CN102693370A - 一种自然反义微小核糖核酸的靶基因预测方法 - Google Patents

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Abstract

本发明根据微小核糖核酸与靶基因的信使核糖核酸具有序列互补性的特点，从而找到一种预测新型微小核糖核酸即自然反义微小核糖核酸的靶基因预测的生物信息学方法，可直接针对自然反义微小核糖核酸的靶基因进行锁定，以便于进一步的生物学实验验证。本发明主要包括如下流程：步骤1：获取微小核糖核酸深度测序数据；步骤2：鉴定自然反义微小核糖核酸；步骤3：提取自然反义微小核糖核酸的种子序列；步骤4：下载信使核糖核酸序列，并提取末端非翻译区序列；步骤5：利用靶基因预测算法预测自然反义微小核糖核酸的靶基因。最终，对于感兴趣的微小核糖核酸及靶基因，直接进行实验验证。

Description

一种自然反义微小核糖核酸的靶基因预测方法
技术领域
本发明属于生物技术领域，涉及微小核糖核酸(microRNA)靶基因预测方面。
背景技术
本发明是一种自然反义微小核糖核酸(Anti-microRNA)的靶基因预测方法。适用于自然反义微小核糖核酸的生物医学研究或基础生物学研究。
微小核糖核酸是一类长度在22个核酸左右的内源非编码小核糖核酸，广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体中。已有研究表明，微小核糖核酸存在反义转录的现象，而反义转录本，同样可以形成成熟体的微小核糖核酸，称为自然反义微小核糖核酸。这是一种新类型的微小核糖核酸。自然反义微小核糖核酸同样通过作用于相应靶基因的信使核糖核酸，抑制翻译或导致信使核糖核酸降解。
我们的方法是根据自然反义微小核糖核酸种子序列与靶基因的信使核糖核酸具有互补性的特点，进行自然反义微小核糖核酸靶基因的预测。
发明内容
本发明根据微小核糖核酸与靶基因的信使核糖核酸具有序列互补性的特点，从而找到一种预测新型微小核糖核酸即自然反义微小核糖核酸的靶基因预测的生物信息学方法，可直接针对自然反义微小核糖核酸的靶基因进行锁定，以便于进一步的生物学实验验证。其实施步骤如下，见图1：
步骤一：获取微小核糖核酸深度测序数据；
步骤二：鉴定自然反义微小核糖核酸；
步骤三：提取自然反义微小核糖核酸的种子序列；
步骤四：下载信使核糖核酸序列，并提取末端非翻译区序列；
步骤五：利用靶基因预测算法预测自然反义微小核糖核酸的靶基因。
步骤六：对于感兴趣的微小核糖核酸及靶基因，直接进行实验验证。
本方法的特征：本发明根据微小核糖核酸与靶基因的信使核糖核酸具有序列互补性的特点，从而找到一种预测新型微小核糖核酸即自然反义微小核糖核酸的靶基因预测的生物信息学方法，可直接针对自然反义微小核糖核酸的靶基因进行锁定，以便于进一步的生物学实验验证。
在创新性方面，其特征在于：我们的方法利用了微小核糖核酸与靶基因的结合中，种子序列占主导作用的特点，进行自然反义微小核糖核酸的靶基因预测。与已有的给予序列互补的预测方法相比，预测结果更为可靠，假阳性更低，有利于节省实验验证的成本。
附图说明
图1：本发明的实施步骤
图2：数据分析结果
图3：对于其中的一个靶基因，利用荧光素酶报告基因进行验证。
具体实施方式
下面以人hela细胞系微小核糖核酸深度测序结果为例。具体实施步骤如下：
步骤一：提取总核糖核酸后，构建小核糖核酸库，然后利用高通量测序仪获取微小核糖核酸深度测序数据。
步骤二：从微小核糖核酸数据库(http://www.mirbase.org/)获取微小核糖核酸在基因组的定位信息，利用定位信息鉴定自然反义微小核糖核酸。
步骤三：获取自然反义微小核糖核酸的种子序列，即第2-8个核酸序列。
步骤四：下载信使核糖核酸序列(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/)，并提取末端非翻译区序列。
步骤五：利用靶基因预测算法TargetScan算法(http://www.targetscan.org/)预测自然反义微小核糖核酸的靶基因。
步骤六：对步骤五筛选的微小核糖核酸及靶基因，将靶基因克隆到荧光素酶载体中，微小核糖核酸前体与荧光素酶载体共同转染到人hela细胞系中。结果显示，报告基因的荧光素酶活性明显得到了抑制。说明这种靶基因预测是正确的。结果见说明书附图3。
以上是对本发明的描述而非限定，基于本发明思想的其它实施方式，均在本发明的保护范围之中。

Claims (1)

1.本发明根据微小核糖核酸与靶基因的信使核糖核酸具有序列互补性的特点，从而找到一种预测新型微小核糖核酸即自然反义微小核糖核酸的靶基因预测的生物信息学方法，可直接针对自然反义微小核糖核酸的靶基因进行锁定，以便于进一步的生物学实验验证。本发明主要包括如下流程：
步骤1：获取微小核糖核酸深度测序数据；
步骤2：鉴定自然反义微小核糖核酸；
步骤3：提取自然反义微小核糖核酸的种子序列；
步骤4：下载信使核糖核酸序列，并提取末端非翻译区序列；
步骤5：利用靶基因预测算法预测自然反义微小核糖核酸的靶基因；
步骤6：对于感兴趣的微小核糖核酸及靶基因，直接进行实验验证。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103194441A (zh) * 2013-04-17 2013-07-10 新疆农垦科学院 获取miRNA候选靶基因的方法及其专用反转录引物

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* Cited by examiner, † Cited by third party
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CN103194441A (zh) * 2013-04-17 2013-07-10 新疆农垦科学院 获取miRNA候选靶基因的方法及其专用反转录引物
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