RU2788814C1 - Method for minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors with specification of the degree of malignancy - Google Patents

Method for minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors with specification of the degree of malignancy Download PDF

Info

Publication number
RU2788814C1
RU2788814C1 RU2022115677A RU2022115677A RU2788814C1 RU 2788814 C1 RU2788814 C1 RU 2788814C1 RU 2022115677 A RU2022115677 A RU 2022115677A RU 2022115677 A RU2022115677 A RU 2022115677A RU 2788814 C1 RU2788814 C1 RU 2788814C1
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
mir
hsa
δct
cel
malignancy
Prior art date
Application number
RU2022115677A
Other languages
Russian (ru)
Inventor
Антон Андреевич Пушкин
Олег Иванович Кит
Эдуард Евгеньевич Росторгуев
Инна Арнольдовна Новикова
Елена Алексеевна Дженкова
Наталья Николаевна Тимошкина
Дмитрий Юрьевич Гвалдин
Сергей Эммануилович Кавицкий
Original Assignee
федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии"Министерства здравоохранения Российской Федерации
Filing date
Publication date
Application filed by федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии"Министерства здравоохранения Российской Федерации filed Critical федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии"Министерства здравоохранения Российской Федерации
Application granted granted Critical
Publication of RU2788814C1 publication Critical patent/RU2788814C1/en

Links

Abstract

FIELD: medicine.
SUBSTANCE: invention relates to medicine, namely to molecular oncology, and can be used for minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors with specification of the degree of malignancy. Microrna expression is analyzed in the plasma sample. High specific primers are used for hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p and cel-miR-39 -5p. The values are calculated cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-3180-3p = Ct hsa-miR-3180-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-let-7c-5p = Ct hsa-let -7c-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-190b-5p = Ct hsa-miR-190b-5p – Ct cel-miR-39-5p, where Ct is the threshold cycle number after which an increase in signal relative to background values is achieved. With a value of ΔCt hsa-miR-21-5p ≥ 1.7, meningioma is diagnosed. With the values ΔCt hsa-miR-21-5p < 1.7, ΔCt hsa-miR-342-3p ≥ 2.9 and ΔCt hsa-miR-3180-3p < 13, glioma is diagnosed. With a value of ΔCt hsa-miR-21-5p < -1.4, the GIV degree of malignancy is determined - glioblastoma. At the values of ΔCt hsa-let-7c-5p < 0.76 and ΔCt hsa-miR-190b-5p < 10, grade GIII of malignancy is established - anaplastic astrocytoma. At values of ΔCt hsa-let-7c-5p < 0.76 and ΔCt hsa-miR-190b-5p < 10, GII degree of malignancy is established - diffuse astrocytoma.
EFFECT: method provides for the creation and implementation of a new, universal, inexpensive and accurate test system for the diagnosis of the most common primary brain tumors, in particular meningiomas and glial tumors, through the use of highly specific primers for hsa-miR-21-5p, hsa-miR- 342-3p, hsa-miR-3180-3, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p and cel-miR-39-5p.
1 cl, 1 tbl, 4 ex

Description

Изобретение относится к медицине, а именно к молекулярной онкологии, и может найти применение для малоинвазивной скрининговой диагностики менингиом и опухолей глиального ряда с уточнением их степени злокачественности.SUBSTANCE: invention relates to medicine, namely to molecular oncology, and can be used for minimally invasive screening diagnostics of meningiomas and glial tumors with specification of their degree of malignancy.

Наиболее встречаемыми типами первичных опухолей головного мозга являются глиомы и менингиомы, которые в совокупности составляют 60% от всех первичных опухолей головного мозга (см. Росторгуев, Э.Е. Новые подходы к диагностике и экспериментальной терапии глиальных опухолей высокой степени злокачественности: Автореф. дисс.....д-ра мед. наук: 14.01.12 — Ростов-на-Дону, 2021.).The most common types of primary brain tumors are gliomas and meningiomas, which together account for 60% of all primary brain tumors (see Rostorguev, E.E. New approaches to the diagnosis and experimental therapy of high-grade glial tumors: Abstract of the thesis. .... Doctor of Medical Sciences: 01/14/12 - Rostov-on-Don, 2021.).

Глиомы развиваются из глиальных клеток и классифицируются по гистопатологическим и молекулярным признакам на четыре класса, чаще всего на глиомы низкой степени злокачественности (LGG, GI – плацентарная астроцитома и GII – диффузная астроцитома) и глиомы высокой степени злокачественности (HGG, GIII – анапластическая астроцитома и GIV - глиобластома), где наиболее часто встречаемая — глиобластома. Так как прогноз и стратегия лечения пациентов с глиомой зависят от степени злокачественности опухоли, установка точного диагноза имеет важное клиническое значение (см. Altieri R. et al. Molecular biology of gliomas: present and future challenges //Translational medicine@ UniSa. – 2014. – Т. 10. – С. 29).Gliomas develop from glial cells and are classified according to histopathological and molecular features into four classes, most commonly low-grade gliomas (LGG, GI - placental astrocytoma and GII - diffuse astrocytoma) and high-grade gliomas (HGG, GIII - anaplastic astrocytoma and GIV - glioblastoma), where the most common is glioblastoma. Since the prognosis and treatment strategy of patients with glioma depend on the degree of tumor malignancy, making an accurate diagnosis is of great clinical importance (see Altieri R. et al. Molecular biology of gliomas: present and future challenges //Translational medicine@ UniSa. - 2014. - T. 10. - S. 29).

Глиомы встречается с частотой с частотой 4,7–5,7 случаев на каждые 100 000 человек и является одной из самых агрессивных опухолей головного мозга, так как даже после проведения комбинированный терапии медиана показателей общей выживаемости составляет всего около 14,6 месяцев (см. Ostrom Q. T. et al. Response to “the epidemiology of glioma in adults: a ‘state of the science’review” //Neuro-oncology. – 2015. – Т. 17. – №. 4. – С. 624-626.). В свою очередь, менингиомы в большинстве случаев являются медленно растущими опухолями и представляют собой наиболее распространенные первичные опухоли головного мозга у взрослых, характеризующиеся почти в два раза более частым возникновением у женщин, чем у мужчин. Большинство менингиом -доброкачественные опухоли (см. Shaikh N., Dixit K., Raizer J. Recent advances in managing/understanding meningioma //F1000Research. – 2018. – Т. 7.). Gliomas occur at a frequency of 4.7–5.7 cases per 100,000 people and are among the most aggressive brain tumors, with a median overall survival rate of only about 14.6 months even after combination therapy (see Table 1). Ostrom Q. T. et al. Response to “the epidemiology of glioma in adults: a 'state of the science'review" // Neuro-oncology. - 2015. - V. 17. - No. 4. - P. 624-626. ). In turn, meningiomas are in most cases slow-growing tumors and are the most common primary brain tumors in adults, characterized by almost twice the incidence in women than in men. Most meningiomas are benign tumors (see Shaikh N., Dixit K., Raizer J. Recent advances in managing/understanding meningioma // F1000Research. - 2018. - V. 7.).

Прогноз и терапия зависят от раннего определения типа опухоли головного мозга, а точное определение степени злокачественности имеет решающее значение в качестве жизни пациента. Современные подходы к диагностике основаны на методах визуализации - компьютерная томография (КТ), магнитно-резонансная томография (МРТ) с последующим гистологическим и молекулярно-генетическим исследованием опухолевой ткани. Гистологическое и молекулярно-генетическое исследование опухолевого материала, полученного в результате циторедукции или биопсии в настоящее время являются золотым стандартом морфогенетической диагностики глиом. Некоторые глиальные опухоли недоступны для проведения игольчатой биопсии из-за своей локализации, например при расположении в стволе головного мозга (см. Faulkner H. et al. The surgical resection of brainstem glioma: Outcomes and prognostic factors //World neurosurgery. – 2021. – Т. 146. – С. e639-e650.). Более того, ткань, полученная в результате игольчатой стереотаксической биопсии, не всегда охватывает морфологическую и молекулярно-генетическую гетерогенность всей опухолевой массы (см. Wang J., Bettegowda C. Applications of DNA-based liquid biopsy for central nervous system neoplasms //The Journal of Molecular Diagnostics. – 2017. – Т. 19. – №. 1. – С. 24-34.).Prognosis and therapy depend on early detection of the type of brain tumor, and accurate grading is critical to the patient's quality of life. Modern approaches to diagnostics are based on imaging methods - computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI) followed by histological and molecular genetic examination of tumor tissue. Histological and molecular genetic study of tumor material obtained as a result of cytoreduction or biopsy is currently the gold standard for the morphogenetic diagnosis of gliomas. Some glial tumors are not available for needle biopsy due to their localization, for example, when located in the brainstem (see Faulkner H. et al. The surgical resection of brainstem glioma: Outcomes and prognostic factors // World neurosurgery. - 2021. - T. 146. - S. e639-e650.). Moreover, the tissue obtained as a result of stereotaxic needle biopsy does not always cover the morphological and molecular genetic heterogeneity of the entire tumor mass (see Wang J., Bettegowda C. Applications of DNA-based liquid biopsy for central nervous system neoplasms //The Journal of Molecular Diagnostics. - 2017. - V. 19. - No. 1. - P. 24-34.).

Исследования циркулирующих микроРНК в плазме крови представляют надежные и воспроизводимые результаты по диагностике ряда онкологических заболеваний, в том числе первичных опухолей головного мозга (см. Butz H. Circulating Noncoding RNAs in Pituitary Neuroendocrine Tumors—Two Sides of the Same Coin //International Journal of Molecular Sciences. – 2022. – Т. 23. – №. 9. – С. 5122.) Studies of circulating microRNAs in blood plasma provide reliable and reproducible results in the diagnosis of a number of oncological diseases, including primary brain tumors (see Butz H. Circulating Noncoding RNAs in Pituitary Neuroendocrine Tumors—Two Sides of the Same Coin //International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - V. 23. - No. 9. - P. 5122.)

Анализ патентных источников показал наличие способа ранней диагностики глиомы (см. Патент RU 2 772 193 C1, опубликовано 18.05.2022, Бюл. № 14). Патент описывает способ, включающий выбор последовательности ДНК-олигонуклеотидных зондов, комплементарной к участкам кольцевой РНК, ассоциированной с развитием глиомы, и последующую регистрацию кольцевой РНК, циркулирующей в крови пациента, с помощью биосенсора нанопроволочного чипа. По образованию комплексов между указанными последовательностями ДНК-олигонуклеотидных зондов и комплементарными им участками кольцевой РНК диагностируют глиому. An analysis of patent sources showed the availability of a method for early diagnosis of glioma (see Patent RU 2 772 193 C1, published on May 18, 2022, Bull. No. 14). The patent describes a method involving selection of a sequence of DNA oligonucleotide probes complementary to glioma-associated cRNA regions and subsequent registration of cRNA circulating in the patient's blood using a nanowire chip biosensor. By the formation of complexes between the indicated sequences of DNA oligonucleotide probes and their complementary sections of circular RNA, glioma is diagnosed.

Описанный способ имеет принципы, схожие с нашим способом, но в качестве диагностических молекул используются кольцевые РНК. Кроме того, описанный способ позволяет выявить глиальные опухоли, но без уточнения степени злокачественности и не позволяет дифференцировать глиому от менингиомы.The described method has principles similar to our method, but circular RNAs are used as diagnostic molecules. In addition, the described method allows to identify glial tumors, but without specifying the degree of malignancy and does not allow to differentiate glioma from meningioma.

Техническим результатом заявляемого способа является создание и внедрение новой, универсальной, не дорогостоящей и точной тест-системы с высокоспецифичными последовательностями синтетических олигонуклеотидов для диагностики наиболее распространенных первичных опухолей головного мозга, в частности менингиом и опухолей глиального ряда.The technical result of the proposed method is the creation and implementation of a new, versatile, inexpensive and accurate test system with highly specific synthetic oligonucleotide sequences for the diagnosis of the most common primary brain tumors, in particular meningiomas and glial tumors.

Технический результат достигается тем, что проводят анализ экспрессии микроРНК в образце плазмы, включющий внесение экзогенного контроля в образец плазмы и выделение тотальной РНК, обратную транскрипцию с последующей амплификацией в режиме реального времени, при этом используют высокоспецифичные праймеры для hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p и hsa-miR-3180-3, hsa-miR-21-5p, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p и cel-miR-39-5p, анализируют полученные данные и вычисляют значения ΔCt hsa-miR-21-5p =Ct hsa-miR-21-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-342-3p =Ct hsa-miR-342-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-3180-3p =Ct hsa-miR-3180-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-let-7c-5p =Ct hsa-let-7c-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-190b-5p =Ct hsa-miR-190b-5p – Ct cel-miR-39-5p, где Ct - номер порогового цикла, после которого достигается повышение сигнала относительно фоновых значений, при значении ΔCt hsa-miR-21-5p ≥ 1.7 устанавливают диагноз менингиома, при значениях ΔCt hsa-miR-21-5p < 1.7, ΔCt hsa-miR-342-3p ≥2.9 и ΔCt hsa-miR-3180-3p <13 устанавливают диагноз глиома; при значении ΔCt hsa-miR-21-5p <-1,4 устанавливают GIV степень злокачественности - глиобластома, при значениях ΔCt hsa-let-7c-5p ≥ 0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p ≥10 устанавливают GIII степень злокачественности – анапластическая астроцитома, при значениях ΔCt hsa-let-7c-5p < 0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p < 10 устанавливают GII степень злокачественности – диффузная астроцитома.The technical result is achieved by analyzing the expression of microRNA in a plasma sample, including the introduction of an exogenous control into the plasma sample and the isolation of total RNA, reverse transcription followed by real-time amplification, while using highly specific primers for hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p and hsa-miR-3180-3, hsa-miR-21-5p, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p and cel-miR-39-5p, analyze the obtained data and calculate values cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-3180-3p =Ct hsa-miR-3180-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-let-7c-5p =Ct hsa-let-7c -5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-190b-5p =Ct hsa-miR-190b-5p – Ct cel-miR-39-5p, where Ct is the threshold cycle number after which the increase is achieved signal relative to background values, with ΔCt hsa-miR-21-5p ≥ 1.7, meningioma is diagnosed, with ΔCt hsa-miR-21-5p < 1.7, ΔCt hsa-miR-342-3p ≥2.9 and ΔCt hsa-miR-3180-3p <13 establish the diagnosis of glioma; with a value of ΔCt hsa-miR-21-5p <-1.4, the GIV degree of malignancy is determined - glioblastoma, with the values of ΔCt hsa-let-7c-5p ≥ 0.76 and ΔCt hsa-miR-190b-5p ≥10, the GIII degree of malignancy is determined - anaplastic astrocytoma, with ΔCt hsa-let-7c-5p < 0.76 and ΔCt hsa-miR-190b-5p < 10, grade GII is established - diffuse astrocytoma.

Способ малоинвазивной диагностики менингиом и опухолей глиального ряда реализуется путем оценки экспрессии микроРНК hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p и hsa-miR-3180-3p относительно экзогенного контроля cel-miR-39-5p в образцах плазмы крови. При выявлении глиальной опухоли головного мозга данный способ позволяет установить степень злокачественности путем оценки экспрессии hsa-miR-21-5p, hsa-let-7c-5p и hsa-miR-190b-5p относительно экзогенного контроля cel-miR-39-5p в образцах плазмы крови.A method for minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors is implemented by evaluating the expression of microRNA hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p and hsa-miR-3180-3p relative to the exogenous control of cel-miR-39-5p in blood plasma samples . When detecting a glial tumor of the brain, this method allows you to determine the degree of malignancy by evaluating the expression of hsa-miR-21-5p, hsa-let-7c-5p and hsa-miR-190b-5p relative to the exogenous control cel-miR-39-5p in samples blood plasma.

Способ является новым, так как оценка экспрессии сигнатуры данных микроРНК раннее не использовалась с целью малоинвазитвной дифференциальной диагностики менингиом и опухолей гиального ряда, и позволяет оценить степень злокачественности глиомы.The method is new, since the assessment of the expression of the microRNA data signature has not previously been used for the purpose of minimally invasive differential diagnosis of meningiomas and hyal tumors, and allows assessing the degree of malignancy of glioma.

В предварительном исследовании была проведена оценка относительной экспрессии hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3p, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p в образцах плазмы крови условно-здоровых добровольцев, пациентов с менингиомой и пациентов с глиальными опухолями различной степени злокачественности (GII-GIV).In a preliminary study, the relative expression of hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3p, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p in plasma samples was evaluated blood of apparently healthy volunteers, patients with meningioma and patients with glial tumors of varying degrees of malignancy (GII-GIV).

Для способа были разработаны специфичные олигонуклеотидные прямые и обратные праймеры для hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3p, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p, cel-miR-39-5p (см. таблица 1).For the method, specific oligonucleotide forward and reverse primers were developed for hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3p, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p , cel-miR-39-5p (see table 1).

Таблица 1.Table 1.

Наименование
микроРНК
Name
miRNA
Последовательность
микроРНК
Sequence
miRNA
ПоследовательностьSequence
hsa-miR-21-5p hsa-miR-21-5p UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGAUAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA F: CGCAGTAGCTTATCAGACTG (SEQ ID №1)
R: GGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTCAACAT (SEQ ID №2)
F: CGCAGTAGCTTATCAGACTG (SEQ ID #1)
R: GGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTCAACAT (SEQ ID #2)
hsa-miR-342-3phsa-miR-342-3p UCUCACACAGAAAUCGCACCCGUUCUCACACAGAAAUCGCACCCGU F: CGCAGTCTCACACAGAAATC (SEQ ID №3)
R: CAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTACGGGT (SEQ ID №4)
F: CGCAGTCTCACACAGAAATC (SEQ ID No. 3)
R: CAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTACGGGT (SEQ ID No. 4)
hsa-miR-3180-3phsa-miR-3180-3p UGGGGCGGAGCUUCCGGAGGCUGGGGCGGAGCUUCCGGAGGC F: CGCAGGGGGCGGAGCT (SEQ ID №5)
R: AGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTGGCCT (SEQ ID №6)
F: CGCAGGGGGCGGAGCT (SEQ ID No. 5)
R: AGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTGGCCT (SEQ ID No. 6)
hsa-let-7c-5phsa-let-7c-5p UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUUUGAGGUAGGUAGGUUGUAUGGUU F: CGCAGTGAGGTAGTAGGTTGTA (SEQ ID №7)
R: CAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTAACCA (SEQ ID №8)
F: CGCAGTGAGGTAGTAGGTTGTA (SEQ ID No. 7)
R: CAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTAACCA (SEQ ID No. 8)
hsa-miR-190b-5phsa-miR-190b-5p UGAUAUGUUUGAUAUUGGGUUGUGAUAUGUUUGAUAUUGGGUUG F: CGCAGTGATATGTTTGATATTGG (SEQ ID №9)
R: CAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTCAAC (SEQ ID №10)
F: CGCAGTGATATGTTTGATATTGG (SEQ ID No. 9)
R: CAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTCAC (SEQ ID NO. 10)
cel-miR-39-5pcel-miR-39-5p GCAGAGCTGATTTCGTCTTGGCAGAGCTGATTTCGTCTTG F: GCAGAGCTGATTTCGTCTTG (SEQ ID №9)
R: GGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTATTAC (SEQ ID №9)
F: GCAGAGCTGATTTCGTCTTG (SEQ ID No. 9)
R: GGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTATTAC (SEQ ID No. 9)
Универсальный RT-праймерUniversal RT primer CAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTVN (SEQ ID №13) , где V представляет собой A, C и G, а N представляет собой A, C, G и TCAGGTCCAGTTTTTTTTTTTTTVN (SEQ ID NO. 13) where V is A, C and G and N is A, C, G and T

Заявленный способ осуществляется следующим образом:The claimed method is carried out as follows:

На первом этапе образцы крови объемом 6 мл получают путем венепункции в вакутейнеры, содержащие K2ЭДТА. После взятия пробирки перемешивают переворачиванием в течение 10 сек. и хранят до обработки не более 30 минут при +4ºC. Для получения плазмы кровь центрифугируют при 1500g, +4ºC в течение 10 минут. Бесклеточную фракцию переносят в новую пробирку и центрифугируют при 12000g, +4ºC в течение 10 минут, супернатант отбирают и хранят при -80ºC.In the first step, 6 ml blood samples are obtained by venipuncture into vacutainers containing K 2 EDTA. After taking the tubes, mix by inverting for 10 seconds. and store before processing no more than 30 minutes at +4ºC. To obtain plasma, the blood is centrifuged at 1500g, +4ºC for 10 minutes. The cell-free fraction is transferred to a new tube and centrifuged at 12000g, +4ºC for 10 minutes, the supernatant is collected and stored at -80ºC.

На втором проводят выделение фракции циркулирующих микроРНК из образцов плазмы с использованием набора miRNeasy Serum/Plasma Kit (Qiagen, Германия) с учетом рекомендаций производителя. Фракцию микроРНК элюируют в 15 мкл ультрачистой воды. Перед выделением в образце плазмы вносят 5 мкл 5мМ экзогенного еонтроля cel-miR-39-5p. At the second stage, the fraction of circulating microRNAs is isolated from plasma samples using the miRNeasy Serum/Plasma Kit (Qiagen, Germany), taking into account the manufacturer's recommendations. The miRNA fraction is eluted in 15 µl of ultrapure water. Prior to isolation, 5 µl of 5 mM exogenous control cel-miR-39-5p is added to the plasma sample.

На третьем этапе проводят синтез кДНК с использованием смеси реактивов, включающую 1x реакционный буфер, 0.1 мМ АТФ, 1 мкМ универсального праймера для обратной транскрипции, 0.1 мМ смеси дидезоксинуклеотидов (dATP, dCTP, dGTP and dTTP), 10 ед/мкл обратной транскриптазы MMLV (Евроген, Россия), 0.1 ед/мкл поли(А)-полимеразы (New England Biolabs, США), 1 ед/мкл Ribolock ингибитора РНКаз (Thermo Fisher Scientific, США), 1 мМ DTT и 14 мкл элюата, содержащего фракцию микроРНК, общий объем смеси составляет 26 мкл. Реакционную смесь инкубируют при 42 °C в течение часа, с последующей инактивацией ферментов при 95°C в течение 5 минут с использованием амплификатора C1000 touch (Bio-Rad Laboratories, США).At the third stage, cDNA synthesis is carried out using a mixture of reagents, including 1x reaction buffer, 0.1 mM ATP, 1 μM universal primer for reverse transcription, 0.1 mM mixture of dideoxynucleotides (dATP, dCTP, dGTP and dTTP), 10 u/μl of MMLV reverse transcriptase ( Evrogen, Russia), 0.1 U/µL poly(A) polymerase (New England Biolabs, USA), 1 U/µL RNase inhibitor Ribolock (Thermo Fisher Scientific, USA), 1 mM DTT, and 14 µL eluate containing the miRNA fraction, the total volume of the mixture is 26 μl. The reaction mixture is incubated at 42°C for an hour, followed by enzyme inactivation at 95°C for 5 minutes using a C1000 touch cycler (Bio-Rad Laboratories, USA).

На четвертом этапе полученную комплементарную ДНК (кДНК) используют для проведения полимеразной цепной реакции в общем объеме 20 мкл в присутствии 5 мкл 10х разведенной кДНК, 1x EvaGreen (Евроген, Россия), 1х реакционного буфера, 0.2 мМ смеси дидезоксинуклеотидов (dATP, dCTP, dGTP and dTTP), 2мМ MgCl2, 0.25 мкМ прямого и обратного праймера, 0.05 ед/мкл Taq-полимеразы (Евроген, Россия). Для каждого образца и пары праймеров проводят исследования контроля без матрицы (no template control, NTC) и контроля без обратной транскрипции (no reverse transcriptase control, NRT). Температурный режим амплификации включает: 95С в течение 5-10 мин, затем 40 циклов при 95С в течение 10 с и 60С в течение 30 с, с детекцией сигнала FAM-каналом. Амплификацию каждой микроРНК проводят в трех повторах.At the fourth stage, the resulting complementary DNA (cDNA) is used to carry out the polymerase chain reaction in a total volume of 20 µl in the presence of 5 µl of 10x diluted cDNA, 1x EvaGreen (Evrogen, Russia), 1x reaction buffer, 0.2 mM mixture of dideoxynucleotides (dATP, dCTP, dGTP and dTTP), 2 mM MgCl2, 0.25 μM forward and reverse primers, 0.05 U/μL Taq polymerase (Evrogen, Russia). For each sample and pair of primers, no template control (NTC) and no reverse transcriptase control (NRT) controls are tested. Amplification temperature regime includes: 95C for 5-10 min, then 40 cycles at 95C for 10 s and 60C for 30 s, with signal detection by the FAM channel. Amplification of each microRNA is carried out in triplicate.

Относительная экспрессия микро-РНК вычисляется следующим образом:The relative miRNA expression is calculated as follows:

- рассчитывают среднее геометрическое Ct по трём повторам для целевой и референсной микроРНК, где Ct- номер порогового цикла, после которого достигается повышение сигнала относительно фоновых значений;- calculate the geometric mean C t for three repetitions for the target and reference miRNA, where Ct is the number of the threshold cycle, after which an increase in the signal relative to background values is achieved;

- рассчитывают значение ΔCt hsa-miR-21-5p =Ct hsa-miR-21-5p – Ct cel-miR-39-5p;- calculate the value of ΔC t hsa-miR-21-5p =C t hsa-miR-21-5p – C t cel-miR-39-5p;

- рассчитывают значение ΔCt hsa-miR-342-3p =Ct hsa-miR-342-3p – Ct cel-miR-39-5p;- calculate the value of ΔC t hsa-miR-342-3p =C t hsa-miR-342-3p – C t cel-miR-39-5p;

- рассчитывают значение ΔCt hsa-miR-3180-3p =Ct hsa-miR-3180-3p – Ct cel-miR-39-5p;- calculate the value of ΔC t hsa-miR-3180-3p =C t hsa-miR-3180-3p – C t cel-miR-39-5p;

- рассчитывают значение ΔCt hsa-let-7c-5p =Ct hsa-let-7c-5p – Ct cel-miR-39-5p;- calculate the value of ΔC t hsa-let-7c-5p =C t hsa-let-7c-5p – C t cel-miR-39-5p;

- рассчитывают значение ΔCt hsa-miR-190b-5p =Ct hsa-miR-190b-5p – Ct cel-miR-39-5p. - calculate the value of ΔC t hsa-miR-190b-5p =C t hsa-miR-190b-5p – C t cel-miR-39-5p.

При значении ΔCt hsa-miR-21-5p ≥1.7 устанавливают диагноз миненгиома, при значениях ΔCt hsa-miR-21-5p <1.7, ΔCt hsa-miR-342-3p ≥2.9 и ΔCt hsa-miR-3180-3p <13 устанавливают диагноз глиома. При выявлении глиальной опухоли головного мозга способ позволяет уточнить степень злокачественности – при значении ΔCt hsa-miR-21-5p <-1,4 устанавливают GIV степень злокачественности -глиобластома, при значениях ΔCt hsa-let-7c-5p ≥0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p ≥10 устанавливают GIII степень злокачественности – анапластическая астроцитома, при значениях ΔCt hsa-let-7c-5p <0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p <10 устанавливают GII степень злокачественности – диффузная астроцитома.If the value of ΔC t hsa-miR-21-5p ≥1.7, the diagnosis of minengioma is established, with the values of ΔCt hsa-miR-21-5p <1.7, ΔC t hsa-miR-342-3p ≥2.9 and ΔC t hsa-miR-3180- 3p <13 establishes the diagnosis of glioma. When detecting a glial tumor of the brain, the method allows to clarify the degree of malignancy - with a value of ΔC t hsa-miR-21-5p <-1.4, the GIV degree of malignancy is determined - glioblastoma, with values of ΔC t hsa-let-7c-5p ≥0.76 and ΔC t hsa-miR-190b-5p ≥10 set GIII degree of malignancy - anaplastic astrocytoma, with values of ΔC t hsa-let-7c-5p <0.76 and ΔC t hsa-miR-190b-5p <10 set GII degree of malignancy - diffuse astrocytoma .

Для доказательства прогностической ценности предлагаемой тест-системы приводятся выписки из 4х историй болезни.To prove the prognostic value of the proposed test system, extracts from 4 case histories are given.

Пример 1. Example 1

Больная Х., 62 г. Жалобы на головную боль, приступы головокружения, приступы потери сознания. МРТ головного мозга с контрастированием от 25.08.2020: Картина вне мозгового образования (парасагиттальная менингиома), размерами 21,3×25×19мм. Patient X., aged 62. Complaints of headache, bouts of dizziness, bouts of loss of consciousness. MRI of the brain with contrast from 08/25/2020: Picture outside the brain formation (parasagittal meningioma), dimensions 21.3 × 25 × 19 mm.

Результаты молекулярного анализа образца плазмы крови до лечения ΔCt hsa-miR-21-5p =1.9 соответствует наличию у пациента менингиомы. The results of the molecular analysis of the blood plasma sample before treatment ΔC t hsa-miR-21-5p =1.9 corresponds to the presence of meningioma in the patient.

Дата операции: 04.09.2020 – резекционная краниэктомия в левой лобной области, удаление менингиомы с применением нейрофизиологического мониторинга (1 степень радикальности по Симпсону), пластикой дефекта ТМО при помощи пластины Hemopatch. Диагноз- (D32.0) Переходная менингиома ( гистологическое исследование 75597-07\2020 WHO G1 в левой лобной области головного мозга с внутрикостным ростом и ростом в стенку верхнего сагиттального синуса. Состояние после краниэктомии, удаления менингиомы – 1 степень радикальности по Симпсону (04.09.2020, «НМИЦ онкологии»).Surgery date: 09/04/2020 – resection craniectomy in the left frontal area, removal of the meningioma using neurophysiological monitoring (1 degree of radicalness according to Simpson), dural defect repair using a Hemopatch plate. Diagnosis - (D32.0) Transient meningioma ( histological examination 75597-07 \ 2020 WHO G1 in the left frontal region of the brain with intraosseous growth and growth into the wall of the superior sagittal sinus. Condition after craniectomy, removal of meningioma - 1 degree of radicalness according to Simpson (04.09 .2020, National Medical Research Center of Oncology).

Пример 2. Example 2

Больной Л., 49 л. Жалобы на головные боли, генерализованные судорожные приступы. МРТ головного мозга с контрастным усилением от 13.10.2020: Срединные структуры смещены вправо на 7 мм. Вещество мозга протяженно инфильтрировано опухолью. В левой лобной, островковой и левой височной доле выявлена массивная кистозно-солидная опухоль с интравентрикулярным ростом, с распространением на подкорковые ядра с пери-фокальным вазогенным отеком, общими размерами 47х55х42 мм. Структура опухоли изменена за счет участков ограничения диффузии в солидной ткани, участков с центральным некрозом. Объемный эффект в виде сужения прилежащих субарахноидальных пространств, компрессии и инфильтрации тела левого бокового желудочка. Опухоль вовлекает ветви левой СМА. После в/в усиления опухоль диффузно неоднородно накапливает контраст солидным компонентом по периферии полостей некроза. В опухоли патологическая сосудистая сеть, больше в правой лобной доле. Миндалины мозжечка расположены на уровне большого затылочного отверстия. При DTI кортикоспинальный и кортикоталамический тракты слева на уровне опухоли и перитуморальной зоны частично разрушены, отмечается оскуднение и смещение проводящих путей, в опухоли прослеживаются нечетко. Patient L., 49 years old. Complaints of headaches, generalized convulsive seizures. MRI of the brain with contrast enhancement from 10/13/2020: Median structures are displaced to the right by 7 mm. The substance of the brain is extensively infiltrated by the tumor. In the left frontal, insular, and left temporal lobes, a massive cystic-solid tumor with intraventricular growth was revealed, with spread to the subcortical nuclei with perifocal vasogenic edema, with a total size of 47x55x42 mm. The structure of the tumor was changed due to areas of diffusion restriction in solid tissue, areas with central necrosis. Volumetric effect in the form of narrowing of the adjacent subarachnoid spaces, compression and infiltration of the body of the left lateral ventricle. The tumor involves branches of the left MCA. After intravenous amplification, the tumor diffusely inhomogeneously accumulates contrast with a solid component along the periphery of the necrosis cavities. The tumor has an abnormal vascular network, more in the right frontal lobe. The cerebellar tonsils are located at the level of the foramen magnum. In DTI, the corticospinal and corticothalamic tracts on the left at the level of the tumor and the peritumoral zone are partially destroyed, impoverishment and displacement of the pathways are noted, they are not clearly visible in the tumor.

Результаты молекулярного анализа образца плазмы крови до лечения ΔCt hsa-miR-21-5p =0.5, ΔCt hsa-miR-342-3p =3.1 и ΔCt hsa-miR-3180-3p =12.3 соответствуют наличию глиальной опухоли. Значения ΔCt hsa-let-7c-5p = 0.81 и hsa-miR-190b-5p=10.3 предполагают наличие анапластической астроцитомы - GIII.The results of the molecular analysis of the blood plasma sample before treatment ΔCt hsa-miR-21-5p =0.5, ΔCt hsa-miR-342-3p =3.1 and ΔCt hsa-miR-3180-3p =12.3 correspond to the presence of a glial tumor. ΔCt values hsa-let-7c-5p = 0.81 and hsa-miR-190b-5p=10.3 suggest the presence of anaplastic astrocytoma - GIII.

Название и дата операции: 06.11.2020 – костнопластическая краниотомия в левой височной области, удаление опухоли с интраоперационным пробуждением пациента и применением нейрофизиологического мониторинга.Name and date of surgery: 06.11.2020 – osteoplastic craniotomy in the left temporal region, removal of the tumor with intraoperative awakening of the patient and the use of neurophysiological monitoring.

Диагноз. (С71.8) Анапластическая астроцитома Grade III (номер гистологической верификации 97904–08\2020. левых лобной и височной долей с распространением на островковую долю головного мозга. Состояние после костнопластической краниотомии в левой височной области, удаления опухоли с интраоперационным пробуждением пациента и применением нейрофизиологического мониторинга (06.11.2020, НМИЦ онкологии»). Без стадии. Клиническая группа 2. Осложнение основного: Симптоматическая эпилепсия.Diagnosis. (C71.8) Grade III anaplastic astrocytoma (histological verification number 97904–08/2020. left frontal and temporal lobes with extension to the insular lobe of the brain. Condition after osteoplastic craniotomy in the left temporal region, tumor removal with intraoperative awakening of the patient and the use of neurophysiological monitoring (06.11.2020, National Medical Research Center of Oncology). No stage. Clinical group 2. Main complication: Symptomatic epilepsy.

Пример 3. Example 3

Больная К., 64 г. (С71.8). Жалобы на снижение зрения, слабость в левых конечностях. МРТ головного мозга с контрастным усилением от 16.10.2020: Срединные структуры смещены влево на уровне СЧЯ до 5–6 мм. В подкорковых ядрах, таламусе, теменной доле правого полушария выявлена зона, представленная опухолью с вазогенным отеком по периферии, общими размерами около 40х34х41мм. Структура кистозно-солидная, в солидном компоненте участки геморрагического пропитывания. Компрессия III-го и правого бокового желудочка мозга. Сужение с/а пространств, боковой щели правого полушария. После в/в усиления отмечается диффузное равномерное периферическое накопление контраста тканью опухоли в подкорковых ядрах и таламусе, в виде сливающихся между собой узлов размерами 23х29 и 17х14 мм. При DTI разрушение/инфильтрация проводящих трактов на уровне опухоли, вовлечение в процесс правого кортикоспинального тракта, инфильтрация заднего бедра внутренней капсулы. Боковые желудочки мозга асимметричны, D <S, не расширены.Patient K., aged 64 (C71.8). Complaints of decreased vision, weakness in the left limbs. MRI of the brain with contrast enhancement from 10/16/2020: The median structures are shifted to the left at the level of the MSF up to 5–6 mm. In the subcortical nuclei, the thalamus, the parietal lobe of the right hemisphere, a zone was revealed, represented by a tumor with vasogenic edema along the periphery, with a total size of about 40x34x41 mm. The structure is cystic-solid, in the solid component there are areas of hemorrhagic impregnation. Compression of the third and right lateral ventricle of the brain. Narrowing of s / a spaces, lateral fissure of the right hemisphere. After intravenous amplification, there is a diffuse uniform peripheral accumulation of contrast by the tumor tissue in the subcortical nuclei and the thalamus, in the form of merging nodes with sizes of 23x29 and 17x14 mm. In DTI, destruction/infiltration of the conducting tracts at the level of the tumor, involvement of the right corticospinal tract in the process, infiltration of the posterior thigh of the internal capsule. The lateral ventricles of the brain are asymmetric, D < S, not dilated.

Результаты молекулярного анализа образца плазмы крови до лечения ΔCt hsa-miR-21-5p =-1.5 предполагают наличие глиальной опухоли – GIV глиобластома.The results of the molecular analysis of the blood plasma sample before treatment ΔCt hsa-miR-21-5p = -1.5 suggest the presence of a glial tumor - GIV glioblastoma.

Название и дата операции: 29.10.2020 – стереотаксическая биопсия опухоли с применением навигационной системы Medtronic «StealthStation S7», нейрофизиологического мониторинга и интраоперационной флюоресцентной микроскопии.Name and date of surgery: 10/29/2020 – stereotaxic tumor biopsy using the Medtronic “StealthStation S7” navigation system, neurophysiological monitoring and intraoperative fluorescence microscopy.

Диагноз- глиобластома Grade IV (гистологическое исследование № 94239\2020) подкорковых ядер, таламуса, теменной доли правого полушария головного мозга. Состояние стереотаксической биопсии опухоли (29.10.2020, «НМИЦ онкологии»). Без стадии. Клиническая группа 2. Осложнение основного: Дислокационный синдром. Левосторонний гемипарез.Diagnosis - glioblastoma Grade IV (histological examination No. 94239\2020) of subcortical nuclei, thalamus, parietal lobe of the right hemisphere of the brain. Status of stereotaxic tumor biopsy (October 29, 2020, National Medical Research Center of Oncology). No stage. Clinical group 2. Primary complication: Dislocation syndrome. Left-sided hemiparesis.

Пример 4. Example 4

Больной Ш. 32 г. Жалобы: головная боль, генерализованные судорожные приступы. МРТ головного мозга с контрастным усилением от 09.10.2020: Срединные структуры не смещены. Вещество мозга локально деформировано. В левой височной области по ходу нижней и средней височных извилин с перифокальным вазогенным отеком, и глиозом выявлена область диспластических изменений общими размерами 24х18х18 мм, с локальным нарушением типичного рисунка борозд и извилин. Объемный эффект не выражен. После в/в усиления зона диспластических изменений не накапливает контраст. Миндалины мозжечка расположены на уровне большого затылочного отверстия. При DTI кортико-спинальный и кортико-таламический тракты справа и слева сохранны, в височной доле локально разрушены. Толщина коры за пределами процесса диффузно снижена до 2-3 мм. Ликвородинамика не нарушена. Боковые желудочки мозга симметричны по 8 мм, не изменены. III-й желудочек не расширен. IV-й желудочек не расширен. Дополнительных образований в области мостомозжечковых углов не выявлено. Базальные цистерны не расширены, не деформированы, субарахноидальные конвекситальные пространства и борозды полушарий головного мозга не расширены. Кости черепа без деструкции. Краниовертебральный переход - без особенностей. Искривление носовой перегородки. Пневматизация синусов не нарушена, отек и гипертрофия слизистой левой верхне-челюстной пазухи. Орбиты и хиазмальная область без особенностей, гипофиз толщиной 5 мм, ткань гипофиза имеет обычный сигнал. Внутренние слуховые проходы не расширены. Без инфильтрации по ходу зрительных нервов. Patient Sh., aged 32. Complaints: headache, generalized convulsive seizures. MRI of the brain with contrast enhancement from 10/09/2020: Median structures are not displaced. The substance of the brain is locally deformed. In the left temporal region along the course of the inferior and middle temporal gyri with perifocal vasogenic edema and gliosis, an area of dysplastic changes with a total size of 24x18x18 mm was revealed, with a local disturbance of the typical pattern of sulci and gyri. Volumetric effect is not expressed. After intravenous amplification, the zone of dysplastic changes does not accumulate contrast. The cerebellar tonsils are located at the level of the foramen magnum. In DTI, the corticospinal and corticothalamic tracts are preserved on the right and left, locally destroyed in the temporal lobe. The thickness of the cortex outside the process is diffusely reduced to 2-3 mm. Liquorodynamics is not broken. The lateral ventricles of the brain are 8 mm symmetrical, not changed. The third ventricle is not dilated. The fourth ventricle is not dilated. Additional formations in the region of cerebellopontine angles were not revealed. The basal cisterns are not expanded, not deformed, the subarachnoid convexital spaces and sulci of the cerebral hemispheres are not expanded. Skull bones without destruction. Craniovertebral transition - without features. Deviation of the nasal septum. Pneumatization of the sinuses is not disturbed, edema and hypertrophy of the mucosa of the left maxillary sinus. Orbits and chiasmal region without features, pituitary gland 5 mm thick, pituitary tissue has a normal signal. The internal auditory canals are not dilated. Without infiltration along the optic nerves.

Результаты молекулярного анализа образца плазмы крови до лечения ΔCt hsa-miR-21-5p =0.7, ΔCt hsa-miR-342-3p =3.3 и ΔCt hsa-miR-3180-3p =11.4 соответствуют наличию глиальной опухоли. Значения ΔCt hsa-let-7c-5p = 0.55 и hsa-miR-190b-5p=9,7 предполагают наличие диффузной астроцитомы GII.The results of the molecular analysis of the blood plasma sample before treatment ΔCt hsa-miR-21-5p =0.7, ΔCt hsa-miR-342-3p =3.3 and ΔCt hsa-miR-3180-3p =11.4 correspond to the presence of a glial tumor. ΔCt values hsa-let-7c-5p = 0.55 and hsa-miR-190b-5p=9.7 suggest the presence of diffuse GII astrocytoma.

Название и дата операции: 22.10.2020 – костнопластическая краниотомия в левой височной области, удаление опухоли с интраоперационным пробуждением пациента и применением нейрофизиологического мониторинга. Диагноз (C71.2)- диффузная астроцитома G II (гистологическая верификация 91944-47\20) левой височной доли головного мозга. Состояние после костнопластической краниотомии в левой височной области, удаления опухоли с интраоперационным пробуждением пациента (22.10.2020, «НМИЦ онкологии»). Осложнение: Симптоматическая эпилепсия.Name and date of operation: 22.10.2020 – osteoplastic craniotomy in the left temporal region, removal of the tumor with intraoperative awakening of the patient and the use of neurophysiological monitoring. Diagnosis (C71.2) - diffuse astrocytoma G II (histological verification 91944-47\20) of the left temporal lobe of the brain. Condition after osteoplastic craniotomy in the left temporal region, tumor removal with intraoperative awakening of the patient (October 22, 2020, National Medical Research Center of Oncology). Complication: Symptomatic epilepsy.

Клинические данные, полученные в результате амбулаторного обследования данных пациентов, впоследствии подтвердили поставленный диагноз в соответствии с диагностическим значением микроРНК в образцах плазмы крови пациентов, полученных до начала лечения.Clinical data obtained from outpatient examination of these patients subsequently confirmed the diagnosis in accordance with the diagnostic value of microRNA in plasma samples of patients obtained before treatment.

Анализ представленных клинических случаев демонстрирует возможности малоинвазивной диагностики менингиом и опухолей глиального ряда с уточнением их степени злокачественности с использованием оценки экспрессии hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p и hsa-miR-3180-3, hsa-miR-21-5p, hsa-let-7c-5p и hsa-miR-190b-5p в образцах плазмы крови относительной экзогенного контроля cel-miR-39-5p методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. The analysis of the presented clinical cases demonstrates the possibilities of minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors with specification of their degree of malignancy using the assessment of the expression of hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p and hsa-miR-3180-3, hsa-miR- 21-5p, hsa-let-7c-5p and hsa-miR-190b-5p in plasma samples relative to exogenous control cel-miR-39-5p by real-time polymerase chain reaction.

Claims (1)

Способ малоинвазивной диагностики менингиом и опухолей глиального ряда с уточнением степени злокачественности, заключающийся в том, что проводят анализ экспрессии микроРНК в образце плазмы, включающий внесение экзогенного контроля в образец плазмы и выделение тотальной РНК, обратную транскрипцию с последующей амплификацией в режиме реального времени, при этом используют высокоспецифичные праймеры для hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p и cel-miR-39-5p, анализируют полученные данные и вычисляют значения ΔCt hsa-miR-21-5p = Ct hsa-miR-21-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-342-3p = Ct hsa-miR-342-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-3180-3p = Ct hsa-miR-3180-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-let-7c-5p = Ct hsa-let-7c-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-190b-5p = Ct hsa-miR-190b-5p – Ct cel-miR-39-5p, где Ct - номер порогового цикла, после которого достигается повышение сигнала относительно фоновых значений, при значении ΔCt hsa-miR-21-5p ≥ 1.7 устанавливают диагноз менингиома, при значениях ΔCt hsa-miR-21-5p < 1.7, ΔCt hsa-miR-342-3p ≥ 2.9 и ΔCt hsa-miR-3180-3p < 13 устанавливают диагноз глиома; при значении ΔCt hsa-miR-21-5p < -1,4 устанавливают GIV степень злокачественности - глиобластома, при значениях ΔCt hsa-let-7c-5p ≥ 0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p ≥ 10 устанавливают GIII степень злокачественности – анапластическая астроцитома, при значениях ΔCt hsa-let-7c-5p < 0.76 и ΔCt hsa-miR-190b-5p < 10 устанавливают GII степень злокачественности – диффузная астроцитома.A method for minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors with specification of the degree of malignancy, which consists in the analysis of microRNA expression in a plasma sample, including the introduction of an exogenous control into the plasma sample and the isolation of total RNA, reverse transcription followed by real-time amplification, while use highly specific primers for hsa-miR-21-5p, hsa-miR-342-3p, hsa-miR-3180-3, hsa-let-7c-5p, hsa-miR-190b-5p and cel-miR-39- 5p, analyze the obtained data and calculate the values ΔCt hsa-miR-21-5p = Ct hsa-miR-21-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-342-3p = Ct hsa-miR-342 -3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-3180-3p = Ct hsa-miR-3180-3p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-let-7c-5p = Ct hsa -let-7c-5p – Ct cel-miR-39-5p, ΔCt hsa-miR-190b-5p = Ct hsa-miR-190b-5p – Ct cel-miR-39-5p, where Ct is the threshold cycle number, after which an increase in the signal relative to background values is achieved, with a value of ΔCt hsa-miR-21-5p ≥ 1.7, set the diagnosis of meningioma is made, with the values of ΔCt hsa-miR-21-5p < 1.7, ΔCt hsa-miR-342-3p ≥ 2.9 and ΔCt hsa-miR-3180-3p < 13, the diagnosis of glioma is established; with a value of ΔCt hsa-miR-21-5p < -1.4, the GIV degree of malignancy is determined - glioblastoma, with the values of ΔCt hsa-let-7c-5p ≥ 0.76 and ΔCt hsa-miR-190b-5p ≥ 10, the GIII degree of malignancy is determined - anaplastic astrocytoma, with ΔCt hsa-let-7c-5p < 0.76 and ΔCt hsa-miR-190b-5p < 10, grade GII is established - diffuse astrocytoma.
RU2022115677A 2022-06-09 Method for minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors with specification of the degree of malignancy RU2788814C1 (en)

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2788814C1 true RU2788814C1 (en) 2023-01-24

Family

ID=

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012115885A1 (en) * 2011-02-22 2012-08-30 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. Circulating biomarkers
RU2709651C1 (en) * 2018-11-29 2019-12-19 Федеральное государственное бюджетное учреждение "Ростовский научно-исследовательский онкологический институт" Министерства здравоохранения Российской Федерации Method for differential diagnosis of gliomas based on analysis of gene expression and micro-rna
RU2742413C1 (en) * 2020-06-17 2021-02-05 федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации Method for diagnosing glial brain tumors of high degree of malignancy

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012115885A1 (en) * 2011-02-22 2012-08-30 Caris Life Sciences Luxembourg Holdings, S.A.R.L. Circulating biomarkers
RU2709651C1 (en) * 2018-11-29 2019-12-19 Федеральное государственное бюджетное учреждение "Ростовский научно-исследовательский онкологический институт" Министерства здравоохранения Российской Федерации Method for differential diagnosis of gliomas based on analysis of gene expression and micro-rna
RU2742413C1 (en) * 2020-06-17 2021-02-05 федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии" Министерства здравоохранения Российской Федерации Method for diagnosing glial brain tumors of high degree of malignancy

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
REGAZZO G. et al. A restricted signature of serum miRNAs distinguishes glioblastoma from lower grade gliomas. J Exp Clin Cancer Res. 2016; 35: 124. *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Sufit et al. Diffuse intrinsic pontine tumors: a study of primitive neuroectodermal tumors versus the more common diffuse intrinsic pontine gliomas
CN111621566B (en) Serum miRNA marker for diagnosing liver cancer and predicting liver cancer metastasis and detection kit thereof
CN108588226A (en) Detect the miRNA combination of breast cancer patients with brain transfer and the kit containing the combination
CN107475440A (en) A kind of application of blood plasma excretion body biomarker in breast cancer diagnosis
CN107779504A (en) Colorectal cancer microRNA molecule mark and application thereof
RU2788814C1 (en) Method for minimally invasive diagnosis of meningiomas and glial tumors with specification of the degree of malignancy
CN107937532B (en) Glioma diagnosis marker hsa _ circ _0021827 and application
CN107475441B (en) Biomarker for predicting responsiveness of breast cancer patient to AT regimen neoadjuvant chemotherapy
CN104498606A (en) Application of microRNAs in preparation of reagent or kit for early screening or diagnosing Brachyury positive tumors
CN107557472A (en) Diagnosis of glioma mark circ9:135881633 | 135883078 and application
CN109593852B (en) Serum miRNA marker related to nasopharyngeal carcinoma auxiliary diagnosis and application thereof
CN110257514A (en) A kind of new cancer of the esophagus blood miRNA marker and its application
ES2715874T3 (en) Bladder cancer screening methods
CN106337051A (en) Hepatitis b/hepatic cirrhosis microRNA molecular marker combination and purpose thereof
CN101365800B (en) Composition and method for determination of CK19 expression
CN107586848A (en) Glioma prognostic marker circ8:127890589 | 127890998 and application
CN109536612B (en) Plasma miRNA marker related to nasopharyngeal carcinoma auxiliary diagnosis and application thereof
CN108796067B (en) The diagnosis new function of MAEA gene in blood
CN109563548A (en) For identifying the in-vitro method of cancer of pancreas or pancreatic intraductal papillary mucinous tumor
CN107604076A (en) Diagnosis of glioma mark Circ6:4891713 | 4892379 and application
CN107586845A (en) Diagnosis of glioma mark Circ19:5604583 | 5604936 and application
CN107586846A (en) Diagnosis of glioma mark Circ3:129880309 | 129880559 and application
CN109371024A (en) A kind of circular rna hsa-circ-0073006 and its specificity amplification primer and application
CN109402120A (en) A kind of circular rna hsa-circ-0054020 and its specificity amplification primer and application
CN109280705A (en) A kind of circular rna hsa-circ-0044506 and its specificity amplification primer and application