CN111368132B - 基于dna序列存储音频或视频文件的方法及存储介质 - Google Patents

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Abstract

本发明公开一种基于DNA序列存储音频或视频文件的方法及存储介质。本发明的方法包括将待处理文件编码为二进制文件，并进一步转换得到碱基序列，同时将待处理文件转换得到波形图；将碱基序列按顺序与波形图的坐标对应，得到碱基与波形图坐标的对应关系图谱。将二进制字符进行转码以消除其中的重复字符串，然后将转换后的字符串再次编码，由此得到优化后的碱基序列，然后对重复序列采用标签定位替换法进行碱基平衡，由此得到编码碱基序列。本发明能够对音频及视频进行基于DNA序列的信息储存，具有提高的视频和音频编码及解码准确度。

Description

基于DNA序列存储音频或视频文件的方法及存储介质
技术领域
本发明涉及生物基因领域，具体地涉及DNA序列的信息存储，特别是基于DNA序列存储音频或视频的方法及存储介质。
背景技术
二十世纪以来，数据存储方式已经从磁带、软盘和CD等介质进化到了能够在无数微型晶体管中保存数据的精密提存储芯片。人类不断增长的数据已经对存储方式带来新的压力。在摩尔定律之下，硅芯片存储容量呈指数级增长，与此同时，人类产生的新的数字信息的速度同样呈现出了爆发式的增长状态。截止到2016年，数据用户每天生产超过440亿GB的数据。据IDC预测，到2025年将会超过4600亿GB，而全球当年产生的数据总量将达到160ZB(约160万亿GB)。而现状是自然界中很少有纯的存储器级硅元素，研究人员预测在2040年就会被消耗殆尽，所以需要开发新的存储技术。
近年来，随着DNA合成技术及DNA测序技术的突破性发展，DNA存储已成为了下一代存储技术的热点。DNA存储技术以其体积小、数据密度大、稳定性强、能耗极低等优势，成为解决未来因数据爆发产生系列危机的潜在技术路径之一。DNA分子是一种密集存储介质，1克DNA能够存储相当于大约300万张CD的信息量。此外，人工智能尤其是类脑智能的发展，硅基人工智能在未来或有向更高层次的碳基人工智能发展的可能性。因此，DNA存储技术可能将成为不可或缺的配套技术之一。
目前已开展了相关的DNA数据存储技术。例如，美国哈佛大学George Church团队采用CRISPR技术编辑DNA，将人手图像记录到大肠杆菌的基因组中，其读取准确率超过90％[Shipman S L,Nivala J,Macklis J D,et al.CRISPR-Cas encoding of a digitalmovie into the genomes of a population of living bacteria[J].Nature,2017,547(7663).]。
再例如，华盛顿大学和微软研究院的研究人员把35份相互独立的数据文件(大小约200MB)合成为DNA序列存储起来，并且精心设计特定的引物，标记每一个文件在DNA序列上的地址(如同硬盘的存储路径一样)[Organick L,Ang S D,Chen Y J,et al.Randomaccess in large-scale DNA data storage[J].Nature Biotechnology,2018.]。
再例如，CN109074424A公开了一种利用DNA存储文本信息的方法、其解码方法及应用，该方法包括通过编码，将文字编码为计算机二进制数字，再通过转码将二进制数字转换成DNA序列；人工合成此编码有文字信息的DNA序列，通过设计的连接接头对文字进行定位，按预设顺序将编码文字信息的DNA序列组装起来。该方法仅限制在文字的信息储存，形式较为单一，且为短序列，因此在较长序列经过组装，转码时的准确度有待提高。
综上所述，目前针对DAN序列存储的现有研究主要都应用在图片及文本上，对于利用DNA序列存储音频、视频等文件的研究较少，这主要的原因之一在于准确度差。目前还没有一种有效地方法来提高这些文件的编码及解码的准确度。
发明内容
针对现有技术中存在的至少部分技术问题，发明人进行了深入研究，通过利用音频及视频的波纹图像进行编码及解码矫正，同时对编码文件及编码序列进行转码和“标签定位替换”方法进行序列结构的调整及加密，不仅便于后期序列的合成编辑，同时也有效的提高了视频和音频编码及解码的准确度。至少部分地基于此完成了本发明。具体地，本发明包括以下内容。
本发明的第三方面，提供根据第一方面所述的基于DNA序列存储信息、编码及解码的方法或根据第二方面所述的基于DNA序列存储信息的装置在数据存储、数据读取、数据加密以及数据传输中的应用。
本发明存储信息的方法，提供了一种视频或音频格式文件在基于DNA序列进行信息存储的新方法，而且根据碱基与波形图坐标关系的校正、编码序列的高通量测序结果组装和校正以及标签定位替换，不仅便于后期序列的合成编辑，而且有效提高了视频和音频在编码和解码时的准确度，因此在数据存储、数据读取、数据加密以及数据传输领域具有广阔的应用前景。
附图说明
图1为本发明示例性实施例的编码及解码步骤简要流程示意图。
图2为本发明示例性实施例的Wav格式文件经matlab转换的波形图。
具体实施方式
现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为具体公开了该范围的上限和下限以及它们之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
[基于DNA序列存储音频或视频文件的方法]
本发明的第一方面，提供一种基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其包括以下步骤：
(1)将待处理文件编码为二进制文件，并进一步进行第一转换得到碱基序列；
(2)将待处理文件进行第二转换得到波形图；
(3)将所述碱基序列按顺序与所述波形图的坐标对应，得到碱基与波形图坐标的对应关系图谱；
(4)将所述二进制文件中的重复字符串转码为0/1串，并进一步将重复字符串转换为对应碱基，由此得到优化后的碱基序列；
(5)在优化后的碱基序列中，对重复序列采用标签定位替换法进行碱基平衡，由此完成编码得到编码碱基序列；
(6)合成得到核酸分子，其中核酸分子含有所述编码碱基序列，或核酸分子包含能够组装得到所述编码碱基序列的文库。
下述详细说明各步骤。
步骤(1)为将待处理文件进行第一转换得到碱基序列的步骤。已知音频或视频文件多为十六进制文件，为了得到碱基序列，优选地，通过已知的转换手段，例如调用Linux操作系统下使用vi命令，将待处理文件由十六进制转换为二进制0/1字符串文件。
在第一转换时按统一的规则将二进制字符串进行编码得到含有碱基序列的编码文件。优选地，使用二进制字符串中连续的两个字符与碱基A、G、C和T进行对应，得到第一转换的规则。即，将00、01、10、11四种双字符各自分别与A、G、C或T进行对应。在示例性实施方案中，按照00->C，01->T，10->A和11->G的规则进行转换。本领域技术人员已知，除了上述转换规则仅为一种示例性规则，本领域内完全还可以使用其他对应规则，例如00->A，01->C，10->T和11->G的规则，或00->G，01->T，10->C和11->A的规则。在优选的实施方案中，选择能够使转换得到的碱基序列中GC≤50％的规则进行转换。
步骤(2)是将待处理文件进行第二转换的步骤。通过第二转换将待处理文件转换为波形图，例如wav格式的文件。本发明通过利用波形图作为校验依据，可以排除信息存储过程中由于测序错误和生物存储过程中由于基因突变例如，插入、缺失或突变引起的信息变化，从而大大提高了存储，特别是长时间存储时的准确性。优选地，格式转换处理是将待处理文件转换为具有固定采样频率和列向量的一维数组数据的波形图。
步骤(3)是将得到的碱基序列按各碱基的先后顺序与波形图的坐标进行对应得到关系图谱的步骤。在建议对应关系时，优选地，可以按碱基序列从5’端至3’端，或3’端至5’端的顺序将碱基依次与波形图例如沿横坐标对应的位置进行对应。在对应的过程中，可以一个碱基对应于波形图坐标值中的一个或多个，也可以是多个碱基对应于波形图坐标值中的一个。例如一个碱基对应于3-10，3-5个坐标值。得到的关系图谱主要用于后续读取编码序列，即对碱基序列测序结果反转码的校准。
在示例性实施方案中，通过按序对应实现建立坐标值与碱基的对应关系。示例性地，当序列长度小于波形图坐标长度时，采取每个碱基按序对应n个坐标数值，其中n≥3，以此类推的方式建立对应关系。由此，得到碱基与波形坐标的对应关系图谱。
步骤(4)为对二进制文件进行优化的步骤，通过优化消除可能出现的重复字符串，例如00000000或11111111等。转码可通过例如异或运算进行。在具体实施方案中，将步骤(1)得到的二进制字符串文件用随机生成16位0/1字符串(例如，1001110110101101)，通过异或运算方法对矩阵中每个16位0/1字符串进行转码。通过步骤(4)的优化排除了由于多个连续重复碱基引起的序列合成或测序不准的问题，从而提高的存储的准确度。
步骤(5)为对步骤(4)得到的碱基序列进行进一步优化得到最终的编码碱基序列的步骤。具体地，包括在通过步骤(4)优化后的碱基序列中，对于重复序列采用标签定位替换法进行碱基平衡。优选地，对某一特定序列连续重复次数达到3次以上的序列进行部分特定规则替换。替换规则包含但不限于对某一个重复单元进行序列反向替换、序列反向互补替换、插入人造序列(>＝5bp)、合并重复序列等，并对替换序列增加唯一标签序列(>＝5bp)。
步骤(6)为人工合成得到编码碱基序列的步骤。其中包括利用合成生物学技术、CRISPR基因编辑等技术手段进行DNA碱基序列的整合或编辑。
除了上述步骤(1)-(6)外，本发明还可包括解码步骤。具体地，包括采用标签定位替换法的反向规则对序列进行还原，并根据第一转换的反向规则还原重复字符串，和还原得到文件的二进制文件。优选地，进一步根据还原得到的二进制文件得到音频或视频的步骤。
可选地，本发明的解码步骤，还包括从生物体内分离得到核酸分子，并对核酸分子进行测序得到核酸分子碱基序列的步骤。此处的生物体一般是信息存储时被引入含编码碱基序列的核酸分子的生物体或其后代。含编码碱基序列的核酸分子能够在生物体内进行传代繁殖。核酸分子的测序可通过已知方式进行，例如，二代高通量测序、三代测序等，或者结合二代测序及三代测序技术，从而得到整合或编辑的DNA碱基序列。优选地，将测序序列进行DNA组装，结合二代测序组装结果及三代测序组装结果进行相互纠错及矫正，最终得到高质量组装的一致性序列。
除了上述步骤(1)-(6)外，本发明还可包括校正步骤。具体地，其包括将还原的二进制文件按第一转换的规则得到反转码后的碱基序列，并将该碱基序列与波形坐标的图谱进行序列校正，修改测序错误及序列突变。
在示例性实施方案中，本发明的解码过程包括在高质量组装的一致性序列中，查找到唯一标签序列，按照“反标签定位替换”方法对序列进行还原，如果采用插入人造序列(>＝5bp)，则此时需要将该序列及标签序列拆除掉，以此还原优化前的序列。进一步将得到的还原序列进行解码，例如按照C->00，T->01，A->10及G->11进行替换，生成二进制的0/1串文件。然后，将得到的二进制的0/1串文件进行反转码，还原之前的0/1串二进制文件。将得到的0/1串二进制文件，按照00->C，01->T，10->A及11->G进行替换，生成反转码后的ATCG的碱基序列。根据之前得到的碱基与波形坐标的图谱进行序列校正，修正测序错误导致的碱基识别错误及序列中的插入、缺失及替换的部分。最后，将修正后的碱基序列进行解码，按照C->00，T->01，A->10及G->11进行替换，生成二进制的0/1串，将将二进制的0/1串编码成十六进制文件，再将十六进制文件进行还原处理，即得到原待处理的视频及音频，完成解码。
本领域技术人员应理解，只要能够实现本发明的目的，在上述步骤(1)-(6)前后，或这些任意步骤之间还可包含其他步骤或操作，例如进一步优化和/或改善本发明所述的方法。
[生物存储介质]
本发明的第二方面，提供一种生物存储介质，其包含本发明的方法得到的核酸分子。生物存储介质可以以分子形式存在，也可以具有能够自我复制或繁殖的个体，包括单个细胞的生物体，也包括多细胞构成的生物体。作为单个细胞的生物体的实例包括大肠杆菌、酵母细胞等。多细胞构成的生物体的实例包括植物、动物等。
实施例
选取1例文件大小为20KB、时间长度为18秒的音频文件进行本实施例的编码与解码处理，具体步骤如下：
1.将该音频文件在Linux系统下利使用vi命令打开，输入:％！xxd命令将其转成十六进制编码文件，然后将其进行二进制编码转换，得到0/1编码的二进制字符串文件BF1；
2.将二进制编码后的0/1串，按照00->C，01->T，10->A及11->G进行替换，生成大小长度为74,888bp的ATCG的碱基序列S1，该序列的GC含量为62.995％；
3.将该音频文件进行wav格式转换，得到文件大小为406KB的wav格式文件，使用Matlab软件打开wav格式文件，得到207,360x 1的一维数组的音频数据，其采样频率fs为11,025，并做成波形图，波形图如图2所示；
4.将碱基序列与波形图的坐标进行按序对应，由于序列长度小于波形图坐标长度，所以采取每个碱基按序对应多个坐标数值，即一个碱基对应3个坐标值，以此类推，得到碱基与波形坐标的对应关系图谱；
5.优化1中得到的二进制编码文件BF1，随机生成16位0/1字符串1001110110101101，利用异或运算方法(BF1^1001110110101101)对编码文件矩阵中的每个16位0/1字符串进行转码，得到文件BF2；
6.将转码后的0/1串，按照00->C，01->T，10->A及11->G进行替换，得到转码后的优化序列S2，该序列的GC含量为43.33％；
7.优化转码后的序列，对高度重复序列采取“标签定位替换”的方法进行碱基平衡，定位到TACATTCA及ATGTAAGT序列为高度重复序列，标签序列为TACGTTGCAT，对两种序列连续重复次数达到3次以上的序列进行部分特定规则替换，该规则定义为AA’AA’AA’……以此类推，其中A’是A的反向互补序列，即TACATTCATACATTCATACATTCA替换成TACGTTGCAT-TACATTCATGAATGTATACATTCA-TACGTTGCAT，ATGTAAGTATGTAAGTATGTAAGT替换成TACGTTGCAT-ATGTAAGTACTTACATATGTAAGT-TACGTTGCAT，以此类推，得到优化后的序列S3，该序列长度为75,788bp，GC含量为43.27％，其序列如SEQ ID No.1所示；
8.编码完成，将优化后的DNA序列S3进行二代测序平台的实验建库，分别建不同插入片段大小的文库，这里不同插入片段大小的文库分别是130bp，260bp、350bp、500bp和650bp以及mate-pair 2K的大片段文库，利用Illumina Hiseq2500测序平台分别对文库进行测序，得到各文库的二代原始测序数据。将优化后的DNA序列进行三代测序平台的实验建库，利用Oxford Nanopore Technologies(ONT)MinIon测序仪进行测序，得到三代原始测序数据；
9.将各文库的二代原始测序数据利用Velvet软件进行组装，得到高质量的二代一致性consequence DNA序列。将三代原始测序数据利用FlyE软件进行组装，并利用Pilon软件结合二代测序数据进行校准，得到高质量的三代组装一致性consequence DNA序列及相应的“突变”文件。将二代及三代组装得到的序列利用BLAST软件进行比对，利用MUMMER软件进行共线性分析，得到的结果结合“突变”文件对组装后的DNA序列进行纠错及校准，最终得到高质量组装的序列S4，长度为74,999bp，GC含量为43.36％，与S3的一致率为98.96％，其序列如SEQ ID No.:2所示；
10.将高质量组装的序列S4进行解码，首先查找到唯一标签TACGTTGCAT，然后对其中间的序列进行“反标签定位替换”并去掉唯一标签序列TACGTTGCAT，即将TACGTTGCAT-TACATTCATGAATGTATACATTCA-TACGTTGCAT替换成TACATTCATACATTCATACATTCA，TACGTTGCAT-ATGTAAGTACTTACATATGTAAGT-TACGTTGCAT替换成ATGTAAGTATGTAAGTATGTAAGT，以此类推，得到解码的序列S5；
11.将10中得到的高质量组装的序列S5进行解码，按照C->00，T->01，A->10及G->11进行替换，生成二进制的0/1串文件BF3；
12.将11中得到的二进制的0/1串文件BF3进行反转码，BF3^1001110110101101，提到0/1串二进制文件BF4；
13.将12中得到的0/1串二进制文件BF4，按照00->C，01->T，10->A及11->G进行替换，生成反转码后的ATCG的碱基序列S6；
14.利用4得到的碱基与波形坐标的对应关系图谱进行序列校正，修正序列中的碱基测序、组装的错误及碱基替换错误，填补缺失的碱基序列，删除矫正增加的碱基序列，得到矫正后的序列S7；
15.将修正后的碱基序列S7进行解码，按照C->00，T->01，A->10及G->11进行替换，生成二进制的0/1串文件BF5；
16.将二进制的0/1串文件BF5编码成十六进制文件，在Linux系统下vi命令新建一个文件，将十六进制文件复制进此文件中，输入:％！xxd-r命令，输入wq保存退出，解码完成，得到最终的原音频文件。
尽管本发明已经参考示例性实施方案进行了描述，但应理解本发明不限于公开的示例性实施方案。在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的示例性实施方案做多种调整或变化。权利要求的范围应基于最宽的解释以涵盖所有修改和等同结构与功能。
序列表
<110> 元码基因科技（北京）股份有限公司
<120> 基于DNA序列存储音频或视频文件的方法及存储介质
<141> 2020-02-28
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 75788
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 1
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<213> Artificial Sequence
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tacatcgaac gttagtatgt aaatcgttaa gggtggggtt atgtaagtat ggaaacaaaa 60
acatccagtg ctatgtttgg cctcgaaaac ctttctcgat tcaagtaatc tgaattgggg 120
gactccgtca ataaatcagc aagtatgaac ggacctaagt atgttcgccc gtaagcgtat 180
catatcatgc gtctataagt atcacggtta catcgaacgt tagtattgaa gcgggtaacg 240
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gcgaaccctt tgtttgtaca gccatggatg ggtacgttgc atatgtaagt acttacatat 74520
gtaagtactt acatatgtaa gtacttacat tacgttgcat tacatcgaac gttagtaggt 74580
aaattattaa agctggggtt tacgttgcat atgtaagtac ttacatatgt aagtacttac 74640
atatgtaagt acttacatat gtaagtactt acatatgtaa gtacgtactt acatatgtaa 74700
gtacttacat atgtaagtac ttacatatgt aagtacttac atatgtaagt acttacatat 74760
gtaagttacg ttgcattaca tcgaacgtta gtaagaaagt atgtaagggc ctaagttacg 74820
ttgcatatgt aagtacttac atatgtaagt acttacatat gtaagtactt acatatgtaa 74880
gtacttacat atgtaagtac ttacatatgt aagtacttac atcatatgta agtacttaca 74940
tatgtaagta cttacatatg taagtactta catatgtaag ttacgttgca tatgtaatg 74999

Claims (10)

1.一种基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)将待处理文件编码为二进制文件，并进一步进行第一转换得到碱基序列；
(2)将待处理文件进行第二转换得到波形图；
(3)将所述碱基序列按顺序与所述波形图的坐标对应，得到碱基与波形图坐标的对应关系图谱；
(4)将二进制字符进行转码以消除其中的重复字符串，然后将转换后的字符串再次编码，由此得到优化后的碱基序列，其中，所述转码包括随机生成字符串，通过异或运算方式对矩阵中每个字符串进行转码；
(5)在优化后的碱基序列中，对重复序列采用标签定位替换法进行碱基平衡，由此完成编码得到编码碱基序列，其中，标签定位替换法包括重复单元内序列反向替换、序列反向互补替换、插入人工序列、合并重复序列，并对替换序列增加唯一标签序列；
(6)合成得到核酸分子，其中核酸分子含有所述编码碱基序列，或核酸分子包含能够组装得到所述编码碱基序列的文库。
2.根据权利要求1所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，进一步包括将步骤(6)的核酸分子导入生物体进行存储的步骤。
3.根据权利要求1或2所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，进一步包括对所述核酸分子或从生物体分离的核酸分子或其后代进行测序的步骤。
4.根据权利要求1所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，步骤(1)中，第一转换的规则为使00、01、10、11各自分别对应于A、T、C或G；第二转换中将音频或视频转换为wav格式文件。
5.根据权利要求1所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，步骤(3)包括使1个碱基对应1个或多个坐标数值；或者使1个坐标数值对应1个或多个碱基，由此得到碱基与波形坐标的对应关系图谱。
6.根据权利要求1所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，步骤(4)中，所述重复字符串是指二进制字符所对应的碱基连续重复4次以上的字符串，通过异或运算将重复字符串转码为0/1串，并按第一转换相同的规则转换为碱基序列。
7.根据权利要求1所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，步骤(5)中的重复序列是指特定碱基序列内连续重量次数为3次以上的序列。
8.根据权利要求1所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，进一步包括解码步骤，其包括采用标签定位替换法的反向规则对序列进行还原，并根据第一转换的反向规则还原重复字符串，和还原得到文件的二进制文件。
9.根据权利要求8所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法，其特征在于，进一步包括校正步骤，其包括将还原的二进制文件按第一转换的规则得到反转码后的碱基序列，并将该碱基序列与波形坐标的图谱进行序列校正，修改测序错误及序列突变，将修改后的碱基序列进行解码得到二进制文件，并进一步编码为待处理文件原始格式得到还原的音频或视频。
10.一种生物存储介质，其特征在于，其包含根据权利要求1-7任一项所述的基于DNA序列存储音频或视频文件的方法得到的核酸分子。
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