BR122022026618B1 - Antibacterial composition, method for preparing a composition, in vitro method to predict or determine the efficacy of a bacteriophage therapy in an individual, and in vitro method to select an individual or determine whether an individual is likely to benefit from therapy a therapy WITH BACTERIOPHAGES - Google Patents

Antibacterial composition, method for preparing a composition, in vitro method to predict or determine the efficacy of a bacteriophage therapy in an individual, and in vitro method to select an individual or determine whether an individual is likely to benefit from therapy a therapy WITH BACTERIOPHAGES Download PDF

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BR122022026618B1
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BR122022026618-5A
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Inventor
Flavie Pouillot
Hélène BLOIS
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Pherecydes Pharma
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Abstract

A presente invenção se refere à terapia por bacteriófago. Mais particularmente, a presente invenção se refere a novos bacteriófagos, tendo uma elevada especificidade contra cepas de Escherichia coli, a sua produção, componentes dos mesmos, composições compreendendo os mesmos e os seus usos na fagoterapia.The present invention relates to bacteriophage therapy. More particularly, the present invention relates to new bacteriophages, having a high specificity against strains of Escherichia coli, their production, components thereof, compositions comprising them and their uses in phage therapy.

Description

[001] O presente pedido de patente consiste em pedido dividido do pedido de patente de invenção BR112016015996-9, de 09/01/2015.[001] This patent application consists of a split application from the invention patent application BR112016015996-9, dated 01/09/2015.

CAMPO DE INVENÇÃOFIELD OF INVENTION

[002] A presente invenção se refere a novos bacteriófagos, composições compreendendo o mesmo, sua produção, e as seus usos. A invenção é particularmente adaptada para o tratamento de uma infecção em um mamífero e para melhorar a condição de um indivíduo através da modificação da flora no dito indivíduo.[002] The present invention relates to new bacteriophages, compositions comprising the same, their production, and their uses. The invention is particularly adapted for treating an infection in a mammal and for improving the condition of an individual by modifying the flora in said individual.

ANTECEDENTES DA INVENÇÃOBACKGROUND OF THE INVENTION

[003] Os bacteriófagos (ou fagos) são pequenos vírus que exibem a capacidade de infectar e matar bactérias, enquanto que não afetam as células doutros organismos. Inicialmente descritos há quase um século por William Twort, e descoberto independentemente logo em seguida por Felix d’Herelle, mais de 6000 bacteriófagos distintos foram descobertos e descritos morfologicamente, incluindo vírus de bactérias e archeias. A grande maioria destes vírus tem cauda enquanto uma pequena proporção é poliédrica, filamentosa ou pelomorfa. Eles podem ser classificados de acordo com sua morfologia, seu conteúdo genético (ADN vs. ARN), seu hospedeiro específico, o lugar onde vivem (vírus marinhos vs. outros habitats), e seu ciclo de vida. Como parasitas intracelulares de células bacterianas, fagos exibem diferentes ciclos de vida no interior do hospedeiro bacteriano: lítico, lisogênico, pseudolisogênico, e infecção crônica (Weinbauer, 2004; Drulis-Kawa, 2012). Fagos provocam a lise da célula hospedeira bacteriana, como uma parte normal do seu ciclo de vida. Fagos lisogênicos (também denominados fagos temperados) podem se replicar por meio do ciclo de vida lítica e provocar a lise da bactéria hospedeira, ou eles podem integrar o seu ADN no ADN bacteriano hospedeiro e se tornarem pró-fagos não infecciosos. Seja qual for o tipo de ciclo de vida de um fago, a primeira etapa é a ligação aos receptores da parede celular bacteriana antes que os fagos possam entrar nas bactérias. Este processo específico influencia o espectro das possíveis interações bactérias- fago.[003] Bacteriophages (or phages) are small viruses that exhibit the ability to infect and kill bacteria, while not affecting the cells of other organisms. Initially described almost a century ago by William Twort, and independently discovered shortly thereafter by Felix d'Herelle, more than 6000 distinct bacteriophages have been discovered and described morphologically, including viruses from bacteria and archaea. The vast majority of these viruses have a tail while a small proportion are polyhedral, filamentous or pelomorphic. They can be classified according to their morphology, their genetic content (DNA vs. RNA), their specific host, the place where they live (marine viruses vs. other habitats), and their life cycle. As intracellular parasites of bacterial cells, phages exhibit different life cycles within the bacterial host: lytic, lysogenic, pseudolysogenic, and chronic infection (Weinbauer, 2004; Drulis-Kawa, 2012). Phages cause lysis of the bacterial host cell, as a normal part of their life cycle. Lysogenic phages (also called temperate phages) can replicate through the lytic life cycle and lyse the host bacteria, or they can integrate their DNA into the host bacterial DNA and become non-infectious prophages. Whatever type of life cycle a phage has, the first step is binding to receptors on the bacterial cell wall before the phages can enter the bacteria. This specific process influences the spectrum of possible bacteria-phage interactions.

[004] Os bacteriófagos são comumente usados como ferramentas de pesquisa para modificar as bactérias em experiências de laboratório.[004] Bacteriophages are commonly used as research tools to modify bacteria in laboratory experiments.

[005] Devido à sua especificidade à célula hospedeira alvo, o uso de fagos como uma terapia para o tratamento de infecções agudas e crônicas vem sendo considerado, particularmente na dermatologia, oftalmologia, urologia, gastrologia, pediatria, otorrinolaringologia ou cirurgia. Este conceito de uso terapêutico de fagos para tratar a infecção bacteriana foi, no entanto, altamente controverso desde o início e não é amplamente aceito pela comunidade pública ou médica. Os primeiros estudos foram amplamente criticados por falta de controles adequados e resultados inconsistentes. A falta de reprodutibilidade e muitos resultados conflitantes obtidos nos vários estudos publicados levou o Council on Pharmacy ena Chemistry of the American Medical Association [Conselho de Farmácia e Química da Associação Médica Americana] a concluir que as evidências do valor terapêutico dos filtrados líticos foram em grande parte contraditórias, pouco convincentes, e recomendou pesquisas adicionais para confirmar os seus supostos benefícios.[005] Due to their specificity to the target host cell, the use of phages as a therapy for the treatment of acute and chronic infections has been considered, particularly in dermatology, ophthalmology, urology, gastrology, pediatrics, otorhinolaryngology or surgery. This concept of therapeutic use of phages to treat bacterial infection was, however, highly controversial from the beginning and is not widely accepted by the public or medical community. Early studies were widely criticized for lacking adequate controls and inconsistent results. The lack of reproducibility and many conflicting results obtained in the various published studies led the Council on Pharmacy and Chemistry of the American Medical Association to conclude that the evidence for the therapeutic value of lytic filtrates was overwhelming. partly contradictory, unconvincing, and recommended additional research to confirm its supposed benefits.

[006] Desde a introdução dos antibióticos na década de 1940, pouca atenção foi dada a este campo da terapêutica, especialmente no mundo ocidental. Mas o uso extensivo de antibióticos conduziu ao surgimento generalizado e propagação de bactérias resistentes aos antibióticos em todo o mundo, causando problemas cada vez mais graves. Tem, portanto, se tornado um grande desafio terapêutico superar as opções terapêuticas limitadas restantes para tratar os principais micróbios resistentes a múltiplas drogas.[006] Since the introduction of antibiotics in the 1940s, little attention has been paid to this field of therapy, especially in the Western world. But the extensive use of antibiotics has led to the widespread emergence and spread of antibiotic-resistant bacteria throughout the world, causing increasingly serious problems. It has, therefore, become a major therapeutic challenge to overcome the remaining limited therapeutic options to treat major multidrug-resistant microbes.

[007] Além disso, muitos microrganismos patogênicos residem dentro de biofilmes, tais biofilmes causam problemas adicionais na concepção de novos agentes antimicrobianos. A este respeito, as bactérias em crescimento como um biofilme em vez de formas de uma única célula (“planctônicas”) tendem a ser particularmente resistentes a agentes antimicrobianos e se torna particularmente difíceis do sistema imunológico do hospedeiro processar uma resposta adequada.[007] Furthermore, many pathogenic microorganisms reside within biofilms, such biofilms cause additional problems in the design of new antimicrobial agents. In this regard, bacteria growing as a biofilm rather than in single-cell (“planktonic”) forms tend to be particularly resistant to antimicrobial agents and it becomes particularly difficult for the host's immune system to process an adequate response.

[008] E. coli, uma bactéria Gram-negativa, forma de haste curta que pertence ao gênero Escherichia e a família Enterobacteriaceae, mostra uma grande diversidade e frequência na flora microbiana humana ou animal. Foi revelado que, embora a maioria das cepas de E. coli não são patogênicas, elas podem causar infecções oportunistas. Além disso, algumas cepas de E. coli são altamente patogênicas e podem causar diversas doenças e sepsia em mamíferos, incluindo seres humanos. Vários relatórios associam enterobactérias Escherichia coli com infecções da pele e dos tecidos moles (SSTIs), uma das infecções mais comuns em pacientes de todas as faixas etárias. Em alguns casos moderados ou graves, estas infecções necessitam de hospitalização e terapia parenteral. E. coli foi notavelmente encontrada como sendo o agente causador da onfalite neonatal (Fraser et al., 2006), celulite localizada nos membros inferiores ou superiores (Brzozowski et al., 1997, Corredoira et al., 1994), fasciite necrosante (Afifi et al., 2008; Krebs et al., 2001), infecções de sítios cirúrgicos (Tourmousoglou et al., 2008), infecções pós queimaduras (Rodgers et al., 2000), e outros. Um estudo que monitorou SSTIs durante um período de 7 anos e que abrangeu três continentes (Europa, América Latina e América do Norte) mostrou E. coli sendo um importante agente causador, uma vez que foi a terceira espécie isolada mais prevalentes. E. coli, portanto, merece tratamento específico e orientação, especialmente tendo em conta o declínio dramático na susceptibilidade a antibióticos de cepas patogênicas de E. coli nos últimos anos, a sua diversidade, e sua presença substancial na flora microbiana.[008] E. coli, a Gram-negative, short-stemmed bacterium that belongs to the genus Escherichia and the Enterobacteriaceae family, shows great diversity and frequency in human or animal microbial flora. It has been revealed that although most strains of E. coli are non-pathogenic, they can cause opportunistic infections. Furthermore, some strains of E. coli are highly pathogenic and can cause various diseases and sepsis in mammals, including humans. Several reports associate Escherichia coli enterobacteria with skin and soft tissue infections (SSTIs), one of the most common infections in patients of all age groups. In some moderate or severe cases, these infections require hospitalization and parenteral therapy. E. coli has notably been found to be the causative agent of neonatal omphalitis (Fraser et al., 2006), cellulitis localized to the lower or upper limbs (Brzozowski et al., 1997, Corredoira et al., 1994), necrotizing fasciitis (Afifi et al., 2008; Krebs et al., 2001), surgical site infections (Tourmousoglou et al., 2008), post-burn infections (Rodgers et al., 2000), and others. A study that monitored SSTIs over a 7-year period and that spanned three continents (Europe, Latin America and North America) showed E. coli to be an important causative agent, as it was the third most prevalent isolated species. E. coli therefore deserves specific treatment and guidance, especially given the dramatic decline in antibiotic susceptibility of pathogenic strains of E. coli in recent years, its diversity, and its substantial presence in the microbial flora.

[009] Além disso, a bactéria E. coli é capaz de formar biofilmes, contribuindo para a sua maior resistência aos antibióticos. Tais biofilmes pode compreender mais do que um tipo de bactérias apoiadas e envolvidas por uma matriz extracelular excretada e auxiliam bactérias a colonizar várias superfícies. Biofilmes permitem que as bactérias possam anexar a superfícies e possam atingir densidades de população que doutra forma seriam insuportáveis, conferindo maior resistência não somente a antibióticos, mas a muitos estresses ambientais, incluindo toxinas, tais como metais pesados, alvejantes e outros produtos de limpeza. É conhecido que as bactérias dentro de biofilmes podem ser 100 a 1000 vezes mais resistentes aos antibióticos do que a mesma cepa de bactérias que cresça em formas planctônicas. Tal aumento da resistência significa que as bactérias que são sensíveis aos antibióticos, aparentemente, em um teste de laboratório podem ser resistentes à terapia em um ambiente clínico. Mesmo que alguns sejam limpos, os biofilmes podem fornecer reservatórios resistentes que permitem a rápida colonização uma vez que os antibióticos não estejam mais presentes. Por isso, é óbvio que os biofilmes são os principais fatores em muitas doenças humanas. Os tratamentos químicos não são adequados para serem usados contra biofilmes uma vez que é precisamente destes que eles evoluíram para combater. Abrasão física fornece um meio para interromper biofilmes. Infelizmente, muitas superfícies onde biofilmes sustentam a patogênese bacteriana são pouco adequadas à abrasão rigorosa, por exemplo, ossos, articulações, dispositivos médicos implantados, etc. Por exemplo, as superfícies de feridas ou queimaduras são extremamente sensíveis e delicadas. Mesmo onde a abrasão é ao mesmo tempo adequada e de uso rotineiro, a limpeza de biofilmes é limitada. Placa oral na superfície dos dentes é um biofilme e é parcialmente limpa pela escovação regular. No entanto, as bactérias são mantidas em superfícies não escovadas (por exemplo, nos espaços entre os dentes) e podem recolonizar superfícies limpas de forma rápida e eficaz. A partir disso, fica claro que as abordagens existentes para limpeza de biofilmes são de eficácia limitada.[009] Furthermore, the E. coli bacteria is capable of forming biofilms, contributing to its greater resistance to antibiotics. Such biofilms may comprise more than one type of bacteria supported and surrounded by an excreted extracellular matrix and help bacteria to colonize various surfaces. Biofilms allow bacteria to attach to surfaces and reach population densities that would otherwise be unbearable, providing greater resistance not only to antibiotics, but to many environmental stresses, including toxins such as heavy metals, bleaches and other cleaning products. It is known that bacteria within biofilms can be 100 to 1000 times more resistant to antibiotics than the same strain of bacteria growing in planktonic forms. Such increased resistance means that bacteria that are apparently sensitive to antibiotics in a laboratory test may be resistant to therapy in a clinical setting. Even if some are cleared, biofilms can provide resistant reservoirs that allow rapid colonization once antibiotics are no longer present. Therefore, it is obvious that biofilms are the main factors in many human diseases. Chemical treatments are not suitable for use against biofilms as this is precisely what they have evolved to combat. Physical abrasion provides a means to disrupt biofilms. Unfortunately, many surfaces where biofilms support bacterial pathogenesis are poorly suited to rigorous abrasion, e.g. bones, joints, implanted medical devices, etc. For example, wound or burn surfaces are extremely sensitive and delicate. Even where abrasion is both adequate and routine, biofilm cleaning is limited. Oral plaque on the surface of teeth is a biofilm and is partially cleaned by regular brushing. However, bacteria are maintained on unbrushed surfaces (e.g. in the spaces between teeth) and can recolonize clean surfaces quickly and effectively. From this, it is clear that existing approaches to biofilm clearance are of limited effectiveness.

[0010] A capacidade de adaptação rápida e sua capacidade de formar biofilmes são as principais razões que identificam E. coli como patógenos oportunistas. Elas adquiriram o estatuto de agentes patogênicos hospitalares, e podem ser isoladas a partir de amostras clínicas retiradas das feridas, expectoração, bexiga, uretra, vagina, ouvidos, olhos e trato respiratório. O surgimento da resistência aos mais poderosos novos antibióticos em tais cepas clínicas de E. coli, que ocorreu mesmo durante o tratamento, torna a luta contra a E. coli hospitalar patogênica um grande problema.[0010] The ability to adapt quickly and its ability to form biofilms are the main reasons that identify E. coli as opportunistic pathogens. They have acquired the status of hospital pathogens, and can be isolated from clinical samples taken from wounds, sputum, bladder, urethra, vagina, ears, eyes and respiratory tract. The emergence of resistance to the most powerful new antibiotics in such clinical strains of E. coli, which occurred even during treatment, makes the fight against pathogenic hospital E. coli a major problem.

[0011] Além disso, tem sido relatado que a condição patológica ou fisiológica de um indivíduo é influenciada pelo balanço de microrganismos na flora do indivíduo. Assim, modificando a flora microbiana, ou modificando o dito equilíbrio, ou restabelecendo o dito equilíbrio, pela destruição da população de E. coli, é também uma abordagem útil para melhorar a condição de um indivíduo.[0011] Furthermore, it has been reported that the pathological or physiological condition of an individual is influenced by the balance of microorganisms in the individual's flora. Thus, modifying the microbial flora, or modifying said balance, or reestablishing said balance, by destroying the E. coli population, is also a useful approach to improving the condition of an individual.

[0012] Por conseguinte, existe uma grande necessidade de novos agentes antibacterianos ou composições que possam ser usados para destruir as cepas de E. coli, mesmo quando organizadas em biofilmes bacterianos, adequados para uso em terapia humana ou animal, bem como para descontaminação de materiais.[0012] Therefore, there is a great need for new antibacterial agents or compositions that can be used to destroy E. coli strains, even when organized in bacterial biofilms, suitable for use in human or animal therapy, as well as for decontamination of materials.

SUMÁRIO DA INVENÇÃOSUMMARY OF THE INVENTION

[0013] Os inventores isolaram e caracterizaram novos bacteriófagos que apresentam atividade lítica específica para a Escherichia coli (E. coli), e que podem ser usados como agentes ativos em preparações farmacêuticas ou veterinárias, particularmente para o tratamento de infecções bacterianas de E. coli ou para modificar o equilíbrio microbiano em um indivíduo. Os novos bacteriófagos da invenção exibem uma forte atividade lítica, elevada seletividade, e podem por combinação induzir a destruição controlada de um grande espectro de células de E. coli.[0013] The inventors have isolated and characterized new bacteriophages that exhibit specific lytic activity towards Escherichia coli (E. coli), and which can be used as active agents in pharmaceutical or veterinary preparations, particularly for the treatment of E. coli bacterial infections or to modify the microbial balance in an individual. The new bacteriophages of the invention exhibit strong lytic activity, high selectivity, and can, in combination, induce the controlled destruction of a wide spectrum of E. coli cells.

[0014] Um objeto da invenção é proporcionar composições antibacterianas que compreendem, pelo menos um, preferencialmente, pelo menos dois bacteriófagos possuindo atividade lítica contra uma cepa de Escherichia coli, os ditos bacteriófagos sendo selecionados de entre os bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma.[0014] An object of the invention is to provide antibacterial compositions comprising at least one, preferably at least two bacteriophages having lytic activity against a strain of Escherichia coli, said bacteriophages being selected from among bacteriophages having a genome comprising a sequence of nucleotides from any of SEQ ID NOs: 1 to 15 or a sequence having at least 90% identity thereto.

[0015] Um outro objeto da presente invenção diz respeito a um bacteriófago possuindo atividade lítica contra uma cepa de Escherichia coli, o dito bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, preferencialmente pelo menos 97 % de identidade com a mesma. Em uma modalidade específica, os bacteriófagos da invenção exibem atividade lítica em cepas resistentes a múltiplos fármacos, em particular a uma E. coli patogênica resistente a antibióticos, tais como, preferencialmente cepas beta-lactamases de amplo espectro (BLAE) ou cepas de E. coli produtoras de verotoxina (VTEC).[0015] Another object of the present invention concerns a bacteriophage having lytic activity against a strain of Escherichia coli, said bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence selected from any of SEQ ID NOs: 1 to 15 or a sequence having at least 90% identity therewith, preferably at least 97% identity therewith. In a specific embodiment, the bacteriophages of the invention exhibit lytic activity on multidrug-resistant strains, in particular on an antibiotic-resistant pathogenic E. coli, such as, preferably broad-spectrum beta-lactamases (BLAE) strains or E. verotoxin-producing coli (VTEC).

[0016] Um outro objeto da invenção se refere a um bacteriófago, que é selecionado a partir BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, ou BP1229, possuindo um genoma compreendendo as sequências de nucleotídeos sequência SEQ ID NOs: 1 a 15, respectivamente, e as suas variantes, em que os ditos variantes retêm uma característica fenotípica do dito bacteriófago, e em que o dito bacteriófago e as suas variantes tem atividade lítica contra uma cepa de E. coli.[0016] Another object of the invention relates to a bacteriophage, which is selected from BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, or BP1229, having a genome comprising the nucleotide sequences SEQ ID sequence NOs: 1 to 15, respectively, and variants thereof, wherein said variants retain a phenotypic characteristic of said bacteriophage, and wherein said bacteriophage and its variants have lytic activity against a strain of E. coli.

[0017] Um outro objeto da invenção reside em uma composição que compreende, pelo menos um bacteriófago, tal como definido acima. Em uma modalidade particular, as composições da invenção compreendem pelo menos dois bacteriófagos distintos, tal como definido acima, preferencialmente pelo menos três, ainda mais preferencialmente, pelo menos quatro bacteriófagos distintos como definidos acima. A composição específica da invenção compreende uma combinação de todos os bacteriófagos BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226 e BP1229.[0017] Another object of the invention resides in a composition comprising at least one bacteriophage, as defined above. In a particular embodiment, the compositions of the invention comprise at least two distinct bacteriophages as defined above, preferably at least three, even more preferably at least four distinct bacteriophages as defined above. The specific composition of the invention comprises a combination of all bacteriophages BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226 and BP1229.

[0018] Em um outro aspecto, a invenção está relacionada com um bacteriófago possuindo atividade lítica a uma cepa patogênica de E. coli, em que o bacteriófago é específico para a E. coli, ativo contra as cepas de E. coli resistentes a antibióticos, e tem um efeito lítico produtivo abaixo de 15.[0018] In another aspect, the invention relates to a bacteriophage having lytic activity against a pathogenic strain of E. coli, wherein the bacteriophage is specific for E. coli, active against antibiotic-resistant strains of E. coli , and has a productive lytic effect below 15.

[0019] A invenção também diz respeito a uma sequência isolada de ácido nucleico contida em um bacteriófago da invenção, e um polipeptídeo isolado codificado pelo dito ácido nucleico isolado.[0019] The invention also relates to an isolated nucleic acid sequence contained in a bacteriophage of the invention, and an isolated polypeptide encoded by said isolated nucleic acid.

[0020] Outro objeto da invenção é uma composição compreendendo um polipeptídeo tal como definido acima.[0020] Another object of the invention is a composition comprising a polypeptide as defined above.

[0021] Um outro objeto da invenção é uma composição que compreende um ácido nucleico como definido acima.[0021] Another object of the invention is a composition comprising a nucleic acid as defined above.

[0022] As composições da invenção tipicamente compreendem ainda um veículo ou excipiente farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Eles podem ser líquidos, semilíquidos, sólidos ou liofilizados.[0022] The compositions of the invention typically further comprise a pharmaceutically or veterinary acceptable carrier or excipient. They can be liquid, semi-liquid, solid or freeze-dried.

[0023] Um outro objeto da invenção se refere a um bacteriófago, ácido nucleico, polipeptídeo ou composição tal como definidos acima, para uso no tratamento de uma infecção em um mamífero, para modificar a flora microbiana em um mamífero, para a descontaminação de um material e/ou para matar uma bactéria E. coli ou para comprometer a integridade de um biofilme bacteriano.[0023] Another object of the invention relates to a bacteriophage, nucleic acid, polypeptide or composition as defined above, for use in treating an infection in a mammal, for modifying the microbial flora in a mammal, for the decontamination of a material and/or to kill an E. coli bacteria or to compromise the integrity of a bacterial biofilm.

[0024] A invenção se refere também ao uso de um ou vários bacteriófagos líticos para melhorar uma condição de um indivíduo ao modificar a flora microbiana no dito indivíduo. A flora microbiana pode ser modificada pela correção, adaptação ou restauração de um equilíbrio adequado de microrganismos na dita flora.[0024] The invention also relates to the use of one or more lytic bacteriophages to improve a condition of an individual by modifying the microbial flora in said individual. The microbial flora can be modified by correcting, adapting or restoring an adequate balance of microorganisms in said flora.

[0025] A invenção também se refere a um método para o tratamento de uma infecção em um mamífero, compreendendo a administração ao dito mamífero de pelo menos um bacteriófago, ácido nucleico, polipeptídeo ou composição tal como definidos acima.[0025] The invention also relates to a method for treating an infection in a mammal, comprising administering to said mammal at least one bacteriophage, nucleic acid, polypeptide or composition as defined above.

[0026] A invenção também se refere a um método para o tratamento de uma superfície ou material suspeito de estar contaminado com uma bactéria E. coli, que compreende a aplicação à dita superfície ou material de pelo menos um bacteriófago, ácido nucleico, polipeptídeo ou composição tal como definidos acima. A superfície ou material pode ser uma superfície de, por exemplo, qualquer dispositivo, recipiente ou material de laboratório, tecido, etc.[0026] The invention also relates to a method for treating a surface or material suspected of being contaminated with an E. coli bacteria, which comprises applying to said surface or material at least one bacteriophage, nucleic acid, polypeptide or composition as defined above. The surface or material may be a surface of, for example, any device, container or laboratory material, fabric, etc.

[0027] Um outro objeto da invenção se refere a um método para prever ou determinar a eficácia de uma terapia de bacteriófago em um indivíduo, em que o método compreende a etapa de determinar in vitro a atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção a pelo menos uma cepa de E. coli a partir da dita amostra sendo indicativo de um tratamento eficaz. O método compreende, ainda, opcionalmente a etapa de tratamento do indivíduo com pelo menos um bacteriófago possuindo uma atividade lítica a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo.[0027] Another object of the invention relates to a method for predicting or determining the effectiveness of a bacteriophage therapy in an individual, wherein the method comprises the step of determining in vitro the lytic activity of one or more bacteriophages of the invention to a strain of E. coli from a sample of said individual, a lytic activity of one or more bacteriophages of the invention to at least one strain of E. coli from said sample being indicative of an effective treatment. The method further optionally comprises the step of treating the individual with at least one bacteriophage having lytic activity against a strain of E. coli from a sample of said individual.

[0028] Em um outro aspecto, a invenção proporciona um método para selecionar um objeto ou determinar se um indivíduo é suscetível de se beneficiar de uma terapia com bacteriófagos, em que o método compreende a etapa de determinar in vitro a atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção a uma a cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais dos ditos bacteriófagos da invenção consiste em pelo menos uma cepa de E. coli sendo indicativa de um indivíduo respondedor.[0028] In another aspect, the invention provides a method for selecting an object or determining whether an individual is likely to benefit from bacteriophage therapy, wherein the method comprises the step of determining in vitro the lytic activity of one or more bacteriophages of the invention to a strain of E. coli from a sample of said individual, a lytic activity of one or more of said bacteriophages of the invention consists of at least one strain of E. coli being indicative of a responding individual.

[0029] A invenção pode ser usada em qualquer mamífero, preferencialmente em seres humanos, ou no tratamento de qualquer material, incluindo materiais de laboratório ou em dispositivos médicos.[0029] The invention can be used on any mammal, preferably on humans, or in the treatment of any material, including laboratory materials or medical devices.

BREVE DESCRIÇÃO DOS DESENHOSBRIEF DESCRIPTION OF THE DRAWINGS

[0030] Figura 1: Eficiência in vitro dos bacteriófagos da invenção em combinações de cepas de E. coli em vários MOIs.[0030] Figure 1: In vitro efficiency of the bacteriophages of the invention in combinations of E. coli strains at various MOIs.

[0031] Figura 2: Eficácia in vivo dos bacteriófagos da invenção em combinações de cepas de E. coli a várias doses.[0031] Figure 2: In vivo efficacy of the bacteriophages of the invention in combinations of E. coli strains at various doses.

[0032] Figura 3: Eficácia dos bacteriófagos da invenção sobre a infecção mediada pela cepa SHI13 de E. coli in vivo. Φ IV: tratamento intravenoso; Φ IP: tratamento intraperitoneal; Φ SC: tratamento subcutâneo; Temp Inf.: controle infectado sem tratamento; Tem Genta.: controle infectado tratado com gentamicina.[0032] Figure 3: Efficacy of the bacteriophages of the invention on infection mediated by the SHI13 strain of E. coli in vivo. Φ IV: intravenous treatment; Φ IP: intraperitoneal treatment; Φ SC: subcutaneous treatment; Temp Inf.: infected control without treatment; Has Genta: infected control treated with gentamicin.

[0033] Figura 4: Eficácia dos bacteriófagos da invenção em infecção mediada pela cepa SHI13 de E. coli in vivo: dose efet. Φ cone: concentração total (108 UFP/ml); Φ 1/10: concentração 10 vezes diluída; Φ 1/100: concentração 100 vezes diluída; Φ 1/1000: concentração 1000 vezes diluída; Tem infect.: controle infectado tratado com antibiótico.[0033] Figure 4: Efficacy of the bacteriophages of the invention in infection mediated by the SHI13 strain of E. coli in vivo: effective dose. Φ cone: total concentration (108 PFU/ml); Φ 1/10: 10 times diluted concentration; Φ 1/100: concentration 100 times diluted; Φ 1/1000: concentration 1000 times diluted; Has infection: infected control treated with antibiotics.

DESCRIÇÃO DETALHADA DA INVENÇÃODETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION

[0034] A presente invenção se refere a novos bacteriófagos, os componentes dos mesmos, composições compreendendo o mesmo, a sua produção, e os seus usos como agentes antibacterianos, particularmente para o tratamento de uma infecção em um mamífero e para melhorar uma condição de um indivíduo pela modificação da flora microbiana no dito indivíduo.[0034] The present invention relates to novel bacteriophages, the components thereof, compositions comprising the same, their production, and their uses as antibacterial agents, particularly for treating an infection in a mammal and for improving a condition of an individual by modifying the microbial flora in said individual.

DEFINIÇÕESDEFINITIONS

[0035] Para facilitar a compreensão da invenção, diversos termos são definidos abaixo.[0035] To facilitate understanding of the invention, several terms are defined below.

[0036] Tal como aqui usado, o termo “bacteriófago” ou “fago” se refere a uma partícula funcional de fago compreendendo um genoma de ácido nucleico embalado em um envelope proteico ou capsídeo. O termo também se refere a partes do bacteriófago, incluindo, por exemplo, uma porção cabeça, ou um conjunto de componentes de fagos, que proporcionam substancialmente a mesma atividade funcional.[0036] As used herein, the term “bacteriophage” or “phage” refers to a functional phage particle comprising a nucleic acid genome packaged in a protein envelope or capsid. The term also refers to parts of the bacteriophage, including, for example, a head portion, or a set of phage components, that provide substantially the same functional activity.

[0037] O termo “característica fenotípica” designa mais preferencialmente, a morfologia e/ou a gama de hospedeiros de um bacteriófago. Os métodos para fenotipagem de bacteriófagos são bem conhecidos per se na parte e incluem, por exemplo, a determinação da gama bacteriana hospedeira e/ou atividade contra o biofilme produzido por certas cepas de bactérias.[0037] The term “phenotypic characteristic” more preferably designates the morphology and/or host range of a bacteriophage. Methods for phenotyping bacteriophages are well known per se in the art and include, for example, determining the host bacterial range and/or activity against biofilm produced by certain strains of bacteria.

[0038] O termo “atividade lítica” tal como usado na presente invenção designa a propriedade de um bacteriófago de causar a lise de uma célula bacteriana. A atividade lítica de um bacteriófago pode ser testada em cepas de E. coli de acordo com técnicas conhecidas por si mesmas no assunto (ver também a seção experimental).[0038] The term “lytic activity” as used in the present invention designates the property of a bacteriophage to cause lysis of a bacterial cell. The lytic activity of a bacteriophage can be tested on E. coli strains according to techniques known per se in the art (see also the experimental section).

[0039] O termo “variante” de um bacteriófago de referência designa bacteriófagos que têm variação(ões) na sequência genômica e/ou polipeptídeo(s) codificado(s) assim como em relação ao dito bacteriófago de referência, mantendo a mesma característica fenotípica como o bacteriófago de referência. As variantes compreendem, tipicamente, por exemplo, mutações silenciosas, mutações conservadoras, deleções menores, e/ou em pequenas repetições de material genético, e retêm características fenotípicas do bacteriófago de referência. Em uma modalidade preferida, a variante da invenção retêm qualquer característica ou propriedade observável que é dependente do genoma do bacteriófago da invenção, isto é, características fenotípicas do dito bacteriófago e/ou atividade lítica contra as cepas de E. coli. As variantes preferidas têm menos de 5 % de variação de ácido nucleico, em comparação com o genoma do bacteriófago de referência, ainda mais preferencialmente menos do que 4 %, mais preferencialmente menos do que 2 %. Alternativamente, ou em combinação, as variantes têm preferencialmente menos de 5 % de variação de aminoácidos na sequência de um polipeptídeo codificado em relação a um polipeptídeo do bacteriófago de referência.[0039] The term “variant” of a reference bacteriophage designates bacteriophages that have variation(s) in the genomic sequence and/or encoded polypeptide(s) as well as in relation to said reference bacteriophage, maintaining the same phenotypic characteristic as the reference bacteriophage. Variants typically comprise, for example, silent mutations, conservative mutations, minor deletions, and/or small repeats of genetic material, and retain phenotypic characteristics of the reference bacteriophage. In a preferred embodiment, the variant of the invention retains any observable characteristic or property that is dependent on the genome of the bacteriophage of the invention, that is, phenotypic characteristics of said bacteriophage and/or lytic activity against E. coli strains. Preferred variants have less than 5% nucleic acid variation compared to the reference bacteriophage genome, even more preferably less than 4%, more preferably less than 2%. Alternatively, or in combination, the variants preferably have less than 5% amino acid variation in the sequence of an encoded polypeptide relative to a reference bacteriophage polypeptide.

[0040] O termo “% de identidade” em relação a sequências de ácidos nucleicos designa o nível de identidade ou homologia entre as ditas sequências e pode ser determinado por técnicas conhecidas por si mesmas no assunto. Tipicamente, o % de identidade entre as duas sequências de ácidos nucleicos é determinado por meio de programas de computador tais como GAP fornecido no pacote de programa GCG (Manual do Programa para o Pacote Wisconsin, Versão 8, agosto de 1996, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wisconsin, EUA 53711) (Needleman, SB e Wunsch, CD., (1970), Journal of Molecular Biology, 48, 443-453). Com configurações ajustadas com, por exemplo, sequências de ADN (em particular: criação de penalidade GAP de 5.0 e extensão de penalidade GAP de 0,3), moléculas de ácido nucleico podem ser alinhadas umas com as outras usando o software de alinhamento Pileup disponível como parte do pacote de programas GCG.[0040] The term “% identity” in relation to nucleic acid sequences designates the level of identity or homology between said sequences and can be determined by techniques known per se in the art. Typically, the % identity between the two nucleic acid sequences is determined using computer programs such as GAP provided in the GCG program package (Program Manual for the Wisconsin Package, Version 8, August 1996, Genetics Computer Group, 575 Science Drive, Madison, Wisconsin, USA 53711) (Needleman, SB and Wunsch, CD., (1970), Journal of Molecular Biology, 48, 443-453). With settings adjusted with, for example, DNA sequences (in particular: GAP penalty creation of 5.0 and GAP penalty extension of 0.3), nucleic acid molecules can be aligned with each other using the available Pileup alignment software as part of the GCG program suite.

[0041] O termo “fragmento” de um ácido nucleico designa tipicamente um fragmento com pelo menos 10 nucleotídeos consecutivos do dito ácido nucleico, mais preferencialmente pelo menos 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50 ou mais nucleotídeos consecutivos do dito ácido nucleico.[0041] The term “fragment” of a nucleic acid typically designates a fragment of at least 10 consecutive nucleotides of said nucleic acid, more preferably at least 15, 20, 25, 30, 35, 40, 50 or more consecutive nucleotides of said nucleic acid.

[0042] O termo “fragmento” de um polipeptídeo designa tipicamente um fragmento com pelo menos 5 aminoácidos consecutivos do dito polipeptídeo, mais preferencialmente pelo menos 10, 15, 20, 30, 40, 50 ou mais aminoácidos consecutivos do dito polipeptídeo.[0042] The term “fragment” of a polypeptide typically designates a fragment with at least 5 consecutive amino acids of said polypeptide, more preferably at least 10, 15, 20, 30, 40, 50 or more consecutive amino acids of said polypeptide.

[0043] O termo “cepa de ESBL E. coli” se refere a E. coli resistentes a antibióticos, mais especificamente a cepas de E. coli produtoras de beta-lactamases de espectro estendido [Extended-Spectrum Beta-Lactamases-producing E. coli].[0043] The term “ESBL E. coli strain” refers to antibiotic-resistant E. coli, more specifically to Extended-Spectrum Beta-Lactamases-producing E. coli strains. coli].

[0044] O termo “VTEC” se refere a outro tipo de cepa de E. coli resistentes a antibióticos, mais especificamente a cepas de E. coli produtoras de verotoxina.[0044] The term “VTEC” refers to another type of antibiotic-resistant E. coli strain, more specifically to verotoxin-producing E. coli strains.

[0045] O termo “específico” ou “especificidade” em relação a um bacteriófago se refere ao tipo de hospedeiro que o dito bacteriófago é capaz de infectar. A especificidade é normalmente mediada pelas fibras da cauda de bacteriófagos, que estão envolvidos na interação com receptores expressos em células. Um bacteriófago “específico” para E. coli mais preferencialmente designa um bacteriófago, que pode infectar uma ou várias cepas de E. coli e a qual não pode infectar bactérias não E. coli sob condições fisiológicas.[0045] The term “specific” or “specificity” in relation to a bacteriophage refers to the type of host that said bacteriophage is capable of infecting. Specificity is normally mediated by bacteriophage tail fibers, which are involved in interaction with receptors expressed on cells. An "specific" bacteriophage for E. coli most preferably designates a bacteriophage, which can infect one or more strains of E. coli and which cannot infect non-E. coli bacteria under physiological conditions.

[0046] Tal como aqui usado, o termo “polipeptídeo” se refere a polipeptídeos de qualquer tamanho, incluindo pequenos peptídeos de, por exemplo, de 5 a 20 aminoácidos, polipeptídeos mais longos, proteínas ou os seus fragmentos.[0046] As used herein, the term “polypeptide” refers to polypeptides of any size, including small peptides of, for example, 5 to 20 amino acids, longer polypeptides, proteins or fragments thereof.

[0047] O termo “EPL” ou “Efeito Produtivo Lítico” designa a razão entre o tamanho da ruptura e tempo produtivo lítica de um determinado bacteriófago. O tamanho da ruptura e tempo produtivo lítico são parâmetros que definem a interação fago-hospedeiro e correspondem, respectivamente, ao rendimento médio das partículas do bacteriófago produzidas pela infecção de uma bactéria por um fago, e o tempo levado por um bacteriófago livre para lisar uma célula bacteriana.[0047] The term “EPL” or “Litic Productive Effect” designates the ratio between the size of the rupture and the lytic productive time of a given bacteriophage. The size of the rupture and lytic productive time are parameters that define the phage-host interaction and correspond, respectively, to the average yield of bacteriophage particles produced by the infection of a bacterium by a phage, and the time taken by a free bacteriophage to lyse a bacterial cell.

[0048] No contexto da presente especificação, o termo “bacteriófago isolado” deve ser considerado como significando o material removido do seu ambiente original em que ocorre naturalmente. Em relação a um bacteriófago, o termo designa particularmente um fago que é, por exemplo, cultivado, purificado e/ou cultivado separadamente a partir do ambiente no qual está localizado naturalmente. No que diz respeito a um ácido nucleico ou polipeptídeo, o termo “isolado” designa, por exemplo, uma molécula de ácido nucleico ou polipeptídeo que está separado de pelo menos alguns dos componentes do seu ambiente natural, tais como, por exemplo, uma proteína, lipídeo, e/ou ácido nucleico.[0048] In the context of the present specification, the term “isolated bacteriophage” should be considered to mean material removed from its original environment in which it naturally occurs. In relation to a bacteriophage, the term particularly designates a phage that is, for example, cultivated, purified and/or cultivated separately from the environment in which it is naturally located. With respect to a nucleic acid or polypeptide, the term "isolated" designates, for example, a nucleic acid or polypeptide molecule that is separated from at least some of the components of its natural environment, such as, for example, a protein , lipid, and/or nucleic acid.

[0049] Os termos “farmaceuticamente ou veterinário aceitável” tal como aqui usado se refere a qualquer material (por exemplo, veículo, excipiente ou veículo) que é compatível para uso em um indivíduo mamífero. Tal inclui soluções fisiologicamente aceitáveis ou veículos que são inofensivos ou não causam qualquer reação imune específica ou não específica significativa a um organismo ou que não anula a atividade biológica do composto ativo. Para a formulação da composição para uma preparação líquida, solução salina, água estéril, solução de Ringer, solução salina tamponada fisiológica, solução de infusão de albumina, solução de dextrose, solução de maltodextrina, glicerol, etanol, e suas misturas podem ser usados como um excipiente ou veículo farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Se necessário, outros aditivos convencionais tais como agentes espessantes, diluentes, tampões, conservantes, agentes tensoativos, antioxidantes e agentes bacteriostáticos podem ser adicionados. Além disso, diluentes, dispersantes, agentes tensoativos, ligantes e lubrificantes podem ser adicionalmente adicionados à composição para preparar formulações injetáveis, tais como soluções aquosas, suspensões, e emulsões, formulações orais, tais como comprimidos, cápsulas, grânulos, ou comprimidos, ou formulações em pó.[0049] The terms “pharmaceutically or veterinary acceptable” as used herein refer to any material (e.g., vehicle, excipient or vehicle) that is compatible for use in a mammalian subject. This includes physiologically acceptable solutions or vehicles that are harmless or do not cause any significant specific or non-specific immune reaction to an organism or that do not abrogate the biological activity of the active compound. For formulating the composition for a liquid preparation, saline solution, sterile water, Ringer's solution, physiological buffered saline solution, albumin infusion solution, dextrose solution, maltodextrin solution, glycerol, ethanol, and mixtures thereof can be used as a pharmaceutically or veterinary acceptable excipient or carrier. If necessary, other conventional additives such as thickening agents, diluents, buffers, preservatives, surfactants, antioxidants and bacteriostatic agents can be added. Furthermore, diluents, dispersants, surfactants, binders, and lubricants may be further added to the composition to prepare injectable formulations, such as aqueous solutions, suspensions, and emulsions, oral formulations, such as tablets, capsules, granules, or tablets, or formulations in powder.

[0050] Tal como aqui usado, “UFP” significa unidade formadora de placas, como está bem definido na técnica. Bacteriófagos líticos lisam a célula hospedeira, promovendo uma zona de compensação (ou placa) em uma placa de cultura. Teoricamente, cada placa é formada por um fago e o número de placas multiplicado pelo fator de diluição é igual ao número total de fagos em uma preparação teste.[0050] As used herein, “UFP” means plate forming unit, as is well defined in the art. Lytic bacteriophages lyse the host cell, promoting a clearing zone (or plaque) in a culture dish. Theoretically, each plaque is made up of one phage and the number of plaques multiplied by the dilution factor equals the total number of phages in a test preparation.

[0051] O termo “tratamento” ou “terapia” designa tanto um tratamento curativo e/ou tratamento profilático de uma doença. Um tratamento curativo é definido como um tratamento que resulta na cura ou um tratamento que resulta em alivio, melhoria e/ou elimina, reduz e/ou estabiliza os sintomas de uma doença ou o sofrimento que é causado direta ou indiretamente. Um tratamento profilático compreende tanto um tratamento que resulta na prevenção de uma doença e um tratamento de redução e/ou atraso na incidência de uma doença ou risco de sua ocorrência.[0051] The term “treatment” or “therapy” designates both curative treatment and/or prophylactic treatment of a disease. A curative treatment is defined as a treatment that results in a cure or a treatment that results in relief, improvement and/or eliminates, reduces and/or stabilizes the symptoms of a disease or the suffering that is caused directly or indirectly. A prophylactic treatment comprises both a treatment that results in the prevention of a disease and a treatment that reduces and/or delays the incidence of a disease or the risk of its occurrence.

[0052] O termo “mamífero” inclui seres humanos bem como mamíferos não humanos tais como animais de estimação (por exemplo, cães, gatos, cavalos), ruminantes, ovelhas, cabras, porcos, etc.[0052] The term “mammal” includes humans as well as non-human mammals such as pets (e.g., dogs, cats, horses), ruminants, sheep, goats, pigs, etc.

[0053] O termo “biofilme”, tal como aqui usado é designado como uma formação bacteriana heterogênea que cresce em várias superfícies; preferencialmente, uma comunidade bacteriana que cresce incorporada em uma matriz de exopolissacarídeo aderida em superfícies sólidas biológicas ou não biológicas.[0053] The term “biofilm”, as used herein, is designated as a heterogeneous bacterial formation that grows on various surfaces; preferably, a bacterial community that grows embedded in an exopolysaccharide matrix adhered to solid biological or non-biological surfaces.

[0054] O termo “compromisso” como aqui usado se refere a qualquer alteração da integridade. Por comprometer um biofilme bacteriano, é entendido como uma penetração do biofilme por bacteriófagos, uma infecção de bactérias associadas a biofilmes e/ou uma lise dos mesmos e/ou uma compensação parcial ou total do biofilme (isto é, parando a colonização e/ou a interrupção dos biofilmes).[0054] The term “compromise” as used herein refers to any change in integrity. By compromising a bacterial biofilm, it is understood as a penetration of the biofilm by bacteriophages, an infection of bacteria associated with biofilms and/or a lysis thereof, and/or a partial or total compensation of the biofilm (i.e., stopping colonization and/or the interruption of biofilms).

[0055] O termo “amostra”, tal como aqui usado, significa qualquer amostra contendo células. Exemplos de tais amostras incluem fluidos, tais como sangue, plasma, saliva, ou urina assim como biópsias, órgãos tecidos ou amostras de células. A amostra pode ser tratada antes do seu uso.[0055] The term “sample”, as used herein, means any sample containing cells. Examples of such samples include fluids such as blood, plasma, saliva, or urine as well as biopsies, tissue organs, or cell samples. The sample may be treated before use.

[0056] Tal como aqui usado, o termo “indivíduo” ou “paciente” se refere a um animal, preferencialmente a um mamífero, ainda mais preferivelmente a um ser humano, incluindo adultos e crianças. No entanto, o termo “indivíduo” também abrange os animais não humanos, em particular mamíferos, tais como cães, gatos, cavalos, vacas, porcos, ovelhas e primatas não humanos, entre outros.[0056] As used herein, the term “individual” or “patient” refers to an animal, preferably a mammal, even more preferably a human being, including adults and children. However, the term “individual” also covers non-human animals, in particular mammals, such as dogs, cats, horses, cows, pigs, sheep and non-human primates, among others.

[0057] O termo “eficácia” do tratamento ou “resposta” a uma terapia com bacteriófagos, tal como aqui usado se refere a um tratamento que resulta em uma diminuição no número de cepas de E. coli em um indivíduo após o tratamento com bacteriófago quando comparado com o número de cepas de E. coli antes do tratamento. Um indivíduo “bom respondedor” se refere a um indivíduo que mostra ou irá mostrar uma recuperação clinicamente significativa quando tratado com uma terapia com bacteriófagos.[0057] The term “treatment efficacy” or “response” to a bacteriophage therapy as used herein refers to a treatment that results in a decrease in the number of E. coli strains in an individual following bacteriophage treatment. when compared with the number of E. coli strains before treatment. A “good responder” refers to an individual who shows or will show clinically significant recovery when treated with bacteriophage therapy.

[0058] O termo “coquetel” ou composição de bacteriófagos designa uma combinação de dois ou mais bacteriófagos distintos. Os bacteriófagos em um coquetel/composição são preferencialmente formulados em conjunto, ou seja, em um mesmo recipiente ou embalagem, embora possam ser usados como kits de partes em que os (ou alguns dos) bacteriófagos são formulados ou embalados separadamente e combinados, quando usados ou administrados.[0058] The term “cocktail” or composition of bacteriophages designates a combination of two or more distinct bacteriophages. The bacteriophages in a cocktail/composition are preferably formulated together, that is, in the same container or packaging, although they can be used as kits of parts in which the (or some of the) bacteriophages are formulated or packaged separately and combined, when used or administered.

DESCRIÇÃO DAS MODALIDADESDESCRIPTION OF MODALITIES

[0059] A presente invenção está relacionada com novas terapias de bacteriófagos. Mais particularmente, a presente invenção se refere a novos bacteriófagos, tendo uma elevada especificidade contra as cepas de Escherichia coli, o sua produção, os componentes dos mesmos, composições compreendendo os mesmos e as seus usos na fagoterapia.[0059] The present invention is related to new bacteriophage therapies. More particularly, the present invention relates to new bacteriophages, having a high specificity against strains of Escherichia coli, their production, their components, compositions comprising them and their uses in phage therapy.

BACTERIÓFAGOSBACTERIOPHAGES

[0060] Em um primeiro aspecto, a invenção descreve o isolamento e caracterização de novos bacteriófagos que são específicos para cepas de E. coli e apresenta, quer isoladamente ou em combinação(ões), notável gama de espectro de hospedeiros de atividade lítica. Estes bacteriófagos foram selecionados a partir de amostras ambientais, isolados, e caracterizados. Tal como indicado, os bacteriófagos são, individualmente e em combinação(ões), ativos contra as cepas de E. coli. Eles são notavelmente eficazes contra as cepas patogênicas de E. coli, tais como cepas de E. coli resistentes a antibióticos. Além disso, os bacteriófagos da invenção têm um notável efeito produtivo lítico (“EPL”) abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente entre 0,1 e 10. Além disso, os bacteriófagos da invenção são específicos para as cepas de E. coli, isto é, eles não provocam a lise de bactérias não E. coli. Como será esclarecido mais adiante, a presente invenção mostra que estes bacteriófagos podem ser combinados e formulados em condições adequadas para uso como agentes farmacêuticos ou veterinários para exibir efeito antibacteriano alvo e muito potente contra um espectro controlado de cepas de E. coli.[0060] In a first aspect, the invention describes the isolation and characterization of new bacteriophages that are specific for E. coli strains and present, whether alone or in combination(s), a remarkable range of host spectrum of lytic activity. These bacteriophages were selected from environmental samples, isolated, and characterized. As indicated, bacteriophages are, individually and in combination(s), active against E. coli strains. They are remarkably effective against pathogenic strains of E. coli, such as antibiotic-resistant strains of E. coli. Furthermore, the bacteriophages of the invention have a notable lytic productive effect (“EPL”) below 15, more preferably below 10, and even more preferably between 0.1 and 10. Furthermore, the bacteriophages of the invention are strain specific. of E. coli, that is, they do not cause lysis of non-E. coli bacteria. As will be clarified later, the present invention shows that these bacteriophages can be combined and formulated under conditions suitable for use as pharmaceutical or veterinary agents to exhibit targeted and very potent antibacterial effect against a controlled spectrum of E. coli strains.

[0061] Mais especificamente, os seguintes bacteriófagos foram selecionados e caracterizados. As suas sequências de ácidos nucleicos correspondentes são também indicadas. TABELA 1 [0061] More specifically, the following bacteriophages were selected and characterized. Their corresponding nucleic acid sequences are also indicated. TABLE 1

[0062] O perfil lítico desses bacteriófagos foi determinado sobre um amplo número de cepas de E. coli. Estes bacteriófagos foram selecionados quanto à sua potência e combinação potencial, tal como descrito na tabela a seguir. Nesta tabela, o efeito lítico dos bacteriófagos sobre cepas de referência e resistentes a patógenos são apresentados para confirmar o elevado potencial lítico. [0062] The lytic profile of these bacteriophages was determined on a wide number of E. coli strains. These bacteriophages were selected for their potency and potential combination, as described in the table below. In this table, the lytic effect of bacteriophages on reference and pathogen-resistant strains are presented to confirm the high lytic potential.

[0063] As caixas sombreadas são exemplos de cepas produtoras de E. coli.[0063] The shaded boxes are examples of E. coli producing strains.

[0064] Como pode ser visto a partir da tabela 2, os fagos têm individualmente poder lítico muito forte, e combinações (ou coquetéis) desses bacteriófagos podem ser produzidas que são capazes de matar todas as cepas testadas de E. coli, produzindo, assim, composições antibacterianas de amplo espectro.[0064] As can be seen from table 2, the phages individually have very strong lytic power, and combinations (or cocktails) of these bacteriophages can be produced that are capable of killing all tested strains of E. coli, thus producing , broad-spectrum antibacterial compositions.

[0065] Como uma ilustração, um coquetel de todos os 15 fagos da invenção é capaz de matar eficazmente todas as bactérias listadas na Tabela 2.[0065] As an illustration, a cocktail of all 15 phages of the invention is capable of effectively killing all bacteria listed in Table 2.

[0066] Além disso, a especificidade dos bacteriófagos foi testada em muitas cepas não E. coli. Mais particularmente, a seção experimental demonstra que os bacteriófagos da invenção não têm nenhum efeito lítico em bactérias selecionadas a partir de Pseudomonas aeruginosa, Acinebacter baumanii, Enterobacter aerogenes, Enterobacter asburiae, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumonia, Porteus mirabilis, Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas maltophila e/ou Serratia marcescens.[0066] Furthermore, the specificity of bacteriophages has been tested on many non-E. coli strains. More particularly, the experimental section demonstrates that the bacteriophages of the invention have no lytic effect on bacteria selected from Pseudomonas aeruginosa, Acinebacter baumanii, Enterobacter aerogenes, Enterobacter asburiae, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumonia, Porteus mirabilis, Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas maltophila and /or Serratia marcescens.

[0067] Um objeto particular da invenção reside, portanto, em um bacteriófago possuindo atividade lítica contra uma cepa de E. coli e que tem um genoma que compreende uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 97 % de identidade com a mesma, preferencialmente, pelo menos, 98 % ou 99 % de identidade com a mesma.[0067] A particular object of the invention therefore resides in a bacteriophage having lytic activity against a strain of E. coli and which has a genome comprising a nucleotide sequence selected from any of SEQ ID NOs: 1 to 15 or a sequence having at least 97% identity thereto, preferably at least 98% or 99% identity thereto.

[0068] Um objeto particular da invenção reside, portanto, em um bacteriófago possuindo atividade lítica contra uma cepa de E. coli e com um genoma que tem ou que é consistido de uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15.[0068] A particular object of the invention therefore resides in a bacteriophage having lytic activity against a strain of E. coli and with a genome that has or consists of a nucleotide sequence selected from any of the SEQ ID NOs: 1 to 15.

[0069] Os bacteriófagos da invenção podem ser preparados por métodos de cultura, isolamento e purificação convencionais. Por exemplo, E. coli produtoras de bactérias são cultivadas, infectadas por uma amostra de um bacteriófago, e depois tratadas para remover as células bacterianas e detritos. A solução enriquecida com bacteriófagos pode ser plaqueada em um meio de, por exemplo, meio de ágar, com cepas hospedeiras de E. coli susceptíveis incorporadas para obter placas. Então, uma única placa pode ser escolhida para purificação subsequente do bacteriófago e amplificação. Um ou mais ciclos de amplificação seletiva dos bacteriófagos da invenção pode ser realizada, por exemplo, misturando os bacteriófagos com E. coli competentes, seguido pela adição de um meio de crescimento e incubação sob condições selecionadas de testes de crescimento. Em seguida à centrifugação, o sobrenadante amplificado foi filtrado através do filtro e submetido a outro ciclo de amplificação seletiva ou testado quanto à presença de atividade lítica. A titulação do fago em uma suspensão e a visualização da morfologia nas placas de bacteriófagos da invenção pode ser estimada através de métodos conhecidos, por exemplo, pela contagem de placa. Adicionalmente, o processamento dos bacteriófagos da invenção em várias formas (líquida, liofilizada, etc.) para curtos, longos, congelados ou qualquer outro tipo de armazenamento pode ser efetuado por qualquer método adequado como é bem conhecido na arte (ver Clark, 1962).[0069] The bacteriophages of the invention can be prepared by conventional culture, isolation and purification methods. For example, bacteria-producing E. coli are cultured, infected by a sample of a bacteriophage, and then treated to remove the bacterial cells and debris. The bacteriophage-enriched solution can be plated on a medium, for example, agar medium, with susceptible E. coli host strains incorporated to obtain plates. Then, a single plate can be chosen for subsequent bacteriophage purification and amplification. One or more cycles of selective amplification of the bacteriophages of the invention can be carried out, for example, by mixing the bacteriophages with competent E. coli, followed by addition of a growth medium and incubation under selected growth test conditions. Following centrifugation, the amplified supernatant was filtered through the filter and subjected to another cycle of selective amplification or tested for the presence of lytic activity. The titration of phage in a suspension and the visualization of morphology in the bacteriophage plaques of the invention can be estimated by known methods, for example, by plate counting. Additionally, processing of the bacteriophages of the invention into various forms (liquid, lyophilized, etc.) for short, long, frozen or any other type of storage can be carried out by any suitable method as is well known in the art (see Clark, 1962). .

[0070] A atividade dos bacteriófagos da invenção pode ser avaliada por métodos bem conhecidos na arte, tais como ensaio de placa também conhecido como método duplo-ágar, com base no crescimento do bacteriófago com bactérias hospedeiras potenciais, e seguido da avaliação da sua capacidade em matar a célula hospedeira bacteriana. No método de ensaio em placa, o bacteriófago induz a lise das cepas de E. coli alvo após um período de incubação em meio de ágar suave, resultando em zonas de compensação na placa de cultura conhecidos como placas. Em um aspecto preferido, os bacteriófagos da invenção exibem, quer isoladamente ou em combinação, a atividade lítica de uma cepa patogênica de E. coli, incluindo a uma cepa de E. coli resistente a antibióticos, tais como uma cepa de ESBL E. coli. Além disso, estas variantes de bacteriófagos retém um fenótipo (por exemplo, a especificidade e atividade lítica) desses bacteriófagos pode ser produzida e/ou isolada por meio de técnicas conhecidas por si mesmas no assunto.[0070] The activity of the bacteriophages of the invention can be evaluated by methods well known in the art, such as plaque assay also known as double-agar method, based on the growth of the bacteriophage with potential host bacteria, and followed by the evaluation of its ability in killing the bacterial host cell. In the plaque assay method, the bacteriophage induces lysis of the target E. coli strains after a period of incubation in mild agar medium, resulting in clearing zones on the culture plate known as plaques. In a preferred aspect, the bacteriophages of the invention exhibit, either alone or in combination, the lytic activity of a pathogenic strain of E. coli, including an antibiotic-resistant strain of E. coli, such as an ESBL E. coli strain. . Furthermore, these bacteriophage variants retain a phenotype (e.g., specificity and lytic activity) that bacteriophages can be produced and/or isolated using techniques known per se in the art.

[0071] Em uma modalidade particular, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP539, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP539, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR54. BP539 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR15, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR54, ECOR62, ECOR64 e/ou ECOR71. BP539 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 1 ou que tenha pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 %) de identidade com a SEQ ID NO: 1. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP539, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP539, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir de um bacteriófago BP539 da invenção.[0071] In a particular embodiment, the invention relates to the bacteriophage BP539, or any variant thereof. Bacteriophage BP539, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli strain ECOR54. BP539 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR15, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR54, ECOR62, ECOR64 and/or ECOR71. BP539 comprises a genome that comprises a sequence as set forth in SEQ ID NO: 1 or that has at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99%) identity to SEQ ID NO: 1. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP539, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP539, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from a bacteriophage BP539 of the invention.

[0072] O bacteriófago BP539 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,1.[0072] The bacteriophage BP539 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 0.1.

[0073] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP700, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP700, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR55. BP700, ou qualquer variante do mesmo, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR46, ECOR55, ECOR60 e/ou ECOR64. BP700 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 2 ou possuindo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 2. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP700, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP700, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP700 da invenção.[0073] In another particular embodiment, the invention relates to the bacteriophage BP700, or any variant thereof. Bacteriophage BP700, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli strain ECOR55. BP700, or any variant thereof, is specific and has lytic activity against strains ECOR46, ECOR55, ECOR60 and/or ECOR64. BP700 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 2 or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 2. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP700, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP700, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from the bacteriophage BP700 of the invention.

[0074] O bacteriófago BP700 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 2.[0074] The bacteriophage BP700 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 2.

[0075] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP753, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP753, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR56. BP753, ou qualquer variante da mesma, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR10, ECOR48 e/ou ECOR56. BP753 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 3 ou que possui pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 3. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP753, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP753, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP753 da invenção.[0075] In yet another aspect, the invention relates to the bacteriophage BP753, or any variant thereof. Bacteriophage BP753, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli strain ECOR56. BP753, or any variant thereof, is specific and has lytic activity against strains ECOR10, ECOR48 and/or ECOR56. BP753 comprises a genome that comprises a sequence as set forth in SEQ ID NO: 3 or that has at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 3. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP753, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP753, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP753 of the invention.

[0076] O bacteriófago BP753 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 2.[0076] The bacteriophage BP753 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 2.

[0077] Em um outro aspecto, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP814, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP814, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR55. BP814, ou qualquer variante do mesmo, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR46, ECOR50, ECOR55 e/ou ECOR64. BP814 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 4 ou possuindo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 4. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP814, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP814, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico a partir do bacteriófago BP814 da invenção.[0077] In another aspect, the invention relates to the bacteriophage BP814, or any variant thereof. Bacteriophage BP814, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli ECOR55 strain. BP814, or any variant thereof, is specific and has lytic activity against strains ECOR46, ECOR50, ECOR55 and/or ECOR64. BP814 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 4 or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 4. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP814, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP814, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP814 of the invention.

[0078] O bacteriófago BP814 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,3.[0078] The bacteriophage BP814 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 0.3.

[0079] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP953, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP953, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR55. BP953 ou qualquer variante é específica e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR1, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59 e/ou ECOR60. BP953 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 5 ou que possui pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 5. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP953, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP953, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP953 da invenção.[0079] In another particular embodiment, the invention relates to the bacteriophage BP953, or any variant thereof. Bacteriophage BP953, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli strain ECOR55. BP953 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR1, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59 and/or ECOR60. BP953 comprises a genome that comprises a sequence as set forth in SEQ ID NO: 5 or that has at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 5. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP953, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP953, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP953 of the invention.

[0080] O bacteriófago BP953 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 3.[0080] The bacteriophage BP953 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 3.

[0081] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP954, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP954, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR35. BP954, ou qualquer variante do mesmo, é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR46 e/ou ECOR62. BP954 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 6 ou que possui pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 6. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP954, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP954, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP954 da invenção.[0081] In another particular embodiment, the invention relates to the bacteriophage BP954, or any variant thereof. Bacteriophage BP954, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli ECOR35 strain. BP954, or any variant thereof, is specific and has lytic activity against strains ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR46 and/or ECOR62. BP954 comprises a genome that comprises a sequence as set forth in SEQ ID NO: 6 or that has at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 6. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP954, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP954, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP954 of the invention.

[0082] O bacteriófago BP954 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 3.[0082] The bacteriophage BP954 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 3.

[0083] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com bacteriófago BP970, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP970, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli K12/DH5. BP970 ou qualquer variante é específica e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR1, ECOR2, ECOR5, ECOR10, ECOR13, ECOR15, ECOR28 e/ou ECOR72. BP970 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 7 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 7. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP970, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP970, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico a partir de bacteriófago BP970 da invenção.[0083] In yet another aspect, the invention relates to bacteriophage BP970, or any variant thereof. Bacteriophage BP970, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli K12/DH5 strain. BP970 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR1, ECOR2, ECOR5, ECOR10, ECOR13, ECOR15, ECOR28 and/or ECOR72. BP970 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 7 or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 7. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP970, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP970, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP970 of the invention.

[0084] O bacteriófago BP970 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 5.[0084] The bacteriophage BP970 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 5.

[0085] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP1002, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1002, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, nas cepas de E. coli ECOR56. BP1002 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas ECOR15, ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR48, ECOR54, ECOR55, ECOR56, ECOR59, ECOR60 e/ou ECOR64. BP1002 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 8 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 8. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1002, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados por bacteriófago BP1002, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1002 da invenção.[0085] In another particular embodiment, the invention relates to the bacteriophage BP1002, or any variant thereof. Bacteriophage BP1002, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in E. coli ECOR56 strains. BP1002 or any variant is specific and has lytic activity against strains ECOR15, ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR48, ECOR54, ECOR55, ECOR56, ECOR59, ECOR60 and/or ECOR64. BP1002 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 8 or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 8. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1002, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1002, or a variant thereof, or encoded by an isolated bacteriophage BP1002 nucleic acid sequence of the invention.

[0086] O bacteriófago BP1002 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 5.[0086] The bacteriophage BP1002 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 5.

[0087] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP1151, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1151, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR56. BP1151 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR56, ECOR59, ECOR60, ECOR62, ECOR64 e/ou ECOR71. BP1151 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 9 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 9. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico a partir do bacteriófago BP1151, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1151, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico a partir do bacteriófago BP1151 da invenção.[0087] In another particular embodiment, the invention relates to the bacteriophage BP1151, or any variant thereof. Bacteriophage BP1151, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli strain ECOR56. BP1151 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR24, ECOR35, ECOR38, ECOR40, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR56, ECOR59, ECOR60, ECOR62, ECOR64 and/or or ECOR71. BP1151 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 9 or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 9. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1151, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1151, or a variant thereof, or encoded by an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1151 of the invention.

[0088] O bacteriófago BP1151 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 10.[0088] The bacteriophage BP1151 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 10.

[0089] Em um outro aspecto, a invenção está relacionado com o bacteriófago BP1155, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1155, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR59. BP1155 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59 e/ou ECOR71. BP1155 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 10 ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 10. Também é proporcionada uma sequência isolada do ácido nucleico do bacteriófago BP1155, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1155, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1155 da invenção.[0089] In another aspect, the invention relates to the bacteriophage BP1155, or any variant thereof. Bacteriophage BP1155, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli ECOR59 strain. BP1155 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59 and/or ECOR71. BP1155 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 10 or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% identity with SEQ ID NO: 10. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1155, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1155, or a variant thereof, or encoded by an isolated bacteriophage BP1155 nucleic acid sequence of the invention.

[0090] O bacteriófago BP1155 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,5.[0090] The bacteriophage BP1155 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 0.5.

[0091] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP1168, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1168, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR59. BP1168 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR35, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59, ECOR71 e/ou ECOR72. BP1168 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 11, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 11. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1168, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1168, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada do ácido nucleico do bacteriófago BP1168 da invenção.[0091] In yet another aspect, the invention relates to the bacteriophage BP1168, or any variant thereof. Bacteriophage BP1168, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli ECOR59 strain. BP1168 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR35, ECOR46, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59, ECOR71 and/or ECOR72. BP1168 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 11, or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 11. Also provided is an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1168, or a variant thereof. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1168, or a variant thereof, or encoded by an isolated bacteriophage BP1168 nucleic acid sequence of the invention.

[0092] O bacteriófago BP1168 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 0,8.[0092] The bacteriophage BP1168 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 0.8.

[0093] Em um outro aspecto, a invenção está relacionado com a bacteriófago BP1176, ou qualquer variante do mesmo. Bacteriófago BP1176, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR60. BP1176 ou qualquer variante é específica e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR4, ECOR13, ECOR15, ECOR24, ECOR28, ECOR35, ECOR55, ECOR56, ECOR59 e/ou ECOR60. BP1176 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 12, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 12. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1176, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1176, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1176 da invenção.[0093] In another aspect, the invention relates to the bacteriophage BP1176, or any variant thereof. Bacteriophage BP1176, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli strain ECOR60. BP1176 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR2, ECOR4, ECOR13, ECOR15, ECOR24, ECOR28, ECOR35, ECOR55, ECOR56, ECOR59 and/or ECOR60. BP1176 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 12, or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 12. Also provided is an isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1176, or a variant thereof. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1176, or a variant thereof, or encoded by an isolated bacteriophage BP1176 nucleic acid sequence of the invention.

[0094] O bacteriófago BP1176 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferivelmente de cerca de 4.[0094] The bacteriophage BP1176 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 4.

[0095] Em ainda outro aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP1197, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1197, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli K12/DH5. BP1197 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR59, ECOR60, ECOR71 e/ou ECOR72. BP1197 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 13, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 13. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1197, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1197, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1197 da invenção.[0095] In yet another aspect, the invention relates to the bacteriophage BP1197, or any variant thereof. Bacteriophage BP1197, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli K12/DH5 strain. BP1197 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR59, ECOR60, ECOR71 and/or ECOR72. BP1197 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 13, or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 13. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1197, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1197, or a variant thereof, or encoded by an isolated bacteriophage BP1197 nucleic acid sequence of the invention.

[0096] O bacteriófago BP1197 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 1.[0096] The bacteriophage BP1197 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 1.

[0097] Em um aspecto, a invenção está relacionada com o bacteriófago BP1226, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1226, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli ECOR59. BP1226 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR28, ECOR48, ECOR59, ECOR60 e/ou ECOR72. BP1226 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 14, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 14. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1226, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1226, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1226 da invenção.[0097] In one aspect, the invention relates to bacteriophage BP1226, or any variant thereof. Bacteriophage BP1226, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli ECOR59 strain. BP1226 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR28, ECOR48, ECOR59, ECOR60 and/or ECOR72. BP1226 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 14, or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 14. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1226, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1226, or a variant thereof, or encoded by an isolated bacteriophage BP1226 nucleic acid sequence of the invention.

[0098] O bacteriófago BP1226 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 5.[0098] The bacteriophage BP1226 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 5.

[0099] Em uma outra modalidade particular, a invenção está relacionado com a o bacteriófago BP1229, ou qualquer variante do mesmo. O bacteriófago BP1229, ou qualquer variante do mesmo, pode ser produzido ou expandido, por exemplo, na cepa de E. coli K12/DH5. BP1229 ou qualquer variante é específico e tem atividade lítica contra as cepas K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59, e/ou ECOR72. BP1229 compreende um genoma que compreende uma sequência como apresentado na SEQ ID NO: 15, ou tendo pelo menos 80 % de identidade, mais preferencialmente pelo menos 85 % de identidade, e ainda mais preferencialmente 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a SEQ ID NO: 15. Também é proporcionada uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1229, ou uma sua variante. A invenção também abrange polipeptídeos isolados codificados pelo bacteriófago BP1229, ou uma sua variante, ou codificado por uma sequência isolada de ácido nucleico do bacteriófago BP1229 da invenção.[0099] In another particular embodiment, the invention relates to the bacteriophage BP1229, or any variant thereof. Bacteriophage BP1229, or any variant thereof, can be produced or expanded, for example, in the E. coli K12/DH5 strain. BP1229 or any variant is specific and has lytic activity against strains K12/DH5, ECOR2, ECOR13, ECOR15, ECOR28, ECOR46, ECOR48, ECOR50, ECOR54, ECOR55, ECOR59, and/or ECOR72. BP1229 comprises a genome comprising a sequence as set forth in SEQ ID NO: 15, or having at least 80% identity, more preferably at least 85% identity, and even more preferably 90%, 92%, 94%, 95% , 96%, 97%, 98% or 99% identity to SEQ ID NO: 15. An isolated nucleic acid sequence from bacteriophage BP1229, or a variant thereof, is also provided. The invention also encompasses isolated polypeptides encoded by bacteriophage BP1229, or a variant thereof, or encoded by an isolated bacteriophage BP1229 nucleic acid sequence of the invention.

[00100] O bacteriófago BP1229 da invenção é também caracterizado por um EPL abaixo de 15, mais preferencialmente abaixo de 10 e ainda mais preferencialmente de cerca de 6.[00100] The bacteriophage BP1229 of the invention is also characterized by an EPL below 15, more preferably below 10 and even more preferably around 6.

[00101] Ácidos nucleicos e polipeptídeos[00101] Nucleic acids and polypeptides

[00102] A invenção também se refere a um ácido nucleico contido em um bacteriófago da invenção, ou qualquer fragmento de um tal ácido nucleico. O termo fragmento designa, mais preferencialmente, um fragmento que contém (ou consistindo em) um quadro aberto de leitura. O ácido nucleico pode ser ADN ou ARN, de cadeia simples ou dupla.[00102] The invention also relates to a nucleic acid contained in a bacteriophage of the invention, or any fragment of such a nucleic acid. The term fragment designates, more preferably, a fragment containing (or consisting of) an open reading frame. The nucleic acid can be DNA or RNA, single- or double-stranded.

[00103] O ácido nucleico pode ser isolado a partir dos bacteriófagos depositados, ou produzido usando tecnologia de ADN recombinante (por exemplo, reação em cadeia da polimerase PCR), (clonagem), síntese enzimática ou química, ou suas combinações, de acordo com as técnicas gerais conhecidas por si mesmas no assunto. Também estão incluídas sequências homólogas e fragmentos das mesmas, incluindo, mas não se limitando a, variantes alélicas naturais e sequências de ácido nucleico modificado, no qual os nucleotídeos foram inseridos, deletados, substituídos, e/ou invertidos.[00103] The nucleic acid can be isolated from the deposited bacteriophages, or produced using recombinant DNA technology (e.g., PCR polymerase chain reaction), (cloning), enzymatic or chemical synthesis, or combinations thereof, according to the general techniques known per se in the subject. Also included are homologous sequences and fragments thereof, including, but not limited to, natural allelic variants and modified nucleic acid sequences, in which nucleotides have been inserted, deleted, substituted, and/or inverted.

[00104] Em uma modalidade particular, a invenção se refere a um ácido nucleico compreendendo uma sequência selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, ou a uma sequência possuindo pelo menos 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou mais de identidade da sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15.[00104] In a particular embodiment, the invention relates to a nucleic acid comprising a sequence selected from any of SEQ ID NOs: 1-15, or to a sequence having at least 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or more sequence identity with any of SEQ ID NOs: 1-15.

[00105] Em uma outra modalidade particular, a invenção se refere a um ácido nucleico compreendendo a sequência de um fragmento de uma sequência selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, ou um fragmento de uma sequência tendo pelo menos 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou mais de identidade de sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, o dito fragmento compreende um quadro aberto de leitura ou um elemento regulador, tal como um promotor.[00105] In another particular embodiment, the invention relates to a nucleic acid comprising the sequence of a fragment of a sequence selected from any of SEQ ID NOs: 1-15, or a fragment of a sequence having at least 90%, 92%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or more sequence identity with any of SEQ ID NOs: 1-15, said fragment comprises an open reading frame or a regulatory element, such as a promoter.

[00106] Em uma modalidade particular, a invenção se refere a um ácido nucleico tendo ou que é consistida em uma sequência selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15, ou a uma sequência possuindo pelo menos 90 %, 92 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou mais de identidade de sequência com qualquer uma das SEQ ID NOs: 1-15.[00106] In a particular embodiment, the invention relates to a nucleic acid having or consisting of a sequence selected from any of SEQ ID NOs: 1-15, or to a sequence having at least 90%, 92 %, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or more sequence identity with any of SEQ ID NOs: 1-15.

[00107] O ácido nucleico da invenção pode estar na forma livre, ou clonado em um vetor.[00107] The nucleic acid of the invention can be in free form, or cloned into a vector.

[00108] Em um aspecto adicional, a invenção também se refere a um polipeptídeo isolado codificado por uma sequência de ácido nucleico selecionada a partir da SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5 , SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 e SEQ ID NO: 15. Os polipeptídeos podem ser produzidos através de técnicas conhecidas por si mesmas no assunto, tais como síntese, tecnologia do ADN recombinante, ou combinações das mesmas. Os polipeptídeos podem ser isolados ou purificados, e usados como agentes antibacterianos ou como reagentes para as análises in vitro.[00108] In a further aspect, the invention also relates to an isolated polypeptide encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14 and SEQ ID NO: 15. Polypeptides can be produced by techniques known per se in the art, such as synthesis, recombinant DNA technology, or combinations thereof. Polypeptides can be isolated or purified, and used as antibacterial agents or as reagents for in vitro analyses.

COMPOSIÇÕES DA INVENÇÃOCOMPOSITIONS OF THE INVENTION

[00109] Um aspecto da invenção se refere a composições que compreendem pelo menos um bacteriófago como descrito acima, mais preferivelmente pelo menos 2 ou mais e, opcionalmente, um excipiente farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Como descrito, os bacteriófagos da invenção têm atividade lítica muito potente contra as cepas de E. coli. As combinações destes bacteriófagos podem ser produzidas para expandir o espectro de hospedeiro e produzir composições antibacterianas altamente eficazes.[00109] One aspect of the invention relates to compositions comprising at least one bacteriophage as described above, more preferably at least 2 or more, and, optionally, a pharmaceutically or veterinary acceptable excipient. As described, the bacteriophages of the invention have very potent lytic activity against E. coli strains. Combinations of these bacteriophages can be produced to expand the host spectrum and produce highly effective antibacterial compositions.

[00110] Mais particularmente, a invenção se refere a uma composição antibacteriana compreendendo, pelo menos dois bacteriófagos possuindo atividade lítica contra uma cepa de E. coli, o dito pelo menos dois bacteriófagos sendo selecionados de entre os bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade a estas, preferencialmente, pelo menos, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a mesma.[00110] More particularly, the invention relates to an antibacterial composition comprising at least two bacteriophages having lytic activity against a strain of E. coli, said at least two bacteriophages being selected from among bacteriophages having a genome comprising a sequence of nucleotides of any of SEQ ID NOs: 1 to 15 or a sequence having at least 90% identity thereto, preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97% , 98% or 99% identity with the same.

[00111] Em uma modalidade preferida, as composições da presente invenção compreendem pelo menos três, ainda mais preferencialmente pelo menos quatro bacteriófagos distintos selecionados de entre os bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, preferencialmente, pelo menos 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99 % de identidade com a mesma. As composições da invenção podem compreender pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 11, 12, 13, 14 ou todos os 15 bacteriófagos distintos como divulgado acima.[00111] In a preferred embodiment, the compositions of the present invention comprise at least three, even more preferably at least four distinct bacteriophages selected from among bacteriophages having a genome comprising a nucleotide sequence of any one of SEQ ID NOs: 1 to 15 or a sequence having at least 90% identity thereto, preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% identity thereto. The compositions of the invention may comprise at least 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 11, 12, 13, 14 or all 15 distinct bacteriophages as disclosed above.

[00112] Um aspecto da invenção está relacionado com uma composição de pelo menos um bacteriófago selecionado de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, e as suas variantes.[00112] One aspect of the invention relates to a composition of at least one bacteriophage selected from BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or or BP1229, and its variants.

[00113] A invenção também diz respeito a uma composição que compreende pelo menos dois bacteriófagos distintos selecionados a partir de BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, e as suas variantes.[00113] The invention also relates to a composition comprising at least two distinct bacteriophages selected from BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or BP1229, and its variants.

[00114] Preferencialmente, uma composição da invenção compreende pelo menos três bacteriófagos distintos, mais preferivelmente, pelo menos, quatro bacteriófagos distintos, ainda mais preferivelmente pelo menos cinco bacteriófagos distintos, ainda mais preferivelmente pelo menos seis bacteriófagos distintas, mais preferencialmente pelo menos sete bacteriófagos distintas, mais preferivelmente pelo menos oito bacteriófagos distintos, ainda mais preferivelmente pelo menos nove bacteriófagos distintos e ainda mais preferivelmente pelo menos dez bacteriófagos distintos selecionados a partir de BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, e as suas variantes.[00114] Preferably, a composition of the invention comprises at least three distinct bacteriophages, more preferably at least four distinct bacteriophages, even more preferably at least five distinct bacteriophages, even more preferably at least six distinct bacteriophages, more preferably at least seven distinct bacteriophages distinct, more preferably at least eight distinct bacteriophages, even more preferably at least nine distinct bacteriophages and even more preferably at least ten distinct bacteriophages selected from BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155 , BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or BP1229, and variants thereof.

[00115] Em uma modalidade particular, uma composição da invenção compreende BP539 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP700, BP753, BP814, BP1151, BP1176, e BP1168.[00115] In a particular embodiment, a composition of the invention comprises BP539 in combination with at least one more bacteriophage selected from among BP700, BP753, BP814, BP1151, BP1176, and BP1168.

[00116] Em uma outra modalidade particular, uma composição da invenção compreende BP1002 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP1151, BP1155, BP1168, BP1176 e BP1197.[00116] In another particular embodiment, a composition of the invention comprises BP1002 in combination with at least one more bacteriophage selected from among BP1151, BP1155, BP1168, BP1176 and BP1197.

[00117] Em uma outra modalidade particular, a composição compreende BP1155 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP1168, BP1197, BP1226, BP1229 e BP1176.[00117] In another particular embodiment, the composition comprises BP1155 in combination with at least one more bacteriophage selected from among BP1168, BP1197, BP1226, BP1229 and BP1176.

[00118] Em uma outra modalidade preferida, a composição compreende BP1151 em combinação com pelo menos mais um bacteriófago selecionado de entre BP1176, BP953, BP970, BP700 e BP1002.[00118] In another preferred embodiment, the composition comprises BP1151 in combination with at least one more bacteriophage selected from among BP1176, BP953, BP970, BP700 and BP1002.

[00119] Em uma outra modalidade preferida, a composição compreende BP953 e/ou BP 1168 e/ou BP1176, opcionalmente em combinação adicional com pelo menos um outro bacteriófago da invenção.[00119] In another preferred embodiment, the composition comprises BP953 and/or BP 1168 and/or BP1176, optionally in additional combination with at least one other bacteriophage of the invention.

[00120] A invenção se refere particularmente a uma composição que compreende uma combinação de bacteriófagos BP953 + BP1168. Uma tal composição pode matar as cepas de E. coli hemorrágicas testado 100 % e cerca de 70 % das 25 bactérias E. coli da Tabela 2 (ver Exemplo 3.1).[00120] The invention particularly relates to a composition comprising a combination of bacteriophages BP953 + BP1168. Such a composition can kill 100% of the hemorrhagic E. coli strains tested and about 70% of the 25 E. coli bacteria from Table 2 (see Example 3.1).

[00121] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP953 + BP1168 + BP1229. Essa composição pode matar as bactérias E. coli tipo O157, O144 e O104, incluindo as cepas hemorrágicas (ver Exemplo 3.2).[00121] The invention also relates to a composition comprising a combination of bacteriophages BP953 + BP1168 + BP1229. This composition can kill E. coli bacteria types O157, O144 and O104, including hemorrhagic strains (see Example 3.2).

[00122] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP953 + BP1151 + BP1155 + BP1176. Uma tal composição pode matar 80 % de todas as bactérias E. coli testadas isoladas a partir de hospitais (ver Exemplo 3.3).[00122] The invention also relates to a composition comprising a combination of bacteriophages BP953 + BP1151 + BP1155 + BP1176. Such a composition can kill 80% of all tested E. coli bacteria isolated from hospitals (see Example 3.3).

[00123] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP700 + BP953 + + BP970 + BP1002 + BP1176. Uma tal composição pode matar 100 % das bactérias E. coli tipo-ST131 testadas, pelo menos 80 % das bactérias ESBL E. coli testadas e, pelo menos, 93 % das bactérias E. coli tipo BMR testadas (ver Exemplo 3.4).[00123] The invention also relates to a composition comprising a combination of bacteriophages BP700 + BP953 + + BP970 + BP1002 + BP1176. Such a composition can kill 100% of the tested ST131-type E. coli bacteria, at least 80% of the tested ESBL E. coli bacteria, and at least 93% of the tested BMR-type E. coli bacteria (see Example 3.4).

[00124] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP1002 + BP1151 + BP1155 + BP1168 + BP1176. Essa composição pode matar 100 % das bactérias E. coli testadas causadoras de meningite. (ver Exemplo 3.5).[00124] The invention also relates to a composition comprising a combination of bacteriophages BP1002 + BP1151 + BP1155 + BP1168 + BP1176. This composition can kill 100% of tested E. coli bacteria that cause meningitis. (see Example 3.5).

[00125] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de bacteriófagos BP539 + BP700 + BP753 + BP814 + BP1151 + BP1176 + BP1168. Uma tal composição pode matar cerca de 96 % das 24 bactérias E. coli da coleção ECOR da Tabela 2 (ver Exemplo 3.6).[00125] The invention also relates to a composition comprising a combination of bacteriophages BP539 + BP700 + BP753 + BP814 + BP1151 + BP1176 + BP1168. Such a composition can kill about 96% of the 24 E. coli bacteria in the ECOR collection of Table 2 (see Example 3.6).

[00126] A invenção também se refere a uma composição compreendendo uma combinação de todos os bacteriófagos BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, ou variantes dos mesmos. Uma tal composição pode matar 100 % das 25 bactérias E. coli da Tabela 2 (ver Exemplo 3.7).[00126] The invention also relates to a composition comprising a combination of all bacteriophages BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or BP1229 , or variants thereof. Such a composition can kill 100% of the 25 E. coli bacteria from Table 2 (see Example 3.7).

[00127] Exemplos específicos de composições da invenção compreendem: . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 10 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 2 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 7 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 8 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 8 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 10 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; ou . um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 1 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 2 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 3 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 4 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma, e um bacteriófago possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma.[00127] Specific examples of compositions of the invention include: . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 or a sequence having at least 90% identity with it; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a sequence of nucleotides of SEQ ID NO: 12 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a sequence of nucleotides of SEQ ID NO: 8 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 or a sequence having at least 90% identity thereof the same; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a sequence of nucleotides of SEQ ID NO: 11 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 or a sequence having at least 90% identity thereof the same; or . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a sequence of nucleotides of SEQ ID NO: 4 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 or a sequence having at least 90% identity thereof the same, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 or a sequence having at least 90% identity thereto, and a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 or a sequence having at least 90% identity thereto.

[00128] Uma modalidade específica da invenção se refere a uma composição que compreende: . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 1 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 2 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 3 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade mesmos; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 4 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 5 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade mesmos; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 6 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 7 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 8 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 9 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % identidade mesmos; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 10 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 11 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 12 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 13 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 14 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma; e . uns bacteriófagos possuindo um genoma compreendendo uma sequência de nucleotídeos da SEQ ID NO: 15 ou uma sequência tendo pelo menos 90 % de identidade com a mesma.[00128] A specific embodiment of the invention refers to a composition comprising: . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13 or a sequence having at least 90% identity thereto; . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14 or a sequence having at least 90% identity thereto; It is . a bacteriophage having a genome comprising a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15 or a sequence having at least 90% identity thereto.

[00129] As composições da invenção exercem atividade lítica contra o agente patogênico bacteriano E. coli. As composições da invenção podem ainda compreender agentes antibacterianos adicionais, particularmente outros bacteriófagos possuindo especificidade ao hospedeiro distinta.[00129] The compositions of the invention exert lytic activity against the bacterial pathogen E. coli. The compositions of the invention may further comprise additional antibacterial agents, particularly other bacteriophages having distinct host specificity.

[00130] As composições preferidas da invenção são líticas contra as cepas de E. coli resistentes a antibióticos.[00130] The preferred compositions of the invention are lytic against antibiotic-resistant strains of E. coli.

[00131] Outras composições preferidas da invenção são líticas contra mais de que 90 % de todas as cepas bacterianas da coleção EcoR, uma coleção de E. coli de referência encontrada na natureza.[00131] Other preferred compositions of the invention are lytic against more than 90% of all bacterial strains in the EcoR collection, a reference collection of E. coli found in nature.

[00132] As composições antibacterianas da presente invenção podem estar em várias formas, tais como líquida, semilíquida, sólida ou formulações liofilizadas.[00132] The antibacterial compositions of the present invention can be in various forms, such as liquid, semi-liquid, solid or lyophilized formulations.

[00133] É desejado em um aspecto da invenção que a composição compreenda entre 10e2 e 10e12 UFP de pelo menos um bacteriófago da invenção, preferencialmente entre 10e5 e 10e10 UFP. Quando a composição antibacteriana compreende vários bacteriófagos tal como definido acima, é preferido que a composição compreendesse entre 10e2 e 10e12 UFP de cada bacteriófago da presente da invenção.[00133] It is desired in one aspect of the invention that the composition comprises between 10e2 and 10e12 PFU of at least one bacteriophage of the invention, preferably between 10e5 and 10e10 PFU. When the antibacterial composition comprises several bacteriophages as defined above, it is preferred that the composition comprises between 10e2 and 10e12 PFU of each bacteriophage of the present invention.

[00134] As composições da invenção podem compreender qualquer quantidade eficaz do(s) bacteriófago(s) selecionado(s). Preferencialmente, elas compreendem entre 10e2 e 10e12 UFP de cada um dos ditos bacteriófagos, preferencialmente entre 10e5 e 10e10 UFP. As quantidades relativas de cada tipo de bacteriófago em uma composição da invenção podem ser modificadas por um perito na arte. Tipicamente, quando a composição antibacteriana compreende vários bacteriófagos (n) distintos, tal como definido acima, o %A da quantidade total relativa de cada bacteriófago na composição é mais preferencialmente %A = (100/Ni)XV, em que n; representa o número de tipos distintos de bacteriófagos e V é um fator de variabilidade compreendido entre 0,2 e 5. Mais preferivelmente, V está compreendido entre 0,3 e 3, ainda mais preferencialmente entre 0,5 e 2, em geral, entre 0,8 e 1,5. Em uma modalidade típica, quando a composição antibacteriana compreende vários bacteriófagos tal como definido acima, é preferido que a composição compreendesse entre 10e2 e 10e12 UFP de cada bacteriófago da presente da invenção. Preferencialmente, cada tipo de bacteriófago está presente em uma composição da invenção em quantidades relativas aproximadamente iguais.[00134] The compositions of the invention may comprise any effective amount of the selected bacteriophage(s). Preferably, they comprise between 10e2 and 10e12 PFU of each of said bacteriophages, preferably between 10e5 and 10e10 PFU. The relative amounts of each type of bacteriophage in a composition of the invention can be modified by one skilled in the art. Typically, when the antibacterial composition comprises several distinct bacteriophages (n), as defined above, the %A of the relative total amount of each bacteriophage in the composition is more preferably %A = (100/Ni)XV, wherein n; represents the number of distinct types of bacteriophages and V is a variability factor comprised between 0.2 and 5. More preferably, V is comprised between 0.3 and 3, even more preferably between 0.5 and 2, in general, between 0.8 and 1.5. In a typical embodiment, when the antibacterial composition comprises several bacteriophages as defined above, it is preferred that the composition comprises between 10e2 and 10e12 PFU of each bacteriophage of the present invention. Preferably, each type of bacteriophage is present in a composition of the invention in approximately equal relative amounts.

[00135] As composições da invenção compreendem preferencialmente um diluente ou veículo adequado, tal como um excipiente ou veículo farmaceuticamente ou veterinário aceitável. As composições de acordo com a presente invenção podem incluir qualquer excipiente ou veículo, tais como espessantes, diluentes, tampões, conservantes, agentes tensoativos e semelhantes, adicionalmente ao(s) bacteriófago(s) de escolha. Tal inclui soluções fisiologicamente aceitáveis ou veículos que são inofensivos ou não causam qualquer reação imune específica ou não específica significativa a um organismo ou que não anula a atividade biológica do bacteriófago. Para a formulação líquida, solução salina, água estéril, solução de Ringer, solução salina fisiológica tamponada, solução de infusão de albumina, solução de dextrose, solução de maltodextrina, glicerol, etanol, e suas misturas podem ser usadas como um excipiente ou veículo farmaceuticamente ou veterinário aceitável. Se necessário, outros aditivos convencionais tais como agentes espessantes, diluentes, tampões, conservantes, agentes tensoativos, antioxidantes e agentes bacteriostáticos podem ser adicionados. Adicionalmente, diluentes, dispersantes, agentes tensoativos, ligantes e lubrificantes podem ser adicionalmente adicionados à composição para preparar formulações injetáveis, tais como soluções aquosas, suspensões, e emulsões, formulações orais, tais como comprimidos, cápsulas, grânulos, ou comprimidos, ou formulações em pó. As formulações para administração tópica podem incluir curativos, pensos, adesivos, filmes, pomadas, loções, cremes, géis, gotas, supositórios, sprays, nebulizadores, tampões, pensos higiênicos, líquidos e pós. As formulações para descontaminação ou para uso médico podem também incluem aerossóis ou sprays.[00135] The compositions of the invention preferably comprise a suitable diluent or carrier, such as a pharmaceutically or veterinary acceptable excipient or carrier. Compositions according to the present invention may include any excipient or carrier, such as thickeners, diluents, buffers, preservatives, surfactants and the like, in addition to the bacteriophage(s) of choice. This includes physiologically acceptable solutions or vehicles that are harmless or do not cause any significant specific or non-specific immune reaction to an organism or that do not abrogate the biological activity of the bacteriophage. For liquid formulation, saline solution, sterile water, Ringer's solution, buffered physiological saline solution, albumin infusion solution, dextrose solution, maltodextrin solution, glycerol, ethanol, and mixtures thereof can be used as an excipient or pharmaceutical carrier or acceptable veterinarian. If necessary, other conventional additives such as thickening agents, diluents, buffers, preservatives, surfactants, antioxidants and bacteriostatic agents can be added. Additionally, diluents, dispersants, surfactants, binders, and lubricants may be further added to the composition to prepare injectable formulations, such as aqueous solutions, suspensions, and emulsions, oral formulations, such as tablets, capsules, granules, or tablets, or tablet formulations. dust. Formulations for topical administration may include bandages, dressings, patches, films, ointments, lotions, creams, gels, drops, suppositories, sprays, nebulizers, tampons, sanitary pads, liquids and powders. Formulations for decontamination or medical use may also include aerosols or sprays.

[00136] As composições da invenção podem ser usadas no campo da medicina, incluindo as áreas de medicina humana ou veterinária, por exemplo, o tratamento de uma infecção em um mamífero ou para a melhoria do estado de um indivíduo.[00136] The compositions of the invention can be used in the field of medicine, including the areas of human or veterinary medicine, for example, the treatment of an infection in a mammal or for improving the condition of an individual.

[00137] As composições podem ser usadas para matar a bactéria E. coli, em um organismo, para o tratamento de uma infecção. A composição também pode ser usada para melhorar a condição de um mamífero através da modificação da flora microbiana no dito mamífero. Em particular, as composições da invenção podem especificamente remover as cepas de E. coli na pele ou membranas mucosas de um mamífero, modificando, assim, a sua flora microbiana e restaurar um equilíbrio adequado.[00137] The compositions can be used to kill E. coli bacteria in an organism to treat an infection. The composition can also be used to improve the condition of a mammal by modifying the microbial flora in said mammal. In particular, the compositions of the invention can specifically remove strains of E. coli on the skin or mucous membranes of a mammal, thereby modifying its microbial flora and restoring a proper balance.

[00138] Em uma modalidade particular, a invenção se refere também a um método para o tratamento de uma infecção em um mamífero, compreendendo a administração ao dito mamífero de uma composição ou bacteriófago ou ácido nucleico ou um polipeptídeo como definido acima.[00138] In a particular embodiment, the invention also relates to a method for treating an infection in a mammal, comprising administering to said mammal a composition or bacteriophage or nucleic acid or a polypeptide as defined above.

[00139] Em uma modalidade particular, o método compreende a administração de pelo menos um, preferencialmente, pelo menos dois, ainda mais preferencialmente, pelo menos três bacteriófagos selecionados a partir BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229, ou as suas variantes.[00139] In a particular embodiment, the method comprises administering at least one, preferably at least two, even more preferably at least three bacteriophages selected from BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002 , BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or BP1229, or variants thereof.

[00140] A invenção também se refere ao uso de uma composição, bacteriófago, ácido nucleico ou polipeptídeo, tal como descrito para a produção de um medicamento para o tratamento de uma infecção em um mamífero, ou para restaurar a flora microbiana no dito mamífero.[00140] The invention also relates to the use of a composition, bacteriophage, nucleic acid or polypeptide, as described for the production of a medicament for the treatment of an infection in a mammal, or for restoring the microbial flora in said mammal.

[00141] As composições ou agentes da invenção podem ser administrados por qualquer via conveniente, incluindo via intravenosa, oral, transdérmica, subcutânea, mucosa, intramuscular, intrapulmonar, intranasal, parenteral, retal, vaginal e tópica. Em uma modalidade preferida, os bacteriófagos ou composições são administrados por via tópica, por exemplo, pela aplicação na pele de um indivíduo. As composições podem ser administradas diretamente ou indiretamente, por exemplo, por meio de um suporte. A este respeito, as composições podem, por exemplo, ser aplicadas ou pulverizadas sobre a área atingida. As composições da invenção também podem ser administradas por via oral ou parenteral. A dosagem apropriada para a aplicação, pulverização, ou administração das composições da presente invenção podem ser ajustadas pelo perito na arte dependendo de uma variedade de fatores incluindo a formulação, modo de administração, idade, peso, sexo, condição, dieta do mamífero a ser tratada no momento da administração, via de administração e reação de sensibilidade. Um médico tendo capacidades normais na técnica pode facilmente determinar e prescrever a quantidade eficaz requerida da composição.[00141] The compositions or agents of the invention can be administered by any convenient route, including intravenous, oral, transdermal, subcutaneous, mucosal, intramuscular, intrapulmonary, intranasal, parenteral, rectal, vaginal and topical routes. In a preferred embodiment, the bacteriophages or compositions are administered topically, for example, by application to the skin of an individual. The compositions may be administered directly or indirectly, for example, via a support. In this regard, the compositions can, for example, be applied or sprayed onto the affected area. The compositions of the invention can also be administered orally or parenterally. The appropriate dosage for applying, spraying, or administering the compositions of the present invention can be adjusted by one skilled in the art depending on a variety of factors including the formulation, mode of administration, age, weight, sex, condition, diet of the mammal to be treated at the time of administration, route of administration and sensitivity reaction. A physician having ordinary skill in the art can easily determine and prescribe the required effective amount of the composition.

[00142] A dosagem pode também ser ajustada pelo perito na arte de modo em que é obtida uma atividade lítica contra E. coli resistentes aos antibióticos. Uma dose eficaz para obter uma atividade lítica in vivo inclui tipicamente uma concentração de pelo menos 10e2 UFP/ml, preferencialmente de cerca de 10e2 a 10e12 UFP/ml, dependendo da via de administração. A administração pode ser realizada apenas uma vez ou, se necessário, repetida.[00142] The dosage can also be adjusted by the person skilled in the art so that lytic activity against antibiotic-resistant E. coli is obtained. An effective dose to obtain lytic activity in vivo typically includes a concentration of at least 10e2 PFU/ml, preferably about 10e2 to 10e12 PFU/ml, depending on the route of administration. Administration can be carried out just once or, if necessary, repeated.

[00143] As composições da invenção podem ser administradas para o tratamento de infecções por E. coli tipicamente no trato respiratório, trato urinário, queimaduras, feridas, orelha, pele e tecidos moles, gastrointestinais ou infecções pós-cirúrgicas.[00143] The compositions of the invention can be administered for the treatment of E. coli infections typically in the respiratory tract, urinary tract, burns, wounds, ear, skin and soft tissue, gastrointestinal or post-surgical infections.

[00144] Tal como apresentado na seção experimental, os bacteriófagos e composições da invenção são capazes de matar seletivamente as bactérias E. coli, in vitro ou in vivo. As composições podem destruir as misturas de diferentes bactérias E. coli, mesmo in vivo, até mesmo em baixa dosagem. Além disso, as composições da invenção são eficazes para matar as bactérias incorporadas em biofilmes, o que é particularmente importante para as bactérias patogênicas. Além disso, as composições e bacteriófagos da invenção são estritamente incapazes de afetar células de mamíferos, e são, portanto, específicas e desprovidas de efeitos adversos in vivo.[00144] As presented in the experimental section, the bacteriophages and compositions of the invention are capable of selectively killing E. coli bacteria, in vitro or in vivo. The compositions can destroy mixtures of different E. coli bacteria, even in vivo, even at low dosage. Furthermore, the compositions of the invention are effective in killing bacteria embedded in biofilms, which is particularly important for pathogenic bacteria. Furthermore, the compositions and bacteriophages of the invention are strictly incapable of affecting mammalian cells, and are therefore specific and devoid of adverse effects in vivo.

[00145] A invenção também se refere ao uso de uma composição, bacteriófago, ácido nucleico ou um polipeptídeo da invenção para a descontaminação de um material. Devido ao seu potente efeito antibacteriano, e a sua capacidade até mesmo de comprometer a integridade de um biofilme bacteriano, as composições da invenção podem ser usadas como agente de descontaminação, para eliminar ou pelo menos causar uma redução no número de bactérias em um material. Tais métodos podem ser aplicados ao tratamento de uma variedade de superfícies biológicas ou não biológicas em ambos os contextos médicos e não médicos, incluindo materiais sólidos ou dispositivos, tais como, por exemplo, lentes de contato, superfícies de dispositivos a serem implantados no organismo, tubos, tubos, recipientes de laboratório, têxteis, etc...[00145] The invention also relates to the use of a composition, bacteriophage, nucleic acid or polypeptide of the invention for the decontamination of a material. Due to their potent antibacterial effect, and their ability to even compromise the integrity of a bacterial biofilm, the compositions of the invention can be used as a decontamination agent, to eliminate or at least cause a reduction in the number of bacteria in a material. Such methods can be applied to the treatment of a variety of biological and non-biological surfaces in both medical and non-medical contexts, including solid materials or devices such as, for example, contact lenses, surfaces of devices to be implanted in the body, tubes, tubes, laboratory containers, textiles, etc...

TESTES PREDITIVOS/DE DIAGNÓSTICO DA INVENÇÃOPREDICTIVE/DIAGNOSTIC TESTS OF THE INVENTION

[00146] A invenção também diz respeito a um método para prever ou determinar a eficácia de uma terapia de bacteriófago em um indivíduo, em que o método compreende uma etapa de determinação de uma atividade lítica de um ou mais bacteriófago selecionados de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229 para uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, tal atividade lítica sendo indicativa de um tratamento eficaz. Em um aspecto preferido, o método compreende ainda opcionalmente uma etapa de tratamento do dito indivíduo com um ou mais bacteriófagos, com uma atividade lítica contra uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo.[00146] The invention also relates to a method for predicting or determining the effectiveness of a bacteriophage therapy in an individual, wherein the method comprises a step of determining a lytic activity of one or more bacteriophages selected from BP539, BP700 , BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or BP1229 for a strain of E. coli from a sample of said individual, such lytic activity being indicative of effective treatment. In a preferred aspect, the method optionally further comprises a step of treating said individual with one or more bacteriophages, having a lytic activity against a strain of E. coli from a sample of said individual.

[00147] Em um outro aspecto, a invenção proporciona um método para selecionar um objeto ou determinar se um indivíduo é suscetível de se beneficiar de uma terapia com bacteriófagos, em que o método compreende a etapa de determinar uma atividade lítica de um ou mais bacteriófago selecionado de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229 a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais do bacteriófagos da invenção a pelo menos uma cepa de E. coli, indicando um indivíduo respondedor.[00147] In another aspect, the invention provides a method for selecting an object or determining whether an individual is likely to benefit from bacteriophage therapy, wherein the method comprises the step of determining a lytic activity of one or more bacteriophage selected from among BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or BP1229 to a strain of E. coli from a sample of said individual , a lytic activity of one or more of the bacteriophages of the invention to at least one strain of E. coli, indicating a responding individual.

[00148] Um outro objeto da invenção se refere a um método para prever a resposta de um indivíduo a uma terapia com bacteriófagos, em que o método compreende a etapa de determinar uma atividade lítica de um ou mais bacteriófagos selecionado de entre BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, e/ou BP1229 a uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo, uma atividade lítica de um ou mais bacteriófagos da invenção sendo indicativa de uma boa resposta ao dito tratamento.[00148] Another object of the invention relates to a method for predicting an individual's response to bacteriophage therapy, wherein the method comprises the step of determining a lytic activity of one or more bacteriophages selected from among BP539, BP700, BP753, BP814, BP953, BP954, BP970, BP1002, BP1151, BP1155, BP1168, BP1176, BP1197, BP1226, and/or BP1229 to a strain of E. coli from a sample of said individual, a lytic activity of one or more bacteriophages of the invention being indicative of a good response to said treatment.

[00149] Outros aspectos e vantagens da presente invenção serão revelados na seguinte seção experimental, que é apenas ilustrativa.[00149] Other aspects and advantages of the present invention will be revealed in the following experimental section, which is illustrative only.

EXEMPLOSEXAMPLES MATERIAIS E MÉTODOSMATERIALS AND METHODS ISOLAMENTO DE FAGOS E PREPARAÇÃOPHAGE ISOLATION AND PREPARATION

[00150] Bactérias E. coli RMD foram usadas para isolar e enriquecer cada bacteriófago virulento da água ambiental. As amostras ambientais e cultura durante a noite de bactérias em meio Luria Bertani (LB) foram misturadas e incubadas a 37 °C durante 24 h com agitação para enriquecer bacteriófagos específicos. Ao final da incubação, gotas de clorofórmio foram adicionadas à cultura. A cultura foi centrifugada a 11.000 g durante 5 minutos para remover as células bacterianas e detritos. O sobrenadante foi submetido a filtro de 0,2 Um para remover as células bacterianas residuais. A solução enriquecida de fagos foi plaqueada em meio de agar LB com E. coli incorporada. As placas formadas nas placas após incubação de 24 horas a 37 °C. Uma única placa foi escolhida para subsequente purificação e amplificação do fago. O fago foi então armazenado a 4 °C em uma suspensão em meio LB ou solução salina fisiológica.[00150] E. coli RMD bacteria were used to isolate and enrich each virulent bacteriophage from environmental water. Environmental samples and overnight culture of bacteria in Luria Bertani (LB) medium were mixed and incubated at 37 °C for 24 h with shaking to enrich specific bacteriophages. At the end of incubation, drops of chloroform were added to the culture. The culture was centrifuged at 11,000 g for 5 minutes to remove bacterial cells and debris. The supernatant was subjected to a 0.2 μm filter to remove residual bacterial cells. The phage-enriched solution was plated on LB agar medium with E. coli incorporated. Plaques formed on the plates after incubation for 24 hours at 37 °C. A single plaque was chosen for subsequent phage purification and amplification. The phage was then stored at 4°C in a suspension in LB medium or physiological saline.

[00151] A titulação do fago em uma suspensão foi calculada por contagem de placa (Postic, 1961). Diluições de 10 vezes da suspensão foram entregues em um tecido seco da cepa em propagação. As placas foram lidas após incubação durante a noite. O método de contagem da placa também permitiu a visualização da morfologia das placas.[00151] Phage titer in a suspension was calculated by plate count (Postic, 1961). 10-fold dilutions of the suspension were delivered onto a dry tissue of the propagating strain. Plates were read after overnight incubation. The plaque counting method also allowed visualization of plaque morphology.

DETERMINAÇÃO DA GAMA DE HOSPEDEIROSDETERMINATION OF HOST RANGE

[00152] A gama de hospedeiros de bacteriófagos foi determinada entre uma coleção de 26 E. coli a partir da coleção ECOR. 109 células bacterianas foram misturadas em ágar derretido e esta mistura foi vertida em ágar sólido para fazer placas de ágar de dupla camada. Após a solidificação, soluções de bacteriófagos isolados foram semeadas em cada placa com diferentes cepas da bactéria. Depois de permitir durante 20 min que as manchas da semeadura fossem absorvidas, as placas foram invertidas e incubadas durante 24 h a 37 °C, antes do grau de lise tenha sido recuperado.[00152] The host range of bacteriophages was determined among a collection of 26 E. coli from the ECOR collection. 109 bacterial cells were mixed in melted agar and this mixture was poured into solid agar to make double-layer agar plates. After solidification, solutions of isolated bacteriophages were seeded on each plate with different strains of the bacteria. After allowing 20 min for the seeding spots to be absorbed, the plates were inverted and incubated for 24 h at 37°C before the degree of lysis had recovered.

MICROSCOPIA ELETRÔNICAELECTRON MICROSCOPY

[00153] Eletromicrografias de cada fago foram tiradas com um microscópio eletrônico de transmissão.[00153] Electron micrographs of each phage were taken with a transmission electron microscope.

SEQUENCIAMENTO, ANÁLISE E ANOTAÇÃO DOS GENOMAS DOS FAGOSSEQUENCING, ANALYSIS AND ANNOTATION OF PHAGE GENOMES

[00154] Para isolar o ADN dos fagos, os fagos foram propagados como descrito acima. O ADN do fago foi isolado por extração com fenol:clorofórmio:álcool isoamílico (25:24:1, V/V), precipitação com etanol e solução em água. Sequenciamento do genoma inteiro foi feito e o algoritmo BLAST foi usado para determinar a semelhança com genes descritos na base de dados do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia [NCBI]. Os genomas foram verificados quanto a potenciais quadros abertos de leitura (ORF).[00154] To isolate phage DNA, phage were propagated as described above. Phage DNA was isolated by extraction with phenol:chloroform:isoamyl alcohol (25:24:1, V/V), ethanol precipitation and solution in water. Whole genome sequencing was done and the BLAST algorithm was used to determine similarity to genes described in the National Center for Biotechnology Information [NCBI] database. Genomes were checked for potential open reading frames (ORF).

EXEMPLO 1: CARACTERÍSTICAS E CINÉTICA DO BACTERIOFAGO-HOSPEDEIROEXAMPLE 1: CHARACTERISTICS AND KINETICS OF THE HOST BACTERIOPHAGE

[00155] Experiências de crescimento de uma etapa foram realizadas de acordo com as descrições anteriores para primeiramente determinar o tempo produtivo lítico, taxa de adsorção, e, em seguida, o tamanho da ruptura do fago. Para determinar as taxas de adsorção, amostras foram tomadas em diferentes intervalos de tempo para analisar as partículas livres de fagos nas soluções. Para tempo produtivo e a determinação do tamanho da ruptura do fago, bactérias E. coli foram misturadas com soluções de fagos e os fagos foram deixados adsorvendo durante 15 min. A mistura foi submetida a centrifugação imediatamente a 5000 rpm durante 10 min para remover as partículas livres de fagos. O sedimento foi ressuspenso em 5 de meio LB fresco e a cultura foi incubada continuamente a 37 °C. As amostras foram tomadas a intervalos de 3 min e o título do fago foi determinado. Estes resultados permitiram calcular o número de fagos produzidos por bactérias (tamanho da ruptura), tempo de produção e efeito produtivo lítico (EPL), como mostrado na Tabela 3 abaixo. TABELA 3 [00155] One-step growth experiments were performed according to the previous descriptions to first determine the lytic productive time, adsorption rate, and then the size of the phage rupture. To determine adsorption rates, samples were taken at different time intervals to analyze free phage particles in the solutions. For productive time and determination of phage burst size, E. coli bacteria were mixed with phage solutions and phages were allowed to adsorb for 15 min. The mixture was immediately centrifuged at 5000 rpm for 10 min to remove free phage particles. The pellet was resuspended in 5 µl of fresh LB medium and the culture was incubated continuously at 37°C. Samples were taken at 3 min intervals and phage titer was determined. These results allowed us to calculate the number of phages produced by bacteria (break size), production time and lytic productive effect (EPL), as shown in Table 3 below. TABLE 3

[00156] Estes resultados mostram que todos os fagos têm potente capacidade de produção e taxa de absorção viral. A maioria dos fagos têm um EPL abaixo de 5, o que demonstra um perfil notável. O fago 539 é particularmente eficaz a este respeito. Além disso, os diferentes EPL e tempos de adsorção permitem criar coquetéis com variabilidade selecionada.[00156] These results show that all phages have potent production capacity and viral absorption rate. Most phages have an EPL below 5, which demonstrates a remarkable profile. Phage 539 is particularly effective in this regard. Furthermore, the different EPL and adsorption times allow creating cocktails with selected variability.

EXEMPLO 2: PREPARAÇÃO DE UMA COMPOSIÇÃO DE COQUETELEXAMPLE 2: PREPARATION OF A COCKTAIL COMPOSITION

[00157] As seguintes composições de coquetel são constituídas, cada uma compreendendo entre 10-9 e 10-10 pfu de cada bacteriófago: TABELA 4 [00157] The following cocktail compositions are constituted, each comprising between 10-9 and 10-10 pfu of each bacteriophage: TABLE 4

[00158] As seguintes composições coquetel duais adicionais compreendendo todos os vários fagos são constituídas, cobrindo a mais importante diversidade de espécies de E. coli. TABELA 5A: COMPOSIÇÃO DE COQUETEL A: TABELA 5B: COMPOSIÇÃO DE COQUETEL B [00158] The following additional dual cocktail compositions comprising all the various phages are constituted, covering the most important diversity of E. coli species. TABLE 5A: COCKTAIL COMPOSITION A: TABLE 5B: COCKTAIL COMPOSITION B

EXEMPLO 3: SENSIBILIDADE DAS BACTÉRIAS AO COQUETEL DE BACTERIÓFAGOS DA INVENÇÃOEXAMPLE 3: SENSITIVITY OF BACTERIA TO THE BACTERIOPHAGE COCKTAIL OF THE INVENTION

[00159] Várias cepas de bactérias foram testadas com um coquetel de bacteriófago da invenção a 2,109 bacteriófagos/ml. Diferentes concentrações bacterianas foram plaqueadas no coquetel de bacteriófagos a 2,109 bacteriófagos/ml e incubados durante 24 h a 37 °C.[00159] Various strains of bacteria were tested with a bacteriophage cocktail of the invention at 2.109 bacteriophages/ml. Different bacterial concentrations were plated on the bacteriophage cocktail at 2.109 bacteriophages/ml and incubated for 24 h at 37 °C.

[00160] Coquetéis são testados em distintas bactérias E. coli listadas na tabela 2, bem como as bactérias E. coli adicionais, incluindo tipos de bactérias E. coli causadoras da meningite da coleção R. Debré (37 cepas), BLSE (5 cepas) e ST131 (9 cepas), bactérias E. coli derivadas de pacientes hospitalizados (35 cepas) e E. coli hemorrágicas tipo O157, O144 e O104 (3 cepas). O % de espécies de bactérias sensíveis aos coquetéis estão listados na Tabela 6 a seguir:[00160] Cocktails are tested on distinct E. coli bacteria listed in table 2, as well as additional E. coli bacteria, including types of meningitis-causing E. coli bacteria from the R. Debré collection (37 strains), BLSE (5 strains ) and ST131 (9 strains), E. coli bacteria derived from hospitalized patients (35 strains) and hemorrhagic E. coli types O157, O144 and O104 (3 strains). The % of bacterial species sensitive to cocktails are listed in Table 6 below:

EXEMPLO 3.1: EFICÁCIA DE COQUETEL IEXAMPLE 3.1: COCKTAIL EFFECTIVENESS I

[00161] Como se mostra na seguinte Tabela 6 abaixo, o coquetel I é capaz de destruir a 100 % das bactérias E. coli hemorrágicas testadas. TABELA 6 [00161] As shown in Table 6 below, cocktail I is capable of destroying 100% of the hemorrhagic E. coli bacteria tested. TABLE 6

[00162] Além disso, o coquetel I também pode destruir quase 70 % das 25 bactérias E. coli da tabela 2.[00162] Furthermore, cocktail I can also destroy almost 70% of the 25 E. coli bacteria in table 2.

EXEMPLO 3.2: EFICÁCIA DE COQUETEL IIEXAMPLE 3.2: COCKTAIL EFFECTIVENESS II

[00163] Como mostrado na seguinte Tabela 7, o coquetel II é capaz de destruir 100 % das bactérias E. coli hemorrágicas testadas. TABELA 7 [00163] As shown in the following Table 7, cocktail II is capable of destroying 100% of the hemorrhagic E. coli bacteria tested. TABLE 7

[00164] Além disso, coquetel II também pode destruir 76 % das 25 bactérias E. coli da tabela 2.[00164] Furthermore, cocktail II can also destroy 76% of the 25 E. coli bacteria in table 2.

EXEMPLO 3.3: EFICÁCIA DO COQUETEL IIIEXAMPLE 3.3: EFFECTIVENESS OF COCKTAIL III

[00165] Como se mostra na seguinte Tabela 8, o coquetel III é capaz de destruir, pelo menos, 80 % das cepas de E. coli testadas isoladas de pacientes hospitalizados. TABELA 8 [00165] As shown in the following Table 8, cocktail III is capable of destroying at least 80% of the E. coli strains tested isolated from hospitalized patients. TABLE 8

EXEMPLO 3.4: EFICÁCIA DE COQUETEL IVEXAMPLE 3.4: COCKTAIL IV EFFECTIVENESS

[00166] Como se mostra na seguinte Tabela 9, O coquetel IV é capaz de destruir as cepas tipo ST131 e BLSE de E. coli. TABELA 9 [00166] As shown in the following Table 9, Cocktail IV is capable of destroying ST131 and BLSE type strains of E. coli. TABLE 9

EXEMPLO 3.5: EFICÁCIA DE COQUETEL VEXAMPLE 3.5: COCKTAIL V EFFECTIVENESS

[00167] Como se mostra na seguinte Tabela 10, o coquetel V foi capaz de destruir 100 % das bactérias E. coli causadoras de meningite da coleção de R Debré. TABELA 10 [00167] As shown in the following Table 10, cocktail V was able to destroy 100% of the meningitis-causing E. coli bacteria in R Debré's collection. TABLE 10

EXEMPLO 3.6: EFICÁCIA DO COQUETEL VIEXAMPLE 3.6: EFFECTIVENESS OF COCKTAIL VI

[00168] O coquetel VI é capaz de destruir a cerca de 96 % das 24 bactérias E. coli da coleção ECOR como listados na Tabela 2.[00168] Cocktail VI is capable of destroying approximately 96% of the 24 E. coli bacteria from the ECOR collection as listed in Table 2.

EXEMPLO 3.7: EFICÁCIA DE COQUETÉIS A E BEXAMPLE 3.7: EFFECTIVENESS OF COCKTAILS A AND B

[00169] Coquetéis A e B são ambos capazes de 100 % das 25 bactérias E. coli listadas na tabela 2.[00169] Cocktails A and B are both capable of 100% of the 25 E. coli bacteria listed in table 2.

[00170] As bactérias foram ainda enumeradas e usadas para o cálculo da taxa de resistência (número de bactérias após incubação/número de bactérias plaqueadas). As taxas de resistência com coquetel A compreendendo os 15 tipos diferentes de bacteriófagos são mostradas na seguinte tabela 11: TABELA 11 [00170] The bacteria were also enumerated and used to calculate the resistance rate (number of bacteria after incubation/number of bacteria plated). Resistance rates with cocktail A comprising the 15 different types of bacteriophages are shown in the following table 11: TABLE 11

[00171] Todas as bactérias testadas são sensíveis às composições da invenção.[00171] All bacteria tested are sensitive to the compositions of the invention.

EXEMPLO 4: ESPECIFICIDADE DO COQUETELEXAMPLE 4: COCKTAIL SPECIFICITY

[00172] A especificidade coquetel foi confirmada por meio de testes em dez espécies de bactérias, incluindo Pseudomonas aeruginosa, Acinebacter baumanii, Enterobacter aerogenes C, Enterobacter asburiae, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas maltophila, Serratia marcescens.[00172] Cocktail specificity was confirmed through testing on ten species of bacteria, including Pseudomonas aeruginosa, Acinebacter baumanii, Enterobacter aerogenes C, Enterobacter asburiae, Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas maltophila, Serratia marcescens.

[00173] A Tabela 12 resume a atividade lítica observada para cada bacteriófago usado independentemente ou em combinação, tal como uma mistura de 15 bacteriófagos. TABELA 12 [00173] Table 12 summarizes the lytic activity observed for each bacteriophage used independently or in combination, such as a mixture of 15 bacteriophages. TABLE 12

[00174] A tabela acima mostra claramente que nenhuma atividade lítica sobre outras bactérias além das cepas de E. coli ocorreu. Os bacteriófagos e coquetel da invenção são, portanto, altamente específico para as cepas de E. coli.[00174] The table above clearly shows that no lytic activity on bacteria other than E. coli strains occurred. The bacteriophages and cocktail of the invention are therefore highly specific for E. coli strains.

EXEMPLO 5: EFICIÊNCIA DE BACTERIÓFAGOS NA CEPA DE E. COLI IN VITROEXAMPLE 5: EFFICIENCY OF BACTERIOPHAGES ON E. COLI IN VITRO STRAIN

[00175] Várias cepas da coleção EcoR foram escolhidas para representar a diversidade genética de E. coli e várias formas de resistência aos antibióticos. Cepas eram ou sensível ou resistente a um ou vários antibióticos. Elas foram cultivadas individualmente ou em combinação com 2 a 8 cepas. O coquetel de bacteriófago foi adicionado a um MOI de 1 a 10e-6, isto é, a uma razão de diluição (bactérias/fago) de 1 para 1 milhão.[00175] Several strains from the EcoR collection were chosen to represent the genetic diversity of E. coli and various forms of antibiotic resistance. Strains were either sensitive or resistant to one or several antibiotics. They were grown individually or in combination with 2 to 8 strains. The bacteriophage cocktail was added at an MOI of 1 to 10e-6, that is, at a dilution ratio (bacteria/phage) of 1 to 1 million.

[00176] Os resultados são apresentados na Figura 1 e na seguinte Tabela 13.[00176] The results are presented in Figure 1 and the following Table 13.

[00177] Tabela 13: Eficiência do coquetel de bacteriófagos obtidos in vitro sobre a mistura de E. coli: a 2,10e7 cfu/ml e em várias diluições: [00177] Table 13: Efficiency of the bacteriophage cocktail obtained in vitro on the E. coli mixture: at 2.10e7 cfu/ml and in various dilutions:

[00178] As composições da invenção são capazes de matar uma mistura de 8 cepas diferentes de bactérias E. coli. O coquetel permanece eficiente contra as 8 cepas, a uma diluição de 1/1000.[00178] The compositions of the invention are capable of killing a mixture of 8 different strains of E. coli bacteria. The cocktail remains efficient against the 8 strains, at a dilution of 1/1000.

EXEMPLO 6: EFICIÊNCIA DE BACTERIÓFAGOS SOBRE CEPAS DE E. COLI IN VIVOEXAMPLE 6: EFFICIENCY OF BACTERIOPHAGES ON E. COLI STRAINS IN VIVO

[00179] Uma cepa SH113 isolada, coletada em um paciente queimado em 2011, foi usada para as seguintes experiências.[00179] An isolated SH113 strain, collected from a burn patient in 2011, was used for the following experiments.

[00180] A cepa SH113 é resistente à ampicilina, ticarcilina, cefalotina, cefotaxima, ácido nalidíxico, norfloxacina, ofloxacina, ciprofloxacina.[00180] Strain SH113 is resistant to ampicillin, ticarcillin, cephalothin, cefotaxime, nalidixic acid, norfloxacin, ofloxacin, ciprofloxacin.

[00181] Camundongo SKH1 (ou camundongo sem pelos) foi usado como modelo de camundongo com infecção por E. coli. MODUS OPERANDI: (VER TABELA 14 ABAIXO) - Camundongos foram imunodeprimidos por 3 injeções IP de 1,5 mg de ciclofosfamida (CY), a cada 2 dias a partir do dia 3 antes da infecção. - Os camundongos foram queimados na pele por 2 μl de iperita líquida a 30 mg/kg. - A infecção dois dias após a queimadura por injeção subcutânea de uma suspensão de bactérias no local queimado TABELA 14 [00181] SKH1 mouse (or hairless mouse) was used as a mouse model with E. coli infection. MODUS OPERANDI: (SEE TABLE 14 BELOW) - Mice were immunosuppressed by 3 IP injections of 1.5 mg cyclophosphamide (CY), every 2 days starting from day 3 before infection. - Mice were burned on the skin by 2 μl of liquid iperite at 30 mg/kg. - Infection two days after the burn by subcutaneous injection of a suspension of bacteria into the burn site TABLE 14

[00182] Composições do coquetel foram preparadas de acordo com o exemplo 2 e compressas foram embebidas com o coquetel de bacteriófagos 10e7 fagos/ml antes de aplicar no Dia 0.[00182] Cocktail compositions were prepared according to example 2 and compresses were soaked with the bacteriophage cocktail 10e7 phages/ml before applying on Day 0.

[00183] Várias concentrações de cepas de E. coli foram testadas com 100μl do coquetel de bacteriófagos. Como mostrado na Figura 2, todas as cepas de E. coli foram mortas após 6h de tratamento.[00183] Various concentrations of E. coli strains were tested with 100μl of the bacteriophage cocktail. As shown in Figure 2, all E. coli strains were killed after 6 h of treatment.

[00184] Após a administração da cepa SH113 de E. coli por injeção subcutânea os camundongos SKH1, todos os camundongos morreram na ausência do tratamento suplementar. Nos camundongos tratados por injeção de um coquetel de bacteriófagos, tal como apresentado na Tabela 9 acima, foi observada uma taxa de sobrevivência notável (ver Figura 3): 100 % de sobrevivência para os camundongos SKH1 tratados subcutaneamente ou intravenosamente e sobrevivência de 65 % para o tratamento via intraperitoneal. Em comparação, foi observada uma taxa de sobrevivência de 80 % para os camundongos SKH1 tratados por uma dose dupla do antibiótico gentamicina no Dia 0 + 6 h e durante 7 dias consecutivos, incluindo 2 injeções no Dia 1.[00184] After administration of the SH113 strain of E. coli by subcutaneous injection to SKH1 mice, all mice died in the absence of supplementary treatment. In mice treated by injection of a bacteriophage cocktail as presented in Table 9 above, a remarkable survival rate was observed (see Figure 3): 100% survival for SKH1 mice treated subcutaneously or intravenously and 65% survival for intraperitoneal treatment. In comparison, an 80% survival rate was observed for SKH1 mice treated with a double dose of the antibiotic gentamicin on Day 0 + 6 h and for 7 consecutive days, including 2 injections on Day 1.

[00185] Uma notável taxa de sobrevivência de 100 % foi também obtida após o tratamento por via subcutânea com diluições 1/10, 1/100 e 1/1000 (por exemplo, 105 UFP por camundongo) do coquetel da invenção (ver Figura 4).[00185] A remarkable 100% survival rate was also obtained after subcutaneous treatment with 1/10, 1/100 and 1/1000 dilutions (e.g., 105 PFU per mouse) of the cocktail of the invention (see Figure 4 ).

[00186] De acordo, as composições da invenção podem tratar uma infecção in vivo e podem induzir uma taxa de sobrevivência de 100 % em camundongos infectados.[00186] Accordingly, the compositions of the invention can treat an infection in vivo and can induce a 100% survival rate in infected mice.

REFERÊNCIASREFERENCES

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Claims (14)

1. Composição antibacteriana, caraterizada por compreender pelo menos: (a) um bacteriófago com atividade lítica a uma cepa de Escherichia coli (E. coli), e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 7; (b) um bacteriófago com atividade lítica a uma cepa de E. coli, sendo selecionado de entre bacteriófagos possuindo um genoma que consiste em uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 6, 8 e 10 a 15; e (c) um excipiente ou veículo farmaceuticamente aceitável.1. Antibacterial composition, characterized by comprising at least: (a) a bacteriophage with lytic activity against a strain of Escherichia coli (E. coli), and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7; (b) a bacteriophage having lytic activity against a strain of E. coli, being selected from among bacteriophages having a genome consisting of a nucleotide sequence selected from any of the SEQ ID NOs: 1 to 6, 8 and 10 to 15 ; and (c) a pharmaceutically acceptable excipient or carrier. 2. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caraterizada por compreender pelo menos: (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 7; (b) pelo menos dois bacteriófagos diferentes com atividade lítica para uma cepa de E. coli selecionados a partir bacteriófagos que têm um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 6, 8 e 10 a 15; e (c) um excipiente ou veículo farmaceuticamente aceitável.2. Composition, according to claim 1, characterized by comprising at least: (a) a bacteriophage with lytic activity towards a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 ; (b) at least two different bacteriophages with lytic activity toward a strain of E. coli selected from bacteriophages that have a genome consisting of a nucleotide sequence of any of SEQ ID NOs: 1 to 6, 8 and 10 to 15 ; and (c) a pharmaceutically acceptable excipient or carrier. 3. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caraterizada por compreender pelo menos: (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 7; (b) pelo menos três bacteriófagos diferentes com atividade lítica para uma cepa de E. coli selecionados a partir bacteriófagos que têm um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 6, 8 e 10 a 15; e (c) um excipiente ou veículo farmaceuticamente aceitável.3. Composition, according to claim 1, characterized by comprising at least: (a) a bacteriophage with lytic activity towards a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 ; (b) at least three different bacteriophages with lytic activity towards a strain of E. coli selected from bacteriophages that have a genome consisting of a nucleotide sequence of any of SEQ ID NOs: 1 to 6, 8 and 10 to 15 ; and (c) a pharmaceutically acceptable excipient or carrier. 4. Composição, de acordo com a reivindicação 1, caracterizada por compreender: - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 2; - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 5; - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 7; - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 8; - um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 12; e - um excipiente ou veículo farmaceuticamente aceitável.4. Composition, according to claim 1, characterized by comprising: - a bacteriophage with lytic activity towards a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2; - a bacteriophage with lytic activity towards a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5; - a bacteriophage with lytic activity towards a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7; - a bacteriophage with lytic activity towards a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8; - a bacteriophage with lytic activity towards a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12; and - a pharmaceutically acceptable excipient or carrier. 5. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 4, caraterizada por ser lítica contra as cepas de E. coli resistentes a antibióticos.5. Composition, according to any one of claims 1 to 4, characterized by being lytic against antibiotic-resistant strains of E. coli. 6. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 5, caraterizada por ser lítica contra mais de que 90 % de todas as cepas bacterianas da coleção EcoRI.6. Composition, according to any one of claims 1 to 5, characterized by being lytic against more than 90% of all bacterial strains of the EcoRI collection. 7. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 6, caraterizada por ser uma formulação líquida, semilíquida, sólida ou liofilizada.7. Composition, according to any one of claims 1 to 6, characterized by being a liquid, semi-liquid, solid or lyophilized formulation. 8. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 7, caraterizada por compreender entre 10e2 e 10e12 UFP do bacteriófago.8. Composition, according to any one of claims 1 to 7, characterized by comprising between 10e2 and 10e12 PFU of the bacteriophage. 9. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caraterizada por ser para o tratamento de uma infecção em um mamífero.9. Composition, according to any one of claims 1 to 8, characterized by being for the treatment of an infection in a mammal. 10. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caraterizada por ser para melhorar a condição de um mamífero através da modificação da flora microbiana no dito mamífero.10. Composition according to any one of claims 1 to 8, characterized in that it is for improving the condition of a mammal by modifying the microbial flora in said mammal. 11. Composição, de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caraterizada por ser para a descontaminação de um material.11. Composition, according to any one of claims 1 to 8, characterized by being for the decontamination of a material. 12. Método para a preparação de uma composição, conforme definida em qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizado por compreender separadamente produzir ditos bacteriófagos, e combinar os ditos bacteriófagos com um veículo ou excipiente farmaceuticamente aceitável.12. Method for preparing a composition, as defined in any one of claims 1 to 8, characterized in that it comprises separately producing said bacteriophages, and combining said bacteriophages with a pharmaceutically acceptable carrier or excipient. 13. Método in vitro para prever ou determinar a eficácia de uma terapia de bacteriófago em um indivíduo, caracterizado pelo método compreender a etapa de determinar in vitro a atividade lítica de uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo de uma combinação de pelo menos (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 7, e (b) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 6, 8 e 10 a 15, e em que uma atividade lítica de uma combinação de ditos bacteriófagos para, pelo menos, uma cepa de E. coli a partir da dita amostra do dito indivíduo, é indicativo de um tratamento eficaz.13. In vitro method for predicting or determining the effectiveness of a bacteriophage therapy in an individual, characterized by the method comprising the step of determining in vitro the lytic activity of a strain of E. coli from a sample of said individual from a combination of at least (a) a bacteriophage with lytic activity for a strain of E. coli and having a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7, and (b) a bacteriophage with lytic activity for a strain of E. coli and which has a genome consisting of a nucleotide sequence selected from any of the SEQ ID NOs: 1 to 6, 8 and 10 to 15, and in which a lytic activity of a combination of said bacteriophages to, at least one strain of E. coli from said sample from said individual is indicative of an effective treatment. 14. Método in vitro para selecionar um indivíduo ou determinar se um indivíduo é suscetível de se beneficiar de uma terapia com bacteriófagos, caracterizado pelo método compreender a etapa de determinar in vitro uma atividade lítica de uma cepa de E. coli a partir de uma amostra do dito indivíduo de uma combinação de pelo menos (a) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência de nucleotídeos de SEQ ID NO: 7; e (b) um bacteriófago com atividade lítica para uma cepa de E. coli e que tem um genoma que consiste em uma sequência nucleotídica selecionada a partir de qualquer uma das SEQ ID NOs: 1 a 6, 8 e 10 a 15; e em que a presença de uma atividade lítica de dita combinação de ditos bacteriófagos é indicativa de um indivíduo respondedor.14. In vitro method for selecting an individual or determining whether an individual is likely to benefit from bacteriophage therapy, characterized by the method comprising the step of determining in vitro a lytic activity of an E. coli strain from a sample from said individual a combination of at least (a) a bacteriophage having lytic activity towards a strain of E. coli and having a genome consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7; and (b) a bacteriophage having lytic activity towards a strain of E. coli and having a genome consisting of a nucleotide sequence selected from any of SEQ ID NOs: 1 to 6, 8 and 10 to 15; and wherein the presence of a lytic activity of said combination of said bacteriophages is indicative of a responding individual.
BR122022026618-5A 2014-01-10 2015-01-09 Antibacterial composition, method for preparing a composition, in vitro method to predict or determine the efficacy of a bacteriophage therapy in an individual, and in vitro method to select an individual or determine whether an individual is likely to benefit from therapy a therapy WITH BACTERIOPHAGES BR122022026618B1 (en)

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