CN104160401A - 用于确定扩增质量度量的方法和系统 - Google Patents

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Abstract

根据一个示例性实施方式，提供了用于向用户提供扩增质量度量的方法。该方法包括从样本的扩增接收扩增数据以生成扩增曲线。扩增曲线包括指数区和过渡区。该方法还包括确定过渡区的第一值和确定过渡区的第二值。第一值是过渡区的起点以及第二值是过渡区的终点。接下来，至少基于第一值和第二值计算扩增质量度量。然后，向用户显示扩增质量度量。

Description

用于确定扩增质量度量的方法和系统
相关申请的交叉引用
本申请要求于2011年11月14日提交的第61/559,636号美国临时申请的优先权的权益，该申请的全部内容通过引用并入本文。
背景技术
聚合酶链反应(PCR)仪器使得在生物样本中进行可靠的DNA或RNA水平的定量成为可能。市售PCR仪器和相关的数据采集和分析软件处理从生物样本生成的qPCR化验数据。当报告信号高于由人手动设置或由软件自动设置的阈值时，这些系统通过将阈值循环(CT或CRT)值计算为分数PCR循环数来报告定量结果。确定的CT值可用于估计DNA材料的初始数量。
在扩增多个样本中，许多样本可具有弱扩增或无扩增。在大量数据中，确定哪些样本可具有弱扩增或无扩增是有挑战性的。换句话说，从这些样本生成的数据可能并不可靠或者可能不能产生准确的结果。
发明内容
根据一个示例性实施方式，提供了用于向用户提供扩增质量度量的方法。该方法包括从样本的扩增接收扩增数据以生成扩增曲线。扩增曲线包括指数区和过渡区。该方法还包括确定过渡区的第一值和确定过渡区的第二值。第一值是过渡区的起点以及第二值是过渡区的终点。接下来，至少基于第一值和第二值计算扩增质量度量。然后，向用户显示扩增质量度量。
附图说明
图1A示出了根据本文所述的各实施方式的示例性计算机系统的框图；
图2示出了根据本文所述的各实施方式的示例性热循环仪系统的框图；
图3A示出了示例性强扩增曲线；
图3B示出了示例性弱扩增曲线；
图3C示出了示例性无扩增曲线；
图4示出了样本扩增的原始数据的示例；
图5A示出了根据本文所述的各实施方式平滑的示例性扩增曲线；
图5B示出了根据本文所述的各实施方式的示例性扩增曲线；
图6示出了根据本文所述的各实施方式由扩增质量度量确定的结果；以及
图7示出了根据本文所述的各实施方式的扩增质量度量与示例性置信度值的对比；
图8示出了根据本文所述的各实施方式的扩增质量度量与示例性置信度值的另一个对比；
图9示出了根据本文所述的各实施方式由扩增质量度量确定的结果；
图10示出了根据本文所述的各实施方式基于扩增质量度量通过滤波生成的图；以及
图11示出了根据本文所述的各实施方式基于扩增质量度量通过滤波生成的图。
具体实施方式
为了更全面地理解本发明，下面将描述大量具体细节，如具体配置、参数、示例等。但是，应理解这些描述并不用于限制本发明的范围，而是用于对更好地描述示例性实施方式。
如上所述，当前的挑战是在样本扩增中确定可靠的数据。因此，会提供用户可见的反应质量度量的扩增质量度量是期望的。此外，从非扩增反应中区分扩增反应的扩增质量度量和用于分类大量样本的一致置信度度量是期望的。此外，可跨越大范围的循环、增加动态范围的置信度度量也是期望的。
在各实施方式中，本文中描述的设备、仪器、系统和方法可用于检测一种或多种的感兴趣生物部分的。这些感兴趣的生物成分可以是任何合适的生物目标，该生物目标包括但不限于DNA序列(包括无细胞DNA)、RNA序列、基因、寡核苷酸、分子、蛋白质、生物标记、细胞(例如，循环肿瘤细胞)、或任何其他合适的目标生物分子。
在各实施方式中，该生物成分可以在应用中与各种PCR，qPCR，和/或dPCR方法和系统结合使用，这些应用例如是胎儿诊断，多重dPCR，病毒检测和定量标准，基因分型，测序验证，突变检测，转基因生物检测，稀有等位基因检测和拷贝数变异。本公开的实施方式通常涉及用于监视或测量大量小体积样本的生物反应的设备、仪器、系统和方法。例如，如本文中所使用的，样本可被称为样本体积或反应体积。
虽然通常适用于处理大量样本的定量聚合酶链反应(qPCR)，但应当认识到根据本文中描述的各实施方式可以使用任何合适的PCR方法。例如，合适的PCR方法包括(但不限于)数字PCR、等位基因特异性PCR、不对称PCR、连接介导PCR、多重PCR、巢式PCR、qPCR、基因组步移、以及桥式PCR。
如下所述，例如，根据本文中描述的各实施方式，反应点可包括(但不限于)通孔、孔、凹陷、点、腔、样本保持区、以及反应室。
此外，如本文中所使用的，热循环可包括例如使用热循环仪，等温扩增，热对流，红外介导热循环，或解旋酶扩增。在一些实施方式中，芯片可与内置式加热元件集成。在各实施方式中，芯片可与半导体集成。
例如，根据各实施方式，目标检测可为(但不限于)荧光检测、正或负离子检测、pH值检测、电压检测、或电流检测，或其组合。
本文中描述的各实施方式具体适用于数字PCR(dPCR)。在数字PCR中，包含较少量的目标多核苷酸序列或目标核苷酸序列的溶液可分成大量的小测试样本，从而每个样本基本包含目标核苷酸序列的一个分子或不包含目标核苷酸序列。当将样本随后在PCR协议，程序或实验中热循环时，包含目标核苷酸序列的样本被扩增并产生正的检测信号，而不包含目标核苷酸序列的样本没有被扩增并且不产生检测信号。使用泊松统计，原始溶液中目标核苷酸序列的数量可与产生正检测信号的样本数量相关联。根据本教导的各实施方式，正检测和负检测可通过扩增质量指示符来确定或验证。
根据本文所述的实施方式，扩增质量度量可通过使用过渡区的高度确定，过渡区的高度与反应质量相关。过渡区中的高增长意味着强扩增。强扩增的扩增曲线的示例在图3A中示出。过渡区中的低增长意味着弱扩增。弱扩增的扩增曲线的示例在图3B中示出。线性区中不存在增长意味着无扩增。无扩增的扩增曲线的示例在图3C中示出。根据本文所述的各实施方式，提供了扩增质量度量或测量过渡区中的增长以便能够从无扩增曲线中区分扩增曲线的度量。
根据本文所述的各实施方式，扩增质量度量可表示可给出更多关于样本的扩增或非扩增性质的信息的扩增曲线的形态或形状。例如，扩增质量度量可帮助确定扩增曲线的平坦区。此外，扩增质量度量可帮助用户识别和滤波扩增曲线，尤其是当实验具有多个样本时。多个样本的数据可由用户更容易地可视化。对扩增曲线滤波和可视化的能力可帮助用户对系统进行故障排除。
扩增可通过由检测荧光而生成的扩增曲线进行可视化。扩增曲线通常描述为由4个独立区域组成：基线区、指数区、过渡(或线性)区、平坦区。基线区是信号由背景控制的区域。指数区是信号由每个循环的乘积的二倍控制的区域。过渡区，也被称作线性区，是曲线中随着信号显著下降信号不再加倍的区域。最后，平坦区是由于耗尽试剂而使得信号不再增加的区域。
本领域技术人员将认识到，各实施方式的操作可使用硬件、软件、固件或其组合(视情况而定)来实施。例如，一些处理可使用处理器或软件、固件或硬连线逻辑控制下的其他数字电路来执行。(术语“逻辑”在本文中是指如由本领域技术人员所认识到的能够执行上述功能的固定的硬件，可编程逻辑和/或其适当的组合)。软件和固件可存储在计算机可读介质上。一些其他过程可使用模拟电路来实现，这对本领域普通技术人员来说是众所周知的。此外，存储器或其他存储装置，以及通信部件也可使用在本发明的实施方式中。
图1是示出了根据各实施方式的可用于执行处理功能的计算机系统100的框图，图2的热循环仪系统200的实施方式可以使用。计算系统100可包括一个或多个处理器(如处理器104)。例如，处理器104可使用通用或专用处理引擎(如微处理器、控制器或其他控制逻辑)实施。在该示例中，处理器104与总线102或其他通信介质连接。
此外，应当理解，图1的计算系统100可以任何形式实施，如对于给定应用或环境可能是期望的或恰当的机架式计算机、大型机、超级计算机、服务器、客户机、台式计算机、笔记本电脑、平板计算机、手持式计算设备(例如，PDA、蜂窝电话、智能电话、掌上电脑等)，集群网格(cluster grid)，上网本，嵌入式系统，或任何其他类型的专用或通用计算设备。此外，计算系统100可包括传统网络系统或与LIS/LIMS设施的集成，其中传统的网络系统包括客户机/服务器环境和一个或多个数据库服务器。大量传统网络系统本领域是已知的，包括局域网(LAN)或广域网(WAN)，并且包括无线和/或有线部件。此外，客户机/服务器环境、数据库服务器和网络在本领域被充分记载。
计算系统100可包括总线102或用于传送信息的其他通信机构，并且处理器104与总线102联接以处理信息。
计算系统100还包括与总线102联接用于存储将由处理器104执行的指令的存储器106，该存储器可以是随机访问存储器(RAM)或其他动态存储器。存储器106还可用于在执行将由处理器104执行的指令期间存储临时变量或其他中间信息。计算系统100还包括与总线102联接用于存储处理器104的静态信息和指令的只读存储器(ROM)108或其他静态存储设备。
计算系统100也可包括存储设备110，如磁盘、光盘、或固态驱动器(SSD)，其被提供并联接至总线102用于存储信息和指令。存储设备110可包括介质驱动器和可移动存储接口。介质驱动器可包括支持固定的或可移动的存储介质的驱动器或其他机构，如硬盘驱动器、软盘驱动器、磁带驱动器、光盘驱动器、CD或DVD驱动器(R或RW)、闪盘驱动器或其他可移动的或固定的介质驱动器。如这些示例所示，存储介质可包括计算机可读的存储介质，该存储介质中存储有具体的计算机软件、指令或数据。
在可选的实施方式中，存储设备110可包括其他类似的媒介用于允许计算机程序或其他指令或数据加载到计算机系统100中。这种媒介可包括例如允许将软件和数据从存储设备110传送至计算机系统100的可移动存储单元和接口，如程序盒式存储器和盒式存储器接口，可移动存储器(例如，闪速存储器或其他可移动存储模块)和存储器插槽，以及其他可移动存储单元和接口。
计算系统100还可包括通信接口118。通信接口118可用于允许软件和数据在计算机系统100和外部设备之间传送。通信接口118的示例可包括调制解调器、网络接口(如以太网或其他NIC卡)、通信端口(例如，USB端口、RS-232C串行端口)、PCMCIA插槽和PCMCIA卡、蓝牙等。通过通信接口118传送的软件和数据可以是能够由通信接口118接收的电子的、电磁的、光学的和其他信号的形式。这些信号可由通信接口118通过诸如无线介质、导线或电缆、光纤、或其他通信介质的通道发送和接收。通道的一些示例包括电话线、蜂窝电话链路、RF链路、网络接口、局域网或广域网、以及其他通信通道。
计算系统100可通过总线102联接至显示器112(如阴极射线管(CRT)或液晶显示器(LCD))，其中显示器212用于为计算机用户显示信息。例如，包括字母数字键和其他键的输入设备114与总线102联接，以为处理器104传递信息和命令选择。输入设备还可以是配置有触摸屏输入能力的显示器(如LCD显示器)。另一种用户输入设备是光标控制装置116，如用于为处理器104传递方向信息和命令选择以及用于控制光标在显示器112上移动的鼠标、轨迹球或光标方向键。该输入设备通常具有在两个轴线上的两个自由度(第一轴线(例如，x)和第二轴线(例如，y))从而允许设备指定面中的位置。计算系统100提供数据处理并提供该数据的置信水平。与本教导的实施方式的某些实施符合的，数据处理和置信度由计算系统100提供以响应处理器104执行包含在存储器106中的一个或多个指令的一个或多个序列。该指令可从另一个计算机可读介质(如存储设备110)读入存储器106。执行包含在存储器106中的指令序列导致处理器104进行本文中描述的过程。可替代地，硬连线电路可用于代替软件指令或与软件指令组合以实施本教导的实施方式。因此本教导的实施方式的实施不限于硬件电路和软件的任何具体组合。
本文中使用的术语“计算机可读介质”和“计算机程序产品”通常是指涉及向处理器104提供用于执行的一个或多个序列或一个或多个指令的任何介质。当执行时，通常被称为“计算机程序代码”的该指令(其可以以计算机程序的形式或其他分组的形式分组)使计算机系统100能够执行本发明的实施方式的特征和功能。计算机可读介质的这些和其他形式可包括但不限于非易失性介质、易失性介质和传输介质。非易失性介质包括例如固态盘、光盘或磁盘，如存储设备110。易失性介质包括动态存储器，如存储器106。传输介质包括同轴线缆、铜线、及光纤，包括包含总线102的电线。
计算机可读介质的常见形式包括例如软盘(floppy disk)、软盘(flexible disk)、硬盘、磁带、或任何其他磁性介质、CD-ROM、任何其他光学介质，穿孔卡、纸带、任何其他具有孔图案的物理介质、RAM、PROM、和EPROM、FLASH-EPROM、或任何其他存储器芯片或盒式存储器、如下所述的载波、或者计算机可读取的任何其他介质。
各种形式的计算机可读介质可涉及向处理器104运送用于执行一个或多个指令的一个或多个序列。例如，该指令最初可携带在远程计算机的磁盘上。远程计算机可将该指令加载到其动态存储器中并使用调制解调器通过电话线路发送该指令。计算系统100的本地调制解调器可接收电话线路上的数据并使用红外发射器将信号转换为红外信号。与总线102联接的红外检测器可接收红外信号中携带的数据并将该数据放置在总线102上。总线102将该数据运送至存储器106，处理器104从存储器106获取指令并执行指令。由存储器106接收的指令可选地在由处理器104执行之前或执行之后存储在存储设备110上。
应当理解的是，为了清楚起见，以上描述参考不同的功能单元和处理器对本发明的实施方式进行描述。然而，显而易见的是，可使用不同功能单元、处理器或域之间的任何合适的功能分布而不偏离本发明。例如，上述的将由单独的处理器或控制器执行的功能可由同一处理器或控制器执行。因此，参考具体的功能单元仅应视为参考合适的装置，以提供所描述的功能性，而不是指示严格的逻辑或物理结构或组织。
为了准备、观察、测试、和/或分析生物样本阵列，根据各实施方式可利用的仪器的示例是热循环仪设备，如端点聚合酶链式反应(PCR)仪器或定量的或实时的PCR仪器。图2是示出了可实施本教导的实施方式的热循环仪200的框图。热循环仪200可包括热覆盖件210，这将在下面更详细地描述，该热覆盖件210放置在装有多个包含在样本保持器(未示出)中的生物样本212的样本块214上，这也在下面更详细地描述。
在各实施方式中，样本保持器可具有多个样本区或反应点，其被配置成用于接收多个样本，其中反应点可通过位于反应点和热覆盖件(heated cover)210之间的盖密封在样本保持器中。样本保持器的一些示例可包括(但不限于)多孔板(如标准的微量滴定96孔板、384孔板、微型卡、通孔阵列)或基本平的保持器(如玻璃片或塑料片)。样本保持器的各实施方式中的反应点可包括以形成在样本保持器基底的表面上规则或不规则的阵列图案化的凹穴、凹陷、脊状突起、及其组合。
根据本教导的各实施方式，每个反应点可具有约1.3纳升的体积。可替代地，每个反应点的体积可小于1.3纳升。这可通过例如减小反应点104的直径和/或样本保持器的厚度来实现。例如，每个反应点104可具有小于或等于1纳升、小于或等于100微微升、小于或等于30微微升、或小于或等于10微微升的体积。在其他实施方式中，一些或全部反应点104的体积为1纳升到20纳升。
在一些实施方式中，反应点为通孔。在这些示例中，每个通孔具有约1.3纳升的体积。可替代地，每个通孔的体积可小于1.3纳升。这可通过例如减小通孔的直径和/或样本保持器基底的厚度实现。例如，每个通孔可具有小于或等于1纳升、小于或等于100微微升、小于或等于30微微升、或者小于或等于10微微升的体积。在其他实施方式中，一些或全部通孔的体积为1纳升至20纳升。
在各实施方式中，反应点104的密度可为至少100个反应点每平方毫米。在其他实施方式中，可能具有反应点的更高密度。例如，芯片100内的反应点104的密度可大于或等于150个反应点每平方毫米、大于或等于200个反应点每平方毫米、大于或等于500个反应点每平方毫米、大于或等于1000个反应点每平方毫米、大于或等于10,000个反应点每平方毫米。
在一些实施方式中，反应点为通孔。因此，样本保持器基底内的通孔的密度可大于或等于150个通孔每平方毫米、大于或等于200个通孔每平方毫米、大于或等于500个通孔每平方毫米、大于或等于1000个通孔每平方毫米、大于或等于10,000个通孔每平方毫米。
热循环仪200还可包括样本块214、用于加热和冷却的元件216、热交换器218、控制系统220和用户接口222，其中部件214、216和218可包括在热块组件中。热块组件可具有可互换特征从而热块组件可被配置成容纳如上所述的多个样本保持器中的任何一个和它们的相关样本块。
此外，热循环系统200的各实施方式可具有检测系统(未示出)。检测系统可具有发射电磁能量的光源(未示出)、用于从样本支持设备中的样本212接收电磁能量的检测器或成像器(未示出)和可位于光源和检测器或成像器(未示出)之间的光学器件(未示出)。对于热循环仪器200的各实施方式，控制系统220可用于控制(例如，但不限于)检测功能、热覆盖件和热块组件。控制系统220可通过热循环仪器200的用户接口222由终端用户访问。
根据本文所述的各实施方式，扩增质量度量在四个主要阶段中进行计算，其中的每个在下面进行描述。
扩增曲线滤波
在第一阶段中，根据各实施方式，扩增曲线数据被滤波以平滑局部变异性。原始数据扩增曲线在图4中示出。换句话说，根据各实施方式，扩增被平滑以降低由于在大约小于5个循环的扩增曲线中的随机噪声引起的变异。
图5A示出了根据本文中所述的实施方式的示例性平滑扩增曲线500。
根据示例性实施方式，扩增曲线滤波使用7点2级Savitzky-Golay平滑滤波器完成。然而，应当认识到其他滤波器可用于平滑扩增曲线以降低曲线中的随机噪声。
过渡区开始的识别
在接下来的阶段，根据各实施方式，第一值被发现对应于过渡区的起点。如上所述，过渡区是在根据各实施方式确定扩增质量度量时的感兴趣区域。过渡区的起点被识别为紧跟指数区的终点并直接在平坦区的起点之前的区域。
在一些实施方式中，过渡区可通过识别指数区的终点识别。因此，根据各实施方式，过渡区的起点可通过适当地计算扩增曲线二阶导数的峰值来确定。换句话说，扩增曲线的二阶导数的最大值可以是用于计算根据本文中描述的实施方式的扩增质量度量的第一值。
图5B示出了确定的第一值510作为扩增曲线500的过渡区的起点。
过渡区终点的识别
根据本文中描述的实施方式，上面的第二值被确定以计算扩增质量度量。第二值识别过渡区的终点。图5B示出了第二值520。第二值520和第一值510之间的差值530产生原始扩增质量度量。
换句话说，原始扩增质量度量是过渡区的终点值(ETRI)和过渡区的起点值(BTRI)之间的差值，表示如下：
S＝F(ETRI)-F(BTRI)
根据一个示例性实施方式，扩增曲线的过渡区是横向的四个循环以确定第二值。距过渡区的起点的四个循环的点的荧光值被确立为用于根据各实施方式计算扩增质量度量的上限值。
然而，在一些实施方式中，如果过渡区被识别为在扩增的终点的四个循环内，则扩增曲线的终点的荧光值被确立为第二值。应当认识到，四个循环不是可用于确定第二值的必须的唯一循环数。根据经验数据，例如，可能的其他值可以是(但不限于)两个至五个。
扩增质量度量标准化
根据各实施方式，对原始扩增质量度量进行标准化。标准化可解释参比荧光(Passive Reference)的存在与否。例如，在没有用参比荧光生成的扩增曲线中，△Rns可以为数千个并且扩增质量度量可以从零到数千变化。在TAQMAN扩增曲线(具有ROX标准化)中，△Rns可从分数到两位数变化并且扩增质量度量可从零到两位数变化。通过标准化，单一的扩增质量度量可适应两种数据类型。
因此，扩增曲线可根据参比荧光标准化的存在与否通过下述方式标准化，根据一些实施方式：
不存在荧光曲线的参比荧光标准化
具有荧光的参比荧光标准化。
根据各实施方式，扩增质量度量标准化转化为使初始的原始扩增质量度量100(当不存在参比荧光标准化时)和初始的原始扩增质量度量0.2(当存在参比荧光标准化时)等于用于标准化的扩增质量度量的值1.0。根据经验，这些初始原始分数(100用于非参比荧光，0.2用于TaqMan参比荧光)被发现成功地区分标注的扩增曲线和非扩增曲线。
示出根据各实施方式的扩增质量度量的精度的一些结果在图6-9中示出。在一些实施方式中，小于1的扩增质量度量与非扩增有关。大于1的扩增质量度量与扩增有关。在其他实施方式中，可使用不同的用于扩增质量度量的阈值以从非扩增中确定扩增。例如，1.25可用作阈值，如在图6中的示例性结果中所示。
图6示出了根据各实施方式对于扩增质量度量的两个不同阈值，与数据集的手工分类进行比较作为结果的相同数据集的正扩增和无扩增确定。数据集包括38,393个扩增曲线。在手工分类中，22,181个曲线被确定为无扩增曲线，14,862个曲线被确定为扩增的扩增曲线，以及1,350个曲线被确定为不确定的。
图7和图8示出了根据各实施方式通过使用置信值和扩增质量度量确定的扩增和无扩增散点图。
图9示出了根据各实施方式对于扩增质量度量的两个不同阈值，与TAQMAN数据集的手工分类进行比较作为结果的相同数据集的正扩增和无扩增确定。
TAQMAN数据集包括10,368个扩增曲线。在手工分类中，754个曲线被确定为无扩增曲线，9,560个曲线被确定为扩增的扩增曲线，以及54个曲线被确定为不确定的。FAM数据和SYBR数据都包括在内。在其他实施方式中，在确定扩增质量度量中不需要参比荧光。
根据各实施方式，可通过设置扩增质量度量阈值对扩增曲线滤波。以这种方式，用户能够更好地确定多个样本中的哪些样本没有进行扩增。可选地，用户可期望看到多个样本中的哪些样本进行了扩增。因此，超过或符合扩增质量度量的扩增曲线在显示器上显示。在一些实施方式中扩增质量度量阈值可自动确定。在其他实施方式中，用户可定义扩增质量度量阈值。
图10示出了根据本文中描述的实施方式基于扩增质量度量可通过滤波扩增曲线生成的可视化。可视化可在显示器上提供给用户以便用户可以可视化多个反应位中的多个样本的扩增。图1000示出了在扩增质量度量阈值0.9之下的扩增曲线1002。因此，用户能够更容易地区分哪些样本没有进行扩增。根据一些实施方式，能够识别具有没有进行扩增的样本的具体的反应位可帮助对实验进行故障排除。
图11示出了根据本文中描述的实施方式基于扩增质量度量可通过滤波扩增曲线生成的可视化。图1100示出了超过扩增质量度量阈值1.4的多个扩增曲线1102。因此，用户能够识别哪些样本是扩增的。
根据本文中描述的各实施方式，提供了用于向用户提供扩增质量度量的方法。该方法可由如上所述的处理器或计算机系统实现。
因此，根据上文所述，本公开的一些示例包括以下：
在一个示例中，该方法包括从样本的扩增接收扩增数据以生成扩增曲线，其中扩增曲线包括指数区和过渡区。该方法还包括确定过渡区的第一值，其中第一值是过渡区的起点以及确定过渡区的第二值，其中第二值是过渡区的终点。该方法还包括至少基于第一值和第二值计算扩增质量度量以及向用户显示扩增质量度量。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，多个扩增曲线中的每个的扩增质量度量可用于基于扩增质量度量阈值对扩增曲线滤波以显示给用户。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，该方法还可包括对扩增数据滤波。该方法还可包括标准化计算的扩增质量度量。
另外或可替代地，对于上文所公开的一个或多个示例，确定过渡区的第一值包括计算扩增曲线的二阶导数，其中二阶导数的最大峰值为第一值。另外或可替代地，对于上文所公开的一个或多个示例，确定过渡区的第二值包括确定距第一值2-5个循环的扩增曲线的值。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，确定过渡区的第二值包括确定距第一值4个循环的扩增曲线的值。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，计算扩增质量度量是取第一值和第二值的差值。
在另一个示例中，提供了计算机可读介质，该计算机可读介质编码有指令，该指令可由处理器执行。该指令包括用于确定过渡区的第一值的指令，其中第一值是过渡区的起点。该指令还包括用于确定过渡区的第二值的指令，其中第二值是过渡区的终点，用于至少基于第一值和第二值计算扩增质量度量的指令，以及用于向用户显示扩增质量度量的指令。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，计算机可读介质还包括用于对扩增数据滤波的指令。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，计算机可读介质还包括用于标准化计算的扩增质量度量的指令。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，多个扩增曲线中的每个的扩增质量度量可用于基于扩增质量度量阈值对扩增曲线滤波以显示给用户。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，该方法还包括对扩增数据滤波。该方法还包括标准化计算的扩增质量度量。
另外或可替代地，对于上文所公开的一个或多个示例，其中确定过渡区的第一值包括计算扩增曲线的二阶导数，其中二阶导数的最大峰值为第一值。另外或可替代地，对于上文所公开的一个或多个示例，确定过渡区的第二值包括确定距第一值2-5个循环的扩增曲线的值。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，确定过渡区的第二值包括确定距第一值4个循环的扩增曲线的值。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，计算扩增质量度量是取第一值和第二值的差值。
在另一个示例中，提供了用于向用户提供扩增质量度量的系统。该系统包括处理器和用于存储由处理器执行的指令的存储器。该指令包括：用于从样本的扩增接收扩增数据以生成扩增曲线的指令，其中扩增曲线包括指数区和过渡区；用于确定过渡区的第一值的指令，其中第一值是过渡区的起点；用于确定过渡区的第二值的指令，其中第二值是过渡区的终点；用于至少基于第一值和第二值计算扩增质量度量的指令；以及用于向用户显示扩增质量度量的指令。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，该指令还包括用于对扩增数据滤波的指令。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，多个扩增曲线中的每个的扩增质量度量可用于基于扩增质量度量阈值对扩增曲线滤波以显示给用户。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，该方法还包括对扩增数据滤波。该方法还包括标准化计算的扩增质量度量。
另外或可替代地，对于上文所公开的一个或多个示例，确定过渡区的第一值可包括计算扩增曲线的二阶导数，其中二阶导数的最大峰值为第一值。另外或可替代地，对于上文所公开的一个或多个示例，确定过渡区的第二值包括确定距第一值2-5个循环的扩增曲线的值。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，确定过渡区的第二值包括确定距第一值4个循环的扩增曲线的值。
另外或可替代地，在上文所公开的一个或多个示例中，计算扩增质量度量是取第一值和第二值的差值。
虽然已根据某些示例性实施方式、示例和应用描述了本发明，但是对于本领域技术人员显而易见的是，可进行各种修改和改变而不背离本发明。

Claims (20)

1.用于向用户提供扩增质量度量的方法，所述方法包括：
从样本的扩增接收扩增数据以生成扩增曲线，其中所述扩增曲线包括指数区和过渡区；
确定所述过渡区的第一值，其中所述第一值是所述过渡区的起点；
确定所述过渡区的第二值，其中所述第二值是所述过渡区的终点；
至少基于所述第一值和所述第二值计算扩增质量度量；以及
向用户显示所述扩增质量度量。
2.如权利要求1所述的方法，还包括对所述扩增数据滤波。
3.如权利要求1所述的方法，其中确定所述过渡区的第一值包括计算所述扩增曲线的二阶导数，其中所述二阶导数的最大峰值为所述第一值。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述过渡区的起点是所述指数区的终点。
5.如权利要求1所述的方法，其中确定所述过渡区的第二值包括确定距所述第一值2-5个循环的扩增曲线的值。
6.如权利要求1所述的方法，其中确定所述过渡区的第二值包括确定距所述第一值4个循环的扩增曲线的值。
7.如权利要求1所述的方法，其中计算所述扩增质量度量是取所述第一值和所述第二值的差值。
8.如权利要求1所述的方法，还包括标准化所述计算的扩增质量度量。
9.编码有指令的计算机可读介质，所述指令可由处理器执行并包括：
用于确定所述过渡区的第一值的指令，其中所述第一值是所述过渡区的起点；
用于确定所述过渡区的第二值的指令，其中所述第二值是所述过渡区的终点；
用于至少基于所述第一值和所述第二值计算扩增质量度量的指令；以及
用于向用户显示所述扩增质量度量的指令。
10.如权利要求9所述的计算机可读介质，还包括用于对所述扩增数据滤波的指令。
11.如权利要求9所述的计算机可读介质，其中确定所述过渡区的第一值包括计算所述扩增曲线的二阶导数，其中所述二阶导数的最大峰值为所述第一值。
12.如权利要求9所述的计算机可读介质，其中所述过渡区的起点是所述指数区的终点。
13.如权利要求9所述的计算机可读介质，其中确定所述过渡区的第二值包括确定距所述第一值2-5个循环的扩增曲线的值。
14.如权利要求9所述的计算机可读介质，其中确定所述过渡区的第二值包括确定距所述第一值4个循环的扩增曲线的值。
15.如权利要求9所述的计算机可读介质，其中计算所述扩增质量度量是取所述第一值和所述第二值的差值。
16.如权利要求9所述的计算机可读介质，还包括用于标准化所述计算的扩增质量度量的指令。
17.用于向用户提供扩增质量度量的系统，所述系统包括：
处理器；以及
存储器，用于存储由所述处理器执行的指令，所述指令包括：
用于从样本的扩增接收扩增数据以生成扩增曲线的指令，其中所述扩增曲线包括指数区和过渡区；
用于确定所述过渡区的第一值的指令，其中所述第一值是所述过渡区的起点；
用于确定所述过渡区的第二值的指令，其中所述第二值是所述过渡区的终点；
用于至少基于所述第一值和所述第二值计算扩增质量度量的指令；以及
用于向用户显示所述扩增质量度量的指令。
18.如权利要求17所述的系统，其中确定所述过渡区的第一值包括计算所述扩增曲线的二阶导数，其中所述二阶导数的最大峰值为所述第一值。
19.如权利要求17所述的系统，其中确定所述过渡区的第二值包括确定距所述第一值2-5个循环的扩增曲线的值。
20.如权利要求17所述的系统，其中计算所述扩增质量度量是取所述第一值和所述第二值的差值。
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