CN107038223A - 一种生命健康数据管理方法及系统 - Google Patents

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Abstract

本发明提供一种生命健康数据管理方法及系统。所述生命健康数据管理方法，通过获取用户输入的查询指令，然后根据所述查询指令从预先建立的数据库中查找与所述查找指令相应的生命健康数据，最后将所述生命健康数据输出给用户。可以使用户根据自己的需要查找相应的生命健康信息，可以使用户更加容易地得到查询的结果，可以提高用户体验。同时，加快了生命信息的共享和生命科学的发展。

Description

一种生命健康数据管理方法及系统
技术领域
本发明涉及大数据管理技术领域，具体涉及一种生命健康数据管理方法及系统。
背景技术
随着测序技术的不断更新换代，高通量测序成本大大下降，生物分子原始数据量急剧膨胀，现代生物信息学研究的重心已经从最初的获取数据，转移到了从海量的生物数据中挖掘有用的信息，并研究其包含的生物学意义。
近几年来，随着互联网技术的飞速发展，在基于网络范围内有效管理、共享、分析、利用海量信息学数据变的越来越方便。同样，数据库技术在因特网中的广泛应用，给信息的共享和存储提供了很好的服务。但是，目前，还没有一个能够查询生命健康相关信息的系统，因此，本申请提供了一种生命健康数据管理方法及系统。
发明内容
针对现有技术中的上述缺陷，本发明提供了一种生命健康数据管理方法及系统，可以使用户更加容易、有效地查询与生命健康相关的信息，可以提高用户体验。
第一方面，本发明提供的一种生命健康数据管理方法，包括：
获取用户输入的查询指令；
根据所述查询指令从预先建立的数据库中查找与所述查询指令相应的生命健康数据；
将所述生命健康数据输出给用户。
可选的，在所述根据所述查询指令从预先建立的数据库中查找与所述查询指令相应的生命健康数据的步骤之前，还包括：
获取生命健康样本信息；
对所述生命健康样本信息进行上机测序，获得生命健康样本数据；
根据所述生命健康样本数据搭建数据库。
可选的，所述根据所述生命健康样本数据搭建数据库，包括：
搭建数据库模型，并确定所述数据库模型中表和字段；
对所述字段进行关联设置；
将所述样本数据导入所述数据库模型中；
将所述样本数据按照所述数据库模型中的所述字段进行整理和分类；
将所述整理和分类的样本数据填入所述表中，生成关系表；
将所述关系表分类存储到所述数据库模型中，生成数据库。
可选的，所述将所述关系表分类存储到所述数据库模型中，生成数据库，包括：
将所述关系表按时间轴分类存储到所述数据库模型中，生成数据库。
可选的，所述字段，包括：捐赠者；
所述将所述样本数据按照所述数据库模型中的所述字段进行整理和分类，包括：
将所述样本数据按照所述捐赠者进行整理和分类。
可选的，所述生命健康样本数据，包括：表型样本数据、疾病类型样本数据、基因样本数据中的至少一种。
第二方面，本发明提供的一种生命健康数据管理系统，包括：客户端、服务器；
所述服务器接收所述客户端发送的生命健康数据查询指令；
所述服务器根据所述查询指令在预先建立的数据库中查找相应的数据；
所述服务器将所述数据发送给所述客户端；
所述客户端在指定页面显示所述数据。
可选的，所述服务器将所述数据发送给所述客户端，包括：
所述服务器将所述数据发送给所述客户端的分层树形插件、时间轴插件、基因突变信息展示插件中的一种或多种；
所述客户端在指定页面显示所述数据，包括：
所述客户端的所述分层树形插件和/或时间轴插件在指定页面显示所述数据。
可选的，所述数据库采用开源的关系型PostgreSQL数据库。
可选的，所述服务器是基于Python的Django MTV架构实现的。
本发明通过获取用户输入的查询指令，然后根据所述查询指令从预先建立的数据库中查找与所述查找指令相应的生命健康数据，最后将所述生命健康数据输出给用户。可以使用户根据自己的需要查找相应的生命健康信息，可以使用户更加容易地得到查询的结果，可以提高用户体验。同时，加快了生命信息的共享和生命科学的发展。
本发明提供的一种生命健康数据管理系统，与上述生命健康数据管理方法出于相同的发明构思，具有相同的有益效果。
附图说明
为了更清楚地说明本发明具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。在所有附图中，类似的元件或部分一般由类似的附图标记标识。附图中，各元件或部分并不一定按照实际的比例绘制。
图1示出了本发明第一实施例提供一种生命健康数据管理方法的流程图。
具体实施方式
下面将结合附图对本发明技术方案的实施例进行详细的描述。以下实施例仅用于更加清楚地说明本发明的技术方案，因此只是作为示例，而不能以此来限制本发明的保护范围。
需要注意的是，除非另有说明，本申请使用的技术术语或者科学术语应当为本发明所属领域技术人员所理解的通常意义。
本发明提供了一种生命健康数据管理方法及系统。下面结合附图对本发明的实施例进行说明。
图1示出了本发明第一实施例所提供的一种生命健康数据管理方法及系统的流程图。如图1所示，本发明第一实施例提供的一种生命健康数据管理方法，包括以下步骤：
步骤S101：获取用户输入的查询指令。
在本发明实施例中，所述获取用户输入的查询指令的主体可以是服务器，所述用户可以通过智能终端的web页面输入所述查询指令。
所述用户输入的查询指令可以是针对疾病类型、基因、捐赠者、数据等中一种或多种的查询指令。
步骤S102：根据所述查询指令从预先建立的数据库中查找与所述查询指令相应的生命健康数据。
在本步骤之前，还可以包括：获取生命健康样本信息；对所述生命健康样本信息进行上机测序，获得生命健康样本数据；根据所述生命健康样本数据搭建数据库。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述生命健康样本信息通过上机测序，可以得到基因位点层面的突变信息，解读并关联相关表型和疾病信息，可以得到有用的、有价值的生命健康样本数据，所述上机测序过程能够起到筛选数据的功能。利用筛选后的所述生命健康样本数据搭建数据库，可以提高所述数据库的可靠性，可以使用户获得更加准确的信息。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述根据所述生命健康样本数据搭建数据库，可以包括：搭建数据库模型，并确定所述数据库模型中表和字段；对所述字段进行关联设置；将所述样本数据导入所述数据库模型中；将所述样本数据按照所述数据库模型中的所述字段进行整理和分类；将所述整理和分类的样本数据填入所述表中，生成关系表；将所述关系表分类存储到所述数据库模型中，生成数据库。
所述数据库模型中的所述字段设置在所述表中，通过对所述字段进行关联设置，可以得到各个字段相关联的一张表，将所述样本数据导入所述数据库模型中后，就可以生成各个字段具有相关联系的关系表。所述字段包含某一专题的信息，例如，所述字段可以是：捐赠者姓名、疾病类型、基因类型、基因突变频率等。将所述字段进行关联，也就是将所述具有某一专题的信息进行关联，这样，可以使用户获得具有关联信息的各个专题的数据，可以使用户获得更加全面的信息。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述将所述关系表分类存储到所述数据库模型中，生成数据库，包括：将所述关系表按时间轴分类存储到所述数据库模型中，生成数据库。
相较于现有技术中数据库采用零散的样本管理，使得各个时间段的样本没有关联性，样本间的变化趋势无法展示的缺点，本发明提供的这种采用时间轴方法存储管理所述关系表，有利于对大样本数据的逻辑性管理，而且，还可以为用户提供按时间段分类的数据，使用户可以看到同一指标在一段时间内的变化趋势，同时，这种存储管理方法也有利于对所述样本数据的挖掘和分析。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述字段，包括：捐赠者；所述将所述样本数据按照所述数据库模型中的所述字段进行整理和分类，包括：将所述样本数据按照所述捐赠者进行整理和分类。
在数据库模型中对样本数据进行整理和分类时，可以按照捐赠者进行整理和分类，这样，可以将所述捐赠者的所有数据都集中进行管理，更加有条理地对所述样本数据进行管理，可以使用户看到一个捐赠者整个疾病的发展过程，可以为用户提供更加准确的疾病信息。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述生命健康样本数据，包括：表型样本数据、疾病类型样本数据、基因样本数据中的至少一种。
所述生命健康样本数据可以有多种方面的样本数据，可以包括：表型样本数据、疾病类型样本数据、基因样本数据等多种样本数据。可以综合管理这些样本数据，可以为用户提供更加全面的信息，使用户了解到捐赠者或者疾病类型的所有症状和信息，可以提高用户体验。
步骤S103：将所述生命健康数据输出给用户。
将所述生命健康数据输出给用户，可以是以时间轴的方式输出给用户；可以给用户输出与用户输入的疾病最相关的10个基因；可以以图形的方式输出给用户，可以以表格的方式输出给用户，可以以链接的方式输出给用户。
本发明第二实施例提供一种生命健康数据管理系统，包括客户端、服务器；所述服务器接收所述客户端发送的生命健康数据查询指令；所述服务器根据所述查询指令在预先建立的数据库中查找相应的数据；所述服务器将所述数据发送给所述客户端；所述客户端在指定页面显示所述数据。
所述客户端可以根据用户需求进行设计，可以根据用户分析、系统功能需求、性能需求、系统接口及集成进行设计，这样，可以保证需求和系统使用与用户的目标相联系。所述客户端可以根据用户语言和需求模型进行设计，正确表达用户需求。
其中，所述系统可根据需求设计系统测试目标和测试进度，这样，可以跟踪需求缺陷，及时维护系统。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述服务器将所述数据发送给所述客户端，包括：所述服务器将所述数据发送给所述客户端的分层树形插件、时间轴插件、基因突变信息展示插件中的一种或多种；
所述客户端在指定页面显示所述数据，包括：
所述客户端的所述分层树形插件和/或时间轴插件在指定页面显示所述数据。
所述客户端利用不同的插件可以显示不同的页面效果，例如，利用分层树形插件可以显示树状结构的数据文件夹，利用时间轴插件可以显示按时间分类的不同时间段的数据，利用基因突变信息管理展示插件，可以展示基因突变的过程。这样，可以满足用户不同的浏览需求，可以提高用户体验。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述数据库采用开源的关系型PostgreSQL数据库。
利用所述开源性数据库软件和技术，可以降低开发成本，简化搭建部署、易于维护。
在本发明提供的一个具体实施例中，所述服务器是基于Python的Django MTV架构实现的。
采用了较为成熟稳定的服务器架构Nginx+uWSGI+Django。uwsgi是uWSGI项目自有的协议，把nginx作为反向代理的请求进行处理，并发给wsgi，wsgi根据请求逐层调用函数或程序把处理结果进行打包逐一返回，最终呈现到浏览器。
所述客户端的请求数据与服务器任务处理之间的交互是通过Django的MVC(ModelView Controller)框架，即模型(model)－视图(view)－控制器(controller)进行处理。
所述客户端是基于Bootstrap-v3.3.2的web框架，采用HTML5+CSS3+JavaScript编码实现的。
本发明是以生命健康样本大数据为出发点，在已有互联网技术的基础上，通过Django的开放源码web应用框架，把生命健康样本大数据、用户查询需求、数据处理结果利用MVC的模式有机整合成为一个易于操作的可视化应用系统，在最大程度上为用户提供了生命健康领域逻辑的可视化数据结果，也为生物医学研究的各方面人员进行数据解读提供了更简便的条件，有利于数据价值的最大化利用。
在所述系统中，可以对生命健康样本表型数据搜集以及处理的结果数据，通过简单的二次处理即可进行数据管理系统更新，这样，有利于所述系统及时快速迭代更新。
本发明第三实施例提供一种关于癌症的生命健康数据管理系统。
在所述系统的客户端，可以有四个入口，可以包括：疾病类型、基因、捐赠者、数据。用户可通过各个入口获得数据，比如疾病类型入口，可以获得该疾病捐赠者统计数量，该病相关重要基因的频率(相关性越大，圆的面积越大)；比如基因入口，可以迅速获得与各类型疾病突变最多的前五个基因，拷贝数变异和插入缺失突变。此外，还可直观看到与该疾病系统相关的人的24条染色体上的不同基因突变信息；比如捐赠者入口，可获取捐赠者相关表型数据的统计图，并可通过设定表型参数检索匹配样本，并开发时间轴插件展示各阶段样本临床表型数据，时间轴左边通过选择时间，下方展示该时间段样本的突变信息变化趋势，右边展示样本的表型信息；数据入口，通过分层树形插件展示各层级数据文件。
所述客户端，还可以包括：搜索窗口。
用户从所述搜索窗口输入特定癌症名称能够获取与本疾病最相关的TOP 10基因以及这些基因的具体信息、与该基因相关的突变、捐赠者的表型信息，突变信息，随时间而变化的临床信息及其他统计信息。
所述搜索窗口和所述四个入口可以同时使用，例如，在查询界面选择癌症类型“Tumour Type”，输入“Bladder Cancer”关键字，可以获取膀胱癌的相关链接，进入链接，可得到所选膀胱癌相关性最高的TOP10基因，以及所述系统所有癌症数据中与这些基因相关的突变、捐赠者等统计信息，所述客户端还可以显示出所述相关性最高的TOP 10基因的连接，可以直接获得到该基因的具体信息，可以包括：相关名称、位置、转录本、序列，以及其他各大数据库的外链入口等。
所述系统不仅可以通过疾病名称实现关联基因信息查询与统计，还可以通过基因名进行基因详情、关联疾病搜索；可以通过捐赠者ID查询捐赠者关联疾病、样本处理、突变等信息。
以上，为本发明提供的一种生命健康数据管理方法及系统的实施例说明。
在本说明书的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不是必须针对的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外，在不相互矛盾的情况下，本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。
最后应说明的是：以上各实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述各实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分或者全部技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的范围，其均应涵盖在本发明的权利要求和说明书的范围当中。

Claims (10)

1.一种生命健康数据管理方法，其特征在于，包括：
获取用户输入的查询指令；
根据所述查询指令从预先建立的数据库中查找与所述查询指令相应的生命健康数据；
将所述生命健康数据输出给用户。
2.根据权利要求1所述的生命健康数据管理方法，其特征在于，在所述根据所述查询指令从预先建立的数据库中查找与所述查询指令相应的生命健康数据的步骤之前，还包括：
获取生命健康样本信息；
对所述生命健康样本信息进行上机测序，获得生命健康样本数据；
根据所述生命健康样本数据搭建数据库。
3.根据权利要求2所述的生命健康数据管理方法，其特征在于，所述根据所述生命健康样本数据搭建数据库，包括：
搭建数据库模型，并确定所述数据库模型中表和字段；
对所述字段进行关联设置；
将所述样本数据导入所述数据库模型中；
将所述样本数据按照所述数据库模型中的所述字段进行整理和分类；
将所述整理和分类的样本数据填入所述表中，生成关系表；
将所述关系表分类存储到所述数据库模型中，生成数据库。
4.根据权利要求3所述的生命健康数据管理方法，其特征在于，所述将所述关系表分类存储到所述数据库模型中，生成数据库，包括：
将所述关系表按时间轴分类存储到所述数据库模型中，生成数据库。
5.根据权利要求3所述的生命健康数据管理方法，其特征在于，所述字段，包括：捐赠者；
所述将所述样本数据按照所述数据库模型中的所述字段进行整理和分类，包括：
将所述样本数据按照所述捐赠者进行整理和分类。
6.根据权利要求2所述的生命健康数据管理方法，其特征在于，所述生命健康样本数据，包括：表型样本数据、疾病类型样本数据、基因样本数据中的至少一种。
7.一种生命健康数据管理系统，其特征在于，包括：客户端、服务器；
所述服务器接收所述客户端发送的生命健康数据查询指令；
所述服务器根据所述查询指令在预先建立的数据库中查找相应的数据；
所述服务器将所述数据发送给所述客户端；
所述客户端在指定页面显示所述数据。
8.根据权利要求7所述的生命健康数据管理系统，其特征在于，所述服务器将所述数据发送给所述客户端，包括：
所述服务器将所述数据发送给所述客户端的分层树形插件、时间轴插件、基因突变信息展示插件中的一种或多种；
所述客户端在指定页面显示所述数据，包括：
所述客户端的所述分层树形插件和/或时间轴插件在指定页面显示所述数据。
9.根据权利要求1所述的生命健康数据管理系统，其特征在于，所述数据库采用开源的关系型PostgreSQL数据库。
10.根据权利要求1所述的生命健康数据管理系统，其特征在于，所述服务器是基于Python的Django MTV架构实现的。
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