AR125316A1 - COMPOSITIONS AND METHODS FOR GENERATING gd T CELLS FROM INDUCED PLURIPOTENT STEM CELLS - Google Patents

COMPOSITIONS AND METHODS FOR GENERATING gd T CELLS FROM INDUCED PLURIPOTENT STEM CELLS

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AR125316A1
AR125316A1 ARP220100882A ARP220100882A AR125316A1 AR 125316 A1 AR125316 A1 AR 125316A1 AR P220100882 A ARP220100882 A AR P220100882A AR P220100882 A ARP220100882 A AR P220100882A AR 125316 A1 AR125316 A1 AR 125316A1
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exogenous polynucleotide
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ARP220100882A
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Mark Wallet
Toshinobu Nishimura
Mark Mendonca
Andriana Lebid
Brenda Salantes
Katherine Santostefano
Michael Francis Naso
Budda Gurung
Zengrong Zhu
Barry Morse
Luis Borges
Casale Christina Del
Marilda Beqiri
Lucas Thompson
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Century Therapeutics Inc
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Se proporcionan métodos para generar células T gd a partir de células madre pluripotentes inducidas. Además se proporcionan iPSCs, células T gd, células CAR-T gd modificadas genéticamente, y métodos de uso de las mismas. Reivindicación 11: Una célula T derivada de la iPSC de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 - 10. Reivindicación 12: Una célula madre pluripotente inducida (iPSC) o una célula T derivada de la misma que comprende: uno o más polinucleótidos que codifican un receptor de células T gd reordenado (TCR) y un polinucleótido exógeno que codifica un receptor de antígeno quimérico (CAR); y una o más de los siguientes elementos adicionales: a. un polinucleótido exógeno que codifica un polipéptido de muerte celular artificial; b. una deleción o expresión reducida de uno o más genes entre B2M, TAP 1, TAP 2, Tapasina, RFXANK, CIITA, RFX5 y RFXAP; c. una deleción o expresión reducida de los genes RAG1 y RAG2; d. un polinucleótido exógeno que codifica una variante que no ocurre naturalmente de FcgRIII (CD16); e. un polinucleótido exógeno que codifica interleucina 15 (IL-15) y/o receptor de IL-15 o una variante o truncamiento del mismo; f. un polinucleótido exógeno que codifica un receptor de interleucina 7 (IL-7) constitutivamente activo o una variante del mismo; g. un polinucleótido exógeno que codifica interleucina 12 (IL-12) o interleucina 21 (IL-21) o una variante de las mismas; h. un polinucleótido exógeno que codifica antígeno leucocitario humano E (HLA-E) y/o antígeno leucocitario humano G (HLA-G); i. un polinucleótido exógeno que codifica el clúster de diferenciación del antígeno de superficie leucocitario CD47 (CD47) y/o CD24; o j. un polinucleótido exógeno que codifica una o más proteínas indicadoras o para imágenes, como PSMA o HSV-tk. Reivindicación 38: Una célula madre pluripotente inducida (iPSC) o una célula T que comprende: (i) un polinucleótido exógeno que codifica un receptor de antígeno quimérico (CAR) que tiene la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 61; (ii) un polinucleótido exógeno que codifica un polipéptido de muerte celular artificial que comprende un dominio inductor de la apoptosis que tiene la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 71; (iii) un polinucleótido que codifica un locus del receptor de células T reordenado (TCR) que comprende un TCR γ que tiene la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 133, 135, o 150 y un TCR d que tiene la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 134, 136, o 151; y (iv) opcionalmente, un polinucleótido exógeno que codifica un antígeno leucocitario humano E (HLA-E) que tiene la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 66; en donde uno o más de los polinucleótidos exógenos están integrados en los loci de los genes AAVS1, CIITA y B2M, para en consecuencia eliminar o reducir la expresión de CIITA y B2M. Reivindicación 39: Una composición que comprende la célula T de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 11 - 38. Reivindicación 47: Un método de elaboración de la célula T de acuerdo con la reivindicación 11 o 12, que comprende diferenciar una célula iPSC de acuerdo con la reivindicación 1 en condiciones de diferenciación celular para obtener así la célula T. Reivindicación 50: Una célula progenitora hematopoyética CD34+ (HPC) derivada de una célula madre pluripotente inducida (iPSC) que comprende uno o más polinucleótidos que codifican un receptor de células T gd reordenado (TCR) y un polinucleótido exógeno que codifica un receptor de antígeno quimérico (CAR); y una o más de los siguientes elementos adicionales: (a) un polinucleótido exógeno que codifica un polipéptido de muerte celular artificial; (b) una deleción o expresión reducida de uno o más genes entre B2M, TAP 1, TAP 2, Tapasina, RFXANK, CIITA, RFX5 y RFXAP; (c) una deleción o expresión reducida de los genes RAG1 y RAG2; (d) un polinucleótido exógeno que codifica una variante que no ocurre naturalmente de FcgRIII (CD16); (e) un polinucleótido exógeno que codifica interleucina 15 (IL-15) y/o el receptor de interleucina (IL-15) o una variante o truncamiento del mismo; (f) un polinucleótido exógeno que codifica un receptor de interleucina 7 (IL-7) constitutivamente activo o una variante del mismo; (g) un polinucleótido exógeno que codifica interleucina 12 (IL-12) o interleucina 21 (IL-21) o una variante de las mismas; (h) un polinucleótido exógeno que codifica antígeno leucocitario humano E (HLA-E) y/o antígeno leucocitario humano G (HLA-G);(i) un polinucleótido exógeno que codifica el clúster de diferenciación del antígeno de superficie leucocitario CD47 (CD47) y/o CD24; o (j) un polinucleótido exógeno que codifica una o más proteínas indicadoras o para imágenes, como PSMA o HSV-tk. Reivindicación 55: Un polipéptido de muerte celular artificial que comprende una timidina quinasa del virus del herpes simple (HSV-tk) fusionada a un polipéptido del antígeno de membrana específico de la próstata (PSMA) mediante un enlazador. Reivindicación 61: Un polipéptido de muerte celular artificial que comprende un polipéptido del antígeno de membrana específico de la próstata (PSMA) y un clúster de diferenciación 24 (CD24) operativamente unido por una secuencia peptídica de autoproteasa. Reivindicación 64: Una iPSC o célula T que comprende un polipéptido de muerte celular artificial de cualquiera de las reivindicaciones 55 - 60. Reivindicación 65: Una iPSC o célula T que comprende un polipéptido de muerte celular artificial de cualquiera de las reivindicaciones 61 - 63. Reivindicación 66: Una célula madre pluripotente inducida (iPSC) o una célula T derivada de la misma que comprende: uno o más polinucleótidos que codifican (a) un receptor de células T gd reordenado (TCR) (b) un polinucleótido exógeno que codifica un receptor de antígeno quimérico (CAR); y (c) un polipéptido de muerte celular artificial que comprende una timidina quinasa del virus del herpes simple (HSV-tk) fusionada a un polipéptido del antígeno de membrana específico de la próstata (PSMA) mediante un enlazador. Reivindicación 67: Un polipéptido variante DLL4 recombinante que tiene una secuencia de aminoácidos seleccionada entre las SEQ ID Nº 140 - 142. Reivindicación 68: Un método para diferenciar iPSCs en células T que comprende el cultivo de células en un medio que comprende una variante de la proteína tipo Delta 4 recombinante (DLL4) seleccionada entre los polipéptidos de la reivindicación 67.Methods for generating gd T cells from induced pluripotent stem cells are provided. In addition, iPSCs, gd T cells, genetically modified CAR-T gd cells, and methods of using the same are provided. Claim 11: An iPSC-derived T cell according to any of claims 1-10. Claim 12: An induced pluripotent stem cell (iPSC) or a T cell derived therefrom comprising: one or more polynucleotides encoding a gd T cell receptor rearranged (TCR) and an exogenous polynucleotide encoding a chimeric antigen receptor (CAR); and one or more of the following additional elements: a. an exogenous polynucleotide encoding an artificial cell death polypeptide; b. a deletion or reduced expression of one or more genes among B2M, TAP 1, TAP 2, Tapasin, RFXANK, CIITA, RFX5 and RFXAP; c. a deletion or reduced expression of the RAG1 and RAG2 genes; d. an exogenous polynucleotide encoding a non-naturally occurring variant of FcgRIII (CD16); and. an exogenous polynucleotide encoding interleukin 15 (IL-15) and/or IL-15 receptor or a variant or truncation thereof; F. an exogenous polynucleotide encoding a constitutively active interleukin 7 (IL-7) receptor or a variant thereof; g. an exogenous polynucleotide encoding interleukin 12 (IL-12) or interleukin 21 (IL-21) or a variant thereof; h. an exogenous polynucleotide encoding human leukocyte antigen E (HLA-E) and/or human leukocyte antigen G (HLA-G); Yo. an exogenous polynucleotide encoding the leukocyte surface antigen differentiation cluster CD47 (CD47) and/or CD24; or j. an exogenous polynucleotide encoding one or more imaging or reporter proteins, such as PSMA or HSV-tk. Claim 38: An induced pluripotent stem cell (iPSC) or T cell comprising: (i) an exogenous polynucleotide encoding a chimeric antigen receptor (CAR) having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 61; (ii) an exogenous polynucleotide encoding an artificial cell death polypeptide comprising an apoptosis-inducing domain having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 71; (iii) a polynucleotide encoding a rearranged T cell receptor (TCR) locus comprising a γ TCR having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 133, 135, or 150 and a d TCR having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 134, 136, or 151; and (iv) optionally, an exogenous polynucleotide encoding a human leukocyte antigen E (HLA-E) having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 66; wherein one or more of the exogenous polynucleotides are integrated into the AAVS1, CIITA and B2M gene loci, thereby eliminating or reducing the expression of CIITA and B2M. Claim 39: A composition comprising the T cell according to any of claims 11-38. Claim 47: A method of making the T cell according to claim 11 or 12, comprising differentiating an iPSC cell according to claim 1 under conditions of cellular differentiation to thereby obtain the T cell. Claim 50: A CD34+ hematopoietic progenitor cell (HPC) derived from an induced pluripotent stem cell (iPSC) comprising one or more polynucleotides encoding a gd T cell receptor rearranged (TCR) and an exogenous polynucleotide encoding a chimeric antigen receptor (CAR); and one or more of the following additional elements: (a) an exogenous polynucleotide encoding an artificial cell death polypeptide; (b) a deletion or reduced expression of one or more genes among B2M, TAP 1, TAP 2, Tapasin, RFXANK, CIITA, RFX5 and RFXAP; (c) a deletion or reduced expression of the RAG1 and RAG2 genes; (d) an exogenous polynucleotide encoding a non-naturally occurring variant of FcgRIII (CD16); (e) an exogenous polynucleotide encoding interleukin 15 (IL-15) and/or the interleukin (IL-15) receptor or a variant or truncation thereof; (f) an exogenous polynucleotide encoding a constitutively active interleukin 7 (IL-7) receptor or a variant thereof; (g) an exogenous polynucleotide encoding interleukin 12 (IL-12) or interleukin 21 (IL-21) or a variant thereof; (h) a foreign polynucleotide encoding human leukocyte antigen E (HLA-E) and/or human leukocyte antigen G (HLA-G); (i) a foreign polynucleotide encoding the CD47 leukocyte surface antigen differentiation cluster (CD47 ) and/or CD24; or (j) an exogenous polynucleotide encoding one or more imaging or reporter proteins, such as PSMA or HSV-tk. Claim 55: An artificial cell death polypeptide comprising a herpes simplex virus thymidine kinase (HSV-tk) fused to a prostate-specific membrane antigen (PSMA) polypeptide via a linker. Claim 61: An artificial cell death polypeptide comprising a prostate-specific membrane antigen (PSMA) polypeptide and a differentiation cluster 24 (CD24) operably linked by an autoprotease peptide sequence. Claim 64: An iPSC or T cell comprising an artificial cell death polypeptide of any of claims 55-60. Claim 65: An iPSC or T cell comprising an artificial cell death polypeptide of any of claims 61-63. Claim 66: An induced pluripotent stem cell (iPSC) or a T cell derived therefrom comprising: one or more polynucleotides encoding (a) a gd T cell receptor rearranged (TCR) (b) an exogenous polynucleotide encoding a chimeric antigen receptor (CAR); and (c) an artificial cell death polypeptide comprising a herpes simplex virus thymidine kinase (HSV-tk) fused to a prostate-specific membrane antigen (PSMA) polypeptide via a linker. Claim 67: A recombinant DLL4 variant polypeptide having an amino acid sequence selected from SEQ ID NOs: 140-142. Claim 68: A method of differentiating iPSCs into T cells comprising culturing the cells in a medium comprising a variant of the Recombinant Delta 4-like protein (DLL4) selected from the polypeptides of claim 67.

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