CN109975291A - 数字病理切片的生成方法、装置和计算机设备 - Google Patents
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Abstract
本发明实施例公开了一种数字病理切片的生成方法、装置、计算机设备和可读存储介质，包括：获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。上述方式，能够在一定程度上提高数字病理切片的生成效率。
Description
技术领域
本发明涉及病理诊断技术领域，尤其涉及一种数字病理切片的生成方法、装置、计算机设备和可读存储介质。
背景技术
病理诊断是指通过显微镜观察病理切片，从而诊断疾病。数字病理，是指通过数字病理切片扫描仪扫描采集得到高分辨数字图像，进行高精度多视野无缝隙拼接和处理，得到高分辨率的数字病理切片。
目前的数字病理切片扫描仪，其扫描的方式多采用无选择性并行扫描的方式：首先，将病理切片划分为M×N个子区域，然后数字病理切片扫描仪的高倍镜再按照从左到右、从上到下的顺序对这M×N个子区域进行扫描，每次扫描都会得到一张扫描图，然后根据这些扫描图进行拼接得到数字病理切片。
由此可见，上述数字病理切片的生成方式效率低下，同时占用空间大。
发明内容
基于此，有必要针对上述问题，提出一种效率高且占用空间小的数字病理切片的生成方法、装置、计算机设备和可读存储介质。
一种数字病理切片的生成方法，所述方法包括：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
在其中一个实施例中，所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，包括：
根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；
根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
在其中一个实施例中，在所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图之后，还包括：
将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；
将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
在其中一个实施例中，所述根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域，包括：
通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；
根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
在其中一个实施例中，所述根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片，包括：
获取所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围；
根据所述坐标范围，将所述有效病理区域对应的区域扫描图拼接至所述全景扫描图的对应位置处，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
在其中一个实施例中，所述获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，包括：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的多张全景扫描图；
根据所述多张全景扫描图的清晰度获取所述多张全景扫描图中的清晰度最高的全景扫描图。
一种数字病理切片的生成装置，包括：
第一获取模块，用于获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
第二获取模块，用于获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
切片生成模块，用于根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
在其中一个实施例中，所述第二获取模块，包括：
扫描次数确定模块，用于根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；
全面扫描模块，用于根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
在其中一个实施例中，所述装置，还包括：
有效拼接模块，用于将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；
有效存储模块，用于将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
在其中一个实施例中，所述第一获取模块，包括：
边缘检测模块，用于通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；
区域确定模块，用于根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
在其中一个实施例中，所述切片生成模块，包括：
坐标获取模块，用于获取所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围；
坐标拼接模块，用于根据所述坐标范围，将所述有效病理区域对应的区域扫描图拼接至所述全景扫描图的对应位置处，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
在其中一个实施例中，所述第一获取模块，包括：
多全景图获取模块，用于获取第一倍镜扫描病理切片得到的多张全景扫描图；
清晰度筛选模块，用于根据所述多张全景扫描图的清晰度获取所述多张全景扫描图中的清晰度最高的全景扫描图。
一种计算机设备，包括存储器和处理器，所述存储器存储有计算机程序，所述计算机程序被所述处理器执行时，使得所述处理器执行以下步骤：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
一种计算机可读存储介质，存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时，使得所述处理器执行以下步骤：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
实施本发明实施例，将具有如下有益效果：
本发明提出了一种数字病理切片的生成方法、装置、计算机设备和可读存储介质，首先获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；然后获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；最后根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。可见，通过上述方式，不用再按行列进行多次扫描，而是首先通过第一倍镜获取全景扫描图，得到有效病理区域，然后只对有效病理区域进行高倍镜的扫描，得到有效病理区域的高清晰度图像，最后将全景扫描图和高倍镜的扫描图进行拼接，得到数字病理切片，大大的减少了扫描次数，同时，由于只对有效区域进行高倍镜扫描，高倍镜扫描图的数量大大减少，进而减少了最终的数字病理切片的占用空间。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
其中：
图1为一个实施例中数字病理切片的生成方法的实现流程示意图；
图2为一个实施例中步骤102的实现流程示意图；
图3为一个实施例中全景扫描图和有效病理区域的示意图；
图4为一个实施例中步骤104的实现流程示意图；
图5为一个实施例中扫描范围和有效病理区域的示意图；
图6为一个实施例中数字病理切片的生成装置的结构框图；
图7为一个实施例中计算机设备的结构框图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
如图1所示，在一个实施例中，提供了一种数字病理切片的生成方法，本发明实施例所述的数字病理切片的生成方法的执行主体为能够实现本发明实施例所述的数字病理切片的生成方法的设备，该设备可以包括但不限于数字病理切片扫描仪，例如，该设备还可以是服务器。该数字病理切片的生成方法，具体包括如下步骤：
步骤S102，获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
第一倍镜，指数字病理切片扫描仪的低倍镜，通过低倍镜，扫描得到病理切片的全景扫描图；病理切片，是指手术切除的细胞组织，医生常常通过在显微镜下观察病理切片的放大细胞图像来确诊疾病；与病理切片对应的数字病理切片，是指将病理切片以数字图像的方式进行显示、保存；病理切片的全景扫描图，是指能够看到病理切片各个区域的二维平面图像；有效病理区域，指病理切片中包含细胞的区域，其中，细胞包括正常和/或病变细胞。
利用细胞识别方法对全景扫描图中的细胞进行识别，确定全景扫描图中的细胞区域，然后根据细胞区域在全景扫描图中的位置，确定病理切片中与细胞区域对应的有效病理区域。
在本发明实施例中，步骤102所述获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，包括：获取第一倍镜扫描病理切片得到的多张全景扫描图；根据所述多张全景扫描图的清晰度获取所述多张全景扫描图中的清晰度最高的全景扫描图。
当有多种不同放大倍数的第一倍镜时，用多个不同放大倍数的第一倍镜扫描病理切片，得到多张全景扫描图，然后根据每张全景扫描图的清晰度，从多张全景扫描图中挑选出清晰度最高的全景扫描图，以便后续根据清晰度最高的全景扫描图确定有效病理区域，也便于后续合成高清晰度的数字病理切片。
当只有一种放大倍数的第一倍镜时，用该第一倍镜扫描病理切片多次，获取到病理切片的多张全景扫描图，然后再从多张全景扫描图中获取一张清晰度最高的作为挑选出的全景扫描图。
具体的，如图2所示，步骤102所述根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域，包括：步骤102A，通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；步骤102B，根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
病理区域，指通过边缘检测方法从全景扫描图中提取出来的封闭区域，该封闭区域可能包含细胞，具体的，病理区域包括不包含细胞的非细胞区域和包含细胞的细胞区域。
通过统计发现，有细胞的区域，由于颜色相对较深，所以灰度值会低一些，而无细胞的区域，由于会更透明，所以灰度值会高一些，所以，通过设置一个平均灰度值，可以将细胞区域和非细胞区域分开。
需要说明的是，由于不同的病理切片，其中的细胞区域和非细胞区域的平均灰度值可能不一致，所以，对于不同的病理切片，可以设置不同的平均灰度值。
在扫描得到的全景扫描图中，通常包含细胞的细胞区域的面积都会比较大，而不包含细胞的非细胞区域由于通常是一些液体的介质，所以非细胞区域的面积会相对小很多，因此，可以设置一个面积的阈值用来区分细胞区域的面积和非细胞区域的面积，从而区分细胞区域和非细胞区域。
在本发明实施例中，首先利用边缘检测的方法提取出多个病理区域，然后利用细胞区域和非细胞区域的平均灰度值不一致的特点，通过设置一个合理的灰度阈值，过滤掉一部分非细胞区域，最后，再利用细胞区域的大小和非细胞区域的大小不同的特点，再次过滤掉剩余的非细胞区域，从而将有效病理区域提取出来，如图3所示的全景扫描图和提取出的有效病理区域。
如图3所示，对于全景扫描图，可以将其划分为多个全景子区域，每个全景子区域对应一个方格，该全景子区域对应的坐标范围由方格所在的范围确定，确定病理切片中的有效病理区域在全景扫描图中的全景子区域，然后将有效病理区域所在的全景子区域(方格)的坐标范围确定为所述有效病理区域的坐标范围：(x1,y1)，(x1,y2)，(x2,y1)，(x2,y2)。
步骤S104，获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜。
其中，第二倍镜，指数字病理切片扫描仪的高倍镜；区域扫描图，指对病理切片的有效病理区域进行扫描得到的扫描图。
在本发明实施例中，由于已经确定了病理切片的至少一个有效病理区域，而只有有效病理区域才具有可确定疾病的细胞，所以只对有效病理区域进行高倍镜的扫描，对于不包含细胞的无效病理区域不进行高倍镜的扫描。通过第二倍镜的扫描，可以得到有效病理区域的清晰度较高的区域扫描图。
在本发明实施例中，如图4所示，步骤104所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，包括：步骤104A，根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；步骤104B，根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
所述扫描范围，指第二倍镜能够扫描的细胞区域的面积。需要说明的是，当第二倍镜的扫描范围大于有效病理区域的面积时，使用第二倍镜扫描一次即可得到该有效病理区域对应的区域扫描图；当第二倍镜的扫描范围小于有效病理区域的面积时，需要使用第二倍镜扫描多次才可得到该有效病理区域对应的区域扫描图。
具体的，扫描次数为大于或等于有效病理区域的面积/扫描范围的整数，即扫描次数>＝向上取整[有效病理区域的面积/扫描范围]，例如，当有效病理区域的面积为18，扫描范围为5时，扫描次数>＝(向上取整[18/5]＝4)。
例如图5所示，假设第二倍镜的扫描范围为方形，即扫描范围为实线方格区域，第二倍镜对准方格的扫描中心点进行扫描，经过9次扫描，可以完成有效病理区域(大方格)的全面扫描。
在步骤104所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图之后，还包括：将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
在本发明实施例中，只将多个有效病理区域对应的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片，并将有效区域数字病理切片进行编号存储，方便后期医生查看。在这里，将多个有效病理区域对应的区域扫描图直接进行拼接，例如，单个有效病理区域对应的区域扫描图的大小为x×y，总共有3个有效病理区域，最后经过拼接得到的有效区域数字病理切片的大小为x×3y或3x×y。
对于无效病理区域，不进行存储，以免占用存储空间。其中，无效病理区域，包括病理区域中不包含细胞的非细胞区域和其他区域(使用边缘检测无法检测出的区域)。
对不同患者的有效区域数字病理切片分别进行编号，然后将编号与患者进行关联，最后将经过编号的有效区域数字病理切片进行存储，根据有效区域数字病理切片的编号确定对应的患者。
步骤S106，根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
首先确定区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置，然后用第二倍镜扫描的有效病理区域得到的区域扫描图覆盖全景扫描图中的对应位置，即可得到数字病理切片。
具体的，所述根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片，包括：获取所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围；根据所述坐标范围，将所述有效病理区域对应的区域扫描图拼接至所述全景扫描图的对应位置处，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
如图3所示，将全景扫描图分为多个方格区域，将有效病理区域所在的全景子区域(方格)的坐标范围确定为所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围：(x1,y1)，(x1,y2)，(x2,y1)，(x2,y2)，然后根据该坐标范围，将该有效病理区域对应的区域扫描图拼接至全景扫描图的对应方格处，通过对多个有效病理区域对应的区域扫描图的拼接，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
在步骤106所述根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片之后，还包括：将所述数字病理切片进行编号存储。
在这里，将包含有效病理区域扫描图和无效病理区域扫描图的全景扫描图进行了编号存储，相较于只存储有效区域数字病理切片的方式，这样的方式，后续能够通过查看完整的数字病理切片获取到更多的病理切片的信息，有助于医生根据更多的信息进行疾病诊断。
上述数字病理切片的生成方法，首先获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；然后获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；最后根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。可见，通过上述方式，不用再按行列进行多次扫描，而是首先通过第一倍镜获取全景扫描图，得到有效病理区域，然后只对有效病理区域进行高倍镜的扫描，得到有效病理区域的高清晰度图像，最后将全景扫描图和高倍镜的扫描图进行拼接，得到数字病理切片，大大的减少了扫描次数，同时，由于只对有效区域进行高倍镜扫描，高倍镜扫描图的数量大大减少，进而减少了最终的数字病理切片的占用空间。
如图6所示，提供了一种数字病理切片的生成装置600，具体包括：
第一获取模块602，用于获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
第二获取模块604，用于获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
切片生成模块606，用于根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
上述数字病理切片的生成装置，首先获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；然后获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；最后根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。可见，通过上述方式，不用再按行列进行多次扫描，而是首先通过第一倍镜获取全景扫描图，得到有效病理区域，然后只对有效病理区域进行高倍镜的扫描，得到有效病理区域的高清晰度图像，最后将全景扫描图和高倍镜的扫描图进行拼接，得到数字病理切片，大大的减少了扫描次数，同时，由于只对有效区域进行高倍镜扫描，高倍镜扫描图的数量大大减少，进而减少了最终的数字病理切片的占用空间。
在其中一个实施例中，所述第二获取模块604，包括：
扫描次数确定模块，用于根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；
全面扫描模块，用于根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
在其中一个实施例中，所述装置600，还包括：
有效拼接模块，用于将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；
有效存储模块，用于将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
在其中一个实施例中，所述第一获取模块602，包括：
边缘检测模块，用于通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；
区域确定模块，用于根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
在其中一个实施例中，所述切片生成模块606，包括：
坐标获取模块，用于获取所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围；
坐标拼接模块，用于根据所述坐标范围，将所述有效病理区域对应的区域扫描图拼接至所述全景扫描图的对应位置处，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
在其中一个实施例中，所述第一获取模块602，包括：
多全景图获取模块，用于获取第一倍镜扫描病理切片得到的多张全景扫描图；
清晰度筛选模块，用于根据所述多张全景扫描图的清晰度获取所述多张全景扫描图中的清晰度最高的全景扫描图。
图7示出了一个实施例中计算机设备的内部结构图。该计算机设备具体可以是数字病理切片扫描仪，该数字病理切片扫描仪包括摄像头。如图7所示，该计算机设备包括通过系统总线连接的处理器、存储器和网络接口。其中，存储器包括非易失性存储介质和内存储器。该计算机设备的非易失性存储介质存储有操作系统，还可存储有计算机程序，该计算机程序被处理器执行时，可使得处理器实现数字病理切片的生成方法。该内存储器中也可储存有计算机程序，该计算机程序被处理器执行时，可使得处理器执行数字病理切片的生成方法。本领域技术人员可以理解，图7中示出的结构，仅仅是与本申请方案相关的部分结构的框图，并不构成对本申请方案所应用于其上的计算机设备的限定，具体的计算机设备可以包括比图中所示更多或更少的部件，或者组合某些部件，或者具有不同的部件布置。
在一个实施例中，本申请提供的数字病理切片的生成方法可以实现为一种计算机程序的形式，计算机程序可在如图7所示的计算机设备上运行。计算机设备的存储器中可存储组成数字病理切片的生成装置的各个程序模板。比如，第一获取模块602、第二获取模块604和切片生成模块606。
一种计算机设备，包括存储器和处理器，所述存储器存储有计算机程序，所述计算机程序被所述处理器执行时，使得所述处理器执行如下步骤：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
上述计算机设备，首先获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；然后获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；最后根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。可见，通过上述方式，不用再按行列进行多次扫描，而是首先通过第一倍镜获取全景扫描图，得到有效病理区域，然后只对有效病理区域进行高倍镜的扫描，得到有效病理区域的高清晰度图像，最后将全景扫描图和高倍镜的扫描图进行拼接，得到数字病理切片，大大的减少了扫描次数，同时，由于只对有效区域进行高倍镜扫描，高倍镜扫描图的数量大大减少，进而减少了最终的数字病理切片的占用空间。
在其中一个实施例中，所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，包括：
根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；
根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
在其中一个实施例中，所述计算机程序被所述处理器执行时，还用于：
在所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图之后，将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；
将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
在其中一个实施例中，所述根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域，包括：
通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；
根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
在其中一个实施例中，所述根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片，包括：
获取所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围；
根据所述坐标范围，将所述有效病理区域对应的区域扫描图拼接至所述全景扫描图的对应位置处，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
在其中一个实施例中，所述获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，包括：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的多张全景扫描图；
根据所述多张全景扫描图的清晰度获取所述多张全景扫描图中的清晰度最高的全景扫描图。
在一个实施例中，提出了一种计算机可读存储介质，存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时，使得所述处理器执行以下步骤：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
上述计算机可读存储介质，首先获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；然后获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；最后根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。可见，通过上述方式，不用再按行列进行多次扫描，而是首先通过第一倍镜获取全景扫描图，得到有效病理区域，然后只对有效病理区域进行高倍镜的扫描，得到有效病理区域的高清晰度图像，最后将全景扫描图和高倍镜的扫描图进行拼接，得到数字病理切片，大大的减少了扫描次数，同时，由于只对有效区域进行高倍镜扫描，高倍镜扫描图的数量大大减少，进而减少了最终的数字病理切片的占用空间。
在其中一个实施例中，所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，包括：
根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；
根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
在其中一个实施例中，所述计算机程序被所述处理器执行时，还用于：
在所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图之后，将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；
将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
在其中一个实施例中，所述根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域，包括：
通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；
根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
在其中一个实施例中，所述根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片，包括：
获取所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围；
根据所述坐标范围，将所述有效病理区域对应的区域扫描图拼接至所述全景扫描图的对应位置处，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
在其中一个实施例中，所述获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，包括：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的多张全景扫描图；
根据所述多张全景扫描图的清晰度获取所述多张全景扫描图中的清晰度最高的全景扫描图。
需要说明的是，上述数字病理切片的生成方法、数字病理切片的生成装置、计算机设备及计算机可读存储介质属于一个总的发明构思，数字病理切片的生成方法、数字病理切片的生成装置、计算机设备及计算机可读存储介质实施例中的内容可相互适用。
本领域普通技术人员可以理解实现上述实施例方法中的全部或部分流程，是可以通过计算机程序来指令相关的硬件来完成，所述的程序可存储于一非易失性计算机可读取存储介质中，该程序在执行时，可包括如上述各方法的实施例的流程。其中，本申请所提供的各实施例中所使用的对存储器、存储、数据库或其它介质的任何引用，均可包括非易失性和/或易失性存储器。非易失性存储器可包括只读存储器(ROM)、可编程ROM(PROM)、电可编程ROM(EPROM)、电可擦除可编程ROM(EEPROM)或闪存。易失性存储器可包括随机存取存储器(RAM)或者外部高速缓冲存储器。作为说明而非局限，RAM以多种形式可得，诸如静态RAM(SRAM)、动态RAM(DRAM)、同步DRAM(SDRAM)、双数据率SDRAM(DDRSDRAM)、增强型SDRAM(ESDRAM)、同步链路(Synchlink)DRAM(SLDRAM)、存储器总线(Rambus)直接RAM(RDRAM)、直接存储器总线动态RAM(DRDRAM)、以及存储器总线动态RAM(RDRAM)等。
以上实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本申请的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本申请专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本申请构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本申请的保护范围。因此，本申请专利的保护范围应以所附权利要求为准。
Claims (12)
1.一种数字病理切片的生成方法，其特征在于，包括：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，包括：
根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；
根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图之后，还包括：
将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；
将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域，包括：
通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；
根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片，包括：
获取所述有效病理区域在所述全景扫描图中的坐标范围；
根据所述坐标范围，将所述有效病理区域对应的区域扫描图拼接至所述全景扫描图的对应位置处，得到与所述病理切片对应的数字病理切片。
6.如权利要求1至5任一项所述的方法，其特征在于，所述获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，包括：
获取第一倍镜扫描病理切片得到的多张全景扫描图；
根据所述多张全景扫描图的清晰度获取所述多张全景扫描图中的清晰度最高的全景扫描图。
7.一种数字病理切片的生成装置，其特征在于，包括：
第一获取模块，用于获取第一倍镜扫描病理切片得到的全景扫描图，根据所述全景扫描图确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域；
第二获取模块，用于获取第二倍镜扫描所述有效病理区域得到的区域扫描图，所述第二倍镜的放大倍数大于所述第一倍镜；
切片生成模块，用于根据所述全景扫描图、所述区域扫描图以及所述区域扫描图对应的有效病理区域在所述全景扫描图中的位置确定与所述病理切片对应的数字病理切片。
8.如权利要求7所述的装置，其特征在于，所述第二获取模块，包括：
次数确定模块，用于根据所述第二倍镜的扫描范围和所述有效病理区域的面积确定扫描次数；
全面扫描模块，用于根据所述扫描次数对每个所述有效病理区域进行全面扫描，得到与每个所述有效病理区域对应的区域扫描图。
9.如权利要求7所述的装置，其特征在于，还包括：
有效拼接模块，用于将每个所述有效病理区域在所述第二倍镜下的区域扫描图进行拼接，得到有效区域数字病理切片；
有效存储模块，用于将所述有效区域数字病理切片进行编号存储。
10.如权利要求7所述的装置，其特征在于，所述第一获取模块，包括：
边缘检测模块，用于通过边缘检测方法确定所述全景扫描图中的至少一个病理区域；
区域确定模块，用于根据每个所述病理区域的大小和平均灰度值确定所述病理切片中的至少一个有效病理区域。
11.一种计算机设备，其特征在于，包括存储器、处理器以及存储在所述存储器中并可在所述处理器上运行的计算机程序，其特征在于，所述处理器执行所述计算机程序时实现如权利要求1至6任一项所述数字病理切片的生成方法的步骤。
12.一种计算机可读存储介质，所述计算机可读存储介质存储有计算机程序，其特征在于，所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1至6任一项所述数字病理切片的生成方法的步骤。
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Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110532408A (zh) * | 2019-08-28 | 2019-12-03 | 广州金域医学检验中心有限公司 | 病理切片管理方法、装置、计算机设备及存储介质 |
| CN110763678A (zh) * | 2019-09-12 | 2020-02-07 | 杭州迪英加科技有限公司 | 一种病理切片判读方法及系统 |
| CN110909646A (zh) * | 2019-11-15 | 2020-03-24 | 广州金域医学检验中心有限公司 | 数字病理切片图像的采集方法、装置、计算机设备及存储介质 |
Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106485287A (zh) * | 2016-10-25 | 2017-03-08 | 帝麦克斯(苏州)医疗科技有限公司 | 扫描区域的获取方法、数字切片的获取方法及装置 |
| CN107493403A (zh) * | 2017-08-11 | 2017-12-19 | 宁波江丰生物信息技术有限公司 | 一种数字病理切片扫描系统 |
| CN107516294A (zh) * | 2017-09-30 | 2017-12-26 | 百度在线网络技术（北京）有限公司 | 拼接图像的方法和装置 |
| CN108615236A (zh) * | 2018-05-08 | 2018-10-02 | 上海商汤智能科技有限公司 | 一种图像处理方法及电子设备 |
| CN108664937A (zh) * | 2018-05-14 | 2018-10-16 | 宁波江丰生物信息技术有限公司 | 一种基于数字病理切片扫描仪的多区域扫描方法 |
| CN109147912A (zh) * | 2018-08-30 | 2019-01-04 | 宁波江丰生物信息技术有限公司 | 一种数字切片扫描方法及装置 |
| CN109389594A (zh) * | 2018-10-09 | 2019-02-26 | 东北大学 | 一种基于图论的宫颈癌组织显微图像分析方法 |
-
2019
- 2019-03-08 CN CN201910176431.6A patent/CN109975291A/zh active Pending
Patent Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106485287A (zh) * | 2016-10-25 | 2017-03-08 | 帝麦克斯(苏州)医疗科技有限公司 | 扫描区域的获取方法、数字切片的获取方法及装置 |
| CN107493403A (zh) * | 2017-08-11 | 2017-12-19 | 宁波江丰生物信息技术有限公司 | 一种数字病理切片扫描系统 |
| CN107516294A (zh) * | 2017-09-30 | 2017-12-26 | 百度在线网络技术（北京）有限公司 | 拼接图像的方法和装置 |
| CN108615236A (zh) * | 2018-05-08 | 2018-10-02 | 上海商汤智能科技有限公司 | 一种图像处理方法及电子设备 |
| CN108664937A (zh) * | 2018-05-14 | 2018-10-16 | 宁波江丰生物信息技术有限公司 | 一种基于数字病理切片扫描仪的多区域扫描方法 |
| CN109147912A (zh) * | 2018-08-30 | 2019-01-04 | 宁波江丰生物信息技术有限公司 | 一种数字切片扫描方法及装置 |
| CN109389594A (zh) * | 2018-10-09 | 2019-02-26 | 东北大学 | 一种基于图论的宫颈癌组织显微图像分析方法 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| RYSZARD S. GOMOLKA等: "Automatic method for assessment of proliferation index in digital images of DLBCL tissue section", 《BIOCYBERNETICS AN BIOMEDICAL ENGINEERING》 * |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110532408A (zh) * | 2019-08-28 | 2019-12-03 | 广州金域医学检验中心有限公司 | 病理切片管理方法、装置、计算机设备及存储介质 |
| CN110763678A (zh) * | 2019-09-12 | 2020-02-07 | 杭州迪英加科技有限公司 | 一种病理切片判读方法及系统 |
| CN110909646A (zh) * | 2019-11-15 | 2020-03-24 | 广州金域医学检验中心有限公司 | 数字病理切片图像的采集方法、装置、计算机设备及存储介质 |
| CN110909646B (zh) * | 2019-11-15 | 2023-10-20 | 广州金域医学检验中心有限公司 | 数字病理切片图像的采集方法、装置、计算机设备及存储介质 |
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