CN108697058A - 菠菜中的霜霉属抗性 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及包含R15抗性赋予等位基因的菠菜植物,其中所述等位基因赋予针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性并且不赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性,并且其中所述等位基因是如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物中发现的。当菠菜植物杂合地包含所述R15抗性赋予等位基因时,所述等位基因进一步赋予至少针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8和Pfs:10的中等抗性。
Description
本发明涉及包含赋予针对霜霉病的抗性的等位基因的菠菜植物,本发明还涉及所述菠菜植物的繁殖材料,所述菠菜植物的细胞,所述菠菜植物的种子以及所述菠菜植物的收获的叶。本发明还涉及菠菜植物在赋予抗霜霉病的抗性的育种中的用途。
菠菜(Spinaciaoleracea L.)是一种作为蔬菜种植的来自苋科的开花植物。菠菜的可消费部分是营养阶段的叶和叶柄。可将菠菜散装地、捆绑地、预先包装袋中、罐装或冷冻销售。有三种基本类型的菠菜:产业菠菜、新鲜菠菜和亚洲菠菜。在这些类型中,可以识别三种不同的叶类型:卷心、半卷心和光滑种类。卷心具有皱褶和卷曲的叶子。扁平或光滑的叶菠菜具有宽阔平滑的叶子。半卷心是稍有皱叶的品种。菠菜的主要市场是幼叶(baby-leaf)。小菠菜叶(Baby spinach leaves)通常是扁平叶品种,通常收获的叶子不长于约8厘米。这些柔嫩甜美的叶是散装销售的,而不是捆绑销售的。它们通常用于沙拉,但也可以稍微烹饪。
霜霉病是菠菜种植者的主要威胁,因为其影响收获的植物部分,即叶。在菠菜中,霜霉菌是由卵菌纲斑点霜霉菠菜专化型(Peronosporafarinosa f.sp.spinaciae)(以前称为散展霜霉(P.effusa))引起的。感染使得叶子不适合销售和消费,因为其本身在表型上表现为老叶上的黄色病变,并且在叶背面上可以观察到灰色真菌生长。感染可以非常迅速地传播,并且其可以在温室栽培和土壤栽培中发生。斑点霜霉菠菜专化型孢子的形成和萌发的最适温度为9至12℃,并且高相对湿度促进所述孢子的形成和萌发。当孢子沉积在潮湿的叶表面上时,它们可以容易地萌发和感染叶。真菌生长最适温度为8-20℃,相对湿度≥80%,感染后6-13天内可观察到菌丝生长。斑点霜霉的卵孢子可以在土壤中存活长达3年,或作为菌丝体存在于种子或活植物中。
近年来,已经鉴定出各种抗性基因,其为菠菜植物提供了抗霜霉病的抗性。然而,已经观察到先前抗性的菠菜栽培品种可再次变得对真菌易感。调查表明,品种本身并没有改变,因此,霜霉病抗性的丧失应该归因于斑点霜霉克服了这些菠菜品种的抗性。能够感染抗性菠菜品种的霜霉病小种(也称为生理菌种(physios)、菌株或分离株)收集在差异参照组中,其可用于测试菠菜品种的抗性。还存在菠菜品种(杂种)的差异组,其具有与目前正式命名的致病性斑点霜霉菠菜专化型小种不同的抗性模式。
迄今为止,已经正式鉴定并表征了15种菠菜霜霉病(Pfs)的致病小种,并且在田间观察到了许多新的候选物。斑点霜霉菠菜专化型的15种正式认可的小种被命名为Pfs:1至Pfs:15(Irish等Phtypathol.第98卷第894-900页,2008;Plantum NL(荷兰种子和幼小植物育种、组织培养、生产及贸易协会(Dutch association for breeding,tissue culture,production and trade of seed and young plants))新闻发布,“Benoeming van Pfs:14,eennieuwefysio van valsemeeldauw in spinazie”,2012年9月19日;Report JimCorrel(Univ.Arkansas)和Steven Koike(UC Cooperative Extension,MontereyCounty),“Race Pfs:14–Another new race of the spinach downy mildew pathogen”,2012年9月18日;Plantum NL新闻发布,“Denomination of Pfs:15,a new race of downymildew in spinach”,2014年9月2日)。在1990年至2012年期间鉴定了小种4至14,而最近才鉴定了另一种新的霜霉属分离株(称为UA4712),后来其由国际霜霉工作组(IWGP)(PlantumNL(荷兰种子和幼小植物育种、组织培养、生产及贸易协会)新闻发布,“Denomination ofPfs:15,a new race of downy mildew in spinach”,2014年9月2日)正式命名为Pfs:15。所有15种正式认可的Pfs小种可以从Department of Plant Pathology,University ofArkansas,Fayetteville,AR 72701,USA,以及NAK Tuinbouw,Sotaweg 22,2371GDRoelofarendsveen,the Netherlands公开获得。
这些新鉴定的霜霉属小种可以打破目前在世界范围内商业使用的许多菠菜品种的抗性,因此它们对菠菜产业的生产力构成严重威胁。菠菜品种Viroflay对所有已知生理菌种易感,而栽培品种诸如Lion和Lazio显示出对多个小种的抗性。然而,保持在这一领域的发展前沿至关重要,因为霜霉属不断发展打破存在于商业性菠菜品种中的抗性的能力。因此,新的抗性基因是非常有价值的资产,它们形成菠菜育种的重要研究重点。菠菜育种者的目标是在这些小种变得广泛传播并可威胁到该产业之前,迅速开发出对尽可能多的霜霉属小种(包括最新鉴定的小种)具有抗性的菠菜品种。
最近已鉴定了新的斑点霜霉菠菜专化型分离株,称为UA1014和US1508。这些分离株与另外15种正式认可的霜霉属小种一起可从RijkZwaan,BurgemeesterCrezéelaan 40,2678KX De Lier获得。分离株UA1014也可从Department of Plant Pathology,Universityof Arkansas,Fayetteville,AR 72701,USA获得。已将斑点霜霉菠菜专化型分离株UA1014和US1508两者作为候选物报告给NAK Tuinbouw,Sotaweg 22,2371GD Roelofarendsveen,以正式命名为新的斑点霜霉菠菜专化型小种。
在现有技术中,尚不知道赋予对新分离株UA1014以及Pfs:15和/或Pfs:14的抗性的抗性基因。由于没有为菠菜品种提供针对全部霜霉属小种的抗性的合适抗性来源,某些分离株可能在随后的生长季节蔓延并且在不久的将来对全球菠菜产业造成严重损害。
因此,需要鉴定赋予针对新出现的霜霉属菌株的抗性的新的R基因,并开发携带这些基因的新植物品种。因此,本发明的目的是在菠菜中提供R基因的等位基因,其赋予针对各种霜霉属小种(包括最近鉴定的小种)的抗性,这使得能够将这种广泛的抗性模式容易地转移到其它菠菜植物中。
因此,本发明涉及包含R基因的等位基因的菠菜植物,其中所述等位基因赋予针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性,并且不赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性,并且其中所述等位基因是如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长的植物中发现的。
本发明涉及R基因的新等位基因,在本文中命名为R15,其赋予菠菜植物针对霜霉小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性。在现有技术中,尚不知道具有抗霜霉小种的该组合的抗性(其由单一抗性基因赋予)的菠菜品种。因此,本发明代表了菠菜的霜霉病抗性领域的重要进步。本发明的新的抗性等位基因表现为与其赋予针对小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性相关的单个显性基因座。无论种类(例如产业、新鲜和亚洲菠菜)或叶片形态(例如卷心、半卷心、光滑以及由弱至强的切刻叶)或任何其他特征,其都可被容易地引入到任何其他菠菜植物中,使其对霜霉属分离株Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014具有抗性。
本发明的R15抗性赋予等位基因(其提供针对Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、-Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性)与本领域中已知的其它抗性等位基因和/或未来将鉴定的那些抗性等位基因的堆积,可导致抗所有已知的霜霉属小种的抗性。
可将携带称为R15的新抗性来源的本发明的菠菜植物与携带与R15不同的一种或多种抗性基因的其它菠菜植物杂交,以获得甚至更广泛的针对各种霜霉属小种的抗性。
本发明的菠菜植物可通过将第一菠菜植物与第二菠菜植物杂交而获得,其中所述菠菜植物之一或两者包含R15抗性等位基因以获得F1植物和任选更多代的包含R15抗性等位基因的菠菜植物。
因此,本发明涉及一种菠菜植物,其包含赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性并且不赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性的抗性基因新等位基因-R15,其中所述R15等位基因是如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏于NCIMB的种子生长而来的植物中发现的。
令人惊讶的是,进一步发现,在纯合状态下,R15等位基因(如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏于NCIMB的种子生长而来的植物中发现的)也赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8的抗性和针对Pfs:10的至少中等抗性。进一步发现,杂合状态的R15等位基因赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8和Pfs:10的至少中等抗性。
可以使用本文所述的幼苗检测来检测植物中R15等位基因的存在。如实施例1所示,疾病抗性测定显示了所述表型。
幼苗测试被定义为其中将菠菜植物种植在含有生长培养基的托盘中、任选地在幼苗出苗后每周两次对其施肥的测试。在第一真叶期用浓度约为2.5×·105/ml的待测试的斑点霜霉菠菜专化型的致病性小种或分离株之一的孢子囊悬浮液接种植物。将接种的植物置于18℃,100%相对湿度的露室(dew chamber)中24小时,然后移至具有12小时光周期的18℃的生长室中进行6天。6天后,将植物返回露室进行24小时以诱导孢子形成,随后对疾病反应(即出现萎黄症和孢子形成的症状)进行评分。优选地,每小种测试30株植物。
抗病基因型可通过在与完全易感的菠菜植物的杂交中测试抗性基因的遗传来测定。在这种杂交的F2群体中,该基因以大约3:1的比例分离,即4个F2植物中平均有3个具有针对小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性,如实施例2所示的。R15抗性赋予等位基因因此是这样的等位基因,在将其引入对斑点霜霉菠菜专化型的所有小种易感的菠菜植物中后,诱导目前包含针对小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性,以及任选地针对小种Pfs:8和/或Pfs:10的抗性,并且没有针对小种Pfs:7的抗性的抗性谱。优选地,抗性谱由针对小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014,以及任选地针对小种Pfs:8和/或Pfs:10和/或US1508的抗性组成,并且没有针对小种Pfs:7的抗性。然而,有可能R15等位基因未来会与针对目前还不知道的其它小种的抗性相关,例如因为它们尚未被描述或鉴定或尚不存在。当发现R15等位基因也赋予针对这些未来小种的抗性时,它们被认为包括在本文定义的R15抗性谱中。
携带处于纯合或杂合状态的R15等位基因的植物对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014具有抗性。
如本文中所用,当植物在本文描述的幼苗试验中未显示症状时,植物对斑点霜霉菠菜专化型的分离株具有抗性。
如本文中所用,当植物仅显示萎黄症症状时,或在本文所述幼苗试验中仅在子叶尖端发生孢子形成时,植物对斑点霜霉菠菜专化型的分离株具有中等抗性。
当植物表现出比上述更多的症状时,这种植物被认为是易感的。
关于针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8的抗性水平,携带纯合R15等位基因的本发明的植物与完全易感的植物的杂交的F2将以约1:2:1的比例分离,即约25%的植物是抗性的,没有症状;大约50%的植物具有中等抗性,仅具有萎黄症的症状,或在幼苗测试中仅在子叶尖端发生孢子形成;以及F2中约25%的植物将是完全易感的。
关于针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:10的抗性水平,携带纯合R15等位基因的植物与完全易感的植物的杂交的F2将以约3:1的比例分离,即约75%的植物是中等抗性的,仅具有萎黄症的症状,或在幼苗测试中仅在子叶尖端发生孢子形成;以及F2中约25%的植物将是完全易感的。
携带R15抗性赋予等位基因并且没有其它导致针对霜霉病的抗性的遗传决定子的植物将在如本文所述的幼苗测试中被评分为对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7易感。这意味着用Pfs:7接种的这种植物将不止仅表现出萎黄症的症状,或仅在子叶尖端发生孢子形成。孢子形成可能发生在整个幼苗上。
可通过从由其代表性样品在2015年10月15日以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物或来源于其的任何其它植物渗入而将R15等位基因引入任何其它植物。保藏的种子包含R15等位基因,因此是等位基因的来源。如实施例2和3中所述,可将R15等位基因引入其它菠菜植物。携带与在从以NCIMB登录号42466保藏的种子生长的植物中发现的相同、但不从其直接获得的R15等位基因的菠菜植物也是本发明的植物。
因此,本发明涉及包含渗入的R15等位基因的菠菜植物,其中所述等位基因赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性,并且不赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性,并且其中所述等位基因是如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物中发现的。
具体而言,本发明涉及包含至少R15等位基因的菠菜植物,其中所述等位基因赋予针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性、针对小种Pfs:8和Pfs:10的至少中等抗性,并且不赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性,并且其中所述等位基因是如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物中发现的。
更具体而言,本发明涉及包含至少R15等位基因的菠菜植物,其中所述等位基因赋予针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014和US1508的抗性,针对小种Pfs:8、Pfs:10的至少中等抗性,并且不赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性,并且其中所述等位基因是如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物中发现的。
如本文中所用,当针对遗传基因座例如本发明的R15等位基因使用时,“渗入的”是指已被纯合地或杂合地引入相同或不同物种的新遗传背景中的遗传基因座。因此可通过植物育种方法(诸如杂交和/或回交和选择)实现遗传基因座的渗入。可基于表型(例如,通过使用疾病测试)或基于基因型(例如,通过使用分子标记)进行选择。取决于性状的遗传力,可将其仅在一代中渗入另一个植物,例如当性状是显性单基因时,但渗入也包括需要多代的育种过程,例如当性状是隐性的和/或涉及不止一个基因时。本文中将渗入用来描述整个过程。
本发明的R15等位基因位于第1号染色体上,并且在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物中,R15等位基因可使用标记SO00009和/或SO00010和/或SO00013和/或SO00020检测到。当携带R15等位基因的植物与参考品种Viroflay的完全易感植物杂交时,这些标记的SNP或插入缺失(indel)(如以粗体和加以下划线在SEQ ID No.1和/或SEQ ID No.3中,和/或SEQ ID No.5和/或SEQ ID No.7中标示的(参见表1))与R15等位基因的存在连锁。在这样的杂交中,这些标记的SNP或插入缺失(如以粗体和加以下划线在SEQ ID No 2和/或SEQ ID No.4和/或SEQ ID No.6和/或SEQ ID No.8中标示的(参见表1))与R15等位基因的不存在连锁。
因此,在一个实施方案中,本发明涉及包含抗性等位基因-R15的菠菜植物,其中所述等位基因位于1号染色体上并且与如存在于SEQ ID No.1和/或SEQ ID No.3和/或SEQ IDNo.5和/或SEQ ID No.7中的SNP标记连锁。
所述保藏物对于SEQ ID No.1、SEQ ID No.3以及SEQ ID No.5和SEQ ID No.7的SNP和插入缺失是纯合的。当所述保藏物与品种Viroflay的植物杂交时,这些标记与R15等位基因连锁。因此,保藏物可以用作SEQ ID No.1、SEQ ID No.3以及SEQ ID No.5和SEQ IDNo.7的SNP和插入缺失标记的参考。因此,品种Viroflay的植物对于SEQ ID No.2和SEQ IDNo.4以及SEQ ID No.6和SEQ ID No.8的SNP和插入缺失是纯合的。
然而,本领域技术人员知道,如果标记不是与其连锁的性状的起因突变,那么重组可使标记解除连锁。因此,在其基因组中包含R15基因的抗性赋予等位基因的本发明的植物不限于如表1中所述的SEQ ID No.1至7的任何SNP和插入缺失的存在。
在一个实施方案中,本发明涉及菠菜植物的用途,所述菠菜植物包含R15抗性等位基因以开发与R15等位基因连锁的标记。这样的菠菜植物可以是但不限于由其代表性样品于2015年10月15日以NCIMB保藏号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物。
在另一个实施方案中,本发明涉及表1中定义的标记SO00009、SO00010、SO00013和/或SO00020用于开发与R15等位基因连锁的新标记的用途。
本发明还涉及如本文要求保护的菠菜植物在育种程序中赋予菠菜植物以针对斑点霜霉菠菜专化型的抗性的用途。在一个实施方案中,针对斑点霜霉菠菜专化型的抗性包括由R15等位基因的抗性谱所涵盖的针对小种的抗性。该抗性谱包括针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014但不针对小种Pfs:7的抗性。
本发明还涉及鉴定包含本发明的R15等位基因的菠菜植物的方法,所述方法包括在菠菜植物中检测与所述抗性相关的标记,其中所述标记在20厘摩,特别地15厘摩,更特别地10厘摩,甚至更特别地5厘摩以及最特别地1厘摩内与表1中定义的标记SO00009、SO00010、SO00013和/或SO00020遗传连锁。该方法还可包括选择包含R15等位基因的植物。
在另一个实施方案中,所述鉴定包含R15等位基因的菠菜植物的方法可包括通过在第一真叶阶段用斑点霜霉菠菜专化型的菌株Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和/或分离株UA1014接种植物(任选地包括对照植物)来测定抗性的步骤。
在另外一个实施方案中,所述鉴定包含R15等位基因的菠菜植物的方法可包括通过在第一真叶阶段用斑点霜霉菠菜专化型的菌株Pfs:8和/或Pfs:10接种植物(任选地包括对照植物)来测定抗性的步骤。
在另一个实施方案中,本发明提供了选择包含R15等位基因的菠菜植物的方法,该方法包括实施权利要求21-23中任一项所述的方法和选择未显示症状或仅显示萎黄症的症状,或在幼苗测试中仅在子叶尖端发生孢子形成和/或包含与抗性相关的标记的植物作为包含R15等位基因的植物。
存在许多不同标记系统可供本领域技术人员使用,这些标记系统包括但不限于SNP、AFLP标记、RFLP标记、SSR、RAPD标记或同工酶标记。可以利用与R15等位基因遗传连锁或相关的标记(例如Acquaah G.,Principles of Plant Genetics and Breeding,2012,West Sussex UK)。分离、开发和利用此类标记的方法在本领域中是已知的。
如本文中所用,两个核酸序列(包括核酸标记序列和等位基因诸如R15等位基因的核酸序列)的连锁可以是遗传的或物理的或者两者兼有。
在分子标记不存在的情况下,可以通过等位性测试确定遗传决定子(诸如R15等位基因)的等同性。为了进行等位性测试,将对于已知决定子是纯合的材料与对于其未知遗传决定子也是纯合的材料杂交。当在杂交的F2中不存在待观测的性状的分离时,证明了导致表型性状的遗传决定子是等同的或相同的。具有已知遗传决定子的材料,即携带本发明的R15等位基因并且没有其它提供针对霜霉属的抗性的遗传决定子的植物,可以例如是由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物。
一方面,本发明涉及包含R15等位基因的菠菜植物,其可通过以下过程获得:将菠菜植物与从保藏种子NCIMB 42466生长而来的植物杂交以产生F1后代,任选地使F1后代自交以产生F2后代,并从F1和/或F2后代选择显示针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性并且未显示针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性的植物作为已获得所述R15赋予等位基因的植物。
本发明还涉及包含R15抗性赋予等位基因的菠菜植物,其中R15等位基因在被引入到对斑点霜霉菠菜专化型的所有小种易感的菠菜植物中时,诱导由针对小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014,以及任选地针对小种Pfs:8和/或Pfs:10的抗性组成的抗性谱,但其中所述R15等位基因不诱导针对小种Pfs:7的抗性。
本申请上下文中,“性状”一词是指植物的表型(在本发明中是指特定的抗性谱)。抗性谱是植物显示针对其的抗性的多个小种或分离株的组合。具体而言,“性状”一词是指本发明的性状,更具体地是指针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性。“性状”一词还指包含针对Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性和针对小种Pfs:8和Pfs:10的至少中等抗性的抗性谱,如本文所述的。本发明的性状不包括针对Pfs:7的抗性。术语“遗传决定子”用于指植物基因组中引起本发明性状的遗传信息。当植物显示本发明的性状时,其基因组包含引起本发明性状的遗传决定子。因此植物具有本发明的遗传决定子。单词等位基因和遗传决定子可以互换使用,这意味着当植物显示本发明的性状时,其基因组包含R15基因的抗性赋予等位基因。显示本发明性状的植物包含纯合或杂合状态的R15抗性赋予等位基因。如本文所述,R15抗性赋予等位基因的纯合或杂合存在影响本发明的针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8和Pfs:10的性状的表达。
显然,提供本发明性状的亲本不一定是直接从保藏的种子生长而来的植物。亲本也可以是来自所述种子的后代植物或来自被鉴定为通过其它方式具有本发明的性状的种子的后代植物。
在一个实施方案中,包含赋予针对斑点霜霉菠菜专化型的抗性的抗性基因的等位基因的本发明植物是一种农艺学优良的菠菜植物。
在本发明的说明书中,农艺学优良的菠菜植物是具有导致可区分的和期望的农艺学性状累积的基因型的植物,所述农艺学性状允许生产者收获具有商业重要性的产品。
在培育携带R15等位基因的新菠菜植物的过程中,可将所需农艺学性状独立于R15等位基因而引入至所述菠菜植物中。如本文所用,“所需性状”包括但不限于例如提高的产量、叶形、叶大小、叶数、叶色、种子数、种子大小、植物活力、植物高度、抽苔(bolting)和对一种或多种疾病或致病生物体的抗性。可将这些所需性状中的任一种与R15等位基因结合。
在一个进一步的实施方案中,本发明的菠菜植物因提供针对未被R15基因所涵盖的菌株的抗性的另一种霜霉病抗性基因的存在而可对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1-15和UA1014具有抗性。
在另一个实施方案中,本发明的农艺学优良的菠菜植物因提供针对未被R15基因所涵盖的菌株的抗性的另一种霜霉病抗性基因的存在而可对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1-15和UA1014具有抗性。
在又一个实施方案中,本发明的农艺学优良的菠菜植物是近交系或杂交体。
如本文所用,近交系的植物是因三轮或更多轮自交或回交而得到的植物群体中的植物;或所述植物是双单倍体。近交系可以例如为用于生产商业杂交体的亲本品系。
如本文所用,杂交植物是因具有不同基因型的两种不同植物之间杂交而得到的植物。更具体地,杂交植物是两种不同近交系植物之间杂交的结果,这样的杂交植物可以例如为F1杂交品种的植物。
本发明还涉及本发明的菠菜植物的繁殖材料,其中由所述繁殖材料生长或再生而来的植物至少对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性。在一个实施方案中,所述繁殖材料适合于有性繁殖。这种繁殖材料包括例如小孢子、花粉、子房、胚珠、胚囊和卵细胞。在另一个实施方案中,繁殖材料适合于营养繁殖。这种繁殖材料包括例如插穗、根、茎、细胞、原生质体和可再生细胞的组织培养物。适于制备组织培养物的植物部分具体地是叶、花粉、胚、子叶、下胚轴、分生细胞、根尖、花药、花、种子和茎。
本发明还涉及由本发明植物的所述繁殖材料生长或再生而来的菠菜植物,该植物对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性。
本发明还涉及本发明的菠菜植物的细胞,该细胞包含导致针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性的R15等位基因,其中所述等位基因如同存在于其代表性种子以NCIMB登录号42466保藏的菠菜植物中一样。因此所述细胞包含编码所述抗性的遗传信息,特别是与编码其代表性种子以NCIMB登录号42466保藏的菠菜植物的所述抗性性状的遗传信息(更具体地本文所述的R15等位基因)基本上相同、优选完全相同的遗传信息。优选地,本发明的细胞是植物或植物部分的一部分,但细胞也可呈分离的形式。
本发明还涉及本发明的菠菜植物的细胞,所述细胞包含R15抗性赋予等位基因,其导致针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性,并且所述植物可通过将如在以NCIMB登录号42466保藏的种子中发现的斑点霜霉菠菜专化型抗性转移至农艺学上有价值的菠菜植物中来获得。
本发明还涉及本发明菠菜植物的种子,该种子在其基因组中包含编码本发明的抗性性状的遗传信息。本发明因此涉及包含赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性的R15基因的至少一个等位基因的种子。
本发明还涉及以NCIMB登录号42466保藏的种子用于将针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性转移(通过将从所述保藏的种子生长而来的植物与包含其它农艺上期望的性状的另一植物杂交)至农艺学上有价值的菠菜植物中的用途。
本发明还涉及菠菜植物的后代,该后代至少对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性。这种后代可以通过本发明的植物或其后代植物的有性繁殖或营养繁殖来产生。后代植物以与其代表性种子被保藏(NCIMB 42466)的植物相同或相似的方式展示R15抗性性状。这意味着这种后代至少对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性。作为有性繁殖的结果的后代将由于该后代植物的亲本之一包含不同于R15的抗性等位基因(其例如赋予针对Pfs:7和/或其它分离物的抗性)而还可展示针对斑点霜霉菠菜专化型的其它小种例如Pfs:7的抗性。这种后代植物例如描述于实施例3中。
如本文所用,词语“后代”旨在表示来自与显示R15抗性性状的本发明植物杂交的子代或第一代和所有更后的后代。本发明的后代包含与携带R15抗性性状的本发明植物的任何杂交的后代。这种后代例如可通过将第一菠菜植物与第二菠菜植物杂交获得,其中至少一种菠菜植物从其代表性种子以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的本发明植物的种子生长而来,但也可以是包含如同存在于NCIMB 42466中一样的R15等位基因的任何其它菠菜植物的后代。
所述后代植物包含含有抗性等位基因R15的渗入片段,其中所述渗入片段可从其代表性种子以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的菠菜植物获得。因此,抗性性状在菠菜植物的基因组中具有遗传基础,并且通过使用实施例1中描述的测定法,可将菠菜植物鉴定为本发明的植物。应该理解,提供本发明性状的亲本植物不一定是直接从保藏的种子生长而来的植物。亲本也可以是来自所述种子的后代植物,或来自被鉴定为通过其它手段具有(或已经获得)本发明的性状的种子的后代植物。在一个实施方案中,本发明涉及携带本发明性状和已通过常规育种或遗传修饰、特别是通过同源或异源转基因从合适来源引入负责所述性状的遗传信息而获得所述性状的菠菜植物。同源转基因是利用编码来自作物植物自身或来自性相容性供体植物的(农业)性状的天然基因对植物进行的修饰。异源转基因是利用来自不可杂交的物种的基因或利用合成基因对植物进行的遗传修饰。
在一个实施方案中,从其获得遗传信息的来源由从所述保藏种子生长而来的植物或通过其有性或无性繁殖后代形成。“后代”还包括携带本发明性状的植物,所述性状通过营养繁殖或增殖而从本发明的其它植物获得。
本发明还涉及本发明的菠菜植物的收获的叶、包含呈天然或加工形式的本发明菠菜植物的收获的叶的食品。
菠菜叶以包装形式出售,包括但不限于作为预先包装的菠菜叶或在包含菠菜叶的沙拉中加工的菠菜叶。在例如美国专利第.5,523,136号中提及这种包装,其提供包装薄膜,以及来自这种包装薄膜的包装,包括含有多叶产品的这种包装,以及制造和使用这种包装薄膜和包装的方法,其适合与本发明的菠菜叶一起使用。因此,本发明包括本发明的菠菜植物的叶以及源自本发明的菠菜植物的叶的用途和其制备和使用方法。本发明还涉及用于在家庭环境中从植物收获叶的容器,所述容器在生长基质中包含一种或多种本发明的植物或一种或多种源自本发明植物的菠菜植物。这样,当植物处于可以随时收获的状态时,消费者可以挑拣非常新鲜的叶用于沙拉。
本发明还涉及本发明的菠菜植物在育种中赋予针对斑点霜霉菠菜专化型的抗性的用途。
本发明还涉及斑点霜霉菠菜专化型抗性等位基因(如在以NCIMB登录号42466保藏的种子中发现的)用于将针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性赋予菠菜植物的用途。
本发明还涉及菠菜植物作为斑点霜霉菠菜专化型抗性等位基因(如在以NCIMB登录号42466保藏的种子中发现的)的接受者的用途。
在一个方面,本发明涉及用于产生对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性的菠菜植物的方法,其包括以下步骤:(a)将包含R15基因的抗性赋予等位基因的植物与另一植物杂交;(b)在F1中选择具有所述抗性等位基因的植物;(c)任选地进行一轮或多轮自交和/或杂交,随后选择包含本发明的抗性赋予等位基因的植物。本发明还包括通过该方法产生的菠菜植物。
另一方面,本发明涉及用于产生包含针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性的菠菜植物的方法,其包括:(a)将包含R15抗性等位基因的植物与另一植物杂交;(b)任选地在F1中选择具有所述抗性的植物;(c)任选地将所得F1与优选亲本回交并在BC1F1中选择具有所述抗性的植物;(d)任选进行一轮或多轮自交、杂交和/或回交,随后选择包含所述抗性等位基因或显示所述抗性谱的植物。本发明还包括通过该方法产生的菠菜植物。
更具体地,本发明涉及通过回交将R15抗性等位基因渗入农艺学优良的菠菜植物的方法,该方法包括:(a)将含有R15抗性赋予等位基因的菠菜植物与在其基因组中不包含所述等位基因的农艺学优良的菠菜植物杂交,以产生F1后代;(b)任选地选择包含所述抗性赋予等位基因的F1后代植物;(c)将包含R15抗性等位基因的后代植物与所述农艺学优良的菠菜植物杂交以产生回交后代;和(d)选择包含R15抗性等位基因的回交后代;和(e)任选地,重复步骤(c)和(d)一次或多次。特别地,将步骤(e)重复1次至多达10次。本发明还包括通过该方法产生的菠菜植物。
本发明另外提供了将所需性状引入由于R15等位基因的存在而对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性的农艺学优良的菠菜植物的方法,其包括:(a)将所述农艺学优良的菠菜植物与包含所需性状的第二菠菜植物杂交,以产生F1后代;(b)选择包含所述针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性和所需性状的F1后代植物;(c)将选择的后代植物与任一亲本杂交,以产生回交后代;(d)选择包含所需性状和针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性的回交后代;和(e)任选地连续重复步骤(c)和(d)一次或多次以产生包含所需性状和针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性的回交后代的后续代。本发明还包括通过该方法产生的菠菜植物。
在一个实施方案中,在杂交或可选择地回交的F1代或者任何更后代中选择对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性的植物。可基于表型选择植物,如例如实施例1中所述的。
本发明还涉及用于产生包含R15抗性等位基因的杂交种子的方法,该方法包括:将第一亲本植物与第二亲本植物杂交并收获所得的杂交种子,其中所述第一亲本植物和/或所述第二亲本植物是包含R15抗性等位基因的植物。本发明还涉及通过该方法产生的对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性的杂交菠菜种子。
在一个实施方案中,本发明涉及用于产生包含R15抗性等位基因的杂交菠菜植物的方法,该方法包括将第一亲本菠菜植物与第二亲本菠菜植物杂交并收获所得的杂交种子,其中第一亲本植物和/或第二亲本植物对于R15抗性等位基因是纯合的,并且将所述杂交种子生长成至少对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性的杂交植物。
在一个实施方案中,通过本文所述方法产生的对于R15抗性等位基因是纯合的植物将进一步至少对霜霉属小种Pfs:8具有抗性,并且对霜霉属小种Pfs:10具有至少中等抗性。由于两个亲代都贡献了R15抗性等位基因的事实而纯合地包含R15抗性等位基因的杂交品种的植物因此将至少对霜霉属小种Pfs:8具有抗性,并且对霜霉属小种Pfs:10具有至少中等抗性。
在另一个实施方案中,通过本文所述方法产生的对于R15抗性等位基因是杂合的植物,例如其中只有一个亲本贡献了R15抗性等位基因的杂交植物,将对霜霉属小种Pfs:8和Pfs:10具有至少中等抗性。
在另一个实施方案中,通过本文所述的方法产生的对于R15抗性等位基因是杂合的或纯合的植物将至少对分离株US1508具有抗性。
在又一个实施方案中,通过本文所述方法获得的植物在R15抗性等位基因之外还包含一个或多个赋予针对斑点霜霉菠菜专化型的抗性的其它抗性等位基因。这可以增加植物对Pfs:7、Pfs:8和/或Pfs:10的抗性水平,取决于由这些其它抗性赋予等位基因中的所述一个或多个所赋予的抗性模式。
本发明还涉及通过使用在其基因组中包含所述等位基因的种子生长所述菠菜植物来产生携带R15抗性等位基因的菠菜植物的方法。所述种子合适地为其代表性样品以NCIMB保藏号42466保藏在NCIMB的种子。
本发明还涉及用于种子生产的方法,其包括由其代表性样品以保藏号NCIMB42466保藏在NCIMB的种子生长菠菜植物,使所述植物产生种子并收获那些种子。种子的产生合适地通过杂交或自交来进行。
在一个实施方案中,本发明涉及通过使用组织培养来产生携带本发明的R15抗性等位基因的菠菜植物的方法。
本发明还涉及通过使用营养繁殖来产生携带本发明的R15抗性等位基因的菠菜植物的方法。
在一个实施方案中,本发明涉及用于产生对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性的菠菜植物的方法,其中使用用于遗传修饰的方法将所述性状引入菠菜植物的来进行。
本发明还涉及开发携带本发明的R15抗性等位基因的菠菜植物的育种方法,其中使用包含所述等位基因的种质。包含所述遗传决定子并代表种质的所述植物的代表性种子以保藏号NCIMB 42466保藏于NCIMB。
本发明优选提供了对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014具有抗性的菠菜植物,所述植物可通过本文所述的任何方法、其组合获得和/或技术人员所熟悉的任何方法获得。
在本申请的说明书中,针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和UA1014的抗性优选由存在于保藏号为NCIMB 42466的种子的基因组中的遗传决定子引起,并且所述遗传决定子可互换地称为R15等位基因、R15抗性赋予等位基因和R15抗性等位基因。
本发明还涉及测定本发明的植物(其代表性种子已以NCIMB登录号42466保藏)或其第一代后代的基因型的方法,所述方法包括从所述植物和不包含本发明的遗传决定子的参照植物获得核酸样品,并检测所述样品的核酸中的多个多态性。所述方法可额外地包括将检测多个多态性的结果存储在计算机可读介质上的步骤。多个多态性指示和/或引起R15抗性等位基因的存在。
从核酸样品获得基因型数据有多种方式。可以收集对某些表型性状(例如基因序列)特异的基因型数据,而且还可获得随机遗传变异的模式以构建所谓的DNA指纹。取决于所使用的技术,可获得对携带本发明的抗性等位基因的菠菜植物独特的指纹。获得独特的DNA指纹取决于存在于品种中的遗传变异以及指纹技术的灵敏性。本领域已知的一种用于提供良好指纹特征谱的技术称为AFLP指纹技术(一般参见美国专利第5,874,215号),但还有许多其它基于标记的技术,诸如RFLP(或限制性片段长度多态性)、SSLP(或简单序列长度多态性)、RAPD(或多态性DNA的随机扩增)、VNTR(或可变数目串联重复)、微卫星多态性、SSR(或简单序列重复)、STR(或短串联重复)、SFP(或单特征多态性)、DarT(或多样性阵列技术)、RAD标记(或限制性位点相关DNA标记)(例如Baird等,PloS One第3卷e3376,2008;Semagn等African Journal of Biotechnology第5卷第25期,第2540-2568页,2006年12月29日)。目前,基于序列的方法利用在基因组中随机分布的单核苷酸多态性(SNP)作为基因分型的常用工具(例如Elshire等,PloSOne第6卷:e19379,2011;Poland等PloSOne第7卷:e32253;Truong等PloS One第7卷第5期:e37565,2012)。
利用任何上述基因分型技术,当将目标植物的基因型和/或序列与一种或多种参照植物的基因型和/或序列进行比较时,可以检测多态性。如本文所用,参照植物的基因型和/或序列可以源自但不限于以下任一种:亲本品系、密切相关的植物品种或物种、相关植物品种或物种的全基因组序列或者一种或多种相关植物品种或物种的从头装配的基因组序列。例如,可能通过将携带抗性赋予等位基因的菠菜植物(其代表性种子已以NCIMB登录号42466保藏)的基因型和/或序列与一种或多种参照植物的基因型和/或序列相比较来检测R15抗性赋予等位基因的存在或不存在方面的多态性。在该实例中用于比较的参照植物可以例如是但不限于表2中提及的任何菠菜品种和/或其亲本系、祖先或后代植物。
这些技术揭示的多态性可用于建立基因型与表型之间的联系。多态性因此可用于预测或鉴定某些表型特征,例如,由R15抗性赋予等位基因、个体或甚至物种提供的抗性。多态性通常称为标记。本领域技术人员通常使用分子DNA技术来产生多态性并创建标记。
可在各种介质例如数据库或计算机可读介质中提供本发明的多态性以便于使用,所述数据库或计算机可读介质还可以以允许技术人员检查或查询多态性并获得有用信息的形式包含描述性注释。
如本文所用,“数据库”是指包括诸如文本文件、数据库文件、电子表格文件和图像文件的计算机文件、打印表格和图形表示以及数字和图像数据集合的组合的可检索的收集数据的任何表现。在本发明的一个优选方面,“数据库”是指可以存储计算机可搜索信息的存储系统。
如本文所使用的,“计算机可读介质”是指可由计算机直接读取和访问的任何介质。这种介质包括但不限于:磁性存储介质诸如软盘、硬盘存储介质和磁带;光学存储介质诸如CD-ROM;电存储介质诸如RAM、DRAM、SRAM、SDRAM、ROM;和PROM(EPROM、EEPROM、FlashEPROM)以及这些类别的混合,诸如磁性/光学存储介质。本领域技术人员可以容易地理解如何使用任何当前已知的计算机可读介质来产生包含在其上记录有本发明的多态性的计算机可读介质的产品。
如本文所用,“记录的”是指用于将信息存储在可检索数据库或计算机可读介质中的方法的结果。例如,本领域技术人员可容易地采用任何目前已知的用于在计算机可读介质上记录信息的方法来生成包含本发明多态性的介质。有多种数据存储结构可供本领域技术人员用于产生计算机可读介质,其中数据存储结构的选择通常基于被选择来访问存储信息的手段。另外,各种数据处理器程序和格式可用于在计算机可读介质上存储本发明的多态性。
本发明还提供了包含本文所述的多态性的系统,特别是基于计算机的系统。此类系统被设计来鉴定本发明的多态性。如本文所用,“基于计算机的系统”是指用于分析多态性的硬件、软件和存储器。本领域技术人员可以容易地理解,目前可用的基于计算机的系统中的任何一种都适用于本发明。
保藏信息
携带纯合形式的R15等位基因的菠菜植物的种子于2015年10月15日以保藏号42466保藏在NCIMB Ltd,Ferguson Building,Craibstone Estate,Bucksburn,AberdeenAB21 9YA,UK。所述种子不满足DUS标准,因此所述保藏物不符合在Rule 26(4)EPC下被视为植物品种的要求。
表1.标志物信息
SEQ ID No:1、SEQ ID No:3、SEQ ID No:5和SEQ ID No:7代表标记SO00009、SO00010、SO00013、SO00020的等位基因,其在保藏物NCIMB 42466的种子的基因组中与本发明的R15抗性等位基因连锁。SEQ ID No:2、SEQ ID No:4、SEQ ID No:6和SEQ ID No:8的序列分别代表存在于完全易感品种Viroflay中的分子标记SO00009、SO00010、SO00013、SO00020的野生型等位基因。
在与所述R15等位基因连锁的标记和与品种Viroflay的植物中的所述易感等位基因连锁的标记等位基因之间不同的核苷酸加以下划线并以粗体标示。SEQ ID No.1-2和5-8是SNP标记。在SEQ ID No.3中,存在于SEQ ID No.4中的CGAT基序被缺失,因此在SEQ IDNo.3中没有突出显示,即SEQ ID No.3和4的标记是插入缺失。
这些序列中所示的SNP和插入缺失(以粗体并加以下划线标示的核苷酸,对于SEQID No.3和4为CGAT插入缺失)可用作分子标记,用于检测参照品种Viroflay的植物与包含R15抗性等位基因的植物(该植物可以是由其代表性样品以NCIMB保藏号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物)之间的杂交的后代中R15抗性赋予等位基因的存在。
将在下面的实施例中进一步说明本发明。
实施例
实施例1
在菠菜植物中测试R15抗性性状
如Irish等所述(2008;Phytopathol.98:894-900;在第895-896页描述的幼苗测试),使用表2中所示的差异组测定对霜霉病感染的抗性。将本发明的纯合地和杂合地携带R15等位基因的菠菜植物连同阳性和阴性对照植物一起种植在含有Scotts Red-Earth培养基的托盘中,用Osmocote Peter's(13-13-13)肥料(Scotts)在出苗后每周施肥两次。将植物在第一真叶阶段接种孢子囊悬浮液(2.5×105/ml),所述孢子囊悬浮液具有待测试的斑点霜霉菠菜专化型致病性小种中的一种。对于四份中的每一份,每个小种测试30株植物。
将接种的植物置于18℃,100%相对湿度的露室中持续24小时,然后移至具有12小时光周期的18℃的生长室中,持续6天。6天后,将植物返回露室持续24小时以诱导孢子形成,并对它们的疾病反应进行评分。
基于萎黄症的症状以及子叶和真叶上病原体孢子形成的迹象,将该特定测试的植物评分为抗性的、中等抗性的或易感性的。未表现出黄萎病和孢子形成的证据的植物在该特定测试中被认为是抗性的。重新接种抗性植物以评估最初评分为抗性的植物是否逃过感染,或者它们是否真正具有抗性。仅显示萎黄症症状,或仅在子叶尖端发生孢子形成的植物被评分为中等抗性的。显示超过这些霜霉病感染症状的植物被评分为易感的。
以这种方式,测试了15种正式认可的致病小种和分离株UA1014。将该疾病测试的结果与杂种品种Lion的亲本品系和携带R6基因的亲本品系一起添加到表2中,该表中进一步显示了菠菜霜霉病小种的差异组和各种菠菜品种(杂交种)对这些致病小种的每一种的抗性。
易感反应评分为“+”(表明被霜霉属菌株成功感染,在整个子叶上发生孢子形成)。抗性被描述为“-”(子叶上没有孢子形成)。中等抗性反应表示为“(-)”。R6是表现如美国专利申请13/774,633中所述的抗性的品系。
Lion的亲本品系与杂交品种Lion本身的比较表明,Lion的广泛抗性谱是由来自任一亲本的至少两个抗性基因的组合产生的,因为两个亲本只有由这两个品系的杂交产生的杂交种(Lion)的抗性谱的一部分。Lion中的抗性的遗传基础因此在自然界中是多基因的,由杂交品种中至少两个抗性基因的堆积引起,因此Lion中的霜霉属抗性的遗传基础完全不同于本发明的植物。
相反,本发明的针对霜霉属小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的R15抗性是以单基因显性方式赋予的,这具有极大的有利方面,即R15抗性等位基因可以通过杂交/渗入容易地转移到其它菠菜品种,并且可以容易地与其它抗性基因或等位基因组合。当与例如赋予针对霜霉病小种Pfs7、Pfs8和Pfs10的抗性的选定的其它基因或等位基因组合时,R15性状可用于在菠菜中提供针对迄今为止已知的所有霜霉病小种的抗性。
在表2中,给出了菠菜霜霉病小种的差异组和各种菠菜品种(杂交种)对这些致病小种中的每一种的抗性,以及杂交品种Lion的亲本品系和携带R6及R15基因的亲本品系,以及杂合地携带R15等位基因的植物。易感反应被评分为“+”(表明被霜霉属菌株成功地感染,在整个子叶上发生孢子形成)。抗性被描述为“-”(子叶上不存在孢子形成)。中等抗性反应表示为“(-)”。
表2
在表3中概述了R15纯合基因型和R15杂合基因型针对每个霜霉属小种的个体疾病测试得分,如在其中播种30个种子的典型幼苗测试中获得的。在其中幼苗总数总计未达到30的情况下,一些种子没有萌发。以与表2类似的方式表示抗性水平。
表3
实施例2
将R15抗性引入其它菠菜植物中
将本发明的植物与不包含R15抗性性状的植物杂交以获得F1。如实施例1所述,测试F1群体中的30株植物针对霜霉属小种UA1014的抗性。该特定的抗性不存在于所述杂交中使用的不含R15性状的植物中。所有30株植物都显示出本发明的抗性模式,即针对致病小种UA1014的抗性。这表明与UA1014相关的R15抗性等位基因的遗传可与遗传的显性模式相当。
在另一个实验中,将本发明的植物与不含本发明的R15抗性性状的不同菠菜植物杂交。如实施例1中所述,将F1群体的植物自交,并且对总共112株F2代植物测试霜霉属抗性。作为R15性状存在的阳性鉴别因子,测定针对UA1014的抗性,因为该抗性存在于母本植物(R15)中,但不存在于杂交的父本植物中。
观察到由R15等位基因提供的UA1014抗性在F2代中以对应于显性单基因遗传的方式分离:112株F2植物中有87株显示出针对UA1014的抗性。表4给出了四个F2群体中R15抗性性状的分离的详细概述。卡方检验证实了观察到的F2群体中的分离与R15抗性谱的3:1分离一致,如此处针对对UA1014的抗性所测定的。
在表4中显示了来自本发明的菠菜植物与不同基因型植物(缺乏R15抗性性状)之间的杂交的4个F2群体中的R15抗性谱的分离。
表4
卡方检验证实了观察到的抗性和易感性F2植物的数量与当性状针对UA1014的抗性以显性单基因分离方式分离时(即3:1(抗性:易感性))所预期的一致。在所有情况下,卡方值都远高于0.05。
当对携带R15抗性性状的植物与不携带所述性状的植物之间的杂交的后代测试R15等位基因对其显示显性遗传模式的其它霜霉属小种时得到相似的结果:Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株US1508。
实施例3
将R15抗性等位基因引入杂交品种Lion的优良亲本品系
按照以下步骤,通过回交将R15等位基因引入农艺学优良的亲本品系和相应的杂交品系:
a)将对于R15等位基因纯合的植物作为父本与Lion的母本品系的植物杂交。表2显示杂交品种Lion的母本品系对Pfs:7易感。
b)随后,将F1的植物与Lion母本品系的植物杂交以产生BC1种子。
c)将BC1种子生长成BC1F1植物,如实施例1中所述测试这些植物对UA1014的抗性。
d)基于抗性的存在和轮回亲本的有利性状的存在选择BC1F1植物,并再次将其与轮回亲本(Lion母本品系的植物)杂交以产生BC2F1种子。
e)再重复步骤(c)和(d)2次以产生BC4F1植物。
f)将BC4F1植物自交以产生BC4F2种子。
g)使BC4F2种子萌发以产生BC4F2植物。测试这些植物针对UA1014的抗性。丢弃易感植物并使抗性植物自交以获得BC4F3种子和后面的植物。再次测试每个杂交植物群体对UA1014的抗性。来自BC4F3群体的显示针对UA1014的抗性发生分离的植物被认为对于R15等位基因是纯合的。对于R15是纯合的并且具有轮回亲本的有利性状的BC4F3植物可用作新的农艺学优良的亲本品系用于产生新的菠菜杂交品种。
h)随后将步骤g)中获得的植物与杂交品种Lion的父本品系的植物杂交。由该杂交产生的植物可被认为是类似于Lion但现对Pfs:1-15和UA1014具有抗性的改良杂交品种。
实施例4
R15等位基因的基于标记的选择
将对于R15等位基因纯合的植物作为父亲与参照品种Viroflay的植物杂交。Viroflay对表2所示的所有霜霉属小种和分离株完全易感。
随后,将F1的植物自交以生产F2后代。对F2植物的DNA进行取样。随后使用标准分子标记技术,利用SO0009SNP标记筛选这些植物的取样DNA。约75%的植物显示存在SEQ IDNo.1,其与本发明的R15等位基因的存在相关。F2群体的其余植物仅显示存在于SEQ IDNo.2中的SNP的存在,表明这些植物不包含R15抗性等位基因。
为了证实SEQ ID No.1中的SNP与存在R15等位基因的相关性,使用菌株UA1014对F2群体的所有植物进行幼苗检测。幼苗测试的结果与标记结果完全相关。对UA1014具有抗性的所有植物均显示存在于SEQ ID No.1中的SNP的存在,而所有对UA1014易感的植物仅显示存在于SEQ ID No.2中的SNP的存在。
对于标记SO00010、SO00013和SO00020,获得了类似的结果。
Claims (24)
1.一种包含R15抗性赋予等位基因的菠菜植物,其中所述等位基因赋予针对至少斑点霜霉菠菜专化型(Peronosporafarinosa f.sp.spinaciae)小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014的抗性,并且不赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性,并且其中所述等位基因是如在由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物中发现的。
2.权利要求1所述的菠菜植物,其杂合地包含所述R15抗性赋予等位基因,其中所述等位基因的杂合性存在进一步赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8和Pfs:10的至少中等抗性。
3.权利要求1所述的菠菜植物,其纯合地包含所述R15抗性赋予等位基因,其中所述等位基因的纯合性存在进一步赋予针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8的抗性和针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:10的中等抗性。
4.权利要求1至3中任一项所述的菠菜植物,其中所述R15抗性赋予等位基因位于1号染色体上,并且其中由其代表性样品以NCIMB登录号42466保藏在NCIMB的种子生长而来的植物中的等位基因与SEQ ID No.1和/或SEQ ID No.5和/或SEQ ID No.7中的SNP连锁,如在表1中以粗体和加以下划线标示的,和/或SEQ ID No.3的插入缺失,所述插入缺失是在表1中以粗体和加以下划线标示的SEQ ID No.4的部分。
5.权利要求1至4中任一项所述的菠菜植物,其中所述R15抗性赋予等位基因通过以下步骤能够获得:将菠菜植物与从保藏物NCIMB 42466的种子生长而来的植物杂交以产生F1后代,任选地使所述F1后代自交以产生F2后代,并从F1和/或F2后代中选择对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014显示抗性的植物作为已获得R15赋予等位基因的植物。
6.权利要求5所述的菠菜植物,其不显示针对斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:7的抗性。
7.权利要求1至6中任一项所述的菠菜植物,其中所述R15抗性赋予等位基因在将其引入对斑点霜霉菠菜专化型的所有小种易感的菠菜植物中时,诱导由针对小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014,并且任选地针对小种Pfs:8和/或Pfs:10的抗性组成的抗性谱,其中所述等位基因不诱导针对小种Pfs:7的抗性。
8.权利要求1至7中任一项所述的菠菜植物,其中所述植物是农艺学优良的菠菜植物。
9.权利要求8所述的菠菜植物,其中所述植物是杂交菠菜植物。
10.权利要求1至8中任一项所述的菠菜植物,其中所述菠菜植物进一步对至少斑点霜霉菠菜专化型小种7具有抗性。
11.一种在其基因组中包含如权利要求1至7中任一项所定义的R15等位基因的繁殖材料,其中所述繁殖材料选自由小孢子、花粉、子房、胚珠、胚、胚囊、卵细胞、插穗、根、根尖、下胚轴、子叶、茎、叶、花、花药、种子、分生细胞、原生质体、细胞或其组织培养物。
12.一种菠菜植物的细胞,所述细胞在其基因组中包含如权利要求1至7中任一项所定义的R15等位基因。
13.一种能够生长成如权利要求1至10中任一项所述的植物的菠菜种子,其中所述植物显示针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1,Pfs:2,Pfs:3,Pfs:4,Pfs:5,Pfs:6,Pfs:9,Pfs:11,Pfs:12,Pfs:13,Pfs:14,Pfs:15和分离株UA1014的抗性。
14.权利要求1至10中任一项所述的菠菜植物的收获的叶。
15.一种食品,其包含权利要求14的收获的叶。
16.权利要求1至10中任一项所述的菠菜植物在用于向菠菜植物赋予针对斑点霜霉菠菜专化型的抗性的育种程序中的用途。
17.权利要求16所述的用途,其中所述针对斑点霜霉菠菜专化型的抗性包含由所述R15等位基因的抗性谱涵盖的针对小种的抗性。
18.权利要求17所述的用途,其中所述抗性谱包含针对至少斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和分离株UA1014但不针对小种Pfs:7的抗性。
19.权利要求1至10中任一项所述的菠菜植物用于开发与如权利要求1至7中任一项所定义的R15等位基因连锁的标记的用途。
20.权利要求4所述的标记用于开发与如权利要求1至7中任一项所定义的R15等位基因连锁的标记的用途。
21.一种鉴定包含如权利要求1-9中任一项所定义的R15等位基因的菠菜植物的方法,所述方法包括在菠菜植物中检测与所述抗性相关的标记,其中所述标记在20厘摩,特别地15厘摩、更特别地10厘摩、甚至更特别地5厘摩以及最特别地1厘摩内与如表1中所定义的标记SO00009、SO00010、SO00013和/或SO00020遗传连锁。
22.权利要求21所述的方法,其还包括通过在所述第一真叶阶段用斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:1、Pfs:2、Pfs:3、Pfs:4、Pfs:5、Pfs:6、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:13、Pfs:14、Pfs:15和/或分离株UA1014的菌株接种所述植物,任选地包括对照植物,并对所述植物的疾病反应进行评分来测定所述抗性的步骤。
23.权利要求21的方法,其还包括通过用斑点霜霉菠菜专化型小种Pfs:8和/或Pfs:10的菌株接种所述植物来测定所述抗性的步骤。
24.一种选择包含R15等位基因的菠菜植物的方法,所述方法包括实施如权利要求21-23中任一项所述的方法,并选择在幼苗测定中未显示症状或仅显示萎黄症的症状或仅在所述子叶顶端发生孢子形成和/或包含与所述抗性相关的标记的植物作为包含所述R15等位基因的植物。
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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GR01 | Patent grant | ||
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