CN108084261A - 一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用 - Google Patents

一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN108084261A
CN108084261A CN201711477729.8A CN201711477729A CN108084261A CN 108084261 A CN108084261 A CN 108084261A CN 201711477729 A CN201711477729 A CN 201711477729A CN 108084261 A CN108084261 A CN 108084261A
Authority
CN
China
Prior art keywords
mucus
cynoglossus semilaevis
igt
gene
fish
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201711477729.8A
Other languages
English (en)
Other versions
CN108084261B (zh
Inventor
陈松林
王双艳
王磊
王洁
周茜
陈张帆
崔忠凯
杨英明
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Yellow Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences
Original Assignee
Yellow Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Yellow Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences filed Critical Yellow Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences
Priority to CN201711477729.8A priority Critical patent/CN108084261B/zh
Publication of CN108084261A publication Critical patent/CN108084261A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN108084261B publication Critical patent/CN108084261B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K16/00Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明的目的是提供一种半滑舌鳎抗病免疫基因,其氨基酸序列为SEQ ID NO:1,编码基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:2。本发明首次克隆了半滑舌鳎类IgT基因,获得了其cDNA序列,设计了其表达检测的PCR引物,建立了皮肤粘液收集和粘液中总RNA提取及IgT基因表达的检测方法以及将皮肤粘液中IgT基因的表达水平作为抗病力评价指标的应用方法,从而创建了半滑舌鳎抗病力无损伤检测的分子方法,可以应用于半滑舌鳎抗病力测试及抗病良种选育。本发明的技术方法也可在其它鱼类上进行推广应用。

Description

一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用
技术领域
本发明属于水产遗传育种技术领域,具体涉及一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其在抗病力评价中的应用。
背景技术
半滑舌鳎主要分布在我国沿海地区,是我国重要的海水经济养殖鱼类,由于肉质鲜美,营养价值高而深受人们喜爱。近年来,我国半滑舌鳎养殖业迅猛发展,养殖规模不断扩大,养殖产量也逐年增加,已经成为我国主导水产养殖品种之一。但是伴随着半滑舌鳎养殖业的快速发展,越来越多的问题也开始暴露出来,其中最严重的就是高密度养殖带来了病害的频繁爆发,造成了严重的经济损失,尤其是哈维氏弧菌所引起的肠道和鳃的溃烂最为严重。药物虽然短时间内可以在一定程度上防治病害,但也会带来一些弊端,例如长期频繁使用抗生素及其它一些化学药物会引起病原微生物产生耐药性,药物在鱼类体内残留及对水环境造成污染等,对人类的生存环境和健康将会产生潜在的威胁。因此,探讨半滑舌鳎抗病免疫的分子机制,寻求抗病相关分子标记,进而开展抗病分子育种研究就显得非常迫切。
近年来在硬骨鱼类抗病免疫研究中发现了两个与哺乳类不同的新的免疫球蛋白(Ig):IgZ和IgT,依据重链(H)恒定区结构的不同而分别命名。IgZ是在斑马鱼中首次发现的一种不同于IgM和IgD的新型免疫球蛋白。几乎同时,IgT在虹鳟中被发现,并证明IgT是一种免疫抗体,特别是在鱼类肠道粘膜抗感染免疫中起重要作用,并且推断IgT很有可能与哺乳动物的IgA相似,在肠道粘膜免疫中发挥主导作用。
抗病性状是鱼类的重要经济性状,但鱼类生活在水中,难以对其抗病力进行评价,迄今也少有鱼类抗病相关基因标记的报道。因此鱼类抗病力评价,特别是无损伤抗病力评价是困扰鱼类遗传育种科技工作者的一个难题。如果能够找到一个抗病相关基因标记并用于鱼类抗病力的无损伤评价,这将极大推动鱼类抗病良种的选育进程,加快抗病良种的培育。鱼类体表皮肤粘液是鱼类免疫防御的第一道防线,在鱼类抵抗外源病原微生物侵染中发挥着重要作用。尽管在鱼类皮肤黏液中检测到一些免疫球蛋白和酶类等活性物质的存在,但有关鱼类皮肤粘液与鱼体抗病力的关系的研究迄今尚未见报道。如果能从鱼类皮肤黏液中找到一种能够代表鱼类抗病力的基因标记,则有可能建立一种通过检测黏液中基因标记物的水平评价其抗病力的无损伤检测技术,这在鱼类抗病育种中将具有重大应用价值和广阔的应用前景。
发明内容
本发明的目的是提供一种半滑舌鳎抗病免疫基因及其作为无损伤抗病力评价标记的应用方法,为鱼类抗病机理研究和抗病良种选育提供基因序列和抗病选育的基因标记。
本发明首先提供一种从半滑舌鳎中筛选的抗病免疫基因蛋白,其氨基酸序列为SEQ ID NO:1;
编码上述抗病免疫基因的蛋白,其一种核苷酸序列为SEQ IDNO:2;
本发明另一个方面提供上述抗病免疫基因在半滑舌鳎抗病力检测中的应用方法;
本发明再一个方面提供一种检测上述抗病免疫基因的方法,是检测上述基因在半滑舌鳎皮肤粘液中表达的方法;
所述的方法包括皮肤粘液中RNA的提取方法;是收集待检测的半滑舌鳎鱼皮肤粘液,过滤后再向纯净的粘液中加入RNA保存液,摇使粘液和RNA保存液充分混匀,在提取RNA时,先离心将粘液与RNA保存液分离开,将粘液放入加入了Trizol试剂的无酶离心管中进行研磨,再加入Trizol试剂静放使核蛋白复合物完全解离;然后放到4℃离心机12000rpm离心,弃沉淀;上清液加入l氯仿,剧烈摇动使之充分混匀,4℃下12000rpm离心;吸取上清液,按照每1ml Trizol加入500μl的异丙醇充分混匀后,‐20℃放置1~2h以充分沉淀RNA;沉淀结束后,4℃下12000rpm离心;倒掉上清液后收集RNA沉淀,用75%的乙醇洗涤,4℃下12000rpm离心去除乙醇,再加入RNase‐Free的超纯水将RNA沉淀充分溶解;
所述的方法使用的检测引物,其一种序列信息如下:
IgT‐RT‐F:5’‐TACTACATCACTTGGTCTGAACACG‐3’(SEQ ID NO:3)
IgT‐RT‐R:5’‐GCTTTTGACACTCCATCCATTAC‐3’(SEQ ID NO:4).
本发明还提供上述抗病免疫基因表达的检测引物及其在皮肤粘液中表达的检测方法;
本发明所筛选的基因用于抗病性半滑舌鳎的筛选中,是通过检测鱼体皮肤粘液中IgT的表达水平,IgT的表达水平越高,其抗病能力越强。
本发明首次克隆了半滑舌鳎IgT基因,获得了其cDNA序列,设计了其表达检测的PCR引物,建立了皮肤粘液RNA提取以及粘液中IgT基因表达的检测方法以及将皮肤粘液中IgT基因的表达水平作为抗病力评价指标的应用方法,从而创建了半滑舌鳎抗病力无损伤检测的分子方法,可以应用于亲鱼抗病力测试及抗病良种选育。本发明的技术方法也可在其它鱼类上进行推广应用。
附图说明
图1:半滑舌鳎IgTcDNA全长序列和开放阅读框编辑的基酸序列;
图2:半滑舌鳎不同组织中IgT的表达量。横坐标表示半滑舌鳎中不同的组织,纵坐标表示IgT的表达量;其中组织的英文缩写:L:肝脏;Sp:脾脏;K:肾脏;I:肠;Gi:鳃;Sk:皮肤;M:肌肉;H:心脏;HK:头肾,Bl:血液,h:小时‐。下同。
图3‐1:半滑舌鳎的肝脏在感染后不同时间点的IgT表达量的变化。横坐标表示感染后不同时间点,纵坐标表示IgT在半滑舌鳎肝脏中的表达量;
图3‐2:半滑舌鳎的肾脏在感染后不同时间点的IgT表达量的变化。横坐标表示感染的不同时间点,纵坐标表示IgT在半滑舌鳎肾脏中的表达量;
图3‐3:半滑舌鳎的脾脏在感染后不同时间点的IgT表达量的变化。横坐标表示感染后不同时间点,纵坐标表示IgT在半滑舌鳎脾脏中的表达量;
图3‐4:半滑舌鳎的肠在感染后不同时间点的IgT表达量的变化。横坐标表示感染后不同时间点,纵坐标表示IgT在半滑舌鳎肠中的表达量;
图3‐5:半滑舌鳎的鳃在感染后不同时间点的IgT表达量的变化。横坐标表示感染的不同时间点,纵坐标表示IgT在半滑舌鳎鳃中的表达量;
图3‐6:半滑舌鳎的皮肤在感染后不同时间点的IgT表达量的变化。横坐标表示感染的不同时间点,纵坐标表示IgT在半滑舌鳎的皮肤中的表达量;
图4:2014年半滑舌鳎的抗病家系和易感家系的IgT表达量的差异性。横坐标表示半滑舌鳎不同的组织,纵坐标表示IgT在不同组织的表达量,LR(Low Resistance)表示易感家系,用灰色柱形表示,HR(High Resistance)表示抗病家系,用条纹柱形表示;Gi:鳃;L:肝脏;Sp:脾脏;K:肾脏;I:肠。
图5:2017年半滑舌鳎的抗病家系和易感家系的IgT表达量的差异性。横坐标表示半滑舌鳎不同的组织,纵坐标表示IgT在不同组织的表达量,LR(Low Resistance)表示易感家系,用灰色柱形表示,HR(HighResistance)表示抗病家系,用条纹柱形表示;Gi:鳃;Sp:脾脏;I:肠。
图6‐1:2017年半滑舌鳎抗病家系和易感家系鱼的粘液中IgT表达量的比较。横坐标表示半滑舌鳎的粘液,纵坐标表示IgT在粘液中的表达量,LR(Low Resistance)表示易感家系,用灰色柱形表示,HR(HighResistance)表示抗病家系,用条纹柱形表示;
图6‐2:2016年半滑舌鳎抗病家系和易感家系鱼的粘液中IgT表达量的比较。横坐标表示半滑舌鳎的粘液,纵坐标表示IgT在粘液中的表达量,LR(Low Resistance)表示易感家系,用灰色柱形表示,HR(HighResistance)表示抗病家系,用条纹柱形表示。
具体实施方式
本发明首先通过半滑舌鳎免疫相关组织(脾脏等)转录组测序和生物信息学分析发现了半滑舌鳎IgT基因的部分mRNA序列,随后通过与半滑舌鳎基因组序列的比对和RACE扩增,获得了半滑舌鳎免疫球蛋白IgT基因的全长cDNA序列,并研究了该基因的表达模式,揭示了其表达量与半滑舌鳎抗病力之间的关系。率先发现半滑舌鳎体表粘液中存在IgT基因的表达,并且IgT基因的表达水平与抗病力之间存在正相关关系,从而建立了将IgT基因的表达水平作为评价鱼体抗病力的一个指标,为鱼类抗病育种提供了一个新的技术途径。
下面以半滑舌鳎IgT基因的克隆、不同组织的表达模式及其在抗病家系和不抗病家系中的表达检测为例,结合附图,对本发明的实施方式进行详细说明。
实施例1:半滑舌鳎IgT基因全长cDNA的克隆及其序列分析
1、全长cDNA序列的克隆:申请人陈松林等通过半滑舌鳎抗病家系免疫组织(脾脏等)转录组测序和生物信息学分析发现了半滑舌鳎IgT基因的部分mRNA序列,片段的长度为645bp,随后通过与他们测序获得的半滑舌鳎基因组序列的比对和RACE扩增,获得了半滑舌鳎免疫球蛋白IgT基因的全长cDNA序列。用于RACE扩增的4条RACE引物序列为:
IgT‐GSP‐5:5’‐GTGCTGTTTTTGATGTGCTGTCCGTCT‐3’;
IgT‐NGSP‐5:5’‐ACATCGGCAGAGACAGGTTG‐3’;
IgT‐GSP‐3:5’‐ATCACTTGGTCTGAACACGACGGCAC‐3’;
IgT‐NGSP‐3:5’‐GAAGACAAAGCAGGGCTACTTG‐3’。
2、序列的拼接和比对分析:用DNA Star中的EditSeq处理以去除引物和载体序列;使用SeqMan将得到的序列和已知序列拼接,得到全长cDNA序列(图1);用EditSeq寻找并翻译开放阅读框(ORF);用BLASTN和BLASTX程序计算我们获得的cDNA克隆片段与GENBANK序列数据库中已存的DNA序列的同源性。该基因的cDNA全长为1655个碱基(SEQ ID NO:2),包括21个碱基的5’非编译区,1494个碱基的开放阅读框和140个碱基的3’非编译区。该基因的开放阅读框编码一个497个氨基酸的蛋白(SEQ ID NO:1),理论蛋白分子量为55.27KD,理论等电点约为5.336(图1)。
通过比对,该基因与已报道的虹鳟的IgT基因遗传相似性为40%,因此命名为半滑舌鳎IgT基因。
实施例2:半滑舌鳎IgT基因在正常鱼及哈维氏弧菌感染后的鱼的免疫组织中的表达模式分析
采用实时定量PCR方法检测IgT基因在正常半滑舌鳎鱼的肌肉、心脏、肠、肾脏、头肾、肝脏、脾脏、鳃、皮肤和血液中的表达水平,研究了该基因在不同组织的表达模式;用实时定量PCR的方法检测了在感染哈维氏弧菌前后,其肝脏、肾脏、脾脏、肠、鳃和皮肤6个免疫相关组织中IgT基因的表达水平,分析了该基因与半滑舌鳎免疫应答的关系。
1、首先取正常半滑舌鳎鱼的10个组织,分别为肌肉、心脏、肠、肾脏、头肾、肝脏、脾脏、鳃、皮肤和血液,立即放入装有1ml的离心管中。用Trizol法提取这些组织的总RNA,用Takara反转录试剂盒反转录为cDNA。根据IgT基因序列设计基因特异引物(IgT‐RT‐F:5’‐TACTACATCACTTGGTCTGAACACG‐3’和IgT‐RT‐R:5’‐GCTTTTGACACTCCATCCATTAC‐3’),用实时定量PCR的方法检测IgT基因在上述10个组织中的相对表达量。反应条件为:先95℃30s变性;然后95℃5s,60℃34s,40个循环。结果显示:除了在肌肉中IgT的表达量极少之外,IgT基因在半滑舌鳎中各个组织均有表达,其中在鳃、肠、脾脏和肾脏中表达量较高,且在鳃中IgT的表达量最高(图2)。
2、对实验组的半滑舌鳎进行腹腔注射哈维氏弧菌,在注射后0h,12h,24h,48h,72h,96h的六个时间点,分别取肝脏、肾脏、脾脏、肠、鳃和皮肤6个组织。用实时定量PCR的方法检测IgT基因在上述6个组织中的表达量。所用引物、试剂和实验方法均同上一步介绍。结果显示:在注射哈维氏弧菌后各组织的IgT表达水平均上调,其中在感染后12h,肝脏和皮肤中的IgT基因表达量达到最高;在感染后24h,肾脏中IgT基因的表达量达最高;感染后48h时,脾脏和鳃中的IgT基因表达量达最高;而肠中IgT的表达量从感染后12h到96h一直处于升高状态。但是,在除了肠之外的5个组织中的大体趋势都是IgT的表达量先升高,后开始逐渐下降。以上结果表明IgT基因参与了半滑舌鳎在病原菌感染后的免疫防御反应(图3)。
实施例3:半滑舌鳎抗病家系和易感家系不同组织中IgT基因的表达模式分析
1.半滑舌鳎抗病和易感家系的制作
采用申请人陈松林以前发明的方法建立半滑舌鳎家系(陈松林等,2010)。当半滑舌鳎家系鱼苗生长至8-15cm时,采用腹腔接种方法对各家系鱼苗进行哈维氏弧菌感染。感染实验按照以前建立的方法进行。每个家系随机选取80-150尾鱼苗进行正式感染实验,感染用鱼苗养殖在2-3立方米的玻璃钢水槽中。感染后,每天对各家系鱼苗的状态及死亡数量进行观察记录,在病原菌感染发病后收集濒临死亡或刚刚死亡的实验鱼,记录死亡时间及鱼体全长、体重,体宽等数据,同时采集感染后存活的个体并记录其全长、体重,体宽等数据,在所有家系鱼苗停止死亡后(感染后15-20天),统计各家系鱼苗的存活鱼苗数,计算存活率。将同一批次感染实验中存活率排在前3名的家系定为抗哈维氏菌病家系(简称抗病家系),将存活率排在后3名的家系定为哈维氏菌病易感家系(简称易感家系)。
2.抗病家系和易感家系不同组织IgT表达水平的测定
采用实时定量PCR方法检测了2014年和2017年半滑舌鳎抗病家系和易感家系中肝脏、肾脏、脾脏、肠和鳃的IgT基因的表达水平,分析了该基因表达水平与半滑舌鳎抗病力之间的关系。
1)、2014年半滑舌鳎抗病家系和易感家系鱼不同组织中IgT基因表达水平的比较:采取半滑舌鳎抗病家系和易感家系鱼的肝脏、肾脏、脾脏、肠和鳃5个组织。RNA提取、PCR所用引物、试剂和实验方法均同上一步介绍。定量PCR结果显示:在抗病家系鱼的脾脏、肠和鳃中的IgT基因的表达水平均显著高于易感家系,而肾脏和肝脏中IgT的表达水平在抗病家系和易感家系间则没有明显差别(图4)。
2)、2017年半滑舌鳎抗病家系和易感家系鱼不同组织中IgT基因表达水平的比较:分别取2017年的半滑舌鳎抗病家系和易感家系各5条鱼的脾脏、肠和鳃等3个组织。RNA提取方法、定量PCR所用引物、试剂和实验方法均同上一步介绍。结果显示:在抗病家系鱼的脾脏、肠和鳃中的IgT基因的表达量均比易感家系鱼的高(图5)。
实施例4:半滑舌鳎体表皮肤粘液中IgT基因表达的检测方法及其与半滑舌鳎抗病力相关性的分析
1.半滑舌鳎抗病家系和易感家系鱼的粘液中IgT基因表达的检测方法
1)半滑舌鳎皮肤粘液的收集与总RNA的提取方法:用于收集皮肤粘液的半滑舌鳎鱼一般为全长15厘米以上,取皮肤粘液时,首先将半滑舌鳎从水中捞出放在铺有保鲜袋的实验台上,用取样刀的刀背轻轻刮取鱼体表面使粘液集中,再用1ml的注射器吸取粘液,用200目的筛网折叠两层套在注射器头部,将注射器中的粘液通过筛网过滤后注射到1.5ml的无酶离心管中,从而过滤掉粘液中可能夹带的鳞片和皮肤,保证粘液的纯度。过滤后再向纯净的粘液中加入1ml的RNA保存液,摇晃,使粘液和RNA保存液充分混匀。
采用Trizol试剂提取粘液中的总RNA,具体步骤为:(1)先用离心机在4℃下12000rpm离心10min,将粘液与RNA保存液分离开,将粘液中残留的RNA保存液用滤纸吸掉,放入加入了500μlTrizol试剂的无酶离心管中;(2)用研磨棒研磨,再加入500μlTrizol试剂静放15min,使核蛋白复合物完全解离。放到4℃离心机12000rpm离心5min,弃沉淀;(3)加入0.2ml氯仿,剧烈摇动10min使之充分混匀,4℃下12000rpm离心20min;(4)吸取上清液,按照每1ml Trizol加入500μl的异丙醇,充分混匀后,‐20℃放置1~2h以充分沉淀RNA;(5)4℃下12000rpm离心10min,小心倒掉上清液;(6)收集RNA沉淀,用75%的乙醇洗涤两次,4℃下12000rpm离心10min;(7)尽量吸尽残余的乙醇,打开离心管盖放在已经用紫外光杀毒的超净工作台中放置5min,使残余的乙醇完全发挥,但要注意不要让RNA干透;(8)加入适量RNase‐Free的超纯水,将RNA沉淀充分溶解;(9)用琼脂糖凝胶电泳检测总RNA质量,GeneQuant Pro RNA/DNA分光光度计测定RNA浓度;(10)将提取的RNA放在‐80℃保存备用。
2).半滑舌鳎抗病家系和易感家系皮肤粘液中IgT基因表达水平的比较
根据上述测定的粘液RNA的浓度用Takara反转录试剂盒将其反转录为cDNA;采用半滑舌鳎IgT基因表达检测的特异引物(IgT-RT-F:5’-TACTACATCACTTGGTCTGAACACG-3’和IgT-RT-R:5’-GCTTTTGACACTCCATCCATTAC-3’)进行定量PCR检测,PCR方法和参数均同实施例2中的1中介绍的方法。采用这种方法对2017年的半滑舌鳎抗病家系5条鱼和易感家系5条鱼的粘液中的IgT表达水平进行了定量分析,结果表明2017年的半滑舌鳎抗病家系鱼的粘液中的IgT基因的表达水平明显比易感家系粘液中的表达水平高(图6‐1)。
同时,我们进行了2016年半滑舌鳎抗病家系和易感家系鱼的粘液中IgT基因表达的比较分析,取2016年的半滑舌鳎抗病家系5条鱼、易感家系4条鱼的粘液。RNA提取方法、定量PCR所用引物、试剂和实验方法均同上一步介绍。同样表明抗病家系鱼的粘液中的IgT基因的表达量明显比易感家系粘液中的表达水平高(图6‐2)。通过2017年和2016年的半滑舌鳎抗病家系和易感家系粘液中IgT表达水平的检测结果表明粘液中的IgT基因的表达水平与抗病力之间存在正相关关系。
2、半滑舌鳎皮肤粘液中IgT基因的表达水平作为抗病力评价指标的应用方法
采集半滑舌鳎鱼体表粘液,提取RNA,反转录成cDNA,采用半滑舌鳎IgT基因的特异引物:
IgT-RT-F:5’-TACTACATCACTTGGTCTGAACACG-3’
IgT-RT-R:5’-GCTTTTGACACTCCATCCATTAC-3’;
按照常规定量PCR方法进行IgT表达水平分析,采用Actin作为内参,绘制表达水平图,比较不同半滑舌鳎成鱼或亲鱼体表粘液的IgT表达水平,选取IgT表达水平高的成鱼进行养殖,或选取IgT表达水平高的亲鱼繁殖后代,筛选出抗病免疫能力强的半滑舌鳎个体,或生产出抗病免疫能力提高的鱼苗。本发明的方法首次将皮肤粘液中IgT基因的表达水平作为抗病力评价的指标,由此建立了半滑舌鳎抗病力无损伤检测的分子方法,这个方法在半滑舌鳎抗病力测试及抗病良种选育中具有重大应用价值,也可以在其它鱼类抗病育种上进行推广应用。
序列表
<110> 中国水产科学研究院黄海水产研究所
<120> 一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 497
<212> PRT
<213> 半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Gunther)
<400> 1
Met Asn Ser Met Lys Thr Glu Asp Cys Ala Val Tyr Phe Gly Ala Arg
1 5 10 15
Ala Asp His Leu Gly Trp Leu Asp Val Trp Gly Ala Gly Thr Glu Val
20 25 30
Thr Val Gln Ser Glu Gln Pro Thr Ala Gln Thr Leu Phe Pro Val Met
35 40 45
Gln Cys Ile Ser Gly Thr Glu Ser Lys Val Thr Val Gly Cys Leu Ala
50 55 60
Gln Asn Phe Ser Pro Lys Arg Ile Ser Phe Gly Trp Thr Asp Asp Ser
65 70 75 80
Gly Lys Asn Leu Ala Ala Leu Gln Tyr Pro Ser Ala Glu Val Asn Asn
85 90 95
Lys Tyr Thr Glu Val Ser Leu Ile Glu Val Pro Lys Leu Asp Trp Asp
100 105 110
Ser Gly Lys Pro Phe Lys Cys Ser Val Thr His Val Gly Ser Ser Gln
115 120 125
Lys Leu Glu Val Gln Leu Gln Lys Pro Ile Pro Ala Lys Met Thr Leu
130 135 140
Leu Ser Met Pro Asn Glu Asp Asn Gln Ala Leu Val Cys Leu Ile Glu
145 150 155 160
Asp Val Val Lys Gly Thr Phe Gln Ser Phe Lys Trp Lys Lys Ser Asn
165 170 175
Ala Glu Gln Arg Asn Tyr Met Glu Ser Asp Phe Lys Lys Ser Gly Gly
180 185 190
Leu Phe Ser Ala Phe Ser Val Leu Lys Val Thr Asn Thr Glu Trp Asp
195 200 205
Asn Asn Asp Val Tyr Thr Cys Glu Ala Gln Tyr Asn Asn Gln Leu Tyr
210 215 220
Val Lys Lys Ile Ser Lys Ala Pro Phe Thr Met Thr Leu Asn Gln Pro
225 230 235 240
Ser Ala Lys Ser Ile Phe Asn Asn Asn Gln Ala Lys Leu Asp Cys Val
245 250 255
Ile Thr Gly Gln Asp Leu Thr Ile Ile Gly Ser Thr Asn Ile Thr Trp
260 265 270
Thr Val Asp Gly Gln Pro Val Ser Ala Asp Val Thr Glu Thr Thr Asn
275 280 285
Phe Lys Asp Gly Gln His Ile Lys Asn Ser Thr Met Thr Arg Asp Leu
290 295 300
Pro Gly Trp Gln Lys Val Lys Thr Val Thr Cys Ser Ala Ser Leu Glu
305 310 315 320
Asp Arg Thr Pro Val Ile Gln Asp Leu Thr Val Asn Arg Gly Asp Gly
325 330 335
Arg Pro Pro Glu Val Lys Val His Ile Leu Pro Glu Gly Ser Ile Ser
340 345 350
Ser Ala Glu Val Thr Met Val Cys Leu Val Thr Ser Ala Val Leu Gln
355 360 365
Asp Tyr Tyr Ile Thr Trp Ser Glu His Asp Gly Thr Gly Ala Gly Asn
370 375 380
Tyr Val Asp Gly Ile Asn Phe Leu Pro Gln Lys Thr Lys Gln Gly Tyr
385 390 395 400
Leu Val Thr Ser Val Tyr Thr Thr Thr Lys Glu Lys Trp Glu Lys Glu
405 410 415
Ile Met Phe His Cys Ser Val Trp Pro Ala Gly Ser Thr Thr Lys Ser
420 425 430
Ile Val Met Asp Gly Val Ser Lys Ala Leu Glu Ile Asn Gln Ser Leu
435 440 445
Val Phe Asn Val Pro Asp Asn Pro Leu Glu Asp Asn Val Glu Asp Glu
450 455 460
Leu Ser Ser Leu Trp Ser Thr Ala Cys Ser Phe Ile Val Leu Phe Ile
465 470 475 480
Ser Ser Phe Phe Tyr Asn Ile Ile Phe Ser Phe Val Lys Val Lys Arg
485 490 495
Arg
<210> 2
<211> 1654
<212> DNA
<213> 半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Gunther)
<400> 2
caataacagt tgtatcggca gatgaacagt atgaagactg aagattgtgc agtttatttt 60
ggtgctcgag ccgatcacct ggggtggctg gacgtttggg gcgcagggac tgaagtcacc 120
gtccagtcag aacaaccaac agctcagacc ctgttcccag tgatgcagtg catcagcggt 180
acagaaagta aagtaactgt tggttgtctt gcacaaaact tttcacctaa gaggatatcc 240
tttgggtgga ccgatgacag cgggaagaac ctggctgcac ttcaataccc atcagctgaa 300
gtaaacaaca aatacacaga ggtcagtttg atcgaggttc ctaaattgga ctgggattcc 360
gggaagcctt tcaaatgttc agtgacccat gttggctctt cccaaaaact ggaagtccaa 420
ctacaaaagc ccattcctgc taaaatgact ttgctgtcga tgcccaatga agacaatcag 480
gccctggtgt gtttgattga ggacgtggtt aaaggaacat ttcaatcatt taaatggaaa 540
aagagcaacg cagagcagag aaactacatg gaaagtgact tcaaaaagtc tggagggttg 600
ttttcagcct tcagtgtcct gaaggtcaca aacacagagt gggacaataa tgatgtttat 660
acctgtgagg cacagtacaa caaccagtta tatgtgaaaa agatctcaaa agctcctttc 720
acaatgaccc tgaaccaacc cagtgccaaa agcattttca ataataacca agcaaagctg 780
gactgtgtca tcactggaca agacttgacc atcataggca gcactaacat cacatggacg 840
gtggacggtc aacctgtctc tgccgatgtg actgagacaa caaacttcaa agacggacag 900
cacatcaaaa acagcaccat gacccgtgac ctccccgggt ggcagaaggt caaaacagtg 960
acatgttctg cctccttaga agaccgcact ccagtaattc aagatctgac tgtcaacaga 1020
ggagatggga gaccaccaga ggtgaaagtt cacatcctcc cagaaggaag catttcctcg 1080
gctgaggtca ccatggtgtg tctggtcacc agtgctgtgc tgcaggatta ctacatcact 1140
tggtctgaac acgacggcac aggagccggc aactacgtcg atggcatcaa cttcctgcca 1200
cagaagacaa agcagggcta cttggtgacc agtgtttaca ccaccaccaa ggagaagtgg 1260
gagaaggaaa ttatgtttca ctgcagcgtt tggcccgctg gcagcaccac caagtccata 1320
gtaatggatg gagtgtcaaa agctttggaa ataaaccaga gtttggtttt taacgtccca 1380
gacaatcctt tagaagacaa tgtggaggat gaactcagca gtctgtggtc cacagcttgc 1440
tccttcatag ttctctttat atcttctttc ttctataaca taatattcag ctttgtcaag 1500
gtgaagagac gatagaacca aacggatgtt tgacacaaaa tccatgtgtt tatctttttt 1560
gaattttttc tttatcaaaa attgttgaac gttgattcaa cttcaaataa aataagagaa 1620
atgtttaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaa 1654
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> 半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Gunther)
<400> 3
tactacatca cttggtctga acacg 25
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis Gunther)
<400> 4
gcttttgaca ctccatccat tac 23

Claims (9)

1.一种抗病免疫基因蛋白,其特征在于,所述的抗病免疫基因蛋白的氨基酸序列为SEQID NO:1。
2.编码权利要求1所述的抗病免疫基因蛋白的基因。
3.如权利要求2所述的基因,其特征在于,所述的基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:2。
4.权利要求1所述抗病免疫基因蛋白在筛选/检测半滑舌鳎抗病力个体中的应用。
5.权利要求2所述的基因在筛选/检测半滑舌鳎抗病力个体中的应用。
6.一种检测权利要求2所述的基因的方法,其特征在于,所述的方法是检测半滑舌鳎皮肤粘液中权利要求2所述的基因的表达量的方法。
7.如权利要求6所述的方法,其特征在于,所述的方法是通过PCR扩增引物来扩增半滑舌鳎皮肤粘液中的RNA。
8.如权利要求7所述的方法,其特征在于,所述的引物,其上游引物的序列为SEQ IDNO:3,下游引物的序列为SEQ ID NO:4。
9.如权利要求6所述的方法,其特征在于,所述的半滑舌鳎皮肤粘液的收集和RNA提取方法如下:
取15厘米以上的半滑舌鳎鱼,将鱼从水中捞出放在铺有保鲜袋的实验台上,用医用手术刀的刀背轻轻刮取鱼体表面使粘液集中,再用1ml的注射器吸取粘液,用200目的筛网折叠两层套在注射器头部,将注射器中的粘液通过筛网过滤后注射到1.5ml的无酶离心管中,过滤掉粘液中可能夹带的鳞片和皮肤,保证粘液的纯度;过滤后再向纯净的粘液中加入1ml的RNA保存液,摇晃,使粘液和RNA保存液充分混匀;在提取RNA时,先离心将粘液与RNA保存液分离开,收集离心后的粘液,再采用Trizol试剂方法提取粘液中的总RNA。
CN201711477729.8A 2017-12-29 2017-12-29 一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用 Active CN108084261B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201711477729.8A CN108084261B (zh) 2017-12-29 2017-12-29 一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201711477729.8A CN108084261B (zh) 2017-12-29 2017-12-29 一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN108084261A true CN108084261A (zh) 2018-05-29
CN108084261B CN108084261B (zh) 2019-05-24

Family

ID=62180013

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201711477729.8A Active CN108084261B (zh) 2017-12-29 2017-12-29 一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN108084261B (zh)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111944913A (zh) * 2020-09-04 2020-11-17 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种半滑舌鳎抗病育种基因芯片及其应用
CN113444781A (zh) * 2021-08-20 2021-09-28 天津市水产研究所 检测半滑舌鳎TLR2和NF-κB基因表达水平的引物及方法
CN114990243A (zh) * 2022-06-21 2022-09-02 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种筛选抗哈维氏弧菌病半滑舌鳎的标记组合和筛选半滑舌鳎抗病个体的方法
CN116785458A (zh) * 2023-02-14 2023-09-22 青岛大学 半滑舌鳎抗病蛋白shp-1基因的应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104004765A (zh) * 2014-06-07 2014-08-27 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种具有免疫效果的基因
CN106480189A (zh) * 2016-10-18 2017-03-08 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种基于全基因组选择的鱼类抗病良种培育方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104004765A (zh) * 2014-06-07 2014-08-27 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种具有免疫效果的基因
CN106480189A (zh) * 2016-10-18 2017-03-08 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种基于全基因组选择的鱼类抗病良种培育方法

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JOHN D. HANSEN,等: "Discovery of a unique Ig heavy-chain isotype (IgT) in rainbow trout:Implications for a distinctive B cell developmental pathway in teleost fish", 《PNAS》 *
MIN DU,等: "MHC polymorphism and disease resistance to vibrio anguillarum in 8 families of half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis)", 《BMC GENETICS》 *
邢贺飞: "半滑舌鳎抗病相关SNP标记的筛选及两种免疫相关基因的克隆与初步分析", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库》 *
陈松林,等: "半滑舌鳎家系建立及其生长和抗病性能测定", 《水产学报》 *

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111944913A (zh) * 2020-09-04 2020-11-17 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种半滑舌鳎抗病育种基因芯片及其应用
CN113444781A (zh) * 2021-08-20 2021-09-28 天津市水产研究所 检测半滑舌鳎TLR2和NF-κB基因表达水平的引物及方法
CN114990243A (zh) * 2022-06-21 2022-09-02 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种筛选抗哈维氏弧菌病半滑舌鳎的标记组合和筛选半滑舌鳎抗病个体的方法
CN116785458A (zh) * 2023-02-14 2023-09-22 青岛大学 半滑舌鳎抗病蛋白shp-1基因的应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN108084261B (zh) 2019-05-24

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108084261B (zh) 一种半滑舌鳎抗病免疫相关基因及其应用
Spencer et al. Ecology: where yeasts live
Bremond et al. Five thousand years of tropical lake sediment DNA records from Benin
Longhorn et al. The utility of molecular markers from non-lethal DNA samples of the CITES II protected “tarantula” Brachypelma vagans (Araneae, Theraphosidae)
Choi et al. Distribution, spread and impact of the invasive hornet Vespa velutina in South Korea
CN102021172A (zh) 罗非鱼白细胞 cAMP 诱导早期抑制因子基因序列及用途
Polashock et al. Identification of a new Phytophthora species causing root and runner rot of cranberry in New Jersey
Qi et al. Overview of Pyraloidea fauna (Insecta, Lepidoptera) in Jilin Province of China
Kim et al. Chalcidoid wasps parasitizing pupae of fallwebworm, Hyphantria cunea (Drury), in South Korea
Abdel-Sattar et al. Use of pathogenicity and protein electrophoresis to distinguish isolates of Macrophomina phaseolina pathogenic on cotton
Park et al. Comparative Insect Faunas between Ganghwado and Six others Islands of West Coastal in Incheon, Korea
Kim et al. The influence of sediment control dam dredging on benthic macroinvertebrate communities of mountain stream
Zhang Bacterial leaf scorch Xylella fastidiosa Wells et al. and its potential insect vectors in pin and red oaks in central New Jersey
Noh et al. Expression Profiles and Functional Analysis of Genes Encoding Chitin Deacetylases, Extracellular Matrix‐Modifying Proteins in Tribolium castaneum
Lee et al. The necessity for low temperature treatment on the eggs of Emma Cricket, Teleogryllus emma and the method of increasing the hatching rate after low temperature treatment
Arakane et al. Cuticle tanning in Tribolium castaneum
Kang et al. Study of the insect fauna in Ulleung‐do and Dokdo
Yoon et al. Interspecific Hybridization of the Imported Bumblebee B. terrestris and the Korean Native Bumblebee Bombus hypocrita sapporoensis
Lee et al. Four Caddisfly Species of Oecetis (Trichoptera: Leptoceridae) New to Korea
Park et al. Morphology of the egg and first instar larva of Physosmaragdina nigrifrons (Hope).(Coleoptera: Chrysomelidae: Clytrinae)
May Population genetics of Penaeus vannamei on the west coast of Mexico
Kang et al. Report on the rate of Orientia tsutsugamushi infection in Hapcheon and Miryang, Korea
Arakane et al. Two Major Structural Proteins Are Required for Rigid Adult Cuticle Formation in the Red Flour Beetle, Tribolium castaneum
Noh et al. RNAi‐based functional analysis of yellow‐e in Tribolium castaneum
Kim et al. Taxonomy of the Genus Eusphalerum Kraatz (Coleoptera: Staphylinidae: Omaliinae) from South Korea

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant