BRPI0908664A2 - antimicrobial activity peptides, animal compositions for the treatment and prophylaxis of animals, compositions for the treatment and prophylaxis of plants, uses of said peptides and uses of the antimicrobial activity of paenibacillus elgii ourofinensis extract - Google Patents
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Abstract
PEPTìDEOS COM ATIVIDADE ANTIMICROBIANA, COMPOSIçõES MEDICAMENTOSAS PARA O TRATAMENTO E PROFILAXIA DE ANIMAIS, COMPOSIçõES PARA O TRATAMENTO E PROFILAXIA DE PLANTAS, USOS DE DITOS PEPTìDEOS E USOS DO EXTRATO DE Paenibacillus elgii OUROFINENSIS COM ATiVIDADE ANTIMICROBIANA. A presente invenção objetiva o provimento de extrato de uma nova cepa de Paenibacillus sp., aqui denominada Paenibacillus elgii ourofinensis. com atividade antimicrobiana e/ou promotora de crescimento de animais destinados ao abate para consumo humano. Mais especificamente, a invenção provê novos peptídeos obtidos a partir de frações do extrato de fermentação de Paenibacillus elgii ourofinensis, ditos novos peptídeos tendo atividade antimicrobiana e promotora de crescimento de organismos, por exemplo, plantas e animais. A invenção também trata da utilização do extrato dessa nova cepa, Paenibacillus elgii ourofmensis, como promotor de crescimento e como agente antimicrobiano no tratamento e profilaxia de animais destinados ao consumo humano.PEPTIDES WITH ANTIMICROBIAL ACTIVITY, MEDICINAL COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT AND PROPHYLAXIS OF ANIMALS, COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT AND PROPHYLAXIS OF PLANTS, USES OF PEPTIDE TITLES AND USES OF THE EXTRACT OF PAENIBACILLUS ELIGIBILITY AND ANIMAL FACILITY. The present invention aims to provide extract from a new strain of Paenibacillus sp., Here called Paenibacillus elgii ourofinensis. with antimicrobial activity and / or growth promoter of animals destined for slaughter for human consumption. More specifically, the invention provides new peptides obtained from fractions of the fermentation extract of Paenibacillus elgii ourofinensis, said new peptides having antimicrobial activity and promoting growth of organisms, for example, plants and animals. The invention also deals with the use of the extract of this new strain, Paenibacillus elgii ourofmensis, as a growth promoter and as an antimicrobial agent in the treatment and prophylaxis of animals intended for human consumption.
Description
PEPTÍDEOS COM ATIVIDADE ANTIMICROBIANA, COMPOSIÇÕES MEDICAMENTOSAS PARA O TRATAMENTO E PROFILAXiA DE ANIMAIS, COMPOSIÇÕES PARA O TRATAMENTO E PROFILAXIA DE PLANTAS, USOS DE DITOS PEPTÍDEOS E USOS DO EXTRATO DE Paenibacillus eelgii OUROFINENSIS COM ATIVIDADE ANTIMICROBIANAANTIMICROBIAN ACTIVITY PEPTIDES, MEDICAL COMPOSITIONS FOR TREATMENT AND PROPHILAXY OF ANIMALS, COMPOSITIONS FOR TREATMENT AND PROPHILAXY OF PLANTS, USES OF PEPTIDE TEXTS AND USES OF THE EXTRACT OF PAENIBACILLUS EINGIUSBIENSIROBIENS
Campo da InvençãoField of the Invention
A presente invenção refere-se a peptídeos com atividade antimicrobiana e com atividade promotora de crescimento de organismos, em especial plantas e animais. Os peptídeos da invenção foram identificados a partir de extratos obtidos da cultura de um novo isolado bacteriano do gênero Paenibacillus, mais especificamente do isolado Paenibacillus elgii ourofinensis. A invenção ainda se refere ao uso do extrato do isolado de Paenibacillus elgii ourofinensis, como promotor de crescimento e no tratamento e profilaxia de organismos, tais como plantas e animais. A invenção também se refere ao uso dos peptídeos da invenção como promotor de crescimento e no tratamento e profilaxia de organismos, tais como plantas e animais. Adicionalmente, a presente invenção trata de composições medicamentosas para tratamento e profilaxia de animais, dita composição compreendendo uma quantidade terapêutica ou profilaticamente eficaz dos peptídeos da invenção em associação com um veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável.The present invention relates to peptides with antimicrobial activity and growth promoting activity of organisms, especially plants and animals. The peptides of the invention were identified from extracts obtained from the culture of a new bacterial isolate of the genus Paenibacillus, more specifically from the isolate Paenibacillus elgii ourofinensis. The invention further relates to the use of Paenibacillus elgii ourofinensis isolate extract as a growth promoter and in the treatment and prophylaxis of organisms such as plants and animals. The invention also relates to the use of the peptides of the invention as growth promoter and in the treatment and prophylaxis of organisms such as plants and animals. Additionally, the present invention relates to animal compositions for the treatment and prophylaxis of animals, said composition comprising a therapeutically or prophylactically effective amount of the peptides of the invention in combination with a pharmaceutically acceptable carrier or excipient.
Fundamentos da InvençãoBackground of the Invention
Os antibióticos são os produtos microbianos mais explorados na indústria biotecnológica. Atualmente a tecnologia utilizada para o tratamento de infecções veterinárias e na promoção do crescimento animal se baseia em antibióticos convencionais. Por exemplo, foi demonstrado que as bactérias Bacillus subtillis, Escheriehia coli e Salmonella enteritidis, que causam infecções em frangos, possuem resistência a agentes antimicrobianos conhecidos tais como tetraciclina, ácido nalidíxico, ampicilina dentre outros (ver Ribeiro, A. R., Kellermann, A., Santos, L. R., Nascimento V.P. 2008. Resistência antimicrobiana em Salmonella Enteritidis isoladas de amostras clínicas e ambientais de frangos de corte e matrizes pesadas. Arq. Bras. Med. Vet. Zootec. 60 (5): 1259-1262). Tais antibióticos convencionais também são utilizados para o tratamento de infecções humanas. Esta sobreposição leva ao aparecimento de um grande aumento de cepas resistentes, o que dificulta o tratamento de infecções em seres humanos. Assim, o isolamento de novas entidades químicas com atividade antimicrobiana para uso exclusivo em animais, trará vantagens significativas na criação de animais para abate, sendo ditas novas entidades utilizadas como promotores de crescimento e no tratamento de infecções veterinárias, vatangens essas que resultarão não só no aumento do lucro dos produtores, mas também na exclusão do uso dos antibióticos atuais em animais consumidos pelo homem.Antibiotics are the most exploited microbial products in the biotechnology industry. Today the technology used to treat veterinary infections and promote animal growth is based on conventional antibiotics. For example, it has been shown that Bacillus subtillis, Escheriehia coli and Salmonella enteritidis bacteria, which cause infections in chickens, have resistance to known antimicrobial agents such as tetracycline, nalidixic acid, ampicillin among others (see Ribeiro, AR, Kellermann, A., Santos, LR, Nascimento VP 2008. Antimicrobial resistance in Salmonella Enteritidis isolated from clinical and environmental samples of broiler chickens and broiler breeders (Arq. Bras. Med. Vet. Zootec. 60 (5): 1259-1262). Such conventional antibiotics are also used to treat human infections. This overlap leads to a large increase in resistant strains, which makes it difficult to treat infections in humans. Thus, the isolation of new chemical entities with antimicrobial activity for exclusive use in animals will bring significant advantages in the breeding of animals for slaughter, being said new entities used as growth promoters and treatment of veterinary infections, which vatangens will result not only in increase in producers' profits, but also in excluding the use of current antibiotics in man-eaten animals.
O surgimento de bactérias resistentes ocorreu logo após o uso clínico de agentes antimicrobianos do tipo penicilina. Desde então ficou evidente que a cada novo agente antimicrobiano que é disponibilizado no mercado rapidamente aparecem bactérias resistentes a esses novos agentes e a rapidez com que essa resistência é desenvolvida é proporcional à dimensão do uso desses novos fármacos. Recentemente foi constatado que o uso de antimicrobianos em animais utilizados na alimentação do homem vem ocasionando o aparecimento de bactérias patogênicas resistentes a antibióticos usados no tratamento de infecções em seres humanos (para maiores detalhes, ver Wegener H.C. et al. "Public Health Impacts of the Use of Antimicrobials in Food Animais", Proceedings of the WBC Congress, 23rd World Bviiatrics Congress, Quebec City, Canada, 2004).The emergence of resistant bacteria occurred soon after clinical use of penicillin-type antimicrobial agents. Since then it has become apparent that with each new antimicrobial agent that becomes available on the market rapidly bacteria resistant to these new agents appear and the speed with which this resistance is developed is commensurate with the extent of use of these new drugs. It has recently been found that the use of antimicrobials in human food has led to the emergence of antibiotic-resistant pathogenic bacteria used in the treatment of human infections (for more details, see Wegener HC et al. "Public Health Impacts of the Use of Antimicrobials in Animal Food, "Proceedings of the WBC Congress, 23rd World Bviiatrics Congress, Quebec City, Canada, 2004).
Os agentes antimicrobianos podem ser substâncias naturais ou sintéticas que inibem ou matam microrganismos, incluindo bactérias. Atualmente existem mais de 15 diferentes classes de substâncias antimicrobianas, as quais diferem em estrutura química e mecanismo de ação fazendo com que elas sejam altamente específicas no tratamento de patógenos específicos. O surgimento dos agentes antimicrobianos foi a grande vitória do século 20 nos campos da medicina, veterinária e agricultura, não só pelo seu valor terapêutico, como pela sua propriedade em promover, quando utilizados em quantidades sub-terapêuticas, o crescimento de plantas e animais (ver "Use of antimicrobials outside human medicine and resultant antimicrobial resistance in humans", Fact sheet N°268, 01/2002, disponível na Web em http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs268/en/).Antimicrobial agents may be natural or synthetic substances that inhibit or kill microorganisms, including bacteria. There are currently more than 15 different classes of antimicrobial substances, which differ in chemical structure and mechanism of action making them highly specific in the treatment of specific pathogens. The emergence of antimicrobial agents was the great victory of the 20th century in the fields of medicine, veterinary and agriculture, not only for their therapeutic value, but also for their ability to promote, when used in sub-therapeutic amounts, the growth of plants and animals ( see "Use of antimicrobials outside human medicine and antimicrobial resistance in humans", Fact sheet No. 268, 01/2002, available on the Web at http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs268/en/).
Os problemas do uso de antibióticos como agentes antimicrobianos para o tratamento de seres humanos e animais têm assumido um vulto tão grande que as autoridades governamentais de diversos países têm não só promovido pesquisas para minimizar o impacto da resistência de bactérias patogênicas aos atuais antibióticos, como também se empenhado em campanhas de esclarecimento da população para os riscos cada vez maiores desse aumento de resistência visando à redução do uso de antibióticos em animais, principalmente em quantidades subterapêuticas na promoção do crescimento dos animais e melhorar o rendimento na produção de carne. Exemplos dessas iniciativas governamentais são: (1) o Relatório "Overarching AMR" do Reino Unido, publicado em 2004 (ver "Overview of Antimicrobial Usage and Bacterial Resistance in Selected Human and Animal Pathogens in the UK:2004", disponível na Web em h11p://www.dardni.gov.uk/index/pubUcations/pubs-dard-animal-healtfa/pubs- vet-mcds.htm) e (2) o trabalho realizado por San Martin, B. et al. Financiado pelo Fundo Nacional Chileno para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico (ver San Martin, B. et al. "Evauation of Antimicrobial Resistance Using Indicator Bactéria Isolated from Pigs and Poultry in Chile", Intern J Appl Res Vet Med, Yol. 3, No. 2, 171-178, 2005).The problems of using antibiotics as antimicrobial agents for the treatment of humans and animals have become so great that government authorities in many countries have not only promoted research to minimize the impact of pathogenic bacteria resistance to current antibiotics, but also engaging in public awareness campaigns on the increasing risks of this increased resistance to reduce antibiotic use in animals, especially in sub-therapeutic amounts to promote animal growth and improve meat yields. Examples of such government initiatives are: (1) the UK Overarching AMR Report, published in 2004 (see "Overview of Antimicrobial Usage and Bacterial Resistance in Selected Human and Animal Pathogens in the UK: 2004", available on the web at h11p : //www.dardni.gov.uk/index/pubUcations/pubs-dard-animal-healtfa/pubs-vet-mcds.htm) and (2) the work done by San Martin, B. et al. Funded by the Chilean National Fund for Scientific and Technological Development (see San Martin, B. et al. "Evauation of Antimicrobial Resistance Using Indicator Bacteria Isolated from Pigs and Poultry in Chile", Intern J Appl Res Vet Med, Yol. 3, No 2, 171-178, 2005).
Um dos caminhos mais promissores na busca para alcançar esse objetivo é a utilização de material biológico que seja eficaz como agente antimicrobiano e como promotor de crescimento de animais, especialmente de frangos e suinos. Em 2004 foi identificada, pelo grupo de Dal-Soo (ver Dal-Soo, K. et al. iiPaenibaciUus elgii sp. nov., with broad antimicrobial activity", International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 54, 2031-2035, 2004), duas cepas (SD17 e SDl8) que foram classificadas como uma nova bactéria formadora de esporos com ampla atividade antimicrobiana, ditas cepas tendo sido isoladas de raízes de Perilla frutescens. Posteriormente, Dal-Soo, K. et al. (ver Dal-Soo, K. et al. tiPaenibaciUus elgii SD17 as a Biocontrol Agent Against Soil-bome TurfDiseases", Plant Pathol. J. 21(4):328-333, 2005) identificaram, na cepa SD17, atividade antimicrobiana de amplo espectro contra doenças causadas por microrganismos em grama. Os testes laboratoriais realizados com formulação em grânulos preparada com calda de fermentação de Paenibacillus elgii SD17 mostraram eficácia semelhante à dos fungicidas comerciais, enquanto que os testes em campo, com a mesma formulação, mostraram eficácia inferior à dos fungicidas comerciais. Apesar desses resultados em campo, os autores consideraram a formulação em grânulos feita com Paenibacillus elgii SDl 7 um apropriado agente de biocontrole.One of the most promising ways to achieve this goal is the use of biological material that is effective as an antimicrobial agent and as a growth promoter for animals, especially chickens and pigs. In 2004 it was identified by the Dal-Soo group (see Dal-Soo, K. et al. IiPaenibaciUus elgii sp. Nov., With broad antimicrobial activity ", International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 54, 2031-2035, 2004) , two strains (SD17 and SD18) that have been classified as a new spore-forming bacterium with broad antimicrobial activity, said strains having been isolated from Perilla frutescens roots.Later, Dal-Soo, K. et al. (see Dal-Soo , K. et al. TiPaenibaciUus elgii SD17 as a Biocontrol Agent Against Soil-bome Turf Diseases ", Plant Pathol. J. 21 (4): 328-333, 2005) have identified broad-spectrum antimicrobial activity against diseases caused in the SD17 strain. by microorganisms in grass. Laboratory tests performed with granule formulation prepared with Paenibacillus elgii SD17 fermentation syrup showed similar efficacy to commercial fungicides, while field tests with the same formulation showed lower efficacy than commercial fungicides. Despite these field results, the authors considered the granule formulation made with Paenibacillus elgii SDl 7 an appropriate biocontrol agent.
A busca por agentes antimicrobianos para o tratamento de doenças em plantas causadas por microrganismos também resultou na composição descrita no documento WO 09045023, composição essa que é baseada na utilização de polímeros super absorventes como suporte de (a) microrganismos benéficos que inibem o crescimento de patógenos nas plantas e de (b) um meio nutriente para o referido microrganismo benéfico. Na página 13, linha 2 do documento W009045023 é citado como um dos microrganismos benéficos o Paenibacillus elgii SDl7.The search for antimicrobial agents for the treatment of plant diseases caused by microorganisms has also resulted in the composition described in WO 09045023, which composition is based on the use of superabsorbent polymers as a support for (a) beneficial microorganisms that inhibit the growth of pathogens. in plants and (b) a nutrient medium for said beneficial microorganism. On page 13, line 2 of document W009045023 is cited as one of the beneficial microorganisms Paenibacillus elgii SDl7.
No documento EP 1788074 são descritas novas cepas pertencentes ao gênero Paenibacillus e o seu uso, ou da cutura dessas novas cepas, no controle de doenças em plantas. As referidas novas cepas são Paenibacillus sp. BS-0048, Paenibacillus sp. BS- 0074, Paenibacillus polymyxa BS-0105 e Paenibacillus sp. BS-0277. Nesse documento são descritas formulações compreendendo o extrato bruto de fermentação utilizando as novas cepas e/ou os compostos produzidos nessas fermentações, compostos esses denominados Fusaricidin A, Fusaricidin B, composto 3 e composto 4 tendo as suas fórmulas químicas definidas na reivindicação 3.EP 1788074 describes new strains belonging to the genus Paenibacillus and their use, or the cutting of these new strains, to control plant diseases. Said new strains are Paenibacillus sp. BS-0048, Paenibacillus sp. BS-0074, Paenibacillus polymyxa BS-0105 and Paenibacillus sp. BS-0277. Formulations comprising crude fermentation extract using the novel strains and / or compounds produced in such fermentations are described herein, which compounds are called Fusaricidin A, Fusaricidin B, compound 3 and compound 4 having their chemical formulas as defined in claim 3.
Como pode ser verificado no estado da técnica acima citado não há nenhuma menção ao isolamento de proteínas ou peptídeos com atividade protetora e promotora de crescimento de planta obtido a partir de Paenibacillus sp. Mais que isso, não há nenhum relato sobre a obtenção de proteína ou peptídeo obtido a partir de Paenibacillus sp. com atividade antimicrobiana e/ou promotora de crescimento de animais destinados ao abate para consumo humano. Tais proteínas ou peptídeos trazem um avanço importante na busca por alternativas de redução da crescente resistência de bactérias patogênicas aos antibióticos em uso para o tratamento de infecções microbianas em seres humanos. Sumário da InvençãoAs can be seen from the above state of the art there is no mention of the isolation of proteins or peptides with protective and plant growth promoting activity obtained from Paenibacillus sp. Moreover, there are no reports on obtaining protein or peptide obtained from Paenibacillus sp. with antimicrobial activity and / or growth promoter of animals intended for slaughter for human consumption. Such proteins or peptides are an important advance in the search for alternatives to reduce the increasing resistance of pathogenic bacteria to antibiotics in use to treat microbial infections in humans. Summary of the Invention
A presente invenção objetiva o provimento de extrato de uma nova cepa de Paenibacillus sp., aqui denominada Paenibacillus elgii ourofinensis, com atividade antimicrobiana e/ou promotora de crescimento de animais destinados ao abate para consumo humano. Mais especificamente, a invenção provê novos peptídeos obtidos a partir de frações do extrato de fermentação de Paenibacillm elgii ourofinensis, ditos novos peptídeos tendo atividade antimicrobiana e promotora de crescimento de organismos, por exemplo, plantas e animais. A invenção também trata da utilização do extrato dessa nova cepa, Paenibacillus elgii ourofinensis, como promotor de crescimento e como agente antimicrobiano no tratamento e profilaxia de animais destinados ao consumo humano.The present invention aims at providing extract of a new strain of Paenibacillus sp., Herein called Paenibacillus elgii ourofinensis, with antimicrobial and / or growth promoting activity of animals intended for slaughter for human consumption. More specifically, the invention provides novel peptides obtained from Paenibacillm elgii ourofinensis fermentation extract fractions, said novel peptides having antimicrobial and growth promoting activity of organisms, for example, plants and animals. The invention also concerns the use of the extract of this new strain, Paenibacillus elgii ourofinensis, as a growth promoter and antimicrobial agent in the treatment and prophylaxis of animals intended for human consumption.
Uma primeira concretização da invenção refere-se a peptídeos tendo atividade antimicrobiana e/ou promotora de crescimento e apresentando seqüências de aminoácidos como definidas na SEQID No. 1 e SEQID No. 2, a seguir representadas:A first embodiment of the invention relates to peptides having antimicrobial and / or growth promoting activity and having amino acid sequences as defined in SEQID No. 1 and SEQID No. 2, as follows:
SEQ ID No. 1: Trp Glu Tyr Gly Asn Cys Gly Pro Arg His Met Thr Gly Asn IleSEQ ID No. 1: Trp Glu Tyr Gly Asn Cys Gly Pro Arg His Met Thr Gly Asn Ile
SEQ ID No. 2: Trp Glu Tyr Gly Asn Cys Gly Pro Axg His Met Arg Gly Asn IleSEQ ID No. 2: Trp Glu Tyr Gly Asn Cys Gly Pro Axg His Met Arg Gly Asn Ile
Uma segunda concretização da invenção diz respeito a uma composição medicamentosa para tratamento e profilaxia de animais compreendendo: (i) uma quantidade terapeuticamente eficaz de pelo menos um peptídeo tendo seqüência de aminoácidos selecionada do grupo consistindo de SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2; (ii) opcionalmente, um adjuvante terapêutico; e (iii) um veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável.A second embodiment of the invention relates to a medicament for treating and prophylaxing animals comprising: (i) a therapeutically effective amount of at least one peptide having amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2; (ii) optionally a therapeutic adjuvant; and (iii) a pharmaceutically acceptable carrier or excipient.
Uma terceira concretização da invenção diz respeito a uma composição medicamentosa para tratamento e profilaxia de animais compreendendo: (i) uma quantidade terapeuticamente eficaz do extrato da cultura de Paenibacillus elgii ourofinensis; (ii) opcionalmente, um adjuvante terapêutico; e (iii) um veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável. Uma quarta concretização da invenção diz respeito a uma composição para tratamento e profilaxia de plantas compreendendo: (i) uma quantidade agricolamente eficaz de pelo menos um peptídeo tendo seqüência de aminoácidos selecionada do grupo consistindo de SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2; (ii) opcionalmente, pelo menos um aditivo; e (iii) um veículo ou substrato agricolamente aceitável.A third embodiment of the invention relates to a medicated animal treatment and prophylaxis composition comprising: (i) a therapeutically effective amount of the culture extract of Paenibacillus elgii ourofinensis; (ii) optionally a therapeutic adjuvant; and (iii) a pharmaceutically acceptable carrier or excipient. A fourth embodiment of the invention relates to a plant treatment and prophylaxis composition comprising: (i) an agriculturally effective amount of at least one peptide having an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2 ; (ii) optionally at least one additive; and (iii) an agriculturally acceptable carrier or substrate.
Uma quinta concretização da invenção diz respeito a uma composição para tratamento e profilaxia de plantas compreendendo: (i) uma quantidade agricolamente eficaz do extrato da cultura de Paembacillus elgii ourofinensis; (ii) opcionalmente, pelo menos um aditivo; e (iii) um veículo ou substrato agricolamente aceitável.A fifth embodiment of the invention relates to a plant treatment and prophylaxis composition comprising: (i) an agriculturally effective amount of the culture extract of Paembacillus elgii ourofinensis; (ii) optionally at least one additive; and (iii) an agriculturally acceptable carrier or substrate.
Uma sexta concretização da invenção refere-se aos usos dos peptídeos da invenção como promotores de crescimento e como agentes antimicrobianos no tratamento ou profilaxia de animais destinados ao consumo humano.A sixth embodiment of the invention relates to the uses of the peptides of the invention as growth promoters and antimicrobial agents in the treatment or prophylaxis of animals intended for human consumption.
Uma sétima concretização da invenção diz respeito aos usos dos peptídeos da invenção como promotores de crescimento e no tratamento ou profilaxia de infecções causadas em plantas por fitopatógenos.A seventh embodiment of the invention concerns the uses of the peptides of the invention as growth promoters and in the treatment or prophylaxis of plant pathogen infections.
Uma oitava concretização da invenção diz respeito aos usos do extrato da cultura de Paenibacillus elgii ourofinensis como promotor de crescimento e no tratamento ou profilaxia de condições envolvendo infecções em animais ou em plantas.An eighth embodiment of the invention relates to the uses of Paenibacillus elgii ourofinensis culture extract as a growth promoter and in the treatment or prophylaxis of conditions involving animal or plant infections.
Breve Descrição das FigurasBrief Description of the Figures
A Figura 1 ilustra o cladograma das seqüências do gene que codifica o RNA ribosomal 16S, obtido por meio do programa MEGA4 utilizando Neighbor Joining - p- distance. Bootstrap=1000.Figure 1 illustrates the sequence cladogram of the 16S ribosomal RNA coding gene obtained by the MEGA4 program using Neighbor Joining - p-distance. Bootstrap = 1000.
A Figura 2 mostra a análise, por eletroforese em gel de agarose, do DNA amplificado por PCR com os oligonucleotideos 1406F/23SR, sendo que: (1) corresponde ao Marcador Ladder Ikb plus; (2) e (3) correspondem a P. elgii; (4) e (5) correspondem ao novo isolado; (6) e (7) correspondem ao Paenibacillus sp.; e (8) e (9) correspondem ao Bacillus subtillis. A Figura 3 mostra a Análise do Espaço Ribossomal Intergênico em gel de poliacrilamida 6% corado com nitrato de prata, sendo que: (1) corresponde ao Marcador Ladder Ikb plus; (2) e (3) correspondem a P. elgii; (4) e (5) correspondem ao novo isolado; (6) e (7) correspondem a Paenibacillus sp.; (8) e (9) correspondem a Bacillus subtillis-, e(10)e(ll) correspondem ao Marcador Ladder Ikb plus.Figure 2 shows agarose gel electrophoresis analysis of PCR amplified DNA with 1406F / 23SR oligonucleotides, as follows: (1) corresponds to Ladder Ikb plus marker; (2) and (3) correspond to P. elgii; (4) and (5) correspond to the novel isolate; (6) and (7) correspond to Paenibacillus sp .; and (8) and (9) correspond to Bacillus subtillis. Figure 3 shows the Intergenic Ribosomal Space Analysis on silver nitrate-stained 6% polyacrylamide gel, where: (1) corresponds to Ladder Ikb plus marker; (2) and (3) correspond to P. elgii; (4) and (5) correspond to the novel isolate; (6) and (7) correspond to Paenibacillus sp .; (8) and (9) correspond to Bacillus subtillis-, and (10) and (11) correspond to the Ladder Ikb plus marker.
A Figura 4 mostra a análise, por eletroforese em gel de agarose 1%, em duplicata, do produto da reação de amplificação por RAPD com o primer 208. (M=TOarcador Ladder Ikb plus; Pe = P. elgii-, No = novo isolado; Psp = Paenibacillus sp. e Bs = B. subtillis).Figure 4 shows the duplicate 1% agarose gel electrophoresis analysis of the RAPD amplification reaction product with primer 208. (M = Ladder Ikb plus marker; Pe = P. elgii-, No = new isolated (Psp = Paenibacillus sp. and Bs = B. subtillis).
A Figura 5 ilustra o cladograma das seqüências do gene rpoB, obtido por meio do programa MEGA 4 utilizando Neighbor Joining - p-distance. Bootstrap=1000.Figure 5 illustrates the cladogram of rpoB gene sequences obtained through the MEGA 4 program using Neighbor Joining - p-distance. Bootstrap = 1000.
A Figura 6 mostra o perfil cromatográfico em gel filtração SEPHADEX G-75 da amostra liofilizada de caldo fermentado do novo isolado de Paenibacillus elgii do Cerrado brasileiro.Figure 6 shows the SEPHADEX G-75 gel filtration chromatographic profile of the lyophilized fermented broth sample from the new isolate of Paenibacillus elgii from the Brazilian Cerrado.
A Figura 7 mostra o perfil eletroforético das frações do novo isolado de Paenibacillus elgii pós-gel de filtração (SEPHADEX G-75). Marcador Molecular de Peptídeo: Globina III (2.512); Globina II (6.214); Globina I (8.159); Globina H-III (10.700); Globina I+II (14.404); Globina (16.949).Figure 7 shows the electrophoretic profile of the fractions of the new Paenibacillus elgii isolate after gel filtration (SEPHADEX G-75). Molecular Marker Peptide: Globin III (2,512); Globin II (6,214); Globin I (8,159); Globin H-III (10,700); Globin I + II (14,404); Globin (16,949).
A Figura 8 ilustra a atividade antimicrobiana de frações pós-SEPHADEX G-75 do extrato bruto do novo isolado de Paenibacillus elgii do Cerrado brasileiro.Figure 8 illustrates the antimicrobial activity of post-SEPHADEX G-75 fractions of crude extract from the new Paenibacillus elgii isolate from the Brazilian Cerrado.
A Figura 9 mostra graficamente a medida, em diâmetro, do halo de inibição formado pelo sobrenandante da cultura do novo isolado do cerrado, Paenibacillus elgii ourofinensis, cultivado em meio de cultura LB, mantido à temperatura ambiente e à temperatura de -20°C.Figure 9 graphically shows the diameter measurement of the inhibition zone formed by the culture supernatant of the new cerrado isolate, Paenibacillus elgii ourofinensis, grown in LB culture medium, maintained at room temperature and at -20 ° C.
A Figura 10 mostra graficamente a medida, em diâmetro, do halo de inibição formado pelo sobrenandante da cultura do novo isolado do Cerrado, Paenibactllus elgii ourofinensis, cultivado em meio de cultura com peptona de soja e cloreto de sódio, mantido à temperatura ambiente e à temperatura de -20°C. Descrição Detalhada da InvençãoFigure 10 graphically shows the diameter measurement of the inhibition zone formed by the culture supernatant of the new Cerrado isolate, Paenibactllus elgii ourofinensis, grown in soybean peptone and sodium chloride culture medium maintained at room temperature and at room temperature. temperature of -20 ° C. Detailed Description of the Invention
Para tornar mais claro e completo o entendimento da invenção, os termos empregados nesta descrição são definidos como se segue:To make the understanding of the invention clearer and more complete, the terms employed in this description are defined as follows:
- "antimicrobiano" - termo que significa extrato e peptídeos originárias de Paenibacillus elgii ourofinensis que inibem, previnem ou destroem o crescimento ou proliferação de micróbios tais como bactérias, fungos, protozoários ou organismos semelhantes.- "antimicrobial" - a term meaning extract and peptides originating from Paenibacillus elgii ourofinensis that inhibit, prevent or destroy the growth or proliferation of microbes such as bacteria, fungi, protozoa or similar organisms.
- "promotor de crescimento" - substâncias não nutrientes originárias de Paenibacillus elgii ourofinensis que, administradas a plantas por aplicação foliar ou no solo, ou a animais para consumo humano por via oral (por exemplo, incorporadas na água ou na ração) ou por via parenteral, aumentam a produtividade: (a) nas plantas através de crescimento radicular vertical, extensão das folhas, florescência antecipada, aumento de frutos; (b) nos animais, através de aumento do ganho de massa corporal, aumento da eficiência alimentar, diminuição do tempo necessário para o animal alcançar o peso ideal para abate, melhoria nas qualidades organolépticas e diminuição da gordura, prevenção de patologias infecciosas ou parasitárias e diminuição da mortalidade.- "growth promoter" means non-nutrient substances originating in Paenibacillus elgii ourofinensis which, whether administered to plants by foliar application or to soil, or to animals for human consumption orally (for example, incorporated in water or feed) or via parenteral, increase yield: (a) in plants through vertical root growth, leaf extension, early flowering, fruit augmentation; (b) in animals, by increasing body mass gain, increasing feed efficiency, decreasing the time required for the animal to reach the ideal slaughter weight, improving organoleptic qualities and decreasing fat, preventing infectious or parasitic pathologies; decreased mortality.
- "quantidade terapeuticamente eficaz" - termo que significa uma quantidade do agente antimicrobiano que é suficiente para eficazmente inibir ou prevenir o estabelecimento, crescimento ou a propagação de uma infecção, causada por microrganismos, sensível aos peptídeos ou ao extrato de Paenibacillus elgii ourofinensis da invenção; ou uma quantidade do agente promotor de crescimento de organismos que é suficiente para eficazmente promover o crescimento e desenvolvimento desses organismos, tais como animais e plantas."therapeutically effective amount" means a quantity of the antimicrobial agent that is sufficient to effectively inhibit or prevent the establishment, growth, or spread of an infection caused by microorganisms sensitive to the peptides or extract of the Paenibacillus elgii ourofinensis of the invention. ; or an amount of the organism growth promoting agent that is sufficient to effectively promote the growth and development of such organisms, such as animals and plants.
- "patógeno de planta" - termo que significa todo e qualquer organismo que pode causar dano e/ou doença a plantas e inclui fungos, procariotes (bactéria e micoplasma), nematódeos, protozoários e organismos semelhantes.- "plant pathogen" - a term which means any organism that may cause damage and / or disease to plants and includes fungi, prokaryotes (bacteria and mycoplasma), nematodes, protozoa and similar organisms.
- "adjuvante terapêutico" - termo que corresponde a agentes que ajudam ou aumentam a ação do princípio ativo, ou que afetam a absorção, o mecanismo de ação, o metabolismo ou eliminação do princípio ativo de modo a aumentar seus efeitos, sejam eles no combate a uma infecção causada por micróbios, ou sejam no processo de crescimento dos organismos, tais como plantas e animais; adicionalmente, este termo inclui a atuação profilática na elevação da resposta imunológica desenvolvida pelos peptídeos ou pelo extrato de Paenibacillus elgii ourofinensis da invenção.- "therapeutic adjuvant" - a term which refers to agents that help or increase the action of the active ingredient or that affect the absorption, mechanism of action, metabolism or elimination of the active ingredient in order to increase its effects, whether in combat an infection caused by microbes, ie in the growth process of organisms such as plants and animals; furthermore, this term includes prophylactic action in enhancing the immune response developed by the peptides or Paenibacillus elgii ourofinensis extract of the invention.
- "aditivo" - termo que significa substâncias adicionadas à composição para tratamento de planta para aumentar a eficiência ou modificar determinadas propriedades da formulação, tal como a absorção do princípio ativo, visando facilitar a aplicação ou minimizar determinados problemas.- "additive" - a term meaning substances added to the plant treatment composition to increase the efficiency or modify certain properties of the formulation, such as absorption of the active ingredient, to facilitate application or minimize certain problems.
- "veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável" - termo que significa, em uma composição medicamentosa de atuação terapêutica ou profilática, toda e qualquer substância que, nas concentrações presentes na forma farmacêutica, não possui atividade farmacológica, sendo empregada na composição com a finalidade de dotar a forma farmacêutica de características que assegurem sua estabilidade, biodisponibilidade, aceitabilidade e facilidade de administração ou aplicação, e que serve como portatador do princípio ativo com ação antimicrobiana e/ou promotora de crescimento do anmal alvo.- "pharmaceutically acceptable carrier or excipient" - a term which means, in a therapeutically or prophylactically active drug composition, any substance which, at concentrations present in the pharmaceutical form, has no pharmacological activity, being employed in the composition for the purpose of providing the pharmaceutical form of characteristics that ensure its stability, bioavailability, acceptability and ease of administration or application, and which serves as the carrier of the active principle with antimicrobial action and / or growth promoter of the target anmalgam.
- "veículo ou substrato agricolamente aceitável" - termo que significa, em uma composição de tratamento de plantas, toda e qualquer substância que não possui ação terapêutica ou profilática e que serve como portador do princípio ativo com ação antimicrobiana e/ou promotora de crescimento da planta alvo.- "agriculturally acceptable carrier or substrate" - a term in a plant treatment composition means any substance which has no therapeutic or prophylactic action and which serves as the carrier of the active principle with antimicrobial action and / or growth promoter of Target plant.
A invenção provê novos agentes com atividade antimicrobiana e promotora de crescimento de organismos a partir da identificação e do isolamento desses novos agentes de Paenibacillus elgii ourofinensis que é uma bactéria agora encontrada na região do Cerrado brasileiro. A identificação desses agentes motivou a obtenção do extrato de calda de fermentação e da preparação de peptídeos com atividade antimicrobiana e promotora de crescimento de animais e plantas. A importância dessa preparação reside no fato de permitir o uso do dito extrato e peptídeos, dentre outros, no controle de bactérias e fungos que causam perda nas criações de animais economicamente importantes (por exemplo, frangos e porcos). Além dessa atividade antimicrobiana, os ditos extrato e peptídeos também agem como promotores de crescimento de plantas e como inibidores de infecções de plantas por fitopatógenos.The invention provides novel agents with antimicrobial activity and growth promoting organisms from the identification and isolation of these new agents from Paenibacillus elgii ourofinensis which is a bacterium now found in the Brazilian Cerrado region. The identification of these agents motivated the obtaining of the fermentation syrup extract and the preparation of peptides with antimicrobial activity and growth promoter of animals and plants. The importance of this preparation lies in the fact that it allows the use of said extract and peptides, among others, in the control of bacteria and fungi that cause loss in economically important livestock (for example, chickens and pigs). In addition to this antimicrobial activity, said extract and peptides also act as plant growth promoters and as inhibitors of plant infections by phytopathogens.
Em um primeiro momento, a invenção se baseia no isolamento e identificação do dito novo isolado bacteriano, aqui denominado de Paenibacillus elgii_ourofinensis. Este novo isolado bacteriano é capaz de produzir atividade(s) antimicrobiana(s) contra inúmeras bactérias e fungos causadores de infecções veterinárias, cepas estas que já possuem resistência contra os antibióticos atuais. Especificamente, esta invenção propõe, em uma de suas concretizações, o uso do sobrenadante e/ou extrato da cultura do novo isolado bacteriano Paenibacillus elgii_ourofinensis no controle de infecções veterinárias e na promoção de crescimento de animais.Initially, the invention is based on the isolation and identification of said novel bacterial isolate, herein called Paenibacillus elgii_ourofinensis. This new bacterial isolate is capable of producing antimicrobial activity (s) against numerous bacteria and fungi causing veterinary infections, strains that already have resistance to current antibiotics. Specifically, this invention proposes, in one of its embodiments, the use of the supernatant and / or culture extract of the novel bacterial isolate Paenibacillus elgii_ourofinensis in controlling veterinary infections and promoting animal growth.
Como será detalhado mais adiante, após análises cromatográficas e eletroforéticas da amostra liofilizada de caldo fermentado do novo isolado, o processo de separação forneceu frações que foram analisadas, e foram identificados pelo menos dois dos peptídeos responsáveis pela atividade antimicrobiana. Essa identificação foi realizada por meio de sequenciamento e o resultado dessa análise demonstrou que não existe nos bancos de dados de proteínas e peptídeos outra seqüência similar às da presente invenção, indicando que foram isolados novos peptídeos com atividade antimicrobiana.As will be detailed below, after chromatographic and electrophoretic analyzes of the lyophilized sample of fermented broth from the new isolate, the separation process provided fractions that were analyzed, and at least two of the peptides responsible for antimicrobial activity were identified. This identification was performed by sequencing and the result of this analysis showed that there is no sequence similar to those of the present invention in the protein and peptide databases, indicating that new peptides with antimicrobial activity were isolated.
A presente invenção resultou de estudos que se iniciaram com a descoberta e identificação de um novo isolado que posteriormente foi identificado como uma bactéria pertencente ao gênero Paenibacillus.The present invention resulted from studies that began with the discovery and identification of a novel isolate that was later identified as a bacterium belonging to the genus Paenibacillus.
Para a identificação do isolado foi realizada uma extração de DNA. O isolado foi cultivado em condições convencionais de cultura, por exemplo, em meio LB líquido à temperatura de 37°C por 16 horas. O DNA total foi extraído utilizando um protocolo baseado em Iise das células utilizando gelo seco e banho à temperatura de 65°C. Para análises do gene 16S do DNA ribossomal foi realizada uma reação de amplificação utilizando os oligonucleotídeos iniciadores 27F e 1492R. Também foi realizada uma PCR com os oligonucleotideos 1698F e 204IR que são específicos para amplificar o gene rpoB, altamente conservado, que codifica a subunidade β da RNA polimerase de bactérias. A partir dos produtos das amplificações tanto do gene rpoB quanto do gene 16S, foi feita a reação de ligação com o vetor pGEM-T Easy por meio da T4 Ligase (5μ1 de tampão 10X, 3μ1 de DNA; 1 μl do vetor pGEM-T Easy; Ιμl de T4 Ligase). Essas reações permaneceram durante a noite em termociclador a 16°C e a enzima foi inativada a 65°C durante 20 min. A reação de ligação foi dialisada por 30 min.To identify the isolate, DNA extraction was performed. The isolate was grown under conventional culture conditions, for example in liquid LB medium at 37 ° C for 16 hours. Total DNA was extracted using a cell-based lysis protocol using dry ice and 65 ° C bath. For 16S gene analysis of ribosomal DNA an amplification reaction was performed using primer oligonucleotides 27F and 1492R. PCR was also performed with 1698F and 204IR oligonucleotides that are specific for amplifying the highly conserved rpoB gene encoding the bacterial RNA polymerase β subunit. From the amplification products of both rpoB and 16S gene, the ligation reaction with the pGEM-T Easy vector was performed by T4 Ligase (5μ1 of 10X buffer, 3μ1 of DNA; 1 μl of pGEM-T vector). T4 Ligase). These reactions remained overnight in a 16 ° C thermocycler and the enzyme was inactivated at 65 ° C for 20 min. The binding reaction was dialyzed for 30 min.
Foram feitas as transformações em células de Escherichia coli (DH5a). Nesse procedimento foi utilizado 10 μl da reação e 50μ1 de células competentes de E. coli (DH5a), as quais foram submetidas a eletroporação e, após essa etapa, foi adicionado 1 ml de meio de cultivo SOC. Após incubação por 1 h à temperatura de 37°C, a suspensão de células foi plaqueada em Placas de Petri contendo meio LB acrescido de ampicilina (150 μg/ml), uma vez que o plasmídeo pGEM-T contém o gene que confere resistência a esse antibiótico. A suspensão de células plaqueada foi incubada durante 16 horas em estufa a 37°C. Após a incubação, foi realizada a extração do DNA plasmidial por Miniprep utilizando o kit Qiagen. A preparação de DNA plasmidial foi digerida com a enzima de restrição EcoRl e analisada por eletroforese em gel de agarose 1% para confirmar a clonagem. Para análises de seqüência da região 16S, a preparação do DNA plasmidial foi submetida a reações de sequenciamento utilizando o oligonucleotídeo 27F. A seqüência parcial obtida do gene que codifica o RNA ribosomal 16S do novo isolado foi depositada no GenBank e recebeu o número de acesso EU257517. Para o seqüenciamento do gene rpoB foram realizadas duas reações de PCR utilizando a preparação de DNA plasmidial, uma com o conjunto de oligonucleotideos iniciadores T7/SP6, e outra com o conjunto de oligonucleotideos 1698F/2041R. A seqüência parcial obtida do gene rpoQ do novo isolado também foi depositada no GenBank e o número de acesso é EU257518.Transformations were made into Escherichia coli (DH5a) cells. In this procedure, 10 μl of the reaction and 50μ1 of competent E. coli (DH5a) cells were used, which were submitted to electroporation and, after this step, 1 ml of SOC culture medium was added. After incubation for 1 h at 37 ° C, the cell suspension was plated on Petri dishes containing LB medium plus ampicillin (150 μg / ml), since plasmid pGEM-T contains the gene that confers resistance to. this antibiotic. The plated cell suspension was incubated for 16 hours in an oven at 37 ° C. After incubation, plasmid DNA extraction was performed by Miniprep using the Qiagen kit. The plasmid DNA preparation was digested with restriction enzyme EcoR1 and analyzed by 1% agarose gel electrophoresis to confirm cloning. For 16S region sequence analysis, plasmid DNA preparation was subjected to sequencing reactions using the 27F oligonucleotide. The partial sequence obtained from the gene encoding 16S ribosomal RNA from the new isolate was deposited with GenBank and assigned accession number EU257517. For rpoB gene sequencing, two PCR reactions were performed using the plasmid DNA preparation, one with the T7 / SP6 primer set and the other with the 1698F / 2041R set of oligonucleotides. The partial sequence obtained from the new isolate rpoQ gene has also been deposited with GenBank and the accession number is EU257518.
Ao comparar as seqüências obtidas do gene que codifica a região do rRNA 16S e também as seqüências do gene rpoB com dados do banco de seqüências não redundantes do National Center for Biotechnology Information (NCBI) por meio do programa "Nucleotide BLAST" (ver Altschul, S.F., Gish3 W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. 1990. Basic aligment search tool. J. Mol Biol. 215: 403 -10), o novo isolado foi identificado como pertencente ao gênero Paenibacillus. Esse novo isolado do gênero Paenibacillus agora identificado é constituído de bactérias Gram-positiva variáveis, facultativamente anaeróbio ou estritamente aeróbio, com formação de colônias circulares, brancas e opacas. Para estudos filogenéticos as seqüências do gene que codifica o RNA ribosomal 16S de outras espécies de Paenibacillus foram obtidas pelo website NCBI com as quais foi feito alinhamento, por meio do programa BioEdit, e a construção de árvore filogenética foi realizada por meio do programa MEGA4, utilizando p-distance e neighbor joining com bootstrap 1000. Bacillus subtillis foi utilizado como grupo externo. Como pode ser vistao na Figura 1, a árvore filogenética obtida agrupou o novo isolado no mesmo ciado que P. elgii, P. koreensis e P ehimensis.By comparing the sequences obtained from the gene encoding the 16S rRNA region and also the rpoB gene sequences with data from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) non-redundant sequence database using the "Nucleotide BLAST" program (see Altschul, SF, Gish3 W., Miller W., Myers, EW, Lipman, DJ 1990. Basic aligment search tool (J. Mol Biol. 215: 403-10)), the new isolate was identified as belonging to the genus Paenibacillus. This new isolate of the genus Paenibacillus now identified consists of variable gram-positive bacteria, optionally anaerobic or strictly aerobic, with formation of circular, white and opaque colonies. For phylogenetic studies the sequences of the gene encoding 16S ribosomal RNA from other Paenibacillus species were obtained from the NCBI website with which alignment was made using the BioEdit program, and the construction of the phylogenetic tree was performed using the MEGA4 program. using p-distance and neighbor joining with bootstrap 1000. Bacillus subtillis was used as external group. As can be seen from Figure 1, the obtained phylogenetic tree grouped the new isolate into the same copy as P. elgii, P. koreensis and P ehimensis.
Para identificar a qual espécie pertence o novo isolado, foram realizados testes bioquímicos fundamentados em diferenças metabólicas entre espécies. O teste de catalase foi realizado adicionando 2H2O2 a 30% na presença do isolado de Paenibacillus e de Staphylococcus epidermidis como controle positivo. O isolado não foi capaz de produzir catalase, pois não converteu H2O2 em oxigênio, gás e água. Para realizar o teste de oxidase utilizou-se papel de filtro contendo um agente redutor que atua como aceptor final dos elétrons transferidos pela citocromo oxidase C. Esse reagente tem como característica mudar de cor ao passar do estado reduzido para oxidado provocando uma reação visível, sendo, assim, possível a detecção específica da enzima citocromo na bactéria analisada. Adicionalmente, foi utilizado como controle positivo Pseudomonas aeruginosa. Não foi notado o aparecimento de coloração rósea púrpura no isolado, enquanto que no controle Pseudomonas aeuriginosa esta coloração é bem visível. Os quatro testes detalhados mais adiante foram realizados utilizando como controle positivo uma cepa de E. eoli. O teste de citrato àgar foi utilizado para verificar se o isolado possui o citrato como fonte única de carbono. Foi utilizado o Teste do SIM agar (Sulfur- indolemotility agar) para a possível identificação da capacidade de produzir H2S para a observação de motilidade e a produção de indol detectada pela adição do reagente de Kovac. O Teste com agar TSI (triple sugar iron) foi realizado para medir a habilidade da bactéria em utilizar os três açúcares: glicose, lactose e sacarose nas concentrações de 0,1%, 1,0% e 1,0%, respectivamente. O teste de indol foi empregado para verificar a capacidade da bactéria de utilizar o ácido pirúvico e amônia para satisfazer requerimentos nutricionais, enquanto o indol é acumulado no meio. Para o desenvolvimento destes quatro testes foram prepaxadoso três tubos de ensaio para cada tipo de agar. Quanto ao reagente de Kovac, o controle positivo E. coli produziu um composto de coloração vermelha brilhante na superfície do meio de cultivo. Entretanto, o novo isolado Paenibacillus não apresentou essa coloração, significando que o triptofano não foi hidrolizado e, portanto, esse novo isolado é classificado como indol negativo. Também foi verificado que o isolado secreta substâncias capazes de digerir o amido formando o halo ao ser acrescentado iodo. O teste utilizando meio para demonstrar catabolismo fermentativo (anaeróbio) resultou em uma coloração amarela para a E. coli (controle positivo) e para o isolado em glicerol, D-xylose, glicose, arabinose e sem açúcar significando que houve degradação fermentativa do carboidrato.To identify which species the new isolate belongs to, biochemical tests based on metabolic differences between species were performed. The catalase test was performed by adding 30% 2H2O2 in the presence of Paenibacillus and Staphylococcus epidermidis isolate as positive control. The isolate was unable to produce catalase as it did not convert H2O2 to oxygen, gas and water. To perform the oxidase test, filter paper containing a reducing agent that acts as the final acceptor of the electrons transferred by cytochrome oxidase C was used. This reagent has the characteristic of changing color from reduced to oxidized state causing a visible reaction. Thus, specific detection of the cytochrome enzyme in the analyzed bacteria is possible. Additionally, Pseudomonas aeruginosa was used as a positive control. The appearance of purple pink coloration in the isolate was not noticed, whereas in Pseudomonas aeuriginosa control this coloration is very visible. The following four detailed tests were performed using a positive strain of E. eoli as a positive control. The agar citrate test was used to verify if the isolate has citrate as the sole carbon source. The SIM Agar Test (Sulfur-indolemotility agar) was used for the possible identification of the ability to produce H2S for motility observation and indole production detected by the addition of Kovac reagent. The triple sugar iron (TSI) agar test was performed to measure the bacteria's ability to use the three sugars: glucose, lactose and sucrose at concentrations of 0.1%, 1.0% and 1.0%, respectively. The indole test was employed to verify the bacteria's ability to use pyruvic acid and ammonia to satisfy nutritional requirements while indole is accumulated in the medium. For the development of these four tests, three test tubes were prepared for each agar type. As for Kovac reagent, the E. coli positive control produced a bright red colored compound on the surface of the culture medium. However, the new Paenibacillus isolate did not show this coloration, meaning that tryptophan has not been hydrolyzed and therefore this new isolate is classified as indole negative. It has also been found that the isolate secretes substances capable of digesting starch forming the halo when iodine is added. Testing using medium to demonstrate fermentative (anaerobic) catabolism resulted in a yellow staining for E. coli (positive control) and for glycerol, D-xylose, glucose, arabinose and sugar-free isolates meaning that there was fermentative carbohydrate degradation.
A redução de nitrato para nitrito foi observada em E. coli e no isolado Paenibacillus, em razão da ocorrência de reação na presença de ácido sulfanilico e N,N-Dimetil-I- naftilamina produzindo uma cor vermelha (o que significa que NO2 está presente). No teste de caseína, o novo isolado Paenibacillus mostrou-se capaz de utilizar o meio como nutriente assim como o Bacillus subtilis. Entretanto, a E. coli não apresentou essa capacidade. Em teste com método rápido de KOH (lise da parede celular), a cepa de E. coli mostrou a formação de fio viscoso (Gram negativo) pois houve liberação de DNA quando em solução salina. Enquanto que o novo isolado Paenibacillus não aumentou a viscosidade (o que significa ser Gram positivo).Reduction from nitrate to nitrite was observed in E. coli and Paenibacillus isolate due to the occurrence of reaction in the presence of sulfanilic acid and N, N-Dimethyl-I-naphthylamine producing a red color (meaning NO2 is present ). In the casein test, the new isolate Paenibacillus was able to use the medium as a nutrient as well as Bacillus subtilis. However, E. coli did not show this ability. In a KOH rapid method (cell wall lysis) test, the E. coli strain showed the formation of viscous strand (Gram negative) because DNA was released when in saline solution. While the new isolate Paenibacillus did not increase viscosity (which means to be Gram positive).
Dessa forma, foi constatado que: (i) o novo isolado é anaeróbico facultativo; (ii) as colônias cultivadas em meio LB ágar são circulares ou irregulares, brilhantes, convexas e grudentas; (iii) em meio de cultivo ágar Middlebrook3 as colônias se apresentaram circulares para levemente irregulares, levemente brilhosas, amarelas claras e grudentas; (iv) a temperatura para crescimento bacteriano é de 28-37°C e o crescimento ocorre em pH 7.0-8.0; (ν) o isolado também cresce na presença de NaCl a 2% e a 5% depois de 24 horas em meio de cultivo LB e em torno de 48 h em meio de cultivo TSA; (vi) com o crescimento em ambos os meios de cultivo líquidos (LB e TSA), as colônias formam grumos de cor esbranquiçada; (vii) o isolado apresenta catalase negativa, oxidase-negativa, e indol não é produzido. E importante observar que todas as outras espécies do genêro Paenibacillus relacionadas na Tabela 1 apresentam resultado positivo de catalase enquanto que o novo isolado é negativo nesse teste. Portanto, pode ser concluído que o isolado inibe o crescimento de E. coli, Salmonella enteritidis e Bacillus subtilis por produzir um componente antimicrobiano.Thus, it was found that: (i) the new isolate is facultative anaerobic; (ii) colonies grown on LB agar medium are circular or irregular, bright, convex and sticky; (iii) in Middlebrook3 agar culture medium colonies were circular to slightly irregular, slightly shiny, light yellow and sticky; (iv) the temperature for bacterial growth is 28-37 ° C and growth occurs at pH 7.0-8.0; (ν) the isolate also grows in the presence of 2% and 5% NaCl after 24 hours in LB culture medium and around 48 h in TSA culture medium; (vi) with growth in both liquid culture media (LB and TSA), colonies form whitish-colored clumps; (vii) the isolate has negative catalase, oxidase negative, and indole is not produced. It is important to note that all other species of the genus Paenibacillus listed in Table 1 have positive catalase results while the new isolate is negative in this test. Therefore, it can be concluded that the isolate inhibits the growth of E. coli, Salmonella enteritidis and Bacillus subtilis by producing an antimicrobial component.
As referências citadas na Tabela 1 são: (a) Kim et al., 204 = Kim, Dal-Soo., Cheol-Yong Bae, Jae-Jin Jeon, Sam-Jae Chun, Hyun Woo Oh, Soon Gyu Hong, Keun- Sik Baek, Eun Young Moon & Kyung Sook Bae. 2004. Paenibacillus elgii sp. nov., with broadantimicrobial activity. Int J Syst Evol Microbiol. 54: 2031-2035; (b) Kuroshima et al., 1996 = Kuroshima, K., Sakane, T., Takata, R. & Yokota, A. 1996. Bacillus ehimensis sp. nov. and Bacillus ehitinolytieus sp. nov., new chitinolytic members of the genusBaeillus. IntJSyst Baeteriol. 46: 76-80; (c) Hendryckx et al., 1995 = Heyndrickx M., Vandemeulebroecke K., Scheldeman P., Hoste B., Kersters K., De Yos P., Logan N.A., Aziz A.M., Ali N., Berkeley R.C. 1995. Paenibacillus (formerly Bacillus) gordonae (Pichinoty et al. 1986) Ash et al. 1994 is a later subjective synonym of Paenibacillus (formerly Bacillus) validus (Nakamura 1984) Ash et al. 1994: emended description of P. validus. IntJSyst Baeteriol. 45(4):661-669; (d) Chung et al., 2000 = Chung, Y. R., Kim, C. H., Hwang, I. & Chun, J. 2000. Paenibacillus koreensis sp. nov., a new species that produces an iturin-like antifungal compound. Int J Syst Evol Microbiol. 50: 1495-1500; (e) Meehan et al, 2000 = Meehan, C., Bijourson, A. J. & Mcmullan, G. 2001. Paenibacillus azoredueens sp. nov., a synthetic azo dye decolorizing bacterium from industrial wastewater. Int J Syst Evol Microbiol. 51: 1681-1685. <table>table see original document page 16</column></row><table> Para se obter o perfil do novo isolado, foi realizada a análise de metil ésteres de ácidos graxos (FAME - Fatty Acid Methyl-Esters) da célula bacteriana (ácidos graxos totais). A preparação de ácidos graxos extraída foi analisada por meio de um programa de identificação microbiana (MIDI, Biblioteca Sherlock® TSBA 50 5.00) e os perfis de ácidos graxos obtidos foram comparados com os dados contidos nessa biblioteca. O MIDI analisa mais de 300 ácidos graxos e compostos relacionados. O perfil de ácidos graxos do novo isolado Paenibacillus está apresentado na Tabela 2.References cited in Table 1 are: (a) Kim et al., 204 = Kim, Dal-Soo., Cheol-Yong Bae, Jae-Jin Jeon, Sam-Jae Chun, Hyun Woo Oh, Soon Gyu Hong, Keun- Sik Baek, Young Moon Eun & Kyung Sook Bae. 2004. Paenibacillus elgii sp. nov., with broadantimicrobial activity. Int J Syst Evol Microbiol. 54: 2031-2035; (b) Kuroshima et al., 1996 = Kuroshima, K., Sakane, T., Takata, R. & Yokota, A. 1996. Bacillus ehimensis sp. Nov and Bacillus ehitinolytieus sp. nov., new chitinolytic members of the genusBaeillus. IntJSyst Baeteriol. 46: 76-80; (c) Hendryckx et al., 1995 = Heyndrickx M., Vandemeulebroecke K., Scheldeman P., Hoste B., Kersters K., From Yos P., Logan NA, Aziz AM, Ali N., Berkeley RC 1995. Paenibacillus (formerly Bacillus) gordonae (Pichinoty et al. 1986) Ash et al. 1994 is a later subjective synonym of Paenibacillus (formerly Bacillus) validus (Nakamura 1984) Ash et al. 1994: amended description of P. validus. IntJSyst Baeteriol. 45 (4): 661-669; (d) Chung et al., 2000 = Chung, Y.R., Kim, C.H., Hwang, I. & Chun, J. 2000. Paenibacillus koreensis sp. nov., a new species that produces an iturin-like antifungal compound. Int J Syst Evol Microbiol. 50: 1495-1500; (e) Meehan et al, 2000 = Meehan, C., Bijourson, A.J. & Mcmullan, G. 2001. Paenibacillus azoredueens sp. nov., a synthetic azo dye decolorizing bacterium from industrial wastewater. Int J Syst Evol Microbiol. 51: 1681-1685. <table> table see original document page 16 </column> </row> <table> In order to obtain the profile of the new isolate, fatty acid methyl ester (FAME) analysis of the cell was performed. bacterial (total fatty acids). The extracted fatty acid preparation was analyzed using a microbial identification program (MIDI, Sherlock® TSBA 50 5.00 Library) and the obtained fatty acid profiles were compared with the data contained in this library. MIDI analyzes over 300 fatty acids and related compounds. The fatty acid profile of the new Paenibacillus isolate is presented in Table 2.
A comparação dos resultados obtidos da análise de ácidos graxos do novo isolado Paenibacillus com a de outras espécies do mesmo gênero está apresentada na Tabela 3.The comparison of the results obtained from the fatty acid analysis of the new isolate Paenibacillus with that of other species of the same genus is presented in Table 3.
A identificação preliminar usando a biblioteca MIDI demonstrou que a nova cepa pertence ao gênero Paenibacillus, mas não pode ser claramente identificada como uma espécie conhecida devido à baixa similaridade relativa (0,633) (ver Tabela 4). Diferenças quantitativas (iso-C15:0) e qualitativas (C16:lW7c alcohol) foram observadas entre o novo isolado e seu vizinho mais próximo P. elgii. Esse fato mostra que essa nova cepa pertence a uma nova espécie. <table>table see original document page 18</column></row><table> <table>table see original document page 19</column></row><table> Tabela 4. índice de similaridade utilizando o MIDIPreliminary identification using the MIDI library demonstrated that the new strain belongs to the genus Paenibacillus, but cannot be clearly identified as a known species due to low relative similarity (0.633) (see Table 4). Quantitative (iso-C15: 0) and qualitative (C16: lW7c alcohol) differences were observed between the new isolate and its nearest neighbor P. elgii. This fact shows that this new strain belongs to a new species. <table> table see original document page 18 </column> </row> <table> <table> table see original document page 19 </column> </row> <table> Table 4. similarity index using MIDI
<table>table see original document page 20</column></row><table><table> table see original document page 20 </column> </row> <table>
Adicionalmente, para confirmar indubitavelmente o ineditismo do novo isolado, este foi cultivado em Placa de Petri contendo meio LB sólido. Foi realizado o teste de inibição com Bacillus subtillis e o teste de coloração de Gram para a confirmação de que não havia nenhuma contaminação antes de mandar a cepa para um centro de referência para identificação de novos isolados bacterianos, localizado na Bélgica. Confirmada a ausência de contaminação, o isolado foi cultivado em 1,5 ml de LB soft-agar em criotubos e foi enviado para o referido centro para a realização das seguintes análises: hibridização DNA/DNA com outras espécies pertencentes ao gênero Paenibacillus e porcentagem do conteúdo GC. Além da cepa do novo isolado foram analisadas culturas de Paenibacillus elgii LMG 24465, Paenibacillus ehimensis LMG 18048 e Paenibacillus validus LMG 11161. Após a extração do DNA total foi feita a determinação do conteúdo G+C do isolado utilizando HPLC. A porcentagem obtida em mol foi de 53,4%, sendo que esse valor representa a média de três análises independentes da mesma amostra de DNA. As hibridizações DNArDNA foram feitas a 44°C e as homologias que estão reportadas na Tabela 5 representam a média de, no mínimo, duas hibridizações. O desvio padrão médio foi de 14 unidades, porém desvios de 20-25 unidades ainda foram aceitos. A cepa enviada apresentou uma homologia acima de 70%, limite geralmente aceito para delineação de espécies, com a cepa de P. elgii LMG 24465. A partir desse resultado pôde ser concluído que a cepa do novo isolado pertence à espécie Paenibacillus elgii. Porém, em função dos resultados obtidos, é provável que o novo isolado possa ser uma subespécie de P. elgii ainda não identificada. Tabela 5. Resultado da hibridização DNA:DNA entre as cepas em porcentagem de homologiaAdditionally, to undoubtedly confirm the novelty of the novel isolate, it was grown in a Petri dish containing solid LB medium. A Bacillus subtillis inhibition test and a Gram stain test were performed to confirm that there was no contamination before sending the strain to a reference center for identification of new bacterial isolates located in Belgium. Confirmed the absence of contamination, the isolate was grown in 1.5 ml LB soft-agar in cryotubes and sent to the center for the following analyzes: DNA / DNA hybridization with other species belonging to the genus Paenibacillus and percentage of GC content. In addition to the strain of the new isolate, cultures of Paenibacillus elgii LMG 24465, Paenibacillus ehimensis LMG 18048 and Paenibacillus validus LMG 11161 were analyzed. After the extraction of total DNA, the G + C content of the isolate was determined using HPLC. The percentage obtained in mol was 53.4%, which represents the average of three independent analyzes of the same DNA sample. DNArDNA hybridizations were made at 44 ° C and the homologies reported in Table 5 represent the average of at least two hybridizations. The average standard deviation was 14 units, but deviations of 20-25 units were still accepted. The submitted strain presented a homology above 70%, generally accepted limit for species delineation, with the P. elgii strain LMG 24465. From this result it could be concluded that the strain of the new isolate belongs to the species Paenibacillus elgii. However, depending on the results obtained, it is likely that the new isolate may be a subspecies of P. elgii not yet identified. Table 5. DNA hybridization result: DNA between strains in percentage of homology
<table>table see original document page 21</column></row><table><table> table see original document page 21 </column> </row> <table>
A cepa do novo isolado do Cerrado brasileiro da presente invenção foi comparada com a cepa de Paenibacillus elgii LGM 24465T, KCTCl 0016BP, NBRC100335T obtida do Bactéria Collection Laboratorium Voor Microbiologie situado na Bélgica. Foram extraídos o DNA de P. elgii, do novo isolado da presente invenção, Paenibacillus sp. e Bacillus subtillis por meio do kit de extração MOBIO UltraClean™ Mierobial DNA Isolation kit. Foi realizada uma PCR com oligonucleotideos 1406F/L1R que amplificam a região ITS (região do espaço intergênico entre as regiões codificadoras dos RNAs ribossômicos 16S e 23 S). Após verificação do resultado da PCR, o produto foi submetido à eletroforese em gel de poliacrilamida 6%, durante 1 hora e 30 minutos, utilizando a amperagem constante de 45W. Essas análises foram realizadas com repetições para confirmar a veracidade dos resultados. O resultado da amplificação do DNA total das cepas bacterianas com os oligonucleotideos 1406F/23SR está apresentado na Figura 2. Pôde ser observado, nos ensaios realizados em duplicata, que os fragmentos de produto para P. elgii, para o novo isolado da invenção e para Paenibacillus sp possuem o mesmo tamanho, e o fragmento para o produto amplificado de B. subtillis possui um tamanho diferente. No gel de poliacrilamida (ver Figura 3), as amostras também estão em duplicata para confirmar a veracidade dos resultados, além do fato de a amplificação e RISA terem sido feitas com três repetições. Como pode ser verificada na Figura 3, a amostra de P. elgii apresenta um padrão de bandas bem diferente do novo isolado da invenção, apesar de existirem algumas bandas equivalentes. Por outro lado, o novo isolado da invenção e a Paenibacillus sp. apresentaram um padrão de bandas bem semelhante, com poucas bandas diferentes. Pôde ser observado que o padrão de bandas do gênero Paenibacillus é totalmente diferente do padrão de bandas de Bacillus. Esse resultado mostrou que P. elgii e o novo isolado apresentaram diferenças entre si por meio da análise das regiões intergênicas. Cada banda apresentada no gel pode estar representando um operon ribossomal que serviu como molde para a amplifícação da região intergênica, sendo assim, essas duas cepas possuem diferentes operons, confirmando que existem diferenças entre as cepas de P. elgii oriunda do Bactéria Collection Laboratorium Voor Mierobiologie e a cepa do novo isolado do Cerrado brasileiro que corresponde à bactéria da qual são obtidos o extrato e os peptídeos da invenção.The strain of the novel Brazilian Cerrado isolate of the present invention was compared with the strain of Paenibacillus elgii LGM 24465T, KCTCl 0016BP, NBRC100335T obtained from the Belgium Collection Laboratorium Voor Microbiologie Bacterium. P. elgii DNA was extracted from the novel isolate of the present invention, Paenibacillus sp. and Bacillus subtillis using the MOBIO UltraClean ™ Mierobial DNA Isolation extraction kit. A PCR was performed with 1406F / L1R oligonucleotides that amplify the ITS region (intergenic space region between the 16S and 23S ribosomal RNA coding regions). After checking the PCR results, the product was electrophoresed on 6% polyacrylamide gel for 1 hour and 30 minutes using constant amperage of 45W. These analyzes were performed with repetitions to confirm the veracity of the results. The result of the total DNA amplification of the bacterial strains with the 1406F / 23SR oligonucleotides is shown in Figure 2. It can be seen in the duplicate assays that the product fragments for P. elgii for the novel isolate of the invention and for Paenibacillus sp are the same size, and the fragment for the B. subtillis amplified product is a different size. In the polyacrylamide gel (see Figure 3), the samples are also in duplicate to confirm the veracity of the results, in addition to the fact that amplification and RISA were performed with three repetitions. As can be seen from Figure 3, the P. elgii sample has a very different band pattern from the novel isolate of the invention, although there are some equivalent bands. On the other hand, the novel isolate of the invention is Paenibacillus sp. presented a very similar band pattern, with a few different bands. It could be observed that the band pattern of the genus Paenibacillus is totally different from the band pattern of Bacillus. This result showed that P. elgii and the new isolate showed differences among themselves through the analysis of intergenic regions. Each band presented in the gel may be representing a ribosomal operon that served as a template for the amplification of the intergenic region, thus, these two strains have different operons, confirming that there are differences between P. elgii strains from the Collection Laboratorium Voor Mierobiologie Bacterium and the strain of the new Brazilian Cerrado isolate that corresponds to the bacteria from which the extract and peptides of the invention are obtained.
Diferenças também foram observadas nas análises por RAPD, comparando P. elgii, novo isolado da invenção, Paenibacillus sp. e Bacillus subtillis (ver Figura 4). Mais uma vez, foi observado que o perfil de bandas do DNA de B. subtillis é totalmente diferente dos demais. No caso de Paenibacillus sp., o perfil é diferente, porém são observadas algumas bandas em comum com os demais Paenibacillus, sendo que existe banda comum para P. elgii e Paenibacillus sp., banda essa que está ausente no perfil do novo isolado da invenção. Ao comparar o perfil de bandas de P. elgii e do novo isolado da invenção, foi observada a ausência de bandas em uma amostra e presença em outra, bem como diferenças na intensidade de algumas bandas, porém os perfis de bandas dessas duas cepas são bastante semelhantes entre si, existindo várias bandas em comum.Differences were also observed in RAPD analyzes comparing P. elgii, the new isolate of the invention, Paenibacillus sp. and Bacillus subtillis (see Figure 4). Once again, it was observed that the B. subtillis DNA band profile is totally different from the others. In the case of Paenibacillus sp., The profile is different, but some bands are observed in common with the other Paenibacillus, and there is a common band for P. elgii and Paenibacillus sp., Which is absent in the profile of the new isolate of the invention. . When comparing the band profile of P. elgii and the new isolate of the invention, we observed the absence of bands in one sample and presence in another, as well as differences in the intensity of some bands, but the band profiles of these two strains are quite different. similar to each other, with several bands in common.
A técnica RAPD permite o uso de oligonucleotídeos iniciadores de baixa estringência e com poucos nucleotídeos, os quais arbitrariamente selecionam seqüências de sítios específicos do DNA genômico, onde ocorre um pareamento completo ou semi- completo a partir do DNA amplificado, permitindo a distinção de amostras da mesma espécie pela comparação do padrão genômico obtido. Esse é um dos métodos mais simples, pois a amostra de DNA não necessita ter fragmentos de grande tamanho ou estar altamente purificada, sendo necessários apenas alguns nanogramas da amostra para realização da RAPD (ver Welsh, J. & McClelland, M. 1990. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Research. 18(24): 7213-7213; Kersulyte, D., Struelens, M. J., Deplano, A.; Berg, D. E. 1995. Comparison of arbitrarily primed PCR and macrorestriction (pulsed-fíeld gel electrophoresis) typing of Pseudomonas aeruginosa strains from cystic fíbrosis patients. Journal Clinicai Microbiology. 33: 2216-9). A utilização dessa técnica na comparação de P. elgii com o novo isolado da invenção foi importante para mostrar algumas diferenças entre eles, apesar de pertencerem a uma mesma espécie em face das demais análises.The RAPD technique allows the use of low stringency primer oligonucleotides with few nucleotides, which arbitrarily select sequences from specific sites of genomic DNA, where complete or semi-complete pairing from amplified DNA occurs, allowing for the distinction of DNA samples. same species by comparing the genomic pattern obtained. This is one of the simplest methods because the DNA sample does not need to have large fragments or be highly purified, requiring only a few nanograms of the sample to perform RAPD (see Welsh, J. & McClelland, M. 1990. Fingerprinting). genomes using PCR with arbitrary primers Nucleic Acids Research 18 (24): 7213-7213; Kersulyte, D., Struelens, MJ, Deplano, A.; Berg, DE 1995. Comparison of arbitrarily primed PCR and macrorestriction (pulsed-fiild) gel electrophoresis) typing of Pseudomonas aeruginosa strains from cystic fibrosis patients (Clinical Journal Microbiology. 33: 2216-9). The use of this technique in the comparison of P. elgii with the new isolate of the invention was important to show some differences between them, although they belong to the same species compared to the other analyzes.
O DNA total de P. elgii foi amplificado por meio de PCR utilizando os oligonucleotídeos 1698F/2041R que são específicos para amplificar o gene rpoB, altamente conservado, que codifica a subunidade β da RNA polimerase de bactérias. A partir do produto da PCR, foi feita a reação de ligação com o vetor pGEM-T Easy por meio da T4 Ligase (5μ1 de tampão 10X, 3μ1 de DNA; Ιμΐ do vetor pGEM-T Easy; Ιμΐ de T4 Ligase). Essa reação permaneceu durante a noite em termociclador a 16°C e a enzima foi inativada a 65°C durante 20 min. A reação de ligação foi dialisada por 30 minutos. Foi feita a transformação em células de Escherichia coli (Epi 300). Nesse procedimento foi utilizado ΙΟμΙ da reação e 50 μΐ de células competentes de E. coli (Epi 300) e a mistura foi submetida a eletroporação e, após esse procedimento, foi adicionado 1 ml de meio de cultivo SOC. Após incubação por 1 h à 37°C, a suspensão de células foi plaqueada em Placas de Petri contendo meio LB acrescido de ampicilina (150 μg/ml), uma vez que o plasmídeo pGEM-T contém o gene que confere resistência a esse antibiótico, e incubadas as placas durante 16 h em estufa à 37°C. Em seguida, foi realizada a extração do DNA plasmidial por Miniprep utilizando o kit Qiagen. A preparação de DNA plasmidial foi digerido com a enzima de restrição EcoRl e analisado por eletroforese em gel de agarose 1% para confirmar a clonagem. Foram realizadas duas reações de PCR utilizando a preparação de DNA plasmidial, uma com o conjunto de oligonucleotídeos iniciadores T7/SP6 e outra com o conjunto de oligonucleotídeos 1698F/2041R. Os produtos dessas reações foram sequenciados. As seqüências do gene rpoB de outras espécies de Paenibacillus foram obtidas pelo website NCBI com as quais foi feito, por meio do programa BioEdit, o alinhamento e construção de árvore filogenética, por meio do programa MEGA4, utilizando p-distance e neighbor joining com bootstrap 1000. Bacillus subtillis foi utilizado como grupo externo.Total P. elgii DNA was PCR amplified using 1698F / 2041R oligonucleotides that are specific for amplifying the highly conserved rpoB gene encoding the β subunit of bacterial RNA polymerase. From the PCR product, the binding reaction with the pGEM-T Easy vector was performed by T4 Ligase (5μ1 10X buffer, 3μ1 DNA; Ιμΐ of the pGEM-T Easy vector; Ιμΐ of T4 Ligase). This reaction remained overnight in a 16 ° C thermocycler and the enzyme was inactivated at 65 ° C for 20 min. The binding reaction was dialyzed for 30 minutes. Transformation into Escherichia coli cells (Epi 300) was performed. In this procedure, ΙμΙΟ of the reaction and 50 μΐ of competent E. coli cells (Epi 300) were used and the mixture was submitted to electroporation and after this procedure, 1 ml of SOC culture medium was added. After incubation for 1 h at 37 ° C, the cell suspension was plated in Petri dishes containing LB medium plus ampicillin (150 μg / ml), as plasmid pGEM-T contains the gene that confers resistance to this antibiotic. , and the plates incubated for 16 h in an oven at 37 ° C. Next, plasmid DNA extraction was performed by Miniprep using the Qiagen kit. Plasmid DNA preparation was digested with restriction enzyme EcoR1 and analyzed by 1% agarose gel electrophoresis to confirm cloning. Two PCR reactions were performed using the plasmid DNA preparation, one with the T7 / SP6 primer set and the other with the 1698F / 2041R set of oligonucleotides. The products of these reactions were sequenced. Sequences of the rpoB gene from other Paenibacillus species were obtained from the NCBI website with which, through the BioEdit program, the alignment and construction of a phylogenetic tree using the MEGA4 program using p-distance and neighbor joining with bootstrap were made. 1000. Bacillus subtillis was used as an external group.
O resultado do sequenciamento do gene rpoB mostrou 98% de identidade de seqüências entre P. elgii e o novo isolado da invenção ao analisar a seqüência obtida de P. elgii pelo programa "nucleotide BLAST" (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi')· A seqüência parcial do gene rpoB de P. elgii foi depositada no GenBank e o número de acesso é FJ407093. A árvore filogenética mostra extrema proximidade entre P. elgii e o novo isolado da invenção (ver Figura 5). A partir da confirmação desse resultado, o novo isolado da invenção foi denominado de Paenibacillus e/gi/ isolado ourofinensis ou Paenibacillus elgii ourofinensis. As análises filogenéticas baseadas na seqüência do gene rDNA 16S foi de grande importância para definir o gênero Paenibacillus (ver Ash, C., Priest, F.G. & Collins, M.D. 1993. Molecular identification of rRNA group 3 bacilli (Ash, Farrow, Wallbanks and Collins) using a PCR probe test. Antonie van Leeuwenhoek 64: 253—260). Entretanto as limitações nas análises filogenéticas baseadas no rDNA 16S, devido à presença de diferentes cópias desse gene restringe o seu uso em espécies de Paenibacillus (ver Berge, O., Guinebretière, M. H., Achouak, W., Normand, P. & Heulin, T. 2002 Paenibacillus graminis sp. nov. and Paenibacillus odorifer sp. nov., isolated from plant roots, soil and food. Int JSyst Evol Microbiol 52: 607-616). O gene rpoB tem sido usado com sucesso para elaboração de relações filogenéticas em vários grupos de bactérias, e normalmente tem um poder discriminatório maior do que as seqüências de rDNA 16S (ver Dahllof, I., Baillie, H. & Kjelleberg, S. 2000. rpoB-based microbial community analysis avoids limitations inherent in 16S rRNA gene intraspecies heterogeneity. Appl Environ Microbiol 66: 3376-3380). A grande identidade entre as seqüências do gene rpoB de P. elgii e do novo isolado da invenção confirma o resultado de hibridização DNA-DNA, indicando que se pode separar essas cepas como espécies diferentes.The rpoB gene sequencing result showed 98% sequence identity between P. elgii and the novel isolate of the invention by analyzing the sequence obtained from P. elgii by the nucleotide BLAST program (http: //blast.ncbi.nlm. nih.gov/Blast.cgi')· The partial sequence of the P. elgii rpoB gene has been deposited with GenBank and the accession number is FJ407093. The phylogenetic tree shows extreme proximity between P. elgii and the novel isolate of the invention (see Figure 5). From confirmation of this result, the novel isolate of the invention was named Paenibacillus and / gi / isolate ourofinensis or Paenibacillus elgii ourofinensis. Phylogenetic analyzes based on the 16S rDNA gene sequence were of great importance in defining the Paenibacillus genus (see Ash, C., Priest, FG & Collins, MD 1993. Molecular identification of rRNA group 3 bacilli (Ash, Farrow, Wallbanks and Collins ) using a PCR probe test Antonie van Leeuwenhoek 64: 253—260). However, limitations in 16S rDNA-based phylogenetic analyzes due to the presence of different copies of this gene restrict its use in Paenibacillus species (see Berge, O., Guinebretière, MH, Achouak, W., Normand, P. & Heulin, T. 2002 Paenibacillus graminis Nov., and Paenibacillus odorifer Nov., isolated from plant roots, soil and food (JSyst Evol Microbiol 52: 607-616). The rpoB gene has been successfully used to construct phylogenetic relationships in various groups of bacteria, and usually has greater discriminatory power than 16S rDNA sequences (see Dahllof, I., Baillie, H. & Kjelleberg, S. 2000). rpoB-based microbial community analysis avoids limitations inherent in 16S rRNA gene intraspecies heterogeneity (Appl Environ Microbiol 66: 3376-3380). The high identity between the P. elgii rpoB gene sequences and the novel isolate of the invention confirms the DNA-DNA hybridization result, indicating that these strains can be separated as different species.
A presente invenção se refere, em uma primeira concretização, a um novo extrato bacteriano tendo pelo menos uma atividade biológica, dentre atividade antimicrobiana com relação a microrganismos que causam doenças ou danos em animais e plantas e atividade promotora de crescimento de ditos animais e plantas, dito novo extrato bacteriano sendo caracterizado por se originar do novo isolado Paenibacillus elgii ourofinensis. O termo "extrato bacteriano" tem a intenção de significar, nesta descrição, a fração que é solúvel em água ou em uma solução aquosa, dita fração sendo obtida por separação das bactérias por centrifugação, ficando os constituintes bacterianos com atividade antimicrobiana e promotora de crescimento na fase líquida, também conhecida como sobrenadante.The present invention relates, in a first embodiment, to a novel bacterial extract having at least one biological activity, among antimicrobial activity with respect to microorganisms causing disease or damage to animals and plants and growth promoting activity of said animals and plants. Said new bacterial extract being characterized by originating from the new isolate Paenibacillus elgii ourofinensis. The term "bacterial extract" is intended in this description to mean the fraction that is soluble in water or an aqueous solution, said fraction being obtained by separation of the bacteria by centrifugation, the bacterial constituents having antimicrobial and growth promoting activity. in the liquid phase, also known as the supernatant.
De acordo com a invenção, bactérias Paenibacillus e/gn_ourofinensis são cultivadas em um meio apropriado de modo que elas possam se multiplicar, sendo o pH do meio ajustado para as condições do seu ambiente natural (pH 7,0-8,0) e a temperatura para a faixa de crescimento, correspondendo a 28-37°C. Muitos meios de cultura de bactérias estão descritos na literatura e aqueles especialistas nessa técnica serão capazes de selecionar e ajustar as condições de fermentação para a obtenção do extrato da invenção. Após a fermentação, as bactérias obtidas são separadas do sobrenadante. As bactérias Paenibacillus e/gz/_ourofmensis podem ser separadas pela aplicação de diversos métodos, em particular por centrifugação ou filtração. Após a etapa de separação, a fase líquida (sobrenadante) é submetida a um processo de secagem, por exemplo, liofilização, para a separação da mistura de constituintes com atividade antimicrobiana e promotora de crescimento, essa mistura corresponde ao extrato bacteriano da invenção.According to the invention, Paenibacillus and / gn_ourofinensis bacteria are grown in an appropriate medium so that they can multiply, the pH of the medium being adjusted to the conditions of its natural environment (pH 7.0-8.0) and temperature for the growth range, corresponding to 28-37 ° C. Many bacterial culture media are described in the literature and those skilled in the art will be able to select and adjust fermentation conditions to obtain the extract of the invention. After fermentation, the bacteria obtained are separated from the supernatant. Paenibacillus and / gz / _ourofmensis bacteria can be separated by the application of various methods, in particular by centrifugation or filtration. After the separation step, the liquid phase (supernatant) is subjected to a drying process, for example lyophilization, to separate the mixture of antimicrobial and growth promoting constituents, this mixture corresponds to the bacterial extract of the invention.
A presente invenção também se refere a peptídeos específicos tendo as seqüências SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2, ambos os peptídeos caracterizados por possuírem atividade antimicrobiana e/ou promotora de crescimento de plantas e animais, especialmente animais tais como frangos e porcos. Os peptídeos da invenção foram identificados e caracterizados por meio do fracionamento da fase líquida de fermentação de bactérias PaenibaciUus e/gzi_ourofínensis por meio de um método apropriado, tal como gel filtração (SEPHADEX G-75) de amostra liofilizada de caldo fermentado de Paenibacillus e/gzzi solado ourofinensis, obtendo-se o perfil cromatográfico como representado na Figura 6. Nas análises feitas a partir do perfil eletroforético das frações pós-gel de filtração (SEPHADEX G-75) de Paenibacillus e/gz'z'_isolado ourofmensis (ver Figura 7), foi realizada a escolha de algumas frações para o teste de atividade antimicrobiana do extrato bruto da invenção utilizando Bacillus subtilis e foi observada a atividade na fração 24 (ver Figura 8). Essa fração foi utilizada para a obtenção das seqüências dos peptídeos responsáveis por essa atividade. As seqüências obtidas foram: WEYGNCGPRHMTGNI e WEYGNCGPRHMRGNI, correspondentes à SEQ ID No 1 (Trp Glu Tyr Gly Asn Cys Gly Pro Arg His Met Thr Gly Asn lie) e à SEQ ID No. 2 (Trp Glu Tyr Gly Asn Cys Gly Pro Arg His Met Arg Gly Asn lie), respectivamente. Tais seqüências foram analisadaspelo programa blastx e o resultado dessa análise demonstrou que não existe no banco outra seqüência similar às seqüência SEDQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2 da presente invenção, indicando que foram isolados novos peptídeos com atividade antimicrobiana.The present invention also relates to specific peptides having the sequences SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2, both peptides characterized by having antimicrobial and / or growth promoting activity of plants and animals, especially animals such as chickens and pigs. . The peptides of the invention were identified and characterized by fractionation of the liquid fermentation phase of PaenibaciUus and / gzi_ourofínensis bacteria by an appropriate method such as gel filtration (SEPHADEX G-75) of lyophilized sample of fermented Paenibacillus broth and / gzzi solado ourofinensis, obtaining the chromatographic profile as shown in Figure 6. In the analyzes made from the electrophoretic profile of Paenibacillus and / gz'z'_isolado ourofmensis filtration post-gel fractions (SEPHADEX G-75) (see Figure 7), some fractions were chosen for the antimicrobial activity test of the crude extract of the invention using Bacillus subtilis and activity was observed in fraction 24 (see Figure 8). This fraction was used to obtain the peptide sequences responsible for this activity. The sequences obtained were: WEYGNCGPRHMTGNI and WEYGNCGPRHMRGNI, corresponding to SEQ ID NO. 1 (Trp Glu Tyr Gly As. Met Arg Gly Asn Ile), respectively. Such sequences were analyzed by the blastx program and the result of this analysis demonstrated that there is no sequence similar to SEDQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2 sequences of the present invention in the database, indicating that new peptides with antimicrobial activity were isolated.
Os peptídeos da presente invenção podem ser produzidos por técnicas conhecidas e obtidos na forma substancialmente pura. Por exemplo, os peptídeos podem ser sintetizados manualmente ou em um sintetizador automático de peptídeos ou podem ser isolados a partir da calda de fermentação de bactérias Paenibacillus elgiiourofmensis. É também possível produzir os peptídeos por técnicas de engenharia genética. Os códons codificantes dos aminoácidos específicos são conhecidos dos especialistas nessa técnica e, portanto, moléculas de DNA codificantes dos peptídeos da invenção podem ser construídas por técnicas apropriadas, podendo ser feita a clonagem de tal molécula de DNA em um um vetor de expressão apropriado (tal como plasmídeo ou fago), o qual é transfectado para um sistema adequado para a expressão dos peptídeos da invenção.The peptides of the present invention may be produced by known techniques and obtained in substantially pure form. For example, the peptides may be synthesized manually or in an automated peptide synthesizer or may be isolated from the Paenibacillus elgiiourofmensis bacterial fermentation syrup. It is also possible to produce the peptides by genetic engineering techniques. Codons coding for specific amino acids are known to those skilled in the art, and therefore DNA molecules encoding the peptides of the invention may be constructed by appropriate techniques, and such a DNA molecule may be cloned into an appropriate expression vector (such as such as plasmid or phage), which is transfected into a system suitable for expression of the peptides of the invention.
A presente invenção também diz respeito composições medicamentosas para tratamento e profilaxia de animais de animais destinados ao consumo humano, ditas composições compreendendo: (i) uma quantidade terapeuticamente eficaz de pelo menos um peptídeo tendo seqüência de aminoácidos selecionada do grupo consistindo de SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2; (ii) opcionalmente, um adjuvante terapêutico; e (iii) um veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável. Como mencionado anteriormente, os peptídeos da invenção tendo seqüências de aminoácidos como representadas na SEQ ID No. 1 e na SEQ DD No. 2 possuem atividade antimicorbiana e/ou atividade promotora de crescimento dos referidos animais.The present invention also relates to medicaments for the treatment and prophylaxis of animal animals for human consumption, said compositions comprising: (i) a therapeutically effective amount of at least one peptide having amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2; (ii) optionally a therapeutic adjuvant; and (iii) a pharmaceutically acceptable carrier or excipient. As mentioned above, the peptides of the invention having amino acid sequences as represented in SEQ ID No. 1 and SEQ DD No. 2 possess antimicorbial activity and / or growth promoting activity of said animals.
A invenção também abrange uma composição medicamentosa para tratamento e profilaxia de animais destinados ao consumo humano, ditas composições compreendendo: (i) uma quantidade terapeuticamente eficaz do extrato da cultura de Paenibacillus elgii ourofinensis; (ii) opcionalmente, um adjuvante terapêutico; e (iii) um veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável. O dito extrato pode estar na forma líquida, correspondendo à fase líquida (sobrenadante) separada da calda de fermentação, ou pode estar no estado seco após secagem, por exemplo, por liofilização, da referida fase líquida.The invention also encompasses a medicament composition for the treatment and prophylaxis of animals for human consumption, said compositions comprising: (i) a therapeutically effective amount of the culture extract of Paenibacillus elgii ourofinensis; (ii) optionally a therapeutic adjuvant; and (iii) a pharmaceutically acceptable carrier or excipient. Said extract may be in liquid form, corresponding to the liquid phase (supernatant) separated from the fermentation syrup, or may be in the dry state after drying, for example by lyophilization, of said liquid phase.
As composições medicamentosas da invenção contêm o princípio ativo, escolhido dentre extrato de fermentação de bactérias Paenibacillus elgii ourofinensis, e petídeo tendo seqüência de aminoácidos escolhida dentre SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2, ou suas misturas, em combinação com um veículo ou diluente farmaceuticamente aceitável e, opcionalmente, um ou mais adjuvantes terapêuticos. Portanto, os princípios ativos, de acordo com a invenção, podem ser administrados individualmente ou conjuntamente em qualquer forma farmacêutica/veterinária convencional de administração oral ou parenteral. Para administração oral, a composição da invenção pode estar na forma de solução, suspensão, comprimido, pílula, cápsula, pós, podendo as formas sólidas ser do tipo de liberação rápida, liberação controlada ou liberação prolongada ou qualquer combinação destes tipos, podendo tais formas serem adicionadas à água ou ração dos animais.The pharmaceutical compositions of the invention contain the active ingredient chosen from the bacterial fermentation extract Paenibacillus elgii ourofinensis, and the petid having amino acid sequence chosen from SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2, or mixtures thereof, in combination with a carrier. or pharmaceutically acceptable diluent and optionally one or more therapeutic adjuvants. Therefore, the active ingredients according to the invention may be administered individually or together in any conventional oral / parenteral pharmaceutical / veterinary form. For oral administration, the composition of the invention may be in the form of solution, suspension, tablet, pill, capsule, powder, the solid forms being of the rapid release, controlled release or extended release type or any combination of these types, such forms being added to the water or animal feed.
A forma de comprimido contém vários excipientes, tais como citrato de sódio, carbonato de cálcio, fosfato de cálcio e semelhantes juntamente com desintegrantes tal como amido ou silicatos complexos. Também é comum, nesta forma farmacêutica, a utilização de agentes de ligação, tais como polivinilpirrolidona, sacarose, gelatina e acácia e, adicionalmente, agentes lubrificantes, tais como estearato de magnésio, lauril sulfato de sódio e acácia. Outras formas farmacêuticas/veterinárias sólidas apropriadas incluem pós que podem ser do tipo dispersível em água ou podem ser acondicionados em cápsulas de gelatina do tipo cápsula-dura ou cápsula-mole, podendo, neste caso, o excipiente incluir lactose ou políetileno glicóis de pesos moleculares variados.The tablet form contains various excipients such as sodium citrate, calcium carbonate, calcium phosphate and the like together with disintegrants such as starch or complex silicates. It is also common in this pharmaceutical form for the use of binding agents such as polyvinylpyrrolidone, sucrose, gelatin and acacia and additionally lubricating agents such as magnesium stearate, sodium lauryl sulfate and acacia. Other suitable solid pharmaceutical / veterinary forms include powders which may be of the water dispersible type or may be packaged in hard capsule or soft capsule gelatin capsules, in which case the excipient may include lactose or polyethylene glycols of molecular weight. varied.
No caso de formas farmacêuticas líquidas de administração oral, podem ser utilizados, no excipiente, adoçantes, agentes flavorizantes, corantes, agentes emulsificantes ou aperfeiçoadores de suspensão e diluentes tais como água, etanol, propileno glicol, glicerina e suas combinações.In the case of liquid oral administration dosage forms, sweeteners, flavoring agents, colorants, emulsifying or suspending enhancers and diluents such as water, ethanol, propylene glycol, glycerin and combinations thereof may be used in the excipient.
As composições farmacêuticas contendo os princípios ativos da invenção são normalmente preparadas seguindo métodos convencionais e são administrados em forma farmacêutica/veterinária apropriada.Pharmaceutical compositions containing the active ingredients of the invention are usually prepared following conventional methods and are administered in appropriate pharmaceutical / veterinary form.
Exemplificando, as formas farmacêuticas/veterinárias orais sólidas podem conter, juntamente com o princípio ativo, diluentes, lubrificantes, agentes de ligação, agentes desagregantes e outros. Exemplos de diluentes que podem ser usados nas composições farmacêuticas/veterinárias da invenção são: lactose, dextrose, sacarose, celulose, amido de milho ou amido de batata. Exemplos de lubrificantes que podem ser usados nas composições farmacêuticas/veterinárias da invenção são: sílica, talco, ácido esteárico, estearato de magnésio ou de cálcio, e/ou glicóis de polietileno. Exemplos de agentes de ligação que podem ser usados nas composições farmacêuticas/veterinárias da invenção são: amidos, goma arábica, gelatina, metilcelulose, carboximetilcelulose ou polivinil pirrolidona. Exemplos de agentes desagregantes que podem ser usados nas composições farmacêuticas/veterinárias da invenção são: amido, ácido algínico, alginatos ou glicolato de amido ou sódio; misturas efervescentes; corantes; açucarados. Adicionalmente, podem ser usados nas composições farmacêuticas/veterinárias da invenção agentes umidificantes tais como lectina, polisorbatos, laurilsulfatos; e, em geral, substâncias farmacologicamente inativas e não tóxicas usadas comumente em formulações farmacêuticas/veterinárias. A preparação das ditas composições farmacêuticas/veterinárias da invenção pode ser executada de forma conhecida, por exemplo, por meio de mistura, granulação, prensagem em pastilha, cobertura de açúcar, ou processos de revestimento de filme. As dispersões líquidas para administração oral podem ser, por exemplo, xaropes, emulsões e suspensões. Além do princípio ativo da presente invenção, os xaropes podem conter um ou mais agentes carreadores, por exemplo, sacarose ou sacarose com glicerina e/ou manita e/ou sorbitol. As suspensões e as emulsões podem conter como carreador, por exemplo, uma goma natural, agar, alginato de sódio, pectina, metilcelulose, carboximetilcelulose ou álcool polivinílico. Para a administração parenteral, é convencional a utilização de óleos estéreis e faimacologicamente aceitáveis, podendo ser empregado também o propileno glicol, assim como soluções aquosas estéreis.For example, solid oral pharmaceutical / veterinary forms may contain, along with the active ingredient, diluents, lubricants, binding agents, disintegrating agents and the like. Examples of diluents that may be used in the pharmaceutical / veterinary compositions of the invention are: lactose, dextrose, sucrose, cellulose, cornstarch or potato starch. Examples of lubricants that may be used in the pharmaceutical / veterinary compositions of the invention are: silica, talc, stearic acid, magnesium or calcium stearate, and / or polyethylene glycols. Examples of binding agents which may be used in the pharmaceutical / veterinary compositions of the invention are: starches, gum arabic, gelatin, methylcellulose, carboxymethylcellulose or polyvinyl pyrrolidone. Examples of disintegrating agents which may be used in the pharmaceutical / veterinary compositions of the invention are: starch, alginic acid, starch or sodium starch glycolate; effervescent mixtures; dyes; sugary. Additionally, wetting agents such as lectin, polysorbates, lauryl sulfates may be used in the pharmaceutical / veterinary compositions of the invention; and, in general, non-toxic pharmacologically inactive substances commonly used in pharmaceutical / veterinary formulations. The preparation of said pharmaceutical / veterinary compositions of the invention may be carried out in known manner, for example, by mixing, granulating, tableting, sugar coating, or film coating processes. Liquid dispersions for oral administration may be, for example, syrups, emulsions and suspensions. In addition to the active principle of the present invention, syrups may contain one or more carrier agents, for example sucrose or sucrose with glycerin and / or manita and / or sorbitol. Suspensions and emulsions may contain as a carrier, for example, a natural gum, agar, sodium alginate, pectin, methylcellulose, carboxymethylcellulose or polyvinyl alcohol. For parenteral administration, the use of sterile and pharmaceutically acceptable oils is conventional and propylene glycol as well as sterile aqueous solutions may be employed.
As composições medicamentosas da presente invenção podem ainda conter um ou mais adjuvantes terapêuticos. Exemplos de tais adjuvantes são: conjugado polissacarídeo-fosfídio, como descrito na patente US 5785975; adjuvantes veterinários baseados em emulsão, por exemplo, Emulsigen®, Carbigen®, Polygen®, disponíveis a partir da empresa MPV Technologies; adjuvantes tais como o polímero acrílico e o dimetil dioctadecil brometo de amônio, descritos no documento US20090017067; emulsão sub-micron óleo-em-água de esqualeno, polioxietileno, monooleato de sorbitana e trioleato de sorbitana, conhecido pelo nome de marca MF59™, disponível a partir da empresa Novartis, podendo ainda serem mencionados outros exemplo.The pharmaceutical compositions of the present invention may further contain one or more therapeutic adjuvants. Examples of such adjuvants are: polysaccharide-phosphidium conjugate as described in US Patent 5785975; emulsion-based veterinary adjuvants, for example Emulsigen®, Carbigen®, Polygen®, available from MPV Technologies; adjuvants such as acrylic polymer and dimethyl dioctadecyl ammonium bromide, described in US20090017067; sub-micron oil-in-water emulsion of squalene, polyoxyethylene, sorbitan monooleate and sorbitan trioleate, known under the brand name MF59 ™, available from Novartis, and other examples may be mentioned.
Adicionalmente, a invenção também diz respeito a uma composição para tratamento e profilaxia de plantas compreendendo: (i) uma quantidade terapeuticamente eficaz de pelo menos um peptídeo tendo seqüência de aminoácidos selecionada do grupo consistindo de SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2; (ii) opcionalmente, pelo menos um aditivo; e (iii) um veículo ou substrato agricolamente aceitável.Additionally, the invention also relates to a plant treatment and prophylaxis composition comprising: (i) a therapeutically effective amount of at least one peptide having an amino acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2 ; (ii) optionally at least one additive; and (iii) an agriculturally acceptable carrier or substrate.
Em outra concretização da invenção, a referida composição para tratamento e profilaxia de plantas compreende: (i) uma quantidade agricolamente eficaz do extrato da cultura de PaenibaciUus elgii ourofinensis; (ii) opcionalmente, pelo menos um aditivo; e (iii) um veículo ou substrato agricolamente aceitável. As composições para tratamento e proíilaxia de plantas da invenção contêm o princípio ativo, escolhido dentre extrato de fermentação de bactérias Paenibacillus elgii ourofínensis, e petídeo tendo seqüência de aminoácidos escolhida dentre SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2, ou suas misturas, em combinação com um veículo ou substrato agricolamente aceitável e, opcionalmente, um ou mais aditivos.In another embodiment of the invention, said plant treatment and prophylaxis composition comprises: (i) an agriculturally effective amount of the crop extract of PaenibaciUus elgii ourofinensis; (ii) optionally at least one additive; and (iii) an agriculturally acceptable carrier or substrate. The plant treatment and prophylaxis compositions of the invention contain the active ingredient chosen from the bacterial fermentation extract Paenibacillus elgii ourofínensis, and petid having amino acid sequence chosen from SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2, or mixtures thereof, in combination with an agriculturally acceptable carrier or substrate and optionally one or more additives.
A formulação da invenção pode estar na forma líquida ou na forma sólida, por exemplo, na forma de pó molhável. Ambas as formulações, seca ou líquida, devem ser acondicionadas em embalagens e condições que preservem a integridade dos princípios ativos. As formulações líquidas têm tempo de prateleira menor, mas as formulações secas (por exemplo, pó molhável) requerem condições menos rígidas, tais como armazenamento em local fresco, com ausência de luz e umidade, podendo o produto ser guardado de uma safra para outra, desde que acondicionado em freezer ou geladeira.The formulation of the invention may be in liquid form or solid form, for example in wettable powder form. Both formulations, dry or liquid, must be packaged in packaging and conditions that preserve the integrity of the active ingredients. Liquid formulations have shorter shelf life, but dry formulations (eg wettable powder) require less rigid conditions such as storage in a cool place with no light and moisture, and the product can be stored from crop to crop, provided it is stored in a freezer or refrigerator.
As formulações da invenção, de um modo geral, contêm uma quantidade de princípio ativo eficaz no controle de microrganismos prejudiciais às plantas e/ou na promoção do crescimento das plantas, dito princípio ativo sendo selecionado dentre extrato de fermentação de bactérias Paenibacillus elgii ourofínensis, e petídeo tendo seqüência de aminoácidos escolhida dentre SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2, ou suas misturas, em combinação com um veículo agricolamente aceitável, na forma de um diluente líquido ou sólido, preferencialmente sólido. Formulações que podem ser utilizadas incluem pós, grânulos, pellets, suspensões, emulsões, pós molháveis, sólidos escoáveis e semelhantes, desde que tais formas sejam consistentes com as propriedades físico-químicas do ingrediente ativo e compatíveis com o extrato de fermentação de bactérias Paenibacillus elgii ourofínensis, ou com o petídeo tendo seqüência de aminoácidos escolhida dentre SEQ ID No. 1 e SEQ ID No. 2, com o modo de aplicação e com fatores ambientais tais como tipo de solo, umidade do ar e temperatura. Formulações do tipo spray também podem ser usadas, especialmente quando as áreas de aplicação forem grandes. As composições mais concentradas também estão dentro do âmbito de proteção da presente invenção, sendo que ditas composições são apropriadas para uso como intermediários para o produto final diluído a ser aplicado. As formulações da invenção conterão tipicamente quantidades eficazes do ingrediente ativo, um ou mais diluentes, um ou mais tensoativos e outros aditivos apropriados para a obtenção das características de produto desejáveis. Além disso, deve ficar claro que o princípio ativo utilizado na presente invenção também pode ser usado sozinho em aplicações especiais onde seja requerida alta concentração da composição da invenção.The formulations of the invention generally contain an amount of active ingredient effective in controlling plant-damaging microorganisms and / or promoting plant growth, said active ingredient being selected from bacterial fermentation extract Paenibacillus elgii ourofínensis, and petid having an amino acid sequence chosen from SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2, or mixtures thereof, in combination with an agriculturally acceptable carrier, in the form of a liquid or solid, preferably solid, diluent. Formulations that may be used include powders, granules, pellets, suspensions, emulsions, wettable powders, flowable solids and the like, provided such forms are consistent with the physicochemical properties of the active ingredient and compatible with the bacterial fermentation extract Paenibacillus elgii. ourofínensis, or with the petid having amino acid sequence chosen from SEQ ID No. 1 and SEQ ID No. 2, the mode of application and environmental factors such as soil type, air humidity and temperature. Spray formulations can also be used, especially when application areas are large. More concentrated compositions are also within the protection scope of the present invention, and said compositions are suitable for use as intermediates for the diluted end product to be applied. The formulations of the invention will typically contain effective amounts of the active ingredient, one or more diluents, one or more surfactants and other suitable additives to achieve desirable product characteristics. Furthermore, it should be clear that the active ingredient used in the present invention may also be used alone in special applications where high concentration of the composition of the invention is required.
Outros agentes de formulação, presentes em quantidades menores, podem ser adicionados às composições da invenção, tais como, aditivos para reduzir espumação, embolotamento, corrosão, crescimento microbiano indesejado, e outros agentes semelhantes. Outra característica essencial da formulação da presente invenção é a necessidade de assegurar que todos os ingredientes da composição sejam mutuamente compatíveis e não contribuam para a perda da atividade antimicrobiana e/ou promotora de crescimento característica do princípio ativo da invenção.Other formulating agents, present in smaller amounts, may be added to the compositions of the invention, such as additives to reduce foaming, blunting, corrosion, unwanted microbial growth, and the like. Another essential feature of the formulation of the present invention is the need to ensure that all ingredients of the composition are mutually compatible and do not contribute to the loss of antimicrobial and / or growth promoting activity characteristic of the active principle of the invention.
As composições da presente invenção também podem ser misturadas com outros produtos químicos agrícolas, fertilizantes, condicionadores de solo, estabilizantes, ou com um ou mais inseticidas, fungicidas, acaricidas ou outros compostos biologicamente ativos para formar uma formulação multicomponente. Exemplos de outros produtos de proteção na agricultura com o princípio ativo da formulação da presente invenção podem ser misturados são inseticidas do tipo agonistas de canal de sódio (por exemplo, piretroides), agentes de bloqueio de canal de sódio (por exemplo, pirazolinas), inibidores de acetilcolinoesterase (por exemplo, organofosfatos e carbamatos), agentes de ligação nicotinico acetilcolina, agentes de ligação gabaérgicos, agonistas ou antagonistas de octapina (por exemplo, formamidinas), inseticidas do grupo pirrol e outros.The compositions of the present invention may also be mixed with other agricultural chemicals, fertilizers, soil conditioners, stabilizers, or with one or more biologically active insecticides, fungicides, acaricides or other compounds to form a multicomponent formulation. Examples of other agricultural protection products with the active principle of the formulation of the present invention may be mixed are sodium channel agonist type insecticides (e.g. pyrethroids), sodium channel blocking agents (e.g. pyrazolines), acetylcholine esterase inhibitors (e.g. organophosphates and carbamates), nicotinic acetylcholine binding agents, gabaergic binding agents, octapine agonists or antagonists (e.g. formamidines), pyrrol group insecticides and others.
A seguir é apresentado, a título de exemplo, o isolamento, cultivo e ensaios de atividade antimicrobiana do isolado da invenção, Paenibacillus elgii ourofinensis. No entanto, deve ser entendido que tal exemplo é provido somente para finalidade ilustrativa e que várias modificações ou mudanças, à luz das concretizações aqui reveladas, serão sugestivas aos especialistas na técnica e devem estar incluídas dentro do espírito e alcance desta descrição e escopo das reivindicações que a acompanham. EXEMPLOThe following is an example of the isolation, cultivation and antimicrobial activity assays of the isolate of the invention, Paenibacillus elgii ourofinensis. However, it should be understood that such an example is provided for illustrative purposes only and that various modifications or changes, in light of the embodiments disclosed herein, will be suggestive to those skilled in the art and should be included within the spirit and scope of this description and scope of the claims. that accompany it. EXAMPLE
Isolamento, cultivo e atividade antimicrobianaIsolation, cultivation and antimicrobial activity
Foi isolada uma nova linhagem bacteriana a partir do solo de Cerrado. O isolado apresentou atividade antimicrobiana em relação às cepas bacterianas Bacillus subtillis, Escherichia eoli e Salmonella enteritidis. Para a realização dos testes de inibição o isolado foi cultivado durante 48 h à temperatura de 28°C em meio de cultivo LB (Luria Bertani) líquido. A suspensão de células foi centrifugada e o sobrenadante recuperado. Tanto o isolado como seu sobrenadante foram plaqueados no centro de Placas de Petri contendo meio de cultivo LB sólido. As cepas bacterianas citadas acima foram plaqueadas e após 24 h de incubação observou-se zonas de inibição nas Placas de Petri com aproximadamente 3cm de diâmetro. Foram realizados também testes físicos e químicos com o sobrenadante da cultura do novo isolado, onde uma amostra do sobrenadante foi mantida a 95°C por 20minutos e outra amostra do sobrenadante foi tratada com proteinase K durante lha 37°C. Alíquotas de cada amostra de sobrenadante submetidas aos tratamentos descritos foram aplicadas no centro de Placas de Petri contendo o meio de cultura LB sólido e uma cultura de S. enteritidis foi espalhada em cada uma dessas placas com o auxílio da alça de Drigalsky. Após 24h de incubação foi observado halo de inibição nas placas do tratamento de temperatura, porém não foi observado halo de inibição na placa contendo o sobrenadante tratado com proteinase K. Este resultado é indício de que esta atividade antimicrobiana pode estar associada a um peptídeo, pois o fato de a placa contendo o material da invenção não ter essa atividade após tratamento com proteinase K pode ter sido pela degradação de peptídeos por essa enzima (dados não mostrados). O sobrenadante da cultura do novo isolado também foi testado quanto à sua estabilidade temporal para atividade antimicrobiana. Os sobrenadantes da cultura, recuperados do isolado cultivado em meio de cultivo LB e em meio de cultivo peptona de soja e cloreto de sódio, foram mantidos à temperatura ambiente por um período de 100 dias. A cada dois dias, e posteriormente a cada semana, retirou-se 500 μΐ desse sobrenadante e o mesmo foi colocado em um orifício feito no meio LB sólido até a completa absorção, sendo feitas três repetições. O controle foi mantido congelado a -20°C e alíquotas foram descongeladas e aplicadas na Placa de Petri também em triplicata. Após a distribuição destes sobrenadantes, foi aplicado em cada placa uma alíquota de 200 μl do inóculo de Bacillus subtillis espalhando-o em toda a placa com o auxílio da alça de Drigalsky. As placas foram mantidas em estufa à temperatura de 37°C por um período de 16 horas. Mediu-se o halo de inibição em cada placa e obteve-se o valor médio dos halos para cada amostra. O teste de atividade antimicrobiana utilizando o sobrenadante armazenado à temperatura ambiente por 70 dias resultou em uma diminuição do diâmetro do halo de aproximadamente 0,5 cm, e o controle permaneceu estável (ver Figura 9). O teste de atividade utilizando o sobrenadante obtido em meio de peptona de soja e cloreto de sódio resultou em um halo de inibição ao B. subtillis em torno de 2 a 2,5 cm. Após 20 dias de armazenamento do sobrenadante mantido à temperatura ambiente foi observada uma queda de aproximadamente 0,5 cm no diâmetro do halo de inibição. Foi constatado que após 84 dias, o sobrenadante do isolado cultivado em meio contendo peptona de soja e cloreto de sódio, não forma mais halo de inibição na presença de B. subtillis (ver Figura 10). Em relação ao sobrenadante armazenado à -20°C, que corresponde ao controle, o halo de inibição foi mantido constante durante todos os testes de atividades antimicrobianas realizados (ver Figura 10).A new bacterial strain was isolated from Cerrado soil. The isolate showed antimicrobial activity in relation to the bacterial strains Bacillus subtillis, Escherichia eoli and Salmonella enteritidis. For inhibition tests the isolate was cultured for 48 h at 28 ° C in liquid LB (Luria Bertani) culture medium. The cell suspension was centrifuged and the supernatant recovered. Both the isolate and its supernatant were plated in the center of Petri dishes containing solid LB culture medium. The bacterial strains mentioned above were plated and after 24 h incubation zones of inhibition were observed in Petri dishes with approximately 3cm in diameter. Physical and chemical tests were also performed with the new isolate culture supernatant, where one sample of the supernatant was kept at 95 ° C for 20 minutes and another sample of the supernatant was treated with proteinase K for 1 h at 37 ° C. Aliquots of each supernatant sample subjected to the described treatments were applied to the center of Petri dishes containing the solid LB culture medium and a S. enteritidis culture was spread on each of these dishes with the aid of the Drigalsky loop. After 24h of incubation, inhibition halo was observed on the temperature treatment plates, but no inhibition halo was observed on the plate containing the proteinase K-treated supernatant. This result indicates that this antimicrobial activity may be associated with a peptide because The fact that the plate containing the material of the invention did not have this activity after proteinase K treatment may have been due to the degradation of peptides by this enzyme (data not shown). The culture supernatant of the new isolate was also tested for its temporal stability for antimicrobial activity. Culture supernatants recovered from the isolate grown in LB culture medium and in soybean peptone and sodium chloride culture medium were kept at room temperature for a period of 100 days. Every two days, and thereafter each week, 500 μΐ of this supernatant was removed and placed in a hole made in solid LB medium until completely absorbed, with three repetitions. The control was kept frozen at -20 ° C and aliquots were thawed and applied to the petri dish also in triplicate. After distribution of these supernatants, a 200 μl aliquot of Bacillus subtillis inoculum was applied to each plate and spread throughout the plate with the aid of the Drigalsky loop. The plates were kept in an oven at 37 ° C for a period of 16 hours. The inhibition halo was measured on each plate and the average halos value was obtained for each sample. Antimicrobial activity testing using the supernatant stored at room temperature for 70 days resulted in a halo diameter decrease of approximately 0.5 cm, and the control remained stable (see Figure 9). Activity testing using the supernatant obtained in soybean peptone and sodium chloride medium resulted in a B. subtillis inhibition halo of about 2 to 2.5 cm. After 20 days of storage of the supernatant kept at room temperature, a drop of approximately 0.5 cm in diameter of the inhibition zone was observed. It was found that after 84 days, the isolate supernatant grown in medium containing soybean peptone and sodium chloride no longer inhibited the presence of B. subtillis (see Figure 10). For the supernatant stored at -20 ° C, which corresponds to the control, the inhibition zone was kept constant during all antimicrobial activity tests performed (see Figure 10).
Todas as publicações e pedidos de patente mencionados na descrição são indicativos do nível daqueles especialistas na técnica à qual a invenção se refere. Todas as publicações e pedidos de patente são aqui incorporados a título de referência na mesma extensão como se cada publicação individual ou cada pedido de patente fosse especificamente e individualmente indicado para ser incorporado a título de referência.All publications and patent applications mentioned in the description are indicative of the level of those skilled in the art to which the invention relates. All publications and patent applications are incorporated herein by reference to the same extent as if each individual publication or patent application was specifically and individually indicated to be incorporated by reference.
Apesar de a invenção precedente ter sido descrita em alguns detalhes por meio de ilustração e exemplos para finalidade de clareza e entendimento, ficará óbvio que certas mudanças e modificações podem ser praticadas dentro do escopo das reivindicações que acompanham esta descrição.While the foregoing invention has been described in some detail by way of illustration and examples for purposes of clarity and understanding, it will be obvious that certain changes and modifications may be made within the scope of the claims accompanying this description.
Claims (19)
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BRPI0908664-1A BRPI0908664A2 (en) | 2009-11-17 | 2009-11-17 | antimicrobial activity peptides, animal compositions for the treatment and prophylaxis of animals, compositions for the treatment and prophylaxis of plants, uses of said peptides and uses of the antimicrobial activity of paenibacillus elgii ourofinensis extract |
Applications Claiming Priority (1)
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BRPI0908664-1A BRPI0908664A2 (en) | 2009-11-17 | 2009-11-17 | antimicrobial activity peptides, animal compositions for the treatment and prophylaxis of animals, compositions for the treatment and prophylaxis of plants, uses of said peptides and uses of the antimicrobial activity of paenibacillus elgii ourofinensis extract |
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BR (1) | BRPI0908664A2 (en) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012139179A1 (en) * | 2011-04-12 | 2012-10-18 | Ouro Fino Participações E Empreendimentos S/A | Peptides with antimicrobial activity, drug compositions for the prophylaxis and treatment of animals, compositions for the prophylaxis and treatment of plants, uses of said peptides, and uses of paenibacillus elgii ourofinensis extract |
-
2009
- 2009-11-17 BR BRPI0908664-1A patent/BRPI0908664A2/en not_active Application Discontinuation
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012139179A1 (en) * | 2011-04-12 | 2012-10-18 | Ouro Fino Participações E Empreendimentos S/A | Peptides with antimicrobial activity, drug compositions for the prophylaxis and treatment of animals, compositions for the prophylaxis and treatment of plants, uses of said peptides, and uses of paenibacillus elgii ourofinensis extract |
US9534019B2 (en) | 2011-04-12 | 2017-01-03 | OURO FINO PARTICIPAçÕES EMPREENDIMENTOS S/A | Peptides with antimicrobial activity, drug compositions for the treatment and prophylaxis of animals, compositions for the treatment and prophylaxis of plants, uses of said peptides, and uses of Paenibacillus elgii ourofinensis extract |
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