CN108866067A - 一种雷伯氏先天性黑矇的致病突变及其检测试剂 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种雷伯氏先天性黑矇的致病突变及其检测试剂。一种致雷伯氏先天性黑矇的突变的IFT52基因，突变的IFT52基因为纯合突变IFT52 p.T186A。野生型IFT52基因在Ensembl数据库中的基因编号为：ENSG00000101052，所述的突变的IFT52基因在物理位置为chr20：42242560的碱基由A突变为G，其他部分与野生型相同。本发明提供了新的致病基因的致病位点，为该疾病的诊断提供了新的分子生物学基础。
Description
技术领域
本发明属于生物医药领域，涉及一种雷伯氏先天性黑矇的致病突变及其检测试剂。
背景技术
雷伯氏先天性黑矇(Leber congenital amaurosis；LCA)是一组由遗传缺陷引起的先天性致盲性视网膜退行性疾病。LCA是导致1岁以内婴幼儿致盲的重要原因之一，在我国乃至世界范围内均有较高的发病率。据统计，LCA占全球盲校儿童致盲的20％，占全部遗传性视网膜变性疾病的5％。然而，LCA患者的眼底改变十分多样，患者眼底早期可无异常表现，也可出现色素沉着、视网膜血管变细、黄斑缺损等改变，晚期视网膜则可出现骨细胞样或椒盐样色素沉着。LCA患者还可伴有高度屈光不正、圆锥角膜、先天性白内障等其他眼部表型，以及智力障碍、中枢神经系统疾病、肾脏及骨骼发育异常等全身系统疾病。这给LCA的早期诊断带来了较大的困难，导致这类患者容易误诊、漏诊，从而延误病情。因此，探索LCA的分子遗传学病因，开发针对LCA的分子诊断平台，能够极好的辅助LCA的临床诊断，具有十分重要的现实意义。
LCA多为单基因遗传病，具有显著的临床及遗传异质性。LCA的遗传异质性表现在众多基因缺陷均可致病，其遗传模式包括常染色体显性及隐性遗传。迄今，全世界已鉴定出25个LCA的致病基因(www.RetNet.org)，且随着研究的不断深入，该数目正逐年递增。与此同时，携带有相同致病基因突变甚至是相同致病突变的患者，其临床表现亦可能存在较大差异，即显著的临床异质性。目前仍有40％到50％(西方国家统计结果，我国比率更高)LCA患者的致病基因尚未找到，提示存在大量LCA的新致病基因有待挖掘。我国是LCA遗传资源大国，但目前LCA相关的遗传学信息多来自西方国家，因此对我国LCA患者进行深入的遗传学研究，探寻潜在的LCA相关的新致病基因及致病突变显得尤为重要。
针对LCA的分子遗传学研究必须建立在一定的分子生物学技术的基础上。研究LCA致病基因的一个重要目的是进行LCA的分子诊断，鉴于其显著的遗传异质性，如何检测众多致病基因突变是目前的难题之一。基于连锁分析的定位克隆策略是鉴定单基因遗传病致病基因的经典方法，但是同时也面临一些困难：①通常需要多代家系，难以分析小家系和散发病例。②有时多代家系也不能定位致病位点。③难以在连锁区域内筛选出正确的致病基因。因此，鉴于LCA疾病本身的性质及传统分析技术的局限性，寻求一种全新的LCA致病基因的研究方法显得尤为迫切。
Intraflagellar transport 52(IFT52；MIM 617094)基因位于20号染色体长臂20q13.12位置，该基因含有14个外显子，其编码的IFT52蛋白是一种高度保守的纤毛蛋白。IFT52蛋白可与IFT蛋白家族的IFT88、IFT70及IFT46等蛋白密切相互作用，在维持纤毛的正常功能中起到十分重要的作用。现有研究表明，IFT52基因突变可以引起Sensenbrenner综合征(Girisha KM,Shukla A,Trujillano D et al.A homozygous nonsense variant inIFT52 is associated with a human skeletal ciliopathy.Clin Genet.2016 Dec；90(6):536-539)及short-rib polydactyly综合征(Zhang W,Taylor SP,Nevarez L etal.IFT52 mutations destabilize anterograde complex assembly,disruptciliogenesis and result in short rib polydactyly syndrome.Hum Mol Genet.2016Sep 15；25(18):4012-4020)，然而IFT52基因突变与LCA间的关系却从未被报道或得到证实。
发明内容
本发明的目的是针对上述缺陷，提供一种雷伯氏先天性黑矇的致病突变。
本发明的另一目的是提供该致病突变的应用。
本发明的又一目的是提供该致病突变的检测试剂。
本发明的目的可通过如下技术方案实现：
一种致雷伯氏先天性黑矇的突变的IFT52基因，突变的IFT52基因为纯合突变IFT52 p.T186A。
野生型IFT52基因在Ensembl数据库中的基因编号为：ENSG00000101052，所述的突变的IFT52基因在物理位置为chr20：42242560的碱基由A突变为G，其他部分与野生型相同。
一种突变的IFT52蛋白，野生型IFT52蛋白在Ensembl数据库中的基因转录本编号为：ENST00000373030.3，突变的IFT52蛋白在该野生型蛋白的186位氨基酸由苏氨酸突变为丙氨酸，其他部分与野生型相同。
本发明所述的突变的IFT52基因或者所述的突变的IFT52蛋白在制备雷伯氏先天性黑矇疾病检测试剂或检测设备中的应用。
其中所述的检测试剂优选自：引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。
所述的检测设备优选包括含有检测突变的IFT52基因的基因芯片的检测平台。
用于检测所述的突变的IFT52基因的检测试剂。
所述的检测试剂优选：引物或引物对、杂交探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。
所述的检测试剂进一步优选检测chr20：42242560核苷酸位点的杂交探针chr20|42242522-42242641，序列如SEQ ID NO.12所示。
所述的检测试剂还可进一步优选检测chr20：42242560核苷酸位点的引物对，正向引物序列为SEQ ID NO.27，反向引物序列为SEQ ID NO.28。
所述的检测试剂在制备雷伯氏先天性黑矇的诊断试剂中的应用。
一种检测遗传性视锥细胞营养不良疾病的试剂盒，所述的试剂盒包括：
(a)检测IFT52基因物理位置为chr20：42242560核苷酸位点的试剂；或检测IFT52蛋白第186位氨基酸位点的试剂；
(b)说明书。
其中，所述的试剂优选选自引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。
作为本发明的一种优选，所述的试剂为基于深度测序为平台的基因芯片杂交探针。
检测chr20：42242560核苷酸位点的杂交探针序列优选为chr20|42242522-42242641，序列如SEQ ID NO.12所示。
作为本发明的另一种优选，所述的试剂为检测chr20：42242560核苷酸位点的引物对。
检测chr20：42242560核苷酸位点的正向引物序列为SEQ ID NO.27，反向引物序列为SEQ ID NO.28。
一种以深度测序为平台筛查雷伯氏先天性黑矇患者中IFT52基因突变的方法，包括以下步骤：
(1)建立雷伯氏先天性黑矇患者家系临床与遗传资源库，收集雷伯氏先天性黑矇家系的临床资料及血液标本，提取基因组DNA；
(2)设计SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.26所示的用于检测IFT52基因突变的杂交探针，并将其整合到基因芯片上；
(3)利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序；
(4)对测序结果进行优化的生物信息学分析，筛选到雷伯氏先天性黑矇的一个新的致病突变为纯合突变IFT52p.T186A。突变IFT52p.T186A位于20号染色体，物理位置为chr20：42242560(Ensembl数据库)的碱基由A突变为G；RNA水平：IFT52基因编码RNA第556位碱基由A突变为G；蛋白水平：IFT52基因编码蛋白第186位氨基酸由苏氨酸突变为丙氨酸。
步骤(2)所述的基因芯片优选Agilent公司生产的基因芯片。
步骤(3)所述的利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序优选利用美国Illumina公司的Hi-seq2000仪器完成。
步骤(3)所述的利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序优选流程为：将基因组DNA片段化，在DNA末端标记“A”并与Illumina PE接头-寡核苷酸混合物相连接；连接产物经PCR富集，获得DNA文库，并将DNA文库与已知致病基因捕获芯片杂交、洗脱、纯化，获得编码序列；创建配对末端，在Illumina HiSeqTM 2000平台上对目标序列进行测序。
有益效果
1.雷伯氏先天性黑矇(Leber congenital amaurosis；LCA)是常见的、严重的遗传性致盲疾病，在我国发病率较高，严重危害了国民健康。挖掘LCA的新致病突变和新致病基因有利于进一步探索LCA的分子遗传学病因，是充分利用我国的眼科遗传病资源，造福LCA患者的现实需要，是后基因组时代最重要的研究方向之一。本专利旨在探索LCA的遗传学病因，从而帮助了解发病机制、辅助临床诊断、产前诊断和转基因治疗。
2.目前并没有研究指出IFT52基因突变与LCA间的关系，因此，针对IFT52基因与LCA的相关研究显得尤为必要。本专利选择IFT52基因作为LCA的候选基因，是由申请人在多年从事临床医疗、遗传学研究的基础上所筛选出的，通过本发明方法进一步明确了IFT52基因与LCA的关系。
3.一个基因可以对应多个不同的转录本，且不同转录本所编码的RNA及蛋白有所不同。本专利中申请人根据长期从事遗传学研究的经验，筛选出IFT52基因的最优转录本，并根据不同的转录本设计相应的探针，从而使筛查效益达到最高，最终获得遗传性视锥细胞营养不良疾病的致病突变IFT52 p.T186A。
4.LCA具有显著的遗传异质性，目前已知致病基因25个，且仍存在大量未知的致病基因。本发明提供了新的致病基因的致病位点，为该疾病的诊断提供了新的分子生物学基础。
附图说明
图1 家系图
图2 患者指压征示意图
图3 患者眼底照
图4 患者双眼光学相干断层成像
图5 患者右眼全视野视觉电生理检查结果
图6 患者正侧面立位照及手、足照片
图7 患者牙齿外观照及口腔全景X光片
图8 IFT52突变在基因及蛋白上的位置
图9 IFT52突变(纯合、杂合)及野生型序列测序图
图10 保守性分析
图11 野生型及携带有突变的IFT52蛋白晶体结构
图12 IFT52基因在各个组织中的表达情况分析
具体实施方式
实施例1
对一个存在近亲结婚史的患有雷伯氏先天性黑矇(Leber congenitalamaurosis；LCA)的家系的IFT52基因突变进行检测。
实验方法：
1.该家系临床资源的采集及遗传资源库的建立：
收集该家系中各成员的临床资料及血液样本，家系图见图1。临床资料主要包括个人病史、家族史、最佳矫正视力(best corrected visual acuity；BCVA)、裂隙灯检查、眼底照、光学相干断层成像检查(optical coherence tomography；OCT)、全视野电生理检查(full field electroretinography；ERG)、眼底荧光血管造影检查(fundus fluoresceinangiography；FFA)、口腔全景X光片、纯音测听、头颅核磁共振等。并用血液基因组DNA提取试剂盒(Qiagen，Hilden，Germany)对家系各成员的血液基因组DNA进行提取。
2.借助于高通量二代测序挖掘该家系的致病突变：
2.1 设计并订制捕获芯片：
2.1.1 IFT52基因及转录本序列信息：
该基因捕获芯片为全外显子组捕获芯片，可对目前所有已知基因进行检测，其中包括我们筛选出的LCA的候选基因IFT52基因，该基因捕获芯片可对目前所有已知的LCA相关的致病基因进行检测。我们所参照的IFT52基因在Ensembl数据库中的基因编号为：ENSG00000101052，选择IFT52基因作为LCA的候选基因是由申请人在多年从事遗传学研究的基础上查阅大量文献并结合临床所得出的(注：该编号来自Ensembl数据库，www.ensembl.org，可输入基因编码检索基因详细信息及基因序列)。
2.1.2 转录本的选择：
针对不同基因选择特定的转录本，每个基因均含有多个转录本，在选择转录本时，我们的原则是：首先考虑拥有CCDS编码蛋白的转录本，若一个基因有多个转录本均编码蛋白，则首选含氨基酸数最多的蛋白相对应的转录本，若多个转录本氨基酸含量相同，则进一步选择含碱基数最多的转录本。据以上原则，我们所筛选出的IFT52基因转录本编号为：ENST00000373030.3(注：该编号来自Ensembl数据库，www.ensembl.org，可输入转录本编码检索转录本详细信息及转录本序列)。
2.1.2 杂交探针的设计：
杂交探针的设计标准为：(1)探针覆盖所有候选基因的目标区域，即外显子区域以及外显子和内含子拼接处(外显子上下游各100个bp)；(2)去除重复序列：对于在基因组出现的高度重复序列以及在人类基因组中出现2-5倍的较低频率的重复片段，我们予以去除，避免捕获其他同源基因，增加假阳性，从而降低检测效率。申请人将所有候选基因的目标区域与人类基因组DNA序列进行比对，共移除了2.5％的重复序列；(3)在探针设计过程中，我们对临近的外显子进行了特定的整合，其相邻探针整合标准为：当相邻外显子的综合目标区域(即前个外显子的上游100bp起至后一个外显子的下游100bp止)总和小于600bp，即将其整合为一个探针，以求通过一对探针完成多对外显子区域的捕获；(4)当所设计探针序列小于250bp时，在其两端各包含上下游100bp的内含子的基础上，各继续增加相同bp数的内含子，使探针大小达到250bp。根据以上设计原则，我们针对IFT52基因所设计的探针序列如下：
用于筛选LCA致病基因IFT52的杂交探针序列共26条，序列如SEQ ID NO.1～SEQID NO.26所示；
2.2 全外显子捕获及深度测序：
首先将基因组DNA片段化，并在DNA末端标记“A”，与Illumina PE接头-寡核苷酸混合物相连接，连接产物经PCR富集，获得DNA文库。然后将DNA文库与已知致病基因捕获芯片杂交、洗脱、纯化，获得编码序列。最后创建配对末端，在HiSeqTM 2000(Illumina,Inc.,SanDiego,CA,USA)平台上对目标序列进行测序。
2.3 对测序数据进行生物信息学分析，筛选出候选致病基因：
2.3.1 采用Mosaik软件(http://bioinformatics.bc.edu/marthlab/Mosaik)处理Illumina原始测序数据(配对末端数据)，产生.bam类型文件。将.bam文件输入GATK，利用GATK检测单核苷酸变异体(single nucleotide variant)和小的插入或缺失(insertion/deletions)，同时进行质量评估，便于下游的生物信息学分析，最后产生.vcf类型文件。
2.3.2 将患者的测序结果在包括dbSNP144
(http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/ snp144.txt.gz.)，HapMap计划(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap)，1000GenomeProject(ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp)，炎黄数据库(http:// yh.genomics.org.cn/)，Exome Variant Server(http://evs.gs.washington.edu/EVS/)，及Exome Aggregation Consortium(http://exac.broadinstitute.org/)在内的6个单核苷酸多态性(SNP)数据库中筛查，滤过所有已知的SNP位点；
2.3.3 将患者的测序结果所对应的基因序列进行比较和分析，优先分析插入/缺失突变、无义突变和错义突变，结果可分为三类，包括已知突变、已知基因的新突变和新基因的突变。
2.4 经Sanger测序验证，鉴定致病基因：
PCR法分别针对筛选出的突变位点及邻近DNA序列在相应家系中进行扩增，所用引物序列采用Primer 3(http://frodo.wi.mit.edu/)引物设计软件设计。所用PCR的反应体系(20μL体系)为：5*buffer 4μL，25mM MgCl2 2μL，DNA 1μL，正向引物F 1μL，反向引物R 1μL，10mM dNTP 0.4μL，Taq酶0.1μL，ddH2O 10.5μL。PCR反应程序：98℃5min，35个循环(98℃10s，60℃15s，72℃1min)，72℃7min，4℃5min。3％琼脂糖凝胶电泳检测，与紫外线切胶仪下切取PCR产物凝胶并纯化。对所有的PCR产物分别以正、反向引物测序，并对测序结果进行进一步分析，使用NCBI在线对比工具BLAST(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)，排除假阳性结果，并筛选出在家族中共分离的突变位点。其中检测chr20：42242560核苷酸位点的正向引物序列为SEQ ID NO.27，反向引物序列为SEQ ID NO.28。
实验结果：
1.家系临床资料：
眼科临床专家对患者IV：1进行了详细全面的眼科临床检查后，对该患者作出“雷伯氏先天性黑矇”的眼科临床诊断。该患者为女性，11岁，自幼双眼视力差，自幼存在眼球震颤及指眼征，见图2。BCVA为双眼手动/眼前，裂隙灯检查为提示患者双侧瞳孔对光反射迟钝。眼底照示患者双眼底周边部视网膜色暗，可见少量骨细胞样色素沉着，见图3。OCT示患者双眼黄斑区见椭圆体带向心性丢失，见图4。ERG示患者暗适应3.0视杆细胞反应和明适应3.0及闪烁光视锥细胞反应均消失，呈熄灭波，见图5。综上，患者的眼部表型符合LCA的诊断。
此外，该患者除眼部表型，还合并有全身系统疾病(图6、7)，具体包括：
(1)生长发育迟缓：患者11岁，女性，身高116cm，体重20kg，其较同龄人相比存在生长发育迟缓；
(2)骨骼发育异常：患者胸廓较小，前凸，右侧第四、五趾骨间可见sandal gap多趾畸形；
(3)牙齿发育异常：患者下颌左侧缺少一颗前磨牙，右侧缺少一颗前磨牙及一颗切牙，上颌基本正常。
(4)智力发育迟缓：患者智力发育较同龄人迟缓。其他系统检查，包括听力检查及头颅核磁共振检查等均未见明显异常。
2.该家系遗传检测结果：
通过对患者IV：1进行全外显子组测序及生物信息学分析后，我们发现了该患者携带有可疑的纯合突变IFT52 p.T186A，其对应核苷酸改变为IFT52 c.556A>G，未发现其他可疑的致病基因突变位点，突变在IFT52基因及IFT52蛋白上的位置参见图8。经Sanger测序验证证实该突变位点在该家族中表现为共分离，测序结果见图9。突变IFT52 p.T186A位于20号染色体，物理位置为chr20：42242560(Ensembl数据库)的碱基由A突变为G；RNA水平：IFT52基因编码RNA第556位碱基由A突变为G；蛋白水平：IFT52基因编码蛋白第186位氨基酸由苏氨酸突变为丙氨酸，该基因相关的突变从未在LCA患者中发现。
根据我们所设计的筛选流程，借助我们所设计的基因芯片及深度测序技术，我们成功证实所检测到的IFT52基因为LCA新致病基因，p.T186A为该疾病的新致病位点。
实施例2：
针对实施例1中所检测出的致病突变IFT52 p.T186A进行功能学研究。
实验方法：
1.保守性分析：
采用NCBI HomoloGene数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene)对所筛选得到突变在多个物种中进行保守性评估及预测。
2.根据SIFT和PolyPhen值预测突变的致病能力：
采用两款主流在线预测软件：SIFT Human Protein DB(http://sift.bii.a-star.edu.sg/)及PolyPhen-2(Polymorphism Phenotyping,version 2；http:// genetics.bwh.harvard.edu/pph2/)，预测错义突变对蛋白水平的影响，从而预测突变的致病能力。
3.蛋白晶体结构改变研究：
采用SWISS MODEL(http://swissmodel.expasy.org/)预测软件对IFT52野生型蛋白及携带有p.T186A突变的突变蛋白结构分别进行预测，评估突变所引起的蛋白结构改变。
4.基因表达谱检测：
我们分离得到了C57BL/6小鼠的以下组织用于小鼠cDNA文库的构建：心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、脑、肌肉、胃、小肠、大肠、神经视网膜、视网膜色素上皮及视神经。我们首先利用Trizol法分别提取上述13种小鼠组织的RNA，并逆转录得到相应的cDNA，再利用PCR法对IFT52基因的cDNA序列片段进行扩增，并用1％琼脂糖凝胶电泳检测。所用PCR的反应体系与实例1中所采用的体系一致，检测小鼠组织IFT52表达所用正向引物序列F1为：AGAGAAATTAGCCGAGCTGC(SEQ ID NO.27)，反向引物序列R1为：ATGACACGAACCAAGCACTG(SEQID NO.28)；检测小鼠组织Rplp0表达所用正向引物序列F2为：AGATTCGGGATATGCTGTTGGC(SEQ ID NO.29)，反向引物序列R2为：TCGGGTCCTAGACCAGTGTTC(SEQ ID NO.30)。
实验结果：
1.保守性分析：
IFT52 p.T186A突变所在氨基酸位点在人、猩猩、狼、牛、猪、小鼠、鸡、斑马鱼、果蝇及线虫等多个物种中均高度保守，即该位点在进化过程中高度保守，从而进一步证明该位点的突变可能会引起较为严重的病理现象(图10)。
2.SIFT和PolyPhen值预测：
IFT52 p.T186A其SIFT值为0.01，PolyPhen值为0.965，高度提示该突变均拥有较大的致病可能性。
3.蛋白晶体结构改变研究：
蛋白晶体结构预测结果显示，野生型IFT52蛋白的186号氨基酸位点苏氨酸可与195号位点的精氨酸作用产生氢键，而突变型IFT52蛋白的186号氨基酸位点丙氨酸可与195号位点的精氨酸及192号位点的脯氨酸同时作用产生氢键，即该氨基酸突变引起了其与192号位点的脯氨酸间的新生氢键。据此，我们认为该突变可以引起明显的蛋白结构改变，从而对蛋白功能产生影响(图11)。
4.基因表达谱：
半定量PCR研究结果显示，IFT52基因在小鼠的各个组织中广泛表达，但表达量在不同组织存在一定的差异。IFT52基因在我们所关注的眼组织，包括神经视网膜层、视网膜色素上皮和视神经中均有较为显著的表达(图12)，也进一步支持了该基因的功能异常可能对眼组织产生危害。
综上，我们的实验结论从多方面证实了IFT52基因p.T186A突变为LCA的新致病突变。
SEQUENCE LISTING
<110> 赵晨
<120> 一种雷伯氏先天性黑矇的致病突变及其检测试剂
<160> 26
<210> 1
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42223295-42223414探针序列
<400> 1
tgtttattga ttttctgatc ccatctttct tccataaggt aaccatggag aaagagctgc 60
ggagcaccat tcttttcaat gcctacaaaa aggagatatt taccaccaac aatggctaca 120
<210> 2
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42223349-42223468探针序列
<400> 2
agctgcggag caccattctt ttcaatgcct acaaaaagga gatatttacc accaacaatg 60
gctacaaatc catgcagaaa aaacttcgga gtaattggaa gattcagagg tgactgacca 120
<210> 3
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42225068-42225187探针序列
<400> 3
tttccagctt aaaagatgaa atcacatctg agaagttaaa tggagtgaaa ctgtggatta 60
cagctgggcc aagggaaaaa tttactgcag ctgaggtaag aaatatccac taaagaagga 120
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<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> >chr20|42225129-42225248探针序列
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tatggtgaaa tgattaggag tctgagcttt gaaataccgg atttgaatcc cccttcacca 120
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<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> >chr20|42232346-42232465探针序列
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atcctgaaga aatatcttga cactggtgga gatgtctttg tgatgctagg agaaggtgga 120
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> >chr20|42232407-42232526探针序列
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tcctgaagaa atatcttgac actggtggag atgtctttgt gatgctagga gaaggtggag 60
aatccagatt tgacaccaat attaactttt tactagaaga atatggaatc atggttaata 120
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<212> DNA
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<223> >chr20|42232798-42232917探针序列
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catcctaaag aagctctagt ttccagtgga gtcttgaaca ggtaagcatg ttgaaagcag 120
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<212> DNA
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<400> 8
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atcctaaaga agctctagtt tccagtggag tcttgaacag gtaagcatgt tgaaagcaga 120
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> >chr20|42233613-42233732探针序列
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ttactagatt ttaatttttc ttcttcaagg gaaattagcc gagctgcagg aaaggctgtg 60
cctgggatca ttgatgagga aagcagtgga aacaatgccc agtgagtgtg ttttctgatg 120
<210> 10
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> >chr20|42233661-42233780探针序列
<400> 10
ggaaaggctg tgcctgggat cattgatgag gaaagcagtg gaaacaatgc ccagtgagtg 60
tgttttctga tgccacatga ggaagatgta tcattttgga gtcttctttt tcaaaatgaa 120
<210> 11
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42242458-42242577探针序列
<400> 11
aaatttgaat gtgtttcttt aatttcttac agggctctca cctttgtgta tccttttggt 60
gccacattga gtgtcatgaa accagcagtg gcggttctgt ctacaggttc tgtctgcttc 120
<210> 12
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42242522-42242641探针序列
<400> 12
cattgagtgt catgaaacca gcagtggcgg ttctgtctac aggttctgtc tgcttcccac 60
ttaacagacc cattttggct ttctatcact caaaggtaca gcttttctta gatatgggta 120
<210> 13
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42247485-42247604探针序列
<400> 13
cagttgctag catgattcta ataagtgtct gggtactagg atacatgaga tgcactttcg 60
gatttgagta tctgaccctg ctttgtcatc aatagaacca aggtgggaag ctggcagtgc 120
<210> 14
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42247555-42247674探针序列
<400> 14
tctgaccctg ctttgtcatc aatagaacca aggtgggaag ctggcagtgc ttggttcatg 60
tcacatgttc agtgatcaat atttggacaa agaagaaaac agcaaaatca tggtaagctt 120
<210> 15
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42249457-42249576探针序列
<400> 15
aaccaactgt cctaattata tacttttttt tttaatttag gatgttgttt tccagtggct 60
cacgacagga gacatccacc taaaccagat tgatgctgag gacccagagg tagacaccga 120
<210> 16
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42249518-42249637探针序列
<400> 16
acgacaggag acatccacct aaaccagatt gatgctgagg acccagaggt agacaccgaa 60
ttattagaaa cttttaaatg aaaaatgagt ccagcttctc agtaccactt ctcacagctc 120
<210> 17
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42252446-42252565探针序列
<400> 17
cagatttaga cctgagacag tggagacttg acagaataaa tgcttgctct tgctgtgcta 60
aaaggaaccc tcttgtggct ttcagatttc tgactacatg atgctgccct acacagccac 120
<210> 18
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42252531-42252650探针序列
<400> 18
atttctgact acatgatgct gccctacaca gccaccctat caaagcggaa tcgagagtgt 60
ctccaggaga gtgatgagat cccaagggac tttaccaccc tcttcgacct gtccatcttc 120
<210> 19
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42264468-42264587探针序列
<400> 19
aaccactgta tttcatggag aacaacacag tgtggtcagt tagacgtgct gagctatagt 60
gtcttgatcc ctgctttttt gtttgattat gaacacaggg ctcacgagca gctaaatgtg 120
<210> 20
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42264541-42264660探针序列
<400> 20
cttttttgtt tgattatgaa cacagggctc acgagcagct aaatgtgaaa catgaaccac 60
tccagctcat ccagcctcag tttgagacgc cgctgccaac ccttcagcct gcggtgagta 120
<210> 21
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42265759-42265878探针序列
<400> 21
taaataatga ctttatttcc ttttaggttt ttcctcccag tttccgggag ttaccacctc 60
ctcctctgga gctatttgat ttagatgaaa cgttctcctc tgagaaggca cggctggctc 120
<210> 22
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42265760-42265879探针序列
<400> 22
aaataatgac tttatttcct tttaggtttt tcctcccagt ttccgggagt taccacctcc 60
tcctctggag ctatttgatt tagatgaaac gttctcctct gagaaggcac ggctggctca 120
<210> 23
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42271109-42271228探针序列
<400> 23
actgtcttag gtactgaaga agacctggaa ttttatgtca ggaagtgtgg tgatattctt 60
ggagtaacca gtaaactacc aaaggaccaa caggatgcca aacatatcct tgagcacgtc 120
<210> 24
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42271154-42271273探针序列
<400> 24
tgtggtgata ttcttggagt aaccagtaaa ctaccaaagg accaacagga tgccaaacat 60
atccttgagc acgtcttctt ccaagtggtg gagttcaaga aattgaacca ggtacagagc 120
<210> 25
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42275551-42275670探针序列
<400> 25
ttctgtgtct tattctctca tccaggaaca tgacatcgat acaagtgaaa cagcattcca 60
gaacaatttc tgaagaccat gcctcttgaa gctttttctg cctcctgatt ctctctttgt 120
<210> 26
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> >chr20|42275626-42275745探针序列
<400> 26
accatgcctc ttgaagcttt ttctgcctcc tgattctctc tttgtaaact attttcaaat 60
tgtttttcaa ctccttatca aaattgttta tacactcttt cctccatgag ctctggaagg 120
<210> 27
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 检测chr20：42242560核苷酸位点的正向引物
<400> 27
atttcttaca gggctctcac c 21
<210> 28
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 检测chr20：42242560核苷酸位点的反向引物
<400> 28
cttctggaaa tggtaaggtg gt 22
<210> 29
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 检测小鼠组织IFT52表达所用正向引物序列F1
<400> 29
agagaaatta gccgagctgc 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 检测小鼠组织IFT52表达所用反向引物序列R1
<400> 30
atgacacgaa ccaagcactg 20
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 检测小鼠组织Rplp0表达所用正向引物序列F2
<400> 31
agattcggga tatgctgttg gc 22
<210> 32
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 检测小鼠组织Rplp0表达所用正向引物序列F2
<400> 32
tcgggtccta gaccagtgtt c 21
Claims (11)
1.一种致雷伯氏先天性黑矇的突变的IFT52基因，其特征在于突变的IFT52基因为纯合突变IFT52p.T186A。
2.根据权利要求1所述的突变的IFT52基因，其特征在于野生型IFT52基因在Ensembl数据库中的基因编号为：ENSG00000101052，所述的突变的IFT52基因在物理位置为chr20：42242560的碱基由A突变为G，其他部分与野生型相同。
3.一种突变的IFT52蛋白，其特征在于野生型IFT52蛋白在Ensembl数据库中的基因转录本编号为：ENST00000373030.3，突变的IFT52蛋白在该野生型蛋白的186位氨基酸由苏氨酸突变为丙氨酸，其他部分与野生型相同。
4.权利要求1所述的突变的IFT52基因在制备雷伯氏先天性黑矇疾病检测试剂或检测设备中的应用。
5.用于检测权利要求1所述的突变的IFT52基因的检测试剂。
6.根据权利要求5所述的检测试剂，其特征在于所述的检测试剂选自：引物或引物对、杂交探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。
7.根据权利要求6所述的检测试剂，其特征在于所述的检测试剂为检测chr20：42242560核苷酸位点的杂交探针chr20|42242522-42242641，序列如SEQ ID NO.12所示。
8.根据权利要求6所述的检测试剂，其特征在于所述的检测试剂为检测chr20：42242560核苷酸位点的引物对，正向引物序列为SEQ ID NO.27，反向引物序列为SEQ IDNO.28。
9.权利要求5-9中任一项所述的检测试剂在制备雷伯氏先天性黑矇的诊断试剂中的应用。
10.一种雷伯氏先天性黑矇的诊断设备，其特征在于所述的检测设备为包含检测权利要求1所述的突变的IFT52基因的基因芯片的检测平台。
11.一种检测遗传性视锥细胞营养不良疾病的试剂盒，所述的试剂盒包括：
(a)检测IFT52基因物理位置为chr20：42242560核苷酸位点的试剂；或检测IFT52蛋白第186位氨基酸位点的试剂；
(b)说明书；
其中，所述的试剂优选自引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。
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| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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| CN108866067A true CN108866067A (zh) | 2018-11-23 |
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|---|---|
| CN (1) | CN108866067B (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112646874A (zh) * | 2020-12-30 | 2021-04-13 | 中山大学中山眼科中心 | 一种用于检测Leber先天性黑矇的检测引物及检测试剂盒 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20030022165A1 (en) * | 2001-01-17 | 2003-01-30 | Sohocki Melanie M. | Mutations in a novel photoreceptor-pineal gene on 17P cause leber congenital amaurosis (LCA4) |
| CN105112552A (zh) * | 2015-09-28 | 2015-12-02 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | Ift52基因在骨质疏松症诊断中的应用 |
-
2017
- 2017-05-08 CN CN201710316213.9A patent/CN108866067B/zh not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20030022165A1 (en) * | 2001-01-17 | 2003-01-30 | Sohocki Melanie M. | Mutations in a novel photoreceptor-pineal gene on 17P cause leber congenital amaurosis (LCA4) |
| CN105112552A (zh) * | 2015-09-28 | 2015-12-02 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | Ift52基因在骨质疏松症诊断中的应用 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| ERWIN VAN WIJK等: "Usher syndrome and Leber congenital amaurosis are molecularly linked via a novel isoform of the centrosomal ninein-like protein", 《HUMAN MOLECULAR GENETICS》 * |
| KARSTEN BOLDT等: "Disruption of intraflagellar protein transport in photoreceptor cilia causes Leber congenital amaurosis in humans and mice", 《J CLIN INVEST.》 * |
| 无: "ss1694002199", 《NCBI DBSNP》 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112646874A (zh) * | 2020-12-30 | 2021-04-13 | 中山大学中山眼科中心 | 一种用于检测Leber先天性黑矇的检测引物及检测试剂盒 |
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