CN108203708A - 一种人的聚adp-核糖聚合酶1突变蛋白及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种人的聚ADP‑核糖聚合酶1突变蛋白及其应用，通过将大量癌症患者作为研究病例，对病例进行基因检测并分析，确定出人的聚ADP‑核糖聚合酶1的突变蛋白，根据该人的聚ADP‑核糖聚合酶1突变蛋白制备基因芯片、单克隆抗体和ELISA试剂盒，为癌症的基因诊断提供指引作用，实现癌症的早诊断、早发现和相关治疗。

Description

一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白及其应用
技术领域
本发明涉及一种基因工程领域，尤其涉及一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白及其应用。
背景技术
聚ADP-核糖聚合酶1是一种广泛存在于真核细胞内的核酶，在维持基因组稳定和和调节基因组转录等多种生理学过程中发挥重要作用。同时，聚ADP-核糖聚合酶1与癌症的发生密切相关。人的聚ADP-核糖聚合酶1发生突变会对人类健康造成影响，研究发现，在对某些癌症(该癌症包括肺癌、肝癌、胰腺癌和白血病)患者的外周血进行基因测序的过程中，均发现患者的聚ADP-核糖聚合酶1发生了突变，因此，对人的聚ADP-核糖聚合酶1突变的检测对判断人体是否患有癌症具有一定的指引作用。
发明内容
本发明目的在于提供一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白及其应用。
本发明技术方案包括：
第一方面，提供一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白，其氨基酸序列如SEQ IDNO:1所示。
第二方面，提供一种人的聚ADP-核糖聚合酶1的突变蛋白的编码基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
第三方面，提供一种基因芯片，包括：固相载体和固定在该载体上的核苷酸探针；所述核苷酸探针根据所述人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的核苷酸序列，与人的聚ADP-核糖聚合酶1正常蛋白的核苷酸序列的比对结果确定。
优选地，所述核苷酸探针为SEQ ID NO:3所示的碱基序列。
第四方面，提供一种特异性识别人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的单克隆抗体，其编码的氨基酸序列为SEQ ID NO:1所示。
第五方面，提供一种用于检测人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的抗体的ELISA试剂盒，所述ELISA试剂盒包括：包被有上述单克隆抗体的ELISA酶标板、酶标二抗、检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白、样品稀释液、包被缓冲液、ELISA酶标板洗涤液、显色液和终止液。
优选地，所述酶标二抗为稀释的HRP辣根过氧化物酶标记的山羊抗人IgG。
第六方面，提供一种基于上述任一所述ELISA试剂盒检测人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的抗体的方法，包括：
a、使用所述包被缓冲液对上述单克隆抗体进行稀释，并将稀释后的所述单克隆抗体加样至ELISA酶标板的孔中，室温孵育；
b、使用所述样品稀释液将检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白稀释成不同浓度梯度，并将不同浓度梯度的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白分别加样至ELISA酶标板的孔中，室温孵育；
c、甩去各孔中的液体，加入所述ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
d、加入所述酶标二抗，并室温孵育；
e、甩去各孔中的液体，加入所述ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
f、加入所述显色液，室温避光孵育，并加入所述终止液终止反应；
g、在酶标仪上测定波长为450nm处的吸光值。
优选地，进一步包括：空白对照实验。
本发明提供了一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白及其应用，将大量癌症患者作为研究病例，对病例进行基因检测并分析，确定出人的聚ADP-核糖聚合酶1的突变蛋白，根据该人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白制备基因芯片、单克隆抗体和ELISA试剂盒，为癌症的基因诊断提供指引作用，实现癌症的早诊断、早发现和相关治疗。
上述说明仅是本发明技术方案的概述，为了能够更清楚了解本发明的技术手段，并可依照说明书的内容予以实施，以下以本发明的较佳实施例并配合附图详细说明如后。
附图说明
图1是本发明实施例一提供的一种比对结果示意图；
图2是本发明实施例一提供的一种基因芯片布局图；
图3是本发明实施例二提供的一种显色结果示意图；
图4是本发明实施例二提供的另一种显色结果示意图；
图5是本发明实施例五提供的为蛋白含量的标准曲线；
图6是本发明实施例五提供的Westernblot检测结果示意图；
图7是本发明实施例六提供的为蛋白含量的标准曲线；
图8是本发明实施例六提供的Westernblot检测结果示意图；
图9是本发明实施例七提供的为蛋白含量的标准曲线；
图10是本发明实施例七提供的Westernblot检测结果示意图。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例一、基因芯片的制备
首先，可以根据申请号为“201710429915.8”、专利名称为“一种突变蛋白的检测方法及装置”的中国发明专利中描述的检测方法，确定出人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的编码基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；相应地，根据该编码基因确定出人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白，其氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。
其次，根据人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白及其编码基因，按照如下方式实现基因芯片的制备。
1、核苷酸探针的设计
(1)核苷酸探针的设计：核苷酸探针根据人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的核苷酸序列，与人的聚ADP-核糖聚合酶1正常蛋白的核苷酸序列的比对结果来确定，并根据如下探针的设计原则，设计出针对人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的特异性的核苷酸探针。
其中，核苷酸探针设计的原则如下：
①核苷酸探针Tm值应接近整个基因组的平均Tm值，上下波动5℃；
②核苷酸探针分子内重复的单一碱基连续不超过5个；
③G+C含量为40％-60％，减少非特异性杂交保证杂交的特异性；
④核苷酸探针分子内部稳定二级结构配对碱基长度少于4bp，这样可以保证不会因核苷酸探针内部稳定的二级结构而影响杂交效率；
⑤经同源比较与其他序列的相似性小于40％；
⑥经对比与非探针备选序列的同源片段连续不超过20个碱基。
其中，人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白对应的氨基酸序列与人的聚ADP-核糖聚合酶1正常蛋白对应的氨基酸序列的比对结果请参考图1，其中，图1中的Query序列是人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白对应的氨基酸序列，Sbjct序列是人的聚ADP-核糖聚合酶1正常蛋白对应的氨基酸序列，其中Query序列与Sbjct序列之间的序列为突变部分的比对结果，由于图片过大，为保持清晰度，未发生突变部分Query序列与Sbjct序列之间的序列未给出。根据图1可知，人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白相对于人的聚ADP-核糖聚合酶1正常蛋白，在两个位置处发生了插入，三个位置处发生了缺失，以及若干个位置处发生了突变。根据SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列，以及图1的比对结果，为了能够特异性识别待检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1是否发生了突变，那么在选取核苷酸探针时，可以按照如下几种方式中的任一种方式设计核苷酸探针：
①选取插入位置的插入核苷酸序列生成核苷酸探针；
②在插入位置之前，和/或，在插入位置之后，各选择若干个核苷酸序列，将选择的若干个序列核苷酸与插入位置的插入核苷酸序列共同生成核苷酸探针，其中，生成的核苷酸探针中相邻核苷酸的先后顺序与其在突变蛋白对应的核苷酸序列中的顺序一致；
③在插入位置之前选择若干个核苷酸序列，与在插入位置的开始位置处选择若干个核苷酸序列，生成核苷酸探针；
④在插入位置之后选择若干个核苷酸序列，与在插入位置的结束位置处选择若干个核苷酸序列，生成核苷酸探针；
⑤在缺失位置之前与缺失位置之后各选择若干个核苷酸序列(碱基的顺序不变)，生成核苷酸探针；
⑥将包含有突变位置核苷酸的一条核苷酸序列作为核苷酸探针。
在本实施例中，根据SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列以及根据上述核苷酸探针设计原则，按照上述方式⑥设计一种优选地核苷酸探针如SEQ ID NO:3所示，该核苷酸探针为：ccaaaaagga ggtggaaa
(2)核苷酸探针的合成：通过核苷酸序列合成上述设计好的核苷酸探针。
2、检测人的聚ADP-核糖聚合酶1是否发生突变的基因芯片的制备
为了保证检测对象样品的质量，还需在基因芯片上设计空白对照、阳性对照和阴性对照。其中，该基因芯片的布局至少可以为如图2所示的一种布局。在图2中，□为空白对照，○为阴性对照，为阳性对照，为实验组。
其中，实验组的位置即为核苷酸探针的点样位置。
对于空白对照、阴性对照所需点样的阴性内参质控探针、以及阳性对照所需点样的阳性内参质控探针设计如下：
空白对照：是不含任何基因片段的空白点样液作为芯片制备过程中的污染监控指标。
阴性内参质控探针：是一段与检测基因没有同源性的其他基因片段，作为杂交过程中非特异性杂交的监控指标，阴性内参质控探针包括的核苷酸个数可以与核苷酸探针的碱基个数相同。本发明实施例中，基因芯片所需的阴性内参探针序列可以为：tgatgctgataattgcat。
阳性内参质控探针：是一段与检测基因有同源性的其他基因片段，在人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白中，选择与核苷酸探针对应的序列不同，且可以与核苷酸探针碱基的个数相同，也可以与核苷酸探针碱基的个数不同的一段核苷酸序列作为阳性内参质控探针。优选地，选取核苷酸个数与核苷酸探针碱基的个数相同的阳性内参质控探针。本发明实施例中，基因芯片所需的阳性内参探针序列可以为：tctgatgata gcagcaag。
需要说明的是，在基因芯片的点样过程中，按照基因芯片的布局点入阴性内参探针和阳性内参探针溶液；空白对照所用的试剂为1倍的点样缓冲液(10％海藻糖溶液)。
实施例二、基因芯片的应用
1、样品处理
(1)采集检测对象的血液1-3mL。
(2)取DEPC处理的1.5mL EP管，将其作为被检测样品处理管，在管中加入检测对象的血液300μL，再加入Trizol 700μL，充分混匀，室温放置10min。
(3)加入200μL的氯仿，盖紧管盖，用力震荡，室温放置3-5min，置于离心机中，12000r/min，4℃离心15min，小心吸去离心管中所有上清。
(4)加入等体积异丙醇，轻轻颠倒离心管充分混匀液体，室温放置10min，12000r/min，4℃离心15min，小心吸去所有上清。
(5)用1mL 75％的乙醇清洗一次，7500r/min离心15min，小心吸去所有上清，在超净台中干燥15min，加入10μL DEPC处理水溶解。
(6)所得产物为RNA，如果总RNA的纯度不高，会影响探针的标记效率和芯片杂交结果。所以使用QIAGENKit纯化总RNA。
2、cDNA第一链和第二链一步法合成
(1)取2μg RNA于1.5mL的离心管中配置如下反应溶液：
其中，RNase-free Water的加入量XμL，是根据总体积11.5μL减去T7 Promotorprimer的加入量5μL，再减去总RNA的加入量计算得来的。
(2)在65℃下保温10min，并冰浴5min，预先将5×First Strand Bμffer在65℃下预热5min。
(3)配置如下cDNA合成体系：
5×First Strand Buffer 4μL
0.1M DTT 2μL
10mM dNTP mix 1μL
MMLV RT 1μL
RNase OUT 0.5μL
总体积 8.5μL
(4)将上述8.5μL混合均匀后加入变性后冰浴的RNA中。
(5)用枪头混匀之后离心。
(6)40℃反应2h。
3、aaUTP标记cRNA合成
NTP的配置：
100mM ATP 250μL
100mM GTP 250μL
100mM CTP 250μL
100mM UTP 187.5μL
RNase free H2O 62.5μL
总体积 1000μL
分装成10管备用，注：50％PEG(聚乙二醇)使用之前40℃保温1min。同时按如下操作配置Transcriptionmix；
(1)配置Transcriptionmix
(2)加入55μL 2×GEx Hybridization Buffer。
(3)PCR仪中热盖60℃，40℃反应2h。
4、cRNA纯化
QIAGEN RNeasy Mini kit纯化cRNA，具体方法可参见QIAGEN公司随试剂盒提供的操作手册。
(1)加入20μLRNase free水，加入350μL BufferRLT并充分混匀。
(2)加入250μL无水乙醇，Tip头充分混匀。
(3)将共计700μL含总RNA的溶液转入套在2mL离心管内的RNeasy柱子内≥8000g离心15-30s，弃去滤过液。
(4)吸取500μL Buffer RPE到RNeasy mini柱子内≥8000g离心洗涤15-30s弃去滤过液再用500μL Buffer RPE在≥8000g离心洗涤2min弃去滤过液和2mL的套管将RNeasymini柱子转入一新的1.5mL Eppendorf管中。
(5)吸取30μL RNase free的水静置1min，≥8000g离心洗脱1min。
(6)重复步骤(5)一次。
5、cRNA浓度测定
用分光光度计分析cRNA浓度。需要测定260nm和280nm处的吸光值来确定样品的浓度和纯度，A260/A280应接近2.0为较纯的cRNA(比值在1.9-2.1也可)。
6、cRNA样品荧光标记；
(1)取上述cRNA 4μg并浓缩至6.6μL。
(2)加10μL DMSO混匀。
(3)加3.4μL的0.3M pH为9.0的碳酸氢钠(NaHCO3)并混匀。
(4)将上述20μL cRNA混合物加入到荧光染料Cy3中并混匀。25℃保温1h。
(5)加9μL的4M Hydroxylamine混匀后25℃保温15min。
7、荧光标记cRNA样品纯化
具体步骤同本实施例的步骤4中cRNA纯化的过程，本步骤不在赘述。
8、cRNA样品片段化和芯片杂交4x44K microarrays
(1)按下表配制片段化混合液然后在60℃温浴30min进行片段化。
Cy3 cRNA绿色荧光 875ng
10×Blocking Agent 11μL
25×Fragmentation Buffer 2.2μL
Nuclease-free water XμL
总体积 55μL
(2)加入55μL 2×GEx Hybridization Buffer。
(3)取100μL杂交液滴加到芯片皿上，同时按芯片布局如图2所示分别滴加在空白、阴性、阳性、实验组位置上。盖上芯片并密封于杂交盒中，60℃滚动杂交16h。
9、芯片洗涤
洗液1(1L)配置：
DEPC-H2O 700mL
20*SSPE 300mL
20％N-Lauroylsarcosine 0.25mL
洗液2(1L)配置：
DEPC-H2O 997mL
20*SSPE 3.0mL
20％N-Lauroylsarcosine 0.25mL
洗液3：Stabilization and Drying Solution
(1)取出芯片于洗液1中洗涤1min；
(2)再将芯片放入洗液2中洗涤1min(37℃)；
(3)最后将芯片于洗液3中洗涤30s。
10、芯片扫描
将芯片在扫描仪中进行扫描，根据扫描结果确定检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白是否发生了突变。请参考图3和图4，图3所示的结果中，阴性对照无绿色荧光，阳性对照为绿色荧光，表明采集检测对象的样品质量是没有问题的，而实验组为绿色荧光，那么表明检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白发生了突变。图4所示的结果中，阴性对照为无色荧光，阳性对照为绿色荧光，表明采集检测对象的样品质量是没有问题的，而实验组无绿色荧光，那么表明检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白未发生突变。
实施例三、特异性识别人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的单克隆抗体的制备
1、根据人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的碱基序列(如SEQ ID NO:2所示)设计上游引物如SEQ ID NO:4所示，以及，下游引物如SEQ ID NO:5所示：
上游引物(P)：atggcggagt cttcggataa
下游引物(F)：tggatccttg ctgctatcat
2、检测对象的DNA为模板进行PCR扩增
10×Buffer 5uL
dNTP 2uL
Ex Taq 1uL
ddH2O 5uL
模板DNA 1uL
引物(P) 3uL
引物(F) 3uL
总体系 20uL
以检测对象的DNA为模板进行PCR扩增，获得人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白基因完整片段，并连接pMD19-T Vector(Takara公司)，进行测序。然后由专门的生物公司制备抗体，是一种人源化或嵌合型抗体。将制备的抗体采用ELISA法测定含量。
实施例四、用于检测人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的抗体的ELISA试剂盒
本实施例中，ELISA试剂盒的组成为：包被有实施例三所述单克隆抗体的ELISA酶标板、酶标二抗、检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白、样品稀释液、包被缓冲液、ELISA酶标板洗涤液、显色液和终止液。
其中，上述各个组成的参数至少可以为如下一种参数：
ELISA酶标板可以为96孔的ELISA酶标；
酶标二抗可以是稀释的HRP(辣根过氧化物酶)标记的山羊抗人IgG；其中，稀释倍数可以是8000倍。
包被缓冲液可以是1×PBS，pH:7.4；
ELISA酶标板洗涤液可以是含0.05％Tween-20的1×PBS溶液；
显色液可以是3,3’,5,5’-四甲基联苯胺；
终止液可以是2mol/L的硫酸溶液。
实施例五
在本发明实施例中，将肺癌患者作为检测对象，并利用ELISA试剂盒检测该肺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白是否发生了突变，该方法至少可以包括如下一种：
a、使用所述包被缓冲液将实施例三制备的单克隆抗体进行稀释，例如，稀释成2.0ug/mL，并将稀释后的单克隆抗体加样至ELISA酶标板的孔中，室温孵育1-2h。
b、使用样品稀释液将肺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白稀释成不同浓度梯度，并将不同浓度梯度的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白分别加样至ELISA酶标板的孔中，并室温孵育1-2h；
c、甩去各孔中的液体，加入所述ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
d、加入所述酶标二抗，并室温孵育1-2h；
e、甩去各孔中的液体，加入ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
f、加入所述显色液，室温避光孵育10-20min，加入所述终止液终止反应；
g、在酶标仪上测定波长为450nm处的吸光值。
h、制作标准曲线：以标准品浓度为横坐标，标准品测定的吸光值为纵坐标，作出标准曲线；计算标准曲线回归系数R2，当R2＞0.99时本次测定有效；其中，可以使用ELISA Calc软件绘制该标准曲线，根据该ELISA Calc软件可以获知回归系数R2＝0.9949，因此，本次测定有效。将检测得到的波长为450nm处的吸光值代入标准曲线即可求得肺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白的浓度。利用建立的ELISA方法检测肺癌患者血清样品中聚ADP-核糖聚合酶1蛋白的含量。并用Westernblot进行鉴定。请参考图5，为吸光值的标准曲线。其中，X轴为吸光值，Y轴为对应的浓度。
i、Westernblot鉴定
1、制胶
(1)清洗玻璃板并擦干；
(2)参考分子克隆方法配制SDS-PAGE胶：
A.下层分离胶配制体系(Total Volum：15mL)
ddH2O 5.9mL
30％丙烯酰胺混合液 5.9mL
1.5mol/L Tris(PH8.8) 3.8mL
10％SDS 0.15mL
10％过硫酸铵 0.15mL
TEMED 0.006mL
B.上层积层胶浓缩配制体系(Total Volum：8mL)
ddH2O 5.5mL
30％丙烯酰胺混合液 1.3mL
1.0mol/L Tris(PH6.8) 1.0mL
10％SDS 0.08mL
10％过硫酸铵 0.08ml
TEMED 0.008mL
(3)在每个胶板中加入相应体积的下层分离胶，再加入1mL的无菌ddH2O，压平分离胶，待分离胶凝固后，用滤纸吸干制胶板中剩余的水分，而后加入上层浓缩胶，插入梳子后等待上层浓缩胶凝固。
2、蛋白上样电泳：
(1)拔下梳子，做好孔道标记，加入5×SDS电泳缓冲液，随后给蛋白样品中加入SDS-PAGE蛋白上样缓冲液(5×)，沸水浴加热3-5min，上样；
(2)先用80V电压进行电泳，待条带跑过浓缩胶之后，换用100V电压跑大约100min。
3、转膜及孵育：
(1)先把PVDF膜在甲醇中活化约30s。分别将凝胶、海绵垫和PVDF膜预先在电转移缓冲液中平衡30min。按滤纸-胶-膜-滤纸的顺序夹好，按照黑面对黑面的原则放入转膜器中，加入制冷器(冰袋)，在冰中以150mA的电流跑约120min；
(2)完成后将膜取出，立刻放入5％的脱脂牛奶中，摇床上轻轻室温封闭1h；
(3)PBST清洗已封闭的膜，清洗3次，每次10min；
(4)加入稀释到相应倍数的一抗，4℃摇床过夜孵育；
(5)回收一抗，PBST清洗膜三次，每次10min；
(6)二抗(用3％的牛奶以1:5000-1:10000稀释)室温孵育膜2h；
(7)用PBST清洗膜三次，每次10min；
(8)Pierce ECL Western Blotting Substrate试剂盒A、B液等体积混匀后，逐滴滴加在PVDF膜上；
(9)FluorChem E FE0511中曝光成像，实验用Image J分析。
其中，一抗是公司制备的人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白单克隆抗体，二抗是辣根过氧化物酶标记的山羊抗人IgG。
j、Western blot检测结果分析：按照Western blot实验步骤显示结果，如图6所示，其中，图6中的Marker用于表征标记蛋白的大小。与空白对照相比，仅在实验组190KD附近出现明显条带，其中，聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的分子量大约为190KD，表明该肺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白确实存在突变。
实施例六
在本发明实施例中，将肝癌患者作为检测对象，并利用ELISA试剂盒检测该肝癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白是否发生了突变，该方法至少可以包括如下一种：
a、使用所述包被缓冲液将实施例三制备的单克隆抗体进行稀释，例如，稀释成2.0ug/mL，并将稀释后的单克隆抗体加样至ELISA酶标板的孔中，室温孵育1-2h；
b、使用样品稀释液将检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白稀释成不同浓度梯度，并将不同浓度梯度的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白分别加样至ELISA酶标板的孔中，并室温孵育1-2h；
c、甩去各孔中的液体，加入所述ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
d、加入所述酶标二抗，并室温孵育1-2h；
e、甩去各孔中的液体，加入ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
f、加入所述显色液，室温避光孵育10-20min，加入所述终止液终止反应；
g、在酶标仪上测定波长为450nm处的吸光值。
h、制作标准曲线：以标准品浓度为横坐标，标准品测定的吸光值为纵坐标，作出标准曲线；计算标准曲线回归系数R2，当R2＞0.99时本次测定有效；其中，可以使用ELISA Calc软件绘制该标准曲线，根据该ELISA Calc软件可以获知回归系数R2＝0.9971，因此，本次测定有效。将检测得到的波长为450nm处的吸光值代入标准曲线即可求得样品中肝癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白的浓度。利用建立的ELISA方法检测肝癌患者血清样品中聚ADP-核糖聚合酶1蛋白的含量。并用Western blot进行鉴定。请参考图7，为吸光值的标准曲线。其中，X轴为吸光值，Y轴为对应的浓度。
i、Western blot鉴定
j、Western blot检测结果分析
其中，步骤i和步骤j与实施例五中的相同，在此不再赘述，请参考图8，图8中的Marker用于表征标记蛋白的大小。本实施例的实验显示结果，与空白对照相比，仅在实验组190KD附近出现明显条带，其中，聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的分子量大约为190KD，表明该肝癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白确实存在突变。
实施例七
在本发明实施例中，将胰腺癌患者作为检测对象，并利用ELISA试剂盒检测该胰腺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白是否发生了突变，该方法至少可以包括如下一种：
a、使用所述包被缓冲液将实施例三制备的单克隆抗体进行稀释，例如，稀释成2.0ug/mL，并将稀释后的单克隆抗体加样至ELISA酶标板的孔中，室温孵育1-2h；
b、使用样品稀释液将胰腺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白稀释成不同浓度梯度，并将不同浓度梯度的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白分别加样至ELISA酶标板的孔中，并室温孵育1-2h；
c、甩去各孔中的液体，加入所述ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
d、加入所述酶标二抗，室温孵育1-2h；
e、甩去各孔中的液体，加入ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
f、加入所述显色液，室温避光孵育10-20min，加入所述终止液终止反应；
g、在酶标仪上测定波长为450nm处的吸光值。
h、制作标准曲线，以标准品浓度为横坐标，标准品测定的吸光值为纵坐标，作出标准曲线；计算标准曲线回归系数R2，当R2＞0.99时本次测定有效；其中，可以使用ELISA Calc软件绘制该标准曲线，根据该ELISA Calc软件可以获知回归系数R2＝0.9960，因此，本次测定有效。将检测得到的波长为450nm处的吸光值代入标准曲线即可求得样品中胰腺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白的浓度。利用建立的ELISA方法检测胰腺癌患者血清样品中聚ADP-核糖聚合酶1蛋白的含量。并用Western blot进行鉴定。请参考图9，为吸光值的标准曲线。其中，X轴为吸光值，Y轴为对应的浓度。
i、Western blot鉴定
j、Western blot检测结果分析
其中，步骤i和步骤j与实施例五中的相同，在此不再赘述，请参考图10，图10中的Marker用于表征标记蛋白的大小。本实施例的实验显示结果，与空白对照相比，仅在实验组190KD附近出现明显条带，其中，聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的分子量大约为190KD，表明该胰腺癌患者的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白确实存在突变。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，并不用于限制本发明，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明技术原理的前提下，还可以做出若干改进和变型，这些改进和变型也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 天津市湖滨盘古基因科学发展有限公司
<120> 一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白及其应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 782
<212> PRT
<213> 智人种(Homo sapiens)
<400> 1
Met Ala Glu Ser Ser Asp Lys Leu Tyr Arg Val Glu Tyr Ala Lys Ser
1 5 10 15
Gly Arg Ala Ser Cys Lys Lys Cys Ser Glu Ser Ile Pro Lys Asp Ser
20 25 30
Leu Arg Met Ala Ile Met Val Gln Ser Pro Met Phe Asp Gly Lys Val
35 40 45
Pro His Trp Tyr His Phe Ser Cys Phe Trp Lys Val Gly His Ser Ile
50 55 60
Arg His Pro Asp Val Glu Val Asp Gly Phe Ser Glu Leu Arg Trp Asp
65 70 75 80
Asp Gln Gln Lys Val Lys Lys Thr Ala Glu Ala Gly Gly Val Thr Gly
85 90 95
Lys Gly Gln Asp Gly Ile Gly Ser Lys Ala Glu Lys Thr Leu Gly Asp
100 105 110
Phe Ala Ala Glu Tyr Ala Lys Ser Asn Arg Ser Thr Cys Lys Gly Cys
115 120 125
Met Glu Lys Ile Glu Lys Gly Gln Val Arg Leu Ser Lys Lys Met Val
130 135 140
Asp Pro Glu Lys Pro Gln Leu Gly Met Ile Asp Arg Trp Tyr His Pro
145 150 155 160
Gly Cys Phe Val Lys Asn Arg Glu Glu Leu Gly Phe Arg Pro Glu Tyr
165 170 175
Ser Ala Ser Gln Leu Lys Gly Phe Ser Leu Leu Ala Thr Glu Asp Lys
180 185 190
Glu Ala Leu Lys Lys Gln Leu Pro Gly Val Lys Ser Glu Gly Lys Arg
195 200 205
Lys Gly Asp Glu Val Asp Gly Val Asp Glu Val Ala Lys Lys Lys Ser
210 215 220
Lys Lys Glu Lys Asp Lys Asp Ser Lys Leu Glu Lys Ala Leu Lys Ala
225 230 235 240
Gln Asn Asp Leu Ile Trp Asn Ile Lys Asp Glu Leu Lys Lys Val Cys
245 250 255
Ser Thr Asn Asp Leu Lys Glu Leu Leu Ile Phe Asn Lys Gln Gln Val
260 265 270
Pro Ser Gly Glu Ser Ala Ile Leu Asp Arg Val Ala Asp Gly Met Val
275 280 285
Phe Gly Ala Leu Leu Pro Cys Glu Glu Cys Ser Gly Gln Leu Val Phe
290 295 300
Lys Ser Asp Ala Tyr Tyr Cys Thr Gly Asp Val Thr Ala Trp Thr Lys
305 310 315 320
Cys Met Val Lys Thr Gln Thr Pro Asn Arg Lys Glu Trp Val Thr Pro
325 330 335
Lys Glu Phe Arg Glu Ile Ser Tyr Leu Lys Lys Leu Lys Val Lys Lys
340 345 350
Gln Asp Arg Ile Phe Pro Pro Glu Thr Ser Ala Ser Val Ala Ala Thr
355 360 365
Pro Pro Pro Ser Thr Ala Ser Ala Pro Ala Ala Val Asn Ser Ser Ala
370 375 380
Ser Ala Asp Lys Pro Leu Ser Asn Met Lys Ile Leu Thr Leu Gly Lys
385 390 395 400
Leu Ser Arg Asn Lys Asp Glu Val Lys Ala Met Ile Glu Lys Leu Gly
405 410 415
Gly Ser Arg Gly Arg Pro Thr Arg Leu Pro Cys Ala Ser Ala Pro Lys
420 425 430
Arg Arg Trp Lys Arg Ile Arg Arg Trp Arg Lys Arg Lys Pro Thr Ser
435 440 445
Glu Leu Cys Leu Arg Thr Ser Ser Arg Thr Ser Pro Pro Pro Pro Arg
450 455 460
Ala Phe Arg Ser Cys Ser Arg Thr Ser Cys Pro Leu Gly Gly Gln Arg
465 470 475 480
Arg Gln Ser Leu Leu Lys Leu Trp Pro Lys Arg Glu Val Arg Gly Cys
485 490 495
Ala Leu Gln Lys Lys Gln Gly Pro Gly Gln Gly Gly Arg Tyr Gln Gln
500 505 510
Ile Lys Arg Met Lys Leu Thr Leu Lys Gly Gly Ala Ala Val Asp Pro
515 520 525
Asp Ser Gly Leu Glu His Ser Ala His Val Leu Glu Lys Gly Gly Lys
530 535 540
Val Phe Ser Ala Thr Leu Gly Leu Val Asp Ile Val Lys Gly Thr Asn
545 550 555 560
Ser Tyr Tyr Lys Leu Gln Leu Leu Glu Asp Asp Lys Glu Asn Arg Tyr
565 570 575
Trp Ile Phe Arg Ser Trp Gly Arg Val Gly Thr Val Ile Gly Ser Asn
580 585 590
Lys Leu Glu Gln Met Pro Ser Lys Glu Asp Ala Ile Glu His Phe Met
595 600 605
Lys Leu Tyr Glu Glu Lys Thr Gly Asn Ala Trp His Ser Lys Asn Phe
610 615 620
Thr Lys Tyr Pro Lys Lys Phe Tyr Pro Leu Glu Ile Asp Tyr Gly Gln
625 630 635 640
Asp Glu Glu Ala Val Lys Lys Leu Thr Val Asn Pro Gly Thr Lys Ser
645 650 655
Lys Leu Pro Lys Pro Val Gln Asp Leu Ile Lys Met Ile Phe Asp Val
660 665 670
Glu Ser Met Lys Lys Ala Met Val Glu Tyr Glu Ile Asp Leu Gln Lys
675 680 685
Met Pro Leu Gly Lys Leu Ser Lys Arg Gln Ile Gln Ala Ala Tyr Ser
690 695 700
Ile Leu Ser Glu Val Gln Gln Ala Val Ser Gln Gly Ser Ser Asp Ser
705 710 715 720
Gln Ile Leu Asp Leu Ser Asn Arg Phe Tyr Thr Leu Ile Pro His Asp
725 730 735
Phe Gly Met Lys Lys Pro Pro Leu Leu Asn Asn Ala Asp Ser Val Gln
740 745 750
Ala Lys Val Glu Met Leu Asp Asn Leu Leu Asp Ile Glu Val Ala Tyr
755 760 765
Ser Leu Leu Arg Gly Gly Ser Asp Asp Ser Ser Lys Asp Pro
770 775 780
<210> 2
<211> 2364
<212> DNA
<213> 智人种(Homo sapiens)
<400> 2
atggcggagt cttcggataa gctctatcga gtcgagtacg ccaagagcgg gcgcgcctct 60
tgcaagaaat gcagcgagag catccccaag gactcgctcc ggatggccat catggtgcag 120
tcgcccatgt ttgatggaaa agtcccacac tggtaccact tctcctgctt ctggaaggtg 180
ggccactcca tccggcaccc tgacgttgag gtggatgggt tctctgagct tcggtgggat 240
gaccagcaga aagtcaagaa gacagcggaa gctggaggag tgacaggcaa aggccaggat 300
ggaattggta gcaaggcaga gaagactctg ggtgactttg cagcagagta tgccaagtcc 360
aacagaagta cgtgcaaggg gtgtatggag aagatagaaa agggccaggt gcgcctgtcc 420
aagaagatgg tggacccgga gaagccacag ctaggcatga ttgaccgctg gtaccatcca 480
ggctgctttg tcaagaacag ggaggagctg ggtttccggc ccgagtacag tgcgagtcag 540
ctcaagggct tcagcctcct tgctacagag gataaagaag ccctgaagaa gcagctccca 600
ggagtcaaga gtgaaggaaa gagaaaaggc gatgaggtgg atggagtgga tgaagtggcg 660
aagaagaaat ctaaaaaaga aaaagacaag gatagtaagc ttgaaaaagc cctaaaggct 720
cagaacgacc tgatctggaa catcaaggac gagctaaaga aagtgtgttc aactaatgac 780
ctgaaggagc tactcatctt caacaagcag caagtgcctt ctggggagtc ggcgatcttg 840
gaccgagtag ccgatggcat ggtgttcggt gccctccttc cctgcgagga atgctcgggt 900
cagctggtct tcaagagcga tgcctattac tgcactgggg acgtcactgc ctggaccaag 960
tgtatggtca agacacagac acccaaccgg aaggagtggg taaccccaaa ggaattccga 1020
gaaatctctt acctcaagaa attgaaggtt aaaaagcagg accgtatatt ccccccagaa 1080
accagcgcct ccgtggcggc cacgcctccg ccctccacag cctcggctcc tgctgctgtg 1140
aactcctctg cttcagcaga taagccatta tccaacatga agatcctgac tctcgggaag 1200
ctgtcccgga acaaggatga agtgaaggcc atgattgaga aactcggggg aagttgacgg 1260
ggacggccaa caaggcttcc ctgtgcatca gcaccaaaaa ggaggtggaa aagatgaata 1320
agaagatgga ggaagtaaag gaagccaaca tccgagttgt gtctgaggac ttcctccagg 1380
acgtctccgc ctccaccaag agccttcagg agttgttctt agcgcacatc ttgtcccctt 1440
ggggggcaga ggtgaaggca gagcctgttg aagttgtggc ccaagaggga agtcaggggc 1500
tgcgctctcc aaaaaaagca agggccaggt caaggaggaa ggtatcaaca aatctgaaag 1560
agaatgaaat taactcttaa aggaggagca gctgtggatc ctgattctgg actggaacac 1620
tctgcgcatg tcctggagaa aggtgggaag gtcttcagtg ccacccttgg cctggtggac 1680
atcgttaaag gaaccaactc ctactacaag ctgcagcttc tggaggacga caaggaaaac 1740
aggtattgga tattcaggtc ctggggccgt gtgggtacgg tgatcggtag caacaaactg 1800
gaacagatgc cgtccaagga ggatgccatt gagcacttca tgaaattata tgaagaaaaa 1860
accgggaacg cttggcactc caaaaatttc acgaagtatc ccaaaaagtt ctaccccctg 1920
gagattgact atggccagga tgaagaggca gtgaagaagc tgacagtaaa tcctggcacc 1980
aagtccaagc tccccaagcc agttcaggac ctcatcaaga tgatctttga tgtggaaagt 2040
atgaagaaag ccatggtgga gtatgagatc gaccttcaga agatgccctt ggggaagctg 2100
agcaaaaggc agatccaggc cgcatactcc atcctcagtg aggtccagca ggcggtgtct 2160
cagggcagca gcgactctca gatcctggat ctctcaaatc gcttttacac cctgatcccc 2220
cacgactttg ggatgaagaa gcctccgctc ctgaacaatg cagacagtgt gcaggccaag 2280
gtggaaatgc ttgacaacct gctggacatc gaggtggcct acagtctgct caggggaggg 2340
tctgatgata gcagcaagga tcca 2364
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ccaaaaagga ggtggaaa 18
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
atggcggagt cttcggataa 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tggatccttg ctgctatcat 20

Claims (9)

1.一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白，其特征在于，其氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。
2.一种人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的编码基因，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。
3.一种基因芯片，其特征在于，包括：固相载体和固定在该载体上的核苷酸探针；所述核苷酸探针根据所述人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的核苷酸序列，与人的聚ADP-核糖聚合酶1正常蛋白的核苷酸序列的比对结果确定。
4.根据权利要求3所述的基因芯片，其特征在于，所述核苷酸探针为SEQ ID NO:3所示的碱基序列。
5.一种特异性识别人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的单克隆抗体，其特征在于，其编码的氨基酸序列为SEQ ID NO:1所示。
6.一种用于检测人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的抗体的ELISA试剂盒，其特征在于，所述ELISA试剂盒包括：包被有权利要求5所述单克隆抗体的ELISA酶标板、酶标二抗、检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白、样品稀释液、包被缓冲液、ELISA酶标板洗涤液、显色液和终止液。
7.根据权利要求6所述用于检测人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的抗体的ELISA试剂盒，其特征在于，所述酶标二抗为稀释的HRP辣根过氧化物酶标记的山羊抗人IgG。
8.一种基于权利要求6或7所述ELISA试剂盒检测人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的抗体的方法，其特征在于，包括：
a、使用所述包被缓冲液对权利要求5所述单克隆抗体进行稀释，并将稀释后的所述单克隆抗体加样至ELISA酶标板的孔中，室温孵育；
b、使用所述样品稀释液将检测对象的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白稀释成不同浓度梯度，并将不同浓度梯度的聚ADP-核糖聚合酶1蛋白分别加样至ELISA酶标板的孔中，室温孵育；
c、甩去各孔中的液体，加入所述ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
d、加入所述酶标二抗，并室温孵育；
e、甩去各孔中的液体，加入所述ELISA酶标板洗涤液，洗涤并甩干；
f、加入所述显色液，室温避光孵育，并加入所述终止液终止反应；
g、在酶标仪上测定波长为450nm处的吸光值。
9.根据权利要求8所述ELISA试剂盒检测人的聚ADP-核糖聚合酶1突变蛋白的抗体的方法，其特征在于，进一步包括：空白对照实验。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114836472A (zh) * 2021-02-01 2022-08-02 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 PARP-1shRNA重组慢病毒载体、该载体稳定转染HaCaT的细胞系及其应用

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