Se describen métodos, aparatos y sistemas para tamizar, analizar y seleccionar microorganismos de comunidades heterogéneas complejas, predecir e identificar relaciones funcionales e interacciones de estas y sintetizar conjuntos microbianos en función de estos. También se describen métodos para identificar y determinar el conteo celular absoluto de tipos y cepas de microorganismos, y también identificar las relaciones de red entre los microorganismos activos y los parámetros ambientales. Reivindicación 1: Un método, que comprende: obtener al menos dos muestras que comparten al menos una característica común y que tienen al menos una característica diferente; para cada muestra, detectar la presencia de uno o más tipos de microorganismos en cada muestra; determinar una cantidad de cada tipo de microorganismo detectado de uno o más tipos de microorganismos en cada muestra; medir un número de primeros marcadores únicos en cada muestra, y cantidad de estos, donde cada primer marcador único es un marcador de una cepa de microorganismo; integrar el número de cada tipo de microorganismo y el número de los primeros marcadores para proporcionar el conteo celular absoluto de cada cepa de microorganismos presente en cada muestra; medir al menos un segundo marcador único para cada cepa de microorganismos en función de un umbral específico para determinar un nivel de actividad para esa cepa de microorganismo en cada muestra; filtrar el conteo celular absoluto por la actividad determinada para proporcionar una lista de cepas de microorganismos activas y sus conteos celulares absolutos respectivos para cada una de al menos dos muestras; comparar los conteos celulares absolutos filtrados de cepas de microorganismos activas para cada una de al menos dos muestras con al menos un metadato medido o cepa de microorganismos activa adicional para cada una de al menos dos muestras y categorizar las cepas de microorganismos activas en al menos dos grupos según la función y/o química predicha; seleccionar al menos una cepa de microorganismos de al menos dos grupos y combinar dicha al menos una cepa de microorganismos seleccionada de al menos dos grupos para formar un conjunto de microorganismos configurado para alterar una propiedad que corresponde de dicho al menos un metadato. Reivindicación 82: Un método implementado por procesador, que comprende: recibir datos de muestra de al menos dos muestras que comparten al menos una característica común y que tienen al menos una característica diferente; para cada muestra, determinar la presencia de uno o más tipos de microorganismos en cada muestra; determinar un número de cada tipo de microorganismo detectado de uno o más tipos de microorganismos en cada muestra; determinar un número de primeros marcadores únicos en cada muestra, y cantidad de estos, donde cada primer marcador único es un marcador de una cepa de microorganismo; integrar, mediante un procesador, el número de cada tipo de microorganismo y el número de los primeros marcadores para obtener el conteo celular absoluto de cada cepa de microorganismos presente en cada muestra; determinar un nivel de actividad para cada cepa de microorganismos en cada muestra en función de una medición de al menos un segundo marcador único para cada cepa de microorganismos que excede un umbral específico, donde una cepa de microorganismos se identifica como activa si la medición de al menos un segundo marcador único para esa cepa excede el umbral correspondiente; filtrar el conteo celular absoluto de cada cepa de microorganismos por la actividad determinada para proporcionar una lista de cepas de microorganismos activas y sus conteos celulares absolutos respectivos para cada una de al menos dos muestras; llevar a cabo un análisis de red, mediante al menos un procesador, de los conteos celulares absolutos filtrados de cepas de microorganismos activas para cada una de al menos dos muestras con al menos un metadato medido o cepa de microorganismos activa adicional para cada una de al menos dos muestras, el análisis de red incluye determinar puntuaciones de coeficiente de información maximal entre cada cepa de microorganismos activa y cada cepa de microorganismos activa por medio y determinar las puntuaciones de coeficiente de información maximal entre cada cepa de microorganismos activa y al menos un metadato medido respectivo o cepa de microorganismos activa adicional; categorizar las cepas de microorganismos activas según la función y/o química predichas; identificar una pluralidad de cepas de microorganismos activas en función de la categorización; y producir la pluralidad identificada de cepas de microorganismos activas.Methods, devices and systems are described to screen, analyze and select microorganisms from complex heterogeneous communities, predict and identify functional relationships and interactions of these and synthesize microbial assemblies based on these. Methods to identify and determine the absolute cell count of types and strains of microorganisms are also described, and also to identify the network relationships between active microorganisms and environmental parameters. Claim 1: A method, comprising: obtaining at least two samples that share at least one common characteristic and that have at least one different characteristic; for each sample, detect the presence of one or more types of microorganisms in each sample; determine an amount of each type of microorganism detected from one or more types of microorganisms in each sample; measure a number of first unique markers in each sample, and quantity thereof, where each first unique marker is a marker of a microorganism strain; integrate the number of each type of microorganism and the number of the first markers to provide the absolute cell count of each strain of microorganisms present in each sample; measure at least a second unique marker for each strain of microorganisms based on a specific threshold to determine an activity level for that strain of microorganism in each sample; filter the absolute cell count by the activity determined to provide a list of active microorganism strains and their respective absolute cell counts for each of at least two samples; compare the filtered absolute cell counts of active microorganism strains for each of at least two samples with at least one measured metadata or additional active microorganism strain for each of at least two samples and categorize the active microorganism strains into at least two groups according to the predicted function and / or chemistry; selecting at least one strain of microorganisms from at least two groups and combining said at least one strain of microorganisms selected from at least two groups to form a set of microorganisms configured to alter a property corresponding to said at least one metadata. Claim 82: A method implemented by processor, comprising: receiving sample data from at least two samples that share at least one common characteristic and that have at least one different characteristic; for each sample, determine the presence of one or more types of microorganisms in each sample; determine a number of each type of microorganism detected from one or more types of microorganisms in each sample; determine a number of first unique markers in each sample, and quantity thereof, where each first unique marker is a marker of a microorganism strain; integrate, by means of a processor, the number of each type of microorganism and the number of the first markers to obtain the absolute cell count of each strain of microorganisms present in each sample; determine a level of activity for each strain of microorganisms in each sample based on a measurement of at least a second unique marker for each strain of microorganisms that exceeds a specific threshold, where a strain of microorganisms is identified as active if the measurement of minus a second single marker for that strain exceeds the corresponding threshold; filter the absolute cell count of each strain of microorganisms by the activity determined to provide a list of active microorganism strains and their respective absolute cell counts for each of at least two samples; carry out a network analysis, by at least one processor, of the filtered absolute cell counts of strains of active microorganisms for each of at least two samples with at least one measured metadata or strain of additional active microorganisms for each of the At least two samples, the network analysis includes determining maximal information coefficient scores between each active microorganism strain and each active microorganism strain through and determining the maximal information coefficient scores between each active microorganism strain and at least one metadata respective measure or strain of additional active microorganisms; categorize strains of active microorganisms according to the predicted function and / or chemistry; identify a plurality of strains of active microorganisms based on categorization; and produce the identified plurality of strains of active microorganisms.