BR112023019465A2 - Modelo de aprendizado de máquina para detectar uma bolha dentro de uma lâmina de amostra de nucleotídeo para sequenciamento - Google Patents

Modelo de aprendizado de máquina para detectar uma bolha dentro de uma lâmina de amostra de nucleotídeo para sequenciamento

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Abstract

trata-se de métodos, sistemas e mídia não transitória legível por computador para detectar com precisão e eficiência quando bolhas impactam as rodadas de sequenciamento de ácido nucleico com base em dados capturados durante (ou derivados de) chamadas de base durante rodadas de sequenciamento. em particular, em uma ou mais modalidades, os sistemas revelados recebem dados que identificam chamadas de nucleobase e dados que identificam métricas de qualidade para as chamadas de nucleobase durante ciclos de sequenciamento. com base em chamadas específicas de nucleobase e marcadores de limite para as métricas de qualidade, o sistema revelado utiliza um modelo de aprendizado de máquina para detectar a presença de uma bolha em uma lâmina de amostra de nucleotídeo. além de simplesmente detectar a presença de uma bolha, o sistema revelado pode também classificar diferentes bolhas detectadas, como bolhas de ar, bolhas de óleo ou bolhas fantasma, ou outras saídas durante o sequenciamento. utilizando dados de chamada e métricas de qualidade, o sistema da revelação pode usar dados de sequenciamento prontamente disponíveis em uma abordagem independente de plataforma para detectar bolhas usando um modelo de aprendizado de máquina treinado exclusivamente.
BR112023019465A 2021-04-02 2022-03-23 Modelo de aprendizado de máquina para detectar uma bolha dentro de uma lâmina de amostra de nucleotídeo para sequenciamento BR112023019465A2 (pt)

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Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11520844B2 (en) * 2021-04-13 2022-12-06 Casepoint, Llc Continuous learning, prediction, and ranking of relevancy or non-relevancy of discovery documents using a caseassist active learning and dynamic document review workflow

Family Cites Families (33)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2044616A1 (en) 1989-10-26 1991-04-27 Roger Y. Tsien Dna sequencing
US5846719A (en) 1994-10-13 1998-12-08 Lynx Therapeutics, Inc. Oligonucleotide tags for sorting and identification
US5750341A (en) 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
GB9620209D0 (en) 1996-09-27 1996-11-13 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
GB9626815D0 (en) 1996-12-23 1997-02-12 Cemu Bioteknik Ab Method of sequencing DNA
ES2563643T3 (es) 1997-04-01 2016-03-15 Illumina Cambridge Limited Método de secuenciación de ácido nucleico
US6969488B2 (en) 1998-05-22 2005-11-29 Solexa, Inc. System and apparatus for sequential processing of analytes
US6274320B1 (en) 1999-09-16 2001-08-14 Curagen Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7001792B2 (en) 2000-04-24 2006-02-21 Eagle Research & Development, Llc Ultra-fast nucleic acid sequencing device and a method for making and using the same
EP1975251A3 (en) 2000-07-07 2009-03-25 Visigen Biotechnologies, Inc. Real-time sequence determination
EP1354064A2 (en) 2000-12-01 2003-10-22 Visigen Biotechnologies, Inc. Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity
US7057026B2 (en) 2001-12-04 2006-06-06 Solexa Limited Labelled nucleotides
ES2407681T3 (es) 2002-08-23 2013-06-13 Illumina Cambridge Limited Nucleótidos modificados para la secuenciación de polinucleótidos.
GB0321306D0 (en) 2003-09-11 2003-10-15 Solexa Ltd Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues
JP2007525571A (ja) 2004-01-07 2007-09-06 ソレクサ リミテッド 修飾分子アレイ
CA2579150C (en) 2004-09-17 2014-11-25 Pacific Biosciences Of California, Inc. Apparatus and method for analysis of molecules
WO2006064199A1 (en) 2004-12-13 2006-06-22 Solexa Limited Improved method of nucleotide detection
JP4990886B2 (ja) 2005-05-10 2012-08-01 ソレックサ リミテッド 改良ポリメラーゼ
GB0514936D0 (en) 2005-07-20 2005-08-24 Solexa Ltd Preparation of templates for nucleic acid sequencing
US7405281B2 (en) 2005-09-29 2008-07-29 Pacific Biosciences Of California, Inc. Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor
EP3373174A1 (en) 2006-03-31 2018-09-12 Illumina, Inc. Systems and devices for sequence by synthesis analysis
WO2008051530A2 (en) 2006-10-23 2008-05-02 Pacific Biosciences Of California, Inc. Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing
EP4134667A1 (en) 2006-12-14 2023-02-15 Life Technologies Corporation Apparatus for measuring analytes using fet arrays
US8349167B2 (en) 2006-12-14 2013-01-08 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays
US8262900B2 (en) 2006-12-14 2012-09-11 Life Technologies Corporation Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays
CA2676570C (en) * 2007-01-26 2016-05-03 Illumina, Inc. Nucleic acid sequencing system and method
US8392126B2 (en) 2008-10-03 2013-03-05 Illumina, Inc. Method and system for determining the accuracy of DNA base identifications
US20100137143A1 (en) 2008-10-22 2010-06-03 Ion Torrent Systems Incorporated Methods and apparatus for measuring analytes
US8951781B2 (en) 2011-01-10 2015-02-10 Illumina, Inc. Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis
SI3623481T1 (sl) 2011-09-23 2022-01-31 Illumina, Inc. Sestavki za sekvenciranje nukleinske kisline
CA2867665C (en) 2012-04-03 2022-01-04 Illumina, Inc. Integrated optoelectronic read head and fluidic cartridge useful for nucleic acid sequencing
WO2020047177A1 (en) * 2018-08-28 2020-03-05 Essenlix Corporation Assay accuracy improvement
US11733151B2 (en) * 2019-04-05 2023-08-22 Essenlix Corporation Assay detection, accuracy and reliability improvement

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