CN102880813A - 污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌usda 110及其同属物种密码子库 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA110及其同属物种密码子库，是基于windows7系统下的能够方便用户查询获取数据的功能全面的数据库，该数据库涉及十一个表格，涵盖了五个物种每个基因的密码子信息、最优密码子资料及各密码子信息的内在关联。本发明方便不同根瘤菌密码子使用的差异比较、降解环境污染物的根瘤菌与不能降解根瘤菌密码子使用的差异的比较，进而作为参考，查找新的降解污染物种类或品系。本发明适用于环境治理、生物进化研究、工业生产、品系鉴定等多个领域，具有广阔的应用前景。
Description
技术领域
本发明涉及污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库。
背景技术
同义密码子的分布是不均匀的，称为密码子的偏好性。密码子的简并性使得大部分的氨基酸能够被不只一种密码子编码。突变偏好性、DNA修复和DNA的复制的不对称性、选择能够导致密码子偏好性的形成。调控倾向于使同义密码子的使用适用于最大量的转运RNA种类，进而提高翻译的效率和精确性。在高表达基因中，例如核糖体蛋白，选择能提高偏好密码子的频度。理解控制根瘤菌USDA 110的降解琥珀腈蛋白（例如腈水合酶）的翻译效率是一个重要的挑战。根瘤菌USDA 110全长基因组的可用性使得我们能够从密码子角度找寻一些线索。但前提是所有的根瘤菌USDA 110密码子资料可用。同时掌握其他根瘤菌密码子资料能够为根瘤菌的进化和发现新的降解琥珀腈物种或品系提供参考和科学的基础保障。
发明内容
本发明的目的在于填补上述的空白，设计开发了一个污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库。
本发明提供一种能够简单实用、用户群广泛的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库，能够通过网络传播和下载。凭借专业的生物降解知识、数据库开发软件及密码子分析软件CodonW获取不同工业废水重要污染成分琥珀腈降解微生物大豆慢生根瘤菌USDA 110及其同属物种的密码子信息，完成了对大豆慢生根瘤菌USDA 110，大豆慢生根瘤菌USDA 6，花生根瘤菌BTAi1，花生根瘤菌ORS 278和花生根瘤菌S23321的密码子信息的存档，相关用户能够便利地获取所需信息。污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库具有多样的用途，包括密码子信息的查询、密码子偏好性的分析、密码子信息之间的关联、不同根瘤菌密码子使用的差异比较、降解环境污染物的根瘤菌与不能降解根瘤菌密码子使用的差异的比较，进而作为参考，查找新的降解污染物种类或品系。本发明适用于环境治理、生物进化研究、工业生产、品系鉴定等多个领域，具有广阔的应用前景。
本发明中所述的USDA 110为Bradyrhizobium japonicum USDA 110 简写。
1. 本发明所需的硬件为个人电脑 ；
2. 本发明所需的软件为Windows 7系统、文本编辑器、SPSS 18.0统计分析软件、SigmaPlot 11.0、Microsoft Visual FoxPro 9.0中文版、MEGA和密码子分析软件；
3. 通过密码子分析软件逐一分析每个基因组的密码子信息，制成表格，按各基因在基因组中出现的先后位置呈现；
4. 通过卡方检验识别各物种的最优密码子，并根据物种产生五个表格，分别存储每个物种的最优密码子资料。
5. 运行SPSS 18.0，分析每个物种密码子信息之间的pearson关联。并制成表格。
6. 最后将所有表格导入到数据库中，建立索引和表单，生成污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库。
本发明的优点：
1. 本发明涵盖了NCBI数据库中所有全长基因组可用的根瘤菌种类，内容丰富饱满全面。
2. 本发明不仅提供每个基因的全面的密码子信息，而且分析了整个物种的最优密码子，并给出了同一物种不同密码子信息之间的内在关联。
3. 本发明设计精妙，外观唯美、用户群体广泛。
4. 本发明能够方便降解环境污染物的根瘤菌与不能降解根瘤菌密码子使用的差异的比较，进而作为参考，查找新的降解污染物种类或品系。
附图说明
图1：本发明的流程图。
图2：本发明涉及的五种根瘤菌的基本资料。
具体实施方式
实施例1：
双击运行污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库。选择所需查询的根瘤菌种类，进而获取密码子信息。具体结果见图1。
实施例2：
五种根瘤菌基本资料。具体结果见图2。
Claims (5)
1.污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库，其特征在于，由五个密码子基本资料查询表单、偏好密码子查询表单和一个密码子关联表单构成，包括了所有全长基因组可用的根瘤菌的密码子数据，每个查询表单链接到一个表格，每个表格设计严密，密码子数据全面，几乎可以查到每个基因的密码子信息，用户可以通过选择一个物种，进而选择一个基因，获取到该基因的密码子信息，密码子关联表单主要是方便用户查询密码子不同信息之间的pearson关联。
2.根据权利要求1所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库，其特征在于，五种根瘤菌为大豆慢生根瘤菌USDA 110（Bradyrhizobium japonicum USDA 110），大豆慢生根瘤菌USDA 6（Bradyrhizobium japonicum USDA 6），花生根瘤菌BTAi1（Bradyrhizobium sp. BTAi1），花生根瘤菌ORS 278（Bradyrhizobium sp. ORS 278）和花生根瘤菌S23321（Bradyrhizobiumsp. S23321）。
3.一种权利要求1所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库，其特征在于，密码子信息包括CodonW所能计算的全部信息，主要包括密码子有效数量、密码子第三位的GC含量、基因的GC含量、密码子适应性索引。
4.一种权利要求1所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库，其特征在于，数据库操作界面，是表单交互式界面，用户能够通过选择一个编码序列来查询相应的密码子资料。
5.根据权利要求1所述的污染成分琥珀腈降解微生物根瘤菌USDA 110及其同属物种密码子库，其特征在于，基因序列的总数为38145。
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Publications (1)
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Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110400604A (zh) * | 2019-06-28 | 2019-11-01 | 中国科学院计算技术研究所 | 芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统 |
Citations (2)
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|---|---|---|---|---|
| US20060074858A1 (en) * | 2002-03-28 | 2006-04-06 | Lion Bioscience Ag | Method and apparatus for querying relational databases |
| CN102419763A (zh) * | 2010-10-07 | 2012-04-18 | 刘扬亮 | 基于因特网的植物信息电子查询方法及其系统 |
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2012
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Patent Citations (2)
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