CN107679867A - 一种鸡保种育种群家系编码追溯方法及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种鸡保种育种群家系编码追溯方法及其应用。赋予保种群家系个体编码，编码组建家系个体系谱，编码规则为：由ABC组成，其中一位代表父本、一位代表母本、一位代表后代，两后代编码对比，如父本、母本的编号均相同，则代表两后代为当代全同胞，如父本、母本其中的一编号相同，则代表当代半同胞，如父本、母本的两编号均不相同，则代表当代无亲缘关系。本发明能够实现鸡保种（育种）群个体编码和系谱连续追溯，无需固定家系，记录简便，根据追溯结果能优化选配组合，进而降低近交水平；本发明操作简单，也适用于其它畜禽资源保种群和育种群个体的编码和系谱追溯，具有很强的实用价值。
Description
技术领域
本发明涉及一种鸡保种育种群家系编码追溯方法及其应用，属于保护遗传学技术领域。
背景技术
长期连续的近交会导致家禽个体繁殖性能、生理活动及适应性等性状下降，称之为近交衰退。在鸡品种资源的保护和育种过程中，建立个体家系（图1）并追溯个体系谱，是避开较近亲缘关系个体交配，进而降低近交水平的最有效手段。
目前，鸡保种场（基因库）采用的家系保种法和鸡育种企业采用的家系选育法均是通过赋予每个世代个体一定数字范围的翅号，留种时根据公母鸡翅号与家系号对照表，按非近亲交配制度组建新家系进行继代繁殖。上述家系个体编码方法在当代内避开亲缘关系较近个体（全同胞或半同胞）交配比较容易实现，然而要对个体（间）亲缘关系进行多个世代的连续追溯，准确计算出个体近交系数和个体间亲缘关系系数则很难执行，尤其是家系数量较多时（一般要求鸡保种群/育种群家系数量不少于30个，母鸡300个以上）工作量大、操作复杂、错误率高，难以确定交配组合，因此鸡保种场（基因库）和鸡育种企业一般仅规避保种（育种）群当代内近亲个体（全同胞或半同胞），不做多个世代的连续追溯，这就导致难以有效控制保种（育种）群近交水平的过快增加。目前尚无有效的解决措施。因此，需要建立一种可靠、简单易行的保种（育种）群家系个体翅号编码和系谱追溯方法，实现个体亲缘关系在世代传递过程中的连续准确追溯。
发明内容
本发明针对上述缺陷，目的在于提供一种实现个体系谱多个世代连续追溯的编码及计算方法，以达到有效控制保种（育种）群近交水平的过快增加，保证保种和选育效果的一种鸡保种育种群家系编码追溯方法及其应用。
为此本发明采用的技术方案是：本发明赋予保种群家系个体编码，编码组建家系个体系谱，编码规则为：
由ABC组成，其中一位代表父本、一位代表母本、一位代表后代，两后代编码对比，如父本、母本的编号均相同，则代表两后代为当代全同胞，如父本、母本其中的一编号相同，则代表当代半同胞，如父本、母本的两编号均不相同，则代表当代无亲缘关系。
所述A、B、C均为数字编码，且至少为两位数字，两后代对比时：相减结果“00”的为当代全同胞，“0X”（其中X代表非0数值）的为当代半同胞，“XX”和“X0”的为当代无亲缘关系。
一种鸡保种育种群家系编码追溯方法的应用，追溯个体亲缘关系时，编码选用其中的AB，各世代同一水平不同个体组合间父本号、母本号编码数值分别相减，建立亲缘关系矩阵，相减结果“00”的为当代全同胞，“0X”（X代表非0数值）的为当代半同胞，“XX”和“X0”的为当代无亲缘关系；各保种、育种单位根据自身需要，确定追溯的世代数；若只追溯父系亲缘关系或母系亲缘关系，即各世代同一水平不同公鸡（或母鸡）组合间父本号、母本号编码数值分别相减，建立父系（或母系）亲缘关系矩阵。
本发明的优点是：本发明能够实现鸡保种（育种）群个体编码和系谱连续追溯，无需固定家系，记录简便，根据追溯结果能优化选配组合，进而降低近交水平；本发明操作简单，也适用于其它畜禽资源保种群和育种群个体的编码和系谱追溯，具有很强的实用价值。
附图说明
图1为本发明保种群和育种群个体家系组建方法。
图2为本发明家系个体编码（翅号）方法。
图3为本发明新组建家系号确立方法。
图4为本发明A1B1/C1D1与A2B2/C2D2个体间亲缘关系追溯方法示意图。
图5为三个世代系谱图。
图6为本发明亲缘关系矩阵曾祖代矩阵图。
图7为本发明亲缘关系矩阵祖代矩阵图。
图8为本发明亲缘关系矩阵父母代矩阵图。
图9为本发明通径路线图。
具体实施方式
1、家系个体编码方法
家系个体编码（翅号）方法见图2。家系个体采用6位数字编码，前2位数字A B代表父本号（即家系号），中间2位数字C D代表母本号，后2位数字E F代表后代号。例如编码为“010203”的个体，就代表1号家系（1号公鸡）第2个与配母鸡的第3个后代；编码为“161005”的个体，就代表16号家系（16号公鸡）第10个与配母鸡的第5个后代。最后两位数字E F仅用来区分家系内同一个与配母鸡的后代个体，对于任一保种群和育种群，其起始群体（0世代基础群）均无系谱可用，组建个体家系时都是假定起始公母鸡个体间无亲缘关系。因此0世代与配公母鸡编号中E F均为0，即“ABCD00”，1世代及延续扩繁世代家系个体编码中E F均有赋值，即“ABCDEF”。
A~F数值范围：0~99，家系>=100个的也可扩展至3位数字。
2、新组建家系号确立方法
针对同一保种群或育种群，选留的公母鸡组建新家系扩繁下一世代时，新家系号随机，即新家系公鸡m可以是来源于上世代的任一家系，家系内与配母鸡号n1~N也随机（图3）；新家系扩繁后代个体编码参照上述“家系个体编码方法”执行。
3、亲缘关系追溯方法
追溯个体间亲缘关系时中仅需用到个体编码的前四位数字（父本号A B和母本号C D，数值用小写字母表示），各世代同一水平不同个体组合间父本号、母本号编码数值分别相减，建立亲缘关系矩阵（图4），相减结果“00”的为当代全同胞，“0X”（X代表非0数值）的为当代半同胞，“XX”和“X0”的为当代无亲缘关系。各保种、育种单位可根据自身需要，确定追溯的世代数。若只追溯父系亲缘关系或母系亲缘关系，即各世代同一水平不同公鸡（或母鸡）组合间父本号、母本号编码数值分别相减，建立父系（或母系）亲缘关系矩阵。
同一方框内两个小写字母（如a∣b）分别表示该个体前两位（父本号）、中间两位（母本号）编码数值。
4、应用案例
以图5三个世代系谱图为例（图5），所有个体采用所述6位编码（6位编码的最后两位省略），不同世代间家系号（公鸡号）随机。
（1）亲缘关系矩阵建立
N+3世代个体“xy”向上追溯父母代（N+2）、祖代（N+1）和曾祖代（N），根据上述“3. 亲缘关系追溯方法”建立亲缘关系矩阵（图6、7、8）。根据亲缘关系矩阵可以看出，在曾祖代、祖代、父母代内各选配组合均避开了全同胞和半同胞交配；但曾祖代与配个体在亲缘关系上有1对全同胞（00），1对半同胞（0X）。
（2）近交系数和亲缘关系系数计算
根据亲缘关系矩阵，确定通径路线（图9），计算个体间亲缘关系系数Rxy和个体近交系数Fx。N+2世代（父母代）两个个体间的亲缘关系系数为，二者交配产生的后代个体近交系数为。
个体近交系数计算公式：
个体间亲缘关系系数计算公式：
（3）个体组配确定
比较父母代选留个体间亲缘关系系数（0.0468）及拟配后代近交系数（0.0234）与保种方案、育种方案中设置的阈值，确定能否组配（选配到同一家系），若超出了阈值范围，则不能组配，需调整该母鸡至其它家系。
Claims (3)
1.一种鸡保种育种群家系编码追溯方法，其特征在于，赋予保种群家系个体编码，编码组建家系个体系谱，编码规则为：
由ABC组成，其中一位代表父本、一位代表母本、一位代表后代，两后代编码对比，如父本、母本的编号均相同，则代表两后代为当代全同胞，如父本、母本其中的一编号相同，则代表当代半同胞，如父本、母本的两编号均不相同，则代表当代无亲缘关系。
2.根据权利要求1所述的一种鸡保种育种群家系编码追溯方法，其特征在于，所述A、B、C均为数字编码，且至少为两位数字，两后代对比时：相减结果“00”的为当代全同胞，“0X”（其中X代表非0数值）的为当代半同胞，“XX”和“X0”的为当代无亲缘关系。
3.一种鸡保种育种群家系编码追溯方法的应用，其特征在于，追溯个体亲缘关系时，编码选用其中的AB，各世代同一水平不同个体组合间父本号、母本号编码数值分别相减，建立亲缘关系矩阵，相减结果“00”的为当代全同胞，“0X”（X代表非0数值）的为当代半同胞，“XX”和“X0”的为当代无亲缘关系；各保种、育种单位根据自身需要，确定追溯的世代数；若只追溯父系亲缘关系或母系亲缘关系，即各世代同一水平不同公鸡（或母鸡）组合间父本号、母本号编码数值分别相减，建立父系（或母系）亲缘关系矩阵。
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