CN104630374A - 与类风湿关节炎相关的单个基因单核苷酸多态性位点及其应用 - Google Patents

与类风湿关节炎相关的单个基因单核苷酸多态性位点及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了与类风湿关节炎相关的单个基因单核苷酸多态性位点及其应用。本发明所保护的技术方案是检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备筛查类风湿关节炎患者产品中的应用和检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备预测类风湿关节炎患者病情的产品中的应用。可将检测rs1050501的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与麻风病相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查麻风病患者或预测类风湿关节炎患者病情的产品。

Description

与类风湿关节炎相关的单个基因单核苷酸多态性位点及其应用
技术领域
本发明涉及生物医学领域中与类风湿关节炎相关的单个基因单核苷酸多态性位点及其应用。
背景技术
类风湿关节炎是一种病因尚未确定的慢性全身性炎症性疾病，以多滑膜关节炎和关节外病变为主要临床表现，属于自身免疫炎性疾病，与环境、细胞、病毒、遗传、性激素及神经精神状态等因素密切相关，若不及时治疗易造成不可逆转的关节畸形和强直，致残率较高。类风湿关节炎已成为世界范围关注的主要健康问题之一，在世界范围内发病率约为0.5％-1％，在我国发病率约为0.4％。
类风湿关节炎的发病机制尚未明确，大量研究证实其发病与遗传因素以及环境因素存在密切关系。因此鉴定出与类风湿关节炎发病相关的易感基因或致病基因，并在人群中筛选出增加疾病风险的易感基因以确定易感个体，将有助于类风湿关节炎的发病风险预测、新药开发以及针对类风湿关节炎的诊断和个体化治疗。早期识别类风湿关节炎易感人群，采取针对性的生活方式干预，是减少类风湿关节炎发生，减缓医疗费用增长的关键，同时也可以为临床治疗提供可参考的信息。
在过去的研究中，人们已发现了多种与类风湿关节炎发病相关的易感基因，比较重要的有人类白细胞抗原(HLA)的DR区以及肿瘤坏死因子α(TNF-α)基因等，这些基因上的某些单核苷酸多态性位点显著性地增加了类风湿关节炎的发病风险。由于类风湿关节炎属于自身免疫疾病，免疫细胞中表达的基因与类风湿关节炎发病及病程的相关性一直受到人们的关注。编码B细胞、单核细胞、粒细胞等免疫细胞表面的抑制型受体分子FcγRIIB的FCGR2B基因被发现是一些自身免疫疾病的易感基因，FCGR2B基因中存在单核苷酸多态性位点rs1050501，rs1050501位点的风险等位基因为C，野生型等位基因为T。rs1050501位点被发现与系统性红斑狼疮的发病风险存在显著相关性。对于类风湿关节炎，过去的三项研究显示，在荷兰(Arthritis&Rheumatism,2004,54(12):3828-3837)、日本(Genes and immunity,2002,3(8):488-493)以及中国台湾(Genes and immunity,2008,9(8):680-688)的人群中，rs1050501与类风湿关节炎的发病并无显著相关性。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何在中国大陆人群中筛查类风湿关节炎患者和如何预测类风湿关节炎患者的病情严重程度。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了下述A1)-A7)中的任一种用途：
A1)检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备筛查类风湿关节炎患者产品中的应用；
A2)检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备预测类风湿关节炎患者病情的产品中的应用；
A3)检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备检测类风湿关节炎易感性产品中的应用；
A4)检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备检测与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；
A5)检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；
A6)人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型在制备筛查类风湿关节炎患者的产品或预测类风湿关节炎患者病情的产品中的应用；
A7)人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型在制备检测类风湿关节炎易感性产品中的应用。
rs1050501是人染色体1q23.3上的一个二等位多态性的SNP位点，该变异是转换(T/C，在其互补链上则为A/G)。所述rs1050501基因型是CC、TC或TT。所述CC是rs1050501位点为C的纯合型，所述TT是rs1050501位点为T的纯合型，所述TC是rs1050501位点为T和C的杂合型。所述检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型具体可为检测rs1050501的核苷酸种类。
上述用途中，所述检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质可包括扩增包括rs1050501在内的基因组DNA片段的PCR引物对和成套探针。
上述用途中，所述CC和所述TC基因型的个体在类风湿关节炎患者群体中的比例分别高于对应的基因型在正常人群体中的比例。
上述用途中，所述类风湿关节炎具体为中国大陆人群类风湿关节炎。
上述用途中，所述类风湿关节炎患者病情可为以关节痛、疾病活动度评分(DAS)、隐性类风湿因子(HRFIgG)、发病年龄和抗核周因子抗体(APF)为指标诊断得出的类风湿关节炎患者的类风湿关节炎病情，具体可为严重类风湿关节炎和轻度类风湿关节炎。所述严重类风湿关节炎的指标可为关节痛>＝10、和/或DAS>＝5、和/或HRFIgG阳性、和/或发病年龄<55、和/或APF阳性；所述轻度类风湿关节炎的指标可为关节痛<10、和/或DAS<5、和/或HRFIgG阴性、和/或发病年龄>＝55、和/或APF阴性。
为解决上述技术问题，本发明还提供了含有检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质的产品。
本发明所提供的含有检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因 型的物质的产品，为a)-e)中的任一种：
a)检测与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性(即等位基因)或基因型的产品；
b)鉴定或辅助鉴定与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性(即等位基因)或基因型的产品；
c)筛查类风湿关节炎患者产品；
d)检测类风湿关节炎易感性产品；
e)预测类风湿关节炎患者病情的产品。
上述产品中，所述检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质可包括扩增包括rs1050501在内的基因组DNA片段的PCR引物对和成套探针。
本发明中，所述扩增包括rs1050501在内的基因组DNA片段的PCR引物对可由序列表中SEQ ID No.1所示的单链DNA和序列表中SEQ ID No.2所示的单链DNA组成；所述成套探针可由TaqMan探针C和TaqMan探针T组成，所述TaqMan探针C的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No.3所示，所述TaqMan探针T的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No.4所示。所述TaqMan探针C为在序列表中SEQ ID No.3所示的单链DNA的5’端标记报告荧光染料VIC、在3’端标记淬灭荧光染料NFQ得到的TaqMan探针，所述TaqMan探针T为在SEQ ID No.4中所示的单链DNA的5’端标记报告荧光染料FAM、在3’端标记淬灭荧光染料NFQ得到的TaqMan探针。
实验证明，在由404个中国大陆类风湿关节炎患者组成的病例组和由778个中国大陆正常健康人组成的对照组中，rs1050501的风险等位基因为C，该等位基因在病例组类风湿关节炎患者群体中的比例比该等位基因在正常人群体中的比例高21.66％。携带rs1050501位点风险等位基因C的纯合子(CC基因型)，相比于携带rs1050501位点野生型等位基因T的纯合子(TT基因型)以及rs1050501位点的杂合子(TC基因型)，类风湿关节炎发病的相对危险度为2.523，P值是6.84×10-4，说明rs1050501是与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性。rs1050501的三个基因型中，CC基因型和TC基因型的个体在病例组类风湿关节炎患者群体中的比例分别高于对应基因型的个体在对照组正常健康人群体中的比例；TT基因型的个体在病例组类风湿关节炎患者群体中的比例低于TT基因型的个体在对照组正常健康人群体中的比例。
携带rs1050501位点风险等位基因C的纯合子(CC基因型)相比于携带rs1050501位点野生型等位基因T的纯合子(TT基因型)和rs1050501位点的杂合子(TC基因型)，以关节痛>＝10、DAS>＝5、HRFIgG阳性、发病年龄<55和APF阳性为指标的严重类风湿关节炎的相对危险度分别高于以关节痛<10、DAS<5、HRFIgG阴性、发病年龄>＝55和APF阴性为指标的轻度类风湿关节炎的相对危险度。
在实际应用中，可将检测rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查类风湿关节炎患者或预测类风湿关节炎患者的病情严重程度的产品。
其中，检测人基因组中rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质可为通过下述至少一种方法确定rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱、SNP芯片和TaqMan探针技术。其中，利用TaqMan探针技术确定rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型所需的试剂和/或仪器包括TaqMan探针、PCR引物对、定量PCR仪和进行基因分型的模块(如7500System SDS software)以及TaqMan探针技术所需要的其他试剂；SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。
所述产品可为试剂或试剂盒，还可为由试剂或试剂盒和仪器组成的系统，如由引物和DNA测序仪组成的系统，由PCR试剂和DNA测序试剂和DNA测序仪组成的系统，由TaqMan探针、PCR引物对、定量PCR仪和进行基因分型的模块以及TaqMan探针技术所需要的其他试剂组成的系统。
本发明的一个实施例中，采用TaqMan探针技术确定rs1050501的多态性(即等位基因)和基因型。所述PCR引物对在序列上没有特殊要求，只要能扩增出包括rs1050501在内的基因组DNA片段即可，具体可为序列表中SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的单链DNA。所述TaqMan探针具体可为所述成套探针。所述定量PCR仪为ABI 7300实时荧光定量PCR仪。所述进行基因分型的模块具体可为7500System SDS software。
本发明在一个来自中国大陆人群的样本(404个类风湿关节炎患者和778个正常健康人)中发现rs1050501是与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性。可将检测rs1050501的多态性(即等位基因)或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性(即等位基因)或基因型的物质)联合在一起制备筛查中国大陆人群中类风湿关节炎患者或预测中国大陆人群中类风湿关节炎患者的病情严重程度的产品。
附图说明
图1为病例组和对照组中部分人群的rs1050501基因分型聚类图。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了 阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
下述实施例中的2×TaqMan GT master mix为Life technology公司产品，货号为4371355。
下述实施例中的ABI 7300实时荧光定量PCR仪为Appl ied Biosystems公司产品，型号为7300。
实施例1、rs1050501是与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性
一、类风湿关节炎病例组及对照组入选标准
类风湿关节炎病例组的入选标准：404例类风湿关节炎患者，所有患者均来自中国大陆，且无血缘关系。所有患者均符合1987年美国风湿病学会(ACR)制定的RA分类标准(Arthritis&Rheumatism,1988；31(3):315-24)。
类风湿关节炎对照组入选标准：既往无类风湿关节炎或其他自身免疫疾病病史的正常健康人(年龄、性别均与病例组相匹配)，对照组所有人均来自中国大陆。
类风湿关节炎病例组包括404例类风湿关节炎患者，对照组包括778个正常健康人。类风湿关节炎病例组和对照组中不同性别的人数和平均年龄见表1，类风湿关节炎对照组的年龄分布及性别比例与病例组均无显著区别。
rs1050501单核苷酸多态性位点位于FCGR2B基因中，其基本信息见表2。
rs1050501单核苷酸多态性位点及其两翼序列为：
ATCATTGTGGCTGTGGTCACTGGGA[T/C]TGCTGTAGCGGCCATTGTTGCTGCT。
表1、类风湿关节炎病例组和对照组基本特征
  类风湿关节炎病例组 类风湿关节炎对照组
男性人数(比例) 79(19.6％) 147(18.9％)
女性人数(比例) 325(80.4％) 631(81.1％)
总人数 404 778
平均年龄 54.3±13.3 54.6±16.2
表1中，男性人数(比例)行中，括号外的数字为男性人数，括号内的数字为男性人数占相应组别中总人数的比例；女性人数(比例)行中，括号外的数字为女性人数，括号内的数字为女性人数占相应组别中总人数的比例。
表2、rs1050501单核苷酸多态性位点基本信息
SNP 染色体区带 位置 等位基因
rs1050501 1q23.3 161674008 C/T
二、SNP基因型与类风湿关节炎的关联分析
1、rs1050501位点的基因分型
利用Taqman探针对rs1050501位点进行基因分型，用Taqman探针法进行基因分型实验的具体操作如下：
分别抽取上述类风湿关节炎病例组每个患者和类风湿关节炎对照组每个正常健康人外周静脉血5ml，提取基因组DNA，分别得到每个类风湿关节炎病例组患者和类风湿关节炎对照组每个正常健康人的DNA(DNA浓度均在50-100ng/微升之间)。
每个类风湿关节炎病例组患者和类风湿关节炎对照组每个正常健康人均采用下述的8微升反应体系，每人一个反应体系：每个类风湿关节炎病例组患者或类风湿关节炎对照组每个正常健康人的DNA 2微升、2×TaqMan GT master mix 4微升、40×TaqMan探针混合物0.2微升、去离子水1.8微升混合均匀。每孔一个反应体系，上述反应体系均加入96孔PCR板中，采用ABI 7300实时荧光定量PCR仪进行反应。反应条件为：95℃变性30秒，60℃退火1分钟，40个循环。
上述反应体系中，40×TaqMan探针混合物包括扩增包括rs1050501在内的基因组DNA片段的PCR引物对和成套探针，其中PCR引物对由序列表中SEQ ID No.1所示的单链DNA和序列表中SEQ ID No.2所示的单链DNA组成，成套探针由TaqMan探针C和TaqMan探针T组成，TaqMan探针C为在序列表中SEQ ID No.3所示的单链DNA的5’端标记报告荧光染料VIC、在3’端标记淬灭荧光染料NFQ得到的TaqMan探针，TaqMan探针T为在SEQ ID No.4中所示的单链DNA的5’端标记报告荧光染料FAM、在3’端标记淬灭荧光染料NFQ得到的TaqMan探针。
反应结束后，采用7500System SDS software进行基因型分型，确定上述类风湿关节炎病例组患者和类风湿关节炎对照组正常健康人rs1050501位点的基因型(图1)。类风湿关节炎病例组和类风湿关节炎对照组的rs1050501位点的三种基因型数目如表3所示。
表3、rs1050501位点与类风湿关节炎的关联分析
表3中，TT+TC行中，“+”前面的数字为TT基因型的个体数，“+”后面的数字为TC基因型的个体数。
2、SNP基因型与类风湿关节炎的关联分析
采用logistic回归分析，通过隐性模型，评估rs1050501位点与类风湿关节炎的关联：取404名类风湿关节炎患者作为病例组，以及778名正常健康人作为对照组，校正年龄及性别后，计算rs1050501位点上CC基因型的个体相比于TT和TC的个体(TT+TC)类风湿关节炎发病的相对危险度(Odds ratio,OR)以及95％的置信区间(95％CI)(表3)。携带rs1050501位点等位基因C的纯合子(CC基因型)，相比于携带rs1050501位点等位基因T的纯合子(TT基因型)以及rs1050501位点的杂合子(TC基因型)，类风湿关节炎发病的相对危险度为2.523，P值为6.84×10-4。
rs1050501位点的三个基因型中，CC基因型的个体在类风湿关节炎对照组正常健康人群体中的比例为0.033419，CC基因型的个体在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例为0.079208，CC基因型的个体在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例高于CC基因型的个体在类风湿关节炎对照组正常健康人群体中的比例；TC基因型的个体在类风湿关节炎对照组正常健康人群体中的比例为0.362468，TC基因型的个体在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例为0.363861，TC基因型的个体在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例高于TC基因型的个体在类风湿关节炎对照组正常健康人群体中的比例；TT基因型的个体在类风湿关节炎对照组正常健康人群体中的比例为0.604113，TT基因型的个体在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例为0.556931，TT基因型的个体在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例低于TT基因型的个体在类风湿关节炎对照组正常健康人群体中的比例。
等位基因C在类风湿关节炎对照组正常健康人群体中的比例为0.2147，在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例为0.2612。等位基因C在类风湿关节炎病例组患者群体中的比例比该等位基因在类风湿关节炎正常人群体中的比例高21.66％，表明rs1050501的风险等位基因为C。
结果表明，可以利用rs1050501位点筛查中国大陆人群中类风湿关节炎患者。
3、SNP基因型与类风湿关节炎临床指标的关联分析
在临床治疗中，关节痛、疾病活动度评分(DAS)、隐性类风湿因子(HRFIgG)、发病年龄和抗核周因子抗体(APF)是部分通常用于描述类风湿关节炎患者疾病严重 程度的临床指标。
对于类风湿关节炎病例组，将类风湿关节炎患者根据以下临床指标：关节痛、疾病活动度评分(DAS)、隐性类风湿因子(HRFIgG)、发病年龄和抗核周因子抗体(APF)，按照类风湿关节炎严重程度分别分为两组：关节痛>＝10和关节痛<10；DAS>＝5和DAS<5；HRFIgG阳性和HRFIgG阴性；发病年龄<55和发病年龄>＝55；APF阳性和APF阴性。上述每一个临床指标的两个组别中，前者的类风湿关节炎严重程度均高于后者的类风湿关节炎严重程度(即关节痛>＝10、DAS>＝5、HRFIgG阳性、发病年龄<55和APF阳性的类风湿关节炎严重程度分别高于关节痛<10、DAS<5、HRFIgG阴性、发病年龄>＝55和APF阴性的类风湿关节炎严重程度)，每一个临床指标的每一个分组所用的对照均为上述778名正常健康人组成的类风湿关节炎对照组。
分别采用logistic回归分析评估rs1050501位点与每个临床指标的关联：在校正年龄及性别后，分别计算每个临床指标中的两组中，rs1050501位点上CC基因型的个体相比于TT基因型的个体和TC基因型的个体(TT+TC)类风湿关节炎发病的相对危险度(Odds ratio,OR)以及95％的置信区间(95％CI)(表4)。
表4、rs1050501位点与类风湿关节炎疾病严重程度的关联分析
表4中，rs1050501(TT+TC/CC)列中，“+”前面的数字为TT基因型的个体数，“+”和“/”之间的数字为TC基因型的个体数；“/”后面的数字为CC基因型的个体数。
携带rs1050501位点风险等位基因C的纯合子(CC基因型)，相比于携带rs1050501位点野生型等位基因T的纯合子(TT基因型)以及rs1050501位点的杂合子(TC基因型)，仅取关节痛>＝10的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度为3.624，P值为8.38×10-5，仅取关节痛<10的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度仅为1.725；仅取DAS>＝5的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度为3.007，P值为4.64×10-4，仅取DAS<5的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度仅为1.844；仅取发病年龄<55的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度为3.328，P值为3.65×10-5，仅取发病年龄>＝55的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度仅为1.401；仅取APF阳性的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度为2.813，P值为0.006，仅取APF阴性的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度仅为1.778；仅取HRFIgG阳性的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度为3.075，P值为0.004，仅取HRFIgG阴性的患者为病例组时，类风湿关节炎发病的相对危险度仅为1.737。表明在严重类风湿关节炎组的患者中(以关节痛>＝10、DAS>＝5、HRFIgG阳性、发病年龄<55和APF阳性为指标)，rs1050501位点与类风湿关节炎发病的相关性高于在轻度类风湿关节炎组(以关节痛<10、DAS<5、HRFIgG阴性、发病年龄>＝55和APF阴性为指标)的患者中rs1050501位点与类风湿关节炎发病的相关性，以关节痛>＝10、DAS>＝5、HRFIgG阳性、发病年龄<55和APF阳性为指标的严重类风湿关节炎的相对危险度高于以关节痛<10、DAS<5、HRFIgG阴性、发病年龄>＝55和APF阴性为指标的轻度类风湿关节炎的相对危险度。在关节痛>＝10、DAS>＝5、发病年龄<55、APF阳性和HRFIgG阳性的严重类风湿关节炎患者组中，rs1050501位点与类风湿关节炎发病相关性的P值均小于0.01，表明携带rs1050501位点风险等位基因C的纯合子(CC基因型)相比于携带rs1050501位点野生型等位基因T的纯合子(TT基因型)和rs1050501位点的杂合子(TC基因型)，严重类风湿关节炎(以关节痛>＝10、DAS>＝5、HRFIgG阳性、发病年龄<55和APF阳性为指标)的相对危险度高于轻度类风湿关节炎(以关节痛<10、DAS<5、HRFIgG阴性、发病年龄>＝55和APF阴性为指标)的相对危险度，表明可以利用rs1050501位点的基因型预测类风湿关节炎患者的病情严重程度。
对比例1、rs1050501与干燥综合征的相关性分析
一、干燥综合征病例组及对照组入选标准
干燥综合征病例组的入选标准：干燥综合征病例组患者，所有患者均无血缘关系，且所有患者均来自中国大陆人群。
干燥综合征对照组入选标准：既往干燥综合征或其他自身免疫疾病病史的正常健康人，所有对照组正常健康人均来自中国大陆人群，年龄、性别均与病例组相匹配。
干燥综合征病例组和对照组中不同性别的人数和平均年龄见表5。
表5、干燥综合征病例组和对照组基本特征
  干燥综合征病例组 干燥综合征对照组
男性人数(比例) 8(3.2％) 16(3.9％)
女性人数(比例) 239(96.8％) 393(96.1％)
总人数 247 409
平均年龄 55.7±12.2 53.6±15.4
表5中，男性人数(比例)行中，括号外的数字为男性人数，括号内的数字为男性人数占相应组别中总人数的比例；女性人数(比例)行中，括号外的数字为女性人数，括号内的数字为女性人数占相应组别中总人数的比例。
二、SNP基因型与干燥综合征的关联分析
1、rs1050501位点的基因分型
按照实施例1步骤一中步骤1的rs1050501位点的基因分型的方法，将类风湿关节炎病例组替换为干燥综合征病例组，将类风湿关节炎对照组替换为干燥综合征对照组，其他步骤均不变，对rs1050501位点的进行基因分型。
表6、rs1050501位点与干燥综合征的关联分析
表6中，TT+TC行中，“+”前面的数字为TT基因型的个体数，“+”后面的数字为TC基因型的个体数。
2、SNP基因型与干燥综合征的关联分析
采用logistic回归分析，通过隐性模型，评估rs1050501位点与干燥综合征的关联：取247名干燥综合征患者作为病例组，以及409名正常健康人作为对照组， 校正年龄及性别后，计算rs1050501位点上CC基因型的个体相比于TT和TC的个体(TT+TC)干燥综合征发病的相对危险度(Odds ratio,OR)以及95％的置信区间(95％CI)(表6)。携带rs1050501位点风险等位基因C的纯合子(CC基因型)，相比于携带rs1050501位点野生型等位基因T的纯合子(TT基因型)以及rs1050501位点的杂合子(TC基因型)，干燥综合征发病的相对危险度为1.042，P值为0.923。
结果表明，rs1050501位点与干燥综合征无显著相关性。

Claims (10)

1.检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备筛查类风湿关节炎患者产品中的应用。
2.检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备预测类风湿关节炎患者病情的产品中的应用。
3.检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备检测类风湿关节炎易感性产品中的应用。
4.检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备检测与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。
5.检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。
6.人基因组中rs1050501的多态性或基因型在制备筛查类风湿关节炎患者的产品或预测类风湿关节炎患者病情的产品中的应用。
7.人基因组中rs1050501的多态性或基因型在制备检测类风湿关节炎易感性产品中的应用。
8.含有检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质的产品，为a)-e)中的任一种产品：
a)检测与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
b)鉴定或辅助鉴定与类风湿关节炎相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
c)筛查类风湿关节炎患者产品；
d)检测类风湿关节炎易感性产品；
e)预测类风湿关节炎患者病情的产品。
9.根据权利要求8所述的产品，其特征在于：所述检测人基因组中rs1050501的多态性或基因型的物质包括扩增包括rs1050501在内的基因组DNA片段的PCR引物对和成套探针。
10.根据权利要求9所述的产品，其特征在于：所述PCR引物对为序列表中SEQ IDNo.1所示的单链DNA和序列表中SEQ ID No.2所示的单链DNA；
和/或，
所述成套探针由TaqMan探针C和TaqMan探针T组成，所述TaqMan探针C的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No.3所示，所述TaqMan探针T的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No.4所示。
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