所获取图像的对比度是否不足。在一些实施方案中，所述评估考虑了在获取预览扫描图像中使用的扫描设置。在一些实施方案中，所述方法进一步包括评估修正的扫描图像，例如，评估高分辨率图像。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括选择用户控制元素以发起手动扫描。在一些实施方案中，所述手动扫描利用预设扫描设置。在一些实施方案中，所述手动扫描利用手动选择的用户可配置扫描设置。在一些实施方案中，手动扫描方法进一步包括显示多个用户可配置扫描设置，所述用户可配置扫描设置独立地适用于占位符中的一者、全部或任何子集。

在一些实施方案中，一种用于生成高分辨率图像扫描的系统，所述系统包括：(i)一个或多个处理器；以及(ii)联接到所述一个或多个处理器的存储器，所述存储器存储计算机可执行指令，所述计算机可执行指令在由所述一个或多个处理器执行时使所述系统执行包括以下各项的操作：显示具有多个载玻片位置的载玻片托盘的表示，其中所述表示包括多个占位符，每个占位符各自对应于所述多个载玻片位置中的一者；利用从扫描装置接收的扫描操作状态信息填充所述多个占位符中的每一者；利用从所述扫描装置接收的生物样品的扫描图像依次填充所述占位符中的每一者；以及将信号传输到所述扫描装置，以基于一个或多个选定的用户可配置扫描设置来实现对一个或多个载玻片位置的重新扫描。

在一些实施方案中，一种扫描系统包括：扫描装置；以及处理子系统，所述处理子系统通信地联接到所述扫描装置，所述处理子系统被配置为：显示插入所述扫描装置中的载玻片托盘的表示，所述载玻片托盘具有多个载玻片位置，其中每个载玻片位置对应于所显示的表示中的多个占位符中的一者；从所述扫描装置接收与所述载玻片位置中的每一者相对应的图像数据和扫描操作状态信息；利用接收到的扫描操作状态信息填充所述占位符中的每一者；利用接收到的图像数据依次填充所述占位符中的每一者；以及将信号发送到所述扫描装置以基于选定的用户可配置扫描设置来实现对一个或多个载玻片位置的重新扫描。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括显示与所述一个或多个载玻片位置有关的重新扫描的图像数据。在一些实施方案中，所述处理子系统通信地联接到存储子系统，以用于以诸如DICOM格式保存获取的图像数据和/或元数据。在一些实施方案中，所显示的表示还包括与一个或多个扫描设置有关的可选元素。

在一些实施方案中，在确定初始应用的扫描设置集合未提供满足预定标准的图像数据之后，发生对所述载玻片位置中的任一者的重新扫描。在一些实施方案中，通过显示所述图像数据的至少一个放大部分和/或通过显示在图像数据的采集时使用的扫描设置来促进所述确定。

在一些实施方案中，所述处理子系统在从所述载玻片扫描装置接收载玻片托盘插入信号之后显示所述表示。在一些实施方案中，对图像数据的采集和对扫描操作状态信息的传输是自动执行的，即，所述处理子系统在接收到所述载玻片托盘插入信号之后向所述扫描装置传输信号以开始图像采集并传输所述状态信息。在一些实施方案中，对图像数据的自动采集是基于预设扫描设置。在一些实施方案中，图像数据采集和状态信息传输是手动发起的，即，所述处理子系统在从通信地联接到所述处理子系统的输入装置接收到信号之后向所述扫描装置发送信号以开始图像采集并传输所述状态信息。在一些实施方案中，接收用于手动发起扫描的信号对应于对所显示的用户接口元素的选择。

在一些实施方案中，所述载玻片托盘的所显示的表示是用户接口的一部分，所述用户接口还包括多个用户可选配置设置和其他控制元素。在一些实施方案中，所述多个用户可选配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)用户可配置扫描参数。在一些实施方案中，对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下各项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域或删除感兴趣区域。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数包括聚焦方法、AOI检测方法、放大倍率、聚焦层数以及聚焦层间距。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数还包括标签匿名化特征。

在一些实施方案中，所述扫描操作状态信息包括字母数字指示、动画和彩色标记中的至少一者。在一些实施方案中，载玻片扫描装置包括具有多个状态指示灯的外部面板，每个状态指示灯对应于所述用户接口表示中的所述多个占位符中的一者，并且其中为所述多个占位符中的任何单个占位符显示的所述彩色标记基本上与所述对应的单个状态指示灯的颜色相匹配。

在一些实施方案中，所述处理子系统包括用于自动识别在任何载玻片位置处的任何载玻片的载玻片标签信息并将所述载玻片标签信息填充到一个或多个元数据字段中的指令。在一些实施方案中，所述载玻片标签信息体现在条形码内。在一些实施方案中，所述一个或多个元数据字段是DICOM属性。在一些实施方案中，基于自动识别的载玻片标签信息来自动改变至少一个用户可配置扫描设置。

在一些实施方案中，一种存储用于利用载玻片扫描装置生成生物样品的高分辨率图像扫描的指令的非暂态计算机可读介质包括：显示多个非重叠占位符，每个占位符对应于插入所述载玻片扫描装置中的载玻片托盘的载玻片位置，其中每个占位符具有适于传达图像数据的第一部分和适于传达一个或多个数据字段的第二部分；至少用扫描操作状态信息填充所述多个占位符的每一者的所述第二部分；利用位于所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处的所述生物样品的预览扫描图像来填充所述多个占位符中的至少一者的所述第一部分；以及基于接收到的与一个或多个选定的用户可配置扫描设置相对应的输入信号来生成至少一个修正的扫描图像(例如，与预览扫描图像相比分辨率更高的图像)。在一些实施方案中，在确定所述生物样品的所述预览扫描图像不满足预定标准(例如，图像未正确聚焦，选择的聚焦层的数量不正确、放大倍率过高或过低等)之后，生成所述至少一个修正的扫描图像。

在一些实施方案中，所述非暂态计算机可读介质还包括用于自动识别以条形码编码或以其他方式提供在载玻片的标签部分上的信息的指令。在一些实施方案中，所述非暂态计算机可读介质还包括用于使用自动识别的信息自动填充一个或多个元数据字段的指令。在一些实施方案中，所述一个或多个元数据字段是DICOM图像属性(例如，患者姓名、病例编号等)。在一些实施方案中，所述扫描操作状态信息包括字母数字指示、动画和彩色标记中的至少一者。在一些实施方案中，所述载玻片扫描仪装置包括具有多个状态指示灯的外部面板，每个状态指示灯对应于所述多个占位符中的一者，并且其中为所述多个占位符中的任何单个占位符显示的所述彩色标记基本上与所述对应的单个状态指示灯的颜色相匹配。在一些实施方案中，相邻的一对载玻片状态指示灯对应于单个占位符。

在一些实施方案中，一种用于促进使用载玻片扫描装置采集生物样品的高分辨率扫描的图形用户接口，所述图形用户接口包括显示器，所述显示器在由至少一个处理器执行的计算机系统上，其中所述图形用户接口配置为：(i)在所述计算机系统的显示器上呈现插入所述扫描装置的载玻片托盘的多个载玻片位置的可视化；(ii)在所述计算机系统的显示器上呈现从所述扫描装置接收到的图像数据和扫描状态操作信息，其中随着从所述扫描装置接收到所述图像数据和扫描状态操作信息，以所述图像数据和扫描状态操作信息更新所述计算机系统的显示器；(iii)在所述计算机系统的显示器上呈现一个或多个接口部件，所述一个或多个接口部件被配置为接收识别用户可配置扫描设置的一个或多个用户输入；(iv)在所述计算机系统的显示器上接受识别所述用户可配置扫描设置的一个或多个用户输入；以及(v)在所述计算机系统的显示器上，基于识别所述用户可配置扫描设置的接受到的用户输入，以重新扫描的图像数据呈现多个载玻片位置的可视化。在一些实施方案中，当图像扫描完成时，依次呈现从所述扫描装置接收的图像数据。在一些实施方案中，所呈现的扫描操作状态信息与所述扫描装置的外部的一系列指示灯同步。在一些实施方案中，所述同步包括使所呈现的扫描操作状态信息的颜色与对应的指示灯的颜色基本上相匹配。在一些实施方案中，识别用户可配置扫描设置的接收到的一个或多个用户输入包括用于在不改变用户可配置扫描设置的情况下发起高分辨率图像的扫描的用户输入。

在一些实施方案中，所述用户可选配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)用户可配置扫描参数。在一些实施方案中，对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下各项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域或删除感兴趣区域。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数包括聚焦方法、AOI检测方法、放大倍率、聚焦层数以及聚焦层间距。在一些实施方案中，所述用户可配置扫描参数还包括标签匿名化特征。

在一些实施方案中，一种利用载玻片扫描装置获取生物样品的高分辨率图像的方法包括：显示用户接口，所述用户接口具有多个占位符，每个占位符对应于插入所述载玻片扫描装置中的载玻片托盘的载玻片位置，其中每个占位符具有第一部分和第二部分，所述第一部分适于传达设置在所述载玻片托盘的对应载玻片位置处的载玻片上的生物样品的图像，所述第二部分适于至少传达扫描操作状态指示；用所述扫描操作状态指示填充所述多个占位符中的每一者的所述第二部分；用位于所述载玻片托盘的对应载玻片位置处的生物样品的初始缩略图图像填充所述多个占位符中的至少一者；显示多个用户可配置扫描参数，所述用户可配置扫描参数可独立地适用于填充在所述多个占位符中的任何初始扫描缩略图图像；基于接收到的与一个或多个选定的用户可配置扫描参数相对应的输入信号，在所填充的多个占位符中的任一者中生成与所述初始扫描缩略图图像相对应的高分辨率图像；以及存储所生成的高分辨率图像。在一些实施方案中，所述多个占位符是非重叠的并且大小相等。在一些实施方案中，所述用户接口还包括菜单栏和配置面板。

本说明书中提到的和/或在申请数据表中列出的所有美国专利、美国专利申请公开、美国专利申请、外国专利、外国专利申请和非专利出版物通过引用整体并入本文。如果需要，可以修改实施方案的方面，以采用各种专利、申请和出版物的概念来提供进一步的实施方案。

尽管已经参考多个说明性实施方案描述了本公开，但是应当理解，本领域技术人员可以设计出在本公开的原理的精神和范围内的许多其他修改和实施方案。更具体地，在不脱离本公开的精神的情况下，在前述公开、附图和所附权利要求的范围内，主题组合布置的组成部分和/或布置中的合理变化和修改是可能的。除了部件和/或布置的变化和修改之外，替代用途对于本领域技术人员也是显而易见的。

Claims (40)

1.一种利用载玻片扫描装置获取生物样品的高分辨率图像的方法，所述方法包括：

显示多个非重叠占位符，每个占位符对应于插入所述载玻片扫描装置中的载玻片托盘的载玻片位置，其中每个占位符具有适于传达图像数据的第一部分和适于传达一个或多个数据字段(221)的第二部分；

至少用扫描操作状态信息(222)填充所述多个占位符中的每一者的所述第二部分；

利用位于所述载玻片托盘(222)的所述对应载玻片位置处的所述生物样品的预览扫描图像来填充所述多个占位符中的至少一者的所述第一部分；以及

基于接收到的与一个或多个选定的用户接口元素(225)相对应的输入信号，生成至少一个高分辨率扫描图像。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述预览扫描图像是缩略图图像。

3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中基于接收到的与一个或多个选定的用户可配置扫描设置相对应的输入信号生成所述至少一个高分辨率扫描图像。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述一个或多个选定的用户可配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)可配置扫描参数。

5.根据权利要求4所述的方法，其中对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下至少一项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域以及删除感兴趣区域。

6.根据权利要求4所述的方法，其中可配置扫描参数包括以下至少一者：聚焦方法、AOI检测方法、放大倍率、聚焦层数以及聚焦层间距。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述可配置扫描参数还包括标签匿名化。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中扫描操作状态信息和初始扫描参数都显示在所述多个占位符的所述第二部分中。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中当在所述载玻片托盘中的所述对应位置没有载玻片时，填充在所述占位符的所述第二部分中的所述扫描操作状态信息是空状态字段。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中自动生成填充到所述多个占位符中的所述至少一者的所述第一部分的所述预览扫描图像，并且其中使用预先编程的扫描设置来获取所述自动生成的预览扫描图像。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述预编程的扫描设置包括聚焦方法和感兴趣区域检测方法中的至少一者。

12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述扫描操作状态信息包括字母数字指示、动画和彩色标记中的至少一者。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述载玻片扫描仪装置包括具有多个状态指示灯的外部面板，每个状态指示灯对应于所述多个占位符中的一者，并且其中为所述多个占位符中的任何单个占位符显示的所述彩色标记基本上与所述对应的单个状态指示灯的颜色相匹配。

14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括自动识别载玻片标签信息，并将所识别的载玻片标签信息填充到一个或多个元数据字段中。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述一个或多个元数据字段是DICOM属性。

16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括评估所述多个占位符中的至少一者内的所述预览扫描图像是否满足预定标准，其中对所述预览扫描图像的所述评估包括查看所述预览扫描图像的至少一个放大部分的焦点质量或图像对比度。

17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括显示叠加窗口，所述叠加窗口包括对填充到所述多个占位符中所述的至少一者的所述第一部分中的所述预览扫描图像的放大部分的渲染。

18.根据权利要求17所述的方法，其中对所述预览扫描图像的所述放大部分的所述渲染对应于使用输入装置选择的图像区域。

19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括将感兴趣区域叠加在填充到所述多个占位符中的所述至少一者的所述第一部分中的所述预览扫描图像上方。

20.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处利用所述生物样品的预览扫描图像依次填充所述多个占位符中的每一者，并且其中所述扫描操作状态信息被实时更新。

21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括接收载玻片托盘插入信号，所述载玻片托盘插入信号包括对所述载玻片托盘内的载玻片位置的数量的指示，并且其中基于载玻片位置的指示数量来确定要显示的所述多个非重叠占位符的数量。

22.一种用于生成高分辨率图像扫描的系统(100)，所述系统包括：(i)一个或多个处理器(102)；以及(ii)联接到所述一个或多个处理器(102)的一个或多个存储器(104)，所述一个或多个存储器(104)存储计算机可执行指令，所述计算机可执行指令在由所述一个或多个处理器执行时使所述系统(100)执行包括以下各项的操作：

(i)在显示装置(108)上显示具有多个载玻片位置的载玻片托盘的表示，其中所述表示包括多个占位符，每个占位符对应于所述多个载玻片位置中的一者；

(ii)利用从扫描装置(110)接收的扫描操作状态信息填充所述多个占位符中的每一者；

(iii)利用从所述扫描装置(110)接收的生物样品的扫描图像依次填充所述占位符中的每一者；以及

(iv)将信号传输到所述扫描装置(110)，以基于一个或多个选定的用户可配置扫描设置实现对位于所述载玻片托盘的一个或多个载玻片位置处的一个或多个显微镜载玻片的扫描。

23.根据权利要求22所述的系统，其进一步包括显示所述扫描图像中的至少一者的放大部分。

24.根据权利要求23所述的系统，其中所述放大部分显示在叠加查看器窗口中。

25.根据权利要求22至24中任一项所述的系统，其中所述一个或多个选定的用户可配置扫描设置包括：(i)对预先计算的感兴趣区域的调整；以及(ii)可配置扫描参数。

26.根据权利要求25所述的系统，其中对预先计算的感兴趣区域的所述调整包括以下至少一项：重新调整感兴趣区域的大小、重新定位感兴趣区域、重新定位焦点、创建新的感兴趣区域以及删除感兴趣区域。

27.根据权利要求26所述的系统，其中可配置扫描参数包括聚焦方法、AOI检测方法、放大倍率、聚焦层数以及聚焦层间距。

28.根据权利要求22至27中任一项所述的系统，其中所述扫描操作状态信息包括字母数字指示、动画和彩色标记中的至少一者。

29.根据权利要求28所述的系统，其中所述扫描装置包括具有多个状态指示灯的外部面板，每个状态指示灯对应于所述多个占位符中的一者，并且其中为所述多个占位符中的任何单个占位符显示的所述彩色标记基本上与所述对应的单个状态指示灯的颜色相匹配。

30.根据权利要求22至29中任一项所述的系统，其进一步包括自动识别所述扫描图像内的载玻片标签信息，并将所述载玻片标签信息填充到一个或多个元数据字段中。

31.根据权利要求30所述的系统，其中所述一个或多个元数据字段是DICOM属性。

32.一种存储用于利用载玻片扫描装置生成高分辨率图像扫描的指令的非暂态计算机可读介质，其包括：

显示多个非重叠占位符，每个占位符对应于插入所述载玻片扫描装置中的载玻片托盘的载玻片位置，其中每个占位符具有适于传达图像数据的第一部分和适于传达一个或多个数据字段的第二部分；

至少用扫描操作状态信息填充所述多个占位符中的每一者的所述第二部分；以及

利用位于所述载玻片托盘的所述对应载玻片位置处的所述生物样品的预览扫描图像来填充所述多个占位符中的至少一者的所述第一部分。

33.根据权利要求32所述的非暂态计算机可读存储介质，其进一步包括基于接收到的与一个或多个选定的用户可配置扫描设置相对应的输入信号生成所述至少一个高分辨率扫描图像。

34.根据权利要求32至33中任一项所述的非暂态计算机可读介质，其中提供指令以在将所述载玻片托盘插入所述载玻片扫描装置时自动发起扫描操作。

35.根据权利要求34所述的非暂态计算机可读介质，其中所述自动发起的扫描操作利用预设扫描设置。

36.根据权利要求35所述的非暂态计算机可读介质，其中，所述预设扫描设置包括聚焦方法和感兴趣区域检测方法中的至少一者。

37.一种利用扫描装置获取设置在基底上的生物样品的高分辨率扫描的方法，所述方法包括：

在图形用户接口上接收与用户可配置扫描设置相对应的第一用户输入；在图形用户接口上接收第二用户输入以基于所接收到的与所述用户可配置扫描设置相对应的一系列用户输入来发起扫描；以及

在所述图形用户接口上至少显示一个或多个占位符的可视化，所述一个或多个占位符填充有(i)扫描操作状态信息、(ii)图像数据和/或(iii)至少一部分所述用户可配置扫描设置中的一者或多者。

38.根据权利要求37所述的方法，其进一步包括接收第三用户输入以存储所述图像数据。

39.根据权利要求38所述的方法，其中对所述图像数据的所述存储进一步包括在存储之前生成所述图像数据的高分辨率扫描。

40.根据权利要求38至39中任一项所述的方法，其进一步包括接收第四用户输入以基于与用户可配置扫描设置相对应的修正的一系列用户输入来重新扫描图像数据。

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