CN110764934B - 面向数值模型的并行通信方法、装置、系统和存储介质 - Google Patents
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Abstract
本发明提供面向数值模型的并行通信方法、装置、系统和存储介质,方法包括:将网格点编号分配给水平二维子网格上的每个网格点;使第一进程和其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号和影像区所包含的网格点的网格点编号;根据第一进程所记录的影像区所包含的第一网格点的网格点编号,并根据其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,确定第一进程对应的影像区所包含的第一网格点的数据来自第二进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第二网格点;建立第一进程的影像区所包含的第一网格点与第二进程的计算区所包含的第二网格点之间的映射关系,以将第二网格点的数据传递到第一网格点。
Description
技术领域
本发明涉及面向数值模型的并行通信技术,尤其涉及一种面向数值模型的并行通信方法、装置、系统和存储介质。
背景技术
地球系统模型是气候演变规律研究、未来气候预测和无缝隙数值预报所不可或缺的科学工具,由分别模拟大气、陆面、海洋和海冰等地球系统圈层的分量模型通过耦合器的耦合构成。地球系统模型的所有分量模型均是基于格网的数值模型(Numerical Model),即将要模拟的区域(水平二维或空间三维)划分为若干互不重叠的格点,也称原子区域,并在所有格点上进行协同计算。对一个区域而言,划分出来的格点越多,则模拟的分辨率越高,模拟过程的计算量也就越大。
目前,计算节点和处理器核越来越多的高性能计算机给很多应用程序的加速运行带来了机会,这也包括上述格网数值模型。为了在高性能计算机上取得较好的加速效果,应用程序需要被编写为高效的并行版本。消息传递接口(Message Passing Interface,MPI)是一种被广泛使用的并行编程库,既可以在不同计算节点之间,也可以在同一节点内的不同处理器核之间实现并行计算。无论国内外,绝大多数分量模型都具备了基于MPI的并行版本。
在研制数值模型的并行版本时,研发人员首先需要把模型网格的所有网格点分派给不同进程,以便进行并行计算。例如,图1中方形网格区域被划分为4个互不重叠的子区域(计算区),而每个子区域又被划分为若干个网格点(图未示),每个子区域中的所有网格点由一个进程负责计算。数值模型的方法会引入网格点之间的依赖关系,即在计算一个网格点上的数据时,需要使用其他网格点上的数据;这意味着在多个进程进行并行计算的过程中,一个进程会使用其他进程所负责计算的网格点上的数据。因此,一个进程不仅需要存放其所负责计算的网格点的数据,还需要存放其所需的由其他进程负责计算的网格点的数据。对于一个进程来说,由其负责计算的若干网格点所组成的区域被称为计算区,而其需要使用但不需计算的若干网格点组成的区域被称为影像区,即其他进程计算结果的影子;由计算区和影像区共同组成的区域被称为并行剖分区域。例如,参照图1,图2中四边为实线的子区域为各进程的计算区,实线与虚线间的阴影为影像区,有两边为虚线的矩形子区域为并行剖分区域。可以看出,影像区通常位于计算区的外围。
上述情况中,一个进程影像区中的网格点的数据由其他进程计算。当该进程需要使用影像区中的数据时,需要在该进程与其他各进程间完成针对影像区的数据交换,即基于通信方式把其他进程计算出来的部分数据传递到该进程的影像区中,这就需要根据并行剖分和网格点间的依赖关系建立进程间的通信关系,例如确定一个MPI进程与哪些MPI进程进行数据交换,并在交换数据过程中,完成数据的打包、通信、拆包等。为了简化程序实现,往往需要研发与应用针对特定网格点和特定并行剖分的并行通信库。
对于数值模型并行版本的研制而言,研发人员面临着一系列挑战。一方面,并行剖分越复杂,研发人员需投入更多时间来设计研发用于建立通信关系的程序;另一方面,当数值模型所使用的网格、并行剖分或数值方法发生改变时,往往需要重新研制并行通信库,甚至研发数值模型新的并行版本。现有技术中,最常用的水平二维子网格就是经纬网格,但随着数值模型的快速发展,出现了很多新型水平二维子网格,例如高斯归约网格、三极网格、球面立方网格、正二十面体网格、阴阳网格、局部加密的网格等,而这些新型网格对应的并行剖分、数值方法等也更加复杂。
因此,在数值模型快速发展的背景下,本领域的技术人员需要在克服越来越多困难的基础上,不断研发数值模型的并行版本。
发明内容
为了解决上述问题,本发明提供一种面向数值模型的并行通信方法、装置、系统和存储介质。
第一方面,本发明提供了一种面向数值模型的并行通信方法,所述数值模型将多维空间划分为若干子网格,其中包括由若干网格点构成的水平二维子网格,所述水平二维子网格上形成有多个并行剖分区域,每个所述并行剖分区域的数据存储在一个进程中,所述进程对应的并行剖分区域包括计算区和影像区,所述计算区所包含的网格点的数据由所述进程负责计算,所述影像区所包含的网格点的数据由其他进程负责计算,所述方法包括如下步骤:
S1、将网格点编号分配给所述水平二维子网格上的每个网格点,以使每个所述网格点拥有相对于所述水平二维子网格唯一的网格点编号;
S2、使第一进程和所述其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号和影像区所包含的网格点的网格点编号;
S3、根据所述第一进程所记录的影像区所包含的第一网格点的网格点编号,并根据所述其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若所述第一网格点编号和所述其他进程中第二进程对应的计算区所包含的第二网格点的网格点编号相同,确定所述第一进程对应的影像区所包含的第一网格点的数据来自所述其他进程中第二进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第二网格点;
S4、建立所述第一进程对应的影像区所包含的所述第一网格点与所述第二进程对应的计算区所包含的所述第二网格点之间的映射关系,以将所述第二网格点的数据传递到所述第一网格点,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
进一步,所述方法还包含:
S5、根据所述第一进程所记录的影像区所包含的第三网格点的网格点编号,并根据所述其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若所述第三网格点编号和所述其他进程中第三进程对应的计算区所包含的第四网格点的网格点编号相同,确定所述第一进程对应的影像区所包含的第三网格点的数据来自所述其他进程中第三进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第四网格点;
S6、建立所述第一进程对应的影像区所包含的所述第三网格点与所述第三进程对应的计算区所包含的所述第四网格点之间的映射关系,以将所述第四网格点的数据传递到所述第二网格点。
优选的,所述步骤S1和S2还包括:
S1-1、将并行剖分编号分配给所述并行剖分区域中的每个网格点,以使所述水平二维子网格上的每个所述并行剖分区域中的网格点拥有唯一的并行剖分编号;
S2-1、使第一进程和所述其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的并行剖分编号和影像区所包含的网格点的并行剖分编号;
其中,所述并行剖分编号表示所述并行剖分区域中所包含的网格点的数据在所述并行剖分区域对应的进程中的存储位置编号。
优选的,所述步骤S3还包括:
S3-1、所述第一网格点对应的并行剖分编号为第一并行剖分编号,所述第二网格点对应的并行剖分编号为第二并行剖分编号,以明确所述第一网格点和所述第二网格点的数据分别在所述第一进程和所述第二进程中的存储位置。
优选的,所述网格点的数据至少包括下列各项中的一项:大气模式的气度,风速,气压和湿度;海洋模式的海温、流速和盐度。
优选的,所述步骤S1之前还包括:
注册所述水平二维子网格,并获得所述水平二维子网格的唯一网格标识。
优选的,所述注册所述水平二维子网格包括:
记录所述水平二维子网格的范围,所述网格点的数量,各所述网格点的中心坐标值,各所述网格点所有顶点的坐标值,坐标值的单位和各所述网格点的面积。
第二方面,本发明提供了一种面向数值模型的并行通信装置,所述数值模型将多维空间划分为若干子网格,其中包括由若干网格点构成的水平二维子网格,所述水平二维子网格上形成有多个并行剖分区域,每个所述并行剖分区域的数据存储在一个进程中,所述进程对应的并行剖分区域包括计算区和影像区,所述计算区所包含的网格点的数据由所述进程负责计算,所述影像区所包含的网格点的数据由其他进程负责计算,所述装置包括:
网格点编号分配模块,用于将网格点编号分配给所述水平二维子网格上的每个网格点,以使每个所述网格点拥有相对于所述水平二维子网格唯一的网格点编号;
进程管理模块,用于使第一进程和所述其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号和影像区所包含的网格点的网格点编号;
网格点匹配模块,根据所述第一进程所记录的影像区所包含的第一网格点的网格点编号,并根据所述其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若所述第一网格点编号和所述其他进程中第二进程对应的计算区所包含的第二网格点的网格点编号相同,确定所述第一进程对应的影像区所包含的第一网格点的数据来自所述其他进程中第二进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第二网格点;
通信映射建立模块,建立所述第一进程对应的影像区所包含的所述第一网格点与所述第二进程对应的计算区所包含的所述第二网格点之间的映射关系,以将所述第二网格点的数据传递到所述第一网格点,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
第三方面,本发明提供了一种面向数值模型的并行通信系统,包括处理器和存储器,所述存储器存储有计算机程序,所述计算机程序被所述处理器执行时,实现上述任一种方法。
第四方面,本发明提供了一种存储介质,存储有计算机可读程序,所述计算机可读程序在被处理器执行时,实现上述任一种方法。
与现有技术相比,本发明具有如下优点或有益效果:
本发明的面向数值模型的并行通信方法和装置,一方面使得模型研发人员可以便捷完成数值模型并行版本的研发,另一方面也可以使同一并行版本支持更多类型的水平二维子网格、并行剖分和数值方法,即使得在更新模型的网格或并行剖分、或因更新数值方法而需要调整网格点间依赖关系时,无需研发新的并行版本。
1)通用性:支持任意类型水平二维子网格,支持多维网格,支持水平二维子网格上的任意并行剖分,支持任意影像区设置,支持不同维度变量及任意维度顺序。
2)便捷易用性:将根据并行剖分和网格点间依赖关系自动建立进程间的通信关系,在进程间需要交换数据时,自动完成数据的打包、通信、拆包,即影像区数据填充等。
3)高效性:支持把多个变量聚合起来一次性完成数据交换,以提高通信的效率;支持异步通信模型,即通信过程可与计算过程重叠,以降低通信开销的影响,并支持异步通信模型与同步通信模型的便捷切换。
附图说明
通过结合附图阅读下文示例性实施例的详细描述可更好地理解本公开的范围,其中所包括的附图是:
图1为相关技术中数值模型的网格划分示意图;
图2为相关技术中数值模型的网格的并行剖分示意图;
图3为根据本发明实施例一的面向数值模型的并行通信方法的流程图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面结合附图以及实施例来详细说明本发明的实施方案,借此对本发明如何应用技术手段来解决技术问题,并达成技术效果的实现过程能充分理解并据以实施。
实施例一
图3是本发明实施例一的面向数值模型的并行通信方法的流程图,以下结合图3对本发明实施例一的每个步骤进行详细说明。
如图3所示,本发明提供一种面向数值模型的并行通信方法,所述数值模型将多维空间划分为若干子网格,其中包括由若干网格点构成的水平二维子网格,所述水平二维子网格上形成有多个并行剖分区域,每个所述并行剖分区域的数据存储在一个进程中,所述进程对应的并行剖分区域包括计算区和影像区,所述计算区所包含的网格点的数据由所述进程负责计算,所述影像区所包含的网格点的数据由其他进程负责计算,所述方法包括如下步骤:
S1、将网格点编号分配给水平二维子网格上的每个网格点,以使每个网格点拥有相对于水平二维子网格唯一的网格点编号。
如表1所示,本实施例中,水平二维子网格上的每个网格点示意性的分配了唯一的网格点编号。
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 |
16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 |
31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 |
46 | 47 | 48 | 49 | 50 | 51 | 52 | 53 | 54 | 55 | 56 | 56 | 58 | 59 | 60 |
61 | 62 | 63 | 64 | 65 | 66 | 67 | 68 | 69 | 70 | 71 | 72 | 73 | 74 | 75 |
76 | 77 | 78 | 79 | 80 | 81 | 82 | 83 | 84 | 85 | 86 | 87 | 88 | 89 | 90 |
91 | 92 | 93 | 94 | 95 | 96 | 97 | 98 | 99 | 100 | 101 | 102 | 103 | 104 | 105 |
106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 | 114 | 115 | 116 | 117 | 118 | 119 | 120 |
表1具有网格点编号的网格点构成的水平二维子网格
表2显示了以表1的水平二维子网格为基础,进行并行剖分的示意表。其中,为了清楚,仅显示了部分并行剖分区域。
表2水平二维子网格的并行剖分
如表2所示,显示了该水平二维子网格包含的三个并行剖分区域,其中包括第一并行剖分区域,范围大小为5行10列,网格点编号为【4-13】【19-28】【34-43】【49-58】【64-73】;第二并行剖分区域,范围大小为6行7列,网格点编号为【1-7】【16-22】【31-37】【46-52】【61-67】【76-82】;第三并行剖分区域,范围大小为6行5列,网格点编号为【41-45】【56-60】【71-75】【86-90】【101-105】【116-120】。
在本实施例中,第一并行剖分区域可由第一进程负责,其中中间黑体字的网格点编号的区域为第一进程负责计算和存储的计算区,例如网格点编号【6-11】或【51-56】。而只由第一进程负责存储的区域为该第一进程负责的影像区,例如网格点编号【4-5】【12-13】或【64-73】。第二并行剖分区域可由第二进程负责,其中左边斜体黑字的网格点编号的区域为第二进程负责计算和存储的计算区,例如网格点编号【1-5】或【61-65】。而只由第二进程负责存储的非斜体字区域为该第二进程负责的影像区,例如网格点编号【6-7】【66-67】…【76-82】。第三并行剖分区域可由第三进程负责,其中右边斜体黑字的网格点编号的区域为第三进程负责计算和存储的计算区,例如网格点编号【57-60】或【117-120】。而只由第二进程负责存储的区域为该第二进程负责的影像区,例如网格点编号【41-45】【56】或【116】。
S2、使第一进程和其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号和影像区所包含的网格点的网格点编号。
在本实施例中,使第一进程记录第一并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号,即步骤S1中所提到的中间黑体字的网格点的网格点编号,即【6-11】【21-26】【36-41】【51-56】;并使第一进程记录第一并行剖分区域中的影像区所包含的网格点的网格点编号,即【4-5,12-13】【19-20,27-28】【34-35,42-43】【49-50,57-58】【64-73】。使第二进程记录第二并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号,即步骤S1中所提到的左边斜体黑字的网格点的网格点编号,即【1-5】【16-20】【31-35】【46-50】【61-65】;并使第二进程记录第二并行剖分区域中的影像区所包含的网格点的网格点编号,即【6-7】【21-22】【36-37】【51-52】【66-67】【76-82】。使第三进程记录第三并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号,即步骤S1中所提到的右边边斜体黑字的网格点的网格点编号,即【57-60】【72-75】【87-90】【102-105】【117-120】;并使第三进程记录第三并行剖分区域中的影像区所包含的网格点的网格点编号,即【41-45】【56,71,86,101,116】。
S3、根据第一进程所记录的影像区所包含的第一网格点的网格点编号,并根据其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若第一网格点编号和其他进程中第二进程对应的计算区所包含的第二网格点的网格点编号相同,确定第一进程对应的影像区所包含的第一网格点的数据来自其他进程中第二进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第二网格点。
在本实施例中,第一网格点可为第一进程所记录的影像区所包含的部分网格点中的任意一个,例如,可为网格点【5】。然后,根据第二进程和第三进程所记录的各自的计算区所包含的网格点的网格点编号,确定第一进程的影像区的网格点编号为【5】的第一网格点的数据来自第二进程对应的计算区所包含的网格点编号记录为【5】的第二网格点。
S4、建立第一进程对应的影像区所包含的第一网格点与第二进程对应的计算区所包含的第二网格点之间的映射关系,以将第二网格点的数据传递到第一网格点,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
在本实施例中,建立第一进程对应的影像区所包含的第一网格点【5】与第二进程对应的计算区所包含的第二网格点【5】之间的映射关系,以将第二网格点【5】的数据传递到第一网格点【5】,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
S5、根据第一进程所记录的影像区所包含的第三网格点的网格点编号,并根据其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若第三网格点编号和其他进程中第三进程对应的计算区所包含的第四网格点的网格点编号相同,确定第一进程对应的影像区所包含的第三网格点的数据来自其他进程中第三进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第四网格点。
在本实施例中,第三网格点可为第一进程所记录的影像区所包含的部分网格点中的任意一个,例如,可为网格点【57】。然后,根据第二进程和第三进程所记录的各自的计算区所包含的网格点的网格点编号,确定第一进程的影像区的网格点编号为【57】的第三网格点的数据来自第三进程对应的计算区所包含的网格点编号记录为【57】的第四网格点。
S6、建立第一进程对应的影像区所包含的第三网格点与第三进程对应的计算区所包含的第四网格点之间的映射关系,以将第四网格点的数据传递到第二网格点。
在本实施例中,建立第一进程对应的影像区所包含的第三网格点【57】与第三进程对应的计算区所包含的第四网格点【57】之间的映射关系,以将第四网格点【57】的数据传递到第三网格点【57】,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
以此类推,可实现同一水平二维子网格中平行剖分区域间的数据传输,即进程间的数据传输,而且不限于并行剖分的方法,数值计算方法或水平二维子网格的类型,例如一维子网格或多维网格。
本实施例中的各步骤并不限制各步骤的执行顺序,不排除某些步骤可同时执行或无序执行。
在本实施例中,网格点的数据可为大气模式的气度,风速,气压和湿度或海洋模式的海温、流速和盐度中的一种或多种。
实施例二
在本实施例中,在实施例一的基础上引入了并行剖分编号的概念,即为并行剖分区域中的每个网格点分配唯一的并行剖分编号。并行剖分编号表示并行剖分区域中所包含的网格点的数据在该并行剖分区域对应的进程中的存储位置编号,以便于数据的在进程中的存储和提取。
本实施例的面向数值模型的并行通信方法,步骤S1、S2和S3分别还包括:
S1-1、将并行剖分编号分配给所述并行剖分区域中的每个网格点,以使所述水平二维子网格上的每个所述并行剖分区域中的网格点拥有唯一的并行剖分编号。
以第一进程负责的第一并行剖分区域为例,如表3所示,每个网格点以(m,n)的形式表示,其中m表示该网格点的并行剖分编号,n表示该网格点的网格点编号。(m,-)表示该网格点为第一进程负责的影像区。这样的设置为可将数据更为灵活的存储在影像区。
(1,-) | (2,-) | (3,6) | (4,7) | (5,8) | (6,9) | (7,10) | (8,11) | (9,-) | (10,-) |
(11,-) | (12,-) | (13,21) | (14,22) | (15,23) | (16,24) | (17,25) | (18,26) | (19,-) | (20,-) |
(21,-) | (22,-) | (23,36) | (24,37) | (25,38) | (26,39) | (27,40) | (28,41) | (29,-) | (30,-) |
(31,-) | (32,-) | (33,51) | (34,52) | (35,53) | (36,54) | (37,55) | (38,56) | (39,-) | (40,-) |
(41,-) | (42,-) | (43,-) | (44,-) | (45,-) | (46,-) | (47,-) | (48,-) | (49,-) | (50,-) |
表3具有并行剖分编号和网格点编号的网格点构成的第一并行剖分区域
例如,参考表4,可将上文提到的网格点编号为【5】的第二进程的计算区的网格点的数据存储在表1中第一进程的影像区中的任意网格点(m,-),其中,只要指定第一进程中的网格点的并行剖分编号,例如可为(1,-)。如此,对于第一进程来说,数据存储位置有了更多的选择,也便于查找和提取。
(1,1) | (2,2) | (3,3) | (4,4) | (5,5) | (6,-) | (7,-) |
(8,16) | (9,17) | (10,18) | (11,19) | (12,20) | (13,-) | (14,-) |
(15,31) | (16,32) | (17,33) | (18,34) | (19,35) | (20,-) | (21,-) |
(22,46) | (23,47) | (24,48) | (25,49) | (26,50) | (27,-) | (28,-) |
(29,61) | (30,62) | (31,63) | (32,64) | (33,65) | (34,-) | (35,-) |
(36,-) | (37,-) | (38,-) | (39,-) | (40,-) | (41,-) | (42,-) |
表4具有并行剖分编号和网格点编号的网格点构成的第二并行剖分区域
S2-1、使第一进程和所述其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的并行剖分编号和影像区所包含的网格点的并行剖分编号。
需要注意的是,每个进程所对应的并行剖分区域中的网格点的并行剖分编号是独立进行编号的,相互之间没有影响。
S3-1、所述第一网格点对应的并行剖分编号为第一并行剖分编号,所述第二网格点对应的并行剖分编号为第二并行剖分编号,以明确所述第一网格点和所述第二网格点的数据分别在所述第一进程和所述第二进程中的存储位置。
在本实施例中,网格点编号为【5】的第一进程的第一网格点的并行剖分编号为【2】,第一网格点表示为(2,5),表示数据存储在了第一进程中并行剖分编号为【2】存储位置。网格点编号为【5】的第二进程的第二网格点的并行剖分编号为【5】,第二网格点表示为(5,5),表示数据存储在了第二进程中并行剖分编号为【5】存储位置。
在本实施例中,首先进程间根据相同的网格点编号建立网格点之间的映射关系,而后根据并行剖分编号确定数据交换后在一进程中的存储位置,在本实施例中,该进程为第一进程。
实施例三
本发明还提供了一种面向数值模型的并行通信库,所述数值模型将多维空间划分为若干子网格,其中包括由若干网格点构成的水平二维子网格,所述水平二维子网格上形成有多个并行剖分区域,每个所述并行剖分区域的数据存储在一个进程中,所述进程对应的并行剖分区域包括计算区和影像区,所述计算区所包含的网格点的数据由所述进程负责计算,所述影像区所包含的网格点的数据由其他进程负责计算,所述面向数值模型的并行通信库包括以下模块:
1)通用网格管理模块。该模块采用通用方式来统一管理不同类型的水平二维子网格,记录水平二维子网格的范围、格点数、各网格点中心的坐标值、各网格点所有顶点的坐标值、坐标值的单位、各网格点是否有效的标记、各网格点的面积等;统一管理多种类型的一维子网格,记录一维子网格的格点数、各格点中心的坐标值、坐标值的单位等;统一管理包括水平二维子网格在内的多维网格,支持用户构建由一个水平二维子网格和若干一维子网格联合构成三维或四维网格,记录多维网格与其子网格间的相互关系等。在用户构建多维网格时,支持对维度顺序的灵活设置,例如:对于三维网格,用户可以把维度顺序设置为“水平+垂直”(水平方向在低维、垂直方向在高维)或者“垂直+水平”。
2)通用并行剖分管理模块。该模块采用通用方式来统一管理任意水平二维子网格上的任意并行剖分。在各个进程中,其记录并行剖分中各网格点在对应水平二维子网格中的网格点编号和并行剖分编号。
3)通用影像区管理模块。该模块采用通用方式来统一管理水平二维子网格与任意并行剖分上的任意影像区设置,一个并行剖分可包含影像区,而影像区中所有网格点的网格点编号可被标记为同一个特殊值“-”。
4)通用变量管理模块。该模块采用统一方式来管理对应于任意网格、任意并行剖分和任意数据类型(如整数、单精度浮点、双精度浮点等)的变量,其中将管理各变量的元信息(包含网格、并行剖分、数据类型等)和内存空间。该模块支持一个变量在同一进程内的连续或离散内存空间。
5)影像区交换操作管理模块。该模块支持用户构建由若干变量(如大气模式的气度、风速、气压、湿度等;海洋模式的海温、流速、盐度等)组成的进程间的变量交换操作、并在模式运行过程中运行进程间的变量交换操作,以完成进程间若干变量的值针对影像区的交换。
6)自动通信映射关系与并行通信管理模块。该模块根据变量在给定水平二维子网格上的并行剖分和影像区设置,自动建立进程间的通信映射关系;针对有通信映射关系的一对进程,自动实现它们之间的数据通信,且不同进程对之间可同时进行通信、即并行通信;支持异步通信模式,支持用户对同步或异步通信模式的便捷选定;在调用并行通信前后,自动完成同一影像区交换操作中多个变量相关数据的打包/拆包(即自动将数据值放到变量影像区的相应位置)。通信映射关系指的是:一个进程需要将其负责计算的部分水平格点对应的变量值传递到另一进程变量的影像区中。
在本实施例中,进程间的数据交换参考表5,表6和表7。表5为第一进程经过一次计算后的并行剖分区域的模型变量的值的情况。
- | - | V6 | V7 | V8 | V9 | V10 | V11 | - | - |
- | - | V21 | V22 | V23 | V24 | V25 | V26 | - | - |
- | - | V36 | V37 | V38 | V39 | V40 | V41 | - | - |
- | - | V51 | V52 | V53 | V54 | V55 | V56 | - | - |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
表5第一进程经过一次计算后的并行剖分区域的模型变量的值的情况
其中,第一进程仅计算其计算区中网格点上的值,而不计算其余格点上的值(图中标记为“-”)。表6为第二进程经过一次计算后的并行剖分区域的模型变量的值的情况。
V1 | V2 | V3 | V4 | V5 | - | - |
V16 | V17 | V18 | V19 | V20 | - | - |
V31 | V32 | V33 | V34 | V35 | - | - |
V46 | V47 | V48 | V49 | V50 | - | - |
V61 | V62 | V63 | V64 | V65 | - | - |
- | - | - | - | - | - | - |
表6第二进程经过一次计算后的并行剖分区域的模型变量的值的情况
其中,第二进程仅计算其计算区中网格点上的值,而不计算其余格点上的值(图中标记为“-”)。表7为第一进程与第二进程进行模型变量交换后,第一进程中模型变量值的情况。
V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | V10 | V11 | - | - |
V19 | V20 | V21 | V22 | V23 | V24 | V25 | V26 | - | - |
V34 | V35 | V36 | V37 | V38 | V39 | V40 | V41 | - | - |
V49 | V50 | V51 | V52 | V53 | V54 | V55 | V56 | - | - |
V64 | V65 | - | - | - | - | - | - | - | - |
表7第一进程与第二进程进行模型变量交换后,第一进程中模型变量值的情况。
其中,第一进程的计算区中的值保持不变,影像区中部分网格点的值从第二进程获取到。
7)应用程序接口(API)模块。该模块包括注册模式水平二维子网格的API,注册垂直网格的API,构建多维网格的API,注册并行剖分的API,注册影像区的API,注册变量的API,创建与运行影像区交换操作的API等。
在研制一个数值模式的并行版本时,研发人员首先需要根据模式网格和数值方法的特点,设计并行剖分方法,确定各进程并行剖分中的计算区和影像区;然后可采用向面向数值模型的并行通信库来便捷实现进程间针对影像区的数据交换。自动并行通信库以模式的网格、并行剖分(包括计算区和影像区)、要进行数据交换的变量(如大气模式的气度、风速、气压、湿度等;海洋模式的海温、流速、盐度等;也可以是研发人员指定的任意变量)等为输入,需要模式的所有进程同步进行以下操作:
使用API向向面向数值模型的并行通信库注册各模式网格,如水平二维子网格、垂直网格、三维网格、四维网格等。在注册水平二维子网格时,需要提供网格的范围、格点数、各网格点中心的坐标值、坐标值的单位、各网格点是否有效的标记等必要信息,还可以提供各网格点所有顶点的坐标值、各网格点的面积等信息;在成功完成注册后,API将返回水平二维子网格的唯一标识。在注册一维子网格时,需要提供一维子网格的格点数、各格点中心的坐标值、坐标值的单位等必要信息;在成功完成注册后,API将返回一维子网格的唯一标识。在注册三维或四维网格时,需要提供构建其所使用的一个水平二维子网格和若干一维子网格的标识;在成功完成注册后,API将返回多维网格的唯一标识。这一步使用到通用网格管理模块。
使用API向向面向数值模型的并行通信库注册各并行剖分,其位于水平二维子网格上。在注册一个并行剖分时,需要提供对应水平二维子网格的标识、并行剖分所包含格点的数量、各格点的网格点编号和并行剖分编号等信息;在成功完成注册后,API将返回并行剖分的唯一标识。这一步将使用到通用并行剖分管理模块。
使用API向面向数值模型的并行通信库注册各影像区。在注册一个影像区时,需要提供相应并行剖分的标识、影像区中格点的数量、影像区中所有网格点的网格点编号可被标记为同一个特殊值“-”;在成功完成注册后,API将返回影像区的唯一标识。这里将使用到通用影像区管理模块。
使用API向面向数值模型的并行通信库注册各变量。在注册一个变量时,需要提供变量名、网格标识、并行剖分标识、数据类型和内存空间等信息;在成功完成注册后,API将返回变量的唯一标识。这里将使用到通用变量管理模块。
使用API创建各影像区交换操作。在创建一个影像区交换操作时,需要提供一组变量的标识,以及对应于各变量的影像区的标识。这里将先使用到影像区交换操作管理模块,然后使用到自动通信映射关系与并行通信管理模块,以根据并行剖分和影像区设置等自动建立进程间的通信映射关系。在成功创建后,返回影像区交换操作的标识。
使用API来运行影像区交换操作,仅需提供影像区交换操作的标识。这里将先使用到影像区交换操作管理模块,然后自动通信映射关系与并行通信管理模块将针对影像区交换操作中的各变量,根据其网格(包括维度顺序)、并行剖分和影像区设置,自动完成通信数据的打包/拆包,并自动完成所有变量的同步/异步并行通信。
对于面向数值模型的并行通信库来研制的数值模式并行版本,当模式研发人员在更新模式网格或并行剖分、或因更新数值方法而需要调整格点间依赖关系时,无需重新开发与通信库相关的模式程序。这将使得并行版本更具有通用性,也将降低在模式发展过程中维护并行版本的工作量。
实施例四
本实施例提供一种面向数值模型的并行通信装置,所述数值模型将多维空间划分为若干子网格,其中包括由若干网格点构成的水平二维子网格,所述水平二维子网格上形成有多个并行剖分区域,每个所述并行剖分区域的数据存储在一个进程中,所述进程对应的并行剖分区域包括计算区和影像区,所述计算区所包含的网格点的数据由所述进程负责计算,所述影像区所包含的网格点的数据由其他进程负责计算,所述装置包括:
网格点编号分配模块,用于将网格点编号分配给所述水平二维子网格上的每个网格点,以使每个所述网格点拥有相对于所述水平二维子网格唯一的网格点编号;
进程管理模块,用于使第一进程和所述其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号和影像区所包含的网格点的网格点编号;
网格点匹配模块,根据所述第一进程所记录的影像区所包含的第一网格点的网格点编号,并根据所述其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若所述第一网格点编号和所述其他进程中第二进程对应的计算区所包含的第二网格点的网格点编号相同,确定所述第一进程对应的影像区所包含的第一网格点的数据来自所述其他进程中第二进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第二网格点;
通信映射建立模块,建立所述第一进程对应的影像区所包含的所述第一网格点与所述第二进程对应的计算区所包含的所述第二网格点之间的映射关系,以将所述第二网格点的数据传递到所述第一网格点,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
在本实施例中,该面向数值模型的并行通信装置还可包括存储器和处理器,存储器存储有上述各种模块,处理器调用并执行各模块的功能,以实现面向数值模型的进程间的数据传输。
实施例五
本发明的实施例提供了一种面向数值模型的并行通信系统,包括处理器和存储器,存储器存储有计算机程序,所述计算机程序被所述处理器执行时,实现实施例一至实施例三的任一种方法,以实现面向数值模型的进程间的数据传输。
此外,本发明的实施例还提供了一种存储介质,存储有计算机可读程序,所述计算机可读程序在被处理器执行时,实现实施例一至实施例三任一种方法。
本发明的面向数值模型的并行通信方法和装置,一方面使得模型研发人员可以便捷完成数值模型并行版本的研发,另一方面也可以使同一并行版本支持更多类型的水平二维子网格、并行剖分和数值方法,即使得在更新模型的网格或并行剖分、或因更新数值方法而需要调整网格点间依赖关系时,无需研发新的并行版本。
尽管为使解释简单化将上述方法图示并描述为一系列动作,但是应理解并领会,这些方法不受动作的次序所限,因为根据一个或多个实施例,一些动作可按不同次序发生和/或与来自本文中图示和描述或本文中未图示和描述,但本领域技术人员可以理解的其他动作并发地发生。
以上实施例仅是本发明的具体实施例。显然,本发明不限于以上实施例,还可以存在许多变形。凡是本领域的普通技术人员能以本发明公开的内容直接导出或是联想到的所有变形均应被认为是本发明的保护范围。
Claims (10)
1.一种面向数值模型的并行通信方法,所述数值模型将多维空间划分为若干子网格,其中包括由若干网格点构成的水平二维子网格,所述水平二维子网格上形成有多个并行剖分区域,每个所述并行剖分区域的数据存储在一个进程中,所述进程对应的并行剖分区域包括计算区和影像区,所述计算区所包含的网格点的数据由第一进程负责计算,所述影像区所包含的网格点的数据由除第一进程之外的其他进程负责计算,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
S1、将网格点编号分配给所述水平二维子网格上的每个网格点,以使每个所述网格点拥有相对于所述水平二维子网格唯一的网格点编号;
S2、使第一进程和所述除第一进程之外的其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号和影像区所包含的网格点的网格点编号;
S3、根据所述第一进程所记录的影像区所包含的第一网格点的网格点编号,并根据所述除第一进程之外的其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若所述第一网格点编号和所述除第一进程之外的其他进程中第二进程对应的计算区所包含的第二网格点的网格点编号相同,确定所述第一进程对应的影像区所包含的第一网格点的数据来自所述除第一进程之外的其他进程中第二进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第二网格点;
S4、建立所述第一进程对应的影像区所包含的所述第一网格点与所述第二进程对应的计算区所包含的所述第二网格点之间的映射关系,以将所述第二网格点的数据传递到所述第一网格点,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
2.根据权利要求1所述的面向数值模型的并行通信方法,其特征在于:所述方法还包含:
S5、根据所述第一进程所记录的影像区所包含的第三网格点的网格点编号,并根据所述除第一进程之外的其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若所述第三网格点编号和所述除第一进程之外的其他进程中第三进程对应的计算区所包含的第四网格点的网格点编号相同,确定所述第一进程对应的影像区所包含的第三网格点的数据来自所述除第一进程之外的其他进程中第三进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第四网格点;
S6、建立所述第一进程对应的影像区所包含的所述第三网格点与所述第三进程对应的计算区所包含的所述第四网格点之间的映射关系,以将所述第四网格点的数据传递到所述第三网格点。
3.根据权利要求1所述的面向数值模型的并行通信方法,其特征在于:所述步骤S1和S2还包括:
S1-1、将并行剖分编号分配给所述并行剖分区域中的每个网格点,以使所述水平二维子网格上的每个所述并行剖分区域中的网格点拥有唯一的并行剖分编号;
S2-1、使第一进程和所述除第一进程之外的其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的并行剖分编号和影像区所包含的网格点的并行剖分编号;
其中,所述并行剖分编号表示所述并行剖分区域中所包含的网格点的数据在所述并行剖分区域对应的进程中的存储位置编号。
4.根据权利要求3所述的面向数值模型的并行通信方法,其特征在于:所述步骤S3还包括:
S3-1、所述第一网格点对应的并行剖分编号为第一并行剖分编号,所述第二网格点对应的并行剖分编号为第二并行剖分编号,以明确所述第一网格点和所述第二网格点的数据分别在所述第一进程和所述第二进程中的存储位置。
5.根据权利要求1所述的面向数值模型的并行通信方法,其特征在于:所述网格点的数据至少包括下列各项中的一项:大气模式的气度,风速,气压和湿度;海洋模式的海温、流速和盐度。
6.根据权利要求1所述的面向数值模型的并行通信方法,其特征在于:所述步骤S1之前还包括:
注册所述水平二维子网格,并获得所述水平二维子网格的唯一网格标识。
7.根据权利要求6所述的面向数值模型的并行通信方法,其特征在于:所述注册所述水平二维子网格包括:
记录所述水平二维子网格的范围,所述网格点的数量,各所述网格点的中心坐标值,各所述网格点所有顶点的坐标值,坐标值的单位和各所述网格点的面积。
8.一种面向数值模型的并行通信装置,所述数值模型将多维空间划分为若干子网格,其中包括由若干网格点构成的水平二维子网格,所述水平二维子网格上形成有多个并行剖分区域,每个所述并行剖分区域的数据存储在一个进程中,所述进程对应的并行剖分区域包括计算区和影像区,所述计算区所包含的网格点的数据由第一进程负责计算,所述影像区所包含的网格点的数据由除第一进程之外的其他进程负责计算,其特征在于,所述装置包括:
网格点编号分配模块,用于将网格点编号分配给所述水平二维子网格上的每个网格点,以使每个所述网格点拥有相对于所述水平二维子网格唯一的网格点编号;
进程管理模块,用于使第一进程和所述除第一进程之外的其他进程分别记录各自对应的并行剖分区域中的计算区所包含的网格点的网格点编号和影像区所包含的网格点的网格点编号;
网格点匹配模块,根据所述第一进程所记录的影像区所包含的第一网格点的网格点编号,并根据所述除第一进程之外的其他进程所记录的各自计算区所包含的网格点的网格点编号,若所述第一网格点编号和所述除第一进程之外的其他进程中第二进程对应的计算区所包含的第二网格点的网格点编号相同,确定所述第一进程对应的影像区所包含的第一网格点的数据来自所述除第一进程之外的其他进程中第二进程对应的计算区所包含的记录有相同网格点编号的第二网格点;
通信映射建立模块,建立所述第一进程对应的影像区所包含的所述第一网格点与所述第二进程对应的计算区所包含的所述第二网格点之间的映射关系,以将所述第二网格点的数据传递到所述第一网格点,实现面向数值模型的进程间的数据传输。
9.一种面向数值模型的并行通信系统,其特征在于,包括处理器和存储器,所述存储器存储有计算机程序,所述计算机程序被所述处理器执行时,实现所述权利要求1~7中任意一项所述的方法。
10.一种存储介质,存储有计算机可读程序,其特征在于,所述计算机可读程序在被处理器执行时,实现所述权利要求1~7中任意一项所述的方法。
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