CN108776750A - 一种耐药结核分枝杆菌库构建方法 - Google Patents
一种耐药结核分枝杆菌库构建方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，该耐药结核分枝杆菌库的构建方法包括如下步骤：S1：筛选结核病病历，收集耐药结核分枝杆菌及其详细资料；S2：确定耐药结核分枝杆菌库的需求；S3：确定耐药结核分枝杆菌库的功能模块；S4：确定耐药结核分枝杆菌库的表概念、表结构及表字段设计；S5：确定耐药结核分枝杆菌库的开发框架；S6：耐药结核分枝杆菌库的实现；S7：耐药结核分枝杆菌库的应用。本发明在收集全疆结核病患者资料的基础之上，筛选出不同民族、不同年龄、不同地域的耐药病例，以信息化手段为支撑，设计耐药菌株库存储筛选的耐药患者分枝杆菌及资料，对建立一个高质量水平、规范大型的结核分枝杆菌菌株库意义重大。
Description
技术领域
本发明涉及医疗生物样本库信息化管理技术领域，具体为一种耐药结核 分枝杆菌库构建方法。
背景技术
我国是全球22个结核病高负担国家之一，也是世界卫生组织认定的27 个耐药及广泛耐药结核病高负担国家之一，2016年新发结核病例77.8万，耐 多药结核病5.2万例。新疆是我国结核病疫情最严重的地区之一，2010/2011 年新疆结核病流调结果显示，我区结核病患病率、涂阳和菌阳肺结核患病率 分别为1526/10万、196/10万和433/10万，新疆活动性肺结核患者数为26 万，传染性肺结核患者近7万例，耐药结核病约1.95万例；主要集中在南疆 地区；喀什地区高达2727/10万，农牧民患者占72.5％，农村居民患病率是城 市的3倍。然而，2011-2015年期间，我区共治疗管理肺结核患者145978例， 其中培养阳性9269例，耐多药患者291例。南疆地区结核病的高耐药率和耐 药结核病的广泛传播已成为新疆地区结核病控制工作面临的最为棘手的难 题。面对如此严峻的结核病(特别是耐药性结核病)的防治形势，迫切需要 提高我们对该地区的耐药结核病流行现状及结核分枝杆菌的基因型和耐药性 等各个方面的了解。
随着分子生物学技术的发展，结核病的诊断技术有了很大的提高，如： GeneXpert诊断结核菌复合群以及利福平耐药技术、Hain诊断利福平、异烟 肼耐药技术、博奥芯片和环介导等温扩增技术等。然而这些技术是否适合在 新疆不同民族、不同地域之间进行推广，首先需要对该地区耐药结核分枝杆 菌进行信息化存储，其次需要对菌株的耐药分子机制进行研究。
我国于1995年在北京建立了地区性分枝杆菌菌株库；随后21世纪初期， 上海市预防控制中心菌株库收集了全市结核病定点医疗机构临床分离株；2010年广州市也开始对分枝杆菌菌株库信息系统的建设有了初步实践。尽管 国内对于分枝杆菌菌株库的建立有一定研究，但菌株收集的盲目性、菌株资 料的局限性、保存方法的单一性却是国内菌株库建设存在的主要问题，对于 如何建立高质量水平、多民族不同地域的分枝杆菌菌株库则鲜见报道。
此外，由于国内缺乏针对耐药结核病患者科学合理的信息化管理和服务平 台，耐药结核病患者从接诊、诊断、治疗、关怀、复诊等各个环节，信息采 集不连续、不完整不利于患者全疗程治疗信息的检索及追踪；还有医疗机构 之间的信息共享渠道单一，定点医院、疾病预防控制中心、基层社区结核随 访点之间耐药患者转诊转介信息传递及信息反馈存在严重的滞后性，增加了 耐药结核在人群中进一步传播的风险。
因此，迫切需要探索和挖掘国内外现有先进的技术与管理方法，构建一个 耐药结核分枝杆菌菌株库管理系统，及时录入存储菌株样本信息，加强对患 者的科学有效的个案管理，全程追踪。为在新疆地区乃至全国开展耐药结核 病流行特征和作用机制研究提供数据样本支撑，也为制定适合新疆地区的结 核病控制措施提供基础科学依据。
发明内容
本发明的目的在于提供一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，该耐药结核 分枝杆菌库的构建方法包括如下步骤：
S1：筛选结核病病历，收集耐药结核分枝杆菌及其详细资料；
S2：确定耐药结核分枝杆菌库的需求；
S3：确定耐药结核分枝杆菌库的功能模块；
S4：确定耐药结核分枝杆菌库的表概念、表结构及表字段设计；
S5：确定耐药结核分枝杆菌库的开发框架；
S6：耐药结核分枝杆菌库的实现；
S7：耐药结核分枝杆菌库的应用。
优选的，步骤S1的具体操作为：筛选结核病病历，收集耐药结核分枝杆 菌及其详细资料；对于病历的筛选，首先需要确定研究对象的标准，主要有 纳入标准及排除标准，确定入选的病历；然后确定样本采集及采集管编码规 则，采集样本主要有采集痰样本、血液样本，最后将样本送至检验科登记入 库。
优选的，步骤S2的具体操作为：菌株库管理系统主要是对耐药结核病患 者检查的菌株样本存储与管理，便于对不同患者的检查样本进行科学统计与 分析，为全疆治疗结核病的研究提供样本数据；主要涉及冰箱，冻存架，冻 存盒，冻存盒格子信息，菌株样本信息，与LIS、PACS报告、PACS图像、电 子病历做接口等。
优选的，步骤S3的具体操作为：耐药结核分枝杆菌库包括冰箱管理、来 源管理、样本管理、基础设置四个模块；
冰箱管理模块主要是对冰箱进行管理；
来源管理模块主要是对菌株样本的来源进行管理，包括菌株样本来源的 录入、来源查询以及与LIS系统做接口导入；菌株样本来源录入提供样本的 新增、修改、删除功能；来源查询提供多条件综合查询；LIS系统接口导入提 供和LIS做接口，显示细菌室的所有样本信息，从细菌室调取样本信息，从 HIS读取病人信息，写入到菌株数据库中，大大减少了检验科人员重新录入的 工作；
样本管理模块主要是对菌株样本信息进行管理，包括菌株样本可视化查 询、样本入库、样本快速入库、样本删除以及菌株入出日志等。菌株样本可 视化查询提供可视化的界面，以直观的图示效果，展示不同类型冰箱、冻存 架、冻存盒的信息；还提供与LIS、PACS报告、PACS图像、电子病历的接口， 可以根据选择的菌株样本，通过LIS、PACS报告、PACS图像、电子病历的接 口查询病人更为详细的信息；样本入库提供对菌株样本的可视化入库操作， 选定冰箱、冻存架、冻存盒等存放菌株位置的格子，参照菌株样本，实现入 库；
样本快速入库在样本入库的基础上，实现了快速入库的操作，用户可以 通过参照菌株样本，实现入库，再录入多个菌株样本时，可以快速定位前一 步骤选择的菌株样本，从而实现菌株样本的快速准备入库；样本删除提供对 已入库的菌株样本进行删除操作，菌株入出日志对菌株的入库、删除进行记 录，方便用户对历史入库、删除信息进行查询；
基础设置模块主要是对冰箱类型、冻存架类型、冻存盒类型、样本类型、 人员权限、系统公用字典进行管理。
优选的，在S2确定的耐药结核分枝杆菌库需求、S3确定的耐药结核分枝 杆菌库的功能模块基础上，步骤S4具体操作为：
确定耐药结核分枝杆菌库的实体有：冰箱信息实体，冻存架信息实体， 冻存盒信息实体，冻存盒格子实体，冻存架、冻存盒类型实体，样本来源、 类型实体；此外，还具有基础数据字典表、系统参数表、序列表；在确定各 表实体之后，根据表实体进行表结构及表字段的详细设计。
优选的，步骤S5中：系统采用C/S架构，软件全部部署在客户端，就本 系统软件运行需要，提出软件运行的硬件环境配置要求、数据库版本要求、 接口要求。
优选的，步骤S6中：使用Microsoft SQL Server2008 R2版本数据库， 严格按照S42各表逻辑结构定义构建相应的表文件，并在系统参数表、系统 序列表中录入相应的系统参数值；使用Microsoft Visual 2010开发工具， 使用C#开发语言，首先搭建系统框架，即系统菜单、系统显示界面；然后根 据S3步骤的功能需求清单进行相应功能模块的开发。
与现有技术相比，本发明的有益效果是：本发明在收集全疆结核病患者 资料的基础之上，筛选出不同民族、不同年龄、不同地域的耐药病例，以信 息化手段为支撑，设计耐药菌株库存储筛选的耐药患者分枝杆菌及资料，并 实现可视化界面的录入、存储、展示等功能。对建立一个高质量水平、规范 大型的结核分枝杆菌菌株库意义重大，为后期研究耐药肺结核的演变规律及 新疆地区耐药肺结核病的防治提供数据支撑。
附图说明
图1为本发明流程图；
图2为本发明各数据实体表；
图3为本发明软件界面图之一；
图4为本发明软件界面图之二。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合具体实 施例，对本发明进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例 仅仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。
实施例1
请参阅图1-4本发明提供一种技术方案：一种耐药结核分枝杆菌库构建 方法，该耐药结核分枝杆菌库的构建方法包括如下步骤：
S1：筛选结核病病历，收集耐药结核分枝杆菌及其详细资料；
S2：确定耐药结核分枝杆菌库的需求；
S3：确定耐药结核分枝杆菌库的功能模块；
S4：确定耐药结核分枝杆菌库的表概念、表结构及表字段设计；
S5：确定耐药结核分枝杆菌库的开发框架；
S6：耐药结核分枝杆菌库的实现；
S7：耐药结核分枝杆菌库的应用。
进一步的方案为：
步骤S1的具体操作为：
S11：对于病历的筛选，首先需要确定研究对象的标准，主要有纳入标准 及排除标准。
纳入标准有以下四个方面，第一、年龄为18-65岁；第二、民族不限； 第三、根据WS288-2017《肺结核诊断标准》，其中细菌学阳性的结核病患者 是指临床诊断为结核病的患者中，经细菌学检查(痰涂片显微镜检查、结核 分枝杆菌核酸检测和/或分枝杆菌培养)阳性的耐药结核病患者；第四、研究 对象自愿签署知情同意书，并能保证接受随访。
排除标准有以下五个方面，第一、不同意接受调查者；第二、不合格痰 液样本；第三、经复核判断为无效结果或结果不明确的样本；第四、临床诊 断信息不完全或者没有最终临床诊断结果的样本；第五、合并严重的心肝肾 (原发病)等器官损坏，合并其他内分泌系统疾病(如甲亢、库欣综合征等) 结缔组织病、恶性肿瘤、血液系统病、精神疾病、妊娠者。
S12：根据S11步骤，确定入选的病历，完成临床确诊为肺结核病患者的 信息采集及录入，即填写CRF调查表；然后确定样本采集及采集管编码规则。
S13：采集痰样本：标本采集：WS 288-2017 B.4.4.3；操作程序：WS 288-2017B.4.6；结果判读：WS 288-2017 B.4.7。
S14：采集血液样本：①红头管(无添加剂)：普通血清管，简称红头管。 静脉采集1管，抽到没有负压为止，采集血液约5ml。②紫头管(肝素抗凝)： 肝素抗凝管，简称紫头管。静脉采集1管，抽到没有负压为止，采集血液约 5ml。
S15：确定样本临床编码规则：每个编码共计8位数，请按下列规则编码： “年份”+“行政区”+“医院编码”(2位数)+“研究对象”(3位数)。 编码如下：
(1)“年份”编码：“2017”编码为“17”，“2018”编码为“18”， “2019”编码为“19”，“2020”编码为“20”。
(2)“行政区”编码：以各地区首字母大写进行编码。例如乌鲁木齐 地区编码为：“W”,喀什地区编码为：“K”,和田地区编码为：“H”，阿克 苏地区编码为：“A”等。
(3)“定点医院”编码：如自治区胸科医院编码为：“01”，喀什肺 科医院编码为：“02”，和田传染病医院编码为：“03”等。
(4)“研究对象”编码：是指收集的样本第几个。比如：第一个研究对 象：“001”。
(5)最终编码举例：17W01001，18A04001。
S16：确定采集管编码规则：每个编码共计7位数，请按下列规则编码： 冰箱﹙1-9﹚+冻存架(按A-Z字母顺序编号)+冻存盒(冻存架行、列,2位 数)+冻存格(顺序数，3位数，1～100)。编码如下：1A11001，2C12033。
S17：S12-S16步骤由临床科室完成后，将样本送至检验科登记入库，进 行下一步处理。
(1)痰液标本的处理：
对以上标本培养，待菌落生长，分装冻存，运送菌株库，-80℃保存。
(2)血液样本的处理：
1管红头管(无添加剂)，1管紫头管(肝素抗凝)样本的处理：温放 置30min自然凝固；运送菌株库，-80℃保存。
步骤S2的具体操作为：
菌株库管理系统主要是对耐药结核病患者检查的痰样本存储与管理，便 于对不同患者的检查样本进行科学统计与分析，为全疆治疗结核病的研究提 供样本数据。主要涉及冰箱、冻存架、冻存盒、冻存盒格子信息及菌株样本 信息等。
S21：冰箱信息包括冰箱编号、名称、型号、品牌、行列数、类型、存储 类型等；
S22：冻存架信息包括冰箱编号、冰箱名称、冰箱行列、冻存架类型、冻 存架名称、冻存架行列号、样式等；
S23：冻存盒信息包括冰箱编号、冰箱行列、冻存架id、冻存架行列、冻 存盒类型、格子数量、使用数量等；
S24：冻存盒格子信息包括冰箱编号、冰箱行列号、冻存架编码、冻存架 行列号、冻存盒id、格子id、样本编码、样本类型、存入容量、预警天数、 采集人、采集日期等；
S25：菌株样本信息包括样本类型及来源，其中样本类型主要有类型编码、 名称等字段，样本来源主要有患者的来源编码、住院号、姓名、科别、年龄、 民族、性别、住址、诊断及样本类型等；
S26：入院信息包括详细存储患者的姓名、联系方式、住院号、身份证号、 出生日期、性别、科别、族别、住址等；
S27：接口调用包括从LIS系统、PACS报告、PACS图像、电子病历获取 病人相关信息，与菌株库的样本进行信息关联。
步骤S3的具体操作为：
耐药结核分枝杆菌库包括冰箱管理、来源管理、样本管理、基础设置四 个模块。
S31：冰箱管理模块主要是对冰箱进行管理，包括冰箱信息录入、冻存架 信息录入及冻存盒信息录入。
冰箱信息录入、冻存架信息录入及冻存盒信息录入三个功能模块均提供 对查询、新增、删除、保存等功能；冻存架信息需要记录所在冰箱，冻存盒 信息需要记录所在冻存架编号及冰箱编号。
S32：来源管理模块主要是对菌株样本的来源进行管理，包括菌株样本来 源的录入、来源查询以及与LIS系统做接口导入。
菌株样本来源录入提供样本的新增、修改、删除功能，其中在新增过程 中，还可以与HIS系统做接口，导入病人信息；并且，样本来源界面右键可 设置菌株编码，编码格式为“17W01005”，17代表年份，W代表地域乌鲁木 齐，01代表胸科医院，005代表流水号。
来源查询提供多条件综合查询，例如：按来源编码、姓名、住院号、样 本类型等进行过滤查询。
LIS系统导入用于和LIS做接口，显示细菌室的所有样本信息，从细菌室 调取样本信息，从HIS读取病人信息，写入到菌株数据库中，大大减少了检 验科人员重新录入的工作。
S33：样本管理模块主要是对菌株样本信息进行管理，包括菌株样本可视 化查询、样本入库、样本快速入库、样本删除以及菌株入出日志等。
菌株样本可视化查询提供可视化的界面，以直观的图示效果，展示不同 类型冰箱、冻存架、冻存盒的信息。例如：01号冰箱有B号冻存架(冻存架 分为4行5列，按A、B、C字母顺序编号)，该冻存架下有31号冻存盒(第 3排第1列)，该冻存盒下有006号冻存格(冻存盒内的冻存格按001、002、 003...100顺序编号)。那么此类格子编号即为“1B31006”形式，1代表01 号冰箱，B代表B号冻存架，31代表第3排第1列冻存盒，006代表第006号 冻存格。
此外，此功能模块下，还提供与LIS、PACS报告、PACS图像、电子病历 的接口，可以根据选择的菌株样本，通过LIS、PACS报告、PACS图像、电子 病历的接口查询病人更为详细的信息。
样本入库提供对菌株样本的可视化入库操作，选定冰箱、冻存架、冻存 盒等存放菌株位置的格子，参照菌株样本，实现入库。
样本快速入库在样本入库的基础上，实现了快速入库的操作，用户可以 通过参照菌株样本，实现入库，再录入多个菌株样本时，可以快速定位前一 步骤选择的菌株样本，从而实现菌株样本的快速准备入库。
样本删除提供对已入库的菌株样本进行删除操作，方便移除不再使用的 菌株样本，并清空格子信息。
菌株入出日志对菌株的入库、删除进行记录，方便用户对历史入库、删 除信息进行查询。
S34：基础设置模块主要是对冰箱类型、冻存架类型、冻存盒类型、样本 类型、人员权限、系统公用字典进行管理。
冰箱、冻存架、冻存盒、样本类型功能提供对不同冰箱、冻存架、冻存 盒、样本的信息录入，均包含新增、修改、删除的操作。
人员权限提供对客户的人员管理，不同权限人员对应不同的操作功能模 块。
系统公用字典提供对系统正常运行的公用字段的管理，例如：人员角色、 操作类型、年份、省市区标识等。
步骤S4的具体操作为：
S41：在S2确定的耐药结核分枝杆菌库需求、S3确定的耐药结核分枝杆 菌库的功能模块基础上，设计耐药结核分枝杆菌库的实体有：冰箱信息实体， 冻存架信息实体，冻存盒信息实体，冻存盒格子实体，冻存架、冻存盒类型 实体，样本来源、类型实体等，此外，还具有基础数据字典表、系统参数表、 序列表；
S42：各数据表实体如下(如图2所示)：
冰箱信息实体、冻存架信息实体、冻存盒信息实体，其中一个冰箱可以 存放多个冻存架、一个冻存架可以存放多个冻存盒、一个冻存盒可以存放多 个冻存盒格子。
冻存架、冻存盒类型实体应具有的属性有类型编码、类型名称、行数、 列数、位置描述；
样本来源实体应具有的属性有来源编码、菌株编码、病人类型、住院号、 姓名、科别、年龄、民族、性别、住址、诊断、标本类型、身份证号、电话、 是否初诊、格子编号；
样本类型实体应具有的属性有类型编码、类型名称；
入院信息(编号、姓名、电话、是否住院、证件类型、证件号码、生日、 性别、住院、病人编号、身份证id、期初健康状况、住址)；
基础字典(编号、类型、编码、名称、索引、标记、是否系统字段)；
系统序列表(序列名称、序列值)；
系统参数表(编号、参数值、说明)；
S43：在S42设计的实体及实体之间关系的基础上，形成分枝杆菌库各表 格及表格之间的关系，各表具体逻辑结构设计如下：
表1 jz冰箱信息
| 序号 | 列名 | 数据类型及长度 | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | Id | varchar(50) | 是 | 编号 | |
| 2 | Name | varchar(200) | 是 | 名称 | |
| 3 | Model | varchar(50) | 是 | 型号 | |
| 4 | Brand | varchar(50) | 是 | 品牌 | |
| 5 | Row | numeric(22,0) | 是 | 行数 | |
| 6 | Col | numeric(22,0) | 是 | 列数 | |
| 7 | Type | varchar(50) | 是 | 类型 | |
| 8 | Stortype | varchar(50) | 是 | 存储类型 | |
| 9 | Iceboxid | varchar(50) | 是 | 否 | 冰箱信息id |
表2 jz冻存盒
表3 jz冻存盒格子
表4 jz冻存盒格子_入出
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | Id | int | 是 | 否 | id |
| 2 | Dchid | varchar(50) | 是 | 冻存盒id | |
| 3 | Dchgzid | varchar(50) | 是 | 冻存盒格子id | |
| 4 | Ybid | varchar(50) | 是 | 样本编码 | |
| 5 | Jzbm | varchar(50) | 是 | 菌株编码 | |
| 6 | Ybxh | varchar(10) | 是 | 样本序号 | |
| 7 | Czlx | varchar(10) | 是 | 操作类型 | |
| 8 | Czr | varchar(50) | 是 | 操作人 | |
| 9 | Czrq | datetime | 是 | 操作日期 | |
| 10 | Bxbh | varchar(50) | 是 | 冰箱编号 | |
| 11 | Gzbm | varchar(50) | 是 | 格子编号 |
表5 jz冻存盒类型
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | Dchid | varchar(50) | 是 | 否 | 冻存盒类型id |
| 2 | Typeid | varchar(50) | 是 | 类型编码 | |
| 3 | Typename | varchar(200) | 是 | 类型名称 | |
| 4 | Row | numeric(22,0) | 是 | 行数 | |
| 5 | Col | numeric(22,0) | 是 | 列数 | |
| 6 | Wzms | varchar(200) | 是 | 位置描述 |
表6 jz冻存架
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | Dcjid | varchar(50) | 是 | 否 | 冻存架id |
| 2 | Bxbh | varchar(200) | 是 | 冰箱编号 | |
| 3 | Bxname | varchar(200) | 是 | 冰箱名称 | |
| 4 | Bxrow | numeric(22,0) | 是 | 冰箱行 | |
| 5 | Bxcol | numeric(22,0) | 是 | 冰箱列 | |
| 6 | Dcjtype | varchar(50) | 是 | 冻存架类型 | |
| 7 | Ybtype | varchar(50) | 是 | 样本类型 | |
| 8 | Dcjname | varchar(50) | 是 | 冻存架名称 |
表7 jz冻存架类型
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | Dcjtypeid | varchar(50) | 是 | 否 | 冻存架类型id |
| 2 | Typeid | varchar(50) | 是 | 类型编码 | |
| 3 | Typename | varchar(200) | 是 | 类型名称 | |
| 4 | Row | numeric(22,0) | 是 | 行数 | |
| 5 | Col | numeric(22,0) | 是 | 列数 | |
| 6 | Style | varchar(50) | 是 | 样式 | |
| 7 | Wzms | varchar(200) | 是 | 位置描述 |
表8 jz样本来源
表9 jz样本来源_海尔
表10 jz样本类型
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | Ybtypeid | varchar(50) | 是 | 否 | 样本类型id |
| 2 | Typebm | varchar(50) | 是 | 类型编码 | |
| 3 | Typename | varchar(200) | 是 | 类型名称 |
表11 jz入院信息
表12 基础字典
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | id | int | 是 | 否 | id |
| 2 | Dict_type | varchar(50) | 是 | 字典类型 | |
| 3 | Dict_code | varchar(100) | 是 | 字典编码 | |
| 4 | Dict_name | varchar(50) | 是 | 字典姓名 | |
| 5 | Dict_index | int | 是 | 字典索引 | |
| 6 | remark | varchar(200) | 是 | 标记 | |
| 7 | Is_system | int | 是 | 系统序列表 |
表13 系统序列表
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | SeqName | varchar(20) | 是 | 否 | 序列名称 |
| 2 | KeyValue | int | 是 | 序列值 |
表14 系统参数
| 序号 | 列名 | 数据类型(长度) | 主键 | 允许空 | 描述 |
| 1 | id | int | 是 | 否 | id |
| 2 | paramvalue | varchar(200) | 是 | 参数值 | |
| 3 | explain | varchar(50) | 是 | 说明 |
步骤S5的具体操作为：
S51：系统采用C/S架构，软件全部部署在客户端，就本系统软件运行需 要，提出软件运行的硬件环境配置要求、数据库版本要求、接口要求等；
S52：硬件环境为Intel Core i3及以上CPU、4G及以上内存、100G及以 上硬盘、Windows XP及更高版本；
S53：数据库版本为Microsoft SQL Server 2008 R2及以上版本；
S54：开发工具为Microsoft Visual 2010，开发语言为C#；
步骤S6的具体操作为：
S61：使用Microsoft SQL Server2008 R2版本数据库，严格按照S42各 表逻辑结构定义构建相应的表文件，并在系统参数表、系统序列表中录入相 应的系统参数值；
S62：使用Microsoft Visual 2010开发工具，使用C#开发语言，搭建系 统框架，即系统菜单、系统显示界面；
S63：根据S3步骤的功能需求清单进行相应功能模块的开发；
步骤S7的具体操作为：
为了使本发明的目的及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本发明进 行具体说明。应当理解，以下文字仅仅用以描述本发明的一种或几种具体的 实施方式，并不对本发明具体请求的保护范围进行严格限定。
在基础设置模块功能的类型设置菜单下，设置冰箱类型、冻存架类型、 冻存盒类型及样本类型；
在冰箱管理模块功能下，通过冰箱信息录入、冻存架信息录入、冻存盒 信息录入菜单，分别对冰箱、冻存架、冻存盒的信息进行录入，并保存；
在来源管理模块功能下，通过样本来源、样本来源_LIS接口两个菜单， 均可以对病患的基本信息、菌株编码等进行新增、删除、修改、查询等操作；
其中，在样本来源菜单下，可以通过扫码或者录入住院号、门诊号，直 接获取病患基础信息，并且可以右键自动获取菌株编码，菌株编码格式在S32 做过详细表述；在样本来源_LIS接口菜单下，可以直接从LIS系统里直接将 全年病患数据全部导入到本系统中，并可以对耐药的病历进行菌株编码设定；
在样本管理模块功能下，通过样本查询、样本入库、样本快速入库、样 本删除、菌株入出日志等菜单，对样本进行可视化界面查询、可视化界面入 库、可视化界面删除等操作；
其中，在样本查询菜单下，通过选择冰箱，然后选择冻存架，再选择冻 存盒，单击冻存盒中的格子(白色代表空格子，绿色代表已存放菌株样本)， 此格子存放的样本信息及病患基础信息均在右侧信息框内进行显示(如图3 所示)；
在此菜单界面，通过点击冻存盒格子里存储的样本信息，然后分别点击 LIS、PACS报告、PACS图像、电子病历四个按钮，分别弹出此菌株样本关联 的病患LIS报告、PACS报告、PACS图像及电子病历；
在样本入库菜单下，通过可视化的冰箱管理界面，首先选择冰箱，然后 选择冻存架，再选择冻存盒，单击冻存盒中的格子，最后点击选择按钮，将 会弹出耐药菌株的样本参照窗口，选择某一条菌株记录，确定即可添加到需 要存放的冻存盒格子里，并会自动生成格子编码，编码格式在S32做过详细 表述(如图4所示)；
为了防止菌株样本与存放的格子的一致性，不出现差错，此步骤要求在 使用样本入库时，及时打印菌株标签或格子标签，并粘贴于样本的试管表面；
在样本快速入库菜单下，可以通过点击快速入库按钮，实现样本选择后 参照窗口不关闭，可以连续选择菌株样本进行入库操作；
在样本删除菜单下，通过可视化的冰箱管理界面，选择冰箱，然后选择 冻存架，在选择冻存盒，单击冻存盒中的格子，最后点击删除按钮，即可将 选中的格子里存放的菌株信息清除；
在菌株入出日志菜单下，详细记录了菌株样本的入库、删除等信息，并 记录了操作人及操作时间，便于对菌株样本的历史入库、删除记录进行查询；
本发明未能详尽描述的设备、机构、组件和操作方法，本领域普通技术 人员均可选用本领域常用的具有相同功能的设备、机构、组件和操作方法进 行使用和实施。或者依据生活常识选用的相同设备、机构、组件和操作方法 进行使用和实施
以上所述，仅为本发明较佳的具体实施方式，但本发明的保护范围并不 局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，根 据本发明的技术方案及其发明构思加以等同替换或改变，都应涵盖在本发明 的保护范围之内。
Claims (7)
1.一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，其特征在于，该耐药结核分枝杆菌库的构建方法包括如下步骤：
S1：筛选结核病病历，收集耐药结核分枝杆菌及其详细资料；
S2：确定耐药结核分枝杆菌库的需求；
S3：确定耐药结核分枝杆菌库的功能模块；
S4：确定耐药结核分枝杆菌库的表概念、表结构及表字段设计；
S5：确定耐药结核分枝杆菌库的开发框架；
S6：耐药结核分枝杆菌库的实现；
S7：耐药结核分枝杆菌库的应用。
2.根据权利要求1所述的一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，其特征在于：步骤S1的具体操作为：筛选结核病病历，收集耐药结核分枝杆菌及其详细资料；对于病历的筛选，首先需要确定研究对象的标准，主要有纳入标准及排除标准，确定入选的病历；然后确定样本采集及采集管编码规则，采集样本主要有采集痰样本、血液样本，最后将样本送至检验科登记入库。
3.根据权利要求1所述的一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，其特征在于：步骤S2的具体操作为：菌株库管理系统主要是对耐药结核病患者检查的菌株样本存储与管理，便于对不同患者的检查样本进行科学统计与分析，为全疆治疗结核病的研究提供样本数据；主要涉及冰箱，冻存架，冻存盒，冻存盒格子信息，菌株样本信息，与LIS、PACS报告、PACS图像、电子病历做接口等。
4.根据权利要求1所述的一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，其特征在于：步骤S3的具体操作为：耐药结核分枝杆菌库包括冰箱管理、来源管理、样本管理、基础设置四个模块；
冰箱管理模块主要是对冰箱进行管理；
来源管理模块主要是对菌株样本的来源进行管理，包括菌株样本来源的录入、来源查询以及与LIS系统做接口导入；菌株样本来源录入提供样本的新增、修改、删除功能；来源查询提供多条件综合查询；LIS系统接口导入提供和LIS做接口，显示细菌室的所有样本信息，从细菌室调取样本信息，从HIS读取病人信息，写入到菌株数据库中，大大减少了检验科人员重新录入的工作；
样本管理模块主要是对菌株样本信息进行管理，包括菌株样本可视化查询、样本入库、样本快速入库、样本删除以及菌株入出日志等,菌株样本可视化查询提供可视化的界面，以直观的图示效果，展示不同类型冰箱、冻存架、冻存盒的信息；还提供与LIS、PACS报告、PACS图像、电子病历的接口，可以根据选择的菌株样本，通过LIS、PACS报告、PACS图像、电子病历的接口查询病人更为详细的信息；样本入库提供对菌株样本的可视化入库操作，选定冰箱、冻存架、冻存盒等存放菌株位置的格子，参照菌株样本，实现入库；样本快速入库在样本入库的基础上，实现了快速入库的操作，用户可以通过参照菌株样本，实现入库，再录入多个菌株样本时，可以快速定位前一步骤选择的菌株样本，从而实现菌株样本的快速准备入库；样本删除提供对已入库的菌株样本进行删除操作，菌株入出日志对菌株的入库、删除进行记录，方便用户对历史入库、删除信息进行查询；
基础设置模块主要是对冰箱类型、冻存架类型、冻存盒类型、样本类型、人员权限、系统公用字典进行管理。
5.根据权利要求1所述的一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，其特征在于：在S2确定的耐药结核分枝杆菌库需求、S3确定的耐药结核分枝杆菌库的功能模块基础上，步骤S4具体操作为：
确定耐药结核分枝杆菌库的实体有：冰箱信息实体，冻存架信息实体，冻存盒信息实体，冻存盒格子实体，冻存架、冻存盒类型实体，样本来源、类型实体；此外，还具有基础数据字典表、系统参数表、序列表；在确定各表实体之后，根据表实体进行表结构及表字段的详细设计。
6.根据权利要求1所述的一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，其特征在于：步骤S5中：系统采用C/S架构，软件全部部署在客户端，就本系统软件运行需要，提出软件运行的硬件环境配置要求、数据库版本要求、接口要求。
7.根据权利要求1所述的一种耐药结核分枝杆菌库构建方法，其特征在于：步骤S6中：使用Microsoft SQL Server2008 R2版本数据库，严格按照S42各表逻辑结构定义构建相应的表文件，并在系统参数表、系统序列表中录入相应的系统参数值；使用Microsoft Visual2010开发工具，使用C#开发语言，首先搭建系统框架，即系统菜单、系统显示界面，然后根据S3步骤的功能需求清单进行相应功能模块的开发。
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-
2018
- 2018-04-20 CN CN201810357589.9A patent/CN108776750A/zh active Pending
Patent Citations (3)
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